CN116590436B - 鉴别布鲁氏菌疫苗株Rev.1的RT-PCR试剂盒 - Google Patents
鉴别布鲁氏菌疫苗株Rev.1的RT-PCR试剂盒 Download PDFInfo
- Publication number
- CN116590436B CN116590436B CN202310249991.6A CN202310249991A CN116590436B CN 116590436 B CN116590436 B CN 116590436B CN 202310249991 A CN202310249991 A CN 202310249991A CN 116590436 B CN116590436 B CN 116590436B
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- seq
- brucella
- rev
- vaccine strain
- amplification curve
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Active
Links
- 241000589562 Brucella Species 0.000 title claims abstract description 95
- 229960005486 vaccine Drugs 0.000 title claims abstract description 73
- 238000003757 reverse transcription PCR Methods 0.000 title claims abstract description 23
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims abstract description 89
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims abstract description 82
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims abstract description 82
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims abstract description 31
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract description 22
- 238000003908 quality control method Methods 0.000 claims description 34
- 230000001580 bacterial effect Effects 0.000 claims description 15
- 239000000126 substance Substances 0.000 claims description 11
- 238000012360 testing method Methods 0.000 claims description 11
- 238000011144 upstream manufacturing Methods 0.000 claims description 8
- 239000012154 double-distilled water Substances 0.000 claims description 7
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 claims description 5
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 claims description 5
- 230000002779 inactivation Effects 0.000 claims description 5
- -1 serum Substances 0.000 claims description 4
- 238000000137 annealing Methods 0.000 claims description 3
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 claims description 3
- 238000004925 denaturation Methods 0.000 claims description 3
- 230000036425 denaturation Effects 0.000 claims description 3
- 238000012257 pre-denaturation Methods 0.000 claims description 3
- 239000000443 aerosol Substances 0.000 claims description 2
- 239000008280 blood Substances 0.000 claims description 2
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 claims description 2
- 210000004080 milk Anatomy 0.000 claims description 2
- 239000008267 milk Substances 0.000 claims description 2
- 235000013336 milk Nutrition 0.000 claims description 2
- 239000011535 reaction buffer Substances 0.000 claims description 2
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 claims description 2
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 claims 1
- 206010006500 Brucellosis Diseases 0.000 abstract description 11
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 abstract description 9
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 abstract description 3
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 abstract description 3
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 abstract description 3
