CN113846178B - 一种与甜玉米籽粒大小主效qtl紧密连锁的snp分子标记及其应用 - Google Patents

一种与甜玉米籽粒大小主效qtl紧密连锁的snp分子标记及其应用 Download PDF

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Abstract

本发明提供了一种与甜玉米籽粒大小主效QTL紧密连锁的SNP分子标记及其应用，属于生物分子标记技术领域。本发明利用上述与甜玉米籽粒大小相关的主效QTL紧密连锁SNP分子标记可以辅助选择大籽粒玉米，其中SNP位点S_chr:6_34566837(C/T)和S_chr:6_24602280(C/A)可以选择甜玉米籽粒的宽度和面积两个性状，S_chr:10_19237891(A/G)和S_chr:10_72811545(G/A)可以选择甜玉米籽粒直径性状。通过本发明开分的SNP分子标记进行分子标记辅助选择育种，只需要检测PCR扩增产物特定位点的SNP碱基，即可预测甜玉米籽粒大小性状，大大提高了育种效率。

Description

一种与甜玉米籽粒大小主效QTL紧密连锁的SNP分子标记及其 应用
技术领域
本发明属于生物分子标记技术领域，具体涉及一种与甜玉米籽粒大小主效QTL紧密连锁的SNP分子标记及其应用。
背景技术
高产是作物育种研究的主要目标。大籽粒是作物高产量构成的一个重要组成。甜玉米(Sweet corn)属于禾本科，玉蜀黍属，是玉米的一种甜质类型，又称蔬菜玉米。甜玉米是欧美、韩国和日本等发达国家的主要蔬菜之一。因其具有丰富的营养、甜、鲜、脆、嫩的特色而深受各阶层消费者青睐。甜玉米由于含糖量高、适口性好、用途多而得到广泛种植。然而甜玉米籽粒与普通玉米不同，其籽粒形态呈现皱缩，形状不规则，无法像普通玉米一样统计籽粒长度、宽度、厚度等数据。因此研究甜玉米籽粒大小性状较困难。
发明内容
有鉴于此，本发明的目的在于提供一种与甜玉米籽粒大小主效QTL紧密连锁的SNP分子标记及其应用，为辅助甜玉米育种奠定基础。
本发明提供了一种与甜玉米籽粒大小主效QTL紧密连锁的SNP分子标记，包括调控甜玉米籽粒宽度和面积的SNP分子标记和/或调控甜玉米籽粒直径的SNP分子标记；所述调控甜玉米籽粒宽度和/或面积的SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO：1和SEQ ID NO：2所示，所述SEQ ID NO：1的第101位多态性为C/A；所述SEQ ID NO：2的第101位多态性为C/T；
所述调控甜玉米籽粒直径的SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO：3和SEQ IDNO：4所示，所述SEQ ID NO：3的第101位多态性为A/G；所述SEQ ID NO：4的第101位多态性为G/A。
本发明提供了所述SNP分子标记在甜玉米育种中的应用。
本发明提供了一种辅助筛选大籽粒甜玉米的方法，包括以下步骤：
1)提取待测甜玉米基因组DNA；
2)测定步骤1)中待测甜玉米基因组DNA中所述SNP分子标记的基因型，当所述SEQID NO：1的第101位和所述SEQ ID NO：2的第101位基因型均为CC时，待测甜玉米籽粒宽度和面积较大；当SEQ ID NO：3的第101位和SEQ ID NO：4第101位基因型均为GG时，待测甜玉米籽粒直径较大，得到的籽粒宽度和面积较大和/或籽粒直径较大的待测甜玉米为大籽粒甜玉米。
优选的，测定待测甜玉米基因组DNA中所述SNP分子标记的基因型的方法包括PCR扩增SEQ ID NO：1～SEQ ID NO：4的片段，测序后，得到各SNP分子标记的基因型。
优选的，所述PCR扩增SEQ ID NO：1的片段所用的引物如SEQ ID NO:5和SEQ IDNO:6所示；
所述PCR扩增SEQ ID NO：2的片段所用的引物如SEQ ID NO:7和SEQ ID NO:8所示；
所述PCR扩增SEQ ID NO：3的片段所用的引物如SEQ ID NO:9和SEQ ID NO:10所示；
所述PCR扩增SEQ ID NO：4的片段所用的引物如SEQ ID NO:11和SEQ ID NO:12所示。
优选的，待测甜玉米籽粒宽度较大是指7.33～9.32mm；
待测甜玉米籽粒面积较大是指51.7～76.26mm2。
优选的，待测甜玉米籽粒直径较大是指7.8～9.93mm。
