DK2705158T3 - Fremgangsmåde til påvisning af en kromosomafvigelse - Google Patents

Fremgangsmåde til påvisning af en kromosomafvigelse Download PDF

Info

Publication number
DK2705158T3
DK2705158T3 DK12721758.6T DK12721758T DK2705158T3 DK 2705158 T3 DK2705158 T3 DK 2705158T3 DK 12721758 T DK12721758 T DK 12721758T DK 2705158 T3 DK2705158 T3 DK 2705158T3
Authority
DK
Denmark
Prior art keywords
probe
signal
probes
signals
fusion
Prior art date
Application number
DK12721758.6T
Other languages
English (en)
Inventor
Sven Hauke
Original Assignee
Zytovision Gmbh
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Zytovision Gmbh filed Critical Zytovision Gmbh
Application granted granted Critical
Publication of DK2705158T3 publication Critical patent/DK2705158T3/da

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813—Hybridisation assays
    • C12Q1/6816—Hybridisation assays characterised by the detection means
    • C12Q1/6818—Hybridisation assays characterised by the detection means involving interaction of two or more labels, e.g. resonant energy transfer
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813—Hybridisation assays
    • C12Q1/6841—In situ hybridisation
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Claims (15)

  1. FREMGANGSMÅDE TIL PÅVISNING AF EN KROMOSOMAFVIGELSE PATENTKRAV
    1. Fremgangsmåde til påvisning af flere forskellige kromosom- eller DNS-regioner i en celle for at påvise strukturelle kromosomafvigelser, hvor kromosomafvigelserne har mindst to brudpunktsregioner i et kromosom, baseret på de direkte eller indirekte taggede nukleinsyrefragmenter (prober), kendetegnet ved, at en første probe (probe A) tagget med et mærke A og en anden probe (probe B) tagget med et mærke B, som flankerer en brudpunktsregion 1, danner fusionssignaler A-B, og to prober, den tredje og den fjerde (prober C), som hver er tagget med et mærke C, og som flankerer en brudpunktsregion 2, danner fusionssignaler C-C, hvor de ovenfor nævnte fusionssignaler omdannes til fusionssignaler A-C og fusionssignaler B-C ved tilstedeværelse af en kromosomafvigelse.
  2. 2. Fremgangsmåde ifølge krav 1, kendetegnet ved, at proberne er polynukleotider, modificerede polynukleotider eller modificerede nukleinsyrefragmenter eller oligonukleotider eller modificerede oligonukleotider.
  3. 3. Fremgangsmåde ifølge krav 2, kendetegnet ved, at proberne A, B og C har forskellige mærker.
  4. 4. Fremgangsmåde ifølge krav 3, kendetegnet ved, at mærkerne er valgt fra gruppen bestående af farvestoffer, farvestofsubstrater, kemiluminescensfarvestoffer (f.eks. acridinium), radioisotoper, spin-mærker, enzymer (f.eks. alkalisk phosphatase, peberrodsperoxidase, sojabønneperoxidase og/eller beta-galactosidase), hapten (f.eks. dioxigenin, biotin, 5(6)-carboxyfluorescein, rhodamin, bromdeoxyuridin, acetylaminofluoren, trinitrophenol, trinitrophenolderivat, estradiol og/eller DNP), kvanteprikker, perler, aminohexyl, pyrener og fluorescensfarvestoffer (f.eks. fluorescein, fluoresceinderivat, 5(6)-carboxyfluorescein, coumarin, coumarinderivat, rhodamin, rhodaminderivat, tetramethylrhodamin, lissamin, Texas Red, AMCA, TRITC, IR-farvestof, Alexa-farvestof, Dyomics-farvestof, phycoerythrin, Cascade Blue, Oregon Green 488, Pacific Blue og/eller Rhodamine Green).
  5. 5. Fremgangsmåde ifølge krav 3, kendetegnet ved, at fremgangsmåden gennemføres ved hjælp af FISFI-metoden ved anvendelse af tre indirekte inkorporerede fluorescensfarvestoffer for emissionsregionerne grøn, rød og blå.
