CN118166142A

CN118166142A - 一种与陆地棉叶枝数性状相关的sv分子标记及其应用

Info

Publication number: CN118166142A
Application number: CN202410179509.0A
Authority: CN
Inventors: 朱龙付; 武斐; 袁道军; 张献龙; 金双侠
Original assignee: Huazhong Agricultural University
Current assignee: Huazhong Agricultural University
Priority date: 2024-02-18
Filing date: 2024-02-18
Publication date: 2024-06-11

Abstract

本发明属于生物农业的技术领域，具体涉及一种与陆地棉叶枝数性状相关的SV分子标记及其应用。本发明提供了一种与陆地棉叶枝数性状相关的SV分子标记并根据SV分子标记设计了如SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.3所示的引物及检测试剂盒，从而能够实现陆地棉叶枝数性状的预测、筛选，为培育不同叶枝类型的陆地棉提供科学的依据。此外，本发明提供的技术方案检测过程中无需考虑棉花的生育时期及组织类型，也无需进行田间表型考察，可准确、快速获取样本的基因型信息，有益于加快棉花理想株型的种质创新，提高育种效率。

Description

一种与陆地棉叶枝数性状相关的SV分子标记及其应用

技术领域

本发明属于生物农业的技术领域，具体涉及一种与陆地棉叶枝数性状相关的SV分子标记及其应用。

背景技术

棉花是世界范围内十分重要的纤维作物，随着生产力的发展以及人工成本的不断提高，目前对于适合机械化以及密植的理想株型棉花的需求越来越迫切。而叶枝数目的多少对于棉花株型的影响是极大的，过多的叶枝会导致棉花株型松散不利于密植和机械化增加人工成本，还会造成隐蔽滋生病虫害。

现有技术中多通过田间表型考察标记陆地棉的株型性状进而确定陆地棉的叶枝数，然而该方法需要耗费大量的人力物力，不仅耗时长还易受棉花生育时期的影响。而目前并没有关于棉花叶枝数性状相关分子标记的研究或报道，因此，如何利用分子标记对棉花进行叶枝数预测、株型改良并培育理想株型是本领域亟待解决的技术问题。

发明内容

本发明的目的在于提供一种与陆地棉叶枝数性状相关的SV分子标记及其应用，该分子标记不仅能对陆地棉叶枝数性状进行预测和筛选，还能实现棉花理想株型的育种。

为了实现上述目的，本发明提供如下技术方案：

本发明提供了一种与陆地棉叶枝数性状相关的SV分子标记，所述SV分子标记为在陆地棉NDM8基因组D11染色体上第620454～625557碱基发生的大片段插入，所述大片段的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示；

所述陆地棉NDM8基因组的版本为NDM8HEBAU。

本发明提供了扩增上述技术方案所述SV分子标记的引物，所述引物包括正向引物MB-F、正向引物LB-F和反向引物B-R；

所述正向引物MB-F的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示；

所述正向引物LB-F的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示；

所述反向引物B-R的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示。

本发明提供了一种检测试剂盒，含有上述技术方案所述的引物和PCR扩增试剂。

优选的，所述PCR扩增试剂包括DNA聚合酶、dNTPs和Mg²⁺。

本发明提供了上述技术方案所述的SV分子标记、引物或检测试剂盒的应用，所述应用包括陆地棉叶枝数性状的预测、筛选和少叶枝类型陆地棉培育中的一种或多种。

优选的，所述陆地棉叶枝数性状的预测包括鉴定陆地棉的叶枝类型；

当陆地棉叶枝数＞1时，则陆地棉为多叶枝类型；

当陆地棉叶枝数≤1时，则陆地棉为少叶枝类型。

优选的，所述陆地棉育种包括培育少叶枝类型的陆地棉。

本发明提供了一种鉴定陆地棉叶枝数性状的方法，包括如下步骤：

以待测样本的基因组DNA为模板，利用上述技术方案所述的引物进行PCR扩增，得到PCR扩增产物；对所述PCR扩增产物进行凝胶电泳并作出判断；当PCR扩增产物在510bp长度处显示有1个条带时，则待测样本为纯合多叶枝类型；当PCR扩增产物在255bp长度处显示有1个条带时，则待测样本为纯合少叶枝类型；当PCR扩增产物在255bp和510bp长度处分别显示有1个条带时，则待测样本为杂合叶枝类型。

