CN114364815A - 用于检测样本中的一个或多个目标分析物的试剂盒及其制备和使用方法 - Google Patents
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Abstract
提供用于检测、鉴定或量化样本中的一个或多个目标分析物的寡核苷酸、方法和试剂盒以及用于将寡核苷酸固定到载体表面上的方法。
Description
技术领域
本公开涉及用于检测样本中的中的一个或多个目标分析物的试剂盒及其制备和使用方法。
序列表
本申请包含已以ASCII格式以电子方式提交的序列表,且通过全文引用的方式并入本文中。所述ASCII拷贝创建于2020年4月17日,名为0076-0006WO1_SL.txt,大小为431,364字节。
背景技术
单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism;SNP)是指生物体的基因组中的中的单核苷酸变化,其中存在各自在群体的较大部分(>1%)中出现的两个或更多个不同核苷酸残基(等位基因)。SNP为个体中的最频繁的序列变化形式,且涉及多种遗传性疾病的病源学。Wang等人(1998),《人类基因组中的中的单核苷酸多态性的大规模鉴定、定位和基因分型(Large-Scale Identification,Mapping,and Genotyping of Single-Nucleotide Polymorphisms in the Human Genome)》,《科学(Science)》,280:1077-1082。在人类基因组中估计存在1000万个SNP,其可发生在编码区和非编码区中。Kruglyak等人(2001)《变化为生命的情趣(Variation is the Spice of Life)》,《自然遗传学(Nat.Genet.)》,27:234-236。许多SNP对于细胞功能无影响,但其它SNP已与遗传性性状、遗传性疾病、年龄相关的疾病和对于药物和环境因素的反应相关联。
基因分型分析为用于检测样本中的核苷酸序列的存在且可用于检测样本中的SNP或其它序列变体的存在的基因测试,所述其它序列变体包含(但不限于)缺失和插入、重复和易位。高密度寡核苷酸阵列使用排列在芯片上的数十万个探针来同时研究多个核苷酸序列。
因为需要大规模分析样本中的核苷酸序列来将序列与疾病或疾病的易感性、将序列与药物反应中的个体可变性或进行群体研究相关联,因此仍需要用于鉴定样本中的核苷酸序列的试剂盒。
发明内容
本发明涉及用于鉴定、检测或量化样本中的一个或多个目标分析物的试剂盒及其制备和使用方法。在一个方面中,目标分析物包含核酸序列。在一个方面中,目标分析物包含多肽序列。在一个方面中,所述方法或试剂盒包含固定于或可固定于载体表面上的分散结合结构域中的一个或多个捕获分子。在一个方面中,提供两个或更多个非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合。
在一个方面中,捕获寡核苷酸集合为捕获寡核苷酸的亲本集合的子集,且所述集合中的一个或多个捕获寡核苷酸包含具有来自亲本集合的一个或多个核苷酸序列的至少20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35或36个连续核苷酸的核苷酸序列,其中所述捕获寡核苷酸亲本集合选自以下:
(a)捕获集合1,其包含具有选自SEQ ID No:1-64的核苷酸序列的捕获寡核苷酸;
(b)捕获集合2,其包含具有选自SEQ ID No:65-122的核苷酸序列的捕获寡核苷酸;
(c)捕获集合3,其包含具有选自SEQ ID No:123-186的核苷酸序列的捕获寡核苷酸;
(d)捕获集合4,其包含具有选自SEQ ID No:187-250的核苷酸序列的捕获寡核苷酸;
(e)捕获集合5,其包含具有选自SEQ ID No:251-308的核苷酸序列的捕获寡核苷酸;
(f)捕获集合6,其包含具有选自SEQ ID No:309-372的核苷酸序列的捕获寡核苷酸;
(g)捕获集合7,其包含具有选自SEQ ID No:373-436的核苷酸序列的捕获寡核苷酸;
(h)捕获集合8,其包含具有选自SEQ ID No:437-494的核苷酸序列的捕获寡核苷酸;
(i)捕获集合9,其包含具有选自SEQ ID No:495-558的核苷酸序列的捕获寡核苷酸;
(j)捕获集合10,其包含具有选自SEQ ID No:559-662的核苷酸序列的捕获寡核苷酸;
(k)捕获集合11,其包含具有选自SEQ ID No:623-680的核苷酸序列的捕获寡核苷酸;和
(l)捕获集合12,其包含具有选自SEQ ID No:681-744的核苷酸序列的捕获寡核苷酸。
在另一方面中,提供两个或更多个非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合,其中捕获寡核苷酸集合为捕获寡核苷酸的亲本集合的子集,且所述集合中的一个或多个捕获寡核苷酸包含与来自亲本集合的一个或多个核苷酸序列具有至少95%、96%、97%、98%、99%或100%一致性的核苷酸序列,其中所述捕获寡核苷酸亲本集合选自以下:
(a)捕获集合1,其包含具有选自SEQ ID No:1-64的核苷酸序列的捕获寡核苷酸;
(b)捕获集合2,其包含具有选自SEQ ID No:65-122的核苷酸序列的捕获寡核苷酸;
(c)捕获集合3,其包含具有选自SEQ ID No:123-186的核苷酸序列的捕获寡核苷酸;
(d)捕获集合4,其包含具有选自SEQ ID No:187-250的核苷酸序列的捕获寡核苷酸;
(e)捕获集合5,其包含具有选自SEQ ID No:251-308的核苷酸序列的捕获寡核苷酸;
(f)捕获集合6,其包含具有选自SEQ ID No:309-372的核苷酸序列的捕获寡核苷酸;
(g)捕获集合7,其包含具有选自SEQ ID No:373-436的核苷酸序列的捕获寡核苷酸;
(h)捕获集合8,其包含具有选自SEQ ID No:437-494的核苷酸序列的捕获寡核苷酸;
(i)捕获集合9,其包含具有选自SEQ ID No:495-558的核苷酸序列的捕获寡核苷酸;
(j)捕获集合10,其包含具有选自SEQ ID No:559-662的核苷酸序列的捕获寡核苷酸;
(k)捕获集合11,其包含具有选自SEQ ID No:623-680的核苷酸序列的捕获寡核苷酸;和
(l)捕获集合12,其包含具有选自SEQ ID No:681-744的核苷酸序列的捕获寡核苷酸。
在另一方面中,提供两个或更多个非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合,其中捕获寡核苷酸集合为捕获寡核苷酸的亲本集合的子集,其中所述捕获寡核苷酸亲本集合选自以下:
(a)捕获集合1,其包含具有选自SEQ ID No:1-64的核苷酸序列的捕获寡核苷酸;
(b)捕获集合2,其包含具有选自SEQ ID No:65-122的核苷酸序列的捕获寡核苷酸;
(c)捕获集合3,其包含具有选自SEQ ID No:123-186的核苷酸序列的捕获寡核苷酸;
(d)捕获集合4,其包含具有选自SEQ ID No:187-250的核苷酸序列的捕获寡核苷酸;
(e)捕获集合5,其包含具有选自SEQ ID No:251-308的核苷酸序列的捕获寡核苷酸;
(f)捕获集合6,其包含具有选自SEQ ID No:309-372的核苷酸序列的捕获寡核苷酸;
(g)捕获集合7,其包含具有选自SEQ ID No:373-436的核苷酸序列的捕获寡核苷酸;
(h)捕获集合8,其包含具有选自SEQ ID No:437-494的核苷酸序列的捕获寡核苷酸;
(i)捕获集合9,其包含具有选自SEQ ID No:495-558的核苷酸序列的捕获寡核苷酸;
(j)捕获集合10,其包含具有选自SEQ ID No:559-662的核苷酸序列的捕获寡核苷酸;
(k)捕获集合11,其包含具有选自SEQ ID No:623-680的核苷酸序列的捕获寡核苷酸;和
(l)捕获集合12,其包含具有选自SEQ ID No:681-744的核苷酸序列的捕获寡核苷酸。
在一个方面中,两个或更多个非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合包含选自以下的一个或多个捕获寡核苷酸:
(a)捕获寡核苷酸,其具有选自SEQ ID No:1-64的序列的至少20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35或36个连续核苷酸;
(b)捕获寡核苷酸,其包含与选自SEQ ID No:1-64的序列具有至少95%、96%、97%、98%、99%或100%一致性的序列;
(c)捕获寡核苷酸,其具有与选自SEQ ID No:1-64的序列具有至少95%、96%、97%、98%、99%或100%一致性的序列的至少20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35或36个连续核苷酸;
(d)捕获寡核苷酸,其包含选自SEQ ID No:1-64的序列;和
(e)捕获寡核苷酸,其选自(a)-(d)中的任一个。
在一个方面中,两个或更多个非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合包含选自以下的一个或多个捕获寡核苷酸:
(a)捕获寡核苷酸,其包含具有选自SEQ ID No:1-10的序列的至少20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35或36个连续核苷酸的序列;
(b)捕获寡核苷酸,其包含与选自SEQ ID No:1-10的序列具有至少95%、96%、97%、98%、99%或100%一致性的序列;
(c)捕获寡核苷酸,其具有与选自SEQ ID No:1-10的序列具有至少95%、96%、97%、98%、99%或100%一致性的序列的至少20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35或36个连续核苷酸;
(d)捕获寡核苷酸,其包含选自SEQ ID No:1-10的序列;和
(e)捕获寡核苷酸,其选自(a)-(d)中的任一个。
在一个方面中,提供固定于阵列中的非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合,其中非交叉反应性寡核苷酸集合满足以下需求中的一个或多个:
(a)GC含量在约40%与约50%之间;
(b)AG含量在约30与约70%之间;
(c)CT含量在约30%与约70%之间;
(d)序列中的不大于三个的最大碱基重复序列链;
(e)与大于7个连续互补碱基对匹配的链无非所需的寡核苷酸-寡核苷酸相互作用;
(f)与18个连续碱基或更小的链无非所需寡核苷酸-寡核苷酸相互作用,其中:
(i)在各端的末端碱基互补匹配;和
(ii)所述互补碱基对匹配的总和减去错配的总和大于7;
(g)无20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35或36个碱基对或更长的链,所述链匹配基因组或自然界中的序列或序列的互补序列或两者;
(h)所述序列与其互补序列的杂交自由能的差异小于约1kCal/mol、约2kCal/mol、约3kCal/mol或约4kCal/mol;
(i)在茎中无具有4个或更多个连续匹配的预测的发夹环;和
(j)在所述茎中无具有4个或更多个连续匹配的预测的发夹环,且环大小大于6个碱基。
在一个方面中,两个或更多个非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合包含具有反应性官能团的一个或多个捕获寡核苷酸。在一个方面中,反应性官能团通过连接子与捕获寡核苷酸连接。在一个方面中,反应性官能团包含硫醇基。
在一个方面中,寡核苷酸中的一个或多个通过反应性官能团固定于表面上。在一个方面中,表面包含电极表面。在一个方面中,电极包含碳基电极。在一个方面中,电极包含碳墨电极。
在一个方面中,一个或多个非反应性捕获寡核苷酸为至少20个核苷酸长。在一个方面中,一个或多个非反应性捕获寡核苷酸为至少24个核苷酸长。在一个方面中,一个或多个非反应性捕获寡核苷酸为至少36个核苷酸长。
在一个方面中,提供一种试剂盒,其包含两个或更多个非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合。在一个方面中,所述试剂盒包含至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25个和至多64个非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合。在一个方面中,所述试剂盒包含至少10个非交叉反应性捕获寡核苷酸。
在一个方面中,提供两个或更多个非交叉反应性寡核苷酸标签的集合,其中所述寡核苷酸标签集合为寡核苷酸标签的亲本集合的子集,且所述集合中的一个或多个寡核苷酸标签包含具有来自亲本集合的一个或多个核苷酸序列的至少20、21、22、23或24个连续核苷酸的核苷酸序列,其中所述亲本集合选自以下:
(a)标签集合1,其包含具有选自SEQ ID No:745-808的核苷酸序列的寡核苷酸标签;
(b)标签集合2,其包含具有选自SEQ ID No:809-866的核苷酸序列的寡核苷酸标签;
(c)标签集合3,其包含具有选自SEQ ID No:867-930的核苷酸序列的寡核苷酸标签;
(d)标签集合4,其包含具有选自SEQ ID No:931-994的核苷酸序列的寡核苷酸标签;
(e)标签集合5,其包含具有选自SEQ ID No:995-1052的核苷酸序列的寡核苷酸标签;
(f)标签集合6,其包含具有选自SEQ ID No:1053-1116的核苷酸序列的寡核苷酸标签;
(g)标签集合7,其包含具有选自SEQ ID No:1117-1180的核苷酸序列的寡核苷酸标签;
(h)标签集合8,其包含具有选自SEQ ID No:1181-1238的核苷酸序列的寡核苷酸标签;
(i)标签集合9,其包含具有选自SEQ ID No:1239-1302的核苷酸序列的寡核苷酸标签;
(j)标签集合10,其包含具有选自SEQ ID No:1303-1366的核苷酸序列的寡核苷酸标签;
(k)标签集合11,其包含具有选自SEQ ID No:1367-1424的核苷酸序列的寡核苷酸标签;和
(l)标签集合12,其包含具有选自SEQ ID No:1425-1488的核苷酸序列的寡核苷酸标签。
在一个方面中,提供两个或更多个非交叉反应性寡核苷酸标签的集合,其中寡核苷酸标签集合为寡核苷酸标签的亲本集合的子集,且所述集合中的一个或多个寡核苷酸包含与来自亲本集合的一个或多个核苷酸序列具有至少95%、96%、97%、98%、99%或100%一致性的核苷酸序列,其中所述亲本集合选自以下:
(a)标签集合1,其包含具有选自SEQ ID No:745-808的核苷酸序列的寡核苷酸标签;
(b)标签集合2,其包含具有选自SEQ ID No:809-866的核苷酸序列的寡核苷酸标签;
(c)标签集合3,其包含具有选自SEQ ID No:867-930的核苷酸序列的寡核苷酸标签;
(d)标签集合4,其包含具有选自SEQ ID No:931-994的核苷酸序列的寡核苷酸标签;
(e)标签集合5,其包含具有选自SEQ ID No:995-1052的核苷酸序列的寡核苷酸标签;
(f)标签集合6,其包含具有选自SEQ ID No:1053-1116的核苷酸序列的寡核苷酸标签;
(g)标签集合7,其包含具有选自SEQ ID No:1117-1180的核苷酸序列的寡核苷酸标签;
(h)标签集合8,其包含具有选自SEQ ID No:1181-1238的核苷酸序列的寡核苷酸标签;
(i)标签集合9,其包含具有选自SEQ ID No:1239-1302的核苷酸序列的寡核苷酸标签;
(j)标签集合10,其包含具有选自SEQ ID No:1303-1366的核苷酸序列的寡核苷酸标签;
(k)标签集合11,其包含具有选自SEQ ID No:1367-1424的核苷酸序列的寡核苷酸标签;和
(l)标签集合12,其包含具有选自SEQ ID No:1425-1488的核苷酸序列的寡核苷酸标签。
在一个方面中,提供两个或更多个非交叉反应性寡核苷酸标签的集合,其中所述寡核苷酸标签集合为寡核苷酸标签的亲本集合的子集,其中所述亲本集合选自以下:
(a)标签集合1,其包含具有选自SEQ ID No:745-808的核苷酸序列的寡核苷酸标签;
(b)标签集合2,其包含具有选自SEQ ID No:809-866的核苷酸序列的寡核苷酸标签;
(c)标签集合3,其包含具有选自SEQ ID No:867-930的核苷酸序列的寡核苷酸标签;
(d)标签集合4,其包含具有选自SEQ ID No:931-994的核苷酸序列的寡核苷酸标签;
(e)标签集合5,其包含具有选自SEQ ID No:995-1052的核苷酸序列的寡核苷酸标签;
(f)标签集合6,其包含具有选自SEQ ID No:1053-1116的核苷酸序列的寡核苷酸标签;
(g)标签集合7,其包含具有选自SEQ ID No:1117-1180的核苷酸序列的寡核苷酸标签;
(h)标签集合8,其包含具有选自SEQ ID No:1181-1238的核苷酸序列的寡核苷酸标签;(i)标签集合9,其包含具有选自SEQ ID No:1239-1302的核苷酸序列的寡核苷酸标签;
(j)标签集合10,其包含具有选自SEQ ID No:1303-1366的核苷酸序列的寡核苷酸标签;
(k)标签集合11,其包含具有选自SEQ ID No:1367-1424的核苷酸序列的寡核苷酸标签;和
(l)标签集合12,其包含具有选自SEQ ID No:1425-1488的核苷酸序列的寡核苷酸标签。
在一个方面中,两个或更多个非交叉反应性寡核苷酸标签的集合包含选自以下的一个或多个寡核苷酸标签:
(a)寡核苷酸标签,其包含具有选自SEQ ID No:745-808的序列的至少20、21、22、23或24个连续核苷酸的序列;
(b)寡核苷酸标签,其包含与选自SEQ ID No:745-808的序列具有至少95%、96%、97%、98%、99%或100%一致性的序列;
(c)寡核苷酸标签,其具有与选自SEQ ID No:745-808的序列具有至少95%、96%、97%、98%、99%或100%一致性的序列的至少20、21、22、23或24个连续核苷酸;
(d)寡核苷酸标签,其包含选自SEQ ID No:745-808的序列;和
(e)寡核苷酸标签,其选自(a)-(d)中的任一个。
在一个方面中,两个或更多个非交叉反应性寡核苷酸标签的集合包含选自以下的一个或多个寡核苷酸标签:
(a)寡核苷酸标签,其包含具有选自SEQ ID No:745-754的序列的至少20、21、22、23或24个连续核苷酸的序列;
(b)寡核苷酸标签,其包含与选自SEQ ID No:745-754的序列具有至少95%、96%、97%、98%、99%或100%一致性的序列;
(c)寡核苷酸标签,其具有与选自SEQ ID No:745-754的序列具有至少95%、96%、97%、98%、99%或100%一致性的序列的至少20、21、22、23或24个连续核苷酸;
(d)寡核苷酸标签,其包含选自SEQ ID No:745-754的序列;和
(e)寡核苷酸标签,其选自(a)-(d)中的任一个。
在一个方面中,所述集合包含两个或更多个非交叉反应性寡核苷酸标签,其中相对于互补捕获寡核苷酸,所述集合中的一个或多个寡核苷酸标签与小于0.05%的非互补捕获寡核苷酸杂交。
在一个方面中,所述集合中的一个或多个寡核苷酸标签包含标记。在一个方面中,标记通过连接子与寡核苷酸标签连接。在一个方面中,标记选自放射性、荧光、化学发光、电化学发光、光吸收、光散射、电化学、磁性和酶标记。在一个方面中,标记包含电化学发光标记。在一个方面中,标记选自放射性、荧光、比色、抗原和酶标记。在一个方面中,标记包含生物素或半抗原。在一个方面中,标记包含生物素、荧光素或地高辛(digoxigenin)。在一个方面中,标记包含含过渡金属的有机金属络合物。在一个方面中,过渡金属包含钌。在一个方面中,标记包含MSD SULFO-TAGTM标记。在一个方面中,标记包含一级结合试剂,所述一级结合试剂为二级结合试剂的结合搭配物。在一个方面中,二级结合试剂包含生物素、抗生蛋白链菌素、抗生物素蛋白或抗体。在一个方面中,一级结合试剂包含寡核苷酸,且二级结合试剂包含与一级结合试剂互补的寡核苷酸。
在一个方面中,提供一种试剂盒,其包含两个或更多个非交叉反应性寡核苷酸标签的集合。在一个方面中,所述试剂盒包含至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25个和至多64个非交叉反应性寡核苷酸标签的集合。在一个方面中,所述试剂盒包含至少10个非交叉反应性寡核苷酸标签的集合。
在一个方面中,提供一种将寡核苷酸固定在碳基载体表面上的方法。在一个方面中,寡核苷酸包含硫醇基。在一个方面中,所述方法包含:
(a)将包含所述寡核苷酸的一个或多个液滴印刷在所述碳基载体表面上;
(b)使所述液滴在所述表面上扩散;
(c)干燥所述液滴以形成干燥的液滴;
(d)通过所述硫醇基将所述寡核苷酸固定到所述碳基载体表面;和
(e)用包含含硫醇化合物的洗涤溶液洗涤所述干燥的液滴以去除未固定的寡核苷酸。
在一个方面中,提供一种制造具有一个或多个固定的寡核苷酸的碳基载体表面的方法。
在一个方面中,所述方法包含:
(a)将包括含硫醇基的寡核苷酸的一个或多个液滴印刷在所述碳基载体表面上;
(b)使所述液滴在所述表面上扩散;
(c)干燥所述液滴以形成干燥的液滴;
(d)通过所述硫醇基将所述寡核苷酸固定到所述碳基载体表面;和
(e)用包括含硫醇化合物的洗涤溶液洗涤所述干燥的液滴以去除未固定的寡核苷酸。
在一个方面中,碳基载体表面包含碳基电极。在一个方面中,寡核苷酸通过硫醇基与碳基载体表面共价连接。在一个方面中,所述方法包含将包含捕获寡核苷酸的液滴阵列印刷在碳基载体表面上的多个结合结构域上。
在一个方面中,提供一种多孔板,其包含:
(a)具有一个或多个碳基电极的一个或多个孔;和
(b)选自如本文中所描述的非交叉反应性捕获寡核苷酸的亲本集合的一个或多个非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合,其中将一个或多个非交叉反应性捕获寡核苷酸固定于一个或多个碳基电极上。
在一个方面中,提供一种制造多孔板的方法,其中所述方法包含:
(a)将包括含硫醇基的寡核苷酸的一个或多个液滴印刷在所述碳基电极上;
(b)使所述液滴在所述表面上扩散;
(c)干燥所述液滴以形成干燥的液滴;
(d)通过所述硫醇基将所述寡核苷酸固定到所述碳基电极;和
(e)用包括含硫醇化合物的洗涤溶液洗涤所述干燥的液滴以去除未固定的寡核苷酸。
在一个方面中,碳基载体表面包含碳基电极。在一个方面中,寡核苷酸通过硫醇基与碳基载体表面共价连接。在一个方面中,所述方法包含将包含捕获寡核苷酸的液滴阵列印刷在载体表面上的多个结合结构域上。
在一个方面中,提供一种将捕获寡核苷酸阵列固定在一个或多个碳基电极的表面上的方法。在一个方面中,所述方法包含:
(a)将包含一个或多个捕获寡核苷酸的液滴阵列印刷在一个或多个碳基电极的表面上的多个结合结构域上,其中一个或多个捕获寡核苷酸包含硫醇基;
(b)使所述液滴在所述表面上扩散;
(c)干燥所述液滴以形成干燥的液滴;
(d)培育所述干燥的液滴足够量的时间以通过所述硫醇基将一个或多个寡核苷酸固定到所述碳基电极的所述表面;和
(e)用包含含硫醇化合物的洗涤溶液洗涤所述干燥的液滴以去除过量的未固定的寡核苷酸。
在一个方面中,印刷在阵列的一个结合结构域上的捕获寡核苷酸具有与印刷在阵列中的其它结合结构域上的捕获寡核苷酸不同的序列。在一个方面中,各结合结构域包含小于约0.1%、0.09%、0.08%、0.07%、0.06%、0.05%、0.04%、0.03%、0.02%或0.01%的污染性捕获寡核苷酸。在一个方面中,各结合结构域包含小于约0.05%的污染性捕获寡核苷酸。
在一个方面中,所述方法包含将阵列印刷在多个碳基电极上。在一个方面中,一个或多个碳基电极包含多个结合结构域。在一个方面中,碳基电极包含碳墨电极。在一个方面中,一个或多个碳基电极是在多孔板中。
在一个方面中,液滴包含表面活性剂。在一个方面中,含硫醇化合物为水溶性的,且具有小于约200g/mol、175g/mol、150g/mol或125g/mol的分子量。在一个方面中,含硫醇化合物选自以下:半胱氨酸、半胱胺、二硫苏糖醇、3-巯基丙酸酯、3-巯基-1-丙磺酸和其组合。在一个方面中,含硫醇化合物包含半胱氨酸。在一个方面中,洗涤溶液包含约5mM与约750mM之间的半胱氨酸、约10mM与约500mM之间的半胱氨酸或约25mM与约75mM之间的半胱氨酸。在一个方面中,洗涤溶液包含pH缓冲组分、表面活性剂或其组合,且具有约7与9之间的pH。在一个方面中,pH缓冲组分包含Tris,表面活性剂包含Triton X-100,且pH为约8.0。
在一个方面中,所述方法包含将碳基电极包装在干燥的包装中。在一个方面中,在洗涤步骤之前,将碳基电极包装在干燥的包装中。在一个方面中,在洗涤步骤之后,将碳基电极包装在干燥的包装中。
在一个方面中,提供一种试剂盒,其包含:
(a)一个或多个载体表面;和
(b)选自非交叉反应性捕获寡核苷酸的亲本集合的一个或多个非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合,其中将一个或多个非交叉反应性捕获寡核苷酸固定于一个或多个载体表面上。
在一个方面中,试剂盒中所提供的一个或多个载体表面包含碳基载体表面。在一个方面中,一个或多个载体表面包含碳基电极。
在一个方面中,提供一种试剂盒,其包含:
(a)具有一个或多个表面的一个或多个碳基电极;和
(b)选自非交叉反应性捕获寡核苷酸的亲本集合的一个或多个非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合,其中将一个或多个非交叉反应性捕获寡核苷酸固定于碳基电极的一个或多个表面上。
在一个方面中,试剂盒包含一个或多个碳墨电极。
在一个方面中,试剂盒包含固定于一个或多个载体表面上的阵列中的一个或多个非交叉反应性捕获寡核苷酸。在一个方面中,将一个或多个非交叉反应性捕获寡核苷酸固定于一个或多个结合结构域中。在一个方面中,两个或更多个非交叉反应性捕获寡核苷酸固定于两个或更多个独特结合结构域中,其中固定于各独特结合结构域上的捕获寡核苷酸的序列相同。
在一个方面中,试剂盒包含以下组分中的一个或多个:
(a)标记的寡核苷酸探针,其包含与所关注核酸中的目标序列互补的序列,
(b)一个或多个封端探针,
(c)一个或多个核苷三磷酸,
(d)一个或多个标记的核苷三磷酸,
(e)一个或多个标记的双脱氧核苷三磷酸;
(f)一个或多个接合酶,和
(g)一个或多个聚合酶。
在一个方面中,试剂盒包含多个标记的寡核苷酸探针,所述多个标记的寡核苷酸探针包含与所关注核酸中的目标序列互补的第一序列和具有与捕获寡核苷酸的序列互补的序列的寡核苷酸标签。
在一个方面中,提供一种用于检测、鉴定或量化样本中的一个或多个目标核苷酸序列的试剂盒,其中一个或多个目标核苷酸序列包含多态性核苷酸,试剂盒包含含以下的至少一对寡核苷酸探针:
(i)靶向探针,其包含与固定于载体表面上的捕获寡核苷酸的至少一部分互补的单链寡核苷酸标签和与样本中的目标核苷酸序列的第一区互补的第一核酸序列;和
(ii)检测探针,其包含标记和与目标核苷酸序列的第二区互补的第二核酸序列,所述第二区与同靶向探针序列的所述第一核酸序列互补的第一区相邻,其中所述靶向探针或所述检测探针包括位于目标核苷酸序列的多态性核苷酸的末端3'或5'核苷酸。
在一个方面中,靶向探针具有与目标核苷酸序列的区域互补的末端3'核苷酸,所述区域与同检测探针的5'末端核苷酸互补的区域相邻。在一个方面中,靶向探针的末端3'核苷酸与目标核苷酸序列的多态性核苷酸互补。
在一个方面中,试剂盒包含结合目标核苷酸序列的第一和第二靶向探针,其中所述第一靶向探针和所述第二靶向探针的不同之处仅在于末端3'核苷酸。在一个方面中,第一靶向探针与野生型序列互补,且第二靶向探针与突变型序列互补。
在一个方面中,试剂盒包含用于多个目标核苷酸序列的多个寡核苷酸探针对。
在一个方面中,试剂盒包含具有与3'端连接的标记的检测探针。
在一个方面中,提供一种用于检测、鉴定或量化样本中的一个或多个目标核苷酸序列的试剂盒,其中一个或多个目标核苷酸序列包含多态性核苷酸,且试剂盒包含含以下的一个或多个靶向探针:
(a)与固定于所述载体表面上的捕获寡核苷酸的至少一部分互补的单链寡核苷酸标签;
(b)与所述样本中的目标核苷酸序列互补的靶向核酸序列;和
(c)标记。
在一个方面中,试剂盒包含以下中的一个或多个:
(a)聚合酶;和
(b)一个或多个双脱氧核苷酸三磷酸(dideoxynucleotide triphosphates;ddNTP)。
在一个方面中,试剂盒包含与靶向探针的5'端连接的寡核苷酸标签,且靶向核酸序列包含与同样本中的一个或多个目标核苷酸序列中的多态性核苷酸相邻的核苷酸互补的3'端。在一个方面中,寡核苷酸标签与靶向探针的5'端连接,且靶向核酸序列包含与样本中的一个或多个目标核苷酸序列中的多态性核苷酸互补的末端3'核苷酸。
在一个方面中,试剂盒包含含与样本中的多个目标核苷酸序列互补的靶向核酸序列的多个探针。
在一个方面中,试剂盒包含标记的核苷三磷酸。在一个方面中,试剂盒包含标记的核苷三磷酸和二级结合试剂。在一个方面中,试剂盒包含含二级结合试剂的结合搭配物的标记的核苷三磷酸。在一个方面中,试剂盒包含:二级结合试剂,其包含抗生物素蛋白、抗生蛋白链菌素或抗体;标记的核苷酸三磷酸,其包含生物素或半抗原标记。
在一个方面中,试剂盒包含具有放射性、荧光、化学发光、电化学发光、光吸收、光散射、电化学、磁性或酶标记的标记的核苷三磷酸。在一个方面中,核苷三磷酸用电化学发光标记进行标记。
在一个方面中,试剂盒包含与目标核苷酸序列的多态性核苷酸互补的标记的双脱氧核苷酸三磷酸。
在一个方面中,试剂盒包含以下组分中的一个或多个:
(a)杂交缓冲液,
(b)结合缓冲液,
(c)标记,
(d)二级结合试剂,
(d)阅读缓冲液;和
(e)独特试剂盒标识符。
在一个方面中,杂交缓冲液包含核酸变性剂。在一个方面中,核酸变性剂包含甲酰胺。在一个方面中,杂交缓冲液以可进行组合以形成杂交缓冲液的两个独立组分形式提供。在一个方面中,结合缓冲液包含表面活性剂。在一个方面中,阅读缓冲液包含电化学发光阅读缓冲液。在一个方面中,电化学发光阅读缓冲液包含选自叔胺、三丙胺和N-丁基二乙醇胺的一种或多种电化学发光共反应物。
在一个方面中,试剂盒包含固定于一个或多个碳基电极的表面上的一个或多个结合结构域中的一个或多个非交叉反应性捕获寡核苷酸。在一个方面中,一个或多个捕获寡核苷酸包含硫醇基且通过硫醇基与碳基表面共价结合。在一个方面中,捕获寡核苷酸通过连接子与硫醇基连接。在一个方面中,捕获寡核苷酸与载体表面共价连接。在一个方面中,将非交叉反应性捕获寡核苷酸固定于阵列中。在一个方面中,将非交叉反应性捕获寡核苷酸固定于珠粒阵列上。
在一个方面中,试剂盒包含选自以下的两个或更多个非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合:
(a)捕获寡核苷酸,其具有选自SEQ ID No:1-64的序列的至少20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35或36个连续核苷酸;
(b)捕获寡核苷酸,其包含与选自SEQ ID No:1-64的序列具有至少95%、96%、97%、98%、99%或100%一致性的序列;
(c)捕获寡核苷酸,其包含选自SEQ ID No:1-64的序列;和
(d)选自前述集合中的任一个的捕获寡核苷酸。
在一个方面中,试剂盒包含选自以下的两个或更多个非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合:
(a)捕获寡核苷酸,其包含具有选自SEQ ID No:1-10的序列的至少20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35或36个连续核苷酸的序列;
(b)捕获寡核苷酸,其包含与选自SEQ ID No:1-10的序列具有至少95%、96%、97%、98%、99%或100%一致性的序列;
(c)捕获寡核苷酸,其包含选自SEQ ID No:1-10的序列;和
(d)选自前述集合中的任一个的捕获寡核苷酸。
在一个方面中,试剂盒中的寡核苷酸标签包含24个或更多个核苷酸。在一个方面中,寡核苷酸标签包含36个或更多个核苷酸。
在一个方面中,相对于互补捕获寡核苷酸,寡核苷酸标签与小于0.05%的非互补捕获寡核苷酸结合。
在一个方面中,试剂盒包含具有一个或多个结合结构域的多于一个电极。
在一个方面中,试剂盒包含固定于两个或更多个独特结合结构域中的两个或更多个捕获寡核苷酸,其中固定于各独特结合结构域上的捕获寡核苷酸的序列相同。在一个方面中,载体表面包含固定于至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20或25个独特结合结构域中的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20或25个不同捕获寡核苷酸。在一个方面中,一个或多个结合结构域包含不通过硫醇基与电极表面共价结合的至少一些捕获寡核苷酸。在一个方面中,一个或多个结合结构域包含大于10%、15%、20%、25%、50%或75%的不通过硫醇基与载体表面共价结合的捕获寡核苷酸。在一个方面中,结合结构域包含小于约0.1%、0.09%、0.08%、0.07%、0.06%、0.05%、0.04%、0.03%、0.02%或0.01%的污染性捕获寡核苷酸。
在一个方面中,试剂盒包含含多孔板的载体表面。在一个方面中,多孔板的一个或多个孔包含一个或多个电极。在一个方面中,一个或多个电极包含碳基电极。在一个方面中,一个或多个电极包含碳墨。在一个方面中,多孔板的一个或多个孔中的一个或多个电极包含一个或多个结合结构域。在一个方面中,将一个或多个捕获寡核苷酸固定于一个或多个电极上的一个或多个结合结构域上。
在一个方面中,试剂盒包含含含硫醇化合物的洗涤溶液。在一个方面中,含硫醇化合物为水溶性的,且具有小于约200g/mol、175g/mol、150g/mol或125g/mol的分子量。在一个方面中,含硫醇化合物选自以下:半胱氨酸、半胱胺、二硫苏糖醇、3-巯基丙酸酯、3-巯基-1-丙磺酸和其组合。在一个方面中,含硫醇化合物包含半胱氨酸。在一个方面中,含硫醇化合物包含两性离子。在一个方面中,洗涤溶液包含水性溶液。在一个方面中,水性洗涤溶液包含约5mM与750mM之间的半胱氨酸、约10mM与约500mM之间的半胱氨酸或约25mM与约75mM之间的半胱氨酸。在一个方面中,洗涤溶液包含pH缓冲组分、表面活性剂或其组合。在一个方面中,pH缓冲液包含Tris,且表面活性剂包含Triton X-100。在一个方面中,洗涤溶液具有7与9之间的pH。在一个方面中,洗涤溶液具有约8的pH。在一个方面中,洗涤溶液包含约15mM与约25mM之间的Tris、约0.05%与约0.15%之间的triton X-100、约5mM与750mM之间的半胱氨酸,且具有约8.0的pH。在一个方面中,洗涤溶液包含约15mM与约25mM之间的Tris、约0.05%与约0.15%之间的triton X-100、约25mM与约75mM之间的半胱氨酸,且具有约8.0的pH。在一个方面中,洗涤溶液包含约20mM Tris、约0.1%Triton X-100、约50mM半胱氨酸,且具有约8.0的pH。在一个方面中,洗涤溶液的一个或多个组分以无水形式提供。在一个方面中,试剂盒包含用于重构洗涤溶液的组分的液体稀释剂。
在一个方面中,试剂盒包含一个或多个封端探针。在一个方面中,试剂盒包含一个或多对封端探针,其中各对封端探针包含:
(a)第一封端探针,其包含与所述靶向探针的序列一致的序列,但无所述单链寡核苷酸标签;和
(b)第二封端探针,其具有与所述检测探针的序列一致的序列,但无所述标记。
在一个方面中,试剂盒包含针对各对寡核苷酸探针的至少一对封端探针。
在一个方面中,试剂盒包含选自以下的标记:放射性、荧光、化学发光、电化学发光、光吸收、光散射、电化学、磁性和酶标记。在一个方面中,标记包含电化学发光标记。在一个方面中,标记包含含过渡金属的有机金属络合物。在一个方面中,过渡金属包含钌。在一个方面中,标记包含MSD SULFO-TAGTM标记。在一个方面中,标记包含二级结合试剂的结合搭配物。在一个方面中,二级结合试剂包含生物素、抗生蛋白链菌素、抗生物素蛋白或抗体。在一个方面中,标记包含选自生物素、荧光素和地高辛的半抗原。在一个方面中,标记包含含第一寡核苷酸序列的一级结合剂,且二级结合试剂包含与一级结合剂的第一寡核苷酸序列互补的第二寡核苷酸序列。
在一个方面中,提供一种用于鉴定、检测或量化目标分析物的方法。在一个方面中,所述方法包含提供具有含一个或多个表面的一个或多个碳基电极的阵列;和固定于一个或多个碳基电极的一个或多个表面上的一个或多个结合结构域中的一个或多个非交叉反应性捕获寡核苷酸;使阵列与包含一个或多个目标分析物的组合物接触,其中一个或多个目标分析物与同固定于载体表面上的捕获寡核苷酸的至少一部分互补的寡核苷酸标签和标记连接;在其中寡核苷酸标签与其互补捕获寡核苷酸杂交以形成杂交复合物的条件下,培育一个或多个目标分析物的组合物;和基于在阵列位置中是否存在标记,鉴定、检测或量化目标分析物。
在一个方面中,所述方法包含使阵列与包含多个目标分析物的组合物接触,其中各目标分析物与同不同捕获寡核苷酸互补的寡核苷酸标签连接,且可基于阵列位置中的寡核苷酸标签的结合,来鉴定、检测或量化目标分析物。在一个方面中,相较于其对应互补捕获寡核苷酸,小于约0.05%的寡核苷酸标签与阵列上的非互补捕获寡核苷酸结合。在一个方面中,寡核苷酸标签包含至少12、24或36个核苷酸。在一个方面中,一个或多个电极包含碳墨电极。在一个方面中,一个或多个电极包含于多孔板中。在一个方面中,多孔板的各孔包含电极。在一个方面中,多孔板的各孔中的电极包含固定于多个结合结构域中的捕获寡核苷酸阵列。在一个方面中,一个或多个目标分析物通过结合搭配物与寡核苷酸标签连接。在一个方面中,结合搭配物包含与目标分析物特异性结合的抗体。在一个方面中,结合搭配物包含与目标分析物的寡核苷酸序列互补的寡核苷酸序列。在一个方面中,寡核苷酸标签和结合搭配物为寡核苷酸单链的不同区。在一个方面中,一个或多个目标分析物包含核酸序列,且结合搭配物包含与所关注核酸序列中的目标序列互补的寡核苷酸序列。
在一个方面中,所述方法包含在约27℃与约47℃之间的温度、约21%与约41%之间的甲酰胺浓度、约300mM与约500mM之间的盐浓度和约7.5与约8.5之间的pH下,培育一个或多个目标分析物的组合物,使得寡核苷酸标签与其互补捕获寡核苷酸杂交以形成杂交复合物。在一个方面中,培育包含约37℃的温度、约31%的甲酰胺浓度、约400mM的盐浓度和8.0的pH。
在一个方面中,一个或多个目标分析物用一级结合试剂标记。在一个方面中,将一个或多个目标分析物与包含以下的一或多对寡核苷酸探针一起培育:
(a)靶向探针,其包含与固定于载体表面上的捕获寡核苷酸的至少一部分互补的单链寡核苷酸标签和与样本中的目标核苷酸序列的第一区互补的第一核酸序列;和
(b)检测探针,其包含标记和与目标核苷酸序列的第二区互补的第二核酸序列,
其中培育包含在其中检测探针与其对应目标分析物结合的条件下培育。
在一个方面中,靶向探针和检测探针可同时与目标分析物结合以形成夹心复合物。在一个方面中,靶向探针和检测探针具有与目标核苷酸序列的相邻序列互补的核苷酸序列。在一个方面中,靶向探针具有含与同检测探针的5'端相邻的目标核苷酸序列杂交的3'端的核酸序列。在一个方面中,靶向探针的3'核苷酸与目标核苷酸序列中的多态性核苷酸互补。
在一个方面中,所述方法包含在存在核酸接合酶下,在其中核酸接合酶接合靶向探针和检测探针以形成反应产物的条件下,培育杂交复合物。在一个方面中,所述方法包含将反应产物暴露于从目标核苷酸序列解离出所述反应产物的变性条件。在一个方面中,所述方法包含向反应产物中添加一个或多个封端探针。在一个方面中,所述方法包含将一个或多个目标分析物与包含以下的靶向探针一起培育:
(a)与固定于所述载体表面上的捕获寡核苷酸的至少一部分互补的单链寡核苷酸标签;
(b)与所述样本中的目标核苷酸序列互补的靶向核酸序列;和
(c)标记。
在一个方面中,所述方法包含在其中靶向探针的靶向核酸序列与目标核苷酸序列上的其互补序列杂交以形成杂交复合物的条件下,将一个或多个目标分析物与靶向探针一起培育。在一个方面中,所述方法包含在核酸聚合酶存在下,在其中聚合酶使第一探针序列延伸以形成延伸序列的条件下,培育杂交复合物。在一个方面中,所述方法包含将聚合酶与一个或多个标记的核苷三磷酸一起培育,其中延伸序列包含标记的核苷三磷酸。
在一个方面中,所述方法包含将聚合酶与一个或多个未标记的核苷三磷酸一起培育,其中延伸序列的长度比一个核苷酸长且其包含未标记的核苷三磷酸。在一个方面中,标记的核苷三磷酸包含链终止核苷三磷酸,且延伸序列的长度为一个核苷酸。在一个方面中,标记的核苷三磷酸包含标记的双脱氧核苷三磷酸。在一个方面中,靶向探针的第一核酸序列具有与同所关注核酸中的多态性核苷酸相邻的核苷酸互补的3'端,且聚合酶将核苷酸添加到靶向核酸序列的3'端。
在一个方面中,方法包含在培育步骤之后用洗涤缓冲液洗涤阵列。在一个方面中,洗涤包含在高严格条件下将阵列浸泡于洗涤缓冲液中。在一个方面中,高严格条件包含约27℃与约47℃之间的温度、约21%与约41%之间的甲酰胺浓度、约300mM与约500mM之间的盐浓度和7.5与8.5之间的pH。在一个方面中,高严格条件包含约37℃的温度、约31%的甲酰胺浓度、约400mM的盐浓度和8.0的pH。在一个方面中,所述方法包含在高严格条件下浸泡阵列至少5、10、30或60分钟。在另一方面中,高严格条件包含低盐条件,例如盐浓度为小于约40mM、20mM、15mM或10mM的缓冲液。在一个方面中,高严格条件包含低盐条件,例如在37℃下的0.1X PBS。
在一个方面中,标记包含电化学发光标记,且所述方法包含通过使电极与包含电化学发光共反应物的电化学发光阅读缓冲液接触和向电极施加电位而产生分析信号的步骤。在一个方面中,共反应物选自以下:叔胺、三丙胺、N-丁基二乙醇胺和其组合。在一个方面中,所述方法包含使分析信号成像以测定与各捕获寡核苷酸相关的分析信号。
附图说明
图1A为寡核苷酸接合分析(oligonucleotide ligation assay;OLA)杂交步骤的示意图;图1B为OLA接合步骤的示意图;图1C为OLA检测步骤的示意图;图1D为其中不发生杂交的OLA探针错配的示意图。
图2A为引物延伸分析(primer extension assay;PEA)的示意图,其中将标记的ddNTP添加到探针的3'端;图2B为PEA的示意图,其中将未标记的ddNTP添加到探针的3'端。
图3为显示改变捕获寡核苷酸与电极之间的连接子(或间隔子)的长度对于探针与捕获寡核苷酸的杂交和使用电化学发光的检测的影响的图。
图4为显示不同捕获寡核苷酸阵列洗涤条件对于对阵列的一个组件具有特异性的寡核苷酸探针的所测量交叉反应性的影响的图。
图5为比较随核酸模板的浓度变化的BRAF突变的电化学发光OLA的分析信号的图,所述核酸模板含有目标BRAF基因区;且比较突变型序列与野生型序列所产生的信号。
图6为显示随其特定目标序列的浓度变化的由一组电化学发光OLA所产生的分析信号的图。
图7为显示一组电化学发光OLA的桥接背景信号可通过包含封端寡核苷酸来减小的图。
图8为显示归因于探针与捕获寡核苷酸的非特异性结合所致的电化学发光OLA的背景升高可通过包含封端寡核苷酸或额外高严格热浸泡步骤来减小的图。
图9显示来自突变型和野生型细胞的混合物提取的PCR扩增的基因组DNA的电化学发光OLA结果,突变型BRAF和NRAS序列的预测百分比与突变型序列的实际百分比。
图10显示随表示突变型和野生型序列的模板核酸的浓度变化的BRAF 1799T>A突变的电化学发光PEA的分析信号,显示所述分析对突变型序列具有特异性。
图11为显示BRAF和NRAS SNP的一组电化学发光PEA对于输入DNA浓度具有线性反应的图。
图12显示使用测量从突变型和野生型细胞的混合物提取的PCR扩增的基因组DNA的电化学发光BRAF 1799T>A OLA分析,突变型BRAF 1799T>A序列的预测百分比与突变型序列的实际百分比。
图13显示使用测量从突变型和野生型细胞的混合物提取的PCR扩增的基因组DNA的电化学发光NRAS 181C>A OLA分析,突变型NRAS 181C>A序列的预测百分比与突变型序列的实际百分比。
图14显示使用测量从突变型和野生型细胞的混合物提取的PCR扩增的基因组DNA的电化学发光182A>T OLA分析,突变型182A>T序列的预测百分比与突变型序列的实际百分比。
图15显示用于检测、鉴定和/或量化可能含有寡核苷酸代谢物的样本中的目标核苷酸序列(例如治疗性寡核苷酸)的寡核苷酸接合扩增(OLA)分析,如本文中的实施例中所描述。
图16显示一种用于检测、鉴定和/或量化可能含有寡核苷酸代谢物的样本中的目标核苷酸序列(例如治疗性寡核苷酸)的直接杂交法,如本文中的实施例中所描述。
图17显示用于检测、鉴定和/或量化可能含有寡核苷酸代谢物的样本中的目标核苷酸序列(例如治疗性寡核苷酸)的用直接表面涂覆的核酸酶保护分析(nucleaseprotection assay;NPA),如本文中的实施例中所描述。
图18显示用于检测、鉴定和/或量化可能含有寡核苷酸代谢物的样本中的目标核苷酸序列(例如治疗性寡核苷酸)的杂交/保护分析,如本文中的实施例中所描述。
图19显示用于检测、鉴定和/或量化样本中的抗体(例如抗药物抗体(anti-drugantibody;ADA))的夹心分析。
图20显示通过包含与ASO序列互补的核苷酸序列的阳性对照寡核苷酸桥连的靶向探针和检测探针的示意图。
图21显示图19中所示的用于检测、鉴定和/或量化样本中的抗体(例如抗药物抗体(ADA))的夹心分析的改进。
具体实施方式
A.定义
除非另外定义,否则本文所用的科学和技术术语应具有本领域中所属领域所属领域的一般技术人员通常所理解的含义。此外,除非上下文另外要求,否则单数术语应包含复数,且复数术语应包含单数,例如“一(a/an)”包含多个,例如“一个或多个”或“至少一个”,且除非明确地指示仅是指替代物或替代物相互排斥,否则术语“或”可意指“和/或”。术语“包含(including/includes/included)”不是限制性的。本文提供的任何类型的范围包含在所描述的特定范围内的所有值和特定范围的端点附近的值。
如本文所用,术语“约”用于修饰例如组合物中的成分的数量、描述本发明中所采用的浓度、体积、工艺温度、工艺时间、产量、流速、压力和其范围。术语“约”是指数值数量例如可通过以下所发生的变化:通过通常测量和用于制备化合物、组合物、浓缩物或调配物的操纵程序;通过这些程序中的无意误差;通过用于进行所述方法的起始材料或成分的制造、来源或纯度上的差异;以及类似考虑因素。术语“约”还涵盖归因于调配物的老化而与特定初始浓度或混合物不同的量,和归因于混合或处理调配物而与特定初始浓度或混合物不同的量。当由术语“约”修饰时,在此所附的权利要求书包含这类等效物。
如本文所用,使用字语“在……与……之间”表述的范围包含范围端点。因此,举例来说,在50℃与70℃之间的范围包含50℃到70℃,即其包含端点50℃和70℃。
一般来说,本文中所描述的与细胞和组织培养、分子生物学、和蛋白质和寡核苷酸或多核苷酸化学和杂交结合使用的命名法和其技术为本领域中熟知和常用的那些。氨基酸在本文中可由其通常已知的三字母符号或由IUPAC-IUB生物化学命名法委员会(Biochemical Nomenclature Commission)所推荐的单字母符号来提及。同样,核苷酸可由其通常可接受的单字母代码提及。
“目标分析物”可包含能够由本文中所描述的方法和试剂盒检测和分析的任何所关注分子,且可包含生物分子,例如核酸、蛋白质、碳水化合物、糖和脂质。在一个方面中,目标分析物为目标核苷酸序列。在另一方面中,目标分析物为蛋白质。在一个方面中,目标分析物为DNA结合蛋白。术语“目标分析物”可指整个所关注分子或所关注分子的一区段或部分。在一个方面中,目标分析物包含修饰的分子,例如所关注分子的标记、裂解或化学方式或酶促方式处理的形式。
“目标核苷酸序列”可包含所关注的任何核苷酸序列,包含(但不限于)原核或真核DNA生物体的DNA或RNA中发现的序列。这些可包含单或双链DNA、单或双链RNA、DNA/RNA杂合体或DNA/RNA嵌合体。目标核苷酸序列可包含miRNA、治疗性RNA、mRNA、RNA病毒或其组合。对于双链核苷酸序列来说,可鉴定任一链中的目标核苷酸序列。目标核苷酸序列可能需要提取例如核DNA或病毒基因组DNA或RNA,或可直接在样本中操纵,例如血清或血浆中的游离胎儿DNA或游离肿瘤DNA或循环中的治疗性寡核苷酸。目标核苷酸序列可直接分离自生物样本,或可包含来自生物样本的扩增序列。扩增方法为已知的且包含(但不限于)聚合酶链式反应(polymerase chain reaction;PCR)、全基因组扩增(whole genome amplification;WGA)、反转录随后聚合酶链式反应(reverse transcription followed by thepolymerase chain reaction;RT-PCR)、链置换扩增(strand displacementamplification;SDA)或滚环扩增(rolling circle amplification;RCA)。适合于本文中的扩增方法的聚合酶包含例如如对于DNA扩增来说,Taq、Phi、Bst和Vent-exo;和例如对于RNA扩增来说,T7 RNA聚合酶。
目标核苷酸序列可为寡核苷酸,例如治疗性寡核苷酸。如本文所用,“治疗性寡核苷酸”是指能够与生物分子相互作用以提供治疗效果的寡核苷酸。在一个方面中,治疗性寡核苷酸为反义寡核苷酸(antisense oligonucleotide;ASO)。ASO能够影响RNA处理和/或调节蛋白质表达。ASO为与单链RNA结合以使RNA失活的单链寡核苷酸。ASO为单链寡核苷酸,其长度通常为约5、10、15、20或25个核苷酸到约30、35、40、45或50个核苷酸。在一个方面中,ASO与基因的信使RNA(messenger RNA;mRNA)结合,从而使所述基因失活。在一个方面中,基因为疾病基因。因此,ASO可使疾病基因的mRNA失活以预防或改善特定致病蛋白质的产生。在一个方面中,ASO包含DNA、RNA或其组合。治疗性寡核苷酸和ASO进一步描述于例如Goodchild,《分子生物学方法(Methods Mol Biol)》764:1-15(2011);Smith等人,《药理学与毒理学年评(Ann Rev Pharmacol Toxicol)》59:605-630(2019);和Stein等人,《分子治疗(Mol Ther)》25(5):1069-1075(2017)中。
在一个方面中,目标分析物为抗药物抗体(ADA)。如本文所用,“抗药物抗体”或“ADA”为在生物体中活体内引起针对生物药剂产品的抗体。可引起针对生物药剂的ADA,所述生物药剂例如治疗性多肽,包含(但不限于)蛋白质和抗体;和治疗性寡核苷酸,包含(但不限于)反义寡核苷酸(ASO)、短干扰RNA、微小RNA和CRISPR/Cas的合成引导链。ADA可包含能够与生物药剂产品结合的任何抗体同型,被称作结合抗体,且还可包含能够抑制治疗性产品的功能活性的结合抗体的亚群,被称作中和抗体。ADA的检测可为免疫原性的重要测量,其可影响生物药剂产品的安全性和功效两个。
样本中的目标核苷酸序列,例如治疗性寡核苷酸,可归因于各种因素,例如核酸酶的存在、温度、pH、盐浓度等而随着时间推移进行降解,即缩短。目标核苷酸序列的降解产物也被称作寡核苷酸代谢物。在一个方面中,寡核苷酸代谢物比目标核苷酸序列短1个或更多个核苷酸、2个或更多个核苷酸、3个或更多个核苷酸、4个或更多个核苷酸、5个或更多个核苷酸、6个或更多个核苷酸、7个或更多个核苷酸、8个或更多个核苷酸、9个或更多个核苷酸、10个或更多个核苷酸、15个或更多个核苷酸或20个或更多个核苷酸。在一个方面中,寡核苷酸代谢物比目标核苷酸序列短约1%、约2%、约3%、约4%、约5%、约6%、约7%、约8%、约9%或约10%。在一个方面中,本公开的样本包含:目标核苷酸序列,例如治疗性寡核苷酸;和一个或多个寡核苷酸代谢物,例如治疗性寡核苷酸代谢物。
在一个方面中,目标核苷酸序列为治疗性寡核苷酸。在某些方面中,样本中的治疗性寡核苷酸的降解指示对于治疗性寡核苷酸的药力学反应。降解或缩短的治疗性寡核苷酸,在本文中也被称作治疗性寡核苷酸代谢物,可能丧失治疗有效性。本公开的方法可用于测量目标核苷酸序列(例如治疗性寡核苷酸)相对于寡核苷酸代谢物(例如治疗性寡核苷酸代谢物)的量。在一个方面中,本公开的方法用于测定目标核苷酸序列(例如治疗性寡核苷酸)的药物动力学参数。在一个方面中,通过测量生物学环境(例如患者)中的目标核苷酸序列(例如治疗性寡核苷酸)的降解速率和/或降解量,来测定目标核苷酸序列(例如治疗性寡核苷酸)的药物动力学参数。在一个方面中,所测量的药物动力学参数为清除、体积分布、血浆浓度、半衰期、峰时间、峰浓度、可用速率或其组合。药物动力学参数的测量和解释的进一步论述可见于例如Benet,《欧洲呼吸疾病杂志增刊(Eur J Respir Dis Suppl)》134:45-61(1984)和Le等人,“药物动力学的概述《Overview of Pharmacokinetics》”,Merck手册专业版本,2019年5月修订中。样本中存在的寡核苷酸代谢物还可干扰样本中的目标核苷酸序列的检测、鉴定和/或量化。因此,可能需要从样本去除寡核苷酸代谢物。因此,本公开的方法也可用于从样本减少和/或去除寡核苷酸代谢物,例如以便获得对目标核苷酸序列的量的更精确测量。
“聚合酶链式反应”或“PCR”是指用于扩增目标核苷酸序列的技术,其涉及以下三个步骤的重复循环:(1)变性,其中加热双链DNA模板以将链分开;(2)退火,其中引物结合侧接目标DNA序列的区;和(3)延伸,其中DNA聚合酶使各引物的3'端沿模板链延伸。PCR可采用热稳定的DNA聚合酶,例如Taq聚合酶。
“核苷酸”是指包含含氮碱基、五碳糖(核糖或脱氧核糖)和至少一个磷酸基团的单体单元。核苷酸包含:核苷三磷酸,例如RNA中发现的ATP、UTP、CTG和GTP;脱氧核苷三磷酸,最常为DNA中发现的dATP、dCTP、dGTP、dTTP;和双脱氧核苷三磷酸(dideoxyribonucleosidetriphosphate;ddNTP),其缺乏聚合酶介导的伸长所必需的3'-OH,包含例如ddATP、ddCTP、ddGTP和ddTTP。
“寡核苷酸(Oligonucleotide/oligo)”是指具有长度在约5与约100之间、约10与约50之间或约10与约25个核苷酸之间,或长度至少约10、15、20、25、30、35、40、45或50和至多约50、75或100个核苷酸的核苷酸序列的核酸。寡核苷酸,包含(但不限于)本文中所描述的探针、引物、标签或捕获寡核苷酸,可使用已知方法,包含例如由Beaucage和Carruthers(1981)《脱氧核苷氨基磷酸酯——一种新类别的脱氧多核苷酸合成的关键中间物(Deoxynucleoside phosphoramidites-a new class of key intermediates fordeoxypolynucleotide synthesis)》.《四面体快报(Tetrahedron Lett.)》,22(2):1859-1862所描述的氨基磷酸酯法或根据Matteucci和Caruthers(1981)《在聚合物载体上合成脱氧核苷酸(Synthesis of deoxynucleotides on a polymer support)》.《美国化学学会杂志(J.Am.Chem.Soc.)》,103(11):3185-3191的三酯法来制备。
