CN1754000A - 预测治疗中自杀行为的方法 - Google Patents

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Abstract

本发明提供预测可能患有或易于患有精神障碍的个体自杀行为危险的方法。所述方法使用不同的方法检测SLC6A3中第9外显子A59G的多肽性或替代标记。还提供基于该多肽性或替代标记的存在与否的治疗方法。还提供用于本发明方法的试剂盒。

Description

预测治疗中自杀行为的方法
发明背景
发明领域
本发明属于医学与基因组学领域，涉及用基因组分析确定病人在治疗过程中发生自杀性或自毁行为的可能性。
相关领域说明
自杀或自毁行为发生在许多不同的疾病状态下，不管精神疾病还是内科疾病，也可能在没有任何已知疾病的过程中。在美国，自杀是位列第11的死因，仅美国每年就约有30,000人死于自杀，其年龄调整率(age-adjustedrate)为10.7/100,000或0.01％，所有死亡中有1.3％归于自杀。自杀人数高于他杀，其比例为5比3；因自杀造成的死亡数是HIV/AIDS导致死亡数的2倍之多(1999年)。自杀是年轻人群的第三大死因，1999年10-14岁的儿童中有192人死于自杀，而15-19岁的青年人中有1,615人死于自杀。
自杀可能发生在没有任何可鉴定的精神疾病的情况下。但在各类精神疾病，尤其是心境障碍和精神分裂症中，自杀的可能性会高得多。实际上，患者在精神疾病的治疗过程中的自杀企图是这类疾病治疗中的一个主要问题。由于一个具有自杀倾向的患者必须受到严密监视，在医院中，这通常成为决定这类病人治疗费用的主要因素。
情感及心境障碍
情感及心境障碍包括在一组精神障碍中，其特征为神经内分泌失调以及心境、行为和情感调节障碍。情感及心境障碍可以对个体的机能能力、人际关系以及行为造成严重的影响。严重抑郁症和心境恶劣是这类障碍的实例。
严重抑郁症是兼具心理学和生物学成分的无症状、发作性和复发性疾病。有反复发作性抑郁和狂躁症的患者被诊断为双相型障碍。仅有反复发作性抑郁的患者则为单相型。在抑郁性疾病谱中，有两个截然不同的亚类：忧郁型抑郁和非典型抑郁。见Gold等，N.Engl.J.Med.，第319卷，348-353页(1988)；以及Gold等，N.Engl.J.Med.，第319卷，413-420页(1988)。
忧郁型抑郁在单相型和双相型抑郁患者中同样常见。其特征在于睡眠不好(hyposomnia)(清晨早醒)、厌食以及心境昼夜变化，与“觉醒过渡(hyperarousal)”状态相关，在该种状态下，患者痛苦地被自己无能力、失落感、无价值感、犯罪感和自杀念头完全占据。见Licinio等，Bailliere′sClin.Endocrin.Met，第5卷，No.1，51-58页(1991)。
非典型抑郁在双相患者中比在单相抑郁患者中更常见。其特征在于一种几乎与忧郁型抑郁完全相反的状态。非典型抑郁的患者具有低度觉识(hyperarousal)综合征，表现为嗜睡、食欲过旺、体重增加以及情绪波动性大(mood liability)。见Licinio等(1991)，前文。
心境恶劣是一种慢性障碍，其特征在于以下症状，包括食欲不佳或过度饮食、精力减退(觉醒减低)、失眠或嗜睡，以及注意力不集中。这些功能是由脑神经肽(如CRH等)调节的。见Vale等，Science，第213卷，1394-1397页(1981)。
情感障碍在一般的医疗实践和精神医学中极为常见。情感障碍的严重程度涵盖了相当宽的范围，从正常的悲伤反应到严重不可控甚至有时是致命的精神错乱。
严重情感障碍中终生的自杀危险约为10-15％，但这一数据没有反映错误诊断(under-diagnosed)人群的死亡率和费用。通常用抗抑郁剂或锂盐治疗这类障碍。见Goodman和Gilman，The Pharmacological Basis ofTherapeutics，第8版，Pergramon Press，New York，NY(1990)。除了在某些病例中不能产生显著疗效，几乎所有用于治疗心境障碍的药物在急性药物过量时，都具有潜在的致死性，并且即便在临床中谨慎使用，也还是能导致相当的致病率。
精神分裂症
精神分裂症是最为严重的精神障碍之一，其特征在于大脑内多个区域的心智障碍(mental dysfunction)。在精神分裂症患者中，自杀或自杀企图的发生率远高于普通人群，大约占这些患者死因的10％。实际上，自杀是精神分裂症患者的主要的死因。见Cohen等，Am.J.Psychiatry，第147卷，602-607页(1990)。在精神分裂症中发生自杀的危险因素很复杂，包括既往自杀企图史、药物滥用、男性、在疾病的前十年发作、社会隔绝、抑郁以及无望感。
目前的临床研究已经表明，非典型抗精神病药物氯氮平(cloazpine)(CLOZARIL或LEPONEX，Novartis Pharmaceutical Corporation，East Hanover，NJ)能够显著降低精神分裂症及相关精神障碍、情感分裂障碍患者的自杀率。见Meltzer等，Arch.Gen.Psychiatry，第60卷，82-91页(2003)。这一为期2年的全球多中心随机研究，在被认为具有高自杀危险的患者中，比较了分别用氯氮平和奥氮平(olanzapine)治疗后的患者自杀行为危险。该研究的结论是：在用氯氮平治疗的患者中，自杀行为(包括自杀性企图、因自杀念头的入院治疗、求援性介入的需要、伴随抗抑郁药、抗焦虑药以及催眠药治疗的需要)显著减少。
最有可能引起自杀行为下降的机制在于氯氮平优越的抗精神病效用和内在的抗抑郁活性。2002年12月，美国食品药物署(FDA)批准了氯氮平(CLOZARIL)用于治疗有慢性危险的精神分裂或分裂情感障碍患者的反复自杀行为者。CLOZARIL是获准此项用途的第一种药物。此外，CLOZARIL/LEPONEX已被证明还能够改善认知功能。
然而，尽管有多年的观察和研究，并且自杀行为时常发生，而且我们在精神障碍总体上以及自杀危险因素上的认识已大为提高，对一给定患者发生自杀行为的可能性的精确预测仍然是一项困难而又容易出错的任务。此外，过去并没有客观性试验可以帮助预测此类行为。现在有了经证明可以更有效降低危重患者自杀危险的药物，医生们拥有客观和可信的预测自杀性或自毁行为可能性的手段就变得更为重要。因此，迫切需要一项客观试验以帮助临床工作者们做出这一艰巨而又重要的决断。
发明概述
本发明通过提供预测可能患有或易于患有精神障碍的个体自杀行为危险的方法满足了以上需求，这些障碍包括(但不限于)精神分裂症以及心境障碍，所述方法包括对于个体中存在的SLC6A3基因的2拷贝，确定外显子9上多态性位点59A→G的核苷酸对的同一性(SLC6A3基因位于染色体短臂5p15.3)，多态性位点59A→G位于基因库序列编号AF119117.1的41370位。
这一核苷酸的变异可以造成多巴胺转运蛋白的异常表达，进而影响其功能。这一多态性功能上影响了SLC6A3外显子9的拼接效率，而这一外显子9的异常拼接产生了一个异常的，因而也是可检测到的RNA，同时也导致蛋白表达产物的缺失或产生无功能的截短形式。因此，该基因的多肽产物在具有这类多态性的患者中有所减少或改变，而这一减少和改变在该多态性的纯合子患者身上最为显著。这便形成了血检该多态性的基础，进而提供了评估患者自杀可能性的方法。
因而，在一些实施方案中，本发明提供了确定患者SLC6A3外显子9位点上的基因型的方法，并将该信息用于预测具有或可能具有自杀或自毁行为危险的患者发生自杀式自毁行为危险的方法中。
因此，本发明一方面提供确定患者SLC6A3外显子9位点的基因型的方法，包括：(a)获取该患者的体液或其他组织样本，和(b)对于该患者血液或组织中SLC6A3基因的2拷贝，确定SLC6A3外显子9的多态性位点A59G上核苷酸对的同一性，该位点位于基因库序列查询登录号AF119117.1的41370位，其中(i)若两核苷酸对均为AT对，则该患者归于AA类；(ii)若一对核苷酸对为AT，另一对为CG，则该患者归于AG类；(iii)若两对核苷酸对均为GC，则该患者归于GG类。
另一实施方案中，本发明提供了预测治疗正处于或可能处于发生I型事件的危险的患者时发生I型事件可能性的方法，包括，如前所述确定基因型，其中(a)若该患者归于AA类，则认为其处于I类危险，(b)若该患者归于GC类，则认为其处于II类危险，(c)若该患者归于GG类，则认为其处于III类危险。
还在另一实施方案中，本发明提供了通过SLC6A3外显子9中A59G多态性的替代标志物，做出以上确定的方法。该方法涉及预测在治疗正处于或可能处于发生I型事件危险的患者时发生I型事件的可能性，包括确认该患者体内是否存在SLC6A3外显子9中A59G多态性的替代标志物，其中(a)若所述替代标志物表明该患者应当归于AA类，则认为他们处于I类危险，(b)若所述替代标志物表明该患者应当归于CG类，则认为他们处于II类危险，(c)若所述替代标志物表明该患者应当归于GG类，则认为他们处于III类危险。
因此，基于“如果两对核苷酸对均为AT对，则该个体的自杀危险相对较低”这一认识，本发明另一方面还提供决定治疗策略的方法。如果一对核苷酸对为AT对而另一对为GC对，则可以预计该个体的自杀危险居中，因而可能需要更密切地监视，包括(但不限于)入院治疗或特殊药物治疗，如相比于其他类似药物优选氯氮平。
如果两对核苷酸对均为GC对，则可预测该个体处于相对高的自杀行为危险中。基于这一信息，不论是在药物选择还是在确保患者安全所需的监测力度上，都可以采取最适当的方式。例如，为安全起见，处在中度或高度危险类别中的个体可能更适合入院治疗，并且不管是住院或作为门诊病人都需要提高监视的水平。对于这样的患者，如果病人需要应用同类药物并且不存在明确的禁忌症，医生应优选氯氮平而不是其他药物。
另一方面，本发明提供了治疗处在或可能处在自杀性或自毁行为危险中的个体的方法，包括：(a)在该患者体液或组织中分析SLC6A3基因表达产物是否存在，其中(i)若SLC6A3基因表达产物的浓度表明SLC6A3基因中外显子9上A59G位点为G变体，则说明为高度或至少是中度危险的基因型，治疗该患者时应采用氯氮平而不是其他任何相似药物，同时也需更慎重考虑该患者是否需要入院治疗，否则应当提供自杀的防范措施；(ii)若SLC6A3基因表达产物的浓度表明该个体不具有G变体，则可认为至少针对这一多态性而言，该患者为低度危险类别。
在优选实施方案中，上述确定可通过测试SLC6A3基因的表达产物(多巴胺转运蛋白1[DAT1])的有效性和亲和力或浓度完成，而这一测试又是通过测定多巴胺转运蛋白结合潜能(DATBP)得知。这就需要使用[11C]RTI-32，这是一种用于正电子发射断层显像(PET)的显像放射性配体，其对多巴胺转运蛋白具有高度的选择性。见Wilson、DaSilva和Houle，J.Label.Comp.Radiopharm.，第34卷，759-765页(1994)；以及Wilson、DaSilva和Houle，Nucl.Med.Biol.，第23卷，No.2，141-146页(1996)。通过检测DATBP的水平，并将这一水平与对照组比较，就有可能确定个体是否具有外显子9上A59G多态性位点的G变体。
在另一实施方案中，上述确定需使用[1231]-β-CIT单光子发射计算机化断层显像技术(SPECT)作为测定DATBP的替代手段。见Neumeister等，Psychol.Med.，第31卷，No.8，1467-1473页(2001)。
另一方面，本发明提供治疗处在或可能处在自杀性或自毁行为危险中的个体的方法，包括：(a)检测SLC6A3基因外显子9上的A59G多态性位点G变体相应的mRNA表达水平，该多态性位点位于基因库序列查询登录号AF119117.1的41370位；(b)检测SLC6A3基因外显子9上的A59G多态性位点A变体相应的mRNA表达水平，该多态性位点位于基因库序列查询登录号AF119117.1的41370位；(c)比较上述(a)和(b)中测得的mRNA水平，其中，(i)若存在(a)，则已知该患者属于中度或高度危险类别，应当采取适当的预防措施。这些预防措施包括(但不限于)：提高监视水平(包括入院治疗)以及优选氯氮平而不是其他类似药物；(ii)若检测到(a)而没有检测到(b)，则可考虑该患者处在高危险类别中，在治疗中需采取更为严格的前述预防措施。
在另一实施方案中，本发明提供了一种入选临床研究的被试者的方法，这些临床研究包括(但不限于)自杀、抗抑郁药或抗精神病药物的研究。该方法包括对于该个体中存在SLC6A3基因的2个拷贝，确定外显子9上A59G多态性位点的核苷酸对的同一性(该位点位于基因库序列查询登录号AF119117.1的41370位)，其中基于其所显示的危险类别将个体入选或排除出该研究。
本发明在另一方面是用于决定处于或可能处于自杀或自毁行为危险中的个体治疗策略的试剂盒。这一试剂盒包括测定SLC6A3基因表达产物水平所需的材料。在优选的实施方案中，该试剂盒含有通过测量DATBP而测试SLC6A3基因表达产物(DAT1)的可用度和亲和力或浓度所需要的材料。这需要使用PET显像的放射性配体[11C]RTI-32，该配体对多巴胺转运蛋白具有高度选择性。见Wilson、DaSilva和Houle(1994)，前文；以及Wilson、DaSilva和Houle(1996)，前文。通过测定DATBP水平并将之与对照组比较，就有可能确定该个体是否具有外显子9中A59G多态性位点的G变体。
此外，该试剂盒可含有适于装入所需材料的容器以及所述个体的体液样本，据此可以测得DATBP的水平，从而确定它是否来自一含有G变体SNP的基因组，该试剂盒内还包括使用该试剂盒的说明。这些说明中包括试剂盒的正确使用方法以及对结果的恰当解释，还包括根据该试剂盒检测结果提出的相应患者的管理意见。
在另一实施方案中，上述试剂盒需使用[1231]-β-CIT SPECT技术作为测定DATBP的替代手段。见Neumeister等(2001)，前文。
本发明还有的方面，是用于决定处在或可能处在自杀或自毁行为危险中的个体治疗策略的试剂盒。该试剂盒包括：(a)能够识别SLC6A3基因mRNA表达产物并与之结合的多核苷酸，所述SLC6A3基因具有外显子9多态性位点A59G的G变体；(b)适合装入所述多核苷酸的容器以及所述个体体液样本，其中当存在SLC6A3 mRNA时，所述多核苷酸能够与之结合；(c)检测所述多核苷酸与SLC6A3 mRNA结合的手段；(d)确定该mRNA是否来自一个含有SNP的基因组的手段；以及(e)使用该试剂盒的使用说明。
另一方面，本发明提供了用于决定处在或可能处在自杀或自毁行为危险中的个体治疗策略的试剂盒，其包括：(a)能够识别SLC6A3基因部分DNA序列并与之结合的多核苷酸，所述SLC6A3基因具有外显子9多态性位点A59G的G变体；(b)适合装入所述多核苷酸的容器以及所述个体体液样本，其中当存在SLC6A3 DNA序列时，所述多核苷酸能够与之结合；(c)检测所述多核苷酸与SLC6A3 DNA序列结合的手段；(d)确定该DNA序列是否来自含有SNP的基因组的手段；以及(e)试剂盒的使用说明。
另一方面，本发明提供用于确定处在或可能处在自杀或自毁行为危险中的个体对不同药物治疗的反应性的方法，这些药物包括(但不限于)氯氮平(包括但不限于CLOZARIL)。该方法包括：(a)对于个体中存在的SLC6A3基因的两个拷贝，确定SLC6A3基因区域内多态性位点的核苷酸对的同一性，所述多态性位点与相应于SLC6A3外显子9上A59G的基因库序列文献登录号AF119117.1中第41370位多态性位点(rs6347)呈连锁不平衡(LD)；(b)如果SLC6A3基因区域内与外显子9上A59G多态性位点为连锁不平衡的多态性位点核苷酸对表明SLC6A3外显子9上A59G多态性位点的两个核苷酸对均为AT，则该个体属于低危险组；若表明一对核苷酸对为AT而另一对为GC，则该个体属于中危险组；若表明SLC6A3外显子9上A59G位点的两个核苷酸对均为GC，则该个体属于高危险组。
另一方面，本发明提供鉴定患者SLC6A3外显子9上A59G多态性位点的多态性模式的试剂盒，该试剂盒包括确定SLC6A3外显子9上A59G多态性位点遗传多态性模式的手段。
另一实施方案中，本发明提供还含有DNA样本采集手段的试剂盒。
本发明的另一实施方案为试剂盒，其中确定SLC6A3外显子9上A59G多态性位点的遗传多态性模式的手段包括至少1个SLC6A3基因型分型的寡核苷酸。
本发明还有的实施方案为试剂盒，其中确定SLC6A3外显子9上A59G多态性位点的遗传多态性模式的手段包括2个SLC6A3基因型分型的寡核苷酸。
在另一实施方案中，本发明提供了试剂盒，其中确定SLC6A3外显子9上A59G多态性位点的遗传多态性模式的手段，包括至少1个SLC6A3基因型分型的引物组合物，其中至少含有1个SLC6A3基因型分型的寡核苷酸。
本发明还有的实施方案为试剂盒，其中SLC6A3基因型引物组合物包含至少2组等位基因特异的引物对。
本发明的另一实施方案提供了试剂盒，其中2个SLC6A3基因型分型的寡核苷包装于独立的容器中。
本发明的还有的实施方案为方法，其中对于个体中存在的SLC6A3基因的2个拷贝，使用根据上述实施方案为试剂盒确定SLC6A3外显子9上A59G多态性位点的核苷酸对的同一性，并/或确定与SLC6A3外显子9上A59G多态性位点连锁不平衡(LD)的SLC6A3基因区域内多态性位点的核苷酸对的同一性。
本发明的另一方面是鉴定SLC6A3基因的mRNA表达的试剂盒，该试剂盒包括测定SLC6A3基因的mRNA产物的手段。
