CN114250310B - 用于检测结核病的dna甲基化标志物、诊断模型、甲基化探针及试剂盒 - Google Patents
用于检测结核病的dna甲基化标志物、诊断模型、甲基化探针及试剂盒 Download PDFInfo
- Publication number
- CN114250310B CN114250310B CN202111350863.8A CN202111350863A CN114250310B CN 114250310 B CN114250310 B CN 114250310B CN 202111350863 A CN202111350863 A CN 202111350863A CN 114250310 B CN114250310 B CN 114250310B
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- methylation
- tuberculosis
- seq
- chr6
- chr3
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Active
Links
- 230000011987 methylation Effects 0.000 title claims abstract description 69
- 238000007069 methylation reaction Methods 0.000 title claims abstract description 69
- 201000008827 tuberculosis Diseases 0.000 title claims abstract description 41
- 230000007067 DNA methylation Effects 0.000 title claims abstract description 25
- 239000000523 sample Substances 0.000 title claims abstract description 21
- 239000003550 marker Substances 0.000 title claims abstract description 14
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 title abstract description 17
- 101100495925 Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) chr3 gene Proteins 0.000 claims abstract description 24
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims abstract description 13
- 238000007477 logistic regression Methods 0.000 claims abstract description 7
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims description 21
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 claims description 6
- 101000986080 Homo sapiens HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain F Proteins 0.000 claims description 3
- 101001054649 Homo sapiens Latent-transforming growth factor beta-binding protein 2 Proteins 0.000 claims description 3
- 101001054646 Homo sapiens Latent-transforming growth factor beta-binding protein 3 Proteins 0.000 claims description 3
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 abstract description 7
- 239000000090 biomarker Substances 0.000 abstract description 6
- 241000187479 Mycobacterium tuberculosis Species 0.000 abstract description 5
- 230000003993 interaction Effects 0.000 abstract description 4
- 238000000034 method Methods 0.000 abstract description 4
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 13
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 7
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 6
- 238000003759 clinical diagnosis Methods 0.000 description 4
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 3
- 239000011324 bead Substances 0.000 description 3
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 3
- LSNNMFCWUKXFEE-UHFFFAOYSA-M Bisulfite Chemical compound OS([O-])=O LSNNMFCWUKXFEE-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 2
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 2
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 2
- OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N cytosine Chemical compound NC=1C=CNC(=O)N=1 OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000000706 filtrate Substances 0.000 description 2
