CN116135981A

CN116135981A - 一种合成丙二酸的方法及应用

Info

Publication number: CN116135981A
Application number: CN202111372515.0A
Authority: CN
Inventors: 田朝光; 顾淑莹; 李金根; 赵祯; 刘倩; 陈美欣; 刘德飞; 孙文良
Original assignee: Tianjin Institute of Industrial Biotechnology of CAS
Current assignee: Tianjin Institute of Industrial Biotechnology of CAS
Priority date: 2021-11-18
Filing date: 2021-11-18
Publication date: 2023-05-19
Anticipated expiration: 2041-11-18
Also published as: CN116135981B

Abstract

本发明公开了一种合成丙二酸的方法，包括酮酸脱酸酶和丙二酸半醛脱氢酶两种酶，实现了以碳代谢中间产物草酰乙酸为底物合成丙二酸。本发明还公开了可合成丙二酸的重组菌株的构建方法，获得的重组菌株可以应用于丙二酸发酵合成，实现了以简单碳源为底物原料发酵制备丙二酸，因此具有很广泛的应用价值。

Description

一种合成丙二酸的方法及应用

技术领域

本发明涉及生物技术领域，具体地，本发明涉及一种生物合成丙二酸的方法及应用。

背景技术

丙二酸又称缩苹果酸，是一种具有三个碳原子的二羧酸，为无色片状晶体，易溶于水，且溶于丙酮、醇和醚等有机试剂中。丙二酸也是制药和化妆品工业中许多产品和工艺的标准组分，主要用于医药中间体，也用于香料、粘合剂、树脂添加剂、电镀抛光剂等。传统方法上丙二酸的合成，主要是通过氯乙酸与碳酸钠反应制得的钠盐与氰化钠反应生成氰基乙酸盐，然后通过氢氧化钠将腈基水解为丙二酸钠，最后用酸化法获得丙二酸。但这种方法获得的丙二酸纯度不高，回收率低，并且在此过程中所使用的的氰化物为剧毒物质，造成严重的环境污染。目前丙二酸主要通过水解丙二酸二甲酯或丙二酸二乙酯来生产，这种方法虽然可以提高产物的收率和纯度，但是原料成本较高，不适合大规模工业化生产。而生物法制备有机酸具有反应条件温和，绿色环保等优势，但由于对其合成途径及关键酶了解有限，目前生物发酵法制备丙二酸的较少。WO2021133722A1公开了能够产生丙二酸、丙二酸酯、丙二酸酯或其混合物的工程微生物，其中工程改造微生物包括丙二酸-半醛脱氢酶，能够产生约9g/L至约250g/L的丙二酸、丙二酸酯、丙二酸酯或其混合物。所述微生物还包括能够将磷酸烯醇式丙酮酸（PEP）转化为草酰乙酸（OAA）的多肽；能够将丙酮酸转化为草酰乙酸（OAA）的多肽；能够将草酰乙酸 (OAA) 转化为天冬氨酸的多肽；能够将天冬氨酸转化为β丙氨酸的多肽；能够将β丙氨酸转化为丙二酸-半醛或其混合物的多肽。该文献中以草酰乙酸为底物合成丙二酸-半醛也需要经过多个步骤，并不经济。

因此，亟待开发高效的丙二酸生物合成途径及生产菌株，为丙二酸的高效绿色合成提供基础。

发明内容

本发明经过广泛而深入的研究，设计了全新的丙二酸合成途径，并鉴定了途径中所涉及的两个关键酶，酮酸脱羧酶和丙二酸半醛脱氢酶，在体外能够催化草酰乙酸合成丙二酸，并将该新途径导入微生物后，能够以简单碳源葡萄糖为底物合成丙二酸，如此形成了本发明。

为此，本发明采用以下技术方案。

本发明第一方面，提供了一种合成丙二酸的方法，其以草酰乙酸为底物，在体外通过两步酶催化反应合成丙二酸。其特征在于，以草酰乙酸为底物，加入酮酸脱羧酶和丙二酸半醛脱氢酶，进行多酶催化反应合成丙二酸。其中，酮酸脱羧酶催化草酰乙酸生成丙二酸半醛，而后丙二酸半醛脱氢酶催化丙二酸半醛生成丙二酸。

在具体实施方式中，底物草酰乙酸可以是草酰乙酸纯品也可以是采用酸解、酶转化或生物发酵法转化单糖、多糖或其组合获得的草酰乙酸。优选地，所述的单糖选自葡萄糖，木糖，阿拉伯糖或其组合；所述的聚糖选自所述的聚糖包括纤维素、半纤维素、蔗糖、淀粉或其组合，优选的为结晶纤维素和木聚糖，或组合。

在另一优选方式中，底物草酰乙酸可以通过植物生物质发酵转获得，具体地植物生物质包括农作物秸秆、林业废弃物、能源植物或其部分或全部分解产物；其中，所述农作物秸秆包括玉米秸秆，小麦秸秆，水稻秸秆，高粱秸秆，大豆秸秆，棉花秸秆，甘蔗渣，玉米芯；所述林业废弃物包括枝叶，锯末；所述能源植物包括甜高粱，柳枝稷，芒草，芦苇或其组合。

在另一优选方式中，多酶催化反应的反应温度为10-95℃，进一步优选为20-80℃，更优选为30-60℃，最优选为37℃。

在具体实施方式中，多酶催化反应的体系中还加入缓冲液、磷酸盐、金属离子。

在另一优选方式中，所述酮酸脱羧酶如SEQ ID NO.1所示；或其氨基酸序列与SEQID NO.1所示氨基酸序列具有至少60％，优选至少80％，更优选至少90％，最优选至少95％的同一性；或SEQ ID NO.1所示的序列经一个或几个氨基酸的缺失、添加或取代而形成的、具有催化草酰乙酸合成丙二酸半醛的一种或多种由衍生的多肽。

