CN114350817A - 一种FGF22的RNA m6A修饰作为γ射线辐射标志物的应用 - Google Patents

一种FGF22的RNA m6A修饰作为γ射线辐射标志物的应用 Download PDF

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Abstract

本发明公开了一种FGF22的RNA m6A修饰水平或相对修饰水平在制备检测或辅助检测是否遭受γ射线辐射产品中的应用。本发明采用上述的一种FGF22的RNA m6A修饰作为γ射线辐射标志物的应用,更精确、迅速和灵敏的检测或辅助检测待测对象是否遭受了γ射线的辐照,对于受照射剂量的评估、伤员处理和事故救援具有重要的意义。

Description

一种FGF22的RNA m6A修饰作为γ射线辐射标志物的应用
技术领域
本发明涉及生物技术领域,尤其是涉及一种FGF22的RNA m6A修饰作为γ射线辐射标志物的应用。
背景技术
核辐射事故和核灾难中放射伤员的准确、长时程诊断是事故救援和医学救治的重要基础。目前,可用于检测是否遭受γ射线辐射的生物学方法,包括临床指征、外周血淋巴细胞计数和细胞遗传学技术。其中,蛋白γ-H2AX的表达量是一个特异性很高的辐射标志物,是一个常用的生物剂量计,在各类辐射样品的检测中发挥了“金标准”的作用。
但是,由于的双链断裂能够很快得到修复,γ-H2AX表达量随时间延后而逐渐消失,无法应用于照射后期的剂量估算。因此,亟需一种稳定长时效的生物标志物。
发明内容
本发明的目的是提供一种FGF22的RNA m6A修饰作为γ射线辐射标志物的应用,更精确、迅速和灵敏的检测或辅助检测待测对象是否遭受了γ射线的辐照。
为实现上述目的,本发明提供了一种FGF22的RNA m6A修饰水平或相对修饰水平在制备检测或辅助检测是否遭受γ射线辐射产品中的应用。
一种FGF22的RNA m6A修饰作为标志物的检测或辅助检测是否遭受γ射线辐射的系统在制备检测或辅助检测是否遭受γ射线辐射的产品中的应用。
一种检测FGF22的RNA m6A修饰水平或相对修饰水平系统,所述检测FGF22的RNAm6A修饰水平或相对修饰水平的系统为利用RNA m6A芯片技术检测所述FGF22的RNA m6A修饰水平或相对修饰水平的系统或利用MeRIP-qPCR技术检测所述FGF22的RNA m6A修饰水平或相对修饰水平的系统。
优选的,检测所述FGF22的RNA m6A修饰水平或相对修饰水平的系统包括引物和/或试剂和/或试剂盒和/或仪器。
优选的,所述利用MeRIP-qPCR检测所述RNA m6A修饰水平或相对修饰水平的系统包括引物、试剂盒和/或进行MeRIP-qPCR所需的其他试剂和/或仪器。
优选的,所述检测RNA m6A修饰水平或相对修饰水平的系统还包括数据处理系统,所述数据处理系统用于将来自待测对象的所述RNA m6A修饰水平或相对修饰水平转换为所述待测对象的检测结果。
其中,数据处理系统包括数据输入模块、数据比较模块和结论输出模块;所述数据输入模块用于将待测对象的所述FGF22的RNA m6A修饰水平或相对修饰水平的数值输入;所述数据比较模块用于将待测对象的所述FGF22的RNA m6A修饰水平或相对修饰水平与未遭受γ射线辐射的对象进行比较;结论输出模块用于输出结论:若待测对象的FGF22的RNAm6A修饰水平或相对修饰水平大于未遭受γ射线辐射对象的FGF22的RNA m6A修饰水平或相对修饰水平,则结论是待测对象遭受了γ射线辐射;若待测对象的FGF22的RNA m6A修饰水平或相对修饰水平小于或等于未遭受γ射线辐射对象的FGF22的RNA m6A修饰水平或相对修饰水平,则结论是待测对象未遭受γ射线辐射。
优选的,所述FGF22基因的RNA m6A修饰水平或相对修饰水平为血液或细胞中FGF22基因的RNA m6A修饰水平或相对修饰水平。
