DE10029915A1 - Verfahren zum Nachweis von Cytosin-Methylierungen - Google Patents
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Abstract
Description
- a) eine genomische DNA-Probe wird mit einer Lösung eines Bisulfits (= Hydrogensulfit, Disulfit) im Konzentrations bereich zwischen 0,1 und 6 M inkubiert, wobei ein denatu rierendes Reagenz und/oder Lösemittel sowie mindestens ein Radikalfänger zugegen ist;
- b) die behandelte DNA-Probe wird mit Wasser oder einer wässrigen Lösung verdünnt;
- c) die DNA-Probe wird in einer Polymerasereaktion ampli fiziert;
- d) man detektiert, inwieweit sich die Sequenz durch die Behandlung nach Schritt a) gegenüber der genomischen DNA- Probe verändert hat und schließt auf den Methylie rungsstatus zumindest eines Locus in der genomischen DNA- Probe.
Polyethylenglykoldialkylether, Dioxan und substituierte Derivate, Harnstoff oder Derivate, Acetonitril, primäre Alkohole, sekundäre Alkohole, tertiäre Alkohole, Diethy lenglykoldialkylether, Triethylenglykoldialkylether, Tet raethylenglykol-dialkylether, Pentaethylenglykoldiaky lether, Hexaethylenglykoldialkylether, DMSO, THF.
Di-, Trihydroxybenzole, Grünteeextrakt (green tea extract), pine bark extract (Pycnogenol), Ginkgo Biloba Extrakt (EGb 761), Flavonoid-Mischung verschiedener Frucht- und Gemüseextrakte (GNLD), Bio-Normalizer (Sun-O Corp), DPPH (1,1-Diphenyl-2-picrylhydrazyl), NDGA (Nordi hydroguajaret-säure), Trolox (6-Hydroxy-2,5,7,8- tetramethylchroman-2-carboxylic acid), 2,6-Di-tert butylphenol, 4-Methyl-di-tert-butylphenol, 4-Methoxy-di tert-butylphenol, 2,6-Di-tert-butyl-p-cresol, 3,4- Dihydroxybenzoesäure, Vitamin C, Vitamin E, Vitamin Q, Hydrochinon, Ubichinon, Lignane, Hydroxyterpene, Flavo noide, Curcumin, Tannine, Retinsäureverbindungen, Ge-132 Bisbetacarboxyethyl germanium sesquioxide, Superoxid dis mutase (SOD), Superoxid katalase, Alpha-Naphthoflavone, Ginkgo biloba extract (EGb 761), Di(2-methyl-5- chlorophenyl)dithionate und Cu(II)-Derivate, Mebendazole, CS (Chloroform soluble) alkaloidal Extrakt,
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2-Brom-3-(3,5-dibrom-4-hydroxyphenyl)-5,5,8,8- tetramethyl-5,6,7,8-tetrahydro-1,4-anthrachinon,
2-Brom-3-(3-brom-5-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-hydroxy- 5,5,8,8-tetramethyl-5,6,7,8-tetrahydro-1,4-anthrachinon,
3-Brom-2-(3,5-di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-1,4- anthrachinon,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-methoxy-1,4- anthrachinon,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-hydroxy-1,4- anthrachinon,
5,5,8,8-Tetramethyl-5,6,7,8-tetrahydronaphthalin-1,3- diol,
3-Methoxy-5,5,8,8-tetramethyl-5,6,7,8- tetrahydronaphthalin-1-ol,
4-(3-Chlor-5,5,8,8-tetramethyl-1,4-dioxo-1,4,5,6,7,8- hexahydroanthracen-2-yl)-benzoesäure,
Methyl-4-(3-chlor-5,5,8,8-tetramethyl-1,4-dioxo- 1,4,5,6,7,8-hexahydroanthracen-2-yl)-benzoat,
4-(3-Hydroxy-1,4-dioxo-1,4-dihydronaphthalin-2-yl)- benzoesäure,
Methyl-(3-methoxy-1,4-dioxo-1,4-dihydronaphthalin-2-yl)- benzoesäure,
4-(3-Hydroxy-5,5,8,8-tetramethyl-1,4-dioxo-1,4,5,6,7,8- hexahydroanthracen-2-yl)-benzoesäure,
Methyl-4-(3-hydroxy-1,4-dioxo-1,4-dihydronaphthalin-2-yl azo)-benzoat,
4-(3-Hydroxy-5,5,8,8-tetramethyl-1,4-dioxo-1,4,5,6,7,8- hexahydroanthracen-2-yl-azo)-benzoesäure,
3-(3,5-Di-tert-butyl-4-oxocyclohexa-2,5-dienyliden)- 5,5,8,8-tetramethyl-5,6,7,8- tetrahydrocyclopenta[b]naphthalin-1,2-dion,
3-(3,5-Di-tert-butyl-4-oxocyclohexa-2,5-dienyliden)- 5,5,8,8-tetramethyl-5,6,7,8-tetrahydroanthracen-3H-1,2,4- trion,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-methoxy-5,8- dimethyl-1,4-naphthochinon,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-methoxy-6,7- dimethyl-1,4-naphthochinon,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-methoxy-5-methyl- 1,4-naphthochinon,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-2-methoxy-5-methyl- 1,4-naphthochinon,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-methoxy-6-methyl- 1,4-naphthochinon,
3-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-2-methoxy-6-methyl- 1,4-naphthochinon,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-methoxy-5,6- dimethyl-1,4-naphthochinon,
3-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-2-methoxy-5,6- dimethyl-1,4-naphthochinon,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-methoxy-5,7- dimethyl-1,4-naphthochinon,
3-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-2-methoxy-5,7- dimethyl-1,4-naphthochinon,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-ethylthio-5- methyl-1,4-naphthochinon,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-ethylthio-6- methyl-1,4-naphthochinon,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-hydroxy-5,8- dimethyl-1,4-naphthochinon,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-hydroxy-6,7- dimethyl-1,4-naphthochinon,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-hydroxy-5-methyl- 1,4-naphthochinon,
3-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-2-hydroxy-5-methyl- 1,4-naphthochinon,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-hydroxy-6-methyl- 1,4-naphthochinon,
3-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-2-hydroxy-6-methyl- 1,4-naphthochinon,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-hydroxy-5,6- dimethyl-1,4-naphthochinon,
2-(3-Brom-5-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-hydroxy-5,6- dimethyl-1,4-naphthochinon,
3-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-2-hydroxy-5,6- dimethyl-1,4-naphthochinon,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-hydroxy-5,7- dimethyl-1,4-naphthochinon,
3-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-2-hydroxy-5,7- dimethyl-1,4-naphthochinon.
