CN113383079A - Cxcl8结合性核酸 - Google Patents

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Abstract

本发明涉及能够结合人CXCL8的L‑核酸分子,其中所述L‑核酸分子包括中心核苷酸区段,其中所述中心核苷酸区段包含以下核苷酸序列:5’GGAAGUACGUGGAAAGCCRA(XU)RAGUGUGUCCCG‑3’[SEQ.ID.NO:27],其中XU为U或不存在。

Description

CXCL8结合性核酸
本发明涉及一种能够结合CXCL8的核酸分子,该核酸分子用于治疗和/或预防疾病的方法中,该核酸分子用于检测CXCL8的方法中,该核酸分子用于制造检测手段或生物传感器,包含该核酸分子的药物组合物,该核酸分子用于制备药物的用途,该核酸分子用于制备诊断剂、诊断手段或生物传感器的用途,该核酸分子用于检测CXCL8的用途,包含该核酸分子的试剂盒,使用该核酸分子来检测CXCL8的方法,包含该核酸分子的复合物,使用该核酸分子来筛选由CXCL8介导活性的拮抗剂的方法,以及用于检测该核酸分子的方法。
CXCL8(UniProtKB/Swiss-Prot P10145,IL8_HUMAN;SEQ ID NO:2),也被称为白细胞介素8(缩写为IL-8)、嗜中性粒细胞激活蛋白1(缩写为NAP-1)、单核细胞衍生的嗜中性粒细胞趋化因子(缩写为MDNCF)或粒细胞趋化蛋白1(缩写为GCP-1),是属于CXC类趋化因子亚族的一种小分子碱性蛋白,该亚族趋化因子具有促炎和促血管生成特性,其特征在于N末端带有谷氨酸-亮氨酸-精氨酸(缩写为ELR)基序。ELR阳性的趋化因子CXCL1(也被称为生长调节α蛋白、Gro-α、黑色素瘤生长刺激活性蛋白、MGSA或NAP-3)、CXCL2(也被称为Gro-β或巨噬细胞炎性蛋白2-α、MIP2-α)、CXCL3(也被称为Gro-γ或MIP2-β)、CXCL5(也被称为上皮细胞衍生的嗜中性粒细胞激活蛋白78、ENA-78或小诱导细胞因子B5)、CXCL6(也被称为趋化因子α3、CKA-3、粒细胞趋化蛋白2、GCP-2或小诱导细胞因子B6)、CXCL7(也被称为血小板碱性蛋白、PBP、白细胞衍生的生长因子、LDGF、巨噬细胞衍生的生长因子、MDGF或小诱导细胞因子B7)和CXCL8是受体CXCR2(也被称为IL8RB、IL8R 2型、CD182、CDw128b或GRO/MGSA受体)的激动剂。CXCL6、CXCL7和CXCL8为受体CXCR1(也被称为IL8RA、IL8R 1型、CD181或CDw128a)的激动剂。CXCL8与受体CXCR1和受体CXCR2结合的亲和力相似,约为4nM。CXCL8与CXCR1/2的结合触发Gαi依赖性信号传导通路,并且例如诱导嗜中性粒细胞迁移、脱粒和氧化爆发。磷酸化、β-阻抑蛋白(β-arrestin)募集和受体内化可以调节受体敏感性(Ha,Theranostics 2017)。CXCL7和CXCL8的同源性最高,具有33个完全相同的氨基酸。非人灵长类动物(野捕恒河猴(macaca mulata)、食蟹猴)来源的CXCL8与人CXCL8共享95%的同一性(77个氨基酸中有73个是完全相同的)。小鼠和大鼠中不存在CXCL8的直系同源物。
CXCL8是由包括单核细胞、巨噬细胞、成纤维细胞、内皮细胞和上皮细胞在内的不同类型细胞因对例如病原相关分子模式(缩写为PAMP)分子(例如LPS)、促炎介导物(例如IL-1,IL-6和TNF-a)、缺氧、活性氧种类或环境应激因素(例如香烟烟雾)作出响应而分泌的(Ha,Theranostics 2017)。CXCL8充当嗜中性粒细胞和单核细胞的趋化与激活细胞因子,并在宿主防御中发挥重要的生理作用。
CXCL8被用作诊断、疾病状态、预后的生物标志物,并且在CXCL8水平升高的感染性疾病中的治疗功效已描述于病毒感染(例如呼吸道合胞病毒、单纯疱疹病毒、乙型和丙型肝炎病毒、人巨细胞病毒)、细菌感染(例如肺炎链球菌(Stretptococcus pneumoniae)和结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis))以及真菌感染(例如白色念珠菌(Candidaalbicans)和烟曲霉(Aspergillus fumigatus))。在小儿呼吸道合胞病毒(缩写为RSV)感染中,CXCL8血浆水平与疾病的严重程度相关。于是,CXCL8可以作为评估RSV感染严重性的生物标志物,并指导临床处置。与其它免疫学生物标志物(即,淋巴细胞计数和CCL5血浆水平)结合在一起,提高了准确性(Brand,Pediatr Res 2013)。CXCL8在感染性疾病中作为生物标志物的用途的另外的实例是新生儿败血症(Zhou,PLoS One 2015)、细菌性脑膜炎(Yao,IntJ Clin Exp Med 2015)、肺炎(Morris,Thorax 2009)和神经梅毒(Wang,Sci Rep2016)。在包括慢性前列腺炎、急性肾盂肾炎、囊性纤维化和各种自身免疫性疾病在内的炎症性疾病中,CXCL8也可以作为生物标志物(Shahzad,Int Arch Med 2010)。在癌症患者中,CXCL8水平与肿瘤负荷和较差结果相关(Sanmamed,Clin Cancer Res 2014)。比如,CXCL8与乳腺癌(Fang,Anticancer Res 2017)、胰腺癌(Chen,World J Gastroenterol 2012)和小儿肉瘤(Highfill,Sci Transl Med 2014)中的生存期较短相关。对于黑色素瘤,基线CXCL8水平升高与对抗CTLA 4/化疗联合治疗的无响应性和较差的患者结果相关(Jamal,J ImmunotherCancer 2017)。
CXCL8及其受体参与了几种炎症性疾病的发病机制,包括呼吸系统炎症性疾病(例如慢性阻塞性肺病、急性呼吸窘迫综合征、哮喘、囊性纤维化、肺纤维化)、皮肤炎症性疾病(例如嗜中性粒细胞性皮肤病、银屑病、大疱性类天疱疮)、自身免疫性疾病(例如炎症性肠病、溃疡性结肠炎、多发性硬化、类风湿性关节炎)、炎症性神经疾病(例如神经-sweet病、阿尔茨海默病)、缺血性疾病(例如中风、心肌梗塞、脑缺血和梗塞)以及其它炎症性疾病(例如动脉粥样硬化)(Ha,Theranostics 2017;Russo,Expert Rev Clin Immunol 2014)。抑制CXCL8用于治疗这类炎症性疾病的潜力得到了动物疾病模型的支持。例如,在家兔中,抗CXCL8抗体施用改善LPS诱发性皮炎、LPS诱发性胸膜炎、LPS/IL-1诱发性关节炎、IC型肾小球肾炎、急性肺损伤和肺再灌注损伤(Bao,Int Immunopharmacol 2010;Harada,J LeukocBiol 1994)。CXCR1/2阻断减轻了大鼠模型中的缺血性脑损伤(Garau,Cytokine 2005)。
CXCL8参与了人类癌症的发生、发展和治疗抗性,包括肺癌、结肠癌、前列腺癌、胰腺癌、乳腺癌、卵巢癌和黑色素瘤,并促进肿瘤生长和转移(Brat,Neuro Oncol 2005;Ha,Theranostics 2017;Koch,Science 1992;Li,Angiogenesis 2005;Liu,Cytokine GrowthFactor Rev 2016;Xu,Oncol Res 2000)。CXCL8的促癌机制包括刺激血管生成、癌症干细胞的自我更新、上皮细胞向间充质细胞转化以及免疫抑制肿瘤微环境的形成(Ginestier,JClin Invest 2010;Visvader,Nat Rev Cancer 2008;David,Vaccines 2016)。抑制CXCL8用于治疗人类癌症的潜力得到了动物疾病模型的支持。例如,CXCL8敲减降低化疗耐药性卵巢癌细胞的生长(Merritt,J Natl Cancer Inst 2008)。在卵巢癌和前列腺癌模型中,抑制CXCL8增强多西他赛引发的抗血管生成应答(Campbell,Pharmaceuticals 2013)。在磷酸酶和张力蛋白同源物(PTEN)不足的肿瘤中,CXCL8的过表达增强癌细胞活力并促进治疗抗性肿瘤的形成(Campbell,Pharmaceuticals 2013;Maxwell,Eur Urol 2013;Maxwell,Oncotarget 2014)。抑制CXCL8信号传导增加PTEN缺陷以及p53突变的癌细胞对DNA损伤剂、抗代谢剂或雄激素受体靶向策略的敏感性(Campbell,Pharmaceuticals 2013)。在横纹肌肉瘤和胰腺导管腺癌的小鼠模型中,CXCR2阻断增强了免疫检查点抑制剂抗PD-1的功效(Highfill,Sci Transl Med 2014;Steele,Cancer Cell 2016)。
已知几种化合物靶向CXCL8或靶向相应的受体CXCR1和CXCR2中的一种或两种,并已经成功在体内模型中进行了测试。其中一些化合物还在临床试验中进行了测试。CXCR1和/或CXCR2的拮抗剂,即瑞帕利辛(reparixin)、拉达利辛(ladarixin)、达尼利辛(danirixin)、纳瓦利辛(navarixin)、SX-682和AZD-5069,在针对胰岛移植、器官移植、1型糖尿病、COPD、哮喘、支气管扩张、银屑病、大疱性类天疱疮和癌症的临床试验中进行测试。CXCR1/2拮抗剂瑞帕利辛进一步在转移性三阴乳腺癌患者中进行临床测试。CXCR2拮抗剂AZD-5069与抗PD-L1的德瓦鲁单抗(durvalumab)或化疗方案联合应用在实体癌中进行测试。
尽管ELR阳性的趋化因子共享受体CXCR1和CXCR2,但这些趋化因子具有不同的表达模式、体内分布(细胞外基质结合特性)和与受体相互作用的机制(Feniger-Barish,Cytokine 1999;Sawant,Sci Rep 2016)。对不同的ELR阳性趋化因子家族成员各自的生理功能知之甚少。因此,与CXCR1/CXCR2阻断的广泛性阻断相比,选择性抑制促病的CXCL8对于疾病治疗可能会更有效,并可能降低副作用的风险。例如,CXCL8对于维持癌干细胞是必需的,但CXCL1并非如此(Liotti F等人,Stem Cells 2017;35:135-146)。在感染中,趋化因子具有重叠活性。因而,广泛性抑制ELR阳性趋化因子(例如同时抑制CXCL8和CXCL1)可能与感染风险增加有关(Yung SC和Murphy PM;frontiers in Immunology,2012年9月,第3卷,Art.276)。CXCR1/2配体共有通用的N末端ELR基序,该基序可以作为结合表位(在美国专利US 9,783,605中描述)。当试图鉴定一种将选择性结合并抑制CXCL8而又不会干扰其它ELR阳性趋化因子的化合物时,在CXCR1/2配体CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL5、CXCL6、CXCL7和CXCL8中存在该共有的结构特征就是一项挑战。
已经鉴定出了与CXCL8结合、但不与ELR阳性趋化因子CXCL1(也被称为生长调节蛋白α、Gro-α)和CXCL2(也被称为生长调节蛋白β、Gro-β)结合的抗体(Skov,J Immunol2008)。迄今为止,CXCL8特异性的单克隆抗体还未能在临床试验中显示出功效,这可能与这类物质的药理学特性有关,包括其药代动力学性质、生物分布与消除。例如,趋化因子的高产生率可能会导致治疗性抗体的迅速饱和以及常规使用中长给药间隔时间情况下的疗效不足。而且,抗体可能潜在地不干扰趋化因子与糖胺聚糖的结合,这就造成缺乏对趋化因子梯度的破坏性以及不足以抑制白细胞迁移和渗出。核酸优先结合蛋白质的糖胺聚糖结合位点(Oberthur,Nat Commun 2015)。因此,针对CXCL8的靶向治疗,像核酸这种其它类物质可能更有优势。
