CN116656798A - 一种粤西卷羽鸡生长性状以及屠宰性状的鉴定方法 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了一种粤西卷羽鸡生长性状以及屠宰性状的鉴定方法。本发明以粤西卷羽鸡快慢羽纯系为研究对象，在BMP6基因上确定出了改良粤西卷羽鸡生长性状以及屠宰性状的SNP位点，包括龙骨长、胫长、活重、胸肌率、半净膛率、全净膛率、腹脂率和屠宰率。共5个SNP位点，SNP位点1位于BMP6基因第3外显子上g.64185950处，SNP位点2位于BMP6基因第6外显子上g.64195411处，SNP位点3位于BMP6基因第7外显子上g.64195613处，SNP位点4位于BMP6基因第7外显子上g.64196373处，SNP位点5位于BMP6基因第7外显子上g.64196735处。
Description
技术领域
本发明涉及分子育种技术领域，具体地，涉及一种粤西卷羽鸡生长性状以及屠宰性状的鉴定方法。
背景技术
粤西卷羽鸡别称翻毛鸡、卷羽鸡，因其羽毛向上翻卷而得名，是产于粤西茂名、湛江一带的地方特色土鸡，由于其羽毛、脚和皮均呈黄色，所以具有典型的三黄鸡特征。该品种已被系统研究且成为地方特色畜禽资源，具有耐粗饲、抗病性强、体型大，成活率以及屠宰率高的特点。
骨形态发生蛋白(Bone morphogenetic proteins，BMPs)家族是转化生长因子β(transforming growth factor-β)超家族成员。在BMPs家族中，除BMP1外，其他成员均属于TGF-β家族，具有促进骨形成的作用。BMP6具有广泛的功能，在猪牛羊等家畜中有较高的同源性，并在多个组织中发挥着重要作用。
单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP)是指在基因组水平上由于单个核苷酸碱基发生突变而引起的DNA序列的多态性。近年来，利用SNP进行标记辅助选择已成为研究热点，通过SNP标记对动物优势生长性能进行快速选择，对于推动育种进程具有重大意义。基因外显子的突变可能会对其功能产生影响。姚国瑜等以金寨黑鸡为研究材料，扩增了BMP6基因的7个外显子后发现外显子1上存在一个A76150G突变位点，且该突变位点与金寨黑鸡的体重有显著的相关性(姚国瑜.金寨黑鸡种质特性及BMP6基因多态性研究[D].安徽农业大学,2018.)。肖朝庭等以不同绵羊品种为试验材料，扩增BMP6基因的外显子5、6和7，结果发现其没有多态性(肖朝庭,狄冉,储明星,傅衍,方丽,马月辉,李奎,徐作鹏.5个绵羊品种BMP6基因部分片段的多态及序列分析[J].畜牧兽医学报,2008,39(12):1631-1639.)。
鸡BMP6基因(GenBank：NC_052533.1)定位于2号常染色体上，基因全长85848bp，拥有7个外显子，外显子全长2988bp。目前，关于BMP6基因多态性的研究主要集中在羊品种上，在家禽上的研究相对较少，对于地方品种粤西卷羽鸡的研究更是未见相关文献报道。
发明内容
本发明的目的是克服现有技术的上述不足，提供一种粤西卷羽鸡生长性状以及屠宰性状的鉴定方法。
本发明的第一个目的是提供一种粤西卷羽鸡胸肌率的鉴定方法。
本发明的第二个目的是提供一种粤西卷羽鸡龙骨长的鉴定方法。
本发明的第三个目的是提供一种粤西卷羽鸡半净膛率的鉴定方法。
本发明的第四个目的是提供一种粤西卷羽鸡全净膛率的鉴定方法。
本发明的第五个目的是提供一种粤西卷羽鸡腹脂率的鉴定方法。
本发明的第六个目的是提供一种粤西卷羽鸡屠宰率的鉴定方法。
本发明的第七个目的是提供一种粤西卷羽鸡活重的鉴定方法。
本发明的第八个目的是提供一种粤西卷羽鸡胫长的鉴定方法。
为了实现上述目的，本发明是通过以下方案予以实现的：
一种粤西卷羽鸡胸肌率的鉴定方法，检测SNP位点1和/或4，
SNP位点1：位于BMP6基因第3外显子上g.64185950处，该位点核苷酸碱基为T或C；SNP位点4：位于BMP6基因第7外显子上g.64196373处，该位点核苷酸碱基为T或C；所述BMP6基因GenBank登录号为NC_052533.1；
所述SNP位点1为TT基因型的公鸡样本的胸肌率显著高于CT基因型的公鸡样本；所述SNP位点4为TT基因型的母鸡样本的胸肌率显著高于CC基因型或CT基因型的母鸡样本。