- a) eine PCR Präamplifikation mit mindestens einem Primer paar unterschiedlicher Sequenz, die an eine nach Anspruch 1 vorbehandelte DNA-Probe unspezifisch hybridisieren und daher im PCR Schritt mehr als ein Amplifikat ergeben;
- b) eine PCR Amplifikation des in der Präamplifikation ge bildeten Produkts mit Primern unterschiedlicher Sequenz, die jeweils zu einem Abschnitt der nach Anspruch 1 vorbe handelten DNA-Probe [(+)-Strang oder (-)-Strang] iden tisch oder revers komplementär sind und die zu amplifi zierende DNA spezifisch hybridisieren.
- a) die amplifizierte genomische DNA wird an mindestens ein Oligonukleotid unter Ausbildung einer Duplex hybridi siert, wobei besagte hybridisierte Oligonukleotide mit ihrem 3'-Ende unmittelbar oder im Abstand von bis zu 10 Basen an die Positionen angrenzen, die hinsichtlich ihrer Methylierung in der genomischen DNA-Probe zu untersuchen sind;
- b) man das Oligonukleotid mit bekannter Sequenz von n Nukleotiden mittels einer Polymerase mindestens um ein Nukleotid verlängert, wobei das Nukleotid eine nachweis bare Markierung trägt und die Verlängerung vom Methylie rungsstatus des jeweiligen Cytosins in der genomischen DNA-Probe abhängt.
- a) man hybridisiert einen Satz von Oligonukleotiden an die amplifizierte genomische DNA unter Ausbildung einer Duplex, wobei dieser Satz von Oligonukleotiden aus zwei verschiedenen Spezies besteht und wobei die hybridisier ten Oligonukleotide der ersten Spezies mit ihrem 3'-Ende unmittelbar oder im Abstand von bis zu 10 Basen an die Positionen angrenzen, die hinsichtlich ihrer Methylierung in der genomischen DNA-Probe zu untersuchen sind und wo bei das zweite Oligonukleotid der zweiten Spezies an eine zweite Region des Zielmoleküls hybridisiert, so dass das 5'-Ende des Oligonukleotids der zweiten Spezies durch ei ne Lücke von der Größe eines Einzelnukleotides oder bis zu 10 Nukleotiden vom 3'-Ende des hybridisierten Oligo nukleotids der ersten Spezies an der Stelle der besagten ausgewählten Position getrennt ist;
- b) man das Oligonukleotid der ersten Spezies mit bekann ter Sequenz von n Nukleotiden mittels einer Polymerase um höchstens die Anzahl von Nukleotiden verlängert, die zwi schen dem 3'-Ende des Oligonukleotids der 1. Spezies und dem 5'-Ende des Oligonukleotids der 2. Spezies liegen, wobei die Verlängerung vom Methylierungsstatus des jewei ligen Cytosins in der genomischen DNA-Probe abhängt;
- c) man inkubiert die Oligonukleotide in Gegenwart einer Ligase, wobei das angrenzende, durch die Polymerasereak tion verlängerte Oligonukleotid der ersten Spezies und das Oligonukleotid der zweiten Spezies verbunden werden und man dadurch ein Ligationsprodukt erhält, sofern im vorangehenden Schritt eine Verlängerung des Oligonukleo tids der ersten Spezies derart erfolgte, dass nun das 3'- Ende mit vorhandener 3'-Hydroxyfunktion des verlängerten Oligonukleotids unmittelbar an das 5'-Ende des Oligo nukleotids der zweiten Spezies angrenzt.
- a) man hybridisiert die amplifizierte genomische DNA an mindestens ein Oligonukleotid mit bekannter Sequenz von n Nukleotiden unter Ausbildung einer Duplex, wobei besagte hybridisierte Oligonukleotide mit ihrem 3'-Ende teilweise oder vollständig an die Positionen hybridisieren, die hinsichtlich ihrer Methylierung in der genomischen DNA- Probe zu untersuchen sind;
- b) man das Oligonukleotid, sofern es mit seinem 3'- Terminus zuvor ohne Basenfehlpaarungen an die zu untersu chenden Position hybridisierte, mittels einer Polymerase mindestens um ein Nukleotid verlängert, wobei mindestens ein Nukleotid eine nachweisbare Markierung trägt und die Verlängerung vom Methylierungsstatus des jeweiligen Cyto sins in der genomischen DNA-Probe abhängt.
Die zu analysierende genomische DNA wird bevorzugt aus den üblichen Quellen für DNA erhalten, wie z. B. Zellli nien, Blut, Sputum, Stuhl, Urin, Gehirn-Rückenmarks- Flüssigkeit, in Paraffin eingebettetes Gewebe, beispiels weise Gewebe von Augen, Darm, Niere, Hirn, Herz, Prosta ta, Lunge, Brust oder Leber, histologische Objektträger und alle möglichen Kombinationen hiervon.
Polyethylenglykoldialkylether, Dioxan und substituierte Derivate, Harnstoff oder Derivate, Acetonitril, primäre Alkohole, sekundäre Alkohole, tertiäre Alkohole, Diethy lenglykoldialkylether, Triethylenglykoldialkylether, Tet raethylenglykol-dialkylether, Pentaethylenglykoldiaky lether, Hexaethylenglykoldialkylether, DMSO oder THF.
- a) die amplifizierte genomische DNA wird an mindestens ein Oligonukleotid unter Ausbildung einer Duplex hybridi siert, wobei besagte hybridisierte Oligonukleotide mit ihrem 3'-Ende unmittelbar oder im Abstand von bis zu 10 Basen an die Positionen angrenzen, die hinsichtlich ihrer Methylierung in der genomischen DNA-Probe zu untersuchen sind;
- b) das Oligonukleotid mit bekannter Sequenz von n Nukle otiden wird mittels einer Polymerase mindestens um ein Nukleotid verlängert, wobei das Nukleotid eine nachweis bare Markierung trägt und die Verlängerung vom Methylie rungsstatus des jeweiligen Cytosins in der genomischen DNA-Probe abhängt.
