EA018875B1 - Генетические маркеры контролирования массы и способы их применения - Google Patents

Генетические маркеры контролирования массы и способы их применения Download PDF

Info

Publication number
EA018875B1
EA018875B1 EA201071319A EA201071319A EA018875B1 EA 018875 B1 EA018875 B1 EA 018875B1 EA 201071319 A EA201071319 A EA 201071319A EA 201071319 A EA201071319 A EA 201071319A EA 018875 B1 EA018875 B1 EA 018875B1
Authority
EA
Eurasian Patent Office
Prior art keywords
subject
diet
fat
genotype
locus
Prior art date
Application number
EA201071319A
Other languages
English (en)
Other versions
EA201071319A1 (ru
Inventor
Дэвид Кремпин
Коллин Дрейпер
Леон Уилкинс
Гэри Бретон
Луи Перюсс
Рут Дебаск
Шиам Рамакришнан
Original Assignee
Интерлейкин Джинетикс, Инк.
ЭКСЕСС БИЗНЕСС ГРУП ИНТЕРНЭШНЛ ЭлЭлСи
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Интерлейкин Джинетикс, Инк., ЭКСЕСС БИЗНЕСС ГРУП ИНТЕРНЭШНЛ ЭлЭлСи filed Critical Интерлейкин Джинетикс, Инк.
Publication of EA201071319A1 publication Critical patent/EA201071319A1/ru
Publication of EA018875B1 publication Critical patent/EA018875B1/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B20/00—ICT specially adapted for functional genomics or proteomics, e.g. genotype-phenotype associations
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B20/00—ICT specially adapted for functional genomics or proteomics, e.g. genotype-phenotype associations
    • G16B20/20—Allele or variant detection, e.g. single nucleotide polymorphism [SNP] detection
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/106—Pharmacogenomics, i.e. genetic variability in individual responses to drugs and drug metabolism
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/16—Primer sets for multiplex assays
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16H—HEALTHCARE INFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR THE HANDLING OR PROCESSING OF MEDICAL OR HEALTHCARE DATA
    • G16H20/00—ICT specially adapted for therapies or health-improving plans, e.g. for handling prescriptions, for steering therapy or for monitoring patient compliance
    • G16H20/60—ICT specially adapted for therapies or health-improving plans, e.g. for handling prescriptions, for steering therapy or for monitoring patient compliance relating to nutrition control, e.g. diets
    • Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
    • Y02A—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE
    • Y02A90/00—Technologies having an indirect contribution to adaptation to climate change
    • Y02A90/10—Information and communication technologies [ICT] supporting adaptation to climate change, e.g. for weather forecasting or climate simulation

Landscapes

  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Evolutionary Biology (AREA)
  • Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
  • Medical Informatics (AREA)
  • Spectroscopy & Molecular Physics (AREA)
  • Theoretical Computer Science (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
  • Medical Treatment And Welfare Office Work (AREA)

Abstract

Изобретение относится к способам и тестам, которые предусматривают установление персонализированных программ потери массы субъекта, основанных на метаболическом генотипе субъекта по ключевым метаболическим генам. Раскрыты наборы и способы определения метаболического генотипа субъекта, которые могут быть использованы для выбора соответствующего терапевтического/диетического режима или рекомендаций образа жизни, основанные на вероятности восприимчивости субъекта к некоторым диетам и уровням активности. Такая персонализированная программа потери массы будет очевидно полезной (например, выход лучших результатов в терминах потери массы и поддержания массы) по сравнению с традиционными программами потери массы, которые не учитывают генетическую информацию.

