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Offenbart werden Zellkultursysteme
zur Untersuchung der Aktivität
der viralen Proteasen NS2/3 und NS3/4A des Hepatitis C Virus (HCV)
und zur Identifizierung von Substanzen im Hochdurchsatzscreening (HTS),
welche die Aktivität
der Proteasen modulieren. Das System ist modular aufgebaut und bietet
daher die Möglichkeit,
sowohl eine „cis"
als auch eine „trans"-Spaltungsaktivität je nach
Proteasetyp und Aufbau zu untersuchen.
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Virale Infektionen, beispielsweise
verursacht durch das Human Immunodeficiency Virus (HIV), das Hepatitis
C Virus (HCV), das Human Cytomegalie Virus (HCMV) und die damit
verbundenen Erkrankungen wie AIDS, Hepatitis, Leberzirrhose, Retinitis
und Erblindung, Pneumonie, multiples Organversagen, stellen für die Gesundheit
der Weltbevölkerung
ein sehr großes
Problem dar. So sind z.B. über
100 Millionen Menschen weltweit mit dem Hepatitis C Virus infiziert,
wobei ein hoher Prozentsatz der infizierten Personen eine chronische Leberinfektion
entwickelt und an den Folgen der Erkrankung wie Leberzirrhose, hepatozelluläres Karzinom verstirbt
[Zein, N. (2000)]. Die Suche nach neuen antiviralen Wirkstoffen
gestaltet sich aufgrund der hohen Pathogenität und Komplexität der Erreger
als sehr schwierig. In vielen Fällen
ist eine schnelle Identifizierung von Wirksubstanzen nicht möglich, da
eine Untersuchung der Vermehrung der Viren im „Hoch Durchsatz Screening"
(High Throughput Screening, HTS) aus sicherheitstechnischen Erwägungen – Erfordernis
des L2 oder L3 Standards der Laboratoriumssicherheit- oder experimentellen
Gründen
nicht möglich
ist. So gibt es z.B. zum derzeitigen Zeitpunkt kein verlässliches
Zellkultursystem, in welchem die Vermehrung des HCV Virus nachgestellt
werden kann. Eine Möglichkeit,
diese Probleme zu umgehen, besteht darin, die einzelnen enzymatischen
Vorgänge
wie beispielsweise die DNS-Vermehrung, die Proteinspaltung, die
Virusbildung separat zu betrachten und getrennt von einander zu
untersuchen. Neben den viralen Polymerasen nehmen bei der Virusvermehrung
auch virale Proteasen wie beispielsweise HCV NS2/NS3, NS3, NS3/4A
eine Schlüsselrolle
ein, da sie für
die virale Replikation essentiell sind und eine hohe virusabhängige Spezifität aufweisen.
Virale Proteasen bilden somit einen interessanten Angriffspunkt
für die
Entwicklung antiviraler Wirkstoffe [Wang et al., (2000)].
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Das HCV Virus ist ein umhülltes positiv-Strang
RNS-Virus, das zur Familie der Flaviviren gehört. Das RNA Genom hat eine
Größe von ca.
9500 Ribonukleotiden und kodiert für ein einzelnes Polyprotein
mit ca. 3000 Aminosäuren,
das in vivo durch zelluläre
und virale Proteasen in 10 einzelne Proteine gespalten wird. Dabei
unterscheidet man zwischen den Strukturproteinen (C, E1, E2, P7)
und den Nichtstrukturproteinen (NS2, NS3, NS4a, NS4b, NS5a, NS5b).
Die Strukturproteine, welche durch Spaltung von zellulären Proteasen aus
dem Polyprotein hervorgehen, bilden die spätere Hülle des Virus. Die Nicht – Strukturproteine,
welche die Vermehrung der viralen DNS katalysieren, werden hingegen
durch die zwei viralen Proteasen NS2/3 und NS3/4A gespalten. Dabei
kommt es in einem ersten Schritt durch die Metalloprotease NS2/NS3
zu einer autokatalytischen Spaltung zwischen den beiden Proteinen
NS2 und NS3 („cis"-Spaltung
I). In einem weiteren Schritt spaltet sich die nun aminoterminal
freiliegende Protease NS3 (Serinprotease) von dem Protein NS4a ab
(„cis"-
Spaltung II ). Nachfolgend bildet die Protease NS3 mit dem kleinen
NS4a Protein einen Komplex und katalysiert die Spaltung zwischen
den restlichen Nicht – Strukturproteinen
(„trans"-Spaltung
III zwischen NS4a/NS4b, NS4b/NS5a und NS5a/NS5b) [Übersicht
siehe Bartenschlager, (1999)].
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Die zentrale Stellung der Proteasen
NS2 und NS3 bzw. NS3/4A im Verlaufe der HCV Virusreplikation macht
diese zu einem sehr interessanten Angriffspunkt auf der Suche nach
Aktivitätsmodulatoren,
die therapeutisch eingesetzt werden könnten. Allerdings ist, wie
bereits erwähnt,
kein zelluläres
Vermehrungsmodell verfügbar,
das im Hochdurchsatzverfahren einzusetzen ist, und auch biochemische
in vitro Assays brachten bisher keinen Erfolg.
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Obwohl bereits eine Vielzahl an Systemen
zur Untersuchung der HCV Proteasen beschrieben sind, weisen diese
jedoch verschiedene Limitationen auf, die einen Einsatz im Hochdurchsatzverfahren
nicht ermöglichen
bzw. aus wissenschaftlichen Gründen
nicht für
sinnvoll erachten lassen.
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Ein System zur Messung der NS3/4A
Proteaseaktivität
unter Verwendung des viralen Sindbis Replikationssystems wird von
Cho, Y.G. et al., (1997) beschrieben. Dabei wird ein Hybridkonstrukt,
bestehend aus der HCV Protease NS3/4A, der NS4a/4b Spaltstelle und
dem Sindbis Core Protein in Zellen eingebracht. Die Bildung von
Sindbis Viruspartikeln ist somit von der Spaltung der NS4a/4b Schnittstelle
und der Freisetzung des core-Proteins abhängig. Ein sehr großer Nachteil
dieses Systems ist, dass die Proteaseaktivität indirekt über den zytopathischen Effekt
der entstehenden rekombinanten Sindbis Viren gemessen werden muss,
der eine längere
Inkubationszeit voraussetzt, dessen Quantifizierung schwierig ist
und der im Hochdurchsatzverfahren nur schwer gemessen werden kann.