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 2
- 230000007236 host immunity Effects 0.000 description 2
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 2
- 230000008569 process Effects 0.000 description 2
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 2
- 238000012546 transfer Methods 0.000 description 2
- LRSASMSXMSNRBT-UHFFFAOYSA-N 5-methylcytosine Chemical compound CC1=CNC(=O)N=C1N LRSASMSXMSNRBT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010077544 Chromatin Proteins 0.000 description 1
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 1
- 238000007400 DNA extraction Methods 0.000 description 1
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 1
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 1
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108060004795 Methyltransferase Proteins 0.000 description 1
- 102000016397 Methyltransferase Human genes 0.000 description 1
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 description 1
- 108091005804 Peptidases Proteins 0.000 description 1
- 206010036790 Productive cough Diseases 0.000 description 1
- 239000004365 Protease Substances 0.000 description 1
- 102100037486 Reverse transcriptase/ribonuclease H Human genes 0.000 description 1
- 230000010100 anticoagulation Effects 0.000 description 1
- 230000031018 biological processes and functions Effects 0.000 description 1
- 230000033228 biological regulation Effects 0.000 description 1
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 1
- 239000007853 buffer solution Substances 0.000 description 1
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 1
- 230000008859 change Effects 0.000 description 1
- 210000003483 chromatin Anatomy 0.000 description 1
- 229940104302 cytosine Drugs 0.000 description 1
- 239000000104 diagnostic biomarker Substances 0.000 description 1
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 1
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 1
- 230000008846 dynamic interplay Effects 0.000 description 1
- 230000004049 epigenetic modification Effects 0.000 description 1
- 238000001502 gel electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 description 1
- 239000012456 homogeneous solution Substances 0.000 description 1
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 1
- 238000011998 interferon-gamma release assay Methods 0.000 description 1
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 1
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 1
- 125000002496 methyl group Chemical group [H]C([H])([H])* 0.000 description 1
- 230000008506 pathogenesis Effects 0.000 description 1
- 230000026731 phosphorylation Effects 0.000 description 1
- 238000006366 phosphorylation reaction Methods 0.000 description 1
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 1
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 1
- 230000014493 regulation of gene expression Effects 0.000 description 1