优选的，所述PCR扩增的反应体系以10μL计，包括：2μL PCRMasterMix、30～150ng/μL基因组DNA模板1μL、10μM的MB-F 0.4μL、10μM的LB-F 0.4μL、10μM的B-R 0.8μL、ddH₂O补至10μL。

优选的，所述PCR扩增的反应程序为：95℃预变性3min；95℃变性30s，67℃退火30s，72℃延伸20s，进行34个循环；72℃延伸1min。

有益效果：

本发明提供了一种与陆地棉叶枝数性状相关的SV分子标记，所述SV分子标记为在陆地棉NDM8基因组D11染色体上第620454～625557碱基发生的大片段插入，所述大片段的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示；所述陆地棉NDM8基因组的版本为NDM8HEBAU，该SV分子标记与陆地棉的叶枝数性状显著相关；此外，本发明根据SV分子标记设计了相应的引物和检测试剂盒，从而实现陆地棉叶枝数性状的预测、筛选，为培育不同叶枝类型的陆地棉提供科学的依据。同时检测过程中无需考虑棉花的生育时期及组织类型，也无需进行田间表型考察，可准确、快速获取样本的基因型信息，有益于加快棉花理想株型的种质创新，提高育种效率。

基于上述技术优势，本发明还提供了一种鉴定陆地棉叶枝数性状的方法，包括如下步骤：以待测样本的基因组DNA为模板，利用上述技术方案所述的引物进行PCR扩增，得到PCR扩增产物；对所述PCR扩增产物进行凝胶电泳并作出判断。实验证明，本发明提供的SV标记以及基于该标记所设计的引物能够准确对陆地棉叶枝数性状进行检测、有效区分基因型的纯杂合类型。

附图说明

为了更清楚地说明本发明实施例或现有技术中的技术方案，下面将对实施例中所需要使用的附图作简单地介绍。

图1为实施例1中288份陆地棉自然群体两年叶枝数数据全基因组关联分析定位结果；

图2为实施例1不同极端陆地棉材料SV分子标记区间的测序比对结果1；

图3为实施例1不同极端陆地棉材料SV分子标记区间的测序比对结果2；

图4为实施例1不同极端陆地棉材料SV分子标记区间的测序比对结果3；

图5为实施例1不同极端陆地棉材料SV分子标记区间的测序比对结果4；

图6为实施例2中不同叶枝数极端棉花材料中TCP18基因的表达量；

图7为实施例3中引物组在叶枝数极端陆地棉材料中的分子检测结果；

图8为实施例4中不同陆地棉材料基于分子检测分型后叶枝数调查结果的箱线图；

图9为实施例5中不同陆地棉材料的分子检测结果。

具体实施方式

本发明提供了一种与陆地棉叶枝数性状相关的SV分子标记，所述SV分子标记为在陆地棉NDM8基因组D11染色体上第620454～625557碱基发生的大片段插入，所述大片段的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示，具体为：5'-TTGCGGAAAGGATCGATTCGAGAACTCCGATATGACTACAAGTAAATT GACCGGAACGAAAAATAAAGTGAACACAAGGATTTACGTGGTTCGGCTTTAATGCCTACGTCCACGGGCAGAGGCGAAAAGAAATTTCACTATAACAAGATGAAGATTACAAGTGTTTTACACTCAAGACACAACCCGAGAACCTCACAACTCTCAACCCCTATAGAAAACCCGAAAGCTAAAATCCTAGCTTTCAAAGAACAAGCTTTGCTCTCTCTTGGTTTGGGATGATCAATATGGCTAATGAACCTCTCTATTTATAAGAGAGTTCAAGGACATAATTGTCCAAAACTTTGGCAAAGATTTGTGGTTGAAAATGGACACCAACAACCATCCACTAATCCACTACCACCAACAACCCACTACCAACAACAACAATCCACTACCAATTTTAAGCC

