CN114051537A

CN114051537A - 用于早期诊断子宫平滑肌瘤和平滑肌肉瘤的改进方法

Info

Publication number: CN114051537A
Application number: CN202080044317.9A
Authority: CN
Inventors: 艾马拉·马斯佩鲁乔; 罗伯托·阿隆索瓦莱罗; 卡洛斯·西蒙瓦莱斯
Original assignee: Equipo IVI Investigacion SL
Current assignee: Equipo IVI Investigacion SL
Priority date: 2019-04-17
Filing date: 2020-04-17
Publication date: 2022-02-15
Also published as: BR112021020779A8; WO2020212580A1; EP3956476A1; JP2022529294A; BR112021020779A2; US20220220564A1

Abstract

本公开内容提供了用于区分子宫肌层肿瘤/子宫赘生物(例如LM、LMS和IMT)的方法。此外，本公开内容提供了用于在对象中治疗子宫平滑肌瘤的方法，其包括：(a)对来自所述对象的生物样品进行基因型分型测定以确定所述对象是否具有子宫平滑肌肉瘤基因型，以及(b)如果所述对象不具有子宫平滑肌肉瘤基因型，则手术去除所述子宫平滑肌瘤。

Description

用于早期诊断子宫平滑肌瘤和平滑肌肉瘤的改进方法

技术领域

本说明书涉及用于早期术前诊断子宫平滑肌瘤和平滑肌肉瘤以帮助预防来源于手术方法例如分碎术(morcellation)的意外恶性播散的改进方法。

背景技术

子宫平滑肌瘤(1eiomyoma，LM)是良性的平滑肌肿瘤，并且估计处于生育年龄的女性具有约70％的终生风险¹。这些肿瘤产生以下并发症，包括盆腔痛、月经出血量大、贫血、不孕和复发性流产^2，3。尽管选择性孕酮受体调节剂用于控制LM^4-5，但手术仍是长期治疗选择。具体地，用分碎术进行的腹腔镜子宫肌瘤切除术是黄金标准干预⁶，特别是对于希望保留其生育能力的女性⁷。然而，这种手术给患有未确诊的隐匿性平滑肌肉瘤(leiomyosarcoma，LMS)的患者带来潜在的不利影响。

LMS占所有子宫肉瘤的70％，但其仍然罕见，在100,000名女性中的发病率为0.4至0.9⁹。它们是来源于子宫肌层的侵袭性恶性肿瘤，以早期转移、预后不良和复发率高以及治疗效力有限为特征^10-12。在具有良性病变的女性中，隐匿性子宫癌的风险为1/350，并且LM和LMS之间的临床症状以及形态学特征难以区分^13-18。因此，在手术期间存在隐性恶性肿瘤的风险。

此后，研究者试图开发术前诊断测试来区分良性和恶性子宫块(uterine mass)²²。然而，没有明确的证据表明阴道超声和弹性成像^23，24或者磁共振成像和计算机断层扫描^11，25可区分LM和LMS。此外，假阳性结果阻碍了对差异蛋白质模式的观察²⁶。

用于区分子宫肌层肿瘤(myometrial tumor)的准确的术前或术中诊断的缺乏影响了他们的手术治疗。FDA法规已用腹腔镜子宫肌瘤切除术替代了基于剖腹术的方法，后者提高了患者的发病率、死亡率和医疗保健系统的成本³⁴。本说明书公开了LMS和LM之间在基因组和转录组水平上存在一致的差异遗传改变，以建立早期鉴别诊断来改善LM的治疗和管理。

发明概述

本发明说明书提供了这样的系统，其允许临床医生利用基因组工具、遗传变异和新工具中可能的转录组和基因组标志物来通过整合比较基因组和转录组分析以实现对子宫肌层肿瘤/子宫赘生物(uterine neoplasm)例如LM(平滑肌瘤)、LMS(平滑肌肉瘤)和IMT(inflammatory myofibroblastic tumor，炎性肌成纤维细胞瘤)的鉴别分子诊断。这通过提供临床医生可用来评价表面上是良性肿瘤而实际上是较罕见但危险得多的恶性肿瘤之风险的工具，为针对常见子宫赘生物的当前临床方法中的主要问题提供了解决方案。

因此，在一个方面中，本公开内容提供了用于在对象中诊断子宫肌层肿瘤的方法，其包括对来自对象的生物样品(例如，肿瘤组织)的转录组和基因组数据进行独特的整合分子分析，以确定对象是否具有LM、LMS和/或IMT特征和/或基因型。

在另一个方面中，本公开内容提供了用于在对象中诊断子宫肌层肿瘤的方法，其包括对来自对象的生物样品进行基因型分型测定以确定对象是否具有LM基因型。在多个实施方案中，基因型分型测定涉及检测指示LM的一种或更多种生物标志物。

在另一个方面中，本公开内容提供了用于在对象中诊断子宫肌层肿瘤的方法，其包括对来自对象的生物样品进行基因型分型测定以确定对象是否具有LMS基因型。在多个实施方案中，基因型分型测定涉及检测指示LMS的一种或更多种生物标志物。

在另一方面中，本公开内容提供了用于在对象中诊断子宫肌层肿瘤的方法，其包括对来自对象的生物样品进行基因型分型测定以确定对象是否具有IMT基因型。在多个实施方案中，基因型分型测定涉及检测指示IMT的一种或更多种生物标志物。在另一个方面中，用于诊断LM、LMT或IMT的方法可与用于治疗子宫肌层肿瘤/子宫赘生物(例如，平滑肌瘤或平滑肌肉瘤)的治疗方法或治疗步骤组合。

因此，在一个方面中，本公开内容提供了用于在对象中治疗子宫肌层肿瘤的方法，其包括：(a)对来自对象的生物样品进行基因型分型测定以确定对象是否具有子宫平滑肌肉瘤基因型，以及(b)如果对象不具有子宫平滑肌肉瘤基因型，则手术去除子宫肌层肿瘤。

在多个实施方案中，该方法还包括在步骤(b)之前对生物样品进行第二基因型分型测定以确定对象是否具有子宫平滑肌瘤基因型。

在另一些实施方案中，本公开内容提供了治疗患有子宫肌层肿瘤的对象的方法，其包括对从对象获得的生物样品进行基因型分型测定，并从对象中去除子宫肌层肿瘤，其中基因型分型测定指示该对象不具有子宫平滑肌肉瘤(即确定肿瘤为良性的和/或非恶性的)。

在另一些实施方案中，本公开内容提供了指示子宫肌层肿瘤包含平滑肌肉瘤的生物标志物。

在另一些实施方案中，本公开内容提供了指示子宫肌层肿瘤是平滑肌瘤的生物标志物。

在多个实施方案中，子宫平滑肌肉瘤基因型(即，子宫肌层肿瘤的恶性基因型)包括检测到一种或更多种以下生物标志物中的突变：

FGF8，RET，PTEN，ATM，CADM1，KMF2A，NOTC H2，MCL1，DDR2，CCND1，FGF19，FGF3，MDM4，KRAS，SDCCAG8，CCND2，RP11-611O2.2，MDM2，ARID1A，FGF14，LAMP1，NA，FG，F9，FLT1，ALOX5AP，BRCA2，RB1，MYCL，MPL，HPDL，MUTYH，RAD54L，RAD51B，FANC1，TSC2，P ALB2，NLRC3，SLX4，CREBBP，CDH1，RP11-525K10.1，RAPIGAP2，RAD5IL3-RFFL，ERBB2，BRCAI，TEX14，RPS6KB1，TP53，RBFOX3，BCL2，STK11，NOTCH3，JAK3，TGFBR 3，CCNE1，AKT2，ERCC2，PPPIR13L，PIK3CD，G NASERG，ERBB4，BARD1，RNA5SP495，CHEK2，RP1-302D9.3，EP300，RNU6-688P，MSH6，VHL，

MKRN2，ATR，MLH1.TET2，F GF2，FGFR3，PDGFRA，KDR，FGF5，APC，HMGX B3，CSF1R，PDGFRB，FGF10，PIK3R1，DHFR，RO S1，HIVEP1，ESR1，BYSL，MET，SNO，BRAF，DPP 6，CARD11，EGFR，CASC11，NRG1，FGFR1，NOT CH1，MLLT3，LINGO2，PTCH1和AR

(例如，2、3、4、5、6、7、8、9或10种或更多种指定生物标志物的组合)。

在多个实施方案中，与平滑肌瘤或平滑肌肉瘤基因型相关的一种或更多种突变是缺失(deletion，DEL)、插入(insertion，INS)或单核苷酸多态性(single-nucleotidepolymorphism，SNP)。

在另一些实施方案中，子宫平滑肌瘤基因型(即，子宫肌层肿瘤的良性基因型)包括检测到一种或更多种以下生物标志物中的突变：

FGFR2，KLLN，PTEN，ATM，KMT2A，MTOR，NRA ，S，NOTCH2，FGF19，AP001888.1，FGF3，MRE11A，MDDM4，PTPN11，SDCCAG8，FGF6，ERBB3，M DM2，NA，LAMP1，FGF9，FLT1，BRCA2，MYCL，RP11-982M15.2，MPL，HPDL，SLC35F4，RAD51B，RAD 51，IDH2，TSC2，SLX4，CREBBP，RAD51L3-RFFL，TP53，RBFOX3，STK11，NOTCH3，TGBR3，AKT2，GNAS-AS1，ERG，MYCNOS，BARDD1，EP300，DNMT3A，MSH2，MSH6，VHL，RAF1，PIK3CB，PIK3CA，TFR C，MLH1，BAP1，TET2，FGFR3，PDGFRA，MRPS18C，APC，HMGXB3，CSFIR，PDGFRB，FGFR4，F GF10，ESR1，BYSL，CCND3，SMO.DPP6，EGFR，CDK6，MYC，NRG1，NOTCH1，MLLT3，RP11-145E5.5，JAK2，GNAQ，PTCH1和AR

在多个另外的实施方案中，子宫平滑肌肉瘤基因型包括检测到一种或更多种以下生物标志物中的突变：

FGF1，JAK2 KRAS，CDK4，FGF10，FGF5，MYC，FGF14，FGF7，MDM4，MYCL1和NRG1

在另一些实施方案中，子宫平滑肌瘤基因型包括检测到一种或更多种以下生物标志物中的突变：CCND、FGFR3和MET。

在另一些实施方案中，子宫平滑肌肉瘤基因型包括检测到一种或更多种以下生物标志物中的突变：

CDK4，FGF10，FGF5，MYC，MYCL1，NRG1，FGF1.FGF14，JAK2，KRAS，FGF14FFF7，MDM4，MYCL1，NRG1，FGF5，RET，ALK，BRCA2，FGFR3，FGFR4，FLT3，NTRK1，PAX3，PAX7，RET，ROS1和TMPRSS2

在另一些实施方案中，子宫平滑肌肉瘤基因型包括检测到一种或更多种以下生物标志物中的CNV重复突变：CDK4、FGF10、FGF5、MYC、MYCL1和NRG1。

子宫平滑肌肉瘤基因型还可包括检测到一种或更多种以下生物标志物中的CNV缺失突变：FGFl、FGF14、JAK2和KRAS。

在另一些实施方案中，子宫平滑肌肉瘤基因型包括检测到一种或更多种以下生物标志物中的CNV缺失&重复突变：FGF14、FGF7、MDM4、MYCLl和NRG1。

在另一些实施方案中，子宫平滑肌肉瘤基因型包括检测到一种或更多种以下生物标志物中的SNV突变：FGF5和RET。

在另一些实施方案中，子宫平滑肌肉瘤基因型包括检测到ALK、BRCA2、FGFR3、FGFR4、FLT3、NTRKl、PAX3、PAX7、RET、ROS1和TMPRSS2(例如，2、3、4、5、6、7、8、9或10种或更多种指定生物标志物的组合)的mRNA上调。

在另一些实施方案中，子宫平滑肌瘤基因型可包括检测到一种或更多种以下生物标志物中的突变：FGF3和MET。

子宫平滑肌瘤基因型还可包括检测到FGFR3中的CNV重复突变。

子宫平滑肌瘤基因型还可包括检测到MET中的CNV缺失突变。

权利要求1所述的方法，其中子宫平滑肌瘤是浆膜下纤维样(fibroid)、壁内纤维样或黏膜下纤维样。

子宫平滑肌瘤可以是具有0级、1级或2级子宫平滑肌瘤的黏膜下平滑肌瘤。

在多个实施方案中，该方法涉及对来自患有子宫肌层肿瘤的对象的子宫肌层肿瘤或生物样品进行分析或基因型分型，其中子宫肌层肿瘤包括平滑肌瘤(LM)、平滑肌肉瘤(LMS)和/或炎性肌成纤维细胞瘤(IMT)。

子宫平滑肌瘤可以是浆膜下纤维样、壁内纤维样或黏膜下纤维样。

黏膜下子宫平滑肌瘤可以是0级、1级或2级子宫平滑肌瘤。

在多个实施方案中，获得的生物样品可以是生物流体，其可以是但不限于血液、血浆或尿。生物样品也可以是生物组织，例如子宫肌层肿瘤(或其活检物)。

DNA样品也可以是来自子宫肌层组织的基因组DNA和/或无细胞肿瘤DNA(cell-free tumor DNA，cftDNA)样品，例如来自血液或血浆样品。

在多个实施方案中，基因型分型测定可以是DNA样品的限制性片段长度多态性鉴定(restriction fragment length polymorphism identification，RFLPI)、DNA样品的随机扩增多态性检测(random amplified polymorphicdetection，RAPD)、DNA样品的扩增片段长度多态性(AFLPD)、DNA样品的聚合酶链反应(polymerase chain reaction，PCR)、DNA样品的DNA测序或DNA样品与核酸微阵列的杂交。

DNA测序可以是下一代测序方法，例如单分子实时测序(singlemolecule real-time sequencing，SMRT)、离子半导体测序、焦磷酸测序、合成测序、组合探针锚合成(combinatorial probe anchor synthesis，cPAS)、连接测序(SOLiD测序)、纳米孔测序或大规模平行签名测序(massively parallel signature sequencing，MPSS)。

在多个实施方案中，子宫平滑肌瘤的手术去除步骤是通过腹腔镜分碎术或子宫肌瘤切除术进行的。

附图简述

以下附图构成本说明书的一部分并被包括在内以进一步示出本公开内容的某些方面，通过与本文中给出的一些具体实施方案的详细描述组合，参照这些附图中的一个或更多个，可更好地理解这些方面。

图1A至1D示出了平滑肌瘤(LM)和平滑肌肉瘤(LMS)的比较基因组分析。图1A描绘了示出LM和LMS(从顶部至底部)中拷贝数变异(copy number variation，CNV)百分比的饼状图。图1B示出了使用log²-倍数变化(fold change，FC)在LM(顶部)和LMS样品(底部)中检测到的扩增和缺失的谱。图1C描绘了示出每个样品的缺失和重复的分布的条形图(左)。示出与基因相关的缺失和重复的分布的条形图(右)。图1D是表示子宫LM(右)和LMS(左)共有的CNV的数目的维恩图。

图2A至2B示出了基于CNV的LM、LMS和IMT样品的聚类(clustering)。图2A示出了平滑肌瘤(LM)(N＝13)、平滑肌肉瘤(LMS)(N＝13)和IMT(N＝1)样品的主成分分析(principalcomponent analysis，PCA)。每个样品在图中均表示为有色点(绿色，LMS；紫色，LM；黄色，IMT)。两组之间的大部分差异均捕获在前两种主成分中。图2B是与基因(列)相关并针对LM(紫色)、LMS(绿色)和IMT(黄色)的每个分析样品(行)的CNV的热图树状图。包括频繁扩增(红色)和缺失(蓝色)的拷贝数图。每条臂的水平长度反映了聚类的相关性。

图3A至3C示出了包含在TruSeq肿瘤170基因组套(gene panel)中的55个基因的靶向转录谱。图3A是基因表达谱中平滑肌瘤(LM)(N＝13)、平滑肌肉瘤(LMS)(N＝13)和IMT(N＝1)样品中距离的多维标度图(MDS)。每个样品在图中均表示为有色点(绿色，LMS；紫色，LM；黄色，IMT)。两组之间的大部分差异均捕获在前两种主成分中。图3B是针对每个样品(行)分析的55个基因(列)的表达的热图树状图，示出了样品的三个聚类。图3C是在LMS(绿色)与LM(紫色)中显著上调的11个基因的箱线图。对于每个基因，表现了p值。

图4A至4C示出了对IMT试样(最初诊断为LMS)中新的ALK-TNS1融合转录物的检出。图4A是对TNS1和ALK的蛋白质的基因序列和主要功能结构域的示意性表示。在该基因序列中，红色箭头指示在那里检测到融合的外显子。在蛋白质示意图中，黑色线表示断裂点，并且虚线指示更近的转录融合点视图。融合点处的氨基酸序列以矩形突出显示。图4B示出了IMT01样品中ALK的强细胞质染色的免疫组织化学染色。比例尺表示200μM。图4C是ALK荧光原位杂交(fluorescence in situ hybridization，FISH)的代表性图像，其示出了包含分裂和融合信号的数个核(箭头)。

图5示出了平滑肌肉瘤中反复受影响基因的综合表现。列表示样品，如在底部所指示的，而大多数代表性基因以行示出。灰色框指示未受影响的基因。蓝色框指示受缺失影响的基因，并且红色框表示重复。突变由黑色正方形表示，而突出显示的绿色正方形指示mRNA上调。

图6A至6F示出了肿瘤发生过程的整合特征的功能性意义。图6A示出了基于KEGG途径数据库的受影响功能(implicated function)的分布，其中基于p调整值分类的途径在y轴上表示，并且属于每个途径的基因数在x轴上详细说明。图6B示出了PI3K-AKT信号传导途径图，其包含属于该途径的大多数整合基因的倍数变化表示。图6C示出了在KEGG中，对于基于p调整值的特定分子功能的功能基因注释。图6D示出了与分子功能相关的所有特定过程之间的基因表达和功能关系的网络建模。大节点表示相关过程中的主要分类功能，而小球表示通过整合分析获得的基因。图6E示出了在KEGG中，对于基于p调整值的特定生物学过程的功能基因注释。图6F示出了所有特定生物学过程之间的基因表达和功能关系的网络建模。

