CN117965777A - Xpert MTB/RIF在检测诺卡菌中应用及方法 - Google Patents
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Abstract
本发明公开Xpert MTB/RIF在检测诺卡菌中应用及方法，将已有的结核分枝杆菌检测的成品试剂盒Xpert MTB/RIF转用于诺卡菌的检测，从而能够尽早明确病原，合理使用抗生素，降低诺卡菌病死亡率。这种Xpert MTB/RIF在检测诺卡菌中应用，采用Xpert MTB/RIF试剂盒检测，当只有C探针扩增阳性时判定为诺卡菌感染。
Description
技术领域
本发明涉及生物医学的技术领域，尤其涉及Xpert MTB/RIF在检测诺卡菌中应用，以及检测方法。
背景技术
GeneXpert MTB/RIF（简称Xpert MTB/RIF）是一种用于结核病和耐药结核病的快速诊断的分子诊断试剂盒。它利用实时聚合酶链反应（PCR）技术，可以在短短几小时内检测结核分枝杆菌（MTB）和利福平（RIF）耐药基因。这种快速诊断方法可以帮助医生更快速地确定患者是否感染了结核病，以及该病菌是否对利福平产生了耐药性，从而能够更快速地采取治疗措施。Xpert MTB/RIF已被世界卫生组织（WHO）推荐作为结核病诊断的重要工具，尤其适用于资源匮乏地区和急需快速诊断的情况。
Xpert MTB/RIF检测原理为：在rpoB基因的81bp长度区域设计5对引物和探针（探针A-E）并进行扩增，当至少两个探针扩增呈阳性时，判断为结核分枝杆菌阳性。
诺卡菌属于一类罕见但潜在致命的细菌，可以引起一种称为诺卡菌病（Nocardiosis）的感染。诺卡菌通常存在于土壤、水和有机物中，人们可以通过呼吸道、皮肤软组织侵入，导致感染。诺卡菌病的严重后果可能包括：
1. 肺部感染：最常见的感染形式是肺部感染，尤其是对免疫系统较弱的个体，如HIV感染者或接受免疫抑制治疗的患者。严重的肺部感染可能导致呼吸困难、肺部脓肿和呼吸衰竭；
2. 神经系统感染：诺卡菌也可能侵袭中枢神经系统，导致脑膜炎、脑脓肿和脊髓脓肿等严重并发症。这可能导致头痛、意识障碍、神经功能障碍等症状；
3. 皮肤感染：诺卡菌也可能引起皮肤和软组织感染，导致皮肤溃疡、脓肿和组织坏死等症状；
4. 全身性播散感染：对于免疫系统受损的患者，诺卡菌可能引起全身性播散感染，影响多个器官系统，导致严重的全身症状和器官功能衰竭。
诺卡菌(Nocardia sp.)是人致病革兰阳性需氧放线菌，生长缓慢，存在于土壤与环境中，经呼吸道与皮肤软组织侵入，导致呼吸系统感染、皮肤软组织感染，在部分免疫能力低下人群中，可由肺部或软组织等原发病灶经血行播散，引起其他部位感染，如脑组织、骨、心脏、肾脏、关节等。近年来，诺卡菌病(Nocardiosis)发病率增多，但因其临床不具特异性，影像学与结核或非结核分枝杆菌感染相似，因此诊断和治疗都面临挑战。仅依靠传统的染色涂片与普通培养，检出率低。而对于免疫系统受损的患者，诺卡菌病的严重后果可能会导致危及生命的情况，因此早期诊断和治疗至关重要。
发明内容
为克服现有技术的缺陷，本发明要解决的技术问题是提供了一种Xpert MTB/RIF在检测诺卡菌中应用，其将已有的结核分枝杆菌检测的成品试剂盒Xpert MTB/RIF转用于诺卡菌的检测，从而能够尽早明确病原，合理使用抗生素，降低诺卡菌病死亡率。
本发明的技术方案是：这种Xpert MTB/RIF在检测诺卡菌中应用，采用Xpert MTB/RIF试剂盒检测，当只有C探针扩增阳性时判定为诺卡菌感染。
还提供了这种Xpert MTB/RIF在检测诺卡菌中应用的方法，其包括以下步骤：
（1）取2倍体积的处理试剂SR加入到样本，涡旋震荡1分钟左右直至样本充分液化，室温静置15分钟，标本类型包括支气管肺泡灌洗液、痰液、脑脊液、胸水、腹水、胃液、脓液、分泌物、尿液、淋巴结及其他组织、PE石蜡包埋组织；
