CN114292924B - 梅花鹿全基因组snp分子标记组合、snp芯片及应用 - Google Patents

梅花鹿全基因组snp分子标记组合、snp芯片及应用 Download PDF

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CN114292924B CN202111667127.5A CN202111667127A CN114292924B CN 114292924 B CN114292924 B CN 114292924B CN 202111667127 A CN202111667127 A CN 202111667127A CN 114292924 B CN114292924 B CN 114292924B
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Abstract

本发明公开了梅花鹿全基因组SNP分子标记组合、SNP芯片及应用，涉及分子标记开发技术领域。包括43316个SNP分子标记。上述SNP分子标记组合对于梅花鹿样本数据量在1.5Gb时位点检出率在95％以上，表明本发明提供的SNP分子标记组合有用信息量多，具有较大的利用价值。此外，本发明开发的SNP分子标记组合在梅花鹿全基因组33条染色体上均匀分布，可以提高相关研究应用的准确性。

Description

梅花鹿全基因组SNP分子标记组合、SNP芯片及应用
技术领域
本发明涉及分子标记开发技术领域，具体而言，涉及梅花鹿全基因组SNP分子标记组合、SNP芯片及应用。
背景技术
单核苷酸多态性(SNP)是指：在基因组水平上由单个核苷酸变异引起的DNA序列多态性。SNP标记具有准确性高、变异丰富、操作简单等优点，被广泛应用于动物个体鉴别和种源鉴定。目前，CN112210611A专利公开了4个用于鉴别梅花鹿北海道亚种的分子标记，CN107447020B专利公开了24个梅花鹿个体识别的分子标签，现有的这些专利虽然能够一定程度上用于鉴别梅花鹿个体，然而仅仅28个位点难以满足梅花鹿群体的分型和种源鉴定需求。
鉴于此，特提出本发明。
发明内容
本发明的目的在于提供系统完整的梅花鹿的SNP标记，以期后续用于梅花鹿群体的分型和种源鉴定。SNP位点的开发对于梅花鹿全基因组关联分析、遗传图谱构建、梅花鹿群体分型和鉴定以及梅花鹿资源的保护具有重要的价值。
本发明提供的SNP标记具有准确性高、变异丰富、操作简单等优点，且开发出的分子标记不受环境因素影响，能直接反应动物基因水平的差异，因而可以被广泛应用于梅花鹿个体鉴别和种源鉴定。
本发明是这样实现的：
本发明提供了一种梅花鹿全基因组SNP分子标记组合，其包括43316个SNP分子标记，43316个SNP分子标记的位点信息具体如下：
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其中，位点编号中左侧1～33表示位点所在的染色体，中间数值表示位点在染色体上的位置，位点编号中右侧碱基类型表示该位点在参考基因组中的SNP碱基，参考基因组的全基因组序列的版本号为：MHL_v1.0。
经过样本测试验证，发明人发现，上述SNP分子标记组合对于梅花鹿样本数据量在1.5Gb时位点检出率在95％以上，表明本发明提供的SNP分子标记组合有用信息量多，具有较大的利用价值。
本发明提供的SNP分子标记组合在梅花鹿全基因组33条染色体上均匀分布，可以提高相关研究应用的准确性。
本领域的技术人员可以根据上述SNP分子标记组合开发相应的检测探针、检测引物。
本发明还提供了一种梅花鹿全基因组SNP分子标记组合，梅花鹿全基因组SNP分子标记组合还包括139个GWAS分子标记，139个GWAS分子标记的位点信息具体如下：
1_21328625_C 3_112183465_G 5_88305985_A 7_66091155_A 10_3298969_G 20_16138247_G
1_55465409_C 3_37243723_T 5_88353618_T 7_89934875_C 10_19285550_C 20_34170371_T
1_21328625_C 3_45633540_C 5_12436359_T 7_57408335_A 11_19056847_C 20_51189148_T
1_55465409_C 4_28354294_A 5_20738265_C 7_56997980_C 11_1160873_A 20_49326097_A
1_79155872_A 4_49495894_C 5_21848587_A 7_56980012_A 11_954791_A 21_40393065_T
1_54013883_G 4_109314507_G 5_24025004_G 7_56206726_C 11_943935_T 21_51005710_T
