CN117126799B - 一种三维肺上皮细胞聚集体及其作为肺炎症模型的应用 - Google Patents

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Abstract

本发明公开了一种三维肺上皮细胞聚集体及其作为肺炎症模型的应用。三维肺上皮细胞聚集体的制备方法,包括如下步骤:用含甲基纤维素的DMEM高糖培养基培养肺上皮细胞;其中培养基中甲基纤维素的浓度为0.25%‑0.50%,培养的天数为3‑7天,肺上皮细胞和含甲基纤维素的培养基的比例为(1×104‑5.0×104)个:200μL。实验证明,采用上述方法制备的三维肺上皮细胞聚集体可以作为无支架三维肺上皮模型和脂多糖诱导的肺炎症模型,进一步研究肺部炎症反应的致病机理以及药物筛选。本发明具有重要的应用价值。

Description

一种三维肺上皮细胞聚集体及其作为肺炎症模型的应用
技术领域
本发明属于生物医学领域,具体涉及一种三维肺上皮细胞聚集体及其作为肺炎症模型的应用。
背景技术
肺是人体内重要的呼吸器官,肺泡是其中的核心功能单位。因肺脏独特的生理结构特点,以肺脏为主要靶器官的呼吸系统疾病严重影响着人们的身体健康,建立适合的模拟肺部疾病的研究模型和药物筛选模型尤为重要。常规二维(two-dimension,2D)细胞模型由于缺乏组织结构以及微环境的影响,无法真实反应体内生物学过程;由于各类动物模型的应用,对肺脏生理学的理解有了很大的进步,但因为人类和动物在生理机制上的差异,以及动物模型的研发成本和周期等限制,不能有效的进行高通量药物筛选研究。因此,基于人类细胞体外培养新模型的研究显得尤为重要。二维液体细胞培养是一种相对稳定、成本相对较低的培养方法,有利于高通量筛选和各种定量、定性分析。但是液体培养细胞不能反映呼吸系统的天然空气界面,影响细胞的分化和生长过程。在体内,细胞通常被细胞外基质包围或者与来自相同或不同谱系的细胞直接物理接触。与二维模型相比,三维(three-dimension,3D)模型能够更准确的反应体内的生理结构,可以提供生物系统中结构、机械和空间条件,这些因素可以指导分化和发育过程。三维培养模型可以在一定程度上弥补二维培养不足之处,能够模拟体内组织结构,再现复杂的细胞间通讯,所以近年来体外三维细胞模型也成为一个研究的热点。
3D细胞培养技术是细胞在一定的环境中形成一个三维立体结构,一般三维培养可以分为两类:支架三维培养和无支架三维培养。支架三维培养是将细胞接种在疏松多孔的细胞支撑结构中,进而形成三维结构。支架材料一般有水凝胶支架、天然支架、固体多孔支架。理想的支架材料应具备以下特点:无细胞毒性、具有良好的生物组织相容性、具有一定的孔隙、具有生物可降解性、可塑性、能促进细胞间黏附和增殖等。基质胶(Matrigel)是天然支架中的一种,来源于Engelbreth-Holm-Swarm(EHS)小鼠肿瘤基底膜,主要由层粘连蛋白、Ⅳ型胶原、硫酸乙酰肝素蛋白聚糖、巢蛋白等组成,可以提供类似体内细胞外环境的结构,通过Matrigel刚度的可调性影响干细胞的分化,广泛应用于干细胞培养及类器官培养。无支架培养通常是以细胞本身的附着聚集力为基础,使细胞聚集成三维结构,一般包括旋转生物反应器和超低吸附细胞培养等方法。然而,使用无支架聚集培养物的方法仅限于创建组织样结构,在培养过程中缺乏器官样ECM而不能形成器官样结构。
甲基纤维素(methyl cellulose,MC)是一种长链取代纤维素,常温下为白色粉末,无毒、无刺激性,在水中溶胀成半透明粘性胶体溶液,其水溶液在常温下很稳定。MC因其水溶性、良好的加工性以及生物相容性等优良性能,已广泛应用于食品工业和生物医学等许多领域。MC在细胞培养中常用于造血克隆的培养,其刚性特性有助于干细胞分化。