（2）吸取2ml处理样品到反应盒；
（3）将反应盒放入检测模块系统内执行如下分步骤：
（3.1）标本清洗过滤；
（3.2）超声裂解；
（3.3）DNA提纯；
（3.4）DNA和PCR反应试剂混合；
（3.5）进行半巢式实时荧光定量核酸扩增检测；
（3.6）当且仅当C探针扩增阳性时，判定为诺卡菌感染，探针C检测的是管家基因rpoB上81bp的利福平耐药核心区的518-523密码子。
本发明采用Xpert MTB/RIF试剂盒检测，当只有C探针扩增阳性时判定为诺卡菌感染，因此本发明是将已有的结核分枝杆菌检测的成品试剂盒Xpert MTB/RIF转变用途，用于诺卡菌的检测，从而能够尽早明确病原，合理使用抗生素，降低诺卡菌病死亡率。
附图说明
图1是根据本发明的Xpert MTB/RIF在检测诺卡菌中应用的方法的流程图。
图2示出了Xpert MTB/RIF试剂盒的组成。
具体实施方式
因为诺卡菌生长缓慢，临床不具特异性，影像学与结核或非结核分枝杆菌感染相似，而仅依靠传统的染色涂片与普通培养，检出率低。但是，对于免疫系统受损的患者，诺卡菌病严重时会导致危及生命，因此早期检测诺卡菌是极其紧要的。
目前尚无诺卡菌检测试剂盒，申请人在长期的医学实践中不断探索和思考，提出如下技术方案：将Xpert MTB/RIF这种用于结核病和耐药结核病的快速诊断的分子诊断试剂盒在检测诺卡菌中应用，采用Xpert MTB/RIF试剂盒检测，当只有C探针扩增阳性时判定为诺卡菌感染。
根据Xpert MTB/RIF的使用说明书，在rpoB基因的81bp长度区域设计引物和5个探针（探针A-E）并进行扩增，当至少两个探针扩增呈阳性时，判断为结核分枝杆菌阳性。而本发明应用Xpert MTB/RIF试剂盒在检测诺卡菌中，当只有C探针扩增阳性时判定为诺卡菌感染。因此本发明是将已有的结核分枝杆菌检测的成品试剂盒Xpert MTB/RIF转变用途，用于诺卡菌的检测，从而能够尽早明确病原，合理使用抗生素，降低诺卡菌病死亡率。
诺卡菌病是由诺卡菌属引起的感染，其临床特征、影像学表现无明显特异性，易与结核或非结核分枝杆菌感染混淆，给临床造成漏诊或误诊。诺卡菌病治疗困难，需要数月到数年的治疗周期。对于免疫系统受损的患者，诺卡菌病的严重后果可能会导致危及生命的情况。对于治疗方案，诺卡菌的治疗与结核病完全不同。甲氧苄啶-磺胺甲噁唑联合亚胺培南是经《热病》推荐的诺卡菌病首选治疗方案，而亚胺培南+阿米卡星可作为替代方案。而对于结核病，一线抗结核药物包括异烟肼、利福平、乙胺丁醇、吡嗪酰胺和链霉素。
优选地，所述诺卡菌为以下病原微生物基因组编码区序列：盖尔森基兴诺卡菌、亚洲诺卡菌。
优选地，所述诺卡菌为以下病原微生物基因组编码区序列：脓肿诺卡菌。
优选地，所述试剂盒的阳性质控品的序列为：GGCACCAGCCAGCTGAGCCAATTCATGGACCAGAACAACCCGCTGTCGGGGTTGACCCACAAGCGCCGACTGTCGGCGCTG。
还提供了这种Xpert MTB/RIF在检测诺卡菌中应用的方法，其包括以下步骤：
（1）取2倍体积的处理试剂SR加入到样本，涡旋震荡1分钟左右直至样本充分液化，室温静置15分钟，标本类型包括支气管肺泡灌洗液、痰液、脑脊液、胸水、腹水、胃液、脓液、分泌物、尿液、淋巴结及其他组织、PE石蜡包埋组织；
（2）吸取2ml处理样品到反应盒；
（3）将反应盒放入检测模块系统内执行如下分步骤：
（3.1）标本清洗过滤；
（3.2）超声裂解；
（3.3）DNA提纯；
（3.4）DNA和PCR反应试剂混合；
（3.5）进行半巢式实时荧光定量核酸扩增检测；
（3.6）当且仅当C探针扩增阳性时，判定为诺卡菌感染，探针C检测的是管家基因rpoB上81bp的利福平耐药核心区的一段序列，位于34-49位碱基之间（518-523密码子）；