- a) man hybridisiert einen Satz von Oligonukleotiden an die amplifizierte genomische DNA unter Ausbildung einer Duplex, wobei dieser Satz von Oligonukleotiden aus zwei verschiedenen Spezies besteht und wobei die hybridisier ten Oligonukleotide der ersten Spezies mit ihrem 3'-Ende unmittelbar oder im Abstand von bis zu 10 Basen an die Positionen angrenzen, die hinsichtlich ihrer Methylierung in der genomischen DNA-Probe zu untersuchen sind und wo bei das zweite Oligonukleotid der zweiten Spezies an eine zweite Region des Zielmoleküls hybridisiert, so dass das 5'-Ende des Oligonukleotids der zweiten Spezies durch ei ne Lücke von der Größe eines Einzelnukleotides oder bis zu 10 Nukleotiden vom 3'-Ende des hybridisierten Oligo nukleotids der ersten Spezies an der Stelle der besagten ausgewählten Position getrennt ist;
- b) das Oligonukleotid der ersten Spezies mit bekannter Sequenz von n Nukleotiden wird mittels einer Polymerase um höchstens die Anzahl von Nukleotiden verlängert, die zwischen dem 3'-Ende des Oligonukleotids der 1. Spezies und dem 5'-Ende des Oligonukleotids der 2. Spezies lie gen, wobei die Verlängerung vom Methylierungsstatus des jeweiligen Cytosins in der genomischen DNA-Probe abhängt;
- c) man inkubiert die Oligonukleotide in Gegenwart einer Ligase, wobei das angrenzende, durch die Polymerasereak tion verlängerte Oligonukleotid der ersten Spezies und das Oligonukleotid der zweiten Spezies verbunden werden und man dadurch ein Ligationsprodukt erhält, sofern im vorangehenden Schritt eine Verlängerung des Oligonukleo tids der ersten Spezies derart erfolgte, dass nun das 3'- Ende mit vorhandener 3'-Hydroxyfunktion des verlängerten Oligonukleotids unmittelbar an das 5'-Ende des Oligo nukleotids der zweiten Spezies angrenzt, welches bevor zugt phosphoryliert vorliegt.
- a) man hybridisiert die amplifizierte genomische DNA an mindestens ein Oligonukleotid mit bekannter Sequenz von n Nukleotiden unter Ausbildung einer Duplex, wobei besagte hybridisierte Oligonukleotide mit ihrem 3'-Ende teilweise oder vollständig an die Positionen hybridisieren, die hinsichtlich ihrer Methylierung in der genomischen DNA- Probe zu untersuchen sind;
- b) das Oligonukleotid wird, sofern es mit seinem 3'-Terminus zuvor ohne Basenfehlpaarungen an die zu unter suchenden Position hybridisierte, mittels einer Polymera se mindestens um ein Nukleotid verlängert, wobei mindes tens ein Nukleotid eine nachweisbare Markierung trägt und die Verlängerung vom Methylierungsstatus des jeweiligen Cytosins in der genomischen DNA-Probe abhängt.
DPPH (1,1-Diphenyl-2-picrylhydrazyl), NDGA (Nordihydrogu ajaret-säure),
Trolox (6-Hydroxy-2,5,7,8-tetramethylchroman-2-carboxylic acid),
2,6-Di-tert-butylphenol, 4-Methyl-di-tert-butylphenol, 4- Methoxy-di-tert-butylphenol, 2,6-Di-tert-butyl-p-cresol,
3,4-Dihydroxybenzoesäure, Vitamin C, E, Q, Hydrochinon, Ubichinon, Lignane, Hydroxyterpene, Flavonoide, Curcumin, Tannine, Retinsäureverbindungen, Ge-132 Bisbetacar boxyethyl germanium sesquioxide, Superoxid dismutase (SOD), Superoxid katalase, Alpha-Naphthoflavone, Ginkgo biloba extract (EGb 761), Di(2-methyl-5- chlorophenyl)dithionate und Cu(II)-Derivate, Mebendazole, CS (Chloroform soluble) alkaloldal extract,
4-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-hydroxy-1,2- naphthochinon,
4-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-methoxy-1,2- naphthochinon,
4-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-1,2-naphthochinon, 2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-brom-1,4- naphthochinon,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-chlor-1,4- naphthochinon,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-methoxy-1,4- naphthochinon,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-hydroxy-1,4- naphthochinon,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-1,4-naphthochinon,
4-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-hydroxy-5,5,8,8- tetramethyl-5,6,7,8-tetrahydro-1,2-anthrachinon,
4-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-methoxy-5,5,8,8- tetramethyl-5,6,7,8-tetrahydro-1,2-anthrachinon,
4-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-5,5,8,8- tetramethyl-5,6,7,8-tetrahydro-1,2-anthrachinon,
3-Brom-4-(3,5-di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-5,5,8,8- tetramethyl-5,6,7,8-tetrahydro-1,2-anthrachinon,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-oxocyclohexa-2,5-dienyliden)- indan-1,3-dion,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-oxocyclohexa-2,5-dienyliden)-3,4- epoxy-3-hydroxy-4-methoxy-3,4-dihydro-2H-naphthalin-1-on,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-oxocyclohexa-2,5-dienyliden)-3,4- epoxy-3,4-dimethoxy-3,4-dihydro-2H-naphthalin-1-on,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-indan-1-on, 3,3-Bi- [2-(3,5-di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-inden-1-on]-3-yl,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-brom-5,5,8,8- tetramethyl-5,6,7,8-tetrahydro-1,4-anthrachinon,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-chlor-5,5,8,8- tetramethyl-5,6,7,8-tetrahydro-1,4-anthrachinon,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-methoxy-5,5,8,8- tetramethyl-5,6,7,8-tetrahydro-1,4-anthrachinon,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-hydroxy-5,5,8,8- tetramethyl-5,6,7,8-tetrahydro-1,4-anthrachinon,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-5,5,8,8- tetramethyl-5,6,7,8-tetrahydro-1,4-anthrachinon,
