CN115927659A - 23个短串联重复序列的复合扩增体系及试剂盒 - Google Patents

23个短串联重复序列的复合扩增体系及试剂盒 Download PDF

Info

Publication number
CN115927659A
CN115927659A CN202211156804.1A CN202211156804A CN115927659A CN 115927659 A CN115927659 A CN 115927659A CN 202211156804 A CN202211156804 A CN 202211156804A CN 115927659 A CN115927659 A CN 115927659A
Authority
CN
China
Prior art keywords
amplification system
labels
amplification
multiplex amplification
kit
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
CN202211156804.1A
Other languages
English (en)
Inventor
高知枭
于在亮
李迎澳
陈初光
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Suzhou Microread Gene Technology Co ltd
Original Assignee
Suzhou Microread Gene Technology Co ltd
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Suzhou Microread Gene Technology Co ltd filed Critical Suzhou Microread Gene Technology Co ltd
Priority to CN202211156804.1A priority Critical patent/CN115927659A/zh
Publication of CN115927659A publication Critical patent/CN115927659A/zh
Pending legal-status Critical Current

Links

Images

Classifications

    • YGENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y02TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
    • Y02ATECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE
    • Y02A50/00TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE in human health protection, e.g. against extreme weather
    • Y02A50/30Against vector-borne diseases, e.g. mosquito-borne, fly-borne, tick-borne or waterborne diseases whose impact is exacerbated by climate change

Landscapes

  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明属于生物技术领域,涉及23个短串联重复序列的复合扩增体系及试剂盒,用于检测人类基因组中具有多态性的遗传标记基因,属于生物技术领域。本发明涉及在一个PCR体系中同时扩增多个短串联重复序列,具体基因座为22个具有高度遗传多态性的短串联重复序列及1个性别决定位点,分别设计引物并标记荧光基团,该体系具有极高的个体识别率和非父排除率,信息量大,兼容性好。本发明可用于法医个体识别、亲子鉴定以及群体遗传学分析,准确性更高,灵敏度好。