核酸对被体液中存在的酶(核酸酶)降解敏感。这种生物稳定性的缺乏阻碍了制备基于核酸的药物来用于治疗人类以及制备基于核酸的诊断剂来用于疾病鉴定和/或治疗。化学修饰可以提高核酸的稳定性,但作为药剂使用,其提供的稳定性可能还是不够。例如,具有2’-氟修饰的嘧啶类的核酸表现出的血浆半衰期与纯DNA核酸相当,并且需要2’-O-甲基修饰以达到较长的半衰期(Kratschmer,Nucleic Acid Ther 2017)。作为首款获得批准的治疗用适配体,哌加他尼钠(Macugen)是通过2'-氟-嘧啶、2'-O-甲基-嘌呤和3’端加帽的联合来稳定的。而且,当用于药剂生产的时候,化学修饰可能伴随着副作用风险的增加。相反,非天然的L构型核酸具有高度的生物稳定性,并已经在临床试验中显示出安全性、良好的耐受性和有效性(Ludwig,Leukemia 2017;Menne,Nephrol Dial Transplant 2016)。
之前已经描述了CXCL8结合性2’-氟嘧啶RNA-适配体(Sung,Biomaterials 2014)。然而,在功能测定中,所描述的其中一种适配体,即适配体8A-35的高结合亲和力却未能转化为功能性的改进,其抑制CXCL8诱导的嗜中性粒细胞迁移的IC50>125nM。半定量分析表明,适配体前体与ELR阳性趋化因子CXCL1(也被称为Gro-α)和CXCL2(也被称为Gro-β)无结合或低结合。
本发明的根本问题是提供一种核酸分子,优选L-核酸,其与CXCL8进行特异性相互作用,优选不与其它ELR阳性趋化因子特异性相互作用,并且更优选不与结合受体CXCR1和/或CXCR2的ELR阳性趋化因子相互作用。
本发明的另一个根本问题提供一种核酸分子,优选L-核酸分子,其与CXCL8以高亲和力结合,从而使其有效抑制CXCL8刺激的趋化作用,优选地具有个位数纳摩尔范围内,更优选皮摩尔范围内的抑制常数。
本发明的再一个根本问题是提供一种核酸分子(优选L-核酸分子)用于制备用于治疗人类和/或非人类疾病的药剂,其中所述疾病的特征在于CXCL8直接或间接地参与了这类疾病的发病机制,优选为至少达到拮抗或抑制CXCL8就产生治疗作用的程度。
本发明的又一个根本问题是提供一种核酸分子(优选L-核酸分子)用于制备用于鉴定、诊断和/或治疗疾病的诊断剂,其中所述疾病的特征在于CXCL8直接或间接地参与了这类疾病的发病机制。
本发明的这些和其它主要根本问题由所附的独立权利要求的主题来解决。优选的实施方案可以取自从属权利要求。
更具体地,本发明的根本问题在以下第一方面中解决:能够结合人CXCL8的L-核酸分子来解决,其中所述L-核酸分子包括中心核苷酸区段,其中所述中心核苷酸区段包含以下核苷酸序列:
5’-GGAAGUACGUGGAAAGCCRA(XU)RAGUGUGUCCCG-3’[SEQ.ID.NO:27],其中XU为U或不存在。
更具体地说,本发明的根本问题在以下第二方面中解决:第一方面的L-核酸分子(包括其任何实施方案)用于治疗和/或预防疾病的方法中。
更具体地说,本发明的根本问题在以下第三方面中解决:第一方面的L-核酸分子(包括其任何实施方案)用于检测CXCL8的方法中。
更具体地说,本发明的根本问题在以下第四方面中解决:第一方面的L-核酸分子(包括其任何实施方案)用于制备检测手段或生物传感器。
更具体地说,本发明的根本问题在以下第五方面中解决:包含根据所述第一方面的L-核酸分子(包括其任何实施方案)和任选地另外的组分的药物组合物,其中所述另外的组分选自包含药学上可接受的赋形剂、药学上可接受的载体和药学活性剂的组。
更具体地说,本发明的根本问题在以下第六方面中解决:根据所述第一方面的L-核酸分子(包括其任何实施方案)用于制备药物的用途。
更具体地说,本发明的根本问题在以下第七方面中解决:根据所述第一方面的L-核酸分子(包括其任何实施方案)用于制备诊断剂、诊断手段或生物传感器的用途。
更具体地说,本发明的根本问题在以下第八方面中解决:根据所述第一方面的L-核酸分子(包括其任何实施方案)用于检测CXCL8,优选人CXCL8的用途。
更具体地说,本发明的根本问题在以下第九方面中解决:用于检测CXCL8的试剂盒,其中所述试剂盒包含根据所述第一方面的L-核酸分子,包括其任何实施方案,并且至少包括说明书或反应容器。
更具体地说,本发明的根本问题在以下第十方面中解决:一种使用根据所述第一方面所定义的L-核酸(包括其任何实施方案)来检测样品中CXCL8的方法,其中所述方法包括下列步骤:
a)提供具有未知浓度的CXCL8的样品;
b)使该样品或其稀释物与第七方面所定义的诊断剂、诊断手段或生物传感器(包括其任何实施方案)接触;
c)用所述第七方面所定义的诊断剂、诊断手段或生物传感器(包括其任何实施方案)测量信号;
d)任选地,将该信号与参照物比较;
任选地,通过与从具有已知CXCL8浓度的至少一种样品获得的信号进行比较,来确定具有未知CXCL8浓度的样品中的CXCL8浓度,优选地具有已知CXCL8浓度的的至少一种样品经历步骤b)至步骤c)。
更具体地说,本发明的根本问题在以下第十一方面中解决:包含根据所述第一方面的L-核酸分子(包括其任何实施方案)和CXCL8的复合物,优选地,其中所述复合物为晶体复合物。
更具体地说,本发明的根本问题在以下第十二方面中解决:用于筛选CXCL8介导活性的拮抗剂的方法,其包括下列步骤:
-提供CXCL8介导的活性的候选拮抗剂,
-提供根据所述第一方面的L-核酸分子,包括其任何实施方案,
-提供一种测试系统,该测试系统在CXCL8介导活性的拮抗剂存在的情况下提供信号,并
-确定CXCL8介导活性的候选拮抗剂是否为CXCL8介导活性的拮抗剂。
更具体地说,本发明的根本问题在以下第十三方面中解决:用于检测样品中根据所述第一方面的L-核酸分子(包括其任何实施方案)的方法,其中所述方法包括下列步骤:
a)提供捕获探针和检测探针,其中所述捕获探针与根据所述第一方面的L-核酸分子(包括其任何实施方案)的第一部分至少部分互补,其中所述检测探针与根据所述第一方面的L-核酸分子(包括其任何实施方案)的第二部分至少部分互补,或者备选地,所述捕获探针与根据所述第一方面的L-核酸分子(包括其任何实施方案)的第二部分至少部分互补,并且所述检测探针与根据所述第一方面的L-核酸分子(包括其任何实施方案)的第一部分至少部分互补;
b)将所述捕获探针和所述检测探针分别或组合起来加入含有根据所述第一方面的L-核酸分子(包括其任何实施方案)或者假定含有根据所述第一方面的L-核酸分子(包括其任何实施方案)的样品中;
c)使所述捕获探针和所述检测探针同时或以任何顺序依次与根据所述第一方面的L-核酸分子(包括其任何实施方案)反应;
d)任选地,检测步骤a)中提供的所述捕获探针是否与根据所述第一方面的L-核酸分子(包括其任何实施方案)杂交;并
e)检测步骤c)中形成的复合物,其由根据所述第一方面的L-核酸分子(包括其任何实施方案)以及所述捕获探针和所述检测探针组成。
更具体地,本发明还通过以下的实施方案1-103解决,其中实施方案1对应所述第一方面,实施方案47对应所述第二方面,实施方案49对应所述第三方面,实施方案50对应所述第四方面,实施方案51对应所述第五方面,实施方案53对应所述第六方面,实施方案56对应所述第七方面,实施方案79对应所述第八方面,实施方案96对应所述第九方面,实施方案97对应所述第十方面,实施方案98对应所述第十一方面,实施方案99对应所述第十二方面,实施方案100对应所述第十三方面:
实施方案1:能够结合人CXCL8的L-核酸分子,其中所述L-核酸分子包括中心核苷酸区段,其中所述中心核苷酸区段包含以下核苷酸序列:
5’-GGAAGUACGUGGAAAGCCRA(XU)RAGUGUGUCCCG-3’[SEQ.ID.NO:27],其中XU为U或不存在。
实施方案2:实施方案1所述的L-核酸分子,其中所述中心核苷酸区段包含选自下组中的核苷酸序列:
a)5’GGAAGUACGUGGAAAGCCAAUGAGUGUGUCCCG 3’[SEQ.ID.NO:28]、
b)5’GGAAGUACGUGGAAAGCCGAUGAGUGUGUCCCG 3’[SEQ.ID.NO:29]和
c)5’GGAAGUACGUGGAAAGCCGAAAGUGUGUCCCG 3’[SEQ.ID.NO:30]。
实施方案3:实施方案2所述的L-核酸分子,其中所述中心核苷酸区段包含下列核苷酸序列:
5’GGAAGUACGUGGAAAGCCGAAAGUGUGUCCCG 3’[SEQ.ID.NO:30]或5’GGAAGUACGUGGAAAGCCAAUGAGUGUGUCCCG 3’[SEQ.ID.NO:28],优选5’GGAAGUACGUGGAAAGCCGAAAGUGUGUCCCG3’[SEQ.ID.NO:30]。
实施方案4:实施方案1至3中任一项所述的L-核酸分子,其中所述L-核酸分子以5’->3’方向包含第一末端核苷酸区段、所述中心核苷酸区段和第二末端核苷酸区段,其中
所述第一末端核苷酸区段包含3至6个核苷酸,并且
所述第二末端核苷酸区段包含3至6个核苷酸,
其中优选地,
所述第一末端核苷酸区段包含5至6个核苷酸,并且
所述第二末端核苷酸区段包含5至6个核苷酸,
其中更优选地,
所述第一末端核苷酸区段包含5个核苷酸,并且
所述第二末端核苷酸区段包含5个核苷酸。
实施方案5:实施方案4所述的L-核酸分子,其中所述第一末端核苷酸区段包含5’Z1Z2Z3Z4Z5C 3’的核苷酸序列且所述第二末端核苷酸区段包含5’GZ6Z7Z8Z9 Z10 3’的核苷酸序列,
其中,
Z1为G或不存在,Z2为S或不存在,Z3为K或不存在,Z4为S,Z5为D,Z6为H,Z7为S,Z8为M或不存在,Z9为S或不存在,且Z10为C或不存在;
其中优选地,
a)Z1为G,Z2为S,Z3为K,Z4为S,Z5为D,Z6为H,Z7为S,Z8为M,Z9为S,且Z10为C;或者
b)Z1为不存在,Z2为S,Z3为K,Z4为S,Z5为D,Z6为H,Z7为S,Z8为M,Z9为S,且Z10为不存在;或者
c)Z1为不存在,Z2为不存在,Z3为K,Z4为S,Z5为D,Z6为H,Z7为S,Z8为M,Z9为不存在,且Z10为不存在;或者
d)Z1为不存在,Z2为不存在,Z3为不存在,Z4为S,Z5为D,Z6为H,Z7为S,Z8为不存在,Z9为不存在,且Z10为不存在;或者
e)Z1为不存在,Z2为S,Z3为K,Z4为S,Z5为D,Z6为H,Z7为S,Z8为M,Z9为S,且Z10为C;或者
f)Z1为不存在,Z2为不存在,Z3为K,Z4为S,Z5为D,Z6为H,Z7为S,Z8为M,Z9为S,且Z10为C;或者
g)Z1为不存在,Z2为不存在,Z3为不存在,Z4为S,Z5为D,Z6为H,Z7为S,Z8为M,Z9为S,且Z10为C;或者
h)Z1为G,Z2为S,Z3为K,Z4为S,Z5为D,Z6为H,Z7为S,Z8为M,Z9为S,且Z10为不存在;或者
i)Z1为G,Z2为S,Z3为K,Z4为S,Z5为D,Z6为H,Z7为S,Z8为M,Z9为不存在,且Z10为不存在;或者
j)Z1为G,Z2为S,Z3为K,Z4为S,Z5为D,Z6为H,Z7为S,Z8为不存在,Z9为不存在,且Z10为不存在;或者
k)Z1为不存在,Z2为S,Z3为K,Z4为S,Z5为D,Z6为H,Z7为S,Z8为M,Z9为不存在,且Z10为不存在;或者
l)Z1为不存在,Z2为S,Z3为K,Z4为S,Z5为D,Z6为H,Z7为S,Z8为不存在,Z9为不存在,且Z10为不存在;或者
m)Z1为不存在,Z2为不存在,Z3为K,Z4为S,Z5为D,Z6为H,Z7为S,Z8为M,Z9为S,且Z10为不存在;或者
n)Z1为不存在,Z2为不存在,Z3为不存在,Z4为S,Z5为D,Z6为H,Z7为S,Z8为M,Z9为S,且Z10为不存在;或者
o)Z1为不存在,Z2为不存在,Z3为K,Z4为S,Z5为D,Z6为H,Z7为S,Z8为不存在,Z9为不存在,且Z10为不存在;或者
p)Z1为不存在,Z2为不存在,Z3为不存在,Z4为S,Z5为D,Z6为H,Z7为S,Z8为M,Z9为不存在,且Z10为不存在。
实施方案6:实施方案4至5中任一项所述的L-核酸分子,其中
a)所述第一末端核苷酸区段包含5’CUGAC 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸区段包含5’GUCAG 3’的核苷酸序列;
b)所述第一末端核苷酸区段包含5’GCUGAC 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸区段包含5’GUCAGC 3’的核苷酸序列;或者
