CN116121435B - 一种调控小麦根毛长度的方法及其分子标记和应用 - Google Patents

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Abstract

本发明公开了一种调控小麦根毛长度的方法,通过敲除或下调表达小麦基因组当中的SEQ ID NO.1基因,降低小麦的根毛长度。本发明同时公开了一种鉴定或辅助鉴定小麦根毛长度的方法,检测小麦基因组中如SEQ ID NO.1所示序列第89bp位点的多态性,以实现育种早期对小麦的根毛长度性状进行鉴定或辅助鉴定。本发明为小麦特定基因的农业生产应用提供了基础,同时基于STARP技术挖掘鉴定小麦根毛发育相关基因的STARP分子标记引物,对小麦根系的分子标记辅助选择育种具有重要意义。

Description

一种调控小麦根毛长度的方法及其分子标记和应用
技术领域
本发明涉及植物分子生物学技术领域,尤其涉及调控小麦根毛长度相关基因TaCSLD3B及其分子标记和应用。
背景技术
小麦是世界上主要的粮食作物之一,也是我国仅次于水稻的第二大口粮作物,也是我国主要的商品粮和战略储备粮,在粮食生产、流通和消费中具有重要地位。随着世界及我国人口数量的不断增加,耕地面积逐渐减少,对小麦的需求量日益增加,因此发掘优异基因并解析其生物功能,培育高产稳产优质小麦新品种对我国发展小麦生产乃至世界粮食安全均具有重要意义。
根系是小麦生长发育不可或缺的器官,直接影响小麦地上部产量、品质、抗逆性等诸多性状的表现,其中根毛是根表皮细胞所特化而成的一种成熟的吸收组织,占根表面积的77%,能够增强根系对水分和养分的吸收能力,对小麦的产量、品质、抗逆性起着重要作用。研究表明,具有较长根毛的植物能更有效地吸收水分和养分,从而提高作物的产量。一般来说,植株会通过根系伸长、增加根毛数量和密度等方式抵御环境的变化,从而提高植株的生存能力。因此探究根毛生长发育的分子机理研究,对于提高小麦对养分和水分的吸收与利用效率,增加作物产量,改善产品品质等具有重要的理论和实践意义。
发明内容
本发明要解决的技术问题是提供一种调控小麦根毛长度的方法及其分子标记和应用
为解决上述技术问题,本发明所采取的技术方案如下。
一种鉴定或辅助鉴定小麦根毛长度的方法,检测小麦基因组中如SEQ ID NO.1所示序列第89bp位点的多态性,以实现育种早期对小麦的根毛长度性状进行鉴定或辅助鉴定。
作为本发明的一种优选技术方案,检测小麦基因组中如SEQ ID NO.1所示序列第89bp位点的多态性,所述位点的核苷酸序列为T或C,核苷酸序列为C的小麦具有或候选具有较长的根毛长度,核苷酸序列为T的小麦具有或候选具有较短的根毛长度。
作为本发明的一种优选技术方案,以SEQ ID NO.2、SEQ ID NO.3、SEQ ID NO.4所示序列为引物,以被检测小麦基因组DNA为模板进行PCR扩增;如果PCR扩增产物中仅存在大小为510bp的DNA片段,则待测小麦品种或品系在SEQ ID NO.1所示序列第89bp位点的多态性表现为T,待测小麦具有或候选具有较短的根毛长度;如果PCR扩增产物中具有500bp和510bp两条DNA片段,则待测小麦品种或品系在SEQ ID NO.1所示序列第89bp位点的多态性表现为C,待测小麦具有或候选具有较长的根毛长度。
一种用于鉴定或辅助鉴定小麦根毛长度性状的引物,包括引物STARP- TaCSLD3B-F1、引物STARP- TaCSLD3B -F2、引物STARP- TaCSLD3B -R;其中引物STARP- TaCSLD3B -F1与引物STARP- TaCSLD3B -F2构成竞争性关系,引物STARP- TaCSLD3B -R为公共反向引物;引物STARP- TaCSLD3B -F1、引物STARP- TaCSLD3B -F2、引物STARP- TaCSLD3B -R的核苷酸序列依次如SEQ ID NO.2、SEQ ID NO.3、SEQ ID NO.4所示。