一种粤西卷羽鸡龙骨长的鉴定方法，检测SNP位点2和/或4，
SNP位点2：位于BMP6基因第6外显子上g.64195411处，该位点核苷酸碱基为G或A；SNP位点4：位于BMP6基因第7外显子上g.64196373处，该位点核苷酸碱基为T或C；所述BMP6基因GenBank登录号为NC_052533.1；
所述SNP位点2为AA基因型的母鸡样本的龙骨长显著高于AG基因型的母鸡样本；所述SNP位点4为CC基因型的公鸡或母鸡样本的龙骨长显著高于CT基因型的公鸡或母鸡样本。
一种粤西卷羽鸡半净膛率的鉴定方法，检测SNP位点2和/或4，
SNP位点2：位于BMP6基因第6外显子上g.64195411处，该位点核苷酸碱基为G或A；SNP位点4：位于BMP6基因第7外显子上g.64196373处，该位点核苷酸碱基为T或C；所述BMP6基因GenBank登录号为NC_052533.1；
所述SNP位点2为AA基因型的公鸡样本的半净膛率显著高于GG基因型的公鸡样本；所述SNP位点4为TT基因型的母鸡样本的半净膛率显著高于CT基因型的母鸡样本。
一种粤西卷羽鸡全净膛率的鉴定方法，检测SNP位点4，
SNP位点4：位于BMP6基因第7外显子上g.64196373处，该位点核苷酸碱基为T或C；所述BMP6基因GenBank登录号为NC_052533.1；
所述SNP位点4为TT基因型的母鸡样本的全净膛率或显著高于CC基因型或CT基因型的母鸡样本。
一种粤西卷羽鸡腹脂率的鉴定方法，检测SNP位点2、3和5中的一种或几种，
SNP位点2：位于BMP6基因第6外显子上g.64195411处，该位点核苷酸碱基为G或A；SNP位点3：位于BMP6基因第7外显子上g.64195613处，该位点核苷酸碱基为C或T；SNP位点5：位于BMP6基因第7外显子上g.64196735处，该位点核苷酸碱基为T或C；所述BMP6基因GenBank登录号为NC_052533.1；
所述SNP位点2为AA基因型或AG基因型的公鸡样本的腹脂率显著高于GG基因型的公鸡样本；所述SNP位点3为CC基因型的母鸡样本的腹脂率显著高于CT基因型的母鸡样本；所述SNP位点5为CC基因型或TT基因型的母鸡样本的腹脂率显著高于CT基因型的母鸡样本。
一种粤西卷羽鸡屠宰率的鉴定方法，检测SNP位点4，SNP位点4：位于BMP6基因第7外显子上g.64196373处，该位点核苷酸碱基为T或C；所述BMP6基因GenBank登录号为NC_052533.1；所述SNP位点4为TT基因型的母鸡样本的屠宰率显著高于CT基因型的母鸡样本。
一种粤西卷羽鸡活重的鉴定方法，检测SNP位点5，SNP位点5：位于BMP6基因第7外显子上g.64196735处，该位点核苷酸碱基为T或C；所述BMP6基因GenBank登录号为NC_052533.1；所述SNP位点5为CC基因型的公鸡样本的活重显著高于CT基因型的公鸡样本。
一种粤西卷羽鸡胫长的鉴定方法，检测SNP位点3、4和5中的一种或几种；
SNP位点3：位于BMP6基因第7外显子上g.64195613处，该位点核苷酸碱基为C或T；SNP位点4：位于BMP6基因第7外显子上g.64196373处，该位点核苷酸碱基为T或C；SNP位点5：位于BMP6基因第7外显子上g.64196735处，该位点核苷酸碱基为T或C；所述BMP6基因GenBank登录号为NC_052533.1；
所述SNP位点3为CC基因型的公鸡样本的胫长显著高于TT基因型的公鸡样本；所述SNP位点4为CC基因型的母鸡样本的胫长显著高于TT基因型的母鸡样本；所述SNP位点5为CC基因型的母鸡样本的胫长显著高于TT基因型的母鸡样本。
根据所述的鉴定方法，包括以下步骤：
S1：提取被鉴定的样本的基因组DNA；
S2：对步骤S1基因组DNA的BMP6基因进行测序；
S3：根据所述的基因型，分析步骤S2所得测序数据，判定被鉴定的样本的生长性状以及屠宰性状，所述生长性状包括龙骨长和/或胫长，所述屠宰性状包括活重、胸肌率、半净膛率、全净膛率、腹脂率和屠宰率中的一种或几种。
另外，步骤S2中，所述测序的方法为基因组高通量测序。
与现有技术相比，本发明具有以下有益效果：