Description

Перекрестная ссылка на родственную заявку
Заявка на данное изобретение испрашивает приоритет даты подачи предварительной заявки на патент США № 61/053888, поданной 16 мая 2008 г, которая включена в данное описание посредством ссылки во всей своей полноте.
Область техники, к которой относится изобретение
Изобретение относится к способам определения метаболического генотипа субъекта и способам выбора соответствующего терапевтического/диетического режима или рекомендаций образа жизни, основанных на метаболическом профиле субъекта и чувствительности к нежелательным проблемам контролирования массы.
Предшествующий уровень техники
В соответствии с сообщением, опубликованным в 1998 г. Всемирной Организацией Здравоохранения (ВОЗ), ожирение достигло эпидемических размеров во всем мире: примерно 1,7 миллиарда людей во всем мире имеют избыточную массу тела и 300 миллионов из них страдают ожирением. В США приблизительно 127 миллионов взрослых имеют избыточную массу тела и 69 миллионов страдают ожирением. У субъектов с ожирением увеличен риск развития одного или нескольких тяжелых заболеваний, включая диабет, болезнь сердца, высокое кровяное давление и высокий уровень холестерина крови. Распространение ожирения увеличилось более чем вдвое за последние 25 лет и сейчас достигает 31% среди взрослых американцев в возрасте 20 лет и старше. Повышенная частота ожирения наблюдается среди афроамериканцев и американцев испанского происхождения, особенно среди женщин (30-50%).
Увеличение распространенности ожирения, наблюдаемое во всем мире, в последние десятилетия происходит в изменяющейся окружающей среде, характеризующейся нарастающим снижением уровня физической активности и изобилием очень вкусной пищи. Сообщение ВОЗ идентифицировало эти изменения как две принципиальные модифицируемые характеристики современного образа жизни, способствующего ожирению. Тем не менее, несмотря на то что население подвергается воздействию одной и той же окружающей среды, не каждый становится тучным, что указывает на роль генетического профиля субъекта в развитии проблем контролирования массы. Таким образом, генетика определяет чувствительность субъекта к развитию ожирения при воздействии неблагоприятных условий окружающей среды, а также способ, которым он/она могут ответить на диету и физическую нагрузку.
В связи с этим необходимо средство для создания персонализированной программы потери массы, которая учитывает генетическую чувствительность персоны к ожирению, для того чтобы улучшить результаты потери массы и контролирования массы относительно подобной программы, не учитывающей генетическую информацию. Существует потребность в средстве для связывания метаболического генотипа субъекта с ответом на диету и/или физическую нагрузку.
Описание здесь недостатков и проблем, ассоциированных с известными способами, не предназначено для ограничения объема вариантов осуществления изобретения, описанных в этом документе для их исключения.
Сущность изобретения
Настоящее изобретение предоставляет способы и наборы для определения метаболического генотипа субъекта и выбора соответствующего терапевтического/диетического режима или рекомендаций образа жизни субъекта. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения предоставляются способы определения метаболического генотипа субъекта, классификации субъекта по одной или нескольким сериям категорий питания и категорий физической нагрузки, к которым субъект, вероятно, восприимчив, и разъяснение субъекту соответствующего терапевтического/диетического режима или рекомендаций образа жизни субъекта. Таким путем может быть выбрана персонализированная программа потери массы, основанная на метаболическом генотипе субъекта. Такая персонализированная программа потери массы будет, очевидно, полезной (например, выход лучших результатов в терминах потери массы и поддержания массы) по сравнению с традиционными программами потери массы, которые не учитывают генетическую информацию.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения предлагаются способы выбора соответствующего терапевтического/диетического режима или рекомендаций образа жизни субъекта, включающие определение генотипа субъекта в отношении любых двух, любых трех или любых четырех полиморфных локусов, выбранных из РЛВР2 (т§1799883; О/А) локуса, РРЛРС (т§1801282; С/О) локуса, АИВВ3 (т§4994; С/Т) локуса, ЛИКВ2 (т§1042713; Л/О) локуса или ЛИВВ2 (т§1042714; С/О) локуса, где генотип субъекта в отношении указанных локусов предоставляет информацию об увеличенной чувствительности субъекта к нежелательным проблемам контролирования массы и обеспечивает выбор терапевтического/диетического режима или рекомендаций образа жизни, которые приемлемы для субъекта, чувствительного к нежелательным проблемам контролирования массы.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения предлагаются способы выбора соответствующего терапевтического/диетического режима или рекомендаций образа жизни субъекта, включающие а) определение генотипа субъекта в отношении РАВР2 (т§1799883; О/А) локуса, РРАРС (Щ1801282; С/О) локуса, АИРВ3 (га4994; С/Т) локуса, АИВВ2 (га1042713; А/О) локуса или АИВВ2 (Т81042714; С/О) локуса, где генотип субъекта в отношении указанных локусов предоставляет информа
- 1 018875 цию об увеличении чувствительности субъекта к нежелательным проблемам контролирования массы и обеспечивает выбор терапевтического/диетического режима или рекомендаций образа жизни, которые приемлемы для субъекта, чувствительного к нежелательным проблемам контролирования массы.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения предлагаются способы выбора соответствующего терапевтического/диетического режима или рекомендаций образа жизни субъекта, включающие а) определение генотипа субъекта в отношении любых двух, любых трех или любых четырех полиморфных локусов, выбранных из группы, состоящей из ЕАВР2 (т§1799883; С/А) локуса, РРАКС (Щ1801282; С/С) локуса, ΑΌΒΒ3 (га4994; С/Т) локуса, АЭКВ2 (га1042713; А/С) локуса или АОКВ2 (Т81042714; С/С) локуса; и б) классификацию генотипа субъекта по категории восприимчивости к питанию и/или категории восприимчивости к физической нагрузке. После того как генотип субъекта классифицирован или распределен по категории восприимчивости к питанию и/или категории восприимчивости к физической нагрузке, терапевтический/диетический режим или рекомендации образа жизни могут быть предложены субъекту, включая, но не ограничиваясь ими, путем выбора соответствующей диеты и уровня активности, к которым субъект, вероятно, наиболее восприимчив.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения предлагаются способы выбора соответствующего терапевтического/диетического режима или рекомендаций образа жизни субъекта, включающие а) определение генотипа субъекта в отношении ЕАВР2 (т§1799883; С/А) локуса, РРАКС (Щ1801282; С/С) локуса, АЭКВ3 (га4994; С/Т) локуса, АЭКВ2 (га1042713; А/С) локуса или АЭКВ2 (Т81042714; С/С) локуса; и б) классификацию генотипа субъекта по категории восприимчивости к питанию и/или категории восприимчивости к физической нагрузке.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения предлагаются способы выбора соответствующего терапевтического/диетического режима или рекомендаций образа жизни субъекта, включающие а) определение аллельного паттерна по меньшей мере двух, по меньшей мере трех, по меньшей мере четырех, по меньшей мере пяти, по меньшей мере шести, по меньшей мере семи или по меньшей мере восьми аллелей, выбранных из следующих: ЕАВР2 8ΝΓ Щ1799883, аллель 1 (генотип: С; аминокислота: А1а); ЕАВР2 8ΝΓ Щ1799883, аллель 2 (генотип: А; аминокислота: ТЬг); РРАКС 8ΝΓ Т51801282, аллель 1 (генотип: С; аминокислота: Рго); РРАКС 8ΝΓ Щ1801282, аллель 2 (генотип: С; аминокислота: А1а); АЭКВ3 8ΝΓ т§4994, аллель 1 (генотип: Т; аминокислота: Тгр); АЭКВ3 8ИР т§4994, аллель 2 (генотип: С; аминокислота: Агд); АЭКВ2 8ΝΓ Щ1042713, аллель 1 (генотип: С; аминокислота: С1у); АЭКВ2 8ΝΓ Щ1042713, аллель 2 (генотип: А; аминокислота: Агд); АЭКВ2 8ΝΓ Щ1042714, аллель 1 (генотип: С; аминокислота: С1п) и АЭКВ2 8ΝΓ гз!042714. аллель 2 (генотип: С; аминокислота: С1и) локуса, где присутствие аллельного паттерна предсказывает ответ субъекта на диету и/или физическую нагрузку; и б) выбор терапевтического/диетического режима или рекомендаций образа жизни субъекта, которые приемлемы для предсказания ответа субъекта на диету и/или физическую нагрузку.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения предлагаются способы идентификации метаболического генотипа субъекта, включающие идентификацию генотипа субъекта в отношении по меньшей мере двух, по меньшей мере трех или по меньшей мере четырех из ЕАВР2 (Щ1799883; С/А) локуса, РРАКС (га1801282; С/С) локуса, АЭКВ3 (га4994; С/Т) локуса, АОКВ2 (Т81042713; А/С) локуса и/или АЭКВ2 (т§1042714; С/С) локуса.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения предлагаются способы идентификации метаболического генотипа субъекта, включающие идентификацию генотипа субъекта в отношении ЕАВР2 (т§1799883; С/А) локуса, РРАКС (т§1801282; С/С) локуса, АЭКВ3 (т§4994; С/Т) локуса, АЭКВ2 (Т81042713; А/С) локуса и/или АБКВ2 (га1042714; С/С) локуса.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения предлагаются наборы, которые включают средство определения генотипа субъекта в отношении генотипа субъекта, в отношении ЕАВР2 (Т51799883; С/А) локуса, РРАКС (га1801282; С/С) локуса, АБКВ3 (1x4994; С/Т) локуса, А1ЖВ2 (Т81042713; А/С) локуса и/или АЭКВ2 (т§1042714; С/С) локуса. Набор может также содержать средство для взятия образцов. Набор может также содержать контрольный образец или положительный, или отрицательный, или стандартный и/или алгоритмическое устройство для оценки результатов и дополнительные реагенты и компоненты.
Наборы по настоящему изобретению могут быть в форме ДНК-теста, который будет использоваться для предоставления рекомендации по диете и физической нагрузке, основанной на генотипе субъекта в отношении ЕАВР2 (щ1799883; С/А) локуса, РРАКС (га1801282; С/С) локуса, АБКВ3 (га4994; С/Т) локуса, АЭКВ2 (Т81042713; А/С) локуса и/или АЭКВ2 (т§1042714; С/С) локуса. Информация, предоставляемая генотипом субъекта, может помочь работникам здравоохранения в разработке персонализированных воздействий в виде диеты и физической нагрузки, которые будут улучшать профилактику и лечение ожирения.
Другие варианты осуществления изобретения и преимущества по изобретению изложены в следующем детальном описании и формуле изобретения.
- 2 018875
Подробное описание предпочтительных вариантов осуществления изобретения
Наборы и способы по настоящему изобретению основаны, по меньшей мере частично, на данных, которые представляют собой ассоциацию между паттернами аллелей некоторых метаболических генов и восприимчивостью субъекта к конкретной диете и режиму физической нагрузки. То есть существует ассоциация между паттернами аллелей метаболических генов и связанными с контролированием массы клиническими результатами и фенотипами. Некоторые гены воздействуют различными путями, которые влияют на массу тела и будут ассоциированы с повышенным риском развития ожирения и их способностью различать ответ субъекта на воздействия на контролирование массы посредством генотипа. Для целей этого изобретения такие гены будут называться метаболические гены или гены контролирования массы. Эти гены включают, но не ограничиваясь ими, связывающий жирную кислоту белок 2 (ТЛБР2); активируемый пролифератором пероксисом рецептор-гамма (РРАВО); бета-2 адренергический рецептор (ΑΌΚΒ2) и бета-3 адренергический рецептор (АЭКВ3).
Настоящее изобретение предоставляет Тесты Контролирования Массы для определения метаболического генотипа субъекта, которые включают определение генотипа субъекта для одного или нескольких (например, 2, 3, 4 и т.д.) метаболических генов. Результаты такого метаболического генотипирования могут быть использованы для предсказания восприимчивости субъекта к относительным количествам макронутриентов и ограничению калорий в диете с или без физической нагрузки для потери массы. Идентификация генотипа субъекта может быть использована для сопряжения субъекта с изменением терапии, или изменением диеты, или изменением образа жизни, или их комбинацией для разработки стратегии достижения и/или поддержания потери массы. Таким образом, в соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения результаты генотипирования полиморфизмов (например, однонуклеотидных полиморфизмов или комбинаций) могут быть использованы для определения 1) генетического влияния на воздействия с целью контролирования массы/результатов и 2) восприимчивости к макронутриентам и ограничению энергии в диете с или без физической нагрузки для потери массы.
В совокупности определение генотипа субъекта для одного или нескольких метаболических генов допускает интерпретации, которые обеспечивают быстродоступную информацию для выбора соответствующего терапевтического/диетического режима или рекомендаций образа жизни субъекта. Метаболический генотип субъекта определяется по Тесту Контролирования Массы, разработанному для определения паттерна генетического полиморфизма субъекта в отношении одного или нескольких метаболических генов. Путем идентификации соответствующих генных полиморфизмов и результатов генотипического паттерна с помощью теста можно оценивать риск развития наиболее вероятных результатов контролирования массы и предоставлять субъекту руководство по выбору воздействий на питание и образ жизни, которые соответствуют его персональной генетической модели.
Метаболические гены.
Метаболические гены включают, но не ограничиваясь ими, связывающий жирную кислоту белок 2 (РАВР2); активируемый пролифератором пероксисом рецептор-гамма (РРАВС); бета-2 адренергический рецептор (АЭВВ2) и бета-3 адренергический рецептор (АЭВВ3). Паттерн генетического полиморфизма субъекта в отношении одного или нескольких этих генов выявляет метаболический генотип субъекта. Более предпочтительно метаболический генотип субъекта может быть определен путем идентификации этого паттерна генетического полиморфизма субъекта в отношении одного или нескольких (т.е. 2, 3, 4 или 5) РАВР2 (гк1799883); О/А) локуса, РРАВО (гк1801282; С/О) локуса, ΑΌΡΒ3 (гк4994; С/Т) локуса, ΑΏΒΒ2 (гк1042713; А/О) локуса и/или АЭКВ2 (гк1042714; С/О) локуса.
РАВР2 гк1799883 (А1а54ТЬг; О/А) полиморфизм.
Ген РАВР2 кодирует тонкокишечную форму связывающего жирную кислоту белка семейства белков, которые регулируют липидный транспорт и метаболизм. Белок РАВР2 найден в эпителиальных клетках тонкой кишки, где он контролирует абсорбцию жира. Ιη νίίτο форма Т1п54 белка показывает в 2 раза большую связывающую аффинность для длинноцепочечных жирных кислот (Ва1ег οί а1., 1. С1ш. Ιηνβδί. 95:1281-1287, 1995) и показала связь с увеличенной абсорбцией жира в тонкой кишке (Ьеуу οί а1. 1. Βίο1. СЬет. 276:39679-39684, 2001). Вариант ТЬг54, таким образом, увеличивает абсорбцию и/или процессинг жирных кислот диеты посредством тонкой кишки и тем самым повышает окисление жира. В соответствии с самой последней генетической картой ожирения в общей сложности в 5 работах показали ассоциацию между геном РАВР2 и ожирением; в четырех из них с вовлечением полиморфизма А1а54ТЬг. Вариант 54ТЬг был ассоциирован с повышенным ΒΜΙ [индекс массы тела] и телесным жиром (Неде1е οί а1., С1ш. Енбосг1но1. Ме1аЬ. 81:4334-4337, 1996), повышенным уровнем абдоминального жира у японских мужчин (Уашаба еί а1., Э1аЬеЮ1оща. 40:706-710, 1997) и ожирением, а также более высокими уровнями лептина среди женщин (А1Ьа1а еί а1., ОЬек Век. 12:340-345, 2004).
Множество исследований показало, что полиморфизм А1а54ТЬг влияет на ответ на изменения поступающего с пищей жира в пробных завтраках. Уровень неэтерифицированных жирных кислот (ПЕРА) был на 20% более высоким через 7 ч после принятия пищи с высоким содержанием жира у 54ТЬг/ТЬг гомозиготных субъектов по сравнению с 54А1а/А1а гомозиготами (Рга11еу еί а1., 1. Είρίά. Век. 41:20022008, 2000). После приема внутрь жира также обнаружили аллель 54Т11Г. ассоциированный с повышенными уровнями постпрандиальных триглицеридов (Адгеп еί а1., Аг1епокс1ег. ТЬготЬ. Уакс. Βίο1. 18:1606
- 3 018875
1610, 1998) и жирных кислот с 14-18 углеродной цепью (Адгеп е! а1., Ат. 1. Сйп. Ыи1г. 73:31-35, 2001). Постпрандиальные метаболические профили после пробных завтраков, обогащенных транс-жирными кислотами, по сравнению с подобной пищей, обогащенной цис-жирными кислотами, показали, что субъекты по меньшей мере с одной копией аллеля Тйг54 проявляют большее увеличение постпрандиальных уровней глюкозы и липогенеза по сравнению с этими гомозиготами с аллелем А1а54 (БеГеуге е! а1., Ме1аЬо115т. 54:1652-1658, 2005). Анализ группы тучных недиабетических пациентов до и через 3 месяца после применения программы модификации образа жизни, состоящей из гипокалорийной диеты (1520 ккал/день) и аэробной физической нагрузки три раза в неделю (бе Бшз Ό.Α. е! а1., Апп. ΝηΙγ. Ме!аЬ. 50:354-360, 2006) показал, что носители аллеля 54Тйг (по сравнению с гомозиготами 54А1а/А1а дикого типа) не имели значимого снижения жировой массы, уровней БЭБ-холестерина и уровней лептина. Другие исследования демонстрируют ассоциацию между БАВР2 генотипом и потреблением жира диеты с умеренным потреблением углеводов (Магт е! а1., Ат. 1. Сйп. ΝιιΙγ. 82:196-200, 2005; Такакига е! а1., Э1аЬе!е8. Кезеагсй апб С1ш1еа1 Ргаебее. 67:36-42, 2005).
РРАКС Г51801282 (С/С; Рго12А1а) полиморфизм.
Активируемые пролифератором пероксисом рецепторы (РРАК) являются членами субсемейства ядерных рецепторов гормонов, относящихся к факторам транскрипции. РРАК-гамма (РРАКС) избыточно экспрессируется в жировых клетках и играет ключевую роль в образовании жировых клеток, в липидном метаболизме и в развитии диабета типа 2. Мыши с нокаутом гена РРАКС теряли способность к развитию нормальной жировой ткани и при кормлении диетой с высоким содержанием жира показывали сниженный прирост массы и не обнаруживали резистентности к инсулину (1опез е! а1., РNΑ§. 102:6207-6212, 2005). Вариант 12А1а ассоциирован со снижением связывающей аффинности рецептора с элементом ответа на РРАК в своих мишенных генах и, таким образом, со снижением своей способности регулировать экспрессию этих мишенных генов (ЭееЬ е! а1., №11. Сепе!. 20:284-287, 1998). В соответствии с генной картой ожирения 2006 (Капкшеп е! а1., ОЬезйу. 14:529-644) в общей сложности в 30 работах показали ассоциацию между геном РРАКС и ожирением, и в большинство положительных заключений вовлечен полиморфизм Рго12А1а.
Большое одномоментное поперечное углубленное исследование Квебекское семейное исследование (ОТ8) (КоЬйаШе е! а1., С1ш. Сепе!. 63:109-116, 2003) показало, что субъекты, несущие аллель12Рго, проявляли большую восприимчивость к количеству жира в диете. Подобное исследование (Метщод1и е! а1., Нитап Мо1еси1аг Сепебсз. 12:2923-2929, 2001) также показало, что 12Рго/Рго субъекты, потреблявшие высокое количество жира, имели больший индекс массы тела (ВМ1), чем те, которые потребляли низкое количество жира. Эта ассоциация между потреблением жира диеты и ВМ1 не наблюдалась у 12А1а носителей, означая снова, что 12Рго/* субъекты являются более чувствительными к количеству жира в диете. Убедительные данные генотипических различий в ответ на диетическое воздействие получили в финском исследовании профилактики диабета (Бшб1 е! а1., Э1аЬе!е8. 51:2581-2586, 2002). В ответ на 3-летнее воздействие с вовлечением диеты и физической нагрузки потеря массы была большей у 12А1а/А1а субъектов (-8,3 кг), чем у Рго12А1а субъектов (-4,0 кг), чем у 12Рго/Рго субъектов (-3,4 кг). Исследование женщин с избыточной массой и ожирением не выявило различий в потере массы между 12Рго/Рго и 12А1а/* носителями в ответ на 6-месячную низкокалорийную диету, но масса, восстанавливаясь в последующий период (один год), становилась больше у женщин с аллелем А1а, чем у женщин, гомозиготных по аллелю 12Рго. В ответ на это воздействие А1а носители проявляли большее увеличение чувствительности к инсулину и окисление углеводов при голодании и большее снижение окисления липидов при голодании (№ск1аз е! а1., Э1аЬе!е8. 50:2172-2176, 2001).
12Рго/Рго субъекты (более часто встречающийся генотип) являются более чувствительными к количеству жира в диете, более резистентными к потере массы и имеют повышенный риск развития диабета. Данные взаимодействия ген-диета являются убедительными для этого гена. Данные исследований по воздействию диеты указывают на большую метаболическую гибкость в запасании и мобилизации жира у 12А1а носителей, что совпадает с исследованиями, показывающими увеличение ВМ1, большую потерю массы в ответ на воздействие и большую чувствительность к инсулину, и сниженный риск развития диабета. Таким образом, исследования согласуются, показывая, что аллель 12Рго является аллелем высокого риска.
АЭКВ2 Г81042713 (С/А; Аг§16С1у) и АЭКВ2 гз1042714 (С/С: С1п27С1и) полиморфизм.
Бета-2 адренергический рецептор (АЭКВ2) является доминирующей формой рецептора, экспрессируемого в жировых клетках, который играет ключевую роль в разложении жира жировыми клетками для образования энергии в ответ на катехоламины. Были идентифицированы некоторые полиморфизмы этого гена, которые приводят к аминокислотным изменениям, с использованием полиморфизмов Агд16С1у и С1п27С1и, наиболее распространенных у европейцев, и теми, которые были наиболее часто исследованы в отношении ожирения. Два полиморфизма находятся в сильном неравновесном сцеплении (Меййаедйе е! а1., 1п!. 1. ОЬезйу. 24:382-87, 2000). 1п уйго исследование рекомбинантной экспрессии этих рецепторов в фибробластах китайского хомячка показало функциональное воздействие двух полиморфизмов (Сгееп е! а1., Вюсйетщбу. 33:9414-9419, 1994). По сравнению с их соответствующими нормальными аллелями аллель 16С1у ассоциировался с увеличенной отрицательной регуляцией экспрессии АЭКВ2 в ответ на
- 4 018875 обработку агонистом (изопротеранол) и 27С1и ассоциировался с некоторым увеличением (т.е. резистентность к отрицательной регуляции) экспрессии АЭКВ2. Интересно, что комбинация обоих мутантных аллелей (16С1у и 27С1и) приводит к увеличению отрицательной регуляции рецепторной продукции. В соответствии с последней генной картой ожирения (Ваикшеи е! а1., Тйе йитаи оЬекйу депе тар: Тйе 2005 ирба!е. ОЬекйу 14:529-644), в общей сложности в 20 работах показали ассоциацию между геном АЭКВ2 и ожирением с большинством положительных заключений с вовлечением полиморфизмов Агд16С1у или С1п27С1и и некоторыми указаниями на то, что существует сильная ассоциация с аллелем 27С1и. В некоторых исследованиях продемонстрировали половые различия при риске развития ожирения с этими полиморфизмами (Не11к1гот е! а1., 1. 1п1ет. Меб. 245:253-259, 1999; Сагепс е! а1., ОЬек Кек. 11:612-618, 2003), но подавляющее большинство данных не способствует получению пол-специфических интерпретаций генотипа в этой панели.
Множество исследований показали, что аллель 27С1и обнаружил положительную ассоциацию с абдоминальным ожирением (Ьапде е! а1., 1п!. 1. ОЬек (Ъоиб), 29:449-457, 2005; Сопха1ек е! а1., Сйи. Епбосппо1. (Οχί), 59:476-481, 2003), а также в исследованиях рассмотрели аллели 27С1и и 16С1у в отношении риска развития ожирения и увеличения жировой массы (Макио е! а1., Ат. 1. Нурейепк, 19:1084-91, 2006). Лонгитудинальное исследование показало, что прирост массы у детей и подростков (Е11к\\'ог1й е! а1., 1п!. 1. ОЬек Ке1а!. Ме!аЬ. И1когб. 26:928-937, 2002) и прирост массы в процессе полового созревания (Макио е! а1., С1гси1а!юп. 111:3429-3434, 2005; уап Коккит е! а1., 1п!. 1. ОЬек Ке1а!. Ме!аЬ. И1когб. 26:517-528, 2002) были выше у субъектов, которые несли аллель 16С1у по сравнению с 16Агд/Агд субъектами.
Увеличение риска развития ожирения (ОК=2,56) обнаружили у 27С1п/С1и женщин с высоким уровнем потребления углеводов (СНО >49% от общего потребления энергии), тогда как не наблюдали ассоциации у 27С1п/С1п женщин (Майте/ е! а1., 1. ΝιιΙγ. 133:2549-2554, 2003). В некоторых случаях на основе аллельных интерпретаций для определения наилучшего полиморфизма и аллеля делали выбор диеты, исходя из исследований противоположного воздействия (избыточное питание) и выбора противоположного аллеля. Например, результаты исследования избыточного питания (свыше 1000 ккал/день в течение 100 дней), выполненные на парах однояйцевых близнецов-мужчин, показали, что 27С1п/С1п субъекты набирали большую массу и подкожный жир, чем носители аллеля 27С1и (Икко1а е! а1., 1п!. 1. ОЬек Ке1а!. Ме!аЬ. И1когб. 25:1604-1608, 2001). Исследования избыточного питания у японских мужчин, внесенных в 24-месячную программу потери массы (низкокалорийная диета, 1600 ккал/день и аэробная физическая нагрузка 1 ч ежедневно), показали высокую частоту 1 аллеля 6С1у у мужчин, резистентных к потере массы (определяли как изменение ВМ1 менее чем 10%; п81), и тех, кто восстанавливал массу тела после успешной первоначальной потери массы за 6 месяцев (Макио е! а1., С1гси1а!юп. 111:3429-3434, 2005). Женщины, которые были более активными во время своего досуга и являлись носителями аллеля 27С1и, имели повышенный ВМ1 по сравнению с неносителями, что указывает на то, что эти женщины могут быть более резистентными к потере массы (СогЬа1ап е! а1., СИп. Сепе!. 61:305-307, 2002).
АЭКВ3 гк4994 (С/Т; Агд64Тгр) полиморфизм.
Адренергический бета-3 рецептор (АЭКВ3) вовлечен в регуляцию липолиза в белой жировой ткани и экспрессируется в основном в висцеральной жировой ткани, жировом депо, которое тесно связано с родственными ожирению метаболическими осложнениями. 1п уйго исследования на изолированных адипоцитах показали, что мутация приводит к ухудшению липолиза в ответ на специфический агонист в клетках, несущих аллель 64Агд. (Итека^а е! а1., П1аЬе!ек. 48:117-120, 1999). Обнаружено, что гаплотип, образованный тремя вариантами гена АЭКВ3, включая вариант 64Агд, ассоциируется с повышенным ВМ1 (п=208) и с 10-кратным уменьшением чувствительности (индуцированный липолиз) висцеральных адипоцитов к селективному в3-рецепторному агонисту (НоИк!еб! е! а1., П1аЬе!ек. 48:203-205, 1999). Три варианта находятся в неравновесном сцеплении, которое указывает на то, что вариант 64Агд ассоциирован с пониженной рецепторной функцией. В общей сложности в 29 работах показали ассоциацию между геном АЭКВ3 и ожирением. В одном мета-анализе, основанном на 31 исследовании с участием более чем 9000 субъектов, показали повышенный ВМ1 (0,30 кг/м2 выше среднего) у носителей варианта 64Агд по сравнению с гомозиготными 64Тгр/Тгр субъектами (Еирката е! а1., 1. С11п. Епбосппо! Ме!аЬ. 83:24412444, 1998). Во втором мета-анализе, основанном более чем на 6500 субъектах (главным образом японцев), 22 исследования также показали повышенные значения ВМ1 у носителей варианта 64Агд (0,26 кг/м2 выше среднего) по сравнению с неносителями (Кигока^а е! а1., ОЬек Кек. 9:741-745, 2001).
В исследовании методом случай-контроль (158 тучных, 154 с нормальной массой) показали повышенный риск развития ожирения (ОК=2,98) у 64Агд носителей (повышенный ВМ1) только среди субъектов с малоподвижным образом жизни, но не у физически активных субъектов, у которых генотипических различий по ВМ1 не обнаружили (Магй е! а1., П1аЬе!ек. ОЬек Ме!аЬ. 4:428-430, 2002). Исследования 61 тучной женщины с диабетом типа 2, которых подвергли 3-месячному воздействию комбинированной низкокалорийной диеты и физической нагрузке, показали, что женщины с вариантом 64Агд теряли меньше массы (4,6 кг против 8,3 кг) и массы тела (1,9 кг/м2 против 3,4 кг/м2), чем 64Тгр/Тгр женщины (8акаие е! а1., П1аЬе!ек. Саге. 20:1887-1890, 1997). Исследования, выполненные на 76 перименопаузных женщинах, которых подвергли 3-месячному воздействию комбинированной физической нагрузки и диеты, показали, что 48% женщин с вариантом 64Агд теряли массу по сравнению с 69% женщин без этого
- 5 018875 варианта (8Ы^аки с1 а1., Ιη!. 1. ОЬек Ке1а!. Ме!аЬ. Όίδοτά. 27:1028-1036, 2003). Эти два исследования указывают на то, что вариант ассоциирован с трудностью потери массы посредством диеты и физической нагрузки. Исследование (Рйатек е! а1., ОЬек Кек. 12:807-815, 2004), выполненное на 29 мужчинах и 41 женщине, показало, что ΛΌΚΒ3 64Лтд носители претерпели большую потерю жировой массы и жира туловища после 24 недель контролируемой аэробной физической подготовки по сравнению с неносителями. Эти результаты, по-видимому, демонстрируют противоположный аллельный ответ на физическую нагрузку, но уровень физической нагрузки в этом исследовании режима представлял собой более силовую контролируемую тренировку на выносливость. Интерпретация генотипических различий в ответ на физическую нагрузку может быть далее осложнена во многих исследованиях, потому что состояние ожирения может быть отягощающим фактором, маскирующим умеренные эффекты варианта потребления энергии (Тсйетпоу е! а1., Э1аЬе1е5. 48:1425-1428, 1999).
Таким образом, в соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения предлагается способ идентификации метаболического генотипа субъекта, включающий идентификацию генотипа субъекта в отношении одного или нескольких (т.е. 2, 3 или 4) ТАВР2 локуса, РРАКС локуса, АЭКВ3 локуса и/или АЭКВ2 локуса. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения предлагается способ идентификации метаболического генотипа субъекта, включающий идентификацию генотипа субъекта в отношении оценки генотипа субъекта с одним или несколькими (т.е. 2, 3, 4 или 5) РАВР2 (ТК1799883; С/А) локуса, РРАКС (тк1801282; С/С) локуса, АБКВ3 (тк4994; С/Т) локуса, ΑΌΡΒ2 (тк1042713; А/С) локуса и/или АОКВ2 (тк1042714; С/С) локуса.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения предлагается способ идентификации однонуклеотидного полиморфизма метаболического генотипа субъекта, включающий идентификацию генотипа в отношении аллеля метаболического гена, выбранного из группы, состоящей из РАВР2 (ТК1799883; С/А) локуса, РРАКС (тк1801282; С/С) локуса, АБКВ3 (тк4994; С/Т) локуса, АОКВ2 (тк1042713; А/С) локуса и/или АОКВ2 (тк1042714; С/С) локуса.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения предлагается способ идентификации композитного метаболического генотипа субъекта, включающий идентификацию генотипа в отношении по меньшей мере двух аллелей метаболического гена, выбранного из группы, состоящей из РАВР2 (ТК1799883; С/А) локуса, РРАКС (тк1801282; С/С) локуса, АБКВ3 (тк4994; С/Т) локуса, АОКВ2 (тк1042713; А/С) локуса и/или АОКВ2 (тк1042714; С/С) локуса.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения предлагается способ идентификации метаболического генотипа субъекта, включающий идентификацию композитного полиморфного генотипа в отношении по меньшей мере трех аллелей метаболического гена, выбранного из группы, состоящей из РАВР2 (тк1799883; С/А) локуса, РРАКС (тк1801282; С/С) локуса, АЭКВ3 (тк4994; С/Т) локуса, АОКВ2 (тк1042713; А/С) локуса и/или АОКВ2 (тк1042714; С/С) локуса.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения предлагается способ идентификации метаболического генотипа субъекта, включающий идентификацию композитного полиморфного генотипа в отношении по меньшей мере четырех аллелей метаболического гена, выбранного из группы, состоящей из РАВР2 (тк1799883; С/А) локуса, РРАКС (тк1801282; С/С) локуса, АЭКВ3 (тк4994; С/Т) локуса, АЭКВ2 (т§1042713; А/С) локуса и/или АЭКВ2 (га1042714; С/С) локуса.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения предлагается способ идентификации метаболического генотипа субъекта, включающий идентификацию композитного полиморфного генотипа в отношении каждого из аллелей метаболического гена РАВР2 (гк1799883; С/А) локуса, РРАКС (Т51801282; С/С) локуса, АБКВ3 (гк4994; С/Т) локуса, АБКВ2 (щ1042713; А/С) локуса и/или АОКВ2 (Щ1042714; С/С) локуса.
