CN116875727A - 鉴别佗助山茶的ssr标记引物、方法及应用 - Google Patents
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Abstract
本申请涉及佗助山茶鉴别技术，提供鉴别佗助山茶的SSR标记引物、方法及应用，属于生物技术领域。本申请提供了3对SSR标记引物SSR509、SSR522、SSR582，并将它们应用于佗助山茶品种鉴别。具体根据同一引物不同佗助山茶品种的SSR基因分型不同，鉴别不同品种。本申请自主开发的3对SSR引物均可以一次性将10个佗助山茶品种全部一一区分，鉴别效率高。与传统经验鉴别方法相比准确性高、可重复性强。与观测数据定性或者定量综合判定方法相比，能够节约时间和成本。因此，利用本方法对佗助山茶品种的鉴别具有广阔的应用前景，为佗助山茶有效识别及进一步开发利用提供技术支撑与科学依据。
Description
技术领域
本申请涉及佗助山茶鉴别技术，提供鉴别佗助山茶的SSR标记引物、方法及应用，属于生物技术领域。
背景技术
佗助山茶(Camellia wabisuke)为山茶科Theaceae山茶属Camellia植物的一个品种群，佗助山茶花直径一般较小，单瓣，花色变异丰富，花朵多具有香味，具有较高的观赏价值，在盆景、盆栽及园林绿化上广泛应用。佗助山茶在长期栽培、应用历史过程中形成了色彩丰富、姿态各异的栽培品种，为资源保存带来极大的困难及较高的成本，容易造成资源大量流失，同时也限制了对资源的系统深入研究和高效利用。
佗助山茶个体间形态上的差异和变异在自然界中普遍存在，由于自然变异和人工选育的影响更增添了变异的多样性和复杂性，增加了形态学分类的困难。同时随着佗助山茶资源的广泛征集和不断累积交换，出现大量同名异物和同物异名的现象，给生产、研究均带来了极大的不便和混乱，因此利用最新的分子标记技术对佗助山茶进行研究是十分必要。建立快速、高效、准确的佗助山茶鉴别技术，有望为其品种交流、研究及推广应用提供技术支撑和科学依据。
佗助山茶的鉴别，专业技术人员通常根据经验从外观形态上加以判定，但往往会造成主观性带来的误判；通过观测数据定性或者定量综合判定，通常需要一个生长季或某个特定生长发育时期的数据观测收集，因此缺乏时效性和准确性，此外，表型性状易受栽培管理和环境条件的影响。因此，对形态性状相近的佗助山茶难以进行有效鉴别与选择。利用DNA分子标记进行佗助山茶的鉴别，具有即时、高效、直观、准确的特点，能更快速、准确地对相似品种进行有效鉴别，从而为佗助山茶的可持续利用提供科学依据。
SSR标记也称微卫星DNA(Microsatellite DNA)，与其它分子标记相比，SSR标记以孟德尔方式遗传，呈共显性；数量丰富，多态性高；多等位基因，信息量大；同时还具有重复性好、可靠性强等特点，广泛应用于种质资源鉴别、遗传多样性与遗传结构分析及遗传图谱构建等方面。目前，SSR分子鉴别技术主要应用于农作物及各种经济作物中，并且利用SSR分子标记技术鉴别佗助山茶的相关报道较少，且能鉴别的佗助山茶也有限。
有鉴于此，特提出本申请。
发明内容
本申请提供佗助山茶SSR引物组，通过SSRseqTM技术将高通量测序与SSR基因分型技术结合，实现对佗助山茶品种快速、准确及高效的鉴别，为佗助山茶品种高效识别提供技术支持与科学依据。
为了实现上述目的，本申请特采用如下技术方案，
佗助山茶SSR引物组，包括引物SSR509、引物SSR522和引物SSR582的至少一种：
引物SSR509，上游引物为如SEQ ID NO.1所示的DNA序列，下游引物为如SEQ IDNO.2所示的DNA序列。
引物SSR522，上游引物为如SEQ ID NO.3所示的DNA序列，下游引物为如SEQ IDNO.4所示的DNA序列。
引物SSR582，上游引物为如SEQ ID NO.5所示的DNA序列，下游引物为如SEQ IDNO.6所示的DNA序列。
在一些实施方式中，该佗助山茶SSR引物组由引物SSR509、引物SSR522和引物SSR582组成。
该SSR引物组在如下任一种中的应用：
(a)佗助山茶鉴别和/或分类。
(b)佗助山茶多样性分析和/或遗传结构分析。
(c)佗助山茶分子标记辅助育种。
(d)佗助山茶种质资源保护与利用。
在一些实施方式中，佗助山茶的品种包括：姬佗助、一子佗助、红佗助、西王母、雏佗助、匕十佗助、绀佗助、吉備、沙夜香佗助和细雪。
