CN115323069A - miRNA-SSR分子标记引物在葡萄耐热性鉴定方面的应用 - Google Patents
miRNA-SSR分子标记引物在葡萄耐热性鉴定方面的应用 Download PDFInfo
- Publication number
- CN115323069A CN115323069A CN202210684058.7A CN202210684058A CN115323069A CN 115323069 A CN115323069 A CN 115323069A CN 202210684058 A CN202210684058 A CN 202210684058A CN 115323069 A CN115323069 A CN 115323069A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- seq
- grape
- primer sequence
- mirna
- molecular marker
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
- C12Q1/6895—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for plants, fungi or algae
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/13—Plant traits
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/158—Expression markers
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/178—Oligonucleotides characterized by their use miRNA, siRNA or ncRNA
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Mycology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Botany (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明公开了葡萄miRNA‑SSR分子标记引物在葡萄耐热性鉴定方面的应用,葡萄miRNA‑SSR分子标记引物选自以下引物形成的组:VMIRSSR156c1、VMIRSSR157c2、VMIRSSR159f2、VMIRSSR160c1、VMIRSSR164b1、VMIRSSR167c3、VMIRSSR169d1、VMIRSSR171b1、VMIRSSR171k1、VMIRSSR398b1、VMIRSSR398c3、VMIRSSR167d1和VMIRSSR828a1。本发明基于miRNA‑SSR的筛选方法为葡萄品种耐热性鉴定以及分子标记辅助育种提供重要依据,丰富分子标记鉴定类型,提高鉴定效率。
Description
技术领域
本发明属于生物技术领域,具体涉及葡萄miRNA-SSR分子标记引物在葡萄耐热性鉴定方面的应用。
背景技术
葡萄(Vitis vinifera spp.)是葡萄科葡萄属落叶藤本植物,具有悠久的栽培历史,葡萄产业已经成为我国果树产业的重要组成部分之一,然而葡萄产业在迅速发展的同时也面临着严峻挑战。近年来,随着温室效应的加剧,全球气温在不断升高。根据政府间气候变化委员会(IPCC)第五次评估报告数据显示,到未来2100年,全球气温甚至会增加1-3℃,加上我国主栽的葡萄品种为欧亚种和欧美杂交种葡萄,对高温胁迫的耐受性差。高温会导致葡萄叶片卷曲失水干枯,光合效率降低,果实品质较差,进而影响生理生化反应及逆境诱导基因的表达和调控,严重损害自身逆境调控的能力,造成热害甚至萎蔫死亡,很大程度上制约葡萄产业的发展。我国研究人员很早就注意到葡萄的耐高温问题,并开展针对性的研究。但随着欧亚种葡萄等栽培面积的增多,生产中出现的热害问题也日益增加,主要表现为叶片、枝条生长发育不良、果实品质下降等问题。目前对抵抗高温的葡萄优质资源知之甚少,分子标记的开发也比较单一,导致育种效率低下。因此,对分子标记的开发及耐热品种的鉴定选育成为葡萄抗逆育种的重要方向。