优选的,所述FGF22基因的RNA m6A修饰水平或相对修饰水平为小鼠的外周血分离的外周血单个核细胞或人的Hela细胞中Fgf22/FGF22基因的RNA m6A修饰水平或相对修饰水平。
优选的,扩增小鼠外周血单个核细胞的Fgf22的引物由Seq ID No.1和SeqID No.2所示的两个单链DNA组成。
优选的,扩增Hela细胞的FGF22的引物由Seq ID No.3和Seq ID No.4所示的两个单链DNA组成。用于扩增FGF22的引物和进行定量PCR所需要的其它试剂均可独立包装。
优选的,所述遭受γ射线辐射是指遭受钴60-γ射线辐射。
优选的,所述Fgf22/FGF22的RNA m6A修饰水平或相对修饰水平是所述Fgf22/FGF22的RNA m6A修饰经m6A抗体富集后(m6A-IP)相对于RNA量(Input)的m6A修饰的百分比。
因此,本发明采用上述一种FGF22的RNA m6A修饰作为γ射线辐射标志物的应用,FGF22的RNA m6A修饰水平或相对修饰水平能检测到待测对象是否遭受γ射线辐射和受辐射剂量的评估,有助于及时进行事故救援和伤员处理,对辐射处理具有重要的意义。本发明提供了一种检测FGF22的RNA m6A修饰水平或相对的m6A修饰水平的系统,所述系统用于检测或辅助检测待测对象是否遭受γ射线辐照。上述FGF22的RNA m6A修饰作为标志物的检测或辅助检测是否遭受γ射线辐射的系统可应用于制备检测或辅助检测是否遭受γ射线辐射的产品中。
本发明通过用γ射线辐射处理的小鼠外周血单个核细胞进行RNA m6A-seq,通过多种分析软件和算法分析辐射后RNA m6A修饰显著差异的基因,发现Fgf22的RNA m6A修饰水平或相对修饰水平在辐射后的多个时间点均显著升高。并且,独立的小鼠外周血单个核细胞样本队列中利用MeRIP-qPCR,发现γ射线辐射处理后Fgf22的RNA m6A修饰随辐射剂量和辐射后时间的变化规律。另外,在人的Hela细胞中利用MeRIP-qPCR,发现与未遭受γ射线辐射组相比,γ射线辐射处理后FGF22的RNA m6A修饰水平或相对修饰水平显著升高。
另外,本发明中Fgf22的RNA m6A修饰水平或相对修饰水平随γ射线辐照剂量的变化特征和相同的辐照剂量下Fgf22的RNA m6A修饰水平或相对修饰水平随时间的变化特征,所述特征用于评估待测对象遭受γ射线辐照的剂量或受照射后的时间。具体的,与未遭受γ射线辐射的正常组相比,Fgf22的RNA m6A修饰水平或相对修饰水平随辐射剂量的增加显著升高,后随时间逐渐降低;与未遭受γ射线辐射的正常组相比,当辐射剂量≥2Gy时,Fgf22的RNA m6A修饰水平或相对修饰水平在受辐射后1天内显著升高,14天后恢复正常;与未遭受γ射线辐射的正常组相比,当辐射剂量≥4Gy时,Fgf22的RNA m6A修饰水平或相对修饰水平在受辐射后3天内显著升高,28天恢复正常;当辐射剂量≥6.5Gy时,Fgf22的RNA m6A修饰水平或相对修饰水平在受辐射后7天内显著升高,然后逐渐降低,28天恢复正常。
下面通过附图和实施例,对本发明的技术方案做进一步的详细描述。
附图说明
图1是对不同批次处理的小鼠外周血单个核细胞进行MeRIP-qPCR实验检测Fgf22的RNA m6A修饰水平或相对修饰水平的结果图;
图2是对不同批次处理的Hela细胞进行MeRIP-qPCR实验检测FGF22的RNA m6A修饰水平或相对修饰水平的结果图。
具体实施方式
以下通过附图和实施例对本发明的技术方案作进一步说明。
除非另外定义,本发明使用的技术术语或者科学术语应当为本发明所属领域内具有一般技能的人士所理解的通常意义。下述实施例中所使用的实验方法如无特殊说明,均为常规方法。下述实施例中所用的材料、试剂等,如无特殊说明,均可从商业途径得到,所述实施例的示例在附图中示出。下面通过参考附图描述的实施例是示例性的,旨在用于解释本发明,而不能理解为对本发明的限制。