2_62606395_A 4_7633884_C 5_24127218_G 7_56045457_A 11_563730_A 21_49117095_T
2_62531769_G 4_4405726_C 5_24593086_C 7_12896661_G 12_56981873_G 21_49040655_C
2_62508884_T 4_4296015_G 6_16841362_A 7_46448361_C 12_54457152_A 21_24942219_C
2_62377776_T 4_4274291_T 6_25736030_G 7_46326061_T 12_53570448_G 21_24391167_C
2_93165765_G 4_69819988_T 6_30709714_A 7_46236692_G 13_55632186_C 21_22781159_C
2_93038630_G 9_23581832_C 6_56637998_C 7_44568678_C 13_55168715_C 21_21451926_C
2_48957417_A 9_21990515_C 6_69198357_C 7_25886356_A 13_55104019_C 21_21289006_G
2_17520848_C 9_39293019_C 6_70982537_A 8_60716503_A 13_55060780_T 22_11340107_T
2_17894479_A 9_70380010_T 6_71320845_G 8_60438594_A 13_55042407_T 22_19387129_T
2_82496873_A 9_70197423_G 30_17964474_G 8_60396623_G 13_55026992_A 23_30142419_T
15_6154759_C 9_65739489_G 30_16929045_C 8_59823615_C 13_54963147_T 23_42089261_A
15_6304577_C 14_61733092_C 30_15046844_C 8_59787533_G 13_54949621_C 23_41827741_G
15_12646176_G 14_15611535_T 30_7287629_A 8_59723471_G 13_54732126_C 23_41675429_G
17_47279338_T 14_15584339_A 30_24530425_C 8_56079914_G 13_54712074_A 23_25136409_A
18_54959284_G 14_41242090_C 30_24390252_C 8_53467269_T 13_54692225_G 23_24796660_G
19_36698660_A 24_23200546_C 27_43002013_G 28_31577055_T 13_54617776_G 23_7733789_G
19_38266843_G 25_39946779_A 27_46067259_T 28_24845720_C 31_34022466_T 31_20728636_T
19_8512596_G 27_13749787_A 27_46081075_C
其中，位点编号中左侧1～33表示位点所在的染色体，中间数值表示位点在染色体上的位置，位点编号中右侧碱基类型表示该位点在参考基因组中的SNP碱基，参考基因组的全基因组序列的版本号为：MHL_v1.0。
本发明还提供了一种梅花鹿全基因组SNP芯片，SNP芯片包含上述43316个SNP分子标记组合和/或139个梅花鹿全基因组SNP分子标记组合。
由上述的梅花鹿全基因组SNP分子标记组合单独或组合使用、或梅花鹿全基因组SNP芯片在梅花鹿基因分型中的应用。
由上述的梅花鹿全基因组SNP分子标记组合单独或组合使用、或梅花鹿全基因组SNP芯片在梅花鹿全基因组关联分析中的应用。
由上述的梅花鹿全基因组SNP分子标记组合单独或组合使用、或梅花鹿全基因组SNP芯片在梅花鹿聚类分析及亲缘关系鉴定中的应用。
由上述的梅花鹿全基因组SNP分子标记组合单独或组合使用、或梅花鹿全基因组SNP芯片在梅花鹿遗传多样性分析中的应用。
由上述的梅花鹿全基因组SNP分子标记组合单独或组合使用、或梅花鹿全基因组SNP芯片在梅花鹿辅助育种中的应用。
由上述的梅花鹿全基因组SNP分子标记组合在制备梅花鹿全基因组SNP芯片中的应用。
通过制备SNP芯片，结合液相探针杂交的靶向基因型分型技术，容易实现标准化自动化检测和分析。
由上述的梅花鹿全基因组SNP分子标记组合在制备梅花鹿全基因组SNP位点检测试剂盒中的应用。
上述SNP位点检测试剂盒包含检测上述梅花鹿全基因组SNP分子标记组合的探针和/或引物。
本发明具有以下有益效果：