包含例如本公开的目标序列或寡核苷酸试剂中的那些的本公开的核苷酸和核酸,可包含含还可参与杂交反应的非天然存在的化学结构的结构类似物。在一个实例中,核苷酸或核酸可包含将其与标记连接或提供可例如通过使用被胺或硫醇基修饰的核苷酸碱基、磷酸或糖与标记连接的反应性官能团的化学修饰。术语“反应性官能团”是指可进行另一化学反应,例如以与另一官能团形成共价键的原子或一组相关原子。反应性官能团的实例包含(但不限于)氨基、硫醇基、羟基和羰基。在一个方面中,反应性官能团包含硫醇基。可通过这些化学修饰与核苷酸或核酸连接的标记包含(但不限于)可检测部分,例如生物素、半抗原、荧光团和电化学发光(electrochemiluminescent;ECL)标记。
在另一方面中,核苷酸可进行修饰以预防其所并入的核酸链的酶促或化学延伸,例如通过用双脱氧核糖置换核糖或脱氧核糖基团。在另一实例中,将核苷酸碱基(例如糖或磷酸基团)连接在一起的主链组分可进行修饰或置换,例如通过使用肽核酸(peptidenucleic acid;PNA)或通过并入核糖类似物,例如在2'-O-甲基取代的RNA、锁核酸、桥接核酸和吗啉基核酸中发现的那些。这些“主链”类似物可存在于核酸或寡核苷酸中的一个、一些或所有主链连接中,且可提供某些优点,例如具有改进的结合稳定性或与核酸酶的连接稳定性的杂交产物。在核苷酸和核酸结构类似物的另一实例中,可包含非天然核苷酸碱基。非天然(也被称作“非典型”碱基)可与天然(典型)碱基杂交或其可与另一非天然碱基杂交。
“分离的”是指大体上或基本上不含在其天然存在环境中通常伴随其或与其相互作用的其它序列或组分的目标分析物,例如多肽或蛋白质、或寡核苷酸或核酸序列。在一个方面中,分离的核苷酸序列包含在其天然环境中未发现与所述核酸序列一起的组分或序列。术语“分离的”还包含非天然存在或以重组方式产生的寡核苷酸或蛋白质序列,这是由于这类非天然存在或以重组方式产生的序列在自然界中不存在。特定来说,非天然存在或以重组方式产生的寡核苷酸可具有未发现天然存在的紧靠连续序列。
如本文所用,术语“变体”是指与参考多肽或寡核苷酸序列至少95%、96%、97%、98%、99%或100%一致或包含参考序列的至少20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35或36个连续核苷酸的多肽或寡核苷酸序列。
术语“一致”意指两个多核苷酸或两个多肽序列在比较窗的相同位置处分别包含相同核酸碱基或相同氨基酸残基。术语“百分比序列一致性”可通过以下来测定:通过比较窗比较两条比对序列;测定在两条序列中存在相同核酸碱基或氨基酸残基的位置数,得到匹配位置数;将匹配位置数除以比较窗中的总位置数;且将结果乘以100,得到序列一致性的百分比。比较窗可包含全长序列或可为较大序列的子部分。已知用于测定两条或更多条序列之间的百分比一致性的多种方法和算法,包含(但不限于)MEGALIGN(威斯康星州麦迪逊的DNASTAR,Inc.)、FASTA、BLAST或ENTREZ。
“捕获寡核苷酸”是指可固定于载体表面上且设计成与互补寡核苷酸杂交(且因此在表面上捕获)的寡核苷酸试剂。在一个方面中,捕获寡核苷酸为可例如在严格杂交条件下与存在于目标反应产物上的单链寡核苷酸标签选择性地杂交的单链序列。在一个方面中,通过寡核苷酸接合,使用目标核苷酸序列作为模板,来产生目标反应产物。在另一方面中,通过引物延伸,使用目标核苷酸序列作为模板,来产生目标反应产物。捕获寡核苷酸可以固体形式(例如冻干)、溶液形式提供,或固定到载体表面,例如粒子(例如微米粒子、珠粒)上或阵列中。可一起提供两个或更多个捕获寡核苷酸。一起提供的两个或更多个捕获寡核苷酸的实例包含如本文所描述的捕获寡核苷酸的亲本集合或子集(在本文中也被称作集合)。
“探针”或“引物”是指包含能够与目标核苷酸序列杂交的寡核苷酸序列的试剂。探针可包含与目标核苷酸序列的一部分互补或大体上互补的单链序列。探针还可包含与捕获寡核苷酸互补的标签序列(其在本文中也可被称作引导序列)。与目标核苷酸序列互补的序列和标签序列可存在于探针内的同一核酸链上,或其可存在于探针内的不同链上,例如探针可包含具有与目标序列互补的序列和桥接序列的第一链以及具有标签序列和与第一链上的桥接序列互补的序列的第二链,其中第一和第二链杂交或可通过桥接序列杂交。探针可为DNA或RNA,且可含有修饰的含氮碱基类似物,或其已标记或适合于连接标记的连接子修饰。探针应足够长以允许探针与目标核苷酸序列杂交,其长度通常在约5与约100之间、约10与约50之间、约20与约30之间或至少约5、6、7、8、9、10、15、20或25和至多约30、35、40、45、50、75或100个核苷酸。探针可通过本领域中已知的任何适合方法来制备,包含化学或酶促合成,或通过使用非特异性核酸-裂解化学物质或酶或用位点特异性限制性核酸内切酶来裂解较大核酸。在一些应用中,与目标序列中的互补区杂交的探针可引发通过聚合酶进行的探针延伸,充当目标序列上的相邻单链区的复制的起始点。
“连接子”(在本文中也被称作“间隔子”)是指将一个化学部分与另一化学部分接合的一个或多个原子,例如将反应性官能团或标记与寡核苷酸接合的一个或多个原子。连接子可为包含一个或多个原子,例如约2、3、4、5、6、7、8、9或10个原子到约11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个原子的核苷酸或非核苷酸化合物,且可包含例如以下的原子:碳、氧、硫、氮和磷和其组合。连接子的实例包含:低分子量基团,例如酰胺、酯基、碳酸根和乙醚基;以及较高分子量连接基团,例如聚乙二醇(PEG)和烷基链。因此,连接子可包含一个或多个原子、单元或分子。
“标记”是指具有可检测物理特性或能够使化学基团或部分呈现可检测物理特性的化学基团或部分,包含例如催化底物转化为可检测产物的酶。标记可通过光谱学、光化学、生物化学、免疫化学、电学、光学、化学或其它方法来检测。标记的实例包含(但不限于)放射性同位素、酶、底物、荧光分子、化学发光部分、电化学发光部分、磁性粒子和生物发光部分。在另一方面中,标记为作为结合对的成员的化合物,其中结合对的第一成员(其可称为“一级结合试剂”)与底物(例如寡核苷酸)连接,且结合对的另一成员(其可称为“二级结合试剂”)具有可检测物理特性。结合对的非限制性实例包含生物素和抗生蛋白链菌素或抗生物素蛋白;互补寡核苷酸;半抗原和半抗原结合搭配物;和抗体/抗原结合对。
“检测”是指基于是否存在标记,检测、观测物质(例如寡核苷酸)的存在或量化所述物质。
“互补”是指通过形成氢键,例如根据Watson-Crick碱基配对模型,而相互作用的核酸分子或核酸分子序列。举例来说,杂交可出现于两个互补DNA分子之间(DNA-DNA杂交)、两个RNA分子之间(RNA-RNA杂交)或互补DNA与RNA分子之间(DNA-RNA杂交)。杂交可出现于与较长核苷酸序列的一部分互补的短核苷酸序列之间。杂交可出现于不具有100%“序列互补性”的序列(即,其中基于例如Watson-Crick碱基配对模型的碱基配对模型,小于100%的核苷酸比对的序列)之间,但相比于具有较大序列互补性的序列,具有较小序列互补性的序列较不稳定且较不可能杂交。在一个方面中,基于Watson-Crick模型,互补序列的核苷酸具有100%序列互补性。在另一方面中,基于Watson-Crick模型,互补序列的核苷酸具有至少约90%、95%、96%、97%、98%或99%序列互补性。
两个互补序列是否杂交可视杂交条件的严格性而定,其可视例如温度、溶剂、离子强度和其它参数的条件而变化。可选择杂交条件的严格性,以在其它潜在交叉反应或干扰序列存在下,选择性形成或维持两个互补核酸序列的所需杂交产物。严格条件为序列依赖性的,通常较长互补序列在比较短互补序列更高的温度下特异性杂交。一般来说,对于在所定义的离子强度、化学变性剂浓度、pH和杂交搭配物浓度下的特定核苷酸序列,严格杂交条件比热熔点(Tm)(即,50%的序列与大体上互补序列杂交的温度)低约5℃到约10℃。一般来说,与具有较低百分比的G和C碱基的核苷酸序列相比,具有较高百分比的G和C碱基的核苷酸序列在更严格条件下杂交。一般来说,可通过增加温度、增加pH、降低离子强度或增加化学核酸变性剂(例如甲酰胺、二甲基甲酰胺、二甲基亚砜、乙二醇、丙二醇和碳酸伸乙酯)的浓度来增加严格性。严格杂交条件通常包含小于约1M、500mM或200mM的盐浓度;高于约20℃、30℃、40℃、60℃或80℃的杂交温度;和高于约10%、20%、30%、40%或50%的化学变性剂浓度。由于许多因素可影响杂交严格性,因此参数的组合可能比任何单独参数的绝对值更重要。
术语“互补序列(complement/complementary)”是指其碱基逐个形成互补碱基对,例如其中A与T或U配对和C与G配对的两个寡核苷酸。完美互补或100%互补是指其中一个多核苷酸序列或区的各核苷酸可与第二多核苷酸链或区的各核苷酸形成氢键的情形。“大体上互补”是指部分互补且能够在严格杂交条件下杂交的序列。大体上互补序列不一定沿其整个长度杂交。
“对应”可用于指捕获寡核苷酸与寡核苷酸标签之间的关系,其中寡核苷酸标签设计成在严格杂交条件下与特定捕获寡核苷酸序列特异性结合。在一个方面中,在严格条件下,寡核苷酸标签与其对应捕获分子特异性结合且不与其它捕获分子结合或不与其它捕获分子交叉反应。在一个方面中,在严格条件下,寡核苷酸标签与其对应捕获分子特异性结合且不与阵列中的其它捕获分子结合或不与其它捕获分子交叉反应。在一个方面中,寡核苷酸标签为具有与其“对应”捕获寡核苷酸的序列的至少一部分互补的序列的单链寡核苷酸。在一个方面中,基于Watson-Crick模型,“对应”寡核苷酸标签的核苷酸与捕获寡核苷酸序列具有100%序列互补性。在另一方面中,基于Watson-Crick模型,对应序列的核苷酸具有至少约90%、95%、96%、97%、98%或99%序列互补性。
单链多核苷酸具有“方向”或“方向性”,这是因为相邻核苷酸通过其3'与5'碳原子之间的磷酸二酯键接合,使得多核苷酸的任一端处的末端5'和3'碳,所述任一端可称为分子的5'-(磷酰基)和3'-(羟基)端。“反向”寡核苷酸具有当以5'-到3'-方向阅读时与参考寡核苷酸反向的序列。举例来说,对于参考寡核苷酸序列5'-ACCGATCATG-3'(SEQ ID NO:1649)来说,“反向”寡核苷酸序列应为5'-GTACTAGCCA-3'(SEQ ID NO:1650)。
根据由Watson-Crick碱基配对定义的规则和DNA-DNA、RNA-RNA和RNA-DNA双重螺旋的反平行性质,序列的互补序列包含为(或大体上为)初始序列中的碱基的Watson-Crick搭配物但从3'到5'测序的碱基链。序列5'-ACCGATCATG-3'(SEQ ID NO:1649)的互补序列的实例应为5'-CATGATCGGT-3'(SEQ ID NO:1651)。当本文中提及序列使用术语反向互补之时,其用于指初始序列的反向序列的互补序列。序列5'-ACCGATCATG-3'(SEQ ID NO:1649)的反向互补序列的实例应为5'-TGGCTAGTAC-3'(SEQ ID NO:1652)。
“交叉反应”或“交叉反应性”是指寡核苷酸序列与样本中的多于一种其它寡核苷酸序列杂交的能力。在一个方面中,术语“交叉反应”是指第一寡核苷酸序列与样本中的第二寡核苷酸序列杂交的能力,其中第二寡核苷酸序列不与第一寡核苷酸序列互补或大体上互补。在一个方面中,术语“交叉反应”或“交叉反应性”是指捕获寡核苷酸与样本中的多于一种寡核苷酸标签或多于一种加标签的目标核苷酸序列杂交的能力。在一个方面中,交叉反应性捕获寡核苷酸在严格捕获杂交条件下与样本中的一种或多种寡核苷酸标签杂交。在一个方面中,严格捕获杂交条件包含127℃与47℃之间的温度、21%与41%之间的甲酰胺浓度、300mM与500mM之间的盐浓度和7.5与8.5之间的pH。在一个方面中,严格捕获杂交条件包含约37℃的温度、约31%的甲酰胺浓度、约400mM的盐浓度和8.0的pH。
“非交叉反应性(Non-cross-reactive/non-cross-reacting)”是指仅与样本中的特定寡核苷酸序列杂交的第一寡核苷酸序列,例如第一寡核苷酸序列仅与样本中的其对应互补序列杂交的能力。在一个方面中,术语“非交叉反应性”是指捕获寡核苷酸仅与样本中的一种寡核苷酸标签杂交的能力,所述样本包含多于一种寡核苷酸标签或多于一种加标签的目标核苷酸序列。在一个方面中,非交叉反应性寡核苷酸探针在严格杂交条件下仅与样本中的一种寡核苷酸标签杂交。在一个方面中,非交叉反应性意指,在严格捕获杂交条件下,第一寡核苷酸与除样本中的其互补序列以外的序列结合的比率小于0.05%。
“接合酶”是指可通过催化在一个核苷酸序列的3'羟基与第二核苷酸序列的5'磷酸之间形成磷酸二酯键而将核苷酸序列接合在一起的一类酶。接合酶包含大肠杆菌(E.coli)DNA接合酶、T4 DNA接合酶、T4 RNA接合酶、水生栖热菌(T.aquaticus;Taq)接合酶、嗜热栖热菌(T.Thermophilus)DNA接合酶(例如HiFi接合酶)或火球菌属(Pyrococcus)DNA接合酶。在一个方面中,接合酶为热稳定的接合酶。“接合”是指通过在一个核苷酸序列的3'羟基与第二核苷酸序列的5'磷酸之间形成磷酸二酯键而将两个核苷酸序列接合在一起的过程。
“阵列”是指具有多于一个空间不同(即,不重叠)的可寻址位置的一个或多个载体表面,所述位置在本文中被称作结合结构域或阵列组件。在一个方面中,各可寻址位置包含分析试剂,包含例如捕获分子。
“载体表面”是指在其上可固定各种物质,例如寡核苷酸或多肽的表面材料。“载体表面”可为平面或非平面。在一个方面中,载体表面包含平坦表面。在一个方面中,载体表面为具有多个孔的板,即“多孔板”。多孔板可包含任何数量的以任何模式或配置排列的任何大小或形状的孔。在另一方面中,载体表面具有弯曲表面。在一个方面中,载体表面是由一个或多个粒子、珠粒或微球体提供。除非另外指示,否则术语粒子、珠粒或微球体可互换地使用。在一个方面中,载体表面包含颜色编码的粒子、珠粒或微球体。在一个方面中,载体表面包含分析模块,例如分析板、载玻片、料筒、珠粒或芯片。在一个方面中,载体表面包含分析流动池或分析流体。
在一个方面中,载体表面包含多个可寻址位置(其可被称作“斑点”),例如如通常在“基因芯片”装置中一样。在另一方面中,阵列包含各自具有一个可寻址位置的多个载体表面,如在“珠粒阵列”方法中,其中珠粒悬浮液中的各珠粒代表一可寻址位置(其例如可使用流动式细胞测量术或显微检测技术寻址)。在另一方面中,阵列包含每个表面各自具有一个或多个或两个或更多个可寻址位置的多个载体表面。载体表面上的可寻址位置可以均一行和列排列,或可形成其它模式。阵列上的可寻址位置的数量可变化,例如小于10到大于50、100、200、500或1000。“多重分析(Multiplexing)”是指在单一分析中同时分析多于一个分析目标。
“碳基”是指含有单质碳(C)作为主组分的材料。含碳或碳基材料的实例包含(但不限于)碳、碳黑、石墨碳、玻璃样碳、碳纳米管、碳纤丝、石墨、碳纤维和其混合物。碳基材料可包含单质碳,包含例如石墨、碳黑或碳纳米管。在一个方面中,碳基材料包含分散于基质中的导电碳-聚合物复合物、导电聚合物或导电粒子,例如碳墨、碳糊或金属墨。导电粒子包含例如分散于基质中的碳纤丝、碳黑或石墨碳,所述基质例如聚合物基质,例如乙烯乙酸乙烯酯(ethylene vinyl acetate;EVA)、聚苯乙烯、聚乙烯、聚乙烯醇、聚乙酸乙烯酯、聚氯乙烯或丙烯腈丁二烯苯乙烯(acrylonitrile butadiene styrene;ABS)。这类聚合物基质还可包含具有多于一个类型的组分单体的共聚物,所述组分单体可包含选自以下的单体:乙酸乙烯酯、乙烯、乙烯醇、氯乙烯、丙烯腈、丁二烯、苯乙烯或其它单体。
“等位基因”是指当翻译时可产生功能性或功能异常基因产物的目标核苷酸序列的基因组变体。两个等位基因形式可被称作“野生型等位基因”和“突变型”或“变体”等位基因。“野生型”是指在群体中占主导的核苷酸序列。“突变型”或“变体”是指在群体中较不常见的核苷酸序列。突变型或变体核苷酸序列可能具有或可能不具有功能性结果。
“多态性”或“多态位点”是指一组两个或更多个核酸中的一个变体。“单核苷酸变体”(有时也称为“单核苷酸多态性”、“SNP”或“单核苷酸变化”)是指仅涉及单个核苷酸的变体。单核苷酸变体可涉及在多态位点处一个核苷酸被另一个核苷酸取代、或从参考核苷酸序列缺失一核苷酸、或在参考核苷酸序列中插入一核苷酸。单核苷酸变体可为常见(例如存在于至少1%的群体中)或罕见(例如存在于小于1%的群体中)的。
“试剂盒”是指经提供或聚集以待一起使用例如来产生组合物、制造装置或进行方法的组分集合。试剂盒可包含一种或多种组分。试剂盒的组分可以一个包装或多个包装提供,其中的每一个可含有组分中的一个或多个。试剂盒的所列举组分转而也可作为单一物理部分或作为试剂盒组合使用的多个部分来提供。举例来说,试剂盒的仪器组分可被完全组装的提供或作为在使用之前组装的多个仪器部分提供。类似地,试剂盒的液体试剂组分可作为容器中的完全液体调配物、作为待组合以提供完全液体调配物的一个或多个干燥试剂和一个或多个液体稀释剂、或作为待组合以提供完全液体调配物的两个或更多个液体溶液来提供。如本领域中已知,用于分析的试剂盒组分归因于具有不同存储需求,例如4℃与-70℃的存储温度而通常分开运送和存储。
B.概述
本文中描述用于鉴定、检测或量化样本中的一个或多个目标分析物的试剂盒及其制备和使用方法。在一个方面中,所述方法或试剂盒包含固定于或可固定于载体表面上的分散结合结构域中的一个或多个捕获分子。在一个方面中,捕获分子为具有与同探针或反应产物连接的单链寡核苷酸标签的核苷酸序列互补的核苷酸序列的单链捕获寡核苷酸。在一个方面中,包含寡核苷酸标签的探针与目标分析物结合以将目标分析物导向捕获分子。在一个方面中,目标分析物与包含寡核苷酸标签的第一探针和包含标记的第二探针结合。在一个方面中,使用目标核苷酸序列作为模板,来产生反应产物。在一个方面中,反应产物包含寡核苷酸标签和标记。在一个方面中,方法或试剂盒包含一个或多个寡核苷酸标签。在一个方面中,捕获寡核苷酸与反应产物上的标签的互补核苷酸序列之间的杂交将反应产物固定到载体表面,使得随后可基于所连接的标记,来鉴定、检测或量化所捕获的反应产物。
在一个方面中,提供一种将一个或多个寡核苷酸固定在载体表面上的方法。在一个方面中,所述方法包含将包含硫醇基反应性基团的一个或多个寡核苷酸固定在载体表面上。在一个方面中,将一个或多个捕获寡核苷酸固定于载体表面上的一个或多个结合结构域中。在一个方面中,所述方法包含用含硫醇洗涤溶液(在本文中也被称作封闭溶液或封端剂)洗涤载体表面以去除未结合的寡核苷酸的步骤。在一个方面中,各结合结构域包含小于约0.1%、0.09%、0.08%、0.07%、0.06%、0.05%、0.04%、0.03%、0.02%或0.01%的污染性捕获寡核苷酸。
在一个方面中,本文中所描述的用于鉴定、检测或量化样本中的一个或多个目标分析物的方法和试剂盒提供相对于常规方法增加的敏感性。在一个方面中,本公开的方法和试剂盒能够检测样本中的纳摩尔、适当皮摩尔或更适当飞摩尔浓度的目标分析物。在一个方面中,本公开的方法和试剂盒能够检测样本中的至少约0.1fM、1fM、25fM、50fM、75fM或100fM和至多约500fM、1pM、10pM、100pM、500pM或1nM、或约0.1fM到约1nM、约1fM到约100pM、约10fM到约10pM、约50fM到约1pM或约100fM到约500fM的目标分析物。在一个方面中,本公开的方法和试剂盒能够检测样本中的约0.1fM、约1fM、约2.5fM、约5fM、约10fM、约25fM、约50fM、约100fM、约250fM、约500fM、约1pM、约2.5pM、约5pM、约10pM、约25pM、约50pM、约100pM或约1nM的目标分析物。
在一特定方面中,本文提供的方法和试剂盒能够检测样本中的飞摩尔浓度的多核苷酸,例如治疗性寡核苷酸或RNA(例如mRNA),其宜允许鉴定、检测和/或量化而无需扩增多核苷酸。
在一个方面中,相较于常规方法,本文提供的方法和试剂盒能够降低鉴定、检测或量化样本中的一个或多个目标分析物所需的时间量。在一个方面中,本公开的方法和试剂盒能够在以下时间中鉴定、检测或量化样本中的一个或多个目标分析物:约1小时到约48小时、约1.5小时到约24小时、约2小时到约18小时、约2.5小时到约12小时、约3小时到约10小时、约3.5小时到约8小时、约4小时到约6小时或约4.5小时到约5小时。在一个方面中,本公开的方法和试剂盒能够在以下时间中鉴定、检测或量化样本中的一个或多个目标分析物:小于约48小时、小于约36小时、小于约24小时、小于约18小时、小于约12小时、小于约10小时、小于约9小时、小于约8小时、小于约7小时、小于约6小时、小于约5小时、小于约4小时、小于约3小时、小于约2小时或小于约1小时。
C.捕获分子
在一个方面中,所述方法或试剂盒包含固定于或可固定于载体表面上的分散结合结构域中的一个或多个捕获分子。在一个方面中,捕获分子不为天然存在的序列。在另一方面中,捕获分子是以重组方式产生的。在一个方面中,使用数学算法,来产生非交叉反应性捕获分子的集合的序列。
在一个方面中,捕获分子为具有与单链寡核苷酸标签的核苷酸序列互补的核苷酸序列的单链捕获寡核苷酸。在一个方面中,寡核苷酸标签与目标分析物连接。在一个方面中,寡核苷酸标签与同目标分析物结合的探针连接。在一个方面中,寡核苷酸标签与使用目标核苷酸序列作为模板所产生的反应产物连接。在一个方面中,捕获寡核苷酸与寡核苷酸标签的互补核苷酸序列之间的杂交将所关注目标或反应产物固定到载体表面。随后可基于所连接的标记,鉴定、检测或量化所捕获的目标或反应产物。
在一个方面中,方法或试剂盒包含针对待鉴定、检测或测量的各目标核苷酸序列的不同捕获寡核苷酸。在一个方面中,多个捕获寡核苷酸与其互补寡核苷酸标签之间的杂交在整个捕获寡核苷酸阵列中同时平行发生。阵列可包括或由本文中所描述的两个或更多个捕获寡核苷酸组成。因此,阵列可包含2-150个或更多个捕获寡核苷酸,例如2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、或至多60、65、70、75、80、85、90、95、100、110、120、130、140或150个捕获寡核苷酸。阵列中的寡核苷酸可包括或由如本文所描述的寡核苷酸的“亲本集合”或“子集”(在本文中也被称作“集合”)组成。
在一个方面中,一个或多个捕获寡核苷酸包含单链核酸序列,包含例如核酸序列,其包含脱氧核糖核酸(deoxyribonucleic acid;DNA)、核糖核酸(ribonucleic acid;RNA)或包含还可参与杂交反应的非天然存在的化学结构的结构类似物。
在一个方面中,特定阵列中所使用的捕获寡核苷酸具有类似结合能或熔化温度(Tm),例如彼此在至少约0.5℃、1℃、2℃、3℃、4℃或5℃内,其中寡核苷酸的熔化温度(Tm)是指50%的寡核苷酸与其互补序列杂交且50%游离于溶液中的温度。可使用已知方法,例如通过测量随温度变化的具有其互补序列的寡核苷酸的吸光度变化,来测定Tm。在一个方面中,捕获寡核苷酸在50mM NaCl下具有约50℃与约70℃之间、55℃与约65℃之间或至少约50℃、55℃、或60℃和至多约60℃、65℃或70℃的熔化温度(Tm)。在一个方面中,捕获寡核苷酸具有约40%与约60%之间或约40%与约50%之间的GC含量。
在一个方面中,捕获寡核苷酸的长度在约20与约100个核苷酸之间、约30与约50个核苷酸之间或约35与约40个核苷酸之间,例如长度为至少约20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35或36且至多约36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、75或100个核苷酸。在一个方面中,捕获寡核苷酸包含至少20、24、30或36个核苷酸。长度为至少约20、24、30或36个核苷酸的捕获寡核苷酸能够与加标签的目标或反应产物结合,且相较于较短捕获寡核苷酸,仍在更高的高温下结合且具有改进的特异性(即,较少非特异性结合)。在一个方面中,阵列中的一个或多个捕获寡核苷酸的长度与其互补寡核苷酸标签的核酸序列不一致。实际上,可能需要包含具有比其互补单链寡核苷酸标签长例如至多5、10、15、20或25个碱基的序列的捕获寡核苷酸。在一个方面中,包含在约1:1比率下的加标签的目标或反应产物和捕获寡核苷酸。在另一方面中,加标签的目标或反应产物以过量存在,以增加加标签的目标或反应产物与捕获寡核苷酸结合的可能性。在一个方面中,包含在约2:1、3:1、4:1或5:1比率下的加标签的反应产物和捕获寡核苷酸。
在一个方面中,将一个或多个捕获寡核苷酸共价或非共价固定到载体表面。在一个方面中,将一个或多个捕获寡核苷酸共价或非共价固定到载体表面上的一个或多个结合结构域。在一个方面中,捕获寡核苷酸通过例如寡核苷酸上的带负电磷酸基团与载体表面上的正电荷之间的静电相互作用而吸附到载体表面。在一个方面中,一个或多个捕获寡核苷酸通过与捕获寡核苷酸连接(直接或通过连接子部分)的第一结合搭配物与固定于表面上的第二结合搭配物的结合而固定到载体表面。在一个方面中,将一个或多个捕获寡核苷酸共价固定到载体表面。在一个方面中,将一个或多个捕获寡核苷酸直接固定到载体表面。在另一方面中,捕获寡核苷酸通过连接子固定到载体表面。
在一个方面中,一个或多个捕获寡核苷酸包含反应性官能团。在一个方面中,官能团包含硫醇基(-SH)或氨基(-NH2)。在一个方面中,一个或多个捕获寡核苷酸通过反应性官能团固定到载体表面。在一个方面中,一个或多个捕获寡核苷酸通过与反应性官能团连接的载体表面固定,所述反应性官能团通过连接子与捕获寡核苷酸连接。在一个方面中,捕获寡核苷酸通过硫醇基或氨基固定到载体表面。在一个方面中,捕获寡核苷酸通过硫醇基或氨基固定到载体表面,所述硫醇基或氨基通过连接子(在本文中也被称作“间隔子”)与捕获寡核苷酸连接。在一个方面中,连接子包含约3与约20个之间的原子或分子或单元、或至少约3、4、5、6、7、8、9、10和至多约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个原子或分子或单元。在一个方面中,连接子为碳原子连接子。在一个方面中,连接子为乙二醇连接子或聚乙二醇(PEG)连接子。在一个方面中,连接子包含至多3、4、5或6个连续PEG单元。在另一方面中,连接子包含三个连续PEG单元。在另一方面中,连接子包含六个连续PEG单元。连接子可具有实例2中显示的结构。
在一个方面中,将一个或多个捕获寡核苷酸固定到已用例如牛血清白蛋白(Bovine Serum Albumin;BSA)的蛋白质预处理的载体表面。在另一方面中,捕获寡核苷酸通过交联剂固定到载体表面。适合用于将蛋白质和核酸彼此连接或与其它材料连接的均双官能和杂双官能交联剂为本领域中众所周知的,参见例如Thermo Fisher Scientific所公开的《Thermo Scientific交联技术手册(the Thermo Scientific CrosslinkingTechnical Handbook)》,2012)。在一个方面中,交联剂为包括胺反应性部分(例如N-羟基丁二酰亚胺或N-羟基磺基丁二酰亚胺酯)和硫醇基反应性部分(例如顺丁烯二酰亚胺、碘丁二酰亚胺或活化的二硫化物(例如吡啶基二硫化物))的杂双官能交联剂;这类杂双官能交叉官能性交联剂包含例如磺基丁二酰亚胺-4-(N-顺丁烯二酰亚氨基甲基)环己烷-1-甲酸酯(Sulfo-SMCC)。在一个方面中,胺反应性部分(例如SMCC的N-羟基丁二酰亚胺(NHS)部分)与蛋白质反应,以将硫醇基反应性部分(例如SMCC的顺丁烯二酰亚胺部分)引入到蛋白质中。硫醇基反应性部分转而与被硫醇基修饰的捕获寡核苷酸反应,以形成通过稳定的硫醚键连接的蛋白质-寡核苷酸结合物。蛋白质-寡核苷酸结合物的阵列可通过将试剂图案印刷在吸附或与蛋白质反应以产生图案化阵列的表面上来形成。在一个方面中,通过将蛋白质-寡核苷酸结合物印刷在石墨碳表面,例如丝网印刷碳油墨电极上来形成阵列。参见例如美国专利公开第2016/0069872号、美国专利6,977,722和7,842,246,其公开内容以全文引用的方式并入本文中。在一个方面中,将一个或多个捕获寡核苷酸固定到尚未用蛋白质预处理的载体表面上。在一个方面中,如上文所描述的用于固定寡核苷酸的蛋白质-寡核苷酸的蛋白质组分为BSA。
在一种方法中,使用计算机算法来产生满足以下需求中的一个或多个的上文所论述的长度(例如24、30或36聚体)的捕获寡核苷酸的集合:(a)GC含量在约40%与约50%之间;(b)AG含量在约30与约70%之间;(c)CT含量在约30%与约70%之间;(d)序列中的最大碱基重复链不大于三个;(e)与大于7个连续互补碱基对匹配的链无非所需的寡核苷酸-寡核苷酸相互作用;(f)与18个连续碱基或更小的链无非所需的寡核苷酸-寡核苷酸相互作用,其中(i)各端处的末端碱基互补匹配且(ii)互补碱基对匹配的总和减去错配的总和大于7;(g)无匹配既定基因组(例如人类基因组)中或自然界中的序列中的序列(或序列的互补序列或两者)的20个碱基对或更长(例如20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35或36bp)的链;(h)序列与其互补序列(或从5'端的首个24个寡核苷酸与其互补序列)的杂交的自由能的差异小于约1kCal/mol、约2kCal/mol、约3kCal/mol或约4kCal/mol;(i)无预测的在茎中具有4个或更多个连续匹配的发夹环;(j)无预测的在茎中具有4个或更多个连续匹配且环大小大于6个碱基的发夹环。在一个方面中,至少考虑标准(a)到(h)。在这种情形下的非所需寡核苷酸-寡核苷酸相互作用是指寡核苷酸本身、寡核苷酸与集合内的另一序列或寡核苷酸与集合内的另一序列的互补序列的相互作用。一般针对规定离子强度、温度和pH计算杂交的自由能(ΔG),例如在室温(约25℃)下的生理学离子强度和pH(约150mM NaCl,约pH 7.2);或在约23℃下的约200mM一价阳离子,约pH 7.0;或另一相关条件。替代地或另外,可避免以下配置中的一个或多个:当与分析中所使用的其它捕获寡核苷酸配对时,在位于富含G/C的序列之间形成单一核苷酸环或单一核苷酸错配。
在一个方面中,捕获分子包含SEQ ID No:1-774(表1-12)中的任一个中显示的寡核苷酸序列。在一个方面中,捕获寡核苷酸具有与SEQ ID No:1-774中的任一个中显示的序列至少95%、96%、97%、98%或99%一致的核苷酸序列。在另一方面中,捕获寡核苷酸具有包含SEQ ID No:1-774中的任一个中显示的序列的至少20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35或36个连续核苷酸的核苷酸序列。在另一方面中,捕获寡核苷酸具有包含SEQ ID No:1-774中的任一个中显示的序列的至少20个连续核苷酸的核苷酸序列。
在另一方面中,捕获寡核苷酸具有SEQ ID No:1-64中的任一个中显示的核苷酸序列。在一个方面中,捕获寡核苷酸具有与SEQ ID No:1-64中的任一个中显示的序列至少95%、96%、97%、98%或99%一致的核苷酸序列。在另一方面中,捕获寡核苷酸具有包含SEQ ID No:1-64中的任一个中显示的序列的至少20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35或36个连续核苷酸的核苷酸序列。在另一方面中,捕获寡核苷酸具有包含SEQ ID No:1-64中的任一个中显示的序列的至少20个连续核苷酸的核苷酸序列。
在另一方面中,捕获寡核苷酸具有SEQ ID No:1到10、11到13、25到26、33到37、42、44到46、54和59到62中的任一个中显示的核苷酸序列。在一个方面中,捕获寡核苷酸具有与SEQ ID No:1到10、11到13、25到26、33到37、42、44到46、54和59到62中的任一个中显示的序列至少95%、96%、97%、98%或99%一致的核苷酸序列。在另一方面中,捕获寡核苷酸具有包含SEQ ID No:1到10、11到13、25到26、33到37、42、44到46、54和59到62中的任一个中显示的序列的至少20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35或36个连续核苷酸的核苷酸序列。在另一方面中,捕获寡核苷酸具有包含SEQ ID No:1到10、11到13、25到26、33到37、42、44到46、54和59到62中的任一个中显示的序列的至少20个连续核苷酸的核苷酸序列。
在另一方面中,捕获寡核苷酸具有SEQ ID No:1-10中的任一个中显示的核苷酸序列。在一个方面中,捕获寡核苷酸具有与SEQ ID NO:1-10中的任一个中显示的序列至少95%、96%、97%、98%或99%一致的核苷酸序列。在另一方面中,捕获寡核苷酸具有包含SEQ ID No:1-10中的任一个中显示的序列的至少20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35或36个连续核苷酸的核苷酸序列。在另一方面中,捕获寡核苷酸具有包含SEQ ID No:1-10中的任一个中显示的序列的至少20个连续核苷酸的核苷酸序列。在另一方面中,捕获寡核苷酸具有与包含以下的序列至少95%、96%、97%、98%或99%一致的核苷酸序列:SEQ ID No:1-10中的任一个中显示的序列的至少20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35或36个连续核苷酸。在另一方面中,捕获寡核苷酸具有与包含以下的序列至少95%、96%、97%、98%或99%一致的核苷酸序列:SEQ ID No:1-10中的任一个中显示的序列的至少个20连续核苷酸。
在一个方面中,使用算法,碱基序列用于产生非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合。在一个方面中,产生非交叉反应性捕获寡核苷酸的至多四个集合:(a)使用碱基序列,产生非交叉反应性捕获寡核苷酸的第一集合;(b)可产生具有与第一集合中的捕获寡核苷酸序列互补的序列的非交叉反应性捕获寡核苷酸的第二集合;(c)可产生具有第一集合中的捕获寡核苷酸序列的反向序列的非交叉反应性捕获寡核苷酸的第三集合;和(d)可产生具有为第一集合中的捕获寡核苷酸序列的反向互补序列的序列的非交叉反应性捕获寡核苷酸的第四集合。
在一个方面中,使用碱基序列产生的非交叉反应性捕获寡核苷酸的各集合被称作“亲本集合”。可选择来自亲本集合的两个或更多个寡核苷酸,以形成非交叉反应性捕获寡核苷酸的“子集”(在本文中也被称作“集合”),其中子集中的各寡核苷酸为同一亲本集合的成员(即,子集不能包含来自多于一个亲本集合的捕获寡核苷酸)。
举例来说,碱基序列可用于产生以下:(a)非交叉反应性捕获寡核苷酸的第一亲本集合;(b)可产生具有与第一集合中的捕获寡核苷酸序列互补的序列的非交叉反应性捕获寡核苷酸的第二亲本集合;(c)可产生具有第一集合中的捕获寡核苷酸序列的反向序列的非交叉反应性捕获寡核苷酸的第三亲本集合;和(d)可产生具有为第一集合中的捕获寡核苷酸序列的反向互补序列的序列的非交叉反应性捕获寡核苷酸的第四亲本集合。
子集(或集合)可包含:(a)来自第一亲本集合的两个或更多个非交叉反应性捕获寡核苷酸;(b)来自第二亲本集合的两个或更多个非交叉反应性捕获寡核苷酸;(c)来自第三亲本集合的两个或更多个非交叉反应性捕获寡核苷酸;或(d)来自第四亲本集合的两个或更多个非交叉反应性捕获寡核苷酸。在一个方面中,非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合或子集包含选自非交叉反应性寡核苷酸的亲本集合的约50与约150之间、约50与约100之间、约60与约75之间或约60与约65个之间的非交叉反应性捕获寡核苷酸。在一个方面中,非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合或子集包含选自非交叉反应性寡核苷酸的亲本集合的至少约2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25个和至多约50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、70、75、80、85、90、95、100、125或150个非交叉反应性寡核苷酸。
在一个方面中,第一碱基序列用于产生表1中显示的非交叉反应性捕获寡核苷酸的第一集合(SEQ ID NO:1-64)。非交叉反应性捕获寡核苷酸的这个第一集合的互补序列可用于产生表4中显示的非交叉反应性序列的另一集合(SEQ ID NO:187-250)。非交叉反应性捕获寡核苷酸的这个第一集合的反向序列可用于产生表7中显示的非交叉反应性序列的另一集合(SEQ ID NO:373-436)。非交叉反应性捕获寡核苷酸的这个第一集合的反向互补序列可用于产生表10中显示的非交叉反应性序列的另一集合(SEQ ID NO:559-622)。
在一个方面中,非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合包含来自表1中显示的亲本集合(SEQ ID NO:1-64)的两个或更多个序列。在一个方面中,非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合包含来自表4中显示的亲本集合(SEQ ID NO:187-250)的两个或更多个序列。在一个方面中,非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合包含来自表7中显示的亲本集合(SEQ ID NO:373-436)的两个或更多个序列。在一个方面中,非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合包含来自表10中显示的亲本集合(SEQ ID NO:559-622)的两个或更多个序列。在一个方面中,非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合为选自以下中显示的亲本集合的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25个和至多64个非交叉反应性序列的子集:表1(SEQ ID NO:1-64)、表4(SEQ ID NO:187-250)、表7(SEQ ID NO:373-436)或表10(SEQID NO:559-622)。
在一个方面中,非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合包含具有与以下中显示的序列至少95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的核苷酸序列的一个或多个捕获寡核苷酸:表1(SEQ ID NO:1-64)、表4(SEQ ID NO:187-250)、表7(SEQ ID NO:373-436)或表10(SEQID NO:559-622)。在另一方面中,非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合包含具有包含以下中显示的序列的至少20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35或36个连续核苷酸的核苷酸序列的一个或多个捕获寡核苷酸:表1(SEQ ID NO:1-64)、表4(SEQ ID NO:187-250)、表7(SEQ ID NO:373-436)或表10(SEQ ID NO:559-622)。在一个方面中,非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合包含具有与包含以下中显示的序列的至少20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35或36个连续核苷酸的序列至少95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的核苷酸序列的一个或多个捕获寡核苷酸:表1(SEQ ID NO:1-64)、表4(SEQID NO:187-250)、表7(SEQ ID NO:373-436)或表10(SEQ ID NO:559-622)。
在一个方面中,第二碱基序列用于产生表2中显示的非交叉反应性捕获寡核苷酸的第二集合(SEQ ID NO:65-122)。非交叉反应性捕获寡核苷酸的这个第二集合的互补序列可用于产生表5中显示的非交叉反应性序列的另一集合(SEQ ID NO:251-308)。非交叉反应性捕获寡核苷酸的这个第二集合的反向序列可用于产生表8中显示的非交叉反应性序列的另一集合(SEQ ID NO:437-494)。非交叉反应性捕获寡核苷酸的这个第二集合的反向互补序列序列可用于产生表11中显示的非交叉反应性序列的另一集合(SEQ ID NO:623-680)。
在一个方面中,非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合包含来自表2中显示的亲本集合(SEQ ID NO:65-122)的两个或更多个序列。在一个方面中,非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合包含来自表5中显示的亲本集合(SEQ ID NO:251-308)的两个或更多个序列。在一个方面中,非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合包含来自表8中显示的亲本集合(SEQ ID NO:437-494)的两个或更多个序列。在一个方面中,非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合包含来自表11中显示的亲本集合(SEQ ID NO:623-680)的两个或更多个序列。在一个方面中,非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合为选自以下中显示的亲本集合的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25个和至多64个非交叉反应性序列的子集:表2(SEQ ID NO:65-122)、表5(SEQ ID NO:251-308)、表8(SEQ ID NO:437-494)或表11(SEQ ID NO:623-680)。
在一个方面中,非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合包含具有与以下中显示的序列至少95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的核苷酸序列的一个或多个捕获寡核苷酸:表2(SEQ ID NO:65-122)、表5(SEQ ID NO:251-308)、表8(SEQ ID NO:437-494)或表11(SEQID NO:623-680)。在另一方面中,非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合包含具有包含以下中显示的序列的至少20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35或36个连续核苷酸的核苷酸序列的一个或多个捕获寡核苷酸:表2(SEQ ID NO:65-122)、表5(SEQ ID NO:251-308)、表8(SEQ ID NO:437-494)或表11(SEQ ID NO:623-680)。在一个方面中,非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合包含具有包含与以下中显示的序列至少95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的至少20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35或36个连续核苷酸的核苷酸序列的一个或多个捕获寡核苷酸:表2(SEQ ID NO:65-122)、表5(SEQ ID NO:251-308)、表8(SEQ ID NO:437-494)或表11(SEQ ID NO:623-680)。
在一个方面中,第三碱基序列用于产生表3中显示的非交叉反应性捕获寡核苷酸的第三集合(SEQ ID NO:123-186)。非交叉反应性捕获寡核苷酸的这个第三集合的互补序列可用于产生表6中显示的非交叉反应性序列的另一集合(SEQ ID NO:309-372)。非交叉反应性捕获寡核苷酸的这个第三集合的反向序列可用于产生表9中显示的非交叉反应性序列的另一集合(SEQ ID NO:495-558)。非交叉反应性捕获寡核苷酸的这个第三集合的反向互补序列可用于产生表12中显示的非交叉反应性序列的另一集合(SEQ ID NO:681-744)。
在一个方面中,非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合包含来自表3中显示的亲本集合(SEQ ID NO:123-186)的两个或更多个序列。在一个方面中,非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合包含来自表6中显示的亲本集合(SEQ ID NO:309-372)的两个或更多个序列。在一个方面中,非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合包含来自表9中显示的亲本集合(SEQ ID NO:495-558)的两个或更多个序列。在一个方面中,非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合包含来自表12中显示的亲本集合(SEQ ID NO:681-744)的两个或更多个序列。在一个方面中,非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合为选自以下中显示的亲本集合的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25个和至多64个非交叉反应性序列的子集:表3(SEQ ID NO:123-186)、表6(SEQ ID NO:309-372)、表9(SEQ ID NO:495-558)或表12(SEQ ID NO:681-744)。
在一个方面中,非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合包含具有与以下中显示的序列至少95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的核苷酸序列的一个或多个捕获寡核苷酸:表3(SEQ ID NO:123-186)、表6(SEQ ID NO:309-372)、表9(SEQ ID NO:495-558)或表12(SEQ ID NO:681-744)。在另一方面中,非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合包含具有包含以下中显示的序列的至少20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35或36个连续核苷酸的核苷酸序列的一个或多个捕获寡核苷酸:表3(SEQ ID NO:123-186)、表6(SEQ IDNO:309-372)、表9(SEQ ID NO:495-558)或表12(SEQ ID NO:681-744)。在一个方面中,非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合包含具有包含与以下中显示的序列至少95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的至少20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35或36个连续核苷酸的核苷酸序列的一个或多个捕获寡核苷酸:表3(SEQ ID NO:123-186)、表6(SEQ ID NO:309-372)、表9(SEQ ID NO:495-558)或表12(SEQ ID NO:681-744)。
在一个方面中,非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合包含选自以下的一个或多个捕获寡核苷酸:具有选自SEQ ID No:1-64的序列的至少20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35或36个连续核苷酸的捕获寡核苷酸;具有与选自SEQ ID No:1-64的序列至少95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的序列的捕获寡核苷酸;具有与选自SEQID No:1-64的序列至少95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的序列的至少20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35或36个连续核苷酸的捕获寡核苷酸;具有选自SEQ ID No:1-64的序列的捕获寡核苷酸;和其组合。
在一个方面中,非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合包含选自以下的一个或多个捕获寡核苷酸:具有选自SEQ ID No:1-10的序列的至少20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35或36个连续核苷酸的捕获寡核苷酸;具有与选自SEQ ID No:1-10的序列至少95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的序列的捕获寡核苷酸;具有与选自SEQID No:1-10的序列至少95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的至少20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35或36个连续核苷酸的捕获寡核苷酸;具有选自SEQ IDNo:1-10的序列的捕获寡核苷酸;和其组合。
在一个方面中,捕获寡核苷酸蛋白质共价结合,且通过将蛋白质吸附到载体表面实现固定在载体表面上。可使用的蛋白质的实例包含:白蛋白,例如牛血清白蛋白(BSA);免疫球蛋白;或针对其吸附到载体表面的能力所选择的另一蛋白质。在另一方面中,捕获寡核苷酸与来自结合搭配物对的第一结合搭配物连接(直接或通过连接子),且通过这个第一结合搭配物与来自固定于载体表面上的结合搭配物对的第二结合搭配物的结合来实现固定。适用于固定捕获寡核苷酸的结合搭配物对包含本领域中已知的结合搭配物对,例如生物素-抗生蛋白链菌素、生物素-抗生物素蛋白、抗体-半抗原、抗体-抗原决定基标签(例如抗体-FLAG)、镍-NTA和受体-配体对。在一个方面中,捕获寡核苷酸通过硫醇基(-SH)或氨基(-NH2)与蛋白质或第一结合搭配物共价结合。这种结合可为直接的或通过连接基团(例如双官能性连接基团,例如Thermo Fisher Scientific公开的《Thermo Scientific交联技术手册(Thermo Scientific Crosslinking Technical Handbook)》,2012中所描述的那些)。在一个方面中,硫醇基或氨基是在捕获寡核苷酸的5'或3'端。在一个方面中,捕获寡核苷酸为5'-末端被硫醇化的寡核苷酸。在一个方面中,捕获寡核苷酸为3'末端被硫醇化的寡核苷酸。在一个方面中,将硫醇基并入在捕获寡核苷酸的内部位置处。在一个方面中,捕获寡核苷酸具有包含SEQ ID NO:1489-1498(表25)中的任一个中显示的序列的核苷酸序列。在一个方面中,捕获寡核苷酸具有与SEQ ID NO:1489-1498中的任一个中显示的序列至少95%、96%、97%、98%或99%一致的核苷酸序列。在另一方面中,捕获寡核苷酸具有包含SEQ IDNo:1489-1498中显示的序列的至少20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35或36个连续核苷酸的核苷酸序列。在另一方面中,捕获寡核苷酸具有包含与SEQ ID NO:1489-1498中的任一个中显示的序列的序列至少95%、96%、97%、98%或99%一致的序列的至少20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35或36个连续核苷酸的核苷酸序列。
在一个方面中,捕获寡核苷酸通过硫醇基(-SH)或氨基(-NH2)与载体表面共价结合。在一个方面中,硫醇基或氨基是在捕获寡核苷酸的5'或3'端。在一个方面中,捕获寡核苷酸为5'-末端被硫醇化的寡核苷酸。在一个方面中,捕获寡核苷酸为3'末端被硫醇化的寡核苷酸。在一个方面中,将硫醇基并入在捕获寡核苷酸的内部位置处。在一个方面中,捕获寡核苷酸具有包含SEQ ID NO:1489-1498(表25)中的任一个中显示的序列的核苷酸序列。在一个方面中,捕获寡核苷酸具有与SEQ ID NO:1489-1498中的任一个中显示的序列至少95%、96%、97%、98%或99%一致的核苷酸序列。在另一方面中,捕获寡核苷酸具有包含SEQ ID No:1489-1498中显示的序列的至少20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35或36个连续核苷酸的核苷酸序列。在另一方面中,捕获寡核苷酸具有包含与SEQID NO:1489-1498中的任一个中显示的序列的序列至少95%、96%、97%、98%或99%一致的序列的至少20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35或36个连续核苷酸的核苷酸序列。
在一个方面中,捕获寡核苷酸具有呈SEQ ID NO:1489-1498中显示的核苷酸序列的互补序列、反向序列或反向互补序列的核苷酸序列。在一个方面中,捕获寡核苷酸具有呈与SEQ ID NO:1489-1498中显示的序列至少95%、96%、97%、98%或99%一致的核苷酸序列的互补序列、反向序列或反向互补序列的核苷酸序列。在另一方面中,捕获寡核苷酸具有呈具有SEQ ID No:1489-1498中显示的序列的至少20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35或36个连续核苷酸的序列的互补序列、反向序列或反向互补序列的序列。在另一方面中,捕获寡核苷酸具有呈包含以下的序列的互补序列、反向序列或反向互补序列的核苷酸序列:与SEQ ID NO:1489-1498中的任一个中显示的序列至少95%、96%、97%、98%或99%一致的序列的至少20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35或36个连续核苷酸。