本发明提供了一种与甜玉米籽粒大小主效QTL紧密连锁的SNP分子标记，包括调控甜玉米籽粒宽度和面积的SNP分子标记和/或调控甜玉米籽粒直径的SNP分子标记；所述调控甜玉米籽粒宽度和/或面积的SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO：1和SEQ ID NO：2所示，所述SEQ ID NO：1的第101位多态性为C/A；所述SEQ ID NO：2的第101位多态性为C/T；所述调控甜玉米籽粒直径的SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO：3和SEQ ID NO：4所示，所述SEQ ID NO：3的第101位多态性为A/G；所述SEQ ID NO：4的第101位多态性为G/A。调控甜玉米籽粒宽度和/或面积的SNP分子标记分别位于S_chr:6_24602280(C/A)和S_chr:6_34566837(C/T)，当SNP位点S_chr:6_34566837和S_chr:6_24602280碱基均为C时，待测甜玉米籽粒宽度(7.33～9.32mm)，面积(51.7～76.26mm2)较大，调控甜玉米籽粒直径的SNP分子标记位于S_chr:10_19237891(A/G)和S_chr:10_72811545(G/A)，当SNP位点S_chr:10_19237891碱基为A和S_chr:10_72811545碱基为G时，待测甜玉米籽粒直径(7.8～9.93mm)较大，满足上述SNP标记的基因型，说明待测甜玉米籽粒为大籽粒。利用本发明保护的SNP标记进行分子标记辅助育种，只需要检测PCR扩增产物特定位点的SNP碱基，来预测甜玉米籽粒大小性状，能够大大提高甜玉米育种效率。
附图说明
图1为与甜玉米籽粒大小相关主效QTL紧密连锁SNP在玉米染色体上的位置图。
具体实施方式
本发明提供了一种与甜玉米籽粒大小主效QTL紧密连锁的SNP分子标记，包括调控甜玉米籽粒宽度和面积的SNP分子标记和/或调控甜玉米籽粒直径的SNP分子标记；所述调控甜玉米籽粒宽度和/或面积的SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO：1和SEQ ID NO：2所示，所述SEQ ID NO：1的第101位多态性为C/A；所述SEQ ID NO：2的第101位多态性为C/T；所述调控甜玉米籽粒直径的SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO：3和SEQ ID NO：4所示，所述SEQ ID NO：3的第101位多态性为A/G；所述SEQ ID NO：4的第101位多态性为G/A。
在本发明中，以大籽粒甜玉米(SHL01)和小籽粒甜玉米(SHL03)为亲本材料构建群体，待子代甜玉米籽粒成熟后，利用籽粒自动考种仪进行籽粒性状测量，包括籽粒长、籽粒宽、籽粒直径、籽粒面积，利用Windows QTL cartographer 2.5软件和复合区间作图法对子代群体籽粒大小和百粒重的BLUP值进行QTL分析，定位到12个QTL，其中位于6号染色体上的qGW6，对籽粒宽度表达贡献率为12.2％，对籽粒面积表型贡献率为9.98％，该QTL介于SNP位点S_chr:6_34566837和S_chr:6_24602280之间，SNP位点S_chr:6_34566837变异为C/A，SNP位点S_chr:6_24602280变异为C/T，物理位置为玉米V2基因组chr:6_34566837-24602280，这两个SNP位点可用于对甜玉米籽粒宽度和面积的预测。当SNP位点S_chr:6_34566837和S_chr:6_24602280碱基均为C时，待测甜玉米籽粒宽度和面积较大，SNP位点S_chr:6_34566837碱基为A和S_chr:6_24602280碱基为T时，待测甜玉米籽粒宽度和面积较小，两组表型的平均值呈现显著差异。qGD10为位于玉米第10号染色体上调控籽粒直径的主效QTL，对籽粒面积表型贡献率为10.15％，介于SNP位点S_chr:10_19237891和S_chr:10_72811545之间，SNP位点S_chr:10_19237891变异为A/G，SNP位点S_chr:10_72811545变异为G/A，物理位置为玉米V2基因组chr:10_19237891-72811545，这两个SNP位点可用于对甜玉米籽粒直径的预测。当SNP位点S_chr:10_19237891碱基为A和S_chr:10_72811545碱基为G时，则待测甜玉米籽粒直径较大，当SNP位点S_chr:10_19237891碱基为G和S_chr:10_72811545碱基为A时，则待测甜玉米籽粒直径较小，两组表型的平均值呈现显著差异。
本发明提供了所述SNP分子标记在甜玉米育种中的应用。
本发明提供了一种辅助筛选大籽粒甜玉米的方法，包括以下步骤：
1)提取待测甜玉米基因组DNA；
2)测定步骤1)中待测甜玉米基因组DNA中所述SNP分子标记的基因型，当所述SEQID NO：1的第101位和所述SEQ ID NO：2的第101位基因型均为CC时，待测甜玉米籽粒宽度和面积较大；当SEQ ID NO：3的第101位和SEQ ID NO：4第101位基因型均为GG时，待测甜玉米籽粒直径较大，得到的籽粒宽度和面积较大和/或籽粒直径较大的待测甜玉米为大籽粒甜玉米。