肺脏因其独特的生理功能,与外界空气直接接触,空气中的可吸入物质对呼吸系统的健康有着重要影响。空气中的一些污染物质、致病微生物和病毒吸入肺脏中会造成肺部疾病,造成感染引起炎症反应,毛细血管内皮细胞和肺泡上皮细胞损伤造成弥漫性肺间质及肺泡水肿,导致急性低氧性呼吸功能不全或呼吸衰竭,这种临床综合症称为急性肺损伤,严重的急性肺损伤称为急性呼吸窘迫综合征。炎症是机体免疫应答的重要机制之一,目前建立肺炎症模型常用脂多糖(lipopolysaccharide,LPS)为造模剂,LPS是革兰氏阴性细菌细胞壁的组成成分,主要由脂质和多糖构成,可作用于多种免疫细胞、内皮细胞、上皮细胞等组织细胞,合成和释放多种细胞因子和炎性介质,最终造成组织损伤和器官功能损伤。LPS与靶细胞结合后,激活TLR4信号通路,继而激活IRF-3和NF-κB信号通路,最终引起炎症因子的释放,形成炎症反应。
发明内容
本发明的目的为构建稳定、经济、简便的无支架三维肺上皮模型。
本发明首先保护一种三维肺上皮细胞聚集体的制备方法,可包括如下步骤:用含甲基纤维素的培养基培养肺上皮细胞。
上述制备方法中,所述培养基中甲基纤维素的浓度可为0.25%-0.50%(如0.25%-0.35%、0.35%-0.45%、0.45%-0.50%、0.25%、0.35%、0.45%或0.50%)。
上述制备方法中,所述培养基中甲基纤维素的浓度优选为0.25%。
上述制备方法中,所述培养基可为DMEM高糖培养基或RPMI1640培养基。
上述制备方法中,所述培养基还可含有血清和/或抗生素。
所述培养基中,血清的浓度可为8-12%(如8-10%、10-12%、8%、10%或12%)。血清可为胎牛血清(FBS)。
上述制备方法中,所述抗生素可为青霉素和/或链霉素。
所述培养基中,青霉素的浓度可为0.8-1.2%(如0.8-1.0%、1.0-1.2%、0.8%、1.0%或1.2%)。
所述培养基中,链霉素的浓度可为0.8-1.2%(如0.8-1.0%、1.0-1.2%、0.8%、1.0%或1.2%)。
上述制备方法中,所述培养基具体可为含0.5%甲基纤维素、10%、1%青霉素和1%链霉素的DMEM高糖培养基或含0.25%甲基纤维素、10%FBS、1%青霉素和1%链霉素的DMEM高糖培养基。
上述制备方法中,所述肺上皮细胞可为人肺腺癌细胞系A549。
上述制备方法中,培养肺上皮细胞的培养体系中,肺上皮细胞和所述含甲基纤维素的培养基的比例可为(1×104-5.0×104)个:200μL(如(1×104-2.5×104)个:200μL、(2.5×104-5.0×104)个:200μL、1×104个:200μL、2.5×104个:200μL或5.0×104个:200μL)。
上述制备方法中,培养肺上皮细胞的培养体系中,肺上皮细胞和所述含甲基纤维素的培养基的比例优选为5.0×104个:200μL。
上述制备方法中,所述培养的天数可为3-7天(如3天、4天、5天、6天或7天)。
上述制备方法中,所述培养的条件具体可为37℃、5% CO2
上述任一所述制备方法制备的三维肺上皮细胞聚集体也属于本发明的保护范围。
本发明还保护采用上述任一所述制备方法制备的三维肺上皮细胞聚集体的应用,可为A1)或A2)或A3):
A1)作为肺炎症模型;
A2)筛选用于预防或治疗肺部炎症的药物;
A3)作为无支架三维肺上皮模型。
上述应用中,所述肺炎症模型可为细菌脂多糖LPS诱导的肺炎症模型。
本发明的发明人经过大量实验,成功建立了A549多细胞球体(即三维肺上皮细胞聚集体或三维肺上皮多细胞球体),其为以A549细胞为基础(5×104/孔细胞浓度)、甲基纤维素作为培养基添加剂(0.25%甲基纤维素浓度)构建的无支架三维模型。对构建的A549多细胞球体进行转录组测序,以探究整体基因表达谱的变化。结果表明,A549多细胞球体中与炎症相关通路均上升,与细胞分裂、染色体复制相关通路均下降。此外,还发现A549多细胞球体在LPS刺激后炎性因子基因表达显著增强,即A549多细胞球体对LPS刺激的免疫应答更为明显。由此可见,本申请建立的A549多细胞球体可以作为脂多糖诱导的肺炎症模型,进一步研究肺部炎症反应的致病机理以及药物筛选。本发明具有重要的应用价值。