Результаты по однонуклеотидному полиморфизму метаболического генотипа субъекта и/или композитного метаболического генотипа могут быть классифицированы в соответствии с 1) их связями с риском контролирования массы, включая формирование результата меньшая восприимчивость или большая восприимчивость к воздействиям диеты и/или физической нагрузки; 2) их результатами, ассоциированными с клиническим или связанным со здоровьем биомаркером; 3) их связям с выбором воздействия на контролирование массы и 4) распространенностью каждого генотипа. Табл. 1 и 2 определяют аллели некоторых метаболических генов и объясняют повышенный риск развития чувствительности к некоторым метаболическим нарушениям/параметрам.
- 6 018875
Таблица 1
Метаболический ген/полиморфизм субъекта
Ген Ποκγο/3ΝΡ Генотип Рор. Гг«|*
ГАВР2 РАВР2 (+54) А1а54ТЬг А1а — С— аллель 1 ТЬг = А= аллель 2 г51799883 1.2 или2.2 <л/Аили А/А (54А1а/ТЬг или54ТЬг/ТЪг) 48%
1.1 0/6 (54 А1а/А1а) 52%
РРАКС РРАКС (+12) Рго12А1а Рго = С = аллель 1 А1а = 6= 2 781801282 1.1 С/С (12Рго/Рго) 81 %
1.2или2.2; С/С илиС/С (12Рго/А1а или 12А1а/А1а) 19%
АВКВ2 ΑΏΚΒ2 (+27) С1п27С1и С1П — С— аллель 1 0111 = 0= аллель 2 гн 1042714 1.2 или 2.2 С/ОилиС/С (27С1п/С1иили27С1и/61и) 63%
1.1 С/С (27αΐη/αΐη) 37%
АОКВ2 АГЖВ2 (+16) Аг§ 16С1у О1у = Ст— аллель 1 Аг§ = А= аллель 2 Γ5Ϊ042713 1.1 или 1.2 С/С или 6/А (16С1у/С1у или 16С1у/Аг§) 86%
2.2 А/А (16Агй/Аге) 14%
АОКВЗ ΛΏΚΒ3 (+64) Агй64Ттр Тгр - Т— аллель 1 Аг§ “ С= аллель 2 гз4994 1.2 или 2.2 Т/С или С/С (64Тгр/Агеили 64Аг§/Аг§) 16%
1.1 Т/Т (64Тгр/Тгр) 84%
*Рор. Ргец = популяционная частота, определенная для европейцев с использованием базы данных Квебекского Семейного Исследования ДР8.
- 7 018875
Таблица 2
Карта предрасположенности субъекта, основанная на метаболическом генотипе
Генотип Риск развития заболевания Биомаркер риска** Быстродоступная информация***
РАВР2 (+54; Г51799883) 1.2 или 2.2 Ожирение Инсулиновая резистентность Метаболический синдром ТВМ1 1Телесный жир |Абд. жир ТТС ^Инсулин ТВ 8 ΤΤΝΡα ТКМК Субъекты с этим генотипом характеризуются повышенной абсорбцией жира диеты и замедленным метаболизмом, который приводит к большей предрасположенности к приросту массы и сниженной способности к потере массы. Клинические исследования демонстрируют, что субъекты с этим генотипом будут увеличивать свои риски повышения уровня триглицеридов, инсулина и сахаров крови путем снижения насыщенного жира и транс-жира и увеличения мононенасыщенкых жиров при умеренном содержании углеводов в диете.
РАВР2 (+54; Г81799883) 1.1 Отрицательный Нет Субъекты с этим генотипом характеризуются нормальной абсорбцией жира диеты. Клинические исследования демонстрируют, что эти субъекты отвечают на низкокалорийную низкожировую диету с потерей массы; снижением телесного жира и более низкими уровнями ЬОЕ холестерина.
РРАПО (+12; Г318О1282) 1.1 Ожирение Диабет (ΒΜΙ ТАбд. жир (НОЬ РРАКО играет ключевую роль в образовании жировых клеток и жировом метаболизме. Клинические исследования выявляют субъектов с этим генотипом, имеющих высокий риск прироста массы и меньшую восприимчивость к влиянию низкокалорийной диеты на потерю массы. Эти субъекты с высоким потреблением общего жира и иолиненасыщенного жира имеют склонность к значительно повышенному ΒΜΙ, чем альтернативный генотип.
РРАКС (+12; Г31801282) 1.2 или 2.2 Ожирение -[ΒΜΙ Субъекты с этим вариантом характеризуются вариациями образования жировых клеток н жирового метаболизма, которые увеличивают их чувствительность к эффектам изменений в диете. Эти субъекты характеризуются более ранним временем потери массы от низкокалорийной диеты; однако у них имеется риск ее восстановления. Женщины имеют в 5 раз большую вероятность по сравнению с альтернативным генотипом ожирения, если их врожденное потребление углеводов превышает 49%. Поэтому модуляция потребления углеводов будет полезной для этих субъектов для предотвращения у них риска развития ожирения. Они имеют повышенный ΒΜΙ в результате потребления высокого уровня насыщенного и низкого мононенасыщенного жира. Поэтому качество жира в их диете также имеет значение.
- 8 018875
АЛКВ2 (+27; 151042714) 1.2 или 2.2 Ожирение Диабет ΤΒΜΙ ТАбд. жир рте рИнсулин рВ8 Субъекты с этим генным вариантом менее способны мобилизовать свои жировые запасы для выработки энергии. Женщины с этим вариантом имеют в 2½ раза больший риск развития ожирения и повышенных уровней инсулина, если их врожденное потребление углеводов превышает 49% общих калорий по сравнению с субъектами с альтернативным генотипом. Было показано, что модуляция потребления углеводов снижает уровни инсулина и будет полезной для этих субъектов для предотвращения у них риска развития ожирения и повышенного уровня триглицеридов. Как женщины так и мужчины с этим генотипом являются более резистентными к потере массы при воздействии низкокалорийной диеты и физической нагрузки.
АЛКВ2 (+27; Г51042714) 1.1 Отрицательный Нет Субъекты с этим генотипом имеют нормальное расщепление жира для выработки энергии. Потребление высокоусваиваемых углеводов диеты показывает отсутствие специфического эффекта на массу тела. Мужчины, которые привлекаются к регулярной физической активности, имеют значимо сниженный риск развития ожирения. В целом, субъекты с этим генотипом вероятно отвечают изменением массы и улучшением состояния здоровья на изменения в диете и аэробной физической нагрузке.
АЭкВ2 (+16; Г81042713) 1.1 или 1.2 Ожирение рВМ1 рТелесный жирМужчины РТелесный жирЖеншины Субъекты с этим генным вариантом менее способны мобилизовать свои жировые Запасы в ответ на физиологический стресс, такой как физическая нагрузка. В результате они мобилизуют меньше клеточного жира и меньше теряют массу и телесный жир, чем ожидалось в ответ на аэробную физическую нагрузку. Кроме того, они имеют больший риск восстановления прироста массы.
- 9 018875
ΑϋΚΒ2 (+16; Г31042713) 2.2 Отрицательный Нет Субъекты с этим генотипом мобилизуют жир из своих жировых клеток для эффективной выработки энергии в результате низкокалорийной диеты и физической нагрузки для потери массы. Они более вероятно теряют массу тела и жир и сохраняют ее.
АОКВ2 (+64; гз4994) 1.2 или 2.2 Ожирение ϋΜ 1ΒΜΙ )Абд. жир 1КМЙ. Субъекты с этим генотипом не расщепляют свой абдоминальный жир для выработки энергии в ответ на физиологический стресс, такой как физическая нагрузка. В результате они имеют замедленный энергетический метаболизм и не так чувствительны к полезным эффектам аэробной физической нагрузки (потеря массы, потеря абдоминального жира).
ΑϋΚΒ2 (+64; 154994) 1.1 Отрицательн ы й Нет Субъекты с этим генотипом имеют нормальную интенсивность метаболизма и расщепления абдоминального жира тела. Исследования показали, что эти субъекты теряют массу путем занятий от легкой до умеренной аэробной физической нагрузкой.
**ΒΜΙ = индекс массы тела, ТС- = триглицериды!, Абд. жир = абдоминальный жир, В8 = сахара крови, ΤΝΕα = фактор некроза опухоли альфа, ΚΜΚ = метаболический темп покоя, НБЬ = липопротеины высокой плотности.
***Метаболизм, питание и воздействия физической нагрузки.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения предлагаются способы и наборы для измерения уровней липидов крови у субъекта для выбора или скрининга субъектов для соответствующего терапевтического или диетического воздействия или изменения образа жизни. Изобретение предлагается для измерения НИЬ, ЬПЬ и/или триглицеридов субъекта. Полагают, что субъект имеет аномальный липидный профиль или дислипидемию, когда при скринировании имеет пониженный уровень НИЬ, примерно 40 мг/дл или ниже для мужчин и 50 мг/дл или ниже для женщин, или повышенный уровень ЬПЬ, примерно 100 мг/дл или выше, или повышенный уровень триглицеридов, примерно 150 мг/дл или выше, или любую их комбинацию.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения пониженный уровень НИЬ составляет 20-60, или 50-59, или 40-49, или 30-39, или <30 мг/дл; повышенный уровень ЬПЬ составляет от 100 до >190, или 100-129, или 130-159, или 160-190, или >190 мг/дл; и повышенный уровень триглицерида составляет от 150 до >500, или 150-199, или 200-500, или >500 мг/дл.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения субъекты могут быть скринированы в клинических исследованиях по ответу на стратегию контролирования массы или терапевтические воздействия, включающие идентификацию субъектов по их аллельному профилю и/или композитным генотипам по этому изобретению и предсказание их ответа на рекомендованные терапию/диету/образ жизни или их комбинацию с использованием их предсказанных уровней НИЬ или ЬПЬ, или триглицеридов.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения предлагаются способы и наборы для скрининга субъектов в клинических исследованиях по контролированию массы, где субъект с недостаточной массой имеет ΒΜΙ <18,5; субъект с избыточной массой - в диапазоне 25-29,9, субъект с ожирением - 30-39,9, ΒΜΙ >40,0 считается крайней степенью ожирения. Идентификация метаболического генотипа у этих субъектов может предоставить работникам здравоохранения средства для рассмотрения затруднений субъекта с ΒΜΙ 25 для достижения ΒΜΙ 22 с использованием только низкокалорийной диеты.
Табл. 3 предоставляет данные по этническому распространению некоторых метаболических генотипов.
- 10 018875
Таблица 3
Распространение паттернов генотип/риск (4) по этническому признаку
Ген/Генотип Результат Европейцы (0Г5) Чернокожие Испанцы Японцы Китайцы Корейцы
ЕАВР2 ге1799883 1,2или2.2 ί 48% 35% 59% 58% 54% 55%
ЕАВР2 «1799883 1.1 52% 65% 41% 42% 46% 45%
РРАКО «1801282 1.1 ί 81% 96% 82% 92% 95% 90%
РРАКС Г81801282 1.2 или 2.2 19% 4% 18% 8% 5% 10%
АЭКВ2 «1042714 1.2или2.2 ί 63% 35% 59% 12-18% 41-59% 21%
АРКВ2 «1042714 1.1 37% 65% 41% 82-88% 41-59% 79%
ΑϋΚΒ2 Г81042713 1.1 или 1.2 ί 86% 74- 80% 70-81% 71-81% 63-73% 61%
ΑϋΚΒ2 «1042713 2.2 14% 20- 26% 19-30% 19-29% 27-37% 39%
ΑΏΚΒ3 «4994 1.2или2.2 } 16% 19- 27% 20-35% 33% 24-32% 28%
ΛΌΒΒ3 «4994 1.1 84% 73- 81% 65-80% 67% 68-76% 72%
указывает риск генотипа(ов).
Комбинации этих генных вариантов влияют на 1) ответ субъектов на специфические макронутриенты в их диете и 2) их различные тенденции в энергетическом метаболизме, которые, в конечном счете, влияют на их способность к поддержанию или потере массы посредством физической нагрузки. Определение метаболического генотипа поможет здоровым субъектам идентифицировать генетический риск развития неблагоприятных проблем контролирования массы, которые еще не проявляются. Знание связанных с генами рисков может содействовать своевременному принятию персонализированных решений по здоровью (питание, образ жизни) для защиты здоровья в будущем, а также предоставляет направление оптимального определения приоритетов субъекта с фокусированием внимания на выборе питания и образе жизни для контролирования оптимальной массы тела и состава тела.
Информация, полученная по метаболическому генотипу субъекта, может быть использована для предсказания генетического риска субъекта в отношении неблагоприятных проблем контролирования массы. Генотип субъекта может быть использован для оценки риска и предусматривает выбор соответствующих рекомендаций терапевтического/диетического режима или образа жизни. Идентификация генотипа субъекта может быть использована для сопряжения субъекта с изменением терапии, или изменением диеты, или изменением образа жизни, или комбинации из любых двух или трех для разработки стратегии достижения и/или поддержания потери массы. В общем, аллельный паттерн одного или нескольких метаболических генов субъекта может быть использован для классификации предсказанной восприимчивости субъекта к макронутриентам и ограничению энергии в диете с или без физической нагрузки в программе контролирования потери массы. Соответственно персонализированная программа контролирования потери массы может быть выбрана для субъекта на основе предсказанного ответа субъекта. Например, программа контролирования потери массы может классифицировать метаболический генотип субъекта в одну из серий категорий питания и одну из серий категорий физической нагрузки, основанные на предрасположенности субъекта к восприимчивости определенных макронутриентов и степени физической нагрузки. Категория питания, категория физической нагрузки или их комбинация могут быть выбраны для субъекта на основе генетических паттернов субъекта.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения предлагается способ выбора соответствующего терапевтического/диетического режима или рекомендаций образа жизни субъекта, включающий определение генотипа субъекта в отношении любого из четырех полиморфных локусов,
- 11 018875 выбранных из группы, состоящей из ЕЛБР2 (т§1799883; С/Λ) локуса, РРЛРС (т§1801282; С/С) локуса, ΛΏΚΒ3 (Т84994; С/Т) локуса, ΛΏΚΒ2 (га1042713; Л/С) локуса и ΛΌΚΒ2 (га1042714; С/С) локуса, где генотип субъекта в отношении указанных локусов предоставляет информацию о повышенной чувствительности субъекта к неблагоприятным проблемам контролирования массы и допускает выбор терапевтического/диетического режима или рекомендаций образа жизни, которая приемлема для чувствительности субъекта к неблагоприятным проблемам контролирования массы.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения субъекту с комбинированным генотипом ЕАВР2 (Щ1799883) 1.1, РРЛКС (га1801282) 1.1, ΛΌΚΒ2 (га1042714) 1.1 и ΛΌΚΒ2 (Т81042713) 2.2 и ΛΌΚΒ3 (т§4994) 1.1 предсказывается восприимчивость к низкожировой или низкоуглеводистой ограниченной по калориям диете; регулярной физической нагрузке или тому и другому.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения субъекту с комбинированным генотипом одного из ΕΛΒР2 (т§1799883) 1.1 или 1.2 и РРЛКС (т§1801282) 1.1 и дополнительно одного из ΛΏΚΒ2 (Щ1042714) 1.1, 1.2 или 2.2 в комбинации с ΛΏΚΒ2 (га1042713) 2.2 и ΛΏΚΒ3 (га4994) 1.1 предсказывается восприимчивость к низкожировой ограниченной по калориям диете; регулярной физической нагрузке или тому и другому.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения субъекту с комбинированным генотипом одного из РРΛКС (т§1801282) 1.2 или 2.2 и/или одного из ΛΏΚΒ2 (т§1042714) 1.2 или 2.2 в комбинации с ΛΏΚΒ2 (т§1042713) 2.2 и ΛΌΚΒ3 (т§4994) 1.1 предсказывается восприимчивость к низкоуглеводистой ограниченной по калориям диете; регулярной физической нагрузке или тому и другому.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения субъекту с комбинированным генотипом одного из РРΛКС (т§1801282) 1.2 или 2.2 и одного из ΕΛΒР2 (т§1799883) 1.1 или 1.2 в комбинации с ΛΏΚΒ2 (т§1042713) 2.2 и ΛΏΚΒ3 (т§4994) 1.1 предсказывается восприимчивость к низкоуглеводистой ограниченной по калориям диете; регулярной физической нагрузке или тому и другому.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения субъекту с комбинированным генотипом ΕΛΒР2 (т§1799883) 1.1 и РРΛКС (т§1801282) 1.1 в комбинации с одним из ΛΏΚΒ2 (Т81042713) 1.2 или 1.1 или одним из ΛΌΚΒ3 (т§4994) 1.2 или 2.2 предсказывается восприимчивость к низкожировой или низкоуглеводистой ограниченной по калориям диете. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения субъекту далее предсказывается меньшая восприимчивость к регулярной физической нагрузке.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения субъекту с комбинированным генотипом одного из ΕΛΒР2 (т§1799883) 1.1 или 1.2 и РРΛКС (т§1801282) 1.1 в комбинации с одним из ΛΏΚΒ2 (Т81042714) 1.1, 1.2 или 2.2 и любым одним из ΛΌΚΒ2 (т§1042713) 1.1 или 1.2 или одним из ΛΏΚΒ3 (т§4994) 1.2 или 2.2 предсказывается восприимчивость к низкожировой ограниченной по калориям диете. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения субъекту далее предсказывается меньшая восприимчивость к регулярной физической нагрузке.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения субъекту с комбинированным генотипом одного из РРΛКС (т§1801282) 1.2 или 2.2 и/или одного из ΛΏΚΒ2 (т§1042714) 1.2 или 2.2 в комбинации с одним из ΛΏΚΒ2 (т§1042713) 1.1 или 1.2 или одним из ΛΏΚΒ3 (т§4994) 1.2 или 2.2 предсказывается восприимчивость к низкоуглеводистой ограниченной по калориям диете. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения субъекту далее предсказывается меньшая восприимчивость к регулярной физической нагрузке.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения субъекту с комбинированным генотипом одного из РРΛКС (т§1801282) 1.2 или 2.2 и одного из ΕΛΒР2 (т§1799883) 1.1 или 1.2 в комбинации с одним из ΛΏΚΒ2 (т§1042713) 1.1 или 1.2 или одним из ΛΏΚΒ3 (т§4994) 1.2 или 2.2 предсказывается восприимчивость к низкоуглеводистой ограниченной по калориям диете. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения субъекту далее предсказывается меньшая восприимчивость к регулярной физической нагрузке.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения терапевтический/диетический режим включает введение нутрицевтика.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения способы, упомянутые выше, далее включают классификацию субъекта в отношении вероятной пользы терапевтического/диетического режима или изменения образа жизни.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения низкожировая диета по способам, описанным выше, предоставляет не более чем примерно 35% общих калорий за счет жира.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения низкоуглеводистая диета по способам, описанным выше, предоставляет не более чем примерно 50% общих калорий за счет углеводов.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения ограниченная по калориям диета по способам, описанным выше, предоставляет ограничение общих калорий до менее чем 95% от уровня контролирования массы субъекта.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения предлагается способ идентификации метаболического генотипа субъекта, включающий идентификацию генотипа субъекта в от
- 12 018875 ношении по меньшей мере трех из РЛБР2 (г§1799883; С/А) локуса, РРАКС (г§1801282; С/С) локуса, ΛΏΚΒ3 (Г84994; С/Т) локуса, ΛΌΡΒ2 (щ1042713; Л/С) локуса и/или ΛΌΡΒ2 (щ1042714; С/С) локуса.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения предлагается способ идентификации метаболического генотипа субъекта, включающий идентификацию генотипа субъекта в отношении по меньшей мере четырех из РАВР2 (га1799883; С/А) локуса, РРАКС (га1801282; С/С) локуса, ΛΏΚΒ3 (Г84994; С/Т) локуса, ΑΌΡΒ2 (га1042713; Л/С) локуса и/или ΑΌΡΒ2 (га1042714; С/С) локуса.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения предлагаются способы выбора соответствующего терапевтического/диетического режима или рекомендаций образа жизни субъекта, включающие а) определение генотипа субъекта в отношении любого из четырех полиморфных локусов, выбранных из ΡΑΒР2 (га1799883; С/А) локуса; РРЛКС (га1801282; С/С) локуса; ΑΏΚΒ3 (щ4994; С/Т) локуса; ΑΌΡΒ2 (га1042713; А/С) локуса и ΛΩΡΒ2 (щ1042714; С/С) локуса; и б) классификацию субъекта по категории питания и/или категории физической нагрузки, для которых субъекту предсказано получение вероятной пользы, где категория питания выбрана из низкожировой диеты; низкоуглеводистой диеты; высокобелковой диеты и ограниченной по калориям диеты и где категория физической нагрузки выбрана из легкой физической нагрузки; нормальной физической нагрузки и силовой физической нагрузки.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения предлагается способ выбора соответствующего терапевтического/диетического режима или рекомендаций образа жизни субъекта, включающий а) определение аллельного паттерна по меньшей мере двух аллелей, выбранных из группы, состоящей из ΡΑΒР2 (щ1799883) аллель 1 (А1а или С), ΡΑΒР2 (щ1799883) аллель 2 (ТЬг или А), РРАКС (Г51801282) аллель 1 (Рго или С), РРАКС (щ1801282) аллель 2 (А1а или С), Α^КΒ3 (щ4994) аллель 1 (Тгр или Т), Α^КΒ3 (щ4994) аллель 2 (Агд или С), Α^КΒ2 (га1042713) аллель 1 (С1у или С), Α^КΒ2 (Г81042713) аллель 2 (Агд или А), Α^КΒ2 (щ1042714) аллель 1 (С1п или С) и Α^КΒ2 (щ1042714) аллель 2 (С1и или С), где присутствие аллельного паттерна предсказывает ответ субъекта на диету и/или физическую нагрузку, и б) выбор терапевтического/диетического режима или рекомендаций образа жизни, которые приемлемы для предсказанного ответа субъекта на диету и/или физическую нагрузку.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения субъекту с комбинированным генотипом ΡΑΒР2 (щ1799883) 1.1 (А1а/А1а или С/С), РРАКС (щ1801282) 1.1 (Рго/Рго или С/С), АВ^2 (Щ1042714) 1.1 (С1п/С1п или С/С) и /\Ι№Β2 (щ1042713) 2.2 (Агд/Агд или А/А), и .+1)111)3 (ге4994) 1.1(Тгр/Тгр или Т/Т) предсказывается восприимчивость к низкожировой или низкоуглеводистой, ограниченной по калориям диете; регулярной физической нагрузке или тому и другому.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения субъекту с комбинированным генотипом одного из ΡΑΒР2 (щ1799883) 1.1 (А1а/А1а или С/С) или 1.2 (А1а/ТЬг или С/А) и РРАКС (Г51801282) 1.1 (Рго/Рго или С/С) и дополнительно одного из Α^КΒ2 (щ1042714) 1.1 (С1п/С1п или С/С),
1.2 (С1п/С1и или С/С) или 2.2 (С1и/С1и или С/С) в комбинации с Α^КΒ2 (щ1042713) 2.2 (Агд/Агд или А/А) и Α^КΒ3 (щ4994) 1.1 (Тгр/Тгр или Т/Т) предсказывается восприимчивость к низкожировой ограниченной по калориям диете; регулярной физической нагрузке или тому и другому.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения субъекту с комбинированным генотипом одного из РРАКС (щ1801282) 1.2 (Рго/А1а С/С) или 2.2 (А1а/А1а или С/С) и/или одного из Α^КΒ2 (Г81042714) 1.2 (С1п/С1и или С/С) или 2.2 (С1и/С1и или С/С) в комбинации с Α^КΒ2 (щ1042713)
2.2 (Агд/Агд или А/А) и Α^КΒ3 (щ4994) 1.1 (Тгр/Тгр или Т/Т) предсказывается восприимчивость к низкоуглеводистой ограниченной по калориям диете; регулярной физической нагрузке или тому и другому.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения субъекту с комбинированным генотипом одного из РРАКС (щ1801282) 1.2 (Рго/А1а или С/С) или 2.2 (А1а/А1а или С/С) и одного из ΡΑΒР2 (Г51799883) 1.1 (А1а/А1а или С/С) или 1.2 (А1а/ТЬг или С/А) в комбинации с Α^КΒ2 (щ1042713)
2.2 (Агд/Агд или А/А) и Α^КΒ3 (щ4994) 1.1 (Тгр/Тгр или Т/Т) предсказывается восприимчивость к низкоуглеводистой ограниченной по калориям диете; регулярной физической нагрузке или тому и другому.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения субъекту с комбинированным генотипом ΡΑΒР2 (щ1799883) 1.1 (А1а/А1а или С/С) и РРАКС (щ1801282) 1.1 (Рго/Рго или С/С) в комбинации с одним из Α^КΒ2 (щ1042713) 1.2 (С1и/Агд или С/А) или 2.2 (Агд/Агд или А/А) или одним из Α^КΒ3 (щ4994) 1.2 (Агд/Тгр или Т/С) или 2.2 (Агд/Агд или С/С) предсказывается восприимчивость к низкожировой или низкоуглеводистой ограниченной по калориям диете. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения субъекту далее предсказывается меньшая восприимчивость к регулярной физической нагрузке.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения субъекту с комбинированным генотипом одного из ΡΑΒР2 (щ1799883) 1.1 (А1а/А1а или С/С) или 1.2 (А1а/ТЬг или С/А) и РРАКС (Г51801282) 1.1 (Рго/Рго или С/С) в комбинации с Α^КΒ2 (щ1042714) 1.1 (С1п/С1п или С/С), 1.2 (С1п/С1и или С/С) или 2.2 (С1и/С1и или С/С) и любым одним из Α^КΒ2 (щ1042713) 1.1 (С1у/С1у или С/С) или 1.2 (С1у/Агд или С/А) или одним из Α^КΒ3 (щ4994) 1.2 (Тгр/Агд или Т/С) или 2.2 (Агд/Агд или С/С) предсказывается восприимчивость к низкожировой ограниченной по калориям диете. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения субъекту далее предсказывается меньшая восприимчивость к регулярной физической нагрузке.
- 13 018875
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения субъекту с комбинированным генотипом одного из РРАК6 (га1801282) 1.2 (Рго/А1а или С/6) или 2.2 (А1а/А1а или 6/6) и/или одного из АОКБ2 (Г81042714) 1.2 (61п/61п или С/6) или 2.2 (61и/61и или 6/6) в комбинации с одним из АЭКБ2 (Г81042713) 1.1 (61у/61у или 6/6) или 1.2 (61у/Агд или 6/А) или одним из АЭКБ3 (щ4994) 1.2 (Тгр/Агд или Т/С) или 2.2 (Агд/Агд или С/С) предсказывается восприимчивость к низкоуглеводистой ограниченной по калориям диете. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения субъекту далее предсказывается меньшая восприимчивость к регулярной физической нагрузке.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения субъекту с комбинированным генотипом одного из РРАК6 (г§1801282) 1.2 (Рго/А1а или С/6) или 2.2 (А1а/А1а или 6/6) и одного из РАБР2 (Г51799883) 1.1 (А1а/А1а или 6/6) или 1.2 (А1а/ТЬг или 6/А) в комбинации с одним из АОКБ2 (Г81042713) 1.1 (61у/61у или 6/6) или 1.2 (61у/Агд или 6/А) или одним из АЭКБ3 (г§4994) 1.2 (Тгр/Агд или Т/С) или 2.2 (Агд/Агд или С/С) предсказывается восприимчивость к низкоуглеводистой ограниченной по калориям диете. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения субъекту далее предсказывается меньшая восприимчивость к регулярной физической нагрузке.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения предлагается способ предсказания субъекту генетического риска развития нежелательных проблем контролирования массы, включающий определение паттерна генетического полиморфизма, включающего по меньшей мере два аллеля, выбранных из группы, состоящей из РАБР2 (щ1799883) аллель 1 (А1а или 6), РАБР2 (щ1799883) аллель 2 (ТЬг или А), РРАК.6 (щ1801282) аллель 1 (Рго или С), РРАК6 (щ1801282) аллель 2 (А1а или 6), АЭКБ3 (щ4994) аллель 1 (Тгр или Т), АЭКВ3 (щ4994) аллель 2 (Агд или С), АЭКВ2 (щ1042713) аллель 1 (61у или 6), АБКБ2 (Г81042713) аллель 2 (Агд или А), А1ЖБ2 (щ1042714) аллель 1 (61п или С) и АЭКБ2 (Г81042714) аллель 2 (61и или 6), где присутствие паттерна генетического полиморфизма предсказывает ответ субъекта на диету и/или физическую нагрузку.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения терапевтический/диетический режим включает введение нутрицевтика.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения способы, упомянутые выше, далее включают классификацию субъекта в отношении вероятной пользы терапевтического/диетического режима или рекомендаций образа жизни.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения низкожировая диета по способам, описанным выше, предоставляет не более чем примерно 35% общих калорий за счет жира.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения низкоуглеводистая диета по способам, описанным выше, предоставляет не более чем примерно 50% общих калорий за счет углеводов.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения ограниченная по калориям диета по способам, описанным выше, предоставляет ограничение общих калорий до менее чем 95% от уровня контролирования массы субъекта.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения предлагаются наборы, включающие а) реагенты для определения генотипа субъекта в отношении любых четырех полиморфных локусов, выбранных из следующих: РАБР2 (щ1799883; 6/А) локуса; РРАК6 (щ1801282; С/6) локуса; АЭКБ3 (Г84994; С/Т) локуса; А12КБ2 (щ1042713; А/6) локуса и АЭКБ2 (щ1042714; С/6) локуса; и б) инструкции для определения метаболического генотипа субъекта и средство классификации субъекта по категории питания и/или категории физической нагрузки, для которых субъекту предсказывается получение вероятной пользы, где категория питания выбрана из группы, состоящей из низкожировой диеты; низкоуглеводистой диеты; высокобелковой диеты и ограниченной по калориям диеты, и где категория физической нагрузки выбрана из группы, состоящей из легкой физической нагрузки; нормальной физической нагрузки и силовой физической нагрузки.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения набор далее классифицирует субъекта в отношении вероятной пользы терапевтического/диетического режима или изменения образа жизни.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения набор, включающий реагенты для генотипирования субъекта с комбинированным генотипом РАБР2 (щ1799883) 1.1, РРАК6 (Щ1801282) 1.1, А1ЖБ2 (щ1042714) 1.1 и А1ЖБ2 (щ1042713) 2.2 и АЭКБ3 (га4994) 1.1 предсказывает восприимчивость к низкожировой или низкоуглеводистой ограниченной по калориям диете; регулярной физической нагрузке или тому и другому.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения набор, включающий реагенты для генотипирования субъекта с комбинированным генотипом одного из РАБР2 (щ1799883) 1.1 или
1.2 и РРАК6 (Г51801282) 1.1 и дополнительно одного из АОКБ2 (Щ1042714) 1.1, 1.2 или 2.2 в комбинации с АОКБ2 (Г81042713) 2.2 и АОКБ3 (щ4994) 1.1, предсказывает восприимчивость к низкожировой ограниченной по калориям диете; регулярной физической нагрузке или тому и другому.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения набор, включающий реагенты для генотипирования субъекта с комбинированным генотипом одного из РРАК6 (щ1801282) 1.2 или
2.2 и/или одного из АЭКБ2 (Щ1042714) 1.2 или 2.2 в комбинации с АОКБ2 (щ1042713) 2.2 и АЭКБ3
- 14 018875 (г§4994) 1.1, предсказывает восприимчивость к низкоуглеводистой ограниченной по калориям диете; регулярной физической нагрузке или тому и другому.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения набор, включающий реагенты для генотипирования субъекта с комбинированным генотипом одного из РРАКО (г§1801282) 1.2 или
2.2 и одного из ЕАВР2 (г§1799883) 1.1 или 1.2 в комбинации с АОКВ2 (г§1042713) 2.2 и АОКВ3 (г§4994) 1.1, предсказывает восприимчивость к низкоуглеводистой ограниченной по калориям диете; регулярной физической нагрузке или тому и другому.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения набор, включающий реагенты для генотипирования субъекта с комбинированным генотипом одного из ЕАВР2 (г§1799883) 1.1 и РРАКО (Г51801282) 1.1 в комбинации с одним из АОКВ2 (г§1042713) 1.2 и/или 1.1 или одним из АПКВ3 (г§4994) 1.2 или 2.2, предсказывает восприимчивость к низкожировой или низкоуглеводистой ограниченной по калориям диете.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения набор, включающий реагенты для генотипирования субъекта с комбинированным генотипом одного из ЕАВР2 (г§1799883) 1.1 или
1.2 и РРАКО (Г51801282) 1.1 в комбинации с одним из АПКВ2 (г§1042714) 1.1, 1.2 или 2.2 и любым одним из АЭКВ2 (Г81042713) 1.1 или 1.2 или одним из АОКВ3 (г§4994) 1.2 или 2.2, предсказывает восприимчивость к низкожировой ограниченной по калориям диете.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения набор, включающий реагенты для генотипирования субъекта с комбинированным генотипом одного из РРАКО (г§1801282) 1.2 или
2.2 и/или одного из АПКВ2 (г§1042714) 1.2 или 2.2 в комбинации с одним из АПКВ2 (г§1042713) 1.1 или
1.2 или одним из АЭКВ3 (г§4994) 1.2 или 2.2, предсказывает восприимчивость к низкоуглеводистой ограниченной по калориям диете.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения набор, включающий реагенты для генотипирования субъекта с комбинированным генотипом одного из РРАКО (г§1801282) 1.2 или
2.2 и одного из ЕАВР2 (г§1799883) 1.1 или 1.2 в комбинации с одним из АПКВ2 (г§1042713) 1.1 или 1.2 или одним из АОКВ3 (г§4994) 1.2 или 2.2, предсказывает восприимчивость к низкоуглеводистой ограниченной по калориям диете.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения предлагаются наборы, включающие реагенты и инструкции для определения метаболического генотипа субъекта, включающие идентификацию генотипа субъекта в отношении по меньшей мере четырех из ЕАВР2 (г§1799883; О/А) локуса; РРАКО (г§1801282; С/О) локуса; АПКВ3 (г§4994; С/Т) локуса; АОКВ2 (г§1042713; А/О) локуса и/или АОКВ2 (Г81042714; С/О) локуса.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения предлагаются наборы, включающие реагенты и инструкции для определения метаболического генотипа субъекта, включающие идентификацию генотипа субъекта в отношении по меньшей мере трех из ЕАВР2 (г§1799883; О/А) локуса; РРАКО (Г51801282; С/О) локуса; АПКВ3 (г§4994; С/Т) локуса; АПКВ2 (г§1042713; А/О) локуса и/или АПКВ2 (Г81042714; С/О) локуса.
