CN115927606A - 一种肿瘤检测方法及应用 - Google Patents
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Abstract
本申请涉及一种肿瘤检测方法及应用，具体涉及一种确认肝肿瘤的存在、评估肝肿瘤形成或形成风险和/或评估肝肿瘤的进展的方法，包含评估待测样本中标志物基因所在DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或含量。本申请还涉及用于评估DNA区域修饰状态的核酸、核酸组和/或试剂盒，及其制备方法。
Description
技术领域
本申请涉及生物医学领域，具体的涉及一种肿瘤检测方法及应用。
背景技术
寻找更高效的肿瘤标志物一直是肿瘤相关研究中重要的一个方向，基于液体活检的血浆游离DNA检测技术对于肿瘤标志物的发现有了更高的需求。其基本原理为：肿瘤细胞死亡后，释放游离DNA进入血液，通过检测血液中的DNA突变、DNA甲基化、miRNA、组蛋白修饰等肿瘤细胞相关信息，可探测到极早期的肿瘤信号。已有研究发现DNA甲基化变化可能早于DNA突变的发生，是肿瘤早期筛查的更行之有效的检测标志物。
但目前早期癌症中，释放入血的肿瘤细胞极少，并且本领域急需寻找到更多的对于肝肿瘤有效的检测标志物。因此，亟需开发一种方法和/或试剂盒，通过检测准确、稳定、有效的肝癌生物标志物，且可以从生物样品中数量极为有限的细胞外游离DNA高效地读取到该表观遗传学信息，更优的，该方法应可以在医院检验科里很容易地配置并可靠地应用。
发明内容
一方面，本申请提供了一种确认肝肿瘤的存在、评估肝肿瘤形成或形成风险和/或评估肝肿瘤的进展的方法，包含确定待测样本中IKZF1基因所在DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或含量。
一方面，本申请提供了一种评估肝肿瘤相关DNA区域甲基化状态的方法，包含确定待测样本中IKZF1基因所在DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或含量。
在一种实施方式中，所述DNA区域来源于人chr7:50343720:50472799。
在一种实施方式中，所述方法还包含获取待测样本中的核酸。
在一种实施方式中，所述核酸包含无细胞游离核酸。
在一种实施方式中，所述待测样本包含组织、细胞和/或体液。
在一种实施方式中，所述待测样本包含血浆。
在一种实施方式中，所述方法还包含转化所述DNA区域或其片段。
在一种实施方式中，具有所述修饰状态的碱基以及不具有所述修饰状态的所述碱基，在转化后形成不同的物质。
在一种实施方式中，具有所述修饰状态的碱基在转化后基本不发生改变，且不具有所述修饰状态的所述碱基在转化后改变为与所述碱基不同的其它碱基、或在转化后被剪切。
在一种实施方式中，所述碱基包含胞嘧啶。
在一种实施方式中，所述修饰状态包含甲基化修饰。
在一种实施方式中，所述其它碱基包含尿嘧啶。
在一种实施方式中，所述转化包含通过脱氨基试剂和/或甲基化敏感限制酶转化。
在一种实施方式中，所述脱氨基试剂包含亚硫酸氢盐或其类似物。
在一种实施方式中，所述确定修饰状态的存在和/或含量的方法包含，确认具有所述修饰状态的碱基在所述转化后形成的物质的存在和/或含量。
在一种实施方式中，所述确定修饰状态的存在和/或含量的方法包含，确定具有所述修饰状态的DNA区域或其片段的存在和/或含量。
在一种实施方式中，通过所述荧光PCR方法检测的荧光Ct值确定具有所述修饰状态的DNA区域或其片段的存在和/或含量。
在一种实施方式中，通过确认所述DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或所述DNA区域或其片段相对于参考水平具有更高的修饰状态的含量，确定肝肿瘤的存在、或者有肝肿瘤形成或形成的风险。
在一种实施方式中，所述方法还包含在确定所述DNA区域或其片段的修饰的存在和/或含量之前，扩增待测样本中所述DNA区域或其片段。
在一种实施方式中，所述扩增包含PCR扩增。
另一方面，本申请提供了一种确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展的方法，包含确定待测样本中选自以下组DNA区域、或其互补区域、或上述的片段的修饰状态的存在和/或含量：来源于人chr7:50343720-50344547、来源于人chr7:50450118-50450531和来源于人chr7:50467368-50469092。
另一方面，本申请提供了一种确定DNA区域甲基化状态的方法，包含确定待测样本中选自以下组DNA区域、或其互补区域、或上述的片段的修饰状态的存在和/或含量：来源于人chr7:50343720-50344547、来源于人chr7:50450118-50450531和来源于人chr7:50467368-50469092。
在一种实施方式中，包含提供能够结合包含选自以下组DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的核酸：SEQ ID NO：1、SEQ ID NO：8和SEQ ID NO：12。
在一种实施方式中，包含提供能够结合包含选自以下组DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的核酸：来源于人chr7:50343793-50343896、来源于人chr7:50343867-50343961、来源于人chr7:50450311-50450411和来源于人chr7:50467865-50467980。
在一种实施方式中，包含提供选自以下组核酸或其互补核酸、或上述的片段：SEQID NO：2、SEQ ID NO：5、SEQ ID NO：9和SEQ ID NO：13。
在一种实施方式中，包含提供选自以下组核酸组或其互补核酸组、或上述的片段：SEQ ID NO：3与4、SEQ ID NO：6与7、SEQ ID NO：10与11和SEQ ID NO：14与15。
在一种实施方式中，所述疾病包含肿瘤。
在一种实施方式中，所述方法还包含获取待测样本中的核酸。
在一种实施方式中，所述核酸包含无细胞游离核酸。
在一种实施方式中，所述待测样本包含组织、细胞和/或体液。
在一种实施方式中，所述待测样本包含血浆。
在一种实施方式中，所述方法还包含转化所述DNA区域或其片段。
在一种实施方式中，具有所述修饰状态的碱基以及不具有所述修饰状态的所述碱基，在转化后形成不同的物质。
在一种实施方式中，具有所述修饰状态的碱基在转化后基本不发生改变，且不具有所述修饰状态的所述碱基在转化后改变为与所述碱基不同的其它碱基、或在转化后被剪切。
在一种实施方式中，所述碱基包含胞嘧啶。
在一种实施方式中，所述修饰状态包含甲基化修饰。
在一种实施方式中，所述其它碱基包含尿嘧啶。
在一种实施方式中，所述转化包含通过脱氨基试剂和/或甲基化敏感限制酶转化。
在一种实施方式中，所述脱氨基试剂包含亚硫酸氢盐或其类似物。
在一种实施方式中，所述确定修饰状态的存在和/或含量的方法包含，确认具有所述修饰状态的碱基在所述转化后形成的物质的存在和/或含量。
在一种实施方式中，所述确定修饰状态的存在和/或含量的方法包含，确定具有所述修饰状态的DNA区域或其片段的存在和/或含量。
在一种实施方式中，通过所述荧光PCR方法检测的荧光Ct值确定具有所述修饰状态的DNA区域或其片段的存在和/或含量。
在一种实施方式中，通过确认所述DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或所述DNA区域或其片段相对于参考水平具有更高的修饰状态的含量，确定肝肿瘤的存在、或者有肝肿瘤形成或形成的风险。
在一种实施方式中，所述方法还包含在确定所述DNA区域或其片段的修饰的存在和/或含量之前，扩增待测样本中所述DNA区域或其片段。
在一种实施方式中，所述扩增包含PCR扩增。
另一方面，本申请提供了一种核酸，所述核酸包含能够结合IKZF1基因所在DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的序列。
另一方面，本申请提供了一种制备核酸的方法，包含根据IKZF1基因所在DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的修饰状态，设计能够结合所述DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的核酸。
另一方面，本申请提供了一种核酸组，所述核酸组包含能够结合IKZF1基因所在DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的序列。
另一方面，本申请提供了一种制备核酸组的方法，包含根据IKZF1基因所在DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的修饰状态，设计能够扩增所述DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的核酸组。
另一方面，本申请提供了一种试剂盒，包含本申请的核酸和/或本申请的核酸组。
另一方面，本申请提供了本申请的核酸、本申请的核酸组和/或本申请的试剂盒，在制备疾病检测产品中的应用。
另一方面，本申请提供了本申请的核酸、本申请的核酸组和/或本申请的试剂盒，在制备确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展的物质中的应用。
另一方面，本申请提供了本申请的核酸、本申请的核酸组和/或本申请的试剂盒，在制备确定所述DNA区域或其片段的修饰状态的物质中的应用。
另一方面，本申请提供了用于确定DNA区域修饰状态的核酸、核酸组和/或试剂盒，在制备用于确认肝肿瘤的存在、评估肝肿瘤形成或形成风险和/或评估肝肿瘤的进展的物质中的应用，所述用于确定的DNA区域包含IKZF1基因所在DNA区域或其片段。
另一方面，本申请提供了用于确定DNA区域修饰状态的核酸、核酸组和/或试剂盒，在制备用于确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展的物质中的应用，所述DNA区域包含选自以下组DNA区域、或其互补区域、或上述的片段：来源于人chr7:50343720-50344547、来源于人chr7:50450118-50450531和来源于人chr7:50467368-50469092。
另一方面，本申请提供了IKZF1基因所在DNA区域、或其转化而来的区域、或上述的片段的核酸，以及上述核酸的组合，在制备用于确认肝肿瘤的存在、评估肝肿瘤形成或形成风险和/或评估肝肿瘤的进展的物质中的应用。
另一方面，本申请提供了选自以下组DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的核酸，以及上述核酸的组合，在制备用于确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展的物质中的应用：来源于人chr7:50343720-50344547、来源于人chr7:50450118-50450531和来源于人chr7:50467368-50469092。
另一方面，本申请提供了一种储存介质，其记载可以运行本申请所述的方法的程序。
另一方面，本申请提供了一种设备，其包含本申请所述的储存介质。
在一种实施方式中，本申请的设备还包含耦接至所述储存介质的处理器，所述处理器被配置为基于存储在所述储存介质中的程序执行以实现本申请所述的方法。
本领域技术人员能够从下文的详细描述中容易地洞察到本申请的其它方面和优势。下文的详细描述中仅显示和描述了本申请的示例性实施方式。如本领域技术人员将认识到的，本申请的内容使得本领域技术人员能够对所公开的具体实施方式进行改动而不脱离本申请所涉及发明的精神和范围。相应地，本申请的附图和说明书中的描述仅仅是示例性的，而非为限制性的。
附图说明
本申请所涉及的发明的具体特征如所附权利要求书所显示。通过参考下文中详细描述的示例性实施方式和附图能够更好地理解本申请所涉及发明的特点和优势。对附图简要说明如下：
图1显示的是检测位点癌旁组织、癌组织和白细胞DNA甲基化信号对比。
图2显示的是检测位点在对照血浆和肝癌血浆DNA甲基化信号对比。
具体实施方式
以下由特定的具体实施例说明本申请发明的实施方式，熟悉此技术的人士可由本说明书所公开的内容容易地了解本申请发明的其他优点及效果。
术语定义
在本申请中，术语“IKZF1”通常是指一种基因或其表达产物。例如，IKZF1(DNA-binding protein Ikaros)蛋白的UniProt登录号可以是Q13422。本申请中，IKZF1可以涵盖其未加工形式、任何的加工形式、其变体或包含其功能活性片段的物质。
在本申请中，术语“待测样本”通常是指需要进行检测的样本。例如，可以检测待测样本上的一个或者多个基因区域是否存在有修饰状态。
在本申请中，术语“无细胞游离核酸”或“cfDNA”通常是指样品中的DNA，当采集时，该DNA没有包含在细胞内。例如，无细胞游离核酸可以不是指通过细胞或组织的体外破裂而使其不在细胞内的DNA。例如，cfDNA可以包括正常细胞和源自癌细胞的DNA两者。例如，cfDNA可以获自血液或血浆(“循环系统”)。例如，cfDNA可以通过分泌或细胞死亡过程，如细胞坏死或凋亡释放到循环系统中。
