DE3927345A1 - Verfahren zur strukturbestimmung von peptiden - Google Patents

Verfahren zur strukturbestimmung von peptiden

Info

Publication number
DE3927345A1
DE3927345A1 DE19893927345 DE3927345A DE3927345A1 DE 3927345 A1 DE3927345 A1 DE 3927345A1 DE 19893927345 DE19893927345 DE 19893927345 DE 3927345 A DE3927345 A DE 3927345A DE 3927345 A1 DE3927345 A1 DE 3927345A1
Authority
DE
Germany
Prior art keywords
peptide
protein
peptides
determining
rop
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Withdrawn
Application number
DE19893927345
Other languages
English (en)
Inventor
Helmut Dr Bloecker
Stephen C Emery
Christian Dr Sander
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
GESELLSCHAFT fur BIOTECHNOLOGISCHE FORSCHUNG MBH (GBF) 3300 BRAUNSCHWEIG DE
Original Assignee
GESELLSCHAFT fur BIOTECHNOLOGISCHE FORSCHUNG MBH (GBF) 3300 BRAUNSCHWEIG DE
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by GESELLSCHAFT fur BIOTECHNOLOGISCHE FORSCHUNG MBH (GBF) 3300 BRAUNSCHWEIG DE filed Critical GESELLSCHAFT fur BIOTECHNOLOGISCHE FORSCHUNG MBH (GBF) 3300 BRAUNSCHWEIG DE
Priority to DE19893927345 priority Critical patent/DE3927345A1/de
Priority to PCT/EP1990/001352 priority patent/WO1991002982A1/de
Publication of DE3927345A1 publication Critical patent/DE3927345A1/de
Withdrawn legal-status Critical Current

Links

Classifications

    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
    • G01N33/6878—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids in eptitope analysis
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N24/00—Investigating or analyzing materials by the use of nuclear magnetic resonance, electron paramagnetic resonance or other spin effects
    • G01N24/08—Investigating or analyzing materials by the use of nuclear magnetic resonance, electron paramagnetic resonance or other spin effects by using nuclear magnetic resonance
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers

Landscapes

  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • High Energy & Nuclear Physics (AREA)
  • Food Science & Technology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Analysing Materials By The Use Of Radiation (AREA)

Description

Peptide sind Substanzen, die aus natürlichen Quellen isoliert werden, und zwar direkt oder nach gentechnologischer Verände­ rung der Gene der natürlichen Quellen, oder chemisch oder enzy­ matisch synthetisiert werden und eine breite Verwendung in der grundlegenden oder angewandten Forschung finden, beispielsweise als Pharmaka.
In den letzten Jahren eröffnet eine Kombination von Techniken der elektronischen Datenverarbeitung mit modernen Methoden der Biologie Wege, modifizierte Peptide vorzusehen, die an eine vorgegebene Aufgabe angepaßt sind ("Drug-Design" und "protein- Design"). Zur Beurteilung dieser Anpassung der Peptide sind je­ doch Informationen über ihre Struktur und Funktion erforder­ lich. Es besteht daher ein starkes Bedürfnis, auf elegante Weise die Struktur von Peptiden zu bestimmen.
Zur Strukturanalyse von Peptiden werden vorzugsweise kernreso­ nanzspektroskopische und röntgenkristallographische Methoden eingesetzt. Bei der direkten Kristallisation von Peptiden kann jedoch der Effekt auftreten, daß im Kristall die intermolekula­ ren Wechselwirkungen wesentlich über die näturlichen Bedingun­ gen hinaus verstärkt werden, so daß sich unter den möglichen Konformationen vermehrt jene einstellen, die am besten der engen Packung im Peptidkristall gerecht werden. Außerdem lassen sich der Erfahrung nach Peptide schwerer als Proteine kristal­ lisieren. Ähnliches gilt für die Vermessung in oft hochkonzen­ trierten Lösungen, wie sie für die NMR-Spektroskopie benötigt werden: Auch hier führt das Auftreten von nicht natürlichen in­ termolekularen Wechselwirkungen leicht zu Artefakten.
Erfindungsgemäß lassen sich nun die angesprochenen Nachteile dadurch vermeiden, daß man das gewünschte Peptid mit einem Pro­ tein kovalent verknüpft und das Produkt - und damit das Peptid - strukturanalytisch vermißt. Hierfür bietet sich die Röntgen­ strukturanalyse des Kokristallisats von Peptid und Protein und auch die Kernresonanzspektroskopie von bevorzugt einer Lösung des Produkts an.
Es ist von Vorteil, für das erfindungsgemäße Verfahren ein Pro­ tein bekannter Raumstruktur zu verwenden, beispielsweise nati­ ves ROP (repressor of primer).
Gemäß einer speziellen Ausführungsform des erfindungsgemäßen Verfahrens wird das Peptid an das ggf. modifizierte C-terminale Proteinende gebunden.
Nachstehend wird die Erfindung durch ein Beispiel näher erläu­ tert.
Beispiel 1
Als Protein wurde natives ROP verwendet. Die Raumstruktur dieses Proteins ist bereits in hoher Auflösung bestimmt und veröffentlicht worden. Es handelt sich um ein Protein mit einem Bündel von vier α-Helices.
Die Sequenz des nativen ROP wurde nur unwesentlich geändert. So wurden lediglich die 5 C-terminalen Aminosäuren entfernt und die Aminosäure 58 zur Flexibilisierung in Glycin umgewandelt.
Als Peptid wurde eine partielle Sequenz (7 Aminosäuren) aus einer PSTI4-Variante eingesetzt; zur Sequenz vgl. man die deutsche Patentanmeldung P 38 27 145.1. Als Linker wurden zwei benachbarte Glycin-Reste vorgesehen. Mit Hilfe dieses Linkers konnte die PSTI4-Variante C-terminal an das Protein gebunden werden.
Das gebildete Produkt wurde gemäß den Literaturangaben für na­ tives ROP gereinigt. Danach wurde das isolierte und gereinigte Produkt kristallisiert und unter ROP-Standardbedingungen einer Röntgenstrukturanalyse und einer Kernresonanzspektroskopie un­ terworfen. Auf diese Weise konnte die Struktur des Peptids auf­ geklärt werden.

