CN114457149A - 筛选别嘌醇耐受的基因甲基化标志物的应用及检测试剂 - Google Patents
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Abstract
本发明涉及筛选别嘌醇耐受的基因甲基化标志物的应用及检测试剂。所述标志物包含HLA‑B*58:01等位基因，及HLA‑B,TRAF1,ITGB2，BCL2,ITGB2‑AS1,REPIN1,JPH3,KCNJ1,METTL11B和ACSL‑1基因甲基化水平检测。本发明主要用于评价受试者发生别嘌醇所致重症药疹的风险性，显著提高了单纯HLA‑B*58:01等位基因检测筛选别嘌醇所致重症药疹的敏感性和特异性，尤其对于HLA‑B*58:01等位基因阳性的部分别嘌醇耐受人群和部分HLA‑B*58:01等位基因阴性的不耐受人群的鉴别具有重要的临床意义。本发明操作简便，检测的特异性和灵敏度高，耗时短，所需标本量少，易于临床推广，应用前景广阔。
Description
技术领域
本发明涉及生物技术，生物医药领域，具体涉及筛选别嘌醇耐受的基因甲基化标志物的应用及检测试剂。
背景技术
重症药疹(SCAR)是药物引起的严重皮肤损伤，伴有或不伴有其他器官损伤，给临床带来了巨大挑战。重症药疹主要包括如下类型：史蒂文斯-约翰逊综合征(SJS)、中毒性表皮坏死松解症(TEN)和药物反应伴嗜酸性粒细胞增多和全身症状(DRESS)(也称为药物诱导超敏反应综合征(DIHS))。据报道，住院患者重症药疹的发生率约为2％。虽然重症药疹是罕见的病例，但其死亡率可高达50％。患者就算经历这些危及生命的疾病后存活下来，也可能会出现长期并发症，如疤痕、视力损害、间质性肺病、慢性肾功能衰竭和自身免疫性疾病。
目前对重症药疹发病机制的认识主要包括四个方面：人类白细胞抗原(HLA)或药物代谢酶的遗传多态性，药物特异性T细胞介导的细胞毒性，细胞毒性机制和病原体感染，如单纯疱疹病毒(HSV)，HHV6(人类疱疹病毒6)等。多个基因多态性已被发现是药物过敏的促成因素。例如，在许多人种中，HLA-B*15:02与卡马西平诱导的SJS/TEN密切相关，而HLA-B*57:01与阿巴卡韦诱导的超敏反应密切相关。
别嘌呤醇是自20世纪60年代以来广泛使用的抗高尿酸血症药物，大多数患者耐受性良好。然而，在许多国家，它也是导致危及生命的重症药疹的主要药物。别嘌呤醇超敏反应的药物基因组学机制表明其发生与HLA-B*58:01密切相关，尤其是在亚洲人中。在亚洲、欧洲和美国，HLA-B*58:01的筛查成功地降低了别嘌呤醇新使用者的重症药疹发病率。然而，仍有筛查结果阴性的患者出现重症药疹，筛查结果阳性的患者没有出现重症药疹。在亚洲人群中，HLA-B*58:01等位基因的筛查的敏感性约93.5％，特异性约为85.2％。表观遗传修饰可以通过DNA甲基化、组蛋白修饰和非编码RNA调节基因表达。表观基因组的检测可提供与别嘌呤醇诱导的重症药疹相关的新的分子靶点。
发明内容
鉴于此，本发明使用Illumina Infinium甲基化基因芯片(表观基因组-850k)研究了别嘌呤醇诱导的重症药疹患者和别嘌呤醇耐受对照组的DNA甲基化水平及其与HLA-B*58:01等位基因的关系。发现了10个基因的甲基化水平在别嘌呤醇诱导的重症药疹患者和别嘌呤醇耐受对照组之间存在显著差异，不仅可以用于筛查别嘌醇耐受，而且将它们的结果与HLA-B*58:01等位基因的检测结果结合有助于进一步提高筛查别嘌醇耐受人群的准确性。
本发明的首要目的是提供一种筛查别嘌醇耐受的基因甲基化标志物的应用。
利用检测以下标记物中的至少一种的甲基化水平的试剂制备筛查别嘌醇耐受的制剂：HLA-B,TRAF1,ITGB2，BCL2,ITGB2-AS1,REPIN1,JPH3,KCNJ1,METTL11B和ACSL-1基因。
本发明中所提及的基因的甲基化水平都是指以下该基因对应位点的甲基化水平。
进一步地，将检测HLA-B*58:01等位基因的结果与检测以下标记物中的至少一种的甲基化水平的结果结合起来用于筛查别嘌醇耐受：HLA-B,TRAF1,ITGB2，BCL2,ITGB2-AS1,REPIN1,JPH3,KCNJ1,METTL11B和ACSL-1基因。