在一个方面中,一个或多个捕获寡核苷酸仅包含三个碱基(TAG)以减少与原生序列的杂交,与Luminex x-TAG技术类似。
D.载体表面
在一个方面中,将一个或多个捕获寡核苷酸固定于载体表面上。可将捕获寡核苷酸固定于多种载体表面上,包含常规结合分析中使用的载体表面。在一个方面中,载体表面具有平坦表面。在另一方面中,载体表面具有弯曲表面。在一个方面中,载体表面包含分析模块,例如分析板、载玻片、料筒、珠粒或芯片。在一个方面中,载体表面包含颜色编码的微球体。参见例如Yang等人(2001)《BADGE,检测基因表达的珠粒阵列,一种高通量诊断性生物分析(BADGE,BeadsArray for the Detection of Gene Expression,a High-ThroughputDiagnostic Bioassay)》.《基因组研究(Genome Res)》.11(11):1888-1898。在一个方面中,载体表面包含其上固定一个或多个捕获寡核苷酸的一个或多个珠粒。
载体表面可由各种适合材料制成,所述材料包含聚合物,例如聚苯乙烯和聚丙烯;陶瓷;玻璃;复合材料,包含例如碳-聚合物复合物,例如碳基墨。在一个方面中,载体表面为碳基载体表面。
在一个方面中,载体表面是由一个或多个粒子或“珠粒”提供。在一个方面中,珠粒可具有至多约1cm(或10,000μm)、5,000μm、1,000μm、500μm或100μm的直径。在一个方面中,珠粒具有在约10nm与约100μm之间、在约100nm与约10μm之间或在约0.5μm与约5μm之间的直径。在一个方面中,珠粒为顺磁性的,提供通过使用磁场捕获珠粒的能力。在一个方面中,载体表面是通过抗生蛋白链菌素或抗生物素蛋白涂覆的磁性珠粒提供,且将生物素标记的捕获寡核苷酸固定于珠粒上。
在一个方面中,载体表面为具有多个孔的板,即“多孔板”。多孔板可包含任何数量的以任何模式或配置排列的任何大小或形状的孔。在一个方面中,多孔板包含约1与约10,000个之间的孔。在一个方面中,多孔分析板的板和孔的数量、大小、形状和配置使用行业标准型式。标准型式的实例包含96、384、1536和9600孔板,其中孔配置于二维阵列中。其它多孔型式包含单孔、两孔、六孔和二十四孔和6144孔板。在一个方面中,载体表面包含96孔板。
在一个方面中,载体表面包含二维图案化阵列,其中捕获分子印刷在已知位置(被称作结合结构域)处。在一个方面中,载体表面包含其中固定捕获寡核苷酸的分散、不重叠、可寻址结合结构域的图案化阵列,其中各结合结构域中的捕获寡核苷酸的序列已知且可与适当目标分析物或目标反应产物有关。在一个方面中,特定结合结构域中的所有捕获寡核苷酸具有相同序列,且一个结合结构域中的捕获寡核苷酸具有不同于其它结合结构域中的捕获寡核苷酸的序列。在一个方面中,多个结合结构域在载体表面上以有序的行和列排列,且将各结合结构域的精确位置和序列记录在计算机数据库中。在一个方面中,阵列以对称栅格图案排列。在其它方面中,阵列以另一图案排列,包含(但不限于)径向分布线、螺旋线或有序簇。在另一方面中,各结合结构域位于一个或多个微米粒子或珠粒的表面上,其中对微米粒子或珠粒进行编码以允许对不同结合结构域之间进行区别。
在一个方面中,载体表面为在各孔内包含对应于一个或多个捕获寡核苷酸的一个或多个分散可寻址结合结构域的多孔板。在一个方面中,载体表面包含用于检测野生型核苷酸序列的至少一个结合结构域和用于检测突变型核苷酸序列的单独结合结构域。在一个方面中,各孔包含至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25个结合结构域。在一个方面中,各孔包含至少7、10、16或25个结合结构域。
在一个方面中,载体表面为包含至少24、96或384个孔且各孔包含至多10个结合结构域的阵列的多孔板,其中不同捕获寡核苷酸固定于分散结合结构域中。在一更特定方面中,载体表面为96孔板,其中各孔包含具有至多10个结合结构域的阵列。在一个方面中,96孔板的各孔包含至多10个结合结构域,其上固定有至多10种不同捕获寡核苷酸。在一个方面中,各孔包含具有相同捕获寡核苷酸的相同图案化阵列。在另一方面中,不同孔可包含捕获寡核苷酸的不同图案化阵列。
E.电极
在一个方面中,使用电化学发光来鉴定、检测或量化目标分析物,包含例如多肽或核酸序列。使用电化学发光多任务测量分析物描述于美国专利第7,842,246号和第6,977,722号中,其公开内容以全文引用的方式并入本文中。
在一个方面中,载体表面包含一个或多个电极。在一个方面中,载体表面包含一个或多个工作电极和一个或多个相对电极。在一个方面中,载体表面包含形成于一个或多个电极上的用于电化学或电化学发光分析的一个或多个结合结构域。
在一个方面中,通过将涂覆有捕获寡核苷酸的珠粒汇集到电极表面上形成结合结构域。在一个方面中,珠粒为顺磁性的,且珠粒通过使用磁场汇集在电极上。
在一个方面中,将一个或多个捕获寡核苷酸共价或非共价固定于载体表面上的一个或多个电极上的一个或多个结合结构域上。在一个方面中,多个不同结合结构域存在于用于多任务测量样本中的目标分析物的一个或多个电极上。
在一个方面中,电极是提供于分析模块内,所述分析模块提供分析容器、分析流动池、分析流体或适用于进行分析的其它组分。用于进行电化学发光分析的分析模块的实例包含例如多阵列情况、分析板情况、料筒情况等。在一个方面中,电极是提供于分析模块内,所述分析模块提供分析容器、分析流动池、分析流体或适用于进行分析的其它组分。用于进行电化学发光分析的分析模块的实例可见于美国专利第6,673,533号、第7,842,246号、第9,731,297号和第8,298834号中。在一个方面中,载体表面为包含至少一个电极的多孔板。在一个方面中,多孔分析板的各孔包含至少一个电极。在一个方面中,多孔分析板的至少一个孔包含工作电极。在另一方面中,多孔分析板的至少一个孔包含工作电极和相对电极。在另一方面中,多孔分析板的各孔包含工作电极和相对电极。在一个方面中,工作电极相邻,但不与相对电极电接触。
在一个方面中,电极是由导电材料构建成,所述导电材料包含例如金属,例如金、银、铂、镍、钢、铱、铜、铝、导电合金或其组合。在另一方面中,电极包含:半导电材料,例如硅和锗;或半导电膜,例如氧化铟锡(indium tin oxide;ITO)和氧化锑锡(antimony tinoxide;ATO)。在另一方面中,电极包含氧化物涂层金属,例如氧化铝涂层铝。在一个方面中,电极包含碳基材料。在一个方面中,电极包含含有导电复合物、墨、糊、聚合物掺合物和金属/非金属复合物的材料混合物,包含例如导电或半导电材料与非导电材料的混合物。在一个方面中,电极包含碳基材料,例如碳、玻璃样碳、碳黑、石墨碳、碳纳米管、碳纤丝、石墨、碳纤维和其混合物。在一个方面中,电极包含分散于基质中的导电碳-聚合物复合物、导电聚合物或导电粒子,例如碳墨、碳糊或金属墨。在一个方面中,工作电极是由碳-聚合物复合材料制成,所述碳-聚合物复合材料包含例如分散于基质中的导电碳粒子,例如碳纤丝、碳黑或石墨碳,所述基质例如聚合物基质,例如乙烯乙酸乙烯酯(EVA)、聚苯乙烯、聚乙烯、聚乙烯醇乙酸酯、聚氯乙烯、聚乙烯醇、丙烯腈丁二烯苯乙烯(ABS)或这些聚合物中的一个或多个的共聚物。
在一个方面中,工作电极是由连续导电片材或一种或多种导电材料的膜制成,其可被挤压、压制或模制。在另一方面中,工作电极是由沉积或图案化于衬底上的导电材料制成,例如通过印刷、涂刷、涂覆、旋涂、蒸镀、化学气相沉积、电解沉积、无电沉积、光刻或其它电子微型制造技术。在一个方面中,工作电极包含印刷在聚合物载体上的导电碳墨,例如通过喷墨印刷、激光印刷或丝网印刷。碳墨为已知的且包含由Acheson Colloids Co.(例如Acheson 440B、423ss、PF407A、PF407C、PM-003A、30D071、435A、Electrodag 505SS和AquadagTM)、E.I.Du Pont de Nemours and Co.(例如Dupont 7105、7101、7102、7103、7144、7082、7861D和CB050)、Conductive Compounds Inc(例如C-100)和Ercon Inc.(例如G-451)制造的材料。
在一个方面中,工作电极为连续膜。在另一方面中,工作电极包含一个或多个分散区或分散区图案。可替代地,工作电极可包含多个连接的区。工作电极上的暴露的电极表面的一个或多个区可由覆盖工作电极的图案化的绝缘层限定,例如通过将图案化的介电墨层网板印刷在工作电极上,或通过附着模切绝缘膜。暴露区可限定印刷在工作电极上的试剂阵列的阵列组件,且可呈如上文所描述的阵列形状和图案。在一个方面中,绝缘层限定暴露工作电极表面的一系列环状区(或“斑点”)。
相对电极可具有上文一般针对工作电极所描述的特性中的一个或多个。在一个方面中,工作电极和相对电极是由相同材料构建成。在另一方面中,工作电极和相对电极不是由相同材料构建成,例如工作电极可为碳电极而相对电极可为金属电极。
在一个方面中,通过被动吸附,将一个或多个捕获寡核苷酸固定于一个或多个电极上。在另一方面中,将一个或多个捕获寡核苷酸共价固定于电极上。在一个方面中,对电极进行衍生或修改例如以将例如捕获寡核苷酸的试剂固定在电极表面上。在一个方面中,电极通过化学或机械处理进行修改,以改进试剂的固定(例如引入用于固定试剂的官能团)或以增强其吸附特性。可引入的官能团的实例包含(但不限于)羧酸(COOH)、羟基(OH)、氨基(NH2)、活化的羧基(例如N-羟基丁二酰亚胺(NHS)-酯)、聚(乙二醇)、硫醇基、烷基((CH2)n)或其组合)。在一个方面中,通过共价或非共价手段,将一种或多种试剂,例如捕获寡核苷酸固定到含碳电极,例如分散于另一材料中的碳黑、纤丝或碳。已发现,具有硫醇基的捕获分子可与含碳电极(例如丝网印刷的碳墨电极)共价结合,而不必首先沉积额外硫醇基-反应性层,例如蛋白质层或化学交联层。在一个方面中,提供用于导引具有硫醇基的捕获分子(例如被硫醇基修饰的寡核苷酸)与电极连接的方法,其提供用于在电极上形成捕获表面和阵列的简单、稳固、有效和可再现工艺。在一个方面中,通过硫醇基与电极的反应,将具有硫醇基的一个或多个捕获寡核苷酸直接固定于含碳电极(例如丝网印刷的碳墨电极)上,而无需首先向电极添加硫醇基-反应性层。
在一个方面中,电极用等离子体处理,例如低温等离子体,例如辉光放电等离子体,以改变电极的物理特性、化学组成或表面化学特性,例如来辅助例如捕获寡核苷酸的试剂的固定或降低杂质,改进与其它材料的粘着,改变表面的可湿性,促进材料的沉积,产生图案,或改进均一性。适用等离子体的实例包含氧、氮、氩、氨、氢、氟碳化物、水和其组合。在一个方面中,氧等离子体用于处理具有含碳粒子的碳-聚合物复合材料材料的电极。在另一方面中,氧用于将羧酸或其它氧化的碳官能团引入到碳或有机材料(例如活化的酯或酰氯)中,以便于试剂的偶合。在另一方面中,含氨等离子体可用于引入用于偶合分析试剂的氨基。在一个方面中,电极不进行预处理以辅助一个或多个捕获寡核苷酸的固定。
在一个方面中,载体表面包含分析模块,例如各孔中具有一个或多个工作电极或相对电极的多孔板。在一个方面中,多孔板在各孔中包含多个工作电极或相对电极。在一个方面中,多孔板的工作电极或相对电极包含碳,例如丝网印刷的碳墨层。在一个方面中,通过捕获寡核苷酸上的硫醇基部分,将一个或多个捕获寡核苷酸固定于丝网印刷的碳墨上。在一个方面中,工作电极用于诱导来自与反应产物连接的标记的电化学发光信号。在一个方面中,电化学发光信号是在共反应物(例如叔烷基胺,例如三丙基胺或丁基二乙醇胺)存在下从三联吡啶钌发射。
在一个方面中,电极含有如上文所描述的由介电墨(即,电绝缘墨)限定的结合结构域。电极为其上在限定上文所描述的结合结构域的图案中印刷有介电质的工作电极。在一个方面中,结合结构域为暴露的工作电极的大约环状区域(或“斑点”)。电极是在通过将注射模制的96孔板顶部附着到限定孔的底部的聚酯薄膜片材形成的96孔板中。聚酯薄膜片材的顶部表面具有印刷在其上的丝网印刷的碳墨电极,使得各孔包含大约在孔中心中的碳墨工作电极和大约朝向孔的两个边缘的两个碳墨相对电极。印刷在聚酯薄膜片材的底部上、通过导电穿孔与片材的顶部连接的电极,为向工作电极和相对电极施加电压提供接触。
F.固定捕获分子的方法
在一个方面中,提供一种将一个或多个捕获分子固定在载体表面上的方法。在一个方面中,一个或多个捕获分子包含如本文所描述的一个或多个单链捕获寡核苷酸分子。
在一个方面中,方法包含将一个或多个捕获分子固定在包含碳基载体表面的载体表面上。在一个方面中,方法包含将一个或多个捕获分子固定在包含一个或多个电极的载体表面上。在一个方面中,方法包含将一个或多个捕获分子固定在包含一个或多个碳基电极的载体表面上。
在一个方面中,载体表面为包含一个或多个电极的多孔板。在一个方面中,载体表面为各孔中包含一个或多个电极的多孔板。在一个方面中,将一个或多个捕获分子固定于载体表面上的阵列中。
在一个方面中,方法包含将两个或更多个捕获寡核苷酸点样或印刷在多孔板的第一孔中的第电极上的阵列中,且随后将一个或多个捕获寡核苷酸印刷在多孔板的一个或多个额外孔中的电极上的阵列中。在一个方面中,各孔中的印刷阵列中的至少一些为相同的。在另一方面中,各孔中的印刷阵列中的至少一些为不同的。
在一个方面中,将一个或多个捕获分子点样或印刷在阵列内的一个或多个已知位置(被称作结合结构域)处。在一个方面中,将一个或多个捕获寡核苷酸固定于分散、不重叠、可寻址的结合结构域中,且各结合结构域中的捕获寡核苷酸的序列为已知的且可与目标分析物有关。在一个方面中,特定结合结构域中的所有捕获寡核苷酸具有相同序列,且一个结合结构域中的捕获寡核苷酸具有不同于其它结合结构域中的捕获寡核苷酸的序列。
在一个方面中,将一个或多个捕获分子点样或印刷到载体表面上的分散结合结构域上。在一个方面中,将捕获寡核苷酸阵列点样或印刷到载体表面上的分散结合结构域上。在一个方面中,通过接触印刷,包含例如触针印刷或微印(microstamping),或通过非接触式印刷,包含例如光刻光刻、激光书写、电喷射沉积和喷墨印刷,来点样或印刷捕获分子。一般来说,点样或印刷方法包含将包含一个或多个捕获分子的一个或多个液滴施加到载体表面上的分散结合结构域上且使液滴干燥。在一个方面中,使液滴扩散以覆盖载体表面的区域。在一个方面中,载体表面包含一个或多个较高可湿性区和一个或多个较低可湿性区,其中较高可湿性区限定结合结构域或阵列组件。可湿性是指液体与固体表面之间的相互作用,更特定来说是指其中水溶液不扩散到固体表面上但实际上收缩以形成液滴的现象。在一个方面中,固体载体具有当将小体积的水溶液施配到一个或多个分散结合结构域上时鼓励液滴形成的表面特性。印刷在较高可湿性区上的捕获分子的溶液扩散到与较低可湿性区的边界,从而提供对结合结构域的形状和位置的精确控制。在一个方面中,结合结构域为工作电极上的暴露的电极表面的区,且工作电极上的图案化的绝缘层(例如丝网印刷的碳墨电极上的丝网印刷的介电墨)限定暴露的电极区的较低可湿性边界。
用于将寡核苷酸固定到载体表面的方法为已知的(参见例如Balasheb Nimse等人(2014)《微阵列的固定技术:挑战和应用(Immobilization Techniques for Microarray:Challenges and Applications)》.《传感器(Sensors)》.14(2):22208-22229),且一般是基于以下机制中的一个或多个:(1)物理吸附,例如通过电荷-电荷或疏水相互作用;(2)共价固定,例如通过化学键合;和(3)非共价蛋白质-配体相互作用,例如抗生蛋白链菌素-生物素固定。在一个方面中,将一个或多个寡核苷酸固定到官能化载体表面。在一个方面中,将一个或多个寡核苷酸固定到尚未进行修改以包含一个或多个官能团的载体表面。在一个方面中,一个或多个寡核苷酸通过物理吸收固定到包含以下部分中的一个或多个的载体表面:胺、硝化纤维素、聚(l-赖氨酸)、PAAH和重氮。在一个方面中,一个或多个寡核苷酸通过共价相互作用,例如通过硫醇基(-SH)、氨基(-NH2)或酰肼基固定到载体表面。在一个方面中,载体表面包含或进行修改以包含反应性官能团,包含例如羧基(-COOH)、醛(-CHO)、环氧基(-CHCH2O)、异硫氰酸酯(-N=C=S)、顺丁烯二酰亚胺(-HC2(CO)2NH)或巯基硅烷(-Si-R-SH)。在一个方面中,寡核苷酸包含或进行修改以包含反应性官能团,包含例如硫醇基、胺或酰肼基。在一个方面中,一个或多个寡核苷酸通过存在于载体表面上的亲核或亲电子官能团而固定到载体表面。
在一个方面中,一个或多个捕获分子包含硫醇基。在一个方面中,一个或多个捕获分子通过存在于捕获分子上的硫醇基而固定于载体表面上。在一个方面中,方法包含:将包含硫醇基的一个或多个捕获分子点样或印刷到碳基载体表面上,和培育印刷的载体表面以通过硫醇基将一个或多个捕获分子固定在载体表面上。在一个方面中,一个或多个捕获分子通过硫醇基与载体表面共价连接。
在一个方面中,通过以下将一个或多个捕获分子固定到载体表面上:将含有捕获分子的液滴(例如50nL)印刷到载体表面上,使液滴扩散,使液滴干燥和培育干燥的液滴足够的时间(例如过夜)以将捕获分子固定到载体表面。在一个方面中,通过以下将包含硫醇基的一个或多个捕获分子固定到碳基载体表面上:将含有捕获分子的液滴印刷到载体表面上,使液滴扩散,使液滴干燥,和培育干燥的液滴足够的时间以通过硫醇基将捕获分子固定到载体表面。在一个方面中,将液滴印刷在阵列中。在一个方面中,将液滴印刷在一个或多个结合结构域中。在一个方面中,碳基载体表面包含一个或多个碳基电极。在一个方面中,一个或多个捕获分子通过硫醇基与碳基电极共价连接。在一个方面中,在碳基载体表面上包含图案化的绝缘层以定界印刷在载体表面上的液滴的扩散。
在一个方面中,预处理碳基载体表面,例如以将一个或多个官能团引入在载体表面上,例如以增加捕获分子上的硫醇基与载体表面之间的反应性。在一个方面中,用蛋白质,例如牛血清白蛋白(BSA),预处理碳基载体表面。在另一方面中,在通过硫醇基将一个或多个捕获寡核苷酸固定到载体表面之前,碳基载体表面不进行预处理以将任何官能团引入在载体表面上。在一个方面中,载体表面不用蛋白质进行修改,以增加捕获分子上的硫醇基与载体表面的反应性。
在一个方面中,在将一个或多个捕获寡核苷酸点样或印刷到表面上之后,用洗涤(或封端)溶液洗涤载体表面,以去除游离的捕获寡核苷酸(即,未固定到载体表面的捕获寡核苷酸)(在本文中也被称作“封端”步骤;参见例如实例3)。在一个方面中,在印刷和干燥之后,用洗涤溶液洗涤载体表面。在一个方面中,在将载体表面包装在干燥的包装中之前,洗涤载体表面。在另一方面中,在将载体表面包装在干燥个包装中之后,洗涤载体表面。
在一个方面中,洗涤或封端步骤包括向表面添加洗涤或封端溶液(例如对于96孔分析板,每孔50μL溶液)和培育30到60分钟。培育温度可为任何便利温度,例如室温或37℃。培育可在振荡表面的同时发生。洗涤或封端步骤可包括去除洗涤或封端溶液和用例如PBS的缓冲液冲洗表面。
在一个方面中,洗涤溶液包含含硫醇化合物。在洗涤步骤期间,可从碳基电极上的一个结合结构域将过量含硫醇捕获分子转移到另一结合结构域,且变得永久性贴附。可通过使洗涤溶液中包含含硫醇化合物,来降低捕获分子的这个转移和所得结合结构域的交叉污染物。尽管不希望受理论束缚,但据信,洗涤溶液中的含硫醇化合物与游离(未结合)的捕获寡核苷酸竞争且阻止结合结构域的交叉污染物结合从不同结合结构域去除的过量捕获寡核苷酸。在一个方面中,洗涤溶液包含水溶性含硫醇化合物。在一个方面中,洗涤溶液包含具有小于约200g/mol、约175g/mol、约150g/mol或约125g/mol的分子量的水溶性含硫醇化合物。在一个方面中,水溶性含硫醇化合物包含两性离子。
在一个方面中,洗涤溶液包含选自以下的水溶性硫醇基:半胱氨酸(例如L-半胱氨酸)、半胱胺、二硫苏糖醇、3-巯基丙酸酯和3-巯基-1-丙磺酸。在一个方面中,水溶性含硫醇化合物包含半胱氨酸。
在一个方面中,洗涤溶液包含pH缓冲组分。在一个方面中,pH缓冲组分包含Tris。在一个方面中,洗涤溶液包含表面活性剂。在一个方面中,表面活性剂包含Triton X-100。在一个方面中,洗涤溶液包含金属螯合剂。
在一个方面中,洗涤溶液包含约5mM与约750mM之间、约10mM与约500mM之间、约25mM与约75mM之间或约50mM的含硫醇化合物。在一个方面中,洗涤溶液包含约5mM与约750mM之间、约10mM与约500mM之间、约25mM与约75mM之间或约50mM的半胱氨酸。在一个方面中,洗涤溶液包含约10mM与约30mM之间、或约15mM与约25mM之间或约20mM的缓冲液,例如Tris。在一个方面中,洗涤液包含约0.05%与约0.5%之间、或约0.05%与0.2%之间或约0.1%的表面活性剂,例如Triton X-100。在一个方面中,洗涤溶液具有约7与约9之间、约7.5与约8.5之间或约8.0的pH。
在一个方面中,洗涤或封端溶液包含以下试剂中的一个或多个:(i)适用于降低杂交分析中的背景信号的已知聚合物,包含(但不限于)PS20、聚乙烯醇(PVA)、聚乙烯吡咯烷酮(~1,000kD或~360kD)、Ficoll和聚乙二醇(~3kD和~10kD);(ii)核酸或其它多价阴离子,包含(但不限于)鲑鱼精子DNA、鲱鱼DNA、小牛胸腺DNA、剪切的PolyA、酵母tRNA,和肝素;(iii)单体和聚合蛋白质封端剂,包含(但不限于)BSA和聚BSA;(iv)表面活性剂,包含(但不限于)十二烷基硫酸钠(sodium dodecyl sulfate;SDS)、3-[(3-胆酰氨基丙基)二甲基铵基]-1-丙磺酸盐(CHAPS)、triton-100和tween-20;和(v)氢键去稳定剂,包含(但不限于)甲酰胺和丙二醇。
在一个方面中,方法包含以下步骤:将一个或多个捕获寡核苷酸固定在载体表面上,且随后用洗涤溶液从载体表面洗涤出过量未固定的捕获寡核苷酸。在一个方面中,洗涤包含在严格洗涤条件下洗涤固定的捕获寡核苷酸。在一个方面中,严格洗涤条件包含约27℃与约47℃之间的温度、约21%与约41%之间的甲酰胺浓度、约300mM与约500mM之间的盐浓度和约7.5与约8.5之间的pH。在一个方面中,高严格条件包含约37℃的温度、约31%的甲酰胺浓度、约400mM的盐浓度和8.0的pH。在一个方面中,将固定的寡核苷酸暴露于高严格条件至少5、10、30或60分钟。在另一方面中,高严格条件包含低盐条件,例如盐浓度为小于约40mM、20mM、15mM或10mM的缓冲液。在一个方面中,高严格条件包含低盐条件,例如在37℃下的0.1X PBS。
在一个方面中,将一个或多个捕获寡核苷酸固定于载体表面上的阵列中。在一个方面中,将一个或多个捕获寡核苷酸固定于载体表面上的一个或多个结合结构域中。在一个方面中,印刷在阵列的一个结合结构域上的捕获寡核苷酸具有与印刷在阵列中的其它结合结构域上的捕获寡核苷酸不同的序列。
尽管不希望受理论束缚,但据信,洗涤溶液将不严谨结合的捕获寡核苷酸带入溶液中,通过SH共价结合或其它机制,其可潜在地从其再沉积到表面。如果捕获寡核苷酸再沉积于具有含不同核苷酸序列的捕获寡核苷酸的结合结构域上,那么考虑污染性捕获分子。污染性捕获分子的存在可干扰分析结果。在一个方面中,通过本文所描述的方法来制备的阵列的结合结构域包含小于约0.1%、0.09%、0.08%、0.07%、0.06%、0.05%、0.04%、0.03%、0.02%或0.01%的污染性捕获分子。
在一个方面中,捕获分子集合的结合搭配物(即,寡核苷酸标签)之间的交叉反应性小于约0.1%、0.09%、0.08%、0.07%、0.06%、0.05%、0.04%、0.03%、0.02%或0.01%。在一个方面中,测定分析特异性(包含非互补序列的结合或捕获寡核苷酸交叉污染物的交叉反应性)。在一个方面中,通过在其中QC探针与固定于板表面上的其对应互补捕获分子杂交的条件下,向一个或多个重复板中添加含有一个或多个标记的QC探针的一个或多个样本,来测定特异性。随后,洗涤板,以去除过量QC探针,且通过检测一级标记或通过添加二级结合搭配物来检测结合的QC探针的存在。可将各阵列,例如多孔板中的各孔的交叉反应性计算为从探针与具有非特异性捕获核苷酸的斑点的结合所检测到的信号,其呈从探针与具有其对应互补捕获核苷酸的斑点的结合的信号的百分比。在一个方面中,计算包含对在不存在任何QC探针下所检测到的非特异性背景信号的校正。
在一个方面中,使用质量控制(quality control;QC)寡核苷酸探针集合,测定分析特异性。在一个方面中,QC探针包含与固定于表面上的非交叉反应性捕获分子集合中的对应捕获分子的至少20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35或36个连续核酸互补的核苷酸序列。在一个方面中,集合包含具有与具有SEQ ID NO:1-774中的任一个中显示的序列的非交叉反应性捕获分子集合中的对应捕获分子的至少20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35或36个连续核酸互补的核苷酸序列的QC探针。在一个方面中,集合包含具有与SEQ ID NO:1-64中显示的非交叉反应性捕获分子集合中的对应捕获分子的至少20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35或36个连续核酸互补的核苷酸序列的QC探针。在一个方面中,集合包含具有与具有SEQ ID NO:1-10中显示的序列的非交叉反应性捕获分子集合中的对应捕获分子的至少20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35或36个连续核酸互补的核苷酸序列的QC探针。
在一个方面中,QC探针包含标记。在一个方面中,标记直接与QC探针连接。在另一方面中,标记通过连接子与QC探针连接。在一个方面中,标记为作为结合对的成员的化合物,其中结合对的第一成员(其可称为“一级结合试剂”)与底物(例如寡核苷酸)连接,且结合对的另一成员(其可称为“二级结合试剂”)具有可检测物理特性。实例或一级标记包含(但不限于)电化学发光标记、包含过渡金属(例如钌)的有机金属络合物。在一个方面中,一级标记包含抗生蛋白链菌素。在一个方面中,一级标记包含MSD SULFO-TAG标记的抗生蛋白链菌素。
在一个方面中,标记包含与一级结合试剂结合的二级结合试剂。在一个方面中,一级结合试剂包含生物素、半抗原、抗生蛋白链菌素、抗生物素蛋白或抗体或抗原。在一个方面中,二级结合试剂包含生物素、半抗原、抗生蛋白链菌素、抗生物素蛋白或抗体或抗原。在一个方面中,二级结合试剂包含电化学发光标记。在一个方面中,二级结合试剂包含含过渡金属(例如钌)的有机金属络合物。在一个方面中,QC探针包含生物素,且二级结合试剂包含MSD SULFO-TAG标记的抗生蛋白链菌素。在一个方面中,QC探针在3'端处用生物素修饰,如以下结构中所示:
在一个方面中,通过如实例4的方法,来测量污染性捕获分子的百分比。
在一个方面中,可使用用于测定变化系数(coefficient of variation;CV)的已知方法,来测定板上(板内)或两个或更多个板间(板间)的一个或多个结合结构域的均一性。在一个方面中,板内或板间结合结构域具有以下的CV:小于约10%、9.5%、9%、8.5%、8%、7.5%、7%、6.5%、6%、5.5%、5%、4.5%、4%、3.5%、3%、2.5%、2%、1.5%或1%。在一个方面中,平均板内或板间CV是在约3%与约6%之间,或小于约5%。在一个方面中,通过如实例5的方法来测量结合结构域均一性。
G.适体固定
在一个方面中,提供一种将一个或多个适体固定在载体表面上的方法。在一个方面中,通过与固定到如本文所描述的载体表面的一个或多个单链捕获分子结合,将一个或多个适体固定到载体表面上。在一个方面中,适体为能够与目标分子特异性结合的寡核苷酸,且可包含例如与分子目标结合的DNA、RNA或XNA适体,所述分子目标包含例如小分子、蛋白质、核酸、细胞、组织和生物体非共价相互作用,例如静电和疏水相互作用。在另一方面中,适体为能够与包含通过蛋白质骨架显示的至少一个或多个可变肽结构域的目标分子特异性结合的肽。在一个方面中,所固定的适体用作一个或多个目标分析物的探针。在一个方面中,在微阵列中使用所固定的适体。
H.寡核苷酸探针
在一个方面中,方法或试剂盒包含能够与样本中的目标分析物特异性结合的一个或多个探针试剂。在一个方面中,寡核苷酸探针包含能够与样本中的目标分析物特异性结合的结合搭配物。
如本文所用,术语“结合搭配物”是指在特定集合的条件下彼此特异性结合的部分对的成员,在所述条件下结合对彼此结合以大体上排除环境中存在的其它部分。结合搭配物可为与另一分子特异性相互作用的任何分子,例如多肽、脂质、糖脂、核酸分子、碳水化合物或其它分子,例如通过共价或非共价相互作用,包含例如抗体与其同源抗原的相互作用、两个互补核苷酸序列之间的相互作用或生物素与抗生蛋白链菌素或抗生物素蛋白之间的相互作用。术语“对应”是指两个特异性结合搭配物之间的关系,使得结合搭配物对的一个成员“对应”于所述对的另一成员。
在一个方面中,结合搭配物包含与目标分析物特异性结合的抗体。在另一方面中,结合搭配物包含与目标分析物的寡核苷酸序列互补的寡核苷酸序列,使得寡核苷酸探针能够与目标核苷酸序列杂交。
在一个方面中,寡核苷酸探针包含寡核苷酸标签和结合搭配物。在一个方面中,结合搭配物包含与目标核苷酸序列的一部分互补或大体上互补的单链序列。在一个方面中,探针包含具有与捕获寡核苷酸的序列互补的序列的寡核苷酸标签。在一个方面中,寡核苷酸标签和结合搭配物为寡核苷酸单链的不同区。
在一个方面中,探针为单链核酸序列,包含例如核酸序列,其包含脱氧核糖核酸(DNA)或核糖核酸(RNA)、肽核酸(peptide nucleic acid;PNA)或锁核酸(locked nucleicacid;LNA)。在一个方面中,探针包含一个或多个修饰的含氮碱基类似物或已进行修饰以包含标记或适合于连接标记的反应性官能团或连接子的碱基。
在一个方面中,探针的长度在约5与约100之间、约10与约50之间、约20与约30之间、或至少约5、6、7、8、9、10、15、20或25和至多约30、35、40、45、50、75或100个核苷酸。探针可通过本领域中已知的任何适合方法来制备,包含化学或酶促合成,或通过使用非特异性核酸-裂解化学物质或酶或用位点特异性限制性核酸内切酶来裂解较大核酸。在一些应用中,与目标序列中的互补区杂交的探针可引发通过聚合酶进行的探针延伸,充当目标序列上的相邻单链区的复制的起始点。
在一个方面中,探针包含标记。在一个方面中,标记直接与探针连接。在另一方面中,标记通过连接子与探针连接。在一个方面中,标记为作为结合对的成员的化合物,其中结合对的第一成员(其可称为“一级结合试剂”)与底物(例如寡核苷酸)连接,且结合对的另一成员(其可称为“二级结合试剂”)具有可检测物理特性。实例或一级标记包含(但不限于)电化学发光标记、包含过渡金属(例如钌)的有机金属络合物。在一个方面中,一级标记为MSD SULFO-TAG标记。
在一个方面中,二级结合试剂与一级结合试剂结合。在一个方面中,一级结合试剂包含生物素、半抗原、抗生蛋白链菌素、抗生物素蛋白或抗体或抗原。在一个方面中,二级结合试剂包含生物素、半抗原、抗生蛋白链菌素、抗生物素蛋白或抗体或抗原。在一个方面中,二级结合试剂包含电化学发光标记。在一个方面中,二级结合试剂包含含过渡金属(例如钌)的有机金属络合物。在一个方面中,二级结合试剂包含MSD SULFO-TAG标记。
在一个方面中,试剂盒包含一个或多个探针试剂。在一个方面中,终端用户制备一个或多个探针试剂。
I.寡核苷酸标签
在一个方面中,探针包含具有与捕获分子的寡核苷酸序列互补的序列的寡核苷酸标签。在一个方面中,标签包含与单链捕获寡核苷酸的核苷酸序列的至少一部分互补的单链寡核苷酸。在一个方面中,寡核苷酸标签是以重组方式产生的。在一个方面中,寡核苷酸标签不是天然存在的序列。在一个方面中,一个或多个捕获寡核苷酸包含单链核酸序列,包含例如核酸序列,其包含脱氧核糖核酸(DNA)、核糖核酸(RNA)或包含还可参与杂交反应的非天然存在的化学结构的结构类似物。
在一个方面中,标签与探针的5'端连接。在另一方面中,标签与探针的3'端连接。在一个方面中,标签不与目标核苷酸序列互补且不与其杂交。
在一个方面中,与目标核苷酸序列互补的序列和寡核苷酸标签序列存在于探针内的一条核酸链上。在另一方面中,与目标核苷酸序列互补的序列和寡核苷酸标签序列存在于不同核酸链上。在一个方面中,探针包含:第一链,其具有与目标序列互补的序列和第一桥接序列;和第二链,其具有寡核苷酸标签序列和与第一桥接序列互补的第二桥接序列,其中第一和第二链杂交或可通过第一和第二桥接序列杂交。
在一个方面中,寡核苷酸标签包含标记。在一个方面中,标记直接与寡核苷酸标签连接。在另一方面中,标记通过连接子与寡核苷酸标签连接。在一个方面中,标记与寡核苷酸标签的5'末端核苷酸连接。在另一方面中,标记与寡核苷酸标签的3'末端核苷酸连接。在一个方面中,沿寡核苷酸标签的长度连接标记。
在一个方面中,标记包含放射性、荧光、化学发光、电化学发光、光吸收、光散射、电化学、磁性或酶标记。在一个方面中,标记包含电化学发光标记。在一个方面中,标记包含半抗原。在一个方面中,标记为生物素、荧光素或地高辛。在一个方面中,标记包含含过渡金属的有机金属络合物。在一个方面中,过渡金属包含钌。在一个方面中,标记为MSD SULFO-TAGTM标记。
在一个方面中,寡核苷酸标签包含作为标记的一级结合试剂,其中一级结合试剂为二级结合试剂的结合搭配物。在一个方面中,一级结合试剂包含生物素、抗生蛋白链菌素、抗生物素蛋白或抗原。在一个方面中,二级结合试剂包含生物素、抗生蛋白链菌素、抗生物素蛋白或抗体。在一个方面中,一级结合试剂包含寡核苷酸,且二级结合试剂为具有与一级结合试剂的序列互补的序列的寡核苷酸。
在一个方面中,标签具有长度为以下的核苷酸序列:至少约15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25和至多约25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40、或约15与约40之间或约20与约30个之间的核苷酸。在一个方面中,标签包含比互补捕获寡核苷酸序列短以下的核苷酸序列:至少约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10和至多约11、12、13、14、15、16、17、18、19或20、或约1与约20之间、或约10与约15之间或约12与约13个之间的核苷酸。在一个方面中,标签具有长度为至少约24、30或36核苷酸的核苷酸序列。
在一个方面中,寡核苷酸标签具有与具有SEQ ID NO:1-774(表1-12)中的任一个中显示的序列的捕获分子杂交的序列。在一个方面中,寡核苷酸标签具有与具有SEQ IDNO:1-744(表1-12)中的任一个中显示的序列的互补捕获分子杂交的序列。在一个方面中,标签具有与为SEQ ID NO:1-744中的任一个中显示的序列的至少约20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35或36个连续核苷酸的序列互补的核苷酸序列。在一个方面中,标签具有与为SEQ ID NO:1-744中的任一个中显示的序列的至少约24、30或36个连续核苷酸的序列互补的核苷酸序列。在一个方面中,寡核苷酸标签具有SEQ ID NO:745-1488(表13-24)中的任一个中显示的核酸序列。
在一个方面中,寡核苷酸标签具有与SEQ ID NO:745-1488(表13-24)中的任一个中显示的序列至少95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的核苷酸序列。在另一方面中,寡核苷酸标签具有包含SEQ ID NO:745-1488(表13-24)中的任一个中显示的序列的至少20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35或36个连续核苷酸的核苷酸序列。在另一方面中,寡核苷酸标签具有包含SEQ ID NO:745-1488(表13-24)中的任一个中显示的序列的至少20个连续核苷酸的核苷酸序列。在另一方面中,寡核苷酸标签具有包含与SEQID NO:745-1488(表13-24)中的任一个中的核苷酸序列至少95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的序列的至少20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35或36个连续核苷酸的核苷酸序列。在另一方面中,寡核苷酸标签具有包含与SEQ ID NO:745-1488(表13-24)中的任一个中的核苷酸序列至少95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的序列的至少20个连续核苷酸的核苷酸序列。
在一个方面中,寡核苷酸标签具有与以下中的任一个中显示的序列至少95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的核苷酸序列:SEQ ID NO:745-754、755-757、769-770、777-781、786、788-790、798和803-806。在另一方面中,寡核苷酸标签具有包含以下中的任一个中显示的序列的至少20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35或36个连续核苷酸的核苷酸序列:SEQ ID NO:745-754、755-757、769-770、777-781、786、788-790、798和803-806。在另一方面中,寡核苷酸标签具有包含以下中的任一个中显示的序列的至少20个连续核苷酸的核苷酸序列:SEQ ID NO:745-754、755-757、769-770、777-781、786、788-790、798和803-806。在另一方面中,寡核苷酸标签具有包含与以下中的任一个中的核苷酸序列至少95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的序列的至少20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35或36个连续核苷酸的核苷酸序列:SEQ ID NO:745-754、755-757、769-770、777-781、786、788-790、798和803-806。在一个方面中,寡核苷酸标签具有以下中的任一个中显示的核苷酸序列:SEQ ID NO:745-754、755-757、769-770、777-781、786、788-790、798和803-806。
在一个方面中,寡核苷酸标签具有与SEQ ID NO:745-754中的任一个中显示的序列至少95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的核苷酸序列。在另一方面中,寡核苷酸标签具有包含SEQ ID NO:745-754中的任一个中显示的序列的至少20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35或36个连续核苷酸的核苷酸序列。在另一方面中,寡核苷酸标签具有包含与SEQ ID NO:745-754中的任一个中的核苷酸序列至少95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的序列的至少20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35或36个连续核苷酸的核苷酸序列。在一个方面中,寡核苷酸标签具有SEQ ID NO:745-754中的任一个中显示的核苷酸序列。
在一个方面中,方法或试剂盒包含选自非交叉反应性寡核苷酸标签的“亲本集合”的非交叉反应性寡核苷酸标签的集合。在一个方面中,非交叉反应性寡核苷酸标签的集合与非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合互补。在一个方面中,集合中的非交叉反应性寡核苷酸标签被配置以与捕获寡核苷酸的对应集合中的其对应互补序列杂交。在一个方面中,相对于互补序列,集合中的寡核苷酸标签与捕获寡核苷酸的对应集合中小于0.05%的非互补序列杂交。
可从亲本集合选择两个或更多个寡核苷酸以形成非交叉反应性寡核苷酸标签的“子集”,其中子集中的各寡核苷酸为初始亲本集合的成员。子集不能包含来自多于一个亲本集合的寡核苷酸标签。在一个方面中,非交叉反应性寡核苷酸标签的集合或子集包含选自非交叉反应性序列的亲本集合的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25和至多64个非交叉反应性序列。
在一个方面中,产生与表1(SEQ ID NO:1-64)中显示的一个或多个捕获序列互补的非交叉反应性寡核苷酸标签的第一集合。在一个方面中,非交叉反应性寡核苷酸标签的第一集合包含来自表13(SEQ ID NO:745-808)中显示的亲本集合的两个或更多个寡核苷酸标签。
在一个方面中,产生与表2(SEQ ID NO:65-122)中显示的一个或多个捕获序列互补的非交叉反应性寡核苷酸标签的第二集合。在一个方面中,非交叉反应性寡核苷酸标签的第二集合包含来自表14(SEQ ID NO:809-866)中显示的亲本集合的两个或更多个寡核苷酸标签。
在一个方面中,产生与表3(SEQ ID NO:123-186)中显示的一个或多个捕获序列互补的非交叉反应性寡核苷酸标签的第三集合。在一个方面中,非交叉反应性寡核苷酸标签的第三集合包含来自表15(SEQ ID NO:867-930)中显示的亲本集合的两个或更多个寡核苷酸标签。
在一个方面中,产生与表4(SEQ ID NO:187-250)中显示的一个或多个捕获序列互补的非交叉反应性寡核苷酸标签的第四集合。在一个方面中,非交叉反应性寡核苷酸标签的第四集合包含来自表16(SEQ ID NO:931-994)中显示的亲本集合的两个或更多个寡核苷酸标签。
在一个方面中,产生与表5(SEQ ID NO:251-308)中显示的一个或多个捕获序列互补的非交叉反应性寡核苷酸标签的第五集合。在一个方面中,非交叉反应性寡核苷酸标签的第二集合包含来自17(SEQ ID NO:995-1052)中显示的亲本集合的两个或更多个寡核苷酸标签。
在一个方面中,产生与表6(SEQ ID NO:309-372)中显示的一个或多个捕获序列互补的非交叉反应性寡核苷酸标签的第六集合。在一个方面中,非交叉反应性寡核苷酸标签的第二集合包含来自表18(SEQ ID NO:1053-1116)中显示的亲本集合的两个或更多个寡核苷酸标签。
在一个方面中,产生与表7(SEQ ID NO:373-436)中显示的一个或多个捕获序列互补的非交叉反应性寡核苷酸标签的第七集合。在一个方面中,非交叉反应性寡核苷酸标签的第二集合包含来自表19(SEQ ID NO:1117-1180)中显示的亲本集合的两个或更多个寡核苷酸标签。
在一个方面中,产生与表8(SEQ ID NO:437-494)中显示的一个或多个捕获序列互补的非交叉反应性寡核苷酸标签的第八集合。在一个方面中,非交叉反应性寡核苷酸标签的第二集合包含来自表20(SEQ ID NO:1181-1238)中显示的亲本集合的两个或更多个寡核苷酸标签。
在一个方面中,产生与表9(SEQ ID NO:495-558)中显示的一个或多个捕获序列互补的非交叉反应性寡核苷酸标签的第九集合。在一个方面中,非交叉反应性寡核苷酸标签的第二集合包含来自表21(SEQ ID NO:1239-1302)中显示的亲本集合的两个或更多个寡核苷酸标签。
在一个方面中,产生与表10(SEQ ID NO:559-622)中显示的一个或多个捕获序列互补的非交叉反应性寡核苷酸标签的第十集合。在一个方面中,非交叉反应性寡核苷酸标签的第二集合包含来自表22(SEQ ID NO:1303-1366)中显示的亲本集合的两个或更多个寡核苷酸标签。
在一个方面中,产生与表11(SEQ ID NO:623-680)中显示的一个或多个捕获序列互补的非交叉反应性寡核苷酸标签的第十一集合。在一个方面中,非交叉反应性寡核苷酸标签的第二集合包含来自表23(SEQ ID NO:1367-1424)中显示的亲本集合的两个或更多个寡核苷酸标签。
在一个方面中,产生与表12(SEQ ID NO:681-744)中显示的一个或多个捕获序列互补的非交叉反应性寡核苷酸标签的第十二集合。在一个方面中,非交叉反应性寡核苷酸标签的第二集合包含来自表24(SEQ ID NO:1425-1488)中显示的亲本集合的两个或更多个寡核苷酸标签。
在一个方面中,非交叉反应性寡核苷酸标签的集合包含具有与同以下中的捕获寡核苷酸的序列互补的序列至少95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的核苷酸序列的一个或多个标签:表1(SEQ ID NO:1-64)、表2(SEQ ID NO:65-122)、表3(SEQ ID NO:123-186)、表4(SEQ ID NO:187-250)、表5(SEQ ID NO:251-308)、表6(SEQ ID NO:309-372)、表7(SEQ ID NO:373-436)、表8(SEQ ID NO:437-494)、表9(SEQ ID NO:495-558)、表10(SEQ IDNO:559-622)、表11(SEQ ID NO:623-680)或表12(SEQ ID NO:681-744)。在一个方面中,非交叉反应性寡核苷酸标签的集合包含具有与以下中显示的序列至少95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的核苷酸序列的一个或多个标签:表13(SEQ ID NO:745-808)、表14(SEQ ID NO:809-866)、表15(SEQ ID NO:867-930)、表16(SEQ ID NO:931-994)、表17(SEQID NO:995-1052)、表18(SEQ ID NO:1053-1116)、表19(SEQ ID NO:1117-1180)、表20(SEQID NO:1181-1238)、表21(SEQ ID NO:1239-1302)、表22(SEQ ID NO:1303-1366)、表23(SEQID NO:1367-1424)或表24(SEQ ID NO:1425-1488)。
在另一方面中,非交叉反应性寡核苷酸标签的集合包含具有包含与以下中的捕获寡核苷酸的序列互补的序列的至少20、21、22、23或24个连续核苷酸的核苷酸序列的一个或多个标签:表1(SEQ ID NO:1-64)、表2(SEQ ID NO:65-122)、表3(SEQ ID NO:123-186)、表4(SEQ ID NO:187-250)、表5(SEQ ID NO:251-308)、表6(SEQ ID NO:309-372)、表7(SEQ IDNO:373-436)、表8(SEQ ID NO:437-494)、表9(SEQ ID NO:495-558)、表10(SEQ ID NO:559-622)、表11(SEQ ID NO:623-680)或表12(SEQ ID NO:681-744)。在另一方面中,非交叉反应性寡核苷酸标签的集合包含具有包含以下中显示的序列的至少20、21、22、23或24个连续核苷酸的核苷酸序列的一个或多个标签:表13(SEQ ID NO:745-808)、表14(SEQ ID NO:809-866)、表15(SEQ ID NO:867-930)、表16(SEQ ID NO:931-994)、表17(SEQ ID NO:995-1052)、表18(SEQ ID NO:1053-1116)、表19(SEQ ID NO:1117-1180)、表20(SEQ ID NO:1181-1238)、表21(SEQ ID NO:1239-1302)、表22(SEQ ID NO:1303-1366)、表23(SEQ IDNO:1367-1424)或表24(SEQ ID NO:1425-1488)。
在另一方面中,非交叉反应性寡核苷酸标签的集合包含具有包含与同以下中的捕获寡核苷酸的序列互补的序列至少95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的序列的至少20、21、22、23或24个连续核苷酸的核苷酸序列的一个或多个标签:表1(SEQ ID NO:1-64)、表2(SEQ ID NO:65-122)、表3(SEQ ID NO:123-186)、表4(SEQ ID NO:187-250)、表5(SEQID NO:251-308)、表6(SEQ ID NO:309-372)、表7(SEQ ID NO:373-436)、表8(SEQ ID NO:437-494)、表9(SEQ ID NO:495-558)、表10(SEQ ID NO:559-622)、表11(SEQ ID NO:623-680)或表12(SEQ ID NO:681-744)。在另一方面中,非交叉反应性寡核苷酸标签的集合包含具有包含与以下中显示的序列至少95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的序列的至少20、21、22、23或24个连续核苷酸的核苷酸序列的一个或多个寡核苷酸:表13(SEQ ID NO:745-808)、表14(SEQ ID NO:809-866)、表15(SEQ ID NO:867-930)、表16(SEQ ID NO:931-994)、表17(SEQ ID NO:995-1052)、表18(SEQ ID NO:1053-1116)、表19(SEQ ID NO:1117-1180)、表20(SEQ ID NO:1181-1238)、表21(SEQ ID NO:1239-1302)、表22(SEQ ID NO:1303-1366)、表23(SEQ ID NO:1367-1424)或表24(SEQ ID NO:1425-1488)。
在一个方面中,集合中的非交叉反应性寡核苷酸标签选自以下:寡核苷酸标签,其具有含选自SEQ ID No:745-808的序列的至少20、21、22、23或24个连续核苷酸的序列;寡核苷酸标签,其具有与选自SEQ ID No:745-808的序列具有至少95%、96%、97%、98%、99%或100%一致性的序列;寡核苷酸标签,其具有含与选自SEQ ID No:745-808的序列具有至少95%、96%、97%、98%、99%或100%一致性的序列的至少20、21、22、23或24个连续核苷酸的序列;寡核苷酸标签,其具有选自SEQ ID No:745-808的序列;和其组合。
在一个方面中,集合中的非交叉反应性寡核苷酸标签选自以下:寡核苷酸标签,其具有含选自SEQ ID No:745-754的序列的至少20、21、22、23或24个连续核苷酸的序列;寡核苷酸标签,其具有与选自SEQ ID No:745-754的序列具有至少95%、96%、97%、98%、99%或100%一致性的序列;寡核苷酸标签,其具有含与选自SEQ ID No:745-754的序列具有至少95%、96%、97%、98%、99%或100%一致性的序列的至少20、21、22、23或24个连续核苷酸的序列;寡核苷酸标签,其具有选自SEQ ID No:745-754的序列;和其组合。
J.标记的寡核苷酸产物的检测
在一个方面中,提供用于标记和检测样本中的一个或多个目标分析物的方法和试剂盒。在一个方面中,通过产生包含寡核苷酸标签的反应产物,来测定样本中的一个或多个目标分析物的存在。在一个方面中,反应产物包含标记。多种方法可用于产生反应产物。在一个方面中,通过本文所描述的方法产生反应产物,所述方法包含(但不限于)夹心分析、寡核苷酸接合分析(oligonucleotide ligation assay;OLA)、引物延伸分析(PEA)、直接杂交分析、基于聚合酶链式反应(PCR)的分析或其它靶向扩增分析和核酸酶保护分析。
1.夹心分析
在一个方面中,提供使用夹心分析来检测、鉴定或量化样本中的一个或多个目标分析物的方法和试剂盒。在一个方面中,方法或试剂盒包含含靶向探针和检测探针的探针的一个或多个集合。在一个方面中,靶向探针包含与固定于载体表面上的捕获寡核苷酸的至少一部分互补的单链寡核苷酸标签和第一结合搭配物。在一个方面中,第一结合搭配物包含第一核酸序列。在一个方面中,第一结合搭配物的第一核酸序列与样本中的目标核苷酸序列的第一区互补。在一个方面中,第一结合搭配物的第一核酸序列包含治疗性寡核苷酸。在一个方面中,治疗性寡核苷酸包含RNA寡核苷酸序列。在一个方面中,治疗性寡核苷酸选自以下:miRNA、治疗性RNA、mRNA、RNA病毒、反义寡核苷酸(ASO)或其组合。在一个方面中,第一结合搭配物的第一核酸序列由样本中的抗药物抗体(ADA)特异性结合。在另一方面中,第一结合搭配物包含与样本中的目标分析物特异性结合的抗体。在一个方面中,检测探针包含标记和第二结合搭配物。
在一个方面中,第二结合搭配物包含第二核酸序列。在一个方面中,第二结合搭配物的第二核酸序列与目标核苷酸序列的第二区互补。在一个方面中,第二结合搭配物的第二核酸序列包含治疗性寡核苷酸。在一个方面中,治疗性寡核苷酸包含RNA寡核苷酸序列。在一个方面中,治疗性寡核苷酸选自以下:miRNA、治疗性RNA、mRNA、RNA病毒、反义寡核苷酸(ASO)或其组合。在一个方面中,第二结合搭配物的第二核酸序列由样本中的抗药物抗体(ADA)特异性结合。在一个方面中,第一结合搭配物的第一ASO和第二结合搭配物的第二ASO由相同抗药物抗体特异性结合。
在一个方面中,第一结合搭配物的第一ASO的核苷酸序列和第二结合搭配物的第二ASO的核苷酸序列至少约95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。在一个方面中,第二结合搭配物包含与样本中的目标分析物特异性结合的抗体。在一个方面中,靶向探针和检测探针可同时与样本中的相同目标分析物结合以形成反应产物。在一个方面中,反应产物为夹心复合物。
在一个方面中,方法或试剂盒包含多个探针的集合,所述探针可用于多任务阵列中以平行检测、鉴定或量化多个目标分析物。在一个方面中,各探针集合包含:靶向探针,其具有与同另一集合中的靶向探针不同的第一目标分析物特异性结合的第一结合搭配物;和寡核苷酸标签,其具有与同其它集合中的靶向探针不同的捕获寡核苷酸序列互补的序列。在一个方面中,各探针集合包含含特异性结合第一目标分析物的第二结合搭配物和标记的检测探针。在一个方面中,方法或试剂盒包含寡核苷酸探针的多个集合。在一个方面中,各探针集合包含:靶向探针,其中第一结合搭配物包含与第一目标核苷酸序列互补的核酸序列;和寡核苷酸标签,其具有与捕获寡核苷酸序列互补的序列,其中一个集合中的靶向探针的目标核苷酸序列不同于另一集合中的靶向探针中的目标核苷酸序列。在一个方面中,一个集合中的靶向探针的寡核苷酸标签的序列与同另一集合中的靶向探针的寡核苷酸标签的序列不同的捕获寡核苷酸序列互补。在一个方面中,方法或试剂盒包含具有呈与一个或多个目标核苷酸中的第二目标核苷酸序列互补的第二目标核苷酸序列的第二结合搭配物的检测探针。
