CN117295818A - 原核系统中环状多核糖核苷酸的产生 - Google Patents

Abstract

本披露总体上涉及用于产生、纯化、和使用来自原核系统的环状RNA的方法。

Description

原核系统中环状多核糖核苷酸的产生

优先权申请的引用

根据专利合作条约提交的本国际专利申请要求2021年5月17日提交的美国临时专利申请序列号63/189,610和2021年3月26日提交的美国临时专利申请序列号63/166,467的权益。

序列表

本申请包含序列表，该序列表已以ASCII格式电子提交，并通过引用以其全文特此并入。所述ASCII副本创建于2022年3月22日，名为VL70003WO00_ST25，并且大小为317,708字节。通过引用以其全文并入本文的还有在美国临时专利申请序列号63/189,610中提交的序列表，该序列表创建于2021年5月17日，名为51484-004001_Sequence_Listing_5.17.21_ST25，并且大小为295,542字节。通过引用以其全文并入本文的还有在美国临时专利申请序列号63/166,467中提交的序列表，该序列表创建于2021年3月25日，名为51484-003001_Sequence_Listing_3.25.21_ST25，并且大小为166,651字节。

背景技术

环状多核糖核苷酸是多核糖核苷酸的一个亚类，以连续环的形式存在。内源性环状多核糖核苷酸在人体组织和细胞中普遍表达。大多数内源性环状多核糖核苷酸是通过反向剪接(backsplicing)产生的，并且主要发挥非编码作用。已提出将合成的环状多核糖核苷酸(包括编码蛋白质的环状多核糖核苷酸)用于各种治疗性应用和工程应用。需要产生、纯化、和使用环状多核糖核苷酸的方法。

发明内容

本披露提供了用于产生、纯化、和使用环状RNA的组合物和方法。

在第一方面，本披露的特点在于用于使多核糖核苷酸环化的原核系统，该原核系统包含：(a)多核糖核苷酸(例如，线性多核糖核苷酸)，该多核糖核苷酸具有式5'-(A)-(B)-(C)-(D)-(E)-3'，其中：(A)包含5'自切割核酶；(B)包含5'退火区；(C)包含多核糖核苷酸负载物(cargo)；(D)包含3'退火区；并且(E)包含3'自切割核酶；以及(b)包含RNA连接酶的原核细胞。该线性多核糖核苷酸可以包括例如在元件(A)、(B)、(C)、(D)和(E)中的任一者之外或之间的另外的元件。例如，如本文所述，元件(A)、(B)、(C)、(D)和/或(E)中的任一者可以由间隔子序列隔开。

在另一方面，本披露提供了一种用于使多核糖核苷酸环化的原核系统，该原核系统包含：(a)多核糖核苷酸(例如，线性多核糖核苷酸)，该多核糖核苷酸包括以5'至3'方向可操作地连接的(A)、(B)、(C)、(D)和(E)：(A)5'自切割核酶；(B)5'退火区；(C)多核糖核苷酸负载物；(D)3'退火区；和(E)3'自切割核酶；以及(b)包含RNA连接酶的原核细胞。该线性多核糖核苷酸可以包括例如在元件(A)、(B)、(C)、(D)和(E)中的任一者之外或之间的另外的元件。例如，如本文所述，元件(A)、(B)、(C)、(D)和/或(E)中的任一者可以由间隔子序列隔开。

在另一方面，本披露提供了一种产生环状RNA的方法，该方法包括在原核细胞中使(a)与(b)接触：(a)多核糖核苷酸(例如，线性多核糖核苷酸)，该多核糖核苷酸具有式5'-(A)-(B)-(C)-(D)-(E)-3'，其中：(A)包含5'自切割核酶；(B)包含5'退火区；(C)包含多核糖核苷酸负载物；(D)包含3'退火区；并且(E)包含3'自切割核酶；以及(b)RNA连接酶。在一些实施例中，该5'自切割核酶的切割和该3'自切割核酶的切割产生连接酶相容的线性多核糖核苷酸。在一些实施例中，该RNA连接酶连接该连接酶相容的线性多核糖核苷酸的5'端和3'端，从而产生环状RNA。在一些实施例中，将该环状RNA从原核细胞分离。在一些实施例中，该RNA连接酶对该原核细胞是内源的。在一些实施例中，该RNA连接酶对该原核细胞是异源的。

在另一方面，本披露提供了一种产生环状RNA的方法，该方法包括在原核细胞中使(a)与(b)接触：(a)多核糖核苷酸(例如，线性多核糖核苷酸)，该多核糖核苷酸包括以5'至3'方向可操作地连接的(A)、(B)、(C)、(D)和(E)：(A)5'自切割核酶；(B)5'退火区；(C)多核糖核苷酸负载物；(D)3'退火区；和(E)3'自切割核酶；以及(b)RNA连接酶。在一些实施例中，该5'自切割核酶的切割和该3'自切割核酶的切割产生连接酶相容的线性多核糖核苷酸。在一些实施例中，该RNA连接酶连接该连接酶相容的线性多核糖核苷酸的5'端和3'端，从而产生环状RNA。在一些实施例中，将该环状RNA从原核细胞分离。在一些实施例中，该RNA连接酶对该原核细胞是内源的。在一些实施例中，该RNA连接酶对该原核细胞是异源的。

在另一方面，本披露提供了一种原核细胞，该原核细胞包含：(a)多核糖核苷酸(例如，线性多核糖核苷酸)，该多核糖核苷酸具有式5'-(A)-(B)-(C)-(D)-(E)-3'，其中：(A)包含5'自切割核酶；(B)包含5'退火区；(C)包含多核糖核苷酸负载物；(D)包含3'退火区；并且(E)包含3'自切割核酶；以及(b)RNA连接酶。在一些实施例中，该5'自切割核酶的切割和该3'自切割核酶的切割产生连接酶相容的线性多核糖核苷酸。在一些实施例中，该RNA连接酶能够连接该连接酶相容的线性多核糖核苷酸的5'端和3'端以产生环状RNA。在一些实施例中，该RNA连接酶对该原核细胞是内源的。在一些实施例中，该RNA连接酶对该原核细胞是异源的。在一些实施例中，该原核细胞进一步包含该环状RNA。

在另一方面，本披露提供了一种原核细胞，该原核细胞包含：(a)多核糖核苷酸(例如，线性多核糖核苷酸)，该多核糖核苷酸包括以5'至3'方向可操作地连接的(A)、(B)、(C)、(D)和(E)：(A)5'自切割核酶；(B)5'退火区；(C)多核糖核苷酸负载物；(D)3'退火区；和(E)3'自切割核酶；以及(b)RNA连接酶。在一些实施例中，该5'自切割核酶的切割和该3'自切割核酶的切割产生连接酶相容的线性多核糖核苷酸。在一些实施例中，该RNA连接酶能够连接该连接酶相容的线性多核糖核苷酸的5'端和3'端以产生环状RNA。在一些实施例中，该RNA连接酶对该原核细胞是内源的。在一些实施例中，该RNA连接酶对该原核细胞是异源的。在一些实施例中，该原核细胞进一步包含该环状RNA。

在一些实施例中，该5'自切割核酶能够在位于该5'自切割核酶的3'端的10个核糖核苷酸内的位点处或在位于该5'自切割核酶的3'端的位点处进行自切割。

在一些实施例中，该5'自切割核酶是选自以下的核酶：锤头状(Hammerhead)核酶、发夹状(Hairpin)核酶、丁型肝炎病毒核酶(HDV)、Varkud卫星(VS)核酶、glmS核酶、扭转(Twister)核酶、扭转姐妹(Twister sister)核酶、斧头(Hatchet)核酶和手枪(Pistol)核酶。在一些实施例中，该5'自切割核酶是锤头状核酶。在一些实施例中，该5'自切割核酶包括与SEQ ID NO:16的核酸序列具有至少85％、90％、95％、96％、97％、98％、或99％序列同一性的区域。在一些实施例中，该5'自切割核酶包括SEQ ID NO:16的核酸序列。在一些实施例中，该5'自切割核酶包括与SEQ ID NO:24-571中的任一者具有至少85％、90％、95％、96％、97％、98％、或99％序列同一性的核酸序列、或其对应的RNA等同物、或其有催化能力的片段。在一些实施例中，该5'自切割核酶包括SEQ ID NO:24-571中的任一者的核酸序列、或其对应的RNA等同物、或其有催化能力的片段。

在一些实施例中，该3'自切割核酶能够在位于该3'自切割核酶的5'端的10个核糖核苷酸内的位点处或在位于该3'自切割核酶的5'端的位点处进行自切割。

在一些实施例中，该3'自切割核酶是选自以下的核酶：锤头状核酶、发夹状核酶、丁型肝炎病毒核酶(HDV)、Varkud卫星(VS)核酶、glmS核酶、扭转核酶、扭转姐妹核酶、斧头核酶和手枪核酶。在一些实施例中，该3'自切割核酶是丁型肝炎病毒(HDV)核酶。在一些实施例中，该3'自切割核酶包括与SEQ ID NO:21的核酸序列具有至少85％、90％、95％、96％、97％、98％、或99％序列同一性的区域。在一些实施例中，该3'自切割核酶包括SEQ ID NO:21的核酸序列。在一些实施例中，该3'自切割核酶包括与SEQ ID NO:24-571中的任一者具有至少85％、90％、95％、96％、97％、98％、或99％序列同一性的核酸序列、或其对应的RNA等同物、或其有催化能力的片段。在一些实施例中，该3'自切割核酶包括与SEQ ID NO:24-571中的任一者具有至少95％、96％、97％、98％、或99％序列同一性的核酸序列、或其对应的RNA等同物、或其有催化能力的片段。在一些实施例中，该3'自切割核酶包括SEQ ID NO:24-571中的任一者的核酸序列、或其对应的RNA等同物、或其有催化能力的片段。

在一些实施例中，该5'自切割核酶和该3'自切割核酶产生连接酶相容的线性多核糖核苷酸。在一些实施例中，该5'自切割核酶的切割产生游离的5'-羟基基团，并且3'自切割核酶的切割产生游离的2',3'-环磷酸基团。

在一些实施例中，该5'和3'自切割核酶共享至少80％、85％、90％、95％、98％、或99％的序列同一性。在一些实施例中，该5'和3'自切割核酶来自相同的自切割核酶家族。在一些实施例中，该5'和3'自切割核酶共享100％的序列同一性。

在一些实施例中，该5'和3'自切割核酶共享低于100％、99％、95％、90％、85％、或80％的序列同一性。在一些实施例中，该5'和3'自切割核酶并非来自相同的自切割核酶家族。

在一些实施例中，该5'退火区具有2至100个核糖核苷酸(例如，2至80、2至50、2至30、2至20、10至100、10至80、10至50、或10至30个核糖核苷酸)。在一些实施例中，该3'退火区具有2至100个核糖核苷酸(例如，2至80、2至50、2至30、2至20、10至100、10至80、10至50、或10至30个核糖核苷酸)。

在一些实施例中，该5'退火区和该3'退火区各自包括互补区(例如，形成一对互补区)。在一些实施例中，该5'退火区包括具有在5与50个之间的核糖核苷酸(例如，5-40、5-30、5-20、5-10、10-50、10-40、10-30、10-20、或20-50个核糖核苷酸)的5'互补区；并且该3'退火区包括具有在5与50个之间的核糖核苷酸(例如，5-40、5-30、5-20、5-10、10-50、10-40、10-30、10-20、或20-50个核糖核苷酸)的3'互补区。在一些实施例中，该5'互补区和该3'互补区具有在50％与100％之间的序列互补性(例如，在60％-100％、70％-100％、80％-100％、90％-100％之间、或100％的序列互补性)。

在一些实施例中，该5'互补区和该3'互补区具有低于-5kcal/mol(例如，低于-10kcal/mol、低于-20kcal/mol、或低于-30kcal/mol)的结合自由能。在一些实施例中，该5'互补区和该3'互补区具有至少10℃、至少15℃、至少20℃、至少30℃、至少40℃、至少50℃、至少60℃、至少70℃、至少80℃、或至少90℃的结合Tm。在一些实施例中，该5'互补区和该3'互补区包括至少一个但不多于10个错配，例如10、9、8、7、6、5、4、3、或2个错配，或1个错配，即，该5'互补区和该3'互补区具有低于100％的序列互补性。在实例中，在约50个核糖核苷酸的5'互补区与约50个核糖核苷酸的3'互补区之间有10个错配的情况下，在5'与3'互补区之间将有约80％的序列互补性。在一些实施例中，该5'互补区和该3'互补区不包括任何错配，即，该5'互补区和该3'互补区具有100％序列互补性。

在一些实施例中，该5'退火区和该3'退火区各自包括非互补区。在一些实施例中，该5'退火区进一步包括具有在5与50个之间的核糖核苷酸(例如，5-40、5-30、5-20、5-10、10-50、10-40、10-30、10-20、或20-50个核糖核苷酸)的5'非互补区。在一些实施例中，该3'退火区进一步包括具有在5与50个之间的核糖核苷酸(例如，5-40、5-30、5-20、5-10、10-50、10-40、10-30、10-20、或20-50个核糖核苷酸)的3'非互补区。在一些实施例中，该5'非互补区位于该5'互补区的5'(例如，在该5'自切割核酶与该5'互补区之间)。在一些实施例中，该3'非互补区位于该3'互补区的3'(例如，在该3'互补区与该3'自切割核酶之间)。在一些实施例中，该5'非互补区和该3'非互补区具有在0％与50％之间的序列互补性(例如，在0％-40％、0％-30％、0％-20％、0％-10％之间、或0％的序列互补性)。在一些实施例中，该5'非互补区和该3'非互补区具有大于-5kcal/mol的结合自由能。在一些实施例中，该5'互补区和该3'互补区具有低于10℃的结合Tm。在一些实施例中，该5'非互补区和该3'非互补区包括至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个错配。在一些实施例中，该5'退火区和该3'退火区不包括任何非互补区。

在实施例中，该5'退火区和该3'退火区具有高GC百分比(计算为GC核苷酸的数目除以总核苷酸、乘以100)，即其中相对大量的GC对参与在该5'退火区与该3'退火区之间的退火，例如，其中该GC百分比为至少50％、至少55％、至少60％、至少65％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、或甚至约100％。例如，在其中5'和3'退火区短(例如，其中每个退火区的长度为2、3、4、5、6、7、8、9、10个核苷酸)的实施例中，退火区中增加的GC百分比将增加两个区域之间的退火强度。

在一些实施例中，该5'退火区包括与SEQ ID NO:17的核酸序列具有至少85％、90％、95％、96％、97％、98％、或99％序列同一性的区域。在一些实施例中，该5'退火区包括SEQ ID NO:17的核酸序列。在一些实施例中，该3'退火区包括与SEQ ID NO:20的核酸序列具有至少85％、90％、95％、96％、97％、98％、或99％序列同一性的区域。在一些实施例中，该3'退火区包括SEQ ID NO:20的核酸序列。

在一些实施例中，该多核糖核苷酸负载物包括编码序列、或包含非编码序列、或包含编码序列和非编码序列的组合。在一些实施例中，该多核糖核苷酸负载物包括两个或更多个编码序列(例如，2、3、4、5、6、7、8、9、或10个或更多个编码序列)、两个或更多个非编码序列(例如，2、3、4、5、6、7、8、9、或10个或更多个非编码序列)、或其组合。在该多核糖核苷酸负载物包括两个或更多个编码序列的情况下，该编码序列可以是单个编码序列的两个或更多个拷贝、或者两个或更多个不同的编码序列中的每个编码序列的至少一个拷贝。在该多核糖核苷酸负载物包括两个或更多个非编码序列的情况下，该非编码序列可以是单个非编码序列的两个或更多个拷贝、或者两个或更多个不同的非编码序列中的每个非编码序列的至少一个拷贝。在一些实施例中，该多核糖核苷酸负载物包括至少一个编码序列和至少一个非编码序列。在实施例中，该多核糖核苷酸负载物包括至少一个编码多肽的编码序列，并且进一步包含选自由以下组成的组的额外的元件：(a)内部核糖体进入位点(IRES)或5’UTR序列，其位于该编码序列的5'并与之可操作地连接，任选地在该IRES或5'UTR序列与该编码序列之间具有插入核糖核苷酸；(b)3’UTR序列，其位于该编码序列的3'并与之可操作地连接，任选地在该3'UTR与该编码序列之间具有插入核糖核苷酸；以及(c)(a)和(b)两者。

在一些实施例中，该多核糖核苷酸负载物包含至少一个非编码RNA序列。在一些实施例中，该至少一个非编码RNA序列包含至少一个选自由以下组成的组的RNA：RNA适配体、长非编码RNA(lncRNA)、转移RNA衍生的片段(tRF)、转移RNA(tRNA)、核糖体RNA(rRNA)、小核RNA(snRNA)、小核仁RNA(snoRNA)、和Piwi相互作用RNA(piRNA)；或这些RNA中的任一者的片段。在一些实施例中，该至少一个非编码RNA序列包含调节RNA。在一些实施例中，该至少一个非编码RNA序列反式调节靶序列。

在一些实施例中，该至少一个非编码RNA序列对靶序列的反式调节是靶序列表达的上调。在一些实施例中，该至少一个非编码RNA序列对靶序列的反式调节是靶序列表达的下调。在一些实施例中，该至少一个非编码RNA序列对靶序列的反式调节是靶序列的可诱导表达。例如，该至少一个非编码RNA序列可以通过环境条件(例如，光、温度、水或营养可用性)、通过昼夜节律、通过内源性或外源性提供的诱导剂(例如，小RNA、配体)进行诱导。在一些实施例中，至少一个非编码RNA序列可被原核系统的生理状态(例如，生长期、转录调节状态、和细胞内代谢物浓度)诱导。例如，可以提供外源性提供的配体(例如，阿拉伯糖、鼠李糖、或IPTG)以使用诱导型启动子(例如，PBAD、Prha、和lacUV5)诱导表达。

在一些实施例中，该至少一个非编码RNA序列包含选自由以下组成的组的RNA：小干扰RNA(siRNA)或其前体、双链RNA(dsRNA)或至少部分双链RNA[例如，包含一个或多个茎环的RNA]；发夹RNA(hpRNA)、微小RNA(miRNA)或其前体[例如，pre-miRNA或pri-miRNA]；相位小干扰RNA(phasiRNA)或其前体；异染色质小干扰RNA(hcsiRNA)或其前体；以及天然反义短干扰RNA(natsiRNA)或其前体。

在一些实施例中，该至少一个非编码RNA序列包含指导RNA(gRNA)或其前体。

在一些实施例中，靶序列包含受试基因组的基因的核苷酸序列。在一些实施例中，受试基因组是脊椎动物、无脊椎动物、真菌、植物、或微生物的基因组。在一些实施例中，受试基因组是人、非人哺乳动物、爬行动物、鸟、两栖动物、或鱼的基因组。在一些实施例中，受试基因组是昆虫、蛛形纲、线虫、或软体动物的基因组。在一些实施例中，受试基因组是单子叶植物、双子叶植物、裸子植物、或真核藻类的基因组。在一些实施例中，受试基因组是细菌、真菌、或古细菌的基因组。在一些实施例中，靶序列包含在多个受试基因组中(例如，在给定属内的多个物种的基因组中)发现的基因的核苷酸序列。

在一些实施例中，该多核糖核苷酸负载物包含编码多肽的编码序列。在一些实施例中，该多核糖核苷酸负载物包括与编码多肽的编码序列可操作地连接的IRES。在一些实施例中，该多核糖核苷酸负载物包含编码对受试者具有生物学作用的多肽的RNA序列。在一些实施例中，该多肽是例如用于人或非人动物的治疗性多肽。在一些实施例中，该多肽是具有在脊椎动物(例如，非人哺乳动物、爬行动物、鸟、两栖动物、或鱼)、无脊椎动物(例如，昆虫、蛛形纲(arachnid)、线虫(nematode)、或软体动物)、植物(例如，单子叶植物、双子叶植物、裸子植物、真核藻类)、或微生物(例如，细菌、真菌、古细菌、卵菌)的基因组中编码的序列的多肽。在一些实施例中，当与脊椎动物、无脊椎动物、或植物接触时，或当与脊椎动物细胞、无脊椎动物细胞、微生物细胞、或植物细胞接触时，该多肽具有生物学作用。在一些实施例中，该多肽是植物修饰多肽。在一些实施例中，当与以下各者接触时，该多肽提高脊椎动物、无脊椎动物、或植物的适应度，或提高脊椎动物细胞、无脊椎动物细胞、微生物细胞、或植物细胞的适应度。在一些实施例中，当与以下各者接触时，该多肽降低脊椎动物、无脊椎动物、或植物的适应度，或降低脊椎动物细胞、无脊椎动物细胞、微生物细胞、或植物细胞的适应度。

在一些实施例中，该多核糖核苷酸负载物包含编码多肽并且具有经密码子优化用于在受试者或生物体中表达的核苷酸序列的RNA序列。用于在特定类型的生物体中表达的密码子优化的方法是本领域已知的并且作为商业载体或多肽设计服务的一部分提供。参见例如，美国专利号6,180,774(用于在单子叶植物中表达)、7,741,118(用于在双子叶植物中表达)、以及5,786,464和6,114,148(两者均用于在哺乳动物中表达)中描述的密码子优化的方法，将所有这些专利都通过引用以其全文并入本文。密码子优化可以使用几种公开获得的工具中的任一种来执行，例如，在例如以下中提供的各种密码子优化工具：www[dot]idtdna[dot]com/pages/tools/codon-optimization-tool；www[dot]novoprolabs[dot]com/tools/codon-optimization、en[dot]vectorbuilder[dot]com/tool/codon-optimization[dot]html，其中用于受试者的适当的属的密码子使用表可从门户网站下拉菜单中选择。

在一些实施例中，受试者包含(a)真核细胞；或(b)原核细胞。此类细胞的实施例包括永生化细胞系和原代细胞系。实施例包括位于组织、器官、或完整多细胞生物体内的细胞。例如，在实施例中，将如在本披露中所述的环状多核糖核苷酸(或含有该环状多核糖核苷酸的原核细胞)以靶向方式递送至多细胞生物体中的一个或多个特定细胞、组织、或器官。

在一些实施例中，受试者包含脊椎动物、无脊椎动物、真菌、植物、或微生物。在一些实施例中，该脊椎动物选自人、非人哺乳动物(例如，小家鼠(Mus musculus))、爬行动物(例如，安乐蜥(Anolis carolinensis))、鸟(例如，家鸡(Gallus gallus domesticus))、两栖动物(例如，热带爪蟾(Xenopus tropicalis))、或鱼(例如，Danio rerio(斑马鱼))。在一些实施例中，该无脊椎动物选自昆虫(例如，科罗拉多马铃薯甲虫(Leptinotarsadecemlineata))、蛛形纲(例如，中东金蝎(Scorpio maurus))、线虫(例如，南方根结线虫(Meloidogyne incognita))、或软体动物(例如，散斑角蜗牛(Cornu aspersum))。在一些实施例中，该植物选自单子叶植物(例如，玉蜀黍(Zea mays))、双子叶植物(例如，橹豆(Glycine max))、裸子植物(例如，北美乔松(Pinus strobus))、或真核藻类(例如，棒叶蕨藻(Caulerpa sertularioides))。在一些实施例中，该微生物选自细菌(例如，大肠杆菌(Escherichia coli))、真菌(例如，酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae))、或古细菌(例如，激烈火球菌(Pyrococcus furiosus))。

在一些实施例中，该线性多核糖核苷酸进一步包括在该5'退火区与该多核糖核苷酸负载物之间的、长度为至少5个多核糖核苷酸的间隔子区。在一些实施例中，该线性多核糖核苷酸进一步包括在该5'退火区与该多核糖核苷酸负载物之间的、长度为在5与1000个之间的多核糖核苷酸的间隔子区。在一些实施例中，间隔子区包括聚A序列。在一些实施例中，间隔子区包括聚A-C序列。

在一些实施例中，该线性多核糖核苷酸是至少1kb。在一些实施例中，该线性多核糖核苷酸是1kb至20kb。在一些实施例中，该线性多核糖核苷酸是100至约20,000个核苷酸。在一些实施例中，该线性RNA的大小是至少100、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1,000、1,100、1,200、1,300、1,400、1,500、1,600、1,700、1,800、1,900、2,000、2,500、3,000、3,500、4,000、4,500、5,000、6,000、7,000、8,000、9,000、或10,000个核苷酸。

在一些实施例中，该RNA连接酶对该原核细胞是内源的(例如，该RNA连接酶在该细胞中天然存在)。在一些实施例中，该RNA连接酶对该原核细胞是异源的(例如，该RNA连接酶在该细胞中不是天然存在的，例如，该细胞已被基因工程化以表达或过表达该RNA连接酶)。在一些实施例中，通过在原核细胞中将外源多核苷酸转录成编码该RNA连接酶的mRNA、并翻译编码该RNA连接酶的mRNA，向该原核细胞提供该RNA连接酶。在一些实施例中，向该原核细胞提供作为外源性蛋白的RNA连接酶(例如，使该RNA连接酶在该细胞外表达并向该细胞提供)。

在一些实施例中，该RNA连接酶是tRNA连接酶。在一些实施例中，该tRNA连接酶是T4连接酶、RtcB连接酶、TRL-1连接酶、Rnl1连接酶、Rnl2连接酶、LIG1连接酶、LIG2连接酶、PNK/PNL连接酶、PF0027连接酶、thpR ligT连接酶、ytlPor连接酶、或其变体。

在一些实施例中，该RNA连接酶包含选自由SEQ ID NO:572-588组成的组的氨基酸序列。

在一些实施例中，该RNA连接酶选自由以下组成的组：植物RNA连接酶、质体(例如，叶绿体)RNA连接酶、来自古细菌的RNA连接酶、细菌RNA连接酶、真核RNA连接酶、病毒RNA连接酶、或线粒体RNA连接酶、或其变体。

在一些实施例中，该线性多核糖核苷酸是从脱氧核糖核酸转录的，该脱氧核糖核酸包括与编码本文所述的线性多核糖核苷酸的序列可操作地连接的RNA聚合酶启动子。在一些实施例中，该RNA聚合酶启动子与编码该线性多核糖核苷酸的序列是异源的。在一些实施例中，该RNA聚合酶启动子是T7启动子、T6启动子、T4启动子、T3启动子、SP3启动子、或SP6启动子。在本文所述的任何方面的一些实施例中，本披露提供了一种用于使多核糖核苷酸环化的原核系统，该原核系统包含：(a)编码本文所述的线性多核糖核苷酸的脱氧核糖核苷酸(例如，cDNA、环状DNA载体、或线性DNA载体)，以及(b)包含RNA连接酶的原核细胞。

在一些实施例中，向该原核细胞提供包含该线性多核苷酸的外源性多核糖核苷酸。在一些实施例中，在该原核细胞中将该线性多核糖核苷酸从向该原核细胞提供的外源性重组DNA分子瞬时转录。在一些实施例中，在该原核细胞中将该线性多核糖核苷酸从向该原核细胞提供的外源性DNA分子转录。在一些实施例中，该外源性DNA分子不整合到该原核细胞的基因组中。在一些实施例中，该外源性DNA分子包含与编码该线性多核糖核苷酸的DNA可操作地连接的异源性启动子。在一些实施例中，该异源性启动子选自由以下组成的组：T7启动子、T6启动子、T4启动子、T3启动子、SP3启动子、或SP6启动子。在一些实施例中，在该原核细胞中将线性多核糖核苷酸从并入该原核细胞的基因组中的重组DNA分子转录。

在一些实施例中，该原核细胞在培养基中生长。在一些实施例中，生物反应器中含有原核细胞。

在一些实施例中，该原核细胞是细菌细胞或古细菌细胞。在一些实施例中，该原核细胞是天然细菌群体的成员。

在一些实施例中，该原核细胞是与真核生物体相关的微生物组的成员。在一些实施例中，该真核生物体是人、非人脊椎动物、无脊椎动物、真菌、或植物。在一些实施例中，该真核生物体是人、非人脊椎动物、无脊椎动物、真菌、或植物的寄生虫或病原体。在一些实施例中，该真核生物体是植物的无脊椎有害生物、或植物病原体的无脊椎动物载体。在一些实施例中，该真核生物体是被子植物或裸子植物，并且该原核细胞包含与植物的根(根圈)或与植物生长的土壤或生长培养基的微生物群落相关的微生物组的成员。在一些实施例中，该真核生物体是被子植物或裸子植物，并且该原核细胞包含与植物地上组织相关的微生物组的成员。在一些实施例中，该真核生物体是人、非人脊椎动物、或无脊椎动物，并且该原核细胞包含与人、非人脊椎动物、或无脊椎动物的细胞、组织、或器官相关的微生物组的成员。在一些实施例中，该真核生物体是人、非人脊椎动物、或无脊椎动物，并且该原核细胞包含与人、非人脊椎动物、或无脊椎动物的消化系统的细胞或组织相关的微生物组的成员。在一些实施例中，该真核生物体是昆虫，并且该原核细胞包含与昆虫的细菌细胞相关的微生物组的成员。

在另一方面，本披露提供了一种环状多核糖核苷酸，该环状多核糖核苷酸通过本文所述的原核系统或包括原核系统的任何方法产生。

在另一方面，本披露提供了一种通过向受试者提供本文所述的组合物或配制品来改良该受试者的方法。在一些实施例中，该组合物或配制品是核酸分子或包括核酸分子(例如，本文所述的DNA分子或RNA分子)，并且向原核系统提供该核酸分子。在一些实施例中，该组合物或配制品是本文所述的原核细胞或包括本文所述的原核细胞。

在另一方面，本披露提供了一种通过向有需要的受试者提供本文所述的组合物或配制品治疗该受试者的病症的方法。在一些实施例中，该组合物或配制品是核酸分子或包括核酸分子(例如，本文所述的DNA分子或RNA分子)，并且向原核受试者提供该核酸分子。在一些实施例中，该组合物或配制品是本文所述的原核细胞或包括本文所述的原核细胞。

在另一方面，本披露提供了一种通过向受试者提供本文所述的原核细胞而向该受试者提供环状多核糖核苷酸的方法。

在另一方面，本披露提供了一种配制品，该配制品包含本文所述的原核系统、原核细胞、或多核糖核苷酸。在一些实施例中，该配制品是药物配制品、兽用配制品、或农业配制品。

在另一方面，本披露提供了一种配制品，该配制品包含本文所述的原核细胞。在一些实施例中，该原核细胞是裂解的、干燥的或冷冻的。在一些实施例中，该配制品是药物配制品、兽用配制品、或农业配制品。

定义

为了有助于对本披露的理解，下面定义了多个术语。本文定义的术语具有如与本披露相关的领域中的普通技术人员通常理解的含义。术语如“一个/中(a、an)”和“该”并不旨在仅指单个实体，而是包括可以使用特定实例来说明的一般类别。术语“或”用于意指“和/或”，除非明确指出仅指替代物或者替代物相互排斥，尽管本披露支持仅指替代物和“和/或”的定义。

本文的术语用于描述特定的实施例，但它们的使用不应被视为限制，除非在权利要求中列出。

如本文使用的，在值的范围内提供的任何值都包括上限和下限、以及该上限和下限内含有的任何值。

如本文使用的，术语“circRNA”或“环状多核糖核苷酸”或“环状RNA”或“环状多核糖核苷酸分子”可互换使用，并且意指具有没有游离端(即，没有游离3'和/或5'端)的结构的多核糖核苷酸分子，例如通过共价或非共价键形成环状或环形结构的多核糖核苷酸分子。

如本文使用的，术语“环化效率”是所得环状多核糖核苷酸相对于其非环状起始材料的测量。

词语“用于治疗、调节等的化合物、组合物、产物等”应理解为是指本身适合于所指示的治疗、调节等目的的化合物、组合物、产物等。词语“用于治疗、调节等的化合物、组合物、产物等”作为优选的实施例额外地披露了这种化合物、组合物、产物等用于治疗、调节等。

词语“用于…的化合物、组合物、产物等”或“化合物、组合物、产品等用于制造用于…的药物、药物组合物、兽用组合物、诊断组合物等中的用途”指示此类化合物、组合物、产品等将用于可在人体或动物体身上实施的治疗性方法中。它们被认为是涉及治疗方法等的实施例和权利要求的等同披露。如果实施例或权利要求因此是指“用于治疗疑似患有疾病的人或动物的化合物”，则这也被认为是披露“化合物在制造用于治疗疑似患有疾病的人或动物的药物中的用途”或“通过向疑似患有疾病的人或动物施用化合物的治疗方法”。

如本文使用的，术语“疾病”、“障碍”和“病症”各自指亚健康状态，例如，典型地被或将会被医疗专业人员诊断或治疗的状态。

“异源”意指发生在与天然存在的(天然的)背景不同的背景中。“异源”多核苷酸序列指示多核苷酸序列以在该序列的天然基因组中发现的方式不同的方式使用。例如，“异源启动子”用于驱动序列的转录，该序列不是由该启动子天然转录的序列；因此，“异源启动子”序列通常通过重组核酸技术包括在表达构建体中。术语“异源”也用于指被置于与另一序列的非天然存在的关系中的给定序列；例如，异源编码或非编码核苷酸序列通常通过基因组转化技术被插入基因组中，产生经基因修饰的基因组或重组基因组。

如本文使用的，“提高受试者的适应度”或“促进受试者的适应度”是指由于施用本文所述的肽或多肽而产生的生理学的或受试生物体进行的任何活动的任何有利的改变，包括但不限于以下所希望效果中的任何一种或多种：(1)使对生物或非生物应激的耐受性提高约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％、100％或更多；(2)使产率或生物量提高约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％、100％或更多；(3)使开花时间调整约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％、100％或更多；(4)使对有害生物或病原体的抗性提高约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％、100％或更多，(4)使对除草剂的抗性提高约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％、100％或更多；(5)使受试生物体(例如，农业上重要的昆虫)的群体增加约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％、100％或更多；(6)使受试生物体(例如，昆虫，例如，蜂或蚕)的繁殖速率提高约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％、100％或更多；(7)使受试生物体(例如，昆虫，例如，蜂或蚕)的迁移提高约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％、100％或更多；(8)使受试生物体(例如，昆虫，例如，蜂或蚕)的体重增加约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％、100％或更多；(9)使受试生物体(例如，昆虫，例如，蜂或蚕)的代谢速率或活性提高约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％、100％或更多；(10)使通过受试生物体(例如，昆虫，例如，蜂或蚕)进行的授粉(例如，在给定时间内被授粉的植物数量)提高约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％、100％或更多；(11)使受试生物体(例如，昆虫，例如，蜂或蚕)副产物(例如，来自蜜蜂的蜂蜜或来自蚕的蚕丝)的产量提高约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％、100％或更多；(12)使受试生物体(例如，昆虫)的营养物(例如，蛋白质、脂肪酸、或氨基酸)含量提高约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％、100％或更多；或(13)使受试生物体对杀有害生物剂(例如，新烟碱(例如，吡虫啉)或有机磷杀昆虫剂(例如，硫代磷酸酯，例如，杀螟硫磷))的抗性提高约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％、100％或更多，(14)使受试生物体(如人或非人动物)的健康提高或使受试生物体(如人或非人动物)的疾病减少。相比于未施用调节剂的受试生物体，可以确定宿主适应度的提高。相反地，“降低受试者的适应度”是指由于施用本文所述的肽或多肽而产生的生理学的或受试生物体进行的任何活动的任何不利的改变，包括但不限于以下预期效果中的任何一种或多种：(1)使对生物或非生物应激的耐受性降低约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％、100％或更多；(2)使产率或生物量降低约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％、100％或更多；(3)使开花时间调整约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％、100％或更多；(4)使对有害生物或病原体的抗性降低约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％、100％或更多，(4)使对除草剂的抗性降低约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％、100％或更多；(5)使受试生物体(例如，农业上重要的昆虫)的群体减少约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％、100％或更多；(6)使受试生物体(例如，昆虫，例如，蜂或蚕)的繁殖速率降低约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％、100％或更多；(7)使受试生物体(例如，昆虫，例如，蜂或蚕)的迁移降低约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％、100％或更多；(8)使受试生物体(例如，昆虫，例如，蜂或蚕)的体重减少约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％、100％或更多；(9)使受试生物体(例如，昆虫，例如，蜂或蚕)的代谢速率或活性降低约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％、100％或更多；(10)使通过受试生物体(例如，昆虫，例如，蜂或蚕)进行的授粉(例如，在给定时间内被授粉的植物数量)降低约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％、100％或更多；(11)使受试生物体(例如，昆虫，例如，蜂或蚕)副产物(例如，来自蜜蜂的蜂蜜或来自蚕的蚕丝)的产量降低约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％、100％或更多；(12)使受试生物体(例如，昆虫)的营养物(例如，蛋白、脂肪酸、或氨基酸)含量降低约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％、100％或更多；或(13)使受试生物体对杀有害生物剂(例如，新烟碱(例如，吡虫啉)或有机磷杀昆虫剂(例如，硫代磷酸酯，例如，杀螟硫磷))的抗性降低约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％、100％或更多，(14)使受试生物体(如人或非人动物)的健康降低或使受试生物体(如人或非人动物)的疾病减少。相比于未施用调节剂的受试生物体，可以确定宿主适应度的降低。对本领域技术人员而言将显而易见的是，受试者的生理学、表型、或活性的某些变化(例如，植物开花时间的调整)可以被认为提高该受试者的适应度或降低该受试者的适应度，这取决于背景(例如，以适应气候或其他环境条件的变化)。例如，开花时间的延迟(例如，在给定日历日期开花的群体中的植物减少约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％、100％)可以是对较晚或较凉的春季的有益适应，并因此被认为提高植物的适应度；相反，在春季较早或较暖的背景下，相同的开花时间的延迟可以被认为会降低植物的适应度。

如本文使用的，术语“线性RNA”或“线性多核糖核苷酸”或“线性多核糖核苷酸分子”可互换使用，并且意指具有5'和3'端的多核糖核苷酸分子。5'和3'端中的一者或两者可以是游离端或与另一部分连接。线性RNA包括未经历环化(例如，经预环化)并可用作环化的起始材料的RNA。

如本文使用的，术语“经修饰的核糖核苷酸”意指具有至少一个针对糖、核碱基、或核苷间键的修饰的核苷酸。

术语“药物组合物”旨在同样披露包括在药物组合物中的环状或线性多核糖核苷酸可用于通过疗法治疗人体或动物体。

如本文使用的，术语“多核苷酸”意指包括一个或多个核酸亚基或核苷酸的分子，并且可以与“核酸”或“寡核苷酸”互换使用。多核苷酸可以包括一个或多个选自腺苷(A)、胞嘧啶(C)、鸟嘌呤(G)、胸腺嘧啶(T)和尿嘧啶(U)或其变体的核苷酸。核苷酸可以包括核苷和至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个磷酸(PO₃)基团。核苷酸可以包括核碱基、五碳糖(核糖或脱氧核糖)以及一个或多个磷酸基团。核糖核苷酸是其中糖为核糖的核苷酸。多核糖核苷酸或核糖核酸或RNA可以指包括经由磷酸二酯键聚合的多个核糖核苷酸的大分子。脱氧核糖核苷酸是其中糖是脱氧核糖的核苷酸。

如本文使用的，本文的术语“多核糖核苷酸负载物”包括含有至少一个多核糖核苷酸的任何序列。在实施例中，该多核糖核苷酸负载物包括一个或多个编码序列，其中每个编码序列编码多肽。在实施例中，多核糖核苷酸负载物包括一个或多个非编码序列，如具有调节或催化功能的多核糖核苷酸。在实施例中，该多核糖核苷酸负载物包括编码序列和非编码序列的组合。在实施例中，多核糖核苷酸负载物包括一个或多个本文所述的多核糖核苷酸序列，如一个或多个调节元件、内部核糖体进入位点(IRES)元件、和/或间隔子序列。

如本文使用的，如果核酸构建体或载体的元件位于该构建体或载体上使得它们能够执行其功能(例如，促进转录或终止转录)，则它们是“可操作地连接的(operablyconnected或operably linked)”。例如，包括与编码线性前体RNA的DNA序列可操作地连接的启动子的DNA构建体指示该编码线性前体RNA的DNA序列可以被转录以形成线性前体RNA，例如，然后可以使用本文提供的方法环化成环状RNA的线性前体RNA。

多脱氧核糖核苷酸或脱氧核糖核酸或DNA意指包括经由磷酸二酯键聚合的多个脱氧核糖核苷酸的大分子。核苷酸可以是核苷一磷酸或核苷多磷酸。核苷酸意指包括可检测标签(如发光标签)或标志物(例如，荧光团)的脱氧核糖核苷多磷酸，如例如脱氧核糖核苷三磷酸(dNTP)，其可以选自脱氧腺苷三磷酸(dATP)、脱氧胞苷三磷酸(dCTP)、脱氧鸟苷三磷酸(dGTP)、尿苷三磷酸(dUTP)和脱氧胸苷三磷酸(dTTP)dNTP。核苷酸可以包括可以掺入正在生长的核酸链中的任何亚基。这种亚基可以是A、C、G、T或U，或对一个或多个互补A、C、G、T或U有特异性或与嘌呤(即，A或G或其变体)或嘧啶(即，C、T或U或其变体)互补的任何其他亚基。在一些实例中，多核苷酸是脱氧核糖核酸(DNA)、核糖核酸(RNA)或其衍生物或变体。在一些情况下，仅举数例，多核苷酸是短干扰RNA(siRNA)、微小RNA(miRNA)、质粒DNA(pDNA)、短发夹RNA(shRNA)、小核RNA(snRNA)、信使RNA(mRNA)、前体mRNA(pre-mRNA)、反义RNA(asRNA)，并且涵盖核苷酸序列及其任何结构实施例，如单链、双链、三链、螺旋、发夹等。在一些情况下，多核苷酸分子是环状的。多核苷酸可以具有各种长度。核酸分子可以具有至少约10个碱基、20个碱基、30个碱基、40个碱基、50个碱基、100个碱基、200个碱基、300个碱基、400个碱基、500个碱基、1千碱基(kb)、2kb、3kb、4kb、5kb、10kb、50kb或更大的长度。可以从细胞或组织中分离多核苷酸。多核苷酸序列的实施例包括分离和纯化的DNA/RNA分子、合成的DNA/RNA分子和合成的DNA/RNA类似物。

多核苷酸(例如多核糖核苷酸或多脱氧核糖核苷酸)的实施例包括含有一种或多种核苷酸变体的多核苷酸，这些核苷酸变体包括一个或多个非标准核苷酸、一个或多个非天然核苷酸、一个或多个核苷酸类似物和/或经修饰的核苷酸。经修饰的核苷酸的实例包括但不限于二氨基嘌呤、5-氟尿嘧啶、5-溴尿嘧啶、5-氯尿嘧啶、5-碘尿嘧啶、次黄嘌呤、黄嘌呤、4-乙酰胞嘧啶、5-(羧基羟甲基)尿嘧啶、5-羧甲基氨基甲基-2-硫代尿苷、5-羧甲基氨基甲基尿嘧啶、二氢尿嘧啶、β-D-半乳糖基辨苷(galactosylqueosine)、肌苷、N6-异戊烯腺嘌呤、1-甲基鸟嘌呤、1-甲基肌苷、2,2-二甲基鸟嘌呤、2-甲基腺嘌呤、2-甲基鸟嘌呤、3-甲基胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、N6-腺嘌呤、7-甲基鸟嘌呤、5-甲基氨基甲基尿嘧啶、5-甲氧基氨基甲基-2-硫尿嘧啶、β-D-甘露糖基辫苷(mannosylqueosine)、5'-甲氧基羧甲基尿嘧啶、5-甲氧基尿嘧啶、2-甲硫基-D46-异戊烯腺嘌呤、尿嘧啶-5-氧乙酸(v)、怀丁苷(wybutoxosine)、假尿嘧啶、辫苷(queosine)、2-硫胞嘧啶、5-甲基-2-硫尿嘧啶、2-硫尿嘧啶、4-硫尿嘧啶、5-甲基尿嘧啶、尿嘧啶-5-氧乙酸甲酯、尿嘧啶-5-氧乙酸(v)、5-甲基-2-硫尿嘧啶、3-(3-氨基-3-N-2-羧丙基)尿嘧啶、(acp3)w、2,6-二氨基嘌呤等。在一些情况下，核苷酸在其磷酸部分中包括修饰，包括对三磷酸部分的修饰。此类修饰的非限制性实例包括较大长度的磷酸链(例如，具有4、5、6、7、8、9、10个或更多个磷酸部分的磷酸链)和具有硫醇部分的修饰(例如，α-硫代三磷酸和β-硫代三磷酸)。在实施例中，核酸分子在碱基部分(例如，在典型地可用于与互补核苷酸形成氢键的一个或多个原子处和/或在典型地不能与互补核苷酸形成氢键的一个或多个原子处)、糖部分或磷酸骨架处被修饰。在实施例中，核酸分子含有胺修饰的基团，如氨基烯丙基1-dUTP(aa-dUTP)和氨基己基丙烯酰胺-dCTP(aha-dCTP)，以允许共价附接胺反应性部分，如N-羟基琥珀酰亚胺酯(NHS)。本披露的寡核苷酸中的标准DNA碱基对或RNA碱基对的替代物可以提供更高的位/立方mm密度，更高的安全性(抵抗天然毒素的意外或有目的的合成)，光编程聚合酶的更容易区分，或更低的二级结构。在Betz K,Malyshev DA,Lavergne T,Welte W,Diederichs K,Dwyer TJ,Ordoukhanian P,RomesbergFE,Marx A.Nat.Chem.Biol.[自然-化学生物学]2012年7月；8(7):612-4中描述了与用于从头和/或扩增合成的天然和突变体聚合酶相容的此类替代性碱基对，该文献出于所有目的通过引用并入本文中。

如本文使用的，“多肽”意指最常通过肽键连接在一起的氨基酸残基(天然或非天然)的聚合物。如本文使用的，该术语是指任何大小、结构或功能的蛋白质、多肽和肽。多肽可以包括基因产物、天然存在的多肽、合成的多肽、同源物、直系同源物、旁系同源物、片段以及前述物质的其他等同物、变体和类似物。多肽可以是单分子或多分子复合物，如二聚体、三聚体或四聚体。它们还可以包括单链或多链多肽(如抗体或胰岛素)，并且可以是缔合的或连接的。最常见的二硫键存在于多链多肽中。术语多肽也可以应用于其中一个或多个氨基酸残基是对应的天然存在的氨基酸的人工化学类似物的氨基酸聚合物。

如本文使用的，“前体线性多核糖核苷酸”或“前体线性RNA”是指通过在原核系统中转录(例如，体内转录)(例如，从本文提供的脱氧核糖核苷酸模板)创建的线性RNA分子。前体线性RNA是一种或多种自切割核酶切割之前的线性RNA。在一种或多种自切割核酶切割后，线性RNA被称为“连接酶相容的线性多核糖核苷酸”或“连接酶相容的RNA”。

如本文使用的，术语“植物修饰多肽”是指能以导致植物适应度提高或降低的方式改变植物的遗传特性(例如，增加基因表达、减少基因表达或以其他方式改变DNA或RNA的核苷酸序列)、表观遗传特性、或生物化学或生理特性的多肽。

如本文使用的，术语“调节元件”是修饰与其可操作地连接的核酸序列的表达或转录的部分，如核酸序列。调节元件包括启动子、转录因子识别位点、终止子元件、小RNA识别位点(小RNA(例如微小RNA)与其结合并进行切割)、和转录稳定元件(参见例如，美国专利申请公开2007/0011761中描述的稳定元件)。例如，在实施例中，调节元件(如启动子)修饰环状或线性多核糖核苷酸内编码或非编码序列的表达。在另一实施例中，调节元件(如小RNA识别和切割位点)修饰RNA转录物的表达，例如通过限制其在特定细胞、组织、或器官中的表达(参见例如，美国专利号8,334,430和9,139,838)。

如本文使用的，术语“RNA等同物”是指RNA序列，该RNA序列是DNA序列的RNA等同物。因此，DNA序列的RNA等同物是指其中每个胸苷(T)残基被尿苷(U)残基替代的DNA序列。例如，本披露提供了通过生物信息学方法鉴定的核酶的DNA序列。本披露特别考虑了这些DNA序列中的任一DNA序列都可以转化为对应的RNA序列并包括在本文所述的RNA分子中。

如本文使用的，“间隔子”是指提供两个相邻多核苷酸区之间的距离和/或灵活性的任何邻接的(例如，一个或多个核苷酸的)核苷酸序列。

如本文使用的，术语“序列同一性”是通过使用全局或局部比对算法对两个肽或两个核苷酸序列进行比对来确定的。当序列在最佳比对时(例如，当通过程序(如GAP或BESTFIT)使用默认参数进行比对时)共享至少某个最小百分比的序列同一性时，这些序列被称为“基本上相同的”或“基本上相似的”。GAP使用Needleman和Wunsch全局比对算法在两个序列的整个长度上对其进行比对，从而最大程度地增加了匹配数目并最大程度地减少了空位数目。通常，使用GAP默认参数，空位产生罚分＝50(核苷酸)/8(蛋白质)，空位延伸罚分＝3(核苷酸)/2(蛋白质)。对于核苷酸，使用的默认评分矩阵是nwsgapdna，而对于蛋白质，默认评分矩阵是Blosum62(Henikoff和Henikoff,1992,PNAS[美国科学院院报]89,915-919)。序列比对和百分比序列同一性的评分例如使用计算机程序来确定，这些计算机程序如从美国92121-3752加州圣地亚哥斯克兰顿路9685号的阿赛乐德公司(Accelrys Inc.,9685Scranton Road,San Diego,CA)获得的GCG Wisconsin软件包10.3版或EmbossWin2.10.0版(使用程序“needle”)。可替代地或额外地，通过例如使用如FASTA、BLAST等算法对数据库进行搜索来确定同一性百分比。序列同一性是指在序列的整个长度上的序列同一性。

如本文使用的，关于RNA，“结构化”是指由RNAFold软件或类似预测工具预测与其自身或相同RNA分子中的其他序列形成有序的或可预测的二级或三级结构(例如，发夹环)的RNA序列。

如本文使用的，“核酶”是指催化RNA或RNA的催化区。“自切割核酶”是能够催化在核酶序列自身内的核苷酸位点处或在核酶序列自身的末端处发生的切割反应的核酶。

如本文使用的，术语“受试者”是指生物体，如动物、植物、或微生物。在实施例中，该受试者是脊椎动物(例如，哺乳动物、鸟、鱼、爬行动物、或两栖动物)。在实施例中，该受试者是人，包括成人和非成人(婴儿和儿童)。在实施例中，该受试者是非人哺乳动物。在实施例中，该受试者是非人哺乳动物，如非人灵长类动物(例如，猴、猿)、有蹄类动物(例如，牛科动物，包括牛、水牛、野牛、绵羊、山羊、和麝牛；猪；骆驼科动物，包括骆驼、美洲驼、和羊驼；鹿，羚羊；和马科动物，包括马和驴)、肉食动物(例如，狗、猫)、啮齿动物(例如，大鼠、小鼠、豚鼠、仓鼠、松鼠)、或兔类动物(例如，兔子、野兔)。在实施例中，该受试者是鸟，如以下鸟类分类群的成员：鸡形目(例如鸡、火鸡、野鸡、鹌鹑)、雁形目(例如鸭、鹅)、古颚下纲(例如鸵鸟、鸸鹋)、鸽形目(例如鸽子、野鸽)、或鹦形目(例如鹦鹉)。在实施例中，该受试者是无脊椎动物，如节肢动物(例如，昆虫、蛛形纲、甲壳动物)、线虫、环节动物、蠕虫、或软体动物。在实施例中，该受试者是无脊椎动物农业有害生物或寄生在无脊椎动物或脊椎动物宿主上的无脊椎动物。在实施例中，该受试者是植物，如被子植物(其可以是双子叶植物或单子叶植物)或裸子植物(例如，针叶树、苏铁、买麻藤类植物、银杏)、蕨类、马尾植物、石松类、或苔藓植物。在实施例中，该受试者是真核藻类(单细胞或多细胞)。在实施例中，该受试者是具有农业或园艺重要性的植物，如行间作物、生产水果的植物和树木、蔬菜、树木、以及观赏植物(包括观赏花、灌木、树木、地被植物、和草坪草)。

植物和植物细胞是任何目的物种(包括双子叶植物和单子叶植物)的植物和植物细胞。目的植物包括行间作物、生产水果的植物和树木、蔬菜、树木、以及观赏植物(包括观赏花、灌木、树木、地被植物、和草坪草)。商业上重要的栽培作物、树木、和植物的实例包括：苜蓿(紫苜蓿(Medicago sativa))，杏仁(扁桃(Prunus dulcis))，苹果(栽培苹果(Malus xdomestica))，杏子(杏(Prunus armeniaca)，布里扬松杏(P.brigantine)，东北杏(P.mandshurica)，梅(P.mume)，西伯利亚杏(P.sibirica))，芦笋(asparagus)(芦笋(Asparagus officinalis))，香蕉(芭蕉属物种(Musa spp.))，大麦(barley)(大麦(Hordeum vulgare))，豆类(菜豆属物种(Phaseolus spp.))，蓝莓和蔓越莓(越橘属物种(Vaccinium spp.))，可可(cocao)(可可(Theobroma cacao))，卡诺拉和油菜籽或油菜(欧洲油菜(Brassica napus))，波兰卡诺拉(芜青(Brassica rapa))以及相关的十字花科蔬菜，包括西兰花，羽衣甘蓝，卷心菜，和萝卜(埃塞俄比亚芥(Brassica carinata)、芥菜(B.juncea)、甘蓝(B.oleracea)、甘蓝型油莱(B.napus)、黑芥(B.nigra)、和芜青(B.rapa)、以及这些的杂交体)，康乃馨(香石竹(Dianthus caryophyllus))，胡萝卜(胡萝卜(Daucuscarota sativus))，木薯(cassava)(木薯(Manihot esculentum))，樱桃(欧洲甜樱桃(Prunus avium))，鹰嘴豆(chickpea)(鹰嘴豆(Cicer arietinum))，菊苣(chicory)(菊苣(Cichoriumintybus))，红辣椒和其他辣椒属(capsicum)辣椒(辣椒(Capsicum annuum)，尖椒(C.frutescens)，中华辣椒(C.chinense)，绒毛辣椒(C.pubescens)，灯笼辣椒(C.baccatum))，菊花(菊属物种(Chrysanthemum spp.))，椰子(coconut)(椰子(Cocosnucifera))，咖啡(咖啡属物种(Coffea spp.)，包括小粒咖啡(Coffea arabica)和中粒咖啡(Coffea canephora))，棉花(陆地棉(Gossypium hirsutum L.))，豇豆(cowpea)(豇豆(Vigna unguiculata)和其他豇豆属物种(Vigna spp.))，蚕豆(fava bean)(蚕豆(Viciafaba))，黄瓜(cucumber)(黄瓜(Cucumis sativus))，红醋栗和醋栗(茶藨子属物种(Ribesspp.))，枣(海枣(Phoenix dactylifera))，浮萍(浮萍科(Lemnoideae))，茄子或矮瓜(茄(Solanummelongena))，桉树(桉属物种(Eucalyptus spp.))，亚麻(flax)(亚麻(Linumusitatissumum L.))，天竺葵(天竺葵属物种(Pelargonium spp.))，葡萄柚(grapefruit)(葡萄柚(Citrus x paradisi))，葡萄(grape)(葡萄属物种(Vitus spp.))，包括酿酒葡萄(酿酒用葡萄(Vitus vinifera)及其杂交体)，番石榴(guava)(番石榴(Psidiumguajava))，啤酒花(hops)(啤酒花(Humulus lupulus))，苎麻和大麻(cannabis)(大麻(Cannabis sativa)和大麻属物种(Cannabis spp.))，鸢尾花(鸢尾属物种(Iris spp.))，柠檬(lemon)(柠檬(Citrus limon))，生菜(莴苣(Lactuca sativa))，酸橙(柑橘属物种(Citrus spp.))，玉米(玉蜀黍(Zea mays L.))，芒果(芒果(Mangifera indica))，山竹(莽吉柿(Garcinia mangostana))，瓜(甜瓜(Cucumis melo))，小米(狗尾草属物种(Setariaspp.)、稗属物种(Echinochloa spp.)、穇属物种(Eleusine spp.)、黍属物种(Panicumspp.)、狼尾草属物种(Pennisetum spp.))，燕麦(oat)(燕麦(Avena sativa))，油棕(oilpalm)(油棕(Ellis quineensis))，橄榄(木犀榄(Olea europaea))，洋葱(onion)(洋葱(Allium cepa))和其他葱蒜类植物(葱属物种(Allium spp.))，橙(甜橙(Citrussinensis))，木瓜(番木瓜(Carica papaya))，桃子和油桃(碧桃(Prunus persica))，梨(梨属物种(Pyrus spp.))，豌豆(pea)(豌豆(Pisa sativum))，花生(落花生(Arachishypogaea))，牡丹(芍药属物种(Paeonia spp.))，矮牵牛(碧冬茄属物种(Petunia spp.))，菠萝(凤梨(Ananas comosus))，大蕉(芭蕉属物种)，李子(欧洲李(Prunus domestica))，圣诞红(一品红(Euphorbia pulcherrima))，白杨(杨属物种(Populus spp.))，马铃薯(马铃薯(Solanum tuberosum))，南瓜(pumpkin)和倭瓜(西葫芦(Cucurbita pepo)、笋瓜(C.maximus)、南瓜(C.moschata))，水稻(稻(Oryza sativa L.))，玫瑰(蔷薇属物种(Rosaspp.))，橡胶(橡胶树(Hevea brasiliensis))，黑麦(rye)(黑麦(Secale cereale))，红花(safflower)(红花(Carthamus tinctorius L))，芝麻籽(芝麻(Sesame indium))，高粱(sorghum)(高粱(Sorghum bicolor))，大豆(橹豆(Glycine max L.))，草莓(strawberry)(草莓属物种(Fragaria spp.)，草莓(Fragaria x ananassa))，甜菜(sugar beet)(甜菜(Beta vulgaris))，甘蔗(甘蔗属物种(Saccharum spp.))，向日葵(sunflower)(向日葵(Helianthus annuus))，甘薯(sweet potato)(甘薯(Ipomoea batatas))，橘子(福橘(Citrus tangerina))，茶(茶树(Camellia sinensis))，烟草(tobacco)(烟草(Nicotianatabacum L.))，番茄(tomato)(番茄(Solanum lycopersicum或Lycopersiconesculentum))，郁金香(郁金香属物种(Tulipa spp.))，核桃(胡桃属物种(Juglansspp.L.))，西瓜(watermelon)(西瓜(Citrullus lanatus))，小麦(普通小麦(Triticumaestivum))，和山药(薯蓣属物种(Discorea spp.))。目的无脊椎动物包括被认为有益的无脊椎动物(例如，授粉昆虫、有助于控制无脊椎有害生物的捕食性昆虫)或被驯化以供人使用的无脊椎动物(例如，欧洲蜜蜂(西方蜜蜂(Apis mellifera))、蚕(家蚕(Bombyx mori))、食用蜗牛(如Helix属物种))和被认为是有害生物或其他有害的无脊椎动物。

许多无脊椎动物被认为是有害生物，因为它们会破坏对人重要的资源，或在人、非人动物(特别是家畜)、或植物中引起或传播疾病。控制有害生物无脊椎动物的努力通常采用合成的化学物质，这些化学物质本身可能会因其毒性(包括对人和其他非靶标生物体，如有益的无脊椎动物)、缺乏特异性、在环境中的持久性、以及通过食物链转运而具有不希望的影响。

损害植物(特别是作为作物种植的驯化植物)的无脊椎农业有害生物包括但不限于节肢动物(例如，昆虫、蛛形纲、多足类)、线虫、扁形动物、和软体动物。重要的农业无脊椎有害生物包括以下昆虫的代表性有害生物：鞘翅目(甲虫)、双翅目(苍蝇)、鳞翅目(蝴蝶、飞蛾)、直翅目(蚱蜢、蝗虫)、缨翅目(蓟马)、和半翅目(椿象)、蛛形纲(如螨虫和蜱)，各种蠕虫(如线虫(蛔虫)和扁形动物(扁虫))，以及软体动物(如蛞蝓和蜗牛)。

农业昆虫有害生物的实例包括蚜虫、球蚜(adalgids)、根瘤蚜、潜叶虫、粉虱、毛虫(蝴蝶或蛾幼虫)、水蜡虫、介壳虫、蚱蜢、蝗虫、苍蝇、蓟马、蠼螋、臭虫、跳甲、象鼻虫、螟蛉虫、神枪手(sharpshooter)、根或茎蛀虫、叶蝉、潜叶虫、和蠓。重要的鳞翅目农业有害生物的非限制性特定实例包括，例如，小菜蛾(diamondback moth)(小菜蛾(Plutellaxylostella))，各种“螟蛉虫”(例如，棉铃虫属物种(Diparopsis spp.)、钻夜蛾属物种(Earias spp.)、铃虫属物种(Pectinophora spp.)、和铃夜蛾属物种(Helicoverpa spp.)，包括玉米穗虫(corn earworm)、谷实夜蛾(Helicoverpa zea)、和棉铃虫(棉铃虫(Helicoverpa armigera)))，欧洲玉米蛀虫(玉米螟(Ostrinia nubilalis))，黑色切根虫(小地老虎(Agrotis ipsilon))，“粘虫”(例如，草地贪夜蛾(Spodoptera frugiperda)、甜菜夜蛾(Spodoptera exigua)、海灰翅夜蛾(Spodoptera littoralis)、一星黏虫(Pseudaletia unipuncta))，玉米秆蛀虫(普通蛀茎夜蛾(Papaipema nebris))，豆白缘切根虫(菜豆白缘切根虫(Striacosta albicosta))，舞毒蛾(gypsy moth)(毒蛾属物种(Lymatria spp.))，菜青虫(Pieris rapae)，红铃麦蛾(Pectinophora gossypiella)，小桃翅蛾(Synanthedon exitiosa)，南瓜藤透翅蛾(Melittia cucurbitae)，苹果小卷蛾(Cydiapomonella)，梨小食心虫(Grapholita molesta)，印度谷斑螟(Plodia interpunctella)，大蜡螟(Galleria mellonella)，烟草天蛾(Manduca sexta)，番茄天蛾(Manducaquinquemaculata)，舞毒蛾(Lymantria dispar)，黄毒蛾(Euproctis chrysorrhoea)，粉纹夜蛾(Trichoplusia ni)，甘蓝夜蛾(Mamestra brassicae)，梨豆夜蛾(Anticarsiagemmatalis)，大豆尺金夜蛾(Pseudoplusia includens)，菜豆小卷蛾(Epinotiaaporema)，烟芽夜蛾(Heliothis virescens)，三化螟(Scripophaga incertulus)，蛀茎夜蛾属物种(Sesamia spp.)，Buseola fusca，稻纵卷叶螟(Cnaphalocrocis medinalis)和二化螟(Chilo suppressalis)。重要的鞘翅目(甲虫)农业有害生物的非限制性特定实例包括，例如，马铃薯甲虫(Colorado potato beetle)(科罗拉多马铃薯甲虫(Leptinotarsadecemlineata))和其他金花虫属物种(Leptinotarsa spp.)，例如，伪马铃薯叶甲(L.juncta)(假马铃薯甲虫)、L.haldemani(霍尔德曼(Haldeman)绿色马铃薯甲虫)、膜苞菊叶甲(L.lineolata)(菊科灌木叶甲虫)、L.behrensi、L.collinsi、L.defecta、L.heydeni、蒺藜叶甲(L.peninsularis)、柔毛茄叶甲(L.rubiginosa)、胡颓子叶茄叶甲(L.texana)、蒺藜四条叶甲(L.tlascalana)、L.tumamoca、和L.typographica；“玉米根虫”和“黄瓜甲虫”，包括西方玉米根虫(玉米根萤叶甲(Diabrotica virgifera virgifera))、北方玉米根虫(Northern corn rootworm)(北方玉米根虫(D.barberi))、南方玉米根虫(十一星叶甲食根亚种(D.undecimpunctata howardi))、葫芦甲虫(南美叶甲(D.speciosa))、带状黄瓜甲虫(带纹黄瓜萤叶甲(D.balteata))、条纹黄瓜甲虫(带纹条叶甲(Acalymma vittatum))、和西部条纹黄瓜甲虫(西部黄瓜条叶甲(A.trivittatum))；“跳甲”，例如，蚤凹胫跳甲(Chaetocnema pulicaria)、条跳甲属物种(Phyllotreta spp.)、和蚤跳甲属物种(Psylliodes spp.)；“玉米种甲虫”，例如，玉米小蝼甲(Stenolophus lecontei)和玉米籽步甲(Clivinia impressifrons)；谷类叶甲虫(橙足负泥虫(Oulema melanopus))；日本甲虫(日本弧丽金龟(Popillia japonica))和其他“白蛴螬(white grubs)”，例如，鳃角金龟属物种(Phyllophaga spp.)、方头甲属物种(Cyclocephala spp.)；谷斑皮蠹(khaprabeetle)(谷斑皮蠹(Trogoderma granarium))；棕榈核小蠹(date stone beetle)(棕榈核小蠹(Coccotrypes dactyliperda))；棉铃象鼻虫(boll weevil)(棉铃象鼻虫(Anthonomusgrandis grandis))；蛀茎虫(Dectes stem borer)(蛀茎虫(Dectes texanus))；“线虫”“磕头虫”，例如，梳爪叩头虫属物种(Melanotus spp.)、小麦叩甲(Agriotes mancus)、和甜菜叩甲(Limonius dubitans)。重要的半翅目(椿象)农业有害生物的非限制性特定实例包括，例如，褐纹蝽(茶翅蝽(Halyomorpha halys))、绿蝽象(green stinkbug)(绿蝽(Chinaviahilaris))；象甲，例如，玉米长喙象(Sphenophorus maidis)；吹沫虫，例如，牧场沫蝉(meadow spittlebug)(长沫蝉(Philaenus spumarius))；叶蝉，例如，马铃薯叶蝉(苹果小绿叶蝉(Empoasca fabae))、甜菜叶蝉(beet leafhopper)(甜菜叶蝉(Circulifertenellus)、蓝绿神枪手(blue-green sharpshooter)(蓝绿叶蝉(Graphocephalaatropunctata))、玻璃翅神枪手(翅尖头叶蝉(Homalodisca vitripennis))、玉米叶蝉(maize leafhopper)(玉米叶蝉(Cicadulina mbila)、两斑叶蝉(two-spottedleafhopper)(双斑夜蛘(Sophonia rufofascia))、普通褐叶蝉(南斑叶蝉(Orosiusorientalis))、水稻绿叶蝉(黑尾叶蝉属物种(Nephotettix spp.))、和白苹果叶蝉(苹白小叶蝉(Typhlocyba pomaria))；蚜虫(例如，缢管蚜属物种(Rhopalosiphum spp.)、蚜虫属物种(Aphis spp.)、瘤蚜属物种(Myzus spp.))，葡萄根瘤蚜(grape phylloxera)(葡萄根瘤蚜(Daktulosphaira vitifoliae))和木虱，例如，亚洲柑橘木虱(柑桔木虱(Diaphorinacitri))、非洲柑橘木虱(African citrus psyllid)(柑桔木虱(Trioza erytreae))、马铃薯/番茄木虱(番茄木虱(Bactericera cockerelli))。重要农业有害生物的其他实例包括蓟马(例如，西方花蓟马(Frankliniella occidentalis)、麦花蓟马(F.tritici)、唐菖蒲简蓟马(Thrips simplex)、棕榈蓟马(T.palmi))；双翅目的成员，包括地种蝇属物种(Deliaspp.)、果蝇(例如，铃木氏果蝇(Drosophila suzukii)和其他果蝇属物种(Drosophilaspp.)、地中海实蝇(Ceratitis capitata)、果实蝇属物种(Bactrocera spp.))、潜叶虫(斑潜蝇属物种(Liriomyza spp.))和蠓(例如，黑森瘿蚊(Mayetiola destructor))。

造成农业损害的其他无脊椎动物包括以植物为食的螨虫，例如，两斑螨虫或红蜘蛛螨虫(二斑叶螨(Tetranychus urticae))和云杉蜘蛛螨虫(针叶小爪螨(Oligonychusunungui))；各种线虫或蛔虫，例如，根结线虫属物种(Meloidogyne spp.)，包括南方根结线虫(M.incognita)(南方根结)、象耳豆根结线虫(M.enterlobii)(番石榴根结)、爪哇根结线虫(M.javanica)(爪哇根结)、北方根结线虫(M.hapla)(北方根结)、和花生根结线虫(M.arenaria)(花生根结)，长针线虫属物种(Longidorus spp.)，滑刃线虫属物种(Aphelenchoides spp.)，茎线虫属物种(Ditylenchus spp.)，马铃薯金线虫(Globoderarostochiensis)和其他球孢囊线虫属物种(Globodera spp.)，真珠线虫属物种(Nacobbusspp.)，异皮线虫属物种(Heterodera spp.)，松材线虫(Bursaphelenchus xylophilus)和其他伞滑刃线虫属物种(Bursaphelenchus spp.)，短体线虫属物种(Pratylenchus spp.)，毛刺线虫属物种(Trichodorus spp.)，标记剑线虫(Xiphinema index)，异尾剑线虫(Xiphinema diversicaudatum)和其他剑线虫属物种(Xiphinema spp.)；以及蜗牛和蛞蝓(例如，颈蛞蝓属物种(Deroceras spp.)、褐色蛞蝓(Vaginulus plebius)、和Veronicaleydigi)。

有害生物无脊椎动物还包括破坏人造结构或食品储藏、或以其他方式造成滋扰的那些，例如，干木和地下白蚁、木蚁、象鼻虫(例如，三齿豆象属物种(Acanthoscelidesspp.)、瘤背豆象属物种(Callosobruchus spp.)、象鼻属物种(Sitophilus spp.))、面粉甲虫(赤拟谷盗(Tribolium castaneum)、杂拟谷盗(Tribolium confusum))和其他甲虫(例如，药材甲(Stegobium paniceum)、谷斑皮蠹、锯谷盗属物种(Oryzaephilus spp.))、飞蛾(例如大蜡螟，其破坏蜂箱；印度谷斑螟(Plodia interpunctella)，地中海粉螟(Ephestiakuehniella)，谷蛾属物种(Tinea spp.)，幕谷蛾属物种(Tineola spp.))、蠹虫、和螨虫(例如，粗脚粉螨(Acarus siro)、粉尘螨(Glycophagus destructor)。