优选地，所述步骤（3.6）中C探针的核苷酸序列为：CCGACGccgacagcgggttgttCGTCGG。
为了验证本发明的有效性，进行了如下实验。
1）共计收到14141份非重复样本，同时进行培养和Xpert MTB/RIF检测。如表1所示，其中38份样本Xpert MTB/RIF探针C检测阳性，27份样本培养阳性，13份样本同时阳性。该方法用于诊断诺卡菌的灵敏度和特异性分别为48.1%和99.8%。
表1
灵敏度=a/（a+c）=13/（13+14）=48.1%
特异性=d/（b+d）=14092/（25+14092）=99.8%。
2）对于探针C阳性的菌株，下载NCBI数据库里的基因组数据，与结核分枝杆菌rpoB基因进行比对，结果表明87个盖尔森基兴诺卡菌基因组序列和4个亚洲诺卡菌基因组序列与探针C有100%的一致性，18个脓肿诺卡菌基因组序列中，有15个基因组与探针C完全匹配。
3）对于临床分离的诺卡菌，包括脓肿诺卡菌、贫血诺卡菌、亚洲诺卡菌、星形诺卡菌、北京诺卡菌、肉诺卡菌、盖尔森基兴诺卡菌、豚鼠耳炎诺卡菌、肺炎诺卡菌，每种随机挑选1株配成麦氏浊度0.5的菌悬液，稀释100倍后用Xpert MTB/RIF检测，结果只有盖尔森基兴诺卡菌、亚洲诺卡菌和脓肿诺卡菌的探针C起峰，其它菌株均未起峰。
以上所述，仅是本发明的较佳实施例，并非对本发明作任何形式上的限制，凡是依据本发明的技术实质对以上实施例所作的任何简单修改、等同变化与修饰，均仍属本发明技术方案的保护范围。
Claims (6)
1.Xpert MTB/RIF在检测诺卡菌中应用，其特征在于：采用Xpert MTB/RIF试剂盒检测，当只有C探针扩增阳性时判定为诺卡菌感染。
2.根据权利要求1所述的Xpert MTB/RIF在检测诺卡菌中应用，其特征在于：所述诺卡菌为以下病原微生物基因组编码区序列：盖尔森基兴诺卡菌、亚洲诺卡菌。
3.根据权利要求1所述的Xpert MTB/RIF在检测诺卡菌中应用，其特征在于：所述诺卡菌为以下病原微生物基因组编码区序列：脓肿诺卡菌。
4.根据权利要求1所述的Xpert MTB/RIF在检测诺卡菌中应用，其特征在于：所述试剂盒的阳性质控品的序列为：GGCACCAGCCAGCTGAGCCAATTCATGGACCAGAACAACCCGCTGTCGGGGTTGACCCACAAGCGCCGACTGTCGGCGCTG。
5.根据权利要求1-3任一项所述的Xpert MTB/RIF在检测诺卡菌中应用的方法，其特征在于：其包括以下步骤：
（1）取2倍体积的处理试剂SR加入到样本，涡旋震荡1分钟左右直至样本充分液化，室温静置15分钟，标本类型包括支气管肺泡灌洗液、痰液、脑脊液、胸水、腹水、胃液、脓液、分泌物、尿液、淋巴结及其他组织、PE石蜡包埋组织；
（2）吸取2ml处理样品到反应盒；
（3）将反应盒放入检测模块系统内执行如下分步骤：
（3.1）标本清洗过滤；
（3.2）超声裂解；
（3.3）DNA提纯；
（3.4）DNA和PCR反应试剂混合；
（3.5）进行半巢式实时荧光定量核酸扩增检测；
（3.6）当且仅当C探针扩增阳性时，判定为诺卡菌感染，探针C检测的是管家基因rpoB上81bp的利福平耐药核心区的518-523密码子。
6.根据权利要求5所述的Xpert MTB/RIF在检测诺卡菌中应用的方法，其特征在于：所述步骤（3.6）中C探针的核苷酸序列为：CCGACGccgacagcgggttgttCGTCGG。
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Citations (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN102712944A (zh) * | 2009-11-05 | 2012-10-03 | 贝克顿·迪金森公司 | 用于均质、实时检测lamp产物的序列特异性方法 |