一种用于鉴定或辅助鉴定小麦根毛长度性状的试剂盒,用于检测小麦基因组中如SEQ ID NO.1所示序列第89bp位点的多态性,所述位点处的核苷酸为T或C。
作为本发明的一种优选技术方案,所述试剂盒中包含序列表中SEQ ID NO.2和/或SEQ ID NO.3和/或SEQ ID NO.4组成的引物。
作为本发明的一种优选技术方案,所述试剂盒中还包含 ddH2O、dNTP、Taq MasterMix、其他常规组件当中的一种或几种组合。
一种降低禾本科植物根毛长度的方法,敲除或下调表达所述禾本科植物内的目的基因,所述目的基因为SEQ ID NO.1所示基因、其同源基因、与其具有相同或等同功能的基因。
一种降低小麦根毛长度的方法,敲除或下调表达小麦的目的基因,所述目的基因为SEQ ID NO.1所示基因、与其具有相同或等同功能的基因。
上述方法在科研试验和/或作物生产当中的应用,包括:在植物根毛科研试验中构建空白对照株系或反向对照株系;用于植物根毛功能研究;用于植物根毛的胁迫响应研究及其他研究。
本发明整体上提供了一种参与小麦根毛生长发育的相关基因TaCSLD3B、由基因编辑技术使得TaCSLD3B基因发生功能缺陷突变的突变体以及一种与小麦根毛长度相关的分子标记及其应用。本发明还公开了基于上述技术体系的辅助鉴定小麦根毛长度性状的方法。本发明能够用来检测小麦品种或品系中根毛长度的长短,对辅助小麦选择育种具有重大的应用价值。
采用上述技术方案所产生的有益效果在于:
一方面,本发明基于STARP技术挖掘鉴定小麦根毛发育相关基因的STARP分子标记引物,用于鉴定或辅助鉴定不同品种小麦的根毛相关性状,基于所开发的STARP分子标记其引物对,即由一对AMAS-primers ( Asymmetrically modified allele-specificprimers)和一个普通Reverse primer组成基因分型的特殊PCR反应体系,具有准确性高、通量灵活、平台兼容性好的特点,特别是其操作价格低、既可以用荧光又可以用电泳来检测,对小麦根系育种辅助选择育种具有重要意义。
另一方面,本发明利用CRISPR-Cas9基因编辑技术对小麦中TaCSLD3B基因的功能进行研究;对小麦中的TaCSLD3B基因进行突变或敲除,该基因突变体材料与野生型相比,突变体的根毛长度明显变短、根毛数目显著减少。这为相关基因的后续研究及农业生产应用提供了基础,具有重要的实际意义。
附图说明
图1为小麦TaCSLD3B Crispr 突变体株系与野生型根毛表型结果。
图2为TaCSLD3B突变体株系与野生型发芽后第二天的根毛长度统计结果。
图3为不同遗传背景的小麦品种中TaCSLD3B基因的基因组序列差异比对结果。
图4为部分小麦品种TaCSLD3B基因的STARP标记凝胶电泳检测结果;图中,M为2000bp DNA Ladder。
图5为供试小麦品种中TaCSLD3B基因的STARP标记的根毛长度单标记分析结果。
具体实施方式
以下实施例详细说明了本发明。本发明所使用的各种原料及各项设备均为常规市售产品,均能够通过市场购买直接获得。下述实施例中的实验方法,如无特殊说明,均为常规方法,按照本领域内的文献所描述的技术或条件或者按照产品说明书进行。下述实施例中所用的材料、试剂等,如无特殊说明,均可从商业途径得到。
在本申请说明书中描述的参考“一个实施例”或“一些实施例”等意味着在本申请的一个或多个实施例中包括结合该实施例描述的特定特征、结构或特点。由此,在本说明书中的不同之处出现的语句“在一个实施例中”、“在一些实施例中”、“在其他一些实施例中”、“在另外一些实施例中”等不是必然都参考相同的实施例,而是意味着“一个或多个但不是所有的实施例”,除非是以其他方式另外特别强调。术语“包括”、“包含”、“具有”及它们的变形都意味着“包括但不限于”,除非是以其他方式另外特别强调。