Des weiteren bietet dieses komplexe System eine Vielzahl von Angriffspunkten
für unspezifische,
d.h. nicht proteaseabhängige
Inhibitoren, da auch Wirksubstanzen, die unabhängig von der Proteasefunktion
die Virusbildung verhindern, als potentielle Wirksubstanzen auftreten
würden. Dadurch
wird die Zahl der genauer zu untersuchenden Substanzen stark erhöht, was
wiederum eine zeit- und kostenaufwändige Nachtestung der Substanzen
erforderlich machte. Außerdem
ist eine Messung der NS2/3 Proteaseaktivität in diesem System nicht möglich.
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Des weiteren beschreiben Cho, Y.G.
et al., (1998) einen Proteaseassay unter Verwendung eines Expressionsvektors,
bestehend aus der NS3/4A Protease und der NS4a/4b Schnittstelle
fusioniert an das Secreted Alkaline Phosphatase (SEAP) Gen. Bringt
man dieses Konstrukt in eukaryontische Zellen ein, kommt es durch
die NS3/4A vermittelte Spaltung der NS4a/4b Schnittstelle zur Freisetzung
der alkalischen Phosphatase, die in den Überstand sezerniert wird und
gemessen werden kann. Ein großer
Nachteil dieses Systems liegt darin, dass die Menge an freigesetzter
Phosphatase linear proportional der Menge exprimierter und gespaltener
Fusions proteine ist und somit das Signal keine Verstärkung erfährt und
zu gering für
eine Messung im Hochdurchsatzverfahren ist. Außerdem bietet der notwendige
zelluläre
Export der Phosphate und die damit verbundenen involvierten zellulären Vorgänge neben
der Transkription und Translation einen weiteren Angriffspunkt für unspezifische
Inhibitoren, was eine aufwendige Nachtestung erforderlich macht.
Auch in diesem Fall ist eine Messung der NS2/3 Proteaseaktivität nicht
möglich.
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Ein System, in welchem verschiedene
Proteasekonstrukte und entsprechend zu spaltende Zielkonstrukte über rekombinate
Baculoviren in Insektenzellen eingebracht werden und die Spaltungsprodukte
immunologisch im „Westernblot"
nachgewiesen werden können
beschreiben Overton, H. et al., (1995). Zum einen hat dieses Verfahren
den Nachteil, dass die Proteasereaktion in Insektenzellen und nicht
in Säugetierzellen nachgestellt
wird und somit mögliche
wichtige zelluläre
Faktoren nicht berücksichtigt
werden, zum anderen ist die Nachweismethode nicht für ein Hochdurchsatzscreening
(HTS-Screening) geeignet.
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Hirowatari, Y. et al. (1995) entwickelten
eine Methode, bei der zwei Expressionskonstrukte in Säugetierzellen
eingebracht werden. Das eine Konstrukt beinhaltet – in Kombination
mit dem DHFR Gen – das
NS2/3 Proteasegen bzw. Fragmente davon, an das über die NS5a/5b Schnittstellensequenz
der Transaktivator Tax (HTLV-1) fusioniert ist. Das zweite Konstrukt
enthält
ein Reportergen (Cat), welches über
einen Tax abhängigen
Promotor reguliert wird. In vivo führt die Spaltung der NS5a/5b
Schnittstelle durch die NS2 oder NS3 Protease zur Freisetzung des
Transkriptionsfaktors Tax, der dann die Expression des Reporters
hervorrufen kann. Ein großer
Nachteil dieses Systems liegt darin, dass nicht zwischen der Aktivität der NS2
und NS3 Protease zu unterscheiden ist . Darüber hinaus wird in diesem System
bei der Untersuchung der NS3 Aktivität nicht die modulatorische
Funktion des NS3 Protease-Kofaktors NS4a berücksichtigt, da er in diesem
System nicht vorhanden ist und somit wirksame Inhibitoren der NS3/4A
vermittelten Transspaltung nicht identifiziert werden können.
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In WO 98/00548 wird die Generierung
von hybriden Picornaviren, deren Replikation abhängig von der Proteaseaktivität von NS3
ist, offenbart. Da die NS3 Aktivität indirekt über die Anzahl gebildeter Viren
mittels eines zellulären
Plaque-Assays quantifiziert wird, ist auch dieses System nicht im
HTS-Verfahren durchführbar.
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Mit einem System der Firma Agouron
Pharma (WO 00/08469) wird die Aktivität der NS3 Protease über die
Sekretion der sekretorischen alkalischen Phosphatase nachgewiesen.
Auch hier ist nachteilig, dass beispielsweise intrazelluläre Transportvorgänge neben
der Transkription und Translation einen weiteren Angriffspunkt für unspezifische
Inhibitoren darstellen, was eine aufwendige Nachtestung zur Aussonderung
unspezifischer Ergebnisse erforderlich macht.
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Die gleichen Nachteile weist auch
das System der Firma Vertex auf (US 5861267), welches die Proteaseaktivität von NS3
durch Korrelation mit der Menge von sezerniertem IL-1 quantifiziert.
Ein Nachteil dieses Systems ist, dass nur die Protease NS3 nicht
aber NS2/3 bzw. NS3/4A nachgewiesen werden können. Zudem ist die Menge des
sezernierten IL-1 Proteins linear proportional zur Proteaseaktivität, so dass
keine für
die Durchführung
im HTS-Verfahren ausreichende Verstärkung erzielt wird.
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Die Schrift WO 00/66623 offenbart
ein zelluläres
Surrogatsystem bestehend aus einem chimären Protein zwischen NS3-NS4a-NS4b-NS5a-NS5b
und einem tetrazyclinabhängigen
Transkriptionsfaktor, der nach einer NS3 abhängigen Spaltung freigesetzt
wird und die Expression eines Reporters in den Zellen bewirkt. Auch
hier ist ein Nachweis der NS2/3 Proteasereaktion nicht möglich. Außerdem ist
durch Zugabe von Tetrazyclin eine zusätzliche Substanz in dem System,
welche die Ergebnisse verfälschen
kann.
