CN114574584A - 一组肿瘤检测标志物及其用途 - Google Patents
一组肿瘤检测标志物及其用途 Download PDFInfo
- Publication number
- CN114574584A CN114574584A CN202210321711.3A CN202210321711A CN114574584A CN 114574584 A CN114574584 A CN 114574584A CN 202210321711 A CN202210321711 A CN 202210321711A CN 114574584 A CN114574584 A CN 114574584A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- region
- present application
- dna
- nucleic acid
- fragment
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 238000001514 detection method Methods 0.000 title claims abstract description 81
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 title abstract description 68
- 239000003550 marker Substances 0.000 title abstract description 18
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract description 396
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims abstract description 253
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims abstract description 230
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims abstract description 216
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims abstract description 216
- 239000012634 fragment Substances 0.000 claims abstract description 189
- 230000004048 modification Effects 0.000 claims abstract description 93
- 238000012986 modification Methods 0.000 claims abstract description 93
- 208000014018 liver neoplasm Diseases 0.000 claims abstract description 91
- 206010019695 Hepatic neoplasm Diseases 0.000 claims abstract description 71
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 claims abstract description 25
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 claims description 341
- 201000010099 disease Diseases 0.000 claims description 158
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 claims description 158
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 claims description 127
- 101000632056 Homo sapiens Septin-9 Proteins 0.000 claims description 111
- 102100028024 Septin-9 Human genes 0.000 claims description 107
- 102100028165 Bestrophin-4 Human genes 0.000 claims description 90
- 101000697364 Homo sapiens Bestrophin-4 Proteins 0.000 claims description 89
- 238000003875 gradient-accelerated spectroscopy Methods 0.000 claims description 85
- 102100031505 Beta-1,4 N-acetylgalactosaminyltransferase 1 Human genes 0.000 claims description 82
- 101000729811 Homo sapiens Beta-1,4 N-acetylgalactosaminyltransferase 1 Proteins 0.000 claims description 81
- 230000011987 methylation Effects 0.000 claims description 81
- 238000007069 methylation reaction Methods 0.000 claims description 81
- 102100030126 Interferon regulatory factor 4 Human genes 0.000 claims description 54
- 101001011441 Homo sapiens Interferon regulatory factor 4 Proteins 0.000 claims description 53
- 238000011161 development Methods 0.000 claims description 50
- 230000027455 binding Effects 0.000 claims description 46
- 238000012360 testing method Methods 0.000 claims description 42
- -1 GRASP Proteins 0.000 claims description 33
- 239000000126 substance Substances 0.000 claims description 33
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 claims description 25
- 230000005740 tumor formation Effects 0.000 claims description 12
- 238000012790 confirmation Methods 0.000 claims 1
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 153
- 102100037799 DNA-binding protein Ikaros Human genes 0.000 description 93
- 101000599038 Homo sapiens DNA-binding protein Ikaros Proteins 0.000 description 92
- 230000009466 transformation Effects 0.000 description 37
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 description 32
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 description 32
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 description 32
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 32
- 102000043138 IRF family Human genes 0.000 description 31
- 108091054729 IRF family Proteins 0.000 description 31
- 201000007270 liver cancer Diseases 0.000 description 24
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 22
- 230000000875 corresponding effect Effects 0.000 description 22
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 21
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 20
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 19
- OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N cytosine Chemical compound NC=1C=CNC(=O)N=1 OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 19
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 19
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 description 18
- 238000003860 storage Methods 0.000 description 16
- 102100021627 BEN domain-containing protein 4 Human genes 0.000 description 15
- 101000971217 Homo sapiens BEN domain-containing protein 4 Proteins 0.000 description 15
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 13
- ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N Uracil Chemical compound O=C1C=CNC(=O)N1 ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 12
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 12
- LSNNMFCWUKXFEE-UHFFFAOYSA-M Bisulfite Chemical compound OS([O-])=O LSNNMFCWUKXFEE-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 11
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 11
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 10
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 10
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 description 10
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 description 10
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 description 10
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 description 8
- 229940104302 cytosine Drugs 0.000 description 8
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 description 8
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 8
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 7
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 7
- 208000019425 cirrhosis of liver Diseases 0.000 description 7
- CTMZLDSMFCVUNX-VMIOUTBZSA-N cytidylyl-(3'->5')-guanosine Chemical group O=C1N=C(N)C=CN1[C@H]1[C@H](O)[C@H](OP(O)(=O)OC[C@@H]2[C@H]([C@@H](O)[C@@H](O2)N2C3=C(C(N=C(N)N3)=O)N=C2)O)[C@@H](CO)O1 CTMZLDSMFCVUNX-VMIOUTBZSA-N 0.000 description 7
- 208000002672 hepatitis B Diseases 0.000 description 7
- 108091008146 restriction endonucleases Proteins 0.000 description 7
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 description 6
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 6
- 230000009826 neoplastic cell growth Effects 0.000 description 6
- 229940035893 uracil Drugs 0.000 description 6
- 230000007067 DNA methylation Effects 0.000 description 5
- 230000002759 chromosomal effect Effects 0.000 description 5
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 5
- 230000008569 process Effects 0.000 description 5
- 239000013074 reference sample Substances 0.000 description 5
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 5
- 238000013399 early diagnosis Methods 0.000 description 4
- 230000036541 health Effects 0.000 description 4
- 238000007855 methylation-specific PCR Methods 0.000 description 4
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 4
- 230000001131 transforming effect Effects 0.000 description 4
- 230000005751 tumor progression Effects 0.000 description 4
- LRSASMSXMSNRBT-UHFFFAOYSA-N 5-methylcytosine Chemical compound CC1=CNC(=O)N=C1N LRSASMSXMSNRBT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 108091029430 CpG site Proteins 0.000 description 3
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 3
- 206010016654 Fibrosis Diseases 0.000 description 3
- 239000012807 PCR reagent Substances 0.000 description 3
- 238000011529 RT qPCR Methods 0.000 description 3
- LSNNMFCWUKXFEE-UHFFFAOYSA-N Sulfurous acid Chemical class OS(O)=O LSNNMFCWUKXFEE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 230000004931 aggregating effect Effects 0.000 description 3
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 3
- 230000007882 cirrhosis Effects 0.000 description 3
- 125000002637 deoxyribonucleotide group Chemical group 0.000 description 3
- 238000010790 dilution Methods 0.000 description 3
- 239000012895 dilution Substances 0.000 description 3
- 210000004185 liver Anatomy 0.000 description 3
- 239000000463 material Substances 0.000 description 3
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 3
- 241000894007 species Species 0.000 description 3
- 210000004881 tumor cell Anatomy 0.000 description 3
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical compound C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 description 2
- GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N Adenine Chemical compound NC1=NC=NC2=C1N=CN2 GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229930024421 Adenine Natural products 0.000 description 2
- 108091006146 Channels Proteins 0.000 description 2
- 230000009946 DNA mutation Effects 0.000 description 2
- 206010061309 Neoplasm progression Diseases 0.000 description 2
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 2
- 230000002159 abnormal effect Effects 0.000 description 2
- 229960000643 adenine Drugs 0.000 description 2
- 230000004075 alteration Effects 0.000 description 2
- 125000003277 amino group Chemical group 0.000 description 2
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 2
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 2
- 239000002585 base Substances 0.000 description 2
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 description 2
- 210000001124 body fluid Anatomy 0.000 description 2
- 230000036952 cancer formation Effects 0.000 description 2
- 230000008859 change Effects 0.000 description 2
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 2
- 230000002596 correlated effect Effects 0.000 description 2
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 2
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 2
- 239000005547 deoxyribonucleotide Substances 0.000 description 2
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 2
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 2
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 description 2
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 2
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 2
- 230000012010 growth Effects 0.000 description 2
- UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N guanine Chemical compound O=C1NC(N)=NC2=C1N=CN2 UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 2
- 238000007637 random forest analysis Methods 0.000 description 2
- 238000003753 real-time PCR Methods 0.000 description 2
- 238000011160 research Methods 0.000 description 2
- 230000007017 scission Effects 0.000 description 2
- 238000013517 stratification Methods 0.000 description 2
- RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N thymine Chemical compound CC1=CNC(=O)NC1=O RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000011144 upstream manufacturing Methods 0.000 description 2
- VGONTNSXDCQUGY-RRKCRQDMSA-N 2'-deoxyinosine Chemical compound C1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C(N=CNC2=O)=C2N=C1 VGONTNSXDCQUGY-RRKCRQDMSA-N 0.000 description 1
- 101150042108 B4galnt1 gene Proteins 0.000 description 1
- 101150039527 BEST4 gene Proteins 0.000 description 1
- 101710199172 Bestrophin-4 Proteins 0.000 description 1
- 101710098803 Beta-1,4 N-acetylgalactosaminyltransferase 1 Proteins 0.000 description 1
- 241000282472 Canis lupus familiaris Species 0.000 description 1
- 101710167800 Capsid assembly scaffolding protein Proteins 0.000 description 1