含有该SSR引物组的PCR试剂或试剂盒。
一种鉴别佗助山茶品种的方法，采用上述SSR引物对佗助山茶的基因组DNA进行PCR扩增，再通过高通量测序构建文库并进行SSR基因分型，鉴别不同品种。
在一些实施方式中，根据同一引物不同佗助山茶品种的SSR基因分型不同实现不同品种的鉴别。
在一些实施方式中，SSR基因分型过程中的校正包括滑移调整和扩增效率调整。
在一些实施方式中，PCR扩增的25μL反应体系包括：含100ng的模板DNA 1.5μL，2×TSINGKE Master Mix 12.5μL，10mmol/L引物2μL，超纯水9μL；
PCR扩增的反应程序包括：94℃预变性5min；94℃变性30s，55℃退火30s，72℃延伸30s，11个循环；72℃延伸9min；4℃保存。
在一些实施方式中，该方法包括：
DNA提取：使用DNA提取试剂盒提取佗助山茶品种新鲜组织中的DNA；优选地，使用DNA提取试剂盒提取佗助山茶品种新鲜叶片中的DNA；
DNA质量评估：用琼脂糖凝胶电泳检查核酸的完整性，条带应清晰，无核酸降解和核酸污染；用分光光度计评估DNA纯度，DNA浓度≥20ng/μL，含量≥(200+n*30)ng(n为panel数目)；
PCR扩增：用引物SSR509、引物SSR522和引物SSR582对佗助山茶品种进行单一或多重PCR反应扩增；
高通量测序：将所有PCR产物混合，并制备文库，在平台上测序；对原始读数经过一系列分析，包括使用FastQC的质量控制、用FLASH对reads进行合并，使用Blastn构建参考比对；
SSR基因分型：通过比对reads和序列数据计算SSR等位基因的数量，两步校正后列出SSR基序和重复数，包括滑移调整和扩增效率调整；
佗助山茶品种鉴别：根据同一引物不同佗助山茶品种的SSR基因分型不同，即可有效鉴别佗助山茶不同品种。
在一些实施方式中，佗助山茶的品种包括：姬佗助、一子佗助、红佗助、西王母、雏佗助、匕十佗助、绀佗助、吉備、沙夜香佗助和细雪。
与现有技术相比，本申请的技术效果为：
申请人利用本实验室自主开发的63对引物对佗助山茶品种进行基因分型鉴别，筛选出3对SSR引物对可对佗助山茶品种实现一一区分。
利用该佗助山茶SSR引物对佗助山茶品种的DNA进行高通量测序、SSR基因分型，能有效鉴别10个佗助山茶品种。得到的SSR标记分型图谱特异性强、多态性高。3对SSR引物均可以一次性将10个佗助山茶品种全部一一区分，鉴别效率高；3对SSR引物对可单独用于鉴别，亦可同时进行多重PCR反应，少量扩增循环数即可获得高多态性分型图谱，大大缩短了反应时间，可实现佗助山茶品种的快速鉴别。
本方法所得数据基于生物信息学分析，不需人工判读基因型，流程高效，分型准确，减少了人工误差，与传统经验鉴别方法相比准确性高、可重复性强。本方法与观测数据定性或者定量综合判定方法相比，能够节约时间和成本。因此，利用本方法对佗助山茶品种的鉴别具有广阔的应用前景。
附图说明
为了更清楚地说明本申请具体实施方式或现有技术中的技术方案，下面将对具体实施方式或现有技术描述中所需要使用的附图作简单地介绍。
图1是实施例2中SG7的基因分型结果图；
图2是实施例2中SG8的基因分型结果图；
图3是实施例2中SG11的基因分型结果图；
图4是实施例2中SG13的基因分型结果图；
图5是实施例2中SG17的基因分型结果图；
图6是实施例2中SG19的基因分型结果图；
图7是实施例2中SG23的基因分型结果图；
图8是实施例2中SG24的基因分型结果图；
图9是实施例2中SG28的基因分型结果图；
图10是实施例2中SG37的基因分型结果图；
图11是实施例3中SG7的基因分型结果图；
图12是实施例3中SG8的基因分型结果图；
图13是实施例3中SG11的基因分型结果图；
图14是实施例3中SG13的基因分型结果图；
图15是实施例3中SG17的基因分型结果图；
图16是实施例3中SG19的基因分型结果图；
图17是实施例3中SG23的基因分型结果图；
图18是实施例3中SG24的基因分型结果图；
图19是实施例3中SG28的基因分型结果图；
图20是实施例3中SG37的基因分型结果图；
图21是实施例4中SG7的基因分型结果图；
图22是实施例4中SG8的基因分型结果图；
图23是实施例4中SG11的基因分型结果图；
图24是实施例4中SG13的基因分型结果图；
图25是实施例4中SG17的基因分型结果图；