进一步地，HLA-B*58:01等位基因检测阳性的患者在服用别嘌醇后患重症药疹的风险高于阴性患者。HLA-B*58:01等位基因检测阳性预估为别嘌醇不耐受，检测阴性预估为别嘌醇耐受。
这里的患者是指可以服用别嘌醇治疗疾病的患者。
HLA-B*58:01等位基因检测阳性的患者就是基因扩增能扩增出这个等位基因位点。
上述的基因甲基化水平根据测序结果图，直接读取软件PyroMarkQ24ApplicationSoftware 2.0给出的数值，判断CG位点的甲基化水平。
更进一步地，尤其在所有别嘌呤醇诱导的重症药疹患者中，HLA-B、TRAF1和ITGB2基因甲基化水平显著升高。
在HLA-B*58:01等位基因筛查阳性的重症药疹患者中，BCL2和ITGB2-AS1基因显著高甲基化，而REPIN1基因显著低甲基化。此外，在HLA-B*58:01等位基因筛查阴性的别嘌呤醇诱导的重症药疹患者中，JPH3、KCNJ1的DNA甲基化水平显著升高，而METTL11B和ACSL-1的DNA甲基化水平显著降低。
由上述实验结果可知，上述应用优选包括几下几种情况：
(1)当患者HLA-B基因甲基化水平超过0.5830,或TRAF1基因甲基化水平超过0.3221,或ITGB2基因甲基化水平超过0.3707时，患者服用别嘌醇患重症药疹的风险显著增高。不适合服用别嘌醇，预估为别嘌醇不耐受。
(2)包括检测HLA-B*58:01等位基因联合ITGB2，TRAF1基因甲基化水平，筛查别嘌醇耐受，设别嘌醇诱导重症药疹的发生率为P，logit(P)＝ln(P/(1-P))＝-21.10+A+31.46×X1+19.05×X2，HLA-B*58:01等位基因检测为阳性时A＝4.255，为阴性时A＝0，X1代表ITGB2基因甲基化水平，X2代表TRAF1基因甲基化水平；P值位于0-1之间，越接近0风险越低，越接近1风险越大。
(3)对于HLA-B*58:01等位基因检测阳性的患者，进一步检测REPIN1,BCL2,或ITGB2-AS1基因位点甲基化水平，当REPIN1基因位点甲基化水平<0.6200，或BCL2基因位点甲基化水平>0.4147，或ITGB2-AS1基因位点甲基化水平>0.3577时，患者服用别嘌醇患重症药疹的风险进一步增高。不适合服用别嘌醇，预估为别嘌醇不耐受。
(4)对于HLA-B*58:01等位基因检测阴性的患者，进一步检测JPH3,KCNJ1,METTL11B或ACSL-1基因位点甲基化水平，当JPH3基因位点甲基化水平>0.4387,或KCNJ1基因位点甲基化水平>0.7367,或METTL11B基因位点甲基化水平<0.8837，或ACSL-1基因位点甲基化水平<0.9087时，患者服用别嘌醇患重症药疹的风险增高。不适合服用别嘌醇，预估为别嘌醇不耐受。
(5)包括检测HLA-B*58:01等位基因联合HLA-B基因甲基化水平，筛查别嘌醇耐受；设别嘌醇诱导重症药疹的发生率为P，logit(P)＝ln(P/(1-P))＝-11.47+B+14.14×X1，HLA-B*58:01等位基因检测为阳性时，B＝1.176，为阴性时B＝0，X1代表HLA-B基因甲基化水平，P值位于0-1之间，越接近0风险越低，越接近1风险越大。
(6)包括检测HLA-B*58:01等位基因联合REPIN1和JPH3基因甲基化水平，筛查别嘌醇耐受；设别嘌醇诱导重症药疹的发生率为P，logit(P)＝ln(P/(1-P))＝0.5338+C+0.004×X1+135.1×X2，HLA-B*58:01等位基因检测为阳性时，C＝4.505，为阴性时C＝0，X1代表REPIN1基因甲基化水平，X2代表JPH3基因甲基化水平，P值位于0-1之间，越接近0风险越低，越接近1风险越大。
本发明的第三个目的是提供一种筛查别嘌醇耐受的试剂盒，具体是与上述的应用方法配套所需要的检测试剂。
本发明的研究结果为别嘌呤醇诱导重症药疹的筛查提供了新的甲基化标志物组合，并可联合单基因或多基因组合甲基化检测和HLA-B*58:01等位基因检测，提高别嘌呤醇所致重症药疹筛查的灵敏性和特异性。
附图说明：
图1通过火山图反应差异甲基化位点Beta值的分布情况(红色代表甲基化水平升高位点，绿色代表甲基化水平下降位点)。
