CN117305503B - 用于柑橘基因型鉴定的20k液相芯片及其应用 - Google Patents
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Abstract
本发明涉及DNA芯片技术，尤其涉及柑橘液相芯片研发及其应用。本发明开发了一套包含19,837个单核苷酸多态性(SNP)位点的液相芯片，利用探针进行位点捕获最终获得100个柑橘材料的SNP位点的基因型，对不同柑橘材料进行了杂种鉴定，也进行了遗传来源鉴定与遗传多态性分析。本发明采用20K的液相芯片对100个柑橘材料实现了高通量的准确基因分型，可极大程度地推断供试材料的选育背景，有效提升柑橘品种鉴定的检测周期、节约试验成本。在柑橘品种遗传来源鉴定、杂种鉴定、多态性分析等领域均有广泛应用，为柑橘种质资源利用与分子育种提供技术支撑。
Description
技术领域
本发明涉及基因芯片技术领域，具体涉及一种用于柑橘基因型鉴定的20K液相芯片及其应用。
背景技术
柑橘属于芸香科柑橘属多年生木本植物，是世界和我国最重要的水果之一。我国具有丰富的柑橘资源和悠久的栽培历史，同名异物和同物异名经常发生。柑橘种类繁多，有橘、柚、枸橼、金柑、宜昌橙、枳等基本种，也有甜橙、柠檬等广泛栽培的杂交种。柑橘种之间具有杂交亲和性，经过一次或多次杂交之后又产生了各种各样的类型，现在广泛栽培大多为多次杂交之后的柑橘。这些问题使得柑橘的遗传关系成为植物分类上最常见的问题之一，需要有可靠的DNA技术为柑橘种质资源鉴定与育种利用提供支撑。
柑橘杂交育种效率受珠心胚的干扰而不高。由于柑橘具有无融合生殖的特性，即珠心体细胞发育成胚，一个柑橘种子往往可以发育成2-40个珠心苗。这些珠心苗实际上是母本的无性复制，没有育种价值。如何从后代中筛选出有性重组单株，剔除珠心苗成为提高柑橘杂交育种效率的关键。因此，对杂交后代进行准确的基因型鉴定对柑橘育种与改良具有重要意义。
传统分子标记如限制性片段长度多态性、简单序列重复等，因存在基因组分布数量少，通量低等缺点，导致其在鉴定种质资源和杂种鉴定方面仍效率不高。单核苷酸多态性(SNP)具有数量多、分布广、易于快速规模化筛查、便于基因分型等特点，被广泛接受并育种利用。现在的基因分型主要依赖于全基因组重测序技术和固态芯片技术，但两者均有其明显的不足之处。全基因组重测序技术需要有较高的生物信息分析平台和技术；另外柑橘单样本测序成本约750RMB，对大规模群体来说成本高。传统的固相芯片技术是基于探针与DNA序列的互补杂交，通过标记物的荧光显色信号进行分型。固态芯片技术与液相芯片技术捕获位点数均为数千～万个位点数，实现单个位点深度测序，虽然其成本低，但固相芯片存在灵活性差、反应速率慢等缺陷，且前期研发投入成本高。液相芯片是通过降低文库丰度实现仅对目标位点深度测序的技术，对每个目标位点进行专一性捕获，并进行高深度的测序，具有检测准确性高、通量大、可显著降低基因分型成本的优点。
液相芯片目前在种质资源评价、DNA指纹鉴定、基因/QTL定位、基因克隆、分子标记辅助选择、全基因组选择育种等方面已经有着较为成熟的应用。然而，国内尚无可用的柑橘基因分型芯片。为提高柑橘育种效率、加快柑橘育种进程，开发一款经济、合适的芯片用于柑橘基因分型有重要意义。
发明内容
本发明的目的在于克服现有技术的不足，提供了一种用于柑橘基因分型的20K液相芯片及其应用。本发明基于靶向捕获测序技术开发一款经济、实用的柑橘基因分型的高通量20K液相芯片，利用该20K液相芯片可以实现高通量的准确基因分型，有效节约检测成本，缩短样本检测服务周期，极大程度吻合柑橘的遗传来源鉴定、杂种鉴定、多态性分析等遗传分析，为柑橘种质资源利用与分子育种提供技术支撑。
为实现上述目的，本发明所设计的技术方案如下：
本发明提供了一种柑橘全基因组20K液相芯片的SNP位点组合，所述SNP位点组合包括19,837个SNP位点，其位点信息如表1所示。
本发明还提供了一种柑橘全基因组20K液相芯片的探针组合，所述探针组合含有18,847个探针，18,847个探针中每个探针与权利要求1所述SNP位点组合中对应的1个到多个SNP位点区域杂交形成双链，且所述探针的序列信息如表1所示。
本发明还提供了一种柑橘全基因组的20K液相芯片，包含上述SNP位点组合和上述的探针组合。
本发明还提供了一种上述的液相芯片在分析柑橘种质资源和育种材料的遗传来源成分中的应用(柑橘遗传背景复杂，种间杂交事件频繁导致出现了许多同名异物和同物异名的现象，柑橘种质资源和育种材料遗传来源成分的快速鉴定对种苗市场的打假具有重要意义)。
本发明还提供了一种上述的20K液相芯片在分析柑橘种质资源和育种材料的遗传来源成分中的方法，包括以下步骤：
(1)利用已发表的各柑橘基本种全基因组重测序数据(http://citrus.hzau.edu.cn/)，将其比对至SWO.v2.0(http://citrus.hzau.edu.cn/data/Genome_info/)参考基因组，使用BWA(v0.7.17)进行数据比对，使用GATK(v4.1.1)进行群体SNP的基因型鉴定，使用Vcftools(v0.1.16)进行SNP数据的过滤(过滤参数：--minDP 5，--minQ 30，--maf0.05，--max-missing 0.9，--max-alleles 2，--min-alleles 2)。然后鉴定同一基本种内不具备多态性(即：同一基本种内多个样本的基因型一致)且区别于其他基本种基因型的位点，这部分位点定义为种特异性SNP位点，其中，包括橘基本种特异性位点785,315个，柚基本种特异性位点698,792个，枸橼基本种特异性位点1,124,012个，宜昌橙基本种特异性位点542,847个，金柑基本种特异性位点532,609个，枳壳基本种特异性位点532,609个。
