EP1284008A2 - Probenträger für massenspektrometer - Google Patents

Probenträger für massenspektrometer

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EP1284008A2
EP1284008A2 EP01949232A EP01949232A EP1284008A2 EP 1284008 A2 EP1284008 A2 EP 1284008A2 EP 01949232 A EP01949232 A EP 01949232A EP 01949232 A EP01949232 A EP 01949232A EP 1284008 A2 EP1284008 A2 EP 1284008A2
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EP
European Patent Office
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biological samples
sample
sample carrier
carrier according
conductive material
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EP01949232A
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EP1284008B1 (de
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Kurt Berlin
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Epigenomics AG
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Epigenomics AG
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    • H—ELECTRICITY
    • H01—ELECTRIC ELEMENTS
    • H01J—ELECTRIC DISCHARGE TUBES OR DISCHARGE LAMPS
    • H01J49/00—Particle spectrometers or separator tubes
    • H01J49/02—Details
    • H01J49/04—Arrangements for introducing or extracting samples to be analysed, e.g. vacuum locks; Arrangements for external adjustment of electron- or ion-optical components

Definitions

  • the present invention describes' a sample holder for the mass spectrometer, especially for MALDI-TOF mass spectrometer.
  • MALDI-TOF Matrix-assisted laser desorption / ionization time-of-flight mass spectrometry
  • sample carriers are known in the prior art which are also suitable for MALDI-TOF mass spectrometry.
  • US-A 4,384,193 describes a specimen slide device which is suitable for holding specimen slides and is used for incubating samples.
  • MALDI-TOF mass spectrometry was not known at the time of publication of this publication.
  • EP-A 0964427 describes holders for MALDI-TOF mass spectrometry in general.
  • the supports for the analytes must always be made conductive. From DE-A 19712195 and ÜS-A 5770860 it is known that microtiter plates can also be used for MALDI-TOF mass spectrometry.
  • sample carriers for MALDI-TOF mass spectrometry can also be made from hydrophobic material, but that care must always be taken to ensure that the surface becomes electrically conductive (for example through the incorporation of graphite).
  • the metal sample carriers usually used for MALDI-TOF mass spectrometry which are designed for individual samples, often 26 or 100 samples or recently also for 384 samples, are usually of such a nature that the sample together with a matrix, usually an organic see acid, is applied directly to its position on the sample holder. They are essentially flat metal plates.
  • the sample carriers with 384 sample positions recently sold by Bruker correspond in their grid and their dimensions to a microtiter plate. These sample carriers are not suitable for the direct use of biochips (oligomer arrays) in the mass spectrometer, since immobilization of oligonucleotides is required, which is only possible with considerable effort on a sample carrier.
  • Specimen carriers used for immobilization on a surface have a metallic, glass-coated or chemically modified surface (WO 99/29898).
  • the disadvantage of these surfaces is that the coating for highly sensitive analytics is not particularly uniform. Furthermore, the coating is usually either very labor-intensive and / or cost-intensive.
  • Metal supports with a glass coating are known, but are more used to create a particularly smooth surface in order to solve critical calibration problems.
  • biochips are often used in slide format.
  • a few chemical modification steps are sufficient to activate the glass surface of a conventional slide, as is also used for microscopy, so that preferably a covalent chemical bond to applied probe oligonucleotides is possible, which lie in a predetermined grid on the surface of the slide ,
  • the technical problem underlying the present invention was therefore that there is no technological compatibility in terms of material and shape for the use of biochips in the mass spectrometer.
  • the object of the present invention is to provide a sample carrier which overcomes the disadvantages of the prior art.
  • the invention relates to a sample carrier, which
  • the object of the invention is achieved in that a sample carrier for mass spectrometers, in particular for MALDI-TOF mass spectrometers, consisting of metal or another conductive material is created, which is characterized in that this sample carrier has at least one recess for receiving carriers for biological samples having.