图26是实施例4中SG19的基因分型结果图；
图27是实施例4中SG23的基因分型结果图；
图28是实施例4中SG24的基因分型结果图；
图29是实施例4中SG28的基因分型结果图；
图30是实施例4中SG37的基因分型结果图。
具体实施方式
下面将结合实施例对本申请的技术方案进行清楚、完整地描述，显然，所描述的实施例是本申请一部分实施例，而不是全部的实施例。基于本申请中的实施例，本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例，都属于本申请保护的范围。
SSR：简单重复序列(Simple Sequence Repeats)，又被称为微卫星序列，是一类在基因组中广泛存在的串联重复序列，一般由1-6个核苷酸组成。
reads:使用高通量测序技术可以同时测序数百万个DNA片段，产生大量的数据，这些数据被称为“reads”，每个read都是一个DNA序列片段，通常长度为50到300个碱基对。
本申请提供的佗助山茶SSR引物组，包括引物SSR509、引物SSR522和引物SSR582的至少一种。
引物SSR509，上游引物为如SEQ ID NO.1所示的DNA序列，下游引物为如SEQ IDNO.2所示的DNA序列。
F:ACTATCATAGTGGTGACGAC(SEQ ID NO.1)；
R:TCAGACATCGTACGCGACTC(SEQ ID NO.2)。
引物SSR522，上游引物为如SEQ ID NO.3所示的DNA序列，下游引物为如SEQ IDNO.4所示的DNA序列。
F:TAGAGACTCGATCACAGAGC(SEQ ID NO.3)；
R:TAAGTAGTGCACATGATGGA(SEQ ID NO.4)。
引物SSR582，上游引物为如SEQ ID NO.5所示的DNA序列，下游引物为如SEQ IDNO.6所示的DNA序列。
F:CATGATGCACTCACTGACGT(SEQ ID NO.5)；
R:AGCATCATGCATATCTGACG(SEQ ID NO.6)。
上述SSR引物组中，引物SSR509的微卫星分子标记的重复序列为(TCT)5；引物SSR522的微卫星分子标记的重复序列为(TTA)6；引物SSR582的微卫星分子标记的重复序列为(GCA)6。
本申请提供的3对引物对均可以单独用于佗助山茶品种的鉴别。
本申请还涉及一种鉴别佗助山茶品种的方法，该方法包括：
DNA提取：使用DNA提取试剂盒提取佗助山茶品种新鲜组织中的DNA；优选地，使用DNA提取试剂盒提取佗助山茶品种新鲜叶片中的DNA；
DNA质量评估：用琼脂糖凝胶电泳检查核酸的完整性，条带应清晰，无核酸降解和核酸污染；用分光光度计(例如NanoDrop2000)评估DNA纯度，DNA浓度≥20ng/μL，含量≥(200+n*30)ng(n为panel数目)；
PCR扩增：用引物SSR509、引物SSR522和引物SSR582对佗助山茶品种进行单一或多重PCR反应扩增；
高通量测序：将所有PCR产物混合，并制备文库，在IlluminaHiSeq2500(PE150 bp)平台上测序；对原始读数经过一系列分析，包括使用FastQC的质量控制、用FLASH对reads进行合并，使用Blastn构建参考比对；
SSR基因分型：通过比对reads和序列数据计算SSR等位基因的数量，两步校正后列出SSR基序和重复数，包括滑移调整和扩增效率调整；
佗助山茶品种鉴别：根据同一引物不同佗助山茶品种的SSR基因分型不同，即可有效鉴别佗助山茶不同品种。
在一些实施方式中，佗助山茶的品种包括：姬佗助、一子佗助、红佗助、西王母、雏佗助、匕十佗助、绀佗助、吉備、沙夜香佗助和细雪。
下面通过实施例对本申请作进一步说明。如无特别说明，实施例中的材料为根据现有方法制备而得，或直接从市场上购得。
实施例1
利用自主开发SSR引物(如表1所示)对10个佗助山茶品种进行高通量测序、SSR基因分型，根据SSR基因分型结果可以一次鉴别10个佗助山茶品种。
具体按照以下步骤进行的：
取样：采集佗助山茶品种新鲜叶片。10个佗助山茶品种编号分别为：SG7：姬佗助、SG8：一子佗助、SG11：红佗助、SG13：西王母、SG17：雏佗助、SG19：匕十佗助、SG23：绀佗助、SG24：吉備、SG28：沙夜香佗助、SG37：细雪。
DNA提取：使用DNA提取试剂盒提取佗助山茶新鲜叶片中的DNA。