c)所述第一末端核苷酸区段包含5’GCUGAC 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸区段包含5’GUGAGC 3’的核苷酸序列;
d)所述第一末端核苷酸区段包含5’GUGAC 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸区段包含5’GUCAC 3’的核苷酸序列;
e)所述第一末端核苷酸区段包含5’UGAC 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸区段包含5’GUCA 3’的核苷酸序列;
f)所述第一末端核苷酸区段包含5’GGAC 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸区段包含5’GUCC 3’的核苷酸序列;
g)所述第一末端核苷酸区段包含5’GCAC 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸区段包含5’GUGC 3’的核苷酸序列;
h)所述第一末端核苷酸区段包含5’GGUC 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸区段包含5’GACC 3’的核苷酸序列;
i)所述第一末端核苷酸区段包含5’UGGC 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸区段包含5’GCCA 3’的核苷酸序列;
j)所述第一末端核苷酸区段包含5’GAC 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸区段包含5’GUC 3’的核苷酸序列;
其中优选地,
所述第一末端核苷酸区段包含5’CUGAC 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸区段包含5’GUCAG 3’的核苷酸序列;
或者
所述第一末端核苷酸区段包含5’GCUGAC 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸区段包含5’GUCAGC 3’的核苷酸序列;
或者
所述第一末端核苷酸区段包含5’GUGAC 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸区段包含5’GUCAC 3’的核苷酸序列;
其中更优选地,
所述第一末端核苷酸区段包含5’CUGAC 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸区段包含5’GUCAG 3’的核苷酸序列;
或者
所述第一末端核苷酸区段包含5’GUGAC 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸区段包含5’GUCAC 3’的核苷酸序列。
实施方案7:实施方案1至6中任一项所述的L-核酸分子,其中所述L-核酸分子包含40至45个核苷酸,优选42至45个核苷酸,更优选42个核苷酸。
实施方案8:实施方案1至7中任一项所述的L-核酸分子,其中所述L-核酸分子由核糖核苷酸组成。
实施方案9:实施方案1至8中任一项所述的L-核酸分子,其中所述L-核酸分子包含选自下组中的核苷酸序列:SEQ.ID.No:14至26和SEQ.ID.No:39至44,或者所述L-核酸分子包含与含有选自下组中的核苷酸序列的L-核酸分子具有至少75%同一性的L-核酸分子:SEQ.ID.No:14至26和SEQ.ID.No:39至44,或者所述L-核酸分子包含与含有选自下组中的核苷酸序列的L-核酸分子同源的L-核酸分子:SEQ.ID.No:14至26和SEQ.ID.No:39至44,其中同源性至少为75%。
实施方案10:实施方案9所述的L-核酸分子,其中所述L-核酸分子包含选自下组中的核苷酸序列:SEQ.ID.NO:16、SEQ.ID.NO:17、SEQ.ID.NO:25、SEQ.ID.NO:26、SEQ.ID.NO:39、SEQ.ID.NO:40、SEQ.ID.NO:20和SEQ.ID.No:41至44,或者所述L-核酸分子包含与含有选自下组中的核苷酸序列的L-核酸分子具有至少75%同一性的L-核酸分子:SEQ.ID.NO:16、SEQ.ID.NO:17、SEQ.ID.NO:25、SEQ.ID.NO:26、SEQ.ID.NO:39、SEQ.ID.NO:40、SEQ.ID.NO:20和SEQ.ID.No:41至44,或者所述L-核酸分子包含与含有选自下组中的核苷酸序列的L-核酸分子同源的L-核酸分子:SEQ.ID.NO:16、SEQ.ID.NO:17、SEQ.ID.NO:25、SEQ.ID.NO:26、SEQ.ID.NO:39、SEQ.ID.NO:40、SEQ.ID.NO:20和SEQ.ID.No:41至44,其中同源性至少为75%。
实施方案11:实施方案1至10中任一项所述的L-核酸分子,其中所述L-核酸分子能够结合CXCL8,其中优选地,CXCL8为人CXCL8、猴CXCL8、兔CXCL8、猪CXCL8、犬CXCL8、绵羊CXCL8或豚鼠CXCL8。
实施方案12:实施方案1至11中任一项所述的L-核酸分子,其中所述L-核酸分子能够特异性结合CXCL8,优选人CXCL8、猴CXCL8、兔CXCL8、猪CXCL8、犬CXCL8、绵羊CXCL8或豚鼠CXCL8,更优选人CXCL8。
实施方案13:实施方案1至12中任一项所述的L-核酸分子,其中所述L-核酸分子不结合或不能结合不同于CXCL8的ELR阳性CXC趋化因子,其中所述不同于CXCL8的ELR阳性CXC趋化因子优选地选自由CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL5、CXCL6和CXCL7组成的组。
实施方案14:实施方案13所述的L-核酸分子,其中所述L-核酸分子不结合或不能结合不同于人CXCL8的ELR阳性人CXC趋化因子,其中所述不同于人CXCL8的ELR阳性人CXC趋化因子优选地选自由人CXCL1、人CXCL2、人CXCL3、人CXCL5、人CXCL6和人CXCL7组成的组。
实施方案15:实施方案1至14中任一项所述的L-核酸分子,其中所述L-核酸分子与人CXCL8的结合亲和力以KD表示为10nM或更低,优选为1nM或更低,更优选为100pM或更低,且最优选为30pM或更低。
实施方案16:实施方案1至15中任一项所述的L-核酸分子,其中所述L-核酸分子与人CXCL8的结合亲和力以IC50表示为10nM或更低,优选为1nM或更低,更优选为100pM或更低,且最优选为30pM或更低。
实施方案17:实施方案1至16中任一项所述的L-核酸分子,其中所述L-核酸分子与不同于CXCL8的ELR阳性CXC趋化因子的结合亲和力以KD表示为100nM或更高,优选为500nM或更高,且更优选为1000nM或更高。
实施方案18:实施方案1至17中任一项所述的L-核酸分子,其中所述L-核酸分子与不同于CXCL8的ELR阳性CXC趋化因子的结合亲和力以IC50表示为100nM或更高,优选为500nM或更高,且更优选为1000nM或更高。
实施方案19:实施方案1至18中任一项所述的L-核酸分子,其中所述L-核酸分子与人CXCL8的结合亲和力以KD表示为10nM或更低,优选为1nM或更低,更优选为100pM或更低,且最优选为30pM或更低,其中所述L-核酸分子与不同于CXCL8的ELR阳性CXC趋化因子的结合亲和力以KD表示为100nM或更高,优选为500nM或更高,且更优选为1000nM或更高,
和/或
所述L-核酸分子与人CXCL8的结合亲和力以IC50表示为10nM或更低,优选为1nM或更低,更优选为100pM或更低,且最优选为30pM或更低,其中所述L-核酸分子与不同于CXCL8的ELR阳性CXC趋化因子的结合亲和力以IC50表示为100nM或更高,优选为500nM或更高,且更优选为1000nM或更高。
实施方案20:实施方案15至19中任一项所述的L-核酸分子,其中所述结合亲和力在室温测定,优选为在25℃测定。
实施方案21:实施方案15至19中任一项所述的L-核酸分子,其中所述结合亲和力在37℃测定。
实施方案22:实施方案1至21中任一项所述的L-核酸分子,其中所述L-核酸分子为由CXCL8介导的活性的拮抗剂,所述CXCL8优选为人CXCL8、猴CXCL8、兔CXCL8、猪CXCL8、犬CXCL8、绵羊CXCL8或豚鼠CXCL8,更优选人CXCL8。
实施方案23:实施方案22所述的L-核酸分子,其中所述L-核酸分子不是不同于人CXCL8的ELR阳性人CXC趋化因子的拮抗剂,或不能拮抗由不同于CXCL8的ELR阳性CXC趋化因子介导的活性,其中所述不同于CXCL8的ELR阳性CXC趋化因子优选选自由CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL5、CXCL6和CXCL7组成的组。
实施方案24:实施方案23所述的L-核酸分子,其中所述L-核酸分子不是不同于人CXCL8的ELR阳性人CXC趋化因子的拮抗剂,或不能拮抗由不同于人CXCL8的ELR阳性人CXC趋化因子介导的活性,其中所述不同于人CXCL8的ELR阳性人CXC趋化因子优选选自由人CXCL1、人CXCL2、人CXCL3、人CXCL5、人CXCL6和人CXCL7组成的组。
实施方案25:实施方案22至24中任一项所述的L-核酸分子,其中所述L-核酸分子对由人CXCR1和/或CXCR2介导活性的拮抗活性以IC50表示为10nM或更低,优选为1nM或更低,更优选为100pM或更低,且最优选为30pM或更低。
实施方案26:实施方案22至25中任一项所述的L-核酸分子,其中所述L-核酸分子对由人CXCL8介导活性的拮抗活性是在37℃测定的。
实施方案27:实施方案1至26中任一项所述的L-核酸分子,其中所述L-核酸分子包含修饰基团。
实施方案28:实施方案27所述的L-核酸分子,其中所述修饰基团偶联至所述L-核酸分子的5’-末端核苷酸和/或3’-末端核苷酸,和/或偶联至所述L-核酸分子的5’-末端核苷酸和所述L-核酸分子的3’-末端核苷酸之间的所述L-核酸分子的核苷酸。
实施方案29:实施方案27和28中任一项所述的L-核酸分子,其中所述修饰基团经由接头偶联至所述L-核酸分子。
实施方案30:实施方案29所述的L-核酸分子,其中所述接头为亲水性接头,优选地,所述亲水性接头包含一个或多个乙二醇单元,更优选地,所述亲水性接头包含三乙二醇、六乙二醇或聚乙二醇。
实施方案31:实施方案29所述的L-核酸分子,其中所述接头为可生物降解的接头。
实施方案32:实施方案27至31中任一项所述的L-核酸分子,其中包含所述修饰基团的L-核酸分子从生物体中的排泄率相比于不含所述修饰基团的L-核酸分子的排泄率而言降低。
实施方案33:实施方案27至31中任一项所述的L-核酸分子,其中包含所述修饰基团的L-核酸分子在生物体中具有的保留时间比不含所述修饰基团的L-核酸分子在生物体中具有的保留时间更长。
实施方案34:实施方案32至33中任一项所述的L-核酸分子,其中所述生物体为人体或动物体,优选人体。
实施方案35:实施方案27和34中任一项所述的L-核酸分子,其中所述修饰基团选自包含可生物降解的修饰和不可生物降解的修饰的组,优选地,所述修饰基团选自包含下列的组:聚乙二醇、线性聚乙二醇、支化聚乙二醇、羟乙基淀粉、肽、蛋白质、多糖、固醇、聚氧丙烯、聚氧酰胺化物和聚(2-羟乙基)-L-谷氨酰胺。
实施方案36:实施方案35所述的L-核酸分子,其中所述修饰基团为聚乙二醇,优选线性聚乙二醇或支化聚乙二醇,其中优选地,聚乙二醇的分子量为约20,000至约120,000Da,更优选地为约30,000至约80,000Da,且最优选为约40,000Da。
实施方案37:实施方案36所述的L-核酸分子,其中所述聚乙二醇的分子量为约20,000至约120,000Da,优选为约30,000至约80,000Da,且更优选为约40,000Da。
实施方案38:实施方案35所述的L-核酸分子,其中所述修饰基团为羟乙基淀粉,其中优选地,羟乙基淀粉的分子量为约50至约1000kDa,更优选地为约100至约700kDa,且最优选为200至500kDa。