(2)利用上述20K液相芯片获得芯片捕获测序数据后，在全基因组每500Kb的范围内，对使用液相芯片鉴定到的种特异性位点来判断每个窗口的遗传来源，如果同一窗口内某个基本种的特异性SNP位点数量是排名第二的另一个基本种的特异性SNP位点数量的1.5倍及以上，则认为该窗口的遗传来源是属于该排名第一的基因种；
或者，如果排名第一的基本种的特异性SNP位点数量未超过排名第二的另一个基本种的特异性SNP位点数量，则认为该窗口的遗传来源未知。
本发明还提供了一种上述的20K液相芯片在柑橘杂种鉴定中的应用(由母本无性复制的珠心苗在后续育种过程中造成大量人力物力的损耗，对育种材料进行杂种鉴定，快速剔除珠心苗，可显著提高柑橘杂交育种效率，对柑橘育种与改良具有重要意义)。
本发明还提供了一种利用上述的20K液相芯片进行柑橘杂种鉴定的方法，包括以下步骤：
(1)利用上述20K液相芯片获得芯片捕获测序数据后，使用BWA(v0.7.17)将双亲及群体待鉴定单株的测序数据比对至同一个参考基因组，使用GATK(v4.1.1)进行群体SNP的基因型鉴定，使用Vcftools(v0.1.16)进行SNP数据的过滤。然后在全基因组鉴定双亲分别为0/0和1/1的纯合基因型，并且保证各条染色体均含有满足以上条件的若干位点，将其作为杂种鉴定的候选位点。
(2)通过分析亲本与群体待鉴定单株的杂种鉴定候选位点的基因型，判断是否符合亲本与子代的关系。具体判断标准如下：若亲本A的若干位点为0/0或1/1纯合基因型，亲本B的若干位点为1/1或0/0纯合基因型，当群体待鉴定单株含有超过70％的杂种鉴定候选位点为0/1杂合基因型时，则认为该群体待鉴定单株为亲本A和B的杂种后代。反之则为母本无性复制的假杂种后代。
本发明还提供了一种上述的20K液相芯片在柑橘材料遗传多态性分析中的应用。
本发明还提供了一种上述的20K液相芯片的以下任一种应用：
(1)在柑橘品种鉴定及亲缘关系鉴定中的应用；
(2)在柑橘分子遗传图谱构建和基因定位与克隆中的应用；
(3)在柑橘全基因组关联分析以及基因组选择育种中的应用。
本发明的有益效果：
1.本发明利用开发的一套柑橘20K液相芯片，该20K液相芯片包含19,837个SNP位点的SNP位点组合(附图1)和18,847个探针的探针组合，采用液相杂交探针的方法对目标位点或者目标区段进行捕获，并对靶向捕获的位点或者区段进行高深度测序。剔除了不必要的基因组区域信息的捕获，降低了成本。单样本测序成本可控制在120RMB，且捕获的位点测序深度能达到100层，实现了对目标区域的精准高深度捕获，位点鉴定的准确性达到99％以上(附图2)。针对这些目标区域，结合本发明搭建的遗传来源分析流程，可以判断柑橘材料的遗传来源。
2.利用上述方法我们在酸橙与椪柑杂交群体的100份群体待鉴定单株中，快速筛选到11个酸橙与椪柑的真杂种后代，剔除了89个珠心胚，有效提升柑橘育种效率，节省了大量人力物力财力。
3.本发明的20K液相芯片还可以用于柑橘品种鉴定及亲缘关系鉴定，柑橘分子遗传图谱构建和基因定位与克隆，柑橘全基因组关联分析及基因组选择育种。
附图说明
图1为20K液相芯片SNP位点在不同染色体的分布情况；
图2为4个柑橘样品使用20K液相芯片与全基因组重测序进行SNP分型的准确性评估与比较；
图3至图7为1个甜橙与4个柑橘杂交子代利用柑橘20K液相芯片进行遗传来源分析的结果，其中mm代表橘子来源区段，pp代表柚子来源区段，mp代表橘柚杂合来源区段，UN代表无法准确判断的遗传来源区段；
图8为100个柑橘杂交子代及其亲本利用柑橘20K液相芯片进行遗传多态性分析的结果。
具体实施方式
下面结合具体实施例对本发明做进一步的详细描述，以便本领域技术人员理解。
实施例1
柑橘全基因组20K液相芯片的SNP位点组合的获取方法如下：
(1)首先在六个柑橘基本种鉴定到各个基本种的种特异性位点。利用已发表的各柑橘基本种全基因组重测序数据，将其比对至SWO.v2.0参考基因组，使用BWA(v0.7.17)进行数据比对，使用GATK(v4.1.1)进行群体SNP的基因型鉴定，使用Vcftools(v0.1.16)进行SNP数据的过滤，然后鉴定同一基本种内不具备多态性且区别于其他基本种基因型的位点，这部分位点定义为种特异性SNP位点。其中，包括橘基本种特异性位点785,315个，柚基本种特异性位点698,792个，枸橼基本种特异性位点1,124,012个，宜昌橙基本种特异性位点542,847个，金柑基本种特异性位点532,609个，枳壳基本种特异性位点532,609个。
(2)进一步对各个基本种的种特异性SNP进行筛选，筛选纯合基因型位点以同时满足遗传来源鉴定与杂种鉴定需求(以最为常见的柑橘资源：橘、柚为主，如：橘为0/0纯合基因型，柚为1/1纯合基因型，并且保证各条染色体均含有满足以上条件的若干位点，将其作为杂种鉴定的候选位点)。
(3)然后选取已知遗传来源(以橘、柚的相互杂交材料为主)的柑橘材料作为测试材料，在全基因组每1Mb的窗口内选取以上可同时满足遗传来源鉴定与杂种鉴定需求的位点用来判断测试材料的遗传来源。对判断不准的基因组区段不断添加候选位点，最终保证使用20K候选位点所判断的遗传来源与各基本种500K-1Mb的种特异性位点判断的结果几乎一致。
(4)为了保证位点的利用率，避免同一个位点被重复捕获，剔除距离在300bp范围内的候选位点。最终得到柑橘全基因组20K液相芯片的SNP位点组合，共19,837个SNP位点，其具体信息见上述表格(表格中SNP位点信息见http://citrus.hzau.edu.cn/data/genome_info/swo.v2.0/swo.v2.0.genome.fa)。其在基因组的位置分布见图1。