DNA质量评估：用琼脂糖凝胶电泳检查核酸的完整性，条带应清晰，无核酸降解和核酸污染。用NanoDrop2000评估DNA纯度，DNA浓度≥20ng/μL，含量≥(200+n*30)ng(n为panel数目)。
PCR扩增：用SSR509、SSR522和SSR582引物位点对10个佗助山茶品种进行多重PCR反应扩增。
反应体系(25μL)：含100ng的模板DNA 1.5μL，2×TSINGKE Master Mix 12.5μL，10mmol/L引物2μL，超纯水9μL。PCR扩增程序：94℃预变性5min；94℃变性30s，55℃退火30s，72℃延伸30s，11个循环；72℃延伸9min；4℃保存。
高通量测序：将所有PCR产物汇集，并制备文库，在IlluminaHiSeq2500(PE150bp)平台上测序。对原始读数经过一系列分析，包括使用FastQC的质量控制、用FLASH对reads进行合并，使用Blastn构建参考比对。
SSR基因分型：通过比对reads和序列数据计算SSR等位基因的数量。两步校正后列出了SSR基序和重复数，包括滑移调整和扩增效率调整。
佗助山茶品种鉴别：根据同一引物不同佗助山茶品种的SSR基因分型不同，即可有效鉴别不同品种，结果如表2所示。
表1佗助山茶SSR引物
表2 10个佗助山茶SSR基因分型结果
实施例2
取样：采集佗助山茶品种新鲜叶片。10个佗助山茶品种编号分别为：SG7：姬佗助、SG8：一子佗助、SG11：红佗助、SG13：西王母、SG17：雏佗助、SG19：匕十佗助、SG23：绀佗助、SG24：吉備、SG28：沙夜香佗助、SG37：细雪。
DNA提取：使用DNA提取试剂盒提取佗助山茶新鲜叶片中的DNA。
DNA质量评估：用琼脂糖凝胶电泳检查核酸的完整性，条带应清晰，无核酸降解和核酸污染。用NanoDrop2000评估DNA纯度，DNA浓度≥20ng/μL，含量≥(200+n*30)ng(n为panel数目)。
PCR扩增：用SSR509引物位点对10个佗助山茶进行PCR反应扩增。反应体系(25μL)：含100ng的模板DNA 1.5μL，2×TSINGKE Master Mix 12.5μL，10mmol/L引物2μL，超纯水9μL。PCR扩增程序：94℃预变性5min；94℃变性30s，55℃退火30s，72℃延伸30s，11个循环；72℃延伸9min；4℃保存。
高通量测序：将所有PCR产物汇集，并制备文库，在IlluminaHiSeq2500(PE150bp)平台上测序。对原始读数经过一系列分析，包括使用FastQC的质量控制、用FLASH对reads进行合并，使用Blastn构建参考比对。
SSR基因分型：通过比对reads和序列数据计算SSR等位基因的数量。两步校正后列出了SSR基序和重复数，包括滑移调整和扩增效率调整。
佗助山茶鉴别：根据引物SSR509对不同佗助山茶品种的SSR基因分型不同，即可有效鉴别不同品种，结果如图1-图10、表3所示，10个佗助山茶品种SG7、SG8、SG11、SG13、SG17、SG19、SG23、SG24、SG28、SG37基因分型分别为：6/6、7/9、7/10、6/8、2/8、2/6、7/7、6/10、9/9、6/7。10个佗助山茶品种的引物SSR509基因分型结果均不相同，利用引物SSR509一次即可鉴别出10个佗助山茶品种，鉴别效率较高。
表3 10个佗助山茶引物SSR509基因分型结果
实施例3
取样：采集佗助山茶品种新鲜叶片。10个佗助山茶品种编号分别为：SG7：姬佗助、SG8：一子佗助、SG11：红佗助、SG13：西王母、SG17：雏佗助、SG19：匕十佗助、SG23：绀佗助、SG24：吉備、SG28：沙夜香佗助、SG37：细雪。
DNA提取：使用DNA提取试剂盒提取佗助山茶新鲜叶片中的DNA。
DNA质量评估：用琼脂糖凝胶电泳检查核酸的完整性，条带应清晰，无核酸降解和核酸污染。用NanoDrop2000评估DNA纯度，DNA浓度≥20ng/μL，含量≥(200+n*30)ng(n为panel数目)。
PCR扩增：用SSR522引物位点对10个佗助山茶品种进行PCR反应扩增。反应体系(25μL)：含100ng的模板DNA 1.5μL，2×TSINGKE Master Mix 12.5μL，10mmol/L引物2μL，超纯水9μL。PCR扩增程序：94℃预变性5min；94℃变性30s，55℃退火30s，72℃延伸30s，11个循环；72℃延伸9min；4℃保存。
