CN115066207A - 用于月经组分析的方法和系统 - Google Patents

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里迪·塔里亚尔
特雷弗·鲁杰罗
艾德丽安·克拉克
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Abstract

提供了样品、用于收集样品的系统以及保存来自月经液的样品的方法。

Description

用于月经组分析的方法和系统
交叉引用
本申请要求2019年11月1日提交的美国专利申请号62/929,579、2019年11月4日提交的美国专利申请号62/930,465和2020年8月5日提交的美国专利申请号63/061,709的权益，前述申请在此通过引用整体并入。
背景技术
慢性盆腔痛(CPP)、痛经和不孕症是促使女性就与月经周期异常相关的疾病(例如未确诊的子宫内膜异位症)寻求医疗护理的症状。例如，子宫内膜异位症的患病率在患有CPP的女性中高达70％，而在因为不孕症而出现在IVF诊所就诊的女性中为30-50％。这些症状的表现，连同子宫内膜异位症的类型，通常决定了治疗选项。治疗选项包括手术和通过激素疗法和/或GnRH类似物进行的疼痛管理。然而，GnRH类似物的报销范围差异很大，并且可能受到手术确认疾病的限制，使得子宫内膜异位症的手术诊断成为接受适当护理的必要步骤。这不仅大大增加了卫生系统的成本，而且还增加了患有这种疾病的个人的成本，并导致了至诊断时间的总体滞后。即使进行手术干预，50％的患者仍有复发；强调了无论手术或治疗干预如何，子宫内膜异位症都会表现出周期性的激活状态。
从子宫内膜异位症的症状出现到诊断平均需要十年时间，这使得生殖系统中形成黏连和瘢痕组织，既妨碍功能，又经常引起剧烈疼痛。此外，痛苦的经期和缺乏明确的诊断相结合可能会导致受影响女性的心理困扰和抑郁。
发明内容
在一些实施方式中，本文公开了用于制备月经组指纹图谱(menstrualomefingerprint)的方法。在一些实施方式中，所述方法包括：(a)从受试者获得第一样品和第二样品，其中所述第一样品和所述第二样品包括收集到第一吸收性样品收集器和第二吸收性样品收集器上的宫颈阴道液或月经液；(b)将所述第一样品和所述第二样品分别从所述第一样品收集器和所述第二样品收集器洗脱到水性缓冲液中；(c)从所述第一样品和所述第二样品中的每一个分离生物材料；和(d)构建样品月经组指纹图谱，其中所述样品月经组指纹图谱包括来自所述第一样品和所述第二样品的所述生物材料中的多个月经组生物标志物的水平和/或存在的差异。在一些实施方式中，所述生物材料包括选自以下的一种或多种生物材料：RNA、DNA、甲基化核酸、miRNA、蛋白质、蛋白质-核酸复合物、微生物和哺乳动物细胞类型。在一些实施方式中，在(d)中构建所述样品月经组指纹图谱包括测定来自所述第一样品和所述第二样品的所提取的生物材料以识别多个生物标志物。在一些实施方式中，所述多个月经组生物标志物包括在两种或更多种健康状态之间在宫颈阴道液或月经液中显示不同存在或水平的生物标志物。在一些实施方式中，所述多个月经组生物标志物包括与外周血、宫颈阴道组织或纵向月经样品相比在宫颈阴道液或月经液中显示不同存在或水平的生物标志物。在一些实施方式中，所述方法还包括(e)将所述样品月经组指纹图谱与参考月经组指纹图谱进行比较。在一些实施方式中，所述参考月经组指纹图谱包括与健康状态相关联的所述多个月经组生物标志物的阈值水平或存在。在一些实施方式中，所述第一样品和所述第二样品包括在不同时间点从所述受试者收集的生物材料。在一些实施方式中，所述时间点被约15分钟至约30天、约60天或约90天之间的时间段分开。在一些实施方式中，所述时间点包括所述受试者的月经周期内的不同天数。在一些实施方式中，所述时间点在单个月经周期内。在一些实施方式中，所述时间点包括不同月经周期中的天数。在一些实施方式中，所述时间点在所述受试者的月经的一天或多天期间。在一些实施方式中，一个时间点在所述受试者的月经期间而一个时间点不在所述受试者的月经期间。在一些实施方式中，所述样品收集器是阴道内样品收集器。在一些实施方式中，所述样品收集器将生物材料保存在完整状态。在一些实施方式中，所述样品收集器能够吸收至少3ml的流体。在一些实施方式中，在收集所述样品之后将所述样品收集器置于缓冲液中。在一些实施方式中，所述生物材料是DNA，并且多个月经组生物标志物包括多个基因座的甲基化状态。在一些实施方式中，所述生物材料是RNA，并且多个月经组生物标志物包括多个基因的表达水平。在一些实施方式中，所述生物材料是RNA，并且多个月经组生物标志物包括多个miRNA的存在和/或水平。在一些实施方式中，所述生物材料是细胞，并且多个月经组生物标志物衡量一种或多种细胞类型的存在和/或量。在一些实施方式中，所述生物材料是DNA，并且多个月经组生物标志物衡量一种或多种微生物的存在和/或水平。在一些实施方式中，所述生物材料是DNA，并且多个月经组生物标志物衡量微生物的多样性。在一些实施方式中，所述两种或更多种健康状态包括在医学治疗之前和之后。在一些实施方式中，所述健康状态包括手术前的健康状态。在一些实施方式中，所述参考状态包括手术后的健康状态。在一些实施方式中，所述健康状态包括月经紊乱。在一些实施方式中，所述健康状态包括子宫内膜异位症。在一些实施方式中，所述健康状态包括健康患者。在一些实施方式中，所述健康参考月经组指纹图谱包括主成分分析、t分布随机近邻嵌入、热图、多样性指数或其组合。
在另一方面，本文公开了用于制备月经组指纹图谱的方法。在一些实施方式中，所述方法包括：(a)从受试者获得第一样品和第二样品，其中所述第一样品和所述第二样品包括收集到第一吸收性样品收集器和第二吸收性样品收集器上的宫颈阴道液或月经液；(b)将所述第一样品和所述第二样品分别从所述第一样品收集器和所述第二样品收集器洗脱到水性缓冲液中；(c)从所述第一样品和所述第二样品中的每一个分离生物材料；和(d)构建样品月经组指纹图谱，其中所述样品月经组指纹图谱包括，与参考月经组指纹图谱相比，来自所述第一样品和/或所述第二样品的所述生物材料中的多个月经组生物标志物的水平和/或存在的差异。在一些实施方式中，所述生物材料包括选自以下的一种或多种生物材料：RNA、DNA、甲基化核酸、miRNA、蛋白质、蛋白质-核酸复合物、微生物和哺乳动物细胞类型。在一些实施方式中，在(d)中构建所述样品月经组指纹图谱包括测定来自所述第一样品和所述第二样品的所提取的生物材料以识别多个生物标志物。在一些实施方式中，所述多个月经组生物标志物包括在两种或更多种健康状态之间在宫颈阴道液或月经液中显示不同存在或水平的生物标志物。在一些实施方式中，所述多个月经组生物标志物包括与外周血、宫颈阴道组织或纵向月经样品相比在宫颈阴道液或月经液中显示不同存在或水平的生物标志物。在一些实施方式中，所述参考月经组指纹图谱包括与健康状态相关联的所述多个月经组生物标志物的阈值水平或存在。在一些实施方式中，所述第一样品和所述第二样品包括在不同时间点从所述受试者收集的生物材料。在一些实施方式中，所述时间点被约15分钟至约30天、约60天或约90天之间的时间段分开。在一些实施方式中，所述时间点包括所述受试者的月经周期内的不同天数。在一些实施方式中，所述时间点在单个月经周期内。在一些实施方式中，所述时间点包括不同月经周期中的天数。在一些实施方式中，所述时间点在所述受试者的月经的一天或多天期间。在一些实施方式中，一个时间点在所述受试者的月经期间而一个时间点不在所述受试者的月经期间。在一些实施方式中，所述样品收集器是阴道内样品收集器。在一些实施方式中，所述样品收集器将生物材料保存在完整状态。在一些实施方式中，所述样品收集器能够吸收至少3ml的流体。在一些实施方式中，在收集所述样品之后将所述样品收集器置于缓冲液中。在一些实施方式中，所述生物材料是DNA，并且多个月经组生物标志物包括多个基因座的甲基化状态。在一些实施方式中，所述生物材料是RNA，并且多个月经组生物标志物包括多个基因的表达水平。在一些实施方式中，所述生物材料是RNA，并且多个月经组生物标志物包括多个miRNA的存在和/或水平。在一些实施方式中，所述生物材料是细胞，并且多个月经组生物标志物衡量一种或多种细胞类型的存在和/或量。在一些实施方式中，所述生物材料是DNA，并且多个月经组生物标志物衡量一种或多种微生物的存在和/或水平。在一些实施方式中，所述生物材料是DNA，并且多个月经组生物标志物衡量微生物的多样性。在一些实施方式中，所述两种或更多种健康状态包括在医学治疗之前和之后。在一些实施方式中，所述健康状态包括手术前的健康状态。在一些实施方式中，所述参考状态包括手术后的健康状态。在一些实施方式中，所述健康状态包括月经紊乱。在一些实施方式中，所述健康状态包括子宫内膜异位症。在一些实施方式中，所述健康状态包括健康患者。在一些实施方式中，所述健康参考月经组指纹图谱包括主成分分析、t分布随机近邻嵌入、热图、多样性指数或其组合。
在另一方面，本文公开了用于制备月经组指纹图谱的方法。在一些实施方式中，所述方法包括：(a)从受试者获得第一样品，其中所述第一样品包括收集到吸收性样品收集器上的宫颈阴道液或月经液；(b)将所述第一样品从所述样品收集器洗脱到水性缓冲液中；(c)从所述第一样品分离生物材料；(d)构建样品月经组指纹图谱，其中所述样品月经组指纹图谱包括来自所述第一样品的所述生物材料中的多个月经组生物标志物的水平和/或存在；和(e)将所述样品月经组指纹图谱与参考指纹图谱进行比较。在一些实施方式中，所述参考指纹图谱包括受试者参考组中多个月经组生物标志物的水平和/或存在。在一些实施方式中，所述参考指纹图谱包括在先前时间点所述受试者中多个月经组生物标志物的水平和/或存在。在一些实施方式中，参考月经组指纹图谱包括与健康状态相关联的所述多个月经组生物标志物的阈值水平或存在。在一些实施方式中，所述参考月经组指纹图谱包括与健康状态相关联的所述多个月经组生物标志物的阈值水平或存在。在一些实施方式中，所述多个月经组生物标志物包括在两种或更多种健康状态之间在宫颈阴道液或月经液中显示不同存在或水平的生物标志物。在一些实施方式中，所述两种或更多种健康状态包括在医学治疗之前和之后。在一些实施方式中，所述健康状态包括手术前的健康状态。在一些实施方式中，所述参考状态包括手术后的健康状态。在一些实施方式中，所述健康状态包括月经紊乱。在一些实施方式中，所述健康状态包括子宫内膜异位症。在一些实施方式中，所述健康状态包括健康患者。在一些实施方式中，所述生物材料包括选自以下的一种或多种生物材料：RNA、DNA、甲基化核酸、miRNA、蛋白质、蛋白质-核酸复合物、微生物和哺乳动物细胞类型。在一些实施方式中，在(d)中构建所述样品月经组指纹图谱包括测定来自所述第一样品和所述第二样品的所提取的生物材料以识别多个生物标志物。在一些实施方式中，所述多个月经组生物标志物包括与外周血、宫颈阴道组织或纵向月经样品相比在宫颈阴道液或月经液中显示不同存在或水平的生物标志物。在一些实施方式中，所述第一样品和参考样品包括在不同时间点从所述受试者收集的生物材料。在一些实施方式中，所述样品收集器是阴道内样品收集器。在一些实施方式中，所述样品收集器将生物材料保存在完整状态。在一些实施方式中，所述样品收集器能够吸收至少3ml的流体。在一些实施方式中，在收集所述样品之后将所述样品收集器置于缓冲液中。在一些实施方式中，所述生物材料是DNA，并且多个月经组生物标志物包括多个基因座的甲基化状态。在一些实施方式中，所述生物材料是RNA，并且多个月经组生物标志物包括多个基因的表达水平。在一些实施方式中，所述生物材料是RNA，并且多个月经组生物标志物包括多个miRNA的存在和/或水平。在一些实施方式中，所述生物材料是细胞，并且多个月经组生物标志物衡量一种或多种细胞类型的存在和/或量。在一些实施方式中，所述生物材料是DNA，并且多个月经组生物标志物衡量一种或多种微生物的存在和/或水平。在一些实施方式中，所述生物材料是DNA，并且多个月经组生物标志物衡量微生物的多样性。在一些实施方式中，所述健康参考月经组指纹图谱包括主成分分析、t分布随机近邻嵌入、热图、多样性指数或其组合。
在进一步方面，本文公开了用于制备月经组指纹图谱的方法。在一些实施方式中，所述方法包括：(a)从患有或怀疑患有子宫内膜异位症的受试者获得第一样品和第二样品，其中所述第一样品和所述第二样品包括收集到吸收性样品收集器上的宫颈阴道液或月经液；(b)将所述第一样品和所述第二样品分别从所述第一样品收集器和所述第二样品收集器洗脱到水性缓冲液中；(c)从所述第一样品和所述第二样品中的每一个分离生物材料；和(d)构建样品月经组指纹图谱，其中所述样品月经组指纹图谱包括来自所述第一样品和所述第二样品的所述生物材料中的多个月经组生物标志物的水平和/或存在的差异。在一些实施方式中，所述生物材料包括选自以下的一种或多种生物材料：RNA、DNA、甲基化核酸、miRNA、蛋白质、蛋白质-核酸复合物、微生物和哺乳动物细胞类型。在一些实施方式中，在(d)中构建所述样品月经组指纹图谱包括测定来自所述第一样品和所述第二样品的所提取的生物材料以识别多个生物标志物。在一些实施方式中，所述生物材料是miRNA并且所述多个生物标志物包括选自let-7c-5p、miR-100-5p、miR-149-5p、miR-193b-3p、miR-221-5p、miR-363-3p、miR-99a-5p、let-7e-5p、miR-10a-5p、miR-10b-5p、miR-125b-5p、miR-127-3p、miR-132-3p、miR-141-3p、miR-142-5p、miR-143-3p、miR-144-5p、miR-145-5p、miR-152-3p、miR-16-2-3p、miR-17-3p、miR-195-5p、miR-196b-5p、miR-199a-3p/199b-3p、miR-200a-3p、miR-200c-3p、miR-203a-3p、miR-205-5p、miR-21-3p、miR-21-5p、miR-22-3p、miR-222-3p、miR-224-5p、miR-23b-3p、miR-27b-3p、miR-28-3p、miR-30a-3p、miR-30a-5p、miR-34a-5p、miR-34c-5p、miR-365a-3p/365b-3p、miR-375、miR-409和miR-98-5p的miRNA。根据权利要求93所述的方法，其中所述miRNA选自miR-1271-5p、miR-4485-3p、miR-125b-2-3p和miR-410-3p。在一些实施方式中，所述多个生物标志物包括选自表4中的CpG位点的一个或多个CpG位点的甲基化谱。在一些实施方式中，所述微生物是选自以下属的细菌：陌生物菌属(Atopobium)、丙酸杆菌属(Propionibacterium)、戴阿利斯特杆菌属(Dialister)、卟啉单胞菌属(Porphyromonas)、链球菌属(Streptococcus)、皮杆菌属(Dermabacter)、莫拉氏菌属(Moraxella)、厌氧球菌属(Anaerococcus)、消化链球菌属(Peptostreptococcus)、乳杆菌属(Lactobacillus)、普雷沃氏菌属(Prevotella)、弯曲杆菌属(Campylobacter)、棒状杆菌属(Corynebacterium)、费克蓝姆氏菌属(Facklamia)和克雷伯氏菌属(Klebsiella)。在一些实施方式中，所述哺乳动物细胞类型选自内皮细胞、上皮细胞、白细胞、间充质细胞及其组合。在一些实施方式中，所述方法还包括(e)将所述样品月经组指纹图谱与参考月经组指纹图谱进行比较。在一些实施方式中，所述参考月经组指纹图谱包括与健康状态相关联的所述多个月经组生物标志物的阈值水平或存在。在一些实施方式中，所述健康状态包括手术前的健康状态。在一些实施方式中，所述参考状态包括手术后的健康状态。在一些实施方式中，所述第一样品和所述第二样品包括在不同时间点从所述受试者收集的生物材料。在一些实施方式中，所述时间点被约15分钟至约30天之间的时间段分开。在一些实施方式中，所述时间点包括所述受试者的月经周期内的不同天数。在一些实施方式中，所述时间点在单个月经周期内。在一些实施方式中，所述时间点包括不同月经周期中的天数。在一些实施方式中，所述时间点在所述受试者的月经的一天或多天期间。在一些实施方式中，一个时间点在所述受试者的月经期间而一个时间点不在所述受试者的月经期间。在一些实施方式中，所述样品收集器是阴道内样品收集器。在一些实施方式中，所述样品收集器将生物材料保存在完整状态。在一些实施方式中，所述样品收集器能够吸收至少3ml的流体。在一些实施方式中，在收集所述样品之后将所述样品收集器置于缓冲液中。
援引并入
本说明书中所提及的所有出版物、专利和专利申请均通过引用并入本文，其程度如同具体地和单独地指出每个单独的出版物、专利或专利申请均通过引用而并入。
附图简要说明
本公开内容的新颖特征在随附权利要求中具体阐述。通过参考阐述了利用本原理的说明性实施方式的以下详细描述和附图，将会对本发明的特征和优点获得更好的理解，在附图中：
图1A-图1B图示了RNA-Seq时间进程数据。图1A示出了比较经血、全血和宫颈阴道液的主成分分析。图1B示出了比较经血和全血的主成分分析。图1C示出了比较经血、全血和宫颈阴道液的tSNE维度分析。图1D示出了比较月经血和全血的tSNE维度分析。
图2A图示了月经的时间进程。图2B图示了细胞特异性标志物的基因表达随时间的变化。MUC21和ALOX12代表宫颈阴道特异性表达。SPRR2F代表卵巢和输卵管特异性表达。PAEP代表子宫内膜特异性表达。垂直虚线代表该女性周期的第2天。
图3示出子宫内膜异位症与EMT共享11条Kegg通路。
图4A-图4E图示了“真正健康”、“疑似不健康”、子宫内膜异位症和PCOS患者的宫颈阴道液和月经液中的细菌多样性。共分析了79名患者(5名PCOS个体、19名患有子宫内膜异位症的个体、5名真正健康个体以及50名疑似不健康个体)。箱线图代表β多样性，而单独点代表单个样品的α多样性。图4A图示了存在于宫颈阴道液中的细菌多样性。图4B图示了存在于月经液中的细菌多样性。图4C描绘了相比在宫颈阴道液中，在月经液中具有更高丰度的细菌属。图4D描绘了过量菌种的数目与患者队列中的健康程度之间的相关性。图4E描绘了健康队列中经血中细菌属丰度的比较。
图5示出了本文描述的系统的实施方式的横截面图。
图6A-图6D图示了系统的实施方式的透视图。图6A图示了系统的实施方式的完整透视图。图6B图示了图6A的系统的实施方式的上部和中心部分的第一端的透视图。图6C图示了图6A的系统的实施方式的底部的透视图。图6D图示了图6A的系统的实施方式的附加透视图。
图7A-图7C图示了系统的实施方式的使用。图7A示出了在耦合上部之前系统的实施方式的中心部分和下部。图7B示出了在启动上部之后的图7A的系统的实施方式。图7C示出了在启动下部之后的图7A的系统的实施方式。
图8A-图8C示出了在使用该系统的实施方式期间的横截面图。图8A示出了在插入样品收集器之后系统的实施方式的横截面图。图8B示出了在启动上部之后的图8A的系统的实施方式的横截面图。图图8C示出了在启动下部之后的图8A的系统的实施方式的横截面图。
图9是示出宫颈阴道液样品和月经液样品在一个周期内的聚类的热图示意图。
图10A-图10E描绘了由图9中所示的5个聚类调节的Kegg通路。
图11A是经血和全血的差异甲基化位置的主成分分析。图11B是经血和全血的差异甲基化位置的tSNE维度分析。
图12A显示了当将全血与经血进行比较时，差异甲基化的CpG位置。图12B显示了全血与经血之间的差异甲基化区域。
图13A是经血和全血miRNA测序的主成分分析。图13B是经血和全血miRNA测序的tSNE维度分析。
图13C描绘了图示所有对照与所有子宫内膜异位症患者之间基因表达变化的火山图。图13D描绘了图示在健康患者与手术前的子宫内膜异位症患者之间(左图)和健康患者与手术后的子宫内膜异位症患者之间(右图)基因表达变化的火山图。
图14描绘了与差异调节的miRNA相关的KEGG通路。
图15A描绘了术前子宫内膜异位症患者特有的差异存在的细菌属的特征。图15B描绘了术后子宫内膜异位症患者特有的差异存在的细菌属的特征。
图16A描绘了来自不同患者的经血样品的甲基化模式的tSNE聚类。图16B将甲基化聚类描绘为不同的队列。图16C描绘了每名患者的经血样品中乳杆菌属的丰度。
具体实施方式
本文提供了用于检测月经紊乱(诸如子宫内膜异位症的早期检测)以及月经和非月经阴道液的分析的非侵入性方法。在一些实施方式中，检测子宫内膜异位症的非侵入性方法减轻了对手术诊断的需要，提供了向临床医生告知关于患者管理信息的能力，并且/或者允许监测干预的有效性。本文还提供了从月经液收集的样品、用于收集样品的系统以及用于从收集自月经液的样品检测子宫内膜异位症的方法。
本文使用的术语仅出于描述特定情况的目的，并不旨在进行限制。在一些实施方式中，除了本领域技术人员对这些术语的理解之外，讨论了以下术语以说明在本说明书中使用的术语的含义。如本文和所附权利要求中使用的，单数形式“一个”、“一”和“该”包括复数引用，除非上下文另有明确所指。还注意，权利要求的起草排除任何可选元素。因此，本声明旨在作为在引用权利要求要素或使用“否定”限制时使用“唯一”、“仅”等排他性术语的先行基础。
某些范围在本文中以术语“约”开头的数值呈现。术语“约”在本文中用于为其后面的确切数字以及接近或近似于该术语后面的数字的数字提供字面支持。在一些实施方式中，在确定数字是否接近或近似于具体列举的数字时，接近的或近似的未列举的数字是在其呈现的上下文中提供具体列举的数字的实质等效的数字。在提供数值范围的情况下，应理解，在该范围的上限与下限之间的至下限单位的十分之一(除非上下文另有明确规定)的每个中间值，以及所述范围中的任何其他规定值或中间值都包括在本文所述的方法和组合物中。在一些实施方式中，这些较小范围的上限和下限独立地包括在该较小范围内并且也包括在本文所述的方法和组合物中，但受所述范围内的任何明确排除的限制。在所述范围包括限值之一或两者的情况下，排除那些包括的限值之一或两者的范围也包括在本文所述的方法和组合物中。
如本文所用，术语“受试者”、“个体”和“患者”可互换使用。任何术语都不应被解释为需要医疗专业人员(例如，医生、护士、医师助理、医护人员或临终关怀工作者)的监督。如本文所用，受试者是任何动物，包括哺乳动物(例如，人类或非人类动物)。在本文提供的方法和组合物的一个实施方式中，哺乳动物是人类。在一些实施方式中，受试者是女性。
如本文所用，术语“核酸”通常可以指任何长度的核苷酸的聚合形式，核糖核苷酸和/或脱氧核糖核苷酸。因此，这些术语包括但不限于单链、双链或多链DNA或RNA、基因组DNA、互补DNA(cDNA)、线粒体DNA(mtDNA)、线粒体RNA(mtRNA)、指导RNA(gRNA)、信使RNA(mRNA)、微RNA(miRNA)、小干扰RNA(siRNA)、转移RNA(tRNA)、核糖体RNA(rRNA)、游离DNA(cfDNA)、游离RNA(cfRNA)、DNA-RNA杂合体，或包含嘌呤和嘧啶碱基或者其他天然的、化学或生物化学修饰的、非天然的或衍生的核苷酸碱基的聚合物。
如本文所用，术语“月经组”通常指的是以下的整体：在月经液中发现的分子、从在月经液中发现的细胞分隔的分子和在月经液中发现的细胞，以及从这些分子和细胞确定的信息。在一些情况下，分子是诸如DNA或RNA等核酸、蛋白质、代谢物或其组合。在一些情况下，细胞是子宫内膜细胞、诸如免疫细胞和干细胞等非子宫内膜细胞、细菌细胞或其组合。在一些实施方式中，分子或细胞来自个体或个体的阴道微生物组。从分子确定的信息包括但不限于，例如，DNA序列的序列和/或甲基化模式，感兴趣分子的表达水平、丰度或存在。从细胞确定的信息包括但不限于，例如，感兴趣的细胞的存在或丰度，包括其细胞表面标志物。
除非另有定义，否则本文使用的所有技术和科学术语具有与本文描述的方法和组合物所属领域的普通技术人员通常所理解的相同含义。尽管与本文所述的那些相似或等效的任何方法和材料也可以用于本文所述的方法和组合物的实践或测试，但是现在描述代表性的说明性方法和材料。
月经液样品
在本文提供的方法和系统的一些实施方式中，使用从阴道腔收集流体的样品收集器从受试者收集流体生物流体样品，诸如月经液样品或另一种流体的样品。在一些实施方式中，将样品收集器放置在阴道内或阴道外以用于样品收集。在一些实施方式中，样品收集器通过汇集、保持、捕获、引导或吸收样品来收集样品。在一些实施方式中，样品收集器是吸收性的、半吸收性的或非吸收性的。在一些实施方式中，样品收集器可溶于缓冲液。在一些实施方式中，例如通过将样品收集器暴露于酸性环境、碱性环境或酶，样品收集器被分解。在一些实施方式中，样品收集器包括垫、卫生棉条、阴道杯、宫颈帽、月经盘、宫颈盘、海绵或阴唇间垫。在一些实施方式中，使用超过一种类型的样品收集器。
在本文提供的方法和系统的一些实施方式中，将样品收集器保持就位达预定量的时间以收集生物样品。在一些实施方式中，经过至少5分钟、10分钟、15分钟、30分钟、45分钟、1小时、1.5小时、2小时、3小时、4小时、5小时、6小时、7小时或8小时。在一些实施方式中，经过最多5分钟、10分钟、15分钟、30分钟、45分钟、1小时、1.5小时、2小时、3小时、4小时、5小时、6小时、7小时或8小时，而样品收集装置仍保持就位。在一些实施方式中，经过约5分钟、10分钟、15分钟、30分钟、45分钟、1小时、1.5小时、2小时、3小时、4小时、5小时、6小时、7小时或8小时，而样品收集器仍保持就位。
在本文提供的方法和系统的一些实施方式中，在受试者的月经窗口(经期)期间收集样品。在一些实施方式中，样品收集器是一次性的。在一些实施方式中，一次性样品收集器在使用后被丢弃或分解。在一些实施方式中，一次性样品收集器是可溶解、可生物降解、可回收或可堆肥的。在一些实施方式中，一个一次性样品收集器用于从一名受试者收集一个样品。在一些实施方式中，样品收集器是可重复使用的。在一些实施方式中，可重复使用的样品收集器是可清洗、可消毒或可高压灭菌的。在一些实施方式中，可重复使用的样品收集器耐降解、撕裂、孔形成或溶解。在一些实施方式中，可重复使用的样品收集器包括抗微生物、抗细菌、抗病毒或抗真菌特性。在一些实施方式中，使用可重复使用的样品收集器一次或多次以收集一个或多个样品。在一些实施方式中，使用可重复使用的样品收集器约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30次或更多次来收集一个或多个生物样品。在一些实施方式中，可重复使用的样品收集器用于从一名受试者重复收集生物样品。在一些实施方式中，可重复使用的样品收集器用于从多个受试者收集样品。
在本文提供的方法和系统的一些实施方式中，在受试者的一个或多个经期(月经窗口)期间收集一个或多个样品。在一些实施方式中，在1个经期周期内收集1个样品，在1个经期周期内收集2个样品，在1个经期周期内收集3个样品，在1个经期周期内收集4个样品，在1个经期周期内收集超过4个样品，在2个经期周期内收集2个样品，在2个经期周期内收集3个样品，在2个经期周期内收集4个样品，在2个经期周期内收集5个样品，在2个经期周期内收集6个样品，在2个经期周期内收集7个样品，在2个经期周期内收集8个样品，在2个经期周期内收集超过8个样品，在3个经期周期内收集3个样品，在3个经期周期内收集4个样品，在3个经期周期内收集5个样品，在3个经期周期内收集6个样品，在3个经期周期内收集7个样品，在3个经期周期内收集8个样品，在3个经期周期内收集9个样品，在3个经期周期内收集10个样品，在3个经期周期内收集11个样品，在3个经期周期内收集12个样品，在3个经期周期内收集超过12个样品，在4个经期周期内收集4个样品，在4个经期周期内收集5个样品，在4个经期周期内收集6个样品，在4个经期周期内收集7个样品，在4个经期周期内收集8个样品，在4个经期周期内收集9个样品，在4个经期周期内收集10个样品，在4个周期样品内收集11个样品，在4个经期周期内收集12个样品，在4个经期周期内收集13个样品，在4个经期周期内收集14个样品，在4个经期周期内收集15个样品，在4个经期周期内收集16个样品，或在4个经期周期内收集超过16个样品。在一些实施方式中，在超过4个经期周期内收集多个样品。
