CN118086528A - 一种鸡直立冠形的分子遗传标记及其应用 - Google Patents
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Abstract
本发明提供一种鸡直立冠形的分子遗传标记及其应用，涉及家禽基因工程育种技术领域。所述鸡直立冠形的分子遗传标记为鸡软骨寡聚基质蛋白(COMP)基因17内含子的14377位点SNP即COMP(14377：C>T)，其中不同基因型直立冠形比例为CC型>CT型>TT型。该位点可作为鸡直立与倒伏冠形的分子标记，用于鸡直立冠形的分子标记辅助选择。本发明克服了现有技术的不足，可实现对公母鸡早期选种，早淘汰不需要的种鸡，降低饲养成本与育种费用，提高选择效率进而加快直立鸡冠形的育种进展。
Description
技术领域
本发明涉及家禽基因工程育种技术领域，具体涉及一种鸡直立冠形的分子遗传标记及其应用。
背景技术
鸡冠是鸡头部皮肤的衍生物，是衡量鸡性成熟、健康状况以及生产性能的重要参考指标之一。然而，在单冠鸡品种中普遍存在一定比例鸡冠向头部一侧倒伏现象。鸡冠倒伏会阻挡视线，影响鸡采食等行为，并且鸡冠倒伏处易溃烂感染影响鸡健康。此外，鸡冠是鸡重要的包装性状，是影响销售等级与价格的重要因素。在鸡的销售过程中，消费者喜欢并优先购买直立鸡冠的鸡，而倒伏冠鸡价格低且较难销售。因此，鸡直立与倒伏冠性状直接影响饲养经济效益。为此，在鸡品种培育与生产过程中亟需对鸡直立冠形进行选择。
由于在早期难以对鸡冠直立与倒伏性状进行准确鉴定，因而，目前对鸡冠直立与倒伏性状选择一般在鸡性成熟后进行。由于选种较迟，无法对早期的倒伏冠鸡进行淘汰，导致种鸡人工与饲养费用增加，育种成本升高、育种进展慢。
发明内容
针对现有技术不足，本发明提供一种鸡直立冠形的分子遗传标记及其应用，利用现代生物技术，通过关联分析法发现COMP(14377：C>T)与鸡的直立与倒伏冠形性状显著相关，可作为鸡直立与倒伏冠形性状的分子遗传标记，用于直立鸡冠形鸡早期选种。
为实现以上目的，本发明的技术方案通过以下技术方案予以实现：
一种鸡直立冠形的分子遗传标记，所述分子遗传标记为COMP基因17内含子的14377位点SNP即COMP，该位置C>T。
优选的，所述COMP基因内含子17的14377位点SNP基因型核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示。
优选的，所述核苷酸序列SEQ ID NO：1由以下引物进行PCR扩增测序得到：
上游引物F：5’-CTCCGCAATTCTCTCTGGCA-3’；
下游引物R：5’-AACTCGTCAAAGCAAAATGGCA-3’。
直立冠形分子遗传标记应用于鸡的选育，以获得直立冠形的鸡种。
优选的，所述获得直立冠形的鸡种的方法包括以下步骤：
(1)品系纯繁出雏，雏鸡佩戴翅号，登记系谱，常规饲养管理，按照育种目标进行相关性状选种；
(2)6-7周龄按照目标育种性状开展选种；
(3)8-9周对每只鸡的鸡冠直立/倒伏性状分子遗传标记位点开展基因型鉴定；
(4)10-11周按照基因鉴定结果，公鸡和母鸡均选留直立冠形基因型个体即CC型个体；
(5)30周龄时，对选留的种鸡的冠形进行鉴定，选留直立冠形的个体，按照上述步骤逐代繁育，获得直立冠形的鸡品系或品种。
优选的，所述步骤(4)中，在公鸡和母鸡选留直立冠形基因型个体数量不够时，可选留部分携带直立冠形优势等位基因C的个体来补充种群数量。
本发明提供一种鸡直立冠形的分子遗传标记及其应用，与现有技术相比优点在于：
本发明通过对鸡的直立与倒伏冠形的分子遗传标记设计特定的引物进行PCR扩增以及测序，能够有效对鸡的直立与倒伏冠形的基因型进行鉴别，后用于鸡直立冠形的分子标记辅助选择，可实现对公母鸡早期选种，早淘汰不需要的种鸡，降低饲养成本与育种费用，提高选择效率进而加快直立鸡冠形的育种进展。
附图说明：
图1为本发明实施例基因分型示例图。
具体实施方式
为使本发明实施例的目的、技术方案和优点更加清楚，下面结合本发明实施例对本发明实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述，显然，所描述的实施例是本发明一部分实施例，而不是全部的实施例。基于本发明中的实施例，本领域普通技术人员在没有作出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例，都属于本发明保护的范围。
实施例：
皖南三黄鸡是我国地方遗传资源，被列入《中国畜禽遗传资源志家禽志》中。该品种属于肉蛋兼用型品种，由于品种存在一定比例鸡冠倒伏，我们需对鸡直立冠形进行选择，迎合市场需求，即以皖南三黄鸡为例，选育直立冠形品系：
1、育种目标：基本维持现有鸡的生长速度、提高直立冠形鸡比例，育种得到直立冠形皖南三黄鸡新品系(Q3系)。
2、选育方法：