- 210000003802 sputum Anatomy 0.000 description 1
- 208000024794 sputum Diseases 0.000 description 1
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 1
- 230000002103 transcriptional effect Effects 0.000 description 1
- 229960001005 tuberculin Drugs 0.000 description 1
- 238000010200 validation analysis Methods 0.000 description 1
- 238000012795 verification Methods 0.000 description 1
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
- C12Q1/689—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for bacteria
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/686—Polymerase chain reaction [PCR]
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/154—Methylation markers
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明提供了一种用于检测结核病的DNA甲基化标志物、诊断模型、甲基化探针和试剂盒，涉及医学检测技术领域，该DNA甲基化标志物包括以下3个甲基化区域中的一个或多个：chr3：195635643‑195636243、chr6：29691631‑29692475和chr11：65315205‑65315625。本发明通过检测以上3个甲基化区域中的一个或多个，能够对结核病具有强大的诊断能力，同时DNA甲基化作为生物标志物弥补了样品不稳定的局限性，反映了结核分枝杆菌与宿主之间的相互作用。本发明还提供了基于本发明的3个DNA甲基化区域通过Logistic回归和弹性网络回归方法构建而成的3DMRs诊断分类器，具有较高的灵敏度、特异性和曲线下面积(AUC)，对结核病具有强大的诊断能力。
Description
技术领域
本发明涉及医学检测和诊断技术领域，尤其是涉及一种用于检测结核病的DNA甲基化标志物、诊断模型、甲基化探针及试剂盒。
背景技术
结核病是一种可预防和治愈的疾病，其发病机制涉及宿主、结核分枝杆菌、环境以及这些因素之间的动态相互作用。尽管基因组生物标记物具有很强的DNA稳定性，但由于无法监测从潜伏期到活跃期的过程，限制了基因组生物标记物的应用。转录生物标记物可以反映结核分枝杆菌与宿主之间的相互作用，但RNA的不稳定性阻碍了其在临床应用中的可行性。现有的结核检测方法包括病原学检测如Xpert MTB/RIF、痰涂片、培养等，以及基于宿主免疫的检测能力的IFN-γ释放试验(IGRA)、结核菌素试验等。然而病原学检验的检测能力在很大程度上取决于样品质量。而基于宿主免疫的检验方法其检验能力由宿主免疫状态决定。
DNA甲基化是最广泛研究的表观遗传修饰，指在DNA甲基转移酶的作用下通过甲基转移至胞嘧啶碱基的碳-5位而形成5-甲基胞嘧啶。DNA甲基化涉及广泛的生物过程，包括调节基因表达、调节染色质结构和错配的DNA碱基，其具有成为结核病诊断生物标志物的巨大潜力。基于此，本申请提供了能够用于结核病检测的差异性甲基化区域(DMRs)的生物标志物，为临床诊断效果提供有力的依据。
发明内容
本发明的目的在于提供一种用于检测结核病的DNA甲基化标志物，通过检测结核病相关的3个差异性甲基化区域，对结核病具有强大的诊断能力。将DNA甲基化作为生物标志物弥补了样品不稳定的局限性，反映了结核分枝杆菌与宿主之间的相互作用。
本发明的另一目的在于提供一种用于检测结核病的诊断模型，且诊断模型是基于本发明的3个DNA甲基化区域chr3：195635643-195636243、chr6：29691631-29692475和chr11：65315205-65315625通过Logistic回归构建而成的3-DMR logistics分类器。具有较高的灵敏度、特异性和曲线下面积(AUC)，对结核病具有强大的诊断能力，能够广泛应用于临床实践，提高临床诊断效果。
本发明提供的诸多技术方案中的优选技术方案所能产生的诸多技术效果详见下文阐述。
为实现上述目的，本发明提供了以下技术方案：
本发明提供一种用于检测结核病的DNA甲基化标志物，包括以下3个甲基化区域中的一个或多个：chr3：195635643-195636243、chr6：29691631-29692475和chr11：65315205-65315625。
根据一种优选实施方式，所述的甲基化区域chr3：195635643-195636243来源于目标基因TNK2-AS1，所述的甲基化区域chr6：29691631-29692475来源于目标基因HLA-F，所述的甲基化区域chr11：65315205-65315625来源于目标基因LTBP3。
根据一种优选实施方式，所述的甲基化区域chr3：195635643-195636243具有如SEQ ID NO.1所示的基因序列；所述的甲基化区域chr6：29691631-29692475具有如SEQ IDNO.2所示的基因序列；所述的甲基化区域chr11：65315205-65315625具有如SEQ ID NO.3所示的基因序列。
本发明还提供了一种用于检测结核病的诊断模型，所述诊断模型是基于以下3个甲基化区域：chr3：195635643-195636243、chr6：29691631-29692475和chr11：65315205-65315625通过Logistic回归构建而成的3-DMR logistics分类器。
本发明还提供了一种用于检测结核病的甲基化探针，所述甲基化探针对应检测以下三个甲基化区域的一个或多个：chr3：195635643-195636243、chr6：29691631-29692475和chr11：65315205-65315625。
本发明还提供了一种用于检测结核病的试剂盒，所述试剂盒包括用于检测所述的DNA甲基化标志物的试剂。
根据一种优选实施方式，所述试剂包括与检测以下3个甲基化区域中的一个或多个相对应的甲基化探针：chr3：195635643-195636243、chr6：29691631-29692475和chr11：65315205-65315625。
基于上述技术方案，本发明的用于检测结核病的DNA甲基化标志物、诊断模型、甲基化探针和试剂盒至少具有如下技术效果：