下述实施例中用到的材料、试剂和试验技术的来源如下:
小鼠的RNA m6A-Seq芯片为上海康成生物信息技术有限公司提供。
MeRIP实验所需m6A抗体[m6A(D9D9W)Rabbit mAb,货号为:56593]、IgG(Normalrabbit IgG,货号为:2729s)为美国CST公司产品;Protein A/G PLUS-Agarose为美国SantaCruz公司产品,货号为:sc-2003;荧光定量检测试剂盒(KAPA
Figure BDA0003467009720000051
FAST qRT-PCR试剂盒)为美国KAPA Biosystems公司产品,货号为:KK4601。
实施例一
辐射后Fgf22基因的RNA m6A修饰水平
雄性6-8周龄C57BL/6N小鼠来源于北京维通利华实验动物技术有限公司,健康状态良好的C57BL/6N小鼠给予6.5Gy钴60-γ射线照射后,在不同的时间点(0d、1d、3d、7d、14d、28d)取外周血分离得到的外周血单个核细胞后提取RNA,对6组总RNA样品进行RNA m6A芯片实验。RNA m6A芯片实验采用m6A-mRNA&lncRNA芯片完成。
在进行RNA m6A芯片测序之前对外周血单个核细胞的总RNA进行质量检测,经检测后发现RNA质量完好,将RNA随机打断成100nt左右的片段。将RNA m6A修饰的特异性抗体与RNA片段进行共孵育,抓取有甲基化修饰的片段进行测序;同时需要平行测序一个对照(Input)样本,对照样本只含有打断的RNA片段,并不添加RNA甲基化特异性抗体与其共孵育。
m6A芯片经扫描仪扫描,数据信号提取,进行归一化处理以及m6A信号差异峰分析,比较照射前后RNA m6A修饰的变化,结果显示在辐射后不同时间点m6A修饰上调的RNA分别为第一天110个、第三天1487个、第七天74个、第十四天183个、第二十八天45个,m6A修饰下调的RNA分别为第一天1843个、第三天244个、第七天865个、第十四天3819个、第二十八天317个,经过比较筛选出在辐射后5个时间点均上调比较明显的Fgf22基因的RNA m6A修饰(如表1所示),即将Fgf22的RNA m6A修饰作为γ射线辐射检测的标志物分子,Fgf22的mRNA序列号:ENSMUST00000020577,通过Fgf22基因的RNA m6A修饰水平或相对修饰水平能检测到待测对象是否遭受γ射线辐射。
表1小鼠外周血单个核细胞照射后Fgf22基因的RNA m6A芯片分析结果
Figure BDA0003467009720000061
实施例二
利用RNA m6A芯片对辐射前后Fgf22基因的RNA m6A修饰水平进行验证
雄性6-8周龄C57BL/6N小鼠来源于北京维通利华实验动物技术有限公司,健康状态良好的C57BL/6N小鼠照射前(对照组)给予2Gy钴60-γ射线照射后不同的时间点(1d、14d)取外周血分离得到的外周血单个核细胞后提取RNA,对3组总RNA样品进行RNA m6A芯片实验。RNA m6A芯片实验采用m6A-mRNA&lncRNA芯片完成。
在进行RNA m6A芯片测序之前对外周血单个核细胞的总RNA进行质量检测,经检测后发现RNA质量完好,将RNA随机打断成100nt左右的片段。将RNA m6A修饰的特异性抗体与RNA片段进行共孵育,抓取有甲基化修饰的片段进行测序;同时需要平行测序一个对照(Input)样本,对照样本只含有打断的RNA片段,并不添加RNA甲基化特异性抗体与其共孵育。m6A芯片经扫描仪扫描,数据信号提取,进行归一化处理以及m6A信号差异峰分析,比较照射前后RNA m6A修饰的变化,结果显示在辐射后不同时间点m6A修饰上调的RNA分别为第一天88个、第十四天248个;m6A修饰下调的RNA分别为第一天43个、第十四天550个。经过比较筛选出在辐射后2个时间点均上调比较明显的Fgf22基因的RNA m6A修饰(如表2所示),说明遭受γ射线的辐射的小鼠相对于未遭受γ射线的辐射的小鼠,其外周血单个核细胞中Fgf22基因的RNA m6A修饰水平或相对修饰水平显著升高。
