CN113552102A - 一种基于荧光相关光谱检测有机溶剂诱导蛋白聚集的药物筛选方法 - Google Patents
一种基于荧光相关光谱检测有机溶剂诱导蛋白聚集的药物筛选方法 Download PDFInfo
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Abstract
本发明涉及一种基于荧光相关光谱检测有机溶剂诱导蛋白聚集的药物筛选方法,荧光标记的蛋白在含有有机溶剂的水溶液中产生聚集现象,当待筛化合物与蛋白发生相互作用时,会抑制蛋白在含有有机溶剂的水溶液中产生聚集现象,通过荧光相关光谱检测荧光标记蛋白聚集体的特征扩散时间(扩散系数),获得蛋白与待筛化合物相互作用的强弱信息,从而实现基于有机溶剂诱导蛋白聚集的药物筛选,该方法检测体积小、灵敏度高。本发明可针对常见疾病与突发性疾病的临床药物进行筛选,大大减少药物筛选时间和成本,为药物研发提供了更加简单、快速和普适性强的方法。
Description
技术领域
本发明涉及生物医药技术领域,具体涉及一种基于荧光相关光谱检测有机溶剂诱导蛋白聚集的药物筛选方法。
背景技术
新药的开发及其药理研究对改善人类健康至关重要。在药理学研究中,药物-靶标蛋白相互作用分析是促进新药发现和发展精准药物的关键步骤。药物的治疗效果在很大程度上取决于其靶位的结合。目前,已经开发了多种研究药物-靶标蛋白相互作用的方法。如质谱、核磁共振、毛细管电泳、全内反射荧光,荧光偏振和荧光共振能量转移等。然而,开发样品用量少、快速和高灵敏的方法用于研究未标记药物分子与靶标蛋白之间的相互作用仍然是一个巨大的挑战。
荧光相关光谱(fluorescence correlation spectroscopy,FCS)是一类具有超高灵敏度的单分子光学检测方法。荧光相关光谱系统通过对检测微区(<1fL)内的荧光分子由于布朗运动或者化学反应造成的荧光信号的涨落进行记录,然后对荧光涨落信号进行自相关函数分析,得到荧光分子的荧光相关光谱曲线,获取其浓度、特征扩散时间、化学反应速率常数、结合和解离常数等信息。由于FCS作为一种单分子光学分析技术,具有样品用量少、灵敏度高和分析速度快等特点,因此被广泛应用于在蛋白-蛋白和蛋白-药物等相互作用研究中。
发明内容
本发明的目的是提供一种基于荧光相关光谱检测有机溶剂诱导蛋白聚集的药物筛选方法。以解决了传统体外药物筛选方法体系复杂和疗效相关性差的问题,建立了一种基于荧光相关光谱检测有机溶剂诱导蛋白聚集的药物筛选模型。
还解决了传统体外筛药方法耗时长和成本高等问题,应用该方法可在单分子水平进行快速和低成本的药物筛选,为临床前抗肿瘤药物评价提供了一种新的方法。在肿瘤研究、抗肿瘤药物开发等领域具有重大应用前景。该方法简单、经济和具有普适性。
本发明通过以下技术方案来实现发明目的:
本发明的原理是,采用荧光标记蛋白在含有有机溶剂的水溶液中产生聚集现象,然而当加入的药物分子与蛋白发生相互作用时,会抑制蛋白在含有有机溶剂的水溶液中产生聚集现象,通过荧光相关光谱检测荧光标记蛋白的特征扩散时间实现蛋白与药物分子相互作用强弱的监测,从而实现基于有机溶剂诱导蛋白聚集的药物筛选。其原理是当加入有机溶剂后蛋白产生聚集,其聚集体分子量变大,粒径也变大,在溶液中的扩散速度变慢,该聚集体的特征扩散时间变长,然而当蛋白与待筛药物分子发生强的相互作用时,该药物分子抑制蛋白在含有有机溶剂的水溶液中聚集,因此蛋白的聚集程度大大降低,其分子量相对聚集体分子量变小,粒径也变小,在溶液中的扩散速度变快,该蛋白的特征扩散时间变短,本发明的技术方案为:一种基于荧光相关光谱检测有机溶剂诱导蛋白聚集的药物筛选方法,具体包括如下步骤:
步骤一、蛋白的荧光标记和纯化,将荧光分子与蛋白共价连接。用超滤膜纯化标记溶液,用荧光相关光谱表征荧光分子-蛋白标记物,在一定的条件下,测定其特征扩散时间。