本发明提供了一种用于检测结核病的DNA甲基化标志物，包括以下3个甲基化区域中的一个或多个：chr3：195635643-195636243、chr6：29691631-29692475和chr11：65315205-65315625。通过检测以上3个结核相关的差异性甲基化区域中的一个或多个，能够对结核病具有强大的诊断能力，同时DNA甲基化作为生物标志物弥补了样品不稳定的局限性，反映了结核分枝杆菌与宿主之间的相互作用。
另一方面，本发明还提供了用于检测结核病的诊断模型，该诊断模型是基于以下3个甲基化区域：chr3：195635643-195636243、chr6：29691631-29692475和chr11：65315205-65315625通过Logistic回归构建而成的3-DMR logistics分类器。本发明的诊断模型具有较高的灵敏度、特异性和曲线下面积(AUC)，对结核病具有强大的诊断能力，能够广泛应用于临床实践，提高临床诊断效果。
具体实施方式
为使本发明的目的、技术方案和优点更加清楚，下面将对本发明的技术方案进行详细的描述。显然，所描述的实施例仅仅是本发明一部分实施例，而不是全部的实施例。基于本发明中的实施例，本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动的前提下所得到的所有其它实施方式，都属于本发明所保护的范围。
实施例1
本发明提供了一种用于检测结核病的DNA甲基化标志物，包括以下3个甲基化区域中的一个或多个：chr3：195635643-195636243、chr6：29691631-29692475和chr11：65315205-65315625。优选的，甲基化区域1：chr3：195635643-195636243来源于目标基因TNK2-AS1，甲基化区域2：chr6：29691631-29692475来源于目标基因HLA-F，甲基化区域3：chr11：65315205-65315625来源于目标基因LTBP3。优选的，甲基化区域1：chr3：195635643-195636243具有如SEQ ID NO.1所示的基因序列。甲基化区域2：chr6：29691631-29692475具有如SEQ ID NO.2所示的基因序列；甲基化区域3：chr11：65315205-65315625具有如SEQ IDNO.3所示的基因序列。
具体信息如下：
实施例2
本发明实施例2提供了一种检测结核病的诊断模型，根据实施例1所涉及的3个结核相关的差异性甲基化区域(DMRs)由Logistic回归构建基于上述DMRs的3-DMR诊断分类器。
2.1采集检索数据集样本：
检索NCBI Gene Expression Omnibus数据库和欧洲生物信息学研究所ArrayExpress截至2020年10月3日的结核相关DNA甲基化阵列数据集。
2.2模型建立过程：
采用GEO数据库中所有结核相关的DNA甲基化芯片数据集，使用Minfi对原始DNA甲基化文件进行数据处理，使用sva校正不同数据集之间的批次效应。LIMMA用于鉴定|倍数变化fold change(FC)|>1.5的不同甲基化探针(p<0.05)，使用DMRcate按照错误发现率<0.05原则寻找差异甲基化区域后，采用logistic回归挖掘与TB诊断相关的差异甲基化区域，筛选出上述3个甲基化区域并进行拟合构建3-DMR诊断分类器。基于来自4个数据集(GEO数据库中结核的甲基化芯片数据集)的67名TB患者和45名健康对照，共鉴定了89种DMP和24种DMR。
使用拟合后的3-DMR logistics分类器的灵敏度为86.89％，特异性为72.54％，AUC为88.8％。
实施例3
本实施例提供了对3个结核相关的甲基化区域利用3DMRs诊断分类器进行进行检测验证的过程。验证数据集样本为通过纳排标准收集的临床TB患者以及健康对照(HC)标本。具体步骤如下：
3.1EDTA抗凝血离心后收集白膜
DNA提取：
1、往15ml离心管管底加入100微升Qiagen蛋白酶。
2、加入1ml全血。
注：全血体积不足1ml时，PBS补齐1ml。
3、加入1.2mlAL缓冲液，充分混匀，震荡器上斡旋震荡至少一分钟，使溶液成为均相溶液。
4、70℃水浴锅温育10分钟。
5、加入1ml无水乙醇，充分震荡。
6、转移液体至吸附柱，3000rpm离心3分钟，拿出吸附柱，倾倒滤液，将吸附柱重新放回15ml离心管中。
7、小心加入AW1缓冲液至吸附柱中，盖上盖子，5000rpm离心1分钟。
8、加入2ml AW2缓冲液至吸附柱中，盖上盖子，5000rpm离心15分钟。
9、将吸附柱转移至一新的15ml离心管中，弃去装有滤液的收集管。
10、加入200微升AE洗脱液，室温静置5分钟，5000rpm离心2分钟。
11、获得的基因组DNA进行浓度及质量测定。
3.2使用区域多重测序的方式进行测序，具体步骤包括：
1)超声打断双链DNA成300bp左右的片段；
2)用磁珠纯化DNA片段；
3)进行亚硫酸氢盐处理；
4)PNK磷酸化修饰亚硫酸氢盐转化后的DNA；
5)修饰后的DNA加入5’-adapter；
6)1.8x纯化磁珠纯化加完接头的DNA；
7)进行Primer Specific PCR；
8)用普通Taq酶进行第二轮PCR扩增；
9)凝胶电泳检测；
10)磁珠纯化后使用illumina测序。
以检测3DMR在62个人的甲基化情况；在62个独立人群分析分类器的性能灵敏度，结果显示，3-DMR logistics分类器的特异性和AUC达到灵敏度的83.87％，特异性的77.42％和AUC的90.40％。
因此，在发现数据集和独立人群验证队列中发现并验证了3-DMR logistics分类器。3-DMR logistics分类器具有较高的灵敏度、特异性和曲线下面积(AUC)，对结核病具有强大的诊断能力，能够广泛应用于临床实践，提高临床诊断效果。
实施例4
本实施例提供了一种用于检测结核病的甲基化探针，该甲基化探针对应检测以下三个甲基化区域的一个或多个：chr3：195635643-195636243、chr6：29691631-29692475和chr11：65315205-65315625。
实施例5
本实施例提供了一种用于检测结核病的试剂盒，所述试剂盒包括用于检测实施例1所述的DNA甲基化标志物的试剂。优选的，该试剂包括与检测以下3个甲基化区域中的一个或多个相对应的甲基化探针：chr3：195635643-195636243、chr6：29691631-29692475和chr11：65315205-65315625。
以上所述，仅为本发明的具体实施方式，但本发明的保护范围并不局限于此，任何熟悉本技术领域的技术人员在本发明揭露的技术范围内，可轻易想到变化或替换，都应涵盖在本发明的保护范围之内。因此，本发明的保护范围应以所述权利要求的保护范围为准。
序列表
<110> 四川大学华西医院
<120> 一种用于检测结核病的DNA甲基化标志物、诊断模型、甲基化探针和试剂盒
