CN116554315A - 抗新型冠状病毒的抗体、检测新型冠状病毒试剂和试剂盒 - Google Patents
抗新型冠状病毒的抗体、检测新型冠状病毒试剂和试剂盒 Download PDFInfo
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Abstract
本发明公开了一种抗新型冠状病毒的抗体、检测新型冠状病毒试剂和试剂盒,涉及抗体技术领域。本发明公开的抗新型冠状病毒的抗体包括重链互补决定区和轻链互补决定区。该抗体对新型冠状病毒的N蛋白的亲和力较好,使用该抗体检测新型冠状病毒具有较好的灵敏度和特异性。本发明为新型冠状病毒的检测提供了更为优秀的抗体选择。
Description
本申请是针对申请号为:202111315855.X,(发明名称为:抗新型冠状病毒的抗体、检测新型冠状病毒试剂和试剂盒,申请日:2021-11-08)提出的分案申请。
技术领域
本发明涉及抗体技术领域,具体而言,涉及一种抗新型冠状病毒的抗体、检测新型冠状病毒试剂和试剂盒。
背景技术
新型冠状病毒SARS-CoV-2的结构蛋白分为:刺突糖蛋白(S蛋白)、包膜糖蛋白(E蛋白)、膜糖蛋白(M蛋白)和核衣壳蛋白(N蛋白),这些蛋白包括多个抗原表位。N蛋白与病毒基因组RNA相互缠绕形成病毒核衣壳,在病毒RNA的合成过程中发挥着重要的作用。同时,N蛋白相对保守,在病毒的结构蛋白中所占比例最大,感染早期机体就能产生抗N蛋白的高水平抗体。最后,N蛋白是新型冠状病毒重要的标志蛋白,利用抗原与抗体特异性结合的原理,可通过N蛋白单克隆抗体检测抗原的存在,从而直接证明样本中含有新型冠状病毒,实现新型冠状病毒的检测。
检测的抗体主要分为IgM和IgG两类。目前对新型冠状病毒的这两类抗体的产生和持续时间尚缺乏系统性研究。通常情况下,IgM抗体产生早,一经感染,快速产生,维持时间短,消失快,血液中检测阳性可反应机体处于急性感染状态,可作为早期感染的指标。与核酸检测方法相比,抗体检测样本为血清或血浆,受样本采样的影响较小,有利于早期诊断和排除可疑病例,同时检测快速、方便。
目前主要以核酸检测和病毒基因测序为病原学确诊证据,由于采样、操作以及试剂等多方面因素影响,及核酸检测对仪器设备、检测场地及环境条件要求高,存在检测时间长、通量低等缺点。因此,迫切需要研发出一种快速便捷检测试剂盒用于临床检测。因此,抗体检测试剂盒变得更为重要。
目前SARS-CoV-2N蛋白单克隆抗体产品较少,性能存在差异。
鉴于此,特提出本发明。
发明内容
本发明旨在提供一种抗新型冠状病毒的抗体、检测新型冠状病毒试剂和试剂盒,该抗体可以特异性结合新型冠状病毒的N蛋白,对其具有较高的亲和力,用该抗体检测新型冠状病毒具有较好的灵敏度和特异性。本发明为新型冠状病毒的检测提供了更为丰富的抗体选择。
为了实现上述目的,根据本发明的一个方面,提供了一种抗新型冠状病毒或其N蛋白的抗体或其功能性片段,所述抗体或其功能性片段具有如下互补决定区:
HCDR1,其包含SEQ ID NO.1所示的氨基酸序列,或由其组成;
HCDR2,其包含SEQ ID NO.2或21所示的氨基酸序列,或由其组成;
HCDR3,其包含SEQ ID NO.3所示的氨基酸序列,或由其组成;
LCDR1,其包含SEQ ID NO.4所示的氨基酸序列,或由其组成;
LCDR2,其包含SEQ ID NO.5或22所示的氨基酸序列,或由其组成;
LCDR3,其包含SEQ ID NO.6所示的氨基酸序列,或由其组成。
进一步地,所述抗体或其功能性片段还具有以下的框架区:
HFR1氨基酸序列如SEQ ID NO:7、23任一所示,或与其具有至少80%同源性;
HFR2氨基酸序列如SEQ ID NO:8所示或与其具有至少80%同源性;
HFR3氨基酸序列如SEQ ID NO:9所示或与其具有至少80%同源性;
HFR4氨基酸序列如SEQ ID NO:10所示或与其具有至少80%同源性;
LFR1氨基酸序列如SEQ ID NO:11所示或与其具有至少80%同源性;
LFR2氨基酸序列如SEQ ID NO:12所示或与其具有至少80%同源性;
LFR3氨基酸序列如SEQ ID NO:13所示或与其具有至少80%同源性;
LFR4氨基酸序列如SEQ ID NO:14所示或与其具有至少80%同源性。
为了实现上述目的,根据本发明的第二个方面,提供了一种抗新型冠状病毒或其N蛋白的抗体或其功能性片段,所述抗体或其功能性片段包含重链可变区和/或轻链可变区,所述重链可变区含有HFR1-HCDR1-HFR2-HCDR2-HFR3-HCDR3-HFR4的序列结构,所述轻链可变区区含有LFR1-LCDR1-LFR2-LCDR2-LFR3-LCDR3-LFR4的序列结构,所述HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR 1、LCDR2、LCDR3的氨基酸序列为上述的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2、LCDR3的氨基酸序列,所述HFR1、HFR2、HFR3、HFR4、LFR1、LFR2、LFR3、LFR4的氨基酸序列为上述的HFR1、HFR2、HFR3、HFR4、LFR1、LFR2、LFR3、LFR4的氨基酸序列。