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Die aufgeführten Beispiele zeigen die
Grenzen der gegenwärtig
verfügbaren
Systeme und verdeutlichen den Bedarf für die Entwicklung solcher neuen
Systeme, die es ermöglichen,
eine große
Anzahl chemischer und biologischer Substanzen auf ihre Aktivität an HCV
Proteasen zu untersuchen.
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Es besteht deshalb dringender Bedarf,
zelluläre
Systeme zu entwickeln, die die Untersuchung der Proteasen in ihrem
biologischen Umfeld – beispielsweise
in Hepatozyten oder Hepatomazellen – ermöglichen, um so den Einfluss
zellulärer
Faktoren zu berücksichtigen,
und die es gleichzeitig erlauben, die verschiedenen Proteaseaktivitäten – NS2/3
und NS3/4A – separat
zu betrachten, um aufgrund der verschiedenen enzymatischen Kinetiken
der Proteasereaktionen und deren Charakterisierung etwaige Wirksubstanzen
einfacher und schneller auffinden zu können. Weiter müssen solche
neuen Systeme in ihrer Durchführung
und Auswertung einfach, schnell und sicher – also unter S1/L1 Bedingungen
durchführbar – sein,
um ihre Durchführung
im Hochdurchsatzverfahren zu ermöglichen.
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Die vorliegende Anmeldung betrifft
zelluläre
Systeme, die es möglich
machen, die Wirksamkeit chemischer Substanzen auf die verschiedenen
HCV Proteasen separat, schnell und einfach, entsprechend den vorstehend
genannten Anforderungen im Hochdurchsatzverfahren, zu untersuchen.
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Ein Ansatzpunkt bei der Entwicklung
der nachfolgend beschriebenen Systeme gründet auf der Überlegung,
dass transkriptionelle Regulatoren – transkriptionelle Regulatoren
der Erfindung sind Nukleinsäuresequenzen,
die für
Proteine kodieren, die die Expression eines Reportergens regulieren,
also die Expression eines Reportergens erhöhen oder erniedrigen – nur dann
ihrer natürlichen
Funktion nachkommen können,
wenn sie betreffend ihre DNA bindende und regulatorische Domäne funktional
sind und im richtigen Zellkompartiment, bei Eukaryonten also dem
Zellkern, lokalisiert sind. Die enzymatische Wirkweise von Proteasen
bietet die Möglichkeit,
sowohl die Funktionalität
als auch die Lokalisation von Zielproteinen zu modulieren. Ebenso wie
bei den Transkriptionsfaktoren ist auch die Funktion und Aktivität der viralen
Proteasen von deren zellulärer Lokalisation
abhängig,
da weitere, beispielsweise gewebsspezifische co-Faktoren, die Reaktion
modulieren.
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Die nachfolgenden Systeme berücksichtigen
die spezifischen Eigenheiten der verschiedenen Proteasen und ermöglichen,
den nativen Prozess, der während
der viralen Replikation abläuft,
so nah wie möglich nachzustellen.
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Dazu werden zwei Nachweissysteme
erstellt, die in Abhängigkeit
der Proteaseaktivität
einen funktionalen Transkriptionsregulator ausbilden. Funktionale
Transkriptionsregulatoren der Erfindung sind regulatorisch wirkende
Proteine oder Nukleinsäuren,
die im Zellkern lokalisiert sind und über die Bindung an ein Reportergen
die Expression dieses Reportergens modulieren. Es wird ein Expressionskonstrukt
kloniert, das für ein
Fusionsprotein kodiert, welches sich aus mindestens drei regulatorischen
Komponenten – den
Modulen I-III – zusammensetzt.
Modul I der Erfindung bewirkt die Delokalisation des Transkriptionsregulators,
es ist das Transkriptionsfaktor – inhibitorische Modul. Modul
II der Erfindung ist eine proteasespezifische trans-spaltende Schnittstelle
oder eine cis-spaltende funktionale Protease. Modul III der Erfindung
ist ein Transkriptionsregulator, der die Expression des Reportergens
moduliert .
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Der Begriff modulieren, wie er in
diesem Zusammenhang gebraucht wird, bezieht sich auf das Herbeiführen einer Änderung
der Aktivität,
der physikochemischen Eigenschaften oder der funktionellen biologischen,
enzymatischen, immunologischen, regulatorischen Wirkung eines Proteins.
Modulation kann herbeigeführt
werden durch Einwirkung auf das Protein oder durch Einwirkung auf
die das Protein kodierenden Nukleinsäuren. Modulation kann die funktionelle
Aktivität
eines Proteins erhöhen
oder erniedrigen und seine physikochemischen Eigenschaften wie beispielsweise
die Bindungsstärke
gegenüber
anderen Proteinen, Nukleinsäuren
und anderen Substanzen, verändern.
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Wesentlich für das Erreichen der für das erfindungsgemäße Verfahren
typischen Nachweisempfindlichkeit ist, dass durch die richtige Auswahl
der für
Modul I geeigneten Bausteine eine Delokalisation des Moduls III
in den Zellkern nur nach spezifischer Aktivierung – der Spaltung
von Modul II – erfolgen
kann. Erfin dungsgemäß geeignete
Bausteine für
Modul I sind z.B. Membranlokalisationssignale wie beispielsweise
Oberflächenproteine,
Proteine mit Rezeptoreigenschaft, Transmembrandomänen, modifizierte,
beispielsweise farnisylierte Proteine. Gleichermaßen kann
jede Art von Transkriptionsfaktor-inhibitorischem Modul eingesetzt werden,
welches die Funktion des Transkriptionsregulators inhibiert bis
es vom Transkriptionsregulator abgespalten wird. Dazu eignen sich
beispielsweise solche Proteine oder Proteinfragmente, die zwar die
Translokation in den Zellkern nicht beeinflussen, die Bindung des
Transkriptionsregulators an die Zielsequenz aber unterbinden.
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Nachweissystem für die NS3/4A
vermittelte „Trans"-Spaltung
(Abbildung 1/7)
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Zur Analyse der „Trans"-Spaltungsaktivität wird neben
dem vorstehenden modularen Expressionskonstrukt, welches als Modul
II die Transspaltungsschnittstelle beinhaltet, und dem Reportergen
als drittes Konstrukt, ein Expressionsplasmid der zu untersuchenden
Protease benötigt.