本发明提取待测甜玉米基因组DNA。本发明对所述提取基因组DNA的方法没有特殊限制，采用本领域所熟知的提取方法即可，例如CTAB法或试剂盒法。
得到待测甜玉米基因组DNA后，本发明测定所述待测甜玉米基因组DNA中所述SNP分子标记的基因型，当所述SEQ ID NO：1的第101位和所述SEQ ID NO：2的第101位基因型均为CC时，待测甜玉米籽粒宽度和面积较大；当SEQ ID NO：3的第101位和SEQ ID NO：4第101位基因型均为GG时，待测甜玉米籽粒直径较大，得到的籽粒宽度和面积较大和/或籽粒直径较大的待测甜玉米为大籽粒甜玉米
在本发明中，测定待测甜玉米基因组DNA中所述SNP分子标记的基因型的方法优选包括PCR扩增SEQ ID NO：1～SEQ ID NO：4的片段，测序后，得到各SNP分子标记的基因型。
在本发明中，所述PCR扩增SEQ ID NO：1的片段所用的引物如SEQ ID NO:5(AACTTGAGTACGACTTGACAA)和SEQ ID NO:6(ATTCTTAGAAACTTAACGCAC)所示；所述PCR扩增SEQ ID NO：2的片段所用的引物如SEQ ID NO:7(AATATGCACATTACTGGGACC)和SEQ ID NO:8(GATTGAAGCAATTACACTCT)所示；所述PCR扩增SEQ ID NO：3的片段所用的引物如SEQ ID NO:9(GGAACTAGCCTCTGTAAGA)和SEQ ID NO:10(CAGTTAAAGATGATGGGTG)所示；所述PCR扩增SEQID NO：4的片段所用的引物如SEQ ID NO:11(TCCGTACGTTGTTGCTGT)和SEQ ID NO:12(CTCTTGGGCGATGTGACT)所示。所述PCR扩增的反应程序优选为95℃变性3min；95℃变性30s，58-62℃退火30s，72℃延伸30min，共循环32-35次；最后72℃延伸5min。
在本发明中，待测甜玉米籽粒宽度较大优选是指7.33～9.32mm。待测甜玉米籽粒面积较大优选是指51.7～76.26mm2。待测甜玉米籽粒直径较大优选是指7.8～9.93mm。
利用上述与甜玉米籽粒大小相关的主效QTL紧密连锁SNP标记可以辅助选择大籽粒玉米，其中SNP位点S_chr:6_34566837(C/T)和S_chr:6_24602280(C/A)可以选择甜玉米籽粒的宽度和面积两个性状，同时调控甜玉米籽粒直径的SNP标记S_chr:10_19237891(A/G)和S_chr:10_72811545(G/A)，可以选择甜玉米籽粒直径性状。通过本发明保护的SNP标记进行分子标记辅助育种，只需要检测PCR扩增产物特定位点的SNP位点碱基类型，即可预测甜玉米籽粒大小性状，大大提供了大籽粒甜玉米育种的便利性。
下面结合实施例对本发明提供的一种与甜玉米籽粒大小主效QTL紧密连锁的SNP分子标记及其应用进行详细的说明，但是不能把它们理解为对本发明保护范围的限定。
实施例1
甜玉米F2群体遗传图谱构建。
利用上海市农业科学院作物所玉米中心选育的甜玉米自交系SHL01和SHL03为亲本构建F2群体，SHL01和SHL03均为超甜玉米(sh2)类型，两个玉米类型的籽粒大小以及脱水后籽粒不规则皱褶程度差异较大，SHL01籽粒的较大，籽粒为白色热带血缘自交系，SHL03籽粒较小，籽粒为黄色温带血缘自交系。种植于上海市农业科学院庄行试验站基地。出苗后，采集F2群体的叶片组织提取DNA。利用基于靶向测序的基因型检测(genotyping by targetsequencing，GBTS)技术对F2代266个单株进行基因分型，通过石家庄博瑞迪生物技术有限公司的玉米20K SNP液相芯片(基于液相探针捕获的GenoBaits技术)检测(参考文献：徐云碧等.靶向测序基因型检测(GBTS)技术及其应用.中国农业科学,2020,53(15):2983-3004)，共获得20,000个SNP位点数据，利用PLINK软件进行质控过滤，筛选出缺失率小于20％，最小等位基因频率大于0.05，杂合率小于20％，构建的遗传图谱共有4479个高质量SNP标记，分为10个连锁群。遗传图谱总距离为2017.9cM，SNP标记之间平均遗传距离为1.6cM。
1、甜玉米籽粒性状的测量
利用甜玉米自交系SHL01和SHL03为亲本构建F2:3群体，将F2:3群体采用随机区组试验设计，种植于上海市农业科学院庄行试验站基地。每个F2:3家系种植2行区，三次重复，正常田间管理。待甜玉米籽粒成熟后，利用籽粒自动考种仪进行籽粒性状测量，包括籽粒长、籽粒宽、籽粒直径、籽粒面积。每个重复取三个果穗分别脱粒选取至少100粒用于表型测量。最后取三个重复的平均值作为表型数据。利用公式h2＝σg2/(σg2+σε2/r)计算籽粒性状的广义遗传率，其中其中σg2和σε2分别是基因型和误差方差分量，r是重复次数。
表1 F2:3群体的表型变异及遗传率比较