实施方案39:实施方案27至31中任一项所述的L-核酸分子,其中所述修饰基团用于所述L-核酸分子的固定化。
实施方案40:实施方案39所述的L-核酸分子,其中所述固定化包括所述L-核酸分子与表面的共价连接,其中优选地,所述表面为反应容器的表面、反应容器中装置的表面或生物传感器的表面。
实施方案41:实施方案39所述的L-核酸分子,其中所述固定化包括所述L-核酸分子与表面的非共价连接,其中优选地,所述表面为反应容器的表面、反应容器中装置的表面或生物传感器的表面。
实施方案42:实施方案39至41中任一项所述的L-核酸分子,其中所述修饰基团选自包含下列的组:羧基、羟基、磷脂酰基、磺酸酯、胺、硫醇、环氧化物、炔、应变环炔(strained cycloalkyne)、马来酰亚胺、叠氮化物、酰肼,其中优选地,应变环炔选自包含下列的组:二苯并环辛基(DBCO)、双环[6.1.0]壬-4-炔(BCN)和氮杂二苯并环辛炔(ADIBO)。
实施方案43:实施方案42所述的L-核酸分子,其中所述修饰基团为应变环炔,优选为二苯并环辛基(DBCO)。
实施方案44:实施方案41所述的L-核酸分子,其中所述修饰基团为生物素、溴脱氧尿苷、洋地黄毒苷或寡核苷酸,优选地,所述修饰基团为生物素。
实施方案45:实施方案27至31中任一项所述的L-核酸分子,其中所述修饰基团允许对所述L-核酸分子进行检测,优选地,所述修饰基团为标记。
实施方案46:实施方案45所述的L-核酸分子,其中所述标记选自包含下列的组:生物素、溴脱氧尿苷、洋地黄毒苷、寡核苷酸、荧光标记、电化学发光标记、放射性标记、酶标记、UV标记、胶体金、纳米颗粒和螯合剂分子标记。
实施方案47:实施方案1至46中任一项所述的L-核酸分子,其用于治疗和/或预防疾病的方法中。
实施方案48:根据实施方案47的用途的L-核酸分子,其中所述疾病与CXCL8介导的发病机制有关,和/或选自包含炎症性疾病和癌症的组,其中优选地,所述炎症性疾病为呼吸系统的炎症性疾病、皮肤的炎症性疾病、自身免疫性疾病、炎症性神经疾病、缺血性疾病、动脉粥样硬化、胰岛移植排斥、器官移植排斥、器官功能延迟、脊髓损伤或膀胱炎。
实施方案49:实施方案1至47中任一项所述的L-核酸分子,其用于检测CXCL8的方法中。
实施方案50:实施方案1至47中任一项所述的L-核酸分子,其用于制造检测手段或生物传感器。
实施方案51:一种药物组合物,其包含实施方案1至50中任一项所定义的L-核酸分子以及任选地另外的组分,其中所述另外的组分选自包含药学上可接受的赋形剂、药学上可接受的载体和药学活性剂的组。
实施方案52:实施方案51所述的药物组合物,其中所述药物组合物包含实施方案1至50中任一项所定义的L-核酸分子和药学上可接受的载体。
实施方案53:实施方案1至50中任一项所述的L-核酸分子用于制备药剂的用途。
实施方案54:实施方案53所述的用途,其中所述药剂用于人类医学或用于兽医医学。
实施方案55:实施方案54所述的用途,其中所述药剂用于治疗和/或预防与CXCL8介导的发病机制有关的疾病,和/或选自包含炎症性疾病和癌症的组的疾病,其中优选地,所述炎症性疾病为呼吸系统的炎症性疾病、皮肤的炎症性疾病、自身免疫性疾病、炎症性神经疾病、缺血性疾病、动脉粥样硬化、胰岛移植排斥、器官移植排斥、器官功能延迟、脊髓损伤或膀胱炎。
实施方案56:实施方案1至50中任一项所述的L-核酸分子用于制备诊断剂、诊断手段或生物传感器的用途。
实施方案57:实施方案56所述的用途,其中所述诊断剂或诊断手段具有在反应容器上的表面或在反应容器中装置上的表面。
实施方案58:实施方案56所述的用途,其中所述生物传感器具有表面。
实施方案59:实施方案56至58中任一项所述的用途,其中所述诊断剂、诊断手段或生物传感器适用于直接或间接检测CXCL8,优选为人CXCL8。
实施方案60:实施方案56至57中任一项所述的用途,其中在夹心结合测定法或在竞争结合测定法中通过直接结合检测CXCL8。
实施方案61:实施方案60所述的用途,其中直接结合包括仅使用实施方案1至50中任一项所述的L-核酸分子并且不使用或不涉及使用不同于实施方案1至50中任一项所述的L-核酸分子的、与CXCL8相互作用的第二分子的检测方法。
实施方案62:实施方案60所述的用途,其中所述夹心测定法是一种夹心杂交测定法,其中将实施方案1至50中任一项所述的L-核酸分子固定于表面,并且通过检测手段检测实施方案1至50中任一项所述的L-核酸分子与CXCL8的复合物,所述检测手段结合的CXCL8的一个或多个表位不同于被实施方案1至50中任一项所述的L-核酸分子结合的一个或多个表位。
实施方案63:实施方案60所述的用途,其中所述夹心测定法是夹心杂交测定法,其中将手段固定于表面,该手段结合的CXCL8的一个或多个表位不同于被实施方案1至50中任一项所述的L-核酸分子结合的一个或多个表位,并且通过实施方案1至50中任一项所述的L-核酸分子来检测这种手段和CXCL8的复合物。
实施方案64:实施方案60所述的用途,其中在竞争结合测定法中,将实施方案1至50中任一项所述的L-核酸分子固定于表面,并且实施方案1至50中任一项所述的L-核酸分子与CXCL8的结合受到寡核苷酸探针(与实施方案1至50中任一项所述的L-核酸分子至少部分互补)的竞争或者受到CXCL8的竞争,优选地互补为碱基互补,更优选地互补基于沃森-克里克(Watson-Crick)碱基配对。
实施方案65:实施方案60中所述的用途,其中在竞争结合测定法中,不将实施方案1至50中任一项所述的L-核酸分子固定于表面,并且实施方案1至50中任一项所述的L-核酸分子与CXCL8的结合受到寡核苷酸探针(与实施方案1至50中任一项所述的L-核酸分子互补)的竞争或者受到CXCL8的竞争,其中优选地将与实施方案1至50中任一项所述的L-核酸分子互补的该寡核苷酸探针或CXCL8固定于表面,优选地互补为碱基互补,更优选地互补基于沃森-克里克碱基配对。
实施方案66:实施方案62至65中任一项所述的用途,其中使用实施方案39至44中任一项所述的L-核酸分子用于固定于表面。
实施方案67:实施方案57至66中任一项所述的用途,其中所述表面,优选所述生物传感器的表面,选自下组:金、银、钛、锆、钒、铬、锰、钴、钨、钼、铂、铝、铁、钢、铜、镍、硅、锗、磷化铟、砷化镓、及其氧化物、氮化物或合金或混合物、氧化铟锡、玻璃碳、蓝宝石、硅酸盐玻璃和硼酸盐玻璃。
实施方案68:实施方案57至67中任一项所述的用途,其中所述表面,优选所述生物传感器的表面,通过以下修饰:聚赖氨酸、氨基硅烷、环氧硅烷、硝化纤维、羧基右旋糖酐、纳米碳膜、氧化石墨烯、炭黑等碳表面、碳纤维、碳素板、碳布、活性炭、玻璃碳、木炭、活性木炭、石墨粉、石墨纤维、碳纳米管、富勒烯、羧基、叠氮基、硫醇基、羟基、环氧化物、马来酰亚胺、炔、应变炔烃或其任意组合。
实施方案69:实施方案68所述的用途,其中为了实施方案39至44中任一项所述的L-核酸分子的固定,表面通过以下进行功能化:伯胺、硫醇基、叠氮化物、炔烃、烯烃、四嗪、四唑或应变环炔,其中优选地,应变环炔选自包含以下的组:二苯并环辛基(DBCO)、双环[6.1.0]壬-4-炔(BCN)或氮杂二苯并环辛炔(ADIBO)。
实施方案70:实施方案69所述的用途,其中为了实施方案42至43中任一项所述的L-核酸分子的固定,使用应变促进的叠氮-炔环加成反应。
实施方案71:实施方案56至70中任一项所述的用途,其中使用实施方案44至46中任一项所述的L-核酸分子用于检测。
实施方案72:实施方案56至71中任一项所述的用途,其中所述生物传感器的检测系统基于光学读取、质量变化、折射率、电荷、表面应力和原子力显微术。
实施方案73:实施方案72所述的用途,其中基于光学读取的所述生物传感器的检测系统为荧光、吸收或发光。
实施方案74:实施方案72所述的用途,其中基于质量变化的所述生物传感器的检测系统为石英晶体微量天平或微电子机械系统。
实施方案75:实施方案72中所述的用途,其中基于折射率的所述生物传感器的检测系统为表面等离子体共振、环形谐振器或椭圆偏振术。
实施方案76:实施方案72所述的用途,其中基于电荷的所述生物传感器的检测系统为电化学阻抗、伏安法、安培法、电位测定法、电导率或场效应晶体管。
实施方案77:实施方案72所述的用途,其中基于表面应力的所述生物传感器的检测系统为悬臂式生物传感器。
实施方案78:实施方案56至59中任一项所述的用途,其中通过同源(homogenous)测定设置检测CXCL8。
实施方案79:实施方案1至50中任一项所述的L-核酸分子用于检测CXCL8,优选人CXCL8的用途。
实施方案80:实施方案79所述的用途,其中在夹心结合测定设置、同源测定设置或竞争测定设置中检测CXCL8。
实施方案81:实施方案80所述的用途,其中所述夹心结合测定设置、同源测定设置或竞争测定设置适用于直接或间接检测CXCL8。
实施方案82:实施方案78至81中任一项所述的用途,其中所述L-核酸分子共价固定于诊断剂的反应容器的表面上、诊断剂的反应容器中装置的表面上或生物传感器的表面上。
实施方案83:实施方案82所述的用途,其中使用实施方案39至44中任一项所述的L-核酸分子用于固定。
实施方案84:实施方案82至83中任一项所述的用途,其中所述表面,优选所述生物传感器的表面,选自下组:金、银、钛、锆、钒、铬、锰、钴、钨、钼、铂、铝、铁、钢、铜、镍、硅、锗、磷化铟、砷化镓、及其氧化物、氮化物或合金或混合物、氧化铟锡、玻璃碳、蓝宝石、硅酸盐玻璃和硼酸盐玻璃。
实施方案85:实施方案82至84中任一项所述的用途,其中所述表面,优选所述生物传感器的表面,通过以下修饰:聚赖氨酸、氨基硅烷、环氧硅烷、硝化纤维、羧基右旋糖酐、纳米碳膜、氧化石墨烯、炭黑等碳表面、碳纤维、碳素板、碳布、活性炭、玻璃碳、木炭、活性木炭、石墨粉、石墨纤维、碳纳米管、富勒烯、羧基、叠氮基、硫醇基、羟基、环氧化物、马来酰亚胺、炔、应变炔烃或其任意组合。
实施方案86:实施方案85所述的用途,其中为了固定实施方案38至44中任一项所述的L-核酸分子,表面通过以下功能化:活化伯胺、硫醇基、叠氮化物或应变环炔,其中优选地,应变环炔选自包含以下的组:二苯并环辛基(DBCO)、双环[6.1.0]壬-4-炔(BCN)或氮杂二苯并环辛炔(ADIBO)。
实施方案87:实施方案86所述的用途,其中为了固定实施方案42至43中任一项所述的L-核酸分子,使用应变促进的叠氮-炔环加成反应。
实施方案88:实施方案82至87中任一项所述的用途,其中所述生物传感器的检测系统基于光学读取、质量变化、折射率、电荷、表面应力和原子力显微术。
实施方案89:实施方案88所述的用途,其中基于光学读取的所述生物传感器的检测系统为荧光、吸收或发光。
实施方案90:实施方案85所述的用途,其中基于质量变化的所述生物传感器的检测系统为石英晶体微量天平系统或微电子机械系统。
实施方案91:实施方案88所述的用途,其中基于折射率的所述生物传感器的检测系统为表面等离子体共振、环形谐振器或椭圆偏振术。
实施方案92:实施方案88所述的用途,其中基于电荷的所述生物传感器的检测系统为电化学阻抗、伏安法、安培法、电位测定法、电导率或场效应晶体管。
实施方案93:实施方案88所述的用途,其中基于表面应力的所述生物传感器的检测系统为悬臂式生物传感器。
实施方案94:实施方案79至81中任一项所述的用途,其中所述L-核酸分子包含允许对所述L-核酸分子进行检测的修饰基团,优选地所述修饰基团为标记。
实施方案95:实施方案94所述的用途,其中所述标记选自包含下列的组:生物素、溴脱氧尿苷、洋地黄毒苷、寡核苷酸、荧光标记、电化学发光标记、放射性标记、酶标记、UV标记、胶体金、纳米颗粒和螯合剂分子标记。
实施方案96:一种用于检测CXCL8的试剂盒,其中所述试剂盒包含实施方案1至50中任一项所述的L-核酸分子,以及至少包含说明书或反应容器。
实施方案97:一种用于在样品中使用实施方案1至50中任一项所定义的L-核酸分子来检测CXCL8的方法,其中所述方法包括以下步骤:
a)提供具有未知浓度的CXCL8的样品;
b)使该样品或其稀释物与实施方案56至78中任一项所定义的的诊断剂、诊断手段或生物传感器接触;