本发明以粤西卷羽鸡快慢羽纯系为研究对象，在BMP6基因上确定出了改良粤西卷羽鸡生长性状以及屠宰性状的SNP位点，包括龙骨长、胫长、活重、胸肌率、半净膛率、全净膛率、腹脂率和屠宰率。共5个SNP位点，SNP位点1位于BMP6基因第3外显子上g.64185950处，SNP位点2位于BMP6基因第6外显子上g.64195411处，SNP位点3位于BMP6基因第7外显子上g.64195613处，SNP位点4位于BMP6基因第7外显子上g.64196373处，SNP位点5位于BMP6基因第7外显子上g.64196735处。为今后地方品种粤西卷羽鸡的分子选育和品种改良提供基础数据。
附图说明
图1为PCR产物电泳结果图。其中A为exon2 PCR产物电泳结果图，B中从左至右依次为exon3(1～7)、exon4(8～14)和exon5(15～21)PCR产物电泳结果图，C为exon 6PCR产物电泳结果图，D为exon7-1 PCR产物电泳结果图，E为exon7-2 PCR产物电泳结果图。
图2为粤西卷羽鸡BMP6基因突变位点(g.64185950、g.64195411、g.64195613、g.64195833、g.64196373和g.64196735)测序结果。
图3为SNP位点(g.64185950T>C、g.64195411G>A和g.64195613C>T)基因型sanger测序锋。
图4为SNP位点(g.64195821、g.64195833、g.64196373和g.64196735)基因型sanger测序锋。
图5为BMP6基因SNP位点连锁不平衡分析。其中A为D’，B为r2。各个方块的颜色由浅至深表示连锁程度由低到高，深色表示完全连锁。方块中的数字表示给定标记对之间连锁不平衡概率对数。
具体实施方式
下面结合说明书附图及具体实施例对本发明作出进一步地详细阐述，所述实施例只用于解释本发明，并非用于限定本发明的范围。下述实施例中所使用的试验方法如无特殊说明，均为常规方法；所使用的材料、试剂等，如无特殊说明，为可从商业途径得到的试剂和材料。
1、试验动物的饲养管理及样品采集
以在广东省湛江市麻章区太平镇南夏村鸡场培育的1日龄快慢羽纯繁后代(每只快慢羽纯系粤西卷羽鸡佩戴翅号)为研究对象，参照肉鸡的饲养标准进行饲喂，试验期间自由采食、自由饮水，正常饲喂至90日龄。随机选取60只90日龄快羽纯系粤西卷羽鸡(公母各半)、60只90日龄慢羽纯系粤西卷羽鸡(公母各半)测定并记录其体重、体尺(龙骨长、胫长和胫围)，之后在60只快羽和60只慢羽中各选取30只(公母各半)测定屠宰性能(活重、屠体重、半净膛重、全净膛重、腹脂重、胸肌重、腿肌重和肝脏重)。翅静脉真空采血管采血3ml，EDTA抗凝，-20℃保存。
2、主要仪器
DNA提取试剂盒(南京诺唯赞生物科技股份有限公司)；分光光度计(型号为ND-LITE)，购自基因有限公司；PCR仪(型号为Veriti 96-well)，购自广州源起健康科技有限公司；电泳仪(型号为DYCP-31DN+DYY-6C)，购自北京市六一仪器场。
3、主要试剂
2×PCR SuperMix、琼脂糖、无毒核酸染料以及TAE缓冲液。
实施例1基因组DNA的提取及PCR扩增结果
一、实验方法
1、鸡血液DNA的提取和纯度检测
用血液基因组DNA提取试剂盒，完成DNA的提取，凝胶电泳检测其完整性，用分光光度计测定OD值，根据OD260：OD280判断DNA纯度。
2、引物设计
鸡BMP6基因定位于2号常染色体上，基因全长85848bp，拥有7个外显子，外显子全长2988bp。以NCBI数据库中鸡BMP6基因序列(GenBank登录号：NC_052533.1)为参考序列，用Viewer 2.3.4设计特异性引物，包含6个外显子(Exon2～7，Exon1所设计的引物始终未跑出目的条带，舍弃；由于鸡BMP6基因Exon7过长，所以分为两段进行扩增，BMP6-Exon7-1引物用于扩增Exon7的第一段，BMP6-Exon7-2引物用于扩增Exon7的第二段)，引物序列如表1所示，用灭菌双蒸水稀释成10μmol·L-1，置于-20℃冰箱备用。
表1BMP6基因的引物序列
3、DNA-Pooling的构建、PCR扩增及测序