许多无脊椎动物被认为是人或兽的有害生物(如叮咬或寄生于人或其他动物的无脊椎动物)，并且许多是致病微生物(例如，细菌、病毒)的载体。这些的实例包括双翅目，如叮咬苍蝇和蠓(例如，白蛉属物种(Phlebotomus spp.)、罗蛉属物种(Lutzomyia spp.)、虻属物种(Tabanus spp.)、斑虻属物种(Chrysops spp.)、麻虻属物种(Haematopota spp.)、蚋属物种(Simulium spp.))和绿头苍蝇(螺旋锥蝇(screwworm flies))(例如，次生锥蝇(Cochliomyia macellaria)、美洲锥蝇(C.hominivorax)、C.aldrichi和C.minima(极小锥蝇)；还有红颜金蝇(Chrysomya rufifacies)和大头金蝇(Chrysomya megacephala)、采采蝇(舌蝇属物种(Glossina spp.))、肤蝇(人肤蝇(Dermatobia hominis)、皮蝇属物种(Dermatobia spp.))；蚊子(例如，伊蚊属物种(Aedes spp.)、按蚊属物种(Anophelesspp.)、库蚊属物种(Culex spp.)、脉毛蚊属物种(Culiseta spp.))；臭虫(例如，温带臭虫(Cimex lectularius)、热带臭虫(Cimex hemipterus))和“接吻虫”(锥猎蝽属物种(Triatoma spp.))；昆虫虱目(Phthiraptera)(吸虱和嚼虱，例如，人虱(Pediculushumanus)、耻阴虱(Pthirus pubis))和蚤目(Siphonaptera)(跳蚤，例如穿皮潜蚤(Tungapenetrans))的成员。寄生蛛形纲也包括重要的疾病载体；实例包括蜱(例如，肩突硬蜱(Ixodes scapularis)、太平洋硬蜱(Ixodes pacificus)、蓖子硬蜱(Ixodes ricinus)、Ixodes cookie、美洲花蜱(Amblyomma americanum)、海湾花蜱(Amblyomma maculatum)、变异革蜱(Dermacentor variabilis)、安氏革蜱(Dermacentor andersoni)、白纹革蜱(Dermacentor albipictus)、血红扇头蜱(Rhipicephalus sanguineus)、微小扇头蜱(Rhipicephalus microplus)、具环牛蜱(Rhipicephalus annulatus)、长角血蜱(Haemaphysalis longicornis)、和璃眼蜱属物种(Hyalomma spp.))和螨虫，这些螨虫包括疥螨(人疥螨(Sarcoptes scabiei)和其他疥螨属物种(Sarcoptes spp.))、马痒螨(痒螨属物种(Psoroptes spp.))、恙螨(阿氏真恙螨(Trombicula alfreddugesi)、秋恙螨(Trombicula autumnalis))、蠕形螨(毛囊蠕形螨(Demodex folliculorum)、皮脂蠕形螨(Demodex brevis)、犬蠕形螨(Demodex canis))、蜂螨(例如，狄斯瓦蜂螨(Varroadestructor)、大蜂螨(Varroa jacobosoni)和其他蜂螨属物种(Varroa spp.))、气管螨(武氏蜂盾螨(Acarapis woodi))和厉螨属物种(Tropilaelaps spp.)。可以感染人和/或非人动物的寄生虫包括外寄生虫(如水蛭(环节动物的一种类型))和内寄生虫，统称为“蠕虫”，其感染消化道、皮肤、肌肉、或其他组织或器官。蠕虫包括环节动物门(环形虫或节肢虫)、扁形动物门(扁虫，例如绦虫、吸虫)、线虫动物门(蛔虫)、和棘头动物门(Acanthocephala)(棘头虫)的成员。寄生线虫的实例包括人蛔虫(Ascaris lumbricoides)、蛔虫属物种(Ascarisspp.)、副蛔属物种(Parascaris spp.)、贝蛔属物种(Baylisascaris spp.)、马来丝虫(Brugia malayi)、帝纹丝虫(Brugia timori)、班氏丝虫(Wuchereria bancrofti)、罗阿丝虫(Loa loa)、卷尾丝虫(Mansonella streptocerca)、奥氏曼森线虫(Mansonellaozzardi)、常现丝虫(Mansonella perstans)、盘尾丝虫(Onchocerca volvulus)、犬恶丝虫(Dirofilaria immitis)和其他恶丝虫属物种(Dirofilaria spp.)、麦地那龙线虫(Dracunculus medinensis)、十二指肠钩虫(Ancylostoma duodenale)、锡兰钩口线虫(Ancyclostoma celanicum)、和其他钩虫属物种(Ancylostoma spp.)、美洲板口线虫(Necator americanus)和其他板口线虫属物种(Necator spp.)、管圆属物种(Angriostrongylus spp.)、狭头刺口钩虫(Uncinaria stenocephala)、牛仰口线虫(Bunostomum phlebotomum)、蠕形住肠蛲虫(Enterobius vermicularis)、格氏蛲虫(Enterobius gregorii)和其他蛲虫属物种(Enterobius spp.)、粪类圆线虫(Strongyloides stercoralis)、福氏类圆线虫(Strongyloides fuelleborni)、乳突类圆线虫(Strongyloides papillosus)、兰氏类圆线虫(Strongyloides ransomi)和其他类圆线虫属物种(Strongyloides spp.)、加利福尼亚吸吮线虫(Thelazia californiensis)、结膜吸吮线虫(Thelazia callipaeda)、毛首鞭虫(Trichuris trichiura)、犬鞭虫(Trichuris vulpis)、旋毛虫(Trichinella spiralis)、布氏旋毛虫(Trichinellabritovi)、纳氏旋毛虫(Trichinella nelson)、本地毛形线虫(Trichinella nativa)、犬弓蛔虫(Toxocara canis)、猫蛔虫(Toxocara cati)、狮弓蛔虫(Toxascaris leonina)、班氏丝虫(Wuchereria bancrofti)、和捻转血矛线虫(Haemonchus contortus)。寄生扁形动物的实例包括牛肉绦虫(Taenia saginata)、猪肉绦虫(Taenia solium)、多头绦虫(Taeniamulticeps)、阔节裂头绦虫(Diphyllobothrium latum)、细粒棘球绦虫(Echinococcusgranulosus)、多房棘球绦虫(Echinococcus multilocularis)、伏氏棘球绦虫(Echinococcus vogeli)、少节棘球绦虫(Echinococcus oligarthrus)、短膜壳绦虫(Hymenolepis nana)、缩小膜壳绦虫(Hymenolepis diminuta)、欧猥迭宫绦虫(Spirometraerinaceieuropaei)、埃及血吸虫(Schistosoma haematobium)、曼氏血吸虫(Schistosomamansoni)、日本血吸虫(Schistosoma japonicum)、间插血吸虫(Schistosomaintercalatum)、湄公血吸虫(Schistosoma mekongi)、布氏姜片虫(Fasciolopis buski)、异形异形吸虫(Heterophyes heterophyes)、肝片吸虫(Fasciola hepatica)、大片吸虫(Fasciola gigantica)、华支睾吸虫(Clonorchis sinensis)、Clonorchis vivirrini、支双腔吸虫(Dicrocoelium dendriticum)、拟人腹盘吸虫(Gastrodiscoides hominis)、横川后殖吸虫(Metagonimus yokogawai)、结合次睾吸虫(Metorchis conjunctus)、麝猫后睾吸虫(Opisthorchis viverrine)、猫后睾吸虫(Opisthorchis felineus)、卫氏并殖吸虫(Paragonimus westermani)、非洲并殖吸虫(Paragonimus africanus)、并殖吸虫属物种(Paragonimus spp.)、多刺棘口吸虫(Echinostoma echinatum)、和regenti毛毕吸虫(Trichobilharzia regenti)。

内寄生的原生动物无脊椎动物包括棘阿米巴属物种(Axanthamoeba spp.)、巴氏阿米巴(Balamuthia mandrillaris)、分歧巴贝斯虫(Babesia divergens)、双芽巴贝斯虫(Babesia bigemina)、马巴贝斯虫(Babesia equi)、微小巴贝斯虫(Babesia microfti)、邓肯巴贝斯虫(Babesia duncani)、结肠小袋纤毛虫(Balantidium coli)、芽囊原虫属物种(Blastocystis spp.)、隐孢子虫属物种(Cryptosporidium spp.)、卡耶塔环孢子虫(Cyclospora cayetanensis)、脆双核阿米巴(Dientamoeba fragili)、溶组织内阿米巴(Entamoeba histolytica)、蓝氏贾第鞭毛虫(Giardia lamblia)、贝氏等孢球虫(Isosporabelli)、利什曼虫属物种(Leishmania spp.)、福氏耐格里阿米巴(Naegleria fowleri)、恶性疟原虫(Plasmodium falciparum)、间日疟原虫(Plasmodium vivax)、三日疟原虫(Plasmodium malariae)、卵形疟原虫柯氏亚种(Plasmodium ovale curtisi)、卵形疟原虫沃氏亚种(Plasmodium ovale wallikeri)、诺氏疟原虫(Plasmodium knowlesi)、西伯氏鼻孢子虫(Rhinosporidium seeberi)、肉孢子虫属物种(Sarcosystis spp.)、刚地弓形虫(Toxoplasma gondii)、阴道毛滴虫(Trichomonas vaginalis)、布氏锥虫(Trypanosomabrucei)、克氏锥虫(Trypanosoma cruzi)。

如本文使用的，术语“治疗(treat或treating)”是指对受试者的疾病或障碍(例如，感染性疾病、癌症、中毒、或过敏反应)的预防性或治疗性治疗。治疗的效果可以包括如与没有治疗性治疗的情况下该疾病或障碍的状态和/或病症相比，逆转、减轻、降低疾病的严重程度，治愈疾病，抑制疾病的进展，降低该疾病、或该疾病或障碍的一种或多种症状或表现的复发的可能性，稳定(即，不恶化)该疾病或障碍的状态，和/或预防该疾病或障碍的传播。实施例包括治疗植物以控制由无脊椎有害生物或微生物(例如，细菌、真菌、卵菌、或病毒)病原体引起或与之相关的疾病或不利病症。实施例包括治疗植物以增加植物的先天防御或免疫能力以耐受有害生物或病原体压力。

如本文使用的，术语“终止元件”是终止环状或线性多核糖核苷酸中编码序列的翻译的部分，如核酸序列。

如本文使用的，术语“翻译效率”是从核糖核苷酸转录物产生蛋白质或肽的速率或量。在一些实施例中，翻译效率可以表示为给定量的编码蛋白或肽的转录物产生的蛋白或肽的量，例如在给定的时间段内，例如在给定的翻译系统(例如像原核细胞的原核系统)中。

如本文使用的，术语“翻译起始序列”是在环状或线性多核糖核苷酸中起始编码序列的翻译的核酸序列。

如本文使用的，术语“治疗性多肽”是指当向受试者施用或在受试者中表达时提供一些治疗性益处的多肽。在实施例中，通过向受试者施用治疗性肽或通过在受试者中表达治疗性多肽，将治疗性多肽用于治疗或预防受试者的疾病、障碍、或病症。在替代性的实施例中，使治疗性多肽在细胞中表达，并且向受试者施用该细胞以提供治疗性益处。

如本文使用的，“载体”意指一段DNA，它是合成的(例如，使用PCR)，或取自外来DNA片段可以或已经插入其中用于克隆和/或表达目的的病毒、质粒、或高等生物体的细胞。在一些实施例中，载体可以稳定地维持在生物体中。载体可以包括例如复制的起点、可选择标志物或报告基因，如抗生素抗性或GFP、和/或多克隆位点(MCS)。该术语包括线性DNA片段(例如，PCR产物、线性化质粒片段)、质粒载体、病毒载体、粘粒、细菌人工染色体(BAC)、酵母人工染色体(YAC)等。在一个实施例中，本文提供的载体包括多克隆位点(MCS)。在另一实施例中，本文提供的载体不包括MCS。

从以下详细说明以及权利要求中，本发明的其他特征和优点将会是显而易见的。

附图说明

附图旨在说明本披露的一个或多个特征、方面或实施例，而非旨在进行限制。

图1是描绘设计示例性DNA构建体以产生连接酶相容的线性RNA以及后续通过在原核宿主细胞中使该连接酶相容的线性RNA与RNA连接酶接触而环化的示意图。

图2是描绘转录DNA构建体以产生连接酶相容的线性RNA和转录DNA构建体以产生RNA连接酶、以及后续通过在原核宿主细胞中使该连接酶相容的线性RNA与异源性RNA连接酶接触而环化的示意图。

图3示出了RNA样品的PCR扩增，其表明在大肠杆菌中成功产生环化RNA。单个条带指示线性前体的表达和对预测的“单位长度”扩增子的正确核酶加工。阶梯样的图案指示环化，观察到较高分子量的条带，这表明由于在环化RNA分子周围扩增两次，导致两倍单位长度的扩增子。测试了两种构建体：min1(“单位长度”或核酶加工后的长度为275nt；两倍单位长度是550nt)和min2(“单位长度”是128nt；两倍单位长度是256nt)。泳道1：min1，体外转录，无连接酶。泳道2：min2，体外转录，无连接酶。泳道3：min1，体外转录，具有RtcB连接酶。泳道4：min2，体外转录，具有RtcB连接酶。泳道5：min1，在大肠杆菌中体内转录。泳道6：min2，在大肠杆菌中体内转录。

具体实施方式

总体来说，本披露提供了用于产生、纯化、和使用来自原核系统的环状RNA的组合物和方法。

多核苷酸

本披露的特点在于环状多核糖核苷酸组合物和制备环状多核糖核苷酸的方法。

在实施例中，环状多核糖核苷酸从线性多核糖核苷酸(例如，通过连接线性多核糖核苷酸的连接酶相容的末端)产生。在实施例中，线性多核糖核苷酸从脱氧核糖核苷酸模板(例如，载体、线性化载体、或cDNA)转录。因此，本披露的特点在于可用于产生环状多核糖核苷酸的脱氧核糖核苷酸、线性多核糖核苷酸、和环状多核糖核苷酸组合物。

模板脱氧核糖核苷酸

本披露的特点在于用于制备环状RNA的脱氧核糖核苷酸。该脱氧核糖核苷酸包括以5'至3'方向可操作地连接的以下项：(A)5'自切割核酶；(B)5'退火区；(C)多核糖核苷酸负载物；(D)3'退火区；和(E)3'自切割核酶。在实施例中，该脱氧核糖核苷酸包括例如在元件(A)、(B)、(C)、(D)和(E)中的任一者之外或之间的另外的元件。在实施例中，如本文所述，元件(A)、(B)、(C)、(D)和/或(E)中的任一者通过间隔子序列隔开。图1提供了示例性模板脱氧核糖核苷酸的设计。

在实施例中，该脱氧核糖核苷酸是例如环状DNA载体、线性化DNA载体、或线性DNA(例如，(例如从DNA载体产生的)cDNA)。

在一些实施例中，该脱氧核糖核酸进一步包括与编码本文所述的线性RNA的序列可操作地连接的RNA聚合酶启动子。在实施例中，该RNA聚合酶启动子与编码该线性RNA的序列是异源的。在一些实施例中，该RNA聚合酶启动子是T7启动子、T6启动子、T4启动子、T3启动子、SP6病毒启动子、或SP3启动子。

在一些实施例中，该脱氧核糖核苷酸包括多克隆位点(MCS)。

在一些实施例中，使用该脱氧核糖核苷酸产生大小范围为约100至约20,000个核苷酸的环状RNA。在一些实施例中，该环状RNA的大小是至少100、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1,000、1,100、1,200、1,300、1,400、1,500、1,600、1,700、1,800、1,900、2,000、2,500、3,000、3,500、4,000、4,500、或5,000个核苷酸。在一些实施例中，该环状RNA的大小不多于20,000、15,000、10,000、9,000、8,000、7,000、6,000、5,000或4,000个核苷酸。

前体线性多核糖核苷酸

本披露的特点还在于以5'至3'方向可操作地连接的包括以下的线性多核糖核苷酸(例如，前体线性多核糖核苷酸)：(A)5'自切割核酶；(B)5'退火区；(C)多核糖核苷酸负载物；(D)3'退火区；和(E)3'自切割核酶。该线性多核糖核苷酸可以包括例如在元件(A)、(B)、(C)、(D)和(E)中的任一者之外或之间的另外的元件。例如，如本文所述，元件(A)、(B)、(C)、(D)和/或(E)中的任一者可以由间隔子序列隔开。

在某些实施例中，本文提供了使用本文提供的脱氧核糖核苷酸(例如，载体、线性化载体、或cDNA)作为模板(例如，本文提供的RNA聚合酶启动子置于编码线性RNA的区的上游的载体、线性化载体、或cDNA)通过在原核系统中进行转录(例如，体内转录)来生成前体线性RNA的方法。

图2是描绘用于从前体线性RNA产生环状RNA的示例性过程的示意图。例如，可以转录脱氧核糖核苷酸模板以产生前体线性RNA。在表达时，在合适的条件下，并且不按特定的顺序，5'和3'自切割核酶各自经历切割反应，从而产生连接酶相容的末端(例如，5'-羟基和2',3'-环磷酸)并且5'和3'退火区使游离端靠近。因此，前体线性多核糖核苷酸产生连接酶相容的多核糖核苷酸，其可以被连接(例如，在连接酶存在下)以产生环状多核糖核苷酸。

连接酶相容的线性多核糖核苷酸

本披露的特点还在于以5'至3'方向可操作地连接的包括以下的线性多核糖核苷酸(例如，连接酶相容的线性多核糖核苷酸)：(B)5'退火区；(C)多核糖核苷酸负载物；以及(D)3'退火区。该线性多核糖核苷酸可以包括例如在元件(B)、(C)、和(D)中的任一者之外或之间的另外的元件。例如，如本文所述，任何元件(B)、(C)、和/或(D)可以通过间隔子序列隔开。

在一些实施例中，该连接酶相容的线性多核糖核苷酸包括游离的5’-羟基基团。在一些实施例中，该连接酶相容的线性多核糖核苷酸包括游离的2’,3’-环磷酸。

在一些实施例中，并且在合适的条件下，3'退火区和5'退火区促进游离的3'和5'端的缔合(例如，通过导致热力学有利的缔合的部分或完全互补，例如杂交)。

在一些实施例中，在5'端处的游离的羟基与在3'端处的游离的2',3'-环磷酸的靠近有利于通过连接酶识别进行识别，从而改善环化的效率。

环状多核糖核苷酸

在一些实施例中，本披露提供了环状RNA。

在一些实施例中，该环状RNA包括第一退火区、多核苷酸负载物、和第二退火区。在一些实施例中，该第一退火区与该第二退火区连接，从而形成环状多核糖核苷酸。

在一些实施例中，该环状RNA由本文所述的脱氧核糖核苷酸模板、前体线性RNA、和/或连接酶相容的线性RNA产生(参见例如，图2)。在一些实施例中，该环状RNA通过本文所述的任一方法产生。

在一些实施例中，该环状多核糖核苷酸是至少约20个核苷酸、至少约30个核苷酸、至少约40个核苷酸、至少约50个核苷酸、至少约75个核苷酸、至少约100个核苷酸、至少约200个核苷酸、至少约300个核苷酸、至少约400个核苷酸、至少约500个核苷酸、至少约1,000个核苷酸、至少约2,000个核苷酸、至少约5,000个核苷酸、至少约6,000个核苷酸、至少约7,000个核苷酸、至少约8,000个核苷酸、至少约9,000个核苷酸、至少约10,000个核苷酸、至少约12,000个核苷酸、至少约14,000个核苷酸、至少约15,000个核苷酸、至少约16,000个核苷酸、至少约17,000个核苷酸、至少约18,000个核苷酸、至少约19,000个核苷酸或至少约20,000个核苷酸。

在一些实施例中，该环状多核糖核苷酸具有足够的大小以容纳核糖体的结合位点。在一些实施例中，环状多核糖核苷酸的大小是足以编码有用的多肽的长度，例如，至少20,000个核苷酸、至少15,000个核苷酸、至少10,000个核苷酸、至少7,500个核苷酸、至少5,000个核苷酸、至少4,000个核苷酸、至少3,000个核苷酸、至少2,000个核苷酸、至少1,000个核苷酸、至少500个核苷酸、至少1400个核苷酸、至少300个核苷酸、至少200个核苷酸、或至少100个核苷酸。

在一些实施例中，该环状多核糖核苷酸包括一个或多个本文其他处所述的元件。在一些实施例中，这些元件可以通过间隔子序列彼此隔开。在一些实施例中，这些元件可以被1个核糖核苷酸、2个核苷酸、约5个核苷酸、约10个核苷酸、约15个核苷酸、约20个核苷酸、约30个核苷酸、约40个核苷酸、约50个核苷酸、约60个核苷酸、约80个核苷酸、约100个核苷酸、约150个核苷酸、约200个核苷酸、约250个核苷酸、约300个核苷酸、约400个核苷酸、约500个核苷酸、约600个核苷酸、约700个核苷酸、约800个核苷酸、约900个核苷酸、约1000个核苷酸、最多约1kb、至少约1000个核苷酸、或其间任意量的核苷酸彼此隔开。在一些实施例中，一个或多个元件彼此邻接，例如，缺少间隔子元件。

在一些实施例中，环状多核糖核苷酸可以包括一个或多个本文其他处所述的重复元件。在一些实施例中，环状多核糖核苷酸包括一个或多个本文其他处所述的修饰。在一个实施例中，环状RNA含有至少一个核苷修饰。在一个实施例中，高达100％的环状RNA的核苷被修饰。在一个实施例中，至少一个核苷修饰是尿苷修饰或腺苷修饰。

作为其环化的结果，环状多核糖核苷酸可以包括某些使其区别于线性RNA的特征。例如，如与线性RNA相比，环状多核糖核苷酸较不易被核酸外切酶降解。这样，环状多核糖核苷酸比线性RNA更稳定，尤其是在核酸外切酶存在下孵育时。环状多核糖核苷酸与线性RNA相比的增加的稳定性使得环状多核糖核苷酸作为产生多肽的细胞转化试剂更加有用，并且与线性RNA相比，存储更容易且时间更长。可以使用本领域标准的方法测试用核酸外切酶处理的环状多核糖核苷酸的稳定性，这些方法确定是否已经发生RNA降解(例如，通过凝胶电泳)。此外，与线性RNA不同，当环状多核糖核苷酸与磷酸酶(如小牛肠磷酸酶)一起孵育时，环状多核糖核苷酸较不易去磷酸化。

核酶

本文所述的多核苷酸组合物可包括一种或多种自切割核酶，例如本文所述的一种或多种自切割核酶。核酶是催化RNA或RNA的催化区。自切割核酶是能够催化在核酶序列自身内的核苷酸位点处或在核酶序列自身的末端处发生的切割反应的核酶。

示例性自切割核酶是本领域已知的和/或在本文中提供。示例性自切割核酶包括锤头状、发夹状、丁型肝炎病毒核酶(HDV)、Varkud卫星(VS)、glmS核酶、扭转核酶、扭转姐妹核酶、斧头核酶和手枪核酶。另外的示例性自切割核酶在下文描述。在一些实施例中，该5'自切割核酶是锤头状核酶。

在一些实施例中，本披露的多核糖核苷酸包括第一(例如，5')自切割核酶。在一些实施例中，该核酶选自本文所述的任一核酶。在一些实施例中，本披露的多核糖核苷酸包括第二(例如，3')自切割核酶。在一些实施例中，该核酶选自本文所述的任一核酶。

在一些实施例中，该5'和3'自切割核酶共享至少80％、85％、90％、95％、98％、或99％的序列同一性。在一些实施例中，该5'和3'自切割核酶来自相同的自切割核酶家族。在一些实施例中，该5'和3'自切割核酶共享100％的序列同一性。

在一些实施例中，该5'和3'自切割核酶共享低于100％、99％、95％、90％、85％、或80％的序列同一性。在一些实施例中，该5'和3'自切割核酶并非来自相同的自切割核酶家族。

在一些实施例中，该5'自切割核酶的切割产生在对应的线性多核糖核苷酸上的游离的5'-羟基残基。在一些实施例中，该5'自切割核酶能够在位于该5'自切割核酶的3'端的10个核糖核苷酸内的位点处或在位于该5'自切割核酶的3'端的位点处进行自切割。

在一些实施例中，该3'自切割核酶的切割产生在对应的线性多核糖核苷酸上的游离的3'-羟基残基。在一些实施例中，该3'自切割核酶能够在位于该3'自切割核酶的5'端的10个核糖核苷酸内的位点处或在位于该3'自切割核酶的5'端的位点处进行自切割。

以下是本披露考虑的示例性自切割核酶。该列表不应被视为限制本披露的范围。

使用RFam鉴定以下自切割核酶家族。RFam是公共数据库，其含有对非编码RNA元件和序列的广泛注释，并且原则上是管理蛋白家族成员的PFam数据库的RNA类似物。RFam数据库的区别性特征在于结合一级序列信息，RNA二级结构是家庭成员的主要预测因子。非编码RNA基于从共同的祖先的进化分为多个家族。这些进化关系通过以下来确定：为推定的RNA家族建立共有的二级结构，然后执行专门版本的多序列比对。

扭转：扭转核酶(例如，扭转P1、P5、P3)被认为是小型自切割核酶家族的成员，该家族包括锤头状核酶、发夹状核酶、丁型肝炎病毒(HDV)核酶、Varkud卫星(VS)核酶、和glmS核酶。扭转核酶产生2',3'-环磷酸和5'羟基产物。对于扭转P1核酶的实例，参见http://rfam.xfam.org/family/RF03160；对于扭转P3核酶的实例，参见http://rfam.xfam.org/family/RF03154；并且对于扭转P5核酶的实例，参见http://rfam.xfam.org/family/RF02684。

扭转姐妹：扭转姐妹核酶(TS)是与扭转核酶家族具有结构相似性的自切割核酶。催化产物是环2',3'磷酸和5'-羟基基团。对于扭转姐妹核酶的实例，参见http://rfam.xfam.org/family/RF02681。

斧头：斧头核酶是通过生物信息学分析发现的自切割核酶。对于斧头核酶的实例，参见http://rfam.xfam.org/family/RF02678。

HDV：丁型肝炎病毒(HDV)核酶是丁型肝炎病毒中的自切割核酶。对于HDV核酶的实例，参见http://rfam.xfam.org/family/RF00094。

手枪核酶：手枪核酶是自切割核酶。手枪核酶是通过比较基因组分析发现的。通过质谱法发现产物含有5'-羟基和2',3'-环磷酸官能团。对于手枪核酶的实例，参见http://rfam.xfam.org/family/RF02679。

HHR 1型：锤头状核酶是在RNA分子内的特定位点处催化可逆的切割和连接反应的自切割核酶。对于HHR 1型核酶的实例，参见http://rfam.xfam.org/family/RF00163。

HHR 2型：锤头状核酶是在RNA分子内的特定位点处催化可逆的切割和连接反应的自切割核酶。对于HHR 2型核酶的实例，参见http://rfam.xfam.org/family/RF02276。

HHR 3型：锤头状核酶是在RNA分子内的特定位点处催化可逆的切割和连接反应的自切割核酶。这些RNA结构基序遍布自然界。对于HHR 3型核酶的实例，参见http://rfam.xfam.org/family/RF00008。

HH9：锤头状核酶是在RNA分子内的特定位点处催化可逆的切割和连接反应的自切割核酶。对于HH9核酶的实例，参见http://rfam.xfam.org/family/RF02275。

HH10：锤头状核酶是在RNA分子内的特定位点处催化可逆的切割和连接反应的自切割核酶。对于HH10核酶的实例，参见http://rfam.xfam.org/family/RF02277。

glmS：氨基葡萄糖-6-磷酸核糖开关核酶(glmS核酶)是驻留在glmS基因的mRNA转录物的5'非翻译区(UTR)中的RNA结构。对于glmS核酶的实例，参见http://rfam.xfam.org/family/RF00234。

GIR1：套索加帽(Lariat capping)核酶(以前称为GIR1分支核酶)是与组I核酶具有明显的相似之处的约180nt的核酶。对于GIR1核酶的实例，参见http://rfam.xfam.org/family/RF01807。

CPEB3：哺乳动物CPEB3核酶是位于CPEB3基因的第二内含子中的自切割非编码RNA。对于CPEB核酶的实例，参见http://rfam.xfam.org/family/RF00622。

drz-Agam 1和drz-Agam 2：drz-Agam-1和drz-Agam 2核酶是通过使用限制性结构描述符发现的，并且与HDV和CPEB3核酶非常相似。对于drz-Agam 1核酶的实例，参见http://rfam.xfam.org/family/RF01787，并且对于drz-Agam 2核酶的实例，参见http://rfam.xfam.org/family/RF01788。

发夹：发夹状核酶是可以充当核酶的一小部分RNA。与锤头状核酶相似，它见于植物病毒的RNA卫星中。对于发夹状核酶的实例，参见http://rfam.xfam.org/family/RF00173。

RAGATH-1：使用生物信息学算法发现的RNA结构基序。这些RNA与已知的核酶(如但不限于锤头状和HDV核酶)含有很强的相似性。对于RAGATH-1核酶的实例，参见http://rfam.xfam.org/family/RF03152。

RAGATH-5：使用生物信息学算法发现的RNA结构基序。这些RNA与已知的核酶(如但不限于锤头状和HDV核酶)含有很强的相似性。对于RAGATH-5核酶的实例，参见http://rfam.xfam.org/family/RF02685。

RAGATH-6：使用生物信息学算法发现的RNA结构基序。这些RNA与已知的核酶(如但不限于锤头状和HDV核酶)含有很强的相似性。对于RAGATH-6核酶的实例，参见http://rfam.xfam.org/family/RF02686。

RAGATH-13：使用生物信息学算法发现的RNA结构基序。这些RNA与已知的核酶(如但不限于锤头状和HDV核酶)含有很强的相似性。对于RAGATH-13核酶的实例，参见http://rfam.xfam.org/family/RF02688。

在一些实施例中，自切割核酶是本文所述的核酶(例如来自本文所述的类别)、或其催化活性片段或部分。在一些实施例中，核酶包括与SEQ ID NO:24-571中的任一者至少85％、90％、95％、96％、97％、98％、或99％相同的序列、或其对应的RNA等同物。在一些实施例中，自切割核酶是本文所述的核酶(例如来自本文所述的类别)、或其催化活性片段或部分。在一些实施例中，核酶包括与SEQ ID NO:24-571中的任一者至少95％、96％、97％、98％、或99％相同的序列、或其对应的RNA等同物。在一些实施例中，核酶包括SEQ ID NO:24-571中的任一者的序列、或其对应的RNA等同物。在实施例中，自切割核酶是SEQ ID NO:24-571中的任一者的核酶的片段、或其对应的RNA等同物，例如，含有完整核酶序列的至少20个邻接核苷酸(例如，至少20、25、30、35、40、45、50、55、或60个邻接核苷酸)并且具有完整核酶的至少30％(例如，至少约30％、40％、50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、或95％)的催化活性的片段。在一些实施例中，核酶包括SEQ ID NO:24-571中的任一者的催化区(例如，能够自切割的区域)、或其对应的RNA等同物，其中该区域的长度是至少10个核苷酸、20个核苷酸、30个核苷酸、40个核苷酸、或50个核苷酸，或该区域在10-200个核苷酸、10-100个核苷酸、10-50个核苷酸、10-30个核苷酸、10-200个核苷酸、20-100个核苷酸、20-50个核苷酸、20-30个核苷酸之间。

退火区

本文所述的多核苷酸组合物可包括两个或更多个退火区，例如两个或更多个本文所述的退火区。退火区或退火区对是含有具有在合适的条件下促进杂交的高度互补性的部分的那些。

退火区包括至少下文所述的互补区。该互补区的高度互补性促进退火区对的缔合。在第一退火区(例如，5'退火区)位于或接近线性RNA的5'端并且第二退火区(例如，3'退火区)位于或接近线性RNA的3'端的情况下，这些退火区的缔合使5'和3'末端靠近。在一些实施例中，这种缔合有利于通过5'和3'端的连接使线性RNA环化。

在实施例中，退火区进一步包括如下文所述的非互补区。可以将非互补区添加至互补区以允许RNA的末端保持灵活性、非结构化、或与互补区相比更少结构化。灵活和/或单链的游离的5'和3'端的可用性支持连接，并因此支持环化效率。

在一些实施例中，每个退火区包括2至100个核糖核苷酸(例如，2至80、2至50、2至30、2至20、10至100、10至80、10至50、或10至30个核糖核苷酸)。在一些实施例中，5'退火区包括2至100个核糖核苷酸(例如，2至80、2至50、2至30、2至20、10至100、10至80、10至50、或10至30个核糖核苷酸)。在一些实施例中，3'退火区包括2至100个核糖核苷酸(例如，2至80、2至50、2至30、2至20、10至100、10至80、10至50、或10至30个核糖核苷酸)。

互补区

互补区是在合适的条件下有利于与对应的互补区缔合的区。例如，一对互补区可以共享高度的序列互补性(例如，第一互补区至少部分是第二互补区的反向互补物)。当两个互补区缔合(例如，杂交)时，它们可以形成高度结构化的二级结构，如茎或茎环。

在一些实施例中，该多核糖核苷酸包括5'互补区和3'互补区。在一些实施例中，该5'互补区具有在2与50个之间的核糖核苷酸(例如，2-40、2-30、2-20、5-10、10-50、10-40、10-30、10-20、或20-50个核糖核苷酸)。在一些实施例中，该3'互补区具有在2与50个之间的核糖核苷酸(例如，2-40、2-30、2-20、2-10、10-50、10-40、10-30、10-20、或20-50个核糖核苷酸)。

在一些实施例中，该5'互补区和该3'互补区具有在50％与100％之间的序列互补性(例如，在60％-100％、70％-100％、80％-100％、90％-100％之间、或100％的序列互补性)。

在一些实施例中，该5'互补区和该3'互补区具有低于-5kcal/mol(例如，低于-10kcal/mol、低于-20kcal/mol、或低于-30kcal/mol)的结合自由能。

在一些实施例中，该5'互补区和该3'互补区具有至少10℃、至少15℃、至少20℃、至少30℃、至少40℃、至少50℃、至少60℃、至少70℃、至少80℃、或至少90℃的结合Tm。

在一些实施例中，该5'互补区和该3'互补区包括至少一个但不多于10个错配，例如10、9、8、7、6、5、4、3、或2个错配，或1个错配(即，当该5'互补区和该3'互补区相互杂交时)。例如，错配可以是5'互补区中的核苷酸和3'互补区中的核苷酸彼此相对(即，当该5'互补区和该3'互补区杂交时)但不形成沃森-克里克(Watson-Crick)碱基对。例如，错配可以是在5'互补区或3'互补区形成扭结或凸起的未配对的核苷酸。在一些实施例中，该5'互补区和该3'互补区不包括任何错配。

非互补区

非互补区是在合适的条件下不利于与对应的非互补区缔合的区。例如，一对非互补区可以共享低度的序列互补性(例如，第一非互补区不是第二非互补区的反向互补物)。当两个非互补区靠近时，它们不形成高度结构化的二级结构，如茎或茎环。

在一些实施例中，该多核糖核苷酸包括5'非互补区和3'非互补区。在一些实施例中，该5'非互补区具有在5与50个之间的核糖核苷酸(例如，5-40、5-30、5-20、5-10、10-50、10-40、10-30、10-20、或20-50个核糖核苷酸)。在一些实施例中，该3'非互补区具有在5与50个之间的核糖核苷酸(例如，5-40、5-30、5-20、5-10、10-50、10-40、10-30、10-20、或20-50个核糖核苷酸)。

在一些实施例中，该5'非互补区位于该5'互补区的5'(例如，在该5'自切割核酶与该5'互补区之间)。在一些实施例中，该3'非互补区位于该3'互补区的3'(例如，在该3'互补区与该3'自切割核酶之间)。

在一些实施例中，该5'非互补区和该3'非互补区具有在0％与50％之间的序列互补性(例如，在0％-40％、0％-30％、0％-20％、0％-10％之间、或0％的序列互补性)。

在一些实施例中，该5'非互补区和该3'非互补区具有大于-5kcal/mol的结合自由能。

在一些实施例中，该5'互补区和该3'互补区具有低于10℃的结合Tm。

在一些实施例中，该5'非互补区和该3'非互补区包括至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个错配。

多核糖核苷酸负载物

本文所述的多核糖核苷酸负载物包括含有至少一个多核糖核苷酸的任何序列。

例如，多核糖核苷酸负载物可以包括至少约40个核苷酸、至少约50个核苷酸、至少约75个核苷酸、至少约100个核苷酸、至少约200个核苷酸、至少约300个核苷酸、至少约400个核苷酸、至少约500个核苷酸、至少约1,000个核苷酸、至少约2,000个核苷酸、至少约5,000个核苷酸、至少约6,000个核苷酸、至少约7,000个核苷酸、至少约8,000个核苷酸、至少约9,000个核苷酸、至少约10,000个核苷酸、至少约12,000个核苷酸、至少约14,000个核苷酸、至少约15,000个核苷酸、至少约16,000个核苷酸、至少约17,000个核苷酸、至少约18,000个核苷酸、至少约19,000个核苷酸、或至少约20,000个核苷酸。在一些实施例中，该多核糖核苷酸负载物包括1-20,000个核苷酸、1-10,000个核苷酸、1-5,000个核苷酸、100-20,000个核苷酸、100-10,000个核苷酸、100-5,000个核苷酸、500-20,000个核苷酸、500-10,000个核苷酸、500-5,000个核苷酸、1,000-20,000个核苷酸、1,000-10,000个核苷酸、或1,000-5,000个核苷酸。

在实施例中，该多核糖核苷酸负载物包括一个或多个编码(或表达)序列，其中每个编码序列编码多肽。在实施例中，该多核糖核苷酸负载物包括一个或多个非编码序列。在实施例中，该多核糖核苷酸负载物完全由一个或多个非编码序列组成。在实施例中，该多核糖核苷酸负载物包括编码(或表达)序列和非编码序列的组合。

在实施例中，该多核糖核苷酸负载物包括单个编码序列的多个拷贝(例如，2、3、4、5、6、7、8、9、10、或甚至多于10个)。例如，该多核糖核苷酸可包括编码单个蛋白质的序列的多个拷贝。在其他实施例中，该多核糖核苷酸负载物包括两个或更多个(例如，2、3、4、5、6、7、8、9、10、或多于10个)不同的编码序列中每个编码序列的至少一个拷贝(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、或甚至多于10个拷贝)。例如，该多核苷酸负载物可以包括第一编码序列的两个拷贝和第二编码序列的三个拷贝。

在实施例中，该多核糖核苷酸负载物包括至少一个非编码序列的一个或多个拷贝。在实施例中，至少一个非编码RNA序列包括至少一个选自由以下组成的组的RNA：RNA适配体、长非编码RNA(lncRNA)、转移RNA衍生的片段(tRF)、转移RNA(tRNA)、核糖体RNA(rRNA)、小核RNA(snRNA)、小核仁RNA(snoRNA)、和Piwi相互作用RNA(piRNA)；或这些RNA中的任一者的片段。在实施例中，至少一个非编码RNA序列包括至少一个调节RNA，例如至少一个选自由以下组成的组的RNA：微小RNA(miRNA)或miRNA前体(参见例如，美国专利号8,395,023、8,946,511、8,410,334或10,570,414)、微小RNA识别位点(参见例如，美国专利号8,334,430或10,876,126)、小干扰RNA(siRNA)或siRNA前体(如但不限于形成RNA发夹或RNA茎环或RNA茎的RNA序列)(参见例如，美国专利号8,404,927或10,378,012)、小RNA识别位点(参见例如，美国专利号9,139,838)、反式作用siRNA(ta-siRNA)或ta-siRNA前体(参见例如，美国专利号8,030,473)、相位sRNA或相位RNA前体(参见例如，美国专利号8,404,928)、相位sRNA识别位点(参见例如，美国专利号9,309,512)、miRNA诱饵(参见例如，美国专利号8,946,511或10,435,686)、miRNA切割阻断剂(参见例如，美国专利号9,040,774)、顺式作用核糖开关、反式作用核糖开关、和核酶；所有这些引用的美国专利都以其全文并入本文。在实施例中，至少一个非编码RNA序列包括与靶序列(例如，由信使RNA编码或由受试者基因组的DNA编码的靶序列)互补或反义的RNA序列；这种RNA序列可用于例如通过沃森-克里克碱基配对识别靶序列并与靶序列结合。在实施例中，该多核糖核苷酸负载物包括单个非编码序列的多个拷贝(例如，2、3、4、5、6、7、8、9、10、或甚至多于10个)。例如，该多核糖核苷酸可以包括编码单个微小RNA前体的序列的多个拷贝或指导RNA序列的多个拷贝。在其他实施例中，该多核糖核苷酸负载物包括两个或更多个(例如，2、3、4、5、6、7、8、9、10、或多于10个)不同的非编码序列中每个非编码序列的至少一个拷贝(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、或甚至多于10个拷贝)。在一个实例中，该多核苷酸负载物包括第一非编码序列的两个拷贝和第二非编码序列的三个拷贝。在另一实例中，该多核糖核苷酸负载物包括两个或更多个不同miRNA前体中的每个miRNA前体的至少一个拷贝。在另一实例中，该多核糖核苷酸负载物包括(a)与靶序列互补或反义的RNA序列，和(b)核酶或适配体。

在一些实施例中，如本文所述制备的环状多核糖核苷酸在疗法和/或农业中用作效应子。在实施例中，该环状多核糖核苷酸包括多核苷酸负载物，该多核苷酸负载物包括对受试者具有生物学作用的非编码RNA序列。在实施例中，该环状多核糖核苷酸包括多核苷酸负载物，该多核苷酸负载物包括编码对受试者具有生物学作用的多肽的RNA序列。在一些实施例中，该多核糖核苷酸负载物包含编码多肽并且具有经密码子优化用于在受试者中表达的核苷酸序列的RNA序列。例如，可以向受试者施用通过本文所述的方法(例如，本文所述的原核方法)制备的环状多核糖核苷酸(例如，在药物、兽用、或农业组合物中)。在另一实例中，可以将通过本文所述的方法(例如，本文所述的原核方法)制备的环状多核糖核苷酸递送至细胞。

在一些实施例中，环状多核糖核苷酸包括如国际专利公开号WO 2019/118919(通过引用以其全文特此并入本文)中披露的任何特征或特征的任何组合。

多肽编码序列

在一些实施例中，本文所述的环状多核糖核苷酸(例如，环状多核糖核苷酸的多核糖核苷酸负载物)包括一个或多个编码序列，其中每个编码序列编码多肽。在一些实施例中，该环状多核糖核苷酸包括两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个、九个、十个或更多个编码序列。

每个被编码的多肽可以是直链或支链的。在各种实施例中，多肽具有以下长度：从约5个至约40,000个氨基酸、约15个至约35,000个氨基酸、约20个至约30,000个氨基酸、约25个至约25,000个氨基酸、约50个至约20,000个氨基酸、约100个至约15,000个氨基酸、约200个至约10,000个氨基酸、约500个至约5,000个氨基酸、约1,000至约2,500个氨基酸、或其间的任何范围。在一些实施例中，多肽具有以下长度可能是有用的：少于约40,000个氨基酸、少于约35,000个氨基酸、少于约30,000个氨基酸、少于约25,000个氨基酸、少于约20,000个氨基酸、少于约15,000个氨基酸、少于约10,000个氨基酸、少于约9,000个氨基酸、少于约8,000个氨基酸、少于约7,000个氨基酸、少于约6,000个氨基酸、少于约5,000个氨基酸、少于约4,000个氨基酸、少于约3,000个氨基酸、少于约2,500个氨基酸、少于约2,000个氨基酸、少于约1,500个氨基酸、少于约1,000个氨基酸、少于约900个氨基酸、少于约800个氨基酸、少于约700个氨基酸、少于约600个氨基酸、少于约500个氨基酸、少于约400个氨基酸、少于约300个氨基酸、或更少。

本文包括的多肽可以包括天然存在的多肽或非天然存在的多肽。在实施例中，该多肽是参考多肽的功能性片段或变体(例如，酶的酶解活性片段或变体)或包括参考多肽的功能性片段或变体(例如，酶的酶解活性片段或变体)。例如，该多肽可以是本文所述的任一多肽的功能活性变体，例如在指定区或整个序列上与本文所述的多肽或天然存在的多肽的序列具有至少70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、或99％同一性。在一些情况下，该多肽可以与目的蛋白具有至少50％(例如，至少50％、60％、70％、80％、90％、95％、97％、99％、或更大)同一性。

多肽的一些实例包括但不限于荧光标签或标志物、抗原、治疗性多肽、或用于农业应用的多肽。

治疗性多肽可以是激素、神经递质、生长因子、酶(例如，氧化还原酶、代谢酶、线粒体酶、加氧酶、脱氢酶、不依赖ATP的酶、溶酶体酶、去饱和酶)、细胞因子、抗原结合多肽(例如，抗原结合抗体或抗体样片段，如单链抗体、纳米抗体或其他含有Ig重链和/或轻链的多肽)、Fc融合蛋白、抗凝剂、血液因子、骨形态发生蛋白、干扰素、白细胞介素、和溶栓剂。

在一些情况下，环状多核糖核苷酸表达非人蛋白。

用于农业应用的多肽可以是细菌素、溶素、抗微生物多肽、抗真菌多肽、富含结节C的肽、细菌性细胞调节肽、肽毒素、杀有害生物多肽(例如，杀昆虫多肽和/或杀线虫多肽)、抗原结合多肽(例如，抗原结合抗体或抗体样片段，如单链抗体、纳米抗体或其他含有Ig重链和/或轻链的多肽)、酶(例如，核酸酶、淀粉酶、纤维素酶、肽酶、脂肪酶、几丁质酶)、肽信息素、和转录因子。

在一些实施例中，环状多核糖核苷酸表达抗体，例如抗体片段或其一部分。在一些实施例中，由环状多核糖核苷酸表达的抗体可以是任何同种型的，如IgA、IgD、IgE、IgG、IgM。在一些实施例中，环状多核糖核苷酸表达抗体的一部分，如轻链、重链、Fc片段、CDR(互补决定区)、Fv片段、或Fab片段、其另外的部分。在一些实施例中，环状多核糖核苷酸表达抗体的一个或多个部分。例如，环状多核糖核苷酸可以包括多于一个编码序列，其中每一个表达抗体的一部分，并且其总和可以构成抗体。在一些情况下，环状多核糖核苷酸包括一个编码抗体重链的编码序列和另一个编码抗体轻链的编码序列。在一些情况下，当环状多核糖核苷酸在细胞(例如，原核细胞)环境中表达时，轻链和重链可以经受适当的修饰、折叠或其他翻译后修饰以形成功能性抗体。

在实施例中，多肽包括多个多肽，例如，一个多肽序列的多个拷贝、或多个不同的多肽序列。在实施例中，多个多肽通过接头氨基酸或间隔氨基酸连接。

在实施例中，多核苷酸负载物包括编码信号肽的序列。已经描述了许多信号肽序列，例如，Tat(双精氨酸易位)信号序列典型地是含有共有SRRxFLK“双精氨酸”基序的N末端肽序列，其用于将含有这种Tat信号肽的折叠蛋白易位跨过脂质双层。还参见例如，可在www[dot]signalpeptide[dot]de上公开获得的信号肽数据库(Signal Peptide Database)。信号肽也可用于将蛋白质导向特定的细胞器；参见例如，在Spdb信号肽数据库中披露的实验确定的和计算预测的信号肽，其可在proline[dot]bic[dot]nus[dot]edu[dot]sg/spdb公开获得。

在实施例中，多核苷酸负载物包括编码细胞穿透肽(CPP)的序列。已经描述了数百个CPP序列；参见例如，细胞穿透肽的数据库CPPsite，其可在crdd[dot]osdd[dot]net/raghava/cppsite/上公开获得。常用的CPP序列的实例是可以融合到CGI肽的C末端的聚精氨酸序列，例如八精氨酸或九精氨酸。

在实施例中，多核苷酸负载物包括编码自组装肽的序列；参见例如，Miki等人(2021)Nature Communications[自然通讯],21:3412,DOI:10.1038/s41467-021-23794-6。

治疗性多肽

在一些实施例中，本文所述的环状多核糖核苷酸(例如，环状多核糖核苷酸的多核糖核苷酸负载物)包括至少一个编码治疗性多肽的编码序列。治疗性多肽是当向受试者施用或在受试者中表达时提供一些治疗性益处的多肽。向受试者施用或在受试者中表达治疗性多肽可用于治疗或预防疾病、障碍、或病症或其症状。在一些实施例中，环状多核糖核苷酸编码两种、三种、四种、五种、六种、七种、八种、九种、十种或更多种治疗性多肽。

在一些实施例中，环状多核糖核苷酸包括编码治疗性蛋白的编码序列。该蛋白可以治疗有需要的受试者的疾病。在一些实施例中，治疗性蛋白可补偿有需要的受试者中突变的、表达不足的、或缺少的蛋白。在一些实施例中，治疗性蛋白可靶向有需要的受试者中的细胞、组织或病毒，与有需要的受试者中的细胞、组织或病毒相互作用或结合。

治疗性多肽可以是可从细胞分泌或定位于细胞的细胞质、细胞核或膜区室的多肽。

治疗性多肽可以是激素、神经递质、生长因子、酶(例如，氧化还原酶、代谢酶、线粒体酶、加氧酶、脱氢酶、不依赖ATP的酶、溶酶体酶、去饱和酶)、细胞因子、转录因子、抗原结合多肽(例如，抗原结合抗体或抗体样片段，如单链抗体、纳米抗体或其他含有Ig重链和/或轻链的多肽)、Fc融合蛋白、抗凝剂、血液因子、骨形态发生蛋白、干扰素、白细胞介素、溶栓剂、抗原(例如，肿瘤、病毒、或细菌抗原)、核酸酶(例如核酸内切酶，如Cas蛋白，例如Cas9)、膜蛋白(例如，嵌合抗原受体(CAR)、跨膜受体、G蛋白偶联受体(GPCR)、受体酪氨酸激酶(RTK)、抗原受体、离子通道、或膜转运蛋白)、分泌蛋白、基因编辑蛋白(例如，CRISPR-Cas、TALEN、或锌指)、或基因书写蛋白(参见例如，国际专利申请公开WO/2020/047124，将其通过引用以其全文并入本文)。

在一些实施例中，治疗性多肽是抗体，例如，全长抗体、抗体片段、或其一部分。在一些实施例中，由环状多核糖核苷酸表达的抗体可以是任何同种型的，如IgA、IgD、IgE、IgG、IgM。在一些实施例中，环状多核糖核苷酸表达抗体的一部分，如轻链、重链、Fc片段、CDR(互补决定区)、Fv片段、或Fab片段、其另外的部分。在一些实施例中，环状多核糖核苷酸表达抗体的一个或多个部分。例如，环状多核糖核苷酸可以包括多于一个编码序列，其中每一个表达抗体的一部分，并且其总和可以构成抗体。在一些情况下，环状多核糖核苷酸包括一个编码抗体重链的编码序列和另一个编码抗体轻链的编码序列。当环状多核糖核苷酸在细胞中表达时，轻链和重链可以经受适当的修饰、折叠或其他翻译后修饰以形成功能性抗体。

在一些实施例中，如本文所述制备的环状多核糖核苷酸在疗法和/或农业中用作效应子。例如，可以向受试者施用通过本文所述的方法制备的环状多核糖核苷酸(例如，在药物、兽用、或农业组合物中)。在实施例中，该受试者是脊椎动物(例如，哺乳动物、鸟、鱼、爬行动物、或两栖动物)。在实施例中，该受试者是人。在实施例中，该受试者是非人哺乳动物。在实施例中，该受试者是非人哺乳动物，如非人灵长类动物(例如，猴、猿)、有蹄类动物(例如，牛、水牛、绵羊、山羊、猪、骆驼、美洲驼、羊驼、鹿、马、驴)、肉食动物(例如，狗、猫)、啮齿动物(例如，大鼠、小鼠)、或兔类动物(例如，兔)。在实施例中，该受试者是鸟，如以下鸟类分类群的成员：鸡形目(例如鸡、火鸡、野鸡、鹌鹑)、雁形目(例如鸭、鹅)、古颚下纲(例如鸵鸟、鸸鹋)、鸽形目(例如鸽子、野鸽)、或鹦形目(例如鹦鹉)。在实施例中，该受试者是无脊椎动物，如节肢动物(例如，昆虫、蛛形纲、甲壳动物)、线虫、环节动物、蠕虫、或软体动物。在实施例中，该受试者是无脊椎动物农业有害生物或寄生在无脊椎动物或脊椎动物宿主上的无脊椎动物。在实施例中，该受试者是植物，如被子植物(其可以是双子叶植物或单子叶植物)或裸子植物(例如，针叶树、苏铁、买麻藤类植物、银杏)、蕨类、马尾植物、石松类、或苔藓植物。在实施例中，该受试者是真核藻类(单细胞或多细胞)。在实施例中，该受试者是具有农业或园艺重要性的植物，如行间作物、生产水果的植物和树木、蔬菜、树木、以及观赏植物(包括观赏花、灌木、树木、地被植物、和草坪草)。

植物修饰多肽

在一些实施例中，本文所述的环状多核糖核苷酸(例如，环状多核糖核苷酸的多核糖核苷酸负载物)包括至少一个编码植物修饰多肽的编码序列。植物修饰多肽是指能以导致植物适应度提高或降低的方式改变植物的遗传特性(例如，增加基因表达、减少基因表达或以其他方式改变DNA或RNA的核苷酸序列)、表观遗传特性、或生理或生物化学特性的多肽。在一些实施例中，环状多核糖核苷酸编码两种、三种、四种、五种、六种、七种、八种、九种、十种或更多种不同的植物修饰多肽，或一种或多种植物修饰多肽的多个拷贝。在实施例中，植物修饰多肽改变多种植物(例如，分类为多个属的植物)的遗传特性，或以更具体的方式起作用，例如，改变一种或多种具体植物(例如，植物的具体物种或具体属)的遗传特性。

本文可用的多肽的实例可以包括酶(例如，代谢重组酶、解旋酶、整合酶、RNA酶、DNA酶、或泛素化蛋白)、成孔蛋白、信号传导配体、细胞穿透肽、转录因子、受体、抗体、纳米抗体、基因编辑蛋白(例如，CRISPR-Cas核酸内切酶、TALEN、或锌指)、基因书写蛋白(参见例如，国际专利申请公开WO/2020/047124，将其通过引用以其全文并入本文)、核糖蛋白、蛋白适配体、或伴侣蛋白。

农业多肽

在一些实施例中，本文所述的环状多核糖核苷酸(例如，环状多核糖核苷酸的多核糖核苷酸负载物)包括至少一个编码农业多肽的编码序列。农业多肽是适合于农业用途的多肽。在实施例中，将农业多肽应用于植物或种子(例如，通过叶面喷雾、喷粉、注射、或种子包衣)或应用于植物的环境(例如，通过土壤浸透或颗粒土壤应用)，导致植物的适应度改变。农业多肽的实施例包括改变寄宿于植物或非人动物宿主中或寄宿于其上的一种或多种微生物的水平、活性或代谢的多肽，该改变导致该宿主的适应度提高。在一些实施例中，该农业多肽是植物多肽。在一些实施例中，该农业多肽是昆虫多肽。在一些实施例中，当与非人类脊椎动物、无脊椎动物、微生物、或植物细胞接触时，该农业多肽具有生物学作用。

在一些实施例中，环状多核糖核苷酸编码两种、三种、四种、五种、六种、七种、八种、九种、十种或更多种农业多肽，或一种或多种农业多肽的多个拷贝。

可用于农业应用的多肽的实施例包括例如细菌素、溶素、抗微生物肽、富含结节C的肽、和细菌性细胞调节肽。此类多肽可用于改变靶微生物的水平、活性或代谢以提高昆虫(如，蜜蜂和蚕)的适应度。农业上有用的多肽的实施例包括肽毒素，如由昆虫病原细菌(例如，苏云金芽孢杆菌(Bacillus thuringiensis)、发光杆菌(Photorhabdus luminescens)、嗜虫沙雷氏菌(Serratia entomophila)或嗜线虫致病杆菌(Xenorhabdus nematophila))天然产生的那些，如本领域中已知的。农业上有用的多肽的实施例包括用于控制农业上重要的有害生物或病原体的多肽(包括小肽，如环二肽或二酮哌嗪)，例如用于控制植物疾病的抗微生物多肽或抗真菌多肽，或用于控制无脊椎有害生物(如昆虫或线虫)的杀有害生物多肽(例如，杀昆虫多肽和/或杀线虫多肽)。农业上有用的多肽的实施例包括抗体、纳米抗体、及其片段，例如，保留完整抗体或纳米抗体的至少一些(例如，至少10％)特异性结合活性的抗体或纳米抗体片段。农业上有用的多肽的实施例包括转录因子，例如，植物转录因子；参见例如，列出了在模式植物拟南芥(Arabidopsis thaliana)中鉴定的转录因子家族的“AtTFDB”数据库，其可在agris-knowledgebase[dot]org/AtTFDB/上公开获得。农业上有用的多肽的实施例包括核酸酶，例如，外切核酸酶或内切核酸酶(例如，Cas核酸酶，如Cas9或Cas12a)。农业上有用的多肽的实施例进一步包括细胞穿透肽、酶(例如，淀粉酶、纤维素酶、肽酶、脂肪酶、几丁质酶)、肽信息素(例如，酵母交配信息素、无脊椎动物繁殖和幼虫信号传导信息素，参见例如Altstein(2004)Peptides[肽],25:1373-1376)。

农业上有用的多肽的实施例包括以下多肽：当在特定的植物组织、细胞、或细胞类型中表达时，这些多肽赋予所希望的特征，如所希望的与植物形态学、生理学、生长、发育、产量、产品、营养概况、疾病或有害生物抗性、和/或环境或化学耐受性相关的特征。农业上有用的多肽包括但不限于编码以下的多肽：产率蛋白(yield protein)、应激抗性蛋白、发育控制蛋白、组织分化蛋白、分生组织蛋白、环境响应性蛋白、衰老蛋白、激素响应性蛋白、脱落蛋白、源蛋白、储器蛋白(sink protein)、开花时间或开花结构控制蛋白、种子蛋白、除草剂抗性蛋白、疾病抗性蛋白、脂肪酸生物合成酶、生育酚生物合成酶、氨基酸生物合成酶、一种或多种参与次级代谢的酶(例如，参与生物碱、萜类、聚酮类和/或苯丙素类的生物合成或分解代谢的酶)、或毒素或杀有害生物蛋白(如杀昆虫或杀线虫或抗微生物蛋白)。在实施例中，农业上有用的多肽在植物内发挥作用以对植物的生理或新陈代谢产生影响，或在以植物为食的有害生物的饮食中充当杀有害生物剂发挥作用，或发挥作用以减少或预防由植物的病毒、细菌、真菌、或卵菌病原体引起的感染或疾病。

农业上有用的多肽的实施例赋予有益的农艺性状，例如除草剂耐受性，昆虫控制，改良的产率，增加的真菌或卵菌病抗性，增加的病毒抗性，增加的线虫抗性，增加的细菌疾病抗性、植物生长和发育，改良的淀粉产量，改良的油产量，高油产量，改良的脂肪酸含量，高蛋白产量，果实成熟，增加的动物和人营养、生物聚合物的产量、环境应激抗性、药用肽和可分泌肽，改善的加工性状，改善的消化率(例如，降的低毒素的水平或降低的具有“抗营养”特性的化合物(如木质素、凝集素、和植酸盐)的水平)、酶产量、风味、氮固定、杂交种子产量、纤维产量、和生物燃料产量。农业上有用的多肽的非限制性实例包括赋予以下的多肽：除草剂抗性(美国专利号6,803,501；6,448,476；6,248,876；6,225,114；6,107,549；5,866,775；5,804,425；5,633,435；和5,463,175)，增加的产率(美国专利号RE38,446；6,716,474；6,663,906；6,476,295；6,441,277；6,423,828；6,399,330；6,372,211；6,235,971；6,222,098；和5,716,837)，昆虫控制(美国专利号6,809,078；6,713,063；6,686,452；6,657,046；6,645,497；6,642,030；6,639,054；6,620,988；6,593,293；6,555,655；6,538,109；6,537,756；6,521,442；6,501,009；6,468,523；6,326,351；6,313,378；6,284,949；6,281,016；6,248,536；6,242,241；6,221,649；6,177,615；6,156,573；6,153,814；6,110,464；6,093,695；6,063,756；6,063,597；6,023,013；5,959,091；5,942,664；5,942,658，5,880,275；5,763,245；5,763,241；10,017,549；10,233,217；10,487,123；10,494,408；10,494,409；10,611,806；10,612,037；10,669,317；10,827,755；11,254,950；11,267,849；11,130,965；11,136,593；和11,180,774)，真菌疾病抗性(美国专利号6,653,280；6,573,361；6,506,962；6,316,407；6,215,048；5,516,671；5,773,696；6,121,436；6,316,407；和6,506,962)，病毒抗性(美国专利号6,617,496；6,608,241；6,015,940；6,013,864；5,850,023；和5,304,730)，线虫抗性(美国专利号6,228,992)，细菌疾病抗性(美国专利号5,516,671)、植物生长和发育(美国专利号6,723,897和6,518,488)、淀粉产量(美国专利号6,538,181；6,538,179；6,538,178；5,750,876；6,476,295)，改良的油产量(美国专利号6,444,876；6,426,447；和6,380,462)，高油产量(美国专利号6,495,739；5,608,149；6,483,008；和6,476,295)，改良的脂肪酸含量(美国专利号6,828,475；6,822,141；6,770,465；6,706,950；6,660,849；6,596,538；6,589,767；6,537,750；6,489,461；和6,459,018)，高蛋白产量(美国专利号6,380,466)，果实成熟(美国专利号5,512,466)、增加的动物和人营养(美国专利号6,723,837；6,653,530；6,5412,59；5,985,605；和6,171,640)、生物聚合物(美国专利号RE37,543；6,228,623；以及美国专利号5,958,745和6,946,588)、环境应激抗性(美国专利号6,072,103)、药物肽和可分泌肽(美国专利号6,812,379；6,774,283；6,140,075；和6,080,560)，改善的加工性状(美国专利号6,476,295)，改善的消化率(美国专利号6,531,648)，低棉子糖(美国专利号6,166,292)，工业酶产量(美国专利号5,543,576)，改善的风味(美国专利号6,011,199)、氮固定(美国专利号5,229,114)、杂交种子产量(美国专利号5,689,041)、纤维产量(美国专利号6,576,818；6,271,443；5,981,834；和5,869,720)和生物燃料产量(美国专利号5,998,700)。

分泌的多肽效应子

在一些实施例中，本文所述的环状多核糖核苷酸(例如，环状多核糖核苷酸的多核糖核苷酸负载物)包括至少一个编码分泌的多肽效应子的编码序列。可被表达的示例性分泌的多肽效应子或蛋白包括例如细胞因子和细胞因子受体，多肽激素和受体，生长因子，凝血因子，治疗性替代酶和治疗性非酶效应子，再生、修复、和纤维化因子，转化因子，和刺激细胞再生的蛋白质，其非限制性实例在本文中(例如在下表中)描述。

细胞因子和细胞因子受体：

在一些实施例中，本文所述的效应子包含表1的细胞因子或其功能变体或片段，例如，与表1中通过参考其UniProt ID披露的蛋白质序列具有至少80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、或99％同一性的蛋白质。在一些实施例中，功能变体与对应的细胞因子受体结合，其Kd比对应的野生型细胞因子在相同条件下对于相同受体的Kd高或低不超过10％、20％、30％、40％或50％。在一些实施例中，效应子包含融合蛋白，该融合蛋白包含第一区(例如，表1的细胞因子多肽或其功能变体或片段)和第二异源区。在一些实施例中，第一区是表1的第一细胞因子多肽。在一些实施例中，第二区是表1的第二细胞因子多肽，其中该第一和第二细胞因子多肽在野生型细胞中彼此形成细胞因子异二聚体。在一些实施例中，表1的多肽或其功能变体包含信号序列，例如效应子内源性的信号序列，或异源信号序列。

在一些实施例中，本文所述的效应子包含结合表1的细胞因子的抗体或其变体。在一些实施例中，抗体分子包含信号序列。

表1.示例性细胞因子和细胞因子受体

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¹序列可在万维网网站“ncbi.nlm.nih.gov/gene”上的NCBI数据库上获得，Maglott D等人Gene:a gene-centered information resource at NCBI[基因：在NCBI处以基因为中心的信息资源].Nucleic Acids Res.[核酸研究]2014.pii:gku1055。

²序列可在万维网网站“uniprot.org/uniprot/”上的Uniprot数据库上获得；UniProt:the universal protein knowledgebase in 2021.[UniProt：2021年的通用蛋白知识库]Nucleic Acids Res.[核酸研究]49:D1(2021)。

多肽激素和受体

在一些实施例中，本文所述的效应子包含表2的激素或其功能变体，例如，与表2中通过参考其UniProt ID披露的蛋白质序列具有至少80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、或99％同一性的蛋白质。在一些实施例中，功能变体与对应的受体结合，其Kd比对应的野生型激素在相同条件下对于相同受体的Kd高不超过10％、20％、30％、40％或50％。在一些实施例中，表2的多肽或其功能变体包含信号序列，例如效应子内源性的信号序列，或异源信号序列。

在一些实施例中，本文所述的效应子包含与表2的激素结合的抗体分子(例如，scFv)。在一些实施例中，本文所述的效应子包含与表2的激素受体结合的抗体分子(例如，scFv)。在一些实施例中，抗体分子包含信号序列。

表2.示例性多肽激素和受体

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¹序列可在万维网网站“ncbi.nlm.nih.gov/gene”上的NCBI数据库上获得，Maglott D等人Gene:a gene-centered information resource at NCBI[基因：在NCBI处以基因为中心的信息资源].Nucleic Acids Res.[核酸研究]2014.pii:gku1055。

²序列可在万维网网站“uniprot.org/uniprot/”上的Uniprot数据库上获得；UniProt:the universal protein knowledgebase in 2021.[UniProt：2021年的通用蛋白知识库]Nucleic Acids Res.[核酸研究]49:D1(2021)。

生长因子：

在一些实施例中，本文所述的效应子包含表3的生长因子或其功能变体，例如，与表3中通过参考其UniProt ID披露的蛋白质序列具有至少80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、或99％同一性的蛋白质。在一些实施例中，功能变体与对应的受体结合，其Kd比对应的野生型生长因子在相同条件下对于相同受体的Kd高不超过10％、20％、30％、40％或50％。在一些实施例中，表3的多肽或其功能变体包含信号序列，例如效应子内源性的信号序列，或异源信号序列。

在一些实施例中，本文所述的效应子包含与表3的生长因子结合的抗体或其变体。在一些实施例中，本文所述的效应子包含与表3的生长因子受体结合的抗体分子(例如，scFv)。在一些实施例中，抗体分子包含信号序列。

表3.示例性生长因子

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¹序列可在万维网网站“ncbi.nlm.nih.gov/gene”上的NCBI数据库上获得，Maglott D等人Gene:a gene-centered information resource at NCBI[基因：在NCBI处以基因为中心的信息资源].Nucleic Acids Res.[核酸研究]2014.pii:gku1055。

²序列可在万维网网站“uniprot.org/uniprot/”上的Uniprot数据库上获得；UniProt:the universal protein knowledgebase in 2021.[UniProt：2021年的通用蛋白知识库]Nucleic Acids Res.[核酸研究]49:D1(2021)。

凝血因子：

在一些实施例中，本文所述的效应子包含表4的多肽或其功能变体，例如，与表4中通过参考其UniProt ID披露的蛋白质序列具有至少80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、或99％同一性的蛋白质。在一些实施例中，功能变体催化与对应的野生型蛋白相同的反应，例如，催化速率比野生型蛋白低或高不少于10％、20％、30％、40％或50％。在一些实施例中，表4的多肽或其功能变体包含信号序列，例如效应子内源性的信号序列，或异源信号序列。

表4.凝血相关的因子

¹序列可在万维网网站“ncbi.nlm.nih.gov/gene”上的NCBI数据库上获得，Maglott D等人Gene:a gene-centered information resource at NCBI[基因：在NCBI处以基因为中心的信息资源].Nucleic Acids Res.[核酸研究]2014.pii:gku1055。

²序列可在万维网网站“uniprot.org/uniprot/”上的Uniprot数据库上获得；UniProt:the universal protein knowledgebase in 2021.[UniProt：2021年的通用蛋白知识库]Nucleic Acids Res.[核酸研究]49:D1(2021)。

治疗性替代酶：

在一些实施例中，本文所述的效应子包含表5的酶或其功能变体，例如，与表5中通过参考其UniProt ID披露的蛋白质序列具有至少80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、或99％同一性的蛋白质。在一些实施例中，功能变体催化与对应的野生型蛋白相同的反应，例如，催化速率比野生型蛋白低不少于或不多于10％、20％、30％、40％或50％。

表5.用于酶缺乏症的示例性酶效应子

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¹序列可在万维网网站“ncbi.nlm.nih.gov/gene”上的NCBI数据库上获得，Maglott D等人Gene:a gene-centered information resource at NCBI[基因：在NCBI处以基因为中心的信息资源].Nucleic Acids Res.[核酸研究]2014.pii:gku1055。

²序列可在万维网网站“uniprot.org/uniprot/”上的Uniprot数据库上获得；UniProt:the universal protein knowledgebase in 2021.[UniProt：2021年的通用蛋白知识库]Nucleic Acids Res.[核酸研究]49:D1(2021)。

其他非酶效应子：

在一些实施例中，本文所述的治疗性多肽包含表6的多肽或其功能变体，例如，与表6中通过参考其UniProt ID披露的蛋白质序列具有至少80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、或99％同一性的蛋白质。

表6.示例性非酶效应子和对应的适应症

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¹序列可在万维网网站“ncbi.nlm.nih.gov/gene”上的NCBI数据库上获得，Maglott D等人Gene:a gene-centered information resource at NCBI[基因：在NCBI处以基因为中心的信息资源].Nucleic Acids Res.[核酸研究]2014.pii:gku1055。

²序列可在万维网网站“uniprot.org/uniprot/”上的Uniprot数据库上获得；UniProt:the universal protein knowledgebase in 2021.[UniProt：2021年的通用蛋白知识库]Nucleic Acids Res.[核酸研究]49:D1(2021)。

再生、修复和纤维化因子

本文所述的治疗性多肽还包括例如如在表7中披露的生长因子或其功能变体，与表7中通过参考其NCBI蛋白登录号披露的蛋白序列具有至少80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、或99％同一性的蛋白质。还包括针对此类生长因子的抗体或其片段、或促进再生和修复的miRNA。

表7

¹序列可在万维网网站“ncbi.nlm.nih.gov/gene”上获得(Maglott D等人Gene:agene-centered information resource at NCBI[基因：在NCBI处以基因为中心的信息资源].Nucleic Acids Res.[核酸研究]2014.Pii:gku1055。)

²序列可在万维网网站“ncbi.nlm.nih.gov/protein/”上获得

转化因子：

本文所述的治疗性多肽还包括转化因子，例如将成纤维细胞转化为分化细胞的蛋白因子，例如在表8中披露的因子或其功能变体，例如，与表8中通过参考其NCBI蛋白登录号披露的蛋白序列具有至少80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、或99％同一性的蛋白质。

表8：指示用于通过转化成纤维细胞进行器官修复的多肽

靶标	基因登录号1	蛋白登录号2
			MESP1	基因ID：55897	EAX02066
ETS2	基因ID：2114	NP_005230
			HAND2	基因ID：9464	NP_068808
心肌素	基因ID：93649	NP_001139784
			ESRRA	基因ID：2101	AAH92470
miR1	MI0000651	n/a
			miR133	MI000450	n/a
TGFb	基因ID：7040	NP_000651.3
			WNT	基因ID：7471	NP_005421
JAK	基因ID：3716	NP_001308784
			NOTCH	基因ID：4851	XP_011517019

¹序列可在万维网网站“ncbi.nlm.nih.gov/gene”上获得(Maglott D等人Gene:agene-centered information resource at NCBI[基因：在NCBI处以基因为中心的信息资源].Nucleic Acids Res.[核酸研究]2014.Pii:gku1055。)

²序列可在万维网网站“ncbi.nlm.nih.gov/protein/”上获得

刺激细胞再生的蛋白质：

本文所述的治疗性多肽还包括刺激细胞再生的蛋白质，例如在表9中披露的蛋白质或其功能变体，例如，与表9中通过参考其NCBI蛋白登录号披露的蛋白质序列具有至少80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、或99％同一性的蛋白质。

表9

靶标	基因登录号1	蛋白登录号2
			MST1	NG_016454	NP_066278
STK30	基因ID：26448	NP_036103
			MST2	基因ID：6788	NP_006272
SAV1	基因ID：60485	NP_068590
			LATS1	基因ID：9113	NP_004681
LATS2	基因ID：26524	NP_055387
			YAP1	NG_029530	NP_001123617
CDKN2b	NG_023297	NP_004927
			CDKN2a	NG_007485	NP_478102

¹序列可在万维网网站“ncbi.nlm.nih.gov/gene”上获得(Maglott D等人Gene:agene-centered information resource at NCBI[基因：在NCBI处以基因为中心的信息资源].Nucleic Acids Res.[核酸研究]2014.Pii:gku1055。)

²序列可在万维网网站“ncbi.nlm.nih.gov/protein/”上获得

在一些实施例中，环状多核糖核苷酸包含一个或多个表达序列(编码序列)，并且被配置用于在受试者体内细胞中持续表达。在一些实施例中，环状多核糖核苷酸被配置为使得一个或多个表达序列在细胞中在较晚的时间点的表达等于或高于较早的时间点的表达。在此类实施例中，一个或多个表达序列的表达可以维持在相对稳定的水平或可以随时间增加。表达序列的表达可以在延长的时间段内相对稳定。例如，在一些情况下，一个或多个表达序列在细胞中在至少7、8、9、10、12、14、16、18、20、22、23或更多天的时间段内的表达不会减少50％、45％、40％、35％、30％、25％、20％、15％、10％或5％。在一些情况下，在一些情况下，一个或多个表达序列在细胞中在至少7、8、9、10、12、14、16、18、20、22、23或更多天的表达维持在变化不超过50％、45％、40％、35％、30％、25％、20％、15％、10％或5％的水平。

内部核糖体进入位点(IRES)

在一些实施例中，本文所述的环状多核糖核苷酸(例如，环状多核糖核苷酸的多核糖核苷酸负载物)包括一个或多个内部核糖体进入位点(IRES)元件。在一些实施例中，IRES与一个或多个编码序列可操作地连接(例如，每个IRES与一个或多个编码序列可操作地连接)。在实施例中，IRES位于异源启动子与编码序列的5'端之间。

包括在环状多核糖核苷酸中的合适的IRES元件包括能够接合真核核糖体的RNA序列。在一些实施例中，IRES元件是至少约5nt、至少约8nt、至少约9nt、至少约10nt、至少约15nt、至少约20nt、至少约25nt、至少约30nt、至少约40nt、至少约50nt、至少约100nt、至少约200nt、至少约250nt、至少约350nt、或至少约500nt。

在一些实施例中，IRES元件衍生自生物体的DNA，该生物体包括但不限于病毒、哺乳动物和果蝇。此类病毒DNA可以衍生自但不限于小核糖核酸病毒互补DNA(cDNA)、脑心肌炎病毒(EMCV)cDNA和脊髓灰质炎病毒cDNA。在一个实施例中，衍生IRES元件的果蝇DNA包括但不限于来自黑腹果蝇(Drosophila melanogaster)的触角足基因。