c)用实施方案56至78中任一项所定义的的诊断剂、诊断手段或生物传感器测量信号;
d)任选地,将该信号与参照物比较;
e)任选地,通过与从具有已知CXCL8浓度的至少一种样品获得的信号进行比较来确定具有未知CXCL8浓度的样品中的CXCL8浓度,优选地所述具有已知CXCL8浓度的至少一种样品经历步骤b)至步骤c)。
实施方案98:一种包含实施方案1至50中任一项所述的L-核酸分子和CXCL8的复合物,其中优选地所述复合物为晶体复合物。
实施方案99:一种用于筛选由CXCL8介导的活性的拮抗剂的方法,其包括以下步骤:
-提供由CXCL8介导的活性的候选拮抗剂,
-提供实施方案1至50中任一项所定义的L-核酸分子,
-提供一种测试系统,该测试系统在由CXCL8介导的活性的拮抗剂存在的情况下提供信号,并
-确定由CXCL8介导的活性的候选拮抗剂是否为由CXCL8介导的活性的拮抗剂。
实施方案100:一种用于在样品中检测实施方案1至50中任一项所定义的L-核酸的方法,其中所述方法包括以下步骤:
a)提供捕获探针和检测探针,其中所述捕获探针与实施方案1至50中任一项所定义的L-核酸分子的第一部分至少部分互补,其中所述检测探针与实施方案1至50中任一项所定义的L-核酸分子的第二部分至少部分互补,或者备选地,所述捕获探针与实施方案1至50中任一项所定义的L-核酸分子的第二部分至少部分互补,并且所述检测探针与实施方案1至50中任一项所定义的L-核酸分子的第一部分至少部分互补;
b)将所述捕获探针和所述检测探针分别或组合起来加入含有实施方案1至50中任一项所定义的L-核酸分子的样品中,或者加入假定含有实施方案1至50中任一项所定义的L-核酸分子的样品中;
c)使所述捕获探针和所述检测探针同时或以任何顺序依次与实施方案1至50中任一项所定义的L-核酸分子或其部分反应;
d)任选地,检测步骤a)中提供的所述捕获探针是否与实施方案1至50中任一项所定义的L-核酸分子杂交;并且
e)检测步骤c)中形成的所述复合物,所述复合物由实施方案1至50中任一项所定义的L-核酸分子以及所述捕获探针和所述检测探针组成。
实施方案101:实施方案100所述的方法,其中所述检测探针包含检测手段,和/或其中所述捕获探针固定于支持物,优选固相支持物。
实施方案102:实施方案100或101所述的方法,其中将不是步骤c)中形成的所述复合物中一部分的任何检测探针从反应中去除,从而在步骤e)中仅检测作为所述复合物中一部分的检测探针。
实施方案103:实施方案100至102中任一项所述的方法,其中步骤e)包括以下步骤:在实施方案1至50中任一项所定义的L-核酸分子或其部分存在的情况下以及在实施方案1至50中任一项所定义的所述L-核酸分子不存在的情况下,比较所述捕获探针和所述检测探针杂交时由所述检测手段产生的信号。
不希望被任何理论所束缚地,本发明人已经惊奇地发现根据本发明的生物稳定的L-核酸分子以高亲和力特异性结合人CXCL8,从而有效抑制CXCL8与其受体的结合。出乎意料地,本发明人鉴定出的核酸分子特异性结合并抑制CXCL8,而分别不结合且不抑制相关的趋化因子CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL5、CXCL6和CXCL7,尽管这些蛋白与CXCL8共有ELR基序等结构特征。CXCL8结合性核酸表现出的皮摩尔范围内的亲和力和高选择性,是无法预见的。
特别是本发明人已经惊奇地发现,根据本发明的核酸分子适用于阻断CXCL8与其受体的相互作用,并抑制CXCL8诱导的趋化作用,其抑制常数处于皮摩尔范围内。就此而言,根据本发明的核酸分子也可以看作是CXCL8作用的拮抗剂,特别是看作CXCL8作用于其受体CXCR1和/或CXCR2的拮抗剂。如本文中优选所用的,CXCL8的拮抗剂指的是与CXCL8结合(例如根据本发明的核酸分子)并抑制CXCL8的功能(优选在实施例所描述的体外测定法中或在体内模型中)的分子。
在本发明的范围内,根据本发明的核酸分子是核酸。在这种情况下,如果没有相反指明的话,术语核酸与核酸分子在本文中以同义的方式进行使用。而且,这类核酸(一个或多个)在本文中也优选指的是根据本发明的核酸分子(一个或多个)、根据本发明的核酸(一个或多个)、本发明的核酸(一个或多个)或本发明的核酸分子(一个或多个)。
如本文所描述的根据本发明的核酸的特征可以在本发明的任一方面(包括其任何实施方案)中实现,其中可以单独地或以任一种组合使用所述核酸。应该了解,本发明中一个方面的任何实施方案也是每一个和其他任一个方面的实施方案。更具体地,本发明中第一方面的任何实施方案也是每一个方面以及第二方面、第三方面、第四方面、第五方面、第六方面、第七方面、第八方面、第九方面、第十方面、第十一方面、第十二方面和第十三方面中任一个方面的实施方案。
对于可以使用根据本发明的核酸分子和组合物(优选包含所述核酸分子的药物组合物)治疗或预防的各种疾病、状况和病症,必须了解的是,这类疾病、状况和病症优选本文所描述的那些,包括且特别是在本申请中的导言部分中描述和提及的那些。就此而言,说明书的各个段落和说明书的导言部分形成了本发明的必要组成部分,来分别教导本发明的核酸分子对于预防和治疗所述疾病、状况和病症的适用性。另外,如果CXCL8–CXCR1受体轴和CXCL8–CXCR2受体轴的生理作用与CXCL8的较高血浆水平有关的话,则优选根据本发明的核酸分子。
如本文中优选所用的,术语CXCL8指的是任何CXCL8,包括但不限于哺乳动物CXCL8。优选地,哺乳动物的CXCL8选自包含下列的组:人、猴、兔、猪、犬、绵羊、斑马鱼和豚鼠CXCL8。更优选地,CXCL8是人CXCL8,优选具有根据SEQ ID No 2的氨基酸序列。
正如权利要求和实施例1中详细列出的那样,本发明人能够惊讶地鉴定多种不同的能够结合人CXCL8的核酸分子。
正如本文中详细列出的那样,本发明人已经鉴定出多种不同的能够结合人CXCL8的CXCL8结合性核酸分子,其中所述核酸分子可以用核苷酸区段来表征,这在本文中也如公开的进行了提述(参见实施例1)。
本发明中的每种不同类型的结合CXCL8的CXCL8结合性核酸分子包含三种不同的核苷酸区段:第一末端核苷酸区段、中心核苷酸区段和第二末端核苷酸区段。通常来讲,本发明的CXCL8结合性核酸分子在其5’端和3’端各自包含末端核苷酸区段,即第一末端核苷酸区段和/或第二末端核苷酸区段(也分别指的是5’-末端核苷酸区段和3’-末端核苷酸区段)。所述第一末端核苷酸区段和第二末端核苷酸区段可以互相杂交(原理上是由于它们的碱基互补性),从而当在杂交时形成双链结构。然而,在生理条件和/或非生理条件下,这种杂交不一定在分子中实现。CXCL8结合性核酸分子的这三种核苷酸区段,即第一末端核苷酸区段、中心核苷酸区段和第二末端核苷酸区段,在5’→3’方向互相排列为:第一末端核苷酸区段-中心核苷酸区段-第二末端核苷酸区段。或者,在5’→3’方向互相排列为:第二末端核苷酸区段、中心核苷酸区段和第一末端核苷酸区段。
根据本发明所述核酸的中心核苷酸区段的长度优选为32或33个核苷酸。
根据本发明所述核酸的第一末端核苷酸区段的长度为3个至6个核苷酸,优选5个至6个核苷酸,更优选为5个核苷酸。
根据本发明所述核酸的第二末端核苷酸区段的长度为3个至6个核苷酸,优选5个至6个核苷酸,更优选为5个核苷酸。
如果没有相反指明的话,术语“区段”与“核苷酸区段”在本文中以同义的方式进行使用。
不同的CXCL8结合性核酸分子之间所定义的区段的序列差别可以影响其与CXCL8的结合亲和力。基于本发明的不同CXCL8结合性核酸分子的结合分析,所述中心区段及形成中心区段的核苷酸个别地且更优选整体上对于CXCL8结合性核酸分子与CXCL8的结合是必不可少的。
在一个优选的实施方案中,根据本发明的所述核酸分子为单一核酸分子。在一个进一步的实施方案中,所述单一核酸分子以多个单一核酸分子存在,或以多个单一核酸分子的种类存在。
本领域技术人员会理解,根据本发明的核酸分子优选由彼此之间共价连接的核苷酸组成,优选通过磷酸二酯连接或磷酸二酯键。
根据本发明的核酸分子包含两个或更多个区段或其一个或多个部分,它们在原理上可以相互杂交,这些内容在本发明的范围内。当进行这种杂交时,就形成了双链结构。本领域技术人员会理解,这种杂交可能发生也可能不发生,特别是在体外和/或体内条件下。而且在杂交的情况下,这种杂交不一定在两个区段的全长中发生,其中,至少基于碱基配对的原则,在原理上可以发生这种杂交,进而形成双链结构。如本文中优选所用的,双链结构是核酸分子的一部分,或者是由两条或更多条分别的链形成的结构,或者是由核酸分子单链中两个空间上分开的区段形成的结构,其中存在至少一个碱基对、优选两个或更多个碱基对,其碱基配对优选按照沃森-克里克(Watson-Crick)碱基配对原则。本领域技术人员也会理解,胡格斯腾(Hoogsten)碱基配对等其它种碱基配对也可能存在于这种双链结构中或形成这种双链结构。还要认识到,无论这种杂交实际发生在体内和/或体外,两个区段杂交的特征优选地表明将这种杂交假定是由于这两个区段的碱基互补性而发生的。结合本发明,这些区段为所述的第一末端核苷酸区段和第二末端核苷酸区段,在一个实施方案中它们可以如上所定义的进行杂交。
在一个优选的实施方案中,如本文中所用的术语排列,指的是与本文所公开的核苷酸分子相关联的在本文中所描述的结构或功能特征或元件的顺序或序列。
根据本发明所述的核酸分子还应该包括与本文所公开的具体序列基本同源的核酸。术语基本同源,应该理解为例如同源性至少75%,优选85%,更优选90%,并且最优选高于95%、96%、97%、98%或99%。
存在于根据本发明所述的核酸分子中的同源核苷酸的实际百分数将取决于存在于所述核酸分子中的核苷酸总数。修饰百分数可以基于存在于所述核酸分子中的核苷酸总数。
可如本领域技术人员已知的方式来确定两个核酸分子之间的同源性。更具体而言,可以基于指定的程序参数,使用序列比对算法来计算测试序列(一个或多个)相对于参照序列的序列同源性百分数。优选测试序列是这样的序列或核酸分子:其据称与不同的核酸分子同源,或者需要测试它是否与不同的核酸分子同源,而且如果同源的话,同源到什么程度,其中这类不同的核酸分子也被称为参照序列。在一个实施方案中,参照序列是本文所描述的核酸分子,优选具有根据SEQ.ID.No:14至26和SEQ.ID.No:39至44中任一项的序列(优选SEQ.ID.NO:16、SEQ.ID.NO:17、SEQ.ID.NO:25和SEQ.ID.NO:26、SEQ.ID.NO:39、SEQ.ID.NO:40、SEQ.ID.NO:20和SEQ.ID.No:41至44)的核酸分子。最佳序列比对可以通过下列方法来进行,以作比较:例如Smith&Waterman的局部同源性算法(Smith&Waterman,1981)、Needleman&Wunsch的同源性比对算法(Needleman&Wunsch,1970)、Pearson&Lipman的相似性搜索法(Pearson&Lipman,1988),通过计算机化实施这些算法(Wisconsin遗传学软件包中的GAP、BESTFIT、FASTA和TFASTA,Genetics Computer Group,575Science Dr.,Madison,Wis.)或通过目视检查。
适用于确定序列同一性百分数的算法的一个实例是在基本局部比对搜索工具(以下简称为"BLAST")中使用的算法,例如参见Altschul等人的文章(Altschul等人,1990和Altschul等人,1997)。通过美国国家生物技术信息中心(以下简称为"NCBI")可公开获取用于执行BLAST分析的软件。使用从NCBI获取的软件,例如BLASTN(用于核苷酸序列)和BLASTP(用于氨基酸序列)来确定序列同一性时采用的默认参数,在McGinnis等人的文章(McGinnis等人,2004)中描述。
根据本发明所述的核酸分子还应该包括相对于本文所公开和所描述的、并通过其核苷酸序列所定义的核酸具有一定程度同一性的核酸分子。更优选地,本发明还包括相对于本文所公开和所描述的、并通过其核苷酸序列或其部分所定义的核酸具有以下程度同一性的核酸分子:至少75%,优选85%,更优选90%且最优选高于95%、96%、97%、98%或99%。