Категории питания.
Категории питания, в общем, классифицируются на основе количества макронутриентов (т.е. жир, углеводы, белок), рекомендованных субъекту на основании метаболического генотипа субъекта. Основная цель выбора соответствующего терапевтического/диетического режима или рекомендаций образа жизни субъекта состоит в сопряжении метаболического генотипа субъекта с категорией питания, такой, к которой субъект вероятнее всего восприимчив. Категория питания, в общем, выражается в терминах относительных количеств макронутриентов, предлагаемых для диеты субъекта, или в терминах ограничения калорий (например, ограничение общего числа калорий, получаемых субъектом, и/или ограничение числа калорий, получаемых субъектом от конкретного макронутриента). Например, категории питания могут включать, но не ограничиваясь ими, 1) низкожировые, низкоуглеводистые диеты, 2) низкожировые диеты или 3) низкоуглеводистые диеты. С другой стороны, категории питания могут быть классифицированы на основе ограничения некоторых макронутриентов, рекомендованных субъекту на основании метаболического генотипа субъекта. Например, категории питания могут быть выражены в виде
1) сбалансированных или ограниченных по калориям диет; 2) ограниченных по жиру диет или 3) ограниченных по углеводам диет.
Субъекты с метаболическим генотипом, которые восприимчивы к ограничению жира или низкожировой диете, проявляют тенденцию к абсорбции большего количества жира диеты в организме и имеют замедленный метаболизм. Они проявляют большую тенденцию к приросту массы. Клинические исследования показали, что у этих субъектов более ранее время достижения массы здорового организма за счет снижения общего жира диеты. Они могут с большим успехом терять массу под влиянием последующей сниженной по жиру и/или сниженной по калориям диете. Кроме того, они получают пользу от замещения насыщенных жиров на мононенасыщенные жиры в сниженной по калориям диете. Клинические исследования также показали, что такие же диетические модификации улучшают способность организма метаболизировать сахара и жиры.
- 15 018875
Субъекты с метаболическим генотипом, которые восприимчивы к углеводному ограничению или низкоуглеводистой диете, проявляют тенденцию к большей чувствительности к приросту массы вследствие избыточного потребления углеводов. Они могут с большим успехом терять массу за счет снижения углеводов в сниженной по калориям диете. Субъекты с этим генетическим паттерном склонны к ожирению и испытывают трудности с регуляцией сахара крови, если их суточное потребление углеводов является высоким, такое как суточное превышение потребления углеводов, в частности, например, 49% общих калорий. Было показано, что снижение углеводов оптимизирует регуляцию сахара крови и снижает риск дальнейшего прироста массы. Если они содержат высокий уровень насыщенных и низкий уровень мононенасыщенных жиров в своей диете, риск прироста массы и повышения сахара крови увеличивается. В то время как ограничение общих калорий для этих субъектов может быть полезным вследствие ограничения потребления общих углеводов и сдвига жирового состава их диеты к мононенасыщенным жирам (например, диета с низким содержанием насыщенного жира и низким содержанием углевода).
Субъекты с метаболическим генотипом, которые восприимчивы к балансу жира и углевода, не проявляют согласованной потребности в низкожировой или низкоуглеводистой диете. У этих субъектов ключевые биомаркеры, такие как масса тела, телесный жир и профиль липидов плазмы, хорошо отвечают на диету, сбалансированную по жиру и углеводу. Для субъектов с этим генетическим паттерном, которые заинтересованы в потере массы, установлено, что сбалансированная диета, ограниченная по калориям, стимулирует потерю массы и снижение телесного жира.
Низкожировая диета относится к диете, которая обеспечивает между примерно 10% и менее чем примерно 40% общих калорий за счет жира. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения низкожировая диета относится к диете, которая обеспечивает не более чем примерно 35% (например, не более чем примерно 19, 21, 23, 22, 24, 26, 28, 33% и т.д.) общих калорий за счет жира. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения низкожировая диета относится к диете, которая обеспечивает не более чем примерно 30% общих калорий за счет жира. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения низкожировая диета относится к диете, которая обеспечивает не более чем примерно 25% общих калорий за счет жира. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения низкожировая диета относится к диете, которая обеспечивает не более чем примерно 20% общих калорий за счет жира. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения низкожировая диета относится к диете, которая обеспечивает не более чем примерно 15% общих калорий за счет жира. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения низкожировая диета относится к диете, которая обеспечивает не более чем примерно 10% общих калорий за счет жира.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения низкожировая диета относится к диете, которая содержит между примерно 10 и примерно 60 г жира в день. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения низкожировая диета относится к диете, которая содержит менее чем примерно 50 г (например, менее чем примерно 10, 25, 35, 45 г и т.д.) жира в день. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения низкожировая диета относится к диете, которая содержит менее чем примерно 40 г жира в день. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения низкожировая диета относится к диете, которая содержит менее чем примерно 30 г жира в день. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения низкожировая диета относится к диете, которая содержит менее чем примерно 20 г жира в день.
Жиры содержат как насыщенные, так и ненасыщенные (мононенасыщенные и полиненасыщенные) жирные кислоты. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения снижение насыщенного жира менее чем на 10% калорий представляет собой диету, низкую по содержанию насыщенного жира. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения снижение насыщенного жира менее чем на 15% калорий представляет собой диету, низкую по содержанию насыщенного жира. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения снижение насыщенного жира менее чем на 20% калорий представляет собой диету, низкую по содержанию насыщенного жира.
Низкоуглеводистая (СНО) диета относится к диете, которая обеспечивает между примерно 20% и менее чем примерно 50% общих калорий за счет углеводов. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения низкоуглеводистая (СНО) диета относится к диете, которая обеспечивает не более чем примерно 50% (например, не более чем примерно 20, 25, 30, 35, 40, 45% и т.д.) общих калорий за счет углеводов. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения низкоуглеводистая диета относится к диете, которая обеспечивает не более чем примерно 45% общих калорий за счет углеводов. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения низкоуглеводистая диета относится к диете, которая обеспечивает не более чем примерно 40% общих калорий за счет углеводов. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения низкоуглеводистая диета относится к диете, которая обеспечивает не более чем примерно 35% общих калорий за счет углеводов. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения низкоуглеводистая диета относится к диете, которая обеспечивает не более чем примерно 30% общих калорий за счет углеводов. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения низкоуглеводистая диета относится к диете, которая обеспечивает не более чем примерно 25% общих калорий за счет углеводов. В соответст
- 16 018875 вии с некоторыми вариантами осуществления изобретения низкоуглеводистая диета относится к диете, которая обеспечивает не более чем примерно 20% общих калорий за счет углеводов.
Низкоуглеводистая (СНО) диета может относиться к диете, которая ограничивает количество граммов углевода в диете, такой как диета от примерно 20 до примерно 250 г углеводов в день. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения низкоуглеводистая диета включает не более чем примерно 220 г (например, не более чем примерно 40, 70, 90, 110, 130, 180, 210 г и т.д.) углеводов в день. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения низкоуглеводистая диета включает не более чем примерно 200 г углеводов в день. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения низкоуглеводистая диета включает не более чем примерно 180 г углеводов в день. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения низкоуглеводистая диета включает не более чем примерно 150 г углеводов в день. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения низкоуглеводистая диета включает не более чем примерно 130 г углеводов в день. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения низкоуглеводистая диета включает не более чем примерно 100 г углеводов в день. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения низкоуглеводистая диета включает не более чем примерно 75 г углеводов в день.
Ограниченная по калориям диета или сбалансированная диета относится к диете, которая ограничивает потребление общих калорий для снижения уровня поддержания массы (^МЬ) субъекта, независимо от каких-либо предпочтений в отношении макронутриента. В сбалансированной диете или ограниченной по калориям диете пытаются снизить полное потребление калорий субъектом путем, например, снижения потребления общих калорий субъектом для снижения ^МЬ субъекта без конкретного фокусирования внимания на ограничении потребления калорий за счет какого-либо конкретного макронутриента. Таким образом, в соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения сбалансированная диета может быть выражена как процент ^МЬ субъекта. Например, сбалансированная диета представляет собой диету, которая включает потребление общих калорий между примерно 50% и примерно 100% ^МЬ. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения сбалансированная диета представляет собой диету, которая включает потребление общих калорий до менее чем 100% (например, до менее чем примерно 99, 97, 95, 90, 85, 80, 75, 70, 65, 60, 55%) ^МЬ. В этой рамке сбалансированная диета достигает полезного для здоровья или желательного баланса макронутриентов в диете и может быть низкожировой; с низким уровнем насыщенного жира; низкоуглеводистой; низкожировой и низкоуглеводистой или с низким уровнем насыщенного жира и низкоуглеводистой. Например, диета может быть низкожировой ограниченной по калориям диетой (где низкожировая диета имеет значение, как представлено выше). Диета может быть низкоуглеводистой, ограниченной по калориям диетой (где низкоуглеводистая имеет значение, как представлено выше). Диета может быть сбалансированной ограниченной по калориям диетой (например, относительные части макронутриентов могут варьировать, когда потребление общих калорий становится ниже ^МЬ). В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения низкоуглеводистая диета (углерод 45%, белок 20% и жир 35%) включает любую из диеты аткинса; влияющей на гликемию диеты; диеты Южного берега; сахарной бустерной диеты и/или зоновой диеты.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения низкожировая диета (углерод 65%, белок 15%, жир 20%) включает любую из диеты жизненного выбора (диета Орниша); диеты Притикина и/или других диет здорового сердца, пригодных для рынка.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения сбалансированная диета (углерод 55%, белок 20%, жир 25%) включает любую из диеты лучшей жизни; средиземноморской диеты; диета Сонома; диеты с расчетом параметров пищи; диеты с наблюдением массы.
Другая низкоуглеводистая низкожировая сбалансированная диета и ограниченные по калориям диеты хорошо известны в данной области, поэтому могут быть рекомендованы субъекту в зависимости от метаболического генотипа субъекта и предсказанного ответа на ограничение по калориям или другие типы диеты.
Категории физической нагрузки.
Категории физической нагрузки обычно классифицируют на основе того, как субъект воспринимает физическую нагрузку с учетом его метаболического генотипа. Например, субъект может быть восприимчив к легкой физической нагрузке, умеренной физической нагрузке, тяжелой физической нагрузке или очень тяжелой физической нагрузке.
Субъекты с метаболическим генотипом, который восприимчив к физической нагрузке, способны эффективно расщеплять телесный жир в ответ на физическую активность. Они проявляют тенденцию к ответу на физическую нагрузку со значимой потерей массы и по всей вероятности поддерживают эту потерю массы. Субъекты попадают в эту категорию, если они восприимчивы к легкой или умеренной физической нагрузке.
Субъекты с метаболическим генотипом, который менее восприимчив к физической нагрузке, менее способны расщеплять телесный жир для выработки энергии в ответ на физическую нагрузку, чем те, у которых имеется альтернативный генетический паттерн. Они проявляют тенденцию к утрате меньшей
- 17 018875 массы и телесного жира, чем ожидалось при умеренной физической нагрузке. Этим субъектам требуется большая физическая нагрузка для активизации расщепления телесного жира для выработки энергии и потери массы. Они должны также выдерживать согласованную программу физической нагрузки для поддержания потери массы.
Легкая активность обычно относится к субъекту, который тренируется (занятие активной тренировкой или спортом) 1-3 дня в неделю. Умеренная активность обычно относится к субъекту, который тренируется (занятие активной тренировкой или спортом) 3-5 дней в неделю. Высокая активность обычно относится к субъекту, который тренируется (занятие активной тренировкой или спортом) 6-7 дней в неделю. Очень высокая или экстремальная активность обычно относится к субъекту, который тренируется (занятие активной тренировкой или спортом) в среднем более чем один раз в день (например, два раза в день). Регулярная физическая нагрузка относится к активности, которая представляет собой, по меньшей мере, легкую физическую нагрузку или, по меньшей мере, умеренную физическую нагрузку.
Вернее уровень активности может быть выражен в терминах процента свыше ВМР. Например, коэффициенты формул Харриса-Бенедикта или Кетч-МакАрдл могут быть использованы как основа для определения уровня активности. В связи с этим легкая физическая нагрузка относится к рекомендованному уровню активности, направленному на увеличение ΤΌΕΕ субъекта от примерно 125% ВМР. (т.е. примерно 25% увеличения) до менее чем примерно 140% (в частности, например, 128, 130, 133, 135, 137,5% и т.д.) ВМР. Умеренная физическая нагрузка относится к рекомендованному уровню активности, направленному на увеличение ΤΌΕΕ субъекта от примерно 140% ВМР до менее чем примерно 160% (в частности, например, 142, 145, 150, 155, 158% и т.д.) ВМР. Тяжелая физическая нагрузка относится к рекомендованному уровню активности, направленному на увеличение ΤΌΕΕ субъекта от примерно 160% ВМР до менее чем примерно 180% (в частности, например, 162, 165, 170, 172,5, 178% и т.д.) ВМР. Очень тяжелая или экстремальная физическая нагрузка относится к рекомендованному уровню активности, направленному на увеличение ΤΌΕΕ субъекта от примерно 180% ВМР до более чем примерно 210% (в частности, например, 182, 185, 190, 195, 200% и т.д.) ВМР.
Альтернативно, в соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения нормальная физическая нагрузка общепринято включает 2,5 ч (150 мин) умеренно интенсивной активности в неделю (умеренно интенсивные активности определяются как 3,0-5,9 МЕТ), легкая физическая нагрузка общепринято включает менее чем 2,5 ч умеренно интенсивной активности в неделю и силовая физическая нагрузка общепринято включает более чем 13 МЕТ в неделю силовой интенсивной активности (силовые интенсивные активности определяются как 6 МЕТ или более). 1 МЕТ равен 1 калория/кг массы тела/ч. Общее число ккал, затраченных субъектом = значение активности МЕТ х масса тела в кг х время в часах.
Прирост или потеря массы зависит от баланса между потребленными калориями и израсходованными калориями. Когда количество потребленных калорий больше, чем число израсходованных калорий, может происходить прирост массы. С другой стороны, если потребленных калорий меньше, чем число израсходованных калорий, может происходить потеря массы. \УМЬ субъекта относится к потреблению общих калорий субъектом, нуждающимся в потреблении, для того, чтобы поддерживать имеющуюся массу тела. \УМЬ субъекта может быть определен или рассчитан с использованием любого метода, известного в данной области. \УМЬ часто выражают как общее ежесуточное количество калорий, необходимое для поддержания массы тела с учетом уровня физической активности (ΤΌΕΕ) или оцененной энергетической потребности (ΕΕР). В то время как значение ΤΌΕΕ и ΕΕР, как использовано в данной области, может иметь технические различия, отражающие способ, посредством которого рассчитывают уровень поддержания массы тела субъекта, эти термины могут быть использованы взаимозаменяемо в их общем смысле в то же время с поддержанием их технических различий. \УМЬ может быть рассчитан с использованием любого метода, используемого в данной области (например, ΤΌΕΕ или ΕΕР) для определения \УМЬ субъекта.
В среднем для женщин в США \УМЬ находится между 2000-2100 калорий в день. Для мужчин средняя величина \УМЬ выше и составляет 2700-2900 калорий в день. Предпочтительным способом расчета ΤΌΕΕ является использование расчета Харриса-Бенедикта или формулы Кетч-МакАрдл, которые хорошо известны специалистам в данной области. Вкратце, сначала определяется формула ХаррисаБенедикта и скорость базального метаболизма субъекта (ВМР), которые представляют затем скорректированную основу для уровня активности ΤΌΕΕ субъекта. Например, ВМР для женщин может быть рассчитан в соответствии со следующей формулой:
ВМР£ = 65,51 + (9,563хкг) + (1,850хсм) - (4,676хвозраст).
ВМР для мужчин может быть рассчитан в соответствии со следующей формулой:
ВМРт = 66,5 + (13,75хкг) + (5,003хсм) - (6,775хвозраст).
ВМР затем корректируют путем умножения ВМР на коэффициент, отнесенный к практическому уровню активности. Табл. 4 предоставляет примеры таких коэффициентов. Результаты представляют собой ΤΌΕΕ субъекта.
- 18 018875
Таблица 4
Категории физической нагрузки
ΤΌΕΕ
Женщины Мужчины
Легкая физическая нагрузка или отсутствие физической нагрузки ВМН£*1,2 ВМКтх1,2
Легкая физическая нагрузка ВМК£«1, 375 ВМКтх1,375
Умеренная физическая нагрузка ВМК£«1,55 ВМКтх1,55
Тяжелая физическая нагрузка ВМК£х1,725 ВМКтх 1,72 5
Очень тяжелая физическая нагрузка ВМК£х1,9 ВМЕйх 1, 9
Формула Кетч-МакАрдл основана на безжировой массе тела (ЬВМ). Например, ВМК рассчитывается в соответствии со следующей формулой:
ВМК (мужчины и женщины) = 370 + (21,6 х безжировая масса тела в кг).
Так как формула Кетч-МакАрдл рассчитана для ЬВМ, это единственная формула, используемая одинаково как для мужчин, так и для женщин. ΤΌΕΕ затем определяется с использованием активности коэффициентов, как использовано в расчете Харриса-Бенедикта (в табл. 4).
Классификация.
Обычно метаболический генотип субъекта будет попадать в единственную категорию питания и единственную категорию физической нагрузки. Так, в соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения субъект будет классифицирован по категории питания и категории физической нагрузки на основе своего метаболического генотипа. Например, субъект может быть классифицирован по одной из следующих шести категорий:
1) восприимчивость к ограничению жира и восприимчивость к физической нагрузке;
2) восприимчивость к ограничению жира и меньшая восприимчивость к физической нагрузке;
3) восприимчивость к ограничению углеводов и восприимчивость к физической нагрузке;
4) восприимчивость к ограничению углеводов и меньшая восприимчивость к физической нагрузке;
5) баланс жира и углеводов и восприимчивость к физической нагрузке;
6) баланс жира и углеводов и меньшая восприимчивость к физической нагрузке.
1) Восприимчивость к ограничению жира и восприимчивость к физической нагрузке.
Субъекты с этим генетическим паттерном абсорбируют больше жира диеты в организме и имеют замедленный метаболизм. Они характеризуются повышенной тенденцией к приросту массы. Клинические исследования показали, что эти субъекты более легко достигают здоровой массы тела путем снижения общего жира диеты. Они могут с большим успехом терять массу за счет последующей диеты со сниженным количеством жира, сниженным количеством калорий. Кроме того, для них полезно замещение насыщенных жиров на мононенасыщенные жиры в сниженной по калориям диете. Клинические исследования также показали, что эти вышеупомянутые диетические модификации улучшают способность организма метаболизировать сахара и жиры.
Субъекты с этим генетическим паттерном способны эффективно расщеплять телесный жир в ответ на физическую активность. Они проявляют тенденцию к ответу на физическую нагрузку со значимой потерей массы и более вероятно к поддержанию этой потери массы. Таким субъектам может быть полезен любой уровень повышенной активности, такой как, по меньшей мере, легкая физическая нагрузка или, по меньшей мере, умеренная физическая нагрузка.
2) Восприимчивость к ограничению жира и меньшая восприимчивость к физической нагрузке.
Субъекты с этим генетическим паттерном абсорбируют больше жира диеты в организме и имеют замедленный метаболизм. Они характеризуются повышенной тенденцией к приросту массы. Клинические исследования показали, что эти субъекты более легко достигают здоровой массы тела путем снижения общего жира диеты. Они могут с большим успехом терять массу за счет последующей диеты со сниженным количеством жира, сниженным количеством калорий. Кроме того, для них полезно замещение насыщенных жиров на мононенасыщенные жиры в сниженной по калориям диете. Клинические исследования также показали, что эти вышеупомянутые диетические модификации улучшают способность организма метаболизировать сахара и жиры.
Субъекты с этим генетическим паттерном менее способны расщеплять телесный жир для выработки энергии в ответ на физическую нагрузку, чем субъекты с альтернативным генетическим паттерном.
- 19 018875
Они проявляют тенденцию к меньшей потере массы и телесного жира, чем ожидалось при умеренной физической нагрузке. Этим субъектам необходима большая физическая нагрузка для активации расщепления жира тела для выработки энергии и потери массы. Они должны также соблюдать согласованную программу физической нагрузки для сохранения потери массы.
3) Восприимчивость к ограничению углеводов и восприимчивость к физической нагрузке.
Субъекты с этим генетическим паттерном более чувствительны к приросту массы за счет избыточного поглощения углеводов. Они могут с большим успехом терять массу путем снижения углеводов в сниженной по количеству калорий диете. Субъекты с этим генетическим паттерном предрасположены к ожирению и испытывают трудности с регуляцией сахара крови, если их суточное потребление углеводов превышает 49% общих калорий. Было показано, что снижение углеводов оптимизирует регуляцию сахара крови и снижает риск дальнейшего прироста массы. Если они используют высокий уровень насыщенных и низкий уровень мононенасыщенных жиров в своей диете, риск прироста массы и повышения сахара крови увеличивается. В то же время ограничение общих калорий для этих субъектов может быть полезным по причине ограничения потребления общих углеводов и сдвига жировой композиции их диеты в сторону мононенасыщенных жиров.
Субъекты с этим генетическим паттерном способны эффективно расщеплять телесный жир в ответ на физическую активность. Они проявляют тенденцию к ответу на физическую нагрузку со значимой потерей массы и более вероятного поддержания этой потери массы.
4) Восприимчивость к ограничению углеводов и меньшая восприимчивость к физической нагрузке.
Субъекты с этим генетическим паттерном более чувствительны к приросту массы за счет избыточного потребления углеводов. Они могут с большим успехом терять массу путем снижения углеводов в сниженной по калориям диете. Субъекты с этим генетическим паттерном предрасположены к ожирению и испытывают трудности с регуляцией сахара крови, если их суточное потребление углеводов превышает 49% общих калорий. Было показано, что снижение углеводов оптимизирует регуляцию сахара крови и снижает риск дальнейшего прироста массы. Если они используют высокий уровень насыщенных и низкий уровень мононенасыщенных жиров в своей диете, риск прироста массы и повышения сахара крови увеличивается. В то же время ограничение общих калорий для этих субъектов может быть полезным по причине ограничения потребления общих углеводов и сдвига жировой композиции их диеты в сторону мононенасыщенных жиров.
Субъекты с этим генетическим паттерном менее способны расщеплять телесный жир для выработки энергии в ответ на физическую нагрузку, чем субъекты с альтернативным генетическим паттерном. Они проявляют тенденцию к меньшей потере массы и телесного жира, чем ожидалось при умеренной физической нагрузке. Этим субъектам необходима большая физическая нагрузка для активации расщепления жира тела для выработки энергии и потери массы. Они должны также соблюдать согласованную программу физической нагрузки для сохранения потери массы.
5) Баланс жира и углеводов и восприимчивость к физической нагрузке.
Субъекты с этим генетическим паттерном не проявляют согласованной потребности в низкожировой или низкоуглеводистой диете. У этих субъектов ключевые биомаркеры, такие как масса тела, телесный жир и профиль липидов плазмы, хорошо отвечают на диету, сбалансированную по жиру и углеводу. Было найдено, что для субъектов с этим генетическим паттерном, которые заинтересованы в потере массы, сбалансированная диета, ограниченная по калориям, стимулирует потерю массы и снижение телесного жира.
Субъекты с этим генетическим паттерном способны эффективно расщеплять телесный жир в ответ на физическую активность. Они проявляют тенденцию к ответу на физическую нагрузку со значимой потерей массы и более вероятно поддерживают эту потерю массы.
6) Баланс жира и углеводов и меньшая восприимчивость к физической нагрузке.
Субъекты с этим генетическим паттерном не проявляют согласованной потребности в низкожировой или низкоуглеводистой диете. У этих субъектов ключевые биомаркеры, такие как масса тела, телесный жир и профиль липидов плазмы, хорошо отвечают на диету, сбалансированную по жиру и углеводам. Было найдено, что для субъектов с этим генетическим паттерном, которые заинтересованы в потере массы, сбалансированная диета, ограниченная по калориям, стимулирует потерю массы и снижение телесного жира.
Субъекты с этим генетическим паттерном менее способны эффективно расщеплять телесный жир для выработки энергии в ответ на физическую нагрузку, чем субъекты с альтернативным генетическим паттерном. Они проявляют тенденцию к меньшей потере массы и телесного жира, чем ожидалось при умеренной физической нагрузке. Этим субъектам необходима большая физическая нагрузка для активации расщепления телесного жира для выработки энергии и потери массы. Они должны также соблюдать согласованную программу физической нагрузки для сохранения потери массы.
Кроме того, рекомендации по питанию и рекомендации по физической нагрузке, персонализированный терапевтический/диетический режим могут также включать рекомендации по диетическим добавкам, пищевым добавкам или нутрицевтикам. Нутрицевтик представляет собой любой функциональный продукт питания, который приносит дополнительную пользу, помимо его пищевой пользы. Эта
- 20 018875 категория может включать пищевые напитки, диетические напитки (например, БНтГаз!™ и т.п.), а также настои трав для спорта и другие обогащенные напитки.
Наборы.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения предлагаются наборы для определения метаболического генотипа субъекта, включающие реагенты (олигонуклеотиды, соли, ферменты, буферы и т.д.) и инструкции для использования набора.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения наборы включают средство для сбора образцов, включая, но не ограничиваясь ими, тампон на стержне для сбора слюны, средство для хранения собранного образца и для транспортировки. Набор далее включает СО или СО-КОМ с инструкциями по сбору образца, транспортировки образца и средство интерпретации генотипической информации, извлеченной из образца ДНК, и трансляцию информации по рекомендациям по терапевтическому/диетическому режиму или образу жизни. Паттерны генотипа могут быть сохранены, переданы в электронном виде и выведены на экран через компьютерные сети и Интернет.
Рекомендации по терапевтическому/диетическому режиму и образу жизни включают, но не ограничиваясь ими, рекомендации, описанные в настоящем изобретении.
Определение аллелей.
Аллельные паттерны, паттерны полиморфизмов или паттерны гаплотипов могут быть идентифицированы путем определения любого компонента аллелей с использованием любой из множества пригодных методик, включая:
1) выполнение реакции гибридизации между образцом нуклеиновой кислоты и зондом, который способен гибридизироваться с аллелем;
2) секвенирование по меньшей мере части аллеля или
3) определение электрофоретической подвижности аллеля или его фрагмента (например, фрагментов, полученных в результате эндонуклеазного переваривания).
Аллель может быть при необходимости подвержен стадии амплификации до выполнения стадии определения. Предпочтительные методы амплификации выбраны из группы, состоящей из полимеразной цепной реакции (ПЦР), лигазной цепной реакции (ЬСК), амплификации со смещением нити (БОА), клонирования и вариаций вышеупомянутых методов (например, ОТ-ПЦР (полимеразная цепная реакция с обратной транскрипцией) и аллель-специфичная амплификация). Олигонуклеотиды, необходимые для амплификации, могут быть выбраны из, например, локусов метаболических генов или фланкирующих маркеров, представляющих интерес (что требуется для ПЦР-амплификации) или прямого перекрывания маркера (как в аллель-специфичной олигонуклеотидной (А8О) гибридизации). В особенно предпочтительном варианте осуществления изобретения образец гибридизируется с набором праймеров, которые гибридизируют 5'- и 3'-концы последовательности в смысловой или антисмысловой последовательности аллеля, ассоциированного с сосудистым заболеванием, и подвергается ПЦР-амплификации.
Аллель может быть также определен опосредовано, например, путем анализа белкового продукта, кодируемого ДНК. Например, если рассматриваемый маркер приводит к трансляции мутантного белка, белок может быть определен с помощью любого из множества методов определения белка. Такие методы включают иммуноопределение и биохимические тесты, такие как фракционирование по размеру, где белок содержит изменение ожидаемой молекулярной массы через укорочение, удлинение, измененную укладку или измененные посттрансляционные модификации.