在一个方面中,方法包含提供包含具有一个或多个表面的一个或多个碳基电极的阵列和本文中所描述的一个或多个非交叉反应性捕获寡核苷酸的步骤,其中一个或多个非交叉反应性捕获寡核苷酸固定于一个或多个碳基电极的一个或多个表面上的一个或多个结合结构域中。在一个方面中,方法包含使一个或多个目标分析物与寡核苷酸标签和标记结合的步骤,所述寡核苷酸标签与固定于载体表面上的捕获寡核苷酸的至少一部分互补,且随后使阵列与包含一个或多个加标签且标记的目标分析物或反应产物的组合物接触。如本文所用,“结合(associating/associated)”意指寡核苷酸标签或标记与目标分析物共价或非共价结合。在一个方面中,一个或多个目标分析物与夹心复合物中的寡核苷酸标签和标记结合。在一个方面中,目标分析物用于产生包含寡核苷酸标签和标记的反应产物。在一个方面中,方法包含以下步骤:在其中夹心复合物或反应产物的寡核苷酸标签与其对应互补捕获寡核苷酸杂交的条件下,使夹心复合物或反应产物与载体表面培育,和基于在阵列位置中是否存在标记来鉴定、检测或量化目标分析物。
2.寡核苷酸接合分析(OLA)
在一个方面中,使阵列与包含多个目标分析物的组合物接触,其中各目标分析物与同不同捕获寡核苷酸互补的寡核苷酸标签结合,且可基于阵列位置中的寡核苷酸标签的结合,来鉴定、检测或量化目标分析物。在一个方面中,使阵列与包含多个加标签且标记的反应产物的组合物接触,其中各目标分析物用于产生包含与不同捕获寡核苷酸互补的寡核苷酸标签的反应产物,且可基于阵列位置中的反应产物的结合,来鉴定、检测或量化样本中的目标分析物。
在一个方面中,加标签且标记的反应产物是通过寡核苷酸接合分析(OLA)来制备,且可被捕获和检测,以鉴定、检测或量化一个或多个目标核苷酸序列。在一个方面中,接合分析用于检测、鉴定或量化一个或多个目标核苷酸序列中的单核苷酸多态性(singlenucleotide polymorphism;SNP)。在一个方面中,在扩增样本中的一个或多个目标核苷酸序列之后,进行接合分析。在另一方面中,对于其中尚未扩增一个或多个目标核苷酸序列的样本进行接合分析。在一个方面中,在捕获和检测之前,扩增来自接合分析的反应产物。在另一方面中,在捕获和检测之前,不扩增来自接合分析的反应产物。可使用已知方法来扩增接合分析的反应产物。
用于进行寡核苷酸接合反应的方法为已知的且一般包含以下步骤:使含有或可能含有一个或多个所关注核苷酸序列的样本与单链寡核苷酸探针对接触,所述单链寡核苷酸探针一个或多个目标核苷酸序列互补且允许与目标核苷酸序列杂交。接合与目标核苷酸序列的相邻区杂交的探针,以形成反应产物。在一个方面中,可重复这些,以得到反应产物的多个拷贝。在一个方面中,在退火步骤之前,使接合反应混合物中的核苷酸序列变性。可基于在样本中是否存在反应产物或反应产物的数量,来检测、鉴定或量化目标核苷酸序列。
DNA接合酶与探针的接合视以下三个事件而定:(1)寡核苷酸探针必须与目标核苷酸序列内的互补序列杂交;(2)寡核苷酸探针在5'-到3'-取向上必须彼此相邻且无间插核苷酸;和(3)寡核苷酸探针必须与其接合位点处的目标核苷酸序列具有完全碱基对互补性。引物与目标之间的单核苷酸错配可抑制接合。
在一个方面中,通过以下来产生探针:鉴定在目标核苷酸序列中的SNP位点两侧上包含约40个碱基对(总共约80个碱基对)的核酸序列,和建立具有跨距约18到约28个核苷酸的SNP的上游和下游的互补序列的探针。在一个方面中,产生在SNP位置处不同的两个靶向探针。通常,仅需要一个检测探针来检测野生型和变体等位基因。
在另一方面中,目标核苷酸序列为小核酸,例如长度为至少约15个碱基对、至少约16个碱基对、至少约17个碱基对、至少约18个碱基对、至少约19个碱基对或至少约20个碱基对和至多约20个碱基对,长度为至多约25个碱基对、长度为至多约30个碱基对、长度为至多约40个碱基对或长度为至多约50个碱基对。在一个方面中,用于检测这类小核酸目标的探针包含长度为至少约8个碱基对、至少约9个碱基对、至少约10个碱基对、至少约11个碱基对或至少约12个碱基对和至多约20个碱基对、长度为至多约25个碱基对、长度为至多约30个碱基对、长度为至多约40个碱基对或长度为至多约50个碱基对,且在杂交另一个之后接合探针和小核酸目标,如本文所描述。
寡核苷酸探针序列的长度可基于OLA反应的接合温度需求(例如在约62℃与约64℃之间)而变化。可对靶向或检测探针添加或去除碱基,直到探针长度适合于既定反应温度为止。
在测定靶向和检测探针的序列和长度之后,可将寡核苷酸标签添加到靶向探针。在一个方面中,将寡核苷酸标签添加到上游靶向探针的5'端。在一个方面中,各寡核苷酸标签与固定于载体表面上的不同捕获寡核苷酸互补。在一个方面中,检测探针包含标记。在一个方面中,检测探针包含5'磷酸基团和3'标记。在一个方面中,检测探针包含5'磷酸基团和3'生物素标记。
在一个方面中,方法包含使用多于一对探针。在一个方面中,提供针对样本中的各目标序列的一对探针。在一个方面中,制备用于检测SNP对的三个探针,在单核苷酸多态性处不同的两个靶向探针和一个检测探针。在一个方面中,两个靶向探针包含5'寡核苷酸标签和与所关注目标核酸中的野生型或变体单核苷酸多态性互补的3'核酸,且检测探针包含3'标记。在一个方面中,3'标记为与可检测二级结合试剂结合的一级结合试剂。在一个方面中,3'标记包含生物素,且二级结合试剂包含MSD SULFO-TAG抗生蛋白链菌素。在一个方面中,制备针对在多态位点处的各等位基因的一对探针,例如可制备两个探针,一个针对野生型等位基因且一个针对突变型等位基因。在一个方面中,进行针对各目标核苷酸序列的接合反应。在另一方面中,进行针对多于一个目标核苷酸序列的多任务接合反应。在一个方面中,进行针对在约1与约100之间、或至多2、3、4、5、6、7、8、9、10、25、50、75或100个目标核苷酸序列的多任务接合反应。在一个方面中,进行多任务接合反应,以检测、鉴定或量化各孔中的至多10个目标核苷酸序列。在一个方面中,检测、鉴定或量化多个等位基因对。在一个方面中,检测、鉴定或量化各孔中的至多五个等位基因对(即,野生型和突变型SNP对)。在一个方面中,检测、鉴定或量化包含测定对于变体等位基因,样本是纯合、杂合还是缺失的。
在一个方面中,使用模板依赖性接合酶,例如DNA接合酶,例如大肠杆菌DNA接合酶、T4 DNA接合酶、水生栖热菌(Taq)接合酶、嗜热栖热菌DNA接合酶或火球菌属DNA接合酶,来接合探针。在一个方面中,接合酶为热稳定的接合酶。在另一方面中,通过化学接合来接合探针。在一个方面中,以组合步骤,例如使用多个热循环和热稳定的接合酶,来进行杂交和接合。在一个方面中,反应混合物包含至少约100U/mL、500U/mL或1000U/mL和至多约1500U/mL或2000U/mL接合酶。
在一个方面中,通过将样本与一或多对探针和接合酶合并于接合缓冲液中,来进行接合分析。在一个方面中,将样本、探针和接合酶与接合缓冲液合并,以形成接合反应混合物,其体积为至少约10μL、15μL或20μL和至多约20μL、25μL或50μL。
在一个方面中,各对探针包含靶向探针和检测探针。在一个方面中,靶向探针包含与目标核苷酸序列的第一区互补的核苷酸序列和与固定于载体表面上的捕获寡核苷酸的至少一部分互补的单链寡核苷酸标签。在一个方面中,检测探针包含标记和与目标核苷酸序列的第二区互补的核苷酸序列,所述第二区与同靶向探针序列的第一核酸序列互补的第一区相邻。在一个方面中,靶向探针的5'端被磷酸化,且当将探针对退火成目标核苷酸序列时与检测探针的3'-羟基相邻,使得可通过形成磷酸二酯键来接合两个探针的末端。在一个方面中,检测探针的5'端被磷酸化,且当将探针对退火成目标核苷酸序列时与靶向探针的3'-羟基相邻,使得可通过形成磷酸二酯键来接合两个探针的末端。
在一个方面中,靶向探针包含约5与约100之间、约10与约50之间、约20与约30之间、或至少约5、6、7、8、9、10、15、20或25和至多约30、35、40、45、50、75或100个核苷酸。在一个方面中,反应混合物中包含至少约1nM、2nM、3nM、4nM或5nM和至多约5nM、10nM、25nM或50nM的靶向探针。
在一个方面中,靶向探针的整个长度与目标核苷酸序列互补。在另一方面中,靶向探针的一部分与目标核苷酸序列互补。在一个方面中,靶向探针与多态位点下游的目标核苷酸序列互补。在一个方面中,靶向探针为等位基因特异性探针,其包含与包含单核苷酸变体的目标核苷酸序列的区互补的核酸序列。在一个方面中,靶向探针为等位基因特异性探针,其包含与包含单核苷酸多态性的目标核苷酸序列的区互补的核酸序列。在一个方面中,靶向探针的3'-末端核酸与目标核苷酸序列的多态性核酸互补。在另一方面中,靶向探针的3'-末端核酸与目标核苷酸序列的多态性核酸的3'核苷酸互补。
在一个方面中,靶向探针包含与捕获分子特异性结合的标签。在一个方面中,标签包含与单链捕获寡核苷酸的核苷酸序列的至少一部分互补的单链寡核苷酸序列。在一个方面中,标签与靶向探针的5'端连接。在另一方面中,标签与靶向探针的3'端连接。在一个方面中,标签不与目标核苷酸序列互补且不与其杂交。
在一个方面中,标签包含比互补捕获寡核苷酸序列短以下的核苷酸序列:至少约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10和至多约11、12、13、14、15、16、17、18、19或20、或约1与约20之间、或约10与约15之间或约12与约13个之间的核苷酸。在一个方面中,标签具有长度为以下的核苷酸序列:至少约15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25和至多约25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40、或约15与约40之间或约20与约30个之间的核苷酸。
在一个方面中,标签包含与SEQ ID No:1-10中显示的捕获寡核苷酸的核苷酸序列的至少一部分互补的核苷酸序列。在一个方面中,标签包含与SEQ ID No:1-10中显示的捕获寡核苷酸的序列的约20与约25之间或约24个连续核苷酸互补的核苷酸序列。在一个方面中,使用已知方法,基于捕获寡核苷酸的序列,制备单链寡核苷酸标签。
在一个方面中,各对寡核苷酸探针包含具有约5与约100之间、约10与约50之间、约20与约30之间、或至少约5、6、7、8、9、10、15、20或25和至多约30、35、40、45、50、75或100个核苷酸的检测探针。
在一个方面中,靶向和检测探针具有约60℃和约65℃之间或约62℃与约64℃之间的熔化温度。在一个方面中,靶向和检测探针具有类似熔化温度(即,在约1℃、2℃、3℃、4℃或5℃内)。
在一个方面中,接合反应混合物中包含1:1比率的目标核苷酸序列的靶向和检测探针。在另一方面中,包含过量的检测探针,例如相较于靶向探针,接合反应混合物可包含多至少约5×、10×或20×的检测探针。在一个方面中,反应混合物中包含至少约10nM、25nM、50nM、75nM、100nM、150nM或200nM的检测探针。
在一个方面中,检测探针的整个长度与目标核苷酸序列互补。在另一方面中,检测探针的一部分与目标核苷酸序列互补。在一个方面中,检测探针与多态位点上游的目标核苷酸序列互补。在一个方面中,检测探针包含与包含单核苷酸变体的目标核苷酸序列的区互补的核酸序列。在一个方面中,检测探针包含与包含单核苷酸多态性的目标核苷酸序列的区互补的核酸序列。在一个方面中,检测探针的5'末端核酸与目标核苷酸序列的多态性核酸互补。在另一方面中,检测探针的5'末端核酸与为目标核苷酸序列的多态性核酸的5'的核酸杂交。
在一个方面中,检测探针包含标记。在一个方面中,标记与检测探针的3'端连接。在一个方面中,标记与检测探针的3'端连接,且5'端具有与目标核苷酸的紧邻于目标核苷酸与靶向探针的3'端杂交的序列的序列互补的核酸序列。在一个方面中,标记与检测探针的5'端连接,且3'端具有与目标核苷酸的紧邻于目标核苷酸与靶向探针的5'端杂交的序列的序列互补的核酸序列。
在一个方面中,靶向探针与目标核苷酸序列杂交,使得靶向探针的3'端直接位于目标核苷酸序列的多态性核苷酸,且检测探针与同多态位点相邻的目标核苷酸序列杂交,从而为接合反应提供5'端。如果靶向探针与目标核苷酸序列中的多态性核苷酸互补,那么第一寡核苷酸将与多态位点处的目标核苷酸序列杂交且可发生接合。如果靶向探针不与核苷酸序列中的多态性核苷酸互补,那么第一寡核苷酸将不与多态位点处的目标核苷酸序列杂交且将不发生接合。
在另一方面中,靶向探针与目标核苷酸序列杂交,使得靶向探针的末端5'-碱基直接位于目标核苷酸序列的多态性核苷酸,且检测探针与同多态位点相邻的目标核苷酸序列杂交,从而为接合反应提供3'端。
在另一方面中,检测探针与目标核苷酸序列杂交,使得检测探针的末端5'-碱基直接位于目标核苷酸序列的多态性核苷酸,且靶向探针与同多态位点相邻的目标核苷酸序列杂交,从而为接合反应提供3'端。
在另一方面中,检测探针与目标核苷酸序列杂交,使得检测探针的末端3'-碱基直接位于目标核苷酸序列的多态性核苷酸,且靶向探针与同多态位点相邻的目标核苷酸序列杂交,从而为接合反应提供5'端。
在一个方面中,方法包含:(i)使含有一个或多个目标核苷酸的样本与一对寡核苷酸探针和DNA接合酶接触,以形成接合反应混合物;(ii)使所述对探针与目标核苷酸序列杂交,其中所述对包含具有直接位于目标核苷酸序列的多态性核苷酸的末端3'或5'碱基的捕获或检测探针;(iii)将靶向和检测探针接合在一起以形成标记且加标签的反应产物;(iv)使其上固定有一个或多个捕获寡核苷酸的载体表面与标记且加标签的反应产物接触;(v)使标签与捕获寡核苷酸杂交;和(vi)检测加标签且标记的反应产物的存在。
在一个方面中,相对于目标核苷酸序列,包含过量(即,在nM水平)的接合分析中所使用的探针,且因此在一些情况下,可检测板上的寡核苷酸与目标的非特异性结合作为正信号。尽管不希望受理论束缚,据信,非特异性杂交可为探针与目标核苷酸序列杂交的结果,且剩下的在无接合的情况下杂交,这得到不归因于接合反应产物但为非特异性信号(被称作桥接背景)的信号。
在一个方面中,方法包含在接合反应混合物中提供一个或多个封端探针。在一个方面中,在接合反应混合物中包含一个或多个封端探针降低非特异性桥接背景。如本文所用,术语“封端探针”是指与目标核苷酸序列互补且跨越探针接合位点但不包含标签或标记的单链核苷酸序列、或与设计成与目标核苷酸序列杂交的探针互补的单链核苷酸序列。在一个方面中,封端探针很大程度上与探针序列共线。在一个方面中,封端探针包含与目标核苷酸序列或针对目标核苷酸序列的探针互补的至少约20、25、30、35、40、45或50和至多约50、75、100、150或200、或约20与约200之间或约50与约100个之间的核苷酸。在一个方面中,接合反应混合物中包含一对封端探针,其中第一封端探针具有与连接探针一致的序列但无互补寡核苷酸标签;且第二封端探针具有与检测探针一致的序列但无生物素标记。在一个方面中,可将与同探针序列相邻的目标核苷酸序列互补的至多2、3、4或5个额外核苷酸添加到封端探针的5'和3'端。
尽管不希望受理论束缚,据信,封端探针的存在可降低复合物的形成,其中目标核苷酸序列用作退火成目标序列但并未接合的探针的桥梁,使得复合物可产生假信号。在一个方面中,接合反应混合物中包含一对封端探针。在另一方面中,相对于对应OLA探针,接合反应混合物中包含过量的一个或多个封端探针。在一个方面中,相对于对应OLA探针,包含过量至少约10×、20×、30×、40×、50×、60×、70×、80×、90×或100×摩尔的一个或多个封端探针。
寡核苷酸接合分析的一个实施例在图1中示意性地表示。简言之,使包含多态位点2的目标核苷酸序列1与一对寡核苷酸探针接触,所述对寡核苷酸探针包含具有寡核苷酸标签4和与多态位点互补的核苷酸的靶向探针3以及具有标记6的检测探针5。使寡核苷酸探针3、5与目标核苷酸序列杂交。(图1A)接合与多态位点处完全互补序列杂交的寡核苷酸探针3、5,以形成加标签4且用6标记的反应产物11。(图1B)将含有加标签4且用6标记的接合产物11的反应混合物引到具有固定于一个或多个结合结构域9中的一个或多个捕获寡核苷酸7的载体表面上。当将加标签4且用6标记的接合产物11通过加标签的寡核苷酸4和捕获寡核苷酸7中所含的互补核苷酸序列之间的杂交而固定于载体表面上时,检测信号10。(图1C)。
在一个方面中,提供一种多任务接合酶检测反应。在一个方面中,使样本与一个或多个等位基因特异性探针和一个或多个共享探针接触。在一个方面中,一个或多个等位基因特异性探针包含含5'寡核苷酸标签和对应于所关注多态性的3'序列的上游探针,所述标签具有与捕获寡核苷酸序列互补的序列。在一个方面中,一个或多个共享探针为5'磷酸化且3'生物素标记的下游探针。在一个方面中,使多任务接合探针与含有一个或多个目标分析物的样本接触,使其杂交,且将相邻探针与DNA接合酶接合,以形成接合产物。在一个方面中,使一个或多个固定的捕获寡核苷酸与接合产物接触,且使寡核苷酸标签与其对应捕获寡核苷酸杂交。可例如使用标记的抗生蛋白链菌素,例如SULFO-TAG标记的抗生蛋白链菌素,来检测固定的接合产物。
在一个方面中,使用寡核苷酸接合分析(OLA)来检测、鉴定和/或量化样本中所含的目标核苷酸序列,所述样本可含有目标核苷酸序列的降解产物,所述降解产物也被称作寡核苷酸代谢物。在一个方面中,含有目标核苷酸序列的样本进一步包含一个或多个寡核苷酸代谢物。在一个方面中,OLA用于测量样本中的目标核苷酸序列相对于寡核苷酸代谢物的量。在一个方面中,OLA用于测定目标核苷酸序列的药物动力学参数。在一个方面中,所测量的药物动力学参数为清除、体积分布、血浆浓度、半衰期、峰时间、峰浓度、可用速率或其组合。本文中描述药物动力学参数的测量和解释。在一个方面中,目标核苷酸序列为治疗性寡核苷酸。在一个方面中,治疗性寡核苷酸为反义寡核苷酸(ASO)。在一个方面中,寡核苷酸代谢物为治疗性寡核苷酸代谢物。本文中描述治疗性寡核苷酸、ASO和其代谢和药理学。
在一个方面中,寡核苷酸代谢物比目标核苷酸序列短1个或更多个核苷酸、2个或更多个核苷酸、3个或更多个核苷酸、4个或更多个核苷酸、5个或更多个核苷酸、6个或更多个核苷酸、7个或更多个核苷酸、8个或更多个核苷酸、9个或更多个核苷酸、10个或更多个核苷酸、15个或更多个核苷酸或20个或更多个核苷酸。在一个方面中,寡核苷酸代谢物比目标核苷酸序列短约1%、约2%、约3%、约4%、约5%、约6%、约7%、约8%、约9%或约10%。在一个方面中,目标核苷酸序列为治疗性寡核苷酸。在一个方面中,治疗性寡核苷酸为反义寡核苷酸(ASO)。在一个方面中,寡核苷酸代谢物为治疗性寡核苷酸代谢物。
示范性实施例在图15中示出。在图15中,使含有目标核苷酸序列的样本与模板寡核苷酸接触。模板寡核苷酸包括与目标核苷酸序列互补的第一序列、和与第一序列相邻且与目标核苷酸序列的接合搭配物互补的第二序列。在一个方面中,目标核苷酸序列与模板寡核苷酸的第一序列杂交,且目标核苷酸序列的接合搭配物与模板寡核苷酸的第二序列杂交。在一个方面中,目标核苷酸序列和接合搭配物在模板寡核苷酸的整个长度上杂交。在一个方面中,目标核苷酸序列和接合搭配物与模板寡核苷酸杂交,以形成双链复合物。使用本文所描述的方法将目标核苷酸序列和接合搭配物接合在一起,以形成目标核苷酸序列接合产物。随后,使目标核苷酸序列接合产物与同目标核苷酸序列接合产物互补的单链寡核苷酸探针对接触,且使其与目标核苷酸序列接合产物杂交。在一个方面中,向目标核苷酸序列接合产物中,添加能够与目标核苷酸序列接合产物的相邻区杂交的探针。在一个方面中,接合两个相邻探针以形成反应产物,所述两个相邻探针各自与目标核苷酸序列接合产物的相邻区杂交。在一个方面中,探针包括如本文所描述的靶向探针和检测探针。在一个方面中,靶向探针和检测探针在目标核苷酸序列接合产物的整个长度上杂交。在一个方面中,靶向探针包括寡核苷酸标签。本文中进一步描述靶向探针和寡核苷酸标签。在一个方面中,寡核苷酸标签与固定于载体表面上的捕获寡核苷酸的至少一部分互补。在一个方面中,检测探针包括标记。本文中进一步描述检测探针和标记。在一个方面中,标记包括生物素,且检测试剂与抗生蛋白链菌素连接。在另一方面中,标记包括半抗原,且检测试剂与例如抗体的半抗原结合搭配物连接。本文中进一步描述标记、检测试剂和标记与检测试剂之间的结合模式。在一个方面中,使表面与检测试剂接触以与标记结合。在一个方面中,检测试剂为电化学发光试剂。在一个方面中,检测试剂包括MSD SULFO-TAG。在一个方面中,如本文所描述测量电化学发光,以检测、鉴定和/或量化目标核苷酸序列。在一个方面中,测量样本中的目标核苷酸序列的量,以测定目标核苷酸序列的药物动力学参数。在一个方面中,目标核苷酸序列为治疗性寡核苷酸。在一个方面中,治疗性寡核苷酸为反义寡核苷酸。在一个方面中,检测治疗性寡核苷酸而无需扩增治疗性寡核苷酸。在一个方面中,检测样本中的治疗性寡核苷酸而无需进行核酸提取步骤。
在一个方面中,含有目标核苷酸序列的样本还包含一个或多个寡核苷酸代谢物。在一个方面中,寡核苷酸代谢物干扰对目标核苷酸序列的检测、鉴定和/或量化。因此,可能需要从样本去除寡核苷酸代谢物。因此,在一个方面中,向样本中添加对单链寡核苷酸具有特异性的核酸酶(即,“单链特异性核酸酶”),同时在添加探针之前,使目标核苷酸序列接合产物与模板寡核苷酸杂交,如图15中所概述。单链特异性核酸酶特异性去除单链寡核苷酸代谢物,而对杂交的目标核苷酸序列接合产物和模板寡核苷酸大体上不具反应性。在一个方面中,单链特异性核酸酶另外去除过量未杂交的模板寡核苷酸。单链特异性核酸酶的非限制性实例包含核酸酶S1(例如分离自米曲菌(Aspergillus oryzae))、核酸酶P1(例如分离自桔青霉菌(Penicillium citrinum))、核酸酶MB(例如分离自绿豆(mung bean Vignaradiata))和分离自交替单胞菌(Alteromonas espejiana)、粗厚神经胞子菌(Neurosporacrassa)和玉米黑粉菌(Ustilago maydis)的核酸酶。单链特异性核酸酶还可包含例如RNA酶,例如RNA酶A、RNA酶H、RNA酶I、RNA酶III、RNA酶L、RNA酶P、RNA酶PhyM、RNA酶T1、RNA酶T2、RNA酶U2、RNA酶V、PNP酶、RNA酶PH、RNA酶R、RNA酶D、RNA酶T、RNA酶ONE、寡核糖核酸酶、核糖核酸外切酶I和核糖核酸外切酶II。可能适合于本发明方法的额外核酸酶包含某些DNA酶。额外核酸酶,包含单链特异性核酸酶,提供于例如Yang,《生物物理季度评论(Q RevBiophys))》44(1):1-93(2011)和Desai等人,《FEMS微生物学评论(FEMS Microbiol Rev)》26:457-491(2003)中。在一个方面中,目标核苷酸序列为治疗性寡核苷酸。在一个方面中,治疗性寡核苷酸为反义寡核苷酸。在一个方面中,寡核苷酸代谢物为治疗性寡核苷酸代谢物。在一个方面中,目标核苷酸序列包含RNA。在一个方面中,目标核苷酸序列包含miRNA、治疗性RNA、mRNA、RNA病毒或其组合。
3.引物延伸分析(PEA)
在另一方面中,使用引物延伸分析(PEA),检测、鉴定或量化样本中的一个或多个目标核苷酸序列。在一个方面中,目标核苷酸序列包含一个或多个单核苷酸变体(singlenucleotide variant;SNV)。在另一方面中,核苷酸序列包含一个或多个单核苷酸多态性(SNP)。在一个方面中,在扩增样本中的目标核苷酸序列之后,进行引物延伸。在另一方面中,对于尚未扩增的样本进行引物延伸。
用于进行引物延伸分析的方法为已知的且一般包含以下步骤:使样本与具有与目标核苷酸序列互补的核苷酸序列的探针接触。在一个方面中,探针的整个长度与目标核苷酸序列互补。在另一方面中,探针的一部分与目标核苷酸序列互补。在一个方面中,探针包含与紧接多态性的3'端的目标核苷酸序列的核酸序列互补的核酸序列,使得探针与多态性核苷酸下游的目标核苷酸序列杂交。在一个方面中,探针包含约5与约100之间、约10与约50之间、约20与约30之间、或至少约5、6、7、8、9、10、15、20或25和至多约30、35、40、45、50、75或100个核苷酸。
在一个方面中,探针为包含与捕获分子特异性结合的标签的靶向探针。在一个方面中,标签包含与单链捕获寡核苷酸的核苷酸序列互补的单链寡核苷酸序列。在一个方面中,标签与靶向探针的5'端连接。在一个方面中,标签与靶向探针的5'端连接,且靶向探针的3'末端核酸与紧靠目标核苷酸序列的多态位点下游的核酸互补。在一个方面中,由终端用户使用已知方法,基于捕获寡核苷酸的序列,制备单链寡核苷酸标签。
在一个方面中,标签包含比捕获寡核苷酸序列短以下的核苷酸序列:至少约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10和至多约11、12、13、14、15、16、17、18、19或20、或约1与约20之间或约10与约15个之间的核苷酸。在一个方面中,标签具有长度为以下的核苷酸序列:至少约15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25和至多约25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40、或约15与约40之间或约20与约30个之间的核苷酸。在一个方面中,标签包含与SEQID NO:1-64中显示的捕获寡核苷酸的核苷酸序列的至少一部分互补的核苷酸序列。在一个方面中,标签包含与SEQ ID NO:1-10中显示的捕获寡核苷酸的核苷酸序列的至少一部分互补的核苷酸序列。
在一个方面中,一个或多个标签寡核苷酸含有与其对应捕获寡核苷酸的全序列互补的序列。在一个方面中,一个或多个标签寡核苷酸含有仅与其对应捕获寡核苷酸的序列的一部分互补的序列。举例来说,而非作为限制,捕获寡核苷酸可含有如本文中所描述的连接子,其可由接近连接(例如以被硫醇基修饰的末端核苷酸开始)其的表面的不与标签寡核苷酸序列互补的寡核苷酸序列组成或包括所述寡核苷酸序列。标签与捕获寡核苷酸之间的互补区的长度也可变化。在本发明的一些方面中,寡核苷酸之间的互补区的长度为至少20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35或36个核苷酸。
在一个方面中,方法包含使含有一个或多个目标核苷酸序列的样本与靶向探针接触,且使靶向探针与目标寡核苷酸在引物延伸反应混合物存在下杂交,所述引物延伸反应混合物包含聚合酶和一个或多个2'3'-双脱氧核苷酸三磷酸(ddNTP),包含例如ddA、ddT、ddC、ddG。在一个方面中,对与多态位点互补的ddNTP进行标记。在一个方面中,不对不与多态位点互补的ddNTP进行标记。在一个方面中,对与野生型多态核苷酸互补的ddNTP进行标记。在另一方面中,对与突变型多态性核苷酸互补的ddNTP进行标记。在一个方面中,靶向探针的3'端延伸单一ddNTP。在一个方面中,当标记的ddNTP与多态性核苷酸互补时,引物延伸一个标记的ddNTP,以形成加标签且标记的反应产物。当标记的ddNTP不与多态性核苷酸互补时,那么引物延伸未标记的ddNTP且未检测到。
适合的聚合酶包含(但不限于)DNA聚合酶、RNA聚合酶、DNA依赖性RNA聚合酶(反转录酶)和其活性亚基,包含例如DNA聚合酶的Klenow片段。在一个方面中,聚合酶为DNA聚合酶。在一个方面中,聚合酶为热稳定的聚合酶,例如Taq聚合酶。
引物延伸分析的一个实施例示在图2中意性地表示。简言之,使包含多态位点22的目标核苷酸序列21与具有寡核苷酸标签25的靶向探针23在引物延伸反应混合物存在下接触,所述引物延伸反应混合物包含DNA聚合酶和2'3'-双脱氧核苷酸三磷酸(ddNTP),即ddA、ddT、ddC、ddG,其中与多态位点互补的ddNTP 25被26标记。靶向探针的3'端延伸单一ddNTP。如图2A中所示,当标记的ddNTP与多态性核苷酸互补时,引物延伸一个标记的ddNTP,以形成加标签且标记的反应产物。如图2B中所示,当多态性核苷酸不与标记的ddNTP互补时,引物延伸一未标记的ddNTP,从而产生将不会被检测的未标记的反应产物。
4.直接杂交
在一个方面中,提供一种使用直接杂交法来检测、鉴定或量化样本中的一个或多个目标分析物的方法或试剂盒。在一个方面中,方法或试剂盒包含一个或多个捕获寡核苷酸(在本文中被称作“目标特异性捕获寡核苷酸”),所述一个或多个捕获寡核苷酸包含与样本中的一个或多个目标核酸的序列互补的一个或多个核酸序列。在一个方面中,方法或试剂盒包含可用于多任务阵列中以平行检测、鉴定或量化多个目标分析物的多个目标特异性捕获寡核苷酸。
在一个方面中,方法包含提供其上固定一个或多个目标特异性捕获分子的载体表面的步骤。在一个方面中,载体表面具有平坦表面。在一个方面中,载体表面为具有多个孔的板,即“多孔板”。多孔板可包含任何数量的以任何模式或配置排列的任何大小或形状的孔。在另一方面中,载体表面具有弯曲表面。在一个方面中,载体表面包含分析模块,例如分析板、载玻片、料筒、珠粒或芯片。在一个方面中,载体表面是由一个或多个粒子或“珠粒”提供。在一个方面中,载体表面包含颜色编码的微球体。参见例如Yang等人(2001)《BADGE,检测基因表达的珠粒阵列,一种高通量诊断性生物分析(BADGE,BeadsArray for theDetection of Gene Expression,a High-Throughput Diagnostic Bioassay)》.《基因组研究(Genome Res)》.11(11):1888-1898。在一个方面中,载体表面包含其上固定一个或多个目标特异性捕获寡核苷酸的一个或多个珠粒。
在一个方面中,将一个或多个目标特异性捕获分子固定于阵列中的结合结构域中。在一个方面中,载体表面包含具有一个或多个表面的一个或多个碳基电极和固定于一个或多个碳基电极的一个或多个表面上的一个或多个结合结构域中的一个或多个目标特异性捕获寡核苷酸。
在一个方面中,使含有或疑似含有一个或多个目标分析物的样本与一个或多个寡核苷酸探针和标记的引物在其中标记的引物与目标分析物杂交的条件下接触,所述一个或多个寡核苷酸探针包含与一个或多个目标核酸上的序列互补的一个或多个序列,所述引物包含与一个或多个目标分析物互补的序列。随后,可使用已知技术,例如PCR扩增,来扩增目标分析物,以形成标记的反应产物。
在一个方面中,在其中一个或多个标记的反应产物能够与其对应互补捕获寡核苷酸序列的条件下,使其上固定一个或多个目标特异性捕获寡核苷酸序列的载体表面与标记的反应产物接触,且基于在阵列位置中是否存在标记来鉴定、检测或量化目标分析物。
在一个方面中,直接杂交用于检测、鉴定样本中的病毒的存在或对其进行量化。在一个方面中,直接杂交可用于人类乳头状瘤病毒(human papillomavirus;HPV)基因分型。人类乳头状瘤病毒(HPV)感染为宫颈癌的主要原因。已鉴定出大于200种HPV基因型,且大致40种造成生殖器感染。HPV类型16、18、26、31、33、35、39、45、51、52、53、56、58、59、66、68、73和82视为致癌的。Munoz等人(2003)《与宫颈癌相关的人类乳头状瘤病毒类型的流行病学分类(Epidemiologic classification of human papillomavirus types associated withcervical cancer)》.《新英格兰医学杂志(N.Engl.J.Med.)》3(48):518。
在一个方面中,直接杂交用于检测、鉴定样本中的细菌的存在或对其进行量化。在一个方面中,直接杂交用于检测、鉴定或量化样本中的沙眼披衣菌(Chlamydiatrachomatis/C.trachomatis)。在一个方面中,直接杂交用于检测、鉴定或量化沙眼披衣菌的三种主要血清型(血清型A-C)中的一个或多个。
在一个方面中,直接杂交用于检测、鉴定样本中的肠道沙门氏菌(Salmonellaenterica)的存在或对其进行量化。已鉴定出大于2600种不同血清型,且可分成伤寒和非伤寒血清变型。Gal-mor等人(2014)《相同物种、不同疾病:伤寒和非伤寒肠道沙门氏菌血清变型如何不同和为何不同(Same species,different diseases:how and why typhoidaland non-typhoidal Salmonella enterica sevovars differ)》.《前沿微生物学(Front.Microbiol)》.5(391)数字对象标识符:10.3389/fmicb.2014.00391。
在一个方面中,直接杂交用于检测、鉴定和/或量化可含有寡核苷酸代谢物的样本中的目标核苷酸序列例如治疗性寡核苷酸。在一个方面中,含有目标核苷酸序列的样本进一步包含一个或多个寡核苷酸代谢物。在一个方面中,直接杂交用于测量样本中的目标核苷酸序列相对于寡核苷酸代谢物的量。在一个方面中,直接杂交用于测定目标核苷酸序列的药物动力学参数。在一个方面中,所测量的药物动力学参数为清除、体积分布、血浆浓度、半衰期、峰时间、峰浓度、可用速率或其组合。本文中描述药物动力学参数的测量和解释。在一个方面中,目标核苷酸序列为治疗性寡核苷酸。在一个方面中,治疗性寡核苷酸为反义寡核苷酸(ASO)。本文中描述治疗性寡核苷酸、ASO和其代谢和药理学。
在一个方面中,寡核苷酸代谢物比目标核苷酸序列短1个或更多个核苷酸、2个或更多个核苷酸、3个或更多个核苷酸、4个或更多个核苷酸、5个或更多个核苷酸、6个或更多个核苷酸、7个或更多个核苷酸、8个或更多个核苷酸、9个或更多个核苷酸、10个或更多个核苷酸、15个或更多个核苷酸或20个或更多个核苷酸。在一个方面中,寡核苷酸代谢物比目标核苷酸序列短约1%、约2%、约3%、约4%、约5%、约6%、约7%、约8%、约9%或约10%。在一个方面中,目标核苷酸序列为治疗性寡核苷酸。在一个方面中,治疗性寡核苷酸为反义寡核苷酸(ASO)。在一个方面中,寡核苷酸代谢物为治疗性寡核苷酸代谢物。
示范性实施例在图16中示出。在图16中,在其中目标核苷酸序列与目标核苷酸序列互补序列杂交的条件下,使含有目标核苷酸序列的样本与包括目标核苷酸序列的互补序列的目标核苷酸序列互补序列接触。在一个方面中,目标核苷酸序列和目标核苷酸序列互补序列在其整个长度上杂交。在一个方面中,目标核苷酸序列分析物与目标核苷酸序列互补序列杂交,以形成双链复合物。在一个方面中,含有目标核苷酸序列的样本进一步包含一个或多个寡核苷酸代谢物。本文中描述目标核苷酸序列(例如治疗性寡核苷酸,例如ASO)的代谢物。在一个方面中,方法包含去除寡核苷酸代谢物。在一个方面中,向样本中添加单链特异性核酸酶,同时目标核苷酸序列与目标核苷酸序列互补序列杂交。在一个方面中,单链特异性核酸酶特异性去除单链寡核苷酸代谢物,而对杂交的目标核苷酸序列和目标核苷酸序列互补序列大体上不具反应性。在一个方面中,单链特异性核酸酶另外去除过量未杂交的目标核苷酸序列互补序列。本文提供适合的核酸酶的实例,包含单链特异性核酸酶。在一个方面中,目标核苷酸序列为治疗性寡核苷酸。在一个方面中,治疗性寡核苷酸为反义寡核苷酸。在一个方面中,寡核苷酸代谢物为治疗性寡核苷酸代谢物。
在一个方面中,在通过单链特异性核酸酶去除寡核苷酸代谢物和/或未杂交的目标核苷酸序列互补序列之后,添加能够与目标核苷酸序列的相邻区杂交的探针。在一个方面中,接合两个相邻探针以形成反应产物,所述两个相邻探针各自与目标核苷酸序列的相邻区杂交。在一个方面中,探针包括如本文所描述的靶向探针和检测探针。在一个方面中,靶向探针和检测探针在目标核苷酸序列的整个长度上杂交。在一个方面中,靶向探针包括寡核苷酸标签。本文中进一步描述靶向探针和寡核苷酸标签。在一个方面中,寡核苷酸标签与固定于载体表面上的捕获寡核苷酸的至少一部分互补。在一个方面中,检测探针包括标记。本文中进一步描述检测探针和标记。在一个方面中,检测探针能够与检测试剂结合。在一个方面中,检测探针包括生物素标记。在一个方面中,标记包括生物素,且检测试剂与抗生蛋白链菌素连接。在另一方面中,标记包括半抗原,且检测试剂与例如抗体的半抗原结合搭配物连接。本文中进一步描述标记、检测试剂和标记与检测试剂之间的结合模式。在一个方面中,使表面与检测试剂接触以与标记结合。在一个方面中,检测试剂为电化学发光试剂。在一个方面中,检测试剂包括MSD SULFO-TAG。在一个方面中,如本文所描述测量电化学发光,以检测、鉴定和/或量化目标核苷酸序列。在一个方面中,测量样本中的目标核苷酸序列的量,以测定目标核苷酸序列的药物动力学参数。在一个方面中,目标核苷酸序列为治疗性寡核苷酸。在一个方面中,治疗性寡核苷酸为反义寡核苷酸。在一个方面中,寡核苷酸代谢物为治疗性寡核苷酸代谢物。在一个方面中,目标核苷酸序列包含RNA。在一个方面中,目标核苷酸序列包含miRNA、治疗性RNA、mRNA、RNA病毒或其组合。
5.聚合酶链式反应(PCR)
在一个方面中,提供一种使用聚合酶链式反应(PCR)来检测、鉴定或量化样本中的一个或多个目标分析物的方法或试剂盒。在一个方面中,使用PCR扩增目标核酸。在一个方面中,提供一种方法或试剂盒,其包含PCR引物的一个或多个集合,其中引物的各集合包含上游引物和下游引物。在一个方面中,使用一个或多个上游和下游PCR引物,扩增样本中的目标核苷酸序列。
在一个方面中,使用一个或多个修饰的上游或下游引物,扩增样本中的一个或多个目标核苷酸分析物。在一个方面中,使用包含被配置以与具有互补序列的捕获寡核苷酸杂交的寡核苷酸标签序列的一个或多个上游引物,扩增一个或多个目标核苷酸分析物。在一个方面中,使用一个或多个包含标记的下游引物,扩增一个或多个目标核苷酸分析物。在一个方面中,使用包含被配置以与具有互补序列的捕获寡核苷酸杂交的寡核苷酸标签序列的一个或多个下游引物,扩增一个或多个目标核苷酸分析物。在一个方面中,使用一个或多个包含标记的上游引物,扩增一个或多个目标核苷酸分析物。
在一个方面中,使用一个或多个修饰的PCR引物扩增目标核苷酸序列,以形成包含被配置以与固定于载体表面上的捕获寡核苷酸杂交的寡核苷酸标签的PCR反应产物。在一个方面中,使用一个或多个修饰的PCR引物扩增目标核苷酸序列,以形成包含标记的PCR反应产物。在一个方面中,使用一个或多个修饰的PCR引物扩增目标核苷酸序列,以形成包含被配置以与固定于载体表面上的捕获寡核苷酸杂交的寡核苷酸标签和标记的PCR反应产物。用于标记PCR反应产物的方法为已知的,且包含例如标记的脱氧核苷酸三磷酸(dNTP)或包含标记的已修饰的上游或下游引物。
在一个方面中,将一个或多个捕获寡核苷酸固定于载体表面上的阵列中的结合结构域中。在一个方面中,通过寡核苷酸标签与其对应捕获寡核苷酸的杂交,在载体表面上捕获PCR反应产物。
在一个方面中,使用接合介导的扩增(LM PCR),检测、鉴定或量化一个或多个目标分析物。在一个方面中,使用与本文所描述的方法组合的多任务“接合介导的扩增”,检测、鉴定或量化一个或多个目标分析物。在一个方面中,使用上游和下游探针,反转录一个或多个目标核苷酸分析物。在一个方面中,上游探针包含与通用引物位点(例如T7)互补的核苷酸序列、寡核苷酸标签序列和基因特异性序列;且下游探针包含与上游探针的基因特异性片段相邻的基因特异性片段和通用引物位点(例如T3)。在一个方面中,下游探针为5'磷酸化的。在一个方面中,将探针退火成其目标,去除游离探针且使用接合酶接合退火的探针,以得到扩增模板。在一个方面中,用T3和5'生物素标记的T7引物进行PCR。在一个方面中,在其中寡核苷酸标签与其对应捕获寡核苷酸杂交的条件下,使固定到载体表面的捕获寡核苷酸与生物素标记的扩增子接触。在一个方面中,将捕获的标记的扩增子与标记的抗生蛋白链菌素,例如SULFO-TAG标记的抗生蛋白链菌素一起培育,使得可检测、鉴定或量化捕获的标记的扩增子。参见例如Peck等人(2006)《一种用于高通量基因表达标志分析的方法(Amethod for high-throughput gene expression signature analysis)》.《基因组生物学(Genome Biol.)》7(7):R61。
在一个方面中,目标分析物为cDNA。在一个方面中,目标分析物为mRNA。在一个方面中,由带poly-A尾的mRNA,使用oligo-dT引物,合成cDNA。在一个方面中,可由mRNA,使用随机启动的cDNA合成,来产生cDNA。
6.核酸酶保护分析(NPA)
在一个方面中,提供一种使用核酸酶保护分析来检测、鉴定或量化样本中的一个或多个目标分析物的方法或试剂盒。在一个方面中,核酸酶保护分析用于检测、鉴定或量化含有或疑似含有目标分析物的样本中的目标分析物。在一个方面中,目标分析物包含单链核酸,包含例如单链RNA。在一个方面中,目标分析物包含微小RNA(miRNA)。在一个方面中,在其中目标分析物与探针杂交的条件下,使样本与包含与目标分析物的序列互补的序列和寡核苷酸标签序列的一个或多个单链探针接触,以形成加标签的反应产物。在一个方面中,探针为DNA/RNA杂合探针,其包含单链DNA标签序列和与目标分析物的核酸序列互补的单链RNA序列。在一个方面中,杂合探针包含生物素标记。
在一个方面中,在其中一个或多个寡核苷酸标签序列与固定于载体表面上的其对应捕获寡核苷酸序列杂交的条件下,使其上固定一个或多个捕获寡核苷酸的载体表面与包含加标签的反应产物的混合物接触。在使寡核苷酸标签与载体表面上的其对应捕获寡核苷酸杂交之后,洗涤载体表面,且在其中RNA酶可消化单链RNA分子,和去除过量与无杂交目标RNA的斑点结合的探针,以及裂解探针与目标RNA之间的任何错配位点的条件下,使其与对单链RNA具有特异性的RNA酶(例如RNA酶A或RNA酶I)接触。
在一个方面中,miRNA分析包含步降探针杂交步骤,其中在退火温度增量降低期间,DNA/RNA嵌合探针与目标miRNA杂交。
在一个方面中,具有直接表面涂覆的核酸酶保护分析(NPA)用于检测、鉴定和/或量化可含有目标核苷酸序列的降解产物(也被称作寡核苷酸代谢物)的样本中的目标核苷酸序列。在一个方面中,含有目标核苷酸序列的样本进一步包含一个或多个寡核苷酸代谢物。在一个方面中,具有直接表面涂覆的NPA用于测量样本中的目标核苷酸序列相对于寡核苷酸代谢物的量。在一个方面中,具有直接表面涂覆的NPA用于测定治疗性寡核苷酸的药物动力学参数。在一个方面中,所测量的药物动力学参数为清除、体积分布、血浆浓度、半衰期、峰时间、峰浓度、可用速率或其组合。本文中描述药物动力学参数的测量和解释。在一个方面中,目标核苷酸序列为治疗性寡核苷酸。在一个方面中,治疗性寡核苷酸为反义寡核苷酸(ASO)。在一个方面中,寡核苷酸代谢物为治疗性寡核苷酸代谢物。本文中描述治疗性寡核苷酸、反义寡核苷酸及其代谢和药理学。
在一个方面中,寡核苷酸代谢物比目标核苷酸序列短1个或更多个核苷酸、2个或更多个核苷酸、3个或更多个核苷酸、4个或更多个核苷酸、5个或更多个核苷酸、6个或更多个核苷酸、7个或更多个核苷酸、8个或更多个核苷酸、9个或更多个核苷酸、10个或更多个核苷酸、15个或更多个核苷酸或20个或更多个核苷酸。在一个方面中,寡核苷酸代谢物比目标核苷酸序列短约1%、约2%、约3%、约4%、约5%、约6%、约7%、约8%、约9%或约10%。在一个方面中,目标核苷酸序列为治疗性寡核苷酸。在一个方面中,治疗性寡核苷酸为反义寡核苷酸(ASO)。在一个方面中,寡核苷酸代谢物为治疗性寡核苷酸代谢物。在一个方面中,检测治疗性寡核苷酸而无需扩增治疗性寡核苷酸。在一个方面中,检测样本中的治疗性寡核苷酸而无需进行核酸提取步骤。
示范性实施例在图17中示出。在图17中,包括目标核苷酸序列的互补序列的目标核苷酸序列互补序列用作捕获寡核苷酸。目标核苷酸序列互补序列包括在一端处的标记和另一端上的表面连接部分。将捕获寡核苷酸固定到表面的方法在本文中描述,且包含例如静电相互作用、互补结合搭配物、互补反应性官能团、连接子(例如包含反应性官能团的交联剂)等。在一个方面中,通过目标核苷酸序列互补序列的表面连接部分,表面用目标核苷酸序列互补序列涂覆。在一个方面中,表面连接部分包括硫醇基。在一个方面中,表面连接部分包括生物素。
在一个方面中,在其中目标核苷酸序列互补序列与目标核苷酸序列杂交的条件下,使目标核苷酸序列互补序列涂覆的表面与含有目标核苷酸序列的样本接触。在一个方面中,目标核苷酸序列和目标核苷酸序列互补序列在其整个长度上杂交。在一个方面中,目标核苷酸序列与目标核苷酸序列互补序列杂交,以形成双链复合物。在一个方面中,含有目标核苷酸序列的样本进一步包含一个或多个寡核苷酸代谢物。本文中描述目标核苷酸序列(例如治疗性寡核苷酸,例如ASO)的代谢物。在一个方面中,方法包含去除寡核苷酸代谢物。在一个方面中,向样本中添加单链特异性核酸酶,同时目标核苷酸序列与目标核苷酸序列互补序列杂交。在一个方面中,单链特异性核酸酶特异性去除单链寡核苷酸代谢物,而对杂交的目标核苷酸序列-目标核苷酸序列互补序列大体上不具反应性。本文提供适合的核酸酶的实例,包含单链特异性核酸酶。
在一个方面中,在通过单链特异性核酸酶去除寡核苷酸代谢物之后,使表面与能够与目标核苷酸序列互补序列上的标记结合的检测试剂接触。在一个方面中,标记包括生物素,且检测试剂与抗生蛋白链菌素连接。在另一方面中,标记包括半抗原,且检测试剂与例如抗体的半抗原结合搭配物连接。本文中进一步描述标记、检测试剂和标记与检测试剂之间的结合模式。在一个方面中,检测试剂为电化学发光试剂。在一个方面中,检测试剂包括MSD SULFO-TAG。在一个方面中,如本文所描述测量电化学发光,以检测、鉴定和/或量化目标核苷酸序列。在一个方面中,测量样本中的目标核苷酸序列的量,以测定目标核苷酸序列的药物动力学参数。在一个方面中,目标核苷酸序列为治疗性寡核苷酸。在一个方面中,治疗性寡核苷酸为反义寡核苷酸。在一个方面中,寡核苷酸代谢物为治疗性寡核苷酸代谢物。在一个方面中,目标核苷酸序列包含RNA。在一个方面中,目标核苷酸序列包含miRNA、治疗性RNA、mRNA、RNA病毒或其组合。
在另一方面中,目标核苷酸序列为小核酸,例如长度为至少约15个碱基对、至少约16个碱基对、至少约17个碱基对、至少约18个碱基对、至少约19个碱基对或至少约20个碱基对和至多约20个碱基对,长度为至多约25个碱基对、长度为至多约30个碱基对、长度为至多约40个碱基对或长度为至多约50个碱基对。在一个方面中,用于检测这类小核酸目标的探针包含长度为至少约8个碱基对、至少约9个碱基对、至少约10个碱基对、至少约11个碱基对或至少约12个碱基对和至多约20个碱基对、长度为至多约25个碱基对、长度为至多约30个碱基对、长度为至多约40个碱基对或长度为至多约50个碱基对,且在杂交另一个之后接合探针和小核酸目标,如本文所描述。
7.杂交/保护分析
在一个方面中,杂交/保护分析用于检测、鉴定和/或量化可含有寡核苷酸代谢物的样本中的目标核苷酸序列,例如治疗性寡核苷酸。在一个方面中,含有目标核苷酸序列的样本进一步包含一个或多个寡核苷酸代谢物。在一个方面中,杂交/保护分析用于测量样本中的目标核苷酸序列相对于寡核苷酸代谢物的量。在一个方面中,杂交/保护分析用于测定治疗性寡核苷酸的药物动力学参数。在一个方面中,所测量的药物动力学参数为清除、体积分布、血浆浓度、半衰期、峰时间、峰浓度、可用速率或其组合。本文中描述药物动力学参数的测量和解释。在一个方面中,目标核苷酸序列为治疗性寡核苷酸。在一个方面中,治疗性寡核苷酸为反义寡核苷酸(ASO)。本文中描述治疗性寡核苷酸、ASO及其代谢和药理学。
在一个方面中,寡核苷酸代谢物比目标核苷酸序列短1个或更多个核苷酸、2个或更多个核苷酸、3个或更多个核苷酸、4个或更多个核苷酸、5个或更多个核苷酸、6个或更多个核苷酸、7个或更多个核苷酸、8个或更多个核苷酸、9个或更多个核苷酸、10个或更多个核苷酸、15个或更多个核苷酸或20个或更多个核苷酸。在一个方面中,寡核苷酸代谢物比目标核苷酸序列短约1%、约2%、约3%、约4%、约5%、约6%、约7%、约8%、约9%或约10%。在一个方面中,目标核苷酸序列为治疗性寡核苷酸。在一个方面中,治疗性寡核苷酸为反义寡核苷酸(ASO)。在一个方面中,寡核苷酸代谢物为治疗性寡核苷酸代谢物。在一个方面中,检测治疗性寡核苷酸而无需扩增治疗性寡核苷酸。在一个方面中,检测样本中的治疗性寡核苷酸而无需进行核酸提取步骤。
示范性实施例在图18中示出。在图18中,使含有目标核苷酸序列的样本与包括以下的目标核苷酸序列互补序列探针接触:(i)与目标核苷酸序列互补的目标核苷酸序列互补序列;(ii)寡核苷酸标签;和(iii)标记。在一个方面中,目标核苷酸序列互补序列探针的寡核苷酸标签与固定于载体表面上的捕获寡核苷酸的至少一部分互补。在一个方面中,目标核苷酸序列的寡核苷酸标签为双链,且寡核苷酸标签的一个链与固定于载体表面上的捕获寡核苷酸的至少一部分互补。本文中进一步描述寡核苷酸标签和捕获寡核苷酸。在一个方面中,目标核苷酸序列互补序列探针的标记能够与检测试剂结合。在一个方面中,标记包括生物素,且检测试剂与抗生蛋白链菌素连接。在另一方面中,标记包括半抗原,且检测试剂与例如抗体的半抗原结合搭配物连接。本文中进一步描述标记、检测试剂和标记与检测试剂之间的结合模式。
在一个方面中,目标核苷酸序列与目标核苷酸序列互补序列探针杂交。在一个方面中,目标核苷酸序列和目标核苷酸序列互补序列探针在目标核苷酸序列和目标核苷酸序列互补序列的整个长度上杂交。在一个方面中,寡核苷酸标签为双链,且目标核苷酸序列和目标核苷酸序列互补序列杂交,以形成双链复合物。在一个方面中,含有目标核苷酸序列的样本进一步包含一个或多个寡核苷酸代谢物。本文中描述目标核苷酸序列的代谢物,例如治疗性寡核苷酸,例如ASO。在一个方面中,方法包含去除寡核苷酸代谢物。在一个方面中,向样本中添加单链特异性核酸酶,同时目标核苷酸序列与目标核苷酸序列互补序列杂交。在一个方面中,单链特异性核酸酶特异性去除单链寡核苷酸代谢物,而对杂交的目标核苷酸序列-目标核苷酸序列互补序列大体上不具反应性。在一个方面中,单链特异性核酸酶另外去除过量未杂交的目标核苷酸序列互补序列探针。本文提供适合的核酸酶的实例,包含单链特异性核酸酶。
在一个方面中,在去除寡核苷酸代谢物和/或未杂交的目标核苷酸序列互补序列探针之后,通过目标核苷酸序列互补序列探针上的寡核苷酸标签与表面上的捕获寡核苷酸的结合,将杂交的目标核苷酸序列-目标核苷酸序列互补序列探针固定到载体表面上。在一个方面中,在固定杂交的目标核苷酸序列-目标核苷酸序列互补序列探针之前,去除寡核苷酸代谢物和/或未杂交的目标核苷酸序列互补序列探针,以相较于同时去除/固定、或固定之后去除型式,提供改进的敏感性。在一个方面中,向表面添加检测试剂,且检测试剂与目标核苷酸序列互补序列探针上的标记结合。在一个方面中,检测试剂为电化学发光试剂。在一个方面中,检测试剂包括MSD SULFO-TAG。在一个方面中,如本文所描述测量电化学发光,以检测、鉴定和/或量化目标核苷酸序列。在一个方面中,测量样本中的目标核苷酸序列的量,以测定目标核苷酸序列的药物动力学参数。在一个方面中,目标核苷酸序列为治疗性寡核苷酸。在一个方面中,治疗性寡核苷酸为反义寡核苷酸。在一个方面中,寡核苷酸代谢物为治疗性寡核苷酸代谢物。在一个方面中,目标核苷酸序列包含RNA。在一个方面中,目标核苷酸序列包含miRNA、治疗性RNA、mRNA、RNA病毒或其组合。
K.样本
本文中所描述的方法或试剂盒适合于检测含有或疑似含有一个或多个目标分析物的样本中的一个或多个目标分析物。在一个方面中,目标分析物包含目标核苷酸序列。在另一方面中,目标分析物包含目标蛋白。在一个方面中,样本包含或疑似包含一个或多个所关注的原核或真核DNA或RNA序列。在一个方面中,样本为获自以下的生物样本:生物体,例如人类或其它哺乳动物,包含(但不限于)非人类灵长类动物、狗、猫、牛、绵羊、家禽、马;或其它生物体,例如植物、细菌、真菌、原生生物或病毒。在一个方面中,生物样本包含:固体材料,例如组织、细胞、细胞提取物或活检体;或生物流体,例如尿液、血液、唾液、羊膜液、来自感染或发炎区的分泌物、含有颊内细胞的口腔洗涤液、大脑脊髓液或滑液。在一个方面中,样本是分离自个体。在另一方面中,样本是来源于一群个体。在一个方面中,样本包含一个或多个、或多个个体样本或合并样本。
在一个方面中,样本包含一个或多个目标DNA序列,包含(但不限于)单或双链DNA,包含(但不限于)基因组DNA、线粒体DNA、cDNA、全基因组扩增DNA或其组合。在另一方面中,样本包含一个或多个目标RNA序列,包含(但不限于)单或双链RNA,包含(但不限于)核糖体RNA、mRNA、miRNA、siRNA、RNAi或其组合。在另一方面中,样本包含或疑似包含一个或多个目标核苷酸序列,所述一个或多个目标核苷酸序列为扩增子,例如PCR产物、质粒、粘粒、DNA文库、酵母人工染色体(yeast artificial chromosome;YAC)、细菌人工染色体(bacterialartificial chromosome;BAC)、合成寡核苷酸、限制性酶切片段、DNA/RNA杂合体、肽核酸(PNA)或DNA/RNA镶嵌核酸。对于双链核酸来说,目标核苷酸序列可存在于任一链中。在一个方面中,样本不包含乙二胺四乙酸(ethylenediaminetetraacetic acid;EDTA)。
在一个方面中,样本包含一个或多个目标核苷酸序列,例如治疗性寡核苷酸,其中样本还可含有寡核苷酸代谢物。如本文所用,“治疗性寡核苷酸”是指能够与生物分子相互作用以提供治疗效果的寡核苷酸。在一个方面中,治疗性寡核苷酸为反义寡核苷酸(ASO)。ASO为单链寡核苷酸,其长度通常为约5、10、15、20或25个核苷酸到约30、35、40、45或50个核苷酸。ASO能够影响RNA处理和/或调节蛋白质表达。ASO为与单链RNA结合以使RNA失活的单链寡核苷酸。在一个方面中,ASO与基因的信使RNA(mRNA)结合,从而使所述基因失活。在一个方面中,基因为疾病基因。因此,ASO可使疾病基因的mRNA失活以预防或改善特定致病蛋白质的产生。在一个方面中,ASO包括DNA、RNA或其组合。
归因于各种因素,例如核酸酶的存在、温度、pH、盐浓度等,样本中的寡核苷酸,例如治疗性寡核苷酸,例如ASO,可随着时间推移而降解,例如缩短。在某些方面中,样本中的治疗性寡核苷酸的降解指示对于治疗性寡核苷酸的药力学反应。降解或缩短的治疗性寡核苷酸,在本文中也被称作治疗性寡核苷酸代谢物,可能丧失治疗有效性。在一个方面中,样本包含治疗性寡核苷酸和一个或多个治疗性寡核苷酸代谢物。在一个方面中,治疗性寡核苷酸代谢物比治疗性寡核苷酸短1个或更多个核苷酸、2个或更多个核苷酸、3个或更多个核苷酸、4个或更多个核苷酸、5个或更多个核苷酸、6个或更多个核苷酸、7个或更多个核苷酸、8个或更多个核苷酸、9个或更多个核苷酸、10个或更多个核苷酸、15个或更多个核苷酸或20个或更多个核苷酸。在一个方面中,治疗性寡核苷酸代谢物比治疗性寡核苷酸短约1%、约2%、约3%、约4%、约5%、约6%、约7%、约8%、约9%或约10%。
在一个方面中,本文所提供的方法用于测量样本中的治疗性寡核苷酸相对于治疗性寡核苷酸代谢物的量。在一个方面中,通过测量生物学环境(例如患者)中的治疗性寡核苷酸的降解速率和/或量,来测定治疗性寡核苷酸的药物动力学参数。因此,在一个方面中,本文所提供的方法用于测定治疗性寡核苷酸的药物动力学参数。在一个方面中,所测量的药物动力学参数为清除、体积分布、血浆浓度、半衰期、峰时间、峰浓度、可用速率或其组合。本文中进一步描述药物动力学参数的测量和解释。
在一个方面中,样本包含一个或多个抗药物抗体(ADA)。在一个方面中,ADA结合治疗性多肽,包含(但不限于)治疗蛋白或治疗性抗体。在一个方面中,ADA结合治疗性寡核苷酸,包含(但不限于)反义寡核苷酸(ASO)、短干扰RNA、微小RNA和CRISPR/Cas的合成引导链。在一个方面中,ADA能够与生物药剂产品结合。在一个方面中,ADA能够抑制治疗性产品的功能活性。
在一个方面中,样本包含一个或多个未扩增的目标核苷酸序列。在另一方面中,样本包含通过扩增或克隆来自生物样本的序列所得到的一个或多个目标核苷酸序列。扩增可通过包含(但不限于)以下的方法来实现:聚合酶链式反应(PCR)、全基因组扩增(WGA)、反转录随后聚合酶链式反应(RT-PCR)、链置换扩增(SDA)或滚环扩增(RCA)。