本发明还有的实施方案为试剂盒，其中测定SLC6A3基因的mRNA产物的手段包括能够与SLC6A3基因的mRNA表达产物结合的多核苷酸。
在另一实施方案中，本发明提供试剂盒，其中测定SLC6A3基因的mRNA产物的手段，包括至少一个特异识别SLC6A3外显子9上A59G多态性位点的变体之一的多核苷酸。
在还有的实施方案中，本发明提供试剂盒，其中的多核苷酸特异识别SLC6A3外显子9上A59G多态性位点G变体的mRNA表达。
本发明的另一实施方案为试剂盒，其中的多核苷酸特异识别SLC6A3外显子9上A59G多态性位点A变体的mRNA表达。
在还有的实施方案中，本发明提供试剂盒，其中的多核苷酸在严格的杂交条件下，与SLC6A3基因的G或A变体的mRNA表达产物结合。
本发明的另一实施方案为试剂盒，其中用于测定SLC6A3基因的mRNA产物的手段包括至少2个多核苷酸，其中一个多核苷酸特异识别SLC6A3外显子9上A59G多态性位点G变体的mRNA表达，而另一个多核苷酸特异识别SLC6A3外显子9上A59G多态性位点A变体的mRNA表达。
在本发明还有的实施方案中，提供试剂盒，其中2个多核苷酸包装于独立的容器。
本发明的另一实施方案为方法，其中上述的本发明实施方案用于：(a)检测相应于SLC6A3外显子9上A59G多态性位点G变体的mRNA的表达水平；和/或(b)检测相应于SLC6A3外显子9上A59G多态性位点A变体的mRNA的表达水平。
另一方面，本发明提供了用于鉴定患者SLC6A3基因表达产物浓度或水平的试剂盒，其包括检测SLC6A3基因多肽表达产物浓度的手段，此手段可以在一定程度上区分G变体和A来源基因型。
本发明还有的实施方案为试剂盒，其方法包括一个能够识别SLC6A3多肽的抗体，通过评估SLC6A3基因多肽表达产物的存在及其浓度，这一手段可在一定程度上区分其G变体或A来源基因型。
本发明的另一实施方案为方法，其中上述的试剂盒用于分析个体体液或组织中SLC6A3蛋白的存在及其浓度，并确定其是A还是G变体。
在另一实施方案中，本发明提供的套试剂盒还含有收集体液样本的手段。
本发明还有的实施方案提供治疗方法，用于治疗处在或可能处在自杀或自毁行为危险中，并且需要此种治疗的个体。还提供入选药物临床研究的被试者的方法，或者确定患者在治疗中出现自杀或自毁行为可能性的方法，其所述方法为离体实施。
本发明另一方面提供如同前述任一试剂盒的试剂盒，但它检测SLC6A3外显子9上A59G多态性的替代标志物。这样的替代标志物可以被上述任一种方法检测，例如，通过诸如检测替代标志物基因组的mRNA或检测替代标志物的多肽基因表达产物。根据替代标志物与相关SLC6A3外显子9上A59G多态性的已知联系，替代标志物的存在与否可被用于做出上述确定。
附图简述
图1所示图表为在IV期临床研究人群中，SLC6A3外显子9上A59G多态性的不同基因型组的存活率。
优选实施方案说明
此处引用的所有专利申请、专利以及文献参考都全文引入作为参考。
在本发明的实践中应用了许多分子生物学、微生物学以及重组DNA的常规技术。这些技术为众所周知，其说明分别见于，例如《CurrentProtocols in Molecular Biology》，I-III卷，Ausubel编(1997)；Sambrook等，《Molecular Cloning：A Laboratory Manual》，第2版，Cold SpringHarbor Laboratory Press，Cold Spring Harbor，NY(1989)；《DNA Cloning：A Practical Approach》，第I和II，Glover编(1985)；《OligonucleotideSynthesis》，Gait编(1984)；《Nucleic Acid Hybridization》，Hames和Higgins，编(1985)；《Transcription and Translation》，Hames和Higgins，编(1984)；《Animal Cell Culture》，Freshney编(1986)；《ImmobilizedCells and Enzymes》，IRL Press(1986)；Perbal，《A Practical Guide toMolecular Cloning》；《Methods in Enzymol.》系列，Academic Press，Inc.(1984)；《Gene Transfer Vectors for Mammalian Cells》，Miller和Calos，编，Cold Spring Harbor Laboratory，NY(1987)；以及《Methods inEnzymology》，第154和155卷，Wu和Grossman，Wu编。
因此，首先该发明提供了确定个体在治疗中发展出自杀行为的可能性的方法，而该个体处于或可能处于自杀或自毁行为的危险中。这些方法包括在患者中检测多巴胺转运蛋白基因SLC6A3或DAT1的基因型或单元型，特别是SLC6A3外显子9上A59G多态性的存在与否。
如果不存在多态性，且两个等位基因均含有A，则该患者归入I类，其特征为这类患者具有相对较低的在治疗中发生自杀行为的危险。这一类型旨在表示本领域技术人员可基于对患者当时的精神状态检查、既往史、家族史、其患病性质及病史、已知的自杀危险因素(如存在药物滥用)等来估计自杀或自毁行为危险的程度。
如果在一个等位基因中存在多态性，而另一个没有，则患者具有AG基因型，其被归入II类，特征为患者具有相对更高的在治疗中发生自杀行为的危险。如果该患者为GG基因型的纯合多态性，则患者归入III类，其特征在于，此类患者在治疗中具有发展出自杀的最高相对危险。
此处使用的术语“I类”、“II类”和“III类”指个体在治疗过程中发展出自杀或自毁行为(即发生I型事件)的相对危险水平。这些类别的特征在于从I类到II类的危险升高，III类的危险则更高。
本领域技术人员易于理解的是，预测或评估个体发生自杀或自毁行为的危险具有很大不确定性。此处用到的危险类别旨在反映与基线危险相比，危险增高的相对水平。基线危险是本领域技术人员基于检查病人当时的精神状态、既往史、家族史、其患病性质及病史、已知的自杀危险因素(如存在药物滥用)等，而能够评估的病人的危险。基线危险将组成“I类”的危险评估。可以预计，在给定时间段内，II类危险组中的患者发生I型事件的危险相对较高。增加的危险可以是I类患者危险的1.5、2.0、3.0或4.0倍。III类患者处在发生I型事件的最高危险中，其增加危险与I类患者相比可能是其3.0、4.0、5.0或更多倍。这一增高的危险体现为一定时期内，此患者发生自杀或自毁行为或经历I型事件的可能性更大。
此处使用的术语“自杀企图”，是指个体的行为，该行为是由于个体故意或内心强迫性冲动或使自己陷入死亡的高危险中的混乱思想。
此处使用的术语“I型事件”的定义为产生明显的自杀企图，或是由于紧急自杀危险导致必须住院治疗，包括(但不限于)提高监视水平，以及如自杀监控委员会(Suicide Monitoring Board)所确定的事件。
此处使用的术语“额外的自杀性/自毁行为预防措施”，是指看护人员或其他人员采取意在降低个体伤害或杀死自己的可能性的任何行动。这包括(但不限于)以下任一项或所有项：提高院内或院外监视频率，即提高去医院看病频率或警告其家庭或朋友注意患者，在院内这可能包括增加监视频率，即以5分钟检查代替15分钟检查，或密切监视患者(在视线接触内(eye contact))或近身密切监视(在出手可及的距离内视线接触)，或将患者在限制其房间或监视室(安静房间)内，或将锐器或危险性物品从患者可及的范围内拿走，或在极端情况下限制患者。
此处所用的术语“氯氮平”，指代氯氮平药物(8-氯-11-(4-甲基-1-哌嗪基)-5氢-二苯并[be][1，4]-二氮杂草)以及其任一种盐或酯，也应当包括(但不限于)商品名药物CLOZARILE或LEPONEX，NovartisPharmaceutical Corporation，East Hanover，NJ。
这一多态性的检测可以用于确定或预测给定患者在治疗中出现自杀行为的可能性。可以直接检测这一多态性，也可以通过检测其多态变体基因的特征性mRNA，或通过检测体液或组织中该基因的多肽(蛋白质)表达产物的存在。通过与正常对照组——即已知不具有该多态性的个体——比较，多肽表达产物的相对水平可以用于确定该患者的多态性位为杂合还是纯合。
SLC6A3基因表达产物的水平取决于多种因素，包括该个体的生理现状、环境、药物、上游因素以及其固有的遗传因素，如可以影响启动子、增强子、核糖体结合位点、剪切位点以及外显子的拼接增强子位点功能的多态性。
然而，可以测定SLC6A3基因表达产物的水平。
一项已经发表的用于检测SLC6A3基因(DAT1)表达产物的可用度、亲和力或浓度的方法是通过测量DATBP进行的。较低的DATBP可能与更高水平的抑郁或自杀行为相关。[11C]RTI-32为一种PET显像的放射性配体，其对多巴胺转运蛋白具有高选择性。见Wilson、DaSilva和Houle(1994)，前文；以及Wilson，DaSilva和Houle(1996)，前文；Seeman，《Receptor Tables》，第2卷，“Drug Dissociation Constants ForNeuroreceptors and Transporters”，Schizophrenia Research，Toronto(1993)；Guttman等，Neurology，第48卷，No.6,1578-1583页(1997)；以及Carroll等，J.Med.Chem.，第38卷，No.2，379-388卷(1995)。
该PET显像的放射性配体，即[11C]RTI-32PET可用于检测DATBP。见Meyer等，Neuroreport，第12卷，No.18，4121-4125卷(2001)。
在备选的实施方案中，也可以通过[1231]-β-CIT SPECT技术测定DATBP。见Neumeister等(2001)，前文。
因此，在一项优选的实施方案中，为了确定每一种SLC6A3外显子9多态性位点A59G基因型的SLC6A3基因产物的准确水平，应当进行一项研究，该研究包括了每一基因型组至少100名健康个体，这些人都经过筛查，并已根据《Diagnostic和Statistical Manual of Mental Disorders》，第4版，American Psychiatric Association(APA)，Washington，DC(1994)(DSM-IVTM)中的标准确认其不具有精神分裂症或抑郁症。入选该项研究的个体应当参加以上提及的一个或全部两个测试，以确定其脑中SLC6A3基因产物的水平。在优选实施方案中，使用PET显像的放射性配体测试。
一旦各基因型组的平均和均值“正常”水平得以确定，每一基因型组的SLC6A3基因产物水平的均值和标准差就应当被确定了。
这些水平会作为标准对照使用。应当通过PET技术或SPECT技术测量给定患者的多巴胺转运蛋白水平。
在不同对照组中确定的SLC6A3基因表达产物的标准对照水平，随后可与在给定患者中测得的SLC6A3基因表达产物的水平进行比较。该基因表达产物可以是对应于具体基因型组的特征性mRNA，或该基因型组的多肽基因表达产物。此后便根据其测定水平与某一组对照水平的相似程度，将该患者分类或归入特定基因型组。
本领域技术人员应当理解，做出这一确定具有一定程度的不确定性。因此，可使用对照组水平的标准差以得出概率性的结果，而本发明的方法可以在宽泛的基于概率的基因组型确定上应用。因此，举例说来(但不限于此)，在一个实施方案中，如果SLC6A3基因表达产物的测量水平落在任一对照组均值的2.5倍标准差范围内，则该个体可以归于此基因型组。在另一实施方案中，如果如果SLC6A3基因表达产物的测量水平落在任一对照组均值的2.0倍标准差范围内，则该个体可以归于此基因型组。在另一实施方案中，如果SLC6A3基因表达产物的测量水平落在任一对照组均值的1.5倍标准差范围内，则该个体可以归于此基因型组。还在另一实施方案中，如果SLC6A3基因表达产物的测量水平落在任一对照组均值水平的1.0倍或更低的标准差范围内，则该个体可以归于该基因型组。
因此利用不同程度的概率，这一方法能够确定特定患者应当属于哪一组，而这一基因型组的归类则将决定该个体所属的危险类别。
因此，本发明首先提供了确定个体在治疗中出现自杀行为的可能性的方法。这些方法包括：(a)确定SLC6A3基因的基因型或单元型；并且(b)基于SLC6A3基因中是否存在一种或多种多态性变体而确定其危险类别。
SLC6A3基因定位于染色体5p15.3。多态性外显子9A59G(rs6347)位于GenBank登录号AF119117.1的41370位。这一核苷酸变异可以导致该基因产生异常蛋白质或没有蛋白质表达产物。
这一多态性的检测可以用于确定或预测个体在治疗中发生自杀或自毁行为的可能性。此外，可以直接检测多态性，也可以通过在个体身体组织或体液中检测该多态性变异基因与通常SLC6A3基因型不同的特征性mRNA，或者通过检测SLC6A3基因的多肽表达产物的浓度而检测。
检测和测量mRNA水平以及多肽基因表达产物水平的方法为本领域所熟知，包括使用核苷酸微阵列(microarray)和涉及质谱仪和/或抗体检测和定量技术的多肽检测方法。也见《Human Molecular Genetics》第2版，Tom Strachan和Andrew，Read.JohnWiley和Sons，Inc.Publication，NY(1999)。
此外，体液或组织中SLC6A3基因的多肽(蛋白质)表达产物的浓度测定可以用于确定多态性的存在与否，而多肽表达产物的相对水平可以用于确定该多态性处于纯合还是杂合状态，从而确定个体所属的危险类别。
因此，本发明的一个实施方案是通过鉴定SLC6A3基因蛋白质表达产物的存在及浓度来确定某患者多态性存在与否的方法。
在另一实施方案中，本发明提供确定个体在治疗中发生自杀或自毁行为的危险类别的方法，并制定出合适的治疗策略。这些方法包括测量对应SLC6A3基因更常见变体(即59位上为A者)的mRNA和含有G取代A的少见多态性变体的mRNA的量及它们的比例。在该实施方案中，这两类mRNA的比例是在患者的体液或组织样本中测得的。如果所有的mRNA都来自A变体，则该患者在治疗中发生自杀行为的可能性较小(I类危险)。如果所有的mRNA都来自G变体，则该患者有更大可能在治疗中发生自杀行为(III类危险)。而如果发现两种类型的mRNA，则该患者在此多态性上为杂合的，可以预计其发生自杀行为的可能性居中(II类危险)。
本领域技术人员容易理解的是，除了此处公开的特定多态性之外，任何与所述多态性连锁不平衡的多态性位点都可以和上述与之连锁不平衡的单核苷酸多态性(SNP)一样，作为表示应答于相同药物或治疗的替代标志物。因此，可以使用任一与本说明书中公开的SNPs连锁不平衡的SNP，并且也被意图包含于本发明的方法中。
实施例1
为了确定氯氮平是否比参照的(comparator)抗精神病药物对降低病人的自杀行为更为有效，实施了预定的随机平行组研究，以评估用氯氮平和奥氮平(ZYPREXIATM)在治疗精神分裂症和情感分裂病人时的自杀危险。
在这一研究中和此处使用的术语“自杀企图”，是指个体的行为，该行为是由于个体故意或内心强迫性冲动或使自己陷入死亡的高危险中的混乱思想所致。
此处使用的术语“I型事件”的定义为产生明显的自杀企图，或是由于紧急自杀危险导致必须住院治疗，包括(但不限于)提高监视水平，以及如自杀监控委员会所确定的事件。
为了寻找遗传变异与自杀行为或药物反应的潜在联系，在四期临床试验中进行了药物遗传学研究。此研究关注编码药物靶、相关酶或转运蛋白蛋白的基因，以及脑功能或被认为与精神分裂症相关的基因的多态性是否与此临床试验过程中研究的临床参数的效力有关。特别研究了“I型事件”的发生和“I型事件”发生的时间。
为鉴定可能与治疗反应或临床试验结果有关的遗传因素，尽力检查与药物靶相关或被认为与精神分裂症相关的基因的多态性检测分析，病人群体中等位基因频率低于5％的SNP位点不纳入分析，分析了与临床表型的关系，特别是I型事件(产生明显的自杀企图，或是由于紧急自杀危险导致必须住院治疗，包括(但不限于)提高监视水平，以及如自杀监控委员会所确定的事件)。观察到I型事件与多巴胺转运蛋白基因(SLC6A3或DAT1)的外显子9的多态性高度显著相关(P值＝0.001)。
该IV期临床试验的首要目的是比较分别用(CLOZARIL/LEPONEX)和奥氮平(ZYPREXATM)治疗的精神分裂症病人的自杀危险，通过如下任一项进行测量：
1)从基线起到第一次明显自杀企图或由于自杀危险的出现而入院治疗并包括提高监视水平的时间；或
2)自杀严重性的临床整体评估(Clinical Impression of Severity ofSuicidality)的基线变化。
第二个目的与自杀有关：
1)证明与ZYPREXIATM治疗的病人相比，氯氮平治疗的病人的自杀念头有所减轻；以及
2)证明与ZYPREXIATM相比，氯氮平治疗的病人需要的救援性介入的数量有所减少。
在此临床试验中有402个病人同意参与按当地伦理委员会批准的方案进行的药物遗传学研究。在试验地点，从病人身上收集15ml血液，由Covance(Indianapolis，USA)公司采用PUREGENETM DNA分离试剂盒(D50k)，根据该制造商的推荐方案分离DNA，见http：//www.gentra.com/purification chemistries/puregene～protocols.asp？pid＝1.