为了实现上述目的,根据本发明的第三个方面,提供了一种抗新型冠状病毒或其N蛋白的抗体,包括重链和/或轻链,所述重链包括上述的重链可变区和上述的重链恒定区;所述轻链包括上述的轻链可变区和上述的轻链恒定区。
为了实现上述目的,根据本发明的第四个方面,提供了一种抗体偶联物,所述抗体偶联物包括上述的抗体或其功能性片段。
为了实现上述目的,根据本发明的第五个方面,提供了一种检测新型冠状病毒或其N蛋白的试剂或试剂盒,所述试剂或试剂盒包括上述的抗体或其功能性片段或上述的抗体偶联物。
为了实现上述目的,本发明还提供了一种载体、一种重组细胞及一种制备上述抗体或其功能性片段的方法。
附图说明
为了更清楚地说明本发明实施例的技术方案,下面将对实施例中所需要使用的附图作简单地介绍,应当理解,以下附图仅示出了本发明的某些实施例,因此不应被看作是对范围的限定,对于本领域普通技术人员来讲,在不付出创造性劳动的前提下,还可以根据这些附图获得其他相关的附图。
图1为实施例1的抗新型冠状病毒的抗体的还原性SDS-PAGE的结果。
具体实施方式
本发明提供了一种抗新型冠状病毒或其N蛋白的抗体或其功能性片段,所述抗体或其功能性片段包括如下互补决定区:
HCDR1,其包含SEQ ID NO.1所示的氨基酸序列,或由其组成;
HCDR2,其包含SEQ ID NO.2或21所示的氨基酸序列,或由其组成;
HCDR3,其包含SEQ ID NO.3所示的氨基酸序列,或由其组成;
LCDR1,其包含SEQ ID NO.4所示的氨基酸序列,或由其组成;
LCDR2,其包含SEQ ID NO.5或22所示的氨基酸序列,或由其组成;
LCDR3,其包含SEQ ID NO.6所示的氨基酸序列,或由其组成。
在本发明中,术语“抗体”在最广义上使用,其可以包括全长单克隆抗体,双特异性或多特异性抗体,以及嵌合抗体,只要它们展示所需的生物学活性。
在本发明中,术语“互补性决定区”、“CDR”或“CDRs”是指免疫球蛋白的重链和轻链的高度可变区,指包含一种或多种或者甚至全部的对抗体或抗原结合片段与其识别的抗原或表位的结合亲和力起作用的主要氨基酸残基的区域。在本发明具体实施方式中,CDRs是指所述抗体的重链和轻链的高度可变区。
在本发明中,重链互补决定区用HCDR表示,其包括HCDR1、HCDR2和HCDR3;轻链互补决定区用LCDR表示,其包括LCDR1、LCDR2和LCDR3。本领域常用的CDR标示方法包括:Kabat编号方案、IMGT编号方案、Chothia和Lesk编号方案以及1997年Lefranc等人为免疫球蛋白超家族的所有蛋白质序列引入的新的标准化编号系统。Kabat等人是第一个为免疫球蛋白可变区提出标准化编号方案的人。在过去的几十年中,序列的积累导致了KABATMAN数据库的创建,Kabat编号方案通常被认为是编号抗体残基广泛采用的标准。本发明采用Kabat注释标准标示CDR区,但其他方法标示的CDR区也属于本发明的保护范围。
在本发明中,“框架区”或“FR”区包括重链框架区和轻链框架区,是指抗体重链可变区和轻链可变区中除CDR之外的区域;其中,重链框架区可以被进一步细分成被CDR分隔开的毗邻区域,包含HFR1、HFR2、HFR3和HFR4框架区;轻链框架区可以被进一步细分成被CDR分隔开的毗邻区域,包含LFR1、LFR2、LFR3和LFR4框架区。
在本发明中,重链可变区由以下编号的CDR与FR按如下组合排列连接获得:HFR1-HCDR1-HFR2-HCDR2-HFR3-HCDR3-HFR4;轻链可变区由以下编号的CDR与FR按如下组合排列连接获得:LFR1-LCDR1-LFR2-LCDR2-LFR3-LCDR3-LFR4。
在可选的实施方式中,所述抗体还或其功能性片段还具有以下的框架区:
HFR1氨基酸序列如SEQ ID NO:7、23任一所示,或与其具有至少80%同源性;
HFR2氨基酸序列如SEQ ID NO:8所示或与其具有至少80%同源性;
HFR3氨基酸序列如SEQ ID NO:9所示或与其具有至少80%同源性;
HFR4氨基酸序列如SEQ ID NO:10所示或与其具有至少80%同源性;和
LFR1氨基酸序列如SEQ ID NO:11所示或与其具有至少80%同源性;
LFR2氨基酸序列如SEQ ID NO:12所示或与其具有至少80%同源性;
LFR3氨基酸序列如SEQ ID NO:13所示或与其具有至少80%同源性;
LFR4氨基酸序列如SEQ ID NO:14所示或与其具有至少80%同源性。
需要说明的是,在其他的实施例中,本发明提供的抗体或其功能性片段的各骨架区氨基酸序列可以与上述对应骨架区(SEQ ID NO:7、8、9、10、11、12、13或14)具有至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%的同源性。例如,HFR1的氨基酸序列还可以是SEQ ID NO:23。
在可选的实施方式中,所述抗体或其功能性片段以KD≤10-9M的亲和力结合新型冠状病毒或其N蛋白。
在可选的实施方式中,所述抗体或其功能性片段以KD≤3.11*10-10M的亲和力结合新型冠状病毒或其N蛋白;
KD的检测参考本发明实施例中的方法进行。