在另一优选方式中，所述丙二酸半醛脱氢酶如SEQ ID NO.3或SEQ ID NO.21所示；或其氨基酸序列与SEQ ID NO.3或SEQ ID NO.21所示氨基酸序列具有至少60％，优选至少80％，更优选至少90％，最优选至少95％的同一性；或SEQ ID NO.3或 SEQ ID NO.21所示的序列经一个或几个氨基酸的缺失、添加或取代而形成的、具有催化草酰乙酸合成丙二酸半醛的一种或多种由衍生的多肽。

本发明第二方面，提供了一种可合成丙二酸的微生物重组菌株的构建方法，其特征在于，在微生物中引入酮酸脱羧酶和丙二酸半醛脱氢酶基因，通过表达所述基因的酶，以将胞内的草酰乙酸催化合成丙二酸。

所述微生物重组菌株的构建方法适用于多种但不限于以下微生物，脉孢菌（Neurospora）、曲霉（Aspergillus）、木霉（Trichoderma）、青霉（Penicillium）、毁丝霉(Myceliophthora)、侧孢霉（Sporotrichum）、镰孢菌（Fusarium）、根霉（Rhizopus）、毛霉（Mucor）和拟青霉（Paecilomyces）。优选地，所述菌株是嗜热毁丝霉。

在具体实施方式中，所述编码酮酸脱羧酶基因编码如SEQ ID NO.1所示氨基酸廒；或编码的氨基酸序列与SEQ ID NO.1所示氨基酸序列具有至少60％，优选至少80％，更优选至少90％，最优选至少95％的同一性；或者编码了SEQ ID NO.1所示的序列经一个或几个氨基酸的缺失、添加或取代而形成的、具有催化草酰乙酸合成丙二酸半醛的一种或多种由衍生的多肽；所述编码丙二酸半醛脱氢酶的基因编码了如SEQ ID NO.3或 SEQ ID NO.21所示的氨基酸序列；或编码了氨基酸序列与SEQ ID NO.3或SEQ ID NO.21所示氨基酸序列具有至少60％，优选至少80％，更优选至少90％，最优选至少95％的同一性；或者编码了SEQ IDNO.3或SEQ ID NO.21所示的序列经一个或几个氨基酸的缺失、添加或取代而形成的、具有催化草酰乙酸合成丙二酸半醛的一种或多种由衍生的多肽。

本发明第三方面，提供了一种发酵法合成丙二酸的方法，其特征在于，将上述所述构建方法得到的可合成丙二酸的微生物重组菌株，以单糖、聚糖和/或植物生物质为底物发酵生产有机酸。

在另一优选方式中，所述的底物还包括单糖、多糖或其组合。优选地，所述的单糖所述的单糖选自葡萄糖，木糖，阿拉伯糖或其组合；所述的聚糖选自所述的聚糖包括纤维素、半纤维素、蔗糖、淀粉或其组合，优选的为结晶纤维素和木聚糖，或组合；所述的植物生物质包括农作物秸秆、林业废弃物、能源植物或其部分或全部分解产物；其中，所述农作物秸秆包括玉米秸秆，小麦秸秆，水稻秸秆，高粱秸秆，大豆秸秆，棉花秸秆，甘蔗渣，玉米芯；所述林业废弃物包括枝叶，锯末；所述能源植物包括甜高粱，柳枝稷，芒草，芦苇或其组合。

本发明还提供酮酸脱羧酶或其编码基因在催化草酰乙酸生成丙二酸半醛和/或在制备丙二酸中的应用，其特征在于，所述酮酸脱羧酶具有如SEQ ID NO.1所示；或其氨基酸序列与SEQ ID NO.1所示氨基酸序列具有至少60％，优选至少80％，更优选至少90％，最优选至少95％的同一性；或者SEQ ID NO.1所示的序列经一个或几个氨基酸的缺失、添加或取代而形成的、具有催化草酰乙酸合成丙二酸半醛的一种或多种由衍生的多肽。

本发明还提供丙二酸半醛脱氢酶或其编码基因在催化丙二酸半醛生成丙二酸和/或在制备丙二酸中的应用，其特征在于，所述丙二酸半醛脱氢酶具有如SEQ ID NO.3或SEQID NO.21所示；或其氨基酸序列与SEQ ID NO.3或SEQ ID NO.21所示氨基酸序列具有至少60％，优选至少80％，更优选至少90％，最优选至少95％的同一性；或者SEQ ID NO.21所示的序列经一个或几个氨基酸的缺失、添加或取代而形成的、具有催化草酰乙酸合成丙二酸半醛的一种或多种由衍生的多肽。

应理解，在本发明范围内中，本发明的上述各技术特征和在下文(如实施例)中具体描述的各技术特征之间都可以互相组合，从而构成新的或优选的技术方案。限于篇幅，在此不再一一累述。

附图说明

图1本发明所设计的丙二酸合成途径；

图2体外酶反应液（Kde+Mde）的吸光值（340nm）变化；

图3体外酶反应液（Kde+Msh）的吸光值（340nm）变化；

图4体外酶反应液（Kde+Msh）GS/MS分析色谱图；

图5体外酶反应液（Kde+Msh）GS/MS分析质谱图。

具体实施方式

为更进一步阐述本发明所采取的技术手段及其效果，以下结合本发明的优选实施例来进一步说明本发明的技术方案，应理解，这些实施例仅用于说明本发明而不用于限制本发明的范围。

下述实施例中所用方法如无特别说明均为常规方法，例如Sambrook 等人所著的《分子克隆：实验室手册》(New York: Cold SpringHarbor Laboratory Press，1989)中所述的条件，或按照制造厂商所建议的条件。所用试剂或仪器未注明生产厂商者，均为可通过正规渠道商购获得的常规产品。