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AAGCCATTTCTTAACATCTTTTG-3'；所述陆地棉NDM8基因组的版本为NDM8HEBAU；所述陆地棉NDM8基因组的下载网址为https://cottonfgd.net/about/download.html，该基因组数据库名称为：Cotton Functional Genomics Database；所述陆地棉NDM8基因组在DOI:10.1038/s41588-021-00910-2中公开；该SV分子标记与陆地棉的叶枝数性状显著相关。

本发明提供了扩增上述技术方案所述SV分子标记的引物，所述引物包括正向引物MB-F、正向引物LB-F和反向引物B-R；所述正向引物MB-F的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，具体为5'-ACAAGGATTTACGTGGTTCGG-3'；所述正向引物LB-F的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示，具体为5'-AAACTGATCTGAAACTTGGGACT-3'；所述反向引物B-R的核苷酸序列如SEQ IDNO.3所示，具体为5'-AGAGGGAGAATCGAATGGTCAAG-3'。所述引物能够特异性的克隆SV分子标记，进而实现陆地棉叶枝数性状的预测、筛选。

本发明提供了一种检测试剂盒，含有上述权利要求所述的引物和PCR扩增试剂。本发明所述PCR扩增试剂优选包括DNA聚合酶、dNTPs和Mg²⁺；所述DNA聚合酶、dNTPs和缓冲试剂的来源、用量没有特殊限定，采用本领域市售产品即可。

本发明提供了上述技术方案所述的SV分子标记、引物或检测试剂盒的应用，所述应用包括陆地棉叶枝数性状的预测、筛选和陆地棉育种中的一种或多种，优选包括陆地棉叶枝数性状的预测、筛选和陆地棉育种。在本发明中，所述陆地棉叶枝数性状的预测优选包括鉴定陆地棉的叶枝类型；当陆地棉叶枝数＞1时，则陆地棉优选为多叶枝类型；当陆地棉叶枝数≤1时，则陆地棉优选为少叶枝类型；所述陆地棉育种优选包括培育少叶枝类型的陆地棉。

本发明提供了一种鉴定陆地棉叶枝数性状的方法，包括如下步骤：以待测样本的基因组DNA为模板，利用上述技术方案所述的引物进行PCR扩增，得到PCR扩增产物；对所述PCR扩增产物进行凝胶电泳并作出判断；当PCR扩增产物在510bp长度处显示有1个条带时，则待测样本为纯合多叶枝类型；当PCR扩增产物在255bp长度处显示有1个条带时，则待测样本为纯合少叶枝类型；当PCR扩增产物在255bp和510bp长度处分别显示有1个条带时，则待测样本为杂合叶枝类型。

本发明优选提取待测样本的基因组DNA，得到待测样本基因DNA。在本发明中，所述待测样本基因组DNA的提取方式没有特殊的要求，采用本领域熟知的技术即可。在本发明的具体实施例中，采用CTAB法提取棉花基因组DNA。

得到所述待测样本基因组DNA后，本发明以待测样本的基因组DNA为模板，利用上述技术方案所述的引物进行PCR扩增，得到PCR扩增产物。在本发明中，所述PCR扩增的反应体系以10μL计，优选包括：2μL PCR MasterMix、30～150ng/μL基因组DNA模板1μL、10μM的MB-F 0.4μL、10μM的LB-F 0.4μL、10μM的B-R 0.8μL、ddH₂O补至10μL。在本发明的具体实施例中，所述PCR MasterMix为2×HieffCanace Plus PCR MasterMix(With Dye)。