图2通过柱状图反应差异甲基化位点在染色体上的分布情况(红色代表甲基化水平升高位点，绿色代表甲基化水平下降位点)。
图3甲基化水平差异基因在各样本中的表达：1-6为不携带HLA-B*58:01位点的重症药疹患者，7-24为携带HLA-B*58:01位点的耐受者，25-37为携带HLA-B*58:01位点的重症药疹患者，38-62为不携带HLA-B*58:01位点的耐受者。
图4为HLA-B基因甲基化水平用于筛查别嘌醇诱导的重症药疹的ROC曲线图。
图5为TRAF1基因甲基化水平用于筛查别嘌醇诱导的重症药疹的ROC曲线图。
图6为ITGB2基因甲基化水平用于筛查别嘌醇诱导的重症药疹的ROC曲线图。
图7为BCL2基因甲基化水平用于筛查别嘌醇诱导的重症药疹的ROC曲线图。
图8为ITGB2-AS1基因甲基化水平用于筛查别嘌醇诱导的重症药疹的ROC曲线图。
图9为REPIN1基因甲基化水平用于筛查别嘌醇诱导的重症药疹的ROC曲线图。
图10为JPH3基因甲基化水平用于筛查别嘌醇诱导的重症药疹的ROC曲线图。
图11为KCNJ1基因甲基化水平用于筛查别嘌醇诱导的重症药疹的ROC曲线图。
图12为METTL11B基因甲基化水平用于筛查别嘌醇诱导的重症药疹的ROC曲线图。
图13为ACSL-1的基因甲基化水平用于筛查别嘌醇诱导的重症药疹的ROC曲线图。
图14为HLA-B*58:01等位基因筛查联合HLA-B基因甲基化水平用于筛查别嘌醇诱导的重症药疹的AUC曲线图。
图15为HLA-B*58:01等位基因筛查联合TRAF1和ITGB2基因甲基化水平用于筛查别嘌醇诱导的重症药疹的AUC曲线图。
图16为HLA-B*58:01等位基因筛查联合REPIN1和JPH3基因甲基化水平用于筛查别嘌醇诱导的重症药疹的AUC曲线图。
具体实施方式
下面结合实施例对本发明做进一步的说明，以下所述，仅是对本发明的较佳实施例而已，并非对本发明做其他形式的限制，任何熟悉本技术领域的技术人员在本发明揭露的技术范围内，根据本发明的技术方案及其发明构思加以等同替换或近似改变，都应涵盖在本发明的保护范围之内。
别嘌醇所致重症药疹患者是指服用别嘌醇2月内发生重症药疹的患者，重症药疹的诊断标准依据国际疾病分类ICD-9和ICD-9-CM(临床改良)中的代码695.1。该标准涵盖了所有重症药疹，包括药物超敏反应综合征、重症多形红斑型药疹和中毒性表皮坏死松解症型药疹。别嘌呤醇耐受组定义为服用别嘌呤醇至少3个月后没有任何皮肤不良反应的患者。排除了有骨髓移植病史的患者。共纳入124例别嘌醇所致重症药疹患者和139例别嘌醇耐受患者。
实施例1检测别嘌醇所致重症药疹患者和别嘌醇耐受患者外周血的HLA-B*5801等位基因。
使用QIAamp DNA纯化系统(Qiagen)从每位参与者的2mL静脉血中提取基因组DNA。通过PG5801 DNA检测试剂盒(Pharmigene)检测HLA-B*58:01的存在与否，进一步将患者分为四组：携带HLA-B*58:01位点的耐受者(25例)，不携带HLA-B*58:01位点的耐受者(114例)，携带HLA-B*58:01位点的重症药疹患者(116例)，不携带HLA-B*58:01位点的重症药疹患者(8例)。该试剂盒依赖于带有HLA-B*58:01序列特异性引物的实时聚合酶链反应(PCR)。
实施例2检测别嘌醇所致重症药疹患者和别嘌醇耐受患者外周血的全基因组DNA甲基化水平。
进一步筛选出DNA质量较高、且性别年龄匹配的四组患者进行全基因组DNA甲基化水平检测：携带HLA-B*58:01位点的耐受者(18例)，不携带HLA-B*58:01位点的耐受者(25例)，携带HLA-B*58:01位点的重症药疹患者(13例)，不携带HLA-B*58:01位点的重症药疹患者(6例)。根据制造商的说明，使用EZ DNA甲基化TM试剂盒(Zymo Research)对提取的DNA样品进行亚硫酸氢盐转化。然后将转化的DNA应用于Illumina Infinium甲基化芯片(850k)。使用IMA Bioconductor中的算法，根据β值选择差异甲基化CpG。将两个样本组之间每个CpG位点的平均差异β值(Δβ)高于0.14、并且统计检验具有显著性(p值<0.05)定义为差异甲基化。对差异甲基化基因进行了基因本体(GO)术语和京都基因与基因组百科全书(KEGG)途径分析，筛选出甲基化水平差异的基因位点(图1-3)。