<130> 2021.11.12
<141> 2021-11-15
<160> 3
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 601
<212> DNA
<213> 未知()
<400> 1
cgttcaggta ggtttcctgg acagcccgca ccacctgtcc ctcctgcacc ccgggcagcc 60
aattcgcctc ttgcaccccc aggcgcccct cccccgcagg cccccggggc cccaccggcc 120
gggccctccc caccagctcg gggcggcttc ggggcgccgg ggccgctccc aggaccaccg 180
cctcccgccc gacgctctcc cactgccgct cccccagttc gccggaactt tccggcccct 240
ccctgcgctc gcgggggcct tccccggact cggacgccgg ttcgggctgc tgcagcagcc 300
tccgcgggct cccctccccg cgctcctgca ccccggcccg ggcctcgccg cgctcctgca 360
ctgcggggct gcctccgccc ttctcctggt gctgcccgcg gggccccagc ccctcctcct 420
gcgccacagg ccagcccgcc gagcccgtcc accacggcgg gcgcccccag cccgcgccgt 480
ccggcggccc ccacaccacc ccccggctgg gctcgtggcc gcggccgccg cgctcctgca 540
gccccgggcc caccccgccc tcctcctgca ccgccgggcc caccccgccc cgctcctcca 600
c 601
<210> 2
<211> 845
<212> DNA
<213> 未知()
<400> 2
cgccaaggcc aacgcacaga ctgaccgagt ggccctgagg aacctgctcc gccgctacaa 60
ccagagcgag gctggtgagt gaacccggcc gggggcgcag gtcacgacca ccccccatcc 120
gccacggacc gcccgggtcc ctcagagtct ccggatccga aatctacccc gaggcagcgg 180
gacccgccca gaccctccac ccgggagagt cccaggcgcc tttacccagg ttcattttca 240
gtttaggcca aaatccccgc gggttgggcg gggagggggc ggggctagct gggcggggct 300
gactgcgggg accggctagg gtctcacacc ctccagggaa tgaatggctg cgacatgggg 360
cccgacggac gcctcctccg cgggtatcac cagcacgcgt acgacggcaa ggattacatc 420
tccctgaacg aggacctgcg ctcctggacc gcggcggaca ccgtggctca gatcacccag 480
cgcttctatg aggcagagga atatgcagag gagttcagga cctacctgga gggcgagtgc 540
ctggagttgc tccgcagata cttggagaat gggaaggaga cgctacagcg cgcaggtacc 600
aggggccatg ggcgccttcc ctatctcctg tagatctctt gggatggcct cgcacaaggt 660
tgggaggaaa gtggacccaa tgctaggata tcgccctccc tctagtcctg agtaggaaga 720
atcttcctgg ctttcgagat ccggtaccag agagtgactg tgagagtccg ccctgctctc 780
tgggacaatt aagggatgaa atttctgagg gaatggaggg aagacagtcc ctggaatacc 840
gatcc 845
<210> 3
<211> 421
<212> DNA
<213> 未知()
<400> 3
cggttgcagt ggcaattgta ggagccgccg gtgttcatgc agatgcccct ccccgggcca 60
cagggctctg cctcgcactc gttcacatct gagaagaacg ggtaggccaa gaaaagtcaa 120
aggaagcgtc gttatctggg gtcccccccc acccacctgc atgcccgccg cctgccctgc 180
gctcacccac gcagtagcgg tgctggggat gtgaccggta gccggggttg cagtggcagg 240
agtagtcagg ggggcccggc acgcactctc cgtggccaca gatgttctgg ttcagtcggc 300
actcatcagt ctctgcgggc atggccaggt caagcggcag agcagggagc gctcaccttc 360
tgccatatcc ccagggcaga cctcaacacc ccagtcacac catgacctca ggttcctgta 420
c 421
Claims (6)
1.一种用于检测结核病的DNA甲基化标志物，其特征在于，包括以下3个甲基化区域：chr3：195635643-195636243、chr6：29691631-29692475和chr11：65315205-65315625，所述的甲基化区域chr3：195635643-195636243具有如SEQ ID NO.1所示的基因序列；所述的甲基化区域chr6：29691631-29692475具有如SEQ ID NO.2所示的基因序列；所述的甲基化区域chr11：65315205-65315625具有如SEQ ID NO.3所示的基因序列。
2.根据权利要求1所述的用于检测结核病的DNA甲基化标志物，其特征在于，所述的甲基化区域chr3：195635643-195636243来源于目标基因TNK2-AS1，所述的甲基化区域chr6：29691631-29692475来源于目标基因HLA-F，所述的甲基化区域chr11：65315205-65315625来源于目标基因LTBP3。