在一些实施例中，如果存在，IRES序列是以下病毒的IRES序列：桃拉综合征(Taurasyndrome)病毒、锥猎蝽(Triatoma)病毒、泰勒氏脑脊髓炎病毒(Theiler'sencephalomyelitis virus)、猿猴病毒40、红火蚁(Solenopsis invicta)病毒1、禾谷缢管蚜(Rhopalosiphum padi)病毒、网状内皮组织增生病毒、福尔曼脊髓灰质炎病毒(fumanpoliovirus)1、普劳提娅失速肠病毒(Plautia stall intestine virus)、克什米尔蜜蜂病毒、人鼻病毒2、假桃病毒叶蝉病毒-1(Homalodisca coagulata virus-1)、人类免疫缺陷病毒1型、假桃病毒叶蝉病毒-1、Himetobi P病毒、丙型肝炎病毒、甲型肝炎病毒、GB型肝炎病毒、口蹄疫病毒、人类肠道病毒71、马鼻炎病毒、茶尺蠖(Ectropis obliqua)小核糖核酸样病毒、脑心肌炎病毒(EMCV)、果蝇C病毒、十字花科烟草病毒、蟋蟀麻痹病毒、牛病毒性腹泻病毒1、黑皇后细胞病毒、蚜虫致死性麻痹病毒、禽脑脊髓炎病毒、急性蜜蜂麻痹病毒、木槿褪绿环斑病毒(Hibiscus chlorotic ringspot virus)、经典猪瘟病毒、人FGF2、人SFTPA1、人AML1/RUNX1、果蝇触角足、人AQP4、人AT1R、人BAG-l、人BCL2、人BiP、人c-IAPl、人c-myc、人eIF4G、小鼠NDST4L、人LEF1、小鼠HIF1α、人n.myc、小鼠Gtx、人p27kipl、人PDGF2/c-sis、人p53、人Pim-l、小鼠Rbm3、果蝇reaper、犬Scamper、果蝇Ubx、人UNR、小鼠UtrA、人VEGF-A、人XIAP、萨里病毒(Salivirus)、科萨病毒(Cosavirus)、副肠孤病毒(Parechovirus)、果蝇无毛、酿酒酵母(S.cerevisiae)TFIID、酿酒酵母YAP1、人c-src、人FGF-l、猿猴小核糖核酸病毒、芜菁皱缩病毒(Turnip crinkle virus)、eIF4G的适配体、柯萨奇病毒(Coxsackievirus)B3(CVB3)或柯萨奇病毒A(CVB1/2)。在又另一实施例中，IRES是柯萨奇病毒B3(CVB3)的IRES序列。在另外的实施例中，IRES是脑心肌炎病毒的IRES序列。

在一些实施例中，环状多核糖核苷酸包括侧接至少一个(例如，2、3、4、5或更多个)编码序列的至少一个IRES。在一些实施例中，IRES侧接至少一个(例如，2、3、4、5或更多个)编码序列的两侧。在一些实施例中，环状多核糖核苷酸在每个编码序列的一侧或两侧上包括一个或多个IRES序列，导致所得的一个或多个肽和/或一个或多个多肽的隔开。

调节元件

在一些实施例中，本文所述的环状多核糖核苷酸(例如，环状多核糖核苷酸的多核糖核苷酸负载物)包括一个或多个调节元件。在一些实施例中，环状多核糖核苷酸包括调节元件，例如修饰环状多核糖核苷酸内编码序列的表达的序列。

调节元件可以包括与编码表达产物的编码序列相邻定位的序列。调节元件可以可操作地连接至相邻的序列。与不存在调节元件时表达的产物的量相比，调节元件可以增加表达的产物的量。另外，一个调节元件可以增加串联连接的多个编码序列表达的产物的量。因此，一个调节元件可以增强一个或多个编码序列的表达。多个调控元件是本领域普通技术人员熟知的。

在一些实施例中，调节元件是翻译调节子。翻译调节子可以调节环状多核糖核苷酸中编码序列的翻译。翻译调节子可以是翻译增强子或翻译抑制子。在一些实施例中，环状多核糖核苷酸包括与至少一种编码序列相邻的至少一种翻译调节子。在一些实施例中，环状多核糖核苷酸包括与每个编码序列相邻的翻译调节子。在一些实施例中，翻译调节子存在于每个编码序列的一侧或两侧，导致例如一个或多个肽和/或一个或多个多肽的编码产物的隔开。

在一些实施例中，多核糖核苷酸负载物包括至少一种包括调节RNA的非编码RNA序列。在一些实施例中，非编码RNA序列反式调节靶序列。在一些实施例中，靶序列包括受试者基因组的基因的核苷酸序列，其中该受试者基因组是脊椎动物、无脊椎动物、真菌、植物、或微生物的基因组。在实施例中，受试者基因组是人、非人哺乳动物、爬行动物、鸟、两栖动物、或鱼的基因组。在实施例中，受试者基因组是昆虫、蛛形纲、线虫、或软体动物的基因组。在实施例中，受试者基因组是单子叶植物、双子叶植物、裸子植物、或真核藻类的基因组。在实施例中，受试者基因组是细菌、真菌、或古细菌的基因组。在实施例中，靶序列包含在多个受试者基因组中(例如，在给定属内的多个物种的基因组中)发现的基因的核苷酸序列。

在一些实施例中，该至少一个非编码RNA序列对靶序列的反式调节是靶序列表达的上调。在一些实施例中，至少一个非编码RNA序列对靶序列的反式调节是靶序列表达的下调。在一些实施例中，至少一个非编码RNA序列对靶序列的反式调节是靶序列表达的可诱导表达。例如，可诱导表达可以通过环境条件(例如，光、温度、水、或营养可用性)、通过昼夜节律、通过内源性或外源性提供的诱导剂(例如，小RNA、配体)进行诱导。在一些实施例中，至少一个非编码RNA序列可被原核系统的生理状态(例如，生长期、转录调节状态、和细胞内代谢物浓度)诱导。例如，可以提供外源性提供的配体(例如，阿拉伯糖、鼠李糖、或IPTG)以使用诱导型启动子(例如，PBAD、Prha、和lacUV5)诱导表达。

在一些实施例中，至少一个非编码RNA序列包括选自由以下组成的组的调节RNA：小干扰RNA(siRNA)或其前体、双链RNA(dsRNA)或至少部分双链RNA(例如，包含一个或多个茎环的RNA)；发夹RNA(hpRNA)、微小RNA(miRNA)或其前体(例如pre-miRNA或pri-miRNA)；相位小干扰RNA(phasiRNA)或其前体；异染色质小干扰RNA(hcsiRNA)或其前体；以及天然反义短干扰RNA(natsiRNA)或其前体。在一些实施例中，至少一个非编码RNA序列包括指导RNA(gRNA)或其前体、或可识别且可被指导RNA结合的异源性RNA序列。在一些实施例中，调节元件是微小RNA(miRNA)或miRNA结合位点、或siRNA或siRNA结合位点。

在一些实施例中，本文所述的环状多核糖核苷酸(例如，环状多核糖核苷酸的多核糖核苷酸负载物)包括至少一种农业上有用的非编码RNA序列，当提供给特定的植物组织、细胞、或细胞类型时，该非编码RNA序列赋予所希望的特征，如所希望的与植物形态学、生理学、生长、发育、产量、产品、营养特性、疾病或有害生物抗性、和/或环境或化学耐受性相关的特征。在实施例中，农业上有用的非编码RNA序列引起内源性基因的基因表达的靶向调节，例如经由反义(参见例如美国专利号5,107,065)；抑制性RNA(“RNAi”，包括经由miRNA、siRNA、反式作用siRNA、和相位sRNA介导的机制调节基因表达，例如，如在公开的申请US2006/0200878和US2008/0066206中以及在美国专利申请序列号11/974,469中所述)；或共抑制介导的机制。在实施例中，农业上有用的非编码RNA序列是催化RNA分子(例如，核酶或核糖开关；参见例如，US2006/0200878)，其经工程化以切割所希望的内源性mRNA产物。农业上有用的非编码RNA序列是本领域已知的，例如，调节植物细胞中的基因表达的反义定向RNA披露于美国专利号5,107,065和5,759,829中，以及调节植物中的基因表达的正义定向RNA披露于美国专利号5,283,184和5,231,020中。向植物细胞提供农业上有用的非编码RNA也可用于调节与植物相关的生物体中的基因表达，该生物体例如植物的无脊椎有害生物或感染植物的微生物病原体(例如，细菌、真菌、卵菌、或病毒)、或与植物的无脊椎有害生物相关(例如，共生)的微生物。

翻译起始序列

在一些实施例中，本文所述的环状多核糖核苷酸(例如，环状多核糖核苷酸的多核糖核苷酸负载物)包括至少一个翻译起始序列。在一些实施例中，环状多核糖核苷酸包括与编码序列可操作地连接的翻译起始序列。

在一些实施例中，环状多核糖核苷酸编码多肽并且可以包括翻译起始序列，例如起始密码子。在一些实施例中，翻译起始序列包括科扎克(Kozak)或夏因-达尔加诺(Shine-Dalgarno)序列。在一些实施例中，环状多核糖核苷酸包括与编码序列相邻的翻译起始序列，例如科扎克序列。在一些实施例中，翻译起始序列是非编码起始密码子。在一些实施例中，翻译起始序列(例如，科扎克序列)存在于每个编码序列的一侧或两侧，导致编码产物的隔开。在一些实施例中，环状多核糖核苷酸包括与编码序列相邻的至少一个翻译起始序列。在一些实施例中，翻译起始序列为环状多核糖核苷酸提供构象柔性。在一些实施例中，翻译起始序列基本上在环状多核糖核苷酸的单链区域内。

环状多核糖核苷酸可以包括多于1个起始密码子，如但不限于至少2个、至少3个、至少4个、至少5个、至少6个、至少7个、至少8个、至少9个、至少10个、至少11个、至少12个、至少13个、至少14个、至少15个、至少16个、至少17、至少18个、至少19个、至少20个、至少25个、至少30个、至少35个、至少40个、至少50个、至少60个或多于60个起始密码子。翻译可以在第一起始密码子上起始或可以在第一起始密码子的下游起始。

在一些实施例中，环状多核糖核苷酸可以起始于不是第一起始密码子的密码子，例如AUG。环状多核糖核苷酸的翻译可以起始于替代的翻译起始序列，如但不限于ACG、AGG、AAG、CTG/CUG、GTG/GUG、ATA/AUA、ATT/AUU、TTG/UUG。在一些实施例中，翻译在例如应激诱导条件的选择性条件下在替代的翻译起始序列处开始。作为非限制性实例，环状多核糖核苷酸的翻译可以在替代的翻译起始序列(如ACG)处开始。作为另一非限制性实例，环状多核糖核苷酸翻译可以在替代的翻译起始序列CTG/CUG处开始。作为又另一非限制性实例，环状多核糖核苷酸翻译可以在替代的翻译起始序列GTG/GUG处开始。作为又另一非限制性实例，环状多核糖核苷酸可以在重复相关的非AUG(RAN)序列(如包括短段的重复RNA(例如，CGG、GGGGCC、CAG、CTG)的替代的翻译起始序列)处开始翻译。

终止元件

在一些实施例中，本文所述的环状多核糖核苷酸(例如，环状多核糖核苷酸的多核糖核苷酸负载物)包括至少一个终止元件。在一些实施例中，环状多核糖核苷酸包括与编码序列可操作地连接的终止元件。

在一些实施例中，环状多核糖核苷酸包括一个或多个编码序列，并且每个编码序列可以具有或可以不具有终止元件。在一些实施例中，环状多核糖核苷酸包括一个或多个编码序列，并且编码序列缺少终止元件，使得环状多核糖核苷酸被连续翻译。终止元件的排除可导致滚环翻译或编码产物的连续表达。

非编码序列

在一些实施例中，本文所述的环状多核糖核苷酸(例如，环状多核糖核苷酸的多核糖核苷酸负载物)包括一个或多个非编码序列，例如，不编码多肽的表达的序列。在一些实施例中，该环状多核糖核苷酸包括两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个、九个、十个或更多个非编码序列。在一些实施例中，环状多核糖核苷酸不编码多肽编码序列。

非编码序列可以是天然的或合成的序列。在一些实施例中，非编码序列可以改变细胞行为，如例如淋巴细胞行为。在一些实施例中，该非编码序列对于细胞RNA序列是反义的。

在一些实施例中，环状多核糖核苷酸包含调节核酸，该调节核酸是RNA或RNA样结构，典型地在约5-500个碱基对(bp)之间(取决于特定的RNA结构(例如，miRNA5-30bp，lncRNA200-500bp))，并且可以具有与细胞内表达的靶基因中的编码序列相同(互补)或几乎相同(基本上互补)的核碱基序列。在实施例中，环状多核糖核苷酸包括编码RNA前体的调节核酸，该RNA前体可以被加工成较小的RNA，例如miRNA前体(其可以是从约50至约1000bp)可以被加工成较小的miRNA中间体或成熟的miRNA。

长非编码RNA(lncRNA)定义为长于100个核苷酸的非蛋白编码转录物。许多lncRNA被表征为组织特异性。以与附近的蛋白编码基因相反的方向转录的反向型lncRNA占大比例(例如，占哺乳动物基因组中总lncRNA的约20％)并可能会调节附近基因的转录。在一个实施例中，本文提供的环状多核糖核苷酸包括lncRNA的正义链。在一个实施例中，本文提供的环状多核糖核苷酸包括lncRNA的反义链。

在实施例中，环状多核糖核苷酸编码与内源性基因或基因产物(例如，mRNA)的全部或与其至少一个片段基本上互补或完全互补的调节核酸。在实施例中，调节核酸与内含子和外显子之间的边界处、在外显子之间的内部、或与外显子相邻的序列互补，从而防止特定基因的新生成的核RNA转录物成熟化为用于转录的mRNA。与特定基因互补的调节核酸可与该基因的mRNA杂交并防止其翻译。反义调节核酸可以是DNA、RNA或其衍生物或杂交体。在一些实施例中，调节核酸包括可以与参与内源性基因或外源性基因的表达调节的蛋白结合的蛋白结合位点。

在实施例中，环状多核糖核苷酸编码至少一个与目的转录物杂交的调节RNA，其中该调节RNA的长度是约5与30个之间的核苷酸，约10与30个之间的核苷酸，或约11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、或多于30个核苷酸。在实施例中，调节核酸与靶向转录物的序列同一性程度是至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、或至少95％。

在实施例中，环状多核糖核苷酸编码与靶基因的约5至约25个连续的核苷酸相同的微小RNA(miRNA)分子，或编码该miRNA的前体。在一些实施例中，该miRNA具有允许miRNA识别特定靶mRNA并与其结合的序列。在实施例中，miRNA序列以二核苷酸AA开始，包括含量为约30％-70％(约30％-60％、约40％-60％、或约45％-55％)的GC，并且与除了待引入其中的受试者(例如，哺乳动物)的基因组中的靶标之外的任何核苷酸序列不具有高同一性百分比，例如，如通过标准BLAST检索确定的。

在一些实施例中，环状多核糖核苷酸包括至少一种miRNA(或miRNA前体)，例如2种、3种、4种、5种、6种或更多种miRNA或miRNA前体。在一些实施例中，环状多核糖核苷酸包括编码miRNA(或其前体)的序列，该miRNA(或其前体)与靶序列具有至少约75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、或99％或100％核苷酸互补性。

siRNA和shRNA类似于内源性微小RNA(miRNA)基因的加工途径中的中间体。在一些实施例中，siRNA可以充当miRNA，并且反之亦然。像siRNA一样，微小RNA使用RISC来下调靶基因，但与siRNA不同，大多数动物miRNA都不切割mRNA。相反，miRNA通过翻译抑制或聚A去除和mRNA降解来降低蛋白输出。已知的miRNA结合位点位于mRNA3'UTR内；miRNA似乎靶向与从miRNA 5'端的第2-8个核苷酸几乎完全互补的位点。该区域称为种子区域。因为成熟siRNA和miRNA是可互换的，所以外源性siRNA下调具有与siRNA的种子互补性的mRNA。

已知miRNA序列的列表可在研究组织维护的数据库中找到，这些组织如维康信托基金会桑格研究院(Wellcome Trust Sanger Institute)、宾夕法尼亚生物信息学中心(Penn Center for Bioinformatics)、斯隆凯特灵癌症中心(Memorial Sloan KetteringCancer Center)和欧洲分子生物学实验室(European Molecule Biology Laboratory)等。已知的有效的siRNA序列和同源结合位点也很好地呈现在相关文献中。通过本领域已知的技术，RNAi分子易于设计和产生。此外，存在增加发现有效且特异性的序列基序的机会的计算工具。

植物miRNA、它们的前体、和它们的靶基因是本领域已知的；参见例如，美国专利号8,697,949、8,946,511、和9,040,774，并且还参见可在miRbase[dot]org获得的可公开获得的微小RNA数据库“miRbase”。天然存在的miRNA或miRNA前体序列可以被工程化或对其序列进行修饰，以使所得的成熟miRNA识别所选的靶序列并与其结合；工程化植物和动物miRNA和miRNA前体两者的实例已经得到充分表明；参见例如，美国专利号8,410,334、8,536,405和9,708,620。所有引用的专利以及其中披露的miRNA和miRNA前体序列均通过引用并入本文。

间隔子序列

在一些实施例中，本文所述的环状多核糖核苷酸包括一个或多个间隔子序列。间隔子是指提供两个相邻多核苷酸区之间的距离和/或灵活性的任何邻接的(例如，一个或多个核苷酸的)核苷酸序列。间隔子可以存在于本文所述的任一核酸元件之间。间隔子也可存在于本文所述的核酸元件内。

例如，其中核酸包括以下元件中的任何两种或更多种：(A)5'自切割核酶；(B)5'退火区；(C)多核糖核苷酸负载物；(D)3'退火区；和/或(E)3'自切割核酶；间隔子区可以存在于任何一种或多种元件之间。如本文所述，元件(A)、(B)、(C)、(D)和/或(E)中的任一者可以通过间隔子序列隔开。例如，间隔子可以在(A)与(B)之间、(B)与(C)之间、(C)与(D)之间、和/或(D)与(E)之间。

间隔子也可存在于本文所述的核酸区内。例如，多核苷酸负载物区可以包括一个或多个间隔子。间隔子可以隔开多核苷酸负载物内的区域。

在一些实施例中，间隔子序列的长度可以是例如，至少5个核苷酸、至少10个核苷酸、至少15个核苷酸、或至少30个核苷酸。在一些实施例中，间隔子序列的长度是至少7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、25或30个核苷酸。在一些实施例中，间隔子序列的长度是不多于100、90、80、70、60、50、45、40、35或30个核苷酸。在一些实施例中，间隔子序列的长度是在20与50个核苷酸之间。在某些实施例中，间隔子序列的长度是10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49或50个核苷酸。

在一些实施例中，在5'退火区与多核糖核苷酸负载物之间，间隔子区的长度可以是在5与1000、5与900、5与800、5与700、5与600、5与500、5与400、5与300、5与200、5与100、100与200、100与300、100与400、100与500、100与600、100与700、100与800、100与900、或100与1000个多核糖核苷酸之间。间隔子序列可以是聚A序列、聚A-C序列、聚C序列、或聚U序列。

间隔子序列可用于将IRES与相邻的结构元件隔开，以维持IRES或相邻的元件的结构和功能。可以根据IRES将间隔子特异性工程化。在一些实施例中，可以利用RNA折叠计算机软件(如RNAFold)指导载体的各种元件(包括间隔子)的设计。

在一些实施例中，多核糖核苷酸包括5'间隔子序列(例如，在5'退火区与多核糖核苷酸负载物之间)。在一些实施例中，5'间隔子序列的长度是至少10个核苷酸。在另一实施例中，5'间隔子序列的长度是至少15个核苷酸。在另外的实施例中，5'间隔子序列的长度是至少30个核苷酸。在一些实施例中，5'间隔子序列的长度是至少7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、25或30个核苷酸。在一些实施例中，5'间隔子序列的长度是不多于100、90、80、70、60、50、45、40、35或30个核苷酸。在一些实施例中，5'间隔子序列的长度是在20与50个核苷酸之间。在某些实施例中，5'间隔子序列的长度是10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49或50个核苷酸。在一个实施例中，5'间隔子序列是聚A序列。在另一实施例中，5'间隔子序列是聚A-C序列。

在一些实施例中，多核糖核苷酸包括3'间隔子序列(例如，在3'退火区与多核糖核苷酸负载物之间)。在一些实施例中，3'间隔子序列的长度是至少10个核苷酸。在另一实施例中，3'间隔子序列的长度是至少15个核苷酸。在另外的实施例中，3'间隔子序列的长度是至少30个核苷酸。在一些实施例中，3'间隔子序列的长度是至少7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、25或30个核苷酸。在一些实施例中，3'间隔子序列的长度是不多于100、90、80、70、60、50、45、40、35或30个核苷酸。在一些实施例中，3'间隔子序列的长度是在20与50个核苷酸之间。在某些实施例中，3'间隔子序列的长度是10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49或50个核苷酸。在一个实施例中，3'间隔子序列是聚A序列。在另一实施例中，5'间隔子序列是聚A-C序列。

在一个实施例中，多核糖核苷酸包括5'间隔子序列，但不包括3'间隔子序列。在另一实施例中，多核糖核苷酸包括3'间隔子序列，但不包括5'间隔子序列。在另一实施例中，多核糖核苷酸既不包括5'间隔子序列，又不包括3'间隔子序列。在另一实施例中，多核糖核苷酸不包括IRES序列。在另外的实施例中，多核糖核苷酸不包括IRES序列、5'间隔子序列或3'间隔子序列。

在一些实施例中，间隔子序列包括至少3个核糖核苷酸、至少4个核糖核苷酸、至少5个核糖核苷酸、至少约8个核糖核苷酸、至少约10个核糖核苷酸、至少约12个核糖核苷酸、至少约15个核糖核苷酸、至少约20个核糖核苷酸、至少约25个核糖核苷酸、至少约30个核糖核苷酸、至少约40个核糖核苷酸、至少约50个核糖核苷酸、至少约60个核糖核苷酸、至少约70个核糖核苷酸、至少约80个核糖核苷酸、至少约90个核糖核苷酸、至少约100个核糖核苷酸、至少约120个核糖核苷酸、至少约150个核糖核苷酸、至少约200个核糖核苷酸、至少约250个核糖核苷酸、至少约300个核糖核苷酸、至少约400个核糖核苷酸、至少约500个核糖核苷酸、至少约600个核糖核苷酸、至少约700个核糖核苷酸、至少约800个核糖核苷酸、至少约900个核糖核苷酸、或至少约100个核糖核苷酸。

连接酶

RNA连接酶是一类利用ATP催化在RNA分子的末端之间形成磷酸二酯键的酶。内源性RNA连接酶修复植物、动物、人、细菌、古细菌、和真菌细胞以及病毒中单链、双链体化RNA中的核苷酸断裂。

本披露提供了一种在原核系统中通过使线性RNA(例如，如本文所述的连接酶相容的线性RNA)与RNA连接酶接触来产生环状RNA的方法。

在一些实施例中，该RNA连接酶对该原核细胞是内源的。在一些实施例中，该RNA连接酶对该原核细胞是异源的。在一些实施例中，通过在原核细胞中将外源多核苷酸转录成编码该RNA连接酶的mRNA、并翻译编码该RNA连接酶的mRNA，向该原核细胞提供该RNA连接酶。在一些实施例中，通过在原核细胞中将内源多核苷酸转录成编码该RNA连接酶的mRNA、并翻译编码该RNA连接酶的mRNA，向该原核细胞提供该RNA连接酶；例如，可以向该原核细胞提供编码对该原核细胞内源的RNA连接酶的载体，用于在该原核细胞中过表达。在一些实施例中，向该原核细胞提供作为外源蛋白的RNA连接酶。

在一些实施例中，该RNA连接酶是tRNA连接酶或其变体。在一些实施例中，该tRNA连接酶是T4连接酶、RtcB连接酶、TRL-1连接酶、和Rnl1连接酶、Rnl2连接酶、LIG1连接酶、LIG2连接酶、PNK/PNL连接酶、PF0027连接酶、thpR ligT连接酶、ytlPor连接酶、或其变体(例如，保留连接酶功能的突变性变体)。

在一些实施例中，该RNA连接酶是植物RNA连接酶或其变体。在一些实施例中，该RNA连接酶是叶绿体RNA连接酶或其变体。在实施例中，该RNA连接酶是真核藻类RNA连接酶或其变体。在一些实施例中，该RNA连接酶是来自古细菌的RNA连接酶或其变体。在一些实施例中，该RNA连接酶是细菌RNA连接酶或其变体。在一些实施例中，该RNA连接酶是真核RNA连接酶或其变体。在一些实施例中，该RNA连接酶是病毒RNA连接酶或其变体。在一些实施例中，该RNA连接酶是线粒体RNA连接酶或其变体。

在一些实施例中，该RNA连接酶是在表10中描述的连接酶或其变体。在一些实施例中，该RNA连接酶包括选自由SEQ ID NO:572-588组成的组的氨基酸序列。

表10：示例性tRNA连接酶

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产生方法

本披露还提供了在原核系统中产生环状RNA的方法。图2是描绘用于从前体线性RNA产生环状RNA的示例性过程的示意图。在一些实施例中，向原核细胞提供外源性多核糖核苷酸(例如，本文所述的线性多核糖核苷酸或编码用于转录本文所述的线性多核糖核苷酸的DNA分子)。可在该原核细胞中将该线性多核糖核苷酸从向该原核细胞提供的外源性DNA分子转录。可在该原核细胞中将该线性多核糖核苷酸从向该原核细胞提供的外源性重组DNA分子瞬时转录。在一些实施例中，该外源性DNA分子不整合到该原核细胞的基因组中。在一些实施例中，在该原核细胞中将该线性多核糖核苷酸从并入该原核细胞的基因组中的重组DNA分子转录。

在一些实施例中，该DNA分子包括与编码该线性多核糖核苷酸的DNA可操作地连接的异源性启动子。该异源性启动子可以是T7启动子、T6启动子、T4启动子、T3启动子、SP3启动子、或SP6启动子。

在细胞中表达时，5'和3'自切割核酶各自经历切割反应，从而产生连接酶相容的末端(例如，5'-羟基和2',3'-环磷酸)并且5'和3'退火区使游离端靠近。因此，前体线性多核糖核苷酸产生连接酶相容的多核糖核苷酸，其可以被连接(例如，在连接酶存在下)以产生环状多核糖核苷酸。

线性RNA在原核系统中从DNA模板转录(例如，体内转录)、前体线性RNA自切割以形成连接酶相容的线性RNA、以及连接酶相容的线性RNA连接以产生环状RNA在原核细胞中进行。在一些实施例中，该线性多核糖核苷酸在原核系统中的转录(例如，体内转录)在具有内源性连接酶的原核细胞中进行。在一些实施例中，该内源性连接酶过表达。在一些实施例中，该线性多核糖核苷酸在原核系统中的转录(例如，体内转录)在具有异源性连接酶的原核细胞中进行。

在一些实施例中，该原核细胞包括RNA连接酶，例如本文所述的RNA连接酶。在一些实施例中，该RNA连接酶对该原核细胞是内源的。在一些实施例中，该RNA连接酶对该原核细胞是异源的。在该RNA连接酶对该细胞是异源的情况下，该RNA连接酶可以作为外源性RNA连接酶向该细胞提供，或者可以由向该细胞提供的多核苷酸编码。在该RNA连接酶对该细胞是内源的情况下，通过向该细胞提供编码该RNA连接酶的表达的多核糖核苷酸，可以使该RNA连接酶在该细胞中过表达。

包括本文所述的多核糖核苷酸的原核细胞可以是细菌细胞或古细菌细胞。例如，该原核细胞可以是天然细菌群体的成员。在一些实施例中，该原核细胞是与真核生物体相关的微生物组的成员。在一些实施例中，真核生物体是人。在一些实施例中，真核生物体是非人脊椎动物。在一些实施例中，真核生物体是无脊椎动物。在一些实施例中，真核生物体是真菌。在一些实施例中，真核生物体是植物。在一些实施例中，真核生物体是植物的无脊椎有害生物。在一些实施例中，真核生物体是植物病原体的无脊椎动物载体。该真核生物体可以是被子植物，并且该原核细胞可以包括与植物的根或与植物生长的土壤或生长培养基的微生物群落相关的微生物组的成员。该真核生物体可以是被子裸子植物，并且该原核细胞可以包括与植物的根(根圈)或与植物生长的土壤或生长培养基的微生物群落相关的微生物组的成员。该真核生物体可以是被子植物，并且该原核细胞可以包括与植物地上组织相关的微生物组的成员。该真核生物体可以是裸子植物，并且该原核细胞可以包括与植物地上组织相关的微生物组的成员。在一些实施例中，该真核生物体是人，并且该原核细胞包括与人的细胞、组织、或器官相关的微生物组的成员。在一些实施例中，该真核生物体是非人脊椎动物，并且该原核细胞包括与非人脊椎动物的细胞、组织、或器官相关的微生物组的成员。在一些实施例中，该真核生物体是无脊椎动物，并且该原核细胞包括与无脊椎动物的细胞、组织、或器官相关的微生物组的成员。在一些实施例中，该真核生物体是人，并且该原核细胞包含与人的消化系统的细胞或组织相关的微生物组的成员。在一些实施例中，该真核生物体是非人脊椎动物，并且该原核细胞包括与非人脊椎动物的消化系统的细胞或组织相关的微生物组的成员。在一些实施例中，该真核生物体是无脊椎动物，并且该原核细胞包含与无脊椎动物的消化系统的细胞或组织相关的微生物组的成员。在一些实施例中，该真核生物体是昆虫，并且该原核细胞包括与昆虫的细菌细胞相关的微生物组的成员。

例如，包括本文所述的多核糖核苷酸的原核细胞可以是大肠杆菌、嗜盐古细菌(例如，沃氏嗜盐富饶菌(Haloferax volcaniii))、鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)、蓝细菌(例如，细长聚球藻(Synechococcus elongatus)、螺旋藻属(Spirulina)(节旋藻属(Arthrospira))物种和集胞藻属物种(Synechocystis spp.))、链霉菌属(Streptomyces)、放线菌(例如，野村菌属(Nonomuraea)、北里孢菌属(Kitasatospora)或高温双岐菌属(Thermobifida))、芽孢杆菌属物种(Bacillus spp.)(例如，枯草芽孢杆菌(Bacillussubtilis)、炭疽芽孢杆菌(Bacillus anthracis)、蜡样芽孢杆菌(Bacillus cereus))、β变形杆菌(例如，伯克霍尔德氏菌属(Burkholderia))、α变形杆菌(例如，农杆菌属(Agrobacterium))、假单胞菌属(例如，恶臭假单胞菌(Pseudomonas putida))、和肠杆菌。

这些原核细胞可以在培养基中生长。这些原核细胞可以包含在生物反应器中。

纯化的方法

本披露提供了从原核细胞纯化环状多核糖核苷酸的方法。例如，实验室规模研究的纯化可以通过以下进行：添加苯酚、氯仿和异戊醇(西格玛公司(Sigma)：P3803)，以及涡旋以破坏原核细胞并将RNA(例如，从线性前体RNA形成的环化RNA分子)提取到水相中。将水相用氯仿洗涤以去除残余的苯酚，并通过添加乙醇从水相沉淀RNA。可以将含有RNA的沉淀物风干并重悬于例如无核酸酶的水或水性缓冲液中。

生物反应器

本文所述的原核细胞可以包含在生物反应器中。在一些实施例中，本文所述的任何产生环状多核糖核苷酸的方法都可以在生物反应器中进行。生物反应器是指在其中进行涉及生物体或衍生自此类生物体的生物化学活性物质的化学过程的任何容器。特别地，生物反应器可以与本文所述的使用原核系统用于产生环状RNA的方法相容。用于生物反应器的容器可以包括培养瓶、皿、或袋，其可以是单次使用的(一次性的)、可高压灭菌的、或可消毒的。生物反应器可以由玻璃制成，或者其也可以是基于聚合物的，或者其也可以由其他材料制成。

生物反应器的实例包括但不限于搅拌罐(例如，充分混合的)生物反应器和管式(例如，活塞流)生物反应器、气升式生物反应器、膜搅拌罐、旋转过滤搅拌罐、振动混合器、流化床反应器、和膜生物反应器。操作生物反应器的模式可以是间歇的或连续的过程。当试剂和产物流连续地进出系统时，生物反应器是连续的。间歇式生物反应器可以有连续的再循环流，但没有连续的试剂进料或产物收获。间歇式生物反应器可以具有连续的再循环流，但没有连续的营养物进料或产物收获。对于间歇性收获和分批进料(fed-batch或batchfed)培养，将细胞以较低的活细胞密度接种在与分批培养基的组成相似的培养基中。允许细胞在基本上没有外部操作的情况下呈指数生长，直到营养物有些耗尽并且细胞接近稳定生长期。此时，对于间歇性收获分批进料过程，可以收获部分的细胞和产物，并用新鲜培养基补充去除的培养基。该过程可以重复几次。对于重组蛋白的生产，可以使用分批进料过程。当细胞呈指数增长，但营养物逐渐耗尽时，连续地或间歇地添加浓缩的进料培养基(例如，10-15倍浓缩的基础培养基)以供应额外的营养物，从而允许细胞浓度和转化期时长的进一步增加。可以在不去除培养基(肉汤)的情况下按照与细胞浓度成比例的方式添加新鲜培养基。为了容纳添加的培养基，分批进料培养以远低于生物反应器的全部容量的体积(例如，最大体积的大约40％至50％)开始。

本披露的一些方法针对环状多核糖核苷酸的大规模生产。对于大规模生产方法，该方法可以在1升(L)至50L或更大(例如，5L、10L、15L、20L、25L、30L、35L、40L、45L、50L、或更大)的体积中进行。在一些实施例中，该方法可以在5L至10L、5L至15L、5L至20L、5L至25L、5L至30L、5L至35L、5L至40L、5L至45L、10L至15L、10L至20L、10L至25L、20L至30L、10L至35L、10L至40L、10L至45L、10L至50L、15L至20L、15L至25L、15L至30L、15L至35L、15L至40L、15L至45L、或15至50L的体积中进行。

在一些实施例中，生物反应器可以产生至少1g的环状RNA。在一些实施例中，生物反应器可产生1-200g的环状RNA(例如，1-10g、1-20g、1-50g、10-50g、10-100g、50-100g、或50-200g的环状RNA)。在一些实施例中，产生的量是测量值/升(例如，1-200g/升)、/批或反应(例如，1-200g/批或反应)、或/单位时间(例如，1-200g/小时或/天)。

在一些实施例中，可以串联使用多于一个生物反应器以增加生产能力(例如，可以串联使用一个、两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个、或九个生物反应器)。

使用方法

在一些实施例中，本文所述的组合物或配制品在疗法和/或农业中用作效应子。

在一些实施例中，本披露提供了一种通过向受试者提供本文所述的组合物或配制品来改良该受试者的方法。在一些实施例中，该组合物或配制品是核酸分子或包括核酸分子(例如，本文所述的DNA分子或RNA分子)，并且向原核系统提供该多核苷酸。在一些实施例中，该组合物或配制品是本文所述的原核细胞或包括本文所述的原核细胞。

在一些实施例中，本披露提供了一种通过向有需要的受试者提供本文所述的组合物或配制品治疗该受试者的病症的方法。在一些实施例中，该组合物或配制品是核酸分子或包括核酸分子(例如，本文所述的DNA分子或RNA分子)，并且向原核受试者提供该多核苷酸。在一些实施例中，该组合物或配制品是本文所述的原核细胞或包括本文所述的原核细胞。

在一些实施例中，本披露提供了一种通过向受试者提供本文所述的原核细胞而向该受试者提供环状多核糖核苷酸的方法。

在一些实施例中，受试者包括真核细胞。在一些实施例中，受试者包括原核细胞。在一些实施例中，受试者包括脊椎动物、无脊椎动物、真菌、植物、或微生物。在一些实施例中，该受试者是脊椎动物(例如，哺乳动物、鸟、鱼、爬行动物、或两栖动物)。在一些实施例中，该受试者是人。在一些实施例中，该受试者是非人哺乳动物。在一些实施例中，该受试者是非人哺乳动物，如非人灵长类动物、有蹄类动物、肉食动物、啮齿动物、或兔类动物。在一些实施例中，该受试者是鸟、爬行动物、或两栖动物。在一些实施例中，受试者是无脊椎动物(例如，昆虫、蛛形纲、线虫、或软体动物)。在一些实施例中，该受试者是植物或真核藻类。在一些实施例中，该受试者是植物，如被子植物(其可以是双子叶植物或单子叶植物)或裸子植物(例如，针叶树、苏铁、买麻藤类植物(gnetophyte)、银杏)、蕨类、马尾植物、石松类、或苔藓植物。在实施例中，该受试者是具有农业或园艺重要性的植物，如行间作物、水果、蔬菜、树木、或观赏植物。在一些实施例中，微生物选自细菌、真菌、或古细菌。

配制品或组合物

在本披露的一些实施例中，可将本文所述的环状多核糖核苷酸(例如，通过本文所述的方法使用原核系统制备的环状多核糖核苷酸)提供为配制品或组合物，例如，用于递送至细胞、植物、无脊椎动物、非人脊椎动物、或人受试者的组合物，例如农业、兽用、或药物组合物。在一些实施例中，本披露提供了一种原核细胞(例如，通过本文所述的方法使用原核系统制备的原核细胞)，该原核细胞可配制为例如用于递送至细胞、植物、无脊椎动物、非人脊椎动物、或人受试者的组合物，例如农业、兽用、或药物组合物。在一些实施例中，向受试者提供在适当的组合物中(例如，在农业、兽用、或药物配制品中)的本文所述的原核系统。

因此，在一些实施例中，本披露还涉及组合物，这些组合物包括环状多核糖核苷酸(例如，通过本文所述的原核方法制备的环状多核糖核苷酸)或包含该环状多核糖核苷酸的原核细胞和药学上可接受的载剂。在一个方面，本披露提供了药物组合物或兽用组合物，这些药物组合物或兽用组合物包括有效量的本文所述的多核糖核苷酸(或包含该多核糖核苷酸的原核细胞)和药学上可接受的赋形剂。本披露的药物组合物或兽用组合物可以包括如本文所述的多核糖核苷酸(或包含该多核糖核苷酸的原核细胞)与一种或多种药学上或生理学上可接受的载剂、赋形剂或稀释剂的组合。

在一些实施例中，药学上可接受的载剂可以是药物组合物或兽用组合物中除活性成分外的对受试者无毒的成分。药学上可接受的载剂可以包括但不限于缓冲液、赋形剂、稳定剂、或防腐剂。药学上可接受的载剂的实例是生理学上相容的溶剂、分散介质、包衣、抗细菌和抗真菌剂、等渗剂和吸收延迟剂等，如盐、缓冲液、糖、抗氧化剂、水性或非水性载剂、防腐剂、润湿剂、表面活性剂或乳化剂、或其组合。药物组合物或兽用组合物中的一种或多种药学上可接受的载剂的量可以基于一种或多种载剂的活性和所希望的配制品的特征(如稳定性和/或最小氧化)通过实验确定。

在一些实施例中，此类组合物可包括缓冲液，如乙酸、柠檬酸、组氨酸、硼酸、甲酸、琥珀酸、磷酸、碳酸、苹果酸、天冬氨酸、Tris缓冲液、HEPPSO、HEPES、中性缓冲盐水、磷酸盐缓冲盐水等；碳水化合物，如葡萄糖、蔗糖、甘露糖、或葡聚糖、甘露醇；蛋白质；多肽或氨基酸，如甘氨酸；抗氧化剂；螯合剂，如EDTA或谷胱甘肽；佐剂(例如，氢氧化铝)；抗细菌剂和抗真菌剂；以及防腐剂。

在某些实施例中，本披露的组合物可配制用于多种肠胃外或非肠胃外施用方式。在一个实施例中，这些组合物可配制用于输注或静脉内施用。本文披露的组合物可以提供为例如可以缓冲至所希望的pH的无菌液体制剂，例如等渗水性溶液、乳液、悬浮液、分散体、或粘性组合物。适合于口服使用的配制品可以包括液体溶液、胶囊、药袋、片剂、锭剂、和糖锭剂、在适当的液体中的粉末液体悬浮液和乳液。

本披露的药物组合物或兽用组合物可以以适合待治疗或预防的疾病或病症的方式施用。施用的数量和频率将由如受试者的状况、以及受试者疾病或病症的类型和严重程度等因素确定，尽管适当的剂量可通过临床试验确定。

在实施例中，如本披露中描述的环状多核糖核苷酸以适合农业应用的配制品提供，例如作为液体溶液或乳液或悬浮液、浓缩物(液体、乳液、悬浮液、凝胶、或固体)、粉末、颗粒、糊剂、凝胶、饵剂、或种子包衣或种子处理剂。将此类农业配制品的实施例应用于植物或植物的环境，例如作为叶面喷雾、喷粉应用、颗粒应用、根或土壤浸透、沟内处理、颗粒土壤处理、饵剂、水培溶液、或可植入或可注射的配制品。此类农业配制品的一些实施例包括额外的组分，如赋形剂、稀释剂、表面活性剂、铺展剂、粘合剂、安全剂、稳定剂、缓冲液、漂移控制剂、保留剂、油浓缩物、消泡剂、泡沫标志物、香味剂、载剂、或封装剂。用于农业配制品的有用佐剂包括在Compendium of Herbicide Adjuvants[除草剂佐剂概要],第13版(2016)中披露的那些，可在www[dot]herbicide-adjuvants[dot]com上在线公开获得。在实施例中，含有如本披露中所述的环状多核糖核苷酸的农业配制品(或含有该环状多核糖核苷酸的原核细胞)进一步含有一种或多种选自由以下组成的组的组分：载剂、表面活性剂、润湿剂、铺展剂、阳离子脂质、有机硅、有机硅表面活性剂、抗氧化剂、多核苷酸除草分子、非多核苷酸除草分子、非多核苷酸有害生物分子、安全剂、昆虫信息素、昆虫引诱剂、和昆虫生长调节剂。

实施例

本文所述的原核系统、原核细胞、配制品、方法、和其他组合物的各种实施例在以下编号的实施例集合中阐述。

1.一种用于使多核糖核苷酸环化的原核系统，该原核系统包含：

(a)线性多核糖核苷酸，该线性多核糖核苷酸具有式5'-(A)-(B)-(C)-(D)-(E)-3'，其中：

(A)包含5'自切割核酶；

(B)包含5'退火区；

(C)包含多核糖核苷酸负载物；

(D)包含3'退火区；并且

(E)包含3'自切割核酶；以及

(b)包含RNA连接酶的原核细胞。

2.如实施例1所述的原核系统，其中该5'自切割核酶能够在位于该5'自切割核酶的3'端的10个核糖核苷酸内的位点处或在位于该5'自切割核酶的3'端的位点处进行自切割。

3.如实施例1或2所述的原核系统，其中该5'自切割核酶是选自以下的核酶：锤头状核酶、发夹状核酶、丁型肝炎病毒核酶(HDV)、Varkud卫星(VS)核酶、glmS核酶、扭转核酶、扭转姐妹核酶、斧头核酶和手枪核酶。

4.如实施例3所述的原核系统，其中该5'自切割核酶是锤头状核酶。

5.如实施例1-4中任一项所述的原核系统，其中该5'自切割核酶包含与SEQ IDNO:16的核酸序列具有至少85％序列同一性的区域。

6.如实施例5所述的原核系统，其中该5'自切割核酶包含SEQ ID NO:16的核酸序列。

7.如实施例1或2所述的原核系统，其中该5'自切割核酶包含与SEQ ID NO:24-571中的任一者具有至少95％序列同一性的核酸序列、或其对应的RNA等同物、或其有催化能力的片段。

8.如实施例7所述的原核系统，其中该5'自切割核酶包含SEQ ID NO:24-571中的任一者的核酸序列、或其对应的RNA等同物、或其有催化能力的片段。

9.如实施例1-8中任一项所述的原核系统，其中该3'自切割核酶能够在位于该3'自切割核酶的5'端的10个核糖核苷酸内的位点处或在位于该3'自切割核酶的5'端的位点处进行自切割。

10.如实施例1-9中任一项所述的原核系统，其中该3'自切割核酶是选自以下的核酶：锤头状核酶、发夹状核酶、丁型肝炎病毒核酶(HDV)、Varkud卫星(VS)核酶、glmS核酶、扭转核酶、扭转姐妹核酶、斧头核酶和手枪核酶。

11.如实施例10所述的原核系统，其中该3'自切割核酶是丁型肝炎病毒(HDV)核酶。

12.如实施例1-10中任一项所述的原核系统，其中该3'自切割核酶包含与SEQ IDNO:21的核酸序列具有至少85％序列同一性的区域。

13.如实施例12所述的原核系统，其中该3'自切割核酶包含SEQ ID NO:21的核酸序列。

14.如实施例1-9中任一项所述的原核系统，其中该3'自切割核酶包含与SEQ IDNO:24-571中的任一者具有至少95％序列同一性的核酸序列、或其对应的RNA等同物、或其有催化能力的片段。

15.如实施例14所述的原核系统，其中该3'自切割核酶包含SEQ ID NO:24-571中的任一者的核酸序列、或其对应的RNA等同物、或其有催化能力的片段。

16.如实施例1-15中任一项所述的原核系统，其中该5'自切割核酶的切割和该3'自切割核酶的切割产生连接酶相容的线性多核糖核苷酸。

17.如实施例1-16中任一项所述的原核系统，其中该5'自切割核酶的切割产生游离的5'-羟基基团，并且3'自切割核酶的切割产生游离的2',3'-环磷酸基团。

18.如实施例1-17中任一项所述的原核系统，其中该5'退火区具有2至100个核糖核苷酸。

19.如实施例1-18中任一项所述的原核系统，其中该3'退火区具有2至100个核糖核苷酸。

20.如实施例1-19中的一项所述的原核系统，其中该5'退火区包含具有在5与50个之间的核糖核苷酸的5’互补区；并且该3'退火区包含具有在5与50个之间的核糖核苷酸的3'互补区；并且

其中该5’互补区和该3’互补区具有在50％与100％之间的序列互补性；或

其中该5'互补区和该3'互补区具有低于-5kcal/mol的结合自由能；或

其中该5'互补区和该3'互补区具有至少10℃的结合Tm。

21.如实施例20所述的原核系统，其中该5'退火区进一步包含具有在5与50个之间的核糖核苷酸并且位于该5'互补区的5'的5'非互补区；并且3'退火区进一步包含具有在5与50个之间的核糖核苷酸并且位于该3'互补区的3'的3'非互补区；并且其中该5’非互补区和该3’非互补区具有在0％与50％之间的序列互补性；或其中该5'非互补区和该3'非互补区具有大于-5kcal/mol的结合自由能；或其中该5'非互补区和该3'非互补区具有低于10℃的结合Tm。

22.如实施例1-21中任一项所述的原核系统，其中该5'退火区包含与SEQ ID NO:17的核酸序列具有至少85％序列同一性的区域。

23.如实施例22所述的原核系统，其中该5'退火区包含SEQ ID NO:17的核酸序列。

24.如实施例1-23中任一项所述的原核系统，其中该3'退火区包含与SEQ ID NO:20的核酸序列具有至少85％序列同一性的区域。

25.如实施例24所述的原核系统，其中该3'退火区包含SEQ ID NO:20的核酸序列。

26.如实施例1-25中任一项所述的原核系统，其中该多核糖核苷酸负载物包含编码序列、或包含非编码序列、或包含编码序列和非编码序列的组合。

27.如实施例26所述的原核系统，其中该多核糖核苷酸负载物包含至少一个非编码RNA序列。

28.如实施例26或27所述的原核系统，其中该至少一个非编码RNA序列包含至少一个选自由以下组成的组的RNA：RNA适配体、长非编码RNA(lncRNA)、转移RNA衍生的片段(tRF)、转移RNA(tRNA)、核糖体RNA(rRNA)、小核RNA(snRNA)、小核仁RNA(snoRNA)、和Piwi相互作用RNA(piRNA)；或这些RNA中的任一者的片段。

29.如实施例26或27所述的原核系统，其中该至少一个非编码RNA序列包含调节RNA。

30.如实施例29所述的原核系统，其中该至少一个非编码RNA序列反式调节靶序列。

31.如实施例30所述的原核系统，其中该靶序列包含受试基因组的基因的核苷酸序列。

32.如实施例30或31所述的原核系统，其中该至少一个非编码RNA序列对该靶序列的反式调节是该靶序列的表达的上调。

33.如实施例30或31所述的原核系统，其中该至少一个非编码RNA序列对该靶序列的反式调节是该靶序列的表达的下调。

34.如实施例30或31所述的原核系统，其中该至少一个非编码RNA序列对该靶序列的反式调节是该靶序列的可诱导表达。

35.如实施例27所述的原核系统，其中该至少一个非编码RNA序列包含选自由以下组成的组的RNA：小干扰RNA(siRNA)或其前体、双链RNA(dsRNA)或至少部分双链RNA；发夹RNA(hpRNA)、微小RNA(miRNA)、或其前体；相位小干扰RNA(phasiRNA)或其前体；异染色质小干扰RNA(hcsiRNA)或其前体；以及天然反义短干扰RNA(natsiRNA)或其前体。

36.如实施例27所述的原核系统，其中该至少一个非编码RNA序列包含指导RNA(gRNA)或其前体。

37.如实施例26-36中任一项所述的原核系统，其中该多核糖核苷酸负载物包含编码多肽的编码序列。

38.如实施例26-37中任一项所述的原核系统，其中该多核糖核苷酸负载物包含与编码多肽的编码序列可操作地连接的IRES。

39.如实施例26-38中任一项所述的原核系统，其中该多核糖核苷酸负载物包含编码对受试者具有生物学作用的多肽的RNA序列。

40.如实施例39所述的原核系统，其中该多核糖核苷酸负载物包含编码多肽并且具有经密码子优化用于在该受试者中表达的核苷酸序列的RNA序列。

41.如实施例39或40所述的原核系统，其中该受试者包含(a)真核细胞；或(b)原核细胞。

42.如实施例39-41中任一项所述的原核系统，其中该受试者包含脊椎动物、无脊椎动物、真菌、植物、或微生物。

43.如实施例42所述的原核系统，其中该脊椎动物选自人、非人哺乳动物、爬行动物、鸟、两栖动物、或鱼。

44.如实施例42所述的原核系统，其中该无脊椎动物选自昆虫、蛛形纲、线虫、或软体动物。

45.如实施例42所述的原核系统，其中该植物选自单子叶植物、双子叶植物、裸子植物、或真核藻类。

46.如实施例42所述的原核系统，其中该微生物选自细菌、真菌、或古细菌。

47.如实施例1-46中任一项所述的原核系统，其中该线性多核糖核苷酸进一步包含在该5'退火区与该多核糖核苷酸负载物之间的、长度为至少5个多核糖核苷酸的间隔子区。

48.如实施例1-47中任一项所述的原核系统，其中该线性多核糖核苷酸进一步包含在该5'退火区与该多核糖核苷酸负载物之间的、长度为在5与1000个之间的多核糖核苷酸的间隔子区。

49.如实施例47或48所述的原核系统，其中该间隔子区包含聚A序列。

50.如实施例47或48所述的原核系统，其中该间隔子区包含聚A-C序列。

51.如实施例1-50中任一项所述的原核系统，其中该线性多核糖核苷酸是至少1kb。

52.如实施例1-51中任一项所述的原核系统，其中该线性多核糖核苷酸是1kb至20kb。

53.如实施例1-52中任一项所述的原核系统，其中该RNA连接酶对该原核细胞是内源的。

54.如实施例1-52中任一项所述的原核系统，其中该RNA连接酶对该原核细胞是异源的。

55.如实施例1-54中任一项所述的原核系统，其中通过在该原核细胞中将外源多核苷酸转录成编码该RNA连接酶的mRNA、并翻译编码该RNA连接酶的mRNA，向该原核细胞提供该RNA连接酶。

56.如实施例54所述的原核系统，其中向该原核细胞提供作为外源蛋白的RNA连接酶。

57.如实施例1-56中任一项所述的原核系统，其中该RNA连接酶是tRNA连接酶。

58.如实施例57所述的原核系统，其中该tRNA连接酶是T4连接酶、RtcB连接酶、TRL-1连接酶、Rnl1连接酶、Rnl2连接酶、LIG1连接酶、LIG2连接酶、PNK/PNL连接酶、PF0027连接酶、thpR ligT连接酶、ytlPor连接酶、或其变体。

59.如实施例58所述的原核系统，其中该RNA连接酶包含选自由SEQ ID NO:572-588组成的组的氨基酸序列。

60.如实施例1-56中任一项所述的原核系统，其中该RNA连接酶选自由以下组成的组：植物RNA连接酶、质体RNA连接酶、来自古细菌的RNA连接酶、细菌RNA连接酶、真核RNA连接酶、病毒RNA连接酶、或线粒体RNA连接酶、或其变体。

61.如实施例1-60中任一项所述的原核系统，其中向该原核细胞提供包含该线性多核苷酸的外源性多核糖核苷酸。

62.如实施例1-61中任一项所述的原核系统，其中在该原核细胞中将该线性多核糖核苷酸从向该原核细胞提供的外源性重组DNA分子瞬时转录。

63.如实施例1-61中任一项所述的原核系统，其中在该原核细胞中将该线性多核糖核苷酸从向该原核细胞提供的外源性DNA分子转录。

64.如实施例62或63所述的原核系统，其中该外源性DNA分子不整合到该原核细胞的基因组中。

65.如实施例62-64中任一项所述的原核系统，其中该外源性DNA分子包含与编码该线性多核糖核苷酸的DNA可操作地连接的异源性启动子。

66.如实施例65所述的原核系统，其中该异源性启动子是选自由以下组成的组的启动子：T7启动子、T6启动子、T4启动子、T3启动子、SP3启动子、或SP6启动子。

67.如实施例62或63所述的原核系统，其中在该原核细胞中将该线性多核糖核苷酸从并入该原核细胞的基因组中的重组DNA分子转录。

68.如实施例1-67中任一项所述的原核系统，其中该原核细胞在培养基中生长。

69.如实施例68所述的原核系统，其中该原核细胞包含在生物反应器中。

70.如实施例1-69中任一项所述的原核系统，其中该原核细胞是细菌细胞或古细菌细胞。

71.如实施例70所述的原核系统，其中该原核细胞是天然细菌群体的成员。

72.如实施例1-69中任一项所述的原核系统，其中该原核细胞是与真核生物体相关的微生物组的成员。

73.如实施例72所述的原核系统，其中该真核生物体是人、非人脊椎动物、无脊椎动物、真菌、或植物。

74.如实施例72所述的原核系统，其中该真核生物体是人、非人脊椎动物、无脊椎动物、真菌、或植物的寄生虫或病原体。

75.如实施例72所述的原核系统，其中该真核生物体是植物的无脊椎有害生物、或植物病原体的无脊椎动物载体。

76.如实施例72所述的原核系统，其中该真核生物体是被子植物或裸子植物，并且其中该原核细胞包含与该植物的根(根圈)或与该植物生长的土壤或生长培养基的微生物群落相关的微生物组的成员。

77.如实施例72所述的原核系统，其中该真核生物体是被子植物或裸子植物，并且其中该原核细胞包含与该植物的地上组织相关的微生物组的成员。

78.如实施例72或73所述的原核系统，其中该真核生物体是人、非人脊椎动物、或无脊椎动物，并且其中该原核细胞包含与该人、非人脊椎动物、或无脊椎动物的细胞、组织、或器官相关的微生物组的成员。

79.如实施例78所述的原核系统，其中该真核生物体是人、非人脊椎动物、或无脊椎动物，并且其中该原核细胞包含与该人、非人脊椎动物、或无脊椎动物的消化系统的细胞或组织相关的微生物组的成员。

80.如实施例72所述的原核系统，其中该真核生物体是昆虫，并且其中该原核细胞包含与该昆虫的细菌细胞相关的微生物组的成员。

81.一种配制品，该配制品包含如实施例1-80中任一项所述的原核系统。

82.如实施例81所述的配制品，其中该配制品是药物配制品、兽用配制品、或农业配制品。

83.一种产生环状RNA的方法，该方法包括在原核细胞中使(a)与(b)接触：

(a)线性多核糖核苷酸，该线性多核糖核苷酸具有式5'-(A)-(B)-(C)-(D)-(E)-3'，其中：

(A)包含5'自切割核酶；

(B)包含5'退火区；

(C)包含多核糖核苷酸负载物；

(D)包含3'退火区；并且

(E)包含3'自切割核酶；以及

(b)RNA连接酶；其中该5'自切割核酶的切割和该3'自切割核酶的切割产生连接酶相容的线性多核糖核苷酸，并且其中该RNA连接酶连接该连接酶相容的线性多核糖核苷酸的5'端和3'端，从而产生环状RNA。

84.如实施例83所述的方法，其中将该环状RNA从该原核细胞分离。

85.如实施例83或84所述的方法，其中该RNA连接酶对该原核细胞是内源的。

86.如实施例83或84所述的方法，其中该RNA连接酶对该原核细胞是异源的。

87.一种环状RNA，该环状RNA通过如实施例83-86中任一项所述的方法产生。

88.一种配制品，该配制品包含如实施例87所述的环状RNA。

89.如实施例88所述的配制品，其中该配制品是药物配制品、兽用配制品、或农业配制品。

90.一种治疗有需要的受试者的病症的方法，该方法包括向该受试者提供如实施例88或89所述的配制品。

91.一种原核细胞，该原核细胞包含：

(a)线性多核糖核苷酸，该线性多核糖核苷酸具有式5'-(A)-(B)-(C)-(D)-(E)-3'，其中：

(A)包含5'自切割核酶；

(B)包含5'退火区；

(C)包含多核糖核苷酸负载物；

(D)包含3'退火区；并且

(E)包含3'自切割核酶；以及

(b)RNA连接酶；其中该5'自切割核酶的切割和该3'自切割核酶的切割产生连接酶相容的线性多核糖核苷酸，并且其中该RNA连接酶能够连接该连接酶相容的线性多核糖核苷酸的5'端和3'端以产生环状RNA。

92.如实施例91所述的原核细胞，其中该RNA连接酶对该原核细胞是内源的。

93.如实施例91所述的原核细胞，其中该RNA连接酶对该原核细胞是异源的。

94.如实施例91所述的原核细胞，该原核细胞进一步包含该环状RNA。

95.一种向受试者提供环状RNA的方法，该方法包括向该受试者提供如实施例94所述的原核细胞。

96.一种治疗有需要的受试者的障碍的方法，该方法包括向该受试者提供如实施例94所述的原核细胞。

97.一种配制品，该配制品包含如实施例94所述的原核细胞。

98.如实施例97所述的配制品，其中该原核细胞是干燥的或冷冻的。

99.如实施例97或98所述的配制品，其中该配制品是药物配制品、兽用配制品、或农业配制品。

100.一种治疗有需要的受试者的障碍的方法，该方法包括向该受试者提供如实施例97-99中任一项所述的配制品。

实例

提出以下实例是为了向本领域普通技术人员提供可以如何使用、制备和评价本文所述的组合物和方法的描述，并且旨在纯粹作为本披露的示例，而不旨在限制诸位发明人认为是其发明的范围。表11汇总了提供的实例。

表11：关于在原核细胞中产生功能性环状RNA的实例的汇总

实例	标题
		1	用于产生环状RNA的构建体设计
2	用于RNA连接酶表达的构建体设计
		3	环状RNA构建体向原核细胞中的转化
4	原核系统中环状RNA的产生
		5	从原核细胞进行的RNA的提取
6	环状RNA的确认和表征
		7	RNA的产生效率的测量
8	RNA是功能性的
		9	用于在原核系统中生成RNA的方法
10	环状RNA的多核苷酸负载物的改善的翻译效率
		11	使用可诱导的异源性RNA聚合酶产生环状RNA
12	编码调节性非编码多核糖核苷酸的环状RNA的产生
		13	在真核生物体中修饰靶基因的表达并引起表型的变化
14	用RT-PCR确认原核生物体中环状多核糖核苷酸的产生

实例1：用于产生环状RNA的构建体设计

本实例描述了DNA构建体(SEQ ID NO:12)的设计，该DNA构建体编码经设计已被加工成与连接酶相容的RNA的线性多核糖核苷酸。图1中提供了描绘DNA构建体的设计的示意图。该DNA构建体包括：用于组成型RNA表达的启动子(SEQ ID NO:2)，该启动子位于编码线性多核糖核苷酸的DNA的5'并与之可操作地连接，其中该线性多核糖核苷酸包括(按5'至3'顺序)：(A)在其3'端切割的5'自切割核酶(SEQ ID NO:3)；(B)5'退火区(SEQ ID NO:4)；(C)多核糖核苷酸负载物，该多核糖核苷酸负载物在这种情况下包括三个离散的元件，即荧光适配体(SEQ ID NO:5)、内部核糖体进入位点(IRES)(SEQ ID NO:6)、和报告基因(nanoluc，SEQ ID NO:7)；(D)3'退火区(SEQ ID NO:9)；以及(E)在其5'端切割的3'自切割核酶(SEQID NO:10)；位于编码该线性多核苷酸的DNA的3'的是转录终止子序列(SEQ ID NO:11)。

将该DNA构建体(SEQ ID NO:12)转录以产生线性RNA(SEQ ID NO:13)，该线性RNA从5'至3'包括：在其3'端切割的5'自切割核酶(SEQ ID NO:16)；5'退火区(SEQ ID NO:17)；编码包括pepper适配体、EMCV IRES、和Nanoluc报告基因的负载物的RNA(SEQ ID NO:19)；3'退火区(SEQ ID NO:20)；以及在其5'端切割的3'自切割核酶(SEQ ID NO:21)。表达后，该线性RNA自切割以产生具有游离的5'羟基和游离的3'单磷酸的连接酶相容的线性RNA(SEQID NO:14)。该连接酶相容的线性RNA被宿主细胞中的RNA连接酶环化。图1和图2中提供了描绘在原核系统中的环化的过程的示意图。

实例2：用于RNA连接酶表达的构建体设计

本实例描述了在原核系统中持续表达RNA连接酶的DNA构建体的设计。该构建体具有p15载体骨架，该p15载体骨架在多克隆位点处经修饰以从5'至3'包括：用于可诱导表达连接酶的启动子(SEQ ID NO:1)、编码RtcB RNA连接酶的编码序列(SEQ ID NO:15)、以及转录终止子序列(SEQ ID NO:11)。

向宿主细胞提供该DNA构建体。将宿主细胞的液体培养物培养至OD600＝0.1，并添加IPTG至0.1mM的最终浓度，从而诱导RtcB RNA连接酶的表达。

实例3：环状RNA构建体向原核细胞中的转化

本实例描述了将DNA构建体转染到原核细胞中。如实例1和2中所述设计载体构建体并转化到大肠杆菌的BL21(DE3)细胞中。使细胞在50mL培养体积的250mL带挡板的锥形瓶中于37℃下在补充有抗生素的极品肉汤(Terrific Broth)中伴随250rpm振荡生长24小时。通过添加IPTG至0.1mM的最终浓度、或通过添加阿拉伯糖至1mM的最终浓度、或两者，在OD600为0.5处诱导培养物。

实例4：原核系统中环状RNA的产生

本实例描述了在原核系统中产生环状RNA。通过从1mL培养物的样品中收获细胞并测量适配体荧光和/或报告基因的表达来监测RNA的产生。为了使用适配体荧光测量RNA的产生，培养基中补充了500nM HBC525，该HBC525在与RNA负载物中的Pepper适配体结合时发出荧光；参见Chen等人(2019)Nature Biotechnol.[自然生物技术],37:1287-1293,doi:10.1038/s41587-019-0249-1。通过使用分光光度计测量525nm处的荧光来量化从DNA构建体产生的RNA的量。为了使用报告基因测量RNA的产生，将10μL的培养基添加到10μL的Nano-Glo测定缓冲液中，然后使用分光光度计测量所得的发光以定量Nanoluc报告基因的表达。该测定确认了在原核细胞中产生了环状RNA。

实例5：从原核细胞进行的RNA的提取

本实例描述了在从DNA构建体转录后从原核细胞中提取RNA。通过如实例4中所述的原核细胞产生RNA，然后将其从细胞中提取。RNA提取通过以下进行：离心1mL的培养物，将所得的细胞沉淀物重悬于100μL补充有300mM乙酸钠的Tris-EDTA缓冲液中，进行苯酚氯仿提取，随后进行两次氯仿和异戊醇洗涤。将水层用乙醇沉淀处理，并将沉淀重悬于无核酸酶的水中。

实例6：环状RNA的确认和表征

本实例描述了原核系统中RNA的环化的确认。使用凝胶移位法和/或聚A聚合酶法确认了线性RNA被环化，该线性RNA在如实例1中所述的原核系统中环化并如实例5中所述被提取。与线性RNA相比，观察到的凝胶移位确认了环状RNA的存在。

为了表征环状RNA，将1μg提取的RNA在50％甲酰胺中煮沸并加载到6％PAGE尿素凝胶上用于变性电泳。在分离核苷酸后，将凝胶用溴化乙锭染色并成像。通过观察与线性RNA种类相比的环状RNA的凝胶移位来确认RNA的环状性。额外地或可替代地，为了表征环状RNA，根据制造商的说明，用聚A聚合酶(新英格兰生物实验室公司(New England Biolabs))处理1μg提取的RNA。

在37℃下的1小时反应中，向线性多核糖核苷酸酶促添加长度为约100、200、或300个核苷酸的聚A尾。不将聚A尾添加到环状多核糖核苷酸中，因为它们不具有游离的3'端。用聚A尾处理后，通过在6％PAGE尿素凝胶上的凝胶电泳分析产物。所得的凝胶将未处理的样品与经聚A聚合酶处理的RNA提取物进行比较，以鉴定与观察到的环状RNA的分子量没有变化相比的线性RNA的分子量的变化。

实例7：RNA的产生效率的测量

本实例描述了用于测量原核系统中RNA的产生效率的方法。RNA产生效率表示为产生的所希望的RNA的质量/大肠杆菌细胞。首先，通过在600nm处的光密度(OD600)并通过在选择性培养基上铺板稀释系列来测量大肠杆菌培养密度，以确定OD600与菌落形成单位/毫升培养物(cfu/ml)之间的关系。如实例4中所述，通过从1mL培养物样品收获细胞并测量适配体荧光来监测RNA的产生。适配体荧光通过用500nM的HBC525补充培养来测量，该HBC525在与RNA负载物中的Pepper适配体结合时发出荧光。将大肠杆菌细胞中产生的RNA的荧光与通过体外转录(IVT)产生的同源RNA的标准曲线产生的荧光进行比较。使用分光光度计在体外测量适配体荧光。可替代地，适配体荧光可以通过以下来测量：染色含有分离的目的RNA的6％PAGE尿素凝胶，并与通过IVT产生并用500nM的HBC525处理的同源RNA的标准曲线进行比较，并使用ImageJ软件分析在大肠杆菌细胞中产生的RNA相较于通过IVT产生的RNA的相对亮度。该分析允许对大肠杆菌RNA产生进行定量。

实例8：RNA是功能性的

本实例确认了功能性蛋白从通过本文所述的方法生成的环状RNA表达。为了确认通过本文所述的方法生成的环状RNA保持功能性，使用测量本氏烟(Nicotianabenthamiana)相对根长的小麦胚芽提取物(普洛麦格公司(Promega Corporation))、TNTT7昆虫细胞提取蛋白表达系统(普洛麦格公司)对荧光素酶的表达进行定量。

根据制造商的说明，使用小麦胚芽提取物(WGE)体外翻译系统(普洛麦格公司)测量Nanoluc RNA报告子的表达。简言之，将如实例5中所述的1μg提取的RNA加热至75℃持续5分钟，然后在工作台上在室温下冷却20分钟。将RNA转移到1x小麦胚芽提取物并在30℃下孵育1小时。将混合物置于冰上并用水稀释4倍。然后在Nano-Glo荧光素酶测定(普洛麦格公司)中分析体外翻译反应的产物。将10μl的小麦胚芽提取产物与10μl的Nano-Glo测定缓冲液(普洛麦格公司)混合，并在分光光度计中测量发光。发光指示提取的RNA能够产生Nanoluc报告酶。

可替代地，根据制造商的说明，可以使用昆虫细胞提取物(ICE)体外翻译系统(普洛麦格公司)测量Nanoluc RNA报告子的表达。简言之，将如实例中所述的1μg提取的RNA加热至75℃持续5分钟，然后在工作台上在室温下冷却20分钟。将RNA转移到1x昆虫细胞提取物并在30℃下孵育1小时。将混合物置于冰上并用水稀释4倍。然后在Nano-Glo荧光素酶测定(普洛麦格公司)中分析体外翻译反应的产物。将10μl的昆虫细胞提取产物与10μl的Nano-Glo测定缓冲液(普洛麦格公司)混合，并在分光光度计中测量发光。

最后，使用体内靶基因的qRT-PCR测量RNA负载物的干扰潜力。通过用金刚砂摩擦接种物将如实例5中所述的RNA提取物施加至本氏烟的叶子。5天后，收获叶子并提取RNA。使用SuperScript IV VILO试剂盒(赛默飞世尔公司(ThermoFisher))根据制造商的说明使用针对目的靶基因和管家基因(如GAPDH)的引物进行qRT-PCR。比较RNA负载物处理和未处理样品中目的靶基因相比于管家基因的Δ-ΔCt值，计算RNA负载物的干扰活性。

实例9：用于在原核系统中生成RNA的方法

本实例描述了用于在包括原核细胞的原核系统中生成RNA构建体的方法。该方法可用于产生包括环状RNA的产物细胞。在本实例中，环状RNA在与植物(作为共生物或共生体)相关的细菌中产生。将以在实例1中所述的方式设计的DNA构建体转化到已从普通小麦(Triticum aestivum)的组织中分离的采后生防菌肠杆菌(Enterobacter cowanii)的感受态细胞中。使细胞在具有50mL培养体积的250mL带挡板的锥形瓶中于37℃下在补充有抗生素的极品肉汤中伴随250rpm振荡生长24小时。通过添加IPTG至0.1mM的最终浓度、或通过添加阿拉伯糖至1mM的最终浓度、或两者，在OD600为0.5处任选地诱导培养物。

在24小时后，使用离心收集培养物，之后用水洗涤细胞沉淀物2次。将洗涤过的细胞稀释至5x 10¹¹个细胞/mL，并施加至表面灭菌的小麦种子。将以相同方式制备的未转化的细胞施加至表面灭菌的小麦种子作为对照。种子在非无菌土壤中发芽，并且使植物生长10天。

通过在选择性培养基中培养来从均质化的植物组织中分离细胞。如实例4中所述，通过测定适配体荧光或报告子表达来监测RNA的产生。

实例10：环状RNA的多核苷酸负载物的改善的翻译效率

本实例描述了包括多核苷酸负载物的环状RNA的实施例，该多核苷酸负载物包括一个或多个编码序列或表达序列。更具体地，本实例描述了对环状RNA序列的修饰，该修饰可改善功能性，例如，提高环状RNA的稳定性和/或提高由多核糖核苷酸负载物编码的多肽的翻译效率。

在实施例中，包括含有至少一个编码序列的多核糖核苷酸负载物的环状RNA经如下修饰：

(a)用5'UTR序列(例如SEQ ID NO:607、608、609、610、611、或619中的任一者)替代内部核糖体进入位点(IRES)，该5'UTR序列在编码序列的5’并且(直接地或以插入序列)与之可操作地连接；

(b)包括3'UTR序列(例如，SEQ ID NO:612、613、614、615、616、617、618或620中的任一者)，该3'UTR序列在编码序列的3'并且(直接地或以插入序列)与之可操作地连接；

(c)在DNA构建体中包括编码IRES或5'UTR的DNA序列以及编码3'UTR的DNA序列，该编码IRES或5'UTR的DNA序列(例如，SEQ ID NO:589、590、591、598、608、609、610、611或619中的任一者)在编码序列的5'并且与其可操作地连接，并且该编码3'UTR的DNA序列(选自SEQ ID NO:612、613、614、615、616、617、618或620)在多核苷酸负载物的3'并且与其可操作地连接。

多核糖核苷酸负载物的编码序列侧翼的这些修饰提高了编码序列的翻译效率。例如，与缺少5’UTR和3’UTR序列添加的对照RNA构建体(数据未示出)相比，包括(a)在负载物序列的5'并与其可操作地连接的sTNV 5'UTR(SEQ ID NO:607)、和(b)在负载物序列的3'并与其可操作地连接的sTNV 3'UTR(SEQ ID NO:612)二者的环状RNA在小麦胚芽提取物测定中具有提高了约5倍的翻译效率。在另一实例中，与缺少5’UTR和3’UTR序列添加的对照RNA构建体(数据未示出)相比，包括(a)在负载物序列的5'并与其可操作地连接的TCV 5'UTR(SEQ ID NO:619)、和(b)在负载物序列的3'并与其可操作地连接的TCV 3'UTR(SEQ ID NO:620)二者的环状RNA在昆虫细胞提取物测定中具有提高了约1.5倍的翻译效率。

实例11：使用可诱导的异源性RNA聚合酶产生环状RNA

本实例描述了产生环状RNA的方法的实施例。在本实施例中，将异源性RNA聚合酶与编码线性多核糖核苷酸前体的重组DNA构建体一起提供至细胞。

在一个实施例中，构建DNA载体以在可诱导表达控制下表达RNA聚合酶。在非限制性实例中，该DNA载体包括可操作地连接并驱动编码T7 RNA聚合酶的DNA的表达的乳糖诱导型(“lac”)启动子；在lac启动子和T7 RNA聚合酶基因之间任选地包括lac操纵子。该载体任选地包括编码T7 RNA聚合酶基因上游的核糖体结合位点(RBS)的DNA。该载体任选地包括编码T7 RNA聚合酶基因下游的终止子序列的DNA。该DNA载体任选地包括允许对表达该DNA载体的克隆进行选择的序列，例如，该DNA载体编码抗生素抗性基因，如卡那霉素抗性基因。