附图说明
图1为添加0.5%甲基纤维素时A549细胞形成的多细胞球体。
图2为添加0.25%甲基纤维时A549细胞形成的多细胞球体。
图3为0.5%甲基纤维素条件下A549多细胞球体的细胞存活率。
图4为0.25%甲基纤维素条件下A549多细胞球体的细胞存活率。
图5为实时定量PCR分析A549多细胞球体肺表面活性蛋白在基因水平的表达水平。
图6为添加细胞外基质形成的A549多细胞球体形态及细胞存活率。A为添加300μg/mL Matrigel形成的A549多细胞球体形态;B为添加300μg/mL细胞外基质形成的A549多细胞球体细胞存活率。
图7为添加细胞外基质形成A549多细胞球体肺表面活性蛋白在基因水平的表达水平。
图8为group1组与对照组差异基因的GO分析柱状图。
图9为group1组与对照组差异基因的GO分析柱状图。
图10为group2组与对照组差异基因的GO分析柱状图。
图11为group2组与对照组差异基因的GO分析柱状图。
图12为 group1组与group2组差异基因的GO分析柱状图。
图13为 group1组与group2组差异基因的GO分析柱状图。
图14为group1组与对照组差异基因的KEGG富集分析气泡图。
图15为group2组与对照组差异基因的KEGG富集分析气泡图。
图16为group1组与group2组差异基因的KEGG富集分析气泡图。
图17为group1组与对照组差异基因的基因集富集分析。
图18为group2组与对照组差异基因的基因集富集分析。
图19为group1组与group2组差异基因的基因集富集分析。
图20为LPS刺激三维模型后炎症因子表达量。2D A549表示二维培养的A549细胞,MC A549表示0.25%甲基纤维素条件下形成的A549多细胞球体,ECM A549表示基于ECM三维培养的A549多细胞球体。
具体实施方式
下面结合具体实施方式对本发明进行进一步的详细描述,给出的实施例仅为了阐明本发明,而不是为了限制本发明的范围。以下提供的实施例可作为本技术领域普通技术人员进行进一步改进的指南,并不以任何方式构成对本发明的限制。
下述实施例中的实验方法,如无特殊说明,均为常规方法,按照本领域内的文献所描述的技术或条件或者按照产品说明书进行。下述实施例中所用的材料、试剂等,如无特殊说明,均可从商业途径得到。
下述实施例中涉及的英文缩写,其英文名称和中文名称见表1。
下述实施例中涉及的实验试剂名称及其生产厂家见表2。
下述实施例中的二维培养的A549细胞记载于如下文献中:A J Carterson,K Höner zu Bentrup,C M Ott,M S Clarke,D L Pierson,C R Vanderburg,K L Buchanan,C ANickerson,M J Schurr. A549 lung epithelial cells grown as three-dimensionalaggregates:alternative tissue culture model for Pseudomonas aeruginosapathogenesis. Infect Immun. 2005 Feb;73(2):1129-40. doi:10.1128/IAI.73.2.1129-1140.2005;Fatima Saleh,Aya Harb,Nadia Soudani,Hassan Zaraket. Athree-dimensional A549 cell culture model to study respiratory syncytialvirus infections. J Infect Public Health. 2020 Aug;13(8):1142-1147. doi:10.1016/j.jiph.2020.03. 011.