实施例3分析甲基化水平差异基因HLA-B、TRAF1和ITGB2在筛查别嘌醇所致重症药疹患者和别嘌醇耐受患者中的应用。
利用ROC曲线评价统计量计算HLA-B、TRAF1和ITGB2三个位点甲基化水平在筛查别嘌醇所致重症药疹患者和别嘌醇耐受患者中的敏感性和特异性。分析了携带HLA-B*58:01位点的耐受者(18例)，不携带HLA-B*58:01位点的耐受者(25例)，携带HLA-B*58:01位点的重症药疹患者(13例)，不携带HLA-B*58:01位点的重症药疹患者(6例)。一般认为，ROC曲线下面积(AUC)实际取值范围为0.5-1，其中，在0.7-0.9时诊断价值中等，在0.9以上时，诊断价值较高。HLA-B位点甲基化水平区分别嘌醇所致重症药疹患者和别嘌醇耐受患者的特异性是76.74％，敏感性是73.68％，AUC＝0.7075(图4)。TRAF1位点甲基化水平区分别嘌醇所致重症药疹患者和别嘌醇耐受患者的特异性是81.40％，敏感性是84.21％，AUC＝0.8825(图5)。ITGB2位点甲基化水平区分别嘌醇所致重症药疹患者和别嘌醇耐受患者的特异性是90.70％，敏感性是89.47％，AUC＝0.9364(图6)。
在所有别嘌呤醇诱导的重症药疹患者中，HLA-B、TRAF1和ITGB2基因甲基化水平显著升高。
根据ROCcurve分析，当患者HLA-B基因甲基化水平超过0.5844,或TRAF1基因甲基化水平超过0.3221,或ITGB2基因甲基化水平超过0.3707时，患者服用别嘌醇患重症药疹的风险显著增高。
实施例4在HLA-B*58:01等位基因筛查阳性的前提下，分析BCL2、ITGB2-AS1和REPIN1位点的甲基化水平在筛查别嘌醇所致重症药疹患者和别嘌醇耐受患者中的作用。分析了携带HLA-B*58:01位点的耐受者(18例)，携带HLA-B*58:01位点的重症药疹患者(13例)。
利用ROC曲线评价统计量计算BCL2、ITGB2-AS1和REPIN1三个位点甲基化水平在筛查HLA-B*58:01等位基因阳性人群中别嘌醇所致重症药疹患者和别嘌醇耐受患者中的敏感性和特异性。BCL2位点甲基化水平区分别嘌醇所致重症药疹患者和别嘌醇耐受患者的特异性是77.78％，敏感性是100％，AUC＝0.9359(图7)。ITGB2-AS1位点甲基化水平区分别嘌醇所致重症药疹患者和别嘌醇耐受患者的特异性是100％，敏感性是84.62％，AUC＝0.9701(图8)。REPIN1位点甲基化水平区分别嘌醇所致重症药疹患者和别嘌醇耐受患者的特异性是88.89％，敏感性是100％，AUC＝0.9188(图9)。
在HLA-B*58:01等位基因筛查阳性的重症药疹患者中，BCL2和ITGB2-AS1基因显著高甲基化，而REPIN1基因显著低甲基化。
当REPIN1基因位点甲基化水平<0.6200，或BCL2基因位点甲基化水平>0.4147，或ITGB2-AS1基因位点甲基化水平>0.3577时，患者服用别嘌醇患重症药疹的风险进一步增高。
实施例5在HLA-B*58:01等位基因筛查阴性的前提下，分析JPH3、KCNJ1、METTL11B和ACSL-1位点的甲基化水平在筛查别嘌醇所致重症药疹患者和别嘌醇耐受患者中的作用。分析了不携带HLA-B*58:01位点的耐受者(25例)，不携带HLA-B*58:01位点的重症药疹患者(6例)。
利用ROC曲线评价统计量计算JPH3、KCNJ1、METTL11B和ACSL-1四个位点甲基化水平在筛查HLA-B*58:01等位基因阴性人群中别嘌醇所致重症药疹患者和别嘌醇耐受患者中的敏感性和特异性。JPH3位点甲基化水平区分别嘌醇所致重症药疹患者和别嘌醇耐受患者的特异性是100％，敏感性是83.33％，AUC＝0.9710(图10)。KCNJ1位点甲基化水平区分别嘌醇所致重症药疹患者和别嘌醇耐受患者的特异性是92％，敏感性是83.33％，AUC＝0.9000(图11)。METTL11B位点甲基化水平区分别嘌醇所致重症药疹患者和别嘌醇耐受患者的特异性是68％，敏感性是83.33％，AUC＝0.7933(图12)。ACSL-1位点甲基化水平区分别嘌醇所致重症药疹患者和别嘌醇耐受患者的特异性是96％，敏感性是100％，AUC＝0.9733(图13)。