- 230000000052 comparative effect Effects 0.000 abstract description 2
- 230000035772 mutation Effects 0.000 abstract description 2
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 abstract description 2
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 20
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 12
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 description 11
- 241001148106 Brucella melitensis Species 0.000 description 7
- 230000002265 prevention Effects 0.000 description 7
- 229940038698 brucella melitensis Drugs 0.000 description 6
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 6
- 208000034656 Contusions Diseases 0.000 description 5
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 5
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 4
- 241001494479 Pecora Species 0.000 description 4
- 238000002156 mixing Methods 0.000 description 4
- 241000034280 Bacillus anthracis str. Sterne Species 0.000 description 3
- 241000751185 Listeria monocytogenes ATCC 19115 Species 0.000 description 3
- 241000606856 Pasteurella multocida Species 0.000 description 3
- 241000607142 Salmonella Species 0.000 description 3
- 241000607734 Yersinia <bacteria> Species 0.000 description 3
- 238000013461 design Methods 0.000 description 3
- 229940051027 pasteurella multocida Drugs 0.000 description 3
- 239000013641 positive control Substances 0.000 description 3
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 3
- 241000283690 Bos taurus Species 0.000 description 2
- CURLTUGMZLYLDI-UHFFFAOYSA-N Carbon dioxide Chemical compound O=C=O CURLTUGMZLYLDI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 241000588724 Escherichia coli Species 0.000 description 2
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 2
- 239000007853 buffer solution Substances 0.000 description 2
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 2
- 230000006806 disease prevention Effects 0.000 description 2
- 239000004744 fabric Substances 0.000 description 2
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 2
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 2
- 238000010369 molecular cloning Methods 0.000 description 2
- 239000013642 negative control Substances 0.000 description 2
- 230000008569 process Effects 0.000 description 2
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 2
- 230000009385 viral infection Effects 0.000 description 2
- UDGUGZTYGWUUSG-UHFFFAOYSA-N 4-[4-[[2,5-dimethoxy-4-[(4-nitrophenyl)diazenyl]phenyl]diazenyl]-n-methylanilino]butanoic acid Chemical compound COC=1C=C(N=NC=2C=CC(=CC=2)N(C)CCCC(O)=O)C(OC)=CC=1N=NC1=CC=C([N+]([O-])=O)C=C1 UDGUGZTYGWUUSG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 206010006495 Brucella infections Diseases 0.000 description 1
- 241000282465 Canis Species 0.000 description 1
- 241000283707 Capra Species 0.000 description 1
- 208000035473 Communicable disease Diseases 0.000 description 1
- 101150082239 G gene Proteins 0.000 description 1
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 description 1
- 108010029485 Protein Isoforms Proteins 0.000 description 1