2-Brom-3-(3-brom-5-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-5,5,8,8- tetramethyl-5,6,7,8-tetrahydro-1,4-anthrachinon,
2-Brom-3-(3,5-dibrom-4-hydroxyphenyl)-5,5,8,8- tetramethyl-5,6,7,8-tetrahydro-1,4-anthrachinon,
2-Brom-3-(3-brom-5-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-hydroxy- 5,5,8,8-tetramethyl-5,6,7,8-tetrahydro-1,4-anthrachinon,
3-Brom-2-(3,5-di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-1,4- anthrachinon,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-methoxy-1,4- anthrachinon,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-hydroxy-1,4- anthrachinon,
5,5,8,8-Tetramethyl-5,6,7,8-tetrahydronaphthalin-1,3- diol,
3-Methoxy-5,5,8,8-tetramethyl-5,6,7,8- tetrahydronaphthalin-1-ol,
4-(3-Chlor-5,5,8,8-tetramethyl-1,4-dioxo-1,4,5,6,7,8- hexahydroanthracen-2-yl)-benzoesäure,
Methyl-4-(3-chlor-5,5,8,8-tetramethyl-1,4-dioxo- 1,4,5,6,7,8-hexahydroanthracen-2-yl)-benzoat,
4-(3-Hydroxy-1,4-dioxo-1,4-dihydronaphthalin-2-yl)- benzoesäure,
Methyl-(3-methoxy-1,4-dioxo-1,4-dihydronaphthalin-2-yl)- benzoesäure,
4-(3-Hydroxy-5,5,8,8-tetramethyl-1,4-dioxo-1,4,5,6,7,8- hexahydroanthracen-2-yl)-benzoesäure,
Methyl-4-(3-hydroxy-1,4-dioxo-1,4-dihydronaphthalin-2-yl azo)-benzoat,
4-(3-Hydroxy-5,5,8,8-tetramethyl-1,4-dioxo-1,4,5,6,7,8- hexahydroanthracen-2-yl-azo)-benzoesäure,
3-(3,5-Di-tert-butyl-4-oxocyclohexa-2,5-dienyliden)- 5,5,8,8-tetramethyl-5,6,7,8- tetrahydrocyclopenta[b]naphthalin-1,2-dion,
3-(3,5-Di-tert-butyl-4-oxocyclohexa-2,5-dienyliden)- 5,5,8,8-tetramethyl-5,6,7,8-tetrahydroanthracen-3H-1,2,4- trion,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-methoxy-5,8- dimethyl-1,4-naphthochinon,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-methoxy-6,7- dimethyl-1,4-naphthochinon,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-methoxy-5-methyl- 1,4-naphthochinon,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-2-methoxy-5-methyl- 1,4-naphthochinon,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-methoxy-6-methyl- 1,4-naphthochinon,
3-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-2-methoxy-6-methyl- 1,4-naphthochinon,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-methoxy-5,6- dimethyl-1,4-naphthochinon,
3-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-2-methoxy-5,6- dimethyl-1,4-naphthochinon,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-methoxy-5,7- dimethyl-1,4-naphthochinon,
3-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-2-methoxy-5,7- dimethyl-1,4-naphthochinon,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-ethylthio-5- methyl-1,4-naphthochinon,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-ethylthio-6- methyl-1,4-naphthochinon,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-hydroxy-5,8- dimethyl-1,4-naphthochinon,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-hydroxy-6,7- dimethyl-1,4-naphthochinon,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-hydroxy-5-methyl- 1,4-naphthochinon,
3-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-2-hydroxy-5-methyl- 1,4-naphthochinon,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-hydroxy-6-methyl- 1,4-naphthochinon,
3-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-2-hydroxy-6-methyl- 1,4-naphthochinon,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-hydroxy-5,6- dimethyl-1,4-naphthochinon,
2-(3-Brom-5-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-hydroxy-5,6- dimethyl-1,4-naphthochinon,
3-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-2-hydroxy-5,6- dimethyl-1,4-naphthochinon,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-hydroxy-5,7- dimethyl-1,4-naphthochinon,
3-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-2-hydroxy-5,7- dimethyl-1,4-naphthochinon.
Claims (25)
- a) eine genomische DNA-Probe wird mit einer Lösung eines Bisulfits (= Hydrogensulfit, Disulfit) im Kon zentrationsbereich zwischen 0,1 und 6 M inkubiert, wobei ein denaturierendes Reagenz und/oder Lösemittel sowie mindestens ein Radikalfänger zugegen ist;
- b) die behandelte DNA-Probe wird mit Wasser oder ei ner wässrigen Lösung verdünnt;
- c) die DNA-Probe wird in einer Polymerasereaktion amplifiziert;
- d) man detektiert, inwieweit sich die Sequenz durch die Behandlung nach Schritt a) gegenüber der genomi schen DNA-Probe verändert hat und schliesst auf den Methylierungsstatus zumindest eines Locus in der ge nomischen DNA-Probe.
Polyethylenglykoldialkylether, Dioxan und substitu ierte Derivate, Harnstoff oder Derivate, Acetonitril, primäre Alkohole, sekundäre Alkohole, tertiäre Alko hole, Diethylenglykoldialkylether, Triethylenglykol dialkylether, Tetraethylenglykol-dialkylether, Pen taethylenglykoldiakylether, Hexaethylenglykoldialky lether, DMSO, THF.