目前,分子标记已广泛应用与种质资源研究、遗传图谱构建、遗传多样性分析、亲缘关系研究及目的基因定位以及辅助标记选择育种。微卫星(micro satellite)是由2-6个核苷酸串联重复片段形成的分布均匀在基因组中的简单重复序列(SSR),具有多态性高、稳定性强、操作简单、多等位基因、数量丰富和基因组覆盖性好等优点,已成为品种鉴定的主要技术。通过分析该物种参考基因组中存在的SSR,进一步采用聚合酶链式反应(PCR)结合琼脂糖凝胶电泳,聚丙乙烯凝胶电泳等检测分析,最后结合生物学统计分析得到该分子标记检测的多态性等位基因数值。国外已将VVS2、VVMD5、VVMD7、VVMD25、VVMD27、VVMD28、VVMD32、VrZAG79、VrZAG62等9对SSR引物作为葡萄品种鉴定的国际通用标记。miRNA作为重要的基因表达调控因子在植物的生长发育和逆境胁迫中都起到非常关键的作用,已有研究证明多个miRNA在葡萄的生长发育过程发挥重要作用,如miR164b和miR828;以及发现miR171d的初级转录本pri-miR171d编码的多肽Vvi-miPEP171d1可以促进葡萄组培苗不定根的形成。但关于葡萄中pri-miRNA核苷酸序列中存在的SSR分子标记未见报道。以往研究中SSR多态性的验证多采用各种电泳-跑胶结果的生物学统计,这种方法比较耗时耗力,对实验室的污染也比较严重。另外,胶图中条带的差异可能不是SSR重复类型不同而影响的差异,很大可能是由于部分序列的缺失造成,很大程度地说明实验数据和分析结果不准确。因此,葡萄参考基因组数据开发miRNA-SSR分子标记对葡萄抗热性品种的鉴定以及分子标记辅助育种提供重要证据。
发明内容
本发明的目的之一在于提供一种葡萄miRNA-SSR分子标记引物。
本发明的目的之二在于提供上述葡萄miRNA-SSR分子标记引物在葡萄品种耐热性鉴定中的应用。
本发明的目的之三在于提供一种鉴定葡萄耐热性的试剂盒。
为实现上述目的,本发明采用如下技术方案:
本发明提供的葡萄miRNA-SSR分子标记引物,选自以下引物形成的组进行SSR多样性的检测:VMIRSSR156c1、VMIRSSR157c2、VMIRSSR159f2、VMIRSSR160c1、VMIRSSR164b1、VMIRSSR167c3、VMIRSSR169d1、VMIRSSR171b1、VMIRSSR171k1、VMIRSSR398b1、VMIRSSR398c3、VMIRSSR167d1和VMIRSSR828a1;其中:
VMIRSSR156c1的正向和反向引物序列如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示;
VMIRSSR157c2的正向和反向引物序列如SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.4所示;
VMIRSSR159f2的正向和反向引物序列如SEQ ID NO.5和SEQ ID NO.6所示;
VMIRSSR160c1的正向和反向引物序列如SEQ ID NO.7和SEQ ID NO.8所示;
VMIRSSR164b1的正向和反向引物序列如SEQ ID NO.9和SEQ ID NO.10所示;
VMIRSSR167c3的正向和反向引物序列如SEQ ID NO.11和SEQ ID NO.12所示;
VMIRSSR169d1的正向和反向引物序列如SEQ ID NO.13和SEQ ID NO.14所示;
VMIRSSR171b1的正向和反向引物序列如SEQ ID NO.15和SEQ ID NO.16所示;
VMIRSSR171k1的正向和反向引物序列如SEQ ID NO.17和SEQ ID NO.18所示;
VMIRSSR398b1的正向和反向引物序列如SEQ ID NO.19和SEQ ID NO.20所示;
VMIRSSR398c3的正向和反向引物序列如SEQ ID NO.21和SEQ ID NO.22所示;
VMIRSSR167d1的正向和反向引物序列如SEQ ID NO.23和SEQ ID NO.24所示;
VMIRSSR828a1的正向和反向引物序列如SEQ ID NO.25和SEQ ID NO.26所示。
本发明还提供上述葡萄miRNA-SSR分子标记引物在葡萄品种耐热性鉴定中的应用。
作为优选,所述葡萄miRNA-SSR分子标记引物选自以下引物形成的组:VMIRSSR156c1、VMIRSSR157c2、VMIRSSR159f2、VMIRSSR167c3、VMIRSSR171b1、VMIRSSR171k1、VMIRSSR398b1和VMIRSSR167d1。
作为优选,所述葡萄品种如下表所示:
作为更优选,所述葡萄品种如下表所示:
NO. | 品种 | 经济价值 | 类型 | 来源 |
1 | 香槟尼葡萄 | 酿酒葡萄 | AM | 郑州 |
2 | 申玫 | 鲜食葡萄 | VL | 上海 |
3 | 新雅 | 酿酒葡萄 | VI | 新疆 |
4 | 双红 | 酿酒葡萄 | AW | 北京 |
5 | 贝达 | 砧木葡萄 | AM | 美国 |
6 | Niagara Rosada | 酿酒葡萄 | VL | 上海 |
7 | 赤霞珠 | 酿酒葡萄 | VI | 法国 |