实施例1、三维肺上皮多细胞球体的建立
体外细胞培养模型,因其从体内固有的三维组织分离后在二维培养表面以单层细胞形式增殖,会发生分化并丧失特定功能。因此三维培养进入人们的视野,其中肺类器官是将多能干细胞或肺上皮干/组细胞在Matrigel中进行三维培养,在体外诱导分化形成模拟气管和肺泡的结构,但类器官也有许多局限性,如成本过高、半固体基质胶影响药物渗透浓度、细胞来源受限以及诱导时间较长等。因此,构建稳定、经济、简便的无支架三维肺上皮模型具有重要的应用价值。
一、实验细胞及其培养
实验细胞:人肺腺癌细胞系A549(以下简称A549细胞);其为肺泡上皮细胞。
A549细胞在37℃、5% CO2恒温细胞培养箱中培养,使用的培养基为含有100U/mL青霉素、1mg/mL链霉素和10%胎牛血清(FBS)的DMEM高糖培养基。A549细胞均单层贴壁生长。
二、实验方法
1、A549细胞复苏、培养、传代及冻存
(1)A549细胞复苏
(1-1)在A549细胞复苏前,先将超净工作台紫外照射灭菌30分钟,在离心管中加入培养基。
(1-2)用镊子小心将装有A549细胞的冻存管从液氮罐中取出后迅速转移至42℃恒温水浴锅中,划圈晃动冻存管,使其快速融化。之后将冻存管转移至超净工作台中,用干棉球擦拭冻存管表面残留水渍,使用移液器将溶液转移至完成步骤(1-1)的离心管中,吹打混匀,1200 r/min离心5min,弃上清液。
(1-3)向完成步骤(1-2)的离心管中加入1mL 培养基,轻轻吹打混匀A549细胞,得到重悬细胞。根据冻存细胞量和冻存的时间选择接种密度,将重悬细胞接种到装有培养基的培养瓶中,十字交叉法摇匀细胞,37℃、5% CO2培养。
(2)A549细胞培养
A549细胞接种至装有培养基的培养瓶或培养皿中,37℃、5%CO2细胞培养箱中培养,每2-3天更换新鲜培养基,待细胞密度达到80%-90%时,进行细胞传代。
(3)A549细胞传代
当A549细胞密度达到80%-90%时,弃上层培养基,加入PBS缓冲液洗涤细胞,再弃PBS缓冲液;之后加入0.25%胰酶,37℃消化1-2min,当显微镜下观察到细胞变圆且部分细胞脱离后,加入2-3倍胰酶体积的培养基终止消化。使用移液器轻柔吹打未脱落细胞,将细胞悬液转移至离心管,1200r/min离心5min,弃上清液,加入1mL培养基混匀细胞为单细胞悬液,按照1:3的比例接种至培养瓶中,置于37℃、5% CO2细胞培养箱中培养。
(4)A549细胞冻存
对处于对数生长期的A549细胞,可以冻存细胞保存。冻存液按照培养基:FBS:DMSO=6:3:1的比例(体积比)配置。使用0.25%胰酶消化细胞并进行细胞计数,冻存细胞数量为5×106—1×107个/管,将冻存液转移至冻存管中,放入细胞冻存盒中,-80℃保存24h,然后转移至液氮中长期保存。
2、细胞计数
(1)将消化离心的A549细胞用1mL培养基重悬,轻轻吹打混匀,得到细胞悬液。
(2)将10μL细胞悬液转移至EP管,再加入10μL AO/PI染液,与细胞悬液混合均匀,将混合液转移至细胞计数板,在细胞计数仪中检测细胞浓度以及存活率(绿色荧光为活细胞,红色荧光为死细胞)。
3、甲基纤维素溶液的获得
(1)2×DMEM高糖培养基的制备
向500mL水中加入13.5g DMEM高糖培养基粉末,调节pH至7.2后,再加入碳酸氢钠并使其在体系中的浓度为3.7g/L,之后用0.22µm滤器过滤,最后加入青霉素和链霉素并使其在体系中的浓度依次为100U/mL和1mg/mL,得到2×DMEM高糖培养基。
(2)将2g甲基纤维素粉末放入100mL沸水,彻底溶解后,37℃振荡培养4-5h,得到溶液;先将溶液置于4℃过夜,然后121℃高压蒸汽灭菌15min,待冷却至不烫手时,加入100mL2×DMEM高糖培养基,剧烈摇晃直至摇匀后置于-20℃;反复冻融剧烈摇晃4-5次,直至液体呈均一状,即获得甲基纤维素溶液。
4、三维肺上皮多细胞球体的培养方法
(1)培养基的获得
甲基纤维素培养基为“含1%甲基纤维素、10%FBS、1%青霉素和1%链霉素的培养基”、“含0.5%甲基纤维素、10%FBS、1%青霉素和1%链霉素的培养基”或“含0.25%甲基纤维素、10%FBS、1%青霉素和1%链霉素的培养基”。
细胞外基质培养基为含300μg/mL Matrigel、0.024%甲基纤维素、10%FBS、1%青霉素和1%链霉素的培养基。