图7A至7C：图7A示出了基于KEGG途径数据库的受影响功能的分布，其中途径在y轴上表示，并且属于每个途径的基因数在x轴上详细说明。图7B示出了包含来自注释标签的途径名称和基因比率的分子功能的GO富集分析。图7C示出了生物学过程的GO富集分析。p调整值表示作为从蓝色到红色的渐变颜色示出。

发明详述

本公开内容描述了这样的创新性工具，其允许临床医生利用基因组工具、遗传变异和新工具中可能的转录组和基因组标志物来实现对子宫肌层肿瘤/子宫赘生物(例如LM、LMS和IMT)的鉴别分子诊断。这通过提供临床医生可用来评价表面上是良性肿瘤而实际上是较罕见但危险得多的恶性肿瘤之风险的工具，为针对常见子宫赘生物的当前临床方法中的主要问题提供了解决方案。基于由本发明人开发的数据库，提出了：主要由来源于肿瘤组织的DNA和RNA的“下一代测序”驱动的诊断工具区分子宫LMS和LM是组织学技术或任何其他目前的诊断方法都不能实现的方式。

定义

除非另有定义，否则本文中使用的所有技术和科学术语均具有本发明所属领域中普通技术人员通常理解的含义。以下参考文献为本发明所属领域中的技术人员提供了本发明中使用的许多术语的一般定义：Singleton et al.，Dictionary of Microbiology andMolecular Biology(2d ed.1994)；The Cambridge Dictionary of Science andTechnology(Walker ed.，1988)；Hale&Marham，The Harper Collins Dictionary ofBiology(1991)；和Lackie et al，The Dictionary of Cell&Molecular Biology(3ded.1999)；以及Cellular and Molecular Immunology，Eds.Abbas，Lichtman and Pober，2nd Edition，W.B.Saunders Company。出于本发明的目的，进一步定义了以下术语。

除非上下文另外明确指出，否则如在本文和权利要求书中所使用的，未用数量词修饰的名词包括一个/种或更多个/种。因此，例如，提及“试剂”包括单一试剂和多种这样的试剂。

术语“对象”或“患者”在本文中是指需要本文中所述分析的人。在一些实施方案中，对象是患者。在一些实施方案中，对象是人。在一些实施方案中，对象是女性(女人)。在一些实施方案中，对象是这样的女性：其表现出与被认为是良性肿瘤的子宫纤维样一致的病理状况和或病史。在一些实施方案中，对象是这样的女性：其表现出与被认为是平滑肌瘤(LM)的子宫纤维样一致的病理状况和或病史。在一些实施方案中，对象是这样的女性：其表现出与被认为是平滑肌瘤的子宫纤维样一致的病理状况和或病史并且期望手术干预。在一些实施方案中，对象是这样的女性：其表现出与被认为是平滑肌瘤的子宫纤维样一致的病理状况和或病史，期望手术干预并且需要对肿瘤进行评价以评价该肿瘤是恶性的风险以指导治疗的选择。在一些实施方案中，对象是这样的女性：其表现出与被认为是平滑肌瘤的子宫纤维样一致的病理状况和或病史，期望手术干预并且需要对肿瘤进行评价以评价该肿瘤是肉瘤的风险以指导治疗的选择。与被认为是平滑肌瘤的子宫纤维样一致并期望手术干预。在一些实施方案中，对象是这样的女性：其表现出与被认为是平滑肌瘤(LM)的子宫纤维样一致的病理状况和或病史，期望手术干预并且需要对肿瘤进行评价以评价该肿瘤是平滑肌肉瘤的风险以指导治疗的选择。

值得注意的是，在本公开内容中，并且特别是在权利要求书和/或段落中，术语例如“包含/包括”及其变化形式等可具有美国专利法赋予它们的含义；例如，其可意指“包括/包含”及其变化形式等；并且术语例如“基本上由……组成”及其变化形式具有美国专利法赋予它们的含义，例如，其允许未明确列举的要素，但排除在现有技术中发现或影响本发明的基本或新的特征的要素。

本文中使用的术语“基因型”是指个体在基因组中的一个或更多个位置处携带的遗传信息。基因型可以是指单多态性例如单SNP中存在的信息。例如，如果SNP是双等位基因的并且可以是A或C，那么如果个体在该位置是纯合的A，则SNP的基因型是纯合的A或AA。基因型也可以是指存在于多个多态性位置处的信息。基因型也可以是指其他遗传特征(signature)或突变，例如基因中的插入或缺失，或者是指基因的一个或更多个复制或重复部分，或者是指倒位，或者是指移码突变等。基因型还可包括表观遗传基因型，即其中生物标志物是基因中甲基化的被改变模式。

除非另外指出，否则本发明的实践可采用本领域技术范围内的有机化学、聚合物技术、分子生物学(包括重组技术)、细胞生物学、生物化学和免疫学的常规技术和描述。这样的常规技术包括聚合物阵列合成、杂交、连接和使用标记检测杂交。合适技术的一些具体举例说明可通过参考本文中下文实例获得。然而，当然也可使用其他等同的常规程序。这样的常规技术和描述可发现于标准实验室手册，例如Genome Analysis：A LaboratoryManual Series(Vols.I-IV)，Using Antibodies：A Laboratory Manual，Cells：ALaboratory Manual，PCR Primer：A Laboratory Manual，和Molecular Cloning：ALaboratory Manual(全部来自Cold Spring Harbor Laboratory Press)，Stryer，L.(1995)Biochemistry(4th Ed.)Freeman，New York，Gait，“Oligonucleotide Synthesis：APractical Approach”1984，IRL Press，London，Nelson and Cox(2000)，Lehninger，Principles of Biochemistry 3rd Ed.，W.H.Freeman Pub.，New York，N.Y.和Berg etal.(2002)Biochemistry，5th Ed.，W.H.Freeman Pub.，New York，N.Y.，出于所有目的，其全部通过引用整体并入本文。

生物样品

在本方法中可使用任何合适的生物样品来评价和检测LM或LMS。

在一个实施方案中，生物样品是血液。

在另一个实施方案中，生物样品是血浆。

在另一个实施方案中，生物样品来自身体组织或器官。身体组织或器官可包括子宫、脑、结缔组织(connective)、骨、肌肉、神经系统、淋巴系统、肺、心脏、血管、胃、结肠、小肠、胰腺或胆囊。优选地，样品来自具有或患有LM或LMS的对象。

在一些实施方案中，当对象出现为LM或LMS特征的一种或更多种体征或症状时获得生物样品。

在一些实施方案中，在对象具有LM或LMS的一种或更多种体征或症状至少数天(例如2至5天、5至10天、1至2周、2至4周或更长时间)之后获得生物样品。在另一些实施方案中，对象在使用本文中所述的方法进行诊断之前不需要具有体征或症状。

如本文中所述，当提及获得或评价生物样品时，应理解，可获得或评价(例如，每个对象的)一个或更多个生物样品(例如，两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个、九个、十个、或更多个生物样品)。另外，在某些实施方案中，可在一段时间内采集样品并进行评价以确定随时间(例如数天至数个月至数年)的状况。

在一些实施方案中，生物样品可以是血液样品。在一些实施方案中，生物样品可以是非血液样品。

在一些实施方案中，可对样品进行加工以去除细胞来产生无细胞样品(例如，无细胞血浆或血清)。在一些实施方案中，可通过离心、色谱法、电泳或任何其他合适的方法从样品中去除细胞。

生物样品可以像从生物来源获得那样直接使用或在预处理以修饰样品的特性之后使用。例如，这样的预处理可包括从血液制备血浆、稀释黏性流体等。预处理方法还可包括但不限于过滤、沉淀、稀释、蒸馏、混合、离心、冷冻、冻干、浓缩、扩增、核酸片段化、干扰组分的灭活、试剂的添加、裂解等。如果对样品采用这样的预处理方法，则这样的预处理方法通常使得目标核酸保留在受试样品中，优选地以与未经处理的受试样品(例如，即未进行任何这样的预处理方法的样品)中的浓度成比例的浓度。相对于本文中所述的方法，这样的“经处理”或“经加工”样品仍被认为是生物“受试”样品。

在一些实施方案中，样品是两种或更多种生物样品的混合物，例如，生物样品可包含生物流体样品、组织样品和细胞培养物样品中的两种或更多种。本文中使用的术语“血液”、“血浆”和“血清”明确地涵盖其级分或经加工部分。类似地，当样品取自活检、拭子、涂片等时，“样品”明确地涵盖来源于所述活检、拭子、涂片等的经加工级分或部分。

在多个实施方案中，通过已知方法处理或加工生物样品(例如，血液或血浆)以获得其中存在的无细胞DNA。

在本发明中，可对任何生物样品，包括包含来源于患者子宫赘生物的核酸的组织、分离的细胞或生物流体，进行基因型、遗传特征或生物标志物特征或另外的表达特征或转录组特征的分析。出于本公开内容的目的，核酸包括DNA和RNA(例如，分别为基因组DNA和信使RNA)。出于本发明的目的，组织包括通过对确定的或疑似的子宫赘生物进行手术切除或活检获得的肿瘤的多细胞部分。分离的细胞可通过对疑似或确定的肿瘤进行活检获得，例如通过穿刺活检(needle biopsy)、经宫颈的子宫内膜活检(transcervical endometrialbiopsy)或扩张术和刮除术(也称为D&C(dilation and curettage))。分离的细胞还可通过对子宫肌层进行取样获得，例如，通过获得相应组织的活检以回收包含从肿瘤脱落的物质的细胞物质。包含核酸的生物流体也可用于对来源于子宫赘生物的核酸进行取样和检测，进行本领域中已知、作为确定这样的无细胞核酸的所来源的组织的方法的另一些生物信息学分析。这样的生物流体包括全血、血清、血浆、淋巴液、尿、黏液、唾液或子宫肌层活检物。在某些实施方案中，生物样品是流体，例如血液或血浆。

可使用本领域中已知的方法，例如，提取至固相树脂或珠，或酚-氯仿提取或其他有机提取，从生物样品中提取核酸，用DNA特异性降解酶促处理和RNA降解酶抑制剂以根据需要富集RNA。需要时，这样的方法可包括本领域中已知的可用于从福尔马林固定石蜡包埋组织中回收核酸的技术，以使本发明的方法能够在不需要获得另外的生物样品的情况下在先前从患者获得的组织学样品上实施。

生物标志物

本文中使用的术语“生物标志物”或“生物学标志物”是指广泛的医学体征亚类别-即，从患者外部观察到的医学状态的客观指示-其可被准确地和可重复地测量。一种或更多种这样的生物标志物可存在于特定细胞群(例如，在组织活检中获得的细胞，该组织在视觉上被鉴定为肿瘤性或交替性(alternate)的，在具有或不具有染色的情况下通过显微术检查在组织学上进行确定，所述染色用于表示相对于周围组织具有肿瘤分化的组织)中并且每种生物标志物的水平可偏离不同细胞群和/或不同对象(例如，患者)中相同生物标志物的水平。例如，指示平滑肌肉瘤的生物标志物可相对于对照样品(例如，来自正常对象，例如不具有平滑肌肉瘤或不处于平滑肌肉瘤之风险中的对象的样品)中的相同标志物的水平，在来自对象的样品(例如，来自具有平滑肌肉瘤或处于平滑肌肉瘤之风险中的对象的样品)中具有升高的水平或降低的水平。

具有与病症、疾病或其他生物学状态(例如，平滑肌瘤或平滑肌肉瘤)相关的独特特征模式的组合的生物标志物组可被称为“生物标志物特征”或等同地称为“基因特征”或“基因表达特征”或“基因表达谱”。基因特征或基因表达特征是细胞中具有作为生物学过程或致病性医学病症(例如，平滑肌瘤或平滑肌肉瘤)的结果发生的基因表达的独特特征模式的单个基因或组合的基因组。激活常规生理过程中的途径或对刺激做出生理响应导致引起基因表达水平改变的一连串信号转导和相互作用，这被归类为该生理过程或响应的基因特征。

基因特征的临床应用分为预后性、诊断性和预测性特征。理论上可由基因表达特征定义的表型范围从预测患有疾病的个体的存活或预后的表型、用于区分疾病的不同亚型(例如，平滑肌瘤和平滑肌肉瘤)的表型到预测特定途径的激活的表型。理想地，基因特征可用于选择特定治疗(例如，用于确定LM的药物治疗或微创手术过程与适用于LMS的更具侵入性、紧急和多因素的治疗方式)对其有效的患者的组。

预后是指预测疾病的可能结果或过程。基于特定基因特征或多个基因特征对生物表型或医学病症进行分类，可作为针对相关表型或病症(例如，平滑肌瘤或平滑肌肉瘤)的预后生物标志物。这种被称为预后性基因特征的概念，无论治疗干预如何，都用于提供对病症总体结果的深刻见解。已进行了集中于确定预后性基因特征的数项研究，希望改进临床环境中采用的诊断方法和治疗过程。应指出的是，预后性基因特征本身并不是治疗的靶标，但它们提供了在计划治疗干预时要考虑的另外的信息。基因特征优选满足被视为预后标志物的标准包括证明其与病症结果的相关性、在独立患者组中其相关性的可再现性和验证，并且最后，预后值必须证明在多变量分析中独立于其他标准因素。在本发明中，预后性特征主要涉及区分作为适用于典型LM和类似的良性肿瘤的基于护理分碎术的治疗的标准的结果而可能不具有复发或转移的那些患者与由于恶性细胞从其典型LMS或类似的恶性肿瘤中随之扩散而导致的作为相同干预的后遗症而处于复发和/或转移性疾病的升高风险之中的那些对象。

诊断性基因标志物用作区分具有包含给定治疗干预可接受的风险和给定治疗干预不可接受的风险的风险阈值、表型类似的医学病症的生物标志物。建立经验证的诊断临床惰性和恶性病例的方法允许参与者提供风险经调整的治疗选择，范围从没有治疗、针对其中生物标志物指示中等风险水平的病例的另外的诊断过程、可接受风险病例的护理手术干预标准到更具侵袭性的手术干预，其在其中生物标志物告知的风险谱使护理干预标准具有不可接受的风险的情况下，潜在地与其他治疗方式例如免疫治疗、放射治疗和/或化学治疗相结合。这样的诊断性特征还允许更准确地表示研究中使用的受试样品。

预测性基因特征预测治疗在表现出特定疾病表型的患者或研究参与者中的作用。与预后性基因特征不同，预测性基因特征可以是治疗的靶标。预测性特征提供的信息比预后性特征的更缜密，因为它们基于治疗干预的治疗组，来自治疗的可能益处，完全独立于预后。预测性基因特征解决了对使疾病治疗干预个性化和定制疾病治疗干预的方法的主要需求。这些特征通过确定更新的治疗靶标和确定对于特定治疗的最佳益处最有资格的对象而在促进个性化医疗方面具有意义，所述特定治疗包括除腹腔镜动力分碎术之外的手术干预，例如如通过阴道或通过微型剖腹术切口进行的整块(en bloc)组织去除，或者在具有或不具有组织包容(containment)的情况下的人工分碎术，其中任一种都可在高风险情况下与辅助抗肿瘤治疗一起进行。

在表3、6、7、8和9但不限于此中提供了指示平滑肌瘤和平滑肌肉瘤的一些示例性生物标志物。在一些实施方案中，可使用来自表3、6、7、8和/或9的生物标志物的组合构建生物标志物特征(即，两种或更多种生物标志物的组合)。例如，来自表3的一种或更多种生物标志物可与来自表6、7、8和/或9的一种或更多种生物标志物组合。在另一些实施方案中，来自表6的一种或更多种生物标志物可与来自表3、7或8的一种或更多种生物标志物组合。在另一些实施方案中，来自表7的一种或更多种生物标志物可与来自表3、6、8和/或9的一种或更多种生物标志物组合。在另一些实施方案中，来自表8的一种或更多种生物标志物可与来自表3、6、7和/或9的一种或更多种生物标志物组合。在另一些实施方案中，本文在任何表或列表或集合中公开的任意第一生物标志物可与所公开的任意第二生物标志物组合。此外，该组合可与本文任何地方公开的任意第三、或第四、或第五、或第六、或第七、或第八、或第九、或第十或更多生物标志物组合。用于检测LM和/或LMS的生物标志物的这样的组合可称为生物标志物特征。

在一些实施方案中，与来自不具有恶性子宫肿瘤的对象或具有良性子宫赘生物的对象的样品相比，生物标志物在来自具有恶性子宫肿瘤的对象的样品中差异表达。在一些实施方案中，与来自不具有平滑肌肉瘤的对象或具有平滑肌瘤的对象的样品相比，生物标志物在来自具有平滑肌肉瘤的对象的样品中差异表达。在一些实施方案中，与来自不具有平滑肌瘤的对象或具有平滑肌肉瘤的对象的样品相比，生物标志物在来自具有平滑肌瘤的对象的样品中差异表达。

在一些实施方案中，指示平滑肌肉瘤(LMS)的生物标志物特征包含选自以下的一种或更多种生物标志物(例如，任意2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种生物标志物的组合)：