3.一种用于检测结核病的诊断模型，其特征在于，所述诊断模型是基于以下3个甲基化区域：chr3：195635643-195636243、chr6：29691631-29692475和chr11：65315205-65315625通过Logistic回归构建而成的3-DMR logistics分类器，所述的甲基化区域chr3：195635643-195636243具有如SEQ ID NO.1所示的基因序列；所述的甲基化区域chr6：29691631-29692475具有如SEQ ID NO.2所示的基因序列；所述的甲基化区域chr11：65315205-65315625具有如SEQ ID NO.3所示的基因序列。
4.一种用于检测结核病的甲基化探针，其特征在于，所述甲基化探针对应检测以下三个甲基化区域：chr3：195635643-195636243、chr6：29691631-29692475和chr11：65315205-65315625，所述的甲基化区域chr3：195635643-195636243具有如SEQ ID NO.1所示的基因序列；所述的甲基化区域chr6：29691631-29692475具有如SEQ ID NO.2所示的基因序列；所述的甲基化区域chr11：65315205-65315625具有如SEQ ID NO.3所示的基因序列。
5.一种用于检测结核病的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括用于检测前述权利要求1至2任一项所述的DNA甲基化标志物的试剂。
6.根据权利要求5所述的试剂盒，其特征在于，所述试剂包括检测以下3个甲基化区域的甲基化探针：chr3：195635643-195636243、chr6：29691631-29692475和chr11：65315205-65315625，所述的甲基化区域chr3：195635643-195636243具有如SEQ ID NO.1所示的基因序列；所述的甲基化区域chr6：29691631-29692475具有如SEQ ID NO.2所示的基因序列；所述的甲基化区域chr11：65315205-65315625具有如SEQ ID NO.3所示的基因序列。
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN202111350863.8A CN114250310B (zh) | 2021-11-15 | 2021-11-15 | 用于检测结核病的dna甲基化标志物、诊断模型、甲基化探针及试剂盒 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN202111350863.8A CN114250310B (zh) | 2021-11-15 | 2021-11-15 | 用于检测结核病的dna甲基化标志物、诊断模型、甲基化探针及试剂盒 |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CN114250310A CN114250310A (zh) | 2022-03-29 |
| CN114250310B true CN114250310B (zh) | 2023-12-08 |
Family
ID=80790891
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CN202111350863.8A Active CN114250310B (zh) | 2021-11-15 | 2021-11-15 | 用于检测结核病的dna甲基化标志物、诊断模型、甲基化探针及试剂盒 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| CN (1) | CN114250310B (zh) |
Citations (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| FR2873819A1 (fr) * | 2005-07-21 | 2006-02-03 | Pasteur Institut | Detection de la tuberculose et de l'infection par mycobacterium tuberculosis a l'aide de hbha |
| CN107075569A (zh) * | 2014-05-07 | 2017-08-18 | 英国卫生部 | 用于诊断结核病的生物标记物及其组合 |
| CN110923320A (zh) * | 2019-12-26 | 2020-03-27 | 益善生物技术股份有限公司 | 用于检测肺癌相关基因甲基化的核酸组合物、试剂盒和检测方法 |
Family Cites Families (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CA2867481A1 (en) * | 2012-04-13 | 2013-10-17 | Somalogic, Inc. | Tuberculosis biomarkers and uses thereof |
| CA3001134A1 (en) * | 2015-10-14 | 2017-04-20 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Methods for diagnosis of tuberculosis |
-
2021
- 2021-11-15 CN CN202111350863.8A patent/CN114250310B/zh active Active
Patent Citations (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| FR2873819A1 (fr) * | 2005-07-21 | 2006-02-03 | Pasteur Institut | Detection de la tuberculose et de l'infection par mycobacterium tuberculosis a l'aide de hbha |
| CN107075569A (zh) * | 2014-05-07 | 2017-08-18 | 英国卫生部 | 用于诊断结核病的生物标记物及其组合 |
| CN110923320A (zh) * | 2019-12-26 | 2020-03-27 | 益善生物技术股份有限公司 | 用于检测肺癌相关基因甲基化的核酸组合物、试剂盒和检测方法 |
Non-Patent Citations (4)
| Title |
|---|
| Kathirvel Maruthai等.Methylation status of alu repetitive elements in children with tuberculosis disease.《Int J Mycobacteriol》.2018,第7卷(第3期),第242-246页. * |