表2小鼠外周血单个核细胞照射后Fgf22基因的RNA m6A芯片分析结果
Figure BDA0003467009720000071
实施例三
利用MeRIP-qPCR实验在小鼠的外周血单个核细胞中进行Fgf22基因的RNAm6A修饰水平的验证
1、采用钴60-γ射线照射小鼠并进行分组
雄性6-8周龄C57BL/6N小鼠来源于北京维通利华实验动物技术有限公司,健康状态良好的C57BL/6N小鼠给予钴60-γ射线照射。照射条件为室温,照射距离为3米,剂量率为69.1cGy/min。根据照射剂量和照射后分离外周血单个核细胞的时间对小鼠进行分组,每组10只,具体分组如表3所示。
表3照射剂量及小鼠分组
Figure BDA0003467009720000072
Figure BDA0003467009720000081
2、分离外周血单个核细胞
对小鼠眼眶进行取血,采用小鼠外周血淋巴细胞分离液试剂盒(品牌:TBD;货号:LTS1092-KIT)分离外周血单个核细胞。具体步骤如下:
1)取0.5mL抗凝血(血放置较长易分层,需预混),加入0.5mL稀释液并混匀。取3mL分离液加入15mL离心管,将该离心管倾斜45°角后,取稀释后的外周血缓慢沿管壁加入含分离液的离心管中。
2)将该离心管置于离心机,500g离心20min。血细胞在离心管中分为4层,小心地吸取白色的淋巴细胞层(上层不吸,下层可),移入新的离心管,加入清洗液或PBS至10mL,滴管混匀。
3)1100rpm离心15min,弃上清,用1mL清洗液或PBS重悬,取20μL进行细胞计数,剩余细胞加入到新的1.5mL EP管中,1100rpm离心15min后弃上清,用1mL的Trizol重悬。
3、外周血单个核细胞的RNA提取
苯酚氯仿法提取RNA,具体步骤如下:
1)向Trizol重悬的外周血单个核细胞中加入200μL氯仿,剧烈摇晃15s,静置5min至液体分层。
2)4℃,12000g离心15min。
3)尽量吸取上层上清液体(避免吸取到其它层面液体)至新EP管中,加入等体积异丙醇,摇晃混匀,放置于-20℃孵育1h。
4)4℃,14000rpm离心30min,弃上清。
5)加入1mL提前预冷的75%酒精,涡旋振荡,4℃、14000rpm离心3min,弃上清。
6)重复上述步骤。
7)将EP管倒扣于吸水纸上,室温晾干10min,加入50μLRNase free water重悬沉淀。
8)利用超微量分光光度计Nano-300测定总RNA浓度,以A260nm/A280nm比值评估纯度,对RNA定量。
4、RNA的片段化
1)用RNase free water将上述RNA的浓度调至10ng/μL,并确保RNA总量至少达2μg。
2)吸取200μL上述RNA样品至新EP管中,加入2μL的RNA酶抑制剂,采用ThermoFisher Scientific LabServTM Model 120超声破碎仪进行超声破碎,设置为20%功率、超声1s、间隔2s,共超声15次。
3)吸取20μL上述超声后RNA样品至新EP管中,标记为Input,并储存于-80℃备用;
4)剩余的超声后RNA样品置于冰上,用于IP实验。
5、MeRIP实验
1)配制试剂
IP反应液:50mmol/L Tris-HCl(pH=7.4)、150mmol/L NaCl、0.1%NP-40;
1×IP缓冲液:10mM Tris-HCl(pH=7.4)、150mM NaCl、0.1%NP-40;
1×洗涤缓冲液:10mM Tris-HCl(pH=7.4)、50mM NaCl、0.1%NP-40;