FGF8，RET，PTEN，ATM，CADMl，KMT2A，NOTCH2，MCL 1，DDR2，CCND 1，FGF19，FGF3，MDM4，KRAS，SDCCAG8，CCND2，RP11-611O2.2，MDM2，ARID1A，FGF14，LAMP1，NA，FGF9，FLT1，ALOX5AP，BRCA2，RB1，MYCL，MPL，HPDL，MUTYH，RAD54L，RAD51B，FANCI，TSC2，PALB2，NLRC3，SLX4，CREBBP，CDHl，RP11-525K10.1，RAP1GAP2，RAD51L3-RFFL，ERBB2，BRCA1，TEX14，RPS6KB1，TP53，RBFOX3，BCL2，STK11，NOTCH3，JAK3，TGFBR3，CCNE1，AKT2，ERCC2，PPP1R13L，PIK3CD，GNAS，ERG，ERBB4，BARD1，RNA5SP495，CHEK2，RP1-302D9.3，EP300，RNU6-688P，MSH6，VHL，MKRN2，ATR，MLH1，TET2，FGF2，FGFR3，PDGFRA，KDR，FGF5，APC，HMGX B3，CSF1R，PDGFRB，FGF10，PIK3R1，DHFR，RO S1，HIVEP1，ESR1，BYSL，MET，SMO，BRAF，DPP 6，CARD11，EGFR，CASC11，NRG1，FGFR1，NOTCH1，MLLT3，LINGO2，PTCH1和AR。

在一些实施方案中，指示平滑肌肉瘤(LMS)的生物标志物特征包含选自CDK4、FGF10、FGF5和MYC的一种或更多种生物标志物中的拷贝数变异(CNV)重复。在一些实施方案中，指示平滑肌肉瘤(LMS)的生物标志物特征包含CDK4、FGF10、FGF5和MYC中的拷贝数变异(CNV)重复。在一些实施方案中，指示平滑肌肉瘤的基因特征包含选自FGF1、JAK2和KRAS的一种或更多种生物标志物中的CNV缺失。在一些实施方案中，指示平滑肌肉瘤的基因特征包含FGF1、JAK2和KRAS中的CNV缺失。在一些实施方案中，指示平滑肌肉瘤的生物标志物特征包含选自FGF14、FGF7、MDM4、MYCL1和NRG1的一种或更多种生物标志物中的CNV重复和缺失。在一些实施方案中，指示平滑肌肉瘤的生物标志物特征包含FGF14、FGF7、MDM4、MYCL1和NRG1中的CNV重复和缺失。

在一些实施方案中，指示平滑肌肉瘤(LMS)的生物标志物特征包含选自以下的生物标志物中的一种或更多种、或两种或更多种、或三种或更多种、或四种或更多种、或五种或更多种、或六种或更多种、或七种或更多种、或八种或更多种、或九种或更多种、或十种或更多种、或十一种或更多种、或十二种或更多种、或十三种或更多种、或十四种或更多种、或十五种或更多种、或十六种或更多种、或十七种或更多种、或十八种或更多种、或十九种或更多种、或二十种或更多种、或二十一种或更多种、或二十二种或更多种、或二十三种或更多种、或二十四种或更多种、或多至全部：

(1)CDK4，(2)FGF10，(3)FGF5，(4)MYC，(5)MYCL1，(6)NRG1，(7)FGF1，(8)FGF14，(9)JAK2，(10)KRAS，(11)FGF7，(12)MDM4，(13)FGF5，(14)RET，(15)ALK，(16)BRCA2，(17)FGFR3，(18)FGFR4，(19)FLT3，(20)NTRK1，(21)PAX3，(22)PAX7，(23)RET，(24)ROS1和(25)TMPRSS2。在多个实施方案中，指示平滑肌肉瘤的生物标志物特征包含选自以下的生物标志物中的2、或3、或4、或5、或6、或7、或8、或9、或10、或11、或12、或13、或14、或15、或16、或17、或18、或19、或20、或21、或22、或23、或24、或25种的任意组合：

(1)CDK4，(2)FGF10，(3)FGF5，(4)MYC，(5)MYCL1，(6)NRG1，(7)FGF1，(8)FGF14，(9)JAK2，(10)KRAS，(11)FGF7，(12)MDM4，(13)FGF5，(14)RET，(15)ALK，(16)BRCA2，(17)FGFR3，(18)FGFR4，(19)FLT3，(20)NTRK 1，(21)PAX3，(22)PAX7，(23)RET，(24)ROS1和(25)TMPRSS2。

在一些实施方案中，指示平滑肌肉瘤(LMS)的生物标志物特征包含

CDK4，FGF10，FGF5，MYC，MYCL1，NRG1，FGF1，FGF14，JAK2，KRAS，FGF7，MDM4，FGF5，RET，ALK，BRCCA2，FGFR3，FGFR4，FLT3，NTRK1，PAX3，PAX7，RET，ROS1和TMPRSS2。

在一些实施方案中，指示平滑肌肉瘤的生物标志物特征包含选自ALK、BRCA2、FGFR3、FGFR4、FLT3、NTRK1、PAX3、PAX7、RET、ROS1和TMPRSS2的一种或更多种，或者至少2、3、4、5、6、7、8、9、10或11种生物标志物。在一些实施方案中，指示平滑肌肉瘤的生物标志物特征包含ALK、BRCA2、FGFR3、FGFR4、FLT3、NTRK1、PAX3、PAX7、RET、ROS1和TMPRSS2。在一些实施方案中，指示平滑肌肉瘤的生物标志物特征包含选自ALK、BRCA2、FGFR3、FGFR4、FLT3、NTRK1、PAX3、PAX7、RET、ROS1和TMPRSS2的生物标志物中的一种或更多种或者至少2、3、4、5、6、7、8、9、10或11种的上调。在一些实施方案中，指示平滑肌肉瘤的生物标志物特征包含ALK、BRCA2、FGFR3、FGFR4、FLT3、NTRK1、PAX3、PAX7、RET、ROS1和TMPRSS2的上调。

在一些实施方案中，指示平滑肌肉瘤(LMS)的生物标志物特征包含选自ALK、BARD1、BRCA2、CCNE1、CDK4、FGF1、FGF10、FGF5、FGFR3、FLT3、JAK2、KRAS、NTRK1、PAX3、PAX7、PTEN、RET、ROS1和TMPRSS2的一种或更多种生物标志物(例如，2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18或19种生物标志物的任意组合)。在一些实施方案中，指示平滑肌肉瘤(LMS)的生物标志物特征包含ALK、BARD1、BRCA2、CCNE1、CDK4、FGF1、FGF10、FGF5、FGFR3、FLT3、JAK2、KRAS、NTRK1、PAX3、PAX7、PTEN、RET、ROS1和TMPRSS2。在一些实施方案中，指示平滑肌肉瘤的生物标志物特征包含选自ALK、BRCA2、FGFR3、FGFR4、FLT3、NTRK1、PAX3、PAX7、RET、ROS1和TMPRSS2的一种或更多种生物标志物(例如，2、3、4、5、6、7、8、9、10或11种生物标志物的任意组合)的mRNA上调。在一些实施方案中，指示平滑肌肉瘤的生物标志物特征包含ALK、BRCA2、FGFR3、FGFR4、FLT3、NTRK1、PAX3、PAX7、RET、ROS1和TMPRSS2的mRNA上调。

在一些实施方案中，指示平滑肌肉瘤的生物标志物特征包含选自FGF1、JAK2、KRAS、和PTEN的一种或更多种生物标志物(例如，1、2、3或4种生物标志物的任意组合)的缺失(部分或完全)。在一些实施方案中，指示平滑肌肉瘤的生物标志物特征包含FGF1、JAK2、KRAS和PTEN的缺失(部分或完全)。在一些实施方案中，指示平滑肌肉瘤的生物标志物特征包含选自CDK4、FGF10和FGF5的一种或更多种生物标志物(例如，1、2或3种生物标志物的任意组合)的重复。在一些实施方案中，指示平滑肌肉瘤的生物标志物特征包含CDK4、FGF10和FGF5的重复。在一些实施方案中，指示平滑肌肉瘤的生物标志物特征包含选自BARD1、CCNE1、FGF5和RET的一种或更多种生物标志物(例如，1、2、3或4种生物标志物的任意组合)中的突变。在一些实施方案中，突变是单核苷酸多态性(SNP)。在一些实施方案中，指示平滑肌肉瘤的生物标志物特征包含BARD1、CCNE1、FGF5和RET中的突变。在一些实施方案中，突变是单核苷酸多态性(SNP)。

在一些实施方案中，指示平滑肌肉瘤(LMS)的生物标志物特征包含选自CDK4、FGF10、FGF5、MYC、MYCL1和NRG1的一种或更多种生物标志物(例如，任意2、3、4、5或6种生物标志物的组合)中的拷贝数变异(CNV)重复。在一些实施方案中，指示平滑肌肉瘤(LMS)的生物标志物特征包含CDK4、FGF10、FGF5、MYC、MYCL1和NRG1中的拷贝数变异(CNV)重复。在一些实施方案中，指示平滑肌肉瘤的基因特征包含选自FGF1、FGF14、JAK2和KRAS的一种或更多种生物标志物(例如，任意2、3或4种生物标志物的组合)中的CNV缺失。在一些实施方案中，指示平滑肌肉瘤的基因特征包含FGF1、FGF14、JAK2和KRAS中的CNV缺失。在一些实施方案中，指示平滑肌肉瘤的生物标志物特征包含选自FGF14、FGF7、MDM4、MYCL1和NRG1的一种或更多种生物标志物(例如，任意2、3、4或5种生物标志物的组合)中的CNV重复和缺失。在一些实施方案中，指示平滑肌肉瘤的生物标志物特征包含FGF14、FGF7、MDM4、MYCL1和NRG1中的CNV重复和缺失。

在一些实施方案中，指示平滑肌肉瘤(LMS)的生物标志物特征包含选自FGF5和RET的一种或更多种生物标志物中的单核苷酸变异(single nucleotide variant，SNV)。在一些实施方案中，指示平滑肌肉瘤(LMS)的生物标志物特征包含FGF5和RET中的单核苷酸变异(SNV)。在一些实施方案中，指示平滑肌肉瘤的基因特征包含选自ALK、BRCA2、FGFR3、FGFR4、FLT3、NTRK1、PAX3、PAX7、RET、ROS1和TMPRSS2的一种或更多种生物标志物(例如，任意2、3、4、5、6、7、8、9、10或11种生物标志物的组合)的mRNA上调。在一些实施方案中，指示平滑肌肉瘤的基因特征包含ALK、BRCA2、FGFR3、FGFR4、FLT3、NTRK1、PAX3、PAX7、RET、ROS1和TMPRSS2的mRNA上调。

在一些实施方案中，指示平滑肌瘤(LM)的生物标志物特征包含选自以下的一种或更多种生物标志物(例如，任意2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种生物标志物的组合)：

FGFR2，KLLN，PTEN，ATM，KMT2A，MTOR，NRAS，NOTCH2，FGF19，AP001888.1，FGF3，MRE11A，MDM4，PTPN11，SDCCAG8，FGF6，ERBB3，MDM2，NA，LAMP1，FGF9，FLT1，BRCA2，MYCL，RP11-982M15.2，MPL，HPDL，SLC35F4，RAD51B，RAD51，IDH2，TSC2，SLX4，CREBBP，RAD51L3-RFFL，TP53，RBFOX3，STK11，NOTCH3，TGFBR 3，AKT2，GNAS-AS1，ERG，MYCNOS，BARD1，EP300，DNMT3A，MSH2，MSH6，VHL，RAF1，PIK3CB，PIK3CA，TFRC，MLH1，BAP1，TET2，FGFR3，PDGFRA，MRPS18C，APC，HMGXB3，CSF1R，PDGFRB，FGFR4，FGF10，ESR1，BYSL，CCND3，SMO，DPP6，EGFR，CDK6，MYC，NRG1，NOTCH1，MLLT3，RP11-145E5.5，JAK2，GNAQ，PTCH1和AR。

在一些实施方案中，指示平滑肌瘤(LM)的生物标志物特征包含选自CCND1、FGFR3和MET的一种或更多种生物标志物。在一些实施方案中，指示平滑肌瘤(LM)的生物标志物特征包含CCND1、FGFR3和MET。在一些实施方案中，指示平滑肌瘤的生物标志物特征包含FGFR3中的CNV重复。在一些实施方案中，指示平滑肌瘤的生物标志物特征包含MET中的CNV缺失。在一些实施方案中，指示平滑肌瘤的生物标志物特征包含CCND1和FGFR3中的CNV重复以及MET中的CNV缺失。

在一些实施方案中，指示平滑肌瘤(LM)的生物标志物特征包含chr12-4551244中的T-G突变。在一些实施方案中，指示平滑肌瘤的基因特征包含chr11-94192599中的G-T突变。在一些实施方案中，指示平滑肌瘤(LM)的生物标志物特征包含chr12-4551244中的T-G突变和chr11-94192599中的G-T突变。

在一些实施方案中，指示平滑肌肉瘤(LMS)的生物标志物特征包含chrl0-43597827中的C-A突变。在一些实施方案中，指示平滑肌肉瘤的基因特征包含chr4-81206898中的TAA-T突变。在一些实施方案中，指示平滑肌肉瘤(LMS)的生物标志物特征包含chr10-43597827中的C-A突变和chr4-81206898中的TAA-T突变。

本申请可提及样品中生物标志物的“状况”或“状态”。在多个实施方案中，提及生物标志物的“异常状况或状态”意指特定样品中的生物标志物的状况不同于通常在平均样品(例如，健康样品或平均患病样品)中发现的状况。一些实例包括突变、升高、降低、存在、不存在等。提及具有“升高状况”的生物标志物意指上述特征(例如，表达或mRNA水平)中的一个或更多个高于正常水平。一般而言，这意味着与指标值相比特征(例如，表达或mRNA水平)的提高。相反地，提及生物标志物的“低状况”意指上述特征(例如，基因表达或mRNA水平)中的一个或更多个低于正常水平。一般而言，这意味着与指标值相比特征(例如，表达)的降低。在该情况下，生物标志物的“阴性状况”通常意指该特征不存在或不可检测。

基因型分型测定/生物标志物分析

考虑了检测、分析或以其他方式研究本文中生物标志物的任何合适的基因型分型测定和/或方法。例如，基因型分型测定可以是DNA样品的限制性片段长度多态性鉴定(RFLPI)、DNA样品的随机扩增多态性检测(RAPD)、DNA样品的扩增片段长度多态性(AFLPD)、DNA样品的聚合酶链反应(PCR)、DNA样品的DNA测序或DNA样品与核酸微阵列的杂交。

在一些实施方案中，生物标志物与转录物表达水平(即，mRNA水平)的提高或降低相关。测量或检测转录物水平的方法是本领域中已知的。

用于推导和/或测量和/或检测细胞中一种或更多种转录物的水平的多种技术是本领域中公知的。这样的方法包括基于杂交或基于序列的方法。基于杂交的方法通常涉及将荧光标记的cDNA与定制的微阵列或商业高密度寡聚物微阵列一起孵育。还设计了专门的微阵列；例如，具有跨越外显子连接的探针的阵列可用于检测和量化不同的剪接同种型。已构建了表示高密度基因组的基因组瓦片(tiling)微阵列，并允许以非常高的分辨率映射转录的区域(从数个碱基对至约100bp)。除了查询大基因组的高分辨率瓦片阵列之外，基于杂交的方法是高通量且相对便宜的。然而，这些方法具有数个限制，其包括：依赖于现有的有关基因组序列的知识；由于交叉杂交的高背景水平；以及由于背景和信号饱和二者，检测的动态范围有限。此外，比较不同实验中的表达水平通常是困难的，并且可能需要复杂的归一化方法。

与微阵列方法相反，基于序列的方法直接确定cDNA序列。最初，使用cDNA或EST文库的桑格测序(Sanger sequencing)，但这种方法是相对低通量的、昂贵并且通常不是定量性的。开发了基于标签的方法来克服这些限制，包括基因表达的系列分析(serialanalysis of gene expression，SAGE)、基因表达的帽分析(cap analysis of geneexpression，CAGE)和大规模平行签名测序(MPSS)。这些基于标签的测序方法是高通量的并且可提供精确的数字化的基因表达水平。然而，大多数是基于桑格测序技术的，并且短标签的很大一部分不能独特地映射到参考基因组。此外，只分析了转录物的一部分，并且同种型彼此通常不可区分。这些缺点限制了传统测序技术在测量或检测mRNA水平方面的使用。

本方法还可涉及mRNA水平的较大规模分析，例如检测多种生物标志物(例如，一次2至10、或5至50、或10至100、或50至500或更多种)。另外，在此描述的方法还可涉及进行转录组分析的步骤(即针对特定发育阶段或生理条件分析细胞中完整的转录物集合及其数量)。了解转录组对于解释基因组的功能元件和揭示细胞和组织的分子组分可以是重要的，并且对于了解发育和疾病以及本文中公开的生物标志物如何指示或预测特定病症(例如，LM或LMS)也可以是重要的。转录组的主要目标是：对转录物的所有种类，包括mRNA、非编码RNA和小RNA进行分类；以依据基因的起始位点、5’和3’末端、剪接模式和其他转录后修饰确定基因的转录结构；以及对在发育期间和不同条件下的每个转录物的变化表达水平进行定量。

最近，新的高通量DNA测序方法的发展为映射和量化转录组二者提供了新方法。这种称为RNA-Seq(RNA sequencing，RNA测序)的方法相对于用于确定转录组的现有方法具有优势。

RNA-Seq使用深度测序技术。一般而言，RNA群(总的或级分化的，例如poly(A)+)被转化为一端或两端连接有衔接子的cDNA片段的文库。然后每个分子在具有或不具有扩增的情况下以高通量方式进行测序，以从一端(单端测序)或两端(配对端测序)获得短序列。根据所使用的DNA测序技术，读取通常为30至400bp。原则上，任何高通量测序技术均可用于RNA-Seq，例如Illumina IG18、Applied Biosystems SOLiD22和Roche 454Life Science系统已应用于该目的。Helicos Biosciences tSMS系统也适用并具有避免扩增靶cDNA的附加优势。在测序之后，所得读取与参考基因组或参考转录物比对或在不具有基因组序列的情况下从头组装，以产生基因组规模的转录图，所述转录图由每个基因的转录结构和/或表达水平二者组成。