整体上,本发明使用同源克隆的方法克隆得到TaCSLD3B基因的基因组序列、编码区核苷酸序列和编码蛋白质的氨基酸序列,并且利用CRISPER/Cas9基因编辑技术系统敲除TaCSLD3B策略验证了TaCSLD3B的生物学功能,TaCSLD3B基因被敲除后将直接影响根毛的生长发育,导致根毛长度显著缩短,根毛数目明显减少。本发明公开了一种与小麦根毛长度显著相关基因TaCSLD3B的分子标记,并进一步开发了相关的引物对,采用所开发的引物以被检测小麦基因组DNA为模板进行扩增,如果PCR扩增产物中具有510bp的单独特异DNA片段,待测小麦候选为具有较短根毛性状的小麦品种或品系;如果PCR扩增产物中具有500bp和510bp两条DNA片段,待测小麦候选为具有较长根毛性状的小麦品种或品系。应用本发明开发的技术体系对小麦进行分子标记辅助选择育种,对小麦根毛较长的品种选育具有重要的理论和实践意义。下面结合附图进行详细阐述和说明。
实施例1 、TaCSLD3B基因DNA的克隆
本发明首先采用CTAB法提取小麦品种Fielder的DNA,根据在Ensembl Plants网站上下载的中国春基因组参考序列,以该DNA为模板扩增TaCslD3B基因的DNA序列。具体操作步骤如下:
(1)将样品和钢珠置于1.5 ml离心管中,并在液氮环境中速冻,拿出后上下用力摇动至研磨粉碎。
(2)加600 ml的CTAB使DNA大幅度溶解,在提前预热至65℃的烘箱中静置1 h,期间每10 分钟拿起轻摇一次。
(3)在通风橱中加入600 ml(与CTAB等体积)以24:1比例配制的氯仿-异戊醇溶液,并轻摇1 min。
(4)常温离心机10000 rpm离心10 min。
(5)吸取450 ml 上清液,加入等体积于-20℃冷冻的异丙醇轻轻混匀,此时有白色絮状沉淀出现。
(6)在4℃冰箱静置30 min,或在-20℃冰箱静置20 min。
(7)离心机4℃、10000 rpm离心10 min。
(8)取75%的乙醇150 ml 清洗沉淀两次,每次用手把沉淀弹起轻摇,常温离心机8000 rpm离心2 min。
(9)弃上清液,用中号和小号移液枪头吸尽残液,置于通风橱吹至毛胶状。
(10)用100 μl左右灭菌后的ddH2O 溶解后于-20℃冰箱冷冻保存。
提取完成后本发明根据在Ensembl Plants网站上下载的TaCslD3B基因序列为参考,使用DNAMAN软件分别设计特异引物,扩增TaCslD3B基因的DNA序列,引物序列如下:
TaCslD3B-F:5’-ATGGGGTCCAAGGGAATC-3’(SEQ ID NO.5);
TaCslD3B-R:5’-TGGGTCAAGGGAAAGAGAAC-3’(SEQ ID NO.6);
PCR反应程序(10uL)如下:94℃预变性3min;94℃变性15s,60℃(±3-5℃)退火20s,72℃延伸1min/1kb,35个循环;4℃避光保存。
扩增出的PCR产物,使用1%的琼脂糖凝胶点样检测,设置电泳仪电压为150 V,时间15 min,结束后在凝胶成像仪下观察,使用南京Vazyme生物科技有限公司的FastPure GelDNA Extraction Mini Kit胶回收DNA纯化试剂盒将清晰明亮、长度正确的条带切下回收,纯化产物。
PCR产物纯化后使用南京Vazyme生物科技有限公司的5 min TA/Blunt-ZeroCloning Kit试剂盒将PCR纯化产物连接至pCE2 TA/Blunt-Zero载体。
使用Fast-T1 competent cell大肠杆菌感受态细胞做后续的转化实验,挑取边界清晰、大小合适的单克隆测序。
实施例2、TaCSLD3B 基因编码区序列及其编码的氨基酸序列的获得
本发明使用Trizol法提取总RNA,实验前用75%乙醇擦洗实验台台面,另将RNA提取过程中用到的研钵、研磨棒、药品匙、离心管、枪头等在高温高压灭菌锅中灭菌,设置温度为121℃,30 min,烘干待用。实验过程中所涉及到的所有试剂均为RNase-free。
(1)在研钵中加入液氮,将小麦根系放进研钵中迅速研磨,直至成为粉末状,取0.1g样品装入1.5 ml离心管,加入1.0 ml Trizol,涡旋机震荡混匀,室温放置5 min;
(2)在以上样品中加入氯仿200 μl,离心管放在涡旋机剧烈震荡15 s,室温条件下放置5 min;