洗脱缓冲液:10mM Tris-HCl(pH=7.4)、1mM EDTA、0.05%SDS。
(注:上述溶液均用RNase free water配制)
2)beads与抗体孵育
将实验分为m6A抗体IP组和用于对照的IgG IP组,标记所需1.5mLEP管,分别加入20μL的Protein A/G PLUS-Agarose,加入500μL的IP反应液,摇晃混匀后4℃,5000rpm离心2min清洗beads后弃上清,清洗2次后加入500μL的IP反应液,向m6A抗体IP组中加入1μg的m6A抗体,IgG IP组加入1μg的IgG抗体,4℃摇床旋转孵育4h,孵育完成后,4℃,5000rpm离心2min清洗beads后弃上清,加入500μL的IP反应液,重复清洗步骤,获得抗体藕联的beads。
3)RNA免疫沉淀
向抗体藕联的beads中加入500μL的IP反应液,分别向m6A抗体IP组和IgG IP组加入90μL片段化RNA,4℃旋转孵育过夜,4℃,5000rpm离心2min,弃上清,加入500μL的IP反应液清洗未结合beads的RNA,摇晃混匀后4℃,5000rpm离心2min,弃上清,共清洗3次,随后加入500μL洗涤缓冲液清洗beads,摇晃混匀后,4℃,5000rpm离心2min,弃上清,共清洗3次。
4)m6A修饰RNA的洗脱和纯化
向上述样品中加入100μL洗脱缓冲液,并加入3μL蛋白酶K,50℃旋转孵育30min,洗脱后的RNA再次使用苯酚氯仿法进行纯化,最后溶于20μLRNase free water。
6、外周血单个核细胞的RNA逆转录为cDNA
逆转录所用的试剂盒为MonScriptTM RTIII AII-in-One Mix逆转录试剂盒,具体步骤如下:
1)从试剂盒中取出各组分置于冰上溶化,混匀溶化后的各组分并短暂离心后放于冰上备用。
2)在200μL无RNase的进口PCR管中配制逆转录体系,如表4所示。
表4逆转录体系(20μL)
Figure BDA0003467009720000101
3)混匀后放入PCR仪,进行逆转录反应。设定PCR程序为:第一步55℃,15min;第二步85℃,5min;第三步4℃,10min。
4)取出逆转录后的cDNA产物,加入100μL RNase free water稀释。
7、qPCR
1)针对小鼠Fgf22的RNA m6A修饰的潜在位点设计特异的引物,引物序列如表5。
表5实时荧光定量PCR引物序列
Figure BDA0003467009720000111
2)实时定量PCR所用的试剂盒为KAPA
Figure BDA0003467009720000112
FAST qRT-PCR试剂盒,按照表6所示体系进行加样,分装至在96孔板中,每个样品做三个重复的反应体系,即三组平行试验。
表6 qPCR加样体系
Figure BDA0003467009720000113
3)将96孔板3000rpm离心5min,放入qPCR仪进行PCR反应,设定qPCR程序为:第一步95℃,5min;第二步95℃,5s;第三步60℃,30s;第二步至第三步共40个循环;第四步:溶解曲线;第五步:4℃保存。
4)分析数据,根据如下公式计算RNA的m6A修饰水平或相对修饰水平比较各组间%Input的差异。
计算公式:△Ct=Ct(RIP)-[Ct(Input)-log2(稀释倍数)],则RNA的m6A修饰水平%Input=2-△Ct
Fgf22的RNA的m6A修饰水平或相对修饰水平在3次MeRIP-qPCR实验后三次平均数据如图1所示,其中,A为MeRIP-qPCR实验检测Fgf22的RNA m6A修饰水平或相对修饰水平的所需RNA量的确定,m6A抗体IP所需RNA≥2μg时,照射组(6.5Gy照射剂量、照后1天)与正常组(未遭受γ射线辐射)比较Fgf22的RNA m6A修饰水平或相对修饰水平,**p<0.01;B为Fgf22的引物(291-392)检测在不同辐射剂量和时间点Fgf22的RNA m6A修饰水平或相对修饰水平变化,在同一时间点,照射组(0.2Gy、0.5Gy、1Gy、2Gy、4Gy、6.5Gy、10Gy照射剂量)分别与正常组(未遭受γ射线辐射)比较Fgf22的RNA m6A修饰水平或相对修饰水平,*p<0.1,***p<0.001,****p<0.0001。