Bringt man diese Konstrukte zusammen in Zellen ein und werden die
verschiedenen Proteine durch ein nicht zytopathisches Expressionssystem in
der Zelle gebildet, kommt es infolge der Proteaseaktivität zur Trennung
des Transkriptionsfaktor-inhibitorischen Moduls (I) von dem Transkriptionsregulator,
welcher dann in den Zellkern gelangen und die Expression des Reportergens
modulieren kann, welches wiederum gemessen und quantifiziert werden
kann. In Gegenwart einer inhibitorischen Substanz wiederum wird
das Fusionsprotein nicht gespalten und der Transkriptionsregulator
kann nicht in den Zellkern gelangen.
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Nachweissystem für die membranassozeierte
NS2/3 „cis"-Spaltung
(Abbildung 2/7)
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Auch hier kommt das vorstehend beschriebene
chimäre
Expressionskonstrukt zum Einsatz, wobei in diesem Fall die Transspaltungsschnittstelle
(Modul II) durch eine komplette Protease ersetzt wird, die membranlokalisiert
eine autokatalytische Enzymfunktion beispielsweise NS2/3 aufweist.
Zusammen mit einem Reporterkonstrukt kommt es nach einer Transduktion
der Plasmide in Säugetierzellen
zur Expression des entsprechenden chimären Fusionsproteins, welches
sich, an der Membran assoziiert, autokatalytisch spaltet und somit
den Transkriptionsregulator freisetzt, der in den Zellkern translozieren
und die Expression des Reportergens hervorrufen kann.
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Die oben aufgeführten erfindungsgemäßen Systeme
haben gegenüber
den bisher beschriebenen Entwicklungen zahlreiche Vorteile. Zum
einen bietet der einfache und modulare Aufbau die Möglichkeit,
die Systeme den spezifischen Fragestellungen je nach Proteasetyp
anzupassen und die Proteasen separat in ihrer spezifischen Umgebung
zu testen. Die Verwendung eines transkriptionell-regulierten Ausleseverfahrens
führt zur
Erhöhung
der Signalstärke,
da eine durchgeführte
Spaltung zu mehrfacher Aktivierung (oder Repression) des Reportergens
führt und
die damit verbundene Signalverstärkung
die Durchführung
im HTS ermöglicht.
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Die Delokalisation des Transkriptionsregulators
bewirkt eine sehr geringe Hintergrundaktivität, was wiederum einen großen Induktionsfaktor
zur Folge hat, der ebenfalls für
eine Durchführung
im HTS Verfahren notwendig ist, um bei gegebener Streuung der Meßwerte eine
Identifizierung wirksamer Substanzen zu ermöglichen.
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Außerdem ist in Abhängigkeit
von dem verwendeten Transduktionssystem – Transfektion, stabile Zelllinien,
virale Infektion – bereits
nach kürzester
Zeit eine Quantifizierung unter Substanzzugabe möglich. So ist unter Verwendung
eines viralen Transfektionssystems wie beispielsweise rekombinanten
Baculoviren, welche sich durch eine hohe Infektionsrate in Hepatomazelllinien
auszeichnen und der Sicherheitsstufe S1/L1 zuzuordnen sind, bereits
nach wenigen Stunden, im allgemeinen 6 Stunden nach der Infektion
der Zellen, eine Messung und Quantifizierung der Proteaseaktivität im HTS
Format möglich.
Zusammenfassend ist festzustellen, dass im Rahmen der vorliegenden
Erfindung Verfahren zur Untersuchung der Aktivität viraler Proteasen im Hochdurchsatzscreening
(HTS) an zellulären Systemen
bereitgestellt werden, die dadurch gekennzeichnet sind, dass Nachweissysteme
verwendet werden, die in Abhängigkeit
der Aktivität
der viralen Proteasen einen funktionalen Transskriptionsregulator
ausbilden oder die Ausbildung eines funktionalen Transskriptionsregulators
ausnutzen, und zur Untersuchung der Aktivität von viralen Proteasen wie
beispielsweise der viralen Proteasen (NS2/3 und NS3/4A des Hepatitis
C Virus (HCV) im Hochdurchsatzscreening (HTS) an zellulären Systemen
verwendet werden können,
und dadurch gekennzeichnet sind, dass Nachweissysteme verwendet
werden, die in Abhängigkeit
der Aktivität
solcher viralen Proteasen, beispielsweise der viralen Proteasen
von NS2/3 und NS3/4A einen funktionalen Transskriptionsregulator
ausbilden. Verfahren der Erfindung sind deshalb alle Verfahren,
in denen als Transkriptionsregulator ein Expressionskonstrukt verwendet
wird, welches sich aus mindestens drei regulatorischen Einheiten
zusammensetzt, wobei a) eine der regulatorischen Einheiten ein Membranlokalisationssignal
ist und die Delokalisation des Transkriptionsregulators selbst bewirkt,
b) eine der regulatorischen Einheiten eine proteasespezifische trans-spaltenden
Schnittstelle oder eine cis-spaltende funktionale Protease enthält, und
c) eine der regulatorischen Einheiten die Expression eines Reportergens
moduliert. Verfahren der Erfindung sind weiter alle vorstehend geschilderten
Verfahren in denen ein Fusionsprotein enthaltend einen Rezeptor
aus der Gruppe der CD-Rezeptoren, eine virale Proteaseschnittstelle der
HCV – Protease
NS3/4A, und der Transkriptionsregulator Ga1VP16, eingesetzt wird,
sowie Verfahren in denen das Fusionsprotein aus der DNA Sequenz
8 oder einem ihrer Homologen generieret wird, sowie Verfahren, in
denen ein Fusionsprotein enthaltend einen Rezeptor aus der Gruppe
der CD-Rezeptoren, die virale HCV – NS2/3 Protease, oder den
Transkriptionsregulator GalVP16, eingesetzt wird, oder Verfahren,
in denen ein Fusionsprotein aus der DNA Sequenz 9 oder einem ihrer
Homologen generieret wird sowie die Verwendung von Aktivitätsmodulatoren
der Proteasen NS2 und NS3 bzw. NS3/4A die unter Anwendung der vorstehen geschilderten
Verfahrens gefunden wurden, zur Herstellung von Arzneimitteln, die
in der Prophylaxe und Therapie der HCV-Infektion verwendet werden
können.