  • the dimensions of the recesses correspond to commercially available specimen slides. It is particularly preferred that the dimensions are between 75 and 130 mm in length, between 25 and 100 mm in width and between 2 and 20 mm in height.
  • a sample carrier according to the invention is preferred, at least one carrier for biological samples being attached to it. is arranged. It is preferred that the slides for biological samples correspond to commercially available slides. Furthermore, it is preferred that the dimensions of the carrier for biological samples 72-78 mm in length, 22 to '28 mm in width and 0.5 to 2 mm are located in the height. It is also preferred that the support for biological samples consists of metal.
  • the support for biological samples consists of a non-conductive material and / or glass.
  • DNA fragments or oligonucleotides in a rectangular or hexagonal pattern are applied to the support for biological samples.
  • the attachment between the sample holder and the holder for biological samples is carried out by means of double-sided adhesive tape, screws, springs, snap locks, wire clips and / or rails.
  • sample carrier according to the invention corresponds in format to a microtiter plate.
  • a sample carrier with dimensions of approximately 123 mm ⁇ 82 mm ⁇ 9.5 mm is particularly preferred.
  • Another object of the present invention is the use of a sample carrier according to one of the preceding claims for the analysis of polymorphisms and / or DNA methylation in DNA samples.
  • the present invention thus describes a sample carrier for MALDI mass spectrometers.
  • This sample holder consists of an electrically conductive material, preferred wise steel or aluminum.
  • the invention is also based on the surprising finding that conventional specimen slides can be introduced into such a mass spectrometer without the lack of conductivity of the glass slide being significantly detrimental to the measurement result.
  • the samples are on the plates that can be inserted in the sample holder.
  • sample carriers on which supports for biological samples are applied or fastened which consist of non-metallic and / or non-conductive materials.
  • Carriers for biological samples made of glass are very particularly preferred.
  • a sample holder for a MALDI-TOF spectrometer preferably made of metal, which has cutouts for holding 1-5 plates, the dimensions of which preferably correspond to commercially available object holders.
  • the dimensions of the sample carrier are preferably between 75 and 130 mm in length, between 25 and 100 mm in width and between 2 and 20 mm in height.
  • the dimensions of the plates, which can be made of glass, silicon or metal, are particularly preferably 72-78 mm ⁇ 22-28 mm ⁇ 0.5-2 mm. This corresponds to the dimensions of commercial slides, the exact dimensions of which are variable even in international comparison.
  • the plates are attached to the sample carrier with double-sided adhesive tape.
  • fastening is carried out using screws, springs, snap locks, wire clips or rails.
  • the sample carrier according to the invention thus combines the area of sample production and that of measuring the samples in an incredibly simple manner.
  • the subject of the present invention and a particularly preferred embodiment is a sample carrier according to the invention for mass spectrometers, in particular for MALDI-TOF mass spectrometers, consisting of metal or another conductive material, this sample carrier having at least one recess for receiving carriers for biological samples and at least one arranged thereon
  • This sample carrier having at least one recess for receiving carriers for biological samples and at least one arranged thereon
  • Has supports for biological samples characterized in that the supports for biological samples consist of non-conductive material and / or glass. It is further preferred that the supports for biological samples consist of non-conductive material and / or glass
  • the sample carrier is preferably used for the analysis of polymorphisms and / or DNA methylation in DNA samples.
  • FIG. 1 shows a preferred embodiment of the sample holder according to the invention.
  • the sample carrier P according to the invention made of metal or another conductive material for the MALDI-TOF device (BIFLEX III BT 1903, Bruker Analytical Systems) can preferably be loaded with 1 to 3 glass carriers G. These have a size of 76 mm x 25 mm x 1 mm.