用于检测Fgf22的RNA m6A修饰的MeRIP-qPCR实验表明:Fgf22的RNA m6A修饰伴随辐射剂量的增加显著升高,后随时间逐渐降低;当辐射剂量≥2Gy时,Fgf22基因的RNA m6A修饰水平或相对修饰水平在受辐射后1天内显著高于未遭受γ射线辐射组;当辐射剂量≥4Gy时,Fgf22基因的RNAm6A修饰水平或相对修饰水平在1-3天内均显著高于未遭受γ射线辐射组;当辐射剂量≥6.5Gy时,Fgf22基因的RNA m6A修饰水平或相对修饰水平在1-7天内均显著高于未遭受γ射线辐射组。Fgf22基因的RNA m6A修饰既可以在短时间(1天)内对电离辐射刺激做出响应,适用于≥2Gy的照射剂量的检测;同时当照射剂量较高时,靶基因的RNA m6A修饰又可维持较长时间(7天)的高水平,适用于照后较长时间的剂量评估。
实施例四
利用MeRIP-qPCR实验在人的Hela细胞中进行FGF22基因的RNA m6A修饰水平的验证
1、细胞培养
Hela细胞为人的宫颈癌细胞,培养于含10%胎牛血清的DMEM培养基中,置5%CO2的37℃培养箱中传代培养。
2、采用钴60-γ射线照射
将生长状态良好的Hela细胞给予钴60-γ射线照射。其中,钴60-γ射线照射的照射条件为室温,照射剂量为10Gy,照射距离为3米,剂量率为69.1cGy/min。收取对照组(未照射组)细胞(标记为Ctrl),依次收取10Gy辐照后1小时的细胞(标记为IR)。
3、Hela细胞的RNA提取
苯酚氯仿法提取RNA。
4、RNA的片段化
5、MeRIP实验
6、Hela细胞的RNA逆转录为cDNA
逆转录所用的试剂盒为MonScriptTM RTIII AII-in-One Mix逆转录试剂盒,逆转录体系,如表4所示。
7、qPCR
1)针对人的FGF22基因的RNA m6A修饰潜在的位点设计特异的引物,引物序列如表7:
表7实时荧光定量PCR引物序列
Figure BDA0003467009720000131
2)实时定量PCR所用的试剂盒为KAPA
Figure BDA0003467009720000132
FAST qRT-PCR试剂盒,按照表6所示体系进行加样,分装至在96孔板中,每个样品做三个重复的反应体系,即三组平行试验。
3)将96孔板3000rpm离心5min,放入qPCR仪进行PCR反应,设定qPCR程序为:第一步95℃,5min;第二步95℃,5s;第三步60℃,30s;第二步至第三步共40个循环;第四步:溶解曲线;第五步:4℃保存。
4)分析数据,根据如下公式计算RNA的m6A修饰水平或相对修饰水平比较各组间%Input的差异。
计算公式:△Ct=Ct(RIP)-[Ct(Input)-log2(稀释倍数)],则RNA的m6A修饰水平%Input=2-△Ct
FGF22的RNA的m6A修饰水平或相对修饰水平在3次MeRIP-qPCR实验后三次平均数据如图2所示,照射组(10Gy照射剂量、照后1小时)与正常组(未遭受γ射线辐射)比较FGF22的RNA m6A修饰水平或相对修饰水平(***p<0.001,****p<0.0001),发现FGF22的RNA的m6A修饰水平或相对修饰水平存在显著性的差异,说明通过检测FGF22的RNA的m6A修饰水平或相对修饰水平可检测待测对象是否遭受γ射线的辐射。