下面结合具体实施例来进一步描述本发明，本发明的优点和特点将会随着描述而更为清楚。但是应理解所述实施例仅是范例性的，不对本发明的范围构成任何限制。本领域技术人员应该理解的是，在不偏离本发明的精神和范围下可以对本发明技术方案的细节和形式进行修改或替换，但这些修改或替换均落入本发明的保护范围。

实施例1、丙二酸合成途径的设计及体外测试

根据前期研究基础，本发明设计了全新的丙二酸合成途径（图1所示），该途径中将草酰乙酸经过两步反应合成丙二酸，其中所涉及的关键酶与关键步骤包括：（1）草酰乙酸脱羧酶，用于催化草酰乙酸生成丙二酸半醛；（2）丙二酸半醛脱氢酶，用于催化丙二酸半醛生成丙二酸。随后发明人针对数据库中注释为酮酸脱酸酶以及琥珀酸半醛脱氢酶的序列进行了筛选，最后获得了关键酶，使得丙二酸合成新途径得以在体内和体外进行验证完成，具体如下：

其中酮酸脱羧酶基因kde委托江苏金唯智生物技术有限公司合成来后直接连接至质粒pET-21a(+)中；丙二酸半醛脱氢酶基因Msh片段或丙二酸半醛脱氢酶基因MDE片段，以大肠杆菌基因组为模板，用引物MSH-F/R，或MDE-F/R通过PCR获得，而后连接入质粒pET-21a(+)中，将这两个质粒分别转化至大肠杆菌表达菌BL21(DE3) (Invitrogen ,Carlsbad,CA)中，进行蛋白表达与纯化。

草酰乙酸脱羧酶Kde氨基酸序列如SEQ ID No.1所示

草酰乙酸脱羧酶Kde编码核苷酸序列如SEQ ID No.2所示

丙二酸半醛脱氢酶Msh氨基酸序列如SEQ ID No.3所示

丙二酸半醛脱氢酶Msh编码核苷酸序列如SEQ ID No.4所示

丙二酸半醛脱氢酶MDE氨基酸序列如SEQ ID No.21所示

丙二酸半醛脱氢酶MDE编码核苷酸序列如SEQ ID No.22所示

引物如下所示:

SEQ ID NO.	引物	序列（5’-3’）
			5	MSH-F	TAAGAAGGAGATATACATATGCATCATCACCATCACCATACCATTACTCCGGCAACCCA
6	MSH-R	GGTGGTGGTGGTGCTCGAGTCAGACCCGGTCTTTCCACAC
			23	MDE-F	TAAGAAGGAGATATACATATGCATCACCATCACCATCATACCATTACCGCGGC
24	MDE-R	GGTGGTGGTGGTGCTCGAGTTACAGGCGGTTTTTCCACACG

PCR反应体系为：2×Phanta® Max Buffer 25μL，10 mM dNTPs 1μL，上游/下游引物各1.5μL，模板1μL，Phanta® Max Super-Fidelity DNA Polymerase 1μL，水19μl。

PCR反应条件为：先95 ºC 30s；然后95℃ 15s，58ºC 1s，72℃ 45s，32个循环；最后72 ºC 5min，4 ºC 10min。

以草酰乙酸（OAA）为底物，酶反应组分如表所示，在37ºC下检测OD₃₄₀值变化：

结果显示体外酶反应液Kde+Mde（图2）和酶反应液Kde+Msh（图3），在340nm下吸光值随时间持续升高，说明两组酶均能催化草酰乙酸合成丙二酸；而后通过GC-MS检测检测了酶反应液（Kde+Msh）的产物，进一步证实了反应液中有丙二酸生成（图4和图5）。

综合可知，利用所设计的路线及所选用的酶，能够催化草酰乙酸合成丙二酸，证实草酰乙酸脱羧酶Kde能够催化草酰乙酸（OAA）为丙二酸半醛，丙二酸半醛脱氢酶Msh和MDE都能够催化第二反应，以丙二酸半醛为底物合成丙二酸。

实施例2 嗜热毁丝霉重组菌株的构建

通过PCR扩增分别获得组成型启动子Ppgk片段和Msh片段，过Gibson Assembly的方法连接到由限制性内切酶BiglII和XbaI酶切的线性化载体pAN52-TB-Intron（Liu Q, LiJ, Ying S, Wang J, Sun W, Tian C, Feng M. 2014. Unveiling equal importance oftwo 14-3-3 proteins for morphogenesis, conidiation, stress tolerance andvirulence of an insect pathogen. Environ Microbiol. doi: 10.1111/1462-2920.12634），获得Msh过表达载体pAN52-Ppgk-MSH。

类似的，通过PCR扩增分别获得组成型启动子Pap片段和kde片段，过GibsonAssembly的方法连接到由限制性内切酶BiglII和XbaI酶切的线性化载体pAN52-TB-Intron，获得kde过表达载体pAN52-Pap-kde。

将表达载体pAN52-Ppgk-MSH和pAN52-Pap-kde线性化后，通过原生体质转化的方法同时导入嗜热毁丝霉ATCC 42464中，随后PCR验证所获得的转化子，获得阳性嗜热毁丝霉重组菌株SYG01。