将乳糖诱导型T7RNA聚合酶载体与编码线性多核苷酸的DNA载体(例如，如实例1中所述的载体)共转染到原核细胞中，该线性多核苷酸是环状RNA的前体，该原核细胞例如自由生活的细菌或与真核生物体(作为共生物或共生体)相关的细菌，该真核生物体例如肠杆菌属(Enterobacter)、克雷伯氏菌属(Klebsiella)、或泛菌属(Pantoea)的细胞。原核细胞可以任选地与编码RNA连接酶(例如，在原核细胞的基因组中非天然编码的异源性RNA连接酶)的载体进一步共转化。

在实例中，将乳糖诱导型T7RNA聚合酶载体与DNA载体共转染到采后生防菌肠杆菌、产气克雷伯氏菌(Klebsiella aerogenes)和成团泛菌(Pantoea agglomerans)的细胞中，该DNA载体编码线性多核糖核苷酸(环状RNA的前体)并携带包括Pepper适配体的多核苷酸负载物(参见例如，实例1)。分别用100μg/ml、50μg/mL、25μg/ml的羧苄青霉素、卡那霉素和氯霉素抗生素在LB板上选择共转化体。将细胞转移到胰蛋白酶大豆肉汤中的液体培养物中，并在37℃下以250rpm振荡，直到获得光密度OD600＝0.1。将培养物用0.1mM IPTG诱导，并在诱导后6小时收获。使用苯酚氯仿乙酸异戊酯提取、随后乙醇沉淀来纯化总RNA。通过用6％尿素PAGE分离总RNA来完成RNA制剂的质量控制。将凝胶用HBC525染色以观察含有Pepper适配体的RNA，并用溴化乙锭染色所有RNA。含有Pepper适配体的RNA被HBC525强烈染色；较高分子量条带的出现确认成功产生了含有Pepper适配体的环状RNA。

实例12：编码调节性非编码多核糖核苷酸的环状RNA的产生

本实例描述了产生具有包括非编码多核糖核苷酸的负载物的环状RNA的方法的实施例。更具体地，本实例描述了环状RNA的产生，该环状RNA包括调节RNA，即被加工成与靶基因结合并切割靶基因(在这种情况下，八氢番茄红素脱氢酶，PDS)的成熟miRNA的微小RNA前体(pri-miRNA或pre-miRNA)。

合成针对八氢番茄红素脱氢酶(PDS)基因的编码pri-miRNA(初级miRNA)(SEQ IDNO:622)的DNA载体(SEQ ID NO:621)和编码pre-miRNA(SEQ ID NO:624)的DNA载体(SEQ IDNO:623)，并单独转染到大肠杆菌的细胞中。将转染的细胞在抗生素上进行选择并在37℃下以250rpm振荡在极品肉汤中生长。在OD600＝0.1处用0.1mM IPTG诱导培养物。在诱导后6小时收获培养物，并使用苯酚氯仿乙酸异戊酯提取、随后乙醇沉淀来纯化RNA。通过用6％尿素PAGE分离总RNA来进行RNA制剂的质量控制。将凝胶用HBC525染色以观察含有Pepper适配体的RNA，并用溴化乙锭染色所有RNA。来自具有pre-miRNA构建体和pri-miRNA构建体的菌株的RNA在PAGE凝胶上得到了大小正确并且被HBC525强烈染色的条带，这指示成功产生了pre-miRNA和pri-miRNA分子。

实例13：在真核生物体中修饰靶基因的表达并引起表型的变化

本实例展示了向受试真核生物体提供环状RNA以修饰靶基因的表达并引起表型的变化。更具体地，本实例描述了使植物与环状miRNA接触，该环状miRNA包括下调该植物中靶基因的表达的调节性非编码RNA。

将实例12中产生的环状RNA作为总RNA提取物从细胞中分离。还从含有空载体的细胞分离出总RNA作为阴性对照。通过用金刚砂摩擦轻轻研磨烟草(本氏烟)和番茄(tomato)(番茄(Solanum lycopersicum))的叶子，然后施加10微克的总RNA。在施加RNA后3天和5天，从经处理的叶子(已施加环状RNA)和系统性叶子(经处理的叶子的远端)提取总RNA。使用与PDS基因和与管家基因杂交的寡核苷酸进行RT-qPCR用于归一化计算。观察到用从含有包含miRNA前体的载体的细胞分离的RNA处理的植物具有比用从含有空载体的细胞分离的RNA处理的植物更低的PDS(相对于管家基因)表达，这确认了环状RNA能够修饰(在这种情况下，下调)靶基因的表达。

在第二实验中，将靶向本氏烟的PDS基因的pri-miRNA负载物和pre-miRNA负载物在大肠杆菌细胞中进行序列确认，并如实例12中所述进行质量控制。通过用金刚砂摩擦将总RNA施加至烟草的叶子。将大约2-3μg之间的总RNA施加至每片叶子，或基于RNA定量的大约200ng-500ng的pri-miRNA或pre-miRNA。在施加后3天和5天收集经处理的叶子的样品。根据制造商的说明，使用Kingfisher液体处理器和Zymo植物RNA提取试剂盒提取总RNA。使用英杰公司(Invitrogen)SSIV Vilo试剂盒进行逆转录以生成cDNA。使用靶向PDS基因和pp2a管家基因的寡核苷酸进行定量PCR。通过比较PDS的Ct相对于pp2a的Ct计算所有样品的Δ-ΔCt值。将结果针对用来自缺少pri-miRNA或pre-miRNA的大肠杆菌的总RNA处理的阴性对照进行归一化。观察到用pri-miRNA或pre-miRNA处理的植物具有比用从含有空载体的细胞分离的RNA处理的植物更低的PDS(相对于管家基因)表达，这确认了从环状RNA产生的调节性非编码RNA能够修饰(在这种情况下，下调)靶基因的表达。

实例14：用RT-PCR确认原核生物体中环状多核糖核苷酸的产生

本实例描述了使用RT-PCR确认多核糖核苷酸的环状构象的一般方法。

将来自大肠杆菌细菌细胞的总RNA制剂用作逆转录酶(RT)反应的模板。使用随机六聚体起始反应。线性多核糖核苷酸产生了互补DNA(cDNA)，该互补DNA(cDNA)具有比“单位长度”(即在5'与3'核酶切割位点之间的距离)短的长度。由于滚环扩增，环状多核糖核苷酸产生了较短(短于单位长度)和较长(长于单位长度)长度的cDNA。使用多核糖核苷酸序列内的寡核苷酸引物，将来自RT反应的cDNA产物用作PCR反应中的模板。单位长度cDNA的PCR扩增产生了单位长度的扩增子。长于单位长度的cDNA的PCR扩增产生了单位长度的扩增子和长于单位长度(典型地是整数倍单位长度，最常见的是两倍单位长度)的扩增子两者，这在凝胶上生成了特征性阶梯图案。在RNA连接酶不存在的情况下将体外生成的线性多核糖核苷酸用作环状多核糖核苷酸RT-PCR信号的阴性对照；这些PCR生成了缺少阶梯图案的单位长度的扩增子。将通过使体外生成的线性多核糖核苷酸与RNA连接酶接触而生成的环状多核糖核苷酸用作环状多核糖核苷酸RT-PCR信号的阳性对照；这些PCR生成了呈阶梯图案的长于单位长度的扩增子。以这种方式对来自细菌细胞(这些细菌细胞含有预定用于通过RNA连接酶进行环化的线性多核糖核苷酸前体)的总RNA进行的RT-PCR示出了长于单位长度的扩增子具有特征性阶梯图案，这确认了线性前体的环化，同时从缺少多核糖核苷酸的细菌细胞分离的总RNA没有示出这种图案。图3展示了细菌细胞中线性多核糖核苷酸的环化和环化RNA产物的RT-PCR检测的实例。测试了两种构建体，其编码各自的线性多核糖核苷酸前体“min1”(SEQ ID NO:625)(其具有392nt的未加工长度和在核酶切割后275nt的加工长度)、以及“min2”(SEQ ID NO:626)(其具有245nt的未加工长度和在核酶切割后128nt的加工长度)。min1的环化由阶梯图案指示，该阶梯图案由来自单位长度扩增子(275nt)和两倍单位长度扩增子(550nt)的条带形成。min 2的环化由阶梯图案指示，该阶梯图案由来自单位长度扩增子(128nt)和两倍单位长度扩增子(256nt)的条带形成。

验证线性RNA前体的环化的替代性方法使用地高辛标记和RNA印迹分析。简言之，使用DIG标记的UTP代替UTP，并使用编码线性多核糖核苷酸前体的DNA构建体的PCR扩增子作为模板，使用SP6 Mega IVT试剂盒根据制造商的说明在体外转录地高辛标记的RNA分子。将待分析的样品提取为来自转染的细菌细胞的总RNA，通过凝胶电泳分离，然后转移到硝酸纤维素膜上。按照制造商的方案(DIG Northern Starter试剂盒，罗氏公司(Roche)，12039672910)制备被设计为具有与线性多核糖核苷酸前体互补的序列的地高辛标记的探针，将其纯化(例如，使用Monarch50ug RNA纯化柱)，并用于在硝酸纤维素膜上使RNA可视化。

本申请提到的所有引用的专利和专利公开均通过引用以其全文并入本文。本文披露和要求保护的所有材料和方法都可以如通过上述披露指示的和通过实例说明的进行制备和使用，而无需进行过多实验。尽管与本发明相关的材料和方法已在实施例和说明性实例方面进行了描述，但对于本领域技术人员而言将显而易见的是，在不背离本发明的概念、精神和范围的情况下，可以对本文所述的材料和方法做出替代和变化。因此，本发明的广度和范围不应受上述任一实例的限制，而应仅根据前述实施例、以下权利要求、以及它们的等同物来定义。

序列表

<110> 旗舰创业创新七公司（FLAGSHIP PIONEERING INNOVATIONS VII, LLC）

<120> 原核系统中环状多核糖核苷酸的产生

<130> P13756WO00

<150> 63/189610

<151> 2021-05-17

<150> 63/166467

<151> 2021-03-26

<160> 626

<170> PatentIn 3.5版

<210> 1

<211> 23

<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 合成的构建体

<400> 1

taatacgact cactataggg aat 23

<210> 2

<211> 94

<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 合成的构建体

<400> 2

cgatgcttct ttgagcgaac gatcaaaaat aagtgccttc ccatcaaaaa aatattctca 60

acataaaaaa ctttgtgtaa tacttgtaac gctg 94

<210> 3

<211> 49

<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 合成的构建体

<400> 3

tttcccctga tgagtccgtg aggacgaaac gagtaagctc gtcgggaaa 49

<210> 4

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 合成的构建体

<400> 4

gggaaaaaaa tgccgtcggt 20

<210> 5

<211> 53

<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 合成的构建体

<400> 5

ttggaccaat cgtggcgtgt cggcctgctt cggcaggcac tggcgccgtc cag 53

<210> 6

<211> 464

<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 合成的构建体

<400> 6

gagggcccgg aaacctggcc ctgtcttctt gacgagcatt cctaggggtc tttcccctct 60

cgccaaagga atgcaaggtc tgttgaatgt cgtgaaggaa gcagttcctc tggaagcttc 120

ttgaagacaa acaacgtctg tagcgaccct ttgcaggcag cggaaccccc cacctggcga 180

caggtgcctc tgcggccaaa agccacgtgt ataagataca cctgcaaagg cggcacaacc 240

ccagtgccac gttgtgagtt ggatagttgt ggaaagagtc aaatggctct cctcaagcgt 300

attcaacaag gggctgaagg atgcccagaa ggtaccccat tgtatgggat ctgatctggg 360

gcctcggtgc acatgcttta catgtgttta gtcgaggtta aaaaaacgtc taggcccccc 420

gaaccacggg gacgtggttt tcctttgaaa aacacgatga taat 464

<210> 7

<211> 516

<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 合成的构建体

<400> 7

atggtcttca cactcgaaga tttcgttggg gactggcgac agacagccgg ctacaacctg 60

gaccaagtcc ttgaacaggg aggtgtgtcc agtttgtttc agaatctcgg ggtgtccgta 120

actccgatcc aaaggattgt cctgagcggt gaaaatgggc tgaagatcga catccatgtc 180

atcatcccgt atgaaggtct gagcggcgac caaatgggcc agatcgaaaa aatttttaag 240

gtggtgtacc ctgtggatga tcatcacttt aaggtgatcc tgcactatgg cacactggta 300

atcgacgggg ttacgccgaa catgatcgac tatttcggac ggccgtatga aggcatcgcc 360

gtgttcgacg gcaaaaagat cactgtaaca gggaccctgt ggaacggcaa caaaattatc 420

gacgagcgcc tgatcaaccc cgacggctcc ctgctgttcc gagtaaccat caacggagtg 480

accggctggc ggctgtgcga acgcattctg gcgtaa 516

<210> 8

<211> 1036

<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 合成的构建体

<400> 8

ttggaccaat cgtggcgtgt cggcctgctt cggcaggcac tggcgccgtc caggagggcc 60

cggaaacctg gccctgtctt cttgacgagc attcctaggg gtctttcccc tctcgccaaa 120

ggaatgcaag gtctgttgaa tgtcgtgaag gaagcagttc ctctggaagc ttcttgaaga 180

caaacaacgt ctgtagcgac cctttgcagg cagcggaacc ccccacctgg cgacaggtgc 240

ctctgcggcc aaaagccacg tgtataagat acacctgcaa aggcggcaca accccagtgc 300

cacgttgtga gttggatagt tgtggaaaga gtcaaatggc tctcctcaag cgtattcaac 360

aaggggctga aggatgccca gaaggtaccc cattgtatgg gatctgatct ggggcctcgg 420

tgcacatgct ttacatgtgt ttagtcgagg ttaaaaaaac gtctaggccc cccgaaccac 480

ggggacgtgg ttttcctttg aaaaacacga tgataatgcc accatggtct tcacactcga 540

agatttcgtt ggggactggc gacagacagc cggctacaac ctggaccaag tccttgaaca 600

gggaggtgtg tccagtttgt ttcagaatct cggggtgtcc gtaactccga tccaaaggat 660

tgtcctgagc ggtgaaaatg ggctgaagat cgacatccat gtcatcatcc cgtatgaagg 720

tctgagcggc gaccaaatgg gccagatcga aaaaattttt aaggtggtgt accctgtgga 780

tgatcatcac tttaaggtga tcctgcacta tggcacactg gtaatcgacg gggttacgcc 840

gaacatgatc gactatttcg gacggccgta tgaaggcatc gccgtgttcg acggcaaaaa 900

gatcactgta acagggaccc tgtggaacgg caacaaaatt atcgacgagc gcctgatcaa 960

ccccgacggc tccctgctgt tccgagtaac catcaacgga gtgaccggct ggcggctgtg 1020

cgaacgcatt ctggcg 1036

<210> 9

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 合成的构建体

<400> 9

accgacggca aaaaaaaaaa 20

<210> 10

<211> 68

<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 合成的构建体

<400> 10

ggccggcatg gtcccagcct cctcgctggc gccggctggg caacatgctt cggcatggcg 60

aatgggac 68

<210> 11

<211> 44

<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 合成的构建体

<400> 11

gaaatcatcc ttagcgaaag ctaaggattt tttttatctg aaat 44

<210> 12

<211> 1268

<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 合成的构建体

<400> 12

cttatcgaaa ttaatacgac tcactatagg gaattttccc ctgatgagtc cgtgaggacg 60

aaacgagtaa gctcgtcggg aaaaaaatgc cgtcggtttg gaccaatcgt ggcgtgtcgg 120

cctgcttcgg caggcactgg cgccgtccag gagggcccgg aaacctggcc ctgtcttctt 180

gacgagcatt cctaggggtc tttcccctct cgccaaagga atgcaaggtc tgttgaatgt 240

cgtgaaggaa gcagttcctc tggaagcttc ttgaagacaa acaacgtctg tagcgaccct 300

ttgcaggcag cggaaccccc cacctggcga caggtgcctc tgcggccaaa agccacgtgt 360

ataagataca cctgcaaagg cggcacaacc ccagtgccac gttgtgagtt ggatagttgt 420

ggaaagagtc aaatggctct cctcaagcgt attcaacaag gggctgaagg atgcccagaa 480

ggtaccccat tgtatgggat ctgatctggg gcctcggtgc acatgcttta catgtgttta 540

gtcgaggtta aaaaaacgtc taggcccccc gaaccacggg gacgtggttt tcctttgaaa 600

aacacgatga taatgccacc atggtcttca cactcgaaga tttcgttggg gactggcgac 660

agacagccgg ctacaacctg gaccaagtcc ttgaacaggg aggtgtgtcc agtttgtttc 720

agaatctcgg ggtgtccgta actccgatcc aaaggattgt cctgagcggt gaaaatgggc 780

tgaagatcga catccatgtc atcatcccgt atgaaggtct gagcggcgac caaatgggcc 840

agatcgaaaa aatttttaag gtggtgtacc ctgtggatga tcatcacttt aaggtgatcc 900

tgcactatgg cacactggta atcgacgggg ttacgccgaa catgatcgac tatttcggac 960

ggccgtatga aggcatcgcc gtgttcgacg gcaaaaagat cactgtaaca gggaccctgt 1020

ggaacggcaa caaaattatc gacgagcgcc tgatcaaccc cgacggctcc ctgctgttcc 1080

gagtaaccat caacggagtg accggctggc ggctgtgcga acgcattctg gcgtaaaccg 1140

acggcaaaaa aaaaaaggcc ggcatggtcc cagcctcctc gctggcgccg gctgggcaac 1200

atgcttcggc atggcgaatg ggacgaaatc atccttagcg aaagctaagg atttttttta 1260

tctgaaat 1268

<210> 13

<211> 1195

<212> RNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 合成的构建体

<400> 13

ggaauuuucc ccugaugagu ccgugaggac gaaacgagua agcucgucgg gaaaaaaaug 60

ccgucgguuu ggaccaaucg uggcgugucg gccugcuucg gcaggcacug gcgccgucca 120

ggagggcccg gaaaccuggc ccugucuucu ugacgagcau uccuaggggu cuuuccccuc 180

ucgccaaagg aaugcaaggu cuguugaaug ucgugaagga agcaguuccu cuggaagcuu 240

cuugaagaca aacaacgucu guagcgaccc uuugcaggca gcggaacccc ccaccuggcg 300

acaggugccu cugcggccaa aagccacgug uauaagauac accugcaaag gcggcacaac 360

cccagugcca cguugugagu uggauaguug uggaaagagu caaauggcuc uccucaagcg 420

uauucaacaa ggggcugaag gaugcccaga agguacccca uuguauggga ucugaucugg 480

ggccucggug cacaugcuuu acauguguuu agucgagguu aaaaaaacgu cuaggccccc 540

cgaaccacgg ggacgugguu uuccuuugaa aaacacgaug auaaugccac cauggucuuc 600

acacucgaag auuucguugg ggacuggcga cagacagccg gcuacaaccu ggaccaaguc 660

cuugaacagg gagguguguc caguuuguuu cagaaucucg ggguguccgu aacuccgauc 720

caaaggauug uccugagcgg ugaaaauggg cugaagaucg acauccaugu caucaucccg 780

uaugaagguc ugagcggcga ccaaaugggc cagaucgaaa aaauuuuuaa ggugguguac 840

ccuguggaug aucaucacuu uaaggugauc cugcacuaug gcacacuggu aaucgacggg 900

guuacgccga acaugaucga cuauuucgga cggccguaug aaggcaucgc cguguucgac 960

ggcaaaaaga ucacuguaac agggacccug uggaacggca acaaaauuau cgacgagcgc 1020

cugaucaacc ccgacggcuc ccugcuguuc cgaguaacca ucaacggagu gaccggcugg 1080

cggcugugcg aacgcauucu ggcguaaacc gacggcaaaa aaaaaaaggc cggcaugguc 1140

ccagccuccu cgcuggcgcc ggcugggcaa caugcuucgg cauggcgaau gggac 1195

<210> 14

<211> 1079

<212> RNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 合成的构建体

<400> 14

gggaaaaaaa ugccgucggu uuggaccaau cguggcgugu cggccugcuu cggcaggcac 60

uggcgccguc caggagggcc cggaaaccug gcccugucuu cuugacgagc auuccuaggg 120

gucuuucccc ucucgccaaa ggaaugcaag gucuguugaa ugucgugaag gaagcaguuc 180

cucuggaagc uucuugaaga caaacaacgu cuguagcgac ccuuugcagg cagcggaacc 240

ccccaccugg cgacaggugc cucugcggcc aaaagccacg uguauaagau acaccugcaa 300

aggcggcaca accccagugc cacguuguga guuggauagu uguggaaaga gucaaauggc 360

ucuccucaag cguauucaac aaggggcuga aggaugccca gaagguaccc cauuguaugg 420

gaucugaucu ggggccucgg ugcacaugcu uuacaugugu uuagucgagg uuaaaaaaac 480

gucuaggccc cccgaaccac ggggacgugg uuuuccuuug aaaaacacga ugauaaugcc 540

accauggucu ucacacucga agauuucguu ggggacuggc gacagacagc cggcuacaac 600

cuggaccaag uccuugaaca gggaggugug uccaguuugu uucagaaucu cggggugucc 660

guaacuccga uccaaaggau uguccugagc ggugaaaaug ggcugaagau cgacauccau 720

gucaucaucc cguaugaagg ucugagcggc gaccaaaugg gccagaucga aaaaauuuuu 780

aagguggugu acccugugga ugaucaucac uuuaagguga uccugcacua uggcacacug 840

guaaucgacg ggguuacgcc gaacaugauc gacuauuucg gacggccgua ugaaggcauc 900

gccguguucg acggcaaaaa gaucacugua acagggaccc uguggaacgg caacaaaauu 960

aucgacgagc gccugaucaa ccccgacggc ucccugcugu uccgaguaac caucaacgga 1020

gugaccggcu ggcggcugug cgaacgcauu cuggcguaaa ccgacggcaa aaaaaaaaa 1079

<210> 15

<211> 1227

<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 合成的构建体

<400> 15

atgaattacg aattactgac cactgaaaat gccccggtaa aaatgtggac caaaggcgtg 60

ccggtagagg ccgatgcgcg tcagcaactt attaatacgg cgaagatgcc gtttattttc 120

aaacatattg cggtaatgcc tgatgtacac ctgggtaaag gttccaccat tggtagcgtg 180

atcccgacca aaggggcgat tattccggcg gcggtgggcg tggatattgg ctgtggaatg 240

aacgcgctgc gtaccgcgtt aacggcggaa gacctgcctg aaaacctggc agagctgcgt 300

caggcgattg aaacggccgt gccgcacggg cgtaccactg gccgttgtaa acgtgataaa 360

ggtgcctggg aaaatccacc tgttaacgtc gatgctaaat gggctgagct tgaagccggt 420

tatcagtggt taacgcaaaa atatccccgt ttcctgaata ccaataacta taaacacctg 480

ggaacgctgg gaaccggtaa ccactttatt gaaatctgcc ttgatgagtc ggaccaggtg 540

tggattatgc tgcactccgg ttcacgcgga attggtaacg ccatcgggac ttactttatc 600

gatctggcac aaaaagagat gcaggaaacg cttgagacgt tgccgtcgcg tgatctggcg 660

tactttatgg aaggtacgga atactttgat gattacctga aagccgtggc ctgggcgcag 720

ctttttgcca gccttaaccg cgatgcgatg atggaaaacg tggtaacggc attgcagagc 780

attacgcaga aaacggtcag acagccacaa acgctggcga tggaagagat caactgtcac 840

cacaactatg tgcaaaaaga acagcacttt ggtgaagaga tctacgtgac gcgtaaaggc 900

gcggtgtctg cgcgtgctgg tcaatatgga attattcccg gttcgatggg agcaaaaagc 960

tttatcgtcc gtgggctggg aaatgaagag tcgttctgtt cgtgcagcca cggtgccggg 1020

cgggtaatga gccgaactaa agcgaaaaaa ctgttcagcg tggaagatca aattcgtgcc 1080

accgcgcatg tggaatgccg taaagatgcc gaagtgatcg acgaaatccc gatggcgtat 1140

aaagatattg atgcggtgat ggcggcacaa agcgatctgg tggaagttat ctataccctg 1200

cgtcaggtgg tgtgcgtaaa aggataa 1227

<210> 16

<211> 49

<212> RNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 合成的构建体

<400> 16

uuuccccuga ugaguccgug aggacgaaac gaguaagcuc gucgggaaa 49

<210> 17

<211> 20

<212> RNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 合成的构建体

<400> 17

gggaaaaaaa ugccgucggu 20

<210> 18

<211> 464

<212> RNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 合成的构建体

<400> 18

gagggcccgg aaaccuggcc cugucuucuu gacgagcauu ccuagggguc uuuccccucu 60

cgccaaagga augcaagguc uguugaaugu cgugaaggaa gcaguuccuc uggaagcuuc 120

uugaagacaa acaacgucug uagcgacccu uugcaggcag cggaaccccc caccuggcga 180

caggugccuc ugcggccaaa agccacgugu auaagauaca ccugcaaagg cggcacaacc 240

ccagugccac guugugaguu ggauaguugu ggaaagaguc aaauggcucu ccucaagcgu 300

auucaacaag gggcugaagg augcccagaa gguaccccau uguaugggau cugaucuggg 360

gccucggugc acaugcuuua cauguguuua gucgagguua aaaaaacguc uaggcccccc 420

gaaccacggg gacgugguuu uccuuugaaa aacacgauga uaau 464

<210> 19

<211> 1036

<212> RNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 合成的构建体

<400> 19

uuggaccaau cguggcgugu cggccugcuu cggcaggcac uggcgccguc caggagggcc 60

cggaaaccug gcccugucuu cuugacgagc auuccuaggg gucuuucccc ucucgccaaa 120

ggaaugcaag gucuguugaa ugucgugaag gaagcaguuc cucuggaagc uucuugaaga 180

caaacaacgu cuguagcgac ccuuugcagg cagcggaacc ccccaccugg cgacaggugc 240

cucugcggcc aaaagccacg uguauaagau acaccugcaa aggcggcaca accccagugc 300

cacguuguga guuggauagu uguggaaaga gucaaauggc ucuccucaag cguauucaac 360

aaggggcuga aggaugccca gaagguaccc cauuguaugg gaucugaucu ggggccucgg 420

ugcacaugcu uuacaugugu uuagucgagg uuaaaaaaac gucuaggccc cccgaaccac 480

ggggacgugg uuuuccuuug aaaaacacga ugauaaugcc accauggucu ucacacucga 540

agauuucguu ggggacuggc gacagacagc cggcuacaac cuggaccaag uccuugaaca 600

gggaggugug uccaguuugu uucagaaucu cggggugucc guaacuccga uccaaaggau 660

uguccugagc ggugaaaaug ggcugaagau cgacauccau gucaucaucc cguaugaagg 720

ucugagcggc gaccaaaugg gccagaucga aaaaauuuuu aagguggugu acccugugga 780

ugaucaucac uuuaagguga uccugcacua uggcacacug guaaucgacg ggguuacgcc 840

gaacaugauc gacuauuucg gacggccgua ugaaggcauc gccguguucg acggcaaaaa 900

gaucacugua acagggaccc uguggaacgg caacaaaauu aucgacgagc gccugaucaa 960

ccccgacggc ucccugcugu uccgaguaac caucaacgga gugaccggcu ggcggcugug 1020

cgaacgcauu cuggcg 1036

<210> 20

<211> 20

<212> RNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 合成的构建体

<400> 20

accgacggca aaaaaaaaaa 20

<210> 21

<211> 68

<212> RNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 合成的构建体

<400> 21

ggccggcaug gucccagccu ccucgcuggc gccggcuggg caacaugcuu cggcauggcg 60

aaugggac 68

<210> 22

<211> 44

<212> RNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 合成的构建体

<400> 22

gaaaucaucc uuagcgaaag cuaaggauuu uuuuuaucug aaau 44

<210> 23

<211> 1227

<212> RNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 合成的构建体

<400> 23

augaauuacg aauuacugac cacugaaaau gccccgguaa aaauguggac caaaggcgug 60

ccgguagagg ccgaugcgcg ucagcaacuu auuaauacgg cgaagaugcc guuuauuuuc 120

aaacauauug cgguaaugcc ugauguacac cuggguaaag guuccaccau ugguagcgug 180

aucccgacca aaggggcgau uauuccggcg gcggugggcg uggauauugg cuguggaaug 240

aacgcgcugc guaccgcguu aacggcggaa gaccugccug aaaaccuggc agagcugcgu 300

caggcgauug aaacggccgu gccgcacggg cguaccacug gccguuguaa acgugauaaa 360

ggugccuggg aaaauccacc uguuaacguc gaugcuaaau gggcugagcu ugaagccggu 420

uaucaguggu uaacgcaaaa auauccccgu uuccugaaua ccaauaacua uaaacaccug 480

ggaacgcugg gaaccgguaa ccacuuuauu gaaaucugcc uugaugaguc ggaccaggug 540

uggauuaugc ugcacuccgg uucacgcgga auugguaacg ccaucgggac uuacuuuauc 600

gaucuggcac aaaaagagau gcaggaaacg cuugagacgu ugccgucgcg ugaucuggcg 660

uacuuuaugg aagguacgga auacuuugau gauuaccuga aagccguggc cugggcgcag 720

cuuuuugcca gccuuaaccg cgaugcgaug auggaaaacg ugguaacggc auugcagagc 780

auuacgcaga aaacggucag acagccacaa acgcuggcga uggaagagau caacugucac 840

cacaacuaug ugcaaaaaga acagcacuuu ggugaagaga ucuacgugac gcguaaaggc 900

gcggugucug cgcgugcugg ucaauaugga auuauucccg guucgauggg agcaaaaagc 960

uuuaucgucc gugggcuggg aaaugaagag ucguucuguu cgugcagcca cggugccggg 1020

cggguaauga gccgaacuaa agcgaaaaaa cuguucagcg uggaagauca aauucgugcc 1080

accgcgcaug uggaaugccg uaaagaugcc gaagugaucg acgaaauccc gauggcguau 1140

aaagauauug augcggugau ggcggcacaa agcgaucugg uggaaguuau cuauacccug 1200

cgucaggugg ugugcguaaa aggauaa 1227

<210> 24

<211> 61

<212> RNA

<213> 未知

<220>

<223> 未分类的序列P3型扭转核酶，URS0000D66A6B_12908

<400> 24

caugcucagc ggucccaagu ccgcaucaaa gccugagggc ugcaguaaag guacugagcu 60

g 61

<210> 25

<211> 76

<212> RNA

<213> 未知

<220>

<223> 未分类的序列P3型扭转核酶，URS0000D6AAF0_12908

<400> 25

uuauuuagcc gucuaaaguc ggcaaugaau ugagauagca cccuguaaau uuucagggug 60

uaaacaaacu aaauga 76

<210> 26

<211> 72

<212> RNA

<213> 未知

<220>

<223> 未分类的序列P3型扭转核酶，URS0000D6663E_12908

<400> 26

uuaauugccg guugccaguc cguuaaauug ugagcagucc ggccauugug ccggauuaaa 60

caaaccaauu aa 72

<210> 27

<211> 72

<212> RNA

<213> 未知

<220>

<223> 未分类的序列P3型扭转核酶，URS0000D6C266_12908

<400> 27

uuaguuaacg guugcacguc cgauaaauug ugagcagucc cggagcaauc cgggauuaaa 60

caaacuaacu aa 72

<210> 28

<211> 74

<212> RNA

<213> 未知

<220>

<223> 未分类的序列P3型扭转核酶，URS0000D6AF2A_12908

<400> 28

ugauuuaggc guuccaaacc gccgcaaauu gugaggacug cucgccaaaa gcgggcagua 60

aacaaguuaa auca 74

<210> 29

<211> 80

<212> RNA

<213> 未知

<220>

<223> 未分类的序列P3型扭转核酶，URS0000D6A2C3_12908

<400> 29

aauucuugcg guucaaaguc cgcguaaaau ccagaugaca cauucccgua auaaacggga 60

guguguaaug aacaagaauu 80

<210> 30

<211> 73

<212> RNA

<213> 未知

<220>

<223> 未分类的序列P3型扭转核酶，URS0000D6726E_12908

<400> 30

acacccaccu guuacaaguc aggacagaag cagaguaacg guugcuuacg caaccgguaa 60

ugcuacuggg ugu 73

<210> 31

<211> 74

<212> RNA

<213> 未知

<220>

<223> 未分类的序列P3型扭转核酶，URS0000D66C2E_12908

<400> 31

caauaaagcg guuacaagcc cgcaaaaaua gcagaguaau gucgcgauag cgcggcauua 60

augcagcuuu auug 74

<210> 32

<211> 72

<212> RNA

<213> 未知

<220>

<223> 未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D659B0_12908

<400> 32

uguuuaaugc agccaugagu auuuaauacu augaagguga uaagcuccuu guaaaguaau 60

gcagaaucga ca 72

<210> 33

<211> 57

<212> RNA

<213> 未知

<220>

<223> 未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D6D1CA_12908

<400> 33

gccguaaagc cacuaugacc ggguugcaag ucccggcugc gauaggcuga gcacggu 57

<210> 34

<211> 119

<212> RNA

<213> 未知

<220>

<223> 未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D67E2B_12908

<400> 34

guucuaaugc agccagcacg acuuugucau agauaaaaua ucauuaauac acuauuuaca 60

cagauguaug cgauuacuag ugcugggagu ccuaagccuc cauaaaugca gaagggaac 119

<210> 35

<211> 93

<212> RNA

<213> 未知

<220>

<223> 未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D68054_12908

<400> 35

ucuguaaccc caccaccgug gacauccugg cagggauaau ggccaggaug aucauggugg 60

agguccaaag uccucaaaag aggggauggc aga 93

<210> 36

<211> 84

<212> RNA

<213> 未知

<220>

<223> 未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D6D330_12908

<400> 36

acaauaaugc ggccucgcua ccaauacgca uuuauuagua uugguaacgu gacaguccca 60

agccuguaaa acgcagaggg uugu 84

<210> 37

<211> 57

<212> RNA

<213> 未知

<220>

<223> 未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D6A800_12908

<400> 37

gucguaaugc agccguugcc acgugccaag ucguggauua gaaaugcaga ggcggaa 57

<210> 38

<211> 61

<212> RNA

<213> 未知

<220>

<223> 未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D68297_12908

<400> 38

gguguaaugc gacucgcuca cagagcgaca gguucacagu ccuacaaacg cagaugacac 60

c 61

<210> 39

<211> 97

<212> RNA

<213> 未知

<220>

<223> 未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D68DD8_12908

<400> 39

agcuuaauac agguagauaa gcaagcaagg ugcggcuauc uacacggucc caacuccgua 60

aagguuagag ugacaacuaa ucgaaguaga gggagcu 97

<210> 40

<211> 52

<212> RNA

<213> 未知

<220>

<223> 未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D66D37_12908

<400> 40

uaaauaaugu cgccaaugga gguaucaagc ccucauaaag acagagauaa aa 52

<210> 41

<211> 73

<212> RNA

<213> 未知

<220>

<223> 未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D68577_12908

<400> 41

acguuaaugu ggcuguaugu gugggugcac acacauacac uagucccaag ccuagguaaa 60

cacagaggga uug 73

<210> 42

<211> 62

<212> RNA

<213> 未知

<220>

<223> 未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D68F79_12908

<400> 42

aaaguaaugc aacuacaaga aauuguaucg gugacaaguc cgagauaaau gcagagucau 60

uu 62

<210> 43

<211> 56

<212> RNA

<213> 未知

<220>

<223> 未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D68EE0_12908

<400> 43

ucuguaauga ugccgauggc gguugcaagc ccgcaggaag aaacucagag cacaga 56

<210> 44

<211> 55

<212> RNA

<213> 未知

<220>

<223> 未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D67CC2_12908

<400> 44

acuauaaucu ugccaucguc aguuccaagc cugagugaga aaaagagagg auagu 55

<210> 45

<211> 58

<212> RNA

<213> 未知

<220>

<223> 未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D65864_12908

<400> 45

acucuaaccc agcggcaauc uuuugcccgu guccgaagcc acuaaugggg acgggagu 58

<210> 46

<211> 55

<212> RNA

<213> 未知

<220>

<223> 未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D68DB5_12908

<400> 46

ccgcuaacca ugccguggcc agucccaagc cuggauguga aaaugggagg ggcgg 55

<210> 47

<211> 60

<212> RNA

<213> 未知

<220>

<223> 未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D6B540_12908

<400> 47

uuuuuaauga agccacagug aucacuguga ggguccuaag ccccuaauuc agaagggaaa 60

<210> 48

<211> 68

<212> RNA

<213> 未知

<220>

<223> 未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D6A03C_12908

<400> 48

uguguaaugc uacuaugaua gcacauugcg aaucauacgg guugcaaguc ccucaagcag 60

agcacacg 68

<210> 49

<211> 51

<212> RNA

<213> 未知

<220>

<223> 未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D6C02F_12908

<400> 49

uuuuuaaccc agccagagac ggucacaagc ccgugaaaug gggaguggaa a 51

<210> 50

<211> 58

<212> RNA

<213> 未知

<220>

<223> 未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D6AF09_12908

<400> 50

gcucuaaugu ggccacccga cagggugugu guuucaagcc accaacacag agaagagc 58

<210> 51

<211> 83

<212> RNA

<213> 未知

<220>

<223> 未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D67A5B_12908

<400> 51

gguguaacac ggcuauaguc aggcauuaca agauuaaguc cugcuauaaa ggucuaaagc 60

ccuuguaaac aguggauagc acu 83

<210> 52

<211> 57

<212> RNA

<213> 未知

<220>

<223> 未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D66DD2_12908

<400> 52

uguguaaugc gagcauugua uggucacaac uccauaauua aaaacgcaga gugcaca 57

<210> 53

<211> 56

<212> RNA

<213> 未知

<220>

<223> 未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D667E4_12908

<400> 53

gcuuuaacac agccaaagaa gguuccaagc ccuuuaguga aauuguggag gaaagc 56

<210> 54

<211> 67

<212> RNA

<213> 未知

<220>

<223> 未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D6A251_12908

<400> 54

aaaguaaugc agccgcccgc cgcgcgcggg gacgucggua gcaagcccgu guaaugcaga 60

guuuucu 67

<210> 55

<211> 61

<212> RNA

<213> 未知

<220>

<223> 未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D6A995_12908

<400> 55

gcuuuaaugc ggcccguuuu gauacggcag guuacaagcc cugguaaacg cagaguagag 60

c 61

<210> 56

<211> 69

<212> RNA

<213> 未知

<220>

<223> 未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D6A5FC_12908

<400> 56

uucguaaugc ggccgugcug guaacguucc agcgcgacgg ucccaagccc gaaaaacgca 60

gagggagaa 69

<210> 57

<211> 80

<212> RNA

<213> 未知

<220>

<223> 未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D67156_12908

<400> 57

ccgguaaugc ggcacgcgug gucacaagcc caccgcccuu cguugagcgg aaacguucac 60

guugggacgc agagugacgg 80

<210> 58

<211> 53

<212> RNA

<213> 未知

<220>

<223> 未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D6CC8F_12908

<400> 58

ggcuuaacuc agccaacggc gguccaaagc ccgcguguaa ugaggaugga gcc 53

<210> 59

<211> 66

<212> RNA

<213> 未知

<220>

<223> 未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D65A05_12908

<400> 59

agcguaaugu agccuagucc gacuuuggac uagaggguuc acagccccuu uaauacagau 60

gacgca 66

<210> 60

<211> 81

<212> RNA

<213> 未知

<220>

<223> 未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D6967F_12908

<400> 60

gguguaaagc uacuaaacag gcaauacaaa aauaaguccu guuuaaaggu ucaaaguccu 60

uguaaaaaag cugaugacac g 81

<210> 61

<211> 62

<212> RNA

<213> 未知

<220>

<223> 未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D6755D_12908

<400> 61

ccucuaaugc ggcccggcau ggugccggac ggugguaagc ccgugcaaac gcagaaccua 60

gg 62

<210> 62

<211> 52

<212> RNA

<213> 未知

<220>

<223> 未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D68D61_12908

<400> 62

cucguaaugc ggcgaaccgg uggcaagccc ggugguggac gcagagccag ag 52

<210> 63

<211> 53

<212> RNA

<213> 未知

<220>

<223> 未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D67BA2_12908

<400> 63

uccucaaugc ggcaagccgg ugacaagccc ggcgguagac gcagagucaa gga 53

<210> 64

<211> 62

<212> RNA

<213> 未知

<220>

<223> 未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D6B09E_12908

<400> 64

uuuguaaugu ggccuaaauu uuuauuuaga acguuccaag ccguuaaaac acagaggaca 60

aa 62

<210> 65

<211> 55

<212> RNA

<213> 未知

<220>

<223> 未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D65D7A_12908

<400> 65

cucuuaaagu ugccuaagaa cguugcaagc cguuuuacga aaaacugagc aagaa 55

<210> 66

<211> 71

<212> RNA

<213> 未知

<220>

<223> 未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D694CE_12908

<400> 66

auuguaaugc agcauauaga uguauuaaca ccuauauaga guucaaagcc ucuacaaaug 60

cagaugacaa u 71

<210> 67

<211> 72

<212> RNA

<213> 豌豆蚜（Acyrthosiphon pisum）

<220>

<223> 豌豆蚜（Acyrthosiphon pisum）（豌豆蚜虫）P1型扭转核酶，URS0000D68632_7029

<400> 67

uuuuuaauca uaccaguagu cuaauuuuua gauuacugac aguccuaagu cuguaaaaaa 60

ugagaaggga aa 72

<210> 68

<211> 106

<212> RNA

<213> 未知

<220>

<223> 未分类的序列RAGATH-1锤头状核酶，URS0000D67356_12908

<400> 68

aacucagcua gggagaguau aacauucaug uugacgagac cuagacgaaa cacagaggaa 60

aauuauuaau cacuggauag uauuaguaau gacucugugu ccauga 106

<210> 69

<211> 77

<212> RNA

<213> 未知

<220>

<223> 未分类的序列RAGATH-1锤头状核酶，URS0000D6976A_12908

<400> 69

uugucagcua aggagacaga aaaauuaucu acugaugaga cuuagccgaa accaccucuu 60

uuaggggugg ucuagau 77

<210> 70

<211> 85

<212> RNA

<213> 未知

<220>

<223> 未分类的序列RAGATH-1锤头状核酶，URS0000D6B94F_12908

<400> 70

aagucagcca ggagacuaua aaauucauac ugaugagacu ggacgaaaua ccuaguaaca 60

guuguacguu auuagguauc uauga 85

<210> 71

<211> 119

<212> RNA

<213> 未知

<220>

<223> 未分类的序列RAGATH-1锤头状核酶，URS0000D698D3_12908

<400> 71

aacucagcua gggagaguag cgagcauuac guaauacuac guauuacucc aauaacauug 60

ucacugauga gaccuagacg aaacuacggu aaacauuugc aucauacugu agucugaua 119

<210> 72

<211> 76

<212> RNA

<213> 未知

<220>

<223> 未分类的序列RAGATH-1锤头状核酶，URS0000D68882_12908

<400> 72

aagacagccu aggagucuau aaaauaugug cugacgagac uaggacgaaa cuauccucag 60

uugaggauag uccacu 76

<210> 73

<211> 73

<212> RNA

<213> 未知

<220>

<223> 未分类的序列RAGATH-1锤头状核酶，URS0000D6A535_12908

<400> 73

aagacagucu aggagucuau aaaauuguua cugaagagac uagaacgaaa cuucuuuaau 60

uagaagucua aca 73

<210> 74

<211> 63

<212> RNA

<213> 未知

<220>

<223> 未分类的序列RAGATH-1锤头状核酶，URS0000D6B98C_12908

<400> 74

aacucaacca ggagaguaua aaauguuuac ugaugagacu ggacgaaacc aauagguuua 60

aac 63

<210> 75

<211> 74

<212> RNA

<213> 未知

<220>

<223> 未分类的序列RAGATH-1锤头状核酶，URS0000D68B88_12908

<400> 75

aagacaucca ggagucuaua aaauagucac ugaugagacu ggacgaaacc ucugcuauau 60

guagaggucu gauu 74

<210> 76

<211> 163

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 韦荣氏球菌属物种（Veillonella sp.）CAG:933基因组支架，scf58，HF986131.1

<400> 76

attgcctgtg aaggtagtgc atatttttat tattagatca tcagaagatg acaagcatgt 60

ggggcgtaag tagtattttt atgcgggaga agaagaatgg caattgttct aattagtact 120

gataattgca aatactatga tcgtgcggac gttaaaatca tgc 163

<210> 77

<211> 176

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 人肠道宏基因组DNA，重叠群序列：F2-X_000328，BAAZ01000328.1

<400> 77

ttataatgtt agcataaata caataaagtt aatgcagtag aaatactgcg ctctttaagg 60

tgagaatcct tgacaagcat gtggggctta tatctattca tacagagcaa gtacgtacgg 120

gaaagcttaa aatactcatc tgtaaaatag tattagtgca gactttaaaa tcatgc 176

<210> 78

<211> 128

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 人肠道宏基因组DNA，重叠群序列：F1-T_010313，BAAV01010313.1

<400> 78

acagaaaaag aagctaaaga agcaagaaag tattactgtg agaatcagta ataagcatgt 60

ggggcttatg tcttatcaaa agggtggcca acttttagat agcattagtg cggacgttaa 120

aatcatgc 128

<210> 79

<211> 157

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 海洋宏基因组1091142135580，全基因组鸟枪序列，AACY021400709.1

<400> 79

acattttgtg gttttaaggg ttaatcctta aggttgataa accttgacaa gcctatgggg 60

ctactatagt attctcttat tacgggtaag agtatcaagc ataagcgaaa ttccgtgctt 120

atgtaatgct aagttagtgc agacttaaaa attaggc 157

<210> 80

<211> 170

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 人肠道宏基因组DNA，重叠群序列：In-A_012728，BABB01012728.1

<400> 80

cttgttcgtg agaataggtg caattgccta aatgaatgtc ttcagaagat gacaaacctg 60

tggggcgtaa gtaataaaga gtctgaaaga ttgcagataa gagtatgcac ttattggcaa 120

tatgcatacc agaataattt attatgatcg tgcggacgtt aaaatcaggt 170

<210> 81

<211> 159

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 人肠道宏基因组DNA，重叠群序列：F2-X_000328，BAAZ01000328.1

<400> 81

tcagtctgtg aagatagagt atacgtcctc agaagatgac aaacctgtgg ggcgtaagta 60

aatgcatatc gtatattatt cccttgaata cggcaatagc gggtaatatc cgagatactc 120

gtatttgtgt ttataatcgt gcagacgtta aaatcaggt 159

<210> 82

<211> 78

<212> DNA

<213> 达马拉鼹鼠（Fukomys damarensis）

<220>

<223> 达马拉鼹鼠（Fukomys damarensis）重叠群106618，全基因组鸟枪序列，AYUG01106618.1

<400> 82

ggaggataac agggggccac agcacaagcg ttcacgtcgc agcccctgtc ggattctgag 60

gaatctgcga attctgca 78

<210> 83

<211> 78

<212> DNA

<213> 欧亚野猪（Sus scrofa）

<220>

<223> 欧亚野猪（Sus scrofa）TJ分离株塔巴斯克（Tabasco）品种杜洛克（Duroc）染色体14，全基因组鸟枪序列，CM000825.5

<400> 83

agaggataac tggcagccac agtagaagca ttcacattgt ggtccatgtc agattctggt 60

gaatttgcaa attctgct 78

<210> 84

<211> 78

<212> DNA

<213> 美国短吻鳄（Alligator mississippiensis）

<220>

<223> 美国短吻鳄（Alligator mississippiensis）ScZkoYb_60，全基因组鸟枪序列，AKHW03000178.1

<400> 84

tttatgtcac tgggggccat agcggaagtg ttcatatcat ggccccaatc ggattccaac 60

aaatctgaga attctgct 78

<210> 85

<211> 77

<212> DNA

<213> 矛尾鱼（Latimeria chalumnae）

<220>

<223> 矛尾鱼（Latimeria chalumnae）重叠群145668，全基因组鸟枪序列，AFYH01145668.1

<400> 85

gggtactatt gggggaccgt agcaggagcg ttcacatcgc ggtccctgtc agactattac 60

agtctgcgaa tcctgct 77

<210> 86

<211> 83

<212> DNA

<213> 美国短吻鳄（Alligator mississippiensis）

<220>

<223> 美国短吻鳄（Alligator mississippiensis）ScZkoYb_55，全基因组鸟枪序列，AKHW03006769.1

<400> 86

attgcagctt agggggccat agcagaagca ttcatgttgc agcccctgtc aggtaatagc 60

tggtaatacc tgctaattct gat 83

<210> 87

<211> 79

<212> DNA

<213> 矛尾鱼（Latimeria chalumnae）

<220>

<223> 矛尾鱼（Latimeria chalumnae）重叠群100904，全基因组鸟枪序列，AFYH01100904.1

<400> 87

attgtttatt ttgggggcca tagcagaagt gttcatgtcg cggcccctgt cagattctta 60

tgaatctgca aattctgct 79

<210> 88

<211> 78

<212> DNA

<213> 矛尾鱼（Latimeria chalumnae）

<220>

<223> 矛尾鱼（Latimeria chalumnae）重叠群227694，全基因组鸟枪序列，AFYH01227694.1

<400> 88

ttacccacaa ctggggccat agcagaagcg ttcatgtcgc ggcccctgtc atattcttac 60

aaacctgtga attctgct 78

<210> 89

<211> 75

<212> DNA

<213> 佛罗里达文昌鱼（Branchiostoma floridae）

<220>

<223> 佛罗里达文昌鱼（Branchiostoma floridae）基因组支架BRAFLscaffold_190，全基因组鸟枪序列，GG666606.1

<400> 89

cgccactaca tgggggccac agaaggagcg ttcacgtcgc ggtccctgtc aggtgttcta 60

cctgcggatc cttct 75

<210> 90

<211> 83

<212> DNA

<213> 扬子鳄（Alligator sinensis）

<220>

<223> 扬子鳄（Alligator sinensis）未放置的基因组支架scaffold150_1，全基因组鸟枪序列，KE695878.1

<400> 90

agcagttggc taggggtcat agtagaagtg ttcatgccac aacccctgtc aggtaatacc 60

tagtaatacc tgcaaattct gct 83

<210> 91

<211> 81

<212> DNA

<213> 美国短吻鳄（Alligator mississippiensis）

<220>

<223> 美国短吻鳄（Alligator mississippiensis）ScZkoYb_1.1，全基因组鸟枪序列，AKHW03001485.1

<400> 91

agaggtcaca agtccgaggc cgcggcagaa gtgctcacgg cacgggccct gtcagattcc 60

agcgaatctg caaattctgc t 81

<210> 92

<211> 77

<212> DNA

<213> 美国短吻鳄（Alligator mississippiensis）

<220>

<223> 美国短吻鳄（Alligator mississippiensis）ScZkoYb_58，全基因组鸟枪序列，AKHW03000416.1

<400> 92

caggggttgc atgaggccat agcaaaagca ctcacagtgc tgccctgtca gattccaaca 60

aatctgcaaa ttctgct 77

<210> 93

<211> 83

<212> DNA

<213> 美国短吻鳄（Alligator mississippiensis）

<220>

<223> 美国短吻鳄（Alligator mississippiensis）ScZkoYb_121，全基因组鸟枪序列，AKHW03004037.1

<400> 93

aatgctttga tgggggtcat agcagaagca ttaatgttgt gacccctgtc aggtaatacc 60

tgataatacc tgtgaattct gct 83

<210> 94

<211> 78

<212> DNA

<213> 矛尾鱼（Latimeria chalumnae）

<220>

<223> 矛尾鱼（Latimeria chalumnae）重叠群110885，全基因组鸟枪序列，AFYH01110885.1

<400> 94

tgcacatcta tgggggcctt agcagaagca ttcacgtcgc agcccctgtc ggattcttaa 60

gaatttgcga attctgct 78

<210> 95

<211> 78

<212> DNA

<213> 扬子鳄（Alligator sinensis）

<220>

<223> 扬子鳄（Alligator sinensis）未放置的基因组支架scaffold277_1，全基因组鸟枪序列，KE695937.1

<400> 95

caattaagat gcagggccac agcagacatg tttatgttgt ggtccctgtc ggattctaat 60

gaatctgaga attctgct 78

<210> 96

<211> 75

<212> DNA

<213> 紫海胆（Strongylocentrotus purpuratus）

<220>

<223> 紫海胆（Strongylocentrotus purpuratus）重叠群100549_fixed，全基因组鸟枪序列，AAGJ05100549.1

<400> 96

acagtaaaaa agtggggcca ttgaaggagc gttcacgtcg tggtccctgt cagatgaaaa 60

tctgcgaatc cttca 75

<210> 97

<211> 76

<212> DNA

<213> 美国短吻鳄（Alligator mississippiensis）

<220>

<223> 美国短吻鳄（Alligator mississippiensis）ScZkoYb_244，全基因组鸟枪序列，AKHW03003332.1

<400> 97

agttgctata acggccacaa cagaaatgtt cacatcgtgg ccccggtcag attccagcaa 60

atctgcaaat tctgct 76

<210> 98

<211> 81

<212> DNA

<213> 美国短吻鳄（Alligator mississippiensis）

<220>

<223> 美国短吻鳄（Alligator mississippiensis）ScZkoYb_72，全基因组鸟枪序列，AKHW03000533.1

<400> 98

agaggttaca agtgcaaggc cagagcagaa gtgttcacag catagccctt gtcagatacc 60

aatgaatctg tgaattctgc t 81

<210> 99

<211> 78

<212> DNA

<213> 矛尾鱼（Latimeria chalumnae）

<220>

<223> 矛尾鱼（Latimeria chalumnae）重叠群070068，全基因组鸟枪序列，AFYH01070068.1

<400> 99

agcttgcgaa tgggggccat agcagaagag ttcacgtcgc ggcccctgtc agagttctac 60

gaatttgcga attctgct 78

<210> 100

<211> 78

<212> DNA

<213> 九带犰狳（Dasypus novemcinctus）

<220>

<223> 九带犰狳（Dasypus novemcinctus）cont2.425401，全基因组鸟枪序列，AAGV020425402.1

<400> 100

atagaagata atggggccac agcagaagca ttcatgttgc agcccttgtg agattcaagt 60

gaatctgtga attctgct 78

<210> 101

<211> 104

<212> DNA

<213> 埃及伊蚊（Aedes aegypti）

<220>

<223> 埃及伊蚊（Aedes aegypti）利物浦株系supercont1.106基因组支架，全基因组鸟枪序列，CH477291.1

<400> 101

tacccagcaa atcctatccc tacctcctta aggtactggc tgaagtacga gtaactttag 60

gaaagatcgg gtaaccaacc ccggtccaat tctgactgag aagg 104

<210> 102

<211> 96

<212> DNA

<213> 微小按蚊（Anopheles minimus）

<220>

<223> 微小按蚊（Anopheles minimus）MINIMUS1株系未放置的基因组支架supercont1.16，全基因组鸟枪序列，KB663677.1

<400> 102

cactggcaaa atccgatccc tgcctccacg tggcgctgct ggatgtcggt tttggtgagg 60

cttatcacct cagccaagac ctaaccaaag ggacgg 96

<210> 103

<211> 116

<212> DNA

<213> 白纹伊蚊（Aedes albopictus）

<220>

<223> 白纹伊蚊（Aedes albopictus）佛山分离株重叠群96443，全基因组鸟枪序列，JXUM01096443.1

<400> 103

ttcccaacaa ctcctatccc tacctcctcg tgacactcac tggaccgcca gctactttag 60

acaagatcgg ataacccacc ctgacggata atttggccgt tggctgacag ggcagg 116

<210> 104

<211> 133

<212> DNA

<213> 埃及伊蚊（Aedes aegypti）

<220>

<223> 埃及伊蚊（Aedes aegypti）利物浦株系supercont1.33基因组支架，全基因组鸟枪序列，CH477218.1

<400> 104

tgctcagcaa ctcctatccc tacctcctcg tggtactggt acgagtatgg gtggtaccgg 60

tacgagtaac cttggggaag atcgggtaac caatcccggg gggggaactt tggtcgtatg 120

cagacaggga agg 133

<210> 105

<211> 123

<212> DNA

<213> 埃及伊蚊（Aedes aegypti）

<220>

<223> 埃及伊蚊（Aedes aegypti）利物浦株系supercont1.2284基因组支架，全基因组鸟枪序列，CH479147.1

<400> 105

tgtccagtaa ctcctatccc tacctccccg tggtgccgcc tggggtacga gtaatcgtag 60

gcaacattgg gtaaccaacc ctgacaggga aggctcctct cttctgtatg ctgacaggga 120

agg 123

<210> 106

<211> 109

<212> DNA

<213> 白纹伊蚊（Aedes albopictus）

<220>

<223> 白纹伊蚊（Aedes albopictus）佛山分离株重叠群57437，全基因组鸟枪序列，JXUM01057437.1

<400> 106

tgcccagcaa ctcttatccc tacttcctcg tggtaccagc cggaaactac gagaaaccta 60

agggaagatc gggtaaccac aagtgtggcg ggggcgcaga gggggggag 109

<210> 107

<211> 92

<212> DNA

<213> 白纹伊蚊（Aedes albopictus）

<220>

<223> 白纹伊蚊（Aedes albopictus）佛山分离株重叠群160006，全基因组鸟枪序列，JXUM01160006.1

<400> 107

tgcccagcac ctcctatccc tgcctccacg cggtagggaa gatcgggtaa ccaaccccgg 60

tgagaagttt ggtcgtaggc tgacagggaa gg 92

<210> 108

<211> 106

<212> DNA

<213> 埃及伊蚊（Aedes aegypti）

<220>

<223> 埃及伊蚊（Aedes aegypti）利物浦株系supercont1.267基因组支架，全基因组鸟枪序列，CH477452.1

<400> 108

tgcacagcaa ctcctatccc tatctcctcg cggtactgac cgaggtacga gcaaccttag 60

ggaagatcgg gttctgcaaa cctagagcgt ctgtacatgg agtagg 106

<210> 109

<211> 110

<212> DNA

<213> 中华按蚊（Anopheles sinensis）

<220>

<223> 中华按蚊（Anopheles sinensis）未放置的基因组支架AS2_scf7180000690996，全基因组鸟枪序列。

<400> 109

tattcttgaa ctccgatccc aacctcctcg tggtgctagc tgaagtatga tcttggaact 60

tattaagttc ttcagcacat tgtgcaacga tcgtatacca atagggacgg 110

<210> 110

<211> 135

<212> DNA

<213> 埃及伊蚊（Aedes aegypti）

<220>

<223> 埃及伊蚊（Aedes aegypti）利物浦株系supercont1.263基因组支架，全基因组鸟枪序列，KE524294.1

<400> 110

tgcctagcaa ctcctatccc tacctcttca tggtactgcc cggggtactg gccggagtat 60

tagcaactca agcaattaga gaagatcggg taactaaccc cggtctcaac tttgatcgta 120

tgctgatatg gaagg 135

<210> 111

<211> 99

<212> DNA

<213> 白纹伊蚊（Aedes albopictus）

<220>

<223> 白纹伊蚊（Aedes albopictus）佛山分离株重叠群149242，全基因组鸟枪序列，JXUM01149242.1

<400> 111

tgcccagcaa ctccaatccc tacatccgcg aggtaccggt tgtagactac gagcaccgag 60

caaccggtgg taactttggt cgtattctga cagggaagg 99

<210> 112

<211> 76

<212> DNA

<213> 长须白蛉（Lutzomyia longipalpis）

<220>

<223> 长须白蛉（Lutzomyia longipalpis）重叠群2844，全基因组鸟枪序列，AJWK01002842.1

<400> 112

ggtaatccaa ctcctacttc aacctccacg tggtgacacc tgggcaccca atttattggg 60

tggctaactg aagagg 76

<210> 113

<211> 113

<212> DNA

<213> 埃及伊蚊（Aedes aegypti）

<220>

<223> 埃及伊蚊（Aedes aegypti）利物浦株系supercont1.353基因组支架，全基因组鸟枪序列，CH477538.1

<400> 113

tgctcagcag ctcctatctc tacctcgtcg cattactggc cggggtccga gcaaccttat 60

ggaaaatcgc cccaaccccg agggaaactt tggtcgtatg ctgacaggga agg 113

<210> 114

<211> 64

<212> DNA

<213> 麻蝇金小蜂（Trichomalopsis sarcophagae）

<220>

<223> 麻蝇金小蜂（Trichomalopsis sarcophagae）Alberta株系scaffold25490，全基因组鸟枪序列，NNAY01025263.1

<400> 114

ggcgtacaaa atcctatcgt gcaacctccc cgtggtgtat gccgggttat gctaatgcgg 60

aagg 64

<210> 115

<211> 76

<212> DNA

<213> 豌豆蚜（Acyrthosiphon pisum）

<220>

<223> 豌豆蚜（Acyrthosiphon pisum）LSR1株系重叠群29506，全基因组鸟枪序列，ABLF02028779.1

<400> 115

ggtcggtgaa gtcctacccc caccaccacg tggtgccgac tggaaacgga actccggttc 60

cagccaacgg gggagg 76

<210> 116

<211> 99

<212> DNA

<213> 白纹伊蚊（Aedes albopictus）

<220>

<223> 白纹伊蚊（Aedes albopictus）佛山分离株重叠群110469，全基因组鸟枪序列，JXUM01110469.1

<400> 116

tgcccagcaa ctcctatccc tacctcctcg cggtaccggc cggaaactat aaggcaatct 60

agcgctcatc acccttctct ctcaagcaaa cacagaaga 99

<210> 117

<211> 95

<212> DNA

<213> 微小按蚊（Anopheles minimus）

<220>

<223> 微小按蚊（Anopheles minimus）MINIMUS1株系未放置的基因组支架supercont1.12，全基因组鸟枪序列，KB663633.1

<400> 117

cattggcaaa atcctattcc tacctcctcg tggtgctggt ggatgagggc atgctgagtc 60

tcactagctc agtatgtctt aactaaaagg gaagg 95

<210> 118

<211> 95

<212> DNA

<213> 眼斑雀鳝（Lepisosteus oculatus）

<220>

<223> 眼斑雀鳝（Lepisosteus oculatus）连锁群LG14，全基因组鸟枪序列，CM001417.1

<400> 118

ggctggcaaa atcctatcac cacctcctcg cggtgccagg tggatacggc tggatacaac 60

tggatacaac gactcgttgg aactaacggt gaagg 95

<210> 119

<211> 96

<212> DNA

<213> 埃及伊蚊（Aedes aegypti）

<220>

<223> 埃及伊蚊（Aedes aegypti）利物浦株系supercont1.686基因组支架，全基因组鸟枪序列，CH477871.1

<400> 119

tggccagcac ctcccatccc cacctccttg tggtactggc cagggtacga gcaaccaatc 60

ccggtggaca ctcttgtcgt atgctgacag ggaaag 96

<210> 120

<211> 126

<212> DNA

<213> 埃及伊蚊（Aedes aegypti）

<220>

<223> 埃及伊蚊（Aedes aegypti）利物浦株系supercont1.594基因组支架，全基因组鸟枪序列，CH477779.1

<400> 120

tgcccagcaa ctcttatccc tacctcctct tacttcctcg tggtaatggc cagggtacga 60

gcaaccttag ggaagatcgg ataaccaacc ctggtgagag ctctcgtcgt atgctggcag 120

ggaagg 126

<210> 121

<211> 98

<212> DNA

<213> 白纹伊蚊（Aedes albopictus）

<220>

<223> 白纹伊蚊（Aedes albopictus）佛山分离株重叠群77081，全基因组鸟枪序列，JXUM01077081.1

<400> 121

taaccaggaa ctcctatccc tacctccccg cggtactgac cgggatacga tcagtcccaa 60

tcaccgtggg aactttggtc gtatgctgac agggaagg 98

<210> 122

<211> 88

<212> DNA

<213> 法老按蚊（Anopheles farauti）

<220>

<223> 法老按蚊（Anopheles farauti）FAR1株系未放置的基因组支架supercont2.12，全基因组鸟枪序列，KI915051.1

<400> 122

ggccggcaaa gcccgacccc cacctcctcg tggtgccggc tggatgcata agaccctacc 60

cgtcgtgggt tgcagccaac gggggcgg 88

<210> 123

<211> 89

<212> DNA

<213> 埃及伊蚊（Aedes aegypti）

<220>

<223> 埃及伊蚊（Aedes aegypti）利物浦株系supercont1.1120基因组支架，全基因组鸟枪序列，CH478303.1

<400> 123

tgccaagaaa ctcctcccca acctcctcgt ggtactggcc gggctacgag taaccttgga 60

gaactttagt cgtatgatga caagaaagg 89

<210> 124

<211> 97

<212> DNA

<213> 白纹伊蚊（Aedes albopictus）

<220>

<223> 白纹伊蚊（Aedes albopictus）佛山分离株重叠群8119，全基因组鸟枪序列，JXUM01008119.1

<400> 124

tgcccagcaa ctcttatccc tacctccacg tggtaccgca cagaaaaaaa aatattcatg 60

taaaattcag cgacaaatca tgcacataaa gggaatg 97

<210> 125

<211> 130

<212> DNA

<213> 埃及伊蚊（Aedes aegypti）

<220>

<223> 埃及伊蚊（Aedes aegypti）利物浦株系supercont1.1096基因组支架，全基因组鸟枪序列，CH478279.1

<400> 125

tgctcagtaa ctcctatccc tgacctcccc gaggtgccgg ctggggtgcg aacaacccaa 60

aggttgaaag gcgaattcac gtagcctaat gagctcaaag cgaactcagg tcgcatgctg 120

acagggaagg 130

<210> 126

<211> 80

<212> DNA

<213> 长红锥蝽（Rhodnius prolixus）

<220>

<223> 长红锥蝽（Rhodnius prolixus）Rhodnius_prolixus-3.0.3-200.47，全基因组鸟枪序列，ACPB03013890.1

<400> 126

tgctcggtaa aatctgatct ctacctcctt gtggtcctac caggaccttt tacctactaa 60

gaataggcca acagagacgg 80

<210> 127

<211> 102

<212> DNA

<213> 白纹伊蚊（Aedes albopictus）

<220>

<223> 白纹伊蚊（Aedes albopictus）佛山分离株重叠群176146，全基因组鸟枪序列，JXUM01176146.1

<400> 127

tgcccagcaa caccaacccc tacctccgcg gggcaccagc cggactgcat gcggctgtat 60

gcggactaca tgggaccttt ggtcgtaggc tgacagggaa gg 102

<210> 128

<211> 109

<212> DNA

<213> 白纹伊蚊（Aedes albopictus）

<220>

<223> 白纹伊蚊（Aedes albopictus）佛山分离株重叠群103962，全基因组鸟枪序列，JXUM01103962.1

<400> 128

tgcccagcaa ctcctatccc tacctcctcg tggtaccggc cggaaactat gattagcatc 60

acggggatca tcaagaataa tttcggaccg cacaagctaa atgggtgag 109

<210> 129

<211> 97

<212> DNA

<213> 淡色按蚊（Anopheles albimanus）

<220>

<223> 淡色按蚊（Anopheles albimanus）ALBI9_A株系cont1.2834，全基因组鸟枪序列，APCK01002835.1

<400> 129

cgtctcggaa cacctatctc tacctccacg tggtgcctgc tggattatgg tgcatgcgac 60

ggtacagctc acatgaacca tataccgaca gagaagg 97

<210> 130

<211> 81

<212> DNA

<213> 白纹伊蚊（Aedes albopictus）

<220>

<223> 白纹伊蚊（Aedes albopictus）佛山分离株重叠群45626，全基因组鸟枪序列，JXUM01045626.1

<400> 130

tgcccagcaa ctcctatccc tacctcctcg tggtactggt tggaaactac gctggaatca 60

acgtccgagt tccagggaag g 81

<210> 131

<211> 82

<212> DNA

<213> 淡色按蚊（Anopheles albimanus）

<220>

<223> 淡色按蚊（Anopheles albimanus）ALBI9_A株系染色体3L，全基因组鸟枪序列，CM008154.1

<400> 131

aactcggaac tcctatcctc acctccacgt ggtgccggct ggaatatgat tgtattagtc 60

tatcatatac agacgaggaa gg 82

<210> 132

<211> 108

<212> DNA

<213> 埃及伊蚊（Aedes aegypti）

<220>

<223> 埃及伊蚊（Aedes aegypti）利物浦株系supercont1.1004基因组支架，全基因组鸟枪序列，CH478188.1

<400> 132

tgcccagcaa ctcctatccc tacctcctcg tggtactggc cggggtacga gttgttgatc 60

taagcaaccg gaagtccatg tccatgatca aagcacccat agaggaag 108

<210> 133

<211> 94

<212> DNA

<213> 斯氏按蚊（Anopheles stephensi）

<220>

<223> 斯氏按蚊（Anopheles stephensi）SDA-500株系未放置的基因组支架supercont1.615，全基因组鸟枪序列，KB664972.1

<400> 133

tgctttagaa ctccgatctc aaacctcctc gtggtgctgg ctggaggata attgttgcac 60

attttacaca acaattattc actgattgag acgg 94

<210> 134

<211> 94

<212> DNA

<213> 埃及伊蚊（Aedes aegypti）

<220>

<223> 埃及伊蚊（Aedes aegypti）利物浦株系supercont1.438基因组支架，全基因组鸟枪序列，CH477623.1

<400> 134

agcccagcaa ctcctatccc tacctcctcg tggtactggc cggctgcgaa aggcctggaa 60

aagtttcaga aaatggagtc gctaaaaccg aagg 94

<210> 135

<211> 120

<212> DNA

<213> 埃及伊蚊（Aedes aegypti）

<220>

<223> 埃及伊蚊（Aedes aegypti）利物浦株系supercont1.461基因组支架，全基因组鸟枪序列，CH477646.1

<400> 135

tgcccaataa ttcctatccc tatctcccca cgatgccgcc cagagtacga gtaatcatct 60

ttccgatctt ttccagtaat caaccccggt gagaccttgg tcgtatgctg acaagaaagg 120

<210> 136

<211> 134

<212> DNA

<213> 埃及伊蚊（Aedes aegypti）

<220>

<223> 埃及伊蚊（Aedes aegypti）利物浦株系supercont1.161基因组支架，全基因组鸟枪序列，CH477346.1

<400> 136

tgcccagcaa ctcctatccc tacctcctcg tggtactggc cggggtacga gtaaccttgg 60

ggaagtagta ggaagtagta ggaaggagta accaaccccc ggtgggaact ttggtcgtat 120

gctgacagga aagg 134

<210> 137

<211> 80

<212> DNA

<213> 赤拟谷盗（Tribolium castaneum）

<220>

<223> 赤拟谷盗（Tribolium castaneum）格鲁吉亚（Georgia ） GA2株系连锁群LGX，全基因组鸟枪序列，CM000276.3

<400> 137

tcctggcaaa aatgctctaa acctccacgt ggttcttgct ggacaaatta gttattagct 60

aatttgacca attagagcaa 80

<210> 138

<211> 89

<212> DNA

<213> 法老按蚊（Anopheles farauti）

<220>

<223> 法老按蚊（Anopheles farauti）FAR1株系未放置的基因组支架supercont2.15，全基因组鸟枪序列，KI915054.1

<400> 138

gcctttggaa ctccgttttc taacctccac gtggtgctgg ctggaatatg gtctttcctt 60

tatggtcgat catatacaaa tagaaacgg 89

<210> 139

<211> 105

<212> DNA

<213> 埃及伊蚊（Aedes aegypti）

<220>

<223> 埃及伊蚊（Aedes aegypti）利物浦株系supercont1.281基因组支架，全基因组鸟枪序列，CH477466.1

<400> 139

tgttcatcaa ctcctatccc tacctcctcg cggtactgtc cggggtacga gcaaccttag 60

agaagatccc gcaacggctt cgtggcgcga gccgagatgt gcagg 105

<210> 140

<211> 104

<212> DNA

<213> 白纹伊蚊（Aedes albopictus）

<220>

<223> 白纹伊蚊（Aedes albopictus）佛山分离株重叠群134552，全基因组鸟枪序列，JXUM01134552.1

<400> 140

aacccagtaa ctccgatccc ttccttcacg cggcgccggc cggggtgcga ccatccgaaa 60

ggtagattaa gcttgaagct taggtcgtat gttgacaggg aagg 104

<210> 141

<211> 119

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 致倦库蚊（Culex pipiens quinquefasciatus）supercont3.1335基因组支架，全基因组鸟枪序列，DS233147.1

<400> 141

tgttcagtaa ctccgatacc ctggcctccc cgcggcgctg gccgggatac tagtaaccat 60

tggagagatc gggtaaccaa ccccggtggg aactatggta gtatgctgac agggtaagg 119

<210> 142

<211> 83

<212> DNA

<213> 表皮按蚊（Anopheles epiroticus）

<220>

<223> 表皮按蚊（Anopheles epiroticus）epiroticus2株系未放置的基因组支架supercont1.133，全基因组鸟枪序列，KB669981.1