基因型分型
本发明采用两种不同方法鉴定SNP。一个是Third Wave Technologies公司发展出的SNP集，而公共数据库发展出了另一SNP集合。使用的公共数据库例如PubMed、OMIN、the SNP Consortium，Locus Link，以及日本的SNP数据库。发展出了关于SNP的信息。候选基因是与药物靶或被认为与疾病的病因有关的基因。
基因型分型采用的探针集由Third Wave Technologies公司设计并合成。采用INVADER试验(Third Wave Technologies公司)，根据制造商推荐方案，室内对60ng的基因组DNA进行基因型分型。见Lyamichev等，Nat.Biotechnol.，第17卷，No.3，292-296页(1999)；和Ryan等，Mol.Diagn.，第4卷，No.2，135-144页(1999)。
统计学分析
偏离Hard-Weinbery平衡(HWE)的偏差
本研究中使用了来自400个病人的数据，用精确测试评估所有数据对HWE的可能偏差。HWE-Weinberg定律声明：在随机交配的大量群体中，各世代之间的等位基因频率是不会改变的。一旦出现背离HWE的情况，将表示有以下两种可能之一：
1)基因型分型发生了错误，或者是
2)研究的群体与多态性有关。
在第二种情况下，如果某个特定的多态性基因型与疾病病因有关，那它被观察到的频率将比正常情况下预测的要高。基因型与临床表型之间的联系：
对于每个被分析的SNP，采用以基因型类别为解释变量的LogRank测试来决定临床试验结果与不同的基因型种类之间是否有具有显著差异。只有次要等位基因频率≥5％的SNP用于分析。对于给定的SNP，如果研究的群体中纯合基因型比例≤10％，则将稀有的纯合基因型个体并入杂合基因型个体进行分析。
本发明中的研究结果存在显著性，Cox比例危险(Cox ProportionalHazards)模型用来评估基因型种类的危险比例，使用Bonferroni较正法来调整多重测试。本发明采用统计程序SAS版本8.2(SAS，Cary，NC)进行统计学分析，采用GOLDTM软件包进行LD分析，见Abecasis和Cookson，Bioinformatics，第16卷，No.2，182-183页(2000)。Fisher精确检验用于病例控制研究。
基因型分型的群体的代表性质
为了确定基因型分型的群体在多大程度代表了整个临床试验的群体，比较了检测基因型分型和未基因型分型的人群中I型事件出现和人数(demographics)。
遗传变异和I型事件的相关性的研究
表格1列出了跨越治疗组的个体分布。由于参与遗传学研究受到限制或由于缺乏基因型结果，用于各基因型的实际样本数量可能更少。
表1治疗分组研究中，基因型分型和所有病人的数量分布
  药物/剂量   参加研究的个体数   基因型分型的个体数
  Clozaril   490   197
  Zyprexa   490   203
分属22个候选基因的43种多态性被最初进行基因型分型。其中有23种多态性显示出少有的在研究群体中≥5％的等位基因频率，并用于分析。对每种多态性研究都进行存活率分析(见图1)，同样，使用以基因种类作为解释变量的LogRank测试来检验不同基因型种类I型事件的时间差异。结果发现，I型事件的时间与多巴胺转运蛋白SLC6A3基因第9外显子的同义多态性(A59G)有显著联系(p＝0.0001)。经过对多重测试进行Bonferroni校正之后，调整的p值为0.0041，在第9外显子中鉴定的编码序列变体相应于A→G替代。在此项研究中，具有AG和GG基因型的个体比AA基因型个体有更高的I型事件发生率。特别是具有GG基因型的个体看起来更容易经历I型事件。表2列出了不同基因型组内，发生I型事件的个体数。
表2不同基因型组内发生I型事件的频率比较
  事件   AA   AG   GG
  无I型事件   175   95   29
  I型事件   31   35   20
为了量化三种基因型组之间的差异，使用第9外显子A59G多样性实施Cox比例危险测试，并以解释变量处理，后者作为分层变量(Stratificationvaricable)处理(见表3)，结果没有发现显著的治疗-基因型相互作用(p＝0.6044)。
表3第9外显子A59G多样性对I型事件效果的存活率分析结果概要
 SLC6A3第9外显子G→A多样性   危险比率   95％置信区间
 AG VS.AA   1.84   1.132-2.989
 GG VS.AA   3.167   1.804-5.562
本发明方法可治疗的病症
可以采用本发明方法或化合物评估自杀行为或自我毁坏行为危险的病理精神状况(精神疾病)包括(但不限于)“DSM-IVTM”，第4版，APA，Washington，DS中所见的病症，其中用完整的临床描述和诊断标准对这些障碍进行了详细定义。
精神分裂性障碍
精神分裂症，紧张型，亚慢性(295.21)
精神分裂症，紧张型，慢性(295.22)
精神分裂症，紧张型，急性加重的亚慢性(295.23)
精神分裂症，紧张型，急性加重的慢性(295.24)
精神分裂症，紧张型缓解中(295.25)
精神分裂症，紧张型，未明确的(295.20)
精神分裂症，无系统的，亚慢性(295.11)
精神分裂症，无系统的，慢性(295.12)
精神分裂症，无系统的，急性加重的亚慢性(295.13)
精神分裂症，无系统的，急性加重的慢性(295.14)
精神分裂症，无系统缓解中(295.15)
精神分裂症，无系统未明确的(295.10)
精神分裂症，偏执狂样的，亚慢性(295.31)
精神分裂症，偏执狂样的，慢性(295.32)
精神分裂症，偏执狂样的，急性加重的亚慢性(295.33)
精神分裂症，偏执狂样的，急性加重的慢性(295.34)
精神分裂症，偏执狂样的，缓解中(295.35)
精神分裂症，偏执狂样的，未明确的(295.30)
精神分裂症，未分化的，亚慢性(295.91)
精神分裂症，未分化的，慢性(295.92)
精神分裂症，未分化的，急性加重的亚慢性(295.93)
精神分裂症，未分化的，急性加重的慢性(295.94)
精神分裂症，未分化的缓解中(295.95)
精神分裂症，未分化的，未明确的(295.90)
精神分裂症，残余的，亚慢性(295.61)
精神分裂症，残余的，慢性(295.62)
精神分裂症，残余的，急性加重的亚慢性(295.63)
精神分裂症，残余的，急性加重的慢性(295.64)
精神分裂症，残余的缓解中(295.65)
精神分裂症，残余的，未明确的(295.60)
妄想性障碍(297.10)
短暂的反应性精神病(298.80)
精神分裂样精神障碍(295.40)
分裂情感性精神障碍(295.70)
感应性精神障碍(297.30)
感应性精神障碍(非典型精神障碍)(298.90)
情感障碍
严重抑郁症、具有精神病特征的严重(296.33)
心境恶劣障碍(300.4)
抑郁症NOS(311)
I型双相型障碍，单次躁狂发作，具有精神病特征的严重(296.23)
I型双相型障碍，最近轻症躁狂发作(296.43)
I型双相型障碍，最近轻症躁狂发作，具有精神病特征的严重(296.43)
I型双相型障碍，最近混合发作，具有精神病特征的严重(296.63)
I型双相型障碍，最近抑郁发作，具有精神病特征的严重(296.53)
I型双相型障碍，最近明确的症状发作(296.89)
II型双相型障碍(296.89)
循环性精神障碍(301.13)
双相型障碍NOS(366)
一般医疗条件造成的情感障碍(293.83)
情感障碍(296.90)
行为紊乱，单独攻击性型(312.00)
行为紊乱，未分化的(312.90)
Tourette氏障碍(307.23)
慢性运动或发声痉挛障碍(307.22)
短暂性痉挛障碍(307.21)
痉挛障碍NOS(307.20)
精神活性物质使用所致的精神障碍
酒精脱瘾性谵妄(291.00)
酒精性幻觉症(291.30)
酒精中毒相关的酒精性痴呆(291.20)
苯丙胺或相似作用的拟交感神经药中毒(305.70)
苯丙胺或相似作用的拟交感神经药所致谵妄(292.81)
苯丙胺或相似作用的拟交感神经药所致妄想性障碍(292.11)
大麻妄想性障患(292.11)
可卡因中毒(305.60)
可卡因谵妄(292.81)
可卡因妄想性障碍(292.11)
致幻剂性幻觉症(305.30)
致幻剂性妄想性障碍(292.11)
致幻剂性情感性障碍(305.30)
致幻剂性服用致幻剂后知觉障碍(292.89)
苯环利定(PCR)或相似作用的芳香环己胺所致中毒(305.90)
苯环利定(PCR)或相似作用的芳香环己胺所致谵妄(292.81)
苯环利定(PCR)或相似作用的芳香环己胺所致妄想性障碍(292.11)
苯环利定(PCR)或相似作用的芳香环己胺所致情感性障碍(292.84)
苯环利定(PCR)或相似作用的芳香环己胺所致器质性精神障碍NOS(292.90)
其他或不明确的精神活性物质所致中毒(305.90_
其他或不明确的精神活性物质所致谵妄(292.81)
其他或不明确的精神活性物质所致痴呆(292.82)
其他或不明确的精神活性物质所致妄想性障碍(292.11)
其他或不明确的精神活性物质所致幻觉症(292.12)
其他或不明确的精神活性物质所致情感障碍(292.84)
其他或不明确的精神活性物质所致焦虑障碍(292.89)
其他或不明确的精神活性物质所致人格障碍(292.89)
其他或不明确的精神活性物质所致器质性精神障碍NOS(292.90)
器质性障碍
谵妄(293.00)
痴呆(294.10)
器质性妄想性障碍(293.81)
器质性幻觉症(293.82)
器质性情感障碍(293.83)
器质性焦虑障碍(293.83)
器质性性格障碍(310.10)
器质性精神障碍(294.80)
强迫性障碍(300.30)
创伤后精神紧张性障碍(309.89)
一般性焦虑症(300.02)
焦虑障碍NOS(300.00)
躯体变形障碍(300.70)
臆想症或疑病性神经症(300.70)
躯体化障碍(300.81)
未分化躯体形式障碍(300.70)
躯体形式障碍NOS(300.70)
间歇性暴发性障碍(312.34)
偷窃狂(312.32)
病态性嗜赌(312.31)
纵火狂(312.33)
儿童拔毛癖(312.39)
冲动控制障碍NOS(312.39)
人格障碍
偏执狂(301.00)
类精神分裂症(301.20)
分裂型障碍(301.22)
反社会型障碍(301.70)
边缘性人格障碍(Borderline)(301.83)
在本说明书中，术语“精神病(psychosis)”包括各种形式的精神病。比如器质性精神病，药物所致的精神病，与阿尔茨海默氏病相关的精神病，以及与其它精神障碍(如偏执狂、人格障碍)有关的精神病或相关症状。
术语“精神分裂症(Schizophrenia)”和“类精神分裂症(Schizophreniform)”包括各种类型的障碍，例如紧张型、无系统、偏执狂样的、未分化的、残余的精神分裂症，以及这些疾病的相关症状，包括它们的阳性和阴性症状。
实施例2
一个三十四岁的白人男性第一次到精神病医生的诊所接受检查。这个病人具有与精神分裂症的诊断相一致的病史，并且现在没有接受任何药物的治疗。该病人否认在过去的六个月中有自杀念头，但承认在过去的一年中过。精神病医生决定病人必须接受抗精神病药物的治疗。对病人进行基因型检查，以确定在SLC6A3第9外显子A59G多态性位点的遗传多态性模式。结果显示病人为纯合G变体。这一结果将他归于在治疗中出现自杀以及自毁行为的高危类别。基于此信息，医生决定用氯氮平而不其它抗精神病药治疗病人，因为已显示在治疗过程中氯氮平具有较低的自杀行为发生率，尽管这种治疗需要定期血检。此外，尽管医生并不打算让病人住院治疗，但是基因型检查的结果告诫医生在治疗过程中需要更多关注自毁行为出现的可能，这不但要求病人需要经常去诊所就诊，还要向病人的家属进行适当的警告。
实施例3
开始治疗的六个月后，上述病人又来到了这家精神病诊所。病人承认间断地出现过自杀的念头，但是否认现在有这种想法。由于在SLC6A3基因第9外显子A59G多态性位点纯合的G变体遗传多态性模式大大增加了病人在治疗过程产生不断加重的严重自杀倾向并付诸行动的可能性，医生决定病人进行入院观察。
SNP的鉴定和特征描述
许多不同的技术可用于鉴定和表征SNP，包括单链构象多态性分析、变性高效液相色谱(DHPLC)的异源双链分析、DNA直接测序以及计算的方法，见Shi，Clin.Chem.，第47卷，164-172页(2001)。得力于公共数据库中大量的序列信息，可通过独立比对给定基因的递交序列(既可以是cDNA也可以是基因组序列)，利用计算工具来模拟(in silico)鉴定SNP。比较实验获得的SNP和用计算机模拟得到的SNP，显示SNPFinder发现的候选SNP有55％也已通过实验发现，参见Cox Boillot和Canzian，Hum.Mutal.，第17卷，No.2，141-150页(2001).，然而，这些模拟方法只能发现27％的真正的SNP。
目前最常见的SNP分型方法包括杂交法、引物延伸和裂解法。每种方法都必须和合适的检测系统联合使用。检测技术包括荧光极化，见Chen、Levine和Kwok，Genome Res.，第9卷，No.5，492-499页(1999)，焦磷酸释放的发光检测(焦磷酸测序，pyrosequencing)(见Ahmadiian等，Anal.Biochem.，第280卷，No.1，103-110页(2000))，基于荧光偏振能量传递(FRET)的裂解测定法，DHPLC和质谱(Shi(2001)，前文；和美国专利No.6,300,076 B1)。其他检测和描述SNP的方法还有美国专利No.6,297,018B1和6,300,063B1所公开的。以上参考文献的公开内容在此被全文引入为参考。
在一个特别优选的实施方案中，可以通过所谓的INVADERTM技术(可得自Third Wave Technologie Inc.Madison，WI)实现多态性检测。在此测定中，当与互补DNA模板结合时，特异的上游“侵入”寡核苷酸和部分重叠的下游探针一起形成了特定的结构。裂解酶可以识别并在特定位点切割这种结构，导致释放了寡核苷酸探针的5’侧翼。此片段将作为反应混合液中关于合成的次级靶和次级荧光标记信号探针的“侵入”寡核苷酸。这导致裂解酶对次级信号探针的特异切割。当这种用能够荧光共振能量传递的染料分子标记的次级探针被裂解时将会产生荧光信号。本方法中裂解酶对重叠DNA序列或侧翼序列形成的结构有严格的要求，因此可用于特定地检测下游DNA链上裂解位点的邻近上游序列的单碱基错配，见Ryan等(1999)，前文；和Lyamichev等(1999)，前文，以及美国专利No.5,846,717和6,001,567。它们的公开内容在此被全文引入为参考。