本发明所述PCR扩增的反应程序优选为：95℃预变性3min；95℃变性30s，67℃退火30s，72℃延伸20s，进行34个循环；72℃延伸1min。本发明所述延伸后，优选在10℃条件下保存5min。通过上述PCR扩增能够实现鉴定陆地棉叶枝数性状的目的。

得到所述PCR扩增产物后，本发明对所述PCR扩增产物进行凝胶电泳并作出判断；所述凝胶电泳的方式没有特殊的要求，采用本领域熟知的技术即可；当PCR扩增产物在510bp长度处显示有1个条带时，则待测样本为纯合多叶枝类型；当PCR扩增产物在255bp长度处显示有1个条带时，则待测样本为纯合少叶枝类型；当PCR扩增产物在255bp和510bp长度处分别显示有1个条带时，则待测样本为杂合叶枝类型。通过上述方法有利于对陆地棉的叶枝数进行鉴定，进而筛选得到纯合少叶枝类型。

实验证明，本发明提供的SV标记以及基于该标记所设计的引物能够准确对陆地棉叶枝数性状进行检测、有效区分基因型的纯杂合类型，同时检测过程中无需考虑棉花的生育时期及组织类型，也无需进行田间表型考察，可准确、快速获取样本的基因型信息，有益于加快棉花理想株型的种质创新，提高育种效率。

为了进一步说明本发明，下面结合附图和实施例对本发明提供的一种与陆地棉叶枝数性状相关的SV分子标记及其应用进行详细地描述，但不能将它们理解为对本发明保护范围的限定。

实施例1

与陆地棉叶枝数性状相关的SV分子标记的获得

(1)棉花自然群体材料的种植，叶枝数表型考察及全基因组关联分析：

2018～2019年，连续两年将288份自然群体种植在新疆库尔勒试验田中，每年7月份进行叶枝数性状考察，共收集到2年的叶枝数表型数据。其中，288份陆地棉栽培品种以及所挑选的叶枝数极端表型陆地棉材料均选自华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室已完成基因组重测序的陆地棉栽培品种(具体参加参见Wang et al.Asymmetricsubgenome selection and cis-regμLatory divergence during cottondomestication.Nat Genet,2017,49:579-587.)。

根据华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室已完成基因组重测序的288份陆地棉栽培品种，下载重测序数据并结合2年表型数据进行全基因组关联分析，结果见图1(在图1中，左图代表2018年的288份陆地棉自然群体叶枝数数据全基因组关联分析定位结果；右图代表2019年的288份陆地棉自然群体叶枝数数据全基因组关联分析定位结果)。

由图1可以看出，陆地棉自然群体叶枝数数据全基因组均在D11染色体同一区域内定位到极显著位点。

(2)叶枝数极端材料在SV分子标记区间的测序比对结果：

挑选上述群体中表型最为极端且两年稳定的多叶枝陆地棉材料(即叶枝数＞1的材料)ZY161和ZY207、少叶枝陆地棉材料(即叶枝数≤1的材料)J39和ZY98，对ZY161、ZY207、J39和ZY98的定位区间(即自然群体GWAS定位区间具体为第171567～675567碱基序列)进行测序和序列比对验证，结果见图2(在图2中，ZY161和ZY207为多叶枝材料序列，J39和ZY98为少叶枝材料序列，NDM8为参考基因组序列且该参考基因组序列为多叶枝类型，最后一行表示参考结果，其中小写字母表示参与比对序列中存在不同的地方，大写字母表示参与比对序列相同的地方)。

由图2测序比对结果可以看出，叶枝数多的极端材料(ZY161和ZY207)相对于叶枝数少的极端材料(J39和ZY98)而言，多叶枝材料中存在一个约5kb的片段插入，将该约5kb的片段记为SV分子标记；该变异类型为SV分子标记中的大片段插入缺失变异。即该SV分子标记与陆地棉叶枝数性状直接相关，具有该插入的很可能表现为多叶枝性状类型而不具有该5kb插入的则表现为少叶枝性状类型。

