CN1730666A - 一种利用单核苷酸多态性检测鸡脂肪性状的方法 - Google Patents
一种利用单核苷酸多态性检测鸡脂肪性状的方法 Download PDFInfo
- Publication number
- CN1730666A CN1730666A CN 200410058015 CN200410058015A CN1730666A CN 1730666 A CN1730666 A CN 1730666A CN 200410058015 CN200410058015 CN 200410058015 CN 200410058015 A CN200410058015 A CN 200410058015A CN 1730666 A CN1730666 A CN 1730666A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- seq
- chicken
- dna
- sequence table
- pcr amplification
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
Images
Landscapes
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明公开了一种利用单核苷酸多态性检测鸡脂肪性状的方法。本发明所提供的利用单核苷酸多态性检测鸡脂肪性状的方法，是用由序列表中SEQ ID №：1和SEQ ID №：2以及SEQ ID №：3和SEQ ID №：4组成的两对引物中的至少一对引物对鸡的总DNA进行PCR扩增，得到序列表中SEQ ID №：5或/和SEQ ID №：6的DNA序列；然后对所述PCR扩增产物进行单核苷酸多态性检测，确定自序列表中SEQ ID №：5的5′端第31位碱基是A还是G，自序列表中SEQ ID №：5的5′端第128位碱基是G还是缺失G；或/和自序列表中SEQ ID №：6的5′端第32位碱基是C还是G，自序列表中SEQ ID №：6的5′端第281位碱基是C还是T。本发明对开展鸡脂肪性状的分子遗传标记辅助选择，提高鸡肉质性状选种的准确性，提高遗传进展，具有重要意义。
Description
技术领域
本发明涉及一种检测鸡数量性状的方法，特别涉及一种利用单核苷酸多态性检测鸡脂肪性状的方法。
背景技术
近几年来，随着肉鸡生长速度的提高，鸡的脂肪性状越来越受到关注。在肉用仔鸡生产中，过多的脂肪沉积不仅降低肉仔鸡的饲料利用率，同时影响肉的风味，降低肉仔鸡的商品价格。另外，容易引起肉仔鸡脂肪肝综合症，给后续产品加工增加困难，并对环境造成巨大污染。而且产蛋鸡在其产蛋后期沉积过多的脂肪将影响产蛋。因此，遗传育种者在选择生长速度的同时，非常重视脂肪性状，在育种工作中，希望选择腹脂低、皮下脂厚小的鸡个体。但是，腹脂和皮下脂厚是屠体性状，无法直接度量，只能进行传统的同胞或后裔选择，由于遗传力低，在时间和资金上耗费大，难应用于育种实践。血液生化指标也被证明不能作为鸡脂肪性状的理想指标。
动物采食后，食物中的脂肪、胆固醇等脂质物质经过小肠时在胰脂酶的作用下形成乳糜微粒而进入循环系统，乳糜微粒经过肠粘膜被运输至血液，存在于脂肪组织、骨骼肌和心脏等毛细血管内皮细胞表面的脂蛋白脂肪酶可作用于乳糜微粒，释放出游离脂肪酸，乳糜微粒则衍生为乳糜微粒残粒，后者被肝脏吸收并在那儿参加新的代谢过程，衍生为脂肪酸、甘油、胆固醇和蛋白。因此，食物中的脂质物质主要的命运是变成甘油三酯转运至脂肪细胞或变成胆固醇转运至肝脏。在后续的合成过程中，来自肝脏中的脂肪酸合成的极低密度脂蛋白(VLDL)是血浆脂蛋白的主要来源。和乳糜微粒一样，VLDL分子接受来自高密度脂蛋白(HDL)的apoB和apoCII(载脂蛋白B和CII)成为活性分子，在脂蛋白脂肪酶的作用下生成中间密度脂蛋白(IDL)和脂肪酸，后者则进入脂肪细胞和肌细胞，合成脂肪或为其提供能量，大约50％的IDL被肝脏摄取，其余的IDL则在脂蛋白脂肪酶的作用下转化为低密度脂蛋白(LDL)，LDL的主要功能在于将内源或外源的胆固醇运送到其他组织。
在鸡的脂肪代谢过程中，脂蛋白脂肪酶(lipoprotein lipase，LPL)是关键酶，催化血浆脂蛋白中的总甘油三酯水解成脂肪酸和甘油的最重要的酶之一。脂蛋白脂肪酶是一种糖蛋白，分子量为60kD。活性LPL以同源二聚体形式存在。LPL主要水解血浆乳糜微粒和VLDL的甘油三酯，使甘油三酯1位和3位酯键断裂。反应中释放出的游离脂肪酸可进一步发生氧化反应来供应能量(例如在肌肉组织)，或可作为能源物质被再酯化贮存在脂肪细胞。比较人类脂肪组织、牛乳腺、鼠巨噬细胞、猪脂肪组织和禽类的LPL一级结构，发现人类LPL氨基酸序列与哺乳类动物有87％-94％同源性，与禽类比较也有70％同源性，表明了LPL在进化过程中的高度保守性。