(3)离心机设置12000 rpm,4℃离心15 min;
(4)取450μl上清液,将其小心地转移到灭菌的新离心管中,加入提前预冷的等体积异丙醇,上下轻摇以充分混匀,在室温环境下放置15 min或者在-20℃环境下放置30min;
(5)放入离心机,设置转速为12000 rpm,设置温度为4℃,设置离心时间为15 min。离心后弃上清液,加入1 ml用DEPC水配置的75%乙醇来清洗沉淀;
(6)将以上混合溶液再次放入离心机,设置转速为5000 rpm,设置温度为4℃,设置离心时间为5 min。离心后弃去上清液,用枪头小心吸出酒精,最后用小枪头吸干净;
(7)室温条件放置在通风橱中约5-10 min,吹干沉淀;
(8)再加入30 μl的DEPC水,充分混匀;
(9)检测RNA是否被降解:浓度为1.0%的琼脂糖凝胶电泳,设置电压180V、时间11min检测RNA是否降解;
(10)提取完成的RNA放置在-80℃的冰箱中妥善保存。
RNA提取完成后利用HiScript ®Ⅲ RT SuperMix for qPCR(+gDNA wiper)反转录成单链cDNA。以中国春cDNA为模板,采用2 × Phanta Max Master Mix (Dye Plus)高保真酶扩增,引物序列同上所述。
PCR反应体系(10uL)如下:100ng/uL模板DNA 1.0uL,2×Taq Plus Master Mix Ⅱ5.0uL,2um引物混合试剂2.0uL,ddH20 1.0uL。
PCR反应程序(10uL)如下:94℃预变性3min;94℃变性15s,60℃(±3-5℃)退火20s,72℃延伸1min/1kb,35个循环;4℃避光保存。
该基因编码区序列全长3441bp,编码的氨基酸序列包含1146个氨基酸,该蛋白分子量为128.29KDa,等电点为7.09。
实施例3、 CRISPER/Cas9技术验证TaCSLD3B基因功能
本发明为了验证TaCSLD3B基因的功能,以小麦品种Fielder为转基因受体,利用CRISPER/Cas9基因编辑技术系统敲除TaCSLD3,获得了TaCSLD3B基因突变体。进一步对野生型和TaCSLD3B基因突变体进行定根毛表型鉴定,结果发现与野生型相比,TaCSLD3B基因突变体的根毛长度明显缩短、根毛数量大幅减少、根毛密度显著降低。具体结果如图1和图2所示。
实施例4、 TaCSLD3B基因STARP分子标记STARP-TaCSLD3B的获得
本实施例通过对不同遗传背景的小麦种质的TaCSLD3B进行PCR扩增和重测序,检测到在不同小麦品种中的TaCSLD3B基因起始密码子ATG下游89bp处检测到一个碱基的替换突变,具体如图3所示。
针对该变异位点设计了相应引物对,即STARP分子标记STARP-TaCSLD3B,包括:STARP- TaCSLD3B -F1:CACGGCACCAACATCAGC(SEQ ID NO:2所示)、STARP- TaCSLD3B -F2:CAACGACTGCCACGGCACCAACATAGGT(SEQ ID NO:3所示)、引物STARP- TaCSLD3B -R:CATTGCTGGAGTTGGAGAGA(SEQ ID NO:4所示)。引物STARP- TaCSLD3B -F1与引物STARP-TaCSLD3B -F2是竞争性关系,引物STARP- TaCSLD3B -R为公共反向引物。
实施例5、TaCSLD3B基因分子标记STARP-TaCSLD3B的应用
本实施例主要将前述实施例设计得到的STARP分子标记STARP-TaCSLD3B用于小麦TaCSLD3B基因的检测与鉴定,具体方法如下:
⑴、按照本领域的常规方式提取待测小麦基因组DNA;
(2)、以上述基因组DNA为模板,以所述STARP分子标记为引物进行PCR扩增,PCR扩增的体系为10μL,包括:0.5μL浓度为2μmol/L的SEQ ID NO:2所示的上游引物;0.5μL浓度为2μmol/L的SEQ ID NO:3所示的上游引物;1μL浓度为2μmol/L的SEQ ID NO:4所示的下游引物;2μL浓度为100ng/μL以上的DNA模板;5μl 2×3G Taq Master Mix;1μl ddH2O;PCR扩增程序如下:94℃预变性5min;94℃变性30s,65-56℃退火30s,72℃延伸15s,10个循环;94℃变性30s,55℃退火30s,72℃延伸15s,25个循环;72℃延伸10min;4℃保存。所得扩增产物在10.0%的非变性聚丙烯酰胺凝胶上进行电泳分离,电泳缓冲液为1×TBE,190V恒压3h。
硝酸银染色:胶片使用0.1%硝酸银溶液(0.3 g硝酸银加入300 mL去离子水)银染20min,然后用去离子水冲洗3次,加入显影液,显色约10 min,用自来水冲洗2次后,将凝胶平铺在照胶灯台上拍照得到凝胶图片。带型读取结果:电泳产物仅存在大小为510bp的DNA片段,说明待测小麦品种或品系的TaCSLD3B基因的第89位核苷酸位点为“T”,如果PCR扩增产物中具有500bp和510bp共两条DNA片段,说明该小麦品种或品系的TaCSLD3B基因的第89位核苷酸位点为“C”。
实施例6、TaCSLD3B基因分子标记STARP-TaCSLD3B与根毛长度的关联分析
本实施例主要将上述实施例设计得到的STARP分子标记与小麦根毛长度性状进行关联分析,从而实现该分子标记的新应用。
待测小麦为71份不同麦区的小麦品种。
(1)、采用CTAB方法提取待测小麦的幼嫩叶片的基因组DNA。
(2)、按照实施例4的方法对小麦基因组DNA进行PCR扩增,并进行结果分析。带型读取结果:电泳产物仅存在大小为510bp的DNA片段,记为“I型”,如果PCR扩增产物中具有510bp和500bp共两条DNA片段,记为“II型”。部分检测结果见图4。
(3)检测待测小麦品种的根毛长度。
选取71份不同小麦材料,结合实施例5鉴定到的上述小麦材料基因型,利用SPSS软件对其根毛长度进行分析,分析结果如图5所示,35份I型材料根毛长度均值为0.949cm,显著低于36份II型材料的平均根毛长度1.193cm。因此,本发明所开发的STARP分子标记能够准确鉴定或辅助鉴定小麦根毛长度性状。71份小麦品种的基因型与根毛长度见表1。
表1. 71份待测小麦品种的基因型和根毛长度
序号 材料名称 STARP-TaCSLD3B基因型 根毛长度(mm)
1 白高38 0.948098655
2 德选1号 1.04618338
3 碧码1号 1.597019794
4 凫山半截芒 1.023965619
5 桓群4号 1.010597774
6 济麦19 0.889591003
7 济麦20 1.675628968
8 聊麦19 0.806299811
9 鲁麦14 1.63392461
10 济麦22 1.888017391
11 山农20 1.013170354
12 山农23 0.549994168
13 济宁3 1.435731096
14 山农2149 0.660249117
15 烟辐188 0.673185538
16 烟农15 1.507610895
17 07中36 0.801025394
18 鲁麦12 1.071679753
19 鲁麦15 1.16607003
20 鲁麦21 1.587127402
21 安麦7号 0.89360129
22 福麦8号 1.372301413
23 山农辐63 1.453011212
24 蚰子麦 0.908763325
25 YX11-57 1.197312594
26 福麦7号 1.485221432
27 开麦18 1.033374925
28 邯09-41344 0.950587229
29 衡10-5218 1.062665935
30 花培1号 0.876014584
31 开麦21 0.933378567
32 金禾8431 0.821119468
33 兰考198 1.060228129
34 良星99 1.463275547
35 浚2016 0.830990838
36 新麦31 0.916180756
37 豫麦49 1.196892722
38 中鉴49 0.935245216