Общее направление конструирования праймеров для амплификации уникальных хромосомных геномных последовательностей человека состоит в том, что они обладают температурой плавления по меньшей мере примерно 50°С, где приблизительная температура плавления может быть оценена с использованием формулы
Тте[!=[2х (#А или Т)+4х (# С или С)].
Многие методы пригодны для определения специфических аллелей полимфорфных локусов человека. Предпочтительный метод определения специфического полимфорфного аллеля будет зависеть, в частности, от молекулярной природы полиморфизма. Например, различные аллельные формы полиморфного локуса могут различаться единственной парой основания ДНК. Такие однонуклеотидные полиморфизмы (или 8№) являются главными участниками генетической вариации, включающей приблизительно 80% всех известных полиморфизмов, и их плотность в геноме человека оценивается в среднем 1 на 1000 пар оснований. 8№ чаще встречаются в биаллельном состоянии только в двух различных формах (хотя теоретически возможны четыре различные формы 8№, соответствующие четырем различным нуклеотидным основаниям в ДНК). Тем не менее 8№ мутационно более стабильны, чем другие полиморфизмы, что делает их приемлемыми для ассоциативных исследований, в которых неравновесность сцепления между маркерами и неизвестным вариантом используется для картирования вызывающих болезнь мутаций. Кроме того, 8№ обычно имеют только два аллеля, они могут быть генотипированы посредством простого анализа на основе плюс-минус нити, скорее, чем путем измерения длины, что делает их более поддающимися автоматизации.
- 21 018875
Ряд методов является пригодным для определения присутствия конкретного однонуклеотидного полиморфного аллеля у субъекта. Прогресс в этой области предоставляет точный, легкий и экономичный метод крупномасштабного генотипирования 8ΝΡ. Совсем недавно, например, были описаны несколько новых методик, включая динамическую аллель-специфичную гибридизацию (ЭА8Н), диагональный гель-электрофорез на микропланшетном чипе (МАЭСЕ), пиросеквенирование, олигонуклеотидспецифичное лигирование, ТадМап систему, а также различные технологии ДНК-чип, такие как δΝΡ-чипы Аффиметрикс. Эти методы требуют амплификации мишенной генетической области, обычно посредством ПЦР. Тем не менее другие, вновь разработанные методы, основанные на генерации малых сигнальных молекул путем инвазивного расщепления с последующей масс-спектрометрией или иммобилизацией висячих зондов и амплификации по типу катящегося кольца, могут, в конечном счете, устранить необходимость в ПЦР. Некоторые методы, известные в данной области, для определения специфических однонуклеотидных полиморфизмов суммированы ниже. Подразумевается, что способ по настоящему изобретению включает все пригодные методы.
Были разработаны некоторые способы облегчения анализа однонуклеотидных полиморфизмов. В соответствии с одним вариантом осуществления изобретения однонуклеотидный полиморфизм может быть определен путем использования специализированного, резистентного к экзонуклеазе нуклеотида, как раскрыто, например, у Мипйу, С.В. (патент США № 4656127). В соответствии со способом праймер, комплементарный аллельной последовательности непосредственно с З'-стороны полиморфного сайта, допускает гибридизацию с мишенной молекулой, полученной от конкретного животного или человека. Если полиморфный сайт на мишенной молекуле содержит нуклеотид, который комплементарен присутствующему конкретному, резистентному к экзонуклеазе нуклеотидному производному, тогда это производное будет включено в конец гибридизированного праймера. Такое включение приводит праймер в состояние резистентности к экзонуклеазе и тем самым обеспечивает его определение. Так как идентичность резистентного к экзонуклеазе производного образца известна, данные о том, что праймер становится резистентным к экзонуклеазе, показывают, что нуклеотид, который присутствует в полиморфном сайте мишенной молекулы, комплементарен таковому нуклеотидного производного, использованного в реакции. Этот метод обладает тем преимуществом, что он не требует определения больших объемов данных посторонних последовательностей.
В другом варианте осуществления изобретения используется основанный на растворе метод определения идентичности нуклеотида полиморфного сайта. Сойеп Э. еГ а1. (патент Франции 2650840; РСТ публикация № \УО 91/02087). Как и в способе Мипйу патент США № 4656127, применяется праймер, который комплементарен аллельным последовательностям непосредственно с З'-стороны полиморфного сайта. Метод определяет идентичность нуклеотида этого сайта с использованием меченых олигонуклеотидных производных, которые в случае комплементарности с нуклеотидом полиморфного сайта включаются в один конец праймера.
Альтернативный метод, известный как Генетический Бит-анализ или СВА™, описан Сое1е1, Р. еГ а1., (РСТ публикация № \УО 92/15712). В методе Сое1е1, Р. еГ а1. используются смеси меченых терминаторов и праймера, который комплементарен З'-последовательности полиморфного сайта. Таким образом, определяется меченый терминатор, который встраивается и который комплементарен нуклеотиду, присутствующему в полиморфном сайте мишенной молекулы, которую оценивают. В отличие от метода Сойеи еГ а1. (патент Франции 2650840; РСТ публикация № \УО 91/02087), метод Сое1еГ, Р. еГ а1. предпочтителен для гетерогенного фазового анализа, в котором праймер или мишенная молекула иммобилизованы в твердой фазе.
Недавно было описано несколько управляемых праймером методик нуклеотидного включения для анализа полиморфных сайтов в ДНК (Кошйег, 1.8. еГ а1. №с1. Ас1йк Век. 17:7779-7784 (1989); 8око1оу, В.Р. №с1. Ас1йк Век. 18:3671 (1990); 8ууаиеи, А.-С., еГ а1., Сепотюк. 8:684-692 (1990); Киррикташу, Μ.Ν. еГ а1., Ргос. Асай. 8с1. (И.8.А), 88:1143-1147 (1991); РгекапГ, Т.В. еГ а1., Нит. МиГаГ. 1:159-164 (1992); идоггоП, Ь. еГ а1., САТА. 9:107-112 (1992); ^геп, Р. еГ а1., Апа1. Вюсйет. 208:171-175 (1993)). Эти методы отличаются от СВА™ тем, что все они основаны на включении меченых дезоксинуклеотидов для различения оснований в полиморфном сайте. В таком формате, так как сигнал пропорционален числу включенных дезоксинуклеотидов, полиморфизмы, которые встречаются при пробеге сходного нуклеотида, могут давать в результате сигналы, величина которых пропорциональна длине пробега, 8ууапеп, А.-С., еГ а1., Атег. I. Нит. СепеГ. 52:46-59 (1993)).
Для мутаций, которые являются причиной преждевременной терминации белковой трансляции, предлагается тест на укорочение белка (РТТ) как эффективный диагностический подход (ВоекГ, еГ а1., (1993), Нит. Мо1. СепеГ. 2:1719-21; уап йег ЬиуГ, еГ а1. (1994), Сепотюк. 20:1-4). Для РТТ РНК сначала изолируют из пригодной ткани и проводят обратную транскрипцию,и сегмент, представляющий интерес, амплифицируют с помощью ПЦР. Продукты обратной транскрипции-ПЦР затем используются в качестве матрицы для гнездовой ПЦР-амплификации с праймером, который содержит промотор РНКполимеразы и последовательность инициации эукариотической трансляции. После амплификации области, представляющей интерес, уникальные мотивы, включенные в праймер, обеспечивают последователь
- 22 018875 ную ίη νίίΓΟ транскрипцию и трансляцию ПЦР-продуктов. После электрофореза в полиакриламидном геле с додецилсульфатом натрия продуктов трансляции появление сигналов укороченных полипептидов указывает на присутствие мутации, которая вызывает преждевременную терминацию трансляции. В вариации этой методики ДНК (по сравнению с РНК) используется как ПЦР-матрица, когда мишенная область, представляющая интерес, получена из единственного экзона.
Любой тип клетки или ткань могут быть использованы для получения образцов нуклеиновой кислоты для использования в диагностике, описанной в данном изобретении. В предпочтительном варианте осуществления изобретения образец ДНК получают из жидкости тела, например крови, полученной с помощью известных методик (например, венопункция), или слюны. Альтернативно, нуклеиновокислотные тесты могут быть выполнены на сухих образцах (например, волос или кожа). При использовании РНК или белка клетки или ткани, которые могут быть использованы, должны экспрессировать метаболический ген, представляющий интерес.
Диагностические методики могут быть также выполнены ίη δίΐιι прямо на тканевых срезах (фиксированные и/или замороженные) ткани пациента, полученной посредством биопсий или резекций, так что отсутствует необходимость в очистке нуклеиновой кислоты. Нуклеино-вокислотные реагенты могут быть использованы в качестве зондов и/или праймеров для ίη δίΐιι методик (см., например, Νυονο, С. ί.. 1992, РСК ίη 8Йи ΗνόΓίάίζαΙίοη: ргоЮсоР апб αρρίίοαίίοηδ, Ваусп Рге§8, ΝΥ).
В дополнение к методам, которые фокусируют внимание в основном на определении последовательности одной нуклеиновой кислоты, профили также могут быть оценены в этих схемах определения. Фингерпринтные профили могут быть получены, например, посредством использования методики дифференциального дисплея, Нозерн-анализа и/или ОТ-ПЦР.
Предпочтительный способ определения представляет собой аллель-специфичную гибридизацию с использованием зондов, перекрывающих область по меньшей мере одного аллеля метаболического гена или гаплотипа и содержащих примерно 5, 10, 20, 25 или 30 нуклеотидов вокруг мутации или полиморфной области. В предпочтительном варианте осуществления изобретения несколько зондов, способных специфически гибридизироваться с другими аллельными вариантами ключевых метаболических генов, прикрепляются к твердофазной подложке, например чипу (который может содержать вплоть до примерно 250000 олигонуклеотидов). Олигонуклеотиды могут быть связаны с твердой подложкой с помощью различных способов, включая литографию. Анализ определения мутации с использованием этих чипов, включающий олигонуклеотиды, также обозначенные как чипы ДНК-зонда, описан, например, у Сгоп1п е1 а1. (1996), Ηитаη ΜιιΙαΙίοη. 7:244. В одном варианте осуществления изобретения чип включает все аллельные варианты по меньшей мере одной полиморфной области гена. Твердофазная подложка затем контактирует с тестируемой нуклеиновой кислотой, и определяется гибридизация со специфическими зондами. Таким образом, идентичность многочисленных аллельных вариантов одного или нескольких генов может быть идентифицирована в простом эксперименте по гибридизации.
Эти методики могут также включать стадию амплификации нуклеиновой кислоты до анализа. Методики амплификации известны специалистам в данной области и включают, но не ограничиваясь ими, клонирование, полимеразную цепную реакцию (ПЦР), полимеразную цепную реакцию специфических аллелей (А8А), лигазную цепную реакцию (ЬСК), гнездовую полимеразную цепную реакцию, самоподдерживающуюся репликацию последовательности (Сиа1еШ, ТС. е1 а1., 1990, Ргос. ΝαίΙ. Асаб. 8с1. И8А. 87:1874-1878), систему транскрипционной амплификации (ΚινοΗ, Ό.Υ. е1 а1., 1989, Ргос. №!1. Асаб. δα. И8А. 86:1173-1177) и О-бета репликазу (Ьйагб| Р.М. е1 а1., 1988, Вю/Тескю^ду. 6:1197).
Продукты амплификации могут быть проанализированы различными путями, включая анализ размера, рестрикционное переваривание с последующим анализом размера, определение специфических меченых олигонуклеотидных праймеров в реакционных продуктах, аллель-специфичную олигонуклеотидную (А8О) гибридизацию, аллель-специфичное 5'-экзонуклеазное определение, секвенирование, гибридизацию и т.п.
Основанное на ПЦР средство определения может включать мультиплексную амплификацию множества маркеров одновременно. Например, хорошо известен в данной области выбор ПЦР-праймеров для генерации ПЦР-продуктов, которые не перекрываются по размеру и могут быть проанализированы одновременно. С другой стороны, возможна амплификация различных маркеров с праймерми, которые дифференциально мечены, и, таким образом, каждый из них может быть дифференциально определен. Конечно средство, основанное на определении гибридизации, позволяет дифференциально определять множество ПЦР-продуктов в образце. Другие методики, известные в данной области, предусматривают мультиплексные анализы множества маркеров.
В просто иллюстративном варианте осуществления изобретения способ включает следующие стадии:
ί) получение образца клеток от пациента;
ίί) изолирование нуклеиновой кислоты (например, геномная, мРНК или то и другое) из клеток образца;
ϊϊΐ) контактирование образца нуклеиновой кислоты с одним или несколькими праймерами, которые специфически гибридизируются с 5'- и З'-концами по меньшей мере одного аллеля метаболического гена
- 23 018875 или гаплотипа в условиях, обеспечивающих осуществление гибридизации и амплификации аллеля; и ίν) определение продукта амплификации.
Эти схемы определения особенно полезны для определения молекул нуклеиновой кислоты, если такие молекулы присутствуют в очень небольшом количестве.
В предпочтительном варианте осуществления изобретения по рассматриваемому анализу аллель метаболического гена или гаплотипа идентифицируется посредством изменений паттернов расщепления рестрикционным ферментом. Например, образец или контрольная ДНК изолируются, амплифицируются (при необходимости), перевариваются с использованием одной или нескольких рестрикционных эндонуклеаз и определяется длина фрагментов с помощью гель-электрофореза.
В еще другом варианте осуществления изобретения любая из ряда реакций секвенирования, известная в данной области, может быть использована для прямого секвенирования аллеля. Типичные реакции секвенирования включают реакции, основанные на методиках, разработанных Мах1т и С11Ьей ((1977), Ргос. №111. Асаб. 8с1. И8А. 74:560) или 8апдет (8апдет е! а1. (1977), Ргос. №11. Асаб. δα. И8А. 74:5463). Также предполагается, что любая из ряда методик автоматического секвенирования может быть использована для осуществления рассматриваемых анализов (см., например, Вю1ес11пк|иек (1995), 19:448), включая секвенирование посредством масс-спектрометрии (см., например, РСТ публикацию АО 94/16101; СоЬеп е! а1. (1996), Αбν. СЬгота!одг. 36:127-162 и СпГПп е! а1. (1993), Арр1. ВюсЬет. Вю!есЬпо1. 38:147-159). Становится очевидным для специалиста в данной области, что в некоторых вариантах осуществления изобретения наличие только одного, двух или трех оснований нуклеиновой кислоты необходимо для определения в реакции секвенирования. Например, А-трек или подобный, например, где определяется только одна нуклеиновая кислота, может быть выполнен.
В другом варианте осуществления изобретения может быть использована защита от расщепляющих агентов (таких как нуклеаза, гидроксиламин или осмия тетроксид и пиперидин) для определения ошибочно спариванных оснований в РНК/РНК, или РНК/ДНК, или ДНК/ДНК гетеродуплексах. (Муегк е! а1. (1985), 8аепсе. 230:1242). В общем, методика данной области расщепления ошибочного спаривания начинается путем предоставления гетеродуплексов, образованных посредством гибридизации (меченой) РНК или ДНК, содержащей аллель дикого типа в образце. Двунитевые дуплексы обрабатываются агентом, который расщепляет однонитевые области дуплекса, такие как области, которые существуют вследствие ошибочного спаривания оснований между нитями контроля и образца. Например, РНК/ДНК дуплексы могут быть обработаны РНКазой и гибриды ДНК/ДНК обработаны нукзеазой 81 для ферментативного переваривания ошибочно спаренных областей. В других вариантах осуществления изобретения ДНК/ДНК или РНК/ДНК дуплексы могут быть обработаны гидроксиламином или осмия тетроксидом и пиперидином для того, чтобы переварить ошибочно спаренные области. После переваривания ошибочно спаренных областей полученный материал затем разделяют по размеру в денатурирующих полиакриламидных гелях для определения сайта мутации. См., например, Со!!оп е! а1. (1988), Ргос. №111. Асаб. 8а. И8А. 85:4397 и 8а1ееЬа е! а1. (1992), Мебюбк Епхуто1. 217:286-295. В предпочтительном варианте осуществления изобретения контрольная ДНК или РНК могут быть мечены для определения.
Еще в другом варианте осуществления изобретения в реакции расщепления ошибочного спаривания применяются один или несколько белков для распознавания ошибочно спаренных пар оснований в двунитевой ДНК (так называемые ферменты репарации ошибочного спаривания ДНК). Например, фермент ти!У Е.со11 расщепляет А в ошибочных спариваниях С/А и тимидин-ДНК-гликозилаза из клеток НеЬа расщепляет Т в ошибочных спариваниях С/Т (Нки е! а1. (1994), Сатстодепекй. 15:1657-1662). В соответствии с типичным вариантом осуществления изобретения зонд, основанный на аллеле гаплотипа метаболического генного локуса, гибридизируется с кДНК или другим ДНК-продуктом тестируемой клетки (клеток). Дуплекс обрабатывается ферментом ошибочной репарации ДНК, и продукты расщепления, если они имеются, могут быть определены с помощью протоколов электрофореза или т.п. См., например, патент США № 5459039.
В других вариантах осуществления изобретения изменения электрофоретической подвижности будут использоваться для идентификации аллеля метаболического генного локуса. Например, конформационный полиморфизм однонитевой ДНК (88СР) может быть использован для определения различий в электрофоретической подвижности между мутантной нуклеиновой кислотой и нуклеиновой кислотой дикого типа (Оп!а е! а1. (1989), Ргос. №111. Асаб. 8а. И8А. 86:2766; см. также Сойоп (1993), Ми!а! Кек. 285:125-144 и Науакй (1992), Сепе!. Апа1. ТесЬ. Арр1. 9:73-79). Однонитевые фрагменты ДНК образца и аллели контрольного метаболического локуса денатурируют и обеспечивают ренатурацию. Вторичная структура однонитевых нуклеиновых кислот варьируется в соответствии с последовательностью, полученные изменения электрофоретической подвижности дают возможность определять даже изменение единственного основания. Фрагменты ДНК могут быть мечены или определены с использованием меченых зондов. Чувствительность анализа может быть повышена путем использования РНК (вместо ДНК), у которой вторичная структура более чувствительна к изменению последовательности. В предпочтительном варианте осуществления изобретения в рассматриваемом методе используется гетеродуплексный анализ для разделения двунитевых гетеродуплексных молекул на основе изменений электрофоретической подвижности (Кееп е! а1. (1991), Тгепбк Сепе!. 7-5).
- 24 018875
В еще другом варианте осуществления изобретения движение аллелей в полиакриламидных гелях, содержащих градиент денатурирующего агента, анализируется с использованием гель-электрофореза с денатурирующим градиентом (ОССЕ) (Муегк е! а1. (1985), №а!иге. 313:495). При использовании ОССЕ в качестве метода анализа ДНК будет модифицирована для обеспечения того, что она не полностью денатурируется, например, путем добавления СС-зажима приблизительно из 40 п.о. СС-обогащенной ДНК с высокой температурой плавления посредством ПЦР. В другом варианте осуществления изобретения температурный градиент используется вместо градиента денатурирующего агента для идентификации различий в подвижности контрольной ДНК и ДНК образца. (КокепЬаит аиб КеЦкпег (1987), Вюрйук (Бет. 265:12753).
Примеры других методик определения аллелей включают, но не ограничиваясь ими, селективную олигонуклеотидную гибридизацию, селективную амплификацию или селективную достройку праймера. Например, могут быть получены олигонуклеотидные праймеры, в которых известная мутация или нуклеотидное различие (например, в аллельных вариантах) размещены по центру, и затем гибридизируются с мишенной ДНК в условиях, которые обеспечивают гибридизацию, только если обнаружено точное спаривание (8а1к1 е! а1. (1986), №а!иге 324:163); 8а1к1 е! а1. (1989), Ргос. №а!1. Асаб. 8ск изА. 86:6230). Такая методика аллель-специфичной олигонуклеотидной гибридизации может быть использована для тестирования одной мутации или полиморфной области на реакцию, когда олигонуклеотиды гибридизируются с ПЦР-амплифицированной мишенной ДНК или с рядом различных мутаций или полиморфных областей, где олигонуклеотиды прикрепляются к гибридизирующей мембране и гибридизируются с меченой мишенной ДНК.
С другой стороны, технология аллель-специфичной амплификации, которая зависит от селективной ПЦР-амплификации, может быть использована совместно с рассматриваемым изобретением. Олигонуклеотиды, используемые как праймеры для специфичной амплификации, могут нести мутацию или полиморфную область, представляющую интерес, в центре молекулы (так что амплификация зависит от дифференциальной гибридизации) (С1ЬЬк е! а1. (1989), №ис1е1с Ас1бк Кек. 17:2437-2448) или от крайнего 3'-конца одного праймера, где при соответствующих условиях ошибочное спаривание можно предотвратить или уменьшить достройку посредством полимеразы (Ргоккпег (1993), Т1Ь!есй. 11:238). Кроме того, может быть желательно введение нового рестрикционного сайта в область мутации для создания основанного на расщеплении определения (Сакрапш е! а1. (1992), Мо1. Се11 РгоЬек. 6:1). Предполагается, что в некоторых вариантах осуществления изобретения амплификация может быть также выполнена с использованием лигазы Тад для амплификации (Вагапу (1991), Ргос. №111. Асаб. 8сг И8А. 88:189). В таких случаях лигирование будет происходить, только если осуществляется спаривание в 3'-конце 5'-последовательности, что делает возможным определение присутствия известной мутации в специфическом сайте путем просматривания присутствия или отсутствия амплификации.
В другом варианте осуществления изобретения идентификация аллельного варианта выполняется с использованием анализа олигонуклеотидного лигирования (ОБА), как описано, например, в патенте США № 4998617 и у Бапбедгеп, и. е! а1. (1988), Заепсе. 241:1077-1080). В протоколе ОЬА используется два олигонуклеотида, которые сконструированы для гибридизации со смежными последовательностями единственной нити мишени. Один из олигонуклеотидов связан с маркером сепарации, например биотинилирован, и другой содержит регистрируемую метку. Если точная комплементарная последовательность обнаружена в мишенной молекуле, олигонуклеотиды будут гибридизироваться так, что их концы соприкасаются и создают лигирующий субстрат. Лигирование затем обеспечивает извлечение меченого олигонуклеотида с использованием авидина или другого биотинового лиганда. №скегкоп. Ω.Λ. е! а1. описывает метод определения нуклеиновой кислоты, в котором скомбинированы характерные признаки ПЦР и ОЬА (Мскегкоп, Э.А. е! а1. (1990), Ргос. №а!1. Асаб. 8ск И8А. 87:8923-27). В этом методе ПЦР используется для достижения экспоненциальной амплификации мишенной ДНК, которая затем определяется с использованием ОЬА.
Были разработаны некоторые методики, основанные на этом методе ОЬА, и они могут быть использованы для определения аллелей гаплотипа метаболического генного локуса. Например, патент США № 5593826 раскрывает ОЬА с использованием олигонуклеотида, содержащего 3'-аминогруппу и 5'-фосфорилированный олигонуклеотид с образованием конъюгата, имеющего фосфоамидатную связь. В другом варианте ОБА, описанном ТоЬе е! а1. ((1996), №ис1е1с Ас1бк Кек. 24:3728), ОБА, скомбинированный с ПЦР, обеспечивает типирование двух аллелей в единственной ячейке для микротитрования. Путем маркировки каждого из аллель-специфичных праймеров уникальным гаптеном, т.е. дигоксигенином и флуоресцеином, каждая реакция ОБА может быть определена посредством использования гаптенспецифических антител, которые мечены различными ферментными репортерами, щелочной фосфатазой или пероксидазой хрена. Эта система обеспечивает определение двух аллелей с использованием высокопроизводительного формата, который приводит к получению двух различных окрасок.
В другом аспекте изобретение представляет наборы для осуществления вышеупомянутых анализов. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения наборы по настоящему изобретению могут включать средство для определения генотипа субъекта в отношении одного или нескольких метаболических генов. Набор может также содержать средство для взятия образца нуклеиновой кислоты.
- 25 018875
Набор может также содержать контрольный образец или положительный, или отрицательный, или стандартный и/или алгоритмическое устройство для оценки результатов и дополнительные реагенты и компоненты, включающие реагенты для амплификации ДНК, ДНК-полимеразу, реагенты для амплификации нуклеиновой кислоты, рестрикционные ферменты, буферы, устройство для взятия образца нуклеиновой кислоты, устройство для очистки ДНК, дезоксинуклеотиды, олигонуклеотиды (например, зонды и праймеры) и т.д.
Для использования в наборе олигонуклеотиды могут быть любыми из ряда природных и/или синтетических композиций, таких как синтетические олигонуклеотиды, рестрикционные фрагменты, кДНК, синтетические пептидно-нуклеиновые кислоты (ΡΝΑ) и т.п. В наборе для анализа и методе могут также применяться меченые олигонуклеотиды, обеспечивающие легкость идентификации в анализах. Примеры меток, которые могут быть применены, включают радиометки, ферменты, флуоресцентные соединения, стрептавидин, авидин, биотин, магнитные частицы, металл-связывающие частицы, антигенные или антительные фрагменты и т.п.
Как описано выше, контроль может быть положительным или отрицательным. Далее контрольный образец может содержать положительные (или отрицательные) продукты, применяемые в методике определения аллеля. Например, там, где методика определения аллеля представляет собой ПЦРамплификацию с последующим определением размера фракции, контрольный образец может включать фрагменты ДНК соответствующего размера. Аналогично, там, где методика определения аллеля включает определение мутантного белка, контрольный образец может включать образец мутантного белка. Однако предпочтительно, чтобы контрольный образец включал тестируемый материал. Например, контролями могут быть образец геномной ДНК или клонированная часть метаболического гена. Предпочтительно, однако, что контрольный образец является высокоочищенным образцом геномной ДНК, а образец для тестирования является геномной ДНК.
Олигонуклеотиды, представленные в указанном наборе, могут быть использованы для амплификации области, представляющей интерес, или в прямой аллель-специфичной олигонуклеотидной (А8О) гибридизации с соответствующими маркерами. Таким образом, олигонуклеотиды могут или фланкировать маркер, представляющий интерес (как требуется для ПЦР-амплификации), или прямо перекрывать маркер (как в А8О гибридизации).
Информация, полученная с использованием анализов и наборов, описанных в данном изобретении (индивидуально или в связи с информацией по другому генетическому дефекту или фактору окружающей среды, который приводит к остеоартриту), полезна для определения того, имеется ли у бессимптомного субъекта вероятность развития конкретного заболевания или патологического состояния. Кроме того, информация может обеспечить более индивидуализированный подход для предотвращения начала или прогрессирования заболевания или патологического состояния. Например, эта информация может дать возможность клиницистам более эффективно назначать лечение, которое будет соответствовать молекулярной основе заболевания или патологического состояния.
Набор может, при необходимости, также включать средство для взятия образца ДНК. Средство для взятия образца ДНК хорошо известно специалистам в данной области и может включать, но не ограничиваясь ими, субстраты, такие как фильтровальные бумаги, АтрНСагй™ (ИпгуегШу оГ 811еГПе1Ф 811еГПе1Ф Епд1аий 810 2ΙΕ; Таг1о\у, Εν., е! а1., I. оГ 1пуе51. Иегта1о1. 103:387-389 (1994)) и т.п.; реагенты для очистки ДНК, такие как наборы МкЭеоп™, лизирующие буферы, протеиназные растворы и т.п.; ПЦР-реагенты, такие как 10Х реакционные буферы, термостабильная полимераза, дНТФ и т.п.; и средство для определения аллелей, такое как рестрикционный фермент ΗίηίΙ, аллель-специфичные олигонуклеотиды, вырожденные олигонуклеотидные праймеры для гнездовой ПЦР из высушенной крови.
Другой вариант осуществления изобретения относится к наборам для определения предрасположенности к восприимчивости некоторых диет и/или уровней активности. Этот набор может содержать один или несколько олигонуклеотидов, включая 5'- и 3'-олигонуклеотиды, которые гибридизируются с 5'- и 3'-концом по меньшей мере одного аллеля метаболического генного локуса или гаплотипа. ПЦРамплификация олигонуклеотидов должна обеспечить гибридизацию между 25 и 2500 пар оснований раздельно, предпочтительно между примерно 100 и примерно 500 пар оснований раздельно для получения ПЦР-продукта удобного размера для последующего анализа.
- 26 018875
Таблица 5
Особенно предпочтительные праймеры для использования в диагностическом способе изобретения, включая перечисленные
Ген 8ΝΡ ПЦРпраймер Положение Последо вательность Положение Размер ПЦР-продукта (по)
ГАВР2 Γ51799883 РА_Р1 5' ТОТТСТТСТбСАААСкбСАА Т6СТАСС0 3’ 311
РАВ.1 5’ ТСТТАСССТОАОТТСАОТТС сотстос 3’
АВВВ2 го1042713 Л1Р1 5’ ОССССТА6САСССОАСААО СТСАСТС1' 3’ 422
Г51042714 А2_К1 5’ ССАООСССАТОАССАОАТС АОСАСАО 3’
АОКВЗ г$4994 АЗ_Р2 5’ ААОСОТС6СТАСТССТССС ССААОАСС 3' 569
АЗ К2 5’ СТСАСАСАСАОСАСОТССА СССгАООТС 3'
РРАЙС «1801282 РРР1 5’ Т0ССАСССААТТСАА6ССС АСТССТТТ 3' 367
РР КЗ 5’ АСАСААССТООААСАСАА АСТАСАА0А6САА 3’
Ген ЗВЕ-праймер Последовательность
РАВР2 «1799883 5ВЕРАР1 5’ ОАА6САААТАААТТСАСА ОТСАААОААТСААОС 3’
АПКВ2 «1042713 8ВЕ_А1_Р2 5’ ААСООСАССОССТТСТТСС ТСЮСАСССААТ 3’
«1042714 8ВЕА2Р1 5' АОССАТОСОСССОАССАСО АСОТСАСССАО 3’
АВЙВЗ «4994 8ВЕ_АЗ РЗ 5' ОСОАСОСААССТ6СТООТС АТССТСОССАТСОСС 3'
РРАВО «1801282 8ВЕ_РР_К1 5' САСА0ТСТАТСА6ТСАА00 ААТС0СТГТСТ6 3'
ПЦР= полимеразная цепная реакция
ЗВЕ = достройка единичного основания
Конструирование дополнительных олигонуклеотидов для использования в амплификации и определении полиморфных аллелей метаболического гена посредством способа изобретения облегчается посредством пригодности как последней информации по последовательности области с|28-с.]31 хромосомы 4 человека, которая содержит локус ЕАВР2 человека, так и последней информации по полиморфизму человека, доступной для этого локуса. Приемлемые праймеры для определения полиморфизма человека в метаболических генах могут быть легко сконструированы с использованием этой информации по последовательности и стандартных методик, известных в данной области, для конструирования и оптимизации праймерных последовательностей. Оптимальное конструирование таких праймерных последовательностей может быть достигнуто, например, путем использования коммерчески пригодных программ селекции праймеров, таких как Рпшсг 2.1, Рпшсг 3 или СепеНзНег (см. также ΝίοΚΙίη М.Н.Е, \УеП11 А. ЭиГГ С.\У., А РНуз1са1 Мар οί (Не Кедюп Епсотраззшд (Не Нитап 1и1ег1еик1и-1а, т!ег1еикт-1в апб 1п1ег1еикт-1 КесерГОг Айадошз! Сепез. Сепоткз. 19:382 (1995); №(Н\гапд Н.С., е( а1. Мо1еси1аг С1ошпд оГ (Не 1п1ег1еик1п-1 депе С1из1ег: С.опз(гис1юп оГ ап 1п(едга(еб УАС/РАС СопНд апб а рагИа1 1гап5сг1р(1опа1 Мар т (Не Кедюп оГ СНготозоте 2д13. Сепотюз 41:370 (1997); С1агк, е( а1. (1986), №с1. Ас1бз. Кез., 14:7897-7914 |риЬ11зНеб егга(ит арреагз т Шс1ею Ас1бз Кез., 15:868 (1987) апб (Не Сепоте Эа(аЬазе (СОВ) рго]ес(|).
В другом аспекте изобретение представляет наборы для осуществления вышеописанных анализов. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления изобретения наборы по настоящему изобретению могут включать средство для определения генотипа субъекта в отношении одного или нескольких метаболических генов. Набор может также содержать средство для взятия образца нуклеиновой кислоты. Набор может также содержать контрольный образец или положительный, или отрицательный, или стандартный и/или алгоритмическое устройство для оценки результатов и дополнительные реагенты и ком