Figure BDA0003305976430000061
3、获得甜玉米籽粒性状主效QTL
利用Windows QTL cartographer 2.5软件和复合区间作图法(Compositeinterval mapping，CIM)对F2:3群体籽粒大小和百粒重的BLUP值进行QTL分析。在P<0.05的显著性水平下进行1000次的随机性检验，以确定似然函数比值的对数值logarithm oftheodds(LOD)。设置一个范围筛选候选基因。使用2-LOD置信区间。就是LOD波动曲线从峰的最高点减少2的时候(Y轴)，对应在遗传图谱上跨越的区域(X轴)。2-LOD置信区间大概对应99.8％的置信区间，功能基因有99.8％概率落在这个区域内。，命名QTL的格式为:前缀是“q”+性状英文简写+QTL所在染色体号+同一染色体上的QTL的流水号，该数字用“-”与染色体的编号相连。
对籽粒大小性状和百粒重进行QTL分析，如图1所示，总共检测到38个QTL，分布于10条染色体上，LOD值在3.70～8.77之间，单个QTL对表型变异的贡献率在2.44％～12.2％之间。单个QTL对表型变异的贡献率≥10％，被认为是主效QTL。
QTL表型变异的贡献率的计算按照如下公式I进行：
Figure BDA0003305976430000071
其中，VG表示的是QTL的遗传方差，VP为表型方差。
定位到的11个粒长性状相关的QTL，分布于1、3、6、7、8、9、10号染色体，其表型贡献率在3.25％～7.99％，均为微效QTL，没有主效QTL。定位到12个粒宽性状的QTL，分布于1、2、3、6、7、9、10号染色体，其中位于6号染色体上的qGW6，贡献率为12.2％，为粒宽性状的主效QTL，基因作用方式为部分显性。其他QTL的贡献率在3.63％～8.18％之间，为微效QTL。定位到的7个籽粒直径QTL，分布于3、4、7、9、10号染色体。其中位于10号染色体的qGD10，其贡献率为10.15％，为粒宽性状的主效QTL，基因作用方式为部分显性。其他QTL的贡献率在4.34％～6.44％之间，为微效QTL。定位到8个籽粒面积的QTL，分别位于1、2、6、7、10号染色体。其中位于6号染色体的qGA6，贡献率为9.98％，为主效QTL。其他QTL的贡献率在3.40％-9.42％之间，为微效QTL。
表2籽粒性状的QTL结果
Figure BDA0003305976430000081
Figure BDA0003305976430000091
注：遗传效应中A：加性方式；PD；部分显性；D:显性方式；OD：超显性方式
4.与甜玉米籽粒大小性状紧密连锁SNP标记的开发及应用
qGW6为位于玉米第6号染色体上调控籽粒宽度的主效QTL，介于SNP位点S_chr:6_34566837和S_chr:6_24602280之间，SNP位点S_chr:6_34566837变异为C/A，SNP位点S_chr:6_24602280变异为C/T，物理位置为玉米V2基因组chr:6_34566837-24602280，这两个SNP位点可用于对甜玉米籽粒宽度的预测。当SNP位点S_chr:6_34566837和S_chr:6_24602280碱基均为C时，待测甜玉米籽粒宽度较大，SNP位点S_chr:6_34566837碱基为A和S_chr:6_24602280碱基为T时，待测甜玉米籽粒宽度较小，两组表型的平均值呈现显著差异。
表3待测甜玉米材料SNP基因型和籽粒宽度表型的对应结果
Figure BDA0003305976430000092
Figure BDA0003305976430000101
Figure BDA0003305976430000111
通过T-test比较两组材料的籽粒宽度，P＝0.000755为极显著差异。
qGD10为位于玉米第10号染色体上调控籽粒直径的主效QTL，介于SNP位点S_chr:10_19237891和S_chr:10_72811545之间，SNP位点S_chr:10_19237891变异为A/G，SNP位点S_chr:10_72811545变异为G/A，物理位置为玉米V2基因组chr:10_19237891-72811545，这两个SNP位点可用于对甜玉米籽粒直径的预测。当SNP位点S_chr:10_19237891碱基为A和S_chr:10_72811545碱基为G时，则待测甜玉米籽粒直径较大，当SNP位点S_chr:10_19237891碱基为G和S_chr:10_72811545碱基为A时，则待测甜玉米籽粒直径较小，两组表型的平均值呈现显著差异。
表4待测甜玉米材料SNP基因型和籽粒直径表型的对应结果
Figure BDA0003305976430000121
Figure BDA0003305976430000131
Figure BDA0003305976430000141
通过T-test比较两组材料的籽粒直径，P＝5.33357E-05为极显著差异。