本发明提供的SNP标记具有准确性高、变异丰富、操作简单等优点，且开发出的分子标记不受环境因素影响，能直接反应动物基因水平的差异，因而可以被广泛应用于梅花鹿全基因组关联分析、遗传图谱构建、梅花鹿群体分型和鉴定以及梅花鹿资源的保护。经过样本测试验证，发明人发现，上述SNP分子标记组合对于梅花鹿样本数据量在1.5Gb时位点检出率在95％以上，表明本发明提供的SNP分子标记组合有用信息量多，具有较大的利用价值。此外，本发明开发的SNP分子标记组合在梅花鹿全基因组33条染色体上均匀分布，可以提高相关研究应用的准确性。
附图说明
为了更清楚地说明本发明实施例的技术方案，下面将对实施例中所需要使用的附图作简单地介绍，应当理解，以下附图仅示出了本发明的某些实施例，因此不应被看作是对范围的限定，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下，还可以根据这些附图获得其他相关的附图。
图1为设计的探针及覆盖度统计结果图；
图2为位点测试结果图；
图3为SNP标记在不同染色体的分布情况图；
图4为SNP标记在不同染色体的均匀分布图；
图5为Gaps分布情况结果图；
图6为MAF分布统计结果图；
图7为SNP标记在基因结构上的分布情况。
具体实施方式
为使本发明实施例的目的、技术方案和优点更加清楚，下面将对本发明实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述。实施例中未注明具体条件者，按照常规条件或制造商建议的条件进行。所用试剂或仪器未注明生产厂商者，均为可以通过市售购买获得的常规产品。
以下结合实施例对本发明的特征和性能作进一步的详细描述。
名词解释：
SNP(Single Nucleotide Polymorphism)：单核苷酸多态，指在基因组水平上由单个核苷酸变异引起的DNA序列多态性。
目标区段(Target Segment)：目标区段的大小一般为100bp左右，区段内可能只含有1个SNP位点，可能含有多个SNP位点。每个区段内以最终测试挑选的SNP位点作为核心位点。
MAF(Minor Allele Frequency)：最小等位基因频率(次等位基因频率)，通常是指某位点在特定群体中的不常见的等位基因发生频率，例如TT，TC，CC三个基因型，在群体中C的频率＝0.36，T的频率＝0.64，则等位基因C就为最小等位基因频率，MAF＝0.36。当SNP存在三个等位变异时，将第二常见的等位基因频率定义为MAF(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/docs/rs_attributes.html#gmaf)，例如SNP位点有三个allele：A,C,G，A的频率＝0.5，C的频率＝0.4，G的频率＝0.1，则MAF＝0.4。一般群体分析中，MAF要求＞0.05，因较小的MAF得到的可用信息量较少，会使统计效能降低，易出现假阳性结果。
SNP位点检出率：指某个SNP位点被成功检测到的样本占所有样本的比值，一般要求≥90％，具体情况会依据目标数据及目标位点数进行调整。分析SNP基因型时一般最低深度≥5X，即目标位点至少被5条reads覆盖。
实施例1
本实施例提供了梅花鹿40KSNP分子标记组合的开发和筛选方法。
(1)对178个GWAS位点、50个梅花鹿样本重测序数据和9个种公鹿样本位点数据进行数据挑选。
保留178个GWAS位点；对50个梅花鹿样本重测序数据按照NA<10％、杂合率<15％、MAF≥0.1筛选出155280个位点；取155280个位点与9个种公鹿样本位点的交集，且在交集中筛选在种公鹿中MAF最高，且最多只允许一个样本为NA的背景位点共60K。
(2)进行位点评估。
通过上述的挑选过程，我们最终得到178个GWAS位点和60K的背景位点共60178个位点进行后续的探针设计评估。
设计的探针及覆盖度参照图1所示，探针设计区段覆盖率＝设计出探针目标区段个数/目标区段个数。
通过上述的挑选过程，我们得到178个GWAS位点和60K的背景位点共60178个位点进行后续的探针设计评估。其中通过评估的位点一共有50088个，但受限于一张芯片的探针数目，从49939个背景位点中删掉部分密集区域位点只挑选45181个位点，即最后用139个GWAS位点和43316个背景位点共计43465个位点，对应83071根探针用于后续的测试分析。
本实施例提供的梅花鹿40KSNP分子标记组合可以用于制备基因芯片，这些SNP分子标记的应用可以极大程度上提高梅花鹿基因型检测准确度、提高检测水平，降低检测成本。
实验例1
对12个东北鹿样本进行检测，具体方法为：构建文库、杂交捕获、文库质检与测序分析。
1.构建文库。
按照GenoBaits文库构建试剂盒的方法进行DNA文库的构建。
2.文库杂交捕获
利用液相基因芯片测定目标样品在40K SNP位点的基因型。
(1)DNA杂交：