<400> 142

ggccgacaaa accctctccc aacctccacg tggtgtcggc tggaaagtgc ctcatgtaat 60

gttgcattta ccaactggga agg 83

<210> 143

<211> 104

<212> DNA

<213> 淡色按蚊（Anopheles albimanus）

<220>

<223> 淡色按蚊（Anopheles albimanus）ALBI9_A株系染色体3R，全基因组鸟枪序列，CM008155.1

<400> 143

aatctcggaa ctcctatccc cacctcctcg tggtgccggc tggaatatgg tagatgtgca 60

tggtatccga ccaatatcat cttaccatat acagacgggg aagg 104

<210> 144

<211> 92

<212> DNA

<213> 埃及伊蚊（Aedes aegypti）

<220>

<223> 埃及伊蚊（Aedes aegypti）利物浦株系supercont1.294基因组支架，全基因组鸟枪序列，CH477479.1

<400> 144

tgccaagcat ctcctatccc taccatctcg tggtactggc cgtggtacga gcctcccaga 60

tgggaacgat ggtcgtatgg tgacagcgaa gg 92

<210> 145

<211> 55

<212> DNA

<213> 白符跳（Folsomia candida）

<220>

<223> 白符跳（Folsomia candida）VU株系Fcan01_Sc032群体，全基因组鸟枪序列，LNIX01000032.1

<400> 145

aacaaatata cgggtgcccc cgtactgatg aggccatggc aggccgaaat ttgtg 55

<210> 146

<211> 55

<212> DNA

<213> 温氏类芽孢杆菌（Paenibacillus wynnii）

<220>

<223> 温氏类芽孢杆菌（Paenibacillus wynnii）株系DSM 18334 unitig_3_1r，全基因组鸟枪序列，JQCR01000003.1

<400> 146

cttgcttatg gactcagttc actgacgagc tcgtgagatt cgagcgaaaa gtatc 55

<210> 147

<211> 60

<212> DNA

<213> 双孢蘑菇（Agaricus bisporus）

<220>

<223> 双孢蘑菇四孢变种（Agaricus bisporus var. burnettii）JB137-S8未放置的基因组支架AGABI1scaffold_33，全基因组鸟枪序列，JH971417.1

<400> 147

gtcggattag ggcagcggtt aagccctctg atgagcccct tcgcaagggc gaaatccgca 60

<210> 148

<211> 58

<212> DNA

<213> 巨桉（Eucalyptus grandis）

<220>

<223> 巨桉（Eucalyptus grandis）BRASUZ1栽培种未放置的基因组支架scaffold_11，全基因组鸟枪序列，KK198763.1

<400> 148

aattagttgg gagttgatgc tgctctcctg atgaggccat agcaggccga aaccagtt 58

<210> 149

<211> 58

<212> DNA

<213> 巨桉（Eucalyptus grandis）

<220>

<223> 巨桉（Eucalyptus grandis）BRASUZ1栽培种未放置的基因组支架scaffold_2，全基因组鸟枪序列，KK198754.1

<400> 149

aattggttgg gagctaatgc tattctcctg acgaggccat ggcaggctga aactattt 58

<210> 150

<211> 75

<212> DNA

<213> laboriosa回条蜂（Habropoda laboriosa）

<220>

<223> laboriosa回条蜂（Habropoda laboriosa）重叠群20310，全基因组鸟枪序列，LHQN01020310.1

<400> 150

gtggcgtctg gggcatggac cggctacatc agcctcactg atgagtctgt ggtcggtctc 60

gagacgaaac gcttc 75

<210> 151

<211> 57

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 脱硫球茎菌属物种（Desulfobulbus sp.）Tol-SR contig_572，全基因组鸟枪序列，JROS01000118.1

<400> 151

gtgatgtctg cggctgaatc tgccgcactg acgagcccat ccagggcgaa acatcca 57

<210> 152

<211> 58

<212> DNA

<213> 长角长虫兆（Orchesella cincta）

<220>

<223> 长角长虫兆（Orchesella cincta）Ocin01_Sc3888，全基因组鸟枪序列，LJIJ01003888.1

<400> 152

gacgcgtcta gaagtgaagc ccttctactg atgaggttat ggcagaccga aacgcaaa 58

<210> 153

<211> 58

<212> DNA

<213> 向日葵（Helianthus annuus）

<220>

<223> 向日葵（Helianthus annuus）连锁群3，全基因组鸟枪序列，CM007892.1

<400> 153

cactagttga gagttgtcgc tggtttcctg atgagtccaa ggcaagacaa aaccagta 58

<210> 154

<211> 56

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 柠檬胞菌属物种（Citreicella sp.）357 C357_106，全基因组鸟枪序列，AJKJ01000094.1

<400> 154

cccaggtacc cggatgtgtt ttccgggctg atgagtccgt gaggacgaaa cctggg 56

<210> 155

<211> 67

<212> DNA

<213> 绿猴（Chlorocebus sabaeus）

<220>

<223> 绿猴（Chlorocebus sabaeus）1994-021分离株染色体4，全基因组鸟枪序列，CM001944.2

<400> 155

attcagtcag gagttttttc tgctgatgag ttcctggtct tgctaacttc aaagaacgaa 60

gctgcag 67

<210> 156

<211> 60

<212> DNA

<213> 松生拟层孔菌（Fomitopsis pinicola）

<220>

<223> 松生拟层孔菌（Fomitopsis pinicola）FP-58527 SS1未放置的基因组支架FOMPIscaffold_81，全基因组鸟枪序列，KE504202.1

<400> 156

ggacggtcgg ggcagcgggt aagccccctg acgaggactt tcgcaggtcc gaaaccgctg 60

<210> 157

<211> 75

<212> DNA

<213> 麻蝇金小蜂（Trichomalopsis sarcophagae）

<220>

<223> 麻蝇金小蜂（Trichomalopsis sarcophagae）亚伯达（Alberta）株系scaffold10693，全基因组鸟枪序列，NNAY01010628.1

<400> 157

tgcgcgtctg aggcagggtt accatcggat gccttactga cgagtccacg atggtaacct 60

gggacgaaac gcaac 75

<210> 158

<211> 60

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 葡萄（Vitis vinifera），PN40024系的全基因组鸟枪序列，未定向的染色体13，chr13，FN597036.1

<400> 158

aactggtcaa gagctggagt cattcccctg atgaatccat gaatcaggat gaaaccagtt 60

<210> 159

<211> 57

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 乌尔菌门细菌暂定种（Candidatus Uhrbacteria bacterium）RIFOXYB2_FULL_45_11 rifoxyb2_full_scaffold_3973，全基因组鸟枪序列，MGFD01000034.1

<400> 159

tttttgtctt tagatacagt atctaaactg atgagtcctg taaggacgaa acaaaag 57

<210> 160

<211> 61

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 亚洲柑橘木虱（Asian citrus Psyllid），柑桔木虱（Diaphorina citri） - 佛罗里达株系，全基因组鸟枪序列，AWGM01152003.1

<400> 160

aacgcgtctt aggctgctct caggtgctag ctgatgagtt ccaacaagaa cgaaacgcgt 60

c 61

<210> 161

<211> 79

<212> DNA

<213> 杜隧蜂（Dufourea novaeangliae）

<220>

<223> 杜隧蜂（Dufourea novaeangliae）contig3158，全基因组鸟枪序列，LGHO01003158.1

<400> 161

caggcgtctg gggttggggt cgtctaccgt cagtcccact gacgaatctt ggttgacgat 60

tctcgagacg aaacgccat 79

<210> 162

<211> 58

<212> DNA

<213> 巨桉（Eucalyptus grandis）

<220>

<223> 巨桉（Eucalyptus grandis）BRASUZ1栽培种未放置的基因组支架scaffold_1，全基因组鸟枪序列，KK198753.1

<400> 162

aactggtcag gagcttatgc taccatccta atgaggccat ggtaggccga aaccagtt 58

<210> 163

<211> 58

<212> DNA

<213> 克莱门柚（Citrus clementina）

<220>

<223> 克莱门柚（Citrus clementina）栽培种Clemenules未放置的基因组支架scaffold_5，全基因组鸟枪序列，KI536799.1

<400> 163

cactggttgg gaactgaagc cgttctcctg acgagcccac ggtagggcga aaccagtc 58

<210> 164

<211> 56

<212> DNA

<213> 卡氏棘口吸虫（Echinostoma caproni）

<220>

<223> 卡氏棘口吸虫（Echinostoma caproni）埃及株系基因组组装，支架：ECPE_scaffold0022838，LL256423.1

<400> 164

ctggagtgat atttgctgat atttactgat gagctccaat aagagcgaaa ctcgag 56

<210> 165

<211> 58

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 葡萄（Vitis vinifera），PN40024系的全基因组鸟枪序列，染色体6，chr6，FN597024.1

<400> 165

aactagttgg gagctagagc cattcccctt atgagtccat ggcaagacga aaccagtc 58

<210> 166

<211> 68

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 乌尔菌门细菌暂定种（Candidatus Uhrbacteria bacterium）RIFOXYC2_FULL_47_19 rifoxyc2_full_scaffold_469，全基因组鸟枪序列，MGFG01000021.1

<400> 166

accacttctg ccgttgagta cggcactgat gagtccattc gattgtaaac agcaggacga 60

aaagtaaa 68

<210> 167

<211> 55

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> Taylorbacteria细菌暂定种（Candidatus Taylorbacteria bacterium）RIFCSPLOWO2_02_FULL_46_40 rifcsplowo2_02_scaffold_68864，全基因组鸟枪序列，MHSH01000051.1

<400> 167

cgttgctctc ggaatgtgta ttccgactga tgagtccaaa aggacgaaag cagaa 55

<210> 168

<211> 56

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 杂食菌门（Omnitrophica）细菌暂定种CG1_02_46_14 cg1_0.2_scaffold_5404_c，全基因组鸟枪序列，MNVS01000076.1

<400> 168

cggctgtttc ccgatgtgtt atcgggactg atgagtccga aaggacgaaa cagcgt 56

<210> 169

<211> 58

<212> DNA

<213> 根瘤菌（Rhizobium）噬菌体

<220>

<223> 根瘤菌（Rhizobium）噬菌体RHEph01，完整基因组，JX483873.1

<400> 169

aataggtacg gggctgatgc tgccccgctg atgaggccaa gctatggccg aaaccatc 58

<210> 170

<211> 58

<212> DNA

<213> 巨桉（Eucalyptus grandis）

<220>

<223> 巨桉（Eucalyptus grandis）BRASUZ1栽培种未放置的基因组支架scaffold_11，全基因组鸟枪序列，KK198763.1

<400> 170

aactggtcga gagttgatgt cgctctcttg acgaggccat ggcaggtcga aaccaatt 58

<210> 171

<211> 58

<212> DNA

<213> 双班蛸（Octopus bimaculoides）

<220>

<223> 双班蛸（Octopus bimaculoides）Scaffold62703_contig_4，全基因组鸟枪序列，LGKD01404090.1

<400> 171

aatgagtcaa gtgacgcgaa catctctgat gagaccctca aaaaggtcga aattcgat 58

<210> 172

<211> 57

<212> DNA

<213> 海水派金虫（Perkinsus marinus）

<220>

<223> 海水派金虫（Perkinsus marinus）ATCC 50983 gcontig_1104296167808，全基因组鸟枪序列，AAXJ01016906.1

<400> 172

ggtgtgtctg gcgccgttag ccactgatga gtccctgtgg tgaggacgaa acactac 57

<210> 173

<211> 56

<212> DNA

<213> cornetzi皱切叶蚁（Trachymyrmex cornetzi）

<220>

<223> cornetzi皱切叶蚁（Trachymyrmex cornetzi）重叠群48241，全基因组鸟枪序列，LKEY01048241.1

<400> 173

tatatgtcag tttgcgtttg ctctgaggag ggctcaggaa tgagccgaaa catgta 56

<210> 174

<211> 55

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 俭菌总门（Parcubacteria）（乔凡诺尼菌门（Giovannonibacteria））细菌GW2011_GWF2_42_19 UV11_C0020，全基因组鸟枪序列，LCDF01000020.1

<400> 174

ccactgtcct agagtgtgta ctctagctga tgagtcggaa acgacgaaac agaaa 55

<210> 175

<211> 53

<212> DNA

<213> 双班蛸（Octopus bimaculoides）

<220>

<223> 双班蛸（Octopus bimaculoides）Scaffold54493_contig_334，全基因组鸟枪序列，LGKD01378372.1

<400> 175

ccgaagtcga gctgtcttaa ttgatgaggc gaaggaaaat gccgaaacta cgc 53

<210> 176

<211> 74

<212> DNA

<213> 杜隧蜂（Dufourea novaeangliae）

<220>

<223> 杜隧蜂（Dufourea novaeangliae）contig944，全基因组鸟枪序列，LGHO01000944.1

<400> 176

cccgcgtcta aggcagggtc tgctagaaaa gccttactga cgagtccact agcatgccca 60

ggacgaaacg ctcc 74

<210> 177

<211> 60

<212> DNA

<213> 罗氏裂体吸虫（Schistosoma rodhaini）

<220>

<223> 罗氏裂体吸虫（Schistosoma rodhaini）布隆迪株系基因组组装，支架：SROB_scaffold0008277，LL965256.1

<400> 177

tggatgtata ttcatgatat aggattgctg atgagtccca aagataggac gaaacaaccg 60

<210> 178

<211> 55

<212> DNA

<213> 糙皮侧耳（Pleurotus ostreatus）

<220>

<223> 糙皮侧耳（Pleurotus ostreatus）PC15未放置的基因组支架scaffold_10，全基因组鸟枪序列，KL198013.1

<400> 178

tttgtgttgg gaggtgtgtg cctctcctga tgaatccaaa aggacgaaac acatt 55

<210> 179

<211> 99

<212> DNA

<213> 四条无刺蜂（Melipona quadrifasciata）

<220>

<223> 四条无刺蜂（Melipona quadrifasciata）111107301分离株未放置的基因组支架scaffold95，全基因组鸟枪序列，KQ435798.1

<400> 179

agggcgtctg gggtaggagt cactgccatc aaaacacccc cctccccccc ccccccccca 60

ctgatgagtc taggcagcga ctccgagacg aaacgcatc 99

<210> 180

<211> 58

<212> DNA

<213> 牵牛花（Ipomoea nil）

<220>

<223> 牵牛花（Ipomoea nil）DNA，支架：scaffold1407，栽培种：东京-kokei标准品，BDFN01001407.1

<400> 180

aactagtcgg gagctattga cgttcccctg atgagcccat gacgggacaa aaccagtt 58

<210> 181

<211> 52

<212> DNA

<213> 粗环点革菌（Punctularia strigosozonata）

<220>

<223> 粗环点革菌（Punctularia strigosozonata）HHB-11173 SS5未放置的基因组支架PUNSTscaffold_19，全基因组鸟枪序列，JH687556.1

<400> 181

gctcggtcat ctcgggcaga accctgatga gcctataaag gcgaaacagg gc 52

<210> 182

<211> 62

<212> DNA

<213> 四条无刺蜂（Melipona quadrifasciata）

<220>

<223> 四条无刺蜂（Melipona quadrifasciata）111107301分离株未放置的基因组支架scaffold98，全基因组鸟枪序列，KQ435803.1

<400> 182

caagcgtttt ggggccagcc ccactgatga gtctaggcag cgactccaag acgaaacgca 60

tc 62

<210> 183

<211> 55

<212> DNA

<213> 奧布分支杆菌（Mycobacterium obuense）

<220>

<223> 奧布分支杆菌（Mycobacterium obuense）UC1株系Mobu_contig000008，全基因组鸟枪序列，LAUZ02000008.1

<400> 183

ctgctctcca gggtcaccct gctgacgagc ccgtgaaagt cgggcgaaag agccc 55

<210> 184

<211> 74

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 乔凡诺尼菌门（Giovannonibacteria）细菌暂定种RIFCSPLOWO2_01_FULL_46_13 rifcsplowo2_01_scaffold_439，全基因组鸟枪序列，MFIE01000019.1

<400> 184

gaacgctcgc gagatgtgtg tctcgcctga tgagcccgcc aaaggcgggc aagtccaaaa 60

ggacgaaagc gtgt 74

<210> 185

<211> 54

<212> DNA

<213> 毛毕属血吸虫（Trichobilharzia regenti）

<220>

<223> 毛毕属血吸虫（Trichobilharzia regenti）基因组组装，支架：TRE_scaffold0102769，LL113166.1

<400> 185

aatgcatcca gtacatccac tggctgacga gtccgagata agacgaaatg catg 54

<210> 186

<211> 59

<212> DNA

<213> 罗氏裂体吸虫（Schistosoma rodhaini）

<220>

<223> 罗氏裂体吸虫（Schistosoma rodhaini）布隆迪株系基因组组装，支架：SROB_scaffold0002697，LL959675.1

<400> 186

gacatgtctg ggatgcaggt acatccaact gacgagtccc aaatacgacg aaacatgca 59

<210> 187

<211> 69

<212> DNA

<213> 白纹伊蚊（Aedes albopictus）

<220>

<223> 白纹伊蚊（Aedes albopictus）佛山分离株重叠群106395，全基因组鸟枪序列，JXUM01106395.1

<400> 187

tcaaagtctt gacgaaaggc caacgggcca aaacgtcaac tgatgagtcc ttgatggacg 60

aaactttgt 69

<210> 188

<211> 55

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> Lloydbacteria细菌暂定种RIFCSPHIGHO2_02_FULL_54_17 rifcsphigho2_02_scaffold_4023，全基因组鸟枪序列，MHLO01000032.1

<400> 188

ttgctgtaga gaagtgcatg cttctcctga cgagtcggaa acgacgaaac agcac 55

<210> 189

<211> 110

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 细菌SM23_31 WORSMTZ_22961，全基因组鸟枪序列，LJUD01000105.1

<400> 189

agcagagacc gggaagggat tctcttatta tgaaaatatt gaaaatagca tgaaacacta 60

aaccccgggg atcctcccgg taatgcagcc gtagccggtc acaagcccgg 110

<210> 190

<211> 58

<212> DNA

<213> 热纤梭菌（Clostridium thermocellum）

<220>

<223> 热纤梭菌（Clostridium thermocellum）ATCC 27405，完整基因组，CP000568.1

<400> 190

tccagagtga cggaacgact cttcctccgg taatgcggtg gcccggtcac aagtccgg 58

<210> 191

<211> 60

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 候选分类NC10细菌CSP1-5 XU15_C0011，全基因组鸟枪序列，LDXR01000011.1

<400> 191

cgcagagagg ggctaggcca taggcttagc tctaatgcgg cataccggtc tcaagcccgg 60

<210> 192

<211> 51

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 黑冠鹤东非亚种（Balearica pavonina gibbericeps）重叠群83242，全基因组鸟枪序列，JJRR01083242.1

<400> 192

tgcagatgga ataatttaat gcaactgtag ttactcaggt tccaagtcct g 51

<210> 193

<211> 63

<212> DNA

<213> 螺旋体（Spirochaetes）细菌

<220>

<223> 螺旋体（Spirochaetes）细菌GWB1_66_5 gwb1_scaffold_16834，全基因组鸟枪序列，MIAS01000104.1

<400> 193

tgcagagggg gccgggacgc gcgaagcgac tcggcctaat gcacaggccg gtcccaagtc 60

cgg 63

<210> 194

<211> 57

<212> DNA

<213> 天门冬型梭菌（Clostridium asparagiforme）

<220>

<223> 天门冬型梭菌（Clostridium asparagiforme）DSM 15981基因组支架Scfld9，全基因组鸟枪序列，GG657595.1

<400> 194

cgcagagcaa cggggcagca atgccccggt aatgcggggg aacggttgca accccgt 57

<210> 195

<211> 65

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 亨氏梭菌（Clostridium hungatei）DSM 14427株系CLHUN_contig000001，全基因组鸟枪序列，MZGX01000001.1

<400> 195

tgcagatggg cggccttatg gccgttaatg cgctcccgga taccgggaac ccgtccaaag 60

ccggg 65

<210> 196

<211> 60

<212> DNA

<213> 紫海胆（Strongylocentrotus purpuratus）

<220>

<223> 紫海胆（Strongylocentrotus purpuratus）重叠群102072_fixed，全基因组鸟枪序列，AAGJ05102072.1

<400> 196

agggagggag gggtattgga accaaacctc ttaaccaacc gtcgcccgtc ccaagtcggg 60

<210> 197

<211> 56

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 脱硫芽孢弯曲菌属物种（Desulfosporosinus sp.）I2重叠群00035，全基因组鸟枪序列，JYNH01000035.1

<400> 197

cgcagagtga ccgcccatcg cgggcgggta atgcggctag ccggtcacaa gcccgg 56

<210> 198

<211> 70

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 梭菌属物种（Clostridium sp.）W14A NODE_41，全基因组鸟枪序列，MBSV01000063.1

<400> 198

cgcagagcag cggagaaact gacttcgtta atgcggcctg acgtttttcg tctgacggtt 60

gcaagcccgc 70

<210> 199

<211> 65

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 生物反应器宏基因组PBDCA2_GBB5CE401D1Q9V_left，全基因组鸟枪序列，AGTN01047810.1

<400> 199

tgcagatggg cgccttcggg cgttaatgcg ctgaaaccaa aggttccacc aggtccaaag 60

tcctg 65

<210> 200

<211> 59

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 叠层石宏基因组35133330，全基因组鸟枪序列，ABMG01007509.1

<400> 200

ggtgagcggc cccgcccgta aggacgggga ctaaaccaca agtccggtcg caagtccgg 59

<210> 201

<211> 71

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 未培养的瘤胃球菌科（Ruminococcaceae）细菌TS29_contig142355，全基因组鸟枪序列，ADJT01008886.1

<400> 201

tgcagagtga gaaagctcat taccgtttgg tgatgggctt ttgtaatgca gagcgccggt 60

cacaatcccg g 71

<210> 202

<211> 56

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 淡水沉积物宏基因组lwFormaldehyde_BCIB5337_x1，全基因组鸟枪序列，ABSN01019877.1

<400> 202

cgcagatgac ggtgccacca cggcaccgta atgcgacaag caggttccaa tccctg 56

<210> 203

<211> 72

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 海洋宏基因组ctg_1101668267133，全基因组鸟枪序列，ABSN01019877.1

<400> 203

tgatgagggg cggggggcca gagacccccc gttaaatcgc catgtcaacc gacatgctgg 60

tcccaagccc ag 72

<210> 204

<211> 61

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 堆肥宏基因组重叠群24470，全基因组鸟枪序列，ADGO01024387.1

<400> 204

agtgagggga tcgatctaaa ctactggctt gtttcgtgca agtcaccggt cccaagtccg 60

g 61

<210> 205

<211> 65

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 堆肥宏基因组FHNL2OP04YM6SP，全基因组鸟枪序列，ADGO01161384.1

<400> 205

cgcagagcac gccctacggg gcgtaatgcg gcctcaccac tggggtgagc cagttgcaag 60

cctgg 65

<210> 206

<211> 63

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 堆肥宏基因组FHNL2OP04YQ5F0，全基因组鸟枪序列，ADGO01160766.1

<400> 206

cgcagagggc agcccttcgg ggctgtaatg cactccccac ctggggagcg gtcccaagtc 60

cgc 63

<210> 207

<211> 64

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 生物反应器宏基因组PBDCA2_FISUTAU01BA9VK，全基因组鸟枪序列，AGTN01403367.1

<400> 207

cgcagagtga cgggagggtt tatcggccct cccggtaatg cggcagcccg gttcgcaagc 60

ccgg 64

<210> 208

<211> 55

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 生物反应器宏基因组PBDCA2_contig37489，全基因组鸟枪序列，AGTN01271243.1

<400> 208

cgcagagtga gccgggaaac cggcttaatg cgggcagagg cggtcacaac cccgc 55

<210> 209

<211> 219

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 纳氏虫属物种（Naegleria sp.）NG872 SSU rRNA基因I组内含子，NG872株系，AJ001399.1

<400> 209

ctgttattgg aatttgatag ttgtgcgatg gggttcatac cttaactgcc aaaacgggac 60

cccttttggg gtataaatct tgtaaaagga ttatattccg tactaaggat atttgataat 120

atccggaatg tctagagact acacggcaag ccaattggtg gtatgaatgg atagtcccta 180

gtttttttta ccatctaggt atcccataca aaatggtaa 219

<210> 210

<211> 196

<212> DNA

<213> 钙皮黏菌（Didymium iridis）

<220>

<223> 钙皮黏菌（Didymium iridis）部分IGS、18S rRNA基因、I-DirI基因和部分ITS1，Pan2-16分离株，AJ938153.1

<400> 210

ttttggttgg gttgggaagt atcatggcta atcaccatga tgcaatcggg ttgaacactt 60

aattgggtta aaacggtggg ggacgatccc gtaacatccg tcctaacggc gacagactgc 120

acggccctgc ctcttaggtg tgttcaatga acagtcgttc cgaaaggaag catccggtat 180

cccaagacaa tcaaat 196

<210> 211

<211> 200

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 纳氏虫属物种（Naegleria sp.）NG458组I样核酶GIR1，NG458株系，AM497931.1

<400> 211

ctgttattga aggacgttct agagtgcgat ggggttcata cctttatctg ccaaaacggg 60

acctctgttg aggtatatat tgaatattcc gtactaagga tttaatccgg aacgtctaga 120

gactacacgg cagaccattg ttggtggtat gaatggatag tccctagtga accatctagg 180

catcccatac aaaatggtta 200

<210> 212

<211> 209

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 异叶足纲物种（Heterolobosea sp.）BA 16S小亚基核糖体RNA基因，部分序列；以及His-Cys盒归巢核酸内切酶基因，完整cds，DQ388519.1

<400> 212

cagctgtttt gatacatgct cgactttctt tttctcttgt gcaatggggt ttatgagtta 60

attagccaaa acgggacctt aaaaaggtgt aagtaaccgt actaagttcg taagaacgga 120

atgtctagag actacacggc tgagcgattt agctctcata aatggatagt cctcagtata 180

ccatctgagc atcccataca aaatggtta 209

<210> 213

<211> 76

<212> DNA

<213> 反刍真杆菌（Eubacterium ruminantium）

<220>

<223> 反刍真杆菌（Eubacterium ruminantium）ATCC 17233株系基因组组装，重叠群：EI46DRAFT_scaffold00014.14，FUXA01000016.1

<400> 213

agtcgtcaga gcgactataa ataggcttta ggctctgagc gtgccgaccg tcaataaaag 60

gcggtcagcg gtagca 76

<210> 214

<211> 71

<212> DNA

<213> 冈比亚按蚊（Anopheles gambiae）

<220>

<223> 冈比亚按蚊（Anopheles gambiae）株系PEST全基因组鸟枪测序项目，全基因组鸟枪序列，AAAB01006002.1

<400> 214

actcgactaa gcgagtataa aaaggtttca agcttagagc gttgataggg ataaaaacct 60

atcaggtaac a 71

<210> 215

<211> 71

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 冢村氏菌属（Tsukamurella）噬菌体TIN3，完整基因组，KR011063.1

<400> 215

cctcgtcagg gcgaggttaa atagccgcat aggccctgag cgtccccgcc ccacaagggc 60

ggggggacgg g 71

<210> 216

<211> 65

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 类芽孢杆菌属物种（Paenibacillus sp.）TCA20 DNA，重叠群：PspTCA2nb10，BBIW01000010.1

<400> 216

agtcggcttg gcgactataa ataggctttt ggccaagcgc gggctcccaa ctcgggagta 60

tagca 65

<210> 217

<211> 69

<212> DNA

<213> 噬萘类芽孢杆菌（Paenibacillus naphthalenovorans）

<220>

<223> 噬萘类芽孢杆菌（Paenibacillus naphthalenovorans）32O-Y株系，完整基因组，CP013652.1

<400> 217

actcgtgcca gcgagtttaa atagaccaat aggctggcag cgttccactc ataaagagtg 60

gaggaggta 69

<210> 218

<211> 71

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 瘤胃球菌属物种（Ruminococcus sp.）SR1 5基因组草图，FP929053.1

<400> 218

agtggtcaca gccactataa acagggcttt aagctgtgag cgttgaccgt cacaacggcg 60

gtcaggtagt c 71

<210> 219

<211> 69

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 梭菌属物种（Clostridium sp.）ASF502基因组支架acMal-supercont1.1，全基因组鸟枪序列，KB822441.1

<400> 219

agtagtcatg gctactataa atagagactt aagccatgag cgttcccatc tttgtgatgg 60

gaggtgtct 69

<210> 220

<211> 69

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 大头茶属（Gordonia）噬菌体GTE7，完整基因组，JN035618.1

<400> 220

cgtcgtctga gcgacgttaa atagccgtta ggctcagagc ggtacacctc ccctattctc 60

ggggttggg 69

<210> 221

<211> 66

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 噬纤维素菌属（Cellulophaga）噬菌体phi19:3，完整基因组，KC821608.1

<400> 221

agccgttgca gcggcataaa ataggttatt aggctgcaag cgttcgccct taattgggcg 60

gtgtta 66

<210> 222

<211> 65

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 鞘氨醇杆菌属物种（Sphingobacterium sp.）ML3W，完整基因组，CP009278.1

<400> 222

agtcgtttga gcgacttaaa ataggtttta agctcaaagc gccccgataa taatcgggag 60

taaca 65

<210> 223

<211> 70

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 布劳特氏菌属物种（Blautia sp.）YL58，完整基因组，CP015405.2

<400> 223

agaggttgca acctctataa atagggcttt aagttgcaag cgttcccgct ggaaacagtg 60

ggagatagcc 70

<210> 224

<211> 66

<212> DNA

<213> 毛螺旋菌科（Lachnospiraceae）细菌

<220>

<223> 毛螺旋菌科（Lachnospiraceae）细菌A2基因组支架acPFL-supercont1.1，全基因组鸟枪序列，KE159636.1

<400> 224

agccgtccca acggctctaa aaagtccatt aagttgggag cgtccggcag aaatgccggg 60

gttgga 66

<210> 225

<211> 75

<212> DNA

<213> 梭菌目（Clostridiales）细菌

<220>

<223> 梭菌目（Clostridiales）细菌42_27 Ley3_66761_scaffold_13135，全基因组鸟枪序列，MNRF01000152.1

<400> 225

gctcgtctgg gcgagggtaa atagtaatta ggcccagagc gtcttggctg gcagatctgc 60

cggtcggggg tttag 75

<210> 226

<211> 64

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 短芽孢杆菌属（Brevibacillus）噬菌体Jenst，完整基因组，KT151955.1

<400> 226

tagtgttgcg gcacttacaa gcccattaag ccgcaagcgt tagcccttcc ggggctaggt 60

tggg 64

<210> 227

<211> 74

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 大头茶属（Gordonia）噬菌体Orchid，完整基因组，KU998253.1

<400> 227

acacgactgg acgtgtataa ataggcgtta ggtccagtgc gggtgatggt attgagtatt 60

ttggaatcgg tgcc 74

<210> 228

<211> 64

<212> DNA

<213> 大豆发酵芽孢杆菌

<220>

<223> 大豆发酵芽孢杆菌（Bacillus glycinifermentans）株系GO-13 contig_36，全基因组鸟枪序列，LECW02000030.1

<400> 228

agtcgtggcg gcaacattaa acaggcatta agccgccagc attcccctta ttggggaggt 60

tgca 64

<210> 229

<211> 69

<212> DNA

<213> 大豆发酵芽孢杆菌（Bacillus glycinifermentans）

<220>

<223> 大豆发酵芽孢杆菌（Bacillus glycinifermentans）株系GO-13 contig_9，全基因组鸟枪序列，LECW02000082.1

<400> 229

ggacgtgacg gcggctcaaa aaagtgcatt aagccgcaag agtttccccg tttttggggg 60

aaggtttca 69

<210> 230

<211> 80

<212> DNA

<213> 哈尔滨产乙醇杆菌（Ethanoligenens harbinense）

<220>

<223> 哈尔滨产乙醇杆菌（Ethanoligenens harbinense）YUAN-3，完整基因组，CP002400.1

<400> 230

caccgtggcg gcggtgtaaa acaaacatta agccgccagc gtcccggaac aaggcatttt 60

ccgattctcc gggggttgca 80

<210> 231

<211> 70

<212> DNA

<213> 梭菌目（Clostridiales）细菌

<220>

<223> 梭菌目（Clostridiales）细菌44_9 Ley3_66761_scaffold_7759，全基因组鸟枪序列，MNRG01000094.1

<400> 231

gctcgtctgg gcgaggataa acagctatta agcccagagc gttctgagtc tttaagattc 60

ggaggtttag 70

<210> 232

<211> 69

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 芽孢杆菌属（Bacillus）噬菌体B4，完整基因组，JN790865.1

<400> 232

agtcgtgtga gcgactataa acaggcttta ggctcacagc gtcgcggggt ttatcccccg 60

tgggtagca 69

<210> 233

<211> 70

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 鞘氨醇杆菌属物种（Sphingobacterium sp.）ML3W，完整基因组，CP009278.1

<400> 233

agtggattgc gccactttaa aaaggtttta agcgtaaagc gttgcaaggt tttgagcctt 60

gcaggtaaca 70

<210> 234

<211> 64

<212> DNA

<213> 大豆发酵芽孢杆菌（Bacillus glycinifermentans）

<220>

<223> 大豆发酵芽孢杆菌（Bacillus glycinifermentans）株系GO-13 contig_3，全基因组鸟枪序列，LECW02000023.1

<400> 234

actcgtcaca gcgagtataa agaggcatta ggctgtgagc gttccccgtc atggggaggt 60

tgca 64

<210> 235

<211> 67

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 梭菌目物种（Clostridiales sp.）SS3 4基因组草图，FP929062.1

<400> 235

acacgttgcg ccgtgtataa atagccagtt agggcgcaag cgtcccggca ttttgccggg 60

ggtctgg 67

<210> 236

<211> 65

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 另枝菌属物种（Alistipes sp.）CHKCI003分离株CHKC3基因组组装，FCNT01000042.1

<400> 236

agccgttcgg gtggctataa atagacctta ggcccgaagc gtggcggcac ctgccgccgg 60

tggta 65

<210> 237

<211> 78

<212> DNA

<213> 表兄链球菌（Streptococcus sobrinus）

<220>

<223> 表兄链球菌（Streptococcus sobrinus）TCI-98重叠群00583，全基因组鸟枪序列，AGGO01000583.1

<400> 237

agtcgttgtg gcgactataa ccaagctctt taagccacaa gcgttgctga tgaggtttca 60

taacatcagc aggtagag 78

<210> 238

<211> 67

<212> DNA

<213> 埃吉类芽孢杆菌（Paenibacillus elgii）

<220>

<223> 埃吉类芽孢杆菌（Paenibacillus elgii）B69重叠群93，全基因组鸟枪序列，AFHW01000093.1

<400> 238

actggttcga gccagtaaaa aaaggccgat aagctcgaag cgttccactc ttagagtgga 60

ggaggca 67

<210> 239

<211> 66

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 海洋宏基因组35801239，全基因组鸟枪序列，ABLZ01250225.1

<400> 239

agtcgttagg gcgactataa acagacatta agccctaagc gtcccctact agctaggggg 60

gttgta 66

<210> 240

<211> 69

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 海洋宏基因组ctg_1101668203871，全基因组鸟枪序列，AACY023396520.1

<400> 240

agtcggtaga gcgactttaa aaaggcatta ggctctacgc gttccaggag gaaactcctg 60

gaggttgtt 69

<210> 241

<211> 64

<212> DNA

<213> 韦荣球菌科（Erysipelotrichaceae）细菌

<220>

<223> 韦荣球菌科（Erysipelotrichaceae）细菌2_2_44A cont1.7，全基因组鸟枪序列，ADCZ01000007.1

<400> 241

attcgactag acgagtataa ataggtgtca ggtctagtgc ggcagggttc ttccctgcat 60

cata 64

<210> 242

<211> 69

<212> DNA

<213> 韦荣球菌科（Erysipelotrichaceae）细菌

<220>

<223> 韦荣球菌科（Erysipelotrichaceae）细菌2_2_44A cont1.7，全基因组鸟枪序列，ADCZ01000007.1

<400> 242

aatcgactag gcgattttaa ataggtgtta agcctagtgc ggtaagaggt ataaccctct 60

tgcgtcacg 69

<210> 243

<211> 70

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 微生物垫宏基因组hsmat10_BHWZ5893_b1，全基因组鸟枪序列，ABPY01006745.1

<400> 243

gctggtcacg gccagtataa acagacatta agccgtgagc gtctcctgtt ctgtgaacgg 60

gagggttgta 70

<210> 244

<211> 66

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 活性污泥宏基因组contig01440，全基因组鸟枪序列，AERA01001428.1

<400> 244

actcgttagg gcgagtataa atagccatta ggccctaagc gtcaatgata agctcattgg 60

gttgga 66

<210> 245

<211> 66

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 海洋宏基因组1096626606346，全基因组鸟枪序列，AACY020454254.1

<400> 245

agtcgtttgg gcgactataa acagacgaat aagcccaaag cgtttcctcg taagaggaag 60

gacgga 66

<210> 246

<211> 66

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 珊瑚宏基因组39763165，全基因组鸟枪序列，ABNK01016853.1

<400> 246

agtcgtctga gcgactataa acagagtttt aggctcagag cgcctcccct tcgggggagg 60

gtacta 66

<210> 247

<211> 79

<212> DNA

<213> 哥伦比亚芭切叶蚁（Atta colombica）

<220>

<223> 哥伦比亚芭切叶蚁（Atta colombica）真菌圃Top 2030450980，全基因组鸟枪序列，AGFS01138167.1

<400> 247

actcgactag acgagtataa actacattaa gcctagtgcg ttatagccgt aaataagaag 60

taaacggcta taggttgta 79

<210> 248

<211> 70

<212> DNA

<213> 多粘类芽孢杆菌（Paenibacillus polymyxa）

<220>

<223> 多粘类芽孢杆菌（Paenibacillus polymyxa）E681，完整基因组，CP000154.1

<400> 248

gttcgtctga gcgaacgcaa acaggccatt aagctcagag cgttcactgg attcgtccag 60

tgagattggc 70

<210> 249

<211> 71

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 海洋宏基因组ctg_1101667068628，全基因组鸟枪序列，AACY022661277.1

<400> 249

actggactac gccagtataa ataggcatta agcgtagtgc gttccaatgt tgtgaaacat 60

cggaggttgt t 71

<210> 250

<211> 66

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 海洋宏基因组1096626660187，全基因组鸟枪序列，AACY020496190.1

<400> 250

agtcgtctaa gcgactctaa aaaggcttta agcttagagc gttcgcccat attgggcgag 60

gttgta 66

<210> 251

<211> 73

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 海洋宏基因组1096626606768，全基因组鸟枪序列，AACY020454584.1

<400> 251

actggttgcg gccagtataa atagtcttta agccgcaagc gtgtcctgga gttaatcttc 60

cagggcggta gca 73

<210> 252

<211> 69

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 海洋宏基因组ctg_1101667160699，全基因组鸟枪序列，AACY022753348.1

<400> 252

agtcgactaa gcgactctaa acagcattta ggcttagtgc gttcccctgc tcacgcgggg 60

gaggtatgg 69

<210> 253

<211> 78

<212> DNA

<213> 球形赖氨酸芽孢杆菌（Lysinibacillus sphaericus）

<220>

<223> 球形赖氨酸芽孢杆菌（Lysinibacillus sphaericus）C3-41，完整基因组，CP000817.1

<400> 253

actcgactaa gcgagtataa acaggcatta ggcttagagc gttctcacgt tatctgaatg 60

atgatgtgag aggttgca 78

<210> 254

<211> 55

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 海洋宏基因组32650920，全基因组鸟枪序列，ABLX01143204.1

<400> 254

actcgacagg gcgaggctaa atagcattta ggccctgagc ggctcccttc gggag 55

<210> 255

<211> 58

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 海洋宏基因组2065701，全基因组鸟枪序列，AACY021048934.1

<400> 255

gctcggtgcg gcgagcctaa atagtgcctt aggccgcacg cgttatgcat aggtggca 58

<210> 256

<211> 66

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 微生物垫宏基因组hsmat10_BHWZ5893_b1，全基因组鸟枪序列，ABPY01006745.1

<400> 256

acaggtttgc gcctgtataa atagacatta agcgcaaagc gtcccgcaat tgttgcgggg 60

gttgta 66

<210> 257

<211> 67

<212> DNA

<213> 奥湖甲苯单胞菌（Tolumonas auensis）

<220>

<223> 奥湖甲苯单胞菌（Tolumonas auensis）DSM 9187，完整基因组，CP001616.1

<400> 257

aagcgaaaca ggccccggag ggcctgtctg ccggaggtgg tgctccggta ctgatgagca 60

gcctagc 67

<210> 258

<211> 69

<212> DNA

<213> 万巴氏分枝杆菌（Mycobacterium vanbaalenii）

<220>

<223> 万巴氏分枝杆菌（Mycobacterium vanbaalenii）PYR-1，完整基因组，CP000511.1

<400> 258

tgccgaaacg ccgactcggg tcggcgtccc tgggaggtgg cattctcagg ctgatgatgg 60

ctgccgcag 69

<210> 259

<211> 77

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 奥奈达湖希瓦氏菌（Shewanella oneidensis）MR-1，完整基因组，AE014299.2

<400> 259

aagcgaaaca agcaaggcgc ttaggtgcct tgcctgtctg ctcggcgtgg ttgccgagca 60

ctgatgagca gccaaag 77

<210> 260

<211> 87

<212> DNA

<213> 脱硫杆菌科（Desulfobacteraceae）细菌

<220>

<223> 脱硫杆菌科（Desulfobacteraceae）细菌4572_35.1 ex4572_35.1_scaffold_634，全基因组鸟枪序列，NBLX01000010.1

<400> 260

atgcgaaacc gcgatcattt tgccgccatt ggcaaggtga tcgcggtcat cagggtgcgg 60

cgatcctgat ctgatgagca gccaaga 87

<210> 261

<211> 70

<212> DNA

<213> 耐碱脱硫弧菌（Desulfovibrio alkalitolerans）

<220>

<223> 耐碱脱硫弧菌（Desulfovibrio alkalitolerans）DSM 16529 ctg12，全基因组鸟枪序列，ATHI01000003.1

<400> 261

aagcgaaacc gccctgagtg ggcggtcgtt ccggagagac ggcgaccggg gcctgatgag 60

ccagccgaat 70

<210> 262

<211> 77

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 链霉菌属（Streptomyces）噬菌体R4，完整基因组，JX182370.1

<400> 262

atgcgaaaca tctcgccggc tggaccggtg aggtgtcggc ccagggcggt tcctgggtcc 60

tgacgatgca accggga 77

<210> 263

<211> 71

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 热原体古细菌（Thermoplasmatales archaeon）SG8-52-4 WOR_8-12_1532，全基因组鸟枪序列，LSSF01000016.1

<400> 263

agccgaaaca ggggtctgtg cgcccctgtc caccatgggt ggtgccatgg tgccgatgat 60

ggtagccaca a 71

<210> 264

<211> 70

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 类芽孢杆菌属物种（Paenibacillus sp.）MSt1 Contig_22，全基因组鸟枪序列，JNVM01000022.1

<400> 264

agccgaaacg cctcgcgata ggaggcgtcg cggggatatg gcctaccccg cctgatgatg 60

gcaggccgga 70

<210> 265

<211> 74

<212> DNA

<213> 南极海神单胞菌（Neptunomonas antarctica）

<220>

<223> 南极海神单胞菌（Neptunomonas antarctica）DSM 22306株系基因组组装，重叠群：Ga0111702_106，FTOE01000006.1

<400> 265

ccgcgaaacg cccacacctt aacgggacgg gcgtctatcc agcgtggcaa ctgggtactg 60

atgagcagcc acta 74

<210> 266

<211> 67

<212> DNA

<213> 哈尔滨产乙醇杆菌（Ethanoligenens harbinense）

<220>

<223> 哈尔滨产乙醇杆菌（Ethanoligenens harbinense）YUAN-3，完整基因组，CP002400.1

<400> 266

agccgaaacg gggtgaaagc cctgtccgct ggggatggcc tcctcgcgct gatgatggca 60

ggccaac 67

<210> 267

<211> 84

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 红杆菌目（Rhodobacterales）细菌65-51 scnpilot_p_inoc_scaffold_125，全基因组鸟枪序列，MKWD01000005.1

<400> 267

atgcgaaacc gcatccgggg cggcgtgtgc cccgggtgcc ggtcggccgg gcgtggtggc 60

ccggtcctga tgatgcagcc ggag 84

<210> 268

<211> 68

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 小梨形菌属物种（Pirellula sp.）SH-Sr6A，完整基因组，CP011272.1

<400> 268

agccgaaacg cggtagcgat ccgcgtcgcc gatcggtggt tcgatcggcc tgacgatggc 60

agccaacc 68

<210> 269

<211> 74

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 德沃斯氏菌属（Devosia）物种66-22 SCNpilot_expt_1000_bf_scaffold_212，全基因组鸟枪序列，MKUZ01000009.1

<400> 269

ttgcgaaacg cctcccggct ccggctgggg gcgtcgtcca cgggtcgcgc cgtgggcctg 60

atgagcagcg acac 74

<210> 270

<211> 77

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 疣微菌科（Verrucomicrobiaceae）细菌GAS474基因组组装，LT629781.1

<400> 270

tgccgaaacg gcttcctcgt gccccgaggt gccgtcctgc cgggctgagc tcccagcagc 60

tgatgaggca gctccct 77

<210> 271

<211> 68

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 糖丝菌属物种（Saccharothrix sp.）ALI-22-I Contig71，全基因组鸟枪序列，MTQP01000067.1

<400> 271

cggcgaaacc gcctccccgg aggcggtcca cgggattggc attcccgtgc tgaggatgcc 60

tgccgagc 68

<210> 272

<211> 69

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 海单胞菌属物种（Marinomonas sp.）S3726 contig0030，全基因组鸟枪序列，JXYC01000030.1

<400> 272

tagcgaagcg cggctaggta tagccgcgtc aatctcgtgt agtggctaga tactgatgag 60

cagctaaaa 69

<210> 273

<211> 75

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 鲁杰氏菌属物种（Ruegeria sp.）ANG-R contig_12，全基因组鸟枪序列，JWLJ01000012.1

<400> 273

atgcgaaacc gtcccggtgt tcacgccggg atggtcatcg gggcgtggtg accccggtct 60

gatgagcagc cagaa 75

<210> 274

<211> 67

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 贝格阿托氏菌属物种（Beggiatoa sp.）IS2 Ga0073106_1108，全基因组鸟枪序列，MTEL01000108.1

<400> 274

aaccgaaact cccctcacgg ggagtccgac cgggattaat cacccggcgc tgatgaggca 60

gattcct 67

<210> 275

<211> 65

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 链霉菌属（Streptomyces）噬菌体R4，完整基因组，JX182370.1

<400> 275

tgccgaaaca cccttcgggg tgtcggggtg gggtggcgct cacctcctga cgatggcagc 60

cacga 65

<210> 276

<211> 69

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 蓝绿藻菌属物种（Lachnoclostridium sp.）An76 An76_contig_9，全基因组鸟枪序列，NFHL01000009.1

<400> 276

agccgaaacg gtcagtaatg accgtcagcc gggaagtgac tgccccggct ctgatgatgg 60

caggtcatg 69

<210> 277

<211> 66

<212> DNA

<213> 织片草螺菌（Herbaspirillum seropedicae）

<220>

<223> 织片草螺菌（Herbaspirillum seropedicae）SmR1，完整基因组，CP002039.1

<400> 277

agccgaaaca tcctcaaagg gtgtctctca gaggtggcct cctgagactg atgatggctg 60

gctgtg 66

<210> 278

<211> 71

<212> DNA

<213> 粘放线菌（Moritella viscosa）

<220>

<223> 粘放线菌（Moritella viscosa）基因组组装，LN554852.1

<400> 278

aagcgaaaca cgtcttagtg ataagtcgtg tctactcagc gttgtggttg agtactgatg 60

agcagcaact t 71

<210> 279

<211> 67

<212> DNA

<213> 金属还原菲维菌（Fervidicella metallireducens）

<220>

<223> 金属还原菲维菌（Fervidicella metallireducens）AeB重叠群00024，全基因组鸟枪序列，LN554852.1

<400> 279

aaccgaaaca agggtatgtc ccttgtctgc tgaggataac ctctcagcac tgatgaggta 60

ggttaaa 67

<210> 280

<211> 67

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 糖丝菌属物种（Saccharothrix sp.）ALI-22-I Contig71，全基因组鸟枪序列，MTQP01000067.1

<400> 280

cggcgaaacc gtccggtgtg gacggtcccg agggctggca tccctcggct gatgatgcct 60

gccaaga 67

<210> 281

<211> 61

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 链霉菌属（Streptomyces）噬菌体R4，完整基因组，JX182370.1

<400> 281

aggcgaaacg ccgtgaggcg tccggccggg tggtacccgg tcgctgatga gccagcctgc 60

t 61

<210> 282

<211> 67

<212> DNA

<213> 哈尔滨产乙醇杆菌（Ethanoligenens harbinense）

<220>

<223> 哈尔滨产乙醇杆菌（Ethanoligenens harbinense）YUAN-3，完整基因组，CP002400.1

<400> 282

agccgaaacg ggactttggt cctgtctgcc gggaatggcc gcccggcact gaggatggca 60

ggctgct 67

<210> 283

<211> 66

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 颤杆菌克属物种（Oscillibacter sp.）KLE 1745基因组支架Scaffold306，全基因组鸟枪序列，KI271721.1

<400> 283

agccgaaacg ccctccgggg cgtcatcggg gggagccctc ccccggtctg aagatggcag 60

ggcacg 66

<210> 284

<211> 69

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 罕见小球菌属物种（Subdoligranulum sp.）4_3_54A2FAA基因组支架supercont1.5，全基因组鸟枪序列，JH414702.1

<400> 284

agccgaaaca gccctgcggg gctgtcgtgc gggggctgac cgccccgtgc ctgatgatgg 60

caggtcaag 69

<210> 285

<211> 69

<212> DNA

<213> 鲍曼不动杆菌（Acinetobacter baumannii）

<220>

<223> 鲍曼不动杆菌（Acinetobacter baumannii）株系SDF，完整基因组，CU468230.2

<400> 285

aagcgaaaca caggcattcg tgcctgtgtc tactggatgt cgtgatccag tactgatgag 60

cagcgatag 69

<210> 286

<211> 66

<212> DNA

<213> 吸水链霉菌（Streptomyces hygroscopicus）

<220>

<223> 吸水链霉菌井冈山亚种（Streptomyces hygroscopicus subsp.jinggangensis）5008，完整基因组，CP003275.1

<400> 286

tgccgaaacc ccttggtgag gggtcgttcc ggggtggtgc ccggagcctg acgacggcag 60

ccgccc 66

<210> 287

<211> 70

<212> DNA

<213> 伶俐瘤胃球菌（Ruminococcus callidus）

<220>

<223> 伶俐瘤胃球菌（Ruminococcus callidus）ATCC 27760基因组支架Scaffold724，全基因组鸟枪序列，KI260480.1

<400> 287

agccgaaaca gcggcagaga gccgctgtct gccggaactg gtctaccggc actgatgatg 60

gcagaccgga 70

<210> 288

<211> 65

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 糖丝菌属物种（Saccharothrix sp.）ALI-22-I Contig71，全基因组鸟枪序列，MTQP01000067.1

<400> 288

aggcgaaacc cggctggcac cgggtccgta gggctggcat ccctgcgctg atgagcctgc 60

caacg 65

<210> 289

<211> 67

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 布劳特氏菌属物种（Blautia sp.）An249 An249_contig_12，全基因组鸟枪序列，NFJL01000012.1

<400> 289

agccgaaacg gggaacttac cccgtccgct gcgggatcgc ctcccggcgc tgatgaggca 60

ggcgaga 67

<210> 290

<211> 78

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 小红卵菌属物种（Rhodovulum sp.）P5，完整基因组，CP015039.1

<400> 290

ccgcgaaacc ccgccaggcc catcggtctg gcggcggtcg gccgggcgtg gtggcccgac 60

cctgatgagc agccggag 78

<210> 291

<211> 81

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 地杆菌科（Geobacteraceae）细菌GWC2_58_44 gwc2_scaffold_235，全基因组鸟枪序列，MGZL01000059.1

<400> 291

atgcgaaacg atcattttgc cggcgtcgac aaaatgatcg tcatcccggc gtggcggccg 60

gggtctgatg agcagccgcg g 81

<210> 292

<211> 68

<212> DNA

<213> 横须链霉菌（Streptomyces yokosukanensis）

<220>

<223> 横须链霉菌（Streptomyces yokosukanensis）DSM 40224株系基因组支架PRJNA299221_s003，全基因组鸟枪序列，KQ948208.1

<400> 292

cggcgaaacc cgctggtgag gcgggtcgcg aagcggtggt gcgcttcgcc tgatgatgcc 60

agccagca 68

<210> 293

<211> 84

<212> DNA

<213> 内生小单胞菌属物种（Endozoicomonas sp.）

<220>

<223> 内生小单胞菌属物种（Endozoicomonas sp.）（之前的内氏布古菌（Bugulaneritina）AB1）AB1-5分离株ACH42_contig000207，全基因组鸟枪序列，MDLD01000207.1

<400> 293

ttgcgaaaca ctcccgccgt acctgtcccc acaggtggga gtgtcagtcc agtgtggtga 60

ctgggctctg atgagcagcc aaag 84

<210> 294

<211> 68

<212> DNA

<213> 绿弯菌门（Chloroflexi）细菌

<220>

<223> 绿弯菌门（Chloroflexi）细菌RBG_13_60_13 RBG_13_scaffold_3543，全基因组鸟枪序列，MGNC01000101.1

<400> 294

agccgaaacg ggggcatcgg cccccgtcgt cccgggcagt ccactgggac ctgacgaggc 60

aaagcgcg 68

<210> 295

<211> 72

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 奥奈达湖希瓦氏菌（Shewanella oneidensis）MR-1，完整基因组，AE014299.2

<400> 295

aagcgaaacc cgccccattc atggggcgcg gtctgtctaa tgtagtgatt aggcactgat 60

gagcagctaa cc 72

<210> 296

<211> 66

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 链霉菌属（Streptomyces）噬菌体R4，完整基因组，JX182370.1

<400> 296

aggcgaaacc acccgagagg gtggtcggac cgggcggttc ccggttcctg acgatgccaa 60

ccactg 66

<210> 297

<211> 69

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 乙醇酸脱硫棒菌（Desulfofustis glycolicus）DSM 9705基因组组装，重叠群：EJ46DRAFT_scaffold00001.1，FQXS01000001.1

<400> 297

aggcgaaacg ccggggtgac ccggcgtcgt cggagggtga tgcctccggc ctgacgatgc 60

cagttacag 69

<210> 298

<211> 68

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 脱硫弧菌属物种（Desulfovibrio sp.）TomC contig00038，全基因组鸟枪序列，JSEH01000038.1

<400> 298

aggcgaaacc gttctcctcg gagcggtcgg ccgggtgtgg tggcccggcc ctgatgagcc 60

agccgctc 68

<210> 299

<211> 76

<212> DNA

<213> 南方脱硫单胞菌（Desulfuromonas soudanensis）

<220>

<223> 南方脱硫单胞菌（Desulfuromonas soudanensis）WTL株系染色体，完整基因组，CP010802.1

<400> 299

aagcgaaacg accacccccc caggggggta gtcgtcgctc gggggtggtg ccccgggcct 60

gatgatgcag ccaagt 76

<210> 300

<211> 69

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 海单胞菌属物种（Marinomonas sp.）S3726 contig0020，全基因组鸟枪序列，JXYC01000020.1

<400> 300

aagcgaaaca tggctcgttg tagccgtgtc tattcagcgt agtggctggg tactgatgag 60

cagctaaaa 69

<210> 301

<211> 57

<212> DNA

<213> 普拉梭菌（Faecalibacterium prausnitzii）

<220>

<223> 普拉梭菌（Faecalibacterium prausnitzii）L2 6基因组草图，FP929045.1

<400> 301

gcggacactt tcaagggctg caccgctgcc gcaaaagcaa ccctatgcca ccgcccc 57

<210> 302

<211> 54

<212> DNA

<213> 普拉梭菌（Faecalibacterium prausnitzii）

<220>

<223> 普拉梭菌（Faecalibacterium prausnitzii）L2 6基因组草图，FP929045.1

<400> 302

acggatgcct tgacgggccg caccgaacga aaagcgaccc gatcccacac cccg 54

<210> 303

<211> 53

<212> DNA

<213> 普拉梭菌（Faecalibacterium prausnitzii）

<220>

<223> 普拉梭菌（Faecalibacterium prausnitzii）L2 6基因组草图，FP929045.1

<400> 303

acggatactc tagccgggtt gcaccgttca aagcagccca gccccagccg caa 53

<210> 304

<211> 54

<212> DNA

<213> 普拉梭菌（Faecalibacterium prausnitzii）

<220>

<223> 普拉梭菌（Faecalibacterium prausnitzii）SL3 3基因组草图，FP929046.1

<400> 304

tgggataccc tagcagggcc gcaccccaga aaagcggccc cgccccacac ccgg 54

<210> 305

<211> 53

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 未培养的粪杆菌属物种（Faecalibacterium sp.）TS29_contig14193，全基因组鸟枪序列，ADJT01006171.1

<400> 305

ccggatattt tggcagggct gcaccgggca aagcaacccc gccccactac ccc 53

<210> 306

<211> 53

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 人肠道宏基因组DNA，重叠群序列：In-D_005494.，BABD01005494.1

<400> 306

gcggacacct cagcagggcc gcaccggaca aagcggcccc gccccaccgc cca 53

<210> 307

<211> 57

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 未培养的粪杆菌属物种（Faecalibacterium sp.）TS29_contig122416，全基因组鸟枪序列，ADJT01006524.1

<400> 307

gcggatgccc tggcagggtc gcaccgctca aacaaagcgg ccccgcccca taacccc 57

<210> 308

<211> 52

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 人肠道宏基因组DNA，重叠群序列：F1-S_028045，BAAU01028045.1

<400> 308

tcggacactc tggcagggca agcaccgtat agcagccccg accaactacc cc 52

<210> 309

<211> 54

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 人肠道宏基因组DNA，重叠群序列：In-R_005008，BABG01005008.1

<400> 309

ccggaagccc tggcagggtg cgcaccggat aaagcggccc tacctcaccg gcac 54

<210> 310

<211> 247

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> Parasitella parasitica CBS 412.66株系基因组组装，重叠群：contig_63，CCXP01000063.1

<400> 310

aaaagcacct cttaaatagt gatccgtaaa atgaggttca tataaaattt ttcactatat 60

gctggaaaat cttaaagctt taagtacctc aatggtaaca atcttaaaga tattacaata 120

gacaatcagc aggaaaccaa cataattcta ttatttttag taggatcctc agagactaca 180

cgtgaaacac cgtattttta ttaagaatac gctgaagata tagtccgccc cacttcgaaa 240

gatgtgg 247

<210> 311

<211> 262

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> Taylorbacteria细菌暂定种（Candidatus Taylorbacteria bacterium）RIFCSPLOWO2_12_FULL_43_20 rifcsplowo2_12_scaffold_4872，全基因组鸟枪序列，MHSK01000028.1

<400> 311

ctgttatagt tctgttaatg caataaaatg taaaaacatt ttgataaact aaataaacaa 60

taatcagtac actattcaaa gctgcctcgc tctgtagtaa tacaaagcag gtccgcacca 120

tggctatatg cggggaagtc tgtaatttgc agatcatccg cagggaagtt ctaaaatttt 180

ttttagaacc cctcagagac cacacgccat gctccagctg gtttgtacca gctggatgaa 240

gatatggtcc ttcgttaaag ag 262

<210> 312

<211> 428

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 雅诺夫斯基菌门（Yanofskybacteria）细菌暂定种RIFCSPHIGHO2_02_FULL_43_15c rifcsphigho2_02_scaffold_6549，全基因组鸟枪序列，MGJT01000029.1

<400> 312

caaggcggct tgttacttgc cgcaggggcc attgagaagc aattctcaat agcaaattcg 60

actatatgct ggaaactccg ccagtatctc taggtactat gatattatga tatatcatag 120

tgaaaatcct aagagtgatg cggacaatca gcaggcaacc ccgctcaaat ttttggaaat 180

aaaaaagtgg atttctggga ttcaggatcc ggcctcgatt agaggttgcc atcctttcgg 240

aaggatgccc tgaaatgctt cccacgcaaa atccactttc atgctagtat atcaaataaa 300

taatgcactt gtcaagtgtt tgtttctaaa aatttgagcg ggagagtcct caacgactga 360

aagtcgaacc agttatattt caaaaaaatg actggatgat acagtctgaa cttataggcg 420

actataag 428

<210> 313

<211> 501

<212> DNA

<213> 丝盘虫（Trichoplax adhaerens）

<220>

<223> 丝盘虫（Trichoplax adhaerens）Grell红海分离株线粒体，完整基因组，DQ112541.1

<400> 313

aagattaaat aatataagtt tttgactttt acctccggca ctttttttac tattaggttc 60

ctctttagta gaacaaggag cgggtacagg gtggacggtt gaaaggccgc ccgagttagt 120

gatgacttgg tgaaaatttt gctcaatgcg agaacatcct caaaaaaaag gtgctttggc 180

tcattgatta accctaaaaa ggtacctttt gatggcccca tgcaaaaatc cttttttacg 240

ccgaaggcgc cgtggacaac tcgccggggg cccaagccta tgggcccctc agagactaaa 300

tgcagaatat cttctatttt ttgataggcg ccgggcccct taacgggcgc cgaaggcgcc 360

caatgggagc caacgaccga tggcgccata ggcgccgaag gcgccgatag aaataaaggg 420

cccgaagcga ccgattcacc aatcggtcgc ttcggccgat ggaagataaa ggaatagtcc 480

gatccgactc taaagggtcg g 501

<210> 314

<211> 307

<212> DNA

<213> 纹缘盔孢伞（Galerina marginata）

<220>

<223> 纹缘盔孢伞（Galerina marginata）CBS 339.88 GALMAscaffold_102_Cont1090，全基因组鸟枪序列，AYUM01001090.1

<400> 314

ttgcctgggt tttcttaatt gaattcccga atttaaatgc tagtccaagt taaaacttgg 60

gcaagacctt caaactgacg gggaactcct aaagcttcag acaccaagcc ttattccgaa 120

agggtagggt ggccaggtta atagcctcgg gtatggtaaa agatctgaag atattacaat 180

ggacaatccg cagccaaggc cctaacgaag tgtttcactt ctatgggaca ggttcagaga 240

ctagatggag gtcggtctca tgtaaatgag gcttaaggta tagtccggct tcaagtgaaa 300

acttgtt 307

<210> 315

<211> 215

<212> DNA

<213> 核盘菌（Sclerotinia sclerotiorum）

<220>

<223> 核盘菌（Sclerotinia sclerotiorum）1980 UF-70线粒体，完整基因组，KT283062.1

<400> 315

ttatattttt attactaaaa aaaaaaggga aaaaacagca aataaaaaaa cttcttctta 60

ctaattgctg gaaactcctg tttaatagga caatcagcag gagcctgctg tatatgttta 120

tacagtaggg ttcttcagag actacacgta agatatccta gaatcattaa ataaatagga 180

taaagatata gtccgctctt aatagaaata ttaag 215

<210> 316

<211> 564

<212> DNA

<213> 木本鸡脚棉（Gossypium arboreum）

<220>

<223> 木本鸡脚棉（Gossypium arboreum）AKA8401栽培种重叠群_3227_1，全基因组鸟枪序列，JRRC01306379.1

<400> 316

ctacggactt aattggattg agccttggta tggaaaccta ctaagtgata actttcaaat 60

tcagagaaac cctggaatga aaaatgggca atcctgagcc aaatcctatt attttattat 120

tttacgaaaa taaacatgaa caaaggttca gcaagcgaga ataagaaaaa aaggaaagga 180

taggtgcaga gactcaatgg aagctattct aacaaatggg gttgactgtt ggtaaaggaa 240

tccttatatc gaatatcgaa actctagaaa ggatgcaaga tatacctatt ttttttatag 300

gtatactaat gaaaaactat ctcaaaaaag acgtaccgaa cccgtatttt tttttttatt 360

tctattatat gcaatatcaa tttatattta tatgaaaata tgaaaaataa aaagaattgt 420

tgtgaatcga ttccaagttg aagaaagaat cgaatagaat agtcattaat caaatcattc 480

actccatagt ctgataaatc ttttgaaaaa ctgattaatc ggacgagaat aaagatagag 540

tcccgttcta catgtcaata tcaa 564

<210> 317

<211> 227

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 多噬棘阿米巴（Acanthamoeba polyphaga）姆姆病毒，完整基因组，JX962719.1

<400> 317

attccttatt ggttcctaag tatatatcga aaggtatata tggtaatagt taatcactat 60

tagaggaaaa atatcaataa ggtcatagtc aatccgcagc aaagctccta aacccgttat 120

gctagggcat ggagaatgtt caacgactaa acggatgtgg gcatgaagga attagcactt 180

cctaatgatt gcttaagata tagtctaaac ccaccagtga tggtgtt 227

<210> 318

<211> 370

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 韩国芽孢杆菌（Bacillus koreensis）DSM 16467株系scaffold4，全基因组鸟枪序列，LILC01000037.1

<400> 318

ttcgtgacgt agattatgct ttagctgcgt aagcagtaac aagcacagtc gtcctagctg 60

gtaacggcta gagatcataa ttgggtgaat tgctggaaac cccttagagc tttcttcccc 120

acagcggagt tggaaacgac agacgcgatg ggtttaagaa gaagagagat tgggcaatca 180

gcagccgagc tcctgttccg aaaggatgga gaaggttcaa cgactaggat agaccatcta 240

aaagctaaag ctcaagatga tgaaatccat aggtgaagca gtagatcatc actactgtga 300

atccgaagtg cccaacccct accgaatacg gagggtgaag atatagtcta gtcatttatg 360

aaagtaaatg 370

<210> 319

<211> 282

<212> DNA

<213> 长蒴黄麻（Corchorus olitorius）

<220>

<223> 长蒴黄麻（Corchorus olitorius）O-4栽培种重叠群18264，全基因组鸟枪序列，AWUE01018231.1

<400> 319

ccacggactt aattaaattg gattgagctt tggcatggta acctactaag tgataacttt 60

caaattcaga gaaatcctgg aatgaaaaat gggcaatcct gagtcaaatc ctattatttc 120

acgaaaataa acaaaggttc agcaggggag acatctttaa cagctgccaa tgaatctcca 180

atatatttgg taatttccta cttatagtag ttaaagaagc tgaataacaa gcattttaag 240

gtagaagagt gctgacctgt gaggttagtg gaggtcgtgt gg 282

<210> 320

<211> 214

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 杂食菌门（Omnitrophica）WOR_2细菌SM23_29 WORSMTZ_35813，全基因组鸟枪序列，LJUB01000113.1

<400> 320

agcgggctgt gctcaagcgc agcttccaca ggaaactgtg gttgacaaag caggagaatt 60

gctggaagcc cctctggggt aatcagcagc cgagcccgtc attattttgg cgggaaggtt 120

cagagactat gtacctgcct cccgaaacgc aatgtccgcc tatggcggaa agtcgtggga 180

gaagatatag tccaagtccg atagtaatat cggg 214

<210> 321

<211> 243

<212> DNA

<213> 米根霉（Rhizopus oryzae）

<220>

<223> 米根霉（Rhizopus oryzae）RA 99-880 supercont3.83线粒体支架，全基因组鸟枪序列，GG669565.1

<400> 321

gttcggagat ttgtggagtt caccacgggt aggtaataag ccccctcatt attagatggg 60

gataatctca ctatatgccc gaaactccta aagcccaatt tacggaaacc gtgataataa 120

ttgggataat acaatggaca atgggcagga aacagaaaat ttattctggc tcctcagaga 180

ctacatgtga aacattcatt ttaatgaatg aagatatagt cccatccatg acgagattca 240

tgg 243

<210> 322

<211> 251

<212> DNA

<213> 乌拉尔图小麦（Triticum urartu）

<220>

<223> 乌拉尔图小麦（Triticum urartu）G1812栽培种重叠群97470，全基因组鸟枪序列，AOTI010097470.1

<400> 322

atttgaatac aatagtattg agcccaagta aaactggatg aattgcaggg aaaactaaaa 60

atgaatttag ttaatctgca gcgaagctat tatcggcacc ttattaactt atcagttaat 120

ttgtagataa tagaacgttc aacgactaat cggtgagctg tgctagcaat aatccggaca 180

cgagcgtcca gcagaaaata attaatattt attttctgat gaaatagtct gaacaatggt 240

gtgaatcatt g 251

<210> 323

<211> 825

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 莱氏微球黑粉菌-异株p1A1拉莫勒（Microbotryum lychnidis-dioicae p1A1Lamole）未放置的基因组支架supercont1.89，全基因组鸟枪序列，GL541731.1

<400> 323

attttaggat tcattgtttg gtcttggttg ggactccctc acagtgatgt gggggtaaga 60

aatttcgcta tttgctgaaa cagttttacg ttgttaggta tcaagatata gtaaaatcct 120

agcagcaata ctcaatcagc agggagccgt cactttatta atgcgggttc ttcagagact 180

atacgcgaga catcttggca taactttaca gccttctata cccttttaat ggttatatca 240

acactatgag tcagcttttt tctagttagc cttttttttt ggcctgtcgt ttttgctctc 300

ttttttagaa aaacagcccg ctcattattt ttgcttttat ttttcttttt ctttttactc 360

tctttttcta ccggaggagt aaaaacagca gcgcttattt tcactcggta gaaaataaag 420

gccaaataag cgcccttttt ctgtttttat aaagcgcctc gcccagccga gctgggcgct 480

tcattcgccc agccgagctg cttttcatca aagatgaagc gcccagctcg gctgggcgag 540

gcgcttagtt tttatttttg ctttttttgt cctgcttttt gattaatcaa aaaagacaaa 600

aacagcaaaa agcacaaaaa aggaaaaggc agctcggctg ggcgaggaaa aagacaaaaa 660

aataaaaaaa aagggaaaga gcatttaaca ccagacggat tacagcagat tcgatccctt 720

tacaggcaaa ttaatgtctg taactaagaa tcagctaaga cagatcatct cggccataaa 780

gcgacaagat gaagatatag tccgaacttt actcgcgaga gtaag 825

<210> 324

<211> 269

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 青枯韧皮杆菌暂定种（Candidatus Liberibacter solanacearum）CLso-ZC1，完整基因组，CP002371.1

<400> 324

atatgtggtt tatgtttgta aacttcataa taggtaatga aaaaaaattg tggatgtggc 60

ggaataggta gacgcagcag acttaatgtt attgggtgcc catagagaaa tcgatggagt 120

agaactgctc aaattcgggg aaagcttttg caaagctaat cccgagccaa atcttgttat 180

tcaagagagg tgtagagact ggacgggcag cacctaaggc atttaaaacg ttatggtgaa 240

gggacagtcc agaccacaaa cactgcaaa 269

<210> 325

<211> 324

<212> DNA

<213> 酪蛋白溶酶体龟孢菌（Tortispora caseinolytica）

<220>

<223> 酪蛋白溶酶体龟孢菌（Tortispora caseinolytica）NRRL Y-17796未放置的基因组支架CANCAscaffold_5，全基因组鸟枪序列，KV453845.1

<400> 325

agcgggtcgt tttctgaaag gaaagcggcg ttgctgaaag ctaggttcta aaacgttggg 60

ccagtcgcgc tgaaaggcgc ggctagtcgt gcatatgcac ggcgacactg tcaaattgcg 120

gcgacaccct gagagcttca agtaccaagc tagcgtcgaa agacagctag tggccgagtt 180

agtaaccctg ggtacggtaa aaaccttgaa gattgggcga gcacgcagcc aagtcctacg 240

gcgcaagcta cggatgcagt tcacagacta aatggcagtg ggcgaaagct taagatatag 300

tcgggcctct ggcgaaagcc aggt 324

<210> 326

<211> 847

<212> DNA

<213> 长孢轮枝菌（Verticillium longisporum）

<220>

<223> 长孢轮枝菌（Verticillium longisporum）VL1分离株基因组组装，重叠群：scaffold_246，CVQH01016224.1

<220>

<221> 尚未归类的特征

<222> (333)..(345)

<223> n是a、c、g、或t

<220>

<221> 尚未归类的特征

<222> (510)..(517)

<223> n是a、c、g、或t

<220>

<221> 尚未归类的特征

<222> (625)..(633)

<223> n是a、c、g、或t

<400> 326

aaatcggcgt catttgagac gaggactttc gggcccgaaa gggtgtccac caacgaggac 60

cgtagcacgg cttgtgtacc gtagtctcct cggaggcgac accctcaaat tgcgggaaac 120

tcctaaagct cacgctccaa agccgtctgt gaaagcagtt cggtggccag gttaattgcc 180

tcgggtattg gaacaacgcg tgagatgcaa caatggacaa tccgcagcca agcctctaag 240

tctcttgtga ctctgggtga acgtgcttca cccagtttgc tcaaggcggg aggactcaca 300

gatcgaaacc ggagtcacga cctctggtca tgnnnnnnnn nnnnnctccg gtggttcggc 360

gtctcgattc tgctgagtcc tggttcgcgt cccagagcca aactgcctct ggcagcacct 420

agacggagac ttaagtgccg tagacggagg cttaagtccc caactgccta acaggcggtt 480

ggttctgatt caggaccagc ctgagtcacn nnnnnnncca gcctgagtca cgagagatat 540

ggggaaggtt cagagacttg acgggggtgg gtgaattcac tgctgctgca acaatataaa 600

tggggagaga tcctcttctt cttcnnnnnn nnntcttctt cttccaacaa ccaaaccaaa 660

ccacaactga acctcaaaca agacccacaa gctcttcaaa atgtcccatt cttctccctc 720

tcctgttctc gctaacggga gcgagtatgt cgtgagggat ggaggttcgt ctggtcaggc 780

ataaggaacg agaatgcagt ggcgtggttt gcttaagata aagtccgggc ttatgggaaa 840

ccatagg 847

<210> 327

<211> 365

<212> DNA

<213> 不规则丛枝菌根真菌（Rhizophagus irregularis）

<220>

<223> 不规则丛枝菌根真菌（Rhizophagus irregularis） DAOM 181602 DAOM197198株系GLOINscaffold_4832_Cont4827线粒体，全基因组鸟枪序列，AUPC01004827.1