在一些实施方案中，组合物含有两个或多个不同标记的基因型分型的寡核苷酸，用于同时探测两个或多个多态性位点的核苷酸同一性。还设想引物组合物可含有两个或多个等位基因特异的引物对，以能够同时靶定和扩增两个或多个含有多态性位点的区域。
本发明SLC6A3基因型分型的寡核苷酸，也可以固定或合成于固表面，例如微芯片，小珠或玻璃片。见WO98/20020和WO98/20019。这些固定的基因型分型寡核苷酸可以用于多种多态性检测试验，包括(但不限于)探针杂交和聚合酶延伸试验。固定的SLC6A3基因型分型寡核苷酸可以包括设计用来同时迅速筛选DNA样品中的多个基因的多态性位点的有序寡核苷酸阵列。
本发明的等位基因特异的寡核苷酸引物(ASO)具有仅与某个特定SNP位点的一个核苷酸互补的3’末端核苷酸，或优选3’倒数第二位核苷酸，因此只有存在含有此核苷酸位点的等位基因时，才作为聚合酶介导的延伸反应的引物。本发明设想了与编码或非编码链杂交的ASO引物。可以用本领域公知的技术设计检测SLC6A3遗传多态性的ASO引物。
本发明的其他基因型分型寡核苷酸与位于此处鉴定的新多态性位点之一下游1到几个核苷酸的靶区域杂交。这类寡核苷酸用于检测此处描述的新多态性位点之一的聚合酶介导的引物延伸方法，此处将这类基因型分型寡核苷酸称为“引物延伸寡核苷酸”。在优选的实施方案中，引物延伸的寡聚核酸的3’末端是与多态性位点相邻的核苷酸互补的脱氧核酸。
在另一个实施方案中，本发明提供了包含至少两套分装在不同容器中的基因型分型的寡核苷酸的试剂盒，此试剂盒中还可以含有其他组分，如包装于不同容器的杂交缓冲液(其中寡核苷酸被用作探针)。另外，当寡核苷酸被用于扩增靶区域时，该试剂盒可含有独立包装的聚合酶和为聚合酶介导的引物(如聚合酶链式反应(PCR))延伸而优化的反应缓冲液。
以上描述的寡核苷酸的组合和试剂盒可用于对个体的SLC6A3基因进行基因型分型和/或单元型。如这里所使用的，术语“SLC6A3基因型”和“SLC6A3单元型”表示含有存在于本文描述的多态性位点的核苷酸对或核苷酸的基因型或单元型，所述基因型或单元型还可任选地包括存在于SLC6A3基因中额外的多态性位点的核苷酸对或核苷酸。额外的多态性位点可以是目前已知的位点，也可以是随后发现的位点。
基因型分型方法的一个实施方案包括从个体中分离存在于个体中的包含SLC6A3基因两拷贝或其片段的核酸混合物，并测定这两拷贝中一个或多个多态性位点上的核苷酸对的同一性，以对个体进行SLC6A3基因型分型。本领域技术人员容易理解的是，个体中基因的两个“拷贝”，可能是相同的等位基因，也可能是不同的等位基因。在特别优选的实施方案中，基因型分型方法包括在各多态性位点测定核苷酸对的同一性。
通常，从取自个体的生物样本(如血液样本或组织样本)中分离核酸混合物或蛋白质。合适的组织样本包括全血、精液、唾液、眼泪、尿液、排泄物、汗液、口腔污物、皮肤以特定器官的活检组织，例如肌肉、神经组织和毛发。核酸混合物可以包括基因组DNA、mRNA或cDNA。后两种情况下，生物样本必须来自表达SLC6A3基因的器官。此外，本领域技术人员应当理解，cDNA或mRNA制剂不能用于检测位于内含子或5’和3’非转录区域中的多态性。如果分离到SLC6A3基因的片段，它必须含有待基因分型的多态性位点。
单元型分型方法的一个实施方案包括从个体分离存在于个体中的仅含有SLC6A3基因2个拷贝之一的核酸分子或其片段，并确定该拷贝中一个或多个多态性位点的核苷酸的同一性，从而确定个体SLC6A3基因的单元型。核酸的分离可以采用能将SLC6A3基因或其片段的两个拷贝分开的任一方法，包括(但不限于)上述用于制备SLC6A3同源基因的方法之一，其中体内目标克隆为优选途径。
对本领域技术人员容易理解的是，每个独立克隆只能提供患者体内SLC6A3基因两个拷贝其中之一的单元型信息。如果想知道个体其它拷贝的单元型信息，需要检测其它SLC6A3克隆。通常，至少需要检测5个SLC6A3基因克隆，才能确保已经对个体体内SLC6A3基因的两个拷贝都进行了单元型分型的概率超过90％。在特别优选的实施方案中，鉴定了每一个多态性位点的核苷酸。
在优选的实施方案中，通过鉴定个体体内SLC6A3基因的每一个拷贝中一个或多个多态性位点上的定向(phased)核苷酸序列，确定个体SLC6A3基因的单元型对。在特别优选的实施方案中，单元型分型方法包括鉴定SLC6A3基因每个拷贝上每个多态性位点的定向核苷酸序列。当对该基因的两个拷贝都进行单元型分型时，鉴定步骤优选将两个拷贝分装在不同容器中进行。不过，可以预见的是，如果这两个拷贝被不同标记，或是可以分别区分或确认，在某些情况下可以在同一个容器中应用该方法。例如，如果该基因的第一和第二个拷贝分别用第一种及第二种不同的荧光染料标记，而使用以第三种不同的荧光染料标记的ASO分析多态性位点，则检测第一和第三种染料的组合可以鉴定第一个基因拷贝中的多态性，如果检测第二和第三种染料的组合可以鉴定第二个基因拷贝中的多态性。
在基因型分型和单元型分型方法中，确定每个多态性位点的核苷酸(或核苷酸对)的同一性，可以通过从SLC6A3基因或其片段的一个或两个拷贝中直接扩增包含多态性位点的靶区域，再通过常规方法测定扩增区域的序列。本领域技术人员容易理解的是，对于在某个多态性位点是纯合型的个体，只能检测到一种核苷酸，而对于该多态性位点是杂合型的个体，则可以检测到两种不同的核苷酸。多态性可以直接鉴定，即正型(positve-type)鉴定，或采用推断的方式，即负型(negative-type)鉴定。例如，当已知参考人群中SNP位点是G或者C，那么该多态性位点可以正型测定，对于所有纯合型患者是鸟嘌呤或者胞嘧啶，对于杂合型患者，是鸟嘌呤和胞嘧啶都有。另外，这个位点也可以用反面确定，结果是无鸟嘌呤(因此是胞嘧啶/胞嘧啶型)或检测不到胞嘧啶(因此是鸟嘌呤/鸟嘌呤型)。
另外，此处描述的任一一个新的多态性位点的等位基因的同一性，可以通过此处未公开的、与目的多态性位点具有连锁不平衡(LD)关系的多态性位点的基因型分型间接确定。如果一个位点的某个特定变体的存在增加了另一位点的另一个变体的可预见性，那么这两个位点就被认为处于LD。见Stevens，Mol.Diag.，第4卷，309-317页(1999)。与本发明已公开的多态性位点具有连锁不平衡关系的多态性位点可以位于该基因内部或此处其它未检测过的其它基因组区域。对与本文中描述的新多态性位点具有LD的多态性位点进行基因型分型，可以采用(但不限于)前文提到的任何一种检测多态性位点上等位基因的同一性的方法。
靶区域可以用任一寡核苷酸指导的扩增方法进行扩增，包括(但不限于)PCR(见美国专利No.4,965,188)、连接酶链式反应(LCR)(见Barany等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA，第88卷，No.1，189-193页(1991)和WO90/01069)和寡核苷酸连接试验(OLA)(见Landegren等，Science，第241卷，1077-1080页(1988))。这些方法中用作引物或探针的寡核苷酸应能够特异地与包含或临近多态性位点的核酸区域杂交。通常，寡核苷酸长度在10-35个核苷酸之间，优选介于15-30个核苷酸的长度，最优选的长度为是20-25个核苷酸。寡核苷酸的精确的长度取决于很多因素，这些因素由本领域技术人员例行考虑并实践。
其它公知的核酸扩增方法可用于扩增靶区域，包括基于转录的扩增系统(见美国专利No.5,130,238、EP 329,822、美国专利No.5,169,766和WO 89/06700)和等温方法。见Walker等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA，第89卷，No.1，392-396页(1992)。
靶区域中的多态性位点也可以在扩增前或扩增后采用本领域中公知的基于杂交的若干方法之一测定。通常，在实施这些方法时使用了ASO。ASO可用作不同标记的探针对，探针对的一个成员与靶序列的一个变体完全匹配，另一个则与另一变体完全匹配。在一些实施方案中，使用ASO或寡核苷酸对，可以立刻检测一个以上的多态性位点。优选当与待检测的各多态性位点杂交时，这套寡核苷酸中的成员之间退火温度的差异在5℃之内，更优选的则在2℃以内。
ASO与靶多核苷酸的杂交可以在二者都处于溶液中进行，或寡核苷酸和靶多核苷酸二者之一以共价或非共价方式附着于固相支持物。附着可以由这些方式介导，例如通过抗原-抗体相互作用、多聚-L-Lys、链霉亲和素或亲和素-生物素、盐桥、疏水作用、化学键、紫外交联烘培等。ASO可以直接在固相支持物上合成或在合成后再附着在固相支持物上。适用于本发明检测方法的固相支持物包括用硅、玻璃、塑料、纸等制成的基质，它们可以被制成孔板(例如96孔板)、载玻片、薄片、膜、纤维、芯片、碟和小珠等。固相支持物还可以经过加工、涂层和衍生化以便于固定ASO或靶核酸。
个体的SLC6A3的基因型或单元型也可以通过将含有该基因一个或两个拷贝的核酸样本与核酸阵列或亚阵列(subarray)进行杂交而确定，如WO 95/11995所描述。这些阵列含有一套ASO，代表将被划入该基因型或单元型的每一多态性位点。
多态性的同一性还可以用错配检测技术来确定，包括(但不限于)使用核糖核苷酸探针(riboprobe)(见Winter等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA，第82卷，7575页(1985)和Meyers等，Science，第230卷，1242页(1985))的核糖核酸酶保护法和能识别核酸错配的蛋白质，例如大肠杆菌(E.coli)的mutS蛋白质。见Modrich，Ann.Rev.Genet.，第25卷，229-253页(1991)。另外，变体等位基因还可以用单链构象多态性(SSCP)分析(见Orita等，Genomics，第5卷，874-879页(1989)；Humphries等，《MolecularDiagnosis of Genetic Diseases》，Elles编，321-340页(1996))或变性梯度凝胶电泳来鉴定(DGGE)。见Wartell，Hosseini和Moran Jr.，Nucl.Acids Res.，第18卷，No.9，2699-2706页(1990)；以及Sheffield等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA，第86卷，232-236页(1989)。
聚合酶介导的引物延伸方法也可以用于鉴定多态性。有几种这类方法已经在专利和科学文献中有所描述，包括“遗传比特分析(Genetic BitAndysis)”法(见WO 92/15712)和连接酶/聚合酶介导的遗传比特分析(见美国专利No.5,679,524)。相关方法已经在WO 91/02087、WO 90/09455、WO 95/17676、美国专利No.5,302,509和5,945,283中公开。含有多态性的延长的引物可以用质谱进行检测，见美国专利No.5,605,798的描述。另一种引物延伸方法是等位基因特异性PCR，见Ruano和Kidd，Nucl.AcidsRes.，第17卷，8392页(1989)；Ruano等，Nucl.Acids Res.，第19卷，No.24，6877-6882页(1991)；专利WO93/22456；Turki等，J.Clin.Invest.，第95卷，1635-1641页(1995)。而且，可以使用多组等位基因特异性引物，对多个核酸区域同时进行扩增而检测多个多态性位点，见Wallace等的描述(WO 89/10414)。
在优选的实施方案中，检查了每个人种地理学群组(ethnogeographicgroup)的单元型频率数据，以确定其是否符合HWE。HWE(见Hartl等，《Principles of Population Genomics》，第3版，Sinauer Associates，Sunderland，MA(1997))假定发现单元型对H1/H2的频率，在当H1≠H2时等于PH-W(H1/H2)＝2p(H1)p(H2)，当H1＝H2时，等于PH-W(H1/H2)＝p(H1)p(H2)。观察到的单元型频率与预期的具有统计上的显著性差异，可能由于一个或多个因素造成，包括群体中的显性近交，基因面临强大的选择压力，基因型分型过程中的样本偏差或错误。如果在某人种地理学群组观察到与HWE定律有大的偏离，可以增加组中的个体数目，以确定是否来自于取样的偏差。如果更大的样本数目不能减少观察到的和预期的单元型对频率的差异，那么需要考虑采用直接单元型分型的方法对个体进行单元型分析，例如CLASPER SystemTM技术(见美国专利No.5,886,404)，或等位基因特异的大范围PCR。见Michalotos-Beloin等，Nucl.Acids Res.第24卷，No.23，4841-4843页(1996)。
在预测SLC6A3单元型对的方法的一个实施方案中，划分步骤包括以下的分析。首先，将每个可能的单元型对与参考人群的单元型对进行比较。通常，参考人群中只有一个单元型对与之匹配，该个体即属于该单元型对。偶尔，参考单元型对中仅有一个单元型与个体可能的单元型对相一致，这种情况下，该个体即属于一个以下的单元型对，即含有该已知的单元型和一个通过从可能的单元型对中去掉该已知单元型所剩下的新单元型。在很少见的情况中，参考人群中没有单元型与可能的单元型对吻合，或者，有多个参考单元型对与可能的单元对吻合。在这些情况下，优选采用直接的分子单元型分型方法，对该个体进行单元型分型，如CLASPER SvstemTM技术(见美国专利No.5,886,404)，SMD或等位基因特异性大范围PCR。见Michalotos-Beloin等(1996)，前文。
本发明还提供了在人群中检测SLC6A3基因型或单元型频率的方法。该方法包括检测人群中每个成员存在的SLC6A3基因型或单元型对，其基因型或单元型包括在SLC6A3基因一个或多个多态性位点上检测到的核苷酸对或核苷酸，包括(但不限于)FS63 TER多态性；并且计算人群中发现的任一基因型或单元型的频率。这种群体可以是参考人群、家庭人群、同性别人群、人群组、某类性状的人群，例如，表现出相关性状(如医学症状或治疗反应)的一组个体。
在本发明的另一方面，参考人群中发现的SLC6A3基因的基因型或单元型的频率数据被用于鉴定SLC6A3基因型或单元型与性状的联系的方法。此性状可以是任何可检测到的表型，包括(但不限于)对某种疾病的敏感性或对治疗的反应。该方法包括获取参考人群和表现出性状的人群中相关基因型或单元型的频率数据。参考人群和表现出性状的人群之一或这二者的频率数据，可以通过前文描述的方法，对人群中每个个体进行基因型或单元型分型而获得。性状的单元型可以直接确定，或通过前文所述的从基因型预测单元型的方法来确定。
