CN116018152A - 用于预防或治疗冠状病毒相关疾病和/或症状的益生菌 - Google Patents

Abstract

本发明涉及细菌菌株、包含细菌菌株的组合物以及所述菌株和组合物用于以下方面的方法和用途：1)预防或治疗有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状，以及/或者2)在有需要的受试者先前已经发生以下情况后延长所述受试者对冠状病毒引起的疾病的免疫：a)暴露于所述冠状病毒；b)从感染所述冠状病毒引起的疾病中恢复；和/或c)接种了所述冠状病毒的疫苗。

Description

用于预防或治疗冠状病毒相关疾病和/或症状的益生菌

相关申请的交叉引用

本申请要求2020年7月9日提交的美国临时专利申请号63/050,009、2020年7月31日提交的欧洲专利申请号20188807.0、2020年10月30日提交的美国临时专利申请号63/107,878、2021年1月21日提交的美国临时专利申请号63/140,097和2021年4月26日提交的美国专利申请号17/240,433的优先权，这些专利申请中的每一项的公开内容通过援引以其全文并入本文。

技术领域

本发明涉及细菌菌株和包含所述细菌菌株的组合物用于预防或治疗与冠状病毒相关的疾病和/或症状的新用途。本发明还涉及用于预防或治疗与冠状病毒相关的疾病和/或症状的方法，这些方法包括向有需要的受试者施用此类菌株或组合物。具体地，冠状病毒是SARS-CoV-2。

背景技术

冠状病毒(冠状病毒科(Coronaviridae))长期以来一直被认为是人类普通感冒和呼吸道感染以及动物多种呼吸道疾病的致病物之一。然而，直到21世纪，冠状病毒变体才作为大流行病原体出现。2002年，SARS-CoV病毒出现，并在短时间内展现出现代毒株的高传染性特征。MERS冠状病毒在阿拉伯半岛的出现遵循类似的轨迹。

自从SARS(严重急性呼吸系统综合征)冠状病毒2(SARS-CoV-2)爆发并引起冠状病毒病(COVID-19)以来，这种高传染性病毒在世界范围内迅速传播，导致全球大流行。虽然大约15％-20％的检测病例是无症状的，但大多数受影响的患者有轻度症状，包括发热(83％-98％的有症状病例)、咳嗽(59％-82％的有症状病例)、呼吸短促(19％-55％的有症状病例)和肌肉疼痛(11％-44％的有症状病例)。然而，在一些患者中，该疾病将发展到更严重的状态，这将在感染发生后8天左右发生。主要症状从呼吸困难到呼吸窘迫，3％-29％的患者需要入住重症监护室(ICU)。然后病程可能导致急性呼吸窘迫综合征(ARDS)(17％-29％的患者住院)、严重脓毒症伴休克，并且在一些情况下导致在一周内出现多器官功能障碍。最后，据估计，被感染患者的全球死亡率为大约5％-7％。

这种病毒带来的挑战是多方面的：其高接触传染性加上相当一部分无症状携带者使得感染在人群中迅速传播而不被发现。这导致所有被感染国家/地区的病例迅速增加，给现有医疗基础设施带来巨大压力，导致死亡人数增高。

此外，与其他冠状病毒不同，该变体保留了其毒力，尽管作为RNA病毒，但预计它会以相对高的频率发生突变。另外，缺乏该疾病的动物模型阻碍了疫苗开发者证明疗效的能力，并且快速传播要求在没有大量动物数据的情况下采用捷径来进行人体试验。

因此，除少数国家/地区外，所有被感染国家/地区都进入了广泛的封锁状态，限制社会集会，限制旅行，并迫使大多数企业将活动限制到最低限度(在大多数情况下关闭)。此类措施引发了“停工经济学”，造成全球经济衰退，给全球人口带来了破坏性后果。

在过去的几个月里，政府、非政府组织(NGO)和私营公司重新集中精力寻找针对COVID-19的治疗方法。最常见的方法可以分为三大类：i)被动免疫/中和抗体、ii)疫苗和iii)药物重新定位(drug repurposing)。

关于上述方法，一种产品(小分子药物瑞德西韦(Remdesivir))已被批准用于治疗COVID-19的重症病例。然而，最近公布的临床数据并没有显示出与安慰剂相比有很大的益处。2020年5月12日，在clinicaltrials.gov中注册了1368项针对COVID-19的临床试验。

发明目的

为了克服目前SARS-CoV-2和其他冠状病毒引起/相关的呼吸道疾病或病症的爆发所带来的挑战，本发明人认为，预防或治疗人群的一般冠状病毒相关严重呼吸综合征疾病、特别是COVID-19要取得成功的关键将是提供一种产品，该产品将：(i)使免疫系统能够(a)分泌抗SARS-CoV-2的抗体，(b)刺激预先存在的SARS-CoV-2交叉反应T细胞，并且(3)使用具有微生物交叉反应抗原(mCRAG)的细菌菌株产生新的SARS-CoV-2交叉反应T细胞，并且/或者(ii)激活免疫系统以在感染SARS-CoV2之前刺激抗病毒免疫。本发明人认为，该方法(即使用mCRAG或通过益生菌株干预来激活免疫系统)可以单独使用和/或与其他研究组目前正在考虑的其他方法(如疫苗)一起使用。

因此，本发明的一个目的是提供一种用于预防或治疗有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的方法以及细菌菌株和包含细菌菌株的组合物。具体地，本发明的目的是提供用于预防或治疗有需要的受试者的与SARS-CoV-2病毒相关的疾病和/或症状的细菌菌株。

发明内容

在一个方面，本发明涉及一种用于预防或治疗有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的双歧杆菌属(Bifidobacterium)的细菌菌株或其混合物。

在另一个方面，本发明涉及一种用于预防或治疗有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的乳酪杆菌属(Lacticaseibacillus)的细菌菌株或其混合物。

在另一个方面，本发明涉及一种用于预防或治疗有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的联合乳杆菌属(Ligilactobacillus)的细菌菌株或其混合物。

在另一个方面，本发明涉及一种用于预防或治疗有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的乳杆菌属(Lactobacillus)的细菌菌株或其混合物。

在另一个方面，本发明涉及一种用于预防或治疗有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的粘液乳杆菌属(Limosilactobacillus)的细菌菌株或其混合物。

在另一个方面，本发明涉及一种用于预防或治疗有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的乳球菌属(Lactococcus)的细菌菌株或其混合物。

在另一个方面，本发明涉及一种用于预防或治疗有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的链球菌属(Streptococcus)的细菌菌株或其混合物。

在另一个方面，本发明涉及一种包含一种或多种选自双歧杆菌属、乳酪杆菌属、联合乳杆菌属、乳杆菌属、粘液乳杆菌属、乳球菌属和链球菌属的细菌菌株的组合物。

在又一个方面，本发明涉及一种治疗或预防有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的方法，所述方法包括向所述受试者施用双歧杆菌属的细菌菌株或其混合物。

在又一个方面，本发明涉及一种治疗或预防有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的方法，所述方法包括向所述受试者施用乳酪杆菌属的细菌菌株或其混合物。

在另一个方面，本发明涉及一种治疗或预防有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的方法，所述方法包括向所述受试者施用联合乳杆菌属的细菌菌株或其混合物。

在另一个方面，本发明涉及一种治疗或预防有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的方法，所述方法包括向所述受试者施用乳杆菌属的细菌菌株或其混合物。

在另一个方面，本发明涉及一种治疗或预防有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的方法，所述方法包括向所述受试者施用粘液乳杆菌属的细菌菌株或其混合物。

在另一个方面，本发明涉及一种治疗或预防有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的方法，所述方法包括向所述受试者施用乳球菌属的细菌菌株或其混合物。

在另一个方面，本发明涉及一种治疗或预防有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的方法，所述方法包括向所述受试者施用链球菌属的细菌菌株或其混合物。

在又一个方面，本发明涉及双歧杆菌属的细菌菌株或其混合物用于预防或治疗有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的用途。

在又一个方面，本发明涉及乳酪杆菌属的细菌菌株或其混合物用于预防或治疗有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的用途。

在另一个方面，本发明涉及联合乳杆菌属的细菌菌株或其混合物用于预防或治疗有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的用途。

在另一个方面，本发明涉及乳杆菌属的细菌菌株或其混合物用于预防或治疗有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的用途。

在另一个方面，本发明涉及粘液乳杆菌属的细菌菌株或其混合物用于预防或治疗有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的用途。

在另一个方面，本发明涉及乳球菌属的细菌菌株或其混合物用于预防或治疗有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的用途。

在另一个方面，本发明涉及乳球菌属的细菌菌株或其混合物用于预防或治疗有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的用途。

在另一个方面，本发明涉及链球菌属的细菌菌株或其混合物用于预防或治疗有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的用途。

在一个方面，本发明涉及一种用于降低有需要的受试者的肠道中的冠状病毒滴度的双歧杆菌属的细菌菌株或其混合物。

在另一个方面，本发明涉及一种用于降低有需要的受试者的肠道中的冠状病毒滴度的乳酪杆菌属的细菌菌株或其混合物。

在另一个方面，本发明涉及一种用于降低有需要的受试者的肠道中的冠状病毒滴度的联合乳杆菌属的细菌菌株或其混合物。

在另一个方面，本发明涉及一种用于降低有需要的受试者的肠道中的冠状病毒滴度的乳杆菌属的细菌菌株或其混合物。

在另一个方面，本发明涉及一种用于降低有需要的受试者的肠道中的冠状病毒滴度的粘液乳杆菌属的细菌菌株或其混合物。

在另一个方面，本发明涉及一种用于降低有需要的受试者的肠道中的冠状病毒滴度的乳球菌属的细菌菌株或其混合物。

在另一个方面，本发明涉及一种用于降低有需要的受试者的肠道中的冠状病毒滴度的链球菌属的细菌菌株或其混合物。

在一个方面，本发明涉及一种用于在有需要的受试者先前已经发生以下情况后延长该受试者对SARS-CoV-2(或其病毒变体)的免疫的双歧杆菌属的细菌菌株或其混合物：a)暴露于SARS-CoV-2(或其病毒变体)；从感染SARS-CoV-2(或其病毒变体)引起的疾病中恢复；和/或接种了SARS-CoV-2(或其病毒变体)的疫苗。

在另一个方面，本发明涉及一种用于在有需要的受试者先前已经发生以下情况后延长该受试者对SARS-CoV-2(或其病毒变体)的免疫的乳酪杆菌属的细菌菌株或其混合物：a)暴露于SARS-CoV-2(或其病毒变体)；从感染SARS-CoV-2(或其病毒变体)引起的疾病中恢复；和/或接种了SARS-CoV-2(或其病毒变体)的疫苗。

在另一个方面，本发明涉及一种用于在有需要的受试者先前已经发生以下情况后延长该受试者对SARS-CoV-2(或其病毒变体)的免疫的联合乳杆菌属的细菌菌株或其混合物：a)暴露于SARS-CoV-2(或其病毒变体)；从感染SARS-CoV-2(或其病毒变体)引起的疾病中恢复；和/或接种了SARS-CoV-2(或其病毒变体)的疫苗。

在另一个方面，本发明涉及一种用于在有需要的受试者先前已经发生以下情况后延长该受试者对SARS-CoV-2(或其病毒变体)的免疫的乳杆菌属的细菌菌株或其混合物：a)暴露于SARS-CoV-2(或其病毒变体)；从感染SARS-CoV-2(或其病毒变体)引起的疾病中恢复；和/或接种了SARS-CoV-2(或其病毒变体)的疫苗。

在另一个方面，本发明涉及一种用于在有需要的受试者先前已经发生以下情况后延长该受试者对SARS-CoV-2(或其病毒变体)的免疫的粘液乳杆菌属的细菌菌株或其混合物：a)暴露于SARS-CoV-2(或其病毒变体)；从感染SARS-CoV-2(或其病毒变体)引起的疾病中恢复；和/或接种了SARS-CoV-2(或其病毒变体)的疫苗。

在另一个方面，本发明涉及一种用于在有需要的受试者先前已经发生以下情况后延长该受试者对SARS-CoV-2(或其病毒变体)的免疫的乳球菌属的细菌菌株或其混合物：a)暴露于SARS-CoV-2(或其病毒变体)；从感染SARS-CoV-2(或其病毒变体)引起的疾病中恢复；和/或接种了SARS-CoV-2(或其病毒变体)的疫苗。

在另一个方面，本发明涉及一种用于在有需要的受试者先前已经发生以下情况后延长该受试者对SARS-CoV-2(或其病毒变体)的免疫的链球菌属的细菌菌株或其混合物：a)暴露于SARS-CoV-2(或其病毒变体)；从感染SARS-CoV-2(或其病毒变体)引起的疾病中恢复；和/或接种了SARS-CoV-2(或其病毒变体)的疫苗。

优点

本发明人惊奇地发现，使用双歧杆菌属、乳酪杆菌属、联合乳杆菌属、乳杆菌属、粘液乳杆菌属、乳球菌属或链球菌属的细菌菌株或包含所述细菌菌株的组合物可以用于预防或治疗有需要的受试者的与冠状病毒、特别是SARS-CoV-2病毒相关的疾病和/或症状。

附图说明

图1A是示出SARS CoV-2感染的雪貂在感染后10天的鼻腔洗液病毒滴度的图表。图1B是示出研究的治疗和预防组以及安慰剂组的曲线下面积(AUC)的图表。

图2A是示出SARS CoV-2感染的雪貂在感染后第1天的鼻腔洗液病毒滴度的图表。图2B是示出SARS CoV-2感染的雪貂在感染后第3天的鼻腔洗液病毒滴度的图表。

图3描绘了示出细菌聚生体对树突细胞(DC)细胞因子产生的影响的一系列图。*p＝0.01＝<0.05；**p＝0.001＝<0.01；***p<0.001(相对于对照)，以及#p＝0.01＝<0.05；##p＝0.001＝<0.01；###p<0.001(相对于pIC+R848)。

图4描绘了示出细菌聚生体对巨噬细胞(MF)细胞因子产生的影响的一系列图。*p＝0.01＝<0.05；**p＝0.001＝<0.01；***p<0.001(相对于对照)，以及#p＝0.01＝<0.05；##p＝0.001＝<0.01；###p<0.001(相对于pIC+R848)。

图5描绘了示出益生菌聚生体对雪貂中ACE 2表达的调节的一系列图。

图6描绘了示出益生菌聚生体对雪貂中CCL2表达的调节的一系列图。

图7描绘了示出益生菌聚生体对雪貂中CCL2表达的调节的一系列图。

图8描绘了示出益生菌聚生体对雪貂中CCL2表达的调节的一系列图。

图9描绘了示出益生菌聚生体对雪貂中CCL2表达的调节的一系列图。

图10描绘了示出益生菌聚生体对雪貂中IL6表达的调节的一系列图。

图11描绘了示出益生菌聚生体对雪貂中IL6表达的调节的一系列图。

图12描绘了示出益生菌聚生体对雪貂中TLR 8表达的调节的一系列图。

图13描绘了示出益生菌聚生体对雪貂中TLR 8表达的调节的一系列图。

图14描绘了示出益生菌聚生体对雪貂中IFNα表达的调节的一系列图。

图15描绘了示出益生菌聚生体对雪貂中IFNL1表达的调节的一系列图。

图16描绘了示出益生菌聚生体对雪貂中IFNγ表达的调节的一系列图。

图17描绘了示出益生菌聚生体对雪貂中IFNγ表达的调节的一系列图。

图18A-F描绘了示出OL-1、OL-2和pIC+R848刺激的巨噬细胞和树突细胞的整体转录组学分析的图。针对巨噬细胞(图18A)和树突细胞(图18B)测试的所有样品的转录组的主成分分析(PCA)。PCA图包括与OL-1(图18C)和OL-2(图18E)以及巨噬细胞OL-1(图18D)和树突细胞(图18F)的对照相比巨噬细胞样品的最高基因负载。单个点和集体椭圆的颜色表示治疗。每个点是含有表达的所有基因的单个样品转录组。对于OL-1和OL-2单独的样品，PC负载显示为箭头，显示特定基因对PCA图的变化的影响。箭头表示变化的方向性，并且该值表示PC1(水平轴)或PC2(竖直轴)中变化的图形表示(彼此之间存在比例关系，但不是比例上的数字)。箭头的颜色表示在OL-1或OL-2与对照比较中被上调(暗)或被下调(亮)的基因。

图19描绘了OL-1、OL-2和pIC+R848对所选的细胞因子、趋化因子和HLA/共刺激基因应答的影响。从细胞因子、趋化因子和HLA/共刺激基因组中选择的重要基因的气球图。仅显示在巨噬细胞或树突细胞中表现出显著表达(调整后的p值<0.10)的基因。气球的大小表示显著性(-log10调整后的p值)，较大的尺寸具有较大的显著性。阴影表示表达水平(log2倍数变化)，与对照相比，左侧阴影表达减少，右侧阴影增加。细胞类型在由巨噬细胞和树突细胞表示的每个组中分开。

图20A-J描绘了十二指肠中ACE2的定位和表达以及炎症评分。来自主要研究的ACE2免疫组织化学染色的代表性图像和定量。图20A、图20B和图20C描绘了第5天的免疫组织化学染色，并且图20D、图20E和图20F描绘了第10天的免疫组织化学染色。图20A和图20D来自施用聚生体OL-1的雪貂，图20B和图20E来自施用聚生体OL-2的雪貂，并且图20C和图20F来自施用安慰剂的雪貂。图20G是描绘第5天的ACE2表达的定量的柱状图。图20H是描绘第10天的ACE2表达的定量的柱状图。图20I和图20J是描绘评价炎症(0无炎症至4严重炎症)的H&E染色的十二指肠切片的柱状图，并且每个治疗组的平均炎症评分在图20I(第5天)和图20J(第10天)中示出。数据表示为平均值±SEM。使用单因素ANOVA进行统计分析，然后进行Dunnett's多重比较检验。ns，不显著，**，p<0.01；***，p<0.001。

图21描绘了OL-1、OL-2和plC+R848的COVID-19途径基因表达。取自巨噬细胞和树突细胞中的冠状病毒病-COVID-19途径的基因表达的气球图。仅显示了在巨噬细胞或树突细胞中具有调整后的p值<0.1(-log10>1)的基因。气球的大小表示调整后的p值的对数底数10，较小的p值具有较大的气球。阴影表示表达水平，与对照相比，左侧阴影表达减少，右侧阴影增加。基因下方的黑条表示该组基因在途径内的功能。细胞类型在由巨噬细胞和树突细胞表示的每个组中分开。

具体实施方式

以下陈述了本发明的详细方面。在单独的部分中部分地讨论了一些详细方面。这是为了便于参考，并且绝对不是限制性的。下面描述的所有实施例同样适用于本发明的所有方面，除非上下文另有具体规定。

粘膜IgA对微生物群具有广泛的交叉反应性，有助于维持微生物群与宿主的稳态。不受理论的约束，通过摄入与冠状病毒(包括SARS-CoV-2，表面多肽(主要是S蛋白))具有同源表位的益生菌株，有可能诱导交叉反应IgA抗体，该抗体可以通过在粘膜表面与SARS-CoV-2或其他冠状病毒病毒粒子发生交叉反应而降低感染风险。粘膜IgA抗体还经由在上皮细胞中表达的聚合Ig受体将病毒颗粒从上皮细胞的宿主侧转运到微生物群侧。