实施例2

为了进一步确定实施例1中SV分子标记对于陆地棉叶枝数性状影响准确性，基于陆地棉NDM8基因组Gossypium hirsutum(AD1)，NDM8HEBAU版本确定SV分子标记的物理位置信息为：陆地棉D11染色体第620454～625557碱基所示的核苷酸序列。该序列邻近下游基因为TCP18基因，而TCP18基因在多种植物中均报道显示其是一个负调控植物侧枝生长的关键基因(参考文献：Aguilar-Martinez JA.et al 2007.Arabidopsis BRANCHED1 acts as anintegrator of branching signals within axillary buds.Plant Cell 19:458-72；Martin-Trillo M.et al.2011.Role of tomato BRANCHED1-like genes in the controlof shoot branching.Plant J.67:701-14；Minakuchi K.et al.2010.FINE CULM1(FC1)works downstream of strigolactones to inhibit the outgrowth of axillary budsin rice.Plant Cell Physiol.51:1127-35.)。

选择叶枝数多的极端材料ZY161和ZY207、叶枝数少的极端材料J39和ZY98，将上述极端材料进行种植，并在营养充足的条件下种植到4～5叶期时取倒二叶腋芽采用试剂盒法(RNA提取试剂盒购买自南京诺唯赞生物科技股份有限公司)分别提取不同极端材料的总RNA，并采用qRT-PCR的方法对TCP18的表达量进行检测，结果见表1和图3。

表1不同处理中基因的表达量

处理	重复1	重复2	重复3	重复4	均值
						ZY161	0.000515102	0.000277071	0.000548453	0.000261901	0.000400632
ZY207	0.001178514	0.001162163	0.001012034	0.001287301	0.001160003
						J39	0.054535987	0.081001588	0.104146257	0.09235864	0.083010618
ZY98	0.083762214	0.098147699	0.097027833	0.065510378	0.086112031

由表1和图3可以看出，少叶枝材料J39和ZY98中TCP18基因均有较高表达，而在多叶枝材料ZY161和ZY207中TCP18基因基本不表达，可见，实施例1中5kb的插入缺失变异是通过调控其下游基因表达来调控棉花叶枝数性状。因此，该5kb的大片段插入缺失变异是影响陆地棉叶枝数性状的关键SV分子标记。

实施例3

(1)基于实施例1中的SV分子标记(5kb)，设计了一套鉴定陆地棉叶枝数性状的特异引物组，该特异引物组包括两条正向引物(MB-F和LB-F)及一条共用的反向引物(B-R)；

MB-F：5'-ACAAGGATTTACGTGGTTCGG-3'(SEQ ID NO.1)；

LB-F：5'-AAACTGATCTGAAACTTGGGACT-3'(SEQ ID NO.2)；

B-R：5'-AGAGGGAGAATCGAATGGTCAAG-3'(SEQ ID NO.3)；

正向引物MB-F和反向引物B-R可以特异的扩增具有SV分子标记插入的多叶枝基因型片段，片段大小510bp；正向引物LB-F和共用的反向引物B-R可以特异的扩增不具有该SV分子标记插入的少叶枝基因型片段，片段大小255bp。

(2)对步骤(1)中引物组的准确性进行验证：

分别以叶枝数多的极端材料ZY161和ZY207、叶枝数少极端材料J39和ZY98为待测材料，步骤为：

A.采用CTAB法分别提取不同极端材料的棉花基因组DNA；

B.PCR扩增：以步骤A中提取得到的棉花基因组DNA为模板，并采用步骤(1)中的引物组(SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.3)进行PCR扩增，得到PCR扩增产物；

其中，PCR扩增体系以10μL计，具体为：1μL 30～150ng/μLDNA模板、5μL2×HieffCanace Plus PCRMasterMix(With Dye)、0.4μL MB-F(10μM)，0.4μL LB-F(10μM)，0.8μL B-R(10μM)和2.4μL的ddH₂O；