关于本领域中已知的转录组分析和RNA-Seq技术还可参考：(1)Wang et al.，NatRev Genet.2009Jan；10(1)：57-63；(2)Lee et al.，Circ Res.2011Dec 9；109(12)：1332-41；(3)Nagalakshimi et al.，Curr Protoc Mol Biol.2010Jan；Chapter 4：Unit 4.11.1-13；和(4)Mutz et al.，Curr Opin Biotechn0l.2013Feb；24(l)：22-30，其各自通过引用并入本文。

通过下一代测序(RNA-seq)的转录组分析允许以非常卓越的分辨率研究转录组。一个主要益处是RNA-seq独立于所研究序列的先验知识。

转录组可通过高通量技术包括SAGE、微阵列和对来自cDNA文库的克隆进行测序来分析。十多年来，寡核苷酸微阵列已经是提供高通量和可承受成本的首选方法。然而，微阵列技术遭受公知的限制，包括对低丰度转录物进行定量的灵敏度不足、动态范围窄以及由非特异性杂交引起的偏差。另外，微阵列限于仅测量已知的/注释的转录物，并且经常遭受不准确的注释。基于测序的方法(例如SAGE)依赖于cDNA片段的克隆和测序。该方法允许通过对来自相应转录物的cDNA片段在给定样品中出现的次数进行计数来量化mRNA丰度，假设测序的cDNA片段包含足够的信息来鉴定转录物。基于测序的方法相对于基于杂交的微阵列方法具有许多显著的技术优势。基于序列的方案的输出是数字化的，而不是模拟的，避免了对用于数据归一化和汇总的复杂算法的需要，同时允许更准确的量化和更容易的比较从不同样品获得的结果。因此，如果积累了足够的序列标签，动态范围基本上是无限的。基于序列的方法不需要转录组的先验知识，并因此可用于发现和注释新的转录物以及分析注释不良的基因组。然而，直到最近，测序技术在转录组分析中的应用一直受到高成本、需要通过细菌克隆扩增DNA以及通过链终止进行测序的传统桑格方法的限制。

下一代测序(NGS)技术消除了这些障碍中的一些，使得小研究能够以高但合理的成本进行大规模平行测序。该技术基本上将转录组降低为一系列长度为数百个核苷酸的随机片段化区段。这些分子通过保留PCR产物空间聚类的过程进行扩增，并通过数种技术中的一种对独立的聚类进行平行测序。目前的NGS平台包括Roche 454Genome Sequencer、Illumina的Genome Analyzer和Applied Biosystems的SOLiD。这些平台可同时分析数千万至数亿个DNA片段，从单次次运行中产生千兆碱基的序列信息，并彻底改变了SAGE和cDNA测序技术。例如，3’标签数字基因表达(Digital Gene Expression，DGE)使用寡聚物-dT引物进行第一链cDNA合成，产生富含聚腺苷酸化mRNA的3’非翻译区的文库，并产生碱基cDNA标签。

在多个实施方案中，这样的测序技术的使用不需要制备测序文库。然而，在某些实施方案中，本文中考虑的测序方法需要制备测序文库。

可使用用于制备高通量测序文库的任何方法。美国专利申请公开No.US 2013/0203606(其通过引用整体并入)中描述了测序文库制备的一个实例。在一些实施方案中，该制备可将来自液滴致动器(droplet actuator)的样品凝固部分作为测定输入。文库制备过程是基于连接的过程，其包括四个主要操作：(a)平末端化、(b)磷酸化、(c)加A尾以及(d)连接衔接子。提供液滴中的DNA片段以处理测序文库。在平末端化操作(a)中，使用具有3’至5’核酸外切酶活性和5’至3’聚合酶活性二者的T4 DNA聚合酶，去除突出端并在DNA片段的两端产生互补碱基，使具有5’-和/或3’-突出端的核酸片段被平末端化。在一些实施方案中，T4 DNA聚合酶可作为液滴提供。在磷酸化操作(b)中，T4多核苷酸激酶可用于将磷酸连接至平末端的核酸的5’-羟基端。在一些实施方案中，T4多核苷酸激酶可作为液滴提供。在加A尾操作(c)中，dATP的3’羟基端被连接至由exo-Klenow聚合酶催化的平末端片段的5’-羟基端上的磷酸。在连接操作(d)中，测序衔接子与A尾连接。T4 DNA连接酶用于催化A尾与衔接子序列之间磷酸键的形成。在涉及cfDNA的一些实施方案中，可跳过末端修复(包括平末端化和磷酸化)，因为cfDNA是天然片段化的，但末端修复上游和下游的全部过程在其他方面与涉及较长DNA链的过程相当。

在另一个实例中，测序文库制备可涉及产生准备进行测序的衔接子修饰的DNA片段(例如，多核苷酸)的随机集合。多核苷酸的测序文库可从DNA或RNA制备，包括DNA或cDNA的等同物、类似物，例如，为通过逆转录酶的作用从RNA模板产生的互补或拷贝DNA的DNA或cDNA。多核苷酸可来源于双链形式(例如，dsDNA，例如基因组DNA片段、cDNA、PCR扩增产物等)，或者在某些实施方案中，多核苷酸可来源于单链形式(例如，ssDNA、RNA等)并已转换为dsDNA形式。

举例来说，在某些实施方案中，单链mRNA分子可被拷贝到适用于制备测序文库的双链cDNA中。主要的多核苷酸分子的精确序列对于文库制备方法通常不是重要的，并且可以是已知的或未知的。在一个实施方案中，多核苷酸分子是DNA分子。更具体地，在某些实施方案中，多核苷酸分子表示生物体的全部遗传互补物或生物体的基本上全部遗传互补物，并且是基因组DNA分子(例如，细胞DNA、无细胞DNA(cfDNA)等)，其通常包括内含子序列和外显子序列(编码序列)二者，以及非编码调节序列例如启动子和增强子序列。在某些实施方案中，主要的多核苷酸分子包含人基因组DNA分子，例如存在于对象外周血中的cfDNA分子。

通过使用包含特定片段尺寸范围的多核苷酸，有助于用于一些NGS测序平台的测序文库的制备。这样的文库的制备通常涉及大的多核苷酸(例如细胞基因组DNA)的片段化以获得期望尺寸范围的多核苷酸。

关于纯化、加工、测序和分析cfDNA的方法和另一些信息可在以下参考文献中找到，其各自通过引用并入本文：

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核酸也可通过扩增(例如通过常规聚合酶链反应)来表征。本领域中已知的确定DNA和/或RNA的序列的其他方法，例如纳米孔测序、连接测序(有时称为SOLid)、组合探针锚合成、焦磷酸测序、离子激流测序或合成测序(例如Illumina的下一代测序技术)。这样的测序方法可有效地针对已知的癌基因(已知其中的上调或调节异常与恶性肿瘤相关或与恶性组织中的诊断、预后或预测值相关的基因)，以富集可能对区分良性和恶性子宫赘生物例如LM和LMS有用的数据。

在一些实施方案中，用于检测基因型的分析方法可采用固体基质，包括一些优选实施方案中的阵列。适用于聚合物(包括蛋白质)阵列合成的方法和技术已在美国序列No.09/536,841、WO 00/58516、美国专利No.5,143,854、5,242,974、5,252,743、5,324,633、5,384,261、5,405,783、5,424,186、5,451,683、5,482,867、5,491,074、5,527,681、5,550,215、5,571,639、5,578,832、5,593,839、5,599,695、5,624,711、5,631,734、5,795,716、5,831,070、5,837,832、5,856,101、5,858,659、5,936,324、5,968,740、5,974,164、5,981,185、5,981,956、6,025,601、6,033,860、6,040,193、6,090,555、6,136,269、6,269,846和6,428,752中、在PCT申请No.PCT/US99/00730(国际公开No.WO 99/36760)和PCT/US0I/04285(国际公开No.WO 01/58593)中进行了描述，出于所有目的，其全部通过引用整体并入本文。

在某些优选实施方案中，本发明还考虑了样品制备方法。在基因型分型之前或同时，基因组样品可通过多种机制扩增，其中一些机制可采用PCR。参见，例如PCRTechnology：Principles and Applications for DNA Amplification(Ed.H.A.Erlich，Freeman Press，NY，N.Y.，1992)；PCR Protocols：A Guide to Methods and Applications(Eds.Innis，et al.，Academic Press，San Diego，Calif.，1990)；Mattila et al.，Nucleic Acids Res.19，4967(1991)；Eckert et al，PCR Methods and Applications 1，17(1991)；PCR(Eds.McPherson et al.，IRL Press，Oxford)；以及美国专利No.4,683,202、4,683,195、4，800,159、4,965,188和5,333,675，并且出于所有目的，其各自通过引用整体并入本文。样品可在阵列上扩增。参见，例如美国专利No.6,300,070和美国序列No.09/513,300，其通过引用并入本文。

其他合适的扩增方法包括连接酶链反应(ligase chain reaction，LCR)(例如，Wuand Wallace，Genomics 4，560(1989)，Landegren et al，Science 241，1077(1988)和Barringer et al.Gene 89：117(1990))、转录扩增(Kwoh et al.，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 86，1173(1989)和WO88/10315)、自我持续序列复制(Guatelliet al，Proc.Nat.Acad.Sci.USA，87,1874(1990)和WO90/06995)、靶多核苷酸序列的选择性扩增(美国专利No.6,410,276)、共有序列引物聚合酶链反应(consensus sequence primedpolymerase chain reaction，CP-PCR)(美国专利No.4,437,975)、任意引物聚合酶链反应(arbitrarily primed polymerase chain reaction，AP-PCR)(美国专利No.5,413,909、5,861,245)和基于核酸的序列扩增(nucleic acid based sequence amplification，NABSA)。(参见，美国专利No.5,409,818、5,554,517和6,063,603，其各自通过引用并入本文)。可使用的其他扩增方法描述于美国专利No.5,242,794、5,494,810、4,988,617和美围序列No.09/854,317中，其各自通过引用并入本文。

另外的样品制备方法和用于降低核酸样品复杂性的技术描述于Dong et al，Genome Research 11，1418(2001)、美国专利No.6,361,947、6,391,592和美国序列No.09/916,135、09/920,491(美国专利申请公开20030096235)、09/910,292(美国专利申请公开20030082543)和10/013,598中。

如本文中所述产生的序列数据可通过使用软件来分析，以检测肿瘤基因型特征的突变特征并区分这些与种系突变，所述软件例如Illumina Somatic Variant Caller、Pisces或适用于检测点突变(包括单核苷酸多态性和单碱基插入和缺失)的类似算法。短多核苷酸变异(short multinucleotidevariant，MNV)也可通过本领域中已知的算法例如Illumina的Scylla和Broad Institutes GATK检测。较大的遗传变化例如拷贝数变异(CNV)或结构变异可使用算法的实现(例如GATK、MANTA、GenomeSTRIP或Illumina的“CNVRobustAnalysis For Tumors”(称为CRAFT))或例如本领域中已知的用于拷贝数变异检测的其他计算工具来检测。

关于转录组数据的定性分析，可在序列数据中使用软件例如CLASS2算法、Illumina的RNA Splice Variant Caller、GATK或Hooper(2014)中描述的其他方法检测RNA剪接变异。定量转录组数据也可使用软件例如R中的数字基因表达数据的经验分析(edgeR)、DESeq2来解决，或者RNA中的Limma结构变异，包括RNA融合，也可使用软件例如MANTA来检测，而所得“嵌合”蛋白质的经验表达可通过本领域中已知的方法直接原位检测蛋白质来确定，所述方法例如用于定位特定蛋白质表位的免疫组织化学和用于定位特定核酸特征的显色原位杂交或荧光原位杂交。

一旦通过上述方法获得了所讨论生物样品的基因型谱和/或转录组谱，就提取核酸、对核酸进行测序并对序列数据进行分析以检测多种不同的遗传特征，例如单核苷酸变异、多核苷酸变异(CNV)、拷贝数变异(CNV)以及在RNA剪接变异的情况下RNA融合、差异表达水平、差异表观遗传特征(例如，差异甲基化模式)，其各自均是潜在的生物标志物。然后可将生成的数据与表示经确定的健康组织、或经确定的LMS组织或经确定的仅LM组织(即，其中没有潜伏LMS细胞)的基因型谱和转录组谱的参考数据集进行比较。在一些实施方案中，数据集可被扩充以包括外来数据，例如患者基本信息、血统、医学史和风险因素，本领域技术人员将理解，这些外来数据可为包含基因型数据和转录组数据的多变量数据集贡献独立推理值。在一些实施方案中，该比较可通过在工具、设备或软件(piece of software)中实施参考数据集来实现，所述工具、设备或软件提供了这样的方法，其以最有效地将数据划分为比生物标志物的数目明显更少的多个正交特征向量的方式(例如因素分析或主成分分析)，对于每个参考数据，划分由每种生物标志物的状况定义的数据矩阵中的方差。然后可将参考数据的已知疾病状况投影(project)到由主要特征向量或主要组分定义的空间中，并且在不同疾病状态(例如平滑肌瘤和平滑肌肉瘤)占据该空间的离散体积的情况下，可将对象的数据谱投影到相同的空间中并推断该对象是否与一种或其他疾病状态共享谱或者与任一者都不共享谱。或者，可使用无监督层次聚类分析来确定类似数据的聚类，可事后评价数据聚类与特定疾病状态的对应性，并且对象的谱落入与疾病状态相关的聚类内的倾向性可用于评价对象的生物样品是一种疾病状态(例如，LM)或另一种(例如，LMS)的可能性或概率。主成分分析或聚类分析方法二者均可用于评价参考数据集结构特征的稳健性，以及可将对象的数据分配为一种或所述疾病状态的置信度。

将参考数据与对象数据进行比较的另一类方法是允许参考数据集的监督多变量归约(supervised multivariate reduction)，例如规范变量分析或判别函数分析，其中首先使用每个参考数据的已知疾病状况来导出最能在目标疾病状态之间进行区分的多变量描述符，并随后将对象数据投影到判别空间中，以生成分类为一种或另一种疾病状态的概率。方法例如自展分析和交叉验证可用于评价多变量解决方案的稳健性和对象相对于该疾病状态的特定分类。在一些实施方案中，如此提及的疾病状态是良性和恶性子宫赘生物。在一些实施方案中，如此提及的疾病状态是平滑肌瘤和子宫肉瘤。在一些实施方案中，如此提及的疾病状态是平滑肌瘤和平滑肌肉瘤。在一些实施方案中，工具或设备包含用于数据输入的模板、数据质量控制方法的实施、参考数据集、推荐的分析程序、临床医生选择的分析选择、标准化的数据输出模板和自动生成的推荐推理如实陈述，其帮助分析者理解所得风险评价并将其传达给临床团队的其他成员和对象。

本发明的实践也可采用常规生物学方法、软件和系统。本发明的计算机软件产品通常包括具有用于执行本发明方法的逻辑步骤的计算机可执行指令的计算机可读介质。合适的计算机可读介质包括软盘、CD-ROM/DVD/DVD-ROM、硬盘驱动器、闪存、ROM/RAM、磁带等。计算机可执行指令可以以合适的计算机语言或数种语言的组合编写。基本的计算生物学方法在以下中描述，例如Setubal and Meidanis et al.，Introduction to ComputationalBiology Methods(PWS Publishing Company，Boston，1997)；Salzberg，Searles，Kasif，(Ed.)，Computational Methods in Molecular Biology，(Elsevier，Amsterdam，1998)；Rashidi and Buehler，Bioinformatics Basics：Application in Biological Scienceand Medicine(CRC Press，London，2000)和Ouelette and Bzevanis Bioinformatics：APractical Guide for Analysis ofGene and Proteins(Wiley&Sons，Inc.，2nd ed.，2001)。参见美国专利No.6,420,108。

本发明还可利用多种计算机程序产品和软件用于多种目的，例如探针设计、数据管理、分析和仪器操作。参见，美国专利No.5,593,839、5,795,716、5,733,729、5,974,164、6,066,454、6,090,555、6,185,561、6,188,783、6,223,127、6,229,911和6,308,170。

另外，本发明可具有一些优选实施方案，其包括用于通过网络例如因特网提供遗传信息的方法，如美国序列No.10/197,621、10/063,559(美国公开号20020183936)、10/065,856、10/065,868、10/328,818、10/328,872、10/423,403和60/482,389中所示。

使用的方法

本文中公开了用于早期术前诊断子宫肌层肿瘤的改进方法。在一个方面中，本文中所述的方法提供了检测子宫肌层肿瘤是否包含平滑肌肉瘤以帮助预防来源于手术方法(如分碎术)的意外恶性传播的手段。在另一个方面中，本文中所述的方法提供了诊断子宫肌层肿瘤中平滑肌瘤或平滑肌肉瘤或者平滑肌瘤和平滑肌肉瘤二者的存在的手段。

应理解，手术仍是子宫平滑肌瘤的长期治疗选择。具体地，具有分碎术的腹腔镜子宫肌瘤切除术是希望保留生育能力的女性的黄金标准干预。然而，这种手术给患有未确诊的隐匿性平滑肌肉瘤(LMS)的患者带来潜在的不利影响。一旦通过组织和/或液体活检确定了子宫平滑肌瘤或平滑肌肉瘤的基因型，就可避免分碎术，因为它有机会传播在另外情况下隐藏的恶性肿瘤。

因此，在一个实施方案中，本公开内容提供了用于在对象中诊断子宫肌层肿瘤的方法，其包括对来自对象的生物样品(肿瘤组织)的转录组和基因组数据进行独特的整合分子分析，以确定对象是否具有LM、LMS和/或IMT谱。因此，本公开内容的多个方面涉及子宫肌层肿瘤(来自肿瘤组织或另外的生物样品)的初始诊断筛选(例如基于血液或基于血浆的测试)以确保没有检测到平滑肌肉瘤组织。

因此，在一个方面中，本公开内容提供了用于在对象中诊断子宫肌层肿瘤的方法，其包括对来自对象的生物样品(例如，肿瘤组织)的转录组和基因组数据进行独特的整合分子分析，以确定对象是否具有LM、LMS和/或IMT谱和/或基因型。