Di-, Trihydroxybenzole, Grünteeextrakt (green tea extract), pine bark extract (Pycnogenol), Ginkgo Bi loba Extrakt (EGb 761), Flavonoid-Mischung verschie dener Frucht- und Gemüseextrakte (GNLD), Bio- Normalizer (Sun-O Corp), DPPH (1,1-Diphenyl-2- picrylhydrazyl), NDGA (Nordihydroguajaret-säure), Trolox (6-Hydroxy-2,5,7,8-tetramethylchroman-2- carboxylic acid), 2,6-Di-tert-butylphenol, 4-Methyl di-tert-butylphenol, 4-Methoxy-di-tert-butylphenol,
2,6-Di-tert-butyl-p-cresol, 3,4-Dihydroxybenzoesäure, Vitamin C, Vitamin E, Vitamin Q, Hydrochinon, Ubichi non, Lignane, Hydroxyterpene, Flavonoide, Curcumin, Tannine, Retinsäureverbindungen, Ge-132 Bisbetacarbo xyethyl germanium sesquioxide, Superoxid dismutase (SOD), Superoxid katalase, Alpha-Naphthoflavone, Ginkgo biloba extract (EGb 761), Di(2-methyl-5- chlorophenyl)dithionate und Cu(II)-Derivate, Mebenda zole, CS (Chloroform soluble) alkaloidal Extrakt,
4-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-hydroxy-1,2- naphthochinon,
4-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-methoxy-1,2- naphthochinon,
4-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-1,2- naphthochinon,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-brom-1,4- naphthochinon,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-chlor-1,4- naphthochinon,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-methoxy-1,4- naphthochinon,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxypheriyl)-3-hydroxy-1,4- naphthochinon,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-1,4- naphthochinon,
4-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-hydroxy- 5,5,8,8-tetramethyl-5,6,7,8-tetrahydro-1,2- anthrachinon,
4-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-methoxy- 5,5,8,8-tetramethyl-5,6,7,8-tetrahydro-1,2- anthrachinon,
4-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-5,5,8,8- tetramethyl-5,6,7,8-tetrahydro-1,2-anthrachinon,
3-Brom-4-(3,5-di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-5,5,8,8- tetramethyl-5,6,7,8-tetrahydro-1,2-anthrachinon,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-oxocyclohexa-2,5-dienyliden)- indan-1,3-dion,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-oxocyclohexa-2,5-dienyliden)- 3,4-epoxy-3-hydroxy-4-methoxy-3,4-dihydro-2H- naphthalin-1-on,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-oxocyclohexa-2,5-dienyliden)- 3,4-epoxy-3,4-dimethoxy-3,4-dihydro-2H-naphthalin-1- on,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-indan-1-on,
3,3-Bi-[2-(3,5-di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-inden- 1-ton]-3-yl,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-brom-5,5,8,8- tetramethyl-5,6,7,8-tetrahydro-1,4-anthrachinon,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-chlor- 5,5,8,8-tetramethyl-5,6,7,8-tetrahydro-1,4- anthrachinon,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-methoxy- 5,5,8,8-tetramethyl-5,6,7,8-tetrahydro-1,4- anthrachinon,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-hydroxy- 5,5,8,8-tetramethyl-5,6,7,8-tetrahydro-1,4- anthrachinon,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-5,5,8,8- tetramethyl-5,6,7,8-tetrahydro-1,4-anthrachinon,
2-Brom-3-(3-brom-5-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)- 5,5,8,8-tetramethyl-5,6,7,8-tetrahydro-1,4- anthrachinon,
2-Brom-3-(3,5-dibrom-4-hydroxyphenyl)-5,5,8,8- tetramethyl-5,6,7,8-tetrahydro-1,4-anthrachinon,
2-Brom-3-(3-brom-5-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3- hydroxy-5,5,8,8-tetramethyl-5,6,7,8-tetrahydro-1,4- anthrachinon,
3-Brom-2-(3,5-di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-1,4- anthrachinon,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-methoxy-1,4- anthrachinon,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-hydroxy-1,4- anthrachinon,
5,5,8,8-Tetramethyl-5,6,7,8-tetrahydronaphthalin-1,3- diol,
3-Methoxy-5,5,8,8-tetramethyl-5,6,7,8- tetrahydronaphthalin-1-ol,
4-(3-Chlor-S. 5,8,8-tetramethyl-1,4-dioxo-1,4,5,6,7,8- hexahydroanthracen-2-yl)-benzoesäure,
Methyl-4-(3-chlor-5,5,8,8-tetramethyl-1,4-dioxo- 1,4,5,6,7,8-hexahydroanthracen-2-yl)-benzoat,
4-(3-Hydroxy-1,4-dioxo-1,4-dihydronaphthalin-2-yl)- benzoesäure,
Methyl-(3-methoxy-1,4-dioxo-1,4-dihydronaphthalin-2- yl)-benzoesäure,
4-(3-Hydroxy-5,5,8,8-tetramethyl-1,4-dioxo- 1,4,5,6,7,8-hexahydroanthracen-2-yl)-benzoesäure,
Methyl-4-(3-hydroxy-1,4-dioxo-1,4-dihydronaphthalin- 2-yl-azo)-benzoat,
4-(3-Hydroxy-5,5,8,8-tetramethyl-1,4-dioxo- 1,4,5,6,7,8-hexahydroanthracen-2-yl-azo)-benzoesäure,
3-(3,5-Di-tert-butyl-4-oxocyclohexa-2,5-dienyliden)- 5,5,8,8-tetramethyl-5,6,7,8- tetrahydrocyclopenta[b]naphthalin-1,2-dion,
3-(3,5-Di-tert-butyl-4-oxocyclohexa-2,5-dienyliden)- 5,5,8,8-tetramethyl-5,6,7,8-tetrahydroanthracen-3H- 1,2,4-trion,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-methoxy-5,8- dimethyl-1,4-naphthochinon,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-methoxy-6,7- dimethyl-1,4-naphthochinon,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-methoxy-5- methyl-1,4-naphthochinon,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-2-methoxy-5- methyl-1,4-naphthochinon,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-methoxy-6- methyl-1,4-naphthochinon,
3-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-2-methoxy-6- methyl-1,4-naphthochinon,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-methoxy-5,6- dimethyl-1,4-naphthochinon,
3-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-2-methoxy-5,6- dimethyl-1,4-naphthochinon,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-methoxy-5,7- dimethyl-1,4-naphthochinon,
3-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-2-methoxy-5,7- dimethyl-1,4-naphthochinon,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-ethylthio-5- methyl-1,4-naphthochinon,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-ethylthio-6- methyl-1,4-naphthochinon,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-hydroxy-5,8- dimethyl-1,4-naphthochinon,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-hydroxy-6,7- dimethyl-1,4-naphthochinon,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-hydroxy-5- methyl-1,4-naphthochinon,
3-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-2-hydroxy-5- methyl-1,4-naphthochinon,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-hydroxy-6- methyl-1,4-naphthochinon,
3-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-2-hydroxy-6- methyl-1,4-naphthochinon,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-hydroxy-5,6- dimethyl-1,4-naphthochinon,
2-(3-Brom-5-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-hydroxy- 5,6-dimethyl-1,4-naphthochinon,
3-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-2-hydroxy-5,6- dimethyl-1,4-naphthochinon,
2-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-3-hydroxy-5,7- dimethyl-1,4-naphthochinon,
3-(3,5-Di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-2-hydroxy-5,7- dimethyl-1,4-naphthochinon.