在一些实施方式中，在月经窗口以外收集样品，例如，在受试者的经期时间之间。在一些实施方式中，使用样品收集器收集非月经液。在一些实施方式中，收集的非月经液包括阴道分泌物、宫颈黏液、宫颈阴道液、斑点血(即，来自经期之间)、羊水、黏液栓或其他阴道排出物。在一些实施方式中，使用用于收集和分析月经液的方案来收集和分析非月经液。
在一些实施方式中，在月经窗口关闭之后，例如在经期结束之后收集样品。在一些实施方式中，在月经窗口关闭的同一天收集样品。在一些实施方式中，在月经窗口关闭后约1天、约2天、约3天、约4天、约5天、约6天、约7天、约8天、约9天、约10天、约11天、约12天、约13天、约14天、约15天、约16天、约17天、约18天、约19天、约20天、约21天、约22天、约23天、约24天、约25天、约26天、约27天、约28天、约29天或约30天收集样品。在一些实施方式中，在月经窗口关闭后至少1天、至少2天、至少3天、至少4天、至少5天、至少6天、至少7天、至少8天、至少9天、至少10天、至少11天、至少12天、至少13天、至少14天、至少15天、至少16天、至少17天、至少18天、至少19天、至少20天、至少21天、至少22天、至少23天、至少24天、至少25天、至少26天、至少27天、至少28天、至少29天或至少30天收集样品。在一些实施方式中，在月经窗口关闭后不超过1天、不超过2天、不超过3天、不超过4天、不超过5天、不超过6天、不超过7天、不超过8天、不超过9天、不超过10天、不超过11天、不超过12天、不超过13天、不超过14天、不超过15天、不超过16天、不超过17天、不超过18天、不超过19天、不超过20天、不超过21天、不超过22天、不超过23天、不超过24天、不超过25天、不超过26天、不超过27天、不超过28天、不超过29天、或不超过30天收集样品。在一些实施方式中，在月经窗口关闭后1天至30天之间、1天至25天之间、1天至20天之间、1天至5天之间、1天至10天之间、1天至5天之间、5天至30天之间、5天至25天之间、5天至20天之间、5天至15天之间、5天至10天之间、10天至30天之间、10天至25天之间、10天至20天之间、10天至15天之间、15天至30天之间、15天至25天之间、15天至20天之间、20天至30天之间、20天至25天之间，或25天至30天之间收集样品。
在一些实施方式中，在两个月经窗口之间收集的非月经液是在生殖周期期间的不同点期间收集的。在排卵前期、排卵期间或排卵后期期间收集非月经液。在一些实施方式中，在增生期或黄体期或分泌期期间收集非月经液。在一些实施方式中，生殖周期的一个阶段是异常期。在一些实施方式中，月经液和非月经液从同一受试者收集。
在一些实施方式中，在两个月经窗口之间收集样品。在一些实施方式中，在两个月经窗口之间大约中间、两个月经窗口之间中间点之前或两个月经窗口之间中间点之后收集样品。
在一些实施方式中，在两个月经窗口之间收集多个样品。在一些实施方式中，在两个月经窗口之间收集2、3、4、5、6、7或8个样品。在一些这样的情况下，在两个月经窗口之间的不同时间收集多个样品。
在一些实施方式中，在两个月经窗口之间收集一个样品，而在第二个两个月经窗口之间收集第二样品。在其他情况下，在第三个两个月经窗口之间收集第三个样品。在一般情况下，在n个两个月经窗口之间收集第n个样品，其中n是等于或大于1的正整数。
在一些实施方式中，既在月经窗口期间也在月经窗口之间从受试者收集生物样品。在一些实施方式中，在月经窗口期间从受试者收集一个生物样品，并且在两个月经窗口之间从同一受试者收集第二生物样品。在一些实施方式中，在月经窗口期间从受试者收集一个生物样品，并且在该月经窗口结束之后并在下一月经窗口之前从同一受试者收集第二生物样品。在一些实施方式中，在月经窗口开始之前从受试者收集一个生物样品，并且在该月经窗口期间从同一受试者收集第二生物样品。
在一些实施方式中，诸如月经液或其他从阴道腔收集的流体等流体的体积使用样品收集器确定。在一些实施方式中，样品收集器中月经液的体积例如通过读取样品收集器上的刻度来确定。刻度为至少0.01mL、0.02mL、0.03mL、0.04mL、0.05mL、0.06mL、0.07mL、0.08mL、0.09mL、0.1mL、0.2mL、0.3mL、0.4mL、0.5mL、0.6mL、0.7mL、0.8mL、0.9mL或1.0mL。在一些实施方式中，样品收集器中月经液的体积通过测量样品收集器内流体的质量来确定。
在一些实施方式中，从样品收集器提取所收集的流体，诸如月经液。在一些实施方式中，通过倾倒、移取或抽吸流体进行提取，例如，当样品收集器包括月经杯或其他非吸收性储存器时，这是合适的。在一些实施方式中，通过溶解或以其他方式分解样品收集器并从样品中去除样品收集器来进行提取，例如，当样品收集器包括海绵、卫生棉条、垫或其他吸收材料时，这是合适的。在一些实施方式中，通过挤压、压缩样品收集器、通过将收集器置于诸如水性缓冲液等缓冲液中从样品收集器中洗脱来进行提取。在一些实施方式中，使用本文所述的系统、方法和装置从样品收集器中提取样品。
在某些实施方式中，本文描述的样品包括一种或多种生物标志物，包括但不限于核酸、蛋白质和细胞。在一些实施方式中，一种或多种生物标志物包括细胞。在一些实施方式中，细胞来自月经液样品和保存溶液(例如，Biomatrica
Figure BDA0003723591860000171
)。在一些实施方式中，样品是包括一种或多种子宫内膜细胞的子宫内膜细胞样品。在一些实施方式中，样品是富集的细胞样品。在一些实施方式中，使用本文所述的系统或装置收集样品。在一些实施方式中，与外周血或宫颈阴道组织相比，生物标志物在宫颈阴道液或月经液中显示出不同的存在或水平。
在一些实施方式中，一种或多种细胞来自生物样品。在一些实施方式中，生物样品取自女性。在一些实施方式中，生物样品取自患有生殖障碍(诸如慢性盆腔疼痛、不孕症、重度月经出血或其组合)的个体。在一些实施方式中，个体是哺乳动物。在一些实施方式中，哺乳动物是人类。在一些实施方式中，个体被怀疑患有子宫内膜异位症。在一些实施方式中，个体尚未接受子宫内膜异位症的手术诊断。在一些实施方式中，在个体月经周期的第二天取得生物样品。在一些实施方式中，在个体经历大流量月经液的个体月经周期的当天取得生物样品。在一些实施方式中，生物样品在对个体施用治疗(诸如手术或施用治疗组合物)之前从个体取得生物样品。在一些实施方式中，治疗或干预是对子宫内膜异位症的治疗。在一些实施方式中，在对个体施用治疗之后从个体取得生物样品。在一些实施方式中，在对个体施用治疗之前取得第一生物样品并且在对个体施用治疗之后取得第二生物样品。在一些实施方式中，该方法包括确定第一生物样品与第二生物样品之间在以下方面的差异：一种或多种微RNA的表达、选自表4中CpG位点的一个或多个CpG位点的甲基化谱、细菌多样性的量度，或其组合。
在一些实施方式中，生物样品包括月经液。在一些实施方式中，生物样品包括宫颈阴道液、宫颈液或阴道液。在一些实施方式中，生物样品包含一种或多种子宫内膜细胞。在一些实施方式中，子宫内膜细胞包括子宫内膜基质细胞、子宫内膜上皮细胞或其组合。在一些实施方式中，子宫内膜细胞包括子宫内膜干细胞。在一些实施方式中，子宫内膜干细胞包括经血的间充质干细胞。在一些实施方式中，生物样品包括个体的非子宫内膜细胞。在一些实施方式中，个体的非子宫内膜细胞包括巨噬细胞、腺细胞、鳞状细胞、宫颈柱状细胞、白细胞、淋巴细胞、非子宫内膜基质细胞、非子宫内膜内皮细胞、成纤维细胞、红细胞、间充质干细胞、卵子或其组合。在一些实施方式中，生物样品包括一个或多个精子。
在一些实施方式中，生物样品包括一种或多种细菌细胞。在一些实施方式中，所述一种或多种细菌细胞包括来自拟杆菌门(Bacteroidetes)、变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobaeria)、蓝细菌门(Cyanobacteria)、梭杆菌门(Fusobacteria)、螺旋菌门(Spirochates)、软壁菌门(Tenericutes)、酸杆菌门(Acidobacterua)、TM7门或互养菌门(Sygerstetes)的一种或多种细菌。在一些实施方式中，所述一种或多种细菌细胞包括来自以下属的一种或多种细菌：乳杆菌属、加德纳氏菌属(Gardnerella)、梭杆菌属(Fusobacterium)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、链球菌属、陌生物菌属、Mageeibacillus、动弯杆菌属(Mobiluncus)、支原体属(Mycoplasm)、拟杆菌属(Bacteroides)、普雷沃氏菌属、Porphyeromonas、戴阿利斯特杆菌属、陌生物菌属、巨球形菌属(Megasphaera)、丙酸杆菌属、卟啉单胞菌属、皮杆菌属、莫拉氏菌属、厌氧球菌属、消化链球菌属、弯曲杆菌属、棒状杆菌属、费克蓝姆氏菌属、克雷伯氏菌属、嗜胨菌属(Peptoniphilis)、斯尼思菌属(Sneathia)、脲枝原体属(Ureaplasma)、芬戈尔德菌属(Finegoldia)、放线菌属(Actinomyces)、梭菌属(Clostridium)、韦荣氏球菌属(Veillonella)、嗜胨菌属(Peptinophilus)、安德克氏菌属(Adlercreurzia)、粪杆菌属(Faecalibacterium)、嗜血杆菌属(Haemophilus)、鞘胺醇单胞菌属(Sphingomonas)、气球菌属(Aerococcus)、威克斯氏菌属(Weeksella)、双歧杆菌属(Biffidobacterium)、布劳特氏菌属(Blautia)或其组合。在一些实施方式中，一种或多种细菌包括来自图4C、图4D、图4E，或其组合中描述的属的细菌。在一些实施方式中，来自乳杆菌属的一种或多种细菌是嗜酸乳杆菌(L.acidophilus)、嗜淀粉乳杆菌乌尔蒂纳变种(L.amylovorus ultunensis)、人阴道乳杆菌(L.coleohominis)、卷曲乳杆菌(L.crispatus)、发酵乳杆菌(L.fermentum)、加氏乳杆菌(L.gasseri)、惰性乳杆菌(L.iners)、詹氏乳杆菌(L.jensenii)、北里氏乳杆菌(L.kitasatonis)、黏膜乳杆菌(L.mucosae)、类干酪乳杆菌鼠李糖亚种(L.paracaseirhamnosus)、植物乳杆菌(L.plantarum)、桥乳杆菌(L.pontis)、路氏乳杆菌谷物亚种(L.reuteri frumenti)、乳杆菌属的种3、乳杆菌属的种9或其组合。
在一些实施方式中，来自加德纳氏菌属的一种或多种细菌是阴道加德纳氏菌(Gardnerella vaginalis)。在一些实施方式中，来自链球菌属的一种或多种细菌是无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)或解没食子酸盐链球菌(Streptococcusgallolyticus)。在一些实施方式中，来自斯尼思菌属的一种或多种细菌是Sneathiasanguinegens。在一些实施方式中，一种或多种来自动弯杆菌属的细菌是柯氏动弯杆菌(Mobiluncus curtisii)、羞怯动弯杆菌(Mobiluncus mulieris)或其组合。在一些实施方式中，来自Mageeibacillus属的一种或多种细菌是Mageeibacillus indolicus。在一些实施方式中，来自巨球形菌属(Megashaera)的一种或多种细菌是埃氏巨球形菌micronuciformis变种(Megashaera elsdenii micronuciformis)、巨球形菌属的种1、巨球形菌属的种2，或其组合。在一些实施方式中，戴阿利斯特杆菌属中的一种或多种细菌是微嗜氧戴阿利斯特杆菌(Dialister micraerophilus)。在一些实施方式中，来自丙酸杆菌属的一种或多种细菌是痤疮丙酸杆菌(Propionibacterium acnes)。在一些实施方式中，来自卟啉单胞菌属的一种或多种细菌是索氏卟啉单胞菌(Porphyromonas somerae)。在一些实施方式中，来自皮杆菌属的一种或多种细菌是阴道皮杆菌(Dermabacter vaginalis)。在一些实施方式中，来自莫拉氏菌属的一种或多种细菌是卡他莫拉氏菌(Moraxellacatarrhalis)。
在一些实施方式中，来自厌氧球菌属的一种或多种细菌是四联厌氧球菌(Anaerococcus tetradius)或普氏厌氧球菌(Anaerococcus prevotii)。在一些实施方式中，来自消化链球菌属的一种或多种细菌是大消化链球菌(Peptostreptococcus magnus)或厌氧消化链球菌(Peptostreptococcus anaerobius)。在一些实施方式中，来自弯曲杆菌属的一种或多种细菌是解脲弯曲杆菌(Campylobacter ureolyticus)或胎儿弯曲杆菌(Campylobacter fetus)。在一些实施方式中，来自棒状杆菌属的一种或多种细菌是无枝菌酸棒状杆菌(Corynebacterium amycolatum)或福氏棒状杆菌(Corynebacteriumfournierii)。在一些实施方式中，来自费克蓝姆氏菌属的一种或多种细菌是人费克蓝姆氏菌(Facklamia hominis)或玛斯里费克蓝姆氏菌(Facklamia massiliensis)。在一些实施方式中，来自克雷伯氏菌属的一种或多种细菌是肺炎克雷伯氏菌(Klebsiellapneumoniae)。在一些实施方式中，一种或多种来自嗜胨菌属的细菌是海氏嗜胨菌(Peptoniphilus harei)。在一些实施方式中，来自卟啉单胞菌属的一种或多种细菌是不解糖卟啉单胞菌(Porphyeromonas asaccharolytica)。在一些实施方式中，来自普雷沃氏菌属的一种或多种细菌是口腔普雷沃氏菌(Prevotella buccalis)、羊水普雷沃氏菌(Prevotella amnii)、双路普雷沃氏菌(Prevotella bivia)、解糖胨普雷沃氏菌(Prevotella disiens)、产黑普雷沃氏菌(Prevotella melaninogenica)或蒂莫普雷沃氏菌(Prevotella timonensis)。在一些实施方式中，来自陌生物菌属的一种或多种细菌是德尔塔陌生物菌(A.deltae)、微小陌生物菌(A.minutum)、极小陌生物菌(A.parvulum)、阴道陌生物菌(A.vaginae)或其组合。在一些实施方式中，生物样品包含一种或多种真菌细胞。在一些实施方式中，真菌细胞是酵母。在一些实施方式中，酵母是假丝酵母属(Candida)的酵母。在一些实施方式中，假丝酵母属的酵母是白色假丝酵母(Candida albicans)、光滑假丝酵母(Candida glabrata)、近平滑假丝酵母(Candida parapsilosis)、无名假丝酵母(Candida fomata)或其组合。
在一些实施方式中，样品包含源自子宫内膜细胞、来自个体的非子宫内膜细胞、精子、细菌细胞、真菌细胞或其组合的至少一种蛋白质或其片段。在一些实施方式中，样品包含源自子宫内膜细胞、来自个体的非子宫内膜细胞、精子、细菌细胞、真菌细胞或其组合的至少一种核酸。在一些实施方式中，至少一种核酸是无细胞核酸。在一些实施方式中，核酸是DNA或RNA。在一些实施方式中，RNA是mRNA、tRNA、rRNA、miRNA或siRNA。在一些实施方式中，核酸是编码本文所述的至少一种蛋白质或其片段的核酸。
在一些实施方式中，样品包括样品收集器的一部分。在一些实施方式中，样品收集器的一部分溶解或分解成样品。在一些实施方式中，样品收集器是卫生棉条、垫、阴道杯、宫颈帽、月经盘、宫颈盘、海绵或阴唇间垫。在一些实施方式中，卫生棉条是低吸收度卫生棉条。在一些实施方式中，卫生棉条包括施用器。
在一些实施方式中，样品的体积在2ml与15ml之间。在一些实施方式中，样品的体积在约7ml与10ml之间。在一些实施方式中，样品的体积小于20ml、小于15ml、小于10ml或小于8ml。在一些实施方式中，样品的体积在1ml与4ml之间。在一些实施方式中，样品中月经液的体积在2ml与3ml之间。在一些实施方式中，样品中月经液的体积小于5ml、小于4ml、小于3ml、小于2ml或小于1ml。在一些实施方式中，样品中月经液的体积在2ml与15ml之间。在一些实施方式中，样品的体积在约7ml与10ml之间。在一些实施方式中，样品的体积小于20ml、小于15ml、小于10ml或小于8ml。在一些实施方式中，样品中月经液的体积在1ml与4ml之间。在一些实施方式中，样品中月经液的体积在2ml与3ml之间。在一些实施方式中，样品中月经液的体积小于5ml、小于4ml、小于3ml、小于2ml或小于1ml。在一些实施方式中，样品包括少于105个细胞、少于106个细胞、少于107个细胞、少于108个细胞或少于109个细胞。在一些实施方式中，样品包括少于105个子宫内膜细胞，少于106个子宫内膜细胞，少于107个子宫内膜细胞，少于108个子宫内膜细胞，或少于109个子宫内膜细胞。在一些实施方式中，样品包含大于105个细胞、大于106个细胞、大于107个细胞、大于108个细胞或大于109个细胞。在一些实施方式中，样品包含大于105个子宫内膜细胞，大于106个子宫内膜细胞，大于107个子宫内膜细胞，大于108个子宫内膜细胞，或大于109个子宫内膜细胞。在一些实施方式中，样品包含少于105个内皮细胞、少于106个内皮细胞、少于107个内皮细胞、少于108个个内皮细胞或少于109个内皮细胞。在一些实施方式中，样品包含大于105个细胞、大于106个细胞、大于107个细胞、大于108个细胞或大于109个细胞。在一些实施方式中，样品包含超过105个内皮细胞、超过106个内皮细胞、超过107个内皮细胞、超过108个内皮细胞或超过109个内皮细胞。在一些实施方式中，样品包含少于105个上皮细胞、少于106个上皮细胞、少于107个上皮细胞、少于108个上皮细胞或少于109个上皮细胞。在一些实施方式中，样品包含大于105个细胞、大于106个细胞、大于107个细胞、大于108个细胞或大于109个细胞。在一些实施方式中，样品包含超过105个上皮细胞、超过106个上皮细胞、超过107个上皮细胞、超过108个个上皮细胞或超过109个上皮细胞。在一些实施方式中，样品包含少于105个白细胞、少于106个白细胞、少于107个白细胞、少于108个白细胞或少于109个白细胞。在一些实施方式中，样品包含大于105个细胞、大于106个细胞、大于107个细胞、大于108个细胞或大于109个细胞。在一些实施方式中，样品包含大于105个白细胞、大于106个白细胞、大于107个白细胞、大于108个个白细胞或大于109个白细胞。在一些实施方式中，样品包含少于105个间充质细胞、少于106个间充质细胞、少于107个间充质细胞、少于108个个间充质细胞或少于109个间充质细胞。在一些实施方式中，样品包含大于105个细胞、大于106个细胞、大于107个细胞、大于108个细胞或大于109个细胞。在一些实施方式中，样品包含大于105个间充质细胞、大于106个间充质细胞、大于107个间充质细胞、大于108个间充质细胞或大于109个间充质细胞。
在一些情况下，样品中至少20％、至少30％、至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少80％或至少90％的靶细胞是完整的。在一些实施方式中，靶细胞是子宫内膜细胞。在一些实施方式中，靶细胞是内皮细胞、上皮细胞、白细胞、间充质细胞或其组合。在一些情况下，样品中至少95％的靶细胞是完整的。完整细胞是细胞膜没有破裂的细胞。完整细胞是处于其天然状态的细胞。完整细胞是活细胞，其中活细胞培养在细胞培养物中。
在一些情况下，样品中至少20％、至少30％、至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少80％或至少90％的靶细胞是存活的。在一些实施方式中，术语“存活的”是指完整的、有生命的和/或能够增殖的。通过测量膜渗透性、酶活性、代谢活性、DNA合成、膜电位、增殖标志物表达或其组合来评估多个细胞的活力。
在一些实施方式中，保存溶液包括Biomatrica
Figure BDA0003723591860000231
或Biomatrica
Figure BDA0003723591860000232
在一些实施方式中，保存溶液在室温下保存RNA至少1、2、3、4、5、6、7、14或21天。在一些实施方式中，保存溶液防止至少50％、60％、70％或80％的RNA降解。在一些实施方式中，保存溶液的pH范围为pH 3至pH 8，或更优选pH 3至pH 6.5。在一些实施方式中，保存溶液在室温下保存DNA至少1、2、3、4、5、6、7、14或21天。在一些实施方式中，保存溶液防止至少50％、60％、70％或80％的DNA降解。在一些实施方式中，保存溶液的pH范围为pH 5至pH10，或更优选pH 6至pH 9。
在本文提供的方法和系统的一些实施方式中，保存溶液在室温下保存核酸至少1、2、3、4、5、6、7、14或21天。在一些实施方式中，保存溶液防止至少50％、60％、70％或80％的核酸降解。在一些实施方式中，保存溶液的pH范围为pH 3至pH 8，或更优选pH 3至pH 6.5。在一些实施方式中，保存溶液在室温下保存RNA至少1、2、3、4、5、6、7、14或21天。在一些实施方式中，保存溶液防止至少50％、60％、70％或80％的RNA降解。在一些实施方式中，保存溶液的pH范围为pH 3至pH 8，或更优选pH 3至pH 6.5。在一些实施方式中，保存溶液在室温下保存DNA至少1、2、3、4、5、6、7、14或21天。在一些实施方式中，保存溶液防止至少50％、60％、70％或80％的DNA降解。在一些实施方式中，保存溶液的pH范围为pH 5至pH 10，或更优选pH6至pH 9。在一些实施方式中，保存溶液包括Biomatrica
Figure BDA0003723591860000233
或Biomatrica
Figure BDA0003723591860000234
在一些实施方式中，保存溶液包括掺入物(spike-in)。如本文所用，“掺入物”是添加到样品中的分子，诸如核酸、细胞或一组分子或细胞，其中掺入物用于定量或定性评估或归一化样品。在一些实施方式中，掺入物是核酸掺入物。在一些实施方式中，核酸掺入物包括DNA掺入物、RNA掺入物、细菌掺入物或其组合。在一些实施方式中，DNA掺入物包括合成DNA或多个合成DNA。在一些实施方式中，RNA掺入物包括合成RNA或多个合成RNA。在一些实施方式中，RNA掺入物包括由外部RNA控制联盟(External RNA Controls Consortium，ERCC)开发的一组RNA转录物。
在一些实施方式中，保存溶液包括黏液溶解剂。在一些实施方式中，黏液溶解剂解离(例如，“解团”)宫颈阴道样品中的至少一部分细胞聚集体。在一些实施方式中，黏液溶解剂包括乙酰半胱氨酸、氨溴索、溴己新、羧甲司坦、多米奥醇、α链道酶、依普拉酮、厄多司坦、来托司坦、甘露醇、美司钠、奈替克新、索布瑞醇、司替罗宁、硫普罗宁、N-乙酰基-L-半胱氨酸、L-乙酰半胱氨酸/LiberaseTM，或其组合。
在一些实施方式中，保存溶液包括祛痰剂。在一些实施方式中，祛痰剂包括蜀葵根、五硫化锑、杂酚油、愈创木酚磺酸盐、愈创甘油醚(+奥索马嗪)、吐根、左旋马鞭草烯酮、碘化钾、美远志、泰洛沙泊、氯化铵或其组合。
在一些实施方式中，保存溶液包括表面活性剂。在一些实施方式中，表面活性剂包括聚乙二醇辛基酚醚；聚乙二醇烷基酚醚；聚乙二醇脱水山梨糖醇烷基酯；脱水山梨糖醇烷基酯；聚乙二醇；聚丙二醇；羧酸盐；磺酸盐；石油磺酸盐；烷基苯磺酸盐；萘磺酸盐；烯烃磺酸盐；烷基硫酸盐；硫酸盐；硫酸化酯；硫酸化链烷醇酰胺；烷基酚；乙氧基化脂肪醇；聚氧乙烯表面活性剂；羧酸酯；聚乙二醇酯；脱水山梨醇酯；乙二醇酯；羧酰胺；单烷醇胺缩合物；聚氧乙烯脂肪酸酰胺；季铵盐；聚氧乙烯烷基和脂环胺；N,N,N',N'四取代的乙二胺；2-烷基1-羟乙基2-咪唑啉；或其组合。
在一些实施方式中，保存溶液包括核酸酶。在一些实施方式中，核酸酶包括
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DNA酶I、DNA酶II、核酸外切酶III、微球菌核酸酶、核酸酶P1、核酸酶S1、磷酸二酯酶I、磷酸二酯酶II、RNA酶A、RNA酶H、RNA酶T1或其组合。
在一些实施方式中，保存溶液包括蛋白酶。在一些实施方式中，蛋白酶包括脂肪酶II、胰蛋白酶、链霉蛋白酶、胶原酶1、胶原酶2、胶原酶3、胶原酶4、透明质酸酶、胃蛋白酶、木瓜蛋白酶、化学胰蛋白酶、糜酶、梭菌蛋白酶、补体C1r、补体C1s、补体因子D、补体因子I、黄瓜素、二肽基肽酶、弹性蛋白酶、内切蛋白酶、肠激酶、活化的因子X、胱天蛋白酶、组织蛋白酶、基质金属蛋白酶或其组合。
在一些实施方式中，保存溶液的渗透压摩尔浓度包括约310至约410mOsm kg-1。在一些实施方式中，保存溶液的渗透压摩尔浓度包括约95至约210mOsm kg-1。
在一些实施方式中，保存溶液不包括固定剂。在一些实施方式中，固定剂包括醇、醛、氧化剂、金属固定剂或其组合。在一些实施方式中，醇包括甲醇、乙醇、丙醇、异丙醇、丁醇或其组合。在一些实施方式中，醛包括甲醛、戊二醛或其组合。在一些实施方式中，氧化剂包括四氧化锇、高锰酸钾、重铬酸钾或其组合。在一些实施方式中，金属固定剂包括氯化汞、苦味酸或其组合。在一些实施方式中，保存溶液不包括醇、醛、氧化剂、金属固定剂，或其组合。
在一些实施方式中，保存溶液包括结合剂。在一些实施方式中，结合剂选择性地结合至个体的靶细胞或非靶细胞。在一些实施方式中，靶细胞包括内皮细胞、上皮细胞、白细胞、间充质细胞或其组合。在一些实施方式中，非靶细胞包括内皮细胞、上皮细胞、白细胞、间充质细胞、精子、细菌细胞、真菌细胞或其组合。在一些实施方式中，非靶细胞包括不同于靶细胞。在一些实施方式中，结合剂选择性地结合至至少一种蛋白质或其片段。在一些实施方式中，至少一种蛋白质或其片段包括子宫内膜异位症的生物标志物。在一些实施方式中，结合剂选择性地结合至核酸。在一些实施方式中，核酸包括子宫内膜异位症的生物标志物。在一些实施方式中，结合剂被固定到例如珠子或本文所述系统的组件的表面。在一些实施方式中，结合剂偶联到珠子或系统表面。在一些实施方式中，结合剂可逆地或不可逆地偶联到珠子或系统表面。在一些实施方式中，结合剂包括可裂解部分，例如可裂解接头。在一些实施方式中，可裂解接头被光裂解、化学裂解、热裂解或酶裂解。
在一些实施方式中，稀释0.1ml至0.9ml、0.3ml至0.7ml或0.4ml至0.6ml的保存溶液以形成稀释的保存溶液。在一些实施方式中，保存溶液包括Biomatrica
Figure BDA0003723591860000261