- 102000001708 Protein Isoforms Human genes 0.000 description 1
- 241000282849 Ruminantia Species 0.000 description 1
- DYAHQFWOVKZOOW-UHFFFAOYSA-N Sarin Chemical compound CC(C)OP(C)(F)=O DYAHQFWOVKZOOW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010006785 Taq Polymerase Proteins 0.000 description 1
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 1
- 230000009286 beneficial effect Effects 0.000 description 1
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 1
- 208000034526 bruise Diseases 0.000 description 1
- 229910002092 carbon dioxide Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000001569 carbon dioxide Substances 0.000 description 1
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 1
- 238000011161 development Methods 0.000 description 1
- 239000012895 dilution Substances 0.000 description 1
- 238000010790 dilution Methods 0.000 description 1
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 1
- 230000036039 immunity Effects 0.000 description 1
- 230000003834 intracellular effect Effects 0.000 description 1
- 238000011835 investigation Methods 0.000 description 1
- 238000002372 labelling Methods 0.000 description 1
- 244000144972 livestock Species 0.000 description 1
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 1
- 239000000463 material Substances 0.000 description 1
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 1
- 230000003071 parasitic effect Effects 0.000 description 1
- 230000001737 promoting effect Effects 0.000 description 1
- 230000005180 public health Effects 0.000 description 1
- 238000011002 quantification Methods 0.000 description 1
- 238000003753 real-time PCR Methods 0.000 description 1
- 230000001850 reproductive effect Effects 0.000 description 1
- 238000011160 research Methods 0.000 description 1
- 238000012552 review Methods 0.000 description 1
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 1
- 241000894007 species Species 0.000 description 1
- 238000011895 specific detection Methods 0.000 description 1
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 1
- 239000003053 toxin Substances 0.000 description 1
- 231100000765 toxin Toxicity 0.000 description 1
- 238000002255 vaccination Methods 0.000 description 1
- 206010048282 zoonosis Diseases 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
- C12Q1/689—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for bacteria
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/6858—Allele-specific amplification
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12R—INDEXING SCHEME ASSOCIATED WITH SUBCLASSES C12C - C12Q, RELATING TO MICROORGANISMS
- C12R2001/00—Microorganisms ; Processes using microorganisms
- C12R2001/01—Bacteria or Actinomycetales ; using bacteria or Actinomycetales
-
- Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
- Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
- Y02A—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE
- Y02A50/00—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE in human health protection, e.g. against extreme weather
- Y02A50/30—Against vector-borne diseases, e.g. mosquito-borne, fly-borne, tick-borne or waterborne diseases whose impact is exacerbated by climate change