- 27 018875 поненты, включающие реагенты для ДНК-амплификации, ДНК-полимеразу, реагенты для амплификации нуклеиновой кислоты, рестрикционные ферменты, буферы, устройство для взятия образца нуклеиновой кислоты, устройство для очистки ДНК, дезоксинуклеотиды, олигонуклеотиды (например, зонды и праймеры) и т.д.
Для использования в наборе олигонуклеотиды могут быть любыми из ряда природных и/или синтетических композиций, таких как синтетические олигонуклеотиды, рестрикционные фрагменты, кДНК, синтетические пептидно-нуклеиновые кислоты (РИА) и т.п. В наборе для анализа и методе могут также применяться меченые олигонуклеотиды для обеспечения легкости идентификации в анализах. Примеры меток, которые могут быть применены, включают радиометки, ферменты, флуоресцентные соединения, стрептавидин, авидин, биотин, магнитные частицы, металл-связывающие частицы, антигенные или антительные фрагменты и т.п.
Как описано выше, контроль может быть положительным или отрицательным. Далее контрольный образец может содержать положительные (или отрицательные) продукты, применяемые в методике определения аллеля. Например, там, где методика определения аллеля представляет собой ПЦРамплификацию с последующим определением размера фракции, контрольный образец может включать фрагменты ДНК соответствующего размера. Аналогично, там, где методика определения аллеля включает определение мутантного белка, контрольный образец может включать образец мутантного белка. Однако предпочтительно, чтобы контрольный образец включал тестируемый материал. Например, контроли могут быть образцом геномной ДНК или клонированной частью метаболического гена. Предпочтительно, однако, что контрольный образец является высокоочищенным образцом геномной ДНК, а образец для тестирования является геномной ДНК.
Олигонуклеотиды, представленные в указанном наборе, могут быть использованы для амплификации области, представляющей интерес, или в прямой аллель-специфичной олигонуклеотидной (А8О) гибридизации с соответствующими маркерами. Таким образом, олигонуклеотиды могут или фланкировать маркер, представляющий интерес (как требуется для ПЦР-амплификации), или прямо перекрывать маркер (как в А8О гибридизации).
Информация, полученная с использованием анализов и наборов, описанных в данном изобретении (индивидуально или в связи с информацией по другому генетическому дефекту или фактору окружающей среды, который приводит к остеоартриту), полезна для определения того, имеется ли у бессимптомного субъекта вероятность развития конкретного заболевания или патологического состояния. Кроме того, информация может обеспечить более индивидуализированный подход для предотвращения начала или прогрессирования заболевания или патологического состояния. Например, эта информация может дать возможность клиницистам более эффективно назначать лечение, которое будет соответствовать молекулярной основе заболевания или патологического состояния.
Набор может, при необходимости, также включать средство для взятия образца ДНК. Средство для взятия образца ДНК хорошо известно специалистам в данной области, включая, но не ограничиваясь ими, субстраты, такие как фильтровальные бумаги, АтрИСатй™ ШштегШу оГ 8НсГПс1й. 8НсГПс1й. Еид1аий 810 21Е; Таг1о\у, Ε\ν, е! а1., 1. оГ Ιηνβδΐ. Эегта1о1. 103:387-389 (1994)) и т.п.; реагенты для очистки ДНК, такие как наборы Хис1еои™, лизирующие буферы, протеиназные растворы и т.п.; ПЦР-реагенты, такие как 10Х реакционные буферы, термостабильная полимераза, дНТФ и т.п.; и средство для определения аллелей, такое как рестрикционный фермент ΗίηίΙ, аллель-специфичные олигонуклеотиды, вырожденные олигонуклеотидные праймеры для гнездовой ПЦР из высушенной крови.
Определения.
Если не определено иное, все технические и научные термины, использованные в данном описании, имеют такое же значение, как обычно понимаемое специалистом в данной области, к которой это изобретение относится. Хотя способы и материалы сходны или эквивалентны таковым, описанным в данном изобретении, могут быть использованы в практике или тестировании по настоящему изобретению, приемлемые способы и материалы описаны ниже. Все публикации, патентные заявки, патенты и другие ссылки, упомянутые в данном описании, включены посредством ссылки во всей своей полноте. В случае противоречия настоящее описание, включающее определения, будет иметь преимущественную силу. Кроме того, материалы, способы и примеры являются только иллюстративными и не предназначены для ограничения. Другие особенности и преимущества изобретения будут очевидны из следующего детального описания и формулы изобретения.
Для целей лучшего понимания вариантов осуществления изобретения, описанных в данном изобретении, будет сделана ссылка на предпочтительные варианты осуществления изобретения и специфический язык, который будет использоваться для описания того же. Терминология, использованная в данном описании, служит для цели описания только конкретных вариантов осуществления изобретения и не предназначена для ограничения объема настоящего изобретения. Как использовано на всем протяжении этого раскрытия, термины в единственном числе включают и множественное число, если контекст явно не диктует иное. Так, например, ссылка на термин композиция включает множество таких композиций, а также единственную композицию, и ссылка на термин терапевтический агент является ссылкой на
- 28 018875 один или несколько терапевтических и/или фармацевтических агентов и их эквиваленты, известных специалистам в данной области, и т.д.
Термин аллель относится к различным вариантам последовательности, обнаруженной в различных полиморфных областях. Варианты последовательности могут представлять собой изменения единственного основания или множества оснований, включая без ограничения инсерции, делеции или замены, или может представлять собой вариабельное число повторов последовательности.
Термин аллельный паттерн относится к идентичности аллеля или аллелей в одной или нескольких полиморфных областях. Например, аллельный паттерн может состоять из единственного аллеля в полиморфном сайте, как в случае РРАВО (гк1801282) аллель 1. С другой стороны, аллельный паттерн может состоять из гомозиготного или гетерозиготного состояния в единственном полиморфном сайте. Например, РРАВО (гк1801282) аллель 2.2 представляет собой аллельный паттерн, в котором имеются две копии второго аллеля, и соответствует гомозиготному состоянию РРАВО (гк1801282) аллель 2. С другой стороны, аллельный паттерн может состоять из идентичных аллелей более чем в одном полиморфном сайте.
Термины контроль или контрольный образец относятся к любому образцу, соответствующему применяемой методике определения. Контрольный образец может содержать продукты применяемой методики для определения аллеля или материал для тестирования. Далее контроли могут быть положительными или отрицательными контролями. На примере, когда методика определения аллеля представляет собой ПЦР-амплификацию с последующим фракционированием по размеру, контрольный образец может включать фрагменты ДНК соответствующего размера. Аналогично, когда методика определения аллеля включает определение мутантного белка, контрольный образец может включать образец мутантного белка. Однако предпочтительно, чтобы контрольный образец включал материал для тестирования. Например, контроли могут быть образцом геномной ДНК или клонированной частью, содержащей один или несколько метаболических генов. Однако, когда образец для тестирования представляет собой геномную ДНК, контрольный образец предпочтительно является высокоочищенным образцом геномной ДНК.
Фраза разрушение гена и направленное разрушение или любая подобная фраза относится к сайт-специфическому нарушению нативной последовательности ДНК с тем, чтобы предотвратить экспрессию этого гена в клетке по сравнению с копией дикого типа гена. Нарушение может быть вызвано делециями, инсерциями или модификациями гена или любой его комбинации.
Термин гаплотип, как использовано в данном описании, относится к набору аллелей, которые наследуются вместе как группа (находятся в неравновесном сцеплении) со статистически значимыми уровнями (Рсо1Т<0,05). Как использовано в данном описании, фраза метаболический гаплотип относится к гаплотипу метаболических генных локусов.
Повышенный риск относится к статистически повышенной частоте встречаемости заболевания или патологического состояния у субъекта, несущего конкретный полиморфный аллель по сравнению с частотой встречаемости заболевания или патологического состояния у члена популяции, который не несет конкретный полиморфный аллель.
Термин изолированный, как использовано в данном описании в отношении нуклеиновых кислот, таких как ДНК или РНК, относится к молекулам, выделенным из других ДНК или РНК соответственно, которые присутствуют в природном источнике макромолекулы. Термин изолированный, как использовано в данном описании, также относится к нуклеиновой кислоте или пептиду, который существенно освобожден от клеточного материала, вирусного материала или культуральной среды, когда продуцируется с помощью методики рекомбинантной ДНК, или химических предшественников, или других химических веществ, когда химически синтезируется. Кроме того, термин изолированная нуклеиновая кислота предназначен для включения фрагментов нуклеиновой кислоты, которые не встречаются в природе в виде фрагментов и не обнаружены в природном состоянии. Термин изолированный, как использовано в данном описании, относится к полипептидам, которые изолированы из других клеточных белков, и предназначается для включения очищенных и рекомбинантных полипептидов.
Неравновесное сцепление относится к совместному наследованию двух аллелей с частотой, большей, чем ожидалось по отдельным частотам встречаемости каждого аллеля в данной контрольной популяции. Ожидаемая частота встречаемости двух аллелей, которые наследуются независимо, представляет собой частоту первого аллеля, умноженную на частоту второго аллеля. Говорят, что аллели, которые встречаются с ожидаемой частотой, находятся в неравновесном сцеплении. Причина неравновесного сцепления часто остается неясной. Оно может происходить вследствие селекции конкретных аллельных комбинаций или недавнего перемешивания генетически гетерогенных популяций. Кроме того, в случае маркеров, которые очень прочно сцеплены с геном заболевания, ассоциация аллеля (или группы сцепленных аллелей) в гене заболевания ожидается, если мутация, вызывающая заболевание, произошла в недавнем прошлом, так что не прошло достаточно времени для достижения равновесия через события рекомбинации в специфической хромосомной области. В отношении аллельных паттернов, которые включают более чем один аллель, первый аллельный паттерн находится в неравновесном сцеплении со вторым аллельным паттерном, если все аллели, которые включают первый аллельный паттерн, находятся в неравновесном сцеплении по меньшей мере с одним из аллелей второго аллельного паттерна.
- 29 018875
Термин маркер относится к последовательности в геноме, которая, как известно, варьирует среди субъектов.
Мутантный ген, или мутация, или функциональная мутация относятся к аллельным формам гена, который способен изменять фенотип субъекта, имеющего мутантный ген, относительно субъекта, не имеющего мутантного гена. Измененный фенотип, вызванный мутацией, может быть скорректирован или скомпенсирован некоторыми агентами. Если субъект, будучи гомозиготным по этой мутации, имеет измененный фенотип, мутация считается рецессивной. Если одной копии мутантного гена достаточно для изменения фенотипа субъекта, мутация считается доминантной. Если субъект имеет одну копию мутантного гена и имеет фенотип, который является промежуточным между фенотипом гомозиготного и фенотипом гетерозиготного субъекта (для этого гена), мутация считается кодоминантной.
Как использовано в данном описании, термин нуклеиновая кислота относится к полинуклеотидам или олигонуклеотидам, таким как дезоксирибонуклеиновая кислота (ДНК) и, при необходимости, рибонуклеиновая кислота (РНК). Понятно, что термин также включает эквиваленты, аналоги РНК или ДНК, полученные из нуклеотидных аналогов (например, пептидно-нуклеиновые кислоты) и, в зависимости от описанного варианта осуществления изобретения, единичные (смысловые или антисмысловые) и двунитевые полинуклеотиды.
Термин полиморфизм относится к совместному существованию более чем одной формы гена или его части (например, аллельный вариант). Часть гена, которая существует по меньшей мере в двух различных формах, т.е. двух различных нуклеотидных последовательностях, относится к полиморфной области гена. Специфическая генетическая последовательность в полиморфной области гена представляет собой аллель. Полиморфная область может состоять из единственного нуклеотида, идентичность которого различается в разных аллелях. Полиморфная область может также быть длиной в нескольких нуклеотидов.
Термин склонность к заболеванию, а также предрасположенность к заболеванию, или чувствительность к заболеванию, или любая аналогичная фраза означает, что конкретные аллели, таким образом обнаруженные, ассоциируются с или предсказывают частоту возникновения у субъекта конкретного заболевания (например, сосудистое заболевание). Аллели, тем самым, избыточно представлены по частоте у субъектов с заболеванием по сравнению со здоровыми субъектами. Таким образом, эти аллели могут быть использованы для предсказания заболевания даже у субъектов без симптомов и без наличия заболевания.
Как использовано в данном описании, термин специфически гибридизируется или специфически определяется относится к способности молекулы нуклеиновой кислоты гибридизироваться по меньшей мере приблизительно с 6 смежными нуклеотидами образца нуклеиновой кислоты.
Транскрипционная регуляторная последовательность представляет собой общий термин, используемый на всем протяжении описания, который относится к последовательностям ДНК, таким как сигналы инициации, энхансеры и промоторы, которые индуцируют или контролируют транскрипцию белоккодирующих последовательностей, с которыми они функционально сцеплены.
Термин вектор относится к молекуле нуклеиновой кислоты, которая способна переносить другую нуклеиновую кислоту, с которой она сцеплена. Один тип предпочтительного вектора является эписомой, т.е. нуклеиновой кислотой, способной к внехромосомной репликации. Предпочтительные векторы являются теми векторами, которые способны к автомномной репликации и/или экспрессии нуклеиновых кислот, с которыми они сцеплены. Векторы, способные направлять экспрессию генов, с которыми они функционально сцеплены, называются в данном описании как экспрессионные векторы. В общем, полезные экспрессионные векторы в методике рекомбинантной ДНК часто находятся в форме плазмид, которые относятся обычно к кольцевым двунитевым петлям ДНК, которые в своей векторной форме не связаны с хромосомой. В настоящем описании плазмида и вектор используются на равных основаниях, так как плазмида является обычно используемой формой вектора. Однако изобретение намеревается включить такие другие формы экспрессионных векторов, которые выполняют эквивалентные функции и которые стали известными в данной области впоследствии.
Термин аллель дикого типа относится к аллелю гена, который, когда присутствует в двух копиях у субъекта, приводит к развитию фенотипа дикого типа. Может существовать несколько различных аллелей дикого типа специфического гена, так как некоторые нуклеотидные изменения в гене могут не влиять на фенотип субъекта, имеющего две копии гена с нуклеотидными изменениями.
Следующие примеры являются иллюстративными, но не ограничивающими способы и композиции настоящего изобретения. Другие приемлемые модификации и приспособления различных состояний и параметров, стандартно встречающиеся в терапии и которые очевидны для специалистов в данной области, находятся в пределах сущности и объема вариантов осуществления изобретения.
Пример 1.
Тест контролирования массы, который был разработан на основе исчерпывающего обзора клинических исследований, идентифицирует корреляции между генами и вариациями связанного с контролированием массы метаболизма; формирование приемлемых критериев для идентификации тех генетических вариаций, которые влияют на метаболические пути, которые потенциально могут быть модифицированы
- 30 018875 путем изменений в диете и образе жизни; определение того, какой из генотипов показывал повышенный риск и что наводит на мысль о том, что риск может быть модифицирован путем воздействия на диету и/или образ жизни; и компилирует данные по поддержанию выбранной конфигурации теста, интерпретаций результатов теста, воздействий на диету/образ жизни и анализа польза/риск.
Критерии выбора ген/полиморфизм требуют данных о том, что полиморфизм имеет значимую ассоциацию с фенотипом контролирования массы (например, масса, телесный жир, индекс массы тела), как видно из данных по трем или более независимым сходным исследованиям, которые показали такие же генотипические ассоциации; ген обладает биологически правдоподобной ролью в контролировании массы; полиморфизм ассоциирован с функциональным воздействием или на молекулярно-генетическом уровне, или, что установлено, путем измерения биомаркеров, известных по влиянию на массу и/или общее состояние здоровья; и было показано, что ответ на воздействие (например, диета или физическая нагрузка) отличается под влиянием генотипа, как видно из данных по двум или более независимым сходным исследованиям полиморфизма генотипа, приводящих к специфической категории рекомендации.
Научное обоснование теста панели.
Научная основа этого теста основана на обширном обзоре научной литературы, доступной включительно по апрель 2007 г. Опубликованные данные оценили по проспективно связанному набору приемлемых критериев. Эти данные скомплектовали в иерархии ген > полиморфизм > композитный генотип для определения и обоснования интерпретаций результата тестирования панели.
Процесс оценки включает:
1) установление кандидатных генов путем идентификации значимого вовлечения в метаболические пути, связанные с гомеостазом массы;
2) установление приемлемых критериев для принятия решения, какие генетические вариации влияют на метаболические пути, которые потенциально могут быть модифицированы путем изменений в диете и паттернах физической нагрузки. Они включают данные о том, что:
а) полиморфизм имеет значимую ассоциацию с соответствующим фенотипом (масса, телесный жир или индекс массы тела), что продемонстрировано посредством трех или более независимых исследований, которые показали сходную ассоциацию генотип-фенотип,
б) ген играет биологически правдоподобную роль в контролировании массы,
в) полиморфизм ассоциирован с функциональным воздействием или на уровне ДНК, или, как установлено, путем измерения биомаркеров, известных своей ассоциацией с физиологическими путями, которые влияют на гомеостаз массы,
г) ответ субъекта на воздействия, такие как диета или физическая нагрузка, может быть стратифицирован посредством генотипа. Такие данные должны быть представлены по меньшей мере в двух независимых исследованиях;
3) проведение всеобъемлющего поиска научной литературы для оценки влияния генетических вариаций на а) метаболические механизмы; б) ассоциации с ожирением/контролированием массы и общим состоянием здоровья и в) ответами на воздействие, что определено путем изменения массы или ожирения, или изменениями биомаркеров;
4) определение, какой из генотипов показывал предрасположенность субъекта к приросту массы и того, что прирост может быть модифицирован путем конкретной диетологической стратегии или стратегии физической нагрузки;
5) компиляция данных для поддержания выбранной конфигурации теста, интерпретаций результатов теста, воздействий на диету/образ жизни и анализа польза/риск.
Следующие гены соответствуют изложенным выше критериям. Они были выбраны по их действию на различные пути, которые влияют на массу тела и были ассоциированы с повышенным риском развития ожирения. Они также были выбраны в силу того, что они могут быть использованы для дифференциального ответа на воздействия по контролированию массы посредством генотипа. К ним относятся: связывающий жирную кислоту белок 2 (РАВР2);
активируемый пролифератором пероксисом рецептор-гамма (РРАКС);
бета-2 адренергический рецептор (АЭКВ2) и бета-3 адренергический рецептор (АЭКВ3).
Обоснование для композитных генотипов.
После идентификации ген/полиморфизмы, которые соответствуют или выходят за пределы проспективно разработанных критериев для включения в тест панель, комбинации анализировали для определения того, могут ли композитные генотипы, обнаруженные для всех пяти полиморфизмов, разделены на различные категории, которые будут поддерживать специфические интерпретации. Результаты разделили на три категории, основанные на данных ответа на макронутриенты диеты (восприимчивость к ограничению жира, восприимчивость к ограничению углеводов и баланс жира и углеводов). Их также разделили на две отдельные категории, основанные на данных ответа на физическую нагрузку (восприимчивость к физической нагрузке и меньшая восприимчивость к физической нагрузке). Полученная в результате три на два (шесть ячеек) матрица категорий или генотипических паттернов показана в табл. 7.
- 31 018875
Восприимчивость к ограниченной по жиру диете.
Эта категория составлена из персон с композитными генотипами: ЕЛБР2 Λ1;·ι54Τ1ιγ и РРЛРС Рго12А1а. Персоны с генотипом РРЛРС 12Рго/Рго, которые также являются носителями аллеля РАВР2 Τ1ιγ54. также относятся к этой категории. Эти субъекты демонстрируют трудности контролирования массы без ограничения специфического потребления жира. Вариант РАВР2 Τ1ιγ54 имеет в два раза большую аффинность связывания длинноцепочечных жирных (1) кислот и повышенную абсорбцию жира и/или процессинг жирных кислот диеты тонкой кишкой (2). Вариант Τ1ιγ54 увеличивает абсорбцию и/или процессинг жирных кислот диеты тонкой кишкой. РРАРС играет ключевую роль в образовании жировых клеток (жировое депо) и в липидном метаболизме (жировая мобилизация). РРАРС является рецептором, локализованным в ядре жировых клеток. При активации посредством жира диеты РРАРС рецептор связывается со специфическими последовательностями ДНК, которые затем возбуждают некоторые гены, которые стимулируют запасание жира диеты в жировых клетках. У людей увеличенная активность РРАРС ассоциирована с повышенным ожирением. Вариант А1а12 ассоциирован с пониженной активностью РРАРС (43, 44). Персоны, которые имеют 12Рго/Рго, вероятно более восприимчивы к количеству жира диеты, чем носители 12А1а. Носители варианта А1а12 имеют большую метаболическую гибкость в запасании и мобилизации жира в ответ на воздействие. Таким образом, субъекты, которые имеют 12Рго/Рго, более эффективно накапливают жир из диеты. По сравнению с носителями А1а12 носители генотипа 12Рго/Рго имеют увеличенное связывание РРАРС с ДНК, что ведет к более эффективной активации рецептора и стимуляции запасания жира.
Восприимчивость к ограничению углеводов.
Эта категория включает персоны с одной из двух различных генетических комбинаций: РРАРС Рго12А1а и АПРВ2 61и2761и. Персоны, которые имеют генотип РРАРС 12А1а/* (носители А1а аллеля) и/или несут аллель АЭРВЗ С1и27, имеют трудности контролирования массы, если только они не ограничивают потребление углеводов диеты. В двух отдельных исследованиях, где каждое сфокусировано только на одном из двух генов/8ИР, исследователи обнаружили сниженную тенденцию к приросту массы/ожирению у субъектов, несущих вариант аллеля, когда их потребление углеводов ограничивали до менее чем 50% общих калорий при сравнении с субъектами со сходными генотипами, потребление которых было выше 50% (30, 38). Это означает, что каждый из этих вариантов показывает различия в риске развития ожирения при ограничении углеводов. Кроме того, одно из этих исследований демонстрирует сниженный риск резистентности к инсулину у субъектов, несущих вариант аллеля, когда их потребление углеводов было меньше чем примерно 50% общих калорий (30). Результаты исследований воздействия на носителей А1а12 указывает на то, что они теряют больше массы (18) и на большее улучшение чувствительности к инсулину в ответ на низкокалорийную диету (19) и физическую подготовку (45-47), чем у неносителей. Эти результаты могут быть объяснены сниженной активностью РРАРС, ассоциированной с вариантом А1а12, которая приводит к менее эффективной стимуляции мишенных для РРАРС генов, вызывая меньшее ожирение (сниженная способность к запасанию жира) и, в свою очередь, увеличение чувствительности к инсулину. Это соответствует рекомендованной ограниченной по углеводам диете для носителей аллелей А1а12 или С1и27 в связи с тем, что эти носители имеют увеличенный риск развития ожирения на высокоуглеводистой диете, и эти генотипы ассоциированы с улучшением чувствительности к инсулину в соответствии с воздействиями диеты/физической нагрузки.
Результаты исследований воздействий, в которых используются изменение массы и чувствительности к инсулину, являются убедительными для РРАРС 12А1а/* и АЭРВЗ 2761и/* (18, 30, 38, 45-47). Однако отсутствуют исследования по оценке эффектов обоих полиморфизмов в одной популяции. Поэтому более подходящим является включение субъектов генотипа РРАРС 12А1а/* и/или АПРВ2 27С1и/* в этот паттерн, чем требование комбинации обоих 8ИР генотипов.
Только существует противоречие среди 5 паттернов 8ЫР генотипа, когда субъекты, несущие АЭРВЗ 2761и аллель, также имеют комбинацию РРАРС 12Рго/Рго и РАВР2 54Τ1ιγ/*. которая будет квалифицировать их для паттерна Восприимчивость к Ограничению Жира. Тест причисляет таких субъектов к паттерну Восприимчивость к Ограничению Жира в связи с тем, что в подавляющем большинстве научных данных по взаимодействию ген-диета полиморфизмов РРАРС и РАВР2 ассоциированных с массой тела и/или телесным жиром фенотипов (1, 2, 9, 10, 16, 18) имеется больше, чем это найдено для ген-генных взаимодействий АЭРВЗ для ответов организма на углеводную модуляцию (21, 30, 31).
Множество исследований демонстрируют, что субъекты, которые несут РАВР2 Τ1ιγ54 аллель, имеют риск развития метаболического синдрома (48-50). Другие демонстрируют улучшение связанных с метаболизмом глюкозы факторов риска (инсулин, сахар крови, триглицериды) через снижение потребления насыщенного жира (10, 11, 12). Исследование изобретения, которое сфокусировано на типе жира в диете, также включает, в большинстве случаев, умеренное количество углеводов диеты. Другое исследование, которое не прямо связано с генотипом РАВР2, демонстрирует улучшение контролирования уровней инсулина и глюкозы крови путем модуляции углеводного поглощения (51-53). Вместо фокусирования внимания на снижении жира в их диете субъектам с комбинированным РРАРС 12А1а/* и РАВР2 54Τ1117* генотипом будет, вероятно, больше пользы от снижения поглощения ими углеводов.
- 32 018875
Меньшая восприимчивость к физической нагрузке.
Персоны, которые имеют специфический генотип по гену АОКВ3 или гену АОКВ2, имеют генетическую предрасположенность, которая проявляет тенденцию к меньшей восприимчивости к физической нагрузке как стратегии контролирования массы. Оба этих полиморфизма играют ключевую роль в мобилизации жира из жировой ткани (липолиз) путем опосредования ответа на катехоламины. АОКВ2 С1у16 вариант (даже когда комбинировали с С1и27 вариантом во время ίη νίΐτο исследований) ассоциирован с пониженной восприимчивостью к адренергическому рецептору (21). Эти два полиморфизма находятся в тесном неравновесном сцеплении. Таким образом, тестирование С1у16 варианта также идентифицирует большинство субъектов, несущих С1и27 вариант, который был ассоциирован с такой же предрасположенностью. АОКВ3 Агд64 вариант ассоциирован с пониженной рецепторной функцией и сниженным липолизом. В процессе физической нагрузки носители варианта, вероятно, имеют сниженный липолиз и поэтому сниженную способность к сжиганию жира, что будет приводить к меньшей потере массы в ответ на физическую нагрузку. Множество исследований по воздействию согласовано показали, что персоны с Агд64 вариантом испытывают больше трудностей с потерей массы в ответ на диету/физическую нагрузку, чем неносители. Носители С1у16 варианта АОКВ2 имеют меньшую вероятность, чем неносители, потери массы посредством физической нагрузки (23) или комбинации диеты и физической нагрузки (28). Учитывая, что оба адренергических рецептора влияют на ответ на катехоламины в процессе физической нагрузки и что оба АЭКВ2 С1у16 и АЭКВ3 Агд64 имеют пониженную рецепторную функцию, субъекты с любым из этих полиморфизмов должны быть включены в композитный паттерн меньшей восприимчивости к физической нагрузке.
Результаты разделили на три отдельные категории, основанные на данных ответа на макронутриенты диеты, и на две отдельные категории, основанные на данных ответа на физическую нагрузку. Полученная в результате три на два матрица категорий или генотипических паттернов показана в табл. 6.
Таблица 6
Паттерны риска композитных генотипов
Восприимчивость к физической нагрузке Восприимчивость к ограничению композиции диеты
Композиты Генотипа ) Сбалансированная здоровая диета (генетически стандартная диета) Низкожировая Низкоуглево листая (Низкая СНО)
Восприимчивость к физической нагрузке Все генотипы, которые не входят в категории «Меньшая воспри имчивость к физической нагрузке» ниже (стандартная) 12% Все генотипы не соответствуют низкожировой или низкой СНО 2% Паттерн #1 ЕАВР2 54Т1п7* и РРАКС 12Рго/Рго 5% Паттерн #2 РАК6 12А1а/* и РАВР2 54Т11Г/* или АГ) КВ 2 27С1и/* и/или РРАКС 12А1а 5% Паттерн #3
Меньшая восприимчивость к физической нагрузке АОКВ2 16С1и/* или ΑΌΚΒ2 64Аге/* 88% 1 14% Паттерн #4 34% Паттерн #5 1 40% Паттерн #6
Итого 100% 16% 39% 45%
Примечание: проценты в каждой категории композитного генотипа представляют ожидаемые частоты европейской популяции в Квебекском семейном исследовании (фГ8).
(« Все эти полиморфизмы в этой панели обозначены в соответствии с аминокислотным изменением в белке, которое является следствием нуклеотидного изменения в ДНК (например, 54Тйг указывает, что нуклеотидная вариация в ДНК приводит к замене аминокислоты треонин в 54-м положении аминокислотной последовательности белка РАВР2). Звездочка указывает, что любой аллель может быть представлен (например, 54Тйг/* указывает, что второй аллель может быть А1а или ТЬг).
Паттерн #1 композитного генотипа - Восприимчивость к балансу жира и углеводов, Восприимчивость к физической нагрузке: субъекты с комбинированным генотипом ЕАВР2 гк1799883, 1.1 или С/С (54А1а/А1а), РРАКС Г81801282, 1.1 или С/С (12Рго/Рго) и АОКВ2 гк1042714, 1.1 или С/С (27С1п/С1п) и АОКВ2 Г81042713 2.2 или А/А (16Агд/Агд), и АЭКВ3 гк4994 1.1 или (64Тгр/Тгр). Эта категория включает
- 33 018875 генотипы субъектов, известные восприимчивостью с различиями массы в результате низкожировой или низкоуглеводистой ограниченной по калориям диеты. Из вариантов, тестированных в этой панели, эти субъекты не показали согласованной генетической тенденции в отношении ослабления ответа, выделенного по жирам или углеводам в их диете. Они показывают нормальный энергетический метаболический ответ на регулярную физическую нагрузку для достижения своих целей контролирования массы. Этот композитный генотип представлен у 2% европейской популяции.