鸡LPL基因全长17kb，含10个外显子和9个内含子，成熟的酶蛋白编码465个氨基酸(Cooper DA，Lu SC，Viswanath R，Freiman RN，Bensadoun A.the structureand complete nucleotide sequence of the avian lipoprotein lipase gene.Biochim Biophys Acta，1992，1129(2)：166-171)，与哺乳类LPL的同源性则为73-77％。外显子10是LPL基因中最大的外显子，长2206nt，含有整个3’端非翻译区，它编码5个多腺嘌呤信号(AATAAA)。其表达有组织特异性，受组织特异性顺式调节子的调节。在鸡LPL基因的5’端上游区，已阐明4个转录起始位点，2个启动子和几个增强子。参考Cooper DA等在GenBank中发表的鸡LPL基因的基因组序列(GenBank Accession Number：X60547)，将开放阅读框的第一个碱基C定为+1，将-1108nt至-803nt区段定义为d位点，-805nt至-500nt区段定义为e位点。较常见的转录起始位点在-204nt处，在这个位点下游16nt有一个类似于TATA box的基序TATAGGT，鸡LPL是属于不需功能性TATA box来起始转录的基因，因为在其-1～-300的启动子区含有76％的G和C，在-1947～-1这个区域内发现了14个CCCC序列，该序列为ETF(表皮生长因子受体)结合的核心序列，而没有TATA box的启动子必须有ETF参与。鸡LPL有多个负调控元件和顺式调控元件调控转录。负调控元件位于-1947～-139区域内，除去这些负调控元件，发现顺式调控元件位于主要转录起始位点至其上游138bp处。在这个区域内有两个正向重复的八聚核苷基序ATTTGCAT(-53～-26)，一个CCAAT box和一个GC岛(-95～-68)，除去八聚核苷基序和GC岛很显著地降低鸡LPL的表达。
在人类LPL研究中，研究者利用RFLPS技术及SSCP技术等检测出LPL基因位点存在多态性，已发表的突变存在外显子1-9，内含子2、3、6、8，以及启动子区域，研究表明人类LPL基因的多态性与血脂、动脉硬化及肥胖等疾病有关。(Jemaa R，TuzetS，Portos C，Betoulle D，Apfelbaum M，Fumeron F.LPL gene polymorphisms：associations with hypertriglyceridemia and body mass index in obese people.Int J Obes Relat Metab Disord.1995，19(4)：270-274；Razzaghi H，Aston CE，Hamman RF，Kamboh MI.genetic screening of the lipoprotein lipase gene formutations associated with high triglyceride/low HDL-cholesterol levels.Hum.genet.2000，107(3)：257-267)。吴珍芳等发现猪的LPL基因的5′非翻译区存在SSCP多态性(吴珍芳，熊远著，邓昌彦，蒋思文，I.HARBTZ.猪LPL基因多态性及其部分DNA片段的测序.华中农业大学学报，1999，18(5)：461-465。)。
单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP)，主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。SNP所表现的多态性只涉及到单个碱基的变异，这种变异可由单个碱基的转换(transition)或颠换(transversion)所引起，也可由碱基的插入或缺失所致。但通常所说的SNP并不包括后两种情况。这种变异可能是转换(C→T，在其互补链上则为G→A)，也可能是颠换(C→A，G→T，C→G，A→T)。转换的发生率总是明显高于其它几种变异，具有转换型变异的SNP约占2/3，其它几种变异的发生几率相似。
SNP检测方法常采用一些已有的成熟技术，如DNA测序、限制性酶切片段长度多态性(RFLP)、单链构象多态性(SSCP)、等位基因特异的寡聚核苷酸杂交(ASO)等。但不管哪一种方法，首先必须进行靶序列的扩增，然后才能进行其它检测。