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明提供一种鉴别布鲁氏菌疫苗株Rev.1的RT‑PCR试剂盒,包括用于检测布鲁氏菌的特异性引物对SEQ ID NO:1‑2和探针SEQ ID NO:3,以及用于检测布鲁氏菌疫苗株Rev.1的特异性引物对SEQ ID NO:4‑5和探针对SEQ ID NO:6‑7。本发明利用比较基因组分析Rev.1疫苗株和其他布鲁氏菌基因组差异核酸突变位点,结合RT‑PCR方法构建MGB探针检测方法,通过探针的扩增曲线及Ct值判断是否为布鲁氏菌Rev.1疫苗株。本方法无需经过测序,通过判断不同探针的扩增曲线和Ct值即可将Rev.1疫苗株和其他布鲁氏菌区分。该方法可用于布鲁氏菌疫苗株和野毒株感染鉴别,为布病防控提供技术支持。
Description
技术领域
本发明涉及核酸检测技术领域,具体地说,涉及一种鉴别布鲁氏菌疫苗株Rev.1的RT-PCR试剂盒。
背景技术
布鲁氏菌(Brucella)是一种兼性胞内寄生菌,能引起世界范围内的人畜共患病—布鲁氏菌病(以下简称布病)。因布病造成的患者劳动力丧失和母畜繁殖障碍每年造成数亿美元的损失,严重危害公共卫生安全和经济发展。我国的布病新增病例出现在全年各个季节,但与牛、羊的生产关联性较强,高峰期为3-8月份,存在明显的流行季节性;任何年龄组的人群均对布病敏感;同时,布病对性别无明显差异,感染率的高低主要取决于接触机会。
目前布病最有效的防控方式就是疫苗接种。国际上成功应用的动物布病疫苗有RB51、S19和Rev.1,国内常用的动物布病疫苗为A19、M5和S2。Rev.1疫苗株免疫后宿主可以长时间抵抗布鲁氏菌野毒的感染,是目前世界上公认的用于小反刍动物布病防控最有效的疫苗。Rev.1疫苗株在世界上许多布病严重流行的国家和地区(如蒙古、塔吉克斯坦)进行接种用于布病防控,效果显著。布鲁氏菌病防控过程中尚缺少将疫苗株Rev.1免疫与野毒感染进行准确区分的有效手段。
发明内容
本发明的目的是提供一种鉴别布鲁氏菌疫苗株Rev.1的RT-PCR试剂盒。
本发明的另一目的是提供布鲁氏菌疫苗株Rev.1的RT-PCR检测方法。
本发明构思如下:通过全基因组比对,发明人获得了布鲁氏菌中均存在的核心基因。以公布的Rev.1基因组(GCA_000158695.1)为参考序列,与其他测序布鲁氏菌基因组全基因组比对后发现存在差异SNP位点。将SNP位点所在的序列扩增后筛选获得位于NZ_EQ999573.1序列的326296位点存在可供检测的A/G基因多态性位点。因此,本发明根据核心基因(NCBI:CUC12_RS13500,以公布的Rev.1基因组为参考)设计布鲁氏菌检测引物SEQ IDNO:1和SEQ ID NO:2以及探针SEQ ID NO:3,针对Rev.1疫苗株与其他布鲁氏菌存在的差异SNP位点所在序列设计引物对SEQ ID NO:4和SEQ ID NO:5,根据SNP位点设计MGB探针对SEQID NO:6-7。布鲁氏菌引物和探针的检测结果,结合MGB探针荧光信号收集结果,可以鉴别Rev.1疫苗株和其他布鲁氏菌感染。
为了实现本发明目的,第一方面,本发明提供用于检测布鲁氏菌疫苗株Rev.1的特异性引物对,包括如SEQ ID NO:4所示的上游引物和如SEQ ID NO:5所示的下游引物。
第二方面,本发明提供用于检测布鲁氏菌疫苗株Rev.1的引物和探针组合,包括如SEQ ID NO:4所示的上游引物和如SEQ ID NO:5所示的下游引物,以及如SEQ ID NO:6和7所示的探针。
第三方面,本发明提供用于检测布鲁氏菌的特异性引物对,包括如SEQ ID NO:1所示的上游引物和如SEQ ID NO:2所示的下游引物。
第四方面,本发明提供用于检测布鲁氏菌的引物和探针组合,包括如SEQ ID NO:1所示的上游引物和如SEQ ID NO:2所示的下游引物,以及如SEQ ID NO:3所示的探针。
第五方面,本发明提供含有引物对SEQ ID NO:1-2、SEQ ID NO:3-4、或者引物和探针组合SEQ ID NO:1-3、SEQ ID NO:4-7的检测试剂或试剂盒。
第六方面,本发明提供一种鉴别布鲁氏菌疫苗株Rev.1的RT-PCR试剂盒,所述试剂盒包括用于检测布鲁氏菌的特异性引物对SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2和探针SEQ ID NO:3,以及用于检测布鲁氏菌疫苗株Rev.1的特异性引物对SEQ ID NO:4和SEQ ID NO:5以及探针对SEQ ID NO:6-7,分别为:
SEQ ID NO:1:5’-ACAGTGACCATCCTCCTGAT-3’
SEQ ID NO:2:5’-TGTTGCGGTAAAGTGTGTAGAG-3’
SEQ ID NO:3:5’-Cy5-CCGTGTCATGACGGCGATGGAA-BHQ-1-3’
SEQ ID NO:4:5’-AGCACCAGGGCCTGCAT-3’
SEQ ID NO:5:5’-GGGCGACAAGGATTTTTCC-3’
SEQ ID NO:6:5’-VIC-ACAGGAGACCACC-MGB-3’
SEQ ID NO:7:5’-FAM-AGGAGACCGCCTTC-MGB-3’
进一步地,所述试剂盒还包括反应缓冲液、probe taq酶、阳性质控标准品和阴性质控标准品等。
其中,所述阳性质控标准品由布鲁氏菌疫苗株Rev.1调整比浊度,其菌含量为3.0×105-9.0×105CFU/mL(以保证扩增Ct值范围),经80℃-热灭活60min或100℃热灭活15min制成。
所述阴性质控标准品可以是灭菌双蒸水。
第七方面,本发明提供布鲁氏菌疫苗株Rev.1的RT-PCR检测方法(含非诊断目的),包括如下步骤:
(1)提取待测样本的基因组DNA;
(2)以提取的DNA为模板,利用所述的RT-PCR试剂盒,进行扩增并收集FAM、VIC和Cy5信号;
(3)结果判定:阳性质控标准品FAM和Cy5信号存在扩增曲线,VIC信号不存在扩增曲线,Ct值为31-35之间,阴性质控标准品未存在扩增曲线;否则试验失败,需重做;
对于待测样本而言,FAM信号存在扩增曲线且Ct值<35,VIC信号不存在扩增曲线,且Cy5信号存在扩增曲线,则待测样本为布鲁氏菌Rev.1疫苗株;
对于待测样本而言,FAM信号不存在扩增曲线或Ct值>35,VIC信号存在扩增曲线,且Cy5信号存在扩增曲线,则待测样本为除Rev.1疫苗株外的其他布鲁氏菌菌株;
对于待测样本而言,FAM信号存在扩增曲线且Ct值<35,VIC信号存在扩增曲线,且Cy5信号且Ct值<35存在扩增曲线,则待测样本为混合Rev.1疫苗株和其他布鲁氏菌菌株;
对于待测样本而言,Cy5信号不存在扩增曲线,或Ct值>35,无论FAM和VIC信号是否有扩增曲线,则待测样本均为非布鲁氏菌。
优选地,扩增条件为:95℃预变性30s;95℃变性5s,60℃退火及延伸30s,45个循环,每个循环结束时收集荧光信号。
所述待测样本包括但不限于菌体培养物、血液、血清、奶样、组织、气溶胶。