<400> 327

ctatagtttt ataagccctg aagctataga tgtctatctg gctatatgct gggaaaccca 60

ctaactttct atttaagtta agaatatggt gaagtggaca atcagcaggt aaccctcctt 120

agcaaagtag ggaggctacc tcagagacta aacgccagag cctgcagtat gaattgcatt 180

ccctctgggc taaattggaa gggagtctgg gacactatct tgccgggtta atagaaggag 240

acggagctat tattgtttct tctaaaataa ccttgttctt tttgataaaa tcccggtaag 300

gtgagtcaaa gcatgctgtt caatctgcag gtaagatata gtccgatcca aatagtgatg 360

tttgg 365

<210> 328

<211> 311

<212> DNA

<213> Paludisphaera borealis

<220>

<223> Paludisphaera borealis PX4株系，完整基因组，CP019082.1

<400> 328

gcaggggact catcaaccaa aatggtggcg ccggagggcg accttcggat gcgaaccggg 60

tgaattgcgg gaaacctaaa cctctgtttt gaggcacggc gatccgcagc caagcctggc 120

cgggctttgg tggccaggaa ggttcagaga ctagcggggt gagtcccaac gataatcccc 180

gcctcgagcg cccggcctcc ctcgaatgct tcgaggcggt cacgtcaagc ggtccgtcaa 240

cgaccgccac gcaaccgttt cgatcgtcgc aggcgaggat gagatagtcc aagccccgtg 300

gaaacgcggg g 311

<210> 329

<211> 346

<212> DNA

<213> 普通小麦（Triticum aestivum）

<220>

<223> 普通小麦（Triticum aestivum）基因组组装，重叠群：Triticum_aestivum_CS42_TGACv1_scaffold_435076_5DL，FAOM01435076.1

<400> 329

attcatcgat tagctgctag ataatagcat gtgacatttt tagtcgctaa gtggtaactt 60

ccaaattcag agaaaccctg gaattaaaaa agggcaatcc tgagccaaat ccgtgttttg 120

agaaaacaag gggttctcga actagaatac aaaggagaag gataggtgta gagactcaat 180

ggaagctgtt ctaacgaatc gagttaatta cgttgtgttg ttagtggaat tccgaagtga 240

gtggcatcgt gccttctttt agagcgggtc acatccaatt tcgatatggc tcacctttga 300

atcacttgtt ggtaattatt ccatagaaat gacttattag gatacg 346

<210> 330

<211> 322

<212> DNA

<213> 西伯利亚微小杆菌（Exiguobacterium sibiricum）

<220>

<223> 西伯利亚微小杆菌（Exiguobacterium sibiricum）255-15，完整基因组，CP001022.1

<400> 330

gtaatttgat ttcaccgggc gtctgatcga gtaactgatc agagcatgac tgggtgaatt 60

gctggaactc cttagagcct tgatgtacga caacgtggct ggaaacggtg agcgtgaccg 120

ttctgaaaaa cgtcaaggat tggacaatca gcagccaagc acctgtaggg aaaccttggt 180

gaaggttcaa cgactaggat agacgaccta atggagactt ctgatggtta tgaaatccgt 240

actccgtaaa cggcggggga agcgcccagc tcctagtata cctaggatga agatatagtc 300

ttatcattag cgaaagttaa tg 322

<210> 331

<211> 349

<212> DNA

<213> Parasitella parasitica

<220>

<223> Parasitella parasitica CBS 412.66株系基因组组装，重叠群：contig_1784，CCXP01001784.1

<400> 331

atatttgggt aaactataca cttgccccat attagttaat aactaatatg caaatctcac 60

tatatgctgg aaactcctta gagcttgcaa tacctagatc cctttgggta tcttacccca 120

ggcgctacgc gcccggggct agatggtgac aatttacaag attggacaat cagcaggaaa 180

ccaaaggaat attaatattc caagtttcgg cgggccctgc gggcccgccg tcaccgaacc 240

cgcgcgcttt gcgcgcggga aaagtaggat cttcagagac tacacgtgag acatcctata 300

gtatatttga cggatgatga tatagtccaa cctttattga aagatgaaa 349

<210> 332

<211> 306

<212> DNA

<213> 斑点小壶菌（Spizellomyces punctatus）

<220>

<223> 斑点小壶菌（Spizellomyces punctatus）DAOM BR117染色体未知supercont1.30，全基因组鸟枪序列，KQ257479.1

<400> 332

aagaccatgt tatgcagtga tcagcacgtg cacttgcaaa gaaagtaaca tggataggat 60

cttctggctc aactgcgtgt ggcagagatc gtcaaattgt tcggggaagc ccttagagct 120

caagctacca accattggtt gaaagaccag tggggccctt cctagggatg gtaataatgc 180

tttgagattg ggtaatccgc agccaagctc ctaaaacttg cttagcaagt catggagaag 240

gttcaacgac tgtaaggcgt accgcgcaag cggaatatac agtctagccc cacgggaaac 300

tgtgcc 306

<210> 333

<211> 302

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 鞘丝藻属物种（Lyngbya sp.）PCC 8106 1099428180522，全基因组鸟枪序列，AAVU01000005.1

<400> 333

ggaaaatggt taatattagc cctttatatc agtaatgata taaatgcacc tcctgaattg 60

ctgggaaacc ctaaagctgt tttaacgaca acataactag aaatagtcag tgtgaacgtt 120

taaaaataaa acagatgaaa caatgggtga tcagcagccg agattctgtt aaatgaatca 180

ggttcaacga ctattccaaa cggaagtaca ctcaagcgag tggaagtagg aggtatcctg 240

tagtcaaatc tctaaattat tacaggataa agatatagtc tggtcttaca tgaaagtgta 300

ag 302

<210> 334

<211> 288

<212> DNA

<213> 核盘菌（Sclerotinia sclerotiorum）

<220>

<223> 核盘菌（Sclerotinia sclerotiorum）1980 scaffold_35基因组支架，全基因组鸟枪序列，DS267914.1

<400> 334

gtaagagggg atgcgaatag cattccttta gtgatgagat cgcaacactg tcaaattgcg 60

gggagttcct aaagctcagg ctaccgcctc aggtgctgaa aagccctgaa ggcaccaagg 120

ttagcaacct tgggtatggt aataacgcct gtagatacta caatggatga tccgcagcca 180

agctctaaca atcttttcac gattcacgag cggggttcaa cgactagacg gcagtgggcc 240

tgcaaaacag gtttaagata tagtctgcgc ctagggaaaa atcccaag 288

<210> 335

<211> 305

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 杨盘二孢菌（Marssonina brunnea f.）物种'多菌种'线粒体，完整基因组，JN204424.1

<400> 335

gtttgtgttt ttaaatggtg aatattgaat attacaatca actcctcgtg atataaataa 60

aaggtaatga cattagcccc ttcaaatctt tctatatgct ggaaactctt aaaggcttaa 120

gtactatata aaattcatat ttaattttat aagtaaaaat cttaagtata tctagacaat 180

cagcaggaaa ccaacggata atatagattt attctagtag gatcctcaga gactacacga 240

aagagatggt atagcgtaaa gtctgtacca ttaagacata gtccaatttg tttgtaatgt 300

aacat 305

<210> 336

<211> 213

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 俭菌总门（Parcubacteria）（雅诺夫斯基菌门（Yanofskybacteria））细菌GW2011_GWA2_44_9 UW79_C0037，全基因组鸟枪序列，LCJR01000037.1

<400> 336

tcgggctcat aaataattgt gacctaccat agtaatgtgg catggaaaaa ctctctaaat 60

tgtctggaaa ccccactcgc ctatcagcga agggcaatca gcagcgaaac cttaagctca 120

tcgaaaggga cgttcagaga ctataatggg agcacccgta accgtaacaa aagttgggtg 180

atggtatagt ccgtcactgc aagtaattgc aga 213

<210> 337

<211> 269

<212> DNA

<213> 黑-翠绿颤藻（Oscillatoria nigro-viridis）

<220>

<223> 黑-翠绿颤藻（Oscillatoria nigro-viridis）PCC 7112，完整基因组，CP003614.1

<400> 337

caaaagccct agtgacatag cagctctatc cggtaacggg tactgaaaaa tcgggtgaat 60

tcaaggaaac cgcagcactt cgggtggcga caatcttgag ccaagtctgg cgaaaggcag 120

cggttgcgat cgcaagtagc cggaaaggtg cagagactag agatgaggag cctaaccaat 180

aaatctcaca gcgcccgaca tccgacgaca gatcgcacaa atgatttgta gggatgatga 240

aatagtccgc ccccttcgga aacgttggg 269

<210> 338

<211> 292

<212> DNA

<213> 西伯利亚阔口罐病毒（Pithovirus sibericum）

<220>

<223> 西伯利亚阔口罐病毒（Pithovirus sibericum）P1084-T分离株，完整基因组，KF740664.1

<400> 338

tgacacgcat ttgatcttga atgtgtgttg agcaagaccc tcaaattcag ggaaacccct 60

aaagcttttg aataccaagc ttccagcgaa agttggaggt ggccgcgagt aaatctcgta 120

gggtatggtg aaaacgtcaa aagatatccg ggaaaccggt aatgggcaat cctgagccaa 180

gcaaccgaaa tgccgtatgg tagaggttga aggtgcaacg acttgacggg ggtcggtcag 240

aaacgacagt ttcaggctta aggtaaagtc tactccttag cgaaagttaa gg 292

<210> 339

<211> 221

<212> DNA

<213> 色二孢属真菌（Diplodia seriata）

<220>

<223> 色二孢属真菌（Diplodia seriata）DS_831_scaffold_v01_13，全基因组鸟枪序列，LAQI01000013.1

<400> 339

agaagcattt aactcagttg agcatatatt cccacataat gtgctcatta aaccaggctg 60

tttgctggga actctgccgc attaaaccgg ttgacaatca gcaggaacca aggggttttt 120

taaaatcctg atgggttctt cagagactat acgcctggcg cttaattatt aaagaaaaaa 180

attaaatgat gatatagtcc ttctactatt gaaaaattgt a 221

<210> 340

<211> 359

<212> DNA

<213> 立枯丝核菌（Rhizoctonia solani）

<220>

<223> 立枯丝核菌（Rhizoctonia solani）株系AG-1 IB完整线粒体基因组，HF546977.1

<400> 340

gcacctcgat agtaacatgt cgagttaaat tagaaataat ttatgggaaa ttgggttaat 60

ttcaagaaaa tctttacact ccaaaatttt ttctatatgt taagcttcaa gcttaacaaa 120

cccacttacg gtgggttgcc tctacttttt cgggggtgcc cagcgaagct gggtcacccg 180

atggttaaaa atttttggag ttaaagacaa cttgaagcga agctagttct gacaataagc 240

taattatgga actagaacgt tcaacgacta gtgggtgagt tttgtcaaca ataatcccgc 300

cacgaatgcc caacaactaa agtcacagat agaatcggaa tttgtgattg aaacaatta 359

<210> 341

<211> 317

<212> DNA

<213> 嗜热毛壳菌（Chaetomium thermophilum）

<220>

<223> 嗜热毛壳菌嗜热变种（Chaetomium thermophilum var. thermophilum）DSM1495株系线粒体，完整基因组，JN007486.1

<400> 341

agaaggagtt ttctatggtc atccccatta agggactaac tgacattggc ctaaactgta 60

gtgaacctac ggttaaaaac catcaaattg cgggaaaccc ctaaaggaat cttaaccaag 120

taagtatggt aacataactt atggcacagg taatgactcg tggtatggta aaatcaagat 180

tcattattca atgggcaatc cgcagccaag tgccaaatat aaaatatttg gtatgcagtt 240

catcgactag acggtggttg gtattattag ttttaataat gcttaagata tagtcaacac 300

ccccctgaaa gggtgcg 317

<210> 342

<211> 216

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> Limnohabitans属物种103DPR2，完整基因组，CP011834.1

<400> 342

gcagaggact catatttctc aaatgtgcct tacacgtgga aactgtgtaa gggatggtgt 60

caaattcgat gaaacctaag tgtggcaaca catatggcaa tgtcgagcga agcttagtgc 120

gaaagcactt tgaacgtgta gagacttgac ggcacccacc taagtacagc gatgtatatg 180

gtgaaggcaa agtccagcga gtgatgaaag tcacac 216

<210> 343

<211> 334

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 葡萄球菌属物种（Staphylococcus sp.）HGB0015基因组支架aczIz-supercont1.1，全基因组鸟枪序列，KE150417.1

<400> 343

ttcagtgtgt agagaaatct gcacatcgtg acagtacgac tgtccaacaa agaaattgaa 60

ttgcttgaaa accctaaagc ctgcttgacc acaacgtaga gataatcaaa ctcaagcgtg 120

aaggttgcga aactgcagaa aaaataagca ggatgacata aggttaaaac ctaagtgttt 180

tttgcaatgg gcaactagca gccaagccta gaaataggaa ggttcaacga ctattcctct 240

tgagggaagt acacacaagc gtgtggaagt ggtttcgccg taatggataa tgccaacgga 300

aaagatatag tctgtgcttg tatgaaaata caag 334

<210> 344

<211> 383

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 俭菌总门（Parcubacteria）（乌尔菌门（Uhrbacteria））细菌GW2011_GWC2_53_7UY82_C0027，全基因组鸟枪序列，LCRN01000027.1

<400> 344

atagcgacat tctgtataaa tcgtcttttc gtctaaaaat tgttcaatca tatgattgaa 60

ctcgaccgtg ctgtcataaa atctggctat atgctggaac atctggcatc tcccaaccat 120

caggagaatg ggagattgga gaatctcaca ctacgtagta aactacttgt aaaagatacg 180

tgaaaatgtg ttgagtgcag ataaccagca gggaagacta agatatgaca gcgtcgattc 240

atccaaatct tgtttataca atgaacaagt ctggcaagta tcgacgttgt aaacatcatc 300

tatcttagaa ccctcagaga ctatacgccg gactccgatg tccatcggag aagatatagt 360

ccgaaccgca tggcgacatg cag 383

<210> 345

<211> 262

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 瘦鞘丝藻属物种（Leptolyngbya sp.）Heron Island J，全基因组鸟枪序列，AWNH01000034.1

<400> 345

ctgcggactt agaaaactga gccttagtgg agaaatctgc taagtggaag ctctcaaact 60

cagggaaacc taagtcttgg ttggttactt gaccttctga gatatggcaa tcctgagcca 120

agcccttcaa aaggcgaaaa atagagggta aagttcatcc tttatctttt cgatttcatc 180

cttttgaagg gaaggtgcag aggcccgacg ggagctaccc taacgtcaag tcgagggtaa 240

agggagggtc caatcctcaa ag 262

<210> 346

<211> 339

<212> DNA

<213> 长枝被孢霉（Mortierella elongata）

<220>

<223> 长枝被孢霉（Mortierella elongata）AG-77未放置的基因组支架K457scaffold_276，全基因组鸟枪序列，KV442285.1

<400> 346

tcatatattc ataatattat gaatgtatat taatgattta attaggcatg gccgggtaat 60

atagtaatat attactttct tttcactatc tgctggaaca ccttaagagt atttaaaact 120

agttctgcat gctttcttta atgaaaagcg gtaggaaaca gtgacattta aataattagg 180

caatcagcag gaaaccaaag ataaaagggc ttaactttaa gcattaaaca cttttattga 240

gtaggatcct cagagactac acgtgaaata ccctattaag tgattattct taattattta 300

agggtaaaga tatagtccaa ccattaacga aagttaatg 339

<210> 347

<211> 209

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 戈茨曼菌门（Gottesmanbacteria）细菌暂定种RIFCSPLOWO2_01_FULL_49_10rifcsplowo2_01_scaffold_16705，全基因组鸟枪序列，MFJZ01000013.1

<400> 347

acagaaggct caacatatgg gctgtcctga gtttaatcga aggatagaat tcggctatat 60

cggtgaaacc ctaagaccaa cgtccgggta ataccgagga aagatcccga gcttgtcgag 120

ggaaatccgt agagactata cgccgaatcc ctccgaagct tttgagcgaa gggggaaaga 180

tatagtccga cactctcagt aatgggagg 209

<210> 348

<211> 258

<212> DNA

<213> 殊异肠球菌（Enterococcus dispar）

<220>

<223> 殊异肠球菌（Enterococcus dispar）ATCC 51266基因组支架acpMG-supercont1.1，全基因组鸟枪序列，KE136354.1

<400> 348

atattcggtt tgttgaaatc ccatattcaa tgaccgataa agaaatagaa aaagccatat 60

ttgaattaac tatgccaatc atgagccaag cctgtcggga aactgcagga aggtgcaacg 120

actagataaa ttaacctaag caaaagcagt catttatttg attgcttttt ttgtatggcg 180

aaatatccac gagcgcttga taccttaacg tttaaggcga aggtaatgat atagtctgaa 240

cttataggaa actataag 258

<210> 349

<211> 345

<212> DNA

<213> 抑食金球藻（Aureococcus anophagefferens）

<220>

<223> 抑食金球藻（Aureococcus anophagefferens）未放置的基因组支架AURANscaffold_2，全基因组鸟枪序列，GL833121.1

<400> 349

ttagttgcgt gtctattgtg cgctagtcgc accgttccgc gaactgcacg ggaacggcgg 60

cggcaacatc atcgaattgc tgggaaacct cgataggccg gagctactaa aggctcgggg 120

aaacccgggt caaatcgagc ttagacgctc gaagtgaaaa tgcttcggat agaggcaatc 180

agcagccaag cgcctaaagc cgcgtgtatt acagtgtatt acagttgggt atacatgtat 240

tgcaagcggt cacggtgaag gtccagagac taagtggtga tgggtgtcgg cgcggttgac 300

cgcgccgatg cttaagatat agtccgcccc tcttgagaga gagct 345

<210> 350

<211> 272

<212> DNA

<213> 黑孢块菌（Tuber melanosporum）

<220>

<223> 黑孢块菌（Tuber melanosporum）全基因组鸟枪序列组装，scaffold_368，株系Mel28，FN430284.1

<400> 350

caaaaagtat aggtaaaccc tctgctagtt cctaaaggga gcaaaaccat caaattgcgg 60

gaacatctta aagcaatttt taaccaagcg agaacggtaa cgtatttcgt ggcgcaggta 120

atgactcgcg gtaaggtaaa ataaaaattg atgtacgaaa ggaaatagaa aatccgcagc 180

caagttcgaa ataaaattcg aatgcagttc atcgactaaa tgttggttgg cgcaagctta 240

aaatatagtc agacctcaat cgaaagattt ag 272

<210> 351

<211> 203

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 薄壁芽孢杆菌属（Gracilibacteria）细菌暂定种CG1_02_38_174 cg_0.2_sub10_scaffold_1404_c，全基因组鸟枪序列，MNXD01000034.1

<400> 351

agatatgatt tctgtcaagg gctactagag aagtaatttt ctagtgaaaa tccgtcaaat 60

tcggggaaac cttcatttct agttatagaa atatggcaat cccgagccaa gcctatttat 120

aggaaggtgt agagactaga tggcggacat cctgatactc aggatgaagg gatagtccag 180

accacgaacc cgaaaggggc gat 203

<210> 352

<211> 207

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 集胞藻属物种（Synechocystis sp.）PCC 6803 DNA，完整基因组，BA000022.2

<400> 352

cttggcatct catcttgcaa aaaggggctg cgcaaaagga aacttctgcg tgattatctc 60

tcaaattcgg ggaagccttt caaatggtaa tcccgagcca aacctaggaa tgcttggtgt 120

ttctgggaag gtgtagagac ttaatgggag acaccctaac agaaaagctg agggtgaaga 180

gaaagtccag accacaaact gacagag 207

<210> 353

<211> 355

<212> DNA

<213> 俭菌总门（Parcubacteria）细菌

<220>

<223> 俭菌总门（Parcubacteria）细菌GW2011_GWA2_46_9 UX68_C0001，全基因组鸟枪序列，LCND01000001.1

<400> 353

ataaatgcgt tttattgtgc gcgaattgtc acagagaagt acatgctggt gtaatcgcag 60

ccccgcgtag gaatgcgcgg agaaaaactg ggtgaattcg gggaagccca gccccacttt 120

ttgataagat gccaccagta gataaataat tgtgtattta tttgctgacg ttagtactag 180

tcattatcgg ttttgtcaga aagtggggct gggtaatccc gagccaatac ctgacgggta 240

aaagtgtcag gaaaggtgta gagactagcg ggtgagtccc aacgataatc ccgccacgag 300

cgcccagcgc ctagaacagg cgatgagata gtccgtccct attggtaaca gtagg 355

<210> 354

<211> 92

<212> DNA

<213> 菲氏军团菌（Legionella feeleii）

<220>

<223> 菲氏军团菌（Legionella feeleii）株系WO-44C Lfee_ctg085，全基因组鸟枪序列，LNYB01000085.1

<400> 354

acgggtttac ccccgaatcg agccttgtgg cccttgccaa gcatcatgta tatgagctgc 60

tcgaataaca ctaaacacaa tcctgggtaa ac 92

<210> 355

<211> 96

<212> DNA

<213> 莎士比亚军团菌（Legionella shakespearei）

<220>

<223> 莎士比亚军团菌（Legionella shakespearei）DSM 23087株系ATCC 49655Lsha_ctg016，全基因组鸟枪序列，LNYW01000016.1

<400> 355

cttgatttgc ctcatcattt cgagccttgc agcgcaagct ggatatcctc tttgagtgaa 60

tcgctcgatt aacactaaac caaagacagg gcaaat 96

<210> 356

<211> 96

<212> DNA

<213> 沃尔特氏军团菌（Legionella waltersii）

<220>

<223> 沃尔特氏军团菌（Legionella waltersii）ATCC 51914株系Lwal_ctg060，全基因组鸟枪序列，LNZB01000060.1

<400> 356

attgatttgc cccccccgtt ggagccttgt ggcgtaagcc tggtatcgct tttgagtgag 60

ccgctcgatc aacactaaac caaagtcagg gcaagt 96

<210> 357

<211> 96

<212> DNA

<213> 詹姆斯敦军团菌（Legionella jamestowniensis）

<220>

<223> 詹姆斯敦军团菌（Legionella jamestowniensis）JA-26-G1-E2株系Ljam_ctg012，全基因组鸟枪序列，LNYG01000012.1

<400> 357

actgatttgc ccctgaactg agccttgagg cactacgcct ggtactgcaa ccttgcaggc 60

cgctctacca acactaaaca aaataccagg gcaaat 96

<210> 358

<211> 96

<212> DNA

<213> 法氏军团菌（Legionella fallonii）

<220>

<223> 法氏军团菌（Legionella fallonii）LLAP-10基因组组装，质粒：III，LN614829.1

<400> 358

attgatttgc cccctctttg agcatttcgg cttttgccgg gtatcaattt tttggattga 60

gccgctcgac caacactaaa cacaaacagg gcaaat 96

<210> 359

<211> 126

<212> DNA

<213> 黑狐蝠（Pteropus alecto）

<220>

<223> 黑狐蝠（Pteropus alecto）重叠群92670，全基因组鸟枪序列，ALWS01092670.1

<400> 359

caagaaatgt ttcttgacca gttgcctgca gctgatgagc tccagtaaga gcgaaaccag 60

ttctcactcc actgaaacaa ttttgaagtg tgaattggtc ctgtagtact gtgtcagaaa 120

caactc 126

<210> 360

<211> 126

<212> DNA

<213> 黄喉沙鸡（Pterocles gutturalis）

<220>

<223> 黄喉沙鸡（Pterocles gutturalis）重叠群91464，全基因组鸟枪序列，JMFR01091464.1

<400> 360

aggtttatga tgttaaacca gttgcctaca gctgatgagt gccaggaaga gcgaaaccag 60

ttctgttctg tttcaacagt tatgaaaagt aaggactggt cctgtagtac tgtccagcat 120

caaaat 126

<210> 361

<211> 206

<212> DNA

<213> 大劣按蚊（Anopheles dirus）

<220>

<223> 大劣按蚊（Anopheles dirus）WRAIR2株系未放置的基因组支架supercont1.9，全基因组鸟枪序列，KB673645.1

<400> 361

tagaaatgca gcactggtac gggtacggat ccgacgcctc tcgtaggata cttaggctct 60

ccgtacccta ctcctactca aaacgtcccc gacgtacata ttcgtgtttc ttatcccgtt 120

tctctcgatt agtgatagcg tagtgatctg ttcactggca ccgataggta aaaatccttt 180

caaaatacta tacgaaacta aaagac 206

<210> 362

<211> 150

<212> DNA

<213> 微小按蚊（Anopheles minimus）

<220>

<223> 微小按蚊（Anopheles minimus）MINIMUS1株系未放置的基因组支架supercont1.15，全基因组鸟枪序列，KB663666.1

<400> 362

ttgtacttat gctctgcaat ggggtaggac ccggaacctt ttgaaggtta cacaggttct 60

cctattcaac tccttttcta ctacgtatcc aagcttggat acatgggcca tctacatccc 120

ctggagtggg cagaaacgaa actgggctac 150

<210> 363

<211> 192

<212> DNA

<213> 库态按蚊（Anopheles culicifacies）

<220>

<223> 库态按蚊（Anopheles culicifacies）株系物种A-37_1 cont1.7520，全基因组鸟枪序列，KB663666.1

<400> 363

agtaaaattt cactggtaag ggatggatct gaaaacctat cgaaaatcaa caaaggctct 60

ccatattcta ctccgactca atagaagtcc ccgacgtata gaacggtaac ctgtctcact 120

aaatatctga gcttgggtat atggagaaac ccaacccttg ggaagatggg cggctagctt 180

cctttctatc ct 192

<210> 364

<211> 167

<212> DNA

<213> 催命按蚊（Anopheles funestus）

<220>

<223> 催命按蚊（Anopheles funestus）FUMOZ株系未放置的基因组支架supercont1.144，全基因组鸟枪序列，KB668664.1

<400> 364

agcaataccg cactgatata gatatggatt caaagtctct tgaaggataa tataggttct 60

ccgtcccgac cctactatac gtccatgtcg tatatacata tctctacaaa tatctgagct 120

tgggtatacg aggaaaccct ggagactaga tgttcctcat gccctgg 167

<210> 365

<211> 176

<212> DNA

<213> 中华按蚊（Anopheles sinensis）

<220>

<223> 中华按蚊（Anopheles sinensis）未放置的基因组支架AS2_scf7180000696013，全基因组鸟枪序列，KE525305.1

<400> 365

ttgaccattt agtctgacca tgggtctgca aaggaactat aagctatcct cccccactcc 60

tactcaatgc gtccgcgaag tacagaacgg cagcttgtcg cttaaatatc caagcttggg 120

tacatgggga aacccacccc cttgggcgaa tggccggcaa ggctgaattg agagga 176

<210> 366

<211> 162

<212> DNA

<213> 黑小按蚊（Anopheles atroparvus）

<220>

<223> 黑小按蚊（Anopheles atroparvus）EBRO株系未放置的基因组支架supercont1.22，全基因组鸟枪序列，KI421903.1

<400> 366

gtctgtgttg gtctgtgaat ggggcaggat ccgacgcctc ctgaaggcta cataggctct 60

cctatctaac tcatattctg gtatgtccaa gccatacaga ccgtgtacgg gttcaatccc 120

aaccccctgg gaggatgggg ttgcacggct aatgtagaag gg 162

<210> 367

<211> 186

<212> DNA

<213> 克里斯蒂按蚊（Anopheles christyi）

<220>

<223> 克里斯蒂按蚊（Anopheles christyi）ACHKN1017株系cont1.4036，全基因组鸟枪序列，APCM01004036.1

<400> 367

agcaatactt cgctgacacg ggaatggatc cgaagcctcc agaaggctaa cataggctct 60

ccgttgccta ctcctactaa atattcacta cattcctaca gaacggcaac ttgtttctca 120

attatccaaa cttgatgcaa catgcaaccc cttgggaaga tggaaggaat ggcaaaatta 180

ggctgg 186

<210> 368

<211> 181

<212> DNA

<213> 大劣按蚊（Anopheles dirus）

<220>

<223> 大劣按蚊（Anopheles dirus）WRAIR2株系未放置的基因组支架supercont1.24，全基因组鸟枪序列，KB672913.1

<400> 368

tttacattat gaaacacaaa tctacaatct tcacgcctgt cgaaggatgc acaggctctt 60

cttactctac tcctactcaa aacgttcccg actgtaacat gtctatccgc atatctgagc 120

ttgggtatac gaggaaacgc aaccccttgg gcgaatggat gatgtggcta atttgagtgg 180

a 181

<210> 369

<211> 164

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 冈比亚按蚊（Anopheles gambiae）M scf_1925491374基因组支架，全基因组鸟枪序列，EQ090202.1

<400> 369

aataatgttt aaattcgaaa ctgacttgga aaaccctgta atatagactc tctcatccaa 60

cttctattct tagccgtcat tggtaacatg tgtcaccaca tatgagtact tagactagat 120

ccaaaccctt gggcggatgg tggcatatgg cgaaccagga gagg 164

<210> 370

<211> 201

<212> DNA

<213> 阿拉伯按蚊（Anopheles arabiensis）

<220>

<223> 阿拉伯按蚊（Anopheles arabiensis）DONG5_A株系未放置的基因组支架supercont1.17，全基因组鸟枪序列，KB704418.1

<400> 370

ttaagtagca aatgcaatcg gataggtttc gaagcctctc tgagggataa tagaggctct 60

actattcaac ttctaatcga acacgaccct attcgtgtag agtggtaaca tgtggattcg 120

gactagttcg aagggtccca aagggaacac ggactagttc caactcctcg cacagatggt 180

ggcatatggc gaatgaggcg a 201

<210> 371

<211> 167

<212> DNA

<213> 微小按蚊（Anopheles minimus）

<220>

<223> 微小按蚊（Anopheles minimus）MINIMUS1株系未放置的基因组支架supercont1.186，全基因组鸟枪序列，KB663706.1

<400> 371

atcaaatttc tgtgagttgg tgtggtagaa ataccgcagg agaatactcc tactcaatac 60

gtccccggcg tacagagtgg taacatgtct ctccaaatat ctgagcttgg gtatacggga 120

aaatccatcc tcttgggagg atgggtgata tggctaaatt gagagga 167

<210> 372

<211> 208

<212> DNA

<213> 密拉斯按蚊（Anopheles melas）

<220>

<223> 密拉斯按蚊（Anopheles melas）CM1001059_A株系cont2.23244，全基因组鸟枪序列，AXCO02023244.1

<400> 372

agcaccaaat tatctgcaaa tgagttaata tccgacacct ccttgaaggt taatatagac 60

tctcttactc tcttactctt tctcctatcc tgcgacgtcc gtttcgtata gtggtaacat 120

gtatcatagt atattcaagc atggctgcac gggcccagtc ccaacccctt gggcggatga 180

tggtacatac atggccaacc aggagggg 208

<210> 373

<211> 180

<212> DNA

<213> 克里斯蒂按蚊（Anopheles christyi）

<220>

<223> 克里斯蒂按蚊（Anopheles christyi）ACHKN1017株系cont1.5619，全基因组鸟枪序列，APCM01005619.1

<400> 373

ctcattggct ggatcaggtg aagcgggact tgtcggagac ataggctctc ctattcaatt 60

cccatacgga cacgtcccag ttcgtgcaga gtagtaactt ggatcatcga atatccaagc 120

ttgggtacac gggcttgttc caaccccttg ggcggatggc tcatggcaaa tcaggagggc 180

<210> 374

<211> 140

<212> DNA

<213> 多斑按蚊（Anopheles maculatus）

<220>

<223> 多斑按蚊（Anopheles maculatus）maculatus3株系cont1.9278，全基因组鸟枪序列，AXCL01009283.1

<400> 374

gtcagtataa cacactagta ttgatatggg tccgaagcct gtccaaggat aatataggct 60

ctccatgtac tccatatatc ttagatagag cataagggaa aactcttgga gagatgggtg 120

ttttagctaa attgagcggt 140

<210> 375

<211> 186

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 冈比亚按蚊（Anopheles gambiae）M scf_1925491386基因组支架，全基因组鸟枪序列，EQ090214.1

<400> 375

attcttctgt gctctgcaat gggataggat ccgaagccct tctgagggat aatataggct 60

ctcttattta actcctactc ggacaagtcc ctgttcgtgc agagtggcaa catgtgtcat 120

cacatattca agcttgagtg cacggactag ttccaacccc tcgggaaaca gagtcgtaat 180

aaagga 186

<210> 376

<211> 148

<212> DNA

<213> 中华按蚊（Anopheles sinensis）

<220>

<223> 中华按蚊（Anopheles sinensis）未放置的基因组支架AS2_scf7180000695538，全基因组鸟枪序列，KE524837.1

<400> 376

tgaatgagtt gttctgcaaa tggattgaat cacttgcccc tatcccaggg cagtatgaag 60

gcgtgttcat tcctagatcc tactcaacac gtccacgtcg tgcagaatgg tagcatttca 120

ttacgatgaa atgactaagt tgagaggg 148

<210> 377

<211> 169

<212> DNA

<213> 表皮按蚊（Anopheles epiroticus）

<220>

<223> 表皮按蚊（Anopheles epiroticus）epiroticus2株系未放置的基因组支架supercont1.178，全基因组鸟枪序列，KB670480.1

<400> 377

actactacta gcttcttgaa gggttttgaa gccaggctct tctacttcta ctcttctaca 60

atttgtcctt atcgtacaga gcactaacat atattcaaat atctgagctt ggcaaaacgg 120

cgaaacccaa tcacaactcc atggatgaaa gacatggagt ttgagaggg 169

<210> 378

<211> 225

<212> DNA

<213> 冈比亚按蚊（Anopheles gambiae）

<220>

<223> 冈比亚按蚊（Anopheles gambiae）株系PEST染色体2L，全基因组鸟枪序列，CM000356.1

<400> 378

ctctttgcct caaaagtttg ccgaccgctg ctctagaagg ttaacatagg ctctccaccc 60

cctaccctta ctcaatacgt tcccgtcgta cggatgtccc tcaattattc agatgtccag 120

atatccagat gtacagatgt ccaatgtccc tcaattatcc aagcttgggt ataaggggaa 180

acctaacccc ttgggctgat ggattgcatg gctaaattaa gagga 225

<210> 379

<211> 175

<212> DNA

<213> 克里斯蒂按蚊（Anopheles christyi）

<220>

<223> 克里斯蒂按蚊（Anopheles christyi）ACHKN1017株系cont1.3711，全基因组鸟枪序列，APCM01003711.1

<400> 379

agcaataccc cgctagtgcg ggaatggatc caaagcttcc agaagatgaa catacgctct 60

ccattccata ctcctactca atacgtcctc ggcgtacaga acaacaccat gtatctctat 120

tatccaagct tgggtaaatg gcgaaaatca tacaatttgg ggagatggga ggcag 175

<210> 380

<211> 173

<212> DNA

<213> 多斑按蚊（Anopheles maculatus）

<220>

<223> 多斑按蚊（Anopheles maculatus）maculatus3株系cont1.28980，全基因组鸟枪序列，AXCL01028988.1

<400> 380

aaaaacaacc aattgggcca cgcaaaacga cttttgcaac atgatacatt acaaattgga 60

acataatacc tgtcgtacat aatactgaaa taaacatacc aaatatctga gcttgggtat 120

acggggaaac ccaacctcta gggaaaatgg gtgatatggc taaatttacc gaa 173

<210> 381

<211> 188

<212> DNA

<213> 密拉斯按蚊（Anopheles melas）

<220>

<223> 密拉斯按蚊（Anopheles melas）CM1001059_A株系cont2.8943，全基因组鸟枪序列，AXCO02008943.1

<400> 381

ggtagttcta ctggcaatgg ttggcagatt cgaaacctct agaaggttaa caaaggctct 60

ccatcaccga cttctactca atacgtcctt gtcgtacaga atggtaacat gtttcttaat 120

tatccaagct ttggtacacg gggaaaccca accccttgga cattggttgc atggctaaat 180

tgagagga 188

<210> 382

<211> 121

<212> DNA

<213> 斯氏按蚊（Anopheles stephensi）

<220>

<223> 斯氏按蚊（Anopheles stephensi）SDA-500株系未放置的基因组支架supercont1.383，全基因组鸟枪序列，KB664714.1

<220>

<221> 尚未归类的特征

<222> (105)..(121)

<223> n是a、c、g、或t

<400> 382

attaatctgg ctctgttaat ggggtaggaa ccgaagctcc tctcggggtt acacaggctc 60

tcctacccaa ctcctattcc gtcacgtcct cgtcgtacag agtgnnnnnn nnnnnnnnnn 120

n 121

<210> 383

<211> 175

<212> DNA

<213> 克里斯蒂按蚊（Anopheles christyi）

<220>

<223> 克里斯蒂按蚊（Anopheles christyi）ACHKN1017株系cont1.2748，全基因组鸟枪序列，APCM01002748.1

<400> 383

tacttcatat gtattgcaat aagataagtt ccgtagcccc tttgagggat aatacaggct 60

ctccaattca actcctatcc gaaaacgtcc tagttcgtac aaagattcgt caccgctttt 120

cttgttgacc tgttctaacc ccttgggagg ttggcgcaag gctaatcagg agagt 175

<210> 384

<211> 167

<212> DNA

<213> 微小按蚊（Anopheles minimus）

<220>

<223> 微小按蚊（Anopheles minimus）MINIMUS1株系未放置的基因组支架supercont1.2，全基因组鸟枪序列，KB663721.1

<400> 384

tctagcaatg gtaagggaat ggatctggag cctctcgaag gataataaag gttctatata 60

tcatattact actcaacggt aacatgtatc gccaaatacc ctgagcttgg gaatatgaag 120

aaattcaacc actcggcagg atgaggaatg ttgtgaagct tggaaga 167

<210> 385

<211> 222

<212> DNA

<213> 斯氏按蚊（Anopheles stephensi）

<220>

<223> 斯氏按蚊（Anopheles stephensi）SDA-500株系未放置的基因组支架supercont1.505，全基因组鸟枪序列，KB664850.1

<400> 385

cctaaaagtt gctctgttaa tgaaatagga tccgagactc ctttcagggt tacacagggg 60

ggtaggagag agtttcaggg taggagagtc ctacccaact cctattccgt cacgtcctcg 120

tcgtacagag tggtaacttt tcccaccata tatctaagct tgggtacacg gacctgtccc 180

aaccccttgg gcggatggtg gagaaaggct aaacaggagg ag 222

<210> 386

<211> 158

<212> DNA

<213> 大劣按蚊（Anopheles dirus）

<220>

<223> 大劣按蚊（Anopheles dirus）WRAIR2株系未放置的基因组支架supercont1.30，全基因组鸟枪序列，KB672980.1

<400> 386

tagaaatgca gcactggtaa gggtacggat ccgacgcctc tcgaaggata cctaggctct 60

ccgtacccta ctcctactca aaacgtcccc gattttcctc ctgtctaacc taagacgcgt 120

tccgcgagag atcttagctt atggttagtt tggttggt 158

<210> 387

<211> 189

<212> DNA

<213> 微小按蚊（Anopheles minimus）

<220>

<223> 微小按蚊（Anopheles minimus）MINIMUS1株系未放置的基因组支架supercont1.12，全基因组鸟枪序列，KB663633.1

<400> 387

ttcacatagg ctctgcaata aggtagaact cggaacctat tgaaggtcac acaggctctc 60

ctactcaact cccattctgc aacgtcctcg tcgtgcagag tgacgagaac taccgtatat 120

ccaatattga gtacacggac tagctccaac cctttgatcg ggtagtgatg ctcggcaaaa 180

gaggagggc 189

<210> 388

<211> 193

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 冈比亚按蚊（Anopheles gambiae）M scf_1925488698基因组支架，全基因组鸟枪序列，EQ087528.1

<400> 388

cccagtgttt ttcctttttc ctgtttttcc agaaacccct cgagggatag taccggctct 60

tccatccaac tcctattccg acacgtcctc gtcgtgcaga gtggtagcat gtgccaccat 120

atatcctagg ttggatacac gggctagatc caacccttcg ggcggatggt ggcatatgac 180

gaaccaggag ggg 193

<210> 389

<211> 167

<212> DNA

<213> 中华按蚊（Anopheles sinensis）

<220>

<223> 中华按蚊（Anopheles sinensis）未放置的基因组支架AS2_scf7180000696059，全基因组鸟枪序列，KE525351.1

<400> 389

tctagtagta gtcctttaac gggttggatc cggcgcctcg tgaaggctac tataggctct 60

ccttctcaaa atctattcga tgcgtccgcg acgtacagaa cggtaccttg tcgcccaaat 120

atccatcagt tcatcctcga gcggctgtcc tccatgttag gagcggc 167

<210> 390

<211> 189

<212> DNA

<213> 冈比亚按蚊（Anopheles gambiae）

<220>

<223> 冈比亚按蚊（Anopheles gambiae）株系PEST染色体2R，全基因组鸟枪序列，CM000357.1

<400> 390

agcaatacgt cgctgatatg gcagtggagc cgaagcctct agaaggttaa caaaggctca 60

ccatccttta ctcatattcc atacgtcctc aatgtacaga tcggtaacat gcctctcaat 120

tatctaagct tagctatacg aggttcttca tgactgttct ccatattagg agcggctccc 180

tccaagcgt 189

<210> 391

<211> 117

<212> DNA

<213> 阿拉伯按蚊（Anopheles arabiensis）

<220>

<223> 阿拉伯按蚊（Anopheles arabiensis）DONG5_A株系未放置的基因组支架supercont1.5，全基因组鸟枪序列，KB704784.1

<400> 391

ctcgacttgc cgttcgaaca ccatgatcag gccacatata ggctaatttt ctatgcttag 60

atatacgggg aaacccaagc ccttgggcgg atgggttgta tggctaaatt gagtatt 117

<210> 392

<211> 155

<212> DNA

<213> 中华按蚊（Anopheles sinensis）

<220>

<223> 中华按蚊（Anopheles sinensis）未放置的基因组支架AS2_scf7180000696013，全基因组鸟枪序列，KE525305.1

<400> 392

agtatcgtta aaaccacata ttgtcctttg caaaccttcc gtaccaaaat tacggagagt 60

acagaacggt agcctgttgc ctaaatattc aagcttgggt acacggggaa acccaccccc 120

ttgggcgaat gggcgacaag gccgaattga gacgg 155

<210> 393

<211> 136

<212> DNA

<213> 拇鲁斯按蚊（Anopheles merus）

<220>

<223> 拇鲁斯按蚊（Anopheles merus）MAF株系未放置的基因组支架supercont2.196，全基因组鸟枪序列，KI915351.1

<400> 393

ctgagacgag gatagatcca aaggtagatc cgaagaaggt taataaagga tctccaaccc 60

ctacaccaac taaatatgtc cccgtagtac ggcccggtaa catgtggtaa ccctctcagt 120

ggatgtacag acccga 136

<210> 394

<211> 119

<212> DNA

<213> 表皮按蚊（Anopheles epiroticus）

<220>

<223> 表皮按蚊（Anopheles epiroticus）epiroticus2株系未放置的基因组支架supercont1.208，全基因组鸟枪序列，KB670814.1

<400> 394

tcaatcatgt gaaactgtta tgggatggga tccgaagcct ccagaagatt ccatctaact 60

cctgttccga cacgtccacg tcgtgcaggg tggggcaaca tggacctaac cagggggtc 119

<210> 395

<211> 208

<212> DNA

<213> 达氏按蚊（Anopheles darlingi）

<220>

<223> 达氏按蚊（Anopheles darlingi）Cont6653，全基因组鸟枪序列，ADMH02001348.1

<400> 395

gcaattggtt gctctacaaa tgaggttagg atccgaagca ctaggctaat ttaggctctc 60

ctcccctaac tcctactcgt cgcgtcctcg cggggctcat gggttctgct cgtgtagagc 120

ggtaacatgc ctcccacacg tctgagcttg ggtacacggg taacaccaac cccttgggaa 180

gatggggggt atggctgaga cgagaggg 208

<210> 396

<211> 172

<212> DNA

<213> 斯氏按蚊（Anopheles stephensi）

<220>

<223> 斯氏按蚊（Anopheles stephensi）SDA-500株系未放置的基因组支架supercont1.182，全基因组鸟枪序列，KB664491.1

<400> 396

cgtagcaata atgcactagt aaggtatgga tctgaagctt cttgagggtt aacaaaacct 60

ctccatacgc tacttcgact caatacgtcg tacgggcgta cagaactctc catacatatg 120

aacttgggtc atacggggaa acccaacccc ttgggaagag agatagcgag cg 172

<210> 397

<211> 193

<212> DNA

<213> 冈比亚按蚊（Anopheles gambiae）

<220>

<223> 冈比亚按蚊（Anopheles gambiae）株系PEST全基因组鸟枪测序项目，全基因组鸟枪序列，AAAB01008842.1

<400> 397

aacattttta gatcgtcagc atataataac aatttaacat gaggaatagc aaacacgaca 60

tcgttaataa atataataaa tagtaaaggt cctaatcacc acattgatat gtgtcaccac 120

atatccaagc ttgggtacac gggcttgacc caaccccttg ggcggatggt ggcacatggc 180

gaaccaggag ggg 193

<210> 398

<211> 153

<212> DNA

<213> 大劣按蚊（Anopheles dirus）

<220>

<223> 大劣按蚊（Anopheles dirus）WRAIR2株系未放置的基因组支架supercont1.20，全基因组鸟枪序列，KB672869.1

<400> 398

tgcaacaacc atttcgtaca tgagggaatg aaaacaagaa gaggtggggt gacaaactta 60

aagaatttta acactatagt agatatctga gcttgggtat acggggaaac ccaacccctt 120

gggaggatgg aagacatggc taatttgaga gga 153

<210> 399

<211> 110

<212> DNA

<213> 库态按蚊（Anopheles culicifacies）

<220>

<223> 库态按蚊（Anopheles culicifacies）株系物种A-37_1 cont1.7295，全基因组鸟枪序列，AXCM01007295.1

<400> 399

atcaatcgtt gctctgtaag taggtgtggt actgttaaga taagctctcc ataccgtact 60

cctactcaat acgtcctcgg cgtacagagc ggtaacatgt ctctccaaat 110

<210> 400

<211> 201

<212> DNA

<213> 大劣按蚊（Anopheles dirus）

<220>

<223> 大劣按蚊（Anopheles dirus）WRAIR2株系未放置的基因组支架supercont1.25，全基因组鸟枪序列，KB672924.1

<400> 400

cgtatctttc tactatataa tgggataaga tccaatacct tttgcaagct aacgcatgct 60

ctattattct cttctgtcgc gacacgtccc caacgtacag cttggtagca tatatgattt 120

attttccaag cttgggtagt ccggacaaat ggcaatctca acgttggaga agagctagac 180

gatatactca actacttcaa g 201

<210> 401

<211> 129

<212> DNA

<213> 库态按蚊（Anopheles culicifacies）

<220>

<223> 库态按蚊（Anopheles culicifacies）株系物种A-37_1 cont1.8016，全基因组鸟枪序列，AXCM01008016.1

<400> 401

aaatggatcc gaagcctctc gaaggataat tgagggctac tcctacttac atgtctctac 60

aaatatctga gctcgggtat tcagggaaat ccaacccttt gggagtatga tacggctgaa 120

ttgagagga 129

<210> 402

<211> 129

<212> DNA

<213> 斯氏按蚊（Anopheles stephensi）

<220>

<223> 斯氏按蚊（Anopheles stephensi）SDA-500株系未放置的基因组支架supercont1.68，全基因组鸟枪序列，KB665043.1

<400> 402

gctagttctg cagctgttgt ggtagcatta ctgaagcctc ttgcaggtta acaaaggctc 60

tccataccct acctcgactc aatacgttcc cctgtcgtac aaaacggtag catgtctcaa 120

cggaaatga 129

<210> 403

<211> 190

<212> DNA

<213> 微小按蚊（Anopheles minimus）

<220>

<223> 微小按蚊（Anopheles minimus）MINIMUS1株系未放置的基因组支架supercont1.11，全基因组鸟枪序列，KB663622.1

<400> 403

accataatat cctgctaacg gggtagaata tgaagtcgct taaaggttac acaggctctc 60

ctactcaacc cttattcccc ctagcatcct cgtcgtgcag agcggcaact tgaaccatcg 120

catatccaag cttgggtacg cgggttagtt ccccttgggc ggatggtggt gtatgattaa 180

acaggaggga 190

<210> 404

<211> 183

<212> DNA

<213> 拇鲁斯按蚊（Anopheles merus）

<220>

<223> 拇鲁斯按蚊（Anopheles merus）MAF株系未放置的基因组支架supercont2.33，全基因组鸟枪序列，KI915188.1

<400> 404

ttcagatcat ctgctcagca atggaacagg atccgaagtt tccctgaatg ataacatagg 60

ttatccgatc taactcgtat ccagacaagt gtcagttcgt tacatgtgtc atcacatatc 120

caagcttatg tacacggacc tgttgcaacc gttcgggcgg attgttgcag tcatttgatt 180

gca 183

<210> 405

<211> 127

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 梭菌属物种（Clostridium sp.）CAG:221基因组支架，scf67，FR883402.1

<400> 405

aactaagttg acgaggatga gatttatcga attttttcgg cggatatctc acgtaaatag 60

cactagcgtt aataattaac aaaactacaa agtaatttgt aggacaaatt taattatgtg 120

caatcta 127

<210> 406

<211> 159

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 新丙酸[梭菌]（[Clostridium] neopropionicum） DSM-3847株系CLNEO_contig000018，全基因组鸟枪序列，LRVM01000018.1

<400> 406

ttgaaaaatg aagcgccaga accgcagata gggcggttga cgaggtagaa gtgatcgaat 60

ttttcggcgg atgcttctcg cccattcgtt cagggacgca ggtctttcta caaataggag 120

aaggtaattc ttctgacaaa gggaaaggca acggacgaa 159

<210> 407

<211> 154

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 梭菌属物种（Clostridium sp.）CAG:465基因组支架，scf33，FR891245.1

<400> 407

taacattaaa tagcgcatga acataccttt cgtatgtgac gaggatgata gttatcgaac 60

attcagcgga tactatcacg gtgatttagc atcgatatat atagtacaaa aagtaaaatc 120

tttaattact acaaaaacta tataatctaa atat 154

<210> 408

<211> 178

<212> DNA

<213> 暗黑菌门（Atribacteria）细菌

<220>

<223> 暗黑菌门（Atribacteria）细菌34_128 MPI_scaffold_1295，全基因组鸟枪序列，LGGA01000028.1

<400> 408

aattgaatac aagcgccaga acttactcaa tttgaagggc taagtgtttt gataaggtaa 60

gttgacgagg aaggagttta tcgaaaattc ggcggatgct cctgggttgg ccagaccctt 120

agaaaacctg taaaacttgt gagtaattgc aaggacagag aggtttttat ggcaaaat 178

<210> 409

<211> 150

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 梭菌属物种（Clostridium sp.）CAG:793基因组支架，scf49，HF993644.1

<400> 409

ttatttaagt aagcgccagg acattttttt aatgttgacg aggatagaac ttatcgaaat 60

tttcggcgga tggttctagg gaatgctact tcctaaaata ttgtcaaaaa ataatagcga 120

tattataaca aatcaatatt actagctgtg 150

<210> 410

<211> 171

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 库特氏菌属物种（Kurthia sp.）11kri321，完整基因组，CP013217.1

<400> 410

aaaacagtta tagcgccagt actgaagaaa tcggacgaca agtatcttca gtagacgagg 60

tggaggagta tcgaaagttt cggcggatgc ctcccggtcg acagcccgat cgtaagttca 120

tctttaaaat agtgaagtga ttcattagac aaagagatga aatggcaaat c 171

<210> 411

<211> 148

<212> DNA

<213> 脓肿分枝杆菌（Mycobacterium abscessus）

<220>

<223> 脓肿分枝杆菌（Mycobacterium abscessus）株系PAP053基因组组装，重叠群：ERS075544SCcontig000014，CSXB01000014.1

<400> 411

caatatcgga tagcgccaga cctgaacgtt caggtgacga ggagagagct tatcgaagat 60

tcggcgggtg gctctaggga ctgcactcta cagataacaa agaaaaacta attgtgaagt 120

tagaacaaag cggttatcac gcaggtag 148

<210> 412

<211> 189

<212> DNA

<213> Shuttleworthia satelles

<220>

<223> Shuttleworthia satelles DSM 14600基因组支架Scfld0，全基因组鸟枪序列，GG665866.1

<400> 412

tcaaaaactt tagcgccatg tacccggccg cttttcatcc ctctgtattt ttggaggaac 60

gttttggccc gggttgacga ggtgtcaggt gatcgaagat tcggcggatg cctgatcgcg 120

gatgcggccg cgcatacagt tgacaaaaga tccggtaacg gagagacaaa gagactgtaa 180

ccgtatgga 189

<210> 413

<211> 324

<212> DNA

<213> 拜氏梭菌（Clostridium beijerinckii）

<220>

<223> 拜氏梭菌（Clostridium beijerinckii）NCIMB 8052，完整基因组，CP000721.1

<400> 413

aatcaataaa aagcgccagg actaagtgga atttagttga aagtgaattt ttacagggtt 60

ggtttttata aaaggaattt agttaatagt aagctttgat ataagctacg cgaatagcta 120

atgaaatctt tttaaaggaa actcgactca cgttcgttcg ctgagtaaat tcaactatcc 180

aaatcgaaga tttggagttt catttacgtc gacgaggttg gggagtatcg aaacttcggc 240

gggtgcccca cggtatcgca ctaccgtaaa cgactggtaa aactgtgaag tgattcacag 300

gacaaattca gtctggtgtt aaaa 324

<210> 414

<211> 147

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 芽孢杆菌属物种（Bacillus sp.）CAG:988基因组支架，scf27，FR897768.1

<400> 414

gaattctttc tagcgccaga actttgaata gttgacgagg atagtagtga tcgaaaattc 60

ggcggatgct actacgtagg gaagatgcgt taggtatgtc taaaaagcaa aatcgacatt 120

gtaacaacag atgtatcact tttcaga 147

<210> 415

<211> 155

<212> DNA

<213> 还原脱硫肠状菌（Desulfotomaculum reducens）

<220>

<223> 还原脱硫肠状菌（Desulfotomaculum reducens）MI-1，完整基因组，CP000612.1

<400> 415

taaataactg aagcgccaga accttttaca aagtaagggt tgacgaggag agggagtatc 60

gatgtttcgg cggatgccct ccggcccagt tgcggccgta aaagcagaac aaagctggaa 120

ggtaactttc ggtacaaaaa ctgcgggtga ctaaa 155

<210> 416

<211> 148

<212> DNA

<213> 澳大利亚马赫氏菌（Mahella australiensis）

<220>

<223> 澳大利亚马赫氏菌（Mahella australiensis）50-1 BON，完整基因组，CP002360.1

<400> 416

ttcgatataa aagcgccgga actcattttg agttgacgag gtcagggttt atcgattttt 60

cggcgggtgc cctgcggcat acggctgccg acaaaggttc cacaaaagca aaaagcgatt 120

tttgctacaa acgggactgg gccaaaat 148

<210> 417

<211> 202

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 梭菌属物种（Clostridium sp.）CAG:7基因组支架，scf260，HF990741.1

<400> 417

agtaaagcta tagcgccatg cacctgggtc gggtcgtgaa cagtaacgga tgaatgaata 60

ataacttact gctgacacag gttaacgagg tggagagaga atcgaacata ttcggcgggt 120

gctctcccat gcagtccggg cgtgttttat accagaaaaa tatgcgggta actgcaaaac 180

aaagctggta taaccggaca ga 202

<210> 418

<211> 173

<212> DNA

<213> 巨大芽孢杆菌（Bacillus megaterium）

<220>

<223> 巨大芽孢杆菌（Bacillus megaterium）QM B1551，完整基因组，CP001983.1

<400> 418

agtgaataca aagcgcctga actaagtaaa gggacggaaa cgacttagtt gacgaggagg 60

aggtttatcg aagtatcggc ggatgcctcc cggttgttga ttatcacggc cgaaaacttg 120

atgtgaaaaa caatgaggtg acttattgga caaaagcatt gagatgataa tca 173

<210> 419

<211> 197

<212> DNA

<213> 解糖热解纤维菌（Caldicellulosiruptor saccharolyticus）

<220>

<223> 解糖热解纤维菌（Caldicellulosiruptor saccharolyticus）DSM 8903，完整基因组，CP000679.1

<400> 419

ggttttttca aagcgccagg acctctggaa attatagcgc tattgccttt gcgcattttt 60

tccagaggtt gacgaggact ggggagaatc gaggttttcg gcgggtgccc cagcggggtt 120

ttgccttttt ccctcgcaac tttctgctac aaaccccgga aggcaacttc tgggacaaag 180

gcagaaagaa aaaaggc 197

<210> 420

<211> 159

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 梭菌属（Clostridium cellulosi）基因组组装，染色体：I，LM995447.1

<400> 420

ttaaatatta aagcgccagg accgatataa atcggttgac gaggtgggga gttatcgaaa 60

gattcggcgg gtgctcctcc ggccgttagt gttgcggtcg ttagctcatg ctacaaaaaa 120

cgcgggtaac cgcgcaaaaa aaggctgagc attcagcgc 159

<210> 421

<211> 152

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 梭菌属物种（Clostridium sp.）CAG:245基因组支架，scf154，FR880072.1

<400> 421

agttcatttt tagcgccagg acagcgtttg tgctgttgac gaggttagag tttatcgaaa 60

tattcggcgg atgctctagg gctttctacg gtccttataa attagcaaaa cctagcagtg 120

atgttagaac agatataatt ttgagtagtt ta 152

<210> 422

<211> 157

<212> DNA

<213> 蜡样芽孢杆菌（Bacillus cereus）

<220>

<223> 蜡样芽孢杆菌（Bacillus cereus）cytotoxis亚种NVH 391-98，完整基因组，CP000764.1

<400> 422

agagtgatta aagcgccaga actacaaatt gtgtagttga cgaggaggag ttttatcgag 60

atttcggcgg atgactcccg gttattcatc ataaccgcaa gcttttattt aaatcactga 120

ggcgacttgg tggacaaaga taaaagtgtg atgagag 157

<210> 423

<211> 209

<212> DNA

<213> 金黄色葡萄球菌（Staphylococcus aureus）

<220>

<223> 金黄色葡萄球菌（Staphylococcus aureus）C0673基因组支架aedLz-supercont1.14，全基因组鸟枪序列，KK222758.1

<400> 423

aggaaactta tagcgcctga acaaagcgca tacacgattg tagaggcatg tataatcaga 60

tacatgctga atgagtgtta tgacctttgt tgacgaggag gatagttatc gaattttcgg 120

cggatgctat cccggatgtg gcccattcga agttcaatgt ttaaagcata taggtgactg 180

tatgtccaaa gacgttgaaa tagccataa 209

<210> 424

<211> 156

<212> DNA

<213> 格氏梭菌（Clostridium grantii）

<220>

<223> 格氏梭菌（Clostridium grantii）DSM 8605基因组组装，重叠群：EJ34DRAFT_scaffold00005.5，FQXM01000006.1

<400> 424

atattatagt tagcgccaga agtagtgggt aaagtgctac ttgacgagga tggggagtat 60

cgaaatttcg gcggatgccc cacggtataa cactatcgat aaacattggc aaagcaaaga 120

agtgattctt tgtacaaatt caatggagtg tgaatc 156

<210> 425

<211> 153

<212> DNA

<213> 巴氏梭菌（Clostridium bartlettii）

<220>

<223> 巴氏梭菌（Clostridium bartlettii）CAG:1329基因组支架，scf11，HF999313.1

<400> 425

agtgtttata aagcgccaga acttaatttt ttaagttgac gaggtcagag ttaatcgaaa 60

tatcggcgga tgctctgcgg tgtgccacca tcgaaggatt tctacaaagg gtgaaagcaa 120

tttcactaca caaaaagaaa cccatgtgga ttg 153

<210> 426

<211> 154

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 梭菌属物种（Clostridium sp.）SCN 57-10 ABT01_C0138，全基因组鸟枪序列，MEFT01000138.1

<400> 426

acacgttcaa aagcgccggg actgcgtgtg cagttgacga ggcggaggat gatcgaacca 60

ttcggcgggt gcctcctttt cgcgtcgcgc ggaaaagagc cgatgctcaa aacccgttcg 120

caaggacggc gacaaaagca cggcacgcga caca 154

<210> 427

<211> 178

<212> DNA

<213> 耐辐射奇球菌（Deinococcus radiodurans）

<220>

<223> 耐辐射奇球菌（Deinococcus radiodurans）R1染色体1，完整序列，AE000513.1

<400> 427

cttcttcggg cagcgcaagg ccccggcgac acgtgatgtc acaagccggg gagacgaggt 60

ggaggtcagc gacttttctg cggatgcctc caggccccgg tgaacgggcc tacccggcgc 120

gtgctttgcc gctctgagtc aaagactccg gcaggcagaa ccacgcgcaa gcccggcg 178

<210> 428

<211> 167

<212> DNA

<213> 澳门假芽孢杆菌（Fictibacillus macauensis）

<220>

<223> 澳门假芽孢杆菌（Fictibacillus macauensis）ZFHKF-1重叠群05，全基因组鸟枪序列，AKKV01000005.1

<400> 428

gcaataccac aagcgcctga actattttcg accggaatga aaatagttga cgaggaagag 60

gatcatcgag atttcggcgg atgcctctcg gatgacgtca catccgtaag cttttataca 120

aaccaggtaa ggtgacttcc tgtacaaaca taaaagtagt gacgaat 167

<210> 429

<211> 153

<212> DNA

<213> 甲基戊糖梭菌（Clostridium methylpentosum）

<220>

<223> 甲基戊糖梭菌（Clostridium methylpentosum）DSM 5476 Scfld6基因组支架，全基因组鸟枪序列，EQ973344.1

<400> 429

gggtacaacc aagcgccagg cccggataca gctccgggtg acgaggtgga gagtgatcga 60

acagaatcgg cggatgctct cccggtcccg gcaggaggat cgtcagatgg ttcacaaaag 120

cgcgttgcgc acaaaagagc caccccatcc cgc 153

<210> 430

<211> 158

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 梭菌属物种（Clostridium sp.）CAG:470基因组支架，scf38，FR898135.1

<400> 430

gttatttttc aagcgccagg accactattt tcaggaggtt gacgaggtct agagttatcg 60

aaatattcgg cggatgctct agtggctttt acttaaggtc atcagtatta attaaaaact 120

aatagtaata ttagaacaga agttaatatt ttaagttt 158

<210> 431

<211> 159

<212> DNA

<213> 白蚁孢杆菌（Sporobacter termitidis）

<220>

<223> 白蚁孢杆菌（Sporobacter termitidis）DSM 10068基因组组装，重叠群：EK05DRAFT_scaffold00008.8，FQXV01000008.1

<400> 431

taaaatttag aagcgccaga cttcacgcag agcgcggagt tgacgagggc ggggtttatc 60

gaagtattcg gcgggtgccc cgtgctgcgg tccatcagca ttacaggttt tacaaatcct 120

caagcaattg acgggacaaa ataaacctga ttgggcctt 159

<210> 432

<211> 165

<212> DNA

<213> 格氏李斯特菌（Listeria grayi）

<220>

<223> 格氏李斯特菌（Listeria grayi）DSM 20601基因组支架SCAFFOLD1，全基因组鸟枪序列，GL538352.1

<400> 432

aatttaatag aagcgccaga actgatcgaa cggggtatca gttgacgagg aggagattaa 60

tcgagttttt tcggcgggag tctcccggtt attcatgtag ccgttatgtc tgagttacaa 120

aacaagcagg cgactgtttg gacagaaagc ttagacgcat gagtt 165

<210> 433

<211> 157

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 颤杆菌克属物种（Oscillibacter sp.）KLE 1745基因组支架Scaffold170，全基因组鸟枪序列，KI271673.1

<400> 433

cggcccatca cagcgccagc gcccgccgcc agcggcggga cgacgagggg aagggagtat 60

cgaaggattc ggcggatgcc cttccgtgcc cacgggcgcg tacacagccg gcaaatatgc 120

gggcaaccgc aaaacaaggg ggctgtgacc gtgaaga 157

<210> 434

<211> 155

<212> DNA

<213> 解糖热厌氧杆菌（Thermoanaerobacterium saccharolyticum）

<220>

<223> 解糖热厌氧杆菌（Thermoanaerobacterium saccharolyticum）JW SL-YS485，完整基因组，CP003184.1

<400> 434

aactgaataa aagcgcctgg gcttagggga aactctaagt tgacgaggac agggttaatc 60

gagttatcgg cggatgccct gcggcttcct gcggccgata gagaaccggg aaaaccatgg 120

gtgaccattg gcatagagcg gtttgagcag ggata 155

<210> 435

<211> 171

<212> DNA

<213> 嗜盐薄壁芽孢杆菌（Gracilibacillus halophilus）

<220>

<223> 嗜盐薄壁芽孢杆菌（Gracilibacillus halophilus）YIM-C55.5重叠群_7，全基因组鸟枪序列，APML01000007.1

<400> 435

tattaatgga aagcgccagg gctatggtga acgaagaatc catagctgac gaggtggagg 60

ttttatcgag tttgatcggc ggatgcctcc cggttgttgc atctcaaccg tcacattttt 120

attcgaaaac atgaaggtaa ctttatgaac aagaataaaa ataagatgcc t 171

<210> 436

<211> 152

<212> DNA

<213> 嗜碱盐水球菌（Salinicoccus alkaliphilus）

<220>

<223> 嗜碱盐水球菌（Salinicoccus alkaliphilus）DSM 16010基因组组装，重叠群：EJ97DRAFT_scaffold00003.3，FRCF01000004.1

<400> 436

aaaatcggaa tagcgcccgg gcagctttgc tgctgacgag gaggacggtc atcgatcatc 60

ggcggatacc gtcccggaca ctgaagtgtt cgttacaccg gatgttaaaa cccgcaagcg 120

attgcgggga cagagcaccg gtcgataatt gt 152

<210> 437

<211> 168

<212> DNA

<213> 布替利西柯普利卡柯伦菌（Butyricicoccus pullicaecorum）

<220>

<223> 布替利西柯普利卡柯伦菌（Butyricicoccus pullicaecorum）1.2基因组支架acBRa-supercont1.1，全基因组鸟枪序列，KB976103.1

<400> 437

tgcatatcga tagcgccaga actgcggagc agcccgtttc gcagtggacg aggtaagggt 60

tgatcgaaaa ttcggcggat gacccttcgg ccgcgagtga gccggtcgtt agcaggacgt 120

gtaaaccccg ggagtgatcc cggaaacaga gcgtcttcgc atgaccca 168

<210> 438

<211> 198

<212> DNA

<213> 厚壁菌门（Firmicutes）细菌

<220>

<223> 厚壁菌门（Firmicutes）细菌CAG:176_63_11 Ley3_66761_scaffold_4747，全基因组鸟枪序列，MNSY01000086.1

<400> 438

tcctgcgctt ttgcgccttg tcttgacgaa aaatctctcg ccggcaggcc ggcggatatt 60

tttcttttcc gccgccgtgg gataacgagg tggggagcga tcgaaaattc ggcggatgct 120

cctccgcatc gtccggatgc gcacacagct cataaatatg cgggagaccg caaaacagag 180

gggctgtgac cggatgcg 198

<210> 439

<211> 168

<212> DNA

<213> 小基因组菌总门（Microgenomates）细菌

<220>

<223> 小基因组菌总门（Microgenomates）细菌OLB23 UZ22_OP11002CONTIG000039，全基因组鸟枪序列，LMZU01000039.1

<400> 439

cattgttata tagcgtgtgg cccccatctg cattggcagc ggggatacga ggagagggct 60

agcgaataat ctgcgggtac cctcaggccg aagccaagct gtcgacctta agtgtgctct 120

taaatccttc tggcaacaga agggacacgg gagcttgcat acagcata 168

<210> 440

<211> 174

<212> DNA

<213> 鱼腥味锥形杆菌（Pyramidobacter piscolens）

<220>

<223> 鱼腥味锥形杆菌（Pyramidobacter piscolens）W5455重叠群00008，全基因组鸟枪序列，ADFP01000071.1

<400> 440

gaacgaacgg aagcgccagg actgaaccgc ttctcactcc gcggcgacag tcgacgagga 60

cgaaagtgat cgaaccattc ggcggatgct ttcgtggcgg gcgaagggga gccatgaacc 120

tccgtcacaa aaccccgggg cgacccggga acaaacggcg gaggcccttc aatg 174

<210> 441

<211> 172

<212> DNA

<213> 芽孢杆菌属物种（Bacillus sp.）CHD6a

<220>

<223> 芽孢杆菌属物种（Bacillus sp.）CHD6a重叠群17，全基因组鸟枪序列，LBMD01000017.1

<400> 441

tagatataca aagcgcctga actaagcgac ggacgaaacc atgcttagtt gacgaggagg 60

aggtttatcg atctatcggc ggatgcctcc cggttgccaa tcacaaccga ctttagggac 120

agtttaaagc ataaaggcaa ctttatgtac aaagactgtt actatgattg ca 172

<210> 442

<211> 147

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 支原体属物种（Mycoplasma sp.）CAG:472基因组支架，scf184，FR899424.1

<400> 442

atttttgtaa tagcgcatgg cctatttagg tgacgaggac ttacattgtc gatttatcag 60

cggatgtgta agcggagaag ttttacttcg taaaatacct taaaaaaata aaatcaaaat 120

tataacaaag aggtatttaa taaaaca 147

<210> 443

<211> 297

<212> DNA

<213> 诺维氏梭菌（Clostridium novyi）

<220>

<223> 诺维氏梭菌（Clostridium novyi）NT，完整基因组，CP000382.1

<400> 443

aataatatta aagcgccaga acttaagttg agtaaatgag ggaataaagg aaactcaaac 60

tagacgtttg agtaagttcg actaactaaa tcatagattt aagaagttaa ggaaactcaa 120

actaaatgtt tgagtaagtt cgccttaacc aaatcgtaga tttggaggct cacttaagtt 180

gacgaggatg gggagtatcg agaattcggc ggatgtccca cggtatttat gtactaccga 240

taacagttag caaatctaaa aagcgatttt tagcacaaat ctaactaggt acatgat 297

<210> 444

<211> 228

<212> DNA

<213> 南极类芽孢杆菌（Paenibacillus antarcticus）

<220>

<223> 南极类芽孢杆菌（Paenibacillus antarcticus）株系CECT 5836 PBAT34，全基因组鸟枪序列，LVJI01000034.1

<400> 444

tgtatattaa aagcgccaga acttgactag cgcgggatgt aagatggacc gagggtatgg 60

atgagtacga tccgtttcgg tgcctgatta caacggcaga tcaagttgac gaggtggggg 120

tgttcgaaat gttcggcggg gacctcccgg tgatgcacca gagccgtgaa tcatatacgg 180

aaaataagcg ggcgactgct catacaacgt agtgatgggt gctaatta 228

<210> 445

<211> 224

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 戈茨曼菌门（Gottesmanbacteria）细菌暂定种RIFCSPLOWO2_01_FULL_48_11rifcsplowo2_01_scaffold_16357，全基因组鸟枪序列，MFJY01000009.1

<400> 445

cagagaacat aagcgtgtgg cccggctatc atgttcctcg ccgagctcgt cacaccagcc 60

gggcaagccc ggttgatgcg agcgaagcga gcataataac cgggatacga ggaaagggct 120

tatcggataa atctgcgggt gccctttggt agtactctct accacaacgg taatcagaaa 180

ctccaccggt aacggtggga acaaatgatt atcggcagag tcgc 224

<210> 446

<211> 144

<212> DNA

<213> 解乳厌氧球菌（Anaerococcus lactolyticus）

<220>

<223> 解乳厌氧球菌（Anaerococcus lactolyticus）ATCC 51172基因组支架SCAFFOLD12，全基因组鸟枪序列，GG666055.1

<400> 446

aaaaacaaca aagcgccaga tccctttggg atgacgaggg aggaagttat cgaaaattcg 60

gcgggagctt cctgggttca cagccttagt gttagacaaa agcagagagc aatttctgcg 120

acagagaaga cacagtggcc tcat 144

<210> 447

<211> 149

<212> DNA

<213> 肠球菌属物种（Enterococcus sp.）9D6_DIV0238

<220>

<223> 肠球菌属物种（Enterococcus sp.）9D6_DIV0238 scaffold00002，全基因组鸟枪序列，NIBQ01000002.1

<400> 447

aatataggaa tagcgccagg cctgttgttt caggtgacga ggagagagct tatcgaaaca 60

ttcggcggat agctctaggg gctgcactct acaagctgga aataaaaaat aattgcaaaa 120

ttataacaaa gattcagcta agcagaata 149

<210> 448

<211> 328

<212> DNA

<213> 解淀粉梭菌（Clostridium amylolyticum）

<220>

<223> 解淀粉梭菌（Clostridium amylolyticum）DSM 21864株系基因组组装，重叠群：Ga0131114_103，FQZO01000003.1