启动子Ppgk核苷酸序列如SEQ ID No.7所示

启动子Pap核苷酸序列如SEQ ID No.8所示

本实施例中载体构建所用引物如下：

SEQ ID NO.	引物	序列（5’-3’）
			9	Ppgk-F	GCAGTTGGCTGACTTGAAGTAATCTCTGCAGATCTTGGCCATCGAGATCCACGAGC
10	Ppgk-R	GAAATTGCATGGGTTGCCGGAGTAATGGTCATCTTGGTGATTCTACTGAGCAATTG
			11	Ppgk-MSH-F	GTCGCCAATTGCTCAGTAGAATCACCAAGATGACCATTACTCCGGCAACCCATGC
12	Ppgk-MSH-R	GATGATTTCAGTAACGTTAAGTGGATCCGAATTCTCAGACCCGGTCTTTCCACAC
			13	Ppap-F	GCAGTTGGCTGACTTGAAGTAATCTCTGCAGATCTAATTCGCGGCCGCGGATCCAG
14	Ppap-R	GTTGACGGTTGTGTATGGAAG
			15	Ppap-Kde-F	GTACTTCACTCAATCTTCCATACACAACCGTCAACATGGGCCCTTTCCCTCTCTCGTC
16	Ppap-Kde-R	GATTTCAGTAACGTTAAGTGGATCCGAATTCCTAACCGCACATGAAGTAGAATC
			17	MSH-yz-F	CGACGTCACAGCTCCGAGAA
18	MSH-yz-R	CTCGCTATTATTAGCCAGTT
			19	Kde-yz-F	AACAGAAGCTAGACCCTTTG
20	Kde-yz-R	AAGTGCTGGCCGATCAGCTTGA

实施例3嗜热毁丝霉重组菌株在丙二酸合成中的应用

将嗜热毁丝霉重组菌株SYG01接种于丙二酸发酵培养基中葡萄糖75 g/L，蛋白胨6.0 g/L，0.15 g/L KH₂PO₄，0.15 g/L K₂HPO₄，0.10 g/L CaCl₂•2H₂O，0.10 g/L MgSO₄•7H₂O，10.0 g/L碳酸钙，1 ml/L 微量元素液（5g NaCl，5 g FeSO₄•7H2O，1 g citric acid / L），在45ºC条件，培养2天后，检测培养基中丙二酸含量，GC-MS检测结果显示在培养基含有丙二酸，说明在嗜热毁丝霉体内成功构建了本发明所设计的丙二酸合成途径，能够转化葡萄糖合成丙二酸。

<110> 中国科学院天津工业生物技术研究所

<120> 一种合成丙二酸的方法及应用

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<160>24

<170> PatentIn version 3.5

<210> 1

<211> 573

<212> PRT

<213>Myceliophthora thermophila

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Met His His His His His His Gly Pro Phe Pro Leu Ser Ser Ala Gln

Ser His Ile Pro Leu Gly Glu Tyr Ile Phe Lys Arg Ile Glu Ser Leu

Gly Val Lys Ser Ala Phe Gly Val Pro Gly Asp Phe Asn Leu Ser Leu

Leu Glu His Ile Tyr Ser Thr Lys Leu Lys Trp Tyr Gly Gly Cys Asn

Glu Leu Asn Ala Gly Tyr Ala Ala Asp Gly Tyr Ala Arg Ala Ser His

Lys Phe Gly Val Leu Ile Thr Thr Tyr Gly Val Gly Ser Leu Ser Ala

Leu Asn Ala Cys Cys Gly Ala Trp Ser Glu Phe Val Pro Leu Leu His

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His His Val Ala Pro Gly Lys Leu Ile Ser Ser Lys Ser Asp His His

Ile Tyr Glu Arg Leu Val Glu Arg Leu Ala Cys Lys Ile Glu Ser Leu

Lys Ser Val Asp Asp Ala Pro Glu Lys Ile Asp Phe Leu Ile Lys Glu

Ile Met Glu Thr Lys Arg Pro Gly Tyr Leu Phe Leu Pro Cys Asp Leu

Val Asn Ile Pro Val Ser Ala Leu Arg Leu Gly Asp Leu Asp Leu Tyr

Lys Pro Met Glu Ile Arg Pro Ile Glu Tyr Cys Asp Gln Leu Ala Ser

Leu Val Leu Ser Lys Ile Tyr Ser Ser Ser Ala Pro Cys Met Leu Val

Asp Ile Leu Thr Asp Arg Phe Glu Leu Thr Asn Glu Val Arg Ala Leu

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Leu Tyr Asn Gly Ile His Pro Glu Ser Leu Ile Ile Met Asn His Glu

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Leu Pro Lys Ile Val Ser Asn Phe Asn Ser Ser Lys Leu Pro Gln Phe

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Ala Ile Thr Gln Ser Gln Leu Leu Ser Ser Leu Gln Asn Phe Ile Gln

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Pro Asp Leu Arg Phe Pro Lys Asp Val Lys Leu Ile Gly Gln His Phe

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Ala Asn Arg Glu Met Gly Val Asp Ser Arg Val Ile Leu Leu Glu Gly

Asp Gly Ser Ala Gln Met Thr Ile Gln Glu Leu Ser Ala Phe Val Arg

His Gly Leu Ser Pro Leu Ile Leu Leu Leu Asn Asn His Gly Tyr Thr

Val Glu Arg Ala Ile Lys Gly Ala Glu Lys Ser Tyr Asn Asp Ile Met

Pro Asp Trp Lys Trp Thr Lys Leu Leu Asp Thr Phe Gly Gly Gly Ser

Cys Thr Ser Ser Val Arg Val His Gln Ala Glu Ala Leu Asp Gln Glu

Leu Ala Ser Tyr Gln Gly Ser Leu Lys Leu Ile Glu Ile Glu Leu Asp

Lys Leu Asp Thr Pro Trp Arg Phe Tyr Phe Met Cys Gly

<210> 2

<211> 1722

<212> DNA

<213> Myceliophthora thermophila

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atgcatcatc accatcacca tggccctttc cctctctcgt cggctcaaag ccacatccct 60