日本Orita等研究发现，单链DNA片段呈复杂的空间折叠构象，这种立体结构主要是由其内部碱基配对等分子内相互作用力来维持的，当有一个碱基发生改变时，会或多或少地影响其空间构象，使构象发生改变，空间构象有差异的单链DNA分子在聚丙烯酰胺凝胶中受排阻大小不同。因此，通过非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)，可以非常敏锐地将构象上有差异的分子分离开，该方法为单链构象多态性(Single-Strand Conformation Polymorphism，SSCP)分析。将SSCP用于检查PCR扩增产物的基因突变，建立了PCR-SSCP技术，进一步提高了检测突变方法的简便性和灵敏性。其基本过程是：①PCR扩增靶DNA；②将特异的PCR扩增产物变性，而后快速复性，使之成为具有一定空间结构的单链DNA分子；③将适量的单链DNA进行非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳；④最后通过放射性自显影、银染或溴化乙锭显色分析结果。若发现单链DNA带迁移率与正常对照相比发生改变，就可以判定该链构象发生改变，进而推断该DNA片段中有碱基突变。该方法简便、快速、灵敏，不需要特殊的仪器，适合临床实验的需要。但它也有不足之处。例如，只能作为一种突变检测方法，要最后确定突变的位置和类型，还需进一步测序；电泳条件要求较严格；另外，由于SSCP是依据点突变引起单链DNA分子立体构象的改变来实现电泳分离的，这样就可能会出现当某些位置的点突变对单链DNA分子立体构象的改变不起作用或作用很小时，再加上其他条件的影响，使聚丙烯酰胺凝胶电泳无法分辨造成漏检。尽管如此该方法和其他方法相比仍有较高的检测率。首先，它可以发现靶DNA片段中未知位置的碱基突变。Takao经实验证明小于300bp的DNA片段中的单碱基突变，90％可被SSCP发现，他认为现在知道的所有单碱基改变绝大多数可用该方法检测出来。另外，SSCP方法可通过聚丙烯酰胺凝胶电泳将不同迁移率的突变单链DNA分离，并且还可以进一步提纯。用这种方法可以最终从DNA序列水平上鉴别突变DNA片段。
发明创造内容
本发明的目的是提供一种利用单核苷酸多态性检测鸡脂肪性状的方法。
本发明提供的利用单核苷酸多态性检测鸡脂肪性状的方法，是用由序列表中SEQID №：1和SEQ ID №：2以及SEQ ID №：3和SEQ ID №：4组成的两对引物中的至少一对引物对鸡的总DNA进行PCR扩增，得到序列表中SEQ ID №：5或/和SEQ ID№：6的DNA序列；然后对所述PCR扩增产物进行单核苷酸多态性检测，确定自序列表中SEQ ID №：5的5′端第31位碱基是A还是G，自序列表中SEQ ID №：5的5′端第128位碱基是G还是缺失G；或/和自序列表中SEQ ID №：6的5′端第32位碱基是C还是G，自序列表中SEQ ID №：6的5′端第281位碱基是C还是T。
所述单核苷酸多态性检测的方法可为DNA测序、限制性酶切片段长度多态性(RFLP)、单链构象多态性(SSCP)或等位基因特异的寡聚核苷酸杂交(ASO)等方法。为得到更好的检测结果，所述单核苷酸多态性检测的方法优选为先对所述PCR扩增产物进行单链构象多态性检测，然后进行DNA测序。
以序列表中SEQ ID №：1和SEQ ID №：2为引物得到的PCR扩增产物长度为306bp，具有SEQ ID №：5的核苷酸序列，如果自序列表中SEQ ID №：5的5′端第31位碱基即鸡LPL基因的-1078nt处为A，自序列表中SEQ ID №：5的5′端第128位碱基即鸡LPL基因的-981nt处为G，其纯合体的基因型为AA；自序列表中SEQID №：5的5′端第31位碱基即鸡LPL基因的-1078nt处为G，自序列表中SEQ ID №：5的5′端第128位碱基即鸡LPL基因的-981nt处缺失G，其纯合体的基因型为BB；其杂合体的基因型为AB。
以序列表中SEQ ID №：3和SEQ ID №：4为引物得到的PCR扩增产物长度为306bp，具有SEQ ID №：6的核苷酸序列，如果自序列表中SEQ ID №：6的5′端第32位碱基即鸡LPL基因的-774nt处为G，自序列表中SEQ ID №：6的5′端第281位碱基即鸡LPL基因的-525nt处为T，其纯合体的基因型为CC；自序列表中SEQID №：6的5′端第32位碱基即鸡LPL基因的-774nt处为C，自序列表中SEQ ID №：6的5′端第281位碱基即鸡LPL基因的-525nt处为C，其纯合体的基因型为DD；其杂合体的基因型为CD。
当用由序列表中SEQ ID №：1和SEQ ID №：2以及SEQ ID №：3和SEQ ID №：4组成的两对引物对鸡的总DNA进行PCR扩增时，结果表明BBDD、BBCC、ABDD型的平均肌间脂宽极显著地低于AACC型(p＜0.01)，而且显著低于AADD、BBCD、ABCD型(p＜0.05)；BBDD、ABDD型的平均皮下脂厚极显著地低于AADD型(p＜0.01)，显著低于AABB型(p＜0.05)；BBCC型的平均腹脂重极显著地低于AADD型(p＜0.01)，ABCC型显著低于AADD型(p＜0.05)，BBCC型显著低于ABCC型(p＜0.05)。