Description

23个短串联重复序列的复合扩增体系及试剂盒
技术领域
本发明属于生物技术领域,涉及一种荧光标记的复合PCR扩增体系,该体系同时扩增多个人类基因组DNA短串联重复序列(STR),可以快速准确地进行人类STR分型,进而对法医个体识别和亲子鉴定等提供判断依据。
背景技术
真核细胞基因组中充满了各种重复的DNA序列,广泛存在于染色体着丝粒周围。其中包含2~6个碱基重复单位的DNA区域称为简单序列重复或短串联重复序列(STR)。STR重复单位小,在整个基因组中分布广泛,平均每10000个碱基有一个,并且杂合子个体的两个等位基因在大小上相似,因而易于进行PCR扩增,两个等位基因之间没有差异扩增问题,所以成为广泛使用的DNA重复遗传标记。STR遗传标记的核心序列重复次数在个体间有很大的差异,所以使得STR可以有效地进行人类个体识别。许多学术和商业实验室对大量的STR遗传标记进行了分析,将其应用于疾病基因定位研究、法医个体识别及亲子鉴定等多个方面。
在法医DNA分型中,使用变异性较高的DNA遗传标记,或联合使用大量多态性较低的DNA遗传标记来获得足够的样本识别能力,都可以进行人类个体识别判断。但是小片段的STR等位基因(100-400bp)更适合于法医领域特殊检材的需求。所以基于生物学和技术方面的原因,STR在法医鉴定方面更有优势。
为了保证法医DNA分型标记在司法体系中具有有效性,从1996年开始由美国FBI实验室发起倡议,构建CODIS(Combined DNA Index System),选出了l3个核心STR基因座(CSF1P0、FGA、TH01、TP0X、vWA、D3S1358、D5S818、D7S820、D8S1179、D13S317、D16S539、D18S51、D21S11)作为通用的标准遗传标记。在过去的二十多年间,一些商业化的STR试剂盒相继面世,为法庭科学提供了可用的STR遗传标记检测方法,并且随着检测技术的飞速发展,检测STR等位基因的方法也更加灵敏、快速、准确。
随着法医DNA分型STR数据库的建设和发展,需要更多的STR位点以满足数据量的增长和更加复杂的亲子关系鉴定。2021年11月17日发布实施新的生物学全同胞关系鉴定技术规范(SF T0117-2021),增加了全同胞关系指数(FSI)的定义及单个常染色体短串联重复序列(STR)基因座的FSI计算和累积FSI(CFSI)计算;同时增加了建议检测的常染色体STR基因座数目,包括19个必检基因座和36个与19个必检STR基因座不存在连锁不平衡的其他常染色体STR基因座,以便提高系统效能。
发明内容
本发明提供一种23个短串联重复序列的复合扩增体系及试剂盒,具有五色荧光标记,灵敏度极高,低至0.125ng的DNA模板均可检测获得完整的基因分型图谱。本发明所采用的位点组合,均为全同胞关系鉴定技术规范(SF T0117-2021)要求的基因座,具有极高的个体识别率和非父排除率,本发明可用于法医个体识别、亲子鉴定以及群体遗传学分析,准确性更高,灵敏性更好。
本发明提供的技术方案如下:
23个短串联重复序列的复合扩增体系,所述复合扩增体系中包括22对引物,可同时扩增22个STR位点:D2S1776、D18S853、D12S391、D1S1677、D1GATA113、D14S1434、D1S1656、D22S1045、D1S1627、D6S1017、D7S1517、D4S2408、D3S4529、D3S1744、D12ATA63、D20S482、D11S4463、D17S1301、D9S1122、D6S474、D10S1248和D2S441,22对引物分别为:
Figure BDA0003859126160000021
Figure BDA0003859126160000031
所述复合扩增体系中还包括1对能扩增性别识别位点Amelogenin的引物,其序列为:
AMEL-F TCCCTGGGCTCTGTAAAGAATA 0.28 SEQ NO.45
AMEL-R GATCAGAGCTTAAACTGGGAAG 0.28 SEQ NO.46
所述复合扩增体系中的被扩增位点分别由四种颜色的荧光标记,相同荧光标记视为同一组,四组组合分别为:第一组D2S1776、D18S853、D12S391、D1S1677、D1GATA113和D14S1434;第二组AMEL、D1S1656、D22S1045、D1S1627、D6S1017和D7S1517;第三组D4S2408、D3S4529、D3S1744、D12ATA63、D20S482和D11S4463;第四组D17S1301、D9S1122、D2S441、D6S474和D10S1248。
四组荧光标记分别为FAM、HEX、TAMRA和ROX。
所述第一组的标记为FAM标记,第二组的标记为HEX标记,第三组的标记为TAMRA标记,第四组的标记为ROX标记。
所述扩增体系还包括PCR缓冲液、模板DNA和Taq DNA聚合酶。
