CN1351612A - 新的器官阴离子转运蛋白 - Google Patents

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Abstract

本发明公开了新的器官阴离子转运蛋白(“OATPs”)的核酸序列和氨基酸序列。本发明包括此处描述的OATPs,及含其cDNA序列的载体,包含上述载体的宿主细胞和含全部或部分OATP的多肽。还包括OATPs在针对特定器官的靶向药物中及调节内源底物浓度中的应用。

Description

新的器官阴离子转运蛋白
本申请要求1999年5月20号提交的美国申请的优先权,该申请的申请号为60/135,081,并在此将该申请全文引入作为参考。
发明领域
本发明要求保护经分离的编码全部或部分新的器官阴离子转运蛋白(“OATP”)的核酸序列,所述新的器官阴离子转运蛋白命名为OATP2,OATP-RP1,OATP-RP2,OATP-RP3,OATP-RP4和OATP-RP5。同时要求保护含上述核酸序列的载体,含所述载体的宿主细胞,以及具有OATP2,OATP-RP1,OATP-RP2,OATP-RP3,OATP-RP4和OATP-RP5全部或部分氨基酸序列的多肽。发明还描述了表达上述转运蛋白的组织表达和上述转运蛋白的一些底物。本发明还要求保护这些新的OATP-RP2的用途,包括:对特定组织的靶向药物中的应用,调节内源底物的浓度中的应用,以及验证可由本发明中的新OATP所转运的底物。
发明背景
肝执行对多种代谢物、药物和其它异生素的清理功能是通过将其转运穿过窦状隙膜进入肝细胞来完成的。目前已公开了几种介导这些过程的转运系统,包括人和大鼠肝中的Na+/牛磺胆酸协同转运多肽,NTCP,(Hagenbuch,B.,等(1991)美国国家科学院院刊(Proc.znatl.Acad.Sci.USA)88:10629-33;Hagenbuch,B.,等(1994)J.Clin.Invest.93:1326-31)和器官阴离子转运多肽家族(OATPs),该家族一般在肝,肾和脑中表达,并以非钠依赖方式转运大范围的底物(Meier,P.J.,等,(1997)肝学,26:1667-77;Wolkoff,A.W.,(1996)Semin.Liver Dis.16:121-127)。人们认为,这后一转运蛋白家族在肝,肾和脑的脉络膜中的分布反映出:通常这些器官对清理大量器官阴离子的生理需求。在大鼠中有三种OATP同功型:roatp1(Jacquemin,E.,等,(1994)美国国家科学院院刊(Proc.znatl.Acad.Sci.USA)91:133-37);roatp2(Noe,B.A.等,(1997)美国国家科学院院刊(Proc.znatl.Acad.Sci.USA)94:10346-50;)和roapt3(Abe,T.,等(1998)生物化学杂志273:11395-401)。除胆汁酸外,已知OATPs可转运多种其它化合物。因不同的转运蛋白而异,它们包括,结合或非结合的类固醇,例如,硫酸雌酮,雌二醇-17B-葡糖苷酸,醛甾酮,心苷,(Boussuyt,X.,等(1996)J.Pharmacol.Exp.Ther.276:891-6;Boussuyt,X.(1996)J.Hepatol.25:733-8;Kanai,N.,等,(1996))Am.J.Physiol.270:F319-F325;Kanai,N.等(1996)Am.J.Physiol.270:F326-F331;Noe,B.A.,等,(1997)美国国家科学院院刊(Proc.znatl.Acad.Sci.USA)94:10346-50)。四溴酚酞磺酸钠(Jacquemin,E.,等,(1994)美国国家科学院院刊(Proc.znatl.Acad.Sci.USA)91:133-7);真菌毒素(Kontaxi,M.,等,(1996)J.Pharmacol.Exp.Ther.279:1507-13);白三烯(Li,L.,等,(1998)生物化学杂志273:16184-91);和甲状腺激素(Abe,T.,等(1998)生物化学杂志273:11395)是附加底物。
已经有几种蛋白得到鉴定。Jacquemin,E.,等在美国国家科学院院刊(Proc.znatl.Acad.Sci.USA),91:133-137中报道了首次被克隆和验证的OATP转运蛋白家族成员,命名为rat oatp1。首次被克隆和验证的人OATP是由Kullak-Ublick,G.A.等(1995)在肠胃学,109:1274-1282上报道的。在肝,肾和脑和其它器官中均发现有该蛋白表达。作者得出结论,基于底物特异性,该蛋白不是rat oatp1的人同系蛋白。
Kullak-Ublick,G.A.等(1994)在肝学,20:411-416中讨论了rat oatp1的底物特异性,而Bossuyt,X.,等在肝学杂志,25:733-738中讨论了人OATP的底物特异性。
后来发现的资料显示,rat oatp1参与类固醇的转运(Bossuyt,X.,等(1996)J.Pharmacol.Exp.Ther.276:891-896),人OATP为心理激素DHEAS转运蛋白(Kullak-Ublick,G.A.等(1998)FEBSLett.,424:173-176)。OATP家族和肝中器官阴离子转运蛋白的综述,参见/wolkoff,A.W.,(1996)Semin.Liver Dis.,16:121-127。
第三种rat OATP同功型,其功能为转运甲状腺激素T3和T4,已被克隆,其相关报道见Abe,T.,等(1998)生物化学杂志,273:22395-22401。
由本发明上下文中所引述的参考文献,均视为全文引用。
发明概述
本发明涉及新的器官阴离子转运蛋白(“OATP”)和编码上述OATPs的多核苷酸。此处所公开的OATPs命名为OATP2,OATP-RP2,OATP-RP3,OATP-RP4,OATP-RP5和OATP-RP1。本发明还公开了每一种OATP的多核苷酸序列和由其推测的氨基酸序列。编码本发明所述的OATPs的cDNAs保藏于美国典型培养物保藏中心,所得的登录号为ATCC207213(OATP2),ATCC207212(OATP-RP2),ATCC 207209(OATP-RP3),ATCC207210(OATP-RP4),ATCC207211(OATP-RP5),和ATCC207214(OATP-RP1)。
发明人对编码新的OATPs的cDNAs进行了序列测定,并确定了由其推测的蛋白产物的一级结构。此处公开的是OATP2的核酸序列(SEQID NO:1)和氨基酸序列(SEQ ID NO:2);OATP-RP2的核酸序列(SEQ ID NO:3)和氨基酸序列(SEQ ID NO:4);OATP-RP3的核酸序列(SEQ ID NO:5)和氨基酸序列(SEQ ID NO:6);OATP-RP4的核酸序列(SEQ ID NO:7)和氨基酸序列(SEQ ID NO:8);OATP-RP5的核酸序列(SEQ ID NO:9)和氨基酸序列(SEQ ID NO:10);OATP-RP1的核酸序列(SEQ ID NO:11)和氨基酸序列(SEQ ID NO:12)。
本发明中的OATPs可由下述方法制得:(1)将所公开的OATP的cDNA插入到合适的表达载体上;(2)将该表达载体转染合适的宿主;(3)在合适的培养基中培养经转染的宿主;和(4)分析转染后的细胞中的转运活性。
由此,本发明提供经纯化和分离的核酸分子,优选DNA分子,所述核酸分子具有编码OATP的序列,或编码属本发明的OATP的核酸分子的寡核苷酸片段。在本发明的优选实施例中,经分离纯化的核酸分子具有如SEQ ID NO:1(OATP2)所示的序列。在本发明的另一优选实施例中,经分离纯化的核酸分子具有如SEQ ID NO:3(OATP-RP2)所示的序列。在本发明的又一优选实施例中,经分离纯化的核酸分子具有如SEQ ID NO:5(OATP-RP3)所示的序列。在本发明的再一优选实施例中,经分离纯化的核酸分子具有如SEQ ID NO:7(OATP-RP4)所示的序列。在本发明的又一优选实施例中经分离纯化的核酸分子具有如SEQ ID NO:9(OATP-RP5)所示的序列。在本发明的再一优选实施例中,经分离纯化的核酸分子具有如SEQ ID NO:11(OATP-RP1)所示的序列。
本发明还涉及双链的核酸分子,该核酸分子包含本发明的核酸分子及其中的通过氢键与互补的核苷酸碱基序列相连的寡核苷酸片段。
术语“经分离纯化的核酸”,“经分离纯化的多核苷酸”“基本纯化的核酸”“基本纯化的多核苷酸”例如,基本纯化的DNA,指属于下列的一或两种情况的核酸分子:(1)其与一或两个序列如编码序列不直接相连,所述序列在产生该核酸分子的生物有机体天然存在的基因组中与该核酸分子直接相连(即:一个在5’端,一个在3’端);或(2)基本不含产生该核酸分子的生物有机体的核酸序列。该术语包括,例如,整合入载体或原核或真核生物基因组DNA的重组DNA,所述载体如:可自主复制的质粒或病毒,或不依赖其他DNA分子而独立存在的分子(例如,经PCR扩增得到的或用限制性内切酶处理得到的cDNA或基因组DNA片段)。基本纯化或经分离纯化的DNA,也包括重组DNA,该重组DNA是编码外加的OATP序列的杂合基因中的一部分。
本发明在一个实施例中公开了:(a)一种经分离纯化的核酸分子,该核酸分子包括编码全部或部分,具有如SEQ ID NO:2(OATP2)中所示氨基酸序列的核酸序列;(b)与(a)项序列互补的核酸序列;(c)与(a)具有至少80%,优选至少90%,更优选至少95%,最优选至少98%序列同一性的核酸序列;或(d)(a)项或(b)项中的片段,该片段有至少18个碱基,且在严紧条件下可与a)项或(b)项中的片段杂交。
两序列之间的同源程度(序列同一性百分比)是可以确定的,例如,以用于该目的的一般计算机程序来对两个序列进行比较。Devereux等在核酸研究12:387中公开的GAP程序是一种适合的程序。GAP程序用了Needleman和Wunsch在分子生物学杂志(1970)48:433中提出,由Smith和Waterman在Adv.Appl.Math.(1981)2:482中修订的对比法。简言之,GAP程序定义了同一性百分比为,将两个序列中较短的一个的标记总数除经序列对比同一的标记(即,核酸或氨基酸)数。
此处所用术语“严紧条件”包括本领域技术人员所知的条件,在该条件下核酸序列可与下列物质杂交:(a)含蛋白编码序列且经分离纯化的核酸分子,所述蛋白具有此处所公开氨基酸序列,或(b)与(a)项中核酸序列互补的核酸序列。在严紧条件下筛选多核苷酸可依照自然,313:402-404(1985)中所述的方法进行。能与本发明中的多核苷酸在严紧条件下进行杂交的多核苷酸可以是,例如,所公开DNA序列的等位基因变异体,也可能是其它来源的多核苷酸。一般的核酸杂交方法如Sambrook等在“分子克隆实验手册,第二版,冷泉港实验室,冷泉港,纽约(1984)”;和Haymes等在“核酸杂交:实用方法”IRL出版社,华盛顿特区(1985)中所述,这两篇文献,在本发明中全文引用作为参考文献。
本发明在另外一个实施例中提供了:(a)经分离纯化的核酸序列,该核酸序列含编码全部或部分具有如SEQ ID NO:4(OATP-RP2)所示氨基酸序列的蛋白的核酸序列;或(b)与(a)项中核酸序列互补的核酸序列;(c)与(a)项中核酸序列同一性至少为80%,优选至少90%,更优选至少95%,最优选至少98%的核酸序列;或(d)(a)或(b)中的片段,该片段至少含18个碱基,且可与(a)或(b)在严紧条件下杂交。
本发明提供另一实施例:(a)经分离纯化的核酸序列,该核酸序列含编码全部或部分具有如SEQ ID NO:6(OATP-RP3)所示氨基酸序列的蛋白的核酸序列;或(b)与(a)项中核酸序列互补的核酸序列;(c)与(a)项中核酸序列同一性至少为80%,优选至少90%,更优选至少95%,最优选至少98%的核酸序列;或(d)(a)或(b)中的片段,该片段至少含18个碱基,且可与(a)或(b)在严紧条件下杂交。
本发明提供另一实施例:(a)经分离纯化的核酸序列,该核酸序列含编码全部或部分具有如SEQ ID NO:8(OATP-RP4)所示氨基酸序列的蛋白的核酸序列;或(b)与(a)项中核酸序列互补的核酸序列;(c)与(a)项中核酸序列同一性至少为80%,优选至少90%,更优选至少95%,最优选至少98%的核酸序列;或(d)(a)或(b)中的片段,该片段至少含18个碱基,且可与(a)或(b)在严紧条件下杂交。
本发明提供另一实施例:(a)经分离纯化的核酸序列,该核酸序列含编码全部或部分具有如SEQ ID NO:10(OATP-RP5)所示氨基酸序列的蛋白的核酸序列;或(b)与(a)项中核酸序列互补的核酸序列;(c)与(a)项中核酸序列同一性至少为80%,优选至少90%,更优选至少95%,最优选至少98%的核酸序列;或(d)(a)或(b)中的片段,该片段至少含18个碱基,且可与(a)或(b)在严紧条件下杂交。
本发明提供另一实施例:(a)经分离纯化的核酸序列,该核酸序列含编码全部或部分具有如SEQ ID NO:12(OATP-RP1)所示氨基酸序列的蛋白的核酸序列;或(b)与(a)项中核酸序列互补的核酸序列;(c)与(a)项中核酸序列同一性至少为80%,优选至少90%,更优选至少95%,最优选至少98%的核酸序列;或(d)(a)或(b)中的片段,该片段至少含18个碱基,且可与(a)或(b)在严紧条件下杂交。
本发明提供另一实施例:(a)经分离纯化的核酸序列,该核酸序列含如SEQ ID NO:1(OATP2)所示的序列;或(b)与(a)项中核酸序列互补的核酸序列;(c)与(a)项中核酸序列同一性至少为80%,优选至少90%,更优选至少95%,最优选至少98%的核酸序列;或(d)(a)或(b)中的片段,该片段至少含18个碱基,且可与(a)或(b)在严紧条件下杂交。