ctcggcgagt acatcttcaa gcgaattgag tcgctcggcg tcaagagcgc ctttggcgtc 120

cccggcgact ttaatctctc gctgctggag cacatctact cgacgaagct caaatggtac 180

ggcggctgca acgagctgaa tgctggctac gctgccgacg gttacgcccg agcttcgcac 240

aagttcggcg tgctcatcac gacgtacggt gtgggctcgc tcagcgctct caacgcttgc 300

tgcggcgctt ggagcgagtt tgtccccctc ctccacatcg tcggcacgac cagcaccgtc 360

cagaagagca gcggccagct cacgcaccat gtggctcccg gcaagctcat cagctcgaag 420

tcggaccacc acatttacga acgactcgtc gagcgcctcg cttgcaagat cgagtcgctg 480

aagtcggtgg acgacgcccc cgagaagatt gacttcctca tcaaagaaat catggagacc 540

aagcgccccg gttatctctt cctcccttgc gatctcgtca acatccccgt cagcgctctc 600

cgcctcggtg atctggatct ctacaagccc atggagatcc gccccatcga gtactgcgac 660

caactcgcct cgctggtcct cagcaagatt tactcgtcgt cggctccttg catgctggtc 720

gatattctca cggaccgctt cgagctcacc aatgaggtcc gagctctcgt gcgcaagacg 780

aacattccca atctctcgac cttcatgggc aaatcggtcc tcgacgagac cgaggtcagc 840

tatatcggcg actacaacgg cgacgccagc aacaaagagg tccagcaatt tgtccagacg 900

tgcgatctgg tgatccacat cggcgccttc tataatgagg tgaactcggg caaacacacg 960

ctgtacaacg gcatccaccc cgaatcgctg atcatcatga accacgagaa catcatcatt 1020

ggcagcacca agtttgacgt cagcttcgtc cacatcctcc ccaagatcgt ctcgaacttc 1080

aacagctcga agctccctca gttcaccatc ccttgcatgg agcaccacat cgagaacaag 1140

tcgagcaagg tcgccattac ccagagccag ctcctctcgt cgctgcagaa cttcatccaa 1200

cccaaggaca cgatcgtcgt cgacacgtgc tcggtcatgt tcggtctccc cgacctccgc 1260

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aagctggaca ccccttggcg attctacttc atgtgcggtt ag 1722

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<212> PRT

<213> Myceliophthora thermophila

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Ser Ile Asn Pro Ala Thr Gly Glu Gln Leu Ser Val Leu Pro Trp Ala

Gly Ala Asp Asp Ile Glu Asn Ala Leu Gln Leu Ala Ala Ala Gly Phe

Arg Asp Trp Arg Glu Thr Asn Ile Asp Tyr Arg Ala Glu Lys Leu Arg

Asp Ile Gly Lys Ala Leu Arg Val Arg Ser Glu Glu Met Ala Gln Met

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Met Leu Lys Ala Glu Pro Thr Leu Val Glu Asn Gln Gln Ala Val Ile

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<212> DNA

<213> Myceliophthora thermophila

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atcatcgaag agggaattgc ttcggcattt accgaacgtt ttgtggcagc tgcggcagcc 900