实施例2
一种柑橘全基因组20K液相芯片的探针组合，所述探针组合含有18,847个探针，18,847个探针中每个探针分别与上述SNP位点组合中对应的1个到多个SNP位点区域杂交形成双链，所述探针的序列信息如上表所示。根据碱基互补配对原则，对目标序列设计与之互补配对的寡核苷酸探针，上述柑橘全基因组20K液相芯片的探针组合设计原则如下：
(1)在相对保守的区域，避免结构变异区域、避免重复区域、避免高拷贝(相似序列和拷贝数尽量低于10个，较多会影响捕获效率和均一性)、避免变异聚集区(目标位点上下游50bp的SNP数量尽量低于10，最好低于5)设计探针；
(2)SNP在探针上的相对位置：SNP在探针的中间位置最好；
(3)可选探针长度区间在80-120nt，一般选100nt；
(4)探针层数优先设计单层探针，且探针特异性越高，探针的捕获效率越高；
(5)GC含量在50％左右的区域其探针捕获能力最强，根据所需位点数据来放宽。高GC区域探针结合能力强，但DNA片段自身结合能力更强，探针竞争阻力较大；高AT区域的DNA片段自身结合能力弱，但同样探针与之结合的能力也弱，因此，在高GC和高AT区域需要适当增加探针数量来弥补竞争阻力和结合能力方面的劣势；
(6)尽量避免探针自身形成发卡结构以及探针之间形成二聚体，否则影响探针与目标DNA的结合；repeatCountStrict和repeatCountNormal值评估，模拟的是探针与探针设计时所提供的参考基因组的杂交情况，该值与捕获效率相关，越小越好，通常认为平均值≤10以内为正常捕获效率；
(7)探针捕获不需要和目标DNA 100％互补，部分结合即可实现捕获，只需要结合部分的自由能大于一定阈值即可。因此，每条探针所能捕获的区域除了与之100％匹配的区域外，该区域两侧一定长度内的片段也能被该探针所捕获。如果某些区域不适合设计探针，可以在其周围设计探针，利用探针的部分结合即可捕获的特点，实现对目标区域的捕获。
表1 SNP位点及探针位置信息表
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注：所述SNP位点信息与探针信息中，第一“-”左侧数据为SNP与探针所在的染色体，第一“-”右侧数值依次为SNP所在染色体的位置，探针所在染色体上的起始和终止位置。
实施例3
一种柑橘全基因组的20K液相芯片包含上述实施例1的SNP位点组合和上述实施例2的探针组合。其中，SNP位点组合包括19,837个SNP位点，探针组合含有18,847个探针，该18,847个探针中每个探针分别与SNP位点组合中的一个到多个SNP位点区域杂交形成双链。柑橘20K液相芯片的检测实验方法，步骤如下：
(1)采用高通量DNA提取试剂盒进行待测样品DNA的提取；提取后的DNA样品进行2种检测：
1.使用1％琼脂糖凝胶电泳方法分析DNA的纯度和完整性；
2.使用Qubit对DNA浓度进行准确定量；
(2)DNA预处理：取定量质检合格的DNA，进行30min 37℃酶切消化处理；破碎后的DNA经过末端修复后在3’端加A；
(3)利用连接酶将加A后的DNA片段与测序接头连接在一起，连接后用新鲜配制的80％乙醇纯化，然后加入纯化磁珠吸打或涡旋混匀对文库进行纯化和片段选择。然后依据所选择Index类型的不同，按照对应体系的PCR反应体系，记录好所使用的Index号，进行PCR扩增；
(4)完成文库构建后取1μL文库使用Qubit dsDNAHSAssay Kit进行文库浓度检测，记录文库浓度。取1μL文库使用片段分析仪进行文库长度检测；
(5)取750ng文库加入PCR管中，多个文库混合杂交时，每个文库加入500ng。将PCR管放入真空浓缩离心机，打开PCR管盖，浓缩至干燥状态。加入Nuclease-Free Water、探针、Hyb Buffer、封阻试剂、RNA保护试剂配制杂交反应液。将杂交反应液加入到干燥的文库中，涡旋振荡30s以确保干燥在管底的DNA溶解，并短暂离心，将杂交反应液置于PCR仪上，杂交时间为12h-18h；
(6)然后对目标区域进行DNA捕获与PCR扩增，磁珠纯化，最后进行质控与上机测序；
(7)利用测序结果通过BWA(v0.7.17)回帖到柑橘参考基因组上进行比对，再通过GATK(v4.1.1)软件获取待测柑橘材料的SNP分型数据。
实施例4
应用上述液相芯片分析柑橘种质资源和育种材料的遗传来源方法，本实施例鉴定的是四份秭归酸橙与椪柑杂交群体后代单株的遗传来源，分析方法与结果如下：
利用上述20K液相芯片获得芯片捕获测序数据后，使用BWA(v0.7.17)软件将测序数据比对到参考基因组(http://citrus.hzau.edu.cn/data/Genome_info/SWO.v2.0/SWO.v2.0.genome.fa)上，用GATK(v4.1.1)软件进行SNP的基因型鉴定。四个柑橘材料通过全基因组重测序与芯片捕获测序获得的SNP基因型比较分析，发现该20K液相芯片可实现准确的基因分型，分型准确度达到99.97％(图2)然后将全基因组划分为500Kb的窗口进行滑动，统计各个窗口内种特异性SNP位点的基因型，从而给定每个窗口的遗传来源。以下表2-表5为四个柑橘材料的每个窗口遗传来源鉴定结果。
表2 SW55遗传成分来源表
表3SW96遗传成分来源表
表4 SW266遗传成分来源表
表5 SW319遗传成分来源表
| chr1-1-mm | chr2-2-mp | chr2-63-mp | chr3-58-mp | chr4-43-mm | chr5-48-mp | chr6-30-mm | chr7-46-mm | chr8-42-mp |