在本申请中，术语“互补核酸”通常是指与参考核苷酸序列相比具有互补的核苷酸序列。例如，互补核酸可以为任选地具有相反方向的核酸分子。例如，所述互补可以是指具有下面的互补性关联：鸟嘌呤和胞嘧啶；腺嘌呤和胸腺嘧啶；腺嘌呤和尿嘧啶。
在本申请中，术语“DNA区域”通常是指两个或更多个共价键合的天然存在的或经修饰的脱氧核糖核苷酸的序列。例如，基因的DNA区域可以是指该基因所位于的特定的脱氧核糖核苷酸的序列的位置，例如该脱氧核糖核苷酸的序列编码所述基因。例如，本申请的DNA区域包含DNA区域的全长、其互补区域，或者上述的片段。、
在本申请中，术语“修饰状态”通常是指本申请中基因片段、核苷酸或其碱基具有的修饰状态。例如，本申请中的修饰状态可以是指胞嘧啶的修饰状态。例如，本申请的具有修饰状态的基因片段可以具有改变的基因表达活性。例如，本申请的修饰状态可以是指碱基具有的甲基化修饰。例如，本申请的修饰状态可以是指在基因组DNA的CpG区域的胞嘧啶5'碳位共价结合一个甲基基团，例如可以成为5-甲基胞嘧啶(5mC)。例如，修饰状态可以是指DNA序列内存在或不存在5-甲基胞嘧啶(“5-mCyt”)。
在本申请中，术语“甲基化”通常是指本申请中基因片段、核苷酸或其碱基具有的甲基化状态。例如，本申请中基因所在的DNA片段可以在一条链或多条链上具有甲基化。例如，本申请中基因所在的DNA片段可以在一个位点或多个位点上具有甲基化。
在本申请中，术语“转化”通常是指将一种或多种结构转变为另一种结构。例如，本申请的转化可以是具有特异性。例如，不具有甲基化修饰的胞嘧啶经过转化可以变为其它结构(例如尿嘧啶)，且具有甲基化修饰的胞嘧啶经过转化可以基本不发生变化。例如，不具有甲基化修饰的胞嘧啶经过转化可以被剪切，且具有甲基化修饰的胞嘧啶经过转化可以基本不发生变化。
在本申请中，术语“脱氨基试剂”通常是指具有移除氨基能力的物质。例如，脱氨基试剂可以将未修饰的胞嘧啶的氨基脱除。
在本申请中，术语“亚硫酸氢盐”通常是指一种可以区分具有修饰状态和不具有修饰状态的DNA区域的试剂。例如，亚硫酸氢盐可以包括亚硫酸氢盐、或其类似物或上述的组合。例如，亚硫酸氢盐可以使未修饰的胞嘧啶的氨基脱氨基化，以使其与修饰的胞嘧啶区分。在本申请中，术语“类似物”通常是指具有类似结构和/或功能的物质。例如亚硫酸氢盐的类似物可以与亚硫酸氢盐具有类似的结构。例如，亚硫酸氢盐的类似物可以是指一种同样可以区分具有修饰状态和不具有修饰状态的DNA区域的试剂。
在本申请中，术语“甲基化敏感限制酶”通常是指一种根据其识别位点的甲基化状态而选择性消化核酸的酶。例如，对于当识别位点未被甲基化时才特异剪切的限制酶来说，当识别位点被甲基化时，可以不会发生剪切，或以显著降低的效率剪切。对于当识别位点被甲基化时才特异剪切的限制酶来说，当识别位点未被甲基化时，可以不会发生剪切，或以显著降低的效率剪切。例如，甲基化特异的限制酶可以识别含有CG二核苷酸(例如cgcg或cccggg)的序列。
在本申请中，术语“肿瘤”通常是指在正常生长和/或发育中呈现出至少部分失去控制的细胞和/或组织。例如，常见的肿瘤或癌细胞通常可以是失去了接触抑制并可能是入侵性的和/或具有转移的能力。例如，本申请的肿瘤可以是良性的，也可能是恶性的。
在本申请中，术语“进展”通常是指疾病从不太严重状态到较严重状态的变化。例如，肿瘤进展可以包括肿瘤的数量或严重性、癌细胞转移程度、癌症生长或扩散的速度等增大。例如，肿瘤进展可以包括这种癌症从不太严重状态到较严重状态的阶段时期，例如从I期到II期、从II期到III期等的进展。
在本申请中，术语“形成”通常是指个体体内出现病灶。例如，当肿瘤形成时，可以将该个体确诊为肿瘤患者。
在本申请中，术语“荧光PCR”通常是指一种定量或半定量的PCR技术。例如，可以是实时定量聚合酶链反应、定量聚合酶链反应或动力学聚合酶链反应的PCR技术。例如，可以利用PCR扩增并借助嵌入性荧光染料或序列特异性探针定量检测起始的靶核酸量，所述序列特异性探针可以含有仅与靶核酸杂交才可检出的荧光报道分子。
在本申请中，术语“PCR扩增”通常是指聚合酶链扩增反应。例如，本申请中的PCR扩增可以包含目前已知的用于DNA扩增的任意聚合酶链扩增反应。
在本申请中，术语“荧光Ct值”通常是指一种定量或半定量评估靶核酸的测量值。例如，可以是指荧光信号到达设定的域值时所经历的扩增反应循环数。
发明详述
一方面，本申请提供一种确认肝肿瘤的存在、评估肝肿瘤形成或形成风险和/或评估肝肿瘤的进展的方法，可以包含确定待测样本中IKZF1基因所在DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或含量。例如，本申请的方法可以包含，根据待测样本中IKZF1基因所在DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或含量的确定结果，确认肝肿瘤是否存在。例如，本申请的方法可以包含，根据待测样本中IKZF1基因所在DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或含量的确定结果，评估是否确诊为肝肿瘤形成。例如，本申请的方法可以包含，根据待测样本中IKZF1基因所在DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或含量的确定结果，评估是否有确诊为肝肿瘤形成的风险和/或风险的高低。例如，本申请的方法可以包含，根据待测样本中IKZF1基因所在DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或含量的确定结果，评估肝肿瘤的进展情况。
另一方面，本申请提供一种评估肝肿瘤相关DNA区域甲基化状态的方法，可以包含确定待测样本中IKZF1基因所在DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或含量。例如，根据待测样本中IKZF1基因所在DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或含量的确定情况，评估肝肿瘤相关DNA区域甲基化状态。例如，肝肿瘤相关DNA区域甲基化状态可以是指该DNA区域的甲基化的确认存在或相对于参考水平的数量提高，可以与肝肿瘤的发生有关联。
例如，本申请的所述DNA区域可以来源于人chr7:50343720:50472799。例如，本申请的基因可以通过它们的名称和它们的染色体坐标来描述。例如，染色体坐标可以与2009年2月发布的人类基因组数据库Hg19版(或称作“Hg19坐标”)一致。例如，本申请的DNA区域可以是来源于由Hg19坐标限定的区域。
另一方面，本申请提供一种确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展的方法，可以包含确定待测样本中IKZF1基因所在DNA区域的特定的亚区域、或其互补区域、或上述的片段的修饰状态的存在和/或含量。
另一方面，本申请提供一种确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展的方法，可以包含确定待测样本中选自以下组DNA区域、或其互补区域、或上述的片段的修饰状态的存在和/或含量：来源于人chr7:50343720-50344547、来源于人chr7:50450118-50450531和来源于人chr7:50467368-50469092。例如，本申请的方法可以包含，根据待测样本中所述DNA区域、或其互补区域、或上述的片段的修饰状态的存在和/或含量的确定结果，确认疾病是否存在。例如，本申请的方法可以包含，根据待测样本中所述DNA区域、或其互补区域、或上述的片段的修饰状态的存在和/或含量的确定结果，评估是否确诊为疾病形成。例如，本申请的方法可以包含，根据待测样本中所述DNA区域、或其互补区域、或上述的片段的修饰状态的存在和/或含量的确定结果，评估是否有确诊为疾病的风险和/或风险的高低。例如，本申请的方法可以包含，根据待测样本中所述DNA区域、或其互补区域、或上述的片段的修饰状态的存在和/或含量的确定结果，评估疾病的进展情况。
另一方面，本申请提供一种确定DNA区域甲基化状态的方法，可以包含：确定待测样本中可以选自以下组DNA区域、或其互补区域、或上述的片段的修饰状态的存在和/或含量：来源于人chr7:50343720-50344547、来源于人chr7:50450118-50450531和来源于人chr7:50467368-50469092。例如，该DNA区域的甲基化的确认存在或相对于参考水平的数量提高，可以与疾病的发生有关联。例如，本申请的DNA区域可以是指基因组DNA的特定区段。例如，本申请的DNA区域可以通过基因名称或一组染色体坐标来指定。例如，一个基因可以通过参考其名称获得其序列和染色体位置，或通过参考其染色体坐标确定其序列和染色体位置。本申请采用这些特定DNA区域甲基化状态作为一个系列分析指标，可以在灵敏度和/或特异性方面提供显著的改进，并且可以简化筛查过程。例如，“灵敏度”可以指正确鉴定的阳性结果的比例，即，正确鉴定为具有所讨论疾病的个体的百分数；“特异性”可以指正确鉴定的阴性结果的比例，即，正确鉴定为不具有所讨论疾病的个体的百分数。
另一方面，本申请提供一种确定DNA区域甲基化状态的方法，可以包含：确定待测样本中来源于人chr7:50343720-50344547的DNA区域、或其互补区域、或上述的片段的修饰状态的存在和/或含量。
另一方面，本申请提供一种确定DNA区域甲基化状态的方法，可以包含：确定待测样本中来源于人chr7:50450118-50450531的DNA区域、或其互补区域、或上述的片段的修饰状态的存在和/或含量。
另一方面，本申请提供一种确定DNA区域甲基化状态的方法，可以包含：确定待测样本中来源于人chr7:50467368-50469092的DNA区域、或其互补区域、或上述的片段的修饰状态的存在和/或含量。
本申请的DNA区域可以包含这些分子的全部形式及其片段或变体。例如，变体可以包含相对于本申请所述的DNA区域共有至少80％、至少85％、至少90％、95％、98％、或99％序列同一性，变体可以包含一个或多个缺失、添加、置换、倒转序列等。例如，本申请所述变体的修饰状态可以实现相同的评估结果。本申请的DNA区域可以包含全部形式的任何其他的突变、多态性变异或等位变异。
例如，本申请的方法可以包含：提供能够结合可以包含选自以下组DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的核酸：SEQ ID NO：1、SEQ ID NO：8和SEQ ID NO：12。
例如，本申请的方法可以包含：提供能够结合SEQ ID NO：1的DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的核酸。例如，本申请的方法可以包含：提供能够结合SEQ ID NO：8的DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的核酸。例如，本申请的方法可以包含：提供能够结合SEQ ID NO：12的DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的核酸。
另一方面，本申请提供一种确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展的方法，可以包含：确定待测样本中可以选自以下组DNA区域、或其互补区域、或上述的片段的修饰状态的存在和/或含量：来源于人chr7:50343793-50343896、来源于人chr7:50343867-50343961、来源于人chr7:50450311-50450411和来源于人chr7:50467865-50467980。
另一方面，本申请提供一种确定DNA区域甲基化状态的方法，可以包含：确定待测样本中可以选自以下组DNA区域、或其互补区域、或上述的片段的修饰状态的存在和/或含量：来源于人chr7:50343793-50343896、来源于人chr7:50343867-50343961、来源于人chr7:50450311-50450411和来源于人chr7:50467865-50467980。
例如，本申请的方法可以包含：提供能够结合可以包含选自以下组DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的核酸：来源于人chr7:50343793-50343896、来源于人chr7:50343867-50343961、来源于人chr7:50450311-50450411和来源于人chr7:50467865-50467980。
例如，上述区域的一种或多种可以作为扩增区域和/或检测区域。
例如，本申请的方法可以包含：提供可以选自以下组核酸或其互补核酸、或上述的片段：SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：5、SEQ ID NO：9和SEQ ID NO：13。例如，所述核酸可以用于检测目标区域。例如，所述核酸可以作为探针。
例如，本申请的方法可以包含：提供SEQ ID NO：2所示的核酸或其互补核酸、或上述的片段。例如该核酸作为探针，可以针对来源于人chr7:50343720-50344547的DNA区域进行检测。例如，该核酸作为探针，可以针对来源于人chr7:50343793-50343896的DNA区域进行检测。