PCR扩增程序为：95℃预变性3min；95℃变性30s，67℃退火30s，72℃延伸20s，进行34个循环；72℃延伸1min，10℃保存5min。HieffCanace Plus PCR MasterMix(With Dye)购买自翌圣生物科技(上海)股份有限公司

C.琼脂糖凝胶电泳检测：用1wt.％琼脂糖凝胶检测步骤B中的PCR扩增产物，结果见图4(在图4中，从左到右的条带依次表示J39材料的结果、J39材料的结果、J39材料的结果、J39材料的结果、ZY98材料的结果、ZY98材料的结果、ZY98材料的结果、ZY161材料的结果、ZY161材料的结果、ZY161材料的结果、ZY207材料的结果和ZY207材料的结果)。

由图4可以看出，少叶枝极端材料的PCR扩增产物进行电泳检测后，其仅在255bp处有一条条带，而多叶枝极端材料的PCR扩增产物则在510bp处有一条条带。由此可见，本发明提供的如SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.3所示的引物组可以有效利用SV分子标记来区分多叶枝和少叶枝的陆地棉株型类型。

实施例4

(1)为进一步评估实施例1中SV标记和实施例3中如SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.3所示的引物组的准确性，在自然群体中选取17个陆地棉材料(ZY21、ZY81、J38、ZY85、ZY84、ZY309、J39、ZY98、J20、J23、ZY428、J70、ZY389、J68、ZY161、ZY207和J668)进行SV标记检测和分型，具体步骤为：

A.采用CTAB法分别提取17个陆地棉材料的棉花基因组DNA；

B.PCR扩增：与实施例3中的步骤B的方法相同；

C.琼脂糖凝胶电泳检测：用1wt.％琼脂糖凝胶检测步骤B中的PCR扩增产物，结果见表2(在表2中，M表示多叶枝类型，L表示少叶枝类型)。

表217个陆地棉材料的分型结果

材料	分型结果
		ZY21	M
ZY81	L
		J38	L
ZY85	L
		ZY84	M
ZY309	L
		J39	L
ZY98	L
		J20	M
J23	M
		ZY428	M
J70	M
		ZY389	M
J68	M
		ZY161	M
ZY207	M
		J668	M

由表2可以看出，利用SV分子标记检测所选的17个陆地棉材料中有11个为多叶枝类型，6个为少叶枝类型。

(2)将步骤(1)的17个陆地棉材料分别按行种植在新疆库尔勒和湖北武汉两地并进行常规管理；之后于7月份调查17个材料的叶枝数性状(结果见表3和表4)，将调查所得的表型数据与标记检测的分型结果分别作为纵坐标和横坐标来做箱线图，结果见图5(在图5中，左图表示湖北武汉棉花的箱线图，右图表示新疆库尔勒棉花的箱线图，纵坐标为叶枝数，横坐标表示通过分子标记检测出来的多叶枝M和少叶枝L两种类型；p值通过方差分析计算得来)；

表3不同材料的叶枝数性状统计1(单位：个)

表4不同材料的叶枝数性状统计2(单位：个)

由表3和表4、图5可以看出，不论在武汉还是库尔勒利用SV标记引物检测出来的少叶枝类型陆地棉材料其叶枝数要远远低于该分子标记引物检测出来的多叶枝类型陆地棉材料，其p值远低于0.001。即本发明提供的SV分子标记能够明显将多叶枝类型材料和少叶枝类型材料进行区分。

综上可知，本发明提供的SV分子标记以及基于该标记所设计的引物组(SEQ IDNO.1～SEQ ID NO.3)能够准确对陆地棉叶枝数性状进行检测和分型。

实施例5

为了确定实施例3中如SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.3所示的引物组能否有效区分陆地棉叶枝数基因型的纯杂合类型，开展验证实验如下：