将从120个样品中抽提的不同DNA样品稀释到相同的浓度(共4个浓度：30ng/μl、50ng/μl、100ng/μl、200ng/μl)，相同浓度各抽取5μl到1.5ml离心管中，制成混池(共7个混池：30ng/μl、50ng/μl、50ng/μl、100ng/μl、100ng/μl、100ng/μl和200ng/μl)。
PCR扩增总体系：总体积为25μL，10μL 2×PCR SuperMix，上、下游引物各1μL(10μmol·L-1)，混池基因组DNA模板1μL，加Nuclease-free Water至25μL。
PCR反应条件：94℃预变性5min，94℃变性30s，59℃退火30s，72℃延伸1min，32个循环，72℃延伸10min，PCR产物于4℃保存并用于后续测序。
对PCR扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳检测，若电泳条带与目的条带大小一至，则将所得PCR产物进行正反向测序。
二、实验结果
1、提取的DNA条带整齐，无拖尾和杂带，用分光光度计检测DNA，OD260：OD280皆处于1.8～2.0之间，表示提取的DNA质量与纯度达到标准，可用于后续试验。
2、PCR扩增产物经1.0％琼脂糖凝胶电泳检测显示，电泳条带明亮，特异性好，无杂带，符合用PCR产物直接测定核苷酸排列顺序的要求。图1中A为exon2PCR产物电泳结果图，图1中B从左至右依次为exon3(1～7)、exon4(8～14)和exon5(15～21)PCR产物电泳结果图，图1中C为exon 6PCR产物电泳结果图，图1中D为exon7-1 PCR产物电泳结果图，图1中E为exon7-2 PCR产物电泳结果图。
实施例2序列结果分析
一、实验方法
以NCBI原鸡BMP6基因(GenBank登录号NC_052533.1)为参考序列，用DNAMANVersiong 9.0软件将实施例1的测序结果与NCBI上参考片段进行比对，同时用ChromasVersiong 2.3软件查找测序结果中的峰图，筛选SNP位点。
二、实验结果
在粤西卷羽鸡BMP6基因的第2、4和5外显子上均未检测到SNP位点。
在粤西卷羽鸡BMP6基因的第3、6和7外显子上共检测到7个SNP位点，分别为：
第3外显子上的g.64185950T>C位点，存在3种基因型：CC、CT和TT；
第6外显子上的g.64195411G>A位点，存在3种基因型：AA、AG和GG；
第7外显子上的g.64195613C>T、g.64195821G>A(该位点混池测序时未发现，单个样本测序时发现)、g.64195833T>A、g.64196373T>C和g.64196735T>C位点，分别存在3种基因型：CC、CT和TT，3种基因型：AA、AG和GG，2种基因型：AA和AT，3种基因型：CC、CT和TT，3种基因型：CC、CT和TT。
粤西卷羽鸡BMP6基因突变位点信息见表2。SNP位点分布情况和SNP位点基因型sanger测序锋见图2、图3和图4。
表2BMP6基因突变位点信息
注：以NCBI数据库中鸡BMP6基因序列(GenBank：NC_052533.1)Exon1的第一个碱基为起始位点。
实施例3群体遗传结构分析
一、实验方法
用WPS Office软件中的Excel计算等位基因频率、基因型频率、遗传杂合度、有效等位基因数、多态信息含量以及χ2值，计算方法参照文献(刘梅,朱怡轩,王孝义,陈强,董新星,严达伟,李明丽.宣和猪PID1基因外显子3的SNP检测及其与肉质性状的关联分析[J].西南农业学报,2022,35(07):1707-1714.)。
二、实验结果
由表3可知：实施例2中BMP6基因SNP位点中优势基因型分别为CT(0.542)、AG(0.500)、CT(0.517)、GG(0.675)、AT(0.967)、CC(0.525)和CT(0.475)，相对应的优势等位基因分别为C(0.604)、A(0.633)、C(0.583)、G(0.829)、A(0.517)、C(0.742)和C(0.621)。
PIC计算值表明，SNP位点中g.64195821G>A位点为低度多态，其余位点均为中度多态。BMP6基因SNP位点Hardy-Weinberg平衡检验结果显示，g.64195833T>A在粤西卷羽鸡群体中显著偏离Hardy-Weinberg平衡(P<0.05)，其余位点均未偏离Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。
表3BMP6基因SNP位点遗传特性分析结果
注：PIC>0.5为高度多态，0.25<PIC<0.5为中度多态，PIC<0.25为低度多态；以χ2值检验Hardy-Weinberg平衡，df＝2，＝5.99，＝9.21，P<0.05表示差异显著；偏离Hardy-Weinberg平衡，P>0.05表示差异不显著，未偏离Hardy-Weinberg平衡。
实施例4BMP6基因SNP位点连锁不平衡和单倍型分析
一、实验方法
对BMP6基因的SNP位点利用在线软件SHEsis(http://analysis.bio-x.cn/myAnalysis.php)对其进行连锁不平衡和单倍型分析，得到BMP6基因的单倍型类型及其频率。
二、实验结果
粤西卷羽鸡BMP6基因SNP位点连锁不平衡分析结果如图5和表4所示，单倍型分析结果见表5。
图5中A代表D’值，图5中B代表r2值。图5中A和B中，各个方块的颜色由浅至深表示连锁程度由低到高，深色表示完全连锁。方块中的数字表示给定标记对之间连锁不平衡概率对数。
由图5中A可知，g.64196373T>C和g.64196735T>C两个位点之间存在强连锁不平衡；g.64195411G>A、g.64195613C>T和g.64195821G>A三个位点之间存在强连锁不平衡；g.64195821G>A、g.64195833T>A和g.64196373T>C三个位点之间存在强连锁不平衡；g.64195411G>A、g.64195613C>T、g.64196373T>C和g.64196735T>C四个位点之间存在强连锁不平衡；g.64185950T>C、g.64195411G>A、g.64195833T>A和g.64196373T>C四个位点之间存在强连锁不平衡；由图5中B可知：g.64195613C>T和g.64196735T>C两个位点之间存在强连锁不平衡；其余各位点间均不存在强连锁不平衡。
由表4可知：BMP6基因SNP位点中g.64195411G>A位点与g.64195613C>T和g.64196373T>C的r2值为0.413、0.374；g.64195613C>T与g.64196735T>C的r2值为0.630，r2值均大于0.330，所以；g.64195411G>A与g.64195613C>T和g.64196373T>C位点之间存在强连锁不平衡，g.64195613C>T与g.64196735T>C之间存在强连锁不平衡，其余位点间均不存在强连锁不平衡。
由表5可知：BMP6基因SNP位点存在23种单倍型(按数量由多至少依次命名为H1～H23)，其中有效单倍型(在群体中出现的频率大于0.03)有10种(H1、H2、H3、H4、H5、H6、H7、H8、H9和H10)，其频率分别为0.221，0.151，0.073，0.062，0.062，0.061，0.060，0.056，0.036和0.033。
表4BMP6基因SNP位点间连锁不平衡分析结果
注：上三角为D’值，下三角为r2值；r2<0.330表示不存在强连锁不平衡。
表5BMP6基因SNP位点单倍型分析结果
实施例5不同基因型和单倍型与生长性状及屠宰性状的关联分析
一、实验方法
用IBM SPSS Statistics 26.0软件对实施例2鉴定的粤西卷羽鸡BMP6基因外显子2～7上的SNP位点的不同基因型与生长性状及屠宰性状进行关联分析，所用模型如下：
Yijl＝u+Gi+eijl
式中，Yijl为性状观察值；u为群体均值；Gi为该SNP位点的第i基因型效应或单倍型的效应；eijl表示随机误差，结果表示形式为“平均值±标准误”，差异显著性根据Duncan法进行检验，P<0.05表现差异显著，P<0.01表示差异极显著。对于方差不齐的性状采用“塔姆黑尼”法进行多重比较，对于只有两种基因型的性状采用独立样本T检验。
二、实验结果
由表6可知：在60只麒麟公鸡BMP6基因的SNP位点中，g.64195613C>T的3种基因型在胫长上存在差异，CC基因型显著高于TT基因型(P<0.05)；g.64196373T>C的3种基因型在龙骨长上存在差异，CC基因型显著高于CT基因型(P<0.05)；其余位点各基因型间生长性状差异不显著(P>0.05)。