- a) eine PCR Präamplifikation mit mindestens einem . Primerpaar unterschiedlicher Sequenz, die an eine nach Anspruch 1 vorbehandelte DNA-Probe unspezifisch hybridisieren und daher im PCR Schritt mehr als ein Amplifikat ergeben;
- b) eine PCR Amplifikation des in der Präamplifikation gebildeten Produkts mit Primern unterschiedlicher Se quenz, die jeweils zu einem Abschnitt der nach An spruch 1 vorbehandelten DNA-Probe [(+)-Strang oder (-)-Strang] identisch oder revers komplementär sind und die zu amplifizierende DNA spezifisch hybridisieren.
- a) die amplifizierte genomische DNA wird an mindes tens ein Oligonukleotid unter Ausbildung einer Duplex hybridisiert, wobei besagte hybridisierte Oligonukle otide mit ihrem 3'-Ende unmittelbar oder im Abstand von bis zu 10 Basen an die Positionen angrenzen, die hinsichtlich ihrer Methylierung in der genomischen DNA-Probe zu untersuchen sind;
- b) man das Oligonukleotid mit bekannter Sequenz von n Nukleotiden mittels einer Polymerase mindestens um ein Nukleotid verlängert, wobei das Nukleotid eine nachweisbare Markierung trägt und die Verlängerung vom Methylierungsstatus des jeweiligen Cytosins in der genomischen DNA-Probe abhängt.
- a) man hybridisiert einen Satz von Oligonukleotiden an die amplifizierte genomische DNA unter Ausbildung einer Duplex, wobei dieser Satz von Oligonukleotiden aus zwei verschiedenen Spezies besteht und wobei die hybridisierten Oligonukleotide der ersten Spezies mit ihrem 3'-Ende unmittelbar oder im Abstand von bis zu 10 Basen an die Positionen angrenzen, die hinsicht lich ihrer Methylierung in der genomischen DNA-Probe zu untersuchen sind und wobei das zweite Oligonukleo tid der zweiten Spezies an eine zweite Region des Zielmoleküls hybridisiert, so dass das 5'-Ende des Oligonukleotids der zweiten Spezies durch eine Lücke von der Größe eines Einzelnukleotides oder bis zu 10 Nukleotiden vom 3'-Ende des hybridisierten Oligo nukleotids der ersten Spezies an der Stelle der be sagten ausgewählten Position getrennt ist;
- b) man das Oligonukleotid der ersten Spezies mit be kannter Sequenz von n Nukleotiden mittels einer Poly merase um höchstens die Anzahl von Nukleotiden ver längert, die zwischen dem 3'-Ende des Oligonukleotids der 1. Spezies und dem 5'-Ende des Oligonukleotids der 2. Spezies liegen, wobei die Verlängerung vom Me thylierungsstatus des jeweiligen Cytosins in der ge nomischen DNA-Probe abhängt;
- c) man inkubiert die Oligonukleotide in Gegenwart einer Ligase, wobei das angrenzende, durch die Poly merasereaktion verlängerte Oligonukleotid der ersten Spezies und das Oligonukleotid der zweiten Spezies verbunden werden und man dadurch ein Ligationsprodukt erhält, sofern im vorangehenden Schritt eine Verlän gerung des Oligonukleotids der ersten Spezies derart erfolgte, dass nun das 3'-Ende mit vorhandener 3'- Hydroxyfunktion des verlängerten Oligonukleotids un mittelbar an das 5'-Ende des Oligonukleotids der zweiten Spezies angrenzt.
- a) man hybridisiert die amplifizierte genomische DNA an mindestens ein Oligonukleotid mit bekannter Se quenz von n Nukleotiden unter Ausbildung einer Duplex, wobei besagte hybridisierte Oligonukleotide mit ihrem 3'-Ende teilweise oder vollständig an die Positionen hybridisieren, die hinsichtlich ihrer Me thylierung in der genomischen DNA-Probe zu untersu chen sind;
- b) man das Oligonukleotid, sofern es mit seinem 3'- Terminus zuvor ohne Basenfehlpaarungen an die zu un tersuchenden Position hybridisierte, mittels einer Polymerase mindestens um ein Nukleotid verlängert, wobei mindestens ein Nukleotid eine nachweisbare Mar kierung trägt und die Verlängerung vom Methylie rungsstatus des jeweiligen Cytosins in der genomi schen DNA-Probe abhängt.