(1)利用少叶枝极端材料J39作为父本，分别利用多叶枝极端材料ZY161和ZY207作为母本与J39进行杂交，得到获得F1代；

(2)采用CTAB法分别提取F1代、J39、ZY161和ZY207材料的基因组DNA；

(3)分别以步骤(2)中提取得到的基因组DNA为模板进行PCR扩增(PCR扩增的反应体系、反应程序与实施例3中的PCR扩增反应体系、反应程序相同)；

(4)将步骤(3)中得到PCR扩增产物分别用1wt.％琼脂糖凝胶进行检测，结果见图6。

由图6可以看出，两个不同杂交组合的F1代均同时具有少叶枝基因型的255bp条带和多叶枝基因型的510bp条带，且两条条带能在胶图上明显区分；而作为父本的少叶枝材料只能检测出少叶枝基因型的255bp条带，作为母本的多叶枝材料ZY161和ZY207只能检测出多叶枝基因型的510bp条带。

由此可见，本发明提供的如SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.3所示的引物组能有效区分基因型的纯杂合类型，可作为共显性的分子标记应用于育种之中。

尽管上述实施例对本发明做出了详尽的描述，但它仅仅是本发明一部分实施例，而不是全部实施例，人们还可以根据本实施例在不经创造性前提下获得其他实施例，这些实施例都属于本发明保护范围。

Claims

1.一种与陆地棉叶枝数性状相关的SV分子标记，其特征在于，所述SV分子标记为在陆地棉NDM8基因组D11染色体上第620454～625557碱基发生的大片段插入，所述大片段的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示；

所述陆地棉NDM8基因组的版本为NDM8HEBAU。

2.扩增权利要求1所述SV分子标记的引物，其特征在于，所述引物包括正向引物MB-F、正向引物LB-F和反向引物B-R；

所述正向引物MB-F的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示；

所述正向引物LB-F的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示；

所述反向引物B-R的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示。

3.一种检测试剂盒，其特征在于，含有权利要求2所述的引物和PCR扩增试剂。

4.根据权利要求3所述的检测试剂盒，其特征在于，所述PCR扩增试剂包括DNA聚合酶、dNTPs和Mg²⁺。

5.权利要求1所述的SV分子标记、权利要求2所述引物、权利要求3或4所述检测试剂盒的应用；

所述应用包括陆地棉叶枝数性状的预测、筛选和陆地棉育种中的一种或多种。

6.根据权利要求5所述的应用，其特征在于，所述陆地棉叶枝数性状的预测包括鉴定陆地棉的叶枝类型；

当陆地棉叶枝数＞1时，则陆地棉为多叶枝类型；

当陆地棉叶枝数≤1时，则陆地棉为少叶枝类型。

7.根据权利要求5所述的应用，其特征在于，所述陆地棉育种包括培育少叶枝类型的陆地棉。

8.一种鉴定陆地棉叶枝数性状的方法，其特征在于，包括如下步骤：

以待测样本的基因组DNA为模板，利用权利要求2中所述的引物进行PCR扩增，得到PCR扩增产物；对所述PCR扩增产物进行凝胶电泳并作出判断；

当PCR扩增产物在510bp长度处显示有1个条带时，则待测样本为纯合多叶枝类型；

当PCR扩增产物在255bp长度处显示有1个条带时，则待测样本为纯合少叶枝类型；

当PCR扩增产物在255bp和510bp长度处分别显示有1个条带时，则待测样本为杂合叶枝类型。

9.根据权利要求8所述的方法，其特征在于，所述PCR扩增的反应体系以10μL计，包括：2μL PCR MasterMix、30～150ng/μL基因组DNA模板1μL、10μM的MB-F 0.4μL、10μM的LB-F 0.4μL、10μM的B-R 0.8μL、ddH₂O补至10μL。

10.根据权利要求8或9所述的方法，其特征在于，所述PCR扩增的反应程序为：95℃预变性3min；95℃变性30s，67℃退火30s，72℃延伸20s，进行34个循环；72℃延伸1min。