术语本发明的核酸或根据本发明的核酸分子还应该包括含有本文所公开或所描述的核酸序列或其部分的核酸分子,优选至这样的程度,即所述核酸分子或其所述部分参与了结合人CXCL8。在一个实施方案中,这种核酸是本文所描述或所公开的核酸分子之一,或者其衍生物和/或代谢物,其中这种衍生物和/或代谢物优选为与本文所描述或所公开的核酸分子相比而截短的核酸分子。截短可以涉及如本文所公开或所描述的核酸分子的任一端或两端。此外,截短还可以涉及所述核酸分子的内部核苷酸序列,即截短可以分别涉及5’末端核苷酸和3’末端核苷酸之间的一个或多个核苷酸。而且,截短应该包含从本文所公开的核酸序列中缺失少至单个核苷酸。截短还可以涉及本文所描述或所公开的核酸中多于一个的区段,其中所述区段可以短至一个核苷酸长。本领域技术人员可以通过使用常规实验或者使用或采用如本文所描述的方法来确定根据本发明的核酸分子的结合,优选如本文中实施例部分所描述的。
根据本发明所述的核酸分子可以是D-核酸分子,也可以是L-核酸分子。优选地,根据本发明所述的核酸分子为L-核酸分子。
还在本发明范围内的是,在一个实施方案中,每一个和任一个在本文中所描述的核酸分子按照其核酸序列(一个或多个)并以其整体而言都局限于特定的所示核苷酸序列(一个或多个)。换句话说,在这种实施方案中,术语“包括”或者“包含”应该解释为含有或由...组成的意思。
还在本发明范围内的是,根据本发明所述的核酸分子是更长核酸分子的一部分,其中该更长的核酸包含几个部分,其中至少一个这样的部分为根据本发明的核酸或其部分。这种更长的核酸分子的其它一个或多个部分可以是一个或几个D-核酸分子或者是一个或几个L-核酸分子。在本发明中,可以使用任意组合。这种更长的核酸分子的这些其它一个或多个部分,无论是单独地还是结合起来,以其整体或以其特定组合,可以表现出与结合不同的功能,优选与结合CXCL8不同的功能。一种可能的功能是允许与其它分子相互作用,其中这类其它分子优选不同于CXCL8,如例如用于固定、交联、检测或扩增。在本发明另一个实施方案中,根据本发明的核酸分子作为个体或组合的部分,包含几个本发明所述的核酸分子。包含几个本发明所述核酸的这类核酸分子也涵盖在术语更长的核酸内。
如本文所用的L-核酸是由L-核苷酸组成的核酸或核酸分子,优选完全由L-核苷酸组成。
如本文所用的D-核酸是由D-核苷酸组成的核酸或核酸分子,优选完全由D-核苷酸组成。
如果没有明确相反指明的话,术语核酸与核酸分子在本文中以互换的方式进行使用。
还有,如果没有相反指明的话,任何核苷酸序列在本文中都以5’→3’方向示出。
如本文中优选所用的,确定或提及任何核苷酸位置都是相对于含有这类核苷酸的序列、区段或亚区段的5’端。相应地,第二个核苷酸是分别从所述序列、区段或亚区段的5’端开始计数的第二个核苷酸。同样按照这种规则,倒数第二个核苷酸是分别从所述序列、区段或亚区段的3’端开始计数的第二个核苷酸。
根据本发明所述的核酸分子由核糖核苷酸组成,其中
G为鸟苷-5'-单磷酸,
C为胞苷5'-单磷酸,
A为腺苷-5'-单磷酸,
U为尿苷-5'-单磷酸。
为了定义核糖核苷酸序列基序,使用了下列不明确核苷酸的IUPAC缩写:
S强 G或C;
W弱 A或U(T);
R嘌呤 G或A;
Y嘧啶 C或U(T);
K酮基 G或U(T);
M亚氨基 A或C;
B非A C或U(T)或G;
D非C A或G或U(T);
H非G A或C或U(T);
V非U A或C或G;
N所有 A或G或C或U(T)
出于几种原因,将本发明的核酸分子设计为L-核酸分子是有优势的。L-核酸分子是天然存在的核酸分子的对映异构体。然而,由于广泛存在的核酸酶,D-核酸分子在水性溶液中、而且特别是在生物体系或生物样品中不太稳定。天然存在的核酸酶,特别是来自动物细胞的核酸酶不能降解L-核酸。正因为如此,在包括动物体和人体在内的这类生物体系中,L-核酸分子的生物半衰期显著提高。由于L-核酸分子缺乏可降解性,因此不会产生核酸酶降解产物,进而在包括动物体和人体在内的这类生物体系中未见由此而产生的副作用。这方面实际上将L-核酸分子与用于涉及CXCL8存在的疾病和/或病症的疗法的其它所有化合物区别开来。通过不同于Watson Crick碱基配对机制而特异性结合靶分子的L-核酸分子,或者部分或完全由L-核甘酸组成的适配体,特别是具有参与适配体和靶分子结合的那些适配体部分的适配体,也被称为spiegelmer。像这样的适配体和spiegelmer是本领域技术人员已知的,并且与其它同类物一起描述于“The Aptamer Handbook”(编者,Klussmann,2006)。
也在本发明范围内的是,本发明所述的核酸分子,无论其作为D-核酸分子、L-核酸分子或D,L-核酸分子存在,都可以以单链或双链核酸分子而存在。通常来讲,所述核酸分子为单链核酸分子,并且显示出由其一级序列而限定的二级结构,进而也可以形成三级结构。然而,所述核酸分子也可以是双链形式,意味着是彼此互补或部分互补的两条链互相杂交。
本发明所述的核酸分子也可以进行修饰。这种修饰可以涉及所述核酸分子的单个核苷酸,这也是本领域技术人员熟知的。这种修饰的实例与其它修饰一起由Venkatesan等人(Venkatesan等人,2003)和Kusser(Kusser,2000)所描述。这种修饰可以是组成所述核酸分子的所有个体核苷酸中的一个或几个核苷酸2’位置处的H原子、F原子或者O-CH3基团或NH2-基团。而且,根据本发明所述的核酸分子可以包含至少一个LNA核苷酸。在一个实施方案中,根据本发明所述的核酸分子由LNA核苷酸组成。
在一个实施方案中,根据本发明所述的核酸分子可以是多组分(multipartite)核酸分子。如本文所用的,多组分核酸分子是由至少两条分别的核酸链组成的核酸分子。这些至少两条核酸链形成功能单元,其中这种功能单元是靶分子的配体,并且优选为该靶分子的拮抗剂,其中在当前情况下的靶分子为CXCL8。所述的至少两条核酸链可以衍生自本发明的任意核酸分子,其通过如下方式衍生:切割本发明的核酸分子以产生至少两条链,或者合成对应于本发明所述的全长核酸分子中第一部分的一个核酸分子,并合成对应于本发明所述的全长核酸分子中另一部分的另一个核酸分子。根据形成所述全长核酸分子的部分的数目,将合成具有所需核苷酸序列的相应数目的部分。应该了解的是,切割方式和合成方式都可以用来产生多组分核酸分子,其中存在多于如上文所示例的两条链。换言之,所述至少两条分别的核酸链通常不同于彼此互补并杂交的两条链,尽管所述的至少两条分别的核酸链之间可能存在一定程度的互补性,并且其中这种互补性可以引起所述分别链的杂交。
最后,下列这些内容也在本发明的范围内,实现了根据本发明所述的核酸分子的完全闭合结构,即环状结构,也就是说,在一个实施方案中,根据本发明所述的核酸分子是闭合的,优选通过共价连接实现闭合,其中更优选地,在如本文所公开的本发明所述的核酸分子或其任意衍生物的核酸序列的5’端和3’端之间发生这种共价连接。
要确定根据本发明所述的核酸分子的结合常数的一种可能性就是采用如实施例3和4中所描述的方法,其证实了上述发现,即根据本发明所述的核酸分子显示出有利的KD值范围。旨在表示个体核酸分子与其靶标(在这种情况下为CXCL8)之间结合强度的适当量度是所谓的KD值,该KD值本身以及其测定方法都是本领域技术人员已知的。
优选地,根据本发明所述的核酸显示出的KD值小于1μM。约1μM的KD值可以说是核酸与靶标非特异性结合的特征。如本领域技术人员所了解的,根据本发明所述的核酸分子等一组化合物的KD值处于一定的范围内。上述约1μM的KD值是优选的所述KD值上限。靶标结合性核酸的KD值下限可以小至约10pM或者可以更高。在本发明范围内的是,结合CXCL8的个体核酸的KD值优选处于此范围内。通过选择此范围内的任意第一数值和此范围内的任意第二数值,可以限定优选的范围。优选的上限KD值为250nM、100nM和20nM,优选的下限KD值为10nM或更小、1nM或更小、100pM或更小和30pM或更小。更优选的上限KD值为20nM,更优选的下限KD值为30pM或更小。
除了根据本发明所述的核酸分子的结合特性之外,根据本发明所述的核酸分子抑制相应靶分子(在当前情况下为CXCL8)的功能。对CXCL8功能(例如之前所描述的刺激相应的受体)的抑制是通过根据本发明的核酸分子与CXCL8的结合并形成根据本发明的核酸分子与CXCL8的复合物而实现的。核酸分子和CXCL8的这种复合物不能刺激正常情况下由CXCL8所刺激的受体,即CXCL8不存在于具有本发明核酸分子的复合物中时所刺激的受体。因此,根据本发明的核酸分子对受体功能的抑制不依赖于可以被CXCL8刺激的相应受体,而是由根据本发明的核酸分子阻止CXCL8刺激该受体而引起的。
要确定根据本发明所述的核酸分子的抑制常数的一种可能性是采用如实施例5中所描述的方法,其证实了上述发现,即根据本发明所述的核酸分子显示出有利的抑制常数,从而允许所述核酸用于治疗性处理方案。旨在表示个体核酸分子对于所述靶标(在当前情况下为CXCL8)与其相应受体之间相互作用的抑制作用强度的适当量度是所谓的半数最大抑制浓度(缩写为IC50),所示IC50及其测定方法都是本领域技术人员已知的。
优选地,根据本发明的核酸分子显示出的IC50值小于1μM。约1μM的IC50值可以说是核酸分子非特异性抑制靶标功能的特征。如本领域技术人员所了解的,根据本发明所述的核酸分子等一组化合物的IC50值处于一定的范围内。上述约1μM的IC50值是优选的所述IC50值上限。靶标结合性核酸分子的IC50值下限可以小至约10pM或者可以更高。在本发明范围内的是,结合CXCL8的个体核酸的IC50值优选处于此范围内。通过选择此范围内的任意第一数值和此范围内的任意第二数值,可以限定优选的范围。优选的上限IC50值为250nM和100nM和20nM,优选的下限IC50值为10nM或更小、1nM或更小、500pM或更小和260pM或更小。更优选的上限IC50值为20nM,更优选的下限IC50值为260pM或更小。
根据本发明所述的核酸分子可以具有任意长度,前提是它们仍然能够结合靶分子。在本领域中应该理解,根据本发明所述的核酸分子存在优选的长度。通常,所述长度为15至120个核苷酸。本领域技术人员会理解,对于根据本发明所述的核酸分子来说,15至120的任意整数均是可能的长度。更优选地,根据本发明所述的核酸分子的长度范围如下:约20至100个核苷酸、约20至80个核苷酸、约20至60个核苷酸、约38至45个核苷酸和约40至45个核苷酸。
在本发明的范围内的是,本发明的核酸分子包含这样的部分,其优选为高分子量部分和/或其优选为允许修饰所述核酸分子在动物体(优选人体)内的停留时间等方面的特征。这类修饰的特别优选的实施方案是对根据本发明的核酸分子进行PEG化和HES化。如本文所用的,PEG代表聚乙二醇,而HES代表羟乙基淀粉。如本文中优选使用的,PEG化是对根据本发明的核酸分子进行修饰,其中这种修饰由附接至根据本发明的核酸分子的PEG部分组成。如本文中优选使用的,HES化是对根据本发明的核酸分子进行修饰,其中这种修饰由附接至根据本发明的核酸分子的HES部分组成。这些修饰以及使用这些修饰来修饰核酸分子的方法描述于专利申请EP 1306382和WO2018099600A1中,其公开内容通过引用方式完整并入本文。
在PEG为这种高分子量部分的情况下,分子量优选为约20,000至约120,000Da,更优选为约30,000至约80,000Da,且最优选为约40,000Da。在另一优选的实施方案中,该PEG是如国际专利申请WO03076490中所描述的PEG。在HES为这种高分子量部分的情况下,分子量优选为约50kDa至约1000kDa,更优选为约100kDa至约700kDa,且最优选为200kDa至500kDa。HES显示出的摩尔取代度为0.1至1.5,更优选为1至1.5,并且显示出以C2/C6比值表示的取代度约为0.1至15,优选约为3至10。HES修饰的方法描述于例如德国专利申请DE 12004 006 249.8中,其公开内容通过引用方式完整并入本文。
原理上,这种修饰可以在本发明所述的核酸分子的任意位置处进行。优选地,这类修饰是在所述核酸分子的5’–末端核苷酸、3’-末端核苷酸和/或在5’核苷酸和3’核苷酸之间的任意核苷酸处进行的。