| chr1-2-mm | chr2-3-mp | chr2-64-mp | chr3-59-mm | chr4-44-mm | chr5-49-mp | chr6-31-mm | chr7-47-mm | chr8-43-mp |
| chr1-3-mm | chr2-4-mp | chr2-65-mp | chr3-60-mm | chr4-45-mm | chr5-50-mp | chr6-32-mm | chr7-48-mm | chr8-44-mp |
| chr1-4-mm | chr2-5-mp | chr2-66-mp | chr3-61-mm | chr4-46-mm | chr5-51-mm | chr6-33-mm | chr7-49-mm | chr8-45-mp |
| chr1-5-mm | chr2-6-mp | chr3-1-mp | chr3-62-mm | chr4-47-mm | chr5-52-mm | chr6-34-mp | chr7-50-mm | chr8-46-mp |
| chr1-6-mm | chr2-7-mp | chr3-2-mp | chr3-63-mm | chr4-48-mm | chr5-53-mm | chr6-35-mp | chr7-51-mm | chr8-47-mp |
| chr1-7-mm | chr2-8-mp | chr3-3-mp | chr3-64-mm | chr4-49-mm | chr5-54-mm | chr6-36-mp | chr7-52-mm | chr8-48-mp |
| chr1-8-mm | chr2-9-mp | chr3-4-mp | chr3-65-mm | chr4-50-mm | chr5-55-mm | chr6-37-mp | chr7-53-mp | chr9-1-mp |
| chr1-9-mm | chr2-10-mp | chr3-5-mp | chr3-66-mm | chr4-51-mm | chr5-56-mp | chr6-38-mp | chr7-54-mp | chr9-2-mp |
| chr1-10-mp | chr2-11-mp | chr3-6-mp | chr3-67-mm | chr4-52-mm | chr5-57-mp | chr6-39-mp | chr7-55-mp | chr9-3-mp |
| chr1-11-mm | chr2-12-mp | chr3-7-UN | chr3-68-mm | chr4-53-mm | chr5-58-mp | chr6-40-mp | chr7-56-mp | chr9-4-mp |
| chr1-12-mm | chr2-13-mp | chr3-8-mp | chr3-69-mm | chr4-54-mm | chr5-59-mp | chr6-41-mm | chr7-57-mp | chr9-5-mp |
| chr1-13-mm | chr2-14-mp | chr3-9-mp | chr3-70-mp | chr4-55-mm | chr5-60-mp | chr6-42-mp | chr7-58-mp | chr9-6-mp |
| chr1-14-mm | chr2-15-pp | chr3-10-mp | chr3-71-mp | chr4-56-UN | chr5-61-mp | chr6-43-mp | chr7-59-mp | chr9-7-mp |
| chr1-15-mm | chr2-16-pp | chr3-11-mp | chr3-72-mp | chr5-1-mp | chr5-62-mp | chr6-44-mp | chr7-60-mp | chr9-8-mp |
| chr1-16-mm | chr2-17-pp | chr3-12-mp | chr3-73-mp | chr5-2-mp | chr5-63-mp | chr6-45-mp | chr7-61-mp | chr9-9-mp |
| chr1-17-mm | chr2-18-pp | chr3-13-mp | chr3-74-mp | chr5-3-mp | chr5-64-mp | chr7-1-mp | chr7-62-mp | chr9-10-mp |
| chr1-18-mm | chr2-19-mp | chr3-14-mp | chr3-75-mp | chr5-4-mp | chr5-65-mp | chr7-2-mp | chr7-63-mp | chr9-11-mp |
| chr1-19-mm | chr2-20-mp | chr3-15-mp | chr3-76-mp | chr5-5-mp | chr5-66-mp | chr7-3-mp | chr7-64-mp | chr9-12-mp |
| chr1-20-mm | chr2-21-mp | chr3-16-mp | chr4-1-mm | chr5-6-mp | chr5-67-mp | chr7-4-mp | chr7-65-mm | chr9-13-mp |
| chr1-21-mm | chr2-22-mp | chr3-17-mp | chr4-2-mm | chr5-7-mp | chr5-68-mp | chr7-5-mp | chr8-1-mp | chr9-14-mp |