(2)分别将A549细胞消化离心,重悬后进行细胞计数;之后按照每孔1×104个、2.5×104个、5×104个的数量加入甲基纤维素培养基或细胞外基质培养基(每孔200μL),用移液器轻轻吹打混匀细胞悬液,使用移液器将细胞悬液转移至U型96孔板中。
(3)将96孔板放入预冷的台式离心机,8℃、200g离心4min,之后置于37℃、5% CO2细胞培养箱中培养。
5、实时荧光定量PCR
收取步骤4培养第3、5或7天的三维肺上皮多细胞球体,先提取RNA,再反转录为cDNA进行qPCR检测。用于检测SP-A基因、SP-B基因、SP-C基因、SP-D基因、Laminin基因和E-cadherin基因的上游引物和下游引物见表3。
6、流式细胞术检测多细胞球体细胞存活率
(1)收集步骤4培养的第3、5或7天的三维肺上皮多细胞球体,离心后加入PBS缓冲液清洗一遍,弃上清;之后加入0.25%胰酶消化液,37℃消化3-5min,期间用移液器吹打球体使其消化为单细胞后,加入2-3倍体积的培养基终止消化,1500r/min离心5 min。
(2)弃上清,加入PBS缓冲液清洗1次,将细胞用100μL PBS缓冲液重悬于EP管中,加入0.1μL FVS510,4℃避光孵育30min,加入1mL PBS缓冲液清洗2次。
(3)用300μL PBS缓冲液重悬细胞沉淀,细胞悬液用100μm筛网过滤后,转移至平底96孔板内待检。
(4)流式检测数据结果使用软件Flowjo V10进行分析。
7、苏木素-伊红染色
(1)冰冻切片室温平衡30min后,多聚甲醛固定切片10min,蒸馏水洗涤3-5次。
(2)先滴加苏木素染核5min,然后用蒸馏水洗涤3-5次,再后置入盐酸乙醇中分化2s,看到有粉色液滴滴下,用蒸馏水洗涤3-5次。
(3)置于1%氨水中返蓝处理1min,用蒸馏水洗涤3-5次,伊红染液染细胞质2min,用蒸馏水洗涤3-5次。
(4)取出染好的玻片,室温自然风干后,在切片上滴加1-2滴中性树脂,用盖玻片从一侧盖在载玻片上,轻轻放下直至全部覆盖,室温晾干玻片。
8、统计学分析
使用GraphPad Prism 8.0.2 软件处理数据,实验数据以`x ±SD表示,各组定量数据间比较采用t检验,P<0.05认为差异具有统计学意义。
三、实验结果
1、基于甲基纤维素的A549多细胞球体培养体系的建立
本申请的发明人评估了三个常用的甲基纤维素浓度来建立多细胞球体三维模型,浓度分别为0.25%、0.5%和1%;选择三种细胞数量,分别为1×104/孔、2.5×104/孔和5×104/孔。
结果如下:
(1)1%甲基纤维素浓度太大,无论哪种细胞数量,细胞均不能在底部聚集成团,弥散在培养基中,后续实验不再使用此浓度;0.5%和0.25%的甲基纤维浓度在96孔板中可以形成多细胞球体,细胞数量越多,细胞球体越大,且细胞球体体积随着培养越来越小,提示随着培养时间的推移,细胞间连接更加紧密(见图1和图2)。
(2)分别在第3、5、7天收取多细胞球体,胰酶消化为单细胞后,用检测细胞死/活的染料FVS510标记,流式细胞术检测其细胞存活率。0.5%甲基纤维素条件下细胞存活率如图3所示,第3天细胞存活率在90%以上,第5天存活率为80%-85%,第7天存活率在40%以上。0.25%甲基纤维素条件下细胞存活率如图4所示,第3天存活率90%以上,第5天存活率85%以上,第7天存活率在50%以上。因此,后续实验选用0.25%甲基纤维素浓度的培养基。
(3)收取培养的第1、3、5、7天的A549多细胞球体和二维培养的A549细胞并提取细胞总RNA,反转录为cDNA后,通过qPCR检测肺表面活性蛋白SPASPBSPD在mRNA水平的表达水平。
检测结果见图5(Ctrl表示二维培养的A549细胞)。结果表明,无论细胞数量多少,与二维培养的A549细胞相比,经过甲基纤维素三维培养后的A549多细胞球体的SPASPBSPD基因表达均上调,其中SPASPD在5×104每孔的细胞数量中上调最明显,后续实验选用5×104个每孔的细胞数量。
2、基于细胞外基质的A549多细胞球体培养体系的建立
(1)本申请的发明人在培养体系中加入300μg/mL Matrigel和0.024%甲基纤维素,每个孔中加入5×104个细胞,形成的三维结构如图6中A所示。结果显示,添加ECM多细胞球体同样可以形成三维多细胞球体结构,且透光度增加,形成了空腔囊泡状结构。
(2)分别收取培养第3、5、7天的多细胞球体,将球体消化为单细胞后,流式细胞术检测细胞存活率如图6中B所示。结果显示,第3天细胞存活率在90%以上,第5天存活率在80%以上,第7天存活率在60%以上。