步骤二、蛋白与药物分子相互作用,将不同浓度待筛化合物加入荧光标记的蛋白溶液中温育一定时间。
步骤三、有机溶剂诱导蛋白聚集,在上述蛋白-药物水溶液中加入有机溶剂浓度至5%-50%。同时设置不加入待筛化合物的对照组。
步骤四、荧光相关光谱监测用蛋白与药物分子的相互作用,荧光相关光谱研究荧光标记蛋白与药物分子的相互作用。通过监测荧光标记的蛋白分子特征扩散时间τD,计算化合物半抑制浓度(IC50),获得不同药物分子与蛋白的相互作用强弱信息。相对抑制率的计算公式为:
其中τDS为荧光标记蛋白在含有有机溶剂的水溶液特征扩散时间,τD1为荧光标记蛋白在含有某一特定浓度待筛化合物和有机溶剂的水溶液中的特征扩散时间,τD0为荧光标记蛋白在含有饱和浓度强待筛化合物和有机溶剂的水溶液中的特征扩散时间,蛋白与待筛化合物相互作用强弱的评价标准为荧光相关光谱测定荧光标记蛋白的特征扩散时间大小,特征扩散时间越大,待筛化合物与该蛋白的相互作用越弱。特征扩散时间越小,待筛化合物与该蛋白的相互作用越强,在筛选中设定实验组和对照组,通过计算相对抑制率即判定待筛化合物与蛋白相互作用的强弱,超过50%即判断具有较强的抑制作用。
上述一种药物筛选方法中,所述诱导蛋白聚集的有机溶剂为乙腈、甲醇、乙醇、丙酮、乙酸乙酯和四氢呋喃,有机溶剂在缓冲溶液中浓度为5%-50%。
上述一种药物筛选方法中,所述蛋白荧光标记试剂为氟化硼二吡咯(Dipyrromethene Boron Difluoride,BODIPY)、花菁(Cyanine,Cy)和罗丹明(Rhodamine)系列染料,还包括绿色荧光蛋白、黄色荧光蛋白和红色荧光蛋白。
上述一种药物筛选方法中,所述蛋白包括但不限于β-淀粉样前体蛋白切割酶1(β-site amyloid-precursorprotein-cleaving enzyme 1,BACE-1)和二氢叶酸还原酶(dihydrofolate reductase,DHFR),浓度为1nM-50nM。
上述一种药物筛选方法中,所述药物包括但不限于口服β分泌酶裂解酶抑制剂(Lanabecestat,AZD3293)、维芦司他(verubecestat,MK-8931)、(S)-1-(2-(二氟甲基)吡啶-4-基)-4-氟-1-(3-(嘧啶-5-基)苯基)-1H-异吲哚-3-胺{(S)-1-(2-(difluoromethyl)pyridin-4-yl)-4-fluoro-1-(3-(pyrimidin-5-yl)phenyl)-1H-isoindol-3-amine,AZD3839}、[(S)-4-(2,4-二氟-5-嘧啶-5-基-苯基)-4-甲基-5,6-二氢-4H-[1,3]噻嗪-2-基胺]{[(S)-4-(2,4-difluoro-5-pyrimidin-5-yl-phenyl)-4-methyl-5,6-dihydro-4H-[1,3]thiazin-2-ylamine],LY2811376}、甲氨蝶呤(Methotrexate,MTX)和普拉曲沙(Pralatrexate),其浓度为10-12到10-4mol/L。
上述一种药物筛选方法中,所述检查方法为荧光相关光谱,检测平台为盖玻片或微流控芯片。
本发明提供的药物筛选方法具有以下有益效果:
1、采用荧光相关光谱研究有机溶剂诱导蛋白质聚集体系中,药物与蛋白质相互作用,抑制蛋白聚集,从而区分不同药物与目标蛋白相互作用强弱,评估不同药物的药效。
2、可使用微量蛋白和药物进行测试,样品用量极少且重复次数高。
3、大大简化了测试步骤,无需过多的步骤,通过荧光相关光谱监测药物分子与荧光标记的蛋白相互作用即可直接得到测试结果。
