DK2121977T3

DK2121977T3 - Indfangning (4c) af kromosomer med cirkulær konformation

Info

Publication number: DK2121977T3
Application number: DK08719319.9T
Authority: DK
Inventors: Frank Grosveld; Laat Wouter De
Original assignee: Erasmus Univ Medical Center
Priority date: 2007-01-11
Filing date: 2008-01-10
Publication date: 2017-09-18
Also published as: AU2008204338B2; BRPI0806565A2; JP5690068B2; JP2010515449A; WO2008084405A3; EP2121977B1; CN101688237A; US20100062947A1; ES2634266T3; AU2008204338A1; AU2008204338A8; US8642295B2; WO2008084405A2; PT2121977T; EP2121977A2

Claims

1. Fremgangsmåde til analyse al nyppigneaen af interaktion mellem to eller flere "baif-nukieotidsekvenser og en elier f 1 e r e nukleot i ds e kve nser af interesse (f.e κ s. et erler ± 1 e r e genomiske loci), hvilken fremgangsmåde omfatter følgende trin: (a) tilvejebringelse af en prøve af krydsbunaet DNA; (b) fordøjelse af det krydsbundne DNA med et primært restriktionsenzym; (c) ligering af de krydsbundne nukieotidsekvenser; (d) reversering af krydsbindingen; (e) eventuelt fordøjelse af rmkleotidsekvenserne med et. sekundart restriktionsenzym; (f) eventuelt ligering af en eller flere DNA-sekvenser med kendt nukleotidsammensætning tir de(t) tilgængelige sekundært restriktionsenzym-fordøj elsessted(er), som flankerer nukleotidsekvensen eller -sekvenserne af interesse; (g) amplifikation af nukieotidsekvensen eller -sekvenserne af interesse ved anvendelse af mindst to oligonukleotidprimere, hvor hver primer hybridiserer med de DNA-sekvenser, som flankerer nukleotidsekvenserne af interesse, ved anvendelse af multipleks-PCR; (h) hybridisering af de(n) amplificerede sekvens(er) med et array og (i) bestemmelse af hyppigheden af interaktion mellem DMA-sekvenserne, hvor produkterne af ligering af "bait"-sekvenser med krydsbundne sekvenser analyseres ved hjælp af sekventering med højt throughput.

2. Fremgangsmåde ifølge krav 1, hvor ligeringsreaktionen i trin (c) eller (f) resulterer i dannelse af DNA-ringe.

3. Fremgangsmåde ifølge et hvilket som helst af de foregående krav til analyse af hyppigheden af interaktion mellem to eller flere "bait"-nukieotidsekvenser og en eller flere nukleotidsekvenser af interesse, hvilken fremgangsmåde omfatter pooling af nogle af de PCR-produkter eller alle de PCR-produkter, der er opnået for hver af "bait"-sekvenserne i trin (g) , og efterfølgende samtidig analyse af deres DNA-interaktioner.

4. Fremgangsmåde ifølge krav 3, hvor de to eller flere amplificerede sekvenser mærkes forskelligt inden pooling oq analyse ved hybridisering til et array.

5. Fremgangsmåde ifølge krav 3 eller krav 4, hvor de to eller flere amplificerede sekvenser mærkes identisk oq analyseres ved hybridisering til et array, når sekvenserne befinder sig på forskellige kromosomer.

6. Fremgangsmåde ifølge krav 3, hvor de to eller flere amplificerede sekvenser mærkes identisk, når sekvenserne befinder sig på samme kromosom i en afstand, som er stor nok til at opnå minimalt overlap mellem DNA-DNA-interakt ionssignaler.

7. Fremgangsmåde ifølge et hvilket som helst af de foregående krav, hvor der anvendes sekvensering med højt throughput til at analysere de ligeringsforbindelsessteder, der er dannet mellem "bait"-sekvenser og indfangede sekvenser af interesse.

8. Fremgangsmåde ifølge krav 7, hvor sekventeringen målrettes mod de ligeringsforbindelsessteder, der er dannet, mellem "bait"-sekvenser og indfangede sekvenser af interesse, ved at addere adaptersekvenser, som kræves for at sekventere, til enderne af de amplificerede sekvenser.

9. Fremgangsmåde ifølge krav 8, hvor sekventeringen målrettes mod de ligeringsforbindelsessteder, der er dannet mellem "bait"-sekvenser og indfangede sekvenser af interesse, ved. at. addere de komplette adaptersekvenser, som kræves for at sekventere, eller en del af dem, som 5’-overhæng til. de oligonukleotidprimere, der anvendes til at amplificere nukleotidsekvensen eller -sekvenserne af interesse.

10. Fremgangsmåde Ifølge krav 8, hvor sekventerinaen målrettes mod de ligeringsforbindelsessteder, der er dannet mellem "bait"-sekvenser og indfangede sekvenser af interesse, ved at konjugere et biotinstof eller en anden del til de oligonukleotidprimere, der anvendes til at amplificere nukleotidsekvensen eller -sekvenserne af interesse, efterfulgt af oprensning medieret af streptavidin, eller medieret på anden vis, af det PCR-amplificerede materiale.

11. Fremgangsmåde ifølge et hvilket som helst af kravene 7- r ύ, nvor sek.venteri.ngen målrettes mod ligeringsforbindelsesstederne mellem "bait"-sekvenser og indfangede sekvenser af interesse ved at udforme de oligonukleotidprimere, der anvendes til at amplificere nukleotidsekvensen eller -sekvenserne af interesse, inden for 400, 300, 200, 150, 100, 90, 80 70, 60, 50, 40, 30, 20, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2, 1 nukleotider fra de (t) analyserede primært restriktionsenzym- og/eller sekundært restriktionsenzym-genkendelsessted(er).

12. Fremgancjsmåde ifølge et hvilket som helst af kravene 7- 10, hvor sekventerinaen målrettes mod ligeringsforbindelsess tederne mellem ’•bait"-sekvenser og indfangede sekvenser af interesse ved at udrorme de oligonukleotidprimere, der anvendes til at amplificere nukleotidsekvensen eller -sekvenserne af interesse, saledes, at de helt eller delvist overlapper med det analyserede primært restriktionsenzym- og/eller sekundært restriktionsenzym-genkendelsessted.

13. Fremganqsmåde ifølge et hvilket som helst ar kravene 7- 12, hvor sekvenser aflæses henover ligeringsforbindelsesstedet, således at der, når der analyseres multipleksede eller poolede PCR-piØvej., opnas tilstrækkelig sekvens information (f.eks. -s-2 el.rer 1 ~eLe nukleotider) på begge sider af ligeringsforbinderses» te Jet til at identificere hver "bait"-sekvens og hver inafa^get olivens af interesse entydigt.

14. Fremgancj småde ifølcje et hvilket som helst af de foregående krav, hvor "bait"-nukleotidsekvensen er valgt fra gruppen bestående af en genomisk omlejring, en promotor:, en enhancer, en silencer, en .insulator, en matrixbindingsregion, en locus kontrolregiori, en transskriptionsenhed, et replikationsstartsted, et rekombinations-hotspot, et translokationsbrudsted, en eentromer, en telomer, en gentung region, en genfattig region, et repetitivt element, et transskriptionsfaktorbindingssted og et (viralt) i n t e g r a t i o n s s t e d.

15. Fremgangsmåde ifølge et hvilket som helst af de foregående krav, hvor "bait"-nukleotidsekvensen er en nukleotidsekvens, som er forbundet med eller forårsager en sygdom eller er placeret op til eller mere end 15 Mb på en lineær DNA-template fra et locus, som er forbundet med eller forårsager en sygdom.

16. Fremgangsmåde ifølge et hvilket som helst af de foregående krav, hvor "bait"-nukleotidsekvensen er valgt fra gruppen bestående af: AMLl, MLL, MYG, 3CL, BCR, ABLl, IGH, LYLI, TALI, TAL2, LM02, TCRoi/δ, TCRp og HOX eller andre loci, som er forbundet, med sygdom.

17. Fremgangsmåde til identificering af en eller flere DNA-DNA-interaktioner, som er indikative for en bestemt sygdomstilstand, hvilken fremgangsmåde omfatter trinet til udførelse af trinene (a) til (r) ifølge kravene 1-16, hvor, i trin (a) , en prøve af krydsbundet DNA. tilvejebringes fra. en sygdomsramt og en ikke-sygdomsramt celle, og hvor en forskel mellem hyppigheden af interaktion mellem DNA-sekvenserne fra den sygdomsramte og den ikke-sygdomsramte celle indikerer, at der er en forskel i den lineære organisation af kromosorntemplaterne (f.eks. en genomisk ornie'j ring) , hvilket er indikativt for et bestemt træk eller en bestemt s ygdoms tilstand.

18. Fremgangsmåde til diagnosticering eller prognosticering af en sygdom eller et syndrom, som er forårsaget af eller forbundet med en ændring i en DNA-DNA-interaktion, hvilken fremgangsmåde omfatter trinet til udførelse af trinene (a) til (i) ifølge et hvilket som helst af kravene 1-16, hvor trin (a) omfatter tilvejebringelse af en prøve af krydsbundet DNA fra et individ; og hvor trin (i) omfatter sammenligning af hyppigheden af interaktion mellem DNA-sekvenserne med den for en upåvirket kontrol; hvor en forskel mellem værdien opnået fra kontrollen og værdien opnået fra individet er indikativt for, at individet er ramt af sygdommen eller syndromet, eller indikativt for, at individet vil blive ramt af sygdommen eller syndromet.

19. Fremgangsmåde ifølge et hvilket som helst af de foregående krav til påvisning af en balanceret og/eller ubalanceret omlej ring, translokation, inversion, deletion, duplikering eller insertion.

20. Fremgangsmåde til analyse af hyppigheden af interaktion mellem en "bait"-nukleotidsekvens og en eller flere nukleotiasecvenser (f.eks. et eller flere genomiske loci), nvilsen fremgangsmåde omfatter følgende trin: (a) tilvejebringelse af en -prøve af krydsbundet DNA; (b) fordøjelse af det krydsbundne DNA med et primært r e s t r i k t i o n s e n z ym; (c) ligering af de krydsbundne nukleotidsekvenser; (et) reversering sit krydsbindingen; (e; eæntueit fordøjelse af nukleotidsekvenserne med et s e kun dær t re s t r i k t. i o n s e n z ym; (f) i i n g & 1 u t n i n g a f nu k 1 e o t i. ds e k v e n s er ne; (g) amplification af nukleotidsekvensen eller -sekvenserne, som er lageret til "bait"-nukleotidsekvensen; (hg anaiyse af de simplificerede sekvenser ved sekventering med h ø j t t h r o u g h p u t o g (i) bestemmelse af hyppigheden af interaktion mellem DNA-sekvenserne.

21. Fremgangsmåde ifølge et hvilket som helst af kravene 1-19, hvor arrayhybridiseringstrinet erstattes med et sekventeringstrin.