ttgaaaatgg gcgatccccg tgacgaagag aacactctcg gaccaatggc tcgttttgat 960

ttacgtgatg agctgcatca tcaggtggag aaaaccctgg cgcagggtgc gcgtttgtta 1020

ctgggcgggg aaaagatggc tggggcaggt aactactatc cgccaacggt tctggcgaat 1080

gttaccccag aaatgaccgc gtttcgggaa gaaatgtttg gccccgttgc ggcaatcacc 1140

attgcgaaag atgcagaaca tgcactggaa ctggctaata atagcgagtt cggcctttca 1200

gcgaccattt ttaccactga cgaaacacag gccagacaga tggcggcacg tctggaatgc 1260

ggtggggtgt ttatcaatgg ttattgtgcc agcgatgcgc gagtggcctt tggtggcgtg 1320

aagaagagtg gctttgggcg tgagctttcc cattttggct tacacgaatt ctgtaatatc 1380

cagacggtgt ggaaagaccgggtctga 1407

<210> 5

<211> 59

<212> DNA

<213> 人工合成序列

<400> 5

taagaaggag atatacatat gcatcatcac catcaccata ccattactcc ggcaaccca 59

<210> 6

<211> 40

<212> DNA

<213> 人工合成序列

<400> 6

ggtggtggtg gtgctcgagt cagacccggt ctttccacac 40

<210> 7

<211> 1502

<212> DNA

<213> Myceliophthora thermophila

<400> 7

tggccatcga gatccacgag ctcgaccgca agaacccctt cagcaaccgc gacctgattc 60

ccgactctaa gtccctgccg cctccctttg actttgagcg ccttacccgc ttcatggcct 120

acggcttttg catggcccct atccagttcc gctggttcaa gttcctcgag cgcagcttcc 180

ccatcaccaa gtcggctgcc ttcctcccgg ccatcaagcg cgtcgccttt gaccagctga 240

tctttgcccc cttcggcatt gccgccttct tcaccgtaat gaccatcgcc gagggcggcg 300

gtaagagaga ggtgttccac aagatgaggg acatgtatgt gccgaccctc aaggccaact 360

acgtgctctg gcctgccgtg caggtcatca acttccgcct catgccggtg cagttccaac 420

tggtaagaac cccccccccc aaccttcaaa caagctttgc gagcccgact ggaaatccgt 480

gctaacgagc tgtgtccacc tctctagccc ttcgtttcga cagttggcat cgcgtggacg 540

gcgtacctct ccctcacgaa tgcggctgag aatgttcagg agcaccgcat tcccgacaga 600

gctgatatcc ggttacctta aaatgccggt gttcatcagg gtctgggtgt ctcacactac 660

tcgcagagct cgcggcaggt ggtgtgatct cttttgggta tatcaaacgg gttggcgggc 720

tgggaacggc ggcacgccgt ggtgggtatg gggttcttct gggttatctt ccttgctctc 780

tgggtcgcga agctatgtaa actggcattg ggacggcggt tcactctcaa ctgagcttgc 840

ccattggcga atggagttgg ggcaggcttt tcgtcttttc tgttctcttt tgtttgtctg 900

aacagcaatc aatgatacgt gattcgacac tgattatctc cgagatctcg gtacggagtt 960

cccgaacggt ccatgtacct tcagtggccg gctttctgtc aaggttccat gcgacttgct 1020

attgaggcga attggcacag cgtagccgaa aatcggagct tggaggccgc tccttgatgg 1080

tctgggttca ggtagctaag cgcatccttc agcctcaata agttggttgg cttccccgcc 1140

ttgccggtaa gaaaattgtt tttgcccttg aaatttgcaa cggaagagga catcatttca 1200

tttgtctcgt tctttcgcct tcgaatcagt tcgtatggcg ctcgggctgc tcctgatgat 1260

ggagagcttc aaccaaaaaa tcagccaacc atgtgtcgac gtcacagctc cgagaatggc 1320

cccaccttcg ttttattacc cctctacccc tccatcagac gctgcaaggt cagctcatac 1380

tcgctgcgtc tttttacaag tacctgccat caggcccaga gaagaccata actctgtttt 1440

caccctcgat tctccgacta aaggtcctgt tctgtcgcca attgctcagt agaatcacca 1500

ag 1502

<210> 8

<211> 809

<212> DNA

<213> Myceliophthora thermophila

<400> 8

aattcgcggc cgcggatcca gcaaacggtg gtcaaaggat ggttcagata caaattagca 60

acaggccagg ctagacgcgc gactatccac tgcggcaaat ggtgagctgc aagcaacggt 120

aagatgtgac aggacgagcg gtgtgccggg aaaaaaattg gaggagcgca aagcggcggc 180

tgtccctcag tggtgcccaa acgttatcga tagtacacca agcatgggca gtgagcggct 240

atacagaggg aataataggc atatcggcac gactagattc ggtagaaagc atcgaagagc 300

aattcattga gcatattatc acgtggaatg cgatagctgt ggccaggttg agacaccgca 360

agtgaaagat acacacatag attctcgatt cgagcggttt gcctccgcca ccgcagtgca 420

tagcaagcaa agaaacgaca gttggctcat catccgttac atcatttttt ctactggctc 480

cgctcggtgg gctcccaacg aagcagcaaa aaagtgagag aaaaaaacta gcttggcggg 540

gcaacagaag ctagaccctt tggctcgctt agtcagtgcg cccactcact cacactcaaa 600

aaggccaccc ctcccgcacc ctcttctcat caccgtcttc ataccacggt tcgtcaagca 660

atcgtatctg gtaagctttg acctcctcga gcgggctcca ctttgctatt tcttggatct 720

gctctttctt ttctctctac ctctttttct aacctctctt cagaaagttc aaccgtactt 780