所述PCR缓冲液成分包括:l0mM的硫酸铵,10mM的氯化钾,50mM的pH8.3的Tris-HCl,2mM的镁离子和0.2mM的dNTP,所述Taq DNA聚合酶用量为2U。
所述扩增体系扩增时的反应条件为:
第1步:95℃变性11分钟,第2步:94℃变性30秒,第3步59℃退火1分钟,第4步:72℃延伸1分钟,重复2至4步28次,最后60℃延伸30分钟。
所述模板DNA来自于人类的骨骼、唾液、血液、毛发或精斑。
一种试剂盒,包括上述任一扩增体系。
上述扩增体系或试剂盒在个体识别、亲子鉴定中的应用。
本发明通过对STR基因座的遗传多样性研究,选择的23个位点包含1个(D12S391)全同胞关系鉴定技术规范(SF T0117-2021)要求的必检基因座;另外还有21个(D2S1776、D2S441、D1S1656、D1S1677、D1GATA113、D14S1434、D22S1045、D1S1627、D6S1017、D7S1517、D4S2408、D3S4529、D3S1744、D12ATA63、D20S482、D11S4463、D17S1301、D9S1122、D18S853、D6S474和D10S1248)规范要求的补充检测位点及一个性别位点。这些位点相互之间独立性好,不存在连锁效应,能够达到更高的系统效能。
本发明采用四色荧光标记系统,将上述的23个基因座分组并进行荧光标记:FAM标记D2S1776、D18S853、D12S391、D1S1677、D1GATA113和D14S1434;HEX标记AMEL、D1S1656、D22S1045、D1S1627、D6S1017和D7S1517;TAMRA标记D4S2408、D3S4529、D3S1744、D12ATA63、D20S482和D11S4463;R0X标记D17S1301、D9S1122、D2S441、D6S474和D10S1248。在各基因座核心序列的上游和下游设计一对引物,将扩增产物按照分子量大小差异分开,两个基因座之间不能重叠。将所有引物混合进行复合扩增实验,确定无非特异扩增的现象。同时本发明的检测组分中标准物采用Orange标记,能够很明确的标记区分出检测样本各个基因座位点的大小。
本发明的PCR反应是在特定的缓冲液环境下进行的,缓冲液成分包括:10mM的硫酸铵,10mM的氯化钾,50mM的Tris-HC1(pH8.3,25℃),2mM的镁离子和0.2mM的dNTP。
本发明每个反应需要2U的热启动Taq DNA聚合酶。
本发明的扩增产物需经过毛细管电泳,从而进行片段分析。
本发明的荧光标记复合扩增检测系统适用于:人类的骨骼、唾液、血液、毛发、精斑等检材所提取的DNA样本检测。
本发明选择满足全同胞关系鉴定技术规范(SF T0117-2021)所要求的位点,一次性扩增23个基因座,适用于所有涉及有人类细胞的物证案件中的法医DNA分析和亲子鉴定。
本发明的技术方案的设计思路:
1、基因座的选择
目前市场上最广泛使用的身份鉴定试剂盒一般包括19个必检STR基因座,如美国Promega公司的PowerPlex 21试剂盒,国内的如北京阅微基因的MicroreaderTM 21 DirectID System。但是,近年来随着应用的越来越广,用户对试剂盒的基因座数量、信息含量和兼容性有了更高的要求。
在某些遗传鉴定中,需要更多的基因座提供更多的信息量。比如全同胞亲子鉴定、失踪人口比对,需要42个甚至更多个基因座联合使用。目前的做法通常是选择两个厂家的复合扩增试剂盒作为补充,联合使用以满足日常工作需求,提高了成本并降低了工作效率。因此迫切需要一个kit能够满足更多信息量。
在DNA数据库建设方面,对于试剂盒兼容性也提出了新的要求。我国近年来在DNA数据库建设方面进一步加速,数据库中的数据量呈指数型增长。数据比对的作用越来越重要。数据比对是需要各个STR试剂盒在基因座位上具有兼容性。目前使用的基因座数据用于排除的时候是可靠的,但是用于认定的情况下往往是不够的,需要更多的基因座数据。
同时,近年来出现越来越多的特殊的亲缘关系鉴定,比如生物学全同胞关系鉴定。在司法部司法鉴定中心颁布的《生物学全同胞关系鉴定实施规范》(SF T0117-2021)中要求,“在进行生物学全同胞关系鉴定时,目前亲缘关系鉴定常用的19个常染色体STR基因座(vWA、D21S11、D18S51、D5S818、D7S820、D13S317、D16S539、FGA、D8S1179、D3S1358、CSF1P0、TH01、TP0X、Penta E、Penta D、D2S1338、D19S433、D12S391、D6S1043)为必检基因座”,另外还有36个补充检测基因座。本公司已有的MicroreaderTM 21 Direct ID System包含了上述19个必检STR基因座;MicroreaderTM 23sp-D ID System包含16个《生物学全同胞关系鉴定实施规范》(SF T0117-2021)中要求的补充检测基因座。本发明采用了D12S391和21个《生物学全同胞关系鉴定实施规范》(SF T0117-2021)中要求的补充检测位点,与上述两款产品联合使用包含55个规范要求的检测位点,这些基因座涵盖了目前市场上大部分试剂盒所常用的基因座,极大提高了系统效能。