另一方面,本发明实施例提供了一种抗新型冠状病毒或其N蛋白的抗体或其功能性片段,所述抗体或其功能性片段包含重链可变区和/或轻链可变区,所述重链可变区含有HFR1-HCDR1-HFR2-HCDR2-HFR3-HCDR3-HFR4的序列结构,所述轻链可变区含有LFR1-LCDR1-LFR2-LCDR2-LFR3-LCDR3-LFR4的序列结构,所述HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR 1、LCDR2、LCDR3的氨基酸序列为上述的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2、LCDR3的氨基酸序列,所述HFR1、HFR2、HFR3、HFR4、LFR1、LFR2、LFR3、LFR4的氨基酸序列为上述的HFR1、HFR2、HFR3、HFR4、LFR1、LFR2、LFR3、LFR4的氨基酸序列。
在可选的实施方式中,所述重链可变区氨基酸序列如SEQ ID NO:15、24、25、26任一所示;
在可选的实施方式中,所述轻链可变区氨基酸序列如SEQ ID NO:16、27任一所示。
在可选的实施方式中,所述抗体还包含恒定区。
在可选的实施方式中,所述恒定区包括重链恒定区和/或轻链恒定区。
在可选的实施方式中,所述重链恒定区选自IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA、IgM、IgE或IgD的重链恒定区,所述轻链恒定区选自κ型或λ型轻链恒定区。
在可选的实施方式中,所述恒定区的种属来源为牛、马、乳牛、猪、绵羊、山羊、大鼠、小鼠、狗、猫、兔、骆驼、驴、鹿、貂、鸡、鸭、鹅、火鸡、斗鸡或人。
在可选的实施方式中,所述恒定区的种属来源为小鼠。
在可选的实施方式中,所述重链恒定区序列(CH)如SEQ ID NO:17所示,所述轻链恒定区(CL)序列如SEQ ID NO:18所示。
需要说明的是,在其他的实施例中,所述恒定区序列可以与上述恒定区(SEQ IDNO:17或18)具有至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%的同源性。例如,重链恒定区还可以是SEQ ID NO:32。
在可选的实施方式中,所述功能性片段选自所述抗体的VHH、F(ab’)2、Fab’、Fab、Fv和scFv中的任意一种。
上述抗体的功能性片段通常具有与其来源抗体相同的结合特异性。本领域技术人员根据本发明记载的内容容易理解到,上述抗体的功能性片段可以通过比如酶消化的方法(包括胃蛋白酶或木瓜蛋白酶)和/或通过化学还原分裂二硫键的方法获得。在本发明公开了完整抗体的结构基础上,本领域技术人员容易获得上述的功能性片段。
上述抗体的功能性片段还可以通过也是本领域技术人员所知的重组遗传学技术或通过例如自动肽合成仪,比如Applied BioSystems等销售的自动肽合成仪合成获得。
另一方面,本发明提供一种抗新型冠状病毒或其N蛋白的抗体,包括重链和/或轻链,所述重链包括上述的重链可变区和上述的重链恒定区;所述轻链包括上述的轻链可变区和上述的轻链恒定区。
在可选的实施方式中,所述重链的氨基酸序列如SEQ ID NO:19、28、29、30、33任一所示;所述轻链的氨基酸序列如SEQ ID NO:20、31任一所示。
另一方面,本发明提供一种抗体偶联物,所述抗体偶联物包括上述的抗体或其功能性片段。
在可选的实施方式中,上述抗体偶联物中所述抗体或其功能性片段标记有可被检测的标记物。
可被检测的标记物是指具有能够被肉眼直接观察或被仪器检测或探测到的特性例如发光、显色、放射性等特性的一类物质,通过该特性可以实现对相应目标物的定性或定量检测。
在可选的实施方式中,所述可被检测的标记物包括但不限于荧光染料、催化底物显色的酶、放射性同位素、化学发光试剂和纳米颗粒类标记物。
在实际的使用过程中,本领域技术人员可以根据检测条件或实际需要选择合适的标记物,无论使用何种标记物,其均属于本发明的保护范围。
在可选的实施方式中,所述荧光染料包括但不限于荧光素类染料及其衍生物(例如包括但不限于异硫氰酸荧光素(FITC)羟基光素(FAM)、四氯光素(TET)等或其类似物)、罗丹明类染料及其衍生物(例如包括但不限于红色罗丹明(RBITC)、四甲基罗丹明(TAMRA)、罗丹明B(TRITC)等或其类似物)、Cy系列染料及其衍生物(例如包括但不限于Cy2、Cy3、Cy3B、Cy3.5、Cy5、Cy5.5、Cy3等或其类似物)、Alexa系列染料及其衍生物(例如包括但不限于AlexaFluor350、405、430、488、532、546、555、568、594、610、33、647、680、700、750等或其类似物)和蛋白类染料及其衍生物(例如包括但不限于藻红蛋白(PE)、藻蓝蛋白(PC)、别藻蓝蛋白(APC)、多甲藻黄素-叶绿素蛋白(preCP)等)。
在可选的实施方式中,所述催化底物显色的酶包括但不限于辣根过氧化物酶、碱性磷酸酶、β-半乳糖苷酶、葡萄糖氧化酶、碳酸酐酶、乙酰胆碱酯酶以及6-磷酸葡萄糖脱氧酶。
在可选的实施方式中,所述放射性同位素包括但不限于212Bi、131I、111In、90Y、186Re、211At、125I、188Re、153Sm、213Bi、32P、94mTc、99mTc、203Pb、67Ga、68Ga、43Sc、47Sc、110mIn、97Ru、62Cu、64Cu、67Cu、68Cu、86Y、88Y、121Sn、161Tb、166Ho、105Rh、177Lu、172Lu和18F。