此外，在HLA-B*58:01等位基因筛查阴性的别嘌呤醇诱导的重症药疹患者中，JPH3、KCNJ1的DNA甲基化水平显著升高，而METTL11B和ACSL-1的DNA甲基化水平显著降低。
当JPH3基因位点甲基化水平>0.4387,或KCNJ1基因位点甲基化水平>0.7367,或METTL11B基因位点甲基化水平<0.8837，或ACSL-1基因位点甲基化水平<0.9087时，患者服用别嘌醇患重症药疹的风险增高。
实施例6分析HLA-B*58:01等位基因筛查联合HLA-B基因甲基化水平用于筛查别嘌醇诱导的重症药疹的作用。分析了携带HLA-B*58:01位点的耐受者(18例)，不携带HLA-B*58:01位点的耐受者(25例)，携带HLA-B*58:01位点的重症药疹患者(13例)，不携带HLA-B*58:01位点的重症药疹患者(6例)。利用多重logistic回归分析评价统计量，计算HLA-B*58:01等位基因筛查联合HLA-B基因甲基化水平分析，预测别嘌醇所致重症药疹的发生。结果显示，HLA-B*58:01等位基因筛查联合HLA-B基因甲基化水平分析的AUC值为0.8164，高于单纯使用HLA-B基因甲基化水平分析预测别嘌醇诱导的重症药疹(图14)。
设别嘌醇诱导重症药疹的发生率为P，logit(P)＝ln(P/(1-P))＝-11.47+B+14.14×X1，HLA-B*58:01等位基因检测为阳性时，B＝1.176，为阴性时B＝0，X1代表HLA-B基因甲基化水平，P值位于0-1之间，越接近0风险越低，越接近1风险越大。
实施例7分析HLA-B*58:01等位基因筛查联合TRAF1和ITGB2基因甲基化水平用于筛查别嘌醇诱导的重症药疹的作用。分析了携带HLA-B*58:01位点的耐受者(18例)，不携带HLA-B*58:01位点的耐受者(25例)，携带HLA-B*58:01位点的重症药疹患者(13例)，不携带HLA-B*58:01位点的重症药疹患者(6例)。
利用多重logistic回归分析评价统计量，计算HLA-B*58:01等位基因筛查联合TRAF1和ITGB2基因甲基化水平分析，预测别嘌醇所致重症药疹的发生。结果显示，HLA-B*58:01等位基因筛查联合TRAF1和ITGB2基因甲基化水平分析的AUC值为0.9792，高于单纯筛查HLA-B*58:01等位基因预测别嘌醇诱导的重症药疹(图15)。
设别嘌醇诱导重症药疹的发生率为P，logit(P)＝ln(P/(1-P))＝-21.10+A+31.46×X1+19.05×X2，HLA-B*58:01等位基因检测为阳性时A＝4.255，为阴性时A＝0，X1代表ITGB2基因甲基化水平，X2代表TRAF1基因甲基化水平；P值位于0-1之间，越接近0风险越低，越接近1风险越大。
实施例8分析HLA-B*58:01等位基因筛查联合REPIN1和JPH3基因甲基化水平用于筛查别嘌醇诱导的重症药疹的作用。分析了携带HLA-B*58:01位点的耐受者(18例)，不携带HLA-B*58:01位点的耐受者(25例)，携带HLA-B*58:01位点的重症药疹患者(13例)，不携带HLA-B*58:01位点的重症药疹患者(6例)。
利用多重logistic回归分析评价统计量，计算HLA-B*58:01等位基因筛查联合REPIN1和JPH3基因甲基化水平分析，预测别嘌醇所致重症药疹的发生。结果显示，HLA-B*58:01等位基因筛查联合REPIN1和JPH3基因甲基化水平分析的AUC值为0.8996，高于单纯筛查HLA-B*58:01等位基因预测别嘌醇诱导的重症药疹(图16)。
设别嘌醇诱导重症药疹的发生率为P，logit(P)＝ln(P/(1-P))＝0.5338+C+0.004×X1+135.1×X2，HLA-B*58:01等位基因检测为阳性时，C＝4.505，为阴性时C＝0，X1代表REPIN1基因甲基化水平，X2代表JPH3基因甲基化水平，P值位于0-1之间，越接近0风险越低，越接近1风险越大。
序列表
<110> 中南大学湘雅二医院
<120> 筛选别嘌醇耐受的基因甲基化标志物的应用及检测试剂
<160> 30