高通量测序：将所有PCR产物汇集，并制备文库，在IlluminaHiSeq2500(PE150bp)平台上测序。对原始读数经过一系列分析，包括使用FastQC的质量控制、用FLASH对reads进行合并，使用Blastn构建参考比对。
SSR基因分型：通过比对reads和序列数据计算SSR等位基因的数量。两步校正后列出了SSR基序和重复数，包括滑移调整和扩增效率调整。
佗助山茶品种鉴别：根据引物SSR522对不同佗助山茶品种的SSR基因分型不同，即可有效鉴别不同品种，结果如图11-图20、表4所示，10个品种SG7、SG8、SG11、SG13、SG17、SG19、SG23、SG24、SG28、SG37基因分型分别为：3/5、5/7、3/4、3/7、5/5、7/8、4/6、3/6、6/6、6/7。10个佗助山茶品种的引物SSR522基因分型结果均不相同，利用引物SSR522一次即可鉴别出10个佗助山茶品种，鉴别效率较高。
表4 10个佗助山茶引物SSR522基因分型结果
实施例4
取样：采集佗助山茶品种新鲜叶片。10个佗助山茶品种编号分别为：SG7：姬佗助、SG8：一子佗助、SG11：红佗助、SG13：西王母、SG17：雏佗助、SG19：匕十佗助、SG23：绀佗助、SG24：吉備、SG28：沙夜香佗助、SG37：细雪。
DNA提取：使用DNA提取试剂盒提取佗助山茶新鲜叶片中的DNA。
DNA质量评估：用琼脂糖凝胶电泳检查核酸的完整性，条带应清晰，无核酸降解和核酸污染。用NanoDrop2000评估DNA纯度，DNA浓度≥20ng/μL，含量≥(200+n*30)ng(n为panel数目)。
PCR扩增：用SSR582引物位点对10个佗助山茶品种进行PCR反应扩增。反应体系(25μL)：含100ng的模板DNA 1.5μL，2×TSINGKE Master Mix 12.5μL，10mmol/L引物2μL，超纯水9μL。PCR扩增程序：94℃预变性5min；94℃变性30s，55℃退火30s，72℃延伸30s，11个循环；72℃延伸9min；4℃保存。
高通量测序：将所有PCR产物汇集，并制备文库，在IlluminaHiSeq2500(PE150bp)平台上测序。对原始读数经过一系列分析，包括使用FastQC的质量控制、用FLASH对reads进行合并，使用Blastn构建参考比对。
SSR基因分型：通过比对reads和序列数据计算SSR等位基因的数量。两步校正后列出了SSR基序和重复数，包括滑移调整和扩增效率调整。
佗助山茶鉴别：根据引物SSR582对不同佗助山茶品种的SSR基因分型不同，即可有效鉴别不同品种，结果如图21-图30、表5所示，10个佗助山茶SG7、SG8、SG11、SG13、SG17、SG19、SG23、SG24、SG28、SG37基因分型分别为：7/11、9/19、11/16、7/16、13/13、9/13、9/18、7/8、7/19、7/9。10个佗助山茶品种引物SSR582基因分型结果均不相同，引物SSR582一次即可鉴别出10个佗助山茶品种，鉴别效率较高。
表5 10个佗助山茶引物SSR582基因分型结果
注意，上述仅为本申请的较佳实施例及所运用的技术原理。本领域技术人员会理解，本申请不限于这里所述的特定实施例，对本领域技术人员来说能够进行各种明显的变化、重新调整和替代而不会脱离本申请的保护范围。因此，虽然通过以上实施例对本申请进行了较为详细的说明，但是本申请不仅仅限于以上实施例，在不脱离本申请的技术构思的情况下，还可以包括更多其他等效实施例，均属于本申请的保护范畴。
Claims (10)
1.佗助山茶SSR引物组，其特征在于，包括引物SSR509、引物SSR522和引物SSR582的至少一种：
引物SSR509，上游引物为如SEQ ID NO.1所示的DNA序列，下游引物为如SEQ ID NO.2所示的DNA序列；
引物SSR522，上游引物为如SEQ ID NO.3所示的DNA序列，下游引物为如SEQ ID NO.4所示的DNA序列；
引物SSR582，上游引物为如SEQ ID NO.5所示的DNA序列，下游引物为如SEQ ID NO.6所示的DNA序列。
2.根据权利要求1所述的SSR引物组，其特征在于，所述佗助山茶SSR引物组由引物SSR509、引物SSR522和引物SSR582组成。