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Kurzbeschreibung der Abbildungen:
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1
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Schematische Darstellung des Systems
zur Messung der NS3/4A vermittelten „Trans"-Spaltung
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2
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Schematische Darstellung des Systems
zur Messung der NS2/3 vermittelten „Cis"-Spaltung
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3 Schematische
Darstellung der verschiedenen DNA Konstrukte, die generiert wurden.
Die Expression der Proteine (Konstrukte A-F) erfolgt unter der Kontrolle
des nicht zytopathischen CMV Promotors. Die schwarzen Kästen stellen
Transmembrandomänen
dar, und die spezifischen Proteasespaltstellen sind durch einen
dicken Strich gekennzeichnet.
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3a Fusionsprotein
bestehend aus dem humanen CD8 Rezeptor (mit Transmembrandomäne, Transkriptionsfaktor-inhibitorischem
Modul), der NS3/4A Spaltstelle zwischen NS5a und NS5b und dem Transkriptionsregulator
GalVP16, der sich aus der DNA bindenden Domäne des Gal4 Proteins und der
transaktivierenden Domäne
des VP 16 Proteins zusammensetzt.
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3b HCV
Protease NS3-Expressionskonstrukt
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3c HCV
Protease NS3/4A-Expressionskonstrukt
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3d HCV
Protease NS3/4A-Expressionskonstrukt, welches an der Aminosäureposition
1165 (des HCV Genoms) eine Punkt mutation aufweist (Serin zu Alanin),
was zu einer Inaktivierung der Protease führt
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3e Fusionsprotein
bestehend aus dem humanen CD8 Rezeptor (mit Transmembrandomäne, Transkriptionsfaktor-inhibitorischem
Modul), der NS2/3 Protease und dem Transkriptionsregulator GalVP16, der
sich aus der DNA bindenden Domäne
des Gal4 Proteins und der transaktivierenden Domäne des VP 16 Proteins zusammensetzt.
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3f Fusionsprotein
bestehend aus dem humanen CD8 Rezeptor (mit Transmembrandomäne, Transkriptionsfaktor-inhibitorischem
Modul), der NS2/3 Protease und dem Transkriptionsregulator GalVP16. Die
Protease trägt
an der Aminosäureposition
993 (des HCV Genoms) eine Punktmutation (Cystein zu Alanin), was
zu einer Inaktivierung der Protease führt
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3g Reporterkonstrukt
bestehend aus einem Gal4 abhängigen
Promotor und dem Luziferasegen (firefly).
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4
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Nachweis der Funktionalität der Expressionskonstrukte
mittels in vitro Translation. Das CD8-NS5a/b-GalVP16 Fusionsprotein
(Konstrukt A) wurde in einer in vitro Transkriptions-/Translationsreaktion radioaktiv
markiert und danach mit der in vitro translatierten Protease (nicht
radioaktiv) NS3 (Konstrukt B) bzw. NS3/4A (Konstrukt C) für 60 min
inkubiert. Die Proteinansätze
wurden durch eine SDS-Gelelektrophorese aufgetrennt und autoradiographisch
ausgewertet. Die Abbildung zeigt, dass nur in Anwesenheit des co-
Faktors NS4a (Konstrukt A+C) eine Transspaltung des Konstruktes
erfolgt.
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5
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Nachweis der Funktionalität der Expressionskonstrukte
mittels in vitro Translation. Das CD8-NS2/3-GalVP16 Fusionsprotein
wurde in einer in vitro Transkriptions-/Translationsreaktion radioaktiv markiert
und danach über
eine SDS-Gel-elektrophorese
aufgetrennt und autoradiographisch ausgewertet. Die Abbildung zeigt,
dass nur die funktionelle NS2/3 Protease zu einer Spaltung des Fusionsproteins
führt (Konstrukt
E), wohin gegen die NS2/3 Mutante (Konstrukt F) sich nicht autokatalytisch
spaltet (K1, Kontrollplasmid 1, welches für eines der zu erwartenden
Spaltprodukte kodiert, hier NS3-GalVP16
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6
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Nachweis der Aktivität der Expressionskonstrukte
und somit der Funktionalität
der verschiedenen Systeme anhand einer transienten Transfektion
der verschiedenen Konstrukte in die Hepatomazelllinie HepG2 und
Messung der Luziferaseaktivität.
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6a NS3/4A
vermittelte „Trans"-Spalung
Die
Quantifizierung der Luziferasewerte zeigt, dass nur bei Kotransfektion
der funktionellen NS3/4A Protease eine Luziferaseaktivität nachweisbar
ist (A+C+G), jedoch nicht bei NS3 (A+B+G) oder der inaktiven NS3/4A Mutante
(A+D+G).
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6b NS2/3
vermittelte „Cis"-Spalung
Die
Quantifizierung der Luziferasewerte zeigt, dass nur bei Transfektion
der funktionellen NS2/3 Protease eine Luziferaseaktivität nachweisbar
ist (E+G), jedoch nicht bei der inaktiven NS2/3 Mutante (F+G).
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7
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Nachweis der Funktionalität der Systeme
im Hochdurchsatzverfahren (im Format 384).
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Die verschiedenen Expressionskonstrukte
und das Reporterkonstrukt wurden mittels eines bakteriellen Rekombinationsverfahren
in das Genom von Baculoviren eingebracht uns somit rekombinante
Baculoviren hergestellt (Sicherheitsstufe L1/S1), die nach Infektion
mit Säugetierzellen
die Expression der Konstrukte hervorrufen. Die Luziferasemessung
(30 Sekunden, im Format 384) erfolgte 20 Stunden nach Infektion.
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7a NS3/4A
vermittelte „Trans"-Spalung
Die
Quantifizierung der Luziferasewerte zeigt, dass nur bei Infektion
mit der funktionellen NS3/4A Protease eine Luziferaseaktivität nachweisbar
ist (A+C+G), jedoch nicht bei Infektion mit der NS3 Protease (A+B+G). Die
Signalstärke
und das Signal/Hintergrundverhältnis
(Faktor 54) sind HTS fähig.
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7b NS2/3
vermittelte „Cis"-Spalung
Die
Quantifizierung der Luziferasewerte zeigt, dass nur bei Infektion
mit der funktionellen NS2/3 Protease eine Luziferaseaktivität nachweisbar
ist (E+G), jedoch nicht bei der inaktiven NS2/3 Mutante (F+G). ).