- OKTJSMMVPCPJKN-UHFFFAOYSA-N Carbon Chemical group [C] OKTJSMMVPCPJKN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 201000009030 Carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 108020004635 Complementary DNA Proteins 0.000 description 1
- 102100034032 Cytohesin-3 Human genes 0.000 description 1
- 101710160297 Cytohesin-3 Proteins 0.000 description 1
- 230000004544 DNA amplification Effects 0.000 description 1
- 101710143811 DNA-binding protein Ikaros Proteins 0.000 description 1
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 1
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 1
- 241000283086 Equidae Species 0.000 description 1
- 241000282326 Felis catus Species 0.000 description 1
- 108010033040 Histones Proteins 0.000 description 1
- 101100381546 Homo sapiens BEND4 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100072789 Homo sapiens IRF4 gene Proteins 0.000 description 1
- 101150016712 IKZF1 gene Proteins 0.000 description 1
- 101150056130 IRF4 gene Proteins 0.000 description 1
- 206010027476 Metastases Diseases 0.000 description 1
- 241000699670 Mus sp. Species 0.000 description 1
- 108010001441 Phosphopeptides Proteins 0.000 description 1
- 241000288906 Primates Species 0.000 description 1
- 101710130420 Probable capsid assembly scaffolding protein Proteins 0.000 description 1
- 241000700159 Rattus Species 0.000 description 1
- 241000283984 Rodentia Species 0.000 description 1
- 101710204410 Scaffold protein Proteins 0.000 description 1
- DWAQJAXMDSEUJJ-UHFFFAOYSA-M Sodium bisulfite Chemical compound [Na+].OS([O-])=O DWAQJAXMDSEUJJ-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 238000007792 addition Methods 0.000 description 1
- 238000010171 animal model Methods 0.000 description 1
- 230000006907 apoptotic process Effects 0.000 description 1
- 238000013528 artificial neural network Methods 0.000 description 1
- 239000013060 biological fluid Substances 0.000 description 1
- 239000012620 biological material Substances 0.000 description 1
- 239000000090 biomarker Substances 0.000 description 1
- 238000001574 biopsy Methods 0.000 description 1
- 238000004422 calculation algorithm Methods 0.000 description 1
- 229910052799 carbon Inorganic materials 0.000 description 1
- 230000030833 cell death Effects 0.000 description 1
- 230000001413 cellular effect Effects 0.000 description 1
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 description 1
- 238000007635 classification algorithm Methods 0.000 description 1
- 238000004590 computer program Methods 0.000 description 1
- 230000030944 contact inhibition Effects 0.000 description 1
- 238000013500 data storage Methods 0.000 description 1
- 238000003066 decision tree Methods 0.000 description 1
- VGONTNSXDCQUGY-UHFFFAOYSA-N desoxyinosine Natural products C1C(O)C(CO)OC1N1C(NC=NC2=O)=C2N=C1 VGONTNSXDCQUGY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000002405 diagnostic procedure Methods 0.000 description 1
- 238000007865 diluting Methods 0.000 description 1
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 1
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 1
- 230000001973 epigenetic effect Effects 0.000 description 1
- 239000012530 fluid Substances 0.000 description 1
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 description 1
- 230000006870 function Effects 0.000 description 1
- 230000030279 gene silencing Effects 0.000 description 1
- 230000006607 hypermethylation Effects 0.000 description 1
- 230000006872 improvement Effects 0.000 description 1
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 description 1
- 230000000977 initiatory effect Effects 0.000 description 1
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 1
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 1
- 238000009830 intercalation Methods 0.000 description 1
- 108010051920 interferon regulatory factor-4 Proteins 0.000 description 1
- 230000003834 intracellular effect Effects 0.000 description 1
- 230000003902 lesion Effects 0.000 description 1
- 210000000265 leukocyte Anatomy 0.000 description 1
- 238000012417 linear regression Methods 0.000 description 1
- 238000011528 liquid biopsy Methods 0.000 description 1
- 230000005817 liver abnormality Effects 0.000 description 1
- 238000007477 logistic regression Methods 0.000 description 1
- 238000010801 machine learning Methods 0.000 description 1
- 230000003211 malignant effect Effects 0.000 description 1
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 1
- 238000013178 mathematical model Methods 0.000 description 1
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 1
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 1
- 239000012528 membrane Substances 0.000 description 1
- 230000009401 metastasis Effects 0.000 description 1
- 125000002496 methyl group Chemical group [H]C([H])([H])* 0.000 description 1
- 108091070501 miRNA Proteins 0.000 description 1
- 239000002679 microRNA Substances 0.000 description 1
- 238000012544 monitoring process Methods 0.000 description 1
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 1
- 230000017074 necrotic cell death Effects 0.000 description 1
- 238000001668 nucleic acid synthesis Methods 0.000 description 1
- 230000003287 optical effect Effects 0.000 description 1
- 210000000056 organ Anatomy 0.000 description 1
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 1
- DJEHXEMURTVAOE-UHFFFAOYSA-M potassium bisulfite Chemical compound [K+].OS([O-])=O DJEHXEMURTVAOE-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 229940099427 potassium bisulfite Drugs 0.000 description 1
- 235000010259 potassium hydrogen sulphite Nutrition 0.000 description 1
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 1
- 238000004393 prognosis Methods 0.000 description 1
- 238000013139 quantization Methods 0.000 description 1
- 238000012502 risk assessment Methods 0.000 description 1
- 230000028327 secretion Effects 0.000 description 1
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 1
- 235000010267 sodium hydrogen sulphite Nutrition 0.000 description 1
- 238000011895 specific detection Methods 0.000 description 1
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 1
- 238000012706 support-vector machine Methods 0.000 description 1
- 208000024891 symptom Diseases 0.000 description 1
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 description 1
- 229940113082 thymine Drugs 0.000 description 1
- 230000002103 transcriptional effect Effects 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/118—Prognosis of disease development
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/154—Methylation markers
Abstract
本申请涉及一组肿瘤检测标志物及其用途，具体涉及一种确认肝肿瘤的存在、评估肝肿瘤形成或形成风险和/或评估肝肿瘤的进展的方法，包含评估待测样本中一组标志物基因所在DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或含量。本申请还涉及用于评估一组DNA区域修饰状态的核酸、核酸组和/或试剂盒，及其制备方法。
Description
技术领域
本申请涉及生物医药领域，具体的涉及一组肿瘤检测标志物及其用途。
背景技术
寻找更高效的肿瘤标志物一直是肿瘤相关研究中重要的一个方向，基于液体活检的血浆游离DNA检测技术对于肿瘤标志物的发现有了更高的需求。其基本原理为：肿瘤细胞死亡后，释放游离DNA进入血液，通过检测血液中的DNA突变、DNA甲基化、miRNA、组蛋白修饰等肿瘤细胞相关信息，可探测到极早期的肿瘤信号。已有研究发现DNA甲基化变化可能早于DNA突变的发生，是肿瘤早期筛查的更行之有效的检测标志物。
但目前早期癌症中，释放入血的肿瘤细胞极少，并且本领域急需寻找到更多的对于肝肿瘤有效的检测标志物。因此，亟需开发一种方法和/或试剂盒，通过检测准确、稳定、有效的肝癌生物标志物或其组合，且可以从生物样品中数量极为有限的细胞外游离DNA高效地读取到该表观遗传学信息，更优的，该方法应可以在医院检验科里很容易地配置并可靠地应用。
发明内容
本申请提供的方法可以将更多高效的甲基化标志物，用于确认或辅助确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展，可以提高肿瘤，例如肝肿瘤的早筛早诊效率，解决肝癌早诊率低、临床治疗负担重等问题。
一方面，本申请提供了一种确认肝肿瘤的存在、评估肝肿瘤形成或形成风险和/或评估肝肿瘤的进展的方法，包含确定待测样本中目标基因所在DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或含量，所述目标基因包含SEPT9和IKZF1。
另一方面，本申请还提供了一种评估肝肿瘤相关DNA区域甲基化状态的方法，包含确定待测样本中目标基因所在DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或含量，所述目标基因包含SEPT9和IKZF1。
另一方面，本申请还提供了一种确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展的方法，包含确定待测样本中目标DNA区域、或其互补区域、或上述的片段的修饰状态的存在和/或含量，所述目标DNA区域包含来源于人chr17:75368651-75370720和来源于人chr7:50343720-50344547定义的区域。
另一方面，本申请还提供了一种确定DNA区域甲基化状态的方法，包含确定待测样本中目标DNA区域、或其互补区域、或上述的片段的修饰状态的存在和/或含量，所述目标DNA区域包含来源于人chr17:75368651-75370720和来源于人chr7:50343720-50344547定义的区域。
另一方面，本申请还提供了一种核酸，所述核酸包含能够结合如本申请的方法中所述目标基因所在DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的序列；或者所述核酸包含能够结合如本申请的方法中所述目标DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的序列。
另一方面，本申请还提供了一种制备核酸的方法，所述方法包含根据如本申请的方法中所述目标基因所在DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的修饰状态，设计能够结合所述目标基因所在DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的核酸；或者所述方法包含根据如本申请的方法中所述目标DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的修饰状态，设计能够结合所述目标DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的核酸。
另一方面，本申请还提供了一种核酸组，所述核酸组包含能够结合如本申请的方法中所述目标基因所在DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的序列；或者所述核酸组包含能够结合如本申请的方法中所述目标DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的序列。
另一方面，本申请还提供了一种制备核酸组的方法，所述方法包含根据如本申请的方法中所述目标基因所在DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的修饰状态，设计能够结合所述目标基因所在DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的核酸组；或者所述方法包含根据如本申请的方法中所述目标DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的修饰状态，设计能够结合所述目标DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的核酸组。
另一方面，本申请还提供了一种试剂盒，包含如本申请的核酸和/或本申请的核酸组。
另一方面，本申请还提供了如本申请的核酸、如本申请的核酸组和/或本申请的试剂盒，在制备确定DNA区域或其片段的修饰状态的物质中的应用。
另一方面，本申请还提供了如本申请的核酸、如本申请的核酸组和/或本申请的试剂盒，在制备疾病检测产品中的应用。
另一方面，本申请还提供了如本申请的核酸、如本申请的核酸组和/或本申请的试剂盒，在制备确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展的物质中的应用。
另一方面，本申请还提供了用于确定DNA区域修饰状态的核酸、核酸组和/或试剂盒，在制备用于确认肝肿瘤的存在、评估肝肿瘤形成或形成风险和/或评估肝肿瘤的进展的物质中的应用，所述用于确定的DNA区域包含如本申请的方法中所述目标基因所在DNA区域或其片段。
另一方面，本申请还提供了用于确定DNA区域修饰状态的核酸、核酸组和/或试剂盒，在制备用于确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展的物质中的应用，所述用于确定的DNA区域包含如本申请的方法中所述目标DNA区域、或其互补区域、或上述的片段。
另一方面，本申请还提供了如本申请的方法中所述目标基因所在DNA区域、或其转化而来的区域、或上述的片段的核酸或其组合，在制备用于确认肝肿瘤的存在、评估肝肿瘤形成或形成风险和/或评估肝肿瘤的进展的物质中的应用。
另一方面，本申请还提供了如本申请的方法中所述目标DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的核酸或其组合，在制备用于确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展的物质中的应用。
另一方面，本申请还提供了一种储存介质，其记载可以运行本申请的方法的程序。
另一方面，本申请还提供了一种设备，其包含本申请的储存介质。
本领域技术人员能够从下文的详细描述中容易地洞察到本申请的其它方面和优势。下文的详细描述中仅显示和描述了本申请的示例性实施方式。如本领域技术人员将认识到的，本申请的内容使得本领域技术人员能够对所公开的具体实施方式进行改动而不脱离本申请所涉及发明的精神和范围。相应地，本申请的说明书中的描述仅仅是示例性的，而非为限制性的。
具体实施方式
以下由特定的具体实施例说明本申请发明的实施方式，熟悉此技术的人士可由本说明书所公开的内容容易地了解本申请发明的其他优点及效果。
术语定义
在本申请中，术语“SEPT9”通常是指一种基因或其表达产物。例如，SEPT9
(SEPTIN9)蛋白的UniProt登录号可以是Q9UHD8。本申请中，SEPT9可以涵盖其未加工形式、任何的加工形式、其变体或包含其功能活性片段的物质。例如，本申请中SEPT9也可以表示检测位点，例如针对该基因特定核酸序列进行甲基化检测。例如，以SEPT9表示的检测位点可以是该基因下的一个或多个区域的核酸序列。
在本申请中，术语“IKZF1”通常是指一种基因或其表达产物。例如，IKZF1(DNA-binding protein Ikaros)蛋白的UniProt登录号可以是Q13422。本申请中，IKZF1可以涵盖其未加工形式、任何的加工形式、其变体或包含其功能活性片段的物质。例如，本申请中IKZF1也可以表示检测位点，例如针对该基因特定核酸序列进行甲基化检测。例如，以IKZF1表示的检测位点可以是该基因下的一个或多个区域的核酸序列。
在本申请中，术语“BEST4”通常是指一种基因或其表达产物。例如，BEST4(Bestrophin-4)蛋白的UniProt登录号可以是Q8NFU0。本申请中，BEST4可以涵盖其未加工形式、任何的加工形式、其变体或包含其功能活性片段的物质。例如，本申请中BEST4也可以表示检测位点，例如针对该基因特定核酸序列进行甲基化检测。例如，以BEST4表示的检测位点可以是该基因下的一个或多个区域的核酸序列。
在本申请中，术语“B4GALNT1”通常是指一种基因或其表达产物。例如，B4GALNT1(Beta-1,4N-acetylgalactosaminyltransferase 1)蛋白的UniProt登录号可以是Q00973。本申请中，B4GALNT1可以涵盖其未加工形式、任何的加工形式、其变体或包含其功能活性片段的物质。例如，本申请中B4GALNT1也可以表示检测位点，例如针对该基因特定核酸序列进行甲基化检测。例如，以B4GALNT1表示的检测位点可以是该基因下的一个或多个区域的核酸序列。
在本申请中，术语“GRASP”通常是指一种基因或其表达产物。例如，GRASP(GRP1(General receptor for phosphoinositides 1)-associated scaffold protein)蛋白的UniProt登录号可以是K7CHN5。本申请中，GRASP可以涵盖其未加工形式、任何的加工形式、其变体或包含其功能活性片段的物质。例如，本申请中GRASP也可以表示检测位点，例如针对该基因特定核酸序列进行甲基化检测。例如，以GRASP表示的检测位点可以是该基因下的一个或多个区域的核酸序列。
在本申请中，术语“IRF4”通常是指一种基因或其表达产物。例如，IRF4(Interferon regulatory factor 4)蛋白的UniProt登录号可以是Q15306。本申请中，IRF4可以涵盖其未加工形式、任何的加工形式、其变体或包含其功能活性片段的物质。例如，本申请中IRF4也可以表示检测位点，例如针对该基因特定核酸序列进行甲基化检测。例如，以IRF4表示的检测位点可以是该基因下的一个或多个区域的核酸序列。
在本申请中，术语“BEND4”通常是指一种基因或其表达产物。例如，BEND4(BENdomain-containing protein 4)蛋白的UniProt登录号可以是Q6ZU67。本申请中，BEND4可以涵盖其未加工形式、任何的加工形式、其变体或包含其功能活性片段的物质。例如，本申请中BEND4也可以表示检测位点，例如针对该基因特定核酸序列进行甲基化检测。例如，以BEND4表示的检测位点可以是该基因下的一个或多个区域的核酸序列。
在本申请中，术语“待测样本”通常是指需要进行检测的样本。例如，可以检测待测样本上的一个或者多个基因区域是否存在有修饰状态。
在本申请中，术语“无细胞游离核酸”或“cfDNA”通常是指样品中的DNA，当采集时，该DNA没有包含在细胞内。例如，无细胞游离核酸可以不是指通过细胞或组织的体外破裂而使其不在细胞内的DNA。例如，cfDNA可以包括正常细胞和源自癌细胞的DNA两者。例如，cfDNA可以获自血液或血浆(“循环系统”)。例如，cfDNA可以通过分泌或细胞死亡过程，如细胞坏死或凋亡释放到循环系统中。
在本申请中，术语“互补核酸”通常是指与参考核苷酸序列相比具有互补的核苷酸序列。例如，互补核酸可以为任选地具有相反方向的核酸分子。例如，所述互补可以是指具有下面的互补性关联：鸟嘌呤和胞嘧啶；腺嘌呤和胸腺嘧啶；腺嘌呤和尿嘧啶。
在本申请中，术语“DNA区域”通常是指两个或更多个共价键合的天然存在的或经修饰的脱氧核糖核苷酸的序列。例如，基因的DNA区域可以是指该基因所位于的特定的脱氧核糖核苷酸的序列的位置，例如该脱氧核糖核苷酸的序列编码所述基因。例如，本申请的DNA区域包含DNA区域的全长、其互补区域，或者上述的片段。例如，本申请所提供的检测区域的上下游至少约20kb的序列可以作为检测的位点。例如，本申请所提供的区域的上下游至少约20kb、至少约15kb、至少约10kb、至少约5kb、至少约3kb、至少约2kb、至少约1kb、或至少约0.5kb的序列可以作为检测的位点。例如，可以根据所述微电脑设计合适的引物和探针进行样品的甲基化检测。
在本申请中，术语“修饰状态”通常是指本申请中基因片段、核苷酸或其碱基具有的修饰状态。例如，本申请中的修饰状态可以是指胞嘧啶的修饰状态。例如，本申请的具有修饰状态的基因片段可以具有改变的基因表达活性。例如，本申请的修饰状态可以是指碱基具有的甲基化修饰。例如，本申请的修饰状态可以是指在基因组DNA的CpG区域的胞嘧啶5′碳位共价结合一个甲基基团，例如可以成为5-甲基胞嘧啶(5mC)。例如，修饰状态可以是指DNA序列内存在或不存在5-甲基胞嘧啶(“5-mCyt”)。
在本申请中，术语“甲基化”通常是指本申请中基因片段、核苷酸或其碱基具有的甲基化状态。例如，本申请中基因所在的DNA片段可以在一条链或多条链上具有甲基化。例如，本申请中基因所在的DNA片段可以在一个位点或多个位点上具有甲基化。
在本申请中，术语“转化”通常是指将一种或多种结构转变为另一种结构。例如，本申请的转化可以是具有特异性。例如，不具有甲基化修饰的胞嘧啶经过转化可以变为其它结构(例如尿嘧啶)，且具有甲基化修饰的胞嘧啶经过转化可以基本不发生变化。例如，不具有甲基化修饰的胞嘧啶经过转化可以被剪切，且具有甲基化修饰的胞嘧啶经过转化可以基本不发生变化。
在本申请中，术语“脱氨基试剂”通常是指具有移除氨基能力的物质。例如，脱氨基试剂可以将未修饰的胞嘧啶的氨基脱除。
在本申请中，术语“亚硫酸氢盐”通常是指一种可以区分具有修饰状态和不具有修饰状态的DNA区域的试剂。例如，亚硫酸氢盐可以包括亚硫酸氢盐、或其类似物或上述的组合。例如，亚硫酸氢盐可以使未修饰的胞嘧啶的氨基脱氨基化，以使其与修饰的胞嘧啶区分。在本申请中，术语“类似物”通常是指具有类似结构和/或功能的物质。例如亚硫酸氢盐的类似物可以与亚硫酸氢盐具有类似的结构。例如，亚硫酸氢盐的类似物可以是指一种同样可以区分具有修饰状态和不具有修饰状态的DNA区域的试剂。
在本申请中，术语“甲基化敏感限制酶”通常是指一种根据其识别位点的甲基化状态而选择性消化核酸的酶。例如，对于当识别位点未被甲基化时才特异剪切的限制酶来说，当识别位点被甲基化时，可以不会发生剪切，或以显著降低的效率剪切。对于当识别位点被甲基化时才特异剪切的限制酶来说，当识别位点未被甲基化时，可以不会发生剪切，或以显著降低的效率剪切。例如，甲基化特异的限制酶可以识别含有CG二核苷酸(例如cgcg或cccggg)的序列。
在本申请中，术语“肿瘤”通常是指在正常生长和/或发育中呈现出至少部分失去控制的细胞和/或组织。例如，常见的肿瘤或癌细胞通常可以是失去了接触抑制并可能是入侵性的和/或具有转移的能力。例如，本申请的肿瘤可以是良性的，也可能是恶性的。
在本申请中，术语“进展”通常是指疾病从不太严重状态到较严重状态的变化。例如，肿瘤进展可以包括肿瘤的数量或严重性、癌细胞转移程度、癌症生长或扩散的速度等增大。例如，肿瘤进展可以包括这种癌症从不太严重状态到较严重状态的阶段时期，例如从I期到II期、从II期到III期等的进展。
在本申请中，术语“形成”通常是指个体体内出现病灶。例如，当肿瘤形成时，可以将该个体确诊为肿瘤患者。
在本申请中，术语“荧光PCR”通常是指一种定量或半定量的PCR技术。例如，可以是实时定量聚合酶链反应、定量聚合酶链反应或动力学聚合酶链反应的PCR技术。例如，可以利用PCR扩增并借助嵌入性荧光染料或序列特异性探针定量检测起始的靶核酸量，所述序列特异性探针可以含有仅与靶核酸杂交才可检出的荧光报道分子。
在本申请中，术语“PCR扩增”通常是指聚合酶链扩增反应。例如，本申请中的PCR扩增可以包含目前已知的用于DNA扩增的任意聚合酶链扩增反应。
在本申请中，术语“荧光Ct值”通常是指一种定量或半定量评估靶核酸的测量值。例如，可以是指荧光信号到达设定的域值时所经历的扩增反应循环数。
发明详述
本申请可以找到多种高效的肝脏肿瘤相关甲基化标志物，提高肝肿瘤早筛早诊效率，解决肝癌早诊率低，临床治疗负担重等问题。同时本申请提供多组高效的肝脏肿瘤甲基化标志物，并列举高效的标志物组合。
一方面，本申请提供一种确认肝肿瘤的存在、评估肝肿瘤形成或形成风险和/或评估肝肿瘤的进展的方法，可以包含确定待测样本中目标基因所在DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或含量，所述目标基因可以包含SEPT9和IKZF1。
例如，本申请的方法可以包含，根据待测样本中目标基因所在DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或含量的确定结果，确认肝肿瘤是否存在。例如，本申请的方法可以包含，根据待测样本中目标基因所在DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或含量的确定结果，评估是否确诊为肝肿瘤形成。例如，本申请的方法可以包含，根据待测样本中目标基因所在DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或含量的确定结果，评估是否有确诊为肝肿瘤形成的风险和/或风险的高低。例如，本申请的方法可以包含，根据待测样本中目标基因所在DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或含量的确定结果，评估肝肿瘤的进展情况。
另一方面，本申请提供一种评估肝肿瘤相关DNA区域甲基化状态的方法，可以包含确定待测样本中目标基因所在DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或含量，所述目标基因可以包含SEPT9和IKZF1。
例如，根据待测样本中目标基因所在DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或含量的确定情况，评估肝肿瘤相关DNA区域甲基化状态。例如，肝肿瘤相关DNA区域甲基化状态可以是指该DNA区域的甲基化的确认存在或相对于参考水平的数量提高，可以与肝肿瘤的发生有关联。
例如，本申请的基因可以通过它们的名称和它们的染色体坐标来描述。例如，染色体坐标可以与2009年2月发布的人类基因组数据库Hg19版(或称作“Hg19坐标”)一致。例如，本申请的DNA区域可以是来源于由Hg19坐标限定的区域。
例如，本申请的方法中，所述SEPT9的DNA区域可以来源于人chr17:75276651-75496678。
例如，本申请的方法中，所述IKZF1的DNA区域可以来源于人chr7:50343720-50472799。
例如，本申请的方法中，所述目标基因还可以包含选自以下组的基因：BEST4、B4GALNT1、GRASP、IRF4和BEND4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含SEPT9、IKZF1、BEST4和B4GALNT1。例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含SEPT9、IKZF1、BEST4、GRASP和B4GALNT1。例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含SEPT9、IKZF1、BEST4、IRF4、B4GALNT1和BEND4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含至少2种基因。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含2种至7种基因。例如，本申请的目标基因可以包含2种、3种、4种、5种、6种、或7种本申请提供的目标基因。例如，对相同的目标基因，本申请可以选择该目标基因所在的一种或更多种的DNA区域。例如，本申请的方法中，所述BEST4的DNA区域可以来源于人chr1:45249257-45253377。例如，本申请的方法中，所述B4GALNT1的DNA区域可以来源于人chr12:58017193-58027138。例如，本申请的方法中，所述GRASP的DNA区域可以来源于人chr12:52400724-52409673。例如，本申请的方法中，所述IRF4的DNA区域可以来源于人chr6:391739-411447。例如，本申请的方法中，所述BEND4的DNA区域可以来源于人chr4:42112955-42154895。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含选自以下组的基因中的2种：SEPT9、IKZF1、BEST4、B4GALNT1、GRASP、IRF4和BEND4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含SEPT9和IKZF1。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含SEPT9和BEST4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含SEPT9和B4GALNT1。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含SEPT9和GRASP。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含SEPT9和IRF4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含SEPT9和BEND4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含IKZF1和BEST4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含IKZF1和B4GALNT1。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含IKZF1和GRASP。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含IKZF1和IRF4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含IKZF1和BEND4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含BEST4和B4GALNT1。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含BEST4和GRASP。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含BEST4和IRF4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含BEST4和BEND4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含B4GALNT1和GRASP。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含B4GALNT1和IRF4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含B4GALNT1和BEND4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含GRASP和IRF4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含GRASP和BEND4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含IRF4和BEND4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含选自以下组的基因中的3种：SEPT9、IKZF1、BEST4、B4GALNT1、GRASP、IRF4和BEND4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含SEPT9、IKZF1和BEST4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含SEPT9、IKZF1和B4GALNT1。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含SEPT9、IKZF1和GRASP。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含SEPT9、IKZF1和IRF4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含SEPT9、IKZF1和BEND4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含SEPT9、BEST4和B4GALNT1。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含SEPT9、BEST4和GRASP。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含SEPT9、BEST4和IRF4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含SEPT9、BEST4和BEND4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含SEPT9、B4GALNT1和GRASP。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含SEPT9、B4GALNT1和IRF4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含SEPT9、B4GALNT1和BEND4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含SEPT9、GRASP和IRF4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含SEPT9、GRASP和BEND4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含SEPT9、IRF4和BEND4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含IKZF1、BEST4和B4GALNT1。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含IKZF1、BEST4和GRASP。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含IKZF1、BEST4和IRF4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含IKZF1、BEST4和BEND4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含IKZF1、B4GALNT1和GRASP。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含IKZF1、B4GALNT1和IRF4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含IKZF1、B4GALNT1和BEND4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含IKZF1、GRASP和IRF4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含IKZF1、GRASP和BEND4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含IKZF1、IRF4和BEND4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含BEST4、B4GALNT1和GRASP。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含BEST4、B4GALNT1和IRF4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含BEST4、B4GALNT1和BEND4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含BEST4、GRASP和IRF4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含BEST4、GRASP和BEND4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含BEST4、IRF4和BEND4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含B4GALNT1、GRASP和IRF4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含B4GALNT1、GRASP和BEND4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含B4GALNT1、IRF4和BEND4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含GRASP、IRF4和BEND4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含选自以下组的基因中的4种：SEPT9、IKZF1、BEST4、B4GALNT1、GRASP、IRF4和BEND4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含SEPT9、IKZF1、BEST4和B4GALNT1。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含SEPT9、IKZF1、BEST4和GRASP。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含SEPT9、IKZF1、BEST4和IRF4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含SEPT9、IKZF1、BEST4和BEND4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含SEPT9、IKZF1、B4GALNT1和GRASP。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含SEPT9、IKZF1、B4GALNT1和IRF4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含SEPT9、IKZF1、B4GALNT1和BEND4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含SEPT9、IKZF1、GRASP和IRF4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含SEPT9、IKZF1、GRASP和BEND4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含SEPT9、IKZF1、IRF4和BEND4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含SEPT9、BEST4、B4GALNT1和GRASP。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含SEPT9、BEST4、B4GALNT1和IRF4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含SEPT9、BEST4、B4GALNT1和BEND4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含SEPT9、BEST4、GRASP和IRF4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含SEPT9、BEST4、GRASP和BEND4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含SEPT9、BEST4、IRF4和BEND4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含SEPT9、B4GALNT1、GRASP和IRF4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含SEPT9、B4GALNT1、GRASP和BEND4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含SEPT9、B4GALNT1、IRF4和BEND4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含SEPT9、GRASP、IRF4和BEND4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含IKZF1、BEST4、B4GALNT1和GRASP。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含IKZF1、BEST4、B4GALNT1和IRF4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含IKZF1、BEST4、B4GALNT1和BEND4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含IKZF1、BEST4、GRASP和IRF4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含IKZF1、BEST4、GRASP和BEND4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含IKZF1、BEST4、IRF4和BEND4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含IKZF1、B4GALNT1、GRASP和IRF4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含IKZF1、B4GALNT1、GRASP和BEND4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含IKZF1、B4GALNT1、IRF4和BEND4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含IKZF1、GRASP、IRF4和BEND4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含BEST4、B4GALNT1、GRASP和IRF4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含BEST4、B4GALNT1、GRASP和BEND4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含BEST4、B4GALNT1、IRF4和BEND4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含B4GALNT1、GRASP、IRF4和BEND4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含选自以下组的基因中的5种：SEPT9、IKZF1、BEST4、B4GALNT1、GRASP、IRF4和BEND4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含SEPT9、IKZF1、BEST4、B4GALNT1和GRASP。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含SEPT9、IKZF1、BEST4、B4GALNT1和IRF4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含SEPT9、IKZF1、BEST4、B4GALNT1和BEND4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含SEPT9、IKZF1、BEST4、GRASP和IRF4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含SEPT9、IKZF1、BEST4、GRASP和BEND4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含SEPT9、IKZF1、BEST4、IRF4和BEND4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含SEPT9、BEST4、B4GALNT1、GRASP和IRF4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含SEPT9、BEST4、B4GALNT1、GRASP和BEND4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含SEPT9、BEST4、B4GALNT1、IRF4和BEND4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含SEPT9、B4GALNT1、GRASP、IRF4和BEND4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含IKZF1、BEST4、B4GALNT1、GRASP和IRF4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含IKZF1、BEST4、B4GALNT1、GRASP和BEND4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含IKZF1、BEST4、B4GALNT1、IRF4和BEND4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含IKZF1、B4GALNT1、GRASP、IRF4和BEND4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含BEST4、B4GALNT1、GRASP、IRF4和BEND4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含选自以下组的基因中的6种：SEPT9、IKZF1、BEST4、B4GALNT1、GRASP和IRF4和BEND4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含SEPT9、IKZF1、BEST4、B4GALNT1、GRASP和IRF4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含SEPT9、IKZF1、BEST4、B4GALNT1、GRASP和BEND4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含SEPT9、IKZF1、BEST4、B4GALNT1、IRF4和BEND4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含SEPT9、IKZF1、BEST4、GRASP、IRF4和BEND4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含SEPT9、IKZF1、B4GALNT1、GRASP、IRF4和BEND4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含SEPT9、BEST4、B4GALNT1、GRASP、IRF4和BEND4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含IKZF1、BEST4、B4GALNT1、GRASP、IRF4和BEND4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含选自以下组的基因中的7种：SEPT9、IKZF1、BEST4、B4GALNT1、GRASP、IRF4和BEND4。
例如，本申请的方法中，所述目标基因可以包含SEPT9、IKZF1、BEST4、B4GALNT1、GRASP、IRF4和BEND4。
例如，本申请的方法中位于SEPT9基因所在DNA区域的目标DNA区域可以包含来源于人chr17:75368651-75370720定义的区域。例如来源于人chr17:75369558-75369622定义的区域。例如，该目标DNA区域可以通过SEPT(1)表示。
例如，本申请的方法中位于IKZF1基因所在DNA区域的目标DNA区域可以包含来源于人chr7:50343720-50344547定义的区域。例如来源于人chr7:50343793-50343896定义的区域。例如，该目标DNA区域可以通过IKZF1(1)表示。
例如，本申请的方法中位于BEST4基因所在DNA区域的目标DNA区域可以包含来源于人chr1:45251728-45252477定义的区域。例如来源于人chr1:45252095-45252176定义的区域。例如，该目标DNA区域可以通过BEST4(1)表示。
例如，本申请的方法中位于B4GALNT1基因所在DNA区域的目标DNA区域可以包含来源于人chr12:58020498-58022962定义的区域。例如来源于人chr12:58021586-58021670定义的区域。例如，该目标DNA区域可以通过B4GALNT1(1)表示。
例如，本申请的方法中位于GRASP基因所在DNA区域的目标DNA区域可以包含来源于人chr12:52400724-52401698定义的区域。例如来源于人chr12:52401083-52401169定义的区域。例如，该目标DNA区域可以通过GRASP(1)表示。
例如，本申请的方法中位于IRF4基因所在DNA区域的目标DNA区域可以包含来源于人chr6:391739-394056定义的区域。例如来源于人chr6:392282-392377定义的区域。例如，该目标DNA区域可以通过IRF4(1)表示。
例如，本申请的方法中位于BEND4基因所在DNA区域的目标DNA区域可以包含来源于人chr4:42152705-42154895定义的区域。例如来源于人chr4:42153816-42153921定义的区域。例如，该目标DNA区域可以通过BEND4(1)表示。
例如，本申请的方法中位于SEPT9基因所在DNA区域的目标DNA区域可以包含来源于人chr17:75368651-75370720定义的区域。例如来源于人chr17:75369603-75369693定义的区域。例如，该目标DNA区域可以通过SEPT9(1a)表示。
另一方面，本申请提供一种确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展的方法，可以包含确定待测样本中目标基因所在DNA区域的特定的亚区域(例如目标DNA区域)、或其互补区域、或上述的片段的修饰状态的存在和/或含量。
另一方面，本申请提供一种确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展的方法，可以包含确定待测样本中目标DNA区域、或其互补区域、或上述的片段的修饰状态的存在和/或含量，所述目标DNA区域可以包含来源于人chr17:75368651-75370720和来源于人chr7:50343720-50344547定义的区域。例如，本申请的方法可以包含，根据待测样本中所述目标DNA区域、或其互补区域、或上述的片段的修饰状态的存在和/或含量的确定结果，确认疾病是否存在。例如，本申请的方法可以包含，根据待测样本中所述目标DNA区域、或其互补区域、或上述的片段的修饰状态的存在和/或含量的确定结果，评估是否确诊为疾病形成。例如，本申请的方法可以包含，根据待测样本中所述目标DNA区域、或其互补区域、或上述的片段的修饰状态的存在和/或含量的确定结果，评估是否有确诊为疾病的风险和/或风险的高低。例如，本申请的方法可以包含，根据待测样本中所述目标DNA区域、或其互补区域、或上述的片段的修饰状态的存在和/或含量的确定结果，评估疾病的进展情况。
另一方面，本申请提供一种确定DNA区域甲基化状态的方法，可以包含确定待测样本中目标DNA区域、或其互补区域、或上述的片段的修饰状态的存在和/或含量，所述目标DNA区域可以包含来源于人chr17:75368651-75370720和来源于人chr7:50343720-50344547定义的区域。
例如，该目标DNA区域的甲基化的确认存在或相对于参考水平的数量提高，可以与疾病的发生有关联。例如，本申请的目标DNA区域可以是指目标基因组DNA的一个或多个特定区段。例如，本申请的目标DNA区域可以通过基因名称或一组染色体坐标来指定。例如，以SEPT9表示的目标DNA区域可以是SEPT9基因所在DNA区域的一个或多个特定区段。例如，以SEPT9表示的目标DNA区域可以是本申请提供的SEPT9基因中目标DNA区域的一个或多个特定区段。例如，SEPT9的一个或多个不同的特定区段可以通过SEPT9(1)和SEPT9(1a)等可以区分的形式分别地表示。
例如，一个基因可以通过参考其名称获得其序列和染色体位置，或通过参考其染色体坐标确定其序列和染色体位置。本申请采用这些特定DNA区域甲基化状态作为一个系列分析指标，可以在灵敏度和/或特异性方面提供显著的改进，并且可以简化筛查过程。例如，“灵敏度”可以指正确鉴定的阳性结果的比例，即，正确鉴定为具有所讨论疾病的个体的百分数；“特异性”可以指正确鉴定的阴性结果的比例，即，正确鉴定为不具有所讨论疾病的个体的百分数。
本申请的DNA区域可以包含这些分子的全部形式及其片段或变体。例如，变体可以包含相对于本申请所述的DNA区域共有至少80％、至少85％、至少90％、95％、98％、或99％序列同一性，变体可以包含一个或多个缺失、添加、置换、倒转序列等。例如，本申请所述变体的修饰状态可以实现相同的评估结果。本申请的DNA区域可以包含全部形式的任何其他的突变、多态性变异或等位变异。
例如，本申请的方法可以包含提供能够结合包含SEQ ID NO：1所示的DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的核酸。
例如，本申请的方法中，所述目标区域可以包含来源于人chr17:75369558-75369622定义的区域。例如，该目标DNA区域可以通过SEPT(1)表示。
例如，本申请的方法可以包含提供SEQ ID NO：2所示的核酸或其互补核酸、或上述的片段。例如，所述核酸可以用于检测目标区域。例如，所述核酸可以作为探针。
例如，本申请的方法可以包含提供SEQ ID NO：3与4所示的核酸组或其互补核酸组、或上述的片段。例如，所述核酸组可以用于扩增目标区域。例如，所述核酸组可以作为引物组。
例如，上述探针和/或引物组可以对来源于人chr17:75369558-75369622定义的区域的DNA区域进行检测和/或扩增。
例如，本申请的方法可以包含提供能够结合包含SEQ ID NO：5所示的DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的核酸。
例如，本申请的方法中，所述目标区域可以包含来源于人chr7:50343793-50343896定义的区域。例如，该目标DNA区域可以通过IKZF1(1)表示。
例如，本申请的方法可以包含提供SEQ ID NO：6所示的核酸或其互补核酸、或上述的片段。例如，所述核酸可以用于检测目标区域。例如，所述核酸可以作为探针。
例如，本申请的方法可以包含提供SEQ ID NO：7与8所示的核酸组或其互补核酸组、或上述的片段。例如，所述核酸组可以用于扩增目标区域。例如，所述核酸组可以作为引物组。
例如，上述探针和/或引物组可以对来源于人chr7:50343793-50343896定义的区域的DNA区域进行检测和/或扩增。
例如，本申请的方法中，所述目标DNA区域还可以包含选自以下组定义的区域：来源于人chr1:45251728-45252477、来源于人chr12:58020498-58022962、来源于人chr12:52400724-52401698、来源于人chr6:391739-394056、和来源于人chr4:42152705-42154895。
例如，本申请的方法中，所述目标DNA区域可以包含至少2个区域。
例如，本申请的方法中，所述目标DNA区域可以包含2个至8个区域。例如，本申请的方法中，所述目标DNA区域可以包含2个、3个、4个、5个、6个、7个、或8个区域。
例如，本申请的方法中，所述目标DNA区域可以包含来源于人chr17:75368651-75370720、来源于人chr7:50343720-50344547、来源于人chr1:45251728-45252477和来源于人chr12:58020498-58022962定义的区域。
例如，本申请的方法中，所述目标DNA区域可以包含来源于人chr17:75368651-75370720、来源于人chr7:50343720-50344547、来源于人chr1:45251728-45252477、来源于人chr12:52400724-52401698和来源于人chr12:58020498-58022962定义的区域。
例如，本申请的方法中，所述目标DNA区域可以包含来源于人chr6:391739-394056、来源于人chr7:50343720-50344547、来源于人chr1:45251728-45252477、来源于人chr12:58020498-58022962、来源于人chr4:42152705-42154895和来源于人chr17:75368651-75370720定义的区域。
例如，本申请的方法可以包含提供能够结合包含SEQ ID NO：9所示的DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的核酸。
例如，本申请的方法中，所述目标区域可以包含来源于人chr1:45252095-45252176定义的区域。例如，该目标DNA区域可以通过BEST4(1)表示。
例如，本申请的方法可以包含提供SEQ ID NO：10所示的核酸或其互补核酸、或上述的片段。例如，所述核酸可以用于检测目标区域。例如，所述核酸可以作为探针。
例如，本申请的方法可以包含提供SEQ ID NO：11与12所示的核酸组或其互补核酸组、或上述的片段。例如，所述核酸组可以用于扩增目标区域。例如，所述核酸组可以作为引物组。
例如，上述探针和/或引物组可以对来源于人chr1:45252095-45252176定义的区域的DNA区域进行检测和/或扩增。
例如，本申请的方法可以包含提供能够结合包含SEQ ID NO：13所示的DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的核酸。
例如，本申请的方法中，所述目标区域可以包含来源于人chr12:58021586-58021670定义的区域。例如，该目标DNA区域可以通过B4GALNT1(1)表示。
例如，本申请的方法可以包含提供SEQ ID NO：14所示的核酸或其互补核酸、或上述的片段。例如，所述核酸可以用于检测目标区域。例如，所述核酸可以作为探针。
例如，本申请的方法可以包含提供SEQ ID NO：15与16所示的核酸组或其互补核酸组、或上述的片段。例如，所述核酸组可以用于扩增目标区域。例如，所述核酸组可以作为引物组。
例如，上述探针和/或引物组可以对来源于人chr12:58021586-58021670定义的区域的DNA区域进行检测和/或扩增。
例如，本申请的方法可以包含提供能够结合包含SEQ ID NO：17所示的DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的核酸。
例如，本申请的方法中，所述目标区域可以包含来源于人chr12:52401083-52401169定义的区域。例如，该目标DNA区域可以通过GRASP(1)表示。
例如，本申请的方法可以包含提供SEQ ID NO：18所示的核酸或其互补核酸、或上述的片段。例如，所述核酸可以用于检测目标区域。例如，所述核酸可以作为探针。
例如，本申请的方法可以包含提供SEQ ID NO：19与20所示的核酸组或其互补核酸组、或上述的片段。例如，所述核酸组可以用于扩增目标区域。例如，所述核酸组可以作为引物组。
例如，上述探针和/或引物组可以对来源于人chr12:52401083-52401169定义的区域的DNA区域进行检测和/或扩增。
例如，本申请的方法可以包含提供能够结合包含SEQ ID NO：21所示的DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的核酸。
例如，本申请的方法中，所述目标区域可以包含来源于人chr6:392282-392377定义的区域。例如，该目标DNA区域可以通过IRF4(1)表示。
例如，本申请的方法可以包含提供SEQ ID NO：22所示的核酸或其互补核酸、或上述的片段。例如，所述核酸可以用于检测目标区域。例如，所述核酸可以作为探针。
例如，本申请的方法可以包含提供SEQ ID NO：23与24所示的核酸组或其互补核酸组、或上述的片段。例如，所述核酸组可以用于扩增目标区域。例如，所述核酸组可以作为引物组。
例如，上述探针和/或引物组可以对来源于人chr6:392282-392377定义的区域的DNA区域进行检测和/或扩增。
例如，本申请的方法可以包含提供能够结合包含SEQ ID NO：25所示的DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的核酸。
例如，本申请的方法中，所述目标区域可以包含来源于人chr4:42153816-42153921定义的区域。例如，该目标DNA区域可以通过BEND4(1)表示。
例如，本申请的方法可以包含提供SEQ ID NO：26所示的核酸或其互补核酸、或上述的片段。例如，所述核酸可以用于检测目标区域。例如，所述核酸可以作为探针。
例如，本申请的方法可以包含提供SEQ ID NO：27与28所示的核酸组或其互补核酸组、或上述的片段。例如，所述核酸组可以用于扩增目标区域。例如，所述核酸组可以作为引物组。
例如，上述探针和/或引物组可以对来源于人chr4:42153816-42153921定义的区域的DNA区域进行检测和/或扩增。
例如，本申请的方法可以包含提供能够结合包含SEQ ID NO：1所示的DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的核酸。
例如，本申请的方法中，所述目标区域可以包含来源于人chr17:75369603-75369693定义的区域。例如，该目标DNA区域可以通过SEPT9(1a)表示。
例如，本申请的方法可以包含提供SEQ ID NO：29所示的核酸或其互补核酸、或上述的片段。例如，所述核酸可以用于检测目标区域。例如，所述核酸可以作为探针。
例如，本申请的方法可以包含提供SEQ ID NO：30与31所示的核酸组或其互补核酸组、或上述的片段。例如，所述核酸组可以用于扩增目标区域。例如，所述核酸组可以作为引物组。
例如，上述探针和/或引物组可以对来源于人chr17:75369603-75369693定义的区域的DNA区域进行检测和/或扩增。
例如，上述目标区域的一种或多种可以作为扩增区域和/或检测区域。
例如，所述疾病可以包含肿瘤。例如，所述疾病可以包含实体瘤。例如，所述疾病可以包含肝肿瘤等任意的肿瘤。
例如，“引物”可以是天然的或合成的寡核苷酸，其在与多核苷酸模板形成双链体后能够充当核酸合成的起始点并从其3′端沿模板延伸，从而形成延伸的双链体。在延伸过程中添加的核苷酸的序列由模板多核苷酸的序列决定。引物通常可以通过聚合酶如核酸聚合酶延伸。
例如，本申请的“互补的”和“基本上互补的”可以包括在核苷酸或核酸之间，例如在双链DNA分子的两条链之间，或在寡核苷酸引物和单链核酸上的引物结合位点之间的杂交或碱基配对或双链体的形成。互补的核苷酸可以通常是A和T(或A和U)或C和G。对于两个单链RNA或DNA分子，当一条链的核苷酸在进行最佳比对和比较并且具有适当的核苷酸插入或缺失时与另一条链的至少约80％(通常至少约90％至约95％，甚至约98％至约100％)成对时，可以认为它们是基本互补的。在一个方面，两个互补的核苷酸序列能够杂交，并且可以在反向的核苷酸之间有小于25％的错配，更可以以小于15％的错配，可以以小于5％的错配，或不具有错配。例如，两个分子可以在高严格条件下杂交。
例如，本申请的修饰状态可以是指该修饰状态在DNA区域内部一个特定核苷酸或多个核苷酸处的存在、不存在和/或其含量。例如，本申请的修饰状态可以是指特定DNA序列中每个碱基或每个特定碱基(例如胞嘧啶)的修饰状态。例如，本申请的修饰状态可以是指特定DNA序列中碱基对组合和/或碱基组合的修饰状态。例如，本申请的修饰状态可以是指特定DNA序列(包括基因所在DNA区域或其特定区域片段)中关于区域修饰密度的信息，而可以不提供该序列中何处发生修饰的精确位置信息。
例如，本申请的修饰状态可以是指甲基化状态或与甲基化类似的状态。例如，具有或具有较高的甲基化的状态可以是与特定区域的转录沉默相关的。例如，具有或具有较高的甲基化的状态可以是与能够被甲基化特异性转化试剂(例如脱氨基试剂和/或甲基化敏感限制酶)转化相关的。例如，转化可以是指被转变为其它物质和/或被剪切或消化。
例如，“甲基化状态(methylation state)”或“甲基化状态(methylationstatus)”可以是指在DNA序列内的一个或多个CpG二核苷酸处存在或不存在5-甲基胞嘧啶(“5-mC”或“5-mCyt”)。DNA序列内一个或多个特定CpG甲基化位点(每个都有两个CpG二核苷酸序列)处的甲基化状态包括“未甲基化”、“完全甲基化”和“半甲基化”。术语“半甲基化”可以是指双链DNA的甲基化状态，其中所述双链DNA仅有一条链被甲基化。术语“高甲基化”可以是指与以下情况相对应的平均甲基化状态：相对于正常对照DNA样品中相应CpG二核苷酸处发现的5-mCyt量，测试DNA样品的DNA序列中的一个或多个CpG二核苷酸处5-mCyt的存在增加。术语“低甲基化”可以是指与以下情况相对应的平均甲基化状态：相对于正常对照DNA样品中相应CpG二核苷酸处发现的5-mCyt量，测试DNA样品的DNA序列中的一个或多个CpG二核苷酸处5-mCyt的存在降低。
例如，所述方法还可以包含获取待测样本中的核酸。例如，所述核酸可以包含无细胞游离核酸。例如，所述待测样本可以包含组织、细胞和/或体液。例如，所述待测样本可以包含血浆。例如，本申请的检测方法可以对任何适合的生物样品进行。例如，待测样本可以为生物材料的任何样品，例如其可以源自动物，但不限于细胞材料、生物流体(例如血液)、排出物、组织活组织检查标本、手术标本或已经导入动物身体中并且随后取出的流体。例如，本申请的待测样本可以包含在所述样本分离后经任何形式处理的样本。
例如，所述方法还可以包含转化所述DNA区域或其片段。例如，通过本申请的转化步骤，具有所述修饰状态的碱基以及不具有所述修饰状态的所述碱基，在转化后可以形成不同的物质。例如，具有所述修饰状态的碱基在转化后基本不发生改变，且不具有所述修饰状态的所述碱基在转化后可以改变为与所述碱基不同的其它碱基(例如，所述其它碱基可以包含尿嘧啶)、或在转化后被剪切。例如，所述碱基可以包含胞嘧啶。例如，所述修饰状态可以包含甲基化修饰。例如，所述转化可以包含通过脱氨基试剂和/或甲基化敏感限制酶转化。例如，所述脱氨基试剂可以包含亚硫酸氢盐或其类似物。例如，亚硫酸氢钠或亚硫酸氢钾。
例如，所述方法还可以任选地包含在确定所述DNA区域或其片段的修饰的存在和/或含量之前，扩增待测样本中所述DNA区域或其片段。例如，所述扩增可以包含PCR扩增。例如，本申请的扩增可以包含已知的任意一种扩增系统。例如，本申请的扩增步骤可以是任选地。例如，“扩增”可以是指产生所需序列的多个拷贝的过程。“多个拷贝”可以是指至少两个拷贝。“拷贝”可以不意味着与模板序列具有完美的序列互补性或同一性。例如，拷贝可以包括核苷酸类似物如脱氧肌苷，有意的序列改变(例如通过包含与模板可杂交但不互补的序列的引物引入的序列改变)，和/或在扩增过程中可以发生序列错误。
例如，所述确定修饰状态的存在和/或含量的方法可以包含，确认具有所述修饰状态的碱基在所述转化后形成的物质的存在和/或含量。例如，所述确定修饰状态的存在和/或含量的方法可以包含，确定具有所述修饰状态的DNA区域或其片段的存在和/或含量。例如，可以直接检测具有所述修饰状态的DNA区域或其片段的存在和/或含量。例如，可以通过以下方式检测：具有所述修饰状态的DNA区域或其片段可以在反应(例如扩增反应)的过程中可以与不具有所述修饰状态的DNA区域或其片段具有不同的特性。例如，在荧光PCR方法中，具有所述修饰状态的DNA区域或其片段可以被特异性扩增，并发出荧光；不具有所述修饰状态的DNA区域或其片段可以基本不被扩增，并基本不发出荧光。例如，确定具有所述修饰状态的碱基在所述转化后形成的物质的存在和/或含量的替代方法，可以包含在本申请的范围之内。
例如，可以通过所述荧光PCR方法检测的荧光Ct值，确定具有所述修饰状态的DNA区域或其片段的存在和/或含量。例如，可以通过所述DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或所述DNA区域或其片段相对于参考水平具有更高的修饰状态的含量，确定肝肿瘤的存在、或者有肝肿瘤形成或形成的风险。例如，当所述待测样本的荧光Ct值相对于参考荧光Ct值更低时，可以确定所述DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或可以确定所述DNA区域或其片段的修饰状态的含量高于参考样本中的修饰状态的含量。例如，可以通过检测参考样本确定所述参考荧光Ct值。例如，当所述待测样本的荧光Ct值相对于参考荧光Ct值更高或基本相当时，也可以不排除所述DNA区域或其片段的修饰状态的存在；当所述待测样本的荧光Ct值相对于参考荧光Ct值更高或基本相当时，可以确认所述DNA区域或其片段的修饰状态的含量低于或基本等于参考样本中的修饰状态的含量。
例如，本申请可以通过循环阈值(即Ct值)来表示特定DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或含量，例如包括待测样本的甲基化水平和参考水平。例如，Ct值可以是指在背景信号以上可以检测到PCR产物的荧光的循环数。例如，Ct值与样品中目标标记物的起始数量可以成负相关关系，即Ct值越低，待测样品中DNA区域或其片段的修饰状态的数量越多。
例如，当待测样品的Ct值相对于其相应的参考Ct值相同或更低可以确认为存在特定疾病、诊断为特定疾病的形成或具有形成风险或者评估为特定疾病的某种进展。例如，当待测样品的Ct值相对于其相应的参考Ct值低至少1个循环、至少2个循环、至少5个循环、至少10个循环、至少20个循环、或至少50个循环时，可以确认为存在特定疾病、诊断为特定疾病的形成或具有形成风险或者评估为特定疾病的某种进展。
例如，当细胞样本、组织样本或来源于受试者的样本的Ct值相对于其相应的参考Ct值相同或更高，可以确认为不存在特定疾病、诊断为特定疾病的形成或具有形成风险或者评估为特定疾病的某种进展。例如，当细胞样本、组织样本或来源于受试者的样本的Ct值相对于其相应的参考Ct值高至少1个循环、至少2个循环、至少5个循环、至少10个循环、至少20个循环、或至少50个循环时，可以确认为不存在特定疾病、诊断为特定疾病的形成或具有形成风险或者评估为特定疾病的某种进展。例如，当细胞样本、组织样本或来源于受试者的样本的Ct值相对于其相应的参考Ct值疾病相同时，可以确认为存在或不存在特定疾病、诊断为特定疾病的形成或未形成、具有或不具有形成风险或者评估为特定疾病的某种进展，并同时可以给出需要进一步检测的建议。
例如，本申请的参考水平或对照水平可以是指是正常水平或健康水平。例如，所述正常水平可以是来源于无所述疾病的细胞、组织或个体的样本DNA区域的修饰状态水平。例如，当用于肿瘤的评估，所述正常水平可以是来源于无肿瘤的细胞、组织或个体的样本DNA区域的修饰状态水平。例如，当用于肝肿瘤的评估，所述正常水平可以是来源于无肝肿瘤的细胞、组织或个体的样本DNA区域的修饰状态水平。
例如，在本申请中参考水平可以是指将受试者或样本确认为存在或不存在特定疾病的阈值水平。例如，在本申请中参考水平可以是指将受试者诊断为特定疾病的形成或具有形成风险的阈值水平。例如，在本申请中参考水平可以是指将受试者评估为特定疾病的某种进展的阈值水平。例如，当细胞样本、组织样本或来源于受试者的样本中的DNA区域的修饰状态高于或基本等于相应参考水平时，例如此处参考水平可以是指不具有特定疾病患者的DNA区域的修饰状态，可以确认为存在特定疾病、诊断为特定疾病的形成或具有形成风险或者评估为特定疾病的某种进展。例如，本申请中的A与B“基本等于”可以是指A与B的差值为1％或更少、0.5％或更少、0.1％或更少、0.01％或更少、0.001％或更少或0.0001％或更少。例如，当细胞样本、组织样本或来源于受试者的样本中的DNA区域的修饰状态高于相应参考水平至少1％、至少5％、至少10％、至少20％、至少50％、至少1倍、至少2倍、至少5倍、至少10倍、或至少20倍时，可以确认为存在特定疾病、诊断为特定疾病的形成或具有形成风险或者评估为特定疾病的某种进展。例如，当多次检测中的至少一次、至少两次、或至少三次的检测中，细胞样本、组织样本或来源于受试者的样本中的DNA区域的修饰状态高于相应参考水平至少1％、至少5％、至少10％、至少20％、至少50％、至少1倍、至少2倍、至少5倍、至少10倍、或至少20倍时，可以确认为存在特定疾病、诊断为特定疾病的形成或具有形成风险或者评估为特定疾病的某种进展。
例如，当细胞样本、组织样本或来源于受试者的样本中的DNA区域的修饰状态低于或基本等于相应参考水平时，例如此处参考水平可以是指具有特定疾病患者的DNA区域的修饰状态，可以确认为不存在特定疾病、诊断为特定疾病的形成或具有形成风险或者评估为特定疾病的某种进展。例如，当细胞样本、组织样本或来源于受试者的样本中的DNA区域的修饰状态低于相应参考水平至少1％、至少5％、至少10％、至少20％、至少50％、至少100％时，可以确认为不存在特定疾病、诊断为特定疾病的形成或具有形成风险或者评估为特定疾病的某种进展。
本领域技术人员可以根据期望的灵敏度和特异性来选择参考水平。例如，在本申请中各种情况下的参考水平可以是本领域人员容易确认的，如根据有限次尝试确认合适的参考水平和/或合适的获取参考水平的手段，例如，参考水平可以源自一个或多个参考样品，其中参考水平获自与检测目的样品的实验平行进行的实验。或者，也可以在数据库中获得参考水平，该数据库包括来自一个或多个参考样品或疾病参考样品的数据、标准或水平的集合。在一些实施方式中，数据、标准或水平的集合可以被标准化或归一化，以便可用于与来自一个或多个样品的数据进行比较，从而用于减少不同检测条件下产生的误差。
例如，参考水平可以来源于数据库，该数据库可以是参考数据库，例如包括来自一个或多个参考样品的目标标记物和/或其他实验室和临床数据的修饰状态水平。例如，可以通过汇总获自健康个体和/或非相应疾病患者个体(即已知没有该疾病的个体)的参考样品的参考水平数据来建立参考数据库。例如，可以通过汇总获自正在接受治疗的患有相应疾病个体的参考样品的参考水平数据来建立参考数据库。例如，可以通过汇总获自疾病不同阶段的个体的参考样品的数据来建立参考数据库。例如，例如不同阶段可以是通过本申请目标标记物的不同的修饰状态水平来证明的。本领域技术人员还可以基于各种因素，例如年龄、性别、病史、家族史、症状等，来确定个体是否患相应疾病或具有患相应疾病的风险。
例如，本申请的方法可以包含以下步骤：获取待测样本中的核酸；转化所述DNA区域或其片段；确认具有所述修饰状态的碱基在所述转化后形成的物质的存在和/或含量。
例如，本申请的方法可以包含以下步骤：获取待测样本中的核酸；转化所述DNA区域或其片段；扩增待测样本中所述DNA区域或其片段；确认具有所述修饰状态的碱基在所述转化后形成的物质的存在和/或含量。
例如，本申请的方法可以包含以下步骤：获取待测样本中的核酸；用试剂处理从待测样品中获得的DNA,所述试剂能够区分所述DNA中的未甲基化位点和甲基化位点，从而获得经处理的DNA；可选地扩增待测样本中所述DNA区域或其片段；定量、半定量或定性分析待测样本中经处理的DNA的甲基化状态的存在和/或含量；比较测样本中经处理的DNA的甲基化水平以及相应的参考水平，当待测样本中的DNA区域的甲基化状态高于或基本等于相应参考水平时，可以确认为存在特定疾病、诊断为特定疾病的形成或具有形成风险或者评估为特定疾病的某种进展。
另一方面，本申请提供一种核酸，所述核酸可以包含能够结合本申请目标基因所在DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的序列。例如，所述核酸可以是本申请的任一种探针。另一方面，本申请提供一种制备核酸的方法，可以包含根据本申请目标基因所在DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的修饰状态，设计能够结合所述DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的核酸。例如，制备核酸的方法可以是本领域已知的任意合适的方法。
另一方面，本申请提供一种核酸组，所述核酸组可以包含能够结合本申请目标基因所在DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的序列。例如，所述核酸组可以是本申请的任一种引物组。另一方面，本申请提供一种制备核酸组的方法，可以包含根据本申请目标基因所在DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的修饰状态，设计能够扩增所述DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的核酸组。例如，制备核酸组中的核酸的方法可以是本领域已知的任意合适的方法。例如，可以使用单个探针或引物评估靶多核苷酸的甲基化状态，所述单个探针或引物被配置成与所述靶多核苷酸杂交。例如，可以使用多个探针或引物评估靶多核苷酸的甲基化状态，所述多个探针或引物被配置成与所述靶多核苷酸杂交。
另一方面，本申请提供一种核酸，所述核酸包含能够结合如本申请所述的方法中所述目标基因所在DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的序列；另一方面，本申请提供一种核酸，所述核酸可以包含能够结合如本申请所述的方法中所述目标DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的序列。
另一方面，本申请提供一种制备核酸的方法，所述方法可以包含根据如本申请所述的方法中所述目标基因所在DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的修饰状态，设计能够结合所述目标基因所在DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的核酸；另一方面，本申请提供一种核酸，所述方法可以包含根据如本申请所述的方法中所述目标DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的修饰状态，设计能够结合所述目标DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的核酸。
另一方面，本申请提供一种核酸组，所述核酸组包含能够结合如本申请所述的方法中所述目标基因所在DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的序列；另一方面，本申请提供一种核酸，所述核酸组可以包含能够结合如本申请所述的方法中所述目标DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的序列。例如，制备核酸的方法可以是本领域已知的任意合适的方法。
另一方面，本申请提供一种制备核酸组的方法，所述方法可以包含根据如本申请所述的方法中所述目标基因所在DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的修饰状态，设计能够结合所述目标基因所在DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的核酸组；另一方面，本申请提供一种核酸，所述方法可以包含根据如本申请所述的方法中所述目标DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的修饰状态，设计能够结合所述目标DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的核酸组。例如，可以使用单个探针或引物评估靶多核苷酸的甲基化状态，所述单个探针或引物被配置成与所述靶多核苷酸杂交。例如，可以使用多个探针或引物评估靶多核苷酸的甲基化状态，所述多个探针或引物被配置成与所述靶多核苷酸杂交。
另一方面，本申请提供一种试剂盒，可以包含如本申请的核酸和/或本申请的核酸组。例如，本申请的试剂盒可以可选地包含相应用途的参考样本或提供相应用途的参考水平。
诊断方法、制备用途
例如，本申请的方法可以用于受试者中的癌症或肿瘤形成的诊断、预后、分层、风险评估或治疗监测。例如，“受试者”可以是指可以对之施用或施加本申请提供的方法、核酸、核酸组、试剂盒、装置和系统的生物体或所述生物体的一部分或组分。例如，所述受试者可以是哺乳动物或所述哺乳动物的细胞、组织、器官或一部分。如本文所用，“哺乳动物”是指任何种类的哺乳动物，优选人(包括人、人受试者或人患者)。受试者和哺乳动物包括，但不限于，农场动物、运动动物、宠物、灵长类动物、马、狗、猫和啮齿类动物如小鼠和大鼠。
另一方面，本申请所述方法可用于评估任何合适的受试者中的癌症或肿瘤形成。例如，本申请所述方法可用于评估哺乳动物中的癌症或肿瘤形成。所述哺乳动物可以是非人哺乳动物，例如宠物，农场动物，伴侣动物或实验动物。优选地，所述哺乳动物是人。例如，受试者可以是需要进行癌症或肿瘤形成风险筛查的人，高危人群中的人，被诊断为患有癌症或肿瘤形成但需要进一步分层或分级的人，被诊断为患有癌症或肿瘤形成且正在接受积极治疗的人，或患有癌症或肿瘤形成并正在缓解的人。
另一方面，本申请提供如本申请的核酸、如本申请的核酸组和/或本申请的试剂盒，在制备确定DNA区域或其片段的修饰状态的物质中的应用。
另一方面，本申请提供一种确定所述DNA区域或其片段的修饰状态的方法，可以包括提供本申请的核酸、如本申请的核酸组和/或本申请的试剂盒。
另一方面，本申请提供如本申请的核酸、如本申请的核酸组和/或本申请的试剂盒，其可以用于确定所述DNA区域或其片段的修饰状态。
另一方面，本申请提供如本申请的核酸、如本申请的核酸组和/或本申请的试剂盒，在制备疾病检测产品中的应用。例如，本申请应用中，所述疾病可以包含肿瘤。例如实体瘤。例如，本申请应用中，所述疾病可以包含肝肿瘤。
另一方面，本申请提供一种疾病检测方法，可以包括提供本申请的核酸、如本申请的核酸组和/或本申请的试剂盒。例如，本申请应用中，所述疾病可以包含肿瘤。例如实体瘤。例如，本申请应用中，所述疾病可以包含肝肿瘤。
另一方面，本申请提供如本申请的核酸、如本申请的核酸组和/或本申请的试剂盒，其可以用于进行疾病检测。例如，本申请应用中，所述疾病可以包含肿瘤。例如实体瘤。例如，本申请应用中，所述疾病可以包含肝肿瘤。
另一方面，本申请提供如本申请的核酸、如本申请的核酸组和/或本申请的试剂盒，在制备确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展的物质中的应用。例如，本申请应用中，所述疾病可以包含肿瘤。例如实体瘤。例如，本申请应用中，所述疾病可以包含肝肿瘤。
另一方面，本申请提供一种确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展的方法，可以包括提供本申请的核酸、如本申请的核酸组和/或本申请的试剂盒。例如，本申请应用中，所述疾病可以包含肿瘤。例如实体瘤。例如，本申请应用中，所述疾病可以包含肝肿瘤。
另一方面，本申请提供如本申请的核酸、如本申请的核酸组和/或本申请的试剂盒，其可以用于确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展。例如，本申请应用中，所述疾病可以包含肿瘤。例如实体瘤。例如，本申请应用中，所述疾病可以包含肝肿瘤。
另一方面，本申请提供用于确定DNA区域修饰状态的核酸、核酸组和/或试剂盒，在制备用于确认肝肿瘤的存在、评估肝肿瘤形成或形成风险和/或评估肝肿瘤的进展的物质中的应用，所述用于确定的DNA区域可以包含如本申请的方法中所述目标基因所在DNA区域或其片段。
另一方面，本申请提供确认肝肿瘤的存在、评估肝肿瘤形成或形成风险和/或评估肝肿瘤的进展的方法，可以包含提供用于确定DNA区域修饰状态的核酸、核酸组和/或试剂盒。所述用于确定的DNA区域可以包含如本申请的方法中所述目标基因所在DNA区域或其片段。
另一方面，本申请提供用于确定DNA区域修饰状态的核酸、核酸组和/或试剂盒，其可以用于确认肝肿瘤的存在、评估肝肿瘤形成或形成风险和/或评估肝肿瘤的进展。所述用于确定的DNA区域可以包含如本申请的方法中所述目标基因所在DNA区域或其片段。
另一方面，本申请提供用于确定DNA区域修饰状态的核酸、核酸组和/或试剂盒，在制备用于确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展的物质中的应用，所述用于确定的DNA区域可以包含如本申请的方法中所述目标DNA区域、或其互补区域、或上述的片段。
另一方面，本申请提供确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展的方法，可以包含提供用于确定DNA区域修饰状态的核酸、核酸组和/或试剂盒。所述用于确定的DNA区域可以包含如本申请的方法中所述目标DNA区域、或其互补区域、或上述的片段。
另一方面，本申请提供用于确定DNA区域修饰状态的核酸、核酸组和/或试剂盒，其可以用于确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展。所述用于确定的DNA区域可以包含如本申请的方法中所述目标DNA区域、或其互补区域、或上述的片段。
例如，本申请应用中，所述疾病可以包含肿瘤。例如实体瘤。例如，本申请应用中，所述疾病可以包含肝肿瘤。例如，本申请应用中，所述修饰状态可以包含甲基化修饰。
另一方面，本申请提供如本申请的方法中所述目标基因所在DNA区域、或其转化而来的区域、或上述的片段的核酸或其组合，在制备用于确认肝肿瘤的存在、评估肝肿瘤形成或形成风险和/或评估肝肿瘤的进展的物质中的应用。
另一方面，本申请提供确认肝肿瘤的存在、评估肝肿瘤形成或形成风险和/或评估肝肿瘤的进展的方法，可以包含提供本申请的方法中所述目标基因所在DNA区域、或其转化而来的区域、或上述的片段的核酸或其组合。
另一方面，本申请提供如本申请的方法中所述目标基因所在DNA区域、或其转化而来的区域、或上述的片段的核酸或其组合，其可以用于确认肝肿瘤的存在、评估肝肿瘤形成或形成风险和/或评估肝肿瘤的进展。
另一方面，本申请提供如本申请的方法中所述目标DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的核酸或其组合，在制备用于确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展的物质中的应用。例如，本申请应用中，所述疾病可以包含肿瘤。例如，本申请应用中，所述疾病可以包含肝肿瘤。
另一方面，本申请提供确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展的方法，可以包含提供如本申请的方法中所述目标DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的核酸或其组合。例如，本申请应用中，所述疾病可以包含肿瘤。例如，本申请应用中，所述疾病可以包含肝肿瘤。
另一方面，本申请提供如本申请的方法中所述目标DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的核酸或其组合，其可以用于确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展。例如，本申请应用中，所述疾病可以包含肿瘤。例如，本申请应用中，所述疾病可以包含肝肿瘤。
另一方面，本申请提供一种设备，其可以包含本申请的储存介质。另一方面，本申请提供了一种非易失性计算机可读存储介质，其上存储有计算机程序，该程序被处理器执行以实现本申请所述的任一种或多种的方法。例如，所述方法可以含有使用甲基化指标对具有不同癌性可能性的样品进行分类的方法。示例性分类算法可以是线性判别分析、逻辑回归、朴素贝叶斯分类、感知分类、二次分类、k近邻法、提升方法、决策树、随机森林、神经网络、学习向量量化或支持向量机、或其组合。例如，所述非易失性计算机可读存储介质可以包括软盘、柔性盘、硬盘、固态存储(SSS)(例如固态驱动(SSD))、固态卡(SSC)、固态模块(SSM))、企业级闪存驱动、磁带或任何其他非临时性磁介质等。非易失性计算机可读存储介质还可以包括打孔卡、纸带、光标片(或任何其他具有孔型图案或其他光学可识别标记的物理介质)、压缩盘只读存储器(CD-ROM)、可重写式光盘(CD-RW)、数字通用光盘(DVD)、蓝光光盘(BD)和/或任何其他非临时性光学介质。
例如，本申请的设备还可以包含耦接至所述储存介质的处理器，所述处理器被配置为基于存储在所述储存介质中的程序执行以实现本申请的方法。例如，所述设备可以实现各种机制以便确保在数据库系统上执行的本申请所述的方法产生正确的结果。在本申请中，所述设备可以使用磁盘作为永久性数据存储器。在本申请中，所述设备可以为多个数据库客户端提供数据库存储和处理服务。所述设备可以跨多个共享存储设备存储数据库数据，和/或可以利用具有多个执行节点的一个或更多个执行平台。所述设备可以被组织成使得存储和计算资源可以被有效地无限扩展。
本发明利用荧光PCR检测技术，检测白膜层(其中大多数为白细胞)、癌旁组织和肝癌组织相关标志物的甲基化情况。初步确认该标志物用于血液检测肝肿瘤的潜能。理想的肝癌甲基化检测标志物应该具备以下特征：1.白膜层DNA甲基化水平低；2.肝癌组织DNA甲基化水平高。
甲基化标志物检测可以采用甲基化特异PCR(MSP)来进行，MSP的基本原理是在检测中，只有甲基化的序列模板产生扩增信号，而非甲基化的序列模板不产生扩增信号。该方法可通过引物或者探针设计甲基化特异序列来实现，也可以同时设计甲基化特异的引物、探针对来实现。其主要步骤包括：1.根据标志物序列，在适合进行MSP的检测区段(可以为CpG富集区域)，设计检测引物和探针。2.进行白细胞和组织样本的核酸提取。3.对核酸进行亚硫酸氢盐处理，使未甲基化的胞嘧啶转化成尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶维持序列不变。4.进行荧光PCR检测。
经白细胞和组织样本检测，满足上述特征的标志物，证明其存在通过血液来检测肝癌的潜能。然后在血浆样本中，对这些标志物进行验证，检测样本包括对照组、肝癌组以及乙肝、肝硬化干扰人群。分析这些标志物的参考水平及标志物组合性能。因单个样本血浆游离DNA有限，可选地进行荧光PCR检测时，可以对靶点进行了预扩增，以使最少量的DNA能够检测尽可能多的甲基化位点。其主要步骤包括：1.血浆样本的核酸提取。2.对核酸进行亚硫酸氢盐处理，使未甲基化的胞嘧啶转化成尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶维持序列不变。3.进行靶点的预扩增及稀释。4.进行荧光PCR检测。
在靶点组合分析时，也可在上述靶点组合基础上，再进行任意组合形式，或者在数据算法上引入机器学习的数学模型，如线性回归、支持向量回归、脊回归、随机森林等等，得到检测准确性高的肝癌甲基化检测标志物组合。
本申提供的内容：1.找到了众多具有优异性能的肝癌甲基化标志物；2.开发了检测准确性高的肝癌甲基化检测标志物组合；3.检测性能较已有的荧光PCR检测方法有大幅提升；4.可以较二代测序检测方法相比，具备易开展、易临床推广、成本低等众多优势。本申请提供的标志物以及标志物的组合，其应用方式可以不限于特定的检测方式。
实施方案
1.一种确认肝肿瘤的存在、评估肝肿瘤形成或形成风险和/或评估肝肿瘤的进展的方法，包含确定待测样本中目标基因所在DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或含量，所述目标基因包含SEPT9和IKZF1。
2.一种评估肝肿瘤相关DNA区域甲基化状态的方法，包含确定待测样本中目标基因所在DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或含量，所述目标基因包含SEPT9和IKZF1。
3.如实施方案1-2中任一项所述的方法，所述SEPT9的DNA区域来源于人chr17:75276651-75496678。
4.如实施方案1-3中任一项所述的方法，所述IKZF1的DNA区域来源于人chr7:50343720-50472799。
5.如实施方案1-4中任一项所述的方法，所述目标基因还包含选自以下组的基因：BEST4、B4GALNT1、GRASP、IRF4和BEND4。
6.如实施方案1-5中任一项所述的方法，所述目标基因包含至少2种基因。
7.如实施方案1-6中任一项所述的方法，所述目标基因包含2种至7种基因。
8.如实施方案1-7中任一项所述的方法，所述目标基因包含SEPT9、IKZF1、BEST4和B4GALNT1。
9.如实施方案1-8中任一项所述的方法，所述目标基因包含SEPT9、IKZF1、BEST4、GRASP和B4GALNT1。
10.如实施方案1-9中任一项所述的方法，所述目标基因包含SEPT9、IKZF1、BEST4、IRF4、B4GALNT1和BEND4。
11.如实施方案5-10中任一项所述的方法，所述BEST4的DNA区域来源于人chr1:45249257-45253377。
12.如实施方案5-11中任一项所述的方法，所述B4GALNT1的DNA区域来源于人chr12:58017193-58027138。
13.如实施方案5-12中任一项所述的方法，所述GRASP的DNA区域来源于人chr12:52400724-52409673。
14.如实施方案5-13中任一项所述的方法，所述IRF4的DNA区域来源于人chr6:391739-411447。
15.如实施方案5-14中任一项所述的方法，所述BEND4的DNA区域来源于人chr4:42112955-42154895。
16.一种确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展的方法，包含确定待测样本中目标DNA区域、或其互补区域、或上述的片段的修饰状态的存在和/或含量，所述目标DNA区域包含来源于人chr17:75368651-75370720和来源于人chr7:50343720-50344547定义的区域。
17.一种确定DNA区域甲基化状态的方法，包含确定待测样本中目标DNA区域、或其互补区域、或上述的片段的修饰状态的存在和/或含量，所述目标DNA区域包含来源于人chr17:75368651-75370720和来源于人chr7:50343720-50344547定义的区域。
18.如实施方案1-17中任一项所述的方法，包含提供能够结合包含SEQ ID NO：1所示的DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的核酸。
19.如实施方案16-18中任一项所述的方法，所述目标区域包含来源于人chr17:75369558-75369622定义的区域。
20.如实施方案1-19中任一项所述的方法，包含提供SEQ ID NO：2所示的核酸或其互补核酸、或上述的片段。
21.如实施方案1-20中任一项所述的方法，包含提供SEQ ID NO：3与4所示的核酸组或其互补核酸组、或上述的片段。
22.如实施方案1-21中任一项所述的方法，包含提供能够结合包含SEQ ID NO：5所示的DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的核酸。
23.如实施方案16-22中任一项所述的方法，所述目标区域包含来源于人chr7:50343793-50343896定义的区域。
24.如实施方案1-23中任一项所述的方法，包含提供SEQ ID NO：6所示的核酸或其互补核酸、或上述的片段。
25.如实施方案1-24中任一项所述的方法，包含提供SEQ ID NO：7与8所示的核酸组或其互补核酸组、或上述的片段。
26.如实施方案16-25中任一项所述的方法，所述目标DNA区域还包含选自以下组定义的区域：来源于人chr1:45251728-45252477、来源于人chr12:58020498-58022962、来源于人chr12:52400724-52401698、来源于人chr6:391739-394056、和来源于人chr4:42152705-42154895。
27.如实施方案16-26中任一项所述的方法，所述目标DNA区域包含至少2个区域。
28.如实施方案16-27中任一项所述的方法，所述目标DNA区域包含2个至8个区域。
29.如实施方案16-28中任一项所述的方法，所述目标DNA区域包含来源于人chr17:75368651-75370720、来源于人chr7:50343720-50344547、来源于人chr1:45251728-45252477和来源于人chr12:58020498-58022962定义的区域。
30.如实施方案16-29中任一项所述的方法，所述目标DNA区域包含来源于人chr17:75368651-75370720、来源于人chr7:50343720-50344547、来源于人chr1:45251728-45252477、来源于人chr12:52400724-52401698和来源于人chr12:58020498-58022962定义的区域。
31.如实施方案16-30中任一项所述的方法，所述目标DNA区域包含来源于人chr6:391739-394056、来源于人chr7:50343720-50344547、来源于人chr1:45251728-45252477、来源于人chr12:58020498-58022962、来源于人chr4:42152705-42154895和来源于人chr17:75368651-75370720定义的区域。
32.如实施方案1-31中任一项所述的方法，包含提供能够结合包含SEQ ID NO：9所示的DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的核酸。
33.如实施方案16-32中任一项所述的方法，所述目标区域包含来源于人chr1:45252095-45252176定义的区域。
34.如实施方案1-33中任一项所述的方法，包含提供SEQ ID NO：10所示的核酸或其互补核酸、或上述的片段。
35.如实施方案1-34中任一项所述的方法，包含提供SEQ ID NO：11与12所示的核酸组或其互补核酸组、或上述的片段。
36.如实施方案1-35中任一项所述的方法，包含提供能够结合包含SEQ ID NO：13所示的DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的核酸。
37.如实施方案16-36中任一项所述的方法，所述目标区域包含来源于人chr12:58021586-58021670定义的区域。
38.如实施方案1-37中任一项所述的方法，包含提供SEQ ID NO：14所示的核酸或其互补核酸、或上述的片段。
39.如实施方案1-38中任一项所述的方法，包含提供SEQ ID NO：15与16所示的核酸组或其互补核酸组、或上述的片段。
40.如实施方案1-39中任一项所述的方法，包含提供能够结合包含SEQ ID NO：17所示的DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的核酸。
41.如实施方案16-40中任一项所述的方法，所述目标区域包含来源于人chr12:52401083-52401169定义的区域。
42.如实施方案1-41中任一项所述的方法，包含提供SEQ ID NO：18所示的核酸或其互补核酸、或上述的片段。
43.如实施方案1-42中任一项所述的方法，包含提供SEQ ID NO：19与20所示的核酸组或其互补核酸组、或上述的片段。
44.如实施方案1-43中任一项所述的方法，包含提供能够结合包含SEQ ID NO：21所示的DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的核酸。
45.如实施方案16-44中任一项所述的方法，所述目标区域包含来源于人chr6:392282-392377定义的区域。
46.如实施方案1-45中任一项所述的方法，包含提供SEQ ID NO：22所示的核酸或其互补核酸、或上述的片段。
47.如实施方案1-46中任一项所述的方法，包含提供SEQ ID NO：23与24所示的核酸组或其互补核酸组、或上述的片段。
48.如实施方案1-47中任一项所述的方法，包含提供能够结合包含SEQ ID NO：25所示的DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的核酸。
49.如实施方案16-48中任一项所述的方法，所述目标区域包含来源于人chr4:42153816-42153921定义的区域。
50.如实施方案1-49中任一项所述的方法，包含提供SEQ ID NO：26所示的核酸或其互补核酸、或上述的片段。
51.如实施方案1-50中任一项所述的方法，包含提供SEQ ID NO：27与28所示的核酸组或其互补核酸组、或上述的片段。
52.如实施方案1-51中任一项所述的方法，包含提供能够结合包含SEQ ID NO：1所示的DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的核酸。
53.如实施方案16-52中任一项所述的方法，所述目标区域包含来源于人chr17:75369603-75369693定义的区域。
54.如实施方案1-53中任一项所述的方法，包含提供SEQ ID NO：29所示的核酸或其互补核酸、或上述的片段。
55.如实施方案1-54中任一项所述的方法，包含提供SEQ ID NO：30与31所示的核酸组或其互补核酸组、或上述的片段。
56.如实施方案16-55中任一项所述的方法，所述疾病包含肿瘤。
57.如实施方案16-56中任一项所述的方法，所述疾病包含肝肿瘤。
58.如实施方案1-57中任一项所述的方法，所述方法还包含获取待测样本中的核酸。
59.如实施方案58所述的方法，所述核酸包含无细胞游离核酸。
60.如实施方案1-59中任一项所述的方法，所述待测样本包含组织、细胞和/或体液。
61.如实施方案1-60中任一项所述的方法，所述待测样本包含血浆。
62.如实施方案1-61中任一项所述的方法，所述方法还包含转化所述DNA区域或其片段。
63.如实施方案62所述的方法，具有所述修饰状态的碱基以及不具有所述修饰状态的所述碱基，在转化后形成不同的物质。
64.如实施方案1-63中任一项所述的方法，具有所述修饰状态的碱基在转化后基本不发生改变，且不具有所述修饰状态的所述碱基在转化后改变为与所述碱基不同的其它碱基、或在转化后被剪切。
65.如实施方案63-64中任一项所述的方法，所述碱基包含胞嘧啶。
66.如实施方案1-65中任一项所述的方法，所述修饰状态包含甲基化修饰。
67.如实施方案64-66中任一项所述的方法，所述其它碱基包含尿嘧啶。
68.如实施方案62-67中任一项所述的方法，所述转化包含通过脱氨基试剂和/或甲基化敏感限制酶转化。
69.如实施方案68所述的方法，所述脱氨基试剂包含亚硫酸氢盐或其类似物。
70.如实施方案1-69中任一项所述的方法，所述确定修饰状态的存在和/或含量的方法包含，确认具有所述修饰状态的碱基在所述转化后形成的物质的存在和/或含量。
71.如实施方案1-70中任一项所述的方法，所述确定修饰状态的存在和/或含量的方法包含，确定具有所述修饰状态的DNA区域或其片段的存在和/或含量。
72.如实施方案1-71中任一项所述的方法，通过所述荧光PCR方法检测的荧光Ct值确定具有所述修饰状态的DNA区域或其片段的存在和/或含量。
73.如实施方案1-72中任一项所述的方法，通过确认所述DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或所述DNA区域或其片段相对于参考水平具有更高的修饰状态的含量，确定肝肿瘤的存在、或者有肝肿瘤形成或形成的风险。
74.如实施方案1-73中任一项所述的方法，所述方法还包含在确定所述DNA区域或其片段的修饰的存在和/或含量之前，扩增待测样本中所述DNA区域或其片段。
75.如实施方案74所述的方法，所述扩增包含PCR扩增。
76.一种核酸，所述核酸包含能够结合如实施方案1-15和58-75中任一项所述的方法中所述目标基因所在DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的序列；或者所述核酸包含能够结合如实施方案16-75中任一项所述的方法中所述目标DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的序列。
77.一种制备核酸的方法，所述方法包含根据如实施方案1-15和58-75中任一项所述的方法中所述目标基因所在DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的修饰状态，设计能够结合所述目标基因所在DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的核酸；或者所述方法包含根据如实施方案16-75中任一项所述的方法中所述目标DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的修饰状态，设计能够结合所述目标DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的核酸。
78.一种核酸组，所述核酸组包含能够结合如实施方案1-15和58-75中任一项所述的方法中所述目标基因所在DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的序列；或者所述核酸组包含能够结合如实施方案16-75中任一项所述的方法中所述目标DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的序列。
79.一种制备核酸组的方法，所述方法包含根据如实施方案1-15和58-75中任一项所述的方法中所述目标基因所在DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的修饰状态，设计能够结合所述目标基因所在DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的核酸组；或者所述方法包含根据如实施方案16-75中任一项所述的方法中所述目标DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的修饰状态，设计能够结合所述目标DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的核酸组。
80.一种试剂盒，包含如实施方案76所述的核酸和/或实施方案78所述的核酸组。
81.如实施方案76所述的核酸、如实施方案78所述的核酸组和/或实施方案80所述的试剂盒，在制备确定DNA区域或其片段的修饰状态的物质中的应用。
82.如实施方案76所述的核酸、如实施方案78所述的核酸组和/或实施方案80所述的试剂盒，在制备疾病检测产品中的应用。
83.如实施方案76所述的核酸、如实施方案78所述的核酸组和/或实施方案80所述的试剂盒，在制备确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展的物质中的应用。
84.如实施方案82-83中任一项所述的应用，所述疾病包含肿瘤。
85.如实施方案82-84中任一项所述的应用，所述疾病包含肝肿瘤。
86.用于确定DNA区域修饰状态的核酸、核酸组和/或试剂盒，在制备用于确认肝肿瘤的存在、评估肝肿瘤形成或形成风险和/或评估肝肿瘤的进展的物质中的应用，所述用于确定的DNA区域包含如实施方案1-15和58-75中任一项所述的方法中所述目标基因所在DNA区域或其片段。
87.用于确定DNA区域修饰状态的核酸、核酸组和/或试剂盒，在制备用于确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展的物质中的应用，所述用于确定的DNA区域包含如实施方案16-75中任一项所述的方法中所述目标DNA区域、或其互补区域、或上述的片段。
88.如实施方案87所述的应用，所述疾病包含肿瘤。
89.如实施方案87-88中任一项所述的应用，所述疾病包含肝肿瘤。
90.如实施方案81和86-89中任一项所述的应用，所述修饰状态包含甲基化修饰。
91.如实施方案1-15和58-75中任一项所述的方法中所述目标基因所在DNA区域、或其转化而来的区域、或上述的片段的核酸或其组合，在制备用于确认肝肿瘤的存在、评估肝肿瘤形成或形成风险和/或评估肝肿瘤的进展的物质中的应用。
92.如实施方案16-75中任一项所述的方法中所述目标DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的核酸或其组合，在制备用于确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展的物质中的应用。
93.如实施方案92所述的应用，所述疾病包含肿瘤。
94.如实施方案92-93中任一项所述的应用，所述疾病包含肝肿瘤。
95.一种储存介质，其记载可以运行实施方案1-75中任一项所述的方法的程序。
96.一种设备，其包含实施方案95所述的储存介质。
97.如实施方案96所述的设备，还包含耦接至所述储存介质的处理器，所述处理器被配置为基于存储在所述储存介质中的程序执行以实现实施方案1-75中任一项所述的方法。
不欲被任何理论所限，下文中的实施例仅仅是为了阐释本申请的方法和用途等，而不用于限制本申请发明的范围。
实施例
实施例1比较肝癌、癌旁组织及白膜层DNA样本甲基化丰度
分别从来源于肝脏未见异常的健康人群的白膜层、来源于肝癌患者的癌组织中获得DNA样品(其中白膜层样品10个，癌组织各10个)，选择白膜层DNA作为参考样本是因为血浆游离DNA大多数来源于白膜层破裂后释放的DNA，其本底背景可以是血浆游离DNA该检测位点的一个基础背景信号。按照说明书的要求，用Qiagen QIAamp DNA Mini Kit提取白膜层DNA，用Qiagen QIAamp DNA FFPE Tissue Kit提取组织DNA。
将上述步骤中获得的DNA取20ng样品用亚硫酸氢盐试剂(D5031，ZYMO RESEARCH)处理，以获得转化的DNA。
通过荧光PCR检测，获得标记物的检测荧光Ct值。在荧光PCR反应体系中，每个引物的终浓度为500nM，每个检测探针的终浓度为200nM。PCR反应体系包含：10μL的预扩增稀释产物，2.5μL包含检测位点的引物和探针预混液；12.5μL PCR试剂(
ProbeqPCR Master Mix(NEB)。其中各个甲基化标志物的引物序列见表1，探针序列见表2。PCR反应条件如下：95℃5分钟；95℃30秒，56℃60秒(采集荧光)，进行50个循环。使用ABI7500Real-Time PCR System在相应的荧光通道检测不同的荧光。计算并比较从白膜层、癌旁组织和癌组织获得的样品Ct值，未检测到扩增信号的靶点Ct值被设定为50。
表1引物序列
表2检测探针序列
| SEQ ID NO. | 名称 | 序列 |
| 2 | SEPT9(1)探针 | TTAACCGCGAAATCCGAC |
| 6 | IKZF1探针 | CGCCCCGTCGCCGAAT |
| 10 | BEST4探针 | CGGCGTATTTGCGTTTATTACGT |
| 14 | B4GALNT1探针 | AGATTTCGCGTATCGCGTTTT |
| 18 | GRASP探针 | TGTTTTTTTTTCGGCGTTCGCG |
| 22 | IRF4探针 | ATCGTACGTAAGGTTCGGAGCGA |
| 26 | BEND4探针 | TAGGACGGCGACGACGA |
| 29 | SEPT9(1a)探针 | TTGTTGCGGTCGCGGACG |
| 32 | ACTB探针 | ACCACCACCCAACACACAATAACAAACACA |
表3样本检测结果汇总
上表结果显示，癌组织检测的平均Ct值小，代表具有更强的甲基化信号。癌组织中甲基化信号检出率可以远高于白膜层，也代表甲基化信号强。白膜层大多数样本不能检出靶点甲基化信号。这些靶点都可以具备用于血液检测肝癌的潜能。证明所选目标标记物对肿瘤组织具有可行性和特异性。
实施例2比较肝癌患者、肝脏未见异常人群血浆样本甲基化信号
选取266个肝脏未见异常健康对照血浆、372个肝癌患者术前血浆(其中I期占比为86％)、37例乙肝患者血浆和39例肝硬化血浆样本进行检测。
使用商业化Qiagen QIAamp Circulating Nucleic Acid Kit抽提上述血浆样本中的细胞外游离DNA。使用商业化亚硫酸氢盐转化试剂MethylCodeTM BisulfiteConversion Kit对抽提出的细胞外游离DNA进行亚硫酸盐转化处理，得到转化后的DNA。
可选地，将上述转化后的DNA用于预扩增，用含有表1所示的甲基化标志物特异性引物和内参引物(ACTB，正向引物和反向引物可以分别如表1所示，探针可以如表2所示)的引物池，以转化后的DNA为模板，进行PCR扩增，每条引物的终浓度为100nM。PCR反应体系为10μL转化的DNA，包含上述引物的预混液2.5μL；PCR试剂(
Probe qPCRMaster Mix(NEB)12.5μL。PCR反应条件如下：95℃5分钟；95℃30秒，56℃60秒，15个循环。
将获得的预扩增产物稀释10倍后用于荧光PCR检测。使用如表1所示的各个甲基化标志物的引物、表2所示的检测探针序列，并且同时对内参基因ACTB进行检测，作为对照。引物终浓度为500nM，探针终浓度为200nM。PCR反应体系包含：10μL的预扩增稀释产物，包含检测位点的引物和探针预混液2.5μL；PCR试剂(
Probe qPCR Master Mix(NEB)12.5μL。
荧光PCR反应体系与上述实施例相同。PCR反应条件如下：95℃5分钟；95℃15秒，56℃40秒(采集荧光)，50个循环。针对不同基因探针修饰荧光，选择相应检测荧光通道。未检测到扩增信号的靶点Ct值被设定为50。结果显示，本申请的各个靶点都可以具备用于血液检测肝癌的能力。
在约90％特异性的情况下，检测位点的检测灵敏度统计如表4所示：
表4检测位点的检测灵敏度
| 位点 | 特异性 | 灵敏度 |
| BEST4 | 94.9％ | 48.8％ |
| GRASP | 91.8％ | 40.2％ |
| B4GALNT1 | 92.9％ | 40.2％ |
| IRF4 | 90.3％ | 40.0％ |
| SEPT9(1a) | 91.8％ | 40.0％ |
| SEPT9(1) | 92.3％ | 40.0％ |
| IKZF1 | 98.3％ | 35.1％ |
| BEND4 | 99.1％ | 17.8％ |
上表结果显示，检测位点在对照血浆和肝癌血浆DNA甲基化信号对比。证明所选目标标记物对肝癌患者血液样本具有较高的灵敏度。
在对靶点进行组合分析时，数据分析可采用对单一靶点设定阳性判读阈值，联合靶点时，任一靶点阳性即样本综合判读为阳性的方式。以此方式验证了：
联合SEPT9(1)、IKZF1，可使肝癌检测灵敏性64.5％，健康对照特异性高达95.9％，同时乙肝患者的阳性率为2.7％，肝硬化患者阳性率为20.5％；
联合SEPT9(1)、IKZF1、BEST4、B4GALNT1，可使肝癌检测灵敏性73.1％，健康对照特异性为91.0％，同时乙肝患者的阳性率为9.1％，肝硬化患者阳性率为20.5％；
联合SEPT9(1)、SEPT9(1a)、IKZF1、BEST4、GRASP、B4GALNT1，可使肝癌检测灵敏性75.8％，健康对照特异性为90.2％，同时乙肝患者的阳性率为16.2％，肝硬化患者阳性率为20.5％；
联合IRF4、IKZF1、BEST4、B4GALNT1、BEND4、SEPT9(1)时，可使肝癌检测灵敏性76.9％，健康对照特异性为91.0％，同时乙肝患者的阳性率为9.1％，肝硬化患者阳性率为20.5％；以上靶点组合均证实区分健康对照与肝癌的性能优越，且在乙肝和肝硬化患者中特异性良好。
前述详细说明是以解释和举例的方式提供的，并非要限制所附权利要求的范围。目前本申请所列举的实施方式的多种变化对本领域普通技术人员来说是显而易见的，且保留在所附的权利要求和其等同方案的范围内。
序列表
<110> 江苏鹍远生物技术有限公司；上海鹍远生物科技股份有限公司
<120> 一组肿瘤检测标志物及其用途
<130> 0266-PA-038
<160> 34
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 2070
<212> DNA
<213> 人工序列（Artificial Sequence）
<220>
<223> SEPT9 (1) 亚区域
<400> 1
cctgctctca ggaggccctt attgtggagg aagggaggcg tcgcccgtcc ctggcttctc 60
tgacagccgt gttccatccc cgccctgtgc cccttctccc ggacagtgcc ttctccaggg 120
ctcacccagg agggtgcagc ggtggccccc ggggcggtgg tcgtggtggg ggtgttagct 180
gcaggggtgc cctcggtggg tgggagttgg tggcctctcg ctggtgccat gggactcgca 240
tgttcgccct gcgcccctcg gctcttgagc ccacaggccg ggatcctgcc tgccagccgc 300
gtgcgctgcc gtttaaccct tgcaggcgca gagcgcgcgg cggcggtgac agagaacttt 360
gtttggctgc ccaaatacag cctcctgcag aaggaccctg cgcccgggga aggggaggaa 420
tctcttcccc tctgggcgcc cgccctcctc gccatggccc ggcctccaca tccgcccaca 480
tctggccgca gcggggcgcc cggggggagg ggctgaggcc gcgtctctcg ccgtcccctg 540
ggcgcgggcc aggcggggag gaggggggcg ctccggtcgt gtgcccagga ctgtccccca 600
gcggccactc gggccccagc cccccaggcc tggccttgac aggcgggcgg agcagccagt 660
gcgagacagg gaggccggtg cgggtgcggg aacctgatcc gcccgggagg cgggggcggg 720
gcgggggcgc agcgcgcggg gaggggccgg cgcccgcctt cctcccccat tcattcagct 780
gagccagggg gcctaggggc tcctccggcg gctagctctg cactgcagga gcgcgggcgc 840
ggcgccccag ccagcgcgca gggcccgggc cccgccgggg gcgcttcctc gccgctgccc 900
tccgcgcgac ccgctgccca ccagccatca tgtcggaccc cgcggtcaac gcgcagctgg 960
atgggatcat ttcggacttc gaaggtgggt gctgggctgg ctgctgcggc cgcggacgtg 1020
ctggagagga ccctgcgggt gggcctggcg cgggacgggg gtgcgctgag gggagacggg 1080
agtgcgctga ggggagacgg gacccctaat ccaggcgccc tcccgctgag agcgccgcgc 1140
gcccccggcc ccgtgcccgc gccgcctacg tgggggaccc tgttaggggc acccgcgtag 1200
accctgcgcg ccctcacagg accctgtgct cgttctgcgc actgccgcct gggtttcctt 1260
ccttttattg ttgtttgtgt ttgccaagcg acagcgacct cctcgagggc tcgcgaggct 1320
gcctcggaac tctccaggac gcacagtttc actctgggaa atccatcggt cccctccctt 1380
tggctctccc cggcggctct cgggccccgc ttggacccgg caacgggata gggaggtcgt 1440
tcctcacctc cgactgagtg gacagccgcg tcctgctcgg gtggacagcc ctcccctccc 1500
ccacgccagt ttcggggccg ccaagttgtg cagcccgtgg gccgggagca ccgaacggac 1560
acagcccagg tcgtggcagg gtctagagtg ggatgtccca tggcccccat ccaggcctgg 1620
ggatatcctc atccgcctcc cagaatcggg ccgtggggga cagaaggggc ctgcgtgcgg 1680
gcagggagag tattttggct ctctcctgtc ttcggggttt acaaagtgtg ttgggacttg 1740
cggggctgct ctgtccaagc ctgggtctgg cgtccgcgtc tctgagcctg tgagtgcgtg 1800
cgctttcctg cgtcctcttg actgccggtg ctggggctct gcgtcctgcg tccgcgggag 1860
taaatacagc aggcgaaggg gaagctcaca caatggtctc cagcgctctg gggcagggct 1920
tctgaggggc gggcctgcct ctgccgggac ctggagcccc cgcccctcgg agaggctcct 1980
aggctgactt gggcagagcc ctctggtggg ccgggagggg gaaaggctgt gttgaaatga 2040
gcaaactgtc caggtgtcag gccaagctgg 2070
<210> 2
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列（Artificial Sequence）
<220>
<223> SEPT9 (1) 探针
<400> 2
ttaaccgcga aatccgac 18
<210> 3
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列（Artificial Sequence）
<220>
<223> SEPT9 (1) 正向引物
<400> 3
aaataatccc atccaacta 19
<210> 4
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列（Artificial Sequence）
<220>
<223> SEPT9 (1) 反向引物
<400> 4
gattcgttgt ttattagtta ttatgt 26
<210> 5
<211> 828
<212> DNA
<213> 人工序列（Artificial Sequence）
<220>
<223> IKZF1 亚区域
<400> 5
gcacccgccg ccgccccggc ggcctttggg ggctgagccg gagcccggcg cgattgcaaa 60
gttttcgtgc gcggcccctc tggcccggag ttgcggctga gacgcgcgcc gcgcgagccg 120
ggggactcgg cgacggggcg gggacgggac gacgcaccct ctccgtgtcc cgctctgcgc 180
ccttctgcgc gccccgctcc ctgtaccgga gcagcgatcc gggaggcggc cgagaggtgc 240
gcgcggggcc gagccggctg cggggcaggt cgagcaggga ccgccagcgt gcgtcacccc 300
aaagtttgcg gggtggcagg gcgcgcgctc tggccacccg ccgctctggg cggcagctgg 360
tggcaacgca agggcgcggc gggggcggcc ggcgcggagg gggccaggta cggggcccgc 420
gggcggcgct gtgcgcgcgg ggcagccggt cggccgggag cgcgaaagcc tggtctgagc 480
cggctggggg cggggagtgt ggcggagaaa tggggaacaa tgcgagtgag caacttcagg 540
aagtcattgt gaaagaaagc tgggaagagc tccgcggcca agttagcagg acactctaac 600
aagtgactgc gcggcccgcg cccggggcgg tgactgcggc aagccccctg ggtccccgcg 660
cggcgcatcc cagcctgggc gggacgctcg gccgcggcga ggcgggcaag cctggcaggg 720
cagagggagc cccggctccg aggttgctct tcgcacccga ggatcagtct tggccccaaa 780
gcgcgacgca caaatccacg tgagtgtttt caaattgaat ttcaatag 828
<210> 6
<211> 16
<212> DNA
<213> 人工序列（Artificial Sequence）
<220>
<223> IKZF1 探针
<400> 6
cgccccgtcg ccgaat 16
<210> 7
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列（Artificial Sequence）
<220>
<223> IKZF1 正向引物
<400> 7
gtttttttgg ttcggagttg 20
<210> 8
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列（Artificial Sequence）
<220>
<223> IKZF1 反向引物
<400> 8
caaaacgaaa cacgaaaaaa ata 23
<210> 9
<211> 750
<212> DNA
<213> 人工序列（Artificial Sequence）
<220>
<223> BEST4 亚区域
<400> 9
cacgattcaa ctggcctgga ccaggccctt tgctggggga ggtgaggcgc tccgaccccc 60
aggctctcca ctctcccttc ctactccctc tatcacggcg gccaagcagg tttctatgtg 120
actctcgtgg tgaaccgctg gtggtcccag tacacaagca tcccgctgcc agaccagctg 180
atgtgcgtca tctcggctag cgtgcacggc gtggaccagc ggggccgcct gctgcgccgc 240
accctcatcc gctacgcgaa cctggcgtcc gtgctggtgc tgcgctcggt cagcacccgc 300
gtgcttaagc gcttccccac catggagcac gtggtggacg caggtgcgcc gcccgccggg 360
agcctctggg ggtccggccc acagccggat gcaggtggcg cctgggagag tcctgggagc 420
aggggcctcc agggaagggt ctggactgcg acaggaacgc ggaaccgcga gtcctgggac 480
agccggtgga cgcgagggag gggagccaga cggcggaaca gcagcctccc ctggcggcag 540
agggtgcaac tgcaccccac ctgctttacc ccctcaggtt tcatgtccca ggaagagagg 600
aaaaagtttg agagcctgaa atccgacttc aacaagtact gggtcccctg cgtctggttc 660
accaacctgg cggcccaggc ccggagggac gggcgaatac gtgacgatat cgctctctgt 720
ctacttttgg aagtgagtgg gctcaggacc 750
<210> 10
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列（Artificial Sequence）
<220>
<223> BEST4 探针
<400> 10
cggcgtattt gcgtttatta cgt 23
<210> 11
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列（Artificial Sequence）
<220>
<223> BEST4 正向引物
<400> 11
tgtgggtcgg atttttagag 20
<210> 12
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列（Artificial Sequence）
<220>
<223> BEST4 反向引物
<400> 12
tacttaaacg cttccccac 19
<210> 13
<211> 2465
<212> DNA
<213> 人工序列（Artificial Sequence）
<220>
<223> B4GALNT1 亚区域
<400> 13
ttcagggtca aatgccatgt cctttcttcc cagtccggtt ctccaccgag ggacatgagg 60
ctgctttcac tatccgcata agacacccgc ccaaccctcg gctgtaccca cctgggtctc 120
taccccaggg aggtgaggct ggtaggggca gggacatatt agaaccagcc ttggtgggga 180
gcaagttggg agagggcagt cctgggaggg gatatctacc tgttcccctc tcccaaccct 240
ccttgtctgc acccaaccct gtgcccccaa tctcagccca gtacaacatc agcgctctag 300
tcacgattgc caccaagacc ttcctccgtt atgatcggct acgggctctc atcaccagta 360
tccgccgctt ctacccaacg gttaccgtgg tcatcgctga cgacagcgac aagccagagc 420
gcgttagtgg cccctacgtg gaacactatc tcatgccctt cggcaaggtg tgcagctagc 480
aggctgaacg gcaggccaga ggactcccgc agggggtgtg ccctcaatct gcagcctcca 540
gggtagtgat tcgaggacca cctgcctcag aatcatgggg tgcctgttaa gcatgaggat 600
tcctggaatg taagcttcgt gggagcagga aattctctct gaattcttag aatggtgctt 660
agtgcctaat ggcattcaat aaaatagctg atgaatgaat aaataaatgc acacggaaat 720
taaacgcatt ctaagaccac tgacttggaa cctctgtggg gatctgcatt tcttttacct 780
agctcctggc ctttcgaaag cactcaaaag tctggagaag aatacaagct gagaagggtc 840
gggggagaga aagaaaggtg gcagagggcc atgtcctatt tctgcagcct ccccaaccac 900
acacaccttt ctgccagggc tggttcgcag gccggaacct ggccgtgtct caagtaacca 960
ccaagtacgt gctgtgggtg gacgacgact tcgtcttcac ggcgcggacg cggctggaga 1020
ggcttgtgga cgtgctggag cggacgccgc tggacctggt agggcagggg ctgcaggatg 1080
tgggggtgga gaagggcctt gaacaggcta aggccacagc gggggcgctg cggccaggaa 1140
cggccagccc taggacaaag agagaaccac gaagtggggc ctgggaactg tctgggtcct 1200
gcaggggtga agcggaagag gatggggcag gggtaccccc gaaggcaccg gagcgcagac 1260
cttgacccct tcgggtcccc tatcccaggc ccgcctggag gcaacctccc tctccctgca 1320
ggtggggggc gcggtgcgcg agatctccgg ctttgccacc acttatcggc agctgctgag 1380
cgtggagccc ggcgccccag gcctcgggaa ctgcctccgg caaaggcgcg gcttccacca 1440
cgagctcgtc ggcttcccag gctgcgtggt caccgacggc gtggttaact tcttcctggc 1500
gcggactgac aaggtgcgcg aggtcggttt cgacccccgc ctcagccgcg tggctcatct 1560
gggtgagtgg caccccctcc cggtcgaccc tggcaggagc cccacgggga gctggcgcac 1620
ggtcacgcgc ctctcctcct aggctgcacc cgcgcccagc cgccagcggg aaccccagaa 1680
cagttctgca gtgatttacc aagacctgca cctgggcgag agacagctcc caccctctcc 1740
cagccccgca tactcttttt ttttttttat aaatatatat attttttgtt atactttaag 1800
ttctagggta catgtgcaca acgtgcaggt ttgttacatg tgtatacatg tgccatgttg 1860
aatctccatt cccagcacag ccgctgggcc cccataagct tccccatcac tgttcccgcc 1920
acccctgctc tactcccagg gcttccccta gttcagacca cagtcggtgc aacccatctg 1980
gcgtttattt aacctctggg agtaggggta ggtttttcga ttttcaaagc acaagtatat 2040
tgactccatt tacacaagag taagactgag acccagggag ttgatttaca tgctcagggt 2100
ccttagaaac aagcctttgc acacacactt tccacaccct aaatttgaga gttctccctt 2160
accagtcggc cttctgcacc ctcaggatcc ctcactgtgt actcccctcc acccccagaa 2220
ttcttcttgg atgggcttgg ttcccttcgg gttggctcct gctccgacgt cgtggtggat 2280
catgcatcca aactgaagct gccttggaca tcaagggatg ccggagcaga gacttacgcc 2340
cggtaccgtt acccaggatc actggacgag agccagatgg ccaaacaccg gctgctcttc 2400
ttcaaacacc ggctgcagtg catgacctcc cagtgatggc ccgctgggga tttctgactg 2460
tcagg 2465
<210> 14
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列（Artificial Sequence）
<220>
<223> B4GALNT1 探针
<400> 14
agatttcgcg tatcgcgttt t 21
<210> 15
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列（Artificial Sequence）
<220>
<223> B4GALNT1 正向引物
<400> 15
agtagttgtc gataagtggt 20
<210> 16
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列（Artificial Sequence）
<220>
<223> B4GALNT1 反向引物
<400> 16
gcctaaaaac aacctccct 19
<210> 17
<211> 975
<212> DNA
<213> 人工序列（Artificial Sequence）
<220>
<223> GRASP 亚区域
<400> 17
ccggctggca tcccccagcc gccgccagcc ccgccgaggg gagccagcgc cgtctctgag 60
gggcgtccgg cgccggagcc atgaccctcc gccgactcag gaagctgcag cagaaggagg 120
aggcggcggc caccccggac cccgccgccc ggactcccga ctcggaagtc gcgcccgccg 180
ctccggtccc gaccccggga ccccctgccg cagccgccac ccctgggccc ccagcggacg 240
agctgtacgc ggcgctggag gactatcacc ctgccgagct gtaccgcgcg ctcgccgtgt 300
ccgggggcac cctgccccgc cgaaaggtgc gtcccccgcc cgccttcagg atctgctcag 360
cccctctccg actccctaca gggcctgctg actccgcagt gccctctcct cggcgtccgc 420
ggagtccccc accttcttcc ccggcccgct gggtgcctcg actccccgcg ttccccgctg 480
ctgcgaaggc cgtggccctc gcctgcacac cgcgcccagg ctcggtggct cttaactccg 540
cgccccatgc acgccccctc tctccctcct tgactcctcc cagcaccccc cttctcctac 600
ccgctccatc tggctttctg ccccccatgc cccgcctccc cgtggccagg tgtcctgggt 660
ccccaggagc ccctcgcccg agggacagag acagccccag gcaagttgaa ggtccgagag 720
cccccggtgg gagaagcggg ccggtggctg cgccgcgtgc gttctcactc tgaggaagtg 780
cgtggggagc cgctgactcc ggatagcaca cccttccgag gggactcccc gattcctggg 840
ctgggggcct gccgcctggc cccacgtctg acgtacgggg cgcgagggcc actgctccct 900
ggacttctgt cggaaccgga cgcagtggga ggggtcgcag ggcgcccgcg gggcaggaag 960
gatgcgggcc gcgcc 975
<210> 18
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列（Artificial Sequence）
<220>
<223> GRASP 探针
<400> 18
tgtttttttt tcggcgttcg cg 22
<210> 19
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列（Artificial Sequence）
<220>
<223> GRASP 正向引物
<400> 19
gttttttttc gattttttat aggg 24
<210> 20
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列（Artificial Sequence）
<220>
<223> GRASP 反向引物
<400> 20
aaccgaaaaa aaaaataaaa aactc 25
<210> 21
<211> 2318
<212> DNA
<213> 人工序列（Artificial Sequence）
<220>
<223> IRF4 亚区域
<400> 21
acctcgcact ctcagtttca ccgctcgatc ttgggaccca ccgctgccct cagctccgag 60
tccagggcga ggtaagggct ggagtcgggc aggaggaggg gtgtgaggct gataccagag 120
aggacccgga gcgcgaacca gaggttcgac ctccagggca gcgcagggta ccccggcttc 180
ggagcgggaa gggagcgcgc cccgtcctgg agctccgact cccaccccat ctgcgctgag 240
ccggaggcgc tggtttgggc tccaaggccc gcctccttgg ctctgcccga gcctccccgc 300
ctgccctccg cgctcctgcg acggggtcgc cacaagctgg acgggatgag ctaaccggac 360
tgtcggggcc ccaggagtgg ctgaggcggg gccgtccaag gcacccacac aagacggcac 420
aactgcctgc gagaaacagg cccggccctg tggaccccaa tccgaggctc cttcccctgc 480
tcttcgttcc taaggggccc aagctcacgg cggcctccgg cgcggtgctc acccgctggc 540
gcaggaggag gaggagctcc acatttgggt cgctccgagc cttgcgtgcg gtggcctagc 600
cggcctggcg cggtccctgc ctcccaggct ccgcagctgt cgtcgccctc tcccgcgccc 660
tccccgcctc cgctctcccg ggcctgctcc ggggtccggc ggacgctctg cgcgcggaat 720
cccccgtact ggggctgcag cccccgcgtc tgcgccactt gtcgtttgca gagcccactt 780
agtgcgcgct agctgggcag ggataggggt cctattcggg gcgaagggtc tggatgcgag 840
cagagaaagc ggagggtgga ggaacccggg gctgcgcccc tggaacgccc ggccgcaggc 900
gaggtcctcc gcgcgtggag gccgccaggg gagtggaaac tgacagagtc gcggggaagg 960
ggcgagaagc gggttgggag tgagcgaagg caagcgagag ctgcgagtga gtgcggaagg 1020
agggccagga ggggtggcgg ctgggtgggg agagagggtg caagacgagc ggcgcgtgtc 1080
gggagccttt gggctgcggg tgcgttacag gagagcaggc gggtaggagc cttcgcgggg 1140
gccgagctcg gaaggcggac ggctgtgccc gcccagggga tgcgcccggg ccggccgcga 1200
aggtgccttc ttccgggggc ccggacgacc ctgacacggc acgcgcgcgc ttcgcagcct 1260
caaagactcc ggggcctcgt ggtcactggc gcaggggatc ggggcggggt gcccggagtg 1320
cggtgcctcg tggctgaagg gcagctcttc tccccgcagt gcagagcaga gcgggcggag 1380
gaccccgggc gcgggcgcgg acggcacgcg gggcatgaac ctggagggcg gcggccgagg 1440
cggagagttc ggcatgagcg cggtgagctg cggcaacggg aagctccgcc agtggctgat 1500
cgaccagatc gacagcggca agtaccccgg gctggtgtgg gagaacgagg agaagagcat 1560
cttccgcatc ccctggaagc acgcgggcaa gcaggactac aaccgcgagg aggacgccgc 1620
gctcttcaag gtctccggcc tcgggagccg gcgggggcgc gccggggagg gcccagagac 1680
agagcccggg gtccccggcg ccgcctccga ggcgagccca ggggaccgcg cggggcggac 1740
gggcgggcgg cggaggcatc aggtggcgtc gccggagccg caggaggagg aaaggaggcc 1800
tcggctctca gcgggaccgc gggggccggg agccgggtcc tgggcgcgtg gaggctgcag 1860
ggaaaccgct gaaggcccgg ccgggcccgg ggaagggcgg ccaaaggctt gaggggtttt 1920
gcgcgttcgt ccgtgcgttc tcgtttccac gcaagcctcc cgcccttcct ccgggctccc 1980
gtctgccgcc tccgtccgtg ggtccccctc gccctctccg tgcgtccgcg cctgtgccgg 2040
cggctgtttt cgtctctcac cgcgtctctg tttctctttt cgctgctttt ctctctgagt 2100
ctctctctct ccatgttttt cctgaggtca gcctctcttc tcgctcctgc tagctctctg 2160
cgggtactcc cacctctgtc tttctctttg tgtgtctctg tctctctctt tcccccatcg 2220
cagtggaact cagggcctct gtctagagct gtctcccttg ccctttgcgc gagtgcacac 2280
acgtgtgtcg ttgttacgat tgttctcccc taaggcag 2318
<210> 22
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列（Artificial Sequence）
<220>
<223> IRF4 探针
<400> 22
atcgtacgta aggttcggag cga 23
<210> 23
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列（Artificial Sequence）
<220>
<223> IRF4 正向引物
<400> 23
aaaaaaaaaa aaactccaca ttt 23
<210> 24
<211> 17
<212> DNA
<213> 人工序列（Artificial Sequence）
<220>
<223> IRF4 反向引物
<220>
<221> misc_feature
<222> (7)..(7)
<223> n = a、c、g或t
<400> 24
tagttgngga gtttggg 17
<210> 25
<211> 2191
<212> DNA
<213> 人工序列（Artificial Sequence）
<220>
<223> BEND4 亚区域
<400> 25
caggctgtgg cctcgcaacc agcccatctc gctccctgca ggcaggcagt gggctgcttt 60
gccgggcagc gcccgcagac tcgagataaa ggagaggagt cgcggacccc agagtgggtg 120
cctcccacga ggcgtttctg taaggctcgg gccgagatgc tcgggagggg caggaccccg 180
cggcgcggca gcgtgccacg gacggggacg aggggatggc ggggacgacg acgtgggcgg 240
tgggagcaga gtgcctgcga ctcccggggc aggaaggagg ggcgggatgg ttccccgcgc 300
ccgaaatcca cggcgtggcg gacgcggagg agccccgagt ctcacaacca aggggtggga 360
aggaaaaggg acagagcgag acagagcgcc cccgagaaac acaggcgcac aaaaaaagac 420
agaaggaaaa acggaactga gagccagcca gcatggactg cgacagcgtg agagtgcatc 480
aaagaggtgg cgaagaaagc actagaaggc aaaggagaag tggagagaag aagaaacaaa 540
tggaggaaga aggagaaagg gaaaaagcag acggaaaaag tgaagtagta cgagggcgtc 600
ccagcggggc ggcccgagaa gctccagctt cttcccgagc ggccgccgct atcccccggg 660
ggggcgtctg gccccactcc ggaccacgcc cgagcgatcc tggtcgccga ctgccacagc 720
cgtgcttccc ggcgcgggat ccaagccgcg gagccacctg ttaggcgcgc gccgtcggaa 780
gcccaggcgc ggcggcgctg gagaatcctc tcgaagtttc cgggtgcgcg gggaggcccc 840
aggtgcgccc cgacatcccg acacggccca gcacgggtaa gtgtcggcgg ccccccgctt 900
ctccttcctg ggtcccctcc cgctgccccc ggccgtggcg ggaaggaaag ttgtgcggag 960
agttggtacc tgcgctgagc tccaggctgg cgctgtcgct acccgtgccg ccggtgccgg 1020
cggccgccgc cgcgcctggg ccatacctga cgacagcggc gaacgaagac gacgaggagg 1080
cggcggggga cgcgggcggc ggctgcgccg gagtcctcaa gtggccctgg gatgtggcgg 1140
gcgtgcagga cggcgacgac gacgaagcgg cggcggcggc ccggccgggc ccgggggggt 1200
aggagctctg cgcctggaac tgctgcggcg gcggctcgct gctgctgatg gagacggcgg 1260
cgtgcggcgc gaagggcggc gggggcggcg ggggcgcccg cacgtgcggc agctccacca 1320
gggtgggtcg ctcgtagcgc ttggccagcg ccggtctctt gctggggaac gtcttgagga 1380
cgctgtaggg gctgcgctgc ttgtagattt tggggacgct gggcccctcc tctgccggct 1440
gcatctcttc ctccatccgg cgcctcgggg ccggtccctc ggagcacgtc ccctccccgc 1500
cgggcgccgg gctccgaggg tgcctccgcc gcctgcccgc cgggtctgcc ctggtgcgcg 1560
cgtgtgggag ggtgtgtgtc tgtgccgtgg ccgccgccgc cgccgcctgt cgctgaggct 1620
ggcatcgccg agcccccgcg cggggggctg ccgcccgagc tcctgattga caggctgcct 1680
cgccaatgcc tggagggaga aaggaggtaa agagcaagtg tttagggtaa tatctgctaa 1740
tgataatggg ggcggggcgg ggcctggcgc cgcagccgcc cgcggggtct gcctggcggc 1800
tccgcgcctc cgacggggag cgggggaagg gggaaagcga ggacctggag gacgcccggg 1860
aactggtgaa gaaggtgggg atccgggatc tggctacggc gagactttag agacccagat 1920
gtggactcga ggcttctgcg gctgcgggcg gggtccggct tccgaaacga gctcgtggcg 1980
ccccctgcat gaccccaaac tctcggggtt gcacagagga ggggctagtc gttggggcgg 2040
ggtcgtcaga gtacgtgtgt attacagcaa gttcttctac caatcgggaa ttgctctccg 2100
atccttctga aaagaacctc ttgaagatct tggcccgggt ggtcgcgcgg tgtttacggg 2160
gctttggggt cctgctttcc ccgagcatcg c 2191
<210> 26
<211> 17
<212> DNA
<213> 人工序列（Artificial Sequence）
<220>
<223> BEND4 探针
<400> 26
taggacggcg acgacga 17
<210> 27
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列（Artificial Sequence）
<220>
<223> BEND4 正向引物
<400> 27
agtttttaag tggttttggg at 22
<210> 28
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列（Artificial Sequence）
<220>
<223> BEND4 反向引物
<400> 28
ccaaacgcaa aactcctac 19
<210> 29
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列（Artificial Sequence）
<220>
<223> SEPT9 (1a) 探针
<400> 29
ttgttgcggt cgcggacg 18
<210> 30
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列（Artificial Sequence）
<220>
<223> SEPT9 (1a) 正向引物
<400> 30
gtagttggat gggattattt 20
<210> 31
<211> 17
<212> DNA
<213> 人工序列（Artificial Sequence）
<220>
<223> SEPT9 (1a) 反向引物
<400> 31
cacccgcaaa atcctct 17
<210> 32
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列（Artificial Sequence）
<220>
<223> ACTB 探针
<400> 32
accaccaccc aacacacaat aacaaacaca 30
<210> 33
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列（Artificial Sequence）
<220>
<223> ACTB 正向引物
<400> 33
gtgatggagg aggtttagta agtt 24
<210> 34
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列（Artificial Sequence）
<220>
<223> ACTB 反向引物
<400> 34
ccaataaaac ctactcctcc cttaa 25
Claims (10)
1.一种确认肝肿瘤的存在、评估肝肿瘤形成或形成风险和/或评估肝肿瘤的进展的方法和/或评估肝肿瘤相关DNA区域甲基化状态的方法，包含确定待测样本中目标基因所在DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或含量，所述目标基因包含SEPT9和IKZF1。
2.如权利要求1所述的方法，所述目标基因还包含选自以下组的基因：BEST4、B4GALNT1、GRASP、IRF4和BEND4。
3.一种确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展的方法和/或确定DNA区域甲基化状态的方法，包含确定待测样本中目标DNA区域、或其互补区域、或上述的片段的修饰状态的存在和/或含量，所述目标DNA区域包含来源于人chr17:75368651-75370720和来源于人chr7:50343720-50344547定义的区域。
4.如权利要求3所述的方法，所述目标DNA区域还包含选自以下组定义的区域：来源于人chr1:45251728-45252477、来源于人chr12:58020498-58022962、来源于人chr12:52400724-52401698、来源于人chr6:391739-394056、和来源于人chr4:42152705-42154895。
5.一种核酸，所述核酸包含能够结合如权利要求1-2中任一项所述的方法中所述目标基因所在DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的序列；或者所述核酸包含能够结合如权利要求3-4中任一项所述的方法中所述目标DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的序列。
6.一种核酸组，所述核酸组包含能够结合如权利要求1-2中任一项所述的方法中所述目标基因所在DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的序列；或者所述核酸组包含能够结合如权利要求3-4中任一项所述的方法中所述目标DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的序列。
7.一种试剂盒，包含如权利要求5所述的核酸和/或权利要求6所述的核酸组。
8.如权利要求5所述的核酸、如权利要求6所述的核酸组和/或权利要求7所述的试剂盒，在制备疾病检测产品和/或确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展的物质中的应用。
9.用于确定DNA区域修饰状态的核酸、核酸组和/或试剂盒，在制备用于确认肝肿瘤的存在、评估肝肿瘤形成或形成风险和/或评估肝肿瘤的进展的物质中的应用，所述用于确定的DNA区域包含如权利要求1-2中任一项所述的方法中所述目标基因所在DNA区域或其片段。
10.用于确定DNA区域修饰状态的核酸、核酸组和/或试剂盒，在制备用于确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展的物质中的应用，所述用于确定的DNA区域包含如权利要求3-4中任一项所述的方法中所述目标DNA区域、或其互补区域、或上述的片段。
Applications Claiming Priority (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN2021114490608 | 2021-11-30 | ||
| CN202111449060 | 2021-11-30 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CN114574584A true CN114574584A (zh) | 2022-06-03 |
Family
ID=81783747
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CN202210321711.3A Pending CN114574584A (zh) | 2021-11-30 | 2022-03-30 | 一组肿瘤检测标志物及其用途 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| CN (1) | CN114574584A (zh) |
Cited By (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO2023011615A1 (zh) * | 2021-08-06 | 2023-02-09 | 江苏鹍远生物技术有限公司 | 一种肿瘤评估方法及应用 |
Citations (10)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN106222267A (zh) * | 2016-08-01 | 2016-12-14 | 博尔诚（北京）科技有限公司 | 检测肝癌的组合物及其用途 |
| CN109593836A (zh) * | 2019-01-07 | 2019-04-09 | 艾吉泰康生物科技(北京)有限公司 | 一种使用镜像探针进行甲基化捕获测序的方法 |
| CN110499364A (zh) * | 2019-07-30 | 2019-11-26 | 北京凯昂医学诊断技术有限公司 | 一种用于检测扩展型遗传病全外显子的探针组及其试剂盒和应用 |
| CN110904225A (zh) * | 2019-11-19 | 2020-03-24 | 中国医学科学院肿瘤医院 | 用于肝癌检测的组合标志物及其应用 |
| CN112280865A (zh) * | 2020-11-17 | 2021-01-29 | 圣湘生物科技股份有限公司 | 一种用于检测肝癌的试剂组合，试剂盒及其用途 |
| CN112322743A (zh) * | 2020-12-04 | 2021-02-05 | 深圳市新合生物医疗科技有限公司 | 检测人sept9基因甲基化的试剂盒及其使用方法、应用 |
| CN115572765A (zh) * | 2022-03-30 | 2023-01-06 | 江苏鹍远生物技术有限公司 | 一组肿瘤检测标志物及其用途 |
| CN115572764A (zh) * | 2022-03-30 | 2023-01-06 | 江苏鹍远生物技术有限公司 | 一组肿瘤检测标志物及其用途 |
| US20230193395A1 (en) * | 2020-03-20 | 2023-06-22 | Singlera Health Technologies (Shanghai) Ltd. | Methods and kits for screening colorectal neoplasm |
| CN116732175A (zh) * | 2023-03-09 | 2023-09-12 | 江苏鹍远生物技术有限公司 | 血浆游离dna甲基化标志物在肝脏肿瘤检测中的用途 |
-
2022
- 2022-03-30 CN CN202210321711.3A patent/CN114574584A/zh active Pending
Patent Citations (10)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN106222267A (zh) * | 2016-08-01 | 2016-12-14 | 博尔诚（北京）科技有限公司 | 检测肝癌的组合物及其用途 |
| CN109593836A (zh) * | 2019-01-07 | 2019-04-09 | 艾吉泰康生物科技(北京)有限公司 | 一种使用镜像探针进行甲基化捕获测序的方法 |
| CN110499364A (zh) * | 2019-07-30 | 2019-11-26 | 北京凯昂医学诊断技术有限公司 | 一种用于检测扩展型遗传病全外显子的探针组及其试剂盒和应用 |
| CN110904225A (zh) * | 2019-11-19 | 2020-03-24 | 中国医学科学院肿瘤医院 | 用于肝癌检测的组合标志物及其应用 |
| US20230193395A1 (en) * | 2020-03-20 | 2023-06-22 | Singlera Health Technologies (Shanghai) Ltd. | Methods and kits for screening colorectal neoplasm |
| CN112280865A (zh) * | 2020-11-17 | 2021-01-29 | 圣湘生物科技股份有限公司 | 一种用于检测肝癌的试剂组合，试剂盒及其用途 |
| CN112322743A (zh) * | 2020-12-04 | 2021-02-05 | 深圳市新合生物医疗科技有限公司 | 检测人sept9基因甲基化的试剂盒及其使用方法、应用 |
| CN115572765A (zh) * | 2022-03-30 | 2023-01-06 | 江苏鹍远生物技术有限公司 | 一组肿瘤检测标志物及其用途 |
| CN115572764A (zh) * | 2022-03-30 | 2023-01-06 | 江苏鹍远生物技术有限公司 | 一组肿瘤检测标志物及其用途 |
| CN116732175A (zh) * | 2023-03-09 | 2023-09-12 | 江苏鹍远生物技术有限公司 | 血浆游离dna甲基化标志物在肝脏肿瘤检测中的用途 |
Non-Patent Citations (6)
| Title |
|---|
| BAOLIANG LI: "SEPT9 Gene Methylation as a Noninvasive Marker for Hepatocellular Carcinoma", DISEASE MARKERS, pages 1 - 9 * |
| QI HUO: "Dysfunction of IKZF1/MYC/MDIG axis contributes to liver cancer progression through regulating H3K9me3/p21 activity", CELL DEATH AND DISEASE, pages 1 - 13 * |
| XIANG-JUN SUN: "An integrated analysis of genome-wide DNA methylation and gene expression data in hepatocellular carcinoma", FEBS PRESS, pages 1093 - 1103 * |
| YANG CHENG: "The overexpression of GRASP might inhibit cell proliferationand invasion in hepatocellular carcinoma", J CELL PHYSIOL., vol. 234, no. 9, pages 116215 - 16225 * |
| 沈志明: "血浆Septin9甲基化在肝癌鉴别诊断中的临床价值", 国际检验医学杂志, vol. 41, no. 23, pages 2831 - 2838 * |
| 黄朝晖;杜祥;: "DNA甲基化在肿瘤无创性分子诊断中的研究进展", 中国癌症杂志, no. 03, 15 March 2009 (2009-03-15), pages 224 - 227 * |
Cited By (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO2023011615A1 (zh) * | 2021-08-06 | 2023-02-09 | 江苏鹍远生物技术有限公司 | 一种肿瘤评估方法及应用 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| JP6673562B2 (ja) | 結腸直腸がんのエピジェネティックマーカー及び該マーカーを使用する診断法 | |
| US10344334B2 (en) | Method of diagnosing neoplasms | |
| US11473148B2 (en) | Methods of diagnosing bladder cancer | |
| US20230212685A1 (en) | Methylated markers for colorectal cancer | |
| US11053542B2 (en) | Compositions and methods for screening mutations in thyroid cancer | |
| JP2015517321A (ja) | 定量的多重メチル化特異的ＰＣＲ法−ｃＭｅｔｈＤＮＡ、試薬、及びその使用 | |
| CN113308544B (zh) | 用于dna甲基化检测的试剂及食管癌检测试剂盒 | |
| WO2008103971A9 (en) | Prostate cancer survival and recurrence | |
| CN113355415B (zh) | 用于食管癌诊断或辅助诊断的检测试剂及试剂盒 | |
| US10131953B2 (en) | Unbiased DNA methylation markers define an extensive field defect in histologically normal prostate tissues associated with prostate cancer: new biomarkers for men with prostate cancer | |
| AU2014348428B2 (en) | Chromosomal assessment to diagnose urogenital malignancy in dogs | |
| CN114574584A (zh) | 一组肿瘤检测标志物及其用途 | |
| US20180051342A1 (en) | Prostate cancer survival and recurrence | |
| CN115572764A (zh) | 一组肿瘤检测标志物及其用途 | |
| CN115572765A (zh) | 一组肿瘤检测标志物及其用途 | |
| JP5865241B2 (ja) | 肉腫の予後分子署名およびその使用 | |
| US11542559B2 (en) | Methylation-based biomarkers in breast cancer screening, diagnosis, or prognosis | |
| WO2023011615A1 (zh) | 一种肿瘤评估方法及应用 | |
| CN115896275A (zh) | 一种肿瘤检测方法及应用 | |
| CN115896276A (zh) | 一种肿瘤检测方法及应用 | |
| CN115927606A (zh) | 一种肿瘤检测方法及应用 | |
| CN115896277A (zh) | 一种肿瘤检测方法及应用 | |
| WO2015121663A1 (en) | Biomarkers for prostate cancer | |
| WO2023135600A1 (en) | Personalized cancer management and monitoring based on dna methylation changes in cell-free dna | |
| WO2023116593A1 (zh) | 一种肿瘤检测方法及应用 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| PB01 | Publication | ||
| PB01 | Publication | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| CB02 | Change of applicant information |
Address after: 225129 building 6, Chuangfu workshop, No. 1, Chuangfu Road, Hanjiang District, Yangzhou City, Jiangsu Province Applicant after: Jiangsu Fuyuan Biotechnology Co.,Ltd. Applicant after: Jiangsu Huayuan Biotechnology Co.,Ltd. Address before: 225129 building 6, Chuangfu workshop, No. 1, Chuangfu Road, Hanjiang District, Yangzhou City, Jiangsu Province Applicant before: Jiangsu Fuyuan Biotechnology Co.,Ltd. Applicant before: Shanghai Fuyuan Biotechnology Co.,Ltd. |
|
| CB02 | Change of applicant information |