qGA为位于玉米第6号染色体上调控籽粒面积的主效QTL，介于SNP位点S_chr:6_34566837和S_chr:6_24602280之间，SNP位点S_chr:6_34566837变异为C/A，SNP位点S_chr:6_24602280变异为C/T，物理位置为玉米V2基因组chr:6_34566837-24602280，这两个SNP位点可用于对甜玉米籽粒面积的预测。当SNP位点S_chr:6_34566837和S_chr:6_24602280碱基均为C时，待测甜玉米籽粒面积大，SNP位点S_chr:6_34566837碱基为A和S_chr:6_24602280碱基为T时，待测甜玉米籽粒宽度小，两组表型的平均值呈现显著差异。
表5待测甜玉米材料SNP基因型和籽粒面积表型的对应结果
Figure BDA0003305976430000142
Figure BDA0003305976430000151
Figure BDA0003305976430000161
通过T-test比较两组材料的籽粒面积，P＝8.37754E-05为极显著差异。
利用上述与甜玉米籽粒大小相关的主效QTL紧密连锁SNP标记可以辅助选择大籽粒玉米，其中SNP位点S_chr:6_34566837(C/A)和S_chr:6_24602280(C/A)可以选择甜玉米籽粒的宽度和面积两个性状，S_chr:10_19237891(A/G)和S_chr:10_72811545(G/A)可以选择甜玉米籽粒直径的SNP分子标记。通过本发明开分的SNP分子标记进行分子标记辅助选择，只需要检测PCR扩增产物特定位点的SNP碱基，即可辅助选择甜玉米籽粒大小性状。
以上所述仅是本发明的优选实施方式，应当指出，对于本技术领域的普通技术人员来说，在不脱离本发明原理的前提下，还可以做出若干改进和润饰，这些改进和润饰也应视为本发明的保护范围。
序列表
<110> 上海市农业科学院
<120> 一种与甜玉米籽粒大小主效QTL紧密连锁的SNP分子标记及其应用
<160> 12
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 200
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<221> misc_feature
<222> (101)
<223> n=C/T
<400> 1
tggaaaagct taaacttgag tacgacttga caaaatatat agtacgcagg cgcagcatga 60
tcgtaaccat acctttcgat cgccgccact tattcgtttg ntagtcgtcg gtatctttga 120
ggatagatag agctcagcaa ccttttcacg tgcgttaagt ttctaagaat ttccgcgaca 180
tgcatgtcaa tgagagcgca 200
<210> 2
<211> 200
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<221> misc_feature
<222> (101)
<223> n=A/C
<400> 2
atgtaatatg cacattactg ggaccaccag attcatgtcg acatgccgta caataattct 60
cacatacatc ttaccaaaca ttatcccttt atgtatttag natctgatcc aaagacatca 120
gttccggtga ctattggcac cgaactagaa tatacacaga catagagtgt aattgcttca 180
atcaatcatc agcattactt 200
<210> 3
<211> 200
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<221> misc_feature
<222> (101)
<223> n=A/G
<400> 3
ccatctttgg gtgaagaggt tcaggaacta gcctctgtaa gaattgaaca taccttgaat 60
catttgagca aagaagccgg ttgcaaaggg cagtaaaccc ngcccttgtt ttatctattg 120
caccgttatg cttcatttta agaagaacct gtaaaaaatg gtcacccatc atctttaact 180
gccccacatc aagaatttct 200
<210> 4
<211> 200
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<221> misc_feature
<222> (101)