  6. 6. Fremgangsmåde ifølge krav 3, kendetegnet ved, at fremgangsmåden gennemføres ved hjælp af FISH-metoden ved anvendelse af tre indirekte inkorporerede fluorescensfarvestoffer for emissionsregionerne grøn, orange/rød og guld.
  7. 7. Fremgangsmåde ifølge krav 3, kendetegnet ved, at fremgangsmåden gennemføres ved hjælp af BrISFI-metoden ved anvendelse af biotin, digoxigenin og DNP, som danner en binding med antistof kobl et alkalisk phosphatase, antistofkoblet peroxidase og antistofkoblet beta-galactosidase.
  8. 8. Fremgangsmåde ifølge et hvilket som helst af de foregående krav til påvisning af inversioner, insertion og/eller duplikering.
  9. 9. Fremgangsmåde ifølge et hvilket som helst af de foregående krav til påvisning af inversioner, insertion og/eller duplikering afgenomiske afsnit.
  10. 10. Fremgangsmåde ifølge krav 9, kendetegnet ved, at inverterede, indsatte og/eller duplikerede genomiske afsnit i intervallet mindre end 20 Mb, fortrinsvis mindre end 15 Mb, særligt fortrinsvis mindre end 10 Mb og mest fortrinsvis mindre end 5 Mb, påvises.
  11. 11. Fremgangsmåde ifølge krav 8, kendetegnet ved, at de omdannede fusionssignaler A-C eller B-C er synlige i signalmønsteret ved en stor brudpunktsregion som fusionssignalet A-C og signal C/signal B eller som fusionssignalet B-C og signal C/signal A.
  12. 12. Fremgangsmåde ifølge krav 9 til differentiering af inversioner og translokationer.
  13. 13. Fremgangsmåde ifølge krav 8 til påvisning af inversioner, hvor det drejer sig om inversionen inv(2)(p22-p21 p23) og/eller generne ALK og/eller EML4.
  14. 14. Præparat til påvisning af flere forskellige kromosom- eller DNS-regioner i en celle for at påvise strukturelle kromosomafvigelser, hvor kromosomafvigelserne har mindst to brudpunktsregioner i et kromosom, baseret på de direkte eller indirekte taggede nukleinsyrefragmenter (prober), hvilket præparat omfatter - en første probe (probe A) tagget med et mærke A og en anden probe (probe B) tagget med et mærke B, som flankerer en brudpunktsregion 1, og som danner fusionssignaler A-B, og - to prober, den tredje og den tjerde (prober C), som hver er tagget med et mærke C, og som flankerer en brudpunktsregion 2, og som danner fusionssignaler C-C, hvor de ovenfor nævnte fusionssignaler omdannes til fusionssignaler A-C og fusionssignaler B-C ved tilstedeværelse af en kromosomafvigelse.
  15. 15. PræDarat ifølae krav 14. kendeteanet ved. at Droberne er udført ifølae krav 2-7.
DK12721758.6T 2011-05-02 2012-04-27 Fremgangsmåde til påvisning af en kromosomafvigelse DK2705158T3 (da)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
DE102011100242A DE102011100242A1 (de) 2011-05-02 2011-05-02 Verfahren zur Detektion von Chromosomenaberration
PCT/EP2012/001825 WO2012150022A1 (de) 2011-05-02 2012-04-27 Verfahren zur detektion von chromosomenaberration

Publications (1)

Publication Number Publication Date
DK2705158T3 true DK2705158T3 (da) 2016-08-15

Family

ID=46124279

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
DK12721758.6T DK2705158T3 (da) 2011-05-02 2012-04-27 Fremgangsmåde til påvisning af en kromosomafvigelse

Country Status (7)

Country Link
US (1) US9771611B2 (da)
EP (1) EP2705158B1 (da)
CN (1) CN103874769B (da)
DE (1) DE102011100242A1 (da)
DK (1) DK2705158T3 (da)
ES (1) ES2582866T3 (da)
WO (1) WO2012150022A1 (da)