在可选的实施方式中,所述化学发光试剂包括但不限于鲁米诺及其衍生物、光泽精、甲壳动物荧光素及其衍生物、联吡啶钌及其衍生物、吖啶酯及其衍生物、二氧环乙烷及其衍生物、洛粉碱及其衍生物和过氧草酸盐及其衍生物。
在可选的实施方式中,所述纳米颗粒类标记物包括但不限于纳米颗粒、胶体、有机纳米颗粒、磁性纳米颗粒、量子点纳米颗粒和稀土络合物纳米颗粒。
在可选的实施方式中,所述胶体包括但不限于胶体金属、分散型染料、染料标记的微球和乳胶。
在可选的实施方式中,所述胶体金属包括但不限于胶体金、胶体银和胶体硒。
在可选的实施方式中,上述抗体偶联物中所述抗体或其功能性片段包被至固相。
在可选的实施方式中,所述固相选自微球、板和膜。
在可选的实施方式中,所述固相包括但不限于磁性微球、塑料微球、塑胶微粒、微孔板、玻璃、毛细管、尼龙和硝酸纤维素膜。
在可选的实施方式中,所述固相为磁性微球。
另一方面,本发明提供一种检测新型冠状病毒或其N蛋白的试剂或试剂盒,所述试剂或试剂盒包括上述的抗体或其功能性片段或上述的抗体偶联物。
另一方面,本发明提供上述试剂或试剂盒在新型冠状病毒或其N蛋白检测中的用途。
另一方面,本发明提供一种编码上述抗体或其功能性片段的核酸分子。
另一方面,本发明提供含有上述核酸分子的载体。
另一方面,本发明提供含有上述载体的重组细胞。
另一方面,本发明提供一种制备抗体或其功能性片段的方法,其包括:培养如上所述的重组细胞,从培养产物中分离纯化得到所述抗体或其功能性片段。
在本发明公开了抗体或其功能性片段的氨基酸序列的基础上,本领域技术人员容易想到采用基因工程技术或其他技术(化学合成、重组表达)制备得到该抗体或其功能性片段,例如从能够重组表达如上任一项所述的抗体或其功能性片段的重组细胞的培养产物中分离纯化得到该抗体或其功能性片段,这对本领域技术人员来说是容易实现的,基于此,无论采用何种技术制备本发明的抗体或其功能性片段,其均属于本发明的保护范围。
为使本发明实施例的目的、技术方案和优点更加清楚,下面将对本发明实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述。实施例中未注明具体条件者,按照常规条件或制造商建议的条件进行。所用试剂或仪器未注明生产厂商者,均为可以通过市售购买获得的常规产品。
除非另有定义,否则本文使用的所有技术和科学术语具有与本公开内容所属领域的普通技术人员通常理解的含义相同的含义。尽管与本文描述的那些方法和材料类似或等同的任何方法和材料都可用于本文的制剂或单位剂量的实践或测试,但现在描述一些方法和材料。除非另有说明,否则本文采用或考虑的技术是标准方法。材料、方法和实例仅是说明性而非限制性的。
除非另外指明,否则实践本发明将采用细胞生物学、分子生物学(包含重组技术)、微生物学、生物化学和免疫学的常规技术,所述常规技术在本领域技术人员的能力范围内。文献中充分解释了这种技术,如《分子克隆:实验室手册(Molecular Cloning:ALaboratory Manual)》,第二版(Sambrook等人,1989);《寡核苷酸合成(OligonucleotideSynthesis)》(M.J.Gait编,1984);《动物细胞培养(Animal Cell Culture)》(R.I.Freshney编,1987);《酶学方法(Methods in Enzymology)》(学术出版社有限公司(Academic Press,Inc.);《实验免疫学手册(Handbook of Experimental Immunology)》(D.M.Weir和C.C.Blackwell编);《哺乳动物细胞用基因转移载体(Gene Transfer Vectors forMammalian Cells)》(J.M.Miller和M.P.Calos编,1987);《当代分子生物学方法(CurrentProtocols in Molecular Biology)》(F.M.Ausubel等人编,1987);《PCR:聚合酶链反应(PCR:The Polymerase Chain Reaction)》(Mullis等人编,1994);以及《当代免疫学方法(Current Protocols in Immunology)》(J.E.Coligan等人编,1991),所述文献中的每个文献均通过引用明确并入本文中。
以下结合实施例对本发明的特征和性能作进一步的详细描述。
实施例1抗体3E50-1的制备
本实施例中限制性内切酶、Prime Star DNA聚合酶购自Takara公司。MagExtractor-RNA提取试剂盒购自TOYOBO公司。BD SMARTTM RACE cDNA AmplificationKit试剂盒购自Takara公司。pMD-18T载体购自Takara公司。质粒提取试剂盒购自天根公司。引物合成和基因测序由Invitrogen公司完成。
1重组质粒的构建
(1)抗体基因制备
从分泌抗新型冠状病毒N蛋白的抗体的杂交瘤细胞株中提取mRNA,通过RT-PCR方法获得DNA产物,该产物用rTaq DNA聚合酶进行加A反应后插入到pMD-18T载体中,转化到DH5α感受态细胞中,长出菌落后分别取Heavy Chain及Light Chain基因克隆,各4个克隆送基因测序公司进行测序。
(2)抗体可变区基因的序列分析