为了产生抗原特异性反应和新抗体，益生菌株应在肠道/粘膜中诱导T细胞依赖性反应。如果以粉末形式食用，这些抗体也可能在呼吸道的粘膜中产生。

抗原特异性T细胞依赖性反应在次级淋巴组织(淋巴结/派伊尔斑)中由以下细胞驱动：(i)摄入益生菌并在其表面上的MHC-II/MHC-I分子上展示交叉反应肽的抗原呈递细胞，(ii)识别肽:MHC-II复合物的CD4 T细胞，(iii)由CD4 T细胞活化的抗原特异性CD8 T细胞，以及(iv)由结合病原体并在MHC-II中展示肽的B细胞受体活化的B细胞，以及(v)由来自同一细菌的肽通过抗原呈递细胞活化的CD4 T细胞。

T细胞依赖性IgA的产生由TGF-β(IgA类别转换)驱动，并且B细胞的扩增/分化由CD4 T细胞分泌的IL-5、IL-6、IL-10和IL-21驱动。这基本上是一种致耐受性Treg/屏障，保护由分泌IL-6、IL-10、IL-23、TGF-β的树突细胞诱导的Th17对微生物群的反应。

摄入益生菌会在肠中诱导IgA反应。已经表明，一些浆B细胞(Ab产生细胞)会移动到其他粘膜部位(约10％)，例如呼吸道(约1-2％)，以添加到现有的浆细胞/IgA库中。

CD8记忆细胞在根除病毒感染细胞和驱动抗病毒免疫方面很重要。已经表明，健康人具有针对共生微生物的记忆CD8 T细胞。进一步表明，含有肿瘤新抗原的交叉反应肽的细菌菌株短双歧杆菌能够影响肿瘤反应CD8 T细胞(Bessell CA,Isser A,Havel JJ,Lee S,Bell DR,Hickey JW等人Commensal bacteria stimulate antitumor responses via Tcell cross-reactivity[共生细菌经由T细胞交叉反应性刺激抗肿瘤反应]；JCI Insight[临床研究杂志子刊机理解析]；2020；5(8))，表明微生物群也可以影响针对病原体的抗原特异性记忆CD8 T细胞库。CD8反应通常由IL-12/IFN-γ和Th1型树突细胞/CD4 T细胞启动。因此，益生菌可以影响预先存在的冠状病毒交叉反应记忆CD8 T细胞，但也可以影响记忆CD4 T细胞。

益生菌株食用也可以影响现有的浆细胞活化和IgA库。如果存在针对SARS-CoV-2的交叉反应IgA，则益生菌可以通过不依赖T细胞的机制来支持总IgA产生。共生微生物群/益生菌在肠中诱导总IgA产生(不依赖抗原)，并且也可能对肠外IgA产生具有影响。例如，短链脂肪酸和来自上皮细胞的TGF-β(IgA类别转换)、IL-6、视黄酸、BAFF和APRIL的诱导会驱动IgA产生。

20多年来，已经在临床研究中研究了针对感冒和流感的益生菌补充剂。临床研究的几项荟萃分析表明，益生菌通常可能对降低呼吸道感染的风险和持续时间有效。然而，益生菌对免疫刺激和对呼吸道感染的有益效果之间存在菌株特异性差异。对乳酸双歧杆菌(B.lactis)Bl-04、嗜酸乳杆菌(L.acidophilus)NCFM和乳酸双歧杆菌Bi-07的研究以及文献中的其他研究表明，益生菌通过“训练”先天免疫反应发挥作用，即通过在病毒感染之前启动免疫系统发挥作用。研究表明，在将病毒载量或感染风险降低大约20％之前，干扰素和先天免疫细胞因子的表达增加。

尽管所有病毒都具有不同的发病机理和生命周期，但它们仍然会诱导相似的抗病毒免疫反应—以NK细胞、ILC1、细胞毒性T淋巴细胞、Th1反应和IgG抗体产生以及干扰素α、β、γ和λ的产生、炎性体和Th1相关细胞因子诸如IL-12和IP-10的活化为特征。因此，刺激针对SARS-CoV-2的先天免疫系统也可能对其他冠状病毒有效。

病毒通过例如产生抑制干扰素产生和细胞免疫的分子来逃避这些免疫反应。据报道，在SARS-CoV-2感染中，干扰素反应被延迟。

已经表明益生菌如嗜酸乳杆菌NCFM可以诱导与抗病毒免疫如干扰素β相关的特定途径并且增加检测病毒RNA的受体(TLR3)的表达。此外，NCFM降低了3-5岁儿童的感冒症状的发生率。它还在体外驱动IL-12产生。不受理论的约束，据认为通过选择驱动/刺激抗病毒反应的细菌菌株或一种或多种优化益生菌的聚生体，可以降低SARS-CoV-2感染和严重COVID-19疾病的风险，并且缩短疾病的持续时间和病程，同时可能减少总症状负荷。

口服摄入和肠道暴露似乎足以驱动其他粘膜部位(诸如呼吸道)的先天免疫变化，可能通过移动淋巴细胞和影响淋巴细胞/骨髓细胞生成，但也可能经由肠-脑轴和循环系统中的微生物代谢物。

已经对树突细胞测试了益生菌效果，并且已经测量了它们产生的细胞因子谱的类型。通过选择免疫细胞的高IL-12/IFN-γ和低IL-10/TGF-β生产者，选择了针对SARS-CoV-2以及其他冠状病毒和病毒性呼吸道病原体的最佳益生菌和益生菌组合。

因此，在一些非限制性实施例中，本文所公开的任何微生物或微生物聚生体可以用于调节(即，增加或减少)一种或多种细胞因子(例如，炎性细胞因子)(诸如但不限于IL-12、IL-10、IL-1β、TNFα、IL-8、IL-6)的表达。因此，在另外的非限制性实施例中，本文所公开的任何微生物或微生物聚生体可以用于调节(即，增加或减少)一种或多种趋化因子(诸如但不限于CCL2、CCL5和/或CXCL10)的表达。在另外的实施例中，本文所公开的任何微生物或微生物聚生体可以用于调节(即，增加或减少)一种或多种干扰素(诸如但不限于IFNα、IFNL1和IFNγ)的表达。另外，在一些非限制性实施例中，本文所公开的任何微生物或微生物聚生体可以用于调节(即，增加或减少)ACE2受体和TLR8中的一种或多种的表达。

在一些实施例中，与未施用本文所公开的微生物或微生物聚生体中的一种的受试者中一种或多种细胞因子(例如，炎性细胞因子)(诸如但不限于IL-12、IL-10、IL-1β、TNFα、IL-8、IL-6)的调节相比，本文所公开的任何微生物或微生物聚生体当施用于受试者时可以用于将这些一种或多种细胞因子的表达调节(即增加或减少)约5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％中的任一个，包括落入这些百分比内的所有值。在一些实施例中，聚生体包含长双歧杆菌婴儿亚种(Bifidobacterium longum subsp.infantis)菌株Bi-26；动物双歧杆菌乳酸亚种(Bifidobacterium animalis subsp.lactis)菌株Bl-04；副干酪乳酪杆菌(Lacticaseibacillus paracasei)菌株Lpc-37；鼠李糖乳酪杆菌(Lacticaseibacillusrhamnosus)菌株Lr-32和/或菌株GG以及唾液联合乳杆菌(Ligilactobacillussalivarius)菌株Ls-33。在其他实施例中，聚生体包含动物双歧杆菌乳酸亚种(Bifidobacterium animalis subsp.lactis)菌株Bi-07；嗜酸乳杆菌菌株(Lactobacillusacidophilus)NCFM；发酵粘液乳杆菌(Limosilactobacillus fermentum)菌株SBS-1；乳酸乳球菌(Lactococcus lactis)菌株Ll-23和/或嗜热链球菌(Streptococcusthermophilus)菌株St-21。

在另一个实施例中，与未施用本文所公开的微生物或微生物聚生体中的一种的受试者中一种或多种趋化因子(诸如但不限于CCL2、CCL5和/或CXCL10)的调节相比，本文所公开的任何微生物或微生物聚生体当施用于受试者时可以用于将这些一种或多种趋化因子的表达调节(即增加或减少)约5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％中的任一个，包括落入这些百分比内的所有值。在一些实施例中，聚生体包含长双歧杆菌婴儿亚种(Bifidobacteriumlongum subsp.infantis)菌株Bi-26；动物双歧杆菌乳酸亚种菌株Bl-04；副干酪乳酪杆菌菌株Lpc-37；鼠李糖乳酪杆菌菌株Lr-32和/或菌株GG以及唾液联合乳杆菌菌株Ls-33。在其他实施例中，聚生体包含动物双歧杆菌乳酸亚种菌株Bi-07；嗜酸乳杆菌菌株NCFM；发酵粘液乳杆菌菌株SBS-1；乳酸乳球菌菌株Ll-23和/或嗜热链球菌菌株St-21。

在另一个实施例中，与未施用本文所公开的微生物或微生物聚生体中的一种的受试者中一种或多种干扰素(诸如但不限于IFNα、IFNL1和IFNγ)的调节相比，本文所公开的任何微生物或微生物聚生体当施用于受试者时可以用于将这些一种或多种干扰素的表达调节(即增加或减少)约5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％中的任一个，包括落入这些百分比内的所有值。在一些实施例中，聚生体包含长双歧杆菌婴儿亚种(Bifidobacterium longumsubsp.infantis)菌株Bi-26；动物双歧杆菌乳酸亚种菌株Bl-04；副干酪乳酪杆菌菌株Lpc-37；鼠李糖乳酪杆菌菌株Lr-32和/或菌株GG以及唾液联合乳杆菌菌株Ls-33。在其他实施例中，聚生体包含动物双歧杆菌乳酸亚种菌株Bi-07；嗜酸乳杆菌菌株NCFM；发酵粘液乳杆菌菌株SBS-1；乳酸乳球菌菌株Ll-23和/或嗜热链球菌菌株St-21。

在另外的实施例中，与未施用本文所公开的微生物或微生物聚生体中的一种的受试者中一种或多种受体蛋白(诸如但不限于ACE2或TLR8)的调节相比，本文所公开的任何微生物或微生物聚生体当施用于受试者时可以用于将这些一种或多种受体蛋白的表达调节(即增加或减少)约5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％中的任一个，包括落入这些百分比内的所有值。在一些实施例中，聚生体包含长双歧杆菌婴儿亚种(Bifidobacterium longumsubsp.infantis)菌株Bi-26；动物双歧杆菌乳酸亚种菌株Bl-04；副干酪乳酪杆菌菌株Lpc-37；鼠李糖乳酪杆菌菌株Lr-32和/或菌株GG以及唾液联合乳杆菌菌株Ls-33。在其他实施例中，聚生体包含动物双歧杆菌乳酸亚种菌株Bi-07；嗜酸乳杆菌菌株NCFM；发酵粘液乳杆菌菌株SBS-1；乳酸乳球菌菌株Ll-23和/或嗜热链球菌菌株St-21。

术语“病毒变体”(诸如SARS-CoV-2的病毒变体)是指在其基因组中具有天然获得的一个或多个突变的病毒，相对于病毒的亲本株或非突变版本，所述突变在一个或多个蛋白质(例如，冠状病毒刺突蛋白)中产生一个或多个突变(即变体)氨基酸。病毒变体可能引起更加严重或不太严重的疾病，或者更具接触传染性或不太具有接触传染性。在一个实施例中，病毒变体是SARS-CoV-2的病毒变体，诸如但不限于α(B.1.1.7；69–70del、N501Y、P681H；“英国变体”)、β(B.1.351；K417N、E484K、N501Y；“南非变体”)、γ(P.1；K417T、E484K、N501Y；“巴西变体”)、α+(B.1.1.7与E484K；69–70del、E484K、N501Y、P681H)、ε(B.1.429、B.1.427；L452R；“加利福尼亚变体”)、δ(B.1.617.2；L452R、T478K、P681R；“印度变体”)、κ(B.1.617.1；L452R、E484Q、P681R)、η(B.1.525；E484K、F888L；“尼日利亚变体”)或任何未来的SARS-CoV-2变体。

在一些实施例中，与未施用本文所公开的微生物或微生物聚生体中的病毒滴度(例如，SARS-CoV-2或其病毒变体的滴度)的调节(即，降低)相比，本文所公开的任何微生物或微生物聚生体当施用于受试者时可以用于将有需要的受试者的肠道中的病毒滴度调节(即，降低)约5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％中的任一个，包括落入这些百分比内的所有值。在一些实施例中，聚生体包含长双歧杆菌婴儿亚种(Bifidobacterium longumsubsp.infantis)菌株Bi-26；动物双歧杆菌乳酸亚种菌株Bl-04；副干酪乳酪杆菌菌株Lpc-37；鼠李糖乳酪杆菌菌株Lr-32和/或菌株GG以及唾液联合乳杆菌菌株Ls-33。在其他实施例中，聚生体包含动物双歧杆菌乳酸亚种菌株Bi-07；嗜酸乳杆菌菌株NCFM；发酵粘液乳杆菌菌株SBS-1；乳酸乳球菌菌株Ll-23和/或嗜热链球菌菌株St-21。如本文所用的表述“病毒载量”、“病毒负荷”或“病毒滴度”是指一定体积的来自受试者的某种体液样品中病毒量的数值表达，即病毒颗粒的数量。当样品是肠液时，它可以表示为每毫升肠液的RNA拷贝数。较高的病毒负荷、滴度或病毒载量通常与活动性病毒感染的严重程度正相关。确定样品中的病毒载量的方法是本领域专家已知的。可用于确定如本文所定义的来自受试者的样品中的病毒载量的技术的非限制性实例是基于杂交(例如，RNA印迹分析或在将RNA转化为标记的cDNA后通过寡核苷酸微阵列)和/或扩增(例如，RT-PCR，包括定量或半定量RT-PCR)的技术。

在一些实施例中，本文所公开的任何微生物或微生物聚生体可以用于在受试者先前已经暴露于SARS-CoV-2或其任何变体、被SARS-CoV-2或其任何变体感染或者从SARS-CoV-2或其任何变体中恢复后延长对SARS-CoV-2或其任何变体的免疫。当将本文所公开的任何微生物或微生物聚生体施用于受试者时，与在没有施用本文所公开的任何微生物或微生物聚生体的情况下受试者对SARS-CoV-2的免疫的长度相比，免疫可以延长约5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％中的任一个，包括落入这些百分比内的所有值。在一些实施例中，聚生体包含长双歧杆菌婴儿亚种(Bifidobacterium longum subsp.infantis)菌株Bi-26；动物双歧杆菌乳酸亚种菌株Bl-04；副干酪乳酪杆菌菌株Lpc-37；鼠李糖乳酪杆菌菌株Lr-32和/或菌株GG以及唾液联合乳杆菌菌株Ls-33。在其他实施例中，聚生体包含动物双歧杆菌乳酸亚种菌株Bi-07；嗜酸乳杆菌菌株NCFM；发酵粘液乳杆菌菌株SBS-1；乳酸乳球菌菌株Ll-23和/或嗜热链球菌菌株St-21。

在一些实施例中，本文所公开的任何微生物或微生物聚生体可以用于在受试者先前已经接种SARS-CoV-2或其任何变体的疫苗后延长对SARS-CoV-2或其任何变体的免疫。当将本文所公开的任何微生物或微生物聚生体施用于受试者时，与在没有施用本文所公开的任何微生物或微生物聚生体的情况下接种疫苗的受试者对SARS-CoV-2的免疫的长度相比，免疫可以延长约5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％中的任一个，包括落入这些百分比内的所有值。在一些实施例中，聚生体包含长双歧杆菌婴儿亚种(Bifidobacterium longumsubsp.infantis)菌株Bi-26；动物双歧杆菌乳酸亚种菌株Bl-04；副干酪乳酪杆菌菌株Lpc-37；鼠李糖乳酪杆菌菌株Lr-32和/或菌株GG以及唾液联合乳杆菌菌株Ls-33。在其他实施例中，聚生体包含动物双歧杆菌乳酸亚种菌株Bi-07；嗜酸乳杆菌菌株NCFM；发酵粘液乳杆菌菌株SBS-1；乳酸乳球菌菌株Ll-23和/或嗜热链球菌菌株St-21。

巨噬细胞是存在于身体几乎所有组织中的吞噬细胞，它们在这些组织中充当免疫系统的哨兵和病毒感染的一线反应者。组织巨噬细胞起源于循环单核细胞，所述循环单核细胞在归巢到外周组织后分化为组织特异性巨噬细胞。树突细胞在先天免疫反应和适应性免疫反应的界面中起作用，并且参与病原体识别、T细胞活化的成形、抗体反应以及将细胞导向Th1、Th2、Th17或Treg极化。将免疫细胞暴露于细菌，它们的产品或食物和饲料组分会触发炎性介质(诸如细胞因子和趋化因子)的表达，从而启动免疫反应或维持耐受性。在体外细胞培养模型内诱导的这些反应可用于预测不同食物和饲料组分在体内的作用。

细菌

本发明的细菌菌株选自双歧杆菌属、乳酪杆菌属、联合乳杆菌属、乳杆菌属、粘液乳杆菌属、乳球菌属和链球菌属的细菌菌株。优选地，本发明的细菌菌株是长双歧杆菌婴儿亚种、动物双歧杆菌乳酸亚种、副干酪乳酪杆菌、鼠李糖乳酪杆菌、唾液联合乳杆菌、嗜酸乳杆菌、发酵粘液乳杆菌、乳酸乳球菌和乳酸乳球菌。具体地，所述细菌菌株选自菌株Bi-26、Bl-04、Bi-07、Lpc-37、Lr-32、GG、Ls-33、NCFM、SBS-1、Ll-23和St-21。所述菌株可以单独或组合使用，例如用于食物产品、食物成分、膳食补充剂或者药学上可接受的组合物或制剂中。所述菌株可以在含有Bi-26、Bl-04、Lpc-37、Lr-32和/或Ls-33中的一种或多种的聚生体中。所述菌株还可以在含有Bi-07、NCFM、SBS-1、Ll-23和/或St-21中的一种或多种的聚生体中。

优选地，在本发明中使用的细菌菌株是通常被认为是安全的并且优选地被GRAS批准的细菌菌株。通常被认为是安全的(GRAS)是美国食品和药物管理局(FDA)的标志数据：专家认为添加到食物中的化学物质或物质是安全的，并且因此免除了通常的联邦食品，药品和化妆品法案(FFDCA)食品添加剂耐受性要求。

在一个实施例中，本发明涉及一种用于预防或治疗有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的双歧杆菌属的细菌菌株或其混合物。

在一个实施例中，如本文所用的术语“受试者”是指哺乳动物，包括例如家畜(例如，牛、马、猪和绵羊)和人。在一个实施例中，受试者是人。在一个实施例中，受试者是女性。在一个实施例中，受试者是男性。在另一个实施例中，受试者是狗(诸如犬属(Canis)的成员)或猫(诸如猫属(Felis)或豹属(Panthera)的成员)。在另一个实施例中，受试者是家禽，例如鸡、火鸡、鸭和鹅。

具体地，双歧杆菌属的菌株是长双歧杆菌婴儿亚种的菌株和动物双歧杆菌乳酸亚种的菌株。更具体地，长双歧杆菌婴儿亚种的菌株是菌株Bi-26，并且动物双歧杆菌乳酸亚种的菌株是菌株Bl-04和Bi-07。