39 周麦16 1.453576483
40 新麦2111 0.745379939
41 郑麦004 0.92085844
42 周麦22 1.125058719
43 郑麦9023 1.021256093
44 周麦18 1.252187084
45 衡观35 0.96096947
46 长丰1号 0.533510504
47 北京8号 1.185097765
48 小偃6号 1.05942873
49 西农3517 0.921858891
50 中优9507 1.143607895
51 旱小麦 1.332078825
52 丰产3号 0.925289184
53 白火麦 0.954780674
54 内乡5号 1.125387171
55 小偃886 0.742237688
56 大白麦 1.100876179
57 APACHE 0.929189145
58 济麦19 1.289021135
59 晋麦47 1.310837044
60 MV14-8S 0.826929326
61 良星66 1.40649617
62 Hokushin 0.681187593
63 MV18 0.924604443
64 西农979 1.122180289
65 HE7488 0.789138046
66 烟农19 0.662549715
67 小偃22 0.897589485
68 新麦26 1.232882411
69 烟农21 0.790469733
70 周麦18 1.313691196
71 望水白 1.136986615
(4)、对不同基因型的小麦品种根毛长度进行差异显著性分析,结果如图5所示。结果表明,基因型为TaCSLD3B I型的小麦品种,即TaCSLD3B基因的第89位核苷酸位点为“T”的小麦品种,具有较短的根毛性状,而基因带型为TaCSLD3B II型的小麦品种,即TaCSLD3B基因的第89位核苷酸位点为“C”的小麦品种,根毛长度相对较长。相关性分析也表明该STARP标记与小麦的根毛长度性状显著相关。采用所述STARP分子标记即可有效对TaCSLD3B基因进行基因型选择,并实现对小麦根毛长度性状的筛选,因此,本发明基于小麦TaCSLD3B基因设计的特异STARP分子标记将为小麦根毛长度及分子标记辅助育种提供便利。
综上实施例可见,本发明提供了小麦控制根毛长度相关基因TaCSLD3B及其分子标记和应用。本发明首次克隆了小麦TaCSLD3B基因组和编码区的核苷酸序列,发现TaCSLD3B基因具有调控根毛发育的功能。本发明还提供了一种与小麦根毛长度显著相关的TaCSLD3B基因的STARP分子标记STARP-TaCSLD3B,可利用所述分子标记STARP-TaCSLD3B及其特异成套引物快速、精准、高通量地鉴定TaCSLD3B基因的增加根毛长度等位基因型,对于加快利用小麦控制根毛长度基因TaCSLD3B基因进行遗传改良,提高育种效率具有重要实践意义。
以上所述实施例仅用以说明本发明的技术方案,而非对其限制;尽管参照前述实施例对本发明进行了详细的说明,本领域的普通技术人员应当理解:其依然可以对前述各实施例所记载的技术方案进行修改,或者对其中部分技术特征进行等同替换;而这些修改或者替换,并不使相应技术方案的本质脱离本发明各实施例技术方案的精神和范围,均应包含在本发明的保护范围之内。

Claims (1)

1.一种辅助鉴定小麦根毛长度的方法,其特征在于:以SEQ ID NO.2、SEQ ID NO.3、SEQID NO.4所示序列为引物,以被检测小麦基因组DNA为模板进行PCR扩增;如果PCR扩增产物中仅存在大小为510bp的DNA片段,则待测小麦在SEQ ID NO.1所示序列第89bp位点表现为T,待测小麦候选具有短的根毛长度;如果PCR扩增产物中具有500bp和510bp两条DNA片段,则待测小麦在SEQ ID NO.1所示序列第89bp位点表现为C,待测小麦候选具有长的根毛长度。
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