将上述测序得到的基因序列放在IMGT抗体数据库中进行分析,并利用VNTI11.5软件进行分析确定重链和轻链引物对扩增出的基因都是正确的,其中Light Chain扩增出的基因片段中,VL基因序列为342bp,属于VkII基因家族,其前方有57bp的前导肽序列;HeavyChain引物对扩增出的基因片段中,VH基因序列为336bp,属于VH1基因家族,其前方有57bp的前导肽序列。
(3)重组抗体表达质粒的构建
pcDNATM 3.4vector为构建的重组抗体真核表达载体,该表达载体已经引入HindIII、BamHI、EcoRI等多克隆酶切位点,并命名为pcDNA3.4A表达载体,后续简称3.4A表达载体;根据上述pMD-18T中抗体可变区基因测序结果,设计该抗体的VL和VH基因特异性引物,两端分别带有HindIII、EcoRI酶切位点和保护碱基,通过PCR扩增方法扩出0.72kb的Light Chain基因片段和1.41kb的Heavy Chain基因片段。
Heavy Chain和Light Chain基因片段分别采用HindIII/EcoRI双酶切,3.4A载体采用HindIII/EcoRI双酶切,将片段和载体纯化回收后Heavy Chain基因和Light Chain基因分别连接3.4A表达载体中,分别得到Heavy Chain和Light Chain的重组表达质粒。
2稳定细胞株筛选
(1)重组抗体表达质粒瞬时转染CHO细胞,确定表达质粒活性
质粒用超纯水稀释至400ng/ml,调节CHO细胞1.43×107cells/ml于离心管中,100μL质粒与700μL细胞混合,转入电转杯,电转,第3、5、7天取样计数,第7天收样检测。
包被液稀释SARS-CoV-2N蛋白抗原到1μg/ml,每孔100μL,4℃过夜;次日,洗涤液清洗2次,拍干;加入封闭液(20%BSA+80%PBS),每孔120μL,37℃,1h,拍干;加入稀释后的细胞上清,100μL/孔,37℃,30min(部分上清1h);洗涤液清洗5次,拍干;加入羊抗鼠IgG-HRP,每孔100μL,37℃,30min;洗涤液清洗5次,拍干;加入显色液A液(50μL/孔,含柠檬酸+醋酸钠+乙酰苯胺+过氧化脲),加入显色液B液(50μL/孔,含柠檬酸+EDTA·2Na+TMB+浓HCL),10min;加入终止液(50μL/孔,含EDTA·2Na+浓H2SO4);酶标仪上450nm(参考630nm)处读OD值。结果显示细胞上清稀释1000倍后反应OD仍大于1.0,未加细胞上清孔反应OD小于0.1,表明质粒瞬转后产生的抗体对SARS-CoV-2N蛋白抗原有活性。
(2)重组抗体表达质粒线性化
准备下述试剂:Buffer 50μL、DNA 100μg/管、PuvⅠ酶10μL、无菌水补至500μL,37℃水浴酶切过夜;先用等体积酚/氯仿/异戊醇(下层)25:24:1,再用氯仿(水相)依次进行抽提;0.1倍体积(水相)3M醋酸钠和2倍体积乙醇冰上沉淀,70%乙醇漂洗沉淀,去除有机溶剂,待乙醇挥发完全用适量的灭菌水进行复融,最后进行浓度的测定。
(3)重组抗体表达质粒稳定转染,加压筛选稳定细胞株
质粒用超纯水稀释至400ng/ml,调节CHO细胞1.43×107cells/ml于离心管中,100μL质粒与700μL细胞混合,转入电转杯,电转,次日计数;25umol/L MSX 96孔加压培养约25天。
显微镜下观察标记长有细胞的克隆孔,并记录汇合度;取培养上清,送样检测;挑选抗体浓度、相对浓度高的细胞株转24孔,3天左右转6孔;3天后保种批培,调整细胞密度0.5×106cells/ml,2.2ml进行批培养,细胞密度0.3×106cells/ml,2ml进行保种;7天6孔批培上清送样检测,挑选抗体浓度及细胞直径较小的细胞株转TPP保种传代。
3重组抗体生产
(1)细胞扩培
细胞复苏之后先在125ml规格的摇瓶中培养,接种体积为30ml,培养基为100%Dynamis培养基,放置于转速120r/min,温度为37℃,二氧化碳为8%的摇床中。培养72h,以50万cells/ml接种密度接种扩培,扩培体积根据生产需求进行计算,培养基为100%Dynamis培养基。之后每72h扩培一次。当细胞量满足生产需求时,严格控制接种密度为50万cells/ml左右进行生产。
(2)摇瓶生产及纯化
摇瓶参数:转速120r/min,温度为37℃,二氧化碳为8%。流加补料:在摇瓶中培养至72h时开始每天补料,HyCloneTM Cell BoostTM Feed 7a每天流加初始培养体积的3%,Feed 7b每天流加量为初始培养体积的千分之一,一直补到第12天(第12天补料)。葡萄糖在第六天补加3g/L。第13天收样。用proteinA亲和层析柱进行亲和纯化。取4μg纯化的抗体进行还原性SDS-PAGE,4μg外来对照抗体作为对照,电泳图如图1所示,在还原性SDS-PAGE后显示两条带,1条Mr为50KD(重链,SEQ ID NO:19),另一条Mr为28KD(轻链,SEQ ID NO:20)。
在实施例1的抗新型冠状病毒抗体(3E50-1)基础上,对互补决定区进行单点饱和突变,经活性筛选得到3E50-2、3E50-3、3E50-4三个突变抗体,进一步对上述4个抗体的框架区进行突变优化,经活性筛选得到3E50-A、3E50-B、3E50-C、3E50-D。
表1抗体3E50-1及其突变体的序列
抗体编号 | 重链 | 轻链 |
3E50-1 | SEQ ID NO:19 | SEQ ID NO:20 |