或Biomatrica
Figure BDA0003723591860000262
在一些实施方式中，将保存溶液稀释成4.5ml至12.5ml、6.5ml至10.5ml或7.5ml至9.5ml的第二溶液。在一些实施方式中，第二溶液是蒸馏水。在一些实施方式中，稀释的保存溶液用于本文提供的方法和/或系统中。在一些实施方式中，稀释的保存溶液以每克被吸收到样品收集器中的流体2ml至6ml或3ml至5ml的稀释保存溶液的方式添加到样品收集器。在一些实施方式中，样品收集器吸收高达6g的流体，因此，将约18ml至约30ml的稀释保存溶液添加到低吸收度卫生棉条。在一些实施方式中，稀释的保存溶液在可破坏构件破裂之后被添加到本文所述系统中的样品收集器。因此，随着样品收集器的吸收度增加，待添加的稀释保存溶液的量增加。
在其他实施方式中，不稀释保存溶液。在一些实施方式中，未稀释的保存溶液用于本文提供的方法和/或系统中。在一些实施方式中，未稀释的保存溶液以每克吸收到样品收集器中的流体约3ml至约5ml的未稀释保存溶液的方式添加到样品收集器。在一些实施方式中，吸光性卫生棉条吸收高达6g的流体，因此，将约18ml至约30ml的未稀释保存溶液添加到低吸收度卫生棉条。在一些实施方式中，未稀释的保存溶液在可破坏构件破裂之后被添加到本文所述系统中的样品收集器。因此，随着样品收集器的吸收度增加，待添加的未稀释保存溶液的量增加。
在一些实施方式中，结合剂包括抗体。在一些实施方式中，如本文所用的术语“抗体”是指免疫球蛋白分子和免疫球蛋白分子的免疫活性部分，即包括免疫特异性地结合抗原的抗原结合位点的分子。在一些实施方式中，该术语还指由两条免疫球蛋白重链和两条免疫球蛋白轻链组成的抗体以及包括全长抗体及其部分的多种形式；包括，例如，免疫球蛋白分子、多克隆抗体、单克隆抗体、重组抗体、嵌合抗体、人源化抗体、聚合物抗体、CDR移植抗体、F(ab)2、Fv、scFv、IgGΔCH2、F(ab')2、scFv2CH3、F(ab)、VL、VH、scFv4、scFv3、scFv2、dsFv、Fv、scFv-Fc、(scFv)2、二硫键连接的Fv、单域抗体(dAb)、双抗体、多特异性抗体、双重特异性抗体、抗独特型抗体、双特异性抗体、任何同种型(包括但不限于IgA、IgD、IgE、IgG或IgM)、经修饰的抗体和合成抗体(包括但不限于非消耗性IgG抗体、T抗体或抗体的其他Fc或Fab变体)。在一些实施方式中，抗体包括聚合物抗体。在一些实施方式中，抗体被配置成选择性地结合靶细胞而不是非靶细胞。在一些实施方式中，抗体被配置成选择性地结合非靶细胞而不是靶细胞。
在某些实施方式中，本文描述的是保存来自月经液样品的细胞的方法。在一些实施方式中，细胞包括子宫内膜细胞或非子宫内膜细胞。在一些实施方式中，该方法包括将月经液置于保存溶液中以形成月经液样品和保存溶液的混合物。在各种实施方式中，将月经液样品置于保存溶液中以形成混合物包括将样品收集器放置在系统的第一中心腔中，其中样品收集器被压缩或挤压，例如，以从样品收集器中移除至少一部分的样品。在一些实施方式中，样品收集器包括卫生棉条、垫、月经盘、宫颈杯、宫颈盘、海绵、阴唇间垫或其他合适的样品收集器。在一些情况下，将样品收集器放入第一中心腔中由月经液样品所收集自的个体执行。在一些情况下，将样品收集器放置到第一中心腔中是由医疗专业人员，诸如产科医生或护士来执行的。在压缩样品收集器时，月经液样品中的子宫内膜细胞被破坏或剪切，使得子宫内膜细胞的内容物(例如，核酸)被释放到混合物中。在一些情况下，以压缩样品收集器的方式压缩样品收集器由月经液样品所收集自的个体执行。在一些情况下，样品收集器的压缩在实验室或处理样品收集器以测定所收集的样品的其他位置进行。
在一些实施方式中，本文所述的方法包括使月经液样品中的细胞与抗体接触，该抗体与月经液样品中的细胞中的靶细胞的细胞表面抗原结合。在一些实施方式中，当靶细胞包括内皮细胞时，细胞表面抗原包含CD31/PECAM-1、CD34、CD36/SR-B3、CD39、CD44、CD47、CD54/ICAM-1、CD61、CD62E、CD62P、CD80、CD86、CD93、CD102、CD105、CD106、CD112、CD117、ESAM、内皮黏蛋白、CXCL16、CD121a、CD141、CD142、CD143、CD144、CD146、CD147、CD151、CD160、CD201、CD213a、CD248、CD309、ADAM 8、ADAM 9、ADAM 10、ADAM 11、ADAM 12、ADAM 13、ADAM 14、ADAM 15、ADAM 16、ADAM 17、ADAM 33、ADAMTS-13、ADAMTS-18、VWF、TEM8、NOTCH，或KLF4。在一些实施方式中，当靶细胞是上皮细胞时，细胞表面抗原是上皮细胞黏附分子(EpCAM)、E-钙黏着蛋白或CD326。在一些实施方式中，当靶细胞是白细胞时，细胞表面抗原是CD45。在一些实施方式中，当靶细胞是间充质细胞时，细胞表面抗原是N-钙黏着蛋白、OB-钙黏着蛋白、α-5β-1整联蛋白、α-Vβ-6整联蛋白或多配体蛋白聚糖-1。
在一些实施方式中，本文所述的方法包括使月经液样品中的细胞与抗体接触，该抗体与月经液样品中的细胞中的靶细胞结合。在一些实施方式中，抗体包括单克隆抗体。在一些实施方式中，抗体附接于固体支持物。在一些实施方式中，固体支持物是珠子。在一些实施方式中，珠子是磁珠。在一些实施方式中，抗体与可检测标志物缀合。在一些实施方式中，可检测标志物包括光学可检测标志物。在一些实施方式中，光学可检测标志物包括荧光团。在一些实施方式中，荧光团包括染料，例如，异硫氰酸荧光素(FITC)、藻红蛋白(PE)、别藻蓝蛋白(APC)或多甲藻素叶绿素蛋白(PerCP)。在一些实施方式中，荧光团包括荧光蛋白，例如，绿色荧光蛋白(GFP)、增强型绿色荧光蛋白(EGFP)、青色荧光蛋白(CFP)、黄色荧光蛋白(YFP)、红色荧光蛋白(RFP)，或mCHERRY。在一些实施方式中，荧光团发射波长为355nm至650nm的光。
在一些实施方式中，本文所述的方法还包括富集样品中的至少一种靶细胞，从而产生富集的细胞样品。在一些实施方式中，细胞样品包括月经液细胞样品。在一些实施方式中，富集的样品包括富集的月经液细胞样品。在一些实施方式中，至少一种靶细胞包括子宫内膜细胞。在一些实施方式中，至少一种靶细胞包括内皮细胞、上皮细胞、白细胞、间充质细胞或其组合。在一些实施方式中，至少一种非靶细胞包括内皮细胞、上皮细胞、白细胞、间充质细胞，或其组合。在一些实施方式中，内皮细胞包括子宫内膜内皮细胞。
在一些实施方式中，富集至少一种靶细胞包括使富集的细胞样品中至少一种靶细胞的量相对于富集前细胞样品中至少一种靶细胞的量增加。富集至少一种靶细胞包括使富集的细胞样品中至少一种靶细胞与至少一种非靶细胞的比率相对于富集前至少一种靶细胞与至少一种非靶细胞的比率提高。在一些实施方式中，富集至少一种靶细胞包括分隔与至少一种抗体结合的至少一种靶细胞。在一些实施方式中，所分隔的与抗体结合的至少一种靶细胞包括富集的细胞样品。富集至少一种靶细胞包括从细胞样品中去除至少一种非靶细胞，其中至少一种非靶细胞与至少一种抗体结合。在一些实施方式中，去除至少一种非靶细胞后的细胞样品由此产生富集的细胞样品。分隔与抗体结合的靶细胞或与抗体结合的非靶细胞包括使用流式细胞术。分隔与抗体结合的靶细胞或与抗体结合的非靶细胞包括使用荧光激活细胞分选(FACS)、磁激活细胞分选(MACS)或其组合。
在某些实施方式中，本文描述了保存来自月经液样品的核酸、蛋白质和/或代谢物的方法。在一些实施方式中，该方法包括将月经液置于保存溶液中以形成月经液样品和保存溶液的混合物，其中保存溶液保存核酸(DNA或RNA)或一种或多种代谢物或蛋白质的完整性。在各种实施方式中，将月经液样品置于保存溶液中以形成混合物包括将样品收集器放置在系统的第一中心腔中，其中样品收集器被压缩或挤压，例如，以从样品收集器移除至少一部分的样品。在一些实施方式中，样品收集器包括卫生棉条、垫、月经盘、宫颈杯、宫颈盘、海绵、阴唇间垫或其他合适的样品收集器。在一些情况下，将样品收集器放入第一中心腔中由月经液样品所收集自的个体执行。在一些情况下，将样品收集器放置到第一中心腔中是由医疗专业人员，诸如产科医生或护士来执行的。在一些情况下，以压缩样品收集器的方式压缩样品收集器由月经液样品所收集自的个体执行。在一些情况下，样品收集器的压缩在实验室或处理样品收集器以测定所收集的样品的其他位置进行。
在一些实施方式中，一旦在本文所述的系统中收集，收集的样品在室温下保存至少1天、2天、3天、4天、5天、6天、7天、8天、9天、10天、11天、12天、13天或14天。在一些实施方式中，样品在室温下保存长达2周。在一些实施方式中，该方法包括运送该混合物。在一些实施方式中，孵育发生在运送混合物之前、运送混合物期间、递送混合物之后，或其任何组合。在一些实施方式中，例如将混合物运送到测试设施或医疗保健提供者的办公室。
在一些实施方式中，保存溶液包括1-甲基-3-羧乙基-咪唑鎓溴化物、1-己基-3-甲基咪唑鎓溴化物、1-辛基-3-甲基咪唑鎓溴化物、1-癸基-3-甲基咪唑鎓溴化物或1-(2-羟乙基)-3-甲基咪唑鎓溴化物。在一些实施方式中，1-甲基-3-羧乙基-咪唑鎓溴化物、1-己基-3-甲基咪唑鎓溴化物、1-辛基-3-甲基咪唑鎓溴化物、1-癸基-3-甲基咪唑鎓溴化物或1-(2-羟乙基)-3-甲基咪唑鎓溴化物在保存溶液中的浓度约为0.1％至10％(w/v)。在一些实施方式中，保存溶液还包括沉淀剂、低级醇、离液剂、螯合剂、还原剂、pH缓冲剂、水、表面活性剂或其组合。在一些实施方式中，保存溶液包括以下中的至少一种：沉淀剂、低级醇和离液剂。在一些实施方式中，保存溶液包括以下中的至少一种：螯合剂、还原剂、pH缓冲剂。
在一些实施方式中，保存溶液包括表面活性剂。在一些实施方式中，表面活性剂是去污剂。在一些实施方式中，沉淀剂是5-(4-二甲基)氨基苯亚甲基罗丹宁、磺基水杨酸、氯化锂或氢氧化锂。在一些实施方式中，低级醇包括甲醇、乙醇、正丙醇、异丙醇、正丁醇或异丁醇(2-甲基丙-1-醇)。在一些实施方式中，离液剂包括盐酸胍、硫氰酸胍、硫氰酸钾、硫氰酸钠或尿素。在一些实施方式中，螯合剂包括二亚乙基三胺五乙酸(DTPA)；乙二胺四乙酸(EDTA)；乙二醇四乙酸(EGTA)；反式-1,2-二氨基环己烷-N,N,N',N'-四乙酸(CDTA)；1,2-双(2-氨基苯氧基)乙烷-N,N,N',N'-四乙酸(BAPTA)；1,4,7,10-四氮杂环十二烷-1,4,7,10-四乙酸(DOTA)；N-(2-羟乙基)乙二胺-N,N',N'-三乙酸；或次氮基三乙酸(NTA)。在一些实施方式中，还原剂包括2-巯基乙醇、硫代硫酸盐、TCEP(三-(2-羧乙基)膦)、二硫苏糖醇或二硫赤藓糖醇。在一些实施方式中，pH缓冲剂包括柠檬酸；酒石酸；苹果酸；磺基水杨酸；磺基间苯二甲酸；草酸；硼酸盐；CAPS(3-(环己基氨基)-1-丙磺酸)；CAPSO(3-(环己基氨基)-2-羟基-1-丙磺酸)；EPPS(4-(2-羟乙基)-1-哌嗪丙磺酸)；HEPES(4-(2-羟乙基)哌嗪-1-乙磺酸)；MES(2-(N-吗啉代)乙磺酸)；MOPS(3-(N-吗啉代)丙磺酸)；MOPSO(3-吗啉代-2-羟基丙磺酸)；PIPES(1-4-哌嗪二乙磺酸)；TAPS(N-[三(羟甲基)甲基]-3-氨基丙磺酸)；TAPSO(2-羟基-3-[三(羟甲基)甲基氨基]-1-丙磺酸)；TES(N-[三(羟甲基)甲基]-2-氨基乙磺酸)；bicine(N,N-双(2-羟乙基)甘氨酸)；tricine(N-[三(羟甲基)甲基]甘氨酸)；tris(三(羟甲基)氨基甲烷)，或bis-tris(2-[双(2-羟乙基)氨基]-2-(羟甲基)-1,3-丙二醇)。在一些实施方式中，去污剂包括
Figure BDA0003723591860000311
X-100、
Figure BDA0003723591860000312
P40、
Figure BDA0003723591860000313
去污剂、
Figure BDA0003723591860000314
乙氧基化胺去污剂和
Figure BDA0003723591860000315
去污剂。在一些实施方式中，去污剂包括双-(2-羟乙基)异癸氧基丙胺、聚(5)氧化乙烯异癸氧基丙胺、双-(2-羟乙基)异十三烷氧基丙胺、聚(5)氧化乙烯异十三烷氧基丙胺、双-(2-羟乙基)直链烷氧基丙胺、双(2-羟乙基)大豆胺、聚(15)氧化乙烯大豆胺、双(2-羟乙基)十八烷基胺、聚(5)氧化乙烯十八烷基胺、聚(8)氧化乙烯十八烷基胺、聚(10)氧化乙烯十八烷基胺、聚(15)氧乙烯十八烷基胺、双(2-羟乙基)十八烷基氧丙胺、双-(2-羟乙基)牛脂胺、聚(5)氧乙烯牛脂胺、聚(15)氧乙烯牛脂胺、聚(3)氧乙烯1,3二氨基丙烷、双(2-羟乙基)椰油胺、双-(2-羟乙基)异癸氧基丙胺、聚(5)氧乙烯异癸氧基丙胺、双-(2-羟乙基)异癸氧基丙胺、聚(5)氧乙烯异十三烷氧基丙胺、双-(2-羟乙基)直链烷基氧基丙胺、双(2-羟乙基)大豆胺、聚(15)氧化乙烯大豆胺、双(2-羟乙基)十八烷基胺、聚(5)氧化乙烯十八烷基胺、聚(8)氧化乙烯十八烷基胺、聚(10)氧化乙烯十八烷基胺、聚(15)氧乙烯十八烷基胺、双(2-羟乙基)十八烷基氧丙胺、双-(2-羟乙基)牛脂胺、聚(5)氧乙烯牛脂胺、聚(15)氧乙烯牛脂胺、聚(3)氧乙烯1,3二氨基丙烷或双(2-羟乙基)椰油胺。在一些实施方式中，表面活性剂包括来自
Figure BDA0003723591860000316
表面活性剂家族的任何表面活性剂。
在一些实施方式中，保存溶液包括以下中的至少一种：防腐剂、解离剂或其组合。在一些实施方式中，防腐剂包括两性离子化合物、渗透保护剂、凋亡抑制剂、非还原糖或多元醇、二糖衍生物、螯合剂、pH缓冲液、磷酸酶抑制剂、蛋白酶抑制剂或其组合。在一些实施方式中，解离剂包括黏液溶解剂、祛痰剂、表面活性剂、核酸酶、蛋白酶或其组合。在一些实施方式中，保存溶液还包括掺入物。在一些实施方式中，保存溶液基本上由以下组成：两性离子化合物、渗透保护剂、凋亡抑制剂、非还原糖或多元醇、螯合剂、pH缓冲剂、磷酸酶抑制剂、蛋白酶抑制剂、黏液溶解剂、祛痰剂、表面活性剂、核酸酶、蛋白酶、掺入物或其任何组合。在一些实施方式中，保存溶液包括用于选择性裂解样品中的非靶细胞而不是靶细胞的试剂。在一些实施方式中，保存溶液包含用于选择性裂解不是子宫内膜细胞的细胞的试剂。在一些实施方式中，用于选择性裂解的试剂包括解离剂。在一些实施方式中，用于选择性裂解的试剂包括核酸酶、蛋白酶或其组合。在一些实施方式中，保存溶液选择性地裂解样品中约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％或99％的非靶细胞。在一些实施方式中，保存溶液选择性地裂解样品中约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％或99％的不属于靶细胞的细胞。在一些实施方式中，保存溶液还包括结合剂。
在一些实施方式中，保存溶液包括两性离子化合物。在一些实施方式中，两性离子化合物包括甜菜碱或甜菜碱类似物。在一些实施方式中，两性离子化合物包括三甲胺N-氧化物(TMAO)。在一些实施方式中，两性离子化合物包括N-三(羟甲基)甲基-2-氨基乙磺酸；3-(N,N-双[2-羟乙基]氨基)-2-羟基丙磺酸；3-(N-吗啉代)丙磺酸；4-(2-羟乙基)-1-哌嗪乙磺酸；三(羟甲基)氨基甲烷；哌嗪-N,N'-双(2-乙磺酸)；2-(N-吗啉代)乙磺酸水合物；N,N-双(2-羟乙基)-2-氨基乙磺酸；N-[三(羟甲基)甲基]甘氨酸；3-((3-丙烯酰胺基丙基)-二甲基铵基)-丙烷-1-磺酸盐；羟基依克多因；依克多因；4,5,6,7-四氢-2-甲基-1H-(1,3)-二氮杂-4-甲酸(homoectoine)；左旋肉碱；肌氨酸；N,N-二甲基甘氨酸三乙基乙酸铵；磷酸甘油；tricine；季戊四醇；N-乙基-N,N-双-(2-羟乙基)铵-N-4-丁基磺酸盐；3-吗啉代-2-羟基丙磺酸；4-(2-乙氧基-2-氧乙基)-4-乙基吗啉-4-鎓溴化物；N-(2-乙氧基-2-氧乙基)-3-羟基-N,N-双(2-羟基乙基)丙-1-胺鎓溴化物；2-乙氧基-N,N,N-三乙基-2-氧代乙胺鎓溴化物；2-((3-羟丙基)二甲基铵基)乙酸盐；2-((2-羟丙基)二甲基铵基)乙酸盐；2-(2-(羟甲基)-1-甲基哌啶鎓-1-基)乙酸盐；2-((2-羟乙基)二甲基铵基)乙酸盐；2-((2,3-二羟丙基)二甲基铵基)乙酸盐；1-(2-乙氧基-2-氧乙基)-4-羟基-1-甲基哌啶鎓溴化物；2-(4-羟基-1-甲基哌啶鎓-1-基)乙酸盐；2-乙氧基-N-(2-(2-羟基乙氧基)乙基)-N,N-二甲基-2-氧代乙胺鎓溴化物；2-((2-(2-羟基乙氧基)乙基)二甲基铵基)乙酸盐；2-(双(2-羟乙基)-(甲基)铵基)乙酸盐；4-(2-羟乙基)-4-甲基-2-氧代吗啉-4-鎓溴化物；2-(双(2-羟乙基)-(甲基)铵基)乙酸盐；2-(4-(2-羟乙基)吗啉代-4-鎓)乙酸盐；4-(2-乙氧基-2-氧乙基)-4-甲基吗啉-4-鎓溴化物；1-(2-乙氧基-2-氧乙基)-1-甲基吡咯烷鎓溴化物；2-(苄基(2-羟基-乙基)(甲基)铵基)乙酸盐；3-(2,3-二羟丙基)-1-甲基-1H-咪唑-3-鎓氯化物；1,3-二甲基-1H-咪唑-3-鎓甲基硫酸盐；N-苄基-2-乙氧基-N,N-二甲基-2-氧代乙胺鎓溴化物；1-(2-乙氧基-2-氧乙基)-1-甲基哌啶鎓溴化物；N-(2-乙氧基-2-氧乙基)-N,N-二甲基苯基溴化铵；1-(2-乙氧基-2-氧乙基)-3-羟基-1-甲基哌啶鎓溴化物；3-(2-(2-羟基乙氧基)乙基)-1-甲基-1H咪唑-3-鎓氯化物；3-(2-(2-(2-羟基乙氧基)乙氧基)乙基)-1-甲基-1H-咪唑-3-鎓氯化物；1-甲基-3-十四烷基-1H-咪唑-3-鎓溴化物；N-(2-乙氧基-2-氧乙基)-N,N-二甲基环己基溴化铵；3-((2-羟基-乙基)二甲基-铵基)丙酸盐；或其任何组合。在一些实施方式中，两性离子化合物包括两性离子聚合物。在一些实施方式中，两性离子聚合物包括羧基甜菜碱甲基丙烯酸酯-1；羧基甜菜碱甲基丙烯酸酯-1-叔胺；羧基甜菜碱甲基丙烯酸酯-2；羧基甜菜碱丙烯酰胺-2；羧基甜菜碱丙烯酰胺-2-乙酯；羧基甜菜碱丙烯酰胺-2-RGD；羧基甜菜碱二丙烯酰胺交联剂；甘氨酸甜菜碱；聚磺基甜菜碱；或其任何组合。
在一些实施方式中，保存溶液包括渗透保护剂。在一些实施方式中，渗透保护剂包括三甲基铵醋酸盐；磷酸甘油；磷酸二甘油酯，N-(2-羟基-1,1-双(羟甲基)乙基)甘氨酸；3-(N-吗啉代)-2-羟基丙磺酸；季戊四醇；甘油酸；苹果酸；酒石酸；乳酸；乙醇酸；2-羟基丁酸；3-羟基丁酸；4-氨基-3-羟基丁酸；3-(1-氮鎓双环[2.2.2]辛-1-基)丙烷-1-磺酸盐；1-(2-羧基乙基)-1-氮杂双环[2.2.2]辛-1-鎓；或其任何组合。
在一些实施方式中，保存溶液包括凋亡抑制剂。在一些实施方式中，凋亡抑制剂包括PERK-eIF2-α抑制剂、ASK1抑制剂、NRF2-KEAP1抑制剂、JNK抑制剂、p38 MAP激酶抑制剂、IRE1抑制剂、GSK3抑制剂、PIK3通路抑制剂、MEK抑制剂、钙蛋白酶抑制剂、胱天蛋白酶-1抑制剂，或其任何组合。
在一些实施方式中，保存溶液包括非还原糖或多元醇。在一些实施方式中，非还原糖或多元醇包括乙二醇、甘油、赤藓糖醇、苏糖醇、阿糖醇、木糖醇、核糖醇、阿东糖醇、甘露糖醇、山梨糖醇、半乳糖醇、岩藻糖醇、艾杜糖醇、肌醇、阿东糖醇、硫糖铝、蔗糖八硫酸盐、蔗糖、海藻糖，或其任何组合。在一些实施方式中，保存溶液包括二糖衍生物。在一些实施方式中，二糖衍生物包括三氯蔗糖、三氯代麦芽糖或其组合。
在一些实施方式中，保存溶液包括螯合剂。在一些实施方式中，螯合剂包括二亚乙基三胺五乙酸(DTPA)；乙二胺四乙酸(EDTA)；乙二醇四乙酸(EGTA)；反式-1,2-二氨基环己烷-N,N,N',N'-四乙酸(CDTA)；1,2-双(2-氨基苯氧基)乙烷-N,N,N',N'-四乙酸(BAPTA)；1,4,7,10-四氮杂环十二烷-1,4,7,10-四乙酸(DOTA)；N-(2-羟乙基)乙二胺-N,N',N'-三乙酸；葡萄糖酸钠；次氮基三乙酸(NTA)；或其组合。
在一些实施方式中，保存溶液包括pH缓冲剂。在一些实施方式中，pH缓冲剂包括柠檬酸；酒石酸；苹果酸；磺基水杨酸；磺基间苯二甲酸；草酸；硼酸盐；CAPS(3-(环己基氨基)-1-丙磺酸)；CAPSO(3-(环己基氨基)-2-羟基-1-丙磺酸)；EPPS(4-(2-羟乙基)-1-哌嗪丙磺酸)；HEPES(4-(2-羟乙基)哌嗪-1-乙磺酸)；MES(2-(N-吗啉代)乙磺酸)；MOPS(3-(N-吗啉代)丙磺酸)；MOPSO(3-吗啉代-2-羟基丙磺酸)；PIPES(1,4-哌嗪二乙磺酸)；TAPS(N[三(羟甲基)甲基]-3-氨基丙磺酸)；TAPSO(2-羟基-3-[三(羟甲基)甲基氨基]-1-丙磺酸)；TES(N-[三(羟甲基)甲基]-2-氨基乙磺酸)；bicine(N,N-双(2-羟乙基)甘氨酸)；tricine(N-[三(羟甲基)甲基]甘氨酸)；tris(三(羟甲基)氨基甲烷)；bis-tris(2-[双(2-羟乙基)氨基]-2-(羟甲基)-1,3-丙二醇)；或其组合。
在一些实施方式中，保存剂包括磷酸酶抑制剂。在一些实施方式中，磷酸酶抑制剂包含β-甘油磷酸盐、抑肽酶、苯丁抑制素、EDTA、亮抑肽酶、胃酶抑素A或其组合。
在一些实施方式中，保存剂包括蛋白酶抑制剂。在一些实施方式中，蛋白酶抑制剂包括(2R)-2-巯基甲基-4-甲基戊酰基-β-(2-萘基)-Ala-Ala酰胺；2-抗纤溶酶；3,4-二氯异香豆素；4-(2-氨基乙基)苯磺酰氟盐酸盐；5-(R,S)-T-反式-肉桂酰胺基-7-甲基-4-氧代-辛酰基-L-脯氨酰-L-脯氨酸；a1-抗糜蛋白酶；a1-抗胰蛋白酶；a2-抗纤溶酶；a2-巨球蛋白；抗凝血酶III；抑肽酶；溴烯醇内酯；BTEE；C1酯酶抑制剂；胰凝乳蛋白酶抑制剂；补体C1酯酶抑制剂；二氯亚甲基二膦酸二钠盐；氟磷酸二异丙酯；e-氨基-正己酸；大肠杆菌素；EDTA；水蛭抑制剂C片段60-63甲酯；甲磺酸加贝酯；组胺素5；Ile-Pro-Ile；异戊基膦酰基-Gly-L-Pro-L-Ala；亮抑酶肽；N-a-对甲苯磺酰基-L-赖氨酸氯甲基酮盐酸盐；N-乙酰-水蛭抑制剂C；N-甲苯磺酰基-L-苯丙氨酸氯甲基酮；对氯汞苯甲酸游离酸；苯甲基磺酰氟；胰蛋白酶抑制剂；胰蛋白酶-胰凝乳蛋白酶抑制剂；Z-L-Phe氯甲基酮；Boc-Asp(OMe)-氟甲基酮；Z-Ala-Glu(OMe)-Val-Asp(OMe)-氟甲基酮；来自微生物来源蛋白酶抑制剂的抗蛋白酶二盐酸盐；CA-074甲酯；钙蛋白酶抑制剂I；钙蛋白酶抑制剂II；半胱氨酸蛋白酶抑制剂；E-64蛋白酶抑制剂；亮抑酶肽三氟乙酸盐；α2-巨球蛋白；组织蛋白酶原B；Z-Leu-Leu-Leu-氟甲基酮；Z-Phe-Phe-氟甲基酮；或其组合。
月经组指纹图谱制备
还描述了用于制备月经组指纹图谱的方法。在一些实施方式中，月经组包括以下的整体：在月经液中发现的分子、从在月经液中发现的细胞分隔的分子和在月经液中发现的细胞，以及从这些分子和细胞确定的信息。在一些实施方式中，样品月经组指纹图谱包括来自第一样品和第二样品的生物材料中的多个月经组生物标志物的水平和/或存在的差异。在一些实施方式中，月经组指纹图谱包括对月经周期中的特定状态具有特异性的生物标志物的生物学特征。在一些实施方式中，月经指纹图谱代表适合于诊断开发的月经液的特定基因组谱。在一些实施方式中，月经组指纹图谱充当用于收集子宫内膜组织的非侵入性活检。在一些实施方式中，月经组生物标志物包括来自月经期间脱落的子宫内膜组织的生物特征矩阵。
在某些方面，本文所述的系统和方法包括用于制备月经组指纹图谱的方法。在某些实施方式中，用于制备月经指纹图谱的方法包括使用本文所述的方法和系统获得样品。在某些实施方式中，用于制备月经指纹图谱的方法包括使用本文所述的方法和系统获得第一样品和第二样品。在一些实施方式中，该方法包括将生物材料从本文获得的一个或多个样品提取到水性缓冲液中。在一些实施方式中，该方法包括从获得的一个或多个样品分离生物材料。在一些实施方式中，该方法包括构建月经组指纹图谱。
在一些实施方式中，样品月经组指纹图谱包括来自第一样品和第二样品的生物材料中的多个月经组生物标志物的水平和/或存在的差异。在一些实施方式中，样品月经组指纹图谱包括，与参考月经组指纹图谱相比，来自第一样品和/或第二样品的生物材料中的多个月经组生物标志物的水平和/或存在的差异。在一些实施方式中，样品月经组指纹图谱包括来自第一样品的生物材料中的多个月经组生物标志物的水平和/或存在。在一些实施方式中，将样品月经组指纹图谱与参考指纹图谱进行比较。在一些实施方式中，与在外周血或宫颈阴道组织中相比，本文所述的生物标志物在宫颈阴道液或月经液中显示出不同的存在或水平。
在一些实施方式中，该方法包括从受试者获得第一样品和第二样品，其中第一样品和第二样品包括收集到第一吸收性样品收集器和第二吸收性样品收集器上的宫颈阴道液或月经液；将第一样品和第二样品分别从第一样品收集器和第二样品收集器洗脱到水性缓冲液中；从第一样品和第二样品中的每一个分离生物材料；和构建样品月经组指纹图谱，其中样品月经组指纹图谱包括来自第一样品和第二样品的生物材料中的多个月经组生物标志物的水平和/或存在的差异。在一些实施方式中，该方法包括：从受试者获得第一样品和第二样品，其中第一样品和第二样品包括收集到第一吸收性样品收集器和第二吸收性样品收集器上的宫颈阴道液或月经液；将第一样品和第二样品分别从第一样品收集器和第二样品收集器洗脱到水性缓冲液中；从第一样品和第二样品中的每一个分离生物材料；构建样品月经组指纹图谱，其中样品月经组指纹图谱包括，与参考月经组指纹图谱相比，来自第一样品和/或第二样品的生物材料中的多个月经组生物标志物的水平和/或存在的差异。在一些实施方式中，该方法包括：从受试者获得第一样品，其中第一样品包括收集到吸收性样品收集器上的宫颈阴道液或月经液；将第一样品从样品收集器洗脱到水性缓冲液中；从第一样品分离生物材料；构建样品月经组指纹图谱，其中样品月经组指纹图谱包括来自第一样品的生物材料中的多个月经组生物标志物的水平和/或存在；和将样品月经组指纹图谱与参考指纹图谱进行比较。在一些实施方式中，使用本文所述的方法和装置收集和/或保存样品。在一些实施方式中，受试者患有或怀疑患有子宫内膜异位症。
在一些实施方式中，受试者是女性。在一些实施方式中，受试者患有慢性盆腔疼痛、不孕症、重度月经出血或其组合。在一些实施方式中，受试者是哺乳动物。在一些实施方式中，哺乳动物是人类。在一些实施方式中，受试者被怀疑患有子宫内膜异位症。在一些实施方式中，受试者尚未接受子宫内膜异位症的手术诊断。在一些实施方式中，受试者具有子宫内膜异位症家族史。在一些实施方式中，子宫内膜异位症是深部浸润性子宫内膜异位症(DIE)、浅表腹膜子宫内膜异位症(SPE)或卵巢子宫内膜瘤(OE)。
在一些实施方式中，样品包括本文所述的任何生物材料或样品，包括月经液样品和宫颈阴道液样品。在某些实施方式中，生物材料包括一种或多种本文所述的生物材料。在一些实施方式中，生物材料包括但不限于RNA、DNA、miRNA、蛋白质、微生物和哺乳动物细胞。在一些实施方式中，生物材料是RNA，并且多个月经组生物标志物包括多个基因的表达水平。在一些实施方式中，生物材料是RNA，并且多个月经组生物标志物包括多个miRNA的存在和/或水平。在一些实施方式中，生物材料是细胞，并且多个月经组生物标志物衡量一种或多种细胞类型的存在和/或量。在一些实施方式中，生物材料是DNA，并且多个月经组生物标志物衡量一种或多种微生物的存在和/或水平。在一些实施方式中，生物材料是DNA，并且多个月经组生物标志物衡量微生物的多样性。