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Cited By (12)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
DE10201138A1 (de) * | 2002-01-08 | 2003-07-17 | Epigenomics Ag | Verfahren zum Nachweis von Cytosin-Methylierungsmustern durch exponentielle Ligation hybridisierter Sondenoligonukleotide |
DE10347396A1 (de) * | 2003-10-09 | 2005-05-19 | Epigenomics Ag | Optimierte Bisulfit-Umwandlung von DNA durch Einsatz von Dioxan |
DE10347400A1 (de) * | 2003-10-09 | 2005-05-19 | Epigenomics Ag | Verbesserte Bisulfit-Umwandlung von DNA durch kurzzeitige Temperaturerhöhungen |
DE10347399A1 (de) * | 2003-10-09 | 2005-05-19 | Epigenomics Ag | Bisulfit-Umwandlung zum Nachweis von Cytosin-Methylierungen in DNA mittels optimierter Aufreinigung |
DE10347397A1 (de) * | 2003-10-09 | 2005-05-19 | Epigenomics Ag | Optimierte Bisulfit-Umwandlung durch Zusatz von n-Alkylenglykol-Verbindungen |
EP1746169A1 (de) | 2005-07-21 | 2007-01-24 | Epigenomics AG | Verfahren zur Quantifizierung methylierter DNA |
EP2088210A2 (de) | 2003-10-09 | 2009-08-12 | Epigenomics AG | Verbesserte Bisulfit-Umwandlung von DNA |
EP2385136A1 (de) | 2005-04-01 | 2011-11-09 | Epigenomics AG | Verbesserte Bisulfit-Umwandlung von DNA |
EP2458015A1 (de) | 2004-09-30 | 2012-05-30 | Epigenomics AG | Verfahren zur Bereitstellung von DNA-Fragmenten aus einer archivierten Probe |
EP2481810A1 (de) | 2005-04-15 | 2012-08-01 | Epigenomics AG | Verfahren zur Bereitstellung von DNA-Fragmenten, die von einer dezentralen Probe abgeleitet sind |
US9863001B2 (en) | 2003-08-15 | 2018-01-09 | Epigenomics Ag | Method for the detection of cytosine methylations in DNA |
WO2021013534A1 (de) | 2019-07-07 | 2021-01-28 | Aj Innuscreen Gmbh | Verfahren und testkit zur bisulfitmodifizierung von dna |
Families Citing this family (32)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
DE10010281B4 (de) * | 2000-02-25 | 2005-03-10 | Epigenomics Ag | Ligase/Polymerase-Verfahren zur Detektion von Cytosin-Methylierung in DNA Proben |
DE10029915B4 (de) * | 2000-06-19 | 2005-06-16 | Epigenomics Ag | Verfahren zum Nachweis von Cytosin-Methylierungen |
US20060134643A1 (en) | 2000-06-19 | 2006-06-22 | Kurt Berlin | Bisulfite conversion of DNA |
DE10154317B4 (de) * | 2001-10-26 | 2005-06-09 | Epigenomics Ag | Verfahren zum Nachweis von Cytosin-Methylierungen in immobilisierten DNA Proben |
US20110151438A9 (en) * | 2001-11-19 | 2011-06-23 | Affymetrix, Inc. | Methods of Analysis of Methylation |
EP1340818A1 (de) * | 2002-02-27 | 2003-09-03 | Epigenomics AG | Verfahren und Nukleinsäuren zur Analyse von Kolonkrebszellen |
US9394332B2 (en) | 2002-08-29 | 2016-07-19 | Epigenomics Ag | Method for bisulfite treatment |
DE602004009038T3 (de) | 2003-01-29 | 2015-06-25 | Roche Diagnostics Gmbh | Verbessertes Verfahren zur Behandlung durch Bisulfit |
US7534873B2 (en) * | 2003-08-29 | 2009-05-19 | Applied Biosystems, Llc | Method and materials for quaternary amine catalyzed bisulfite conversion of cytosine to uracil |
US7262013B2 (en) * | 2003-08-29 | 2007-08-28 | Applera Corporation | Bisulfite method |
US7371526B2 (en) | 2003-08-29 | 2008-05-13 | Applera Corporation | Method and materials for bisulfite conversion of cytosine to uracil |
US7501240B2 (en) | 2003-12-02 | 2009-03-10 | Roche Molecular Systems, Inc. | Method for bisulfite treatment |
WO2005100240A1 (ja) * | 2004-04-08 | 2005-10-27 | Toyo Boseki Kabushiki Kaisha | Dnaの脱アミノ化のための組成物及びメチル化dnaの検出方法 |
US7399614B2 (en) * | 2004-06-30 | 2008-07-15 | Applera Corporation | 5-methylcytosine detection, compositions and methods therefor |
EP1632578A1 (de) | 2004-09-03 | 2006-03-08 | Roche Diagnostics GmbH | Methode zur Dekontamination der DNA |
US7658288B2 (en) * | 2004-11-08 | 2010-02-09 | Applied Biosystems, Llc | Bisulfite conversion reagent |
US20060292585A1 (en) * | 2005-06-24 | 2006-12-28 | Affymetrix, Inc. | Analysis of methylation using nucleic acid arrays |
DE602006016859D1 (de) | 2005-12-14 | 2010-10-21 | Roche Diagnostics Gmbh | Neues verfahren für die bisulfitbehandlung |
DE102006001161A1 (de) * | 2006-01-06 | 2007-07-12 | Qiagen Gmbh | Verfahren zum Nachweis von Cytosin-Methylierungen |
US7820385B2 (en) * | 2006-03-22 | 2010-10-26 | The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services, Centers For Disease Control And Prevention | Method for retaining methylation pattern in globally amplified DNA |
US7901882B2 (en) | 2006-03-31 | 2011-03-08 | Affymetrix, Inc. | Analysis of methylation using nucleic acid arrays |
US20080213870A1 (en) * | 2007-03-01 | 2008-09-04 | Sean Wuxiong Cao | Methods for obtaining modified DNA from a biological specimen |
PL2479289T3 (pl) | 2007-06-08 | 2016-10-31 | Sposób analizy metylacji | |
EP2071035A1 (de) | 2007-12-13 | 2009-06-17 | Epigenomics AG | Vermittler und Verstärkungsverfahren |
EP2189538A1 (de) | 2008-11-21 | 2010-05-26 | Epigenomics AG | Analysemolekül und Verfahren zur Analyse einer Nucleotid-Position in einer Nukleinsäure |
WO2013148147A1 (en) | 2012-03-26 | 2013-10-03 | The U.S.A., As Represented By The Secretary Dept. Of Health And Human Services | Dna methylation analysis for the diagnosis, prognosis and treatment of adrenal neoplasms |
WO2013163207A1 (en) * | 2012-04-24 | 2013-10-31 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Identification of 5-methyl-c in nucleic acid templates |
US10913986B2 (en) | 2016-02-01 | 2021-02-09 | The Board Of Regents Of The University Of Nebraska | Method of identifying important methylome features and use thereof |