本发明在一个PCR反应体系中扩增22个STR基因位点和一个性别识别位点。所采用的STR基因座为D2S1776、D18S853、D12S391、D1S1677、D1GATA113、D14S1434、D1S1656、D22S1045、D1S1627、D6S1017、D7S1517、D4S2408、D3S4529、D3S1744、D12ATA63、D20S482、D11S4463、D17S1301、D9S1122、D6S474、D10S1248和D2S441,性别识别位点选用的是国际通用的Amelogenin。
本发明能够检测性别和22个STR位点,通过这些信息得到的非父排除率高于0.99999999,个体识别率高于0.99999999,可以保证两个无关个体特征重合的可能性小于1018以上。
2.引物的设计
所述的引物采用Primer Premier5和NCBI Blast等软件设计而成,设计引物时应尽量确保各引物的Tm值在(60±3)℃的范围内,扩增效率类似并确保各对引物的扩增产物大小相差100bp以上。设计完成后,用AutoDimer等软件分析引物二聚体和不同引物之间的相互作用,如果有相互作用可产生非特异产物或者二聚体的需要重新设计,直至得到符合要求的引物序列。
选用人源DNA模板,分别用上述23对引物进行单重扩增,将扩增产物置于2.0%的琼脂糖凝胶上电泳,根据电泳结果来调整PCR体系及扩增条件以得到23对引物共同的扩增条件。最终期望的效果是:在相同体系及扩增条件下,所有的引物对均能出现明亮且较单一的目的条带。如果有引物满足不了上述条件,则重新设计引物。
3.荧光标记系统建立
所述选择了FAM、HEX、TAMAR、ROX建立四色荧光复合扩增体系,将所设计的23对引物,分为四组进行荧光标记。每组采用一种荧光标记,分别是FAM、HEX、TMR和ROX。得到荧光标记引物后,用其相配对的非荧光引物组合,然后分别进行单重扩增,将扩增产物置于3500遗传分析仪上进行毛细管电泳,根据毛细管电泳检测的结果来评估每对引物的扩增效率。其后,将同一荧光标记的引物混合置于同一管中扩增,将扩增产物置于3500遗传分析仪上进行毛细管电泳,根据毛细管电泳检测的结果来确定每对引物的扩增效率,以及判断该组引物混合扩增是否引起非特异性。最后,根据单重扩增及组合扩增的毛细管电泳结果来初步确定各引物对的加入量,将23对引物混合置于同一管中扩增,再根据复合扩增的电泳结果来调整各自的浓度,使各引物对的扩增效率(反应在电泳结果的峰高上)基本一致为准。最终确定的23对引物序列。
4.扩增反应体系的优化
通过多次反复实验来确定23个基因座复合扩增体系的参数,包括:Taq DNA聚合酶的选择、Mg2+浓度、缓冲液的离子强度、Taq DNA聚合酶用量、DNA模板用量。
5.反应程序的优化
经过大量实验摸索了反应程序的变性、退火及延伸的温度和时间范围,认为在以下条件下(见表1)进行的扩增可以得到较好的结果:
表1聚合酶链式反应扩增条件
Figure BDA0003859126160000071
有益效果
1.含有22个STR基因座和1个性别基因座Amelogenin,配合MicroreaderTM 21Direct ID System和MicroreaderTM 23sp-D ID System可以涵盖市场主流试剂盒所用位点及《生物学全同胞关系鉴定技术规范》(SF T0117-2021)包含的所有位点,信息量大,兼容性好。
2.模板适应范围广,适用于所有涉及有细胞的物证案件中的法医DNA分析。凡是含有细胞的生物检材,如血迹、精斑、唾液、毛发、指甲、软骨及其它人体组织等均能鉴定。
3.系统特异性和稳定性好,经过反复验证多次,无非特异扩增产物产生,信号强度稳定。
4.灵敏度高,低至0.125ng的DNA模板量可以得到准确分型。
附图说明
图1为样本1(抗凝全血提取)扩增图;
图2为样本2(血卡提取)扩增图。
图3为样本3(口腔拭子棉签提取)扩增图。
图4为样本4(唾液卡提取)扩增图。
图5为样本5(9948标准品DNA)退火温度梯度扩增图。
图6为样本6(M308标准品DNA)灵敏度扩增图。
具体实施方式
实施例1
应用23个短串联重复序列的复合扩增试剂盒检测志愿者1基因座分型
1.血液样本的采集(血液样本由志愿者捐赠)
2.DNA提取
采用Chelex-l00法提取基因组DNA(参考<Forensic DNA Protocol>>.HumanaPress,1998)取0.5-5μL的抗凝全血(样本1)和1-3mm×2-5mm的血卡(样本2)置于500μL离心管中,振荡混匀Chelex溶液使Chelex充分悬浮,每管加入195μL Chelex-100(5%)溶液和5μL蛋白酶K(20mg/ml1)振荡混匀,56℃保温两小时或者过夜后,取出振荡2分钟,沸水中加热10分钟后13000rpm离心5分钟,小心移取150μL上清至新离心管中。