Die Signalstärke
und das Signal/Hintergrundverhältniss
(Faktor 40) sind HTS fähig.
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Beispiele
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Materialien:
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Alle Restriktionsendonukleasen wurden
von der Firma Gibco BRL/Invitrogen bezogen. Die Polymerasekettenreaktionen
wurden mit der Vent DNS Polymerase der Firma New England Biolabs
(NEB) durchgeführt, und
für die
Ligationen wurde die T4 DNS Ligase von Gibco BRL/Invitrogen verwendet.
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Molekularbiologische und zellbiologische
Experimente wurde nach Standardprotokollen [Ausubel et al., (1994),
Sambrook et al., (1989)] durchgeführt.
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Die Klonierung der Expressionskonstrukte
erfolgte im pcDNA3 Vektor der Firma Invitrogen. Für die Generierung
der Baculoviren wurde das Fast Bac-System der Firma Gibco BRL/Invitrogen
verwendet. In den Vektor pFastBacDual wurden die verschiedenen Expressionskonstrukte
inclusive des CMV Promotors des pcDNA3 Vektors kloniert und nach
Durchlaufen des Standardprozedurverfahrens rekombinate Baculoviren
generiert.
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Ein Fragment der viralen HCV 1b cDNS,
die als PCR-Template für
die Amplifikation der viralen Proteasen und Proteaseschnittstellen
diente, wurde von Professor Roggendorf, Universität Essen,
zur Verfügung gestellt
(Sequenz Nr.l). Die CD8 cDNS, welche hier beispielhaft als delokalisierendes
Transkriptionsregulatormodul verwendet wurde, da es eine Transmembrandomäne beinhaltet,
wurde mittels rtPCR aus primären
humanen Lymphozyten generiert (Sequenz Nr.2). Für die Amplifikation des GalVP16
Transkriptionsfaktors, welcher hier beispielhaft als Trankriptionsregulator
verwendet wurde, diente das Konstrukt pM3-VP16 der Firma Clontech
als Template (Sequenz Nr. 3). Als Reporterplasmid wurde hier beispielhaft
der pFR-Luc Vektor
der Firma Stratagene verwendet, welcher ein Luziferasegen unter
der Kontrolle eines Gal-abhängigen
Minimalpromotors beinhaltet.
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Beispiel 1 Amplifikation
und Klonierung der Expressionskonstrukte
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Für
die Klonierung der trimären
Fusionsproteine (Konstrukt A, E, F) wurde in einem ersten Schritt
ein Teil des CD8 Rezeptors mit den Primern 5'-cg aag ctt acc atg
gcc tta cca gtg acc gcc-3' und 5'-gcg gat cca aac acg tct tcg gtt
cct gtg gtt-3' amplifiziert und über
die in den Primern enthaltenen Schnittstellen der Restriktionsendonukleasen
Hind III und BamHI in den pcDNA3 Vektor kloniert (pcDNA3-CD8). In einem weiteren
Schritt wurde der GalVP16 Transkritionsfaktor mittels der Primer
5'-g cgg atc ctg gaa ttc aag cta ctg tct tct atc gaa-3' und 5'-cg
tct aga tta ccc acc gta ctc gtc aat tcc-3' amplifiziert und über die
Schnittstellen BamHI und XbaI in den pcDNA3-CD8 Vektor kloniert
(pcDNA3-CD8-GalVP16).
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Für
die Generierung des Konstruktes A (Zielprotein der NS3/4A vermittelten
Transspaltung) wurde die NS3/4A Spaltstelle zwischen NS5a und NS5b
mit angrenzenden Sequenzen mit Hilfe der Primer 5'-g cgg atc cag
agg acg gtt gtc tta aca g-3' und 5'-gc gaa ttc gta gtg gtc gtc tag
gac ttg-3'amplifiziert (Sequenz Nr. 4) und über die Restruktionsschnittstellen
BamHI und EcoRI in den Vektor pcDNA3-CD8-GalVP16 kloniert.
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Für
die Generierung des Konstruktes E (NS2/3 vermittelten Transspaltung)
wurde die NS2/3 Protease mit den Primern 5'-gc gaa ttc gac cgg gag
atg gcc gca-3'und 5'gc gaa ttc gga ggt cga gtc agt tga gag-3'amplifiziert
(Sequenz Nr. 5) und über
die Restriktionsschnittstelle EcoRI in den Vektor pcDNA3-CD8-GalVP16
kloniert.
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Für
die Generierung des Konstruktes F (mutierte NS2/3 Protease) wurde
in das Konstrukt E über
die Primer 5'- a gac act gca gcg gcc ggg gac gtc atc -3'und 5 gat
gac gtc ccc ggc cgc tgc agt gtc -3'mittels PCR eine Punktmutation
eingeführt.
Der daraus resultierende Aminosäurenaustasch
der ursprünglichen
HCV Aminosäurenposition
993 von einem Cystein zu einem Alanin führt zu einer Inaktivierung
der Proteasefunktion der NS2/3 Protease.
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Für
das Konstrukt B (NS3 Protease) wurde eine PCR Reaktion mit den Primern
5'- gc aag ctt acc atg gct ccc atc acg gcc tat tcc -3' und 5'-gcg
aat tcc tca ggt gac gac ctc cag gtc ggc-3' durchgeführt und
das Fragment (Sequenz Nr. 6) über
die Restriktionsschnittstellen HindIII und EcoRI in den pcDNA3 Vektor
kloniert.
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Für
das Konstrukt C (NS3/4A Protease) wurde eine PCR Reaktion mit den
Primern 5'- gc aag ctt acc atg gct ccc atc acg gcc tat tcc -3' und
5'-gcg aat tcc tca gca ctc ttc cat ctc atc gaa-3' durchgeführt und
das Fragment (Sequenz Nr. 7) über
die Restriktionsschnittstellen HindIII und EcoRI in den pcDNA3 Vektor
kloniert.
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Für
die Generierung des Konstruktes D (mutierte NS3/4A Protease) wurde
in das Konstrukt C über
die Primer 5'- c ttg aag ggt tcc gcg ggt ggc cca ct -3'und 5'- ag
tgg gcc acc cgc gga acc ctt caa g -3' mittels PCR eine Punktmutation
eingeführt.