Паттерн #2 композитного генотипа - Восприимчивость к ограничению жира, Восприимчивость к физической нагрузке: субъекты с комбинированным генотипом ЕАБР2 г§1799883, 2.2 или 1.2 (А/А или 6/А) (54ТЬг/*) и РРАК6 гз1801282, 1.1 или С/С (12Рго/Рго) и/или ΛΌΚΕ2 Г81042714, 1.2 или 2.2 (С/6 или 6/6) (2761и*) или АЭКБ/ г§1042714 1.1 (С/С) (2761п/61п) в комбинации с АЭКБ/ Г81042713, 2.2 (А/А) (16Агд/Агд) и АОКБ3 г§4994 1.1 (Т/Т) (64Тгр/Тгр). Эти субъекты абсорбируют больше жира своей диеты и проявляют тенденцию к запасанию жира в жировых клетках скорее, чем мобилизацию в процессе метаболизма. Они проявляют нормальный ответ энергетического метаболизма на регулярную физическую нагрузку для достижения своих целей контролирования массы. Этот композитный генотип предполагается у примерно 5% европейской популяции.
Паттерн #3 композитного генотипа - Восприимчивость к ограничению углеводов, Восприимчивость к физической нагрузке: субъекты, генотип которых включает РРАК6 г§1801282 (12А1а/*) 1.2 или
2.2 (С/С или 6/6) и/или АЭКБЛ г§1042714 (2761и/*) 1.2 или 2.2 (С/6 или 6/6), а также субъекты с комбинированным генотипом РРАК6 Г51801282 (12А1а/*) 1.2 или 2.2 (С/С или 6/6) и ЕАБР2 Г51799883 (54ТЬг/*) 2.2 или 1.2 (А/А или 6/А). Все вышеупомянутые установленные генотипы будут находиться в комбинации с АЭКБЛ г§1042713 (16Ад/Ад) 2.2 (А/А) и АОКБ3 г§4994 (64Тгр/Тгр) 1.1 (Т/Т), соответствуя восприимчивости к требованию категории физической нагрузки. Эти субъекты проявляют тенденцию к приросту или сохранению массы вследствие высокого поглощения углеводов диеты и демонстрируют признаки ухудшенного метаболизма глюкозы и инсулина. Они проявляют нормальный ответ энергетического метаболизма на регулярную физическую нагрузку для достижения своих целей контролирования массы. Этот композитный генотип предполагается у примерно 5% европейской популяции.
Паттерн #4 композитного генотипа - Восприимчивость к балансу жира и углеводов, Меньшая восприимчивость к физической нагрузке: субъекты с комбинированным генотипом ЕАБР2 г§1799883 (54А1а/А1а) 1.1 (6/6) и РРАК6 гз1801282 (12Рго/Рго) 1.1 (С/С) и АЭКБ/ Г81042713 (1661у*) 1.2 или 1.1 (6/6 или 6/А) или АОКБ3 г§4994 (64Агд*) 1.2 или 2.2 (С/Т или С/С). Эта категория включает генотипы субъектов, известные восприимчивостью с различиями массы в результате низкожировой или низкоуглеводистой ограниченной по калориям диеты. Из вариантов, тестированных в этой панели, эти субъекты не показали согласованной генетической тенденции в отношении ухудшения ответа, выделенного по жирам или углеводам в их диете. Они проявляют тенденцию к ухудшенному энергетическому метаболизму и меньшей восприимчивости к регулярной физической нагрузке для достижения своих целей контролирования массы. Этот композитный генотип представлен у 14% европейской популяции.
Паттерн #5 композитного генотипа - Восприимчивость к ограничению жира, Меньшая восприимчивость к физической нагрузке: субъекты с комбинированным генотипом ЕАБР2 г§1799883 (54ТЬг/*)
2.2 или 2.1 (А/А или А/6) и РРАК6 гз1801282 (12Рго/Рго) 1.1 (С/С) и/или АЭКБ/ г§1042714 (2761и*) 1.2 или 2.2 (С/6 или 6/6) или АЭКБЛ Г81042714 (2761п/61п) 1.1 (С/С) в комбинации с АЭКБЛ Г81042713 (1661у*) 1.2 или 1.1 (6/А или 6/6) или Λ^КΒ3 г§4994 (64Агд*) 2.1 или 2.2 (С/Т или С/С). Эти субъекты абсорбируют больше жира своей диеты и проявляют тенденцию к запасанию его в жировых клетках скорее, чем к мобилизации в процессе метаболизма. Они проявляют тенденцию к ухудшенному энергетическому метаболизму и меньшей восприимчивости к регулярной физической нагрузке для достижения своих целей контролирования массы. Этот композитный генотип ожидается у примерно 34% европейской популяции.
Паттерн #6 композитного генотипа - Восприимчивость к ограничению углеводов, Меньшая восприимчивость к физической нагрузке: субъекты, генотип которых включает РРАК6 г§1801282 (12А1а/*)
1.2 или 2.2 (С/6 или 6/6) и/или АЭКБЛ г§1042714 (2761и/*) 1.2 или 2.2 (С/6 или 6/6), а также субъекты с комбинированным генотипом РРАК6 г§1801282 (12А1а/*) 1.2 или 2.2 (С/6 или 6/6) и ЕАБР2 г§1799883 (54ТЬг/*) 2.2 или 2.1 (А/А или А/6). Все вышеупомянутые установленные генотипы будут также находиться в комбинации с АЭКБЛ Г81042713 (1661у*) 1.2 или 1.1 (6/А или 6/6) или АОКБ3 г§4994 (64Агд*) 2.1 или 2.2 (С/Т или С/С), соответствуя меньшей восприимчивости к требованию физической нагрузки. Эти субъекты проявляют тенденцию к приросту или сохранению массы вследствие высокого поглощения углеводов диеты и демонстрируют признаки ухудшенного метаболизма глюкозы и инсулина. Они проявляют тенденцию к ухудшенному энергетическому метаболизму и менее восприимчивы к регулярной физической нагрузке для достижения своих целей контролирования массы. Этот композитный генотип ожидается примерно у 40% европейской популяции.
- 34 018875
Таблица 7
Композитные генотипы субъектов и риск паттернов
Генотип ГАВР2 рракс лппвз ЛППВ2 АИКВ2 Композитный генотип Ш# А54Т Р12А К64\¥ К16С О27Е Паттерн
. 54ТЬгЛ| 12Рго/Рго| 64Аг®Л$ 1661уЛ $ 27О1и/* π АЛ СУС С/· 01· О/· Паттерн #5
. 54ТЬг/*Т 12Рго/РгоТ 64ΑτβΛ$ 1661у/* ί 2761η/ΟΙη а/* с/с сл с/· с/с паттерн #5
, 54'П1г/* | 12Рга/Рго1 ΜΑϊβΛ ΐ 16Аг§/Аг£ 2761и/* η А/* С/С С/* А/А 6/* Паттерн ю
, 54ТЬгЛ ί 12Рго/РГО! 64Ατ8/*ΐ ЫАг(>,'Агг 27С1л..С1п лл с/с а· л/А с/с паттерн
5 541ЫЛ-Г 12РГО'?гоТ 64Тф/Тгр 1«31у7* 27<31иЛ Паттерн #5 А/* С/С Т/Г 6/· с/* н
6 54ТЪгЛ| 12Рго/Рго| 64Тф/Тгр 16О1у/*1 2761п/О1п Пяпйпнйй А/* С/С Т/Т О/* С/С Р
7 54ТЬг/*Т 12Рго/Рго| 64Тгр/Тгр 16Аг^Аге 2761и/* ПаТТеОН#2 А/* С/С Т/Г А/А 0/* Р
л 54ТЬг/*1· 12ΡγοΖΡιό | 64Тгр/Тгр 16Аге/Аг« 27С1п/О1п п а/* €/с т/г А/А с/с Паттерн #2
9 54ТО*п 64Αϊ£/*ί 1бО1у/ч Паттерн #6 АЛ 6/* СЛ 6Л О/* Р
]0 пл&Л^ 64АГВГЧ 1бО1Ул ΐ 2тоьоп Паттерн #6 ал а* о/* с/с
п ЯЗПиЛП 1»/»^ 64Аг§/*1 !бАгМАгК Жйвл П Паттерн #6 АЛ вЛ СЛ А/А СИ И
12 54ШЛ-Н 12АЙЛЦ ΜΑ,τΛί 16АГ8/ЛГ8 27ΟΙ.ΚΟΙ» Паттерн #6 ал ел σ· ά/а с/с н
]3 54ШЛП ϊ2Αί3Λ!Τ 64Тгр/Тгр /КИуЛ ΐ 27О&Л« Паттерн #6 АЛ ОЛ ТИ 0Л в/· Н
!4 5«Ь7’|Т 12А&ЛЦ 64Тгр/Тгр ΙβαίγΛί 27О1п/О1к Паттерн #6 д/* ЙЛ Т/Г 0/* С/С р
]5 54ТЫ*П ПАШЛН 64Тгр/Тгр 16Аг^Агй Пэттерн#3 АЛ СЛ Т/Т А/А О'* н
]6 54ШЛП 12ΑίΛΐί б4Тгр/Тг? 1бАг^Агё 27О1п/01п Паттерн#3 АЛ СЛ Т/Т А/А С/С н
]7 54А1а/А1а 12РГ0/РЮ 64Лгй-;[ ιβοίγΛί ЗЯЖЛ# Паттерн #6 о/о с/с а· а* о/*
]8 54А1а/А1а 12РгоЛ>го 64Ατ§Λ ΐ 1661уЛ ί 2761π/61π Паттерн #4 0/0 С/С С/* 0/* с/с μ
54А1я/А1а 12Рго/Рго 64Аг§/* ί ΙόΑτ^/Ατ® 27£3ηΛ Ц Паттерн #6 0/0 ас СЛ А/А о/*
54А1а/А1а 12Рто/Рго 64Αι^Ζ* ί ΙύΛτ^Άτβ 27О1п/О1п 0/0 С/С О* А/А с/с и
21 54А1а/А1а 12 Рго/Рго 64Тгр/Тгр 1бО1уЛ$ ПаттерН#6 о/о с/с т/т о/* α* μ
22 54А1а/А1а 12Рго/Рго й4ТгрЯгр 1601у/* ΐ 2701п/С1п Паттеок#4 о/о с/с Т/Т ол ас р
23 54А1а/А1а 12Рго/Рго б4Тгр/Тгр 16Аг§/Аг§ ПэттерН#3 о/о ас т/т λ/а ол
24 54А1а/А1а 12Рго/Рго б4Тгр/Тгр 16Агь'Аге 27О1т1/О1п Патт©ОН #1 0/6 С/С Т/Т А/А С/С Р
25 54А1а/А1а12А1»Л1| 64Лге/« * 16О1уЛ^ 27а1вЛ Г» Паттерн #6 <э/о ал а· ал ол μ
26 54А1а/А1а 12ΑΪ5ΛΜ 64Аг8/· ί 1601уЛ) 27О1я/01п Патгеон#6 0/0 ал - с/· ол с/с ₽
27 54А1а/А1а 12/ШЛЙ «Аг^Л I 16Аг&Ат8 27ОаЛП Паттерн #6 о/о ел 5 сл ά/а ол
28 54А1а/А1а 1Ма/*ГГ 64Ατ8/*ί 16Λτ£'Αγ8 27О1п/а1п Паттерн #6 0/С ОЛ СИ А/А С/С Р
29 54А1а/А1а 12АГОП 64ТпУТгр 1«51у/‘ 27ГЛЛ П Паттерн #6 0/6 ГО Т/Т 07* СИ*
30 54Л1а/А1а ылки тт «Тгр/Тгр 1бО1у/* 2701п/о1п Паттерн #6 0/0 ГО Т/Т 07* С/С Н
3! 54А1а/л1а б4Тгр/Тгр ИАг^/Агй 27СййЛ Паттерн #3 6/6 ОЛ Т/Т А/А ОЛ
32 54А1а/А1а ПАЬЛ Ц 64ТгрЯгр 16Аг^Агё 2701п/61п Паттерн #3 0/6 ОЛ Т/Т А/А С/С Р
ΪУказывает, что РРАКС- и ГА15Р2 являются композитным генотипом, который будет приводить к категории Восприимчивость к ограничению жира для достижения целей контролирования массы.
Ф Указывает генотип, который приводит к определению Меньшая восприимчивость к физической нагрузке.
ΐ !Указывает композитные генотипы РРАКС, Α^КΒ2 или РРАКС + ΓΑΒР2, которые будут приводить к категории Восприимчивость к ограничению углеводов для достижения целей контролирования массы.
- 35 018875
Пример 2. Метод клинического генотипирования.
ДНК экстрагировали из буккальных мазков (8ОР#12, версия 1.3) или приобретали у Сопе11 Се11 Верокйойек. Изолированную ДНК использовали для ПЦР-амплификации областей последовательности, окружающей пять 8ΝΓ (8ОР#29, версия 1.0). Полученные в результате четыре ампликона из каждого образца обрабатывали экзонуклеазой I (Ехо) и щелочной фосфатазой креветки (8АР) для удаления избытка праймеров и нуклеотидов (8ОР#29, версия 1.0). Очищенные ампликоны использовали в реакции достройки единственного основания (8ВЕ) с праймерами, специфичными для своей 8№-мишени (8ОР#30, версия 1.0). После того как завершали 8ВЕ, снова добавляли 8АР для удаления невключенных нуклеотидов (8ОР#30, версия 1.0). 8ВЕ-продукт затем анализировали на Весктап Сои1Гег СЕО8800 с использованием стандарта, известного по величине миграции (8ОР#15, версия 1.4 и 8ОР#16, версия 1.3). Все генотипы, за исключением РРАВС (гк1801282), анализировали на прямой нити ДНК. РРАВС (гк1801282) анализировали на обратной нити ДНК с последующим отображением как комплементарного основания на СЕО8800 следах. Полученные в результате генотипы регистрировали и затем сравнивали с генотипами, полученными в результате секвенирования ДНК в АдепГсошГ Вюкаепсе Согрогайоп или с известными генотипами, зарегистрированными в NСВI. Одноплексный формат: исследуемые ПЦРпродукты амплифицировали раздельно и подвергали генотипированию с помощью соответствующего 8ВЕ-праймера. Пулплексный формат: исследуемые ПЦР-продукты амплифицировали раздельно и затем объединяли в пул. Объединенную ДНК генотипировали для всех пяти 8ΝΓ в одной реакции с использованием смеси 8ВЕ-праймеров. Мультиплексный формат: все четыре ПЦР-продукта генерировали в одной реакции.
Мультиплексные ПЦР-продукты генотипировали для всех пяти 8ΝΓ в одной реакции с использованием смеси 8ВЕ-праймеров.
Стандартизация.
Коммерчески пригодные стандартные размеры (Весктап Сои1Гег рай # 608395) прогоняли с образцами как внутренний эталон для генотипирования.
Точность и специфичность.
Для обеспечения того, что нужные гены были намечены и точно генотипированы, ПЦР-продукты отправили в независимую лабораторию (АдепГсошГ Вюкаепсе СогрогаГюп) для секвенирования и генотипирования. В АдепГсошГ последовательности сравнивали с геномной последовательностью, фланкирующей 8ΝΓ, после этого генотипы каждого образца передали в 1пГейеикш Сепейск. Результаты АдепГсошГ и 1пГейеикш затем сравнили для согласования.
Названия 8ΝΓ и сокращения.
Следующие названия 8ΝΓ и сокращения использовали в этом анализе валидизации: АЭВВ2 (В16С), гк1042713 = А1; АЭВВ2 (р27Е), гк1042714 = А2; АЭВВ3 (В64№), гк4994 = А3; РАВР2 (А54Т), гк1799883 = РА; РРАКС (Р12А), гк1801282 = РР.
Результаты.
Результаты ПЦР.
Изолированную ДНК ПЦР-амплифицировали с использованием наборов праймеров, перечисленных в приложении В. АЭВВ2 (гк1042713) и АЭВВ2 (гк1042714) содержат 33 нуклеотида в отдельности и амплифицировались в единичный ПЦР-продукт. ПЦР-продукты прогоняли на агарозных гелях для верификации ожидаемых размеров продуктов: А1/А2=422 п.о., А3=569 п.о., РА=311 п.о., РР=367 п.о.
Результаты генотипирования.
Пик миграции.
Каждый 8ЫР-специфичный праймер для достройки единственного основания сконструировали с уникальной длиной для образования пика (пиков) в специфическом положении в отношении известных стандартных размеров при пробеге на приборе для капиллярного электрофореза СЕО8800. Положения пиков могут не точно соответствовать размерам праймеров вследствие эффектов подвижности красителя, праймерной последовательности и анализа программного обеспечения, но они мигрируют согласовано. Праймеры для достройки единственного основания перечислены в Приложении С наряду с их ожидаемым пиком миграций.
Алгоритм ВА8Е САЬЬ1ЫС (запрос оснований).
В реакцию достройки единственного основания добавляют флуоресцентно меченое основание к 3'-концу 8МР-специфического праймера. Этот продукт регистрируют двумя лазерами в СЕО8800. Результаты анализируют с помощью программного обеспечения СЕО8800 и выявляют в виде окрашенных пиков - каждый цвет представляет различное основание. Присутствие одного отдельно окрашенного пика в специфическом локусе указывает на гомозиготу, тогда как два пика разного цвета указывают на гетерозиготу. В 39 образцах, которые были генотипированы для валидизации, репрезентативными являются почти все гомозиготные и все гетерозиготные генотипы для всех пяти 8ΝΓ. Одно исключение представляет собой гомозиготный генотип С для 8ΝΓ РРАВС. Это не являлось неожиданным, так как частота С аллеля в общей популяции составляет лишь 0,1 (на что указывает база данных йЬ8№ для гк#1801282). Однако гомозиготный генотип С был встречен в других образцах вне объема этой валидизации.
- 36 018875
Программное обеспечение ί.Έβ8800 показывает для пользователя специфичность меток δΝ₽ локуса. Пользователь указывает размер полосы миграции (в нуклеотидах), основанный на ожидаемой миграции ^^-специфического праймера. Это дает возможность компьютеру идентифицировать δΝ₽ по признаку его миграции в зависимости от пробега стандартизированных маркеров вместе с образцом. Компьютер будет также идентифицировать основание(я) в δΝ₽ на основе определения окрашивающего индикатора(ов). Для такой валидизации в компьютере предусмотрено составление первичного запроса для каждого δΝ₽. Данные затем независимо повторно анализируются двумя методиками для подтверждения. Во всех случаях компьютерные запросы и два независимых (ручных) запроса являлись согласованными.
СОШЕЬЬ образцы.
После того как генотипирование было проведено в одноплексном формате на 15 образцах ДНК Εοι^Ε результаты сравнивали с известными генотипами и получили 100% согласование (см. табл. 8).
Таблица 8
Результаты генотипирования образцов Сο^^еΙΙ
Направление ‘....ьЛ И.лД. .... ’ примой обратный. прямой прямой прямой
Ген -ЯйЙЗ· ГРАЙС ГРАНО АОЙВ2 АЫШ2 АЙЯВ2 АОКВ2 АВКВЗ АПКВЗ
ΓΪ# КГТШЙ Й18Й1Ж «18ЦВЙ Г51042713 [»1042713 [31042714 [31042714 г.54994 154994
Сокращение . 1'А,; >ТА .· ГР А1 А) А2 А2 АЗ АЗ
ОбразецЮ ОЗооей : у йог: Сяг>«11 1Ы81· СооеН 1Ы 8Р СопеИ 113 8Р СопеК 1Ы8Р
МА 12547 :*<£··: ОС АО АС СС СО па тт
ΝΑ1035! :'С0 '·, ГС сс АС АС со СС па тт
МАО? 349 ес АА АА сс СС пя тт
ΝΑΟ7348Α .АС: АО- сс со ос СО сс ОС па сс
ΝΑ1Ο857 :. Л®· - >.· ,·? : -08 ,=.. сс <ю оо ОС со ос па тт
ΝΑΙΟ858Α - :АС:·/ '.УАО'к се со АС АО сс сс па тт
МА 10853 :: ас . . СС ' ¢0 .. АО АО со сс па тт
МД 10860 СС> сс со ос сс СО па ст
ΝΑΙ7101 .:.г.1йсх сс со па АА на сс па тт
ΝΑ17Ι02 •.ТА#..’: се- сс АА АА сс сс па тт
ΝΑ17103 сс · ОЙ АС АО сс сс па тт
ΝΑ17104 'ρλε::.·; У'Ж® СС ос . СС ОС ао ОС па ст
ΝΑ17ΙΙ6 ... СС ... оо АС АО сс сс па тт
ΝΑΙ7133 сс , АС АО сс сс па тт
ΝΑ17135 : .ν Έ Сс | ΐΧϊ АО АС сс сс па гг
Таблица 8: Сравнение известных генотипов (Сο^^е11) против генотипов, полученных в 1п!ег1еик1п Сепекс8 (1Ь1) с использованием одноплексного формата с ДНК из С.опе11 Се11 ^ρο8ίΙοι^8. Праймер для достройки единственного основания РРАКС отжигается на обратной нити ДНК. Поэтому основания 1Ь1 РРАКС (Г81801282) перечислены как комплементарные генотипу прямой нити. па = генотип не доступен для Сο^^еΙΙ Се11 ^ρο8ίΙοι^8.
Так как изобретение было описано со ссылкой на конкретные предпочтительные варианты осуществления изобретения и примеры, специалисты в данной области признают, что различные модификации могут быть сделаны в изобретении без выхода за пределы сущности и объема изобретения.
Все вышеупомянутые патенты США, опубликованные заявки на патент США, заявки на патент США, иностранные патенты, заявки на иностранные патенты и непатентные публикации, относящиеся к этому описанию и/или перечисленные в Перечне технических характеристик, включены в данное описание посредством ссылки во всей своей полноте.
Ссылки
1. Вшег Ь.Е, 8асскеШш ЕС., 1<1ю\\!ег ^.С., Еаб8 1., Εαο1ί88ο С., Та1агапт Р.А., ΜοΟιίζιιΚί Η., Веппей Р.Н., Βοβ3Γ6ιΐ5 С., апб Ргос1кика М. Ап αιηίπο ас1б 8ΐ.ι08ΐίΙι.ιΙίοη ίη 1ке китап т!ейта1 Гайу ас1б Ьтбтд рго1ет 18 αββοααί^ νί(1ι тсгеазеб Гайу ас1б Ьтбтд, тсгеазеб Га1 οx^баί^οη, апб 1П8и1т геЧЧапсе. ί. С1т. 1пуе81. 95:1281-1287, 1995.
2. йеуу Е., Мепагб Ό., Эект Е., δΐηη δ., Мйскей С., ЬатЬей М., Ζίν Е., Ееο1^-Еοη8еса ЕС., апб 8е1бтап Е. Тке рο1утο^рк^8т а1 ^6οπ 54 οΓ 1ке ЕАВР2 депе тсгеа8е8 Га1 308οΓρΙίοη ίη китап 1п1е811па1 ехр1ап!8. 1. Βίοί. Скет. 276:39679-39684, 2001.
3. Неде1е К.А., Нат8 δ.Β., Нап1еу А.Е, 8абПшп δ., ШтеПу Р.^., апб Ζίηιηηη В. Семекс νηπηίίοη οΓ 1п1е811па1 Гайу ааб-Ьтбтд рго1ет а88οс^аΐеб νίΐΗ νηπηίίοη ίη Ьοбу та88 ίη аЬο^^д^ηа1 Сапаб1ап8. ί. С1т. Еηбοс^^ηο1. Ме1аЬ. 81:4334-4337, 1996.
4. Υатаба К., Υυαη X., 18к1уата δ., Кюуата К., 1ск1кама Е., Κοναηαβί А., Кюуата апб Шпака К.
Λ88οάηΙίοη Ьейуееп А1а54Ткг 8ΐι08ΐίΙιιΙίοη οΓ 1ке Гайу ааб-Ьтбтд рго1ет 2 депе νίίΐι 1П8и1т ге8181апсе апб ^ηί^а-аЬбοт^πа1 Га111пскпе88 ίη 1арапе8е теп. Όία^ΐο^ία 40:706-710, 1997.
5. А1Ьа1а С., δηηΐο8 ЕЬ., Сйиеп!е8 М., УШаггое1 А.С., Ьега Ь., Ь1Ьегтап С., Апде1 В., апб Ре^еζ-Β^аνο Е. 1п(е8(1па1 ЕАВР2 А54Т ρο1νηιοΓρ1ιί8ΐη: 388οάαΙίοη νίΐΐι Ш8и1т ге8181апсе апб οЬе8Йу ίη \\степ. ОЬе8 Ке8. 12:340-345, 2004.
- 37 018875
6. Рга!1еу К.Е., Ва1ег Ь., Рап Э.А.. 8а1Ье А.Э.. 8!огйеп Ь., Кауиккт Е., апб Водагбик С. ЕЕЕес!к оЕ ап А1а54ТНг ро1утогрЫкт ш !Не т!ек!та1 Еайу ааб-Ьтбтд рго!ет оп гекропкек !о б1е!агу Еа! т Нитапк. 1. Ь1р1б Кек. 41:2002-2008, 2000.
7. Адгеп ЕЕ, Уаке К., У1бдгеп Н., Ьаакко М., апб Иикйира М. Рок!ргапб1а1 Нретк гекропке 1к тоб1Е1еб Ьу !Не ро1утогрЫкт а! собоп 54 оГ !Не Еайу ааб-Ьтбтд рго!еш 2 депе. Аг1епокс1ег. ТНготЬ. Уакс. Вю1. 18:1606-1610, 1998.
8. Адгеп ЕЕ, УЕбдгеп Н.М., Уаке К.8., Ьаакко М., апб Иикйира М.1. Рок!ргапб1а1 гекропкек оЕ киЬ)ес! Еайу ас1бк ш киЬ)ес!к Нотохудоик Еог !Не !Нгеошпе- ог а1ашпе-епсобшд а11е1е ш собоп 54 оЕ !Не т!ек!1па1 Еайу ас1б Ьшбшд рго!еш 2 депе. Ат. 1. С1т. ΝιιΙγ. 73:31-35, 2001.
9. ЬеЕетге М., ^оνе^оу 1.С., 8тйН 8.К., Ие1апу 1.Р., СНатрадпе С., Мок! М.М., Иепктк Υ., бе 1опде Ь., Кооб 1., апб Вгау С.А. Сотрапкоп оЕ !Не аси!е гекропке !о теа1к еппсНеб уйй ак- ог йапк-Еайу аабк оп д1исоке апб Ир1бк ш о\'ег\\'е1д1И киЬ_)ес!к уйН б1ЕЕегтд ЕАВР2 депо!урек. МеШЬоНкт. 54:1652-1658, 2005.
10. бе Ьшк И.А., А11ег К., 1хао1а О., Сопха1ех 8адгабо М., апб Сопбе К. 1пЕ1иепсе оЕ АИА54ТНК Ро1утогрЫкт оЕ Еайу Ааб Вшбшд Рго!еш 2 оп ЫЕек1у1е Моб1Е1сайоп Кекропке ш ОЬеке 8иЬ_)ес!к. Апп. Ыий. Ме!аЬ. 50:354-360, 2006.
11. Мапп С., Регех-Ьтепх Е., Соте/ Р., Ие1дабо I., Ратадиа А., Ьохапо А., Сойек В., Лтепех-Сотех Υ., Соте/ М., Ьорех-Мйапба 1. ТНе а1а54 ро1утогрЫкт оЕ !Не Еайу ааб-Ьшбшд рго!еш 2 депе 1к аккоаа!еб уйН а сНапде ш шкийп кепкйкйу аЕ!ег а сНапде ш !Не !уре оЕ б1е!агу Еа!. Ат. 1. СНп. ΝιιΙγ. 82:196-200, 2005.
12. Такакига Υ., УоНк1ока К., Итекауа Т., Кодиге А., Тоба Н., Уокйкауа Т., УокЫба Т. ТНг54 а11е1е оЕ !Не ЕАВР2 депе аЕЕес!к гекйпд те!аЬойс га!е апб \чксега1 оЬекйу. И1аЬе!ек. КекеагсН апб СНшса1 Ргасйсе. 67:36-42, 2005.
13. 1опек ЬК, Ватск С., К1т К.-А., Ьшбег I., В1опбеаи В., е! а1., Ие1е!юп оЕ РРАКу ш аб1роке йккиек оЕ тке рго!ес!к адашк! Н1дН Еа! б1е!-шбисеб оЬекйу апб ткийп гек1к!апсе. РЫА8. 102:6207-6212, 2005.
14. ИееЬ 8.8., Еа)ак Ь., Ыето!о М., Р1Н1а_)атак1 I., Муккапеп Ь., Киик1к!о I., Ьаакко М., Еирто!о А., апб Аиуегх 1. А Рго12А1а киЬк!йи!юп т РРАКдатта2 аккоаа!еб νίΐΕ бесгеакеб гесер!ог ас!кйу, 1оуег Ьобу такк тбех апб Нпргсуеб 1пки1т кепкНйНу. Ыа! Сепе!. 20:284-287, 1998.
15. Капктсп Т., 2иЬеп А., СНадпоп Υ.Ο, Ае1кпаде1 I., Агдугорои1ок С., е! а1. ТНе Нитап оЬекйу депе тар: ТНе 2005 ирба!е. ОЬекйу. 14:529-644.
16. КоЬйаШе 1., Иекргек ЕР., Регикке Ь., апб УоН1 М.С. ТНе РРАК-датта Р12А ро1утогрЫкт тоби1а!ек (Не ге1айопкйр Ье!уееп б1е!агу Еа! ш!аке апб сотропеп!к оЕ (Не те(аЬоНс купбготе: гекийк Егот (Не ОиеЬес Еатйу 8!ибу. Сйп. Сепе!. 63:109-116, 2003.
17. Мет1код1и А., Ни РЭ., Напкткоп 8.Е., Мапкоп 1.Е., Ие Уко I., АШе! А.С., апб Нип!ег ИЛ. 1п!егас!юп Ье!уееп а регохкоте рго1Еега!ог-ас1ка!еб гесер!ог датта депе ро1утогрЫкт апб б1е!агу Еа! ш!аке т ге1айоп !о Ьобу такк. Нитап Мо1еси1аг Сепейск. 12:2923-2929, 2001.
18. Ьтб1 У.1., Иикйира М.1., Ьшбкйот I., ЬоиНегап!а А., Епкккоп ЕС., Уа11е Т.Т., Ната1ашеп Н., Паппе-Рапкка Р., Кетапеп-Кшкааптет1 8., Ьаакко М., апб ТиотПеЫо 1. Аккоаабоп оЕ !Не Рго12А1а ро1утогрН1кт т !Не РРАК-датта2 депе уйН 3-уеаг шабепсе оЕ !уре 2 б1аЬе!ек апб Ьобу уе1дН! сНапде ш !Не ЕтткН И1аЬе!ек. РгетепЬоп 8!ибу. И1аЬе!ек. 51:2581-2586, 2002.
19. №ск1ак ВЭ., νап Коккит Е.Е., Вегтап И.М., Куап А.8., Иептк К.Е., апб 8Ни1бшег А.К. Сепебс шпайоп ш !Не регохкоте рго1Еега!ог-ас1ка!еб гесер!ог-датта2 депе (Рго12А1а) аЕЕес!к те!аЬобс гекропкек !о уе1дН! 1окк апб киЬкедиеп! уе1дН! гедаш. И1аЬе!ек. 50:2172-2176, 2001.
20. МейНаедНе А., Не1Ьесс.|ие Ν., Сойе1 Ό., Атоиуе1 Р. 1трас! оЕ ро1утогрЫктк оЕ !Не Нитап р2-абгепогесер!ог депе оп оЬекйу ш а ЕгепсН рори1а!юп. 1п!. 1. ОЬекйу. 24:382-87, 2000.
21. Сгееп 8.А., Тигк1 1., 1птк М., апб Ь1ддей 8.В. Атто-!егтта1 ро1утогрН1ктк оЕ !Не Нитап Ье!а 2-абгепегд1с гесер!ог 1трай б1к!шс! адошк!-ргото!еб геди1а!огу ргорегйек. ВюсНетййу. 33:9414-9419, 1994.
22. Не11к!гот Ь., Ьагде У., Кеушкбойй 8., АаНгепЬегд Н., Агпег Р. ТНе б1ЕЕегеп! еЕЕес!к оЕ а С1п27С1и В2-абгепогесер!ог депе ро1утогрН1кт оп оЬекйу т та1ек апб Еета1ек. I. 1п!ет Меб 245:253-259, 1999.
23. Сагепс С., Регикке Ь., СНадпоп Υ.Ο, Капктеп Т., Садпоп I., Вогеск1 1.В., Ьеоп А.8., 8ктпег Ι.8., Айтоге ЕН., Као И.С., апб ВоисНагб С. ЕЕЕес!к оЕ Ье!а2-абгепегд1с гесер!ог депе νа^^ап!к оп аб1рокйу: !Не НЕК1ТАСЕ Еатйу 8!ибу. ОЬек Кек. 11:612-618, 2003.
24. Ьапде Ь.А., Мотк 1.М., ЬапдеЕе1б С.И., №ск1ак ВЭ., АадепкпесН! Ь.Е., 8ааб М.Е., апб Воубеп И.А. Аккоаайоп оЕ аб1роке йккие берокйюп апб Ье!а-2 абгепегдк гесер!ог νа^^ап!к: !Не 1КА8 Еатйу к!ибу. 1п!. ί. ОЬек (Ьопб). 29:449-457, 2005.
25. Сопха1ех 8апсНех 1.Ь., Ргоепха А.М., Магйпех Ьаггаб М.Т., Кат1к 1.М., Еетапбех Регех С., Ра1ои А., апб 8еггапо Ктк М. ТНе д1и1атте 27 дЕПатю ааб ро1утогрН1кт оЕ !Не Ье!а2-абгепосер!ог депе 1к аккоаа!еб уйН аЬботта1 оЬекйу апб дгеа!ег пкк оЕ ипрайеб д1исоке !о1егапсе т теп Ьи! по! т уотеп: а рори1а!юп-Ьакеб к!ибу т 8рат. Сйп. ЕпбосппоН (ОхЕ). 59:476-481, 2003.
26. Макио К., Ка!киуа Т., КауадисЫ Н., Ей Υ., Какида Н., е! а1. В2-абгепогесер!ог ро1утогрЫктк ге1а!е !о оЬекйу !НгоидН Ь1ип!еб 1ер!т-теб1а!еб кутра!Нейс аайайоп. Ат. 1. Нурейепк, 19:1084-91, 2006.
27. ЕйкуойН И.Ь., Соабу 8.А., СНеп А., 8ппкакап 8.К., Е1какаЬапу А., Сик!а! 1., ВоегутИе Е., апб Вегепкоп С.8. 1пЕ1иепсе оЕ !Не Ье!а2-абгепегдк гесер!ог Агд16С1у ро1утогрЫкт оп 1опдйиб1па1 сНапдек т
- 38 018875 оЬевйу Ггот сЬйййоой (ЬгоидЬ уоипд айиЙЬоой ίη а Ьйас1а1 сойой: (Ье Вода1ива Неай 8(ийу. Ιηΐ. ί. ОЬев Ве1а( Ме1аЬ. Э|вогй. 26:928-937, 2002.
28. Мавио К., Ка(виуа Т., Ей Υ., Вакид1 Н., Од1Ьага Т., апй Тиск М.Ь. Ве1а2- апй Ье1а3-айгепегд1с гесер(ог ро1утогрЬ1втв аге ге1а(ей (о (Ье опве( оГ \\ещ1и дат апй Ь1оой ргеввиге е1ехаРоп оуег 5 уеагв. Сйси1айоп. 111:3429-3434, 2005.
29. уап Воввит С.Т., НоеЬее В., 8е1йе11 ЕС., ВоисЬагй С., уап Ваак М.А., йе Сгоо( С.Р., СЬадпоп М., йе СгааГ С., апй 8апв \У.Н. СепеРс Гас(огв ав ргейюЮгв оГ \\Όίβ1ιΙ дат т уоипд айи1( ЭШсН теп апй \хотеп. 1п( 1. ОЬев Ве1а( Ме(аЬ. Э|вогй. 26:517-528, 2002.
30. Майте/ 1.А., СогЬа1ап М.8., 8апсНех-УШедав А., Еогда Ь., Магй А., апй Маг(тех-Сопха1ех М.А. ОЬевйу пвк 1в аввос1а(ей \\Ы1 сагЬойуйга1е т1аке т \хотеп саггутд (Не С1п27С1и Ье(а2-айгепосер(ог ро1утогрЬ1вт. 1. Νι.ι(γ. 133:2549-2554, 2003.
31. икко1а О., ТгетЬ1ау А., апй ВоисЬагй С. Ве(а-2 айгепегдк гесер(ог хапап(в аге аввос1а(ей \νί(Η виЬсНапеоив Га( ассити1аРоп т гевропве (о 1опд-(егт охегГеейтд. 1п(. 1. ОЬев Ве1а(. Ме1аЬ. Э|вогй. 25:16041608, 2001.
32. СогЬа1ап М.8. ТЬе 27С1и ро1утогрЬ1вт оГ (Ье Ье1а2- айгепегдк гесер(ог депе т(егас(в \χί(Η рЬув1са1 асйуйу 1пйиепстд оЬевйу пвк атопд Гета1е виЬ)ес(в. С1т Сепе(. 61:305-307, 2002.
33. Итека^а Т., ΥовЬ^йа Т., 8акапе Ν., Кодиге А., Копйо М., апй Нофуо Н. Агд64Тгр ти(аРоп оГ Ье(а3-айгепосер(ог депе йе(епога(ев Ьро1ув1в тйисей Ьу Ье(а3-айгепосер(ог адошв( т Ьитап отеп1а1 ай|росу(ев. Э|аЬе(ев. 48:117-120, 1999.
34. НоГГв(ей( 1., Рошег О., ТЬогпе А., Ьоппцх1в( Е., Неггтапп 8.М., СатЫеп Е., апй Агпег Р. Ро1утогрЬ1вт оГ (Ье Ьитап Ье(а3-айгепосер(ог депе Гогтв а \хе11-сопвегхей Ьар1о(уре На! 1в аввоаа(ей \хйй тойега1е оЬевйу апй айегей гесер(ог ГипсРоп. Э|аЬе(ев. 48:203-205, 1999.
35. А111воп Э.В.. Нео М., ЕайЬ М.8., апй Р1ейоЬеШ А. Ме1а-апа1ув1в оГ (Ье аввоаайоп оГ (Ье Агд64Тгр ро1утогрЬ1вт т (Ье Ье1а3 айгепегдю гесер(ог тейЬ Ьойу тавв тйех. 1п(. 1. ОЬев Ве1а(. Ме(аЬ. Э|вогй. 22:559566, 1998.
36. Еирва\ха Т., 1кедат1 Н., КатадисЫ Υ., апй Од1Ьага Т. Ме(а-апа1ув1в оГ (Ье аввотайоп оГ Агд64Тгр ро1утогрЬ1вт оГ Ье(а 3-айгепегдк гесер(ог депе \\ЙЬ Ьойу тавв тйех. 1. С1т ЕпйосгтоН Ме(аЬ. 83:24412444, 1998.
37. Кигока^а Ν., №1ка1 К., Катео 8., Ьт 2.М., апй 8а(оЬ Н. Аввоаайоп оГ ВМ1 \\ЙЬ (Ье Ье(а3айгепегдк гесер(ог депе ро1утогрЬ1вт т 1арапеве: те(а-апа1ув1в. ОЬев Вев 9:741-745, 2001.
38. Магй А., СогЬа1ап М.8., Магйпех-Сопха1ех М.А., апй Магйпех кА. АВС64ТВР ро1утогрЬ1вт оГ (Ье Ье(а 3-айгепегдк гесер(ог депе апй оЬевйу пвк: еВес! тойШсайоп Ьу а вейейагу 1Гев(у1е. Э|аЬе(ев. ОЬев Ме(аЬ. 4:428-430, 2002.
39. 8акапе Ν., ΥовЬ^йа Т., Итека^а Т., Кодиге А., Такакига Υ., апй Копйо М. ЕГГес(в оГ Агд64Тгр ти(айоп т (Ье Ье1а 3-айгепегд1с гесер(ог депе оп \хе1дй( 1овв, Ьойу Га( НвйтЬийоп, д1усет1с соп(го1, апй твийп гев1в1апсе т оЬеве (уре 2 й1аЬейс райеп(в. Э|аЬе(ев. Саге. 20:1887-1890, 1997.
40. 8Ь®аки К., №д| А., Апиигай Е., Кйарта К., ЕпкЬтаа В., 8Ытопо К., апй Υатапе Υ. ОТПсиНу т 1овтд \хе1дй( Ьу ЬеЬауюга1 т(егхепйоп Гог \хотеп тейй Агд64Тгр ро1утогрЬ1вт оГ (Ье Ье(а3-айгепегдю гесер(ог депе. 1п(. 1. ОЬев Ве1а( Ме1аЬ. Э|вогй. 27:1028-1036, 2003.
41. РЬагев О.А., На1хегв(ай( А.А., 8йи1йтег А.В., Еегге11 В.Е., Эоид1авв Ь.У., Вуап А.8., Со1йЬегд А.Р., апй НадЬегд ЕМ. Аввоаайоп Ье(\хееп Ьойу Га( гевропве (о ехегаве йаштд апй тиййосив АЭВ депо(урев. ОЬев Вев. 12:807-815, 2004.
42. ТсЬегпоГ А., 8(агНпд ВЭ., \Уа1в(оп Ι.Ό., 8йи1йтег А.В., е( а1. ОЬев1(у-ге1а(ей рЬепо(урев апй (Ье Зз-айгепогесерФг депе хапап( т ров(тепораива1 \хотеп. Э|аЬе(ев. 48:1425-1428, 1999.
43. ЭееЬ 8.8., Еа)ав Ь., №то(о М., Р1Ь1а_)атак1 1., Муккапеп Ь., Кппв1в(о 1., Ьаакво М., Еи_рто1о У., апй Аи\хегх 1. А Рго12А1а виЬвйНйоп т РРАВдатта2 аввоаа(ей \χί(Η йесгеавей гесер(ог асйуйу, 1о\хег Ьойу тавв тйех апй йпргохей 1пвийп вепвШхйу. №1. Сепе(. 20:284-287, 1998.
44. Мавид1 1., Татой Υ., Моп Н., Ко1ке Т., апй Кавида М. РйиЬйогу еГГес( оГ а рго1те-(о-а1апте виЬв(1(и(1оп а( сойоп 12 оГ регох1воте ргойГега(ог-ас(1уа(ей гесер(ог-датта 2 оп йпахоййтейюпе-тйисей ай1родепев1в. Втсйет Втрйув Вев Соттип. 268:178-182, 2000.
45. КаЬага Т., Такатига Т., Науаката Т., №1да1 Υ., УатадисЫ Н., Ка(вик| Т., Ка(вик| К., Ка(вик| М., апй КоЬауавЫ К. РРАВдатта депе ро1утогрЬ1вт 1в аввоаа(ей тейй ехегс1ве-тей1а(ей сЬапдев оГ твийп гев1в(апсе т ЬеаЙЬу теп. Ме(аЬоНвт. 52:209-212, 2003.
46. Айато К.В., 81да1 В.Е, ХУПкатв К., Кеппу С., Ргий'Ьотте Ό., апй Теввоп Е. 1пГ1иепсе оГ Рго12А1а регох1воте ргойГега(ог-ас(1уа(ей гесер(ог датта2 ро1утогрЫвт оп д1исове гевропве (о ехегаве 1га1п1пд т 1уре 2 й1аЬе1ев. О1аЬе1о1од1а. 48:1503-1509, 2005.
47. Уе1вв Е.Р., Ки1ари1апа О., СЬи 1.А., Вгапйаиег 1., УоЬп С.В., РЬагев О.А., 8йи1йтег А.В., апй НадЬегд ЕМ. Епйигапсе (гаттд-тйисей сЬапдев т Не твийп гевропве (о ога1 д1исове аге аввоаа(ей тейй (Ье регох1воте ргойГега(ог-ас(1уа(ей гесер(ог-датта2 Рго12А1а депо(уре т теп Ьи( по( т \хотеп. Ме(аЬойвт. 54:97-102, 2005.
48. СиеНег 1., Сеогдорои1ов А., Тва1 М., ВайЬа V., 8Ьап1Ьгаш 8., Эеера В., Сговв М., Вао С., МоЬап V. Ро1утогрЬ1втв т (Ье Га((у аай-Ьтйтд рго(ет 2 апй аро1|рорго(ет с-ΙΙΙ депев аге аввоаа(ей тейй
- 39 018875 (Не те!аЬойс купйготе апй йук11р1йет1а ίη а кои(Н Ιηάίαη рорЫайоп. ί. С1т. ЕпйосппоН Ме(аЬ. 90:17051711, 2004.
49. Ро11ех К., Нап1еу А., 21птап В., Натк 8., КНап Η., Неде1е В. Ме!аЬойс купйготе т аЬопдта1 Сапай1апк: ргеуа1епсе апй депейс аккотайопк. А111его5с1его515. 184:121-129, 2006.
50. Кагат 8., ВайНа V., МоНап V. ТНг54 а11е1е сатегк оГ (Не А1а54ТНг уапап( оГ ЕАВР2 депе Нахе аккос1айопк \\ЙН те1аЬойс купйготе апй Нурег(пд1усепйет1а т игЬап 8ои(Н 1пй1апк. Ме(аЬоНкт. Сйшса1 апй Ехрептеп(а1. 55:1222-1226, 2006.
51. Регейа М., 8уат ί., 6о1ййпе Α., ΒίΓηί Ν., Ьийу1д Ό. ЕГГес(к оГ а 1оу-д1усет1с 1оай й1е! оп гекйпд епегду ехрепййиге апй йеай й1кеаке пкк Гас(огк йиппд \\ЫдН( 1окк. ΙΑΜΑ. 292(20):2482-2490, 2004.
52. НаШкатеп М., Торртеп Ь., Муккапеп Н., Αд^еη ί., Ьааккопеп Ό., М1еЫпеп Т., Мккапеп Ь., Рои(апеп К., СуШпд Н. ИКегасНоп Ье!уееп сНо1ек(его1 апй д1исоке те!аЬойкт йиппд й1е1агу сагЬоНуйга(е тоййгсайоп т киЬ)ес(к У1(Н (Не те1аЬойс купйготе. Αт. ί. С1т. Νιι(γ. 84:1385-1392, 2006.
53. КаШо Р., Ко1еНтатеп М., Ьааккопеп Ό., Кека1атеп ί., 8а1ориго Т., 81уепшк К., Ри1кктеп Ь., Муккапеп Н., Мккапеп Ь., Иикйира М., Рои(апеп К. И1е1агу сагЬоНуйга(е тойШсайоп тйисек а1(ега(юпк т депе ехргеккюп т аЬйотта1 киЬсШапеоик айроке йккие т регкопк \\ЙН (Не те(аЬоНс купйготе: (Не ΕυΝΟΕΝ^ кЫйу. Αω. I. С1т. Νυτ. 85:1417-1427, 2007.
54. Рагай1к Α.-М., Еоп1а1пе-В1ккоп В., Вокке Υ., ВоЬйаШе ί., Ьет1еих 8., 1адиек Н., Ьатагсйе В., ТсНегпоГ Α., Сои(иге Р., νθΜ М.-С., ТНе регох1коте ргоНГега(ог-ас(1уа(ей гесер(ог α ^еи162Vа1 ро1утогрЫкт шйиепсек (Не те1аЬойс гекропке (о а й1е1агу т1егуепйоп а1(ег1пд Гайу ас1й ргорогйопк т Неа1(Ну теп. Αт. I. С1т. Νιι(γ. 81:523-30, 2005.
55. ΜасНо-Αζса^а(е Т., Магй Α., Сопха1ех Α., Магйпех ί.Α., 1Ьапе/ ί. 61п2761и ро1утогр1пкт ш (Не Ье(а2 айгепегдй гесер(ог депе апй Ир1й те(аЬоНкт йиппд ехегсйе т оЬеке уотеп. 1п(. ί. ОЬекйу. 26:143441, 2002.
56. КаНага Т., Науакауа Т., №1да1 Υ., 8ННп1хи Α., Такатига Т. 61п2761и ро1утогрЫкт оГ (Не β2 айгепегдй гесер(ог депе ш Неа1(Ну 1арапеке теп 1к аккоаа(ей уйй (Не сНапде оГ Ггис(окатте 1еуе1 саикей Ьу ехегаке. И1аЬе1. Век. С1т. Ргасйсе. 64:207-12, 2004.
57. Магй Α., СогЬа1ап М.8., Маг(тех-Сопха1ех МА СНО т(аке а1(егк оЬекйу пкк аккоаа(ей \\ЙН Ρ^о12Α1а ро1утогрЫкт оГ ΡΡΑВ6 депе. I. Рйукю1. Вюсйет., 58(4):219-220, 2002.
58. Сеп(егк Гог И^еаке Соп(го1 апй Ргеуепйоп, ауайаЫе а!
Н((р://\у\у\у.сйс.доу/пссйрНр/йпра/оЬекНу/(гепй/тарк/тйех.Н(т. Αссеккей 10/21/07.
59. №1Нопа1 Сеп(ег Гог Неа1(Н 8(а(1к(1ск, ауайаЫе а! Н((р://\у\у\у.сйс.доу/псНк/Гак(а(к/оуег\у(.Н(т. Αссеккей 10/21/07.
60. Е1еда1 К.М., Сагго11 М.И, Одйеп С.Ь., ЫНпкоп С.Ь. Ргеуа1епсе апй (гепйк т оЬекйу атопд и8 айийк, 1999-2000. ^ΑΜΑ, 288:1723-1727, 2002.
61. Одйеп С.Ь., Сагго11 М.И., Сигйп Ь.В., МсЬоуеН МА., ТаЬак С.Ь, Е1еда1 КМ. Ргеуа1епсе оГ охег\уе1дН( апй оЬекйу ш (Не ипйей 8(а(ек, 1999-2004. ^ΑΜΑ, 295:1549-155, 2006.
62. Одйеп С.Ь., Е1еда1 К.М., Сагго11 М.И., 1оНпкоп С.Ь. Ргеуа1епсе апй (гепйк т охег\уе1дН( атопд и8 сНййгеп апй айо1ексепй, 1999-2000. ^ΑΜΑ, 288:1728-1732, 2002.
63. Сеп(егк Гог И^еаке Соп(го1 апй Ргеуепйоп, ауайаЫе а!
Н((р:/\у\у\у.сйс.доу/пссйрНр/йпра/оЬекНу/сопкес.|иепсек.Н(т. Αссеккей 10/21/07.
64. Сеп(егк Гог И^еаке Соп(го1 апй Ргеуепйоп, ауайаЫе а!
Н((р://\у\у\у.сйс.доу/пссйрНр/йпра/оЬекйу/есопот1с_сопкес.|иепсек.Н(т. Αссеккей 10/21/07.
65. \Уо1Г Α^., Со1ййх 6.Α. Сиггеп( екйта!ек оГ (Не есопотй сок! оГ оЬекйу т (Не Ьпйей 8(а(ек. ОЬек Век. 6:97-106, 1998.
66. Е1пке1к!ет, Ε.Α., Е1еЬе1когп, 1.С., Уапд, 6. №1Нопа1 теййа1 крепйтд а((пЬи(аЫе (о охег\уе1дН( апй оЬекйу: Ноу тисН, апй уНо'к раутд? Неа1(Н ΑΏΟί^ 8ирр1. У3; 219-226, 2003.
67. υ.8. Ьераг(теп( оГ Неа1(Н апй Нитап 8егу1сек. ТНе 8игдеоп 6епега1'к Са11 (о ΑΛ^ (о Ргехеп( апй Иесгеаке Оуегуе1дН( апй ОЬекйу. ВоскуШе, МИ: υ.8. Ьераг(теп( оГ Неа1(Н апй Нитап 8егу1сек, РиЬйс Неа1(Н 8егу1се, ОГйсе оГ (Не 8игдеоп 6епега1; 2001.
68. ЫНпкоп В., Уййатк 8., 8ргш11 I. бепотйк, пийгйоп, оЬекйу апй й1аЬе(ек. ί. М1гк 8сНо1агкН. 38:1118, 2006.
69. НгоксН Ό., Ме11о Р., Ьегтап С. ВеНау1ога1 сопкедиепсек оГ 1екйпд Гог оЬекйу пкк. Сапсег Ер1йетю1. Вютагкегк Ргеу. 14:1485-1489, 2005.
70. Уог1й Неа1(Н Огдаш/аНоп. ВМ1 С1акк1йсайоп.