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  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Other Investigation Or Analysis Of Materials By Electrical Means (AREA)
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Description

Probenträger für Massenspektrometer
Die vorliegende Erfindung beschreibt ' einen Probenträger für Massenspektrometer, insbesondere für MALDI-TOF Massenspektrometer .
Matrix-assisted laser desorption/ionization time-of- flight Massenspektrometrie (MALDI-TOF) hat die Analytik von Biomolekülen revolutioniert (Karas, M. & Hillenkamp, F. Anal. Chem. 60, 2299-2301 (1988)).
Im Stand der Technik sind eine Reihe von Probenträgern bekannt, welche auch zur MALDI-TOF Massenspektrometrie geeignet sind. So beschreibt US-A 4,384,193 eine Probenträgervorrichtung, welche zur Aufnahme von Objektträgern geeignet ist und zur Inkubation von Proben verwendet wird. MALDI-TOF Massenspektrometrie war jedoch zum Zeitpunkt der Publikation dieser Druckschrift noch nicht be- kannt. EP-A 0964427 beschreibt Halter für MALDI-TOF Massenspektrometrie im Allgemeinen. Jedoch müssen die Träger für die Analyten stets leitfähig ausgebildet sein. Aus DE-A 19712195 und ÜS-A 5770860 ist bekannt, dass auch Mikrotiterplatten zur MALDI-TOF Massenspektrometrie ein- gesetzt werden können. DE-A 19834070 schließlich offenbart, dass Probenträger für MALDI-TOF Massenspektrometrie auch aus hydrphoben Material gefertigt werden könne, dass aber stets dafür zu sorgen ist, dass die Oberfläche (beispielsweise durch Einlagerung von Graphit elektrisch lei- tend wird.
Die üblicherweise für MALDI-TOF Massenspektrometrie verwendeten Probenträger aus Metall, die für einzelne Proben, oftmals 26 oder 100 Proben oder neuerdings auch für 384 Proben ausgelegt werden, sind meist so geartet, dass die Probe zusammen mit einer Matrix, meist einer organi- sehen Säure, unmittelbar auf ihre Position auf dem Probenträger aufgebracht wird. Bei ihnen handelt es sich im wesentlichen um plane Metallplatten. Die von der Firma Bruker neuerdings vertriebenen Probenträger mit 384 Pro- benpositionen entsprechen in ihrem Raster und ihren Abmaßen einer Mikrotiterplatte. Für die unmittelbare Verwendung von Biochips (Oligo er-Arrays) im Massenspektrometer sind diese Probenträger nicht geeignet, da dabei eine Immobilisierung von Oligonukleotiden erforderlich ist, die an einem Probenträger nur mit erheblichem Aufwand möglich ist.
Verwendete Probenträger für die Immobilisierung auf einer Oberfläche besitzen eine metallische, mit Glas beschich- tete oder chemisch modifizierte Oberfläche (WO 99/29898) . Der Nachteil dieser Oberflächen ist, dass die Beschichtung für hochsensitive Analytik nicht besonders gleichmäßig ist. Ferner ist die Beschichtung in der Regel entweder sehr arbeitsaufwendig und/oder kostenintensiv. Me- tallträger mit Glasbeschichtung sind bekannt, dienen jedoch eher zum Schaffen einer besonders glatten Oberfläche, um kritische Kalibrierungsprobleme zu lösen.
Biochips werden dagegen häufig im Objektträgerformat ver- wendet. Meist genügen wenige chemische Modifizierungsschritte, um die Glasoberfläche eines herkömmlichen Objektträgers, wie er auch für die Mikroskopie verwendet wird zu aktivieren, so dass vorzugsweise eine kovalente chemische Bindung zu aufgebrachten Sondenoligonukleotiden möglich ist, die in einem vorgegebenen Raster auf der 0- berflache des Objektträgers liegen.
Eine Übersicht über den Stand der Technik in der Oligomer Array Herstellung lässt sich aus einer im Januar 1999 er- schienenen Sonderausgabe von Nature Genetics (Nature Ge- netics Supplement, Volume 21, January 1999) , der dort zi- tierten Literatur und dem US-Patent 5994065 über Methoden zur Herstellung von festen Trägern für Zielmoleküle wie Oligonukleotide bei vermindertem nichtspezifischem Hintergrundsignal entnehmen.
Das der vorliegenden Erfindung zugrundeliegende technische Problem war somit, dass für die Verwendung von Biochips im Massenspektrometer keine technologische Kompatibilität in Material und Form gegeben ist.
Aufgabe der vorliegenden Erfindung ist es, einen Probenträger zu schaffen, der die Nachteile des Standes der Technik überwindet.
Gegenstand der Erfindung ist ein Probenträger, der das
Einbringen von herkömmlichen Biochips im Objektträgerformat in ein kommerzielles MALDI-Massenspektrometer erlaubt .
Die Aufgabe der Erfindung wird dadurch gelöst, dass ein Probenträger für Massenspektrometer, insbesondere für MALDI-TOF Massenspektrometer, bestehend aus Metall oder einem anderen leitfähigen Material geschaffen wird, welcher dadurch gekennzeichnet ist, dass dieser Probenträger mindestens eine Aussparung zur Aufnahme von Trägern für biologische Proben aufweist.
Erfindungsgemäß bevorzugt ist es dabei, dass die Aussparungen in ihren Abmessungen handelsüblichen Objektträgern entsprechen. Besonders bevorzugt ist es, dass die Abmessungen in der Länge zwischen 75 und 130 mm, in der Breite zwischen 25 und 100 mm und in der Höhe zwischen 2 und 20 mm betragen.