在另一个实施方案中，参考人群和/或性状人群的频率数据可以通过取得以前确定的书写或电子格式的频率数据而获得。例如，频率数据可能存在于计算机可获得的数据库中。一旦获得了频率数据，就可以对参考人群和性状人群中目的基因型或单元型的频率进行比较。在优选的实施方案中，比较了人群中观察到的所有基因型或单元型频率。如果特定的SLC6A3基因型或单元型在性状人群中比参考人群中出现频率更高，而且在统计上具有显著性，那么可以预测该SLC6A3的基因型或单元型与性状有关。
在优选的实施方案中，通过利用Bonferoni校正和/或多次模拟基因型-表型之间的联系并计算显著性数值的bootstrapping方法的标准差分析(ANOVA)进行统计分析。当多个多态性位点进行分析时，可能要对因素进行检验，校正可能是偶然发现的显著性联系。本发明方法中用到的统计学方法，见《Statistical Methods in Biology》，第3版，Bailey编，CambridgeUniv.Press(1997)；《Introduction to Computational Biology》，Waterman编，CRC Press(2000)；和《Bioinformatics》，Baxevanis和Ouellette，编，John Wiley & Sons，Inc.(2001)。
在优选的实施方案中，目的性状是患者对某种治疗而表现的临床反应，例如对靶向SLC6A3基因的药物的反应，或者是对医学症状治疗的反应。
此处所用的术语“连锁不平衡”指的是这样的情况，某些遗传标记的组合在人群中一同出现的频率，比根据它们在基因组的距离或偶然因素所预期的一同出现的频率要高或低。这种现象可能是基因组该区域的重组减少的结果，或是因为建立者效应(founder effect)，即其中一个遗传标记引入到该群体中后，还没有经过足够的时间达到平衡。
当这些遗传标记以比预期更高的频率出现时，也可能意味着这些标记在基因组中的非常接近，因此趋向于一同被遗传。任何一种情况下，一个标记的存在都使另一个标记在特定患者中出现的可能性更大。在这种情况下，这些标记之一在患者基因组中的存在可以用作其他标记的替代标记。如果某个遗传标记比其它的更容易检测，那么应当测定容易检测的标记来替代测定具体的目的标记。具有连锁不平衡关系的遗传标记彼此可能具有或没有任何功能上的关系。遗传标记被一同遗传的倾向性可以用基因座之间的同源重组百分率来衡量。
此处所用的术语“替代标记(surrogate marker)”指的是趋向于与目的SLC6A3遗传标记一同出现的频率比通过机会预测的频率更高的某个遗传标记，例如SNP或特定的基因型或单元型。因此，在本发明中的方法中，替代标记的检测可以作为目的标记以比通过机会预测的更高的可能性存在的指示。如果这种关联性足够显著，那么替代标记的检测就可用于指示目的标记的存在。本发明中的任一种方法都可能采用与目的SLC6A3基因型或单元型联合出现的替代标记。
因此，在本发明的一个实施方案中，与目的SLC6A3基因型或单元型存在连锁不平衡关系的可检测的基因型或单元型可以用作替代标记。通过确定是否特定的SLC6A3基因型或单元型在(替代标记)具有潜在替代标记的基因型的人群中是否以统计学显著的机率或数量比在参考人群中频率更高，可以发现与SLC6A3基因型具有连锁不平衡关系的基因型。在可以预期标记基因型是与SLC6A3基因型或单元型有关联的情况下，则该标记基因可用作SLC6A3基因型的替代标记。在本发明各个实施方案中，当标记与目的标记同时出现的可能性大于50％，大于60％，大于70％，大于80％，就可以作为替代标记来使用。在更优选的实施方案中该可能性大于90％，在更优选的实施方案中则大于95％。
此处所用的术语“医学病症”包括(但不限于)表现为一种或多种需要治疗的身体或心理上的症候的疾病或症状，包括以前和新发现的疾病或其它障碍。
此处所用的术语“多态性”指的是人群中以高于1％的频率存在的任何序列变体。该序列变体可以显著高于1％的频率存在，例如达到5％或10％或更高。而且，该术语还可用来指在个体中的多态性位点观察到的序列变异。多态性包括核苷酸替代、插入、删除以及微卫星体，可能(但非必定)导致可检测到的基因表达或蛋白质功能变化差异。
此处所用的术语“临床反应”指以下一种或全部情况：对反应、无反应和不利反应(即副作用)的某种定量测定。
此处所用的术语“等位基因”在在特定的染色体位置(基因座)上的基因或DNA序列的具体形式。
此处所用的术语“基因型”指在个体同源染色体对上基因座的一个或多个多态性位点上发现的非定向(unphased)5’到3’的核苷酸对序列。此处所用的基因型包括全基因型(full-genotype)和/或亚基因型(sub-genotype)。
此处所用的术语“多核苷酸”指任何未经修饰或已修饰的RNA或DNA。多核苷酸包括(但不限于)单链和双链的DNA、含有单链和双链混合区域的DNA、单链和双链的RNA、含有单链和双链混合区域的RNA，以及含有DNA和RNA的杂合分子，它可以是单链的，或者更常见为双链的，或者单、双链区域的混合。另外，多核苷酸还可以指含有RNA或DNA或RNA和DNA兼有的三链区域。术语多核苷酸还包括含有一个或多个修饰碱基的DNA或RNA，以及因为稳定性或其他缘故具有主链修饰的DNA或RNA。
此处所用的术语“单核苷酸多态性(SNP)”指在群体的基因组中单核苷酸位置上出现核苷酸变异的频率。SNP可能出现在一个基因的内部，或在基因组的基因间区域。
此处所用的术语“基因”指含有调节RNA产物生物合成的所有信息的DNA片段，包括启动子、外显子、内含子以及其他控制表达的非翻译区域。
此处所用的术语“多肽”指含有两个或两个以上以肽键或修饰肽键相连接的氨基酸的任一多肽(即肽同电子排列体，peptide isosteres)。多肽有短链和长链，短链通常被称为肽、糖肽或寡聚体，长链通常被称为蛋白质。多肽可以含有除了基因编码的20个氨基酸以外的氨基酸。多肽包括被天然加工(例如蛋白质翻译后加工)或用本领域中众所周知的化学修饰技术修饰的氨基酸序列。这些修饰已经在基础教科书、更详细的专著以及大量的研究文献中详尽描述。
此处所用的术语“多态性位点”，指的是在群体中至少发现两种可替代的序列的基因座中的位置，频率最高的序列不超过99％。
此处所用的术语“核苷酸对”指于个体染色体两个拷贝的多态性位点上发现的核苷酸。
此处所用的术语“定向的(phased)”指当用于基因座上两个或多个多态性位点的核苷酸对的序列时，存在于基因座单基因拷贝中这些多态性位点上的核苷酸组合是已知的。
为了推断治疗的临床反应和SLC6A3基因型或单元型之间的相关性，必需获得一定患者群体，即下文中的“临床人群”，接受治疗后呈现的临床反应数据。可以通过分析已经进行的临床试验结果和/或通过设计并执行一个或多个新临床试验而获得临床数据。
此处所用的术语“临床试验”指任何为收集某种具体治疗下的临床反应数据而设计的调查研究，包括(但不限于)I期、II期和III期临床试验。使用标准方法限定患者群体，并入选受试者。
此处所用的术语“基因座”指对应于基因或身体或表型特征的染色体位置或DNA分子。
优选已经对临床人群中个体的相关医学症状进行了分级。这对于患者的症状可能由不止一个的潜在条件引起并且对不同潜在条件采用不同治疗的情况是重要的。这种情况的一个实例是，患者经历呼吸困难，可能由于哮喘，也可能由于呼吸感染。如果对这两种情况都采用针对哮喘的治疗，那么对于没有患哮喘的患者将会得出明显的治疗无反应的虚假结果。这部分患者将会影响对单元型和治疗结果的相关性的检测能力。可以采用标准体检或一种或多种实验室测试对可能的患者进行分级。另外，当单元型对与疾病敏感性或严重性存在强烈相关性时，可以用单元型分型对患者分级。
对实验人群中每一个体给与相关治疗，并采用一种或多种预先确定的标准来测量每个个体对治疗的反应。可预计，很多情况下，试验人群将会呈现一定范围的反应，研究者将选择反应组中的人数，例如按照反应的不同分为低、中、高反应组。此外，在实验人群中，每个个体的都在治疗前或治疗后进行了SLC6A3基因型分型和/或单元型分型。
当得到临床数据和多态性数据以后，就可以建立患者反应和SLC6A3基因型或单元型内容之间的相关性。相关性可以用若干方法得到。一种方法是，个体按照各自的SLC6A3的基因型或单元型(单元型对)分组(也就是一个多态性组)，然后计算各个多态性组成员呈现的临床反应平均值和标准偏差。
然后对这些结果进行分析，以确定任何观察到的各多态性小组之间的临床反应的差异在统计意义上是否显著。可能用到的统计分析方法描述于Fisher和van Belle，《Biostatistics：A Methodology for the Health Sciences》，Wiley-Interscience，NY(1993)。分析还可以包括关于SLC6A3基因中的哪些多态性位点对表型差异的贡献最大的回归计算。本发明中使用的一种回归模型在2000年6月提交的名为″Methods for Obtaining和UsingHaplotype Data″的PCT申请中已有描述。
另一种用于寻找SLC6A3单元型内容和临床反应的相关性的方法采用了基于错误最小化的优化算法的预测模型。遗传学算法是多种可能的最优化算法中的一个。见Judson，《Genetic Algorithms和Their Uses inChemistry》，Reviews in Computational Chemistry，Lipkowitz和Boyd，编，第10卷，1-73页，VCH Publishers，NY(1997)。也可采用模拟退火法(见Press等，《Numerical Recipes in C：The Art of Scientific Computing》，第10章，Cambridge University Press，Cambridge(1992)，神经网络法(见Rich和Knight，《Artificial Intelligence》，第2版，第18章，McGraw-Hill，NY(1991))，标准梯度下降法(见Press等(1992)，前文)或者其它整体或局部优化的方法(见Judson(1997)，前文中所讨论)。较为优选的是，采用遗传学算法来发现相关性，见2000年6月提交的名为″Methods for Obtaining和Using Haplotype Data′的PCT申请中的描述。
相关性还可以通过ANOVA技术来分析，以确定临床数据中的差异能在多大程度上被SLC6A3基因多态型的不同类型所解释。如2000年6月提交的名为″Methods for Obtaining和Using Haplotype Data″的PCT应用中所述，ANOVA可用于验证关于反应变量是否由一个或多个可测量的性状或变量造成或与其有关的假说。见Fisher和vantelle(1993)，前文。
基于前面所述的分析，作为SLC6A3基因型或单元型内容的功能本领域技术人员可以很容易建立预测临床反应的数学模型。优选地，模型被随后设计用来验证它的临床试验所证实。
临床反应与SLC6A3基因型或单元型(或单元型对)之间相关性的鉴定，可以成为设计诊断方法的基础，该诊断方法用以确定是否对治疗有所反应，或者反应水平较低，并因此需要更多的治疗(即加大用药量)个体。诊断方法可采取几种形式之一，例如直接DNA检测，即对SLC6A3基因的一个或多个多态性位点进行基因型分型或单元型分型；血清学测试，或体检测量。唯一的必要条件是，诊断测试结果与和临床反应具有相关性的潜在的SLC6A3基因型或单元型具有良好的相关性。在优选的实施方案中，诊断方法采用了前文所述的单元型分型预测的方法。
计算机可以实现本发明的方法里任何或所有的分析和数学运算。另外计算机还可以执行在显示设备上产生图像(或视屏)的程序，让使用者可以与图像互动，并分析与SLC6A3基因及其基因组变异有关的大量信息，包括染色体位置、基因结构及基因家族、基因表达数据、多态性数据、遗传序列数据和临床数据、人口数据(如关于地理族群来源的数据)、临床反应、一个或多个人群的基因型或单元型。这里描述的SLC6A3多态型数据可以以一个相关数据库的一部分来保存(例如Oracle数据库的实例)，或者以ASC II纯文件保存。这些多态性数据还可以保存在计算机硬盘驱动器或其它，例如CD-ROM、一个或多个计算机可以读取的存储设备中。例如，数据可以保存在一个或多个通过网络与计算机连接的数据库中。
在其他的实施方案中，本发明提供了在个体中进行SLC6A3基因单元型分型和/或基因型分型的方法、组合物和试剂盒。这些方法包含鉴定GenBank登录号AF119117.1(dbSNP rs6347)41370位置上的SLC6A3基因第9外显子A59G的核苷酸或核苷酸对。组合物含有设计来与一个或多个包含或邻近多态性位点的靶区域特异杂交的寡核苷酸探针和引物。此处描述的在新多态性位点建立个体基因型或单元型的方法和组合物可用于研究SLC6A3遗传多态性造成的蛋白质表达、功能或其缺失对疾病起源的影响，研究SLC6A3靶药物的功效，预测SLC6A3蛋白质表达和功能对个体疾病敏感性的影响，和预测个体对SLC6A3靶药物的反应。
在另一个实施方案中，本发明还提供了鉴定一个基因型或单元型与性状的相关性的方法。在优选的实施方案中，性状是对疾病的敏感性、患病的严重性、疾病的级别或对药物的反应。这些方法可用于发展诊断检测和应用所有药物遗传学的治疗，只要基因型和包括功效测定、药物动力学测定和副效应测定的治疗结果之间存在潜在的联系。
目前，本发明还提供了用来存储和显示测定的SLC6A3基因的多态性数据计算机系统。该计算机系统包括中央处理器、显示器和含有多态性数据的数据库。多态性数据包括在一个参考人群中鉴定的SLC6A3基因的多态性、基因型和单元型数据。在优选的实施方案中，该计算机系统能够根据进化关系显示经组织的SLC6A3单元型。
为方便起见，在描述此处鉴定的多态性位点时，都指SLC6A3基因的有义链。不过，正如本领域技术人员所知，包含SLC6A3基因的核酸分子可以是互补的双链分子，因此，如果所指有义链上的某个特别的位点，也指反义互补链上相应的位点。所以，可以在两条链之一指出同一多态性位点，并可以设计与两条链中任一包含多态性位点的靶区域特异杂交的寡核苷酸。因此，本发明也包括与这里描述的SLC6A3基因组变体有义链互补的单链多核苷酸。
此处鉴定的多态性对SLC6A3表达的影响，可以通过制备含有SCL6A3某种基因多态型的重组细胞和/或生物，优选是重组动物来研究。此处所用的“表达”，包括(但不限于)一种或多种以下情形：基因到mRNA前体的转录；对mRNA前体的拼接和其他加工以产生成熟mRNA；mRNA稳定；成熟mRNA翻译为SLC6A3蛋白质(包括密码子用法和tRNA有效性)，以及正确表达和功能需要时对翻译产物进行的糖基化和/或其他修饰。