本发明对C57BL/6N小鼠进行辐射处理后,分离外周血单个核细胞并提取RNA,可检测到Fgf22的RNA m6A修饰水平或相对修饰水平升高,进一步通过MeRIP结合qPCR法建立检测Fgf22的RNA m6A修饰水平或相对修饰水平的系统,进一步的地,通过对C57BL/6N小鼠进行分组建立γ射线辐射的剂量梯度及时间梯度队列,提出了Fgf22的RNA m6A修饰随γ射线辐照剂量的变化特征和相同的辐照剂量下Fgf22的RNA m6A修饰随时间的变化特征,进一步地对人的Hela细胞进行辐射处理,发现与未遭受γ射线辐射的Hela细胞相比,与小鼠Fgf22基因同源的FGF22基因的RNA m6A修饰水平或相对修饰水平升高。
因此,本发明采用上述一种FGF22的RNA m6A修饰作为γ射线辐射标志物的应用,更精确、迅速和灵敏的检测或辅助检测待测对象是否遭受了γ射线的辐照。
最后应说明的是:以上实施例仅用以说明本发明的技术方案而非对其进行限制,尽管参照较佳实施例对本发明进行了详细的说明,本领域的普通技术人员应当理解:其依然可以对本发明的技术方案进行修改或者等同替换,而这些修改或者等同替换亦不能使修改后的技术方案脱离本发明技术方案的精神和范围。

Claims (10)

1.一种FGF22的RNA m6A修饰水平或相对修饰水平在制备检测或辅助检测是否遭受γ射线辐射产品中的应用。
2.一种FGF22的RNA m6A修饰作为标志物的检测或辅助检测是否遭受γ射线辐射的系统在制备检测或辅助检测是否遭受γ射线辐射的产品中的应用。
3.一种检测FGF22的RNA m6A修饰水平或相对修饰水平系统,其特征在于:所述检测FGF22的RNA m6A修饰水平或相对修饰水平的系统为利用RNA m6A芯片技术检测所述FGF22的RNA m6A修饰水平或相对修饰水平的系统或利用MeRIP-qPCR技术检测所述FGF22的RNAm6A修饰水平或相对修饰水平的系统。
4.根据权利要求3所述的一种检测FGF22的RNA m6A修饰水平或相对修饰水平系统,其特征在于:检测所述FGF22的RNA m6A修饰水平或相对修饰水平的系统包括引物和/或试剂和/或试剂盒和/或仪器。
5.根据权利要求3所述的一种检测FGF22的RNA m6A修饰水平或相对修饰水平系统,其特征在于:所述利用MeRIP-qPCR检测所述RNA m6A修饰水平或相对修饰水平的系统包括引物、试剂盒和/或进行MeRIP-qPCR所需的其他试剂和/或仪器。
6.根据权利要求3所述的一种检测FGF22的RNA m6A修饰水平或相对修饰水平系统,其特征在于:所述检测RNA m6A修饰水平或相对修饰水平的系统还包括数据处理系统,所述数据处理系统用于将来自待测对象的所述RNAm6A修饰水平或相对修饰水平转换为所述待测对象的检测结果。
7.根据权利要求3所述的一种检测FGF22的RNA m6A修饰水平或相对修饰水平系统,其特征在于:所述FGF22基因的RNA m6A修饰水平或相对修饰水平为血液或细胞中FGF22基因的RNA m6A修饰水平或相对修饰水平。
8.根据权利要求7所述的一种检测FGF22的RNA m6A修饰水平或相对修饰水平系统,其特征在于:所述FGF22基因的RNA m6A修饰水平或相对修饰水平为小鼠的外周血分离的外周血单个核细胞或人的Hela细胞中Fgf22/FGF22基因的RNA m6A修饰水平或相对修饰水平。
9.根据权利要求8所述的一种检测FGF22的RNA m6A修饰水平或相对修饰水平系统,其特征在于:扩增小鼠外周血单个核细胞的Fgf22的引物由Seq ID No.1和Seq ID No.2所示的两个单链DNA组成。
10.根据权利要求8所述的一种检测FGF22的RNA m6A修饰水平或相对修饰水平系统,其特征在于:扩增Hela细胞的FGF22的引物由Seq ID No.3和Seq ID No.4所示的两个单链DNA组成。