Claims (1)

  1. ФОРМУЛА ИЗОБРЕТЕНИЯ
    Способ выбора терапевтического/диетического режима или рекомендаций образа жизни субъекта, включающий:
    а) определение генотипа субъекта в отношении любого из трех полиморфных локусов, выбранных из группы, состоящей из ЕАВР2 (гз1799883; С/А) локуса; РРАКС (гз1801282; С/С) локуса; АЭКВ3 (гз4994; С/Т) локуса; АОКВ2 (гз1042713; А/С) локуса и АЭКВ2 (гз1042714; С/С) локуса; и
    б) классификацию субъекта по категории питания, основанной на генотипе субъекта, где категория питания выбрана из группы, состоящей из низкожировой диеты, низкоуглеводной диеты, высокобелковой диеты и ограниченной по калориям диеты.
EA201071319A 2008-05-16 2009-05-15 Генетические маркеры контролирования массы и способы их применения EA018875B1 (ru)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US5388808P 2008-05-16 2008-05-16
PCT/US2009/044076 WO2009140569A2 (en) 2008-05-16 2009-05-15 Genetic markers for weight management and methods of use thereof

Publications (2)

Publication Number Publication Date
EA201071319A1 EA201071319A1 (ru) 2011-06-30
EA018875B1 true EA018875B1 (ru) 2013-11-29

Family

ID=41134677

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
EA201071319A EA018875B1 (ru) 2008-05-16 2009-05-15 Генетические маркеры контролирования массы и способы их применения

Country Status (16)

Country Link
US (2) US20100105038A1 (ru)
EP (2) EP2947159A1 (ru)
JP (1) JP5651585B2 (ru)
KR (1) KR101668122B1 (ru)
CN (2) CN102099487B (ru)
AU (1) AU2009246199C1 (ru)
BR (1) BRPI0912727A8 (ru)
CA (2) CA2724497C (ru)
DK (1) DK2291543T3 (ru)
EA (1) EA018875B1 (ru)
ES (1) ES2539825T3 (ru)
HK (3) HK1158703A1 (ru)
MX (1) MX2010012371A (ru)
NZ (1) NZ589863A (ru)
PL (1) PL2291543T3 (ru)
WO (2) WO2009140601A2 (ru)

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2691145C2 (ru) * 2017-10-09 2019-06-11 Общество с ограниченной ответственностью "Национальный центр генетических исследований" Способ формирования индивидуальных диетических рекомендаций на основе ДНК анализа

Families Citing this family (42)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2009140601A2 (en) * 2008-05-16 2009-11-19 Interleukin Genetics, Inc. Genetic marker weight management
US20100136561A1 (en) * 2008-05-16 2010-06-03 Interleukin Genetics, Inc. Genetic Markers for Weight Management and Methods of Use Thereof
WO2011044643A1 (en) * 2009-10-16 2011-04-21 Genetics Investments Pty. Ltd. Macronutrient sensitivity
US9554754B2 (en) * 2010-01-08 2017-01-31 Jeffrey Ruby System, method and computer program for weight, lifestyle and/or disease management integrating nutrition, exercise and behaviour management
CA2828201A1 (en) * 2010-02-24 2011-09-01 Bodysync, Inc. Methods for determining gene-nutrient interactions
JP2012000081A (ja) * 2010-06-21 2012-01-05 Haplo Pharma:Kk Ｓｎｐによる肥満化のリスクの予測
US20130138447A1 (en) * 2010-07-19 2013-05-30 Pathway Genomics Genetic based health management apparatus and methods
US8762167B2 (en) * 2010-07-27 2014-06-24 Segterra Inc. Methods and systems for generation of personalized health plans
CN102676639A (zh) * 2011-03-08 2012-09-19 重庆卡农科技有限公司 一种用于制定个体化减重方案的分子标记试剂盒
US20120295256A1 (en) * 2011-05-18 2012-11-22 Genovive Llc Weight management genetic test systems and methods
WO2013043554A1 (en) 2011-09-23 2013-03-28 Access Business Group International Llc Methods for creating recommended dietary regime
JP2013097693A (ja) * 2011-11-04 2013-05-20 Hitachi Solutions Ltd 骨粗鬆症リスク判定システム及びプログラム
US20150242935A1 (en) * 2012-08-17 2015-08-27 José Virgilio Braghetto Neto Genetic-based e-commerce systems and methods
WO2014047432A1 (en) 2012-09-21 2014-03-27 Ethicon Endo-Surgery, Inc. Clinical predictors of weight loss
US10242756B2 (en) 2012-09-21 2019-03-26 Ethicon Endo-Surgery, Inc. Systems and methods for predicting metabolic and bariatric surgery outcomes
US9250172B2 (en) 2012-09-21 2016-02-02 Ethicon Endo-Surgery, Inc. Systems and methods for predicting metabolic and bariatric surgery outcomes
CN102912452A (zh) * 2012-09-28 2013-02-06 湖北维达健基因技术有限公司 一种用于体重控制的基因芯片、制备方法、使用方法及其试剂盒
CN103678874B (zh) * 2013-10-14 2016-06-29 冯力新 一种个人健康膳食与运动能量平衡管理方法
CN103834739A (zh) * 2014-03-13 2014-06-04 上海中优门诊部有限公司 一种脂质代谢型肥胖基因体质评估的方法
WO2016049917A1 (en) * 2014-09-30 2016-04-07 Bgi Shenzhen Co., Limited Biomarkers for obesity related diseases
WO2016049927A1 (en) * 2014-09-30 2016-04-07 Bgi Shenzhen Co., Limited Biomarkers for obesity related diseases
CN105586395A (zh) * 2014-11-17 2016-05-18 武汉白原科技有限公司 一种人体对日常饮食反应的检测试剂盒和方法
CN105671138A (zh) * 2014-11-18 2016-06-15 武汉白原科技有限公司 一种饮食对肥胖影响的检测试剂盒和方法
CN105132566A (zh) * 2015-09-21 2015-12-09 上海中优生物高科技有限责任公司 毒素堆积型肥胖基因个体化干预饮品的制备方法及其系统
AU2017207341A1 (en) 2016-01-12 2018-08-02 Interleukin Genetics, Inc. Methods for predicting response to treatment
CN105821136A (zh) * 2016-04-29 2016-08-03 上海弥健生物科技有限公司 个性化基因分型指导健身减肥的方法及其设备应用
CN107252088A (zh) * 2016-08-26 2017-10-17 云健康基因科技（上海）有限公司 一种用于脂类代谢异常型肥胖症的食品的制备方法
US20180144820A1 (en) 2016-10-24 2018-05-24 Habit, Llc System and method for implementing meal selection based on vitals, genotype and phenotype
US10329620B2 (en) 2017-01-12 2019-06-25 Cardioforecast Ltd. Methods and kits for treating cardiovascular disease
CN110494880A (zh) * 2017-01-27 2019-11-22 欧瑞3恩公司 基于个人基因轮廓来判定和展现购买建议的系统和方法
US11315684B2 (en) 2019-04-04 2022-04-26 Kpn Innovations, Llc. Systems and methods for generating alimentary instruction sets based on vibrant constitutional guidance
US11322255B2 (en) 2019-04-04 2022-05-03 Kpn Innovations, Llc. Methods and systems for self-fulfillment of an alimentary instruction set based on vibrant constitutional guidance
US11222727B2 (en) 2019-04-04 2022-01-11 Kpn Innovations, Llc Systems and methods for generating alimentary instruction sets based on vibrant constitutional guidance
US10553316B1 (en) 2019-04-04 2020-02-04 Kpn Innovations, Llc Systems and methods for generating alimentary instruction sets based on vibrant constitutional guidance
US20220249660A1 (en) 2019-06-06 2022-08-11 Sitokine Limited Compositions and methods for treating lung, colorectal and breast cancer
WO2021028469A1 (en) 2019-08-12 2021-02-18 Sitokine Limited Compositions and methods for treating cytokine release syndrome and neurotoxicity
WO2021205013A1 (en) 2020-04-09 2021-10-14 Sitokine Limited Compositions and methods for treating covid-19
US11594316B2 (en) 2020-05-04 2023-02-28 Kpn Innovations, Llc. Methods and systems for nutritional recommendation using artificial intelligence analysis of immune impacts
US11875889B2 (en) 2020-05-29 2024-01-16 Kpn Innovations, Llc. Methods and systems of alimentary provisioning
US11393572B2 (en) 2020-11-03 2022-07-19 Kpn Innovations, Llc. System and method for modifying a nutrition requirement
US11145401B1 (en) 2020-12-29 2021-10-12 Kpn Innovations, Llc. Systems and methods for generating a sustenance plan for managing genetic disorders
US20230170073A1 (en) 2022-03-04 2023-06-01 Mohsin Mehdi Automated personalized nutrition and lifestyle recommendation system and associated method thereof

Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2005079325A2 (en) * 2004-02-12 2005-09-01 Geneob Usa Inc. Genetic predictability for acquiring a disease or condition

Family Cites Families (22)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
GB8311018D0 (en) 1983-04-22 1983-05-25 Amersham Int Plc Detecting mutations in dna
US4998617A (en) 1986-09-15 1991-03-12 Laura Lupton Inc Facial cosmetic liquid make up kit
US5459039A (en) 1989-05-12 1995-10-17 Duke University Methods for mapping genetic mutations
FR2650840B1 (fr) 1989-08-11 1991-11-29 Bertin & Cie Procede rapide de detection et/ou d'identification d'une seule base sur une sequence d'acide nucleique, et ses applications
US6004744A (en) 1991-03-05 1999-12-21 Molecular Tool, Inc. Method for determining nucleotide identity through extension of immobilized primer
CA2153387A1 (en) 1993-01-07 1994-07-21 Hubert Koester Dna sequencing by mass spectrometry
US5593826A (en) * 1993-03-22 1997-01-14 Perkin-Elmer Corporation, Applied Biosystems, Inc. Enzymatic ligation of 3'amino-substituted oligonucleotides
US20030092019A1 (en) * 2001-01-09 2003-05-15 Millennium Pharmaceuticals, Inc. Methods and compositions for diagnosing and treating neuropsychiatric disorders such as schizophrenia
US20030091687A1 (en) * 2001-11-13 2003-05-15 Copelan James Bradford Healthy diet system
US20030204412A1 (en) * 2002-04-29 2003-10-30 John Brier Apparatus and method for providing on-line customized nutrition, fitness, and lifestyle plans based upon a user profile and goals
JP2004105145A (ja) * 2002-09-20 2004-04-08 Japan Science & Technology Corp 心血管疾患、肥満および生活習慣病の遺伝的リスクを簡便に判定する方法
KR101177138B1 (ko) * 2003-09-12 2012-08-24 인터레우킨 제네틱스, 인코포레이티드 건강 상태를 조절하기 위한 프로그램
JP2006067866A (ja) * 2004-09-01 2006-03-16 Toshihide Yoshida 肥満関連遺伝子及びその利用
US20060252050A1 (en) * 2005-05-06 2006-11-09 Ordovas Jose M Genetic marker for weight regulation
US20090222282A1 (en) * 2005-09-15 2009-09-03 Trustees Of Tufts College Method for Personalized Diet Design
WO2007044470A2 (en) * 2005-10-05 2007-04-19 Trustees Of Tufts College Method for personalized diet design for females of asian origin
US20070111217A1 (en) * 2005-11-14 2007-05-17 Julieta Uthurralt Quantitative trait locus prognostic for changes in regional adiposity and BMI in Caucasian males
US20070196841A1 (en) * 2006-01-20 2007-08-23 Gualberto Ruano Physiogenomic method for predicting response to diet
JP5686333B2 (ja) * 2006-02-02 2015-03-18 Ｇ＆Ｇサイエンス株式会社 心筋梗塞の遺伝的リスク検出法
US20070218107A1 (en) * 2006-03-14 2007-09-20 Schnur Steven A Method of dieting and tools for implementing same
US20080171335A1 (en) * 2006-11-30 2008-07-17 Trustees Of Tufts College Method for personalized diet design
WO2009140601A2 (en) * 2008-05-16 2009-11-19 Interleukin Genetics, Inc. Genetic marker weight management

Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2005079325A2 (en) * 2004-02-12 2005-09-01 Geneob Usa Inc. Genetic predictability for acquiring a disease or condition

Non-Patent Citations (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
DE LUIS D.A. ET AL.: "Influence of ALA54THR polymorphism of fatty acid binding protein 2 on lifestyle modification response in obese subjects". ANNALS OF NUTRITION & METABOLISM, vol. 50, no. 4, 2006, pages 354-360, XP008114557, ISSN: 0250-6807, cited in the application, the whole document *
MARTI A. ET AL.: "TRP64ARG polymorphism of the beta 3-adrenergic receptor gene and obesity risk: effect modification by a sedentary lifestyle". DIABETES, OBESITY & METABOLISM. NOV. 2002, vol. 4, no. 6, November 2002 (2002-11), pages 428-430, XP002554349, ISSN: 1462-8902, the whole document *
MARTI AMELIA ET AL.: "Interaction between genes and lifestyle factors on obesity". PROCEEDINGS OF THE NUTRITION SOCIETY, vol. 67, February 2008 (2008-02), pages 1-8, XP002554347, ISSN: 0029-6651, pages 2, 4-7; figures 1-3; tables 2, 3 *
MEMISOGLU ASLI ET AL.: "Interaction between a peroxisome proliferator-activated receptor gamma gene polymorphism and dietary fat intake in relation to body mass". HUMAN MOLECULAR GENETICS, vol. 12, no. 22, 15 November, 2003 (2003-11-15), pages 2923-2929, XP002554348, ISSN: 0964-6906, cited in the application, the whole document *
SORENSEN THORKILD I.A. ET AL.: "Genetic polymorphisms and weight loss in obesity: a randomised trial of hypo-energetic high-versus low-fat diets". PLOS CLINICAL TRIALS, PUBLIC LIBRARY OF SCIENCE, US, vol. 1, no. 2, 1 June, 2006 (2006-06-01), pages 1-14, XP002467235, ISSN: 1555-5887, page 8, right-hand column - page 13, left-hand column; tables 3-5 *
UKKOLA O. ET AL.: "Beta-2 adrenergic receptor variants are associated with subcutaneous fat accumulation in response to long-term overfeeding". INTERNATIONAL JOURNAL OF OBESITY AND RELATED METABOLIC DISORDERS: JOURNAL OF THE INTERNATIONAL ASSOCIATION FOR THE STUDY OF OBESITY. NOV. 2001, vol. 25, no. 11, November 2001 (2001-11), pages 1604-1608, XP002554350, ISSN: 0307-0565, cited in the application, the whole document *

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2691145C2 (ru) * 2017-10-09 2019-06-11 Общество с ограниченной ответственностью "Национальный центр генетических исследований" Способ формирования индивидуальных диетических рекомендаций на основе ДНК анализа

Also Published As

Publication number Publication date
HK1218937A1 (zh) 2017-03-17
PL2291543T3 (pl) 2015-09-30
ES2539825T3 (es) 2015-07-06
CN102099487A (zh) 2011-06-15
EP2291543A2 (en) 2011-03-09
CA2724497C (en) 2018-10-09
BRPI0912727A2 (ru) 2017-08-29
WO2009140601A2 (en) 2009-11-19
AU2009246199A1 (en) 2009-11-19
DK2291543T3 (en) 2015-06-01
AU2009246199C1 (en) 2016-08-11
CA3015564A1 (en) 2009-11-19
WO2009140569A2 (en) 2009-11-19
US20100105038A1 (en) 2010-04-29
KR101668122B1 (ko) 2016-10-20
HK1217972A1 (zh) 2017-01-27
WO2009140601A3 (en) 2010-04-08
KR20110018909A (ko) 2011-02-24
EA201071319A1 (ru) 2011-06-30
MX2010012371A (es) 2011-05-23
JP5651585B2 (ja) 2015-01-14
CN102099487B (zh) 2015-08-26
EP2947159A1 (en) 2015-11-25
NZ589863A (en) 2012-11-30
JP2011520453A (ja) 2011-07-21
BRPI0912727A8 (pt) 2017-10-03
EP2291543B1 (en) 2015-04-15
HK1158703A1 (zh) 2012-07-20
CN105154525A (zh) 2015-12-16
CA3015564C (en) 2020-06-02
CA2724497A1 (en) 2009-11-19
WO2009140569A3 (en) 2010-01-14
US20100098809A1 (en) 2010-04-22
CN105154525B (zh) 2019-09-17
AU2009246199B2 (en) 2016-03-03

Similar Documents

Publication Publication Date Title
EA018875B1 (ru) Генетические маркеры контролирования массы и способы их применения
JP5864431B2 (ja) 体重管理のための遺伝子マーカーおよびその使用法
KR20220153109A (ko) Rnaset2를 통한 염증성 장 질환의 진단 방법
TW201319999A (zh) 用於創建推薦的飲食養生法之方法
AU2014373588B2 (en) Genetic markers associated with suicide risk and methods of use thereof
US20150057317A1 (en) Gabr-a2 diagnostic
CA2667812A1 (en) Methods to identify patients at risk of developing adverse events during treatment with antidepressant medication
US10731219B1 (en) Method for preventing progression to metabolic syndrome
KR101402919B1 (ko) 중풍 분류용 뉴로펩타이드 ｙ 유전자 다형성 마커 및 이의 용도
KR101290059B1 (ko) 비만인 개체의 대사증후군의 발병 위험을 진단하기 위한 폴리뉴클레오티드 및 그의 용도
CN109486944A (zh) 基因突变作为诊断mpls标志物的应用
Al-Owain et al. Mendelian Genetic Diseases
Li Genetic Association Studies: Concepts and Applications
KR20130021422A (ko) 비만인 개체의 대사증후군의 발병 위험을 진단하기 위한 폴리뉴클레오티드 및 그의 용도

Legal Events

Date Code Title Description
MM4A Lapse of a eurasian patent due to non-payment of renewal fees within the time limit in the following designated state(s)

Designated state(s): AM AZ BY KZ KG MD TJ TM

PC4A Registration of transfer of a eurasian patent by assignment
MM4A Lapse of a eurasian patent due to non-payment of renewal fees within the time limit in the following designated state(s)

Designated state(s): RU