在一个方面中,样本包含或疑似包含一个或多个目标蛋白质。在一个方面中,目标蛋白质包含DNA结合蛋白,包含例如具有可与单或双链DNA结合的DNA结合结构域的蛋白质。DNA结合蛋白的实例包含(但不限于)转录因子、聚合酶、核酸酶和组蛋白。在一个方面中,DNA结合蛋白与特定DNA序列(例如转录因子)结合。
在一个方面中,从生物样本纯化出一个或多个目标分析物。用于从样本纯化出目标分析物的方法为已知的。用于从生物样本纯化出核苷酸序列的方法为已知的,且包含例如高效液相色谱(high performance liquid chromatography;HPLC),例如逆相高效液相色谱(reverse phase high performance liquid chromatography;RP-HPLC)或阴离子交换高压液相色谱(anion exchange high pressure liquid chromatography;AEX HPLC);或聚丙烯酰胺凝胶电泳(polyacrylamide gel electrophoresis;PAGE)。用于从生物样本纯化出蛋白质的方法为已知的,且包含例如色谱,例如尺寸排阻色谱、高效液相色谱(HPLC)、疏水相互作用色谱(hydrophobic interaction chromatography;HIC)、离子交换色谱、亲和色谱;和电泳。
在一个方面中,样本包含至少约1μg、2μg、3μg、4μg、5μg、6μg、7μg、8μg、9μg或10μg和至多约20μg、25μg、30μg、35μg、40μg、45μg或50μg、或约1μg与约50μg之间或约5μg与约20μg之间的一个或多个目标分析物,例如从细胞系全基因组扩增DNA纯化出的基因组DNA。在一个方面中,样本包含至少约0.1μL、0.5μL、1μL、2μL、3μL、4μL、5μL和至多约6μL、7μL、8μL、9μL、10μL、15μL、20μL或25μL、或约1μL到约25μL之间或约0.1μL到约5μL之间的含有一个或多个目标分析物的样本,例如含有一个或多个扩增产物,例如由细胞系DNA产生的PCR扩增子的样本。在一个方面中,样本具有至少约1ng/μL、5ng/μL或10ng/μL和至多约25ng/μL、50ng/μL或100ng/μL的分析物浓度。
在一个方面中,样本包含目标分析物的至少一个拷贝。在一个方面中,样本包含拷贝数小于107、106、105、104、103、102或101的目标核酸。在一个方面中,这些拷贝存在于约0.001mL与约1mL之间的样本中,或小于约1mL、0.1mL、0.01mL或0.001mL的样本中。
L.样本扩增
尽管本文中所描述的方法或试剂盒可结合其中一个或多个目标核苷酸序列尚未扩增的样本使用,但可能需要包含增加样本中的目标核苷酸的数量的扩增步骤。举例来说,当目标核苷酸序列包含一个或多个罕见突变,例如与癌症相关的一个或多个罕见或低等位基因分率突变时,可能需要扩增目标核苷酸序列。
在一个方面中,通过聚合酶链式反应(PCR)来扩增目标核苷酸序列。用于PCR扩增的方法为已知的。参见例如Saiki等人《用热稳定的DNA聚合酶进行DNA的引物定向的酶促扩增(Primer-Directed Enzymatic Amplification of DNA with a Thermostable DNAPolymerase)》,《科学》,239:487-491。简言之,在PCR扩增中,使目标核苷酸序列与侧接待扩增的特定核苷酸序列的两个寡核苷酸引物接触。热变性、引物退火成其互补序列和用DNA聚合酶使退火的引物延伸的重复循环,得到目标片段大致2n的指数积累,其中n为循环数量。
在另一方面中,使用滚环扩增(RCA)来扩增目标核苷酸序列,所述滚环扩增为一种等温核酸(例如DNA或RNA)扩增技术,其中聚合酶持续添加单一核苷酸到退火成环状模板的引物,从而产生含有多个,例如数十到数百个与环状模板互补的串联重复的长单链DNA或RNA序列。
在另一方面中,全基因组扩增(WGA)用于扩增基因组DNA样本。用于全基因组扩增的方法为已知的,且包含例如多重置换扩增(Multiple Displacement Amplification;MDA)、简并寡核苷酸PCR(Degenerate Oligonucleotide PCR;DOP-PCR)和引物延伸预扩增(Primer Extension Preamplification;PEP)。尽管DOP-PCR和PEP是基于标准PCR技术,但MDA使用等温反应设定。
在一些方面中,扩增包含使用被聚合酶所使用的一个或多个寡核苷酸引物来起始DNA或RNA合成。引物可为脱氧核糖核酸(DNA)、核糖核酸(RNA)、肽核酸(PNA)、锁核酸(LNA)、含有硫代磷酸酯连接的DNA或其组合,且包含核苷酸类似物或修饰的核苷酸。一般来说,引物为长度在约10与约100之间、或约15与约30之间、或至少约10、15或20和至多约25、30、35、40、45或50个核苷酸的单链寡核苷酸。在一些方面中,寡核苷酸引物为特异性引物,其与目标核苷酸序列的某些区互补,使得进行扩增的模板的区由引物限定。用于制备寡核苷酸引物的方法为已知的。在一个方面中,可使用可商购的扩增引物。在一个方面中,引物为至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%纯。
在一个方面中,样本包含PCR产物。在一个方面中,PCR产物的长度在约25bp与约500bp之间、或约50bp与约300bp之间或约75bp与约200bp之间。在一个方面中,PCR引物具有与多任务PCR分析中所使用的其它引物类似(即,在约5℃或1℃内)的熔化温度。
M.检测
在一个方面中,检测、鉴定或量化阵列中的目标分析物。在一个方面中,可检测、鉴定或量化阵列中的反应产物,包含例如如本文所描述的PCR反应产物、OLA反应产物、PEA反应产物、夹心复合物或NPA反应产物。在一个方面中,阵列为多任务阵列,且通过检测与阵列上的固定的目标分子连接的标记,来检测、鉴定或量化目标分析物。在一个方面中,使载体表面与含有加标签的反应产物的杂交混合物接触,且通过单链寡核苷酸标签与其对应互补捕获寡核苷酸的杂交将反应产物固定到载体表面上。在一个方面中,在使固体载体与反应产物接触之前,扩增反应产物。在一个方面中,扩增反应产物至少约10×、20×、30×、40×或50×。在一个方面中,杂交混合物包含杂交缓冲液。在一个方面中,可基于与反应产物连接的标记,检测、鉴定反应产物的存在或量化其量。在一个方面中,在将反应产物固定在载体表面上之后,用洗涤缓冲液洗涤载体表面。
在一个方面中,基于对固定于载体表面上的反应产物的检测,检测、鉴定一个或多个目标核苷酸序列的存在或对其进行量化。在一个方面中,通过监测来自反应产物上的标记发射的光,检测固定的反应产物的存在,包含(但不限于)荧光、时差式荧光、荧光共振能量转移(fluorescence resonance energy transfer;FRET)、荧光偏振(fluorescencepolarization;FP)、发光、化学发光、生物发光、磷光、光散射或电极诱导的荧光。在另一方面中,标记包含酶或具有引起可测量信号,例如光散射、吸光度、荧光等的化学活性的其它化学反应性物种。酶标记的实例包含(但不限于)辣根过氧化酶或碱性磷酸酶。在一个方面中,标记为可检测半抗原,包含(但不限于)生物素、荧光素或地高辛。在一个方面中,反应产物包含生物素标记。
在一个方面中,将反应产物固定于位于载体表面上的一个或多个结合结构域上。在一个方面中,将一个或多个结合结构域定位于一个或多个电极上,且检测、鉴定或量化包含向一个或多个电极施加电压波形以刺激捕获的反应产物上的标记产生电化学或发光信号。在一个方面中,检测、鉴定或量化包含测量电化学发光信号,和使信号与样本中的目标核苷酸序列的存在或量相关联。在一个方面中,所发射光的强度与样本中的目标的量成比例,使得所发射光可提供样本中的目标核苷酸的量的定测量定。
在一个方面中,在将反应产物固定在载体表面上之后,使载体表面与检测混合物接触。在一个方面中,检测混合物包含电化学发光标记。电化学发光标记的实例包含:i)有机金属化合物,其中金属来自例如第VIII族的贵金属,包含含Ru和含Os的有机金属化合物,例如三联吡啶基钌(RuBpy)部分;和ii)流明诺和相关化合物。在一个方面中,检测混合物还包含一种或多种电化学发光共反应物和一个或多个额外组分,例如pH缓冲剂、清洁剂、防腐剂、消泡剂、盐、金属离子或金属螯合剂。术语“电化学发光共反应物”是指以下物种:参与电化学发光标记且包含(但不限于)叔胺,例如三丙胺(TPA)、草酸根离子、抗坏血酸和过硫酸盐(对于RuBpy)和过氧化氢(对于流明诺)。用于测量电化学发光的方法为已知的,且用于进行测量的仪器为可商购的。举例来说,使用电化学发光进行的分析物的多任务测量用于Meso Scale Diagnostics、LLC、和Imager产线或产物中(参见例如美国专利第7,842,246号和第6,977,722号,其公开内容以全文引用的方式并入本文中)。
在一个方面中,生物素与反应产物共价连接,且检测混合物包含抗生蛋白链菌素结合的标记,所述标记通过抗生物素蛋白部分与固定的反应产物结合。在一个方面中,抗生蛋白链菌素结合的标记为电化学发光(ECL)标记。在一个方面中,电化学发光标记为n-羟基丁二酰亚胺酯,例如Sulfo-TAG NHS-酯(Meso Scale Diagnostics)。
在一个方面中,试剂盒或方法用于检测、鉴定或量化一个或多个目标核苷酸序列中的一个或多个单核苷酸多态性(SNP)。在一个方面中,通过测定样本中的野生型与变体等位基因之间的比率,检测所关注SNP的存在。在一个方面中,通过测定样本中存在的野生型与变体等位基因的可检测标记的比率,来测定比率。在一个方面中,测定野生型与变体等位基因的电化学发光标记的比率。以下式可用于测定样本中存在的野生型或变体等位基因的比率:
WT的ECL比率=(SignalWT-)/(SignalWT-Bkg+SignalMUT-Bkg)
MUT的ECL比率=(SignalMUT-Bkg)/(SignalWT-Bkg+SignalMUT-Bkg)
其中SignalWT为对野生型等位基因所检测到的ECL信号,SignalMUT为对变体等位基因所检测到的信号,且Bkg为背景信号。在一个方面中,背景信号对对应于野生型或变体等位基因的结合结构域具有特异性,这是因为结合结构域之间的背景信号可变化。在一个方面中,背景值为“无接合酶对照”样本的两个孔中的重复斑点的平均值。
比率估计样本中存在的野生型和变体序列的百分比。在一个方面中,样本可能为:纯合野生型、杂合或纯合变体。在一个方面中,纯合野生型或变体的比率应大于约0.8,杂合应在约0.3与约0.7之间,不存在变体(或野生型)应小于约0.2。归因于信号可变性,纯合等位基因的比率可大于1.0。类似地,归因于减去背景,等位基因的不存在可导致比率小于零。
在一个方面中,试剂盒或方法用于检测一个或多个罕见或低等位基因分率的癌症突变。在一个方面中,通过使用下式根据ECL信号生成校准曲线,来测定样本中存在的罕见或低等位基因分率突变的频率:
MUT的ECL比率=(SignalMUT)/(SignalWT+SignalMUT)。
在制备校准曲线时不必减去背景,这是因为将所有信号与校准曲线进行比较,且在拟合中考虑了背景。校准曲线建立对于既定等位基因的可检测的最低百分比变体等位基因,且将样本数据拟合回曲线允许测定各样本中存在的百分比变体。
在一个方面中,分析具有以下的检测极限(limit of detection;LOD):每孔约1×105与10×105之间,或小于约10×105、9×105、8×105、7×105、6×105、5×105、4×105、3×105、2×105或1×105个分子。在一个方面中,OLA类分析的LOD在每孔约1×105与5×105之间,或约2×105个分子。在一个方面中,PEA类分析的LOD在每孔约4×105与约6×105之间,或约5×105个分子。
N.使用方法
本文中描述用于鉴定、检测或量化样本中的一个或多个目标分析物的方法和试剂盒。在一个方面中,目标分析物为核苷酸序列。在另一方面中,目标分析物为蛋白质。在一个方面中,目标分析物含有或疑似含有野生型核苷酸或肽序列。在一个方面中,目标核苷酸序列含有或疑似含有突变,例如缺失、添加、取代、移行(transition)、颠换、重排或易位。在一个方面中,突变包含错义、无义、沉默或剪接位点突变。
在一个方面中,方法或试剂盒用于检测、鉴定或量化样本中的一个或多个核苷酸序列。在一个方面中,方法或试剂盒用于检测、鉴定或量化样本中的一个或多个单核苷酸多态性(SNP)、拷贝数变体(copy number variant;CNV)或其它序列变体或突变。
在一个方面中,方法或试剂盒用于鉴定、检测或量化样本中的一个或多个目标核苷酸序列,所述样本含有核酸的混合物,所述核酸例如是来自多个基因组或物种、多个个体或生物样本,例如来源于组织或细胞混合物的肿瘤样本。在一个方面中,方法或试剂盒用于检测可存在于样本中的一个或多个核苷酸序列。在一个方面中,方法或试剂盒用于检测以至少约50%或至多约100%的频率存在的单核苷酸变体。在一个方面中,变体不存在。在另一方面中,方法或试剂盒用于检测存在于样本中存在的大于约1%的核苷酸序列中的一个或多个单核苷酸多态性。在一个方面中,方法或试剂盒用于检测存在于样本中存在的小于约5%或10%的核苷酸序列中的单核苷酸多态性。在一个方面中,方法或试剂盒可用于鉴定、检测或量化生物样本中的核酸突变,所述生物样本含有在目标区域中具有突变的核苷酸序列与野生型核酸序列的非均匀混合物,其中突变可存在于约1%与约5%之间的目标核苷酸序列中。在一个方面中,方法或试剂盒用于分析指示生物样本或组织活检体中存在癌性或癌变前组织的目标核苷酸中的一个或多个突变,包含例如指示癌症的癌症相关的单一核苷酸突变,所述癌症例如前列腺癌、乳癌、结肠癌、胰脏癌或宫颈癌。在一个方面中,方法或试剂盒用于检测存在于样本中的小于约0.01%、0.02%、0.03%、0.04%或0.05%的核苷酸序列中的突变。在一个方面中,方法或试剂盒用于检测血液样本、胞外液体、胞外囊泡或液体活检体中存在的一个或多个目标核苷酸序列。在一个方面中,方法或试剂盒用于检测肿瘤学中的一个或多个所关注突变,包含(但不限于)正常细胞背景中的循环肿瘤细胞中的突变、或检测血液中的肿瘤来源的游离DNA。在一个方面中,方法或试剂盒用于鉴定、检测或量化对于药物开发来说重要的一个或多个突变。
在一个方面中,方法或试剂盒用于检测、鉴定或量化样本中的RNA。在一个方面中,方法或试剂盒用于检测、鉴定或量化样本中的非编码RNA,包含例如微小RNA(miRNA)、小核仁RNA(small nucleolar RNA;snoRNA)和球形核酸(spherical nucleic acids;SNA)。在一个方面中,方法或试剂盒用于基因分型分析。基因分型方法为已知的,且一般包含以下步骤:探针杂交、探针接合和信号放大,例如使用聚合酶链式反应(PCR),将扩增的产物固定到载体表面,和检测目标分析物。在一个方面中,方法或试剂盒用于人类基因分型分析。在另一方面中,方法或试剂盒用于植物基因分型分析,例如用于农业基因组分析。在一个方面中,方法或试剂盒用于在例如基因表达分析或转录组分析中表征转录活性(编码和非编码)。
在一个方面中,方法或试剂盒可用于微小RNA(miRNA)表达的多任务分析。miRNA为调控基本细胞过程的小的非编码RNA(长度大致在20-22个核苷酸),所述基本细胞过程包含例如细胞分化和增殖、发育时序、造血、免疫反应、细胞凋亡和神经系统模式化。人类基因组包含大致2000个编码微小RNA(miRNA)的基因。(Kawahara(2014)《由微小RNA和微小RNA相关基因中的生殖系和体细胞异常引起的人类疾病(Human diseases caused by germlineand somatic abnormalities in microRNA and mciro-RNA related genes)》.《先天性异常(Congenital Anomalies)》.54:12-21)。miRNA水平、表达时序、位置或目标识别中的变化可具有破坏性结果,且miRNA的表达谱可提供关于各种生物过程的有价值的信息。初级、前体和成熟miRNA水平的分析以及miRNA目标的鉴定和表征,对于测定特定突变或疾病中的miRNA生物发生或功能中的步骤来说可为重要的。(参见Van Wynsberghe等人(2011)《微小RNA表达和功能的分析(Analysis of microRNA Expression and Function)》.《细胞生物学方法(Methods Cell Biol.)》106:219-252)。miRNA(isomiR)的序列长度可变性可导致靶向能力或特异性改变。(Cammaerts等人(2015)《微小RNA基因中的遗传变异:对于微小RNA表达、功能和疾病的影响(Genetic variants in microRNA genes:impact on microRNAexpression,function,and disease)》.《遗传学前沿(Front.Genet.)》6:186)。
各种人类疾病,包含发育异常和癌症,是由miRNA基因中或编码miRNA加工机制的miRNA相关基因中或目标mRNA的3'UTR中的miRNA结合位点内的生殖系或体细胞突变引起。与人类疾病相关的miRNA和miRNA相关基因包含(但不限于):DGCR8(迪乔治氏综合症(DiGeorge syndrome)、DICER1(胸膜肺母细胞瘤、囊性肾瘤、塞特利雷迪格类型卵巢肿瘤(ovarian Sertoli-Leydig-type tumor)、成松果体细胞瘤、非上皮性卵巢瘤)、TARBP2(结肠肿瘤、胃肿瘤)、XPO5(结肠肿瘤、胃肿瘤、子宫内膜瘤)、mR-14和miR-146(5q-综合症)、mi-R-17、miR-18a、miR-19a、miR-19b、miR-20a和miR-92a(范戈尔德(Feingold)综合症2)、miR15a和miR-16-1(慢性淋巴球性白血病、弥漫性大型B细胞淋巴瘤、多发性骨髓瘤、前列腺肿瘤)、miR-16-1(慢性淋巴球性白血病)、miR-96(重度耳聋)、miR-84(EDICT综合症)、SLITRK1(妥瑞综合症(Tourette's syndrome))、IRGM(克罗恩氏病(Crohn's disease))和HDAC6(X性联显性软骨发育异常)。(Kawahara,Y.(2014)《由微小RNA和微小RNA相关基因中的生殖系和体细胞异常引起的人类疾病(Human diseases caused by germline andsomatic abnormalities in microRNA and mciro-RNA related genes)》.《先天性异常(Congenital Anomalies)》.54:12-21。)
在一个方面中,方法或试剂盒用于鉴定、检测或量化样本中的一个或多个目标miRNA序列。在一个方面中,方法或试剂盒用于鉴定、检测或量化具有单碱基核苷酸差异的微小RNA。在一个方面中,方法包含使用一个或多个标记的探针,所述一个或多个标记的探针包含与固定的捕获寡核苷酸序列互补的标签序列和与miRNA序列互补的序列。在一个方面中,标记包含生物素标记。在另一方面中,标记包含化学发光标记。在一个方面中,方法包含在适合于标签序列与捕获寡核苷酸序列结合的条件下,使具有一个或多个固定的捕获寡核苷酸的载体表面与一个或多个探针接触,所述一个或多个探针包含与固定的捕获寡核苷酸序列互补的标签序列和与目标miRNA序列互补的序列。随后,洗涤载体表面,以去除过量探针,且随后在其中miRNA序列能够与固定的探针序列杂交的条件下,使其与包含或疑似包含一个或多个目标miRNA序列的样本接触。
在一个方面中,方法或试剂盒用于鉴定、检测或量化与病症或疾病相关的一个或多个核苷酸序列或变体,所述病症或疾病包含(但不限于)癌症、阿尔茨海默氏症(Alzheimer's disease)、囊肿性纤维化、镰状细胞贫血、杜兴氏肌肉失养症(Duchennemuscular dystrophy)、地中海贫血或亨廷顿氏病(Huntington's disease)。在一个方面中,方法或试剂盒可用于检测多态性基因的一个或多个多态性,例如细胞色素p450。
已知许多疾病与遗传变异相关,所述疾病包含(但不限于):肝豆状核变性(APP7B)、肥胖症(MC4R)、2型糖尿病(IRS1)、囊肿性纤维化(CTFR)、雷特氏综合症(Rettsyndrome(MECP2))、阿尔茨海默氏症(APP)、克罗伊茨费尔特-贾考伯综合症(Creutzfeldt-Jakob syndrome)(PRNP)、家族性地中海热(MEFV)、胃肠道基质瘤(KIT)、嗜铬细胞瘤(RET)、杜兴氏肌肉失养症(DMD)、尿崩症、神经病(AVP)、X脆折综合症(FMR1)、鸟氨酸胺甲酰基转移酶缺乏病(OTC)、布鲁加达综合症(Brugada syndrome)(SCN5A)、马凡氏综合症(Marfansyndrome)(FBN1)、真性红血球增多症(JAK2)、常染色体隐性多囊性肾脏(PKHD1)恶性体温过高(RYR1)和卡纳万病(Canavan disease)(ASPA)。Pinero等人(2015)《DisGeNET:一种用于动态探索人类疾病和其基因的发现平台(DisGeNET:a discovery platform for thedynamical exploration of human diseases and their genes)》.数据库(Database):数字对象标识符:10.1093/database/bav028。
在一个方面中,提供一种用于检测、鉴定或量化与感染性疾病表型相关的一个或多个SNP的方法或试剂盒,所述感染性疾病表型包含例如库贾氏病(Crutzfeldt-Jakobdisease)(PRNP)、登革热休克综合症(Dengue shock Syndrome)(MICB)、B型肝炎(HLA-DPA1和HLA-DPB1);C型肝炎(IL28B);HIV-1和AIDS(HLA-C、HLA-B、HCP5、MICA、PSORS1C3、ZNRD1、RNF39、PARD3B和CXCR6);麻疯病(LACC1、NOD2、RIPK2、CCDC122和TNFSF15);脑膜炎球菌病(CFH)、疟疾(HBB);和肺结核(GATA6、TAGE1、RBBP8和CABLES1)。Fareed和Afzal(2012)《人类群体的全基因组关联中的单核苷酸多态性:一种广谱科学工具(Single nucleotidepolymorphism in genome-wide association of human population:A tool for broadspectrum science)》.《埃及人类遗传学杂志(Egypt.J.Med.Human Genet.)》14:123-134。
在一个方面中,提供一种用于检测、鉴定或量化与疾病相关的一个或多个SNP的方法或试剂盒,所述疾病包含例如自身免疫疾病、心脏血管病状、糖尿病、肠胃性疾病、脂质代谢病症和神经精神病状。与自身免疫疾病相关的SNP为已知的,且包含例如与类风湿性关节炎(SPRED2、ANKRD55、IL6ST、PXK、RBPJ、CCR6、IRF5、TRAF1-C5、染色体6q23.3附近的NTAFIP3和OLIG3)和全身性红斑性狼疮症(BANK1)相关的SNP。与心脏血管病状相关的SNP为已知的,且包含例如与以下相关的SNP:心房微颤/心房颤动(染色体4q25附近的PITX2);冠状动脉疾病(CDKN2A/B和MTHFD1L)、冠心病(DAB2IP);和心肌病(CDKN2A/B)。与糖尿病相关的SNP为已知的,且包含例如与以下相关的SNP:1型糖尿病(FUT2、C12orf30、ERBB3、KIAA0350、PTPN2、CD226、TRAFD1和PTPN11);和2型糖尿病(KCNQ1、SLC30A8、FTO、HHEX、CDKAL1、CDKN2B、IGFBP2、CDKN2A/B和IGF2BP2)。与肠胃性疾病相关的SNP为已知的,且包含例如与以下相关的SNP:乳糜泻(KIA1109、TENR、IL2和IL21);克罗恩氏病(PTPN2、IRGM、NKX2-3、ATG16L1、BSN、MST1和IRGM);胆石(ABCG8和SH2B3/LNK);和发炎性肠病(IL23R)。与脂质代谢病症相关的SNP包含例如与以下相关的SNP:HDL-胆固醇(GALNT2和MVK/MMAB);LDLl-胆固醇(CELSR2、PSRC1、SORT1、CILP2和PBX4);三酸甘油酯(BCL7B、TBL2、MLXIPL、CILP2、PBX4、TRIB1、GALNT2、ANGPTL3、DOCK7、ATG4C、GCKR、TRIB1、NCAN/CILP2和MLXIPL)。与神经精神病状相关的SNP为已知的,且包含例如与以下相关的SNP:肌肉萎缩性侧索硬化(DPP6);伴随晚期发作阿尔茨海默病的APOE e4(GAB2);躁郁症(DGKH、PALB2、NDUFAB1和DCTN5);多发性硬化(KIAA0350、IL2RA和IL7RA);腿不宁综合症(BTBD9、MEIS1、BTBD9、MAP2K5和LBXCOR1);和精神分裂症(CSF2RA)。Fareed和Afzal(2012)《人类群体的全基因组关联中的单核苷酸多态性:一种广谱科学工具(Single nucleotide polymorphism in genome-wide association ofhuman population:A tool for broad spectrum science)》.《埃及人类遗传学杂志》14:123-134。
在一个方面中,方法或试剂盒用于鉴定、检测或量化与癌症相关的一个或多个核苷酸序列或变体。在一个方面中,核酸序列为野生型序列。在一个方面中,核酸序列为突变型或变体序列。在一个方面中,核苷酸序列中的突变与癌症相关联。在一个方面中,方法或试剂盒用于鉴定、检测或量化是否存在一个或多个致癌基因或原致癌基因(例如BRAF或KRAS)或一个或多个肿瘤抑制基因(例如BRCA1、BRCA2、PTEN、CTFR和TP53)和其组合的野生型、突变型或变体核酸序列。(参见例如Concert Genetics(2017)《基因测试的目前前景(The Current Landscape of Genetic Testing)》)。
在一个方面中,方法或试剂盒用于检测针对癌症的医学上相关DNA或RNA类标记。在另一方面中,方法或试剂盒用于使药品个性化以有助于选择有效癌症疗法。在一个方面中,方法或试剂盒用于鉴定处于遗传性癌症风险下的个人。遗传性癌症是指个人发展可通过鉴定特定基因中的生殖系突变诊断的癌症的风险显著提高的一类基因缺陷,包含例如李-弗美尼综合症(Li-Fraumeni syndrome)(p53)、家族性腺瘤性息肉病(APC)、乳癌(BRCA1;BRCA2;PALB2;TP53;CHEK2;ATM;NBS/NBN;BLM;PTEN;MRE11;BRIP1;BARD1;RAD50;RAD51C;RAD51D;RECQL;FANCC;和FANCM)和遗传性非多发性息肉结肠直肠癌(hereditarynon-polyposis colorectal cancer;HNPCC)综合症(MLH1;MSH2;MSH3;MSH6;PMS2;EPCAM;APC;MUTYH;NTHL1;POLE;POLD1;SMAD4;BMPR1A;和STK11)。Sokolenko和Imyanitov(2018)《临床肿瘤学中的分子诊断(Molecular Diagnostics in Clinical Oncology)》.《分子生物前沿(Front.Molec.Bio.)》5(76):1-15。
针对癌症的额外SNP标记为已知的,且包含例如针对以下的标记:乳癌(FGFR2、TNCR9/LOC643714、MAP3K1、LSP1和ERBB4);基底细胞癌(RHOU、PADI4、PADI6、RCC2、ARHGEF10L、KRT5、CDKN2A/B、TCF2、IGF2、IGF2A、INS和TH);结肠直肠癌(ORF、DQ515897和SMAD7);肺癌(CHRNA3、CHRNA5、CHRNB4、PSMA4、LOCI23688和TRNAA-UGC);黑素瘤(CDC91L1)、神经母细胞瘤(FLJ22536、FLJ44180和BARD1);和甲状腺癌(FOXE1和NKX2-1)。Fareed和Afzal(2012)《人类群体的全基因组关联中的单核苷酸多态性:一种广谱科学工具(Singlenucleotide polymorphism in genome-wide association of human population:A toolfor broad spectrum science)》.《埃及人类遗传学杂志》14:123-134。
在一个方面中,提供一种用于检测、鉴定或量化与人类疾病相关的一个或多个拷贝数变体(CNV)或非整倍体的方法或试剂盒,所述人类疾病包含例如神经发育性病症,例如自闭症、心智能力丧失和癫痫、先天性心脏缺陷和其它先天性异常。在一个方面中,CNV包含缺失。在另一方面中,CNV包含重复。与缺失CNV相关的病症的实例包含(但不限于):影响头部大小的病症、精神病症和代谢(KCTD13和PRRT2)、睡眠调控和代谢(RAI1)、面部外观(ELN)、心脏异常、幼稚型高钙血症、生长或发育延迟(LIMK-1)、畸形特征、发育延迟、心脏缺陷(GATA4)、心智能力丧失、癫痫症、癫痫、面部和足趾畸形(CHRNA7)、心智能力丧失、独特面部特征、癫痫症、心脏缺陷、泌尿生殖器异常(KANSL1)和畸形面部特征、心腔面部综合症、先天性心脏病、学习障碍、听力丧失(TBX1)。与重复CNV相关的病症的实例包含(但不限于):影响头部大小的病症、精神病症和代谢(KCTD13和PRRT2)、睡眠调控和代谢(RAI1)、面部外观(ELN)、畸形特征、发育延迟、心脏缺陷(GATA4)、措辞和话语延迟、自闭症、癫痫症(LIMK-1)、心智能力丧失、自闭症、复发性耳部感染、低位耳、肥胖症(CHRNA7)、发育延迟、小头畸形、面部畸形、足趾异常和多毛症、发育不良(KANSL1)、和面部特征畸形、腭咽功能不全、先天性心脏病、心智障碍、话语延迟、听力丧失和发育不良(TBX1)。Golzio和Katsanis(2013)《互逆CNV的基因架构(Genetic Architecture of Reciprocal CNVs)》.《遗传与发育的最新观点(Curr.Opin.Genet.Dev.)》23(3):240-248。与CNV相关的频繁观测到的病症包含(但不限于):威廉姆斯(Willaims)病(ELN,缺失表型)、普拉德-威利(Prader-Willi)或安格尔曼(Angelman)病(UBE3A,缺失表型)、史密斯-马吉尼斯(Smith-Magenis)病(RAI1,缺失表型)、波托茨基-鲁普斯基(Potocki-Lupski)病(RAI1,重复表型)、库莱蒽-德弗里斯(Koolen-deVries)病(MAPT、KANSL1,缺失表型)、迪乔治/韦洛(DiGeorge/Velo)心面病(TBX1、HIRA,缺失表型)和肾囊肿与糖尿病(HNFIB,缺失表型)。Martin等人(2015)《CNV、非整倍体和人类疾病(CNVs,Aneuploidies and Human Disease)》.《临床与围产医学(Clinics andPerinatology)》.42(2):227-242,还参见Aouiche等人(2018)《拷贝数变化相关疾病基因(Copy number variation related disease genes)》.《定量生物学(Quant.Biol.)》6(2):99-112。
在一个方面中,本文中所描述的方法或试剂盒可用作提供关于使用对应治疗性产物的信息的伴随诊断装置。举例来说,方法或试剂盒可用于检测、鉴定或量化一个或多个基因,对于关于治疗剂的患者控制为BRCA1或BRCA2,所述治疗剂例如对于乳癌或卵巢癌的(奥拉帕尼(olaparib)、(他拉帕瑞(talazoparib))或(芦卡帕尼(rucaparib));对于关于治疗剂的患者控制为EGFR,所述治疗剂例如对于非小细胞肺癌的(吉非替尼(gefitinib))、(阿法替尼(afatinib))或(达可替尼(dacomitinib))、(伊罗替尼(eroltinib))或(奥希替尼(osimertinib));对于关于治疗剂的患者控制为PD-L1,所述治疗剂例如对于非小细胞肺癌的(派姆单抗(pembrolizimab))或(阿特珠单抗(atezolizumab));对于关于治疗剂的患者控制为IDH1,所述治疗剂例如对于急性骨髓性白血病的(艾维顿尼(ivosidenib));对于关于治疗剂的患者控制为BCR-ABL,所述治疗剂例如对于慢性骨髓性白血病的(尼罗替尼(nilotinib));对于关于治疗剂的患者控制为ALK,所述治疗剂例如对于非小细胞肺癌的(色瑞替尼(ceritinib))、(克卓替尼(crizotinib)和(艾乐替尼(alectinib));对于关于治疗剂的患者控制为IDH2,所述治疗剂例如对于急性骨髓性白血病的(艾那尼布(enasidenib));对于关于治疗剂的患者控制为RAS,所述治疗剂例如对于结肠直肠癌的(帕尼单抗(panitumumab));对于关于治疗剂的患者控制为FLT3,所述治疗剂例如对于急性骨髓性白血病的(米哚妥林(midostaurin)和(吉特瑞尼(gilterinib);对于关于治疗剂的患者控制为KIT(D816V),所述治疗剂例如对于侵袭性全身性肥大细胞增多症的(甲磺酸伊马替尼(imatinib mesylate));对于关于治疗剂的患者控制为PDGFRB,所述治疗剂例如对于骨髓发育不良综合症/骨髓增殖性疾病的(甲磺酸伊马替尼);对于关于治疗剂的患者控制为KRAS或EGFR,所述治疗剂例如对于结肠直肠癌的(西妥昔单抗(cetuximab))或(帕尼单抗(panitumumab);对于关于治疗剂的患者控制为c-KIT,所述治疗剂例如对于胃肠道基质瘤的(甲磺酸伊马替尼)或(甲磺酸伊马替尼);对于关于治疗剂的患者控制为HER-2,所述治疗剂例如对于乳癌的(曲妥珠单抗(trastuzumab))、(帕妥珠单抗(pertuzumab))(阿多曲妥珠单抗(ado-trastuzumab));对于关于治疗剂的患者控制为HER-2,所述治疗剂例如对于胃和胃食管癌的(曲妥珠单抗);对于关于治疗剂的患者控制为BRAF,所述治疗剂例如对于黑素瘤的(恩拉非尼(encorafenib))、(毕尼替尼(binimetinib))、(特玛尼布(tramatenib))、(达拉非尼(dabrafenib))、(维罗非尼(vemurafenib))或(考比替尼(cobimetinib));或其组合。参见例如可在fda.gov获得的《明确或批准的伴随诊断装置的FDA列表(活体外和成像工具)(FDA List of Cleared or Approved CompanionDiagnostic Devices(In Vitro and Imaging Tools))》。
在一个方面中,方法或试剂盒用于鉴定、检测或量化一个或多个核苷酸序列或变体,以检测临床或环境样本中的病原性生物体,例如用于临床诊断、食物安全性测试、环境监测或生物防御。在一个方面中,方法或试剂盒用于鉴定、检测或量化一个或多个病原体,所述一个或多个病原体包含病毒、细菌、寄生虫和真菌病原体。在一个方面中,方法或试剂盒用于鉴定、检测或量化一个或多个抗生素或抗病毒抗性的病原性生物体。
在一个方面中,方法或试剂盒包含被配置以检测一个或多个病原性基因组的存在的探针的一个或多个集合。在一个方面中,方法或试剂盒用于高通量筛选,以用于病原体检测、基因分型、病毒检测、毒性标记检测、抗生素抗性检测或爆发研究,参见例如Fourier等人(2014)《基因组学时代中的细菌病原体的临床检测和表征(Clinical Detection andCharacterization of bacterial pathogens in the genomics era)》.《基因组医学(Genome Medicine)》.6:114。在一个方面中,提供一种用于检测和基因分型病毒病原体的方法或试剂盒,参见例如Wang等人(2002)《病毒病原体的微阵列类检测和基因分型(Microarray-based detection and genotyping of viral pathogens)》.《美国国家科学院院刊(PNAS.)》99(24):15687-15692。
病毒基因组序列为已知的,且可例如使用NCBI Viral Genomes Resource来找到,其列出了所有公开可获得的病毒基因组序列且可在ncbi.nlm.nih.gov/genome/viruses获取。类似地,微生物基因组序列为已知的,且可例如使用NCBI Microbial Genome Resource来找到,其列出了所有公开可获得的微生物基因组序列且可在ncbi.nlm.nih.gov/genome/microbes获取。
在另一方面中,方法或试剂盒可用于检测、鉴定或量化一个或多个病毒,例如一个或多个呼吸性病毒,包含(但不限于)A和B型流感病毒,包含例如A型流感病毒子类型H1、H3和H5;1、2、3和4型副流感病毒;A和B型呼吸道合胞病毒;腺病毒;间质肺炎病毒(metapneumovirus;MPV);鼻病毒;肠病毒;和冠状病毒(coronaviruses;CoV),例如OC43和229E,或严重急性呼吸性综合症冠状病毒、NL63和HKU1;禽流感病毒H5N1;和人类博卡病毒。在一个方面中,提供一种用于检测病毒衣壳(CA)蛋白的方法或试剂盒。
在一个方面中,方法或试剂盒包含一个或多个“发现”探针,所述探针匹配分类科或亚科所特有但由所述科内的物种共享的基因组区。“发现”探针靶向科内较慢进化且适用于检测已知科内的物种的序列。在另一方面中,方法或试剂盒包含一个或多个“普查”探针,所述探针靶向个别物种或株系所特有的高度可变区。“普查”探针适用于鉴定样本中的生物体的特定株系。McLoughlin,K.S.(2011)《用于病原体检测和分析的微阵列(Microarraysfor Pathogen Detection and Analysis)》.《功能基因组学简报(Brief.Funct.Genomics.)》10(6):342-353。
在一个方面中,方法或试剂盒用于检测、鉴定或量化与病原性细菌相关的核酸序列。用于鉴定广泛多种好氧性和厌氧性细菌的常用基因目标为16S rRNA或rDNA。也可使用rpoB基因,其编码细菌RNA聚合酶的β-亚基,来进行细菌鉴定,例如用于鉴定快速生长的分枝杆菌。其它细菌基因目标包含tuf(延长因子Tu)、gyrA或gyrB(旋转酶A或B)、soda(锰依赖性超氧化歧化酶)和热休克蛋白。Petti,C.A.(2007)《通过基因扩增和测序进行微生物的检测和鉴定(Detection and Identification of Microorganisms by Gene Amplificationand Sequencing)》.《临床感染性疾病(Clin.Infect.Dis.)》44:1108-1114。
在一个方面中,方法或试剂盒用于鉴定、检测或量化大便样品中的一个或多个病原性生物体。在一个方面中,方法或试剂盒用于鉴定、检测或量化人类大便样品中的一个或多个病毒、寄生虫或细菌核酸序列。在一个方面中,方法或试剂盒用于鉴定、检测或量化一个或多个细菌或细菌毒素,所述一个或多个细菌或细菌毒素包含(但不限于):弯曲杆菌(Campylobacter)、难辨梭菌(Clostridium dificile)毒素A/B、大肠杆菌(Escherichiacoli)O157、肠毒素大肠杆菌(enterotoxin E.coli;ETEC)LT/ST、产生志贺样毒素的大肠杆菌(shiga-like toxin producing E.coli;STEC)stx1/stx2、沙门氏菌(Salmonella)、志贺杆菌属(Shigella)、霍乱弧菌(Vibrio cholerae)和小肠大肠炎耶氏杆菌(Yersiniaenterocolitica)。在一个方面中,方法或试剂盒用于鉴定、检测或量化一个或多个病毒,包含(但不限于)腺病毒(adenovirus)、诺罗病毒(norovirus)和轮状病毒(rotavirus)。在一个方面中,方法或试剂盒用于鉴定、检测或量化一个或多个寄生虫,包含(但不限于)隐孢子虫(Cryptosporidium)、溶组织内阿米巴属(Entamoeba hisolytica)或梨形鞭毛虫(Giardia)。
在一个方面中,方法或试剂盒用于鉴定、检测或量化与器官移植结果相关的一个或多个核苷酸序列或变体。在一个方面中,方法或试剂盒用于鉴定、检测或量化人类白血球抗原(human leukocyte antigen;HLA),以提供有助于器官移植程序的信息。人类白血球抗原(HLA)分子几乎在所有有核细胞上表达且在移植排斥反应中为重要的。系统为高度多态性的。在I类HLA处存在三种典型基因座:HLA-A、HLA-B和HLA-Cw,且在II类处存在五种基因座:HLA-DR、HLA-DQ、HLA-DP、HLA-DM和HLA-DO。Mahdi,B.M.(2013)《一种器官移植中的HLA分型的辉光(A glow of HLA typing in organ transplantation)》.《临床与转化医学(Clin.Transl.Med.)》2:6。目前已知超过7,500个不同等位基因和超过5,458个表达的抗原。(Laperrousaz等人(2012)《肾移植中的HLA和非HLA多态性(HLA and non-HLApolymorphisms in renal transplantation)》.《瑞士医学周刊(Swiss Med.Wkly.)》142:w13668。
在一个方面中,方法或试剂盒用于鉴定、检测或量化患者的循环中的核酸,例如核酸治疗剂。多种核酸治疗剂为已知的且包含:DNA治疗剂,例如反义寡核苷酸、DNA适体和基因疗法;和RNA治疗剂,例如微小RNA、短干扰RNA、核糖核酸酶、RNA诱饵和环状RNA。反义寡核苷酸的实例包含:福米韦生(Fomivirsen),其用于控制细胞巨大病毒(cytomegalovirus;CMV)视网膜炎;和米泊美生(Mipomersen),一种载脂蛋白B-100合成的抑制剂。基因疗法中使用的寡核苷酸的实例包含吉地新(Gendicine),其用于表达肿瘤抑制基因p53和Alip基因,针对患有脂蛋白脂肪酶缺乏的患者。米拉韦森(Miravirsen)为一种靶向肝特异性微小RNA-122的反义寡核苷酸。临床试验中的额外治疗性核酸列举于以下中:Sridharan和Gogtay(2016)《治疗性核酸:目前临床情况(Therapeutic Nucleic Acids:CurrentClinical Status)》.《英国临床药理学杂志(Br.J.Clin.Pharmacol.)》82(3):659-672,其公开内容以全文并入本文中。
在一个方面中,提供一种用于基因表达研究的方法或试剂盒。在一个方面中,提供一种用于检测、鉴定或量化样本中的mRNA表达的方法或试剂盒。在一个方面中,提供一种用于检测、鉴定或量化一个或多个调控性多态性(regulatory polymorphism;rSNP)的方法或试剂盒。术语“调控性多态性”是指发生在可影响基因表达的外显子区的外部的多态性。顺式作用调控性多态性作用于存在于相同等位基因上的基因的拷贝,且通常存在于其调控的基因的基因座中或其附近。反式作用调控性多态性为一种影响另一基因的表达的一个基因中的多态性。Knight,J.C.(2005)《下伏于复杂疾病性状的调控性多态性(RegulatoryPolymorphisms underlying complex disease traits)》.《分子医学杂志(伯尔)(J.Mol.Med.(Berl.))》83(2):97-109。人类基因的顺式和反式作用多态性调控子为已知的,且包含由Cheung等人(2010)《人类基因表达的多态性顺式和反式调控(PolymorphicCis-and Trans-Regulation of Human Gene Expression)》.《公共科学图书馆·生物(PLOS Biol.)》8(9):e1000480所描述的那些,其公开内容以全文引用的方式并入本文中。
在一个方面中,方法或试剂盒用于鉴定、检测或量化一个或多个核苷酸序列或变体,例如DNA甲基化多态性或其它表观遗传变体。
在一个方面中,方法或试剂盒用于鉴定、检测或量化微随体不稳定性(microsatellite instability;MSI)。MSI指示倾向于由NDA错配修复减弱造成的突变。MSI进一步描述于例如等人,“微随体不稳定性(Microsatellite Instability)”,eLS 2004;数字对象标识符:10.1038/npg.els.0000840中。
在一个方面中,方法或试剂盒用于鉴定、检测或量化归因于基因编辑技术的一个或多个核苷酸序列或变体,包含例如聚类的有规律隔开的短回文重复序列(clusteredregularly interspaced short palindromic repeat;CRISPR)、转录活化因子样效应物核酸酶(transcription activator-like effector nuclease;TALEN)和锌指核酸酶(zincfinger nucleases;ZFN)。
在一个方面中,方法或试剂盒用于鉴定、检测或量化样本中的一个或多个蛋白质。在一个方面中,蛋白质为DNA结合蛋白。在一个方面中,方法或试剂盒用于从样本分离一个或多个目标DNA结合蛋白。在另一方面中,方法或试剂盒用于确认样本中的一个或多个DNA结合蛋白的一致性或测定样本中的DNA结合蛋白的相对量。在一个方面中,方法或试剂盒用于测量转录因子-DNA结合相互作用。在一个方面中,将与DNA结合蛋白结合的单链或双链DNA序列固定到如本文所描述的载体表面,且使其与含有或疑似含有DNA结合蛋白的样本接触。在一个方面中,在其中DNA结合蛋白与载体表面上的固定的DNA序列结合的条件下,使固定的DNA序列与含有或疑似含有DNA结合蛋白的样本接触。随后,洗涤表面,以去除碎片,包含例如非特异性结合的蛋白质。在一个方面中,目标DNA结合蛋白是从固定的DNA洗脱出,且例如通过西方墨点或质谱法来检测。在另一方面中,例如使用与蛋白质特异性结合的标记的抗体或电化学发光标记,对固定的目标DNA结合蛋白进行标记且检测。在一个方面中,样本为包含一个或多个DNA结合蛋白的细胞裂解物。在一个方面中,载体表面为微孔板。在一个方面中,与高通量分析结合使用微小板格式,例如以进行突变或活化分析。
在一个方面中,方法或试剂盒用于鉴定、检测或量化一个或多个核苷酸序列或变体,例如与病原性或药物抗性相关的单核苷酸变体或单核苷酸多态性。在另一方面中,方法或试剂盒用于鉴定、检测或量化一个或多个核苷酸序列或变体,例如与特定工业或农业应用相关的单核苷酸变体或单核苷酸多态性,例如与遗传修饰的生物体(genetic modifiedorganism;GMO)相关的突变。在一个方面中,方法或试剂盒可用于全基因组相关研究(genome wide association studie;GWAS)中,来测定一个或多个变体,例如单核苷酸变体,是否与疾病相关。
在一个方面中,方法或试剂盒用于鉴定、检测或量化一个或多个单核苷酸变体。在一个方面中,方法或试剂盒用于鉴定、检测或量化可包含一个或多个单核苷酸多态性的约1与约100之间或约5与约100之间的限定单核苷酸变体。
在一个方面中,提供用于同时、平行鉴定、检测或量化样本中的多个目标核苷酸序列的方法和试剂盒。在一个方面中,提供一种用于鉴定、检测或量化样本中的至多100个目标核苷酸序列的方法,例如样本中的约1与约100之间或约5与约100个之间的目标核苷酸序列。在一个方面中,提供一种方法或试剂盒,其中用户或制造商可对多任务结合分析进行配置以基于特定用户需求来检测一个或多个目标核苷酸序列。
在一个方面中,方法包含:使用目标核苷酸序列作为模板来产生加标签且标记的反应产物,和使载体表面与加标签且标记的反应产物接触,其中载体表面包含固定有多个捕获分子的一个或多个结合结构域的图案化阵列。在一个方面中,捕获分子包含固定于分散结合结构域上的单链捕获寡核苷酸,其中各结合结构域包含具有特定核苷酸序列的捕获寡核苷酸。在一个方面中,加标签且标记的反应产物包含具有与捕获寡核苷酸的序列互补的序列的单链寡核苷酸标签。在一个方面中,通过寡核苷酸接合分析(OLA),产生加标签且标记的反应产物。在另一方面中,通过引物延伸分析(PEA),产生加标签且标记的反应产物。在一个方面中,标记为电化学发光(ECL)标记,且载体表面包含适合于触发从固定的反应产物的标记发射电化学发光的一个或多个工作电极和一个或多个相对电极。
在一个方面中,目标核苷酸序列包含或疑似含有野生型序列。在一个方面中,目标核苷酸序列包含或疑似含有突变,例如缺失、添加、取代、移行(transition)、颠换、重排或易位。在一个方面中,突变包含错义、无义、沉默或剪接位点突变。在一个方面中,提供用于鉴定、检测或量化一个或多个目标核苷酸序列中的一个或多个单核苷酸多态性(SNP)的方法和试剂盒。在一个方面中,提供用于鉴定、检测或量化存在于至少约1%的群体中的一个或多个共同单核苷酸SNP的方法和试剂盒。在另一方面中,提供用于鉴定、检测或量化以低频率存在于样本中的突变的方法和试剂盒,例如以小于0.05%或0.01%存在于样本中的突变。
在一个方面中,提供一种进行针对多个目标分析物的多任务结合分析的方法。多任务结合分析为已知的,且包含在以下中所描述的那些:2015年9月8日提交的标题为《用于进行多任务分析的方法(METHODS FOR CONDUCTING MULTIPLEXED ASSAYS)》的美国专利公开第2016/0069872号,其公开内容全文并入本文中。
在一个方面中,进行多任务结合分析的方法包含提供载体表面,在载体表面上,将具有第一核苷酸序列的至少第一捕获寡核苷酸固定于第一结合结构域上,和将具有第二核苷酸序列的第二捕获寡核苷酸固定于第二结合结构域上。在一个方面中,第一和第二核苷酸序列不相同。在一个方面中,以一个或多个步骤,使载体表面与至少第一靶向剂、第一结合试剂、第二靶向剂和第二结合试剂接触。在一个方面中,第一靶向剂包含与第一连接剂可操作地连接的第一标签序列。在一个方面中,第一标签序列包含与第一捕获寡核苷酸的核苷酸序列互补的核苷酸序列。在一个方面中,第二靶向剂包含与第二连接剂可操作地连接的第二标签序列。在一个方面中,第二标签序列包含与第二捕获寡核苷酸的核苷酸序列互补的核苷酸序列。在一个方面中,第一结合试剂包含与同第一补充连接剂可操作地连接的第一分析物特异性结合的第一分析物结合结构域。在一个方面中,第二结合试剂包含与同第二补充连接剂可操作地连接的第二分析物特异性结合的第二分析物结合结构域。在一个方面中,第一连接剂为第一补充连接剂的结合搭配物,且第二连接剂为第二连接剂的结合搭配物。在一个方面中,使载体表面与至少第一和第二桥接剂接触。在一个方面中,第一桥接剂包含与第一连接剂结合的第一连接剂结合位点和与第一补充连接剂结合的第一补充连接剂结合位点,且第二桥接剂包含与第二连接剂结合的第二连接剂结合位点和与第二补充连接剂结合的第二补充连接剂结合位点。
在一个方面中,使载体表面与含有或疑似含有至少第一所关注分析物和第二所关注分析物的样本接触。在一个方面中,形成至少第一结合复合物和第二结合复合物。在一个方面中,第一结合复合物形成于第一结合结构域上,且包含第一靶向剂、第一捕获寡核苷酸、第一结合试剂和第一分析物。在一个方面中,第一结合复合物形成于第一结合结构域上,且包含第一靶向剂、第一捕获寡核苷酸、第一桥接剂、第一结合试剂和第一分析物。在一个方面中,第二结合复合物形成于第二结合结构域上,且包含第二靶向剂、第二捕获寡核苷酸、第二结合试剂和第二分析物。在一个方面中,第二结合复合物形成于第二结合结构域上,且包含第二靶向剂、第二捕获寡核苷酸、第二桥接剂、第二结合试剂和第二分析物。在一个方面中,方法包含测量通过第一和第二结合复合物,分别固定于第一和第二结合结构域上的第一和第二分析物的量。
O.手动和自动化实施例
可手动、使用自动化技术或两者来进行本文公开的方法。自动化技术可为部分自动化的,例如一个或多个模块化仪器,或完全集成的自动化仪器。
实例自动化系统论述和描述于共同拥有的国际专利申请公开第WO 2018/017156号和第WO 2017/015636号和国际专利申请公开第WO 2016/164477号中,其中的每一个以全文引用的方式并入。
可在其上进行本文方法的自动化系统(模块和完全集成)可包含以下自动化子系统:计算机子系统,其可包含硬件(例如个人计算机、膝上型计算机、硬件处理器、光盘、键盘、显示器、打印机)、软件(例如程序,例如驱动器、驱动器控制器和数据分析器)和数据库;液体处理子系统,例如样本处理和试剂处理,例如自动移液头、注射器、搅拌设备、超声超声波混合设备、磁性混合设备;样本、试剂和消耗品存储和处理子系统,例如机械臂、管或盖或箔穿孔设备、盖去除设备,传送设备,例如线性和环状传送机和机械臂、管架、板托架、槽托架、移液管尖端托架、板振荡器;离心机、分析反应子系统,例如流体类和消耗品类(例如管和多孔板);容器和消耗品洗涤子系统,例如板洗涤设备;磁力分离器或磁性粒子浓缩器子系统,例如流动池、管和板类型;细胞和粒子检测、分类和分离子系统,例如流式细胞仪和库尔特计数器(Coulter counters);检测子系统,例如比色、浊度、荧光和ECL检测器;温度控制子系统,例如空气处理、空气冷却、空气加热、风扇、鼓风机、水浴;废物子系统,例如液体和固体废物容器;全局唯一标识符(global unique identifier;GUI)检测子系统,例如1D和2D条形码扫描仪,例如平坦床和棒型;样本标识符检测子系统,例如1D和2D条形码扫描仪,例如平坦床和棒型。分析子系统,例如色谱系统,例如高效液相色谱(HPLC)、快速蛋白质液相色谱(fast-protein liquid chromatography;FPLC)和质谱仪也可为模块或完全集成的。
进行样本鉴定和制备的系统或模块可与进行分析和进行检测或进行两个的系统或模块组合(或与其邻接或相邻或机械连接或耦合)。相同种类的多个模块化系统可进行组合以提高通量。模块化系统可与进行其它类型的分析,例如化学、生物化学和核酸分析的模块组合。
自动化系统可允许分批、连续、随机存取和实时工作流程以及单一、中等和高样本通量。
系统可包含例如以下装置中的一个或多个:板封口机(例如Zymark)、板清洗机(例如BioTek、TECAN)、试剂分配器和/或自动移液站和/或液体处理站(例如TECAN、Zymark、Labsystems、Beckman、Hamilton)、培育箱(例如Zymark)、板振荡器(例如Q.Instruments、Inheco、Thermo Fisher Scientific)、化合物库或样本存储和/或化合物和/或样品检索模块。这些装置中的一个或多个通过机器人组合件耦合到本发明的设备,以使得可自动进行整个分析过程。根据替代性实施例,在设备和各种装置(例如板堆栈)之间手动移动容器(例如板)。
自动化系统可被配置以执行以下功能中的一个或多个:(a)将例如板的消耗品移到检测子系统中、在检测子系统内部移动和移出检测子系统,(b)在其它子系统之间移动消耗品,(c)存储消耗品,(d)样本和试剂处理(例如适于混合试剂和/或将试剂引入到消耗品中),(e)消耗品振荡(例如用于混合试剂和/或提高反应速率),(f)消耗品洗涤(例如洗涤板和/或进行分析洗涤步骤(例如孔抽吸)),(g)测量流动池或消耗品(例如管或板)中的ECL。自动化系统可被配置以处理置于架子、多孔板(例如96或384孔板)中的个别管。