(3)收取培养第3、5、7天的多细胞球体和二维培养的A549细胞提取RNA,反转录为cDNA,qPCR检测肺表面活性蛋白SPASPB、SPD在基因水平上的表达。
检测结果见图7(Ctrl为二维培养的A549细胞)。结果表明,SPA、SPB在后期表达明显上调,SPD表达上调后又下降。
上述结果表明,基于甲基纤维素建立了A549多细胞球体(即基于甲基纤维素三维培养的A549多细胞球体),通过流式细胞术检测细胞存活率以及qPCR检测肺表面活性蛋白在基因水平的表达情况确定了培养体系为0.25%甲基纤维素和5×104每孔的细胞数量。在三维体系中添加300μg/mL Matrigel,形成的多细胞球体(即基于ECM三维培养的A549多球体)透光度较高,形成了空腔状结构,与哺乳动物肺部相似。
实施例2、A549多细胞球体基因表达谱分析
三维培养给细胞提供了类似体内的结构微环境,影响细胞迁移、细胞间黏附、增殖和基因表达等功能。本申请的发明人通过RNA测序技术比较基于甲基纤维素三维培养的A549多细胞球体、基于ECM三维培养的A549多球体和二维培养的A549细胞之间的基因表达谱。将差异基因进一步进行GO功能富集、KEGG通路富集分析和GSEA分析,探究不同的培养体系中,对哪些信号通路影响最大。
一、实验细胞
人肺腺癌细胞系A549来自于实验室细胞库,冻存于液氮罐中,常规培养在37℃、5%CO2的恒温细胞培养箱中。使用含有10% FBS的DMEM高糖培养液培养,细胞呈单层贴壁生长。
二、实验方法
1、测序样品准备
共准备三个组,具体如下:
MCA 549组:将A549细胞消化离心,重悬后进行细胞计数;之后按照每孔5×104个的数量加入含0.25%甲基纤维素、10%FBS、1%青霉素和1%链霉素的培养基(每孔200μL),用移液器轻轻吹打混匀细胞悬液,使用移液器将细胞悬液转移至U型96孔板中;将96孔板放入预冷的台式离心机,8℃、200g离心4min,之后置于37℃、5% CO2细胞培养箱中培养3天,收取多细胞球体至50 mL离心管中,用PBS缓冲液清洗2次后,转移至EP管中,放入液氮速冻10s,转移至-80℃,送至上海欧易生物医学科技有限公司进行RNA测序和分析。
ECM A549组:将A549细胞消化离心,重悬后进行细胞计数;之后按照每孔5×104个的数量加入含300μg/mL Matrigel、0.024%甲基纤维素、10%FBS、1%青霉素和1%链霉素的培养基(每孔200μL),用移液器轻轻吹打混匀细胞悬液,使用移液器将细胞悬液转移至U型96孔板中;将96孔板放入预冷的台式离心机,8℃、200g离心4min,之后置于37℃、5% CO2细胞培养箱中培养3天,收取多细胞球体至50 mL离心管中,用PBS缓冲液清洗2次后,转移至EP管中,放入液氮速冻10s,转移至-80℃,送至上海欧易生物医学科技有限公司进行RNA测序和分析。
2D A549组:将二维培养的A549细胞移至50 mL离心管中,用PBS缓冲液清洗2次后,转移至EP管中,放入液氮速冻10s,转移至-80℃,送至上海欧易生物医学科技有限公司进行RNA测序和分析。
每组进行三个生物学重复。
2、RNA提取与文库构建
(1)提取总RNA,使用Agilent 2100 Bioanalyzer 评估RNA完整性。
(2)使用VAHTS Universal V6 RNA-seq Library Prep试剂盒构建转录组文库。
3、差异表达基因分析以及功能分析
(1)使用fastp软件对所得到的raw reads进行处理,去除低质量reads后获得clean reads,用于后续数据分析。
(2)使用HISAT2软件进行参考基因组比对,进行基因表达量(FPKM)计算,通过HTSeq-count得到每个基因的reads数(counts)。
(3)使用R(v3.2.0)对counts进行主成分分析,评估样本生物学重复。
(4)使用DESeq2软件进行差异表达基因分析,符合q-value<0.05且Fold Change>2的基因被定义为差异表达基因。使用Hiplot在线软件绘制差异表达基因火山图。
(5)基于超几何算法对差异表达基因进行GO(gene ontology,基因本体)、KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,京都基因与基因组百科全书)通路富集分析,筛选显著富集功能条目,使用R(v3.2.0)对显著富集功能条目绘制柱状图和气泡图。
