CN114574589A - 标志物znf207在制备肺腺癌诊断试剂中的应用及诊断试剂盒 - Google Patents

标志物znf207在制备肺腺癌诊断试剂中的应用及诊断试剂盒 Download PDF

Info

Publication number
CN114574589A
CN114574589A CN202210456069.XA CN202210456069A CN114574589A CN 114574589 A CN114574589 A CN 114574589A CN 202210456069 A CN202210456069 A CN 202210456069A CN 114574589 A CN114574589 A CN 114574589A
Authority
CN
China
Prior art keywords
znf207
gene
lung adenocarcinoma
mrna
protein
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Granted
Application number
CN202210456069.XA
Other languages
English (en)
Other versions
CN114574589B (zh
Inventor
张方樱楠
吴军
李志斌
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Shenzhen Second Peoples Hospital
Original Assignee
Shenzhen Second Peoples Hospital
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Shenzhen Second Peoples Hospital filed Critical Shenzhen Second Peoples Hospital
Priority to CN202210456069.XA priority Critical patent/CN114574589B/zh
Publication of CN114574589A publication Critical patent/CN114574589A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN114574589B publication Critical patent/CN114574589B/zh
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Images

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/574Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
    • G01N33/57407Specifically defined cancers
    • G01N33/57423Specifically defined cancers of lung
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/574Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
    • G01N33/57484Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer involving compounds serving as markers for tumor, cancer, neoplasia, e.g. cellular determinants, receptors, heat shock/stress proteins, A-protein, oligosaccharides, metabolites
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/112Disease subtyping, staging or classification
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/118Prognosis of disease development
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158Expression markers
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2333/00Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
    • G01N2333/435Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from animals; from humans
    • G01N2333/46Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from animals; from humans from vertebrates
    • G01N2333/47Assays involving proteins of known structure or function as defined in the subgroups

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Food Science & Technology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明属于诊断领域,尤其涉及一种标志物ZNF207在制备肺腺癌诊断试剂中的应用及诊断试剂盒。所述应用中,标志物为基因ZNF207表达的mRNA或蛋白,可以为制备肺腺癌诊断试剂提供又一新思路,可以为肺腺癌的诊断试剂提供又一指标。