8 | 无核白 | 鲜食葡萄 | VI | 新疆 |
本发明还提供葡萄miRNA-SSR分子标记引物在耐热型葡萄品种鉴定中的应用,所述葡萄miRNA-SSR分子标记引物选自以下引物形成的组:VMIRSSR167c3、VMIRSSR167d1、VMIRSSR157c2和VMIRSSR398b1,其中:
VMIRSSR167c3的正向和反向引物序列如SEQ ID NO.11和SEQ ID NO.12所示;
VMIRSSR167d1的正向和反向引物序列如SEQ ID NO.23和SEQ ID NO.24所示;
VMIRSSR157c2的正向和反向引物序列如SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.4所示;
VMIRSSR398b1的正向和反向引物序列如SEQ ID NO.19和SEQ ID NO.20所示。
本发明还提供葡萄miRNA-SSR分子标记引物在敏感型葡萄品种鉴定中的应用,所述葡萄miRNA-SSR分子标记引物选自以下引物形成的组:VMIRSSR167c3、VMIRSSR167d1、VMIRSSR157c2和VMIRSSR398b1,其中:
VMIRSSR167c3的正向和反向引物序列如SEQ ID NO.11和SEQ ID NO.12所示;
VMIRSSR167d1的正向和反向引物序列如SEQ ID NO.23和SEQ ID NO.24所示;
VMIRSSR157c2的正向和反向引物序列如SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.4所示;
VMIRSSR398b1的正向和反向引物序列如SEQ ID NO.19和SEQ ID NO.20所示。
上述技术方案中,通过对上述13对miRNA-SSR引物和文献中筛选出的4个耐热型和4个敏感型品种进行PCR-琼脂糖凝胶电泳-高通量测序进行筛选,最终筛选出8对引物在已知的耐热性存在差异的品种中存在多态性,选取前期鉴定的40个葡萄品种(20份敏感型和20份耐热型)区分鉴定符合前期耐热性差异分级的4对分子标记引物。
作为优选,所述葡萄miRNA-SSR分子标记引物为VMIRSSR167c3,其正向和反向引物序列如SEQ ID NO.11和SEQ ID NO.12所示,从13对引物中选取耐热-敏感型区分率的1对引物VMIRSSR167c3,可以鉴定出20份耐热型品种的18份,20份敏感型品种的16份,区分率分别达到90%和80%。
本发明还提供一种鉴定葡萄耐热性分级的试剂盒,其包含葡萄miRNA-SSR分子标记引物VMIRSSR167c3,其正向和反向引物序列如SEQ ID NO.11和SEQ ID NO.12所示。
与现有技术相比,本发明的有益效果是:本发明通过黑比诺葡萄参考基因组数据中miRNA的前体序列(pre-miRNA)和初级转录本序列pri-miRNA(pre-miRNA的上下游各500bp,约1000bp)信息独立开发葡萄miRNA-SSR分子标记引物,对耐热型和敏感型葡萄品种(8份葡萄品种)进行DNA提取,PCR检测-琼脂糖凝胶电泳-测序,根据核苷酸序列比对结果筛选出存在SSR多态性的8对引物(VMIRSSR156c1、VMIRSSR157c2、VMIRSSR159f2、VMIRSSR167c3、VMIRSSR171b1、VMIRSSR171k1、VMIRSSR398b1和VMIRSSR167d1),进一步根据耐热性的不同筛选出VMIRSSR167c3、VMIRSSR167d1、VMIRSSR157c2和VMIRSSR398b1 4对符合8份葡萄品种的耐热性分级。采用前期经耐热性鉴定的40份种质资源(敏感型和耐热型,各20份),进行4对引物组合的检测分析,筛选出最优的分子标记VMIRSSR167c3,该分子标记的耐热型和敏感型的区分率分别达到90%和80%,基于miRNA-SSR的筛选方法为葡萄品种的耐热性鉴定以及分子标记辅助育种提供重要依据,丰富葡萄品种分子标记鉴定的类型,同时提高鉴定效率。
附图说明
图1是实施例中40份葡萄种质资源的生长状态。
图2是实施例中基于SSR多个葡萄品种的序列比对结果。
具体实施方式
为使本发明实施例的目的、技术方案和优点更加清楚,下面将结合本发明实施例的附图对本发明实施例的技术方案进行清楚、完整地描述。显然,所描述的实施例是本发明的一部分实施例,而不是全部的实施例。基于所描述的本发明的实施例,本领域普通技术人员在无需创造性劳动的前提下所获得的所有其它实施例,都属于本发明保护的范围。
实施例1