cactcaatct tccatacacaaccgtcaac 809

<210> 9

<211> 56

<212> DNA

<213> 人工合成序列

<400> 9

gcagttggct gacttgaagt aatctctgca gatcttggcc atcgagatcc acgagc 56

<210> 10

<211> 56

<212> DNA

<213> 人工合成序列

<400> 10

gaaattgcat gggttgccgg agtaatggtc atcttggtga ttctactgag caattg 56

<210> 11

<211> 55

<212> DNA

<213> 人工合成序列

<400> 11

gtcgccaatt gctcagtaga atcaccaaga tgaccattac tccggcaacc catgc 55

<210> 12

<211> 55

<212> DNA

<213> 人工合成序列

<400> 12

gatgatttca gtaacgttaa gtggatccga attctcagac ccggtctttc cacac 55

<210> 13

<211> 56

<212> DNA

<213> 人工合成序列

<400> 13

gcagttggct gacttgaagt aatctctgca gatctaattc gcggccgcgg atccag 56

<210> 14

<211> 21

<212> DNA

<213> 人工合成序列

<400> 14

gttgacggtt gtgtatggaa g 21

<210> 15

<211> 58

<212> DNA

<213> 人工合成序列

<400> 15

gtacttcact caatcttcca tacacaaccg tcaacatggg ccctttccct ctctcgtc 58

<210> 16

<211> 54

<212> DNA

<213> 人工合成序列

<400> 16

gatttcagta acgttaagtg gatccgaatt cctaaccgca catgaagtag aatc 54

<210> 17

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工合成途径

<400> 17

cgacgtcaca gctccgagaa 20

<210> 18

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工合成序列

<400> 18

ctcgctatta ttagccagtt 20

<210> 19

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工合成序列

<400> 19

aacagaagct agaccctttg 20

<210> 20

<211> 22

<212> DNA

<213> 人工合成序列

<400> 20

aagtgctggc cgatcagctt ga 22

<210> 21

<211> 468

<212> PRT

<213> Myceliophthora thermophila

<400> 21

Met His His His His His His Thr Ile Thr Ala Ala Thr His Ala Ile

Ser Ile Asp Pro Ala Ser Gly Glu Arg Leu Ala Ala Thr Pro Trp Ala

Ser Ala Glu Glu Ile Asp His Ala Leu Asn Leu Ala Ala Asn Gly Tyr

Ser Glu Trp Lys His Thr Ser Val Glu His Arg Ala Gln Thr Leu Arg

Gln Ile Gly Gln Ala Leu Arg His Arg Ala Glu Glu Met Ala Gln Cys

Ile Ser Arg Glu Met Gly Lys Pro Ile Lys Gln Ala Arg Ala Glu Val

Ala Lys Ser Ala Ala Leu Cys Asp Trp Tyr Ala Glu His Gly Pro Ala

Met Leu Asn Pro Glu Pro Thr Leu Val Glu Asn Asn Gln Ala Val Ile

Glu Tyr Arg Pro Val Gly Thr Ile Leu Ala Ile Met Pro Trp Asn Phe

Pro Leu Trp Gln Val Met Arg Gly Ala Val Pro Ile Leu Leu Ala Gly

Asn Gly Tyr Leu Leu Lys His Ala Pro Asn Val Thr Gly Cys Ala Ala

Ile Ile Ala Gln Val Phe Ala Asp Ala Gly Val Pro Ala Gly Val Tyr

Gly Trp Val Asn Ala Asp Asn Ala Gly Val Ser Gln Met Ile Asn Asp

Pro Arg Ile Thr Ala Val Thr Val Thr Gly Ser Val Arg Ala Gly Ala

Ala Ile Gly Ala Gln Ala Gly Ala Ala Leu Lys Lys Cys Val Leu Glu

Leu Gly Gly Ser Asp Pro Phe Ile Val Leu Asn Asp Ala Asp Leu Asp

Leu Ala Val Lys Ala Ala Val Ala Gly Arg Tyr Gln Asn Thr Gly Gln

Val Cys Ala Ala Ala Lys Arg Phe Ile Ile Glu Glu Gly Ile Ala Ala

Glu Phe Thr Ser Arg Phe Val Ala Ala Ala Ser Ala Leu Lys Met Gly

Asp Pro Leu Asn Glu Glu Asn Asp Leu Gly Pro Met Ala Arg Phe Asp

Leu Arg Asp Glu Leu His Gln Gln Val Glu Ala Thr Leu Ala Glu Gly

Ala Arg Leu Leu Leu Gly Gly Glu Lys Ile Ala Gly Gln Gly Asn Tyr

Tyr Ala Val Thr Val Leu Gly Asp Val Thr Pro Glu Met Thr Ala Phe

Arg Gln Glu Leu Phe Gly Pro Val Ala Ala Ile Thr Val Ala Lys Asn

Ala Glu His Ala Leu Ala Leu Ala Asn Asp Ser Asp Phe Gly Leu Ser

Ala Thr Val Phe Ala Ala Asp Glu Ala Leu Ala Gln Lys Met Ala Ser

Arg Leu Glu Cys Gly Gly Val Phe Ile Asn Gly Tyr Ser Ala Ser Asp

Ala Arg Val Ala Phe Gly Gly Val Lys Lys Ser Gly Phe Gly Arg Glu

Leu Ser His Phe Gly Leu His Glu Phe Cys Asn Val Gln Thr Val Trp

Lys Asn Arg Leu

<210> 22

<211> 1407

<212> DNA

<213> Myceliophthora thermophila

<400> 22

atgcatcacc atcaccatca taccattacc gcggcgaccc atgcgattag cattgatccg 60

gcgagcggcg aacgcctggc ggcgaccccg tgggcgagcg cggaagaaat cgatcatgcg 120

ctgaacctgg cggcgaacgg ctatagcgaa tggaaacata cgagcgtgga acatcgcgcg 180