4、该方法的普适性强,能用于不同蛋白与药物相互作用,可望快速筛选出目标蛋白的强相互作用药物分子,可以针对突发性公共卫生事件进行快速有效的药物筛选工作,大大缩短临床试药过程。
附图说明
图1本发明的原理示意图;基于荧光相关光谱检测有机溶剂诱导蛋白聚集的药物筛选方法。
图2为不同有机溶剂对蛋白BACE-1与药物AZD3293相互作用的影响;其中20nMBODIPY标记的蛋白BACE-1和1μM药物AZD3293溶解在10mM磷酸盐缓冲液(pH 7.4,含有10%有机溶剂溶液)中,采用荧光相关光谱系统测得的谱图。
图3为不同浓度乙腈对蛋白BACE-1与药物AZD3293相互作用的影响。(A)丙酮,(B)乙酸乙酯,(C)甲醇,(D)乙醇,(E)乙腈。其中20nM BODIPY标记的蛋白BACE-1和不含或1μM药物AZD3293溶解在10mM磷酸盐缓冲液(含有不同浓度的乙腈)中,采用荧光相关光谱系统测得的谱图,再通过相关计算得到不同浓度乙腈下BODIPY标记蛋白BACE-1的特征扩散时间,以乙腈浓度为横坐标、蛋白BACE-1的特征扩散时间为纵坐标的柱状图,比较不加药物分子和加药物分子时蛋白BACE-1的特征扩散时间差异。
图4不同药物分子浓度对有机溶剂诱导蛋白BACE-1聚集的抑制作用。(A)AZD3293,(B)AZD3839,(C)MK-8931,(D)LY2811376。其中20nM BODIPY标记的蛋白BACE-1和0-100μM药物分子溶解在10mM磷酸盐缓冲液(含有10%乙腈)中,采用荧光相关光谱系统测得的荧光相关光谱图,再通过相关计算得到不同药物分子浓度下BODIPY标记的蛋白BACE-1的特征扩散时间,以药物分子浓度为横坐标、蛋白BACE-1的特征扩散时间为纵坐标的柱状图。
图5不同药物分子浓度与其相对抑制率之间的关系图。其中20nM BODIPY标记的蛋白BACE-1和0-100μM药物分子溶解在10mM磷酸盐缓冲液(含有10%乙腈)中,采用荧光相关光谱系统测得的荧光相关光谱图,再通过相关计算得到不同药物分子浓度下BODIPY标记的蛋白BACE-1的特征扩散时间,然后以AZD3293抑制率为100%,通过相对抑制率公式计算各浓度下的抑制率,通过以药物分子浓度为横坐标、相对抑制率为纵坐标的曲线图。
图6为不同浓度乙腈对荧光蛋白EGFR标记蛋白DHFR与药物MTX相互作用的影响。其中50nM荧光蛋白EGFR的蛋白DHFR和不含或1μM药物MTX溶解在10mM磷酸盐缓冲液(含有不同浓度的乙腈)中,基于荧光相关光谱系统测得的谱图,再通过相关计算得到不同药物浓度下荧光蛋白EGFR的蛋白DHFR的特征扩散时间,以乙腈浓度为横坐标、蛋白DHFR的特征扩散时间为纵坐标的柱状图,比较不加药物分子和加药物分子时蛋白DHFR的特征扩散时间差异。
图7为不同浓度乙腈对BODIPY标记的蛋白DHFR与药物MTX相互作用的影响。其中50nM BODIPY标记的蛋白DHFR和不含或1μM药物MTX溶解在10mM磷酸盐缓冲液(含有不同浓度的乙腈)中,基于荧光相关光谱系统测得的谱图,再通过相关计算得到不同药物浓度下BODIPY标记的蛋白DHFR的特征扩散时间,以乙腈浓度为横坐标、蛋白DHFR的特征扩散时间为纵坐标的柱状图,比较不加药物分子和加药物分子时蛋白DHFR的特征扩散时间差异。
图8不同浓度药物MTX对有机溶剂诱导蛋白DHFR聚集的抑制作用。(A)甲氨蝶呤(Methotrexate),(B)普拉曲沙(Pralatrexate)。其中50nM BODIPY标记的蛋白DHFR和0-100μM药物分子MTX溶解在10mM磷酸盐缓冲液(含有10%乙腈)中,基于荧光相关光谱系统测得的谱图,再通过相关计算得到不同药物浓度下BODIPY标记蛋白DHFR的特征扩散时间,以药物分子浓度为横坐标、蛋白DHFR的特征扩散时间为纵坐标的柱状图。