在另一个方面中，本公开内容提供了用于在对象中诊断子宫肌层肿瘤的方法，其包括对来自对象的生物样品进行基因型分型测定以确定对象是否具有IMT基因型。在多个实施方案中，基因型分型测定涉及检测指示IMT的一种或更多种生物标志物。在另一个方面中，用于诊断LM、LMT或IMT的方法可与用于治疗子宫肌层肿瘤/子宫赘生物(例如，平滑肌瘤或平滑肌肉瘤)的治疗方法或治疗步骤组合。

在另一个实施方案中，本公开内容提供了治疗子宫肌层肿瘤的方法，其包括首先用基因型分型测定确定肿瘤不包含平滑肌肉瘤，并随后手术去除子宫肌层肿瘤。

在另一些实施方案中，本公开内容提供了用于在对象中治疗子宫平滑肌瘤的方法，其包括：(a)对来自对象的生物样品进行基因型分型测定以确定对象是否具有子宫平滑肌肉瘤基因型，以及(b)如果对象不具有子宫平滑肌肉瘤基因型，则手术去除子宫平滑肌瘤。

因此，本公开内容的多个方面涉及非癌性平滑肌瘤(即，确定没有平滑肌肉瘤的那些)的基于分碎术的治疗的新的和改进的方法，其包括平滑肌瘤组织(或另外的生物样品)的初始诊断筛选(例如基于血液或基于血浆的测试)以确保没有检测到平滑肌肉瘤组织。

因此，在另一个实施方案中，本公开内容提供了用于在对象中检测子宫平滑肌瘤中子宫平滑肌肉瘤的存在的方法，其包括对来自对象的生物样品进行基因型分型测定以确定对象是否具有子宫平滑肌肉瘤基因型。

在多个实施方案中，该方法还可包括检测或确定样品中子宫平滑肌瘤的存在。

在多个优选实施方案中，被分析的生物样品是血液样品。在另一些实施方案中，被分析的生物样品是血浆样品。

在多个实施方案中，样品中平滑肌肉瘤基因型的检测涉及检测来自表3、6、7和8的一种或更多种生物标志物。基因型分型测定可涉及来自仅一张表或来自表的组合的生物标志物。例如，来自表3的一种或更多种生物标志物可与来自表6、7或8的一种或更多种生物标志物组合。在另一些实施方案中，来自表6的一种或更多种生物标志物可与来自表3、7或8的一种或更多种生物标志物组合。在另一些实施方案中，来自表7的一种或更多种生物标志物可与来自表3、6或8的一种或更多种生物标志物组合。在另一些实施方案中，来自表8的一种或更多种生物标志物可与来自表3、6或7的一种或更多种生物标志物组合。在另一些实施方案中，本文在任何表或列表或集合中公开的任意第一生物标志物可与所公开的任意第二生物标志物组合。此外，该组合可与本文任何地方公开的任意第三、或第四、或第五、或第六、或第七、或第八、或第九、或第十或更多生物标志物组合。用于检测LM和/或LMS的生物标志物的这样的组合可称为生物标志物特征。

在一些实施方案中，指示平滑肌肉瘤(LMS)的生物标志物特征包含选自以下的一种或更多种生物标志物(例如，或2、3、4、5、6、7、8、9或10种或更多种生物标志物)：

FGF8，RET，PTEN，ATM，CADM1，KMT2A，NOTC H2，MCL1，DDR2，CCND1，FGF19，FGF3，MDM4，KRAS，SDCCAG8，CCND2，RP11-611O2.2，MDM2，ARID1A，FGF14，LAMP1，NA，FGF9，FLT1，ALOX5AP，BRCA2，RB1，MYCL，MPL，HPDL，MUTYH，RAD54L，RAD51B，FANCI，TSC2，PALB2，NL，RC3，SLX4，CREBBP，CDH1，RP11-525K10.1，RAp1GAP2，RAD51L3-RFFL，ERBB2，BRCA1，TEX14，RPS6KB1，TP53，RBFOX3，BCL2，STK11，NOTCH3，JAK3，TGFBR3，CCNE1，AKT2，ERCC2，PPP1R13L，PIK3CD，GNAS，ERG，ERBB4，BARD1，RNA5SP495，CHEK2，RP1-302D9.3，EP300，RNU6-688P，MSH6，VHL，MKRN2，ATR，MLH1，TET2，FGF2，FGFR3，PDGFRA，KDR，FGF5，APC，HMGX B3，CSF1R，PDGFRB，FGF10，PIK3R1，DHFR，RO S1，HIVEP1，ESR1，BYSL，MET，SMO，BRAF，DPP 6，CARD11，EGFR，CASC11，NRG1，FGFR1，NOTCH1，MLLT3，LINGO2，pTCH1和AR。

CDK4，FGF10，FGF5，MYC，MYCL1，NRG1，FGF1，FGF14，JAK2，KRAS，FGF7，MDM4，FGF5，RET，ALK，BRCA2，FGFR3，FGFR4，FLT3，NTRK1，PAX3，PAX7，RET，ROS1和TMPRSS2。

在一些实施方案中，指示平滑肌肉瘤的生物标志物特征包含选自以下的一种或更多种生物标志物(例如，或2、3、4、5、6、7、8、9或10种或更多种生物标志物)：

ALK，BRCA2，FGFR3，FGFR4，FLT3，NTRK1，PAX3，PAX7，RET，ROS1和TMPRSS2。

在一些实施方案中，指示平滑肌肉瘤的生物标志物特征包含选自以下的一种或更多种生物标志物(例如，或2、3、4、5、6、7、8、9或10种或更多种生物标志物)的上调：

ALK，BARD1，BRCA2，CCNE1，CDK4，FGF1，FGF10，FGF5，FGFR3，FLT3，JAK2，KRAS，NTRK1，PAX3，PAX7，PTEN，RET，ROS1和NPRSS2。

在一些实施方案中，指示平滑肌肉瘤的生物标志物特征包含选自以下的一种或更多种生物标志物(例如，或2、3、4、5、6、7、8、9或10种或更多种生物标志物)的mRNA上调：

ALK，BRCA2，FGFR3，FGFR4，FLT3，NTRK1，PAX3，PAX7，RET，ROS1和MPRSS2。

在一些实施方案中，指示平滑肌肉瘤的生物标志物特征包含选自FGF1、JAK2、KRAS和PTEN的一种或更多种生物标志物的缺失(部分或完全)。在一些实施方案中，指示平滑肌肉瘤的生物标志物特征包含选自CDK4、FGF10和FGF5的一种或更多种生物标志物的重复。在一些实施方案中，指示平滑肌肉瘤的生物标志物特征包含选自BARD1、CCNE1、FGF5和RET的一种或更多种生物标志物中的突变。在一些实施方案中，突变是单核苷酸多态性(SNP)。

在一些实施方案中，指示平滑肌肉瘤(LMS)的生物标志物特征包含选自CDK4、FGF10、FGF5、MYC、MYCL1和NRG1的一种或更多种生物标志物中的拷贝数变异(CNV)重复。在一些实施方案中，指示平滑肌肉瘤的基因特征包含选自FGF1、FGF14、JAK2和KRAS的一种或更多种生物标志物中的CNV缺失。在一些实施方案中，指示平滑肌肉瘤的生物标志物特征包含选自FGF14、FGF7、MDM4、MYCL1和NRG1的一种或更多种生物标志物中的CNV重复和缺失。

在一些实施方案中，指示平滑肌肉瘤(LMS)的生物标志物特征包含选自FGF5和RET的一种或更多种生物标志物中的单核苷酸变异(SNV)。在一些实施方案中，指示平滑肌肉瘤的基因特征包含选自以下的一种或更多种生物标志物(例如，或2、3、4、5、6、7、8、9或10种或更多种生物标志物)的mRNA上调：

在一些实施方案中，指示平滑肌瘤(LM)的生物标志物特征包含选自以下的一种或更多种生物标志物(例如，或2、3、4、5、6、7、8、9或10种或更多种生物标志物)：

FGFR2，KLLN，PTEN，ATM，KMT2A，MTOR，NRAS，NOTCH2，FGF19，AP001888.1，FGF3，MRE11A，MDM4，PTPN11，SDCCAG8，FGF6，ERBB3，MDM2，NA，LAMP1，FGF9，FLT1，BRCA2，MYCL，RP11-982M15.2，MPL，HPDL，SLC35F4，RAD51B，RAD51，IDH2，TSC2，SLX4，CREBBP，RAD51L3-RFFL，TP53，RBFOX3，STK11，NOTCH3，TGFBR 3，AKT2，GNAS-AS1，ERG，MYCNOS，BARD1，EP300，DNMT3A，MSH2，MSH6，VHL，RAF1，PIK3CB，PIK3CA，TFRC，MLH1，BAP1，TET2，FGFR3，PDGFRA，MRPS18C，

APC，HMGXB3，CSF1R，PDGFRB，FGFR4，FGF10，ESR1，BYSL，CCND3，SMO，DPP6，EGFR，CDK6，MYC，NRG1，NOTCH1，MLLT3，RP11-145E5.5，JAK2，GNAQ，PTCHI和AR。

在一些实施方案中，指示平滑肌瘤(LM)的生物标志物特征包含选自CCND1、FGFR3和MET的一种或更多种生物标志物。在一些实施方案中，指示平滑肌瘤的生物标志物特征包含FGFR3中的CNV重复。在一些实施方案中，指示平滑肌瘤的生物标志物特征包含MET中的CNV缺失。在一些实施方案中，指示平滑肌瘤的生物标志物特征包含CCND1和FGFR3中的CNV重复和MET中的CNV缺失。在一些实施方案中，指示平滑肌瘤的生物标志物特征包含CCND1中的CNV重复。

在一些实施方案中，指示平滑肌瘤(LM)的生物标志物特征包含chr12-4551244中的T-G突变。在一些实施方案中，指示平滑肌瘤的基因特征包含chr11-94192599中的G-T突变。

在一些实施方案中，指示平滑肌肉瘤(LMS)的生物标志物特征包含chr10-43597827中的C-A突变。在一些实施方案中，指示平滑肌肉瘤的基因特征包含chr4-81206898中的TAA-T突变。

本公开内容的方法可涉及用于在已经确定不包括任何平滑肌肉瘤之后去除平滑肌瘤的分碎术或其他手术方法。公知的是，大的组织块，例如纤维样组织块(平滑肌瘤)，传统上在手术过程期间被切除并通过手术切口从患者中完整地去除。这些组织块的直径可容易地为数厘米或更大。在微创手术中，手术通常使用小于1厘米，并且通常为5毫米或更小的切口进行。因此，使用微创手术的趋势产生了这样的需求：将大的组织块减小至足够小的尺寸以适合通过尺寸可以是1厘米或更小的开口。应理解，用于减小大组织块的尺寸的一种常见方法是分碎术。

分碎术医疗装置是本领域中公知的。例如，本文中可使用美国专利No.5,037,379；5,403,276；5,520,634；5,327,896和5,443,472中所述的装置(每篇专利均通过引用并入本文)。如这些参考文献所举例说明的，切除的组织被分碎(即，减积(debulk))、收集并通过例如手术套管针或直接通过手术切口之一从患者的身体去除。

机械分碎器使用例如具有锋利末端的操纵装置例如旋转叶片(rotating blade)切割组织。电手术分碎器和超声分碎器使用能量来分碎组织。例如，″Physics ofUltrasonic Surgery Using Tissue Fragmentation″，1995IEEE Ultrasonics SymposiumProceedings，第1597至1600页中描述了用于利用超声手术装置使组织片段化的系统。

在一些实施方案中，可期望的是与组织试样袋结合进行分碎术，以防止分碎的组织在分碎术过程期间和之后扩散到身体的其他部分。例如，切除的组织可在被分碎之前转移至试样袋。然而，一些分碎器在没有试样袋的情况下使用。因此，试样袋被设计成容纳切除的组织而不在分碎术期间将组织或组织组分溢出到腹腔中。明显的是，与分碎器一起使用的试样袋必须足够坚固，以防止撕裂或割破，这可能使试样袋的内容物溢出。

超声分碎术装置对于在某些手术过程中的使用和用于某些类型的组织的减积可以是特别有利的。平的或圆形的超声分碎器尖端可降低当超声能量分碎组织时无意割破或撕裂试样袋的可能性。美国专利No.5,449,370(在此通过引用并入本文)描述了能够分碎包含在试样袋内的组织的平尖端的超声手术装置。

在一些实施方案中，生物样品可用于限定其是否具有平滑肌瘤或平滑肌肉瘤基因型。这种术前筛选可以是组织和/或液体活检，其在多个方面涉及进行基因型测定以筛选液体生物样品(例如血液或血浆)中的LMS和/或LM。如果组织和/或液体活检至少检测到LMS基因型，则不建议进行分碎术来治疗平滑肌瘤。

在此考虑了本领域中已知或描述的任何分碎术工具，例如，分碎术工具描述于例如美国专利No.9,955,922、9,877,739、9,539,018、9,044,210、8,308,746和6,162,235中，其各自通过引用并入。

试剂盒

本公开内容还涉及包含涉及本文中所述的诊断和/或临床方法的组合物和/或说明书的试剂盒和/或包装。

“试剂盒”是指用于实施本发明方法的任何系统。

本公开内容还提供用于测量如本文中所述的生物标志物集的水平的试剂盒和装置。这样的试剂盒或装置可包含与靶生物标志物(例如表1至10中任一项中列出的生物标志物)的基因产物特异性结合的一种或更多种结合剂。例如，这样的试剂盒或检测装置可包含对选自表1至10的一种或更多种蛋白质生物标志物具有特异性的至少一种结合剂。在一些情况下，试剂盒或检测装置包含对本文中所述的蛋白质生物标志物集的两个或更多个成员具有特异性的结合剂。

基因(例如，NUPR1、CADM1、NPAS3、ATP1A1和/或TRAK1；CRYAB、NFATC2、BMP2、PMAIP1、ZFYVE21、CILP、SLF2、MATN2和/或FGF7)的特定表达产物的水平可通过任何适当的方法评估。在一些实施方案中，使用包含任何固体支持物(例如，一种或更多种芯片)的一种或更多种测定分析特定表达产物的水平。例如，固体支持物(例如，芯片)可用于分析对象或来自对象的至少一种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多种)生物样品。

固体支持物(例如，芯片)的部分可用一种结合配偶体(partner)或多于一种结合配偶体进行修饰。固体支持物可以以任何方式与结合配偶体连接。作为一个非限制性实例，结合配偶体可结合(例如，直接结合)到固体支持物的表面上或以任何方式通过适当的偶联化学作用共价连接，包括但不限于：通过表面上的环氧化物连接、使用表面上存在的胺或羧酸基团产生酰胺键(即通过NHS EDC化学作用)、硫醇和硫醇反应性基团(即马来酰亚胺基团)之间的连接、醛和胺之间席夫碱(Schiffbase)的形成、与表面上存在的酸酐的反应，和/或通过可光激活的接头。

结合配偶体可以是可用于本组合物或方法的任何结合配偶体。例如，结合配偶体可以是蛋白质(具有天然存在的氨基酸或人工氨基酸)、由天然存在的碱基或人工碱基制成的一种或更多种核酸(包括例如，DNA或RNA)、糖类、碳水化合物、一种或更多种小分子(包括但不限于以下一种或更多种：维生素、激素、辅因子、血红素基团、螯合物、脂肪酸或其他已知的小分子，和/或噬菌体)。

结合配偶体可通过在预定位置处以任何方式并使用任何装置，包括但不限于：使用移液器、液体分配器、绘图仪、纳米点样仪、纳米绘图仪、阵列仪、喷射机件或其他合适的流体处理装置来使液滴沉积而施加至基底表面。

在一些实施方案中，提供了适用于本方法和组合物的抗体或抗原结合片段。利用可用于本组合物和方法的这样的抗体或抗原结合片段的免疫测定可以是直接或间接形式的竞争性或非竞争性免疫测定。这样的免疫测定的一些非限制性实例是酶联免疫测定(Enzyme Linked Immunoassay，ELISA)、放射免疫测定(radioimmunoassay，RIA)、夹心测定(免疫测定)、基于流式细胞术的测定、western印迹测定、免疫沉淀测定、免疫组织化学测定、免疫显微术测定、横向流动免疫色谱测定和蛋白质组学阵列。例如，结合配偶体可以是对目标蛋白质(包括一种或更多种非纤毛上皮生物标志物NUPR1、CADM1、NPAS3、ATP1A1和/或TRAK1；或一种或更多种基质生物标志物CRYAB、NFATC2、BMP2、PMAIP1、ZFYVE21、CILP、SLF2、MATN2和/或FGF7)具有特异性的抗体(或其抗体结合片段)。

在一些实施方案中，寡核苷酸结合配偶体用于评估基因的特定表达产物的水平。寡核苷酸结合配偶体可以是任何已知或使用的类型。作为一组非限制性实例，在某些实施方案中，寡核苷酸探针可以是RNA寡核苷酸、DNA寡核苷酸、RNA寡核苷酸与DNA核苷酸的混合物，和/或可以是RNA与DNA的混合物的寡核苷酸。寡核苷酸结合配偶体可以是天然存在的或合成的。寡核苷酸结合配偶体可以是任意长度。作为一组非限制性实例，寡核苷酸结合配偶体的长度可为约5至约50个核苷酸、约10至约40个核苷酸、或约15至约40个核苷酸。阵列可包含任何数目的对每个靶基因具有特异性的寡核苷酸结合配偶体。例如，阵列可包含少于10个(例如9、8、7、6、5、4、3、2或1个)对每个靶基因具有特异性的寡核苷酸探针。作为另一个实例，阵列可包含多于10个、多于50个、多于100个或多于1000个对每个靶基因具有特异性的寡核苷酸结合配偶体。

阵列还可包含对照结合配偶体，例如如错配对照寡核苷酸结合配偶体或对照抗体或其抗原结合片段。当存在错配对照寡核苷酸结合配偶体时，定量步骤可包括计算每个寡核苷酸结合配偶体与其相应的错配对照结合配偶体之间的杂交信号强度的差异。当存在对照抗体或其抗原结合片段时，定量步骤可包括计算所检查基因(例如，NUPR1、CADM1、NPAS3、ATP1A1和/或TRAK1；CRYAB、NFATC2、BMP2、PMAIP1、ZFYVE21、CILP、SLF2、MATN2和/或FGF7)的抗体或抗原结合片段与对照或“看家”抗体或其抗原结合片段之间的杂交信号强度的差异。定量还可包括计算对于每个基因的每个寡核苷酸探针与其相应的错配对照探针之间的杂交信号强度的平均差异。

阵列(例如，芯片)可包含任何数目的分析区域。作为一组非限制性实例，阵列可包含一个或多于一个(例如，2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、25、30、35、40或更多个)分析区域。每个分析区域可包含固定至在其中的基底部分的任意数目的结合配偶体。作为一组非限制性实例，每个分析区域可包含固定至在其中的基底部分的一至1，000个结合配偶体、一至500个结合配偶体、一至250个结合配偶体、一至100个结合配偶体、二至1,000个结合配偶体、二至500个结合配偶体、二至250个结合配偶体、二至100个结合配偶体、三至1,000个结合配偶体、三至500个结合配偶体、三至250个结合配偶体、或三至100个结合配偶体。

结合配偶体，包括但不限于与特定目标抗原结合的抗体或抗原结合片段，可以被固定，例如通过结合至固体支持物(例如，芯片、载体、膜、柱、蛋白质组学阵列等)。在一组实施方案中，用于形成固体支持物的材料在400至800nm光波长(例如，可见范围内的光)之间的光传输大于90％。可通过厚度为例如约2mm(或者在另一些实施方案中，为约1mm或约0.1mm)的材料测量光传输。在一些情况下，在400至800nm光波长之间的光传输大于或等于80％、大于或等于85％、大于或等于88％、大于或等于92％、大于或等于94％、或大于或等于96％。在一些实施方案中，用于形成固体支持物的材料在400至800nm光波长之间的光传输小于或等于99.9％、小于或等于96％、小于或等于94％、小于或等于92％、小于或等于90％、小于或等于85％、小于或等于80％、小于或等于50％、小于或等于30％、或小于或等于10％。也可以是上述范围的组合。

阵列可在几乎任何形状的表面上制造(例如，阵列可以是平面的)或者甚至在多重表面上制造。可用于本文中所述组合物和方法的固体支持物材料的一些非限制性实例可包括玻璃、塑料、弹性材料、膜或用于进行免疫测定的其他合适材料。固体支持物可由一种材料形成，或者它可由两种或更多种材料形成。

具体的固体支持物材料可包括但不限于：任何类型的玻璃(例如，熔融石英、硼硅酸盐玻璃、

或

)。在一个实施方案中，固体支持物是玻璃芯片。固体支持物还可包含涂覆有通过例如溅射、硅的氧化或通过硅烷试剂的反应的方法产生的玻璃膜二氧化物的非玻璃基底(例如，塑料基底)。玻璃表面可用官能化的硅烷试剂包括例如：胺封端的硅烷(氨基丙基三乙氧基硅烷)和环氧化物封端的硅烷(环氧丙氧基丙基三甲氧基硅烷)进一步修饰。

另外的具体固体支持物材料可包括但不限于：热塑性聚合物并且可包含以下中的一种或更多种：聚苯乙烯、聚碳酸酯、聚甲基丙烯酸甲酯、环烯烃共聚物、聚乙烯、聚丙烯、聚氯乙烯、聚偏二氟乙烯、任何含氟聚合物(例如，聚四氟乙烯，也称为

)、聚乳酸、聚(甲基丙烯酸甲酯)(也称为PMMA或丙烯酸；例如

和

)和丙烯腈丁二烯苯乙烯。

另外的具体固体支持物材料可包括但不限于：一种或更多种弹性材料，包括聚硅氧烷(硅酮，例如聚二甲基硅氧烷)和橡胶(聚异戊二烯、聚丁二烯、氯丁二烯、苯乙烯-丁二烯、丁腈橡胶、聚醚嵌段酰胺、乙烯-乙酸乙烯酯、氯醚橡胶、异丁烯-异戊二烯、腈、氯丁橡胶、乙烯-丙烯和海帕纶(hypalon))。

另外的具体固体支持物材料可包括但不限于：一种或更多种膜基质，例如右旋糖酐、直链淀粉、尼龙、聚偏二氟乙烯(polyvinylidene fluoride，PVDF)、玻璃纤维和天然或改性纤维素(例如，纤维素、硝化纤维素、CNBr活化的纤维素，以及用聚丙烯酰胺、琼脂糖和/或磁铁矿改性的纤维素)。支持物的状态可固定或混悬在溶液中(例如珠)。

在一些实施方案中，固体支持物(例如，芯片)的材料和尺寸(例如，厚度)基本上不渗透水蒸气。在一些实施方案中，还可存在覆盖物。在一些实施方案中，覆盖物基本上不渗透水蒸气。例如，固体支持物(例如，芯片)可包含含有已知提供强蒸气屏障的材料，例如金属箔、某些聚合物、某些陶瓷及其组合的覆盖物。以下提供了具有低水蒸气渗透性的材料的一些实例。在其他情况下，至少部分地基于芯片的形状和/或配置来选择材料。例如，某些材料可用于形成平面装置，而另一些材料更适合于形成弯曲或不规则形状的装置。

用于形成本文中所述任意组合物的部分或组分的全部或一部分的材料可具有例如小于约5.0g·mm/m²·d、小于约4.0g·mm/m²·d、小于约3.0g·mm/m²·d、小于约2.0g·mm/m²·d、小于约1.0g·mm/m²·d、小于约0.5g·mm/m²·d、小于约0.3g·mm/m²·d、小于约0.1g·mm/m²·d、或小于约0.05g·mm/m²·d的水蒸气渗透率。在一些情况下，水蒸气渗透率可为例如约0.01g·mm/m²·d至约2.0g·mm/m²·d、约0.01g·mm/m²·d至约1.0g·mm/m²·d、约0.01g·mm/m²·d至约0.4g·mm/m²·d、约0.01g·mm/m²·d至约0.04g·mm/m²·d、或约0.01g·mm/m²·d至约0.1g·mm/m²·d。水蒸气渗透率可在例如40℃下和90％相对湿度(relative humidity，RH)下测量。在本组合物或方法中可使用具有任何上述水蒸气渗透性的材料的组合。

在一些实施方案中，固体支持物(例如，芯片)和/或覆盖物的材料和尺寸可变化。例如，芯片可被配置成提供一个或更多个区域(例如，液体容纳区域)。在某些实施方案中，芯片可被配置成提供两个或更多个区域(例如，液体容纳区域)。在某些实施方案中，两个或更多个区域与其他区域在流体学上分离。在一个实施方案中，所有区域均与其他区域在流体学上分离。在一些实施方案中，所有区域在流体学上均是连接的。芯片可包含任意数目的液体容纳区域。作为一个非限制性实例，芯片可包含一个、两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个、九个或十个液体容纳区域，其各自可彼此在流体学上分离。在另一些实施方案中，芯片可包含一个、两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个、九个或十个彼此在流体学上连接的液体容纳区域。

本文中所述的固体支持物(例如，芯片)可具有任何合适的体积用于进行分析，例如化学和/或生物反应或其他过程。固体支持物的整个体积可包括例如任何试剂储存区域、分析区域、液体容纳区域、废物区域以及一个或更多个标识符。在一些实施方案中，使用少量试剂和样品并且液体容纳区域的整个体积为例如小于或等于10mL、小于或等于5mL、小于或等于1mL、小于或等于500μL、小于或等于250μL、小于或等于100μL、小于或等于50μL、小于或等于25μL、小于或等于10μL、小于或等于5μL或小于或等于1μL。在一些实施方案中，使用少量试剂和样品并且液体容纳区域的整个体积为例如至少10mL、至少5mL、至少1mL、至少500μL、至少250μL、至少100μL、至少50μL、至少25μL、至少10μL、至少5μL或至少1μL。也可以是上述值的组合。

固体支持物(例如，芯片)的长度和/或宽度可以是例如小于或等于300mm、小于或等于200mm、小于或等于150mm、小于或等于100mm，小于或等于95mm、小于或等于90mm、小于或等于85mm、小于或等于80mm、小于或等于75mm、小于或等于70mm、小于或等于65mm、小于或等于60mm、小于或等于55mm、小于或等于50mm、小于或等于45mm、小于或等于40mm、小于或等于35mm、小于或等于30mm、小于或等于25mm、或小于或等于20mm。在一些实施方案中，芯片的长度和/或宽度可以是例如至少300mm、至少200mm、至少150mm、至少100mm、至少95mm、至少90mm、至少85mm、至少80mm、至少75mm、至少70mm、至少65mm、至少60mm、至少55mm、至少50mm、至少45mm、至少40mm、至少35mm、至少30mm、至少25mm或至少20mm。也可以是上述值的组合。在一些实施方案中，固体支持物(例如，芯片)的厚度可以是例如小于或等于5mm、小于或等于3mm、小于或等于2mm、小于或等于1mm、小于或等于0.9mm、小于或等于0.8mm、小于或等于0.7mm、小于或等于0.5mm、小于或等于0.4mm、小于或等于0.3mm、小于或等于0.2mm或小于或等于0.1mm。在一些实施方案中，固体支持物(例如，芯片)的厚度可以是例如至少5mm、至少3mm、至少2mm、至少1mm、至少0.9mm、至少0.8mm、至少0.7mm、至少0.5mm、至少0.4mm、至少0.3mm、至少0.2mm或至少0.1mm。也可以是上述值的组合。可通过任何合适的装置同时分析一种或更多种固体支持物(例如，芯片)。适配器可与一种或更多种固体支持物(例如，芯片)一起使用，以便将其插入并牢固地保持在分析仪中。

在一些实施方案中，固体支持物(例如，芯片)包含一个或更多个标识符。可使用任何方法或类型的标识。例如，标识符可以是但不限于任何类型的标记，例如条形码或RFID标签。标识符可包括姓名、患者编号、社会安全号(social security number)或任何其他标识对象的方法。标识符也可以是可用于临床环境中的任何类型的随机标识符。

应理解，本文中所述的固体支持物(例如，芯片)及其各自的组件是示例性的，并且其他配置和/或类型的固体支持物(例如，芯片)和组件可与本文中所述的系统和方法一起使用。

一种或更多种结合配偶体的结合(例如，以检测蛋白质或其他目标物质(包括但不限于抗原结合的抗体复合体)的结合)可通过本领域中已知的任何方法进行定量。例如，可通过检测或询问与抗体结合的活性分子来进行定量。在多路复用的形式中，当在连续区域上进行多于一个测定时，与每个测定相关的信号必须与其他测定可区分。可使用本领域中已知的任何合适的策略，包括但不限于：(1)使用具有基本上不重叠的光谱和/或电化学特性的标记：(2)使用保持在极接近于示踪剂本身处附着或沉积的信号放大化学物质。

在一些实施方案中，经标记的结合配偶体(例如，抗体或抗原结合片段)可用作示踪剂以检测结合(例如，使用抗原结合的抗体复合体)。可对本方法和组合物有用的标记类型的一些实例包括酶、放射性同位素、胶体金属、荧光化合物、磁性的、化学发光化合物、电化学发光基团、金属纳米粒和生物发光化合物。经放射性标记的结合配偶体(例如，抗体)可使用任何已知的方法制备，并且可包括偶联放射性同位素，例如¹⁵³Eu、³H、³²p、³⁵S、⁵⁹Fe或¹²⁵I，然后可通过γ计数器、闪烁计数器或通过放射自显影术检测。结合配偶体(例如，抗体或抗原结合片段)可用酶例如酵母醇脱氢酶、辣根过氧化物酶、碱性磷酸酶等替代地标记，然后显影并经分光光度法或目视检测。标记可用于使色原(chromogen)反应成可检测的发色团(包括，例如，如果色原是沉淀染料的话)。

合适的荧光标记可包括但不限于：荧光素、异硫氰酸荧光素、荧光胺、罗丹明、Alexa

染料(例如Alexa

350、Alexa

405、Alexa

430、Alexa

488、Alexa

514、Alexa

532、Alexa

546、Alexa

555、Alexa

568、Alexa

594、Alexa

610、Alexa

633、Alexa

635、Alexa

647、Alexa

660、Alexa

680、Alexa

700、Alexa

750或Alexa

790)、花青染料包括但不限于：Cy2、Cy3、Cy3.5、Cy5、Cy5.5、Cy7、和Cy7.5等。标记也可以是时间分辨荧光(time-resolved fluorescent，TRF)原子(例如，具有适当配体的Eu或Sr，以提高TRF产率)。也可使用多于一种能够产生荧光共振能量转移(luorescence resonance energy transfer，FRET)的荧光团。合适的化学发光标记可包括但不限于：吖啶酯、鲁米诺、咪唑、草酸酯、萤光素和任何其他类似的标记。

作为一个非限制性实例，适合使用的电化学发光基团可包括：钌和类似基团。金属纳米粒也可用作标记。金属纳米粒可用于催化金属增强反应(例如用于银增强的金胶体)。

本文中所述或本领域中已知的任何标记均可使用共价或非共价方式与示踪剂连接。标记可存在于物体(像珠(包括例如，普通珠、空心珠或具有铁磁芯的珠))上或内部，并随后将珠附着至结合配偶体(例如，抗体或其抗原结合片段)。标记也可以是纳米粒，包括但不限于上转换磷光系统(up-converting phosphorescent system)、纳米点、量子点、纳米棒和/或纳米线。与抗体连接的标记也可以是核酸，然后可在通过光学、电学或电化学手段中的一种或更多种进行定量之前对其进行扩增(例如，使用PCR)。

在一些实施方案中，结合配偶体在形成结合复合体之前被固定在固体支持物上。在另一些实施方案中，在形成结合复合体之后进行抗体和抗原结合片段的固定。

在一个实施方案中，本文中公开的免疫测定方法包括将结合配偶体(例如，抗体或抗原结合片段)固定至固体支持物(例如，芯片)；在允许生物标志物的表达产物(例如，蛋白质)(如果存在于样品中的话)与一种或更多种结合配偶体(例如，一种或更多种抗体或抗原结合片段)结合的条件下，将样品(例如子宫内膜流体样品)施加至固体支持物；从固体支持物去除过量样品；在允许结合(例如表达产物与抗原结合的固定化抗体或抗原结合片段的结合)的条件下检测结合复合体(使用例如可检测地经标记的抗体或抗原结合片段)；洗涤固体支持物并对标记进行测定。

试剂可在芯片中或芯片上储存不同的时间量。例如，试剂可储存长于1小时、长于6小时、长于12小时、长于1天、长于1周、长于1个月、长于3个月、长于6个月、长于1年或长于2年。任选地，芯片可以以合适的方式处理以延长储存。例如，具有包含在其中的储存试剂的芯片可真空密封、储存在黑暗环境中，和/或储存在低温(例如，低于4℃或0℃)下。储存的长度取决于一个或更多个因素，例如所使用的具体试剂、所储存试剂的形式(例如，湿的或干的)、用于形成基质和覆盖层的尺寸和材料、黏附基质和覆盖层的方法，以及如何整体处理或储存芯片。将试剂(例如，液体或干试剂)储存在固体支持物材料上可涉及在使用之前或在包装期间覆盖和/或密封芯片。

本文中所述的任何固态测定装置均可包含在试剂盒中。该试剂盒可包含可用于这样的装置的任何包装。该试剂盒可包含任何格式或语言的使用说明。该试剂盒还可指导使用者从一个或更多个位置获得进一步的说明(物理的或电子的)。所包含的说明书可包含对如何使用试剂盒中包含的组分来测量从对象(例如人患者)收集的生物样品中的生物标志物集(例如，蛋白质生物标志物或核酸生物标志物)的水平的描述。与试剂盒使用相关的说明通常包括关于每种组分的量和用于进行本文中所述的测定方法的合适条件的信息。

试剂盒中的组分可以是单位剂量、大批包装(例如，多剂量包装)或亚单位剂量。试剂盒还可包含本文中所述的一种或更多种缓冲液，但不限于包被缓冲液、封闭缓冲液、洗涤缓冲液和/或终止缓冲液。

本公开内容的试剂盒在合适的包装中。合适的包装包括但不限于小瓶、瓶、罐、软包装(例如密封的聚酯薄膜(Mylar)或塑料袋)等。还考虑了与特定装置例如PCR机器、核酸阵列或流式细胞术系统组合使用的包装。

试剂盒可任选地提供另外的组分例如如对照和/或标准或参考样品的解释信息。通常来说，试剂盒包含容器和在容器上或与容器相连的标记或包装插页。在一些实施方案中，本公开内容提供了包含上述试剂盒的内容物的制品。

实施例

材料和方法

根据世界卫生组织标准收集、处理和组织学地确定了来自福尔马林固定石蜡包埋(formalin-fixed paraffin-embedded，FFPE)样品的总共13种LM和13种LMS^35，36。值得注意的是，在进行分子分析和随后的组织学验证之后，最初诊断的LMS之一被确定为炎性肌成纤维细胞瘤(IMT，样品IMT01)。该研究通过La Fe大学医院机构审查委员会(theInstitutional Review Board ofUniversity Hospital La Fe)批准(2016/0118)。

Illumina TruSight Tumor 170试剂盒用于实体瘤相关基因的DNA和RNA编码区的靶向测序。通过Pisces³⁷对小变异(small variant)(包括点突变和插失)进行了生物信息学分析。通过CRAFT检测CNV。另外，RNA Splice Variant Caller软件用于剪接变异识别(calling)，并使用来自Bioconductor软件³⁹的edgeR软件包³⁸进行差异表达分析。最后，用Manta RNA融合识别软件确定融合基因，并通过IHC和FISH验证。

实施例1-患者特征

诊断为LM的患者的中位年龄为43岁(范围：30至48岁)，而LMS患者为55(范围：44至67岁)。所有肿瘤均在初次切除期间收集，并且50％的LMS肿瘤为高级别的。LM中的肿瘤尺寸为12至150mm(中位数71.6±9.4mm)并且LMS中的为80至230mm(中位数160±32.9mm)(表1)。组织学信息估计LMS样品中的坏死为约69％并且约78％具有高有丝分裂活性(表2)。

表1.被诊断为具有平滑肌瘤和平滑肌肉瘤的患者的临床和病理学特征。

*最初诊断为LMS并随后被确定为炎性肌成纤维细胞瘤(IMT)。

表2.平滑肌肉瘤肿瘤的形态学和组织学特征以及患者随访。

病例ID

肿瘤分化

坏死

有丝分裂活性

异型性

组织学变体

随访结果

IMT01<sup>*</sup>

N/A

存在

＞19/10HPF

中度

N/A

活着

LMS02

不良分化

存在

＞19/10HPF

重度

黏液样

活着

LMS03

中度分化

存在

1-9/10HPF

中度

梭形细胞

已死亡

LMS04

不良分化

存在

＞19/10HPF

中度

梭形细胞

已死亡

LMS05

不良分化

存在

＞19/10HPF

重度

梭形细胞

已死亡

LMS06

良好分化

不存在

＞10/10HPF

中度/重度

梭形细胞

N/A

LMS08

N/A

不存在

N/A

LMS09

不良分化

不存在

＞40/10HPF

中度

N/A

LMS10

不良分化

存在

＞20/10HPF

中度/重度

梭形细胞

N/A

LMS11

良好分化

不存在

<10/10HPF

中度

N/A

活着

LMS12

N/A

不存在

N/A

LMS13

良好分化

存在

＞10/10HPF

N/A

LMS14

N/A

存在

N/A

LMS15

N/A

存在

N/A

黏液样

N/A

*最初诊断为LMS并随后被确定为炎性肌成纤维细胞瘤(IMT)。

实施例2-平滑肌瘤和平滑肌肉瘤的比较基因组分析

对LM和LMS样品之间的体细胞突变进行了比较筛选。平均覆盖率达到了3535×的平均深度，最小覆盖率为6个读取。在LM样品中的82个基因中观察到平均20个突变并在LMS样品中的105个基因中观察到平均22个突变(表3)。LM组表现出约3％的缺失、约9％的插入和约88％的SNP，而在LMS中约5％为缺失、约9％为插入和约86％为SNP。关于IMT01，在8个基因中观察到10个突变，包括约10％的缺失和约90％的SNP(表3)。

表3.平滑肌瘤和平滑肌肉瘤组中受影响的基因和可操作的突变。

接下来，集中于至少两者LM或LMS肿瘤中的特定变异。LM中最最频繁受影响的变异是FGF6和MRE11A，分别影响4个和2个样品。在LMS中，RET和FGF5是最常见的改变基因，影响3个样品(表4)。

表4.平滑肌瘤(LM)和平滑肌肉瘤(LMS)样品中的独特变异

CNV的比较分析表明，与LM(46％)病例相比，LMS中存在更多的CNV(69％)(图1A；表5)。有趣的是，当它们的分布由试样组和基因表示时，在LMS中观察到最高的异质性，其比LM具有更多的缺失和重复(图1B、1C)。成对比较显示出显著的差异(p≤0.05)。

表5.平滑肌瘤(LM)和平滑肌肉瘤(LMS)样品中的小变异和拷贝数变异。

*最初诊断为LMS并随后被确定为炎性肌成纤维细胞瘤(IMT)。

LM中最频繁的重复在染色体11和4上，其影响CCND1和FGFR3，而最频繁的缺失在染色体7上被检测到，其影响MET。对于LMS样品，染色体5、9和12受影响最大，且缺失涵盖FGF1、JAK2和KRAS。LMS中最频繁扩增的基因分别是染色体12、5、4和8上的CDK4、FGF10、FGF5和MYC。LMS组中的重复和缺失在FGF14、FGF7、MDM4、MYCL1和NRG1中(图1C；表6)。对于IMT样品，发现了影响CCND3、ERBB3、FGF7、JAK2、NRAS、RAF1的六个缺失以及包括FGF10和FGFR4的两个重复。

表6.平滑肌瘤和平滑肌肉瘤样品中的相关CNV

LM与LMS共享CCDN1、ERCC1、FGFR1、FGFR3和PTEN中的遗传修饰。虽然ERCC1和FGFR1在LM中受缺失的影响，但这些基因在LMS中重复。相反地，FGFR3在LM中呈现重复，但在LMS中呈现缺失，而LM与LMS之间未检测到针对CCND1和PTEN的差异。最后，在LM中发现了4个CNV，而在LMS中专有地存在29个(图1D)。

主成分分析(PCA)表明，除LMS12(其被认为是异常值)之外，LM和LMS样品根据所来源的组织独立地聚类(图2A)。有趣的是，最初诊断为LMS的IMT01被归入LM样品中，表明另外的分子亚型。无监督层次聚类分析重建了PCA聚类结构(图2B)。如先前所观察到的，LM试样被归入涵盖13个样品的同质聚类中，而LMS样品更具异质性。具体地，观察到一个主要聚类，其包括十个LMS样品，另外两个样品(LMS08和LMS13)独立地聚类，并且LMS12被认为是异常值，其特征在于CCDN1中的独特改变(图2B)。值得注意的是，在AKT2、ALK和FGF7中显示出特定改变的IMT样品，从LM和LMS组中独立地聚类，这支持了不同的分子亚型。

平滑肌瘤(LM)和平滑肌肉瘤(LMS)的优选生物标志物集分别示于表7和8中。

表7.平滑肌瘤变异：结果基于图1C：

遗传特征	指示平滑肌瘤(LM)的生物标志物
		CNV重复(与扩增相同)	FGFR3
CNV缺失	MET

表8.平滑肌肉瘤变异：结果基于图1C和图5：

实施例3-平滑肌瘤和平滑肌肉瘤中差异表达的基因

转录组测序结果确定了3个组：具有LMS样品的同质组(聚类1)、由LM构成的同质组(聚类2)以及由LM、LMS和IMT样品构成的异质组(聚类3；图3A)。无监督层次聚类还对3个表达聚类进行了分类。在聚类1中，LMS样品被一起归入同一组中，聚类2对应于包含LM样品的同质组，并且聚类3包含一些LMS样品、IMT试样和两个LM样品(17LM和25LM)，这支持了先前的结果(图3B)。

接下来，在LMS和LM中确定了可靶向的差异表达。总体而言，与LM相比，在LMS中55个基因中的11个-ALK、BRCA2、FGFR3、FGFR4、FLT3、NTRK1、PAX3、PAX7、RET、ROS1和TMPRSS2-显著上调(p≤0.0.5)(图3C；表9)。然后评价这些差异表达基因的分子功能和生物学过程，仅考虑具有至少2个注释基因的途径。相关功能的KEGG数据库分析揭示了以下中所涉及途径的过度呈现(p≤0.05；图7A)：癌症中的转录误调节和中心碳代谢，以及RAS/MAPK和PI3K-AKT信号传导途径和甲状腺癌。此外，基因本体论(Gene Ontology，GO)富集分析表明蛋白酪氨酸激酶活性作为肿瘤发生过程中所涉及的主要分子功能(图7B)，以及肽基-酪氨酸修饰/磷酸化作为主要生物学过程(图7C)。

表9.平滑肌肉瘤中最差异表达的基因。

基因	IogFC	IogCPM	LR	P-值
					ALK	2.73	11.87	37.82	7.74E-10
BRCA2	2.03	11.98	39.86	2.72E-10
					FGFR3	3.41	10.51	35.86	2.12E-09
FGFR4	3.66	10.33	51.92	5.77E-13
					FLT3	3.92	9.17	26.46	2.68E-07
NTRK1	3.32	10.05	28.03	1.19E-07
					PAX3	9.67	10.44	63.27	1.8E-15
PAX7	10.37	10.95	58.60	1.93E-14
					RET	3.07	11.05	42.96	5.56E-11
ROS1	8.96	10.16	58.99	1.58E-14
					TMPRSS2	8.99	9.56	66.81	2.98E-16

实施例4-新的ALK受体酪氨酸激酶-张力蛋白1融合

虽然RNA-seq使用配对端测序进行，但可从由TST170组套靶向的55个基因中检测到融合转录物，满足最小阈值得分≥0.98。最初诊断为LMS01的一个样品IMT01显示出ALK受体酪氨酸激酶-张力蛋白1(TNS1)融合(图4A)。IHC和FISH用于验证ALK重排^40，41。如所示出的，IHC(图4B)示出了散布的强ALK阳性染色，其通过FISH被确定是ALK易位(图4C)。

实施例5-特定途径和可靶向突变的整合差异谱

整合来自CNV、小变异和基因表达数据的所有结果揭示了在至少10个肿瘤中检测到突变的5个基因-FGFR4、PAX3、PAX7、ROS1和TMPRSS2-以及在至少2个肿瘤中突变的18个基因(78％)(图5)。有趣的是，PAX3是导致mRNA上调的最频繁突变的基因，而NRG1也在CNV水平上改变。总体而言，虽然LMS02和LMS04被较少地改变，但85％的肿瘤受到至少11个突变的影响，表明了肿瘤发生过程的复杂性(图5)。

KEGG数据库确定了20条途径，主要与癌症和细胞周期相关，PI3K/AKT途径最具代表性(图6A)。从整合分析以及与其他代表性途径，例如RAS/RAP1信号传导途径、MAPK和p53的相互作用中确定了主要的上调的基因(图6B)。

LMS的相关分子功能(图6C、6D)和生物学过程(图6E、6F)建立了具有有趣联系的关系网络。分子功能网络突出显示了5个显著类别：蛋白质-酪氨酸激酶活性、ras鸟苷酸交换因子活性、跨膜受体蛋白酪氨酸激酶活性、磷脂酰肌醇二磷酸3-激酶活性和磷脂酰肌醇-4-5-二磷酸3-激酶活性(图6C)。所有功能均由属于多于一种功能的整合基因连接。具体地，来自FGF家族的基因由所有功能共享(图6D)。关于生物学过程，肽基-酪氨酸修饰和磷酸化以及肌醇脂质/磷酸介导的信号传导是最具代表性的过程(图6E)，受ALK、FLT3、ROSl、RET、NTRK1、JAK2和FGF家族基因的调节，后者具有比针对分子功能所观察到的更多的共享功能(图6F)。

对实施例1至5的评述

主要发现

本公开内容提供了这样的创新性工具，其允许临床医生利用基因组工具、遗传变异和新工具中可能的转录组和基因组标志物来实现对子宫肌层肿瘤/子宫赘生物(例如LM、LMS和IMT)的鉴别分子诊断。这通过提供临床医生可用来评价表面上是良性肿瘤而实际上是较罕见但危险得多的恶性肿瘤之风险的工具，为针对常见子宫赘生物的当前临床方法中的主要问题提供了解决方案。基于由本发明人开发的数据库，提出了：主要由来源于肿瘤组织的DNA和RNA的“下一代测序”驱动的诊断工具区分子宫LMS和LM是组织学技术或任何其他目前的诊断方法都不能实现的方式。

上下文中的结果

许多基因可通过数种类型的变异影响肿瘤进展^42-48。结果表明，LMS相比于LM是更不稳定的，具有更高的发病率和异质性。具体地，针对CNV所分析的大多数病例均表现出比收获更多的损失，其也存在于一些包含成纤维细胞生长基因(FGF1)、原癌基因(如KRAS)和非受体酪氨酸激酶基因(例如JAK2)的染色体区域中。另外，在LMS中发现了29个专有的受影响基因，而在LM中仅存在4个。

PCA允许获得数据概览，其表明具有相同肿瘤类型的样品聚类在一起，其中仅两个异常值：LMS12和IMT01(最初诊断为LMS01)。然后用相关树状图证实了这些结果，所述树状图分为两个主要分支，一个包含紧密的LM聚类(聚类1)，并且另一个具有大部分LMS(聚类2)。值得注意的是，LMS08和LMS13在LM和LMS之间具有居中模式，表明了另外的分子亚型。然而，由于它们是商业获得的，因此在验证结果以及获得它们的临床特征方面存在一些限制。相反地，已确定IMT01表示另外的分子亚型。

在转录组水平上，确定了3个组：具有LMS样品的同质组(聚类1)、由LM构成的同质组(聚类2)和最后由LM、LMS和IMT试样构成的异质组(聚类3)，其通过层次聚类和基因集富集确定。另外，PAX3、PAX7、ROSl和TMPRSS2的差异表达可有助于对异常值进行分类。具有居中模式的样品的深入分析是重要的，并且应视为用于进一步临床分析的推定警告。从这个意义上讲，GO和基因集富集分析提供了有关这些独立基因的结构化功能和生物学过程的信息，因为参与癌症中转录误调节和中心碳代谢的途径被过度呈现。另外，还确定了RAS/MAPK和PI3K-AKT的关键途径，其在癌症相关过程，例如细胞生长、存活和凋亡中发挥重要作用。这些结果与早期发表的研究⁴⁹一致。

此外，在最初诊断为LMS的IMT01样品中确定了新的TNS1-ALK融合。TNS1编码张力蛋白1，其交联肌动蛋白丝并在染色体不稳定的结直肠癌中充当致癌驱动因子(oncogenicdriver)^33，50。ALK频繁地存在于患有非小细胞肺癌的患者的融合体^51-53以及女性生殖道的炎性肌成纤维细胞瘤(IMT)⁵⁴中。由于这些是未被识别的平滑肌肿瘤，因此IMT、LM和LMS之间的区别可能是不易察觉的⁵⁵。事实上，在通过IHC检测ALK染色并通过FISH确定易位时，先前诊断为LMS的IMTOl样品反而被确定为IMT。

整合分析还揭示了许多潜在的靶基因，如FGFR4、PAX3、PAX7、ROS1和TMPRSS2，其在至少10个肿瘤中检测到突变。其中，PAX3是最频繁突变的基因，导致mRNA上调，而NRG1也在CNV水平上改变。有趣的是，已报道，PAX家族成员的调节异常通过改变影响增殖、细胞死亡、肌源性分化和迁移的信号传导途径来促进软组织肉瘤中的肿瘤发生⁵⁶。关于NRG1，有证据表明其作为肿瘤抑制基因并且其的调节异常与肿瘤发生有关^57-58。

为了更好地了解肿瘤发生过程，功能和基因之间的网络突出了分别作为分子功能和生物学过程的主要类别的蛋白酪氨酸激酶活性和肽基-酪氨酸磷酸化。有趣的是，受体酪氨酸激酶和非受体酪氨酸激酶二者均已成为用于治疗某些类型癌症(是LMS高度表达的酪氨酸激酶的另一种潜在的药物可靶向癌症)的临床可用药物靶标分子。

临床意义

诊断LM和LMS的主要问题是缺乏在手术之前将它们确定为良性或恶性的风险因素和标准化标准，因为目前没有在临床实践中使用的分子生物标志物。这种情况可能是患者巨大压力的根源，导致不必要的侵入性操作，以及国家卫生系统的另外的成本。

如今，NGS的应用使得当与生物信息学工具结合时能够检测新的突变，促进了对染色体/遗传不稳定性的理解。

正在使用组织和/或液体活检在循环无细胞肿瘤DNA(cftDNA)中探索该报道的差异组的转化应用。检测cftDNA现在已成为现实，因为用于检测外周血、尿或其他流体中肿瘤DNA突变的生物标志物作为癌症诊断以及肿瘤进展中的个性化治疗⁵⁹，并且妇科癌症(gynecological cancer)不应被除外。

一些报道描述了NGS在LM和LMS中的用途^27-29，32，表明了构成这些肿瘤发生突变的不同机制。从这个意义上讲，该研究表明了LM和LMS之间一致的遗传差异。

在RNA水平上，最近的研究突出了基因融合和剪接变异在实体瘤中的重要性，因为单一的嵌合RNA转录物可由许多DNA改变产生^60，61。在一个IMT样品(先前诊断为LMS)中确定了新的TNS1-ALK融合。幸运的是，与大多数转移性LMS相比，IMT具有侵袭性较弱的临床过程，正如研究中所分析的患者的情况，所述患者在两年之后仍与疾病共存(表6)。从这个意义上讲，分子诊断可克服常规分析的限制。

最后，已确定了在LM与LMS中不同地受影响的途径。事实上，该结果与先前发表的研究的比较加强了某些特定途径例如RAS/RAPl信号传导途径、MAPK和p53的重要性^62，63。例如，PI3K/AKT/mTOR途径在约30％至40％的乳腺癌病例中被激活。在三阴性乳腺癌中，PI3K/AKT/mTOR途径的致癌激活可由于以下功能而发生：上游调节因子(例如EGFR)的过表达、PIK3CA的激活突变、PTEN的功能或表达的损失以及富含脯氨酸的肌醇多磷酸酶(其是PI3K的下调因子)。这与PI3K抑制剂可克服对内分泌治疗的抗性的假设一致。

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在本申请中引用了以下参考文献。各自均通过引用整体并入本文。

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Claims

1.诊断子宫肌层肿瘤是否包含子宫平滑肌肉瘤的方法，其包括检测指示子宫平滑肌肉瘤基因型的一种或更多种生物标志物。

2.权利要求1所述的方法，其中所述平滑肌肉瘤基因型包括检测到一种或更多种以下生物标志物中的突变：

FGF8，RET，PTEN，ATM，CADM1，KMT2A，NOTC H2，MCL1，DDR2，CCND1，FGF19，FGF3，MDM4，KRAS，SDCCAG8，CCND2，RP11-611O2.2，MDM2，ARID1A，FGF14，LAMP1，NA，FG，F9，FLT1，ALOX5AP，BRCA2，RB1，MYCL，MPL，H PDL，MUTYH，RAD54L，RAD51B，FANC1，TSC2，PALB2，NLRC3，SLX4，CREBBP，CDH1，RP11-525K10.1，RAP1GAP2，RAD51L3-RFFL，ERBB2，BRCA1，TEX14，RPS6KB1，TP53，RBFOX3，BCL2，STK11，NOTCH3，JAK3，TGFBR 3，CCNE1，AKT2，ERCC2，PPP1R13L，P1K3CD，G NAS，ERG，ERBB4，BARD1，RNA5SP495，CHEK2，RP1-302D9.3，EP300，RNU6-688P，MSH6，VHL，MKRN2，ATR，MLH1，TET2，F GF2，FGFR3，PDGFRA，KDR，FGF5，APC，HMGX B3，CSF1R，PDGFRB，FGF10，P1K3R1，DHFR，RO S1，H1VEP1，ESR1，BYST，MET，SMO，BR4F，DPP 6，CARD11，EGFR，CASC11，NRG1，FGFR1，NOT CH1，MLLT3，L1NGO2，PTCH1和AR。

3.权利要求1所述的方法，其中所述子宫平滑肌肉瘤基因型包括检测到一种或更多种以下生物标志物中的突变：

FGF1，JAK2 KRAS，CDK4，FGF10，FGF5，MYC，FGF14，FGF7，MDM4，MYCL1和NRG1。

4.权利要求1所述的方法，其中所述子宫平滑肌肉瘤基因型包括检测到一种或更多种以下生物标志物中的突变：

CDK4，FGF10，FGF5，MYC，MYCL1，NRG1，FGF1，FGF14，JAK2，KRAS，FGF14 FGF7，MDM4，MYCL1，NRG1，FGF5，RET，ALK，BRCA2，FGFR3，FGFR4，FLT3，NTRK1，PAX3，PAX7，RET，ROS1和TMPRSS2。

5.权利要求1所述的方法，其中所述子宫平滑肌肉瘤基因型包括检测到一种或更多种以下生物标志物中的CNV重复突变：CDK4、FGF10、FGF5、MYC、MYCL1和NRG1。

6.权利要求1所述的方法，其中所述子宫平滑肌肉瘤基因型包括检测到一种或更多种以下生物标志物中的CNV缺失突变：FGF1、FGF14、JAK2和KRAS。

7.权利要求1所述的方法，其中所述子宫平滑肌肉瘤基因型包括检测到一种或更多种以下生物标志物中的CNV缺失&重复突变：FGF14、FGF7、MDM4、MYCL1和NRG1。

8.权利要求1所述的方法，其中所述子宫平滑肌肉瘤基因型包括检测到一种或更多种以下生物标志物中的SNV突变：FGF5和RET。

9.权利要求1所述的方法，其中所述子宫平滑肌肉瘤基因型包括检测到ALK、BRCA2、FGFR3、FGFR4、FLT3、NTRK1、PAX3、PAX7、RET、ROS1和TMPRSS2的mRNA上调。

10.诊断子宫肌层肿瘤是否包含子宫平滑肌瘤的方法，其包括检测指示子宫平滑肌瘤基因型的一种或更多种生物标志物。

11.权利要求10所述的方法，其中所述子宫平滑肌瘤基因型包括检测到一种或更多种以下生物标志物中的突变：

FGFR2，KLLN，PTEN，ATM，KMT2A，MTOR，NRA S，NOTCH2，FGF19，AP001888.1，FGF3，MRE11A，MDM4，PTPN11，SDCCAG8，FGF6，ERBB3，M DM2，NA，LAMP1，FGF9，FLT1，BRCA2，MYCL，RP11-982M15.2，MPL，HPDL，SLC35F4，RAD51B，RAD 51，IDH2，TSC2，SLX4，CREBBP，RAD51L3-RFFL，TP53，RBFOX3，STK11，NOTCH3，TGFBR 3，AKT2，GNAS-AS1，ERG，MYCNOS，BARD1，EP300，DNMT3A，MSH2，MSH6，VHL，RAF1，P1K3CB，P1K3CA，TFR C，MLH1，BAP1，TET2，FGFR3，PDGFRA，MRPS1 8C，APC，HMGXB3，CSF1R，PDGFRB，FGFR4，FGF10，ESR1，BYSL，CCND3，SMO，DPP6，EGFR，CDK6，MYC，NRG1，NOTCH1，MLLT3，RP11-145E5.5，JAK2，GNAQ，PTCH1和AR。

12.权利要求10所述的方法，其中所述子宫平滑肌瘤基因型包括检测到一种或更多种以下生物标志物中的突变：CCND、FGFR3和MET。

13.权利要求10所述的方法，其中所述子宫平滑肌瘤基因型包括检测到一种或更多种以下生物标志物中的突变：FGF3和MET。

14.权利要求10所述的方法，其中所述子宫平滑肌瘤基因型包括检测到FGFR3中的CNV重复突变。

15.权利要求10所述的方法，其中所述子宫平滑肌瘤基因型包括检测到MET中的CNV缺失突变。

16.权利要求1至15中任一项所述的方法，其中一种或更多种突变是缺失(DEL)、插入(INS)或单核苷酸多态性(SNP)。

17.用于在对象中治疗子宫肌层肿瘤的方法，其包括：(a)对来自所述对象的生物样品进行基因型分型测定以确定所述对象是否具有子宫平滑肌肉瘤基因型，以及(b)如果所述对象不具有子宫平滑肌肉瘤基因型，则手术去除所述子宫肌层肿瘤。

18.权利要求17所述的方法，其还包括对所述生物样品进行基因型分型测定以确定所述对象是否具有子宫平滑肌瘤基因型。

19.权利要求17所述的方法，其中所述生物样品是生物流体。

20.权利要求19所述的方法，其中所述生物流体是血液、血浆或尿。

21.权利要求17所述的方法，其还包括从所述生物样品获得DNA样品。

22.权利要求21所述的方法，其中所述DNA样品是无细胞肿瘤DNA(cftDNA)样品。

23.权利要求17所述的方法，其中所述基因型分型测定是DNA样品的限制性片段长度多态性鉴定(RFLPI)、DNA样品的随机扩增多态性检测(RAPD)、DNA样品的扩增片段长度多态性(AFLPD)、DNA样品的聚合酶链反应(PCR)、DNA样品的DNA测序或DNA样品与核酸微阵列的杂交。

24.权利要求23所述的方法，其中所述DNA测序是下一代测序方法。

25.权利要求24所述的方法，其中所述下一代测序方法是单分子实时测序(SMRT)、离子半导体测序、焦磷酸测序、合成测序、组合探针锚合成(cPAS)、连接测序(SOLiD测序)、纳米孔测序或大规模平行签名测序(MPSS)。

26.权利要求17所述的方法，其中所述子宫平滑肌肉瘤基因型包括检测到一种或更多种以下生物标志物中的突变：

FGF8，RET，PTEN，ATM，CADM1，KMT2A，NOTC H2，MCL1，DDR2，CCND1，FGF19，FGF3，MDM4，KRAS，SDCCAG8，CCND2，RP11-611O2.2，MDM2，AR1D1A，FGF14，LAMP1，NA，FG，F9，FLT1，ALOX5AP，BRCA2，RB1，MYCL，MPL，H PDL，MUTYH，RAD54L，RAD51B，FANC1，TSC2，PALB2，NLRC3，SLX4，CREBBP，CDH1，RP11-525K10.1，RAP1GAP2，RAD51L3-RFFL，ERBB2，BRCA1，TEX14，RPS6KB1，TP53，RBFOX3，BCL2，STK11，NOTCH3，JAK3，TGFBR 3，CCNE1，AKT2，ERCC2，PPP1R13L，P1K3CD，G NAS，ERG，ERBB4，BARD1，RNA5SP495，CHEK2，RP1-302D9.3，EP300，RNU6-688P，MSH6，VHL，MKRN2，ATR，MLH1，TET2，F GF2，FGFR3，PDGFRA，KDR，FGF5，APC，HMGX B3，CSF1R，PDGFRB，FGF10，P1K3R1，DHFR，RO S1，H1VEP1，ESR1，BYSL，MET，SMO，BRAF，DPP 6，CARD11，EGFR，CASC11，NRG1，FGFR1，NOT CH1，MLLT3，L1NGO2，PTCH1和AR。

27.权利要求26所述的方法，其中一种或更多种突变是缺失(DEL)、插入(INS)或单核苷酸多态性(SNP)。

28.权利要求18所述的方法，其中所述子宫平滑肌瘤基因型包括检测到一种或更多种以下生物标志物中的突变：

29.权利要求28所述的方法，其中一种或更多种突变是缺失(DEL)、插入(INS)或单核苷酸多态性(SNP)。

30.权利要求17所述的方法，其中所述子宫平滑肌肉瘤基因型包括检测到一种或更多种以下生物标志物中的突变：

31.权利要求18所述的方法，其中所述子宫平滑肌瘤基因型包括检测到一种或更多种以下生物标志物中的突变：CCND、FGFR3和MET。

32.权利要求17所述的方法，其中所述子宫平滑肌肉瘤基因型包括检测到一种或更多种以下生物标志物中的突变：

33.权利要求17所述的方法，其中所述子宫平滑肌肉瘤基因型包括检测到一种或更多种以下生物标志物中的CNV重复突变：CDK4、FGF10、FGF5、MYC、MYCL1和NRG1。

34.权利要求17所述的方法，其中所述子宫平滑肌肉瘤基因型包括检测到一种或更多种以下生物标志物中的CNV缺失突变：FGF1、FGF14、JAK2和KRAS。

35.权利要求17所述的方法，其中所述子宫平滑肌肉瘤基因型包括检测到一种或更多种以下生物标志物中的CNV缺失&重复突变：FGF14、FGF7、MDM4、MYCL1和NRG1。

36.权利要求17所述的方法，其中所述子宫平滑肌肉瘤基因型包括检测到一种或更多种以下生物标志物中的SNV突变：FGF5和RET。

37.权利要求17所述的方法，其中所述子宫平滑肌肉瘤基因型包括检测到ALK、BRCA2、FGFR3、FGFR4、FLT3、NTRK1、PAX3、PAX7、RET、ROS1和TMPRSS2的mRNA上调。

38.权利要求18所述的方法，其中所述子宫平滑肌瘤基因型包括检测到一种或更多种以下生物标志物中的突变：FGF3和MET。

39.权利要求18所述的方法，其中所述子宫平滑肌瘤基因型包括检测到FGFR3中的CNV重复突变。

40.权利要求18所述的方法，其中所述子宫平滑肌瘤基因型包括检测到MET中的CNV缺失突变。

41.权利要求17所述的方法，其中手术去除所述子宫平滑肌瘤的步骤是通过腹腔镜分碎术进行的。

42.权利要求17所述的方法，其中手术去除所述子宫平滑肌瘤的步骤是通过子宫肌瘤切除术进行的。

43.治疗患有子宫平滑肌瘤的对象的方法，其包括对从所述对象获得的生物样品进行基因型分型测定，以及从所述对象去除所述子宫平滑肌瘤，其中所述基因型分型测定指示所述对象不具有子宫平滑肌肉瘤。

44.权利要求43所述的方法，其中所述基因型测定确定所述对象具有子宫平滑肌瘤基因型。

45.权利要求43所述的方法，其中所述子宫平滑肌瘤是浆膜下纤维样、壁内纤维样或黏膜下纤维样。

46.权利要求43所述的方法，其中所述子宫平滑肌瘤是具有0级、1级或2级子宫平滑肌瘤的黏膜下平滑肌瘤。

47.权利要求43所述的方法，其中所述生物样品是生物流体。

48.权利要求47所述的方法，其中所述生物流体是血液、血浆或尿。

49.权利要求43所述的方法，其还包括从所述生物样品获得DNA样品。

50.权利要求49所述的方法，其中所述DNA样品是无细胞肿瘤DNA(cftDNA)样品。

51.权利要求43所述的方法，其中所述基因型分型测定是DNA样品的限制性片段长度多态性鉴定(RFLPI)、DNA样品的随机扩增多态性检测(RAPD)、DNA样品的扩增片段长度多态性(AFLPD)、DNA样品的聚合酶链反应(PCR)、DNA样品的DNA测序或DNA样品与核酸微阵列的杂交。

52.权利要求51所述的方法，其中下一代测序方法是单分子实时测序(SMRT)、离子半导体测序、焦磷酸测序、合成测序、组合探针锚合成(cPAS)、连接测序(SOLiD测序)、纳米孔测序或大规模平行签名测序(MPSS)。

53.权利要求43所述的方法，其中所述基因型测定鉴定以下生物标志物中的一种或更多种突变：

FGF8，RET，PTEN，ATM，CADM1，KMT2A，NOTC H2，MCL1，DDR2，CCND1，FGF19，FGF3，MDM4，KRAS，SDCCAG8，CCND2，RP11-611O2.2，MDM2，AR1D1A，FGF14，LAMP1，NA，FG，F9，FLT1，ALOX5AP，BRCA2，RB1，MYCL，MPL，HPDL，MUTYH，RAD54L，RAD51B，FANC1，TSC2，P ALB2，NLRC3，SLX4，CREBBP，CDH1，RP11-525K10.1，RAP1GAP2，RAD51L3-RFFL，ERBB2，BRCA1，TEX14，RPS6KB1，TP53，RBFOX3，BCL2，STK11，NOTCH3，JAK3，TGFBR 3，CCNE1，AKT2，ERCC2，PPP1R13L，P1K3CD，G NAS，ERG，ERBB4，BARD1，RNA5SP495，CHEK2，RP1-302D9.3，EP300，RNU6-688P，MSH6，VHL，MKRN2，ATR，MLH1.TET2，F GF2，FGFR3，PDGFRA，KDR，FGF5，APC，HMGX B3，CSF1R，PDGFRB，FGF10，P1K3R1，DHFR，RO S1，H1VEP1，ESR1，BYSL，MET，SMO，BRAF，DPP 6，CARD11，EGFR，CASC11，NRG1，FGFR1，NOT CH1，MLLT3，L1NGO2，PTCH1和AR，

其中所述一种或更多种突变指示子宫平滑肌肉瘤基因型。

54.权利要求43所述的方法，其中所述基因型测定鉴定以下生物标志物中的一种或更多种突变：

FGFR2，KLLN，PTEN，ATM，KMT2A，MTOR，NRA S，NOTCH2，FGF19，AP001888.1，FGF3，MRE11A，MDM4，PTPN11，SDCCAG8，FGF6，ERBB3，M DM2，NA，LAMP1，FGF9，FLT1，BRCA2，MYCL，RP11-982M15.2，MPL，HPDL，SLC35F4，RAD51B，RAD 51，IDH2，TSC2，SLX4，CREBBP，RAD51L3-RFFL，TP53，RBFOX3，STK11，NOTCH3，TGFBR 3，AKT2，GNAS-AS1，ERG，MYCNOS，BARD1，EP300，DNMT3A，MSH2，MSH6，VHL，RAF1，P1K3CB，P1K3CA，TFR C，MLH1，BAP1，TET2，FGFR3，PDGFRA，MRPS18C，APC，HMGXB3，CSF1R，PDGFRB，FGFR4，F GF10，ESR1，BYSL，CCND3，SMO，DPP6，EGFR，CDK6，MYC，NRG1，NOTCH1，MLLT3，RP11-145E5.5，JAK2，GNAQ，PTCH1和AR，

其中所述一种或更多种突变指示子宫平滑肌瘤基因型。

55.权利要求43所述的方法，其中所述基因型测定鉴定以下生物标志物中的一种或更多种突变：FGF1、JAK2、KRAS、CDK4、FGF10、FGF5、MYC、FGF14、FGF7、MDM4、MYCL1和NRG1，其中所述一种或更多种突变指示子宫平滑肌肉瘤基因型。

56.权利要求43所述的方法，其中所述基因型测定鉴定以下生物标志物中的一种或更多种突变：

CDK4，FGF10，FGF5，MYC，MYCL1，NRG1，FGF1，FGF14，JAK2，KRAS，FGF14 FGF7，MDM4，MYCL1，NRG1，FGF5，RET，ALK，BRCA2，FGFR3，FGFR4，FLT3，NTRK1，PAX3，PAX7，RET，ROS1和TMFRSS2，

其中所述一种或更多种突变指示子宫平滑肌肉瘤基因型。

57.权利要求43所述的方法，其中所述基因型测定鉴定以下生物标志物中的一种或更多种突变：CDK4、FGF10、FGF5、MYC、MYCL1和NRG1，其中所述一种或更多种突变指示子宫平滑肌肉瘤基因型。

58.权利要求43所述的方法，其中所述基因型测定鉴定以下生物标志物中的一种或更多种突变：FGF1、FGF14、JAK2和KRAS，其中所述一种或更多种突变指示子宫平滑肌肉瘤基因型。

59.权利要求43所述的方法，其中所述基因型测定鉴定以下生物标志物中的一种或更多种突变：FGF14、FGF7、MDM4、MYCL1和NRG1，其中所述一种或更多种突变指示子宫平滑肌肉瘤基因型。

60.权利要求43所述的方法，其中所述基因型测定鉴定以下生物标志物中的一种或更多种突变：FGF5和RET，其中所述基因型分型测定指示所述对象不具有子宫平滑肌肉瘤。

61.权利要求43所述的方法，其中所述子宫平滑肌肉瘤基因型包括检测到ALK、BRCA2、FGFR3、FGFR4、FLT3、NTRK1、PAX3、PAX7、RET、ROS1和TMPRSS2的mRNA上调。

62.权利要求43所述的方法，其中去除所述子宫平滑肌瘤的步骤是通过腹腔镜分碎术进行的。

63.权利要求43所述的方法，其中去除所述子宫平滑肌瘤的步骤是通过子宫肌瘤切除术进行的。