例如，本申请的方法可以包含：提供SEQ ID NO：5所示的核酸或其互补核酸、或上述的片段。例如该核酸作为探针，可以针对来源于人chr7:50343720-50344547的DNA区域进行检测。例如，该核酸作为探针，可以针对来源于人chr7:50343867-50343961的DNA区域进行检测。
例如，本申请的方法可以包含：提供SEQ ID NO：9所示的核酸或其互补核酸、或上述的片段。例如该核酸作为探针，可以针对来源于人chr7:50450118-50450531的DNA区域进行检测。例如，该核酸作为探针，可以针对来源于人chr7:50450311-50450411的DNA区域进行检测。
例如，本申请的方法可以包含：提供SEQ ID NO：13所示的核酸或其互补核酸、或上述的片段。例如该核酸作为探针，可以针对来源于人chr7:50467368-50469092的DNA区域进行检测。例如，该核酸作为探针，可以针对来源于人chr7:50467865-50467980的DNA区域进行检测。
例如，本申请的方法可以包含：提供可以选自以下组核酸组或其互补核酸组、或上述的片段：SEQ ID NO：3与4、SEQ ID NO：6与7、SEQ ID NO：10与11和SEQ ID NO：14与15。例如，所述核酸组可以用于扩增目标区域。例如，所述核酸组可以作为引物组。
例如，本申请的方法可以包含：提供SEQ ID NO：3与4所示的核酸组或其互补核酸组、或上述的片段。例如该核酸组作为引物组，可以针对来源于人chr7:50343720-50344547的DNA区域进行扩增。例如，该核酸组作为引物组，可以针对来源于人chr7:50343793-50343896的DNA区域进行扩增。
例如，本申请的方法可以包含：提供SEQ ID NO：6与7所示的核酸组或其互补核酸组、或上述的片段。例如该核酸组作为引物组，可以针对来源于人chr7:50343720-50344547的DNA区域进行扩增。例如，该核酸组作为引物组，可以针对来源于人chr7:50343867-50343961的DNA区域进行扩增。
例如，本申请的方法可以包含：提供SEQ ID NO：10与11所示的核酸组或其互补核酸组、或上述的片段。例如该核酸组作为引物组，可以针对来源于人chr7:50450118-50450531的DNA区域进行扩增。例如，该核酸组作为引物组，可以针对来源于人chr7:50450311-50450411的DNA区域进行扩增。
例如，本申请的方法可以包含：提供SEQ ID NO：14与15所示的核酸组或其互补核酸组、或上述的片段。例如该核酸组作为引物组，可以针对来源于人chr7:50467368-50469092的DNA区域进行扩增。例如，该核酸组作为引物组，可以针对来源于人chr7:50467865-50467980的DNA区域进行扩增。
例如，所述疾病可以包含肿瘤。例如，所述疾病可以包含实体瘤。例如，所述疾病可以包含肝肿瘤等任意的肿瘤。
例如，本申请的“互补的”和“基本上互补的”可以包括在核苷酸或核酸之间，例如在双链DNA分子的两条链之间，或在寡核苷酸引物和单链核酸上的引物结合位点之间的杂交或碱基配对或双链体的形成。互补的核苷酸可以通常是A和T(或A和U)或C和G。对于两个单链RNA或DNA分子，当一条链的核苷酸在进行最佳比对和比较并且具有适当的核苷酸插入或缺失时与另一条链的至少约80％(通常至少约90％至约95％，甚至约98％至约100％)成对时，可以认为它们是基本互补的。在一个方面，两个互补的核苷酸序列能够杂交，并且可以在反向的核苷酸之间有小于25％的错配，更可以以小于15％的错配，可以以小于5％的错配，或不具有错配。例如，两个分子可以在高严格条件下杂交。
例如，本申请的修饰状态可以是指该修饰状态在DNA区域内部一个特定核苷酸或多个核苷酸处的存在、不存在和/或其含量。例如，本申请的修饰状态可以是指特定DNA序列中每个碱基或每个特定碱基(例如胞嘧啶)的修饰状态。例如，本申请的修饰状态可以是指特定DNA序列中碱基对组合和/或碱基组合的修饰状态。例如，本申请的修饰状态可以是指特定DNA序列(包括基因所在DNA区域或其特定区域片段)中关于区域修饰密度的信息，而可以不提供该序列中何处发生修饰的精确位置信息。
例如，本申请的修饰状态可以是指甲基化状态或与甲基化类似的状态。例如，具有或具有较高的甲基化的状态可以是与特定区域的转录沉默相关的。例如，具有或具有较高的甲基化的状态可以是与能够被甲基化特异性转化试剂(例如脱氨基试剂和/或甲基化敏感限制酶)转化相关的。例如，转化可以是指被转变为其它物质和/或被剪切或消化。
例如，所述方法还可以包含获取待测样本中的核酸。例如，所述核酸可以包含无细胞游离核酸。例如，所述待测样本可以包含组织、细胞和/或体液。例如，所述待测样本可以包含血浆。例如，本申请的检测方法可以对任何适合的生物样品进行。例如，待测样本可以为生物材料的任何样品，例如其可以源自动物，但不限于细胞材料、生物流体(例如血液)、排出物、组织活组织检查标本、手术标本或已经导入动物身体中并且随后取出的流体。例如，本申请的待测样本可以包含在所述样本分离后经任何形式处理的样本。
例如，所述方法还可以包含转化所述DNA区域或其片段。例如，通过本申请的转化步骤，具有所述修饰状态的碱基以及不具有所述修饰状态的所述碱基，在转化后可以形成不同的物质。例如，具有所述修饰状态的碱基在转化后基本不发生改变，且不具有所述修饰状态的所述碱基在转化后可以改变为与所述碱基不同的其它碱基(例如，所述其它碱基可以包含尿嘧啶)、或在转化后被剪切。例如，所述碱基可以包含胞嘧啶。例如，所述修饰状态可以包含甲基化修饰。例如，所述转化可以包含通过脱氨基试剂和/或甲基化敏感限制酶转化。
例如，所述脱氨基试剂可以包含亚硫酸氢盐或其类似物。例如，亚硫酸氢钠或亚硫酸氢钾。
例如，所述方法还可以包含在确定所述DNA区域或其片段的修饰的存在和/或含量之前，扩增待测样本中所述DNA区域或其片段。例如，所述扩增可以包含PCR扩增。例如，本申请的扩增可以包含已知的任意一种扩增系统。例如，本申请的扩增步骤可以是任选地。例如，“扩增”可以是指产生所需序列的多个拷贝的过程。“多个拷贝”可以是指至少两个拷贝。“拷贝”可以不意味着与模板序列具有完美的序列互补性或同一性。例如，拷贝可以包括核苷酸类似物如脱氧肌苷，有意的序列改变(例如通过包含与模板可杂交但不互补的序列的引物引入的序列改变)，和/或在扩增过程中可以发生序列错误。
例如，所述确定修饰状态的存在和/或含量的方法可以包含，确认具有所述修饰状态的碱基在所述转化后形成的物质的存在和/或含量。例如，所述确定修饰状态的存在和/或含量的方法可以包含，确定具有所述修饰状态的DNA区域或其片段的存在和/或含量。例如，可以直接检测具有所述修饰状态的DNA区域或其片段的存在和/或含量。例如，可以通过以下方式检测：具有所述修饰状态的DNA区域或其片段可以在反应(例如扩增反应)的过程中可以与不具有所述修饰状态的DNA区域或其片段具有不同的特性。例如，在荧光PCR方法中，具有所述修饰状态的DNA区域或其片段可以被特异性扩增，并发出荧光；不具有所述修饰状态的DNA区域或其片段可以基本不被扩增，并基本不发出荧光。例如，确定具有所述修饰状态的碱基在所述转化后形成的物质的存在和/或含量的替代方法，可以包含在本申请的范围之内。
例如，可以通过所述荧光PCR方法检测的荧光Ct值，确定具有所述修饰状态的DNA区域或其片段的存在和/或含量。例如，可以通过所述DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或所述DNA区域或其片段相对于参考水平具有更高的修饰状态的含量，确定肝肿瘤的存在、或者有肝肿瘤形成或形成的风险。例如，当所述待测样本的荧光Ct值相对于参考荧光Ct值更低时，可以确定所述DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或可以确定所述DNA区域或其片段的修饰状态的含量高于参考样本中的修饰状态的含量。例如，可以通过检测参考样本确定所述参考荧光Ct值。例如，当所述待测样本的荧光Ct值相对于参考荧光Ct值更高或基本相当时，也可以不排除所述DNA区域或其片段的修饰状态的存在；当所述待测样本的荧光Ct值相对于参考荧光Ct值更高或基本相当时，可以确认所述DNA区域或其片段的修饰状态的含量低于或基本等于参考样本中的修饰状态的含量。
例如，本申请可以通过循环阈值(即Ct值)来表示特定DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或含量，例如包括待测样本的甲基化水平和参考水平。例如，Ct值可以是指在背景信号以上可以检测到PCR产物的荧光的循环数。例如，Ct值与样品中目标标记物的起始数量可以成负相关关系，即Ct值越低，待测样品中DNA区域或其片段的修饰状态的数量越多。
例如，当待测样品的Ct值相对于其相应的参考Ct值相同或更低可以确认为存在特定疾病、诊断为特定疾病的形成或具有形成风险或者评估为特定疾病的某种进展。例如，当待测样品的Ct值相对于其相应的参考Ct值低至少1个循环、至少2个循环、至少5个循环、至少10个循环、至少20个循环、或至少50个循环时，可以确认为存在特定疾病、诊断为特定疾病的形成或具有形成风险或者评估为特定疾病的某种进展。
例如，当细胞样本、组织样本或来源于受试者的样本的Ct值相对于其相应的参考Ct值相同或更高，可以确认为不存在特定疾病、诊断为特定疾病的形成或具有形成风险或者评估为特定疾病的某种进展。例如，当细胞样本、组织样本或来源于受试者的样本的Ct值相对于其相应的参考Ct值高至少1个循环、至少2个循环、至少5个循环、至少10个循环、至少20个循环、或至少50个循环时，可以确认为不存在特定疾病、诊断为特定疾病的形成或具有形成风险或者评估为特定疾病的某种进展。例如，当细胞样本、组织样本或来源于受试者的样本的Ct值相对于其相应的参考Ct值疾病相同时，可以确认为存在或不存在特定疾病、诊断为特定疾病的形成或未形成、具有或不具有形成风险或者评估为特定疾病的某种进展，并同时可以给出需要进一步检测的建议。
例如，本申请的参考水平或对照水平可以是指是正常水平或健康水平。例如，所述正常水平可以是来源于无所述疾病的细胞、组织或个体的样本DNA区域的修饰状态水平。例如，当用于肿瘤的评估，所述正常水平可以是来源于无肿瘤的细胞、组织或个体的样本DNA区域的修饰状态水平。例如，当用于肝肿瘤的评估，所述正常水平可以是来源于无肝肿瘤的细胞、组织或个体的样本DNA区域的修饰状态水平。
例如，在本申请中参考水平可以是指将受试者或样本确认为存在或不存在特定疾病的阈值水平。例如，在本申请中参考水平可以是指将受试者诊断为特定疾病的形成或具有形成风险的阈值水平。例如，在本申请中参考水平可以是指将受试者评估为特定疾病的某种进展的阈值水平。例如，当细胞样本、组织样本或来源于受试者的样本中的DNA区域的修饰状态高于或基本等于相应参考水平时，例如此处参考水平可以是指不具有特定疾病患者的DNA区域的修饰状态，可以确认为存在特定疾病、诊断为特定疾病的形成或具有形成风险或者评估为特定疾病的某种进展。例如，本申请中的A与B“基本等于”可以是指A与B的差值为1％或更少、0.5％或更少、0.1％或更少、0.01％或更少、0.001％或更少或0.0001％或更少。例如，当细胞样本、组织样本或来源于受试者的样本中的DNA区域的修饰状态高于相应参考水平至少1％、至少5％、至少10％、至少20％、至少50％、至少1倍、至少2倍、至少5倍、至少10倍、或至少20倍时，可以确认为存在特定疾病、诊断为特定疾病的形成或具有形成风险或者评估为特定疾病的某种进展。例如，当多次检测中的至少一次、至少两次、或至少三次的检测中，细胞样本、组织样本或来源于受试者的样本中的DNA区域的修饰状态高于相应参考水平至少1％、至少5％、至少10％、至少20％、至少50％、至少1倍、至少2倍、至少5倍、至少10倍、或至少20倍时，可以确认为存在特定疾病、诊断为特定疾病的形成或具有形成风险或者评估为特定疾病的某种进展。
例如，当细胞样本、组织样本或来源于受试者的样本中的DNA区域的修饰状态低于或基本等于相应参考水平时，例如此处参考水平可以是指具有特定疾病患者的DNA区域的修饰状态，可以确认为不存在特定疾病、诊断为特定疾病的形成或具有形成风险或者评估为特定疾病的某种进展。例如，当细胞样本、组织样本或来源于受试者的样本中的DNA区域的修饰状态低于相应参考水平至少1％、至少5％、至少10％、至少20％、至少50％、至少100％时，可以确认为不存在特定疾病、诊断为特定疾病的形成或具有形成风险或者评估为特定疾病的某种进展。
本领域技术人员可以根据期望的灵敏度和特异性来选择参考水平。例如，在本申请中各种情况下的参考水平可以是本领域人员容易确认的，如根据有限次尝试确认合适的参考水平和/或合适的获取参考水平的手段，例如，参考水平可以源自一个或多个参考样品，其中参考水平获自与检测目的样品的实验平行进行的实验。或者，也可以在数据库中获得参考水平，该数据库包括来自一个或多个参考样品或疾病参考样品的数据、标准或水平的集合。在一些实施方式中，数据、标准或水平的集合可以被标准化或归一化，以便可用于与来自一个或多个样品的数据进行比较，从而用于减少不同检测条件下产生的误差。
例如，参考水平可以来源于数据库，该数据库可以是参考数据库，例如包括来自一个或多个参考样品的目标标记物和/或其他实验室和临床数据的修饰状态水平。例如，可以通过汇总获自健康个体和/或非相应疾病患者个体(即已知没有该疾病的个体)的参考样品的参考水平数据来建立参考数据库。例如，可以通过汇总获自正在接受治疗的患有相应疾病个体的参考样品的参考水平数据来建立参考数据库。例如，可以通过汇总获自疾病不同阶段的个体的参考样品的数据来建立参考数据库。例如，例如不同阶段可以是通过本申请目标标记物的不同的修饰状态水平来证明的。本领域技术人员还可以基于各种因素，例如年龄、性别、病史、家族史、症状等，来确定个体是否患相应疾病或具有患相应疾病的风险。
例如，本申请的方法可以包含以下步骤：获取待测样本中的核酸；转化所述DNA区域或其片段；确认具有所述修饰状态的碱基在所述转化后形成的物质的存在和/或含量。
例如，本申请的方法可以包含以下步骤：获取待测样本中的核酸；转化所述DNA区域或其片段；扩增待测样本中所述DNA区域或其片段；确认具有所述修饰状态的碱基在所述转化后形成的物质的存在和/或含量。
例如，本申请的方法可以包含以下步骤：获取待测样本中的核酸；用试剂处理从待测样品中获得的DNA,所述试剂能够区分所述DNA中的未甲基化位点和甲基化位点，从而获得经处理的DNA；可选地扩增待测样本中所述DNA区域或其片段；定量、半定量或定性分析待测样本中经处理的DNA的甲基化状态的存在和/或含量；比较测样本中经处理的DNA的甲基化水平以及相应的参考水平，当待测样本中的DNA区域的甲基化状态高于或基本等于相应参考水平时，可以确认为存在特定疾病、诊断为特定疾病的形成或具有形成风险或者评估为特定疾病的某种进展。
另一方面，本申请提供一种核酸，所述核酸可以包含能够结合IKZF1基因所在DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的序列。例如，所述核酸可以是本申请的任一种探针。另一方面，本申请提供一种制备核酸的方法，可以包含根据IKZF1基因所在DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的修饰状态，设计能够结合所述DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的核酸。例如，制备核酸的方法可以是本领域已知的任意合适的方法。
另一方面，本申请提供一种核酸组，所述核酸组可以包含能够结合IKZF1基因所在DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的序列。例如，所述核酸组可以是本申请的任一种引物组。另一方面，本申请提供一种制备核酸组的方法，可以包含根据IKZF1基因所在DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的修饰状态，设计能够扩增所述DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的核酸组。例如，制备核酸组中的核酸的方法可以是本领域已知的任意合适的方法。例如，可以使用单个探针或引物评估靶多核苷酸的甲基化状态，所述单个探针或引物被配置成与所述靶多核苷酸杂交。例如，可以使用多个探针或引物评估靶多核苷酸的甲基化状态，所述多个探针或引物被配置成与所述靶多核苷酸杂交。
另一方面，本申请提供一种试剂盒，可以包含本申请的核酸和/或本申请的核酸组。例如，本申请的试剂盒可以可选地包含相应用途的参考样本或提供相应用途的参考水平。
诊断方法、制备用途
另一方面，本申请提供如本申请的核酸、如本申请的核酸组和/或本申请的试剂盒，在制备可以进行疾病检测产品中的应用。
另一方面，本申请提供一种疾病检测方法，可以包括提供本申请的核酸、如本申请的核酸组和/或本申请的试剂盒。
另一方面，本申请提供如本申请的核酸、如本申请的核酸组和/或本申请的试剂盒，其可以用于进行疾病检测。
另一方面，本申请提供如本申请的核酸、如本申请的核酸组和/或本申请的试剂盒，在制备可以确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展的物质中的应用。
另一方面，本申请提供一种确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展的方法，可以包括提供本申请的核酸、如本申请的核酸组和/或本申请的试剂盒。
另一方面，本申请提供如本申请的核酸、如本申请的核酸组和/或本申请的试剂盒，其可以用于确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展。
另一方面，本申请提供如本申请的核酸、如本申请的核酸组和/或本申请的试剂盒，在制备可以确定所述DNA区域或其片段的修饰状态的物质中的应用。
另一方面，本申请提供一种确定所述DNA区域或其片段的修饰状态的方法，可以包括提供本申请的核酸、如本申请的核酸组和/或本申请的试剂盒。
另一方面，本申请提供如本申请的核酸、如本申请的核酸组和/或本申请的试剂盒，其可以用于确定所述DNA区域或其片段的修饰状态。
另一方面，本申请提供用于确定DNA区域修饰状态的核酸、核酸组和/或试剂盒，在制备可以用于确认肝肿瘤的存在、评估肝肿瘤形成或形成风险和/或评估肝肿瘤的进展的物质中的应用，所述用于确定的DNA区域包含IKZF1基因所在DNA区域或其片段。
另一方面，本申请提供确认肝肿瘤的存在、评估肝肿瘤形成或形成风险和/或评估肝肿瘤的进展的方法，可以包括提供确定DNA区域修饰状态的核酸、核酸组和/或试剂盒，所述用于确定的DNA区域包含IKZF1基因所在DNA区域或其片段。
另一方面，本申请提供用于确定DNA区域修饰状态的核酸、核酸组和/或试剂盒，其可以用于确认肝肿瘤的存在、评估肝肿瘤形成或形成风险和/或评估肝肿瘤的进展，所述用于确定的DNA区域包含IKZF1基因所在DNA区域或其片段。
另一方面，本申请提供用于确定DNA区域修饰状态的核酸、核酸组和/或试剂盒，在制备可以用于确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展的物质中的应用，所述DNA区域可以包含选自以下组DNA区域、或其互补区域、或上述的片段：来源于人chr7:50343720-50344547、来源于人chr7:50450118-50450531和来源于人chr7:50467368-50469092。
另一方面，本申请提供确认肝肿瘤的存在、评估肝肿瘤形成或形成风险和/或评估肝肿瘤的进展的方法，可以包括提供确定DNA区域修饰状态的核酸、核酸组和/或试剂盒，所述DNA区域可以包含选自以下组DNA区域、或其互补区域、或上述的片段：来源于人chr7:50343720-50344547、来源于人chr7:50450118-50450531和来源于人chr7:50467368-50469092。
另一方面，本申请提供用于确定DNA区域修饰状态的核酸、核酸组和/或试剂盒，其可以用于确认肝肿瘤的存在、评估肝肿瘤形成或形成风险和/或评估肝肿瘤的进展，所述DNA区域可以包含选自以下组DNA区域、或其互补区域、或上述的片段：来源于人chr7:50343720-50344547、来源于人chr7:50450118-50450531和来源于人chr7:50467368-50469092。
另一方面，本申请提供IKZF1基因所在DNA区域、或其转化而来的区域、或上述的片段的核酸，以及上述核酸的组合。
另一方面，本申请提供IKZF1基因所在DNA区域、或其转化而来的区域、或上述的片段的核酸，以及上述核酸的组合，在制备可以用于确认肝肿瘤的存在、评估肝肿瘤形成或形成风险和/或评估肝肿瘤的进展的物质中的应用。
另一方面，本申请提供确认肝肿瘤的存在、评估肝肿瘤形成或形成风险和/或评估肝肿瘤的进展的方法，包含提供IKZF1基因所在DNA区域、或其转化而来的区域、或上述的片段的核酸，以及上述核酸的组合。
另一方面，本申请提供IKZF1基因所在DNA区域、或其转化而来的区域、或上述的片段的核酸，以及上述核酸的组合，其可以用于确认肝肿瘤的存在、评估肝肿瘤形成或形成风险和/或评估肝肿瘤的进展。
另一方面，本申请提供选自以下组DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的核酸，以及上述核酸的组合：来源于人chr7:50343720-50344547、来源于人chr7:50450118-50450531和来源于人chr7:50467368-50469092。
另一方面，本申请提供选自以下组DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的核酸，以及上述核酸的组合，在制备可以用于确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展的物质中的应用：来源于人chr7:50343720-50344547、来源于人chr7:50450118-50450531和来源于人chr7:50467368-50469092。
另一方面，本申请提供可以用于确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展的方法，包含提供选自以下组DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的核酸，以及上述核酸的组合：来源于人chr7:50343720-50344547、来源于人chr7:50450118-50450531和来源于人chr7:50467368-50469092。
另一方面，本申请提供选自以下组DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的核酸，以及上述核酸的组合，其可以用于确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展：来源于人chr7:50343720-50344547、来源于人chr7:50450118-50450531和来源于人chr7:50467368-50469092。
例如，本申请的核酸可以是指分离的核酸。例如，分离的多核苷酸可以是DNA分子、RNA分子或其组合。例如，DNA分子可以是基因组DNA分子或其片段。
另一方面，本申请提供一种储存介质，其记载可以运行本申请的方法的程序。
另一方面，本申请提供一种设备，其可以包含本申请的储存介质。另一方面，本申请提供了一种非易失性计算机可读存储介质，其上存储有计算机程序，该程序被处理器执行以实现本申请所述的任一种或多种的方法。例如，所述非易失性计算机可读存储介质可以包括软盘、柔性盘、硬盘、固态存储(SSS)(例如固态驱动(SSD))、固态卡(SSC)、固态模块(SSM))、企业级闪存驱动、磁带或任何其他非临时性磁介质等。非易失性计算机可读存储介质还可以包括打孔卡、纸带、光标片(或任何其他具有孔型图案或其他光学可识别标记的物理介质)、压缩盘只读存储器(CD-ROM)、可重写式光盘(CD-RW)、数字通用光盘(DVD)、蓝光光盘(BD)和/或任何其他非临时性光学介质。
例如，本申请的设备还可以包含耦接至所述储存介质的处理器，所述处理器被配置为基于存储在所述储存介质中的程序执行以实现本申请的方法。例如，所述设备可以实现各种机制以便确保在数据库系统上执行的本申请所述的方法产生正确的结果。在本申请中，所述设备可以使用磁盘作为永久性数据存储器。在本申请中，所述设备可以为多个数据库客户端提供数据库存储和处理服务。所述设备可以跨多个共享存储设备存储数据库数据，和/或可以利用具有多个执行节点的一个或更多个执行平台。所述设备可以被组织成使得存储和计算资源可以被有效地无限扩展。
靶点联用
另一方面，本申请提供一种确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展的方法，可以包含确定待测样本中选自以下组中至少两个基因所在DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或含量：Septin9(UniProt登录号可以为Q9UHD8)、BCAT1(UniProt登录号可以为P54687)、IKZF1(UniProt登录号可以为Q13422)、VAV3(UniProt登录号可以为Q9UKW4)、和IRF4(UniProt登录号可以为Q15306)。例如，多个基因所在区域或其片段作为甲基化的标记物用于联合检测，可以具有更高的特异性和/或准确性。例如，所述疾病可以是肿瘤。例如，所述疾病可以是实体瘤。例如，所述疾病可以为肝肿瘤。
另一方面，本申请提供一种确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展的方法，可以包含确定待测样本中Septin9和BCAT1所在DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或含量。例如，所述多个基因所在区域或其片段作为甲基化的标记物用于联合检测，可以具有更高的特异性和/或准确性。例如，所述疾病可以是肿瘤。例如，所述疾病可以是实体瘤。例如，所述疾病可以为肝肿瘤。
另一方面，本申请提供一种确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展的方法，可以包含确定待测样本中Septin9和IKZF1所在DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或含量。例如，所述多个基因所在区域或其片段作为甲基化的标记物用于联合检测，可以具有更高的特异性和/或准确性。例如，所述疾病可以是肿瘤。例如，所述疾病可以是实体瘤。例如，所述疾病可以为肝肿瘤。
另一方面，本申请提供一种确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展的方法，可以包含确定待测样本中Septin9和VAV3所在DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或含量。例如，所述多个基因所在区域或其片段作为甲基化的标记物用于联合检测，可以具有更高的特异性和/或准确性。例如，所述疾病可以是肿瘤。例如，所述疾病可以是实体瘤。例如，所述疾病可以为肝肿瘤。
另一方面，本申请提供一种确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展的方法，可以包含确定待测样本中Septin9和IRF4所在DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或含量。例如，所述多个基因所在区域或其片段作为甲基化的标记物用于联合检测，可以具有更高的特异性和/或准确性。例如，所述疾病可以是肿瘤。例如，所述疾病可以是实体瘤。例如，所述疾病可以为肝肿瘤。
另一方面，本申请提供一种确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展的方法，可以包含确定待测样本中BCAT1和IKZF1所在DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或含量。例如，所述多个基因所在区域或其片段作为甲基化的标记物用于联合检测，可以具有更高的特异性和/或准确性。例如，所述疾病可以是肿瘤。例如，所述疾病可以是实体瘤。例如，所述疾病可以为肝肿瘤。
另一方面，本申请提供一种确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展的方法，可以包含确定待测样本中BCAT1和VAV3所在DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或含量。例如，所述多个基因所在区域或其片段作为甲基化的标记物用于联合检测，可以具有更高的特异性和/或准确性。例如，所述疾病可以是肿瘤。例如，所述疾病可以是实体瘤。例如，所述疾病可以为肝肿瘤。
另一方面，本申请提供一种确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展的方法，可以包含确定待测样本中BCAT1和IRF4所在DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或含量。例如，所述多个基因所在区域或其片段作为甲基化的标记物用于联合检测，可以具有更高的特异性和/或准确性。例如，所述疾病可以是肿瘤。例如，所述疾病可以是实体瘤。例如，所述疾病可以为肝肿瘤。
另一方面，本申请提供一种确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展的方法，可以包含确定待测样本中IKZF1和VAV3所在DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或含量。例如，所述多个基因所在区域或其片段作为甲基化的标记物用于联合检测，可以具有更高的特异性和/或准确性。例如，所述疾病可以是肿瘤。例如，所述疾病可以是实体瘤。例如，所述疾病可以为肝肿瘤。
另一方面，本申请提供一种确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展的方法，可以包含确定待测样本中IKZF1和IRF4所在DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或含量。例如，所述多个基因所在区域或其片段作为甲基化的标记物用于联合检测，可以具有更高的特异性和/或准确性。例如，所述疾病可以是肿瘤。例如，所述疾病可以是实体瘤。例如，所述疾病可以为肝肿瘤。
另一方面，本申请提供一种确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展的方法，可以包含确定待测样本中VAV3和IRF4所在DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或含量。例如，所述多个基因所在区域或其片段作为甲基化的标记物用于联合检测，可以具有更高的特异性和/或准确性。例如，所述疾病可以是肿瘤。例如，所述疾病可以是实体瘤。例如，所述疾病可以为肝肿瘤。
另一方面，本申请提供一种确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展的方法，可以包含确定待测样本中选自以下组中至少三个基因所在DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或含量：Septin9(UniProt登录号可以为Q9UHD8)、BCAT1(UniProt登录号可以为P54687)、IKZF1(UniProt登录号可以为Q13422)、VAV3(UniProt登录号可以为Q9UKW4)、和IRF4(UniProt登录号可以为Q15306)。例如，所述疾病可以是肿瘤。例如，所述疾病可以是实体瘤。例如，所述疾病可以为肝肿瘤。
另一方面，本申请提供一种确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展的方法，可以包含确定待测样本中Septin9、BCAT1和IKZF1所在DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或含量。例如，所述多个基因所在区域或其片段作为甲基化的标记物用于联合检测，可以具有更高的特异性和/或准确性。例如，所述疾病可以是肿瘤。例如，所述疾病可以是实体瘤。例如，所述疾病可以为肝肿瘤。
另一方面，本申请提供一种确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展的方法，可以包含确定待测样本中Septin9、BCAT1和VAV3所在DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或含量。例如，所述多个基因所在区域或其片段作为甲基化的标记物用于联合检测，可以具有更高的特异性和/或准确性。例如，所述疾病可以是肿瘤。例如，所述疾病可以是实体瘤。例如，所述疾病可以为肝肿瘤。
另一方面，本申请提供一种确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展的方法，可以包含确定待测样本中Septin9、BCAT1和IRF4所在DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或含量。例如，所述多个基因所在区域或其片段作为甲基化的标记物用于联合检测，可以具有更高的特异性和/或准确性。例如，所述疾病可以是肿瘤。例如，所述疾病可以是实体瘤。例如，所述疾病可以为肝肿瘤。
另一方面，本申请提供一种确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展的方法，可以包含确定待测样本中Septin9、IKZF1和VAV3所在DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或含量。例如，所述多个基因所在区域或其片段作为甲基化的标记物用于联合检测，可以具有更高的特异性和/或准确性。例如，所述疾病可以是肿瘤。例如，所述疾病可以是实体瘤。例如，所述疾病可以为肝肿瘤。
另一方面，本申请提供一种确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展的方法，可以包含确定待测样本中Septin9、IKZF1和IRF4所在DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或含量。例如，所述多个基因所在区域或其片段作为甲基化的标记物用于联合检测，可以具有更高的特异性和/或准确性。例如，所述疾病可以是肿瘤。例如，所述疾病可以是实体瘤。例如，所述疾病可以为肝肿瘤。
另一方面，本申请提供一种确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展的方法，可以包含确定待测样本中Septin9、VAV3和IRF4所在DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或含量。例如，所述多个基因所在区域或其片段作为甲基化的标记物用于联合检测，可以具有更高的特异性和/或准确性。例如，所述疾病可以是肿瘤。例如，所述疾病可以是实体瘤。例如，所述疾病可以为肝肿瘤。
另一方面，本申请提供一种确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展的方法，可以包含确定待测样本中BCAT1、IKZF1和VAV3所在DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或含量。例如，所述多个基因所在区域或其片段作为甲基化的标记物用于联合检测，可以具有更高的特异性和/或准确性。例如，所述疾病可以是肿瘤。例如，所述疾病可以是实体瘤。例如，所述疾病可以为肝肿瘤。
另一方面，本申请提供一种确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展的方法，可以包含确定待测样本中BCAT1、IKZF1和IRF4所在DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或含量。例如，所述多个基因所在区域或其片段作为甲基化的标记物用于联合检测，可以具有更高的特异性和/或准确性。例如，所述疾病可以是肿瘤。例如，所述疾病可以是实体瘤。例如，所述疾病可以为肝肿瘤。
另一方面，本申请提供一种确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展的方法，可以包含确定待测样本中BCAT1、VAV3和IRF4所在DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或含量。例如，所述多个基因所在区域或其片段作为甲基化的标记物用于联合检测，可以具有更高的特异性和/或准确性。例如，所述疾病可以是肿瘤。例如，所述疾病可以是实体瘤。例如，所述疾病可以为肝肿瘤。
另一方面，本申请提供一种确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展的方法，可以包含确定待测样本中IKZF1、VAV3和IRF4所在DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或含量。例如，所述多个基因所在区域或其片段作为甲基化的标记物用于联合检测，可以具有更高的特异性和/或准确性。例如，所述疾病可以是肿瘤。例如，所述疾病可以是实体瘤。例如，所述疾病可以为肝肿瘤。
另一方面，本申请提供一种确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展的方法，可以包含确定待测样本中选自以下组中至少四个基因所在DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或含量：Septin9(UniProt登录号可以为Q9UHD8)、BCAT1(UniProt登录号可以为P54687)、IKZF1(UniProt登录号可以为Q13422)、VAV3(UniProt登录号可以为Q9UKW4)、和IRF4(UniProt登录号可以为Q15306)。例如，所述疾病可以是肿瘤。例如，所述疾病可以是实体瘤。例如，所述疾病可以为肝肿瘤。
另一方面，本申请提供一种确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展的方法，可以包含确定待测样本中Septin9、BCAT1、IKZF1和VAV3所在DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或含量。例如，所述多个基因所在区域或其片段作为甲基化的标记物用于联合检测，可以具有更高的特异性和/或准确性。例如，所述疾病可以是肿瘤。例如，所述疾病可以是实体瘤。例如，所述疾病可以为肝肿瘤。
另一方面，本申请提供一种确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展的方法，可以包含确定待测样本中Septin9、BCAT1、IKZF1和IRF4所在DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或含量。例如，所述多个基因所在区域或其片段作为甲基化的标记物用于联合检测，可以具有更高的特异性和/或准确性。例如，所述疾病可以是肿瘤。例如，所述疾病可以是实体瘤。例如，所述疾病可以为肝肿瘤。
另一方面，本申请提供一种确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展的方法，可以包含确定待测样本中Septin9、BCAT1、VAV3和IRF4所在DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或含量。例如，所述多个基因所在区域或其片段作为甲基化的标记物用于联合检测，可以具有更高的特异性和/或准确性。例如，所述疾病可以是肿瘤。例如，所述疾病可以是实体瘤。例如，所述疾病可以为肝肿瘤。
另一方面，本申请提供一种确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展的方法，可以包含确定待测样本中Septin9、IKZF1、VAV3和IRF4所在DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或含量。例如，所述多个基因所在区域或其片段作为甲基化的标记物用于联合检测，可以具有更高的特异性和/或准确性。例如，所述疾病可以是肿瘤。例如，所述疾病可以是实体瘤。例如，所述疾病可以为肝肿瘤。
另一方面，本申请提供一种确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展的方法，可以包含确定待测样本中BCAT1、IKZF1、VAV3和IRF4所在DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或含量。例如，所述多个基因所在区域或其片段作为甲基化的标记物用于联合检测，可以具有更高的特异性和/或准确性。例如，所述疾病可以是肿瘤。例如，所述疾病可以是实体瘤。例如，所述疾病可以为肝肿瘤。
另一方面，本申请提供一种确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展的方法，可以包含确定待测样本中选自以下组中五个基因所在DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或含量：Septin9(UniProt登录号可以为Q9UHD8)、BCAT1(UniProt登录号可以为P54687)、IKZF1(UniProt登录号可以为Q13422)、VAV3(UniProt登录号可以为Q9UKW4)、和IRF4(UniProt登录号可以为Q15306)。例如，所述多个基因所在区域或其片段作为甲基化的标记物用于联合检测，可以具有更高的特异性和/或准确性。例如，所述疾病可以是肿瘤。例如，所述疾病可以是实体瘤。例如，所述疾病可以为肝肿瘤。
实施方案
1.一种确认肝肿瘤的存在、评估肝肿瘤形成或形成风险和/或评估肝肿瘤的进展的方法，包含确定待测样本中IKZF1基因所在DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或含量。
2.一种评估肝肿瘤相关DNA区域甲基化状态的方法，包含确定待测样本中IKZF1基因所在DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或含量。
3.如实施方案1-2中任一项所述的方法，所述DNA区域来源于人chr7:50343720:50472799。
4.如实施方案1-3中任一项所述的方法，所述方法还包含获取待测样本中的核酸。
5.如实施方案4所述的方法，所述核酸包含无细胞游离核酸。
6.如实施方案1-5中任一项所述的方法，所述待测样本包含组织、细胞和/或体液。
7.如实施方案1-6中任一项所述的方法，所述待测样本包含血浆。
8.如实施方案1-7中任一项所述的方法，所述方法还包含转化所述DNA区域或其片段。
9.如实施方案8所述的方法，具有所述修饰状态的碱基以及不具有所述修饰状态的所述碱基，在转化后形成不同的物质。
10.如实施方案8-9中任一项所述的方法，具有所述修饰状态的碱基在转化后基本不发生改变，且不具有所述修饰状态的所述碱基在转化后改变为与所述碱基不同的其它碱基、或在转化后被剪切。
11.如实施方案9-10中任一项所述的方法，所述碱基包含胞嘧啶。
12.如实施方案1-11中任一项所述的方法，所述修饰状态包含甲基化修饰。
13.如实施方案10-12中任一项所述的方法，所述其它碱基包含尿嘧啶。
14.如实施方案8-13中任一项所述的方法，所述转化包含通过脱氨基试剂和/或甲基化敏感限制酶转化。
15.如实施方案14所述的方法，所述脱氨基试剂包含亚硫酸氢盐或其类似物。
16.如实施方案1-15中任一项所述的方法，所述确定修饰状态的存在和/或含量的方法包含，确认具有所述修饰状态的碱基在所述转化后形成的物质的存在和/或含量。
17.如实施方案1-16中任一项所述的方法，所述确定修饰状态的存在和/或含量的方法包含，确定具有所述修饰状态的DNA区域或其片段的存在和/或含量。
18.如实施方案1-17中任一项所述的方法，通过所述荧光PCR方法检测的荧光Ct值确定具有所述修饰状态的DNA区域或其片段的存在和/或含量。
19.如实施方案1-18中任一项所述的方法，通过确认所述DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或所述DNA区域或其片段相对于参考水平具有更高的修饰状态的含量，确定肝肿瘤的存在、或者有肝肿瘤形成或形成的风险。
20.如实施方案1-19中任一项所述的方法，所述方法还包含在确定所述DNA区域或其片段的修饰的存在和/或含量之前，扩增待测样本中所述DNA区域或其片段。
21.如实施方案20所述的方法，所述扩增包含PCR扩增。
22.一种确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展的方法，包含确定待测样本中选自以下组DNA区域、或其互补区域、或上述的片段的修饰状态的存在和/或含量：来源于人chr7:50343720-50344547、来源于人chr7:50450118-50450531和来源于人chr7:50467368-50469092。
23.一种确定DNA区域甲基化状态的方法，包含确定待测样本中选自以下组DNA区域、或其互补区域、或上述的片段的修饰状态的存在和/或含量：来源于人chr7:50343720-50344547、来源于人chr7:50450118-50450531和来源于人chr7:50467368-50469092。
24.如实施方案22-23中任一项所述的方法，包含提供能够结合包含选自以下组DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的核酸：SEQ ID NO：1、SEQ ID NO：8和SEQ ID NO：12。
25.如实施方案22-24中任一项所述的方法，包含提供能够结合包含选自以下组DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的核酸：来源于人chr7:50343793-50343896、来源于人chr7:50343867-50343961、来源于人chr7:50450311-50450411和来源于人chr7:50467865-50467980。
26.如实施方案22-25中任一项所述的方法，包含提供选自以下组核酸或其互补核酸、或上述的片段：SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：5、SEQ ID NO：9和SEQ ID NO：13。
27.如实施方案22-26中任一项所述的方法，包含提供选自以下组核酸组或其互补核酸组、或上述的片段：SEQ ID NO：3与4、SEQ ID NO：6与7、SEQ ID NO：10与11和SEQ IDNO：14与15。
28.如实施方案22-27中任一项所述的方法，所述疾病包含肿瘤。
29.如实施方案22-28中任一项所述的方法，所述方法还包含获取待测样本中的核酸。
30.如实施方案29所述的方法，所述核酸包含无细胞游离核酸。
31.如实施方案22-30中任一项所述的方法，所述待测样本包含组织、细胞和/或体液。
32.如实施方案22-31中任一项所述的方法，所述待测样本包含血浆。
33.如实施方案22-32中任一项所述的方法，所述方法还包含转化所述DNA区域或其片段。
34.如实施方案33中任一项所述的方法，具有所述修饰状态的碱基以及不具有所述修饰状态的所述碱基，在转化后形成不同的物质。
35.如实施方案33-34中任一项所述的方法，具有所述修饰状态的碱基在转化后基本不发生改变，且不具有所述修饰状态的所述碱基在转化后改变为与所述碱基不同的其它碱基、或在转化后被剪切。
36.如实施方案34-35中任一项所述的方法，所述碱基包含胞嘧啶。
37.如实施方案22-36中任一项所述的方法，所述修饰状态包含甲基化修饰。
38.如实施方案35-37中任一项所述的方法，所述其它碱基包含尿嘧啶。
39.如实施方案33-38中任一项所述的方法，所述转化包含通过脱氨基试剂和/或甲基化敏感限制酶转化。
40.如实施方案39所述的方法，所述脱氨基试剂包含亚硫酸氢盐或其类似物。
41.如实施方案22-40中任一项所述的方法，所述确定修饰状态的存在和/或含量的方法包含，确认具有所述修饰状态的碱基在所述转化后形成的物质的存在和/或含量。
42.如实施方案22-41中任一项所述的方法，所述确定修饰状态的存在和/或含量的方法包含，确定具有所述修饰状态的DNA区域或其片段的存在和/或含量。
43.如实施方案22-42中任一项所述的方法，通过所述荧光PCR方法检测的荧光Ct值确定具有所述修饰状态的DNA区域或其片段的存在和/或含量。
44.如实施方案22-43中任一项所述的方法，通过确认所述DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或所述DNA区域或其片段相对于参考水平具有更高的修饰状态的含量，确定肝肿瘤的存在、或者有肝肿瘤形成或形成的风险。
45.如实施方案22-44中任一项所述的方法，所述方法还包含在确定所述DNA区域或其片段的修饰的存在和/或含量之前，扩增待测样本中所述DNA区域或其片段。
46.如实施方案45所述的方法，所述扩增包含PCR扩增。
47.一种核酸，所述核酸包含能够结合IKZF1基因所在DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的序列。
48.一种制备核酸的方法，包含根据IKZF1基因所在DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的修饰状态，设计能够结合所述DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的核酸。
49.一种核酸组，所述核酸组包含能够结合IKZF1基因所在DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的序列。
50.一种制备核酸组的方法，包含根据IKZF1基因所在DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的修饰状态，设计能够扩增所述DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的核酸组。
51.一种试剂盒，包含如实施方案47所述的核酸和/或实施方案49所述的核酸组。
52.如实施方案47所述的核酸、如实施方案49所述的核酸组和/或实施方案51所述的试剂盒，在制备疾病检测产品中的应用。
53.如实施方案47所述的核酸、如实施方案49所述的核酸组和/或实施方案51所述的试剂盒，在制备确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展的物质中的应用。
54.如实施方案47所述的核酸、如实施方案49所述的核酸组和/或实施方案51所述的试剂盒，在制备确定所述DNA区域或其片段的修饰状态的物质中的应用。
55.用于确定DNA区域修饰状态的核酸、核酸组和/或试剂盒，在制备用于确认肝肿瘤的存在、评估肝肿瘤形成或形成风险和/或评估肝肿瘤的进展的物质中的应用，所述用于确定的DNA区域包含IKZF1基因所在DNA区域或其片段。
56.用于确定DNA区域修饰状态的核酸、核酸组和/或试剂盒，在制备用于确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展的物质中的应用，所述DNA区域包含选自以下组DNA区域、或其互补区域、或上述的片段：来源于人chr7:50343720-50344547、来源于人chr7:50450118-50450531和来源于人chr7:50467368-50469092。
57.IKZF1基因所在DNA区域、或其转化而来的区域、或上述的片段的核酸，以及上述核酸的组合，在制备用于确认肝肿瘤的存在、评估肝肿瘤形成或形成风险和/或评估肝肿瘤的进展的物质中的应用。
58.选自以下组DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的核酸，以及上述核酸的组合，在制备用于确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展的物质中的应用：来源于人chr7:50343720-50344547、来源于人chr7:50450118-50450531和来源于人chr7:50467368-50469092。
59.一种储存介质，其记载可以运行实施方案1-46中任一项所述的方法的程序。
60.一种设备，其包含实施方案59所述的储存介质。
61.如实施方案59所述的设备，还包含耦接至所述储存介质的处理器，所述处理器被配置为基于存储在所述储存介质中的程序执行以实现实施方案1-46中任一项所述的方法。
不欲被任何理论所限，下文中的实施例仅仅是为了阐释本申请的产品、制备方法和用途等，而不用于限制本申请发明的范围。
实施例
实施例1比较肝癌、癌旁组织及白细胞DNA样本甲基化丰度
分别从来源于肝脏未见异常的健康人群的白细胞、来源于肝癌患者的癌旁组织和癌组织中获得DNA样品(其中白细胞样品10个，癌旁组织和癌组织各24个)，选择白细胞DNA作为参考样本是因为血浆游离DNA大多数来源于白细胞破裂后释放的DNA，其本底背景可以是血浆游离DNA该检测位点的一个基础背景信号。按照说明书的要求，用Qiagen QIAampDNAMini Kit提取白细胞DNA，用Qiagen QIAamp DNA FFPE Tissue Kit提取组织DNA。
将上述步骤中获得的DNA取20ng样品用亚硫酸氢盐试剂(D5031，ZYMO RESEARCH)处理，以获得转化的DNA。
可选地，用含有靶点IKZF1甲基化特异性引物(例如SEQ ID NO：3和4)和内参(ACTB，探针可以如SEQ ID NO：16所示，正向引物和反向引物可以分别如SEQ ID NO：17和18所示)引物对的引物池，以转化后的DNA为模板，进行PCR扩增，每条引物的终浓度为100nM。PCR反应体系包含：10μL转化的DNA(包含2.5μL上述引物的预混液)和12.5μL PCR试剂(
Universal Probe qPCR Master Mix(NEB)。PCR反应条件为：95℃5分钟；95℃30秒，56℃60秒，进行10个循环。例如，本申请表格序列中的小写字母所在的位置可以对应该序列所结合的基因组的区域上天然胞嘧啶的位点。例如，本申请表格中序列的小写字母表示的碱基，可以用于与转化后的碱基配对；如天然的胞嘧啶在亚硫酸氢盐处理后可以转化尿嘧啶，小写的碱基a可以与该转化后的尿嘧啶配对，小写的碱基t可以进一步与该尿嘧啶配对的腺嘌呤配对。其中引物序列如表1所示。
表1IKZF1特异性引物
| SEQ ID NO. | 名称 | 序列 |
| 3 | IKZF1正向引物1 | GTTTTTTTGGTTCGGAGTTG |
| 4 | IKZF1反向引物1 | CAAAACGAAACACGAAAAAAATA |
| 6 | IKZF1正向引物1a | GACGACGTATTTTTTTCGTGTTTC |
| 7 | IKZF1反向引物1a | GCGCACCTCTCGACCG |
| 10 | IKZF1正向引物2 | GtTGtATTtCGGGGAGAAGtt |
| 11 | IKZF1反向引物2 | ACCTACCGaAaTaCGTCCTC |
| 14 | IKZF1正向引物3 | AtAGCGtCGTGGAGAAttTGt |
| 15 | IKZF1反向引物3 | CTCGTTaTTaCTCTCGaTaTCCG |
| 17 | ACTB正向引物 | GTGATGGAGGAGGTTTAGTAAGTT |
| 18 | ACTB反向引物 | CCAATAAAACCTACTCCTCCCTTAA |
将获得的预扩增产物稀释10倍，通过多重荧光PCR检测，获得标记物的检测荧光Ct值。在荧光PCR反应体系中，每个引物的终浓度为500nM，每个检测探针的终浓度为200nM。PCR反应体系包含：10μL的预扩增稀释产物，2.5μL包含检测位点的引物和探针预混液；12.5μL PCR试剂(
Universal Probe qPCR Master Mix(NEB)。其中引物序列见表1(例如SEQ ID NO：3和4)，探针序列见表2(例如SEQ ID NO：2)。PCR反应条件如下：95℃5分钟；95℃30秒，56℃60秒(采集荧光)，进行50个循环。使用ABI 7500Real-Time PCR System在相应的荧光通道检测不同的荧光。计算并比较从白细胞、癌旁组织和癌组织获得的样品Ct值，未检测到扩增信号的靶点Ct值被设定为50。
表2 IKZF1检测探针序列
| SEQ ID NO. | 名称 | 序列 |
| 2 | IKZF1探针1 | CGCCCCGTCGCCGAAT |
| 5 | IKZF1探针1a | TTTGTATCGGAGTAGCGATTCGGGAGG |
| 9 | IKZF1探针2 | TACGttTGtCGtCGGAGGG |
| 13 | IKZF1探针3 | TGtttTCGGAGCGCGAGGC |
| 16 | ACTB探针 | ACCACCACCCAACACACAATAACAAACACA |
结果如图1所示，可见这些检测位点甲基化在白细胞DNA中本底信号均很低，组织信号强于白细胞DNA信号，癌组织信号强于癌旁组织信号。证明所选目标标记物对肿瘤组织具有可行性和特异性。
实施例2比较肝癌患者、肝脏未见异常人群血浆样本甲基化信号
使用荧光PCR检测方法对65例肝癌个体的血浆样本和76例对照个体的血浆样本进行检测：
使用商业化Qiagen QIAamp Circulating Nucleic Acid Kit抽提上述血浆样本中的细胞外游离DNA。使用商业化亚硫酸氢盐转化试剂MethylCodeTM BisulfiteConversion Kit对抽提出的细胞外游离DNA进行亚硫酸盐转化处理，得到转化后的DNA。
可选地，将上述转化后的DNA用于预扩增，用含有表1(例如SEQ ID NO：3和4)所示的靶点IKZF1甲基化特异性引物和内参(ACTB，探针可以如SEQ ID NO：16所示，正向引物和反向引物可以分别如SEQ ID NO：17和18所示)引物对的引物池，以转化后的DNA为模板，进行PCR扩增，每条引物的终浓度为100nM。PCR反应体系为10μL转化的DNA，包含上述引物的预混液2.5μL；PCR试剂(
Universal Probe qPCR Master Mix(NEB)12.5μL。PCR反应条件如下：95℃5分钟；95℃30秒，56℃60秒，15个循环。
将获得的预扩增产物稀释10倍后用于荧光PCR检测。使用如表1所示的引物(例如SEQ ID NO：3和4)、表2所示的检测探针序列(例如SEQ ID NO：2)，并且同时对内参基因ACTB进行检测，作为对照。引物终浓度为500nM，探针终浓度为200nM。PCR反应体系包含：10μL的预扩增稀释产物，包含检测位点的引物和探针预混液2.5μL；PCR试剂(
UniversalProbe qPCR Master Mix(NEB)12.5μL。
荧光PCR反应体系与实施例1相同。PCR反应条件如下：95℃5分钟；95℃15秒，56℃40秒(采集荧光)，50个循环。针对不同基因探针修饰荧光，选择相应检测荧光通道。未检测到扩增信号的靶点Ct值被设定为50。
结果如图2所示，检测位点在对照血浆和肝癌血浆DNA甲基化信号对比。证明所选目标标记物对肿瘤组织具有较高的灵敏度。
在大于90％特异性的情况下，检测位点的检测灵敏度统计如表3所示：
表3检测位点的检测灵敏度
| 位点 | 灵敏度 |
| IKZF1 | 55％ |
将5个标记物组(Septin9、IKZF1、IRF4、VAV3和BCAT1)综合考量，在对照组特异性为90.8％的情况下，肝癌的检测灵敏度可以实现90.8％，具体信息如下表4：
表4检测多个位点的检测准确性
前述详细说明是以解释和举例的方式提供的，并非要限制所附权利要求的范围。目前本申请所列举的实施方式的多种变化对本领域普通技术人员来说是显而易见的，且保留在所附的权利要求和其等同方案的范围内。
序列表
<110> 江苏鹍远生物技术有限公司; 上海鹍远生物技术有限公司
<120> 一种肿瘤检测方法及应用
<130> 0266-PA-002
<160> 18
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 828
<212> DNA
<213> 人类（Homo sapiens）
<400> 1
gcacccgccg ccgccccggc ggcctttggg ggctgagccg gagcccggcg cgattgcaaa 60
gttttcgtgc gcggcccctc tggcccggag ttgcggctga gacgcgcgcc gcgcgagccg 120
ggggactcgg cgacggggcg gggacgggac gacgcaccct ctccgtgtcc cgctctgcgc 180
ccttctgcgc gccccgctcc ctgtaccgga gcagcgatcc gggaggcggc cgagaggtgc 240
gcgcggggcc gagccggctg cggggcaggt cgagcaggga ccgccagcgt gcgtcacccc 300
aaagtttgcg gggtggcagg gcgcgcgctc tggccacccg ccgctctggg cggcagctgg 360
tggcaacgca agggcgcggc gggggcggcc ggcgcggagg gggccaggta cggggcccgc 420
gggcggcgct gtgcgcgcgg ggcagccggt cggccgggag cgcgaaagcc tggtctgagc 480
cggctggggg cggggagtgt ggcggagaaa tggggaacaa tgcgagtgag caacttcagg 540
aagtcattgt gaaagaaagc tgggaagagc tccgcggcca agttagcagg acactctaac 600
aagtgactgc gcggcccgcg cccggggcgg tgactgcggc aagccccctg ggtccccgcg 660
cggcgcatcc cagcctgggc gggacgctcg gccgcggcga ggcgggcaag cctggcaggg 720
cagagggagc cccggctccg aggttgctct tcgcacccga ggatcagtct tggccccaaa 780
gcgcgacgca caaatccacg tgagtgtttt caaattgaat ttcaatag 828
<210> 2
<211> 16
<212> DNA
<213> 人工序列（Artificial Sequence）
<220>
<223> IKZF1 探针1
<400> 2
cgccccgtcg ccgaat 16
<210> 3
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列（Artificial Sequence）
<220>
<223> IKZF1 正向引物1
<400> 3
gtttttttgg ttcggagttg 20
<210> 4
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列（Artificial Sequence）
<220>
<223> IKZF1 反向引物1
<400> 4
caaaacgaaa cacgaaaaaa ata 23
<210> 5
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列（Artificial Sequence）
<220>
<223> IKZF1 探针1a
<400> 5
tttgtatcgg agtagcgatt cgggagg 27
<210> 6
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列（Artificial Sequence）
<220>
<223> IKZF1 正向引物1a
<400> 6
gacgacgtat ttttttcgtg tttc 24
<210> 7
<211> 16
<212> DNA
<213> 人工序列（Artificial Sequence）
<220>
<223> IKZF1 反向引物1a
<400> 7
gcgcacctct cgaccg 16
<210> 8
<211> 414
<212> DNA
<213> 人类（Homo sapiens）
<400> 8
tatcaaacct gcagccggtg gaagtcacca ggcccccgtg ggaaacaact ttctcgtagc 60
atcgtcctca tgtccccacg ctgagtttag ttctcaccag ctctcctctc tccgtcccag 120
gagaacggcc cttccagtgc aatcagtgcg gggcctcatt cacccagaag ggcaacctgc 180
tccggcacat caagctgcat tccggggaga agcccttcaa atgccacctc tgcaactacg 240
cctgccgccg gagggacgcc ctcactggcc acctgaggac gcactccggt aggtcccctg 300
gatgcagtcc ggggctgtct gggtgtcccg ggattcctcc actctgcccg cctgggtccc 360
ggattgtgtc cttgctggct aaccctgagt ccctcccagc tcgcagtcct gcat 414
<210> 9
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列（Artificial Sequence）
<220>
<223> IKZF1 探针2
<400> 9
tacgtttgtc gtcggaggg 19
<210> 10
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列（Artificial Sequence）
<220>
<223> IKZF1 正向引物2
<400> 10
gttgtatttc ggggagaagt t 21
<210> 11
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列（Artificial Sequence）
<220>
<223> IKZF1 反向引物2
<400> 11
acctaccgaa atacgtcctc 20
<210> 12
<211> 1725
<212> DNA
<213> 人类（Homo sapiens）
<400> 12
atgggtaggt cctggctcgg tgtcccctag acagacgcat gggccttccc ccagcccgtc 60
agtatggtgc aggtgtgatg tgtccgcagg tgtgtgtgta tgtgtgcagg tgtggggtcc 120
gcaggcgtgc tgggccccca ggccgtgttc cccttcccct ccccggttgt agatttcagc 180
tgttgctgcc agacctgacc ggttccggag gtggccgcgc cccactcact gtcgcctgct 240
ttccacaggg gacaagggcc tgtccgacac gccctacgac agcagcgcca gctacgagaa 300
ggagaacgaa atgatgaagt cccacgtgat ggaccaagcc atcaacaacg ccatcaacta 360
cctgggggcc gagtccctgc gcccgctggt gcagacgccc ccgggcggtt ccgaggtggt 420
cccggtcatc agcccgatgt accagctgca caagccgctc gcggagggca ccccgcgctc 480
caaccactcg gcccaggaca gcgccgtgga gaacctgctg ctgctctcca aggccaagtt 540
ggtgccctcg gagcgcgagg cgtccccgag caacagctgc caagactcca cggacaccga 600
gagcaacaac gaggagcagc gcagcggtct catctacctg accaaccaca tcgccccgca 660
cgcgcgcaac gggctgtcgc tcaaggagga gcaccgcgcc tacgacctgc tgcgcgccgc 720
ctccgagaac tcgcaggacg cgctccgcgt ggtcagcacc agcggggagc agatgaaggt 780
gtacaagtgc gaacactgcc gggtgctctt cctggatcac gtcatgtaca ccatccacat 840
gggctgccac ggcttccgtg atccttttga gtgcaacatg tgcggctacc acagccagga 900
ccggtacgag ttctcgtcgc acataacgcg aggggagcac cgcttccaca tgagctaaag 960
ccctcccgcg cccccacccc agaccccgag ccaccccagg aaaagcacaa ggactgccgc 1020
cttctcgctc ccgccagcag catagactgg actggaccag acaatgttgt gtttggattt 1080
gtaactgttt tttgtttttt gtttgagttg gttgattggg gtttgatttg cttttgaaaa 1140
gatttttatt tttagaggca gggctgcatt gggagcatcc agaactgcta ccttcctaga 1200
tgtttcccca gaccgctggc tgagattccc tcacctgtcg cttcctagaa tccccttctc 1260
caaacgatta gtctaaattt tcagagagaa atagataaaa cacgccacag cctgggaagg 1320
agcgtgctct accctgtgct aagcacgggg ttcgcgcacc aggtgtcttt ttccagtccc 1380
cagaagcaga gagcacagcc cctgctgtgt gggtctgcag gtgagcagac aggacaggtg 1440
tgccgccacc caagtgccaa gacacagcag ggccaacaac ctgtgcccag gccagcttcg 1500
agctacatgc atctagggcg gagaggctgc acttgtgaga gaaaatacta tttcaagtca 1560
tattctgcgt aggaaaatga attggttggg gaaagtcgtg tctgtcagac tgccctgggt 1620
ggagggagac gccgggctag agcctttggg atcgtcctgg attcactggc tttgcggagg 1680
ctgctcagat ggcctgagcc tcccgaggct tgctgccccg tagga 1725
<210> 13
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列（Artificial Sequence）
<220>
<223> IKZF1 探针3
<400> 13
tgttttcgga gcgcgaggc 19
<210> 14
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列（Artificial Sequence）
<220>
<223> IKZF1 正向引物3
<400> 14
atagcgtcgt ggagaatttg t 21
<210> 15
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列（Artificial Sequence）
<220>
<223> IKZF1 反向引物3
<400> 15
ctcgttatta ctctcgatat ccg 23
<210> 16
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列（Artificial Sequence）
<220>
<223> ACTB 探针
<400> 16
accaccaccc aacacacaat aacaaacaca 30
<210> 17
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列（Artificial Sequence）
<220>
<223> ACTB 正向引物
<400> 17
gtgatggagg aggtttagta agtt 24
<210> 18
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列（Artificial Sequence）
<220>
<223> ACTB 反向引物
<400> 18
ccaataaaac ctactcctcc cttaa 25
Claims (10)
1.一种确认肝肿瘤的存在、评估肝肿瘤形成或形成风险和/或评估肝肿瘤的进展的方法，包含确定待测样本中IKZF1基因所在DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或含量。
2.一种评估肝肿瘤相关DNA区域甲基化状态的方法，包含确定待测样本中IKZF1基因所在DNA区域或其片段的修饰状态的存在和/或含量。
3.一种确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展的方法，包含确定待测样本中选自以下组DNA区域、或其互补区域、或上述的片段的修饰状态的存在和/或含量：来源于人chr7:50343720-50344547、来源于人chr7:50450118-50450531和来源于人chr7:50467368-50469092。
4.一种确定DNA区域甲基化状态的方法，包含确定待测样本中选自以下组DNA区域、或其互补区域、或上述的片段的修饰状态的存在和/或含量：来源于人chr7:50343720-50344547、来源于人chr7:50450118-50450531和来源于人chr7:50467368-50469092。
5.一种核酸，所述核酸包含能够结合IKZF1基因所在DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的序列。
6.一种核酸组，所述核酸组包含能够结合IKZF1基因所在DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的序列。
7.用于确定DNA区域修饰状态的核酸、核酸组和/或试剂盒，在制备用于确认肝肿瘤的存在、评估肝肿瘤形成或形成风险和/或评估肝肿瘤的进展的物质中的应用，所述用于确定的DNA区域包含IKZF1基因所在DNA区域或其片段。
8.用于确定DNA区域修饰状态的核酸、核酸组和/或试剂盒，在制备用于确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展的物质中的应用，所述DNA区域包含选自以下组DNA区域、或其互补区域、或上述的片段：来源于人chr7:50343720-50344547、来源于人chr7:50450118-50450531和来源于人chr7:50467368-50469092。
9.IKZF1基因所在DNA区域、或其转化而来的区域、或上述的片段的核酸，以及上述核酸的组合，在制备用于确认肝肿瘤的存在、评估肝肿瘤形成或形成风险和/或评估肝肿瘤的进展的物质中的应用。
10.选自以下组DNA区域、或其互补区域、或上述的转化而来的区域、或上述的片段的核酸，以及上述核酸的组合，在制备用于确认疾病的存在、评估疾病形成或形成风险和/或评估疾病的进展的物质中的应用：来源于人chr7:50343720-50344547、来源于人chr7:50450118-50450531和来源于人chr7:50467368-50469092。
Priority Applications (3)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
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| PCT/CN2022/110445 WO2023011615A1 (zh) | 2021-08-06 | 2022-08-05 | 一种肿瘤评估方法及应用 |
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Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN202110903841.3A CN115927606A (zh) | 2021-08-06 | 2021-08-06 | 一种肿瘤检测方法及应用 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
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Family
ID=86649469
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CN202110903841.3A Pending CN115927606A (zh) | 2021-08-06 | 2021-08-06 | 一种肿瘤检测方法及应用 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
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2021
- 2021-08-06 CN CN202110903841.3A patent/CN115927606A/zh active Pending
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