由表7可知：在60只麒麟母鸡BMP6基因的SNP位点中，g.64195411G>A的3种基因型在龙骨长上存在差异，AA基因型显著高于AG基因型(P<0.05)；g.64196373T>C的3种基因型在胫长和龙骨长上存在差异，CC基因型的胫长显著高于TT基因型(P<0.05)，CC基因型的龙骨长极显著高于CT基因型(P<0.01)；g.64196735T>C的3种基因型在胫长上存在差异，CC基因型显著高于TT基因型(P<0.05)；其余位点各基因型间生长性状差异不显著(P>0.05)。
由表8可知：在30只麒麟公鸡BMP6基因的SNP位点中，g.64185950T>C的3种基因型在胸肌率上存在差异，TT基因型极显著高于CT基因型(P<0.01)；g.64195411G>A的3种基因型在半净膛率和腹脂率上存在差异，AA基因型的半净膛率显著高于GG基因型(P<0.05)，AA基因型与AG基因型在腹脂率上显著高于GG基因型(P<0.05)；g.64196735T>C的3种基因型在活重上存在差异，CC基因型显著高于CT基因型(P<0.05)；其余位点各基因型间屠宰性能差异不显著(P>0.05)。
由表9可知：在30只麒麟母鸡BMP6基因的SNP位点中，g.64195613C>T的3种基因型在腹脂率上存在差异，CC基因型显著高于CT基因型(P<0.05)；g.64196373T>C的3种基因型在屠宰率、半净膛率、全净膛率和胸肌率上存在差异，TT基因型的屠宰率显著高于CT基因型(P<0.05)，TT基因型的半净膛率显著高于CT基因型(P<0.05)，TT基因型的全净膛率显著高于CC基因型和CT基因型(P<0.05)，TT基因型的胸肌率显著高于CC基因型和CT基因型(P<0.05)；g.64196735T>C的3种基因型在腹脂率上存在差异，CC基因型与TT基因型显著高于CT基因型(P<0.05)；其余位点各基因型间屠宰性能差异不显著(P>0.05)。
表6麒麟公鸡BMP6基因SNP位点各基因型的生长性状
表7麒麟母鸡BMP6基因SNP位点各基因型的生长性状
表8麒麟公鸡BMP6基因SNP位点各基因型的屠宰性能
表9麒麟母鸡BMP6基因SNP位点各基因型的屠宰性能
注：表6～9中数据在相同位点的同列间进行比较，肩标不同小写字母表示差异显著(P<0.05)，肩标不同大写字母表示差异极显著(P<0.01)，肩标没有字母表示差异不显著(P>0.05)。
上述分析可知：
在粤西卷羽鸡BMP6基因的第3外显子上的g.64185950T>C位点，(粤西卷羽鸡BMP6基因的第3外显子上g.64185950处，或BMP6基因的第64122307个碱基处)，TT基因型的样本的胸肌率显著高于CT基因型的样本。
在粤西卷羽鸡BMP6基因的第6外显子上的g.64195411G>A位点，(粤西卷羽鸡BMP6基因的第6外显子上g.64195411处，或BMP6基因的第64112846个碱基处)，AA基因型的样本的龙骨长显著高于AG基因型的样本，AA基因型的样本的半净膛率显著高于GG基因型的样本，AA基因型和/或AG基因型的样本的腹脂率显著高于GG基因型的样本。
在粤西卷羽鸡BMP6基因的第7外显子上的g.64195613C>T位点，(粤西卷羽鸡BMP6基因的第7外显子上g.64195613处，或BMP6基因的第64112644个碱基处)，CC基因型的样本的胫长显著高于TT基因型的样本，CC基因型的样本的腹脂率显著高于CT基因型。
在粤西卷羽鸡BMP6基因的第7外显子上的g.64196373T>C位点，(粤西卷羽鸡BMP6基因的第7外显子上g.64196373处，或BMP6基因的第64111884个碱基处)，CC基因型的样本的龙骨长显著高于CT基因型和/或TT基因型的样本，TT基因型的样本的屠宰率显著高于CT基因型的样本，TT基因型的样本的半净膛率显著高于CT基因型的样本，TT基因型的样本的全净膛率和/或胸肌率显著高于CC基因型和/或CT基因型。