3E50-2 | SEQ ID NO:29 | SEQ ID NO:20 |
3E50-3 | SEQ ID NO:29 | SEQ ID NO:31 |
3E50-4 | SEQ ID NO:19 | SEQ ID NO:31 |
3E50-A | SEQ ID NO:28 | SEQ ID NO:20 |
3E50-B | SEQ ID NO:30 | SEQ ID NO:20 |
3E50-C | SEQ ID NO:30 | SEQ ID NO:31 |
3E50-D | SEQ ID NO:28 | SEQ ID NO:31 |
3E50-E | SEQ ID NO:33 | SEQ ID NO:20 |
实施例2
抗体的性能检测
(1)抗体3E50-1及其突变体的活性检测
对表1中的抗体结合活性检测:
包被液(主要成分NaHCO3)稀释SARS-CoV-2N蛋白抗原到1μg/ml进行微孔板包被,每孔100μl,4℃过夜;次日,洗涤液清洗2次,拍干;加入封闭液(20%BSA+80%PBS),每孔120μl,37℃,1h,拍干;加入稀释后的表1中的单克隆抗体,100μl/孔,37℃,30min-60min;洗涤液清洗5次,拍干;加入羊抗鼠IgG-HRP,每孔100μl,37℃,30min;洗涤液(PBS)清洗5次,拍干;加入显色液A液(50μl/孔,含2.1g/L柠檬酸、12.25g/L柠檬酸、0.07g/L乙酰苯胺和0.5g/L过氧化脲),加入显色液B液(50μl/孔,含1.05g/L柠檬酸、0.186g/LEDTA·2Na、0.45g/LTMB和0.2ml/L浓HCl),10min;加入终止液(50μl/孔,含0.75g/EDTA·2Na和10.2ml/L浓H2SO4);酶标仪上450nm(参考630nm)处读OD值。结果见下表2。
表2 3E50-1抗体及其突变体的活性数据
抗体浓度(ng/ml) | 5000 | 1000 | 500 | 250 | 125 | 0.00 |
3E50-1 | 1.429 | 1.289 | 1.184 | 0.882 | 0.440 | 0.025 |
3E50-2 | 1.409 | 1.174 | 1.163 | 0.867 | 0.437 | 0.027 |
3E50-3 | 1.371 | 1.238 | 1.128 | 0.832 | 0.420 | 0.029 |
3E50-4 | 1.359 | 1.227 | 1.118 | 0.825 | 0.421 | 0.023 |
3E50-A | 1.697 | 1.559 | 1.423 | 1.090 | 0.811 | 0.021 |
3E50-B | 1.685 | 1.522 | 1.386 | 1.082 | 0.789 | 0.024 |
3E50-C | 1.594 | 1.475 | 1.320 | 1.054 | 0.739 | 0.028 |
3E50-D | 1.542 | 1.443 | 1.281 | 0.985 | 0.525 | 0.026 |
3E50-E | 1.691 | 1.541 | 1.412 | 1.075 | 0.800 | 0.023 |
(2)抗体及其突变体的亲和力检测
亲和力分析
利用AMC传感器,将纯化出来的抗体用PBST稀释到10μg/mL,SARS-CoV-2N蛋白抗原用PBST进行梯度稀释:1.41μg/mL、0.70μg/mL、0.35μg/mL、0.18μg/mL、0.09μg/mL、0.04μg/mL。
运行流程:缓冲液1(PBST)中平衡60s,抗体溶液中固化抗体300s,缓冲液2(PBST)中孵育180s,抗原溶液中结合420s,缓冲液2中解离1200s,用10mM pH 1.69GLY溶液及缓冲液3进行传感器再生,输出数据。KD表示平衡解离常数即亲和力;kon表示结合速率;kdis表示解离速率。结果见下表3。
表3亲和力检测数据
KD(M) | kon(1/Ms) | kdis(1/s) | |
3E50-1 | 3.11E-10 | 2.23E+06 | 6.94E-04 |
3E50-2 | 3.08E-10 | 1.67E+06 | 5.14E-04 |
3E50-3 | 2.60E-10 | 2.19E+06 | 5.70E-04 |
3E50-4 | 2.39E-10 | 2.05E+06 | 4.89E-04 |
3E50-A | 3.04E-10 | 2.34E+06 | 7.12E-04 |
3E50-B | 3.01E-10 | 1.69E+06 | 5.09E-04 |
3E50-C | 2.23E-10 | 2.20E+06 | 4.90E-04 |
3E50-D | 2.20E-10 | 2.15E+06 | 4.74E-04 |
3E50-E | 2.03E-10 | 3.49E+06 | 7.09E-04 |
(3)稳定性考核
将上述抗体置于4℃(冰箱)、-80℃(冰箱)、37℃(恒温箱)放置21天,取7天、14天、21天样品进行状态观察,并对21天样品进行活性检测,结果显示三种考核条件下抗体放置21天均未见明显蛋白状态变化,活性也未随考核温度的升高呈下降趋势,说明上述抗体稳定。下表4为3E50-A抗体考核21天的酶免活性检测OD结果。
表4
样品浓度(ng/ml) | 500 | 250 | 0 |
4℃,21天样品 | 1.109 | 0.814 | 0.026 |
-80℃,21天样品 | 1.121 | 0.834 | 0.030 |
37℃,21天样品 | 1.104 | 0.805 | 0.043 |
(4)新冠病毒的检测
将上述3E50-1抗体及其突变体作为标记抗体,6E8作为包被抗体(购自菲鹏),进行新冠病毒的检测。
1.标记
(1)胶体金制备:采用传统柠檬酸钠还原法,首先将氯金酸溶液加热至沸腾,迅速加入一定比例的柠檬酸三钠溶液,搅拌均匀,待溶液颜色变为酒红色且不再变化时停止加热,冷却至室温,得到浓度为万分之四的胶体金溶液;
(2)标记:向胶体金溶液中加入0.2M K2CO3溶液调节pH至6.0-7.5;
(3)离心:向调节pH后的胶体金溶液中加入标记抗体并混匀,后加入封闭剂,终止标记,离心10000rpm/7min/4℃,去上清;
(4)复溶:重悬至100uL,超声2-3次;
(5)铺金:将重悬得到的浓缩金稀释并铺于玻璃纤维素膜,然后放入冻干机冻干(1-2h)或者放入37℃干燥房干燥过夜。
2.包被
(1)将硝酸纤维素膜与胶体金PVC底板组装好备用;
(2)将包被抗体稀释至1.0-2.0mg/mL,用喷金画膜仪,在NC膜上均匀的画线,然后放入37℃恒温箱中进行干燥,至少干燥45min以上。组装切条,加样检测。
3.检测
(1)质控品:Lx-nCoVN,使用PBS稀释至25ng/ml,2ng/ml,0.5ng/ml,0.1ng/ml等。
(2)检测方法:使用胶体金试纸条进行检测。
4.验证3E50-1抗体及其突变体的检测灵敏度
表5
表5中,字母B代表不显色(未检出),字母C后的数字代表显色,数字越大,显色越弱(活性越低)。
3E50-1、3E50-2、3E50-3、3E50-4在100pg/mL时有明显检出(C7+显色),对25pg/mL能检出(C8显色),最低检测限可达10pg/ml。
3E50-A、3E50-B、3E50-C、3E50-D、3E50-E在25pg/mL时有明显检出(C7+显色),对10pg/mL能检出(C8显色),最低检测限可达5pg/ml。
以上所述仅为本发明的优选实施例而已,并不用于限制本发明,对于本领域的技术人员来说,本发明可以有各种更改和变化。凡在本发明的精神和原则之内,所作的任何修改、等同替换、改进等,均应包含在本发明的保护范围之内。
Claims (12)
1.一种抗新型冠状病毒或其N蛋白的抗体或其功能性片段,其特征在于,包含如下任意组的重链可变区和轻链可变区:
1)抗体1:重链可变区氨基酸序列如SEQ ID NO:26所示,轻链可变区氨基酸序列如SEQID NO:27所示;
2)抗体2:重链可变区氨基酸序列如SEQ ID NO:25所示,轻链可变区氨基酸序列如SEQID NO:27所示;
3)抗体3:重链可变区氨基酸序列如SEQ ID NO:24所示,轻链可变区氨基酸序列如SEQID NO:27所示;
4)抗体4:重链可变区氨基酸序列如SEQ ID NO:15所示,轻链可变区氨基酸序列如SEQID NO:27所示;
5)抗体5:重链可变区氨基酸序列如SEQ ID NO:26所示,轻链可变区氨基酸序列如SEQID NO:16所示;
6)抗体6:重链可变区氨基酸序列如SEQ ID NO:25所示,轻链可变区氨基酸序列如SEQID NO:16所示;
7)抗体7:重链可变区氨基酸序列如SEQ ID NO:24所示,轻链可变区氨基酸序列如SEQID NO:16所示;
8)抗体8:重链可变区氨基酸序列如SEQ ID NO:15所示,轻链可变区氨基酸序列如SEQID NO:16所示。
2.一种抗新型冠状病毒或其N蛋白的抗体或其功能性片段,包括HCDR1、HCDR2、HCDR3和LCDR1、LCDR2、LCDR3,其特征在于,所述HCDR1、HCDR2、HCDR3和LCDR1、LCDR2、LCDR3的氨基酸序列分别与权利要求1所述抗体或其功能性片段的HCDR1、HCDR2、HCDR3和LCDR1、LCDR2、LCDR3的氨基酸序列一致;
可选地,所述HCDR1、HCDR2、HCDR3和LCDR1、LCDR2、LCDR3由Kabat、Chothia、IMGT、Lesk、AbM或Contact系统定义;
可选地,所述HCDR1、HCDR2、HCDR3和LCDR1、LCDR2、LCDR3由Kabat、Chothia、IMGT或Lesk系统定义。
3.一种抗新型冠状病毒或其N蛋白的抗体或其功能性片段,其特征在于,所述抗体或其功能性片段包括如下互补决定区:
HCDR1,其由SEQ ID NO.1所示的氨基酸序列组成;
HCDR2,其由SEQ ID NO.2或21所示的氨基酸序列组成;
HCDR3,其由SEQ ID NO.3所示的氨基酸序列组成;
LCDR1,其由SEQ ID NO.4所示的氨基酸序列组成;
LCDR2,其由SEQ ID NO.5或22所示的氨基酸序列组成;
LCDR3,其由SEQ ID NO.6所示的氨基酸序列组成。
4.根据权利要求3所述的抗体或其功能性片段,其特征在于,所述抗体或其功能性片段还具有以下的框架区:
HFR1氨基酸序列如SEQ ID NO:7、23任一所示;
HFR2氨基酸序列如SEQ ID NO:8所示;
HFR3氨基酸序列如SEQ ID NO:9所示;
HFR4氨基酸序列如SEQ ID NO:10所示;
LFR1氨基酸序列如SEQ ID NO:11所示;
LFR2氨基酸序列如SEQ ID NO:12所示;
LFR3氨基酸序列如SEQ ID NO:13所示;
LFR4氨基酸序列如SEQ ID NO:14所示;
可选地,所述抗体或其功能性片段以KD≤10-9M的亲和力结合新型冠状病毒或其N蛋白;
可选地,所述抗体或其功能性片段以KD≤3.11×10-10M的亲和力结合新型冠状病毒或其N蛋白。
5.根据权利要求1-4任一所述的抗体或其功能性片段,其特征在于,所述抗体或其功能性片段还包含恒定区;
可选地,所述恒定区包括重链恒定区和/或轻链恒定区;
可选地,所述重链恒定区选自IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA、IgM、IgE或IgD的重链恒定区;所述轻链恒定区选自κ型或λ型轻链恒定区;
可选地,所述恒定区的种属来源为牛、马、猪、绵羊、山羊、大鼠、小鼠、狗、猫、兔、驴、鹿、貂、鸡、鸭、鹅或人;
可选地,所述恒定区的种属来源为小鼠;
可选地,所述重链恒定区序列如SEQ ID NO:17、32任一所示或与其具有至少80%同源性,所述轻链恒定区序列如SEQ ID NO:18所示或与其具有至少80%同源性;
可选地,所述功能性片段选自所述抗体的F(ab’)2、Fab’、Fab、Fv和scFv中的任意一种。
6.一种抗新型冠状病毒或其N蛋白的抗体,包括如下任意组的重链和轻链:
9)抗体9:重链氨基酸序列如SEQ ID NO:33所示,轻链氨基酸序列如SEQ ID NO:31所示;
10)抗体10:重链氨基酸序列如SEQ ID NO:30所示,轻链氨基酸序列如SEQ ID NO:31所示;
11)抗体11:重链氨基酸序列如SEQ ID NO:29所示,轻链氨基酸序列如SEQ ID NO:31所示;
12)抗体12:重链氨基酸序列如SEQ ID NO:28所示,轻链氨基酸序列如SEQ ID NO:31所示;
13)抗体13:重链氨基酸序列如SEQ ID NO:19所示,轻链氨基酸序列如SEQ ID NO:31所示;
14)抗体14:重链氨基酸序列如SEQ ID NO:33所示,轻链氨基酸序列如SEQ ID NO:20所示;
15)抗体15:重链氨基酸序列如SEQ ID NO:30所示,轻链氨基酸序列如SEQ ID NO:20所示;
16)抗体16:重链氨基酸序列如SEQ ID NO:29所示,轻链氨基酸序列如SEQ ID NO:20所示;
17)抗体17:重链氨基酸序列如SEQ ID NO:28所示,轻链氨基酸序列如SEQ ID NO:20所示;
18)抗体18:重链氨基酸序列如SEQ ID NO:19所示,轻链氨基酸序列如SEQ ID NO:20所示。
7.一种抗体偶联物,其特征在于,所述抗体偶联物包括权利要求1-6任一项所述的抗体或其功能性片段;
可选地,所述抗体或其功能性片段标记有可被检测的标记物;
可选地,所述可被检测的标记物选自荧光染料、催化底物显色的酶、放射性同位素、化学发光试剂和纳米颗粒类标记物;
可选地,所述荧光染料选自荧光素类染料及其衍生物、罗丹明类染料及其衍生物、Cy系列染料及其衍生物、Alexa系列染料及其衍生物和蛋白类染料及其衍生物;
可选地,所述催化底物显色的酶选自辣根过氧化物酶、碱性磷酸酶、β-半乳糖苷酶、葡萄糖氧化酶、碳酸酐酶、乙酰胆碱酯酶以及6-磷酸葡萄糖脱氧酶;
可选地,所述放射性同位素选自212Bi、131I、111In、90Y、186Re、211At、125I、188Re、153Sm、213Bi、32P、94mTc、99mTc、203Pb、67Ga、68Ga、43Sc、47Sc、110mIn、97Ru、62Cu、64Cu、67Cu、68Cu、86Y、88Y、121Sn、161Tb、166Ho、105Rh、177Lu、172Lu和18F;
可选地,所述化学发光试剂选自鲁米诺及其衍生物、光泽精、甲壳动物荧光素及其衍生物、联吡啶钌及其衍生物、吖啶酯及其衍生物、二氧环乙烷及其衍生物、洛粉碱及其衍生物和过氧草酸盐及其衍生物;
可选地,所述纳米颗粒类标记物选自纳米颗粒和胶体;
可选地,所述纳米颗粒选自有机纳米颗粒、磁性纳米颗粒、量子点纳米颗粒和稀土络合物纳米颗粒;
可选地,所述胶体选自胶体金属、胶体硒、乳胶、分散型染料和染料标记的微球;
可选地,所述胶体金属选自胶体金和胶体银;
可选地,所述抗体或其功能性片段包被至固相;
可选地,所述固相选自微球、板和膜;
可选地,所述固相选自磁性微球、塑料微球、塑胶微粒、微孔板、玻璃、毛细管、尼龙和硝酸纤维素膜;
可选地,所述固相选自磁性微球。
8.一种检测新型冠状病毒或其N蛋白的试剂或试剂盒,其特征在于,所述试剂或试剂盒包括权利要求1-6任一项所述的抗体或其功能性片段或权利要求7所述的抗体偶联物。
9.一种核酸,其特征在于,其编码权利要求1-6任一项所述的抗体或其功能性片段。
10.一种载体,其特征在于,其含有编码权利要求1-6任一项所述的抗体或其功能性片段的核酸片段。
11.一种细胞,其特征在于,其含有权利要求10所述的载体。
12.一种制备如权利要求1-6任一项所述的抗体或其功能性片段的方法,其特征在于,其包括:培养权利要求11所述的细胞,从培养产物中分离纯化得到所述抗体或其功能性片段。
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