| chr1-22-mm | chr2-23-mp | chr3-18-mp | chr4-3-mm | chr5-8-mp | chr5-69-mp | chr7-6-mp | chr8-2-mp | chr9-15-mp |
| chr1-23-mm | chr2-24-mm | chr3-19-mp | chr4-4-mm | chr5-9-mp | chr5-70-mp | chr7-7-mp | chr8-3-mp | chr9-16-mp |
| chr1-24-mm | chr2-25-mm | chr3-20-mp | chr4-5-mm | chr5-10-mp | chr5-71-mp | chr7-8-mp | chr8-4-mp | chr9-17-mp |
| chr1-25-mp | chr2-26-mp | chr3-21-mp | chr4-6-mm | chr5-11-pp | chr5-72-mp | chr7-9-mp | chr8-5-mp | chr9-18-mp |
| chr1-26-mm | chr2-27-mp | chr3-22-mp | chr4-7-mm | chr5-12-pp | chr5-73-mp | chr7-10-mp | chr8-6-mp | chr9-19-mp |
| chr1-27-mm | chr2-28-mp | chr3-23-mp | chr4-8-mm | chr5-13-pp | chr5-74-mp | chr7-11-mp | chr8-7-mp | chr9-20-mp |
| chr1-28-mm | chr2-29-mp | chr3-24-mp | chr4-9-mm | chr5-14-pp | chr5-75-mp | chr7-12-mp | chr8-8-mp | chr9-21-mp |
| chr1-29-mm | chr2-30-mp | chr3-25-mp | chr4-10-mm | chr5-15-pp | chr5-76-mp | chr7-13-mp | chr8-9-mp | chr9-22-pp |
| chr1-30-mm | chr2-31-mp | chr3-26-mp | chr4-11-mm | chr5-16-pp | chr5-77-mp | chr7-14-mp | chr8-10-mp | chr9-23-mp |
| chr1-31-mm | chr2-32-mp | chr3-27-mp | chr4-12-mm | chr5-17-mm | chr5-78-mp | chr7-15-mp | chr8-11-mp | chr9-24-mp |
| chr1-32-mm | chr2-33-mp | chr3-28-mp | chr4-13-mm | chr5-18-mm | chr5-79-UN | chr7-16-mp | chr8-12-mp | chr9-25-mp |
| chr1-33-mm | chr2-34-mp | chr3-29-mp | chr4-14-mm | chr5-19-mm | chr6-1-mm | chr7-17-mp | chr8-13-mp | chr9-26-mm |
| chr1-34-mm | chr2-35-mp | chr3-30-mp | chr4-15-mp | chr5-20-mm | chr6-2-mm | chr7-18-mm | chr8-14-mp | chr9-27-mm |
| chr1-35-mm | chr2-36-mp | chr3-31-mp | chr4-16-mm | chr5-21-mm | chr6-3-mm | chr7-19-mm | chr8-15-pp | chr9-28-mm |
| chr1-36-mm | chr2-37-mp | chr3-32-mp | chr4-17-mp | chr5-22-mm | chr6-4-mm | chr7-20-mm | chr8-16-mp | chr9-29-mp |
| chr1-37-mm | chr2-38-mp | chr3-33-mp | chr4-18-mp | chr5-23-mm | chr6-5-mm | chr7-21-mm | chr8-17-mp | chr9-30-pp |
| chr1-38-mm | chr2-39-mp | chr3-34-mp | chr4-19-mp | chr5-24-mm | chr6-6-mm | chr7-22-mm | chr8-18-mp | chr9-31-mp |
| chr1-39-mm | chr2-40-mp | chr3-35-mp | chr4-20-mp | chr5-25-mm | chr6-7-mm | chr7-23-mm | chr8-19-mp | chr9-32-mp |
| chr1-40-mm | chr2-41-mp | chr3-36-mp | chr4-21-mm | chr5-26-mm | chr6-8-mm | chr7-24-mm | chr8-20-mp | chr9-33-mp |
| chr1-41-mm | chr2-42-mp | chr3-37-mp | chr4-22-mm | chr5-27-mp | chr6-9-mm | chr7-25-mm | chr8-21-mp | chr9-34-mp |
| chr1-42-mm | chr2-43-mp | chr3-38-mp | chr4-23-mm | chr5-28-mm | chr6-10-mm | chr7-26-mm | chr8-22-mp | chr9-35-mp |