Der daraus resultierende Aminosäurenaustausch
der ursprünglichen
HCV Aminosäurenposition
1165 von einem Serin zu einem Alanin führt zu einer Inaktivierung
der Proteasefunktion der NS 3/4a Protease.
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Das Konstrukt G entspricht den Angaben
des Herstellers der Firma Stratagene.
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Beispiel 2 in vitro Funktionalitätsnachweis
der NS3/4A vermittelten „trans"-Spaltung
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Zum Nachweis der Funktionalität der generierten
Konstrukte A, B und C wurde eine in vitro Transkriptions- Translationsreaktion
unter Verwendung des T7-in vitro Transkriptions- Translationsverfahrens
der Firma Promega durchgeführt
(siehe Abb. 4/7). Während
die Reaktion (nach Standardbedingungen des Herstellers) für das zu
spaltende Konstrukt A in einem radioaktiven Ansatz (35S-Methionin
Markierung) durchgeführt
wurde (25 μl
Ansatz), wurde die Reaktion für
das Konstrukt B und C, die viralen Proteasen NS3 und NS3/4A, nicht radioaktiv
durchgeführt
(jeweils 25 µl). Nach einer 90 minütigen Inkubation der einzeln
generierten Proben, wurden 5 µl des Konstruktes A mit jeweils
5 μl des Konstruktes B bzw. C vermischt und für weitere 60
min bei Raumtemperatur inkubiert. Nach Zugabe von SDS-Gel Probenpuffer
zu den Ansätzen
wurden die Proteinproben mittels SDS-Gelelektrophorese aufgetrennt
und autoradiographisch ausgewertet (siehe Abb. 4/7). Das in Abbildung
4/7 dargestellte Bild der Radiographie zeigt deutlich, dass nur
die durch Konstrukt C exprimierte NS3/4A Protease eine spezifische
Spaltung des chimären
Fusionsproteins A bewirkt, eine Abspaltung des Transkriptionsregulators
GalVPl6 von dem transkriptionsfaktor-inhibitorischen Modul (CD8
Rezeptor) herbeiführt
und somit ein Nachweis der Proteaseaktivität über das Freisetzen des Transkriptionsregulators
möglich ist.
Die NS3 Protease (Konstrukt B) führt
zu keiner Spaltung.
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Beispiel 3 in vitro Funktionalitätsnachweis
der NS2/3 vermittelten „cis"-Spaltung
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Zum Nachweis der Funktionalität der generierten
Konstrukte E und F wurde wie bereits in Beispiel 2 beschrieben,
eine in vitro Transkriptions- Translationsreaktion unter Verwendung
des T7-in vitro Transkriptions- Translationsverfahrens der Firma
Promega durchgeführt
(siehe Abb. 5/7). Die Reaktionen (nach Standardbedingungen des Herstellers)
für das
sich selbst spaltende Konstrukt E bzw. dessen inaktive Mutante (Konstrukt
F) sowie ein Kontrollplasmid K1, welches für das in Abb. 5/7 dargestellte
und nach Spaltung zu erwartende NS3-GalVP16 Fusionsprotein kodiert,
wurden in einem radioaktiven (35S-Methionin
Markierung) Ansatz durchgeführt
(25 μ1 Ansatz).
Nach einer 90 minütigen
Inkubation der Proben wurden 5μl
der Proben nach Zugabe von SDS-Gel Probenpuffer mittels SDS-Gelelektrophorese
aufgetrennt und autoradiographisch ausgewertet (siehe Abb. 5/7).
Das in Abbildung 5/7 dargestellte Bild der Radiographie zeigt deutlich,
dass nur das durch Konstrukt E exprimierte Fusionsprotein, welches
eine funktionelle NS2/3 Protease beinhaltet, eine Spaltung des chimären Fusionsproteins
nach sich zieht, wohingegen die Mutante nicht autokatalytisch aktiv
ist. Darüberhinaus
entspricht die Größe der Banden
den zu erwartenden Größen nach
einer spezifischen Spaltung (Vergleich E zu K1). Auch hier führt somit
das Einbringen einer aktiven Protease in das Fusionsprotein aus einem
Transkriptionsregulator und einem inhibitorisch wirkenden Modul
(I) zur Frei setzung des Transkriptionsregulators, wodurch der Nachweis
der Spaltungsaktivität
ermöglicht
wird.
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Beispiel 4 in vivo Aktivitätsnachweis
der chimären
Fusionsproteine Zum Nachweis der spezifischen Aktivität der generierten
Fusionsproteine (A, E, F) und Proteasen (B, C, D) in vivo, d.h.
im zytoplasmatischen Umfeld einer lebenden Zelle, wurden transiente
Transfektionsexperimente in den humanen Heptomazellen HepG2 durchgeführt. Die
Zellen wurden zu diesem Zweck auf 48 Well Zellkulturplatten ausplattiert
und mit den in Abbildung 6/7 beschriebenen Konstrukten mittels der
Lipofectamine 2000 Methode (GibcoBRL/Invitrogen) transient transfiziert.
Nach einer Inkubation von 48 Stunden wurde dann zur Messung der
Luziferaseaktivität ein
Luziferin/Tritonpuffer in gleicher Menge zu den Zellen gegeben und
nach Transfer eines Aliquots von 100 μl in eine 96 Well
Zellkulturplatte die Lichtausbeute in einem Luminometer gemessen.
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Die erzielten Ergebnisse der NS3/4A
vermittelten Transspaltung, die in der 6a dargestellt
sind, zeigen deutlich, dass nur die aktive NS3/4A Protease (Konstrukt
C) eine Spaltung des chimären
Fusionsproteins A bewirkt und somit eine hohe Luziferaseakivität hervorruft
( ca. 140 000 Lichteinheiten), wohingegen die Expression der NS3
Protease (Konstrukt B) bzw. der inaktiven NS3/4A Mutante (Konstrukt
D) nur zu einer geringen Luziferaseaktivität führen (ca. 5000 Lichteinheiten).
Weiterhin zeigt das geringe Lichtsignal unter Verwendung der inaktiven
NS3/4A Mutante (Konstrukt D), dass die Freisetzung des Transkriptionsregulators
und die damit verbundene Aktivierung des Reportergenkonstruktes
G nicht durch endogene Proteasen der Zelle hervorgerufen wird und
somit die gemessene Aktivität
spezifisch für
die eingebrachte virale NS3/4A Protease ist.