在如本文所描述的自动化系统中集成组件和模块的方法为本领域中熟知的,参见例如Sargeant等人,《平台完善(Platform Perfection)》,医疗产品外包(PlatformPerfection,Medical Product Outsourcing),2010年5月17日。
在实施例中,自动化系统为全自动的、模块化的、计算机化的、对广泛范围的分析物进行活体外定量和定性测试且进行亮度分析、离子选择性电极测量和/或电化学发光(ECL)分析。在实施例中,系统包含以下硬件单元:控制单元、核心单元和至少一个分析模块。
在实施例中控制单元使用图形用户接口来控制所有仪器功能,且包含读数装置(例如监测器)、输入设备(例如键盘和鼠标)和使用例如Windows操作系统的个人计算机。在实施例中,核心单元包含管理向各分配的分析模块传送样本的若干组件。核心单元的实际组成视分析模块的配置而定,分析模块可由本领域中熟习所属领域者使用本领域中已知的方法来配置。在实施例中,核心单元包含至少采样单元和一个齿条转子作为主要组件。传送线和第二齿条转子为可能的扩展。若干其它核心单元组件可包含样本架装载器/卸除器、端口、条形码读取器(用于架子和样品)、水供应器和系统接口端口。在实施例中,分析模块进行ECL分析且包含试剂区域、测量区域、消耗品区域和预清洁区域。
P.试剂盒
在一个方面中,提供一种用于进行用以鉴定、检测或量化样本中的一个或多个目标分析物的分析的试剂盒。在一个方面中,试剂盒可由制造商或终端用户定制,用于鉴定、检测或量化一个或多个所关注目标蛋白质或核苷酸序列。在一个方面中,基于与目标分析物或反应产物结合的寡核苷酸标签与固定于各结合结构域中的捕获寡核苷酸之间的互补性,终端用户可指明将哪个目标分析物导引于阵列中的各结合结构域。在一个方面中,试剂盒提供可基于用户说明书进行配置的多孔分析板,例如终端用户可选择分析物的集合且配置针对分析物的那个集合的用户定制的多任务分析。
在一个方面中,提供一种试剂盒。在一个方面中,试剂盒包含如本文所描述的非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合。在一个方面中,试剂盒包含选自以下的两个或更多个非交叉反应性捕获寡核苷酸:表1(SEQ ID NO:1-64)、表2(SEQ ID NO:65-122)、表3(SEQ ID NO:123-186)、表4(SEQ ID NO:187-250)、表5(SEQ ID NO:251-308)、表6(SEQ ID NO:309-372)、表7(SEQ ID NO:373-436)、表8(SEQ ID NO:437-494)、表9(SEQ ID NO:495-558)、表10(SEQ ID NO:559-622)、表11(SEQ ID NO:623-680)或表12(SEQ ID NO:681-744)或其变体。在一个方面中,试剂盒包含选自SEQ ID No:1-64或其变体的两个或更多个非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合。在一个方面中,试剂盒包含选自SEQ ID No:1-10或其变体的两个或更多个非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合。在一个方面中,捕获寡核苷酸包含至少24、30或36个核苷酸。
在一个方面中,试剂盒包含至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25个和至多64个非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合。在一个方面中,试剂盒包含至多10个非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合。
在一个方面中,试剂盒包含容器中提供的一个或多个捕获寡核苷酸,其中容器中的捕获寡核苷酸具有相同序列,且各容器含有具有不同于(且不与其互补)其它容器中的捕获寡核苷酸的序列的序列的捕获寡核苷酸。在一个方面中,试剂盒在单独容器中包含至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25和至多64个非交叉反应性捕获寡核苷酸。在一个方面中,试剂盒在单独容器中包含可用于鉴定、检测或量化至多10个目标核苷酸序列的至多10个不同捕获寡核苷酸。
在一个方面中,试剂盒包含如本文所描述的载体表面和非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合。在一个方面中,试剂盒包含固定于载体表面上的非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合。在一个方面中,试剂盒包含固定于载体表面上的阵列中的非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合。在一个方面中,试剂盒包含固定到位置在阵列内已知的一个或多个分散结合结构域的一个或多个捕获寡核苷酸。在一个方面中,试剂盒包含固定于珠粒阵列上的两个或更多个非交叉反应性捕获寡核苷酸。
在一个方面中,试剂盒包含固定于载体表面上的一个或多个结合结构域中的一个或多个非交叉反应性捕获寡核苷酸。在一个方面中,试剂盒包含固定于两个或更多个独特结合结构域中的两个或更多个非交叉反应性捕获寡核苷酸,其中固定于各独特结合结构域上的捕获寡核苷酸的序列相同。在一个方面中,试剂盒包含一个或多个结合结构域,其中至少一些捕获寡核苷酸不与载体表面共价结合。在一个方面中,试剂盒包含一个或多个结合结构域,其中至少一些捕获寡核苷酸不通过硫醇基与碳基表面(例如碳基电极)共价结合。在一个方面中,一个或多个结合结构域包含大于10%、15%、20%、25%、50%或75%的不通过硫醇基与载体表面共价结合的捕获寡核苷酸。在一个方面中,试剂盒包含具有小于约0.1%、0.09%、0.08%、0.07%、0.06%、0.05%、0.04%、0.03%、0.02%或0.01%的污染性捕获寡核苷酸的一个或多个结合结构域。
在一个方面中,试剂盒包含含官能团的一个或多个捕获寡核苷酸。在一个方面中,试剂盒包含含硫醇基的一个或多个捕获寡核苷酸。在一个方面中,一个或多个捕获寡核苷酸通过硫醇基与碳基载体表面共价连接。在一个方面中,一个或多个捕获寡核苷酸通过连接子与硫醇基连接。在一个方面中,一个或多个捕获寡核苷酸通过硫醇基与一个或多个电极连接。
在另一方面中,试剂盒包含如本文所描述的非交叉反应性寡核苷酸标签的集合。在一个方面中,试剂盒包含相对于互补捕获寡核苷酸与小于0.05%的非互补捕获寡核苷酸结合的非交叉反应性寡核苷酸标签的集合。
在一个方面中,试剂盒包含选自以下的非交叉反应性寡核苷酸的集合:表13(SEQID NO:745-808)、表14(SEQ ID NO:809-866)、表15(SEQ ID NO:867-930)、表16(SEQ IDNO:931-994)、表17(SEQ ID NO:995-1052)、表18(SEQ ID NO:1053-1116)、表19(SEQ IDNO:1117-1180)、表20(SEQ ID NO:1181-1238)、表21(SEQ ID NO:1239-1302)、表22(SEQ IDNO:1303-1366)、表23(SEQ ID NO:1367-1424)或表24(SEQ ID NO:1425-1488)或其变体。在一个方面中,寡核苷酸包含至少20、24、30或36个核苷酸。
在一个方面中,试剂盒包含容器中提供的一个或多个寡核苷酸寡核苷酸标签,其中容器中的寡核苷酸标签具有相同序列,且各容器含有具有不同于(且不与其互补)其它容器中的寡核苷酸标签的序列的序列的寡核苷酸标签。在一个方面中,试剂盒在单独容器中包含至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25和至多64个非交叉反应性寡核苷酸标签。在一个方面中,试剂盒包含至多10个非交叉反应性寡核苷酸标签的集合。
在一个方面中,试剂盒包含载体表面。在一个方面中,试剂盒包含碳基载体表面。在一个方面中,载体表面包含至少一个电极。在一个方面中,电极为碳基电极。在一个方面中,载体表面包含一个或多个碳墨电极。在一个方面中,载体表面包含至少一个工作电极和至少一个相对电极。
在一个方面中,试剂盒包含含多孔分析板的载体表面。在一个方面中,多孔板的一个或多个孔包含一个或多个电极。在一个方面中,载体表面包含多孔板,其中一个或多个孔包含一个或多个工作电极和一个或多个相对电极。在一个方面中,载体表面包含一个或多个参考电极。
在一个方面中,试剂盒包含具有其上印刷捕获寡核苷酸的一个或多个阵列的一个或多个电极的载体表面。在一个方面中,试剂盒包含其上已印刷捕获寡核苷酸的一个或多个阵列的一个或多个多孔板。在另一方面中,试剂盒包含一个或多个多孔板和包含一个或多个捕获寡核苷酸的一个或多个小瓶,其中可将捕获寡核苷酸印刷到多孔板上。在一个方面中,终端用户或制造商可通过将寡核苷酸标签与目标分析物结合或产生具有与试剂盒提供的捕获寡核苷酸互补的寡核苷酸标签的反应产物,来定制鉴定、检测或量化哪些目标核苷酸序列。
在一个方面中,试剂盒包含固定到载体表面上的一个或多个结合结构域的一个或多个捕获寡核苷酸。在一个方面中,试剂盒包含固定于多孔板的孔内的一个或多个结合结构域上的一个或多个捕获寡核苷酸。在一个方面中,试剂盒包含固定于电极上的一个或多个结合结构域上的一个或多个捕获寡核苷酸。在一个方面中,试剂盒包含固定于多孔板的一个或多个孔内的电极上的一个或多个结合结构域上的一个或多个捕获寡核苷酸。
在一个方面中,试剂盒包含一个或多个多孔板,其中将至多10个捕获寡核苷酸固定于多孔板的孔内的一个或多个结合结构域中,其中各结合结构域包含具有不同于孔内的其它结合结构域中的捕获寡核苷酸的序列的序列的捕获寡核苷酸。在一个方面中,试剂盒包含载体表面,所述载体表面具有固定于至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20或25个独特结合结构域中的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20或25个不同捕获寡核苷酸。在一个方面中,试剂盒包含多孔板,所述多孔板具有固定于一个或多个孔中的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20或25个独特结合结构域中的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20或25个不同捕获寡核苷酸。在一个方面中,试剂盒包含一个或多个多孔板,其中各孔包含固定于阵列中的至多10个捕获寡核苷酸。在一个方面中,多孔板可被配置以在多孔板的各孔内创建1与10个之间的检测分析。
在一个方面中,试剂盒包含标准格式多孔板,其本领域中已知的且可包含(但不限于)24、96和384孔板。在一个方面中,试剂盒包含一个或多个96孔板。在一个方面中,试剂盒包含一个多孔板。在另一方面中,试剂盒包含10个多孔板。在另一方面中,试剂盒包含10与100个之间的多孔板。
在一个方面中,提供一种用于进行发光分析,例如电化学发光分析,以鉴定、检测或量化样本中的一个或多个目标核苷酸序列的试剂盒。在一个方面中,试剂盒包含适用于进行电化学发光分析的一个或多个分析组分。
在一个方面中,试剂盒包含可用于为寡核苷酸标签与其对应互补捕获寡核苷酸序列的杂交提供适当条件(例如严格条件)的杂交缓冲液。在一个方面中,杂交缓冲液包含核酸变性剂,例如甲酰胺。在一个方面中,杂交缓冲液以可进行组合以形成杂交缓冲液的两个独立组分形式提供。
在一个方面中,试剂盒包含用于在印刷之后从载体表面去除游离(即,未固定的)捕获分子的洗涤溶液的容器。在一个方面中,洗涤溶液为水性溶液。在一个方面中,洗涤溶液包含含硫醇化合物。在一个方面中,含硫醇化合物为水溶性的,且具有小于约200g/mol、175g/mol、150g/mol或125g/mol的分子量。在一个方面中,含硫醇化合物选自以下:半胱氨酸、半胱胺、二硫苏糖醇、3-巯基丙酸酯、3-巯基-1-丙磺酸和其组合。在一个方面中,含硫醇化合物包含半胱氨酸。在一个方面中,含硫醇化合物包含两性离子。
在一个方面中,洗涤溶液中的水溶性含硫醇化合物与游离捕获寡核苷酸竞争,以防止过度洗涤(wash-over)。过度洗涤是指将捕获分子再沉积到邻近结合结构域,例如当从表面释放不严谨结合的捕获分子到溶液(例如洗涤缓冲液、分析稀释剂或样本)中和迁移到一个或多个邻近结合结构域时。为了降低过度洗涤,应去除不严谨结合的捕获分子,且应防止再沉积。过度洗涤可增加不同分析物之间的表观交叉反应性,即使不存在真交叉反应性。
尽管不希望受理论束缚,但据信,洗涤溶液的作用机制如下:洗涤溶液将不严谨结合的捕获寡核苷酸带入溶液中,通过SH共价结合或其它机制,其可潜在地从其再沉积到表面。如果捕获寡核苷酸再沉积于具有含不同核苷酸序列的捕获寡核苷酸的结合结构域上,那么考虑污染性捕获分子。污染性捕获分子的存在可干扰分析结果。在一个方面中,洗涤溶液包含相对于捕获寡核苷酸摩尔大大过量(至少10,000×)的水溶性含硫醇化合物,例如半胱氨酸,其允许含硫醇化合物的硫醇基与松散捕获寡核苷酸结合且胜过松散捕获寡核苷酸与表面上的可用位点的结合。Triton X-100(0.1%)使具有SH基团的表面反应性失活;和且Tris分子降低溶液中的结合,这可能是归因于具有与表面结合的潜能的氨基的存在。在一个方面中,通过本文所描述的方法制备的阵列的结合结构域包含小于约0.1%、0.09%、0.08%、0.07%、0.06%、0.05%、0.04%、0.03%、0.02%或0.01%的污染性捕获分子。
在一个方面中,洗涤溶液包含含硫醇化合物、pH缓冲组分、表面活性剂或其组合,且具有约7与约9之间的pH。
在一个方面中,洗涤溶液包含约5mM与约750mM之间、约10mM与约500mM之间、约25mM与约75mM之间或约50mM的半胱氨酸。在一个方面中,表面活性剂为非离子表面活性剂,例如Triton X-100。在一个方面中,洗涤液包含约10mM与约30mM之间、或约15mM与约25mM之间或约20mM的缓冲液,例如Tris。在一个方面中,洗涤液包含约0.05%与约0.5%之间、或约0.05%与0.2%之间或约0.1%的表面活性剂,例如Triton X-100。在一个方面中,洗涤溶液具有约7.5与约8.5之间或约8.0的pH。在一个方面中,洗涤缓冲液包含约15mM与约25mM之间的Tris、约pH 8.0、约0.05%与约0.15%之间的triton X-100和约25mM与75mM之间的半胱氨酸。在一更特定方面中,洗涤液包含约20mM Tris、约pH 8.0、约0.1%的triton X-100和约50mM半胱氨酸。
在一个方面中,洗涤溶液的一个或多个组分以无水形式提供于试剂盒中。在一个方面中,液体稀释剂提供于试剂盒中以用于重构洗涤溶液的一个或多个组分。
在一个方面中,试剂盒包含含标记的一个或多个容器。在一个方面中,标记选自放射性、荧光、化学发光、电化学发光、光吸收、光散射、电化学、磁性和酶标记。在一个方面中,标记包含电化学发光标记。在一个方面中,标记包含含过渡金属的有机金属络合物。在一个方面中,过渡金属包含钌。在一个方面中,标记为MSD SULFO-TAGTM标记。
在一个方面中,标记包含一级结合试剂,所述一级结合试剂为二级结合试剂的结合搭配物。在一个方面中,二级结合试剂包含生物素、抗生蛋白链菌素、抗生物素蛋白或抗体。在一个方面中,二级结合试剂包含抗生物素蛋白、抗生蛋白链菌素或抗体。在一个方面中,标记包含选自生物素、荧光素和地高辛的半抗原。在一个方面中,标记为包含第一寡核苷酸序列的一级结合剂,且二级结合试剂包含与一级结合剂的第一寡核苷酸序列互补的第二寡核苷酸序列。
在一个方面中,试剂盒包含含电化学发光标记的一个或多个容器。在一更特定方面中,试剂盒包含含有含Ru或含Os有机金属化合物,例如三联吡啶钌(RuBpy)的一个或多个容器。在一个方面中,标记包含含过渡金属的有机金属络合物。在一个方面中,过渡金属包含钌。在一个方面中,标记包含MSD SULFO-TAGTM标记(MesoScale,马里兰州罗克维尔)。在另一方面中,试剂盒包含含有流明诺或其它相关化合物的一个或多个容器。
在一个方面中,试剂盒包含具有一种或多种电化学发光共反应物的一个或多个容器。在一个方面中,将一种或多种电化学发光共反应物共价或非共价固定于载体表面上。在一个方面中,将一种或多种电化学发光共反应物固定于载体表面的一个或多个工作电极上。
在一个方面中,试剂盒中包含的标记包含一级结合试剂和二级结合试剂。在一个方面中,二级结合试剂包含生物素、抗生蛋白链菌素、抗生物素蛋白或抗体。
在一个方面中,试剂盒适合于多个分析。在一个方面中,试剂盒是含于可重复密封的袋子或容器中。在一个方面中,袋子或容器大体上不透水。在一个方面中,袋子为箔,例如铝箔。在一个方面中,将试剂盒和试剂干燥状态存储,且试剂盒可包含干燥材料以将分析试剂维持在干燥状态。
在一个方面中,试剂盒包含含包装于干燥的包装中的一个或多个固定的捕获寡核苷酸的载体表面。在一个方面中,试剂盒包含载体表面,在将载体表面包装于干燥的包装中之前,用含硫醇洗涤溶液洗涤所述载体表面。在一个方面中,试剂盒包含含一个或多个固定的捕获寡核苷酸的载体表面,其中在将载体表面包装于干燥的包装中之前,不用含硫醇洗涤溶液洗涤载体表面。
在一个方面中,试剂盒包含以下分析组分中的一个或多个:一个或多个非交叉反应性捕获寡核苷酸;和一个或多个缓冲液,例如洗涤缓冲液、杂交缓冲液、结合缓冲液或阅读缓冲液。在一个方面中,杂交缓冲液包含核酸变性剂。在一个方面中,核酸变性剂包含甲酰胺。在一个方面中,杂交缓冲液以可进行组合以形成杂交缓冲液的两个独立组分形式提供。在一个方面中,结合缓冲液包含表面活性剂。在一个方面中,阅读缓冲液包含电化学发光阅读缓冲液。
在一个方面中,试剂盒包含一个或多个分析组分,例如标记。在一个方面中,标记为发光标记,例如电化学发光标记。在一个方面中,试剂盒包含至少一种电化学发光共反应物。在一个方面中,电化学发光共反应物包含叔胺、三丙胺或N-丁基二乙醇胺。
在一个方面中,标记包含一级结合试剂,所述一级结合试剂为二级结合试剂的结合对。在一个方面中,试剂盒包含二级结合试剂。在一个方面中,试剂盒包含在一个或多个板孔中的呈无水形式的一个或多个分析组分。在一个方面中,试剂盒包含唯一试剂盒标识符。
在一个方面中,试剂盒包含一个或多个其它分析组分。在一个方面中,试剂盒包含一个或多个分析,包含(但不限于)稀释剂、封端剂、稳定剂、清洁剂、盐、pH缓冲液和防腐剂。在一个方面中,试剂盒包含一个或多个这类组分的容器。在另一方面中,在试剂盒提供的分析载体表面上包含一种或多种试剂。
在一个方面中,试剂盒包含可用于为一个或多个探针与一个或多个目标核苷酸序列结合提供适当条件的结合缓冲液。在一个方面中,结合缓冲液包含表面活性剂。
在一个方面中,试剂盒包含可用于为检测标记的存在提供适当条件的阅读缓冲液。在一个方面中,试剂盒包含电化学发光阅读缓冲液,所述电化学发光阅读缓冲液包含一种或多种电化学发光共反应物,包含例如叔胺、三丙胺和N-丁基二乙醇胺。在一个方面中,试剂盒包含使用说明书或唯一试剂盒标识符。
在一个方面中,试剂盒包含用于检测目标核苷酸序列中的单核苷酸多态性的一个或多个分析组分。在一个方面中,试剂盒包含以下组分中的一个或多个:标记的寡核苷酸探针,其包含与所关注核酸中的目标序列互补的序列;一个或多个封端探针;一个或多个核苷三磷酸;一个或多个标记的核苷三磷酸;标记的双脱氧核苷三磷酸;接合酶或聚合酶。
在一个方面中,试剂盒包含一个或多个或多个标记的寡核苷酸探针,所述探针具有与所关注核酸中的目标序列互补的第一序列和与捕获寡核苷酸互补的寡核苷酸标签。
在一个方面中,试剂盒包含使用寡核苷酸接合分析来鉴定、检测或量化目标核苷酸序列的一个或多个分析组分,包含例如接合酶缓冲液或DNA接合酶。
在一个方面中,试剂盒包含用于检测、鉴定或量化样本中的一个或多个目标核苷酸序列的一个或多个分析组分,其中一个或多个目标核苷酸序列包含多态性核苷酸。在一个方面中,试剂盒包含至少一对寡核苷酸探针。在一个方面中,试剂盒包含用于多个目标核苷酸序列的多个寡核苷酸探针对。在一个方面中,寡核苷酸探针对包含靶向探针和检测探针。在一个方面中,靶向探针包含:单链寡核苷酸标签,其与固定于载体表面上的捕获寡核苷酸的至少一部分互补;和第一核酸序列,其与样本中的目标核苷酸序列的第一区互补。在一个方面中,检测探针包含标记和与目标核苷酸序列的第二区互补的第二核酸序列,所述第二区与同靶向探针序列的第一核酸序列互补的第一区相邻,其中靶向探针或检测探针包括位于目标核苷酸序列的多态性核苷酸的末端3'或5'核苷酸。在一个方面中,标记与检测探针的3'端连接。
在一个方面中,靶向探针具有与目标核苷酸序列的区域互补的末端3'核苷酸,所述区域与同检测探针的5'末端核苷酸互补的区域相邻。在一个方面中,检测探针的末端5'核苷酸与目标核苷酸序列的多态性核苷酸互补。
在一个方面中,试剂盒包含结合目标核苷酸序列的第一和第二检测探针,其中第一和第二检测探针的不同之处仅在于末端5'核苷酸。在一个方面中,第一检测探针与野生型序列互补,且第二检测探针与突变型序列互补。
在一个方面中,试剂盒包含接合酶。在一个方面中,试剂盒包含一个或多个核苷三磷酸。
在一个方面中,试剂盒或方法包含一个或多个封端探针。在一个方面中,一个或多个封端探针用于增加分析敏感性,例如用于检测罕见或低等位基因分率的癌症突变。在一个方面中,通过防止模板分子将未接合的探针桥接到可与捕获寡核苷酸杂交且产生来自未接合的探针的假信号的复合物中,封端探针用于降低OLA分析中的背景信号。在一个方面中,封端探针包含与目标核苷酸序列互补且跨越探针接合位点的单链核苷酸序列,但不包含标签或标记。在一个方面中,封端探针很大程度上与探针序列共线。在一个方面中,使用一对封端探针,其包含:第一封端探针,其具有与OLA分析中使用的野生型或变体靶向探针一致的序列;和第二封端探针,其具有与检测探针一致但不包含5'磷酸或3'标记的序列。
在一个方面中,封端探针包含至少约20、25、30、35、40、45或50和至多约50、75、100、150或200、或约20与约200之间或约50与约100个之间的核苷酸。在一个方面中,接合反应混合物中包含一对封端探针,其中第一封端探针具有与连接探针一致的序列但无寡核苷酸标签;且第二封端探针具有与检测探针一致的序列但无标记。在一个方面中,可将与同探针序列相邻的目标核苷酸序列互补的至多2、3、4或5个额外核苷酸添加到封端探针的5'和3'端。在一个方面中,试剂盒包含针对各对寡核苷酸探针的至少一对封端探针。
在一个方面中,试剂盒包含用于引物延伸分析的一种或多种组分。在一个方面中,试剂盒包含用于引物延伸分析的一个或多个靶向探针。在一个方面中,试剂盒包含含与样本中的多个目标核苷酸序列互补的靶向核酸序列的多个探针。在一个方面中,试剂盒包含用于引物延伸分析的其它分析组分,包含例如聚合酶、一个或多个核苷三磷酸或一个或多个双脱氧核苷酸三磷酸(ddNTP)。在一个方面中,试剂盒包含一个或多个标记或未标记的核苷三磷酸。在一个方面中,试剂盒包含标记或未标记的双脱氧核苷三磷酸。
在一个方面中,靶向探针包含:与固定于载体表面上的捕获寡核苷酸的至少一部分互补的单链寡核苷酸标签;与样本中的目标核苷酸序列互补的靶向核酸序列;和标记。在一个方面中,寡核苷酸标签与靶向探针的5'端连接,且靶向核酸序列包含与同样本中的一个或多个目标核苷酸序列中的多态性核苷酸相邻的核苷酸互补的3'端。在一个方面中,寡核苷酸标签与靶向探针的5'端连接,且靶向核酸序列包含与样本中的一个或多个目标核苷酸序列中的多态性核苷酸互补的末端3'核苷酸。
在一个方面中,试剂盒包含含寡核苷酸标签和对目标分析物具有特异性的结合搭配物的一个或多个目标特异性探针,所述寡核苷酸标签与试剂盒提供的载体表面上的捕获寡核苷酸结合。在一个方面中,试剂盒包含一个或多个目标特异性探针,所述一个或多个目标特异性探针具有寡核苷酸标签和与一个或多个目标分析物中的核酸序列杂交的核酸序列。在一个方面中,终端用户生成针对一个或多个所关注目标分析物的一个或多个目标特异性探针。
在一个方面中,试剂盒包含标记的核苷三磷酸。在一个方面中,试剂盒包含标记的核苷三磷酸和二级结合试剂。在一个方面中,标记的核苷三磷酸包含一级结合试剂,所述一级结合试剂为二级结合试剂的结合搭配物。在一个方面中,二级结合试剂包含抗生物素蛋白、抗生蛋白链菌素或抗体,且标记的核苷酸三磷酸包含生物素或半抗原标记。在一个方面中,标记的核苷三磷酸包含放射性、荧光、化学发光、电化学发光、光吸收、光散射、电化学、磁性或酶标记。在一个方面中,试剂盒包含用电化学发光标记标记的核苷三磷酸。在一个方面中,试剂盒包含与目标核苷酸序列的多态性核苷酸互补的标记的双脱氧核苷酸三磷酸。
在一个方面中,试剂盒包含载体表面,例如多孔板,例如96孔板,其中多孔板的各孔包含固定于一个或多个结合结构域中的一个或多个捕获寡核苷酸。在一个方面中,多孔板的各孔包含1与10个之间的结合结构域,其中将独特捕获寡核苷酸固定于孔中的各结合结构域中。在一个方面中,试剂盒还包含以下反应组分中的一个或多个:洗涤缓冲液、杂交缓冲液、标记、稀释剂和阅读缓冲液。在一个方面中,洗涤缓冲液包含含硫醇化合物。在一个方面中,洗涤缓冲液为水性溶液。在一个方面中,含硫醇化合物为水溶性的,且具有小于约200g/mol、175g/mol、150g/mol或125g/mol的分子量。在一个方面中,含硫醇化合物选自以下:半胱氨酸、半胱胺、二硫苏糖醇、3-巯基丙酸酯、3-巯基-1-丙磺酸和其组合。在一个方面中,含硫醇化合物包含半胱氨酸。在一个方面中,标记包含电化学发光标记。在一个方面中,标记包含二级结合搭配物。在一个方面中,标记包含MSD Sulfo-Tag标记的抗生蛋白链菌素。
Q.数据库
各种数据库为可获得的,所述数据库提供关于疾病和病症的基因关联的信息和提供可结合本文中所描述的方法和试剂盒使用的信息和序列,所述数据库包含(但不限于)以下:
基因关系数据库
来自复杂疾病和病症的基因关联数据的数据库。截到2014年9月1日,数据库“冻结”。然而截到2014年8月18日,所有数据均为可以文本或SQL格式下载获得的。
geneticassociationdb.nih.gov
ClinVar
NCBI数据库包含按病原性、突变类型等显示结果的过滤器。
ncbi.nlm.nih.gov/clinvar?term=human%5Borgn%5D
新英格兰生物实验室(New
England
Biolabs)
提供常见所关注基因的列表。
neb.com/tools-and-resources/usage-guidelines/genetic-markers
含基因组的瓶(Genome in a bottle;GIAB)(关于生物学中的度量的联合倡议(The Joint Initiative for Metrology in Biology))
由NIST主持的公私学术联盟致力于发展使得能够将全人类基因组测序转化为临床实践的技术基础设施。提供高度特征化参考材料的基因组
jimb.stanford.edu/giab-resources/
ENSEMBL基因组浏览器
Ensembl为脊椎动物基因组的基因组浏览器,其创建、集成和分配用于基因组学研究的参考数据集和分析工具。
ensembl.org/index.html
COSMIC基因组浏览器
提供癌症中发现的体细胞突变的目录
cancer.sanger.ac.uk/cosmic/browse/genome
NCI基因组数据共享
为癌症研究团体提供使得能够在整个癌症基因组研究中进行数据共享的统一数据存储库,从而支持精确医学。
portal.gdc.cancer.gov
NCBI资源
涵盖SNP和其它变体(插入、缺失、易位等)的dbSNP和dbVAR
ncbi.nlm.nih.gov/snp
ncbi.nlm.nih.gov/dbvar
基因组变体存档的数据库
一种提供存档、加入和分配所有物种中的公开可获得的基因组结构变体的存储库。
ebi.ac.uk/dgva
IGSR:国际基因组样本资源(The
International
Genome
Sample
Resource)
1000基因组项目的存储库
internationalgenome.org/data
InSiGHT变体数据库
InSiGHT容纳和展出对造成胃肠癌的基因再测序的DNA变体的最全面数据库。
insight-group.org/variants/databases
UCSC基因组浏览器
genome.ucsc.edu
R.以引用的方式并入
本文中所引用的全部参考文献(包含专利、专利申请、论文、课本等)和其中引用的参考文献在其尚未引用的程度上,在此出于所有目的以全文引用的方式并入本文中。
S.捕获寡核苷酸
表1:捕获寡核苷酸集合1:使用1号碱基寡核苷酸生成的36聚体非交叉反应性捕获寡核苷酸
表2:捕获寡核苷酸集合2:使用2号碱基寡核苷酸生成的36聚体非交叉反应性捕获寡核苷酸
表3:捕获寡核苷酸集合3:使用3号碱基寡核苷酸生成的36聚体非交叉反应性捕获寡核苷酸
表4:捕获寡核苷酸集合4:与使用1号碱基寡核苷酸生成的序列互补的36聚体非交叉反应性捕获寡核苷酸
表5:捕获寡核苷酸集合5:与使用2号碱基寡核苷酸生成的序列互补的36聚体非交叉反应性捕获寡核苷酸
表6:捕获寡核苷酸集合6:与使用3号碱基寡核苷酸生成的序列互补的36聚体非交叉反应性捕获寡核苷酸
表7:捕获寡核苷酸集合7:具有呈使用1号碱基寡核苷酸生成的序列的反向序列的序列的36聚体非交叉反应性捕获寡核苷酸
表8:捕获寡核苷酸集合8:具有呈使用2号碱基寡核苷酸生成的序列的反向序列的序列的36聚体非交叉反应性捕获寡核苷酸
表9:捕获寡核苷酸集合9:具有呈使用3号碱基寡核苷酸生成的序列的反向序列的序列的36聚体非交叉反应性捕获寡核苷酸
表10:捕获寡核苷酸集合10:具有呈使用1号碱基寡核苷酸生成的序列的倒置互补序列的序列的36聚体非交叉反应性捕获寡核苷酸
表11:捕获寡核苷酸集合11:具有呈使用2号碱基寡核苷酸生成的序列的倒置互补序列的序列的36聚体非交叉反应性捕获寡核苷酸
表12:捕获寡核苷酸集合12:具有呈使用3号碱基寡核苷酸生成的序列的倒置互补序列的序列的36聚体非交叉反应性捕获寡核苷酸
T.寡核苷酸标签
表13:标签集合1:与使用1号碱基寡核苷酸生成的捕获序列杂交的24聚体非交叉反应性寡核苷酸标签
表14:标签集合2:与使用2号碱基寡核苷酸生成的与捕获寡核苷酸杂交的24聚体非交叉反应性寡核苷酸标签
表15:标签集合3:与使用3号碱基寡核苷酸生成的捕获寡核苷酸杂交的24聚体非交叉反应性寡核苷酸标签
表16:标签集合4:与使用1号碱基寡核苷酸生成的序列的互补序列杂交的24聚体非交叉反应性寡核苷酸标签
表17:标签集合5:与使用1号碱基寡核苷酸生成的序列的互补序列杂交的24聚体非交叉反应性寡核苷酸标签
表18:标签集合6:与使用3号碱基寡核苷酸生成的序列的互补序列杂交的24聚体非交叉反应性寡核苷酸标签
表19:标签集合7:与使用1号碱基寡核苷酸生成的序列的反向序列杂交的24聚体非交叉反应性寡核苷酸标签
表20:标签集合8:具有与使用2号碱基寡核苷酸生成的序列的反向序列杂交的序列的24聚体非交叉反应性寡核苷酸标签
表21:标签集合9:具有与使用3号碱基寡核苷酸生成的序列的反向序列杂交的序列的24聚体非交叉反应性寡核苷酸标签
表22:标签集合10:与使用1号碱基寡核苷酸生成的序列的倒置互补序列杂交的24聚体非交叉反应性寡核苷酸标签
表23:标签集合11:与使用2号碱基寡核苷酸生成的序列的倒置互补序列杂交的24聚体非交叉反应性寡核苷酸标签
表24:标签集合12:与使用3号碱基寡核苷酸生成的序列的倒置互补序列杂交的24聚体非交叉反应性寡核苷酸标签
表25.被硫醇基修饰的捕获寡核苷酸(36聚体)
工作实例
本发明的范围不受本文中所描述的具体实施例限制。实际上,根据前述描述和附图,除本文中所描述的修改的外,方法的各种修改对本领域中熟习所属领域者来说也将变得显而易见。这类修改打算属于权利要求书的范围内。
实例1.非相互作用捕获寡核苷酸的选择
使用软件来随机产生100,000到1,000,000个核苷酸序列的群组。产生36聚体的多个群组。在各组内,消除并不满足以下标准的序列:GC含量(40%≤GC含量≤50%)、AG含量(30%≤AG含量≤70%)和CT含量(30%≤CT含量≤70%),其中GC(或AG或CT)含量是指为G或C(分别或A或G、或C或T)的核苷酸的百分比。如果序列具有比3个碱基长的碱基重复序列伸长段,那么也消除序列。在群组内,以迭代程序,以来自群组的第一随机选择序列起始,选择非相互作用序列的集合。基于其缺乏与已在集合中的序列的预测相互作用,向集合中一次一个地添加额外序列。如果序列满足以下标准,那么将序列添加到集合中:可能未发现序列与其本身、与集合之前述成员或集合之前述成员的互补序列的比对(a)其中存在大于7个连续互补碱基对匹配的连续串或(b)其中存在18个碱基或更小的序列,其中(i)在各端处的末端碱基互补匹配,且(ii)互补碱基对匹配的总和减去错配的总和大于7。使用这个方法,可鉴定大约50到150个序列的集合(例如SEQ ID NO 1到64、65到122和123到186)。可通过逆转或寻找初始集合中的一个中的所有序列的互补序列来创建额外集合(例如SEQ ID NO187到250、251到308、309到372、373到436、437到494、495到558、559到622、623到680和681到744)。序列足够长,使得在自然界中寻找匹配序列的概率极低。BLAST搜索针对人类基因组的所选择集合并未找到比20个碱基对长的任何匹配或互补序列。选择来自集合中的一个(分别为SEQ ID NO 1到10、11到13、25到26、33到37、42、44到46、54和59到62)的10个序列和30个序列的子集作为具有杂交的自由能(用于与24聚体探针杂交,在35聚体5'端处开始,所述探针与36聚体序列之前24个核苷酸互补),其大约在36聚体的满集合的自由能的分布中心中(自由能计算值在大约-24到大约-22kcal/mol范围内)。在以下实例中,使用10寡核苷酸集合来证明这些序列用作捕捉试剂。
实例2.捕获寡核苷酸阵列的形成
阵列形成于10斑点96孔板(Meso Scale Diagnostics,LLC.)上。通过将注射模制的96孔板顶部附着到限定孔的底部的聚酯薄膜片材来形成这些96孔板。聚酯薄膜片材的顶部表面具有印刷在其上的丝网印刷的碳墨电极,使得各孔包含大约在孔中心中的碳墨工作电极和大约朝向孔的两个边缘的两个碳墨相对电极。工作电极具有印刷在其上的图案中的介电质(即,电绝缘墨),其限定暴露的工作电极的10个大约环状区域(或“斑点”),所述区域限定阵列组件的位置。印刷在聚酯薄膜片材的底部上、通过导电穿孔与片材的顶部连接的电极,为向工作电极和相对电极施加电压提供接触。关于具有集成式碳基电极的板的描述,参见例如美国专利第6,977,722号和第7,842,246号。
通过将含有被硫醇基修饰的捕获寡核苷酸(使用通过6聚体聚乙二醇(PEG6)间隔子与寡核苷酸的3'端连接的n-巯基丙醇修饰,如下文结构中所示)的50nL液滴沉积在电极上的个别斑点上,将SEQ ID 1到10的捕获寡核苷酸阵列印刷在这些板上。印刷溶液包含含硫醇基寡核苷酸的已缓冲的溶液,所述已缓冲的溶液含有磷酸钠、NaCl、EDTA、海藻糖和Triton X-100,其中相对于使碳墨表面饱和所需的量寡核苷酸为过量的,和足够的TritonX-100,使得液滴扩散到如由印刷的介电质墨层所限定的斑点的边缘。使液滴干燥过夜,在这期间,寡核苷酸与碳墨表面结合。将板包装在具有干燥剂的密封小袋中。
实例3.一种用于测量具有与阵列中的捕获寡核苷酸互补的序列的生物素标记的寡核苷酸的程序
在这个程序中,具有捕获寡核苷酸阵列的板如实例2中所描述来制备,且用于测量例如夹心杂交分析、寡核苷酸接合分析(OLA)和聚合酶延伸分析(PEA)的生物素标记的产物。所述程序包含初始封端步骤,其中阵列首先用封端溶液处理以溶解过量未固定的捕获寡核苷酸同时防止非特异性斑点的交叉污染。总体程序包含以下步骤:
1.封端
向各孔中添加50μL溶液,所述溶液含有含50mM L-半胱氨酸和0.1%(w/v)TritonX-100的20mM Tris-HCl缓冲液pH 8.0(其中Tris是指三(羟甲基)氨基甲烷)。在室温(或37℃)下将板培育30到60分钟,伴以振荡。通过用磷酸盐缓冲盐水(PBS)洗涤孔三次,完成封端步骤。
2.添加样本
向各孔中添加50μL测试样本,所述测试样本含有含生物素标记的产物的缓冲液,所述缓冲液含有含31%甲酰胺、400mM NaCl、1mM EDTA、0.01%Triton X-100的20mM Tris-HCl pH 8.0。在添加样本之后,将板在振荡下于37℃下培育一小时,以提供严格结合条件,在室温下冷却5分钟且用PBS洗涤三次。
3.在严格条件下热浸泡(任选地选用)
向各孔中添加50μL 0.1X PBS(~15mM的盐浓度),且在振荡下于37°下培育板30min,其后在室温下冷却板5min且用PBS洗涤三次。例如通过使生物素标记的OLA产物对于错误捕获寡核苷酸的非特异性结合降到最低,或通过防止引导序列通过非共价杂交相互作用与生物素连接,这个任选的步骤提供分析(例如OLA分析)中的改进的特异性。
4.添加二级结合试剂
为了检测生物素标记的探针,向各孔中添加50μL溶液,所述溶液含有含1μg/mL的用SULFO-TAG ECL标记标记的抗生蛋白链菌素(Meso Scale Diagnostics,LLC.)的500mMNaCl、1mM EDTA、0.01%Triton X-100、20mM Tris-HCl pH 8.0,且在振荡下培育板30min,其后用PBS洗涤三次。
5.ECL检测
为了测量来自ECL标记的ECL,向各孔中添加150μL含有丁基二乙醇胺(BDEA)作为ECL共反应物的ECL阅读缓冲液(参见2019年1月3日提交的标题为《用于进行分析测量的组合物和方法(COMPOSITIONS AND METHODS FOR CARRYING OUT ASSAY MEASUREMENTS)》的同在申请中的专利申请62/787,892),且在SECTOR Imager 600或QuickPlex SQ120 ECL读板器上分析板。板读取器接触板底部上的电接触,在各孔内的工作和相对电极两端施加电压波形,ECL成像,和报导与从各阵列组件的总ECL发射成比例的ECL信号。
实例4.捕获寡核苷酸阵列的均一性和交叉反应性
使用与捕获寡核苷酸之前24个核苷酸(从5'端)互补的含生物素的QC探针的集合(SEQ ID NO 745到754),测试如实例2中所描述来制备的大量板的涂层均一性和阵列组件之间的交叉反应性。根据实例3中所描述的程序,在无任选的热浸泡步骤的情况下,测试板。所使用的QC探针包含在3'端处被生物素修饰修饰的探针,如下文结构中所示:
为了测量涂层均一性,用含有10个在2pM下的生物素标记的QC探针与在2nM下的相同探针的未被生物素修饰的形式的混合物的样本,测试六个板的所有孔。测定来自各捕获寡核苷酸的ECL信号的平均值和板内变化系数(CV)(即,来自既定板中的既定斑点的信号的平均值和CV)。对于所有捕获寡核苷酸,六个板中的平均板内CV小于5%,且介于3.6%到4.6%。对于所有捕获寡核苷酸,板内信号平均值的CV小于6%,且介于3.5%到5.5%。
为了测量阵列特异性(包含来自非互补序列的结合或来自捕获寡核苷酸交叉污染物的交叉反应性),向一个板中添加含有200pM下的个别生物素标记的QC探针的样本(每QC探针8个重复,和16个空白样本)。测定各特异性样本的八个重复的各非特异性捕获核苷酸的各个别QC探针的中值交叉反应性,其中各孔的交叉反应性计算为来自探针与具有非特异性捕获核苷酸的斑点的结合的信号,呈来自探针与具有其特异性互补捕获核苷酸的斑点的结合的信号的百分比形式(在对于在不存在任何QC探针下的非特异性背景信号校正之后)。对于90种可能非特异性探针/捕获相互作用,81种(90%)具有0.01%或更小的交叉反应性,且最大交叉反应性为0.03%。
实例5.捕获寡核苷酸的连接子的比较
使用模型12聚体捕获寡核苷酸和模型24聚体捕获寡核苷酸,来比较寡核苷酸与用于将寡核苷酸与碳基电极连接的硫醇基之间的不同长度的连接子的使用。连接子包含具有如实例2中所描述的PEG6间隔子的连接子、不同之处在于3聚体聚乙二醇(PEG3)间隔子的类似连接子和无聚乙二醇间隔子的连接子,如下文所示。
如实例2中所描述,将捕获寡核苷酸固定于96孔板中的碳电极上,且在与捕获序列互补的被生物素修饰的QC探针的变化浓度下,在类似于实例4中所描述的条件的条件(不同之处在于,在室温下在不存在甲酰胺下进行杂交)下,进行测试。图3显示对于不同连接子的随孔中的探针分子数量变化的测量的ECL信号,且表明对于12聚体和24聚体捕获寡核苷酸两个来说,来自QC探针与捕获寡核苷酸的结合的ECL信号随着连接子长度而增加。
实例6.用于制备阵列的封端条件的比较
比较用于从阵列去除过量捕获寡核苷酸的封端条件。如实例2中所描述来制备具有印刷阵列的板,且如实例4中所描述来封端和洗涤,不同之处在于改变封端溶液的组成。随后,如实例4中所描述表征阵列的特异性。图4显示由暴露于与其它捕获寡核苷酸互补的QC探针造成的对于具有含SEQ ID NO:5的捕获寡核苷酸的斑点的交叉反应性。所述图显示,省略封端步骤引起归因于不同斑点上的捕获寡核苷酸的交叉污染所致的观测到的显著交叉反应性。具有含BSA的PBS的常规封端溶液仅提供边缘改进。当使用Tris+Triton X-100作为封端溶液时,所观测到的交叉反应性显著地改进。向Tris/Triton调配物中添加半胱氨酸进一步将交叉反应性降低到不可检测的水平(≤0.01%)。然而,向调配物中添加BSA并不引起相同改进。在单独实验中,确定在5到50到500mM范围内的半胱氨酸浓度在封端方面有效,且也确定用BSA而非半胱氨酸的封端可导致来自QC探针对于其互补捕获寡核苷酸的所需相互作用的信号降低(数据未显示)。
适用于降低交叉污染的其它封端剂(数据未显示)(尽管不如硫醇基封端剂(如半胱氨酸)有效),包含:(i)用于降低杂交分析中的背景信号的聚合物,包含PS20、聚乙烯醇(polyvinyl alcohol;PVA)、聚乙烯吡咯烷酮(~1,000kD和~360kD)、Ficoll和聚乙二醇(~3kD和~10kD);(ii)核酸和其它多价阴离子,包含鲑鱼精子DNA、鲱鱼DNA、小牛胸腺DNA、剪切的PolyA、酵母tRNA,和肝素;(iii)单体和聚合蛋白质封端剂,包含BSA和聚BSA;(iv)表面活性剂,包含十二烷基硫酸钠(sodium dodecyl sulfate;SDS)、3-[(3-胆酰氨基丙基)二甲基铵基]-1-丙磺酸盐(CHAPS)、triton-100和tween-20;和(v)氢键去稳定剂,例如甲酰胺和丙二醇。
应注意,封端和洗涤步骤可在制造阵列期间且在包装阵列之前进行。然而,当在即将使用阵列之前进行这个步骤时,实现最优选性能。在封端之后,可仍存在通过与固定的寡核苷酸的弱碱基-碱基相互作用结合的一些不严谨结合的交叉污染性寡核苷酸。这些将通常在分析中使用的严格杂交条件期间解离,但如果在阵列上干燥且存储较长时间段,那么可变得不可逆地固定。
实例7.一种用于检测单核苷酸多态性(SNP)的寡核苷酸接合分析(OLA)的程序
使用如图1中所示的一对寡核苷酸探针,进行SNP的检测:(i)引导探针,其包含朝向5'端的序列,其包含选自SEQ ID NO:745到754的序列(即,与如实例2中所描述来制备的阵列中的捕获寡核苷酸中的一个杂交的序列);和在3'端处的第一探针序列,其与SNP位点处和其下游的分析物核酸序列互补(使得3'端与分析物中的SNP核苷酸互补);和(ii)检测探针,其具有与紧靠SNP上游的分析物核苷酸序列互补的第二探针序列且在3'末端处包含生物素部分。在分析物和接合酶存在下,仅当引导探针匹配SNP核苷酸时,接合探针对。当比较在SNP位置处的不同核苷酸的水平(例如野生型核苷酸与突变型核苷酸的水平)时,未各替代方案提供引导探针。对于一些分析,SNP的OLA引导和检测探针的序列包含编码区的有义DNA链序列(对于BRAF1799、NRAS181和NRAS182);而对于其它分析,OLA引导和检测探针的序列包含编码区的反义DNA链序列(对于TP53、PIK3CA、KRAS和APC)。
开发对于OLA探针中的每一个的封端寡核苷酸探针。封端探针使用分析物结合部分的匹配的序列(即,第一或第二探针序列)。在一些情况下,其也可在3'或5'端处具有与同分析物上的目标序列相邻的对应核苷酸互补的几个(例如3个)额外核苷酸,但一般不需要这些额外核苷酸来提供封端活性。
还创建可用以测试探针的性能的各野生型和突变型目标的合成DNA模板。
在下表26中列举在寡核苷酸阵列上测试的七个SNP的OLA探针的序列,其中与捕获寡核苷酸互补的区以粗体显示。
表26:OLA探针序列
OLA分析程序包含以下步骤:
1.制备OLA反应混合物
将待测试的核酸(例如基因组DNA、PCR扩增DNA、全基因组扩增DNA或合成DNA分析物)与各引导探针、各检测探针和含500U/mL Taq DNA接合酶的Taq DNA接合酶反应缓冲液(New England Biolabs)合并。替代地,HiFi Taq DNA接合酶缓冲液(New EnglandBiolabs)可用于改进接合特异性。对于高目标DNA水平(如在PCR产物中),引导和检测探针分别在5nM和100nM下。对于低目标DNA水平,探针在10nM和200nM浓度下。
2.运行OLA反应
在热循环仪中,通过以下来处理反应混合物:(i)加热到95℃持续2min;(ii)运行30个循环(加热到95℃持续30秒,随后冷却到62℃持续5min(对于具有低目标DNA水平的样本)或2min(对于具有高目标DNA水平的样本));和(iii)加热到95℃持续5min。任选地,在最终加热条件之前,与第一和第二探针序列互补(或包含)的封端探针相对于OLA探针50倍过量,以预防再形成引导和检测探针的非共价复合物。
3.通过ECL分析测量OLA反应产物
稀释OLA反应产物,以得到具有大约以下缓冲液和盐水平的溶液:31%甲酰胺、400mM NaCl、1mM EDTA、0.01%Triton X-100于20mM Tris-HCl pH 8.0中。分析这个样本以检测反应产物,如实例3中所描述。
任选地,可在不添加接合酶的情况下重复所述过程,以测定在不存在任何接合的产物下的分析背景信号。当测量SNP位置处的多个替代核苷酸时,可通过比较来自各替代核苷酸的特异性信号来测定各自的百分比。举例来说,当测量SNP位置处的野生型和突变型核苷酸的水平时,可根据在捕获野生型引导探针的阵列组件上所测量的信号,测定野生型(WT)的特异性信号为SSWT=SWT-BWT,其中SS为特异性信号,S为在存在接合酶下的信号,且B为在不存在接合酶下的背景。类似地,根据捕获突变型引导探针的阵列组件,测定突变型(M)的特异性信号为SSM=SM-BM。SNP位置处的野生型或突变型核苷酸的百分比分别计算为WT%=SSWT/(SSWT+SSM)和M%=SSM/(SSWT+SSM)。可使用这些比率例如来分析基因组DNA以鉴定杂合性。用于测定杂合性的可能M%阈值为M%<0.2(纯合野生型)、0.3<M%<0.7(杂合突变型)和0.8<M%(纯合突变型)。对于许多应用,也可使用信号(S)而非背景校正的特异性信号(SS)来计算百分比。
实例8.使用OLA来检测合成DNA目标中的SNP
运行OLA分析来检测癌症(包含黑素瘤和结肠癌)中常见的五个突变:BRAFc.1799T>A(p.V600E);NRAS c.181C>A(p.Q61K);PIK3CAc.1633G>A(p.E545K)、KRAS c.35G>A(p.G12D)和APC c.4348C>T(p.R1450*),其中c.1799T>A表示核苷酸1799从T基因突变成A,且p.V600E表示所得的所编码蛋白质的氨基酸600从V改变成E。如实例7中所描述,使用作为分析物的模板序列和对应的引导、检测和封端探针(株系1489-1523),以及使用热浸泡和封端探针,来运行OLA分析。图5显示随每孔添加的模板分子(突变型或野生型)数量变化的来自针对BRAF突变(1799A)的分析的信号,且表明相对于野生型,分析针对突变具有高度特异性。图6显示随模板分子数量变化的所有十个分析的信号,且表明分析信号随着模板浓度线性增加。所有不同分析的检测极限均为约每孔2×105个分子。对于各分析,表27比较校正模板的108个拷贝与在SNP位点处具有单一错配的模板的108个拷贝所测量的信号。对于大部分分析,特异性(提供为108个模板分子的匹配序列相对于错配序列的信号的比率)大于100(对于WT>Mut取代,在87到629范围内),指示分析应能够检测在水平<1%的野生型下的罕见突变。
表27:OLA分析的特异性
实例9.使用封端寡核苷酸来降低非特异性分析背景.
OLA分析需要探针与分析物DNA(模板)杂交以进行接合。探针和模板可保持杂交,即使无接合事件。这个复合物可与固定于板上的捕获寡核苷酸结合(通过引导探针),且产生在本文称为桥接背景的信号(通过检测探针)。在相对于其它低丰度的一个等位基因(例如罕见癌症突变)的情况下,桥接背景可与来源于罕见等位基因分析物上的接合事件的信号相当,使得桥接背景可误解为实际特异性信号,从而导致缺乏突变的样本的假阳性结果。
用于减少桥接背景的一种方法为高温(95℃)下熔化DNA杂合体且快速冷却到4℃(或在冰上)。这个程序有助于减少桥接背景但并不会减少到检测样本中的低丰富突变所需的程度。另外,这种方法难以控制,因此样本处理中的小变体(在负载到板期间加热和处理之后其冷却有多快)可潜在地创造形成影响背景的非所需DNA复合物的条件。
为了评价桥接背景形成,如实例8中所描述,制备用于10工OLA分析的OLA样本(BRAF、NRAS181、PIK3CA、KRAS和APC),不同之处在于不向反应混合物中添加接合酶。在反应混合物中使用在每反应109个拷贝下的合成模板,且如实例7中所描述,在存在和不存在封端寡核苷酸下,测试板上的每分析孔的1/10反应物(108个拷贝/孔)。
如图7所示,对于无封端寡核苷酸所测试的样本,背景介于7,000与30,000个计数之间,可能是归因于一定水平的通过与残余模板再杂交的引导探针与检测探针的非共价连接(“桥接”)。在封端寡核苷酸存在下,相同样本的背景信号显著地降到180到550个计数。在不存在封端寡核苷酸下,桥接背景随着模板浓度增加而增加(数据未显示),从而在高模板浓度(例如108个拷贝每孔和更高)下变得最显著。因此,封端探针最适用于高模板浓度的实验条件(例如检测高野生型序列背景中的罕见癌症突变)。
实例10.封端寡核苷酸对于OLA敏感性和特异性的效果.
为了评价封端寡核苷酸对于分析敏感性和特异性的效果,在存在和不存在封端寡核苷酸下测试三个OLA分析:BRAF c.1799T>A(p.V600E);NRAS c.181C>A(p.Q61K);和NRASc.182A>T(p.Q61L)。使用合成模板和实例8中所描述的OLA探针(对于BRAF和NRAS181分析)和使用实例7中列举的序列(株系1524-27)(对于NRAS182分析),制备OLA样本。如实例7中所描述测试OLA样本;在最终加热步骤之前添加和不添加封端寡核苷酸的情况下,测试各样本。对于各分析,表28比较校正模板的2×108个拷贝与在SNP位点处具有单一错配的模板的2×108个拷贝,在加热和负载到板之前向样本中添加和不添加封端寡核苷酸的情况下所测量的信号。所述表显示,添加封端寡核苷酸对于特异性信号(即,校正斑点上的目标的信号)仅具有边缘效果,从而显示封端寡核苷酸并不降低分析敏感性。所述表还显示,未校正斑点上的非特异性信号显著降低,从而引起特异性改进。当向样本中添加封端寡核苷酸时,特异性(提供为108个模板分子的匹配序列相对于错配序列的信号的比率)改进至多15倍。通过将在存在封端寡核苷酸下的特异性除以在不存在封端寡核苷酸下的特异性,计算特异性改进。
表28:在存在和不存在封端寡核苷酸下所测试的OLA分析的特异性.
实例11.使用热浸泡或封端探针来降低OLA格式中的非特异性背景
在严格杂交条件(包含高温)下进行实例3中捕获和测量生物素标记的寡核苷酸的程序,以将非特异性杂交反应降到最低。然而,在杂交之后且在板洗涤之前,冷却板,在较低严格条件下提供一些时间,其中有可能发生一些非特异性杂交反应,所述反应可能在洗涤步骤中存留。减轻这种效果的一个方法为迅速冷却到4℃(或在冰上),以减缓非特异性杂交的动力学,但冷却板的时序可能难以控制。因此,开发两种单独或串联地其它方法,发现所述方法极大地降低所观测到的非特异性杂交:使用封端探针和使用热浸泡步骤。
使用实例2中所描述的板,开发用于测量五种不同SNP的野生型和突变型形式的10工OLA分析:NRAS c.182A>T、TP53 c.524G>A、PIK3CA c.1633G>A、KRAS c.35G>A和APCc.4348C>T。使用合成模板和如实例8中所描述的针对PIK3C、KRAS和APC的OLA探针,以及来自实例7中的序列表的针对NRAS 182和TP53的额外序列(株系1526-36),来制备OLA样本。在这个分析中,发现用于KRAS SNP分析的生物素标记的检测探针与捕获寡核苷酸阵列的斑点6上的捕获寡核苷酸具有弱相互作用,引起在不存在接合下的那个斑点上的背景信号升高。图8显示当如实例7中所描述运行分析,但在不存在分析物或接合酶下且不使用封端寡核苷酸或热浸泡步骤时,斑点6观测到的背景信号升高。
在完成接合步骤后,在OLA方案期间但在最终95℃变性步骤之前,添加封端寡核苷酸(以相对于OLA探针50倍过量)。图8显示,添加封端探针大幅度降低非特异性结合的水平。
在培育OLA产物以捕获寡核苷酸阵列且洗涤阵列以去除过量未结合的试剂之后,进行热浸泡步骤。在允许弱结合的核苷酸解离且随后洗涤掉的严格条件(低盐(0.1X PBS)和高温(37℃))下,额外培育所采用的热浸泡30min。图8显示,热浸泡步骤,与封端探针一样,大幅度降低非特异性结合的水平。可通过采用封端探针和热浸泡步骤两个,来实现甚至进一步降低。封端探针和热浸泡步骤对于来自OLA产物的真实信号并不具有显著效果(数据未显示)。
实例12.使用OLA来检测全基因组扩增(WGA)产物和未扩增的基因组DNA中的突变
如表29中所示,从ATCC集合中选择对于BRAF或NRAS基因中的突变来说为杂合的细胞系。
表29:ATCC细胞系基因组DNA
ATCC细胞系基因组DNA | 基因型 | 突变型百分比 |
A2058(黑素瘤) | BRAF c.1799T>A | 50% |
NCI-H1299(非小细胞肺癌) | NRAS c.181C>A | 50% |
HL-60(急性前髓细胞性白血病) | NRAS c.182A>T | 50% |
使用REPLI-g扩增试剂盒(QIAGEN),10ng/反应,使来自细胞系A2058和NCI-H1299的DNA经受全基因组扩增(WGA);在无扩增的情况下,在OLA反应中使用来自细胞系HL-60的DNA。如上文实例8中所描述,进行OLA分析。用BRAF、NRAS181、PIK3CA、KRAS和APC分析测试两个WGA DNA样本,用BRAF、TP53、PIK3CA、KRAS和NRAS182分析测试HL60 gDNA。在OLA反应中使用5-15μg DNA样本,且2-6μg进入ECL分析孔中。
对于针对各样本进行的各分析,表30-32呈现具有目标突变的所测量序列的%(如实例7中所描述计算)。将所测量突变百分比<20%归类为纯合野生模式本,突变百分比在30%与70%之间归类为杂合(50%突变),且突变百分比高于80%归类为纯合突变体。所述表显示,基于其预期基因型,将各细胞系恰当分类。
表30.用来自细胞系A2058WGA DNA的OLA结果(BRAF 1799T>A杂合)
表31.用来自细胞系NCI-H1299的WGA DNA的OLA结果(NRAS 181C>A杂合)
表32.用来自细胞系HL-60的gDNA的OLA结果(NRAS 182A>T杂合).