| chr1-43-mm | chr2-44-mp | chr3-39-mp | chr4-24-mm | chr5-29-mm | chr6-11-mm | chr7-27-mm | chr8-23-mp | chr9-36-mm |
| chr1-44-mm | chr2-45-mp | chr3-40-mp | chr4-25-mm | chr5-30-mm | chr6-12-mm | chr7-28-mm | chr8-24-mp | chr9-37-mm |
| chr1-45-mm | chr2-46-mp | chr3-41-mp | chr4-26-mp | chr5-31-mm | chr6-13-mp | chr7-29-mm | chr8-25-mp | chr9-38-mp |
| chr1-46-mm | chr2-47-mp | chr3-42-mp | chr4-27-mm | chr5-32-mp | chr6-14-mp | chr7-30-mp | chr8-26-mp | chr9-39-mp |
| chr1-47-mm | chr2-48-mp | chr3-43-mp | chr4-28-mm | chr5-33-mm | chr6-15-mm | chr7-31-mm | chr8-27-mp | chr9-40-mp |
| chr1-48-mm | chr2-49-mp | chr3-44-mp | chr4-29-mm | chr5-34-mm | chr6-16-mm | chr7-32-mp | chr8-28-mp | chr9-41-mp |
| chr1-49-mp | chr2-50-mp | chr3-45-mp | chr4-30-mm | chr5-35-mm | chr6-17-mm | chr7-33-mm | chr8-29-mp | chr9-42-mp |
| chr1-50-mp | chr2-51-mp | chr3-46-mm | chr4-31-mm | chr5-36-mm | chr6-18-mm | chr7-34-mm | chr8-30-mp | chr9-43-mm |
| chr1-51-mp | chr2-52-mp | chr3-47-mp | chr4-32-mm | chr5-37-mm | chr6-19-mm | chr7-35-mm | chr8-31-mp | chr9-44-mp |
| chr1-52-mp | chr2-53-mp | chr3-48-mp | chr4-33-mm | chr5-38-mp | chr6-20-mm | chr7-36-mm | chr8-32-mp | chr9-45-mp |
| chr1-53-mp | chr2-54-mm | chr3-49-mp | chr4-34-mm | chr5-39-mp | chr6-21-mm | chr7-37-mm | chr8-33-mp | chr9-46-mp |
| chr1-54-mp | chr2-55-mp | chr3-50-mp | chr4-35-mm | chr5-40-mm | chr6-22-mm | chr7-38-mm | chr8-34-mp | chr9-47-mm |
| chr1-55-mp | chr2-56-mp | chr3-51-mp | chr4-36-mm | chr5-41-mm | chr6-23-mm | chr7-39-mm | chr8-35-mm | chr9-48-mm |
| chr1-56-mp | chr2-57-mp | chr3-52-mp | chr4-37-mp | chr5-42-mm | chr6-24-mm | chr7-40-mm | chr8-36-mm | chr9-49-mm |
| chr1-57-mp | chr2-58-mp | chr3-53-mp | chr4-38-mp | chr5-43-mm | chr6-25-mm | chr7-41-mm | chr8-37-mp | chr9-50-mm |
| chr1-58-mp | chr2-59-mp | chr3-54-mp | chr4-39-mp | chr5-44-mm | chr6-26-mm | chr7-42-mp | chr8-38-mp | chr9-51-mp |
| chr1-59-mp | chr2-60-mp | chr3-55-mp | chr4-40-mm | chr5-45-mp | chr6-27-mm | chr7-43-mm | chr8-39-mp | chrUn-1-mp |
| chr1-60-UN | chr2-61-mp | chr3-56-mp | chr4-41-mm | chr5-46-mp | chr6-28-mm | chr7-44-mm | chr8-40-mp | |
| chr2-1-mp | chr2-62-mp | chr3-57-mp | chr4-42-mm | chr5-47-mp | chr6-29-mm | chr7-45-mm | chr8-41-mp |
所述遗传来源成分信息中，“-”左侧数据为染色体信息，“-”右侧数值依次为该区域所在染色体窗口划分的位置和该窗口的遗传来源成分(其中mm代表橘子来源区段，pp代表柚子来源区段，mp代表橘柚杂合来源区段，UN代表无法准确判断的遗传来源区段)。
(2)通过R进行可视化，获得四个柑橘材料九条染色体的遗传来源图，通过遗传来源图的模式可将柑橘材料划分为基本种中的任何一个或者判断为几者的杂交种。以下为液相芯片鉴定的四个柑橘材料九条染色体的遗传来源图(见图3至图7)：