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Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN114317775A (zh) * 2022-01-12 2022-04-12 中国人民解放军军事科学院军事医学研究院 一种NCOA4的RNA m6A修饰作为γ射线辐射标志物的应用

Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
KR20130125917A (ko) * 2012-05-10 2013-11-20 한국수력원자력 주식회사 저준위 전리방사선에 민감한 유전자 검출 방법 및 상기 방법으로 검출된 유전자
CN109913543A (zh) * 2019-01-09 2019-06-21 中国人民解放军军事科学院军事医学研究院 辐射敏感基因标记物及在x射线辐射剂量监测中的应用
CN110564864A (zh) * 2019-09-24 2019-12-13 中国人民解放军军事科学院军事医学研究院 miR-6090作为γ射线辐射标志物的应用

Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
KR20130125917A (ko) * 2012-05-10 2013-11-20 한국수력원자력 주식회사 저준위 전리방사선에 민감한 유전자 검출 방법 및 상기 방법으로 검출된 유전자
CN109913543A (zh) * 2019-01-09 2019-06-21 中国人民解放军军事科学院军事医学研究院 辐射敏感基因标记物及在x射线辐射剂量监测中的应用
CN110564864A (zh) * 2019-09-24 2019-12-13 中国人民解放军军事科学院军事医学研究院 miR-6090作为γ射线辐射标志物的应用

Non-Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
"RNA修饰的生物学功能", 《CHINESE BULLETIN OF LIFE SCIENCES》, vol. 30, no. 4, pages 414 - 423 *
AKIKO HAGIWARA等: "Comparison of Expression Profiles of Several Fibroblast Growth Factor Receptors in the Mouse Jejunum: Suggestive Evidence for a Differential Radioprotective Effect among Major FGF Family Members and the Potency of FGF1", 《RADIATION RESEARCH》, pages 58 *
SHUQIN ZHANG等: "Gamma-irradiation fluctuates the mRNA N6-methyladenosine (m6A) spectrum of bone marrow in hematopoietic injury", 《ENVIRONMENTAL POLLUTION》, pages 117509 *

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN114317775A (zh) * 2022-01-12 2022-04-12 中国人民解放军军事科学院军事医学研究院 一种NCOA4的RNA m6A修饰作为γ射线辐射标志物的应用
CN114317775B (zh) * 2022-01-12 2023-06-30 中国人民解放军军事科学院军事医学研究院 一种NCOA4的RNA m6A修饰作为γ射线辐射标志物的应用

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