取500ng已完成构建的样品基因组DNA测序文库，加入5μLGenoBaits Block I和2μLGenoBaits Block II，置于Eppendorf Concentrator plus(Eppendorf公司)真空浓缩仪上，在≤70℃的温度下蒸干至干粉。向干粉管中加入8.5μLGenoBaits 2×Hyb Buffer、2.7μLGenoBaitsHyb Buffer Enhancer、2.8μLNuclease-Free Water，用移液器吸打混匀后放置于ABI 9700PCR仪上95℃温育10分钟，然后取出PCR管加入3μL已经合成的探针(探针的浓度为60ng/μL)，旋涡震荡混匀后放置于ABI 9700PCR仪上65℃温育2小时，完成探针杂交反应。
(2)DNA捕获
向上一步杂交完成的反应体系中加入100μLGenoBaits DNA Probe Beads，上下吸打10次，放入ABI 9700PCR仪上65℃温育45分钟，使磁珠与探针结合。用100μLGenoBaitsWash Buffer I、150μLGenoBaits Wash BufferII分别对结合探针后的磁珠进行65℃热洗，然后再用100μLGenoBaits Wash Buffer I、150μLGenoBaits Wash Buffer II(和150μLGenoBaits Wash Buffer III分别对磁珠进行常温洗涤。洗涤完成的磁珠用20μLNuclease-Free Water进行重悬。
取13μL重悬后的DNA(带磁珠)加入到新的0.2mLPCR管中，然后加入15μLGenoBaitsPCR Master Mix、2μLGenoBaits Primer Mix配置post-PCR体系，用ABI9700PCR仪进行文库扩增，扩增程序为：95℃预变性5min，95℃变性30s，60℃退火30s，72℃延伸30s；重复2-4步，共15个循环；72℃延伸5min。
向post-PCR产物中加入45μLBeckmenAMPure XP Beads(Beackman公司)并用移液器上下吸打均匀，然后将0.2mL PCR管置于磁力架上至溶液澄清，弃去上清并用75vol％乙醇洗涤磁珠两次，用pH为8.0的Tris-HCl将文库DNA洗脱下来。完成探针的杂交捕获工作。
(3)DNA杂交捕获文库质检
用QubitFluorometric Quantitation(Thermo Fisher)对文库的DNA浓度进行测定，然后用琼脂糖凝胶电泳检测文库DNA的片段大小是否在300-400bp之间。
(4)DNA杂交捕获文库测序
将构建好的DNA文库由石家庄博瑞迪生物技术有限公司进行测序。
(5)基因型数据分析
测序数据经过：
FastQC(www.bioinformatics.babraham.ac.uk/project)质控后，用BWA(bio-bwa.sourceforge.net)的默认参数将测序数据比对到参考基因组上，用GATK(software.broadinstitute.org/gatk)软件对测序数据进行SNP鉴定，位点测试结果参照图2所示。图2显示，在其他梅花鹿群体中，本发明提供的SNP分子标记的位点检出率超出97％。表明本发明提供的SNP分子标记组合有用信息量多，具有较大的利用价值。
图3为SNP标记在不同染色体的分布情况图，目标位点在不同染色体上的个数统计结果：横坐标为染色体ID；左示例Count为位点数/区段数；右示例Length为染色体长度(单位bp)。结果显示，SNP位点在11条染色体上分布较为均匀。
图4为SNP标记在不同染色体的均匀分布图，由于原参考非染色体水平，此处SNP标记均匀分布图只将挑选位点所在的592个序列拼接在一起展示，图中绘图单位长度为100000bp；且因原参考由10031个序列片段组成，挑选时不考虑均匀分布，所以图中位点分布允许存在部分空洞。
图5为Gaps分布情况结果图，若两个区段间的距离大于基因组大小/目标区段数*10，则认为是一个Gap。采用全部区段进行分析，分析原则：后一个区段的Start位置-前一个区段的End位置，得到两个区段间的距离。
图6为MAF分布统计结果图，图6显示本发明提供的SNP组合可用信息量多。区段内核心位点的MAF数值统计，目标位点MAF值越大说明位点的多态性越好。横坐标MAF为MAF值的不同范围，纵坐标Count为该MAF范围内的核心位点数。
图7为SNP标记在基因结构上的分布情况，显示基因间序列中的SNP最多，其次为内含子，外显子中的SNP居于第五水平。横坐标为基因结构类型、纵坐标为该类型下的目标位点数。
本发明筛选出符合评估要求的43465个位点(包括139个GWAS位点和43316个背景位点)和其对应83071根探针进行后续的测试分析，测试使用的12个样本数据量在1.5Gb时位点检出率在97.6％-98.0％之间。