(6)使用GSEA(gene-set enrichment analysis,基因集富集分析)软件进行基因富集分析,使用以KEGG通路基因集为分类标准,将基因按照在两类样本中的差异表达程度排序,然后检验预先设定的基因集是否在这个排序表的顶端或者底端富集。
4、诱导炎症刺激模型
向多细胞球体或二维培养的A549细胞中加入含有10μg/mL LPS的培养基,每孔200μL。孵育24h后,收取多细胞球体或二维培养的A549细胞,提取总RNA,反转录为cDNA,qPCR检测基因的相对表达水平。用于检测IL-1β基因、IL-6基因、IL-8基因、TNF-α基因和GAPDH基因的上游引物和下游引物见表4。
5、统计学分析
使用 GraphPad Prism 8.0.2 软件处理数据,实验数据以x ±SD表示,各组定量数据间比较采用t检验,P<0.05认为差异具有统计学意义。
三、实验结果
1、GO功能富集分析结果
为了进一步探究三个组在生物学功能的差异,对DEGs进行GO功能富集分析。柱状图展示生物过程(Biological Process,BP)、细胞组成(Cellular Component,CC)和分子功能(Molecular Function,MF)。
三个组分别在DEGs中上调基因和下调基因中富集最显著的前10项,结果如图8、图9、图10、图11、图12和图13所示(纵坐标表示GO条目,横坐标为富集的显著性水平,数值越高表明富集越显著,2D A549组用control表示,MC A549组用group1表示,ECM A549组用group2表示)。相对于control组而言,group 1中上调DEGs主要富集在细胞因子介导的信号转导途径、炎症反应、细胞外基质、基因表达相关的生物过程,在细胞组成中与细胞外区域相关富集的基因较多,在分子功能中与DNA转录、细胞因子结合受体活性、酶活性相关富集的基因较多;在下调DEGs中,在生物过程中与细胞分裂、DNA复制、线粒体翻译相关富集的基因较多,在细胞组成中与线粒体相关富集的基因较多,在分子功能中与RNA结合、ATP结合、DNA复制源结合相关富集的基因较多。相对于control组而言,在group 2中上调的DEGs中,在生物过程中与细胞因子介导的信号转导途径、炎症反应、对缺氧的反应相关富集的基因较多,在细胞组成中与细胞外区域、高尔基体相关富集的基因较多,在分子功能中与DNA转录、信号受体结合相关富集的基因较多;在下调DEGs中,在生物过程中与细胞分裂、DNA复制相关富集的基因较多,在细胞组成中与线粒体、染色体相关富集的基因较多,在分子功能中与ATP结合、蛋白质结合、RNA结合相关富集的基因较多。相对于group2而言,group1在上调DEGs中,在生物过程中与信号转导途径、炎症反应、磷酸化的反应相关富集的基因较多,在细胞组成中与细胞外区域相关富集的基因较多,在分子功能中与跨膜受体蛋白酪氨酸激酶活性、生长因子结合相关富集的基因较多;在下调DEGs中,在生物过程中与有丝分裂分裂、DNA复制相关富集的基因较多,在细胞组成中染色体、纺锤体相关富集的基因较多,在分子功能中与微管结合、微管运动和ATP结合相关富集的基因较多。
综上所述,对于二维培养的A549细胞来说,三维多细胞球体(如基于甲基纤维素三维培养的A549多细胞球体或基于ECM三维培养的A549多球体)上调DEGs中主要在炎症反应、信号转导途径和细胞外基质相关生物过程富集,下调DEGs中主要在DNA复制和细胞分裂相关生物过程富集。
2、KEGG信号通路分析
本申请的发明人还分别对DEGs的KEGG信号通路进行富集分析,结果显示富集程度最高的前20项。
结果如图14、图15和图16所示(2D A549组用control表示,MC A549组用group1表示,ECM A549组用group2表示)。相对于control组而言,group 1组在p53、细胞衰老、TNF、FoxO、MAPK等信号通路中显著富集。相对于control组而言,group 2组在细胞周期、p53、细胞衰老、TNF、FoxO、MAPK、IL-17等信号通路显著富集。相对group2组而言,group1组在p53、MAPK、钙信号通路、P13K-Akt、Ras、病毒蛋白与细胞因子和细胞因子受体的相互作用等信号通路显著富集。综上所述,对于二维培养的A549细胞来说,三维多细胞球体(基于甲基纤维素(MC)三维培养的A549多细胞球体和基于细胞外基质(ECM)三维培养的A549多球体)DEGs主要富集在炎症相关通路和细胞分裂相关通路。