在另一个实施例中，本发明涉及一种用于预防或治疗有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的乳酪杆菌属的细菌菌株或其混合物。

具体地，乳酪杆菌属的菌株是副干酪乳酪杆菌种的菌株和鼠李糖乳酪杆菌种的菌株。更具体地，副干酪乳酪杆菌种的菌株是菌株Lpc-37，并且鼠李糖乳酪杆菌种的菌株是菌株Lr-32和/或GG。

在另一个实施例中，本发明涉及一种用于预防或治疗有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的联合乳杆菌属的细菌菌株或其混合物。

具体地，联合乳杆菌属的菌株是唾液联合乳杆菌种的菌株，并且更具体地，该菌株是菌株Ls-33。

在另一个实施例中，本发明涉及一种用于预防或治疗有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的乳杆菌属的细菌菌株或其混合物。更具体地，乳杆菌属的菌株是嗜酸乳杆菌种的菌株。更具体地，嗜酸乳杆菌种的菌株是菌株NCFM。

在另一个实施例中，本发明涉及一种用于预防或治疗有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的粘液乳杆菌属的细菌菌株或其混合物。具体地，粘液乳杆菌属的菌株是发酵粘液乳杆菌种的菌株，并且更具体地，该菌株是菌株SBS-1。

在另一个实施例中，本发明涉及一种用于预防或治疗有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的乳球菌属的细菌菌株或其混合物。具体地，乳球菌属的菌株是乳酸乳球菌种的菌株，并且更具体地，乳酸乳球菌种的菌株是菌株Ll-23。

在另一个实施例中，本发明涉及一种用于预防或治疗有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的链球菌属的细菌菌株或其混合物。具体地，链球菌属的菌株是嗜热链球菌种的菌株，并且更具体地是菌株St-21。

本发明的细菌菌株均可从杜邦营养生物科技公司(DuPont NutritionBiosciences ApS)商购获得。

所述细菌菌株也由杜邦营养生物科学公司(丹麦哥本哈根K区Langebrogade街1号，邮编DK-1411)(Langebrogade 1，DK-1411Copenhagen K，Denmark)根据布达佩斯条约保藏在莱布尼茨学院德国微生物及细胞培养物保藏中心(Leibniz-Institut DeutscheSammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH(DSMZ))(德国布伦瑞克因霍芬街7B号，邮编38124(Inhoffenstrasse 7B,38124Braunschweig,Germany))，其中它们以以下登录号记录：

a)菌株Bi-26(DGCC11473)；以登录号DSM33832保藏于2021年2月23日。

b)菌株Bl-04(DGCC2908)；以登录号DSM2908保藏于2020年5月19日。

c)菌株Lpc-37(DGCC4715)；以登录号DSM22266保藏于2009年2月9日。

d)菌株Lr-32(DGCC9913)；以登录号DSM22193保藏于2009年1月15日。

e)菌株Ls-33(DGCC9868)；以登录号DSM33831保藏于2021年2月23日。

f)菌株Bi-07(DGCC12895)；以登录号DSM33526保藏于2020年5月19日。

g)菌株NCFM(DGCC8698)；以登录号DSM8698保藏于2008年12月4日。

h)菌株SBS-1(DGCC1925)；以登录号DSM32105保藏于2015年7月29日。

i)菌株Ll-23(DGCC8656)；以登录号DSM33830保藏于2021年2月23日。

j)菌株St-21(DGCC7693)；以登录号DSM33829保藏于2021年2月23日。

冠状病毒可以在哺乳动物和鸟类中引起各种疾病或病症。在人类中，这些病毒可以引起从轻度到致命的呼吸道感染。轻度疾病包括一些普通感冒病例，而就COVID-19(SARS-CoV-2或其病毒变体)而言，更致命的病毒可以引起严重的急性呼吸综合征(SARS)(SARS-CoV)、中东呼吸综合征(MERS)(MERS-CoV)和急性呼吸窘迫综合征(ARDS)。在许多患者中，呼吸窘迫之后会出现严重脓毒症伴休克，并且在一些情况下导致在一周内出现多器官功能障碍，从而导致被感染患者的死亡率为大约5-7％。

另外，即使在从COVID-19中恢复后，仍有相当多的人继续受到症状的折磨。在美国，这些个人被称为COVID后“长期搬运者”。在英国，他们被认为患有“长COVID”。已发表的研究(Carfi等人,JAMA[美国医学会杂志],2020年8月11日；324(6):603-605doi:10.1001/jama.2020.12603)和由患者组进行的调查表明，50％至80％的患者在COVID-19发作三个月后继续出现令人烦恼的症状—即使在测试不再在他们体内检测到病毒后(Komaroff,2020,Harvard Health Blog[哈佛健康博客],The tragedy of the post-COVID“long haulers”[COVID后“长期搬运者”的悲剧],2020年10月15日发布)。最常见的症状是疲劳、身体疼痛、呼吸短促、注意力不集中、无法运动、头痛和睡眠困难。

在一个实施例中，由冠状病毒引起的疾病是呼吸道疾病。更具体地，呼吸道疾病是急性呼吸窘迫综合征(ARDS)。

在另一个实施例中，呼吸道疾病是肺炎。

根据世界卫生组织(WHO)报道，COVID-19最常见的症状是发热、干咳和疲倦。不太常见的症状包括疼痛、喉咙痛、腹泻、结膜炎、头痛、味觉或嗅觉丧失、皮肤出疹或者手指或脚趾变色。严重症状包括难以呼吸或呼吸短促、胸痛或胸闷以及语言能力或行动能力丧失。

在一个实施例中，冠状病毒引起的症状是咳嗽、发热、呼吸短促或难以呼吸(呼吸困难)、疲劳、肌肉或身体疼痛、恶心或呕吐、腹泻、嗅觉丧失或改变(嗅觉缺失症)和味觉丧失或改变(味觉缺失症)中的一种或多种。在另一个实施例中，一种或多种症状(包括但不限于疲劳、身体疼痛、呼吸短促、注意力不集中、无法运动、头痛和睡眠困难)在COVID-19最初发作后和/或在受试者体内不再检测到病毒后持续约1、2、3、4、5、6、7、8、9个月或更多个月中的任一个。

在另一个实施例中，与冠状病毒相关的疾病和/或症状的预防和/或治疗通过当与本发明的一种或多种细菌菌株接触时刺激受试者的免疫系统来实现。

冠状病毒是一组相关的RNA病毒，并且这些病毒包括229E(α冠状病毒)、NL63(α冠状病毒)、OC43(β冠状病毒)、HKU1(β冠状病毒)、MERS-CoV(中东呼吸综合征冠状病毒)、SARS-CoV和SARS-CoV-2(或其病毒变体)病毒。

在一个实施例中，本发明涉及属于冠状病毒科的任何冠状病毒。冠状病毒是具有正链单链RNA基因组和螺旋对称核衣壳的包膜病毒。冠状病毒的基因组大小在大约26至32千碱基的范围内，是RNA病毒中最大的一种。它们具有从表面突出的特有的棒状刺突。

在一个实施例中，根据本发明的冠状病毒选自由229E(α冠状病毒)、NL63(α冠状病毒)、OC43(β冠状病毒)、HKU1(β冠状病毒)、MERS-CoV(中东呼吸综合征冠状病毒)、SARS-CoV和SARS-CoV-2(或其病毒变体)病毒组成的组。

在本发明的一个具体实施例中，冠状病毒是SARS-CoV-2(或其病毒变体)病毒。

一些人处于感染冠状病毒的高风险中(在临床上极其脆弱)。这些人包括接受过器官移植的人；正在接受癌症化疗或抗体治疗(包括免疫治疗)的人；正在接受肺癌高强度放疗(根治性放疗)的人；正在接受可能影响免疫系统的靶向癌症治疗(诸如蛋白激酶抑制剂或PARP抑制剂)的人；患有血液或骨髓癌(诸如白血病、淋巴瘤或骨髓瘤)的人；最近接受过骨髓或干细胞移植或者仍在服用免疫抑制药物的人；患有严重肺病(诸如囊性纤维化、严重哮喘或严重COPD)的人；患有意味着他们感染风险非常高的医学病症(诸如SCID或镰状细胞)的人；正在服用使他们更有可能感染的药物(诸如高剂量的类固醇或免疫抑制药物)的人；以及患有严重心脏病和怀孕的人。

一些人处于感染冠状病毒的中风险中(在临床上脆弱)。这些人包括70岁或以上的人；患有不严重的肺病(诸如哮喘、COPD、肺气肿或支气管炎)的人；患有心脏病(诸如心力衰竭)的人；患有糖尿病(I型或II型糖尿病)的人；患有慢性肾病的人；患有肝病(诸如肝炎)的人；患有影响脑或神经的病症(诸如帕金森病、运动神经元病、多发性硬化或脑瘫)的人；患有意味着他们感染风险高的病症的人；正在服用可能影响免疫系统的药物(诸如低剂量的类固醇)的人；非常肥胖的人(BMI为40或以上)；怀孕的人。

还有其他因素可能影响您的风险，诸如是男性、住在护理院(诸如疗养院或长期护理机构)或者是监狱或看守所的居住者。

在一个实施例中，本发明涉及患有一种或多种先前存在的病症的受试者，所述病症选自由肥胖症、II型糖尿病、慢性肺病或中度至重度哮喘、心脏病、免疫受损、慢性肾病和肝病组成的组。

在另一个实施例中，本发明涉及65岁或以上和/或居住在疗养院或长期护理机构或看守所或监狱中的受试者。

本发明还提供了细菌菌株Bi-26、Bl-04、Bi-07、Lpc-37、Lr-32、GG、Ls-33、NCFM、SBS-1、Ll-23和St-21的突变体、变体和/或后代。

如本文所用，术语“突变体”是指由于对菌株Bi-26、Bl-04、Bi-07、Lpc-37、Lr-32、GG、Ls-33、NCFM、SBS-1、Ll-23和St-21的修饰而产生的任何微生物。例如，突变体可以是由于遗传修饰这些菌株而产生的微生物。

如本文所用，术语“变体”是指来源于菌株Bi-26、Bl-04、Bi-07、Lpc-37、Lr-32、GG、Ls-33、NCFM、SBS-1、Ll-23和St-21的天然存在的微生物。例如，变体可以是由于适应特定环境或细胞培养条件而产生的微生物。

如本文所用，术语“后代”是指由于菌株Bi-26、Bl-04、Bi-07、Lpc-37、Lr-32、GG、Ls-33、NCFM、SBS-1、Ll-23和St-21中任一种的繁殖或增殖而产生的任何微生物。因此，“后代”是指这些菌株中任一种的任何直系后裔。因此，后代菌株本身可被鉴定为与亲本菌株(即菌株Bi-26、Bl-04、Bi-07、Lpc-37、Lr-32、GG、Ls-33、NCFM、SBS-1、Ll-23和St-21)相同的菌株。对于本领域技术人员将显而易见的是，由于无性繁殖的过程，后代菌株将在基因上与亲本菌株几乎相同。因此，在一个实施例中，后代可在基因上与亲本菌株相同并且可被认为是亲本菌株的“克隆”。替代性地，后代可在基因上与亲本菌株基本相同。

突变体、变体或后代在细菌基因组的整个长度上与其亲本菌株可具有至少90％、95％、98％、99％、99.5％或99.9％的序列同一性。此外，突变体、变体或后代将保留与亲本菌株相同的表型，例如突变体、变体或后代可在有需要的受试者中表现出对预防或治疗与冠状病毒相关的疾病和/或症状相同或等效的效果。

为了本发明的目的，细菌菌株Bi-26、Bl-04、Bi-07、Lpc-37、Lr-32、GG、Ls-33、NCFM、SBS-1、Ll-23和St-21的任何突变体、变体和/或后代被认为分别与菌株Bi-26、Bl-04、Bi-07、Lpc-37、Lr-32、GG、Ls-33、NCFM、SBS-1、Ll-23和St-21相同。

组合物

虽然可以根据本发明单独施用双歧杆菌属、乳酪杆菌属、联合乳杆菌属、乳杆菌属、粘液乳杆菌属、乳球菌属或链球菌属(即，没有任何支持物、稀释剂或赋形剂)，但是通常将双歧杆菌属、乳酪杆菌属、联合乳杆菌属、乳杆菌属、粘液乳杆菌属、乳球菌属或链球菌属作为产品的一部分、特别是作为组合物、膳食补充剂、营养补充剂、食物产品或药学上可接受的组合物或制剂的组分或至少一种组分在支持物上或支持物中施用。这些产品通常含有本领域技术人员熟知的另外的组分。

在一个实施例中，本发明涉及一种包含一种或多种选自双歧杆菌属、乳酪杆菌属、联合乳杆菌属、乳杆菌属、粘液乳杆菌属、乳球菌属和链球菌属的细菌菌株的组合物。在一个具体实施例中，组合物包含一种或多种选自长双歧杆菌婴儿亚种、动物双歧杆菌乳酸亚种、副干酪乳酪杆菌、鼠李糖乳酪杆菌、唾液联合乳杆菌、嗜酸乳杆菌、发酵粘液乳杆菌、乳酸乳球菌和乳酸乳球菌的细菌菌株。

在一个具体实施例中，本发明涉及一种包含一种或多种选自菌株Bi-26、菌株Bl-04、菌株Lpc-37、菌株Lr-32和菌株Ls-33的细菌菌株的组合物。

在一个具体实施例中，本发明涉及一种包含一种或多种选自菌株Bi-26、菌株Bl-04、菌株Lpc-37、菌株Lr-32、菌株Ls-33和/或菌株GG的细菌菌株的组合物。

在另一个具体实施例中，根据本发明的组合物包含一种或多种选自菌株Bi-07、菌株NCFM、菌株SBS-1、菌株Ll-23和菌株St-21的细菌菌株。

在另一个具体实施例中，根据本发明的组合物包含一种或多种选自菌株Bi-07、菌株NCFM、菌株SBS-1、菌株Ll-23、菌株St-21和/或菌株GG的细菌菌株。

如本发明中所述的组合物用于预防或治疗有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状。冠状病毒可以是选自由229E(α冠状病毒)、NL63(α冠状病毒)、OC43(β冠状病毒)、HKU1(β冠状病毒)、MERS-CoV(中东呼吸综合征冠状病毒)、SARS-CoV和SARS-CoV-2(或其病毒变体)病毒或属于冠状病毒科的任何其他冠状病毒或这些病毒的任何新变体组成的组的冠状病毒中的一种。具体地，冠状病毒是SARS-CoV-2(或其病毒变体)病毒。

用组合物治疗的受试者患有或可能患有一种或多种先前存在的病症，所述病症选自由肥胖症、II型糖尿病、慢性肺病或中度至重度哮喘、心脏病、免疫受损、慢性肾病和肝病组成的组。

在一个实施例中，受试者为65岁或以上和/或居住在疗养院或长期护理机构或看守所或监狱中。

在一个具体实施例中，与冠状病毒相关的疾病是呼吸道疾病，并且更具体地是急性呼吸窘迫综合征(ARDS)和/或肺炎。

在另一个实施例中，与冠状病毒相关的症状是呼吸短促或难以呼吸(呼吸困难)、疲劳、肌肉或身体疼痛、恶心或呕吐、腹泻、咳嗽、发热、嗅觉丧失或改变(嗅觉缺失症)和味觉丧失或改变(味觉缺失症)中的一种或多种。

如本发明中所述的组合物当使用和施用于受试者时通过刺激受试者的免疫系统来实现预防或治疗。

组合物可以以不同的形式存在，诸如食物产品、食物成分、膳食补充剂或药学上可接受的组合物或制剂。

在另一个实施例中，本发明涉及一种治疗或预防有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的方法，所述方法包括向所述受试者施用双歧杆菌属的细菌菌株或其混合物。具体地，所述菌株是长双歧杆菌婴儿亚种和/或动物双歧杆菌乳酸亚种。更具体地，所述菌株是菌株Bi-26、菌株Bl-04或/和菌株Bi-07。

在另一个实施例中，本发明涉及一种治疗或预防有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的方法，所述方法包括向所述受试者施用乳酪杆菌属的细菌菌株或其混合物。具体地，所述菌株是副干酪乳酪杆菌种和/或鼠李糖乳酪杆菌种。更具体地，所述菌株是菌株Lpc-37、Lr-32和/或菌株GG。

在另一个实施例中，本发明涉及一种治疗或预防有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的方法，所述方法包括向所述受试者施用联合乳杆菌属的细菌菌株或其混合物。具体地，所述菌株是唾液联合乳杆菌种和/或唾液联合乳杆菌种。更具体地，该菌株是Ls-33。

在另一个实施例中，本发明涉及一种治疗或预防有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的方法，所述方法包括向所述受试者施用乳杆菌属的细菌菌株或其混合物。具体地，所述菌株是嗜酸乳杆菌种，更具体地，该细菌菌株是菌株NCFM。

在另一个实施例中，本发明还涉及一种治疗或预防有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的方法，所述方法包括向所述受试者施用粘液乳杆菌属的细菌菌株或其混合物。具体地，所述菌株是发酵粘液乳杆菌种。更具体地，发酵粘液乳杆菌种的菌株是菌株SBS-1。

在另一个实施例中，本发明涉及一种治疗或预防有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的方法，所述方法包括向所述受试者施用乳球菌属的细菌菌株或其混合物。具体地，该菌株是乳酸乳球菌种，并且更具体地，它是菌株Ll-23。

在另一个实施例中，本发明涉及一种治疗或预防有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的方法，所述方法包括向所述受试者施用链球菌属的细菌菌株或其混合物。具体地，所述菌株是嗜热链球菌种，并且更特别地，它是菌株St-21。

剂量

根据本发明使用的细菌菌株可以10⁶至10¹⁴CFU的细菌/g支持物并且更具体地10⁸至10¹²CFU的细菌/g支持物、优选10⁹至10¹²CFU/g支持物存在。

合适地，根据本发明使用的细菌菌株(诸如菌株Bi-26、Bl-04、Bi-07、Lpc-37、Lr-32、GG、Ls-33、NCFM、SBS-1、Ll-23和St-21)可以约10⁶至约10¹⁴CFU的微生物/剂、优选约10⁸至约10¹²CFU的微生物/剂并且更优选约10⁹至约10¹¹CFU的微生物/剂的剂量施用。所谓术语“每剂”，意指每天或每次摄取、优选每天向受试者提供这种量的微生物。例如，如果微生物将在食物产品中(例如，在酸奶中)施用，则酸奶将优选地含有约10⁸至10¹²CFU的微生物。然而，替代性地，这种量的微生物可分成5个多次施用，每次施用由较小量的微生物负荷组成，只要受试者在任何特定时间(例如，每24小时期间)接受的微生物的总量为约10⁶至约10¹²CFU的微生物、优选10⁸至约10¹²CFU的微生物并且更优选约10⁹至约10¹¹CFU的微生物。

根据本发明，微生物的至少一种菌株的有效量可为至少10⁶CFU的微生物/剂、优选约10⁶至约10¹²CFU的微生物/剂、优选约10⁸至约10¹²CFU的微生物/剂。

在一个实施例中，优选地，细菌菌株(诸如菌株Bi-26、Bl-04、Bi-07、Lpc-37、Lr-32、GG、Ls-33、NCFM、SBS-1、Ll-23和St-21)可以约10⁶至约10¹⁴CFU的微生物/天、优选约10⁸至约10¹²CFU的微生物/天、更优选约10⁹至约10¹¹CFU的微生物/天的剂量施用。因此，该实施例中的有效量可为约10⁶至约10¹⁴CFU的微生物/天、优选约10⁸至约10¹²CFU的微生物/天、更优选约10⁹至约10¹¹CFU的微生物/天。

所谓“支持物”，是指组合物、食物产品、食物成分、膳食补充剂或药学上可接受的组合物。CFU代表“菌落形成单位”。

食物产品

在一个实施例中，细菌菌株根据本发明用于食物产品(诸如食物补充剂、饮料或基于牛奶的粉末)中。此处，术语“食物”以广义使用并且涵盖用于人类的食物以及用于动物的食物(即，饲料)。在一个优选方面，食物用于人类食用。

食物可呈溶液的形式或作为固体，这取决于用途和/或应用模式和/或施用模式。

当用作食物(诸如功能性食物)或用于制备食物(诸如功能性食物)时，本发明的细菌可与以下项中的一种或多种结合使用：营养上可接受的载剂、营养上可接受的稀释剂、营养上可接受的赋形剂、营养上可接受的辅剂、营养活性成分。

举例来说，本发明的细菌可以用作包含以下项的软饮料、果汁或饮料的成分：乳清蛋白、健康茶、可可饮料、奶饮料和乳酸菌饮料、酸奶和饮用酸奶、奶酪、冰淇淋、冰糕和甜点、糕点糖果、饼干蛋糕和蛋糕混合物、休闲食物、平衡食物和饮料、水果馅料、保健釉、巧克力面包馅料、奶酪蛋糕口味馅料、水果风味蛋糕馅料、蛋糕和甜甜圈糖衣、即时烘焙填充奶油、饼干馅料、即食面包馅料、低热量馅料、成人营养饮料、植物奶、酸化大豆/果汁饮料、无菌/蒸馏巧克力饮料、酒吧混合物、饮料粉剂、钙强化大豆/酸奶和巧克力奶、钙强化咖啡饮料。

有利地，在产品是食物产品的情况下，细菌菌株应在食物产品由零售商提供进行销售的正常“最晚销售”或“到期”日期内保持有效。优选地，有效时间应超过此类日期，直到食物腐败变质变得明显时的正常新鲜期结束。期望的时间长度和正常的保质期将因食料而异，并且本领域普通技术人员将认识到，保质期时间将因食料的种类、食料的大小、储存温度、加工条件、包装材料和包装设备年限而异。

食物成分

本发明的组合物可采取食物成分和/或饲料成分的形式。

如本文所用，术语“食物成分”或“饲料成分”包括作为或可以添加到功能性食物或食料中作为用于人类和动物的营养和/或健康补充剂的组合物。

食物成分可呈液体、悬浮液或固体的形式，这取决于用途和/或应用模式和/或施用模式。

膳食补充剂

本发明的组合物可采取膳食补充剂的形式或本身可与膳食补充剂(在本文中也称为食物补充剂)组合使用。

如本文所用的术语“膳食补充剂”是指用于摄入的含有旨在增加膳食的营养价值或健康益处(以补充膳食)的“膳食成分”的产品。“膳食成分”可包括(但不限于)以下物质中的一种或任何组合：细菌、益生菌(例如，益生细菌)、维生素、矿物质、药草或其他植物制品、氨基酸、供人们用来通过增加总膳食摄取来补充饮食的膳食物质、浓缩物、代谢物、成分或提取物。

膳食补充剂可以许多形式存在，诸如片剂、胶囊、软凝胶、软囊锭、液体或粉末。一些膳食补充剂可以帮助确保从膳食中摄取足够的必需营养素；其他膳食补充剂可帮助预防或治疗疾病。

医疗食物

本发明的组合物可采取医疗食物的形式。

所谓“医疗食物”，意指如下食物，该食物被配制成在有或没有医生监督的情况下食用或施用并且旨在用于特定的膳食管理或状况，针对该膳食管理或状况，基于公认的科学原理，通过医学评估建立独特的营养需求。

药物组合物

本发明的细菌可用作药物组合物或制剂或者用于制备药物组合物或制剂。此处，术语“药物”以广义使用并且涵盖用于人类的药物以及用于动物的药物(即，兽医应用)。

在一个优选实施例中，药学上可接受的组合物是药物。

药物组合物可以用于治疗目的，其本质上可以是治愈性的或姑息性的或预防性的。药物组合物甚至可用于诊断目的。

在本发明的一个优选实施例中，药物用于口服施用。

药学上可接受的组合物或支持物可以是例如压缩片剂、片剂、胶囊、软膏、栓剂或可饮用溶液的乳膏、泡沫、凝胶、洗剂和软膏形式的制剂或支持物。

当用作药物或用于制备药物时，本发明的组合物可与以下项中的一种或多种结合使用：药学上可接受的载剂、药学上可接受的稀释剂、药学上可接受的赋形剂、药学上可接受的辅剂、药物活性成分。

一般来说，酵母已被证明是口服施用的辅剂。具体地，耶氏酵母已被证明可以驱动正确的IL-12/Th1/干扰素伽马路径，以及诱导IL-27引起CD8细胞毒T淋巴细胞合成/活化。它还似乎通过Th17细胞亚群诱导IL-17产生，该细胞亚群通常参与肠上皮细胞的先天免疫，包括壁完整性。

因此，在一个具体实施例中，辅剂是酵母，并且更具体地是耶氏酵母。

药物可呈溶液的形式或作为固体，这取决于用途和/或应用模式和/或施用模式。

本发明的细菌菌株可用作药物成分。此处，组合物可以是唯一的活性组分，或者它可以是许多种(即，2种或更多种)活性组分中的至少一种。

药物成分可呈溶液的形式或作为固体，这取决于用途和/或应用模式和/或施用模式。

细菌菌株可根据本发明以任何合适的形式使用，无论是单独时还是与其他组分或成分组合存在时。同样地，包含本发明的细菌和其他组分和/或成分(即，诸如食物成分、功能性食物成分或药物成分的成分)的组合可以任何合适的形式使用。

细菌菌株可根据本发明以固体或液体制剂或其替代物的形式使用。固体配制品的实例包括但不限于可以是可湿润的、喷雾干燥的或冷冻干燥的片剂、胶囊、尘剂、颗粒和粉末。液体制剂的实例包括但不限于水性、有机或水性-有机溶液、悬浮液和乳液。

针对立即释放、延迟释放、调节释放、持续释放、脉冲释放或受控释放应用，形式的合适实例包括以下项中的一种或多种：可含有调味剂或着色剂的片剂、丸剂、胶囊、珠剂、溶液或悬浮液。

举例来说，如果本发明的细菌以片剂形式使用(诸如用作功能性成分)，则片剂还可含有以下项中的一种或多种：赋形剂，诸如微晶纤维素、乳糖、柠檬酸钠、碳酸钙、磷酸氢钙和甘氨酸；崩解剂，诸如淀粉(优选玉米、土豆或木薯淀粉)、乙醇酸淀粉钠、交联羧甲基纤维素钠和某些复合硅酸盐；制粒粘合剂，诸如聚乙烯吡咯烷酮、羟丙基甲基纤维素(HPMC)、羟丙基纤维素(HPC)、蔗糖、明胶和阿拉伯树胶；润滑剂，诸如硬脂酸镁、硬脂酸、山嵛酸甘油酯和滑石。

用于制备所述形式的营养上可接受的载剂的实例包括例如水、盐溶液、醇、硅酮、蜡、凡士林、植物油、聚乙二醇、丙二醇、脂质体、糖类、明胶、乳糖、直链淀粉、硬脂酸镁、滑石粉、表面活性剂、硅酸、黏性石蜡、芳香油、脂肪酸30甘油单酯和甘油二酯、石油醚(petroethrai)脂肪酸酯、羟甲基纤维素、聚乙烯吡咯烷酮等。

用于这些形式的优选赋形剂包括乳糖(lactose)、淀粉、纤维素、乳糖(milksugar)或高分子量聚乙二醇。

对于水性悬浮液和/或酏剂，本发明的细菌可与各种甜味剂或调味剂、着色物质或染料组合，与乳化剂和/或悬浮剂组合，并且与稀释剂(诸如水、丙二醇和甘油)组合，以及它们的组合。

所述形式还可包括明胶胶囊；纤维胶囊、纤维片剂等；或者甚至纤维饮料。

在一个方面，根据本发明的细菌可以气溶胶施用，例如通过鼻腔喷雾的方式，例如用于施用于呼吸道。

在另一个方面，本文所公开的任何细菌菌株和组合物(包括药物组合物)可以与一种或多种抗病毒预防剂(诸如疫苗)和/或治疗(诸如针对SARS CoV-2的疫苗或治疗)共同施用。合适的针对SARS CoV-2的疫苗包括但不限于Vaxzevria/Covishield(阿斯利康公司(AstraZeneca))、Comirnaty(辉瑞生物新技术公司(Pfizer–BioNTech))、强生公司(Johnson&Johnson)COVID-19疫苗、BBIBP-CorV(国药集团(Sinopharm))、Spikevax(莫德纳公司(Moderna))、Sputnik V COVID-19疫苗(Gam-COVID-Vac；加马利亚流行病学和微生物研究所(Gamaleya Research Institute of Epidemiology and Microbiology))、CoronaVac(科兴公司(Sinovac))、Covaxin(巴拉特生物技术公司(Bharat Biotech))或Covovax(诺瓦瓦克斯公司(Novavax))。合适的针对SARS CoV-2的治疗包括但不限于

(瑞德西韦；吉利德公司(Gilead))、巴尼韦单抗(bamlanivimab)/埃特司韦单抗(/etesevimab)(礼来公司(Eli Lilly))和卡西瑞单抗(casirivimab)/伊德维单抗(imdevimab)(再生元公司(Regeneron))。共同施用可以是同时的或在彼此的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、45、60、75、90、120、150、180、210、140、270、300或330天内。

益生元

在一个实施例中，本发明的细菌菌株和组合物可进一步组合或包含一种或多种纤维和/或益生元。

益生元被定义为被宿主微生物选择性利用从而赋予健康益处的底物。这些通常是通过选择性刺激一种或有限数量的细菌的生长和/或活性而有益地影响宿主的健康、从而改善宿主健康的成分。益生元可以应用于口服途径，但是它也可以应用于其他微生物定植部位。通常，益生元是碳水化合物(诸如寡糖)，但是该定义不排除非碳水化合物(诸如多酚)或多不饱和脂肪酸或可以被有限数量的细菌选择性利用以赋予健康益处的其他成分。最普遍的益生元形式在营养上被归类为可溶性纤维。在某种程度上，许多形式的膳食纤维表现出一定水平的益生元作用。

在一个实施例中，益生元是选择性发酵的成分，它允许在胃肠道或皮肤微生物群落的组成和/或活性方面发生特定变化，从而赋予宿主安宁和健康益处。

合适地，益生元可根据本发明以0.01至100g/天、优选0.1至50g/天、更优选0.5至20g/天的量使用。在一个实施例中，益生元可根据本发明以1至10g/天、优选2至9g/天、更优选3至8g/天的量使用。在另一个实施例中，益生元可根据本发明以5至50g/天、优选5至25g/天的量使用。

益生元的膳食来源的实例包括大豆、菊粉来源(诸如菊芋(Jerusalemartichoke)、豆薯和菊苣根)、生燕麦、未精制小麦、未精制大麦和雪莲果。

合适的益生元的实例包括藻酸盐、黄原胶、果胶、槐豆胶(LBG)、菊粉、瓜尔胶，半乳寡糖(GOS)、果寡糖(FOS)、聚右旋糖10(即，

)、乳糖醇、L-阿拉伯糖、D-木糖、L-鼠李糖、D-甘露糖、L-岩藻糖、肌醇、山梨醇、甘露醇、木糖醇、果糖、角叉菜胶、藻酸盐、微晶纤维素(MCC)、甜菜碱、低聚乳果糖、大豆寡糖、异麦芽酮糖(Palatinose TM)、异麦芽寡糖、葡萄糖寡糖、木寡糖、甘露寡糖、β-葡聚糖、纤维二糖、棉子糖、龙胆二糖、蜜二糖、木二糖、环糊精、异麦芽糖、海藻糖、水苏糖、潘糖、出芽短梗霉聚糖、毛蕊花糖、半乳甘露聚糖、(人类)乳寡糖和所有形式的抗性淀粉。

根据本发明的一种或多种细菌菌株和根据本发明的一种或多种纤维和/或益生元的组合在某些应用中表现出协同作用(即，大于单独使用时细菌的累加作用的作用)。

在一个实施例中，根据本发明的细菌菌株或其混合物与一种或多种纤维和/或益生元组合使用。

合适地，所使用的益生元是聚葡萄糖、乳糖醇、肌醇、L-阿拉伯糖、D-木糖、L-鼠李糖、D-甘露糖、L-岩藻糖、山梨醇、甘露醇、木糖醇、果糖、角叉菜胶、藻酸盐、5微晶纤维素(MCC)、乳低聚糖或甜菜碱。

在另一个方面，本发明涉及一种包含根据本发明的细菌菌株或其混合物和一种或多种纤维和/或益生元的组合物、食物产品、食物成分、膳食补充剂或药学上可接受的组合物。

本发明的实施例

为避免疑义，以下陈述了本发明所涉及的一些实施例：

实施例1.双歧杆菌属的细菌菌株或其混合物，其在预防或治疗有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状中使用。

实施例2.根据实施例1所述使用的细菌菌株，其中所述双歧杆菌属的所述菌株是长双歧杆菌婴儿亚种的菌株。

实施例3.根据实施例1所述使用的细菌菌株，其中所述双歧杆菌属的所述菌株是动物双歧杆菌乳酸亚种的菌株。

实施例4.根据实施例2所述使用的细菌菌株，其中所述长双歧杆菌婴儿亚种的所述菌株是菌株Bi-26。

实施例5.根据实施例3所述使用的细菌菌株，其中所述动物双歧杆菌乳酸亚种的所述菌株是菌株Bl-04。

实施例6.根据实施例3所述使用的细菌菌株，其中所述动物双歧杆菌乳酸亚种的所述菌株是菌株Bi-07。

实施例7.乳酪杆菌属的细菌菌株或其混合物，其在预防或治疗有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状中使用。

实施例8.根据实施例7所述使用的细菌菌株，其中所述乳酪杆菌属的所述菌株是副干酪乳酪杆菌种的菌株。

实施例9.根据实施例7所述使用的细菌菌株，其中所述乳酪杆菌属的所述菌株是鼠李糖乳酪杆菌种的菌株。

实施例10.根据实施例8所述使用的细菌菌株，其中所述副干酪乳酪杆菌种的所述菌株是菌株Lpc-37。

实施例11.根据实施例9所述使用的细菌菌株，其中所述鼠李糖乳酪杆菌种的所述菌株是菌株Lr-32。

实施例12.根据实施例9所述使用的细菌菌株，其中所述鼠李糖乳酪杆菌种的所述菌株是菌株GG。

实施例13.联合乳杆菌属的细菌菌株或其混合物，其在预防或治疗有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状中使用。

实施例14.根据实施例13所述使用的细菌菌株，其中所述联合乳杆菌属的所述菌株是唾液联合乳杆菌种的菌株。

实施例15.根据实施例14所述使用的细菌菌株，其中所述唾液联合乳杆菌种的所述菌株是菌株Ls-33。

实施例16.乳杆菌属的细菌菌株或其混合物，其在预防或治疗有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状中使用。

实施例17.根据实施例16所述使用的细菌菌株，其中所述乳杆菌属的所述菌株是嗜酸乳杆菌种的菌株。

实施例18.根据实施例17所述使用的细菌菌株，其中所述嗜酸乳杆菌种的所述菌株是菌株NCFM。

实施例19.粘液乳杆菌属的细菌菌株或其混合物，其在预防或治疗有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状中使用。

实施例20.根据实施例19所述使用的细菌菌株，其中所述粘液乳杆菌属的所述菌株是发酵粘液乳杆菌种的菌株。

实施例21.根据实施例20所述使用的细菌菌株，其中所述发酵粘液乳杆菌种的所述菌株是菌株SBS-1。

实施例22.乳球菌属的细菌菌株或其混合物，其在预防或治疗有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状中使用。

实施例23.根据实施例22所述使用的细菌菌株，其中乳球菌属的所述菌株是乳酸乳球菌种的菌株。

实施例24.根据实施例23所述使用的细菌菌株，其中所述乳酸乳球菌种的所述菌株是菌株Ll-23。

实施例25.链球菌属的细菌菌株或其混合物，其在预防或治疗有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状中使用。

实施例26.根据实施例25所述使用的细菌菌株，其中所述链球菌属的所述菌株是嗜热链球菌种的菌株。

实施例27.根据实施例26所述使用的细菌菌株，其中所述嗜热链球菌种的所述菌株是菌株St-21。

实施例28.根据前述实施例中任一项所述使用的细菌菌株，其中所述疾病是呼吸道疾病。

实施例29.根据实施例28所述使用的细菌菌株，其中所述呼吸道疾病是急性呼吸窘迫综合征(ARDS)。

实施例30.根据实施例28所述使用的细菌菌株，其中所述呼吸道疾病是肺炎。

实施例31.根据实施例1-27中任一项所述使用的细菌菌株，其中所述症状是咳嗽、发热、呼吸短促或难以呼吸(呼吸困难)、疲劳、肌肉或身体疼痛、恶心或呕吐、腹泻、嗅觉丧失或改变(嗅觉缺失症)和味觉丧失或改变(味觉缺失症)中的一种或多种。

实施例32.根据实施例1-27中任一项所述使用的细菌菌株，其中所述预防或治疗通过当与如实施例1-27中任一项所述的细菌菌株接触时刺激所述受试者的免疫系统来实现。

实施例33.根据实施例1-32中任一项所述使用的细菌菌株，其中所述冠状病毒选自由229E(α冠状病毒)、NL63(α冠状病毒)、OC43(β冠状病毒)、HKU1(β冠状病毒)、MERS-CoV(中东呼吸综合征冠状病毒)、SARS-CoV和SARS-CoV-2(或其病毒变体)病毒组成的组。

实施例34.根据实施例33所述使用的细菌菌株，其中所述冠状病毒是SARS-CoV-2(或其病毒变体)病毒。

实施例35.根据实施例1-34中任一项所述使用的细菌菌株，其中所述受试者患有一种或多种先前存在的病症，所述病症选自由肥胖症、II型糖尿病、慢性肺病或中度至重度哮喘、心脏病、免疫受损、慢性肾病、肝病组成的组。

实施例36.根据实施例34或实施例35所述使用的细菌菌株，其中所述受试者为65岁或以上和/或居住在疗养院或长期护理机构或看守所或监狱中。

实施例37.一种组合物，其包含一种或多种选自双歧杆菌属、乳酪杆菌属、联合乳杆菌属、乳杆菌属、粘液乳杆菌属、乳球菌属和链球菌属的细菌菌株。

实施例38.根据实施例37所述的组合物，其中所述双歧杆菌属的所述菌株是长双歧杆菌婴儿亚种或动物双歧杆菌乳酸亚种；所述乳酪杆菌属的所述菌株是副干酪乳酪杆菌种或鼠李糖乳酪杆菌种；所述联合乳杆菌属的所述菌株是唾液联合乳杆菌种；所述乳杆菌属的所述菌株是嗜酸乳杆菌种；所述粘液乳杆菌属的所述菌株是发酵粘液乳杆菌种；所述乳球菌属的所述菌株是乳酸乳球菌种；并且所述链球菌属的所述菌株是嗜热链球菌种。

实施例39.根据实施例38所述的组合物，其中所述长双歧杆菌婴儿亚种是菌株Bi-26；所述动物双歧杆菌乳酸亚种是菌株Bl-04；所述副干酪乳酪杆菌是菌株Lpc-37；所述鼠李糖乳酪杆菌是菌株Lr-32和/或菌株GG；并且所述唾液联合乳杆菌是菌株Ls-33。

实施例40.根据实施例38所述的组合物，其中所述动物双歧杆菌乳酸亚种是菌株Bi-07；所述嗜酸乳杆菌是菌株NCFM；所述发酵粘液乳杆菌是菌株SBS-1；所述乳酸乳球菌是菌株Ll-23；并且所述嗜热链球菌是菌株St-21。

实施例41.根据实施例37-40中任一项所述的组合物，其在预防或治疗有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状中使用。

实施例42.如实施例37-40中任一项所述的组合物用于预防或治疗有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的用途。

实施例43.根据实施例41所述使用的组合物，其中所述冠状病毒选自由229E(α冠状病毒)、NL63(α冠状病毒)、OC43(β冠状病毒)、HKU1(β冠状病毒)、MERS-CoV(中东呼吸综合征冠状病毒)、SARS-CoV和SARS-CoV-2(或其病毒变体)病毒组成的组。

实施例44.根据实施例42所述的用途，其中所述冠状病毒选自由229E(α冠状病毒)、NL63(α冠状病毒)、OC43(β冠状病毒)、HKU1(β冠状病毒)、MERS-CoV(中东呼吸综合征冠状病毒)、SARS-CoV和SARS-CoV-2(或其病毒变体)病毒组成的组。

实施例45.根据实施例41所述使用的组合物，其中所述冠状病毒是SARS-CoV-2(或其病毒变体)病毒。

实施例46.根据实施例42所述的用途，其中所述冠状病毒是SARS-CoV-2(或其病毒变体)病毒。

实施例47.根据实施例41或实施例42所述的组合物，其中所述受试者患有一种或多种先前存在的病症，所述病症选自由肥胖症、II型糖尿病、慢性肺病或中度至重度哮喘、心脏病、免疫受损、慢性肾病和肝病组成的组。

实施例48.根据实施例41或实施例42所述的组合物，其中所述受试者为65岁或以上和/或居住在疗养院或长期护理机构或看守所或监狱中。

实施例49.根据实施例41或42所述的组合物，其中所述疾病是呼吸道疾病。

实施例50.根据实施例49所述的组合物，其中所述呼吸道疾病是急性呼吸窘迫综合征(ARDS)。

实施例51.根据实施例49所述的组合物，其中所述呼吸道疾病是肺炎。

实施例52.根据实施例41或42所述的组合物，其中所述症状是呼吸短促或难以呼吸(呼吸困难)、疲劳、肌肉或身体疼痛、恶心或呕吐、腹泻、咳嗽、发热、嗅觉丧失或改变(嗅觉缺失症)和味觉丧失或改变(味觉缺失症)中的一种或多种。

实施例53.根据实施例41或42所述的组合物，其中所述预防或治疗通过当与如实施例37-40中所述的组合物接触时刺激所述受试者的免疫系统来实现。

实施例54.根据实施例37-53中任一项所述的组合物，其中所述组合物是食物产品、食物成分、膳食补充剂或药学上可接受的组合物。

实施例55.一种治疗或预防有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的方法，所述方法包括向所述受试者施用双歧杆菌属的细菌菌株或其混合物。

实施例56.根据实施例55所述的方法，其中所述双歧杆菌属的所述菌株是长双歧杆菌婴儿亚种的菌株。

实施例57.根据实施例55所述的方法，其中所述双歧杆菌属的所述菌株是动物双歧杆菌乳酸亚种的菌株。

实施例58.根据实施例56所述的方法，其中所述长双歧杆菌婴儿亚种的所述菌株是菌株Bi-26。

实施例59.根据实施例57所述的方法，其中所述动物双歧杆菌乳酸亚种的所述菌株是菌株Bl-04。

实施例60.根据实施例57所述的方法，其中所述动物双歧杆菌乳酸亚种的所述菌株是菌株Bi-07。

实施例61.一种治疗或预防有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的方法，所述方法包括向所述受试者施用乳酪杆菌属的细菌菌株或其混合物。

实施例62.根据实施例61所述的方法，其中所述乳酪杆菌属的所述菌株是副干酪乳酪杆菌种的菌株。

实施例63.根据实施例61所述的方法，其中所述乳酪杆菌属的所述菌株是鼠李糖乳酪杆菌种的菌株。

实施例64.根据实施例62所述的方法，其中所述副干酪乳酪杆菌种的所述菌株是菌株Lpc-37。

实施例65.根据实施例63所述的方法，其中所述鼠李糖乳酪杆菌种的所述菌株是菌株Lr-32。

实施例66.根据实施例63所述的方法，其中所述鼠李糖乳酪杆菌种的所述菌株是菌株GG。

实施例67.一种治疗或预防有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的方法，所述方法包括向所述受试者施用联合乳杆菌属的细菌菌株或其混合物。

实施例68.根据实施例67所述的方法，其中所述联合乳杆菌属的所述菌株是唾液联合乳杆菌种的菌株。

实施例69.根据实施例68所述的方法，其中所述唾液联合乳杆菌种的所述菌株是菌株Ls-33。

实施例70.一种治疗或预防有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的方法，所述方法包括向所述受试者施用乳杆菌属的细菌菌株或其混合物。

实施例71.根据实施例70所述的方法，其中所述乳杆菌属的所述菌株是嗜酸乳杆菌种的菌株。

实施例72.根据实施例71所述的方法，其中所述嗜酸乳杆菌种的所述菌株是菌株NCFM。

实施例73.一种治疗或预防有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的方法，所述方法包括向所述受试者施用粘液乳杆菌属的细菌菌株或其混合物。

实施例74.根据实施例73所述的方法，其中所述粘液乳杆菌属的所述菌株是发酵粘液乳杆菌种的菌株。

实施例75.根据实施例74所述的方法，其中所述发酵粘液乳杆菌种的所述菌株是菌株SBS-1。

实施例76.一种治疗或预防有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的方法，所述方法包括向所述受试者施用乳球菌属的细菌菌株或其混合物。

实施例77.根据实施例76所述的方法，其中所述乳球菌属的所述菌株是乳酸乳球菌种的菌株。

实施例78.根据实施例77所述的方法，其中所述乳酸乳球菌种的所述菌株是菌株Ll-23。

实施例79.一种治疗或预防有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的方法，所述方法包括向所述受试者施用链球菌属的细菌菌株或其混合物。

实施例80.根据实施例79所述的方法，其中所述链球菌属的所述菌株是嗜热链球菌种的菌株。

实施例81.根据实施例80所述的方法，其中所述嗜热链球菌种的所述菌株是菌株St-21。

实施例82.一种治疗或预防有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的方法，所述方法包括向所述受试者施用包含以下项的组合物：长双歧杆菌婴儿亚种菌株Bi-26；动物双歧杆菌乳酸亚种菌株Bl-04；副干酪乳酪杆菌菌株Lpc-37；鼠李糖乳酪杆菌菌株Lr-32和/或唾液联合乳杆菌菌株Ls。

实施例83.一种治疗或预防有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的方法，所述方法包括向所述受试者施用包含以下项的组合物：动物双歧杆菌乳酸亚种菌株Bi-07；嗜酸乳杆菌菌株NCFM；发酵粘液乳杆菌菌株SBS-1；乳酸乳球菌菌株Ll-23和/或嗜热链球菌菌株St-21。

实施例84.根据实施例55-83中任一项所述的方法，其中所述疾病是呼吸道疾病。

实施例85.根据实施例84所述的方法，其中所述呼吸道疾病是急性呼吸窘迫综合征(ARDS)。

实施例86.根据实施例84所述的方法，其中所述呼吸道疾病是肺炎。

实施例87.根据实施例55-83中任一项所述的方法，其中所述症状是呼吸短促或难以呼吸(呼吸困难)、疲劳、肌肉或身体疼痛、恶心或呕吐、腹泻、咳嗽、发热、嗅觉丧失或改变(嗅觉缺失症)和味觉丧失或改变(味觉缺失症)中的一种或多种。

实施例88.根据实施例55-87中任一项所述的方法，其中所述预防或治疗通过当与如实施例55-83中所述的细菌菌株接触时刺激所述受试者的免疫系统来实现。

实施例89.根据实施例55-88中任一项所述的方法，其中所述冠状病毒选自由229E(α冠状病毒)、NL63(α冠状病毒)、OC43(β冠状病毒)、HKU1(β冠状病毒)、MERS-CoV(中东呼吸综合征冠状病毒)、SARS-CoV和SARS-CoV-2(或其病毒变体)病毒组成的组。

实施例90.根据实施例89所述的方法，其中所述冠状病毒是SARS-CoV-2(或其病毒变体)病毒。

实施例91.根据实施例55-90中任一项所述的方法，其中所述受试者患有一种或多种先前存在的病症，所述病症选自由肥胖症、II型糖尿病、慢性肺病或中度至重度哮喘、心脏病、免疫受损、慢性肾病和肝病组成的组。

实施例92.根据实施例55-91中任一项所述的方法，其中所述受试者为65岁或以上和/或居住在疗养院或长期护理机构或看守所或监狱中。

实施例93.双歧杆菌属的细菌菌株或其混合物用于预防或治疗有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的用途。

实施例94.根据实施例93所述的用途，其中所述双歧杆菌属的所述菌株是长双歧杆菌婴儿亚种的菌株。

实施例95.根据实施例93所述的用途，其中所述双歧杆菌属的所述菌株是动物双歧杆菌乳酸亚种的菌株。

实施例96.根据实施例94所述的用途，其中所述长双歧杆菌婴儿亚种的所述菌株是菌株Bi-26。

实施例97.根据实施例95所述的用途，其中所述动物双歧杆菌乳酸亚种的所述菌株是菌株Bl-04。

实施例98.根据实施例95所述的用途，其中所述动物双歧杆菌乳酸亚种的所述菌株是菌株Bi-07。

实施例99.乳酪杆菌属的细菌菌株或其混合物用于预防或治疗有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的用途。

实施例100.根据实施例99所述的用途，其中所述乳酪杆菌属的所述菌株是副干酪乳酪杆菌种的菌株。

实施例101.根据实施例99所述的用途，其中所述乳酪杆菌属的所述菌株是鼠李糖乳酪杆菌种的菌株。

实施例102.根据实施例100所述的用途，其中所述副干酪乳酪杆菌种的所述菌株是菌株Lpc-37。

实施例103.根据实施例101所述的用途，其中所述鼠李糖乳酪杆菌种的所述菌株是菌株Lr-32。

实施例104.根据实施例101所述的用途，其中所述鼠李糖乳酪杆菌种的所述菌株是菌株GG。

实施例105.联合乳杆菌属的细菌菌株或其混合物用于预防或治疗有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的用途。

实施例106.根据实施例105所述的用途，其中所述联合乳杆菌属的所述菌株是唾液联合乳杆菌种的菌株。

实施例107.根据实施例106所述的用途，其中所述唾液联合乳杆菌种的所述菌株是菌株Ls-33。

实施例108.乳杆菌属的细菌菌株或其混合物用于预防或治疗有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的用途。

实施例109.根据实施例108所述的用途，其中所述乳杆菌属的所述菌株是嗜酸乳杆菌种的菌株。

实施例110.根据实施例109所述的用途，其中所述嗜酸乳杆菌种的所述菌株是菌株NCFM。

实施例111.粘液乳杆菌属的细菌菌株或其混合物用于预防或治疗有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的用途。

实施例112.根据实施例111所述的用途，其中所述粘液乳杆菌属的所述菌株是发酵粘液乳杆菌种的菌株。

实施例113.根据实施例112所述的用途，其中所述发酵粘液乳杆菌种的所述菌株是菌株SBS-1。

实施例114.乳球菌属的细菌菌株或其混合物用于预防或治疗有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的用途。

实施例115.根据实施例114所述的用途，其中所述乳球菌属的所述菌株是乳酸乳球菌种的菌株。

实施例116.根据实施例115所述的用途，其中所述乳酸乳球菌种的所述菌株是菌株Ll-23。

实施例117.链球菌属的细菌菌株或其混合物用于预防或治疗有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的用途。

实施例118.根据实施例117所述的用途，其中所述链球菌属的所述菌株是嗜热链球菌种的菌株。

实施例119.根据实施例118所述的用途，其中所述嗜热链球菌种的所述菌株是菌株St-21。

实施例120.包含以下项的组合物用于预防或治疗有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的用途：长双歧杆菌婴儿亚种菌株Bi-26；动物双歧杆菌乳酸亚种菌株Bl-04；副干酪乳酪杆菌菌株Lpc-37；鼠李糖乳酪杆菌菌株Lr-32和/或唾液联合乳杆菌菌株Ls-33。

实施例121.包含以下项的组合物用于预防或治疗有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的用途：动物双歧杆菌乳酸亚种菌株Bi-07；嗜酸乳杆菌菌株NCFM；发酵粘液乳杆菌菌株SBS-1；乳酸乳球菌菌株Ll-23和/或嗜热链球菌菌株St-21。

实施例122.根据实施例93-121中任一项所述的用途，其中所述疾病是呼吸道疾病。

实施例123.根据实施例122所述的用途，其中所述呼吸道疾病是急性呼吸窘迫综合征(ARDS)。

实施例124.根据实施例122所述的用途，其中所述呼吸道疾病是肺炎。

实施例125.根据实施例93-121中任一项所述的用途，其中所述症状是呼吸短促或难以呼吸(呼吸困难)、疲劳、肌肉或身体疼痛、恶心或呕吐、腹泻、咳嗽、发热、嗅觉丧失或改变(嗅觉缺失症)和味觉丧失或改变(味觉缺失症)中的一种或多种。

实施例126.根据实施例93-121中任一项所述的用途，其中所述预防或治疗通过当与如实施例93-121中所述的细菌菌株接触时刺激所述受试者的免疫系统来实现。

实施例127.根据实施例93-121中任一项所述的用途，其中所述冠状病毒选自由229E(α冠状病毒)、NL63(α冠状病毒)、OC43(β冠状病毒)、HKU1(β冠状病毒)、MERS-CoV(中东呼吸综合征冠状病毒)、SARS-CoV和SARS-CoV-2(或其病毒变体)病毒组成的组。

实施例128.根据实施例93-121中任一项所述的用途，其中所述冠状病毒是SARS-CoV-2(或其病毒变体)病毒。

实施例129.根据实施例93-121中任一项所述的用途，其中所述受试者患有一种或多种先前存在的病症，所述病症选自由肥胖症、II型糖尿病、慢性肺病或中度至重度哮喘、心脏病、免疫受损、慢性肾病和肝病组成的组。

实施例130.根据实施例91-129中任一项所述的用途，其中所述受试者为65岁或以上和/或居住在疗养院或长期护理机构或看守所或监狱中。

实施例131.根据实施例37-40中任一项所述的组合物，其在降低有需要的受试者的肠道中的冠状病毒滴度中使用。

实施例132.如实施例37-40中任一项所述的组合物用于降低有需要的受试者的肠道中的冠状病毒滴度的用途。

实施例133.根据实施例131所述使用的组合物，其中所述冠状病毒选自由229E(α冠状病毒)、NL63(α冠状病毒)、OC43(β冠状病毒)、HKU1(β冠状病毒)、MERS-CoV(中东呼吸综合征冠状病毒)、SARS-CoV和SARS-CoV-2(或其病毒变体)病毒组成的组。

实施例134.根据实施例132所述的用途，其中所述冠状病毒选自由229E(α冠状病毒)、NL63(α冠状病毒)、OC43(β冠状病毒)、HKU1(β冠状病毒)、MERS-CoV(中东呼吸综合征冠状病毒)、SARS-CoV和SARS-CoV-2(或其病毒变体)病毒组成的组。

实施例135.根据实施例131所述使用的组合物，其中所述冠状病毒是SARS-CoV-2(或其病毒变体)病毒。

实施例136.根据实施例132所述的用途，其中所述冠状病毒是SARS-CoV-2(或其病毒变体)病毒。

实施例137.根据权利要求37-40中任一项所述的组合物，其在有需要的受试者先前已经发生以下情况后延长所述受试者对SARS-CoV-2(或其病毒变体)的免疫中使用：a)暴露于SARS-CoV-2(或其病毒变体)；从感染SARS-CoV-2(或其病毒变体)引起的疾病中恢复；和/或接种了SARS-CoV-2(或其病毒变体)的疫苗。

实施例138.如权利要求37-40中任一项所述的组合物用于在有需要的受试者先前已经发生以下情况后延长所述受试者对SARS-CoV-2(或其病毒变体)的免疫的用途：a)暴露于SARS-CoV-2(或其病毒变体)；从感染SARS-CoV-2(或其病毒变体)引起的疾病中恢复；和/或接种了SARS-CoV-2(或其病毒变体)的疫苗。

实例

实验

阶段1：免疫原性/交叉反应性的计算机和体外潜力：微生物交叉反应抗原(mCRAG)

益生菌株的预选：计算机筛选

使用SARS-CoV-2预测的CD4、CD8、B细胞的表位(Grifoni A,Sidney J,Zhang Y,Scheuermann RH,Peters B,Sette A；A Sequence Homology and BioinformaticApproach Can Predict Candidate Targets for Immune Responses to SARS-CoV-2[序列同源性和生物信息学方法可以预测SARS-CoV-2的免疫反应的候选靶标]；Cell HostMicrobe[细胞宿主与微生物]；2020；27(4):671-80e2)，我们对我们的商业益生菌基因组进行BLAST同源性搜索，以鉴定潜在的交叉反应肽。通过比对长度、整体同源性、每个菌株的匹配数和匹配位置(例如，细胞外蛋白)来评估匹配。选择含有最佳交叉反应匹配的益生菌肽和菌株用于进一步体外和体内表征。

正在进行两种体外验证方法来测试T细胞对益生菌肽的识别以及整个益生菌细胞与SARS-CoV-2抗体的相互作用。

体外方法1：肽筛选

合成肽文库(每个表位序列5个，重叠1个氨基酸)。CD8表位是9聚体，CD4表位是15聚体。测试它们的免疫反应。

由来自供体血沉棕黄层材料的外周单核血细胞(PBMC)制备树突细胞。将树突细胞与肽和自体CD4或CD8 T细胞一起孵育。鉴定引起T细胞应答的那些肽。

对于引发T细胞应答的肽，用完整的细菌蛋白进行相同的测定，以证实树突细胞呈递来自经加工的蛋白的表位。

体外方法2：全细胞筛选。

使用生物层干涉测量法(BLI)(使用Octet HTX系统(美谷分子公司(MolecularDevices)))来检测与抗SARS-CoV-2抗体特异性交叉反应的细菌蛋白。使用直接和间接检测模式两者来筛选裂解物的结合活性。基于Octet的方法利用高精度链霉亲和素(SAX)生物传感器(弗德生物公司(ForteBio))。使用补充有变溶菌素(西格玛公司(Sigma))、溶菌酶(热电公司(Thermo))、Benzonase(诺凡基公司(Novagen))和Halt蛋白酶抑制剂混合物(皮尔斯公司(Pierce))的BugBuster试剂(诺凡基公司)来制备细菌裂解物。

直接结合测定：用生物素(Chromalink，TriLink生物技术公司(TriLinkBiotechnologies))标记在兔中产生的针对各种SARS-CoV-2抗原(包括RBD、S1和完整的S1-S2胞外域)的亲和纯化多克隆抗体(义翘神州公司(Sino Biological))。使用脱靶和不相关的兔多克隆抗体创建对照探针。将生物素化的抗体加载到链霉亲和素探针上，然后使用含有生物胞素(托克瑞斯公司(Tocris))的溶液淬灭游离生物素结合口袋。使用抗体官能化探针来检测裂解物样品的结合活性。相对于对照生物传感器的阳性BLI缔合信号被认为指示溶液中有含交叉反应表位的蛋白质。

间接结合测定：对于间接测定，使用重组生物素标记的SARS-CoV-2S1抗原(义翘神州公司)来官能化链亲和素探针。将含有多克隆或单克隆抗体的溶液与微生物裂解物一起孵育，并测量与抗原官能化探针的结合。能够减少抗体与抗原探针结合的裂解物被认为对交叉反应细菌蛋白呈阳性。

蛋白质印迹：通过十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)电泳分离细菌裂解物。使用半干转移系统(Power Blotter，赛默飞世尔公司(Thermo Fisher))将分离的蛋白质转移到硝酸纤维素膜上。使用基于Odyssey PBS的封闭缓冲液封闭印迹至少1小时，然后与抗SARS-CoV-2抗体一起孵育。使用辣根过氧化物酶(HRP)缀合的抗兔或抗人IgG来检测与微生物蛋白结合的抗SARS-CoV-2。使用Chromagenic HRP(TMB)检测溶液(诺维克斯公司(Novex))来检测抗体结合蛋白的酶偶联信号。在孵育与酶偶联检测步骤之间用含有0.1％牛血清白蛋白(BSA)的磷酸盐缓冲盐水(PBS)洗涤印迹。

流式细胞术：为了检测交叉反应表面抗原，我们使用在各种最佳生长条件下生长的全细胞细菌。按一定时间间隔收集细菌细胞，并通过3个循环的离心和重新悬浮在PBS0.1％ BSA中进行洗涤。将洗涤后的细胞在室温下在PBSA中与抗SARS-CoV-2抗体一起孵育，然后通过3个循环的离心和重新悬浮在PBSA中来洗涤细胞。将抗体标记的细胞与抗兔或人IgG alexaFluor-488(英杰公司(Invitrogen))和Syto 62(英杰公司)一起孵育。用第二抗体30分钟后，在Quanteon流式细胞仪(艾森生物科学公司(ACEA Biosciences))上测量细胞的荧光强度。设置触发阈值以满足最小信号强度，该最小信号强度由细胞类型根据经验确定的Syto 62荧光强度确定，以排除非细胞事件。每个样品收集至少20,000个事件，并将它们与和对照抗体一起孵育的细胞进行比较。与对照抗体相比具有显著更高的AlexaFluor-488信号的细胞被认为表达与SARS-CoV-2抗原交叉反应的表面抗原。

阶段1b：益生菌刺激树突细胞

将在人血液来源的树突细胞模型中测试益生细菌。

细菌

使益生菌株(DGCC，德国尼比尔丹尼斯克全球培养物保藏中心(Danisco GlobalCulture collection,Niebüll,Germany))生长至对数生长期，通过离心收集，将其用PBS洗涤一次并悬浮于细胞培养基中。将调整OD600以对应于细菌:宿主细胞比例为10:1。

单核细胞纯化和分化成巨噬细胞和树突细胞

从健康献血者身上新鲜收集的富含白细胞的血沉棕黄层中纯化单核细胞。通过密度梯度离心分离人外周血单核细胞，然后用CD14+磁珠纯化单核细胞。为了获得巨噬细胞，将纯化的单核细胞以3×10⁵个细胞/孔接种在24孔板上，并在含有重组人GM-CSF(美天旎生物技术公司(Miltenyi Biotech))1000IU/ml和1％抗生素-抗真菌剂的巨噬细胞-SFM(美国纽约州格兰德艾兰的吉毕科生命技术公司(Gibco,Life Technologies,Grand Island,NY,USA))中培养7天。为了使单核细胞分化为未成熟的树突细胞，将单核细胞以5×10⁵个细胞/孔接种在12孔板(美国纽约州的法肯康宁公司(Falcon,Corning,NY,USA))上，并在补充有1％抗生素-抗真菌剂、10％胎牛血清(FBS)、IL-4(400IU/ml)和GM-CSF(1000IU/ml)的RPMI-1640(西格玛公司)中培养7天。

刺激免疫细胞

单独用益生细菌(细菌:细胞比率为10:1)或与TLR配体共混物Poly I:C(30μg/ml)+R848(10μM)(均来自美国密苏里州圣路易斯的西格玛奥德里奇公司(Sigma-Aldrich,St.Louis,MO,USA))组合刺激来自六位献血者的细胞24小时。

ELISA分析

通过Aushon Human 6-Plex Ciraplex Array(人六重Ciraplex阵列)(美国马萨诸塞州比勒利卡的奥松生物系统公司(Aushon BioSystems,Inc.,Billerica,MA,USA))分析来自巨噬细胞和树突细胞培养物的细胞培养物上清液中的IFN-γ、IL-1β、IL-6、IL-10、IL-12p70和TNF-α。另外，根据制造商的说明，通过Aushon Human 1-plex Assay(人单重测定法)分析树突细胞上清液中的IL-23和TGF-β。将用CiraSoft软件(奥松生物系统公司)分析结果。

阶段1c：乳酸双歧杆菌Bl-04在流感感染小鼠模型中对冠状病毒受体表达的影响

在研究第0天(D0)对BALB/c小鼠给予鼻腔甲型流感病毒(California/07/2009)感染之前，在21天内以2*10^9CFU/天向小鼠施用益生菌Bl-04或媒介物。在感染后D14监测小鼠。在D-21、D-20、D-18、D-14、D-7、D0、D3、D5、D7、D14从小肠、血液和肺中采集用于转录组学的组织样品。将在D3、D5和D7分析病毒载量，并在D0-D14评估健康评分。

冠状病毒受体的转录组学分析

从组织样品中提取RNA并测序。分析冠状病毒相关受体表达ACE2及其潜在调节因子(包括但不限于ADAM17、Furin、TMPRSS2和AGTR1)的调节。

阶段2：微生物交叉反应抗原(mCRAG)-临床前概念验证

实验设计

在接种病毒之前(第1组)和之后(第2组)，用益生菌株聚生体灌胃雪貂，如本设计 所示

终点：

i.鼻腔洗液滴度，

ii.肺组织病理学，

iii.GI组织病理学，

iv.细胞因子表达，

v.抗体谱，

vi.宏基因组学。

阶段3：临床概念验证

测试益生菌株在健康人中改善抗体和T细胞应答以及刺激先天免疫的功效。

受试者(n)：20-40名受试者

产品：选自菌株Bi-26、Bl-04、Bi-07、Lpc-37、Lr-32、GG、Ls-33、NCFM、SBS-1、Ll-23和St-21的细菌菌株或包含一种或多种这些细菌菌株的组合物。

剂量：范围10⁶–10¹²；10⁸–10¹²、10⁹–10¹¹

入选标准：18-35岁的健康成人。

人类白细胞抗原(HLA)分型–检查是否依赖于HLA类型/是否需要筛选某些HLA类型。

设计：开放标签、单臂、补充前-补充后。

补充期：4周。

主要结果：针对SARS-CoV-2(刺突蛋白)的特异性呼吸道粘膜IgA增加。

次要结果：(i)总/特异性粪便分泌性IgA(S/SARS-CoV-2/细菌菌株或聚生体)，中和Ab测试；(i)总/特异性唾液/鼻腔(或支气管肺泡)灌洗IgA(S/SARS-CoV-2/细菌菌株或聚生体)，中和Ab测试；(iii)总和特异性血清Ab IgG/A/M(S/SARS-CoV-2/细菌菌株或聚生体)，中和Ab测试；(iv)血液T细胞应答(肽/肽池PBMC孵育和ELISPOT；流式细胞术和T细胞分型)；而且，选择使用pMHCII四聚体来检查表位特异性T细胞。鼻上皮的转录组来测试(先天)免疫系统变化。

阶段4：人体临床功效试验

益生菌株Bi-26、Bl-04、Lpc-37、Lr-32、Ls-33、GG、Bi-07、NCFM、SBS-1、Ll-23和St-21或包含一种或多种这些细菌菌株的组合物对降低SARS-CoV-2感染的风险和降低COVID-19病程的严重性的作用。

随机双盲安慰剂对照临床试验。

受试者(n)：300-400名SARS-CoV-2阴性且感染风险增加的受试者(例如，卫生保健工作者)。

补充时间：5个月。

主要结果：SARS-CoV-2感染的风险。

次要结果：COVID-19的风险、持续时间和严重性。

探索结果：中和抗体、T细胞应答、粘膜和全身(先天)免疫功能。

实例1：益生菌株表达的交叉反应蛋白的分离和鉴定

细菌裂解物的制备：将细菌菌株在MRS琼脂平板上划线，并在37℃的厌氧条件下生长过夜。挑取单个菌落并转移至2.0ml MRS肉汤中并使其生长4-8小时，然后转移至具有30ml MRS的100ml烧瓶中并在37℃下在大气条件设置为以下水平的厌氧室中孵育大约40小时：85％氮气、10％二氧化碳和5％氢气。收获稳定的生长培养物，并通过以8000×g离心5分钟沉淀细胞。用PBS洗涤细胞两次，然后测量沉淀的湿重。然后通过以100mg湿细胞质量/ml提取缓冲液[50mM tris-HCl pH 8.0，30％[w/v]蔗糖、5mM MgCl₂、5mM CaCl₂、4mg/mL溶菌酶和150U/mL变溶菌素、Halt蛋白酶抑制剂混合物]重新悬浮沉淀来制备全细胞裂解物，并在37℃下孵育3小时。使用0.1um氧化锆-二氧化硅珠破坏提取缓冲液处理后的细胞，并在打浆机(Bullet Blender Gold，Next Advance公司)中以最大速度打浆3分钟。通过以16K×g离心5分钟除去不溶性物质，并将上清液冷冻储存在-80℃下。

免疫沉淀：从义翘神州公司以目录号40589-T62获得针对覆盖整个细胞外结构域的重组SARS-CoV-2刺突抗原产生的亲和纯化的兔多克隆抗体。使用商业标记试剂盒(

生物素蛋白标记试剂盒(TriLink B-(007-105))用生物素标记抗体。根据制造商的建议，将生物素标记的抗体与Dynabeads^TMMyOne^TM链霉亲和素C1(英杰公司目录号65001)一起孵育。如Octet结合测定的方法部分所述，将用抗体官能化的磁珠与从益生菌株产生的全细胞裂解物一起孵育。将珠与裂解物在4℃下一起孵育过夜，然后用强磁体将珠从裂解物中拉出，然后在PBS中洗涤三次。用单一体积的100mM甘氨酸pH 2.0洗脱与珠结合的益生菌蛋白。然后将珠置于磁体上，并将洗脱级分转移至含有300μl 1M Tris pH 8.0的管中，以中和低pH甘氨酸缓冲液。然后使用具有3.0KD MWCO膜的Amicon微量过滤装置，用0.2M Tris pH 7.0、150mM NaCl替换缓冲液体积一次，过滤中和后的洗脱级分，并重复浓缩步骤以产生约100ul的最终体积。通过在4-12％梯度SDS-PAGE凝胶上分离一部分样品，然后使用商业试剂盒SilverQuest^TM银染试剂盒(英杰公司目录号LC6070)进行银染来显现洗脱的蛋白质。将免疫沉淀蛋白的其余部分用于LC/MS分析，以鉴定含候选交叉反应表位的蛋白质。

通过使用免疫沉淀技术并使用兔SARS-CoV-2多克隆抗体进行与SARS-CoV-2抗体交叉反应的益生菌株表达的蛋白质的鉴定。这些实验产生在银染后的SDS-PAGE凝胶上可见的蛋白质池，它们具有在使用相同裂解物的蛋白质印迹实验中看到的交叉反应蛋白质的类似迁移模式。通过胰蛋白酶消化物的LC/MS分析，对使用抗SARS-CoV-2抗体沉淀的蛋白进行分析，得到高置信度的蛋白质身份，这在表1和表2描述。

表1：发酵乳杆菌SBS-1

表2：鼠李糖乳杆菌GG

实例2：微生物聚生体在哺乳动物中降低病毒滴度的体内用途

本实例确定了两种微生物聚生体对感染SARS-CoV-2的雪貂的病毒滴度的益处。聚生体1(在本文中也称为“OL-1”)包括长双歧杆菌婴儿亚种Bi-26、动物双歧杆菌乳酸亚种Bl-04、副干酪乳酪杆菌Lpc-37、鼠李糖乳酪杆菌Lr-32和唾液联合乳杆菌Ls-33。聚生体2(在本文中也称为“OL-2”)包括动物双歧杆菌乳酸亚种Bi-07、嗜酸乳杆菌NCFM、发酵粘液乳杆菌SBS-1、乳酸乳球菌Ll-23和嗜热链球菌St-21。

鼻腔洗液中病毒滴度的测定：从第1天至第17天，雪貂每天接受口服灌胃聚生体1或聚生体2或安慰剂。在第8天，用氯胺酮/甲苯噻嗪麻醉雪貂，并接种10⁵PFU 2019新型冠状病毒分离株USA-WA1/2020(SARS-CoV-2)。在研究第9天、第11天、第13天、第15天、第17天和第18天，收集鼻腔洗液，并通过RT-qPCR测定病毒载量，并报告为基因组数/μl鼻腔洗液。

RT-qPCR病毒滴度：通过RT-qPCR测定法测定来自研究第9天(即，感染后第一天)、第11天、第13天、第15天、第17天和第18天的鼻腔洗液中的病毒浓度。简言之，根据制造商的方案，使用Quick-RNA病毒试剂盒(Zymo Research公司)从储存在RNA/DNA Shield中的样品中提取RNA。使用iTaq通用探针一步试剂盒(伯乐公司)进行RT-qPCR。使用以下RT-PCR循环条件：50℃15min(RT)，然后95℃2min(变性)，然后95℃10s，62℃45s，进行40个循环。

用于SARS-CoV-2检测的引物：

2019-nCoV_N1-F 5'-GACCCCAAAATCAGCGAAAT-3'

2019-nCoV_N1-R 5'-TCTGGTTACTGCCAGTTGAATCTG-3'

探针：2019-nCoV_N1-P：5'-FAM-ACCCCGCATTACGTTTGGTGGACC-BHQ1-3'

如图1A和图1B所示，与安慰剂相比，预防组中的动物在感染SARS-CoV-2后表现出显著降低的病毒滴度。

这些结果表明，聚生体1的施用显著降低了COVID-19雪貂模型中的病毒载量。

实例3：微生物聚生体在哺乳动物中降低病毒滴度的体内用途

本实例重复了在实例2中描述的雪貂试验，但程序略有修改。在接种病毒之前(第1组-聚生体1)和之后(第2组-聚生体2)，用益生菌株聚生体灌胃雪貂，如以下设计所示：

鼻腔洗液中病毒滴度的测定：从第1天至第42天，第1组雪貂每天接受口服灌胃聚生体1或安慰剂。从第21天至第42天，第2组雪貂每天接受口服灌胃聚生体2。聚生体与在实例2中使用的那些相同。在第22天，用氯胺酮/甲苯噻嗪麻醉雪貂，并接种10⁵PFU 2019新型冠状病毒分离株USA-WA1/2020(SARS-CoV-2)。在感染后不同天，收集鼻腔洗液，并通过如前所述的RT-qPCR测定病毒载量，并报告为基因组数/μl鼻腔洗液。

如图2A和图2B所示，施用聚生体1和2在第1天和第3天使病毒载量降低了50％以上。

实例4：益生菌刺激人来源的树突细胞和巨噬细胞

本实例示出了在人血液来源的树突细胞和巨噬细胞模型中测试的益生细菌。

细菌：使益生菌株(DGCC，德国尼比尔丹尼斯克全球培养物保藏中心)生长至对数生长期，通过离心收集，将其用PBS洗涤一次并悬浮于细胞培养基中。调整OD600以对应于细菌:宿主细胞比例为10:1。将聚生体1(combo1)或聚生体2(combo 2)中的细菌按相等比例应用于细胞。聚生体与在实例2中使用的那些相同。

单核细胞纯化和分化成巨噬细胞和树突细胞：从健康献血者身上新鲜收集的富含白细胞的血沉棕黄层中纯化单核细胞。通过密度梯度离心分离人外周血单核细胞，然后用CD14+磁珠纯化单核细胞。为了获得巨噬细胞，将纯化的单核细胞以3×10⁵个细胞/孔接种在24孔板上，并在含有重组人GM-CSF(美天旎生物技术公司)1000IU/ml和1％抗生素-抗真菌剂的巨噬细胞-SFM(美国纽约州格兰德艾兰的吉毕科生命技术公司)中培养7天。为了使单核细胞分化为未成熟的树突细胞，将单核细胞以5×10⁵个细胞/孔接种在12孔板(美国纽约州的法肯康宁公司)上，并在补充有1％抗生素-抗真菌剂、10％胎牛血清(FBS)、IL-4(400IU/ml)和GM-CSF(1000IU/ml)的RPMI-1640(西格玛公司)中培养7天。

刺激免疫细胞：单独用益生细菌聚生体(细菌:细胞比率为10:1)或与TLR配体共混物Poly I:C(30μg/ml)+R848(10μM)(均来自美国密苏里州圣路易斯的西格玛奥德里奇公司)组合刺激来自六位献血者的细胞24小时。将未刺激的PBMC用作对照，将DMSO用作含PolyI:C+R848的处理的对照。

ELISA分析：通过Quanterix Human 6-Plex Ciraplex Array(人六重Ciraplex阵列)(美国马萨诸塞州比勒利卡的Quanterix公司)分析来自巨噬细胞和树突细胞培养物的细胞培养物上清液中的IFN-γ、IL-1β、IL-6、IL-10、IL-12p70和TNF-α。另外，根据制造商的说明，通过Quanterix Human 1-plex Assay(人单重测定法)分析树突细胞上清液中的IL-23和TGF-β。用CiraSoft软件(Quanterix公司)分析结果。

如图3所示，与未处理的树突细胞(对照)相比，用细菌聚生体Combo1和Combo 2处理树突细胞显著影响所有细胞因子的产生。与单独的pIC+R848相比，具有pIC+R848的Combo1和Combo 2显著影响若干细胞因子的产生。*p＝0.01＝<0.05；**p＝0.001＝<0.01；***p<0.001(相对于对照)，以及#p＝0.01＝<0.05；##p＝0.001＝<0.01；###p<0.001(相对于pIC+R848)。使用相对于基线(对照或pIC+R848)的变化作为响应，用线性模型分析数据。

Combo 1和Combo 2增加了对针对病毒的Th1应答很关键的IL-12和IFNγ的产生，以及刺激了控制炎性应答的IL-10产生。同样明显的是TGF-β的减少和IL-23的增加，这表明这些组合进行了一些Th17极化。这些组合不会增加与炎性和Th17应答相关的炎性细胞因子TNF-α或IL-6和IL-1β的产生。因此，这两种组合似乎都可以驱动Th1极化和IL-10产生。

如图4所示，与未处理的树突细胞(对照)相比，用Combo1和Combo2处理巨噬细胞显著影响所有细胞因子的产生。与单独的pIC+R848相比，具有pIC+R848的Combo1和Combo 2显著影响若干细胞因子的产生。*p＝0.01＝<0.05；**p＝0.001＝<0.01；***p<0.001(相对于对照)，以及#p＝0.01＝<0.05；##p＝0.001＝<0.01；###p<0.001(相对于pIC+R848)。使用相对于基线(对照或pIC+R848)的变化作为响应，用线性模型分析数据。

Combo 1和Combo 2增加了对启动针对病毒的Th1应答很关键的IL-12的产生，以及刺激了控制炎性应答的IL-10产生。这些组合对与驱动抗体产生和急性炎性应答相关的IL-6具有影响。与pIC+R848组合，这些组合不会显著增加炎性细胞因子IFN-γ或IL-1β的产生。

实例5：益生菌刺激雪貂来源的树突细胞和巨噬细胞

本实例测定了施用来源于在实例2中描述的SARS CoV-2感染的动物的益生菌后，雪貂中细胞因子、趋化因子和受体蛋白的变化。

基因表达分析：收集肺和十二指肠并储存在trizol中。使用Direct-Zol RNAMiniprep Plus试剂盒分离组织RNA。使用两步RT qPCR分析雪貂肺和十二指肠总RNA样品中的基因表达。用iScript Reverse Transcription Supermix(逆转录超混合液)(伯乐公司(Bio-Rad))进行逆转录。简言之，使用1μg总肺RNA或0.5μg总十二指肠RNA进行逆转录。总RT反应体积为40μL，并且在Bio-Rad CFX96 Touch Real Time PCR(触摸实时PCR)检测系统上在96孔板中进行RT。RT后，用无核酸酶的水稀释cDNA，使最终总体积达到200μL(5倍稀释)。使用5μL稀释的cDNA对目的基因的表达进行qPCR分析。总PCR反应体积为15μL/孔(10μL主混合物+5μL cDNA样品)，并且使用以下列出的循环条件在CFX384触摸实时PCR检测系统(伯乐公司)上进行qPCR：

*对于CCL2、IFNα、IFNL1和IL8，为60℃

对于所有其他基因(CCL5、CXCL10、IFNγ、IL10、IL1β、IL6、TLR8、TNFα、ACE2和RPS18)，为62℃

每个平板在一式两份孔中含有阳性对照(由刺激后的雪貂PBMC细胞制备)，在一式两份孔中含有NTC，并且在一式两份孔中含有所有测试样品。

计算、数据分析和呈现：如果自动计算的(通过CFX Maestro 1.1软件)阈值基线>200，则对于所有板将qPCR测定的阈值基线手动设置为200。在目的基因的RT-qPCR测定的开发/鉴定阶段确定200阈值基线值。然而，如果自动计算的阈值基线<200，则直接使用该阈值基线。同样通过Maestro 1.1软件基于该阈值基线自动计算每个孔中的Cq值。将软件生成的数据导出到Microsoft Excel(华盛顿州雷德蒙德的微软公司(Microsoft Corporation,Redmond,WA))电子表格进行数据处理。

使用下式计算相对基因表达：

2-(ΔCq)，其中ΔCq是Cq(每个样品)-Cq(第1天的平均值)

将结果标准化为第1天的基础基因表达水平。在计算每个样品的相对表达值后，如果RT使用不同的RNA量，则将该值进一步调整为RNA量。另外，还呈现了每天进一步标准化为安慰剂的数据。将每个治疗组的相对表达与对应的安慰剂组进行比较，并使用Student t检验(单尾分布，两个样品等方差)计算p值。在p<0.05时，平均值之间的差异被认为是显著的。

如图5-17所示，对肺和十二指肠组织样品的分析显示，IFNα、IFNL1和TLR8不受任何处理的调节，但其他基因(ACE2、CCL2、IL10、CCL5、CXCL10、IFNγ、IL1β、IL6、IL8、TNFα)在特定天或在治疗组中在肺或十二指肠中下调，其中CCL2、CXCL10和IL1β在第43天在预防和治疗组中在肺中下调(相对于安慰剂)。这些结果表明，在病毒感染SARS COv-2的实验条件下，测试制品(益生菌)可以影响雪貂模型中不同器官的细胞因子表达。

在差异基因表达(DEG)分析中，将OL-1和OL-2与对照进行对比，并将pIC+R848与DMSO进行对比。在巨噬细胞中，OL-1、OL-2和pIC+R848处理分别产生158、523和1264个DEG，而在树突细胞中，OL-1、OL-2和pIC+R848处理分别产生501、1264、670个DEG(图18A-F)。OL-1、OL-2和pIC+R848之间的共有DEG数量对于巨噬细胞为1350，并且对于树突细胞为596。OL-1和OL-2处理在树突细胞中共有308个DEG，并且在巨噬细胞中共有184个DEG，pIC+R848在树突细胞中具有1904个独特的DEG，并且在巨噬细胞中具有184个独特的DEG。总之，结果支持观察到的OL-1和OL-2增加细胞因子产生和细胞刺激，以及与pIC+R848刺激的相似性(图4)。

为了更广泛地了解转录组的相似性，进行了主成分分析(PCA)。使用树突细胞和巨噬细胞样品，PC1捕获了70％的方差和PC2捕获了14％的方差，分别解释了细胞类型和治疗效果的差异。分析显示，血细胞供体增加了PCA的变化，但被治疗效果超过。由于细胞类型的转录组差异，分别分析了树突细胞和巨噬细胞数据集。巨噬细胞数据的PCA使得OL-1、OL-2和pIC+R848与对照(DMSO和对照，PC1 49％)分离，其中OL-1聚类比OL-2更接近pIC+R848组(图18A)。树突细胞数据的PCA显示相似的模式(图18B)，然而，在树突细胞数据中，PC1比在巨噬细胞中占更高量的方差(68％相对于49％)，这表明对转录组的治疗效果更大。另外，pIC+R848与对照和益生菌聚生体分开聚类。总之，在巨噬细胞和树突细胞数据集中，OL-1和OL-2与pIC+R848聚类并与对照区分开，表明免疫基因活化具有潜在的普遍相似性。OL-1巨噬细胞样品的PC负载显示了IL1B、CXCL8、CXCL1、CXCL2、PPBP(CXCL7)和TNFAIP6对PC1的主要影响(图18C)。其中，IL1B、CXCL8和TNFAIP6与OL-2共有，而CCL4L2和CXCL10是独特的(图18D)。结果表明，聚生体相对于对照的关键作用在于早期先天反应和趋化因子反应。对于树突细胞，OL-1PCA显示了OL-1在PC1上与对照分离，其中IFI6、CLEC2D、SIGLEC6和CLC驱动该作用(图18E)。其中，IFI6和CLC与OL-2共有，而IL15RA、HESX1、ISG20和GBP4是独特的(图18F)。GBP4、IFI6、ISG20、CLEC2D基因可被干扰素诱导，并且树突细胞的CLC(半乳糖凝集素-10)和CLEC2D(LLT1)表达与调节B和T细胞应答相关。

研究了OL-1和OL-2聚生体对细胞因子、趋化因子和共刺激分子基因表达的影响。总之，除了OL-2对巨噬细胞中一些转录物的下调(例如，IL2、IL7、IL27、IL36G)或上调(例如，IL6、IL32、TNFA)之外，OL-1和OL-2的谱是相似的(图19)。具体地，对于巨噬细胞，OL-1和OL-2刺激最明显地上调了I型免疫所必需的EBI3(IL27B)、IL1A、IL1B、IL12B和IL23A。因此，巨噬细胞中的趋化因子谱显示靶向嗜中性粒细胞、巨噬细胞和NK细胞的CCL和CXCL类趋化因子，特别是CCL1、CCL3、CCL4、CCL15、CXCL1、CXCL2、CXCL8和CXCL10的广泛活化。另外，OL-1和OL-2诱导了HLA和共刺激分子表达，与先天应答刺激一致，但也上调了抑制性CD274(图19)。在树突细胞中，OL-1和OL-2诱导了与T细胞存活相关的IL2、IL15、IL18和IL23的上调。此外，处理增加了与T细胞的吸引和活化相关的趋化因子CX3CL1、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CCL17和CCL22表达。益生菌聚生体进一步抑制了吸引CCR2和CCR5阳性细胞(诸如先天NK细胞和单核细胞)的CCL2、CCL3和CCL4表达。共刺激基因表达结果表明，在OL-1或OL-2处理后，树突细胞上调了共刺激基因CD80、CD83、CD86。有趣的是，抑制性PD-配体(CD274、PDCD1LG2)也上调，但另一方面，与CD31和CD36相关的致耐受性应答下调。树突细胞显示出HLA I类的上调和HLA II类基因的下调(图19)。

实例6：ACE2在对照与感染SARS CoV-2的雪貂之间的差异表达

本实例经由对十二指肠进行组织病理学检查来检查PBS-对照与感染SARS CoV-2的雪貂之间的ACE2表达。

从PBS对照和SARS CoV-2感染的雪貂收集组织样品，并在10％中性缓冲福尔马林中孵育进行固定，然后基于标准程序将它们包埋在石蜡中。将包埋的组织切片并在室温下干燥3天。为了通过免疫组织化学检测ACE2，将山羊抗ACE2抗体(R&D公司，目录号：AF933，批号：HOK0620051)用作第一抗体。使用微波处理3分钟和蒸汽处理15分钟的柠檬酸盐缓冲液(pH 6.0)来显现抗原。查看载玻片并通过Olympus VS120扫描仪拍摄数字化图片，并由高级病理学家使用Olyvia 3.2软件(日本东京的奥林巴斯公司(Olympus Corporation,Tokyo,Japan))进行分析。

十二指肠的组织病理学检查：使用H评分对ACE2表达进行评分。H评分基于主要染色强度。强度评分分为阴性(0)、低强度(2)、中等强度(2)和高强度(3)。对每个染色强度水平下的细胞百分比进行计数(估计)，最后使用下式指定H评分：总H评分＝1×(％细胞1+)+2×(％细胞2+)+3×(％细胞3+)。

由于人类的胃肠症状与SARS-CoV-2相关，因此确定益生菌补充是否会影响十二指肠组织中的病毒受体ACE2表达和炎症(图20A-J)。在急性感染期间，在D5，与安慰剂相比，OL-1和OL-2切片的ACE2染色增加(p<0.01；ANOVA，Dunnett's)(图20A-C和图20G)，而在D10，在感染消退期期间，与安慰剂相比，OL-1和OL-2组中的ACE2染色减少(p<0.01；ANOVA，Dunnett's)(图20D-F和图20H)。安慰剂组中的染色水平在D5为44，在D10为90。

组织切片的炎症评分显示所有治疗组均有严重炎症(所有组的平均评分>3，最大值为4.0)。然而，粪便颗粒在雪貂体内保持正常稠度。用OL-1或OL-2治疗对十二指肠炎症评分没有影响(p>0.05；ANOVA，Dunnett's)。

ACE2是SARS CoV2的受体。调节ACE2的表达可以影响SARS CoV2感染。SARS CoV2与ACE2相互作用并诱导ACE2的内吞作用，并经由该机制进入宿主细胞。在感染后第5天，与安慰剂相比，在接受OL-1和OL-2的组的十二指肠中观察到显著更高的ACE2表达。第5天ACE2的较高表达表明接受OL-1和OL-2的雪貂的胃肠道中的病毒感染较低。

实例7：OL-1、OL-2和plC+R848的COVID-19途径基因表达

已知SARS-CoV-2会抑制宿主细胞的抗病毒机制以促进复制。随着OL-1和OL-2的免疫刺激被观察到，人们寻求进一步了解该聚生体在对SARS-CoV-2防御至关重要的抗病毒途径方面的作用。使用差异表达数据进行途径分析，所述差异表达数据考虑了我们的数据集中所有基因的log2倍变化和p值，并计算了KEGG途径被干扰的概率。总之，OL-1、OL-2和pIC+R848分别影响巨噬细胞中的81、36和87条途径以及树突细胞中的71、79和105条途径(调整后的p值<0.1，FDR)(图21)。涉及病毒感染、微生物识别以及先天和适应性免疫细胞信号传导途径活化的途径被广泛干扰(图21)，表明OL-1和OL-2都对关键的人类免疫防御途径具有普遍而广泛的影响。在巨噬细胞中，OL-2比OL-1刺激更少的途径，表明可能更温和的刺激，这与巨噬细胞中更低的细胞因子浓度一致(图4)。

途径分析的结果显示，OL-1和pIC+R848分别导致巨噬细胞(p＝0.03(OL-1)、0.10(OL-2)、0.35(pIC+R848))和树突细胞(p＝0.23(OL-1)、0.15(OL-2)、0.0005(pIC+R848))中的COVID-19KEGG途径被显著干扰(KEGG：hsa05171)(图21)。“冠状病毒病-COVID-19”KEGG途径由205个基因组成并且包括病毒感染、复制、释放以及SARS-CoV-2诱导的先天免疫和补体活化的所有阶段。一般来讲，基因表达模式显示了OL-1、OL-2和plC+R848刺激后巨噬细胞与树突细胞之间的细胞类型特异性基因表达调节(图21)。

在巨噬细胞中，响应于OL-1和OL-2，与DC中的低诱导或无诱导相比，白介素IL12B和IL1B以及趋化因子CXCL10和CXCL8基因高度表达(图21)。然而，抗病毒基因MX1和MX2、OAS1、OAS2、OAS3、IFIH1和ISG15在树突细胞中被强烈诱导，并且在巨噬细胞中被诱导的程度稍低。有趣的是，在树突细胞中，参与SARS-CoV-2进入的神经毡蛋白1受体基因NRP1(Cantuti-Castelvetri等人,2020)在所有处理中减少，编码ACE的基因也是。基质金属蛋白酶1基因MMP1表达仅见于巨噬细胞中，并且与其他细胞相比，OL-1刺激的细胞中的表达更高。许多JAK-STAT信号传导途径基因被上调(图21)，尤其是在树突细胞中，表明益生菌和PlC+R848活化了这些细胞中的IFN和ISG产生。

总之，已经表明益生菌聚生体OL-1和OL-2在SARS-CoV-2感染期间刺激雪貂免疫功能并降低病毒载量。人类免疫细胞刺激的结果表明，与SARS-CoV-2免疫防御相关的途径和细胞因子分泌被活化，因此这些益生菌聚生体也许但不受理论的约束通过引发或训练先天免疫系统来潜在地提供支持针对SARS-CoV-2的免疫功能的益处(Lehtoranta 2020；Netea2020)。益生菌聚生体还被证明可以影响十二指肠免疫功能和ACE2表达。由于许多COVID-19患者患有胃肠道症状，因此这些益生菌聚生体可能潜在地支持肠道健康和免疫功能。

上述说明书中提及的所有出版物通过援引并入本文。在不脱离本发明的范围和精神的情况下，本发明的所描述的方法和系统的各种修改和变化对于本领域的技术人员将是显而易见的。尽管已经结合特定优选实施例描述了本发明，但应当理解，如要求保护的本发明不应不适当地限制于此类特定实施例。实际上，对于生物化学和生物技术或相关领域的技术人员显而易见的用于实施本发明的所描述的实施例的各种修改旨在落入以下权利要求书的范围内。

Claims (138)

1.双歧杆菌属(Bifidobacterium)的细菌菌株或其混合物，其在预防或治疗有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状中使用。

2.根据权利要求1所述使用的细菌菌株，其中所述双歧杆菌属的所述菌株是长双歧杆菌婴儿亚种(Bifidobacterium longum subsp.Infantis)的菌株。

3.根据权利要求1所述使用的细菌菌株，其中所述双歧杆菌属的所述菌株是动物双歧杆菌乳酸亚种(Bifidobacterium animalis subsp.lactis)的菌株。

4.根据权利要求2所述使用的细菌菌株，其中所述长双歧杆菌婴儿亚种的所述菌株是菌株Bi-26。

5.根据权利要求3所述使用的细菌菌株，其中所述动物双歧杆菌乳酸亚种的所述菌株是菌株Bl-04。

6.根据权利要求3所述使用的细菌菌株，其中所述动物双歧杆菌乳酸亚种的所述菌株是菌株Bi-07。

7.乳酪杆菌属(Lacticaseibacillus)的细菌菌株或其混合物，其在预防或治疗有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状中使用。

8.根据权利要求7所述使用的细菌菌株，其中所述乳酪杆菌属的所述菌株是副干酪乳酪杆菌(Lacticaseibacillus paracasei)种的菌株。

9.根据权利要求7所述使用的细菌菌株，其中所述乳酪杆菌属的所述菌株是鼠李糖乳酪杆菌(Lacticaseibacillus rhamnosus)种的菌株。

10.根据权利要求8所述使用的细菌菌株，其中所述副干酪乳酪杆菌种的所述菌株是菌株Lpc-37。

11.根据权利要求9所述使用的细菌菌株，其中所述鼠李糖乳酪杆菌种的所述菌株是菌株Lr-32。

12.根据权利要求9所述使用的细菌菌株，其中所述鼠李糖乳酪杆菌种的所述菌株是菌株GG。

13.联合乳杆菌属(Ligilactobacillus)的细菌菌株或其混合物，其在预防或治疗有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状中使用。

14.根据权利要求13所述使用的细菌菌株，其中所述联合乳杆菌属的所述菌株是唾液联合乳杆菌(Ligilactobacillus salivarius)种的菌株。

15.根据权利要求14所述使用的细菌菌株，其中所述唾液联合乳杆菌种的所述菌株是菌株Ls-33。

16.乳杆菌属(Lactobacillus)的细菌菌株或其混合物，其在预防或治疗有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状中使用。

17.根据权利要求16所述使用的细菌菌株，其中所述乳杆菌属的所述菌株是嗜酸乳杆菌(Lactobacillus acidophilus)种的菌株。

18.根据权利要求17所述使用的细菌菌株，其中所述嗜酸乳杆菌种的所述菌株是菌株NCFM。

19.粘液乳杆菌属(Limosilactobacillus)的细菌菌株或其混合物，其在预防或治疗有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状中使用。

20.根据权利要求19所述使用的细菌菌株，其中所述粘液乳杆菌属的所述菌株是发酵粘液乳杆菌(Limosilactobacillus fermentum)种的菌株。

21.根据权利要求20所述使用的细菌菌株，其中所述发酵粘液乳杆菌种的所述菌株是菌株SBS-1。

22.乳球菌属(Lactococcus)的细菌菌株或其混合物，其在预防或治疗有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状中使用。

23.根据权利要求22所述使用的细菌菌株，其中所述乳球菌属的所述菌株是乳酸乳球菌(Lactococcus lactis)种的菌株。

24.根据权利要求23所述使用的细菌菌株，其中所述乳酸乳球菌种的所述菌株是菌株Ll-23。

25.链球菌属(Streptococcus)的细菌菌株或其混合物，其在预防或治疗有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状中使用。