ES2690160B2 (es) * | 2017-05-17 | 2020-09-25 | Sant Joan De Deu Hospital | Método de clasificación en subgrupos moleculares de pacientes con meduloblastoma |
WO2019165279A1 (en) * | 2018-02-23 | 2019-08-29 | EMULATE, Inc. | Organs-on-chips as a platform for epigenetics discovery |
US11725190B2 (en) | 2019-02-22 | 2023-08-15 | EMULATE, Inc. | Microfluidic proximal tubule kidney-on-chip |
WO2021050962A1 (en) | 2019-09-11 | 2021-03-18 | The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services | Cancer detection and classification |
Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
DE19754482A1 (de) * | 1997-11-27 | 1999-07-01 | Epigenomics Gmbh | Verfahren zur Herstellung komplexer DNA-Methylierungs-Fingerabdrücke |
DE19853398C1 (de) * | 1998-11-19 | 2000-03-16 | Epigenomics Gmbh | Verfahren zur Identifikation von Cytosin-Methylierungsmustern in genomischer DNA |
Family Cites Families (11)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US4851331A (en) * | 1986-05-16 | 1989-07-25 | Allied Corporation | Method and kit for polynucleotide assay including primer-dependant DNA polymerase |
US5506350A (en) * | 1990-09-20 | 1996-04-09 | Bittner; Michael L. | Production of chromosome region specific DNA sequences and transamination |
WO1994026760A1 (en) * | 1993-05-14 | 1994-11-24 | Cytel Corporation | SIALYL Lex ANALOGUES AS INHIBITORS OF CELLULAR ADHESION |
US6017704A (en) * | 1996-06-03 | 2000-01-25 | The Johns Hopkins University School Of Medicine | Method of detection of methylated nucleic acid using agents which modify unmethylated cytosine and distinguishing modified methylated and non-methylated nucleic acids |
US5786146A (en) * | 1996-06-03 | 1998-07-28 | The Johns Hopkins University School Of Medicine | Method of detection of methylated nucleic acid using agents which modify unmethylated cytosine and distinguishing modified methylated and non-methylated nucleic acids |
US6117635A (en) * | 1996-07-16 | 2000-09-12 | Intergen Company | Nucleic acid amplification oligonucleotides with molecular energy transfer labels and methods based thereon |
AU7829398A (en) * | 1997-06-09 | 1998-12-30 | University Of Southern California | A cancer diagnostic method based upon dna methylation differences |
US20060134643A1 (en) * | 2000-06-19 | 2006-06-22 | Kurt Berlin | Bisulfite conversion of DNA |
DE10029915B4 (de) * | 2000-06-19 | 2005-06-16 | Epigenomics Ag | Verfahren zum Nachweis von Cytosin-Methylierungen |
DE10130800B4 (de) * | 2001-06-22 | 2005-06-23 | Epigenomics Ag | Verfahren zum Nachweis von Cytosin-Methylierung mit hoher Sensitivität |
DE10151055B4 (de) * | 2001-10-05 | 2005-05-25 | Epigenomics Ag | Verfahren zum Nachweis von Cytosin-Methylierung in CpG Inseln |
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2000
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2006
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Patent Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
DE19754482A1 (de) * | 1997-11-27 | 1999-07-01 | Epigenomics Gmbh | Verfahren zur Herstellung komplexer DNA-Methylierungs-Fingerabdrücke |
DE19853398C1 (de) * | 1998-11-19 | 2000-03-16 | Epigenomics Gmbh | Verfahren zur Identifikation von Cytosin-Methylierungsmustern in genomischer DNA |
WO2000031294A2 (de) * | 1998-11-19 | 2000-06-02 | Epigenomics Ag | Verfahren zur identifikation von cytosin-methylierungsmustern in genomischer dna |
Non-Patent Citations (1)
Title |
---|
Xiong, Z. & Laird, P.W., COBRA: A sensitive and quantitative DNA methylation assay. Nucleic Acids Research, (1997) Vol. 25, No. 12, pp. 2532-2534 * |
Cited By (22)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
DE10201138B4 (de) * | 2002-01-08 | 2005-03-10 | Epigenomics Ag | Verfahren zum Nachweis von Cytosin-Methylierungsmustern durch exponentielle Ligation hybridisierter Sondenoligonukleotide (MLA) |
DE10201138A1 (de) * | 2002-01-08 | 2003-07-17 | Epigenomics Ag | Verfahren zum Nachweis von Cytosin-Methylierungsmustern durch exponentielle Ligation hybridisierter Sondenoligonukleotide |
US9863001B2 (en) | 2003-08-15 | 2018-01-09 | Epigenomics Ag | Method for the detection of cytosine methylations in DNA |
DE10347400B4 (de) * | 2003-10-09 | 2005-08-04 | Epigenomics Ag | Verbesserte Bisulfit-Umwandlung von DNA durch kurzzeitige Temperaturerhöhungen |
DE10347396A1 (de) * | 2003-10-09 | 2005-05-19 | Epigenomics Ag | Optimierte Bisulfit-Umwandlung von DNA durch Einsatz von Dioxan |
DE10347397A1 (de) * | 2003-10-09 | 2005-05-19 | Epigenomics Ag | Optimierte Bisulfit-Umwandlung durch Zusatz von n-Alkylenglykol-Verbindungen |
DE10347396B4 (de) * | 2003-10-09 | 2005-06-23 | Epigenomics Ag | Optimierte Bisulfit-Umwandlung von DNA durch Einsatz von Dioxan |
DE10347397B4 (de) * | 2003-10-09 | 2005-08-04 | Epigenomics Ag | Optimierte Bisulfit-Umwandlung durch Zusatz von n-Alkylenglykol-Verbindungen |
DE10347400A1 (de) * | 2003-10-09 | 2005-05-19 | Epigenomics Ag | Verbesserte Bisulfit-Umwandlung von DNA durch kurzzeitige Temperaturerhöhungen |
DE10347399B4 (de) * | 2003-10-09 | 2005-09-15 | Epigenomics Ag | Bisulfit-Umwandlung zum Nachweis von Cytosin-Methylierungen in DNA mittels optimierter Aufreinigung |
DE10347399A1 (de) * | 2003-10-09 | 2005-05-19 | Epigenomics Ag | Bisulfit-Umwandlung zum Nachweis von Cytosin-Methylierungen in DNA mittels optimierter Aufreinigung |
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