实例13.使用OLA来检测PCR产物
为了产生模拟野生型背景中的低水平的突变的针对BRAF c.1799T>A和NRASc.181C>A突变的假拟癌症样本,将来自不同ATCC细胞系(表29)的基因组DNA在预先指定水平下混合,以产生在0到50%范围内的突变型水平。如表中所示,对于黑素瘤中常见的三个突变中的一个来说,各细胞系为杂合的:BRAF c.1799T>A(p.V600E);NRAS c.181C>A(p.Q61K)。为了产生BRAF c.1799T>A样本,将来自细胞系A2058和NCI-H1299的基因组DNA混合。为了产生NRAS c.181C>A样本,将来自细胞系A2058和NCI-H1299的基因组DNA混合。通过对于各假拟癌症样本进行聚合酶链式反应(PCR)(35个循环,10ng基因组DNA输入),生成NRAS和BRAF扩增子。
如实例8中所描述,对于PCR扩增样本进行突变型和野生型SNP的寡核苷酸接合分析。将PCR产物稀释,且每20μl OLA混合物使用0.01μl;在板上测试每分析孔1/10的OLA产物(0.001μl PCR产物/分析孔)。结果用于计算具有突变型核苷酸的各SNP的百分比。随突变型核苷酸的预测百分比变化的计算百分比(基于细胞系DNA的混合物)提供于表33和34中以及图9中。图和表显示,所计算比率极接近于预测比率,且还显示,在几乎所有分析中,可将低到0.2%的突变率与纯野生模式本区分开。
表33:BRAF 1799T>A突变:用PCR扩增基因组DNA的OLA结果
表34:NRAS 181C>A突变:用PCR扩增基因组DNA的OLA结果
实例14.一种用于检测单核苷酸多态性(SNP)的聚合酶延伸分析(PEA)的程序
使用图2中所示的寡核苷酸探针,进行SNP的检测:引导探针,其包含朝向5'端的序列,所述序列包含选自SEQ ID NO:745到754的序列(即,与如实例2中所描述来制备的阵列中的捕获寡核苷酸中的一个杂交的序列);和在3'端处的第一探针序列,其与SNP位点下游的分析物核酸序列互补(使得3'端与距分析物中的SNP核苷酸下游一个位置的核苷酸互补)。在分析物、聚合酶和与SNP位点互补的被生物素修饰的双脱氧核苷三磷酸(ddNTP)存在下,使引导探针延伸以包含被生物素修饰的核苷酸。当比较在SNP位置处的不同核苷酸的水平(例如野生型核苷酸与突变型核苷酸的水平)时,在具有针对SNP位置处的核苷酸的适当ddNTP的不同孔中,重复反应。
PEA分析程序包含以下步骤:
1.制备PEA反应混合物
将待测试的核酸(例如基因组DNA、PCR扩增DNA、全基因组扩增DNA或合成DNA分析物)与50nM引导探针、2μM各生物素-与所关注SNP核苷酸互补的ddNTP和未标记的ddNTP以及含120U/mL的TherminatorTMDNA聚合酶的反应缓冲液合并
2.运行PEA反应
在热循环仪中,通过以下来处理反应混合物:(i)加热到96℃持续2min;(ii)运行30个循环(加热到95℃持续30秒,随后冷却到55℃持续30秒和加热到72℃持续30秒)
3.通过ECL分析测量PEA反应产物
稀释PEA反应产物,以得到具有大约以下缓冲液和盐水平的溶液:31%甲酰胺、400mM NaCl、1mM EDTA、0.01%Triton X-100于20mM Tris-HCl pH 8.0中。分析这个样本以检测反应产物,如实例3中所描述。
可任选地在不存在聚合酶下重复测量,以测定在不存在延伸的探针下的背景信号。如实例7对于OLA格式所描述,对于检测既定SNP位置处的不同核苷酸的分析的信号或背景校正的特异性信号的比较,可用于估计具有各核苷酸的样本中的核酸的百分比。
实例15.使用PEA来检测合成DNA目标中的SNP
设计用于检测黑素瘤中常见的三个突变的引物延伸分析(PEA)的寡核苷酸探针:BRAF c.1799T>A(p.V600E);NRAS c.181C>A(p.Q61K);和NRAS c.182A>T(p.Q61L)。产生针对各所关注SNP位置的引导探针。相对于前述实例中的阵列,使用早期原型捕获阵列。引导探针如下列于表35中,其中与捕获寡核苷酸互补的区以帽(cap)显示:
表35:引导探针
如实例14和3中所描述,使用模板序列作为分析物,除使用不同捕获序列以外,来运行分析。在这个实验中,不使用热浸泡步骤。图10显示随每孔添加的模板分子(突变型或野生型)数量变化的来自针对BRAF突变(1799A)的分析的信号,且表明相对于野生型,分析针对突变具有高度特异性。图11显示随模板分子(对于各分析,使用校正模板)数量变化的所有六个分析的信号,且表明分析信号随着模板浓度线性增加。所有不同分析的检测极限均为约每孔5×105个分子。对于各分析,表36比较校正模板的108个拷贝与在SNP位点处具有单一错配的模板的108个拷贝所测量的信号。特异性(提供为108个模板分子的匹配序列与错配序列的信号的比率)介于约102到103,指示分析应能够检测在水平<1%的野生型下的罕见突变。
表36.PEA分析的特异性
实例16.使用PEA来检测PCR产物
通过聚合酶链式反应(PCR)(35个循环,60ng的基因组DNA输入),使用提取从表29中显示的ATCC细胞系的基因组DNA,生成NRAS和BRAF扩增子。如表中所示,对于黑素瘤中常见的三个突变中的一个来说,各细胞系为杂合的:BRAF c.1799T>A(p.V600E);NRAS c.181C>A(p.Q61K);或NRAS c.182A>T(p.Q61L)。为了产生模拟野生型背景中低水平的突变的假拟癌症样本,将细胞系DNA在预先指定水平下混合,以产生在0到50%范围内的突变型水平。为了产生BRAF c.1799T>A样本,将来自细胞系A2058和NCI-H1299的基因组DNA混合。为了产生NRAS c.181C>A样本,将来自细胞系A2058和NCI-H1299的基因组DNA混合。为了产生NRASc.182A>T样本,将来自细胞系A2058和HL-60的基因组DNA混合。
如实例15中所描述,对于样本进行突变型和野生型SNP的引物延伸分析。对于各样本,测试PCR产物的两种不同稀释液。结果用于计算具有突变型核苷酸的各SNP的百分比。随突变型核苷酸的预测百分比变化的计算百分比(基于细胞系DNA的混合物)以表和图形格式提供:BRAF 1799T>A结果(表37和图12);NRAS 181C>8结果(表38和图13);NRAS 182A>T结果(表39,图14)。图和表显示,所计算比率极接近于预测比率,且还显示,在几乎所有分析中,可将低到0.2%的突变率与纯野生模式本区分开。
表37:BRAF 1799T>A突变:用基因组DNA的PEA结果
表38:NRAS 181C>A突变:用基因组DNA的PEA结果
表39:NRAS 182A>T突变:用基因组DNA的PEA结果
实例17.用于检测囊肿性纤维化(Cystic Fibrosis;CF)突变的寡核苷酸接合分析(OLA)
囊肿性纤维化(CF)是由囊性纤维化跨膜传导调节蛋白(cystic fibrosistransmembrane conductance regulator;CFTR)基因中的突变引起。最常见突变ΔF508为缺失(Δ表示缺失)三个核苷酸,使得缺失蛋白质上的第508位置处的氨基酸苯丙氨酸(F)。ΔF508突变占全世界CF病例的三分的二(66-70%)和美国病例的90%。在北欧血统的人群中,ΔF508突变具有其最高比率。接下来最常见的突变为G542X突变,其占美国CF病例的约5%。
可使用实例7中所描述的方法来检测CF突变。用于检测CF突变的OLA探针列举于表40中。与捕获寡核苷酸互补的区以粗体显示。
表40:用于CF测试的OLA探针序列
实例18.用于检测BRCA突变的寡核苷酸接合分析(OLA)
BRCA突变为BRCA1或BRCA2基因(其为肿瘤抑制基因)中的生殖系突变。这些基因中的突变可在患病人员中产生遗传性乳房-卵巢癌综合症。这些基因中的常见突变包含BRCA1*185delAG(外显子2)、BRCA1*5382insC(外显子20)和BRCA2*6174delT(外显子11)。
可使用实例7中所描述的方法,来检测BRCA突变。用于检测BRCA突变的OLA探针列举于表41中。与捕获寡核苷酸互补的区以粗体显示。
表41:用于BRCA测试的OLA探针序列
实例19.肺癌SNP小组
开发与肺癌发展的风险增加相关的9SNP小组。这些突变为:
-rs1801133(MTHFR C677T)
-rs1801270(CDKN1A c.93C>A)
-rs3842(ABCB1 c.*193A>G)
-rs1051730(CHRNA3 D398N)
-rs8034191(LOC123688或HYKK c.337+256T>C)
-rs212090(ABCC1 c.*866T>A)
-rs2273535(AURKA F31I)
-rs17879961(CHEK2 c.599T>C)
-rs2243828(MPO c.-764T>C)
各突变使用的探针序列提供于下表42(上游)和43(下游)中。
表42:上游探针
表43:下游探针
为了测试各突变的探针,选择来自第1或第2链的探针,且针对提取自HL-60细胞系的DNA进行测试。使用Gentra Puregene细胞试剂盒(Qiagen目录号158388)来提取DNA,且使用MyTaq HS Master Mix(Bioline目录号BIO-25045)和表44和45中分别显示的分析特异性PCR正向和反向引物,来扩增10ng DNA。
表44:PCR正向引物
分析 | 正向引物 | SEQ ID NO: |
MTHFR rs180113 | GTCATCCCTATTGGCAGGTTAC | 1626 |
CDKN1A rs1801270 | CAGGGCCTTCCTTGTATCTC | 1627 |
ABCB1 rs3842 | CCTCAGTCAAGTTCAGAGTCTTC | 1628 |
CHRNA3 rs1051730 | TCCATGAACCTCAAGGACTATTG | 1629 |
LOC123688 rs8034191 | GGTGATTGGTCCTCTGATTG | 1630 |
ABCC1 rs212090 | GACTAACGGCTAACCTGGAC | 1631 |
AURKA rs2273535 | TGAGCCTGGCCACTATTTAC | 1632 |
CHEK2 rs17879961 | CTAGGAGAGCTGGTAATTTGGTC | 1633 |
MPO rs2243828 | ACTACCAGCCCAAGATTTCTC | 1634 |
表45:PCR反向引物
分析 | 反向引物 | SEQ ID NO: |
MTHFR rs180113 | CTTCACAAAGCGGAAGAATGTG | 1635 |
CDKN1A rs1801270 | TCGAAGTTCCATCGCTCAC | 1636 |
ABCB1 rs3842 | AGCAAGGCAGTCAGTTACAG | 1637 |
CHRNA3 rs1051730 | CGGATGTACAGCGAGTATGTG | 1638 |
LOC123688 rs8034191 | CCCTGATTTCCACAAGTCC | 1639 |
ABCC1 rs212090 | AGGCCATCTCCTTAATATTTACCC | 1640 |
AURKA rs2273535 | CTTCCATTCTAGGCTACAGCTC | 1641 |
CHEK2 rs17879961 | TCCATTGCCACTGTGATCTTC | 1642 |
MPO rs2243828 | ATTCCTTGGGCTACCAGTTC | 1643 |
在扩增之后,如实例7中所描述进行OLA,且测定WT和突变型等位基因的频率。各SNP的结果显示于表46中。
表46:WT和突变型等位基因的频率
分析 | 野生型% | 突变型% | 基因型 |
MTHFR rs180113 | 57.2 | 42.8 | 杂合 |
CDKN1A rs1801270 | 99.9 | 0.1 | 纯合(WT) |
ABCB1 rs3842 | 47.6 | 52.4 | 杂合 |
CHRNA3 rs1051730 | 99.9 | 0.1 | 纯合(WT) |
LOC123688 rs8034191 | 99.0 | 1.0 | 纯合(WT) |
ABCC1 rs212090 | 51.4 | 48.6 | 杂合 |
AURKA rs2273535 | 99.5 | 0.5 | 纯合(WT) |
CHEK2 rs17879961 | 99.2 | 0.8 | 纯合(WT) |
MPO rs2243828 | 46.4 | 53.6 | 杂合 |
实例20.使用RNA酶保护分析进行miRNA检测
RNA酶保护分析可用于miRNA量化。在分析中,使用含有与捕获寡核苷酸序列互补的寡核苷酸标签序列和miRNA互补序列的DNA/RNA嵌合探针。寡核苷酸标签序列可为嵌合探针的5'端上所包含的单链DNA(ssDNA)序列,且miRNA互补序列可为在带有3'生物素的嵌合探针的3'端处的单链RNA(ssRNA)序列。miR-122的序列显示于表47中,且嵌合探针显示于表48中。
简言之,可如下检测miRNA:
1).在热循环仪中使miRNA与嵌合探针杂交,以形成杂交产物;
2).使用一个或多个已知阻断剂阻断分析板;
3).在其中杂交产物的寡核苷酸标签序列可与分析板上的捕获寡核苷酸杂交的条件下,向阻断的分析板中添加具有甲酰胺的杂交产物。在37℃下培育;
4).板上用RNA酶A或RNA酶I进行ssRNA消化(30℃-37℃)以消化以下:
a).尚未与探针杂交的ssRNA;
b).与不具有互补miRNA的板杂交的探针;和
c).与嵌合探针具有少到一个单一碱基错配的RNA;
5).添加SULFO-TAG标记的抗生蛋白链菌素(SA-SULFO-TAGTM)(马里兰州罗克维尔的Meso Scale Diagnostics,LLC),且在室温下培育;
6).向分析板中添加阅读缓冲液B,且用MSD成像器测量ECL信号产生;和
7).将结果与校准曲线进行比较以进行量化。
上文方案用于检测合成miR-122miRNA。结果显示,检测到在160fM浓度下的miR-122,代表相对于由Rissin等人,《公共科学图书馆·综合(PLOS One)》(2017)等人所报导的结果(其实现对500fM的相同miRNA的检测)的改进。
表47:miR-122目标序列
目标 | 目标序列 | SEQ ID NO: |
miR-122 | UGGAGUGUGACAAUGGUGUUUG | 1644 |
表48:miR-122嵌合探针
实例21.使用三个方案(RNA酶保护、使用Taq DNA接合酶进行的OLA和使用T4 DNA接合酶进行的OLA)进行的ASO检测
使用三个不同方案:RNA酶保护分析、用Taq DNA接合酶进行的OLA和用T4 DNA接合酶进行的OLA,检测模型DNA ASO(GGC TAA ATC GCT CCA CCA AG;SEQ ID NO:1646)。所有三个方案中使用的缓冲液如下:阻断缓冲液,其含有Tris-HCl、清洁剂和半胱氨酸;杂交缓冲液(Hybridization Buffer)1(“HB1”),其含有Tris-HCl、清洁剂、EDTA、盐和甲酰胺;杂交缓冲液2(“HB2”),在所有三个方案中使用,其含有Tris-HCl、清洁剂和EDTA;稀释缓冲液,其含有Tris-HCl、清洁剂、EDTA和盐。
A.RNA酶保护分析
设定在校准剂与两个空白之间4倍稀释的10点校准曲线。最高校准剂(Cal-1)浓度为166pM(~1×108个拷贝/μL)。将分析物或校准剂最初稀释于水或血浆中,以呈现用户病例情形,其中血浆为最可能样本类型。起始样本大小为20μL。
向血浆样本中,添加2X RNAsecure(20μL),且将混合物加热到60℃持续10min。随后向样本中添加具有嵌合探针的5X主混合物(10μL)。使用以下方案,使样本与探针杂交:80℃,2min;65℃,5min(随后以1℃减量降到50℃,各5min);37℃,保持。
在37℃下,在杂交期间,用阻断缓冲液阻断板30min。将杂交的产物稀释到75μL杂交缓冲液2中,且将30μL添加到含有20μL杂交缓冲液1的2孔(2:3比率HB1:HB2/样本)。在37℃下进行与板的杂交1小时。
向板中添加RNA酶I,且在37℃下进行消化30min。向孔中添加抗生蛋白链菌素A-SULFO-TAG(于稀释缓冲液中),且在RT下培育30min。添加分析阅读缓冲液,且阅读板。
B.用Taq DNA接合酶进行的OLA
设定在校准剂与两个空白之间4倍稀释的10点校准曲线。最高校准剂(Cal-1)浓度为166pM(~1×108个拷贝/μL)。将分析物或校准剂最初稀释于水或血浆中,以呈现用户病例情形,其中血浆为最可能样本类型。起始样本大小为10μL。
制备含有探针、Taq DNA接合酶和Taq接合酶缓冲液的2X主混合物。在OLA之前,向各样本(10μL)和水(15μL)中添加25μL。如下进行OLA循环:95℃,2min;95℃,30秒;37℃,5min;4℃,保持。
在37℃下在循环期间,用阻断缓冲液阻断板30min。将OLA产物稀释到75μL杂交缓冲液2中,且将30μL添加到含有20μL杂交缓冲液1的2孔(2:3比率HB1:HB2/样本)。在37℃下进行与板的杂交1小时。在杂交之后,向孔中添加抗生蛋白链菌素-SULFO-TAG(于稀释缓冲液中),且在RT下培育30min。添加分析阅读缓冲液,且阅读板。
C.用T4 DNA接合酶进行的OLA
设定在校准剂与两个空白之间4倍稀释的10点校准曲线。最高校准剂(Cal-1)浓度为166pM(~1×108个拷贝/μL)。将分析物或校准剂最初稀释于水或血浆中,以呈现用户病例情形,其中血浆为最可能样本类型。起始样本大小为20μL。
制备具有探针和T4 DNA接合酶缓冲液的2X主混合物,且将其添加(20μL)到样本中。通过升温到95℃持续2min,和以50%下降率冷却到65℃,且随后以3%下降率冷却到4℃,使样本与探针杂交。添加T4 DNA接合酶,且在RT下进行接合30min。通过在65℃下培育10min,使酶失活。
在37℃下在接合/失活期间,用阻断缓冲液阻断板30min。将接合产物稀释到75μL杂交缓冲液2中,且将30μL添加到含有20μL杂交缓冲液1的2孔(2:3比率HB1:HB2/样本)。在37℃下进行与板的杂交1小时。在杂交之后,向孔中添加抗生蛋白链菌素-SULFO-TAG(于稀释缓冲液中),且在RT下培育30min。添加分析阅读缓冲液,且阅读板。
实例22.使用两个方案(一步和两步)的ADA检测
开发用于检测针对反义寡核苷酸的抗药物抗体(ADA)的两种方法。可在任一方法中使用相同靶向探针和检测探针。靶向探针可包含12聚体寡核苷酸标签序列GACATGATCGGT(SEQ ID NO:1647)或24聚体寡核苷酸序列ACTGGTAACCCAGACATGATCGGT(SEQ ID NO:1648)中的任一个和反义寡核苷酸序列(ASO)。必要时,可在寡核苷酸标签序列与ASO之间包含间隔子序列。检测探针包含生物素标记和与靶向探针使用的相同反义寡核苷酸序列。
A.“一步”
“一步”ADA检测方法的示意图显示于图19中。
简言之,在聚丙烯板中,将至少约250nM靶向探针和至少约250nM检测探针与样本合并以形成混合物,所述样本可包含针对靶向和检测探针上的ASO的抗药物抗体(ADA)。在室温下于振荡(700rpm)下培育混合物1小时,以使ADA(如果样本中存在)与靶向探针和检测探针上的ASO结合。
其上有具有与寡核苷酸标签序列互补的核苷酸序列的捕获寡核苷酸的96孔N-PLEX板(MSD),每孔用50μL N-PLEX阻断剂阻断,且在37℃下于振荡(700rpm)下培育30分钟。随后,洗涤板,且将50μL混合物从聚丙烯板转移到N-PLEX板的各孔,且在室温下于振荡(700rpm)下培育1小时,以使混合物中的靶向探针的寡核苷酸标签与固定于板上的捕获寡核苷酸杂交。洗涤板以从混合物去除未结合的物种,且向N-PLEX板的各孔中添加50μL含抗生蛋白链菌素-SULFO-TAG的稀释剂,且在RT下于振荡(700rpm)下培育30分钟,以使抗生蛋白链菌素-SULFO-TAG与固定于板上的任何检测探针上的生物素部分结合。洗涤板,向板的各孔中添加150μL MSD阅读缓冲液,且测定ADA的存在。
如果测试ADA的样本还含有显著水平的ASO药物(例如当样本是来自接受药物且尚未清除药物的患者时),那么样本中的ASO可以与ADA的复合物形式存在。如果这发生,那么循环ASO可阻断ADA与靶向和检测探针的结合,且干扰所述分析对ADA的检测。在一个方面中,测试分析以测定分析对于样本中的ASO的存在的敏感性,以测定在何种水平的ASO下存在于样本中将干扰ADA的测量。在一个方面中,如果分析对来自样本中的ASO的干扰敏感,那么所述方法包含在进行分析之前,用于从ADA解离出样本中的ASO的一个或多个步骤。在一个方面中,通过将样本暴露于变性或以其它方式使ASO与ADA之间的结合相互作用不稳定但维持ADA的完整性的条件,来实现解离。在一个方面中,通过将样本酸化来实现解离。在一个方面中,通过使样本呈碱性来实现解离。在一个方面中,通过加热样本来实现解离。在一个方面中,通过向样本中添加变性剂来实现解离。在一个方面中,在例如通过中和已酸化或制成碱性的样本,通过冷却已加热的样本或通过稀释用变性剂处理的样本,进行稳定化以形成ADA-ASO复合物的条件下,将样本与靶向和检测探针合并。在一个方面中,在测试之前,将ASO选择性地降解于样本中。在一个方面中,基于核酸和蛋白质的不同性质,选择性地降解ASO。在一个方面中,例如使用能够水解磷酸二酯键的酶,例如核糖核酸酶、脱氧核糖核酸酶或其它非特异性核酸酶、磷酸化酶或磷酸单酯酶,来以酶促方式选择性地降解ASO。在一个方面中,以酶促方式降解ASO,但在进行分析之前通过抑制核酸酶来防止探针降解。
在一个方面中,使用与靶向和检测探针上的ASO特异性结合的阳性对照ADA,来评价来自循环ASO的干扰,例如通过在含有阳性对照抗体的样本中掺入不同浓度的ASO。在另一方面中,使用与靶向探针和检测探针的ASO核苷酸序列杂交的阳性对照寡核苷酸来优化分析条件(图20)。
B.“两步”
“两步”ADA检测方法的示意图显示于图21中。
其上有具有与寡核苷酸标签序列互补的核苷酸序列的捕获寡核苷酸的96孔N-PLEX板(MSD),用50μL/孔的N-PLEX阻断剂阻断,且在37℃下于振荡(700rpm)下培育30分钟。随后,洗涤板,且向N-PLEX板的各孔中添加50μL含有含至少约250nM靶向探针的杂交缓冲液的混合物,且在37℃下于振荡(700rpm)下培育1小时,以使靶向探针的寡核苷酸标签与杂交于板上的捕获寡核苷酸杂交。随后,洗涤板,且向N-PLEX板的各孔中添加与稀释剂合并的可包含针对靶向和至少约250nM检测探针上的ASO的抗药物抗体(ADA)的50μL样本,且在室温下于振荡(700rpm)下培育1小时,以使ADA(如果存在)与固定于板上的靶向探针的ASO特异性结合。随后,洗涤板,且向N-PLEX板中每孔添加50μL含检测探针的稀释剂,且在室温下于振荡(700rpm)下培育1小时,以使检测探针的ASO与固定于板上的ADA结合。洗涤板,且向N工板的各孔中添加50μL含抗生蛋白链菌素-SULFO-TAG的稀释剂,且在室温下于振荡(700rpm)下培育30分钟,以使抗生蛋白链菌素与固定于板上的检测探针的生物素部分结合。洗涤板,且每孔添加150μL MSD阅读缓冲液,且测定ADA的存在。
如果测试ADA的样本还含有显著水平的ASO药物(例如当样本是来自接受药物且尚未清除药物的患者时),那么样本中的ASO可以与ADA的复合物形式存在。如果这发生,那么循环ASO可阻断ADA与靶向和检测探针的结合,且干扰所述分析对ADA的检测。在一个方面中,测试分析以测定分析对于样本中的ASO的存在的敏感性,以测定在何种水平的ASO下存在于样本中将干扰ADA的测量。在一个方面中,如果分析对来自样本中的ASO的干扰敏感,那么所述方法包含在进行分析之前,用于从ADA解离出样本中的ASO的一个或多个步骤。在一个方面中,通过将样本暴露于变性或以其它方式使ASO与ADA之间的结合相互作用去稳定化的条件来实现解离。在一个方面中,通过将样本酸化来实现解离。在一个方面中,通过使样本呈碱性来实现解离。在一个方面中,通过加热样本来实现解离。在一个方面中,通过向样本中添加变性剂来实现解离。在一个方面中,在例如通过中和已酸化或制成碱性的样本,通过冷却已加热的样本或通过稀释用变性剂处理的样本,进行稳定化以形成ADA-ASO复合物的条件下,将样本与靶向和检测探针合并。
在一个方面中,在测试之前,将ASO选择性地降解于样本中。在一个方面中,基于核酸和蛋白质的不同性质,选择性地降解ASO。在一个方面中,例如使用能够水解磷酸二酯键的酶,例如核糖核酸酶、脱氧核糖核酸酶或其它非特异性核酸酶、磷酸化酶或磷酸单酯酶,来以酶促方式选择性地降解ASO。在一个方面中,以酶促方式降解ASO,但在进行分析之前通过抑制核酸酶来防止探针降解。
在一个方面中,使用与靶向和检测探针上的ASO特异性结合的阳性对照ADA,来评价来自循环ASO的干扰,例如通过在含有阳性对照抗体的样本中掺入不同浓度的ASO。在另一方面中,使用与靶向探针和检测探针的ASO核苷酸序列杂交的阳性对照寡核苷酸来优化分析条件(图20)。
序列表
<110> 美莎特科技有限责任公司(MESO SCALE TECHNOLOGIES, LLC)
<120> 用于检测样本中的一个或多个目标分析物的试剂盒及其制备和使用方法
<130> 0076-0006WO1
<140>
<141>
<150> 62/963,415
<151> 2020-01-20
<150> 62/866,512
<151> 2019-06-25
<150> 62/843,153
<151> 2019-05-03
<160> 1662
<170> PatentIn version 3.5
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<400> 44
acatgacggg ttgctcaaca taagacgtta ctcagc 36
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<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
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<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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cggcggttaa taaacgtaac gacatgagtg tccctg 36
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
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<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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tttcaagtat ttccgacatt cctgcctagt tccgcg 36
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<212> DNA
<213> 人工序列
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ttcgtaacta gactagcgta cgtcgctata ggtctt 36
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<212> DNA
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<220>
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agtggaattc ggtgccgcgt ataaatcaac tgactg 36
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
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tttgcctcat ccttacacaa gacaccttct cctaca 36
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<212> DNA
<213> 人工序列
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gatatcaaca acccaccctg ccttatcttc gtgtat 36
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ccagatatag ttaaattagc tgcgcgtgta catacg 36
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<212> DNA
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tgaatattac ccgtcccgcg accttcaatg agtcgt 36
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tcatcaattg ggacatgtta ttcctccgta agcttg 36
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ttatagaaca aagtcaaggg ccgtgcgtaa ttcggg 36
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gcctcagtag gccctaagtt aacatcagct atgtac 36
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agcaggccaa tggagtggta attcatcttg gcctca 36
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cattgatatg atgatcctcg agccggtcga acttac 36
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ggaagtactg gcgtctttcg acgcttatca aactac 36
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aatatacgag aaacccataa gatagcgcgc attcgt 36
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<220>
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aacagctact acctgggtct taatgcggag gttgga 36
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<211> 36
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<220>
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cccactgatc taacatgagg ccggtgggat ttgaaa 36
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ccgacctcgt actaaccgct gccctgataa agaatt 36
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cgttcgtgac aaagatccgg gcctctctat catagt 36
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gtcgtcgttc agagtacgta tcaaaggaat gatcaa 36
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aacagcacgg cctccagatc ctctgtcttt gcataa 36
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ttactgaaac gctgagtctt tccgcttagc tactgg 36
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attcttcgaa cgagccattc aattggtata cggagt 36
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ttagagagcg cgtgcactat ttgtaggtag gtatgc 36
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atctggtctt gagattaaat agctttgccg gttgtg 36
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<220>
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tagcttaatc tgttcgcaca aagtactgct cgtccc 36
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
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ccgcaatttc tcaattacga ctaaagctct cgcggc 36
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<220>
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gaccgcacta tatttcagct ctcattgggc attgca 36
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<220>
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agcggcttgt ttagactcta ttcctgagga cctgac 36
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
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cataccaacg acagtccaat cactttcctt cactcc 36
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<213> 人工序列
<220>
<221> source
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tatatcgaaa tcaccgcaac gactcgcttt ctcatt 36
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<220>
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atgtttaaag aaatcccgga cggctatgtc aagcgg 36
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cagctatact atcatgtgtt gatcggagac cgctga 36
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<220>
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tcgctatttg acttgtatag gtccctccac taggta 36
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
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aaagtgggtt ggtacccgat tcttatcaaa ctctac 36
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<220>
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gacgcattag ttgtctagaa ccatcatcaa cctgtc 36
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<220>
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tacgagttag gtccatgtga acgcataggc tgcgaa 36
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tagtcaaggt ctttcacctg ttgccgctgt atatat 36
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<220>
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ccctcgcgaa acttgaagct acagacatgt gcatga 36
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<220>
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gactgattcc tctacttact gtctggatgg acaggt 36
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<220>
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acaatcaggc aggatgacac caatctggct agactc 36
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<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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tggagcgtaa gccttggagc cttgatctag aatgaa 36
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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cgaagcgtct taaccttaga actttccagt gagtgg 36
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<220>
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<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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cgaacattca gggttctggt tcgtcagtcg cctaaa 36
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<220>
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<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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tcctcaatcg ctctacatcc gaggagcaag atacaa 36
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<220>
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<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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tgtgttggga cggtaatgag gacacaatcg atcagt 36
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<220>
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<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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<220>
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<220>
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agcgaagtga gagagaatgg tgatccgtgt gattat 36
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<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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aatagggact ctaactcaat ctcgtgacag cataca 36
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<220>
<221> source
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<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 104
ggaccgttct actcgacgaa cttacacttg gtcgta 36
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<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 105
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<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 106
gccgtgaatc gtgctttgga tgctcaatat acacta 36
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<212> DNA
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<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 107
ctatctgcta ctcagagaaa cgaggttcag gatctc 36
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 108
gatcctggga ttattgatgt ggcacccaaa cgcaag 36
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 109
gcggaaccac agctttctta ggttgcatca atttag 36
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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atctgtgcgg tagatgcacg tcattagtct actata 36
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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ccgacgttat tcgattcggg aaacagactg tgcttc 36
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 112
tctggcgctg ggtagtaacg taacacagtt taatta 36
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 113
agtgggcgca gaacaaccgc agttaagata acacta 36
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<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 114
cgtacgtagg gacaccgaca tgagatataa cataga 36
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<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 115
catttcgccg tcttcgtaac aacaacggcg tttcgt 36
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<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 116
acgagtgacg gagtgactgg gtttggaatt atgctt 36
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 118
tggctcttga acacgtaacg aactatcaat gcggtt 36
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<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 119
ttaaacaata agatcccaga acggagcctg gcccaa 36
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<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 120
atgaacactc tccatcttgc actaagtcag gaagca 36
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<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列
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<221> source
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<213> 人工序列
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gctactgtgg agagggtttg tgaatctagg agcaca 36
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<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 197
ctcggaagga gaattcctca cagagaacag acagtt 36
<210> 198
<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 198
aacgctggga gacattaaac gacaatggtt acgtga 36
<210> 199
<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 199
aaccgttcat cgtcgggata gcatcatctg gcatag 36
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<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 200
aagaccacac tcgaataggt agttgtgacg taggga 36
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<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 201
gcctataaag agcccgcttg gttagctaga tagcac 36
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<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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tctacgcgtc ggcactatgg cagtaaccct tagtat 36
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 203
tgcctgtgga tacttggtgt ctagaaagaa acacct 36
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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ctccgattaa ctgaaagcaa acgttgctcc gtctcg 36
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cctaccatct ccaaacactt tatgtaagat tccgtc 36
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atccgcatcg tctacccgac ttaaatcacg gtactg 36
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<220>
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ctcagagaat acccaaatcc ggtataacgt agagac 36
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<220>
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agttaccgaa ccgctttccc gcagtctcaa agaaag 36
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<220>
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atatgaaacg ggcactgagc caagccgtgt aagtac 36
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<213> 人工序列
<220>
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gtgcgattac tcgttattta cctacagaac accgag 36
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<213> 人工序列
<220>
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ttgggtacta aaggccaggt tcgcttggga tgttac 36
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
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ccgtatttat aattcgcgac tgttgcagca ctaccc 36
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
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gagctcactg tgtatgtgtg tgataaatga ctgact 36
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 214
tggtccgaga tgcgaagggt gatgagcatc tttgaa 36
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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agaaactgta agagggacag gcgcactcga gactat 36
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
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gttgccagta aagtaataca ggtagatcgc gtagga 36
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<213> 人工序列
<220>
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caagaaggat tgtgtgacgg atcagcttcc gcagaa 36
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<220>
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<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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ccgataagta ttggttgtat tcaagcggcg gaacca 36
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<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 219
gaattgagtt gaagcgtact gctcgtaaac gctcac 36
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<212> DNA
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<220>
<221> source
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<400> 220
gttcagacga tttggcgttc caacaataac accctg 36
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<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 221
ccagcaagga ttcgatgttg aaagttcatt tgagcg 36
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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actgcacaat tcctaagaag catctgccca atacca 36
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<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 223
cgctgaccta atcgtaaatt tcgtgcatgg caagat 36
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 224
gtcctgcgga gagcgggttc ctgtttaagt agtata 36
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 225
ccgtcaacag acgcatttct gaatgtaggg atctac 36
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 226
caactacttg ctattatatt cgcgcactta gcacac 36
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<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 227
atgatgtgtg cctaactaac tcattatctg cttgcg 36
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<220>
<221> source
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ctagccaatc tgttacaagc ctaggagcgt gatact 36
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<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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ggtggacagt gtcacataga ttgacgaatt gtatgg 36
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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gctgagtaac gtcttatgtt gagcaacccg tcatgt 36
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
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cagggacact catgtcgtta cgtttattaa ccgccg 36
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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cgcggaacta ggcaggaatg tcggaaatac ttgaaa 36
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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aagacctata gcgacgtacg ctagtctagt tacgaa 36
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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cagtcagttg atttatacgc ggcaccgaat tccact 36
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 235
tgtaggagaa ggtgtcttgt gtaaggatga ggcaaa 36
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
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atacacgaag ataaggcagg gtgggttgtt gatatc 36
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
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cgtatgtaca cgcgcagcta atttaactat atctgg 36
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<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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acgactcatt gaaggtcgcg ggacgggtaa tattca 36
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caagcttacg gaggaataac atgtcccaat tgatga 36
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<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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cccgaattac gcacggccct tgactttgtt ctataa 36
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<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 241
gtacatagct gatgttaact tagggcctac tgaggc 36
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 242
tgaggccaag atgaattacc actccattgg cctgct 36
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 243
ttatgtccgt ctgctttaga tatgagccga cactta 36
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 244
gtaagttcga ccggctcgag gatcatcata tcaatg 36
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 245
gtagtttgat aagcgtcgaa agacgccagt acttcc 36
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 246
acgaatgcgc gctatcttat gggtttctcg tatatt 36
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 247
tccaacctcc gcattaagac ccaggtagta gctgtt 36
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 248
tttcaaatcc caccggcctc atgttagatc agtggg 36
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 249
aattctttat cagggcagcg gttagtacga ggtcgg 36
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<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 250
actatgatag agaggcccgg atctttgtca cgaacg 36
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<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 251
ttgatcattc ctttgatacg tactctgaac gacgac 36
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 252
ttatgcaaag acagaggatc tggaggccgt gctgtt 36
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<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 253
ccagtagcta agcggaaaga ctcagcgttt cagtaa 36
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 254
actccgtata ccaattgaat ggctcgttcg aagaat 36
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<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 255
gcatacctac ctacaaatag tgcacgcgct ctctaa 36
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<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 256
cacaaccggc aaagctattt aatctcaaga ccagat 36
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<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 257
gggacgagca gtactttgtg cgaacagatt aagcta 36
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<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 258
gccgcgagag ctttagtcgt aattgagaaa ttgcgg 36
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<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 259
tgcaatgccc aatgagagct gaaatatagt gcggtc 36
<210> 260
<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 260
gtcaggtcct caggaataga gtctaaacaa gccgct 36
<210> 261
<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 261
ggagtgaagg aaagtgattg gactgtcgtt ggtatg 36
<210> 262
<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 262
aatgagaaag cgagtcgttg cggtgatttc gatata 36
<210> 263
<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 263
ccgcttgaca tagccgtccg ggatttcttt aaacat 36
<210> 264
<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 264
tcagcggtct ccgatcaaca catgatagta tagctg 36
<210> 265
<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 265
agatagacac gtcggatgat ataccacgct gttatt 36
<210> 266
<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 266
aaggaattcg ctcgctgcag ttgaccttct acatac 36
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<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 267
tacctagtgg agggacctat acaagtcaaa tagcga 36
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<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 268
gtagagtttg ataagaatcg ggtaccaacc cacttt 36
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<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 269
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<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 270
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<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 271
ttcgcagcct atgcgttcac atggacctaa ctcgta 36
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<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 272
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<213> 人工序列
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<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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gtcggcctaa gcaatactcg ggcgtgctaa taatat 36
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<212> DNA
<213> 人工序列
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atcgacgata cccgacacaa cgccacgtag attcat 36
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<212> DNA
<213> 人工序列
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gggctagcaa tgtttattcg tccacggtga gtaact 36
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<213> 人工序列
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tcatgcacat gtctgtagct tcaagtttcg cgaggg 36
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<213> 人工序列
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acctgtccat ccagacagta agtagaggaa tcagtc 36
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<213> 人工序列
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gagtctagcc agattggtgt catcctgcct gattgt 36
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ccactcactg gaaagttcta aggttaagac gcttcg 36
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tgtgtagcct tcagtgctaa cttgtttgag taagct 36
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atgtttagga ctcacaaggt cggtgctgca attcga 36
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ataatcacac ggatcaccat tctctctcac ttcgct 36
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<213> 人工序列
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ttgttcatgc cgcatacgat taacccttcc ggtcca 36
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<213> 人工序列
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tgtatgctgt cacgagattg agttagagtc cctatt 36
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gagttgtttg tgaaggtttg accatttgac gagcct 36
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<213> 人工序列
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tacgaccaag tgtaagttcg tcgagtagaa cggtcc 36
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<213> 人工序列
<220>
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tgaagggtgg taagaggaca tgtagcaact gtcgca 36
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<220>
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gagatcctga acctcgtttc tctgagtagc agatag 36
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<212> DNA
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ctaaattgat gcaacctaag aaagctgtgg ttccgc 36
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<213> 人工序列
<220>
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<213> 人工序列
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<213> 人工序列
<220>
<221> source
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tctatgttat atctcatgtc ggtgtcccta cgtacg 36
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<220>
<221> source
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<212> DNA
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<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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aagcataatt ccaaacccag tcactccgtc actcgt 36
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<212> DNA
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gataattctc atgctacacg caccgcgctg aagtac 36
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
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<220>
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<220>
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<220>
<221> source
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<220>
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<220>
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<220>
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<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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atgcgcgtct cgtcctccaa atcatattta acccac 36
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<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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agttccgtgg aaactgcgaa tagccgtcag aacttt 36
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<220>
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<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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tgtgtagaca ataacgtctg tcaggcgagg cttata 36
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<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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ttctatagct aagtgtagat gggcgttaag ccagca 36
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<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 327
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<220>
<221> source
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<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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<212> DNA
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<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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<220>
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<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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<212> DNA
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<220>
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<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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<212> DNA
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<220>
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<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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ggatacccac tctccatgcg tccatagtat agtgat 36
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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cattcagcca acgctattgc atctaatcaa accgtg 36
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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<212> DNA
<213> 人工序列
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<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
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<220>
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<213> 人工序列
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cgacgttaat agtggacaaa gcattcgtcg atgtag 36
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<213> 人工序列
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actcccgaaa gcaaatcagt tatcacacca cgataa 36
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aagaactacc caacccgata gagtcactgt agatcc 36
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tggatttgtc ctgttagcgt acctcagcgt cagcat 36
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tagagtaaga gagcaccgac tgcagactaa agtgga 36
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gaatttgcta gctcccagac aagatcgccg agtcat 36
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<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 425
gttcgaatgc ctccttattg tacagggtta actact 36
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<211> 36
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<213> 人工序列
<220>
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<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 426
gggcttaatg cgtgccggga actgaaacaa gatatt 36
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<212> DNA
<213> 人工序列
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<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 427
catgtatcga ctacaattga atcccggatg actccg 36
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
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actccggttc tacttaatgg tgaggtaacc ggacga 36
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
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aatacaggca gacgaaatct atactcggct gtgaat 36
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
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<400> 430
cattcaagct ggccgagctc ctagtagtat agttac 36
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<212> DNA
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<221> source
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<400> 431
catcaaacta ttcgcagctt tctgcggtca tgaagg 36
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<212> DNA
<213> 人工序列
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tgcttacgcg cgatagaata cccaaagagc atataa 36
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ttaagaaata gtcccgtcgc caatcatgct ccagcc 36
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aactagtaag gaaactatgc atgagacttg ctgctg 36
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aatacgtttc tgtctcctag acctccggca cgacaa 36
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ggtcatcgat tcgcctttct gagtcgcaaa gtcatt 36
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tgaggcatat ggttaactta ccgagcaagc ttctta 36
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<213> 人工序列
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cgtatggatg gatgtttatc acgtgcgcga gagatt 36
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<212> DNA
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<220>
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gtgttggccg tttcgataaa ttagagttct ggtcta 36
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cagtccagga gtccttatct cagatttgtt cggcga 36
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<212> DNA
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ttactctttc gctcagcaac gccactaaag ctatat 36
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tctatctgtg cagcctacta tatggtgcga caataa 36
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<213> 人工序列
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<213> 人工序列
<220>
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<213> 人工序列
<220>
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<220>
<221> source
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<221> source
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<220>
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<220>
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gacaagactt tgtagatttg ccagcgttcg ccttgg 36
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<212> DNA
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<212> DNA
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<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
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<213> 人工序列
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<213> 人工序列
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<213> 人工序列
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<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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<212> DNA
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<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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caatcttcct ggtgttgcct ggtctctcac gtatat 36
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<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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<221> source
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 574
tatgattccc aatgacggta tcacggctgc gcatct 36
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<213> 人工序列
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acctcgcatt cggaacctcg gaactagatc ttactt 36
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<212> DNA
<213> 人工序列
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<400> 730
aaacgcgggc caccaattag ggattatcta gagtga 36
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<212> DNA
<213> 人工序列
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<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 731
ccaaccacag acgtttaacg accgcaacca ttagac 36
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<212> DNA
<213> 人工序列
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tgcgacatag aggccgacag ttatacactt aaggcg 36
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<212> DNA
<213> 人工序列
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<212> DNA
<213> 人工序列
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tcaacacaac acgctttaat ccgcctacga tgccct 36
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<213> 人工序列
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tgcaacggac cgactcacac aattactaca gagcta 36
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<400> 750
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<212> DNA
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<212> DNA
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<220>
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
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<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 756
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<212> DNA
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<213> 人工序列
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<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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<213> 人工序列
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<212> DNA
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<213> 人工序列
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
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<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
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<211> 24
<212> DNA
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<212> DNA
<213> 人工序列
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<212> DNA
<213> 人工序列
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<212> DNA
<213> 人工序列
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<212> DNA
<213> 人工序列
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<220>
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<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
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<212> DNA
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<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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<400> 1031
gttaatcgta tgcggcatga acaa 24
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
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aactcaatct cgtgacagca taca 24
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
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<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 1034
tcgacgaact tacacttggt cgta 24
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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tacatgtcct cttaccaccc ttca 24
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<212> DNA
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<220>
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<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
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<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 1038
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<212> DNA
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<220>
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<400> 1039
ctttcttagg ttgcatcaat ttag 24
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<212> DNA
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<213> 人工序列
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<400> 1044
caccgacatg agatataaca taga 24
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<212> DNA
<213> 人工序列
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<212> DNA
<213> 人工序列
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<212> DNA
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<220>
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tagtcccagt tacggtacct tcca 24
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
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<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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tgagatagcc caacccatca agaa 24
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<213> 人工序列
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<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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<213> 人工序列
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<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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<212> DNA
<213> 人工序列
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<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 1285
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<212> DNA
<213> 人工序列
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<213> 人工序列
<220>
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<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 1288
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<212> DNA
<213> 人工序列
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<400> 1300
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<212> DNA
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<212> DNA
<213> 人工序列
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<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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<212> DNA
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<220>
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<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 1304
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<212> DNA
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<220>
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<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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<220>
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
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<212> DNA
<213> 人工序列
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<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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ttaggcagct gatcggactc ttaa 24
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
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<212> DNA
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<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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<212> DNA