| Mengyuan Lyu等.Deciphering a TB-related DNA methylation biomarker and constructing a TB diagnostic classifier.《Mol Ther Nucleic Acids》.2021,第27卷第37-49页. * |
| 张蕾等.DNA差异甲基化在结核病检测中的应用进展.《传染病信息》.2020,第33卷(第5期),第396-400页. * |
| 朱传智.表观遗传修饰在结核病发生发展中的作用.《中国科学》.2018,第48卷(第1期),第40-46页. * |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| CN114250310A (zh) | 2022-03-29 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| CN108368551B (zh) | 用于诊断结核病的方法 | |
| Jauneikaite et al. | Current methods for capsular typing of Streptococcus pneumoniae | |
| Foulet et al. | Detection and identification of Leishmania species from clinical specimens by using a real-time PCR assay and sequencing of the cytochrome B gene | |
| Johnson et al. | Detection and identification of Bartonella species pathogenic for humans by PCR amplification targeting the riboflavin synthase gene (ribC) | |
| Cantsilieris et al. | Technical considerations for genotyping multi-allelic copy number variation (CNV), in regions of segmental duplication | |
| EP2971139A2 (en) | Systems and methods for detection of genomic copy number changes | |
| WO2013163210A1 (en) | Method and system for detection of an organism | |
| Mason et al. | International standards for genomes, transcriptomes, and metagenomes | |
| Chin et al. | DNA markers for tuberculosis diagnosis | |
| Desikan et al. | Genetic markers, genotyping methods & next generation sequencing in Mycobacterium tuberculosis | |
| Ahsanuddin et al. | Assessment of REPLI-g multiple displacement whole genome amplification (WGA) techniques for metagenomic applications | |
| Zaidi et al. | The role of molecular biology and nucleic acid technology in the study of human infection and epidemiology | |
| Ceccarelli et al. | Exploiting genetic polymorphisms in metabolic enzymes for rapid screening of Leishmania infantum genotypes | |
| Dohál et al. | Whole-genome sequencing and Mycobacterium tuberculosis: Challenges in sample preparation and sequencing data analysis | |
| CN111647673A (zh) | 微生物菌群在急性胰腺炎中的应用 | |
| CN113637744B (zh) | 微生物标志物在判断急性胰腺炎病程进展中的应用 | |
| CN117025809B (zh) | 结核分歧杆菌复合群鉴定及耐药位点检测引物组合、试剂盒、方法和系统 | |
| RU2547598C1 (ru) | СПОСОБ ГЕНОТИПИРОВАНИЯ ШТАММОВ Mycobacterium tuberculosis | |
| Matsuo | Full-length 16S rRNA gene analysis using long-read nanopore sequencing for rapid identification of bacteria from clinical specimens | |
| CN114250310B (zh) | 用于检测结核病的dna甲基化标志物、诊断模型、甲基化探针及试剂盒 | |
| Zou et al. | Value analysis of next-generation sequencing combined with Xpert in early precise diagnosis of pulmonary tuberculosis | |
| CN117051136A (zh) | 一种结核分枝杆菌复合群鉴定及耐药检测引物组 | |
| CN115896316A (zh) | 一种结核病的检测方法 | |
| Chileshe et al. | Cytokine biomarker discovery in the white rhinoceros (Ceratotherium simum) | |
| WO2019108549A1 (en) | Assays for detection of acute lyme disease |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| PB01 | Publication | ||
| PB01 | Publication | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| GR01 | Patent grant | ||
| GR01 | Patent grant |