| CN104263844A (zh) * | 2014-10-21 | 2015-01-07 | 中国疾病预防控制中心传染病预防控制所 | 一种用于检测诺卡氏菌的核苷酸序列及应用 |
| CN109880923A (zh) * | 2019-03-22 | 2019-06-14 | 北京岱美仪器有限公司 | 用于快速检测耐利福平的结核分枝杆菌的分子信标探针及其检测方法 |
-
2024
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Patent Citations (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN102712944A (zh) * | 2009-11-05 | 2012-10-03 | 贝克顿·迪金森公司 | 用于均质、实时检测lamp产物的序列特异性方法 |
| CN104263844A (zh) * | 2014-10-21 | 2015-01-07 | 中国疾病预防控制中心传染病预防控制所 | 一种用于检测诺卡氏菌的核苷酸序列及应用 |
| CN109880923A (zh) * | 2019-03-22 | 2019-06-14 | 北京岱美仪器有限公司 | 用于快速检测耐利福平的结核分枝杆菌的分子信标探针及其检测方法 |
Non-Patent Citations (5)
| Title |
|---|
| H H EL-HAJJ等: "mycobacterial", J CLIN MICROBIOL, vol. 39, no. 11, 30 November 2001 (2001-11-30), pages 4131 - 4137 * |
| J M HUNT等: "Detection of a genetic locus encoding resistance to rifampin in mycobacterial cultures and in clinical specimens", DIAGN MICROBIOL INFECT DIS, vol. 18, no. 4, 30 April 1994 (1994-04-30), pages 219 - 227 * |
| 孙渭歌: "诺卡菌多重PCR及Real-time PCR检测方法的建立", 中国硕士学位论文电子期刊医药卫生专辑, 15 February 2015 (2015-02-15), pages 1 - 62 * |
| 曾颖敏 广医三院检验科: "Xpert MTB RIF结核分枝杆菌及利福平耐药的检测原理与结果解读", pages 1 - 4, Retrieved from the Internet <URL:https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzIxMzY0NjMzMQ==&mid=2247485483&idx=1&sn=036b2383008397e0f45c7a32c76f613c&chksm=97b2e6bfa0c56fa9e651802aecd55e109a021152ef836fbb50195445267382b9e55b23683b6f&scene=27> * |
| 黄磊等: "诺卡菌分子鉴定方法的研究进展", 检验医学与临床, vol. 15, no. 18, 28 September 2018 (2018-09-28), pages 2814 - 2817 * |
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