3、基因集富集分析(GSEA)
使用GSEA方法对三组样本中所有基因集以KEGG基因集为分类标准进行分析。
结果如图17、图18和图19所示(2D A549组用control表示,MC A549组用group1表示,ECM A549组用group2表示)。相对于control组而言,group1组中与炎症相关通路显著上调,例如TNF信号通路、IL-17信号通路和NF-kappa B信号通路;与细胞周期、DNA复制等基因通路显著下调。相对于control组而言,group 2组中与炎症相关通路显著上调,例如TNF信号通路、C型凝集素受体信号通路和移植抗宿主疾病基因通路;与细胞周期、DNA复制等基因通路显著下调。相对于group2组而言,group1组与炎症相关通路显著上调,例如TNF信号通路、IL-17信号通路和Toll样受体信号通路;与细胞周期、DNA复制等基因通路显著下调。
综上所述,两种三维培养细胞模型(即基于甲基纤维素三维培养的A549多细胞球体和基于ECM三维培养的A549多球体)中上调基因主要富集在炎症相关通路,细胞周期相关通路下调,推测在三维模型中炎症相关通路被激活,可能对炎症刺激响应更加敏感,但是细胞分裂生长受到抑制。相对于group2组而言,group1组炎症相关基因富集上调,细胞周期相关基因下调,这也与之前检测细胞存活率的结果符合,基于ECM形成的A549多细胞球体比基于甲基纤维素形成的A549多细胞球体存活率较高。同时提示三维培养模型炎症相关通路被激活,可能对炎症刺激响应更加敏感。
4、LPS诱导三维模型炎症应答
基于转录组学的分析结果,发现在三维多细胞球体(如基于甲基纤维素三维培养的A549多细胞球体、基于ECM三维培养的A549多球体)中,炎症反应相关通路被激活,因此推测对于炎症刺激反应会更加敏感,所以使用LPS分别刺激基于甲基纤维素三维培养的A549多细胞球体、基于ECM三维培养的A549多球体和二维培养的A549细胞,检测炎症因子的基因表达量。
检测结果见图20。LPS刺激24h后,四种炎性因子在甲基纤维素中形成的A549多细胞球体中的表达量均显著上调;在ECM中形成的A549多细胞球体中IL-6、IL-8的表达量下调;而在二维培养的A549细胞中,四种炎性因子表达量均无明显变化。
通过对构建的两种三维多细胞球体进行转录组测序,结果显示与二维培养的A549细胞相比,两种A549多细胞球体(基于甲基纤维素三维培养的A549多细胞球体和基于ECM三维培养的A549多球体)的差异表达基因较少,表明两者差异较小。DEGs分析显示,相对于二维培养组(即二维培养的A549细胞)来说,基于甲基纤维素三维培养的A549多细胞球体和基于ECM三维培养的A549多球体中上调DEGs均主要富集在与炎症反应相关功能上,下调DEGs均主要富集在与细胞分裂、DNA复制相关功能上,表明两种A549多细胞球体的炎症相关通路被激活,但细胞增殖、DNA复制等生物学过程受到抑制。使用LPS刺激评估多细胞球体对于炎症的应答情况,检测到基于甲基纤维素形成的三维培养多细胞球体对LPS刺激的应答更为明显。
以上对本发明进行了详述。对于本领域技术人员来说,在不脱离本发明的宗旨和范围,以及无需进行不必要的实验情况下,可在等同参数、浓度和条件下,在较宽范围内实施本发明。虽然本发明给出了特殊的实施例,应该理解为,可以对本发明作进一步的改进。总之,按本发明的原理,本申请欲包括任何变更、用途或对本发明的改进,包括脱离了本申请中已公开范围,而用本领域已知的常规技术进行的改变。按以下附带的权利要求的范围,可以进行一些基本特征的应用。

Claims (1)

1.三维肺上皮细胞聚集体的应用,为A1)或A2):
A1)作为细菌脂多糖LPS诱导的肺炎症模型;
A2)筛选用于预防或治疗细菌脂多糖LPS诱导的肺炎症的药物;
所述三维肺上皮细胞聚集体的制备方法包括如下步骤:向培养基中加入人肺腺癌细胞系A549,37℃、5% CO2培养3-7天;其中,人肺腺癌细胞系A549和培养基的比例为(1×104-5.0×104)个:200μL;
所述培养基的溶质及其浓度为0.25%-0.50%甲基纤维素、8-12%胎牛血清、0.8-1.2%青霉素和0.8-1.2%链霉素,溶剂为DMEM高糖培养基。
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