Bevorzugt ist ein erfindungsgemäßer Probenträger, wobei mindestens ein Träger für biologische Proben darauf ange- ordnet ist. Dabei ist es bevorzugt, dass die Träger für biologische Proben handelsüblichen Objektträgern entsprechen. Weiterhin ist bevorzugt, dass die Abmessungen der Träger für biologische Proben zwischen 72 und 78 mm in der Länge, 22 bis '28 mm in der Breite und 0,5 bis 2 mm in der Höhe liegen. Bevorzugt ist dabei auch, dass der Träger für biologische Proben aus Metall besteht.
Äußerst bevorzugt ist es, dass der Träger für biologische Proben aus einem nichtleitenden Material und/oder Glas besteht.
Ganz besonders bevorzugt ist es, dass auf dem Träger für biologische Proben DNA-Fragmente oder Oligonukleotide in einem rechtwinkligen oder hexagonalen Muster aufgebracht sind.
Erfindungsgemäß ist es ferner, dass die Befestigung zwischen dem Probenträger und dem Träger für biologische Proben mittels doppelseitigem Klebeband, Schrauben, Federn, Schnappverschlüssen, Drahtbügeln und/oder Schienen erfolgt.
Außerdem ist bevorzugt, dass der erfindungsgemäße Proben- träger im Format einer Mikrotiterplatte entspricht. Insbesondere bevorzugt ist ein Probenträger in den Abmessungen von ca. 123 mm x 82 mm x 9,5 mm.
Ein weiterer Gegenstand der vorliegenden Erfindung ist die Verwendung eines Probenträgers nach einem der voranstehenden Ansprüche zur Analyse von Polymorphismen und/oder DNA-Methylierung in DNA-Proben.
Die vorliegende Erfindung beschreibt somit einen Proben- träger für MALDI-Massenspektrometer. Dieser Probenträger besteht aus einem elektrisch leitenden Material, Vorzugs- weise Stahl oder Aluminium. In dem Probenträger befinden sich Aussparungen, die zur Aufnahme von Platten dienen, die entweder auch aus Metall oder aber aus Glas oder Si- licium sein können. Der Erfindung liegt zudem die überra- sehende Erkenntnis zugrunde, dass herkömmliche Objektträger in ein solches Massenspektrometer eingebracht werden können, ohne dass die fehlende Leitfähigkeit des Glasträgers dem Messergebnis signifikant abträglich ist. Die Proben befinden sich auf den Platten, die in den Proben- träger eingesetzt werden können.
Erfindungsgemäß bevorzugt sind daher insbesondere Probenträger, auf welchen Träger für biologische Proben aufgebracht bzw. befestigt sind, die aus nicht metallischen und/oder nicht leitenden Materialien bestehen. Ganz besonders bevorzugt sind dabei Träger für biologische Proben aus Glas.
Beschrieben wird ein Probenträger für ein MALDI-TOF Spektrometer bevorzugt aus Metall, der Aussparungen zur Aufnahme von 1 - 5 Platten aufweist, die vorzugsweise in ihren Abmaßen handelsüblichen Objektträgern entsprechen. Vorzugsweise liegen die Abmessungen des Probenträgers in der Länge zwischen 75 und 130 mm, in der Breite zwischen 25 und 100 mm und in der Höhe zwischen 2 und 20 mm. Besonders bevorzugt liegen die Abmessungen der Platten, die aus Glas, Siliciu oder Metall sein können, bei 72-78 mm x 22-28 mm x 0,5-2 mm. Dies entspricht den Abmessungen handelsüblicher Objektträger, deren genaue Maße auch im internationalen Vergleich variabel sind.
In einer bevorzugten Variante werden die Platten mit einem doppelseitigen Klebeband auf dem Probenträger befestigt. In einer weiteren, besonders bevorzugten Variante erfolgt die Befestigung mit Schrauben, Federn, Schnappverschlüssen, Drahtbügeln oder Schienen. 1 1
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und eine immense Kosteneinsparung dar. Insbesondere auch dadurch, dass handelsübliche Objektträger und/oder Probenträger verwendet werden könne. Derartige handelsübliche Träger sind auch für die automatisieret Analytik ge- eignet. Hieraus ergibt sich daher ein weiterer Kostenvorteil. Analysen könne daher mit einem großen Durchsatz kostengünstig und schnell ausgeführt werden. Der erfindungsgemäße Probenträger verbindet somit den Bereich der Probenherstellung und den der Vermessung der Proben in verblüffend einfacher Weise.
Gegenstand der vorliegenden Erfindung und eine besonders bevorzugte Ausführungsform ist ein erfindungsgemäßer Probenträger für Massenspektrometer, insbesondere für MALDI- TOF Massenspektrometer, bestehend aus Metall oder einem anderen leitfähigen Material, wobei dieser Probenträger mindestens eine Aussparung zur Aufnahme von Trägern für biologische Proben sowie mindestens einen darauf angeordneten Träger für biologische Proben aufweist, dadurch ge- kennzeichnet, dass die Träger für biologische Proben aus nicht leitendem Material und/oder aus Glas bestehen. Dabei ist es weiterhin bevorzugt, dass die Träger für biologische Proben aus nicht leitendem Material und/oder aus Glas bestehen
Bevorzugt wird der Probenträger zur Analyse von Poly- morphismen und/oder DNA-Methylierung in DNA-Proben verwendet.
In der Figur 1 ist eine bevorzugte Ausführungsform des erfindungsgemäßen Probenträgers dargestellt. Der erfindungsgemäße Probenträger P aus Metall oder einem anderen leitfähigen Material für das MALDI-TOF Gerät (BIFLEX III BT 1903, Bruker Analytical Systems) kann vorzugsweise mit 1 bis 3 Glasträgern G beschickt werden. Diese haben eine Größe von 76 mm x 25 mm x 1 mm.