Description

标志物ZNF207在制备肺腺癌诊断试剂中的应用及诊断试剂盒
技术领域
本发明属于诊断领域,尤其涉及一种标志物ZNF207在制备肺腺癌诊断试剂中的应用及诊断试剂盒。
背景技术
肺癌是临床常见的恶性肿瘤,是癌症相关死亡的主要病因。 肺癌分为小细胞肺癌(SCLC)和非小细胞肺癌(NSCLC), 肺腺癌是最常见的NSCLC亚型。尽管肺癌的治疗取得了进展,但肺腺癌的5年生存率仅为14.6%,仍需加大对肺癌诊断和治疗的研究。肺腺癌初期症状不明显,往往容易被忽视,等疾病症状明显时已经处于晚期。晚期的治疗手段有放疗、化疗、免疫检查点基因的抑制剂治疗和分子靶向治疗等,其中分子靶向治疗是晚期肺腺癌的一个重要的治疗手段。分子靶向药物在腺癌患者中都出现了不同程度的耐药。出现这种现象的原因是肿瘤具有异质性, 在不同空间和时间条件下,即使同一种肿瘤其生物学特性也会有很大不同。
现有技术中,角蛋白16可作为肺腺癌发生发展及预后标志物;波形蛋白是成纤维细胞活动导致肿瘤细胞侵袭所必需的物质,它通过肿瘤细胞-成纤维细胞的相互作用参与肺腺癌转移。而这些还不能充分满足现有诊断和治疗的需要, 基于此,需要开发更多的分子靶向药物对不同亚型的肺腺癌进行诊断。
发明内容
本申请提供了一种标志物ZNF207在制备肺腺癌诊断试剂中的应用及诊断试剂盒,以提供一种标志物ZNF207在制备肺腺癌诊断试剂中的应用和诊断试剂盒。
第一方面,本申请提供了一种标志物ZNF207在制备肺腺癌诊断试剂中的应用,所述应用中,标志物为基因ZNF207表达的mRNA或蛋白。
可选的,所述基因ZNF207的表达mRNA或蛋白的水平与肺腺癌级别的关系为正相关。
可选的,所述基因ZNF207表达的mRNA核苷酸序列如SEQID NO.1所示,和/或,所述基因ZNF207表达的蛋白的氨基酸序列如SEQID NO.2所示。
可选的,所述mRNA的检测方式包括高通量RNA测序、RNA-原位杂交和荧光定量PCR。
可选的,所述蛋白的检测方式包括免疫组织化学、蛋白印迹和酶联免疫吸附测定。
可选的,所述基因ZNF207的mRNA或蛋白的表达量与肺腺癌病人的存活时间和/或存活率的关系为负相关。
第二方面,本申请提供了一种检测肺腺癌的诊断试剂盒,所述诊断试剂盒包括:用于检测基因ZNF207表达的mRNA或蛋白的引物或探针;所述基因ZNF207表达的mRNA核苷酸序列如SEQID NO.1所示;所述基因ZNF207表达的蛋白的氨基酸序列如SEQID NO.2所示。
可选的,所述基因ZNF207的RNA-原位杂交探针序列如SEQ ID NO.3所示。
可选的,用于检测所述基因ZNF207的荧光定量PCR引物序列组的碱基序列如SEQID NO.4-11所示。
本申请实施例提供的上述技术方案与现有技术相比具有如下优点:
本申请实施例提供的一种标志物ZNF207在制备肺腺癌诊断试剂中的应用中,肺腺癌诊断标志物为基因ZNF207表达的mRNA或蛋白,通过诊断试剂检测ZNF207表达的mRNA水平或蛋白水平,可以为制备肺腺癌诊断试剂提供又一新思路,可以为肺腺癌的诊断试剂提供又一指标。
附图说明
此处的附图被并入说明书中并构成本说明书的一部分,示出了符合本发明的实施例,并与说明书一起用于解释本发明的原理。
为了更清楚地说明本发明实施例或现有技术中的技术方案,下面将对实施例或现有技术描述中所需要使用的附图作简单的介绍,显而易见地,对于本领域普通技术人员而言,在不付出创造性劳动性的前提下,还可以根据这些附图获得其他的附图。
图1为本申请实施例提供的一种预测愈后生存率的方法的流程示意图;
图2为本申请实施例提供的ZNF207在肺腺癌细胞和正常细胞中的mRNA表达量图;
图3为本申请实施例提供的ZNF207在肺腺癌四个阶段中肺腺癌细胞的mRNA表达量图;
图4为本申请实施例提供的A组肺腺癌病人生存情况曲线图;
图5为本申请实施例提供的B组肺腺癌病人生存情况曲线图;
图6为本申请实施例提供的C组肺腺癌病人生存情况曲线图;
图7为本申请实施例提供的D组肺腺癌病人平均生存情况曲线图;
图8为基因ZNF207在肺腺癌细胞和正常细胞中的蛋白表达量图;
图9为本申请实施例提供的与基因ZNF207相关的核仁类基因关联性示意图;
图10为本申请实施例提供的与基因ZNF207相关的非编码RNA代谢修饰通路类基因关联性示意图;
图11为本申请实施例提供的非编码RNA代谢修饰通路类基因表达量图。
具体实施方式
为使本申请实施例的目的、技术方案和优点更加清楚,下面将结合本申请实施例中的附图,对本申请实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述,显然,所描述的实施例是本申请的一部分实施例,而不是全部的实施例。基于本申请中的实施例,本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动的前提下所获得的所有其他实施例,都属于本申请保护的范围。
在整个说明书中,除非另有特别说明,本文使用的术语应理解为如本领域中通常所使用的含义。因此,除非另有定义,本文使用的所有技术和科学术语具有与本发明所属领域技术人员的一般理解相同的含义。若存在矛盾,本说明书优先。本文中所使用的专业术语只是为了描述具体实施例的目的,并不是旨在限制本发明的保护范围。例如,室温可以是指10~35℃区间内的温度。
除非另有特别说明,本发明中用到的各种原材料、试剂、仪器和设备等,均可通过市场购买得到或者可通过现有方法制备得到。
本申请实施例的技术方案为解决上述技术问题,总体思路如下:
根据本发明一种典型的实施方式,提供了一种标志物ZNF207在制备肺腺癌诊断试剂中的应用,所述应用中,标志物为基因ZNF207表达的mRNA或蛋白。
具体地,肺腺癌诊断试剂包括但不限于:诊断待测病人是否患有肺腺癌的诊断试剂,或诊断待测病人患有肺腺癌程度或肺腺癌级别的诊断试剂;在制备肺腺癌诊断试剂时,通过制备用于检测基因ZNF207表达的mRNA或蛋白的试剂,检测基因ZNF207表达量,可以判断肺腺癌的级别,为肺腺癌诊断提供了一组新的诊断标志物,丰富了检测时的参考量,可以实现早发现早治疗的效果。基因ZNF207表达的mRNA或蛋白水平升高可以为制备肺腺癌诊断试剂提供又一新思路,可以为肺腺癌的诊断试剂提供又一指标。
具体地,ZNF207在肺腺癌细胞和正常肺组织的mRNA表达数据,如图2所示,该数据收集了482位患有肺腺癌的病人和347位健康人的ZNF207的mRNA表达量,纵坐标为ZNF207的mRNA表达量,肺腺癌混在的标准化数值TPM的值为5-8之间,平均值在6.6左右;正常组织中,标准化数值TPM的值为5.5-7之间,平均值在6.1左右;在肺腺癌(LUAD tumor)中量显著性高于普通组织(tumor normal)(P<0.05)。
常规的,不同个体ZNF207基因的表达量,在普通肺组织和肺腺癌细胞中的表达量有一定差异,但普通肺组织和肺腺癌细胞中,均存在一定区间;判断ZNF207基因是否可以作为肺癌诊断的指标时,只需要将肺腺癌病人自己的疑似患病部位和自己周围正常肺组织对比ZNF207基因表达量即可。
通过临床的实践,肺腺癌病人自己的疑似患病部位和自己周围正常肺组织,对比ZNF207基因表达的蛋白的量,蛋白的检测值远超过正常组织的检测值,经其他检测指标分析,也判断疑似患病部位为中确实为肺腺癌组织,如图8所示,为免疫组化的图,其中,图中黑色的部分是苏木素染的细胞核,原图是紫色,原图中棕色的是蛋白信号。左图为患病部位肺腺癌组织,蛋白的检测值高,呈深黑色部分较多,远高于同类组织正常值,右图为正常肺组织,蛋白的检测值正常。
在一些实施方式中,所述基因ZNF207的表达mRNA或蛋白的水平与肺腺癌级别的关系为正相关。
具体地,基因ZNF207的表达水平越来越高,肺腺癌级别提高,两者存在正相关的关系;在肺腺癌四个阶段中,第1阶段为肺腺癌初期,第4阶段为肺腺癌最严重的时期,越后期,ZNF207的表达量越高,如图3所示,横坐标从左到右为肺腺癌一阶段、二阶段、三阶段和四阶段,纵坐标为ZNF207的相对表达量。对四组数据进行F检验,F值为3.38,大于1,且Pr(>F)=0.0181小于0.05,说明在肺腺癌进展四个阶段中,各组间存在统计学显著性差异,四组间ZNF207表达量随肺腺癌进展的升高具有统计学差异。
在一些实施方式中,所述基因ZNF207表达的mRNA核苷酸序列如SEQID NO.1所示,和/或,所述基因ZNF207表达的蛋白的氨基酸序列如SEQID NO.2所示。
在一些实施方式中,所述mRNA的检测方式包括高通量RNA测序、RNA-原位杂交和荧光定量PCR。
在一些实施方式中,所述蛋白的检测方式包括免疫组织化学、蛋白印迹和酶联免疫吸附测定。
具体地,ZNF207在肺腺癌细胞和正常细胞中的蛋白表达量,如图8所示,左图为肺腺癌细胞中,ZNF207表达的蛋白量,右图为正常细胞中的ZNF207表达的蛋白量,右图可知,左图中在肺腺癌组织中癌细胞高水平表达ZNF207,右图中正常肺组织ZNF207显著弱于癌组织,说明了ZNF207在肺腺癌发生过程中表达量升高。
在一些实施方式中,所述基因ZNF207的在预测肺腺癌病人存活时间中的用途,所述基因ZNF207的mRNA或蛋白的表达量与肺腺癌病人的存活时间和/或存活率的关系为负相关。
根据本发明另一种典型的实施方式,提供了一种检测肺腺癌的诊断试剂盒,所述诊断试剂盒包括:用于检测基因ZNF207表达的mRNA或蛋白的引物或探针;所述基因ZNF207表达的mRNA核苷酸序列如SEQID NO.1所示;所述基因ZNF207表达的蛋白的氨基酸序列如SEQID NO.2所示。
具体地,诊断试剂盒包括但不限于:诊断待测病人是否患有肺腺癌的诊断试剂盒,或诊断待测病人患有肺腺癌程度或肺腺癌级别的诊断试剂盒;通过本申请的引物或探针,对基因ZNF207表达的mRNA核苷酸序列或表达的蛋白的氨基酸序列进行检测提供了又一可行的诊断手段。述基因ZNF207表达的mRNA核苷酸序列如SEQID NO.1所示,其中编码区序列(CDS)为第130位到第1566位核苷酸。
ZNF207机理分析:ZNF207表达的蛋白是细胞周期检查蛋白BUB3的结合蛋白。将肺腺癌病人按照ZNF207表达量分组,将高表达组与低表达组对比,找出表达有差异的基因,这些是ZNF207潜在的下游基因。将获得的下游基因用STRING进行相互作用分析,以及基因功能通过DAVID GO进行聚类分析,如图9所示,基因ZNF207的表达,与下游相关基因密切相关,图中,横坐标为显著性,当柱状图的量越多,表明与之相关的功能性基因越紧密;纵坐标为RNA结合类基因、基因表达类基因、核苷酸代谢修饰通路类基因、非编码RNA代谢修饰通路类基因、tRNA代谢修饰通路类基因,其中,RNA结合类基因、基因表达类基因、核苷酸代谢修饰通路类基因、非编码RNA代谢修饰通路类基因与ZNF207基因关联性紧密,当ZNF207高表达时,大量核仁相关基因差异表达(如图10所示,深黑色的球,每个球代表一个基因/蛋白),这提示了核仁相关功能的调控可能是ZNF207调控肺腺癌进展的新机制;按照基因参与的细胞过程进行功能性聚类,发现ZNF207下游基因参与非编码RNA代谢修饰通路类基因调控(如图10中深黑色球状基因),通过对图10中的基因进行表达量测定,如图11所示,发现大部分基因参与tRNA合成及修饰,tRNA主要参与蛋白质翻译,ZNF207调控tRNA合成,提示除了既往已经发现的参与纺锤体组装的功能外,ZNF207通过参与tRNA合成及成熟调控肺腺癌进展。
本申请的方法中,通过检测mRNA核苷酸序列如SEQID NO.1所示的量,或检测蛋白的氨基酸序列如SEQID NO.2的量,可以确认基因ZNF207表达量,最终通过肺腺癌诊断试剂进行检测。
在一些实施方式中,所述基因ZNF207的RNA-原位杂交探针序列如SEQ ID NO.3所示。
通过本申请的RNA-原位杂交探针序列,可以精确地检测出基因ZNF207表达的mRNA核苷酸序列的含量。
在一些实施方式中,用于检测所述基因ZNF207的荧光定量PCR引物序列组的碱基序列如SEQ ID NO.4-11所示。
荧光定量PCR引物序列的第一组,得到的产品长度为 221,Forward primer 1的碱基序列为TGGAATGATGCCACCTGGAC,以mRNA核苷酸序列744-763段的序列为模板;Reverseprimer 1的碱基序列为CCTGAGCCTGTCCAGCAC,以mRNA核苷酸序列964-947段的序列为模板;荧光定量PCR引物序列的第二组,得到的product length = 180,Forward primer 1:CAGTGCTGGACAGGCTCAG,以mRNA核苷酸序列945-963段的序列为模板;Reverse primer 1:ATTGAAGCCGCTGGTTTAGC,以mRNA核苷酸序列1124-1105段的序列为模板;荧光定量PCR引物序列的第三组,得到的product length = 178,Forward primer 1:CAGTGCTGGACAGGCTCAG,以mRNA核苷酸序列945-963段的序列为模板;Reverse primer 1:TGAAGCCGCTGGTTTAGCTG,以mRNA核苷酸序列1122-1103段的序列为模板;荧光定量PCR引物序列的第四组,得到的product length = 227,Forward primer 1:TGGAATGATGCCACCTGGAC,以mRNA核苷酸序列744-763段的序列为模板;Reverse primer 1:CAGCTGCCTGAGCCTGTC,以mRNA核苷酸序列970-953段的序列为模板。
利用本申请的诊断试剂盒,预测愈后生存率的方法,所述方法包括以下步骤:
S1.得到多个肺腺癌病人的肺组织;
S2.利用本申请的试剂盒检测并得到所述肺组织中基因ZNF207表达的第一表达量,得到多个所述肺腺癌病人的表达量库;
S3.得到多个所述肺腺癌病人的存活时间,所述存活时间从所述检测时开始计算;
S4.得到待预后肺腺癌病人的基因ZNF207表达的第二表达量,其中,所述第二表达量和所述第一表达量分别包括以下至少一种:mRNA和蛋白,且所述第二表达量与所述第一表达量相互对应;
S5.根据所述表达量库、所述存活时间、所述第二表达量,预测所述待预后肺腺癌病人的存活率和存活时间范围。
具体地,基因ZNF207表达mRNA或蛋白的表达高,则肺腺癌病人预后差,可以作为判断病人预后的指标。
整体来说,通过S2得到表达量库后,可以明显看出ZNF207高表达组病人生存情况明显差于低表达组,对482个患有肺腺癌的病人进行检测,得到数据集A,选择表达量前30%与表达量后30%为A组,选择表达量前40%与表达量后40%为B组, 选择表达量前50%与表达量后50%为C组,分析并量化其存活时间和存活率;后续得到待预后肺腺癌病人的基因ZNF207表达的第二表达量,可以通过这三组数据证明基因ZNF207表达的第一表达量分别与存活时间和存活率直接的关系。
A组的肺腺癌病人生存情况如图4所示,横坐标为存活时间,纵坐标为存活率,由图可知,表达量后30%的存活情况明显优于表达量前30%,存活时间更长,存活率更高。P=0.02,表面该曲线具有显著性,可以用于预后,即预测存活时间和存活率。
B组的肺腺癌病人生存情况如图5所示,横坐标为存活时间,纵坐标为存活率,由图可知,表达量后40%的存活情况明显优于表达量前40%,存活时间更长,存活率更高。P=0.024,表面该曲线具有显著性,可以用于预后。
C组的肺腺癌病人生存情况如图6所示,横坐标为存活时间,纵坐标为存活率,由图可知,表达量后50%的存活情况明显优于表达量前50%,存活时间更长,存活率更高。P=0.018,表面该曲线具有显著性,可以用于预后。
另外,若待预后肺腺癌病人的基因ZNF207表达mRNA的标准化数值TPM的值为7.1,其表达量落于前50%组,通过图7,预测其生存期属于高表达组,该组平均生存期为23个月,在基于同样的治疗条件的肺腺癌病人,通过本申请的方法,对347个患有肺腺癌的病人进行检测,得到数据集B,如图7,可以预测其存活率。由图7可知,通过将基因ZNF207表达mRNA量分为2组,表达量高的50%组为高表达组,和表达量低的50%组为低表达组,横坐标为存活时间,纵坐标为存活率,由图可知,表达量后50%的存活情况明显优于表达量前50%,存活时间更长,存活率更高。P=7.3×10-5,表面该曲线具有显著性,可以用于预后,低表达量组的平均存活时间为44.83个月,高表达量组的平均存活时间为23个月,具体存活个数如表1所示。
表1图7中高表达组和低表达组存活个数。
项目 初始状态 50个月 100个月 150个月 200个月
高表达组中存活人数 360 181 13 1 0
低表达组中存活人数 359 166 56 18 1
下面将结合实施例、对比例及实验数据对本发明的方法进行详细说明。
实施例1
检测mRNA的含量
利用荧光原位杂交方法,实验流程如下:
1、荧光原位杂交检测的所用的试剂
10倍PBS储存液制备:40克氯化钠、1g KCl、4g Na2HPO4、1.2g KH2PO4添加500mL蒸馏水,调节pH为 7.2;
1倍PBS工作液制备:取50ml 10倍PBS至450mL去离子水。
马来酸缓冲液制备:在12.5mL H2O中加入2g马来酸,稀释至20毫升;加入 6mL 5M氯化钠,加水至200mL。
封闭剂(10%)制备:在100mL马来酸缓冲液调节pH为7,再加入10g封闭剂溶解。
10倍TBS母液制备:17.532g氯化钠、200mL 1M Tris溶液、450mL去离子水、0.08%的吐温。
4%甲醛制备配方:47.2mL 37%甲醛和352.8mL PBS(1倍)。
甲酰胺洗涤液制备:将0.4g牛血清白蛋白溶解于112mL去离子水中,然后加入4mL1M tris最后添加280毫升甲酰胺;使用时在甲酰胺洗涤液中洗涤15分钟,洗涤2次。
探针杂交液配制:67.2uL去离子水、5uL 1M Tris (pH 7.2)、42.8uL氯化镁、350uL去离子甲酰胺、25uL封闭剂、10uL RNA-原位杂交探针(序列如SEQ ID NO.3所示,10.44nmol,约10nmol),将pH值调节至7.0,最后加入适量水,得到探针杂交液。
2、切片预处理
制备切片、将从肺腺癌组织上制备的连续切片入烤箱80.5º℃烘烤1-2小时。
使用甲酰胺洗涤液中洗涤15分钟,洗涤2次。
3、消化酶消化
在PBS中洗涤5分钟3次,将切片在水浴下以胃蛋白酶溶液消化1-2分钟。
4、在PBS中洗涤5分钟;在4%甲醛/PBS中固定2分钟;在PBS中洗涤5分钟3次
5、梯度酒精脱水:分别在70%--90%--100%乙醇中脱水5分钟后风干15-20分钟。
6、探针杂交和孵育
将100mL含MgCl2的缓冲液、25mL氯化镁溶液、9mM柠檬酸溶液、82mM Na2HPO4混合,将pH值调节至7.0,最后加入水;在22x50盖玻片上,每个探针杂交液添加10uL;取出切片并将其放在盖玻片上。在85ºC下变性3分钟,在37ºC的湿室中孵育2小时。
接着,将切片在0.08%吐温的TBS中洗涤5分钟,洗涤3次;在70%--90%--100%乙醇中进行梯度脱水,每次5分钟;后风干,在1.5mL试管中加入4滴防荧光猝灭剂和1滴DAPI,充分混合,然后在每个22x40盖面上涂抹。将滑梯面朝下,盖住玻片,轻轻按压,观察是否有气泡;用透明指甲油密封,在4ºC的温度下在黑暗中孵育一夜。
7、结果分析
利用荧光原位杂交进行检测:拍照,根据相同曝光条件下荧光强度计算RNA相对含量。
实施例2
免疫组化对蛋白的检测
用石蜡包埋的组织切成4μm厚的切片。通过在0.01M柠檬酸溶液(pH=6)中煮沸样品10分钟,然后自然冷却进行抗原修复。用3%过氧化氢溶液和5%山羊血清在37℃下封闭载玻片1小时。抗体按1:1000稀释,载玻片在4℃下孵育过夜。接下来将切片与二级抗体孵育,并使用四氯化二氨基联苯胺(DAB)进行过氧化物酶反应。显色后根据棕色信号进行定量分析,得到如图8所示。
实施例3
荧光定量PCR(Q-PCR)检测mRNA
按常规方法提取组织RNA,反转录为cDNA进行Q-PCR,反应体系及反应条件如下:以20μL为例,将10µl SYBR Green Q-PCR酶工作液、1-5μL模板、1μL上游引物、1μL下游引物、0.4µl ROX Reference Dye、添加去离子水至20μL。常规的,1µg RNA的逆转录产物稀释10倍使用,通常20μL QPCR体系中加入1μL。QPCR程序可以选用65℃的退火及延伸温度,时间为15-60sec。上下游引物为荧光定量PCR引物序列组包括,其碱基序列如SEQ ID NO.4-11所示。
需要说明的是,在本文中,诸如“第一”和“第二”等之类的关系术语仅仅用来将一个实体或者操作与另一个实体或操作区分开来,而不一定要求或者暗示这些实体或操作之间存在任何这种实际的关系或者顺序。而且,术语“包括”、“包含”或者任何其他变体意在涵盖非排他性地包含,从而使得包括一系列要素的过程、方法、物品或者设备不仅包括那些要素,而且还包括没有明确列出的其他要素,或者还包括为这种过程、方法、物品或者设备所固有的要素。在没有更多限制的情况下,由语句“包括一个……”限定的要素,并不排除在包括所述要素的过程、方法、物品或者设备中还存在另外的相同要素。
以上所述仅是本发明的具体实施方式,使本领域技术人员能够理解或实现本发明。对这些实施例的多种修改对本领域的技术人员来说将是显而易见的,本文中所定义的一般原理可以在不脱离本发明的精神或范围的情况下,在其他实施例中实现。因此,本发明将不会被限制于本文所示的这些实施例,而是要符合与本文所申请的原理和新颖特点相一致的最宽的范围。
序列表
<110> 深圳市第二人民医院(深圳市转化医学研究院)
<120> 标志物ZNF207在制备肺腺癌诊断试剂中的应用及诊断试剂盒
<160> 11
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 13692
<212> DNA/RNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
gtcggccatt ttgtgtctgc ttcctgtggg acgtggtggt agccgttggg ttgggaaagt 60
gagggatttt tggcctcgtt tctcctgctt cttttctcct cccttttact ttgccggtag 120
aacacagtta tgggtcgcaa gaagaagaag cagctgaagc cgtggtgctg gtattgtaat 180
agagattttg atgatgagaa gatccttatt cagcaccaaa aagcaaagca ttttaaatgc 240
catatatgtc acaagaaatt gtatacagga cctggcttag ctattcattg catgcaggta 300
cataaagaaa caatagatgc cgtaccaaat gcaatacctg gaagaacaga catagagttg 360
gaaatatatg gtatggaagg tattccagaa aaagacatgg atgaaagacg acgacttctt 420
gaacagaaaa cacaagaaag tcaaaaaaag aagcaacaag atgattctga tgaatatgat 480
gatgacgact ctgcagcctc aacttcattt cagccacagc ctgttcaacc tcagcaaggt 540
tatattcctc caatggcaca gccaggactg ccaccagtac caggagcacc aggaatgcct 600
ccaggcatac ctccattaat gccaggtgtt cctcctctga tgccaggaat gccaccagtt 660
atgccaggca tgccacctgg aatgatgcca atgggtggaa tgatgccacc tggaccagga 720
ataccacctc tgatgcctgg aatgccacca ggtatgcccc cacctgttcc acgtcctgga 780
attcctccaa tgactcaagc acaggctgtt tcagcgccag gtattcttaa tagaccacct 840
gcaccaacag caactgtacc tgccccacag cctccagtta ctaagcctct tttccccagt 900
gctggacaga tggggacacc tgtcacaagc tcaagtacag cttcatccaa ttcagaaagt 960
ctgtctgcat cttctaaagc tctgtttcct agcacagcac aagctcaggc agctgtccaa 1020
ggacctgttg gtacagattt caaaccctta aatagtaccc ctgcaacaac tacagaaccc 1080
ccaaagccta cattccctgc ttatacacag tctacagctt caacaactag tacaacaaat 1140
agtactgcag ctaaaccagc ggcttcaata acaagtaagc ctgctacact tacaacaact 1200
agtgcaacca gtaagttgat ccatccagat gaggatatat ccctggaaga gagaagggca 1260
cagttaccta agtatcaacg taatcttcct cggccaggac aggcccccat cggtaatcca 1320
ccagttggac caattggagg tatgatgcca ccacagccag gcatcccaca gcaacaagga 1380
atgagacccc caatgccacc tcatggtcag tatggtggtc atcatcaagg catgccagga 1440
taccttcctg gtgctatgcc cccgtatggg cagggaccgc caatggtgcc cccttaccag 1500
ggtgggcctc ctcgacctcc gatgggaatg agacctcctg taatgtcgca aggtggccgt 1560
tactgatctt acttcatcca gtctaatagg tttggagatt aaaccttttc tcaacttgtg 1620
ctgtttatat agccaagctt ccgtcaataa ggcttcattg tgactttaac aaacattatc 1680
ttcccacata ccaggaacta ttggacattt attttacatg ggaaaaatta tttggaataa 1740
taaagcagga acttttcctg aagttgcaat ttatactgta tggcttcttt ttcatgtttc 1800
atctaggttt ttagaagtga agtatagtaa atttggttcg ttaaattgtg aaggcgctgg 1860
aattacatga acataccacc ctagtaaagg caagttctgt aagcttacat tgctatttgt 1920
aaagtttgcc ttcacagcat ttcagatgct gttggacttc atgtccccaa cctagcttgg 1980
tgagggctgt aactgtttcc aagtacttgt acattggaag tctgaatgtg taacaatatt 2040
taatgtattt agagttcctc atgttgcagg gtttaagaaa tctgacccac caaggtcatg 2100
tgacttttct gtactgttaa acttcattgt aataaaatga gagaaaaatt tatgcctttt 2160
tattcataac ccagctgtgg accactgcct gaaaggtttg tacagatgca tgccacagta 2220
gatgtccaca taataaaatt catagttacc aatgcagttt tgatatatca ttggattctg 2280
tctttgagtt gtaggttatt tcttagctgc atgttttaaa ctgaatttgc atagagttgt 2340
atgttaatgt ttcagttaag agaaaaactt aagatacatg agtcattaca taatgggtat 2400
gaaatcttta taatcaccct tccaccctct atggtgtcag tacacatcac gtgtcataga 2460
tacttaaaat gtaaatgtta acacttttcc ttcctgctga gatgtttaga gcctagtgcc 2520
agacccattc atttcctttt gattattttt gagactcagt actgcatgga cctcagaagc 2580
ttttcaggtg caaacttcta gaagcttagg tgcatgcagt aatagcttct tgtgctgtta 2640
atgggttatt atatattatt ctaagtgtaa tgctgagaat ctaaatgtgt ctctgttggg 2700
atggttaaca gatgaattgg caatttttat tatgttcctg gaagattaca ttattcattt 2760
gagtaccttc tgttattaag cctaggtagc cttactgtgc aactttttat ttatccttgg 2820
aaattttgaa tgttgtgttc ttacagagag cttttctgta gagatgactg ctattcaata 2880
ttttgtgttg caacctctta aaataatagc tcttgttgac ctttttggga tctgtttttc 2940
tgatcttttg cagggtagtt ttatgatttt ttaggcatca aataacctat gcaaagtatt 3000
aatataatga actcaagttg agtttttctc attataaagt taagacttct aagaaaatgg 3060
taacatttct ttataacttt cctgtgaagg tatagataaa acacatgaag tctgaagttg 3120
tatggaaaaa agggctttaa ctttgaagga aaatatattg aaaagtgatt tagccatcac 3180
aaaagagttc gtatttatgt gacagatgaa agtcatacct ttaagcaaaa cattgcaagt 3240
attataaagc tgaatgctat tttaactcac attggctggg tgcagtggct cacgcctgta 3300
atcccagccc tctggaaggc tgagatggga ggattgcttg agtccaggag tttgagacca 3360
gcctggccaa catggcaaaa ccccatctgt acaaaacatt taaaaattag ccaggcgcgt 3420
tagtgtgtgt ctgtggtccc agctgctcaa gaggctgagg aaggaggttc ttcctccttc 3480
cgaggctgcg gtgagctatg ttcactccag cctgggcaac agagcgagac tctgtcaaaa 3540
aataaattaa aatatctgat tatctggctt caatgatttt ggctcctgtg cttgtggtac 3600
catagtggta caaaaatttt catagtttga aaataaaaca ggtattttgc cagtaatgta 3660
tttctttctg ccagcagcca agtcccaaac cactttcccc tctgaacctc tgcttaccta 3720
aatggtttca aaattaatac atgctgcttt gatttggcag cacacttaat atactgctga 3780
aggaaaactt gtgttgaaag tctttaagat aaaaatggtg tgataggccg ggcgcagtgg 3840
ctcacgcctg taatcccagc actttgggag gcccaggcgg gtggatcatg aggtcaggag 3900
atggagacca tcctggctaa cacggtgaaa ccccgtttct actaaaaata caaaaaatta 3960
gctgggcgta gttgcggatg cctgtagtcc caactactct ggagaccgag gcaggagaat 4020
ggcgtgaacc cgggaggcat agcttgcagt gagcggagat cacaccactg cactctagcc 4080
tggacgacag attgagactc cgtctcaaaa aaaaaaaatg ctgtgattaa atttagaata 4140
attaagtaag gggtgctctc ccaaattctc aggaatttca tgtatacggt tattgacaaa 4200
ctgcaatagg gttagtagac ctgtttcaga aattatgtga agctttattt gcattttatg 4260
caaagaaggt tgatactttg tagcaaggtt ttttgctctc tgtataggtc tgatgggcaa 4320
aaatggaact tttaaatatg ggatagaatt ctaattaaaa attaattgaa agtgttaggc 4380
attggcagat aaaacttaag ctcatgagtt cctgagtttg tagctatagg ctcagaggtg 4440
gtgtacccat ttaatatatt tgaagtgtaa tttttgcatg catccaaacg taattaagct 4500
tctagaaaat accttttttc taaatgcttc tggggtccat agtgtggttg aattatgagt 4560
ggagcaaatt atattcatat aattaactct gactcaacct tccttaagta gtagatgaag 4620
ttgagtcaaa gtggatgcca actgccctca cagaagacaa cttttgggac ttgataattc 4680
aggcaggcat tgtgattgtc ataattaagg aagctgtaag gttagtaggg ctggcaactt 4740
tggctctacc ttacatccac cccttttaga aaaacaagaa aacattttgt ctggcactag 4800
tttctgttgt ataagttttc atactgttta acaagaccac agcaggtaag gattaatttt 4860
tgagtggctg ctggaattac ttgatttgaa tacttagtat tttagtagtg tctcacacat 4920
ttgccattag gtatgaataa aatattccta ctgtactcct attccactaa gttacatttt 4980
gaacttagac tcaccttaat taaacttaat taattgggga gggggattcc ccaacaaaaa 5040
gaagtacggg ctcagagtgg aattgtagtg gacaatagtt aaaaacaaag ctgctccttt 5100
tgcttgcttg atcattggga tttttaaaaa aaaaaatttt aatgcatgtc ttttaaatta 5160
attgggaact gtttttctaa aattaaaatt ttcttcttcc tatagccctg ccataggaca 5220
ggctgaggct gagtctcagt gttgccctgt tcagtctgag gcaagtggga tttattttat 5280
tccttatagg ggctttcaca gctttatggc tgttggatat ttatgtcccc aaacttgcag 5340
caagtttggt gaaggcccct aaatttaatt aaacttagga tttttatact cttttggcag 5400
agaaggctct atattaatat tcacgtttga ctgtggtgtt aataaacata agtatttcat 5460
atgcaatttt atgtaatttg ctgtgtgtta cataattaac agcttcagta aagcttgtgt 5520
tcctatattg aacttcaata aattgacaaa atttgatatt tttgattgga ggcaagaaat 5580
gtttcattca agttttttac tttcacttct aggaaaatct tactggtttt attttctcca 5640
taaactatta aatttaacct caaggataag tttaatcatt ggaaatgcca ctggatactg 5700
aaatgtgcct tctctttttt gagacggagt ttcactctta tcacccagga tggagtgcag 5760
tggtgcgatc tcggttcact gcaacctctg cctcccggat tcaagtgatt ctcctgcctc 5820
agcctcccga gtagctggga ttataggctc ccgccaccac atctggctat tttttcaata 5880
tttttcagta gggatggggt tttgccgtgt tggccaggct ggtctcaaac tcctgacctc 5940
aggtgatcca cccatctcag cctcccagag tgctggagta gcaggtgtga gccaccgcgc 6000
ctggccaaaa tctgcattct tttttttttt tttttttttt ttttgagact gtctcgctgt 6060
gtcacccagg ccagagtgca gtagcacgat ctcagctcac tacaacctcc acctcctgga 6120
ttcaagcgat tctcctgtct cagcctcccg agtagctggg actacaggtg cttgccacca 6180
cacccggcta attttttgta tttttagtag agacggggtt tcaccgtgtt agccaggatg 6240
gtctcgatct cctgactttg cgatccccct gcctcggcct cccaaagtgc tgggattaca 6300
ggcgtgggcc accgcgcttg gccaaaatct gcattcttaa tcacaaactt acgcattgaa 6360
tgttaaggct aaaaggtcat ctggaaatgc ttaattttaa aatattttca agcctcacca 6420
cattagagca aatgttaatg tagagccctg taaaggtggg aaggtggtgt ctatgtgtgt 6480
gcttgtgtat gtgggggtat agaccatata gttgatataa caacagaatt tgggtgttac 6540
agacctttca gcatggatgg attactaatt ttcaggtatc gaaactgaaa tttgatacct 6600
gatcctgtgg taaagtatgt taaactatgg ttttggagtg attattttga ggttcatttt 6660
cagcctcact gaacagtgtt ttacgcacat gtgaaaagta tccacatttg tttccaacta 6720
aaatttgctt ttatttggtg agaaaagttg tgtgcgtgtg tttgttgtag ggaataatta 6780
gggaattgga agagaggcca aaaacaaacc tgaattactt ttgtttcttg tgtttgagcc 6840
acgattctat ccagatagca gtttactctg agcagtaaca atgaacaagc agtatagcat 6900
ttagcaaacc tggaattgtt tgtatatggt tttcattctt ggaagcataa agaaaaaata 6960
tgcattaaat gaattgtaaa ttttgacttg ttaaataaca tgtttttcac tataactaat 7020
aggattttaa tatttaaaga attttgttgc ttccatgaca aaatatccca ttggactatt 7080
ttataacctc agtaatcaac atttaagagt ccttaattgg agatctgttt tctctattac 7140
ctaccatcct gcaatatgct gaaatctttc taagttgctt atcttaattc taatggtgat 7200
aattgaaaaa agtgtgctgg aaatacaggc tcttatctgg ttgagtactg ggggtgggaa 7260
ggatttagta atgtcataat ctgttgaagg taatatctat agataactaa gatagttcct 7320
ttttttttgt agttctgtga ctcagacaaa taagattttg agaattatgt agtttttagg 7380
tgtctgtaac atccactagt aaaacttggc aaatgaaaga aaattgtgaa gtcaccactt 7440
taactgagtc aaaattttgt ttgaataagc tgatgaaaat agacatgtac cctagaagta 7500
gatactctaa aattatacag acatgaatgt cttttttaaa aggttgtcat tattgaccta 7560
atattgagta atctttctgc gttattccaa attgaaattt gtttgctctt cattgtaact 7620
tttatgtaaa agtcctttaa aaggggattc aattataagg ctatttgact atagggcaga 7680
tttttataag taaacattcc cccaattcca cttatgctaa ctgtctcatg acagtaaagt 7740
ttactccttt ttagaaaccc tttctcagta ttttaatttc tgtcattgaa tcatttaaat 7800
aataaccttt tgtttttata gcaaagaaat catctgactt ttctgtgtga tgtttcttgg 7860
caaaataagc acttgatgta tggtcatgta cataatggat attcattaat tttgtgatta 7920
gtgctgagtt ttctaaacta ctatcttaag ctcttaggca ccctattatg gatctaattc 7980
aaaccaatat gtaggaaatg gagaaagtag gacttcagtt tgcgcttccc aataacttta 8040
aatatatcca ccttttccaa gtgtttaagc cctaaaacat ctatctttat ttttttacct 8100
ggcatttttg ttagaaaata gattacgttt taaagtaaca ttaaaaaaat tcttcagtaa 8160
gataattgct tttaataagt atatttttct tgctcttggc tctatacatt tttgcataat 8220
attttagtct tgaaaagctt ttcattttct taactctgga aaataatagt ttggaactaa 8280
attagtttga gaaatctgaa tcatctctct ttaaatctgt tcagttagtc tcatgtattc 8340
tcaggggaaa atgtctttat tttactaagc ggaagtagta gtcatattga ggcagaaatt 8400
tgtagcccaa acaaggtagg tcttcgctga aactaatttg aactattcct atttgaagca 8460
aattgaacac tattataaat ctagactggc taattagatg gaaactttga tggttaggtt 8520
ctttaagagg catacaatcc gttatgagaa tgtttatgtt tatgttttaa tttttatcaa 8580
aataacctca gaggaggtac atgtgagtaa actgtcttaa tggttgatta cttggaaccc 8640
acccattaat tctaaatgat gtaatggtct ataaggtagt aatctggcac agcttcagta 8700
atgtgtgctg tgtttgtaaa aaggtgaagt actttattgg cattttctaa gccctctgac 8760
attgttagtg tctgggttgg ttggtttgca ttttactatt atggtggaat ctgtgttcct 8820
tcaccattgg ttaagtctga ggaactaaca gtgaaattca ttgatggcca acttggataa 8880
aaatgaagaa tgatattttc ccagtttact acacatggac caatagtgat tatttgggag 8940
agaacactgg gtagtattgt ttgacttaag aaccttaaat atattgaaaa gtaatggcat 9000
tcttgctcat gatttgcatt tgttagtgag gtctcaccat agtattttaa tgtagcttct 9060
tattaaaatt ttattcataa atagtttagc agtcacagag gtgaaaaaaa aaagatttgc 9120
accatcatat ccgagtcttt actaataaaa tgaggctgct taagtaccca agtggagcaa 9180
gggaagagtt actacagtta ctgtaagtct gagttagaaa aaatacagag catctagtta 9240
ttgagcaaag ccccctttta cctgttcgct tattcaaaga gaaacaatag aatttgcttc 9300
tcagtacatg tttttaaaat tgagaatctc tgatgtgaca aaatcaattt ttacaaaagt 9360
tgaattaaaa acttttaaaa attgcttgtc tttgggggta tgtctacata ttcgtttaaa 9420
tttagaaatt cccacatgtt taagatatat gcccatcccc tttttagagt aatcaaaatt 9480
tctatcacag ttcacatact ggaatacata gtaaaattga gatgtgtcca agagattttc 9540
aatgttaatt agctcattct aaatagccaa tataaggtaa cttctgttta aaaaaaaaaa 9600
aaactaggga aaagttttaa atgtattagt atcaggctct gaggaaattt aatgcacatt 9660
gactttttaa actatggatt gaactcctca gtttaataca atttgtgttt ttgttaacta 9720
gcagcagaat ttcagcattt gctacttact ggtagagaag aaaaatccca cagccctgcc 9780
agtacaggtt agtttaatct gtaagtacct gatgttccta tttttttcaa acatatccat 9840
ataactcaca caaggaagaa agctgtgcgg ttacttaaat gttagtataa ctaataatag 9900
atccattgga cactttaaac actcagtact tgggccaaag tagatctagg tttgctaacc 9960
ccagttgtaa taaaggtgta atactgctcc tttgttatct ccttgtggtt caacctaagt 10020
agatacattg tacataaaag gaaaagacag tttcagttgg ctatgccctt gttgatagat 10080
gatatggagt ccagggcttt gggtccaggg tcttttactt aagctatttc atggtggttc 10140
tctcattcac cttttaactt tttacattat gaatcaacct aagaaaaaag gcaagtttcc 10200
tcacatctag aaatgataaa tggtgtacag tcataagcta gaatatgttt ttataatgct 10260
tttttgttct tttagcaaca cttgtaaata caagtactcc tctatttttg ttcttttttt 10320
gtaaactata acgtatcccg ttggtgtacc agtgagttca ttttactgta aactaagaat 10380
aacatacctt tttaatactg aaagttgact actcatcaag aaatgtagct agattcttta 10440
tgtaacactt ttgaggggca gtggggacat aatgggttgt ggaaaatgtg ttttaacatt 10500
tttatttttt ttttattcta cccgagttca ttgttgtttg aaccatcctc taaagatttc 10560
ctttaacctc taaatgttgt gcttttaggt tgataacaaa tgtaaagcac tgaggaggga 10620
ggaataaagc atacaagtta atttctaatt ttcgcaagcc tgaaccatcc taatctgata 10680
gtaggatgta tggcttcttc cttttcacct tgtgtgatgt ttaatttgag acgatctagc 10740
cataaaacta gtaatcttga attcctcttg agctggatgg tgattagcca ttgtgaaaac 10800
agattatatg gaaattgtgc atattgctaa attttaaaac atggatttat caactgataa 10860
taaaatatat cttacaagat aaccacttgt tttttaatgt aaaattgcac aagggcttaa 10920
gtttcattgc ctttcacagt ttaatctgta tatgaaatgg tgtagataca gtggaaatgg 10980
ttttccttaa aaccatctct ttaaagctgc ctttctggtg agtactgttt tatactttta 11040
tatattataa ttttatcttc taaaattaac tgaaatagga cactttgatt aaagaggtga 11100
gcactctgaa tttctacatc tttggatatt acttgaatca agaatattag aaaattattt 11160
taccacctgg catttccctt ttaatttgct agttcacttt tttctgacct tcacttaaca 11220
gactataaat acaaaaactt tgaacacata aattatttca ttttggtgag atggaataaa 11280
tgtttaaaat tagtatttaa gaaagttctt aaacattttt tttagttggc agccaaaaga 11340
tttttcttag tgctttggag acattgcata ggtgtaaaat taagatacca gaacttcatt 11400
ctgttcttgt tgaagctgtt gttgtggtga ttcatgagca gtaagctgga gttagagtgg 11460
aagaagggtt taccaaaatt cttcctgcag actagttgct tacagggttt ctttgagagg 11520
cttaaaaatt tcaaaagtat tatttaagcc actctaaccc tgcatgaaaa attggagtta 11580
gaaatactga tttctgagac cacgtatacc agtgaaaatt agcttctgag taaatttcta 11640
atttatgccc tgctttattt agcctcgcta tatgtaacac atggattatt ttttccctct 11700
agtttttaac tatatcctag attaaaacca gcatatgcta agaatgtttt tacattctgt 11760
ttcctcctgt gatctttctg aaccaataat aaacagtcaa ctgtgatgct ttttagtatg 11820
aacaatgata gttttctaaa atctgaaaat caatacctga gtatgtgatg tggcaatgca 11880
ttcttctaga taagcactaa acaaagtatg gaccctcaat ttatgtcttt aagatttaaa 11940
gtgaagtaaa tttctaagga actgtgtcct ttcctagcag gaataaacag tgaaaatttg 12000
gtaagtattt aacttgaagt gcatgtaata gtgatgagag taagtagcca aatttccgta 12060
atataaggta atgtttaaaa gtgagcaata attattgcat ctcttttgcg acttcatgta 12120
gatgtgatta acatttttta caaatttgcc tgcataaaga ttaaattgga acatacctta 12180
ctcctttgtc tggttttttt attttgtatg gtgctttaaa tactaatttt atatttcaag 12240
ctttttgcag ggtagaaata agtggctgtt aaagaaaata tcttcaagaa ggattatttc 12300
agtgtccctt tttaaaactc gatgatggct ttcagtttat ttaagtcttc tgtttttcag 12360
ctccagttaa aactgacaat aggcagctat caaaaatgga aaaaatcttg tgctctttct 12420
ggaatattag aggaatcagt taataatagt aaagtggtat taacccaata cttgatttgc 12480
agtttttaaa gcagttttta aattgagaga aaaggggctg ggcccagctg aggcgggtgg 12540
atctcctgag gtcaggagtt tgagaccagc ctggccaaca tagtgaaacc ccgtctctac 12600
taaaaataca aaaatcagcc gggtgtggtg ggacgtgcct gtaaccccag ctactctgga 12660
ggctgaggca ggaaaatcgc ttgaacccag ggggaggagg ttgcagtgag ccgagatggc 12720
gccgttgcac tccagcttgg gtgacagagc gagactccgt ctcaaaaaaa aaaagaaaaa 12780
aagaaaaagt gataagattt gggagtctat tccctgggat gttctattaa taataaagtg 12840
ataataaatg aaggttaaag tcaagtgttc aattactaca ccaggaaaga ttgattattt 12900
ctgaggaaaa ggtccattta tttccaaact agtctgtagt ggtttagagt aagcattatt 12960
ttatgaagtg gtacaagatt gcaaaggtta gtaaagggac ctgtctgtca ggtcaatctt 13020
cggtcttcac ttttactggc aagggattat gtgaagagta agtcatacaa gggatatgat 13080
tgtaaggagg tcctgaacaa agcatgataa atgttagtcc atgtgtatta ttaaatggtc 13140
taaagaaaaa tcatgactga tcgcataatt tttaatgtaa gtaaatgagc tcactaaggg 13200
taattaaata ctagctttta aaatttaaag ttctcacgaa tattagtgca tcttgtcact 13260
ttgatttgtc acctggttaa atagctggaa gcttgtgcaa atgaaaaatg aaatggaaga 13320
ctacatttgt atatatatct gtataatttt tgtttactag taggttcaga gagagatctg 13380
agatgttcct taacatgtag ccatgtaatt agaactcaca aggggcattg aaatgttttt 13440
ctttttcaga tagtctgggg ctatttactt attttaagta agccaagtct accatttgaa 13500
aaatggtgct ttatttccat atctgaagcc tgaagttatt ttttagtttg ttttcatcta 13560
aaagtggaaa gatttttgct tctgcgttat taagagcctc tttgtttgga ggagatggtt 13620
atctccttca ctcattaacc tttgagtgct tgttatctac aaagatgaat aaaatctttc 13680
atttattatt ta 13692
<210> 2
<211> 463
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
Met Gly Arg Lys Lys Lys Lys Gln Leu Lys Pro Trp Cys Trp Tyr Cys
1 5 10 15
Asn Arg Asp Phe Asp Asp Glu Lys Ile Leu Ile Gln His Gln Lys Ala
20 25 30
Lys His Phe Lys Cys His Ile Cys His Lys Lys Leu Tyr Thr Gly Pro
35 40 45
Gly Leu Ala Ile His Cys Met Gln Val His Lys Glu Thr Ile Asp Ala
50 55 60
Val Pro Asn Ala Ile Pro Gly Arg Thr Asp Ile Glu Leu Glu Ile Tyr
65 70 75 80
Gly Met Glu Gly Ile Pro Glu Lys Asp Met Asp Glu Arg Arg Arg Leu
85 90 95
Leu Glu Gln Lys Thr Gln Glu Ser Gln Lys Lys Lys Gln Gln Asp Asp
100 105 110
Ser Asp Glu Tyr Asp Asp Asp Asp Ser Ala Ala Ser Thr Ser Phe Gln
115 120 125
Pro Gln Pro Val Gln Pro Gln Gln Gly Tyr Ile Pro Pro Met Ala Gln
130 135 140
Pro Gly Leu Pro Pro Val Pro Gly Ala Pro Gly Met Pro Pro Gly Ile
145 150 155 160
Pro Pro Leu Met Pro Gly Val Pro Pro Leu Met Pro Gly Met Pro Pro
165 170 175
Val Met Pro Gly Met Pro Pro Gly Leu His His Gln Arg Lys Tyr Thr
180 185 190
Gln Ser Phe Cys Gly Glu Asn Ile Met Met Pro Met Gly Gly Met Met
195 200 205
Pro Pro Gly Pro Gly Ile Pro Pro Leu Met Pro Gly Met Pro Pro Gly
210 215 220
Met Pro Pro Pro Val Pro Arg Pro Gly Ile Pro Pro Met Thr Gln Ala
225 230 235 240
Gln Ala Val Ser Ala Pro Gly Ile Leu Asn Arg Pro Pro Ala Pro Thr
245 250 255
Ala Thr Val Pro Ala Pro Gln Pro Pro Val Thr Lys Pro Leu Phe Pro
260 265 270
Ser Ala Gly Gln Ala Gln Ala Ala Val Gln Gly Pro Val Gly Thr Asp
275 280 285
Phe Lys Pro Leu Asn Ser Thr Pro Ala Thr Thr Thr Glu Pro Pro Lys
290 295 300
Pro Thr Phe Pro Ala Tyr Thr Gln Ser Thr Ala Ser Thr Thr Ser Thr
305 310 315 320
Thr Asn Ser Thr Ala Ala Lys Pro Ala Ala Ser Ile Thr Ser Lys Pro
325 330 335
Ala Thr Leu Thr Thr Thr Ser Ala Thr Ser Lys Leu Ile His Pro Asp
340 345 350
Glu Asp Ile Ser Leu Glu Glu Arg Arg Ala Gln Leu Pro Lys Tyr Gln
355 360 365
Arg Asn Leu Pro Arg Pro Gly Gln Ala Pro Ile Gly Asn Pro Pro Val
370 375 380
Gly Pro Ile Gly Gly Met Met Pro Pro Gln Pro Gly Ile Pro Gln Gln
385 390 395 400
Gln Gly Met Arg Pro Pro Met Pro Pro His Gly Gln Tyr Gly Gly His
405 410 415
His Gln Gly Met Pro Gly Tyr Leu Pro Gly Ala Met Pro Pro Tyr Gly
420 425 430
Gln Gly Pro Pro Met Val Pro Pro Tyr Gln Gly Gly Pro Pro Arg Pro
435 440 445
Pro Met Gly Met Arg Pro Pro Val Met Ser Gln Gly Gly Arg Tyr
450 455 460
<210> 3
<211> 600
<212> DNA/RNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 3
catatatgtc acaagaaatt gtatacagga cctggcttag ctattcattg catgcaggta 60
cataaagaaa caatagatgc cgtaccaaat gcaatacctg gaagaacaga catagagttg 120
gaaatatatg gtatggaagg tattccagaa aaagacatgg atgaaagacg acgacttctt 180
gaacagaaaa cacaagaaag tcaaaaaaag aagcaacaag atgattctga tgaatatgat 240
gatgacgact ctgcagcctc aacttcattt cagccacagc ctgttcaacc tcagcaaggt 300
tatattcctc caatggcaca gccaggactg ccaccagtac caggagcacc aggaatgcct 360
ccaggcatac ctccattaat gccaggtgtt cctcctctga tgccaggaat gccaccagtt 420
atgccaggca tgccacctgg attgcatcat cagagaaaat acacccagtc attttgcggt 480
gaaaacataa tgatgccaat gggtggaatg atgccacctg gaccaggaat accacctctg 540
atgcctggaa tgccaccagg tatgccccca cctgttccac gtcctggaat tcctccaatg 600
<210> 4
<211> 20
<212> DNA/RNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 4
tggaatgatg ccacctggac 20
<210> 5
<211> 18
<212> DNA/RNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 5
cctgagcctg tccagcac 18
<210> 6
<211> 19
<212> DNA/RNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 6
cagtgctgga caggctcag 19
<210> 7
<211> 20
<212> DNA/RNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 7
attgaagccg ctggtttagc 20
<210> 8
<211> 19
<212> DNA/RNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 8
cagtgctgga caggctcag 19
<210> 9
<211> 20
<212> DNA/RNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 9
tgaagccgct ggtttagctg 20
<210> 10
<211> 20
<212> DNA/RNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 10
tggaatgatg ccacctggac 20
<210> 11
<211> 18
<212> DNA/RNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 11
cagctgcctg agcctgtc 18

Claims (9)

1.一种标志物ZNF207在制备肺腺癌诊断试剂中的应用,其特征在于,所述应用中,标志物为基因ZNF207表达的mRNA或蛋白。
2.根据权利要求1所述的应用,其特征在于,所述基因ZNF207的表达mRNA或蛋白的水平与肺腺癌级别的关系为正相关。
3. 根据权利要求1所述的应用,其特征在于,所述基因ZNF207表达的mRNA核苷酸序列如SEQID NO.1所示;和/或,所述基因ZNF207表达的蛋白的氨基酸序列如SEQID NO.2所示。
4.根据权利要求1所述的应用,其特征在于,所述mRNA的检测方式包括高通量RNA测序、RNA-原位杂交和荧光定量PCR。
5.根据权利要求1所述的应用,其特征在于,所述蛋白的检测方式包括免疫组织化学、蛋白印迹和酶联免疫吸附测定。
6.根据权利要求1所述的应用,其特征在于,所述基因ZNF207的mRNA或蛋白的表达量与肺腺癌病人的存活时间和/或存活率的关系为负相关。
7. 一种检测肺腺癌的诊断试剂盒,其特征在于,所述诊断试剂盒包括:用于检测基因ZNF207表达的mRNA或蛋白的引物或探针;所述基因ZNF207表达的mRNA核苷酸序列如SEQIDNO.1所示;所述基因ZNF207表达的蛋白的氨基酸序列如SEQID NO.2所示。
8. 根据权利要求7所述的诊断试剂盒,其特征在于,所述基因ZNF207的RNA-原位杂交探针序列如SEQ ID NO.3所示。
9. 根据权利要求7所述的诊断试剂盒,其特征在于,用于检测所述基因ZNF207的荧光定量PCR引物序列组的碱基序列如SEQ ID NO.4-11所示。
CN202210456069.XA 2022-04-28 2022-04-28 标志物znf207在制备肺腺癌诊断试剂中的应用及诊断试剂盒 Active CN114574589B (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202210456069.XA CN114574589B (zh) 2022-04-28 2022-04-28 标志物znf207在制备肺腺癌诊断试剂中的应用及诊断试剂盒

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202210456069.XA CN114574589B (zh) 2022-04-28 2022-04-28 标志物znf207在制备肺腺癌诊断试剂中的应用及诊断试剂盒

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN114574589A true CN114574589A (zh) 2022-06-03
CN114574589B CN114574589B (zh) 2022-08-16

Family

ID=81785470

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN202210456069.XA Active CN114574589B (zh) 2022-04-28 2022-04-28 标志物znf207在制备肺腺癌诊断试剂中的应用及诊断试剂盒

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN114574589B (zh)

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN115807095A (zh) * 2022-12-07 2023-03-17 中国人民解放军总医院第八医学中心 一种肺腺癌甲基化位点检测的引物组合物及其应用

Citations (12)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2007058623A1 (en) * 2005-11-21 2007-05-24 Singapore Health Services Pte Ltd Methods of predicting hepatocellular carcinoma recurrence by the determination of hepatocellular carcinoma recurrence-associated molecular biomarkers
WO2007142936A2 (en) * 2006-05-30 2007-12-13 Duke University Prediction of lung cancer tumor recurrence
WO2010069008A1 (en) * 2008-12-19 2010-06-24 Griffith University A germline competent cell derived from adult tissue
US20120041274A1 (en) * 2010-01-07 2012-02-16 Myriad Genetics, Incorporated Cancer biomarkers
US20150099643A1 (en) * 2011-05-02 2015-04-09 Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universitat Bonn Blood-based gene expression signatures in lung cancer
CA2947624A1 (en) * 2014-05-13 2015-11-19 Myriad Genetics, Inc. Gene signatures for cancer prognosis
US20170037480A1 (en) * 2014-04-11 2017-02-09 Whitehead Institute For Biomedical Research Hsf1 in tumor stroma
CN109790583A (zh) * 2016-05-17 2019-05-21 基因中心治疗公司 对肺腺癌亚型分型的方法
WO2020055643A2 (en) * 2018-09-04 2020-03-19 Rain Therapeutics Inc. Compounds, compositions and methods for treating or preventing her-driven cancers
WO2020163639A1 (en) * 2019-02-07 2020-08-13 University Of Florida Research Foundation, Incorporated Methods for targeted treatment and prediction of patient survival in cancer
CN111575372A (zh) * 2019-12-11 2020-08-25 清华大学 长非编码rna letn作为肿瘤标志物及治疗靶点
CN112592896A (zh) * 2020-11-22 2021-04-02 深圳市第二人民医院(深圳市转化医学研究院) 一种肺腺癌类器官的培养液及其培养方法

Patent Citations (12)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2007058623A1 (en) * 2005-11-21 2007-05-24 Singapore Health Services Pte Ltd Methods of predicting hepatocellular carcinoma recurrence by the determination of hepatocellular carcinoma recurrence-associated molecular biomarkers
WO2007142936A2 (en) * 2006-05-30 2007-12-13 Duke University Prediction of lung cancer tumor recurrence
WO2010069008A1 (en) * 2008-12-19 2010-06-24 Griffith University A germline competent cell derived from adult tissue
US20120041274A1 (en) * 2010-01-07 2012-02-16 Myriad Genetics, Incorporated Cancer biomarkers
US20150099643A1 (en) * 2011-05-02 2015-04-09 Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universitat Bonn Blood-based gene expression signatures in lung cancer
US20170037480A1 (en) * 2014-04-11 2017-02-09 Whitehead Institute For Biomedical Research Hsf1 in tumor stroma
CA2947624A1 (en) * 2014-05-13 2015-11-19 Myriad Genetics, Inc. Gene signatures for cancer prognosis
CN109790583A (zh) * 2016-05-17 2019-05-21 基因中心治疗公司 对肺腺癌亚型分型的方法
WO2020055643A2 (en) * 2018-09-04 2020-03-19 Rain Therapeutics Inc. Compounds, compositions and methods for treating or preventing her-driven cancers
WO2020163639A1 (en) * 2019-02-07 2020-08-13 University Of Florida Research Foundation, Incorporated Methods for targeted treatment and prediction of patient survival in cancer
CN111575372A (zh) * 2019-12-11 2020-08-25 清华大学 长非编码rna letn作为肿瘤标志物及治疗靶点
CN112592896A (zh) * 2020-11-22 2021-04-02 深圳市第二人民医院(深圳市转化医学研究院) 一种肺腺癌类器官的培养液及其培养方法

Non-Patent Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
NULL: ""Gene: ZNF207 ENSG00000010244"", 《HTTP://APR2018.ARCHIVE.ENSEMBL.ORG》 *
RUPRECHT KUNER等: ""Global gene expression analysis reveals specific patterns of cell junctions in non-small cell lung cancer subtypes"", 《LUNG CANCER》 *
周承汇等: "ZNF207在肝细胞癌中的表达及意义", 《中南大学学报(医学版)》 *
陈文娟等: "ZNF207在胶质瘤中的表达及意义", 《江苏医药》 *

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN115807095A (zh) * 2022-12-07 2023-03-17 中国人民解放军总医院第八医学中心 一种肺腺癌甲基化位点检测的引物组合物及其应用
CN115807095B (zh) * 2022-12-07 2023-10-13 中国人民解放军总医院第八医学中心 一种肺腺癌甲基化位点检测的引物组合物及其应用

Also Published As

Publication number Publication date
CN114574589B (zh) 2022-08-16

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN106978480A (zh) 用于癌症的分子诊断试验
KR20150090246A (ko) 암을 위한 분자 진단 테스트
Baty et al. Gene profiling of clinical routine biopsies and prediction of survival in non–small cell lung cancer
KR20140044341A (ko) 암에 대한 분자적 진단 검사
CN109423515B (zh) 一组用于肝癌检测的基因标志物及其应用
US6228596B1 (en) Method of detecting and monitoring endometrial and uterine cancers
CN114164276B (zh) 用于肺癌诊断的试剂盒、装置及方法
CN114574589B (zh) 标志物znf207在制备肺腺癌诊断试剂中的应用及诊断试剂盒
CN113337608B (zh) 用于肝癌早期诊断的组合标志物及其应用
CN115482935B (zh) 预测小细胞转化的肺腺癌患者预后模型及其建立方法
US20040072166A1 (en) HURP gene as a molecular marker for bladder cancer
CA2328377A1 (en) A novel method of diagnosing, monitoring, and staging prostate cancer
KR20210101179A (ko) 신장암 환자의 예후 진단 및 치료 전략 결정용 성별 특이적 마커
US20090258345A1 (en) Protein associated with colorectal cancer, polynucleotide including single-nucleotide polymorphism associated with colorectal cancer, microarray and diagnostic kit including the same, and method of diagnosing colorectal cancer using the same
KR20200104106A (ko) 신장암 환자의 치료 전략 결정 및 예후 진단용 재발 특이적 마커
KR102555467B1 (ko) 과민성 대장 증후군의 진단 또는 예측용 엑소좀 바이오마커 및 이의 용도
KR102540673B1 (ko) 양성 종양 또는 결절로부터 암을 구분하기 위한 바이오마커
CN113930505B (zh) 用于肺癌诊断的试剂盒及装置
KR102084658B1 (ko) 신장암 환자의 예후 진단 및 치료 전략 결정용 전이 특이적 마커
CN106811548B (zh) Slc38a4作为结肠腺癌的诊治靶标
KR20210091089A (ko) 신장암 환자의 예후 진단 및 치료 전략 결정용 연령 특이적 마커
KR20210040921A (ko) 신장암 환자의 치료 전략 결정 및 예후 진단용 재발 특이적 마커
US20030198961A1 (en) Determining cancer aggressiveness
KR20210090594A (ko) 신장암 환자의 예후 진단 및 치료 전략 결정용 병리등급 특이적 마커
CN110144352A (zh) 用于早期诊断骨科疾病的分子标志物

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
GR01 Patent grant
GR01 Patent grant