为制备本发明重组细胞，所需SLC6A3同源基因可以在载体中导入细胞，以便SLC6A3同源基因位于染色体之外。在这种情况下，基因将在细胞染色体外的位置表达。在优选的实施方案中，以与细胞内源的SLC6A3基因发生重组的方式导入SLC6A3同源基因。这种重组需要发生双重组交换事件，从而产生所需的SLC6A3遗传多态性的。用于将基因导入进行重组反应或维持在染色质外的载体在本领域是公知的，本发明可以应用任何适合的载体或载体构建体。转化DNA进入细胞的方法，如电穿孔、粒子轰击、磷酸钙共沉淀和病毒转化，在本领域中是公知的；因此，选择何种方法将取决于本领域技术人员的能力和偏爱。
可导入SLC6A3同源基因的细胞实例包括(但不限于)连续培养的细胞，例如COS、NIH/3T3、或相关组织类型(即其表达SLC6A3同源基因)的原代或培养细胞。这些重组细胞可以用于比较不同蛋白质变体之间的生物活性。
采用本领域公知的标准操作制备表达变体基因的重组生物，即转基因动物。优选地，含有变体基因的构建体被导入非人类动物体或者处于胚胎期的动物祖先，即单细胞时期或通常不晚于8细胞时期。本领域技术人员可以采用本领域中公知的若干种方法制备含有构建体的转基因动物。转化胚胎细胞，一种方法涉及将逆转录病毒构建体转染胚胎，该构建体经构建含有一个或多个孤立元件(insulator elements)、目的基因和其它本领域技术人员公知的，形成完整的含有孤立基因(insulated gene)(作为转基因)的穿梭载体的组分，见美国专利No.5,610,053。另一个方法是直接将转基因注射入胚胎。第三种方法涉及利用胚胎干细胞。
可以导入SLC6A3同源基因的动物实例包括(但不限于)小鼠、大鼠、其他啮齿类动物和非人类灵长目动物。见《The Introduction of ForeignGenes into Mice》和其中引用的文献《Recombinant DNA》，Watson，Gilman，Witkowski和Zoller，编，W.H.Freeman and Company，NY，254-272页。稳定表达人类SLC6A3同源基因并能产生人类SLC6A3蛋白质的转基因动物可以作为生物模型，用于与SLC6A3异常表达和/或活性异常相关的疾病研究，并用于筛选和试验不同的用于减轻这些疾病的症状或影响的候选药物、化合物和治疗方案。
基于TAQMANTM的mRNA水平分析
RT-PCR(实时定量PCR)测定运用RNA反转录酶催化从一条RNA链(包括mRNA链)合成DNA链。所得到的DNA可以被特异检测和定量，这个方法可用于确定某种特定的mRNA的表达水平。进行这一过程的一种方法以TAQMAN商标而被公知(PE Applied Biosystems，Foster City，CA)，其利用AMPLI TAQ GOLDTM DNA聚合酶的5’核酸酶活性，在PCR反应中裂解特定形式的探针。这指的是TAQMANTM探针。见Luthra等，″Novel 5′Exonuclease-Based Real-Time PCR Assay For the Detectionof t(14；18)(q32；q21)in Patients With Follicular Lymphoma″，Am.J.Pathol.，第153卷，63-68页(1998)。该探针由含有5’端的报告染料和3’端的猝灭染料的寡核苷酸(通常约20个碱基)组成。如FAM(6-羧基荧光素)之类的荧光报告染料，与寡核苷酸的5’端共价连接。该报告染料的荧光可以被通过联接臂粘连于3’末端的TAMRA(6-羧基-N，N，N，N-四甲基若丹明)(6-carboxy-N，N，N′，N′-tetramethylrhodamine)所熄灭。见Kuimelis等，″Structural Analogues of TaqMan Probes for Real-TimeQuantitative PCR″，Nucl.Acids Symp.Ser.，第37卷，255-256页(1997)；和Mullah 等，《Efficient Synthesis of Double Dye-LabeledOligodeoxyribonucleotide Probes and Their Application in a Real TimePCR Assay》，Nucl.Acids Res.，第26卷，No.4，1026-1031页(1998).在反应过程中，探针的裂解使报告染料和猝灭染料分离，导致报告染料的荧光信号升高。
通过鉴测报告染料荧光的增强可以检测PCR产物的累积。见Heid等，“Real Time Quantitative PCR”，Genome Res.，第6卷，No.6，986-994页(1996)。该反应的特征在于，用循环过程中到达首次检测到PCR产物的时间，而不是经过固定的循环数后累积的PCR产物量。靶核酸的起始拷贝数越高，就越快观察到荧光显著增强。见Gibson、Heid和Williams等，″ANovel Method For Real Time Quantitative RT-PCR″，Genome Res.，第6卷，995-1001页(1996)。
当探针完整时，报告染料和猝灭染料的数目大致相等，主要由于Foster型能量转移导致报告荧光的抑制。见Lakowicz等，“Oxygen Quenching和Fluorescence Depolarization of Tyrosine Residues in Proteins”，J.Biol.Chem.，第258卷，4794-4801页(1983)。PCR过程中，如果目的靶存在，探针在正向和反向引物位点间特异退火结合。仅当探针与靶杂交时，AMPLITAQ GOLDTM DNA聚合酶的5’-3’核酸裂解活性裂解报告子和猝灭剂之间的探针。探针片段随即被靶替代，链的聚合继续进行。这个过程在PCR的每次循环中都会发生，而且不会影响产物的指数累积。PCR过程中探针的3’端将封闭，以防止探针的延伸。
被动参照(passive reference)是TAQMAN缓冲液中包括的一种不参与5’-核酸酶反应的染料。被动参照提供了内部参考，基于此，报告染料的信号可以在数据分析中标准化。标准化对于校正由于浓度和体积的变化导致的荧光信号的波动是有必要的。
对于给定的反应管，将报告染料的发射强度除以被动对照的发射强度，得到定义为Rn(标准化报告子)的比值，由此实现标准化。
循环阈值或Ct值是首次检测到具有统计学意义的ΔRn显著升高时的循环数。在Rn对循环数的图上，循环阈值发生在当连续检测软件(sequencedetection application)开始能检测与PCR产物发生指数扩增相联系的信号增强的时刻。
为进行定量测量，每次实验都包括一系列梯度稀释的cRNA(标准样本)，以建立精确和快速定量mRNA所必需的标准曲线。为评估该项技术的可重复性，每个相同的cRNA simple可能要进行多次扩增反应。
其它用于测定细胞转录状态的技术会产生对于电泳分析而言具有一定复杂性的限制性片段的集合，例如将定相引物和双内切酶消化组合的方法(例如见Zabeau等1992年9月24日提交的EP 0 534858 A1)，或能选择位点最靠近确定的mRNA末端的限制性片段的方法。例如见Prashar和Weissman，“Analysis of Differential Gene Expression by Display of 3′EndRestriction Fragments of cDNAs”，Proc.Natl.Acad.Sci.USA，第93卷，No.2，659-663页(1996)。
其他在统计上对cDNA集合采样的方法，例如对多条cDNA中的每一条测序足量的碱基(例如20-50碱基)以鉴定cDNA，或测定相对于确定的mRNA末端路径模式(pathway pattern)在已知位置产生的短标签序列，如9-10碱基。见Velculescu，Science，第270卷，484-487页(1995)。
其它方面的测量
本发明的不同实施方案中，除了转录状态以外，可以测量例如翻译状态、活性状态之类的生物学状态的其它方面或混合方面，以获得对药物和途径的反应。这部分将详细描述这些实施方案。
翻译状态的测量
基因编码的蛋白质的表达可以通过可检测标记或可被随后标记的探针来检测。通常，探针是识别表达的蛋白质的抗体。
此处所用的术语“抗体”，包括(但不限于)多克隆抗体、单克隆抗体、人源化或嵌合抗体，以及具有足以与蛋白质结合的生物学功能的抗体片段。
为产生公开基因所编码的蛋白质的抗体，可以对各种宿主动物使用多肽或其部分进行注射免疫。这类宿主动物包括(但不限于)野兔、小鼠和大鼠等。可以用不同佐剂提高免疫应答，这取决于宿主的物种，包括(但不限于)付氏佐剂(完全和不完全佐剂)、矿物凝胶(如氢氧化铝)、表面活性物质(如溶血卵磷脂、piuronic polyols、多阴离子、肽、油乳剂、匙孔槭血蓝蛋白和二硝基酚等)以及潜在可应用的人类佐剂，如卡介苗(BCG)和小棒杆菌(Corynebacterium parvum)。
多克隆抗体是用抗原(例如靶基因产物或其具有抗原功能的衍生物)免疫动物血清获得的抗体分子的异质群体。为制备多克隆抗体，可以给如前文所述的宿主动物体注射编码的蛋白质或其一部分，并添加前文所述的佐剂进行免疫作用。
单克隆抗体(mAbs)，是针对抗原的抗体的均一群体，可以使用任何以连续细胞系培养产生抗体分子的技术而获得单克隆抗体。这些技术包括(但不限于)杂交瘤技术，见Kohler和Milstein，Nature，第256卷，495-497页(1975)和U.S.Patent No.4,376,110.；人类B细胞杂交瘤技术，见Kosbor等，Immunol.Today，第4卷，72页(1983)；Cole等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA，第80，pp.2026-2030(1983)和EBV-杂交瘤技术，见Cole等，《Monoclonal Antibodies and Cancer Therapy》，Alan R.Liss，Inc.，77-96页(1985)。这些抗体可以是任一类免疫球蛋白，包括IgG、IgM、IgE、IgA、IgD及它们的任一亚家族。产生本发明单克隆抗体的杂交瘤可以在体外或体内培养。在体内培养可以产生高效价的单克隆抗体，因此是优选的生产方案。
此外，可使用生产“嵌合抗体”而发展的技术(见Morrison等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA，第81卷，6851-6855页(1984)；Neuberger等，Nature，第312卷，604-608页(1984)；和Takeda等，Nature，第314卷，452-454页(1985))，将小鼠的具有合适抗原特异性的抗体分子的基因和人类含有合适生物学活性的抗体分子基因进行拼接。嵌合抗体是自身不同部分来源于不同动物物种的分子，例如那些具有来自小鼠单克隆抗体的可变区或超级可变区，和人类的免疫球蛋白恒定区抗体。
另外美国专利No.4,946,778；Bird，Science，第242卷，423-426页(1988)；Huston等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA，第85卷，5879-5883页(1988)；和Ward等，Nature，第334卷，544-546页(1989)所述生产单链抗体的技术可经修改用于产生针对差异表达基因的单链抗体。单链抗体通过氨基酸桥连接Fv区域的重链和轻链片段，形成单链多肽。
更为优选的是，用于产生“人源化抗体”的技术可以适用于生产针对蛋白质、片段或其衍生物的抗体。这类技术公开于美国专利No.5,932,448；5,693,762；5,693,761；5,585,089；5,530,101；5,569,825；5,625,126；5,633,425；5,789,650；5,661,016；和5,770,429中。
可以用公知的技术生产识别特定表位的抗体片段。例如，这些抗体片段，包括(但不限于)对抗体分子进行胃蛋白酶消化得到的F(ab’)2片段，通过还原F(ab’)2片段中的二硫键获得的Fab片段。另外，建立Fab表达文库(Huse等，Science，第246卷，1275-1281页(1989))，能够快速和容易地鉴定具所需特异性的单克隆Fab抗体片段。
可以通过利用上文所述抗体的免疫测定法确定样品中已知蛋白质的表达程度。这些免疫测定法包括(但不限于)点杂交、Western印迹、竞争性和非竞争性蛋白质结合测定、酶联免疫吸附测定(ELISA)、免疫组织化学、荧光激活细胞分类(FACS)和其他常用并广泛描述于专利文献的方法、以及许多商业化的方法。
夹层酶联免疫测定(sandwich ELISA)是特别优选的便于检测的方法，该法有若干变化形式，都包括在内本发明范围。例如，在通常的正向实验中，未标记的抗体被固定在固相支持物上，经适当时期的孵育待测的样品与固定的抗体分子接触，这一时期的时间要足以允许产生抗体-抗原二元复合物。在此时，加入标记有能诱发可检测信号的报告分子的第二抗体，并进行足够长时间的孵育，以产生抗体-抗原-标记抗体的三元复合物。清洗掉任何没有参与反应的物质，通过观察检测信号确定抗原的存在，或通过与含有已知数量抗原的对照样本比较而进行定量。对正向反应的改变包括同步测定，其中待样本和抗体同时加入到固定抗体之中，或反向测定，标记抗体和待检测样本首先进行混合、孵育，再加入到未标记的固定抗体的表面。这些技术是本领域技术人员众所周知的，并显然允许次要的改动。此处所用的“夹层测定”指包括以二位技术(two-site techorolgy)为基础的所有变化形式。本发明免疫测定的唯一限制因素是，标记抗体必须是能够特异结合有关基因所表达蛋白质的抗体。
在这类测定里最常用的报告分子是酶或含有荧光团或放射核素的分子。在酶免疫测定(EIA)中酶与二级抗体缀合，这通常是经戊二醛或高碘酸盐。不过，容易理解的是还存在许多本领域技术人员熟知的连接技术。常用的酶有辣根过氧化物酶、葡萄糖氧化酶、β-半乳糖苷酶以及碱性磷酸酶等等。通常选择那些基于被相应的酶所水解后能产生可检测颜色的物质作为特定酶手工艺底物。例如，对硝基苯磷酸适合用作碱性磷酸酶的缀合物；过氧化物酶的缀合物，常用1，2-苯二胺或联甲苯胺。还可使用荧光底物，与以上提到的能显色的底物不同的是，它们产生荧光产物。含有合适底物的溶液然后被加到三元复合体中。底物与和第二抗体相连的酶发生反应，给出可见的定性信号，该信号可以通常用光谱学方法进行进一步定量，以给出对血清样本中存在蛋白质的数量评估。
另外，荧光化合物，如荧光素和若丹明(rhodamime)，可以与抗体化学耦联而不改变它们的结合能力。当被特定波长的光源照射激发时，荧光化合物标记的抗体吸收光能，诱导产生分子的激发态，接着发射出具有更长特征性波长的光。发射光表现为光学显微镜下是可见的特征颜色。在现有的方法中，免疫荧光技术和EIA技术都是本领域中已经良好建立的技术，并且是本发明方法特别优选的。不过，也可以使用其他报告分子，例如放射性同位素、化学发光或生物发光的分子。对于本领域技术人员，如何改变操作来适应所需的应用是显而易见的。
还可根据其它几种方法来检测翻译状态。例如，可通过构建微阵列来实施蛋白质的全基因组监测，即“蛋白质组”方法，见前文Goffeau等，其中微阵列上的结合位点含有固定的、特异于细胞基因编码的大多数蛋白质种类的抗体(优选的为单克隆抗体)。优选具有几乎所有编码的蛋白质的抗体，或至少存在与检测或证实相关的生物网络模型有关的蛋白质的抗体。制备单克隆抗体的方法众所周知，见Harlow和Lane，《Antibodies：ALaboratory Manual》，Cold Spring Harbor，NY(1988)，为了所有的目的，以其全文引入为参考。在一个优选的实施方案中，采用基于细胞基因组的序列设计的合成肽片段来产生单克隆抗体。利用这样的抗体阵列，将来自细胞的蛋白质与阵列接触，并使用本领域公知的技术来测定它们的结合。
另外，还可以采用双向凝胶电泳系统分离蛋白质。双向凝胶电泳为本领域众所周知，通常包括沿第一向的等电点聚焦，接着是沿第二向的SDS-PAGE电泳。见Hames等，″Gel Electrophoresis of Proteins：A PracticalApproach″，IRL Press，NY(1990)；Shevchenko等，Proc。Natl.Acad.SciUSA，第93卷，14440-14445页(1996)；Sagliocco等，Yeast，第12卷，1519-1533页(1996)；和Lander，Science，第274页，536-539页(1996)。电泳图结果可以用多种技术分析，包括质谱技术、western印迹、使用多克隆抗体和单克隆抗体的免疫印迹分析、以及分子内和N端的微量测序。运用这些技术，可以鉴定出给定生理条件下产生的基本上所有的蛋白质，包括暴露于药物的细胞(如酵母)内的蛋白质，或删除或过量表达某个特定基因的细胞内的蛋白质。
基于生物状态的其他方面的实施方案
尽管目前监测mRNA丰度以外的细胞组分具有某些监测mRNA时未遇到过的技术困难，但本领域技术人员很清楚，利用本发明中的方法，可以测定与表征细胞功能相关的蛋白质活性，本发明中的实施方案可以基于这类测量。可以采用任何适合于所表征的特定活性的功能、生化或是物理的手段来测量活性。当活性涉及化学转化，可以将细胞的蛋白质和天然底物接触，并且测定转化的速率。当活性涉及多聚体单元(unit)的联合(association)，例如，DNA和活化的DNA结合复合物的联合时，可以测定联合的蛋白质的数量，或联合作用的次级结果，比如转录的mRNA的数量。而且，当仅知道功能活性(例如对细胞周期的控制)时，可以观察到这种功能的表现。无论是已知的或是测量的，蛋白质活性改变构成了本发明前述的方法分析的反应数据。
在另外的非限制性的实施方案中，反应数据可以是细胞的生物学状态的多方面的混合数据形式。反应数据可以由，例如某类mRNA丰度的变化、某种蛋白质丰度的变化以及某类蛋白质活性的变化所构成。
作为标记的核酸和蛋白质的检测
在一个具体的实施方案中，生物样品中标记对应的mRNA水平可以用本领域中公知的方法通过原位(in situ)或体外方式检测而得知。术语“生物样本”指包括来自受试者的组织、细胞、体液及其分离物，以及存在于受试者体内的组织、细胞、体液及其分离物。许多检测表达的方法利用分离的RNA。对于体外方法，任何一种不选择分离除去mRNA的RNA分离技术都可以用来从细胞中纯化RNA。见Ausubel等编，Curr.Prot.Mol.Biol.，John Wiley & Sons，NY(1987-1999)。此外，对于大量的组织样本，采用本领域技术人员公知的技术，例如Chomczynski的一步法RNA分离法可以很容易地进行处理，见美国专利No.4,843,155(1989)。
分离后的mRNA可以用于杂交或扩增实验，包括(但不限于)Southern或Northern分析、PCR分析以及探针阵列。一个优选的检测mRNA水平的诊断方法包括将分离的mRNA与核酸分子(探针)接触，该核酸分子可以与待检测基因编码的mRNA杂交。核酸探针可以是，例如全长的cDNA或其一部分，比如至少为7、15、30、50、100、250或500核苷酸长度的寡核苷酸，其足以在严格条件下与本发明中编码本发明标记的基因的mRNA或基因组DNA发生特异性杂交。其它适用于诊断分析的探针在此处进行了描述。mRNA与探针发生杂交，说明所研究的标记基因是表达的。
一种方式是，mRNA固定于固相表面，并与探针接触，例如，将分离的RNA在琼脂糖凝胶上电泳，并将mRNA从凝胶转移到膜上(如硝酸纤维素膜)。另一种方式是将探针固定在固相表面，然后将mRNA与之接触，例如在一张Affymetrix基因芯片阵列上进行的那样。本领域技术人员能够很容易地改编公知的RNA检测方法，使之适用于检测本发明中标记基因编码的mRNA的表达水平。
另一种在样本中检测本发明标记对应的mRNA在样本中表达水平的方法是扩增核酸，例如用RT-PCR(实验的实施方案由Mullis建立，见美国专利No.4,683,202(1987))、连接酶链式反应(见Barany(1991)，前文)、自动持续的序列扩增(Guatelli等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA，第87卷，1874-1878页(1990))、转录扩增系统(Kwoh等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA，第86卷，1173-1177页(1989))、Q-Beta复制酶(Lizardi等，Biol.Technology，第6卷，1197页(1988))、滚环复制(见Lizardi等，美国专利No.5,854,033(1988))，或任何其它核酸扩增方法，接着用本领域技术人员所公知的技术检测扩增的核酸分子。这些检测方案对于检测以很低数量存在的核酸分子尤其有用。此处所用的扩增引物的定义为一对可以退火结合基因的5’或3’区(分别是正义和反义链，反之亦然)并包含在此之间的短区域的核酸分子。通常，扩增引物长度在10-30个核苷酸之间，在长度为50-200核苷酸区域两侧。在合适的条件和合适的试剂之下，用这些引物可以将包含引物之间核苷酸序列的核酸分子扩增出来。
对于原位的方法，在检测之前mRNA不需要从细胞中分离。在这类方法中，采用公知的组织学方法进行制备(处理)细胞或组织样本。然后将样本固定在支持物，通常是载玻片上面，再与和基因编码标记的mRNA杂交的探针接触。
作为基于标记绝对表达水平的测定方法的替代，可以基于标准化的标记表达水平进行测定。可以将标记的表达水平与非标记基因(例如，组成型表达的管家基因)表达水平相比后将标记基因的绝对表达水平标准化。用于标准化的合适的基因包括看家基因，例如肌动蛋白基因或上皮细胞特异的基因。这种标准化允许比较样本(例如患者样本)与另一个样本的表达水平，或比较来源不同的样本中的表达水平。
此外，表达水平也可以用相对表达水平来提供。为确定标记基因的相对表达水平，在检测所研究的样本的表达水平之前，先检测标记基因在10个或以上正常生物样本，以及优选为50个或以上，患病的生物样本中的表达水平。在更大量的样本中确定了每个分析的基因的表达水平的平均值，作为标记的基线表达水平。然后将测试样本中标记的表达水平(绝对表达水平)除以获得的次标记的平均表达值。这就得到相对表达水平。
优选用作确定基线的生物样本来自不存在多态性的患者。选择细胞源依赖于相对表达水平的用途。采用从正常组织中得到的表达水平为平均表达分值，有助于确认标记基因是否具有特异性(与正常组织相比)。此外，当积累更多的表达数据时，可以对平均表达水平进行修正，以提供基于累积数据的改良的相对表达水平。
多肽的检测
在本发明另一个实施方案中，检测了标记对应的多肽。检测本发明多肽的优选试剂是能够结合本发明标记对应多肽的抗体，优选带有可检测标记的抗体。抗体可以是多克隆的，或更优选的是单克隆的。可使用完整抗体或其片段，例如Fab或F(ab’)2。术语“标记的”就探针或抗体而言，包括将可检测的物质与探针或抗体耦联(即物理连接)的直接标记探针或抗体和通过同其它直接标记的试剂的反应性而标记的间接标记探针或抗体。间接标记的实例包括采用荧光标记的第二抗体来检测第一抗体，以及用生物素末端标记DNA探针，使之能用荧光标记的链霉亲和素检测。
来源于个体的蛋白质可以用本领域技术人员所公知的技术分离。采用的蛋白质分离方法可以是，例如见前文Harlow和Lane(1988)所描述的这类方法。
多种形式可用于确定样品中是否含有能与给定抗体结合的蛋白质。这些方法的实施例包括(但不限于)EIA、放射性免疫分析(RIA)、Western印迹分析以及ELISA。本领域技术人员很容易修改公知的蛋白质(抗体)的检测方法，用于确定细胞是否表达本发明的标记基因，以及血液或其它身体组织中特定多肽的表达产物的相对浓度。
在一类形式中，抗体或抗体片段，可以用于如Western印迹或免疫荧光技术来检测表达的蛋白质。在这些用途中，通常优选将抗体或蛋白质固定在固相支持物上。合适的固相支持物或载体包括任何能结合抗原或抗体的支持物。众所周知的支持物或载体包括玻璃、聚苯乙烯、聚丙烯、聚乙烯、葡聚糖、尼龙、淀粉酶、天然或修饰的纤维素、聚丙烯酰胺、辉长岩和磁石。
本领域技术人员知道，还有其它许多合适的载体可结合抗体或抗原，且能够改造这类支持物以适用于本发明。例如，从患者细胞分离的蛋白质可用于聚丙烯酰胺凝胶电泳，并固定于固相支持物，如硝酸纤维素膜。然后可用合适的缓冲液洗涤固相支持物，再用带有可检测标记的抗体处理。此后再用缓冲溶液第二遍洗涤，以去除未结合的抗体。结合在固相支持物上的标记量可以通过常规手段检测，此测量结果可以转换成血液或其它身体组织中蛋白质的表达水平或浓度。
本发明还包括检测生物样品中本发明标记对应的核酸或多肽的存在的试剂盒，生物样品是，例如，任何体液，包括(但不限于)血清、血浆、淋巴、胆囊液、尿液、粪便、脑脊液、acitic液或血液，还包括身体组织的活检样本。例如，该试剂盒可含有被标记的化合物或试剂，它们可以检测到本发明生物样本中标记对应的多肽或编码多肽的mRNA，以及含有确定样本中多肽或mRNA数量的手段，例如可以结合多肽的抗体，或可以与编码该多肽的DNA或RNA结合的寡核苷酸探针。试剂盒还包含解释用该试剂盒得到的结果的说明书。
对于基于抗体的试剂盒，试剂盒含有，例如
1)第一抗体，例如，附着于固相支持物上，可以与本发明标记对应的多肽结合；和任选地
2)第二抗体，即结合多肽或第一抗体的不同抗体，并且缀合有可检测标记。
对于基于寡核苷酸的试剂盒，该试剂盒含有，例如
1)寡核苷酸，例如，可与编码本发明标记对应多肽的核酸序列杂交的可检测标记的寡核苷酸，或
2)用于扩增本发明标记对应核酸分子的一对引物。
试剂盒还可以包含，例如缓冲剂、防腐剂或蛋白质稳定剂。试剂盒还可以含有检测可检测信号所必须的组分，例如酶或底物。试剂盒也可以带有一个或一系列对照样品它们可以被分析并与待检测样品相比较。试剂盒的每一组分都可装入单独的容器中，所有不同的容器和说明书可以包装在一起，说明书用来解释运用该试剂盒测定得到的结果。
将抗体导入细胞
有许多种方法可以表征细胞内的蛋白质及其浓度。例如，有很多种方式可将抗体导入细胞，包括例如将抗体微量注射入细胞(见Morgan等，Immunol.Today，第9卷，84-86页(1988))，或将编码所需抗体的杂交瘤mRNA转化进细胞(见Burke等，Cell，第36卷.847-858页(1984))。在还有的技术中，重组抗体可以加以改造，并在多种非淋巴细胞类型中异位表达，以结合靶蛋白质，并封闭靶蛋白质的活性。见Biocca等，Trends CellBiol.，第5卷，248-252页(1995)。优选采用可控的启动子来控制抗体的表达，例如Tet启动子，或具有组成型活性的启动子，产生饱和干扰(saturatingperturbation)。第一步是选择对靶蛋白质具有合适特异性的特定的单克隆抗体(见后面)。然后可将编码所选抗体可变区的序列克隆进不同的改进抗体形式，包括如全抗体、Fab片段、Fv片段、单链Fv片段(VH和VL区由肽接头连接)(“ScFv”片段)、双特异性抗体(diabody)(两个联合的具有不同特异性的ScFv片段)等。见Hayden，Gilliland和Ledbetter，Curr.Opin.Immunol.，第9卷，No.2，201-212页(1997)。通过将抗体与不同的公知的细胞内引导序列融合后进行表达，可以将细胞内表达的不同形式的抗体导向不同的细胞区室，例如细胞质、细胞核、线粒体等。见Bradbury等，Antibody Engineering，Borrebaeck编，IRL Press，第2卷，295-361页(1995)。具体而言，ScFv抗体形式似乎特别适合于细胞质定位。
有用抗体类型的种类
抗体类型包括(但不限于)多克隆抗体、单克隆抗体、嵌合抗体、单链抗体、Fab抗体片段以及Fab表达文库。多种本领域公知的方法可用于生产针对靶蛋白质的多克隆抗体。为产生抗体，可用靶蛋白质注射免疫不同的宿主动物，这些宿主动物包括(但不限于)兔、小鼠、大鼠等。依赖于宿主种类，多种佐剂可以用于增强免疫应答，包括(但不限于)付氏(完全和不完全)佐剂、矿物明胶(例如氢氧化铝)、表面活性物质(如溶血卵磷脂、piuronic polyols、多阴离子、肽、油乳剂和二硝基酚等)以及潜在可应用的人类佐剂，如卡介苗(BCG)和小棒杆菌。
单克隆抗体
为制备针对靶蛋白质的单克隆抗体，可以使用任何以连续细胞系培养产生抗体分子的技术。此类技术包括(但不限于)由前文Kohler和Milstein(1975)首创的杂交瘤技术、三体瘤(trioma)技术、人类B细胞杂交瘤技术(见Kozbor等，Immunol.Today，第Vol卷，72页(1983))；以及EBV杂交瘤技术以生产人类单克隆抗体。见前文Cole等(1985)。在本发明额外的实施方案中，单克隆抗体可以通过使用新近技术(PCT/US90/02545)在无菌动物中生产。根据本发明，可以使用人类抗体，且可以通过使用人类杂交瘤得到人类抗体(见前文Cole等(1983))，或在体外用EBV病毒转化人B细胞得到，见前文Cole等(1985)。实际上，根据本发明，可以使用以下开发的技术，即通过将来自小鼠的靶蛋白质特异性抗体分子的基因，与来自具有合适生物学活性的人类抗体分子的基因拼接，以生产“嵌合抗体”(见前文Morrison等(1984)；前文Neuberger等(1984)；前文Takeda等(1985))；这样的抗体属于本发明的范围。