当用由序列表中SEQ ID №：1和SEQ ID №：2对鸡的总DNA进行PCR扩增时，结果表明d位点BB和AB基因型的平均肌间脂宽和皮下脂厚均显著低于AA型(p＜0.05)；BB基因型的平均腹脂重极显著低于AA和AB型(p＜0.01) ；当用由序列表中SEQ ID №：3和SEQ ID №：4对鸡的总DNA进行PCR扩增时，结果表明e位点CD和DD基因型的平均腹脂重极显著低于CC型(p＜0.01)。
本发明鉴于LPL在脂类代谢过程中的生物学功能，将LPL基因作为脂肪沉积性状的候选基因，利用单核苷酸多态性研究LPL基因的不同基因型与脂肪性状的关系，对开展鸡脂肪性状的分子遗传标记辅助选择，提高鸡肉质性状选种的准确性，提高遗传进展，具有重要意义。
附图说明
图1为d位点SSCP分型结果电泳图谱
图2为e位点SSCP分型结果电泳图谱
具体实施方式
实施例1、检测鸡脂肪性状
1)基因组DNA的提取：取500μl按常规方法制备的裂解血中加入蛋白酶K(20mg/ml)4μl，至终浓度200μg/ml，50-55℃消化过夜后，用等体积饱和苯酚，1∶1的苯酚：氯仿，氯仿分别抽提1次，水相加入2倍体积的无水乙醇。然后离心，倒去上清，沉淀以70-75％的乙醇洗涤，离心后真空或空气中干燥，沉淀溶于无菌双蒸水中。
2)设计扩增鸡LPL基因5′侧翼区d位点和e位点序列的引物
扩增d位点的引物序列为：
LPL-d-5′：F5′-TAA GAC CGC CAA ATC CCC-3′(SEQ ID №：1)
LPL-d-5′：R5’-CAG TGG TTT CTC AGA GTG-3’(SEQ ID №：2)
扩增e位点的引物序列为：
LPL-e-5′：F5′-CTG CCC TTG AAG TGA ATG-3′(SEQ ID №：3)
LPL-e-5′：R5′-TGC AAG TTG CTG GAG GCT-3′(SEQ ID №：4)
3)PCR扩增
扩增条件为：94℃5min；30个循环的94℃40s、55℃40s、72℃55s；反应于72℃延伸7min。
4)取1μL PCR产物，加入5-6μL的上样缓冲液，98℃变性10min，然后冰浴5min，变性后PCR产物进行非变性聚丙烯酰胺凝胶(PAGE，14％)电泳。10V/cm电泳10-12h后，银染显色。结果如图1和图2所示，表明d位点和e位点均存在多态性，d位点扩增片段存在3种基因型，分别定义为AA、BB和AB(图1)；e位点扩增片段存在3种基因型，分别定义为CC、DD和CD(图2)。图1中，泳道1-2为AA基因型的扩增产物；泳道3，5，6，7为BB基因型的扩增产物；泳道4为AB基因型的扩增产物。图2中，泳道1-2为CC基因型的扩增产物；泳道3-7为DD基因型的扩增产物；泳道9-10为CD基因型的扩增产物。
5)经SSCP分析后，分别取d位点纯合基因型个体和e位点纯合基因型个体的PCR扩增产物交由北京鼎国生物技术有限责任公司进行PCR扩增产物双向直接测序。结果表明d位点扩增产物的核苷酸序列如序列表中SEQ ID №：5所示，e位点扩增产物的核苷酸序列如序列表中SEQ ID №：6所示。长度均为306bp；在位点d处发现2个单核苷酸突变，基因型AA的自序列表中SEQ ID №：5的5′端第31位碱基即鸡LPL基因的-1078nt处为G，自序列表中SEQ ID №：5的5′端第128位碱基即鸡LPL基因的-981nt处为G，基因型BB的自序列表中SEQ ID №：5的5′端第31位碱基即鸡LPL基因的-1078nt处为G突变成A，自序列表中SEQ ID №：5的5′端第128位碱基即鸡LPL基因的-981nt处缺失G；在位点e处发现2个单核苷酸突变，基因型CC的自序列表中SEQ ID №：6的5′端第32位碱基即鸡LPL基因的-774nt处为G，自序列表中SEQ ID №：6的5′端第281位碱基即鸡LPL基因的-525nt处为T；基因型DD的自序列表中SEQ ID №：6的5′端第32位碱基即鸡LPL基因的-774nt处G突变为C，自序列表中SEQ ID №：6的5′端第281位碱基即鸡LPL基因的-525nt处T突变为C。
6)采用混合模型对位点d、e的基因型组合与三个脂肪性状(肌间脂宽、皮下脂厚和腹脂重)进行关联分析，结果如表1所示，表明不同基因型组合之间的效应差异显著。BBDD、BBCC、ABDD型的平均肌间脂宽分别比AACC型的低1.86毫米、1.52毫米、1.77毫米，差异极显著(p＜0.01)，比AADD型的低1.39毫米、1.05毫米、1.30毫米，差异显著(p＜0.05)，比BBCD型的低1.35毫米、1.01毫米、1.26毫米，差异显著(p＜0.05)，比ABCD型的低0.67毫米、0.33毫米、0.58毫米，差异显著(p＜0.05)；BBDD、ABDD型的平均皮下脂厚分别比AADD型低0.45毫米、0.67毫米，差异极显著(p＜0.01)，分别比AABB型低0.42毫米、0.64毫米，差异显著(p＜0.05)；BBCC型的平均腹脂重比AADD型的低11.297克，差异极显著(p＜0.01)，ABCC型的平均腹脂重比AADD型的低3.862克，差异显著(p＜0.05)，BBDD、BBCC型的平均腹脂重分别比ABCC型的低1.226克、7.535克，差异显著(p＜0.05)。根据上述结果，可以以鸡LPL基因5′侧翼区d位点和e位点的单核苷酸多态性的基因型组合为标记，对鸡的三个脂肪性状(肌间脂宽、皮下脂厚和腹脂重)进行标记辅助选择。
混合模型：y＝μ+b×x+comb+gi+gj+gi*gj+e
其中：y＝脂肪性状(肌间脂宽、皮下脂厚、腹脂重)观察值
μ＝群体均值
b＝协变量x的回归系数
x＝个体活重
comb＝组合效应
gj＝位点i的基因型效应(即位点e的基因型效应)
gj＝位点j的基因型效应(即位点d的基因型效应)
gi*gj＝位点i的基因型与位点j的基因型的互作效应(即位点e的基因型与位点d的基因型的互作效应)
e＝随机残差效应
表1.基因型组合对鸡脂肪性状的最小二乘均值和多重比较
| 基因型组合 | 肌间脂宽(毫米) | 基因型组合 | 皮下脂厚(毫米) | 基因型组合 | 腹脂重(g) |
| AACCAADDBBCDABCDABCCAACDBBCCABDDBBDD | 10.560A10.090AB10.050AB9.370AB9.670AB9.470AB9.040B8.790B8.700B | AADDAABBBBCDABCCAACDABCDBBCCBBDDABDD | 4.430aA4.400aAB4.100bcAB4.350bcAB4.020bcAB3.930bcAB4.100bcAB3.980cB3.760cB | AADDABCDABDDAACCAACDBBCDBBDDABCCBBCC | 25.254aA22.897abA22.646abA23.998abA18.375abAB17.047abAB20.166abAB21.392bAB13.957cB |
注：含不同字母表示两组之间差异显著，大写字母表示差异极显著(p＜0.01)，小写字母表示差异显著(p＜0.05)。
7)采用模型分别对位点d、e的基因型与三个脂肪性状(肌间脂宽、皮下脂厚和腹脂重)进行关联分析，结果如表2和表3所示，表明位点d、e的不同基因型之间的效应差异显著。d位点BB和AB基因型的平均肌间脂宽分别比AA型低0.640毫米，差异显著(p＜0.05)，d位点BB和AB基因型的皮下脂厚分别比AA型低0.25毫米、0.22毫米，差异显著(p＜0.05)；d位点BB基因型的平均腹脂重比AA、AB型分别低5.554克、5.353克，差异极显著(p＜0.01)；当用由序列表中SEQ ID №：3和SEQ ID №：4对鸡的总DNA进行PCR扩增时，结果表明e位点CD和DD基因型的平均腹脂重极分别比CC型低3.630克、3.941克，(p＜0.01)，差异极显著(p＜0.01)。
模型：y＝μ+b×x+comb+g+e
其中：y＝脂肪性状(肌间脂宽、皮下脂厚、腹脂重)观察值
μ＝群体均值
b＝协变量x的回归系数
x＝个体活重
comb＝组合效应
g＝基因型效应
e＝随机残差效应
表2.位点d的基因型对鸡脂肪性状的最小二乘均值和多重比较
| 基因型 | 肌间脂宽(毫米) | 基因型 | 皮下脂厚(毫米) | 基因型 | 腹脂重(g) |
| AAABBB | 9.990a9.350b9.350b | AAABBB | 4.290a4.070b4.040b | AAABBB | 22.466A22.265A16.912B |
注：含不同字母表示两组之间差异显著，大写字母表示差异极显著(p＜0.01)，小写字母表示差异显著(p＜0.05)。
表3.位点e的基因型对鸡脂肪性状的最小二乘均值和多重比较
| 基因型 | 肌间脂宽(毫米) | 基因型 | 皮下脂厚(毫米) | 基因型 | 腹脂重(g) |
| CCCDDD | 9.770a9.610a9.430a | CCCDDD | 4.300a4.170a4.010a | CCCDDD | 23.220A19.590B19.279B |
注：含不同字母表示两组之间差异显著，大写字母表示差异极显著(p＜0.01)，小写字母表示差异显著(p＜0.05)。
序列表
<160>6
<210>1
<211>18
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>
<400>1
taagaccgcc aaatcccc 18
<210>2
<211>18
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>
<400>2
cagtggtttc tcagagtg 18
<210>3
<211>18
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>
<400>3
ctgcccttgaagtgaatg 18
<210>4
<211>
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>
<400>4
tgcaagttgctggaggct 18
<210>5
<211>306
<212>DNA
<213>鸡(Gallus domestiaus)
<220>
<221>misc-feature
<222>(31)
<223>n＝a或g
<400>5
taagaccgcc aaatccccac catgaccact naccacgtcc ctcagtgcca catccacctg 60
gttcttgaat acctccacag acagtgactt catcacctcc acggccagcc tgtgccactg 120
cttcagcgac tctttcagag aagtttttct ccacacccaa cctgagatgc atacttgcgc 180
tgggatctca ctggtcctct atcagatcgg caccttgcag aggtgaccca gtgctgctct 240
gcctgcacca cctcctgtgc ctatggggac caggagtgtt ttaattccca ctctgagaaa 300
ccactg 306
<210>6
<211>306
<212>DNA
<213>鸡(Gallus domestiaus)
<220>
<221>misc-feature
<222>(32)
<223>n＝g或c
<220>
<221>misc-feature
<222>(281)
<223>n＝t或c
<400>6
ctgcccttga agtgaatggc gtttgctcca tnctgccaga accaaggagc cctctttctc 60
tacaccaaaa gcacctcgtg aagccaagcc tttgacaaaa caatgcacag taaataaaag 120
caaggctcac tattaattta atatttctct gttacattcc cttaaataac tgatccttca 180
ccctgtggca gcagcaaaag gtaacagctg acaaactgct ggcagagggg cacagagagg 240
tgaaaaacta ggagaggcaa ctctgtgtct ctccacagta ngcacggcag cctccagcaa 300
cttgca 306
Claims (6)
1、一种利用单核苷酸多态性检测鸡脂肪性状的方法，是用由序列表中SEQ ID №：1和SEQ ID №：2以及SEQ ID №：3和SEQ ID №：4组成的两对引物中的至少一对引物对鸡的总DNA进行PCR扩增，得到序列表中SEQ ID №：5或/和SEQ ID №：6的DNA序列；然后对所述PCR扩增产物进行单核苷酸多态性检测，确定自序列表中SEQ ID№：5的5′端第31位碱基是A还是G，自序列表中SEQ ID №：5的5′端第128位碱基是G还是缺失G；或/和自序列表中SEQ ID №：6的5′端第32位碱基是C还是G，自序列表中SEQ ID №：6的5′端第281位碱基是C还是T。
2、根据权利要求1所述的方法，其特征在于：所述单核苷酸多态性检测的方法为DNA测序、限制性酶切片段长度多态性、单链构象多态性或等位基因特异的寡聚核苷酸杂交。
3、根据权利要求2所述的方法，其特征在于：所述单核苷酸多态性检测的方法为先对所述PCR扩增产物进行单链构象多态性检测，然后进行DNA测序。
4、根据权利要求1、2或3所述的方法，其特征在于：所述方法中，用由序列表中SEQ ID №：1和SEQ ID №：2以及SEQ ID №：3和SEQ ID №：4组成的两对引物对鸡的总DNA进行PCR扩增。
5、根据权利要求1、2或3所述的方法，其特征在于：所述方法中，用由序列表中SEQ ID №：1和SEQ ID №：2组成的引物对鸡的总DNA进行PCR扩增。
6、根据权利要求1、2或3所述的方法，其特征在于：所述方法中，用由序列表中SEQ ID №：3和SEQ ID №：4组成的引物对鸡的总DNA进行PCR扩增。
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CNB200410058015XA CN100348733C (zh) | 2004-08-06 | 2004-08-06 | 一种利用单核苷酸多态性检测鸡脂肪性状的方法 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CNB200410058015XA CN100348733C (zh) | 2004-08-06 | 2004-08-06 | 一种利用单核苷酸多态性检测鸡脂肪性状的方法 |
Related Child Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CNB2007100002295A Division CN100572559C (zh) | 2004-08-06 | 2004-08-06 | 利用单核苷酸多态性检测鸡脂肪性状的方法 |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CN1730666A true CN1730666A (zh) | 2006-02-08 |
| CN100348733C CN100348733C (zh) | 2007-11-14 |
Family
ID=35963087
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CNB200410058015XA Expired - Fee Related CN100348733C (zh) | 2004-08-06 | 2004-08-06 | 一种利用单核苷酸多态性检测鸡脂肪性状的方法 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| CN (1) | CN100348733C (zh) |
Cited By (5)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN101824414A (zh) * | 2010-03-29 | 2010-09-08 | 云南农业大学 | 用αD珠蛋白基因作为鸡的高载氧能力的分子标记及其检测方法与应用 |
| CN101967480A (zh) * | 2010-11-04 | 2011-02-09 | 广东智威农业科技股份有限公司 | 一种鸡皮肤颜色相关的分子标记及其鉴别方法和应用 |
| CN101967477A (zh) * | 2010-09-30 | 2011-02-09 | 中国农业大学 | 鸡低氧适应性分子遗传标记及其应用 |
| CN102154504A (zh) * | 2011-04-20 | 2011-08-17 | 杭州市农业科学研究院 | 与鸡肉质风味相关的adsl和lpl基因的hrm联合检测方法 |
| CN107267637A (zh) * | 2017-07-25 | 2017-10-20 | 华南农业大学 | 一种鸡肌间脂肪宽度相关的分子标记及其应用 |
-
2004
- 2004-08-06 CN CNB200410058015XA patent/CN100348733C/zh not_active Expired - Fee Related
Cited By (9)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN101824414A (zh) * | 2010-03-29 | 2010-09-08 | 云南农业大学 | 用αD珠蛋白基因作为鸡的高载氧能力的分子标记及其检测方法与应用 |
| CN101967477A (zh) * | 2010-09-30 | 2011-02-09 | 中国农业大学 | 鸡低氧适应性分子遗传标记及其应用 |
| CN101967477B (zh) * | 2010-09-30 | 2012-06-20 | 中国农业大学 | 鸡低氧适应性分子遗传标记及其应用 |
| CN101967480A (zh) * | 2010-11-04 | 2011-02-09 | 广东智威农业科技股份有限公司 | 一种鸡皮肤颜色相关的分子标记及其鉴别方法和应用 |
| CN101967480B (zh) * | 2010-11-04 | 2013-05-15 | 广东智威农业科技股份有限公司 | 一种鸡皮肤颜色相关的分子标记及其鉴别方法和应用 |
| CN102154504A (zh) * | 2011-04-20 | 2011-08-17 | 杭州市农业科学研究院 | 与鸡肉质风味相关的adsl和lpl基因的hrm联合检测方法 |
| CN102154504B (zh) * | 2011-04-20 | 2012-10-17 | 杭州市农业科学研究院 | 与鸡肉质风味相关的adsl和lpl基因的hrm联合检测方法 |
| CN107267637A (zh) * | 2017-07-25 | 2017-10-20 | 华南农业大学 | 一种鸡肌间脂肪宽度相关的分子标记及其应用 |
| CN107267637B (zh) * | 2017-07-25 | 2021-08-24 | 华南农业大学 | 一种鸡肌间脂肪宽度相关的分子标记及其应用 |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| CN100348733C (zh) | 2007-11-14 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| CN109694915B (zh) | 一种与绵羊尾脂重相关的分子标记及其应用 | |
| Liu et al. | A new anti-lipopolysaccharide factor (ALF) gene with its SNP polymorphisms related to WSSV-resistance of Litopenaeus vannamei | |
| CN105755131B (zh) | 一种与猪肉质性状和胴体性状关联的遗传标记 | |
| CN110643716B (zh) | 一种与绵羊尾脂重相关的分子标记及其应用 | |
| CN109234404B (zh) | 一种鉴定绵羊产肉性状的方法及专用引物 | |
| CN112760385A (zh) | 一种与肉牛肉用性状相关的snp标记及其应用 | |
| Gui et al. | Association studies on the bovine lipoprotein lipase gene polymorphism with growth and carcass quality traits in Qinchuan cattle | |
| CN1730666A (zh) | 一种利用单核苷酸多态性检测鸡脂肪性状的方法 | |
| CN106119407A (zh) | Lap3基因作为绵羊生长性状的分子标记及其应用 | |
| CN106367502A (zh) | Spp1基因作为绵羊生长性状的分子标记及其应用 | |
| CN100572559C (zh) | 利用单核苷酸多态性检测鸡脂肪性状的方法 | |
| CN102604939A (zh) | 一种与鸭生长和屠宰性状相关的分子标记及应用 | |
| CN110205391B (zh) | 与陆川猪背膘厚相关的snp分子标记及其引物和应用 | |
| Othman et al. | Genetic characterization of myostatin and callipyge genes in Egyptian small ruminant breeds | |
| CN101245348B (zh) | 一种作为猪标记辅助选择的与生产性状相关的分子标记的克隆及应用 | |
| CN115181805B (zh) | 一种与黄羽肉鸡腿部皮肤黄度相关的分子标记及其应用 | |
| CN116004856A (zh) | 与猪脂肪沉积相关的单倍型标记及其应用 | |
| CN101078030A (zh) | 一种预示和鉴定鸡腹脂量的微卫星分子标记方法 | |
| Mahmoud et al. | Nucleotide sequence polymorphism within exon 3 region of leptin and prolactin genes in Herri sheep | |
| Fan et al. | Characterization of the genetic diversity on natural populations of Chinese miniature pig breeds | |
| CN1300313C (zh) | 猪背膘厚相关基因mac30的克隆及其在标记辅助选择上的应用 | |
| CN1257987C (zh) | 利用等位基因特异性pcr检测与鸡生长发育和产蛋性状相关基因的分子标记方法及其应用 | |
| CN110484628B (zh) | 一种金茅黑鸡腹脂性状相关的分子标记与应用 | |
| Aamir et al. | Association of LOC101800257 gene with eggshell color in Leizhou black duck | |
| CN102260734A (zh) | 一种快速检测山羊Six6基因单核苷酸多态性的方法及其应用 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| C06 | Publication | ||
| PB01 | Publication | ||
| C10 | Entry into substantive examination | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| C14 | Grant of patent or utility model | ||
| GR01 | Patent grant | ||
| C17 | Cessation of patent right | ||
| CF01 | Termination of patent right due to non-payment of annual fee |
Granted publication date: 20071114 Termination date: 20110806 |