从以上遗传来源鉴定可知，以上四个样本的遗传来源组成均为：橘、柚、橘柚杂合区域和未知来源区域。因此，可以认为以上四个样本均为橘和柚经过二次或多次杂交而得，并且没有枸橼、宜昌橙、金柑、枳壳等基本种的渗透。其中SW96(图3)与SW266(图4)两个样本的遗传来源接近一致，认为是同一品系的两个单株。SW55(图5)样本与甜橙(图6)的遗传来源组成接近一致，SW55样本推断为甜橙一类。SW319(图7)的遗传来源主要为橘柚杂合，且伴随40％左右的橘子遗传来源，因而将其划分为杂柑一类。
实施例5
利用上述20K液相芯片进行柑橘杂种鉴定的方法，本实施例对四个杂交群体(秭归酸橙与椪柑杂交群体，SW；成都酸橙与椪柑杂交群体，CDYN、SP；土橘红酸橙与椪柑杂交群体，T1P)共计100份柑橘材料进行了杂种鉴定，具体实施方法及结果如下：
(1)利用上述20K液相芯片获得芯片捕获测序数据后，使用BWA(v0.7.17)将双亲及群体待鉴定单株的芯片数据比对至同一个参考基因组，使用GATK(v4.1.1)进行群体SNP的基因型鉴定，使用Vcftools(v0.1.16)进行SNP数据的过滤。然后在全基因组鉴定双亲分别为0/0和1/1的纯合基因型，并且保证各条染色体均含有满足以上条件的若干位点，将其作为杂种鉴定的候选位点。
(2)在SW群体中鉴定到6405个杂种鉴定位点(2820个母本秭归酸橙为0/0基因型，父本椪柑为1/1基因型；3585个母本秭归酸橙为1/1基因型，父本椪柑为0/0基因型)，CDYN群体中鉴定到4910个杂种鉴定位点(2923个母本成都酸橙为0/0基因型，父本椪柑为1/1基因型；1987个母本成都酸橙为1/1基因型，父本椪柑为0/0基因型)，SP群体中鉴定到6704个杂种鉴定位点(3132个母本秭归酸橙为0/0基因型，父本椪柑为1/1基因型；3572个母本秭归酸橙为1/1基因型，父本椪柑为0/0基因型)，T1P群体中鉴定到2985个杂种鉴定位点(2097个母本土橘红酸橙为0/0基因型，父本椪柑为1/1基因型；888个母本土橘红酸橙为1/1基因型，父本椪柑为0/0基因型)。
(3)通过分析亲本与群体待鉴定单株的杂种鉴定候选位点的基因型，判断是否符合亲本与子代的关系。具体判断标准如下：若亲本A的若干位点为0/0或1/1纯合基因型，亲本B的若干位点为1/1或0/0纯合基因型，当群体待鉴定单株含有超过70％的杂种鉴定候选位点为0/1杂合基因型时，则认为该群体待鉴定单株为亲本A和B的杂种后代。反之则为母本无性复制的假杂种后代。
(4)通过以上判断标准，我们在共计100份群体单株中鉴定到了4份SW群体真杂种后代，3份CDYN群体真杂种后代，2份SP群体真杂种后代和2份T1P群体真杂种后代。剔除了89份由母本无性复制的珠心苗，减少了其在后续育种过程中造成的大量人力物力损耗。以上4个杂交群体的100份群体单株杂种鉴定位点及基因型统计结果见下表6：
表6四个杂交群体的100份群体单株杂种鉴定位点及基因型统计结果表
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实施例6
利用上述的20K液相芯片可以进一步将SNP位点用于柑橘材料的遗传多态性分析，主要步骤和结果如下：
(1)利用上述20K液相芯片获得100份柑橘材料的芯片捕获测序数据后，使用BWA(v0.7.17)将双亲及群体待鉴定单株的芯片数据比对至同一个参考基因组，使用GATK(v4.1.1)进行群体SNP的基因型鉴定，使用Vcftools(v0.1.16)进行SNP数据的过滤。
(2)使用plink(v1.90)进行主成分分析(Principal Component Analysis，PCA)，使用R进行可视化，图3为亲本及100份群体子代的PCA，通过PCA，我们对100份柑橘样品的群体进行划分。通过图8可看出，SW和CDYN群体单株明显分布较离散，遗传多态性更高。各群体的假杂种单株与母本酸橙遗传近乎一致，通过PCA也可以大致区分不同杂交群体的单株与其母本来源(灰色CDYN群体子代与其母本成都酸橙聚类较近，蓝色SW群体与其母本秭归酸橙聚类较近，橙色T1P群体与其母本土橘红酸橙聚类较近，粉色SP群体与其母本秭归酸橙聚类较近)。
其它未详细说明的部分均为现有技术。尽管上述实施例对本发明做出了详尽的描述，但它仅仅是本发明一部分实施例，而不是全部实施例，人们还可以根据本实施例在不经创造性前提下获得其他实施例，这些实施例都属于本发明保护范围。
Claims (8)
1.一种柑橘全基因组20K液相芯片的探针组合，其特征在于，所述探针组合含有18,847个探针，所述探针参考基因组版本为SWO.v2.0.genome.fa且所述探针的序列信息如下：
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所述探针信息中，第一“-”左侧数据为探针所在的染色体，第一“-”右侧数值依次为探针所在染色体上的起始和终止位置。
2.一种柑橘全基因组的20K液相芯片，其特征在于，包含权利要求1所述的探针组合。
3.一种如权利要求2所述的液相芯片在分析柑橘种质资源和育种材料的遗传来源成分中的应用。
4.一种权利要求2所述的20K液相芯片在分析柑橘种质资源和育种材料的遗传来源成分中的方法，其特征在于，包括以下步骤：