本实施例使用上海交通大学农业与生物学院玻璃温室保存的40个2021年叶片生长发育时期的葡萄基因型,每个品种有20棵葡萄幼苗,共800株。实验材料接受标准的虫害、疾病控制和园艺做法。这些品种的基因型名称可分为VL:V.vinifera×V.labrusca(欧美杂交种),VI:V.vinifera L.(欧亚种),VA:AV.vinifera×V.amurensis(山欧种),AM:American wild grapes(美洲种),AW:Asian wild grapes(亚洲种),有关这些葡萄品种的注释和生长状况的详细信息,请参阅表1和图1。
表1:VSSRMIRNA标记引物信息
表2:40份葡萄种质资源的种属和来源
Number | 名称 | 经济价值 | 类型 | 来源 |
P1 | Niagara Rosada | 酿酒葡萄 | VL | 中国 |
P2 | 红瑞宝 | 鲜食葡萄 | VL | 中国 |
P3 | 香槟尼葡萄 | 酿酒葡萄 | AM | 中国 |
P4 | 脆红 | 酿酒葡萄 | AM | 中国 |
P5 | 白赛必尔 | 酿酒葡萄 | VL | 中国 |
P6 | 洛特沙地葡萄 | 酿酒葡萄 | AM | 中国 |
P7 | 大姆波 | 酿酒葡萄 | VL | 中国 |
P8 | 芳香拉查基 | 鲜食葡萄 | VI | 中国 |
P9 | 波鲁克斯 | 鲜食葡萄 | VL | 中国 |
P10 | 安尼斯基 | 酿酒葡萄 | VL | 美国 |
P11 | 碧绿珠 | 鲜食葡萄 | VL | 中国 |
P12 | 奥古斯特 | 鲜食葡萄 | VI | 罗马尼亚 |
P13 | 吉峰 | 鲜食葡萄 | VL | 中国 |
P14 | 黑格兰 | 酿酒葡萄 | VI | 法国 |
P15 | 申玫 | 鲜食葡萄 | VL | 中国 |
P16 | 江苏蘡薁 | 酿酒葡萄 | AW | 中国 |
P17 | 申悦 | 鲜食葡萄 | VL | 中国 |
P18 | 申华 | 鲜食葡萄 | VI | 中国 |
P19 | 赤霞珠 | 酿酒葡萄 | VI | 法国 |
P20 | 伏尔加顿 | 酿酒葡萄 | VI | 苏联 |
P21 | 新雅 | 酿酒葡萄 | VI | 中国 |
P22 | 北醇 | 酿酒葡萄 | VA | 中国 |
P23 | 茉莉香 | 鲜食葡萄 | VL | 中国 |
P24 | 烟74 | 鲜食葡萄 | VI | 中国 |
P25 | 阳光玫瑰 | 鲜食葡萄 | VL | 日本 |
P26 | 白富士 | 鲜食葡萄 | VI | 日本 |
P27 | 藤稔 | 鲜食葡萄 | VL | 日本 |
P28 | 意大利 | 鲜食葡萄 | VI | 匈牙利 |
P29 | SO4 | 砧木 | AM | 德国 |
P30 | 无核翠宝 | 鲜食葡萄 | VI | 中国 |
P31 | 日鲁捷维jeloudevyi | 鲜食葡萄 | VI | 中国 |
P32 | 巨玫瑰 | 鲜食葡萄 | VL | 中国 |
P33 | 巨峰 | 鲜食葡萄 | VL | 日本 |
P34 | 玫瑰香 | 鲜食葡萄 | VI | 英国 |
P35 | 无核白 | 鲜食葡萄 | VI | 中国 |
P36 | 双红 | 酿酒葡萄 | AW | 中国 |
P37 | 1103P | 砧木 | AM | 意大利 |
P38 | 申宝 | 鲜食葡萄 | VL | 中国 |
P39 | 白圣彼 | 鲜食葡萄 | VL | 日本 |
P40 | 贝达 | 砧木 | AM | 美国 |
1、DNA提取方法
用改良的CTAB法提取基因组DNA,DNA用于miRNA-SSR的PCR-电泳-测序分析,利用1%的琼脂糖凝胶电泳法检测DNA质量,用Nano drop超微量分光光度计测定DNA浓度,并将其稀释到50ng/μL,置于-20℃冰箱保存备用。
2、SSR引物开发
基于黑比诺葡萄参考基因组注释的结果,获取葡萄miRNA的前体序列(pre-miRNA)和初级转录本序列pri-miRNA(pre-miRNA的上下游各500bp,约1000bp),通过MISA工具进行SSR多态性的预测开展miRNA-SSR的预测统计。利用Primer 5.0软件进行SSR引物设计,挑选13对开发的SSR引物进行PCR扩增及测序(表2),8个品种筛选出的SSR存在多态性的引物,结合前期关于高温响应miRNA的研究筛选出4对标记引物(分别为VMIRSSR167c3(CT)、VMIRSSR167d1(TTTTCC)、VMIRSSR157c2(AGGG)和VMIRSSR398b1(AGGG))进行40个品种的耐热性鉴定,引物有睿勉生物科技有限公司合成。
3、PCR扩增
PCR扩增体系为30μL:50ng/μL DNA模板,2×TSINGKE Master MIX(blue)15μL,上(下)游引物各0.5μL,剩余用dd H2O补充到30μL。PCR反应在博乐PCR仪器上进行,反应程序为:95℃5min;95℃45s,58-62℃45s,72℃45s,共34个循环;72℃5min;4℃保存,PCR产物采用1.2%琼脂糖凝胶电泳条带筛选清晰的产物。