<223> n=G/A
<400> 4
atataagatg cacaccgagt tccgtacgtt gttgctgttg acttgttgaa tgtaagaagt 60
gacgactaga atgggtgtcg tctaagttga gttgtattgt ntcgtagcat cttgatataa 120
ccctataatc tgttgttgga aaaaaatgtt tgctcagtca catcgcccaa gagaactctt 180
ttaatagtac acacctttaa 200
<210> 5
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 5
aacttgagta cgacttgaca a 21
<210> 6
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 6
attcttagaa acttaacgca c 21
<210> 7
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 7
aatatgcaca ttactgggac c 21
<210> 8
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 8
gattgaagca attacactct 20
<210> 9
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 9
ggaactagcc tctgtaaga 19
<210> 10
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 10
cagttaaaga tgatgggtg 19
<210> 11
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 11
tccgtacgtt gttgctgt 18
<210> 12
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 12
ctcttgggcg atgtgact 18

Claims (5)

1.一种与甜玉米籽粒大小主效QTL紧密连锁的SNP分子标记，其特征在于，包括调控甜玉米籽粒宽度和面积的SNP分子标记和/或调控甜玉米籽粒直径的SNP分子标记；
所述调控甜玉米籽粒宽度和/或面积的SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO：1和SEQ ID NO：2所示，所述SEQ ID NO：1的第101位多态性为C/A；所述SEQ ID NO：2的第101位多态性为C/T；
所述调控甜玉米籽粒直径的SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO：3和SEQ ID NO：4所示，所述SEQ ID NO：3的第101位多态性为A/G；所述SEQ ID NO：4的第101位多态性为G/A。
2.权利要求1所述SNP分子标记在甜玉米籽粒大小育种中的应用。
3.一种辅助筛选大籽粒甜玉米的方法，其特征在于，包括以下步骤：
1）提取待测甜玉米基因组DNA；
2）测定步骤1）中待测甜玉米基因组DNA中权利要求1所述SNP分子标记的基因型，当所述SEQ ID NO：1的第101位和所述SEQ ID NO：2的第101位基因型均为CC时，待测甜玉米籽粒宽度和面积较大；当SEQ ID NO：3的第101位基因型为GG和SEQ ID NO：4第101位基因型为AA时，待测甜玉米籽粒直径较大，得到的籽粒宽度和面积较大和/或籽粒直径较大的待测甜玉米为大籽粒甜玉米；
待测甜玉米籽粒宽度较大是指7.33~9.32mm；
待测甜玉米籽粒面积较大是指51.7~76.26 mm2；
待测甜玉米籽粒直径较大是指7.8~9.93mm。
4.根据权利要求3所述方法，其特征在于，测定待测甜玉米基因组DNA中所述SNP分子标记的基因型的方法包括PCR扩增SEQ ID NO：1~SEQ ID NO：4的片段，测序后，得到各SNP分子标记的基因型。
5.根据权利要求4所述方法，其特征在于，所述PCR扩增SEQ ID NO：1的片段所用的引物如SEQ ID NO:5和SEQ ID NO:6所示；
所述PCR扩增SEQ ID NO：2的片段所用的引物如SEQ ID NO:7和SEQ ID NO:8所示；
所述PCR扩增SEQ ID NO：3的片段所用的引物如SEQ ID NO:9和SEQ ID NO:10所示；
所述PCR扩增SEQ ID NO：4的片段所用的引物如SEQ ID NO:11和SEQ ID NO:12所示。
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