(1)利用已发表的各柑橘基本种全基因组重测序数据，将其比对至SWO.v2.0参考基因组，使用BWA进行数据比对，使用GATK进行群体SNP的基因型鉴定，使用Vcftools进行SNP数据的过滤，然后鉴定同一基本种内不具备多态性且区别于其他基本种基因型的位点，这部分位点定义为种特异性SNP位点，其中，包括橘基本种特异性位点785,315个，柚基本种特异性位点698,792个，枸橼基本种特异性位点1,124,012个，宜昌橙基本种特异性位点542,847个，金柑基本种特异性位点532,609个，枳壳基本种特异性位点532,609个；
(2)利用上述20K液相芯片获得芯片捕获测序数据后，在全基因组每500Kb的范围内，对使用液相芯片鉴定到的种特异性位点来判断每个窗口的遗传来源，如果同一窗口内某个基本种的特异性SNP位点数量是排名第二的另一个基本种的特异性SNP位点数量的1.5倍及以上，则认为该窗口的遗传来源是属于排名第一的基本种；
或者，如果排名第一的基本种的特异性SNP位点数量未超过排名第二的另一个基本种的特异性SNP位点数量，则认为该窗口的遗传来源未知。
5.一种权利要求2所述的20K液相芯片在柑橘杂种鉴定中的应用。
6.一种利用权利要求2所述的20K液相芯片进行柑橘杂种鉴定的方法，其特征在于，包括以下步骤：
(1)利用上述20K液相芯片获得芯片捕获测序数据后，使用BWA将双亲及群体待鉴定单株的测序数据比对至同一个参考基因组，使用GATK进行群体SNP的基因型鉴定，使用Vcftools进行SNP数据的过滤，然后在全基因组鉴定双亲分别为0/0和1/1的纯合基因型，并且保证各条染色体均含有满足以上条件的若干位点，将其作为杂种鉴定的候选位点；
(2)通过分析亲本与群体待鉴定单株的杂种鉴定候选位点的基因型，判断是否符合亲本与子代的关系；具体判断标准如下：
若亲本A的若干位点为0/0或1/1纯合基因型，亲本B的若干位点为1/1或0/0纯合基因型，当群体待鉴定单株含有超过70％的杂种鉴定候选位点为0/1杂合基因型时，则认为该群体待鉴定单株为亲本A和B的杂种后代；
反之则为母本无性复制的假杂种后代。
7.一种权利要求2所述的20K液相芯片在柑橘材料遗传多态性分析中的应用。
8.一种如权利要求2所述的20K液相芯片的以下任一种应用：
(1)在柑橘品种鉴定及亲缘关系鉴定中的应用；
(2)在柑橘分子遗传图谱构建和基因定位与克隆中的应用；
(3)在柑橘全基因组关联分析以及基因组选择育种中的应用。
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Citations (5)
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|---|---|---|---|---|
| CN110042172A (zh) * | 2019-06-03 | 2019-07-23 | 广东省农业科学院果树研究所 | 一种基于snp标记的柑橘杂种快速鉴定引物及方法 |
| CN112289384A (zh) * | 2020-10-15 | 2021-01-29 | 华中农业大学 | 一种柑橘全基因组kasp标记库的构建方法及应用 |
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| CN116144816A (zh) * | 2022-09-09 | 2023-05-23 | 华中农业大学 | 一种苗期鉴别柑橘果皮色泽的kasp分子标记及其应用 |
| CN116463445A (zh) * | 2023-03-24 | 2023-07-21 | 西南大学 | 一种柑橘全基因组40k液相芯片及应用 |
-
2023
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Patent Citations (5)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN110042172A (zh) * | 2019-06-03 | 2019-07-23 | 广东省农业科学院果树研究所 | 一种基于snp标记的柑橘杂种快速鉴定引物及方法 |
| JP2021185904A (ja) * | 2020-05-29 | 2021-12-13 | 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構 | カンキツの品種の識別方法および識別キット |
| CN112289384A (zh) * | 2020-10-15 | 2021-01-29 | 华中农业大学 | 一种柑橘全基因组kasp标记库的构建方法及应用 |
| CN116144816A (zh) * | 2022-09-09 | 2023-05-23 | 华中农业大学 | 一种苗期鉴别柑橘果皮色泽的kasp分子标记及其应用 |
| CN116463445A (zh) * | 2023-03-24 | 2023-07-21 | 西南大学 | 一种柑橘全基因组40k液相芯片及应用 |
Non-Patent Citations (2)
| Title |
|---|
| "Application of High-Density SNP Genotyping Array in Citrus Germplasm Characterization and Genetic Dissection of Traits";Hiraoka，Yoko;《California Digital Library》;20201231;第1-400页 * |
| "应用SNP标记区分云南瑞丽野生枸橼个体和柚SNP标记开发初探";李翀;《硕士电子期刊》;20110915(第09期);第1-59页 * |
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