<400> 448

tacaatataa aagcgccagg actagagtag agccaaatta aaatttggaa catatgatta 60

acttaccatg acgtatggag aagttggagc atatgataaa aggaaacttc ttctccgatg 120

ctaaagctta aaaaataaga aatatgaagc tttagcatct acgaagaaga aagcgaccgc 180

gccaaattaa aatttagagc ctctgcttta gttgacgagg atggggagta tcgagtcttc 240

ggcgggtgcc ccacggtagc gcactaccgt taacgattga taaagccggg aagtgatttc 300

tggaaacaac atcaatcagg tgttaaaa 328

<210> 449

<211> 84

<212> DNA

<213> 长蒴黄麻（Corchorus olitorius）

<220>

<223> 长蒴黄麻（Corchorus olitorius）O-4栽培种重叠群22559，全基因组鸟枪序列，AWUE01022526.1

<400> 449

gcaataactc cgcctgtggc tgcactaaat acctacctct gcaaccacag ccggtcccaa 60

gcccggaaaa aggaggaggg ttgc 84

<210> 450

<211> 92

<212> DNA

<213> 陆地棉（Gossypium hirsutum）

<220>

<223> 陆地棉（Gossypium hirsutum）TM-1栽培种染色体15，全基因组鸟枪序列，CM003264.1

<400> 450

atgataactc cgcctgtgcc atattgaaac ctgagagtat atatcctttt cggcactgcc 60

ggtcccaagc ccggataaag gaggagggtc at 92

<210> 451

<211> 74

<212> DNA

<213> 墨西哥丽脂鲤（Astyanax mexicanus）

<220>

<223> 墨西哥丽脂鲤（Astyanax mexicanus）染色体6，全基因组鸟枪序列，CM008305.1

<400> 451

ttagtaactc tgccaaagtg tctcttttaa ggtcactttg ccggtcccaa gcccggataa 60

aagaggaggg ttaa 74

<210> 452

<211> 81

<212> DNA

<213> 土瓶草（Cephalotus follicularis）

<220>

<223> 土瓶草（Cephalotus follicularis）DNA，支架：scaffold3557，分离株：St1，BDDD01003557.1

<400> 452

gtcataactc cgcctgtgta gcaatatgta taaccatgtg tacacagccg gtcccaagcc 60

cggatgaagg aggagggtga c 81

<210> 453

<211> 80

<212> DNA

<213> 博落回（Macleaya cordata）

<220>

<223> 博落回（Macleaya cordata）BLH2017分离株scaffold525，全基因组鸟枪序列，MVGT01000217.1

<400> 453

tttttaactc cgccaatgca aatgttatgc cataacattt gcattgccgg tcccaagccc 60

gggtaaagga ggagggggaa 80

<210> 454

<211> 63

<212> DNA

<213> 博落回（Macleaya cordata）

<220>

<223> 博落回（Macleaya cordata）BLH2017分离株scaffold7799，全基因组鸟枪序列，MVGT01000535.1

<400> 454

tttttaactc cgccaatgca tatgcattgc cggtctcaag cccgggtaaa ggaggaggga 60

gaa 63

<210> 455

<211> 57

<212> RNA

<213> 未知

<220>

<223> 未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D6C49D_12908

<400> 455

gcacuaaugu agcucagacc ugugacaagc caaggcuaga aaaauacaga gucgugc 57

<210> 456

<211> 56

<212> RNA

<213> 未知

<220>

<223> 未分类的序列P1型扭转核酶，URS0000D669BF_12908

<400> 456

ggccuaaugc agcauagucc ugucacaagc caggcugaaa aaugcagagu gaggca 56

<210> 457

<211> 85

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 人肠道宏基因组DNA，重叠群序列：In-R_005008，BABG01005008.1

<400> 457

gaaacccgct aggccgacag cctcaccgct gccgctggtg caagcccagc cgccccagac 60

cggggcgggc gctcatgggt aacag 85

<210> 458

<211> 82

<212> DNA

<213> 阿德利企鹅（Pygoscelis adeliae）

<220>

<223> 阿德利企鹅（Pygoscelis adeliae）重叠群107431，全基因组鸟枪序列，JMFP01107431.1

<400> 458

ttaggccgtt acctacagct gatgagctcc aagaagagcg aaacctttta agataggtcc 60

tgtagtattg gcctaacaat ct 82

<210> 459

<211> 77

<212> DNA

<213> 刺鹩（Acanthisitta chloris）

<220>

<223> 刺鹩（Acanthisitta chloris）重叠群104940，全基因组鸟枪序列，JJRS01104940.1

<400> 459

attggctgtt agctgctgct cttgagctcc agaaagagca acactgctta ggtcctgcag 60

tactggccta caggtgt 77

<210> 460

<211> 109

<212> DNA

<213> 海龟（Chelonia mydas）

<220>

<223> 海龟（Chelonia mydas）重叠群57739，全基因组鸟枪序列，AJIM01057739.1

<400> 460

ttaaccagtt acctacagct gatgagctcc aggaagagcg aaaccagttc cgccctgttt 60

cagtagttat gaaaagttcg gactggtcct gtagtactgt cctgcagca 109

<210> 461

<211> 82

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 非洲鸵鸟南非亚种（Struthio camelus australis）重叠群33602，全基因组鸟枪序列，JJRT01033602.1

<400> 461

ttaggctgtt acctatagct gatgagcttc aaaatgaatg aaaccactta aaataggtcc 60

tgtagaacta tccttagggc ca 82

<210> 462

<211> 77

<212> DNA

<213> 金领娇鹟（Manacus vitellinus）

<220>

<223> 金领娇鹟（Manacus vitellinus）重叠群47454，全基因组鸟枪序列，JMFM02047454.1

<400> 462

tcaggccatt gcctataggt gatgagctcc atgaagagtg aaaccagtta ggtcctgtat 60

tgctagccta atgagca 77

<210> 463

<211> 83

<212> DNA

<213> 海龟（Chelonia mydas）

<220>

<223> 海龟（Chelonia mydas）重叠群198956，全基因组鸟枪序列，AJIM01198956.1

<400> 463

ttgggctata gcctacagct aatgagcttc aaaaaggagc aaaagcattt aaaataggcc 60

ctgtagtatt agcctaatct aat 83

<210> 464

<211> 78

<212> DNA

<213> 海龟（Chelonia mydas）

<220>

<223> 海龟（Chelonia mydas）重叠群141094，全基因组鸟枪序列，AJIM01141094.1

<400> 464

ttaagacatt gcctacagct gacaagctcc acaaagagca aaaccagtga ggatcctgta 60

acactgtcct acagagct 78

<210> 465

<211> 86

<212> DNA

<213> 矛尾鱼（Latimeria chalumnae）

<220>

<223> 矛尾鱼（Latimeria chalumnae）重叠群061484，全基因组鸟枪序列，AFYH01061484.1

<400> 465

acgttccagt tatctacagc tgatgagctc aaaggagagc gaaaccggac atcctgtccg 60

gtcttgtagt actggcttag ttgtct 86

<210> 466

<211> 77

<212> DNA

<213> 绒啄木鸟（Picoides pubescens）

<220>

<223> 绒啄木鸟（Picoides pubescens）重叠群42547，全基因组鸟枪序列，JJRU01042547.1

<400> 466

ctgcaccgtt acctgcagcc gatgagctcc aaaaagagca aaaccagcca ggtcctgcag 60

tactggctgc agccttc 77

<210> 467

<211> 77

<212> DNA

<213> 绿头鸭（Anas platyrhynchos）

<220>

<223> 绿头鸭（Anas platyrhynchos）北京鸭品种重叠群108924，全基因组鸟枪序列，ADON01108924.1

<400> 467

aatgtctgtt acttgaagct gatgagctcc aaatagagca aaaccattta ggtcctatag 60

tactggcctg taagctt 77

<210> 468

<211> 111

<212> DNA

<213> 斑尾非洲咬鹃（Apaloderma vittatum）

<220>

<223> 斑尾非洲咬鹃（Apaloderma vittatum）重叠群91687，全基因组鸟枪序列，JMFV01091687.1

<400> 468

ttaaaccagt tacctacagc tgatgagctc cggaaagagc aaaaccagtt ctgttctatt 60

tcagcagtta tgaatgctaa gaactggtcc tgtagtaatg ttgaacatcg a 111

<210> 469

<211> 77

<212> DNA

<213> 黄喉沙鸡（Pterocles gutturalis）

<220>

<223> 黄喉沙鸡（Pterocles gutturalis）重叠群86319，全基因组鸟枪序列，JMFR01086319.1

<400> 469

ttaggccatt atctgcagct gatgagctcc aagaagagca aaatccgtta ggtcctacaa 60

tgctggccta atacaca 77

<210> 470

<211> 77

<212> DNA

<213> 原鸡（Gallus gallus）

<220>

<223> 原鸡（Gallus gallus）分离株RJF #256红丛林鸡品种，自交系UCD001染色体10，全基因组鸟枪序列，CM000102.4

<400> 470

cttggccatt acctgcagct ggtgagctcc aaaaagagcg gtgccattta ggtcatgtca 60

ttctggccta tatgttt 77

<210> 471

<211> 77

<212> DNA

<213> 白领姬鹟（Ficedula albicollis）

<220>

<223> 白领姬鹟（Ficedula albicollis）OC2分离株染色体10，全基因组鸟枪序列，CM001999.1

<400> 471

attgaatgtt acttgcagct gatgggctcc aaaaagagag aagcccctta ggtcctgtag 60

tactggactt gaaacat 77

<210> 472

<211> 77

<212> DNA

<213> 斑鼠鸟（Colius striatus）

<220>

<223> 斑鼠鸟（Colius striatus）重叠群35117，全基因组鸟枪序列，JJRP01035117.1

<400> 472

attggctgtt acatgcagct agtgagctcc aaaaagagtg aaaccactta gctcctgtaa 60

ttctggctta taagtgt 77

<210> 473

<211> 77

<212> DNA

<213> 朱红蜂鸟（Calypte anna）

<220>

<223> 朱红蜂鸟（Calypte anna）重叠群32988，全基因组鸟枪序列，JJRV01032988.1

<400> 473

attggccatt atctgcagct gatgagctcc aaaaagagca ggaccacttg gatcctttag 60

tactgcccta taagtgt 77

<210> 474

<211> 85

<212> DNA

<213> 矛尾鱼（Latimeria chalumnae）

<220>

<223> 矛尾鱼（Latimeria chalumnae）重叠群209269，全基因组鸟枪序列，AFYH01209269.1

<400> 474

aatttcagtt atctgcagct gatgagctta aataaaagca aaactggaat taatttccag 60

tcctgcagta ctggttaata tgcct 85

<210> 475

<211> 78

<212> DNA

<213> 洋红蜂虎（Merops nubicus）

<220>

<223> 洋红蜂虎（Merops nubicus）重叠群71858，全基因组鸟枪序列，JJRJ01071858.1

<400> 475

attgtccact acctgcagct gatgaacctc aaaaaagagc aaaactccct aggtcctgta 60

gtagtggcca gtaagtgt 78

<210> 476

<211> 80

<212> DNA

<213> 矛尾鱼（Latimeria chalumnae）

<220>

<223> 矛尾鱼（Latimeria chalumnae）重叠群106573，全基因组鸟枪序列，AFYH01106573.1

<400> 476

caatccagtt atctacagct gacgagctct aatgagagcg aaactgggga accggtcctg 60

tggtactggc atgaaagaaa 80

<210> 477

<211> 77

<212> DNA

<213> 白鹭（Egretta garzetta）

<220>

<223> 白鹭（Egretta garzetta）重叠群72922，全基因组鸟枪序列，JJRC01072922.1

<400> 477

attggccact acccgcagcc ggtgagctct aaaaagagtg aaaccacttg ggtcttgtgg 60

tattggccga taagcgt 77

<210> 478

<211> 83

<212> DNA

<213> 美国短吻鳄（Alligator mississippiensis）

<220>

<223> 美国短吻鳄（Alligator mississippiensis）ScZkoYb_152，全基因组鸟枪序列，AKHW03006215.1

<400> 478

gcaggccatt acttgcagct aatgagttcc acagagaatg aaaccatttg aaattggtcc 60

ctgaagtact ggcctagaaa act 83

<210> 479

<211> 77

<212> DNA

<213> 小马岛猬（Echinops telfairi）

<220>

<223> 小马岛猬（Echinops telfairi）cont1.498693，全基因组鸟枪序列，AAIY01498693.1

<400> 479

ccgagccgtt gcctgcagct gatgagctcc aacaagagcg aaaccgaaca ggtcctgcag 60

tacgggtggg gtcagca 77

<210> 480

<211> 52

<212> DNA

<213> 菊苣黄斑驳（Chicory yellow mottle）病毒

<220>

<223> 用于假定蛋白的菊苣黄斑驳病毒卫星RNA基因，D00721.1

<400> 480

caacagcgaa gcgcgccagg gaaacacacc atgtgtggta tattatctgg ca 52

<210> 481

<211> 52

<212> DNA

<213> 南芥菜花叶（Arabis mosaic）病毒

<220>

<223> 南芥菜花叶（Arabis mosaic）病毒小卫星RNA，完整基因组，M21212.1

<400> 481

caacagcgaa gcggaacggc gaaacacacc ttgtgtggta tattacccgt tg 52

<210> 482

<211> 50

<212> DNA

<213> 烟草环斑（Tobacco ringspot）病毒

<220>

<223> 烟草环斑（Tobacco ringspot）病毒卫星RNA，M14879.1

<400> 482

aaacagagaa gtcaaccaga gaaacacacg ttgtggtata ttacctggta 50

<210> 483

<211> 70

<212> DNA

<213> costatus驼切叶蚁（Cyphomyrmex costatus）

<220>

<223> costatus驼切叶蚁（Cyphomyrmex costatus）重叠群21873，全基因组鸟枪序列，LKEX01021873.1

<400> 483

gattctcaac aatcgtctac ctccccgtgg tgagaatcgg gaaacatttc aaataatggc 60

taaagacgat 70

<210> 484

<211> 73

<212> DNA

<213> 长牡蛎（Crassostrea gigas）

<220>

<223> 长牡蛎（Crassostrea gigas）株系05x7-T-G4-1.051#20 contig28208，全基因组鸟枪序列，AFTI01028208.1

<400> 484

cctgctcaaa atcctacttc cacctccccg cggcgagcag ggggcaacgg acatttgtcc 60

ggcgaacgga aga 73

<210> 485

<211> 74

<212> DNA

<213> 解糖梭菌（Clostridium saccharolyticum）

<220>

<223> 解糖梭菌（Clostridium saccharolyticum）样K10基因组草图，FP929037.1

<400> 485

gctgctcgaa actttgcaca cctcttcgtg gtgagcagca ggcaacgatc ttatggtcgg 60

ctaagaatgc agag 74

<210> 486

<211> 75

<212> DNA

<213> 不规则丛枝菌根真菌（Rhizophagus irregularis）

<220>

<223> 不规则丛枝菌根真菌（Rhizophagus irregularis）DAOM 197198wjcf7180003189428，全基因组鸟枪序列，JEMT01023831.1

<400> 486

cctgaacgaa gcttgccacc tctacgtggt gttcaggaga aacagttgta agttaataac 60

tggccaagag caagc 75

<210> 487

<211> 74

<212> DNA

<213> 佛罗里达弓背蚁（Camponotus floridanus）

<220>

<223> 佛罗里达弓背蚁（Camponotus floridanus）CamFlo_1.0_4.contig2489，全基因组鸟枪序列，AEAB01026452.1

<400> 487

gattttccat tatatgttta cctccacgcg gtgaaaatcg ggcaacgtca aataaattgg 60

cggcaaaaga acgt 74

<210> 488

<211> 72

<212> DNA

<213> 美孢胶膜菌（Tulasnella calospora）

<220>

<223> 美孢胶膜菌（Tulasnella calospora）MUT 4182未放置的基因组支架scaffold_124，全基因组鸟枪序列，KN823065.1

<400> 488

ggggctcgat gatgcgcaca cctccccgtg gtgagccctg tcaacgtcgg caaggacggc 60

caagatgcgc at 72

<210> 489

<211> 72

<212> DNA

<213> 麻蝇金小蜂（Trichomalopsis sarcophagae）

<220>

<223> 麻蝇金小蜂（Trichomalopsis sarcophagae）Alberta株系scaffold26742，全基因组鸟枪序列，NNAY01026514.1

<400> 489

gatgttttga ctcattcacc tccacgcggt aagtatcggg atacgttgta catcaacggc 60

taagaaatga ga 72

<210> 490

<211> 69

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 普氏粪杆菌（Faecalibacterium cf. prausnitzii）KLE1255 F_prausnitziiKLE1255.K95-1.0_Cont34.1，全基因组鸟枪序列，AECU01000025.1

<400> 490

gctgtccgaa aatgctgcct ctacgtggcg gacggcaggc aacggagcgt gtctccggct 60

aaagcatga 69

<210> 491

<211> 73

<212> DNA

<213> 短膜壳绦虫（Hymenolepis nana）

<220>

<223> 短膜壳绦虫（Hymenolepis nana）基因组组装，支架：HNAJ_contig0000132，LM398097.1

<400> 491

gggcaacgta tactcataca cctccacgtg gtgcaccctg ggcaacgtat attcatatgg 60

caaaaatgtc tat 73

<210> 492

<211> 75

<212> DNA

<213> 梭菌目（Clostridiales）细菌

<220>

<223> 梭菌目（Clostridiales）细菌41_21_two_genomes Ley3_66761_scaffold_672，全基因组鸟枪序列，MNRE01000164.1

<400> 492

gctgtttgga taatcacaca ccgatgcgag gttagcagca ggcaacacag cggaagctat 60

ggcgaagatg caatg 75

<210> 493

<211> 75

<212> DNA

<213> 美孢胶膜菌（Tulasnella calospora）

<220>

<223> 美孢胶膜菌（Tulasnella calospora）MUT 4182未放置的基因组支架scaffold_99，全基因组鸟枪序列，KN823040.1

<400> 493

ggggttcgag ctgtacgcgt acctcctcgt ggtgaaccct gggcaacgct ctgacggagc 60

ggctgaatcg cgtac 75

<210> 494

<211> 68

<212> DNA

<213> 毕氏粗角猛蚁（Cerapachys biroi）

<220>

<223> 毕氏粗角猛蚁（Cerapachys biroi）未放置的基因组支架scaffold278，全基因组鸟枪序列，KK107279.1

<400> 494

aactctaaaa cgtccacctc cacgtggtta gagttgggca acgttaaaca ttaacggcta 60

acggacga 68

<210> 495

<211> 69

<212> DNA

<213> 梭状梭菌（Clostridium clostridioforme）

<220>

<223> 梭状梭菌（Clostridium clostridioforme）CAG:132基因组支架，scf345，FR886101.1

<400> 495

gccgcccata ggtgctgcct ctgcgtggcg ggtggcaggc aacggaggag ttctccggct 60

aaagcactg 69

<210> 496

<211> 78

<212> DNA

<213> 肠道寄生线虫（Heligmosomoides polygyrus）

<220>

<223> 肠道寄生线虫（Heligmosomoides polygyrus）基因组组装，支架：HPBE_contig0009563，LL216641.1

<400> 496

gcttcccgat gacggtgcca cctccacgtg gtgggaagcg ggcaacgggt ttggattggc 60

gcccggctaa gagcaccg 78

<210> 497

<211> 77

<212> DNA

<213> 丽蝇蛹集金小蜂（Nasonia vitripennis）

<220>

<223> 丽蝇蛹集金小蜂（Nasonia vitripennis）未放置的基因组支架ChrUn_0243，全基因组鸟枪序列，GL341474.1

<400> 497

gggttttcaa tgaacgttca ccttcacgtg gtgaaacccg ggcaacgtta cattcagcag 60

cggctaagaa cgttcac 77

<210> 498

<211> 70

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 瘤胃球菌属物种（Ruminococcus sp.）CAG:724基因组支架，scf297，HF994873.1

<400> 498

gttacgcaag atcaaagcct cctcgcggcg cgtagcgggc aacgaatttt cattcggctg 60

atttgatcga 70

<210> 499

<211> 79

<212> DNA

<213> costatus驼切叶蚁

<220>

<223> costatus驼切叶蚁（Cyphomyrmex costatus）重叠群15289，全基因组鸟枪序列，LKEX01015289.1

<400> 499

agttttcgaa agtcgttcac ctcctcgtgg tgaaaactgg ataacgttta aataactgat 60

aaacggcaaa gaaacgaca 79

<210> 500

<211> 72

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 瘤胃球菌属物种（Ruminococcus sp.）18P13基因组草图，FP929052.1

<400> 500

gccgcacaaa atcaaagcct ccacgtggcg tgcggcggac aacggatgat tgatccggct 60

aagattgatt ga 72

<210> 501

<211> 77

<212> DNA

<213> 热带秀丽隐杆线虫（Caenorhabditis tropicalis）

<220>

<223> 热带秀丽隐杆线虫（Caenorhabditis tropicalis）JU1373株系未放置的基因组支架Scaffold629，全基因组鸟枪序列，GL637601.1

<400> 501

cttctacacg tacttcgcct ctccgtggcg tagaagaggc aacactcctg ggcaaccaga 60

gtggctaaga agtacac 77

<210> 502

<211> 75

<212> DNA

<213> 短膜壳绦虫（Hymenolepis nana）

<220>

<223> 短膜壳绦虫（Hymenolepis nana）基因组组装，支架：HNAJ_contig0006064，LM407409.1

<400> 502

ggggtgctag atagacttac ctccacgcgg tgtaccctgg gcaacgtata ctcatcatac 60

ggcaaataag tcaat 75

<210> 503

<211> 75

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 厌氧棍状菌属物种（Anaerotruncus sp.）CAG:390基因组支架，scf127，FR897605.1

<400> 503

accgcacagg gtcaaagcct ccacgtggcg tgcggtgggc aacggacaac tcgctcgtcc 60

ggctgatttg accat 75

<210> 504

<211> 70

<212> DNA

<213> 普拉梭菌（Faecalibacterium prausnitzii）

<220>

<223> 普拉梭菌（Faecalibacterium prausnitzii）L2 6基因组草图，FP929045.1

<400> 504

gccgctcaga tatgctacct ctccgtggtg agcagcaggc aacgagagtt ttctctcggc 60

taaagcatat 70

<210> 505

<211> 75

<212> DNA

<213> 麻蝇金小蜂（Trichomalopsis sarcophagae）

<220>

<223> 麻蝇金小蜂（Trichomalopsis sarcophagae）Alberta株系scaffold35，全基因组鸟枪序列，NNAY01000035.1

<400> 505

ggttctcttt catcgttcac ctccccgtgg tgagaaccgg gcaacacaac atttcagagt 60

ggcaaagaaa cgatt 75

<210> 506

<211> 84

<212> DNA

<213> 麻蝇金小蜂（Trichomalopsis sarcophagae）

<220>

<223> 麻蝇金小蜂（Trichomalopsis sarcophagae）Alberta株系scaffold18563，全基因组鸟枪序列，NNAY01018372.1

<400> 506

gattctcaaa agcgttcacc tcctcgtggt gagaatcggg caactctgat gtttacgaat 60

aaatcagagg caaagaacgc gtga 84

<210> 507

<211> 82

<212> DNA

<213> 格氏斯坦线虫（Steinernema glaseri）

<220>

<223> 格氏斯坦线虫（Steinernema glaseri）NC株系未放置的基因组支架GLAS_3282，全基因组鸟枪序列，KN169778.1

<400> 507

ggaagacgac gagctacacc tccacgtggt gtcttccggg caacgttagg gcttctgggt 60

cctaacggca aagacagctc ta 82

<210> 508

<211> 83

<212> DNA

<213> 有齿食道口线虫（Oesophagostomum dentatum）

<220>

<223> 有齿食道口线虫（Oesophagostomum dentatum）株系OD-Hann O_dentatum-1.0_Cont728411.1，全基因组鸟枪序列，JOOK01112482.1

<400> 508

ggtcctcata gctgccacct ccacgtggtg aggaccgggc aacgttggtg cttctggagc 60

caccaacggc taaggcagcg tgg 83

<210> 509

<211> 71

<212> DNA

<213> 层出节水霉（Gonapodya prolifera）

<220>

<223> 层出节水霉（Gonapodya prolifera）JEL478未放置的基因组支架M427scaffold_56，全基因组鸟枪序列，KQ965786.1

<400> 509

ggagcgcgat ggcccgccca cctctacgtg gtgcgctcta gaaacaccag tttggtggct 60

gagaggcggg c 71

<210> 510

<211> 71

<212> DNA

<213> 层出节水霉（Gonapodya prolifera）

<220>

<223> 层出节水霉（Gonapodya prolifera）JEL478未放置的基因组支架M427scaffold_140，全基因组鸟枪序列，KQ965870.1

<400> 510

ggggtacacg gtgactgcct cctcgtggcg taccccgggc aacgttcgat tttcgaacgg 60

ctgaagtcac c 71

<210> 511

<211> 74

<212> DNA

<213> 麻蝇金小蜂（Trichomalopsis sarcophagae）

<220>

<223> 麻蝇金小蜂（Trichomalopsis sarcophagae）Alberta株系scaffold15944，全基因组鸟枪序列，NNAY01015791.1

<400> 511

gattctcaat gtttgctaac ctccacgtgg tgagaatcgg gcaacgttta tttataaacg 60

gcaaagaggc aata 74

<210> 512

<211> 82

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 梭菌属物种（Clostridium sp.）C105KSO13 分离株 C105KSO131基因组组装，FBWL01000170.1

<400> 512

gctactcgga caaatcaaaa aattacacac ctcttcgtgg taagcagcag acaacgattt 60

tatgatcggc gaagatgtga ga 82

<210> 513

<211> 77

<212> DNA

<213> 梭菌目（Clostridiales）细菌

<220>

<223> 梭菌目（Clostridiales）细菌41_21_two_genomes Ley3_66761_scaffold_1913，全基因组鸟枪序列，MNRE01000064.1

<400> 513

gttgctcgaa tgcgaatgaa tcacacacct ctccgtggtg agcagcaggc aatgaagtta 60

tatcataaaa tttttaa 77

<210> 514

<211> 76

<212> DNA

<213> costatus驼切叶蚁（Cyphomyrmex costatus）

<220>

<223> costatus驼切叶蚁（Cyphomyrmex costatus）重叠群10795，全基因组鸟枪序列，LKEX01010795.1

<400> 514

ggttatcgat aagcgtccac ctcctcgcgg tgataaccgg gcaacgttga attcatcagc 60

ggcaaaggac gtctaa 76

<210> 515

<211> 74

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 瘤胃球菌属物种（Ruminococcus sp.）CAG:353基因组支架，scf176，FR901357.1

<400> 515

gctgctcgaa aaatgcacac cgctacgagg tgagcagcag acaacacagc agagactgtg 60

gctaagaggc aaga 74

<210> 516

<211> 72

<212> DNA

<213> 短膜壳绦虫（Hymenolepis nana）

<220>

<223> 短膜壳绦虫（Hymenolepis nana）基因组组装，支架：HNAJ_scaffold0000733，LM398231.1

<400> 516

ggggtgtgag acagacttac ctcaacgtgg tacaccccag gcaacgtata tttatgcggc 60

aaaaaagttt at 72

<210> 517

<211> 75

<212> DNA

<213> 布氏秀丽隐杆线虫（Caenorhabditis brenneri）

<220>

<223> 布氏秀丽隐杆线虫（Caenorhabditis brenneri）株系PB2801 C_brenneri-6.0.1_Cont82.14，全基因组鸟枪序列，ABEG02002846.1

<400> 517

cttcttcgac ggtactaacc tctacgcggt gaagaagaga caacagtttc tgatgaaact 60

ggctaataag tacca 75

<210> 518

<211> 71

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 人肠道宏基因组DNA，重叠群序列：F2-X_007529，BAAZ01007529.1

<400> 518

gctactcaaa aaaagacagc ctccacgcgg cgagcagcgg gcaacgggaa agacccggca 60

gatagtcttt a 71

<210> 519

<211> 80

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 未培养的粪杆菌属物种（Faecalibacterium sp.）TS29_contig04278，全基因组鸟枪序列，ADJT01005907.1

<400> 519

tccgctcgaa actttgcaca cctctacgcg gtgggcggca ggcaacacag tgtgtagatg 60

ctgtggcaaa gaatgcaaga 80

<210> 520

<211> 76

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 瘤胃球菌属物种（Ruminococcus sp.）5_1_39B_FAA cont1.60，全基因组鸟枪序列，ACII01000060.1

<400> 520

gctgctcaga aatgcacact gcgactggtg agcagtaggt gatgtttatc aaaggataag 60

cggctaagat gtagaa 76

<210> 521

<211> 75

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 海洋宏基因组1577600，全基因组鸟枪序列，AACY021109846.1

<400> 521

gggggacgaa gtcgaactga acacctccat cgtggtgtcc cccgggcaac gcttgcaaaa 60

gcggctaacg ttcag 75

<210> 522

<211> 89

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 人肠道宏基因组DNA，重叠群序列：F2-V_032439，BAAX01032439.1

<400> 522

gctgctcgta ataatcacac acctctccgt ggtgagcagc aggcaacgat ttaagaatgt 60

atggttcgat gatcggcgaa gatgtgcga 89

<210> 523

<211> 71

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 人肠道宏基因组DNA，重叠群序列：F2-X_004974，BAAZ01004974.1

<400> 523

actgcacaaa accaacagcc ttcacgcggc gtgcagtgag caacgtatag ttttatacgg 60

ccaatgttga a 71

<210> 524

<211> 76

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 人肠道宏基因组DNA，重叠群序列：F2-W_003903，BAAY01003903.1

<400> 524

gccgctttat attttgtaca cctctacgtg gtaagcggca ggcaacgttt attttataga 60

cggctaagat gcaaaa 76

<210> 525

<211> 89

<212> DNA

<213> 陪伴粪球菌（Coprococcus comes）

<220>

<223> 陪伴粪球菌（Coprococcus comes）ATCC 27758 C_comes-1.0.1_Cont1600，全基因组鸟枪序列，ABVR01000037.1

<400> 525

gctgctcgaa tgaatcacac acctctttgt ggtgagtagc aggcaacgat ctaagaatca 60

gggatccggt gatcggctga gatgtgaag 89

<210> 526

<211> 78

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 海洋宏基因组1095527145240，全基因组鸟枪序列，AACY021449234.1

<400> 526

atctcacaac gttaatcgcc tcctcgtggc gtgagatgga aacagcatat ttgcaaatat 60

gttggctaag attaacag 78

<210> 527

<211> 45

<212> DNA

<213> 埃及血吸虫（Schistosoma haematobium）

<220>

<223> 埃及血吸虫（Schistosoma haematobium）scaffold1749_15，全基因组鸟枪序列，AMPZ01025371.1

<400> 527

tcccggctga cgagtctcaa acagaacgta atgcgcgtcc tggat 45

<210> 528

<211> 49

<212> DNA

<213> 羊裂体吸虫（Schistosoma mattheei）

<220>

<223> 羊裂体吸虫（Schistosoma mattheei）赞比亚Denwood株系基因组组装，支架：SMTD_contig0008514，LM184686.1

<400> 528

atccatctga tgaatcctaa aataggacga aacatgcgtc aaactggat 49

<210> 529

<211> 45

<212> DNA

<213> 马格里包氏裂体吸虫（Schistosoma margrebowiei）

<220>

<223> 马格里包氏裂体吸虫（Schistosoma margrebowiei）赞比亚株系基因组组装，支架：SMRZ_scaffold0000569，LL877594.1

<400> 529

atccaactga tgtgtcttag gtaaaacgaa acacgcgtcc tggat 45

<210> 530

<211> 45

<212> DNA

<213> 柯拉松血吸虫（Schistosoma curassoni）

<220>

<223> 柯拉松血吸虫（Schistosoma curassoni）塞内加尔达喀尔株系基因组组装，支架：SCUD_scaffold0001340，LM066427.1

<400> 530

accctaatga aaagtgccaa atagtacgaa acttaagtct agggt 45

<210> 531

<211> 216

<212> DNA

<213> 埃及血吸虫（Schistosoma haematobium）

<220>

<223> 埃及血吸虫（Schistosoma haematobium）scaffold839_8，全基因组鸟枪序列，AMPZ01016641.1

<400> 531

attcagctga cgagtcccaa tgtcgtgttt gaatgaacaa atgattcctt tgtacttgtt 60

gaatgcttga tttcgaattc taaatacagt acattcgctt gtgcttatct actacttctt 120

gatccaatta cgttatttct ggaattctta gttcatacta taactcaaag actcctaatt 180

atcacacccg agtaggatga aacgcgcgtc ctgaat 216

<210> 532

<211> 68

<212> DNA

<213> 罗氏裂体吸虫（Schistosoma rodhaini）

<220>

<223> 罗氏裂体吸虫（Schistosoma rodhaini）布隆迪株系基因组组装，支架：SROB_scaffold0004017，LL960995.1

<220>

<221> 尚未归类的特征

<222> (33)..(55)

<223> n是a、c、g、或t

<400> 532

atccagctga cgagtcccga ataggacaaa acnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnngagcg 60

ttctggat 68

<210> 533

<211> 45

<212> DNA

<213> 罗氏裂体吸虫（Schistosoma rodhaini）

<220>

<223> 罗氏裂体吸虫（Schistosoma rodhaini）布隆迪株系基因组组装，支架：SROB_scaffold0005707，LL962685.1

<400> 533

atccagacga cgagtccaag acaggaccaa acgcgctttt tgtat 45

<210> 534

<211> 45

<212> DNA

<213> 罗氏裂体吸虫（Schistosoma rodhaini）

<220>

<223> 罗氏裂体吸虫（Schistosoma rodhaini）布隆迪株系基因组组装，支架：SROB_scaffold0002741，LL959719.1

<400> 534

acccagatga tgagtctcac ataaaacgaa acgtacgtct tagat 45

<210> 535

<211> 49

<212> DNA

<213> 毛毕属血吸虫（Trichobilharzia regenti）

<220>

<223> 毛毕属血吸虫（Trichobilharzia regenti）基因组组装，支架：TRE_scaffold0001662，LL001662.1

<400> 535

atccagatga cgagtcccag gtcgaacgaa atgcgcatcc tggctggat 49

<210> 536

<211> 46

<212> DNA

<213> 埃及血吸虫（Schistosoma haematobium）

<220>

<223> 埃及血吸虫（Schistosoma haematobium）scaffold572_14，全基因组鸟枪序列，AMPZ01012007.1

<400> 536

attctactga cgagtcccaa acaggacgag atggatttta tagaat 46

<210> 537

<211> 48

<212> DNA

<213> 毛毕属血吸虫（Trichobilharzia regenti）

<220>

<223> 毛毕属血吸虫（Trichobilharzia regenti）基因组组装，支架：TRE_scaffold0038465，LL038740.1

<400> 537

atccggatga cgagtccaaa atagggtgaa atacgcgtaa tcctggat 48

<210> 538

<211> 45

<212> DNA

<213> 埃及血吸虫（Schistosoma haematobium）

<220>

<223> 埃及血吸虫（Schistosoma haematobium）scaffold265_6，全基因组鸟枪序列，AMPZ01005699.1

<400> 538

accttgcgga cgagtaccaa atagcacgaa acccgggtcc agggt 45

<210> 539

<211> 45

<212> DNA

<213> 罗氏裂体吸虫（Schistosoma rodhaini）

<220>

<223> 罗氏裂体吸虫（Schistosoma rodhaini）布隆迪株系基因组组装，支架：SROB_scaffold0003196，LL960174.1

<400> 539

atccatctga cgagccctaa atggggcgaa atgcacatcc tgcac 45

<210> 540

<211> 46

<212> DNA

<213> 曼氏血吸虫（Schistosoma mansoni）

<220>

<223> 曼氏血吸虫（Schistosoma mansoni）波多黎各株系染色体1，完整基因组，HE601624.1

<400> 540

atccagccga agagttcaaa atttagacga aatgtgcgtc caggat 46

<210> 541

<211> 45

<212> DNA

<213> 曼氏血吸虫（Schistosoma mansoni）

<220>

<223> 曼氏血吸虫（Schistosoma mansoni）波多黎各株系染色体4，完整基因组，HE601627.1

<400> 541

gtccagccga tgagttcgaa ataggatgaa acgcacgtcc tgaat 45

<210> 542

<211> 45

<212> DNA

<213> 马格里包氏裂体吸虫（Schistosoma margrebowiei）

<220>

<223> 马格里包氏裂体吸虫（Schistosoma margrebowiei）赞比亚株系基因组组装，支架：SMRZ_scaffold0001143，LL878569.1

<400> 542

attcaactga tgggttcaaa ataggacgga gctcgcgtcc tgaat 45

<210> 543

<211> 48

<212> DNA

<213> 马格里包氏裂体吸虫（Schistosoma margrebowiei）

<220>

<223> 马格里包氏裂体吸虫（Schistosoma margrebowiei）赞比亚株系基因组组装，支架：SMRZ_contig0000066，LL877199.1

<400> 543

atctagctga cgtgtctcaa atagggtgaa acgcgcatca aactggat 48

<210> 544

<211> 46

<212> DNA

<213> 罗氏裂体吸虫（Schistosoma rodhaini）

<220>

<223> 罗氏裂体吸虫（Schistosoma rodhaini）布隆迪株系基因组组装，支架：SROB_scaffold0007499，LL964478.1

<400> 544

gtcttgctga ggagtcccac aattggacaa aacgatcgtc cagtac 46

<210> 545

<211> 45

<212> DNA

<213> 羊裂体吸虫（Schistosoma mattheei）

<220>

<223> 羊裂体吸虫（Schistosoma mattheei）赞比亚Denwood株系基因组组装，支架：SMTD_scaffold0000113，LM149431.1

<400> 545

atccagacga tgagtcgcaa tcaggacaaa acgcgtgtcc tgcat 45

<210> 546

<211> 314

<212> DNA

<213> 罗氏裂体吸虫（Schistosoma rodhaini）

<220>

<223> 罗氏裂体吸虫（Schistosoma rodhaini）布隆迪株系基因组组装，支架：SROB_scaffold0002417，LL959395.1

<400> 546

tcactgctga ggagtcccac aacagggtga aacgaccatc cagtgctttc aggttctcca 60

tagtggtcca gcttcaatcg actcatgatt tcaactgtta aaatactaaa tctccacaaa 120

aacccttctg ataattcata atagatcaga ggggggtttg tggagaattt agtattttaa 180

cagttgaaat catgagtcga ttgaagctag accatcattg aaaacctgaa agcactggac 240

ggccatttcg ttctattatg ggaatcctca gcagtgcgca tccataataa taggacgaaa 300

cggccgtcca gtgc 314

<210> 547

<211> 45

<212> DNA

<213> 马格里包氏裂体吸虫（Schistosoma margrebowiei）

<220>

<223> 马格里包氏裂体吸虫（Schistosoma margrebowiei）赞比亚株系基因组组装，支架：SMRZ_scaffold0000011，LL876856.1

<400> 547

attcagctga cgagtgttga ataagacgga acgtgcatcc tgaat 45

<210> 548

<211> 51

<212> DNA

<213> 卡氏棘口吸虫（Echinostoma caproni）

<220>

<223> 卡氏棘口吸虫（Echinostoma caproni）埃及株系基因组组装，支架：ECPE_scaffold0005374，LL238470.1

<400> 548

gcactgctga cgagtcccag acaggacgaa acaacaacaa ctgtccagtg c 51

<210> 549

<211> 45

<212> DNA

<213> 柯拉松血吸虫（Schistosoma curassoni）

<220>

<223> 柯拉松血吸虫（Schistosoma curassoni）塞内加尔达喀尔株系基因组组装，支架：SCUD_contig0027497，LM120165.1

<400> 549

accttggtga cgagtgtcaa ataggacgaa acttaggtcc atgat 45

<210> 550

<211> 46

<212> DNA

<213> 毛毕属血吸虫（Trichobilharzia regenti）

<220>

<223> 毛毕属血吸虫（Trichobilharzia regenti）基因组组装，支架：TRE_scaffold0038963，LL039251.1

<400> 550

gtatcaccga agagtcccaa actaggacga aacagcagtc taatac 46

<210> 551

<211> 45

<212> DNA

<213> 罗氏裂体吸虫（Schistosoma rodhaini）

<220>

<223> 罗氏裂体吸虫（Schistosoma rodhaini）布隆迪株系基因组组装，支架：SROB_scaffold0000311，LL957289.1

<400> 551

attcaactaa tgaatcccaa gtagaacgaa acgtacgtcc tgaat 45

<210> 552

<211> 141

<212> DNA

<213> 羊裂体吸虫（Schistosoma mattheei）

<220>

<223> 羊裂体吸虫（Schistosoma mattheei）赞比亚Denwood株系基因组组装，支架：SMTD_scaffold0017800，LM169888.1

<400> 552

attcagctga cgagtcccac ttagctattg agtcctgata attacttgct tgtgcaattt 60

ctgaagagaa catcaactct gggatgtagg cacatcctgc tgatgggtcg caaataggac 120

gaaacgcgcg tcaaaccgga t 141

<210> 553

<211> 45

<212> DNA

<213> 马格里包氏裂体吸虫（Schistosoma margrebowiei）

<220>

<223> 马格里包氏裂体吸虫（Schistosoma margrebowiei）赞比亚株系基因组组装，支架：SMRZ_contig0000349，LL878022.1

<400> 553

atctatctga caagtcctaa ataggactaa acgtgcgttc tgaat 45

<210> 554

<211> 46

<212> DNA

<213> 毛毕属血吸虫（Trichobilharzia regenti）

<220>

<223> 毛毕属血吸虫（Trichobilharzia regenti）基因组组装，支架：TRE_scaffold0003993，LL003993.1

<400> 554

gcaccgatga agagtcctaa aataggacga aacggctgtc tggcgc 46

<210> 555

<211> 45

<212> DNA

<213> 柯拉松血吸虫（Schistosoma curassoni）

<220>

<223> 柯拉松血吸虫（Schistosoma curassoni）塞内加尔达喀尔株系基因组组装，支架：SCUD_scaffold0002666，LM067904.1

<400> 555

acctagccga cgagtctgaa ataggacaaa acgtgtgtcc ttgat 45

<210> 556

<211> 46

<212> DNA

<213> 双班蛸（Octopus bimaculoides）

<220>

<223> 双班蛸（Octopus bimaculoides）Scaffold16004_contig_23，全基因组鸟枪序列，LGKD01170204.1

<400> 556

ttctggctga cgaaacacaa caggtcgaaa caccggtgtc ccagaa 46

<210> 557

<211> 45

<212> DNA

<213> 曼氏血吸虫（Schistosoma mansoni）

<220>

<223> 曼氏血吸虫（Schistosoma mansoni）波多黎各株系染色体7，完整基因组，HE601630.1

<400> 557

atttagctga tgtatcccaa acaaaacgaa acacacgtca tgaat 45

<210> 558

<211> 45

<212> DNA

<213> 麝猫后睾吸虫（Opisthorchis viverrini）

<220>

<223> 麝猫后睾吸虫（Opisthorchis viverrini）opera_v5_148.27，全基因组鸟枪序列，JACJ01014299.1

<400> 558

gcactgctga tgagctctaa ttagagcgaa actcgagtcc agtgc 45

<210> 559

<211> 45

<212> DNA

<213> 埃及血吸虫（Schistosoma haematobium）

<220>

<223> 埃及血吸虫（Schistosoma haematobium）scaffold104_9，全基因组鸟枪序列，AMPZ01005908.1

<400> 559

attcaactga taagtcccaa acaggatgaa ataagcatct tgaat 45

<210> 560

<211> 49

<212> DNA

<213> 埃及血吸虫（Schistosoma haematobium）

<220>

<223> 埃及血吸虫（Schistosoma haematobium）scaffold15_47，全基因组鸟枪序列，AMPZ01001461.1

<400> 560

gcattgctga ggagtcccac aataagacga aacgtccgtc aaacaatac 49

<210> 561

<211> 214

<212> DNA

<213> 埃及血吸虫（Schistosoma haematobium）

<220>

<223> 埃及血吸虫（Schistosoma haematobium）scaffold555_12，全基因组鸟枪序列，AMPZ01011692.1

<400> 561

attgctgagg agtcccatac tagtatttta gtattttaga ttgaataaaa cttcataaac 60

aaagatggat agtggctagc agtggaatcc aggacacgcg tttcgtccta tttgtgactc 120

gttagctaga tggtcctgca tttcagagtt gatgttcact ctaggactcg aacccagtac 180

cgttcgctac aaggacgaaa cgcgcgtcct gaat 214

<210> 562

<211> 46

<212> DNA

<213> 马格里包氏裂体吸虫（Schistosoma margrebowiei）

<220>

<223> 马格里包氏裂体吸虫（Schistosoma margrebowiei）赞比亚株系基因组组装，支架：SMRZ_scaffold0000277，LL877183.1

<400> 562

gcactactga ggagtcccag aacaaaagga aacggccgtc tagtgt 46

<210> 563

<211> 46

<212> DNA

<213> 埃及血吸虫（Schistosoma haematobium）

<220>

<223> 埃及血吸虫（Schistosoma haematobium）scaffold631_7，全基因组鸟枪序列，AMPZ01013432.1

<400> 563

acactgctga agagtcctac aatgggacga aacagccgtc tggtat 46

<210> 564

<211> 45

<212> DNA

<213> 埃及血吸虫（Schistosoma haematobium）

<220>

<223> 埃及血吸虫（Schistosoma haematobium）scaffold313_14，全基因组鸟枪序列，AMPZ01007250.1

<400> 564

atccaactga caaatcccaa acaggatgaa acgcacgtcc tctat 45

<210> 565

<211> 45

<212> DNA

<213> 罗氏裂体吸虫（Schistosoma rodhaini）

<220>

<223> 罗氏裂体吸虫（Schistosoma rodhaini）布隆迪株系基因组组装，支架：SROB_scaffold0000033，LL957011.1

<400> 565

atccaactga tgagtgtcaa ataggacaaa actctagttc tgtat 45

<210> 566

<211> 46

<212> DNA

<213> 柯拉松血吸虫（Schistosoma curassoni）

<220>

<223> 柯拉松血吸虫（Schistosoma curassoni）塞内加尔达喀尔株系基因组组装，支架：SCUD_scaffold0004111，LM069637.1

<400> 566

gtattgttga ggagtcgcat accagggcga aacggccgtc caatac 46

<210> 567

<211> 45

<212> DNA

<213> 马格里包氏裂体吸虫（Schistosoma margrebowiei）

<220>

<223> 马格里包氏裂体吸虫（Schistosoma margrebowiei）赞比亚株系基因组组装，支架：SMRZ_contig0000159，LL877504.1

<400> 567

atccgtctga caagtcctag atagaacgag acgcgcgtct tggat 45

<210> 568

<211> 55

<212> DNA

<213> 曼氏血吸虫（Schistosoma mansoni）

<220>

<223> 曼氏血吸虫（Schistosoma mansoni）波多黎各株系染色体W，完整基因组，HE601631.1

<400> 568

atccaactga tgagtcccaa atagaaccaa ataggacgaa atgcatgtcc tggat 55

<210> 569

<211> 108

<212> DNA

<213> 毛毕属血吸虫（Trichobilharzia regenti）

<220>

<223> 毛毕属血吸虫（Trichobilharzia regenti）基因组组装，支架：TRE_scaffold0029912，LL030011.1

<220>

<221> 尚未归类的特征

<222> (21)..(85)

<223> n是a、c、g、或t

<400> 569

atccagctga tgagtcccaa nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn 60

nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnaggac gaaatgtgca tcttggat 108

<210> 570

<211> 46

<212> DNA

<213> 毛毕属血吸虫（Trichobilharzia regenti）

<220>

<223> 毛毕属血吸虫（Trichobilharzia regenti）基因组组装，支架：TRE_scaffold0035981，LL036185.1

<400> 570

atcgaaatga cgagtcccaa atggaacgaa acccgtgtct tttgat 46

<210> 571

<211> 151

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 人肠道宏基因组DNA，重叠群序列：F2-X_000382，BAAZ01000382.1

<400> 571

aattcattcg caaagtaatt attctatgaa atgcaaatta tcttcatatg ttgtgaaaca 60

tagcttaacc acgttaaagt ataataatat aagttaggta tgcccttata aagacttagg 120

tagcgctaag gactatatta ttatacttct t 151

<210> 572

<211> 484

<212> PRT

<213> 耐超高温热棒菌（Pyrobaculum aerophilum）

<400> 572

Met Arg Asn Ile Pro Ile Asn Lys Ile Asn Asp Tyr Val Trp Glu Ile

1 5 10 15

Pro Pro Gly Val Lys Pro Cys Gln Lys Val Pro Val Arg Ile Tyr Ala

20 25 30

Asp Ser Val Leu Leu Glu Lys Met Lys Ser Asp Met Thr Leu Glu Gln

35 40 45

Gly Ile Asn Val Gly Cys Leu Pro Gly Ile Tyr Arg Trp Ser Ile Val

50 55 60

Leu Pro Asp Ala His Gln Gly Tyr Gly Phe Pro Ile Gly Gly Val Ala

65 70 75 80

Ala Ile Asp Ala Glu Glu Gly Val Ile Ser Pro Gly Gly Ile Gly Tyr

85 90 95

Asp Ile Asn Cys Gly Val Arg Val Leu Arg Thr Asn Leu Thr Glu Glu

100 105 110

Asp Val Arg Pro Lys Leu Lys Glu Leu Val Asp Thr Ile Phe Arg Leu

115 120 125

Val Pro Pro Gly Val Gly Gly Thr Gly His Leu Arg Leu Ser Pro Ser

130 135 140

Glu Phe Glu Arg Val Leu Ala Glu Gly Val Glu Trp Ala Val Gln Lys

145 150 155 160

Gly Tyr Gly Trp Ala Glu Asp Met Glu Tyr Ile Glu Glu Arg Gly Ser

165 170 175

Trp Lys Leu Ala Asp Pro Ser Lys Val Ser Glu Lys Ala Lys Ala Arg

180 185 190

Gly Arg Asp Gln Leu Gly Thr Leu Gly Ser Gly Asn His Phe Leu Glu

195 200 205

Ile Gln Val Val Asp Lys Ile Tyr Asp Glu Lys Ile Ala Lys Leu Phe

210 215 220

Gly Ile Glu Arg Glu Gly Gln Val Val Val Met Ile His Thr Gly Ser

225 230 235 240

Arg Gly Phe Gly His Gln Val Ala Thr Asp Tyr Leu Leu Ile Met Glu

245 250 255

Arg Lys Met Arg Gln Trp Gly Leu Asn Leu Pro Asp Arg Glu Leu Ala

260 265 270

Ala Ala Pro Leu Lys Asp Lys Val Ala Glu Asp Tyr Ile Lys Ala Met

275 280 285

Ala Ser Ala Ala Asn Phe Ala Trp Thr Asn Arg His Ile Ile Met His

290 295 300

Trp Val Arg Glu Ala Phe Lys Lys Val Phe Gly Ser Ile Glu Lys Val

305 310 315 320

Gly Leu Glu Val Val Tyr Asp Val Ala His Asn Ile Ala Lys Leu Glu

325 330 335

Glu His Val Val Asp Glu Lys Gly Thr Val Arg Lys Val Trp Val His

340 345 350

Arg Lys Gly Ala Thr Arg Ala Phe Pro Pro Gly Arg Ser Glu Ile Pro

355 360 365

Ala Lys Tyr Arg Glu Val Gly Gln Pro Val Leu Ile Pro Gly Ser Met

370 375 380

Gly Thr Ala Ser Trp Ile Leu Val Gly Thr His Asp Ala Met Arg Leu

385 390 395 400

Thr Phe Gly Thr Ala Pro His Gly Ala Gly Arg Val Leu Ser Arg Glu

405 410 415

Ala Ala Ile Arg Met Tyr Pro Pro His Lys Val Gln Glu Glu Met Ala

420 425 430

Lys Arg Gly Ile Ile Val Arg Ser Ala Glu Thr Glu Val Ile Ser Glu

435 440 445

Glu Ala Pro Trp Ala Tyr Lys Asp Val Asp Arg Val Val Glu Ala Ala

450 455 460

His Gln Val Gly Phe Ala Lys Lys Val Val Arg Gln Arg Pro Ile Gly

465 470 475 480

Val Val Lys Gly

<210> 573

<211> 482

<212> PRT

<213> 嗜酸热硫化叶菌（Sulfolobus acidocaldarius）

<400> 573

Met Gln Thr Gln Ile Lys Arg Ile Gly Asn Tyr Glu Trp Arg Ile Glu

1 5 10 15

Lys Gly Ala Gln Glu Cys Met Lys Val Pro Val Thr Val Phe Ala Asp

20 25 30

Asp Val Leu Ile Asp Lys Met Lys Gln Asp Leu Thr Leu Arg Gln Ala

35 40 45

Thr Asn Val Ser Cys Leu Gln Gly Val Gln Glu Ser Val Tyr Val Leu

50 55 60

Pro Asp Gly His Gln Gly Tyr Gly Phe Pro Ile Gly Gly Ile Ala Ala

65 70 75 80

Ser Ala Ile Asp Glu Glu Gly Val Val Ser Pro Gly Gly Ile Gly Tyr

85 90 95

Asp Ile Asn Cys Gly Val Arg Leu Leu Arg Thr Asn Leu Asp Tyr Lys

100 105 110

Asp Val Lys Asp Lys Leu Lys Asp Leu Val Glu Glu Ile Tyr Arg Asn

115 120 125

Val Pro Ser Gly Val Gly Ser Glu Gly Arg Val Lys Leu Ser Tyr Gln

130 135 140

Gln Leu Asp Asn Val Leu Ser Glu Gly Val Lys Trp Ala Val Asp Asn

145 150 155 160

Gly Tyr Gly Trp Asn Arg Asp Met Glu His Ile Glu Gln Ser Gly Ser

165 170 175

Trp Asn Leu Ala Asp Pro Ser Lys Val Ser Pro Ile Ala Lys Gln Arg

180 185 190

Gly His Thr Gln Leu Gly Thr Leu Gly Ala Gly Asn His Phe Leu Glu

195 200 205

Ile Gln Val Val Asp Lys Ile Tyr Asp Glu Lys Val Ala Lys Ala Ile

210 215 220

Gly Ile Thr His Glu Gly Gln Ile Thr Val Met Val His Thr Gly Ser

225 230 235 240

Arg Gly Leu Gly His Gln Val Ala Ser Asp Tyr Leu Gln Val Met Glu

245 250 255

Arg Ala Met Lys Lys Tyr Asn Ile Lys Val Pro Asp Arg Glu Leu Ala

260 265 270

Ala Ile Pro Phe Asn Thr Arg Glu Ala Gln Asp Tyr Ile His Ala Met

275 280 285

Ser Ser Ala Ala Asn Phe Ala Trp Thr Asn Arg Gln Met Ile Thr His

290 295 300

Trp Ala Arg Glu Ser Phe Gly Arg Val Tyr Arg Ile Asp Pro Glu Lys

305 310 315 320

Leu Asp Leu Asn Ile Val Tyr Asp Val Ala His Asn Ile Ala Lys Ile

325 330 335

Glu Glu Tyr Asp Ile Asp Gly Lys Arg Lys Lys Val Leu Val His Arg

340 345 350

Lys Gly Ala Thr Arg Ala Phe Pro Pro Gly Ser Thr Glu Ile Pro Ala

355 360 365

Asp His Arg Asn Val Gly Gln Ile Val Leu Ile Pro Gly Ser Met Gly

370 375 380

Thr Ala Ser Tyr Ile Met Ala Gly Ile Pro Glu Gly Arg Arg Thr Trp

385 390 395 400

Phe Thr Ala Pro His Gly Ala Gly Arg Trp Met Ser Arg Glu Ala Ala

405 410 415

Val Arg Ser Tyr Pro Val Asn Ser Val Val Gln Asn Leu Glu Glu Lys

420 425 430

Gly Ile Ile Val Arg Ala Ala Thr Lys Arg Val Val Ala Glu Glu Ala

435 440 445

Pro Gly Ala Tyr Lys Asp Val Asp Arg Val Ala Lys Val Ala His Glu

450 455 460

Val Lys Ile Ala Lys Leu Val Ala Arg Leu Lys Pro Ile Gly Val Thr

465 470 475 480

Lys Gly

<210> 574

<211> 970

<212> PRT

<213> 激烈火球菌（Pyrococcus furiosus）

<400> 574

Met Ile Ile Leu Arg Val Val Asn Val Ala Val Pro Leu Lys Arg Ile

1 5 10 15

Asp Lys Ile Arg Trp Glu Ile Pro Lys Phe Asp Lys Arg Met Lys Val

20 25 30

Pro Gly Arg Val Tyr Ala Asp Asp Val Leu Ile Glu Lys Met Arg Gln

35 40 45

Asp Arg Thr Leu Glu Gln Ala Ala Asn Val Ala Met Leu Pro Gly Ile

50 55 60

Tyr Lys Tyr Ser Ile Val Met Pro Asp Gly His Gln Gly Tyr Gly Phe

65 70 75 80

Pro Ile Gly Gly Val Ala Ala Phe Asp Ile Lys Glu Gly Val Ile Ser

85 90 95

Pro Gly Gly Ile Gly Tyr Asp Ile Asn Cys Leu Ala Pro Gly Thr Lys

100 105 110

Val Leu Thr Glu His Gly Tyr Trp Leu Lys Ile Glu Glu Met Pro Glu

115 120 125

Lys Phe Lys Leu Gln Arg Leu Arg Leu Tyr Asn Ile Glu Glu Gly His

130 135 140

Asn Asp Phe Ser Arg Val Ala Phe Val Ala Glu Arg Asn Ile Glu Lys

145 150 155 160

Asp Glu Thr Ala Ile Arg Ile Val Thr Glu Thr Gly Thr Leu Ile Glu

165 170 175

Gly Ser Glu Asp His Pro Val Leu Thr Pro Gln Gly Tyr Val Tyr Leu

180 185 190

Lys Asn Ile Lys Glu Gly Asp Tyr Val Ile Val Tyr Pro Phe Glu Gly

195 200 205

Val Pro Tyr Glu Glu Lys Lys Gly Ile Ile Ile Asp Glu Ser Ala Phe

210 215 220

Glu Gly Glu Asp Pro Gln Val Ile Lys Phe Leu Lys Glu Arg Asn Leu

225 230 235 240

Leu Pro Leu Arg Trp Glu Asp Pro Lys Ile Gly Thr Leu Ala Arg Ile

245 250 255

Leu Gly Phe Ala Leu Gly Asp Gly His Leu Gly Glu Met Gly Gly Arg

260 265 270

Leu Val Leu Ala Phe Tyr Gly Arg Glu Glu Thr Leu Arg Glu Leu Lys

275 280 285

Lys Asp Leu Glu Ser Leu Gly Ile Lys Ala Asn Leu Tyr Val Arg Glu

290 295 300

Lys Asn Tyr Arg Ile Lys Thr Glu Ser Gly Glu Tyr Ser Gly Lys Thr

305 310 315 320

Val Leu Ala Glu Leu Arg Val Ser Ser Arg Ser Phe Ala Leu Leu Leu

325 330 335

Glu Lys Leu Gly Met Pro Arg Gly Glu Lys Thr Lys Lys Ala Tyr Arg

340 345 350

Ile Pro Val Trp Ile Met Glu Ala Pro Leu Trp Val Lys Arg Asn Phe

355 360 365

Leu Ala Gly Phe Phe Gly Ala Asp Gly Ser Ile Val Glu Phe Lys Gly

370 375 380

Thr Thr Pro Leu Pro Ile His Leu Thr Gln Ala Lys Asp Val Ala Leu

385 390 395 400

Glu Glu Asn Leu Lys Glu Phe Leu Tyr Asp Ile Ser Arg Ile Leu Glu

405 410 415

Glu Phe Gly Val Lys Thr Thr Ile Tyr Lys Val Asn Ser Lys Lys Ser

420 425 430

Val Thr Tyr Arg Leu Ser Ile Val Gly Glu Glu Asn Ile Arg Asn Phe

435 440 445

Leu Gly Lys Ile Asn Tyr Glu Tyr Asp Pro Lys Lys Lys Ala Lys Gly

450 455 460

Leu Ile Ala Tyr Ala Tyr Leu Lys Phe Lys Glu Ser Val Lys Lys Glu

465 470 475 480

Arg Arg Lys Ala Met Glu Ile Ser Lys Lys Ile Tyr Glu Glu Thr Gly

485 490 495

Asn Ile Asp Arg Ala Tyr Lys Ala Val Lys Asp Ile Val Asn Arg Arg

500 505 510

Phe Val Glu Arg Thr Ile Tyr Glu Gly Glu Arg Asn Pro Arg Val Pro

515 520 525

Lys Asn Phe Leu Thr Phe Glu Glu Phe Ala Lys Glu Arg Gly Tyr Glu

530 535 540

Gly Gly Phe Val Ala Glu Lys Val Val Lys Val Glu Arg Ile Lys Pro

545 550 555 560

Glu Tyr Asp Arg Phe Tyr Asp Ile Gly Val Tyr His Glu Ala His Asn

565 570 575

Phe Ile Ala Asn Gly Ile Val Val His Asn Cys Gly Val Arg Leu Ile

580 585 590

Arg Thr Asn Leu Thr Glu Lys Asp Val Arg Pro Lys Ile Lys Gln Leu

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610 615 620

Lys Val Arg Leu His Trp Thr Gln Ile Asp Asp Val Leu Val Asp Gly

625 630 635 640

Ala Lys Trp Ala Val Asp Gln Gly Tyr Gly Trp Glu Arg Asp Leu Glu

645 650 655

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660 665 670

Ser Gln Arg Ala Lys Gln Arg Gly Ala Pro Gln Leu Gly Ser Leu Gly

675 680 685

Ser Gly Asn His Phe Leu Glu Val Gln Val Val Asp Lys Ile Phe Asp

690 695 700

Glu Glu Ile Ala Lys Ala Tyr Gly Leu Phe Glu Gly Gln Val Val Val

705 710 715 720

Met Val His Thr Gly Ser Arg Gly Leu Gly His Gln Val Ala Ser Asp

725 730 735

Tyr Leu Arg Ile Met Glu Arg Ala Ile Arg Lys Tyr Gly Ile Pro Trp

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Pro Asp Arg Glu Leu Val Ser Val Pro Phe Gln Ser Glu Glu Gly Gln

755 760 765

Arg Tyr Phe Ser Ala Met Lys Ala Ala Ala Asn Phe Ala Trp Ala Asn

770 775 780

Arg Gln Met Ile Thr His Trp Val Arg Glu Ser Phe Gln Glu Val Phe

785 790 795 800

Arg Gln Asp Pro Glu Gly Asp Leu Gly Met Glu Ile Val Tyr Asp Val

805 810 815

Ala His Asn Ile Gly Lys Val Glu Glu His Glu Val Asp Gly Lys Lys

820 825 830

Val Lys Val Ile Val His Arg Lys Gly Ala Thr Arg Ala Phe Pro Pro

835 840 845

Gly His Glu Ala Ile Pro Lys Ile Tyr Arg Asp Val Gly Gln Pro Val

850 855 860

Leu Ile Pro Gly Ser Met Gly Thr Ala Ser Tyr Val Leu Ala Gly Thr

865 870 875 880

Glu Gly Ala Met Ala Glu Thr Phe Gly Ser Thr Cys His Gly Ala Gly

885 890 895

Arg Val Leu Ser Arg Ala Ala Ala Thr Arg Gln Tyr Arg Gly Asp Arg

900 905 910

Ile Arg Asp Glu Leu Leu Arg Arg Gly Ile Tyr Val Arg Ala Ala Ser

915 920 925

Met Arg Val Val Ala Glu Glu Ala Pro Gly Ala Tyr Lys Asn Val Asp

930 935 940

Asn Val Val Lys Val Val Ser Glu Ala Gly Ile Ala Lys Leu Val Ala

945 950 955 960

Arg Met Arg Pro Ile Gly Val Ala Lys Gly

965 970

<210> 575

<211> 444

<212> PRT

<213> 蜡样芽孢杆菌（Bacillus cereus）

<400> 575

Met Asn Val Lys Leu Leu Met Asp Glu Ser Thr Lys Glu Leu Ser Ile

1 5 10 15

Tyr Leu Lys Gly Ile Glu Glu Phe Leu Asn Asn Phe Ser Glu Met Lys

20 25 30

His Ile Lys Lys Pro Ile Asn Ile Phe Pro Asp Ala Tyr Ile Lys Arg

35 40 45

Trp Gly Phe Pro Ser Gly Ile Thr Ile Ile Ser Glu Glu Asp Gly Leu

50 55 60

Val Phe Pro Ala Ala Ala Pro Asp Leu Gly Cys Gly Phe Arg Ile Ile

65 70 75 80

Lys Thr Asn Leu Asp Ile His Thr Phe Asn Asp Asp Leu Ala Lys Glu

85 90 95

Ile Leu Ile Gln Leu Glu Asp Met Ala Gly Val Asp Ser Lys Ile Arg

100 105 110

Met Lys Lys Val Ala Asn Leu Asp Lys Glu Arg Ile Phe Ser Gln Gly

115 120 125

Val Leu Tyr Leu Leu Glu Met Gly Ile Gly Ser Gln Glu Asp Leu Glu

130 135 140

Lys Ile Gln Gly Ile Ser Thr Asn Lys Ser Lys Lys Leu His Ile Ser

145 150 155 160

Glu Lys Asp Lys Asp Leu Leu Ile Glu Asn Phe Gly Ile Cys Ala Gly

165 170 175

His Phe Leu Glu Val Arg Tyr Val Thr Asp Ile Phe Asn Lys Thr Val

180 185 190

Gly Ser Lys Leu Asn Leu Ser Val Gly Gln Ile Ile Ile Ile Ile His

195 200 205

Ser Ser Ser Tyr Val Gly Lys Glu Ile Ile Leu Glu Asn Tyr Tyr Arg

210 215 220

Pro Ala Ile Glu Phe Met Leu Ser Lys Lys Leu Val Ser Asn Glu Gln

225 230 235 240

Leu Asn Arg Gly Ile Phe Gly Leu Pro Ile Lys Ser Glu Leu Gly Lys

245 250 255

Ala Tyr Ile Glu Ala Ser Asn Ala Leu Val Glu Tyr Ser Tyr Ala Ser

260 265 270

Arg His Phe Ala Gln Tyr Leu Val Asn Glu Val Leu Asn Asn Val Phe

275 280 285

Gly Asp Lys Val Glu Phe Glu Leu Ile Ser Asp Ile Cys His Ser Lys

290 295 300

Ile Glu Tyr Leu Asp Asn Gly Asp Val Leu His Gly Arg Gly Val Gln

305 310 315 320

Lys Ile Tyr Pro Ile Gly His Ala Asn Thr Leu Pro Tyr Tyr Ser Asp

325 330 335

Thr Gly Asp Val Ala Leu Leu Ala Gly Gln Lys Gly Thr Glu Ser His

340 345 350

Leu Ile Ile Pro Thr Ser Gln Ile Lys Glu Thr Ser Tyr Leu Cys Ser

355 360 365

His Gly Thr Gly Glu Phe Leu Val Glu Lys Asp Val His Asp Val Pro

370 375 380

Val Ser Val Arg Lys Glu Leu Glu Leu Cys Ser Phe Asp Thr Gln Tyr

385 390 395 400

Asp Glu Leu Asp Glu Phe Thr Leu Asp Tyr Phe Asn Thr Lys Met Cys

405 410 415

Leu Lys Glu Leu Glu Glu Asn Gln Lys Ile Ile Asn Lys Val Cys Arg

420 425 430

Leu Ala Pro Leu Ile Asn Tyr Trp Gly Asp Lys Glu

435 440

<210> 576

<211> 408

<212> PRT

<213> 大肠杆菌（Escherichia coli）

<400> 576

Met Asn Tyr Glu Leu Leu Thr Thr Glu Asn Ala Pro Val Lys Met Trp

1 5 10 15

Thr Lys Gly Val Pro Val Glu Ala Asp Ala Arg Gln Gln Leu Ile Asn

20 25 30

Thr Ala Lys Met Pro Phe Ile Phe Lys His Ile Ala Val Met Pro Asp

35 40 45

Val His Leu Gly Lys Gly Ser Thr Ile Gly Ser Val Ile Pro Thr Lys

50 55 60

Gly Ala Ile Ile Pro Ala Ala Val Gly Val Asp Ile Gly Cys Gly Met

65 70 75 80

Asn Ala Leu Arg Thr Ala Leu Thr Ala Glu Asp Leu Pro Glu Asn Leu

85 90 95

Ala Glu Leu Arg Gln Ala Ile Glu Thr Ala Val Pro His Gly Arg Thr

100 105 110

Thr Gly Arg Cys Lys Arg Asp Lys Gly Ala Trp Glu Asn Pro Pro Val

115 120 125

Asn Val Asp Ala Lys Trp Ala Glu Leu Glu Ala Gly Tyr Gln Trp Leu

130 135 140

Thr Gln Lys Tyr Pro Arg Phe Leu Asn Thr Asn Asn Tyr Lys His Leu

145 150 155 160

Gly Thr Leu Gly Thr Gly Asn His Phe Ile Glu Ile Cys Leu Asp Glu

165 170 175

Ser Asp Gln Val Trp Ile Met Leu His Ser Gly Ser Arg Gly Ile Gly

180 185 190

Asn Ala Ile Gly Thr Tyr Phe Ile Asp Leu Ala Gln Lys Glu Met Gln

195 200 205

Glu Thr Leu Glu Thr Leu Pro Ser Arg Asp Leu Ala Tyr Phe Met Glu

210 215 220

Gly Thr Glu Tyr Phe Asp Asp Tyr Leu Lys Ala Val Ala Trp Ala Gln

225 230 235 240

Leu Phe Ala Ser Leu Asn Arg Asp Ala Met Met Glu Asn Val Val Thr

245 250 255

Ala Leu Gln Ser Ile Thr Gln Lys Thr Val Arg Gln Pro Gln Thr Leu

260 265 270

Ala Met Glu Glu Ile Asn Cys His His Asn Tyr Val Gln Lys Glu Gln

275 280 285

His Phe Gly Glu Glu Ile Tyr Val Thr Arg Lys Gly Ala Val Ser Ala

290 295 300

Arg Ala Gly Gln Tyr Gly Ile Ile Pro Gly Ser Met Gly Ala Lys Ser

305 310 315 320

Phe Ile Val Arg Gly Leu Gly Asn Glu Glu Ser Phe Cys Ser Cys Ser

325 330 335

His Gly Ala Gly Arg Val Met Ser Arg Thr Lys Ala Lys Lys Leu Phe

340 345 350

Ser Val Glu Asp Gln Ile Arg Ala Thr Ala His Val Glu Cys Arg Lys

355 360 365

Asp Ala Glu Val Ile Asp Glu Ile Pro Met Ala Tyr Lys Asp Ile Asp

370 375 380

Ala Val Met Ala Ala Gln Ser Asp Leu Val Glu Val Ile Tyr Thr Leu

385 390 395 400

Arg Gln Val Val Cys Val Lys Gly

405

<210> 577

<211> 505

<212> PRT

<213> 秀丽隐杆线虫（Caenorhabditis elegans）

<400> 577

Met Pro Arg Thr Phe Glu Glu Glu Cys Asp Phe Ile Asp Arg Leu Thr

1 5 10 15

Asp Thr Lys Phe Arg Ile Lys Lys Gly Phe Val Pro Asn Met Asn Val

20 25 30

Glu Gly Arg Phe Tyr Val Asn Asn Ser Leu Glu Gln Leu Met Phe Asp

35 40 45

Glu Leu Lys Phe Ser Cys Asp Gly Gln Gly Ile Gly Gly Phe Leu Pro

50 55 60

Ala Val Arg Gln Ile Ala Asn Val Ala Ser Leu Pro Gly Ile Val Gly

65 70 75 80

His Ser Ile Gly Leu Pro Asp Ile His Ser Gly Tyr Gly Phe Ser Ile

85 90 95

Gly Asn Ile Ala Ala Phe Asp Val Gly Asn Pro Glu Ser Val Ile Ser

100 105 110

Pro Gly Gly Val Gly Phe Asp Ile Asn Cys Gly Val Arg Leu Leu Arg

115 120 125

Thr Asn Leu Phe Glu Glu Asn Val Lys Pro Leu Lys Glu Gln Leu Thr

130 135 140

Gln Ser Leu Phe Asp His Ile Pro Val Gly Val Gly Ser Arg Gly Ala

145 150 155 160

Ile Pro Met Leu Ala Ser Asp Leu Val Glu Cys Leu Glu Met Gly Met

165 170 175

Asp Trp Thr Leu Arg Glu Gly Tyr Ser Trp Ala Glu Asp Lys Glu His

180 185 190

Cys Glu Glu Tyr Gly Arg Met Leu Gln Ala Asp Ala Ser Lys Val Ser

195 200 205

Leu Arg Ala Lys Lys Arg Gly Leu Pro Gln Leu Gly Thr Leu Gly Ala

210 215 220

Gly Asn His Tyr Ala Glu Val Gln Val Val Asp Glu Ile Tyr Asp Lys

225 230 235 240

His Ala Ala Ser Thr Met Gly Ile Asp Glu Glu Gly Gln Val Val Val

245 250 255

Met Leu His Cys Gly Ser Arg Gly Leu Gly His Gln Val Ala Thr Asp

260 265 270

Ser Leu Val Glu Met Glu Lys Ala Met Ala Arg Asp Gly Ile Val Val

275 280 285

Asn Asp Lys Gln Leu Ala Cys Ala Arg Ile Asn Ser Val Glu Gly Lys

290 295 300

Asn Tyr Phe Ser Gly Met Ala Ala Ala Ala Asn Phe Ala Trp Val Asn

305 310 315 320

Arg Ser Cys Ile Thr Phe Cys Val Arg Asn Ala Phe Gln Lys Thr Phe

325 330 335

Gly Met Ser Ala Asp Asp Met Asp Met Gln Val Ile Tyr Asp Val Ser

340 345 350

His Asn Val Ala Lys Met Glu Glu His Met Val Asp Gly Arg Pro Arg

355 360 365

Gln Leu Cys Val His Arg Lys Gly Ala Thr Arg Ala Phe Pro Ala His

370 375 380

His Pro Leu Ile Pro Val Asp Tyr Gln Leu Ile Gly Gln Pro Val Leu

385 390 395 400

Ile Gly Gly Ser Met Gly Thr Cys Ser Tyr Val Leu Thr Gly Thr Glu

405 410 415

Gln Gly Leu Val Glu Thr Phe Gly Thr Thr Cys His Gly Ala Gly Arg

420 425 430

Ala Leu Ser Arg Ala Lys Ser Arg Arg Thr Ile Thr Trp Asp Ser Val

435 440 445

Ile Asp Asp Leu Lys Lys Lys Glu Ile Ser Ile Arg Ile Ala Ser Pro

450 455 460

Lys Leu Ile Met Glu Glu Ala Pro Glu Ser Tyr Lys Asn Val Thr Asp

465 470 475 480

Val Val Asp Thr Cys Asp Ala Ala Gly Ile Ser Lys Lys Ala Val Lys

485 490 495

Leu Arg Pro Ile Ala Val Ile Lys Gly

500 505

<210> 578

<211> 827

<212> PRT

<213> 酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）

<400> 578

Met Pro Ser Pro Tyr Asp Gly Lys Arg Thr Val Thr Gln Leu Val Asn

1 5 10 15

Glu Leu Glu Lys Ala Glu Lys Leu Ser Gly Arg Gly Arg Ala Tyr Arg

20 25 30

Arg Val Cys Asp Leu Ser His Ser Asn Lys Lys Val Ile Ser Trp Lys

35 40 45

Phe Asn Glu Trp Asp Tyr Gly Lys Asn Thr Ile Thr Leu Pro Cys Asn

50 55 60

Ala Arg Gly Leu Phe Ile Ser Asp Asp Thr Thr Asn Pro Val Ile Val

65 70 75 80

Ala Arg Gly Tyr Asp Lys Phe Phe Asn Val Gly Glu Val Asn Phe Thr

85 90 95

Lys Trp Asn Trp Ile Glu Glu Asn Cys Thr Gly Pro Tyr Asp Val Thr

100 105 110

Ile Lys Ala Asn Gly Cys Ile Ile Phe Ile Ser Gly Leu Glu Asp Gly

115 120 125

Thr Leu Val Val Cys Ser Lys His Ser Thr Gly Pro Arg Ala Asp Val

130 135 140

Asp Arg Asn His Ala Glu Ala Gly Glu Lys Gln Leu Leu Arg Gln Leu

145 150 155 160

Ala Ala Met Asn Ile Asn Arg Ser Asp Phe Ala Arg Met Leu Tyr Thr

165 170 175

His Asn Val Thr Ala Val Ala Glu Tyr Cys Asp Asp Ser Phe Glu Glu

180 185 190

His Ile Leu Glu Tyr Pro Leu Glu Lys Ala Gly Leu Tyr Leu His Gly

195 200 205

Val Asn Val Asn Lys Ala Glu Phe Glu Thr Trp Asp Met Lys Asp Val

210 215 220

Ser Gln Met Ala Ser Lys Tyr Gly Phe Arg Cys Val Gln Cys Ile Thr

225 230 235 240

Ser Asn Thr Leu Glu Asp Leu Lys Lys Phe Leu Asp Asn Cys Ser Ala

245 250 255

Thr Gly Ser Phe Glu Gly Gln Glu Ile Glu Gly Phe Val Ile Arg Cys

260 265 270

His Leu Lys Ser Thr Glu Lys Pro Phe Phe Phe Lys Tyr Lys Phe Glu

275 280 285

Glu Pro Tyr Leu Met Tyr Arg Gln Trp Arg Glu Val Thr Lys Asp Tyr

290 295 300

Ile Ser Asn Lys Ser Arg Val Phe Lys Phe Arg Lys His Lys Phe Ile

305 310 315 320

Thr Asn Lys Tyr Leu Asp Phe Ala Ile Pro Ile Leu Glu Ser Ser Pro

325 330 335

Lys Ile Cys Glu Asn Tyr Leu Lys Gly Phe Gly Val Ile Glu Leu Arg

340 345 350

Asn Lys Phe Leu Gln Ser Tyr Gly Met Ser Gly Leu Glu Ile Leu Asn

355 360 365

His Glu Lys Val Ala Glu Leu Glu Leu Lys Asn Ala Ile Asp Tyr Asp

370 375 380

Lys Val Asp Glu Arg Thr Lys Phe Leu Ile Phe Pro Ile Ser Val Ile

385 390 395 400

Gly Cys Gly Lys Thr Thr Thr Ser Gln Thr Leu Val Asn Leu Phe Pro

405 410 415

Asp Ser Trp Gly His Ile Gln Asn Asp Asp Ile Thr Gly Lys Asp Lys

420 425 430

Ser Gln Leu Met Lys Lys Ser Leu Glu Leu Leu Ser Lys Lys Glu Ile

435 440 445

Lys Cys Val Ile Val Asp Arg Asn Asn His Gln Phe Arg Glu Arg Lys

450 455 460

Gln Leu Phe Glu Trp Leu Asn Glu Leu Lys Glu Asp Tyr Leu Val Tyr

465 470 475 480

Asp Thr Asn Ile Lys Val Ile Gly Val Ser Phe Ala Pro Tyr Asp Lys

485 490 495

Leu Ser Glu Ile Arg Asp Ile Thr Leu Gln Arg Val Ile Lys Arg Gly

500 505 510

Asn Asn His Gln Ser Ile Lys Trp Asp Glu Leu Gly Glu Lys Lys Val

515 520 525

Val Gly Ile Met Asn Gly Phe Leu Lys Arg Tyr Gln Pro Val Asn Leu

530 535 540

Asp Lys Ser Pro Asp Asn Met Phe Asp Leu Met Ile Glu Leu Asp Phe

545 550 555 560

Gly Gln Ala Asp Ser Ser Leu Thr Asn Ala Lys Gln Ile Leu Asn Glu

565 570 575

Ile His Lys Ala Tyr Pro Ile Leu Val Pro Glu Ile Pro Lys Asp Asp

580 585 590

Glu Ile Glu Thr Ala Phe Arg Arg Ser Leu Asp Tyr Lys Pro Thr Val

595 600 605

Arg Lys Ile Val Gly Lys Gly Asn Asn Asn Gln Gln Lys Thr Pro Lys

610 615 620

Leu Ile Lys Pro Thr Tyr Ile Ser Ala Lys Ile Glu Asn Tyr Asp Glu

625 630 635 640

Ile Ile Glu Leu Val Lys Arg Cys Ile Ala Ser Asp Ala Glu Leu Thr

645 650 655

Glu Lys Phe Lys His Leu Leu Ala Ser Gly Lys Val Gln Lys Glu Leu

660 665 670

His Ile Thr Leu Gly His Val Met Ser Ser Arg Glu Lys Glu Ala Lys

675 680 685

Lys Leu Trp Lys Ser Tyr Cys Asn Arg Tyr Thr Asp Gln Ile Thr Glu

690 695 700

Tyr Asn Asn Asn Arg Ile Glu Asn Ala Gln Gly Ser Gly Asn Asn Gln

705 710 715 720

Asn Thr Gln Val Lys Thr Thr Asp Lys Leu Asn Phe Arg Leu Glu Lys

725 730 735

Leu Cys Trp Asp Glu Lys Ile Ile Ala Ile Val Val Glu Leu Ser Lys

740 745 750

Asp Lys Asp Gly Cys Ile Ile Asp Glu Asn Asn Glu Lys Ile Lys Gly

755 760 765

Leu Cys Cys Gln Asn Lys Ile Pro His Ile Thr Leu Cys Lys Leu Glu

770 775 780

Ser Gly Val Lys Ala Val Tyr Ser Asn Val Leu Cys Glu Lys Val Glu

785 790 795 800

Ser Ala Glu Val Asp Glu Asn Ile Lys Val Val Lys Leu Asp Asn Ser

805 810 815

Lys Glu Phe Val Gly Ser Val Tyr Leu Asn Phe

820 825

<210> 579

<211> 1104

<212> PRT

<213> 拟南芥（Arabidopsis thaliana）

<400> 579

Met Asp Ala Pro Phe Glu Ser Gly Asp Ser Ser Ala Thr Val Val Ala

1 5 10 15

Glu Ala Val Asn Asn Gln Phe Gly Gly Leu Ser Leu Lys Glu Ser Asn

20 25 30

Thr Asn Ala Pro Val Leu Pro Ser Gln Thr Thr Ser Asn His Arg Val

35 40 45

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<210> 580

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<212> PRT

<213> 肠杆菌噬菌体（Enterobacteria phage）T4

<400> 580

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<212> PRT

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<400> 581

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Ile Ile Phe Ile Ser Gly Leu Ser Thr Gly Asp Ile Val Val Cys Ser