3.反应体系:
将各反应试剂(Buffer、Primer Mix、dNTP等)振荡混合后按表体积比(模板除外)配成PCR反应混合液,分装9μL于PCR反应管中,最后往各反应管加入1μL模板,离心后进入下一步。反应体系组成见表2。
表2标准扩增反应体系
组分名称 体积(μL)
无菌去离子水 2.8
2.5×反应缓冲液 4
引物混合物 2
Tag DNA聚合酶 0.2
模板 1
总体积 10μL
4.PCR反应程序:
将PCR反应管置于扩增仪上,设计并运行如下程序:
第1步:95℃变性10分钟,第2步:94℃变性30秒,第3步59℃退火1分钟,第4步:72℃延伸1分钟,重复2至4步28次,最后60℃延伸30分钟。运行结束后将产物置于冰箱4℃保存。
5.毛细管电泳检测
将Orange 500内标和甲酰胺按比例2.5:100混合,取12.5μL混合物加到96孔板里,再加入扩增产物样品或者是等位基因标准物1μL,混合静置数分钟,95℃变性3min,立即冰浴3min,离心后放入ABI5000xL测序仪上,准备检测。
6.数据分析
导入原始数据,在主页面的File菜单选择Add sample to project,找到样品文件,选中文件夹,点击add to list,点击add,样品文件即显示在Project窗口:选择分析参数。定义analysis method、panel和size standard.。浏览样本电泳的原始数据,任性一样本文件名,在“sample"菜单下选择“raw data”。移动追踪线,使光标停在引物峰右侧(第一个红色的内标峰之前),以此时窗口左下角X轴上显示的数值作为analysis method分析参数中的起始点;点击绿色分析按钮,出现save project对话框,命名后保存,软件即开始处理数据,分析完成后左下角显示analysis completed。采用GeneMapper软件分析得到的数据并生成图谱,见图1和图2。
7.实验结果
来自同一志愿者不同处理方式的血液样本提取的DNA均能进行良好扩增,准确分型,抗凝血与血卡使用Chelex-l00法提取的DNA扩增图谱如图1和图2所示,两个样本分型完全一致。
实施例2
应用23个短串联重复序列的复合扩增试剂盒检测志愿者2基因座分型
1.唾液样本的采集(唾液样本由志愿者捐赠)
2.DNA提取
采用Chelex-l00法提取基因组DNA(参考<Forensic DNA Protocol>>.HumanaPress,1998)取1个口腔拭子棉签(样本3)和1-3mm×2-5mm的唾液卡(样本4)置于1500μL离心管中,振荡混匀Chelex溶液使Chelex充分悬浮,每管加入880μL Chelex-100(5%)溶液和20μL蛋白酶K(20mg/ml1)振荡混匀,56℃保温两小时或者过夜后,取出振荡2分钟,沸水中加热10分钟后13000rpm离心5分钟,小心移取150μL上清至新离心管中。
3.反应体系:
将各反应试剂(Buffer、Primer Mix、dNTP等)振荡混合后按表体积比(模板除外)配成PCR反应混合液,分装9μL于PCR反应管中,最后往各反应管加入1μL模板,离心后进入下一步。反应体系组成见表2。
4.PCR反应程序:
将PCR反应管置于扩增仪上,设计并运行如下程序:
第1步:95℃变性10分钟,第2步:94℃变性30秒,第3步59℃退火1分钟,第4步:72℃延伸1分钟,重复2至4步28次,最后60℃延伸30分钟。运行结束后将产物置于冰箱4℃保存。
5.毛细管电泳检测
将Orange 500内标和甲酰胺按比例2.5:100混合,取12.5μL混合物加到96孔板里,再加入扩增产物样品或者是等位基因标准物1μL,混合静置数分钟,95℃变性3min,立即冰浴3min,离心后放入ABI5000xL测序仪上,准备检测。
6.数据分析
导入原始数据,在主页面的File菜单选择Add sample to project,找到样品文件,选中文件夹,点击add to list,点击add,样品文件即显示在Project窗口:选择分析参数。定义analysis method、panel和size standard.。浏览样本电泳的原始数据,任性一样本文件名,在“sample"菜单下选择“raw data”。移动追踪线,使光标停在引物峰右侧(第一个红色的内标峰之前),以此时窗口左下角X轴上显示的数值作为analysis method分析参数中的起始点;点击绿色分析按钮,出现save project对话框,命名后保存,软件即开始处理数据,分析完成后左下角显示analysis completed。采用GeneMapper软件分析得到的数据并生成图谱,见图3和图4。
7.实验结果