图9不同药物分子浓度与其相对抑制率之间的关系图。50nM BODIPY标记的蛋白DHFR和0-100μM药物分子溶解在10mM磷酸盐缓冲液(含有10%乙腈)中,基于荧光相关光谱系统测得的谱图,再通过相关计算得到不同药物浓度下BODIPY标记蛋白DHFR的特征扩散时间,然后以MTX抑制率为100%,通过相对抑制率公式计算各浓度下的抑制率,通过以药物分子浓度为横坐标、相对抑制率为纵坐标的曲线图。
具体实施方式
下面结合附图对本发明做进一步说明,但本发明并不局限于以下实施例。
实施例1:β-淀粉样前体蛋白切割酶1(BACE-1)在不同有机溶剂中的聚集和药物抑制聚集
如图1所示,当溶液中加入有机溶剂,会诱导荧光标记蛋白聚集。将药物分子加入到荧光标记蛋白溶液,再加入有机溶剂。由于药物分子与蛋白发生相互作用,会抑制蛋白的聚集。应用荧光相关光谱能够监测蛋白不同聚集状态下的特征扩散时间,从而监测不同药物分子与蛋白相互作用强弱。不同的有机溶剂对蛋白的聚集影响不同。如图2所示,我们使用五种有机溶剂甲醇、乙醇、乙腈、丙酮和乙酸乙酯,发现在溶液中加入不同有机溶剂时,荧光标记的BACE-1在药物AZD3293作用前和作用后的特征扩散时间相差不同。我们进一步研究了乙腈的浓度对加药和不加药蛋白的聚集影响。如图3所示,随着乙腈浓度的增加,荧光标记的BACE-1的特征扩散时间不断增大。当乙腈的浓度为10%时,荧光标记的BACE-1在药物AZD3293作用前后的特征扩散时间相差最大。
实施例2:一种β-淀粉样前体蛋白切割酶1(BACE-1)抑制剂的药物筛选模型的应用
我们通过荧光相关光谱研究不同浓度的药物AZD3293对BACE-1蛋白在有机溶剂中聚集现象的抑制效果,从而评价该药物与BACE-1蛋白相互作用的强弱。通过监测标记荧光染料的蛋白质分子特征扩散时间,获得不同药物分子与蛋白质分子的相互作用强弱信息。BODIPY标记的BACE-1浓度为20nM,随着药物AZD3293的浓度从10-12增加到10-4mol/L,BACE-1的特征扩散时间逐渐减小,表明药物AZD3293与BACE-1发生了强的相互作用,有效地抑制了BACE-1蛋白在有机溶剂中的聚集。我们进一步研究了其他三种药物分子与BACE-1蛋白相互作用的强弱。如图4所示,AZD3293、MK-8931、AZD3839和LY2811376药物分子与BACE-1蛋白相互作用强弱明显不同。图5为四种药物分子在不同浓度的抑制率,它们的相对抑制率分别为100.0%、94.7%、87.4%和52.9%,IC50值分别为0.044nM、0.16nM、0.47nM和832nM。
实施例3:一种荧光蛋白EGFR标记二氢还原酶的药物筛选模型
我们通过荧光相关光谱研究了抑制剂MTX对荧光蛋白EGFR标记二氢叶酸还原酶在有机溶剂中聚集现象的抑制效果,从而评价该药物与二氢叶酸还原酶相互作用的强弱。我们首先构建质粒,通过大肠杆菌培养表达荧光蛋白EGFR标记二氢叶酸还原酶,再通过镍柱纯化蛋白。我们研究了乙腈的浓度对加药和不加药情况下荧光蛋白EGFR标记二氢叶酸还原酶的聚集影响。如图6所示,当乙腈的浓度为10%时,荧光蛋白EGFR标记的二氢叶酸还原酶在药物MTX作用前和作用后的特征扩散时间相差最大,说明荧光蛋白EGFR能标记二氢叶酸还原酶用于药物筛选模型中。
实施例4:一种二氢还原酶(dihydrofolate reductase,DHFR)抑制剂的药物筛选模型的应用