在某些实施方式中，本文所述的方法包括从本文所述的一个或多个样品分离生物材料或分析所提取的生物材料的方法或测定。在某些实施方式中，本文所述的方法包括从样品分离生物材料。在某些实施方式中，从样品分离生物材料包括使用本文所述的方法或测定从样品分隔生物材料。在某些实施方式中，生物材料包括核酸、蛋白质、细胞或其组合。
在一些实施方式中，该方法或测定包括从本文所述的宫颈阴道样品分隔核酸、蛋白质或其组合。在一些实施方式中，该方法或测定包括从本文所述的样品分隔核酸、蛋白质或其组合。在各种实施方式中，创建样品的等分试样。在一些实施方式中，该方法或测定包括从样品的第一等分试样中分隔核酸和从样品的第二等分试样中分隔蛋白质。从样品中分隔核酸、蛋白质或其组合包括样品中细胞的裂解；核酸、蛋白质或其组合从样品的提取；和/或提取的核酸、提取的蛋白质或其组合的纯化。
在一些实施方式中，该方法或测定包括样品中细胞的裂解。在一些实施方式中，裂解是化学裂解、机械裂解或其组合。在一些实施方式中，化学裂解包括向样品添加裂解酶、离液剂、去污剂或其组合。在一些实施方式中，机械裂解包括均质化、超声处理、剪切或冲击细胞。在一些实施方式中，冲击包括渗透冲击。在一些实施方式中，裂解导致细胞的核酸和蛋白质的释放。在一些实施方式中，该方法或测定包括纯化样品中的核酸、蛋白质或其组合。
在一些实施方式中，该方法或测定包括从样品提取核酸、蛋白质或其组合。在一些实施方式中，核酸是DNA、RNA或其组合。在一些实施方式中，RNA包括mRNA、tRNA、rRNA、miRNA、siRNA或其组合。提取包括有机相萃取。在一些实施方式中，该方法或测定包括提取的核酸、提取的蛋白质或其组合的纯化。
在一些实施方式中，该方法或测定包括对来自样品或经富集样品的核酸进行测序。在一些实施方式中，测序是全基因组测序或全外显子组测序。在一些实施方式中，测序是高通量测序。在一些实施方式中，核酸被测序至至少5x、10x、20x、30x、40x、50x、60x、70x、80x、90x、100x、150x、200x、250x、300x或超过300x覆盖的深度。在一些实施方式中，测序是靶向测序，其中对一种或多种预先选择的核酸靶标进行测序。在一些实施方式中，一种或多种预先选择的核酸靶标是子宫内膜异位症特异性的一种或多种生物标志物。在一些实施方式中，测序包括16S rRNA或16S rDNA的测序。在一些实施方式中，该方法或测定包括在测序之前进行亚硫酸氢盐处理。在一些实施方式中，本文所述的方法或测定包括确定核酸序列中核酸的甲基化状态(即，甲基化或未甲基化)。在一些实施方式中，核酸是胞嘧啶。在一些实施方式中，本文所述的方法或测定包括确定核酸序列的甲基化模式。
在一些实施方式中，该方法或测定包括从个体的生物样品确定一种或多种选自以下的微RNA(miR)的表达水平：miR-1271-5p、miR-4485-3p、miR-125b-2-3p和miR-410-3p。在一些实施方式中，该方法或测定包括从个体的生物样品确定一种或多种选自以下的微RNA(miR)的表达水平：miR-23b-3p、miR-30a-3p/5p和miR-34a-5p。在一些实施方式中，该方法或测定包括从生物样品确定一种或多种选自以下的miR的表达水平：let-7c-5p、miR-100-5p、miR-149-5p、miR-193b-3p、miR-221-5p、miR-363-3p、miR-99a-5p、let-7e-5p、miR-10a-5p、miR-10b-5p、miR-125b-5p、miR-127-3p、miR-132-3p、miR-141-3p、miR-142-5p、miR-143-3p、miR-144-5p、miR-145-5p、miR-152-3p、miR-16-2-3p、miR-17-3p、miR-195-5p、miR-196b-5p、miR-199a-3p/199b-3p、miR-200a-3p、miR-200c-3p、miR-203a-3p、miR-205-5p、miR-21-3p、miR-21-5p、miR-22-3p、miR-222-3p、miR-224-5p、miR-23b-3p、miR-27b-3p、miR-28-3p、miR-30a-3p、miR-30a-5p、miR-34a-5p、miR-34c-5p、miR-365a-3p/365b-3p、miR-375、miR-409和miR-98-5p。在一些实施方式中，该方法或测定包括从个体的生物样品确定一种或多种微RNA的表达水平，该微RNA调节或预计会调节参与至少一种KEGG通路的至少一种基因的表达。在一些实施方式中，KEGG通路是：“ECM-受体”、“黏附连接”、“癌症中的蛋白聚糖”、“TGF-β信号传导”、“Hippo信号传导”、“癌症中的微RNA”、“癌症中的通路”、“乙型肝炎”、“胶质瘤”、“慢性髓性白血病”、“膀胱癌”或其组合。在一些实施方式中，至少一种KEGG通路涉及Wnt/JNK/VEGF信号传导。
在一些实施方式中，该方法或测定包括确定选自表4中的CpG位点的一个或多个CpG位点的甲基化谱。
在一些实施方式中，月经组足迹包括确定生物样品中细菌多样性的量度。在一些实施方式中，细菌多样性的量度是至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多种细菌的量。
在一些实施方式中，生物样品包括一种或多种细菌细胞。在一些实施方式中，所述一种或多种细菌细胞包括来自拟杆菌门、变形菌门、放线菌门、蓝细菌门、梭杆菌门、螺旋菌门、软壁菌门、酸杆菌门、TM7门或互养菌门的一种或多种细菌。在一些实施方式中，所述一种或多种细菌细胞包括来自以下属的一种或多种细菌：乳杆菌属、加德纳氏菌属梭杆菌属、葡萄球菌属、链球菌属、陌生物菌属、Mageeibacillus、动弯杆菌属、支原体属、拟杆菌属、普雷沃氏菌属、Porphyeromonas、戴阿利斯特杆菌属、陌生物菌属、巨球形菌属、丙酸杆菌属、卟啉单胞菌属、皮杆菌属、莫拉氏菌属、厌氧球菌属、消化链球菌属、弯曲杆菌属、棒状杆菌属、费克蓝姆氏菌属、克雷伯氏菌属、嗜胨菌属、斯尼思菌属、脲枝原体属、芬戈尔德菌属、放线菌属、梭菌属、韦荣氏球菌属、嗜胨菌属、安德克氏菌属、粪杆菌属、嗜血杆菌属、鞘胺醇单胞菌属、气球菌属、威克斯氏菌属、双歧杆菌属、布劳特氏菌属或其组合。在一些实施方式中，一种或多种细菌包括来自图4C、图4D、图4E，或其组合中描述的属的细菌。在一些实施方式中，细菌多样性的量度包括至少一种第一细菌与至少一种第二细菌的比率。
在一些实施方式中，细菌多样性的量度包括多样性指数。在一些实施方式中，多样性指数包括香农(Shannon)多样性指数、辛普森(Simpson)多样性指数或伯杰-帕克(Berger-Parker)多样性指数。在一些实施方式中，细菌多样性衡量细菌种、属、科、功能类型或单倍型的多样性。在一些实施方式中，细菌多样性通过测序确定。在一些实施方式中，测序包括桑格(Sanger)测序或高通量测序。在一些实施方式中，测序识别生物样品中的细菌种。在一些实施方式中，测序识别细菌种的丰度。在一些实施方式中，测序是16S rRNA或其部分的测序。
在一些实施方式中，生物标志物显示在一种或多种健康状态之间在宫颈阴道液或月经液中的水平存在差异。在一些实施方式中，与外周血或宫颈阴道组织相比，生物标志物在宫颈阴道液或月经液中显示出不同的存在或水平。
在一些实施方式中，方法还包括将样品月经组指纹图谱与参考月经组指纹图谱进行比较。在一些实施方式中，参考月经组指纹图谱包括与健康状态相关联的多个月经组生物标志物的阈值水平或存在。在一些实施方式中，健康参考月经组指纹图谱包括主成分分析；t-分布随机邻域嵌入；热图；多样性指数；经典、度量和非度量多维缩放(MDS)；扩散图；接受者操作特征曲线；k均值聚类；判别模型构建；具有逐步特征选择的多元逻辑回归；树；随机森林和主成分分析。在一些实施方式中，参考状态包括手术之前或之后的健康状态。在一些实施方式中，参考状态包括没有子宫内膜异位症的患者。在一些实施方式中，参考状态包括健康受试者。在一些实施方式中，健康受试者是没有子宫内膜异位症家族史的受试者。在一些实施方式中，健康受试者是未患有或未怀疑患有生殖障碍的受试者，包括但不限于多囊卵巢综合征(PCOS)、子宫内膜异位症或其组合。在一些实施方式中，健康受试者是具有生殖障碍家族史的受试者。
一些实施方式中，第一样品和第二样品包括本文所述的任何样品或生物样品。在一些实施方式中，第一样品和第二样品包括在不同时间点从受试者收集的生物材料。在一些实施方式中，时间点被约15分钟至约30天之间的时间段分开。在一些实施方式中，时间点相隔至少约5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55或60分钟的时间段。在一些实施方式中，时间点相隔至少约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30天的时间段。在一些实施方式中，时间点相隔至少约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个月的时间段。在一些实施方式中，时间点相隔不超过约5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55或60分钟的时间段。在一些实施方式中，时间点相隔不超过约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30天的时间段。在一些实施方式中，时间点相隔不超过约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个月的时间段。在一些实施方式中，时间点相隔不超过约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10年或超过10年的时间段。
在一些实施方式中，时间点包括受试者的月经周期内的不同天数。在一些实施方式中，正常的月经周期大约每月发生一次，包括子宫内膜通过阴道脱落。在一些实施方式中，正常的月经流持续大约4或5天，持续最多7天，并且每21至35天发生一次。在一些实施方式中，时间点在单个月经周期内。在一些实施方式中，时间点包括不同月经周期中的天数。在一些实施方式中，时间点在受试者的月经的一天或多天期间。在一些实施方式中，一个时间点在受试者的月经期间而一个时间点不在受试者的月经期间。在一些实施方式中，至少一个时间点在重度流血日期间。在一些实施方式中，至少一个时间点在轻度流血日期间。在一些实施方式中，至少一个时间点不在流血日期间。在一些实施方式中，至少一个时间点在排卵期间。
在一些实施方式中，两种或更多种健康状态包括在医学治疗之前和之后。在一些实施方式中，医学治疗是手术，诸如治疗子宫内膜异位症或其他月经紊乱的手术。在一些实施方式中，健康状态包括手术之前或之后的健康状态。在一些实施方式中，健康状态是慢性盆腔疼痛、不孕症、重度月经出血、饮食失调；极度减肥；过度运动；多囊卵巢综合征(PCOS)；卵巢囊肿；卵巢早衰；乳腺癌；卵巢癌；不孕症；卵巢储备减少；慢性或频繁的尿路感染；异位妊娠；心脏病；1型糖尿病；2型糖尿病；诸如狼疮、多发性硬化症或类风湿性关节炎等自身免疫性疾病；盆腔炎(PID)；肌瘤(例如，子宫肌瘤)；子宫腺肌病；宫颈癌；子宫内膜癌；子宫癌；细菌性阴道病、衣原体、淋病、生殖器疱疹、肝炎、人类免疫缺陷病毒、获得性免疫缺陷综合征、人类乳头瘤病毒、梅毒、滴虫，或宫颈或子宫内膜感染，或其组合。在一些实施方式中，健康状态包括月经紊乱。在一些实施方式中，子宫内膜异位症是深部浸润性子宫内膜异位症(DIE)、浅表腹膜子宫内膜异位症(SPE)或卵巢子宫内膜瘤(OE)。
在一些实施方式中，参考足迹包括已知子宫内膜异位症状态的个体的一种或多种微RNA的表达水平、甲基化谱、细菌多样性的量度或其组合。
在一些实施方式中，该方法或测定还包括基于生物标志物或生物标志物特征生成报告。在一些实施方式中，生物标志物或生物标志物特征包括一种或多种miRNA相对于参考表达水平的表达水平、一种或多种基因组区域的甲基化谱、细菌多样性的量度或其组合。
在一些实施方式中，用于在个体中分类或检测子宫内膜异位症的方法或测定包括从个体的生物样品(例如，月经液样品)确定一种或多种微RNA(miR)的表达水平。在一些情况下，在个体月经周期的第一天、第二天、第三天、第四天、第五天、第六天和/或第七天收集生物样品或月经液样品。在某些情况下，在个体月经周期的第二天收集生物样品或月经液样品。
在一些实施方式中，该方法或测定还包括从个体的生物样品确定两种、三种或更多种微RNA(miR)的表达水平。在一些实施方式中，miR选自miR-1271-5p、miR-4485-3p、miR-125b-2-3p和/或miR-410-3p。在一些实施方式中，miR包括细胞内miR、细胞外miR或细胞内和细胞外miR。在某些实施方式中，miR从生物样品中的细胞分隔。在各种实施方式中，miR从生物样品的非细胞部分分隔。在一些实施方式中，从总生物样品(例如，从生物样品的细胞内部分和细胞外部分两者)分隔miR。在一些实施方式中，通过任何合适的方法评估或检测miR。在一些实施方式中，使用测序评估或检测miR。
在一些实施方式中，生物样品包括月经液、宫颈阴道液或两者。在一些实施方式中，生物样品安设在如本文所提供的样品收集器中。在一些实施方式中，样品收集器是垫、卫生棉条、阴道杯、宫颈帽、月经盘、宫颈盘、海绵、阴唇间垫，或其组合。
病症检测
在某些实施方式中，本文描述的是用于检测个体中病症的方法或测定。在某些实施方式中，本文描述的是用于检测个体中子宫内膜异位症的方法或测定。在一些实施方式中，个体是女性。在一些实施方式中，个体患有慢性盆腔疼痛、不孕症、重度月经出血或其组合。在一些实施方式中，个体是哺乳动物。在一些实施方式中，哺乳动物是人类。在一些实施方式中，个体被怀疑患有子宫内膜异位症。在一些实施方式中，个体尚未接受子宫内膜异位症的手术诊断。在一些实施方式中，个体具有子宫内膜异位症家族史。在一些实施方式中，子宫内膜异位症是深部浸润性子宫内膜异位症(DIE)、浅表腹膜子宫内膜异位症(SPE)或卵巢子宫内膜瘤(OE)。在一些实施方式中，本文所述的方法或测定具有小于10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％或1％的错误发现率。在一些实施方式中，本文所述的方法或测定具有5％或更低的错误发现率。在一些实施方式中，本文提供了用于分类或检测个体的子宫内膜异位症的方法或测定。在一些实施方式中，所述方法或测定具有至少80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％或100％的特异性。
在一些实施方式中，本文所述的方法或测定包括从本文所述的系统取出本文所述的样品。在一些实施方式中，样品通过位于系统上的端口从系统取出。在一些实施方式中，样品经由通过端口插入的注射器从系统取出。在一些实施方式中，从系统取出约2ml至约4ml的样品。在某些实施方式中，从系统取出约1ml至约5ml的样品。
在一些实施方式中，该方法或测定包括从样品分隔生物标志物，包括但不限于核酸、蛋白质或细胞。在一些实施方式中，该方法或测定包括从样品分隔核酸、蛋白质或其组合。在各种实施方式中，创建样品的等分试样。在一些实施方式中，该方法或测定包括从样品的第一等分试样分隔核酸和从样品的第二等分试样分隔蛋白质。从样品分隔核酸、蛋白质或其组合包括样品中细胞的裂解；核酸、蛋白质或其组合从样品的提取；和/或提取的核酸、提取的蛋白质或其组合的纯化。在一些实施方式中，与外周血或宫颈阴道组织相比，生物标志物在宫颈阴道液或月经液中显示出不同的存在或水平。
在一些实施方式中，该方法或测定包括样品中细胞的裂解。在一些实施方式中，裂解是化学裂解、机械裂解或其组合。化学裂解包括向样品添加裂解酶、离液剂、去污剂或其组合。机械裂解包括均质化、超声处理、剪切或冲击细胞。在一些实施方式中，冲击包括渗透冲击。在一些实施方式中，裂解导致细胞的核酸和蛋白质的释放。在一些实施方式中，该方法或测定包括纯化样品中的核酸、蛋白质或其组合。
在一些实施方式中，该方法或测定包括从样品提取核酸、蛋白质或其组合。在一些实施方式中，核酸是DNA、RNA或其组合。在一些实施方式中，RNA包括mRNA、tRNA、rRNA、miRNA、siRNA或其组合。提取包括有机相萃取。在一些实施方式中，该方法或测定包括提取的核酸、提取的蛋白质或其组合的纯化。
在一些实施方式中，该方法或测定包括对来自样品或富集样品的核酸进行测序。在一些实施方式中，测序是全基因组测序或全外显子组测序。在一些实施方式中，测序是高通量测序。在一些实施方式中，核酸被测序至至少5x、10x、20x、30x、40x、50x、60x、70x、80x、90x、100x、150x、200x、250x、300x或超过300x覆盖的深度。在一些实施方式中，测序是靶向测序，其中对一种或多种预先选择的核酸靶标进行测序。在一些实施方式中，一种或多种预先选择的核酸靶标是子宫内膜异位症特异性的一种或多种生物标志物。在一些实施方式中，测序包括16S rRNA或16S rDNA的测序。在一些实施方式中，该方法或测定包括在测序之前进行亚硫酸氢盐处理。在一些实施方式中，本文所述的方法或测定包括确定核酸序列中核酸的甲基化状态(即，甲基化或未甲基化)。在一些实施方式中，核酸是胞嘧啶。在一些实施方式中，本文所述的方法或测定包括确定核酸序列的甲基化模式。
在一些实施方式中，该方法或测定包括从个体的生物样品确定一种或多种选自以下的微RNA(miR)的表达水平：miR-1271-5p、miR-4485-3p、miR-125b-2-3p和miR-410-3p。在一些实施方式中，该方法或测定包括从个体的生物样品确定一种或多种选自以下的微RNA(miR)的表达水平：miR-23b-3p、miR-30a-3p/5p和miR-34a-5p。在一些实施方式中，该方法或测定包括从生物样品确定一种或多种选自以下的miR的表达水平：let-7c-5p、miR-100-5p、miR-149-5p、miR-193b-3p、miR-221-5p、miR-363-3p、miR-99a-5p、let-7e-5p、miR-10a-5p、miR-10b-5p、miR-125b-5p、miR-127-3p、miR-132-3p、miR-141-3p、miR-142-5p、miR-143-3p、miR-144-5p、miR-145-5p、miR-152-3p、miR-16-2-3p、miR-17-3p、miR-195-5p、miR-196b-5p、miR-199a-3p/199b-3p、miR-200a-3p、miR-200c-3p、miR-203a-3p、miR-205-5p、miR-21-3p、miR-21-5p、miR-22-3p、miR-222-3p、miR-224-5p、miR-23b-3p、miR-27b-3p、miR-28-3p、miR-30a-3p、miR-30a-5p、miR-34a-5p、miR-34c-5p、miR-365a-3p/365b-3p、miR-375、miR-409和miR-98-5p。在一些实施方式中，该方法或测定包括从个体的生物样品确定一种或多种微RNA的表达水平，该微RNA调节或预计调节参与至少一种KEGG通路的至少一种基因的表达。在一些实施方式中，KEGG通路是：“ECM-受体”、“黏附连接”、“癌症中的蛋白聚糖”、“TGF-β信号传导”、“Hippo信号传导”、“癌症中的微RNA”、“癌症中的通路”、“乙型肝炎”、“胶质瘤”、“慢性髓性白血病”、“膀胱癌”或其组合。在一些实施方式中，至少一种KEGG通路涉及Wnt/JNK/VEGF信号传导。
在一些实施方式中，该方法或测定包括将一种或多种miR的表达水平与参考表达水平进行比较。在一些实施方式中，比较包括进行差异表达分析。将机器学习算法用于差异表达分析。在一些实施方式中，参考表达水平获自健康受试者。在一些实施方式中，健康受试者是未患有子宫内膜异位症或未怀疑患有子宫内膜异位症的受试者。在一些实施方式中，健康受试者是没有子宫内膜异位症家族史的受试者。在一些实施方式中，健康受试者是未患有或未怀疑患有生殖障碍的受试者，包括但不限于多囊卵巢综合征(PCOS)、子宫内膜异位症或其组合。在一些实施方式中，健康受试者是具有生殖障碍家族史的受试者。在一些实施方式中，一种或多种miR的表达水平相对于参考表达水平升高或降低表明受试者患有子宫内膜异位症。
在一些实施方式中，该方法或测定包括确定选自表4中的CpG位点的一个或多个CpG位点的甲基化谱。
在一些实施方式中，该方法或测定包括确定生物样品中细菌多样性的量度。在一些实施方式中，细菌多样性的量度是至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多种细菌的量。在一些实施方式中，生物样品包括一种或多种细菌细胞。在一些实施方式中，一种或多种细菌细胞包括来自拟杆菌门、变形菌门、放线菌门、蓝细菌门、梭杆菌门、螺旋菌门、软壁菌门、酸杆菌门、TM7门或互养菌门的一种或多种细菌。在一些实施方式中，一种或多种细菌细胞包括来自以下属的一种或多种细菌：乳杆菌属、加德纳氏菌属梭杆菌属、葡萄球菌属、链球菌属、陌生物菌属、Mageeibacillus、动弯杆菌属、支原体属、拟杆菌属、普雷沃氏菌属、Porphyeromonas、戴阿利斯特杆菌属、陌生物菌属、巨球形菌属、丙酸杆菌属、卟啉单胞菌属、皮杆菌属、莫拉氏菌属、厌氧球菌属、消化链球菌属、弯曲杆菌属、棒状杆菌属、费克蓝姆氏菌属、克雷伯氏菌属、嗜胨菌属、斯尼思菌属、脲枝原体属、芬戈尔德菌属、放线菌属、梭菌属、韦荣氏球菌属、嗜胨菌属、安德克氏菌属、粪杆菌属、嗜血杆菌属、鞘胺醇单胞菌属、气球菌属、威克斯氏菌属、双歧杆菌属、布劳特氏菌属或其组合。在一些实施方式中，一种或多种细菌包括来自图4C、图4D、图4E，或其组合中描述的属的细菌、路氏乳杆菌谷物亚种、乳杆菌属的种3、乳杆菌属的种9或其组合。在一些实施方式中，细菌多样性的量度是至少一种第一细菌与至少一种第二细菌的比率。
在一些实施方式中，细菌多样性的量度是多样性指数。在一些实施方式中，多样性指数是香农多样性指数、辛普森多样性指数或伯杰-帕克多样性指数。在一些实施方式中，细菌多样性衡量细菌种、属、科、功能类型或单倍型的多样性。在一些实施方式中，细菌多样性通过测序确定。在一些实施方式中，测序是桑格测序或高通量测序。在一些实施方式中，测序识别生物样品中的细菌种。在一些实施方式中，测序识别细菌种的丰度。在一些实施方式中，测序是16S rRNA或其部分的测序。在一些实施方式中，生物样品中细菌多样性相对于参考细菌多样性的增加表明受试者患有子宫内膜异位症。在一些实施方式中，参考细菌多样性水平是健康个体中的细菌多样性。在一些实施方式中，健康受试者是未患有子宫内膜异位症或未怀疑患有子宫内膜异位症的受试者。在一些实施方式中，健康受试者是未患有或未怀疑患有生殖障碍的受试者，包括但不限于多囊卵巢综合征(PCOS)、子宫内膜异位症或其组合。在一些实施方式中，健康受试者是具有生殖障碍家族史的受试者。
在一个示例中，细菌是痤疮丙酸杆菌。在一些实施方式中，痤疮丙酸杆菌丰度相对于参考痤疮丙酸杆菌丰度的增加表明受试者患有子宫内膜异位症。在一些实施方式中，痤疮丙酸杆菌丰度比参考痤疮丙酸杆菌丰度增加至少5倍、至少10倍或至少15倍表明受试者患有子宫内膜异位症。在一些实施方式中，参考痤疮丙酸杆菌丰度是健康受试者中痤疮丙酸杆菌的丰度。在一些实施方式中，健康受试者是未患有子宫内膜异位症或未怀疑患有子宫内膜异位症的受试者。在一些实施方式中，健康受试者是未患有或未怀疑患有生殖障碍的受试者，包括但不限于多囊卵巢综合征(PCOS)、子宫内膜异位症或其组合。在一些实施方式中，健康受试者是具有生殖障碍家族史的受试者。
在一些实施方式中，该方法或测定包括将分类器算法(或分类器)应用于来自个体的生物样品的一种或多种微RNA的表达水平、甲基化谱、细菌多样性的量度或其组合，从而生成个体的分类。在一些实施方式中，分类选自：可能的子宫内膜异位症和不太可能的子宫内膜异位症。在一些实施方式中，可能的子宫内膜异位症的分类选自：子宫内膜异位症的高可能性、子宫内膜异位症的中等可能性和子宫内膜异位症的低可能性。在一些实施方式中，分类是量化个体患有子宫内膜异位症的可能性的数值评分。在一些实施方式中，该方法或测定包括使用机器学习模型来生成分类器算法。生成分类器算法包括使用来自已知子宫内膜异位症状态的个体(例如，被诊断患有子宫内膜异位症的个体或被诊断为没有子宫内膜异位症的个体)的训练数据。在一些实施方式中，训练数据包括已知子宫内膜异位症状态的个体的一种或多种微RNA的表达水平、甲基化谱、细菌多样性的量度或其组合。在一些实施方式中，分类器算法包括决策树、随机森林、贝叶斯网络、支持向量机、神经网络或逻辑回归算法。在一些实施方式中，分类器是随机森林分类器。在一些实施方式中，随机森林分类器包括至少10、20、50、100、1000或5000个决策树。机器学习模型用于差异表达分析。
在一些实施方式中，该方法或测定还包括基于生物标志物或生物标志物特征生成报告。在一些实施方式中，生物标志物或生物标志物特征包括一种或多种miRNA相对于参考表达水平的表达水平、一种或多种基因组区域的甲基化谱、细菌多样性的量度或其组合。在一些实施方式中，该方法或测定还包括将报告传输给保健医生。在一些实施方式中，报告包含对个体施用干预的建议。在一些实施方式中，干预包括外科干预、治疗干预或其组合。在一些实施方式中，手术干预包括手术移除子宫内膜异位病灶的至少一部分、子宫切除术、输卵管卵巢切除术、骶前神经切除术或腹腔镜子宫神经消融术。在一些实施方式中，治疗干预包括施用治疗剂。在一些实施方式中，治疗剂是激素、激素激动剂、激素拮抗剂、芳香酶抑制剂、抗炎疗法、乙酰转移酶、组蛋白脱乙酰酶抑制剂、磷酸二酯酶抑制剂或其组合。在一些实施方式中，激素是合成激素。在一些实施方式中，激素是雌激素、孕激素、孕酮、雄激素、促性腺激素释放激素(Gn-RH)或其组合。在一些实施方式中，激素激动剂是促性腺激素释放激素(Gn-RH)激动剂。在一些实施方式中，激素拮抗剂是促性腺激素释放激素(Gn-RH)拮抗剂。在一些实施方式中，疗法是包含激素的节育剂。在一些实施方式中，抗炎疗法是NSAID、JNK抑制剂、TNF抑制剂、白细胞介素(IL)抑制剂或其组合。
在一些实施方式中，该方法或测定还包括对个体施用干预。在一些实施方式中，干预是从报告中确定的。在一些实施方式中，在没有报告的情况下确定干预。在一些实施方式中，干预包括外科干预、治疗干预或其组合。在一些实施方式中，手术干预包括手术移除子宫内膜异位病灶的至少一部分、子宫切除术、输卵管卵巢切除术、骶前神经切除术或腹腔镜子宫神经消融术。在一些实施方式中，治疗干预包括施用治疗剂。在一些实施方式中，治疗剂是激素、激素激动剂、激素拮抗剂、芳香酶抑制剂、抗炎疗法、乙酰转移酶、组蛋白脱乙酰酶抑制剂、磷酸二酯酶抑制剂或其组合。在一些实施方式中，激素是合成激素。在一些实施方式中，激素是雌激素、孕激素、孕酮、雄激素、促性腺激素释放激素(Gn-RH)或其组合。在一些实施方式中，激素激动剂是促性腺激素释放激素(Gn-RH)激动剂。在一些实施方式中，激素拮抗剂是促性腺激素释放激素(Gn-RH)拮抗剂。在一些实施方式中，疗法是包含激素的节育剂。在一些实施方式中，抗炎疗法是NSAID、JNK抑制剂、TNF抑制剂、白细胞介素(IL)抑制剂或其组合。在一些实施方式中，该方法或测定还包括评估干预的成功、成功的可能性、不完全成功或失败、失败的可能性。
在一些实施方式中，用于在个体中分类或检测子宫内膜异位症的方法或测定包括从个体的生物样品(例如，月经液样品)确定一种或多种微RNA(miR)的表达水平。在一些情况下，在个体月经周期的第一天、第二天、第三天、第四天、第五天、第六天和/或第七天收集生物样品或月经液样品。在某些情况下，在个体月经周期的第二天收集生物样品或月经液样品。
在一些实施方式中，该方法或测定还包括从个体的生物样品确定两种、三种或更多种微RNA(miR)的表达水平。在一些实施方式中，miR选自miR-1271-5p、miR-4485-3p、miR-125b-2-3p和/或miR-410-3p。在一些实施方式中，miR包括细胞内miR、细胞外miR或细胞内和细胞外miR。在某些实施方式中，miR从生物样品中的细胞分隔。在各种实施方式中，miR从生物样品的非细胞部分分隔。在一些实施方式中，从总生物样品(例如，从生物样品的细胞内外部分和细胞外部分两者)分隔miR。在一些实施方式中，通过任何合适的方法评估或检测miR。在一些实施方式中，使用测序评估或检测miR。
在一些实施方式中，该方法或测定还包括将一种或多种miR的表达水平与参考表达水平进行比较。在各种情况下，一种或多种miR的表达水平相对于参考表达水平的升高或降低表明个体患有子宫内膜异位症。在一些实施方式中，生物样品包括月经液、宫颈阴道液或两者。在一些实施方式中，生物样品安设在如本文所提供的样品收集器中。在一些实施方式中，样品收集器包括垫、卫生棉条、阴道杯、宫颈帽、月经盘、宫颈盘、海绵、阴唇间垫，或其组合。
治疗子宫内膜异位症
在某些实施方式中，本文描述的是治疗怀疑患有子宫内膜异位症的受试者的方法和系统。在一些实施方式中，该方法包括从受试者获得或已经从受试者获得如本文所述的生物样品；对生物样品进行或已经对生物样品进行测定以确定受试者是否具有指示子宫内膜异位症的生物标志物；如果受试者具有指示子宫内膜异位症的生物标志物，则向受试者施用干预，并且如果受试者不具有指示子宫内膜异位症的生物标志物，则不施用干预。在一些实施方式中，指示子宫内膜异位症的生物标志物是指示子宫内膜异位症的微RNA表达特征。在一些实施方式中，指示子宫内膜异位症的微RNA表达特征包括相对于选自以下的一种或多种微RNA在未患有子宫内膜异位症的个体中的表达，所述一种或多种微RNA(miR、miRNA)的显著不同表达：miR-1271-5p、miR-4485-3p、miR-125b-2-3p、miR-410-3p、let-7c-5p、miR-100-5p、miR-149-5p、miR-193b-3p、miR-221-5p、miR-363-3p、miR-99a-5p、let-7e-5p、miR-10a-5p、miR-10b-5p、miR-125b-5p、miR-127-3p、miR-132-3p、miR-141-3p,miR-142-5p、miR-143-3p、miR-144-5p、miR-145-5p、miR-152-3p、miR-16-2-3p、miR-17-3p、miR-195-5p、miR-196b-5p、miR-199a-3p/199b-3p、miR-200a-3p、miR-200c-3p、miR-203a-3p、miR-205-5p、miR-21-3p、miR-21-5p、miR-22-3p、miR-222-3p、miR-224-5p、miR-23b-3p、miR-27b-3p、miR-28-3p、miR-30a-3p、miR-30a-5p、miR-34a-5p、miR-34c-5p、miR-365a-3p/365b-3p、miR-375、miR-409和miR-98-5p及其组合。在一些实施方式中，指示子宫内膜异位症的微RNA表达特征包括相对于选自以下的一种或多种微RNA在未患有子宫内膜异位症的个体中的表达，所述一种或多种微RNA(miR)的显著不同表达：miR-1271-5p、miR-4485-3p、miR-125b-2-3p、miR-410-3p及其组合。
在一些实施方式中，本文所述的方法和系统包括对或已经对生物样品进行测定以确定受试者是否具有指示子宫内膜异位症的生物标志物，包括：从或已经从生物样品提取核酸，以及对或已经对来自提取的核酸的一种或多种生物标志物进行测序。在一些实施方式中，一种或多种生物标志物是一种或多种微RNA。在一些实施方式中，与在外周血或宫颈阴道组织中相比，生物标志物在宫颈阴道液或月经液中显示出不同的存在或水平。
在一些实施方式中，干预包括外科干预、治疗干预或其组合。在一些实施方式中，手术干预包括手术移除子宫内膜异位病灶的至少一部分、子宫切除术、输卵管卵巢切除术、骶前神经切除术或腹腔镜子宫神经消融术。在一些实施方式中，治疗干预包括施用治疗剂。在一些实施方式中，治疗剂是激素、激素激动剂、激素拮抗剂、芳香酶抑制剂、抗炎疗法、乙酰转移酶、组蛋白脱乙酰酶抑制剂、磷酸二酯酶抑制剂或其组合。在一些实施方式中，激素是合成激素。在一些实施方式中，激素是雌激素、孕激素、孕酮、雄激素、促性腺激素释放激素(Gn-RH)或其组合。在一些实施方式中，激素激动剂是促性腺激素释放激素(Gn-RH)激动剂。在一些实施方式中，激素拮抗剂是促性腺激素释放激素(Gn-RH)拮抗剂。在一些实施方式中，治疗剂是包含激素的节育剂。在一些实施方式中，抗炎疗法是NSAID、JNK抑制剂、TNF抑制剂、白细胞介素(IL)抑制剂或其组合。
在某些实施方式中，本文描述的是预测对个体中子宫内膜异位症干预的成功的方法。在一些实施方式中，该方法包括在诸如手术或施用治疗组合物等干预之前从个体取得生物样品。在一些实施方式中，干预是治疗子宫内膜异位症的干预。在一些实施方式中，该方法包括在干预之前对取得的生物样品进行测定以确定个体的生物标志物或生物标志物特征。在一些实施方式中，该方法包括在干预之后从个体取得生物样品。在一些实施方式中，该方法包括在干预之后对取得的生物样品进行测定以确定个体的生物标志物或生物标志物特征。在一些实施方式中，该方法包括将干预之前取得的生物样品中的生物标志物或生物标志物特征与干预之后取得的生物样品中的生物标志物或生物标志物特征进行比较。预测干预的成功是基于干预之前取得的生物样品中的生物标志物或生物标志物特征、干预之后取得的生物样品中的生物标志物或生物标志物特征、干预之前取得的生物样品中的生物标志物或生物标志物特征与干预之后取得的生物样品中的生物标志物或生物标志物特征的比较，或其组合。预测干预的成功包括将生物标志物或生物标志物特征与来自接受干预的个体的已知生物标志物或生物标志物特征进行比较，其中该个体的结果是已知的，例如干预成功或干预失败。
样品收集系统
在某些实施方式中，本文描述的是用于从诸如月经液等生物样品收集细胞和其他生物材料(核酸、蛋白质、代谢物)的系统或装置。在一些实施方式中，该系统或装置与本文所述的方法一起使用。在一些实施方式中，该系统包括上部；下部；中心部分，该中心部分包括被配置成可操作地耦合到上部的第一端和可操作地耦合到下部的第二端；以及压缩构件，该压缩构件包括：安设在中心部分中的压缩第一端，该压缩第一端形成与中心部分的内表面接触的压缩基座，该压缩基座和中心部分形成被配置成接收样品收集器的第一中心空腔；和耦合到下部的压缩第二端；其中压缩构件被配置成在下部启动时压缩样品收集器。在一些实施方式中，上部包括被配置成保留保存溶液的上空腔。在一些实施方式中，上空腔可经由可破坏构件进入。在一些实施方式中，中心部分被配置成保留保存溶液。在一些实施方式中，保存溶液(例如，安设在可破坏构件内)安设在压缩基座处或邻近压缩基座。
在一些实施方式中，样品收集装置包括用于从受试者收集生物样品的系统，该系统包括样品收集器，该样品收集器以非侵入方式从受试者收集生物样品。在一些实施方式中，将样品收集器插入受试者的阴道腔中以收集生物样品。在一些实施方式中，本文所述的系统收集一定体积的生物样品，该生物样品包括月经液、宫颈阴道液、分泌的黏液、脱落的子宫细胞、脱落的卵巢细胞或其他细胞、组织或流体。在一些实施方式中，样品收集器由能够收集和/或保留生物样品的材料制成。在一些实施方式中，样品收集器由快速吸收液体样品的高吸收性材料制成。在一些实施方式中，样品收集器由快速释放所吸收的液体样品的材料制成，诸如当压缩机制(例如，压力、力)被施加到样品收集器时。在一些实施方式中，系统包括用于从样品收集器提取生物样品的提取器。在一些实施方式中，提取器包括用于将压缩机构施加于样品收集器的组件。在一些实施方式中，用于施加压缩机构的组件包括但不限于弹簧、螺纹螺钉、杠杆、气密柱塞或基于滚轮的压缩。在一些实施方式中，吸收在样品收集器上的液体样品通过将压缩机构施加到样品收集器来提取。在一些实施方式中，系统包括压缩机构。在一些实施方式中，系统不包括压缩机构。在一些实施方式中，压缩机构在系统外部被压缩。在一些实施方式中，关闭或密封系统会启动压缩机构。在一些实施方式中，关闭或密封系统不会启动压缩机构。在一些实施方式中，压缩机构的启动与关闭或密封系统分开。在一些实施方式中，在样品收集器上吸收的液体样品在没有压缩机构的情况下被提取。在一些实施方式中，吸收在样品收集器上的液体样品被洗脱到本文所述的缓冲液中。在一些实施方式中，提取器包括经由开口接收样品收集器的样品容器，以及与样品容器流体连通以接收从样品收集器释放的生物样品的储存器。在一些实施方式中，储存器和/或容器包含溶液，该溶液包含用于分析、保存、储存或运输收集的生物样品的一种或多种试剂。在一些实施方式中，一种或多种试剂对于水解、扩散或释放生物样品是必需的。在一些实施方式中，一种或多种试剂对于分析、保存或提取生物样品中的脱氧核糖核酸、核糖核酸或蛋白质是必需的。在一些实施方式中，一种或多种试剂对于降低分析背景噪声是必需的。在一些实施方式中，一种或多种试剂对于沉淀或去除生物样品中的污染物是必需的。在一些实施方式中，一种或多种试剂对于针对分析物在生物样品中的存在或不存在而测试生物样品是必需的。在一些实施方式中，容器包含在与样品收集器接触时溶解样品收集器所必需的试剂。因此，在一些实施方式中，样品收集器由与储存在容器中的试剂接触时溶解的材料制成，从而将生物样品释放到容器中。在一些实施方式中，系统还包括包含腔室的筒匣，其中筒匣和/或腔室经由对接单元连接到储存器，使得在筒匣和/或腔室与储存器接触时，释放的生物样品流入筒匣和/或腔室。在一些实施方式中，对接单元包括单向压力阀。在一些实施方式中，对接单元包括可重新密封的狭缝。在一些实施方式中，包含收集的生物样品的筒匣被覆盖或密封。在一些实施方式中，包含收集的生物样品的筒匣被运输而不会对收集的生物样品造成损坏或降解。
图5和图6A-图6C图示了用于收集如本文所述的样品的月经液细胞收集系统400的实施方式。在一些实施方式中，系统400包括上部401、中心部分402、下部403和压缩构件404。
在一些实施方式中，上部401包括上空腔405、可破坏构件406、上部401的内表面425和破坏元件407。在一些实施方式中，上部401耦合到中心部分402的第一端414。在一些实施方式中，上部401可螺纹地耦合到第一端414。在一些实施方式中，上部401不能例如由患者可移除地耦合到中心部分402。在一些实施方式中，上部401通过移除上部401中的螺钉或其他合适的耦合构件而可移除地耦合到中心部分402，例如由医疗从业者或技术人员。在一些实施方式中，上部401密封或被配置成密封第一中心空腔411。在一些实施方式中，上部401或中心部分402的第一端414中的一个包括密封件，使得从第一中心空腔411到系统外部的流体连通被禁止(例如，使得流体不能流出第一中心空腔411)。
在一些实施方式中，系统400还包括连接器，其中连接器柔性地将上部401耦合到中心部分402。在一些实施方式中，连接器柔性地将上部401耦合到中心部分402，使得连接器弯曲以允许上部401耦合到中心部分402的第一端414。在一些实施方式中，连接器包括聚乙烯、聚丙烯、聚酯、尼龙、聚氯乙烯、聚苯乙烯、聚(甲基丙烯酸甲酯)、聚醚醚酮、橡胶、硅树脂、热塑性弹性体(TPE)或其组合，或由它们形成。
在一些实施方式中，可破坏构件406包围保存溶液(例如，Biomatrica
Figure BDA0003723591860000561
)。在一些实施方式中，由可破坏构件406包围的保存溶液的量在约3ml至约12ml、约5ml至约10ml、约7.5ml至约10ml、或约7ml至约8ml的范围内。在一些实施方式中，可破坏构件406包括聚乙烯、聚丙烯、聚酯、尼龙、聚氯乙烯、聚苯乙烯、聚(甲基丙烯酸甲酯)、聚醚醚酮、铝或其组合，或由它们形成。在一些实施方式中，铝是可热封的铝箔。
在一些实施方式中，破坏元件407包括第一表面408、第二表面409和开口410。在一些实施方式中，破坏元件407的第一表面408与可破坏构件406邻近。在一些实施方式中，破坏元件407的第二表面409与第一中心空腔411邻近。在一些实施方式中，破坏元件409被配置成在启动上部403时破坏可破坏构件406。在一些实施方式中，破坏元件409朝向可破坏构件406移位，使得力施加在可破坏构件406上。在一些实施方式中，该力导致可破坏构件406断裂、破坏、失效或打开。在一些实施方式中，穿孔器(例如，浮动穿孔器)安设在可破坏构件406内(例如，保存溶液内)。在一些实施方式中，在压缩可破坏构件406时，穿孔器使可破坏构件406断裂、破坏或打开。
在一些实施方式中，破坏元件409包括一个或多个突起(例如，在第一表面408上)，该一个或多个突起被配置成切割或刺穿可破坏构件406，例如，当破坏元件407被压靠在可破坏构件406上或朝向该可破坏构件移位时。在一些实施方式中，一个或多个突起包括刀片、尖端、尖状物或被配置成破坏可破坏构件406的另一合适的突起。在一些实施方式中，将上部401耦合到中心部分402的第一端414启动上部401。在一些实施方式中，在启动上部401和/或随后破坏可破坏构件406时，破坏元件410的开口409允许或容许上空腔405与第一中心空腔411之间的流体连通。在一些实施方式中，换一种说法，保存溶液流出被破坏的可破坏构件406，流过开口409，并流入第一中心空腔411的至少一部分。在一些实施方式中，保存溶液被配置成在破坏可破坏构件时流入或进入第一中心空腔411。
在一些实施方式中，当样品收集器安设在第一中心空腔411中时，破坏元件407被配置成在启动下部403时在样品收集器上施加第一力。在一些实施方式中，下部403的启动(例如，下部403相对于中心部分402的旋转)使压缩第一端418朝向上空腔405移位或移动。在一些实施方式中，下部403的启动使压缩基座417朝向上腔405移位。压缩基座417的移位被配置成在样品收集器上施加第二力，例如，当样品收集器安设在第一中心空腔411中时。在一些实施方式中，下部403提供机械优势，使得患者能够使用系统400压缩样品收集器。如图5所示，在一些实施方式中，下部403耦合(例如，螺纹地耦合)到中心部分402。在一些实施方式中，当由使用者启动时，下部403与中心部分402之间的相互作用提供了机械优势，使得足够的力施加在样品收集器的至少一部分上以压缩或压碎样品收集器。在一些实施方式中，超过20磅、30磅、40磅、50磅、60磅、70磅、80磅、90磅或100磅的负载由系统400施加在样品收集器上。在某些实施方式中，小于200磅、180磅、160磅、140磅、120磅、100磅或80磅的负载由系统400施加在样品收集器上。
在一些实施方式中，中心部分402包括第一中心空腔411、第二中心空腔412、内表面413、第一端414和第二端415。在一些实施方式中，中心部分402还包括止挡件424。在一些实施方式中，中心部分402耦合到下部403。在一些实施方式中，中心部分402螺纹地耦合到下部403。在一些实施方式中，下部403可相对于中心部分402沿第一方向旋转。在一些实施方式中，相对于中心部分402的第一方向是顺时针旋转。在一些实施方式中，下部403不能相对于中心部分402沿第二方向旋转。在一些实施方式中，相对于中心部分402的第二方向是逆时针旋转。在一些实施方式中，第一中心空腔411安设在压缩基座417与中心部分的第一端414之间。在一些实施方式中，压缩基座417和中心部分402进一步形成第二中心空腔412。在一些实施方式中，第二中心空腔412被配置成接收保存溶液和来自样品收集器的生物样品。
在一些实施方式中，中心部分402包括端口416。在一些实施方式中，端口416安设成穿过中心部分415的第二端415的至少一部分。在一些实施方式中，端口416允许进入第二中心空腔412。在一些实施方式中，端口416是阀。在一些实施方式中，阀是自密封阀、安全阀、取样阀、单向阀、止回阀、鸭嘴阀、挡板阀、伞形阀、隔膜或其他合适的阀。在一些实施方式中，端口416经由注射器进入(例如，注射器可通过端口416的至少一部分移位)。在一些实施方式中，中心部分402包括一个、两个、三个、四个、五个或超过五个端口。在一些实施方式中，端口416通过基座422上的外部开口423进入。
在一些实施方式中，压缩构件404包括压缩基座417、压缩第一端418和压缩第二端419。在一些实施方式中，压缩基座417包括压缩基座密封件420和压缩基座417的外表面421。在一些实施方式中，压缩基座密封件420包括丁腈橡胶、乙丙橡胶、全氟弹性体(FFKM)、氟硅橡胶、氯丁橡胶、氯丁二烯、聚氨酯、硅橡胶、碳氟化合物或其组合，或由它们形成。在一些实施方式中，乙烯-丙烯橡胶是乙烯-丙烯共聚物(EPR)或乙烯-丙烯-二烯三元共聚物(EPDM)。
在一些实施方式中，压缩构件的一部分(例如，细长构件)延伸穿过中心部分402的第二端415的至少一部分。在一些实施方式中，压缩基座417包括压缩基座密封件420，使得流体连通在压缩基座417的至少一部分周围的第一方向上被允许并且在压缩基座417的至少一部分周围的第二方向上被禁止或限制。在一些实施方式中，第一方向是从第一中心空腔411到第二中心空腔412。在一些实施方式中，第二方向是从第二中心空腔412到第一中心空腔411。在一些实施方式中，压缩基座密封件420围绕压缩基座417的外表面421延伸。在一些实施方式中，压缩基座密封件420安设在压缩基座417与中心部分402的内表面413之间。在一些实施方式中，当压缩构件404的一部分延伸穿过中心部分402的第二端415中的孔口或开口时，孔口包括密封件，使得第二中心空腔与中心部分的外部之间的流体连通被禁止。
在一些实施方式中，邻近中心部分402的第一端414的位置处的第一中心空腔411具有第一直径。在一些实施方式中，邻近中心部分402的第二端415的位置处的第二中心空腔412具有第二直径。在一些实施方式中，在第一端414与第二端415之间的一个或多个位置处的第一中心空腔411和第二中心空腔412具有第三直径。在一些实施方式中，在第一端414与第二端415之间的一个或多个位置处的第一中心空腔411和第二中心空腔412的直径增大或减小。在一些实施方式中，直径逐渐增大或减小(例如，内表面413是倾斜的)。
在某些实施方式中，第一直径和第二直径基本相等。在各种实施方式中，第一和第二直径小于第三直径。在一些实施方式中，当压缩基座417邻近中心部分402的第二端415安设时，压缩基座密封件420在压缩基座417与中心部分402的内表面413之间形成密封。在一些实施方式中，当压缩基座417邻近中心部分402的第一端414安设时，压缩基座密封件420在压缩基座417与中心部分402的内表面413之间形成密封。在一些实施方式中，当压缩基座417安设在中心部分402的第一端414与第二端415之间的位置时，压缩基座密封件420不会在压缩基座417与中心部分402的内表面413之间形成密封。在一些实施方式中，当压缩基座417在中心部分402的第一端414与第二端415之间移位时，压缩基座417与中心部分402的内表面413之间没有形成密封。在一些情况下，如果在中心部分402的第一端414与第二端415之间的一个或多个位置处形成密封，则在系统400中(例如，在第一中心空腔411或第二中心空腔412中的一个或多个内)会积聚过多的压力。在一些实施方式中，压缩基座密封件420是压力密封。在一些实施方式中，如果系统400的至少一部分内的压力增加到阈值水平以上，则压力密封释放或被配置成释放系统400中的压力(例如，通过允许流体或空气通过)。
参考图5，在一些实施方式中，系统400还包括一个或多个脊部或肋部427。如所图示，脊部427沿中心部分402的内表面413的一部分延伸。在一些实施方式中，一个或多个凹部沿着中心部分402的内表面413的一部分延伸。在一些实施方式中，脊部427或凹部在中心部分402的第一端414与第二端415之间的一个或多个位置处中断压缩基座417与中心部分402的内表面413之间密封的形成，使得在系统400的至少一部分内的压力不会增加到高于阈值水平(例如，在系统400内避免或抑制过大压力的发展)。
在一些实施方式中，下部403包括基座422。在一些实施方式中，基座422包括外部开口423。在一些实施方式中，基座422包括一个、两个、三个、四个、五个或超过五个的开口。在一些实施方式中，外部开口423允许、容许或提供对端口416的进入。
图7A-图7C和图8A-图8C图示了本文描述的系统400的实施方式的使用。在一些实施方式中，虽然上部401被配置成可操作地连接到中心部分402，但在经由中心部分414的第一端插入样品收集器之前不连接到中心部分402(图7A)。在一些实施方式中，下部403在经由中心部分402的第一端414插入样品收集器之前可操作地耦合到中心部分402(图7A)。
在一些实施方式中，样品收集器426放置在系统400的第一中心空腔411中(图8A)。在一些实施方式中，在样品收集器426经由中心部分402的第一端414插入到第一中心空腔411中之后，上部401可操作地耦合到中心部分402(图7B)。将上部401可操作地耦合到中心部分402包括将上部401螺纹地耦合到中心部分402以及沿第一方向旋转上部401以启动上部401。在一些实施方式中，旋转上部401直至上部401连接或接触止挡件424(图7B)。
在一些实施方式中，旋转上部401直至系统给出信号(例如，触觉信号)。在一些实施方式中，信号是声音。在一些实施方式中，声音是咔哒声。通过旋转上部401来启动上部401包括减小破坏元件407与上部425的内表面之间的距离(图8B)。在一些实施方式中，上部401的启动包括上部401相对于中心部分402在第一方向上的旋转。在一些实施方式中，第一方向是顺时针方向。在一些实施方式中，上部401不能相对于中心部分402在第二方向上旋转。在一些实施方式中，第二方向是逆时针方向。在一些实施方式中，破坏元件407与上部425的内表面之间的空间包括容纳可破坏构件406的上空腔405。
在一些实施方式中，当上部401与止挡件424连接或接触时，或者当系统给出信号时，完成上部401的启动。在一些实施方式中，当没有实现或执行上部401在第一方向上的附加旋转时，完成上部401的启动。在一些实施方式中，上部401的启动在可破坏构件406破裂时完成。在一些实施方式中，上部401的启动导致样品收集器426的压缩(图8C)。
在一些实施方式中，在启动上部401之后，启动下部403。在一些实施方式中，下部403的启动包括下部403相对于中心部分402在第一方向上的旋转。在一些实施方式中，旋转下部403直至下部403连接或接触止挡件424(图7C)。在一些实施方式中，旋转下部403直至系统给出信号(例如，触觉信号)。在一些实施方式中，信号是声音。在一些实施方式中，声音是咔哒声。在一些实施方式中，当没有实现或执行下部403在第一方向上的附加旋转时，完成下部403的启动。在一些实施方式中，下部403的启动使压缩基座417的压缩第一端418朝向破坏元件407移位(图8B和图8C)。在一些实施方式中，破坏元件407被配置成在下部403启动时在样品收集器上施加第一力。在一些实施方式中，第一力在压缩第一端418与破坏元件407之间压缩样品收集器。在一些实施方式中，样品收集器的压缩导致保存溶液与进入第二中心空腔412的生物样品混合。在各种实施方式中，上部401耦合到中心部分402。在这样的配置中，上部401被密封到中心部分402。在一些实施方式中，密封的形成由触觉信号(例如，咔哒声)指示。在一些实施方式中，在将上部401耦合到中心部分402并形成密封之后，下部403被启动，使得保存溶液从可破坏构件406释放。在一些实施方式中，保存溶液不会泄漏或流出系统400(例如，在密封件周围)而接触使用者。
在一些实施方式中，在下部403的启动完成之前，压缩基座密封件420允许第一中心空腔411与第二中心空腔412之间的流体连通。在一些实施方式中，第一中心空腔411和第二中心空腔412之间的流体连通允许与生物样品混合的保存溶液进入第二中心空腔412。在一些实施方式中，下部403的启动的完成抑制或阻止第一中心空腔411与第二中心空腔412之间通过或围绕压缩基座密封件420的流体连通。在一些实施方式中，当下部403连接或接触止挡件424时，当系统给出信号时，当未实现或执行下部403沿第一方向的附加旋转时，或其组合时，完成下部403的启动。
在某些实施方式中，本文所述的是包括本文所述的系统和样品收集器(例如，卫生棉条)的试剂盒。在一些实施方式中，试剂盒包括识别描述、标签和/或包装插页。在一些实施方式中，试剂盒还包括运输包。在一些实施方式中，运输包用于在使用后运输系统。在一些实施方式中，运输包包括亲水材料。在一些实施方式中，亲水材料包括棉花、纤维素、水凝胶、吸收性聚合物或其组合。在一些实施方式中，运输包包括1、2、3、4、5层或超过5层的亲水材料。如果运输包装包括超过两层的亲水材料，则超过两层的亲水材料中的至少一层不同于其余层。在一些实施方式中，亲水材料包含在小袋中。在一些实施方式中，小袋由聚乙烯、聚丙烯、聚酯、尼龙、聚氯乙烯、聚苯乙烯、聚(甲基丙烯酸甲酯)、聚醚醚酮或其组合形成。在一些实施方式中，运输包包括胶条、胶水或防水拉链，用于在将包括样品收集器的系统放入内部之后密封运输包。在一些实施方式中，运输包被预先贴上标签。在一些实施方式中，运输包装还包括至少一层吸收材料。
在一些实施方式中，试剂盒还包括标签或包装插页。在一些实施方式中，标签或包装插页包括试剂盒内容物列表、与试剂盒在本文所述方法中的使用相关的说明或其组合。在一些实施方式中，标签在系统上或与系统相关联。在一些实施方式中，当形成标签的字母、数字或其他字符被附接、模制或蚀刻到系统本身中时，则标签在系统上。在一些实施方式中，当标签例如作为包装插页存在于还保持系统的容器或载体中时，则标签与系统相关联。在一些情况下，标签用于指示内容物将用于特定应用，诸如从月经液中收集样品。
编号的实施方式
本文的公开内容进一步由以下编号的实施方式定义。1.一种用于对受试者的子宫内膜异位症进行分类或检测的测定法，包括从所述受试者的月经液样品确定一种或多种微RNA(miR)的表达水平，其中在所述受试者的月经周期的第一天、第二天、第三天、第四天、第五天、第六天和/或第七天收集所述月经液样品。2.根据实施方式0所述的测定法，其中在所述受试者的月经周期的第二天收集所述月经液样品。3.根据实施方式0或实施方式[0163]所述的测定法，还包括从所述受试者的所述月经液样品确定两种或更多种微RNA(miR)的表达水平。4.根据实施方式0或实施方式[0163]所述的测定法，还包括从所述受试者的所述月经液样品确定三种或更多种微RNA(miR)的表达水平。5.根据实施方式1-[0163]中任一项所述的测定法，其中所述miRNA选自miR-1271-5p、miR-4485-3p、miR-125b-2-3p和miR-410-3p。6.根据实施方式1-[0163]中任一项所述的测定法，还包括将所述表达水平与所述一种或多种miR的参考表达水平进行比较，其中所述一种或多种miR的表达水平相对于所述参考表达水平升高或降低指示所述受试者患有子宫内膜异位症。7.根据实施方式1-[0163]中任一项所述的测定法，其中所述miR是细胞内miR。8.根据实施方式1-[0163]中任一项所述的测定法，其中所述miR是细胞外miR。9.根据实施方式1-[0163]中任一项所述的测定法，其中所述miR是细胞内和细胞外miR。10.根据实施方式1-[0163]中任一项所述的测定法，其中所述月经液还包括宫颈阴道液。11.根据实施方式[0163]-[0163]中任一项所述的测定法，其中所述月经液样品安设在样品收集器中。12.根据实施方式[0163]所述的测定法，其中所述样品收集器是垫、卫生棉条、阴道杯、宫颈帽、月经盘、宫颈盘、海绵或阴唇间垫。13.一种用于从样品收集器收集生物样品的系统，所述系统包括上部；下部；中心部分，所述中心部分包括被配置成可操作地耦合到所述上部的第一端和可操作地耦合到所述下部的第二端；保留保存溶液的可破坏构件；以及压缩构件，所述压缩构件包括：安设在所述中心部分中的压缩第一端，所述压缩第一端形成与所述中心部分的内表面接触的压缩基座，所述压缩基座和所述中心部分形成被配置成接收样品收集器的第一中心空腔；和耦合到所述下部的压缩第二端；其中所述压缩构件被配置成在所述下部启动时压缩样品收集器，使得所述可破坏构件被破坏并释放所述保存溶液。14.根据实施方式13所述的系统，其中所述可破坏构件安设在所述上部的上空腔中。15.根据实施方式13或[0163]所述的系统，还包括被配置成在启动所述上部时破坏所述可破坏构件的破坏元件。16.根据实施方式[0163]所述的系统，其中所述破坏元件包括开口，使得允许所述上空腔与所述第一中心空腔之间的流体连通。17.根据实施方式[0163]或实施方式[0163]所述的系统，其中所述破坏元件包括邻近所述可破坏构件的第一表面和邻近所述第一中心空腔的第二表面。18.根据实施方式[0163]-[0163]中任一项所述的系统，其中当样品收集器安设在所述第一中心空腔中时，所述破坏元件被配置成在启动所述下部时在样品收集器上施加第一力。19.根据实施方式[0163]-[0163]中任一项所述的系统，其中当样品收集器安设在所述第一中心空腔中时，所述下部的启动使所述破坏元件朝向所述上空腔移位。20.根据实施方式1-[0163]中任一项所述的系统，其中所述可破坏构件包围所述保存溶液。21.根据实施方式1-[0163]中任一项所述的系统，其中所述可破坏构件包括聚乙烯、聚丙烯、聚酯、尼龙、聚氯乙烯、聚苯乙烯、聚(甲基丙烯酸甲酯)、聚醚醚酮、铝箔或其组合。22.根据实施方式[0163]所述的系统，其中所述铝箔是可热封的。23.根据实施方式1-[0163]中任一项所述的系统，其中所述保存溶液被配置成在所述可破坏构件被破坏时流入所述第一中心空腔。24.根据实施方式13所述的系统，其中所述可破坏构件邻近所述压缩基座安设。25.根据实施方式[0163]所述的系统，其中所述可破坏构件包围所述保存溶液。26.根据实施方式[0163]或实施方式[0163]所述的系统，其中所述可破坏构件包括聚乙烯、聚丙烯、聚酯、尼龙、聚氯乙烯、聚苯乙烯、聚(甲基丙烯酸甲酯)、聚醚醚酮、铝箔或其组合。27.根据实施方式[0163]所述的系统，其中所述铝箔是可热封的。28.根据实施方式[0163]-[0163]中任一项所述的系统，其中所述保存溶液被配置成在所述可破坏构件被破坏时流入所述第一中心空腔。29.根据实施方式13-[0163]中任一项所述的系统，其中所述上部被配置成密封所述中心空腔。30.根据实施方式13-[0163]中任一项所述的系统，其中所述中心部分的所述上部或所述第一端中的一个包括密封件，使得从所述第一中心腔到所述系统外部的流体连通被禁止。31.根据实施方式[0163]-[0163]中任一项所述的系统，其中所述上部可螺纹地耦合到所述中心部分的第一端。32.根据实施方式[0163]所述的系统，其中所述上部不能由患者可移除地耦合到所述中心部分。33.根据实施方式[0163]或实施方式[0163]所述的系统，其中所述上部可由患者相对于所述中心部分沿第一方向旋转，并且其中所述下部不能由所述患者相对于所述中心沿第二方向旋转部分。34.根据实施方式[0163]-[0163]中任一项所述的系统，其中所述第一空腔安设在所述压缩基座与所述中心部分的所述第一端之间。35.根据实施方式[0163]-[0163]中任一项所述的系统，其中所述压缩基座和所述中心部分还形成第二中心空腔，所述第二中心空腔被配置成接收所述保存溶液和来自样品收集器的生物样品。36.根据实施方式[0163]-[0163]中任一项所述的系统，其中所述下部的启动使所述压缩基座朝向所述上空腔移位。37.根据实施方式[0163]所述的系统，其中所述压缩基座的所述移位被配置成在样品收集器上施加第二力。38.根据实施方式[0163]-[0163]中任一项所述的系统，其中所述中心部分可螺纹地耦合到所述下部。39.根据实施方式[0163]所述的系统，其中所述中心部分与所述下部的可螺纹耦合提供了机械优势。40.根据实施方式[0163]或实施方式[0163]所述的系统，其中所述下部可由患者相对于所述中心部分沿第一方向旋转，并且其中所述下部不能由所述患者相对于所述中心部分沿第二方向旋转。41.根据实施方式1-[0163]中任一项所述的系统，其中所述压缩构件的一部分延伸穿过所述中心部分的所述第二端。42.根据实施方式41所述的系统，其中所述压缩构件的所述部分延伸穿过所述中心部分的所述第二端中的孔口，并且其中所述孔口包括密封件，使得所述第二中心空腔与所述中心部分的外部之间的流体连通被禁止。43.根据实施方式1-42中任一项所述的系统，其中所述压缩基座包括压缩基座密封件，使得流体连通在第一方向上被允许而在第二方向上被禁止。44.根据实施方式43所述的系统，其中所述压缩基座密封件围绕所述压缩基座的外表面延伸。45.根据实施方式43或实施方式44所述的系统，其中所述压缩基座密封件安设在所述压缩基座与所述中心部分的所述内表面之间。46.根据实施方式43-45中任一项所述的系统，其中所述第一方向是从所述第一中心空腔到所述第二中心空腔，并且其中所述第二方向是从所述第二中心空腔到所述第一中心空腔。47.根据实施方式1-46中任一项所述的系统，其中所述中心部分包括端口。48.根据实施方式47所述的系统，其中所述端口穿过所述中心部分的所述第二端安设。49.根据实施方式47或实施方式48所述的系统，其中所述端口允许进入所述第二中心空腔。50.根据实施方式47-49中任一项所述的系统，其中所述端口是阀。51.根据实施方式50所述的系统，其中所述阀是自密封阀、隔膜、止回阀、安全阀或取样阀。52.根据实施方式1-50中任一项所述的系统，其中所述样品收集器是垫、卫生棉条、阴道杯、宫颈帽、月经盘、宫颈盘、海绵或阴唇间垫。53.根据实施方式1-52中任一项所述的系统，其中保存溶液的体积为5ml至10ml。54.根据实施方式53所述的系统，其中所述保存溶液的体积为约7.5mL。55.根据实施方式1-54中任一项所述的系统，其中所述保存溶液的渗透压摩尔浓度为约310至约410mOsmkg-1。56.根据实施方式1-54中任一项所述的系统，其中所述保存溶液的渗透压摩尔浓度为约95至约210mOsm kg-1。57.一种试剂盒，包括：实施方式1-56中任一项的系统；和样品收集器。58.根据实施方式57所述的试剂盒，其中所述样品收集器是垫、卫生棉条、阴道杯、宫颈帽、月经盘、宫颈盘、海绵或阴唇间垫。59.根据实施方式57或实施方式58所述的试剂盒，还包括运输包。60.根据实施方式59所述的试剂盒，其中所述运输包包括亲水材料。61.根据实施方式60所述的试剂盒，其中所述亲水材料包括棉花、纤维素、水凝胶、吸收性聚合物或其组合。62.根据实施方式60或实施方式61所述的试剂盒，其中所述运输包包括至少一层所述亲水材料。63.根据实施方式60或实施方式61所述的试剂盒，其中所述亲水性材料包含在小袋中。64.根据实施方式63所述的试剂盒，其中所述小袋由聚乙烯、聚丙烯、聚酯、尼龙、聚氯乙烯、聚苯乙烯、聚(甲基丙烯酸甲酯)、聚醚醚酮或其组合形成。65.根据实施方式59所述的试剂盒，其中所述运输包包括用于密封所述运输包的装置。66.根据实施方式65所述的试剂盒，其中用于密封所述运输包的装置包括胶条、胶水、防水拉链或其组合。67.根据实施方式59-66中任一项所述的试剂盒，其中所述运输包包括标签。68.根据实施方式57-67中任一项所述的试剂盒，还包括所述系统的使用说明。69.一种使用根据实施方式1-56中任一项所述的系统或根据实施方式57-68中任一项所述的试剂盒收集的生物样品。70.一种从样品收集器收集生物样品的方法，所述方法包括：a.获得装置，所述装置包括：上部，所述上部包括被配置成保留保存溶液的上空腔，其中所述上空腔可经由可破坏构件进入；下部；中心部分，所述中心部分包括被配置成可操作地耦合到所述上部的第一端和可操作地耦合到所述下部的第二端；以及压缩构件，所述压缩构件包括：安设在所述中心部分中的第一压缩端，所述第一压缩端形成与所述中心部分的内表面接触的压缩基座，所述压缩基座和所述中心部分形成第一中心空腔，所述第一中心空腔被配置成接收样品收集器；和耦合到所述下部的第二压缩端；其中所述压缩构件被配置成在启动所述下部时压缩样品收集器；以及b.将样品收集器放入所述第一中心空腔中；c.启动所述下部以压缩所述样品收集器来从所述样品收集器释放所述生物样品；和d.收集所述生物样品。71.根据实施方式70所述的方法，其中所述样品收集器是垫、卫生棉条、阴道杯、宫颈帽、月经盘、宫颈盘、海绵或阴唇间垫。72.根据实施方式70或实施方式71所述的方法，其中启动所述下部包括相对于所述中心部分沿第一方向旋转所述下部。73.根据实施方式70-72中任一项所述的方法，其中所述压缩基座和所述中心部分还形成第二中心空腔，所述第二中心空腔被配置成接收所述保存溶液和来自样品收集器的生物样品。74.根据实施方式70-73中任一项所述的方法，其中所述收集包括从所述第二中心空腔中提取所述生物样品。75.根据实施方式74所述的方法，其中所述提取所述生物样品是通过允许进入所述装置上的所述第二中心空腔的端口。76.根据实施方式75所述的方法，其中所述端口是阀。77.根据实施方式76所述的方法，其中所述阀是自密封阀、隔膜、止回阀、安全阀或取样阀。78.根据实施方式75-77中任一项所述的方法，其中所述端口穿过所述中心部分的所述第二端安设。79.根据实施方式78所述的方法，其中所述收集包括通过注射器从所述第二中心空腔提取所述生物样品，所述注射器通过所述端口插入到所述第二中心空腔中。80.一种检测个体的子宫内膜异位症的方法，包括从所述个体的生物样品确定一种或多种选自以下的微RNA(miR)的表达水平：miR-1271-5p、miR-4485-3p、miR-125b-2-3p和miR-410-3p。81.根据实施方式80所述的方法，还包括将所述表达水平与所述一种或多种miR的参考表达水平进行比较，其中所述一种或多种miR的表达水平相对于所述参考表达水平升高或降低指示受试者患有子宫内膜异位症。82.根据实施方式80所述的方法，其中所述参考表达水平从未患有生殖障碍或未怀疑患有生殖障碍的受试者获得。83.根据实施方式82所述的方法，其中所述生殖障碍是子宫内膜异位症。84.根据实施方式80-83中任一项所述的方法，其中所述个体患有慢性盆腔疼痛、不孕症、重度月经出血或其组合。85.根据实施方式80-84中任一项所述的方法，其中所述子宫内膜异位症是深部浸润性子宫内膜异位症(DIE)、浅表腹膜子宫内膜异位症(SPE)或卵巢子宫内膜瘤(OE)。86.根据实施方式80-85中任一项的方法，还包括从所述个体的所述生物样品确定一种或多种选自以下的miR的表达水平：let-7c-5p、miR-100-5p、miR-149-5p、miR-193b-3p、miR-221-5p、miR-363-3p、miR-99a-5p、let-7e-5p、miR-10a-5p、miR-10b-5p、miR-125b-5p、miR-127-3p、miR-132-3p、miR-141-3p、miR-142-5p、miR-143-3p、miR-144-5p、miR-145-5p、miR-152-3p、miR-16-2-3p、miR-17-3p、miR-195-5p、miR-196b-5p、miR-199a-3p/199b-3p、miR-200a-3p、miR-200c-3p、miR-203a-3p、miR-205-5p、miR-21-3p、miR-21-5p、miR-22-3p、miR-222-3p、miR-224-5p、miR-23b-3p、miR-27b-3p、miR-28-3p、miR-30a-3p、miR-30a-5p、miR-34a-5p、miR-34c-5p、miR-365a-3p/365b-3p、miR-375、miR-409和miR-98-5p。87.根据实施方式80-86中任一项所述的方法，还包括确定选自表4中的CpG位点的一个或多个CpG位点的甲基化谱。88.根据实施方式80-87中任一项所述的方法，还包括确定所述生物样品中细菌多样性的量度。89.根据实施方式88所述的方法，其中细菌多样性的所述量度是至少一种细菌的量。90.根据实施方式89所述的方法，其中所述至少一种细菌是选自以下属的细菌：陌生物菌属、丙酸杆菌属、戴阿利斯特杆菌属、卟啉单胞菌属、链球菌属、皮杆菌属、莫拉氏菌属、厌氧球菌属、消化链球菌属、乳杆菌属、普雷沃氏菌属、弯曲杆菌属、棒状杆菌属、费克蓝姆氏菌属和克雷伯氏菌属。91.根据实施方式88-90中任一项所述的方法，还包括将细菌多样性的所述量度与细菌多样性的参考量度进行比较。92.根据实施方式88-91中任一项所述的方法，其中细菌多样性的所述量度是至少一种第一细菌与至少一种第二细菌的比率。93.根据实施方式80-92中任一项所述的方法，还包括确定痤疮丙酸杆菌的量。94.根据实施方式93所述的方法，还包括将痤疮丙酸杆菌的所述量与痤疮丙酸杆菌的参考量进行比较。95.根据实施方式80-94中任一项所述的方法，其中所述生物样品是月经液。96.根据实施方式95所述的方法，其中所述月经液还包括宫颈阴道液。97.根据实施方式95或实施方式96所述的方法，其中在所述个体的月经周期的第二天收集所述生物样品。98.根据实施方式95-97中任一项所述的方法，其中在所述个体的月经周期中所述个体经历大流量月经液的一天收集所述生物样品。99.根据实施方式80-98中任一项所述的方法，其中在对所述个体施用治疗之前收集所述生物样品。100.根据实施方式80-98中任一项所述的方法，其中在对所述个体施用治疗之后收集所述生物样品。101.根据实施方式80-100中任一项所述的方法，其中所述生物样品安设在样品收集器中。102.根据实施方式101所述的方法，其中所述样品收集器是垫、卫生棉条、阴道杯、宫颈帽、月经盘、宫颈盘、海绵或阴唇间垫。103.根据实施方式80-102中任一项所述的方法，还包括对所述个体施用针对子宫内膜异位症的治疗。104.根据实施方式103所述的方法，其中所述治疗选自手术干预、施用治疗剂及其组合。105.根据实施方式104所述的方法，其中所述治疗剂选自激素、激素激动剂、激素拮抗剂、芳香酶抑制剂、抗炎疗法、乙酰转移酶、组蛋白脱乙酰酶抑制剂、磷酸二酯酶抑制剂及其组合。106.根据实施方式80-105中任一项的方法，还包括基于所述一种或多种miR相对于所述参考表达水平的表达水平生成报告。107.根据实施方式106所述的方法，还包括将所述报告传输给保健医生。108.根据实施方式106或实施方式107所述的方法，其中所述报告包含对所述个体施用治疗剂的建议。109.根据实施方式106-108中任一项所述的方法，其中所述报告包含对手术干预的建议。110.根据实施方式80-109中任一项所述的方法，其中所述方法具有5％或更低的错误发现率。111.一种检测个体的子宫内膜异位症的方法，包括从所述个体的生物样品确定来自以下的量度：a.选自表4中CpG位点的一个或多个CpG位点的甲基化谱；b.所述生物样品中细菌多样性的量度；和c.其组合。112.根据实施方式111所述的方法，其中细菌多样性的所述量度是至少一种细菌的量。113.根据实施方式112所述的方法，其中所述至少一种细菌是选自以下属的细菌：陌生物菌属、丙酸杆菌属、戴阿利斯特杆菌属、卟啉单胞菌属、链球菌属、皮杆菌属、莫拉氏菌属、厌氧球菌属、消化链球菌属、乳杆菌属、普雷沃氏菌属、弯曲杆菌属、棒状杆菌属、费克蓝姆氏菌属和克雷伯氏菌属。114.根据实施方式112或实施方式113所述的方法，还包括将细菌多样性的所述量度与细菌多样性的参考量度进行比较。115.根据实施方式112-114中任一项所述的方法，其中细菌多样性的所述量度是至少一种第一细菌与至少一种第二细菌的比率。116.根据实施方式111-115中任一项所述的方法，还包括确定痤疮丙酸杆菌的量。117.根据实施方式116所述的方法，还包括将痤疮丙酸杆菌的所述量与痤疮丙酸杆菌的参考量进行比较。118.根据实施方式111-117中任一项所述的方法，其中所述生物样品是月经液。119.根据实施方式118所述的方法，其中所述月经液还包括宫颈阴道液。120.根据实施方式118或实施方式119所述的方法，其中在所述个体的月经周期的第二天收集所述生物样品。121.根据实施方式118-120中任一项所述的方法，其中在所述个体的月经周期中所述个体经历大流量月经液的一天收集所述生物样品。122.根据实施方式111-121中任一项所述的方法，其中在对所述个体施用治疗之前收集所述生物样品。123.根据实施方式111-121中任一项所述的方法，其中在对所述个体施用治疗之后收集所述生物样品。124.根据实施方式111-123中任一项所述的方法，其中所述生物样品安设在样品收集器中。125.根据实施方式124所述的方法，其中所述样品收集器是垫、卫生棉条、阴道杯、宫颈帽、月经盘、宫颈盘、海绵或阴唇间垫。126.根据实施方式111-125中任一项所述的方法，还包括对所述个体施用针对子宫内膜异位症的治疗。127.根据实施方式126所述的方法，其中所述治疗选自手术干预、施用治疗剂及其组合。128.根据实施方式127所述的方法，其中所述治疗剂选自激素、激素激动剂、激素拮抗剂、芳香酶抑制剂、抗炎疗法、乙酰转移酶、组蛋白脱乙酰酶抑制剂、磷酸二酯酶抑制剂及其组合。129.根据实施方式111-128中任一项的方法，还包括基于所述一种或多种miR相对于所述参考表达水平的表达水平生成报告。130.根据实施方式129所述的方法，还包括将所述报告传输给保健医生。131.根据实施方式129或实施方式107所述的方法，其中所述报告包含对施用治疗剂的建议。132.根据实施方式129-131中任一项所述的方法，其中所述报告包含对手术干预的建议。133.根据实施方式111-132中任一项所述的方法，其中所述方法具有5％或更低的错误发现率。134.一种检测个体的子宫内膜异位症的方法，包括：a.从所述个体的生物样品确定一种或多种选自以下的微RNA的表达水平：miR-1271-5p、miR-4485-3p、miR-125b-2-3p和miR-410-3p；和b.将分类器算法应用于所述一种或多种微RNA的所述表达水平，从而产生所述个体的分类。135.根据实施方式134所述的方法，其中所述个体患有慢性盆腔疼痛、不孕症、重度月经出血或其组合。136.根据实施方式134或实施方式135所述的方法，其中所述子宫内膜异位症是深部浸润性子宫内膜异位症(DIE)、浅表腹膜子宫内膜异位症(SPE)或卵巢子宫内膜瘤(OE)。137.根据实施方式134-136中任一项的方法，还包括从所述个体的生物样品确定一种或多种选自以下的miR的表达水平：let-7c-5p、miR-100-5p、miR-149-5p、miR-193b-3p、miR-221-5p、miR-363-3p、miR-99a-5p、let-7e-5p、miR-10a-5p、miR-10b-5p、miR-125b-5p、miR-127-3p、miR-132-3p、miR-141-3p、miR-142-5p、miR-143-3p、miR-144-5p、miR-145-5p、miR-152-3p、miR-16-2-3p、miR-17-3p、miR-195-5p、miR-196b-5p、miR-199a-3p/199b-3p、miR-200a-3p、miR-200c-3p、miR-203a-3p、miR-205-5p、miR-21-3p、miR-21-5p、miR-22-3p、miR-222-3p、miR-224-5p、miR-23b-3p、miR-27b-3p、miR-28-3p、miR-30a-3p、miR-30a-5p、miR-34a-5p、miR-34c-5p、miR-365a-3p/365b-3p、miR-375、miR-409和miR-98-5p。138.根据实施方式134-137中任一项所述的方法，还包括确定选自表4中的CpG位点的一个或多个CpG位点的甲基化谱。139.根据实施方式138所述的方法，还包括将所述分类器算法应用到所述甲基化谱。140.根据实施方式134-139中任一项所述的方法，还包括确定所述生物样品中细菌多样性的量度。141.根据实施方式140所述的方法，其中细菌多样性的所述量度是至少一种细菌的量。142.根据实施方式141所述的方法，其中所述至少一种细菌是选自以下属的细菌：陌生物菌属、丙酸杆菌属、戴阿利斯特杆菌属、卟啉单胞菌属、链球菌属、皮杆菌属、莫拉氏菌属、厌氧球菌属、消化链球菌属、乳杆菌属、普雷沃氏菌属、弯曲杆菌属、棒状杆菌属、费克蓝姆氏菌属和克雷伯氏菌属。143.根据实施方式140-142中任一项所述的方法，其中细菌多样性的所述量度是至少一种第一细菌与至少一种第二细菌的比率。144.根据实施方式140-143中任一项所述的方法，还包括确定痤疮丙酸杆菌的量。145.根据实施方式140-144中任一项所述的方法，还包括将所述分类器算法应用到细菌多样性的所述量度。146.根据实施方式134-145中任一项所述的方法，其中所述分类选自：可能的子宫内膜异位症和不太可能的子宫内膜异位症。147.根据实施方式146所述的方法，其中可能的子宫内膜异位症的所述分类选自：子宫内膜异位症的高可能性、子宫内膜异位症的中等可能性和子宫内膜异位症的低可能性。148.根据实施方式134-147中任一项所述的方法，其中所述分类器算法包括决策树、随机森林、贝叶斯网络、支持向量机、神经网络或逻辑回归算法。149.根据实施方式134-148中任一项所述的方法，其中所述生物样品是月经液。150.根据实施方式149所述的方法，其中所述月经液还包括宫颈阴道液。151.根据实施方式149或实施方式150所述的方法，其中在所述个体的月经周期的第二天收集所述生物样品。152.根据实施方式149-151中任一项所述的方法，其中在所述个体的月经周期中所述个体经历大流量月经液的一天收集所述生物样品。153.根据实施方式134-152中任一项所述的方法，其中在对所述个体施用治疗之前收集所述生物样品。154.根据实施方式134-152中任一项所述的方法，其中在对所述个体施用治疗之后收集所述生物样品。155.根据实施方式134-154中任一项所述的方法，其中所述生物样品安设在样品收集器中。156.根据实施方式155所述的方法，其中所述样品收集器是垫、卫生棉条、阴道杯、宫颈帽、月经盘、宫颈盘、海绵或阴唇间垫。157.根据实施方式134-156中任一项所述的方法，还包括对所述个体施用针对子宫内膜异位症的治疗。158.根据实施方式157所述的方法，其中所述治疗选自手术干预、施用治疗剂及其组合。159.根据实施方式158所述的方法，其中所述治疗剂选自激素、激素激动剂、激素拮抗剂、芳香酶抑制剂、抗炎疗法、乙酰转移酶、组蛋白脱乙酰酶抑制剂、磷酸二酯酶抑制剂及其组合。160.根据实施方式134-159中任一项所述的方法，还包括基于所述疾病状态生成报告。161.根据实施方式160所述的方法，还包括将所述报告传输给保健医生。162.根据实施方式160或实施方式161所述的方法，其中所述报告包含对施用治疗剂的建议。163.根据实施方式160-162中任一项所述的方法，其中所述报告包含对手术干预的建议。164.根据实施方式134-163中任一项所述的方法，其中所述方法具有5％或更低的错误发现率。165.一种检测个体的子宫内膜异位症的方法，包括：a.从所述个体的宫颈阴道液样品或月经液样品中的一个确定选自以下的一种或多种微RNA(miR)的表达水平：miR-1271-5p、miR-4485-3p、miR-125b-2-3p、miR-410-3p、let-7c-5p、miR-100-5p、miR-149-5p、miR-193b-3p、miR-221-5p、miR-363-3p、miR-99a-5p、let-7e-5p、miR-10a-5p、miR-10b-5p、miR-125b-5p、miR-127-3p、miR-132-3p、miR-141-3p、miR-142-5p、miR-143-3p、miR-144-5p、miR-145-5p、miR-152-3p、miR-16-2-3p、miR-17-3p、miR-195-5p、miR-196b-5p、miR-199a-3p/199b-3p、miR-200a-3p、miR-200c-3p、miR-203a-3p、miR-205-5p、miR-21-3p、miR-21-5p、miR-22-3p、miR-222-3p、miR-224-5p、miR-23b-3p、miR-27b-3p、miR-28-3p、miR-30a-3p、miR-30a-5p、miR-34a-5p、miR-34c-5p、miR-365a-3p/365b-3p、miR-375、miR-409和miR-98-5p；和b.将所述表达水平与一种或多种miR的参考表达水平进行比较；其中所述一种或多种miR的表达水平相对于所述参考表达水平升高或降低指示受试者患有子宫内膜异位症。166.根据实施方式165所述的方法，其中所述一种或多种miRNA包括miR-23b-3p、miR-30a-3p/5p和miR-34a-5p。167.根据实施方式165或实施方式166所述的方法，其中所述参考表达水平从未患有生殖障碍或未怀疑患有生殖障碍的受试者获得。168.根据实施方式166所述的方法，其中所述生殖障碍是子宫内膜异位症。169.根据实施方式165-168中任一项所述的方法，其中所述个体患有慢性盆腔疼痛、不孕症、重度月经出血或其组合。170.根据实施方式165-169中任一项所述的方法，其中所述子宫内膜异位症是深部浸润性子宫内膜异位症(DIE)、浅表腹膜子宫内膜异位症(SPE)或卵巢子宫内膜瘤(OE)。171.根据实施方式165-170中任一项所述的方法，还包括确定选自表4中的CpG位点的一个或多个CpG位点的甲基化谱。172.根据实施方式165-171中任一项所述的方法，还包括确定所述生物样品中细菌多样性的量度。173.根据实施方式172所述的方法，其中细菌多样性的所述量度是至少一种细菌的量。174.根据实施方式173所述的方法，其中所述至少一种细菌是选自以下属的细菌：陌生物菌属、丙酸杆菌属、戴阿利斯特杆菌属、卟啉单胞菌属、链球菌属、皮杆菌属、莫拉氏菌属、厌氧球菌属、消化链球菌属、乳杆菌属、普雷沃氏菌属、弯曲杆菌属、棒状杆菌属、费克蓝姆氏菌属和克雷伯氏菌属。175.根据实施方式172-174中任一项所述的方法，还包括将细菌多样性的所述量度与细菌多样性的参考量度进行比较。176.根据实施方式172-175中任一项所述的方法，其中细菌多样性的所述量度是至少一种第一细菌与至少一种第二细菌的比率。177.根据实施方式165-176中任一项所述的方法，还包括确定痤疮丙酸杆菌的量。178.根据实施方式177所述的方法，还包括将痤疮丙酸杆菌的所述量与痤疮丙酸杆菌的参考量进行比较。179.根据实施方式165-178中任一项所述的方法，其中所述生物样品安设在样品收集器中。180.根据实施方式179所述的方法，其中所述样品收集器是垫、卫生棉条、阴道杯、宫颈帽、月经盘、宫颈盘、海绵或阴唇间垫。181.根据实施方式165-180中任一项所述的方法，还包括对所述个体施用针对子宫内膜异位症的治疗。182.根据实施方式181所述的方法，其中所述治疗选自手术干预、施用治疗剂及其组合。183.根据实施方式182所述的方法，其中所述治疗剂选自激素、激素激动剂、激素拮抗剂、芳香酶抑制剂、抗炎疗法、乙酰转移酶、组蛋白脱乙酰酶抑制剂、磷酸二酯酶抑制剂及其组合。184.根据实施方式165-183中任一项的方法，还包括基于所述一种或多种miR相对于所述参考表达水平的表达水平生成报告。185.根据实施方式184所述的方法，还包括将所述报告传输给保健医生。186.根据实施方式184或实施方式185所述的方法，其中所述报告包含对施用治疗剂的建议。187.根据实施方式184-186中任一项所述的方法，其中所述报告包含对手术干预的建议。188.根据实施方式165-187中任一项所述的方法，其中所述方法具有5％或更低的错误发现率。189.一种检测个体的子宫内膜异位症的方法，包括：a.从所述个体的生物样品确定一种或多种微RNA的表达水平，所述微RNA调节参与选自以下的至少一种KEGG通路的至少一种基因的表达：ECM-受体、黏附连接、癌症中的蛋白聚糖、TGF-β信号传导、Hippo信号传导、癌症中的微RNA、癌症中的通路、乙型肝炎、胶质瘤、慢性髓性白血病、膀胱癌，及其组合；和b.将所述表达水平与参考表达水平进行比较，其中所述一种或多种微RNA或一种或多种基因的表达水平相对于所述参考表达水平升高或降低指示受试者患有子宫内膜异位症。190.根据实施方式189所述的方法，其中所述一种或多种微RNA选自miR-23b-3p、miR-30a-3p/5p、miR-34a-5p及其组合。191.根据实施方式189所述的方法，其中所述一种或多种微RNA选自let-7c-5p、miR-100-5p、miR-149-5p、miR-193b-3p、miR-221-5p、miR-363-3p、miR-99a-5p、let-7e-5p、miR-10a-5p、miR-10b-5p、miR-125b-5p、miR-127-3p、miR-132-3p、miR-141-3p、miR-142-5p、miR-143-3p、miR-144-5p、miR-145-5p、miR-152-3p、miR-16-2-3p、miR-17-3p、miR-195-5p、miR-196b-5p、miR-199a-3p/199b-3p、miR-200a-3p、miR-200c-3p、miR-203a-3p、miR-205-5p、miR-21-3p、miR-21-5p、miR-22-3p、miR-222-3p、miR-224-5p、miR-23b-3p、miR-27b-3p、miR-28-3p、miR-30a-3p、miR-30a-5p、miR-34a-5p、miR-34c-5p、miR-365a-3p/365b-3p、miR-375、miR-409和miR-98-5p。192.根据实施方式189-191中任一项所述的方法，其中所述一种或多种基因选自TGF-α、TGF-β、孕酮受体A、孕酮受体B、雌激素受体A、E-钙黏着蛋白、N-钙黏着蛋白及其组合。193.根据实施方式189-192中任一项的方法，其中所述至少一种KEGG通路涉及Wnt/JNK/VEGF信号传导。194.根据实施方式189-193中任一项所述的方法，其中所述参考表达水平从未患有生殖障碍或未怀疑患有生殖障碍的受试者获得。195.根据实施方式194所述的方法，其中所述生殖障碍是子宫内膜异位症。196.根据实施方式189-195中任一项所述的方法，其中所述个体患有慢性盆腔疼痛、不孕症、重度月经出血或其组合。197.根据实施方式189-196中任一项所述的方法，其中所述子宫内膜异位症是深部浸润性子宫内膜异位症(DIE)、浅表腹膜子宫内膜异位症(SPE)或卵巢子宫内膜瘤(OE)。198.根据实施方式189-197中任一项所述的方法，还包括确定选自表4中的CpG位点的一个或多个CpG位点的甲基化谱。199.根据实施方式189-198中任一项所述的方法，还包括确定所述生物样品中细菌多样性的量度。200.根据实施方式199所述的方法，其中细菌多样性的所述量度是至少一种细菌的量。201.根据实施方式200所述的方法，其中所述至少一种细菌是选自以下属的细菌：陌生物菌属、丙酸杆菌属、戴阿利斯特杆菌属、卟啉单胞菌属、链球菌属、皮杆菌属、莫拉氏菌属、厌氧球菌属、消化链球菌属、乳杆菌属、普雷沃氏菌属、弯曲杆菌属、棒状杆菌属、费克蓝姆氏菌属和克雷伯氏菌属。202.根据实施方式199-201中任一项所述的方法，还包括将细菌多样性的所述量度与细菌多样性的参考量度进行比较。203.根据实施方式199-202中任一项所述的方法，其中细菌多样性的所述量度是至少一种第一细菌与至少一种第二细菌的比率。204.根据实施方式189-203中任一项所述的方法，还包括确定痤疮丙酸杆菌的量。205.根据实施方式204所述的方法，还包括将痤疮丙酸杆菌的所述量与痤疮丙酸杆菌的参考量进行比较。206.根据实施方式189-205中任一项所述的方法，其中所述生物样品是月经液。207.根据实施方式206所述的方法，其中所述月经液还包括宫颈阴道液。208.根据实施方式206或实施方式207所述的方法，其中在所述个体的月经周期的第二天收集所述生物样品。209.根据实施方式206-208中任一项所述的方法，其中在所述个体的月经周期中所述个体经历大流量月经液的一天收集所述生物样品。210.根据实施方式189-209中任一项所述的方法，其中在对所述个体施用治疗之前收集所述生物样品。211.根据实施方式189-209中任一项所述的方法，其中在对所述个体施用治疗之后收集所述生物样品。212.根据实施方式189-211中任一项所述的方法，其中所述生物样品安设在样品收集器中。213.根据实施方式212所述的方法，其中所述样品收集器是垫、卫生棉条、阴道杯、宫颈帽、月经盘、宫颈盘、海绵或阴唇间垫。214.根据实施方式189-213中任一项所述的方法，还包括对所述个体施用针对子宫内膜异位症的治疗。215.根据实施方式214所述的方法，其中所述治疗选自手术干预、施用治疗剂及其组合。216.根据实施方式215所述的方法，其中所述治疗剂选自激素、激素激动剂、激素拮抗剂、芳香酶抑制剂、抗炎疗法、乙酰转移酶、组蛋白脱乙酰酶抑制剂、磷酸二酯酶抑制剂及其组合。217.根据实施方式189-216中任一项的方法，还包括基于所述一种或多种miR相对于所述参考表达水平的表达水平生成报告。218.根据实施方式217所述的方法，还包括将所述报告传输给保健医生。219.根据实施方式217或实施方式218所述的方法，其中所述报告包含对施用治疗剂的建议。220.根据实施方式217-219中任一项所述的方法，其中所述报告包含对手术干预的建议。221.根据实施方式217-220中任一项所述的方法，其中所述方法具有5％或更低的错误发现率。222.一种治疗疑似患有子宫内膜异位症的受试者的方法，包括：从或已经从所述受试者获得生物样品；对或已经对所述生物样品进行测定以确定所述受试者是否具有指示子宫内膜异位症的微RNA表达特征；如果所述受试者具有指示子宫内膜异位症的所述微RNA表达特征，则向所述受试者施用干预，并且如果所述受试者不具有指示子宫内膜异位症的甲基化特征，则不施用干预。223.根据实施方式222所述的方法，其中指示子宫内膜异位症的所述微RNA表达特征包括相对于选自以下的一种或多种微RNA在未患有子宫内膜异位症的个体中的表达，所述一种或多种微RNA(miR)的显著不同表达：miR-1271-5p、miR-4485-3p、miR-125b-2-3p、miR-410-3p、let-7c-5p、miR-100-5p、miR-149-5p、miR-193b-3p、miR-221-5p、miR-363-3p、miR-99a-5p、let-7e-5p、miR-10a-5p、miR-10b-5p、miR-125b-5p、miR-127-3p、miR-132-3p、miR-141-3p,miR-142-5p、miR-143-3p、miR-144-5p、miR-145-5p、miR-152-3p、miR-16-2-3p、miR-17-3p、miR-195-5p、miR-196b-5p、miR-199a-3p/199b-3p、miR-200a-3p、miR-200c-3p、miR-203a-3p、miR-205-5p、miR-21-3p、miR-21-5p、miR-22-3p、miR-222-3p、miR-224-5p、miR-23b-3p、miR-27b-3p、miR-28-3p、miR-30a-3p、miR-30a-5p、miR-34a-5p、miR-34c-5p、miR-365a-3p/365b-3p、miR-375、miR-409和miR-98-5p及其组合。224.根据实施方式222所述的方法，其中指示子宫内膜异位症的所述微RNA表达特征包括相对于选自以下的一种或多种微RNA在未患有子宫内膜异位症的个体中的表达，所述一种或多种微RNA(miR)的显著不同表达：miR-1271-5p、miR-4485-3p、miR-125b-2-3p、miR-410-3p及其组合。225.根据实施方式222-224中任一项所述的方法，其中对或已经对所述生物样品进行所述测定以确定所述受试者是否具有指示子宫内膜异位症的微RNA表达特征包括：从或已经从所述生物样品提取核酸，以及对或已经对来自所述提取的核酸的一种或多种微RNA进行测序。226.根据实施方式225所述的方法，其中所述核酸是RNA。227.根据实施方式222-226中任一项所述的方法，其中所述干预选自手术干预、治疗干预及其组合。228.根据实施方式227所述的方法，其中所述手术干预选自：手术移除子宫内膜异位病灶的至少一部分、子宫切除术、输卵管卵巢切除术、骶前神经切除术和腹腔镜子宫神经消融术。229.根据实施方式227所述的方法，其中所述治疗干预包括施用选自以下的治疗剂：激素、激素激动剂、激素拮抗剂、芳香酶抑制剂、抗炎疗法、乙酰转移酶、组蛋白脱乙酰酶抑制剂、磷酸二酯酶抑制剂及其组合。230.根据实施方式229所述的方法，其中所述激素选自雌激素、孕激素、雄激素和促性腺激素释放激素(Gn-RH)。231.根据实施方式229或实施方式230所述的方法，其中所述激素是合成激素。232.根据实施方式229所述的方法，其中所述激素激动剂或拮抗剂是促性腺激素释放激素(Gn-RH)激动剂或Gn-RH拮抗剂。233.一种保存来自月经液样品的细胞的方法，所述方法包括将包含所述细胞的所述月经液样品安设在保存溶液中以形成包含所述细胞的所述月经液样品和所述保存溶液的混合物。234.根据实施方式233所述的方法，还包括使所述月经液样品中的所述细胞与抗体接触，所述抗体与所述月经液样品中的所述细胞中的靶细胞的细胞表面抗原结合。235.根据实施方式234所述的方法，其中所述抗体附接于固体支持物。236.根据实施方式235所述的方法，其中所述固体支持物是珠子。237.根据实施方式236所述的方法，其中所述珠子是磁珠。238.根据实施方式234-237中任一项所述的方法，其中所述抗体与可检测标记物缀合。239.根据实施方式238所述的方法，其中所述可检测标志物是荧光团。240.根据实施方式234-239中任一项所述的方法，其中所述靶细胞选自内皮细胞、上皮细胞、白细胞、间充质细胞及其组合。241.根据实施方式234-240中任一项所述的方法，其中所述靶细胞是内皮细胞。242.根据实施方式241所述的方法，其中所述细胞表面抗原选自：CD31/PECAM-1、CD34、CD36/SR-B3、CD39、CD44、CD47、CD54/ICAM-1、CD61、CD62E、CD62P、CD80、CD86、CD93、CD102、CD105、CD106、CD112、CD117、ESAM、内皮黏蛋白、CXCL16、CD121a、CD141、CD142、CD143、CD144、CD146、CD147、CD151、CD160、CD201、CD213a、CD248、CD309、ADAM 8、ADAM 9、ADAM 10、ADAM 11、ADAM 12、ADAM 13、ADAM 14、ADAM 15、ADAM 16、ADAM 17、ADAM 33、ADAMTS-13、ADAMTS-18、VWF、TEM8、NOTCH，和KLF4。243.根据实施方式234-240中任一项所述的方法，其中所述靶细胞是上皮细胞。244.根据实施方式243所述的方法，其中所述细胞表面抗原选自：上皮细胞黏附分子(EpCAM)、E-钙黏着蛋白和CD326。245.根据实施方式234-240中任一项所述的方法，其中所述靶细胞是白细胞。246.根据实施方式245所述的方法，其中所述细胞表面抗原是CD45。247.根据实施方式234-240中任一项所述的方法，其中所述靶细胞是间充质细胞。248.根据实施方式247所述的方法，其中所述细胞表面抗原选自N-钙黏着蛋白、OB-钙黏着蛋白、α-5β-1整联蛋白、α-Vβ-6整联蛋白，和多配体蛋白聚糖-1。249.根据实施方式234-248中任一项所述的方法，还包括从所述月经液样品中分隔所述靶细胞。250.根据实施方式249所述的方法，其中所述分隔包括荧光激活细胞分选(FACS)、磁激活细胞分选或其组合。251.根据实施方式234-248中任一项所述的方法，还包括从所述月经液样品取出所述靶细胞。252.根据实施方式233-251中任一项所述的方法，其中所述月经液样品中至少20％、至少30％、至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少80％或至少90％的细胞是完整的。253.根据实施方式233-252中任一项所述的方法，其中所述月经液样品中至少20％、至少30％、至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少80％或至少90％的细胞是存活的。254.根据实施方式233-253中任一项所述的方法，其中所述保存溶液的渗透压摩尔浓度为约310至约410mOsm kg-1。255.根据实施方式233-252中任一项所述的方法，其中所述保存溶液的渗透压摩尔浓度为约95至约210mOsmkg-1。256.根据实施方式233-255中任一项所述方法，其中所述保存溶液的体积为约5ml至约10ml。257.根据实施方式233-255中任一项所述的方法，其中所述保存溶液的体积约为7.5ml。258.一种月经液细胞样品，包括：来自月经液样品的一种或多种细胞；和保存溶液。259.根据实施方式258所述的样品，其中所述一种或多种细胞选自内皮细胞、上皮细胞、白细胞、间充质细胞及其组合。260.根据实施方式259所述的样品，其中所述上皮细胞是子宫内膜上皮细胞。261.根据实施方式258-260中任一项所述的样品，其中所述保存溶液包括沉淀剂。262.根据实施方式261所述的样品，其中所述沉淀剂选自：5-(4-二甲基)氨基苯亚甲基罗丹宁、磺基水杨酸、氯化锂和氢氧化锂。263.根据实施方式258-262中任一项所述的样品，其中所述保存溶液包括低级醇。264.根据实施方式263所述的样品，其中所述低级醇选自：甲醇、乙醇、正丙醇、异丙醇、正丁醇和异丁醇(2-甲基丙-1-醇)。265.根据实施方式258-264中任一项所述的样品，其中所述保存溶液包括离液剂。266.根据实施方式265所述的样品，其中所述离液剂选自：盐酸胍、硫氰酸胍、硫氰酸钾、硫氰酸钠和尿素。267.根据实施方式258-266中任一项所述的样品，其中所述保存溶液包括螯合剂。268.根据实施方式267所述的样品，其中所述螯合剂选自：二亚乙基三胺五乙酸(DTPA)；乙二胺四乙酸(EDTA)；乙二醇四乙酸(EGTA)；反式-1,2-二氨基环己烷-N,N,N',N'-四乙酸(CDTA)；1,2-双(2-氨基苯氧基)乙烷-N,N,N',N'-四乙酸(BAPTA)；1,4,7,10-四氮杂环十二烷-1,4,7,10-四乙酸(DOTA)；N-(2-羟乙基)乙二胺-N,N',N'-三乙酸，和次氮基三乙酸(NTA)。269.根据实施方式258-268中任一项所述的样品，其中所述保存溶液包括还原剂。270.根据实施方式269所述的样品，其中所述还原剂选自：2-巯基乙醇、硫代硫酸盐、TCEP(三-(2-羧乙基)膦)、二硫苏糖醇和二硫赤藓糖醇。271.根据实施方式258-270中任一项所述的样品，其中所述保存溶液包含pH缓冲剂。272.根据实施方式271所述的样品，其中所述pH缓冲剂选自：柠檬酸；酒石酸；苹果酸；磺基水杨酸；磺基间苯二甲酸；草酸；硼酸盐；CAPS(3-(环己基氨基)-1-丙磺酸)；CAPSO(3-(环己基氨基)-2-羟基-1-丙磺酸)；EPPS(4-(2-羟乙基)-1-哌嗪丙磺酸)；HEPES(4-(2-羟乙基)哌嗪-1-乙磺酸)；MES(2-(N-吗啉代)乙磺酸)；MOPS(3-(N-吗啉代)丙磺酸)；MOPSO(3-吗啉代-2-羟基丙磺酸)；PIPES(1-4-哌嗪二乙磺酸)；TAPS(N[三(羟甲基)甲基]-3-氨基丙磺酸)；TAPSO(2-羟基-3-[三(羟甲基)甲基氨基]-1-丙磺酸)；TES(N-[三(羟甲基)甲基]-2-氨基乙磺酸)；bicine(N,N-双(2-羟乙基)甘氨酸)；tricine(N-[三(羟甲基)甲基]甘氨酸)；tris(三(羟甲基)氨基甲烷)，和bis-tris(2-[双(2-羟乙基)氨基]-2-(羟甲基)-1,3-丙二醇)。273.根据实施方式258-272中任一项所述的样品，其中所述保存溶液包括表面活性剂。274.根据实施方式258-273中任一项所述的样品，其中所述保存溶液的渗透压摩尔浓度为约310至约410mOsm kg-1。275.根据实施方式258-273中任一项所述的样品，其中所述保存溶液的渗透压摩尔浓度为约95至约210mOsm kg-1。276.根据实施方式258-275中任一项所述的样品，其中所述保存溶液不包括固定剂。277.根据实施方式258-276中任一项所述的样品，还包括月经液。278.根据实施方式258-277中任一项所述的样品，还包括宫颈阴道液。279.根据实施方式258-278中任一项所述的样品，其中所述月经液样品的体积为约100μl至约1ml。280.根据实施方式258-279中任一项所述的样品，其中所述样品中至少20％、至少30％、至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少80％或至少90％的细胞是完整的。281.根据实施方式258-280中任一项所述的样品，其中所述样品中至少20％、至少30％、至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少80％或至少90％的细胞是存活的。282.根据实施方式258-281中任一项所述的样品，还包括细菌细胞、酵母细胞、精子或其组合。283.根据实施方式258-282中任一项所述的样品，还包括样品收集器的一部分。284.根据实施方式283所述的样品，其中所述样品收集器是垫、卫生棉条、阴道杯、宫颈帽、月经盘、宫颈盘、海绵或阴唇间垫。
实施例
实施例1：RNA-Seq时间进程数据
通过查看与人类转录组对齐的总体读数的数目，评估RNA-seq文库的质量指标。通过在28天周期的每一天收集基于卫生棉条的样本，包括在大流量日抽取外周全血(WB)，对女性的连续时间进程样品(月经样品(MB)和宫颈阴道样品(CV)两者)进行分析。如图5所示的装置用于收集样品。RNAgard用作样品的保存溶液。对来自27名参与者的244个样品(171个CV、46个MB和27个WB)的RNA进行了测序。通常，对于高质量的基因组分析，至少70％的测序读数应与参考转录组对齐。这是行业标准，与所使用的测序平台无关。经血和全血两者在与转录组对齐的读数百分比方面都表现出相似的稳健性(月经液的平均值＝93.8％；StDev＝4.6％，以及全血的平均值＝95.5％；StDev＝1.1％)。这些百分比远远超过基因组分析的70％阈值，表明从月经液中高质量地捕获核酸。
为了评估参与者的样品间和样品内变化，进行了无监督主成分分析(PCA)，继而利用t-SNE(一种优选维持局部与全局结构的非线性降维技术)来可视化两个维度内的所有变化(图1C-图1D)。与在月经周期表现出高度可变性的CV，和WB相比，月经样品有紧密的聚类，指示这种样品类型的可重复性很高，并且存在代表大约800个差异表达的基因的月经样品的独特聚类(图1A-图1B)。
为了更好地了解月经组相比全血样本的价值，比较了在月经前三天的相同时间从同一患者收集的全血和月经液中的总RNA转录。同上，月经液是基于卫生棉条的样本，其中如图5所示的装置用于收集样品。使用静脉穿刺收集全血样本。通过在月经的每一天对每个匹配样品进行差异分析，识别了在月经液中差异表达但在全血中没有差异表达的基因。有趣的是，在月经的第一天，观察到在月经液与全血之间基因转录物的相对丰度几乎没有差异。然而，在通常被称为“大流量日”的月经第二天—当女性的大部分子宫内膜脱落时—识别出超过800个差异表达的基因，这些基因代表了月经液的独特基因组谱(图1A-图1B)。
在时间进程分析中，识别了在各种生殖组织中表达的若干基因(宫颈/阴道细胞、卵巢/输卵管细胞和子宫内膜细胞的组织特异性基因的表达)。在女性月经周期的过程中比较了这些标志物中的每一个的相对丰度。在月经的第二天，在月经样品中发现子宫内膜组织的基因信号极大地过度表现(图2B)。在非月经日，在排卵期间收集的样品中，宫颈阴道样品的RNA和DNA产出最高，并且在排卵期间发现了卵巢和输卵管特异性基因的富集。
患者C000的对跨越4月18日至5月17日的时间序列样品的标准化基因表达值在Morpheus上使用K均值聚类算法进行层次聚类，Morpheus是由Broad Institute开发的开源软件程序。如图9所描绘，该时间序列数据中有5个主要聚类，其中随样品在时间序列中按时间顺序移动，看到了过表达和低表达。在聚类2中，在月经样品中检测到基因过表达，同时在聚类2中，在月经样品中检测到某些基因的低表达。检测到在月经后阶段聚类5中基因的过表达，在排卵前阶段聚类1中基因的过表达和聚类4中基因的低表达。最后在排卵阶段检测到聚类5中基因的过表达。
对来自每个聚类的基因列表进行Kegg通路分析，如图10A-图10E所描绘。聚类1包含在月经出血中下调的基因，并显示受到调节的KEGG通路包括醚脂代谢、精氨酸和脯氨酸代谢、雌激素信号传导通路、FcγR介导的吞噬作用、组氨酸代谢、药物代谢、α-亚麻酸代谢、金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)感染、亚油酸代谢和昼夜节律。聚类2中受到调节的KEGG通路与系统性红斑狼疮、酗酒、病毒致癌、阿尔茨海默病、剪接体、亨廷顿病、氧化磷酸化、人类T细胞白血病病毒1感染、朊病毒疾病和癌症中的转录失调有关联。聚类3中受到调节的KEGG通路与真核生物中的核糖体生物合成、核糖体、矿物质吸收、癌症中的微RNA、幽门螺杆菌(Helicobacter pylori)感染中的上皮细胞信号传导、内吞作用、胰腺癌、慢性髓性白血病、硫中继系统和肝细胞癌有关联。聚类4中受到调节的KEGG通路与麻疹、NOD样受体信号传导通路、Toll样受体信号传导通路、EB病毒感染、沙门氏菌(Salmonella)感染、NF-κB信号传导通路、p53信号传导通路、细胞因子-细胞因子受体相互作用、癌症中的转录失调和人类巨细胞病毒感染有关联。聚类5中受到调节的KEGG通路是破骨细胞分化、金黄色葡萄球菌感染、结核病、细胞因子-细胞因子受体相互作用、利什曼病、造血细胞谱系、NOD样受体信号传导通路、趋化因子信号传导通路、人类巨细胞病毒感染和TNF信号传导通路。
实施例2：全血样品、宫颈阴道样品和月经样品的收集
从患有疑似子宫内膜异位症的女性(n＝19)、健康女性(n＝55)和患有多囊卵巢综合征(PCOS)的女性(n＝5)收集全血样品、宫颈阴道样品和月经样品，并且分析表观遗传调控(小RNA和DNA甲基化)，以及RNA转录测序和细菌16s测序。使用如图5、图6A-图6D、图7A-图7C和8A-8C所示的样品收集系统收集月经样品和宫颈阴道样品，并通过常规静脉穿刺收集全血样品。提取核酸，并使用Illumina试剂制备测序文库，并在Illumina的MiSeq、NextSeq550和HiSeq4000测序仪上测序，以比较每种样品类型在检测子宫内膜异位症方面的表现。患者分类如表1A中所述。在确诊的19名患者中，手术之前从5名患者收集卫生棉条，手术之后从14名患者收集卫生棉条(这些不是配对样品，术前和术后卫生棉条收集来自不同的参与者)。在月经周期的第2天收集月经周期样品。这允许在感兴趣人群中从术前基因组信号与术后基因组信号的角度评估数据。还记录了患者疾病的分期、分类和解剖学位置。三个术后样品不符合质量控制指标，因此未包括在分析中。对于健康人群，女性从社区招募且从未被诊断出生殖障碍。使用生殖激素(抗苗勒氏管激素(AMH)、雌二醇、促卵泡激素(FSH)、促黄体生成素(LH)和促甲状腺激素(TSH))量度、记录的典型子宫内膜异位症表现症状和阴道感染症状将这些女性进一步细分为“真正健康”和“疑似不健康”(表1A)。总之，比较了从5名“真正健康”的女性与在术前从5名子宫内膜异位症患者和在术后从11名子宫内膜异位症患者收集的卫生棉条。
表1A：用于“真正健康”或“疑似不健康”分类的标准
Figure BDA0003723591860000851
表1B：如何招募健康患者
Figure BDA0003723591860000852
Figure BDA0003723591860000861
检测miRNA标志物
为了探索局部miRNA信号传导和细胞内miRNA信号传导，将月经液中的miRNA分隔并测序。对较小的子队列患者(五名患有子宫内膜异位症的女性和五名真正健康的女性)进行了分析，以检查差异miRNA表达。在手术之前收集子宫内膜异位症女性的样品，并对所有子宫内膜异位症疑似患者进行手术确认。对来自月经液的标准化miRNA测序进行差异表达分析。与真正健康女性的月经液相比，在子宫内膜异位症术前患者中检测到49个显著(FDR<0.05下p值<0.05)失调的miRNA(表2)。这49个标志物中的10个分别具有0.95或更大的曲线下面积(AUC)，错误发现率为5％。当将术前患者的miRNA谱与术后收集的卫生棉条进行比较时，发现术后子宫内膜异位症受试者的miRNA表达与健康个体的miRNA表达没有差异。这并不是用于说明这些患者已经治愈，因为目前还没有治愈子宫内膜异位症的方法，但数据说明了检测疾病活动的能力。在术后3个月至2年收集术后卫生棉条样品，这些患者在手术后长达两年内没有出现疾病复发。研究结果说明了miRNA可用于监测手术或其他干预措施的功效，包括降低疾病活性的治疗剂的功效。
表2：与真正健康女性的月经液相比，子宫内膜异位症术前患者的miRNA显著失调
Figure BDA0003723591860000871
可以根据DIE、SPE、OE、芳香酶表达、视黄酸失衡以及雌激素和孕激素受体偏斜对患者进行分层的方法的开发可以预测患者对干预的响应。为了了解本文提供的数据中子宫内膜异位症涉及的相关通路，使用mirPath v.3对49个miRNA进行了通路分析，并将结果与涉及上皮间充质转分化(EMT)的377个基因及其各自Kegg通路(被称为EMT数据库(dbEMT))进行了比较。这些针对子宫内膜异位症和EMT的候选标志物共享合计11条通路(图3)。这些通路包括Hippo信号传导通路、TGF-β，以及涉及Wnt/JNK/VGEF信号传导的通路、子宫内膜异位症病理学中涉及的关键生物学通路。
收集了健康或子宫内膜异位症患者的104份样品，其中包括53份经血样品和51份全血样品。如前所述，分隔样品并进行测序。当通过PCA图或tSNE图分析维度时，发现经血和全血都聚类在一起(图13A-图13B)，显示出组织类型的明显区别。
当将来自所有健康患者和所有子宫内膜异位症患者的经血的转录模式一起比较时，没有显著差异调节的miRNA，如图13C所描绘。然而，当将经血样品分为术前和术后时，患者之间有49个基因存在显著差异表达。
还通过观察特定miRNA靶标来评估这些候选标志物在分子/基因组上对疾病进行分类的潜力，这些靶标将表观遗传信号传导与子宫内膜异位症中涉及的关键通路所关联的特定基因进行协调。使用TarBase v.867，对49种候选生物标志物进行了实验支持的基因相互作用的查询，并与已知的子宫内膜异位症细胞标志物进行了比较。识别了三种miRNA(miR-23b-3p、miR-30a-3p/5p和miR-34a-5p)，它们对许多涉及子宫内膜异位症的基因(包括JNK1-3和LATS1(Hippo信号传导))有高度的实验支持。这些miRNA显示出与TGF-α、TGF-β、孕激素受体A和B、雌激素受体A和B，以及E-钙黏着蛋白和N-钙黏着蛋白相互作用的证据(表3)。图3示出子宫内膜异位症与EMT共享11条Kegg通路。图14详细说明了这11条通路，指示了其与子宫内膜异位症的相关性，这些通路在本文提供的49种miRNA中的显著性(p值)，以及来自此处提供的数据的支持每个通路的miRNA的数目。这些候选标志物可能有助于通过分子/基因组分类对患者进行分层、识别芳香酶活性、孕酮受体A与孕酮受体B的比率、N-钙黏着蛋白表达与E-钙黏着蛋白表达的比率以及雌激素受体A与雌激素受体B的比率。
此外，miRNA水平不同于先前研究和组织类型中描述的水平，如表3所描绘。该数据表明在子宫内膜异位症患者与健康患者之间在月经液中的差异表达，这与在以下项之间的先前比较中发现的值形成对比：来自子宫内膜异位症患者的异位子宫内膜组织与来自健康个体的正位子宫内膜组织、来自子宫内膜异位症患者的异位子宫内膜组织与来自子宫内膜异位症患者的正位子宫内膜组织，以及来自子宫内膜异位症患者的正位子宫内膜组织与来自健康个体的正位子宫内膜组织。差异表达式示出为log10倍数变化。这表明经血表现出与其他组织不同的表达。
表3：经血中的miRNA水平对比之前在其他组织中的研究
Figure BDA0003723591860000891
Figure BDA0003723591860000901
Figure BDA0003723591860000911
*之前未与子宫内膜异位症有关
检测甲基化标志物
使用来自上述miRNA分析的相同患者，还使用Illumina的EPIC850k甲基化阵列检查子宫内膜异位症的DNA甲基化模式。将甲基化特征映射到基因组，并比较来自子宫内膜异位症患者的术前收集的月经液与来自真正健康个体的月经液之间的标准化强度值。在初始样品集中，识别了超过一千个CpG甲基化位点，与来自健康参与者的月经液相比，这些位点要么是甲基化不足的，要么是过度甲基化的。表4示出了370个CpG位点，这些位点在子宫内膜异位症个体与健康个体之间具有最显著不同的甲基化状态。有趣的是，在子宫内膜异位症患者中，更高百分比的甲基化不足位点落在岸(shore)—基因组的CpG岛侧翼区域内，这些区域高度动态并与许多下游调节功能和疾病有关。
表4：与健康个体相比，子宫内膜异位症个体中显示甲基化不足或过度甲基化的CpG位点
Figure BDA0003723591860000921
Figure BDA0003723591860000931
Figure BDA0003723591860000941
Figure BDA0003723591860000951
Figure BDA0003723591860000961
Figure BDA0003723591860000971
Figure BDA0003723591860000981
参考图4，以下13个位点被过度甲基化：cg02858642、ch.20.53118117F、cg20768326、ch.17.48901549F、cg15202115、cg01372113、cg10296715、cg19430489、cg03356461、cg09669049、cg21846877、ch.5.2763962F和cg07029980。表4中列出的其余位点甲基化不足。
检测细菌标志物
人类微生物组也提供用于检测子宫内膜异位症的新型生物标志物的潜在来源。微生物组是在体内以与宿主互惠互利关系存在的微生物的集合。分析了宫颈阴道液和月经液的微生物宏基因组，以了解与健康对照(真正健康和疑似不健康两者—表1A)相比子宫内膜异位症中存在的细菌多样性。分析的人群中有5名多囊卵巢综合征患者，19名子宫内膜异位症患者(术前与术后收集的卫生棉条)，以及5名健康个体和50名“疑似不健康”个体。进行了16s微生物测序，其中对核糖体RNA基因组密码的区域进行扩增和测序，从而实现了细菌组成的物种水平分辨率。该信息用于比较健康(分为真正健康和疑似不健康-表1A)、多囊卵巢综合征与子宫内膜异位症之间细菌种的相对丰度。继而检查了每个样品中存在的多样性(α多样性)以及同一队列中样品之间存在的多样性(β多样性)。使用香农多样性指数，该指数考虑了每个细菌种的丰度，以及该菌种在样品或人群中的均匀程度。与健康患者相比，在子宫内膜异位症患者中发现细菌种的多样性增加(图4A和图4B)。这项研究能够识别与子宫内膜异位症相关联的特定细菌种，最值得注意的是痤疮丙酸杆菌，其在子宫内膜异位症患者中的存在水平是健康个体中的15倍。痤疮丙酸杆菌产生高水平的前列腺素样物质和卟啉，这两者都与炎症和痛经有关。
此外，通过比较健康队列1中月经样品与宫颈阴道样品的细菌丰度，观察到大量细菌属在月经液中的丰度高于在宫颈阴道样品中(图4C)。这是该队列所独有的，产生了独特的细菌特征。还比较了健康队列三中的丰度，给出了在月经液中过度表现的细菌的更详尽清单。健康队列三中细菌属数目的这种增加显示了过高丰度菌种的数目与患者队列中的“健康”程度之间的相关性(图4D)。通过仅查看经血，观察到存在许多细菌属并且比健康队列1中的丰度更高或更低(图4E)。
此外，当比较术前子宫内膜异位症患者与健康对照者之间的月经液样品时，存在另一种术前患者独有的差异存在的细菌属特征，如图15A所描绘。术后，子宫内膜异位症患者与健康患者之间月经液中的细菌丰度如图15B所示。
实施例4：月经液与全血之间的差异甲基化模式
原始IDAT文件由IlluminaHumanMethylationEPIC阵列提供。311个样品文件可用：50份经血样品、26份全血样品和253份其他样品。使用minfiR包(Bioconductor)进行数据处理。
当通过主成分分析和tSNE维度按组织类型分析全血和经血的甲基化模式时，它们显示出明显的组织类型差异，如图11A-图11B所描绘。图12A显示了当将全血与经血进行比较时，差异甲基化的CpG位置。图12B显示了全血与经血之间的差异甲基化区域。
实施例5：在患者数据上使用月经组指纹图谱
对于许多患者来说，可能没有表型数据来对患者进行分组，或者如果仅通过表型和临床参数分析数据，可能存在可能会妨碍分析的未诊断的健康状况。因此，在没有患者数据先验知识的情况下的数据驱动方法非常重要。在图16A-图16B中，我们可以看到我们的患者队列中月经液的甲基化数据具有3个不同的聚类。继而可以使用这些聚类开始将患者分入队列中，以进行附加基因组分析。在此示例中，将甲基化聚类用于设置患者队列，以对在相同患者身上收集的miRNA表达进行差异表达分析。这继而为每个聚类生成了一个显著失调的miRNA列表。
患者来自甲基化数据的聚类1和聚类2，并与月经样品中的乳杆菌属丰度进行了比较(乳杆菌属减少通常指示某些不健康状态)。如在图16C所看到的，聚类1显示乳杆菌属的低丰度，而聚类2显示高丰度。由此可以为这些聚类中的每一个归类为一般健康状态与不健康状态。聚类1表示不健康，而聚类2表示健康。
生物学相关性可以通过获取miRNA靶标并查看基因表达(RNA-seq)数据来确定这些基因中是否发生显示真实相关性的表达变化来确定。对于在聚类1与聚类2之间失调的5个miRNA中靶向的每一个基因，在表5中呈现了聚类1和聚类2的平均表达值。呈现聚类1与2之间的log2倍数变化以展示聚类之间的表达变化。
表5：按聚类的表达变化
聚类 平均表达值 聚类1与聚类2的Log2倍数变化
CYP26A1聚类1 0.22606087 1.286420439
CYP26A1聚类2 0.09267749
BPIFB1聚类1 0.30686597 0.343109732
BPIFB1聚类2 0.24191478
SCGB2A2聚类1 1.22321014 -0.711181248
SCGB2A2聚类2 2.00257117
CDC42BPA聚类1 1.03676009 0.293218741
CDC42BPA聚类2 0.84607845
聚类1富集了确诊的子宫内膜异位症患者。基于甲基化聚类而差异调节的miRNA(miR-1270、miR-204-5p、miR-574-3p、miR-203a-3p和miR-99a-3p)显示参与调节CYP26A1、BPIFB1、SCGB2A2、CDC42BPA的5个关键微RNA的过表达。在这些基因中，CYP26A1是一种视黄酸调节子，具有孕激素依赖性并且在子宫内膜异位症中高度失调；BPIFB1是子宫内膜异位症患者中正位子宫内膜的分子特征，并在患者中显著下调；SCGB2A2在子宫内膜异位症患者中显著下调；CDC42BPA是月经周期中的关键细胞周期调节子，并在子宫内膜异位症患者中显著失调。与RNA-seq数据相比，这些miRNA显示出生物学相关性。同样，子宫内膜异位症与较低丰度的乳酸杆菌属有关联，类似于聚类1患者。
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虽然本文已经示出和描述了本公开内容的优选实施方式，但对于本领域技术人员显而易见的是，这样的实施方式仅以示例的方式提供。本领域技术人员现将在不偏离本公开内容的情况下想到许多更改、改变和替代。应当理解，在实践本公开内容时可以采用对本文所述的本公开内容的实施方式的各种替代方案。以下权利要求旨在限定本公开内容的范围，并因此覆盖这些权利要求范围内的方法和结构及其等同物。

Claims (112)

1.一种用于制备月经组指纹图谱的方法，包括：
(a)从受试者获得第一样品和第二样品，其中所述第一样品和所述第二样品包括被收集到第一吸收性样品收集器和第二吸收性样品收集器上的宫颈阴道液或月经液；
(b)将所述第一样品和所述第二样品分别从所述第一样品收集器和所述第二样品收集器洗脱到水性缓冲液中；
(c)从所述第一样品和所述第二样品中的每一个分离生物材料；和
(d)构建样品月经组指纹图谱，其中所述样品月经组指纹图谱包括来自所述第一样品和所述第二样品的所述生物材料中的多个月经组生物标志物的水平和/或存在的差异。
2.根据权利要求1所述的方法，其中所述生物材料包括选自以下的一种或多种生物材料：RNA、DNA、甲基化核酸、miRNA、蛋白质、蛋白质-核酸复合物、微生物和哺乳动物细胞类型。
3.根据权利要求1所述的方法，其中在(d)中构建所述样品月经组指纹图谱包括测定来自所述第一样品和所述第二样品的所提取的生物材料以识别多个生物标志物。
4.根据权利要求1所述的方法，其中所述多个月经组生物标志物包括在两种或更多种健康状态之间在宫颈阴道液或月经液中显示出不同存在或水平的生物标志物。
5.根据权利要求1所述的方法，其中所述多个月经组生物标志物包括与外周血、宫颈阴道组织或纵向月经样品相比在宫颈阴道液或月经液中显示不同存在或水平的生物标志物。
6.根据权利要求1所述的方法，还包括(e)将所述样品月经组指纹图谱与参考月经组指纹图谱进行比较。
7.根据权利要求6所述的方法，其中所述参考月经组指纹图谱包括与健康状态相关联的所述多个月经组生物标志物的阈值水平或存在。
8.根据权利要求1所述的方法，其中所述第一样品和所述第二样品包括在不同时间点从所述受试者收集的生物材料。
9.根据权利要求8所述的方法，其中所述时间点以约15分钟至约30天、约60天或约90天之间的时间段分开。
10.根据权利要求8所述的方法，其中所述时间点包括所述受试者的月经周期内的不同天数。
11.根据权利要求8所述的方法，其中所述时间点在单个月经周期内。
12.根据权利要求8所述的方法，其中所述时间点包括不同月经周期中的天数。
13.根据权利要求8所述的方法，其中所述时间点在所述受试者的月经的一天或多天期间。
14.根据权利要求8所述的方法，其中一个时间点在所述受试者的月经期间而一个时间点不在所述受试者的月经期间。
15.根据权利要求1所述的方法，其中所述样品收集器是阴道内样品收集器。
16.根据权利要求1所述的方法，其中所述样品收集器将生物材料保存在完整状态。
17.根据权利要求1所述的方法，其中所述样品收集器能够吸收至少3ml的流体。
18.根据权利要求1所述的方法，其中在收集所述样品之后将所述样品收集器置于缓冲液中。
19.根据权利要求1所述的方法，其中所述生物材料是DNA，并且多个月经组生物标志物包括多个基因座的甲基化状态。
20.根据权利要求1所述的方法，其中所述生物材料是RNA，并且多个月经组生物标志物包括多个基因的表达水平。
21.根据权利要求1所述的方法，其中所述生物材料是RNA，并且多个月经组生物标志物包括多个miRNA的存在和/或水平。
22.根据权利要求1所述的方法，其中所述生物材料是细胞，并且多个月经组生物标志物衡量一种或多种细胞类型的存在和/或量。
23.根据权利要求1所述的方法，其中所述生物材料是DNA，并且多个月经组生物标志物衡量一种或多种微生物的存在和/或水平。
24.根据权利要求1所述的方法，其中所述生物材料是DNA，并且多个月经组生物标志物衡量微生物的多样性。
25.根据权利要求4所述的方法，其中所述两种或更多种健康状态包括在医学治疗之前和之后。
26.根据权利要求7所述的方法，其中所述健康状态包括手术前的健康状态。
27.根据权利要求7所述的方法，其中所述参考状态包括手术后的健康状态。
28.根据权利要求7所述的方法，其中所述健康状态包括月经紊乱。
29.根据权利要求28所述的方法，其中所述健康状态包括子宫内膜异位症。
30.根据权利要求7所述的方法，其中所述健康状态包括健康患者。
31.根据权利要求7所述的方法，其中所述健康参考月经组指纹图谱包括主成分分析、t分布随机近邻嵌入、热图、多样性指数或其组合。
32.一种用于制备月经组指纹图谱的方法，包括：
(a)从受试者获得第一样品和第二样品，其中所述第一样品和所述第二样品包括被收集到第一吸收性样品收集器和第二吸收性样品收集器上的宫颈阴道液或月经液；
(b)将所述第一样品和所述第二样品分别从所述第一样品收集器和所述第二样品收集器洗脱到水性缓冲液中；
(c)从所述第一样品和所述第二样品中的每一个分离生物材料；和
(d)构建样品月经组指纹图谱，其中所述样品月经组指纹图谱包括与参考月经组指纹图谱相比来自所述第一样品和/或所述第二样品的所述生物材料中的多个月经组生物标志物的水平和/或存在的差异。
33.根据权利要求32所述的方法，其中所述生物材料包括选自以下的一种或多种生物材料：RNA、DNA、甲基化核酸、miRNA、蛋白质、蛋白质-核酸复合物、微生物和哺乳动物细胞类型。
34.根据权利要求32所述的方法，其中在(d)中构建所述样品月经组指纹图谱包括测定来自所述第一样品和所述第二样品的所提取的生物材料以识别多个生物标志物。
35.根据权利要求32所述的方法，其中所述多个月经组生物标志物包括在两种或更多种健康状态之间在宫颈阴道液或月经液中显示出不同存在或水平的生物标志物。
36.根据权利要求32所述的方法，其中所述多个月经组生物标志物包括与外周血、宫颈阴道组织或纵向月经样品相比在宫颈阴道液或月经液中显示不同存在或水平的生物标志物。
37.根据权利要求32所述的方法，其中所述参考月经组指纹图谱包括与健康状态相关联的所述多个月经组生物标志物的阈值水平或存在。
38.根据权利要求32所述的方法，其中所述第一样品和所述第二样品包括在不同时间点从所述受试者收集的生物材料。
39.根据权利要求38所述的方法，其中所述时间点以约15分钟至约30天、约60天或约90天之间的时间段分开。
40.根据权利要求38所述的方法，其中所述时间点包括所述受试者的月经周期内的不同天数。
41.根据权利要求38所述的方法，其中所述时间点在单个月经周期内。
42.根据权利要求38所述的方法，其中所述时间点包括不同月经周期中的天数。
43.根据权利要求38所述的方法，其中所述时间点在所述受试者的月经的一天或多天期间。
44.根据权利要求38所述的方法，其中一个时间点在所述受试者的月经期间而一个时间点不在所述受试者的月经期间。
45.根据权利要求32所述的方法，其中所述样品收集器是阴道内样品收集器。
46.根据权利要求32所述的方法，其中所述样品收集器将生物材料保存在完整状态。
47.根据权利要求32所述的方法，其中所述样品收集器能够吸收至少3ml的流体。
48.根据权利要求32所述的方法，其中在收集所述样品之后将所述样品收集器置于缓冲液中。
49.根据权利要求32所述的方法，其中所述生物材料是DNA，并且多个月经组生物标志物包括多个基因座的甲基化状态。
50.根据权利要求32所述的方法，其中所述生物材料是RNA，并且多个月经组生物标志物包括多个基因的表达水平。
51.根据权利要求32所述的方法，其中所述生物材料是RNA，并且多个月经组生物标志物包括多个miRNA的存在和/或水平。
52.根据权利要求32所述的方法，其中所述生物材料是细胞，并且多个月经组生物标志物衡量一种或多种细胞类型的存在和/或量。
53.根据权利要求32所述的方法，其中所述生物材料是DNA，并且多个月经组生物标志物衡量一种或多种微生物的存在和/或水平。
54.根据权利要求32所述的方法，其中所述生物材料是DNA，并且多个月经组生物标志物衡量微生物的多样性。
55.根据权利要求37所述的方法，其中所述两种或更多种健康状态包括在医学治疗之前和之后。
56.根据权利要求37所述的方法，其中所述健康状态包括手术前的健康状态。
57.根据权利要求32所述的方法，其中所述参考状态包括手术后的健康状态。
58.根据权利要求37所述的方法，其中所述健康状态包括月经紊乱。
59.根据权利要求58所述的方法，其中所述健康状态包括子宫内膜异位症。
60.根据权利要求37所述的方法，其中所述健康状态包括健康患者。
61.根据权利要求37所述的方法，其中所述健康参考月经组指纹图谱包括主成分分析、t分布随机近邻嵌入、热图、多样性指数或其组合。
62.一种用于制备月经组指纹图谱的方法，包括：
(a)从受试者获得第一样品，其中所述第一样品包括被收集到吸收性样品收集器上的宫颈阴道液或月经液；
(b)将所述第一样品从所述样品收集器洗脱到水性缓冲液中；
(c)从所述第一样品分离生物材料；
(d)构建样品月经组指纹图谱，其中所述样品月经组指纹图谱包括来自所述第一样品的所述生物材料中的多个月经组生物标志物的水平和/或存在；和
(e)将所述样品月经组指纹图谱与参考指纹图谱进行比较。
63.根据权利要求62所述的方法，其中所述参考指纹图谱包括受试者参考组中多个月经组生物标志物的水平和/或存在。
64.根据权利要求62所述的方法，其中所述参考指纹图谱包括在先前时间点所述受试者中多个月经组生物标志物的水平和/或存在。
65.根据权利要求62所述的方法，其中参考月经组指纹图谱包括与健康状态相关联的所述多个月经组生物标志物的阈值水平或存在。
66.根据权利要求62所述的方法，其中所述参考月经组指纹图谱包括与健康状态相关联的所述多个月经组生物标志物的阈值水平或存在。
67.根据权利要求66所述的方法，其中所述多个月经组生物标志物包括在两种或更多种健康状态之间在宫颈阴道液或月经液中显示出不同存在或水平的生物标志物。
68.根据权利要求67所述的方法，其中所述两种或更多种健康状态包括在医学治疗之前和之后。
69.根据权利要求68所述的方法，其中所述健康状态包括手术前的健康状态。
70.根据权利要求66所述的方法，其中所述参考状态包括手术后的健康状态。
71.根据权利要求67所述的方法，其中所述健康状态包括月经紊乱。
72.根据权利要求71所述的方法，其中所述健康状态包括子宫内膜异位症。
73.根据权利要求66所述的方法，其中所述健康状态包括健康患者。
74.根据权利要求62所述的方法，其中所述生物材料包括选自以下的一种或多种生物材料：RNA、DNA、甲基化核酸、miRNA、蛋白质、蛋白质-核酸复合物、微生物和哺乳动物细胞类型。
75.根据权利要求62所述的方法，其中在(d)中构建所述样品月经组指纹图谱包括测定来自所述第一样品和所述第二样品的所提取的生物材料以识别多个生物标志物。
76.根据权利要求62所述的方法，其中所述多个月经组生物标志物包括与外周血、宫颈阴道组织或纵向月经样品相比在宫颈阴道液或月经液中显示不同存在或水平的生物标志物。
77.根据权利要求62所述的方法，其中所述第一样品和参考样品包括在不同时间点从所述受试者收集的生物材料。
78.根据权利要求62所述的方法，其中所述样品收集器是阴道内样品收集器。
79.根据权利要求62所述的方法，其中所述样品收集器将生物材料保存在完整状态。
80.根据权利要求62所述的方法，其中所述样品收集器能够吸收至少3ml的流体。
81.根据权利要求62所述的方法，其中在收集所述样品之后将所述样品收集器置于缓冲液中。
82.根据权利要求62所述的方法，其中所述生物材料是DNA，并且多个月经组生物标志物包括多个基因座的甲基化状态。
83.根据权利要求62所述的方法，其中所述生物材料是RNA，并且多个月经组生物标志物包括多个基因的表达水平。
84.根据权利要求62所述的方法，其中所述生物材料是RNA，并且多个月经组生物标志物包括多个miRNA的存在和/或水平。
85.根据权利要求62所述的方法，其中所述生物材料是细胞，并且多个月经组生物标志物衡量一种或多种细胞类型的存在和/或量。
86.根据权利要求62所述的方法，其中所述生物材料是DNA，并且多个月经组生物标志物衡量一种或多种微生物的存在和/或水平。
87.根据权利要求62所述的方法，其中所述生物材料是DNA，并且多个月经组生物标志物衡量微生物的多样性。
88.根据权利要求62所述的方法，其中所述健康参考月经组指纹图谱包括主成分分析、t分布随机近邻嵌入、热图、多样性指数或其组合。
89.一种用于制备月经组指纹图谱的方法，包括：
(a)从患有或怀疑患有子宫内膜异位症的受试者获得第一样品和第二样品，其中所述第一样品和所述第二样品包括被收集到吸收性样品收集器上的宫颈阴道液或月经液；
(b)将所述第一样品和所述第二样品分别从所述第一样品收集器和所述第二样品收集器洗脱到水性缓冲液中；
(c)从所述第一样品和所述第二样品中的每一个分离生物材料；和
(d)构建样品月经组指纹图谱，其中所述样品月经组指纹图谱包括来自所述第一样品和所述第二样品的所述生物材料中的多个月经组生物标志物的水平和/或存在的差异。
90.根据权利要求89所述的方法，其中所述生物材料包括选自以下的一种或多种生物材料：RNA、DNA、甲基化核酸、miRNA、蛋白质、蛋白质-核酸复合物、微生物和哺乳动物细胞类型。
91.根据权利要求90所述的方法，还包括将来自所述第一样品和所述第二样品的所提取的生物材料与所述第一样品和所述第二样品的其他组分分隔。
92.根据权利要求90所述的方法，其中在(d)中构建所述样品月经组指纹图谱包括测定来自所述第一样品和所述第二样品的所提取的生物材料以识别多个生物标志物。
93.根据权利要求90所述的方法，其中所述生物材料是miRNA并且所述多个生物标志物包括选自let-7c-5p、miR-100-5p、miR-149-5p、miR-193b-3p、miR-221-5p、miR-363-3p、miR-99a-5p、let-7e-5p、miR-10a-5p、miR-10b-5p、miR-125b-5p、miR-127-3p、miR-132-3p、miR-141-3p、miR-142-5p、miR-143-3p、miR-144-5p、miR-145-5p、miR-152-3p、miR-16-2-3p、miR-17-3p、miR-195-5p、miR-196b-5p、miR-199a-3p/199b-3p、miR-200a-3p、miR-200c-3p、miR-203a-3p、miR-205-5p、miR-21-3p、miR-21-5p、miR-22-3p、miR-222-3p、miR-224-5p,miR-23b-3p,miR-27b-3p、miR-28-3p、miR-30a-3p、miR-30a-5p、miR-34a-5p、miR-34c-5p、miR-365a-3p/365b-3p、miR-375、miR-409和miR-98-5p的miRNA。
94.根据权利要求93所述的方法，其中所述miRNA选自miR-1271-5p、miR-4485-3p、miR-125b-2-3p和miR-410-3p。
95.根据权利要求90所述的方法，其中所述多个生物标志物包括选自表4中的CpG位点的一个或多个CpG位点的甲基化谱。
96.根据权利要求90所述的方法，其中所述微生物是选自以下属的细菌：陌生物菌属、丙酸杆菌属、戴阿利斯特杆菌属、卟啉单胞菌属、链球菌属、皮杆菌属、莫拉氏菌属、厌氧球菌属、消化链球菌属、乳杆菌属、普雷沃氏菌属、弯曲杆菌属、棒状杆菌属、费克蓝姆氏菌属和克雷伯氏菌属。
97.根据权利要求90所述的方法，其中所述哺乳动物细胞类型选自内皮细胞、上皮细胞、白细胞、间充质细胞及其组合。
98.根据权利要求89所述的方法，还包括(e)将所述样品月经组指纹图谱与参考月经组指纹图谱进行比较。
99.根据权利要求98所述的方法，其中所述参考月经组指纹图谱包括与健康状态相关联的所述多个月经组生物标志物的阈值水平或存在。
100.根据权利要求99所述的方法，其中所述健康状态包括手术前的健康状态。
101.根据权利要求99所述的方法，其中所述参考状态包括手术后的健康状态。
102.根据权利要求89所述的方法，其中所述第一样品和所述第二样品包括在不同时间点从所述受试者收集的生物材料。
103.根据权利要求89所述的方法，其中所述时间点以约15分钟至约30天之间的时间段分开。
104.根据权利要求89所述的方法，其中所述时间点包括所述受试者的月经周期内的不同天数。
105.根据权利要求89所述的方法，其中所述时间点在单个月经周期内。
106.根据权利要求89所述的方法，其中所述时间点包括不同月经周期中的天数。
107.根据权利要求89所述的方法，其中所述时间点在所述受试者的月经的一天或多天期间。
108.根据权利要求89所述的方法，其中一个时间点在所述受试者的月经期间而一个时间点不在所述受试者的月经期间。
109.根据权利要求89所述的方法，其中所述样品收集器是阴道内样品收集器。
110.根据权利要求89所述的方法，其中所述样品收集器将生物材料保存在完整状态。
111.根据权利要求89所述的方法，其中所述样品收集器能够吸收至少3ml的流体。
112.根据权利要求89所述的方法，其中在收集所述样品之后将所述样品收集器置于缓冲液中。
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