来自同一志愿者不同处理方式的唾液样本提取的DNA均能进行良好扩增,准确分型,口腔拭子与唾液卡使用Chelex-l00法提取的DNA扩增图谱如图3和图4所示,两个样本分型完全一致。
实施例3
23个短串联重复序列的复合扩增试剂盒退火温度测试
1.细胞系样本来源于苏州阅微基因生产的9948 DNA
2.实验设置
将苏州阅微基因生产的9948 DNA稀释到0.5ng/μL,作为PCR反应的模板。
3.反应体系:
将各反应试剂(Buffer、Primer Mix、dNTP等)振荡混合后按表体积比(模板除外)配成PCR反应混合液,分装9μL于PCR反应管中,最后往各反应管加入1μL模板,离心后进入下一步。反应体系组成见表2。
4.PCR反应程序:
将PCR反应管置于扩增仪上,设计并运行如下程序:
第1步:95℃变性10分钟,第2步:94℃变性30秒,第3步57℃,58℃,59℃,60℃,61℃共5个退火温度梯度1分钟,第4步:72℃延伸1分钟,重复2至4步28次,最后60℃延伸30分钟。运行结束后将产物置于冰箱4℃保存。
5.毛细管电泳检测
将Orange 500内标和甲酰胺按比例2.5:100混合,取12.5μL混合物加到96孔板里,再加入扩增产物样品或者是等位基因标准物1μL,混合静置数分钟,95℃变性3min,立即冰浴3min,离心后放入ABI5000xL测序仪上,准备检测。
6.数据分析
导入原始数据,在主页面的File菜单选择Add sample to project,找到样品文件,选中文件夹,点击add to list,点击add,样品文件即显示在Project窗口:选择分析参数。定义analysis method、panel和size standard.。浏览样本电泳的原始数据,任性一样本文件名,在“sample"菜单下选择“raw data”。移动追踪线,使光标停在引物峰右侧(第一个红色的内标峰之前),以此时窗口左下角X轴上显示的数值作为analysis method分析参数中的起始点;点击绿色分析按钮,出现save project对话框,命名后保存,软件即开始处理数据,分析完成后左下角显示analysis completed。采用GeneMapper软件分析得到的数据并生成图谱,见图5。
7.实验结果
0.5ng的9948 DNA在57℃,58℃,59℃,60℃,61℃共5个退火温度梯度下均能进行良好扩增,准确分型,扩增图谱如图5所示,样本分型完全一致,无非特异扩增峰出现。说明23个基因座复合扩增体系稳定性良好,能够耐受±2℃的退火温度变化。
实施例4
23个短串联重复序列的复合扩增试剂盒灵敏度测试
3.细胞系样本来源于苏州阅微基因生产的M308 DNA
4.实验设置
将苏州阅微基因生产的M308 DNA分别稀释到0.5ng/μL、0.25ng/μL、0.125ng/μL,0.625ng/μL和0.3125ng/μL,作为PCR反应的模板。
3.反应体系:
将各反应试剂(Buffer、Primer Mix、dNTP等)振荡混合后按表体积比(模板除外)配成PCR反应混合液,分装9μL于PCR反应管中,最后往各反应管加入1μL模板,离心后进入下一步。反应体系组成见表2。
4.PCR反应程序:
将PCR反应管置于扩增仪上,设计并运行如下程序:
第1步:95℃变性10分钟,第2步:94℃变性30秒,第3步59℃退火1分钟,第4步:72℃延伸1分钟,重复2至4步28次,最后60℃延伸30分钟。运行结束后将产物置于冰箱4℃保存。
5.毛细管电泳检测
将Orange 500内标和甲酰胺按比例2.5:100混合,取12.5μL混合物加到96孔板里,再加入扩增产物样品或者是等位基因标准物1μL,混合静置数分钟,95℃变性3min,立即冰浴3min,离心后放入ABI5000xL测序仪上,准备检测。
6.数据分析
导入原始数据,在主页面的File菜单选择Add sample to project,找到样品文件,选中文件夹,点击add to list,点击add,样品文件即显示在Project窗口:选择分析参数。定义analysis method、panel和size standard.。浏览样本电泳的原始数据,任性一样本文件名,在“sample"菜单下选择“raw data”。移动追踪线,使光标停在引物峰右侧(第一个红色的内标峰之前),以此时窗口左下角X轴上显示的数值作为analysis method分析参数中的起始点;点击绿色分析按钮,出现save project对话框,命名后保存,软件即开始处理数据,分析完成后左下角显示analysis completed。采用GeneMapper软件分析得到的数据并生成图谱,见图6。
7.实验结果
M308在DNA模板投入0.125ng以上均能进行良好扩增,扩增图谱如图6所示,样本分型完全一致,无非特异扩增峰出现。说明23个基因座复合扩增体系灵敏度高,低至0.125ng的DNA模板量可以得到准确分型。