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
agatgttaga ggtttttgaa gttataaag 29
<210> 2
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
aatacccaaa actctaatat atctctcac 29
<210> 3
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 3
attttggtta gttatggtaa g 21
<210> 4
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 4
tgaaggtttt aggagtgttt agt 23
<210> 5
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 5
actataaccc cctcctcc 18
<210> 6
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 8
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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ggttttatag ttttttattg ttttaggagt 30
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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tacctaaacc cacacctaca cacctaaatc 30
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 30
agagtatttt gttatgaaag ag 22
Claims (10)
1.筛查别嘌醇耐受的基因甲基化标志物的应用，其特征在于，利用检测以下标记物中的至少一种的甲基化水平的试剂制备筛查别嘌醇耐受的制剂：HLA-B,TRAF1,ITGB2，BCL2,ITGB2-AS1,REPIN1,JPH3,KCNJ1,METTL11B和ACSL-1基因。
2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，将检测HLA-B*58:01等位基因的结果与检测以下标记物中的至少一种的甲基化水平的结果结合起来用于筛查别嘌醇耐受：HLA-B,TRAF1,ITGB2，BCL2,ITGB2-AS1,REPIN1,JPH3,KCNJ1,METTL11B和ACSL-1基因。
3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，HLA-B*58:01等位基因检测阳性的患者在服用别嘌醇后患重症药疹的风险高于阴性患者。
4.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，当患者HLA-B基因甲基化水
平>0.5844，或TRAF1基因甲基化水平>0.3221,或ITGB2基因甲基化水平>0.3707时，患者服用别嘌醇患重症药疹的风险显著增高。
5.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，包括检测HLA-B*58:01等位基因联合ITGB2，TRAF1基因甲基化水平，筛查别嘌醇耐受，设别嘌醇诱导重症药疹的发生率为P，logit(P)＝ln(P/(1-P))＝-21.10+A+31.46×X1+19.05×X2，HLA-B*58:01等位基因检测为阳性时A＝4.255，为阴性时A＝0，X1代表ITGB2基因甲基化水平，X2代表TRAF1基因甲基化水平；P值位于0-1之间，越接近0风险越低，越接近1风险越大。