cagaccctgc gtcagattgg ccaagcgctg cgccatcgtg ccgaagaaat ggcgcagtgc 240

attagccgcg aaatgggcaa accgattaaa caagcgcgcg cggaagttgc caaaagcgcg 300

gcgctgtgcg attggtatgc ggaacatggc ccggcgatgc tgaacccgga accgaccctg 360

gtggaaaaca accaagcggt gattgaatat cgcccggtgg gcaccattct ggcgattatg 420

ccgtggaact ttccgctgtg gcaagtgatg cgcggcgcgg tgccgattct gctggcgggc 480

aacggctatc tgctgaaaca tgcgccgaac gtgaccggct gcgcggcgat tattgcgcaa 540

gtgtttgcgg atgcgggcgt gccggcgggc gtgtatggct gggtgaacgc ggataacgcg 600

ggcgtgagtc agatgattaa cgatccacgt attaccgcgg ttaccgtgac gggcagtgtt 660

cgtgccggcg ccgcgattgg tgcgcaagcg ggcgcggccc tgaaaaaatg cgtgctggaa 720

ctgggcggca gcgatccgtt tattgtgctg aacgatgcgg atctggatct ggcggtgaaa 780

gcggcggtgg cgggccgcta tcagaacacc ggccaagtgt gcgcggccgc gaaacgcttt 840

attattgaag aaggcattgc ggcggaattt acgagccgct ttgtggcggc cgcgagcgcg 900

ctgaaaatgg gcgatccgct gaacgaagaa aacgatctgg gcccgatggc gcgctttgat 960

ctgcgcgatg aattacatca gcaagtggaa gcgaccctgg cggagggcgc gcgcctgtta 1020

ctgggcggcg aaaaaattgc gggccaaggc aactattatg cggtgacggt gctgggtgat 1080

gtgaccccgg aaatgaccgc gtttcgccaa gaactgtttg gcccggtggc ggccattacc 1140

gtggcgaaaa acgcggaaca tgcgctggcg ctggcgaacg atagcgattt tggcctgagc 1200

gcgaccgtgt ttgcggcgga tgaagcgctg gcgcagaaaa tggcgagccg cctggaatgc 1260

ggcggcgtgt ttattaatgg ctacagcgcg agcgatgcgc gcgtggcgtt tggcggcgtg 1320

aaaaaaagcg gctttggccg cgaactgagc cattttggcc tgcatgaatt ttgcaacgtg 1380

cagaccgtgt ggaaaaaccg cctgtaa 1407

<210> 23

<211> 53

<212> DNA

<213> 人工合成序列

<400> 23

taagaaggag atatacatat gcatcaccat caccatcata ccattaccgc ggc 53

<210> 24

<211> 41

<212> DNA

<213> 人工合成序列

<400> 24

ggtggtggtg gtgctcgagt tacaggcggt ttttccacac g 41

Claims

1.一种合成丙二酸的方法，其特征在于，以草酰乙酸为底物，利用酮酸脱羧酶和丙二酸半醛脱氢酶催化合成丙二酸。

2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述底物草酰乙酸为草酰乙酸纯品，或采用酸解、酶转化或植物生物质发酵法转化单糖、多糖或其组合衍生获得产物中的草酰乙酸；进一地，所述的单糖，选自葡萄糖、木糖、阿拉伯糖，或其组合；所述的聚糖，选自结晶纤维素、半纤维素，或其组合；所述的植物生物质，选自玉米秸秆，小麦秸秆，水稻秸秆，高粱秸秆，大豆秸秆，棉花秸秆，甘蔗渣，玉米芯，优选为玉米芯。

3.如权利要求1-2任一所述的方法，其特征在于，所述酮酸脱羧酶如SEQ ID NO.1所示；或其氨基酸序列与SEQ ID NO.1所示氨基酸序列具有至少60％，优选至少80％，更优选至少90％，最优选至少95％的同一性；或者SEQ ID NO.1所示的序列经一个或几个氨基酸的缺失、添加或取代而形成的、具有催化草酰乙酸合成丙二酸半醛的一种或多种由衍生的多肽；所述丙二酸半醛脱氢酶如SEQ ID NO.3或SEQ ID NO.21所示；或其氨基酸序列与SEQ IDNO.3或SEQ ID NO.21所示氨基酸序列具有至少60％，优选至少80％，更优选至少90％，最优选至少95％的同一性；或者SEQ ID NO.21所示的序列经一个或几个氨基酸的缺失、添加或取代而形成的、具有催化草酰乙酸合成丙二酸半醛的一种或多种由衍生的多肽。

4.一种构建可生产丙二酸重组菌株的方法，其特征在于，在菌株中导入编码酮酸脱羧酶和后丙二酸半醛脱氢酶的基因，所获得的能够合成丙二酸的重组菌株。

5.如权利要求4所述的方法，其特征在于，所述菌株为丝状真菌细胞，选自脉孢菌（Neurospora）、曲霉（Aspergillus）、木霉（Trichoderma）、青霉（Penicillium）、毁丝霉(Myceliophthora)、侧孢霉（Sporotrichum）、镰孢菌（Fusarium）、根霉（Rhizopus）、毛霉（Mucor）和拟青霉（Paecilomyces），更优选地，所述毁丝霉菌选自嗜热毁丝霉（Myceliophthora thermophila）、异梭毁丝霉(Myceliophthora heterothallica)。

6.如权利要求5所述的方法，其特征在于，所述编码酮酸脱羧酶基因编码如SEQ IDNO.1所示氨基酸廒；或编码的氨基酸序列与SEQ ID NO.1所示氨基酸序列具有至少60％，优选至少80％，更优选至少90％，最优选至少95％的同一性；或者编码了SEQ ID NO.1所示的序列经一个或几个氨基酸的缺失、添加或取代而形成的、具有催化草酰乙酸合成丙二酸半醛的一种或多种由衍生的多肽；所述编码丙二酸半醛脱氢酶的基因编码了如SEQ ID NO.3或SEQ ID NO.21所示的氨基酸序列；或编码了氨基酸序列与SEQ ID NO.3或SEQ ID NO.21所示氨基酸序列具有至少60％，优选至少80％，更优选至少90％，最优选至少95％的同一性；或者编码了SEQ ID NO.21所示的序列经一个或几个氨基酸的缺失、添加或取代而形成的、具有催化草酰乙酸合成丙二酸半醛的一种或多种由衍生的多肽。

7.一种发酵生产丙二酸的方法，其特征在于，利用如权利要求4至6任一项所述方法获得的重组菌株以单糖、聚糖和/或植物生物质为底物发酵生产丙二酸；优选地，所述的单糖，选自葡萄糖、木糖、阿拉伯糖，或其组合；所述的聚糖，选自结晶纤维素、半纤维素，或其组合；所述的植物生物质，选自玉米秸秆，小麦秸秆，水稻秸秆，高粱秸秆，大豆秸秆，棉花秸秆，甘蔗渣，玉米芯，优选为玉米芯。

8.酮酸脱羧酶或其编码基因在催化草酰乙酸生成丙二酸半醛和/或在制备丙二酸中的应用，其特征在于，所述酮酸脱羧酶具有如SEQ ID NO.1所示；或其氨基酸序列与SEQ IDNO.1所示氨基酸序列具有至少60％，优选至少80％，更优选至少90％，最优选至少95％的同一性；或者SEQ ID NO.1所示的序列经一个或几个氨基酸的缺失、添加或取代而形成的、具有催化草酰乙酸合成丙二酸半醛的一种或多种由衍生的多肽。

9.丙二酸半醛脱氢酶或其编码基因在催化丙二酸半醛生成丙二酸和/或在制备丙二酸中的应用，其特征在于，所述丙二酸半醛脱氢酶具有如SEQ ID NO.3或SEQ ID NO.21所示；或其氨基酸序列与SEQ ID NO.3或SEQ ID NO.21所示氨基酸序列具有至少60％，优选至少80％，更优选至少90％，最优选至少95％的同一性；或者SEQ ID NO.21所示的序列经一个或几个氨基酸的缺失、添加或取代而形成的、具有催化草酰乙酸合成丙二酸半醛的一种或多种由衍生的多肽。