借由上述技术方案,本发明至少具有下列优点及有益效果:
本发明利用比较基因组分析Rev.1疫苗株和其他布鲁氏菌基因组差异核酸突变位点(SNP),结合RT-PCR方法构建MGB探针检测方法,通过探针的扩增曲线及Ct值判断是否为布鲁氏菌Rev.1疫苗株。本方法无需经过测序,通过判断不同探针的扩增曲线和Ct值即可将Rev.1疫苗株和其他布鲁氏菌区分。该方法可应用于布鲁氏菌疫苗株和野毒株感染鉴别,切实为我国布病防控提供技术支持。
本发明提供的RT-PCR试剂盒特异性强,可重复性好,能够准确鉴别样品中是否含有的布鲁氏菌疫苗株Rev.1,可有效解决布鲁氏菌病防控过程中疫苗株Rev.1免疫与野毒感染难以区分的问题。
附图说明
图1为本发明较佳实施例中试剂盒检测梯度稀释布鲁氏菌Rev.1疫苗株布鲁氏菌株。A为FAM信号检测结果,扩增曲线从左至右分别为104-102CFU/μL;B为Cy5信号检测结果,扩增曲线从左至右分别为104-102CFU/μL。
图2为本发明较佳实施例中试剂盒检测Rev.1疫苗株和其他布鲁氏菌菌株。检测样品分别为羊种布鲁氏菌1-3型,牛种布鲁氏菌1-7型和9型,猪种布鲁氏菌1-5型,犬种布鲁氏菌,沙林鼠种布鲁氏菌,绵羊种布鲁氏菌,疫苗株Rev.1,A19和S2。A为VIC探针检测结果,B为FAM信号检测结果,C为FAM和VIC探针同时检测结果。
图3为本发明较佳实施例中试剂盒检测其他细菌和布鲁氏菌菌株。检测样品分别为大肠杆菌ATCC 25922,沙门氏菌H9812,耶尔森菌O9,单增李斯特菌ATCC 19115,炭疽杆菌Sterne,多杀巴氏杆菌(分离株)和布鲁氏菌Rev.1疫苗株。除阳性对照和布鲁氏菌Rev.1疫苗株外,其余细菌均无扩增曲线。
具体实施方式
本发明旨在提供一种能够鉴别Rev.1疫苗株和其他布鲁氏菌感染的方法,用于解决布病防控中Rev.1疫苗株和野毒株感染鉴别的问题,该试剂盒能够有效鉴别Rev.1疫苗株和其他布鲁氏菌。
本发明采用如下技术方案:
本发明提供一种鉴别布鲁氏菌疫苗株Rev.1的RT-PCR试剂盒,该RT-PCR试剂盒由A液(缓冲液和probe taq酶)、B液(引物对、探针对和灭菌双蒸水)、阳性质控标准品和阴性质控标准品组成。
其中,B液包括灭菌双蒸水,用于检测布鲁氏菌的特异性引物对SEQ ID NO:1和SEQID NO:2以及探针SEQ ID NO:3,以及检测布鲁氏菌疫苗株Rev.1的特异性引物对SEQ IDNO:4和SEQ ID NO:5以及探针对SEQ ID NO:6-7,分别为:
SEQ ID NO:1:5’-ACAGTGACCATCCTCCTGAT-3’
SEQ ID NO:2:5’-TGTTGCGGTAAAGTGTGTAGAG-3’
SEQ ID NO:3:5’-Cy5-CCGTGTCATGACGGCGATGGAA-BHQ-1-3’
SEQ ID NO:4:5’-AGCACCAGGGCCTGCAT-3’
SEQ ID NO:5:5’-GGGCGACAAGGATTTTTCC-3’
SEQ ID NO:6:5’-VIC-ACAGGAGACCACC-MGB-3’
SEQ ID NO:7:5’-FAM-AGGAGACCGCCTTC-MGB-3’。
所述阳性质控标准品由布鲁氏菌疫苗株Rev.1调整比浊度,其菌含量约为3.0×105-9.0×105CFU/mL,经80℃热灭活60min或100℃热灭活15min制成;
所述阴性质控标准品由灭菌双蒸水。
特异性引物对SEQ ID NO:1-2扩增序列如下(5′-3′):
特异性引物对SEQ ID NO:4-5扩增序列如下(5′-3′):
本发明还提供所述特异性引物对和探针对用于制备检测布鲁氏菌RT-PCR试剂盒、芯片中的应用。
本发明还提供所述特异性引物对和探针对用于制备检测布鲁氏菌疫苗株Rev.1的RT-PCR试剂盒、芯片中的应用。
本发明中,用于标记所述探针的荧光基团包括但不限于FAM,VIC,HEX,ROX,Cy5,BHQ1,BHQ2,MGB等。
本发明还提供包含所述特异性引物对和探针对的试剂盒。
进一步地,所述试剂盒还包括:缓冲液、probe taq酶、阳性质控标准品和阴性质控标准品。
本发明还提供一种鉴别布鲁氏菌疫苗株Rev.1的RT-PCR方法,其特征在于,包括如下步骤:
(1)提取样本的基因组DNA,以提取的DNA为模板,将模板、A液和B液按比例混合,进行扩增并收集FAM、VIC和Cy5信号。
PCR扩增体系为25μL,具体包括:12μL A液,11μL B液,2μL提取的DNA模板。
扩增条件为:95℃预变性30s;95℃变性5s,60℃退火及延伸30s,45个循环,每个循环结束时收集荧光信号。
(2)结果判定:阳性质控标准品FAM和Cy5信号存在扩增曲线,VIC信号不存在扩增曲线,Ct值为31-33之间,阴性质控标准品未存在扩增曲线;否则试验失败,需重做。
对于待测样本而言,FAM信号存在扩增曲线且Ct值<35,VIC信号不存在扩增曲线,且Cy5信号存在扩增曲线,则待测样本为布鲁氏菌Rev.1疫苗株。
对于待测样本而言,FAM信号不存在扩增曲线或Ct值>35,VIC信号存在扩增曲线,且Cy5信号存在扩增曲线,则待测样本为除Rev.1疫苗株外的其他布鲁氏菌菌株。
对于待测样本而言,FAM信号存在扩增曲线且Ct值<35,VIC信号存在扩增曲线,且Cy5信号且Ct值<35存在扩增曲线,则待测样本为混合Rev.1疫苗株和其他布鲁氏菌菌株。
对于待测样本而言,Cy5信号不存在扩增曲线,或Ct值>35,无论FAM和VIC信号是否有扩增曲线,则待测样本均为非布鲁氏菌。
本发明提供的试剂盒及其使用方法,其直接目的是鉴别Rev.1疫苗株和其他布鲁氏菌,而非获取疾病诊断结果。
本发明的目的是提供一种能够鉴别Rev.1疫苗株和其他布鲁氏菌感染的方法,用于解决布病防控中Rev.1疫苗株和野毒株感染鉴别的问题,该试剂盒能够有效鉴别Rev.1疫苗株和其他布鲁氏菌。该试剂盒完全可以推广应用,有助于推动布病的诊断和防控。
以下实施例用于说明本发明,但不用来限制本发明的范围。若未特别指明,实施例均按照常规实验条件,如Sambrook等分子克隆实验手册(Sambrook J&Russell DW,Molecular Cloning:a Laboratory Manual,2001),或按照制造厂商说明书建议的条件。
以下实施例中使用的试验材料:
羊种布鲁氏菌1-3型,牛种布鲁氏菌1-7型和9型,猪种布鲁氏菌1-5型,犬种布鲁氏菌,沙林鼠种布鲁氏菌,绵羊种布鲁氏菌,疫苗株Rev.1,A19和S2菌株均在中国疾病预防控制中心传染病预防控制所内复苏、传代并灭活;大肠杆菌ATCC 25922,沙门氏菌H9812,耶尔森菌O9,单增李斯特菌ATCC 19115,炭疽杆菌Sterne,多杀巴氏杆菌(分离株)均在中国农业科学院北京畜牧兽医研究所内复苏、传代并灭活。
荧光定量用的Buffer(含有Mg2+)、dNTP Mixture(2.5mM),探针用probe taq聚合酶均购自宝生物(大连)有限公司;扩增引物及探针由生工生物工程(上海)股份有限公司合成;荧光定量用八联排管购自爱思进公司,其他生化试剂均为进口分装或国产分析纯。
试验仪器:荧光定量PCR扩增仪(西安天隆科技有限公司);细菌比浊仪(梅里埃诊断公司);二氧化碳培养箱(Thermo公司);干热灭菌器(Thermo公司);小型离心机(Thermo公司);微型离心机(Thermo公司)。