6.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，对于HLA-B*58:01等位基因检测阳性的患者，进一步检测REPIN1,BCL2,或ITGB2-AS1基因位点甲基化水平，当REPIN1基因位点甲基化水平<0.6200，或BCL2基因位点甲基化水平>0.4147，或ITGB2-AS1基因位点甲基化水平>0.3577时，患者服用别嘌醇患重症药疹的风险进一步增高。
7.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，对于HLA-B*58:01等位基因检测阴性的患者，进一步检测JPH3,KCNJ1,METTL11B或ACSL-1基因位点甲基化水平，当JPH3基因位点甲基化水平>0.4387,或KCNJ1基因位点甲基化水平>0.7367,或METTL11B基因位点甲基化水平<0.8837，或ACSL-1基因位点甲基化水平<0.9087时，患者服用别嘌醇患重症药疹的风险增高。
8.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，包括检测HLA-B*58:01等位基因联合HLA-B基因甲基化水平，筛查别嘌醇耐受；设别嘌醇诱导重症药疹的发生率为P，logit(P)＝ln(P/(1-P))＝-11.47+B+14.14×X1，HLA-B*58:01等位基因检测为阳性时，B＝1.176，为阴性时B＝0，X1代表HLA-B基因甲基化水平，P值位于0-1之间，越接近0风险越低，越接近1风险越大。
9.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，包括检测HLA-B*58:01等位基因联合REPIN1和JPH3基因甲基化水平，筛查别嘌醇耐受；设别嘌醇诱导重症药疹的发生率为P，logit(P)＝ln(P/(1-P))＝0.5338+C+0.004×X1+135.1×X2，HLA-B*58:01等位基因检测为阳性时，C＝4.505，为阴性时C＝0，X1代表REPIN1基因甲基化水平，X2代表JPH3基因甲基化水平，P值位于0-1之间，越接近0风险越低，越接近1风险越大。
10.筛查别嘌醇耐受的试剂盒，其特征在于，是与权利要求1-9任一项所述的应用方法配套所需要的检测试剂。
Priority Applications (1)
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|---|---|---|---|
| CN202210009673.8A CN114457149A (zh) | 2022-01-05 | 2022-01-05 | 筛选别嘌醇耐受的基因甲基化标志物的应用及检测试剂 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN202210009673.8A CN114457149A (zh) | 2022-01-05 | 2022-01-05 | 筛选别嘌醇耐受的基因甲基化标志物的应用及检测试剂 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
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Family
ID=81410396
Family Applications (1)
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|---|---|---|---|
| CN202210009673.8A Pending CN114457149A (zh) | 2022-01-05 | 2022-01-05 | 筛选别嘌醇耐受的基因甲基化标志物的应用及检测试剂 |
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| Country | Link |
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2022
- 2022-01-05 CN CN202210009673.8A patent/CN114457149A/zh active Pending
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