以上所述仅为本发明的优选实施例而已，并不用于限制本发明，对于本领域的技术人员来说，本发明可以有各种更改和变化。凡在本发明的精神和原则之内，所作的任何修改、等同替换、改进等，均应包含在本发明的保护范围之内。

Claims (10)

1.一种梅花鹿全基因组SNP分子标记组合，其特征在于，其包括43316个SNP分子标记，43316个SNP分子标记的位点信息具体如下：
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其中，位点编号中左侧1～33表示位点所在的染色体，中间数值表示位点在染色体上的位置，位点编号中右侧碱基类型表示该位点在参考基因组中的SNP碱基，参考基因组的全基因组序列的版本号为：MHL_v1.0。
2.一种梅花鹿全基因组SNP分子标记组合，其特征在于，所述梅花鹿全基因组SNP分子标记组合还包括139个GWAS分子标记，139个GWAS分子标记的位点信息具体如下：
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Figure FDA0004282051820001141
其中，位点编号中左侧1～33表示位点所在的染色体，中间数值表示位点在染色体上的位置，位点编号中右侧碱基类型表示该位点在参考基因组中的SNP碱基，参考基因组的全基因组序列的版本号为：MHL_v1.0。
3.一种梅花鹿全基因组SNP芯片，其特征在于，所述SNP芯片包含权利要求1和/或2所述的梅花鹿全基因组SNP分子标记组合。
4.如权利要求1或2所述的梅花鹿全基因组SNP分子标记组合单独或组合使用、或权利要求3所述的梅花鹿全基因组SNP芯片在梅花鹿基因分型中的应用。
5.如权利要求1或2所述的梅花鹿全基因组SNP分子标记组合单独或组合使用、或权利要求3所述的梅花鹿全基因组SNP芯片在梅花鹿全基因组关联分析中的应用。
6.如权利要求1或2所述的梅花鹿全基因组SNP分子标记组合单独或组合使用、或权利要求3所述的梅花鹿全基因组SNP芯片在梅花鹿聚类分析及亲缘关系鉴定中的应用。
7.如权利要求1或2所述的梅花鹿全基因组SNP分子标记组合单独或组合使用、或权利要求3所述的梅花鹿全基因组SNP芯片在梅花鹿遗传多样性分析中的应用。
8.如权利要求1或2所述的梅花鹿全基因组SNP分子标记组合单独或组合使用、或权利要求3所述的梅花鹿全基因组SNP芯片在梅花鹿辅助育种中的应用。
9.权利要求1或2所述的梅花鹿全基因组SNP分子标记组合在制备梅花鹿全基因组SNP芯片中的应用。
10.如权利要求1或2所述的梅花鹿全基因组SNP分子标记组合在制备梅花鹿全基因组SNP位点检测试剂盒中的应用。
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* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
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Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN107354151A (zh) * 2017-07-21 2017-11-17 中国农业科学院特产研究所 基于梅花鹿全基因组开发的str分子标记及其应用
WO2019071407A1 (zh) * 2017-10-10 2019-04-18 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所 一种鸡全基因组snp芯片及其应用
WO2019113818A1 (zh) * 2017-12-13 2019-06-20 中国农业大学 猪全基因组50k snp芯片及应用
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Patent Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN107354151A (zh) * 2017-07-21 2017-11-17 中国农业科学院特产研究所 基于梅花鹿全基因组开发的str分子标记及其应用
WO2019071407A1 (zh) * 2017-10-10 2019-04-18 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所 一种鸡全基因组snp芯片及其应用
WO2019113818A1 (zh) * 2017-12-13 2019-06-20 中国农业大学 猪全基因组50k snp芯片及应用
CN113308562A (zh) * 2021-05-24 2021-08-27 浙江大学 棉花全基因组40k单核苷酸位点及其在棉花基因分型中的应用

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