Claims (10)

1.23个短串联重复序列的复合扩增体系,其特征在于,所述复合扩增体系包括23对引物,可同时扩增22个STR位点:D2S1776、D18S853、D12S391、D1S1677、D1GATA113、D14S1434、D1S1656、D22S1045、D1S1627、D6S1017、D7S1517、D4S2408、D3S4529、D3S1744、D12ATA63、D20S482、D11S4463、D17S1301、D9S1122、D6S474、D10S1248和D2S441,22个STR位点引物分别为:
引物名称引物序列5'-3'
D2S1776F ACCTGTGAGTATGTGTGCGT
D2S1776R GTCCACCTCAGAGCCTAGAG
D18S853F ACTCATAGGTGGGAATCGAACAA
D18S853R GGCAAATCTGGCTTTACATACAT
D12S391F AACAGGATCAATGGATGCAT
D12S391R AGCCATGCTCCTAGTGTCCCT
D1S1677F GCCTTGTGAAATTGGCTGAG
D1S1677R GCACACATTTATACACATATA
D1GATA133F ATTTCTTAGCCTAGATAGATACTTG
D1GATA133R TGATTATCTTACTTCTTCCCAC
D141434F CAATAGAATGAAAGGCCAAGG
D141434R TTCCAGAAACTTCCCCAACTC
D1S1656F TCAGAGAAATAGAATCACTAGGGAACC
D1S1656R GCTGTGTTGCTCAAGGGTCAACTG
D22S1045F CCTATAGACCCTGTCCTAGCCTTC
D22S1045R AAAGTGCTCTCAAGAGTGCCCG
D1S1627F AAGACTAAAAGATGAACCAAACA
D1S1627R ACTTTTGGTCATTTCTATTCATAC
D6S1017F CACCCTGGAGATTTCTGTAAGG
D6S1017R GATATTGAACCAGATGGGAACG
D7S1517F AGACCAGAGCTGTTGCTATTGG
D7S1517R TCTGGATAAATGATGATGTTCTTGA
D4S2408R GGTACATAACAGTTCAATAGAAAGCTA
D4S2408F AAACTTCAACTTCAATTCATCCA
D3S4529F GTGGAGGAGACAGACAATAAAGA
D3S4529R CTAAGTACCCTAAGGAAGAAGAAAT
D3S1744F CTCTGTCATCAGGTTGGGTAA
D3S1744R GGCTGGCAGAAGAGGATGTAG
D12ATA63F TGGAGTGGGGCAGAAACATTG
D12ATA63R CAGAAGGTTGAGGTGGCAGTG
D20S482F GCCATGACAATAATGGCAGTG
D20S482R GGACTTACCACCAGCAACTCA
D11S4463F AAAATTCTTGGCATCAACTCA
D11S4463R AGGAGGAACTTAGCCTTAGAGC
D17S1301F AGAGCAAGGTTCTGCCTTAGA
D17S1301R GTGTATAACAAAATTCCTATGATGG
D9S1122F GGCTTCGCACCAAGACTCCAT
D9S1122R CGAGCACCCAAAGACACCAAT
D2S441F ATTGGGGCAGGTGAAAGGAGT
D2S441R AATTGGAGCTAAGTGGCTGTGGT
D6S474F TGATAGGCTGTCTGCAAGCTG
D6S474R AGGGTTCTCAAAACTGAGGGT
D10S1248F CAATTTCCATGTATCAAGTTCTGTG
D10S1248R ATGCTAAAACCTCTGTATCCC。
2.根据权利要求1所述的复合扩增体系,其特征在于,所述复合扩增体系还包括1对能扩增性别识别位点Amelogenin的引物,其序列为:
AMEL-F TCCCTGGGCTCTGTAAAGAATA;
AMEL-R GATCAGAGCTTAAACTGGGAAG。
3.根据权利要求2所述的复合扩增体系,所述复合扩增体系中的被扩增位点分别由四种颜色的荧光标记,相同荧光标记视为同一组,四组组合分别为:
第一组D2S1776、D18S853、D12S391、D1S1677、D1GATA113和D14S1434;
第二组AMEL、D1S1656、D22S1045、D1S1627、D6S1017和D7S1517;
第三组D4S2408、D3S4529、D3S1744、D12ATA63、D20S482和D11S4463;
第四组D17S1301、D9S1122、D2S441、D6S474和D10S1248。
4.根据权利要求3所述的复合扩增体系,第一组的标记为FAM标记,第二组的标记为HEX标记,第三组的标记为TAMRA标记,第四组的标记为ROX标记。
5.根据权利要求1或2所述的复合扩增体系,所述扩增体系还包括PCR缓冲液、模板DNA和Taq DNA聚合酶。
6.根据权利要求5所述的复合扩增体系,所述PCR缓冲液成分包括:10mM的硫酸铵,10mM的氯化钾,50mM的pH8.3的Tris-HCl,2mM的镁离子和0.2mM的dNTP,所述Taq DNA聚合酶用量为2U。
7.根据权利要求5所述的复合扩增体系,其特征在于,所述模板DNA来自于人类的骨骼、唾液、血液、毛发或精斑。
8.根据权利要求2所述的复合扩增体系,所述扩增体系扩增时的反应条件为:
第1步:95℃变性10分钟,第2步:94℃变性30秒,第3步59℃退火1分钟,第4步:72℃延伸1分钟,重复2至4步28次,最后60℃延伸30分钟。
9.一种试剂盒,包括权利要求1-8任一项所述的复合扩增体系。
10.权利要求1-8任一项所述的扩增体系或权利要求9所述的试剂盒在个体识别、亲子鉴定中的应用。
CN202211156804.1A 2022-09-22 2022-09-22 23个短串联重复序列的复合扩增体系及试剂盒 Pending CN115927659A (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202211156804.1A CN115927659A (zh) 2022-09-22 2022-09-22 23个短串联重复序列的复合扩增体系及试剂盒