3.权利要求1或2所述SSR引物组在如下任一种中的应用：
(a)佗助山茶鉴别和/或分类；
(b)佗助山茶多样性分析和/或遗传结构分析；
(c)佗助山茶分子标记辅助育种；
(d)佗助山茶种质资源保护与利用。
4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于，佗助山茶的品种包括：姬佗助、一子佗助、红佗助、西王母、雏佗助、匕十佗助、绀佗助、吉備、沙夜香佗助和细雪。
5.含有权利要求1或2所述SSR引物组的PCR试剂或试剂盒。
6.一种鉴别佗助山茶品种的方法，其特征在于，采用权利要求1或2所述SSR引物组对佗助山茶品种的基因组DNA进行PCR扩增，再通过高通量测序构建文库并进行SSR基因分型，鉴别不同品种。
7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，根据同一引物不同佗助山茶品种的SSR基因分型不同实现不同品种的鉴别。
8.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，SSR基因分型过程中的校正包括滑移调整和扩增效率调整。
9.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，PCR扩增的25μL反应体系包括：含100ng的模板DNA1.5μL，2×TSINGKEMasterMix12.5μL，10mmol/L引物2μL，超纯水9μL；
PCR扩增的反应程序包括：94℃预变性5min；94℃变性30s，55℃退火30s，72℃延伸30s，11个循环；72℃延伸9min；4℃保存。
10.根据权利要6所述的方法，其特征在于，所述方法包括：
DNA提取：使用DNA提取试剂盒提取佗助山茶品种新鲜组织中的DNA；优选地，使用DNA提取试剂盒提取佗助山茶品种新鲜叶片中的DNA；
DNA质量评估：用琼脂糖凝胶电泳检查核酸的完整性，条带应清晰，无核酸降解和核酸污染；用分光光度计评估DNA纯度，DNA浓度≥20ng/μL，含量≥(200+n*30)ng，n为panel数目；
PCR扩增：用引物SSR509、引物SSR522和引物SSR582对佗助山茶品种进行单一或多重PCR反应扩增；
高通量测序：将所有PCR产物混合，并制备文库，在平台上测序；对原始读数经过一系列分析，包括使用FastQC的质量控制、用FLASH对reads进行合并，使用Blastn构建参考比对；
SSR基因分型：通过比对reads和序列数据计算SSR等位基因的数量，两步校正后列出SSR基序和重复数，包括滑移调整和扩增效率调整；
佗助山茶品种鉴别：根据同一引物不同佗助山茶品种的SSR基因分型不同，即可有效鉴别佗助山茶不同品种；
优选地，佗助山茶的品种包括：姬佗助、一子佗助、红佗助、西王母、雏佗助、匕十佗助、绀佗助、吉備、沙夜香佗助和细雪。
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
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| CN202310893867.3A CN116875727A (zh) | 2023-07-20 | 2023-07-20 | 鉴别佗助山茶的ssr标记引物、方法及应用 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN202310893867.3A CN116875727A (zh) | 2023-07-20 | 2023-07-20 | 鉴别佗助山茶的ssr标记引物、方法及应用 |
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| Publication Number | Publication Date |
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| CN116875727A true CN116875727A (zh) | 2023-10-13 |
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ID=88256572
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