(1)Q3系纯繁：纯繁获得雏鸡8000只，公母翻肛法鉴别，留母雏约4000只，公雏约1500只，每只鸡佩戴翅号，登记系谱；
(2)Q3系体重选择：通过常规饲养管理，6-7周龄全群称重，记录每只鸡的体重，淘汰体重过大和过小、留取体重居中的个体母鸡约3500只，公鸡约1000只；
(3)8-9周龄对公鸡和母鸡个体采集血液样品，提取DNA，对COMP基因内含子17的14377位点SNP按照以下分型方法进行基因分型：
①针对COMP基因内含子17的14377位点SNP设计PCR扩增引物，其中：
上游引物F：5’-CTCCGCAATTCTCTCTGGCA-3’；
下游引物R：5’-AACTCGTCAAAGCAAAATGGCA-3’。
②利用鸡DNA模板与引物进行PCR扩增：
扩增步骤包括：PCR反应体系和PCR反应程序；
所述PCR反应体系包括添加模板DNA 1μL，添加上游引物1μL，添加下游引物1μL，添加2×HieffTM PCR MasterMix 10μL，添加ddH2O 7μL；
所述PCR反应程序包括：第一步94℃起始变性5min，第二步94℃解链30s，第三步55℃退火30s，第四步72℃延伸1min，其中解链到延伸循环次数为35次，第五步72℃最终延伸10min，第六步4℃保存；
③PCR产物进行测序和基因型鉴定：
PCR产物经Sanger测序，扩增的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示；
参照图1所示针对标记SNP，对所有个体进行基因分型，共包括CC、CT以及TT三种基因型，其中CC基因型为直立冠基因型，C为直立冠形优势等位基因；
根据上述分型获得CC型公鸡350只，CT型公鸡332只，TT型公鸡309只；CC型母鸡1218只，CT型母鸡1150只，TT型母鸡1128只；
(4)基因型鉴定后，在10-11周龄时，对基因型进行选择，从350只CC型公鸡中选择生长发育良好的公鸡200只，其余公鸡淘汰；从1218只CC型母鸡中选择生长发育良好的母鸡1100只，从1150只CT型母鸡中选择生长发育良好的母鸡400只，其余母鸡淘汰；
(5)30周龄时，对公鸡的冠形进行鉴定，选留直立冠形个体约100只；
(6)Q3系下个世代继续纯繁，重复上世代的选育方法，直至完全淘汰CT型和TT型个体。
3、选育效果：
Q3系经过2个世代选育，与保种群(作为对照组)相比，30周龄鸡群中直立冠形比例结果如下表1所示：
表1利用COMP(14377：C>T)标记选育鸡直立冠形效果分析
由上表1可见，Q3系经过两个世代分子标记辅助选择，30周龄皖南三黄鸡Q3系直立冠形比例较选育之前提高8.88个百分点，增幅达13.08％；而对照组保种群的直立冠形比例基本无变化。
以上实施例仅用以说明本发明的技术方案，而非对其限制；尽管参照前述实施例对本发明进行了详细的说明，本领域的普通技术人员应当理解：其依然可以对前述各实施例所记载的技术方案进行修改，或者对其中部分技术特征进行等同替换；而这些修改或者替换，并不使相应技术方案的本质脱离本发明各实施例技术方案的精神和范围。
Claims (6)
1.一种鸡直立冠形的分子遗传标记，其特征在于，所述分子遗传标记为COMP基因17内含子的14377位点SNP即COMP，该位置C>T。
2.根据权利要求1所述的一种鸡直立冠形的分子遗传标记，其特征在于：所述COMP基因内含子17的14377位点SNP基因型核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示。
3.根据权利要求2所述的一种鸡直立冠形的分子遗传标记，其特征在于：所述核苷酸序列SEQ ID NO：1由以下引物进行PCR扩增测序得到：
上游引物F：5’-CTCCGCAATTCTCTCTGGCA-3’；
下游引物R：5’-AACTCGTCAAAGCAAAATGGCA-3’。
4.一种如权利要求1-3任一所述的鸡直立冠形的分子遗传标记的应用，其特征在于：所述直立冠形分子遗传标记应用于鸡的选育，以获得直立冠形的鸡种。
5.根据权利要求4所述的一种鸡直立冠形的分子遗传标记的应用，其特征在于，所述获得直立冠形的鸡种的方法包括以下步骤：
(1)品系纯繁出雏，雏鸡佩戴翅号，登记系谱，常规饲养管理，按照育种目标进行相关性状选种；
(2)6-7周龄按照目标育种性状开展选种；
(3)8-9周对每只鸡的鸡冠直立/倒伏性状分子遗传标记位点开展基因型鉴定；
(4)10-11周按照基因鉴定结果，公鸡和母鸡均选留直立冠形基因型个体；
(5)30周龄时，对选留的种鸡的冠形进行鉴定，选留直立冠形的个体，按照上述步骤逐代繁育，获得直立冠形的鸡品系或品种。
6.根据权利要求5所述的一种鸡直立冠形的分子遗传标记的应用，其特征在于，所述步骤(4)中，在公鸡和母鸡选留直立冠形基因型个体数量不够时，可选留部分携带直立冠形优势等位基因的个体来补充种群数量。
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