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202211156804.1A CN115927659A (zh) 2022-09-22 2022-09-22 23个短串联重复序列的复合扩增体系及试剂盒

Publications (1)

Publication Number Publication Date
CN115927659A true CN115927659A (zh) 2023-04-07

Family

ID=86649580

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN202211156804.1A Pending CN115927659A (zh) 2022-09-22 2022-09-22 23个短串联重复序列的复合扩增体系及试剂盒

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN115927659A (zh)

Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN101397584A (zh) * 2007-09-25 2009-04-01 阿普里拉股份有限公司 在中国人群中具有改善的鉴别能力的复合str测定方法以及试剂盒
CN103451311A (zh) * 2013-09-24 2013-12-18 无锡中德美联生物技术有限公司 一种同时分析人基因组dna 26个基因座的荧光标记复合扩增的试剂盒及其使用方法和应用
CN103834732A (zh) * 2014-02-21 2014-06-04 苏州阅微基因技术有限公司 23个短串联重复序列的复合扩增体系及试剂盒

Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN101397584A (zh) * 2007-09-25 2009-04-01 阿普里拉股份有限公司 在中国人群中具有改善的鉴别能力的复合str测定方法以及试剂盒
CN103451311A (zh) * 2013-09-24 2013-12-18 无锡中德美联生物技术有限公司 一种同时分析人基因组dna 26个基因座的荧光标记复合扩增的试剂盒及其使用方法和应用
CN103834732A (zh) * 2014-02-21 2014-06-04 苏州阅微基因技术有限公司 23个短串联重复序列的复合扩增体系及试剂盒

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Thompson et al. An overview of DNA typing methods for human identification: past, present, and future
WO2016188144A1 (zh) 一种具有增强鉴别能力的str基因座荧光标记复合扩增试剂盒及其应用
CN109468384B (zh) 一种同时检测45个y基因座的复合扩增检测试剂盒
CN109880911B (zh) 25个人类染色体基因座的复合扩增试剂盒及其应用
CN107385064B (zh) 一种同时扩增人常染色体snp和str位点的荧光标记复合扩增试剂盒及其应用
WO2011023131A1 (zh) 20个短串联重复序列的复合扩增试剂盒
WO2017097135A1 (zh) 一种人类基因组33个基因座的复合扩增试剂盒及其应用
KR101902508B1 (ko) 유전자감식 신속분석을 위한 20개의 Autosomal-STR 유전자 마커 및 성염색체 유전자마커를 이용한 PCR 다중증폭 시스템
CN107904317A (zh) 人类常染色体str多态性位点复合扩增试剂盒及其应用
CN107841566B (zh) 快速突变y染色体短串联重复序列的复合扩增体系、试剂盒及应用
CN103820559B (zh) 21个短串联重复序列的复合扩增体系及试剂盒
CN110863056A (zh) 一种人类dna精准分型的方法、试剂和应用
CN106906292A (zh) 一种22个短串联重复序列复合扩增方法及其试剂盒
CN110643712A (zh) 一种同步检测22个基因位点的五色荧光str分型方法及其专用试剂盒
Cawkwell et al. Direct multiplex amplification of DNA from a formalin fixed, paraffin wax embedded tissue section
CN113584179A (zh) 一种用于降解检材分型的人类常染色体和性染色体上64个基因座的六色荧光标记检测体系
CN106086223B (zh) 一种基于zna引物的str分型试剂盒
CN115927659A (zh) 23个短串联重复序列的复合扩增体系及试剂盒
CN111321139A (zh) 用于猫基因分型的组合物及其应用
CN108060233B (zh) 30个y染色体str基因座的荧光复合扩增体系、试剂盒及应用
CN106701932A (zh) 一种采用新型双荧光标记方法的21个短串联重复序列复合扩增检测试剂盒
CN108060212B (zh) Dna分型鉴定试剂盒
CN108642190B (zh) 基于14个常染色体snp遗传标记的法医学复合检测试剂盒
Vajpayee et al. Forensic DNA typing: inception, methodology, and technical advancements
KR102337267B1 (ko) 유전자 감식을 위한 24개의 str 유전자 마커를 이용한 pcr 다중증폭 시스템

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination