CN113897428A - 生物标志物在判断溃疡性结肠炎患者对戈利木单抗的敏感性中的应用 - Google Patents

生物标志物在判断溃疡性结肠炎患者对戈利木单抗的敏感性中的应用 Download PDF

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Abstract

本发明公开了生物标志物在判断溃疡性结肠炎患者对戈利木单抗的敏感性中的应用，所述生物标志物为CPB1、RNASE2、和/或KIAA1984，本发明通过ROC曲线分析发现，所述生物标志物对预测溃疡性结肠炎患者对戈利木单抗的敏感性具有较高的准确度、灵敏度和特异性，采用本发明所述的技术方案用于预测溃疡性结肠炎患者对戈利木单抗的敏感性，方法简单、效率高，为溃疡性结肠炎的精准治疗提供了依据。

Description

生物标志物在判断溃疡性结肠炎患者对戈利木单抗的敏感性 中的应用
技术领域
本发明属于生物医学技术领域，具体地，本发明涉及生物标志物在判断溃疡性结肠炎患者对戈利木单抗的敏感性中的应用。
背景技术
溃疡性结肠炎(Ulcerative colitis，UC)，是一种发病原因复杂的结肠炎性疾病，主要临床表现以腹泻、血便，粘液脓血便为主，重症患者伴有高热及中毒症状(Watanabe Y,Murata T,Amakawa M,et al.KAG-308,a newly-identified EP4-selective agonistshows efficacy for treating ulcerative colitis and can bring about lower riskof colorectal carcinogenesis by oral administration[J].European journal ofpharmacology,2015,754:179-189.)，以发作、缓解及复发交替为疾病特点，多见于20-40岁青壮年人群，是消化系统的常见病、多发病、疑难病。其病理表现为黏膜及黏膜下层炎细胞浸润、形成多发性溃疡，和结肠癌的发生有一定关联。溃疡性结肠炎病变主要累及结肠的黏膜及黏膜下层，呈连续弥漫性分布，一般常位于乙状结肠与直肠段。其特点为病程迁延不愈，严重程度不一，患者生活质量不高(LeBlanc K,Mosli M H,Parker C E,et al.Theimpact of biological interventions for ulcerative colitis on health-relatedquality of life[J].Cochrane Database of Systematic Reviews,2015(9).)。
近年来，在我国以及世界范围内溃疡性结肠炎的发病率均呈逐年上升的趋势，严重威胁着人们的健康和生活，是世界卫生组织(WHO)列出的难治病之一(Chen S J,Liu XW,Liu J P,et al.Ulcerative colitis as a polymicrobial infection characterizedby sustained broken mucus barrier[J].World journal of gastroenterology:WJG,2014,20(28):9468.)。但其发病原因及机制复杂，目前尚不明确，多认为内在的因素包括免疫紊乱、肠道微生态失调、肠道屏障功能失调、遗传因素以及饮食不健康、吸烟、精神因素等都是诱发溃疡性结肠炎的重要因素，多种因素作用后导致溃疡性结肠炎的发生，而且可能随时发生一些严重并发症，并有癌变的风险，这些都进一步增加了溃疡性结肠炎的治愈难度，严重影响患者的生活质量。溃疡性结肠炎发病机制十分复杂，病变部位主要涉及结肠的黏膜层，不受发病年龄的限制，一般认为，其发病是有多种因素联合作用的结果，随着科学技术的发展及研究的进一步深入，其发病机制不断被揭示，免疫因素、感染因素、细胞凋亡、遗传因素及环境因素等均是溃疡性结肠炎的重要发病机制。
戈利木单抗(Golimumab)是用于溃疡性结肠炎患者的新型抗肿瘤坏死因子(TNF)-α单克隆抗体药物，在过去十几年中，抗TNF-α单克隆抗体在中度至重度溃疡性结肠炎的生物治疗中发挥了重要作用。其可促进溃疡性结肠炎的临床缓解及黏膜愈合，降低疾病加重风险及手术率，已被临床广泛应用。到目前为止共有3个抗TNF-α单抗即英夫利昔单抗、阿达木单抗和戈利木单抗被批准用于溃疡性结肠炎的治疗。其中，戈利木单抗作为TNF-α阻滞剂的新成员，是一种重组全人源性IgG1型抗TNF-α单克隆抗体，其结构与人类IgG完全相同，能特异性和高亲和性地与TNF-α结合，阻止TNF-α与细胞表面的TNF-α受体结合，从而拮抗TNF-α的生物学活性。与英夫利昔单抗和阿达木单抗相比，戈利木单抗的结构更加稳定，并且与TNF-α的结合能力更强，虽然该药已在国外开展了经典的诱导缓解研究试验和维持缓解研究试验，也已经被FDA批准用于中重度溃疡性结肠炎的治疗，但是目前仍然难以预测哪些溃疡性结肠炎患者对戈利木单抗药物敏感或具有反应性，如何预测溃疡性结肠炎患者对戈利木单抗药物的敏感性和/或反应性仍然有待进一步的研究。
发明内容
针对当前本领域存在的上述不足，本发明的目的在于提供生物标志物在判断溃疡性结肠炎患者对戈利木单抗的敏感性中的应用。
本发明的上述目的通过以下技术方案得以实现：
第一方面，本发明提供了一种用于预测溃疡性结肠炎患者对戈利木单抗药物敏感性的生物标志物。
进一步，所述生物标志物为CPB1、RNASE2、和/或KIAA1984。
进一步，本发明中所述的生物标志物包括CPB1、RNASE2、KIAA1984，在NCBI中的信息分别如下：
CPB1(Carboxypeptidase B1)在NCBI中的Gene ID为1360；
RNASE2(Ribonuclease A family member 2)在NCBI中的Gene ID为6036；
KIAA1984(Coiled-coil domain containing 183)在NCBI中的Gene ID为84960，又称CCDC183。
第二方面，本发明提供了检测样本中生物标志物的试剂在制备用于预测溃疡性结肠炎患者对戈利木单抗药物敏感性的产品中的应用。
进一步，所述生物标志物为CPB1、RNASE2、和/或KIAA1984。
进一步，所述试剂包括检测样本中所述生物标志物的mRNA表达量的试剂、检测所述生物标志物的蛋白表达量的试剂。
进一步，所述试剂包括特异性识别所述生物标志物的探针、特异性扩增所述生物标志物的引物、或特异性结合所述生物标志物编码的蛋白的结合剂。
进一步，所述结合剂包括肽、肽模拟物、核酸适配体、镜像L-RNA适体、锚蛋白重复蛋白、Kunitz型域、抗体、单域抗体、或单价抗体片段；
优选地，所述结合剂为抗体。
在本发明中，可以使用任何合适的方法来分析样本以确定样本中所述生物标志物的表达量/表达水平，这些方法包括(但不限于)：核酸测序、核酸杂交、核酸扩增技术、蛋白免疫技术；
核酸测序方法的示例性非限制性实例包括(但不限于)：链终止子(Sanger)测序和染料终止子测序，本领域的普通技术人员将认识到，由于RNA在细胞中不太稳定并且在实验中更易受到核酸酶攻击，因此，在测序前通常将RNA逆转录成DNA；核酸测序方法的另一示例性非限制性实例包括下一代测序(深度测序/高通量测序)，高通量测序技术是一种基于单分子簇的边合成边测序技术，基于专有的可逆终止化学反应原理，测序时将基因组的DNA的随机片段附着到光学透明的玻璃表面，这些DNA片段经过延伸和桥式扩增后，在玻璃表面形成数以亿计的簇，每个簇是具有数千份相同模板的单分子簇，然后利用带荧光基团的四种特殊脱氧核糖核苷酸，通过可逆性的边合成边测序技术对待测的模板DNA进行测序；
核酸杂交方法包括(但不限于)：原位杂交(ISH)、微阵列和Southern或Northern印迹，原位杂交(ISH)是一种使用标记的互补DNA或RNA链作为探针以定位组织一部分或切片(原位)或者如果组织足够小则为整个组织(全组织包埋ISH)中的特异性DNA或RNA序列的杂交，Southern和Northern印迹分别用于检测特异性DNA或RNA序列；
核酸扩增方法选自聚合酶链式反应(PCR)、逆转录聚合酶链式反应(RT PCR)、转录介导的扩增(TMA)、连接酶链式反应(LCR)、链置换扩增(SDA)和基于核酸序列的扩增(NASBA)，其中，PCR需要在扩增前将RNA逆转录成DNA(RT PCR)，TMA和NASBA直接扩增RNA；
蛋白免疫方法包括夹心免疫测定，例如夹心ELISA，其中使用识别生物标志物上不同表位的两种抗体进行该生物标志物的检测；放射免疫测定(RIA)、直接、间接或对比酶联免疫吸附测定(ELISA)、酶免疫测定(EIA)、荧光免疫测定(FIA)、蛋白质印迹法、免疫沉淀法和基于任何颗粒的免疫测定(如使用金颗粒、银颗粒或乳胶颗粒、磁性颗粒或量子点，例如可在微量滴定板或条的形式中实施免疫法。
第三方面，本发明提供了一种用于预测溃疡性结肠炎患者对戈利木单抗药物敏感性的产品。
进一步，所述产品包括检测样本中生物标志物CPB1、RNASE2、和/或KIAA1984的试剂。
进一步，所述产品包括试剂盒、芯片、试纸、高通量测序平台。
进一步，所述试剂盒包括qPCR试剂盒、ELISA试剂盒、免疫印迹检测试剂盒、免疫层析检测试剂盒、免疫组化检测试剂盒、流式细胞分析试剂盒、电化学发光检测试剂盒。
进一步，所述试剂盒中还包含如何采用所述试剂盒预测评估受试者对戈利木单抗药物的敏感性。
进一步，在某些实施方案中，所述试剂盒作为用于进行本发明的方法的单位推销、分销或销售。这类试剂盒可以包含区室化来紧密限制地容纳一个或多个容器手段(如小瓶、管等)的载体手段，每个容器手段包含将要在方法中使用的分开的组成部分之一。例如，容器手段之一可以包含进行可检测标或可以进行可检测标记的探针。这种探针可以是对包含基因表达特征的一个或多个基因的多核苷酸特异的多核苷酸。在试剂盒利用核酸杂交来检测靶核酸时，试剂盒还可以具有包含用于扩增靶核酸序列的一种或多种核酸的容器和/或包含报道手段的容器。
进一步，试剂盒通常将包含上述容器和一个或多个其他容器，该其他容器包含商业和用户角度希望的物质，包括缓冲液、稀释液、滤器、针头、注射器和含有使用说明的包装说明书。容器上可以存在标签来指示该组合物的具体应用，且还可以指示体内或体外使用的方向，如上文所述的那些。试剂盒中的其他可选成分包括一种或多种缓冲液(例如封闭缓冲液、洗涤缓冲液、底物缓冲液等)、其他试剂(如通过酶标记发生化学改变的底物)、表位修复溶液、对照样品(阳性和/或阴性对照)、对照切片等。
第四方面，本发明提供了一种用于预测溃疡性结肠炎患者对戈利木单抗药物敏感性的系统或装置。
进一步，所述系统或装置包括：
(1)检测单元：所述检测单元用于检测生物标志物CPB1、RNASE2、和/或KIAA1984的表达量；
(2)结果判断单元：所述结果判断单元用于根据检测单元所检测得到的表达量的结果，输出溃疡性结肠炎患者对戈利木单抗药物敏感性的预测结果。
进一步，所述检测单元包括qPCR试剂盒、ELISA试剂盒、免疫印迹检测试剂盒、免疫层析检测试剂盒、免疫组化检测试剂盒、流式细胞分析试剂盒、电化学发光检测试剂盒、qPCR仪、ELISA检测装置、免疫印迹检测装置、免疫层析检测装置、免疫组化检测装置、流式细胞分析仪、电化学发光检测装置。
进一步，所述结果判断单元包括输入单元、分析单元和输出单元；
所述输入单元用于输入所述生物标志物的表达量；
所述分析单元用于根据所述生物标志物的表达量，分析出溃疡性结肠炎患者对戈利木单抗药物敏感性的预测结果；
所述输出单元用于输出分析单元的分析结果。
相对于现有技术，本发明具有的优点和有益效果：
本发明提供了一组能够预测溃疡性结肠炎患者对戈利木单抗药物敏感性的基因标志物，所述标志物为CPB1、RNASE2、和/或KIAA1984，通过检测受试者样本中所述标志物的表达水平即可预测该受试者对戈利木单抗药物的敏感性，不依赖于原代培养或动物模型，检测周期短，准确性高，具有广阔的临床应用和科学研究价值，尤其可用于戈利木单抗药物的药效预测，从而指导溃疡性结肠炎患者用药。
附图说明
以下，结合附图来详细说明本发明的实施方案，其中：
图1显示CPB1在对戈利木单抗药物有反应组和对戈利木单抗药物无反应组的溃疡性结肠炎患者之间差异表达的结果图；
图2显示RNASE2在对戈利木单抗药物有反应组和对戈利木单抗药物无反应组的溃疡性结肠炎患者之间差异表达的结果图；
图3显示KIAA1984在对戈利木单抗药物有反应组和对戈利木单抗药物无反应组的溃疡性结肠炎患者之间差异表达的结果图；
图4显示CPB1对预测溃疡性结肠炎患者对戈利木单抗药物敏感性的诊断效能的结果图；
图5显示RNASE2对预测溃疡性结肠炎患者对戈利木单抗药物敏感性的诊断效能的结果图；
图6显示KIAA1984对预测溃疡性结肠炎患者对戈利木单抗药物敏感性的诊断效能的结果图；
图7显示CPB1+RNASE2联合对预测溃疡性结肠炎患者对戈利木单抗药物敏感性的诊断效能的结果图；
图8显示CPB1+KIAA1984联合对预测溃疡性结肠炎患者对戈利木单抗药物敏感性的诊断效能的结果图；
图9显示RNASE2+KIAA1984联合对预测溃疡性结肠炎患者对戈利木单抗药物敏感性的诊断效能的结果图；
图10显示CPB1+RNASE2+KIAA1984联合对预测溃疡性结肠炎患者对戈利木单抗药物敏感性的诊断效能的结果图。
具体实施方式
下面结合具体实施例，进一步阐述本发明，有必要指出的是以下实施例只用于对本发明进行进一步的说明，而不能理解为对本发明保护范围的限制。本领域的普通技术人员可以理解为：在不脱离本发明的原理和宗旨的情况下可以对这些实施例进行多种变化、修改、替换和变型。下列实施例中未注明具体条件的实验方法，通常按照常规条件或按照厂商所建议的条件实施检测。除非另行定义，文中所使用的所有专业与科学用语与本领域熟练技术人员所熟悉的意义相同，此外，任何与所记载内容相似或均等的方法及材料皆可应用于本发明中。
在本发明的上下文中，术语“戈利木单抗药物”，同“戈利木单抗”、“Golimumab”，是一种肿瘤坏死因子(TNF)-α抑制剂，欧洲药品管理局(EMA)宣布推荐批准戈利木单抗(Simponi，杨森生物)用于治疗常规治疗无效或不能接受常规治疗的成人患者的中度至重度溃疡性结肠炎。溃疡性结肠炎的常规治疗药物包括糖皮质激素、6-巯基嘌呤或硫唑嘌呤。戈利木单抗是一种单克隆抗体，可抑制肿瘤坏死因子-α，这是一种炎性疾病致病因子。美国食品药品管理局(FDA)已于2013年5月批准戈利木单抗用于治疗溃疡性结肠炎。这款药物的其它三种适应症在美国和欧洲均已获批，包括中度至重度类风湿关节炎(与甲氨蝶呤合并用药)、银屑病关节炎和强直性脊柱炎。
在本发明的上下文中，术语“标志物”，同“生物标志物”、“基因标志物”、“标志分子”，是指患者表型的指示物，例如病理学状态或对治疗剂的可能的反应性的指示物，其可以在所述患者的生物样本中检测到，生物标志物包括但不限于DNA、RNA、蛋白质、小分子代谢物质、糖类、基于糖脂的分子等。
在本发明的上下文中，术语“样本”，同“样品”、“受试者样本”，是指获自或衍生自目标受试者的组合物，其包含有待例如基于物理、生物化学、化学和/或生理学特征表征和/或鉴定的细胞实体和/或其他分子实体。该样本可以获自受试者的血液和生物来源的其他流体样本及组织样本，如活检组织样本或从其衍生的组织培养物或细胞。组织样本的来源可以是实体组织，如来自新鲜、冷冻和/或保藏的器官或组织样本、活检组织或吸出物；血液或任意血液组分；体液；来自个体妊娠或发育的任何时间的细胞；或血浆。术语“样本”包括在其获得后以任何方式处理过的生物样本，如经试剂处理、稳定化、或针对某些成分(如蛋白质或多核苷酸)富集、或包埋在用于切片目的的半固体或固体基质中。本发明中所述的样本包括但不限于全血、血液来源的细胞、血清、血浆、淋巴液、滑膜液、细胞提取物及其组合。
在本发明的上下文中，术语“引物”，同“扩增引物”，是指包含5-100个核苷酸的核酸片段，优选地，所述引物或扩增引物包含能起始酶促反应(例如，酶促扩增反应)的15-30个核苷酸。
在本发明的上下文中，术语“探针”，是指包括至少5个核苷酸的核酸序列，例如，包含5-100个核苷酸，所述探针能在指定条件下与目标基因的表达产物或者该表达产物的扩增产物杂交形成复合物。杂交探针上还可以包括用于检测的标记物。所述标记物包括但不限于用于荧光定量PCR或荧光原位杂交的标记物。
在本发明的上下文中，术语“抗体”，是本领域众所周知的，是指针对抗原位点的特异性免疫球蛋白。本发明中的抗体是指与本发明的生物标志物蛋白特异性结合的抗体，可以根据本领域中的常规方法来制造抗体。抗体的形式包括多克隆抗体或单克隆抗体、抗体片段(诸如Fab、Fab’、F(ab’)2和Fv片段)、单链Fv(scFv)抗体、多特异性抗体(诸如双特异性抗体)、单特异性抗体、单价抗体、嵌合抗体、人源化抗体、人抗体、包含抗体的抗原结合位点的融合蛋白，以及包含抗原结合位点的任何其他修饰的免疫球蛋白分子，只要该抗体表现出所需的生物结合活性即可。
在本发明的上下文中，术语“肽”，同“多肽”，是指具有与靶物质高度结合的能力，并且在热处理/化学处理期间不会发生变性。而且，由于其尺寸小，可以通过将其附接到其它蛋白上而用作融合蛋白。具体而言，因为可以特异性地附接到高分子蛋白链上，它可以用作诊断试剂盒和药物递送物质。
在本发明的上下文中，术语“敏感性”，同“敏感”、“反应性”、“反应”，是指患有、怀疑患有或倾向于患溃疡性结肠炎的患者/受试者以某种方式对戈利木单抗药物治疗显示阳性反应。本领域的技术人员根据本发明所述的方法会容易地确定采用戈利木单抗药物治疗方案的患者/受试者是否显示阳性反应。不同的患溃疡性结肠炎的患者/受试者对戈利木单抗药物的敏感性之间存在显著的差异性，仅凭医生根据患者的临床特征和临床经验难以准确判断溃疡性结肠炎患者对戈利木单抗药物的敏感性，使得目前临床上采用戈利木单抗药物对溃疡性结肠炎患者进行治疗的效果不理想。随着分子生物学和细胞生物学的飞速发展，研究者和临床医生把焦点转移到如何利用生物标志物去预测药物敏感性。发现能够用于预测溃疡性结肠炎患者对戈利木单抗药物敏感性的新的生物标志物，能够为溃疡性结肠炎提供更为有效和准确的药物敏感性评价指标，从而有助于临床医生为溃疡性结肠炎受试者制定个体化的治疗方案、减少用药盲目性，监测药物疗效，提高溃疡性结肠炎患者的生活质量。
正如熟练技术人员会熟知的，可以以不同方式实施和实现将生物标志物的表达水平或表达量与某种可能性或风险关联起来的步骤。优选地，在数学上组合蛋白质和一种或多种其它标志物的测定浓度，并将组合值与根本的预测问题关联起来。可以通过任何适宜的现有技术数学方法将标志物值的测定组合。
优选地，在生物标志物组合中应用的数学算法是一种对数函数。优选地，应用此类数学算法或此类对数函数的结果是单一值。根据根本的诊断问题，能容易地将此类值与例如溃疡性结肠炎个体关于戈利木单抗药物的敏感性或与有助于评估溃疡性结肠炎患者的其它有意诊断用途关联起来。以一种优选的方式，此类对数函数是如下获得的：a)将个体进行分类入组，例如对戈利木单抗药物有反应的溃疡性结肠炎患者、对戈利木单抗药物无反应的溃疡性结肠炎患者等等；b)通过单变量分析来鉴定在这些组之间差异显著的标志物；c)对数回归分析以评估生物标志物的可用于评估这些不同组的独立差别值；d)构建对数函数来组合独立差别值。在这种类型的分析中，标志物不再是独立的，而是代表一个标志物组合。
用于将标志物组合与溃疡性结肠炎患者对戈利木单抗的敏感性关联起来的对数函数优选采用通过应用统计方法开发和获得的算法。例如，适宜的统计方法是判别分析(DA)(即线性、二次、规则DA)、Kernel方法(即SVM)、非参数方法(即k-最近邻居分类器)、PLS(部分最小二乘)、基于树的方法(即逻辑回归、CART、随机森林方法、助推/装袋方法)、广义线性模型(即对数回归)、基于主分量的方法(即SIMCA)、广义叠加模型、基于模糊逻辑的方法、基于神经网络和遗传算法的方法。熟练技术人员在选择适宜的统计方法来评估本发明的标志物组合并由此获得适宜的数学算法方面不会有问题。在一个实施方案中，用于获得评估糖尿病肾病中使用的数学算法的统计方法选自DA(即线性、二次、规则判别分析)、Kernel方法(即SVM)、非参数方法(即k-最近邻居分类器)、PLS(部分最小二乘)、基于树的方法(即逻辑回归、CART、随机森林方法、助推方法)、或广义线性模型(即对数回归)。
受试者工作特征曲线下面积(＝AUC)是诊断规程的性能或精确性的一项指标。诊断方法的精确性由它的受试者工作特征(ROC)描述得最好。ROC图是源自在观察的整个数据范围上连续改变决策阈的所有灵敏度/特异性对的线图。
实施例1与溃疡性结肠炎对戈利木单抗药物敏感性相关的基因的筛选1、数据来源和筛选方法
收集溃疡性结肠炎患者共59例，在进行戈利木单抗药物(Golimumab)治疗前，收集上述溃疡性结肠炎患者的结肠黏膜组织样本。本研究所述的溃疡性结肠炎患者为中度至重度活动期的溃疡性结肠炎患者，戈利木单抗药物可促进溃疡性结肠炎的临床缓解及黏膜愈合，降低疾病加重风险及手术率，已被临床广泛应用。临床上给上述溃疡性结肠炎患者施用戈利木单抗药物，根据上述溃疡性结肠炎患者对戈利木单抗药物有无反应性，将所述溃疡性结肠炎患者分为有反应组(R，responder)和无反应组(NR，non-responder)，其中，有反应组包括完全反应(CR，complete response)的溃疡性结肠炎患者和部分反应(PR，partialresponse)的溃疡性结肠炎患者，所述无反应组包括稳定性疾病(SD，stable disease)(＞4个月)和进行性疾病(PD，progressive disease)，本研究的数据来源于GSE92415。对戈利木单抗药物无反应性和有反应性的溃疡性结肠炎患者的比例如下：non-responder：responder＝27：32；
检测经戈利木单抗药物治疗后，对戈利木单抗药物无反应组的溃疡性结肠炎患者和对戈利木单抗药物有反应组的溃疡性结肠炎患者之间差异表达的基因，对比对戈利木单抗药物无反应组的溃疡性结肠炎患者和对戈利木单抗药物有反应组的溃疡性结肠炎患者之间差异表达的基因；使用R软件中的“limma”包(版本为3.36.5)进行差异表达基因的分析，其中，差异表达基因的筛选标准为P.Value<0.01，|log2FC|>0.5。
2、实验结果
结果显示，筛选得到的在对戈利木单抗药物有反应组和对戈利木单抗药物无反应组的溃疡性结肠炎患者之间差异表达基因中，CPB1、RNASE2、KIAA1984呈现显著性的差异表达，CPB1、RNASE2、KIAA1984在对戈利木单抗药物有反应组的溃疡性结肠炎患者中的表达情况分别如下：上调、下调和上调(见图1-图3)，结果表明，CPB1、RNASE2、KIAA1984可作为预测溃疡性结肠炎患者对戈利木单抗药物敏感性的潜在标志分子。
实施例2潜在标志分子在预测溃疡性结肠炎患者对戈利木单抗药物敏感性中的应用
1、实验方法
对实施例1中筛选得到的在对戈利木单抗药物有反应组和对戈利木单抗药物无反应组之间差异表达的基因，使用R包“pROC”(版本1.15.0)绘制受试者工作曲线(ROC曲线)，计算受试者工作特征曲线下面积(AUC)以评估单个差异表达基因、任意两个差异表达基因联合、三个差异表达基因联合分别对预测溃疡性结肠炎患者对戈利木单抗药物敏感性的准确度；
在判断单个基因对预测溃疡性结肠炎患者对戈利木单抗药物敏感性的诊断效能和准确度时，直接使用所述单个基因的表达量进行分析，选择Youden指数最大的一点对应的表达水平作为其cutoff值，AUC在0.5<AUC<0.8的基因被用于联合分析；
在判断基因联合对预测溃疡性结肠炎患者对戈利木单抗药物敏感性的诊断效能和准确度时，对基因联合中的各个基因的表达水平进行Logistics回归分析，通过拟合出的回归曲线计算出每个个体对戈利木单抗药物敏感的概率，确定不同的概率划分阈值，根据确定的概率划分阈值，计算得出基因联合诊断方案的灵敏度、特异性以及准确性等。
2、实验结果
结果显示，基因组合CPB1+RNASE2、CPB1+KIAA1984、RNASE2+KIAA1984、CPB1+RNASE2+KIAA1984对预测溃疡性结肠炎患者对戈利木单抗药物敏感性的准确性由于单个基因，AUC值均较高(见表1、图4-图10)，表明了基因CPB1、RNASE2、和/或KIAA1984能够应用于预测溃疡性结肠炎患者对戈利木单抗药物的敏感性中。
表1基因对预测溃疡性结肠炎患者对戈利木单抗药物敏感性的诊断效能
基因 AUC值
CPB1 0.753
RNASE2 0.727
KIAA1984 0.757
CPB1+RNASE2 0.802
CPB1+KIAA1984 0.807
RNASE2+KIAA1984 0.771
CPB1+RNASE2+KIAA1984 0.822
上述实施例的说明只是用于理解本发明的方法及其核心思想。应当指出，对于本领域的普通技术人员来说，在不脱离本发明原理的前提下，还可以对本发明进行若干改进和修饰，这些改进和修饰也将落入本发明权利要求的保护范围内。

Claims (10)

1.一种用于预测溃疡性结肠炎患者对戈利木单抗药物敏感性的生物标志物，其特征在于，所述生物标志物为CPB1、RNASE2、和/或KIAA1984。
2.检测样本中生物标志物的试剂在制备用于预测溃疡性结肠炎患者对戈利木单抗药物敏感性的产品中的应用，其特征在于，所述生物标志物为CPB1、RNASE2、和/或KIAA1984。
3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，所述试剂包括检测样本中所述生物标志物的mRNA表达量的试剂、检测所述生物标志物的蛋白表达量的试剂。
4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于，所述试剂包括特异性识别所述生物标志物的探针、特异性扩增所述生物标志物的引物、或特异性结合所述生物标志物编码的蛋白的结合剂。
5.根据权利要求4所述的应用，其特征在于，所述结合剂包括肽、肽模拟物、核酸适配体、镜像L-RNA适体、锚蛋白重复蛋白、Kunitz型域、抗体、单域抗体、或单价抗体片段。
6.一种用于预测溃疡性结肠炎患者对戈利木单抗药物敏感性的产品，其特征在于，所述产品包括检测样本中生物标志物CPB1、RNASE2、和/或KIAA1984的试剂。
7.根据权利要求6所述的产品，其特征在于，所述产品包括试剂盒、芯片、试纸、高通量测序平台。
8.一种用于预测溃疡性结肠炎患者对戈利木单抗药物敏感性的系统或装置，其特征在于，所述系统或装置包括：
(1)检测单元：所述检测单元用于检测生物标志物CPB1、RNASE2、和/或KIAA1984的表达量；
(2)结果判断单元：所述结果判断单元用于根据检测单元所检测得到的表达量的结果，输出溃疡性结肠炎患者对戈利木单抗药物敏感性的预测结果。
9.根据权利要求8所述的系统或装置，其特征在于，所述检测单元包括qPCR试剂盒、ELISA试剂盒、免疫印迹检测试剂盒、免疫层析检测试剂盒、免疫组化检测试剂盒、流式细胞分析试剂盒、电化学发光检测试剂盒、qPCR仪、ELISA检测装置、免疫印迹检测装置、免疫层析检测装置、免疫组化检测装置、流式细胞分析仪、电化学发光检测装置。
10.根据权利要求8所述的系统或装置，其特征在于，所述结果判断单元包括输入单元、分析单元和输出单元；
所述输入单元用于输入所述生物标志物的表达量；
所述分析单元用于根据所述生物标志物的表达量，分析出溃疡性结肠炎患者对戈利木单抗药物敏感性的预测结果；
所述输出单元用于输出分析单元的分析结果。
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