我们通过荧光相关光谱研究了抑制剂MTX对二氢叶酸还原酶在有机溶剂中聚集现象的抑制效果,从而评价该药物与二氢叶酸还原酶相互作用的强弱。我们先研究了乙腈的浓度对加药和不加药蛋白二氢叶酸还原酶的聚集影响。如图7所示,当乙腈的浓度为10%时,荧光标记的二氢叶酸还原酶在药物MTX作用前和作用后的特征扩散时间相差最大,因此选择乙腈浓度为10%进行后续的实验。如图8所示,BODIPY标记的二氢叶酸还原酶浓度为50nM,随着药物分子MTX的浓度从10-12增加到10-4mol/L,二氢叶酸还原酶的特征扩散时间逐渐减小,表明药物MTX与二氢叶酸还原酶发生了强的相互作用,有效地抑制了二氢叶酸还原酶在有机溶剂中的聚集。图9为两种药物分子在不同浓度的抑制率,它们的相对抑制率分别为100.0%和99.6%,药物甲氨蝶呤(Methotrexate)和普拉曲沙(Pralatrexate)的IC50值分别为1.8nM和2.1nM。
Claims (9)
1.一种基于荧光相关光谱检测有机溶剂诱导蛋白聚集的药物筛选方法,其特征在于包括以下步骤:
(1)蛋白的荧光标记、纯化和表征:将荧光分子与靶标蛋白共价连接,用超滤膜纯化标记溶液,用荧光相关光谱对荧光分子-蛋白标记物进行表征;
(2)蛋白与待筛化合物相互作用:将不同浓度待筛化合物加入荧光标记的蛋白溶液中温育反应;
(3)有机溶剂诱导蛋白聚集:在蛋白-待筛化合物水溶液中加入有机溶剂诱导蛋白聚集;
(4)荧光相关光谱监测蛋白与待筛化合物的相互作用:通过荧光相关光谱监测荧光标记的蛋白分子特征扩散时间τD,计算待筛化合物相对抑制率和半抑制浓度(IC50),获得不同待筛化合物与蛋白的相互作用强弱信息。
3.如权利要求2所述的药物筛选方法,其特征在于,在筛选中设定实验组和对照组,通过计算相对抑制率即判定待筛化合物与蛋白相互作用的强弱,超过50%即判断具有较强的抑制作用。
4.如权利要求1所述的药物筛选方法,其特征在于,所述诱导蛋白聚集的有机溶剂为乙腈、甲醇、乙醇、丙酮、乙酸乙酯和四氢呋喃中的一种或多种。
5.如权利要求1所述的药物筛选方法,其特征在于,所述有机溶剂在水溶液中浓度为5%-50%。
6.如权利要求1所述的药物筛选方法,其特征在于,所述蛋白荧光标记试剂为氟化硼二吡咯(Dipyrromethene Boron Difluoride,BODIPY)、花菁(Cyanine,Cy)、罗丹明(Rhodamine)系列染料、绿色荧光蛋白、黄色荧光蛋白和红色荧光蛋白。
7.如权利要求1所述的药物筛选方法,其特征在于,所述蛋白为β-淀粉样前体蛋白切割酶1(β-site amyloid-precursorprotein-cleaving enzyme 1,BACE-1)和二氢叶酸还原酶(dihydrofolate reductase,DHFR),浓度为1nM-50nM。
8.如权利要求1所述的药物筛选方法,其特征在于,所述药物为口服β分泌酶裂解酶抑制剂(Lanabecestat,AZD3293)、维芦司他(verubecestat,MK-8931)、(S)-1-(2-(二氟甲基)吡啶-4-基)-4-氟-1-(3-(嘧啶-5-基)苯基)-1H-异吲哚-3-胺{(S)-1-(2-(difluoromethyl)pyridin-4-yl)-4-fluoro-1-(3-(pyrimidin-5-yl)phenyl)-1H-isoindol-3-amine,AZD3839}、[(S)-4-(2,4-二氟-5-嘧啶-5-基-苯基)-4-甲基-5,6-二氢-4H-[1,3]噻嗪-2-基胺]{[(S)-4-(2,4-difluoro-5-pyrimidin-5-yl-phenyl)-4-methyl-5,6-dihydro-4H-[1,3]thiazin-2-ylamine],LY2811376}、甲氨蝶呤(Methotrexate,MTX)和普拉曲沙(Pralatrexate),浓度为10-12到10-4mol/L。
9.如权利要求1所述的药物筛选方法,其特征在于,所述药物筛选方法的检测平台为盖玻片或微流控芯片。
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