Claims

Patentansprüche
1. Probenträger für Massenspektrometer, insbesondere für MALDI-TOF Massenspektrometer, bestehend aus Metall oder einem anderen leitfähigen Material, dadurch gekennzeichnet, dass dieser Probenträger mindestens eine Aussparung zur Aufnahme von Trägern für biologische Proben aufweist.
2. Probenträger nach Anspruch 1, dadurch gekennzeichnet, dass die Aussparungen in ihren Abmessungen handelsüblichen Objektträgem entsprechen.
3. Probenträger nach Anspruch 2, dadurch gekennzeichnet, dass die Abmessungen der Aussparungen in der Länge zwischen 75 und 130 mm, in der Breite zwischen 25 und 100 mm und in der Höhe zwischen 2 und 20 mm betragen.
4. Probenträger nach Anspruch 1, dadurch gekennzeichnet, dass mindestens ein Träger für biologische Proben darauf angeordnet ist.
5. Probenträger nach Anspruch 4, dadurch gekennzeichnet, dass die Träger für biologische Proben handelsüblichen Objektträgern entsprechen.
6. Probenträger nach Anspruch 4, dadurch gekennzeichnet, dass die Abmessungen der Träger für biologische Pro- ben zwischen 72 und 78 mm in der Länge, 22 bis 28 mm in der Breite und 0,5 bis 2 mm in der Höhe liegen.
7. Probenträger nach Anspruch 4, dadurch gekennzeichnet, dass die Träger für biologische Proben aus Metall und/oder Silicium bestehen.
8. Probenträger nach Anspruch 4, dadurch gekennzeichnet, dass die Träger für biologische Proben aus nicht leitendem Material und/oder aus Glas bestehen.
9. Probenträger nach Anspruch 4, dadurch gekennzeichnet, dass auf dem Träger für biologische Proben DNA- Fragmente oder Oligonukleotide in einem rechtwinkligen oder hexagonalen Muster aufgebracht sind. •
10. Probenträger nach einem der voranstehenden Ansprüche, dadurch gekennzeichnet, dass die Befestigung zwischen dem Probenträger und dem Träger für biologische Proben mittels doppelseitigem Klebeband, Schrauben, Federn, Schnappverschlüssen, Drahtbügeln und/oder Schienen erfolgt.
11. Probenträger nach einem der voranstehenden Ansprüche, dadurch gekennzeichnet, dass dieser im Format einer Mikrotiterplatte entspricht.
12. Probenträger nach Anspruch 11 in den Abmessungen von ca. 123 mm x 82 mm x 9,5 mm.
13. Probenträger für Massenspektrometer, insbesondere für MALDI-TOF Massenspektrometer, bestehend aus Metall oder einem anderen leitfähigen Material, wobei dieser Probenträger mindestens eine Aussparung zur Aufnahme von Trägern für biologische Proben sowie mindestens einen darauf angeordneten Träger für biologische Pro- ben aufweist, dadurch gekennzeichnet, dass die Träger für biologische Proben aus nicht leitendem Material und/oder aus Glas bestehen.
14. Probenträger nach Anspruch 13, dadurch gekennzeich- net, dass die Träger für biologische Proben aus nicht leitendem Material und/oder aus Glas bestehen.
5. Verwendung eines Probenträgers nach einem der voranstehenden Ansprüche zur Analyse von Polymorphismen und/oder DNA-Methylierung in DNA-Proben.
EP01949232A 2000-05-23 2001-05-23 Probenträger für massenspektrometer Expired - Lifetime EP1284008B1 (de)

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EP (1) EP1284008B1 (de)
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