可以将修饰以及优选的PEG和/或HES部分直接或间接地附接至本发明所述的核酸分子,优选通过接头的间接方式。还在本发明范围内的是,根据本发明所述的核酸分子包含一种或多种修饰,优选为一个或多个PEG部分和/或HES部分。在一个实施方案中,个体接头分子将多于一个的PEG部分或HES部分附接至根据本发明的核酸分子。在本发明中所用的接头本身可以是线性的或者支化的。这种接头是本领域技术人员已知的,并且其进一步描述于国际专利申请WO2005/074993和WO2003/035665中。
在一个优选的实施方案中,所述接头为可生物降解的接头。所述可生物降解的接头允许对根据本发明所述的核酸分子在动物体(优选人体)内的停留时间等方面的特征进行改变,这是由于从根据本发明所述的核酸分子释放修饰所致。使用可生物降解的接头可以允许对根据本发明所述的核酸分子的停留时间进行更好的控制。这类可生物降解的接头的优选实施方案是如下列中所描述的可生物降解的接头,但并不限于此:国际专利申请WO2006/052790、WO2008/034122、WO2004/092191和WO2005/099768。
在本发明范围内的是,所述修饰或修饰基团为可生物降解的修饰,其中可以将所述可生物降解的修饰直接或间接地附接至本发明所述的核酸分子,优选为通过接头。所述可生物降解的接头允许对根据本发明所述的核酸分子在动物体内(优选人体内)的停留时间等方面的特征进行改变,这是由于从根据本发明所述的核酸分子释放或降解修饰所致。使用可生物降解的接头可以允许对根据本发明所述的核酸分子的停留时间进行更好的控制。这类可生物降解的修饰的优选实施方案是如下列中所描述的可生物降解修饰,但并不限于此:国际专利申请WO2002/065963、WO2003/070823、WO2004/113394和WO2000/41647,优选在WO2000/41647的第18页,第4至第24行。
在另一个优选的实施方案中,所述的接头具有以下结构:
Figure BDA0003060052420000361
例如,相应的接头由国际专利申请WO 2015/062743所公开。如以上结构表明的,接头将两个分别的PEG部分连接至根据本发明所述的核酸分子中核苷酸的磷酸部分中的OH基团。
除了如上所述的修饰之外,其它修饰也可以用于对根据本发明所述的核酸分子的特征进行改变,其中这类其它修饰可以选自蛋白质、脂质(例如胆固醇)和糖链(例如淀粉酶、右旋糖酐等)的组。
不希望被任何理论所束缚,通过使用高分子量部分如聚合物,更具体地一种或几种本文所公开的聚合物(其优选为生理学上可接受的)修饰根据本发明所述的核酸分子,改变了本发明的由此经修饰核酸分子从本发明的经修饰核酸分子施用的动物体或人体的排泄动力学。更具体地说,由于本发明所述的经修饰核酸分子分子量的增加以及由于本发明所述的核酸分子不进入代谢(特别是在当其为L构型的情况下,即作为L-核酸分子),因而减少了从动物体,优选从哺乳动物体,更优选从人体的排泄。排泄通常是通过肾脏进行的,因此本发明人推测,与不具有这种高分子量修饰的核酸分子相比,这种由此经修饰的核酸分子的肾小球滤过率显著降低,这就造成经修饰的核酸分子在动物体内停留时间的延长。就此方面而言,特别值得注意的是,尽管具有这种高分子量修饰,根据本发明所述的核酸分子的特异性未以不利的方式受到影响。除了其它特征之外,根据本发明所述的核酸分子具有令人惊讶的特征(通常不能从药学活性化合物预期到),为了给根据本发明所述的核酸分子提供持续释放不一定需要提供持续释放的药物制剂。更准确地说,根据本发明所述的核酸分子以其包含高分子量部分的修饰形式,本身就已经可以用作持续释放制剂,正是由于修饰,它们已经类似从持续释放制剂中释放那样起作用。就此而言,如本文所公开的根据本发明所述的核酸分子的这种修饰(一个或多个)以及经此修饰的根据本发明所述的核酸分子和包含其的任何组合物,可以为提供独特的、优选可控的药代动力学及其生物分布。这也包括在动物体和人体循环中的停留时间以及在这类动物和人的组织中的分布。这类修饰在专利申请WO2003/035665中有进一步的描述。
然而,也在本发明范围内的是,根据本发明所述的核酸分子不包含任何修饰,并且尤其是不包含PEG或HES等高分子量修饰。当根据本发明所述的核酸分子显示出优先分布到体内任何靶器官或靶组织时,或当希望施用后从体内快速清除根据本发明所述的核酸分子时,这类实施方案是特别优选的。具有向体内任何靶器官或靶组织优先分布特征的如本文所公开的根据本发明的核酸分子允许在靶组织内建立有效的局部浓度,而同时保持核酸分子的低系统性浓度。这样就可以使用低剂量,不仅从经济角度来看是有益的,而且还减少了其它组织对所述核酸分子的不必要暴露,进而降低了潜在的副作用风险。在使用根据本发明所述的核酸分子或包含其的药剂进行体内成像或要求特定治疗给药的情况下,可能希望在施用后从体内快速清除根据本发明所述的核酸分子等。
本发明的核酸(在本文中也被称为根据本发明所述的核酸或根据本发明所述的核酸分子)和/或根据本发明所述的拮抗剂可以用于产生或制备药剂。这种根据本发明的药剂或药物组合物包含至少一种本发明的核酸,任选地与其它药学活性化合物一起,其中本发明的核酸本身优选作为药学活性化合物。在优选的实施方案中,这类药剂至少包含药学上可接受的载体。例如,这类载体可以是水、缓冲剂、PBS、葡萄糖溶液(优选5%的葡萄糖平衡盐溶液)、淀粉、蔗糖、明胶或任何其它可接受的载体物质。这类载体一般是本领域技术人员已知的。本领域技术人员会认识到,本发明所述药剂的任何实施方案、用途和方面或者与其有关的任何实施方案、用途和方面,也适用于本发明所述的药物组合物和根据本发明所述的核酸分子,反之亦然,所述药物组合物和核酸分子用于治疗和/或预防和/或诊断本文所公开或所描述的任何疾病。
按照本发明的或按照本发明制备的核酸、药物组合物和药剂来治疗和/或预防的适应证、疾病和病症是由CXCL8在相应的发病机制中直接或间接参与而引起的。
CXCL8(UniProtKB/Swiss-Prot P10145,IL8_HUMAN;SEQ ID NO:2),也被称为白细胞介素8(IL-8)、嗜中性粒细胞激活蛋白1(NAP-1)、单核细胞衍生的嗜中性粒细胞趋化因子(MDNCF)或粒细胞趋化蛋白1(GCP-1),是属于CXC趋化因子亚族的一种小碱性蛋白,该亚族趋化因子具有促炎和促血管生成特性,其特征在于N-末端带有谷氨酸-亮氨酸-精氨酸(ELR)基序。ELR阳性的趋化因子CXCL1(也被称为生长调节α蛋白、Gro-α、黑色素瘤生长刺激活性蛋白、MGSA或NAP-3)、CXCL2(也被称为Gro-β或巨噬细胞炎性蛋白2-α、MIP2-α)、CXCL3(也被称为Gro-γ或MIP2-β)、CXCL5(也被称为上皮细胞衍生的嗜中性粒细胞激活蛋白78、ENA-78或小诱导细胞因子B5)、CXCL6(也被称为趋化因子α3、CKA-3、粒细胞趋化蛋白2、GCP-2或小诱导细胞因子B6)、CXCL7(也被称为血小板碱性蛋白、PBP、白细胞衍生的生长因子、LDGF、巨噬细胞衍生的生长因子、MDGF或小诱导细胞因子B7)和CXCL8均为受体CXCR2(也被称为IL8RB、2型IL8R、CD182、CDw128b或GRO/MGSA受体)的激动剂。CXCL6、CXCL7和CXCL8为受体CXCR1(也被称为IL8RA、1型IL8R、CD181或CDw128a)的激动剂。CXCL8与受体CXCR1和受体CXCR2结合的亲和力相似,为约4nM。CXCL8与CXCR1/2相结合触发了Gαi依赖的信号传导通路,并例如诱导嗜中性粒细胞迁移、脱粒和氧化爆发。磷酸化、β-阻抑蛋白募集和受体内化可以调节受体敏感性(Ha,Theranostics 2017)。CXCL7和CXCL8的同源性最高,相同的氨基酸为33个。来自非人灵长类动物(野捕恒河猴、食蟹猴)的CXCL8与人CXCL8共享95%的同一性(77个氨基酸中有73个相同)。小鼠和大鼠中不存在CXCL8的直系同源物。
当然,由于根据本发明所述的CXCL8结合性核酸分子与CXCL8相互作用或与CXCL8相结合,技术人员一般会理解,根据本发明所述的CXCL8结合性核酸分子可以容易地用于治疗、预防和/或诊断如本文所描述的任何人类和动物疾病。就此而言,应该认识到,根据本发明所述的核酸分子可以用于治疗和/或预防本文所描述的任何疾病、病症或状况,而这与此类疾病、病症和状况根本性的作用模式无关。
不希望被任何理论所束缚,在下文中提供了与多种疾病、病症和状况相关而使用根据本发明所述的核酸分子的原理,从而使得所要求保护的根据本发明所述的核酸分子的治疗、预防和诊断应用性是合理的。为了避免任何不必要的重复,应该认识到的是,由于如所列出的与之相关的CXCL8–CXCL8受体轴的参与,所述轴可以由根据本发明所述的核酸分子来处理,从而实现所要求保护的治疗、预防和诊断作用。还应该认识到的是,患者的疾病、病症和状况的具体情况以及所描述的与之相关的治疗方案的任何细节,都可以由本申请的优选实施方案来解决。
CXCL8及其受体涉及或参与了多种炎症性疾病的病理生理过程,并且抑制CXCL8用于治疗这类炎症性疾病的潜力得到了动物疾病模型的支持。可以使用根据本发明所述的药剂来治疗和/或预防的炎症性疾病和/或病症和/或患病状况包括但不限于以下:
呼吸系统的炎症性疾病
a.慢性阻塞性肺病
b.急性呼吸窘迫综合征
c.哮喘和过敏性炎症
d.支气管炎、细支气管炎、闭塞性细支气管炎、支气管扩张
e.包括肺纤维化在内的间质性肺病
f.囊性纤维化
g.肺移植
h.物理性伤害导致的肺损伤,例如卷烟的烟雾、萎陷(callaps)后复张、高氧
i.细菌、病毒或真菌感染导致的肺损伤(肺炎)皮肤的炎症性疾病
a.嗜中性粒细胞性皮肤病
b.银屑病
c.大疱性类天疱疮
d.大疱性表皮松解症
e.化脓性汗腺炎
f.神经性皮炎
g.湿疹
自身免疫性疾病
a.炎症性肠病
b.溃疡性结肠炎
c.多发性硬化
d.类风湿性关节炎
e.1型糖尿病
f.强直性脊柱炎
神经疾病
a.神经sweet病
b.阿尔茨海默病
缺血再灌注损伤
a.中风
b.心肌梗塞
c.脑缺血和脑梗塞
其它炎症性疾病
a.动脉粥样硬化
b.胰岛移植排斥
c.器官移植排斥和/或功能延迟
d.脊髓损伤
e.膀胱炎
(由Russo综述,Expert Rev Clin Immunol 2014和Ha,Theranostics 2017)。
CXCL8在人类癌症中过表达,而且抑制CXCL8用于治疗癌症的潜力得到了实验性癌症模型的支持。相应地,可以使用根据本发明所述的药剂来治疗和/或预防的疾病和/或病症和/或患病状况包括但不限于以下:
a.肺癌
b.结肠癌
c.结直肠癌
d.前列腺癌,包括激素难治性前列腺癌
e.胰腺癌
f.肝癌
g.乳腺癌
h.卵巢癌
i.甲状腺癌
j.黑色素瘤
k.胶质母细胞瘤
l.骨肉瘤
m.食管癌
n.血液系统癌症(白血病和淋巴瘤)
o.PTEN不足的肿瘤
p.P53突变的肿瘤
q.Kras突变的肿瘤
r.治疗抗性癌症,包括对使用化疗剂、抗血管生成剂、酪氨酸激酶抑制剂和免疫检查点抑制剂治疗抗性的癌症。
在进一步的实施方案中,所述药剂包含用于治疗癌症和/或肿瘤的另外的药学活性剂。此类另外的药学活性化合物是但不限于,已知的抗肿瘤活性物质如烷化剂、抗代谢药、抗血管生成剂、有丝分裂抑制剂、拓扑异构酶抑制剂、细胞信号转导抑制剂、激素、抗体、免疫缀合物和融合蛋白等。
用于治疗癌症和/或肿瘤的另外的药学活性化合物为免疫治疗剂。此类另外的药学活性化合物是但不限于,检查点抑制剂、癌症疫苗、免疫刺激剂、细胞癌症疗法等。
其它的药学活性化合物是已知的,其中包括但不限于以下:博来霉素、雷替曲噻(Raltitrexed)和培美曲噻(Pemetrexed)等胸苷酸合酶抑制剂、L-天冬酰胺酶等酶类、米特福辛(Miltefosin)和阿那格雷(ANAgrelid)、硼替佐米(Bortezomib)等蛋白酶体抑制剂。
在本发明范围内的是,含有根据本发明的核酸的药剂和药物组合物可以分别以这种方式用于治疗。
在另外的实施方案中,所述药剂包含用于治疗炎症性疾病的其它的药学活性剂。这类其它的药学活性化合物是但不限于,已知抑制免疫系统的物质,例如非甾体类抗炎药、皮质类固醇、钙调神经磷酸酶抑制剂、环孢菌素A、氨甲蝶呤、硫唑嘌呤、他克莫司、雷帕霉素、苯丁酸氮芥、来氟米特、霉酚酸酯、布喹那(brequinar)、咪唑立宾、沙利度胺、脱氧精胍菌素(deoxyspergualin)、氨苯砜(dapson)、羟氯喹、柳氮磺吡啶、抗组胺药,或者抗炎生物制剂如抗肿瘤坏死因子抗体阿达木单抗、B细胞消耗性抗CD20抗体利妥昔单抗、抗IL6R抗体托珠单抗(Tocilizumab)、抗IgE抗体奥马珠单抗(Omalizumab)和静脉免疫球蛋白等。