Families Citing this family (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
DK3109324T5 (da) * 2015-06-23 2019-02-11 Zytovision Gmbh Fremgangsmåde til detektion af kromosomafvigelser
US20180044722A1 (en) * 2016-08-12 2018-02-15 Agilent Technologies, Inc. Tri-color probes for detecting multiple gene rearrangements in a fish assay
JP7042045B2 (ja) * 2017-08-10 2022-03-25 シスメックス株式会社 試料分析装置

Family Cites Families (8)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP3656651B2 (ja) 1990-09-20 2005-06-08 バイシス・インコーポレイテッド 複数の染色体又は染色体領域の検出方法
US6174681B1 (en) 1999-03-05 2001-01-16 Mayo Foundation For Medical Education And Research Method and probe set for detecting cancer
AU2002259230A1 (en) * 2001-05-14 2002-11-25 Cancer Genetics, Inc. Methods of analyzing chromosomal translocations using fluorescence in situ hybridization (fish)
WO2005111235A2 (en) 2004-05-04 2005-11-24 Dak Denmark A/S Methods for detecting chromosome aberrations
ES2644045T3 (es) 2005-09-02 2017-11-27 The Regents Of The University Of California Métodos y combinaciones de sondas para detectar melanoma
AU2009215168A1 (en) * 2008-02-12 2009-08-20 Dana-Farber Cancer Institute Fish assay for EML4 and ALK fusion in lung cancer
JP5861244B2 (ja) * 2010-06-22 2016-02-16 公益財団法人がん研究会 新規ｒｏｓ１融合体の検出法
CA2825453C (en) * 2011-03-14 2016-05-10 Ventana Medical Systems, Inc. A method of analyzing chromosomal translocations and a system therefore

Also Published As

Publication number Publication date
DE102011100242A1 (de) 2012-11-08
CN103874769B (zh) 2016-08-17
US20140065618A1 (en) 2014-03-06
US9771611B2 (en) 2017-09-26
CN103874769A (zh) 2014-06-18
WO2012150022A1 (de) 2012-11-08
ES2582866T3 (es) 2016-09-15
EP2705158B1 (de) 2016-04-27
EP2705158A1 (de) 2014-03-12

Similar Documents

Publication Publication Date Title
JP6630823B2 (ja) 染色体異常の検出方法
Liehr et al. Microdissection based high resolution multicolor banding for all 24 human chromosomes
Ventura et al. FISH analysis for the detection of lymphoma-associated chromosomal abnormalities in routine paraffin-embedded tissue
Macville et al. Spectral karyotyping, a 24-colour FISH technique for the identification of chromosomal rearrangements
US20120219957A1 (en) Method of preparing a reaction mixture and related products
DK2705158T3 (da) Fremgangsmåde til påvisning af en kromosomafvigelse
CN105392898A (zh) 通过顺序杂交编条形码的分子多重标记
CN105177146B (zh) 人类y染色体27个str基因座的荧光标记复合扩增试剂盒及其应用
Bohländer et al. Two wavelength-shifting molecular beacons for simultaneous and selective imaging of vesicular miRNA-21 and miRNA-31 in living cancer cells
CN114031549A (zh) 一种同时可视化质膜和溶酶体的双靶向荧光探针及其应用
CN108796045B (zh) 基于荧光标记核苷酸的染料编码方法
CN113166800A (zh) 用于原位核酸数字多路复用的方法
EP2883964A1 (en) Method for labelling of cleavage of nucleic acid sequence
CN112752763A (zh) 筛查结直肠癌和晚期腺瘤的试剂盒及其应用
CN110506124A (zh) 用于确定生物分子之间的相互作用水平的方法
CN117467751B (zh) 靶向目的基因fish荧光探针及其自组装放大探针系统
US20150376721A1 (en) Direct Quantitative PCR Absent Minor Groove Binders
CN108060225A (zh) 引物组及试剂盒