在粤西卷羽鸡BMP6基因的第7外显子上的g.64196735T>C位点，(粤西卷羽鸡BMP6基因的第7外显子上g.64196735处，或BMP6基因的第64111522个碱基处)，CC基因型的样本的胫长显著高于TT基因型的样本，CC基因型和/或TT基因型的样本的腹脂率显著高于CT基因型。
实施例6一种粤西卷羽鸡生长性状以及屠宰性状的鉴定方法
1、提取被鉴定的样本的基因组DNA；
2、对步骤S1基因组DNA的BMP6基因进行测序；
基因组DNA的提取方法及BMP6基因外显子PCR扩增方法可以参考实施例1。
3、以NCBI上鸡BMP6基因序列(GenBank登录号：NC_052533.1)为参比序列，使用实施例3～5所得的SNP位点(g.64185950T>C、g.64195411G>A、g.64195613C>T、g.64196373T>C和g.64196735T>C)及对应基因型，分析步骤S2所得测序数据，判定被鉴定的样本的生长性状以及屠宰性状。
具体判定方法为：
所述SNP位点1为TT基因型的公鸡样本的胸肌率显著高于CT基因型的公鸡样本；
所述SNP位点2为AA基因型的母鸡样本的龙骨长显著高于AG基因型的母鸡样本，AA基因型的公鸡样本的半净膛率显著高于GG基因型的公鸡样本，AA基因型和/或AG基因型的公鸡样本的腹脂率显著高于GG基因型的公鸡样本；
所述SNP位点3为CC基因型的公鸡样本的胫长显著高于TT基因型的公鸡样本，CC基因型的母鸡样本的腹脂率显著高于CT基因型的母鸡样本；
所述SNP位点4为CC基因型的公鸡和/或母鸡样本的龙骨长显著高于CT基因型的公鸡和/或母鸡样本，CC基因型的母鸡样本的胫长显著高于TT基因型的母鸡样本，TT基因型的母鸡样本的屠宰率显著高于CT基因型的母鸡样本，TT基因型的母鸡样本的半净膛率显著高于CT基因型的母鸡样本，TT基因型的母鸡样本的全净膛率和/或胸肌率显著高于CC基因型和/或CT基因型的母鸡样本；
所述SNP位点5为CC基因型的母鸡样本的胫长显著高于TT基因型的母鸡样本，CC基因型的公鸡样本的活重显著高于CT基因型的公鸡样本，CC基因型和/或TT基因型的母鸡样本的腹脂率显著高于CT基因型的母鸡样本。
最后所应当说明的是，以上实施例仅用以说明本发明的技术方案而非对本发明保护范围的限制，对于本领域的普通技术人员来说，在上述说明及思路的基础上还可以做出其它不同形式的变化或变动，这里无需也无法对所有的实施方式予以穷举。凡在本发明的精神和原则之内所作的任何修改、等同替换和改进等，均应包含在本发明权利要求的保护范围之内。
Claims (10)
1.一种粤西卷羽鸡胸肌率的鉴定方法，其特征在于，检测SNP位点1和/或4，
SNP位点1：位于BMP6基因第3外显子上g.64185950处，该位点核苷酸碱基为T或C；SNP位点4：位于BMP6基因第7外显子上g.64196373处，该位点核苷酸碱基为T或C；所述BMP6基因GenBank登录号为NC_052533.1；
所述SNP位点1为TT基因型的公鸡样本的胸肌率显著高于CT基因型的公鸡样本；所述SNP位点4为TT基因型的母鸡样本的胸肌率显著高于CC基因型或CT基因型的母鸡样本。
2.一种粤西卷羽鸡龙骨长的鉴定方法，其特征在于，检测SNP位点2和/或4，
SNP位点2：位于BMP6基因第6外显子上g.64195411处，该位点核苷酸碱基为G或A；SNP位点4：位于BMP6基因第7外显子上g.64196373处，该位点核苷酸碱基为T或C；所述BMP6基因GenBank登录号为NC_052533.1；
所述SNP位点2为AA基因型的母鸡样本的龙骨长显著高于AG基因型的母鸡样本；所述SNP位点4为CC基因型的公鸡或母鸡样本的龙骨长显著高于CT基因型的公鸡或母鸡样本。
3.一种粤西卷羽鸡半净膛率的鉴定方法，其特征在于，检测SNP位点2和/或4，
SNP位点2：位于BMP6基因第6外显子上g.64195411处，该位点核苷酸碱基为G或A；SNP位点4：位于BMP6基因第7外显子上g.64196373处，该位点核苷酸碱基为T或C；所述BMP6基因GenBank登录号为NC_052533.1；
所述SNP位点2为AA基因型的公鸡样本的半净膛率显著高于GG基因型的公鸡样本；所述SNP位点4为TT基因型的母鸡样本的半净膛率显著高于CT基因型的母鸡样本。
4.一种粤西卷羽鸡全净膛率的鉴定方法，其特征在于，检测SNP位点4，