实施例1鉴别布鲁氏菌疫苗株Rev.1的RT-PCR试剂盒的组装
(1)配制RT-PCR扩增体系
a.设计特异性扩增引物及探针,交由生工生物工程(上海)股份有限公司合成,引物序列为:
SEQ ID NO:1:5’-ACAGTGACCATCCTCCTGAT-3’
SEQ ID NO:2:5’-TGTTGCGGTAAAGTGTGTAGAG-3’
SEQ ID NO:3:5’-Cy5-CCGTGTCATGACGGCGATGGAA-BHQ-1-3’
SEQ ID NO:4:5’-AGCACCAGGGCCTGCAT-3’
SEQ ID NO:5:5’-GGGCGACAAGGATTTTTCC-3’
SEQ ID NO:6:5’-VIC-ACAGGAGACCACC-MGB-3’
SEQ ID NO:7:5’-FAM-AGGAGACCGCCTTC-MGB-3’
b.RT-PCR液的配制:
所述A液包括缓冲液、probe taq酶,所述B液包括灭菌双蒸水,用于检测布鲁氏菌的特异性引物对SEQ ID NO:1-2和探针SEQ ID NO:3,以及用于检测布鲁氏菌疫苗株Rev.1的特异性引物对SEQ ID NO:4-5和探针对SEQ ID NO:6-7。
扩增体系为25μL/样本,具体包括:12μL A液,11μL B液,2μL提取的DNA模板。
(2)阳性质控标准品的制备:
划线培养布鲁氏菌疫苗株Rev.1菌株3-5d后,利用比浊仪调整菌株比浊度为0.5McF(约为3.0×108CFU/mL)。经80℃热灭活60min,体积为200μL。
(3)阴性质控标准品的制备:
阴性质控标准品为灭菌双蒸水,体积为500μL。
实施例2布鲁氏菌Rev.1鉴别试剂盒检测最低检测值
(1)划线培养布鲁氏菌疫苗株Rev.1菌株3-5d后,利用比浊仪调整菌株比浊度为0.5McF(约为3.0×108CFU/mL)。取100μL菌液进行10倍梯度稀释,滴板计数,调整菌液浓度,最终检测样品中菌含量为3×104-3×101CFU/μL。
(2)将不同菌含量的待测菌液经80℃热灭活60min。
(3)定量的灭活菌液为模板,将模板、A液和B液按比例混合,同时进行阴性质控标准品对照,按如下程序和体系进行扩增检测。
扩增体系为25μL/样品,具体包括:12μL A液,11μL B液,2μL灭活的菌液模板。
荧光定量扩增程序为:95℃30s;95℃5s、60℃30s,45个循环。
(4)结果判定。阴性质控标准品没有扩增曲线,阳性质控标准品有扩增曲线,试验成立。
(5)结果读取。由于检测样品为Rev.1疫苗株,因此VIC通道没有信号,FAM和Cy5通道均存在信号。图1结果显示,检测含菌量为102CFU/μL的样品时,FAM和Cy5信号检测Ct值均为34左右。以上结果表明,试剂盒中的FAM和Cy5探针检测含Rev.1疫苗株的样品最低检测菌含量为102CFU/μL。
实施例3试剂盒检测布鲁氏菌不同种型的标准菌株
利用本发明对不同种型的布鲁氏菌菌株进行检测,并设阳性和阴性对照。
(1)划线培养不同种型的布鲁氏菌3-5d后,利用比浊仪调整菌株比浊度为0.5McF(约为3.0×108CFU/mL)。取100μL稀释的待测菌液经80℃热灭活60min。
(2)定量的灭活菌液为模板,将模板、A液和B液按比例混合,同时进行阴性质控标准品对照,按如下程序和体系进行扩增检测。
扩增体系为25μL/样品,具体包括:12μL A液,11μL B液,2μL灭活的菌液模板。
荧光定量扩增程序为:95℃30s;95℃5s、60℃30s,45个循环。
(3)结果判定。阴性质控标准品没有扩增曲线,阳性质控标准品有扩增曲线,试验成立。
(4)结果读取。试剂盒检测不同种型的布鲁氏菌可行性结果见图2。由于检测样品均为布鲁氏菌,因此Cy5通道均存在扩增曲线。其余通道的荧光扩增曲线及Ct值结果表明,阴性质控标准品未存在扩增曲线,阳性质控标准品FAM通道存在扩增曲线,且Ct值为32.16(符合Ct值在31-33之间),表明本次试验对照成立。
检测结果表明,检测样品除Rev.1疫苗株外,其余菌株VIC通道均存在扩增曲线,FAM通道无扩增曲线或Ct值大于35;Rev.1疫苗株FAM通道存在扩增曲线,VIC通道无扩增曲线。
实施例4试剂盒的特异性考察
利用本发明试剂盒对大肠杆菌ATCC 25922,沙门氏菌H9812,耶尔森菌O9,单增李斯特菌ATCC 19115,炭疽杆菌Sterne,多杀巴氏杆菌(分离株)和布鲁氏菌Rev.1菌株进行特异性检测,并设阳性和阴性对照。
(1)划线培养不同细菌3-5d后,利用比浊仪调整菌株比浊度为0.5McF(约为3.0×108CFU/mL)。取100μL稀释的待测菌液经80℃热灭活60min。
(2)定量的灭活菌液为模板,将模板、A液和B液按比例混合,同时进行阴性质控标准品对照,按如下程序和体系进行扩增检测。
扩增体系为25μL/样品,具体包括:12μL A液,11μL B液,2μL灭活的菌液模板。
荧光定量扩增程序为:95℃30s;95℃5s、60℃30s,45个循环。
(3)结果判定。阴性质控标准品没有扩增曲线,阳性质控标准品有扩增曲线,试验成立。
(4)结果读取。试剂盒检测不同种细菌的结果见图3。由于检测样品是否为布鲁氏菌,因此主要看Cy5通道是否存在扩增曲线及Ct值。结果表明,除布鲁氏菌Rev.1外,其余菌株Cy5通道均没有扩增曲线,表明探针特异性良好。
虽然,上文中已经用一般性说明及具体实施方案对本发明作了详尽的描述,但在本发明基础上,可以对之做一些修改或改进,这对本领域技术人员而言是显而易见的。因此,在不偏离本发明精神的基础上所做的这些修改或改进,均属于本发明要求保护的范围。
参考文献:
1.Nelson-Jones A.Brucellosis[J].Postgrad Med J,1952.28(324):529-34.
2.SCHURIG G G,ROOP R M,2ND,BAGCHI T,et al.Biological properties ofRB51;a stable rough strain of Brucella abortus[J].Vet Microbiol,1991,28(2):171-88
3.KEPPIE J,WITT K,SMITH H.The effect of erythritol on the growth ofS19 and other attenuated strains of Brucella abortus[J].Res Vet Sci,1967,8(3):294-6.
4.ALTON G G.Duration of the immunity produced in goats by theRev.1Brucella melitensis vaccine[J].J Comp Pathol,1966,76(3):241-53.
5.丁家波,冯忠武.动物布鲁氏菌病疫苗应用现状及研究进展[J].生命科学,2013,25(1):9.
6.BLASCO J M.A review of the use of B.melitensis Rev 1vaccine inadult sheep and goats[J].Prev Vet Med,1997,31(3-4):275-83.
7.BANAI M.Control of small ruminant brucellosis by use of Brucellamelitensis Rev.1vaccine:laboratory aspects and field observations[J].VetMicrobiol,2002,90(1-4):497-519.
Claims (10)
1.用于检测布鲁氏菌疫苗株Rev.1的特异性引物对,其特征在于,包括如SEQ IDNO:4所示的上游引物和如SEQ ID NO:5所示的下游引物。
2.用于检测布鲁氏菌疫苗株Rev.1的引物和探针组合,其特征在于,包括如SEQ ID NO:4所示的上游引物和如SEQ ID NO:5所示的下游引物,以及如SEQ ID NO:6和7所示的探针。
3.用于检测布鲁氏菌的特异性引物对,其特征在于,包括如SEQ ID NO:1所示的上游引物和如SEQ ID NO:2所示的下游引物。
4.用于检测布鲁氏菌的引物和探针组合,其特征在于,包括如SEQ ID NO:1所示的上游引物和如SEQ ID NO:2所示的下游引物,以及如SEQ ID NO:3所示的探针。
5.含有权利要求1或3所述引物对、或者权利要求2或4所述引物和探针组合的检测试剂或试剂盒。
6.鉴别布鲁氏菌疫苗株Rev.1的RT-PCR试剂盒,其特征在于,所述试剂盒包括用于检测布鲁氏菌的特异性引物对SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2和探针SEQ ID NO:3,以及用于检测布鲁氏菌疫苗株Rev.1的特异性引物对SEQ ID NO:4和SEQ ID NO:5以及探针对SEQ ID NO:6-7,分别为:
SEQ ID NO:1:5’-ACAGTGACCATCCTCCTGAT-3’
SEQ ID NO:2:5’-TGTTGCGGTAAAGTGTGTAGAG-3’
SEQ ID NO:3:5’-Cy5-CCGTGTCATGACGGCGATGGAA-BHQ-1-3’
SEQ ID NO:4:5’-AGCACCAGGGCCTGCAT-3’
SEQ ID NO:5:5’-GGGCGACAAGGATTTTTCC-3’
SEQ ID NO:6:5’-VIC-ACAGGAGACCACC-MGB-3’
SEQ ID NO:7:5’-FAM-AGGAGACCGCCTTC-MGB-3’。
7.根据权利要求6所述的RT-PCR试剂盒,其特征在于,所述试剂盒还包括反应缓冲液、probe taq酶、阳性质控标准品和阴性质控标准品;
其中,所述阳性质控标准品由布鲁氏菌疫苗株Rev.1调整比浊度,其菌含量为3.0×105-9.0×105CFU/mL,经80℃热灭活60min或100℃热灭活15min制成;
所述阴性质控标准品为灭菌双蒸水。
8.非诊断目的布鲁氏菌疫苗株Rev.1的RT-PCR检测方法,其特征在于,包括如下步骤:
(1)提取待测样本的基因组DNA;
(2)以提取的DNA为模板,利用权利要求6或7所述的RT-PCR试剂盒,进行扩增并收集FAM、VIC和Cy5信号;
(3)结果判定:阳性质控标准品FAM和Cy5信号存在扩增曲线,VIC信号不存在扩增曲线,Ct值为31-35之间,阴性质控标准品未存在扩增曲线;否则试验失败,需重做;
对于待测样本而言,FAM信号存在扩增曲线且Ct值<35,VIC信号不存在扩增曲线,且Cy5信号存在扩增曲线,则待测样本为布鲁氏菌Rev.1疫苗株;
对于待测样本而言,FAM信号不存在扩增曲线或Ct值>35,VIC信号存在扩增曲线,且Cy5信号存在扩增曲线,则待测样本为除Rev.1疫苗株外的其他布鲁氏菌菌株;
对于待测样本而言,FAM信号存在扩增曲线且Ct值<35,VIC信号存在扩增曲线,且Cy5信号且Ct值<35存在扩增曲线,则待测样本为混合Rev.1疫苗株和其他布鲁氏菌菌株;
对于待测样本而言,Cy5信号不存在扩增曲线,或Ct值>35,无论FAM和VIC信号是否有扩增曲线,则待测样本均为非布鲁氏菌。
9.根据权利要求8所述的方法,其特征在于,扩增条件为:95℃预变性30s;95℃变性5s,60℃退火及延伸30s,45个循环,每个循环结束时收集荧光信号。
10.根据权利要求8或9所述的方法,其特征在于,所述待测样本包括菌体培养物、血液、血清、奶样、组织、气溶胶。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN202310249991.6A CN116590436B (zh) | 2023-03-15 | 2023-03-15 | 鉴别布鲁氏菌疫苗株Rev.1的RT-PCR试剂盒 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN202310249991.6A CN116590436B (zh) | 2023-03-15 | 2023-03-15 | 鉴别布鲁氏菌疫苗株Rev.1的RT-PCR试剂盒 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
CN116590436A CN116590436A (zh) | 2023-08-15 |
CN116590436B true CN116590436B (zh) | 2024-02-06 |
Family
ID=87610490
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
CN202310249991.6A Active CN116590436B (zh) | 2023-03-15 | 2023-03-15 | 鉴别布鲁氏菌疫苗株Rev.1的RT-PCR试剂盒 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
CN (1) | CN116590436B (zh) |
Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2006097347A2 (en) * | 2005-03-17 | 2006-09-21 | Instituto Científico Y Tecnológico De Navarra, S.A. | Methods for detecting, identifying and differentiating species and vaccine strains of the brucella genus |
CN111778342A (zh) * | 2020-08-14 | 2020-10-16 | 新疆畜牧科学院兽医研究所(新疆畜牧科学院动物临床医学研究中心) | 鉴定布鲁氏菌病疫苗株与野毒株的引物、探针及试剂盒 |
CN115786541A (zh) * | 2022-07-14 | 2023-03-14 | 天津健博生物科技有限公司 | 鉴别布鲁氏菌疫苗株a19的snp分子标记、引物探针、试剂盒、方法和应用 |
-
2023
- 2023-03-15 CN CN202310249991.6A patent/CN116590436B/zh active Active
Patent Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2006097347A2 (en) * | 2005-03-17 | 2006-09-21 | Instituto Científico Y Tecnológico De Navarra, S.A. | Methods for detecting, identifying and differentiating species and vaccine strains of the brucella genus |
CN111778342A (zh) * | 2020-08-14 | 2020-10-16 | 新疆畜牧科学院兽医研究所(新疆畜牧科学院动物临床医学研究中心) | 鉴定布鲁氏菌病疫苗株与野毒株的引物、探针及试剂盒 |
CN115786541A (zh) * | 2022-07-14 | 2023-03-14 | 天津健博生物科技有限公司 | 鉴别布鲁氏菌疫苗株a19的snp分子标记、引物探针、试剂盒、方法和应用 |
Non-Patent Citations (2)
Title |
---|
分子生物学技术在布鲁菌种型鉴定上的应用;许邹亮等;动物医学进展;33(1);98-101 * |
布鲁氏菌荧光定量PCR检测方法的建立及应用;崔玉花;《中国优秀硕士学位论文全文数据库(电子期刊)》医药卫生科技辑;摘要,第38-41页 * |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
CN116590436A (zh) | 2023-08-15 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
CN110229932B (zh) | 非洲猪瘟病毒核酸免提取荧光等温扩增检测试剂盒 | |
CN107245531B (zh) | 腹泻病原体多重基因检测体系及其试剂盒和应用 | |
NL2031171B1 (en) | Primer, Probe and Application for Identifying Brucella Vaccine Strain A 19 and Wild Strain | |
CN110699489B (zh) | 非洲猪瘟病毒cd2v基因的实时荧光pcr检测引物探针组、试剂盒及方法 | |
CN112739833B (zh) | 利用巢式RPA技术检测SARS-CoV-2的引物对、探针、试剂盒及其应用 | |
CN112779344B (zh) | 酶切探针恒温检测呼吸道感染细菌病原体的试剂盒 | |
CN110714090A (zh) | 一种检测血浆中血流感染病原体游离核酸的试剂盒 | |
CN107083446B (zh) | 腹泻病原菌多重基因检测体系及其试剂盒和应用 | |
CN113186312B (zh) | 一种区分布鲁氏菌a19疫苗株与野毒株的分子标记 | |
CN108048600B (zh) | 一种牛传染性鼻气管炎病毒的荧光定量pcr检测方法 | |
CN113186308B (zh) | 一种检测布鲁氏菌阿米卡星耐药性rt-pcr试剂盒及其使用方法 | |
CN114790490A (zh) | 一种可区分牛种和羊种布鲁氏菌的分子标记和检测方法 | |
CN110607398B (zh) | 一种荧光可视化快速检测猪流行性腹泻病毒的rt-lamp试剂盒 | |
CN116590436B (zh) | 鉴别布鲁氏菌疫苗株Rev.1的RT-PCR试剂盒 | |
CN116814857A (zh) | 猫细小病毒及其试剂盒和荧光重组酶聚合酶扩增的方法 | |
CN116904628A (zh) | 一种用于检测大熊猫三种致病菌的引物组合、试剂盒及其检测方法 | |
CN117467781B (zh) | 与布鲁氏菌复方新诺明耐药性相关的snp标记、pcr引物对和探针对、试剂盒及其应用 | |
CN113549709A (zh) | 利用巢式RPA技术检测SARS-CoV-2的引物对、探针、试剂盒及其应用 | |
CN110157836B (zh) | 一种检测ibrv和bvdv的引物、探针及方法 | |
CN111304342A (zh) | 一种鉴别布鲁氏菌猪种s2疫苗株与其他种属野毒株的pcr试剂盒及其使用方法 | |
CN111500774A (zh) | 一种流行性出血病病毒及血清型鉴定rt-pcr试剂盒 | |
CN117947188B (zh) | 与布鲁氏菌链霉素耐药性相关的snp分子标记、引物、探针试剂盒及应用 | |
CN114657273B (zh) | 一种检测多种牛乳腺炎病原的引物对和探针组合及其应用 | |
Benga et al. | Differentiation among the most important Rodentibacter species by multiplex PCR assays targeting the ITSile+ ala sequences of the rRNA operons | |
WO2024053642A1 (ja) | フソバクテリウム・ヌクレアタムの検出方法及びフソバクテリウム・ヌクレアタム亜種ヌクレアタムの検出方法 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
PB01 | Publication | ||
PB01 | Publication | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
GR01 | Patent grant | ||
GR01 | Patent grant |