Claims (6)

1. Verfahren zur Strukturbestimmung eines Peptids, dadurch ge­ kennzeichnet, daß man das Peptid kovalent an ein Protein bindet und das gebildete Produkt strukturanalytisch untersucht.
2. Verfahren nach Anspruch 1, dadurch gekennzeichnet, daß man die Struktur des Peptids kernresonanzspektroskopisch bestimmt.
3. Verfahren nach Anspruch 1, dadurch gekennzeichnet, daß man die Struktur des Peptids röntgenkristallographisch bestimmt.
4. Verfahren nach einem der vorhergehenden Ansprüche, dadurch gekennzeichnet, daß man das Peptid an ein Protein bekannter Raumstruktur bindet.
5. Verfahren nach einem der vorhergehenden Ansprüche, dadurch gekennzeichnet, daß man das Peptid an das ggf. modifizierte C-terminale Proteinende bindet.
6. Verfahren nach Anspruch 4 oder 5, dadurch gekennzeichnet, daß man als Protein natives ROP verwendet.
DE19893927345 1989-08-18 1989-08-18 Verfahren zur strukturbestimmung von peptiden Withdrawn DE3927345A1 (de)

Priority Applications (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
DE19893927345 DE3927345A1 (de) 1989-08-18 1989-08-18 Verfahren zur strukturbestimmung von peptiden
PCT/EP1990/001352 WO1991002982A1 (de) 1989-08-18 1990-08-17 Verfahren zur strukturbestimmung von peptiden

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
DE19893927345 DE3927345A1 (de) 1989-08-18 1989-08-18 Verfahren zur strukturbestimmung von peptiden

Publications (1)

Publication Number Publication Date
DE3927345A1 true DE3927345A1 (de) 1991-02-21

Family

ID=6387394

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
DE19893927345 Withdrawn DE3927345A1 (de) 1989-08-18 1989-08-18 Verfahren zur strukturbestimmung von peptiden

Country Status (2)

Country Link
DE (1) DE3927345A1 (de)
WO (1) WO1991002982A1 (de)

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
DE4410655A1 (de) * 1994-03-26 1995-09-28 Heiko Dr Schwertner Verfahren und Vorrichtung zur schnellen kontinuierlichen Sequenzanalyse von verschiedenen linearen polymeren Substanzen nach einer einheitlichen Vorgehensweise
DE10336110A1 (de) * 2003-08-06 2005-03-10 Proteros Biostructures Gmbh Vorrichtung und Verfahren zum Behandeln von Kristallen