此外，当单克隆抗体有利时，还可以用噬菌体展示技术将它们从大量的抗体库中有选择地筛选出来。见Marks等，J.Biol.Chem.，第267卷，No.3，16007-16010页(1992)。使用该项技术，将含有多达10-12个不同抗体的文库在fd丝状噬菌体表面表达，制造出可用于选择单克隆抗体抗体“单点”(single pot)体外免疫系统。见Griffiths等，EMBO J.，第13卷，No.14，3245-3260页(1994)。可以通过本领域公知的技术实现从这样的库中筛选抗体，包括将噬菌体与固定的靶蛋白质接触，选择并克隆与靶相连的噬菌体，并将编码抗体可变区的序列亚克隆进适当的载体，以表达想要的抗体形式。
根据本发明，生产单链抗体的技术(见美国专利No.4,946,778)可应用于产生特异于靶蛋白质的单链抗体。本发明额外的实施方案，应用构建Fab表达文库的技术(见前文Huse等(1989))，以允许快速而容易地鉴定带有所需对靶蛋白的特异的单克隆Fab片段。
含有靶蛋白个体基因型的抗体片段可以通过本领域公知的技术制备。例如，此类片段包括(但不限于)由抗体分子经蛋白酶消化得到的F(ab’)2片段，通过还原F(ab’)2片段中的二硫键得到的Fab’片段，可由木瓜蛋白酶及还原剂处理抗体分子得到的Fab片段，以及Fv片段。
在生产抗体中，可以通过本领域公知的技术(如ELISA)筛选需要的抗体。为选择对靶蛋白质具有特异性的抗体，可以检测制得的杂交瘤或结合靶蛋白质的抗体的噬菌体展示抗体文库。
治疗的施用
最终分析时，治疗本发明公开的障碍的药物的剂量必须由负责这一病例的医生结合以下情况来制定，包括对药物的知识、在临床试验中测定的药物特性，以及该患者的特征，包括该医生治疗以外的其它疾病。此处可以提供剂量和一些优选剂量的概要，例如，伊潘立酮(Iloperidone)为1-50mg，每日一次；其最为优选12-16mg每日一次；奥氮平约为0.25-50mg，每日一次；优选1-30mg每日一次；最为优选1-25mg每日一次；氯氮平约为每日12.5-900mg；优选约为每日150-450mg；利哌利酮(Risperidone)约为每日0.25-16mg；优选约为每日2-8mg；舍吲哚(Sertindole)约为每日0.0001-1.0mg/kg；喹硫平(Quetiapine)约为1.0-40mg/kg，每日一次，或分次给药；齐拉西酮(Ziprasidone)约为每日5-500mg；优选约为每日50-100mg；氟哌啶醇(Haldol)为0.5-40mg，每日一次或两次。
有关的所有化合物均可以口服，且通常以口服施用，因此优选辅助口服施用的组合。它们可以以单剂药形式一并施用，也可以分开服用。然而，口服施用并不是唯一的，甚至不是唯一优选的途径。例如，健忘的或不喜欢口服药的患者，可能很需要透皮施用。这些药物中的一种可以通过某种途径施用，如口服，而另一些则可以在特殊情况下，通过透皮、经皮、静脉、肌内、经鼻腔或经直肠途径施用。施用途径受药物的物理性质、患者和看护者的便利所限制，可能以任何方式变化。
参考文献引用
所有在此引用的参考文献以其整体引入作为参考，并且为了所有的目的以相同的程度引入作为参考，就如同每一出版物、专利或专利申请为了所有目的被明确和单独地以其整体引入作为参考一样。此处讨论的参考文献，仅仅是为了总结其作者所做的声明，并不表明任何参考构成现有技术。申请者保留有质疑引用参考文献的准确性及针对性的权利。
此外，此处引用的所有GenBank登录号、Unigene Cluster号以及蛋白质登录号在此处以其整体引入作为参考，实际上就如同每一单个出版物或专利或专利申请被明确和单独的说明以其整体被引用作为参考一样。
本发明并不限于本申请中说明的特定实施方案，这些实施方案都是作为单独例证用以说明本发明的不同方面。对于本领域技术人员而言，可以对本发明作出许多修饰和改变，而不背离其精神和范围。除此处列举的之外，对本领域技术人员而言，从前面的说明书和附图中显而易见本发明范围内的功能等价的方法和设施。这样的修饰和改变旨在处于所附权利要求书的范围内的。本发明仅受限于所附权利要求的用语以及这些权利要求的等同范围。

Claims (41)

1.确定患者在SLC6A3第9外显子座位的基因型的方法，包括：
检测存在于患者血液或组织中的SLC6A3基因的2个拷贝，鉴定SLC6A3第9外显子上A59G多态性位点的核苷酸对，该位点位于GenBank查询登录号AF119117.1的41370位，并且任选地将该患者归入AA、AG或GG类别，其中
(i)若两对核苷酸对均为AT对，则患者归于AA类；
(ii)若一对核苷酸对为AT，另一对为CG，则该患者归于AG类；
(iii)若两对核苷酸对均为GC，则患者归于GG类。
2.预测患者在治疗过程中发生自杀或自毁行为或1型事件的可能性的方法，其中该患者处于或可能处于发生自杀或自毁行为或I型事件的危险中，该方法包括进行权利要求1的基因型确定，其
(a)若所述患者归于AA类，则认为其处于I类危险，并且
(b)若所述患者归于GC类，则认为其处于II类危险，并且
(c)若所述患者归于GG类，则认为其处于III类危险。
3.预测患者在治疗过程中发生自杀或自毁行为或I型事件的可能性的方法，其中该患者处于或可能处于发生自杀或自毁行为或1型事件的危险中，该方法包括：测定该患者体内是否存在SLC6A3第9外显子中A59G多态性的替代标志物，其中
(a)若所述替代标志物表明该患者应当归于AA类，则认为他们处于I类危险，并且
(b)若所述替代标志物表明该患者应当归于GC类，则认为他们处于II类危险，并且
(c)若所述替代标志物表明该患者应当归于GG类，则认为他们处于III类危险。
4.治疗方法，其中若根据权利要求2或3，患者被归入II类危险或III，则在治疗中采取额外的自杀/自毁行为防范措施。
5.治疗患者的方法，需要这样的治疗，其中若根据权利要求2或3，所述患者归入II类危险或III，且其如果患者需要使用抗精神病药物，则选择单独使用氯氮平，或将其与其他药物组合使用，包括，但不限于，其他典型或非典型抗精神病药。
6.预测某一患者在治疗过程中发生自杀或自毁行为或1型事件的可能性的方法，其中接受治疗的患者处于或可能处于发生自杀或自毁行为或1型事件的危险中，该方法包括：
(a)测定SLC6A3多肽基因表达产物在所述患者体液或组织中的存在及其浓度；
(b)根据SLC6A3多肽基因表达产物在所述患者体液或组织中的存在及其浓度，确定个体SLC6A3基因组是否含有第9外显子A59G多态性；并且
(c)若SLC6A3多肽基因表达产物的存在和浓度表明SLC6A3基因组含有第9外显子A59G多态性，则该患者被归入II类危险或III。
7.治疗患者的方法，其用于需要此类治疗的患者，包括进行权利要求6所述的测定，并且若所述患者归入II类危险或III，则在该患者的治疗中采取额外的自杀/自毁行为防范措施。
8.治疗患者的方法，其用于需要此类治疗的患者，包括：
(a)测定SLC6A3多肽基因表达产物在所述患者体液或组织中的存在及其浓度；
(b)根据SLC6A3多肽基因表达产物在所述患者体液或组织中的存在及其浓度，确定个体SLC6A3基因组是否含有第9外显子A59G多态性；并且
(c)其中若(b)中确定所述患者具有含有第9外显子的A59G多态性的SLC6A3基因组中，则所述患者被归入II类危险或III，且如果所述患者需要使用抗精神病药物，则可选择单独使用氯氮平，或将其与其他药物组合使用，包括，但不限于，其他典型或非典型抗精神病药物。
9.预测患者在治疗过程中发生自杀或自毁行为或1型事件的可能性的方法，其中该患者处于或可能处于发生自杀或自毁行为或1型事件的危险中，该方法包括：
(a)检测SLC6A3基因第9外显子多态性位点A59G的G变体相应的mRNA表达水平，该多态性位点位于GenBank登录AF119117.1的41370位；
(b)检测SLC6A3基因第9外显子多态性位点A59G的A变体相应的mRNA表达水平，该多态性位点位于GenBank登录AF119117.1的41370位；并且
(c)比较上述(a)和(b)中测得的mRNA水平，其中
(i)若(a)未检测到，则所述患者归入I类危险；
(ii)若(a)和(b)都检测到，则所述患者归入II类危险；以及
(iii)若检测到(a)而没有检测到(b)，则所述患归入高III类危险。
10.治疗患者的方法，其用于需要此类治疗的患者，包括：
(a)如权利要求9确定所述患者的危险类别；以及
(b)若所述患者归入II类危险或III，则在治疗中采取额外的自杀/自毁行为防范措施。
11.治疗患者的方法，其用于需要此类治疗的患者，包括：
(a)如权利要求9确定所述患者的危险类别；以及
(b)若所述患者归入II类危险或III，并且需要使用抗精神病药，则选择单独使用氯氮平，或将其与其他药物组合使用，包括，但不限于，其他典型或非典型抗精神病药物。
12.用于确定患者治疗策略的试剂盒，所述患者可能需要治疗其自杀或自毁行为的需求，该试剂盒包括：
(a)能够在PET扫描中检测DATBP水平的显像放射性配体，从而确定患者的SLC6A3基因中是否含有第9外显子中A59G多态性；
(b)适合于装入上述显像放射性配体以及所述患者体液样本的容器；
(c)确定SLC6A3基因第9外显子中A59G多态性存在与否的手段；以及
(d)包括特殊的治疗需要的试剂盒的使用说明，如根据(c)中确定结果的特定7药物或监视水平。
13.用于决定患者治疗策略的试剂盒，所述患者可能需要治疗其自杀或自毁行为，该试剂盒包括：
(a)能够识别含有SLC6A3基因第9外显子中A59G多态性的mRNA表达产物并与之结合的多核苷酸；
(b)适合装入所述多核苷酸以及所述患者体液样本的容器，其中当SLC6A3mRNA存在时，所述多核苷酸能够与之结合；
(c)检测上述多核苷酸与SLC6A3 mRNA结合的手段；以及
(d)包括特殊治疗需要的试剂盒的使用说明，如根据(c)中检测结果的特定药物或监视水平，以及根据(c)的检测结果确定危险类别。
14.用于决定患者治疗策略的试剂盒，所述患者可能需要治疗其自杀或自毁行为，该试剂盒包括：
(a)能够识别含有含有第9外显子中A59G多态性的SLC6A3基因部分DNA序列并与之结合的多核苷酸；
(b)适合装入所述多核苷酸以及所述患者体液样本的容器，其中当该SLC6A3DNA序列存在时，所述多核苷酸能够与之结合；
(c)检测上述多核苷酸与SLC6A3DNA序列结合的手段；以及
(d)该试剂盒的使用说明，包括特殊治疗需求，如根据(c)中检测结果的特殊药物或监测强度，以及根据(c)的检测结果确定其危险类别。
15.用于确定某患者在SLC6A3多态性位点上的多态性模式的试剂盒，所述试剂盒包括检测SLC6A3第9外显子上多态性位点A59G的遗传多态性模式的手段。
16.根据权利要求15的试剂盒，还含有DNA样本采集手段。
17.根据权利要求15或16的试剂盒，其中检测SLC6A3第9外显子上A59G多态性位点的遗传多态性模式的手段包括至少1个SLC6A3基因型分型的寡核苷酸。
18.根据权利要求15-17中任一项的试剂盒，其中检测SLC6A3第9外显子上A59G多态性位点的遗传多态性模式的手段包括2个SLC6A3基因型分型的寡核苷酸。
19.根据权利要求15-18中任一项的试剂盒，其中检测SLC6A3第9外显子上A59G多态性位点的遗传多态性模式的手段，包括至少1个SLC6A3基因型分型的引物组合物，所述组合物至少含有1个基因型寡核苷酸。
20.根据权利要求19的试剂盒，其中SLC6A3基因型分型的引物组合物包含至少2组等位基因特异的引物对。
21.根据权利要求18-20中任一项的试剂盒，其中2种SLC6A3基因型分型的寡核苷包装于独立的容器中。
22.根据权利要求1或2中任一项的方法，其中的测定步骤还包括使用根据权利要求15-21中任一项的试剂盒。
23.用于鉴定SLC6A3基因mRNA表达的试剂盒，所述试剂盒包括一种用于测定SLC6A3基因的mRNA产物的手段。
24.根据权利要求23的试剂盒，其中用于测定SLC6A3基因的mRNA产物的手段包括能够与SLC6A3基因的mRNA表达产物结合的多核苷酸。
25.根据权利要求23或24的试剂盒，其中确定SLC6A3基因的mRNA产物的手段，包括至少一种特异识别SLC6A3第9外显子上A59G多态性位点的一种变体的多核苷酸。
26.根据权利要求25中的试剂盒，其中的多核苷酸特异于SLC6A3基因第9外显子上A59G多态性位点的G变体的mRNA表达。
27.根据权利要求25的试剂盒，其中多核苷酸特异于SLC6A3基因第9外显子上A59G多态性位点的A变体的mRNA表达。
28.根据权利要求25、26或27中任一项的试剂盒，其中多核苷酸在严格的杂交条件下与SLC6A3基因第9外显子A59G多态性位点的G或A变体的mRNA表达产物结合。
29.根据权利要求28中的试剂盒，其中用于测定SLC6A3基因的mRNA产物的手段，包括至少2个多核苷酸，其中一种多核苷酸特异于SLC6A3基因第9外显子上A59G多态性位点G变体的mRNA表达，而另一种多核苷酸特异识别SLC6A3基因第9外显子上A59G多态性位点A变体的mRNA表达。
30.根据权利要求29中的试剂盒，其中2种多核苷包装于独立的容器中。
31.根据权利要求6中的一种方法，其中测定步骤(a)或(b)中至少有一步中还包括使用根据权利要求25-30中任一项的试剂盒。
32.用于鉴定某患者SLC6A3基因多肽表达产物的试剂盒，其包括检测在PET扫描中能够确定的DATBP水平的显像放射性配体的手段，以确定所述患者的SLC6A3基因是否含有第9外显子的A59G多态性。
33.根据权利要求32中的试剂盒，其中的手段包括使用[11C]RTI-32 PET显像放射性配体。
34.根据权利要求33中的试剂盒，其中的手段包括使用β-CIT SPECT技术。
35.根据权利要求6中的方法，其中的分析步骤包括使用根据权利要求32-34任一项中的试剂盒。
36.根据权利要求12-21、23-30或32-35中任一项的试剂盒，其还包括收集体液样本的手段。
37.根据权利要求1-3、6或9中任一项的方法，其中所述方法为离体施用。
38.根据权利要求12-21、23-30或32-36中任一项的试剂盒，其中检测的标记为SLC6A3中第9外显子A59G多态性的替代标记。
39.权利要求1的方法，还包括获取患者的体液或其他组织样本。
40.等位基因特异的核酸探针，其包含人SLC6A3基因区域的核酸序列或其核糖核苷酸的等价物，其中所述的区域包含第41370位的SLC6A3第9外显子的多态性位点。
41.权利要求40中的探针，其中所述区域在第41370位(人SLC6A3基因中第9外显子上的多态性位点59)上含有的A到G的颠换。
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