115 120 125

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Val Lys Thr Leu Gly Lys Gly Asp Pro Asn Lys Pro Lys Ser Ala Leu

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Lys Phe Phe Ala Asp Val Lys Leu Leu Gln Ile Val Ile Asn Thr Asp

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Lys Leu Ala Cys Ile Lys Val Glu Ile Leu Lys Ile Tyr Asp Thr Asn

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Asp Val Leu Gln Ser Glu Ile Glu Pro Ile Asn Lys Gln Leu His Ile

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Leu Glu Glu Leu Tyr Asp Asn Pro Asp Glu Gln Glu Leu Lys Pro Asp

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Gly Thr Tyr Lys Cys Gly Asp Asp Thr Leu His Val Phe Asn Phe Asp

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<210> 582

<211> 469

<212> PRT

<213> 布氏锥虫指名亚种（Trypanosoma brucei brucei）

<400> 582

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Ser Glu Ser Arg Ile Gln Ser Leu His Lys Ser Gly Leu Ala Ala Gln

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Leu Ile Asn Gln Gly Asp His Glu Val Val Arg Phe Ala Lys Arg Ser

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Gly Ile Met Asp Pro Asn Glu Asn Phe Phe Gly Tyr His Ile Leu Ile

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Lys Tyr Gly Leu Ser Arg Val Gly Arg Leu Val Leu Asn Gly Glu Leu

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Phe Gly Ala Lys Tyr Lys His Pro Leu Val Pro Lys Ser Glu Lys Trp

165 170 175

Cys Thr Leu Pro Asn Gly Lys Lys Phe Pro Ile Ala Gly Val Gln Ile

180 185 190

Gln Arg Glu Pro Phe Pro Gln Tyr Ser Pro Glu Leu His Phe Phe Ala

195 200 205

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Leu Gly Tyr Asp Glu Phe Val Glu Phe Ser Ser Lys Val Pro Asn Leu

225 230 235 240

Leu Tyr Ala Arg Ala Leu Val Arg Gly Thr Leu Asp Glu Cys Leu Ala

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Phe Asp Val Glu Asn Phe Met Thr Pro Leu Pro Ala Leu Leu Gly Leu

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Gly Asn Tyr Pro Leu Glu Gly Asn Leu Ala Glu Gly Val Val Ile Arg

275 280 285

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290 295 300

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305 310 315 320

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Ala Leu Arg Arg Val Arg Gly Asn Val Thr Val Ile Ser Asp Ser Met

340 345 350

Leu Pro Gln Val Glu Ala Ala Ala Asn Asp Leu Leu Leu Asn Asn Val

355 360 365

Ser Asp Gly Arg Leu Ser Asn Val Leu Ser Lys Ile Gly Arg Glu Pro

370 375 380

Leu Leu Ser Gly Glu Val Ser Gln Val Asp Val Val Leu Met Leu Ala

385 390 395 400

Lys Asp Ala Leu Lys Asp Phe Leu Lys Glu Val Asp Ser Leu Val Leu

405 410 415

Asn Thr Thr Leu Ala Phe Arg Lys Leu Leu Ile Thr Asn Val Tyr Phe

420 425 430

Glu Ser Lys Arg Leu Val Glu Gln Lys Trp Lys Glu Leu Met Gln Glu

435 440 445

Glu Ala Ala Ala Gln Ser Glu Ala Ile Pro Pro Leu Ser Pro Ala Ala

450 455 460

Pro Thr Lys Gly Glu

465

<210> 583

<211> 416

<212> PRT

<213> 布氏锥虫指名亚种（Trypanosoma brucei brucei）

<400> 583

Met Leu Arg Arg Leu Gly Val Arg His Phe Arg Arg Thr Pro Leu Leu

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Phe Val Gly Gly Asp Gly Ser Ile Phe Glu Arg Tyr Thr Glu Ile Asp

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Asn Ser Asn Glu Arg Arg Ile Asn Ala Leu Lys Gly Cys Gly Met Phe

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Ala Ser Lys Leu Leu Leu Asn His Val Cys Glu Asn Arg Leu Lys Asn

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Leu Lys Asp Thr Glu Pro Ser Ile Val Asn Ile Pro Val Leu Ile Arg

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Lys Asp Leu Thr Arg Tyr Val Ile Phe Glu Ser Arg Arg Leu Val Cys

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405 410 415

<210> 584

<211> 374

<212> PRT

<213> 肠杆菌噬菌体（Enterobacteria phage）T4

<400> 584

Met Gln Glu Leu Phe Asn Asn Leu Met Glu Leu Cys Lys Asp Ser Gln

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Arg Lys Phe Phe Tyr Ser Asp Asp Val Ser Ala Ser Gly Arg Thr Tyr

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Arg Ile Phe Ser Tyr Asn Tyr Ala Ser Tyr Ser Asp Trp Leu Leu Pro

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Asn Ile Glu Gly Tyr Val Ala Val Met Lys Asp Gly Ser His Phe Lys

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Ile Lys Ser Asp Trp Tyr Val Ser Leu His Ser Thr Lys Ser Ser Leu

245 250 255

Asp Asn Pro Glu Lys Leu Phe Lys Thr Ile Ile Asp Gly Ala Ser Asp

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Asp Leu Lys Ala Met Tyr Ala Asp Asp Glu Tyr Ser Tyr Arg Lys Ile

275 280 285

Glu Ala Phe Glu Thr Thr Tyr Leu Lys Tyr Leu Asp Arg Ala Leu Phe

290 295 300

Leu Val Leu Asp Cys His Asn Lys His Cys Gly Lys Asp Arg Lys Thr

305 310 315 320

Tyr Ala Met Glu Ala Gln Gly Val Ala Lys Gly Ala Gly Met Asp His

325 330 335

Leu Phe Gly Ile Ile Met Ser Leu Tyr Gln Gly Tyr Asp Ser Gln Glu

340 345 350

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355 360 365

Phe Ile Pro Glu Gly Tyr

370

<210> 585

<211> 694

<212> PRT

<213> 苜蓿尺蠖（Autographa californica）核型多角体病毒

<400> 585

Met Leu His Val Ser Arg Leu Leu Ala Asn Gly Gly Val Lys Asn Leu

1 5 10 15

Cys Asp Lys Phe Lys Val Lys Ile Lys Asn Tyr Thr Glu His Asp Leu

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115 120 125

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130 135 140

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195 200 205

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210 215 220

Glu Cys Val Glu His Ala Ala Gln Leu Lys Asn Leu Glu Glu Gly Phe

225 230 235 240

Val Val Tyr Asp Lys Asn Asn Ala Pro Leu Cys Lys Ile Lys Ser Asp

245 250 255

Val Tyr Leu Asn Met His Lys Asn Gln Ser Arg Ala Glu Asn Pro Thr

260 265 270

Lys Leu Ala Gln Leu Val Ile Asn Gly Glu His Asp Asp Phe Leu Ala

275 280 285

Leu Phe Pro His Leu Lys Ser Val Ile Lys Pro Tyr Val Asp Ala Arg

290 295 300

Asn Thr Phe Thr Asn Glu Ser Thr Ile Asn Ile Met Val Ser Gly Leu

305 310 315 320

Thr Leu Asn Gln Gln Arg Phe Asn Glu Leu Val Gln Thr Leu Pro Trp

325 330 335

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340 345 350

Ser Glu Phe Leu Lys Leu Thr Glu Pro Glu Lys Ile Lys Met Ile Lys

355 360 365

Asn Ile Ile Lys Phe Val Ser Thr Lys Gln Ala Leu Asn Asn Lys Leu

370 375 380

Ala Pro Thr Ile Lys Leu Pro Ser Ser Lys Gln Leu Leu Val Leu Ile

385 390 395 400

Gly Ile Ser Gly Ser Gly Lys Ser Thr Tyr Ala Lys Ser Leu Lys Gly

405 410 415

Tyr Thr Glu Ile Asn Arg Asp Asp Val Arg Val Lys Leu Phe Leu Asn

420 425 430

Gly Asp Tyr Thr Lys Leu Asn Ala Phe Tyr Asn Gln Ser Arg Lys Cys

435 440 445

Arg Gln Thr Lys Glu Glu Gln Ile Thr Lys Met Cys Ile Glu Gln Phe

450 455 460

Leu Lys Ala Ala Lys Cys Gly Ala Asn Val Val Val Ser Asp Thr Asn

465 470 475 480

Leu Asn Thr Gln Ser Val Asp Met Trp Gln Lys Met Ala Ala Thr His

485 490 495

Asn Tyr His Phe Leu Thr Arg Leu Met Asp Val Ser Leu Glu Thr Ala

500 505 510

Leu Glu Arg Asn Tyr Lys Arg Ser Asp Lys Phe Pro Leu Asn Pro Glu

515 520 525

Thr Ile Lys Lys Gln Tyr Lys Lys Phe Leu Lys Val Asn Asn Phe Glu

530 535 540

Tyr Tyr Val Pro Val Gly Asp Lys Phe Pro Arg Ala Val Leu Cys Asp

545 550 555 560

Leu Asp Gly Thr Val Ala Leu Pro Thr Asn Arg Ser Phe Tyr Asp Phe

565 570 575

Asp Asn Arg Val Ala Gln Asp Glu Ala Arg Leu Asp Val Ile Thr Cys

580 585 590

Val Lys Tyr Leu Ala Asn Cys His Asp Ala Ile Ile Val Phe Met Ser

595 600 605

Gly Arg Ser Val Ile Cys Glu Gln Pro Thr Arg Asn Trp Ile Glu Lys

610 615 620

Tyr Phe Asp Ile Lys Ser Tyr Lys Leu Phe Met Arg Pro Ser Asp Asp

625 630 635 640

Thr Cys Lys Asp Tyr Leu Leu Lys Leu Lys Leu Phe Asn Asn Tyr Ile

645 650 655

Arg Gly Lys Tyr Asn Val Ile Ala Val Phe Asp Asp Arg Pro Cys Val

660 665 670

Val Arg Met Trp Gln Asp Leu Lys Ile Pro Thr Val Phe Asn Val Cys

675 680 685

Arg Asp Tyr Leu Glu Phe

690

<210> 586

<211> 184

<212> PRT

<213> 激烈火球菌（Pyrococcus furiosus）

<400> 586

Met Arg Ala Phe Ile Ala Ile Asp Val Ser Glu Ser Val Arg Asp Ala

1 5 10 15

Leu Val Arg Ala Gln Asp Tyr Ile Gly Ser Lys Glu Ala Lys Ile Lys

20 25 30

Phe Val Glu Arg Glu Asn Phe His Ile Thr Leu Lys Phe Leu Gly Glu

35 40 45

Ile Thr Glu Glu Gln Ala Glu Glu Ile Lys Lys Ile Leu Glu Lys Ile

50 55 60

Ala Lys Lys Tyr Lys Lys His Glu Val Asn Val Arg Gly Ile Gly Val

65 70 75 80

Phe Pro Asn Pro Asn Tyr Val Arg Val Ile Trp Ala Gly Val Glu Asn

85 90 95

Asp Glu Ile Ile Lys Lys Ile Ala Lys Glu Ile Asp Asp Glu Leu Ala

100 105 110

Lys Leu Gly Phe Lys Lys Glu Gly Asn Phe Val Ala His Ile Thr Leu

115 120 125

Gly Arg Val Lys Phe Val Lys Asp Lys Leu Gly Leu Ala Met Lys Leu

130 135 140

Lys Glu Leu Ala Asn Glu Asp Phe Gly Ser Phe Ile Val Glu Ala Ile

145 150 155 160

Glu Leu Lys Lys Ser Thr Leu Thr Pro Lys Gly Pro Ile Tyr Glu Thr

165 170 175

Leu Ala Arg Phe Glu Leu Ser Glu

180

<210> 587

<211> 176

<212> PRT

<213> 大肠杆菌（Escherichia coli）

<400> 587

Met Ser Glu Pro Gln Arg Leu Phe Phe Ala Ile Asp Leu Pro Ala Glu

1 5 10 15

Ile Arg Glu Gln Ile Ile His Trp Arg Ala Thr His Phe Pro Pro Glu

20 25 30

Ala Gly Arg Pro Val Ala Ala Asp Asn Leu His Leu Thr Leu Ala Phe

35 40 45

Leu Gly Glu Val Ser Ala Glu Lys Glu Lys Ala Leu Ser Leu Leu Ala

50 55 60

Gly Arg Ile Arg Gln Pro Gly Phe Thr Leu Thr Leu Asp Asp Ala Gly

65 70 75 80

Gln Trp Leu Arg Ser Arg Val Val Trp Leu Gly Met Arg Gln Pro Pro

85 90 95

Arg Gly Leu Ile Gln Leu Ala Asn Met Leu Arg Ser Gln Ala Ala Arg

100 105 110

Ser Gly Cys Phe Gln Ser Asn Arg Pro Phe His Pro His Ile Thr Leu

115 120 125

Leu Arg Asp Ala Ser Glu Ala Val Thr Ile Pro Pro Pro Gly Phe Asn

130 135 140

Trp Ser Tyr Ala Val Thr Glu Phe Thr Leu Tyr Ala Ser Ser Phe Ala

145 150 155 160

Arg Gly Arg Thr Arg Tyr Thr Pro Leu Lys Arg Trp Ala Leu Thr Gln

165 170 175

<210> 588

<211> 183

<212> PRT

<213> 枯草芽孢杆菌（Bacillus subtilis）

<400> 588

Met Pro Asp Ile Arg Pro His Tyr Phe Ile Gly Val Pro Ile Pro Glu

1 5 10 15

Gly Ile Ala Asn Pro Ile Tyr Gln Ala Ala Lys Asn Glu Pro Ile Leu

20 25 30

Thr Phe Gln Lys Trp Val His Pro Leu Asp Tyr His Ile Thr Leu Ile

35 40 45

Phe Leu Gly Ala Ala Asp Glu Thr Gln Ile Lys Lys Leu Glu Gly Ser

50 55 60

Leu Ala Glu Ile Ala Ser Glu Ile Asp Pro Phe Ser Ile Lys Phe Gly

65 70 75 80

Lys Ile Asp Val Phe Gly Asp Arg Arg Lys Pro Arg Val Leu His Leu

85 90 95

Glu Pro Lys Lys Asn Lys Thr Leu Asp Arg Leu Arg Glu His Thr Lys

100 105 110

Gln Ala Val Leu Gln Ala Gly Phe Gln Val Glu Lys Arg Pro Tyr His

115 120 125

Pro His Met Thr Leu Ala Arg Lys Trp Thr Gly Glu Asp Gly Phe Pro

130 135 140

Ala His Val Pro Phe Glu Ser Gly Glu Val Ser Met Met Ala Glu Arg

145 150 155 160

Phe Ser Leu Phe Gln Ile His Leu Asn Gln Ser Pro Lys Tyr Glu Glu

165 170 175

Ile Phe Lys Phe Gln Leu Ser

180

<210> 589

<211> 228

<212> RNA

<213> 未知

<220>

<223> 合成的

<400> 589

aucuaaguua gguuguaaac auauuagaga cguuguucau uuggaagagu uacgcgaguc 60

uuugugugau guagcuagua accuaaauaa uugugcguau uuuucacagu uagaugaggc 120

cguugccgag guucauaaga ccgcgguagg cgguucguuu gcuuuuugua guauaauuaa 180

auauuuguca gauaagagau uguuuagaga uuuguucuuu guuugaua 228

<210> 590

<211> 121

<212> RNA

<213> 木槿褪绿环斑病毒（Hibiscus chlorotic ringspot virus）

<400> 590

uagcuuauuu ggguucuuua ucacuguccu gauuaaggcu gaaucagaac accaucacuu 60

ccacucacac gacaguagua agacacagaa cauaguaguu aauacuggaa aguaacccac 120

c 121

<210> 591

<211> 147

<212> RNA

<213> 玉蜀黍（Zea mays）

<400> 591

agcacaacau uucaaccaga aacacuagcc gaagcaaauc cauuccacaa gcaccuggug 60

ggaucaucuc aucaucagaa accaagagag agauuccgug uccgcuuguu guaguagauu 120

gugaggacug aggaccgaga agcagcc 147

<210> 592

<211> 1653

<212> RNA

<213> 人工

<220>

<223> 合成的

<400> 592

auggaagacg ccaaaaacau aaagaaaggc ccggcgccau ucuauccgcu ggaagaugga 60

accgcuggag agcaacugca uaaggcuaug aagagauacg cccugguucc uggaacaauu 120

gcuuuuacag augcacauau cgagguggac aucacuuacg cugaguacuu cgaaaugucc 180

guucgguugg cagaagcuau gaaacgauau gggcugaaua caaaucacag aaucgucgua 240

ugcagugaaa acucucuuca auucuuuaug ccgguguugg gcgcguuauu uaucggaguu 300

gcaguugcgc ccgcgaacga cauuuauaau gaacgugaau ugcucaacag uaugggcauu 360

ucgcagccua ccgugguguu cguuuccaaa aagggguugc aaaaaauuuu gaacgugcaa 420

aaaaagcucc caaucaucca aaaaauuauu aucauggauu cuaaaacgga uuaccaggga 480

uuucagucga uguacacguu cgucacaucu caucuaccuc ccgguuuuaa ugaauacgau 540

uuugugccag aguccuucga uagggacaag acaauugcac ugaucaugaa cuccucugga 600

ucuacugguc ugccuaaagg ugucgcucug ccucauagaa cugccugcgu gagauucucg 660

caugccagag auccuauuuu uggcaaucaa aucauuccgg auacugcgau uuuaaguguu 720

guuccauucc aucacgguuu uggaauguuu acuacacucg gauauuugau auguggauuu 780

cgagucgucu uaauguauag auuugaagaa gagcuguuuc ugaggagccu ucaggauuac 840

aagauucaaa gugcgcugcu ggugccaacc cuauucuccu ucuucgccaa aagcacucug 900

auugacaaau acgauuuauc uaauuuacac gaaauugcuu cugguggcgc uccccucucu 960

aaggaagucg gggaagcggu ugccaagagg uuccaucugc cagguaucag gcaaggauau 1020

gggcucacug agacuacauc agcuauucug auuacacccg agggggauga uaaaccgggc 1080

gcggucggua aaguuguucc auuuuuugaa gcgaagguug uggaucugga uaccgggaaa 1140

acgcugggcg uuaaucaaag aggcgaacug ugugugagag guccuaugau uauguccggu 1200

uauguaaaca auccggaagc gaccaacgcc uugauugaca aggauggaug gcuacauucu 1260

ggagacauag cuuacuggga cgaagacgaa cacuucuuca ucguugaccg ccugaagucu 1320

cugauuaagu acaaaggcua ucagguggcu cccgcugaau uggaauccau cuugcuccaa 1380

caccccaaca ucuucgacgc uggugucgca ggucuucccg acgaugacgc cggugaacuu 1440

cccgccgccg uuguuguuuu ggagcacgga aagacgauga cggaaaaaga gaucguggau 1500

uacgucgcca gucaaguaac aaccgcgaaa aaguugcgcg gaggaguugu guuuguggac 1560

gaaguaccga aaggucuuac cggaaaacuc gacgcaagaa aaaucagaga gauccucaua 1620

aaggccaaga agggcggaaa gaucgccgug uaa 1653

<210> 593

<211> 790

<212> RNA

<213> 人工

<220>

<223> 合成的

<400> 593

gggaaaaaaa ugccgucggu aucuaaguua gguuguaaac auauuagaga cguuguucau 60

uuggaagagu uacgcgaguc uuugugugau guagcuagua accuaaauaa uugugcguau 120

uuuucacagu uagaugaggc cguugccgag guucauaaga ccgcgguagg cgguucguuu 180

gcuuuuugua guauaauuaa auauuuguca gauaagagau uguuuagaga uuuguucuuu 240

guuugauagc caccaugguc uucacacucg aagauuucgu uggggacugg cgacagacag 300

ccggcuacaa ccuggaccaa guccuugaac agggaggugu guccaguuug uuucagaauc 360

ucgggguguc cguaacuccg auccaaagga uuguccugag cggugaaaau gggcugaaga 420

ucgacaucca ugucaucauc ccguaugaag gucugagcgg cgaccaaaug ggccagaucg 480

aaaaaauuuu uaagguggug uacccugugg augaucauca cuuuaaggug auccugcacu 540

auggcacacu gguaaucgac gggguuacgc cgaacaugau cgacuauuuc ggacggccgu 600

augaaggcau cgccguguuc gacggcaaaa agaucacugu aacagggacc cuguggaacg 660

gcaacaaaau uaucgacgag cgccugauca accccgacgg cucccugcug uuccgaguaa 720

ccaucaacgg agugaccggc uggcggcugu gcgaacgcau ucuggcguaa accgacggca 780

aaaaaaaaaa 790

<210> 594

<211> 1876

<212> RNA

<213> 人工

<220>

<223> 合成的

<400> 594

gggaaaaaaa ugccgucggu agcacaacau uucaaccaga aacacuagcc gaagcaaauc 60

cauuccacaa gcaccuggug ggaucaucuc aucaucagaa accaagagag agauuccgug 120

uccgcuuguu guaguagauu gugaggacug aggaccgaga agcagccgcc accaaugaga 180

gaccuuuuaa aaggucucua augauggagg acgccaagaa caucaagaag ggccccgccc 240

ccuucuaccc ccuggaggac ggcaccgccg gcgagcagcu gcacaaggcc augaagcggu 300

acgcccuggu gcccggcacc aucgccuuca ccgacgccca caucgaggug gacaucaccu 360

acgccgagua cuucgagaug agcgugcggc uggccgaggc caugaagcgg uacggccuga 420

acaccaacca ccggaucgug gugugcagcg agaacagccu gcaguucuuc augcccgugc 480

ugggcgcccu guucaucggc guggccgugg cccccgccaa cgacaucuac aacgagcggg 540

agcugcugaa cagcaugggc aucagccagc ccaccguggu guucgugagc aagaagggcc 600

ugcagaagau ccugaacgug cagaagaagc ugcccaucau ccagaagauc aucaucaugg 660

acagcaagac cgacuaccag ggcuuccaga gcauguacac cuucgugacc agccaccugc 720

cccccggcuu caacgaguac gacuucgugc ccgagagcuu cgaccgggac aagaccaucg 780

cccugaucau gaacagcagc ggcagcaccg gccugcccaa gggcguggcc cugccccacc 840

ggaccgccug cgugcgguuc agccacgccc gggaccccau cuucggcaac cagaucaucc 900

ccgacaccgc cauccugagc guggugcccu uccaccacgg cuucggcaug uucaccaccc 960

ugggcuaccu gaucugcggc uuccgggugg ugcugaugua ccgguucgag gaggagcugu 1020

uccugcggag ccugcaggac uacaagaucc agagcgcccu gcuggugccc acccuguuca 1080

gcuucuucgc caagagcacc cugaucgaca aguacgaccu gagcaaccug cacgagaucg 1140

ccagcggcgg cgccccccug agcaaggagg ugggcgaggc cguggccaag cgguuccacc 1200

ugcccggcau ccggcagggc uacggccuga ccgagaccac cagcgccauc cugaucaccc 1260

ccgagggcga cgacaagccc ggcgccgugg gcaagguggu gcccuucuuc gaggccaagg 1320

ugguggaccu ggacaccggc aagacccugg gcgugaacca gcggggcgag cugugcgugc 1380

ggggccccau gaucaugagc ggcuacguga acaaccccga ggccaccaac gcccugaucg 1440

acaaggacgg cuggcugcac agcggcgaca ucgccuacug ggacgaggac gagcacuucu 1500

ucaucgugga ccggcugaag agccugauca aguacaaggg cuaccaggug gcccccgccg 1560

agcuggagag cauccugcug cagcacccca acaucuucga cgccggcgug gccggccugc 1620

ccgacgacga cgccggcgag cugcccgccg ccgugguggu gcuggagcac ggcaagacca 1680

ugaccgagaa ggagaucgug gacuacgugg ccagccaggu gaccaccgcc aagaagcugc 1740

ggggcggcgu gguguucgug gacgaggugc ccaagggccu gaccggcaag cuggacgccc 1800

ggaagauccg ggagauccug aucaaggcca agaagggcgg caagaucgcc gugugaaccg 1860

acggcaaaaa aaaaaa 1876

<210> 595

<211> 49

<212> DNA

<213> 人工

<220>

<223> 合成的

<400> 595

tttcccctga tgagtccgtg aggacgaaac gagtaagctc gtcgggaaa 49

<210> 596

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工

<220>

<223> 合成的

<400> 596

gggaaaaaaa tgccgtcggt 20

<210> 597

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工

<220>

<223> 合成的

<400> 597

accgacggca aaaaaaaaaa 20

<210> 598

<211> 464

<212> DNA

<213> 脑心肌炎病毒（encephalomyocarditis virus）

<400> 598

gagggcccgg aaacctggcc ctgtcttctt gacgagcatt cctaggggtc tttcccctct 60

cgccaaagga atgcaaggtc tgttgaatgt cgtgaaggaa gcagttcctc tggaagcttc 120

ttgaagacaa acaacgtctg tagcgaccct ttgcaggcag cggaaccccc cacctggcga 180

caggtgcctc tgcggccaaa agccacgtgt ataagataca cctgcaaagg cggcacaacc 240

ccagtgccac gttgtgagtt ggatagttgt ggaaagagtc aaatggctct cctcaagcgt 300

attcaacaag gggctgaagg atgcccagaa ggtaccccat tgtatgggat ctgatctggg 360

gcctcggtgc acatgcttta catgtgttta gtcgaggtta aaaaaacgtc taggcccccc 420

gaaccacggg gacgtggttt tcctttgaaa aacacgatga taat 464

<210> 599

<211> 516

<212> DNA

<213> 人工

<220>

<223> 合成的

<400> 599

atggtcttca cactcgaaga tttcgttggg gactggcgac agacagccgg ctacaacctg 60

gaccaagtcc ttgaacaggg aggtgtgtcc agtttgtttc agaatctcgg ggtgtccgta 120

actccgatcc aaaggattgt cctgagcggt gaaaatgggc tgaagatcga catccatgtc 180

atcatcccgt atgaaggtct gagcggcgac caaatgggcc agatcgaaaa aatttttaag 240

gtggtgtacc ctgtggatga tcatcacttt aaggtgatcc tgcactatgg cacactggta 300

atcgacgggg ttacgccgaa catgatcgac tatttcggac ggccgtatga aggcatcgcc 360

gtgttcgacg gcaaaaagat cactgtaaca gggaccctgt ggaacggcaa caaaattatc 420

gacgagcgcc tgatcaaccc cgacggctcc ctgctgttcc gagtaaccat caacggagtg 480

accggctggc ggctgtgcga acgcattctg gcgtaa 516

<210> 600

<211> 68

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 合成的

<400> 600

ggccggcatg gtcccagcct cctcgctggc gccggctggg caacatgctt cggcatggcg 60

aatgggac 68

<210> 601

<211> 683

<212> RNA

<213> 人工

<220>

<223> 合成的

<400> 601

gggaaaaaaa ugccgucggu uagcuuauuu ggguucuuua ucacuguccu gauuaaggcu 60

gaaucagaac accaucacuu ccacucacac gacaguagua agacacagaa cauaguaguu 120

aauacuggaa aguaacccac cgccaccaug gucuucacac ucgaagauuu cguuggggac 180

uggcgacaga cagccggcua caaccuggac caaguccuug aacagggagg uguguccagu 240

uuguuucaga aucucggggu guccguaacu ccgauccaaa ggauuguccu gagcggugaa 300

aaugggcuga agaucgacau ccaugucauc aucccguaug aaggucugag cggcgaccaa 360

augggccaga ucgaaaaaau uuuuaaggug guguacccug uggaugauca ucacuuuaag 420

gugauccugc acuauggcac acugguaauc gacgggguua cgccgaacau gaucgacuau 480

uucggacggc cguaugaagg caucgccgug uucgacggca aaaagaucac uguaacaggg 540

acccugugga acggcaacaa aauuaucgac gagcgccuga ucaaccccga cggcucccug 600

cuguuccgag uaaccaucaa cggagugacc ggcuggcggc ugugcgaacg cauucuggcg 660

uaaaccgacg gcaaaaaaaa aaa 683

<210> 602

<211> 47

<212> DNA

<213> 人工

<220>

<223> 合成的

<400> 602

ccggtcccaa gcccggataa aatccgaggg ggcgggaaac cgcctaa 47

<210> 603

<211> 55

<212> DNA

<213> 人工

<220>

<223> 合成的

<400> 603

aacactgcca atgccggtcc caagcccgga taaaagtgga gggaaagggg atagt 55

<210> 604

<211> 27

<212> DNA

<213> 人工

<220>

<223> 合成的

<400> 604

ggatgtgttc cctaggaggg tgggtgt 27

<210> 605

<211> 34

<212> DNA

<213> 人工

<220>

<223> 合成的

<400> 605

acacctctcc ccctcccagg tactatcccc tttc 34

<210> 606

<211> 53

<212> DNA

<213> 人工

<220>

<223> 合成的

<400> 606

ttggaccaat cgtggcgtgt cggcctgctt cggcaggcac tggcgccgtc cag 53

<210> 607

<211> 29

<212> DNA

<213> 卫星烟草坏死病毒（Satellite tobacco necrosis virus）

<400> 607

agtaaagaca ggaaacttta ctgactaac 29

<210> 608

<211> 122

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 合成的

<400> 608

agatatcgac ctgcctgacc aggctgagat tgcgctagcc ggcgtagttg gtatctctcg 60

cgcaagcggg tttgaaggtg cggcctatct taggggggta aattgtaact tcgcacaaag 120

gc 122

<210> 609

<211> 38

<212> DNA

<213> 烟草坏死病毒（Tobacco necrosis virus）

<400> 609

gatacctaac cagtgtctca gtgattaagt aatcagct 38

<210> 610

<211> 140

<212> DNA

<213> 大麦黄矮病毒（Barley yellow dwarf virus）

<400> 610

gtgaagattg accatctcac aaaagctgtt acgtgcttgt aacacactac gcgcccgttt 60

tgtattcggg aagtagttgc gaaaacggtc cccttattgc ctgacaagct aagggccacc 120

cttctttccc caccgccatc 140

<210> 611

<211> 42

<212> DNA

<213> 人工

<220>

<223> 合成的

<400> 611

caaccacaac gctctaacgc aatcaatcta cattatatta aa 42

<210> 612

<211> 619

<212> DNA

<213> 卫星烟草坏死病毒（Satellite tobacco necrosis virus）

<400> 612

tcccagaggt tcacaatgtt agtgatgggg cgctgaaaga tgcgtagcta cccttctgga 60

gccacttcct ggtggtaagc agaaatccaa gggtacggtg gtacggtgga aagcagtccc 120

agctctgcat tgggaaccgg cttacaccca gcttagggct aaagtgtact acttgctcat 180

ttgtagtcta aatgagacgt tggcctcgac gtgtcgaggt ggcctaaggg attggaaccc 240

ctgatggtcg tagtcgaatt tcccgtgttt cattccgagt ctcttggtca taatgccatt 300

agtaggtcta gcactcaacg taacttcaaa gatatcctcc ttgcaacaag aatatgtgcg 360

ccgtctgtgt ttaaagcggt atattaagtg cgccggcata tcgttgtttg gaccagggcc 420

ccacgccggt tggtacccgg gtggcttccc ctcgttcaca gggctttagg agatgataag 480

gtatagttat tagacaaatg cggacaaacc tgaaaagctc gctagtggtg ggctggccaa 540

gcgaagaacc tcatccaggt atagttctac atgggaaatt tggtaccatc caaacttcta 600

tgaagtcctc gactacccc 619

<210> 613

<211> 221

<212> DNA

<213> 未知

<220>

<223> 合成的

<400> 613

gacaaactct ccgcctaatg tctgatgatg tgaggaacgt ggactgtgat gtggtggtgc 60

ggtaccatgg ctggtcacca tggtaatgcg tagggcaaca cagttcatta agactcactg 120

atgatggcac taggcacggt tcacccccat ccttcgggag ggctataggg ggtgaccggg 180

ttacaccacc ggaagaccgg aacattgcct ttgggcagcc c 221

<210> 614

<211> 306

<212> DNA

<213> 烟草坏死病毒（Tobacco necrosis virus）

<400> 614

ttgctttcat agatccgtct tccgggagac gttaagaaga cacccgataa aaatagtaag 60

tagagttgtg gcgtgacaac ccacaactgc atctctttgc ttatctaatt acaatatatg 120

ttgacgtaca agccggatcc tgggaaacag gtttaacggg ctcactgtgg tggtgggccg 180

tcgatacact tgtatgtgcc ccaatattgg ttgtcgataa gcgtcctgac atggctccat 240

gcaacagcat gggggggtcc agagtcagtc ccctctttat ttacctagag atctctctag 300

gaaccc 306

<210> 615

<211> 869

<212> DNA

<213> 大麦黄矮病毒（Barley yellow dwarf virus）

<400> 615

agtgaagaca acaccactag cacaaatcgg atcctgggaa acaggcagaa cttcggttcg 60

taagctcggg taggccgtca acctaccgcc gtatcgtatt gtgtttggcc gatggaggat 120

cttcacgtta tcgccgtttg tattcttgct ttgactgtgc tctctggggt aggcgctgtt 180

ttgagttgct gccgttggtg ctgcagcaat ccttttcctc cctccctctc ttctgttcaa 240

gcaaaagact ctcgatctgt gcgagagaca atcaaaaata tcgagggagc ttcggctcag 300

tgaggggatt aacgaccccc agtaatggcc ggtcctggcg gacataaata acccgctata 360

ggacgaagtg gtagccacca ctgatcaaat ggcaaacatg cttctgtgtt gtacactgcc 420

ccggagccta ccgggtcaac aaggctatcc caccaacccg atgaaatgag ggtggagtga 480

gcggagtggg tgacttcgtg atgtacaccc gatcgtcagg attgaagacg ttaaaactcg 540

acgacctggt acaagtcgtt aaactgactc gggtggatac accacacccg gcccagcatg 600

ttggcatacc cacgatacga aacgtgggtc tcttggagcc actacctgtg atgcaaggta 660

gggtatgagt cttagcaagc tctgagccag gagatggaca taaaccatag caatccaacg 720

tgtaaccgca atggggcaaa caacaggtga accgtgtcca cgggcctggt taccgaaagg 780

aaagccagta tccaacacag caatgtgttg ggggtcacac cttcggggta ctcttaacgc 840

tgacactcga aagagcagtt cggcaaccc 869

<210> 616

<211> 183

<212> PRT

<213> 豇豆花叶病毒（Cowpea mosaic virus）

<400> 616

Thr Thr Ala Ala Cys Thr Cys Thr Gly Gly Thr Thr Thr Cys Ala Thr

1 5 10 15

Thr Ala Ala Ala Thr Thr Thr Thr Cys Thr Thr Thr Ala Gly Thr Thr

20 25 30

Thr Gly Ala Ala Thr Thr Thr Ala Cys Thr Gly Thr Thr Ala Thr Thr

35 40 45

Cys Gly Gly Thr Gly Thr Gly Cys Ala Thr Thr Thr Cys Thr Ala Thr

50 55 60

Gly Thr Thr Thr Gly Gly Thr Gly Ala Gly Cys Gly Gly Thr Thr Thr

65 70 75 80

Thr Cys Thr Gly Thr Gly Cys Thr Cys Ala Gly Ala Gly Thr Gly Thr

85 90 95

Gly Thr Thr Thr Ala Thr Thr Thr Thr Ala Thr Gly Thr Ala Ala Thr

100 105 110

Thr Thr Ala Ala Thr Thr Thr Cys Thr Thr Thr Gly Thr Gly Ala Gly

115 120 125

Cys Thr Cys Cys Thr Gly Thr Thr Thr Ala Gly Cys Ala Gly Gly Thr

130 135 140

Cys Gly Thr Cys Cys Cys Thr Thr Cys Ala Gly Cys Ala Ala Gly Gly

145 150 155 160

Ala Cys Ala Cys Ala Ala Ala Ala Gly Ala Thr Thr Thr Thr Ala Ala

165 170 175

Thr Thr Thr Thr Ala Thr Thr

180

<210> 617

<211> 41

<212> DNA

<213> 拟南芥（Arabidopsis thaliana）

<400> 617

tcgcacaaga aaataaaaga tttgtagaat caactaagaa a 41

<210> 618

<211> 22

<212> DNA

<213> 烟草花叶病毒（Tobacco mosaic virus）

<400> 618

acaattacta tttacaatta ca 22

<210> 619

<211> 137

<212> DNA

<213> 芜菁皱缩病毒（Turnip crinkle virus）

<400> 619

ggtaatatat gctttctaca actctctctc actggtcctc ctactttgtc atctgattcc 60

tgaaatcaaa ccgattcaca catcctacaa cacacacgac tcatcgaagc agcaacacat 120

aagcatcaac actggaa 137

<210> 620

<211> 255

<212> DNA

<213> 芜菁皱缩病毒（Turnip crinkle virus）

<400> 620

tacggtaata gtgtagtctt ctcatcttag tagttagctc tctcttatat taagaaaaga 60

aaacaaaaac ccccaggtcg ctttattttg acctgtgtta gggaccaaaa acggtggcag 120

cactgtctag ctgcgggcat tagactggaa aactagtgct ctttgggtaa ccactaaaat 180

cccgaaaggg tgggctgtgg tgaccttccg aactaaaaga tagcctccct cctcgcgcgg 240

gggggggtcc tgccc 255

<210> 621

<211> 651

<212> RNA

<213> 人工

<220>

<223> 合成的

<400> 621

gggaauuccu agggaacccg gucccaagcc cggauaaaau ccgagggggc gggaaaccgc 60

cuaaggaugu guucccuagg agggugggug uaccucuuuu ggaccaaucg uggcgugucg 120

gccugcuucg gcaggcacug gcgccgucca ggagagcaaa cacacgcucg gacgcauauu 180

acacauguuc auacacuuaa uacucgcugu uuugaauuga uguuuuagga auauauaugu 240

agaguagaaa gguagcagca ugguucacag gucgugauau gauucaauua gcuuccgacu 300

cauucaucca aauaccgagu cgccaaaauu caaacuagac ucguuaaaug aaugaaugau 360

gcgguagaca aauuggauca uugauucucu uugauccaug cagcuaccuu uccacucucu 420

cuuuuguauu ccaauuuucu ugauuaaucu uuccugcaca aaaacaugcu ugauccacua 480

agugacauau augcugccuu cguauauaua guucugguaa aauuaacauu uuggguuuau 540

cuuuauuuaa ggcaucgcca ugacaccucu cccccuccca gguacuaucc ccuuucaaca 600

cugccaaugc cggucccaag cccggauaaa aguggaggga aaggggauag u 651

<210> 622

<211> 417

<212> RNA

<213> 人工

<220>

<223> 合成的

<400> 622

gggaauuccu agggaacccg gucccaagcc cggauaaaau ccgagggggc gggaaaccgc 60

cuaaggaugu guucccuagg agggugggug uaccucuuuu ggaccaaucg uggcgugucg 120

gccugcuucg gcaggcacug gcgccgucca ggagagguag aaagguagca gcaugguuca 180

caggucguga uaugauucaa uuagcuuccg acucauucau ccaaauaccg agucgccaaa 240

auucaaacua gacucguuaa augaaugaau gaugcgguag acaaauugga ucauugauuc 300

ucuuugaucc augcagcuac cuuuccacac accucucccc cucccaggua cuauccccuu 360

ucaacacugc caaugccggu cccaagcccg gauaaaagug gagggaaagg ggauagu 417

<210> 623

<211> 406

<212> RNA

<213> 人工

<220>

<223> 合成的

<400> 623

caaacacacg cucggacgca uauuacacau guucauacac uuaauacucg cuguuuugaa 60

uugauguuuu aggaauauau auguagagua gaaagguagc agcaugguuc acaggucgug 120

auaugauuca auuagcuucc gacucauuca uccaaauacc gagucgccaa aauucaaacu 180

agacucguua aaugaaugaa ugaugcggua gacaaauugg aucauugauu cucuuugauc 240

caugcagcua ccuuuccacu cucucuuuug uauuccaauu uucuugauua aucuuuccug 300

cacaaaaaca ugcuugaucc acuaagugac auauaugcug ccuucguaua uauaguucug 360

guaaaauuaa cauuuugggu uuaucuuuau uuaaggcauc gccaug 406

<210> 624

<211> 172

<212> RNA

<213> 人工

<220>

<223> 合成的

<400> 624

guagaaaggu agcagcaugg uucacagguc gugauaugau ucaauuagcu uccgacucau 60

ucauccaaau accgagucgc caaaauucaa acuagacucg uuaaaugaau gaaugaugcg 120

guagacaaau uggaucauug auucucuuug auccaugcag cuaccuuucc ac 172

<210> 625

<211> 392

<212> RNA

<213> 人工

<220>

<223> 合成的

<400> 625

gggaauuccu agggaacccg gucccaagcc cggauaaaau ccgagggggc gggaaaccgc 60

cuaaggaugu guucccuagg agggugggug uaccucuuuu ggaccaaucg uggcgugucg 120

gccugcuucg gcaggcacug gcgccgucca ggagagagca caacauuuca accagaaaca 180

cuagccgaag caaauccauu ccacaagcac cuggugggau caucucauca ucagaaacca 240

agagagagau uccguguccg cuuguuguag uagauuguga ggacugagga ccgagaagca 300

gccacaccuc ucccccuccc agguacuauc cccuuucaac acugccaaug ccggucccaa 360

gcccggauaa aaguggaggg aaaggggaua gu 392

<210> 626

<211> 245

<212> RNA

<213> 人工

<220>

<223> 合成的

<400> 626

gggaauuccu agggaacccg gucccaagcc cggauaaaau ccgagggggc gggaaaccgc 60

cuaaggaugu guucccuagg agggugggug uaccucuuuu ggaccaaucg uggcgugucg 120

gccugcuucg gcaggcacug gcgccgucca ggagagacac cucucccccu cccagguacu 180

auccccuuuc aacacugcca augccggucc caagcccgga uaaaagugga gggaaagggg 240

auagu 245

Claims (53)

1.一种用于使多核糖核苷酸环化的原核系统，该原核系统包含原核细胞，该原核细胞包含：

(a)线性多核糖核苷酸，该线性多核糖核苷酸具有式5'-(A)-(B)-(C)-(D)-(E)-3'，其中元件(A)、(B)、(C)、(D)、和(E)可操作地连接，并且其中：

(A)包含5'自切割核酶；

(B)包含含有5'互补区的5'退火区；

(C)包含多核糖核苷酸负载物；

(D)包含含有3'互补区的3'退火区；并且

(E)包含3'自切割核酶；

其中该5'互补区和该3'互补区具有低于-5kcal/mol的结合自由能，并且/或者其中该5'互补区和该3'互补区具有至少10℃的结合Tm；

以及

(b)RNA连接酶；

其中该5'自切割核酶的切割在该线性多核糖核苷酸的5'端上产生游离的5'-羟基基团，并且其中该3'自切割核酶的切割在该线性多核糖核苷酸的3'端上产生游离的2',3'-环磷酸基团，得到连接酶相容的线性多核糖核苷酸；

并且其中该连接酶相容的线性多核糖核苷酸的5'和3'端通过该RNA连接酶连接，从而产生环状多核糖核苷酸。

2.如权利要求1所述的原核系统，其中该5'自切割核酶是选自由以下组成的组的核酶：锤头状核酶、发夹状核酶、丁型肝炎病毒核酶(HDV)、Varkud卫星(VS)核酶、glmS核酶、扭转核酶、扭转姐妹核酶、斧头核酶、和手枪核酶。

3.如权利要求1所述的原核系统，其中该3'自切割核酶是选自由以下组成的组的核酶：锤头状核酶、发夹状核酶、丁型肝炎病毒核酶(HDV)、Varkud卫星(VS)核酶、glmS核酶、扭转核酶、扭转姐妹核酶、斧头核酶、和手枪核酶。

4.如权利要求1所述的原核系统，其中该5’互补区具有在5与50个之间的核糖核苷酸并且该3’互补区具有在5与50个之间的核糖核苷酸。

5.如权利要求1所述的原核系统，其中该5’互补区和该3’互补区具有在50％与100％之间的序列互补性，并且任选地其中该5'互补区和该3'互补区包括在它们之间的不多于10个错配。

6.如权利要求1所述的原核系统，其中该5'退火区进一步包含具有在5与50个之间的核糖核苷酸并且位于该5'互补区的5'的5'非互补区；并且其中该3'退火区进一步包含具有在5与50个之间的核糖核苷酸并且位于该3'互补区的3'的3'非互补区；并且其中：

(a)该5’非互补区和该3’非互补区具有在0％与50％之间的序列互补性；并且/或者

(b)该5'非互补区和该3'非互补区具有大于-5kcal/mol的结合自由能；并且/或者

(c)该5'非互补区和该3'非互补区具有低于10℃的结合Tm。

7.如权利要求1所述的原核系统，其中该3'退火区和该5'退火区促进该线性多核糖核苷酸的3'和5'端的缔合。

8.如权利要求1所述的原核系统，其中该RNA连接酶是tRNA连接酶，任选地其中该tRNA连接酶是(a)选自由以下组成的组的连接酶：T4连接酶、RtcB连接酶、TRL-1连接酶、和Rnl1连接酶、Rnl2连接酶、LIG1连接酶、LIG2连接酶、PNK/PNL连接酶、PF0027连接酶、thpR ligT连接酶、和ytlPor连接酶；或(b)选自由以下组成的组的连接酶：植物RNA连接酶、叶绿体RNA连接酶、来自古细菌的RNA连接酶、细菌RNA连接酶、真核RNA连接酶、病毒RNA连接酶、和线粒体RNA连接酶。

9.如权利要求1所述的原核系统，其中该多核糖核苷酸负载物包含：

(a)至少一个编码多肽的编码序列；或

(b)至少一个非编码序列；或

(c)至少一个编码多肽的编码序列和至少一个非编码序列的组合。

10.如权利要求1所述的原核系统，其中该多核糖核苷酸负载物包含至少一个编码多肽的编码序列，并且其中该多肽包含在脊椎动物、无脊椎动物、植物或微生物的基因组中编码的氨基酸序列，并且/或者其中该多肽包含治疗性多肽、植物修饰多肽、或农业多肽；并且任选地，其中该编码序列经密码子优化用于在受试者中表达。

11.如权利要求1所述的原核系统，其中该多核糖核苷酸负载物包含至少一个编码多肽的编码序列，并且进一步包含选自由以下组成的组的额外的元件：

(a)内部核糖体进入位点(IRES)或5’UTR序列，其位于该编码序列的5'并与之可操作地连接，任选地在该IRES或5'UTR序列与该编码序列之间具有插入核糖核苷酸；

(b)3’UTR序列，其位于该编码序列的3'并与之可操作地连接，任选地在该3'UTR与该编码序列之间具有插入核糖核苷酸；以及

(c)(a)和(b)两者。

12.如权利要求1所述的原核系统，其中该多核糖核苷酸负载物包含至少一个非编码序列，并且其中该至少一个非编码RNA序列包含：

(a)至少一个选自由以下组成的组的RNA：RNA适配体、长非编码RNA(lncRNA)、转移RNA衍生的片段(tRF)、转移RNA(tRNA)、核糖体RNA(rRNA)、小核RNA(snRNA)、小核仁RNA(snoRNA)、和Piwi相互作用RNA(piRNA)；或这些RNA中的任一者的片段；和/或

(b)至少一个选自由以下组成的组的RNA：小干扰RNA(siRNA)或其前体、双链RNA(dsRNA)或至少部分双链RNA；发夹RNA(hpRNA)、微小RNA(miRNA)、或其前体；相位小干扰RNA(phasiRNA)或其前体；异染色质小干扰RNA(hcsiRNA)或其前体；以及天然反义短干扰RNA(natsiRNA)或其前体；和/或

(c)指导RNA(gRNA)或其前体；和/或

(d)核酶或核糖开关。

13.如权利要求1所述的原核系统，其中该多核糖核苷酸负载物包含至少一个非编码序列，并且其中该至少一个非编码RNA序列包含反式调节靶序列的调节RNA，任选地其中该靶序列包含受试基因组的基因的核苷酸序列，并且其中该靶序列的调节是(a)该靶序列的表达的上调、或(b)该靶序列的表达的下调、或(c)该靶序列的可诱导表达。

14.如权利要求1所述的原核系统，其中该连接酶：

(a)对该原核细胞内源的，或

(b)对该原核细胞异源的。

15.如权利要求1所述的原核系统，其中通过以下向该原核细胞提供该线性多核苷酸：

(a)向该原核细胞提供包含该线性多核苷酸的外源性多核糖核苷酸；

(b)在该原核细胞中转录向该原核细胞瞬时提供的外源性重组DNA分子，该外源性重组DNA分子包含编码该线性多核糖核苷酸的DNA并且任选地包含与编码该线性多核糖核苷酸的DNA可操作地连接的异源性启动子；或

(c)在该原核细胞中转录并入该原核细胞的基因组中的重组DNA分子，该重组DNA分子包含编码该线性多核糖核苷酸的DNA并且任选地包含与编码该线性多核糖核苷酸的DNA可操作地连接的异源性启动子。

16.如权利要求1所述的原核系统，其中该原核细胞是细菌细胞或古细菌细胞，该细菌细胞或古细菌细胞是：

(a)在培养基中生长或包含在生物反应器中；或

(b)天然细菌群体的成员；或

(c)与真核生物体相关的微生物组的成员。

17.如权利要求1所述的原核系统，其中该原核细胞是：

(a)与被子植物或裸子植物的根圈、或与该植物生长的土壤或生长培养基的微生物群落、或与该植物的地上组织相关的细菌细胞，任选地其中该相关是共生；或

(b)与人、非人脊椎动物、或无脊椎动物的细胞、组织、或器官相关的细菌细胞，任选地其中该相关是共生。

18.一种配制品，该配制品包含如权利要求1所述的原核系统，任选地其中该配制品是药物配制品、兽用配制品、或农业配制品。

19.一种环状多核糖核苷酸，该环状多核糖核苷酸通过如权利要求1所述的原核系统产生，任选地其中该环状多核糖核苷酸经纯化。

20.一种配制品，该配制品包含如权利要求19所述的环状多核糖核苷酸，任选地其中该配制品是药物配制品、兽用配制品、或农业配制品。

21.一种产生环状RNA的方法，该方法包括：

(a)在原核细胞中使(i)与(ii)接触：

(i)线性多核糖核苷酸，该线性多核糖核苷酸具有式5'-(A)-(B)-(C)-(D)-(E)-3'，其中元件(A)、(B)、(C)、(D)、和(E)可操作地连接，并且其中：

(A)包含5'自切割核酶；

(B)包含含有5'互补区的5'退火区；

(C)包含多核糖核苷酸负载物；

(D)包含含有3'互补区的3'退火区；并且

(E)包含3'自切割核酶；

其中该5'互补区和该3'互补区具有低于-5kcal/mol的结合自由能，并且/或者其中该5'互补区和该3'互补区具有至少10℃的结合Tm；

其中该5'自切割核酶的切割在该线性多核糖核苷酸的5'端上产生游离的5'-羟基基团，并且其中该3'自切割核酶的切割在该线性多核糖核苷酸的3'端上产生游离的2',3'-环磷酸基团，得到连接酶相容的线性多核糖核苷酸；

和

(ii)RNA连接酶；

由此该连接酶相容的线性多核糖核苷酸的5'和3'端通过该RNA连接酶连接，从而产生环状多核糖核苷酸；以及

(b)任选地，纯化该环状多核糖核苷酸。

22.如权利要求21所述的方法，其中通过以下向该原核细胞提供该线性多核苷酸：

(a)向该原核细胞提供包含该线性多核苷酸的外源性多核糖核苷酸；

(b)在该原核细胞中转录向该原核细胞瞬时提供的外源性重组DNA分子，该外源性重组DNA分子包含编码该线性多核糖核苷酸的DNA并且任选地包含与编码该线性多核糖核苷酸的DNA可操作地连接的异源性启动子；或

(c)在该原核细胞中转录并入该原核细胞的基因组中的重组DNA分子，该重组DNA分子包含编码该线性多核糖核苷酸的DNA并且任选地包含与编码该线性多核糖核苷酸的DNA可操作地连接的异源性启动子。

23.如权利要求21所述的方法，其中该5'自切割核酶是选自由以下组成的组的核酶：锤头状核酶、发夹状核酶、丁型肝炎病毒核酶(HDV)、Varkud卫星(VS)核酶、glmS核酶、扭转核酶、扭转姐妹核酶、斧头核酶、和手枪核酶。

24.如权利要求21所述的方法，其中该3'自切割核酶是选自由以下组成的组的核酶：锤头状核酶、发夹状核酶、丁型肝炎病毒核酶(HDV)、Varkud卫星(VS)核酶、glmS核酶、扭转核酶、扭转姐妹核酶、斧头核酶、和手枪核酶。

25.如权利要求21所述的方法，其中该5’互补区具有在5与50个之间的核糖核苷酸并且该3’互补区具有在5与50个之间的核糖核苷酸。

26.如权利要求21所述的方法，其中该5’互补区和该3’互补区具有在50％与100％之间的序列互补性，并且任选地其中该5'互补区和该3'互补区包括在它们之间的不多于10个错配。

27.如权利要求21所述的方法，其中该5'退火区进一步包含具有在5与50个之间的核糖核苷酸并且位于该5'互补区的5'的5'非互补区；并且其中该3'退火区进一步包含具有在5与50个之间的核糖核苷酸并且位于该3'互补区的3'的3'非互补区；并且其中：

(a)该5’非互补区和该3’非互补区具有在0％与50％之间的序列互补性；并且/或者

(b)该5'非互补区和该3'非互补区具有大于-5kcal/mol的结合自由能；并且/或者

(c)该5'非互补区和该3'非互补区具有低于10℃的结合Tm。

28.如权利要求21所述的方法，其中该3'退火区和该5'退火区促进该线性多核糖核苷酸的3'和5'端的缔合。

29.如权利要求21所述的方法，其中该RNA连接酶是tRNA连接酶，任选地其中该tRNA连接酶是(a)选自由以下组成的组的连接酶：T4连接酶、RtcB连接酶、TRL-1连接酶、和Rnl1连接酶、Rnl2连接酶、LIG1连接酶、LIG2连接酶、PNK/PNL连接酶、PF0027连接酶、thpR ligT连接酶、和ytlPor连接酶；或(b)选自由以下组成的组的连接酶：植物RNA连接酶、叶绿体RNA连接酶、来自古细菌的RNA连接酶、细菌RNA连接酶、真核RNA连接酶、病毒RNA连接酶、和线粒体RNA连接酶。

30.如权利要求21所述的方法，其中该多核糖核苷酸负载物包含：

(a)至少一个编码多肽的编码序列；或

(b)至少一个非编码序列；或

(c)至少一个编码多肽的编码序列和至少一个非编码序列的组合。

31.如权利要求21所述的方法，其中该多核糖核苷酸负载物包含至少一个编码多肽的编码序列，并且其中该多肽包含在脊椎动物、无脊椎动物、植物或微生物的基因组中编码的氨基酸序列，并且/或者其中该多肽包含治疗性多肽、植物修饰多肽、或农业多肽；并且任选地，其中该编码序列经密码子优化用于在受试者中表达。

32.如权利要求21所述的方法，其中该多核糖核苷酸负载物包含至少一个编码多肽的编码序列，并且进一步包含选自由以下组成的组的额外的元件：

(a)内部核糖体进入位点(IRES)或5’UTR序列，其位于该编码序列的5'并与之可操作地连接，任选地在该IRES或5'UTR序列与该编码序列之间具有插入核糖核苷酸；

(b)3’UTR序列，其位于该编码序列的3'并与之可操作地连接，任选地在该3'UTR与该编码序列之间具有插入核糖核苷酸；以及

(c)(a)和(b)两者。

33.如权利要求21所述的方法，其中该多核糖核苷酸负载物包含至少一个非编码序列，并且其中该至少一个非编码RNA序列包含：

(a)至少一个选自由以下组成的组的RNA：RNA适配体、长非编码RNA(lncRNA)、转移RNA衍生的片段(tRF)、转移RNA(tRNA)、核糖体RNA(rRNA)、小核RNA(snRNA)、小核仁RNA(snoRNA)、和Piwi相互作用RNA(piRNA)；或这些RNA中的任一者的片段；和/或

(b)至少一个选自由以下组成的组的RNA：小干扰RNA(siRNA)或其前体、双链RNA(dsRNA)或至少部分双链RNA；发夹RNA(hpRNA)、微小RNA(miRNA)、或其前体；相位小干扰RNA(phasiRNA)或其前体；异染色质小干扰RNA(hcsiRNA)或其前体；以及天然反义短干扰RNA(natsiRNA)或其前体；和/或

(c)指导RNA(gRNA)或其前体；和/或

(d)核酶或核糖开关。

34.如权利要求21所述的方法，其中该多核糖核苷酸负载物包含至少一个非编码序列，并且其中该至少一个非编码RNA序列包含反式调节靶序列的调节RNA，任选地其中该靶序列包含受试基因组的基因的核苷酸序列，并且其中该靶序列的调节是(a)该靶序列的表达的上调、或(b)该靶序列的表达的下调、或(c)该靶序列的可诱导表达。

35.如权利要求21所述的方法，其中该原核细胞是细菌细胞或古细菌细胞，该细菌细胞或古细菌细胞是：

(a)在培养基中生长或包含在生物反应器中；或

(b)天然细菌群体的成员；或

(c)与真核生物体相关的微生物组的成员。

36.如权利要求21所述的方法，其中该原核细胞是：

(a)与被子植物或裸子植物的根圈、或与该植物生长的土壤或生长培养基的微生物群落、或与该植物的地上组织相关的细菌细胞，任选地其中该相关是共生；或

(b)与人、非人脊椎动物、或无脊椎动物的细胞、组织、或器官相关的细菌细胞，任选地其中该相关是共生。

37.一种环状多核苷酸，该环状多核苷酸通过如权利要求21所述的方法产生。

38.如权利要求21所述的方法，其中纯化并配制该环状多核苷酸以递送至受试者，任选地以治疗该受试者的病症，并且进一步任选地其中该配制品是药物配制品、兽用配制品、或农业配制品。

39.如权利要求38所述的方法，其中该受试者是人、非人脊椎动物、无脊椎动物、或植物。

40.一种原核细胞，该原核细胞包含：

(a)线性多核糖核苷酸，该线性多核糖核苷酸具有式5'-(A)-(B)-(C)-(D)-(E)-3'，其中元件(A)、(B)、(C)、(D)、和(E)可操作地连接，并且其中：

(A)包含5'自切割核酶；

(B)包含含有5'互补区的5'退火区；

(C)包含多核糖核苷酸负载物；

(D)包含含有3'互补区的3'退火区；并且

(E)包含3'自切割核酶；

其中该5'互补区和该3'互补区具有低于-5kcal/mol的结合自由能，并且/或者其中该5'互补区和该3'互补区具有至少10℃的结合Tm；

其中该5'自切割核酶的切割在该线性多核糖核苷酸的5'端上产生游离的5'-羟基基团，并且其中该3'自切割核酶的切割在该线性多核糖核苷酸的3'端上产生游离的2',3'-环磷酸基团，得到连接酶相容的线性多核糖核苷酸；

以及

(b)RNA连接酶，其中该RNA连接酶能够连接该连接酶相容的线性多核糖核苷酸的5'端和3'端以产生环状RNA。

41.如权利要求40所述的原核细胞，其中该5'退火区进一步包含具有在5与50个之间的核糖核苷酸并且位于该5'互补区的5'的5'非互补区；并且其中该3'退火区进一步包含具有在5与50个之间的核糖核苷酸并且位于该3'互补区的3'的3'非互补区；并且其中：

(a)该5’非互补区和该3’非互补区具有在0％与50％之间的序列互补性；并且/或者

(b)该5'非互补区和该3'非互补区具有大于-5kcal/mol的结合自由能；并且/或者

(c)该5'非互补区和该3'非互补区具有低于10℃的结合Tm。

42.如权利要求40所述的原核细胞，其中该多核糖核苷酸负载物包含：

(a)至少一个编码多肽的编码序列；或

(b)至少一个非编码序列；或

(c)至少一个编码多肽的编码序列和至少一个非编码序列的组合。

43.如权利要求40所述的原核细胞，其中该多核糖核苷酸负载物包含至少一个编码多肽的编码序列，并且其中该多肽包含在脊椎动物、无脊椎动物、植物或微生物的基因组中编码的氨基酸序列，并且/或者其中该多肽包含治疗性多肽、植物修饰多肽、或农业多肽；并且任选地，其中该编码序列经密码子优化用于在受试者中表达。

44.如权利要求40所述的原核细胞，其中该多核糖核苷酸负载物包含至少一个编码多肽的编码序列，并且进一步包含选自由以下组成的组的额外的元件：

(a)内部核糖体进入位点(IRES)或5’UTR序列，其位于该编码序列的5'并与之可操作地连接，任选地在该IRES或5'UTR序列与该编码序列之间具有插入核糖核苷酸；

(b)3’UTR序列，其位于该编码序列的3'并与之可操作地连接，任选地在该3'UTR与该编码序列之间具有插入核糖核苷酸；以及

(c)(a)和(b)两者。

45.如权利要求40所述的原核细胞，其中该多核糖核苷酸负载物包含至少一个非编码序列，并且其中该至少一个非编码RNA序列包含：

(a)至少一个选自由以下组成的组的RNA：RNA适配体、长非编码RNA(lncRNA)、转移RNA衍生的片段(tRF)、转移RNA(tRNA)、核糖体RNA(rRNA)、小核RNA(snRNA)、小核仁RNA(snoRNA)、和Piwi相互作用RNA(piRNA)；或这些RNA中的任一者的片段；和/或

(b)至少一个选自由以下组成的组的RNA：小干扰RNA(siRNA)或其前体、双链RNA(dsRNA)或至少部分双链RNA；发夹RNA(hpRNA)、微小RNA(miRNA)、或其前体；相位小干扰RNA(phasiRNA)或其前体；异染色质小干扰RNA(hcsiRNA)或其前体；以及天然反义短干扰RNA(natsiRNA)或其前体；和/或

(c)指导RNA(gRNA)或其前体；和/或

(d)核酶或核糖开关。

46.如权利要求40所述的原核细胞，其中该RNA连接酶(a)对该原核细胞是内源的、或(b)对该原核细胞是异源的。

47.如权利要求40所述的原核细胞，其中该RNA连接酶是tRNA连接酶，任选地其中该tRNA连接酶是(a)选自由以下组成的组的连接酶：T4连接酶、RtcB连接酶、TRL-1连接酶、和Rnl1连接酶、Rnl2连接酶、LIG1连接酶、LIG2连接酶、PNK/PNL连接酶、PF0027连接酶、thpRligT连接酶、和ytlPor连接酶；或(b)选自由以下组成的组的连接酶：植物RNA连接酶、叶绿体RNA连接酶、来自古细菌的RNA连接酶、细菌RNA连接酶、真核RNA连接酶、病毒RNA连接酶、和线粒体RNA连接酶。

48.如权利要求40所述的原核细胞，该原核细胞进一步包含该环状RNA。

49.一种向受试者提供环状RNA的方法，该方法包括向该受试者提供如权利要求40所述的原核细胞，任选地其中将该原核细胞裂解、干燥或冷冻，并且进一步任选地其中该原核细胞在药物配制品、兽用配制品、或农业配制品中提供。

50.如权利要求49所述的方法，其中该受试者是人、非人脊椎动物、无脊椎动物、或植物。

51.一种配制品，该配制品包含如权利要求40所述的原核细胞，任选地其中将该原核细胞裂解、干燥或冷冻，并且进一步任选地其中该配制品是药物配制品、兽用配制品、或农业配制品。

52.一种治疗有需要的受试者的障碍的方法，该方法包括向该受试者提供如权利要求51所述的配制品。

53.如权利要求52所述的方法，其中该受试者是人、非人脊椎动物、无脊椎动物、或植物。