SNP位点4：位于BMP6基因第7外显子上g.64196373处，该位点核苷酸碱基为T或C；所述BMP6基因GenBank登录号为NC_052533.1；
所述SNP位点4为TT基因型的母鸡样本的全净膛率或显著高于CC基因型或CT基因型的母鸡样本。
5.一种粤西卷羽鸡腹脂率的鉴定方法，其特征在于，检测SNP位点2、3和5中的一种或几种，
SNP位点2：位于BMP6基因第6外显子上g.64195411处，该位点核苷酸碱基为G或A；SNP位点3：位于BMP6基因第7外显子上g.64195613处，该位点核苷酸碱基为C或T；SNP位点5：位于BMP6基因第7外显子上g.64196735处，该位点核苷酸碱基为T或C；所述BMP6基因GenBank登录号为NC_052533.1；
所述SNP位点2为AA基因型或AG基因型的公鸡样本的腹脂率显著高于GG基因型的公鸡样本；所述SNP位点3为CC基因型的母鸡样本的腹脂率显著高于CT基因型的母鸡样本；所述SNP位点5为CC基因型或TT基因型的母鸡样本的腹脂率显著高于CT基因型的母鸡样本。
6.一种粤西卷羽鸡屠宰率的鉴定方法，其特征在于，检测SNP位点4，SNP位点4：位于BMP6基因第7外显子上g.64196373处，该位点核苷酸碱基为T或C；所述BMP6基因GenBank登录号为NC_052533.1；所述SNP位点4为TT基因型的母鸡样本的屠宰率显著高于CT基因型的母鸡样本。
7.一种粤西卷羽鸡活重的鉴定方法，其特征在于，检测SNP位点5，SNP位点5：位于BMP6基因第7外显子上g.64196735处，该位点核苷酸碱基为T或C；所述BMP6基因GenBank登录号为NC_052533.1；所述SNP位点5为CC基因型的公鸡样本的活重显著高于CT基因型的公鸡样本。
8.一种粤西卷羽鸡胫长的鉴定方法，其特征在于，检测SNP位点3、4和5中的一种或几种；
SNP位点3：位于BMP6基因第7外显子上g.64195613处，该位点核苷酸碱基为C或T；SNP位点4：位于BMP6基因第7外显子上g.64196373处，该位点核苷酸碱基为T或C；SNP位点5：位于BMP6基因第7外显子上g.64196735处，该位点核苷酸碱基为T或C；所述BMP6基因GenBank登录号为NC_052533.1；
所述SNP位点3为CC基因型的公鸡样本的胫长显著高于TT基因型的公鸡样本；所述SNP位点4为CC基因型的母鸡样本的胫长显著高于TT基因型的母鸡样本；所述SNP位点5为CC基因型的母鸡样本的胫长显著高于TT基因型的母鸡样本。
9.根据权利要求1～8所述的鉴定方法，其特征在于，包括以下步骤：
S1：提取被鉴定的样本的基因组DNA；
S2：对步骤S1基因组DNA的BMP6基因进行测序；
S3：根据权利要求1～8中所述的基因型，分析步骤S2所得测序数据，判定被鉴定的样本的生长性状以及屠宰性状，所述生长性状包括龙骨长和/或胫长，所述屠宰性状包括活重、胸肌率、半净膛率、全净膛率、腹脂率和屠宰率中的一种或几种。
10.根据权利要求9所述的鉴定方法，其特征在于，步骤S2中，所述测序的方法为基因组高通量测序。
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| CN202310746972.4A CN116656798A (zh) | 2023-06-21 | 2023-06-21 | 一种粤西卷羽鸡生长性状以及屠宰性状的鉴定方法 |
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| CN117551783A (zh) * | 2023-11-28 | 2024-02-13 | 江苏省家禽科学研究所 | 与鸡龙骨长相关的遗传标记在鸡遗传育种中的应用 |
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| CN117551783B (zh) * | 2023-11-28 | 2024-05-24 | 江苏省家禽科学研究所 | 与鸡龙骨长相关的遗传标记在鸡遗传育种中的应用 |
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