<213> 人工序列
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<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
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<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
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<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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<213> 人工序列
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<213> 人工序列
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<213> 人工序列
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<212> DNA
<213> 人工序列
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<400> 1320
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<213> 人工序列
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<212> DNA
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<220>
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<212> DNA
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<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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<220>
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<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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<212> DNA
<213> 人工序列
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<220>
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<220>
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<213> 人工序列
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<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
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<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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<212> DNA
<213> 人工序列
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<212> DNA
<213> 人工序列
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cccgtcgcca atcatgctcc agcc 24
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<212> DNA
<213> 人工序列
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tccgggccta gaaacagtgc ttgc 24
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ttaacttacc gagcaagctt ctta 24
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<212> DNA
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tgacgcttat cggcagtctt gaaa 24
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<213> 人工序列
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<212> DNA
<213> 人工序列
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<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 1440
ctgctcgggc atagcggaac ctta 24
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<212> DNA
<213> 人工序列
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<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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ttgcagacag tccgctccga atat 24
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<212> DNA
<213> 人工序列
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<212> DNA
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<212> DNA
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cgacgacgag tgtccgcttg acta 24
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<212> DNA
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<212> DNA
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<400> 1451
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<212> DNA
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<220>
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<400> 1452
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<212> DNA
<213> 人工序列
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ggtccaactt cgctcaagct tcta 24
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<212> DNA
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<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 1454
atcattagcg ttaactcgtg ccct 24
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<212> DNA
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<212> DNA
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<220>
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<212> DNA
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<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
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<400> 1464
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<212> DNA
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<220>
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<400> 1465
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
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<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 1466
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<213> 人工序列
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<212> DNA
<213> 人工序列
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<213> 人工序列
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<400> 1469
aggatgtcgg taggccagtc ctta 24
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<212> DNA
<213> 人工序列
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<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 1470
caatcgcatg gagtcgcagt cgta 24
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
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<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
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<213> 人工序列
<220>
<221> source
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 1474
atccctaatt ggtggcccgc gttt 24
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<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 1475
cggtcgttaa acgtctgtgg ttgg 24
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<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 1476
ataactgtcg gcctctatgt cgca 24
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 1477
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<213> 人工序列
<220>
<221> source
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<400> 1478
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<213> 人工序列
<220>
<221> source
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<400> 1479
gacacgatgg cttccatata agac 24
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<213> 人工序列
<220>
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<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 1480
ttcgcgctac tagttgtcaa agcc 24
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<220>
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<400> 1481
agggtctgtt ctagcggctc agta 24
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<220>
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<400> 1482
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
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cgtgcctagg tattgccaca actt 24
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 1484
cacggctatg aggtatgtct gact 24
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 1485
tctaggttcg atgataacgg gcgt 24
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<212> DNA
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<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 1486
acactcgctg ccatttggcc ttaa 24
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<212> DNA
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<220>
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<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
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<400> 1488
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
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<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 1490
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<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 1491
atacgagggc acaggagcta ttagtgtagc gaaagg 36
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 1492
tcaccacctg atttctgttg ccaccgcatc agttta 36
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 1493
tttccatacc tgcagcggca tctattcatg acatgt 36
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<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 1494
ccattaagct cacccacagg gagttggagt ctaaac 36
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<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 1495
gttagaagga ccacaacgga ccagagagtg catata 36
<210> 1496
<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 1496
aattctcagg ctagtcgacg gatttaccgt cactcg 36
<210> 1497
<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 1497
cctacaaacc tttagcagtc ctctgttggt ctctgc 36
<210> 1498
<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 1498
aaggtctcca gattcaatgg tacgaccatc cgactc 36
<210> 1499
<211> 70
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 1499
tctctcatgg cactgtactc ttcttgtcca gctgtatcca gtatgtccaa caaacaggtt 60
tcaccatcta 70
<210> 1500
<211> 70
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 1500
tctctcatgg cactgtactc ttcttttcca gctgtatcca gtatgtccaa caaacaggtt 60
tcaccatcta 70
<210> 1501
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1501
acatactgga tacagctgga cw 22
<210> 1502
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1502
agaagagtac agtgccatga g 21
<210> 1503
<211> 42
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1503
gtggcaacag aaatcaggtg gtgacactct tgcctacgcc ac 42
<210> 1504
<211> 42
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1504
agaggactgc taaaggtttg taggcactct tgcctacgcc at 42
<210> 1505
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1505
cagctccaac taccacaagt t 21
<210> 1506
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 1506
actgaatata aacttgtggt agttggagct ggtggcgtag gcaagagtgc cttgacgata 60
<210> 1507
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 1507
actgaatata aacttgtggt agttggagct gatggcgtag gcaagagtgc cttgacgata 60
<210> 1508
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1508
cactcttgcc tacgccay 18
<210> 1509
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1509
cagctccaac taccacaagt t 21
<210> 1510
<211> 50
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1510
ctaatagctc ctgtgccctc gtatctccat agaaaatctt tctcctgctc 50
<210> 1511
<211> 50
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1511
aatccgtcga ctagcctgag aattctccat agaaaatctt tctcctgctt 50
<210> 1512
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1512
agtgatttca gagagaggat ctcg 24
<210> 1513
<211> 71
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 1513
aatttctaca cgagatcctc tctctgaaat cactgagcag gagaaagatt ttctatggag 60
tcacaggtaa g 71
<210> 1514
<211> 71
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 1514
aatttctaca cgagatcctc tctctgaaat cactaagcag gagaaagatt ttctatggag 60
tcacaggtaa g 71
<210> 1515
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1515
ctccatagaa aatctttctc ctgcty 26
<210> 1516
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1516
agtgatttca gagagaggat ctcg 24
<210> 1517
<211> 50
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1517
tagatgccgc tgcaggtatg gaaaggtgct ttatttttag gtacttctcg 50
<210> 1518
<211> 50
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1518
cgtaccattg aatctggaga ccttggtgct ttatttttag gtacttctca 50
<210> 1519
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1519
cttggtttga gctgtttgag g 21
<210> 1520
<211> 70
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 1520
tccaccacct cctcaaacag ctcaaaccaa gcgagaagta cctaaaaata aagcacctac 60
tgctgaaaag 70
<210> 1521
<211> 70
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 1521
tccaccacct cctcaaacag ctcaaaccaa gtgagaagta cctaaaaata aagcacctac 60
tgctgaaaag 70
<210> 1522
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1522
ggtgctttat ttttaggtac ttctcr 26
<210> 1523
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1523
cttggtttga gctgtttgag g 21
<210> 1524
<211> 46
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1524
ctaatagctc ctgtgccctc gtatacatac tggatacagc tggaca 46
<210> 1525
<211> 46
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1525
aatccgtcga ctagcctgag aattacatac tggatacagc tggact 46
<210> 1526
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1526
agaagagtac agtgccatga g 21
<210> 1527
<211> 70
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 1527
tctctcatgg cactgtactc ttctagtcca gctgtatcca gtatgtccaa caaacaggtt 60
tcaccatcta 70
<210> 1528
<211> 46
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1528
actggtaacc cagacatgat cggtacatac tggatacagc tggaca 46
<210> 1529
<211> 46
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1529
actccctgtg ggtgagctta atggacatac tggatacagc tggact 46
<210> 1530
<211> 40
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1530
catttggtca ttggttcaag acgatcatgg tgggggcagc 40
<210> 1531
<211> 40
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1531
ctggtccgtt gtggtccttc taactcatgg tgggggcagt 40
<210> 1532
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1532
gcctcacaac ctccgtca 18
<210> 1533
<211> 53
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 1533
cagcacatga cggaggttgt gaggcgctgc ccccaccatg agcgctgctc aga 53
<210> 1534
<211> 53
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 1534
cagcacatga cggaggttgt gaggcactgc ccccaccatg agcgctgctc aga 53
<210> 1535
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1535
tcatggtggg ggcagy 16
<210> 1536
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1536
gcctcacaac ctccgtca 18
<210> 1537
<211> 47
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1537
gctcccgtta atgctcccgt taataggtga ttttggtcta gctacag 47
<210> 1538
<211> 45
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1538
tagcaaggga aatagcaagg gaaagacata ctggatacag ctgga 45
<210> 1539
<211> 45
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1539
tggtgaatta gctggtgaat tagcacatac tggatacagc tggac 45
<210> 1540
<211> 52
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1540
actggtaacc cagacatgat cggtctggca ccattaaaga aaatatcatc tt 52
<210> 1541
<211> 51
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1541
actccctgtg ggtgagctta atgggcctgg caccattaaa gaaaatatca t 51
<210> 1542
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1542
tggtgtttcc tatgatgaat atagatacag 30
<210> 1543
<211> 48
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1543
ctaatagctc ctgtgccctc gtatactcag tgtgattcca ccttctcc 48
<210> 1544
<211> 48
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1544
aatccgtcga ctagcctgag aattactcag tgtgattcca ccttctca 48
<210> 1545
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1545
aagaactata ttgtctttct ctgcaaac 28
<210> 1546
<211> 50
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1546
catttggtca ttggttcaag acgattaatg ctatgcagaa aatcttagag 50
<210> 1547
<211> 51
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1547
ctggtccgtt gtggtccttc taactcatta atgctatgca gaaaatctta g 51
<210> 1548
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1548
tgtcccatct gtctggagtt ga 22
<210> 1549
<211> 45
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1549
ctaatagctc ctgtgccctc gtatcaaagc gagcaagaga atccc 45
<210> 1550
<211> 45
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1550
aatccgtcga ctagcctgag aattaaagcg agcaagagaa tcccc 45
<210> 1551
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1551
aggacagaaa gatcttcagg ggg 23
<210> 1552
<211> 47
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1552
actggtaacc cagacatgat cggtgtggga tttttagcac agcaagt 47
<210> 1553
<211> 47
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1553
actccctgtg ggtgagctta atggtgtggg atttttagca cagcaag 47
<210> 1554
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1554
ggaaaatctg tccaggtatc agatg 25
<210> 1555
<211> 43
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1555
actggtaacc cagacatgat cggtagaagg tgtctgcggg agc 43
<210> 1556
<211> 45
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1556
actggtaacc cagacatgat cggtgctgcg tgatgatgaa atcgg 45
<210> 1557
<211> 43
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1557
actccctgtg ggtgagctta atggagaagg tgtctgcggg agt 43
<210> 1558
<211> 45
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1558
actccctgtg ggtgagctta atgggctgcg tgatgatgaa atcga 45
<210> 1559
<211> 42
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1559
catttggtca ttggttcaag acgagacagc gagcagctga gc 42
<210> 1560
<211> 41
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1560
catttggtca ttggttcaag acgagcgcat cacagtcgcg g 41
<210> 1561
<211> 42
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1561
ctggtccgtt gtggtccttc taacgacagc gagcagctga ga 42
<210> 1562
<211> 41
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1562
ctggtccgtt gtggtccttc taacgcgcat cacagtcgcg t 41
<210> 1563
<211> 51
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1563
ctaatagctc ctgtgccctc gtatgagaca tcatcaagtg gagagaaatc a 51
<210> 1564
<211> 57
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1564
ctaatagctc ctgtgccctc gtatctgtta taaaatttat aatgcagttt aaactat 57
<210> 1565
<211> 51
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1565
aatccgtcga ctagcctgag aattgagaca tcatcaagtg gagagaaatc g 51
<210> 1566
<211> 57
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1566
aatccgtcga ctagcctgag aattctgtta taaaatttat aatgcagttt aaactac 57
<210> 1567
<211> 46
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1567
gtggcaacag aaatcaggtg gtgacatcat caaagcccca ggctac 46
<210> 1568
<211> 47
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1568
gtggcaacag aaatcaggtg gtgaagttgt acttgatgtc gtgtttg 47
<210> 1569
<211> 46
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1569
agaggactgc taaaggtttg taggcatcat caaagcccca ggctat 46
<210> 1570
<211> 47
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1570
agaggactgc taaaggtttg taggagttgt acttgatgtc gtgttta 47
<210> 1571
<211> 49
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1571
tagatgccgc tgcaggtatg gaaaccaatg tggtataagt tttctgttt 49
<210> 1572
<211> 48
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1572
tagatgccgc tgcaggtatg gaaattacta tctgtcaggg cctttcta 48
<210> 1573
<211> 49
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1573
cgtaccattg aatctggaga ccttccaatg tggtataagt tttctgttc 49
<210> 1574
<211> 48
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1574
cgtaccattg aatctggaga ccttttacta tctgtcaggg cctttctg 48
<210> 1575
<211> 50
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1575
actggtaacc cagacatgat cggtagaaca atcaatgctg ttattactgt 50
<210> 1576
<211> 45
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1576
actggtaacc cagacatgat cggtccacat caatcatggt gggaa 45
<210> 1577
<211> 50
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1577
actccctgtg ggtgagctta atggagaaca atcaatgctg ttattactga 50
<210> 1578
<211> 45
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1578
actccctgtg ggtgagctta atggccacat caatcatggt gggat 45
<210> 1579
<211> 52
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1579
ctaatagctc ctgtgccctc gtatccaaaa cgtgttctcg tgactcagca at 52
<210> 1580
<211> 51
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1580
ctaatagctc ctgtgccctc gtattacagg taatggattc tgacaaggaa a 51
<210> 1581
<211> 52
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1581
aatccgtcga ctagcctgag aattccaaaa cgtgttctcg tgactcagca aa 52
<210> 1582
<211> 51
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1582
aatccgtcga ctagcctgag aatttacagg taatggattc tgacaaggaa t 51
<210> 1583
<211> 48
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1583
gtggcaacag aaatcaggtg gtgaagtggg tcctaaaaac tcttacat 48
<210> 1584
<211> 49
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1584
gtggcaacag aaatcaggtg gtgaccactg tgatcttcta tgtatgcaa 49
<210> 1585
<211> 48
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1585
agaggactgc taaaggtttg taggagtggg tcctaaaaac tcttacac 48
<210> 1586
<211> 49
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1586
agaggactgc taaaggtttg taggccactg tgatcttcta tgtatgcag 49
<210> 1587
<211> 45
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1587
tagatgccgc tgcaggtatg gaaacaccat tgtgtgccta tacca 45
<210> 1588
<211> 41
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1588
tagatgccgc tgcaggtatg gaaaccctgg ggacaagcac t 41
<210> 1589
<211> 45
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1589
cgtaccattg aatctggaga ccttcaccat tgtgtgccta taccg 45
<210> 1590
<211> 41
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1590
cgtaccattg aatctggaga ccttccctgg ggacaagcac c 41
<210> 1591
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1591
cgatttcatc atcacgcagc 20
<210> 1592
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1592
ctcccgcaga caccttctc 19
<210> 1593
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1593
cgatttcatc atcacgcagc 20
<210> 1594
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1594
ctcccgcaga caccttctc 19
<210> 1595
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1595
cgcgactgtg atgcgcta 18
<210> 1596
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1596
ctcagctgct cgctgtcc 18
<210> 1597
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1597
cgcgactgtg atgcgcta 18
<210> 1598
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1598
ctcagctgct cgctgtcc 18
<210> 1599
<211> 32
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1599
tagtttaaac tgcattataa attttataac ag 32
<210> 1600
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1600
gatttctctc cacttgatga tgtctc 26
<210> 1601
<211> 32
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1601
tagtttaaac tgcattataa attttataac ag 32
<210> 1602
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1602
gatttctctc cacttgatga tgtctc 26
<210> 1603
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1603
aaacacgaca tcaagtacaa ctg 23
<210> 1604
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1604
tagcctgggg ctttgatgat 20
<210> 1605
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1605
aaacacgaca tcaagtacaa ctg 23
<210> 1606
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1606
tagcctgggg ctttgatgat 20
<210> 1607
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1607
agaaaggccc tgacagatag taac 24
<210> 1608
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1608
aacagaaaac ttataccaca ttggg 25
<210> 1609
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1609
agaaaggccc tgacagatag taac 24
<210> 1610
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1610
aacagaaaac ttataccaca ttggg 25
<210> 1611
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1611
tcccaccatg attgatgtgg gg 22
<210> 1612
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1612
cagtaataac agcattgatt gttcttac 28
<210> 1613
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1613
tcccaccatg attgatgtgg gg 22
<210> 1614
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1614
cagtaataac agcattgatt gttcttac 28
<210> 1615
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1615
ttccttgtca gaatccatta cctgta 26
<210> 1616
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1616
ttgctgagtc acgagaacac g 21
<210> 1617
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1617
ttccttgtca gaatccatta cctgta 26
<210> 1618
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1618
ttgctgagtc acgagaacac g 21
<210> 1619
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1619
tgcatacata gaagatcaca gtgg 24
<210> 1620
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1620
tgtaagagtt tttaggaccc act 23
<210> 1621
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1621
tgcatacata gaagatcaca gtgg 24
<210> 1622
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1622
tgtaagagtt tttaggaccc act 23
<210> 1623
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1623
gtgcttgtcc ccaggggata 20
<210> 1624
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1624
ggtataggca cacaatggtg a 21
<210> 1625
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1625
gtgcttgtcc ccaggggata 20
<210> 1626
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成引物”
<400> 1626
gtcatcccta ttggcaggtt ac 22
<210> 1627
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成引物”
<400> 1627
cagggccttc cttgtatctc 20
<210> 1628
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成引物”
<400> 1628
cctcagtcaa gttcagagtc ttc 23
<210> 1629
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成引物”
<400> 1629
tccatgaacc tcaaggacta ttg 23
<210> 1630
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成引物”
<400> 1630
ggtgattggt cctctgattg 20
<210> 1631
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成引物”
<400> 1631
gactaacggc taacctggac 20
<210> 1632
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成引物”
<400> 1632
tgagcctggc cactatttac 20
<210> 1633
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成引物”
<400> 1633
ctaggagagc tggtaatttg gtc 23
<210> 1634
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成引物”
<400> 1634
actaccagcc caagatttct c 21
<210> 1635
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成引物”
<400> 1635
cttcacaaag cggaagaatg tg 22
<210> 1636
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成引物”
<400> 1636
tcgaagttcc atcgctcac 19
<210> 1637
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成引物”
<400> 1637
agcaaggcag tcagttacag 20
<210> 1638
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成引物”
<400> 1638
cggatgtaca gcgagtatgt g 21
<210> 1639
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成引物”
<400> 1639
ccctgatttc cacaagtcc 19
<210> 1640
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成引物”
<400> 1640
aggccatctc cttaatattt accc 24
<210> 1641
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成引物”
<400> 1641
cttccattct aggctacagc tc 22
<210> 1642
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成引物”
<400> 1642
tccattgcca ctgtgatctt c 21
<210> 1643
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成引物”
<400> 1643
attccttggg ctaccagttc 20
<210> 1644
<211> 22
<212> RNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 1644
uggaguguga caaugguguu ug 22
<210> 1645
<211> 46
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成嵌合探针”
<220>
<221> source
<223> /备注=“组合DNA/RNA分子的描述:合成嵌合探针”
<400> 1645
actggtaacc cagacatgat cggtcaaaca ccauugucac acucca 46
<210> 1646
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 1646
ggctaaatcg ctccaccaag 20
<210> 1647
<211> 12
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1647
gacatgatcg gt 12
<210> 1648
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1648
actggtaacc cagacatgat cggt 24
<210> 1649
<211> 10
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 1649
accgatcatg 10
<210> 1650
<211> 10
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 1650
gtactagcca 10
<210> 1651
<211> 10
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 1651
catgatcggt 10
<210> 1652
<211> 10
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 1652
tggctagtac 10
<210> 1653
<211> 48
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1653
actggtaacc cagacatgat cggtaggtga ttttggtcta gctacagt 48
<210> 1654
<211> 48
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1654
actccctgtg ggtgagctta atggaggtga ttttggtcta gctacaga 48
<210> 1655
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1655
gaaatctcga tggagtgggt c 21
<210> 1656
<211> 75
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 1656
ttcaaactga tgggacccac tccatcgaga tttcactgta gctagaccaa aatcacctat 60
ttttactgtg aggtc 75
<210> 1657
<211> 75
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成寡核苷酸”
<400> 1657
ttcaaactga tgggacccac tccatcgaga tttctctgta gctagaccaa aatcacctat 60
ttttactgtg aggtc 75
<210> 1658
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1658
aggtgatttt ggtctagcta cagw 24
<210> 1659
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1659
gaaatctcga tggagtgggt c 21
<210> 1660
<211> 46
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1660
catttggtca ttggttcaag acgagacata ctggatacag ctggac 46
<210> 1661
<211> 46
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1661
ctggtccgtt gtggtccttc taacgacata ctggatacag ctggaa 46
<210> 1662
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> source
<223> /备注=“人工序列的描述:合成探针”
<400> 1662
aagaagagta cagtgccatg ag 22
Claims (205)
1.一种两个或更多个非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合,其中所述捕获寡核苷酸集合为捕获寡核苷酸的亲本集合的子集,且所述集合中的一个或多个捕获寡核苷酸包括具有来自所述亲本集合的一个或多个核苷酸序列的至少20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35或36个连续核苷酸的核苷酸序列,其中所述捕获ss的亲本集合选自以下:
(a)捕获集合1,其包括具有选自SEQ ID No:1-64的核苷酸序列的捕获寡核苷酸;
(b)捕获集合2,其包括具有选自SEQ ID No:65-122的核苷酸序列的捕获寡核苷酸;
(c)捕获集合3,其包括具有选自SEQ ID No:123-186的核苷酸序列的捕获寡核苷酸;
(d)捕获集合4,其包括具有选自SEQ ID No:187-250的核苷酸序列的捕获寡核苷酸;
(e)捕获集合5,其包括具有选自SEQ ID No:251-308的核苷酸序列的捕获寡核苷酸;
(f)捕获集合6,其包括具有选自SEQ ID No:309-372的核苷酸序列的捕获寡核苷酸;
(g)捕获集合7,其包括具有选自SEQ ID No:373-436的核苷酸序列的捕获寡核苷酸;
(h)捕获集合8,其包括具有选自SEQ ID No:437-494的核苷酸序列的捕获寡核苷酸;
(i)捕获集合9,其包括具有选自SEQ ID No:495-558的核苷酸序列的捕获寡核苷酸;
(j)捕获集合10,其包括具有选自SEQ ID No:559-662的核苷酸序列的捕获寡核苷酸;
(k)捕获集合11,其包括具有选自SEQ ID No:623-680的核苷酸序列的捕获寡核苷酸;和
(l)捕获集合12,其包括具有选自SEQ ID No:681-744的核苷酸序列的捕获寡核苷酸。
2.一种两个或更多个非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合,其中所述捕获寡核苷酸集合为捕获寡核苷酸的亲本集合的子集,且所述集合中的一个或多个捕获寡核苷酸包括与来自所述亲本集合的一个或多个核苷酸序列具有至少95%、96%、97%、98%、99%或100%一致性的核苷酸序列,其中所述捕获寡核苷酸的亲本集合选自以下:
(a)捕获集合1,其包括具有选自SEQ ID No:1-64的核苷酸序列的捕获寡核苷酸;
(b)捕获集合2,其包括具有选自SEQ ID No:65-122的核苷酸序列的捕获寡核苷酸;
(c)捕获集合3,其包括具有选自SEQ ID No:123-186的核苷酸序列的捕获寡核苷酸;
(d)捕获集合4,其包括具有选自SEQ ID No:187-250的核苷酸序列的捕获寡核苷酸;
(e)捕获集合5,其包括具有选自SEQ ID No:251-308的核苷酸序列的捕获寡核苷酸;
(f)捕获集合6,其包括具有选自SEQ ID No:309-372的核苷酸序列的捕获寡核苷酸;
(g)捕获集合7,其包括具有选自SEQ ID No:373-436的核苷酸序列的捕获寡核苷酸;
(h)捕获集合8,其包括具有选自SEQ ID No:437-494的核苷酸序列的捕获寡核苷酸;
(i)捕获集合9,其包括具有选自SEQ ID No:495-558的核苷酸序列的捕获寡核苷酸;
(j)捕获集合10,其包括具有选自SEQ ID No:559-662的核苷酸序列的捕获寡核苷酸;
(k)捕获集合11,其包括具有选自SEQ ID No:623-680的核苷酸序列的捕获寡核苷酸;和
(l)捕获集合12,其包括具有选自SEQ ID No:681-744的核苷酸序列的捕获寡核苷酸。
3.一种两个或更多个非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合,其中所述捕获寡核苷酸集合为捕获寡核苷酸的亲本集合的子集,其中所述捕获寡核苷酸亲本集合选自以下:
(a)捕获集合1,其包括具有选自SEQ ID No:1-64的核苷酸序列的捕获寡核苷酸;
(b)捕获集合2,其包括具有选自SEQ ID No:65-122的核苷酸序列的捕获寡核苷酸;
(c)捕获集合3,其包括具有选自SEQ ID No:123-186的核苷酸序列的捕获寡核苷酸;
(d)捕获集合4,其包括具有选自SEQ ID No:187-250的核苷酸序列的捕获寡核苷酸;
(e)捕获集合5,其包括具有选自SEQ ID No:251-308的核苷酸序列的捕获寡核苷酸;
(f)捕获集合6,其包括具有选自SEQ ID No:309-372的核苷酸序列的捕获寡核苷酸;
(g)捕获集合7,其包括具有选自SEQ ID No:373-436的核苷酸序列的捕获寡核苷酸;
(h)捕获集合8,其包括具有选自SEQ ID No:437-494的核苷酸序列的捕获寡核苷酸;
(i)捕获集合9,其包括具有选自SEQ ID No:495-558的核苷酸序列的捕获寡核苷酸;
(j)捕获集合10,其包括具有选自SEQ ID No:559-662的核苷酸序列的捕获寡核苷酸;
(k)捕获集合11,其包括具有选自SEQ ID No:623-680的核苷酸序列的捕获寡核苷酸;和
(l)捕获集合12,其包括具有选自SEQ ID No:681-744的核苷酸序列的捕获寡核苷酸。
4.根据权利要求1至3中任一项所述的两个或更多个非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合,其中所述集合中的一个或多个捕获寡核苷酸选自以下:
(a)捕获寡核苷酸,其具有选自SEQ ID No:1-64的序列的至少20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35或36个连续核苷酸;
(b)捕获寡核苷酸,其包括与选自SEQ ID No:1-64的序列具有至少95%、96%、97%、98%、99%或100%一致性的序列;
(c)捕获寡核苷酸,其具有与选自SEQ ID No:1-64的序列具有至少95%、96%、97%、98%、99%或100%一致性的序列的至少20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35或36个连续核苷酸;
(d)捕获寡核苷酸,其包括选自SEQ ID No:1-64的序列;和
(e)捕获寡核苷酸,其选自(a)-(d)中的任一个。
5.根据权利要求1至3中任一项所述的两个或更多个非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合,其中所述集合中的一个或多个捕获寡核苷酸选自以下:
(a)捕获寡核苷酸,其包括具有选自SEQ ID No:1-10的序列的至少20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35或36个连续核苷酸的序列;
(b)捕获寡核苷酸,其包括与选自SEQ ID No:1-10的序列具有至少95%、96%、97%、98%、99%或100%一致性的序列;
(c)捕获寡核苷酸,其具有与选自SEQ ID No:1-10的序列具有至少95%、96%、97%、98%、99%或100%一致性的序列的至少20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35或36个连续核苷酸;
(d)捕获寡核苷酸,其包括选自SEQ ID No:1-10的序列;和
(e)捕获寡核苷酸,其选自(a)-(d)中的任一个。
6.根据权利要求1至5中任一项所述的两个或更多个非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合,其中所述集合中的一个或多个捕获寡核苷酸包括反应性官能团。
7.根据权利要求6所述的两个或更多个非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合,其中所述反应性官能团通过连接子与所述捕获寡核苷酸连接。
8.根据权利要求6或7所述的两个或更多个非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合,其中所述反应性官能团包括硫醇基。
9.根据权利要求6至8中任一项所述的两个或更多个非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合,其中所述寡核苷酸通过所述反应性官能团固定于表面上。
10.根据权利要求9所述的两个或更多个非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合,其中所述表面包括电极表面。
11.根据权利要求10所述的两个或更多个非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合,其中所述电极包括碳基电极。
12.根据权利要求11所述的两个或更多个非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合,其中所述电极包括碳墨电极。
13.根据权利要求1至12中任一项所述的两个或更多个非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合,其中一个或多个非反应性捕获寡核苷酸为至少24个核苷酸长。
14.根据权利要求1至13中任一项所述的两个或更多个非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合,其中一个或多个非反应性捕获寡核苷酸为至少36个核苷酸长。
15.一种试剂盒,其包括根据权利要求1至14中任一项所述的两个或更多个非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合。
16.一种试剂盒,其包括根据权利要求1至14中任一项所述的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25和至多64个非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合。
17.一种试剂盒,其包括根据权利要求1至14中任一项所述的至少10个非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合。
18.一种两个或更多个非交叉反应性寡核苷酸标签的集合,其中所述寡核苷酸标签集合为寡核苷酸标签的亲本集合的子集,且所述集合中的一个或多个寡核苷酸标签包括具有来自所述亲本集合的一个或多个核苷酸序列的至少20、21、22、23或24个连续核苷酸的核苷酸序列,其中所述亲本集合选自以下:
(a)标签集合1,其包括具有选自SEQ ID No:745-808的核苷酸序列的寡核苷酸标签;
(b)标签集合2,其包括具有选自SEQ ID No:809-866的核苷酸序列的寡核苷酸标签;
(c)标签集合3,其包括具有选自SEQ ID No:867-930的核苷酸序列的寡核苷酸标签;
(d)标签集合4,其包括具有选自SEQ ID No:931-994的核苷酸序列的寡核苷酸标签;
(e)标签集合5,其包括具有选自SEQ ID No:995-1052的核苷酸序列的寡核苷酸标签;
(f)标签集合6,其包括具有选自SEQ ID No:1053-1116的核苷酸序列的寡核苷酸标签;
(g)标签集合7,其包括具有选自SEQ ID No:1117-1180的核苷酸序列的寡核苷酸标签;
(h)标签集合8,其包括具有选自SEQ ID No:1181-1238的核苷酸序列的寡核苷酸标签;
(i)标签集合9,其包括具有选自SEQ ID No:1239-1302的核苷酸序列的寡核苷酸标签;
(j)标签集合10,其包括具有选自SEQ ID No:1303-1366的核苷酸序列的寡核苷酸标签;
(k)标签集合11,其包括具有选自SEQ ID No:1367-1424的核苷酸序列的寡核苷酸标签;和
(l)标签集合12,其包括具有选自SEQ ID No:1425-1488的核苷酸序列的寡核苷酸标签。
19.一种两个或更多个非交叉反应性寡核苷酸标签的集合,其中所述寡核苷酸标签集合为寡核苷酸标签的亲本集合的子集,且所述集合中的一个或多个寡核苷酸标签包括与来自所述亲本集合的一个或多个核苷酸序列具有至少95%、96%、97%、98%、99%或100%一致性的核苷酸序列,其中所述亲本集合选自以下:
(a)标签集合1,其包括具有选自SEQ ID No:745-808的核苷酸序列的寡核苷酸标签;
(b)标签集合2,其包括具有选自SEQ ID No:809-866的核苷酸序列的寡核苷酸标签;
(c)标签集合3,其包括具有选自SEQ ID No:867-930的核苷酸序列的寡核苷酸标签;
(d)标签集合4,其包括具有选自SEQ ID No:931-994的核苷酸序列的寡核苷酸标签;
(e)标签集合5,其包括具有选自SEQ ID No:995-1052的核苷酸序列的寡核苷酸标签;
(f)标签集合6,其包括具有选自SEQ ID No:1053-1116的核苷酸序列的寡核苷酸标签;
(g)标签集合7,其包括具有选自SEQ ID No:1117-1180的核苷酸序列的寡核苷酸标签;
(h)标签集合8,其包括具有选自SEQ ID No:1181-1238的核苷酸序列的寡核苷酸标签;
(i)标签集合9,其包括具有选自SEQ ID No:1239-1302的核苷酸序列的寡核苷酸标签;
(j)标签集合10,其包括具有选自SEQ ID No:1303-1366的核苷酸序列的寡核苷酸标签;
(k)标签集合11,其包括具有选自SEQ ID No:1367-1424的核苷酸序列的寡核苷酸标签;和
(l)标签集合12,其包括具有选自SEQ ID No:1425-1488的核苷酸序列的寡核苷酸标签。
20.一种两个或更多个非交叉反应性寡核苷酸标签的集合,其中所述寡核苷酸标签集合为寡核苷酸标签的亲本集合的子集,其中所述亲本集合选自以下:
(a)标签集合1,其包括具有选自SEQ ID No:745-808的核苷酸序列的寡核苷酸标签;
(b)标签集合2,其包括具有选自SEQ ID No:809-866的核苷酸序列的寡核苷酸标签;
(c)标签集合3,其包括具有选自SEQ ID No:867-930的核苷酸序列的寡核苷酸标签;
(d)标签集合4,其包括具有选自SEQ ID No:931-994的核苷酸序列的寡核苷酸标签;
(e)标签集合5,其包括具有选自SEQ ID No:995-1052的核苷酸序列的寡核苷酸标签;
(f)标签集合6,其包括具有选自SEQ ID No:1053-1116的核苷酸序列的寡核苷酸标签;
(g)标签集合7,其包括具有选自SEQ ID No:1117-1180的核苷酸序列的寡核苷酸标签;
(h)标签集合8,其包括具有选自SEQ ID No:1181-1238的核苷酸序列的寡核苷酸标签;
(i)标签集合9,其包括具有选自SEQ ID No:1239-1302的核苷酸序列的寡核苷酸标签;
(j)标签集合10,其包括具有选自SEQ ID No:1303-1366的核苷酸序列的寡核苷酸标签;
(k)标签集合11,其包括具有选自SEQ ID No:1367-1424的核苷酸序列的寡核苷酸标签;和
(l)标签集合12,其包括具有选自SEQ ID No:1425-1488的核苷酸序列的寡核苷酸标签。
21.根据权利要求18至20中任一项所述的两个或更多个非交叉反应性寡核苷酸标签的集合,其中所述集合中的一个或多个寡核苷酸标签选自以下:
(a)寡核苷酸标签,其包括具有选自SEQ ID No:745-808的序列的至少20、21、22、23或24个连续核苷酸的序列;
(b)寡核苷酸标签,其包括与选自SEQ ID No:745-808的序列具有至少95%、96%、97%、98%、99%或100%一致性的序列;
(c)寡核苷酸标签,其具有与选自SEQ ID No:745-808的序列具有至少95%、96%、97%、98%、99%或100%一致性的序列的至少20、21、22、23或24个连续核苷酸;
(d)寡核苷酸标签,其包括选自SEQ ID No:745-808的序列;和
(e)寡核苷酸标签,其选自(a)-(d)中的任一个。
22.根据权利要求18至20中任一项所述的两个或更多个非交叉反应性寡核苷酸标签的集合,其中所述集合中的一个或多个寡核苷酸标签选自以下:
(a)寡核苷酸标签,其包括具有选自SEQ ID No:745-754的序列的至少20、21、22、23或24个连续核苷酸的序列;
(b)寡核苷酸标签,其包括与选自SEQ ID No:745-754的序列具有至少95%、96%、97%、98%、99%或100%一致性的序列;
(c)寡核苷酸标签,其具有与选自SEQ ID No:745-754的序列具有至少95%、96%、97%、98%、99%或100%一致性的序列的至少20、21、22、23或24个连续核苷酸;
(d)寡核苷酸标签,其包括选自SEQ ID No:745-754的序列;和
(e)寡核苷酸标签,其选自(a)-(d)中的任一个。
23.根据权利要求18至22中任一项所述的两个或更多个非交叉反应性寡核苷酸标签的集合,其中所述寡核苷酸标签与非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合互补。
24.根据权利要求18至23中任一项所述的两个或更多个非交叉反应性寡核苷酸标签的集合,其中相对于互补捕获寡核苷酸,所述集合中的一个或多个寡核苷酸标签与小于0.05%的非互补捕获寡核苷酸杂交。
25.根据权利要求18至24中任一项所述的两个或更多个非交叉反应性寡核苷酸标签的集合,其中一个或多个寡核苷酸标签包括标记。
26.根据权利要求25所述的两个或更多个非交叉反应性寡核苷酸标签的集合,其中所述标记通过连接子与所述寡核苷酸标签连接。
27.根据权利要求25或26所述的两个或更多个非交叉反应性寡核苷酸标签的集合,其中所述标记选自放射性、荧光、化学发光、电化学发光、光吸收、光散射、电化学、磁性和酶标记。
28.根据权利要求27所述的两个或更多个非交叉反应性寡核苷酸标签的集合,其中所述标记包括电化学发光标记。
29.根据权利要求25或26所述的两个或更多个非交叉反应性寡核苷酸标签的集合,其中所述标记选自放射性、荧光、比色、抗原和酶标记。
30.根据权利要求25或26所述的两个或更多个非交叉反应性寡核苷酸标签的集合,其中所述标记包括生物素或半抗原。
31.根据权利要求30所述的两个或更多个非交叉反应性寡核苷酸标签的集合,其中所述标记包括生物素、荧光素或地高新。
32.根据权利要求25或26所述的两个或更多个非交叉反应性寡核苷酸标签的集合,其中所述标记包括含过渡金属的有机金属络合物。
33.根据权利要求32所述的两个或更多个非交叉反应性寡核苷酸标签的集合,其中所述过渡金属包括钌。
34.根据权利要求25或26所述的两个或更多个非交叉反应性寡核苷酸标签的集合,其中所述标记包括MSD SULFO-TAGTM标记。
35.根据权利要求25或26所述的两个或更多个非交叉反应性寡核苷酸标签的集合,其中所述标记包括一级结合试剂,所述一级结合试剂为二级结合试剂的结合搭配物。
36.根据权利要求35所述的两个或更多个非交叉反应性寡核苷酸标签的集合,其中所述二级结合试剂包括生物素、抗生蛋白链菌素、抗生物素蛋白或抗体。
37.根据权利要求35所述的两个或更多个非交叉反应性寡核苷酸标签的集合,其中所述一级结合试剂包括寡核苷酸序列,且所述二级结合试剂包括与所述一级结合试剂互补的寡核苷酸序列。
38.一种试剂盒,其包括根据权利要求18至37中任一项所述的两个或更多个非交叉反应性寡核苷酸标签的集合。
39.一种试剂盒,其包括根据权利要求18至37中任一项所述的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25和至多64个非交叉反应性寡核苷酸标签的集合。
40.一种试剂盒,其包括根据权利要求18至37中任一项所述的至少10个非交叉反应性寡核苷酸标签的集合。
41.一种将包括硫醇基的寡核苷酸固定到碳基载体表面上的方法,所述方法包括:
(a)将包括所述寡核苷酸的一个或多个液滴印刷在所述碳基载体表面上;
(b)使所述液滴在所述表面上扩散;
(c)干燥所述液滴以形成干燥的液滴;
(d)通过所述硫醇基将所述寡核苷酸固定到所述碳基载体表面;和
(e)用包括含硫醇化合物的洗涤溶液洗涤所述干燥的液滴以去除未固定的寡核苷酸。
42.根据权利要求41所述的方法,其中所述碳基载体表面包括碳基电极。
43.根据权利要求41或42所述的方法,其中所述寡核苷酸通过所述硫醇基与所述碳基载体表面共价连接。
44.根据权利要求41至43中任一项所述的方法,其包括将包括所述捕获寡核苷酸的液滴阵列印刷在所述载体表面上的多个结合结构域上。
45.一种将捕获寡核苷酸阵列固定在一个或多个碳基电极的表面上的方法,所述方法包括:
(a)将包括一个或多个捕获寡核苷酸的液滴阵列印刷在一个或多个碳基电极的所述表面上的多个结合结构域上,其中一个或多个捕获寡核苷酸包括硫醇基;
(b)使所述液滴在所述表面上扩散;
(c)干燥所述液滴以形成干燥的液滴;
(d)培育所述干燥的液滴足够量的时间以通过所述硫醇基将一个或多个寡核苷酸固定到所述碳基电极的所述表面;和
(e)用包括含硫醇化合物的洗涤溶液洗涤所述干燥的液滴以去除过量的未固定的寡核苷酸。
46.根据权利要求44至45中任一项所述的方法,其中印刷在所述阵列的一个结合结构域上的所述捕获寡核苷酸具有与印刷在所述阵列中的其它结合结构域上的捕获寡核苷酸不同的序列。
47.根据权利要求44至46中任一项所述的方法,其中各结合结构域包括小于约0.1%、0.09%、0.08%、0.07%、0.06%、0.05%、0.04%、0.03%、0.02%或0.01%的污染性捕获寡核苷酸。
48.根据权利要求44至47中任一项所述的方法,其中各结合结构域包括小于约0.05%的污染性捕获寡核苷酸。
49.根据权利要求44至47中任一项所述的方法,其包括将所述阵列印刷在多个碳基电极上。
50.根据权利要求49所述的方法,其中一个或多个碳基电极包括多个结合结构域。
51.根据权利要求42至50中任一项所述的方法,其中所述碳基电极包括碳墨电极。
52.根据权利要求42至50中任一项所述的方法,其中一个或多个碳基电极是在多孔板中。
53.根据权利要求42至52中任一项所述的方法,其中所述液滴包括表面活性剂。
54.根据权利要求45至53中任一项所述的方法,其中所述含硫醇化合物为水溶性的且具有小于约200g/mol、175g/mol、150g/mol或125g/mol的分子量。
55.根据权利要求45至54中任一项所述的方法,其中所述含硫醇化合物选自以下:半胱氨酸、半胱胺、二硫苏糖醇、3-巯基丙酸酯、3-巯基-1-丙磺酸和其组合。
56.根据权利要求45至55中任一项所述的方法,其中所述含硫醇化合物包括半胱氨酸。
57.根据权利要求45至56中任一项所述的方法,其中所述洗涤溶液包括在约5mM与约750mM之间的半胱氨酸。
58.根据权利要求45至57中任一项所述的方法,其中所述洗涤溶液包括pH缓冲组分、表面活性剂或其组合,且具有7与9之间的pH。
59.根据权利要求58所述的方法,其中所述pH缓冲组分包括Tris,所述表面活性剂包括Triton X-100,且所述pH为约8.0。
60.根据权利要求42至59中任一项所述的方法,其进一步包括将所述碳基电极包装在干燥的包装中。
61.根据权利要求60所述的方法,其中在所述洗涤步骤之前,将所述碳基电极包装在所述干燥的包装中。
62.根据权利要求60所述的方法,其中在所述洗涤步骤之后,将所述碳基电极包装在所述干燥的包装中。
63.根据权利要求41至62中任一项所述的方法,其中所述阵列中的所述捕获寡核苷酸选自满足以下需求中的一个或多个的非交叉反应性寡核苷酸的集合:
(a)GC含量在约40%与约50%之间;
(b)AG含量在约30与约70%之间;
(c)CT含量在约30%与约70%之间;
(d)序列中的不大于三个的最大碱基重复序列链;
(e)与大于7个连续互补碱基对匹配的链无非所需的寡核苷酸-寡核苷酸相互作用;
(f)与18个连续碱基或更小的链无非所需寡核苷酸-寡核苷酸相互作用,其中:
(i)在各端的末端碱基互补匹配;和
(ii)所述互补碱基对匹配的总和减去错配的总和大于7;
(g)无20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35或36个碱基对或更长的链,所述链匹配基因组或自然界中的序列或序列的互补序列或两者;
(h)所述序列与其互补序列的杂交自由能的差异小于约1kCal/mol、约2kCal/mol、约3kCal/mol或约4kCal/mol;
(i)在茎中无具有4个或更多个连续匹配的预测的发夹环;和
(j)在所述茎中无具有4个或更多个连续匹配的预测的发夹环,且环大小大于6个碱基。
64.根据权利要求41至63中任一项所述的方法,其中一个或多个捕获寡核苷酸选自根据权利要求1至14中任一项所述的非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合。
65.一种表面,其包括根据根据权利要求41至64中任一项所述的方法所制备的一个或多个固定的寡核苷酸。
66.一种试剂盒,其包括:
(a)一个或多个载体表面;和
(b)选自根据权利要求1至14中任一项所述的非交叉反应性捕获寡核苷酸的亲本集合的一个或多个非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合,其中将一个或多个非交叉反应性捕获寡核苷酸固定于一个或多个载体表面上。
67.根据权利要求66所述的试剂盒,其中一个或多个载体表面包括碳基载体表面。
68.根据权利要求66或67所述的试剂盒,其中一个或多个载体表面包括碳基电极。
69.一种试剂盒,其包括:
(a)具有一个或多个表面的一个或多个碳基电极;和
(b)选自根据权利要求1至14中任一项所述的非交叉反应性捕获寡核苷酸的亲本集合的一个或多个非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合,其中将一个或多个非交叉反应性捕获寡核苷酸固定于所述碳基电极的一个或多个载体表面上。
70.根据权利要求68或69所述的试剂盒,其包括一个或多个碳墨电极。
71.根据权利要求66至70中任一项所述的试剂盒,其中将一个或多个非交叉反应性捕获寡核苷酸固定于一个或多个载体表面上的阵列中。
72.根据权利要求66至71中任一项所述的试剂盒,其中将一个或多个非交叉反应性捕获寡核苷酸固定于一个或多个结合结构域中。
73.根据权利要求72所述的试剂盒,其包括固定于两个或更多个独特结合结构域中的两个或更多个非交叉反应性捕获寡核苷酸,其中固定于各独特结合结构域上的捕获寡核苷酸的序列相同。
74.根据权利要求66至73中任一项所述的试剂盒,其进一步包括以下组分中的一个或多个:
(a)与所述试剂盒中的所述非交叉反应性捕获寡核苷酸互补的非交叉反应性寡核苷酸标签的集合;
(b)包括与所关注核酸中的目标序列互补的序列的标记的寡核苷酸探针,
(c)一个或多个封端探针,
(d)一个或多个核苷三磷酸,
(e)一个或多个标记的核苷三磷酸,
(f)一个或多个标记的双脱氧核苷三磷酸;
(g)一个或多个接合酶,和
(h)一个或多个聚合酶。
75.根据权利要求74所述的试剂盒,其包括多个标记的寡核苷酸探针,所述多个标记的寡核苷酸探针包括与所关注核酸中的目标序列互补的第一序列和与捕获寡核苷酸互补的寡核苷酸标签。
76.根据权利要求66至75中任一项所述的试剂盒,其用于检测、鉴定或量化样本中的一个或多个目标分析物,所述试剂盒包括含以下的探针的集合:
(i)靶向探针,其包括与固定于所述载体表面上的捕获寡核苷酸的至少一部分互补的单链寡核苷酸标签和能够与所述样本中的第一目标分析物特异性结合的第一结合搭配物;和
(ii)检测探针,其包括标记和能够与所述样本中的所述第一目标分析物特异性结合的第二结合搭配物;
其中所述靶向探针和所述检测探针能够同时与所述目标分析物结合以形成夹心复合物。
77.根据权利要求76所述的试剂盒,其包括一个或多个寡核苷酸探针集合,其中所述靶向探针的所述第一结合搭配物包括与目标核苷酸序列的第一核酸序列互补的第一核苷酸序列,且所述检测探针的所述第二结合搭配物包括与所述目标核苷酸序列的第二核苷酸序列互补的第二核苷酸序列。
78.根据权利要求66至77中任一项所述的试剂盒,其用于检测、鉴定或量化样本中的一个或多个目标核苷酸序列,其中一个或多个目标核苷酸序列包括多态性核苷酸,所述试剂盒包括含以下的至少一对寡核苷酸探针:
(i)靶向探针,其包括与固定于所述载体表面上的捕获寡核苷酸的至少一部分互补的单链寡核苷酸和与所述样本中的所述目标核苷酸序列的第一区互补的第一核酸序列;和
(ii)检测探针,其包括标记和与所述目标核苷酸序列的第二区互补的第二核酸序列,所述第二区与同所述靶向探针序列的所述第一核酸序列互补的所述第一区相邻,其中所述靶向探针或所述检测探针包括位于所述目标核苷酸序列的所述多态性核苷酸的末端3'或5'核苷酸。
79.根据权利要求78所述的试剂盒,其中所述靶向探针具有与所述目标核苷酸序列的区域互补的末端3'核苷酸,所述区域与同所述检测探针的所述5'末端核苷酸互补的区域相邻。
80.根据权利要求78或79所述的试剂盒,其中所述靶向探针的所述末端3'核苷酸与所述目标核苷酸序列的所述多态性核苷酸互补。
81.根据权利要求76至80中任一项所述的试剂盒,其包括结合所述目标核苷酸序列的第一和第二靶向探针,其中所述第一靶向探针和所述第二靶向探针的不同之处仅在于末端3'核苷酸。
82.根据权利要求81所述的试剂盒,其中所述第一靶向探针与一野生型序列互补,且所述第二靶向探针与突变型序列互补。
83.根据权利要求76至82中任一项所述的试剂盒,其包括用于多个目标核苷酸序列的多个寡核苷酸探针对。
84.根据权利要求76至82中任一项所述的试剂盒,其中所述标记与所述检测探针的3'端连接。
85.根据权利要求66至84中任一项所述的试剂盒,其用于检测、鉴定或量化样本中的一个或多个目标核苷酸序列,其中一个或多个目标核苷酸序列包括多态性核苷酸,所述试剂盒包括含以下的一个或多个靶向探针:
(a)与固定于所述载体表面上的捕获寡核苷酸的至少一部分互补的单链寡核苷酸标签;
(b)与所述样本中的目标核苷酸序列互补的靶向核酸序列;和
(c)标记。
86.根据权利要求85所述的试剂盒,其进一步包括以下中的一个或多个:
(a)聚合酶;和
(b)一个或多个双脱氧核苷酸三磷酸(dideoxynucleotide triphosphates;ddNTP)。
87.根据权利要求85或86所述的试剂盒,其中所述寡核苷酸标签与所述靶向探针的5'端连接,且所述靶向核酸序列具有与同所述样本中的一个或多个目标核苷酸序列中的多态性核苷酸相邻的核苷酸互补的3'端。
88.根据权利要求85或86所述的试剂盒,其中所述寡核苷酸标签与所述靶向探针的5'端连接,且所述靶向核酸序列包括与所述样本中的一个或多个目标核苷酸序列中的多态性核苷酸互补的末端3'核苷酸。
89.根据权利要求85至88中任一项所述的试剂盒,其包括含与所述样本中的多个目标核苷酸序列互补的靶向核酸序列的多个探针。
90.根据权利要求85至89中任一项所述的试剂盒,其包括标记的核苷三磷酸。
91.根据权利要求85至90中任一项所述的试剂盒,其包括标记的核苷三磷酸和二级结合试剂。
92.根据权利要求91所述的试剂盒,其中所述标记的核苷三磷酸包括二级结合试剂的结合搭配物。
93.根据权利要求92所述的试剂盒,其中所述二级结合试剂包括抗生物素蛋白、抗生蛋白链菌素或抗体,且所述标记的核苷三磷酸包括生物素或半抗原标记。
94.根据权利要求90至93中任一项所述的试剂盒,其中所述标记的核苷三磷酸包括放射性、荧光、化学发光、电化学发光、光吸收、光散射、电化学、磁性或酶标记。
95.根据权利要求94所述的试剂盒,其中所述核苷三磷酸用电化学发光标记进行标记。
96.根据权利要求85至95中任一项所述的试剂盒,其包括与所述目标核苷酸序列的所述多态性核苷酸互补的标记的双脱氧核苷酸三磷酸。
97.根据权利要求66至96中任一项所述的试剂盒,其进一步包括以下组分中的一个或多个:
(a)杂交缓冲液,
(b)结合缓冲液,
(c)标记,
(d)二级结合试剂,
(d)阅读缓冲液;和
(e)独特试剂盒标识符。
98.根据权利要求97所述的试剂盒,其中所述杂交缓冲液包括核酸变性剂。
99.根据权利要求98所述的试剂盒,其中所述核酸变性剂包括甲酰胺。
100.根据权利要求97至99中任一项所述的试剂盒,其中所述杂交缓冲液以能够进行组合以形成所述杂交缓冲液的两个独立组分形式提供。
101.根据权利要求97所述的试剂盒,其中所述结合缓冲液包括表面活性剂。
102.根据权利要求97所述的试剂盒,其中所述阅读缓冲液包括电化学发光阅读缓冲液。
103.根据权利要求102所述的试剂盒,其中所述电化学发光阅读缓冲液包括选自叔胺、三丙胺和N-丁基二乙醇胺的一种或多种电化学发光共反应物。
104.根据权利要求66至103中任一项所述的试剂盒,其包括固定于一个或多个碳基电极的所述表面上的一个或多个结合结构域中的一个或多个非交叉反应性捕获寡核苷酸。
105.根据权利要求67至104中任一项所述的试剂盒,其中一个或多个捕获寡核苷酸包括硫醇基,且通过所述硫醇基与所述碳基表面共价结合。
106.根据权利要求105所述的试剂盒,其中所述捕获寡核苷酸通过连接子与所述硫醇基连接。
107.根据权利要求67至106中任一项所述的试剂盒,其中所述捕获寡核苷酸与所述载体表面共价连接。
108.根据权利要求66至107中任一项所述的试剂盒,其中将所述非交叉反应性捕获寡核苷酸固定于阵列中。
109.根据权利要求66至108中任一项所述的试剂盒,其中将所述非交叉反应性捕获寡核苷酸固定于珠粒阵列上。
110.根据权利要求66至109中任一项所述的试剂盒,其包括选自以下的两个或更多个非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合:
(a)捕获寡核苷酸,其具有选自SEQ ID No:1-64的序列的至少20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35或36个连续核苷酸;
(b)捕获寡核苷酸,其包括与选自SEQ ID No:1-64的序列具有至少95%、96%、97%、98%、99%或100%一致性的序列;
(c)捕获寡核苷酸,其包括选自SEQ ID No:1-64的序列;和
(d)选自集合(a)-(c)中的任一个的捕获寡核苷酸。
111.根据权利要求66至110中任一项所述的试剂盒,其包括选自以下的两个或更多个非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合:
(a)捕获寡核苷酸,其包括具有选自SEQ ID No:1-10的序列的至少20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35或36个连续核苷酸的序列;
(b)捕获寡核苷酸,其包括与选自SEQ ID No:1-10的序列具有至少95%、96%、97%、98%、99%或100%一致性的序列;
(c)捕获寡核苷酸,其包括选自SEQ ID No:1-10的序列;和
(d)选自集合(a)-(c)中的任一个的捕获寡核苷酸。
112.根据权利要求75至111中任一项所述的试剂盒,其中一个或多个寡核苷酸标签包括至少24个或更多个核苷酸。
113.根据权利要求75至112中任一项所述的试剂盒,其中一个或多个寡核苷酸标签包括至少36个或更多个核苷酸。
114.根据权利要求75至113中任一项所述的试剂盒,其中相对于互补捕获寡核苷酸,所述寡核苷酸标签与小于0.05%的非互补捕获寡核苷酸结合。
115.根据权利要求73至114中任一项所述的试剂盒,其包括含一个或多个结合结构域的多于一个电极。
116.根据权利要求66至116中任一项所述的,其包括固定于两个或更多个独特结合结构域中的两个或更多个捕获寡核苷酸,其中固定于各独特结合结构域上的捕获寡核苷酸的序列相同。
117.根据权利要求66至116中任一项所述的试剂盒,其中所述载体表面包括固定于至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20或25个独特结合结构域中的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20或25个不同捕获寡核苷酸。
118.根据权利要求73至117中任一项所述的试剂盒,其中一个或多个结合结构域包括不通过硫醇基与所述电极表面共价结合的至少一些捕获寡核苷酸。
119.根据权利要求116所述的试剂盒,其中一个或多个结合结构域包括不通过硫醇基与所述载体表面共价结合的大于10%、15%、20%、25%、50%或75%的捕获寡核苷酸。
120.根据权利要求72至117中任一项所述的试剂盒,其中所述结合结构域包括小于约0.1%、0.09%、0.08%、0.07%、0.06%、0.05%、0.04%、0.03%、0.02%或0.01%的污染性捕获寡核苷酸。
121.根据权利要求66至118中任一项所述的试剂盒,其中所述载体表面包括多孔板。
122.根据权利要求121所述的试剂盒,其中所述多孔板的一个或多个孔包括一个或多个电极。
123.根据权利要求122所述的试剂盒,其中一个或多个电极包括碳基电极。
124.根据权利要求122所述的试剂盒,其中一个或多个电极包括碳墨。
125.根据权利要求122至124中任一项所述的试剂盒,其中所述多孔板的一个或多个孔中的一个或多个电极包括一个或多个结合结构域。
126.根据权利要求125所述的试剂盒,其中将一个或多个捕获寡核苷酸固定于所述一个或多个电极上的一个或多个结合结构域上。
127.根据权利要求66至126中任一项所述的试剂盒,其进一步包括含有含硫醇化合物的洗涤溶液。
128.根据权利要求127所述的试剂盒,其中所述含硫醇化合物为水溶性的,且具有小于约200g/mol、175g/mol、150g/mol或125g/mol的分子量。
129.根据权利要求127或128所述的试剂盒,其中所述含硫醇化合物选自以下:半胱氨酸、半胱胺、二硫苏糖醇、3-巯基丙酸酯、3-巯基-1-丙磺酸和其组合。
130.根据权利要求127至129中任一项所述的试剂盒,其中所述含硫醇化合物包括半胱氨酸。
131.根据权利要求127所述的试剂盒,其中所述含硫醇化合物包括两性离子。
132.根据权利要求127至131中任一项所述的试剂盒,其中所述洗涤溶液包括水性溶液。
133.根据权利要求132所述的试剂盒,其中所述水性洗涤溶液包括约5mM与750mM之间的半胱氨酸。
134.根据权利要求127至133中任一项所述的试剂盒,其中所述洗涤溶液包括pH缓冲组分、表面活性剂或其组合。
135.根据权利要求134所述的试剂盒,其中所述pH缓冲液包括Tris,且所述表面活性剂包括Triton X-100。
136.根据权利要求127至135中任一项所述的试剂盒,其中所述洗涤溶液具有7与9之间的pH。
137.根据权利要求127至136中任一项所述的试剂盒,其中所述洗涤溶液具有约8的pH。
138.根据权利要求127至137中任一项所述的试剂盒,其中所述洗涤溶液包括约15mM与约25mM之间的Tris、约0.05%与约0.15%之间的triton X-100、约5mM与约750mM之间的半胱氨酸,且具有约8.0的pH。
139.根据权利要求127至137中任一项所述的试剂盒,其中所述洗涤溶液包括约20mMTris、约0.1%Triton X-100、约50mM半胱氨酸,且具有约8.0的pH。
140.根据权利要求127至139中任一项所述的试剂盒,其中所述洗涤溶液的一个或多个组分以无水形式提供。
141.根据权利要求140所述的试剂盒,其进一步包括用于重构所述洗涤溶液的所述组分的液体稀释剂。
142.根据权利要求66至141中任一项所述的试剂盒,其包括一个或多个封端探针。
143.根据权利要求76至84中任一项所述的试剂盒,其包括一个或多对封端探针,其中各对封端探针包含:
(a)第一封端探针,其包括与所述靶向探针的序列一致的序列,但无所述单链寡核苷酸标签;和
(b)第二封端探针,其具有与所述检测探针的序列一致的序列,但无所述标记。
144.根据权利要求143所述的试剂盒,其包括针对各对寡核苷酸探针的至少一对封端探针。
145.根据权利要求76至144中任一项所述的试剂盒,其中所述标记选自以下:放射性、荧光、化学发光、电化学发光、光吸收、光散射、电化学、磁性和一酶标记。
146.根据权利要求76至145中任一项所述的试剂盒,其中所述标记包括电化学发光标记。
147.根据权利要求76至145中任一项所述的试剂盒,其中所述标记包括含过渡金属的有机金属络合物。
148.根据权利要求147所述的试剂盒,其中所述过渡金属包括钌。
149.根据权利要求76至145中任一项所述的试剂盒,其中所述标记包括MSD SULFO-TAGTM标记。
150.根据权利要求76至144中任一项所述的试剂盒,其中所述标记包括二级结合试剂的结合搭配物。
151.根据权利要求150所述的试剂盒,其中所述二级结合试剂包括生物素、抗生蛋白链菌素、抗生物素蛋白或抗体。
152.根据权利要求150所述的试剂盒,其中所述标记包括选自生物素、荧光素和地高辛的半抗原。
153.根据权利要求150所述的试剂盒,其中所述标记包括含第一寡核苷酸序列的一级结合剂,且所述二级结合试剂包括与所述一级结合剂的所述第一寡核苷酸序列互补的第二寡核苷酸序列。
154.一种鉴定、检测或量化样本中的目标分析物的方法,所述方法包括:
(a)提供包括以下的阵列:
(i)具有一个或多个表面的一个或多个碳基电极;和
(ii)根据权利要求1至14中任一项所述的一个或多个非交叉反应性捕获寡核苷酸,其固定于所述一个或多个碳基电极的一个或多个表面上的一个或多个结合结构域中。
(b)使所述阵列与包括一个或多个目标分析物的组合物接触,其中所述一个或多个目标分析物与标记和与固定于所述载体表面上的捕获寡核苷酸的至少一部分互补的寡核苷酸标签以及标记结合;
(c)在所述寡核苷酸标签与其对应互补捕获寡核苷酸杂交以形成杂交复合物的条件下,培育一个或多个目标分析物的组合物;和
(d)基于在阵列位置中是否存在所述标记,鉴定、检测或量化所述目标分析物。
155.根据权利要求154所述的方法,其包括使所述阵列与包括多个目标分析物的组合物接触,其中各目标分析物与同不同捕获寡核苷酸互补的寡核苷酸标签结合,且能够基于在阵列位置中是否存在所述标记来鉴定、检测或量化所述目标分析物。
156.根据154或155所述的方法,其中相较于其对应互补捕获寡核苷酸,小于约0.05%的所述寡核苷酸标签与所述阵列上的非互补捕获寡核苷酸结合。
157.根据权利要求154至156中任一项所述的方法,其中所述寡核苷酸标签包括至少12、24或36个核苷酸。
158.根据权利要求154至157中任一项所述的方法,其中一个或多个电极包括碳墨电极。
159.根据权利要求154至158中任一项所述的方法,其中一个或多个电极包含于多孔板中。
160.根据权利要求159所述的方法,其中所述多孔板的各孔包含电极。
161.根据权利要求160所述的方法,其中所述多孔板的各孔中的所述电极包括固定于多个结合结构域中的捕获寡核苷酸。
162.根据权利要求154至161中任一项所述的方法,其中一个或多个目标分析物通过结合搭配物与所述寡核苷酸标签连接。
163.根据权利要求162所述的方法,其中所述结合搭配物包括与所述目标分析物特异性结合的抗体。
164.根据权利要求162所述的方法,其中所述结合搭配物包括与所述目标分析物的寡核苷酸序列互补的寡核苷酸序列。
165.根据权利要求164所述的方法,其中所述寡核苷酸标签和所述结合搭配物为寡核苷酸单链的不同区。
166.根据权利要求162所述的方法,其中一个或多个目标分析物包括核酸序列,且所述结合搭配物包括与所关注核酸序列中的目标序列互补的寡核苷酸序列。
167.根据权利要求166所述的方法,其中培育包括约27℃与约47℃之间的温度、约21%与约41%之间的甲酰胺浓度、约300mM与约500mM之间的盐浓度和约7.5与约8.5之间的pH。
168.根据权利要求166所述的方法,其中培育包括约37℃的温度、约31%的甲酰胺浓度、约400mM的盐浓度和8.0的pH。
169.根据权利要求154至168中任一项所述的方法,其中一个或多个目标分析物用一级结合试剂标记。
170.根据权利要求154至168中任一项所述的方法,其中将一个或多个目标核苷酸与包括以下的一或多对寡核苷酸探针一起培育:
(a)靶向探针,其包括与固定于所述载体表面上的捕获寡核苷酸的至少一部分互补的单链寡核苷酸和与所述样本中的所述目标核苷酸序列的第一区互补的第一核酸序列;和
(b)检测探针,其包括标记和与所述目标核苷酸序列的第二区互补的第二核酸序列,其中培育包括其中所述检测探针与其对应目标分析物结合的条件。
171.根据权利要求170所述的方法,其中所述靶向探针和所述检测探针能够同时与所述目标分析物结合以形成夹心复合物。
172.根据权利要求170所述的方法,其中所述靶向探针和所述检测探针具有与所述目标核苷酸序列的相邻序列互补的序列。
173.根据权利要求172所述的方法,其中所述检测探针具有与同所述靶向探针的3'端相邻的目标核苷酸序列杂交的5'端。
174.根据权利要求173所述的方法,其中所述靶向探针的所述3'核苷酸与所述目标核苷酸序列的多态性核苷酸互补。
175.根据权利要求172至174中任一项所述的方法,其包括在存在核酸接合酶下,在其中所述核酸接合酶接合所述靶向探针和所述检测探针以形成反应产物的条件下,培育所述杂交复合物。
176.根据权利要求175所述的方法,其包括将反应产物暴露于从所述目标核苷酸序列解离出所述反应产物的变性条件。
177.根据权利要求176所述的方法,其进一步包括向所述反应产物添加一个或多个封端探针。
178.根据权利要求154至177中任一项所述的方法,其包括将一个或多个目标分析物与包括以下的靶向探针一起培育:
(a)与固定于所述载体表面上的捕获寡核苷酸的至少一部分互补的单链寡核苷酸标签;
(b)与所述样本中的目标核苷酸序列互补的靶向核酸序列;和
(c)标记。
179.根据权利要求178所述的方法,其中培育包括其中所述靶向探针的所述靶向核酸序列与所述目标核苷酸序列上的其互补序列杂交以形成杂交复合物的条件。
180.根据权利要求179所述的方法,其包括在核酸聚合酶存在下,在其中所述聚合酶使所述第一探针序列延伸以形成包括延伸序列的反应产物的条件下,培育所述杂交复合物。
181.根据权利要求180所述的方法,其包括将所述聚合酶与一个或多个标记的核苷三磷酸一起培育,其中所述反应产物包含标记的核苷三磷酸。
182.根据权利要求181所述的方法,其进一步包括将所述聚合酶与一个或多个未标记的核苷三磷酸一起培育,其中所述延伸序列的长度比一个核苷酸长且其包含未标记的核苷三磷酸。
183.根据权利要求182所述的方法,其中所述标记的核苷三磷酸包括链终止核苷三磷酸,且所述延伸序列的长度为一个核苷酸。
184.根据权利要求181所述的方法,其中所述标记的核苷三磷酸包括标记的双脱氧核苷三磷酸。
185.根据权利要求178至184中任一项所述的方法,其中所述靶向核酸序列具有与同所述所关注核酸中的多态性核苷酸相邻的核苷酸互补的3'端,且所述聚合酶将一核苷酸添加到所述靶向核酸序列的所述3'端。
186.根据权利要求154至185中任一项所述的方法,其进一步包括在培育步骤之后用洗涤缓冲液洗涤所述阵列。
187.根据权利要求186所述的方法,其中洗涤包含在高严格条件下将所述阵列浸泡于洗涤缓冲液中。
188.根据权利要求187所述的方法,其中所述高严格条件包括约27℃与约47℃之间的温度、约21%与约41%之间的甲酰胺浓度、约300mM与约500mM之间的盐浓度和7.5与8.5之间的pH。
189.根据权利要求188所述的方法,其中所述高严格条件包括约37℃的温度、约31%的甲酰胺浓度、约400mM的盐浓度和8.0的pH。
190.根据权利要求187至189中任一项所述的方法,其包括在高严格条件下将所述阵列浸泡至少5、10、30或60分钟。
191.根据权利要求187所述的方法,其中所述高严格条件包括低盐条件。
192.根据权利要求191所述的方法,其中所述低盐条件包括将所述阵列浸泡于包括小于约40mM、20mM、15mM或10mM的盐浓度的洗涤缓冲液中。
193.根据权利要求191所述的方法,其中所述低盐条件包括将所述阵列浸泡于在37℃下的0.1X PBS中。
194.根据权利要求154至193中任一项所述的方法,其中所述标记包括电化学发光标记。
195.根据权利要求194所述的方法,其包括通过使所述电极与包括电化学发光共反应物的电化学发光阅读缓冲液接触和向所述电极施加电位而产生分析信号的步骤。
196.根据权利要求195所述的方法,其中所述共反应物选自叔胺、三丙胺、N-丁基二乙醇胺和其组合。
197.根据权利要求195或196中任一项所述的方法,其进一步包括使所述分析信号成像以测定与各捕获寡核苷酸相关的分析信号。
198.一种制造包括一个或多个固定的寡核苷酸的碳基载体表面的方法,所述方法包括:
(a)将包括含硫醇基的寡核苷酸的一个或多个液滴印刷在所述碳基载体表面上;
(b)使所述液滴在所述表面上扩散;
(c)干燥所述液滴以形成干燥的液滴;
(d)通过所述硫醇基将所述寡核苷酸固定到所述碳基载体表面;和
(e)用包括含硫醇化合物的洗涤溶液洗涤所述干燥的液滴以去除未固定的寡核苷酸。
199.根据权利要求198所述的方法,其中所述碳基载体表面包括碳基电极。
200.根据权利要求198或199所述的方法,其中所述寡核苷酸通过所述硫醇基与所述碳基载体表面共价连接。
201.根据权利要求198至200中任一项所述的方法,其包括将包括所述捕获寡核苷酸的液滴阵列印刷在所述载体表面上的多个结合结构域上。
202.根据权利要求198至201中任一项所述的方法,其中所述碳基载体表面为分析板的一部分。
203.根据权利要求202所述的方法,其中所述分析板包括多孔板。
204.根据权利要求198所述的方法,其中所述固定的寡核苷酸包括选自满足以下需求中的一个或多个的非交叉反应性寡核苷酸的集合的捕获寡核苷酸阵列:
(a)GC含量在约40%与约50%之间;
(b)AG含量在约30与约70%之间;
(c)CT含量在约30%与约70%之间;
(d)序列中的不大于三个的最大碱基重复序列链;
(e)与大于7个连续互补碱基对匹配的链无非所需的寡核苷酸-寡核苷酸相互作用;
(f)与18个连续碱基或更小的链无非所需寡核苷酸-寡核苷酸相互作用,其中:
(i)在各端的末端碱基互补匹配;和
(ii)所述互补碱基对匹配的总和减去错配的总和大于7;
(g)无20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35或36个碱基对或更长的链,所述链匹配基因组或自然界中的序列或序列的互补序列或两者;
(h)所述序列与其互补序列的杂交自由能的差异小于约1kCal/mol、约2kCal/mol、约3kCal/mol或约4kCal/mol;
(i)在茎中无具有4个或更多个连续匹配的预测的发夹环;和
(j)在所述茎中无具有4个或更多个连续匹配的预测的发夹环,且环大小大于6个碱基。
205.根据权利要求198至204中任一项所述的方法,其中所述固定的寡核苷酸包括选自根据权利要求1至14中任一项所述的非交叉反应性捕获寡核苷酸的集合的捕获寡核苷酸阵列。
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