26.根据权利要求25所述使用的细菌菌株，其中所述链球菌属的所述菌株是嗜热链球菌(Streptococcus thermophilus)种的菌株。

27.根据权利要求26所述使用的细菌菌株，其中所述嗜热链球菌种的所述菌株是菌株St-21。

28.根据前述权利要求中任一项所述使用的细菌菌株，其中所述疾病是呼吸道疾病。

29.根据权利要求28所述使用的细菌菌株，其中所述呼吸道疾病是急性呼吸窘迫综合征(ARDS)。

30.根据权利要求28所述使用的细菌菌株，其中所述呼吸道疾病是肺炎。

31.根据权利要求1-27中任一项所述使用的细菌菌株，其中所述症状是咳嗽、发热、呼吸短促或难以呼吸(呼吸困难)、疲劳、肌肉或身体疼痛、恶心或呕吐、腹泻、嗅觉丧失或改变(嗅觉缺失症)和味觉丧失或改变(味觉缺失症)中的一种或多种。

32.根据权利要求1-27中任一项所述使用的细菌菌株，其中所述预防或治疗通过当与如权利要求1-27中任一项所述的细菌菌株接触时刺激所述受试者的免疫系统来实现。

33.根据权利要求1-32中任一项所述使用的细菌菌株，其中所述冠状病毒选自由229E(α冠状病毒)、NL63(α冠状病毒)、OC43(β冠状病毒)、HKU1(β冠状病毒)、MERS-CoV(中东呼吸综合征冠状病毒)、SARS-CoV和SARS-CoV-2(或其病毒变体)病毒组成的组。

34.根据权利要求33所述使用的细菌菌株，其中所述冠状病毒是SARS-CoV-2(或其病毒变体)病毒。

35.根据权利要求1-34中任一项所述使用的细菌菌株，其中所述受试者患有一种或多种先前存在的病症，所述病症选自由肥胖症、II型糖尿病、慢性肺病或中度至重度哮喘、心脏病、免疫受损、慢性肾病、肝病组成的组。

36.根据权利要求34或权利要求35所述使用的细菌菌株，其中所述受试者为65岁或以上和/或居住在疗养院或长期护理机构或看守所或监狱中。

37.一种组合物，其包含一种或多种选自双歧杆菌属、乳酪杆菌属、联合乳杆菌属、乳杆菌属、粘液乳杆菌属、乳球菌属和链球菌属的细菌菌株。

38.根据权利要求37所述的组合物，其中所述双歧杆菌属的所述菌株是长双歧杆菌婴儿亚种或动物双歧杆菌乳酸亚种；所述乳酪杆菌属的所述菌株是副干酪乳酪杆菌种或鼠李糖乳酪杆菌种；所述联合乳杆菌属的所述菌株是唾液联合乳杆菌种；所述乳杆菌属的所述菌株是嗜酸乳杆菌种；所述粘液乳杆菌属的所述菌株是发酵粘液乳杆菌种；所述乳球菌属的所述菌株是乳酸乳球菌种；并且所述链球菌属的所述菌株是嗜热链球菌种。

39.根据权利要求38所述的组合物，其中所述长双歧杆菌婴儿亚种是菌株Bi-26；所述动物双歧杆菌乳酸亚种是菌株Bl-04；所述副干酪乳酪杆菌是菌株Lpc-37；所述鼠李糖乳酪杆菌是菌株Lr-32和/或菌株GG；并且所述唾液联合乳杆菌是菌株Ls-33。

40.根据权利要求38所述的组合物，其中所述动物双歧杆菌乳酸亚种是菌株Bi-07；所述嗜酸乳杆菌是菌株NCFM；所述发酵粘液乳杆菌是菌株SBS-1；所述乳酸乳球菌是菌株Ll-23；并且所述嗜热链球菌是菌株St-21。

41.根据权利要求37-40中任一项所述的组合物，其在预防或治疗有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状中使用。

42.如权利要求37-40中任一项所述的组合物用于预防或治疗有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的用途。

43.根据权利要求41所述使用的组合物，其中所述冠状病毒选自由229E(α冠状病毒)、NL63(α冠状病毒)、OC43(β冠状病毒)、HKU1(β冠状病毒)、MERS-CoV(中东呼吸综合征冠状病毒)、SARS-CoV和SARS-CoV-2(或其病毒变体)病毒组成的组。

44.根据权利要求42所述的用途，其中所述冠状病毒选自由229E(α冠状病毒)、NL63(α冠状病毒)、OC43(β冠状病毒)、HKU1(β冠状病毒)、MERS-CoV(中东呼吸综合征冠状病毒)、SARS-CoV和SARS-CoV-2(或其病毒变体)病毒组成的组。

45.根据权利要求41所述使用的组合物，其中所述冠状病毒是SARS-CoV-2(或其病毒变体)病毒。

46.根据权利要求42所述的用途，其中所述冠状病毒是SARS-CoV-2(或其病毒变体)病毒。

47.根据权利要求41或权利要求42所述的组合物，其中所述受试者患有一种或多种先前存在的病症，所述病症选自由肥胖症、II型糖尿病、慢性肺病或中度至重度哮喘、心脏病、免疫受损、慢性肾病和肝病组成的组。

48.根据权利要求41或权利要求42所述的组合物，其中所述受试者为65岁或以上和/或居住在疗养院或长期护理机构或看守所或监狱中。

49.根据权利要求41或42所述的组合物，其中所述疾病是呼吸道疾病。

50.根据权利要求49所述的组合物，其中所述呼吸道疾病是急性呼吸窘迫综合征(ARDS)。

51.根据权利要求49所述的组合物，其中所述呼吸道疾病是肺炎。

52.根据权利要求41或42所述的组合物，其中所述症状是呼吸短促或难以呼吸(呼吸困难)、疲劳、肌肉或身体疼痛、恶心或呕吐、腹泻、咳嗽、发热、嗅觉丧失或改变(嗅觉缺失症)和味觉丧失或改变(味觉缺失症)中的一种或多种。

53.根据权利要求41或42所述的组合物，其中所述预防或治疗通过当与如权利要求37-40中所述的组合物接触时刺激所述受试者的免疫系统来实现。

54.根据权利要求37-53中任一项所述的组合物，其中所述组合物是食物产品、食物成分、膳食补充剂或药学上可接受的组合物。

55.一种治疗或预防有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的方法，所述方法包括向所述受试者施用双歧杆菌属的细菌菌株或其混合物。

56.根据权利要求55所述的方法，其中所述双歧杆菌属的所述菌株是长双歧杆菌婴儿亚种的菌株。

57.根据权利要求55所述的方法，其中所述双歧杆菌属的所述菌株是动物双歧杆菌乳酸亚种的菌株。

58.根据权利要求56所述的方法，其中所述长双歧杆菌婴儿亚种的所述菌株是菌株Bi-26。

59.根据权利要求57所述的方法，其中所述动物双歧杆菌乳酸亚种的所述菌株是菌株Bl-04。

60.根据权利要求57所述的方法，其中所述动物双歧杆菌乳酸亚种的所述菌株是菌株Bi-07。

61.一种治疗或预防有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的方法，所述方法包括向所述受试者施用乳酪杆菌属的细菌菌株或其混合物。

62.根据权利要求61所述的方法，其中所述乳酪杆菌属的所述菌株是副干酪乳酪杆菌种的菌株。

63.根据权利要求61所述的方法，其中所述乳酪杆菌属的所述菌株是鼠李糖乳酪杆菌种的菌株。

64.根据权利要求62所述的方法，其中所述副干酪乳酪杆菌种的所述菌株是菌株Lpc-37。

65.根据权利要求63所述的方法，其中所述鼠李糖乳酪杆菌种的所述菌株是菌株Lr-32。

66.根据权利要求63所述的方法，其中所述鼠李糖乳酪杆菌种的所述菌株是菌株GG。

67.一种治疗或预防有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的方法，所述方法包括向所述受试者施用联合乳杆菌属的细菌菌株或其混合物。

68.根据权利要求67所述的方法，其中所述联合乳杆菌属的所述菌株是唾液联合乳杆菌种的菌株。

69.根据权利要求68所述的方法，其中所述唾液联合乳杆菌种的所述菌株是菌株Ls-33。

70.一种治疗或预防有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的方法，所述方法包括向所述受试者施用乳杆菌属的细菌菌株或其混合物。

71.根据权利要求70所述的方法，其中所述乳杆菌属的所述菌株是嗜酸乳杆菌种的菌株。

72.根据权利要求71所述的方法，其中所述嗜酸乳杆菌种的所述菌株是菌株NCFM。

73.一种治疗或预防有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的方法，所述方法包括向所述受试者施用粘液乳杆菌属的细菌菌株或其混合物。

74.根据权利要求73所述的方法，其中所述粘液乳杆菌属的所述菌株是发酵粘液乳杆菌种的菌株。

75.根据权利要求74所述的方法，其中所述发酵粘液乳杆菌种的所述菌株是菌株SBS-1。

76.一种治疗或预防有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的方法，所述方法包括向所述受试者施用乳球菌属的细菌菌株或其混合物。

77.根据权利要求76所述的方法，其中所述乳球菌属的所述菌株是乳酸乳球菌种的菌株。

78.根据权利要求77所述的方法，其中所述乳酸乳球菌种的所述菌株是菌株Ll-23。

79.一种治疗或预防有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的方法，所述方法包括向所述受试者施用链球菌属的细菌菌株或其混合物。

80.根据权利要求79所述的方法，其中所述链球菌属的所述菌株是嗜热链球菌种的菌株。

81.根据权利要求80所述的方法，其中所述嗜热链球菌种的所述菌株是菌株St-21。

82.一种治疗或预防有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的方法，所述方法包括向所述受试者施用包含以下项的组合物：长双歧杆菌婴儿亚种菌株Bi-26；动物双歧杆菌乳酸亚种菌株Bl-04；副干酪乳酪杆菌菌株Lpc-37；鼠李糖乳酪杆菌菌株Lr-32和/或唾液联合乳杆菌菌株Ls-33。

83.一种治疗或预防有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的方法，所述方法包括向所述受试者施用包含以下项的组合物：动物双歧杆菌乳酸亚种菌株Bi-07；嗜酸乳杆菌菌株NCFM；发酵粘液乳杆菌菌株SBS-1；乳酸乳球菌菌株Ll-23和/或嗜热链球菌菌株St-21。

84.根据权利要求55-83中任一项所述的方法，其中所述疾病是呼吸道疾病。

85.根据权利要求84所述的方法，其中所述呼吸道疾病是急性呼吸窘迫综合征(ARDS)。

86.根据权利要求84所述的方法，其中所述呼吸道疾病是肺炎。

87.根据权利要求55-83中任一项所述的方法，其中所述症状是呼吸短促或难以呼吸(呼吸困难)、疲劳、肌肉或身体疼痛、恶心或呕吐、腹泻、咳嗽、发热、嗅觉丧失或改变(嗅觉缺失症)和味觉丧失或改变(味觉缺失症)中的一种或多种。

88.根据权利要求55-87中任一项所述的方法，其中所述预防或治疗通过当与如权利要求55-83中所述的细菌菌株接触时刺激所述受试者的免疫系统来实现。

89.根据权利要求55-88中任一项所述的方法，其中所述冠状病毒选自由229E(α冠状病毒)、NL63(α冠状病毒)、OC43(β冠状病毒)、HKU1(β冠状病毒)、MERS-CoV(中东呼吸综合征冠状病毒)、SARS-CoV和SARS-CoV-2(或其病毒变体)病毒组成的组。

90.根据权利要求89所述的方法，其中所述冠状病毒是SARS-CoV-2(或其病毒变体)病毒。

91.根据权利要求55-90中任一项所述的方法，其中所述受试者患有一种或多种先前存在的病症，所述病症选自由肥胖症、II型糖尿病、慢性肺病或中度至重度哮喘、心脏病、免疫受损、慢性肾病和肝病组成的组。

92.根据权利要求55-91中任一项所述的方法，其中所述受试者为65岁或以上和/或居住在疗养院或长期护理机构或看守所或监狱中。

93.双歧杆菌属的细菌菌株或其混合物用于预防或治疗有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的用途。

94.根据权利要求93所述的用途，其中所述双歧杆菌属的所述菌株是长双歧杆菌婴儿亚种的菌株。

95.根据权利要求93所述的用途，其中所述双歧杆菌属的所述菌株是动物双歧杆菌乳酸亚种的菌株。

96.根据权利要求94所述的用途，其中所述长双歧杆菌婴儿亚种的所述菌株是菌株Bi-26。

97.根据权利要求95所述的用途，其中所述动物双歧杆菌乳酸亚种的所述菌株是菌株Bl-04。

98.根据权利要求95所述的用途，其中所述动物双歧杆菌乳酸亚种的所述菌株是菌株Bi-07。

99.乳酪杆菌属的细菌菌株或其混合物用于预防或治疗有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的用途。

100.根据权利要求99所述的用途，其中所述乳酪杆菌属的所述菌株是副干酪乳酪杆菌种的菌株。

101.根据权利要求99所述的用途，其中所述乳酪杆菌属的所述菌株是鼠李糖乳酪杆菌种的菌株。

102.根据权利要求100所述的用途，其中所述副干酪乳酪杆菌种的所述菌株是菌株Lpc-37。

103.根据权利要求101所述的用途，其中所述鼠李糖乳酪杆菌种的所述菌株是菌株Lr-32。

104.根据权利要求101所述的用途，其中所述鼠李糖乳酪杆菌种的所述菌株是菌株GG。

105.联合乳杆菌属的细菌菌株或其混合物用于预防或治疗有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的用途。

106.根据权利要求105所述的用途，其中所述联合乳杆菌属的所述菌株是唾液联合乳杆菌种的菌株。

107.根据权利要求106所述的用途，其中所述唾液联合乳杆菌种的所述菌株是菌株Ls-33。

108.乳杆菌属的细菌菌株或其混合物用于预防或治疗有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的用途。

109.根据权利要求108所述的用途，其中所述乳杆菌属的所述菌株是嗜酸乳杆菌种的菌株。

110.根据权利要求109所述的用途，其中所述嗜酸乳杆菌种的所述菌株是菌株NCFM。

111.粘液乳杆菌属的细菌菌株或其混合物用于预防或治疗有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的用途。

112.根据权利要求111所述的用途，其中所述粘液乳杆菌属的所述菌株是发酵粘液乳杆菌种的菌株。

113.根据权利要求112所述的用途，其中所述发酵粘液乳杆菌种的所述菌株是菌株SBS-1。

114.乳球菌属的细菌菌株或其混合物用于预防或治疗有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的用途。

115.根据权利要求114所述的用途，其中所述乳球菌属的所述菌株是乳酸乳球菌种的菌株。

116.根据权利要求115所述的用途，其中所述乳酸乳球菌种的所述菌株是菌株Ll-23。

117.链球菌属的细菌菌株或其混合物用于预防或治疗有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的用途。

118.根据权利要求117所述的用途，其中所述链球菌属的所述菌株是嗜热链球菌种的菌株。

119.根据权利要求118所述的用途，其中所述嗜热链球菌种的所述菌株是菌株St-21。

120.包含以下项的组合物用于预防或治疗有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的用途：长双歧杆菌婴儿亚种菌株Bi-26；动物双歧杆菌乳酸亚种菌株Bl-04；副干酪乳酪杆菌菌株Lpc-37；鼠李糖乳酪杆菌菌株Lr-32和/或唾液联合乳杆菌菌株Ls-33。

121.包含以下项的组合物用于预防或治疗有需要的受试者的与冠状病毒相关的疾病和/或症状的用途：动物双歧杆菌乳酸亚种菌株Bi-07；嗜酸乳杆菌菌株NCFM；发酵粘液乳杆菌菌株SBS-1；乳酸乳球菌菌株Ll-23和/或嗜热链球菌菌株St-21。

122.根据权利要求93-121中任一项所述的用途，其中所述疾病是呼吸道疾病。

123.根据权利要求122所述的用途，其中所述呼吸道疾病是急性呼吸窘迫综合征(ARDS)。

124.根据权利要求122所述的用途，其中所述呼吸道疾病是肺炎。

125.根据权利要求93-121中任一项所述的用途，其中所述症状是呼吸短促或难以呼吸(呼吸困难)、疲劳、肌肉或身体疼痛、恶心或呕吐、腹泻、咳嗽、发热、嗅觉丧失或改变(嗅觉缺失症)和味觉丧失或改变(味觉缺失症)中的一种或多种。

126.根据权利要求93-121中任一项所述的用途，其中所述预防或治疗通过当与如权利要求93-121中所述的细菌菌株接触时刺激所述受试者的免疫系统来实现。

127.根据权利要求93-121中任一项所述的用途，其中所述冠状病毒选自由229E(α冠状病毒)、NL63(α冠状病毒)、OC43(β冠状病毒)、HKU1(β冠状病毒)、MERS-CoV(中东呼吸综合征冠状病毒)、SARS-CoV和SARS-CoV-2(或其病毒变体)病毒组成的组。

128.根据权利要求93-121中任一项所述的用途，其中所述冠状病毒是SARS-CoV-2(或其病毒变体)病毒。

129.根据权利要求93-121中任一项所述的用途，其中所述受试者患有一种或多种先前存在的病症，所述病症选自由肥胖症、II型糖尿病、慢性肺病或中度至重度哮喘、心脏病、免疫受损、慢性肾病和肝病组成的组。

130.根据权利要求93-129中任一项所述的用途，其中所述受试者为65岁或以上和/或居住在疗养院或长期护理机构或看守所或监狱中。

131.根据权利要求37-40中任一项所述的组合物，其在降低有需要的受试者的肠道中的冠状病毒滴度中使用。

132.如权利要求37-40中任一项所述的组合物用于降低有需要的受试者的肠道中的冠状病毒滴度的用途。

133.根据权利要求131所述使用的组合物，其中所述冠状病毒选自由229E(α冠状病毒)、NL63(α冠状病毒)、OC43(β冠状病毒)、HKU1(β冠状病毒)、MERS-CoV(中东呼吸综合征冠状病毒)、SARS-CoV和SARS-CoV-2(或其病毒变体)病毒组成的组。

134.根据权利要求132所述的用途，其中所述冠状病毒选自由229E(α冠状病毒)、NL63(α冠状病毒)、OC43(β冠状病毒)、HKU1(β冠状病毒)、MERS-CoV(中东呼吸综合征冠状病毒)、SARS-CoV和SARS-CoV-2(或其病毒变体)病毒组成的组。

135.根据权利要求131所述使用的组合物，其中所述冠状病毒是SARS-CoV-2(或其病毒变体)病毒。

136.根据权利要求132所述的用途，其中所述冠状病毒是SARS-CoV-2(或其病毒变体)病毒。

137.根据权利要求37-40中任一项所述的组合物，其在有需要的受试者先前已经发生以下情况后延长所述受试者对SARS-CoV-2(或其病毒变体)的免疫中使用：a)暴露于SARS-CoV-2(或其病毒变体)；从感染SARS-CoV-2(或其病毒变体)引起的疾病中恢复；和/或接种了SARS-CoV-2(或其病毒变体)的疫苗。

138.如权利要求37-40中任一项所述的组合物用于在有需要的受试者先前已经发生以下情况后延长所述受试者对SARS-CoV-2(或其病毒变体)的免疫的用途：a)暴露于SARS-CoV-2(或其病毒变体)；从感染SARS-CoV-2(或其病毒变体)引起的疾病中恢复；和/或接种了SARS-CoV-2(或其病毒变体)的疫苗。

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