4、测序分析
选取20μL的PCR产物进行高通量测序(北京擎科生物科技有限公司完成),采用DNAMAN软件进行碱基序列比对,进一步筛选SSR重复次数多态性。
结果
(1)miRNA-SSR分子标记重复性分析
用1%的琼脂糖凝胶电泳法检测DNA质量和Nanodrop超微量分光光度计测定DNA浓度,40个品种的DNA都符合后续实验的要求。随机选择8个葡萄品种(4份耐热型和4份不耐热型),对开发的13对SSR引物进行多态性验证,高通量测序比对分析,DNAMAN比对结果见图1,存在SSR多态性的类型分别为VMIRSSR156c1、VMIRSSR157c2、VMIRSSR159f2、VMIRSSR167c3、VMIRSSR171b1、VMIRSSR171k1、VMIRSSR398b1和VMIRSSR167d1,共得到多品种准确存在SSR的多态性引物8对。通过前期筛选响应热胁迫的miRNA和SSR准确存在的联合分析,选取4对引物对40个品种的基因组DNA进行PCR扩增及高通量测序,多品种的SSR不同重复性的差异统计见表3和表4。
(2)VSSRMIR164c3标记对耐热和敏感型的区分
根据前期生理数据的葡萄耐热-敏感型分析得到的结果,进一步通过验证VSSRMIR164c3标记在耐热和敏感型葡萄品种的SSR重复次数,已SSR(CT)重复次数大于等于18定义为耐热型品种,反之小于18为敏感型品种,生物学统计分析得到该组合的耐热型和敏感型的区分率分别达到90%(表3)和80%(表4)。
表3:VMIRSSR167c3、VMIRSSR167d1、VMIRSSR157c2和VMIRSSR398b1在耐热型葡萄品种中的鉴定
表4:VMIRSSR167c3、VMIRSSR167d1、VMIRSSR157c2和VMIRSSR398b1在敏感型葡萄品种中的鉴定
以上所述仅为本发明的较佳实施案例,并不用于限制本发明,凡在本发明的精神和原则之内,所做的任何修改,等同替换、改进等,均在本发明的保护范围之内。
序列表
<110> 上海交通大学
<120> 葡萄miRNA-SSR分子标记引物在葡萄耐热性鉴定方面的应用
<141> 2022-06-17
<160> 26
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列()
<400> 1
tgagtgaact tgaggtgcct gcta 24
<210> 2
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列()
<400> 2
tgtatgggag ttacaaatgg taaggaata 29
<210> 3
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列()
<400> 3
taagtggaag ccctaaggaa gaagaaaaa 29
<210> 4
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列()
<400> 4
gaaagaggaa ggcactggtg atgttg 26
<210> 5
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列()
<400> 5
ccgctacatt agttgttata atatcgt 27
<210> 6
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列()
<400> 6
cttcttgact tgtaatttgg tttga 25
<210> 7
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列()
<400> 7
aggcataaag ggaaagagga ttggt 25
<210> 8
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列()
<400> 8
gtggcgtccg tggaaactga tat 23
<210> 9
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列()
<400> 9
taagccaaac agaagctact gtaagt 26
<210> 10
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列()
<400> 10
tgaccatctc aacccaataa tacttt 26
<210> 11
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列()
<400> 11
tcttcccctt gtataattta ttatgttg 28
<210> 12
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列()
<400> 12
catgatctga tctttccttg acttg 25
<210> 13
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列()
<400> 13
aggttgatga gggtgatggt ggttt 25
<210> 14
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列()
<400> 14
ctagtgaatg atattaagtt tatgctggta 30
<210> 15
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列()
<400> 15
aacctccttc tgcttatctt cccaca 26
<210> 16
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列()
<400> 16
gagggaaatc tgctcatctc tcaaactaa 29
<210> 17
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列()
<400> 17
attcccattt cttctcacca ctatc 25
<210> 18
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列()
<400> 18
gagccaacat cacagtaact atttca 26
<210> 19
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列()
<400> 19
aaagtggata tggtaccgaa aagtgatt 28
<210> 20
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列()
<400> 20
tagttctgag ggagaagctg gatgac 26
<210> 21
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列()
<400> 21
acggatgttc aacattaatt tggaag 26
<210> 22
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列()
<400> 22
ggcatatttt tgagctttat atagggg 27
<210> 23
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列()
<400> 23
tatcaacctc tctcatgttc ttagggtt 28
<210> 24
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列()
<400> 24
actaggtaag gagcttaggg caagg 25
<210> 25
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列()
<400> 25
aattaacaag aaaaaaaggg gggaaaa 27
<210> 26
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列()
<400> 26
agaaagagta agtgagggaa aagggaga 28
Claims (9)
1.葡萄miRNA-SSR分子标记引物,选自以下引物形成的组:VMIRSSR156c1、VMIRSSR157c2、VMIRSSR159f2、VMIRSSR160c1、VMIRSSR164b1、VMIRSSR167c3、VMIRSSR169d1、VMIRSSR171b1、VMIRSSR171k1、VMIRSSR398b1、VMIRSSR398c3、VMIRSSR167d1和VMIRSSR828a1;其中:
VMIRSSR156c1的正向和反向引物序列如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示;
VMIRSSR157c2的正向和反向引物序列如SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.4所示;
VMIRSSR159f2的正向和反向引物序列如SEQ ID NO.5和SEQ ID NO.6所示;
VMIRSSR160c1的正向和反向引物序列如SEQ ID NO.7和SEQ ID NO.8所示;
VMIRSSR164b1的正向和反向引物序列如SEQ ID NO.9和SEQ ID NO.10所示;
VMIRSSR167c3的正向和反向引物序列如SEQ ID NO.11和SEQ ID NO.12所示;
VMIRSSR169d1的正向和反向引物序列如SEQ ID NO.13和SEQ ID NO.14所示;
VMIRSSR171b1的正向和反向引物序列如SEQ ID NO.15和SEQ ID NO.16所示;
VMIRSSR171k1的正向和反向引物序列如SEQ ID NO.17和SEQ ID NO.18所示;
VMIRSSR398b1的正向和反向引物序列如SEQ ID NO.19和SEQ ID NO.20所示;
VMIRSSR398c3的正向和反向引物序列如SEQ ID NO.21和SEQ ID NO.22所示;
VMIRSSR167d1的正向和反向引物序列如SEQ ID NO.23和SEQ ID NO.24所示;
VMIRSSR828a1的正向和反向引物序列如SEQ ID NO.25和SEQ ID NO.26所示。
2.权利要求1所述葡萄miRNA-SSR分子标记引物在葡萄品种耐热性鉴定中的应用。
3.根据权利要求2所述的应用,其特征在于,所述葡萄miRNA-SSR分子标记引物选自以下引物形成的组:VMIRSSR156c1、VMIRSSR157c2、VMIRSSR159f2、VMIRSSR167c3、VMIRSSR171b1、VMIRSSR171k1、VMIRSSR398b1和VMIRSSR167d1。
4.根据权利要求2所述的应用,其特征在于,所述葡萄miRNA-SSR分子标记引物为VMIRSSR167c3。
7.葡萄miRNA-SSR分子标记引物在耐热型葡萄品种鉴定中的应用,所述葡萄miRNA-SSR分子标记引物选自以下引物形成的组:VMIRSSR167c3、VMIRSSR167d1、VMIRSSR157c2和VMIRSSR398b1,其中:
VMIRSSR167c3的正向和反向引物序列如SEQ ID NO.11和SEQ ID NO.12所示;
VMIRSSR167d1的正向和反向引物序列如SEQ ID NO.23和SEQ ID NO.24所示;
VMIRSSR157c2的正向和反向引物序列如SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.4所示;
VMIRSSR398b1的正向和反向引物序列如SEQ ID NO.19和SEQ ID NO.20所示。
8.葡萄miRNA-SSR分子标记引物在敏感型葡萄品种鉴定中的应用,所述葡萄miRNA-SSR分子标记引物选自以下引物形成的组:VMIRSSR167c3、VMIRSSR167d1、VMIRSSR157c2和VMIRSSR398b1,其中:
VMIRSSR167c3的正向和反向引物序列如SEQ ID NO.11和SEQ ID NO.12所示;
VMIRSSR167d1的正向和反向引物序列如SEQ ID NO.23和SEQ ID NO.24所示;
VMIRSSR157c2的正向和反向引物序列如SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.4所示;
VMIRSSR398b1的正向和反向引物序列如SEQ ID NO.19和SEQ ID NO.20所示。
9.一种鉴定葡萄耐热性分级的试剂盒,其包含葡萄miRNA-SSR分子标记引物VMIRSSR167c3,其中VMIRSSR167c3的正向和反向引物序列如SEQ ID NO.11和SEQ ID NO.12所示。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN202210684058.7A CN115323069A (zh) | 2022-06-17 | 2022-06-17 | miRNA-SSR分子标记引物在葡萄耐热性鉴定方面的应用 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN202210684058.7A CN115323069A (zh) | 2022-06-17 | 2022-06-17 | miRNA-SSR分子标记引物在葡萄耐热性鉴定方面的应用 |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
CN115323069A true CN115323069A (zh) | 2022-11-11 |
Family
ID=83916120
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
CN202210684058.7A Pending CN115323069A (zh) | 2022-06-17 | 2022-06-17 | miRNA-SSR分子标记引物在葡萄耐热性鉴定方面的应用 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
CN (1) | CN115323069A (zh) |
-
2022
- 2022-06-17 CN CN202210684058.7A patent/CN115323069A/zh active Pending
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
CN105696088B (zh) | 一种双酶切简化基因组二代测序文库构建方法及配套试剂盒 | |
Liu et al. | Genome‐wide development of microRNA‐based SSR markers in Medicago truncatula with their transferability analysis and utilization in related legume species | |
CN108192990B (zh) | 与西瓜果皮底色相关的snp分子标记及其应用 | |
CN107488659B (zh) | 一种与柑橘果皮红黄颜色性状相关的序列及其应用 | |
CN113151545B (zh) | 基于彩色组马蹄莲多个转录组序列所开发的ssr引物组及获取方法和应用 | |
CN111961750A (zh) | 检测番茄黄化曲叶病毒病抗病基因Ty-1的KASP引物及其应用 | |
CN108486276A (zh) | 辣椒熟性snp分子标记及其应用 | |
Liu et al. | Genetic diversity of Chinese wild grape species by SSR and SRAP markers | |
CN111961749B (zh) | 检测番茄黄化曲叶病毒病抗病基因Ty-3和Ty-3a的KASP引物及其应用 | |
CN108517368B (zh) | 利用上位性解析毛白杨LncRNA Pto-CRTG及其靶基因Pto-CAD5互作关系的方法及系统 | |
CN106498068B (zh) | 一种与烟草tmv抗性基因n紧密连锁的共显性ssr标记及其应用 | |
CN108866233B (zh) | 用于鉴定桃树对南方根结线虫的抗病/感病性状的标记位点、引物对、试剂盒及应用 | |
CN111286555A (zh) | 基于pgx4基因的SNP分子标记,其在尖孢镰刀菌检测中的应用,检测方法和试剂盒 | |
AU2020103706A4 (en) | Ssr molecular marker primer related to walnut black spot disease and application thereof | |
CN112695125B (zh) | 一种卡特兰属ssr分子标记引物组合物及其应用 | |
CN113604596A (zh) | 检测黄瓜小西葫芦黄化花叶病毒病抗病基因zym的KASP引物及其应用 | |
CN111961751A (zh) | 检测番茄根结线虫抗性基因Mi-1.2的KASP引物及其应用 | |
CN109988863B (zh) | 用于区分不同生态型丁香的est-ssr标记及所用引物 | |
CN116144819B (zh) | 与南瓜果肉类胡萝卜素主效qtl紧密连锁的snp分子标记及其应用 | |
CN111944917A (zh) | 一种基于转录组测序开发山茶属植物ssr引物的方法 | |
CN115323069A (zh) | miRNA-SSR分子标记引物在葡萄耐热性鉴定方面的应用 | |
CN111705160B (zh) | 龙舌兰麻cpSSR标记引物及其应用 | |
CN108841983A (zh) | 一种甘蔗全长转录组数据大规模开发的ssr引物 | |
CN108330164B (zh) | 薄壳山核桃品种Moore的特征序列、引物及鉴定方法 | |
CN113186323A (zh) | 与草莓花瓣脱落快慢性状相关的kasp分子标记及其应用 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
PB01 | Publication | ||
PB01 | Publication | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination |