JP2022554280A - メンストルアローム解析のための方法およびシステム - Google Patents

メンストルアローム解析のための方法およびシステム Download PDF

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Abstract

月経液からの試料、月経液から試料を収集するためのシステム、および月経液からの試料を保存する方法が、提供される。メンストルアロームフィンガープリントを作成する方法であって、（ａ）対象から第１の試料および第２の試料を得るステップであって、第１の試料および第２の試料が、第１および第２の吸収性試料収集用具上に収集された頸膣液および月経液を含む、ステップ；（ｂ）第１の試料および第２の試料を、第１および第２の試料収集用具から水性緩衝液に別々に溶出させるステップ；（ｃ）第１の試料および第２の試料の各々から、生体物質を分離するステップ；および（ｄ）試料メンストルアロームフィンガープリントを構築するステップであって、試料メンストルアロームフィンガープリントが、第１の試料および第２の試料からの生体物質中の複数のメンストルアロームバイオマーカーのレベルおよび／または存在の差を含む、ステップを含む方法。

Description

相互参照
本願は、２０１９年１１月１日に出願した米国特許出願第６２／９２９，５７９号、２０１９年１１月４日に出願した米国特許出願第６２／９３０，４６５号、および２０２０年８月５日に出願した米国特許出願第６３／０６１，７０９号の利益を主張するものであり、前記出願は、それらの全体が参照により本明細書に組み込まれる。
本開示の背景
慢性骨盤痛（ＣＰＰ）、月経困難、および不妊は、異常な月経周期に関連する疾患、例えば、診断未確定の子宮内膜症のために女性を病院にかかるように駆り立てる症状である。例えば、子宮内膜症の罹患率は、ＣＰＰを呈する女性のうちの７０％以下であり、ＩＶＦクリニックで不妊の症状が見つかる女性のうちの３０～５０％である。このタイプの子宮内膜症疾患に伴うこれらの症状の呈示が、多くの場合、処置の選択肢を決める。処置の選択肢は、外科手術、ならびにホルモン療法および／またはＧｎＲＨアナログによる疼痛管理を含む。しかし、ＧｎＲＨアナログの補償範囲には大きな幅があり、疾患の外科的確認によって左右され得るため、子宮内膜症の外科的診断が、適切なケアを受ける上で必須の必要なステップとなる。これは、健康制度のみならず、疾患を患う個体にも負担をかけさせ、診断までの時間の全体的な遅れの一因となる。外科的介入があったとしても、患者の５０％は再発し、これは、子宮内膜症が、外科的介入や治療介入にかかわらず、周期的な活性化状態を示すことを明確に示す。
平均すると、子宮内膜症の症状の開始から診断まで１０年かかり、そのため生殖器系内での接着および瘢痕組織の形成が可能になり、その結果、機能を妨げることになり、多くの場合、重度の疼痛を引き起こすことにもなる。加えて、生理痛と明確な診断の欠如の組合せは、罹患した女性における精神的苦痛およびうつ病の原因となり得る。
本開示の概要
一部の実施形態では、本明細書に開示されるのは、メンストルアロームフィンガープリントを作成する方法である。一部の実施形態では、この方法は、（ａ）対象から第１の試料および第２の試料を得るステップであって、第１の試料および第２の試料が、第１および第２の吸収性試料収集用具上に収集された頸膣液および月経液を含む、ステップ；（ｂ）第１の試料および第２の試料を、第１および第２の試料収集用具から水性緩衝液に別々に溶出させるステップ；（ｃ）第１の試料および第２の試料の各々から、生体物質を分離するステップ；および（ｄ）試料メンストルアロームフィンガープリントを構築するステップであって、試料メンストルアロームフィンガープリントが、第１の試料および第２の試料からの生体物質中の複数のメンストルアロームバイオマーカーのレベルおよび／または存在の差を含む、ステップを含む。一部の実施形態では、生体物質は、ＲＮＡ、ＤＮＡ、メチル化核酸、ｍｉＲＮＡ、タンパク質、タンパク質－核酸複合体、微生物、および哺乳動物細胞型からなる群から選択される１つまたは複数の生体物質を含む。一部の実施形態では、一部の実施形態では、（ｄ）における試料メンストルアロームフィンガープリントを構築するステップは、第１の試料および第２の試料からの抽出生体物質をアッセイして複数のバイオマーカーを同定することを含む。一部の実施形態では、複数のメンストルアロームバイオマーカーは、２つまたはそれより多くの健康状態間で頸膣液または月経液において差次的な存在またはレベルを提示するバイオマーカーを含む。一部の実施形態では、複数のメンストルアロームバイオマーカーは、末梢血、頸膣組織または縦断月経試料と比較して頸膣液または月経液において差次的な存在またはレベルを提示するバイオマーカーを含む。一部の実施形態では、方法は、（ｅ）試料メンストルアロームフィンガープリントを参照メンストルアロームフィンガープリントと比較するステップをさらに含む。一部の実施形態では、参照メンストルアロームフィンガープリントは、健康状態に関連する複数のメンストルアロームバイオマーカーの閾値レベルまたは存在を含む。一部の実施形態では、第１の試料および第２の試料は、対象から異なる時点で収集された生体物質を含む。一部の実施形態では、時点は、約１５分から、約３０日、約６０日または約９０日の間の期間、分離されている。一部の実施形態では、時点は、対象の月経周期内の異なる日を含む。一部の実施形態では、時点は、単一月経周期内にある。一部の実施形態では、時点は、別個の月経周期における日を含む。一部の実施形態では、時点は、対象の月経の１または複数日中にある。一部の実施形態では、１つの時点が対象の月経中にあり、１つの時点が対象の月経中にない。一部の実施形態では、試料収集用具は、膣内試料収集用具である。一部の実施形態では、試料収集用具は、生体物質を無傷状態で保存する。一部の実施形態では、試料収集用具は、少なくとも３ｍｌの流体を吸収することができる。一部の実施形態では、試料収集用具は、試料を収集した後に緩衝剤に置かれる。一部の実施形態では、生体物質はＤＮＡであり、複数のメンストルアロームバイオマーカーは、複数の遺伝子座のメチル化ステータスを含む。一部の実施形態では、生体物質はＲＮＡであり、複数のメンストルアロームバイオマーカーは、複数の遺伝子の発現レベルを含む。一部の実施形態では、生体物質はＲＮＡであり、複数のメンストルアロームバイオマーカーは、複数のｍｉＲＮＡの存在および／またはレベルを含む。一部の実施形態では、生体物質は細胞であり、複数のメンストルアロームバイオマーカーによって１つまたは複数の細胞型の存在および／または量が測定される。一部の実施形態では、生体物質はＤＮＡであり、複数のメンストルアロームバイオマーカーによって１つまたは複数の微生物の存在および／またはレベルが測定される。一部の実施形態では、生体物質はＤＮＡであり、複数のメンストルアロームバイオマーカーによって微生物の多様性が測定される。一部の実施形態では、２つまたはそれより多くの健康状態は、医療処置の前および後のものを含む。一部の実施形態では、健康状態は、外科手術前の健康状態を含む。一部の実施形態では、参照状態は、外科手術後の健康状態を含む。一部の実施形態では、健康状態は、月経障害を含む。一部の実施形態では、健康状態は、子宮内膜症を含む。一部の実施形態では、健康状態は、健康な患者を含む。一部の実施形態では、健康参照メンストルアロームフィンガープリントは、主成分分析、ｔ分布型確率的近傍埋め込み法、ヒートマップ、多様度指数、またはこれらの組合せを含む。
別の態様では、本明細書に開示されるのは、メンストルアロームフィンガープリントを作成する方法である。一部の実施形態では、この方法は、（ａ）対象から第１の試料および第２の試料を得るステップであって、第１の試料および第２の試料が、第１および第２の吸収性試料収集用具上に収集された頸膣液または月経液を含む、ステップ；（ｂ）第１の試料および第２の試料を、第１および第２の試料収集用具から水性緩衝液に別々に溶出させるステップ；（ｃ）第１の試料および第２の試料の各々から、生体物質を分離するステップ；および（ｄ）試料メンストルアロームフィンガープリントを構築するステップであって、試料メンストルアロームフィンガープリントが、参照メンストルアロームフィンガープリントと比較して第１の試料および／または第２の試料からの生体物質中の複数のメンストルアロームバイオマーカーのレベルおよび／または存在の差を含む、ステップを含む。一部の実施形態では、生体物質は、ＲＮＡ、ＤＮＡ、メチル化核酸、ｍｉＲＮＡ、タンパク質、タンパク質－核酸複合体、微生物、および哺乳動物細胞型からなる群から選択される１つまたは複数の生体物質を含む。一部の実施形態では、（ｄ）における試料メンストルアロームフィンガープリントを構築するステップは、第１の試料および第２の試料からの抽出生体物質をアッセイして複数のバイオマーカーを同定することを含む。一部の実施形態では、複数のメンストルアロームバイオマーカーは、２つまたはそれより多くの健康状態間で頸膣液または月経液において差次的な存在またはレベルを提示するバイオマーカーを含む。一部の実施形態では、複数のメンストルアロームバイオマーカーは、末梢血、頸膣組織または縦断月経試料と比較して頸膣液または月経液において差次的な存在またはレベルを提示するバイオマーカーを含む。一部の実施形態では、参照メンストルアロームフィンガープリントは、健康状態に関連する複数のメンストルアロームバイオマーカーの閾値レベルまたは存在を含む。一部の実施形態では、第１の試料および第２の試料は、対象から異なる時点で収集された生体物質を含む。一部の実施形態では、時点は、約１５分から、約３０日、約６０日または約９０日の間の期間、分離されている。一部の実施形態では、時点は、対象の月経周期内の異なる日を含む。一部の実施形態では、時点は、単一月経周期内にある。一部の実施形態では、時点は、別個の月経周期における日を含む。一部の実施形態では、時点は、対象の月経の１または複数日中にある。一部の実施形態では、１つの時点は対象の月経中にあり、１つの時点は対象の月経中にない。一部の実施形態では、試料収集用具は、膣内試料収集用具である。一部の実施形態では、試料収集用具は、生体物質を無傷状態で保存する。一部の実施形態では、試料収集用具は、少なくとも３ｍｌの流体を吸収することができる。一部の実施形態では、試料収集用具は、試料を収集した後に緩衝剤に置かれる。一部の実施形態では、生体物質はＤＮＡであり、複数のメンストルアロームバイオマーカーは、複数の遺伝子座のメチル化ステータスを含む。一部の実施形態では、生体物質はＲＮＡであり、複数のメンストルアロームバイオマーカーは、複数の遺伝子の発現レベルを含む。一部の実施形態では、生体物質はＲＮＡであり、複数のメンストルアロームバイオマーカーは、複数のｍｉＲＮＡの存在および／またはレベルを含む。一部の実施形態では、生体物質は細胞であり、複数のメンストルアロームバイオマーカーによって１つまたは複数の細胞型の存在および／または量が測定される。一部の実施形態では、生体物質はＤＮＡであり、複数のメンストルアロームバイオマーカーによって１つまたは複数の微生物の存在および／またはレベルが測定される。一部の実施形態では、生体物質はＤＮＡであり、複数のメンストルアロームバイオマーカーによって微生物の多様性が測定される。一部の実施形態では、２つまたはそれより多くの健康状態は、医療処置の前および後のものを含む。一部の実施形態では、健康状態は、外科手術前の健康状態を含む。一部の実施形態では、参照状態は、外科手術後の健康状態を含む。一部の実施形態では、健康状態は、月経障害を含む。一部の実施形態では、健康状態は、子宮内膜症を含む。一部の実施形態では、健康状態は、健康な患者を含む。一部の実施形態では、健康参照メンストルアロームフィンガープリントは、主成分分析、ｔ分布型確率的近傍埋め込み法、ヒートマップ、多様度指数、またはこれらの組合せを含む。
別の態様では、本明細書に開示されるのは、メンストルアロームフィンガープリントを作成する方法である。一部の実施形態では、この方法は、（ａ）対象から第１の試料を得るステップであって、第１の試料が、吸収性試料収集用具上に収集された頸膣液または月経液を含む、ステップ；（ｂ）第１の試料を、試料収集用具から水性緩衝液に溶出させるステップ；（ｃ）第１の試料から生体物質を分離するステップ；（ｄ）試料メンストルアロームフィンガープリントを構築するステップであって、試料メンストルアロームフィンガープリントが、第１の試料からの生体物質中の複数のメンストルアロームバイオマーカーのレベルおよび／または存在を含む、ステップ；および（ｅ）試料メンストルアロームフィンガープリントを参照フィンガープリントと比較するステップを含む。一部の実施形態では、参照フィンガープリントは、対象の参照群における複数のメンストルアロームバイオマーカーのレベルおよび／または存在を含む。一部の実施形態では、参照フィンガープリントは、過去の時点の対象における複数のメンストルアロームバイオマーカーのレベルおよび／または存在を含む。一部の実施形態では、参照メンストルアロームフィンガープリントは、健康状態に関連する複数のメンストルアロームバイオマーカーの閾値レベルまたは存在を含む。一部の実施形態では、参照メンストルアロームフィンガープリントは、健康状態に関連する複数のメンストルアロームバイオマーカーの閾値レベルまたは存在を含む。一部の実施形態では、複数のメンストルアロームバイオマーカーは、２つまたはそれより多くの健康状態間で頸膣液または月経液において差次的な存在またはレベルを提示するバイオマーカーを含む。一部の実施形態では、２つまたはそれより多くの健康状態は、医療処置の前および後のものを含む。一部の実施形態では、健康状態は、外科手術前の健康状態を含む。一部の実施形態では、参照状態は、外科手術後の健康状態を含む。一部の実施形態では、健康状態は、月経障害を含む。一部の実施形態では、健康状態は、子宮内膜症を含む。一部の実施形態では、健康状態は、健康な患者を含む。一部の実施形態では、生体物質は、ＲＮＡ、ＤＮＡ、メチル化核酸、ｍｉＲＮＡ、タンパク質、タンパク質－核酸複合体、微生物、および哺乳動物細胞型からなる群から選択される１つまたは複数の生体物質を含む。一部の実施形態では、（ｄ）における試料メンストルアロームフィンガープリントを構築するステップは、第１の試料および第２の試料からの抽出生体物質をアッセイして複数のバイオマーカーを同定することを含む。一部の実施形態では、複数のメンストルアロームバイオマーカーは、末梢血、頸膣組織または縦断月経試料と比較して頸膣液または月経液において差次的な存在またはレベルを提示するバイオマーカーを含む。一部の実施形態では、一部の実施形態では、第１の試料および参照試料は、対象から異なる時点で収集された生体物質を含む。一部の実施形態では、試料収集用具は、膣内試料収集用具である。一部の実施形態では、試料収集用具は、生体物質を無傷状態で保存する。一部の実施形態では、試料収集用具は、少なくとも３ｍｌの流体を吸収することができる。一部の実施形態では、試料収集用具は、試料を収集した後に緩衝剤に置かれる。一部の実施形態では、生体物質はＤＮＡであり、複数のメンストルアロームバイオマーカーは、複数の遺伝子座のメチル化ステータスを含む。一部の実施形態では、生体物質はＲＮＡであり、複数のメンストルアロームバイオマーカーは、複数の遺伝子の発現レベルを含む。一部の実施形態では、生体物質はＲＮＡあり、複数のメンストルアロームバイオマーカーは、複数のｍｉＲＮＡの存在および／またはレベルを含む。一部の実施形態では、生体物質は細胞であり、複数のメンストルアロームバイオマーカーによって１つまたは複数の細胞型の存在および／または量が測定される。一部の実施形態では、生体物質はＤＮＡであり、複数のメンストルアロームバイオマーカーによって１つまたは複数の微生物の存在および／またはレベルが測定される。一部の実施形態では、生体物質はＤＮＡであり、複数のメンストルアロームバイオマーカーによって微生物の多様性が測定される。一部の実施形態では、健康参照メンストルアロームフィンガープリントは、主成分分析、ｔ分布型確率的近傍埋め込み法、ヒートマップ、多様度指数、またはこれらの組合せを含む。
さらなる態様では、本明細書に開示されるのは、メンストルアロームフィンガープリントを作成する方法である。一部の実施形態では、方法は、（ａ）子宮内膜症を有するまたは有する疑いがある対象から第１の試料および第２の試料を得るステップであって、第１の試料および第２の試料が、吸収性試料収集用具上に収集された頸膣液または月経液を含む、ステップ；（ｂ）第１の試料および第２の試料を第１および第２の試料収集用具から水性緩衝液に別々に溶出させるステップ；（ｃ）第１の試料および第２の試料の各々から、生体物質を分離するステップ；および（ｄ）試料メンストルアロームフィンガープリントを構築するステップであって、試料メンストルアロームフィンガープリントが、第１の試料および第２の試料からの生体物質中の複数のメンストルアロームバイオマーカーのレベルおよび／または存在の差を含む、ステップを含む。一部の実施形態では、生体物質は、ＲＮＡ、ＤＮＡ、メチル化核酸、ｍｉＲＮＡ、タンパク質、タンパク質－核酸複合体、微生物、および哺乳動物細胞型からなる群から選択される１つまたは複数の生体物質を含む。一部の実施形態では、（ｄ）における試料メンストルアロームフィンガープリントを構築するステップは、第１の試料および第２の試料からの抽出生体物質をアッセイして複数のバイオマーカーを同定することを含む。一部の実施形態では、生体物質はｍｉＲＮＡであり、複数のバイオマーカーは、ｌｅｔ－７ｃ－５ｐ、ｍｉＲ－１００－５ｐ、ｍｉＲ－１４９－５ｐ、ｍｉＲ－１９３ｂ－３ｐ、ｍｉＲ－２２１－５ｐ、ｍｉＲ－３６３－３ｐ、ｍｉＲ－９９ａ－５ｐ、ｌｅｔ－７ｅ－５ｐ、ｍｉＲ－１０ａ－５ｐ、ｍｉＲ－１０ｂ－５ｐ、ｍｉＲ－１２５ｂ－５ｐ、ｍｉＲ－１２７－３ｐ、ｍｉＲ－１３２－３ｐ、ｍｉＲ－１４１－３ｐ、ｍｉＲ－１４２－５ｐ、ｍｉＲ－１４３－３ｐ、ｍｉＲ－１４４－５ｐ、ｍｉＲ－１４５－５ｐ、ｍｉＲ－１５２－３ｐ、ｍｉＲ－１６－２－３ｐ、ｍｉＲ－１７－３ｐ、ｍｉＲ－１９５－５ｐ、ｍｉＲ－１９６ｂ－５ｐ、ｍｉＲ－１９９ａ－３ｐ／１９９ｂ－３ｐ、ｍｉＲ－２００ａ－３ｐ、ｍｉＲ－２００ｃ－３ｐ、ｍｉＲ－２０３ａ－３ｐ、ｍｉＲ－２０５－５ｐ、ｍｉＲ－２１－３ｐ、ｍｉＲ－２１－５ｐ、ｍｉＲ－２２－３ｐ、ｍｉＲ－２２２－３ｐ、ｍｉＲ－２２４－５ｐ、ｍｉＲ－２３ｂ－３ｐ、ｍｉＲ－２７ｂ－３ｐ、ｍｉＲ－２８－３ｐ、ｍｉＲ－３０ａ－３ｐ、ｍｉＲ－３０ａ－５ｐ、ｍｉＲ－３４ａ－５ｐ、ｍｉＲ－３４ｃ－５ｐ、ｍｉＲ－３６５ａ－３ｐ／３６５ｂ－３ｐ、ｍｉＲ－３７５、ｍｉＲ－４０９およびｍｉＲ－９８－５ｐからなる群から選択されるｍｉＲＮＡを含む。ｍｉＲＮＡは、ｍｉＲ－１２７１－５ｐ、ｍｉＲ－４４８５－３ｐ、ｍｉＲ－１２５ｂ－２－３ｐ、およびｍｉＲ－４１０－３ｐからなる群から選択される、請求項９３に記載の方法。一部の実施形態では、複数のバイオマーカーは、表４におけるＣｐＧ部位から選択される１つまたは複数のＣｐＧ部位のメチル化プロファイルを含む。一部の実施形態では、微生物は、Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｄｅｒｍａｂａｃｔｅｒ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ、Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆａｃｋｌａｍｉａ、およびＫｌｅｂｓｉｅｌｌａからなる群から選択される属の細菌である。一部の実施形態では、哺乳動物細胞型は、内皮細胞、上皮細胞、白血球、間葉細胞、およびこれらの組合せからなる群から選択される。一部の実施形態では、方法は、（ｅ）試料メンストルアロームフィンガープリントを参照メンストルアロームフィンガープリントと比較するステップをさらに含む。一部の実施形態では、参照メンストルアロームフィンガープリントは、健康状態に関連する複数のメンストルアロームバイオマーカーの閾値レベルまたは存在を含む。一部の実施形態では、健康状態は、外科手術前の健康状態を含む。一部の実施形態では、参照状態は、外科手術後の健康状態を含む。一部の実施形態では、第１の試料および第２の試料は、対象から異なる時点で収集された生体物質を含む。一部の実施形態では、時点は、約１５分から約３０日の間の期間、分離されている。一部の実施形態では、時点は、対象の月経周期内の異なる日を含む。一部の実施形態では、時点は、単一月経周期内にある。一部の実施形態では、時点は、別個の月経周期における日を含む。一部の実施形態では、時点は、対象の月経の１または複数日中にある。一部の実施形態では、１つの時点は対象の月経中にあり、１つの時点は対象の月経中にない。一部の実施形態では、試料収集用具は、膣内試料収集用具である。一部の実施形態では、試料収集用具は、生体物質を無傷状態で保存する。一部の実施形態では、試料収集用具は、少なくとも３ｍｌの流体を吸収することができる。一部の実施形態では、試料収集用具は、試料を収集した後に緩衝剤に置かれる。
参照による組み入れ
本明細書で言及される全ての公表文献、特許および特許出願は、個々の公表文献、特許または特許出願各々が参照により組み込まれると具体的かつ個別に示されている場合と同程度に、参照により本明細書に組み込まれる。
本開示の新規特徴は、添付の特許請求の範囲において具体的に示される。本開示の原理が利用される例示的実施形態を示す後続の詳細な説明、および添付の図面を参照することにより、本開示の特徴および利点のよりよい理解が得られるであろう。
図１Ａ～１Ｂは、ＲＮＡ－Ｓｅｑ経時的データを例示する。図１Ａは、月経血、全血および頸膣液を比較する主成分分析を示す。図１Ｂは、月経血および全血を比較する主成分分析を示す。図１Ｃは、月経血、全血および頸膣液を比較するｔＳＮＥ次元解析を示す。図１Ｄは、月経血および全血を比較するｔＳＮＥ次元解析を示す。 図１Ａ～１Ｂは、ＲＮＡ－Ｓｅｑ経時的データを例示する。図１Ａは、月経血、全血および頸膣液を比較する主成分分析を示す。図１Ｂは、月経血および全血を比較する主成分分析を示す。図１Ｃは、月経血、全血および頸膣液を比較するｔＳＮＥ次元解析を示す。図１Ｄは、月経血および全血を比較するｔＳＮＥ次元解析を示す。
図２Ａは、月経の時間経過を例示する。図２Ｂは、細胞特異的マーカーについての遺伝子発現の変化を経時的に例示する。ＭＵＣ２１およびＡＬＯＸ１２は、頸膣特異的発現を表す。ＳＰＲＲ２Ｆは、卵巣および卵管特異的発現を表す。ＰＡＥＰは、子宮内膜特異的発現を表す。縦破線は、女性の周期の２日目を表す。
図３は、１１のＫｅｇｇ経路が、子宮内膜症とＥＭＴ間で共有されることを示す。
図４Ａ～４Ｅは、「真に健康な」患者、「不健康である疑いがある」患者、子宮内膜症患者、およびＰＣＯＳ患者における頸膣液および月経液中の細菌多様性を例示する。合計７９名の患者を分析した（ＰＣＯＳ個体５名、子宮内膜症を有する個体１９名、真に健康な個体５名、および不健康である疑いがある個体５０名）。箱ひげ図はベータ多様性を表し、その一方で、個々のドットは、単一の試料についてのアルファ多様性を示す。図４Ａは、頸膣液中に存在する細菌多様性を例示する。図４Ｂは、月経液中に存在する細菌多様性を例示する。図４Ｃは、存在量が頸膣液より月経液におけるほうが多い細菌属を描示する。図４Ｄは、過剰な種の数と患者コホートにおける健全度との相関関係を描示する。図４Ｅは、健康コホートにおける月経血中の細菌属の存在度の比較を描示する。 図４Ａ～４Ｅは、「真に健康な」患者、「不健康である疑いがある」患者、子宮内膜症患者、およびＰＣＯＳ患者における頸膣液および月経液中の細菌多様性を例示する。合計７９名の患者を分析した（ＰＣＯＳ個体５名、子宮内膜症を有する個体１９名、真に健康な個体５名、および不健康である疑いがある個体５０名）。箱ひげ図はベータ多様性を表し、その一方で、個々のドットは、単一の試料についてのアルファ多様性を示す。図４Ａは、頸膣液中に存在する細菌多様性を例示する。図４Ｂは、月経液中に存在する細菌多様性を例示する。図４Ｃは、存在量が頸膣液より月経液におけるほうが多い細菌属を描示する。図４Ｄは、過剰な種の数と患者コホートにおける健全度との相関関係を描示する。図４Ｅは、健康コホートにおける月経血中の細菌属の存在度の比較を描示する。 図４Ａ～４Ｅは、「真に健康な」患者、「不健康である疑いがある」患者、子宮内膜症患者、およびＰＣＯＳ患者における頸膣液および月経液中の細菌多様性を例示する。合計７９名の患者を分析した（ＰＣＯＳ個体５名、子宮内膜症を有する個体１９名、真に健康な個体５名、および不健康である疑いがある個体５０名）。箱ひげ図はベータ多様性を表し、その一方で、個々のドットは、単一の試料についてのアルファ多様性を示す。図４Ａは、頸膣液中に存在する細菌多様性を例示する。図４Ｂは、月経液中に存在する細菌多様性を例示する。図４Ｃは、存在量が頸膣液より月経液におけるほうが多い細菌属を描示する。図４Ｄは、過剰な種の数と患者コホートにおける健全度との相関関係を描示する。図４Ｅは、健康コホートにおける月経血中の細菌属の存在度の比較を描示する。 図４Ａ～４Ｅは、「真に健康な」患者、「不健康である疑いがある」患者、子宮内膜症患者、およびＰＣＯＳ患者における頸膣液および月経液中の細菌多様性を例示する。合計７９名の患者を分析した（ＰＣＯＳ個体５名、子宮内膜症を有する個体１９名、真に健康な個体５名、および不健康である疑いがある個体５０名）。箱ひげ図はベータ多様性を表し、その一方で、個々のドットは、単一の試料についてのアルファ多様性を示す。図４Ａは、頸膣液中に存在する細菌多様性を例示する。図４Ｂは、月経液中に存在する細菌多様性を例示する。図４Ｃは、存在量が頸膣液より月経液におけるほうが多い細菌属を描示する。図４Ｄは、過剰な種の数と患者コホートにおける健全度との相関関係を描示する。図４Ｅは、健康コホートにおける月経血中の細菌属の存在度の比較を描示する。
図５は、本明細書に記載のシステムの実施形態の断面図を示す。
図６Ａ～６Ｄは、システムの実施形態の透視図を例示する。図６Ａは、システムの実施形態の全透視図を例示する。図６Ｂは、図６Ａのシステムの実施形態の上方部分、および中央部分の第１の端部の透視図を例示する。図６Ｃは、図６Ａのシステムの実施形態の底部の透視図を例示する。図６Ｄは、図６Ａのシステムの実施形態の追加の透視図を例示する。 図６Ａ～６Ｄは、システムの実施形態の透視図を例示する。図６Ａは、システムの実施形態の全透視図を例示する。図６Ｂは、図６Ａのシステムの実施形態の上方部分、および中央部分の第１の端部の透視図を例示する。図６Ｃは、図６Ａのシステムの実施形態の底部の透視図を例示する。図６Ｄは、図６Ａのシステムの実施形態の追加の透視図を例示する。 図６Ａ～６Ｄは、システムの実施形態の透視図を例示する。図６Ａは、システムの実施形態の全透視図を例示する。図６Ｂは、図６Ａのシステムの実施形態の上方部分、および中央部分の第１の端部の透視図を例示する。図６Ｃは、図６Ａのシステムの実施形態の底部の透視図を例示する。図６Ｄは、図６Ａのシステムの実施形態の追加の透視図を例示する。 図６Ａ～６Ｄは、システムの実施形態の透視図を例示する。図６Ａは、システムの実施形態の全透視図を例示する。図６Ｂは、図６Ａのシステムの実施形態の上方部分、および中央部分の第１の端部の透視図を例示する。図６Ｃは、図６Ａのシステムの実施形態の底部の透視図を例示する。図６Ｄは、図６Ａのシステムの実施形態の追加の透視図を例示する。
図７Ａ～７Ｃは、システムの実施形態の使用を例示する。図７Ａは、上方部分とのカップリング前のシステムの実施形態の中央部分および下方部分を示す。図７Ｂは、上方部分の作動後の図７Ａのシステムの実施形態を示す。図７Ｃは、下方部分の作動後の図７Ａのシステムの実施形態を示す。 図７Ａ～７Ｃは、システムの実施形態の使用を例示する。図７Ａは、上方部分とのカップリング前のシステムの実施形態の中央部分および下方部分を示す。図７Ｂは、上方部分の作動後の図７Ａのシステムの実施形態を示す。図７Ｃは、下方部分の作動後の図７Ａのシステムの実施形態を示す。 図７Ａ～７Ｃは、システムの実施形態の使用を例示する。図７Ａは、上方部分とのカップリング前のシステムの実施形態の中央部分および下方部分を示す。図７Ｂは、上方部分の作動後の図７Ａのシステムの実施形態を示す。図７Ｃは、下方部分の作動後の図７Ａのシステムの実施形態を示す。
図８Ａ～８Ｃは、システムの実施形態の使用中の断面図を例示する。図８Ａは、試料収集用具の挿入後のシステムの実施形態の断面図を示す。図８Ｂは、上方部分の作動後の図８Ａのシステムの実施形態の断面図を示す。図８Ｃは、下方部分の作動後の図８Ａのシステムの実施形態の断面図を示す。 図８Ａ～８Ｃは、システムの実施形態の使用中の断面図を例示する。図８Ａは、試料収集用具の挿入後のシステムの実施形態の断面図を示す。図８Ｂは、上方部分の作動後の図８Ａのシステムの実施形態の断面図を示す。図８Ｃは、下方部分の作動後の図８Ａのシステムの実施形態の断面図を示す。 図８Ａ～８Ｃは、システムの実施形態の使用中の断面図を例示する。図８Ａは、試料収集用具の挿入後のシステムの実施形態の断面図を示す。図８Ｂは、上方部分の作動後の図８Ａのシステムの実施形態の断面図を示す。図８Ｃは、下方部分の作動後の図８Ａのシステムの実施形態の断面図を示す。
図９は、頸膣液試料および月経液試料のクラスター化を１周期にわたって示すヒートマップ概略図である。
図１０Ａ～１０Ｅは、図９に示されている５つのクラスターにより調節されたＫｅｇｇ経路を描示する。 図１０Ａ～１０Ｅは、図９に示されている５つのクラスターにより調節されたＫｅｇｇ経路を描示する。
図１１Ａは、月経血および全血において差次的にメチル化される位置の主成分分析である。図１１Ｂは、月経血および全血において差次的にメチル化される位置のｔＳＮＥ次元解析である。
図１２Ａは、全血と月経血を比較したときに差次的にメチル化されたＣｐＧ位置を表示する。図１２Ｂは、全血と月経血間で差次的にメチル化された領域を表示する。
図１３Ａは、月経血および全血ｍｉＲＮＡシークエンシングの主成分分析である。図１３Ｂは、月経血および全血ｍｉＲＮＡシークエンシングのｔＳＮＥ次元解析である。
図１３Ｃは、全対照と全子宮内膜症患者の間の遺伝子発現の変化を例示するボルケーノプロットを描示する。図１３Ｄは、健康患者と外科手術前の子宮内膜症患者との間（左側パネル）および健康な患者と外科手術後の子宮内膜症患者との間（右側パネル）の遺伝子発現の変化を例示するボルケーノプロットを描示する。
図１４は、差次的に調節されたｍｉＲＮＡに関連するＫＥＧＧ経路を描示する。
図１５Ａは、外科手術前の子宮内膜症患者に固有の、差次的に存在する細菌属のシグネチャーを描示する。図１５Ｂは、外科手術後の子宮内膜症患者に固有の、差次的に存在する細菌属のシグネチャーを描示する。
図１６Ａは、異なる患者からの月経血試料のメチル化パターンのｔＳＮＥクラスター化を描示する。図１６Ｂは、メチル化クラスターを異なるコホートとして描示する。図１６Ｃは、月経血中のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓの存在量を患者ごとに描示する。 図１６Ａは、異なる患者からの月経血試料のメチル化パターンのｔＳＮＥクラスター化を描示する。図１６Ｂは、メチル化クラスターを異なるコホートとして描示する。図１６Ｃは、月経血中のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓの存在量を患者ごとに描示する。 図１６Ａは、異なる患者からの月経血試料のメチル化パターンのｔＳＮＥクラスター化を描示する。図１６Ｂは、メチル化クラスターを異なるコホートとして描示する。図１６Ｃは、月経血中のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓの存在量を患者ごとに描示する。
本開示の詳細な説明
子宮内膜症の早期検出などの月経障害の検出のための、ならびに月経および非月経膣液の分析のための非侵襲的方法が、本明細書で提供される。一部の実施形態では、子宮内膜症の非侵襲的検出方法は、外科的診断の必要を軽減し、臨床医への患者管理に関する情報通知能力を提供し、および／または介入の有効性のモニタリングを可能にする。月経液から収集された試料、試料を収集するためのシステム、月経液から収集された試料から子宮内膜症を検出するための方法が、さらに本明細書で提供される。
本明細書で使用される専門用語は、特定の場合を記述するためのものに過ぎず、限定的であることを意図したものではない。一部の実施形態では、以下の用語は、当業者によるこれらの用語の理解に加えて、本明細書で使用される場合のこれらの用語の意味を説明するために論じられる。本明細書でおよび添付の特許請求の範囲で使用される場合、単数形「１つの（ａ）」、「１つの（ａｎ）」および「その（ｔｈｅ）」は、文脈による別段の明白な指図がない限り、複数の指示対象を含む。特許請求の範囲が任意の必要に応じた要素を除外するように起草されたものであることに、さらに留意されたい。しかるが故に、この記述は、請求項の要素の記載に関する「だけに」、「のみに」などのような排他的用語の使用についてのまたは「否定的」限定の使用についての先行する根拠として役立つことを意図したものである。
ある特定の範囲は、本明細書では、用語「約」の後に続く数値として提示される。用語「約」は、本明細書では、その後に続くまさにその数はもちろん、その用語の後に続く数に近いまたは近似する数も、文字通り支持するために使用される。一部の実施形態では、数が、具体的に列挙されている数に近いまたは近似するどうかを判定する場合、近いまたは近似する列挙されていない数は、それが提示される文脈において、具体的に列挙されている数の実質的な同等物となる数である。値の範囲が提供される場合、その範囲の上限および下限の間の、文脈が明らかにそれ以外であることを示していない限りその下限の単位の１０分の１までの各々の介在する値、およびその述べられる範囲内の任意の他の述べられるまたは介在する値が、本明細書に記載の方法および組成物に包含されることは、理解されよう。一部の実施形態では、これらのより小さい範囲の上限および下限は、独立してより小さい範囲に含まれ、そしてまた、述べられる範囲内の任意の具体的に除外される限界次第で本明細書に記載の方法および組成物内に包含される。述べられる範囲が限界の１つまたは両方を含む場合、それらの含まれる限界のいずれかまたは両方を除外する範囲もまた、本明細書に記載の方法および組成物に含まれる。
本明細書で使用される場合、用語「対象」、「個体」、および「患者」は、同義で使用される。いずれの用語も、医療専門家（例えば、医者、看護師、医師助手、用務員、またはホスピス職員）の監督を必要とすると解釈されないものとする。本明細書で使用される場合、対象は、哺乳動物（例えば、ヒトまたは非ヒト動物）を含む任意の動物である。本明細書で提供される方法および組成物の一実施形態では、哺乳動物はヒトである。一部の実施形態では、対象は女性である。
用語「核酸」は、本明細書で使用される場合、任意の長さのリボヌクレオチドおよび／またはデオキシリボヌクレオチドのどちらかの、ヌクレオチドのポリマー形態を一般に指すことができる。したがって、これらの用語は、一本鎖、二本鎖もしくは多鎖ＤＮＡもしくはＲＮＡ、ゲノムＤＮＡ、相補ＤＮＡ（ｃＤＮＡ）、ミトコンドリアＤＮＡ（ｍｔＤＮＡ）、ミトコンドリアＲＮＡ（ｍｔＲＮＡ）、ガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）、マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、トランスファーＲＮＡ（ｔＲＮＡ）、リボソームＲＮＡ（ｒＲＮＡ）、無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）、無細胞ＲＮＡ（ｃｆＲＮＡ）、ＤＮＡ－ＲＮＡハイブリッド、あるいはプリンおよびピリミジン塩基を含むポリマー、または他の天然の、化学的にもしくは生化学的に修飾された、非天然の、もしくは誘導体化されたヌクレオチド塩基を含むポリマーを含むが、これらに限定されない。
本明細書で使用される場合、用語「メンストルアローム」は、一般に、次のものの全体を指す：月経液に見られる分子、月経液に見られる細胞から単離された分子、および月経液に見られる細胞、ならびにこれらの分子および細胞から決定される情報。一部の場合には、分子は、核酸、例えばＤＮＡもしくはＲＮＡ、タンパク質、代謝物、またはこれらの組合せである。一部の場合には、細胞は、子宮内膜細胞、非子宮内膜細胞、例えば免疫細胞および幹細胞、細菌細胞、またはこれらの組合せである。一部の実施形態では、分子または細胞は、個体からのものであるか、または個体の膣マイクロバイオームからのものである。分子から決定される情報は、例えば、目的の分子のＤＮＡ配列の配列および／もしくはメチル化パターン、発現レベル、存在量または存在を含むが、これらに限定されない。細胞から決定される情報は、例えば、その細胞表面マーカーを含む、目的の細胞の存在または存在量を含むが、これらに限定されない。
特に定義されていない限り、本明細書で使用される全ての科学技術用語は、本明細書に記載の方法および組成物が属する技術分野の当業者によって一般的に理解される意味と同じ意味を有する。本明細書に記載のものと類似または同等の任意の方法および材料も、本明細書に記載の方法および組成物の実践または試験の際に使用することができるが、代表的な例示的方法および材料をこれから記載する。
月経液試料
本明細書に提供される方法およびシステムの一部の実施形態では、生体流体試料、例えば、月経液試料、または別の流体の試料は、膣腔から流体を収集する試料収集用具を使用して対象から収集される。一部の実施形態では、試料収集用具は、試料収集のために膣内または膣外に配置される。一部の実施形態では、試料収集用具は、試料をプールすること、保持すること、捕獲すること、方向付けること、または吸収することにより試料を収集する。一部の実施形態では、試料収集用具は、吸収性、半吸収性、または非吸収性である。一部の実施形態では、試料収集用具は、緩衝剤に可溶である。一部の実施形態では、試料収集用具は、例えば、試料収集用具を酸性環境、塩基性環境、または酵素に曝露することにより、分解される。一部の実施形態では、試料収集用具は、パッド、タンポン、膣カップ、子宮頸管キャップ、月経ディスク、子宮頸ディスク、スポンジ、または陰唇間パッドである。一部の実施形態では、１つより多くのタイプの試料収集用具が使用される。
本明細書に提供される方法およびシステムの一部の実施形態では、試料収集用具は、生体試料を収集するために所定の時間、適所に放置される。一部の実施形態では、少なくとも５分、１０分、１５分、３０分、４５分、１時間、１．５時間、２時間、３時間、４時間、５時間、６時間、７時間または８時間が経過する。一部の実施形態では、試料収集デバイスが適所に放置されている間に多くとも５分、１０分、１５分、３０分、４５分、１時間、１．５時間、２時間、３時間、４時間、５時間、６時間、７時間または８時間しか経過しない。一部の実施形態では、試料収集用具が適所に放置されている間に約５分、１０分、１５分、３０分、４５分、１時間、１．５時間、２時間、３時間、４時間、５時間、６時間、７時間または８時間が経過する。
本明細書に提供される方法およびシステムの一部の実施形態では、試料は、対象の月経ウィンドウ（期間）中に収集される。一部の実施形態では、試料収集用具は、使い捨てである。一部の実施形態では、使い捨て試料収集用具は、使用後に廃棄または分解される。一部の実施形態では、使い捨て試料収集用具は、溶解性、生分解性、リサイクル可能、または堆肥可能である。一部の実施形態では、１つの使い捨て試料収集用具は、１名の対象から１つの試料を収集するために使用される。一部の実施形態では、試料収集用具は、再使用可能である。一部の実施形態では、再使用可能な試料収集用具は、洗浄可能、滅菌可能、またはオートクレーブ処理可能である。一部の実施形態では、再使用可能な試料収集用具は、分解、引き裂き、細孔形成または溶解に対して耐性である。一部の実施形態では、再使用可能な試料収集用具は、抗微生物、抗菌、抗ウイルスまたは抗真菌特性を有する。一部の実施形態では、再使用可能な試料収集用具は、１つまたは複数の試料を収集するために１回または複数回使用される。一部の実施形態では、再使用可能な試料収集用具は、１つまたは複数の生体試料を収集するために約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０回またはそれより多い回数使用される。一部の実施形態では、再使用可能な試料収集用具は、１名の対象から生体試料を繰り返し収集するために使用される。一部の実施形態では、再使用可能な試料収集用具は、複数名の対象から試料を収集するために使用される。
本明細書に提供される方法およびシステムの一部の実施形態では、１つまたは複数の試料が対象の１または複数の期間（月経ウィンドウ）中に収集される。一部の実施形態では、１つの試料が１月経周期中に収集され、２つの試料が１月経周期中に収集され、３つの試料が１月経周期中に収集され、４つの試料が１月経周期中に収集され、４つより多くの試料が１月経周期中に収集され、２つの試料が２月経周期中に収集され、３つの試料が２月経周期中に収集され、４つの試料が２月経周期中に収集され、５つの試料が２月経周期中に収集され、６つの試料が２月経周期中に収集され、７つの試料が２月経周期中に収集され、８つの試料が２月経周期中に収集され、８つより多くの試料が２月経周期中に収集され、３つの試料が３月経周期中に収集され、４つの試料が３月経周期中に収集され、５つの試料が３月経周期中に収集され、６つの試料が３月経周期中に収集され、７つの試料が３月経周期中に収集され、８つの試料が３月経周期中に収集され、９つの試料が３月経周期中に収集され、１０の試料が３月経周期中に収集され、１１の試料が３月経周期中に収集され、１２の試料が３月経周期中に収集され、１２より多くの試料が３月経周期中に収集され、４つの試料が４月経周期中に収集され、５つの試料が４月経周期中に収集され、６つの試料が４月経周期中に収集され、７つの試料が４月経周期中に収集され、８つの試料が４月経周期中に収集され、９つの試料が４月経周期中に収集され、１０の試料が４月経周期中に収集され、１１の試料が４月経周期中に収集され、１２の試料が４月経周期中に収集され、１３の試料が４月経周期中に収集され、１４の試料が４月経周期中に収集され、１５の試料が４月経周期中に収集され、１６の試料が４月経周期中に収集され、または１６より多くの試料が４月経周期中に収集される。一部の実施形態では、複数の試料が４周期より多くの月経周期中に収集される。
一部の実施形態では、試料は、月経ウィンドウ外、例えば、対象の生理時と生理時の間に収集される。一部の実施形態では、試料収集用具を使用して非月経液が収集される。一部の実施形態では、収集される非月経液は、膣分泌物、頸管粘液、頸膣液、微量出血の血液（すなわち、生理と生理の間からの）、羊水、粘液栓、または他の膣分泌液を含む。一部の実施形態では、非月経液は、月経液を収集および分析するために使用されるプロトコールを使用して収集および分析される。
一部の実施形態では、試料は、月経ウィンドウが終了した後、例えば、生理が終わった後に、収集される。一部の実施形態では、試料は、月経ウィンドウが終わった当日に収集される。一部の実施形態では、試料は、月経ウィンドウが終了した約１日、約２日、約３日、約４日、約５日、約６日、約７日、約８日、約９日、約１０日、約１１日、約１２日、約１３日、約１４日、約１５日、約１６日、約１７日、約１８日、約１９日、約２０日、約２１日、約２２日、約２３日、約２４日、約２５日、約２６日、約２７日、約２８日、約２９日、または約３０日後に収集される。一部の実施形態では、試料は、月経ウィンドウが終了した少なくとも１日、少なくとも２日、少なくとも３日、少なくとも４日、少なくとも５日、少なくとも６日、少なくとも７日、少なくとも８日、少なくとも９日、少なくとも１０日、少なくとも１１日、少なくとも１２日、少なくとも１３日、少なくとも１４日、少なくとも１５日、少なくとも１６日、少なくとも１７日、少なくとも１８日、少なくとも１９日、少なくとも２０日、少なくとも２１日、少なくとも２２日、少なくとも２３日、少なくとも２４日、少なくとも２５日、少なくとも２６日、少なくとも２７日、少なくとも２８日、少なくとも２９日、または少なくとも３０日後に収集される。一部の実施形態では、試料は、月経ウィンドウが終了してから１日以内、２日以内、３日以内、４日以内、５日以内、６日以内、７日以内、８日以内、９日以内、１０日以内、１１日以内、１２日以内、１３日以内、１４日以内、１５日以内、１６日以内、１７日以内、１８日以内、１９日以内、２０日以内、２１日以内、２２日以内、２３日以内、２４日以内、２５日以内、２６日以内、２７日以内、２８日以内、２９日以内、または３０日以内に収集される。一部の実施形態では、試料は、月経ウィンドウが終了した後１日～３０日の間、１日～２５日の間、１日～２０日の間、１日～１５日の間、１日～１０日の間、１日～５日の間、５日～３０日の間、５日～２５日の間、５日～２０日の間、５日～１５日の間、５日～１０日の間、１０日～３０日の間、１０日～２５日の間、１０日～２０日の間、１０日～１５日の間、１５日～３０日の間、１５日～２５日の間、１５日～２０日の間、２０日～３０日の間、２０日～２５日の間、または２５日～３０日の間に収集される。
一部の実施形態では、２月経ウィンドウ間に収集される非月経液は、生殖サイクル中の様々な時点中に収集される。非月経液は、排卵前期中、排卵中、または排卵後期中に収集される。一部の実施形態では、非月経液は、増殖期中に、または黄体もしくは分泌期中に収集される。一部の実施形態では、生殖サイクルの期は、異常な期である。一部の実施形態では、月経液および非月経液は、同じ対象から収集される。
一部の実施形態では、試料は、２月経ウィンドウ間に収集される。一部の実施形態では、試料は、２月経ウィンドウ間のほぼ真ん中で、２月経ウィンドウ間の真ん中の時点より前に、または２月経ウィンドウ間の真ん中の時点より後に収集される。
一部の実施形態では、複数の試料が、２月経ウィンドウ間に収集される。一部の実施形態では、２、３、４、５、６、７または８つの試料が、２月経ウィンドウ間に収集される。一部のそのような場合には、複数の試料が２月経ウィンドウ間の異なる時から収集される。
一部の実施形態では、ある試料が２月経ウィンドウ間に収集され、さらに第２の試料が、第２の２月経ウィンドウ間に収集される。さらなる場合には、第３の試料が、第３の２月経ウィンドウ間に収集される。一般的な場合、第ｎの試料は、第ｎの２月経ウィンドウ間に収集され、この場合のｎは、１に等しいかまたはそれより大きい正の整数である。
一部の実施形態では、生体試料は、対象から月経ウィンドウ中と月経ウィンドウ間の両方に収集される。一部の実施形態では、ある生体試料が対象から月経ウィンドウ中に収集され、第２の生体試料が、同じ対象から２月経ウィンドウ間に収集される。一部の実施形態では、ある生体試料が対象から月経ウィンドウ中に収集され、第２の生体試料が、同じ対象からその月経ウィンドウの終了後かつ次の月経ウィンドウの前に収集される。一部の実施形態では、ある生体試料が、対象から月経ウィンドウの開始前に収集され、第２の生体試料が、同じ対象からその月経ウィンドウ中に収集される。
一部の実施形態では、月経液または膣腔から収集される他の流体などの、流体の体積は、試料収集用具を使用して決定される。一部の実施形態では、試料収集用具内の月経液の体積は、例えば、試料収集用具の目盛りを読み取ることにより、決定される。目盛りは、少なくとも０．０１ｍＬ、０．０２ｍＬ、０．０３ｍＬ、０．０４ｍＬ、０．０５ｍＬ、０．０６ｍＬ、０．０７ｍＬ、０．０８ｍＬ、０．０９ｍＬ、０．１ｍＬ、０．２ｍＬ、０．３ｍＬ、０．４ｍＬ、０．５ｍＬ、０．６ｍＬ、０．７ｍＬ、０．８ｍＬ、０．９ｍＬ、または１．０ｍＬである。一部の実施形態では、試料収集用具内の月経液の体積は、試料収集用具内の流体の質量を測定することにより、決定される。
一部の実施形態では、収集された流体、例えば月経液は、試料収集用具から抽出される。一部の実施形態では、抽出は、流体の注入、ピペッティングまたは吸引により行われ、これは、例えば、試料収集用具が月経カップまたは他の非吸収性リザーバを含む場合、適している。一部の実施形態では、抽出は、溶解または別の方法での分解、および試料からの試料収集用具の除去により行われ、これは、例えば、試料収集用具がスポンジ、タンポン、パッドまたは別の吸収材を含む場合、適している。
ある特定の実施形態では、核酸、タンパク質および細胞を含むがこれらに限定されない１つまたは複数のバイオマーカーを含む試料が、本明細書に記載される。一部の実施形態では、１つまたは複数のバイオマーカーは、細胞を含む。一部の実施形態では、月経液試料および保存溶液（例えば、Ｂｉｏｍａｔｒｉｃａ ＲＮＡｇａｒｄ（登録商標））からの細胞。一部の実施形態では、試料は、１つまたは複数の子宮内膜細胞を含む子宮内膜細胞試料である。一部の実施形態では、試料は、富化された細胞試料である。一部の実施形態では、試料は、本明細書に記載のシステムまたはデバイスを使用して収集される。一部の実施形態では、バイオマーカーは、末梢血または頸膣組織と比較して頸膣液または月経液中で差次的な存在またはレベルを提示する。
一部の実施形態では、１つまたは複数の細胞は、生体試料からのものである。一部の実施形態では、生体試料は、女性から採取される。一部の実施形態では、生体試料は、例えば慢性骨盤痛、不妊症、重度の月経出血またはこれらの組合せなどの、生殖障害を患っている個体から採取される。一部の実施形態では、個体は哺乳動物である。一部の実施形態では、哺乳動物はヒトである。一部の実施形態では、個体は、子宮内膜症を有する疑いがある。一部の実施形態では、個体は、子宮内膜症の外科的診断を受けたことがない。一部の実施形態では、生体試料は、個体の月経周期の２日目に採取される。一部の実施形態では、生体試料は、個体の月経周期の、個体が月経液の多い流出を経験する日に採取される。一部の実施形態では、生体試料は、個体への、外科手術または治療用組成物の投与などの、処置の投与の前に、個体から採取される。一部の実施形態では、処置または介入は、子宮内膜症の処置である。一部の実施形態では、生体試料は、個体への処置の投与後に個体から採取される。一部の実施形態では、第１の生体試料は、個体への処置の投与前に採取され、第２の生体試料は、個体への処置の投与後に採取される。一部の実施形態では、方法は、第１の生体試料と第２の生体試料間の、１つもしくは複数のマイクロＲＮＡの発現、表４におけるＣｐＧ部位から選択される１つもしくは複数のＣｐＧ部位のメチル化プロファイル、細菌多様性の測定量、またはこれらの組合せの相違を判定するステップを含む。
一部の実施形態では、生体試料は、月経液を含む。一部の実施形態では、生体試料は、頸膣液、頸管液、または膣液を含む。一部の実施形態では、生体試料は、１つまたは複数の子宮内膜細胞を含む。一部の実施形態では、子宮内膜細胞は、子宮内膜間質細胞、子宮内膜上皮細胞、またはこれらの組合せを含む。一部の実施形態では、子宮内膜細胞は、子宮内膜幹細胞を含む。一部の実施形態では、子宮内膜幹細胞は、月経血間葉幹細胞を含む。一部の実施形態では、生体試料は、個体の非子宮内膜細胞を含む。一部の実施形態では、個体の非子宮内膜細胞は、マクロファージ、腺細胞、扁平細胞、子宮頸円柱細胞、白血球、リンパ球、非子宮内膜間質細胞、非子宮内膜内皮細胞、線維芽細胞、赤血球、間葉幹細胞、卵子、またはこれらの組合せを含む。一部の実施形態では、生体試料は、１つまたは複数の精子を含む。
一部の実施形態では、生体試料は、１つまたは複数の細菌細胞を含む。一部の実施形態では、１つまたは複数の細菌細胞は、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ、Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ａｃｔｉｎｏｂａｅｒｉａ、Ｃｙａｎｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｓｐｉｒｏｃｈａｔｅｓ、Ｔｅｎｅｒｉｃｕｔｅｓ、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｕａ、ＴＭ７、またはＳｙｎｇｅｒｓｔｅｔｅｓ門からの１つまたは複数の細菌を構成する。一部の実施形態では、１つまたは複数の細菌細胞は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ、Ｍａｇｅｅｉｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｍｏｂｉｌｕｎｃｕｓ、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ｐｏｒｐｈｙｅｒｏｍｏｎａｓ、Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ、Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ、Ｄｅｒｍａｂａｃｔｅｒ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ、Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆａｃｋｌａｍｉａ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ、Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｉｓ、Ｓｎｅａｔｈｉａ、Ｕｒｅａｐｌａｓｍａ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ、Ｐｅｐｔｉｎｏｐｈｉｌｕｓ、Ａｄｌｅｒｃｒｅｕｒｚｉａ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｓｍ Ａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｗｅｅｋｓｅｌｌａ、Ｂｉｆｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ属またはそれらの組合せからの１つまたは複数の細菌を構成する。一部の実施形態では、１つまたは複数の細菌は、図４Ｃ、図４Ｄ、図４Ｅに記載の属からの細菌、またはこれらの組合せを含む。一部の実施形態では、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ属からの１つまたは複数の細菌は、Ｌ．ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ、Ｌ．ａｍｙｌｏｖｏｒｕｓ ｕｌｔｕｎｅｎｓｉｓ、Ｌ．ｃｏｌｅｏｈｏｍｉｎｉｓ、Ｌ．ｃｒｉｓｐａｔｕｓ、Ｌ．ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ、Ｌ．ｇａｓｓｅｒｉ、Ｌ．ｉｎｅｒｓ、Ｌ．ｊｅｎｓｅｎｉｉ、Ｌ．ｋｉｔａｓａｔｏｎｉｓ、Ｌ．ｍｕｃｏｓａｅ、Ｌ．ｐａｒａｃａｓｅｉ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ、Ｌ．ｐｌａｎｔａｒｕｍ、Ｌ．ｐｏｎｔｉｓ、Ｌ．ｒｅｕｔｅｒｉ ｆｒｕｍｅｎｔｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．３、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．９またはそれらの組合せである。
一部の実施形態では、Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ属からの１つまたは複数の細菌は、Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ ｖａｇｉｎａｌｉｓである。一部の実施形態では、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ属からの１つまたは複数の細菌は、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｇａｌａｃｔｉａｅまたはＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｇａｌｌｏｌｙｔｉｃｕｓである。一部の実施形態では、Ｓｎｅａｔｈｉａ属からの１つまたは複数の細菌は、Ｓｎｅａｔｈｉａ ｓａｎｇｕｉｎｅｇｅｎｓである。一部の実施形態では、Ｍｏｂｉｌｕｎｃｕｓ属からの１つまたは複数の細菌は、Ｍｏｂｉｌｕｎｃｕｓ ｃｕｒｔｉｓｉｉ、Ｍｏｂｉｌｕｎｃｕｓ ｍｕｌｉｅｒｉｓ、またはこれらの組合せである。一部の実施形態では、Ｍａｇｅｅｉｂａｃｉｌｌｕｓ属からの１つまたは複数の細菌は、Ｍａｇｅｅｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｉｎｄｏｌｉｃｕｓである。一部の実施形態では、Ｍｅｇａｓｈａｅｒａ属からの１つまたは複数の細菌は、Ｍｅｇａｓｈａｅｒａ ｅｌｓｄｅｎｉｉ ｍｉｃｒｏｎｕｃｉｆｏｒｍｉｓ、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｓｐ．１、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｓｐ．２、またはこれらの組合せである。一部の実施形態では、Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ属からの１つまたは複数の細菌は、Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ ｍｉｃｒａｅｒｏｐｈｉｌｕｓである。一部の実施形態では、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ属からの１つまたは複数の細菌は、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓである。一部の実施形態では、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ属からの１つまたは複数の細菌は、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ ｓｏｍｅｒａｅである。一部の実施形態では、Ｄｅｒｍａｂａｃｔｅｒ属からの１つまたは複数の細菌は、Ｄｅｒｍａｂａｃｔｅｒ ｖａｇｉｎａｌｉｓである。一部の実施形態では、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ属からの１つまたは複数の細菌は、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ ｃａｔａｒｒｈａｌｉｓである。
一部の実施形態では、Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ属からの１つまたは複数の細菌は、Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｔｅｔｒａｄｉｕｓまたはＡｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｐｒｅｖｏｔｉｉである。一部の実施形態では、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ属からの１つまたは複数の細菌は、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｍａｇｎｕｓまたはＰｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｎａｅｒｏｂｉｕｓである。一部の実施形態では、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ属からの１つまたは複数の細菌は、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｕｒｅｏｌｙｔｉｃｕｓまたはＣａｍｐｌｙｏｂａｃｔｅｒ ｆｅｔｕｓである。一部の実施形態では、Ｃｏｒｎｙｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ属からの１つまたは複数の細菌は、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｍｙｃｏｌａｔｕｍまたはＣｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆｏｕｒｎｉｅｒｉｉである。一部の実施形態では、Ｆａｃｋｌａｍｉａ属からの１つまたは複数の細菌は、Ｆａｃｋｌａｍｉａ ｈｏｍｉｎｉｓまたはＦａｃｋｌａｍｉａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓである。一部の実施形態では、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ属からの１つまたは複数の細菌は、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅである。一部の実施形態では、Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ属からの１つまたは複数の細菌は、Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ ｈａｒｅｉである。一部の実施形態では、Ｐｏｒｐｈｙｅｒｏｍｏｎａｓ属からの１つまたは複数の細菌は、Ｐｏｒｐｈｙｅｒｏｍｏｎａｓ ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａである。一部の実施形態では、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ属からの１つまたは複数の細菌は、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｂｕｃｃａｌｉｓ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ａｍｎｉｉ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｂｉｖｉａ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｄｉｓｉｅｎｓ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｍｅｌａｎｉｎｏｇｅｎｉｃａ、またはＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｔｉｍｏｎｅｎｓｉｓである。一部の実施形態では、Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ属からの１つまたは複数の細菌は、Ａ．ｄｅｌｔａｅ、Ａ．ｍｉｎｕｔｕｍ、Ａ．ｐａｒｖｕｌｕｍ、Ａ．ｖａｇｉｎａｅ、またはこれらの組合せである。一部の実施形態では、生体試料は、１つまたは複数の真菌細胞を含む。一部の実施形態では、真菌細胞は、イースト菌である。一部の実施形態では、イースト菌は、Ｃａｎｄｉｄａ属のイースト菌である。一部の実施形態では、Ｃａｎｄｉｄａ属のイースト菌は、Ｃａｎｄｉｄａ ａｌｂｉｃａｎｓ、Ｃａｎｄｉｄａ ｇｌａｂｒａｔａ、Ｃａｎｄｉｄａ ｐａｒａｐｓｉｌｏｓｉｓ、Ｃａｎｄｉｄａ ｆｏｍａｔａ、またはこれらの組合せである。
一部の実施形態では、試料は、子宮内膜細胞、個体からの非子宮内膜細胞、精子、細菌細胞、真菌細胞またはこれらの組合せに由来する、少なくとも１つのタンパク質またはその断片を含む。一部の実施形態では、試料は、子宮内膜細胞、個体からの非子宮内膜細胞、精子、細菌細胞、真菌細胞またはこれらの組合せに由来する、少なくとも１つの核酸を含む。一部の実施形態では、少なくとも１つの核酸は、無細胞核酸である。一部の実施形態では、核酸は、ＤＮＡまたはＲＮＡである。一部の実施形態では、ＲＮＡは、ｍＲＮＡ、ｔＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、またはｓｉＲＮＡである。一部の実施形態では、核酸は、本明細書に記載の少なくとも１つのタンパク質またはその断片をコードする核酸である。
一部の実施形態では、試料は、試料収集用具の一部分を構成する。一部の実施形態では、試料収集用具の一部分が溶解または分解して試料になる。一部の実施形態では、試料収集用具は、タンポン、パッド、膣カップ、子宮頸管キャップ、月経ディスク、子宮頸ディスク、スポンジ、または陰唇間パッドである。一部の実施形態では、タンポンは、低吸収性タンポンである。一部の実施形態では、タンポンは、アプリケーターを含む。
一部の実施形態では、試料の体積は、２ｍｌ～１５ｍｌの間である。一部の実施形態では、試料の体積は、約７ｍｌ～１０ｍｌの間である。一部の実施形態では、試料の体積は、２０ｍｌ未満、１５ｍｌ未満、１０ｍｌ未満、または８ｍｌ未満である。一部の実施形態では、試料の体積は、１ｍｌ～４ｍｌの間である。一部の実施形態では、試料中の月経液の体積は、２ｍｌ～３ｍｌの間である。一部の実施形態では、試料中の月経液の体積は、５ｍｌ未満、４ｍｌ未満、３ｍｌ未満、２ｍｌ未満、または１ｍｌ未満である。一部の実施形態では、試料中の月経液の体積は、２ｍｌ～１５ｍｌの間である。一部の実施形態では、試料の体積は、約７ｍｌ～１０ｍｌの間である。一部の実施形態では、試料の体積は、２０ｍｌ未満、１５ｍｌ未満、１０ｍｌ未満、または８ｍｌ未満である。一部の実施形態では、試料中の月経液の体積は、１ｍｌ～４ｍｌの間である。一部の実施形態では、試料中の月経液の体積は、２ｍｌ～３ｍｌの間である。一部の実施形態では、試料中の月経液の体積は、５ｍｌ未満、４ｍｌ未満、３ｍｌ未満、２ｍｌ未満、または１ｍｌ未満である。一部の実施形態では、試料は、１０５個未満の細胞、１０６個未満の細胞、１０７個未満の細胞、１０８個未満の細胞、または１０９個未満の細胞を含む。一部の実施形態では、試料は、１０５個未満の子宮内膜細胞、１０６個未満の子宮内膜細胞、１０７個未満の子宮内膜細胞、１０８個未満の子宮内膜細胞、または１０９個未満の子宮内膜細胞を含む。一部の実施形態では、試料は、１０５個より多くの細胞、１０６個より多くの細胞、１０７個より多くの細胞、１０８個より多くの細胞、または１０９個より多くの細胞を含む。一部の実施形態では、試料は、１０５個より多くの子宮内膜細胞、１０６個より多くの子宮内膜細胞、１０７個より多くの子宮内膜細胞、１０８個より多くの子宮内膜細胞、または１０９個より多くの子宮内膜細胞を含む。一部の実施形態では、試料は、１０５個未満の内皮細胞、１０６個未満の内皮細胞、１０７個未満の内皮細胞、１０８個未満の内皮細胞、または１０９個未満の内皮細胞を含む。一部の実施形態では、試料は、１０５個より多くの細胞、１０６個より多くの細胞、１０７個より多くの細胞、１０８個より多くの細胞、または１０９個より多くの細胞を含む。一部の実施形態では、試料は、１０５個より多くの内皮細胞、１０６個より多くの内皮細胞、１０７個より多くの内皮細胞、１０８個より多くの内皮細胞、または１０９個より多くの内皮細胞を含む。一部の実施形態では、試料は、１０５個未満の上皮細胞、１０６個未満の上皮細胞、１０７個未満の上皮細胞、１０８個未満の上皮細胞、または１０９個未満の上皮細胞を含む。一部の実施形態では、試料は、１０５個より多くの細胞、１０６個より多くの細胞、１０７個より多くの細胞、１０８個より多くの細胞、または１０９個より多くの細胞を含む。一部の実施形態では、試料は、１０５個より多くの上皮細胞、１０６個より多くの上皮細胞、１０７個より多くの上皮細胞、１０８個より多くの上皮細胞、または１０９個より多くの上皮細胞を含む。一部の実施形態では、試料は、１０５個未満の白血球、１０６個未満の白血球、１０７個未満の白血球、１０８個未満の白血球、または１０９個未満の白血球を含む。一部の実施形態では、試料は、１０５個より多くの細胞、１０６個より多くの細胞、１０７個より多くの細胞、１０８個より多くの細胞、または１０９個より多くの細胞を含む。一部の実施形態では、試料は、１０５個より多くの白血球、１０６個より多くの白血球、１０７個より多くの白血球、１０８個より多くの白血球、または１０９個より多くの白血球を含む。一部の実施形態では、試料は、１０５個未満の間葉細胞、１０６個未満の間葉細胞、１０７個未満の間葉細胞、１０８個未満の間葉細胞、または１０９個未満の間葉細胞を含む。一部の実施形態では、試料は、１０５個より多くの細胞、１０６個より多くの細胞、１０７個より多くの細胞、１０８個より多くの細胞、または１０９個より多くの細胞を含む。一部の実施形態では、試料は、１０５個より多くの間葉細胞、１０６個より多くの間葉細胞、１０７個より多くの間葉細胞、１０８個より多くの間葉細胞、または１０９個より多くの間葉細胞を含む。
一部の事例では、試料中の標的細胞の少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、または少なくとも９０％は無傷である。一部の実施形態では、標的細胞は、子宮内膜細胞である。一部の実施形態では、標的細胞は、内皮細胞、上皮細胞、白血球、間葉細胞、またはこれらの組合せである。一部の事例では、試料中の標的細胞の少なくとも９５％は無傷である。無傷細胞は、破裂した細胞膜を有さない細胞である。無傷細胞は、その天然状態の細胞である。無傷細胞は、細胞培養で培養された生存可能な細胞である。
一部の事例では、試料中の標的細胞の少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、または少なくとも９０％は、生存可能である。一部の実施形態では、用語「生存可能な」は、無傷の、生きている、および／または増殖することができる、を意味する。複数の細胞の生存度は、膜透過性、酵素活性、代謝活性、ＤＮＡ合成、膜電位、増殖マーカー発現、またはこれらの組合せを測定することにより評価される。
一部の実施形態では、保存溶液は、Ｂｉｏｍａｔｒｉｃａ ＬＢｇａｒｄ（登録商標）またはＢｉｏｍａｔｒｉｃａ ＲＮＡｇａｒｄ（登録商標）を含む。一部の実施形態では、保存溶液は、ＲＮＡを室温で少なくとも１、２、３、４、５、６、７、１４または２１日間保存する。一部の実施形態では、保存溶液は、ＲＮＡの少なくとも５０％、６０％、７０％または８０％の分解を防止する。一部の実施形態では、保存溶液のｐＨ範囲は、ｐＨ３～ｐＨ８、またはより好ましくはｐＨ３～ｐＨ６．５である。一部の実施形態では、保存溶液は、ＤＮＡを室温で少なくとも１、２、３、４、５、６、７、１４または２１日間保存する。一部の実施形態では、保存溶液は、ＤＮＡの少なくとも５０％、６０％、７０％または８０％の分解を防止する。一部の実施形態では、保存溶液のｐＨ範囲は、ｐＨ５～ｐＨ１０、またはより好ましくはｐＨ６～ｐＨ９である。
本明細書で提供される方法およびシステムの一部の実施形態では、保存溶液は、核酸を室温で少なくとも１、２、３、４、５、６、７、１４または２１日間保存する。一部の実施形態では、保存溶液は、核酸の少なくとも５０％、６０％、７０％または８０％の分解を防止する。一部の実施形態では、保存溶液のｐＨ範囲は、ｐＨ３～ｐＨ８、またはより好ましくはｐＨ３～ｐＨ６．５である。一部の実施形態では、保存溶液は、ＲＮＡを室温で少なくとも１、２、３、４、５、６、７、１４または２１日間保存する。一部の実施形態では、保存溶液は、ＲＮＡの少なくとも５０％、６０％、７０％または８０％の分解を防止する。一部の実施形態では、保存溶液のｐＨ範囲は、ｐＨ３～ｐＨ８、またはより好ましくはｐＨ３～ｐＨ６．５である。一部の実施形態では、保存溶液は、ＤＮＡを室温で少なくとも１、２、３、４、５、６、７、１４または２１日間保存する。一部の実施形態では、保存溶液は、ＤＮＡの少なくとも５０％、６０％、７０％または８０％の分解を防止する。一部の実施形態では、保存溶液のｐＨ範囲は、ｐＨ５～ｐＨ１０、またはより好ましくはｐＨ６～ｐＨ９である。一部の実施形態では、保存溶液は、Ｂｉｏｍａｔｒｉｃａ ＬＢｇａｒｄ（登録商標）またはＢｉｏｍａｔｒｉｃａ ＲＮＡｇａｒｄ（登録商標）を含む。
一部の実施形態では、保存溶液は、スパイクインを含む。本明細書で使用される場合、「スパイクイン」は、試料に添加される分子、例えば、核酸、細胞、または一連の分子もしくは細胞であり、スパイクインは、試料を定量的にもしくは定性的に評価するためにまたは試料を正規化するために使用される。一部の実施形態では、スパイクインは、核酸スパイクインを含む。一部の実施形態では、核酸スパイクインは、ＤＮＡスパイクイン、ＲＮＡスパイクイン、細菌スパイクイン、またはこれらの組合せを含む。一部の実施形態では、ＤＮＡスパイクインは、合成ＤＮＡまたは複数の合成ＤＮＡを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡスパイクインは、合成ＲＮＡまたは複数の合成ＲＮＡを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡスパイクインは、外部ＲＮＡ標準コンソーシアム（ＥＲＣＣ）により開発された一連のＲＮＡ転写物を含む。
一部の実施形態では、保存溶液は、粘液溶解剤を含む。一部の実施形態では、粘液溶解剤は、頸膣試料における細胞凝集の少なくとも一部分を解離させる（例えば、「解凝集させる」）。一部の実施形態では、粘液溶解薬は、アセチルシステイン、アンブロキソール、ブロムヘキシン、カルボシステイン、ドミオドール、ドルナーゼアルファ、エプラジノン、エルドステイン、レトステイン、マンニトール、メスナ、ネルテネキシン、ソブレロール、ステプロニン、チオプロニン、Ｎ－アセチル－Ｌ－システイン、Ｌ－アセチルシステイン／Ｌｉｂｅｒａｓｅ（商標）、またはこれらの組合せを含む。
一部の実施形態では、保存溶液は、去痰剤を含む。一部の実施形態では、去痰剤は、アルテア根、五硫化アンチモン、クレオソート、グアヤコールスルホン酸塩、グアイフェネシン（＋オキソメマジン）、トコン、レボベルベノン、ヨウ化カリウム、セネガ、チロキサポール、塩化アンモニウム、またはこれらの組合せを含む。
一部の実施形態では、保存溶液は、界面活性剤を含む。一部の実施形態では、界面活性剤は、ポリオキシエチレングリコールオクチルフェノールエーテル；ポリオキシエチレングリコールアルキルフェノールエーテル；ポリオキシエチレングリコールソルビタンアルキルエステル；ソルビタンアルキルエステル；ポリエチレングリコール；ポリプロピレングリコール；カルボン酸塩；スルホン酸塩；石油スルホン酸塩；アルキルベンゼンスルホン酸塩；ナフタレンスルホン酸塩；オレフィンスルホン酸塩；アルキル硫酸塩；硫酸塩；硫酸化エステル；硫酸化アルカノールアミド；アルキルフェノール；エトキシ化脂肪族アルコール；ポリオキシエチレン界面活性剤；カルボン酸エステル；ポリエチレングリコールエステル；アンヒドロソルビトールエステル；グリコールエステル；カルボン酸アミド；モノアルカノールアミン縮合体；ポリオキシエチレン脂肪酸アミド；第四級アンモニウム塩；ポリオキシエチレンアルキルおよび脂環式アミン；Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’四置換エチレンジアミン；２－アルキル１－ヒドロキシエチル（hydroxethyl）２－イミダゾリン；またはこれらの組合せを含む。
一部の実施形態では、保存溶液は、ヌクレアーゼを含む。一部の実施形態では、ヌクレアーゼは、Ｂｅｎｚｏｎａｓｅ（登録商標）、ＤＮａｓｅ Ｉ、ＤＮａｓｅ ＩＩ、エキソヌクレアーゼＩＩＩ、小球菌ヌクレアーゼ、ヌクレアーゼＰ１、ヌクレアーゼＳ１、ホスホジエステラーゼＩ、ホスホジエステラーゼＩＩ、ＲＮａｓｅ Ａ、ＲＮａｓｅ Ｈ、ＲＮａｓｅ Ｔ１、またはこれらの組合せを含む。
一部の実施形態では、保存溶液は、プロテアーゼを含む。一部の実施形態では、プロテアーゼは、ディスパーゼＩＩ（adispase II）、トリプシン、プロナーゼ、コラゲナーゼ１、コラゲナーゼ２、コラゲナーゼ３、コラゲナーゼ４、ヒアルロニダーゼ、ペプシン、パパイン、キモトリプシン、キマーゼ、クロストリパイン、補体Ｃ１ｒ、補体Ｃ１ｓ、補因子Ｄ、補因子Ｉ、ククミシン、ジペプチジルペプチダーゼ、エラスターゼ、エンドプロテイナーゼ、エンテロキナーゼ、活性化第Ｘ因子、カスパーゼ、カテプシン、マトリックスメタロプロテアーゼ、またはこれらの組合せを含む。
一部の実施形態では、保存溶液の重量オスモル濃度は、約３１０～約４１０ｍＯｓｍ・ｋｇ－１である。一部の実施形態では、保存溶液の重量オスモル濃度は、約９５～約２１０ｍＯｓｍ・ｋｇ－１である。
一部の実施形態では、保存溶液は、固定剤を含まない。一部の実施形態では、固定剤は、アルコール、アルデヒド、酸化剤、金属固定剤またはこれらの組合せを含む。一部の実施形態では、アルコールは、メタノール、エタノール、プロパノール、イソプロパノール、ブタノール、またはこれらの組合せを含む。一部の実施形態では、アルデヒドは、ホルムアルデヒド、グルタルアルデヒド、またはこれらの組合せを含む。一部の実施形態では、酸化剤は、四酸化オスミウム、過マンガン酸カリウム、重クロム酸カリウム、またはこれらの組合せを含む。一部の実施形態では、金属固定剤は、塩化第二水銀、ピクリン酸、またはこれらの組合せを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、アルコールも、アルデヒドも、酸化剤も、金属固定剤も、これらの組合せも含まない。
一部の実施形態では、保存溶液は、結合剤を含む。一部の実施形態では、結合剤は、個体の標的細胞または非標的細胞に選択的に結合する。一部の実施形態では、標的細胞は、内皮細胞、上皮細胞、白血球、間葉細胞、またはこれらの組合せを含む。一部の実施形態では、非標的細胞は、内皮細胞、上皮細胞、白血球、間葉細胞、精子、細菌細胞、真菌細胞、またはこれらの組合せを含む。一部の実施形態では、非標的細胞は、標的細胞とは異なるものを含む。一部の実施形態では、結合剤は、少なくとも１つのタンパク質またはその断片に選択的に結合する。一部の実施形態では、少なくとも１つのタンパク質またはその断片は、子宮内膜症のバイオマーカーを含む。一部の実施形態では、結合剤は、核酸に選択的に結合する。一部の実施形態では、核酸は、子宮内膜症のバイオマーカーを含む。一部の実施形態では、結合剤は、例えば、ビーズに、または本明細書に記載のシステムの構成要素の表面に、固定化される。一部の実施形態では、結合剤は、ビーズにまたはシステムの表面にカップリングされる。一部の実施形態では、結合剤は、ビーズにまたはシステムの表面に可逆的にまたは不可逆的にカップリングされる。一部の実施形態では、結合剤は、切断可能な部分、例えば、切断可能なリンカーを含む。一部の実施形態では、切断可能なリンカーは、光分解によって、化学的に、熱的に、または酵素的に切断される。
一部の実施形態では、希釈保存溶液を形成するために、０．１ｍｌ～０．９ｍｌ、０．３ｍｌ～０．７ｍｌ、または０．４ｍｌ～０．６ｍｌの保存溶液が希釈される。一部の実施形態では、保存溶液は、Ｂｉｏｍａｔｒｉｃａ ＬＢｇａｒｄ（登録商標）またはＢｉｏｍａｔｒｉｃａ ＲＮＡｇａｒｄ（登録商標）を含む。一部の実施形態では、保存溶液は、４．５ｍｌ～１２．５ｍｌ、６．５ｍｌ～１０．５ｍｌ、または７．５ｍｌ～９．５ｍｌの第２の溶液で希釈される。一部の実施形態では、第２の溶液は、蒸留水である。一部の実施形態では、希釈保存溶液は、本明細書で提供される方法および／またはシステムで使用される。一部の実施形態では、希釈保存溶液は、試料収集用具に吸収される流体１グラム当たり２ｍｌ～６ｍｌまたは３ｍｌ～５ｍｌの希釈保存溶液で、試料収集用具に加えられる。一部の実施形態では、試料収集用具は、６ｇ以下の流体を吸収するため、約１８ｍｌ～約３０ｍｌの希釈保存溶液が低吸収性タンポンに加えられる。一部の実施形態では、希釈保存溶液は、破壊可能な部材の破断後に本明細書に記載のシステム内の試料収集用具に加えられる。したがって、試料収集用具の吸収性が増加するにつれて、加えられる希釈保存溶液の量が増加する。
他の実施形態では、保存溶液は、希釈されない。一部の実施形態では、未希釈保存溶液は、本明細書で提供される方法および／またはシステムで使用される。一部の実施形態では、未希釈保存溶液は、試料収集用具に吸収される流体１グラム当たり約３ｍｌ～約５ｍｌの未希釈保存溶液で、試料収集用具に加えられる。一部の実施形態では、低吸収性タンポンは、６ｇ以下の流体を吸収するため、約１８ｍｌ～約３０ｍｌの未希釈保存溶液が試料収集用具に加えられる。一部の実施形態では、未希釈保存溶液は、破壊可能な部材の破断後に本明細書に記載のシステム内の試料収集用具に加えられる。したがって、試料収集用具の吸収性が増加するにつれて、加えられる未希釈保存溶液の量が増加する。
一部の実施形態では、結合剤は、抗体を含む。一部の実施形態では、用語「抗体」は、本明細書で使用される場合、免疫グロブリン分子、および免疫グロブリン分子の免疫学的に活性な部分、すなわち、抗原に免疫特異的に結合する抗原結合部位を含む分子を指す。一部の実施形態では、この用語はまた、２本の免疫グロブリン重鎖と２本の免疫グロブリン軽鎖とから構成される抗体はもちろん、完全長抗体およびその部分を含む様々な形態も指し、したがって、例えば、免疫グロブリン分子、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、組換え抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体、ポリマー抗体、ＣＤＲグラフト抗体、Ｆ（ａｂ）２、Ｆｖ、ｓｃＦｖ、ＩｇＧΔＣＨ２、Ｆ（ａｂ’）２、ｓｃＦｖ２ＣＨ３、Ｆ（ａｂ）、ＶＬ、ＶＨ、ｓｃＦｖ４、ｓｃＦｖ３、ｓｃＦｖ２、ｄｓＦｖ、Ｆｖ、ｓｃＦｖ－Ｆｃ、（ｓｃＦｖ）２、ジスルフィド連結されたＦｖ、単一ドメイン抗体（ｄＡｂ）、ダイアボディ、多特異性抗体、二重特異性抗体、抗イディオタイプ抗体、二特異性抗体、任意のアイソタイプ（ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧまたはＩｇＭを含むがこれらに限定されない）、修飾抗体、および合成抗体（ＩｇＧが除去されていない抗体、Ｔボディ、または抗体の他のＦｃもしくはＦａｂバリアントを含むがこれらに限定されない）を含む。一部の実施形態では、抗体は、ポリマー抗体を含む。一部の実施形態では、抗体は、非標的細胞よりも選択的に標的細胞に結合するように構成されている。一部の実施形態では、抗体は、標的細胞よりも選択的に非標的細胞に結合するように構成されている。
ある特定の実施形態では、月経液試料からの細胞を保存する方法が本明細書に記載される。一部の実施形態では、細胞は、子宮内膜細胞または非子宮内膜細胞を含む。一部の実施形態では、方法は、月経液試料と保存溶液の混合物を形成する月経液を保存溶液に捨てるステップを含む。様々な実施形態では、混合物を形成するために月経液試料を保存溶液に捨てるステップは、試料収集用具をシステムの第１の中央キャビティに入れることを含み、そこで試料収集用具は圧縮または圧搾されて、例えば、試料収集用具から試料の少なくとも一部分が除去される。一部の実施形態では、試料収集用具は、タンポン、パッド、月経ディスク、子宮頸管カップ、子宮頸ディスク、スポンジ、陰唇間パッド、または別の適する試料収集用具を含む。一部の事例では、試料収集用具を第１の中央キャビティに入れることは、月経液試料を収集した個体により行われる。一部の事例では、第１の中央キャビティに試料収集用具を入れることは、産科医または看護師などの医療専門家により行われる。試料収集用具を圧縮すると、月経液試料中の子宮内膜細胞が破損またはせん断され、その結果、子宮内膜細胞の内容物（例えば、核酸）が混合物に放出される。一部の事例では、試料収集用具を圧縮する方法での試料収集用具の圧縮は、月経液試料を収集した個体により行われる。一部の事例では、試料収集用具の圧縮は、収集試料をアッセイするために試料収集用具を処理する研究所または他の場所によって／で行われる。
一部の実施形態では、本明細書に記載の方法は、月経液試料中の細胞と月経液試料中の細胞のうちの標的細胞の細胞表面抗原に結合する抗体とを接触させるステップを含む。一部の実施形態では、標的細胞が内皮細胞を含む場合、細胞表面抗原は、ＣＤ３１／ＰＥＣＡＭ－１、ＣＤ３４、ＣＤ３６／ＳＲ－Ｂ３、ＣＤ３９、ＣＤ４４、ＣＤ４７、ＣＤ５４／ＩＣＡＭ－１、ＣＤ６１、ＣＤ６２Ｅ、ＣＤ６２Ｐ、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＣＤ９３、ＣＤ１０２、ＣＤ１０５、ＣＤ１０６、ＣＤ１１２、ＣＤ１１７、ＥＳＡＭ、エンドムチン、ＣＸＣＬ１６、ＣＤ１２１ａ、ＣＤ１４１、ＣＤ１４２、ＣＤ１４３、ＣＤ１４４、ＣＤ１４６、ＣＤ１４７、ＣＤ１５１、ＣＤ１６０、ＣＤ２０１、ＣＤ２１３ａ、ＣＤ２４８、ＣＤ３０９、ＡＤＡＭｓ ８、ＡＤＡＭｓ ９、ＡＤＡＭｓ １０、ＡＤＡＭｓ １１、ＡＤＡＭｓ １２、ＡＤＡＭｓ １３、ＡＤＡＭｓ １４、ＡＤＡＭｓ １５、ＡＤＡＭｓ １６、ＡＤＡＭｓ １７、ＡＤＡＭｓ ３３、ＡＤＡＭＴＳ－１３、ＡＤＡＭＴＳ－１８、ＶＷＦ、ＴＥＭ８、ＮＯＴＣＨ、またはＫＬＦ４を含む。一部の実施形態では、標的細胞が上皮細胞である場合、細胞表面抗原は、上皮細胞接着分子（ＥｐＣＡＭ）、Ｅ－カドヘリン、またはＣＤ３２６である。一部の実施形態では、標的細胞が白血球である場合、細胞表面抗原はＣＤ４５である。一部の実施形態では、標的細胞が間葉細胞である場合、細胞表面抗原は、Ｎ－カドヘリン、ＯＢ－カドヘリン、アルファ－５ベータ－１インテグリン、アルファ－Ｖベータ－６インテグリン、またはシンデカン－１である。
一部の実施形態では、本明細書に記載の方法は、月経液試料中の細胞と月経液試料中の細胞のうちの標的細胞に結合する抗体とを接触させるステップを含む。一部の実施形態では、抗体は、モノクローナル抗体を含む。一部の実施形態では、抗体は、固体支持体に結合されている。一部の実施形態では、固体支持体は、ビーズである。いくつかの実施形態では、ビーズは、磁気ビーズである。一部の実施形態では、抗体は、検出可能なマーカーとコンジュゲートされている。一部の実施形態では、検出可能なマーカーは、光学的に検出可能なマーカーを含む。一部の実施形態では、光学的に検出可能なマーカーは、フルオロフォアを含む。一部の実施形態では、フルオロフォアは、色素、例えば、フルオレセインイソチオシアネート（ＦＩＴＣ）、フィコエリトリン（ＰＥ）、アロフィコシアニン（ＡＰＣ）、またはペリジニンクロロフィルタンパク質（ＰｅｒＣＰ）を含む。一部の実施形態では、フルオロフォアは、蛍光タンパク質、例えば、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）、増強緑色蛍光タンパク質（ＥＧＦＰ）、シアン蛍光タンパク質（ＣＦＰ）、黄色蛍光タンパク質（ＹＦＰ）、赤色蛍光タンパク質（ＲＦＰ）、またはｍＣＨＥＲＲＹを含む。一部の実施形態では、フルオロフォアは、３５５ｎｍ～６５０ｎｍの光の波長を発する。
一部の実施形態では、本明細書に記載の方法は、試料を少なくとも１つの標的細胞について富化するステップを含み、それによって富化された細胞試料を生成する。一部の実施形態では、細胞試料は、月経液細胞試料を含む。一部の実施形態では、富化された試料は、富化された月経液細胞試料を含む。一部の実施形態では、少なくとも１つの標的細胞は、子宮内膜細胞を含む。一部の実施形態では、少なくとも１つの標的細胞は、内皮細胞、上皮細胞、白血球、間葉細胞、またはこれらの組合せを含む。一部の実施形態では、少なくとも１つの非標的細胞は、内皮細胞、上皮細胞、白血球、間葉細胞、またはこれらの組合せを含む。一部の実施形態では、内皮細胞は、子宮内膜内皮細胞を含む。
一部の実施形態では、少なくとも１つの標的細胞について富化するステップは、富化前の細胞試料中の少なくとも１つの標的細胞の量と比べて、富化された細胞試料中の少なくとも１つの標的細胞の量を増加させることを含む。少なくとも１つの標的細胞について富化するステップは、富化の前の細胞試料における少なくとも１つの標的細胞の少なくとも１つの非標的細胞に対する比と比べて、富化された細胞試料における少なくとも１つの標的細胞の少なくとも１つの非標的細胞に対する比を上昇させることを含む。一部の実施形態では、少なくとも１つの標的細胞について富化するステップは、少なくとも１つの抗体に結合した少なくとも１つの標的細胞を単離することを含む。一部の実施形態では、抗体に結合した単離された少なくとも１つの標的細胞は、富化された細胞試料を構成する。少なくとも１つの標的細胞について富化するステップは、細胞試料から少なくとも１つの非標的細胞を除去することを含み、この少なくとも１つの非標的細胞には少なくとも１つの抗体が結合している。一部の実施形態では、細胞試料は、少なくとも１つの非標的細胞の除去後、それによって富化された細胞試料になる。抗体に結合した標的細胞または抗体に結合した非標的細胞の単離は、フローサイトメトリーの使用を含む。抗体に結合した標的細胞または抗体に結合した非標的細胞の単離は、蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）、磁気活性化細胞選別（ＭＡＣＳ）、またはこれらの組合せを含む。
ある特定の実施形態では、月経液試料からの核酸、タンパク質および／または代謝物を保存する方法が本明細書に記載される。一部の実施形態では、方法は、月経液試料と保存溶液の混合物を形成する月経液を保存溶液に捨てるステップを含み、この保存溶液は、核酸（ＤＮＡもしくはＲＮＡ）または１つもしくは複数の代謝物もしくはタンパク質の完全性を保つ。様々な実施形態では、混合物を形成するために月経液試料を保存溶液に捨てるステップは、試料収集用具をシステムの第１の中央キャビティに入れることを含み、そこで試料収集用具は圧縮または圧搾されて、例えば、試料収集用具から試料の少なくとも一部分が除去される。一部の実施形態では、試料収集用具は、タンポン、パッド、月経ディスク、子宮頸管カップ、子宮頸ディスク、スポンジ、陰唇間パッド、または別の適する試料収集用具を含む。一部の事例では、試料収集用具を第１の中央キャビティに入れることは、月経液試料を収集した個体により行われる。一部の事例では、第１の中央キャビティに試料収集用具を入れることは、産科医または看護師などの医療専門家により行われる。一部の事例では、試料収集用具を圧縮する方法での試料収集用具の圧縮は、月経液試料を収集した個体により行われる。一部の事例では、試料収集用具の圧縮は、収集試料をアッセイするために試料収集用具を処理する研究所または他の場所によって／で行われる。
一部の実施形態では、本明細書に記載のシステムに収集されると、収集された試料は、室温で少なくとも１日、２日、３日、４日、５日、６日、７日、８日、９日、１０日、１１日、１２日、１３日、または１４日間、保持される。一部の実施形態では、試料は、室温で２週間以下、保持される。一部の実施形態では、方法は、混合物を発送するステップを含む。一部の実施形態では、混合物を発送する前に、混合物の発送中に、混合物を送達した後に、またはこれらの任意の組合せに、インキュベーションが行われる。一部の実施形態では、混合物は、例えば、検査施設へ、または医療サービス提供者のオフィスへ、発送される。
一部の実施形態では、保存溶液は、１－メチル－３－カルボキシエチル－イミダゾリウムブロミド、１－ヘキシル－３－メチルイミダゾリウムブロミド、１－オクチル－３－メチルイミダゾリウムブロミド、１－デシル－３－メチルイミダゾリウムブロミド、または１－（２－ヒドロキシエチル）－３－メチルイミダゾリウムブロミドを含む。一部の実施形態では、１－メチル－３－カルボキシエチル－イミダゾリウムブロミド、１－ヘキシル－３－メチルイミダゾリウムブロミド、１－オクチル－３－メチルイミダゾリウムブロミド、１－デシル－３－メチルイミダゾリウムブロミド、または１－（２－ヒドロキシエチル）－３－メチルイミダゾリウムブロミドは、保存溶液中に約０．１％～約１０％（ｗ／ｖ）の濃度で存在する。一部の実施形態では、保存溶液は、沈殿剤、低級アルコール、カオトロープ、キレート剤、還元剤、ｐＨ緩衝剤、水、界面活性剤、またはこれらの組合せをさらに含む。一部の実施形態では、保存溶液は、沈殿剤、低級アルコールおよびカオトロープのうちの少なくとも１つを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、キレート剤、還元剤、ｐＨ緩衝剤のうちの少なくとも１つを含む。
一部の実施形態では、保存溶液は、界面活性剤を含む。一部の実施形態では、界面活性剤は、界面活性物質である。一部の実施形態では、沈殿剤は、５－（４－ジメチル）アミノベンジリデンローダミン、スルホサリチル酸、塩化リチウム、または水酸化リチウムである。一部の実施形態では、低級アルコールは、メタノール、エタノール、ｎ－プロパノール、イソプロパノール、ｎ－ブタノール、またはイソブタノール（２－メチルプロパン－１－オール）を含む。一部の実施形態では、カオトロープは、グアニジン塩酸塩、グアニジンチオシアン酸塩、チオシアン酸カリウム、チオシアン酸ナトリウム、または尿素を含む。一部の実施形態では、キレート剤は、ジエチレントリアミン五酢酸（ＤＴＰＡ）、エチレンジアミン四酢酸（ＥＤＴＡ）、エチレングリコール四酢酸（ＥＧＴＡ）、ｔｒａｎｓ－１，２－ジアミノシクロヘキサン－Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’－四酢酸（ＣＤＴＡ）、１，２－ビス（２－アミノフェノキシ）エタン－Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’－四酢酸（ＢＡＰＴＡ）、１，４，７，１０－テトラアザシクロドデカン－１，４，７，１０－四酢酸（ＤＯＴＡ）、Ｎ－（２－ヒドロキシエチル）エチレンジアミン－Ｎ，Ｎ’，Ｎ’－三酢酸、またはニトリロ三酢酸（ＮＴＡ）を含む。一部の実施形態では、還元剤は、２－メルカプトエタノール、チオ硫酸塩、ＴＣＥＰ（トリス－（２－カルボキシエチル）ホスフィン）、ジチオトレイトール、またはジチオエリトリトールを含む。一部の実施形態では、ｐＨ緩衝剤は、クエン酸、酒石酸、リンゴ酸、スルホサリチル酸、スルホイソフタル酸、シュウ酸、ホウ酸塩、ＣＡＰＳ（３－（シクロヘキシルアミノ）－１－プロパンスルホン酸）、ＣＡＰＳＯ（３－（シクロヘキシルアミノ）－２－ヒドロキシ－１－プロパンスルホン酸）、ＥＰＰＳ（４－（２－ヒドロキシエチル）－１－ピペラジンプロパンスルホン酸）、ＨＥＰＥＳ（４－（２－ヒドロキシエチル）ピペラジン－１－エタンスルホン酸）、ＭＥＳ（２－（Ｎ－モルホリノ）エタンスルホン酸）、ＭＯＰＳ（３－（Ｎ－モルホリン）プロパンスルホン酸）、ＭＯＰＳＯ（３－モルホリン－２－ヒドロキシプロパンスルホン酸）、ＰＩＰＥＳ（１－４－ピペラジンジエタンスルホン酸）、ＴＡＰＳ（Ｎ－［トリス（ヒドロキシメチル）メチル］－３－アミノプロパンスルホン酸）、ＴＡＰＳＯ（２－ヒドロキシ（hdyroxy）－３－［トリス（ヒドロキシメチル）メチルアミノ］－１－プロパンスルホン酸）、ＴＥＳ（Ｎ－［トリス（ヒドロキシメチル）メチル］－２－アミノエタンスルホン酸）、ビシン（Ｎ，Ｎ－ビス（２－ヒドロキシエチル）グリシン）、トリシン（Ｎ－［トリス（ヒドロキシメチル）メチル］グリシン）、Ｔｒｉｓ（トリス（ヒドロキシメチル）アミノメタン）、またはＢｉｓ－Ｔｒｉｓ（２－［ビス（２－ヒドロキシエチル）アミノ］－２－（ヒドロキシメチル）－１，３－プロパンジオール）を含む。一部の実施形態では、界面活性物質は、Ｔｒｉｔｏｎ（登録商標）Ｘ－１００、Ｎｏｎｉｄｅｔ（登録商標）Ｐ４０、Ｂｒｉｊ（登録商標）界面活性物質、Ｔｏｍａｍｉｎｅ（登録商標）エトキシ化アミン界面活性物質、およびＳｕｒｆｏｎｉｃ（登録商標）界面活性物質を含む。一部の実施形態では、界面活性物質は、ビス－（２－ヒドロキシエチル）イソデシルオキシプロピルアミン、ポリ（５）オキシエチレンイソデシルオキシプロピルアミン、ビス－（２－ヒドロキシエチル）イソトリデシルオキシプロピルアミン、ポリ（５）オキシエチレンイソトリデシルオキシプロピルアミン、ビス－（２－ヒドロキシエチル）直鎖状アルキルオキシプロピルアミン、ビス（２－ヒドロキシエチル）大豆アミン、ポリ（１５）オキシエチレン大豆アミン、ビス（２－ヒドロキシエチル）オクタデシルアミン、ポリ（５）オキシエチレンオクタデシルアミン、ポリ（８）オキシエチレンオクタデシルアミン、ポリ（１０）オキシエチレンオクタデシルアミン、ポリ（１５）オキシエチレンオクタデシルアミン、ビス（２－ヒドロキシエチル）オクタデシルオキシプロピルアミン、ビス－（２－ヒドロキシエチル）牛脂アミン、ポリ（５）オキシエチレン牛脂アミン、ポリ（１５）オキシエチレン牛脂アミン、ポリ（３）オキシエチレン１，３ジアミノプロパン、ビス（２－ヒドロキシエチル）ココアミン、ビス－（２－ヒドロキシエチル）イソデシルオキシプロピルアミン、ポリ（５）オキシエチレンイソデシルオキシプロピルアミン、ビス－（２－ヒドロキシエチル）ｉｓｏｔデシルオキシプロピルアミン、ポリ（５）オキシエチレンイソトリデシルオキシプロピルアミン、ビス－（２－ヒドロキシエチル）直鎖状アルキルオキシプロピルアミン、ビス（２－ヒドロキシエチル）大豆アミン、ポリ（１５）オキシエチレン大豆アミン、ビス（２－ヒドロキシエチル）オクタデシルアミン、ポリ（５）オキシエチレンオクタデシルアミン、ポリ（８）オキシエチレンオクタデシルアミン、ポリ（１０）オキシエチレンオクタデシルアミン、ポリ（１５）オキシエチレンオクタデシルアミン、ビス（２－ヒドロキシエチル）オクタデシルオキシプロピルアミン、ビス－（２－ヒドロキシエチル）牛脂アミン、ポリ（５）オキシエチレン牛脂アミン、ポリ（１５）オキシエチレン牛脂アミン、ポリ（３）オキシエチレン１，３ジアミノプロパン、またはビス（２－ヒドロキシエチルココアミンを含む。一部の実施形態では、界面活性剤は、界面活性剤のＴｗｅｅｎ（登録商標）ファミリーからの任意の界面活性剤を含む。
一部の実施形態では、保存溶液は、保存剤、解離剤またはこれらの組合せのうちの少なくとも１つを含む。一部の実施形態では、保存剤は、双性イオン化合物、浸透圧保護剤、アポトーシス阻害剤、非還元糖もしくはポリオール、二糖誘導体、キレート剤、ｐＨ緩衝剤、ホスファターゼ阻害剤、プロテアーゼ阻害剤、またはこれらの組合せを含む。一部の実施形態では、解離剤は、粘液溶解薬、去痰剤、界面活性剤、ヌクレアーゼ、プロテアーゼ、またはこれらの組合せを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、スパイクインをさらに含む。一部の実施形態では、保存溶液は、双性イオン化合物、浸透圧保護剤、アポトーシス阻害剤、非還元糖もしくはポリオール、キレート剤、ｐＨ緩衝剤、ホスファターゼ阻害剤、プロテアーゼ阻害剤、粘膜溶解剤、去痰剤、界面活性剤、ヌクレアーゼ、プロテアーゼ、スパイクイン、またはこれらの任意の組合せから本質的になる。一部の実施形態では、保存溶液は、試料中の標的細胞のではなく非標的細胞の選択的溶解のための薬剤を含む。一部の実施形態では、保存溶液は、子宮内膜細胞ではない細胞の選択的溶解のための薬剤を含む。一部の実施形態では、選択的溶解のための薬剤は、解離剤を含む。一部の実施形態では、選択的溶解のための薬剤は、ヌクレアーゼ、プロテアーゼ、またはこれらの組合せを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、試料中の非標的細胞の約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％または９９％を選択的に溶解する。一部の実施形態では、保存溶液は、試料中の標的細胞ではない細胞の約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％または９９％を選択的に溶解する。一部の実施形態では、保存溶液は、結合剤をさらに含む。
一部の実施形態では、保存溶液は、双性イオン化合物を含む。一部の実施形態では、双性イオン化合物は、ベタインまたはベタインアナログを含む。一部の実施形態では、双性イオン化合物は、トリメチルアミノＮ－オキシド（ＴＭＡＯ）を含む。一部の実施形態では、双性イオン化合物は、Ｎ－トリス（ヒドロキシメチル）メチル－２－アミノエタンスルホン酸；３－（Ｎ，Ｎ－ビス［２－ヒドロキシエチル］アミノ）－２－ヒドロキシプロパンスルホン酸；３－（Ｎ－モルホリノ）プロパンスルホン酸、４－（２－ヒドロキシエチル）－１－ピペラジンエタンスルホン酸；トリス（ヒドロキシメチル）アミノメタン；ピペラジン－Ｎ，Ｎ’－ビス（２－エタンスルホン酸）；２－（Ｎ－モルホリノ）エタンスルホン酸水和物；Ｎ，Ｎ－ビス（２－ヒドロキシエチル）－２－アミノエタンスルホン酸；Ｎ－［トリス（ヒドロキシメチル）メチル］グリシン；３－（（３－アクリルアミドプロピル）－ジメチルアンモニオ）－プロパン－１－スルホネート；ヒドロキシエクトイン；エクトイン；ホモエクトイン；Ｌ－カルニチン；サルコシン；Ｎ，Ｎ－ジメチルグリシントリエチルアンモニウムアセテート；グリセロールリン酸エステル；トリシン；ペンタエリトリトール；Ｎ－エチル－Ｎ，Ｎ－ビス－（２－ヒドロキシエチル）アンモニウム－Ｎ－４－ブチルスルホネート；３－モルホリノ－２－ヒドロキシプロパンスルホン酸；４－（２－エトキシ－２－オキソエチル）－４－エチルモルホリン－４－イウムブロミド；Ｎ－（２－エトキシ－２－オキソエチル）－３－ヒドロキシ－Ｎ，Ｎ－ビス（２－ヒドロキシエチル）プロパン－１－アミニウムブロミド；２－エトキシ－Ｎ，Ｎ，Ｎ－トリエチル－２－オキソエタナミニウムブロミド；２－（（３－ヒドロキシプロピル）ジメチルアンモニオ）アセテート；２－（（２－ヒドロキシプロピル）ジメチルアンモニオ）アセテート；２－（２－（ヒドロキシメチル）－１－メチルピペリジニウム－１－イル）アセテート；２－（（２－ヒドロキシエチル）ジメチルアンモニオ）アセテート；２－（（２，３－ジヒドロキシプロピル）ジメチルアンモニオ）アセテート；１－（２－エトキシ－２－オキソエチル）－４－ヒドロキシ－１－メチルピペリジニウムブロミド；２－（４－ヒドロキシ－１－メチルピペリジニウム－１－イル）アセテート；２－エトキシ－Ｎ－（２－（２－ヒドロキシエトキシ）エチル）－Ｎ，Ｎ－ジメチル－２－オキソエタナミニウムブロミド；２－（（２－（２－ヒドロキシエトキシ）エチル）ジメチルアンモニオ）アセテート；２－（ビス（２－ヒドロキシエチル）－（メチル）アンモニオ）アセテート；４－（２－ヒドロキシエチル）－４－メチル－２－オキソモルホリン－４－イウムブロミド；２－（ビス（２－ヒドロキシエチル）－（メチル）アンモニオ）アセテート；２－（４－（２－ヒドロキシエチル）モルホリノ－４－イウム）アセテート；４－（２－エトキシ－２－オキソエチル）－４－メチルモルホリン－４－イウムブロミド；１－（２－エトキシ－２－オキソエチル）－１－メチルピロリジニウムブロミド；２－（ベンジル（２－ヒドロキシ－エチル）（メチル）アンモニオ）アセテート；３－（２，３－ジヒドロキシプロピル）－１－メチル－１Ｈ－イミダゾール－３－イウムクロリド；１，３－ジメチル－１Ｈ－イミダゾール－３－イウムメチルスルフェート；Ｎ－ベンジル－２－エトキシ－Ｎ，Ｎ－ジメチル－２－オキソエタナミニウムブロミド；１－（２－エトキシ－２－オキソエチル）－１－メチルピペリジニウムブロミド；Ｎ－（２－エトキシ－２－オキソエチル）－Ｎ，Ｎ－ジメチルベンゼンアミニウムブロミド；１－（２－エトキシ－２－オキソエチル）－３－ヒドロキシ－１－メチルピペリジニウムブロミド；３－（２－（２－ヒドロキシエトキシ）エチル）－１－メチル－１Ｈイミダゾール－３－イウムクロリド；３－（２－（２－（２－ヒドロキシエトキシ）エトキシ）エチル）－１－メチル－１Ｈ－イミダゾール－３－イウムクロリド；１－メチル－３－テトラデシル－１Ｈ－イミダゾール－３－イウムブロミド；Ｎ－（２－エトキシ－２－オキソエチル）－Ｎ，Ｎ－ジメチルシクロヘキサンアミニウムブロミド；３－（（２－ヒドロキシ－エチル）ジメチル－アンモニオ）プロパノエート；またはこれらの任意の組合せを含む。一部の実施形態では、双性イオン化合物は、ポリ双性イオンを含む。一部の実施形態では、ポリ双性イオンは、カルボキシベタインメタクリレート－１；カルボキシベタインメタクリレート－１－第３級アミン；カルボキシベタインメタクリレート－２；カルボキシベタインアクリルアミド－２；カルボキシベタインアクリルアミド－２－エチルエステル；カルボキシベタインアクリルアミド－２－ＲＧＤ；カルボキシベタインジアクリルアミド架橋剤；グリシンベタイン；ポリスルホベタイン；またはこれらの任意の組合せを含む。
一部の実施形態では、保存溶液は、浸透圧保護剤を含む。一部の実施形態では、浸透圧保護剤は、酢酸トリメチルアンモニウム；リン酸グリセロール；リン酸ジグリセロール；Ｎ－（２－ヒドロキシ－１，１－ビス（ヒドロキシメチル）エチル）グリシン；３－（Ｎ－モルホリノ）－２－ヒドロキシプロパンスルホン酸；ペンタエリトリトール；グリセリン酸；リンゴ酸；酒石酸；乳酸；グリコール酸；２－ヒドロキシ酪酸；３－ヒドロキシ酪酸；４－アミノ－３－ヒドロキシ酪酸；３－（１－アゾニアビシクロ［２．２．２］オクタ－１－イル）プロパン－１－スルホネート；１－（２－カルボキシラトエチル）－１－アザビシクロ［２．２．２］オクタン－１－イウム；またはこれらの任意の組合せを含む。
一部の実施形態では、保存溶液は、アポトーシス阻害剤を含む。一部の実施形態では、アポトーシス阻害剤は、ＰＥＲＫ－ｅＩＦ２－α阻害剤、ＡＳＫ１阻害剤、ＮＲＦ２－ＫＥＡＰ１阻害剤、ＪＮＫ阻害剤、ｐ３８ ＭＡＰキナーゼ阻害剤、ＩＲＥ１阻害剤、ＧＳＫ３阻害剤、ＰＩＫ３経路阻害剤、ＭＥＫ阻害剤、カルパイン阻害剤、カスパーゼ－１阻害剤、またはこれらの任意の組合せを含む。
一部の実施形態では、保存溶液は、非還元糖またはポリオールを含む。一部の実施形態では、非還元糖またはポリオールは、グリコール、グリセロール、エリトリトール、トレイトール、アラビトール、キシリトール、リビトール、アドニトール、マンニトール、ソルビトール、ガラクチトール、フシトール、イジトール、イノシトール、アドニトール、スクラルファート、八硫酸スクロース、スクロース、トレハロースまたはこれらの任意の組合せを含む。一部の実施形態では、保存溶液は、二糖誘導体を含む。一部の実施形態では、二糖誘導体は、スクラロース、三塩素化マルトース、またはこれらの組合せを含む。
一部の実施形態では、保存溶液は、キレート剤を含む。一部の実施形態では、キレート剤は、ジエチレントリアミン五酢酸（ＤＴＰＡ）；エチレンジアミン四酢酸（ＥＤＴＡ）；エチレングリコール四酢酸（ＥＧＴＡ）；ｔｒａｎｓ－１，２－ジアミノシクロヘキサン－Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’－四酢酸（ＣＤＴＡ）；１，２－ビス（２－アミノフェノキシ）エタン－Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’－四酢酸（ＢＡＰＴＡ）；１，４，７，１０－テトラアザシクロドデカン－１，４，７，１０－四酢酸（ＤＯＴＡ）；Ｎ－（２－ヒドロキシエチル）エチレンジアミン－Ｎ，Ｎ’，Ｎ’－三酢酸；グルコン酸ナトリウム；ニトリロ三酢酸（ＮＴＡ）；またはこれらの組合せを含む。
一部の実施形態では、保存溶液は、ｐＨ緩衝剤を含む。一部の実施形態では、ｐＨ緩衝剤は、クエン酸；酒石酸；リンゴ酸；スルホサリチル酸；スルホイソフタル酸；シュウ酸；ホウ酸塩；ＣＡＰＳ（３－（シクロヘキシルアミノ）－１－プロパンスルホン酸）；ＣＡＰＳＯ（３－（シクロヘキシルアミノ）－２－ヒドロキシ－１－プロパンスルホン酸）；ＥＰＰＳ（４－（２－ヒドロキシエチル）－１－ピペラジンプロパンスルホン酸）；ＨＥＰＥＳ（４－（２－ヒドロキシエチル）ピペラジン－１－エタンスルホン酸）；ＭＥＳ（２－（Ｎ－モルホリノ）エタンスルホン酸）；ＭＯＰＳ（３－（Ｎ－モルホリノ）プロパンスルホン酸）；ＭＯＰＳＯ（３－モルホリノ－２－ヒドロキシプロパンスルホン酸）；ＰＩＰＥＳ（１，４－ピペラジンジエタンスルホン酸）；ＴＡＰＳ（Ｎ［トリス（ヒドロキシメチル）メチル］－３－アミノプロパンスルホン酸）；ＴＡＰＳＯ（２－ヒドロキシ－３－［トリス（ヒドロキシメチル）メチルアミノ］－１－プロパンスルホン酸）；ＴＥＳ（Ｎ－［トリス（ヒドロキシメチル）メチル］－２－アミノエタンスルホン酸）；ビシン（Ｎ，Ｎ－ビス（２－ヒドロキシエチル）グリシン）；トリシン（Ｎ－［トリス（ヒドロキシメチル）メチル］グリシン）；Ｔｒｉｓ（トリス（ヒドロキシメチル）アミノメタン）；Ｂｉｓ－Ｔｒｉｓ（２－［ビス（２－ヒドロキシエチル）アミノ］－２－（ヒドロキシメチル）－１，３－プロパンジオール）；またはこれらの組合せを含む。
一部の実施形態では、保存剤は、ホスファターゼ阻害剤を含む。一部の実施形態では、ホスファターゼ阻害剤は、ベータ－グリセロホスフェート、アプロチニン、ベスタチン、ＥＤＴＡ、ロイペプチン、ペプスタチンＡ、またはこれらの組合せを含む。
一部の実施形態では、保存剤は、プロテアーゼ阻害剤を含む。一部の実施形態では、プロテアーゼ阻害剤は、（２Ｒ）－２－メルカプトメチル－４－メチルペンタノイル－ベータ－（２－ナフチル）－Ａｌａ－Ａｌａアミド；２－抗プラスミン；３，４－ジクロロイソクマリン；４－（２－アミノエチル）ベンゼンスルホニルフルオリド塩酸塩；５－（Ｒ，Ｓ）－Ｔ－ｔｒａｎｓ－シンナミド－７－メチル－４－オキソ－オクタノイル－Ｌ－プロリル－Ｌ－プロリン；ａ１－抗キモトリプシン（a1-Antchymotrypsin）；ａ１－抗トリプシン；ａ２－抗プラスミン；ａ２－マクログロブリン；アンチトロンビンＩＩＩ；アプロチニン；ブロモエノールラクトン；ＢＴＥＥ；Ｃ１エステラーゼ阻害剤；キモスタチン；補体Ｃ１エステラーゼ阻害剤；ジクロロメチレンジホスホン酸二ナトリウム塩；フルオロリン酸ジイソプロピル；ｅ－アミノ－ｎ－カプロン酸；エコチン；ＥＤＴＡ；エグリンＣ断片６０－６３メチルエステル；メシル酸ガベキサート；ヒスタチン５；Ｉｌｅ－Ｐｒｏ－Ｉｌｅ；イソアミルホスホニル－Ｇｌｙ－Ｌ－Ｐｒｏ－Ｌ－Ａｌａ；ロイペプチン；Ｎａ－ｐ－トシル－Ｌ－リシンクロロメチルケトン塩酸塩；Ｎ－アセチル－エグリンＣ；Ｎ－トシル－Ｌ－フェニルアラニンクロロメチルケトン；ｐ－クロロ水銀安息香酸・遊離酸；フェニルメチルスルホニルフルオリド；トリプシン阻害剤；トリプシン－キモトリプシン阻害剤；Ｚ－Ｌ－Ｐｈｅクロロメチルケトン；Ｂｏｃ－Ａｓｐ（ＯＭｅ）－フルオロメチルケトン；Ｚ－Ａｌａ－Ｇｌｕ（ＯＭｅ）－Ｖａｌ－Ａｓｐ（ＯＭｅ）－フルオロメチルケトン；アンチパイン二塩酸塩、微生物由来、プロテアーゼ阻害剤；ＣＡ－０７４メチルエステル；カルパイン阻害剤Ｉ；カルパイン阻害剤ＩＩ；シスタチン；Ｅ－６４プロテアーゼ阻害剤；ロイペプチン三酢酸塩；α２－マクログロブリン；プロカテプシンＢ；Ｚ－Ｌｅｕ－Ｌｅｕ－Ｌｅｕ－フルオロメチルケトン；Ｚ－Ｐｈｅ－Ｐｈｅ－フルオロメチルケトン；またはこれらの組合せを含む。
メンストルアロームフィンガープリントの作成
メンストルアロームフィンガープリントの作成のための方法も、本明細書に記載される。一部の実施形態では、メンストルアロームは、次のものの全体を含む：月経液に見られる分子、月経液に見られる細胞から単離された分子、および月経液に見られる細胞、ならびにこれらの分子および細胞から決定される情報。一部の実施形態では、試料メンストルアロームフィンガープリントは、第１の試料および第２の試料からの生体物質中の複数のメンストルアロームバイオマーカーのレベルおよび／または存在の差を含む。一部の実施形態では、メンストルアロームフィンガープリントは、月経周期における特異的状態に特異的であるバイオマーカーの生物学的シグネチャーを含む。一部の実施形態では、月経フィンガープリントは、診断開発に適する月経液の特異的ゲノムプロファイルを表す。一部の実施形態では、メンストルアロームフィンガープリントは、子宮内膜組織の収集のための非侵襲的生検としての役割を果たす。一部の実施形態では、メンストルアロームバイオマーカーは、月経中に脱落した子宮内膜組織からの生物学的シグネチャーのマトリックスを含む。
ある特定の態様では、本明細書に記載のシステムおよび方法は、メンストルアロームフィンガープリントの作成のための方法を含む。ある特定の実施形態では、メンストルアロームフィンガープリントの作成のための方法は、本明細書に記載の方法およびシステムを使用して試料を得るステップを含む。ある特定の実施形態では、メンストルアロームフィンガープリントの作成のための方法は、本明細書に記載の方法およびシステムを使用して第１の試料および第２の試料を得るステップを含む。一部の実施形態では、方法は、本明細書における採取された試料（単数または複数）から、生体物質を水性緩衝液に抽出するステップを含む。一部の実施形態では、方法は、採取された試料（単数または複数）から、生体物質を分離するステップを含む。一部の実施形態では、方法は、メンストルアロームフィンガープリントを構築するステップを含む。
一部の実施形態では、試料メンストルアロームフィンガープリントは、第１の試料および第２の試料からの生体物質中の複数のメンストルアロームバイオマーカーのレベルおよび／または存在の差を含む。一部の実施形態では、試料メンストルアロームフィンガープリントは、参照メンストルアロームフィンガープリントと比較して、第１の試料および／または第２の試料からの生体物質中の複数のメンストルアロームバイオマーカーのレベルおよび／または存在の差を含む。一部の実施形態では、試料メンストルアロームフィンガープリントは、第１の試料からの生体物質中の複数のメンストルアロームバイオマーカーのレベルおよび／または存在を含む。一部の実施形態では、試料メンストルアロームフィンガープリントは、参照フィンガープリントと比較される。一部の実施形態では、本明細書に記載されるようなバイオマーカーは、末梢血または頸膣組織と比較して頸膣液または月経液中で差次的な存在またはレベルを提示する。
一部の実施形態では、方法は、対象から第１の試料および第２の試料を得るステップであって、第１の試料および第２の試料が、第１および第２の吸収性試料収集用具上に収集された頸膣液または月経液を含む、ステップ；第１の試料および第２の試料を、第１および第２の試料収集用具から水性緩衝液に別々に溶出させるステップ；第１の試料および第２の試料の各々から、生体物質を分離するステップ；および試料メンストルアロームフィンガープリントを構築するステップであって、試料メンストルアロームフィンガープリントが、第１の試料および第２の試料からの生体物質中の複数のメンストルアロームバイオマーカーのレベルおよび／または存在の差を含む、ステップを含む。一部の実施形態では、方法は、対象から第１の試料および第２の試料を得るステップであって、第１の試料および第２の試料が、第１および第２の吸収性試料収集用具上に収集された頸膣液または月経液を含む、ステップ；第１の試料および第２の試料を、第１および第２の試料収集用具から水性緩衝液に別々に溶出させるステップ；第１の試料および第２の試料の各々から、生体物質を分離するステップ；および試料メンストルアロームフィンガープリントを構築するステップであって、試料メンストルアロームフィンガープリントが、参照メンストルアロームフィンガープリントと比較して第１の試料および／または第２の試料からの生体物質中の複数のメンストルアロームバイオマーカーのレベルおよび／または存在の差を含む、ステップを含む。一部の実施形態では、方法は、対象から第１の試料を得るステップであって、第１の試料が、吸収性試料収集用具上に収集された頸膣液または月経液を含む、ステップ；第１の試料を、試料収集用具から水性緩衝液に溶出させるステップ；第１の試料から生体物質を分離するステップ；試料メンストルアロームフィンガープリントを構築するステップであって、試料メンストルアロームフィンガープリントが、第１の試料からの生体物質中の複数のメンストルアロームバイオマーカーのレベルおよび／または存在を含む、ステップ；および試料メンストルアロームフィンガープリントを参照フィンガープリントと比較するステップを含む。一部の実施形態では、試料は、本明細書に記載の方法およびデバイスを使用して収集および／または保存される。一部の実施形態では、対象は、子宮内膜症を有する、または有する疑いがある。
一部の実施形態では、対象は女性である。一部の実施形態では、対象は、慢性骨盤痛、不妊症、重度の月経出血、またはこれらの組合せを患っている。一部の実施形態では、対象は哺乳動物である。一部の実施形態では、哺乳動物はヒトである。一部の実施形態では、対象は、子宮内膜症を有する疑いがある。一部の実施形態では、対象は、子宮内膜症の外科的診断を受けたことがない。一部の実施形態では、対象は、子宮内膜症の家族歴を有する。一部の実施形態では、子宮内膜症は、深部浸潤性子宮内膜症（ＤＩＥ）、表在性腹膜子宮内膜症（ＳＰＥ）、または卵巣子宮内膜腫（ＯＥ）である。
一部の実施形態では、試料は、月経液試料および頸膣液試料をはじめとする、本明細書に記載されるような任意の生体物質または試料を含む。ある特定の実施形態では、生体物質は、本明細書に記載の生体物質の１つまたは複数を含む。一部の実施形態では、生体物質は、ＲＮＡ、ＤＮＡ、ｍｉＲＮＡ、タンパク質、微生物および哺乳動物細胞を含むが、これらに限定されない。一部の実施形態では、生体物質は、ＲＮＡであり、複数のメンストルアロームバイオマーカーは、複数の遺伝子の発現レベルを含む。一部の実施形態では、生体物質は、ＲＮＡであり、複数のメンストルアロームバイオマーカーは、複数のｍｉＲＮＡの存在および／またはレベルを含む。一部の実施形態では、生体物質は、細胞であり、複数のメンストルアロームバイオマーカーによって１つまたは複数の細胞型の存在および／または量が測定される。一部の実施形態では、生体物質は、ＤＮＡであり、複数のメンストルアロームバイオマーカーによって１つまたは複数の微生物の存在および／またはレベルが測定される。一部の実施形態では、生体物質は、ＤＮＡであり、複数のメンストルアロームバイオマーカーによって微生物の多様性が測定される。
ある特定の実施形態では、本明細書に記載の方法は、本明細書に記載の試料（単数または複数）からの抽出生体物質を分離または分析するための方法またはアッセイを含む。ある特定の実施形態では、本明細書に記載の方法は、生体物質を試料から分離するステップを含む。ある特定の実施形態では、生体物質を試料から分離するステップは、本明細書に記載の方法またはアッセイを使用して、試料から生体物質を単離することを含む。ある特定の実施形態では、生体物質は、核酸、タンパク質、細胞、またはこれらの組合せを含む。
一部の実施形態では、方法またはアッセイは、本明細書に記載の頸膣試料からの核酸、タンパク質またはこれらの組合せの単離を含む。一部の実施形態では、方法またはアッセイは、本明細書に記載の試料からの核酸、タンパク質またはこれらの組合せの単離を含む。様々な実施形態では、試料のアリコートが作成される。一部の実施形態では、方法またはアッセイは、試料の第１のアリコートからの核酸の単離、および試料の第２のアリコートからのタンパク質の単離を含む。試料からの核酸、タンパク質またはこれらの組合せの単離は、試料中の細胞の溶解；試料からの核酸、タンパク質またはこれらの組合せの抽出；および／または抽出された核酸、抽出されたタンパク質、またはこれらの組合せの精製を含む。
一部の実施形態では、方法またはアッセイは、試料中の細胞の溶解を含む。一部の実施形態では、溶解は、化学的溶解、機械的溶解、またはこれらの組合せである。一部の実施形態では、化学的溶解は、試料への溶解酵素、カオトロピック剤、界面活性物質、またはこれらの組合せの添加を含む。一部の実施形態では、機械的溶解は、細胞を均質化すること、超音波破砕すること、せん断すること、または細胞にショックを負荷することを含む。一部の実施形態では、ショックを負荷することは、浸透圧ショックを含む。一部の実施形態では、溶解は、細胞の核酸およびタンパク質の放出をもたらす。一部の実施形態では、方法またはアッセイは、試料中の核酸、タンパク質またはこれらの組合せの精製を含む。
一部の実施形態では、方法またはアッセイは、試料からの核酸、タンパク質またはこれらの組合せの抽出を含む。一部の実施形態では、核酸は、ＤＮＡ、ＲＮＡ、またはこれらの組合せである。一部の実施形態では、ＲＮＡは、ｍＲＮＡ、ｔＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、またはこれらの組合せを含む。抽出は、有機相抽出を含む。一部の実施形態では、方法またはアッセイは、抽出された核酸、抽出されたタンパク質またはこれらの組合せの精製を含む。
一部の実施形態では、方法またはアッセイは、試料または富化された試料からの核酸のシークエンシングを含む。一部の実施形態では、シークエンシングは、全ゲノムシークエンシングまたは全エクソームシークエンシングである。一部の実施形態では、シークエンシングは、ハイスループットシークエンシングである。一部の実施形態では、核酸は、少なくとも５倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、６０倍、７０倍、８０倍、９０倍、１００倍、１５０倍、２００倍、２５０倍、３００倍の、または３００倍を超えるカバレッジの厚みまでシークエンシングされる。一部の実施形態では、シークエンシングは、１つまたは複数のあらかじめ選択された核酸標的をシークエンシングする、ターゲットシークエンシングである。一部の実施形態では、１つまたは複数のあらかじめ選択された核酸標的は、子宮内膜症に特異的な１つまたは複数のバイオマーカーである。一部の実施形態では、シークエンシングは、１６Ｓ ｒＲＮＡまたは１６Ｓ ｒＤＮＡのシークエンシングを含む。一部の実施形態では、方法またはアッセイは、シークエンシングの前にバイサルファイト処理を含む。一部の実施形態では、本明細書に記載の方法またはアッセイは、核酸配列内の核酸のメチル化ステータス（すなわち、メチル化されているまたはメチル化されていない）を判定することを含む。一部の実施形態では、核酸は、シトシンである。一部の実施形態では、本明細書に記載の方法またはアッセイは、核酸配列のメチル化パターンを判定することを含む。
一部の実施形態では、方法またはアッセイは、ｍｉＲ－１２７１－５ｐ、ｍｉＲ－４４８５－３ｐ、ｍｉＲ－１２５ｂ－２－３ｐおよびｍｉＲ－４１０－３ｐからなる群から選択される１つまたは複数のマイクロＲＮＡ（ｍｉＲ）の発現レベルを個体の生体試料から決定することを含む。一部の実施形態では、方法またはアッセイは、ｍｉＲ－２３ｂ－３ｐ、ｍｉＲ－３０ａ－３ｐ／５ｐおよびｍｉＲ－３４ａ－５ｐからなる群から選択される１つまたは複数のマイクロＲＮＡ（ｍｉＲ）の発現レベルを個体の生体試料から決定することを含む。一部の実施形態では、方法またはアッセイは、ｌｅｔ－７ｃ－５ｐ、ｍｉＲ－１００－５ｐ、ｍｉＲ－１４９－５ｐ、ｍｉＲ－１９３ｂ－３ｐ、ｍｉＲ－２２１－５ｐ、ｍｉＲ－３６３－３ｐ、ｍｉＲ－９９ａ－５ｐ、ｌｅｔ－７ｅ－５ｐ、ｍｉＲ－１０ａ－５ｐ、ｍｉＲ－１０ｂ－５ｐ、ｍｉＲ－１２５ｂ－５ｐ、ｍｉＲ－１２７－３ｐ、ｍｉＲ－１３２－３ｐ、ｍｉＲ－１４１－３ｐ、ｍｉＲ－１４２－５ｐ、ｍｉＲ－１４３－３ｐ、ｍｉＲ－１４４－５ｐ、ｍｉＲ－１４５－５ｐ、ｍｉＲ－１５２－３ｐ、ｍｉＲ－１６－２－３ｐ、ｍｉＲ－１７－３ｐ、ｍｉＲ－１９５－５ｐ、ｍｉＲ－１９６ｂ－５ｐ、ｍｉＲ－１９９ａ－３ｐ／１９９ｂ－３ｐ、ｍｉＲ－２００ａ－３ｐ、ｍｉＲ－２００ｃ－３ｐ、ｍｉＲ－２０３ａ－３ｐ、ｍｉＲ－２０５－５ｐ、ｍｉＲ－２１－３ｐ、ｍｉＲ－２１－５ｐ、ｍｉＲ－２２－３ｐ、ｍｉＲ－２２２－３ｐ、ｍｉＲ－２２４－５ｐ、ｍｉＲ－２３ｂ－３ｐ、ｍｉＲ－２７ｂ－３ｐ、ｍｉＲ－２８－３ｐ、ｍｉＲ－３０ａ－３ｐ、ｍｉＲ－３０ａ－５ｐ、ｍｉＲ－３４ａ－５ｐ、ｍｉＲ－３４ｃ－５ｐ、ｍｉＲ－３６５ａ－３ｐ／３６５ｂ－３ｐ、ｍｉＲ－３７５、ｍｉＲ－４０９およびｍｉＲ－９８－５ｐからなる群から選択される１つまたは複数のｍｉＲの発現レベルを生体試料から決定することを含む。一部の実施形態では、方法またはアッセイは、少なくとも１つのＫＥＧＧ経路に関与する少なくとも１つの遺伝子の発現を調節する、または調節すると予測される、１つまたは複数のマイクロＲＮＡの発現レベルを個体の生体試料から決定することを含む。一部の実施形態では、ＫＥＧＧ経路は、「ＥＣＭ－受容体」、「接着結合」、「がんにおけるプロテオグリカン」、「ＴＧＦ－ベータシグナル伝達」、「Ｈｉｐｐｏシグナル伝達」、「がんにおけるマイクロＲＮＡ」、「がんにおける経路」、「Ｂ型肝炎」、「神経膠腫」、「慢性骨髄性白血病」、「膀胱がん」、またはこれらの組合せである。一部の実施形態では、少なくとも１つのＫＥＧＧ経路は、Ｗｎｔ／ＪＮＫ／ＶＥＧＦシグナル伝達に関わる。
一部の実施形態では、方法またはアッセイは、表４におけるＣｐＧ部位から選択される１つまたは複数のＣｐＧ部位のメチル化プロファイルを判定することを含む。
一部の実施形態では、メンストルアロームフットプリントは、生体試料における細菌多様性の測定量を決定することを含む。一部の実施形態では、細菌多様性の測定量は、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０またはそれより多くの細菌の量である。
一部の実施形態では、生体試料は、１つまたは複数の細菌細胞を含む。一部の実施形態では、１つまたは複数の細菌細胞は、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ、Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ａｃｔｉｎｏｂａｅｒｉａ、Ｃｙａｎｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｓｐｉｒｏｃｈａｔｅｓ、Ｔｅｎｅｒｉｃｕｔｅｓ、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｕａ、ＴＭ７、またはＳｙｎｇｅｒｓｔｅｔｅｓ門からの１つまたは複数の細菌を構成する。一部の実施形態では、１つまたは複数の細菌細胞は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ、Ｍａｇｅｅｉｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｍｏｂｉｌｕｎｃｕｓ、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ｐｏｒｐｈｙｅｒｏｍｏｎａｓ、Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ、Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ、Ｄｅｒｍａｂａｃｔｅｒ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ、Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆａｃｋｌａｍｉａ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ、Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｉｓ、Ｓｎｅａｔｈｉａ、Ｕｒｅａｐｌａｓｍａ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ、Ｐｅｐｔｉｎｏｐｈｉｌｕｓ、Ａｄｌｅｒｃｒｅｕｒｚｉａ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｓｍ Ａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｗｅｅｋｓｅｌｌａ、Ｂｉｆｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ属からの１つまたは複数の細菌、またはこれらの組合せを構成する。一部の実施形態では、１つまたは複数の細菌は、図４Ｃ、図４Ｄ、図４Ｅに記載の属からの細菌、またはこれらの組合せを含む。一部の実施形態では、細菌多様性の測定量は、少なくとも１つの第１の細菌の、少なくとも１つの第２の細菌に対する比を含む。
一部の実施形態では、細菌多様性の測定量は、多様度指数を含む。一部の実施形態では、多様度指数は、シャノン多様度指数、シンプソン多様度指数、またはベーガ－・パーカー多様度指数を含む。一部の実施形態では、細菌多様性は、細菌の種、属、科、機能タイプまたはハプロタイプの多様性の尺度となるものである。一部の実施形態では、細菌多様性は、シークエンシングにより判定される。一部の実施形態では、シークエンシングは、サンガーシークエンシングまたはハイスループットシークエンシングを含む。一部の実施形態では、シークエンシングによって、生体試料中の細菌の種が同定される。一部の実施形態では、シークエンシングによって、細菌の種の存在量が同定される。一部の実施形態では、シークエンシングは、１６Ｓ ｒＲＮＡまたはその一部分のシークエンシングである。
一部の実施形態では、バイオマーカーは、１つまたは複数の健康状態間で頸膣液または月経液中の差次的な存在またはレベルを提示する。一部の実施形態では、バイオマーカーは、末梢血または頸膣組織と比較して頸膣液または月経液中で差次的な存在またはレベルを提示する。
一部の実施形態では、方法は、試料メンストルアロームフィンガープリントを参照メンストルアロームフィンガープリントと比較するステップをさらに含む。一部の実施形態では、参照メンストルアロームフィンガープリントは、健康状態に関連する複数のメンストルアロームバイオマーカーの閾値レベルまたは存在を含む。一部の実施形態では、健康参照メンストルアロームフィンガープリントは、主成分分析、ｔ分布型確率的近傍埋め込み法、ヒートマップ、多様度指数、古典的、計量および非計量多次元尺度構成法（ＭＤＳ）、拡散マップ、レシーバー・オペレーター曲線、ｋ平均法、識別モデル構築、段階的特徴選択を伴う多変量ロジスティック回帰、ツリー、ランダムフォレスト、および主成分分析を含む。一部の実施形態では、参照状態は、外科手術前または後の健康状態を含む。一部の実施形態では、参照状態は、子宮内膜症を有さない患者を含む。一部の実施形態では、参照状態は、健康な対象を含む。一部の実施形態では、健康な対象は、子宮内膜症の家族歴を有さない対象である。一部の実施形態では、健康な対象は、多嚢胞性卵巣症候群（ＰＣＯＳ）、子宮内膜症またはこれらの組合せを含むがこれらに限定されない、生殖障害を患っておらず、生殖障害を有する疑いもない、対象である。一部の実施形態では、健康な対象は、生殖障害の家族歴を有する対象である。
一部の実施形態では、第１の試料および第２の試料は、本明細書に記載されるような任意の試料または生体試料を含む。一部の実施形態では、第１の試料および第２の試料は、対象から異なる時点で収集された生体物質を含む。一部の実施形態では、時点は、約１５分から約３０日の間の期間、分離されている。一部の実施形態では、時点は、少なくとも約５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５または６０分の期間、分離されている。一部の実施形態では、時点は、少なくとも約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９または３０日の期間、分離されている。一部の実施形態では、時点は、少なくとも約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１または１２ヶ月の期間、分離されている。一部の実施形態では、時点は、わずか約５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５または６０分の期間しか分離されていない。一部の実施形態では、時点は、わずか約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９または３０日の期間しか分離されていない。一部の実施形態では、時点は、わずか約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１または１２ヶ月の期間しか分離されていない。一部の実施形態では、時点は、わずか約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０年の期間しか分離されていないかまたは１０年を超える期間、分離されている。
一部の実施形態では、時点は、対象の月経周期内の異なる日を含む。一部の実施形態では、正常な月経周期は、大体毎月生じ、子宮の内膜が膣を通って脱落することを含む。一部の実施形態では、正常な月経流は、おおよそ４または５日間続き、７日以下続き、２１～３５日ごとに生じる。一部の実施形態では、時点は、単一月経周期内にある。一部の実施形態では、時点は、別個の月経周期における日を含む。一部の実施形態では、時点は、対象の月経の１または複数日中にある。一部の実施形態では、１つの時点は、対象の月経中にあり、１つの時点は、対象の月経中にない。一部の実施形態では、少なくとも１つの時点は、重度の出血日中にある。一部の実施形態では、少なくとも１つの時点は、軽度の出血日中にある。一部の実施形態では、少なくとも１つの時点は、出血日中にない。一部の実施形態では、少なくとも１つの時点は、排卵中にある。
一部の実施形態では、２つまたはそれより多くの健康状態は、医療処置の前および後のものを含む。一部の実施形態では、医療処置は、外科手術、例えば、子宮内膜症または他の月経障害を処置するための外科手術である。一部の実施形態では、健康状態は、外科手術前または後の健康状態を含む。一部の実施形態では、健康状態は、慢性骨盤痛、不妊症、重度の月経出血、摂食障害；極端な体重減少；過度の運動；多嚢胞性卵巣症候群（ＰＣＯＳ）；卵巣嚢胞；早期閉経；乳がん；卵巣がん；不妊症；卵巣予備能低下；慢性または頻発性尿路感染；子宮外妊娠；心疾患；１型糖尿病；２型糖尿病；自己免疫状態、例えば、ループス、多発性硬化症もしくは関節リウマチ；骨盤内炎症性疾患（ＰＩＤ）；筋腫（例えば、子宮筋腫）；子宮腺筋症；子宮頸がん；子宮内膜がん；子宮がん；細菌性膣炎；クラミジア、淋病、性器ヘルペス、肝炎、ヒト免疫不全ウイルス、後天性免疫不全症候群、ヒトパピローマウイルス、梅毒、トリコモナス症、または子宮頸部もしくは子宮内膜の感染症、またはこれらの組合せである。一部の実施形態では、健康状態は、月経障害を含む。一部の実施形態では、子宮内膜症は、深部浸潤性子宮内膜症（ＤＩＥ）、表在性腹膜子宮内膜症（ＳＰＥ）、または卵巣子宮内膜腫（ＯＥ）である。
一部の実施形態では、参照フットプリントは、子宮内膜症状態が分かっている個体の、１つもしくは複数のマイクロＲＮＡの発現レベル、メチル化プロファイル、細菌多様性の測定量、またはこれらの組合せを含む。
一部の実施形態では、方法またはアッセイは、バイオマーカーまたはバイオマーカーシグネチャーに基づいてレポートを生成するステップをさらに含む。一部の実施形態では、バイオマーカーまたはバイオマーカーシグネチャーは、参照発現レベルに対する１つもしくは複数のｍｉＲＮＡの発現レベル、１つもしくは複数のゲノム領域のメチル化プロファイル、細菌多様性の測定量、またはこれらの組合せを含む。
一部の実施形態では、個体における子宮内膜症を分類または検出するための方法またはアッセイは、１つまたは複数のマイクロＲＮＡ（ｍｉＲ）の発現レベルを個体の生体試料（例えば、月経液試料）から決定するステップを含む。一部の事例では、生体試料または月経液試料は、個体の月経周期の１日目、２日目、３日目、４日目、５日目、６日目、および／または７日目に収集される。ある特定の事例では、生体試料または月経液試料は、個体の月経周期の２日目に収集される。
一部の実施形態では、方法またはアッセイは、２つ、３つまたはそれより多くのマイクロＲＮＡ（ｍｉＲ）の発現レベルを個体の生体試料から決定するステップをさらに含む。一部の実施形態では、ｍｉＲは、ｍｉＲ－１２７１－５ｐ、ｍｉＲ－４４８５－３ｐ、ｍｉＲ－１２５ｂ－２－３ｐ、および／またはｍｉＲ－４１０－３ｐから選択される。一部の実施形態では、ｍｉＲは、細胞内ｍｉＲ、細胞外ｍｉＲ、または細胞内および細胞外ｍｉＲを含む。ある特定の実施形態では、ｍｉＲは、生体試料中の細胞から単離される。様々な実施形態では、ｍｉＲは、生体試料の非細胞部分から単離される。一部の実施形態では、ｍｉＲは、全生体試料から（例えば、生体試料の細胞内部分と細胞外部分の両方から）単離される。一部の実施形態では、ｍｉＲは、任意の適する方法により評価または検出される。一部の実施形態では、ｍｉＲは、シークエンシングを使用して評価または検出される。
一部の実施形態では、生体試料は、月経液、頸膣液、または両方を含む。一部の実施形態では、生体試料は、本明細書で提供されるような試料収集用具に捨てられる。一部の実施形態では、試料収集用具は、パッド、タンポン、膣カップ、子宮頸管キャップ、月経ディスク、子宮頸ディスク、スポンジ、陰唇間パッド、またはこれらの組合せである。
障害の検出
ある特定の実施形態では、個体における障害を検出するための方法または検出するためのアッセイが、本明細書に記載される。ある特定の実施形態では、個体における子宮内膜症を検出するための方法または検出するためのアッセイが、本明細書に記載される。一部の実施形態では、個体は、女性である。一部の実施形態では、個体は、慢性骨盤痛、不妊症、重度の月経出血、またはこれらの組合せを患っている。一部の実施形態では、個体は哺乳動物である。一部の実施形態では、哺乳動物はヒトである。一部の実施形態では、個体は、子宮内膜症を有する疑いがある。一部の実施形態では、個体は、子宮内膜症の外科的診断を受けたことがない。一部の実施形態では、個体は、子宮内膜症の家族歴を有する。一部の実施形態では、子宮内膜症は、深部浸潤性子宮内膜症（ＤＩＥ）、表在性腹膜子宮内膜症（ＳＰＥ）、または卵巣子宮内膜腫（ＯＥ）である。一部の実施形態では、本明細書に記載の方法またはアッセイは、１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％または１％未満の偽発見率を有する。一部の実施形態では、本明細書に記載の方法またはアッセイは、５％またはそれより低い偽発見率を有する。一部の実施形態では、個体における子宮内膜症を分類または検出するための方法またはアッセイが、本明細書で提供される。一部の実施形態では、方法またはアッセイは、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の特異度を有する。
一部の実施形態では、本明細書に記載の方法またはアッセイは、本明細書に記載のシステムから本明細書に記載の試料を除去するステップを含む。一部の実施形態では、試料は、システム上に位置するポートを通ってシステムから除去される。一部の実施形態では、試料は、ポートを通して挿入された注射器によってシステムから除去される。一部の実施形態では、約２ｍｌ～約４ｍｌの試料がシステムから除去される。ある特定の実施形態では、約１ｍｌ～約５ｍｌの試料がシステムから除去される。
一部の実施形態では、方法またはアッセイは、核酸、タンパク質または細胞を含むがこれらに限定されないバイオマーカーの、試料からの単離を含む。一部の実施形態では、方法またはアッセイは、試料からの核酸、タンパク質またはこれらの組合せの単離を含む。様々な実施形態では、試料のアリコートが作成される。一部の実施形態では、方法またはアッセイは、試料の第１のアリコートからの核酸の単離、および試料の第２のアリコートからのタンパク質の単離を含む。試料からの核酸、タンパク質またはこれらの組合せの単離は、試料中の細胞の溶解；試料からの核酸、タンパク質またはこれらの組合せの抽出；および／または抽出された核酸、抽出されたタンパク質、またはこれらの組合せの精製を含む。一部の実施形態では、バイオマーカーは、末梢血または頸膣組織と比較して頸膣液または月経液中で差次的な存在またはレベルを提示する。
一部の実施形態では、方法またはアッセイは、試料中の細胞の溶解を含む。一部の実施形態では、溶解は、化学的溶解、機械的溶解、またはこれらの組合せである。化学的溶解は、試料への溶解酵素、カオトロピック剤、界面活性物質、またはこれらの組合せの添加を含む。機械的溶解は、細胞を均質化すること、超音波破砕すること、せん断すること、または細胞にショックを負荷することを含む。一部の実施形態では、ショックを負荷することは、浸透圧ショックを含む。一部の実施形態では、溶解は、細胞の核酸およびタンパク質の放出をもたらす。一部の実施形態では、方法またはアッセイは、試料中の核酸、タンパク質またはこれらの組合せの精製を含む。
一部の実施形態では、方法またはアッセイは、試料からの核酸、タンパク質またはこれらの組合せの抽出を含む。一部の実施形態では、核酸は、ＤＮＡ、ＲＮＡ、またはこれらの組合せである。一部の実施形態では、ＲＮＡは、ｍＲＮＡ、ｔＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、またはこれらの組合せを含む。抽出は、有機相抽出を含む。一部の実施形態では、方法またはアッセイは、抽出された核酸、抽出されたタンパク質またはこれらの組合せの精製を含む。
一部の実施形態では、方法またはアッセイは、試料または富化された試料からの核酸のシークエンシングを含む。一部の実施形態では、シークエンシングは、全ゲノムシークエンシングまたは全エクソームシークエンシングである。一部の実施形態では、シークエンシングは、ハイスループットシークエンシングである。一部の実施形態では、核酸は、少なくとも５倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、６０倍、７０倍、８０倍、９０倍、１００倍、１５０倍、２００倍、２５０倍、３００倍の、または３００倍を超えるカバレッジの厚みまでシークエンシングされる。一部の実施形態では、シークエンシングは、１つまたは複数のあらかじめ選択された核酸標的をシークエンシングする、ターゲットシークエンシングである。一部の実施形態では、１つまたは複数のあらかじめ選択された核酸標的は、子宮内膜症に特異的な１つまたは複数のバイオマーカーである。一部の実施形態では、シークエンシングは、１６Ｓ ｒＲＮＡまたは１６Ｓ ｒＤＮＡのシークエンシングを含む。一部の実施形態では、方法またはアッセイは、シークエンシングの前にバイサルファイト処理を含む。一部の実施形態では、本明細書に記載の方法またはアッセイは、核酸配列内の核酸のメチル化ステータス（すなわち、メチル化されているまたはメチル化されていない）を判定することを含む。一部の実施形態では、核酸は、シトシンである。一部の実施形態では、本明細書に記載の方法またはアッセイは、核酸配列のメチル化パターンを判定することを含む。
一部の実施形態では、方法またはアッセイは、ｍｉＲ－１２７１－５ｐ、ｍｉＲ－４４８５－３ｐ、ｍｉＲ－１２５ｂ－２－３ｐおよびｍｉＲ－４１０－３ｐからなる群から選択される１つまたは複数のマイクロＲＮＡ（ｍｉＲ）の発現レベルを個体の生体試料から決定することを含む。一部の実施形態では、方法またはアッセイは、ｍｉＲ－２３ｂ－３ｐ、ｍｉＲ－３０ａ－３ｐ／５ｐおよびｍｉＲ－３４ａ－５ｐからなる群から選択される１つまたは複数のマイクロＲＮＡ（ｍｉＲ）の発現レベルを個体の生体試料から決定することを含む。一部の実施形態では、方法またはアッセイは、ｌｅｔ－７ｃ－５ｐ、ｍｉＲ－１００－５ｐ、ｍｉＲ－１４９－５ｐ、ｍｉＲ－１９３ｂ－３ｐ、ｍｉＲ－２２１－５ｐ、ｍｉＲ－３６３－３ｐ、ｍｉＲ－９９ａ－５ｐ、ｌｅｔ－７ｅ－５ｐ、ｍｉＲ－１０ａ－５ｐ、ｍｉＲ－１０ｂ－５ｐ、ｍｉＲ－１２５ｂ－５ｐ、ｍｉＲ－１２７－３ｐ、ｍｉＲ－１３２－３ｐ、ｍｉＲ－１４１－３ｐ、ｍｉＲ－１４２－５ｐ、ｍｉＲ－１４３－３ｐ、ｍｉＲ－１４４－５ｐ、ｍｉＲ－１４５－５ｐ、ｍｉＲ－１５２－３ｐ、ｍｉＲ－１６－２－３ｐ、ｍｉＲ－１７－３ｐ、ｍｉＲ－１９５－５ｐ、ｍｉＲ－１９６ｂ－５ｐ、ｍｉＲ－１９９ａ－３ｐ／１９９ｂ－３ｐ、ｍｉＲ－２００ａ－３ｐ、ｍｉＲ－２００ｃ－３ｐ、ｍｉＲ－２０３ａ－３ｐ、ｍｉＲ－２０５－５ｐ、ｍｉＲ－２１－３ｐ、ｍｉＲ－２１－５ｐ、ｍｉＲ－２２－３ｐ、ｍｉＲ－２２２－３ｐ、ｍｉＲ－２２４－５ｐ、ｍｉＲ－２３ｂ－３ｐ、ｍｉＲ－２７ｂ－３ｐ、ｍｉＲ－２８－３ｐ、ｍｉＲ－３０ａ－３ｐ、ｍｉＲ－３０ａ－５ｐ、ｍｉＲ－３４ａ－５ｐ、ｍｉＲ－３４ｃ－５ｐ、ｍｉＲ－３６５ａ－３ｐ／３６５ｂ－３ｐ、ｍｉＲ－３７５、ｍｉＲ－４０９およびｍｉＲ－９８－５ｐからなる群から選択される１つまたは複数のｍｉＲの発現レベルを生体試料から決定することを含む。一部の実施形態では、方法またはアッセイは、少なくとも１つのＫＥＧＧ経路に関与する少なくとも１つの遺伝子の発現を調節する、または調節すると予測される、１つまたは複数のマイクロＲＮＡの発現レベルを個体の生体試料から決定することを含む。一部の実施形態では、ＫＥＧＧ経路は、「ＥＣＭ－受容体」、「接着結合」、「がんにおけるプロテオグリカン」、「ＴＧＦ－ベータシグナル伝達」、「Ｈｉｐｐｏシグナル伝達」、「がんにおけるマイクロＲＮＡ」、「がんにおける経路」、「Ｂ型肝炎」、「神経膠腫」、「慢性骨髄性白血病」、「膀胱がん」、またはこれらの組合せである。一部の実施形態では、少なくとも１つのＫＥＧＧ経路は、Ｗｎｔ／ＪＮＫ／ＶＥＧＦシグナル伝達に関わる。
一部の実施形態では、方法またはアッセイは、発現レベルを１つまたは複数のｍｉＲの参照発現レベルと比較するステップを含む。一部の実施形態では、比較するステップは、差次的発現の解析を行うことを含む。差次的発現の解析には機械学習アルゴリズムが使用される。一部の実施形態では、参照発現レベルは、健康な対象から得られる。一部の実施形態では、健康な対象は、子宮内膜症を患っておらず、子宮内膜症を有する疑いもない、対象である。一部の実施形態では、健康な対象は、子宮内膜症の家族歴を有さない対象である。一部の実施形態では、健康な対象は、多嚢胞性卵巣症候群（ＰＣＯＳ）、子宮内膜症またはこれらの組合せを含むがこれらに限定されない、生殖障害を患っておらず、生殖障害を有する疑いもない、対象である。一部の実施形態では、健康な対象は、生殖障害の家族歴を有する対象である。一部の実施形態では、参照発現レベルと比べて１つまたは複数のｍｉＲの発現レベルの上昇または低下は、対象が子宮内膜症を有することを示す。
一部の実施形態では、方法またはアッセイは、表４におけるＣｐＧ部位から選択される１つまたは複数のＣｐＧ部位のメチル化プロファイルを判定することを含む。
一部の実施形態では、方法またはアッセイは、生体試料における細菌多様性の測定量を決定することを含む。一部の実施形態では、細菌多様性の測定量は、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０またはそれより多くの細菌の量である。一部の実施形態では、生体試料は、１つまたは複数の細菌細胞を含む。一部の実施形態では、１つまたは複数の細菌細胞は、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ、Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ａｃｔｉｎｏｂａｅｒｉａ、Ｃｙａｎｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｓｐｉｒｏｃｈａｔｅｓ、Ｔｅｎｅｒｉｃｕｔｅｓ、Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｕａ、ＴＭ７、またはＳｙｎｇｅｒｓｔｅｔｅｓ門からの１つまたは複数の細菌を構成する。一部の実施形態では、１つまたは複数の細菌細胞は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ、Ｍａｇｅｅｉｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｍｏｂｉｌｕｎｃｕｓ、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ｐｏｒｐｈｙｅｒｏｍｏｎａｓ、Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ、Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ、Ｄｅｒｍａｂａｃｔｅｒ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ、Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆａｃｋｌａｍｉａ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ、Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｉｓ、Ｓｎｅａｔｈｉａ、Ｕｒｅａｐｌａｓｍａ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ、Ｐｅｐｔｉｎｏｐｈｉｌｕｓ、Ａｄｌｅｒｃｒｅｕｒｚｉａ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｓｍ Ａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｗｅｅｋｓｅｌｌａ、Ｂｉｆｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ属からの１つまたは複数の細菌、またはこれらの組合せを構成する。一部の実施形態では、１つまたは複数の細菌は、図４Ｃ、図４Ｄ、図４Ｅに記載の属からの細菌またはこれらの組合せ、Ｌ．ｒｅｕｔｅｒｉ ｆｒｕｍｅｎｔｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ． ３、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ． ９、またはこれらの組合せを含む。一部の実施形態では、細菌多様性の測定量は、少なくとも１つの第１の細菌の、少なくとも１つの第２の細菌に対する比である。
一部の実施形態では、細菌多様性の測定量は、多様度指数である。一部の実施形態では、多様度指数は、シャノン多様度指数、シンプソン多様度指数、またはベーガ－・パーカー多様度指数である。一部の実施形態では、細菌多様性は、細菌の種、属、科、機能タイプまたはハプロタイプの多様性の尺度となるものである。一部の実施形態では、細菌多様性は、シークエンシングにより判定される。一部の実施形態では、シークエンシングは、サンガーシークエンシングまたはハイスループットシークエンシングである。一部の実施形態では、シークエンシングによって、生体試料中の細菌の種が同定される。一部の実施形態では、シークエンシングによって、細菌の種の存在量が同定される。一部の実施形態では、シークエンシングは、１６Ｓ ｒＲＮＡまたはその一部分のシークエンシングである。一部の実施形態では、参照細菌多様性と比べて生体試料中の細菌多様性の増加は、対象が子宮内膜症を有することを示す。一部の実施形態では、参照細菌多様性レベルは、健康な個体における細菌多様性である。一部の実施形態では、健康な対象は、子宮内膜症を患っておらず、子宮内膜症を有する疑いもない、対象である。一部の実施形態では、健康な対象は、多嚢胞性卵巣症候群（ＰＣＯＳ）、子宮内膜症またはこれらの組合せを含むがこれらに限定されない、生殖障害を患っておらず、生殖障害を有する疑いもない、対象である。一部の実施形態では、健康な対象は、生殖障害の家族歴を有する対象である。
一例では、細菌は、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓである。一部の実施形態では、参照Ｐ．ａｃｎｅｓ存在量と比べてＰ．ａｃｎｅｓの存在量の増加は、対象が子宮内膜症を有することを示す。一部の実施形態では、参照Ｐ．ａｃｎｅｓ存在量より少なくとも５倍多い、少なくとも１０倍多い、または少なくとも１５倍多い、Ｐ．ａｃｎｅｓの存在量の増加は、対象が子宮内膜症を有することを示す。一部の実施形態では、参照Ｐ．ａｃｎｅｓ存在量は、健康な対象におけるＰ．ａｃｎｅｓの存在量である。一部の実施形態では、健康な対象は、子宮内膜症を患っておらず、子宮内膜症を有する疑いもない、対象である。一部の実施形態では、健康な対象は、多嚢胞性卵巣症候群（ＰＣＯＳ）、子宮内膜症またはこれらの組合せを含むがこれらに限定されない、生殖障害を患っておらず、生殖障害を有する疑いもない、対象である。一部の実施形態では、健康な対象は、生殖障害の家族歴を有する対象である。
一部の実施形態では、方法またはアッセイは、分類器アルゴリズム（または分類器）を、個体からの生体試料からの１つもしくは複数のマイクロＲＮＡの発現レベル、メチル化プロファイル、細菌多様性の測定量またはこれらの組合せに適用することによって個体の分類を生じさせるステップを含む。一部の実施形態では、分類は、起こり得る子宮内膜症および起こりそうもない宮内膜症からなる群から選択される。一部の実施形態では、起こり得る子宮内膜症の分類は、子宮内膜症の高い尤度、子宮内膜症の中等度の尤度、および子宮内膜症の低い尤度からなる群から選択される。一部の実施形態では、分類は、個体が子宮内膜症を有する尤度を定量する数値スコアである。一部の実施形態では、方法またはアッセイは、機械学習モデルを使用して分類器アルゴリズムを生成するステップを含む。分類器アルゴリズムの生成は、子宮内膜症ステータスが分かっている個体（例えば、子宮内膜症と診断された個体、または子宮内膜症なしと診断された個体）からの訓練データを使用することを含む。一部の実施形態では、訓練データは、子宮内膜症状態が分かっている個体の、１つもしくは複数のマイクロＲＮＡ発現レベル、メチル化プロファイル、細菌多様性の測定量、またはこれらの組合せを含む。一部の実施形態では、分類器アルゴリズムは、デシジョンツリー、ランダムフォレスト、ベイジアンネットワーク、サポートベクターマシン、ニューラルネットワーク、またはロジスティック回帰アルゴリズムを含む。一部の実施形態では、分類器は、ランダムフォレスト分類器である。一部の実施形態では、ランダムフォレスト分類器は、少なくとも１０、２０、５０、１００、１０００または５０００のデシジョンツリーを含む。機械学習モデルは、差次的発現解析に使用される。
一部の実施形態では、方法またはアッセイは、バイオマーカーまたはバイオマーカーシグネチャーに基づいてレポートを生成するステップをさらに含む。一部の実施形態では、バイオマーカーまたはバイオマーカーシグネチャーは、参照発現レベルに対する１つもしくは複数のｍｉＲＮＡの発現レベル、１つもしくは複数のゲノム領域のメチル化プロファイル、細菌多様性の測定量、またはこれらの組合せを含む。一部の実施形態では、方法またはアッセイは、レポートを医療従事者に送信するステップをさらに含む。一部の実施形態では、レポートは、個体への介入の投与の推奨を含む。一部の実施形態では、介入は、外科的介入、治療介入、またはこれらの組合せを含む。一部の実施形態では、外科的介入は、子宮内膜症病変の少なくとも一部の摘出、子宮摘出術、卵管卵巣摘出術、仙骨前交感神経切断術、または腹腔鏡下子宮神経切除を含む。一部の実施形態では、治療介入は、治療剤の投与を含む。一部の実施形態では、治療剤は、ホルモン、ホルモンアゴニスト、ホルモンアンタゴニスト、アロマターゼ阻害剤、抗炎症治療薬、アセチルトランスフェラーゼ、ヒストンデアセチラーゼ阻害剤、ホスホジエステラーゼ阻害剤、またはこれらの組合せである。一部の実施形態では、ホルモンは、合成ホルモンである。一部の実施形態では、ホルモンは、エストロゲン、プロゲスチン、プロゲステロン、アンドロゲン、性腺刺激ホルモン放出ホルモン（Ｇｎ－ＲＨ）、またはこれらの組合せである。一部の実施形態では、ホルモンアゴニストは、性腺刺激ホルモン放出ホルモン（Ｇｎ－ＲＨ）アゴニストである。一部の実施形態では、ホルモンアンタゴニストは、性腺刺激ホルモン放出ホルモン（Ｇｎ－ＲＨ）アンタゴニストである。一部の実施形態では、治療は、ホルモンを含む受胎調節である。一部の実施形態では、抗炎症治療薬は、ＮＳＡＩＤ、ＪＮＫ阻害剤、ＴＮＦ阻害剤、インターロイキン（ＩＬ）阻害剤、またはこれらの組合せである。
一部の実施形態では、方法またはアッセイは、個体への介入の投与をさらに含む。一部の実施形態では、介入は、レポートから決定される。一部の実施形態では、介入は、レポートの非存在下で決定される。一部の実施形態では、介入は、外科的介入、治療介入、またはこれらの組合せを含む。一部の実施形態では、外科的介入は、子宮内膜症病変の少なくとも一部の摘出、子宮摘出術、卵管卵巣摘出術、仙骨前交感神経切断術、または腹腔鏡下子宮神経切除を含む。一部の実施形態では、治療介入は、治療剤の投与を含む。一部の実施形態では、治療剤は、ホルモン、ホルモンアゴニスト、ホルモンアンタゴニスト、アロマターゼ阻害剤、抗炎症治療薬、アセチルトランスフェラーゼ、ヒストンデアセチラーゼ阻害剤、ホスホジエステラーゼ阻害剤、またはこれらの組合せである。一部の実施形態では、ホルモンは、合成ホルモンである。一部の実施形態では、ホルモンは、エストロゲン、プロゲスチン、プロゲステロン、アンドロゲン、性腺刺激ホルモン放出ホルモン（Ｇｎ－ＲＨ）、またはこれらの組合せである。一部の実施形態では、ホルモンアゴニストは、性腺刺激ホルモン放出ホルモン（Ｇｎ－ＲＨ）アゴニストである。一部の実施形態では、ホルモンアンタゴニストは、性腺刺激ホルモン放出ホルモン（Ｇｎ－ＲＨ）アンタゴニストである。一部の実施形態では、治療は、ホルモンを含む受胎調節である。一部の実施形態では、抗炎症治療薬は、ＮＳＡＩＤ、ＪＮＫ阻害剤、ＴＮＦ阻害剤、インターロイキン（ＩＬ）阻害剤、またはこれらの組合せである。一部の実施形態では、方法またはアッセイは、介入の、成功、成功の尤度、不完全な成功もしくは失敗、失敗の尤度の評価をさらに含む。
一部の実施形態では、個体における子宮内膜症を分類または検出するための方法またはアッセイは、１つまたは複数のマイクロＲＮＡ（ｍｉＲ）の発現レベルを個体の生体試料（例えば、月経液試料）から決定するステップを含む。一部の事例では、生体試料または月経液試料は、個体の月経周期の１日目、２日目、３日目、４日目、５日目、６日目、および／または７日目に収集される。ある特定の事例では、生体試料または月経液試料は、個体の月経周期の２日目に収集される。
一部の実施形態では、方法またはアッセイは、２つ、３つまたはそれより多くのマイクロＲＮＡ（ｍｉＲ）の発現レベルを個体の生体試料から決定するステップをさらに含む。一部の実施形態では、ｍｉＲは、ｍｉＲ－１２７１－５ｐ、ｍｉＲ－４４８５－３ｐ、ｍｉＲ－１２５ｂ－２－３ｐ、および／またはｍｉＲ－４１０－３ｐから選択される。一部の実施形態では、ｍｉＲは、細胞内ｍｉＲ、細胞外ｍｉＲ、または細胞内および細胞外ｍｉＲを含む。ある特定の実施形態では、ｍｉＲは、生体試料中の細胞から単離される。様々な実施形態では、ｍｉＲは、生体試料の非細胞部分から単離される。一部の実施形態では、ｍｉＲは、全生体試料から（例えば、生体試料の細胞内部分と細胞外部分の両方から）単離される。一部の実施形態では、ｍｉＲは、任意の適する方法により評価または検出される。一部の実施形態では、ｍｉＲは、シークエンシングを使用して評価または検出される。
一部の実施形態では、方法またはアッセイは、発現レベルを１つまたは複数のｍｉＲの参照発現レベルと比較するステップをさらに含む。様々な場合に、参照発現レベルと比べて１つまたは複数のｍｉＲの発現レベルの上昇または低下は、個体が子宮内膜症を有することを示す。一部の実施形態では、生体試料は、月経液、頸膣液、または両方を含む。一部の実施形態では、生体試料は、本明細書で提供されるような試料収集用具に捨てられる。一部の実施形態では、試料収集用具は、パッド、タンポン、膣カップ、子宮頸管キャップ、月経ディスク、子宮頸ディスク、スポンジ、陰唇間パッド、またはこれらの組合せを含む。
子宮内膜症の処置
ある特定の実施形態では、子宮内膜症を有する疑いがある対象を処置する方法およびシステムが、本明細書に記載される。一部の実施形態では、方法は、本明細書に記載されるような生体試料を対象から得るまたは得ることを終えるステップ；および対象が、子宮内膜症を示唆するバイオマーカーを有するかどうか判定するために、生体試料を用いてアッセイを行うまたは行い終えるステップ；および対象が、子宮内膜症を示唆するバイオマーカーを有した場合には対象に介入を投与し、対象が、子宮内膜症を示唆するバイオマーカーを有さなかった場合、介入を投与しないステップを含む。一部の実施形態では、子宮内膜症を示唆するバイオマーカーは、子宮内膜症を示唆するマイクロＲＮＡ発現シグネチャーである。一部の実施形態では、子宮内膜症を示唆するマイクロＲＮＡ発現シグネチャーは、ｍｉＲ－１２７１－５ｐ、ｍｉＲ－４４８５－３ｐ、ｍｉＲ－１２５ｂ－２－３ｐ、ｍｉＲ－４１０－３ｐ、ｌｅｔ－７ｃ－５ｐ、ｍｉＲ－１００－５ｐ、ｍｉＲ－１４９－５ｐ、ｍｉＲ－１９３ｂ－３ｐ、ｍｉＲ－２２１－５ｐ、ｍｉＲ－３６３－３ｐ、ｍｉＲ－９９ａ－５ｐ、ｌｅｔ－７ｅ－５ｐ、ｍｉＲ－１０ａ－５ｐ、ｍｉＲ－１０ｂ－５ｐ、ｍｉＲ－１２５ｂ－５ｐ、ｍｉＲ－１２７－３ｐ、ｍｉＲ－１３２－３ｐ、ｍｉＲ－１４１－３ｐ、ｍｉＲ－１４２－５ｐ、ｍｉＲ－１４３－３ｐ、ｍｉＲ－１４４－５ｐ、ｍｉＲ－１４５－５ｐ、ｍｉＲ－１５２－３ｐ、ｍｉＲ－１６－２－３ｐ、ｍｉＲ－１７－３ｐ、ｍｉＲ－１９５－５ｐ、ｍｉＲ－１９６ｂ－５ｐ、ｍｉＲ－１９９ａ－３ｐ／１９９ｂ－３ｐ、ｍｉＲ－２００ａ－３ｐ、ｍｉＲ－２００ｃ－３ｐ、ｍｉＲ－２０３ａ－３ｐ、ｍｉＲ－２０５－５ｐ、ｍｉＲ－２１－３ｐ、ｍｉＲ－２１－５ｐ、ｍｉＲ－２２－３ｐ、ｍｉＲ－２２２－３ｐ、ｍｉＲ－２２４－５ｐ、ｍｉＲ－２３ｂ－３ｐ、ｍｉＲ－２７ｂ－３ｐ、ｍｉＲ－２８－３ｐ、ｍｉＲ－３０ａ－３ｐ、ｍｉＲ－３０ａ－５ｐ、ｍｉＲ－３４ａ－５ｐ、ｍｉＲ－３４ｃ－５ｐ、ｍｉＲ－３６５ａ－３ｐ／３６５ｂ－３ｐ、ｍｉＲ－３７５、ｍｉＲ－４０９およびｍｉＲ－９８－５ｐ、ならびにこれらの組合せからなる群から選択される１つまたは複数のマイクロＲＮＡ（ｍｉＲ、ｍｉＲＮＡ）の、子宮内膜症を有さない個体における１つまたは複数のマイクロＲＮＡの発現と比べて、有意に異なる発現を含む。一部の実施形態では、子宮内膜症を示唆するマイクロＲＮＡ発現シグネチャーは、ｍｉＲ－１２７１－５ｐ、ｍｉＲ－４４８５－３ｐ、ｍｉＲ－１２５ｂ－２－３ｐ、ｍｉＲ－４１０－３ｐおよびこれらの組合せからなる群から選択される１つまたは複数のマイクロＲＮＡ（ｍｉＲ）の、子宮内膜症を有さない個体における１つまたは複数のマイクロＲＮＡの発現と比べて、有意に異なる発現を含む。
一部の実施形態では、本明細書に記載の方法およびシステムは、対象が子宮内膜症を示唆するバイオマーカーを有するかどうか判定するために生体試料に関するアッセイを行うまたは行い終えるステップが、生体試料から核酸を抽出するまたは抽出し終えること、および抽出された核酸からの１つまたは複数のバイオマーカーをシークエンシングするまたはシークエンシングし終えることを含むことを含む。一部の実施形態では、１つまたは複数のバイオマーカーは、１つまたは複数のマイクロＲＮＡである。一部の実施形態では、バイオマーカーは、末梢血または頸膣組織と比較して頸膣液または月経液中で差次的な存在またはレベルを提示する。
一部の実施形態では、介入は、外科的介入、治療介入、またはこれらの組合せを含む。一部の実施形態では、外科的介入は、子宮内膜症病変の少なくとも一部の摘出、子宮摘出術、卵管卵巣摘出術、仙骨前交感神経切断術、または腹腔鏡下子宮神経切除を含む。一部の実施形態では、治療介入は、治療剤の投与を含む。一部の実施形態では、治療剤は、ホルモン、ホルモンアゴニスト、ホルモンアンタゴニスト、アロマターゼ阻害剤、抗炎症治療薬、アセチルトランスフェラーゼ、ヒストンデアセチラーゼ阻害剤、ホスホジエステラーゼ阻害剤、またはこれらの組合せである。一部の実施形態では、ホルモンは、合成ホルモンである。一部の実施形態では、ホルモンは、エストロゲン、プロゲスチン、プロゲステロン、アンドロゲン、性腺刺激ホルモン放出ホルモン（Ｇｎ－ＲＨ）、またはこれらの組合せである。一部の実施形態では、ホルモンアゴニストは、性腺刺激ホルモン放出ホルモン（Ｇｎ－ＲＨ）アゴニストである。一部の実施形態では、ホルモンアンタゴニストは、性腺刺激ホルモン放出ホルモン（Ｇｎ－ＲＨ）アンタゴニストである。一部の実施形態では、治療剤は、ホルモンを含む受胎調節である。一部の実施形態では、抗炎症治療薬は、ＮＳＡＩＤ、ＪＮＫ阻害剤、ＴＮＦ阻害剤、インターロイキン（ＩＬ）阻害剤、またはこれらの組合せである。
ある特定の実施形態では、子宮内膜症のための個体における介入の成功を予測する方法が、本明細書に記載される。一部の実施形態では、方法は、外科手術または治療組成物の投与などの介入の前に個体から生体試料を採取するステップを含む。一部の実施形態では、介入は、子宮内膜症を処置するための介入である。一部の実施形態では、方法は、介入の前に採取した生体試料に関するアッセイを行って、個体のバイオマーカーまたはバイオマーカーシグネチャーを判定するステップを含む。一部の実施形態では、方法は、生体試料が介入後の個体から採取される、採取するステップを含む。一部の実施形態では、方法は、介入の後に採取した生体試料に関するアッセイを行って、個体のバイオマーカーまたはバイオマーカーシグネチャーを判定するステップを含む。一部の実施形態では、方法は、介入の前に採取した生体試料におけるバイオマーカーまたはバイオマーカーシグネチャーを、介入の後に採取した生体試料におけるバイオマーカーまたはバイオマーカーシグネチャーと比較するステップを含む。介入の成功の予測は、介入の前に採取された生体試料におけるバイオマーカーまたはバイオマーカーシグネチャー、介入の後に採取された生体試料におけるバイオマーカーまたはバイオマーカーシグネチャー、介入の前に採取された生体試料におけるバイオマーカーまたはバイオマーカーシグネチャーと介入の後に採取された生体試料におけるバイオマーカーまたはバイオマーカーシグネチャーとの比較に基づく。介入の成功の予測は、バイオマーカーまたはバイオマーカーシグネチャーを、個体の成績、例えば、介入の成功または介入の失敗が既知であった、介入を受ける個体からの既知バイオマーカーまたはバイオマーカーシグネチャーと比較することを含む。
試料収集システム
ある特定の実施形態では、月経液などの生体試料から細胞および他の生体物質（核酸、タンパク質、代謝物）を収集するためのシステムまたはデバイスが、本明細書に記載される。一部の実施形態では、システムまたはデバイスは、本明細書に記載の方法とともに使用される。一部の実施形態では、システムは、上方部分；下方部分；上方部分に作動可能にカップリングされるように構成された第１の端部と下方部分に作動可能にカップリングされる第２の端部とを含む中央部分；および圧縮部材を含み、圧縮部材は、中央部分に配置された第１の圧縮端部であって、中央部分の内面と接触している圧縮基部を形成し、圧縮基部および中央部分が、試料収集用具を受け入れるように構成された第１の中央キャビティを形成する、第１の圧縮端部と、下方部分にカップリングされる第２の圧縮端部とを含み、圧縮部材は、下方部分が作動することによって試料収集用具を圧縮するように構成されている。一部の実施形態では、上方部分は、保存溶液を保持するように構成された上方キャビティを含む。一部の実施形態では、上方キャビティには破壊可能な部材経由で到達可能である。一部の実施形態では、中央部分は、保存溶液を保持するように構成されている。一部の実施形態では、保存溶液（例えば、破壊可能な部材内に配置されている）は、圧縮基部にまたはそれに隣接して配置されている。
一部の実施形態では、試料収集デバイスは、対象から生体試料を収集するためのシステムであって、対象からの生体試料を非侵襲的に収集する試料収集用具を含むことを含むシステムを含む。一部の実施形態では、試料収集用具は、生体試料を収集するために対象の膣腔に挿入される。一部の実施形態では、本明細書に記載のシステムは、月経液、頸膣液、分泌粘液、脱落した子宮細胞、脱落した卵巣細胞、または他の細胞、組織もしくは流体を含む、ある体積の生体試料を収集する。一部の実施形態では、試料収集用具は、生体試料を収集および／または保持することができる材料で製造されたものである。一部の実施形態では、試料収集用具は、液体試料を迅速に吸収する高吸収性材料で製造されたものである。一部の実施形態では、試料収集用具は、吸収された液体試料を、例えば、圧縮機構（例えば、圧力、力）が試料収集用具に印加されたときに、迅速に放出する材料で製造されたものである。一部の実施形態では、システムは、生体試料を試料収集用具から抽出するための抽出器を含む。一部の実施形態では、抽出器は、圧縮機構を試料収集用具に働かせるための構成要素を含む。一部の実施形態では、圧縮機構を働かせるための構成要素は、ばね、ねじ山付きねじ、レバー、気密プランジャー、またはローラーに基づく圧縮を含むが、これらに限定されない。一部の実施形態では、試料収集用具に吸収された液体試料は、圧縮機構を試料収集用具に働かせることにより抽出される。一部の実施形態では、システムは、圧縮機構を含む。一部の実施形態では、システムは、圧縮機構を含まない。一部の実施形態では、圧縮機構は、システムの外部で圧縮される。一部の実施形態では、システムを閉鎖または密封することによって圧縮機構が作動される。一部の実施形態では、システムを閉鎖または密封することによって圧縮機構は作動させない。一部の実施形態では、圧縮機構は、システムを閉鎖または密封することとは別に作動される。一部の実施形態では、試料収集用具に吸収された液体試料は、圧縮機構を用いずに抽出される。一部の実施形態では、試料収集用具に吸収された液体試料は、本明細書に記載の緩衝剤に溶出される。一部の実施形態では、抽出器は、試料収集用具を開口部経由で受け入れる試料入れと、試料収集用具から放出された生体試料を受け入れるための試料入れと流体連通しているリザーバとを含む。一部の実施形態では、リザーバおよび／または入れ物は、収集された生体試料を分析、保存、保管または輸送するための１つまたは複数の試薬を含む溶液を収容している。一部の実施形態では、１つまたは複数の試薬は、生体試料を加水分解、拡散または放出させるために必要である。一部の実施形態では、１つまたは複数の試薬は、生体試料中のデオキシリボ核酸、リボ核酸またはタンパク質を分析、保存または抽出するために必要である。一部の実施形態では、１つまたは複数の試薬は、分析バックグラウンドノイズを低減させるために必要である。一部の実施形態では、１つまたは複数の試薬は、生体試料中の夾雑物を沈殿または除去するために必要である。一部の実施形態では、１つまたは複数の試薬は、生体試料中の分析物の存在または非存在について生体試料を検査するために必要である。一部の実施形態では、入れ物は、試料収集用具との接触時に試料収集用具を溶解するために必要である試薬を収容している。したがって、一部の実施形態では、試料収集用具は、入れ物に保管されている試薬との接触時に溶解する材料で製造されており、それによって、生体試料がリザーバに放出される。一部の実施形態では、システムは、チャンバーを有するカートリッジをさらに含み、カートリッジおよび／またはチャンバーは、カートリッジおよび／またはチャンバーがリザーバと接触すると、放出される生体試料がカートリッジおよび／またはチャンバーに流れ込むように、ドッキングユニットを介してリザーバに接続されている。一部の実施形態では、ドッキングユニットは、一方向圧力弁を含む。一部の実施形態では、ドッキングユニットは、再密封可能なスリットを有する。一部の実施形態では、収集された生体試料を収容しているカートリッジは、カバーがかけられるか、または密封される。一部の実施形態では、収集された生体試料を収容しているカートリッジは、収集された生体試料に対して損傷も分解も生じさせることなく輸送される。
図５および図６Ａ～６Ｃは、本明細書に記載されるように試料を収集するために使用される月経液細胞収集システム４００の実施形態を例示する。一部の実施形態では、システム４００は、上方部分４０１、中央部分４０２、下方部分４０３、および圧縮部材４０４を含む。
一部の実施形態では、上方部分４０１は、上方キャビティ４０５、破壊可能な部材４０６、上方部分４０１の内面４２５、および破壊要素４０７を含む。一部の実施形態では、上方部分４０１は、中央部分４０２の第１の端部４１４にカップリングされる。一部の実施形態では、上方部分４０１は、第１の端部４１４に螺合可能である。一部の実施形態では、上方部分４０１は、中央部分４０２に、例えば患者によって、脱着可能でない。一部の実施形態では、上方部分４０１は、例えば医療施術者または技術者によって、上方部分４０１内のネジまたは他の適するカップリング部材の除去により中央部分４０２に脱着可能である。一部の実施形態では、上方部分４０１は、第１の中央キャビティ４１１を密閉する、または密閉するように構成されている。一部の実施形態では、上方部分４０１、または中央部分４０２の第１の端部４１４の一方は、第１の中央キャビティ４１１からシステムの外部への流体連通を阻止するための（例えば、流体が第１の中央キャビティ４１１から流出することができないように）シールを含む。
一部の実施形態では、システム４００は、継手をさらに含み、この継手は、柔軟に上方部分４０１を中央部分４０２にカップリングする。一部の実施形態では、継手は、柔軟に上方部分４０１を中央部分４０２にカップリングし、したがって、継手は、中央部分４０２の第１の端部４１４への上方部分４０１のカップリングを可能するために曲げられる。一部の実施形態では、継手は、ポリエチレン、ポリプロピレン、ポリエステル、ナイロン、ポリ塩化ビニル、ポリスチレン、ポリ（メタクリル酸メチル）、ポリエーテルエーテルケトン、ゴム、シリコーン、熱可塑性エラストマー（ＴＰＥ）またはこれらの組合せを含むか、またはそれらから形成される。
一部の実施形態では、破壊可能な部材４０６は、保存溶液（例えば、Ｂｉｏｍａｔｒｉｃａ ＲＮＡｇａｒｄ（登録商標））を密閉する。一部の実施形態では、破壊可能な部材４０６により密閉される保存溶液の量は、約３ｍｌ～約１２ｍｌ、約５ｍｌ～約１０ｍｌ、約７．５ｍｌ～約１０ｍｌ、または約７ｍｌ～約８ｍｌの範囲である。一部の実施形態では、破壊可能な部材４０６は、ポリエチレン、ポリプロピレン、ポリエステル、ナイロン、ポリ塩化ビニル、ポリスチレン、ポリ（メタクリル酸メチル）、ポリエーテルエーテルケトン、アルミニウムまたはこれらの組合せを含むか、またはそれらから形成される。一部の実施形態では、アルミニウムは、ヒートシール可能なアルミ箔である。
一部の実施形態では、破壊要素４０７は、第１の表面４０８、第２の表面４０９、および開口部４１０を含む。一部の実施形態では、破壊要素４０７の第１の表面４０８は、破壊可能な部材４０６に隣接している。一部の実施形態では、破壊要素４０７の第２の表面４０９は、第１の中央キャビティ４１１に隣接している。一部の実施形態では、破壊要素４０９は、上方部分４０３が作動することによって破壊可能な部材４０６を破壊するように構成されている。一部の実施形態では、破壊要素４０９は、破壊可能な部材４０６の方に変位され、その結果、力が破壊可能な部材４０６に加えられる。一部の実施形態では、力によって破壊可能な部材４０６の破損、破壊、破綻または開口が生じる。一部の実施形態では、穴開け器（例えば、浮遊している穴開け器）が、破壊可能な部材４０６内（例えば、保存溶液中）に配置されている。一部の実施形態では、破壊可能な部材４０６が圧縮されると、穴開け器によって、破壊可能な部材４０６が破損、破壊または開口される。
一部の実施形態では、破壊要素４０９は、例えば、破壊要素４０７が、破壊可能な要素４０６に押し付けられたときまたは４０６の方に変位されたときに、破壊可能な部材４０６を切断するようにまたは４０６に穴を開けるように構成されている１つまたは複数の突出部を（例えば、第１の表面４０８上に）含む。一部の実施形態では、１つまたは複数の突出部は、破壊可能な部材４０６を破壊するように構成されている、刃、先端部、スパイクまたは別の適する突出部を含む。一部の実施形態では、中央部分４０２の第１の端部４１４への上方部分４０１のカップリングが、上方部分４０１を作動させる。一部の実施形態では、上方部分４０１の作動時、および／または破壊可能な部材４０６のその後の破壊時に、破壊要素４１０の開口部４０９が、上方キャビティ４０５と第１の中央キャビティ４１１の間の流体連通を可能にする、またはできるようにする。一部の実施形態では、別の言い方をすれば、保存溶液は、破壊された破壊可能な部材４０６から流出し、開口部４０９を通って流れ、第１の中央キャビティ４１１の少なくとも一部分に流入する。一部の実施形態では、保存溶液は、破壊可能な部材の破壊時に第１の中央キャビティ４１１に流入または侵入するように、構成されている。
一部の実施形態では、破壊要素４０７は、試料収集用具が第１の中央キャビティ４１１に配置されたときに下方部分４０３の作動によって試料収集用具に第１の力を加えるように構成されている。一部の実施形態では、下方部分４０３の作動（例えば、中央部分４０２に対する下方部分４０３の回転）は、第１の端部４１８を上方キャビティ４０５の方に変位または移動させる。一部の実施形態では、下方部分４０３の作動は、圧縮基部４１７を上方キャビティ４０５の方に変位させる。圧縮基部４１７の変位は、例えば、試料収集用具が第１の中央キャビティ４１１内に配置されたときに、試料収集用具に第２の力を加えるように構成されている。一部の実施形態では、下方部分４０３は、患者がシステム４００を使用して試料収集用具を圧縮できるような機械的利点をもたらす。図５に示されているように、一部の実施形態では、下方部分４０３は、中央部分４０２にカップリング（例えば、螺合）される。一部の実施形態では、ユーザーによる作動時の下方部分４０３と中央部分４０２との相互作用は、試料収集用具を圧縮または破砕するために十分な力が試料収集用具の少なくとも一部分に加えられるような機械的利点をもたらす。一部の実施形態では、２０ポンド、３０ポンド、４０ポンド、５０ポンド、６０ポンド、７０ポンド、８０ポンド、９０ポンドまたは１００ポンドより大きい負荷がシステム４００によって試料収集用具にかけられる。特定の実施形態では、２００ポンド、１８０ポンド、１６０ポンド、１４０ポンド、１２０ポンド、１００ポンド、または８０ポンド未満の負荷がシステム４００によって試料収集用具にかけられる。
一部の実施形態では、中央部分４０２は、第１の中央キャビティ４１１、第２の中央キャビティ４１２、内面４１３、第１の端部４１４、および第２の端部４１５を含む。一部の実施形態では、中央部分４０２は、ストッパー４２４をさらに含む。一部の実施形態では、中央部分４０２は、下方部分４０３にカップリングされる。一部の実施形態では、中央部分４０２は、下方部分４０３に螺合される。一部の実施形態では、下方部分４０３は、中央部分４０２に対して第１の方向に回転可能である。一部の実施形態では、中央部分４０２に対する第１の方向は、時計回りである。一部の実施形態では、下方部分４０３は、中央部分４０２に対して第２の方向には回転可能でない。一部の実施形態では、中央部分４０２に対する第２の方向は、反時計回りである。一部の実施形態では、第１の中央キャビティ４１１は、圧縮基部４１７と中央部分４１４の第１の端部との間に配置されている。一部の実施形態では、圧縮基部４１７および中央部分４０２は、第２の中央キャビティ４１２をさらに形成する。一部の実施形態では、第２の中央キャビティ４１２は、保存溶液と試料収集用具からの生体試料とを受け入れるように構成されている。
一部の実施形態では、中央部分４０２は、ポート４１６を含む。一部の実施形態では、ポート４１６は、中央部分４１５の第２の端部４１５の少なくとも一部分を貫通して配置されている。一部の実施形態では、ポート４１６によって第２の中央キャビティ４１２に到達できる。一部の実施形態では、ポート４１６は、弁である。一部の実施形態では、弁は、自己密封弁、安全弁、試料採取弁、一方向弁、逆止め弁、ダックビル弁、フラッパ弁、アンブレラ弁、隔膜、または他の適する弁である。一部の実施形態では、ポート４１６に注射器によって到達する（例えば、注射器は、ポート４１６の少なくとも一部分を通って変位可能である）。一部の実施形態では、中央部分４０２は、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、または５つより多くのポートを含む。一部の実施形態では、ポート４１６に基部４２２の外開口部４２３を通って到達する。
一部の実施形態では、圧縮部材４０４は、圧縮基部４１７、第１の圧縮端部４１８、および第２の圧縮端部４１９を含む。一部の実施形態では、圧縮基部４１７は、圧縮基部シール４２０、および圧縮基部４１７の外面４２１を含む。一部の実施形態では、圧縮基部シール４２０は、ニトリル、エチレン－プロピレンゴム、パーフルオロエラストマー（ＦＦＫＭ）、フルオロシリコーン、ネオプレン、クロロプレン、ポリウレタン、シリコーン、フルオロカーボン、またはこれらの組合せを含む、またはそれらから形成される。一部の実施形態では、エチレン－プロピレンゴムは、エチレン－プロピレンコポリマー（ＥＰＲ）またはエチレン－プロピレン－ジエンターポリマー（ＥＰＤＭ）である。
一部の実施形態では、圧縮部材の一部分（例えば、細長い部材）は、中央部分４０２の第２の端部４１５の少なくとも一部分を通って伸長する。一部の実施形態では、圧縮基部４１７は、圧縮基部４１７の少なくとも一部分の周辺の第１の方向での流体連通をできるようにするが圧縮基部４１７の少なくとも一部分の周辺の第２の方向での流体連通を阻止または制限するための、圧縮基部シール４２０を含む。一部の実施形態では、第１の方向は、第１の中央キャビティ４１１から第２の中央キャビティ４１２への方向である。一部の実施形態では、第２の方向は、第２の中央キャビティ４１２から第１の中央キャビティ４１１への方向である。一部の実施形態では、圧縮基部シール４２０は、圧縮基部４１７の外面４２１の周りに広がる。一部の実施形態では、圧縮基部シール４２０は、圧縮基部４１７と中央部分４０２の内面４１３との間に配置されている。一部の実施形態では、圧縮部材４０４の一部分が、中央部分４０２の第２の端部４１５の開き口または開口部を通って伸長する場合、開き口は、第２の中央キャビティと中央部分の外部との間の流体連通を阻止するためのシールを含む。
一部の実施形態では、中央部分４０２の第１の端部４１４に隣接する位置にある第１の中央キャビティ４１１は、第１の直径を有する。一部の実施形態では、中央部分４０２の第２の端部４１５に隣接する位置にある第２の中央キャビティ４１２は、第２の直径を有する。一部の実施形態では、第１の端部４１４と第２の端部４１５の間の１つまたは複数の位置にある第１および第２の中央キャビティ４１１、４１２は、第３の直径を有する。一部の実施形態では、第１の端部４１４と第２の端部４１５の間の１つまたは複数の位置にある第１および第２の中央キャビティ４１１、４１２の直径は、増加または減少する。一部の実施形態では、直径は、徐々に増加または減少する（例えば、内面４１３が傾斜される）。
ある特定の実施形態では、第１の直径および第２の直径は、実質的に等しい。様々な実施形態では、第１および第２の直径は、第３の直径未満である、または第３の直径より小さい。一部の実施形態では、圧縮基部４１７が、中央部分４０２の第２の端部４１５に隣接して配置されている場合、圧縮基部シール４２０は、圧縮基部４１７と中央部分４０２の内面４１３との間のシールになる。一部の実施形態では、圧縮基部４１７が、中央部分４０２の第１の端部４１４に隣接して配置されている場合、圧縮基部シール４２０は、圧縮基部４１７と中央部分４０２の内面４１３との間のシールになる。一部の実施形態では、圧縮基部４１７が、中央部分４０２の第１の端部４１４と第２の端部４１５の間の位置に配置されている場合、圧縮基部シール４２０は、圧縮基部４１７と中央部分４０２の内面４１３との間のシールにならない。一部の実施形態では、中央部分４０２の第１の端部４１４と第２の端部４１５の間に圧縮基部４１７が配置されると、圧縮基部４１７と中央部分４０２の内面４１３との間にシールは形成されない。一部の事例では、中央部分４０２の第１および第２の末端４１４、４１５の間の１つまたは複数の位置にシールが形成された場合、過度の圧力が、システム４００内の（例えば、第１または第２の中央キャビティ４１１、４１２のうちの１つまたは複数の中の）圧力が高くなり過ぎる。一部の実施形態では、圧縮基部シール４２０は、ワイパーシールである。一部の実施形態では、ワイパーシールは、システム４００の少なくとも一部分の中の圧力が閾値レベルを超えて上昇すると、システム４００内の圧力を（例えば、流体または空気を通過させることによって）下げる、または下げるように構成されている。
図５を参照して、一部の実施形態では、システム４００は、１つまたは複数の凸部またはリブ４２７をさらに含む。例示されているように、凸部４２７は、中央部分４０２の内面４１３の一部分に沿って延びている。一部の実施形態では、１つまたは複数の凹部が、中央部分４０２の内面４１３の一部分に沿って延びている。一部の実施形態では、凸部４２７または凹部は、圧縮基部４１７と中央部分４０２の内面４１３との間の、第１の端部４１４と中央部分４０２の第２の端部４１５の間の１つまたは複数の位置での、シールの形成を妨げ、したがって、システム４００の少なくとも一部分の中で圧力が閾値レベルを超えて上昇しない（例えば、システム４００内での過度の圧力の発生が回避または抑制される）。
一部の実施形態では、下方部分４０３は、基部４２２を含む。一部の実施形態では、基部４２２は、外開口部４２３を含む。一部の実施形態では、基部４２２は、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、または５つより多くの開口部を含む。一部の実施形態では、外開口部４２３は、ポート４１６への到達を可能にする、できるようにする、またはもたらす。
図７Ａ～７Ｃおよび８Ａ～８Ｃは、本明細書に記載のシステム４００の実施形態の使用を例示する。一部の実施形態では、上方部分４０１は、中央部分４０２に作動可能に接続されるように構成されるが、中央部分の第１の端部４１４経由での試料収集用具の挿入前には中央部分４０２に接続されない（図７Ａ）。一部の実施形態では、下方部分４０３は、中央部分４０２の第１の端部４１４経由での試料収集用具の挿入前に、中央部分４０２に作動可能にカップリングされる（図７Ａ）。
一部の実施形態では、試料収集用具４２６は、システム４００の第１の中央キャビティ４１１に置かれる（図８Ａ）。一部の実施形態では、中央部分４０２の第１の端部４１４経由での第１の中央キャビティ４１１への試料収集用具４２６の挿入後、上方部分４０１は、中央部分４０２に作動可能にカップリングされる（図７Ｂ）。上方部分４０１を中央部分４０２に作動可能にカップリングすることは、上方部分４０１を中央部分４０２に螺合させること、および上方部分４０１を第１の方向に回転させて上方部分４０１を作動させることを含む。一部の実施形態では、上方部分４０１は、上方部分４０１がストッパー４２４と接続または接触するまで回転される（図７Ｂ）。
一部の実施形態では、上方部分４０１は、シグナル（例えば、触覚シグナル）がシステムにより与えられるまで回転される。一部の実施形態では、シグナルは音である。一部の実施形態では、音は、カチッという音である。上方部分４０１の回転による上方部分４０１の作動は、破壊要素４０７と上方部分の内面４２５の間の距離を減少させることを含む（図８Ｂ）。一部の実施形態では、上方部分４０１の作動は、中央部分４０２に対して第１の方向への上方部分４０１の回転を含む。一部の実施形態では、第１の方向は、時計回りである。一部の実施形態では、上方部分４０１は、中央部分４０２に対して第２の方向には回転可能でない。一部の実施形態では、第２の方向は、反時計回りである。一部の実施形態では、破壊要素４０７と上方部分の内面４２５の間の空間は、破壊可能な部材４０６を収容する上方キャビティ４０５を含む。
一部の実施形態では、上方部分４０１の作動は、上方部分４０１がストッパー４２４と接続もしくは接触すると、またはシグナルがシステムにより与えられると、完了する。一部の実施形態では、上方部分４０１の作動は、第１の方向への上方部分４０１のさらなる回転が達成も遂行もされないと、完了する。一部の実施形態では、上方部分４０１の作動は、破壊可能な部材４０６が破壊すると完了する。一部の実施形態では、上方部分４０１の作動は、試料収集用具４２６の圧縮をもたらす（図８Ｃ）。
一部の実施形態では、上方部分４０１の作動後、下方部分４０３が作動される。一部の実施形態では、下方部分４０３の作動は、中央部分４０２に対して第１の方向への下方部分４０３の回転を含む。一部の実施形態では、下方部分４０３は、下方部分４０３がストッパー４２４と接続または接触するまで回転される（図７Ｃ）。一部の実施形態では、下方部分４０３は、シグナル（例えば、触覚シグナル）がシステムにより与えられるまで回転される。一部の実施形態では、シグナルは音である。一部の実施形態では、音は、カチッという音である。一部の実施形態では、下方部分４０３の作動は、第１の方向への下方部分４０３のさらなる回転が達成も遂行もされないと、完了する。一部の実施形態では、下方部分４０３の作動は、圧縮基部４１７の第１の圧縮端部４１８を破壊要素４０７の方に変位させる（図８Ｂおよび図８Ｃ）。一部の実施形態では、破壊要素４０７は、下方部分４０３の作動によって試料収集用具に第１の力を加えるように構成されている。一部の実施形態では、第１の力によって第１の圧縮端部４１８と破壊要素４０７の間の試料収集用具が圧縮される。一部の実施形態では、試料収集用具の圧縮によって保存溶液が生体試料と混合されて第２の中央キャビティ４１２に侵入することになる。様々な実施形態では、上方部分４０１は、中央部分４０２にカップリングされる。そのような構成では、上方部分４０１は、中央部分４０２に密閉される。一部の実施形態では、シールの形成は、触覚シグナル（例えば、カチッという音）によって示される。一部の実施形態では、上方部分４０１の中央部分４０２へのカップリングおよびシールの形成の後、下方部分４０３が作動され、その結果、保存溶液が、破壊可能な部材４０６から放出される。一部の実施形態では、保存溶液は、システム４００の外に（例えば、シールの周囲に）漏れたり流出したりせず、ユーザーに接触もしない。
一部の実施形態では、下方部分４０３の作動の完了前に、圧縮基材シール４２０は、第１の中央キャビティ４１１と第２の中央キャビティ４１２の間の流体連通を可能にする。一部の実施形態では、第１の中央キャビティ４１１と第２の中央キャビティ４１２の間の流体連通によって、保存溶液が生体試料と混合されて第２の中央キャビティ４１２に侵入することが可能になる。一部の実施形態では、下方部分４０３の作動の完了によって、第１の中央キャビティ４１１と第２の中央キャビティ４１２の間の圧縮基材シール４２０によりまたはその周囲で流体連通が阻止または防止される。一部の実施形態では、下方部分４０３の作動は、下方部分４０３が、ストッパー４２４と接続もしくは接触すると、シグナルがシステムにより与えられると、下方部分４０３の第１の方向へのさらなる回転が実現も遂行もされないと、またはこれらの組合せの際、完了する。
ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるようなシステムと試料収集用具（例えば、タンポン）とを含むキットが、本明細書に記載される。一部の実施形態では、キットは、同定説明、ラベル、および／または添付文書を含む。一部の実施形態では、キットは、発送用パケットをさらに含む。一部の実施形態では、発送用パケットは、使用後のシステムを発送するために使用される。一部の実施形態では、発送用パケットは、親水性材料を含む。一部の実施形態では、親水性材料は、綿、セルロース、ヒドロゲル、吸収性ポリマー、またはこれらの組合せを含む。一部の実施形態では、発送用パケットは、１層、２層、３層、４層、５層の、または５層を超える、親水性材料層を含む。発送用パケットが２層より多くの親水性材料層を含む場合、２層より多くの親水性材料層のうちの少なくとも１層は、残りの層と異なる。一部の実施形態では、親水性材料は、ポーチに収容されている。一部の実施形態では、ポーチは、ポリエチレン、ポリプロピレン、ポリエステル、ナイロン、ポリ塩化ビニル、ポリスチレン、ポリ（メタクリル酸メチル）、ポリエーテルエーテルケトンまたはこれらの組合せから形成される。一部の実施形態では、発送用パケットは、試料収集用具を含むシステムを中に入れた後に発送用パケットを密閉するための、接着ストリップ、糊、または防水ジッパーを含む。一部の実施形態では、発送用パケットには、あらかじめラベルが貼られている。一部の実施形態では、発送用パケットは、少なくとも１層の吸収性材料層をさらに含む。
一部の実施形態では、キットは、ラベルまたは添付文書をさらに含む。一部の実施形態では、ラベルまたは添付文書は、キットの内容物のリスト、本明細書に記載の方法でのキットの使用に関する使用説明書、またはこれらの組合せを含む。一部の実施形態では、ラベルは、システム上にあるか、またはシステムに付随する。一部の実施形態では、ラベルは、ラベルを形成する文字、数または他の符号が、システム自体に貼り付けられている、成形されている、またはエッチングされている場合、システム上にある。一部の実施形態では、ラベルは、それが、例えば添付文書のように、システムも保持する入れ物または運搬手段の中に存在する場合、システムに付随する。一部の事例では、ラベルは、内容物を月経液からの試料の収集などの特定の用途に使用すべきであることを示すために、使用される。
番号付き実施形態
本開示は、以下の番号付き実施形態によってさらに定義される。１．対象における子宮内膜症を分類または検出するためのアッセイであって、１つまたは複数のマイクロＲＮＡ（ｍｉＲ）の発現レベルを対象の月経液試料から決定するステップを含み、月経液試料が、対象の月経周期の１日目、２日目、３日目、４日目、５日目、６日目および／または７日目に収集される、アッセイ。２．月経液試料が、対象の月経周期の２日目に収集される、実施形態０のアッセイ。３．２つまたはそれより多くのマイクロＲＮＡ（ｍｉＲ）の発現レベルを対象の月経液試料から決定するステップをさらに含む、実施形態０または実施形態［０１６３］のアッセイ。４．３つまたはそれより多くのマイクロＲＮＡ（ｍｉＲ）の発現レベルを対象の月経液試料から決定するステップをさらに含む、実施形態０または実施形態［０１６３］のアッセイ。５．ｍｉＲが、ｍｉＲ－１２７１－５ｐ、ｍｉＲ－４４８５－３ｐ、ｍｉＲ－１２５ｂ－２－３ｐ、およびｍｉＲ－４１０－３ｐからなる群から選択される、実施形態１～［０１６３］のいずれか１つのアッセイ。６．発現レベルを１つまたは複数のｍｉＲの参照発現レベルと比較するステップをさらに含み、参照発現レベルと比べて１つまたは複数のｍｉＲの発現レベルの上昇または低下が、対象が子宮内膜症を有することを示す、実施形態１～［０１６３］のいずれか１つのアッセイ。７．ｍｉＲが、細胞内ｍｉＲである、実施形態１～［０１６３］のいずれか１つのアッセイ。８．ｍｉＲが、細胞外ｍｉＲである、実施形態１～［０１６３］のいずれか１つのアッセイ。９．ｍｉＲが、細胞内および細胞外ｍｉＲである、実施形態１～［０１６３］のいずれか１つのアッセイ。１０．月経液が、頸膣液をさらに含む、実施形態１～［０１６３］のいずれか１つのアッセイ。１１．月経液試料が、試料収集用具に捨てられる、実施形態［０１６３］～［０１６３］のいずれか１つのアッセイ。１２．試料収集用具が、パッド、タンポン、膣カップ、子宮頸管キャップ、月経ディスク、子宮頸ディスク、スポンジ、または陰唇間パッドである、実施形態［０１６３］のアッセイ。１３．試料収集用具から生体試料を収集するためのシステムであって、上方部分；下方部分；上方部分に作動可能にカップリングされるように構成された第１の端部と下方部分に作動可能にカップリングされる第２の端部とを含む中央部分；保存溶液を保持する破壊可能な部材；および圧縮部材を含む、システムであり、圧縮部材が、中央部分に配置された第１の圧縮端部であって、中央部分の内面と接触している圧縮基部を形成する第１の圧縮端部であり、圧縮基部および中央部分が、試料収集用具を受け入れるように構成された第１の中央キャビティを形成する、第１の圧縮端部と、下方部分にカップリングされる第２の圧縮端部とを含み；圧縮部材が、下方部分が作動することによって試料収集用具を圧縮し、その結果、破壊可能な部材が破壊され、保存溶液を放出するように、構成されている、システム。１４．破壊可能な部材が、上方部分の上方キャビティ内に配置されている、実施形態１３のシステム。１５．上方部分が作動することによって破壊可能な部材を破壊するように構成された破壊要素をさらに含む、実施形態１３または実施形態［０１６３］のシステム。１６．破壊要素が、上方キャビティと第１の中央キャビティの間の流体連通をできるようにするための開口部を含む、実施形態［０１６３］のシステム。１７．破壊要素が、破壊可能な部材に隣接する第１の表面、および第１の中央キャビティに隣接する第２の表面を含む、実施形態［０１６３］または実施形態［０１６３］のシステム。１８．破壊要素が、試料収集用具が第１の中央キャビティに配置されたときに下方部分が作動することによって試料収集用具に第１の力を加えるように構成されている、実施形態［０１６３］～［０１６３］のいずれか１つのシステム。１９．試料収集用具が第１の中央キャビティに配置されたとき、下方部分の作動が破壊要素を上方キャビティの方に変位させる、実施形態［０１６３］～［０１６３］のいずれか１つのシステム。２０．破壊可能な部材が、保存溶液を密閉する、実施形態１～［０１６３］のいずれか１つのシステム。２１．破壊可能な部材が、ポリエチレン、ポリプロピレン、ポリエステル、ナイロン、ポリ塩化ビニル、ポリスチレン、ポリ（メタクリル酸メチル）、ポリエーテルエーテルケトン、アルミ箔、またはこれらの組合せを含む、実施形態１～［０１６３］のいずれか１つのシステム。２２．アルミ箔が、ヒートシール可能である、実施形態［０１６３］のシステム。２３．保存溶液が、破壊可能な部材の破壊時に第１の中央キャビティに流入するように構成されている、実施形態１～［０１６３］のいずれか１つのシステム。２４．破壊可能な部材が、圧縮基部に隣接して配置されている、実施形態１３のシステム。２５．破壊可能な部材が、保存溶液を密閉する、実施形態［０１６３］のシステム。２６．破壊可能な部材が、ポリエチレン、ポリプロピレン、ポリエステル、ナイロン、ポリ塩化ビニル、ポリスチレン、ポリ（メタクリル酸メチル）、ポリエーテルエーテルケトン、アルミ箔、またはこれらの組合せを含む、実施形態［０１６３］～［０１６３］のシステム。２７．アルミ箔が、ヒートシール可能である、実施形態［０１６３］のシステム。２８．保存溶液が、破壊可能な部材の破壊時に第１の中央キャビティに流入するように構成されている、実施形態［０１６３］～［０１６３］のいずれか１つのシステム。２９．上方部分が、中央キャビティを密閉するように構成されている、実施形態１３～［０１６３］のいずれか１つのシステム。３０．上方部分、または中央部分の第１の端部の一方が、第１の中央キャビティからシステムの外部への流体連通を阻止するためのシールを含む、実施形態１３～［０１６３］のいずれか１つのシステム。３１．上方部分が、中央部分の第１の端部に螺合可能である、実施形態［０１６３］～［０１６３］のいずれか１つのシステム。３２．上方部分が、患者によって中央部分に脱着可能でない、実施形態［０１６３］のシステム。３３．上方部分が、患者によって中央部分に対して第１の方向に回転可能であり、下方部分が、患者によって中央部分に対して第２の方向には回転可能でない、実施形態［０１６３］または実施形態［０１６３］のシステム。３４．第１のキャビティが、圧縮基部と中央部分の第１の端部の間に配置されている、実施形態［０１６３］～［０１６３］のいずれか１つのシステム。３５．圧縮基部と中央部分が、保存溶液と試料収集用具からの生体試料とを受け入れるように構成された第２の中央キャビティをさらに形成する、実施形態［０１６３］～［０１６３］のいずれか１つのシステム。３６．下方部分の作動が、圧縮基部を上方キャビティの方に変位させる、実施形態［０１６３］～［０１６３］のいずれか１つのシステム。３７．圧縮基部の変位が、試料収集用具に第２の力を加えるように構成されている、実施形態［０１６３］のシステム。３８．中央部分が、下方部分に螺合される、実施形態［０１６３］～［０１６３］のいずれか１つのシステム。３９．中央部分の下方部分への螺合が、機械的利点をもたらす、実施形態［０１６３］のシステム。４０．下方部分が、患者によって中央部分に対して第１の方向に回転可能であり、下方部分が、患者によって中央部分に対して第２の方向には回転可能でない、実施形態［０１６３］または実施形態［０１６３］のシステム。４１．圧縮部材の一部分が、中央部分の第２の端部を通って伸長する、実施形態１～［０１６３］のいずれか１つのシステム。４２．圧縮部材の一部分が、中央部分の第２の端部の開き口を通って伸長し、開き口が、第２の中央キャビティと中央部分の外部との間の流体連通を阻止するためのシールを含む、実施形態４１のシステム。４３．圧縮基部が、第１の方向での流体連通をできるようにするが第２の方向での流体連通を阻止するための、圧縮基部シールを含む、実施形態１～４２のいずれか１つのシステム。４４．圧縮基部シールが、圧縮基部の外面の周りに広がる、実施形態４３のシステム。４５．圧縮基部シールが、圧縮基部と中央部分の内面の間に配置されている、実施形態４３または実施形態４４のシステム。４６．第１の方向が、第１の中央キャビティから第２の中央キャビティへの方向であり、第２の方向が、第２の中央キャビティから第１の中央キャビティへの方向である、実施形態４３～４５のいずれか１つのシステム。４７．中央部分がポートを含む、実施形態１～４６のいずれか１つのシステム。４８．ポートが、中央部分の第２の端部を貫通して配置されている、実施形態４７のシステム。４９．ポートによって第２の中央キャビティに到達できる、実施形態４７または実施形態４８のシステム。５０．ポートが弁である、実施形態４７～４９のいずれか１つのシステム。５１．弁が、自己密封弁、隔膜、逆止め弁、安全弁、または試料採取弁である、実施形態５０のシステム。５２．試料収集用具が、パッド、タンポン、膣カップ、子宮頸管キャップ、月経ディスク、子宮頸ディスク、スポンジ、または陰唇間パッドである、実施形態１～５０のいずれか１つのシステム。５３．保存溶液の体積が、５ｍｌ～１０ｍｌである、実施形態１～５２のいずれか１つのシステム。５４．保存溶液の体積が、約７．５ｍＬである、実施形態５３のシステム。５５．保存溶液の重量オスモル濃度が、約３１０～約４１０ｍＯｓｍ・ｋｇ－１である、実施形態１～５４のいずれか１つのシステム。５６．保存溶液の重量オスモル濃度が、約９５～約２１０ｍＯｓｍ・ｋｇ－１である、実施形態１～５４のいずれか１つのシステム。５７．実施形態１～５６のいずれか１つのシステムと試料収集用具とを含むキット。５８．試料収集用具が、パッド、タンポン、膣カップ、子宮頸管キャップ、月経ディスク、子宮頸ディスク、スポンジ、または陰唇間パッドである、実施形態５７のキット。５９．発送用パケットをさらに含む、実施形態５７または実施形態５８のキット。６０．発送用パケットが、親水性材料を含む、実施形態５９のキット。６１．親水性材料が、綿、セルロース、ヒドロゲル、吸収性ポリマー、またはこれらの組合せを含む、実施形態６０のキット。６２．発送用パケットが、少なくとも１層の親水性材料層を含む、実施形態６０または実施形態６１のキット。６３．親水性材料が、ポーチに収容されている、実施形態６０または実施形態６１のキット。６４．ポーチが、ポリエチレン、ポリプロピレン、ポリエステル、ナイロン、ポリ塩化ビニル、ポリスチレン、ポリ（メタクリル酸メチル）、ポリエーテルエーテルケトンまたはこれらの組合せから形成される、実施形態６３のキット。６５．発送用パケットが、発送用パケットを密閉するための手段を含む、実施形態５９のキット。６６．発送用パケットを密閉するための手段が、接着ストリップ、糊、防水ジッパー、またはこれらの組合せを含む、実施形態６５のキット。６７．発送用パケットが、ラベルを含む、実施形態５９～６６のいずれか１つのキット。６８．システムを使用するための使用説明書をさらに含む、実施形態項５７～６７のいずれか１つのキット。６９．実施形態１～５６のいずれか１つのシステムまたは実施形態５７～６８のいずれか１つのキットを使用して収集された生体試料。７０．試料収集用具から生体試料を収集する方法であって、ａ．デバイスを得るステップであって、デバイスが、保存溶液を保持するように構成された上方キャビティを含む上方部分であって、上方キャビティに破壊可能な部材経由で到達可能である、上方部分；下方部分；上方部分に作動可能にカップリングされるように構成された第１の端部と下方部分に作動可能にカップリングされる第２の端部とを含む中央部分；および圧縮部材を含み、圧縮部材が、中央部分に配置された第１の圧縮端部であって、中央部分の内面と接触している圧縮基部を形成し、圧縮基部および中央部分が、試料収集用具を受け入れるように構成された第１の中央キャビティを形成する、第１の圧縮端部と、下方部分にカップリングされる第２の圧縮端部と

を含み、圧縮部材が、下方部分が作動することによって試料収集用具を圧縮するように構成されている、ステップ；ｂ．試料収集用具を第１の中央キャビティに入れるステップ；ｃ．下方部分を作動させて試料収集用具を圧縮して試料収集用具から生体試料を放出するステップ；およびｄ．生体試料を収集するステップを含む方法。７１．試料収集用具が、パッド、タンポン、膣カップ、子宮頸管キャップ、月経ディスク、子宮頸ディスク、スポンジ、または陰唇間パッドである、実施形態７０の方法。７２．下方部分を作動させることが、下方部分を中央部分に対して第１の方向に回転させることを含む、実施形態７０または実施形態７１に記載の方法。７３．圧縮基部と中央部分が、保存溶液と試料収集用具からの生体試料とを受け入れるように構成された第２の中央キャビティをさらに形成する、実施形態７０～７２のいずれか１つの方法。７４．収集するステップが、生体試料を第２の中央キャビティから抽出することを含む、実施形態７０～７３のいずれか１つの方法。７５．生体試料を抽出することが、デバイス上の第２の中央キャビティに到達できるようにするポートを通してである、実施形態７４の方法。７６．ポートが弁である、実施形態７５の方法。７７．弁が、自己密封弁、隔膜、逆止め弁、安全弁、または試料採取弁である、実施形態７６の方法。７８．ポートが、中央部分の第２の端部を貫通して配置されている、実施形態７５～７７のいずれか１つの方法。７９．収集するステップが、ポートを通して第２の中央キャビティに挿入された注射器によって第２の中央キャビティから生体試料を抽出することを含む、実施形態７８の方法。８０．個体における子宮内膜症を検出する方法であって、ｍｉＲ－１２７１－５ｐ、ｍｉＲ－４４８５－３ｐ、ｍｉＲ－１２５ｂ－２－３ｐおよびｍｉＲ－４１０－３ｐからなる群から選択される１つまたは複数のマイクロＲＮＡ（ｍｉＲ）の発現レベルを個体の生体試料から決定するステップを含む方法。８１．発現レベルを１つまたは複数のｍｉＲの参照発現レベルと比較するステップをさらに含み、参照発現レベルと比べて１つまたは複数のｍｉＲの発現レベルの上昇または低下が、対象が子宮内膜症を有することを示す、実施形態８０の方法。８２．参照発現レベルが、生殖障害を患っておらず生殖障害を有する疑いもない対象から得られる、実施形態８０の方法。８３．生殖障害が、子宮内膜症である、実施形態８２の方法。８４．個体が、慢性骨盤痛、不妊症、重度の月経出血、またはこれらの組合せを患っている、実施形態８０～８３のいずれか１つの方法。８５．子宮内膜症が、深部浸潤性子宮内膜症（ＤＩＥ）、表在性腹膜子宮内膜症（ＳＰＥ）、または卵巣子宮内膜腫（ＯＥ）である、実施形態８０～８４のいずれか１つの方法。８６．ｌｅｔ－７ｃ－５ｐ、ｍｉＲ－１００－５ｐ、ｍｉＲ－１４９－５ｐ、ｍｉＲ－１９３ｂ－３ｐ、ｍｉＲ－２２１－５ｐ、ｍｉＲ－３６３－３ｐ、ｍｉＲ－９９ａ－５ｐ、ｌｅｔ－７ｅ－５ｐ、ｍｉＲ－１０ａ－５ｐ、ｍｉＲ－１０ｂ－５ｐ、ｍｉＲ－１２５ｂ－５ｐ、ｍｉＲ－１２７－３ｐ、ｍｉＲ－１３２－３ｐ、ｍｉＲ－１４１－３ｐ、ｍｉＲ－１４２－５ｐ、ｍｉＲ－１４３－３ｐ、ｍｉＲ－１４４－５ｐ、ｍｉＲ－１４５－５ｐ、ｍｉＲ－１５２－３ｐ、ｍｉＲ－１６－２－３ｐ、ｍｉＲ－１７－３ｐ、ｍｉＲ－１９５－５ｐ、ｍｉＲ－１９６ｂ－５ｐ、ｍｉＲ－１９９ａ－３ｐ／１９９ｂ－３ｐ、ｍｉＲ－２００ａ－３ｐ、ｍｉＲ－２００ｃ－３ｐ、ｍｉＲ－２０３ａ－３ｐ、ｍｉＲ－２０５－５ｐ、ｍｉＲ－２１－３ｐ、ｍｉＲ－２１－５ｐ、ｍｉＲ－２２－３ｐ、ｍｉＲ－２２２－３ｐ、ｍｉＲ－２２４－５ｐ、ｍｉＲ－２３ｂ－３ｐ、ｍｉＲ－２７ｂ－３ｐ、ｍｉＲ－２８－３ｐ、ｍｉＲ－３０ａ－３ｐ、ｍｉＲ－３０ａ－５ｐ、ｍｉＲ－３４ａ－５ｐ、ｍｉＲ－３４ｃ－５ｐ、ｍｉＲ－３６５ａ－３ｐ／３６５ｂ－３ｐ、ｍｉＲ－３７５、ｍｉＲ－４０９およびｍｉＲ－９８－５ｐからなる群から選択されるもう１つのｍｉＲの発現レベルを個体の生体試料から決定するステップをさらに含む、実施形態８０～８５のいずれか１つの方法。８７．表４におけるＣｐＧ部位から選択される１つまたは複数のＣｐＧ部位のメチル化プロファイルを判定するステップをさらに含む、実施形態８０～８６のいずれか１つの方法。８８．生体試料における細菌多様性の測定量を決定するステップをさらに含む、実施形態８０～８７のいずれか１つの方法。８９．細菌多様性の測定量が、少なくとも１つの細菌の量である、実施形態８８の方法。９０．少なくとも１つの細菌が、Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｄｅｒｍａｂａｃｔｅｒ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ、Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆａｃｋｌａｍｉａ、およびＫｌｅｂｓｉｅｌｌａからなる群から選択される属の細菌である、実施形態８９の方法。９１．細菌多様性の測定量を細菌多様性の参照測定量と比較するステップをさらに含む、実施形態８８～９０のいずれか１つの方法。９２．細菌多様性の測定量が、少なくとも１つの第１の細菌の、少なくとも１つの第２の細菌に対する比である、実施形態８８～９１のいずれか１つの方法。９３．Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓの量を決定するステップをさらに含む、実施形態８０～９２のいずれか１つの方法。９４．Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓの量をＰｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓの参照量と比較するステップをさらに含む、実施形態９３の方法。９５．生体試料が、月経液である、実施形態８０～９４のいずれか１つの方法。９６．月経液が、頸膣液をさらに含む、実施形態９５の方法。９７．生体試料が、個体の月経周期の２日目に収集される、９５または実施形態９６の方法。９８．生体試料が、個体の月経周期の、個体が月経液の多い流出を経験する日に収集される、実施形態９５～９７のいずれか１つの方法。９９．生体試料が、個体に処置を投与する前に収集される、実施形態８０～９８のいずれか１つの方法。１００．生体試料が、個体に処置を投与した後に収集される、実施形態８０～９８のいずれか１つの方法。１０１．生体試料が、試料収集用具に捨てられる、実施形態８０～１００のいずれか１つの方法。１０２．試料収集用具が、パッド、タンポン、膣カップ、子宮頸管キャップ、月経ディスク、子宮頸ディスク、スポンジ、または陰唇間パッドである、実施形態１０１の方法。１０３．個体に子宮内膜症の処置を投与するステップをさらに含む、実施形態８０～１０２のいずれか１つの方法。１０４．処置が、外科的介入、治療剤の投与、およびこれらの組合せからなる群から選択される、実施形態１０３の方法。１０５．治療剤が、ホルモン、ホルモンアゴニスト、ホルモンアンタゴニスト、アロマターゼ阻害剤、抗炎症治療薬、アセチルトランスフェラーゼ、ヒストンデアセチラーゼ阻害剤、ホスホジエステラーゼ阻害剤、およびこれらの組合せからなる群から選択される、実施形態１０４の方法。１０６．参照発現レベルに対する１つまたは複数のｍｉＲの発現レベルに基づいてレポートを生成するステップをさらに含む、実施形態８０～１０５のいずれか１つの方法。１０７．レポートを医療従事者に送信するステップをさらに含む、実施形態１０６の方法。１０８．レポートが、個体への治療剤の投与の推奨を含む、実施形態１０６または実施形態１０７の方法。１０９．レポートが、外科的介入の推奨を含む、実施形態１０６～１０８のいずれか１つの方法。１１０．５％またはそれ未満の偽発見率を有する、実施形態８０～１０９のいずれか１つの方法。１１１．個体における子宮内膜症を検出する方法であって、個体の生体試料から、ａ．表４におけるＣｐＧ部位から選択される１つまたは複数のＣｐＧ部位のメチル化プロファイル、ｂ．生体試料における細菌多様性の測定量、およびｃ．これらの組合せ、からなる群からの測定値を決定するステップを含む方法。１１２．細菌多様性の測定量が、少なくとも１つの細菌の量である、実施形態１１１の方法。１１３．少なくとも１つの細菌が、Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｄｅｒｍａｂａｃｔｅｒ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ、Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆａｃｋｌａｍｉａ、およびＫｌｅｂｓｉｅｌｌａからなる群から選択される属の細菌である、実施形態１１２の方法。１１４．細菌多様性の測定量を細菌多様性の参照測定量と比較するステップをさらに含む、実施形態１１２または実施形態１１３の方法。１１５．細菌多様性の測定量が、少なくとも１つの第１の細菌の、少なくとも１つの第２の細菌に対する比である、実施形態１１２～１１４のいずれか１つの方法。１１６．Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓの量を決定するステップをさらに含む、実施形態１１１～１１５のいずれか１つの方法。１１７．Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓの量をＰｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓの参照量と比較するステップをさらに含む、実施形態１１６の方法。１１８．生体試料が、月経液である、実施形態１１１～１１７のいずれか１つの方法。１１９．月経液が、頸膣液をさらに含む、実施形態１１８の方法。１２０．生体試料が、個体の月経周期の２日目に収集される、１１８または実施形態１１９の方法。１２１．生体試料が、個体の月経周期の、個体が月経液の多い流出を経験する日に収集される、実施形態１１８～１２０のいずれか１つの方法。１２２．生体試料が、個体に処置を投与する前に収集される、実施形態１１１～１２１のいずれか１つの方法。１２３．生体試料が、個体に処置を投与した後に収集される、実施形態１１１～１２１のいずれか１つの方法。１２４．生体試料が、試料収集用具に捨てられる、実施形態１１１～１２３のいずれか１つの方法。１２５．試料収集用具が、パッド、タンポン、膣カップ、子宮頸管キャップ、月経ディスク、子宮頸ディスク、スポンジ、または陰唇間パッドである、実施形態１２４の方法。１２６．個体に子宮内膜症の処置を投与するステップをさらに含む、実施形態１１１～１２５のいずれか１つの方法。１２７．処置が、外科的介入、治療剤の投与、およびこれらの組合せからなる群から選択される、実施形態１２６の方法。１２８．治療剤が、ホルモン、ホルモンアゴニスト、ホルモンアンタゴニスト、アロマターゼ阻害剤、抗炎症治療薬、アセチルトランスフェラーゼ、ヒストンデアセチラーゼ阻害剤、ホスホジエステラーゼ阻害剤、およびこれらの組合せからなる群から選択される、実施形態１２７の方法。１２９．参照発現レベルに対する１つまたは複数のｍｉＲの発現レベルに基づいてレポートを生成するステップをさらに含む、実施形態１１１～１２８のいずれか１つの方法。１３０．レポートを医療従事者に送信するステップをさらに含む、実施形態１２９の方法。１３１．レポートが、治療剤の投与の推奨を含む、実施形態１２９または実施形態１０７の方法。１３２．レポートが、外科的介入の推奨を含む、実施形態１２９～１３１のいずれか１つの方法。１３３．５％またはそれ未満の偽発見率を有する、実施形態１１１～１３２のいずれか１つの方法。１３４．個体における子宮内膜症を検出する方法であって、ａ．ｍｉＲ－１２７１－５ｐ、ｍｉＲ－４４８５－３ｐ、ｍｉＲ－１２５ｂ－２－３ｐおよびｍｉＲ－４１０－３ｐからなる群から選択される１つまたは複数のマイクロＲＮＡの発現レベルを個体の生体試料から決定するステップ、およびｂ．分類器アルゴリズムを１つまたは複数のマイクロＲＮＡの発現レベルに適用することによって個体の分類を生じさせるス

テップを含む方法。１３５．個体が、慢性骨盤痛、不妊症、重度の月経出血、またはこれらの組合せを患っている、実施形態１３４の方法。１３６．子宮内膜症が、深部浸潤性子宮内膜症（ＤＩＥ）、表在性腹膜子宮内膜症（ＳＰＥ）、または卵巣子宮内膜腫（ＯＥ）である、実施形態１３４または実施形態１３５の方法。１３７．ｌｅｔ－７ｃ－５ｐ、ｍｉＲ－１００－５ｐ、ｍｉＲ－１４９－５ｐ、ｍｉＲ－１９３ｂ－３ｐ、ｍｉＲ－２２１－５ｐ、ｍｉＲ－３６３－３ｐ、ｍｉＲ－９９ａ－５ｐ、ｌｅｔ－７ｅ－５ｐ、ｍｉＲ－１０ａ－５ｐ、ｍｉＲ－１０ｂ－５ｐ、ｍｉＲ－１２５ｂ－５ｐ、ｍｉＲ－１２７－３ｐ、ｍｉＲ－１３２－３ｐ、ｍｉＲ－１４１－３ｐ、ｍｉＲ－１４２－５ｐ、ｍｉＲ－１４３－３ｐ、ｍｉＲ－１４４－５ｐ、ｍｉＲ－１４５－５ｐ、ｍｉＲ－１５２－３ｐ、ｍｉＲ－１６－２－３ｐ、ｍｉＲ－１７－３ｐ、ｍｉＲ－１９５－５ｐ、ｍｉＲ－１９６ｂ－５ｐ、ｍｉＲ－１９９ａ－３ｐ／１９９ｂ－３ｐ、ｍｉＲ－２００ａ－３ｐ、ｍｉＲ－２００ｃ－３ｐ、ｍｉＲ－２０３ａ－３ｐ、ｍｉＲ－２０５－５ｐ、ｍｉＲ－２１－３ｐ、ｍｉＲ－２１－５ｐ、ｍｉＲ－２２－３ｐ、ｍｉＲ－２２２－３ｐ、ｍｉＲ－２２４－５ｐ、ｍｉＲ－２３ｂ－３ｐ、ｍｉＲ－２７ｂ－３ｐ、ｍｉＲ－２８－３ｐ、ｍｉＲ－３０ａ－３ｐ、ｍｉＲ－３０ａ－５ｐ、ｍｉＲ－３４ａ－５ｐ、ｍｉＲ－３４ｃ－５ｐ、ｍｉＲ－３６５ａ－３ｐ／３６５ｂ－３ｐ、ｍｉＲ－３７５、ｍｉＲ－４０９およびｍｉＲ－９８－５ｐからなる群から選択されるもう１つのｍｉＲの発現レベルを個体の生体試料から決定するステップをさらに含む、実施形態１３４～１３６のいずれか１つの方法。１３８．表４におけるＣｐＧ部位から選択される１つまたは複数のＣｐＧ部位のメチル化プロファイルを判定するステップをさらに含む、実施形態１３４～１３７のいずれか１つの方法。１３９．分類器アルゴリズムをメチル化プロファイルに適用するステップをさらに含む、実施形態１３８の方法。１４０．生体試料における細菌多様性の測定量を決定するステップをさらに含む、実施形態１３４～１３９のいずれか１つの方法。１４１．細菌多様性の測定量が、少なくとも１つの細菌の量である、実施形態１４０の方法。１４２．少なくとも１つの細菌が、Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｄｅｒｍａｂａｃｔｅｒ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ、Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆａｃｋｌａｍｉａ、およびＫｌｅｂｓｉｅｌｌａからなる群から選択される属の細菌である、実施形態１４１の方法。１４３．細菌多様性の測定量が、少なくとも１つの第１の細菌の、少なくとも１つの第２の細菌に対する比である、実施形態１４０～１４２のいずれか１つの方法。１４４．Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓの量を決定するステップをさらに含む、実施形態１４０～１４３のいずれか１つの方法。１４５．分類器アルゴリズムを細菌多様性の測定量に適用するステップをさらに含む、実施形態１４０～１４４のいずれか１つの方法。１４６．分類が、起こり得る子宮内膜症および起こりそうもない子宮内膜症からなる群から選択される、実施形態１３４～１４５のいずれか１つの方法。１４７．起こり得る子宮内膜症という分類が、子宮内膜症の高い尤度、子宮内膜症の中等度の尤度、および子宮内膜症の低い尤度からなる群から選択される、実施形態１４６の方法。１４８．分類器アルゴリズムが、デシジョンツリー、ランダムフォレスト、ベイジアンネットワーク、サポートベクターマシン、ニューラルネットワーク、またはロジスティック回帰アルゴリズムを含む、実施形態１３４～１４７のいずれか１つの方法。１４９．生体試料が、月経液である、実施形態１３４～１４８のいずれか１つの方法。１５０．月経液が、頸膣液をさらに含む、実施形態１４９の方法。１５１．生体試料が、個体の月経周期の２日目に収集される、１４９または実施形態１５０の方法。１５２．生体試料が、個体の月経周期の、個体が月経液の多い流出を経験する日に収集される、実施形態１４９～１５１のいずれか１つの方法。１５３．生体試料が、個体に処置を投与する前に収集される、実施形態１３４～１５２のいずれか１つの方法。１５４．生体試料が、個体に処置を投与した後に収集される、実施形態１３４～１５２のいずれか１つの方法。１５５．生体試料が、試料収集用具に捨てられる、実施形態１３４～１５４のいずれか１つの方法。１５６．試料収集用具が、パッド、タンポン、膣カップ、子宮頸管キャップ、月経ディスク、子宮頸ディスク、スポンジ、または陰唇間パッドである、実施形態１５５の方法。１５７．個体に子宮内膜症の処置を投与するステップをさらに含む、実施形態１３４～１５６のいずれか１つの方法。１５８．処置が、外科的介入、治療剤の投与、およびこれらの組合せからなる群から選択される、実施形態１５７の方法。１５９．治療剤が、ホルモン、ホルモンアゴニスト、ホルモンアンタゴニスト、アロマターゼ阻害剤、抗炎症治療薬、アセチルトランスフェラーゼ、ヒストンデアセチラーゼ阻害剤、ホスホジエステラーゼ阻害剤、およびこれらの組合せからなる群から選択される、実施形態１５８の方法。１６０．病状に基づいてレポートを生成するステップをさらに含む、実施形態１３４～１５９のいずれか１つの方法。１６１．レポートを医療従事者に送信するステップをさらに含む、実施形態１６０の方法。１６２．レポートが、治療剤の投与の推奨を含む、実施形態１６０または実施形態１６１の方法。１６３．レポートが、外科的介入の推奨を含む、実施形態１６０～１６２のいずれか１つの方法。１６４．５％またはそれ未満の偽発見率を有する、実施形態１３４～１６３のいずれか１つの方法。１６５．個体における子宮内膜症を検出する方法であって、ａ．ｍｉＲ－１２７１－５ｐ、ｍｉＲ－４４８５－３ｐ、ｍｉＲ－１２５ｂ－２－３ｐ、ｍｉＲ－４１０－３ｐ、ｌｅｔ－７ｃ－５ｐ、ｍｉＲ－１００－５ｐ、ｍｉＲ－１４９－５ｐ、ｍｉＲ－１９３ｂ－３ｐ、ｍｉＲ－２２１－５ｐ、ｍｉＲ－３６３－３ｐ、ｍｉＲ－９９ａ－５ｐ、ｌｅｔ－７ｅ－５ｐ、ｍｉＲ－１０ａ－５ｐ、ｍｉＲ－１０ｂ－５ｐ、ｍｉＲ－１２５ｂ－５ｐ、ｍｉＲ－１２７－３ｐ、ｍｉＲ－１３２－３ｐ、ｍｉＲ－１４１－３ｐ、ｍｉＲ－１４２－５ｐ、ｍｉＲ－１４３－３ｐ、ｍｉＲ－１４４－５ｐ、ｍｉＲ－１４５－５ｐ、ｍｉＲ－１５２－３ｐ、ｍｉＲ－１６－２－３ｐ、ｍｉＲ－１７－３ｐ、ｍｉＲ－１９５－５ｐ、ｍｉＲ－１９６ｂ－５ｐ、ｍｉＲ－１９９ａ－３ｐ／１９９ｂ－３ｐ、ｍｉＲ－２００ａ－３ｐ、ｍｉＲ－２００ｃ－３ｐ、ｍｉＲ－２０３ａ－３ｐ、ｍｉＲ－２０５－５ｐ、ｍｉＲ－２１－３ｐ、ｍｉＲ－２１－５ｐ、ｍｉＲ－２２－３ｐ、ｍｉＲ－２２２－３ｐ、ｍｉＲ－２２４－５ｐ、ｍｉＲ－２３ｂ－３ｐ、ｍｉＲ－２７ｂ－３ｐ、ｍｉＲ－２８－３ｐ、ｍｉＲ－３０ａ－３ｐ、ｍｉＲ－３０ａ－５ｐ、ｍｉＲ－３４ａ－５ｐ、ｍｉＲ－３４ｃ－５ｐ、ｍｉＲ－３６５ａ－３ｐ／３６５ｂ－３ｐ、ｍｉＲ－３７５、ｍｉＲ－４０９およびｍｉＲ－９８－５ｐからなる群から選択される１つまたは複数のマイクロＲＮＡ（ｍｉＲ）の発現レベルを個体の頸膣液試料または月経液試料の一方から決定するステップ；およびｂ．発現レベルを１つまたは複数のｍｉＲの参照発現レベルと比較するステップを含み、参照発現レベルと比べて１つまたは複数のｍｉＲの発現レベルの上昇または低下が、対象が子宮内膜症を有することを示す、方法。１６６．１つまたは複数のｍｉＲＮＡが、ｍｉＲ－２３ｂ－３ｐ、ｍｉＲ－３０ａ－３ｐ／５ｐ、およびｍｉＲ－３４ａ－５ｐを含む、実施形態１６５の方法。１６７．参照発現レベルが、生殖障害を患っておらず生殖障害を有する疑いもない対象から得られる、実施形態１６５または実施形態１６６の方法。１６８．生殖障害が、子宮内膜症である、実施形態１６６の方法。１６９．個体が、慢性骨盤痛、不妊症、重度の月経出血、またはこれらの組合せを患っている、実施形態１６５～１６８のいずれか１つの方法。１７０．子宮内膜症が、深部浸潤性子宮内膜症（ＤＩＥ）、表在性腹膜子宮内膜症（ＳＰＥ）、または卵巣子宮内膜腫（ＯＥ）である、実施形態１６５～１６９のいずれか１つの方法。１７１．表４におけるＣｐＧ部位から選択される１つまたは複数のＣｐＧ部位のメチル化プロファイルを判定するステップをさらに含む、実施形態１６５～１７０のいずれか１つの方法。１７２．生体試料における細菌多様性の測定量を決定するステップをさらに含む、実施形態１６５～１７１のいずれか１つの方法。１７３．細菌多様性の測定量が、少なくとも１つの細菌の量である、実施形態１７２の方法。１７４．少なくとも１つの細菌が、Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｄｅｒｍａｂａｃｔｅｒ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ、Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆａｃｋｌａｍｉａ、およびＫｌｅｂｓｉｅｌｌａからなる群から選択される属の細菌である、実施形態１７３の方法。１７５．細菌多様性の測定量を細菌多様性の参照測定量と比較するステップをさらに含む、実施形態１７２～１７４のいずれか１つの方法。１７６．細菌多様性の測定量が、少なくとも１つの第１の細菌の、少なくとも１つの第２の細菌に対する比である、実施形態１７２～１７５のいずれか１つの方法。１７７．Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓの量を決定するステップをさらに含む、実施形態１６５～１７６のいずれか１つの方法。１７８．Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓの量をＰｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓの参照量と比較するステップをさらに含む、実施形態１７７の方法。１７９．生体試料が、試料収集用具に捨てられる、実施形態１６５～１７８のいずれか１つの方法。１８０．試料収集用具が、パッド、タンポン、膣カップ、子宮頸管キャップ、月経ディスク、子宮頸ディスク、スポンジ、または陰唇間パッドである、実施形態１７９の方法。１８１．個体に子宮内膜症の処置を投与するステップをさらに含む、実施形態１６５～１８０のいずれか１つの方法。１８２．処置が、外科的介入、治療剤の投与、およびこれらの組合せからなる群から選択される、実施形態１８１の方法。１８３．治療剤が、ホルモン、ホルモンアゴニスト、ホルモンアンタゴニスト、アロマターゼ阻害剤、抗炎症治療薬、アセチルトランスフェラーゼ、ヒストンデアセチラーゼ阻害剤、ホスホジエステラーゼ阻害剤、およびこれらの組合せからなる群から選択される、実施形態１８２の方法。１８４．参照発現レベルに対する１つまたは複数のｍｉＲの発現レベルに基づいてレポートを生成するステップをさらに含む、実施形態１６５～１８３のいずれか１つの方法。１８５．レポートを医療従事者に送信するステップをさらに含む、実施形態１８４の方法。１８６．レポートが、治療剤の投与の推奨を含む、実施形態１８４または実施形態１８５の方法。１８７．レポートが、外科的介入の推奨を含む、実施形態１８４～１８６のいずれか１つの方法。１８８．５％またはそれ未満の偽発見率を有する、実施形態１６５～１８７のいずれか１つの方法。１８９．個体における子宮内膜症を検出する方法であって、ａ．ＥＣＭ－受容体、接着結合、がんにおけるプロテオグリカン、ＴＧＦ－ベータシグナル伝達、Ｈｉｐｐｏシグナル伝達、がんにおけるマイクロＲＮＡ、がんにおける経路、Ｂ型肝炎、神経膠腫、慢性骨髄性白血病、膀胱がん、およびこれらの組合せからなる群から選択される少なくとも１つのＫＥＧＧ経路に関与する少なくとも１つの遺伝子の発現を調節する１つ

または複数のマイクロＲＮＡの発現レベルを個体の生体試料から判定するステップ；およびｂ．発現レベルを参照発現レベルと比較するステップを含み、参照発現レベルと比べて１つもしくは複数のマイクロＲＮＡまたは１つもしくは複数の遺伝子の発現レベルの上昇または低下が、対象が子宮内膜症を有することを示す、方法。１９０．１つまたは複数のマイクロＲＮＡが、ｍｉＲ－２３ｂ－３ｐ、ｍｉＲ－３０ａ－３ｐ／５ｐ、ｍｉＲ－３４ａ－５ｐ、およびこれらの組合せからなる群から選択される、実施形態１８９の方法。１９１．１つまたは複数のマイクロＲＮＡが、ｌｅｔ－７ｃ－５ｐ、ｍｉＲ－１００－５ｐ、ｍｉＲ－１４９－５ｐ、ｍｉＲ－１９３ｂ－３ｐ、ｍｉＲ－２２１－５ｐ、ｍｉＲ－３６３－３ｐ、ｍｉＲ－９９ａ－５ｐ、ｌｅｔ－７ｅ－５ｐ、ｍｉＲ－１０ａ－５ｐ、ｍｉＲ－１０ｂ－５ｐ、ｍｉＲ－１２５ｂ－５ｐ、ｍｉＲ－１２７－３ｐ、ｍｉＲ－１３２－３ｐ、ｍｉＲ－１４１－３ｐ、ｍｉＲ－１４２－５ｐ、ｍｉＲ－１４３－３ｐ、ｍｉＲ－１４４－５ｐ、ｍｉＲ－１４５－５ｐ、ｍｉＲ－１５２－３ｐ、ｍｉＲ－１６－２－３ｐ、ｍｉＲ－１７－３ｐ、ｍｉＲ－１９５－５ｐ、ｍｉＲ－１９６ｂ－５ｐ、ｍｉＲ－１９９ａ－３ｐ／１９９ｂ－３ｐ、ｍｉＲ－２００ａ－３ｐ、ｍｉＲ－２００ｃ－３ｐ、ｍｉＲ－２０３ａ－３ｐ、ｍｉＲ－２０５－５ｐ、ｍｉＲ－２１－３ｐ、ｍｉＲ－２１－５ｐ、ｍｉＲ－２２－３ｐ、ｍｉＲ－２２２－３ｐ、ｍｉＲ－２２４－５ｐ、ｍｉＲ－２３ｂ－３ｐ、ｍｉＲ－２７ｂ－３ｐ、ｍｉＲ－２８－３ｐ、ｍｉＲ－３０ａ－３ｐ、ｍｉＲ－３０ａ－５ｐ、ｍｉＲ－３４ａ－５ｐ、ｍｉＲ－３４ｃ－５ｐ、ｍｉＲ－３６５ａ－３ｐ／３６５ｂ－３ｐ、ｍｉＲ－３７５、ｍｉＲ－４０９およびｍｉＲ－９８－５ｐからなる群から選択される、実施形態１８９の方法。１９２．１つまたは複数の遺伝子が、ＴＧＦ－α、ＴＧＦ－β、プロゲステロン受容体Ａ、プロゲステロン受容体Ｂ、エストロゲン受容体Ａ、Ｅ－カドヘリン、Ｎ－カドヘリン、およびこれらの組合せからなる群から選択される、実施形態１８９～１９１のいずれか１つの方法。１９３．少なくとも１つのＫＥＧＧ経路が、Ｗｎｔ／ＪＮＫ／ＶＥＧＦシグナル伝達に関わる、実施形態１８９～１９２のいずれか１つの方法。１９４．参照発現レベルが、生殖障害を患っておらず生殖障害を有する疑いもない対象から得られる、実施形態１８９～１９３のいずれか１つの方法。１９５．生殖障害が、子宮内膜症である、実施形態１９４の方法。１９６．個体が、慢性骨盤痛、不妊症、重度の月経出血、またはこれらの組合せを患っている、実施形態１８９～１９５のいずれか１つの方法。１９７．子宮内膜症が、深部浸潤性子宮内膜症（ＤＩＥ）、表在性腹膜子宮内膜症（ＳＰＥ）、または卵巣子宮内膜腫（ＯＥ）である、実施形態１８９～１９６のいずれか１つの方法。１９８．表４におけるＣｐＧ部位から選択される１つまたは複数のＣｐＧ部位のメチル化プロファイルを判定するステップをさらに含む、実施形態１８９～１９７のいずれか１つの方法。１９９．生体試料における細菌多様性の測定量を決定するステップをさらに含む、実施形態１８９～１９８のいずれか１つの方法。２００．細菌多様性の測定量が、少なくとも１つの細菌の量である、実施形態１９９の方法。２０１．少なくとも１つの細菌が、Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｄｅｒｍａｂａｃｔｅｒ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ、Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆａｃｋｌａｍｉａ、およびＫｌｅｂｓｉｅｌｌａからなる群から選択される属の細菌である、実施形態２００の方法。２０２．細菌多様性の測定量を細菌多様性の参照測定量と比較するステップをさらに含む、実施形態１９９～２０１のいずれか１つの方法。２０３．細菌多様性の測定量が、少なくとも１つの第１の細菌の、少なくとも１つの第２の細菌に対する比である、実施形態１９９～２０２のいずれか１つの方法。２０４．Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓの量を決定するステップをさらに含む、実施形態１８９～２０３のいずれか１つの方法。２０５．Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓの量をＰｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓの参照量と比較するステップをさらに含む、実施形態２０４の方法。２０６．生体試料が、月経液である、実施形態１８９～２０５のいずれか１つの方法。２０７．月経液が、頸膣液をさらに含む、実施形態２０６の方法。２０８．生体試料が、個体の月経周期の２日目に収集される、２０６または実施形態２０７の方法。２０９．生体試料が、個体の月経周期の、個体が月経液の多い流出を経験する日に収集される、実施形態２０６～２０８のいずれか１つの方法。２１０．生体試料が、個体に処置を投与する前に収集される、実施形態１８９～２０９のいずれか１つの方法。２１１．生体試料が、個体に処置を投与した後に収集される、実施形態１８９～２０９のいずれか１つの方法。２１２．生体試料が、試料収集用具に捨てられる、実施形態１８９～２１１のいずれか１つの方法。２１３．試料収集用具が、パッド、タンポン、膣カップ、子宮頸管キャップ、月経ディスク、子宮頸ディスク、スポンジ、または陰唇間パッドである、実施形態２１２の方法。２１４．個体に子宮内膜症の処置を投与するステップをさらに含む、実施形態１８９～２１３のいずれか１つの方法。２１５．処置が、外科的介入、治療剤の投与、およびこれらの組合せからなる群から選択される、実施形態２１４の方法。２１６．治療剤が、ホルモン、ホルモンアゴニスト、ホルモンアンタゴニスト、アロマターゼ阻害剤、抗炎症治療薬、アセチルトランスフェラーゼ、ヒストンデアセチラーゼ阻害剤、ホスホジエステラーゼ阻害剤、およびこれらの組合せからなる群から選択される、実施形態２１５の方法。２１７．参照発現レベルに対する１つまたは複数のｍｉＲの発現レベルに基づいてレポートを生成するステップをさらに含む、実施形態１８９～２１６のいずれか１つの方法。２１８．レポートを医療従事者に送信するステップをさらに含む、実施形態２１７の方法。２１９．レポートが、治療剤の投与の推奨を含む、実施形態２１７または実施形態２１８の方法。２２０．レポートが、外科的介入の推奨を含む、実施形態２１７～２１９のいずれか１つの方法。２２１．５％またはそれ未満の偽発見率を有する、実施形態２１７～２２０のいずれか１つの方法。２２２．子宮内膜症を有する疑いがある対象を処置する方法であって、生体試料を対象から得るまたは得たことを終えるステップ；および対象が、子宮内膜症を示唆するマイクロＲＮＡ発現シグネチャーを有するかどうか判定するために、生体試料を用いてアッセイを行うまたは行い終えるステップ；および対象が、子宮内膜症を示唆するマイクロＲＮＡ発現シグネチャーを有した場合には対象に介入を投与し、対象が、子宮内膜症を示唆するメチル化シグネチャーを有さなかった場合、介入を投与しないステップを含む、方法。２２３．子宮内膜症を示唆するマイクロＲＮＡ発現シグネチャーが、ｍｉＲ－１２７１－５ｐ、ｍｉＲ－４４８５－３ｐ、ｍｉＲ－１２５ｂ－２－３ｐ、ｍｉＲ－４１０－３ｐ、ｌｅｔ－７ｃ－５ｐ、ｍｉＲ－１００－５ｐ、ｍｉＲ－１４９－５ｐ、ｍｉＲ－１９３ｂ－３ｐ、ｍｉＲ－２２１－５ｐ、ｍｉＲ－３６３－３ｐ、ｍｉＲ－９９ａ－５ｐ、ｌｅｔ－７ｅ－５ｐ、ｍｉＲ－１０ａ－５ｐ、ｍｉＲ－１０ｂ－５ｐ、ｍｉＲ－１２５ｂ－５ｐ、ｍｉＲ－１２７－３ｐ、ｍｉＲ－１３２－３ｐ、ｍｉＲ－１４１－３ｐ、ｍｉＲ－１４２－５ｐ、ｍｉＲ－１４３－３ｐ、ｍｉＲ－１４４－５ｐ、ｍｉＲ－１４５－５ｐ、ｍｉＲ－１５２－３ｐ、ｍｉＲ－１６－２－３ｐ、ｍｉＲ－１７－３ｐ、ｍｉＲ－１９５－５ｐ、ｍｉＲ－１９６ｂ－５ｐ、ｍｉＲ－１９９ａ－３ｐ／１９９ｂ－３ｐ、ｍｉＲ－２００ａ－３ｐ、ｍｉＲ－２００ｃ－３ｐ、ｍｉＲ－２０３ａ－３ｐ、ｍｉＲ－２０５－５ｐ、ｍｉＲ－２１－３ｐ、ｍｉＲ－２１－５ｐ、ｍｉＲ－２２－３ｐ、ｍｉＲ－２２２－３ｐ、ｍｉＲ－２２４－５ｐ、ｍｉＲ－２３ｂ－３ｐ、ｍｉＲ－２７ｂ－３ｐ、ｍｉＲ－２８－３ｐ、ｍｉＲ－３０ａ－３ｐ、ｍｉＲ－３０ａ－５ｐ、ｍｉＲ－３４ａ－５ｐ、ｍｉＲ－３４ｃ－５ｐ、ｍｉＲ－３６５ａ－３ｐ／３６５ｂ－３ｐ、ｍｉＲ－３７５、ｍｉＲ－４０９およびｍｉＲ－９８－５ｐ、ならびにこれらの組合せからなる群から選択される１つまたは複数のマイクロＲＮＡ（ｍｉＲ）の、子宮内膜症を有さない個体における１つまたは複数のマイクロＲＮＡの発現と比べて、有意に異なる発現を含む、実施形態２２２の方法。２２４．子宮内膜症を示唆するマイクロＲＮＡ発現シグネチャーが、ｍｉＲ－１２７１－５ｐ、ｍｉＲ－４４８５－３ｐ、ｍｉＲ－１２５ｂ－２－３ｐ、ｍｉＲ－４１０－３ｐおよびこれらの組合せからなる群から選択される１つまたは複数のマイクロＲＮＡ（ｍｉＲ）の、子宮内膜症を有さない個体における１つまたは複数のマイクロＲＮＡの発現と比べて、有意に異なる発現を含む、実施形態２２２の方法。２２５．対象が、子宮内膜症を示唆するマイクロＲＮＡ発現シグネチャーを有するかどうか判定するために、生体試料を用いてアッセイを行うまたは行い終えるステップが、生体試料から核酸を抽出するまたは抽出し終えること、および抽出された核酸からの１つまたは複数のマイクロＲＮＡをシークエンシングするまたはシークエンシングし終えることを含む、実施例２２２～２２４のいずれか１つの方法。２２６．核酸が、ＲＮＡである、実施形態２２５の方法。２２７．介入が、外科的介入、治療介入、およびこれらの組合せからなる群から選択される、実施形態２２２～２２６のいずれか１つの方法。２２８．外科的介入が、子宮内膜症病変の少なくとも一部の摘出、子宮摘出術、卵管卵巣摘出術、仙骨前交感神経切断術、および腹腔鏡下子宮神経切除からなる群から選択される、実施形態２２７の方法。２２９．治療介入が、ホルモン、ホルモンアゴニスト、ホルモンアンタゴニスト、アロマターゼ阻害剤、抗炎症治療薬、アセチルトランスフェラーゼ、ヒストンデアセチラーゼ阻害剤、ホスホジエステラーゼ阻害剤、およびこれらの組合せからなる群から選択される治療剤の投与を含む、実施形態２２７の方法。２３０．ホルモンが、エストロゲン、プロゲスチン、アンドロゲン、および性腺刺激ホルモン放出ホルモン（Ｇｎ－ＲＨ）からなる群から選択される、実施形態２２９の方法。２３１．ホルモンが合成のホルモンである、実施形態２２９または実施形態２３０の方法。２３２．ホルモンアゴニストまたはアンタゴニストが、性腺刺激ホルモン放出ホルモン（Ｇｎ－ＲＨ）アゴニストまたはＧｎ－ＲＨアンタゴニストである、実施形態２２９の方法。２３３．月経液試料からの細胞を保存する方法であって、細胞を含む月経液試料と保存溶液の混合物を形成するために、細胞を含む月経液を保存溶液に捨てるステップを含む方法。２３４．月経液試料中の細胞と月経液試料中の細胞のうちの標的細胞の細胞表面抗原に結合する抗体とを接触させるステップをさらに含む、実施形態２３３の方法。２３５．抗体が、固体支持体に結合されている、実施形態２３４の方法。２３６．固体支持体が、ビーズである、実施形態２３５の方法。２３７．ビーズが、磁性ビーズである、実施形態２３６の方法。２３８．抗体が、検出可能なマーカーとコンジュゲートされている、実施形態２３４～２３７のいずれか１つの方法。２３９．検出可能なマーカーが、フルオロフォアである、実施形態２３８の方法。２４０．標的細胞が、内皮細胞、上皮細胞、白血球、間葉細胞、およびこれらの組合せからなる群から選択される、実施形態２３４～２３９のいずれか１つの方法。２４１．標的細胞が、内皮細胞である、実施形態２３４～２４０のいずれか１つの方法。２４２．細胞表面抗原が、ＣＤ３１／ＰＥＣＡＭ－１、ＣＤ３４

、ＣＤ３６／ＳＲ－Ｂ３、ＣＤ３９、ＣＤ４４、ＣＤ４７、ＣＤ５４／ＩＣＡＭ－１、ＣＤ６１、ＣＤ６２Ｅ、ＣＤ６２Ｐ、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＣＤ９３、ＣＤ１０２、ＣＤ１０５、ＣＤ１０６、ＣＤ１１２、ＣＤ１１７、ＥＳＡＭ、エンドムチン、ＣＸＣＬ１６、ＣＤ１２１ａ、ＣＤ１４１、ＣＤ１４２、ＣＤ１４３、ＣＤ１４４、ＣＤ１４６、ＣＤ１４７、ＣＤ１５１、ＣＤ１６０、ＣＤ２０１、ＣＤ２１３ａ、ＣＤ２４８、ＣＤ３０９、ＡＤＡＭｓ ８、ＡＤＡＭｓ ９、ＡＤＡＭｓ １０、ＡＤＡＭｓ １１、ＡＤＡＭｓ １２、ＡＤＡＭｓ １３、ＡＤＡＭｓ １４、ＡＤＡＭｓ １５、ＡＤＡＭｓ １６、ＡＤＡＭｓ １７、ＡＤＡＭｓ ３３、ＡＤＡＭＴＳ－１３、ＡＤＡＭＴＳ－１８、ＶＷＦ、ＴＥＭ８、ＮＯＴＣＨ、およびＫＬＦ４からなる群から選択される、実施形態２４１の方法。２４３．標的細胞が、上皮細胞である、実施形態２３４～２４０のいずれか１つの方法。２４４．細胞表面抗原が、上皮細胞接着分子（ＥｐＣＡＭ）、Ｅ－カドヘリン、およびＣＤ３２６からなる群から選択される、実施形態２４３の方法。２４５．標的細胞が、白血球である、実施形態２３４～２４０のいずれか１つの方法。２４６．細胞表面抗原が、ＣＤ４５である、実施形態２４５の方法。２４７．標的細胞が、間葉細胞である、実施形態２３４～２４０のいずれか１つの方法。２４８．細胞表面抗原が、Ｎ－カドヘリン、ＯＢ－カドヘリン、アルファ－５ベータ－１インテグリン、アルファ－Ｖベータ－６インテグリン、およびシンデカン－１からなる群から選択される、実施形態２４７の方法。２４９．標的細胞を月経液試料から単離するステップをさらに含む、実施形態２３４～２４８のいずれか１つの方法。２５０．単離するステップが、蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）、磁気活性化細胞選別、またはこれらの組合せを含む、実施形態２４９の方法。２５１．標的細胞を月経液試料から除去するステップをさらに含む、実施形態２３４～２４８のいずれか１つの方法。２５２．月経液試料中の細胞の少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、または少なくとも９０％が無傷である、実施形態２３３～２５１のいずれか１つの方法。２５３．月経液試料中の細胞の少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、または少なくとも９０％が生存可能である、実施形態２３３～２５２のいずれか１つの方法。２５４．保存溶液の重量オスモル濃度が、約３１０～約４１０ｍＯｓｍ・ｋｇ－１である、実施形態２３３～２５３のいずれか１つの方法。２５５．保存溶液の重量オスモル濃度が、約９５～約２１０ｍＯｓｍ・ｋｇ－１である、実施形態２３３～２５２のいずれか１つの方法。２５６．保存溶液の体積が、約５ｍｌ～約１０ｍｌである、実施形態２３３～２５５のいずれか１つの方法。２５７．保存溶液の体積が、約７．５ｍｌである、実施形態２３３～２５５のいずれか１つの方法。２５８．月経液試料からの１つまたは複数の細胞と保存溶液とを含む、月経液細胞試料。２５９．１つまたは複数の細胞が、内皮細胞、上皮細胞、白血球、間葉細胞、およびこれらの組合せからなる群から選択される、実施形態２５８の試料。２６０．上皮細胞が、子宮内膜上皮細胞である、実施形態２５９の試料。２６１．保存溶液が、沈殿剤を含む、実施形態２５８～２６０のいずれか１つの試料。２６２．沈殿剤が、５－（４－ジメチル）アミノベンジリデンローダミン、スルホサリチル酸、塩化リチウム、および水酸化リチウムからなる群から選択される、実施形態２６１の試料。２６３．保存溶液が、低級アルコールを含む、実施形態２５８～２６２のいずれか１つの試料。２６４．低級アルコールが、メタノール、エタノール、ｎ－プロパノール、イソプロパノール、ｎ－ブタノール、およびイソブタノール（２－メチルプロパン－１－オール）からなる群から選択される、実施形態２６３の試料。２６５．保存溶液が、カオトロープを含む、実施形態２５８～２６４のいずれか１つの試料。２６６．カオトロープが、グアニジン塩酸塩、グアニジンチオシアン酸塩、チオシアン酸カリウム、チオシアン酸ナトリウム、および尿素からなる群から選択される、実施形態２６５の試料。２６７．保存溶液が、キレート剤を含む、実施形態２５８～２６６のいずれか１つの試料。２６８．キレート剤が、ジエチレントリアミン五酢酸（ＤＴＰＡ）、エチレンジアミン四酢酸（ＥＤＴＡ）、エチレングリコール四酢酸（ＥＧＴＡ）、ｔｒａｎｓ－１，２－ジアミノシクロヘキサン－Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’－四酢酸（ＣＤＴＡ）、１，２－ビス（２－アミノフェノキシ）エタン－Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’－四酢酸（ＢＡＰＴＡ）、１，４，７，１０－テトラアザシクロドデカン－１，４，７，１０－四酢酸（ＤＯＴＡ）、Ｎ－（２－ヒドロキシエチル）エチレンジアミン－Ｎ，Ｎ’，Ｎ’－三酢酸、およびニトリロ三酢酸（ＮＴＡ）からなる群から選択される、実施形態２６７の試料。２６９．保存溶液が、還元剤を含む、実施形態２５８～２６８のいずれか１つの試料。２７０．還元剤が、２－メルカプトエタノール、チオ硫酸塩、ＴＣＥＰ（トリス－（２－カルボキシエチル）ホスフィン）、ジチオトレイトール、およびジチオエリトリトールからなる群から選択される、実施形態２６９の試料。２７１．保存溶液が、ｐＨ緩衝剤を含む、実施形態２５８～２７０のいずれか１つの試料。２７２．ｐＨ緩衝剤が、クエン酸、酒石酸、リンゴ酸、スルホサリチル酸、スルホイソフタル酸、シュウ酸、ホウ酸塩、ＣＡＰＳ（３－（シクロヘキシルアミノ）－１－プロパンスルホン酸）、ＣＡＰＳＯ（３－（シクロヘキシルアミノ）－２－ヒドロキシ－１－プロパンスルホン酸）、ＥＰＰＳ（４－（２－ヒドロキシエチル）－１－ピペラジンプロパンスルホン酸）、ＨＥＰＥＳ（４－（２－ヒドロキシエチル）ピペラジン－１－エタンスルホン酸）、ＭＥＳ（２－（Ｎ－モルホリノ）エタンスルホン酸）、ＭＯＰＳ（３－（Ｎ－モルホリン）プロパンスルホン酸）、ＭＯＰＳＯ（３－モルホリン－２－ヒドロキシプロパンスルホン酸）、ＰＩＰＥＳ（１－４－ピペラジンジエタンスルホン酸）、ＴＡＰＳ（Ｎ－［トリス（ヒドロキシメチル）メチル］－３－アミノプロパンスルホン酸）、ＴＡＰＳＯ（２－ヒドロキシ－３－［トリス（ヒドロキシメチル）メチルアミノ］－１－プロパンスルホン酸）、ＴＥＳ（Ｎ－［トリス（ヒドロキシメチル）メチル］－２－アミノエタンスルホン酸）、ビシン（Ｎ，Ｎ－ビス（２－ヒドロキシエチル）グリシン）、トリシン（Ｎ－［トリス（ヒドロキシメチル）メチル］グリシン）、Ｔｒｉｓ（トリス（ヒドロキシメチル）アミノメタン）、およびＢｉｓ－Ｔｒｉｓ（２－［ビス（２－ヒドロキシエチル）アミノ］－２－（ヒドロキシメチル）－１，３－プロパンジオール）からなる群から選択される、実施形態２７１の試料。２７３．保存溶液が、界面活性剤含む、実施形態２５８～２７２のいずれか１つの試料。２７４．保存溶液の重量オスモル濃度が、約３１０～約４１０ｍＯｓｍ・ｋｇ－１である、実施形態２５８～２７３のいずれか１つの試料。２７５．保存溶液の重量オスモル濃度が、約９５～約２１０ｍＯｓｍ・ｋｇ－１である、実施形態２５８～２７３のいずれか１つの試料。２７６．保存溶液が、固定剤を含まない、実施形態２５８～２７５のいずれか１つの試料。２７７．月経液をさらに含む、実施形態２５８～２７６のいずれか１つの試料。２７８．頸膣液をさらに含む、実施形態２５８～２７７のいずれか１つの試料。２７９．月経液試料の体積が、約１００μｌ～約１ｍｌである、実施形態２５８～２７８のいずれか１つの試料。２８０．試料中の細胞の少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、または少なくとも９０％が無傷である、実施形態２５８～２７９のいずれか１つの試料。２８１．試料中の細胞の少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、または少なくとも９０％が生存可能である、実施形態２５８～２８０のいずれか１つの試料。２８２．細菌細胞、イースト菌細胞、精子、またはこれらの組合せをさらに含む、実施形態２５８～２８１のいずれか１つの試料。２８３．試料収集用具の一部分をさらに含む、実施形態２５８～２８２のいずれか１つの試料。２８４．試料収集用具が、パッド、タンポン、膣カップ、子宮頸管カップ、月経ディスク、子宮頸ディスク、スポンジ、または陰唇間パッドである、実施形態２８３の試料。
（実施例１）
ＲＮＡ－Ｓｅｑ経時的データ
ＲＮＡ－ｓｅｑライブラリーを、ヒトトランスクリプトームとアラインする全リード数を調べることによって品質メトリクスについて評価した。月経流が多い日に採取した末梢全血（ＷＢ）を含む、女性からの一連の経時的試料（月経（ＭＢ）試料と頸膣（ＣＶ）試料の両方）を、タンポンに基づく検体を２８日周期の各々の日に収集することにより解析した。図５に示されているようなデバイスを使用して試料を収集した。ＲＮＡｇａｒｄを試料の保存溶液として使用した。２７名の参加者からの２４４の試料（１７１のＣＶ、４６のＭＢ、および２７のＷＢ）からのＲＮＡをシークエンシングした。典型的には、高品質ゲノム解析のために、シークエンシングリードの少なくとも７０％は、参照トランスクリプトームとアラインすべきである。これは、業界基準であり、使用するシークエンシングプラットフォームとは関係ない。月経血および全血は両方とも、トランスクリプトームとアラインするリードのパーセンテージに関して同様のロバストネスを示す（月経液について平均値＝９３．８％、ＳｔＤｅｖ＝４．６％；全血について平均値９５．５％、ＳｔＤｅｖ＝１．１％）。これらのパーセンテージは、ゲノム解析の７０％閾値をはるかに超えており、したがって、月経液からの核酸の高品質のキャプチャーを実証する。
参加者からの試料内および試料間変動を評価するために、教師なし主成分分析（ＰＣＡ）を行い、次いで、全体構造と比べて局所構造を維持するほうを優先する非線形次元縮小法であるｔ－ＳＮＥを用いて、２つの次元内の全ての変動を可視化した（図１Ｃ～１Ｄ）。月経周期およびＷＢに関する高い変動率を実証する、ＣＶと比較してこの試料の高い再現性レベルを示す、月経試料の高度なクラスター化があり、おおよそ８００の差次的に発現された遺伝子を表す月経試料の明確に異なるクラスター化もあった（図１Ａ～１Ｂ）。
全血検体に勝るメンストルアロームが提供する価値をよりよく理解するために、同じ患者から月経の最初の３日に同時に収集した全血および月経液中の全ＲＮＡ転写を比較した。月経液は、上述のように、タンポンに基づく検体であり、図５に示されているようなデバイスを使用して試料を収集した。全血検体は、静脈穿刺を使用して収集した。月経の各々の日にマッチする各試料間の差分解析を行うことにより、月経液において差次的に発現されるが全血ではされない遺伝子を同定した。興味深いことに、月経の１日目には、月経液と全血間の遺伝子転写物の相対存在量の差異が、ほとんど観測されなかった。しかし、「月経流が多い日」－このときに女性が彼女の子宮内膜の大部分を脱落する－と呼ばれることが多い、月経の２日目に、月経液の固有のゲノムプロファイルを示す８００を超える差次的に発現された遺伝子を同定した（図１Ａ～１Ｂ）。
経時的解析では、様々な生殖組織において発現された幾つかの遺伝子（子宮頸／膣細胞、卵巣／卵管細胞、および子宮内膜細胞の、組織特異的遺伝子の発現）を同定した。これらのマーカーの各々についての相対存在量を女性の月経周期にわたって比較した。月経の２日目に、子宮内膜組織の遺伝子シグナルが月経試料において極度に過剰提示されることが認められた（図２Ｂ）。非月経日に、頸膣試料については排卵中に収集した試料によってＲＮＡおよびＤＮＡの最高収量が得られ、排卵中に卵巣および卵管特異的遺伝子の富化が認められた。
患者Ｃ０００の４月１８日から５月１７にわたる時系列の試料についての正規化遺伝子発現を、Ｂｒｏａｄ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅにより開発されたオープンソースソフトウェアプログラムであるＭｏｒｐｈｅｕｓにおけるＫ平均クラスタリングアルゴリズムを使用して階層的にクラスター化した。図９に描示するように、この時系列データからの主要クラスターは５つあり、試料がこの時系列を日付順に進むにつれて過剰発現および過少発現が見られる。クラスター２では、遺伝子の過剰発現が月経試料において検出され、さらにクラスター２では、ある特定の遺伝子の過少発現が月経液試料で検出された。月経後期に、クラスター５の遺伝子の過剰発現、排卵前に、クラスター１の過剰発現およびクラスター４の過少発現が、検出された。そして最後に、排卵期に、クラスター５の遺伝子の過剰発現が検出された。
Ｋｅｇｇ経路解析を、図１０Ａ～１０Ｅに描示するように、各クラスターからの遺伝子のリストについて行った。クラスター１は、月経出血が下方調節された遺伝子を含有し、調節されたＫＥＧＧ経路が、エーテル脂質代謝、アルギニンおよびプロリン代謝、エストロゲンシグナル伝達経路、ＦｃガンマＲ媒介ファゴサイトーシス、ヒスチジン代謝、薬物代謝、アルファ－リノレイン酸代謝、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ感染症、リノール酸代謝、および概日リズムを含むことを示した。クラスター２において調節されたＫＥＧＧ経路は、全身性エリテマトーデス、アルコール依存症、ウイルス発がん、アルツハイマー病、スプライセオソーム、ハンチントン病、酸化的リン酸化、ヒトＴ細胞白血病ウイルス１感染症、プリオン病、およびがんにおける転写の誤調節に関連していた。クラスター３において調節されたＫＥＧＧ経路は、真核生物におけるリボソーム生合成、リボソーム、無機物吸収、がんにおけるマイクロＲＮＡ、Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ ｐｙｌｏｒｉ感染症における上皮細胞シグナル伝達、エンドサイトーシス、膵臓がん、慢性骨髄性白血病、硫黄リレー系、および肝細胞癌に関連していた。クラスター４において調節されたＫＥＧＧ経路は、麻疹、ＮＯＤ様受容体シグナル伝達経路、Ｔｏｌｌ様受容体シグナル伝達経路、エプスタイン・バーウイルス感染症、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ感染症、ＮＦ－カッパＢシグナル伝達経路、ｐ５３シグナル伝達経路、サイトカイン－サイトカイン受容体相互作用、がんにおける転写誤調節、およびヒトサイトメガロウイルス感染症に関連していた。クラスター５において調節されたＫＥＧＧ経路は、破骨細胞分化、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ感染症、結核、サイトカイン－サイトカイン受容体相互作用、リーシュマニア症、造血細胞系列、ＮＯＤ様受容体シグナル伝達経路、ケモカインシグナル伝達経路、ヒトサイトメガロウイルス感染症、およびＴＮＦシグナル伝達経路であった。
（実施例２）
全血、頸膣および月経試料の収集
全血、頸膣および月経試料を子宮内膜症の疑いがある女性（ｎ＝１９）、健康な女性（ｎ＝５５）、および多嚢胞性卵巣症候群（ＰＣＯＳ）と両方の後成的調節（低分子ＲＮＡおよびＤＮＡメチル化）とを有する女性（ｎ＝５）から収集し、ＲＮＡ転写シークエンシングおよび細菌１６ｓシークエンシングを解析した。月経および頸膣試料を、図５、図６Ａ～６Ｄ、７Ａ～７Ｃおよび８Ａ～８Ｃに例示されているような試料収集システムを使用して収集し、全血試料を通例の静脈穿刺によって収集した。核酸を抽出し、Ｉｌｌｕｍｉｎａ試薬を使用してシークエンシングライブラリーを調製し、ＩｌｌｕｍｎａのＭｉＳｅｑ、ＮｅｘｔＳｅｑ５５０、およびＨｉＳｅｑ４０００シークエンシングマシンを用いてシークエンシングして、子宮内膜症の検出についての各試料型の性能を比較した。患者を表１Ａに記載の通りに分類した。診断が確定した患者１９名について、タンポンを外科手術前に５名からおよび外科手術後に１４名から収集した（これらは、対の試料ではなく、外科手術前および後のタンポン収集は、異なる参加者からであった）。月経周期試料を月経周期の２日目に収集した。これによって、目的の集団における手術後ゲノムシグナルに対する手術前ゲノムシグナルのレンズからのデータの評価が可能になった。患者の疾患のステージ分け、分類および解剖学的位置にも留意した。外科手術後の試料のうちの３つは、品質管理基準に合わなかったため解析に含めなかった。健康な集団については、生殖障害の診断を受けたことが一度もないコミュニティーからの女性を動員した。生殖ホルモン（抗ミュラー管ホルモン（ＡＭＨ）、エストラジオール、卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）、黄体形成ホルモン（ＬＨ）、および甲状腺刺激ホルモン（ＴＳＨ））の測定値、古典的な子宮内膜症の提示についての文書で記録された症状、ならびに膣感染症の症状を使用して、これらの女性を「真に健康な」および「不健康である疑いがある」というさらなるサブクラスにカテゴリー分けした（表１Ａ）。要するに、５名の「真に健康な」女性から収集したタンポンを、５名の外科手術前および１１名の外科手術後の子宮内膜症患者から収集したタンポンと比較した。
Figure 2022554280000002
Figure 2022554280000003
ｍｉＲＮＡマーカーの検出
局所ｍｉＲＮＡシグナル伝達および細胞内ｍｉＲＮＡシグナル伝達を探るために、月経液中のｍｉＲＮＡを単離し、シークエンシングした。患者の小さいサブコホート（子宮内膜症を有する５名および真に健康な女性５名）を分析して、差次的ｍｉＲＮＡ発現を調査した。子宮内膜症を有する女性の試料を外科手術前に収集し、子宮内膜症の疑いがある全ての患者については外科的に確認した。月経液からの正規化ｍｉＲＮＡシークエンシングを用いて差次的発現の解析を行った。外科手術前の子宮内膜症患者において、真に健康な女性の月経液と比較して有意に（ＦＤＲ＜０．０５でｐ値＜０．０５）異常調節された４９のｍｉＲＮＡが、検出された（表２）。これら４９のうちの１０のマーカーは、５％の偽発見率で、０．９５またはそれより大きい曲線下面積（ＡＵＣ）を個々に有した。外科手術前の患者のｍｉＲＮＡプロファイルを、外科手術後に収集したタンポンと比較したとき、外科手術後の子宮内膜症対象におけるｍｉＲＮＡ発現は、健康な個体におけるｍｉＲＮＡ発現と異ならないことが認められた。これは、子宮内膜症の治療法が今のところないので、これらの患者が治癒したことを示唆するものではないが、データは、疾患活性化を検出できることを示唆する。外科手術後のタンポン試料を外科手術の３ヶ月～２年後に収集したが、外科手術後２年に関する限りこれらの患者の中での疾患の再発は存在しなかった。これらの知見は、疾患活性化を低下させる治療薬の有効性を含む、外科的介入または他の介入の有効性のモニタリングに、ｍｉＲＮＡが役に立つことを例証した。
Figure 2022554280000004
ＤＩＥ、ＳＰＥ、ＯＥ、アロマターゼ発現、レチノイン酸不均衡、ならびに偏ったエストロゲンおよびプロゲステロン受容体に従って患者を層別化することができる方法を開発することによって、介入に対する対象の応答を予測することができる。本明細書で提供するデータの中の子宮内膜症に関与する関連経路を理解するために、ｍｉｒＰａｔｈ ｖ．３を使用して４９のｍｉＲＮＡに関する経路解析を行い、結果を、上皮－間葉分化転換（ＥＭＴ）に関与する３７７の遺伝子、およびＥＭＴデータベース（ｄｂＥＭＴ）として公知のそれらのそれぞれのＫｅｇｇ経路と比較した。合計１１の経路が、子宮内膜症およびＥＭＴについてのこれらの候補マーカー間で共有された（図３）。これらは、Ｈｉｐｐｏシグナル伝達経路、ＴＧＦ－ベータ、ならびにＷｎｔ／ＪＮＫ／ＶＧＥＦシグナル伝達に関わる経路、子宮内膜症の病態に関与する肝要な生物学的経路を含む。
月経血の５３の試料および全血の５１の試料を含む、健康なまたは子宮内膜症の状態を有する患者の１０４の試料を収集した。上で説明したように（as described about）、試料を単離し、シークエンシングした。ＰＣＡプロットまたはｔＳＮＥプロットにより次元的に解析したとき、月経血および全血は一緒にクラスター化することが認められ（図１３Ａ～１３Ｂ）、組織型ごとに明確な鑑別を示した。
全ての健康なおよび全ての子宮内膜症患者からの月経血の転写パターンを互いに比較したとき、図１３Ｃに描示するように、有意に差次的に調節されたｍｉＲＮＡはなかった。しかし、月経血試料を外科手術前および外科手術後に分別したとき、患者間で有意に差次的に発現された４９の遺伝子があった。
これらの候補マーカーを、疾患を分子的に／ゲノム的に分類するそれらの可能性についても、子宮内膜症に関与する肝要な経路に関連する特異的遺伝子に後成的シグナル伝達を協調させる特異的ｍｉＲＮＡ標的を調べることによって評価した。ＴａｒＢａｓｅ ｖ．８６７を使用して、４９の候補バイオマーカーの実験的に支持された遺伝子相互作用についてのクエリを実行し、これらの候補バイオマーカーを子宮内膜症の公知の細胞マーカーと比較した。ＪＮＫ１－３およびＬＡＴＳ１（Ｈｉｐｐｏシグナル伝達）をはじめとする子宮内膜症に関与する多くの遺伝子について高い実験的支持率を有する３つのｍｉＲＮＡ（ｍｉＲ－２３ｂ－３ｐ、ｍｉＲ－３０ａ－３ｐ／５ｐ、およびｍｉＲ－３４ａ－５ｐ）を同定した。ｍｉＲＮＡは、ＴＧＦ－α、ＴＧＦ－β、プロゲステロン受容体ＡおよびＢ、エストロゲン受容体ＡおよびＢ、ならびにＥ－カドヘリンとＮ－カドヘリンの両方との相互作用の証拠を示した（表３）。図３は、１１のＫｅｇｇ経路が、子宮内膜症とＥＭＴの間で共有されることを示す。図１４は、これら１１の経路を詳述し、子宮内膜症とのそれらの関連性、本明細書で提供する４９のｍｉＲＮＡにおけるこれらの経路の有意性（ｐ値）、ならびに各経路を支持する、本明細書で提供するデータからのｍｉＲＮＡの数を示す。これらの候補マーカーは、分子／ゲノム分類により患者を層別化するのに役立つことができ、アロマターゼ活性、プロゲステロン受容体－Ａの受容体－Ｂに対する比、ならびにＮ－カドヘリン発現のＥ－カドヘリン発現に対するおよびエストロゲン受容体Ａのエストロゲン受容体Ｂに対する比を同定するのに役立つことができる。
さらに、ｍｉＲＮＡレベルは、表３に描示する通り、以前の研究で記載されたものおよび組織型と異なる。これらのデータは、子宮内膜症患者からの異所性子宮内膜組織の、健康な個体からの正所性子宮内膜組織に対する、子宮内膜症患者からの異所性子宮内膜組織の、子宮内膜症患者からの正所性子宮内膜組織に対する、ならびに子宮内膜症患者からの正所性子宮内膜組織の、健康な個体からの正所性子宮内膜組織に対する、以前の比較で認められた値とは対照的に、子宮内膜症患者と健康な患者の間での月経液における差次的発現を実証する。差次的発現をｌｏｇ１０倍率変化として示す。これは、月経血が他の組織と比べて差次的発現を示すことを実証する。
Figure 2022554280000005
Figure 2022554280000006
メチル化マーカーの検出
上記のｍｉＲＮＡ解析からの同じ患者を使用して、ＩｌｌｕｍｉｎａのＥＰＩＣ ８５０ｋメチル化アレイを使用することにより子宮内膜症のＤＮＡメチル化パターンも調査した。メチル化シグネチャーをゲノムにマッピングし、正規化強度値を、子宮内膜症患者から外科手術前に収集した月経液と真に健康な個体からの月経液とで比較した。初期試料セットにおいて、健康な参加者からの月経液と比較して低度または高度にメチル化された１０００を超えるＣｐＧメチル化部位を同定した。表４は、子宮内膜症を有する個体と健康な個体との間でメチル化ステータスが最も有意に異なる３７０のＣｐＧ部位を示す。興味深いことに、子宮内膜症を有する患者では、より高いパーセンテージの低メチル化部位がショア（極めて動的であり、多くの下流の調節機能および疾患に関係付けられる、ゲノムのＣｐＧアイランド隣接領域）内にあった。
Figure 2022554280000007
Figure 2022554280000008
Figure 2022554280000009
Figure 2022554280000010
Figure 2022554280000011
Figure 2022554280000012
Figure 2022554280000013
表４を参照して、次の１３部位は、高メチル化された：ｃｇ０２８５８６４２、ｃｈ．２０．５３１１８１１７Ｆ、ｃｇ２０７６８３２６、ｃｈ．１７．４８９０１５４９Ｆ、ｃｇ１５２０２１１５、ｃｇ０１３７２１１３、ｃｇ１０２９６７１５、ｃｇ１９４３０４８９、ｃｇ０３３５６４６１、ｃｇ０９６６９０４９、ｃｇ２１８４６８７７、ｃｈ．５．２７６３９６２Ｆ、およびｃｇ０７０２９９８０。表４に列挙した残りの部位は、低メチル化された。
細菌マーカーの検出
ヒトマイクロバイオームもまた、子宮内膜症の検出のための可能性のある新規バイオマーカー源を提供する。マイクロバイオームは、宿主との共生関係で存在する体内の微生物の集合体である。健康な対照（真に健康と、不健康である疑いがある、の両方－表１Ａ）と比較して子宮内膜症に存在する細菌多様性を理解するために、頸膣液および月経液の微生物メタゲノムを解析した。解析した集団には、多嚢胞性卵巣症候群を有する患者５名、子宮内膜症を有する１９名（外科手術前に収集したタンポンと外科手術後に収集したタンポンの両方）、ならびに健康な個体５名、および「不健康である疑いがある」個体５０名がいた。細菌組成の種レベルの解明を可能にする、リボソームＲＮＡゲノムコードの領域を増幅してシークエンシングする、１６ｓ微生物シークエンシングを行った。この情報を使用して、健康な（真に健康な者と不健康である疑いがある者に分割される－表１Ａ）と多嚢胞性卵巣症候群と子宮内膜症の間で細菌種の相対存在量を比較した。次いで、各試料の中に存在する多様性（アルファ多様性）はもちろん、同じコホート内の試料間に存在する多様性（ベータ多様性）も調査した。各細菌種の存在量、ならびに種が試料または集団内で提示される均一性の程度を考慮する、シャノン多様度指数を使用した。細菌種の多様性の増加が、健康な患者と比較して子宮内膜症を有する患者間で見られた（図４Ａおよび４Ｂ）。この研究は、子宮内膜症に関連する特異的な細菌種、中でも注目すべきは、健康な個体より子宮内膜症患者に１５倍高いレベルで存在するＰｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓを、同定することができた。Ｐ．ａｃｎｅｓは、高レベルのプロスタグランジン様物質およびポルフィリンを産生し、これらの両方が、炎症および月経困難症に関係付けられている。
さらに、月経試料の健康コホート１における細菌の存在量を頸膣試料と比較することによって、非常に多くの細菌属は、頸膣液より月経液における存在量のほうが多いことが観測される（図４Ｃ）。これは、固有の細菌シグネチャーを生じさせる、このコホートに固有である。存在量を健康コホート３においても比較することによって、月経液において過剰提示される細菌のはるかに多くの網羅的なリストを得た。健康コホート３における細菌属の数のこの増加は、過剰な種の数と患者コホートにおける「健全」度との相関関係を示す（図４Ｄ）。月経血だけを調べることにより、多くの細菌属が、存在することおよび健康コホート１より多い存在量または少ない存在量であることが観測される（図４Ｅ）。
さらに、月経液試料を、外科手術前の子宮内膜症患者と健康対照とで比較すると、図１５Ａに描示するように、外科手術前の患者に固有の差次的に存在する細菌属についての別のシグネチャーがある。外科手術後の、子宮内膜症患者と健康な患者の間の月経液中の細菌存在量を図１５Ｂに描示する。
（実施例４）
月経液と全血の間の差次的メチル化パターン
ＲＡＷ ＩＤＡＴファイルをＩｌｌｕｍｉｎａＨｕｍａｎＭｅｔｈｙｌａｔｉｏｎＥＰＩＣアレイから得た。３１１の試料ファイルが入手可能であった：５０の月経血試料、２６の全血試料、および２５３の他の試料。データ処理は、ｍｉｎｆｉＲパッケージ（Ｂｉｏｃｏｎｄｕｃｔｏｒ）を使用して行った。
全血および月経血のメチル化パターンを主成分分析およびｔＳＮＥ次元性によって組織型ごとに解析したとき、それらは、図１１Ａ～１１Ｂに描示するように、組織型ごとに明確な鑑別を示した。図１２Ａは、全血と月経血を比較したときに差次的にメチル化されたＣｐＧ位置を表示する。図１２Ｂは、全血と月経血の間に差次的にメチル化された領域を表示する。
（実施例５）
患者データに関するメンストルアロームフィンガープリントの使用
多くの患者には、患者を群分けするための表現型データがないことがあり、またはデータが表現型および臨床パラメーターによってしか解析されない場合、解析を妨げ得る未診断の健康状態が存在することがある。したがって、患者データの先験的な知識を用いないデータ駆動型手法を取ることが重要である。図１６Ａ～図１６Ｂでは、本発明者らの患者コホート間の月経液についてのメチル化データが３つの明確に異なるクラスターを有することを読み取ることができる。したがって、これらのクラスターを使用して、追加のゲノム解析のためのコホートへの患者の群分けを開始することができる。本実施例では、メチル化クラスターを使用して、同じ患者において収集したｍｉＲＮＡ発現の差次的発現解析のための患者コホートを設定した。次いで、本実施例は、有意に異常調節されたｍｉＲＮＡのリストをクラスターごとに生成した。
クラスター１および２からの患者がメチル化データを構成し、これらを月経試料中のｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓの存在量について比較した（ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓの減少は、一般に、何らかの不健康な状態を示唆する）。図１６Ｃで明らかなように、クラスター１は、ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓについて少ない存在量を示し、その一方でクラスター２は、多い存在量を示す。このことから、不健康な状態に対する総体的に健康な状態をこれらのクラスターごとに補完することができる。クラスター１は、不健康な状態を示すことになり、その一方でクラスター２は、健康な状態を示すことになる。
生物学的関連性は、ｍｉＲＮＡ標的を採取し、遺伝子発現（ＲＮＡ－ｓｅｑ）データを調べて、相関関係が実在することを示す発現の変化がこれらの遺伝子において起こるかどうかを確かめることによって、判定することができる。発現の代表値を、クラスター１およびクラスター２に関して、クラスター１とクラスター２の間で異常調節された５つのｍｉＲＮＡにおいて標的となる遺伝子の各々について表５に提示する。クラスター１および２の間のｌｏｇ２倍率変化を、クラスター間の発現変化を実証するために提示する。
Figure 2022554280000014
クラスター１は、確定した子宮内膜症患者に多く含まれる。メチル化クラスター（ｍｉＲ－１２７０、ｍｉＲ－２０４－５ｐ、ｍｉＲ－５７４－３ｐ、ｍｉＲ－２０３ａ－３ｐ、およびｍｉＲ－９９ａ－３ｐ）に基づいて差次的に調節されるｍｉＲＮＡは、ＣＹＰ２６Ａ１、ＢＰＩＦＢ１、ＳＣＧＢ２Ａ２、ＣＤＣ４２ＢＰＡの調節に関与する５つの肝要なマイクロＲＮＡの過剰発現を示す。これらの遺伝子のうち、ＣＹＰ２６Ａ１は、プロゲステロン依存性であるレチノイン酸調節因子であり、子宮内膜症の際に高度に異常調節され；ＢＰＩＦＢ１は、子宮内膜症を有する患者における正所性子宮内膜の分子シグネチャーであり、患者において有意に下方調節され；ＳＣＧＢ２Ａ２は、子宮内膜症を有する患者において有意に下方調節され；およびＣＤＣ４２ＢＰＡは、月経周期の肝要な細胞周期調節因子であり、子宮内膜症を有する患者において有意に異常調節される。これらのｍｉＲＮＡは、ＲＮＡ－ｓｅｑデータと比較したとき、生物学的関連性を示す。同様に、子宮内膜症は、クラスター１患者に類似して、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓのより少ない存在量と関連付けられている。
参考文献
1 Laudanski, P., Charkiewicz, R., Kuzmicki, M. et al. MicroRNAs expression profiling of eutopic proliferative endometrium in women with ovarian endometriosis. Reprod Biol Endocrinol 11, 78 (2013). https://doi.org/10.1186/1477-7827-11-78
2 Wright KR, Mitchell B, Santanam N. Redox regulation of microRNAs in endometriosis-associated pain. Redox Biol. 2017;12:956-966. doi:10.1016/j.redox.2017.04.037
3 Filigheddu N, Gregnanin I, Porporato PE, et al. Differential expression of microRNAs between eutopic and ectopic endometrium in ovarian endometriosis. J Biomed Biotechnol. 2010;2010:369549. doi:10.1155/2010/369549
4 Hawkins SM, Creighton CJ, Han DY, et al. Functional microRNA involved in endometriosis. Mol Endocrinol. 2011;25(5):821-832. doi:10.1210/me.2010-0371
5 Nisenblat V, Circulating miRNAs in endometriosis, The Robinson Institute, 2013; https://digital.library.adelaide.edu.au/dspace/bitstream/2440/91226/5/01front.pdf
6 Vanhie A, O D, Peterse D, et al. Plasma miRNAs as biomarkers for endometriosis. Hum Reprod. 2019;34(9):1650-1660. doi:10.1093/humrep/dez116
7 Cosar E, Mamillapalli R, Ersoy GS, Cho SY, Seifer B, Taylor HS, Serum microRNAs as diagnostic markers of endometriosis: a comprehensive array-based analysis, FertSterility. 2016.DOI:https://doi.org/10.1016/j.fertnstert.2016.04.013
8 WO2015148919A3; Circulating micrornas as biomarkers for endometriosis
9 Ohlsson Teague EM, Van der Hoek KH, Van der Hoek MB, et al. MicroRNA-regulated pathways associated with endometriosis. Mol Endocrinol. 2009;23(2):265-275. doi:10.1210/me.2008-0387
10 Zhuo, Z.; Wang, C.; Li, G.; Yu, H. Plasma MicroRNAs Can be a Potential Diagnostic Biomarker for Endometriosis. Preprints 2019, 2019070108 (doi:10.20944/preprints201907.0108.v1).
11 Zhao L, Gu C, Ye M, et al. Integration analysis of microRNA and mRNA paired expression profiling identifies deregulated microRNA-transcription factor-gene regulatory networks in ovarian endometriosis. Reprod Biol Endocrinol. 2018;16(1):4. Published 2018 Jan 22. doi:10.1186/s12958-017-0319-5
12 Suryawanshi, S and Vlad, AM. Lin, HM et al. Plasma MicroRNAs as Novel Biomarkers for Endometriosis and Endometriosis-Associated Ovarian Cancer, American Association for Cancer Research, 2013. https://doi.org/10.1158/1078-0432.CCR-12-2726
13 Zhou CF, Liu MJ, Wang W, et al. miR-205-5p inhibits human endometriosis progression by targeting ANGPT2 in endometrial stromal cells [published correction appears in Stem Cell Res Ther. 2020 May 20;11(1):188]. Stem Cell Res Ther. 2019;10(1):287. Published 2019 Sep 23. doi:10.1186/s13287-019-1388-5
14 Kim, M.K., Lee, S.K., Park, J. et al. Ginsenoside Rg3 Decreases Fibrotic and Invasive Nature of Endometriosis by Modulating miRNA-27b: In Vitro and In Vivo Studies. Sci Rep 7, 17670 (2017). https://doi.org/10.1038/s41598-017-17956-0
本開示の好ましい実施形態を本明細書で示し、説明したが、このような実施形態を単なる例として提供することは、当業者には明らかであろう。本開示から逸脱することなく、非常に多くの変形形態、変更形態および置換形態がすぐに当業者の心に浮かぶことであろう。本明細書に記載の本開示の実施形態の様々な代替形態を、本開示を実施する際に用いることができることは、理解されるはずである。下記の請求項が本開示の範囲を定義すること、およびこれらの請求項の範囲内の方法および構造ならびにそれらの均等物が、これらの請求項に包含されることを意図している。

Claims (112)

  1. メンストルアロームフィンガープリントを作成する方法であって、
    （ａ）対象から第１の試料および第２の試料を得るステップであって、前記第１の試料および前記第２の試料が、第１および第２の吸収性試料収集用具上に収集された頸膣液および月経液を含む、ステップ；
    （ｂ）前記第１の試料および前記第２の試料を、前記第１および第２の試料収集用具から水性緩衝液に別々に溶出させるステップ；
    （ｃ）前記第１の試料および前記第２の試料の各々から、生体物質を分離するステップ；および
    （ｄ）試料メンストルアロームフィンガープリントを構築するステップであって、前記試料メンストルアロームフィンガープリントが、前記第１の試料および前記第２の試料からの前記生体物質中の複数のメンストルアロームバイオマーカーのレベルおよび／または存在の差を含む、ステップ
    を含む方法。
  2. 前記生体物質が、ＲＮＡ、ＤＮＡ、メチル化核酸、ｍｉＲＮＡ、タンパク質、タンパク質－核酸複合体、微生物、および哺乳動物細胞型からなる群から選択される１つまたは複数の生体物質を含む、請求項１に記載の方法。
  3. （ｄ）における前記試料メンストルアロームフィンガープリントを構築するステップが、前記第１の試料および前記第２の試料からの抽出生体物質をアッセイして複数のバイオマーカーを同定することを含む、請求項１に記載の方法。
  4. 前記複数のメンストルアロームバイオマーカーが、２つまたはそれより多くの健康状態間で頸膣液または月経液において差次的な存在またはレベルを提示するバイオマーカーを含む、請求項１に記載の方法。
  5. 前記複数のメンストルアロームバイオマーカーが、末梢血、頸膣組織または縦断月経試料と比較して頸膣液または月経液において差次的な存在またはレベルを提示するバイオマーカーを含む、請求項１に記載の方法。
  6. （ｅ）前記試料メンストルアロームフィンガープリントを参照メンストルアロームフィンガープリントと比較するステップをさらに含む、請求項１に記載の方法。
  7. 前記参照メンストルアロームフィンガープリントが、健康状態に関連する前記複数のメンストルアロームバイオマーカーの閾値レベルまたは存在を含む、請求項６に記載の方法。
  8. 前記第１の試料および第２の試料が、前記対象から異なる時点で収集された生体物質を含む、請求項１に記載の方法。
  9. 前記時点が、約１５分から、約３０日、約６０日または約９０日の間の期間、分離されている、請求項８に記載の方法。
  10. 前記時点が、前記対象の月経周期内の異なる日を含む、請求項８に記載の方法。
  11. 前記時点が、単一月経周期内にある、請求項８に記載の方法。
  12. 前記時点が、別個の月経周期における日を含む、請求項８に記載の方法。
  13. 前記時点が、前記対象の月経の１または複数日中にある、請求項８に記載の方法。
  14. １つの時点が前記対象の月経中にあり、１つの時点が前記対象の月経中にない、請求項８に記載の方法。
  15. 前記試料収集用具が、膣内試料収集用具である、請求項１に記載の方法。
  16. 前記試料収集用具が、生体物質を無傷状態で保存する、請求項１に記載の方法。
  17. 前記試料収集用具が、少なくとも３ｍｌの流体を吸収することができる、請求項１に記載の方法。
  18. 前記試料収集用具が、試料を収集した後に緩衝剤に置かれる、請求項１に記載の方法。
  19. 前記生体物質がＤＮＡであり、複数のメンストルアロームバイオマーカーが、複数の遺伝子座のメチル化ステータスを含む、請求項１に記載の方法。
  20. 前記生体物質がＲＮＡであり、複数のメンストルアロームバイオマーカーが、複数の遺伝子の発現レベルを含む、請求項１に記載の方法。
  21. 前記生体物質がＲＮＡであり、複数のメンストルアロームバイオマーカーが、複数のｍｉＲＮＡの存在および／またはレベルを含む、請求項１に記載の方法。
  22. 前記生体物質が細胞であり、複数のメンストルアロームバイオマーカーによって１つまたは複数の細胞型の存在および／または量が測定される、請求項１に記載の方法。
  23. 前記生体物質がＤＮＡであり、複数のメンストルアロームバイオマーカーによって１つまたは複数の微生物の存在および／またはレベルが測定される、請求項１に記載の方法。
  24. 前記生体物質がＤＮＡであり、複数のメンストルアロームバイオマーカーによって微生物の多様性が測定される、請求項１に記載の方法。
  25. 前記２つまたはそれより多くの健康状態が、医療処置の前および後のものを含む、請求項４に記載の方法。
  26. 前記健康状態が、外科手術前の健康状態を含む、請求項７に記載の方法。
  27. 参照状態が、外科手術後の健康状態を含む、請求項７に記載の方法。
  28. 前記健康状態が、月経障害を含む、請求項７に記載の方法。
  29. 前記健康状態が、子宮内膜症を含む、請求項２８に記載の方法。
  30. 前記健康状態が、健康な患者を含む、請求項７に記載の方法。
  31. 健康参照メンストルアロームフィンガープリントが、主成分分析、ｔ分布型確率的近傍埋め込み法、ヒートマップ、多様度指数、またはこれらの組合せを含む、請求項７に記載の方法。
  32. メンストルアロームフィンガープリントを作成する方法であって、
    （ａ）対象から第１の試料および第２の試料を得るステップであって、前記第１の試料および前記第２の試料が、第１および第２の吸収性試料収集用具上に収集された頸膣液または月経液を含む、ステップ；
    （ｂ）前記第１の試料および前記第２の試料を、前記第１および第２の試料収集用具から水性緩衝液に別々に溶出させるステップ；
    （ｃ）前記第１の試料および前記第２の試料の各々から、生体物質を分離するステップ；および
    （ｄ）試料メンストルアロームフィンガープリントを構築するステップであって、前記試料メンストルアロームフィンガープリントが、参照メンストルアロームフィンガープリントと比較して前記第１の試料および／または前記第２の試料からの前記生体物質中の複数のメンストルアロームバイオマーカーのレベルおよび／または存在の差を含む、ステップ
    を含む方法。
  33. 前記生体物質が、ＲＮＡ、ＤＮＡ、メチル化核酸、ｍｉＲＮＡ、タンパク質、タンパク質－核酸複合体、微生物、および哺乳動物細胞型からなる群から選択される１つまたは複数の生体物質を含む、請求項３２に記載の方法。
  34. （ｄ）における前記試料メンストルアロームフィンガープリントを構築するステップが、前記第１の試料および前記第２の試料からの抽出生体物質をアッセイして複数のバイオマーカーを同定することを含む、請求項３２に記載の方法。
  35. 前記複数のメンストルアロームバイオマーカーが、２つまたはそれより多くの健康状態間で頸膣液または月経液において差次的な存在またはレベルを提示するバイオマーカーを含む、請求項３２に記載の方法。
  36. 前記複数のメンストルアロームバイオマーカーが、末梢血、頸膣組織または縦断月経試料と比較して頸膣液または月経液において差次的な存在またはレベルを提示するバイオマーカーを含む、請求項３２に記載の方法。
  37. 前記参照メンストルアロームフィンガープリントが、健康状態に関連する前記複数のメンストルアロームバイオマーカーの閾値レベルまたは存在を含む、請求項３２に記載の方法。
  38. 前記第１の試料および第２の試料が、前記対象から異なる時点で収集された生体物質を含む、請求項３２に記載の方法。
  39. 前記時点が、約１５分から、約３０日、約６０日または約９０日の間の期間、分離されている、請求項３８に記載の方法。
  40. 前記時点が、前記対象の月経周期内の異なる日を含む、請求項３８に記載の方法。
  41. 前記時点が、単一月経周期内にある、請求項３８に記載の方法。
  42. 前記時点が、別個の月経周期における日を含む、請求項３８に記載の方法。
  43. 前記時点が、前記対象の月経の１または複数日中にある、請求項３８に記載の方法。
  44. １つの時点が前記対象の月経中にあり、１つの時点が前記対象の月経中にない、請求項３８に記載の方法。
  45. 前記試料収集用具が、膣内試料収集用具である、請求項３２に記載の方法。
  46. 前記試料収集用具が、生体物質を無傷状態で保存する、請求項３２に記載の方法。
  47. 前記試料収集用具が、少なくとも３ｍｌの流体を吸収することができる、請求項３２に記載の方法。
  48. 前記試料収集用具が、試料を収集した後に緩衝剤に置かれる、請求項３２に記載の方法。
  49. 前記生体物質がＤＮＡであり、複数のメンストルアロームバイオマーカーが、複数の遺伝子座のメチル化ステータスを含む、請求項３２に記載の方法。
  50. 前記生体物質がＲＮＡであり、複数のメンストルアロームバイオマーカーが、複数の遺伝子の発現レベルを含む、請求項３２に記載の方法。
  51. 前記生体物質がＲＮＡであり、複数のメンストルアロームバイオマーカーが、複数のｍｉＲＮＡの存在および／またはレベルを含む、請求項３２に記載の方法。
  52. 前記生体物質が細胞であり、複数のメンストルアロームバイオマーカーによって１つまたは複数の細胞型の存在および／または量が測定される、請求項３２に記載の方法。
  53. 前記生体物質がＤＮＡであり、複数のメンストルアロームバイオマーカーによって１つまたは複数の微生物の存在および／またはレベルが測定される、請求項３２に記載の方法。
  54. 前記生体物質がＤＮＡであり、複数のメンストルアロームバイオマーカーによって微生物の多様性が測定される、請求項３２に記載の方法。
  55. 前記２つまたはそれより多くの健康状態が、医療処置の前および後のものを含む、請求項３７に記載の方法。
  56. 前記健康状態が、外科手術前の健康状態を含む、請求項３７に記載の方法。
  57. 参照状態が、外科手術後の健康状態を含む、請求項３２に記載の方法。
  58. 前記健康状態が、月経障害を含む、請求項３７に記載の方法。
  59. 前記健康状態が、子宮内膜症を含む、請求項５８に記載の方法。
  60. 前記健康状態が、健康な患者を含む、請求項３７に記載の方法。
  61. 健康参照メンストルアロームフィンガープリントが、主成分分析、ｔ分布型確率的近傍埋め込み法、ヒートマップ、多様度指数、またはこれらの組合せを含む、請求項３７に記載の方法。
  62. メンストルアロームフィンガープリントを作成する方法であって、
    （ａ）対象から第１の試料を得るステップであって、前記第１の試料が、吸収性試料収集用具上に収集された頸膣液または月経液を含む、ステップ；
    （ｂ）前記第１の試料を、前記試料収集用具から水性緩衝液に溶出させるステップ；
    （ｃ）前記第１の試料から生体物質を分離するステップ；
    （ｄ）試料メンストルアロームフィンガープリントを構築するステップであって、前記試料メンストルアロームフィンガープリントが、前記第１の試料からの前記生体物質中の複数のメンストルアロームバイオマーカーのレベルおよび／または存在を含む、ステップ；および
    （ｅ）前記試料メンストルアロームフィンガープリントを参照フィンガープリントと比較するステップ
    を含む方法。
  63. 前記参照フィンガープリントが、対象の参照群における複数のメンストルアロームバイオマーカーのレベルおよび／または存在を含む、請求項６２に記載の方法。
  64. 前記参照フィンガープリントが、過去の時点の前記対象における複数のメンストルアロームバイオマーカーのレベルおよび／または存在を含む、請求項６２に記載の方法。
  65. 参照メンストルアロームフィンガープリントが、健康状態に関連する前記複数のメンストルアロームバイオマーカーの閾値レベルまたは存在を含む、請求項６２に記載の方法。
  66. 前記参照メンストルアロームフィンガープリントが、健康状態に関連する前記複数のメンストルアロームバイオマーカーの閾値レベルまたは存在を含む、請求項６２に記載の方法。
  67. 前記複数のメンストルアロームバイオマーカーが、２つまたはそれより多くの健康状態間で頸膣液または月経液において差次的な存在またはレベルを提示するバイオマーカーを含む、請求項６６に記載の方法。
  68. 前記２つまたはそれより多くの健康状態が、医療処置の前および後のものを含む、請求項６７に記載の方法。
  69. 前記健康状態が、外科手術前の健康状態を含む、請求項６８に記載の方法。
  70. 参照状態が、外科手術後の健康状態を含む、請求項６６に記載の方法。
  71. 前記健康状態が、月経障害を含む、請求項６７に記載の方法。
  72. 前記健康状態が、子宮内膜症を含む、請求項７１に記載の方法。
  73. 前記健康状態が、健康な患者を含む、請求項６６に記載の方法。
  74. 前記生体物質が、ＲＮＡ、ＤＮＡ、メチル化核酸、ｍｉＲＮＡ、タンパク質、タンパク質－核酸複合体、微生物、および哺乳動物細胞型からなる群から選択される１つまたは複数の生体物質を含む、請求項６２に記載の方法。
  75. （ｄ）における前記試料メンストルアロームフィンガープリントを構築するステップが、前記第１の試料および第２の試料からの抽出生体物質をアッセイして複数のバイオマーカーを同定することを含む、請求項６２に記載の方法。
  76. 前記複数のメンストルアロームバイオマーカーが、末梢血、頸膣組織または縦断月経試料と比較して頸膣液または月経液において差次的な存在またはレベルを提示するバイオマーカーを含む、請求項６２に記載の方法。
  77. 前記第１の試料および参照試料が、前記対象から異なる時点で収集された生体物質を含む、請求項６２に記載の方法。
  78. 前記試料収集用具が、膣内試料収集用具である、請求項６２に記載の方法。
  79. 前記試料収集用具が、生体物質を無傷状態で保存する、請求項６２に記載の方法。
  80. 前記試料収集用具が、少なくとも３ｍｌの流体を吸収することができる、請求項６２に記載の方法。
  81. 前記試料収集用具が、試料を収集した後に緩衝剤に置かれる、請求項６２に記載の方法。
  82. 前記生体物質がＤＮＡであり、複数のメンストルアロームバイオマーカーが、複数の遺伝子座のメチル化ステータスを含む、請求項６２に記載の方法。
  83. 前記生体物質がＲＮＡであり、複数のメンストルアロームバイオマーカーが、複数の遺伝子の発現レベルを含む、請求項６２に記載の方法。
  84. 前記生体物質がＲＮＡあり、複数のメンストルアロームバイオマーカーが、複数のｍｉＲＮＡの存在および／またはレベルを含む、請求項６２に記載の方法。
  85. 前記生体物質が細胞であり、複数のメンストルアロームバイオマーカーによって１つまたは複数の細胞型の存在および／または量が測定される、請求項６２に記載の方法。
  86. 前記生体物質がＤＮＡであり、複数のメンストルアロームバイオマーカーによって１つまたは複数の微生物の存在および／またはレベルが測定される、請求項６２に記載の方法。
  87. 前記生体物質がＤＮＡであり、複数のメンストルアロームバイオマーカーによって微生物の多様性が測定される、請求項６２に記載の方法。
  88. 健康参照メンストルアロームフィンガープリントが、主成分分析、ｔ分布型確率的近傍埋め込み法、ヒートマップ、多様度指数、またはこれらの組合せを含む、請求項６２に記載の方法。
  89. メンストルアロームフィンガープリントを作成する方法であって、
    （ａ）子宮内膜症を有するまたは有する疑いがある対象から第１の試料および第２の試料を得るステップであって、前記第１の試料および前記第２の試料が、吸収性試料収集用具上に収集された頸膣液または月経液を含む、ステップ；
    （ｂ）前記第１の試料および前記第２の試料を前記第１および第２の試料収集用具から水性緩衝液に別々に溶出させるステップ；
    （ｃ）前記第１の試料および前記第２の試料の各々から、生体物質を分離するステップ；および
    （ｄ）試料メンストルアロームフィンガープリントを構築するステップであって、前記試料メンストルアロームフィンガープリントが、前記第１の試料および前記第２の試料からの前記生体物質中の複数のメンストルアロームバイオマーカーのレベルおよび／または存在の差を含む、ステップ
    を含む方法。
  90. 前記生体物質が、ＲＮＡ、ＤＮＡ、メチル化核酸、ｍｉＲＮＡ、タンパク質、タンパク質－核酸複合体、微生物、および哺乳動物細胞型からなる群から選択される１つまたは複数の生体物質を含む、請求項８９に記載の方法。
  91. 前記第１の試料および前記第２の試料からの抽出生体物質を、前記第１の試料および前記第２の試料の他の成分から単離するステップをさらに含む、請求項９０に記載の方法。
  92. （ｄ）における前記試料メンストルアロームフィンガープリントを構築するステップが、前記第１の試料および前記第２の試料からの抽出生体物質をアッセイして複数のバイオマーカーを同定することを含む、請求項９０に記載の方法。
  93. 前記生体物質がｍｉＲＮＡであり、前記複数のバイオマーカーが、ｌｅｔ－７ｃ－５ｐ、ｍｉＲ－１００－５ｐ、ｍｉＲ－１４９－５ｐ、ｍｉＲ－１９３ｂ－３ｐ、ｍｉＲ－２２１－５ｐ、ｍｉＲ－３６３－３ｐ、ｍｉＲ－９９ａ－５ｐ、ｌｅｔ－７ｅ－５ｐ、ｍｉＲ－１０ａ－５ｐ、ｍｉＲ－１０ｂ－５ｐ、ｍｉＲ－１２５ｂ－５ｐ、ｍｉＲ－１２７－３ｐ、ｍｉＲ－１３２－３ｐ、ｍｉＲ－１４１－３ｐ、ｍｉＲ－１４２－５ｐ、ｍｉＲ－１４３－３ｐ、ｍｉＲ－１４４－５ｐ、ｍｉＲ－１４５－５ｐ、ｍｉＲ－１５２－３ｐ、ｍｉＲ－１６－２－３ｐ、ｍｉＲ－１７－３ｐ、ｍｉＲ－１９５－５ｐ、ｍｉＲ－１９６ｂ－５ｐ、ｍｉＲ－１９９ａ－３ｐ／１９９ｂ－３ｐ、ｍｉＲ－２００ａ－３ｐ、ｍｉＲ－２００ｃ－３ｐ、ｍｉＲ－２０３ａ－３ｐ、ｍｉＲ－２０５－５ｐ、ｍｉＲ－２１－３ｐ、ｍｉＲ－２１－５ｐ、ｍｉＲ－２２－３ｐ、ｍｉＲ－２２２－３ｐ、ｍｉＲ－２２４－５ｐ、ｍｉＲ－２３ｂ－３ｐ、ｍｉＲ－２７ｂ－３ｐ、ｍｉＲ－２８－３ｐ、ｍｉＲ－３０ａ－３ｐ、ｍｉＲ－３０ａ－５ｐ、ｍｉＲ－３４ａ－５ｐ、ｍｉＲ－３４ｃ－５ｐ、ｍｉＲ－３６５ａ－３ｐ／３６５ｂ－３ｐ、ｍｉＲ－３７５、ｍｉＲ－４０９およびｍｉＲ－９８－５ｐからなる群から選択されるｍｉＲＮＡを含む、請求項９０に記載の方法。
  94. 前記ｍｉＲＮＡが、ｍｉＲ－１２７１－５ｐ、ｍｉＲ－４４８５－３ｐ、ｍｉＲ－１２５ｂ－２－３ｐ、およびｍｉＲ－４１０－３ｐからなる群から選択される、請求項９３に記載の方法。
  95. 前記複数のバイオマーカーが、表４におけるＣｐＧ部位から選択される１つまたは複数のＣｐＧ部位のメチル化プロファイルを含む、請求項９０に記載の方法。
  96. 前記微生物が、Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｄｅｒｍａｂａｃｔｅｒ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ、Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆａｃｋｌａｍｉａ、およびＫｌｅｂｓｉｅｌｌａからなる群から選択される属の細菌である、請求項９０に記載の方法。
  97. 前記哺乳動物細胞型が、内皮細胞、上皮細胞、白血球、間葉細胞、およびこれらの組合せからなる群から選択される、請求項９０に記載の方法。
  98. （ｅ）前記試料メンストルアロームフィンガープリントを参照メンストルアロームフィンガープリントと比較するステップをさらに含む、請求項８９に記載の方法。
  99. 前記参照メンストルアロームフィンガープリントが、健康状態に関連する前記複数のメンストルアロームバイオマーカーの閾値レベルまたは存在を含む、請求項９８に記載の方法。
  100. 前記健康状態が、外科手術前の健康状態を含む、請求項９９に記載の方法。
  101. 参照状態が、外科手術後の健康状態を含む、請求項９９に記載の方法。
  102. 前記第１の試料および第２の試料が、前記対象から異なる時点で収集された生体物質を含む、請求項８９に記載の方法。
  103. 時点が、約１５分から約３０日の間の期間、分離されている、請求項８９に記載の方法。
  104. 時点が、前記対象の月経周期内の異なる日を含む、請求項８９に記載の方法。
  105. 時点が、単一月経周期内にある、請求項８９に記載の方法。
  106. 時点が、別個の月経周期における日を含む、請求項８９に記載の方法。
  107. 時点が、前記対象の月経の１または複数日中にある、請求項８９に記載の方法。
  108. １つの時点が前記対象の月経中にあり、１つの時点が前記対象の月経中にない、請求項８９に記載の方法。
  109. 前記試料収集用具が、膣内試料収集用具である、請求項８９に記載の方法。
  110. 前記試料収集用具が、生体物質を無傷状態で保存する、請求項８９に記載の方法。
  111. 前記試料収集用具が、少なくとも３ｍｌの流体を吸収することができる、請求項８９に記載の方法。
  112. 前記試料収集用具が、前記試料を収集した後に緩衝剤に置かれる、請求項８９に記載の方法。
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* Cited by examiner, † Cited by third party
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WO2024048514A1 (ja) * 2022-08-29 2024-03-07 学校法人藤田学園 子宮頸がんおよび／または子宮頸部上皮内腫瘍の検査方法

Family Cites Families (12)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US6063042A (en) * 1998-09-28 2000-05-16 Navot; Nir Method for diagnosis of menorrhagia menstrual cycle disorders and their causes
EP1321768A1 (en) * 2001-12-18 2003-06-25 Roche Diagnostics GmbH Diagnosis of endometriosis from menstrual blood
WO2005059557A1 (en) * 2003-12-16 2005-06-30 Monash University Methods of predicting, diagnosing and monitoring term and pre-term labour
KR101043261B1 (ko) * 2009-01-23 2011-06-21 서강대학교산학협력단 개인 맞춤형 월경기 또는 가임기 예측 시스템 및 그 계산방법
GB201403489D0 (en) * 2014-02-27 2014-04-16 Univ London Queen Mary Biomarkers for endometriosis
AU2015302059B2 (en) * 2014-08-12 2020-02-06 Nextgen Jane, Inc. System and method for monitoring health based on collected bodily fluid
CA2958554C (en) * 2014-08-21 2023-02-28 Qurasense Inc. System and method for non-invasive analysis of bodily fluids
US11193942B2 (en) * 2014-12-09 2021-12-07 Anna Villarreal Methods and devices for female health monitoring
EP3442706A4 (en) * 2016-04-13 2020-02-19 NextGen Jane, Inc. SAMPLE COLLECTION AND PRESERVATION DEVICES, SYSTEMS AND METHODS
EP3435261A1 (de) * 2017-07-28 2019-01-30 Bayer AG Vorhersage des blutungsverhaltens von frauen nach einsetzen eines intrauterinen wirkstofffreisetzungssystems
EP3676395A4 (en) * 2017-08-30 2021-09-01 Dot Laboratories, Inc. METHODS AND COMPOSITIONS FOR DETECTION AND TREATMENT OF ENDOMETRIOSIS
DE102019113723A1 (de) * 2019-05-23 2020-11-26 Stefan Kissler In-vitro-Testverfahren zur Früherkennung von Endometriose und/oder uteriner Adenomyose

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