本发明又提供:(a)经分离纯化的核酸序列,该核酸序列含如SEQID NO:3(OATP-RP2)所示的序列;或(b)与(a)项中核酸序列互补的核酸序列;(c)与(a)项中核酸序列同一性至少为80%,优选至少90%,更优选至少95%,最优选至少98%的核酸序列;或(d)(a)或(b)中的片段,该片段至少含18个碱基,且可与(a)或(b)在严紧条件下杂交。
本发明还提供:(a)经分离纯化的核酸序列,该核酸序列含如SEQ ID NO:5(OATP-RP3)所示的序列;或(b)与(a)项中核酸序列互补的核酸序列;(c)与(a)项中核酸序列同一性至少为80%,优选至少90%,更优选至少95%,最优选至少98%的核酸序列;或(d)(a)或(b)中的片段,该片段至少含18个碱基,且可与(a)或(b)在严紧条件下杂交。
本发明进一步提供:(a)经分离纯化的核酸序列,该核酸序列含如SEQ ID NO:7(OATP-RP4)所示的序列;或(b)与(a)项中核酸序列互补的核酸序列;(c)与(a)项中核酸序列同一性至少为80%,优选至少90%,更优选至少95%,最优选至少98%的核酸序列;或(d)(a)或(b)中的片段,该片段至少含18个碱基,且可与(a)或(b)在严紧条件下杂交。
本发明提供:(a)经分离纯化的核酸序列,该核酸序列含如SEQID NO:9(OATP-RP5)所示的序列;或(b)与(a)项中核酸序列互补的核酸序列;(c)与(a)项中核酸序列同一性至少为80%,优选至少90%,更优选至少95%,最优选至少98%的核酸序列;或(d)(a)或(b)中的片段,该片段至少含18个碱基,且可与(a)或(b)在严紧条件下杂交。
本发明提供:(a)经分离纯化的核酸序列,该核酸序列含如SEQID NO:11(OATP-RP1)所示的序列;或(b)与(a)项中核酸序列互补的核酸序列;(c)与(a)项中核酸序列同一性至少为80%,优选至少90%,更优选至少95%,最优选至少98%的核酸序列;或(d)(a)或(b)中的片段,该片段至少含18个碱基,且可与(a)或(b)在严紧条件下杂交。
本发明还包括带有一个或多个结构突变的本发明所公开的多核苷酸和氨基酸序列,所述突变包括替代,缺失或插入突变。例如,信号肽可能缺失,或者由于保守性氨基酸的替换而产生的仍具有生物学能力或活性的蛋白。
本发明还包括,含本发明中的核酸分子或其中的寡核苷酸片段,及有效地连接到上述核酸分子或其中的寡核苷酸片段上的表达控制序列的重组分子。也提供含本发明所述重组分子的转化宿主细胞。
另一方面,本发明的特色在于,提供了一种细胞或经纯化的细胞的制品,所述细胞包含编码本发明中OATP的新基因或误表达编码本发明中OATP的基因。所述细胞制品可包括人或非人细胞,如啮齿动物,小鼠或大鼠细胞,兔细胞,非人灵长类动物细胞,或猪细胞。在优选实施例中,所述单个或多个细胞包括OATP转基因,例如,OATP基因的异源形式,例如,人的基因(在非人细胞情况下)。OATP转基因可能误表达,如过表达或低表达。在其它优选实施例中,所述单个或多个细胞包括误表达内源OATP基因的基因,例如,某基因的表达遭到破坏,如:剔除。这样的细胞可作为模型,来研究与经突变或误表达OATP等位基因相关的紊乱,以用于药物筛选。
更进一步,本发明提供包含本发明中核酸分子的质粒。本发明还包括含此处所公开核酸序列的载体,以及包含所述载体的宿主细胞。
本发明还包括新的OATP,或其中的活性部分。该蛋白或其中一部分的具有生物学能力或活性的形式,也指所述的“活性OATP或其中部分”。
本发明还进一步包括对本发明中的OATP或该蛋白的一部分的抗原表位具有特异性的抗体。这些抗体可以为多克隆抗体或单克隆抗体。所述抗体可以经可检测的底物所标记,进而用于,例如在组织和细胞中检测本发明中的新OATP。另外,本发明中的抗体或其中部分,可用于制造定向抗体以破坏OATP表达细胞(如,抗体-毒素融合蛋白或放射性标记抗体)。
本发明还公开了核酸探针的构建,该探针编码本发明中的一种新OATP部分或全部,或该蛋白的一部分。从而本发明还涉及核酸探针,其中的核酸序列编码表现本发明中新OATP特性的蛋白或仅属于该蛋白的多肽的特征。探针可以是已经标记的,例如,用可检测的(如,放射性的)底物标记,以便用于从核苷酸混合物中挑选出编码具有本发明中新OATP特性的蛋白的核苷酸序列。
本发明还提供转基因的非人动物(如,啮齿动物,如,大鼠或小鼠,兔或猪)或胚胎,它们的生殖细胞和体细胞中均含有本发明中的重组分子,优选的重组分子含编码本发明中OATP或其中一部分的核酸分子。上述重组分子所包含的编码本发明中OATP或其中部分的核酸分子可以具有结构突变,或者含编码本发明中OATP或其中部分的核酸分子,而其中有一个或多个调节元件与调控天然蛋白表达的调控元件不同。在另一优选实施例中,所述动物具有误表达或非表达的OATP基因,如,剔除。这样的转基因动物可作为模型,来研究与经突变或误表达本发明OATP等位基因相关的紊乱。
本发明还进一步涉及检验可与本发明中新OATP相结合的底物的方法,该方法包括,在允许底物与本发明中新OATP蛋白或其部分之间形成复合物的条件下,使底物与OATP蛋白或其部分相互作用,然后分析底物-OATP复合物,自由底物,非结合OATP或OATP的激活。
本发明的实施例提供了检验可与本发明中新OATP,其同功型,或部分蛋白相结合的底物的方法,该方法包括,在允许底物-转运蛋白复合物形成的条件下,使本发明中新OATP,其同功型,或部分蛋白与至少一种与本发明中新OATP,其同功型,或部分蛋白具有潜在结合能力的底物相互作用,然后分析底物-转运蛋白复合物,自由底物,非结合OATP蛋白或OATP的激活。在该方法的优选实施例中,证明了底物可与本发明中新OATP,其同功型,或部分蛋白结合,并由其转运。
本发明还提供筛选具有潜在药物用途的本发明中新OATP的刺激物或拮抗物的方法。该方法包括在已知的可由本发明中OATP转运的化合物存在的条件下,向表达本发明中新OATP的细胞中添加待测试剂,然后检测上述已知化合物的转运的增加或抑制。
本发明中的一种OATP也可以用于验证可被转运到器官,例如,肝脏中去的化合物。研究中发现的可主动转运到肝脏中的化合物,在其它以肝脏为靶器官的治疗过程中作为载体是有用的。
包括本发明的OATP或其中的片段(或编码所述OATP的核酸或其中的片段)以及一个或多个附加成分,如载体,稀释剂或溶剂的组合物也是包括在本发明的范围内的。添加的成分可以使上述组合物在体内,体外,制药或兽医领域中具有应用价值。
本发明中OATP的刺激物和拮抗剂也在本发明的范围之内。药物刺激物和/或拮抗物有利于提高或降低由本发明中的OATP转运的化合物的流量。上述本发明中的刺激物或拮抗物优选地与可接受的载体,稀释剂或溶剂一起使用。
本发明的另一方面涉及对具有某种发病倾向的哺乳动物,例如人,的治疗方法,如以本发明的OATP的异常,非所需水平或生物活性为特征的疾病。另外,本发明还包括治疗具有肝病的危险的哺乳动物,例如人,的方法。由于OATP2在肝脏中专一性表达,因此对OATP2最佳的化合物是针对肝脏的运输中有用。这些化合物本身可能是具有治疗作用的,或是作为其它对肝脏有治疗作用的化合物有益的伴侣。另外,阻碍OATP2-化合物之间的相互作用,可以降低由肝脏的第一步的提取,从而提高胞质浓度和系统的药物半衰期,由此提供利用价值。
包含全部或部分本发明中OATP的融合蛋白也包含在本发明的范围内。
本发明的主要目的是通过验证此处所公开的核酸和氨基酸序列对新的人OATPs进行鉴定。本发明的另一个目的是提供上述的cDNA,OATP蛋白,对所述新OATPs特异的单克隆抗体,包含本发明中OATP蛋白中的一部分的融合蛋白,新的OATP的刺激物和/或拮抗物的使用方法。
附图的简要描述
图1是RNA印迹,结果表明OATP2,OATP-RP1,OATP-RP2,OATP-RP3,OATP-RP4,OATP-RP5的mRNA组织分布。各栏中各组织的缩写在下面作了注释。
图2是表明OATP2转运帕伐他丁(pravastatin),脱氢表雄酮硫酸盐(DHEAS),牛磺胆酸盐,和甲状腺激素(T)。图2A表明[3H]-帕伐他丁(pravastatin)和[3H]-DHEAS的特异摄入。图2B表示[3H]-牛磺胆酸盐的特异摄入。C区表示[125I]-甲状腺激素的特异摄入。在过量的非标记底物存在(空心棒)或不存在(实心棒)下确定经pCEPOATP-RP1或空载体(MOCK)转化的细胞对放射性标记的底物在5分钟内的摄入量。
图3是OATP家族成员的序列对比结果。人OATP2,OATP-RP1,OATP-RP2,OATP-RP3,OATP-RP4,OATP-RP5的蛋白序列与其它已知的OATP家族成员相对比。用粗体表示的是共有序列。在给定的位置,12个序列中的至少6个是同一的则表明为共有序列。与共有序列吻合的残基用大写形式表示。
发明详述
除非其它特殊情况下的定义,下述术语的定义在本说明书中全文适用。
“克隆”-从遗传物质,例如基因组,基因组文库,cDNA文库中,对特定的基因进行分离,整合到质粒或其它载体上;
“编码区”-核酸序列中编码活性蛋白的区域;
“OATP”器官阴离子转运蛋白;
“严紧条件”(用于核酸杂交)DNA印迹中用0.1X SSC和0.1%SDS在至少约65℃条件下洗膜。见Maniatis等,分子克隆:实验手册,冷泉港实验室,冷泉港,纽约(1982);相关领域的技术人员可以认识到次严紧条件(例如,1X或2X SSC,和0.1%SDS)可应用在,用此处所公开的新序列来验证编码新OATPs的核酸序列中;
“RNA印迹”通过与互补的核酸杂交,来检验特定的RNA片段的方法,上述的互补核酸,典型地为cDNA或寡核苷酸;
“开放阅读框”或“ORF”包含一系列编码氨基酸的核酸三联体密码但缺少任何终止密码的DNA序列;
“质粒”在微生物细胞质中能自主复制的DNA成分;
“启动子”DNA上的一个区域,RNA聚合酶与该区域结合并起始转录;
“DNA印迹”通过与互补的核酸杂交,来检验特定的DNA片段的方法,上述的互补核酸,典型的为cDNA或寡核苷酸;
“转运”物质穿过生物膜的运动,通过测定这样的底物结合于转运蛋白上穿越细胞膜后的重新分布情况来确定。
对于本说明书中其它术语的定义,参见F.Sherman等,酵母遗传学方法实验操作手册,冷泉港实验室,冷泉港,纽约(1987)和Lewin,B.,基因IV,牛津大学出版社,牛津(1990)。缩写词语的定义参见Aldrichimica Acta,Vol.17,No.1(1984)。
使用和应用
本发明的新的器官阴离子转运蛋白与该家族已知转运蛋白的氨基酸序列的对比见图3。本发明中的序列与已知的器官阴离子转运蛋白之间的序列同源性程度说明,本发明中的蛋白是器官阴离子转运蛋白。
本领域的技术人员可以确信,OATP蛋白参与将化合物向肝脏转运的过程。本领域的普通技术人员可以利用本发明中的OATP蛋白来分析可以提高或降低化合物转运到肝脏中效率的试剂,或用来分析可由本发明中的OATPs转运的化合物,该化合物可用作载体将特定器官(例如,肝脏)所需的化合物引入该器官中。
因此,提高或降低由本发明的OATPs转运的物质的效率的试剂,经鉴定为载体的试剂,对治疗肝脏疾病都是有用的。
由于本发明中的OATPs中的一些是组织特异/选择性的(例如,OATP2-肝脏;OATP-RP4-心脏和骨骼肌,OATP-RP5-脑和睾丸)化合物特异性成为这些OATPs特异底物的组成部分,也成为由这些OATPs转运的分子载体的组成部分。由本发明中上述OATPs转运的试剂可以由此转运到一些可表达OATPs的组织中,但不能转运到缺少上述OATPs的组织中,由此完成了组织特异性定位。
本发明中的OATP核酸序列或反义核酸,可能是有用的治疗和诊断试剂。对于这样的基因治疗,核酸可以整合到载体和/或如下述描述及本领域中的详细描述明确表达。
本发明还为预测对药物反应的诊断遗传筛选提供了基础。此处公开并要求保护的转运蛋白中的至少一种是已知药物的转运蛋白(也就是说,OATP2转运帕伐他丁(pravastatin)到肝细胞中)。此处公开的其它转运蛋白也类似地将其它药物转运到组织中。本领域的技术人员可以:(1)通过各种测序方法在一般的群体中筛选该转运蛋白基因的等位基因变异体(基因型);和(2)确定病人中这些转运蛋白基因型与对经转运的药物在临床试验中的反应之间的相互关系。特殊的等位基因变异体在转运药物过程中效率或高或低,这与药物的功效有关。从而所要求的转运蛋白基因型可能形成预测病人药物治疗反应的临床诊断实验基础。
本领域的技术人员可以使用本发明提供的多肽和核酸来制备载体,细胞或细胞系或抗体。所有这些对确定OATP正负调节剂(即,刺激物和/或拮抗物)和OATP载体的分析是有用的。此处所用的术语“正调节剂”是指可以提高化合物转运到器官例如,肝脏中的效率或数量的试剂或化合物,或可以降低化合物转运到器官中的效率或数量的试剂或化合物。术语“负调节剂”是指可掺入到第二种化合物中并阻止第二种化合物转入或转出细胞的化合物。此处的术语“载体”是指由本发明的OATP转运的试剂或化合物,它能够结合到另一种化合物中或辅助另一种化合物,伴随其进入器官,如肝脏。载体包括某种介质,该介质用于运载某种化合物进入器官,非如此该化合物不会进入所述器官,还包括可以使能由OATP转运进入器官的化合物的转化增加的试剂。
人们可以将OATP调节剂和载体用于各种哺乳动物种中,例如,猴,狗,猫,小鼠,大鼠,人等。通过已知的方法,医药领域的技术人员能将OATP调节剂和载体结合到常规的系统给药形式中,例如,片剂,胶囊,酏剂或可注射形式。以上给药形式也包括任何必须的生理上可接受的载体物质,赋形剂,滑润剂,缓冲物,抗菌剂,填充剂(如甘露醇),抗氧化剂(抗坏血酸或酸性亚硫酸盐)等。
制备过程
概述
本说明书公开了人OATPs的全长cDNA克隆和功能性表达,特别是OATP2(SEQ ID NO:1)的核酸序列,(SEQ ID NO:2)的氨基酸序列,OATP-RP2(SEQ ID NO:3)的核酸序列,OATP-RP2(SEQ ID NO:4)的氨基酸序列,OATP-RP3(SEQ ID NO:5)的核酸序列,OATP-RP3(SEQ ID NO:6)的氨基酸序列,OATP-RP4(SEQ ID NO:7)的核酸序列,OATP-RP4(SEQ ID NO:8)的核酸序列,OATP-RP5(SEQID NO:9)的核酸序列,OATP-RP5(SEQ ID NO:10)的氨基酸序列,OATP-RP1(SEQ ID NO:11)的核酸序列,OATP-RP1(SEQ ID NO:12)的氨基酸序列。
含编码上述OATPs的核酸序列的DNA克隆已于1999年4月20日,交“美国典型培养物保藏中心”(“ATCC”)(10801UniversityBlvd.Manassas.VA 20110-2209)并获得了下列ATCC登记号,207209(OATP-RP3),207210(OATP-RP4),207211(OATP-RP5),207212(OATP-RP2),207213(OATP2),和207214(OATPRP1)。
本文所指的保藏物将根据国际承认的,用于专利程序的微生物保藏的布达佩斯条约的条款保藏。这些保藏仅为本领域技术人员提供方便,而不是承认根据35 U.S.C 112保藏是必需的。保藏物中所含的多核苷酸序列以及该序列编码的多肽的氨基酸序列引入本文作参考,并且在与本文的序列描述有抵触时,以前者为准。制造、使用或销售保藏物需经许可,而本文不授予这种许可。
核酸
利用此处已公开的OATP基因序列,本领域的技术人员能够用已知的方法获得本发明的OATP核酸。所述方法包括:(1)DNA和RNA印迹;(2)Western免疫印迹;(3)化学合成;(4)由引物通过多聚酶链式反应(PCR)合成;(5)表达克隆;(6)负cDNA克隆。
本发明中优选的核酸序列包括下列序列(优选的编码序列在其下示出):OATP2(SEQ ID NOS:1和2):CGGACGCGTG  GGCGGACGCG  TGGGTCGCCC  ACGCGTCCGA CTTGTTGCAG        50TTGCTGTAGG  ATTCTAAATC  CAGGTGATTG  TTTCAAACTG AGCATCAACA       100ACAAAAACAT  TTGTATGATA  TCTATATTTC  AATC ATG GAC CAA AAT CAA    149
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                                     CC CACGCGTCCG       12GCGAGGAGCT GTGCCTTCCA CCTCTCCAGC CCCGGCAGGA CGGGGGCGGC       62CGCCGCGAAC CCGGGGCGGG GACAGCACGC AGCCTCGAGG CGCGCACCCC       112CGCCCGGCAG CGGCCCCGAC ACCCGGGGCG AGCGGGAAAG CGGCAGCGGC       162GGCGGCGGCG GCGGCGGCGG GGGAAGG ATG CAG GGG AAG AAG CCG GGC    210
                           M   Q   G   K   K   P   GGGT TCG TCG GGC GGC GGC CGG AGC GGC GAG CTG CAG GGG GAC      252G   S   S   G   G   G   R   S   G   E   L   Q   G   DGAG GCG CAG AGG AAC AAG AAA AAG AAA AAG AAG GTG TCC TGC      294E   A   Q   R   N   K   K   K   K   K   K   V   S   CTTT TCC AAC ATC AAG ATC TTC CTG GTG TCC GAG TGC GCC CTG     336F   S   N   I   K   I   F   L   V   S   E   C   A   LATG CTG GCG CAG GGC ACG GTG GGC GCC TAC CTG GTG AGC GTC   378M   L   A   Q   G   T   V   G   A   Y   L   V   S   VCTG ACC ACC CTG GAG CGT AGG TTC AAC CTG CAG AGC GCT GAC   420L   T   T   L   E   R   R   F   N   L   Q   S   A   DGTG GGT GTG ATC GCT AGC AGC TTC GAG ATC GGG AAC CTG GCG   462V   G   V   I   A   S   S   F   E   I   G   N   L   ACTC ATC CTC TTC GTG AGC TAC TTC GGG GCA CGC GGG CAC CGG   504L   I   L   F   V   S   Y   F   G   A   R   G   H   RCCG CGC CTG ATC GGC TGC GGC GGC ATC GTC ATG GCG CTG GGC   546P   R   L   I   G   C   G   G   I   V   M   A   L   GGCG CTG CTG TCG GCG CTG CCC GAG TTC CTG ACC CAC CAG TAC   588A   L   L   S   A   L   P   E   F   L   T   H   Q   YAAG TAC GAG GCG GGC GAG ATC CGC TGG GGC GCC GAG GGC CGC   630K   Y   E   A   G   E   I   R   W   G   A   E   G   RGAC GTC TGC GCA GCC AAC GGC TCG GGC GGC GAC GAG GGG CCC   672D   V   C   A   A   N   G   S   G   G   D   E   G   PGAC CCC GAC CTC ATC TGC CGC AAC CGG ACG GCT ACC AAC ATG   714D   P   D   L   I   C   R   N   R   T   A   T   N   MATG TAC TTG CTG CTC ATT GGG GCC CAG GTG CTC CTG GGC ATC   756M   Y   L   L   L   I   G   A   Q   V   L   L   G   IGGT GCT ACC CCT GTG CAG CCC CTG GGC GTC TCC TAC ATC GAC   798G   A   T   P   V   Q   P   L   G   V   S   Y   I   DGAC CAC GTG CGG AGG AAG GAC TCC TCG CTC TAT ATA GGA ATC   840D   H   V   R   R   K   D   S   S   L   Y   I   G   ICTG TTC ACG ATG CTG GTA TTT GGA CCA GCC TGC GGG TTT ATC   882L   F   T   M   L   V   F   G   P   A   C   G   F   ICTG GGC TCT TTC TGT ACC AAA ATC TAC GTG GAT GCG GTC TTC   924L   G   S   F   C   T   K   I   Y   V   D   A   V   FATT GAC ACA AGT AAC CTG GAC ATC ACT CCG GAC GAC CCC CGC   966I   D   T   S   N   L   D   I   T   P   D   D   P   RTGG ATC GGA GCC TGG TGG GGT GGC TTT CTG CTC TGC GGT GCC   1008W   I   G   A   W   W   G   G   F   L   L   C   G   ATTA CTC TTC TTC TCT TCC CTC TTG ATG TTT GGG TTT CCA CAG   1050L   L   F   F   S   S   L   L   M   F   G   F   P   QTCC CTG CCC CCG CAC TCA GAC CCC GCC ATG GAA AGC GAG CAG   1092S   L   P   P   H   S   D   P   A   M   E   S   E   QGCC ATG CTC TCC GAA AGA GAA TAC GAG AGA CCC AAG CCC AGC   1134A   M   L   S   E   R   E   Y   E   R   P   K   P   SAAC GGG GTC CTG AGG CAC CCC CTG GAG CCA GAC AGC AGT GCC   1176N   G   V   L   R   H   P   L   E   P   D   S   S   ATCC TGT TTC CAG CAG CTG AGA GTG ATC CCG AAG GTC ACC AAG   1218S   C   F   Q   Q   L   R   V   I   P   K   V   T   KCAC CTG CTC TCA AAC CCT GTG TTC ACC TGC ATC ATC CTG GCC   1260H   L   L   S   N   P   V   F   T   C   I   I   L   AGCC TGC ATG GAG ATT GCA GTG GTG GCT GGC TTC GCT GCC TTT   1302A   C   M   E   I   A   V   V   A   G   F   A   A   FTTG GGG AAG TAC CTG GAG CAG CAG TTT AAC CTC ACC ACC TCT   1344L   G   K   Y   L   E   Q   Q   F   N   L   T   T   STCT GCC AAC CAG CTG CTT GGG ATG ACT GCG ATC CCG TGT GCT   1386S   A   N   Q   L   L   G   M   T   A   I   P   C   ATGT CTG GGT ATC TTC CTG GGA GGT CTT TTG GTG AAG AAG CTC   1428C   L   G   I   F   L   G   G   L   L   V   K   K   LAGC CTG TCT GCC CTG GGG GCC ATT CGG ATG GCC ATG CTC GTC   1470S   L   S   A   L   G   A   I   R   M   A   M   L   VAAC CTG GTG TCC ACT GCT TGC TAC GTC TCC TTC CTC TTC CTG   1512N   L   V   S   T   A   C   Y   V   S   F   L   F   LGGC TGC GAC ACT GGC CCT GTG GCT GGG GTT ACT GTT CCC TAT   1554G   C   D   T   G   P   V   A   G   V   T   V   P   YGGA AAC AGC ACA GCA CCT GGC TCA GCC CTG GAC CCC TAC TCG   1596G   N   S   T   A   P   G   S   A   L   D   P   Y   SCCC TGC AAT AAT AAC TGT GAA TGC CAA ACC GAT TCC TTC ACT   1638P   C   N   N   N   C   E   C   Q   T   D   S   F   TCCA GTG TGT GGG GCA GAT GGC ATC ACC TAC CTG TCT GCC TGC   1680P   V   C   G   A   D   G   I   T   Y   L   S   A   CTTT GCT GGC TGC AAC AGC ACG AAT CTC ACG GGC TGT GCG TGC   1722F   A   G   C   N   S   T   N   L   T   G   C   A   CCTC ACC ACC GTC CCT GCT GAG AAC GCA ACC GTG GTT CCT GGA   1764L   T   T   V   P   A   E   N   A   T   V   V   P   GAAA TGC CCC AGT CCT GGG TGC CAA GAG GCC TTC CTC ACT TTC   1806K   C   P   S   P   G   C   Q   E   A   F   L   T   FCTC TGT GTG ATG TGT ATC TGC AGC CTG ATC GGT GCC ATG GCA   1848L   C   V   M   C   I   C   S   L   I   G   A   M   ACAG ACA CCC TCA GTC ATC ATC CTC ATC AGG ACA GTC AGC CCT   1890Q   T   P   S   V   I   I   L   I   R   T   V   S   PGAA CTC AAG TCT TAC GCT TTG GGA GTT CTT TTT CTC CTC CTT   1932 E   L   K   S   Y   A   L   G   V   L   F   L   L   LCGT TTG TTG GGC TTC ATC CCT CCA CCC CTC ATC TTC GGG GCT   1974R   L   L   G   F   I   P   P   P   L   I   F   G   AGGC ATC GAC TCC ACC TGC CTG TTC TGG AGC ACG TTC TGT GGG   2016G   I   D   S   T   C   L   F   W   S   T   F   C   GGAG CAA GGC GCC TGC GTC CTC TAC GAC AAT GTG GTC TAC CGA   2058E   Q   G   A   C   V   L   Y   D   N   V   V   Y   RTAC CTG TAT GTC AGC ATC GCC ATC GCG CTC AAA TCC TTC GCC   2100Y   L   Y   V   S   I   A   I   A   L   K   S   F   ATTC ATC CTG TAC ACC ACC ACG TGG CAG TGC CTG AGG AAA AAC   2142F   I   L   Y   T   T   T   W   Q   C   L   R   K   NTAT AAA CGC TAC ATC AAA AAC CAC GAG GGC GGG CTG AGC ACC   2184Y   K   R   Y   I   K   N   H   E   G   G   L   S   TAGT GAG TTC TTT GCC TCT ACT CTG ACC CTA GAC AAC CTG GGG   2226S   E   F   F   A   S   T   L   T   L   D   N   L   GAGG GAC CCT GTG CCC GCA AAC CAG ACA CAT AGG ACA AAG TTT   2268R   D   P   V   P   A   N   Q   T   H   R   T   K   FATC TAT AAC CTG GAA GAC CAT GAG TGG TGT GAA AAC ATG GAG   2310I   Y   N   L   E   D   H   E   W   C   E   N   M   ETCC GTT TTA TAG TGACTAAAGG AGGGCTGAAC TCTGTATTAG TAATCCAAGG 2362S   V   L   *GTCATTTTTT TCTTAAAAAA AGAAAAAAAG GTTCCAAAAA AAACCAAAAC    2412TCAGTACACA CACACAGGCA CAGATGCACA CACACGCAGA CAGACACACC    2462GACTTTGTCC TTTTTCTCAG CATCAGAGCC AGACAGGATT CAGAATAAGG    2512AGAGAATGAC ATCGTGCGGC AGGGTCCTGG AGGCCACTCG CGCGGCTGGG    2562CCACAGAGTC TACTTTGAAG GCACCTCATG GTTTTCAGGA TGCTGACAGC    2612TGCAAGCAAC AGGCACTGCC AAATTCAGGG AACAGTGGTG GCCAGCTTGG    2662AGGATGGACA TTTCTGGATA CACATACACA TACAAAACAG AAAACATTTT    2712TTAAAAGAAG TTTCCTAAAA TAAAAAAAAT AAAAAAAAAA AAAAA         2757
OATP-RP4(SEQ ID NOS:7和8)(第713位核苷酸标为Y可以是胞嘧啶C(这种情况下,其所编码的氨基酸X为亮氨酸)或胸腺嘧啶T(这种情况下,其所编码的氨基酸X为苯丙氨酸);第2397位核苷酸标为K可以是鸟嘌呤G(这种情况下,其所编码的氨基酸X为甘氨酸)或胸腺嘧啶T(这种情况下,其所编码的氨基酸为缬氨酸);CTGATTTCTC TTCGGCTGGA CGGAGGCTGC CTCCTCACGC GGCTCCCAAC      50TATTCCCGTA GCTCAGTGCC CCCCTCCCGC CGCTCTACTC AGCCAGGCAG     100ACAGACTGAC AGACTCGCTA GTCGGCAGCT TCACTCCCGA GGGTGCCGCG     150AGCCCAGGGG GCGAACACCC GGTACCCCTG GCGCAGCGAG GTGGGATGCT     200GTACGGACAG CAGCGCTAAG TGCCCCCCCA CCCCCGGCGC AGGGTGCACT     250CGCTCCTGGC CGCGGGCCCA GCGGCGGCGG CGGCGGCGGC GGCGGAGGGG     300ATGAGCCCGG GACGCGCGAG GCGCCTGCCT CAAGCTACCG CCCGGAGAGG     350GACGCCGAGT AGGGCTCATC GCAGTACCGC GCGGACCCCT GCCCCCTGTG     400GCACGCGGCT GCGGAGCCTT GAAGCCGTGT CTGTGATCAG GATGCACTGG     450GCGCCTCGCA GCTGGTGAGG ATGCCCTGCT GCGCGGCCCT GCGCCCCCAG     500CCCCAGTCCC AGGTGGGCAA GACTGACTGG GCCCGGCTTC GGCCCCTCGT     550GCCGGTGGAT GAAACGTGCC GGAGTGCTTG GGTGCCATCA GCTATCAAAT     600CTGAATTCTA AGCGCC ATG GAC GAA GGC ACT GGA CTG CAG CCC GGG  646
               M   D   E   G   T   G   L   Q   P   GGCG GGA GAG CAG CTG GAG GCG CCG GCC ACT GCA GAA GCT GTC    688A   G   E   Q   L   E   A   P   A   T   A   E   A   VCAA GAG AGG TGC GAG CCG GAG ACC YTC AGG TCT AAG AGT TTA    730Q   E   R   C   E   P   E   T   X   R   S   K   S   LCCG GTC CTC AGC AGC GCC TCC TGC CGG CCA AGC CTC AGT CCC    772P   V   L   S   S   A   S   C   R   P   S   L   S   PACT AGT GGA GAC GCC AAC CCG GCC TTT GGC TGT GTG GAT TCT    814T   S   G   D   A   N   P   A   F   G   C   V   D   STCG GGC CAC CAG GAG TTG AAG CAA GGC CCG AAC CCG TTG GCC    856S   G   H   Q   E   L   K   Q   G   P   N   P   L   ACCC AGT CCC TCT GCC CCG TCC ACT TCG GCG GGG CTC GGG GAC    898P   S   P   S   A   P   S   T   S   A   G   L   G   DTGT AAC CAC AGG GTG GAC CTC AGC AAA ACC TTC TCG GTG TCC    940C   N   H   R   V   D   L   S   K   T   F   S   V   STCC GCC TTG GCC ATG CTC CAG GAG AGA AGG TGC CTC TAC GTG    982S   A   L   A   M   L   Q   E   R   R   C   L   Y   VGTC CTC ACG GAT TCC CGT TGC TTC CTG GTG TGC ATG TGC TTT   1024V   L   T   D   S   R   C   F   L   V   C   M   C   FCTG ACC TTC ATC CAG GCG TTA ATG GTC TCT GGG TAC CTG AGC   1066L   T   F   I   Q   A   L   M   V   S   G   Y   L   SAGC GTA ATT ACC ACC ATT GAA AGG CGC TAC AGT CTG AAG AGT   1108S   V   I   T   T   I   E   R   R   Y   S   L   K   STCC GAG TCG GGG CTG CTG GTC AGC TGC TTT GAC ATC GGG AAC   1150S   E   S   G   L   L   V   S   C   F   D   I   G   NCTG GTG GTG GTG GTG TTC GTC AGC TAC TTC GGC GGC CGG GGT   1192L   V   V   V   V   F   V   S   Y   F   G   G   R   GCGG CGG CCC CTG TGG CTG GCC GTG GGT GGA CTC CTC ATC GCC   1234R   R   P   L   W   L   A   V   G   G   L   L   I   ATTC GGG GCA GCC CTC TTC GCC TTA CCT CAC TTC ATC TCG CCC   1276F   G   A   A   L   F   A   L   P   H   F   I   S   PCCC TAC CAG ATC CAA GAG TTG AAC GCC TCG GCC CCC AAC GAC    1318P   Y   Q   I   Q   E   L   N   A   S   A   P   N   DGGC CTG TGT CAG GGT GGC AAC TCC ACC GCC ACT TTG GAG CCT    1360G   L   C   Q   G   G   N   S   T   A   T   L   E   PCCG GCC TGT CCG AAG GAC TCG GGA GGA AAT AAT CAC TGG GTC    1402P   A   C   P   K   D   S   G   G   N   N   H   W   VTAC CTG GCT TTA TTC ATT TGC GCG CAG ATT CTC ATT GGA ATG    1444Y   L   A   L   F   I   C   A   Q   I   L   I   G   MGGC TCC ACA CCT ATT TAT ACC CTG GGA CCA ACC TAC TTA GAT    1486G   S   T   P   I   Y   T   L   G   P   T   Y   L   DGAC AAT GTC AAG AAA GAA AAC TCC TCC TTG TAC CTA GCC ATC    1528D   N   V   K   K   E   N   S   S   L   Y   L   A   IATG TAT GTC ATG GGA GCA CTT GGC CCT GCA GTG GGA TAT TTA    1570M   Y   V   M   G   A   L   G   P   A   V   G   Y   LTTA GGT GGA CTT CTT ATT GGT TTT TAT GTT GAT CCC AGA AAT    1612L   G   G   L   L   I   G   F   Y   V   D   P   R   NCCT GTT CAC CTT GAC CAG AAT GAC CCT CGT TTC ATT GGA AAC    1654P   V   H   L   D   Q   N   D   P   R   F   I   G   NTGG TGG AGT GGA TTC CTC CTT TGT GCC ATT GCA ATG TTT CTT    1696W   W   S   G   F   L   L   C   A   I   A   M   F   LGTG ATA TTC CCA ATG TTT ACT TTC CCA AAA AAG CTT CCA CCT    1738V   I   F   P   M   F   T   F   P   K   K   L   P   PCGA CAC AAG AAA AAG AAA AAG AAA AAA TTT TCT GTT GAT GCT    1780R   H   K   K   K   K   K   K   K   F   S   V   D   AGTT AGT GAT GAC GAT GTT CTG AAG GAG AAA TCA AAC AAC AGT    1822V   S   D   D   D   V   L   K   E   K   S   N   N   SGAA CAA GCG GAC AAA AAA GTT TCT TCG ATG GGA TTT GGA AAG    1864E   Q   A   D   K   K   V   S   S   M   G   F   G   KGAT GTC AGA GAC CTA CCA AGA GCA GCT GTC AGG ATC TTA AGC    1906D   V   R   D   L   P   R   A   A   V   R   I   L   SAAC ATG ACA TTC CTT TTT GTG AGT TTG TCA TAC ACA GCT GAG    1948N   M   T   F   L   F   V   S   L   S   Y   T   A   EAGT GCC ATT GTA ACT GCT TTC ATT ACC TTC ATT CCC AAG TTC    1990S   A   I   V   T   A   F   I   T   F   I   P   K   FATC GAG TCA CAG TTT GGT ATC CCA GCC TCC AAT GCC AGC ATC    2032I   E   S   Q   F   G   I   P   A   S   N   A   S   ITAC ACT GGG GTT ATT ATC GTC CCC AGT GCT GGT GTT GGT ATT    2074Y   T   G   V   I   I   V   P   S   A   G   V   G   IGTC CTC GGA GGC TAC ATT ATA AAA AAA TTG AAA CTT GGT GCC    2116V   L   G   G   Y   I   I   K   K   L   K   L   G   AAGA GAA TCT GCA AAA CTA GCA ATG ATC TGC AGT GGT GTG TCT    2158R   E   S   A   K   L   A   M   I   C   S   G   V   STTA CTA TGT TTT TCA ACC CTA TTT ATT GTT GGA TGT GAA AGC    2200L   L   C   F   S   T   L   F   I   V   G   C   E   SATT AAT CTA GGG GGC ATA AAC ATC CCT TAT ACA ACA GGA CCT    2242I   N   L   G   G   I   N   I   P   Y   T   T   G   PTCT CTC ACC ATG CCC CAT AGG AAT CTG ACA GGA AGC TGC AAC    2284S   L   T   M   P   H   R   N   L   T   G   S   C   NGTT AAT TGT GGT TGT AAA ATA CAC GAG TAT GAG CCA GTC TGT    2326V   N   C   G   C   K   I   H   E   Y   E   P   V   CGGA TCA GAT GGA ATT ACA TAC TTT AAC CCT TGT CTG GCT GGC    2368G   S   D   G   I   T   Y   F   N   P   C   L   A   GTGT GTT AAT AGT GGT AAT CTT AGC ACT GKG ATA CGG AAT TAT    2410C   V   N   S   G   N   L   S   T   X   I   R   N   YACA GAA TGC ACC TGT GTC CAA AGT CGC CAA GTG ATC ACT CCA    2452T   E   C   T   C   V   Q   S   R   Q   V   I   T   PCCC ACC GTG GGA CAG CGA AGT CAG CTC CGT GTG GTT ATT GTC    2494P   T   V   G   Q   R   S   Q   L   R   V   V   I   VAAG ACT TAT CTC AAT GAG AAC GGC TAT GCT GTG TCT GGG AAA    2536K   T   Y   L   N   E   N   G   Y   A   V   S   G   KTGT AAA CGG ACC TGC AAT ACT CTT ATC CCA TTC TTA GTT TTT    2578C   K   R   T   C   N   T   L   I   P   F   L   V   FCTT TTC ATA GTC ACC TTC ATC ACA GCA TGT GCC CAA CCA TCA    2620L   F   I   V   T   F   I   T   A   C   A   Q   P   SGCT ATC ATA GTA ACA CTC AGG TCC GTA GAA GAT GAG GAG AGA    2662A   I   I   V   T   L   R   S   V   E   D   E   E   RCCT TTT GCA CTG GGA ATG CAG TTT GTT TTG TTG CGA ACA CTT    2704P   F   A   L   G   M   Q   F   V   L   L   R   T   LGCA TAC ATT CCT ACT CCA ATC TAC TTT GGA GCA GTC ATT GAC    2746A   Y   I   P   T   P   I   Y   F   G   A   V   I   DACC ACC TGC ATG CTC TGG CAA CAG GAA TGT GGT GTG CAG GGT    2788T   T   C   M   L   W   Q   Q   E   C   G   V   Q   GTCT TGC TGG GAG TAC AAC GTG ACG TCG TTT CGT TTT GTG TAT    2830S   C   W   E   Y   N   V   T   S   F   R   F   V   YTTT GGT TTG GCT GCC GGC CTC AAA TTC GTT GGG TTT ATT TTT    2872 F   G   L   A   A   G   L   K   F   V   G   F   I   FATT TTT CTG GCC TGG TAC TCC ATA AAA TAC AAG GAG GAT GGA    2914I   F   L   A   W   Y   S   I   K   Y   K   E   D   GCTG CAG AGG CGG AGG CAG AGA GAA TTT CCC CTG AGC ACC GTG    2956L   Q   R   R   R   Q   R   E   F   P   L   S   T   VAGT GAG AGA GTG GGA CAC CCC GAC AAT GCC CGG ACT AGA TCT    2998S   E   R   V   G   H   P   D   N   A   R   T   R   STGC CCA GCT TTC AGC ACC CAG GGA GAA TTC CAC GAA GAG ACT    3040C   P   A   F   S   T   Q   G   E   F   H   E   E   TGGC CTG CAA AAA GGG ATC CAG TGC GCA GCA CAG ACC TAC CCG    3082G   L   Q   K   G   I   Q   C   A   A   Q   T   Y   PGGG CCC TTC CCA GAA GCA ATA AGT TCC TCT GCG GAC CCG GGG    3124G   P   F   P   E   A   I   S   S   S   A   D   P  GCTG GAA GAG AGC CCC GCT GCC TTG GAG CCG CCC TCC TGA        3163L   E   E   S   P   A   A   L   E   P   P   S   *AGCTTGAAAA TGGAAGAATT TAGTTTTGTT GGTTGAATTG AAAATGGCGA     3213CTTGAGAAAC AACTGTGCCT TCTTTTCTTT CTTTCTTTTT TTTAACCTCT     3263ACAGACACAA TCCTCAAACC AACAAAACTC AGTATACACA GCCGCTATTC     3313ATTGAGGGCT GGATACCTCA ACAAGACTGA GAGCCTTTCC CCGCTTCTCT     3363CCAAGAAGGA GACGTTCAGC TAGATTTGTT CCCATTTCCG TTGTGTTAAT     3413TCAAAGCTCA TGCTCCCCTA CGGTACAGGC TGAGGTACAC GGTTAGCAAA     3463ACCATGGGAA GGGGAATGGC GGTGCATATC ATTAACTAAC ACTCCAAACA     3513AAGGTGAGCT TGCCCAGGAC TTGGCATTTC CAAATCAAAG TTTTTAGATA     3563TGAACACCTA CTGTGAGTTC TGCTACAAAG CACAAATGAA TTTGTCTCAA     3613CTATGCAATT TGATTGGAAA AATGTATGTG CAGCATGTTA CATTTACTTT     3663CACGGAATAA AGCAGATATG TTTCTGAAA                            3692OATP-RP5(SEQ ID NOS:9和10):CGCAAAGAAA TGGCTCAAAA GCTTCAGCTC TTTCTGTGCC CTGGGAGCTG       50AGATGCACGT CAGTGGCCTT GCCAGCGTGG CCAATTCTCT GCTGACTGCC      100AGAAAAAAGA GGCCAGGAAG AAAGAGGAAA GAGAAGAGAT CGCTCAGGGG      150TGAGACCATG CCCTTCATCT TTTCTTTTCC CTAATCTCCT CTGCTTGTGT      200CCACCCACAC TCTCCCCACC TGGCAAAATT GTTCAAAATT GCTGTGGAGT      250TTACCTCAGT TTCCTCTTTC AGTCTGTGGT GTGTGGTCCA TCCTCTTGCT      300GAGCACATTG AAAGGAACTG GCTATCTTTG ATCTCTTCCT CCAGATCAGA      350GTCAAGGAAT GTGTTTATA ATG GAC ACT TCA TCC AAA GAA AAT ATC    396
                  M   D   T   S   S   K   E   N   ICAG TTG TTC TGC AAA ACT TCA GTG CAA CCT GTT GGA AGG CCT     438Q   L   F   C   K   T   S   V   Q   P   V   G   R   PTCT TTT AAA ACA GAA TAT CCC TCC TCA GAA GAA AAG CAA CCA     480S   F   K   T   E   Y   P   S   S   E   E   K   Q   PTGC TGT GGT GAA CTA AAG GTG TTC TTG TGT GCC TTG TCT TTT     522 C   C   G   E   L   K   V   F   L   C   A   L   S   FGTT TAC TTT GCC AAA GCA TTG GCA GAA GGC TAT CTG AAG AGC     564V   Y   F   A   K   A   L   A   E   G   Y   L   K   SACC ATC ACT CAG ATA GAG AGA AGG TTT GAT ATC CCT TCT TCA     606T   I   T   Q   I   E   R   R   F   D   I   P   S   SCTG GTG GGA GTT ATT GAT GGT AGT TTT GAA ATT GGG AAT CTC     648L   V   G   V   I   D   G   S   F   E   I   G   N   LTTA GTT ATA ACA TTT GTT AGC TAC TTT GGA GCC AAA CTT CAC     690L   V   I   T   F   V   S   Y   F   G   A   K   L   HAGG CCA AAA ATA ATT GGA GCA GGG TGT GTA ATC ATG GGA GTT     732R   P   K   I   I   G   A   G   C   V   I   M   G   VGGA ACA CTG CTC ATT GCA ATG CCT CAG TTC TTC ATG GAG CAG     774G   T   L   L   I   A   M   P   Q   F   F   M   E   QTAC AAA TAT GAG AGA TAT TCT CCT TCC TCC AAT TCC ACT CTC     816Y   K   Y   E   R   Y   S   P   S   S   N   S   T   LAGC ATC TCT CCG TGT CTC CTA GAG TCA AGC AGT CAA TTA CCA     858S   I   S   P   C   L   L   E   S   S   S   Q   L   PGTT TCA GTT ATG GAA AAA TCA AAA TCC AAA ATA AGT AAC GAA     900V   S   V   M   E   K   S   K   S   K   I   S   N   ETGT GAA GTG GAC ACT AGC TCT TCC ATG TGG ATT TAT GTT TTC     942C   E   V   D   T   S   S   S   M   W   I   Y   V   FCTG GGC AAT CTT CTT CGT GGA ATA GGA GAA ACT CCC ATT CAG     984L   G   N   L   L   R   G   I   G   E   T   P   I   QCCT TTG GGC ATT GCC TAC CTG GAT GAT TTT GCC AGT GAA GAC    1026P   L   G   I   A   Y   L   D   D   F   A   S   E   DAAT GCA GCT TTC TAT ATT GGG TGT GTG CAG ACG GTT GCA ATT    1068N   A   A   F   Y   I   G   C   V   Q   T   V   A   IATA GGA CCA ATC TTT GGT TTC CTG TTA GGC TCA TTA TGT GCC    1110I   G   P   I   F   G   F   L   L   G   S   L   C   AAAA CTA TAT GTT GAC ATT GGC TTT GTA AAC CTA GAT CAC ATA    1152K   L   Y   V   D   I   G   F   V   N   L   D   H   IACC ATT ACC CCA AAA GAT CCC CAG TGG GTA GGA GCC TGG TGG    1194T   I   T   P   K   D   P   Q   W   V   G   A   W   WCTT GGC TAT CTA ATA GCA GGA ATC ATA AGT CTT CTT GCA GCT    1236L   G   Y   L   I   A   G   I   I   S   L   L   A   AGTG CCT TTC TGG TAT TTA CCA AAG AGT TTA CCA AGA TCC CAA    1278V   P   F   W   Y   L   P   K   S   L   P   R   S   QAGT AGA GAG GAT TCT AAT TCT TCC TCT GAG AAA TCC AAG TTT    1320S   R   E   D   S   N   S   S   S   E   K   S   K   FATT ATA GAT GAT CAC ACA GAC TAC CAA ACA CCC CAG GGA GAA    1362I   I   D   D   H   T   D   Y   Q   T   P   Q   G   EAAT GCA AAA ATA ATG GAA ATG GCA AGA GAT TTT CTT CCA TCA    1404N   A   K   I   M   E   M   A   R   D   F   L   P   SCTG AAG AAT CTT TTT GGA AAC CCA GTA TAC TTC CTA TAT TTA    1446L   K   N   L   F   G   N   P   V   Y   F   L   Y   LTGT ACA AGC ACT GTT CAG TTC AAT TCT CTG TTC GGC ATG GTG    1488C   T   S   T   V   Q   F   N   S   L   F   G   M   VACG TAC AAA CCA AAG TAC ATT GAG CAG CAG TAT GGA CAG TCA    1530T   Y   K   P   K   Y   I   E   Q   Q   Y   G   Q   STCC TCC AGG GCC AAC TTT GTG ATC GGG CTC ATC AAC ATT CCA    1572S   S   R   A   N   F   V   I   G   L   I   N   I   PGCA GTG GCC CTT GGA ATA TTC TCT GGG GGG ATA GTT ATG AAA    1614A    V   A   L   G   I   F   S   G   G   I   V   M   KAAA TTC AGA ATC AGT GTG TGT GGA GCT GCA AAA CTC TAC TTG    1656K   F   R   I   S   V   C   G   A   A   K   L   Y   LGGA TCA TCT GTC TTT GGT TAC CTC CTA TTT CTT TCC CTG TTT    1698G   S   S   V   F   G   Y   L   L   F   L   S   L   FGCA CTG GGC TGT GAA AAT TCT GAT GTG GCA GGA CTA ACT GTC    1740A   L   G   C   E   N   S   D   V   A   G   L   T   VTCC TAC CAA GGA ACC AAA CCT GTC TCT TAT CAT GAA CGA GCT    1782S   Y   Q   G   T   K   P   V   S   Y   H   E   R   ACTC TTT TCA GAT TGC AAC TCA AGA TGC AAA TGT TCA GAG ACA    1824L   F   S   D   C   N   S   R   C   K   C   S   E   TAAA TGG GAA CCC ATG TGC GGT GAA AAT GGA ATC ACA TAT GTA    1866K   W   E   P   M   C   G   E   N   G   I   T   Y   VTCA GCT TGT CTT GCT GGT TGT CAA ACC TCC AAC AGG AGT GGA    1908S   A   C   L   A   G   C   Q   T   S   N   R   S   GAAA AAT ATT ATA TTT TAC AAC TGC ACT TGT GTG GGA ATT GCA    1950K   N   I   I   F   Y   N   C   T   C   V   G   I   AGCT TCT AAA TCC GGA AAT TCC TCA GGC ATA GTG GGA AGA TGT    1992A   S   K   S   G   N   S   S   G   I   V   G   R   CCAG AAA GAC AAT GGA TGT CCC CAA ATG TTT CTG TAT TTC CTT    2034Q   K   D   N   G   C   P   Q   M   F   L   Y   F   LGTA ATT TCA GTC ATC ACA TCC TAT ACT TTA TCC CTA GGT GGC    2076 V   I   S   V   I   T   S   Y   T   L   S   L   G   GATA CCT GGA TAC ATA TTA CTT CTG AGG TGC ATT AAG CCA CAG    2118I   P   G   Y   I   L   L   L   R   C   I   K   P   QCTT AAG TCT TTT GCC TTG GGT ATC TAC ACA TTA GCA ATA AGA    2160L   K   S   F   A   L   G   I   Y   T   L   A   I   RGTT CTT GCA GGA ATC CCA GCT CCA GTG TAT TTT GGA GTT TTG    2202V   L   A  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本领域的技术人员也可以对编码本发明中OATPs的核酸序列进行修饰,以制备有用的突变体。例如,可以对序列进行修饰以在核酸中提供附加的限制性内切酶识别位点。这样的突变可以是沉默的也可以由突变的密码子改变所编码的氨基酸。技术人员能制备这些突变的核酸,例如,通过突变编码本发明中OATPs的核酸序列导致缺失,替换,插入,倒位或在所编码的多肽中增加一个或多个氨基酸。关于这些定点突变的方法参见Taylor,J.W.等,(1985)核酸研究(Nucl.AcidsRes.)13,8749-64和Kunkel,J.A.(1985),美国国家科学院院刊(Proc.Natl.Acad.Sci.USA)82:482-92。另外,定点突变试剂盒可通过供应商购买(如:BioRad Laboratories,Richmond,CA;AmershamCorp.,Arlington Heights,IL)。有关破坏,缺失和切断的方法参见Sayers,J.R.等(1988)核酸研究(Nucl.Acids Res.)16:791-800。
本发明也包括经修饰的核酸,包括(1)可变剪接外显子变异体;(2)等位基因变异体;和(3)嵌合蛋白,其中的融合结构包括OATP或OATP中的片段。本领域的普通技术人员利用本发明所公开的内容可以获得此类经修饰的核酸。
表达载体
本发明进一步涉及含编码本发明的OATP的核酸序列的表达载体。优选地,表达载体包括全部或部分如SEQ ID NO:1,SEQ ID NO:3,SEQ ID NO:5,SEQ ID NO:7,SEQ ID NO:9,或SEQ ID NO:11所示的核酸序列,优选的是编码如上所示的OATP的核酸序列(即,编码区域)。
表达载体通常为质粒,但本发明包括到目前为止,本领域所知的具有等同功能的其它载体形式。本领域的技术人员也可以将OATP的编码序列稳定的整合到合适的宿主细胞的染色体中。
表达载体典型地包含能够影响OATP表达的调节元件。这些调节元件可以是异源的或天然的OATP组分。典型地,载体包括复制起点,启动子,和转录终止序列。载体还可以包括其它调节序列,包括mRNA稳定序列,该序列可使表达产物稳定;分泌引导序列,该序列可使表达产物分泌;环境反馈序列,该序列可使结构基因的表达得到调节(例如,在生长培养基中存在或缺乏营养物或其它诱导物);标记序列,该序列能在转化后的宿主细胞中提供表型选择;限制位点,该序列提供限制性内切酶的酶切位点;以及在各类宿主,包括原核生物,酵母,真菌,植物和高等真核生物中允许表达的序列。
本发明的表达载体至少具有能够引导本发明中的核酸和蛋白复制,最好是表达,的能力。合适的复制起点包括,例如,Col E1,病毒SV40,Epstein Barr病毒,和M13的复制起点。合适的启动子包括,例如巨细胞病毒启动子,lacZ启动子,gal10启动子和苜蓿银纹夜蛾核型多角体病毒(AcMNPV)多角体启动子。合适的终止序列包括,例如,牛生长激素,SV40,lacZ,和AcMNPV多角体聚腺苷酸化信号。筛选标记的例子包括新霉素,氨苄青霉素,和潮霉素之类。
本领域的技术人员能将编码本发明中的OATP的DNA插入到几种商业载体中。此类例子如,哺乳动物细胞兼容的载体,例如pcDNA3或pCEP4;杆状病毒载体,例如pBlueBac;原核载体,例如pcDNA2;和酵母载体,例如pYes2。关于载体的修饰技术,参见Sambrook等(1989)分子克隆:实验手册,第二版,冷泉港实验室,冷泉港,纽约。
宿主细胞
本发明还包括含有表达载体的宿主细胞,所述表达载体包括编码本发明中的OATP的序列,优选OATP2,OATP-RP2,OATP-RP3,OATP-RP4,OATP-RP5,OATP-RP1的编码序列。本发明中的宿主细胞优选地包含某种表达载体,该表达载体包含全部或部分已在SEQ IDNO:1,SEQ ID NO:3,SEQ ID NO:5,SEQ ID NO:7,SEQ ID NO:9,SEQ ID NO:11中公开的核酸序列,特别是其中的编码序列。合适的宿主细胞包括原核细胞(例如,大肠杆菌HB101,DH5α,XL1Blue,Y1090和JM101)和真核细胞(例如,草地夜蛾昆虫细胞,中国仓鼠卵巢细胞(CHO cell),COS-7细胞,HEK293细胞,人皮肤成纤维细胞,和酿酒酵母细胞)。
本领域的技术人员可以通过各种已知的方法将表达载体引入宿主细胞。示例性的方法如通过磷酸钙沉淀法转染,电穿孔,脂质体融合,核酸注射,病毒或噬菌体侵染。人们可以在允许大量OATP表达的条件下培养宿主细胞。
人们可以通过下述五种一般方法中的任意一种来验证此类经修饰的宿主细胞。
(a)用与编码OATP的序列互补的序列为探针进行DNA-DNA杂交(DNA印迹)。
(b)检测标记基因的功能,例如,胸腺嘧啶脱氧核苷激酶活性,抗生素抗性之类。标记基因可作为受相同或不同启动子调节的OATP序列置于同一质粒上。
(c)通过杂交分析检测mRNA的转录(例如,RNA印迹或利用与该RNA互补的探针进行核酸酶保护分析)。
(d)基因表达的免疫检测(例如,用OATP的抗体进行Westernblotting)
(e)用与表达载体序列或OATP编码序列同源的引物进行PCR。若PCR产生预期长度的DNA片段,则表明表达系统掺入了宿主细胞。
本领域的技术人员可以通过多种已知方法来确定DNA序列。参见,例如Sanger等,在美国国家科学院院刊(Proc.Natl.Acad.Sci.USA)74:5463-7中描述的双脱氧链终止法和Maxam-Gilbert法,见Maxam-Gilbert(1977)美国国家科学院院刊(Proc.Natl.Acad.Sci.USA)74:560-4。
人们可以采取现在看来是显而易见的各种方法利用本发明的宿主细胞。人们可以利用这些细胞来筛选与本发明中的OATP相结合或对所述OATP功能进行调节或调控的化合物,上述化合物可用于对OATP2,OATP-RP2,OATP-RP3,OATP-RP4,OATP-RP5,OATP-RP1的活性进行调节,例如使其激活或灭活;研究信号转导机制和蛋白-蛋白相互作用;或为下述用途制备OATP。
并非所有的表达载体和DNA调节序列都对表达本发明的DNA序列具有同等良好的功能。也不是所有的宿主细胞都适合于同一个表达系统。但本领域的技术人员依照此处所公开的指导能够在不偏离本发明的范围内,无须多余的实验即可选择出表达载体,调节序列和宿主细胞。
多肽
本发明进一步涉及含全部或部分本发明的OATP的氨基酸序列的多肽。本发明人优选包含全部或部分如SEQ ID NO:2(OATP2),SEQID NO:4(OATP-RP2),SEQ ID NO:6(OATP-RP3),SEQ ID NO:8(OATP-RP4),SEQ ID NO:10(OATP-RP5)or SEQ ID NO:12(OATPRP1)所示的氨基酸序列的多肽。当本发明中的OATP的一部分被使用时,优选与包含该部分的完整OATP具有相同生物功能的部分。例如,在本发明的范围内,是一些多肽,它们包含表现转运活性的OATP2,OATP-RP2,OATP-RP3,OATP-RP4,OATP-RP5,或OATP-RP1的全部或其中一部分。该部分可能包含一个或多个突变,因此使蛋白失去转运活性,但它们仍可以用于筛选调节或结合于该蛋白或其中一部分的化合物。
本领域的普通技术人员可以利用本领域所公知的方法制备上述多肽。例如,可以使用化学合成法,如Houghton等,(1985)美国国家科学院院刊。82:5131-5中描述的固相合成法。另一种方法是mRNA的体外转录法。人们也可以在上述宿主细胞中制造这些多肽,这是本发明优选的方法。例如,人们可以如上所述用PCR的方法合成包含全部或部分如SEQ ID NO:1,SEQ ID NO:3,SEQ ID NO:5,SEQ ID NO:7,SEQ ID NO:9,SEQ ID NO:11所示的DNA序列,将合成的序列插入表达载体,转化宿主细胞,培养宿主细胞制造所需多肽。
本领域的技术人员可以用目前已知的任何一种方法来分离纯化所得多肽:例如:离子交换层析,凝胶过滤层析,亲和层析。这样的技术有可能需要对蛋白进行修饰。例如,需要给蛋白加上组氨酸标记使之能用镍柱纯化。
本领域的技术人员能在多种领域中应用本发明的多肽。例如,人们可以利用它们制造多克隆或单克隆抗体。技术人员可以利用这些抗体进行免疫检测(例如,放射免疫分析,酶免疫分析,免疫细胞化学),对多种来源的多肽进行免疫纯化(例如,亲和层析)或免疫治疗。
本领域的技术人员可以利用已知的方法制造经修饰的OATP多肽。这种修饰可导致活性的提高或降低,获得高水平的蛋白产物,简化蛋白的纯化。这种修饰有助于检验所结合的特异OATP氨基酸,而这又转而有助于OATP调节剂的合理的药物设计。人们可以基于所包括残基的相似极性,电荷,溶解性,疏水性,亲水性,和/或两亲性,来制造氨基酸替代物。例如,带负电荷的氨基酸包括天冬氨酸,谷氨酸;带正电荷的氨基酸包括,赖氨酸,精氨酸;带有不带电荷的极性头部和具有相似的亲水性的非极性头部的氨基酸包括,包括:亮氨酸,异亮氨酸,缬氨酸,精氨酸,甘氨酸,丙氨酸,天冬酰胺,谷氨酰胺,丝氨酸,苏氨酸;苯丙氨酸,酪氨酸,所有这些经修饰的多肽均包括在本发明的范围内。
优选的类似物包括不同于本发明中新的OATPs(或其中的活性片段)的蛋白,这种不同是通过一个或多个保守氨基酸的替换,或在不影响生物活性的前提下,通过一个或多个非保守氨基酸的替换,缺失,或插入而造成的。保守替换典型的包括有由具有相似特性的氨基酸之间的替换,如下列组中各氨基酸之间的替换:缬氨酸,甘氨酸;甘氨酸,丙氨酸;缬氨酸,异亮氨酸,亮氨酸;天冬氨酸,谷氨酸;天冬酰胺,谷氨酰胺;丝氨酸,苏氨酸;赖氨酸,精氨酸;和苯丙氨酸,酪氨酸。其他的保守氨基酸之间的替换可以参考下表。
表1保守氨基酸间的替换
被替换氨基酸 代码 用下列任意一种氨基酸替换
丙氨酸 A D-Ala,Gly,beta-Ala,L-Cys,D-Cys
精氨酸 R D-Arg,Lys,D-Lys,同型-Arg,D-同型-Arg,Met,Ile,D-Met,D-Ile,Om,D-Om
天冬酰胺 N D-Asn,Asp,D-Asp,Glu,D-Glu,Gln,D-Gln
天冬氨酸 D D-Asp,D-Asn,Asn,Glu,D-Glu,Gln,D-Gln
半胱氨酸 C D-Cys,S-Me-Cys,Met,D-Met,Thr,D-Thr
谷氨酰胺 Q D-Gln. Asn,D-Asn,Glu. D-Glu,Asp,D-Asp
谷氨酸 E D-Glu,D-Asp,Asp,Asn,D-Asn. Gln,D-Gln
甘氨酸 G Ala,D-Ala,Pro,D-Pro,ss-Ala,Acp
异亮氨酸 I D-Ile,Val,D-Val,Leu,D-Leu,Met,D-Met
亮氨酸 L D-Leu,Val,D-Val,Met. D-Met
赖氨酸 K D-Lys,Arg,D-Arg,同型-Arg,D-同型-Arg,Met,D-Met,Ile,D-Ile,Om,D-Orn
甲硫氨酸 M D-Met,S-Me-Cys,Ile,D-Ile,Leu,D-Leu,Val,D-Val
苯丙氨酸 F D-Phe,Tyr,D-Thr,L-多巴,His,D-His,Trp,D-Trp,反式-3,4,或5-苯基脯氨酸,顺式-3,4,或5-苯基脯氨酸
脯氨酸 P D-Pro,L-1-硫氮杂环戊烷-4-羧酸,D-或L-1氧氮杂环戊烷-4-羧酸
丝氨酸 S D-Ser,Thr,D-Thr,别-Thr,Met,D-Met,Met(O),D Met(O),L-Cys,D-Cys
苏氨酸 T D-Thr,Ser,D-Ser,别-Thr,Met,D-Met,Met(O),  DMet(O),Val,D-Val
酪氨酸 Y D-Tyr,Phe,D-Phe,L-多巴,His,D-His
缬氨酸 V D-Val,Leu,D-Leu,Ile,D-Ile,Met,D-Met
其它包括在本发明内的是那些经修饰提高了蛋白或多肽稳定性的类似物,这样的类似物可以包括,例如,在蛋白或多肽中的一个或多个非肽键(替代肽键)。还包括含非天然存在的L-氨基酸,例如D-氨基酸或非天然存在的或合成氨基酸,例如,β或γ氨基酸残基的类似物。
本发明还包括上述多肽的许多其它变异体。这些变异体包括所述多肽的盐和酯,和上述多肽的前体(例如,具有N端取代基的如,甲硫氨酸,N-甲酰甲硫氨酸,和前导序列)。本发明包括所有这样的变异体。
检测核酸的方法
本发明进一步包括检测编码OATP蛋白的核酸的方法。在此方法中,本领域的普通技术人员(a)将未知序列的核酸与具有与已知编码序列(例如来自下列序列的至少10个核苷酸,所述序列为:SEQ IDNO:1,SEQ ID NO:3,SEQ ID NO:5,SEQ ID NO:7,SEQ IDNO:9,或SEQ ID NO:11,特别是其中的编码区域)互补的序列相接触,其中后一核酸带有可检测的标记;和(b)检测与任何未知序列的核酸相结合的标记。结合标记的存在说明有所需核酸序列存在。人们可以应用这一方法检测其它组织中的OATP核酸(其可能具有其它调节元件)和其它种(例如猴)中的核酸。
本领域的普通技术人员知道如何获得本方法中用于分析的核酸。对于基因组DNA,人们可以将组织迅速冷冻,将其挤压成易于消化的片,将经挤压的组织在蛋白酶K和SDS中温育,至大部分细胞蛋白降解。然后通过连续地经苯酚/氯仿/异戊醇抽提,使基因组DNA脱蛋白,乙醇沉淀回收DNA,干燥,悬浮于缓冲液中。对于RNA,可以在4M的胍溶液中裂解培养细胞,用20-号针吸取裂解物,由氯化铯梯度离心使RNA成球状,去除上清液,小球中即包含纯化的RNA。
可检测标记可以是连接到互补核酸的一个核苷酸上的放射性离子。尽管人们可以用其它的标记,例如生物素,但通常的放射性标记为32P和35S,本领域的普通技术人员知晓用多种方法都可以将放射性标记连接到互补核酸上,(例如用随机引物法附加32P或35S)。
本领域的普通技术人员都能知道如何用这样的方法来检测核酸。例如,可以用放射性标记的OATP互补的寡核苷酸探针进行DNA或RNA印迹。然后通过放射自显影检测杂交信号。利用不同的标记人们也可以使用其它的检测方法(例如分光光度法)。
检测OATP调节剂和由本发明中的OATPs转运的化合物的方法
本发明进一步涉及检测本发明中的OATPs的方法和检测由本发明中的OATPs(例如被转运到肝中作为其它化合物载体的化合物)转运的化合物的方法。在表达OATP的细胞中筛选OATP调节剂需要检测所结合的分子(例如,多肽,天然产物,合成化合物)。另外,筛选OATP正调节剂和/或负调节剂需要检测已知化合物转运的增加和/或抑制。筛选OATP转运化合物需要检测由OATP转运的分子(例如,多肽,天然产物,合成化合物)。
对本发明的OATPs进行克隆和测序使人们能够构建可用于筛选由OATP活性结合,调节,和/或转运的天然产物或合成化合物的细胞。检测OATP调节剂的方法需要用如上所述的方法转化合适的载体到感受态的受体细胞。人们用测试物(例如,合成化合物或天然化合物)与经转化的细胞作用,然后在测试物存在或不存在时检测其活性。
OATP分析
测定OATP活性的方法可依下述步骤进行:
在聚d赖氨酸包被的平皿中加入添加了10%的胎牛血清,及青霉素和链霉素的Dullbecco改进的Eagle培养基(DMEM),在其上涂布HEK293细胞,用Lipofectamine Plus(Life technologies,Inc)将OATP转运蛋白表达质粒共转化HEK293细胞。在底物转运24小时后分析细胞和培养基。或者,在无需感染的情况下,可直接涂布和分析为稳定表达OATPs而设计的细胞系。为测定转运,去除培养基,用无血清的DMEM培养基洗一次,加入仅含[3H]-底物或含不同浓度的非标记测试化合物的同样的培养基,对单层细胞细胞一式三份进行分析。对OATP2,[3H]-底物可以是[3H]-帕伐他丁(pravastatin),[3H]-牛磺胆酸盐,[3H]-硫酸脱氢表雄酮,或[125I]-甲状腺激素(T4)。单层细胞根据不同转运蛋白在室温下培养5到10分钟。然后细胞用含5%BSA的冰冷的DMEM快速地洗一次,用含0.1%BSA的DMEM洗两次,再用DMEM单独洗一次。用0.1N的NaOH裂解细胞,用一部分裂解物以液闪记数测定放射性同位素标记的掺入情况,另一部分以BSA作标准用Bradford分析法分析裂解物中的蛋白浓度。用每分钟每毫克细胞蛋白中转运到细胞内的底物摩尔数表示转运活性。
药物导向
表达本发明中OATP的器官也表达包含在本发明的范围内。本发明的OATPs也可用于针对表达上述OATP的特定器官(例如,肝)的导向药物,及内源底物浓度的调节。
例如,这里所公开的新器官阴离子转运蛋白,OATP2,由于具有调节细胞吸收和分泌几种具有重要生物学功能的器官阴离子的能力而代表潜在的治疗目标,所述的器官阴离子包括,胆酸和雄性激素硫酸脱氢表雄酮(“DHEAS”)。而且,由于OATP2转运至少一种药物(即,帕伐他丁(pravastatin)),而且已知这一家族的其它成员转运多种生物异源物质,则可以利用这一转运蛋白将药物从其它组织转运出和进入肝脏进行最优化。
OATP家族中,OATP2是目前唯一已知的在肝脏中专一性表达的器官阴离子转运蛋白。因而,以这种转运蛋白优化的药物比用其它已知的转运蛋白优化的药物对肝的导向运输具有更高的选择性。将这种方法一般化,可以检测某种小分子接头(由OATP2转运的化合物),这种接头可由OATP2有效地识别并转运,而OATP2又可以附加于其它以肝脏为靶器官的药物,即使上述的母核化合物并非由OATP2转运。
另外,如果治疗性化合物完全或主要通过OATP2被肝吸收,人们可以通过增加上述不能由OATP2转运的化合物的官能度来抑制肝的清除作用,并由此提高循环浓度,或提高该化合物在外周血中的半衰期。类似的,若某种内源底物通过OATP2而被肝脏吸收并在循环中清除,则竞争性或非竞争性的OATP2抑制剂可以提高所述化合物在血浆中的水平。例如,DHEAS是一种肾上腺雄激素,由实验动物数据表明它随年龄增长而衰退,事实表明DHAS缺陷的替换可以刺激年龄相关的免疫缺陷,提高认识功能和胰岛素敏感度,保持骨骼质量。通过阻碍DHEAS与OATP2的相互作用可以抑制肝对内源DHEAS的清除,导致在没有激素补充的情况下激素水平提高。
根据这里提供的信息,本领域的技术人员可以鉴定,由此处所公开的OATPs,如OATP2转运的天然存在或人工合成的分子(包括治疗性药物)。作为一类,OATPs一般表现为广泛的底物特异性(“多特异性”载体)。因而,可以预见这些转运蛋白的多种其他底物都是可以得到证明的。
基因治疗
本领域的普通技术人员可以利用正义或反义核酸作为治疗OATP相关适应症的治疗剂。可以构建载体来指导合成所需的DNA,RNA,或规划本领域所描述的核酸。
有几篇文献是描述反义分子的效用的。参见Toulme and Helene(1988),基因(Gene)72:51-8;Inouye(1988),基因(Gene),72:25-34;Uhlmann and Peyman(1990),化学综述(ChemicalReviews)90:543-584;生物技术信息观察(BiotechnologyNewswatch)(1996年1月15日,),p.4:Robertson.NatureBiotechnology 15:209(1997);Gibbons and Dzau(1996),科学(Science)272:689-93。技术人员可以以基因组DNA和/或cDNA,5’或3’侧翼控制区,其它侧翼序列,内含子序列,和在形成三股DNA时使用的非经典Waston和Crick碱基配对的序列为基础来设计它们。这样的反义分子包括反义的寡聚脱氧核糖核酸,寡聚核糖核酸,寡核苷酸类似物,诸如此类,而且可以包括15到25个碱基。
反义分子可以共价或非共价地结合到OATP DNA或RNA上。这种结合可以,例如,裂解OATP DNA或RNA,或者使OATP DNA或RNA易于裂解,提高核或细胞质中mRNA的降解,或者抑制转录,翻译,反式激活因子的结合,mRNA前体的拼接或加工。反义分子也可以包括附加的功能,如提高稳定性,向细胞内外转运,结合亲和力,靶分子的裂解,诸如此类。所有这些效果均降低OATP蛋白的表达,因此构建反义分子作为OATP调节剂是有用的。
实施例
下列实施例均包含于本发明的范围内,并非是对本发明的限制,本发明要求保护的范围仅由权利要求书中内容限定。
实施例1分离OATP2,OATP-RP1,OATP-RP2,OATP-RP3,OATP-RP4和OATP-RP5全长cDNAs并克隆到哺乳动物表达载体上
通过在公共的EST数据库中搜索人OATP同源的序列验证了人OATP2。一个EST序列Genebank登录号为T73863,编码与OATP有明显序列同一性的部分cDNA。通过在公共的EST数据库和Incyte,Inc.EST数据库中搜索人OATP同源的序列,验证了编码OATP-RP1,OATP-RP2,OATP-RP3.OATP-RP4和OATP-RP5的部分cDNA的EST序列。与OATP-RP1相关的EST克隆IDs是820117,2668489,1610706,2972518,和588148。这些克隆表示编码全长cDNA中的一部分的重叠群。与OATP-RP2相关的Incyte EST克隆IDs是1664737和2641944。这些克隆表示编码全长cDNA中的一部分的重叠群。与OATP-RP3相关的Incyte EST克隆IDs是2493241,2497845,和2664024。这些克隆表示编码全长cDNA中的一部分的重叠群。与OATP-RP4相关的Incyte EST克隆IDs是1494683和1685219。这些克隆表示编码全长cDNA中的一部分的重叠群。与OATP-RP5相关的Incyte EST克隆IDs是925716。这一克隆仅编码全长cDNA中的一部分。用Gene Trapper cDNA正选择系统(LifeTechnologies,Inc.)获得了上述基因的全长克隆。在这一过程中与每一个EST重叠群或单个EST序列互补的单寡核苷酸或多寡核苷酸,均在3’端由生物素酰化,与在pCMVSport2(LifeTechnologies,Inc.)中构建的单链人cDNA文库杂交。用于每个基因的寡核苷酸序列及所筛选文库的组织来源如表2所示。
表2以Gene-Trapper Selection法筛选OATP全长cDNA序列所用到的寡核苷酸
基因 所用的生物素酰化的寡核苷酸 寡核苷酸的Seq ID号 所筛选的人cDNA文库
OATP2 5’-ACCCTGTCTAGCAGGTTGCA-3’ 13 肝脏
OATP-RP1 5’-CTGTCGGAGTCTTCAGATG-3’ 14
OATP-RP2 5’-TCCATCACAGCCTCCTACGC-3’ 15 肝脏
OATP-RP3 5’-TGCCTCTACTCTGACCCTAG-3’ 16 心脏
OATP-RP4 5’-GGAGCAGTCATTGACACCAC-3’5’-TGCTGGGAGTACAACGTGACG-3’5’-ACAAGGAGGATGGACTGCAG-3’ 171819 心脏
OATP-RP5 5’-CAGGAATCCCAGCTCCAGTG-3’5’-GCTACAACCCAACTACTGGC-3’5’-GGGACTAACTGTGATACTGG-3’ 202122
生物素酰化的寡核苷酸与单链cDNA杂交的杂交体,可由抗生物素蛋白链菌素包被的磁珠捕获。清洗后,被捕获的单链cDNA从生物素酰化的寡核苷酸上释放出来,通过DNA聚合酶,用相应的寡核苷酸使其恢复为双链。接下来,转化,涂皿,用PCR分析方法验证对于每个基因的阳性克隆。全长的cDNA通过测序验证。对于OATP-RP1,部分cDNA是由上述技术(pSP-RP1A)获得的。作为OATP-RP1重叠组的一部分的另一个cDNA克隆是通过在公共EST数据库中搜索验证的(Genebank登录号为AI027850)。这一克隆的EcoRI-NotI片段包括OATP-RP1(SEQ ID NO:11)(由Research Genetics,Inc.获得)的前477个核苷酸,与经EcoRI-NotI消化的pSP-RP1A相连接,以产生全长序列。
在对多OATP-RP4 cDNA克隆进行测序时证明了两个多形态位点。因此,SEQ ID NO:7中的第713号核苷酸可以是C,在SEQ ID NO:8中编码亮氨酸,或者是T,在SEQ ID NO:8中编码苯丙氨酸。相似的,SEQ ID NO:7中的第2397号核苷酸可以是G,在SEQ ID NO:8中编码甘氨酸,或者是T,在SEQ ID NO:8中编码缬氨酸。
为研究表达,将OATP2 cDNA克隆到表达载体pCEP4βR中,用于瞬时转染。pCEP4βR(Invitrogen,Inc)是pCE4经修饰的形式,其中CMV启动子驱动的表达盒是反向的。为此,用KpnI-NoI精确地酶切pCMVSport2中的OATP2 cDNA,其相应于SEQ ID NO:1中第59到2361位核苷酸。将该片段克隆进KpnI-NotI消化的pCEP4βR。该克隆,pCEP-OATP2用于瞬间转染表达研究。
实施例2OATP2,OATP-RP1,OATP-RP2,OATP-RP4和OATP-RP5的组织和细胞分布
表达OATP2,OATP-RP1,OATP-RP2,OATP-RP4和OATP-RP5的组织分布,通过来自多种人体组织的(图1)的聚A+RNA的RNA印迹确定。在文献中预先描述的这一家族的转运蛋白,即人OATP,rat oatp1,rat oatp2,rat oatp3,都是在肝脏,肾脏和脑中表达的。以上所有的转运蛋白均转运胆酸和多种其它底物,所转运的物质对这些转运蛋白的成员具有特异性。相反,OATP2也转运胆酸但其表达具有很强的肝特异性;其仅与来自肝脏,而非其他组织的RNA杂交时可以观察到一条主要的3.2kb带和几条小杂交带。由OATP2的核糖探针与人肝脏样品的原位杂交来检测表达这一转运蛋白的特异细胞类型。强杂交信号定位于全部肝小叶的肝细胞,在小叶中心部分,中间条带或周围区域中信号的强度没有明显的区别。在胆管,枯柏法细胞或血管中均无信号,在人肺部的任意一种细胞类型中也没有检测到信号。(数据未提供)
OATP-RP1几乎在所有被检测的组织中都有表达,在骨骼肌,肺,胎盘,和心脏中量最高。OATP-RP2在所有被检测的组织均表达。OATP-RP4的表达具有较强的限制性,在骨骼肌和心脏中有大量的转录物,而在前列腺和胸腺中很少。OATP-RP5也有类似的组织特异性,仅在脑和睾丸中检测到了转录物。
实施例3
OATP2在转染后细胞中的表达
293EBNA细胞(Invitrogen,Inc),一种HEK293细胞衍生物,经OATP2表达载体pCEP-OATP2或单独的pCEP4载体(MOCK)瞬间转染,24小时后检测由[3H]标记的底物的转运情况。图2A显示[3H]标记的帕伐他丁(pravastatin)和[3H]标记的DHEAS的特异性摄入。图2B和2C分别显示[3H]标记的牛磺胆酸盐和[125I]标记的甲状腺激素的特异性摄入。在过量的非标记底物存在(空心棒)或不存在(实心棒)下确定经pCEPOATP-RP1或空载体(MOCK)感染的细胞对放射性标记的底物在5分钟内的摄入量。因此,OATP2是转运至少包括HMGCoA还原酶抑制剂,胆酸,肾上腺皮质激素和甲状腺激素的肝脏特异性的人体转运蛋白。

Claims (22)

1.一种经分离纯化的编码全部或部分器官阴离子转运蛋白(“OATP”)的核酸序列,所述的OATP包括选自下列组中的氨基酸序列:SEQ ID NO:2(OATP2),SEQ IDNO:4(OATP-RP2),SEQ ID NO:6(OATP-RP3),SEQ ID NO:8(OATP-RP4),SEQ ID NO:10(OATP-RP5),和SEQ ID NO:12(OATP-RP1)。
2.如权利要求1所述的核酸序列,包含(a)选自下列组中的核酸序列:SEQ ID NO:1,SEQ ID NO:3,SEQ ID NO:5,SEQ ID NO:7,SEQ ID NO:9,和SEQ ID NO:11;(b)(a)项中的编码区;(c)(a)或(b)项中序列的互补序列;或(d)由于遗传密码的简并性与(a),(b)或(c)有区别的核酸序列。
3.一种表达载体,包含如权利要求1或2所述核酸分子以及有效的与核酸分子相连接的表达控制序列。
4.一种经转化的宿主细胞,包括一种表达载体,该表达载体包含如权利要求1或2所述核酸分子以及有效的与核酸分子相连接的表达控制序列。
5.一种OATP蛋白,包括选自下述组中的氨基酸序列:SEQ ID NO:2(OATP2),SEQ NO:4(OATP-RP2),SEQ ID NO:6(OATP-RP3),SEQID NO:8(OATP-RP4),SEQ ID NO:10(OATP-RP5),和SEQ ID NO:12(OATP-RP1)。
6.经修饰的OATP蛋白,包括如权利要求5中所述的OATP蛋白,该蛋白保持了权利要求5中所述的OATP蛋白的活性,但至少包括一个氨基酸的替换或缺失。
7.生产OATP的方法,所述方法包括下列步骤:
a)将如权利要求1或2所述的编码OATP蛋白或其同源物的核酸序列插入合适的表达载体,
b)将所述表达载体转染合适的转染宿主细胞,
c)在合适的培养基中培养所述的经转染的宿主细胞,
d)从上述培养基中纯化OATP蛋白或其同源物。
8.经分离的核酸序列,该核酸序列在严紧条件下可与如权利要求1或2所述的核酸序列杂交,其中所述核酸序列至少包括选自SEQID NO:1,SEQ ID NO:3,SEQ ID NO:5,SEQ ID NO:7,SEQ ID NO:9或SEQ ID NO:11中的连续的18个核苷酸。
9.如权利要求5所述的OATP的特异抗体。
10.如权利要求9所述的抗体,其特征在于所述抗体为单克隆抗体。
11.权利要求5所述的OATP的生产方法,包括:
a)将编码所述OATP的核酸序列插入合适的表达载体,
b)将上述表达载体转染合适的转染宿主细胞,
c)在合适的培养基中培养所述的经转染的宿主细胞,
d)从上述培养基中纯化OATP蛋白。
12.鉴定能与如权利要求5所述的OATP,或其中一部分相结合的配基的方法,该方法包括下列步骤:
a)在允许配基-OATP复合物形成的条件下,使所述OATP,或所述OATP的一部分与所述配基反应,所述配基潜在地能与所述OATP,或所述OATP的一部分相结合;
b)对配基-OATP复合物,自由配基和非结合OATP进行分析。
13.鉴定能由如权利要求5中所述OATP或所述OATP的一部分转运的底物的方法,该方法包括下列步骤:
a)在允许所述底物穿过细胞膜的条件下,使所述OATP,或所述OATP的一部分与所述底物反应,所述底物潜在地能与所述OATP,或所述OATP的一部分相结合;
b)对所述底物穿越细胞膜的运动进行分析。
14.向表达如权利要求5所述的OATP蛋白的器官运送分子的方法,该方法包括
a)鉴定可由所述OATP转运的底物,
b)将待转运的分子与底物相结合形成底物-分子融合复合物,
c)将所述底物-分子融合复合物提供给所述器官。
15.一种融合蛋白,该融合蛋白包括全部或部分如权利要求5所述的OATP,其与另一种多肽相结合。
16.鉴定调节剂的方法,该调节剂能够增强或抑制由如 5所述OATP,或所述OATP的一部分转运的底物的运输,该方法包括:
a)在允许所述底物穿过细胞膜的条件下,使所述OATP,或所述OATP的一部分与所述底物和所述的调节剂反应,所述调节剂潜在地能增强或抑制底物的转运;
b)对所述调节剂对所述化合物转运的增强或抑制进行检测。
17.如权利要求2所述的核酸分子,其特征在于所述核酸分子包括,包含在ATCC登录号为207209中的OATP基因,或OATP基因的互补基因。
18.如权利要求2所述的核酸分子,其特征在于所述核酸分子包括,包含在ATCC登录号为207210中的OATP基因,或OATP基因的互补基因。
19.如权利要求2所述的核酸分子,其特征在于所述核酸分子包括,包含在ATCC登录号为207211中的OATP基因,或OATP基因的互补基因。
20.如权利要求2所述的核酸分子,其特征在于所述核酸分子包括,包含在ATCC登录号为207212中的OATP基因,或OATP基因的互补基因。
21.如权利要求2所述的核酸分子,其特征在于所述核酸分子包括,包含在ATCC登录号为207213中的OATP基因,或OATP基因的互补基因。
22.如权利要求2所述的核酸分子,其特征在于所述核酸分子包括,包含在ATCC登录号为207214中的OATP基因,或OATP基因的互补基因。
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