Families Citing this family (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO1996017055A1 (en) * 1994-12-02 1996-06-06 Vanderbilt University Carrier protein driven crystallization of a peptide or polypeptide
CN111595888B (zh) * 2020-04-23 2021-03-23 北京大学 一种基于高场核磁共振技术检测多肽药物结构的方法

Family Cites Families (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4833233A (en) * 1987-08-20 1989-05-23 The United States Of America As Represented By The Administrator Of The National Aeronautics And Space Administration Human serum albumin crystals and method of preparation

Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
Biochemistry, 1972, Vol. 11, Nr. 3, S. 455-461 *

Cited By (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
DE4410655A1 (de) * 1994-03-26 1995-09-28 Heiko Dr Schwertner Verfahren und Vorrichtung zur schnellen kontinuierlichen Sequenzanalyse von verschiedenen linearen polymeren Substanzen nach einer einheitlichen Vorgehensweise
DE4410655C2 (de) * 1994-03-26 2001-06-28 Heiko Schwertner Verfahren und Vorrichtung zur schnellen kontinuierlichen Sequenzanalyse von verschiedenen linearen polymeren Substanzen nach einer einheitlichen Vorgehensweise
DE10336110A1 (de) * 2003-08-06 2005-03-10 Proteros Biostructures Gmbh Vorrichtung und Verfahren zum Behandeln von Kristallen
DE10336110B4 (de) * 2003-08-06 2008-01-03 Proteros Biostructures Gmbh Vorrichtung und Verfahren zum Behandeln eines Proteinkristalls

Also Published As

Publication number Publication date
WO1991002982A1 (de) 1991-03-07

Similar Documents

Publication Publication Date Title
DE19641876B4 (de) Streptavidinmuteine
DE60124678T2 (de) Proteingerüste für antikörper-mimetika und andere bindungsproteine
Matsui et al. Nucleotide and deduced amino acid sequences of a GTP-binding protein family with molecular weights of 25,000 from bovine brain.
Wettenhall et al. Phosphorylation of hepatic ribosomal protein S6 on 80 and 40 S ribosomes. Primary structure of S6 in the region of the major phosphorylation sites for cAMP-dependent protein kinases.
Watakabe et al. N-tropomodulin: a novel isoform of tropomodulin identified as the major binding protein to brain tropomyosin
Seetharam et al. Mistranslation in IGF-1 during over-expression of the protein in Escherichia coli using a synthetic gene containing low frequency codons
Regier et al. Silkmoth chorion proteins: sequence analysis of the products of a multigene family.
EP1630171B1 (de) Streptavidin-Bindungspeptid
DE19718249A1 (de) Myc-bindende Zinkfinger-Proteine, ihre Herstellung und ihre Verwendung
DE3927345A1 (de) Verfahren zur strukturbestimmung von peptiden
DE3536939A1 (de) Biologisch aktive derivate des human-(gamma)-interferons, ihre herstellung und arzneimittel, die solche derivate enthalten
EP1012175B1 (de) Peptid mit affinität zu gerinnungsfaktor viii
Hammen et al. Mitochondrial leader sequences: structural similarities and sequence differences
DE3828576A1 (de) Verfahren und vorrichtung zur vollautomatischen simultanen synthese mehrerer polypeptide
DE3209184A1 (de) Verfahren zur umwandlung von praeproinsulinanaloga zu insulinen
DE69832299T2 (de) Einkettige polypeptide enthaltend troponin i und troponin c
Drakenberg et al. Proton NMR studies of porcine calbindin D9k in solution: sequential resonance assignment, secondary structure, and global fold
Lücke et al. Sequence‐specific 1H‐NMR assignment and determination of the secondary structure of bovine heart fatty‐acid‐binding protein
Swamy et al. Fatty acid-binding site environments of serum vitamin D-binding protein and albumin are different
Liao et al. Conformation of polymyxin B analogs in DMSO from NMR spectra and molecular modeling
De Groot et al. The identification by sequence homology of stage-specific sea urchin embryo histones H1
WO1989001485A1 (en) Purification of raw peptides by preparative medium-pressure liquid chromatography
Kobayashi et al. Correlation between negative staining pattern and hydrophobic residues of collagen
DE3527568A1 (de) Synthetische peptidrezeptoren, verfahren zur herstellung und verwendung derselben
Callaci et al. Assembly of Xenopus transcription factor III A-5S RNA complex

Legal Events

Date Code Title Description
OP8 Request for examination as to paragraph 44 patent law
8139 Disposal/non-payment of the annual fee