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Auch die Ergebnisse der in 6b dargestellten NS2/3 vermittelten cis-Spaltung zeigen,
dass nur unter Verwendung des Konstruktes E, der aktiven NS2/3 Protease
in dem chimären
Fusionsprotein, in Verbindung mit dem Reportergen konstrukt G, eine
spezifische Luziferaseaktivität
messbar ist (ca. 24 000 Lichteinheiten), die gegenüber der
inaktiven Mutante (Konstrukt F, ca. 2000 Lichteinheiten) eine mehr
als 10fach höhere
Luziferaseaktivität
aufweist.
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Beispiel 5 in vivo Aktivitätsnachweis
unter HTS-Bedingungen.
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Um eine Durchführung der Proteasetestsysteme
in vivo im Hochdurchsatzscreening im 384er Plattenformat zu ermöglichen,
wurden in einem ersten Schritt rekombinante Baculoviren von den
Konstrukten A, B, C, E, F hergestellt, da eine transiente Transfektion
von Zellen unter Hochdurchsatzbedingungen nicht durchführbar ist.
Baculoviren hingegen zeichnen sich, ebenso wie andere virale Transfektionssysteme
(z.B. retrovirale, adenovirale Systeme) durch Ihre Eigenschaft aus,
dass sie sehr effizient verschiedene humane Zelttypen, wie z.B.
Hepatomazellen, reproduzierbar infizieren und Ihre DNS in die Zelle
abgeben, sich jedoch in diesen Zellen nicht replizieren und keine
zytopathischen Effekte hervorrufen [Kost et al., (1999)]. Sie können somit sehr
gut als Transferorganismus genutzt werden und führen bereits kurz nach Infektion
der Zielzelle zu der Expression des gewünschten Gens, sofern das Gen
unter der Kontrolle eines geeigneten eukaryontischen Promotors steht.
Des weiteren unterliegen Baculoviren nur dem Sicherheitsstandard
S1/L1, was einen weiteren Vorteil für Ihre Verwendung um HTS darstellt.
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Die Konstrukte A, B, C, E und F wurden
unter der Kontrolle eines CMV Promotors in Baculotransfervektoren
der Firma GibcoBRL/Invitrogen kloniert (pFastBacDual). Nach Durchlaufen
der Standardprozedur des Herstellers (FastBAC-System) wurden Baculoviren generiert
und amplifiziert. Nachdem das Virus durch Zentrifugation und Sterilfiltration
(0.45 μM
Filter) aufgereinigt und der Virustiter (ca. 1×107 Viren
/ml) bestimmt wurde, konnte das Virus direkt mit einer Konzentration
von ca. 10 Viren pro ausgesäter
Zelle (MOI 10) verwendet werden.
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Für
die Infektion der Zellen im 384er Platten-HTS Format, wurden 2000
Zellen pro Welt in 40 μl
Medium ausplattiert und direkt mit den in Abbildung 7/7 beschriebenen
verschiedenen Viren (MOI 10, in 5 μl Sf9 Medium) infiziert. Als
Ausgangszelle diente bei diesen Experimenten eine HepG2 Zelllinie
(oder Huh7 Zelllinie, Daten nicht aufgeführt), welche eine stabile Integration
des Konstruktes G trägt.
Nach einer 20 ständigen
Inkubation wurde nach Zugabe von 25 μl einer Luziferin/Triton Lösung ein
Luziferaseassay durchgeführt
und in einem Luminometer ausgewertet.
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Die in Abbildung 7/7 dargestellten
Ergebnisse für
die beiden aufgeführten
Systeme der NS3/4A (7a) und NS2/3
(7b) vermittelten Proteasespaltung
des chimären
Fusionsproteins zeigen sehr deutlich, dass nur in Anwesenheit einer
vollständigen
NS3/4A Protease (A+(+G) jedoch nicht mit der NS3 Protease alleine
(A+B+G) bzw. einer aktiven NS2/3 (E+G) und nicht der inaktiven NS2/3
Protease (F+G) eine Luziferaseaktivität nachweisbar ist. Darüberhinaus
bildet die geringe Hintergrundaktivität, die Stärke des Signals und das sehr
gute Signal/Hintergrundverhältnis
der beiden beispielhaft aufgeführten
Systeme optimale Bedingungen für
eine Durchführung
im Hochdurchsatzscreening unter Verwendung eines effizienten und
schnellem Transfektionssystem wie z.B. dem hier verwendeten viralen
Baculotransfektionssystem.
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Literatur
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-
WO 98/00548
-
WO 00/08469
-
WO 00/66623
-
Ausubel et al, (1994) Current Protocols
in Molecular Biology, Wiley/NY
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Bartenschlager, R. Journal of Viral
Hepatitis (1999), 6: 165–181
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Cho Young-Gyu et al. Journal of Virological
Methods (1997), 65: 201–207
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Cho, Young-Gyu et al. Journal of
Virological Methods (1998), 72: 109–115
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Hirowatari, Yuji et al.Analytical
Biochemistry (1995), 225: 113–120
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Kost, Thomas A. et al. Current Opinion
in Biotechnology (1999), 10: 428–433
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Overton, Hilary et al. Journal of
General Virology (1995), 76: 3009–3019
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Sambrook et al(1989) Molecular Cloning,
A Laborarory Manual, Cold Spring Harbor Labs.
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Wang, Q.May et al. Drugs of the Futere
2000, 25(9): 933–944
-
Zein, Nizar N. et al. Clinical Microbiology
Reviews, Apr. 2000: 223–235
-
Sequenzen die in Verbindung mit der
Erfindung benötigt
werden: Sequenz
Nr.1: HCV Genotyp 1b cDNS Fragment
Sequenz
Nr.2: humanes CD8 cDNS Fragment
Sequenz
Nr.3: GalVP16 cDNS
Sequenz
Nr.4: HCV NS5a/5b Spaltstelle, cDNS Fragment
Sequenz
Nr.5: HCV NS2/3 Protease cDNS
Sequenz
Nr.6: HCV NS3 Protease cDNS
Sequenz
Nr.7: HCV NS3/4A Protease cDNS
Sequenz
Nr. 8: CD8-5A/B-GalVP16 Fusionsprotein cDNS
Sequenz
Nr. 9: CD8-NS2/3-GalVP16 Fusionsprotein cDNS
SEQUENCE
LISTING