最后,其它的药学活性剂可以是任何其它趋化因子活性的调节者,其可以是趋化因子的激动剂或拮抗剂或者是趋化因子受体的激动剂或拮抗剂。可选地或者额外地,此类另外的药学活性剂是根据本发明的另一核酸分子。可选地,所述药剂包含至少一种另外的核酸,其与不同于CXCL8的靶分子结合或者表现出不同于根据本发明所述的核酸之一的功能。
在本发明的范围内的是,原理上将所述药剂可选地或者额外地用于预防在所述药剂用于治疗所述疾病的用途方面所公开的任何疾病。因此,相应标志物,即相应疾病的相应标志物是本领域技术人员已知的。优选地,相应的标志物为CXCL8。
在本发明所述的药剂的一个实施方案中,将此类药剂与用于本文所公开的任何疾病(特别是要使用本发明所述的药剂针对的那些疾病)的其它治疗联合应用。
“联合疗法”(或“共同疗法”)包括施用本发明的药物和作为具体治疗方案一部分的至少一种第二药剂,以期从这些治疗剂(即本发明所述的药物和所述第二药剂)的共同作用中提供有益效果。这种联合的有益效果包括,但不限于治疗剂的联合带来的药代动力学或药效动力学的共同作用。这些治疗剂的联合施用通常是在限定的时间段内进行(一般是数分钟、数小时、数天或数周,这取决于所选择的联合)。
“联合疗法”可以(但通常不)旨在囊括施用两种或更多种作为分别的单一治疗方案一部分的这些治疗剂,所述的单一治疗方案偶然和随意地造成了本发明的联合。“联合疗法”旨在包括以序贯的方式施用这些治疗剂,也就是说,其中在不同的时间施用每种治疗剂,以及以基本上同时的方式施用这些治疗剂或者所述治疗剂中的至少两种。例如,基本上同时施用可以这样完成,将具有固定比例的每种治疗剂的单个胶囊施用于受试者,或者将多个每种治疗剂的单胶囊施用于受试者。
每种治疗剂的序贯或基本上同时施用可以通过任何合适的途径进行,包括但不限于局部途径、口服途径、静脉内途径、肌内途径和通过粘膜组织的直接吸收。可以通过相同的途径或不同的途径来施用所述治疗剂。例如,所选定的联合中的第一治疗剂可以通过注射来施用,而该联合中其它的治疗剂可以通过局部施用。
可选地,例如所有的治疗剂可以都通过局部来施用或者所有的治疗剂可以都通过注射来施用。除非另有说明,所述治疗剂的施用顺序并非严格限制。“联合疗法”还可以包括将如上所述的治疗剂进一步与其它生物活性成分联合施用。在所述联合疗法还包括非药物治疗的情况下,这种非药物治疗可以在任何适当的时间进行,只要在所述的治疗剂和非药物治疗联合的共同作用中获得有益效果。例如,在适当的情况下,将这种非药物治疗暂时(可能数天或甚至数周)从所述治疗剂的施用中移除时,仍然能获得有益效果。
如上文通用术语中所列出的,在原理上可以以本领域技术人员已知的任何形式来施用根据本发明所述的药物。优选的施用途径是全身性施用,更优选通过胃肠外施用,优选通过注射。可选地,药物可以局部施用。其它的施用途径包括肌内、腹膜内、和皮下、经口、鼻内、气管内或肺部施用,其中优先选择侵入性最小而同时又能确保有效性的施用途径。
通常使用的胃肠外施用为皮下、肌内或静脉内注射和输注。另外,胃肠外施用的一种方式采用了植入缓慢释放或持续释放系统,以确保维持恒定的剂量水平,这是本领域技术人员熟知的。
进一步地,可以通过局部应用适当的鼻内媒介物、吸入剂以鼻内形式施用本发明中优选的药剂,或采用本领域技术人员熟知的透皮贴剂的形式通过透皮途径施用。为了以透皮递送系统的形式施用,在整个给药方案期间,剂量的施用当然会是连续的而不是间歇的。其它优选的局部制剂包括乳膏剂、软膏剂、洗剂、气雾喷雾剂和凝胶剂,其中活性成分的浓度通常在0.01%至15%,w/w或w/v的范围。
本发明所述的药剂通常会包含所述疗法的有效量的活性组分(一种或多种),其包括但不限于溶解于或分散于药学上可接受的介质中的本发明所述的核酸分子。药学上可接受的介质或载体包括任意的和所有的溶剂、分散介质、包衣、抗细菌和抗真菌剂、等渗剂和吸收延迟剂等。针对药学活性物质使用这类介质和试剂是本领域熟知的。还可以将补充性活性成分并入本发明所述的药剂中。
另一方面,本发明涉及药物组合物。此类药物组合物包含至少一种根据本发明所述的核酸,并优选地包含药学上可接受的媒介物。这类媒介物可以是本领域所用的和/或已知的任何媒介物或任何粘合剂。更具体地,此类粘合剂或媒介物是与制备本文所公开的药剂相关而论述的任何粘合剂或媒介物。在另一个实施方案中,所述药物组合物包含另外的药学活性剂。
参照本公开内容,药剂和药物组合物的制备将是本领域技术人员已知的。一般来讲,可以将这类组合物制备成液体溶液或混悬液形式的注射剂;适于在注射前溶解或悬浮于液体中的固态形式;适于口服施用的片剂或其它固体;制备成随时间释放胶囊;或制备成当前所用的其它任何形式,包括滴眼剂、乳膏剂、洗剂、油剂、吸入剂等。由外科医生、内科医生或卫生保健工作者使用基于盐水的洗液等无菌制剂来处理手术视野中的特殊区域可能也是特别有用的。组合物也可以经由微型设备、微颗粒或海绵进行递送。
一经配制,会以与剂量制剂相容的方式并按照药理学的有效量来施用药剂或药物组合物。所述制剂以多种剂型方便地进行施用,例如上文所描述的可注射溶液的类型,但也可以采用药物释放胶囊等诸如此类。
在这种情况下,要施用的活性成分的量和组合物的体积取决于待治疗的个体或受试者。施用所需的活性化合物的具体量取决于专业人员的判断并且对于每个个体来说都是独特的。
一般使用将活性化合物分散所需的最小体积的药剂或药物组合物。适合的施用方案也是可变的,但典型的代表是:首先施用化合物并监测结果,然后在后续的时间间隔给予进一步的可控剂量。
例如,对于以片剂或胶囊(例如,明胶胶囊)形式的口服施用,可以将所述活性药物组分(即,本发明的核酸分子和/或任何另外的药学活性剂,在本文中也被称为治疗剂(一种或多种)或活性化合物(一种或多种))与口服的、无毒的、药学上可接受的惰性载体如乙醇、甘油、水等联合起来。而且,当需要时或必要时,也可以将适当的粘合剂、润滑剂、崩解剂和着色剂并入到混合物中。适当的粘合剂包括淀粉、硅酸铝镁、淀粉浆、明胶、甲基纤维素、羧甲基纤维素钠和/或聚乙烯吡咯烷酮、葡萄糖或β-乳糖等天然糖类、玉米甜味剂、天然和合成树胶如阿拉伯胶、黄芪胶或藻酸钠等、聚乙二醇、蜡等。这些剂型中所用的润滑剂包括油酸钠、硬脂酸钠、硬脂酸镁、苯甲酸钠、乙酸钠、氯化钠、硅土、滑石、硬脂酸、其镁盐或钙盐和/或聚乙二醇等。崩解剂包括,但不限于淀粉、甲基纤维素、琼脂、膨润土、黄原胶淀粉、海藻酸及其钠盐或泡腾混合物等。举例来说,稀释剂包括乳糖、右旋糖、蔗糖、甘露醇、山梨醇、纤维素和/或甘氨酸。
也可以将本发明所述的药剂或药物组合物以这样的口服剂型来施用,即定时释放和持续释放的片剂或胶囊、丸剂、粉剂、颗粒剂、酏剂、酊剂、混悬剂、糖浆剂和乳剂。由脂肪性乳液或混悬液有利地制备栓剂。
可以将所述药物组合物或药剂灭菌和/或使其含有助剂,例如防腐剂、稳定剂、润湿剂或乳化剂、溶解促进剂、调节渗透压的盐类和/或缓冲剂。此外,它们还可以包含其它具有治疗价值的物质。按照传统的混合、制粒或包衣方法来制备所述组合物,并且其通常含有约0.1%至75%的活性成分,优选含有约1%至50%。
例如,可以通过溶解、分散等方法来制备液态的组合物,尤其是可注射的组合物。将所述活性化合物溶于水、盐水、右旋糖水溶液、甘油、乙醇等药学上的纯溶剂中,或者与其混合,进而形成可注射的溶液或混悬液。此外,可以配制适用于注射前溶于液体中的固态形式。
对于固态组合物来说,赋形剂包括药用级别的甘露醇、乳糖、淀粉、硬脂酸镁、糖精钠、滑石、纤维素、葡萄糖、蔗糖、碳酸镁等。还可以将上文所定义的活性化合物配制成栓剂,例如使用聚亚烷基二醇例如丙二醇作为载体。在一些实施方案中,由脂肪性乳液或混悬液有利地制备栓剂。
本发明所述的药剂、药物组合物和核酸分子也可以分别以小单层囊泡、大单层囊泡和多层囊泡等脂质体递送系统的形式进行施用。可以由含有胆固醇、硬脂胺或磷脂酰胆碱的多种磷脂形成脂质体。在一些实施方案中,将脂质组分的膜用药物水溶液进行水合,以形成包裹该药物的脂质层,这对于本领域技术人员是熟知的。例如,可以以与亲脂性化合物或非免疫原性的高分子量化合物构建复合物的方式来提供本文所述的核酸分子,构建这种复合物所用的方法是本领域已知的。此外,脂质体可以在其表面上携带这类核酸分子以用于靶向和在其内部携带细胞毒剂,从而介导细胞杀伤。美国专利号6,011,020中提供了核酸相关联的复合物的实例。
本发明所述的药剂、药物组合物和核酸分子也可以分别与用作可靶向药物载体的可溶性聚合物相偶联。这类聚合物可以包括聚乙烯吡咯烷酮、吡喃共聚物、聚羟丙基-甲基丙烯酰胺-苯酚、聚羟乙基天冬酰胺苯酚(polyhydroxyethylaspanamidephenol)或用棕榈酰残基取代的聚环氧乙烷聚赖氨酸。而且,本发明所述的药剂和核酸分子可以分别偶联至一类用于实现药物控释的可生物降解的聚合物,例如聚乳酸、聚ε-己内酯、聚羟基丁酸、聚原酸酯、聚缩醛类、聚二氢吡喃、聚氰基丙烯酸酯和水凝胶的交联或两亲性嵌段共聚物。
当需要时,待施用的所述药物组合物和药剂还可以分别含有少量的非毒性辅助物质,例如润湿剂或乳化剂、pH缓冲剂以及醋酸钠和三乙醇胺油酸酯等其它物质。
采用本发明所述的核酸分子、药剂或药物组合物的剂量方案分别根据多种因素进行选择,这些因素包括患者的类型、种族、年龄、体重、性别和医学状况;待治疗状况的严重性;施用途径;患者的肾脏和肝脏功能;以及所用的特定适配体或其盐。普通医师或兽医可以容易地确定并指定用于预防、对抗或阻止状况进展所需药物的有效量。
在治疗本文所公开的任何疾病时,根据本发明所述的核酸的有效血浆水平的范围优选为500fM至500μM。
根据本发明所述的核酸分子、药剂和药物组合物可以分别优选地以每日一个剂量、每两日或三日、每周、每两周、每月一个剂量或每三个月进行施用。
在本发明范围内的是,如本文所描述的药剂构成本文所公开的药物组合物。
另一方面,本发明涉及用于治疗需要这类治疗的患者的方法,其中所述方法包括施用药学活性量的至少一种根据本发明所述的核酸分子。在一个实施方案中,受试者患有疾病或处于发展成此类疾病的风险中,其中所述疾病是本文所公开的任何疾病,尤其是与使用任何根据本发明所述的核酸用于制备药剂相关而公开的任何疾病。
应该理解的是,根据本发明所述的核酸以及拮抗剂不仅可以用作药剂或用于制备药剂,还可以用于美容目的,特别是关于CXCL8参与的发炎的区域性皮肤病变。因此,可以使用根据本发明所述的核酸、药剂和/或药物组合物来治疗或预防的另外的状况或疾病为发炎的区域性皮肤病变。
当然,由于根据本发明的CXCL8结合性核酸分子与人CXCL8相互作用或与人CXCL8相结合,技术人员一般会理解,根据本发明所述的CXCL8结合性核酸分子可以容易地用于检测CXCL8以及用于制备诊断剂或生物传感器。
如本文中优选所用的,诊断剂、诊断试剂或诊断手段或生物传感器适用于直接或间接检测CXCL8,优选如本文所描述的CXCL8,并且更优选如本文所描述的涉及本文中所述的多种病症和疾病的CXCL8。所述诊断剂或生物传感器适用于但不限于,检测和/或追踪本文所分别描述的任何病症和疾病。通过根据本发明所述的核酸与CXCL8相结合,从而使此类检测成为可能。可以直接或间接地检测这种结合,其中所述核酸分子可以包含修饰基团或者不包含修饰基团。在一个优选的实施方案中,所述修饰基团允许所述核酸的固定。在另一个优选的实施方案中,所述修饰基团为标记物。相应的方法和手段是本领域技术人员已知的。
在一个实施方案中,通过本领域技术人员已知的任何手段(包括非共价或共价连接),将本发明的核酸固定于所述诊断剂中反应容器的表面,包含在所述诊断剂的反应容器内的装置的表面,或者生物传感器的表面。
在一个优选的实施方案中,根据本发明所述的核酸通过共价连接固定于表面。因此,在本发明范围内的是,本发明所述的核酸分子包含修饰基团,其允许使该核酸分子固定于表面。此类用于共价结合的修饰基团包括,但不限于(活化的)羧基、羟基、磷脂酰基、磺酸酯、胺、硫醇、环氧化物、炔、应变环炔(例如二苯并环辛基,DBCO;双环[6.1.0]壬-4-炔,BCN;或氮杂二苯并环辛炔,ADIBO)、马来酰亚胺、叠氮化物、酰肼。
举例来说,此类共价连接可以通过下列反应形成,即活化的羧基基团(例如EDC/NHS活化)与伯胺反应、马来酰亚胺与硫醇基反应、铜催化的叠氮化物炔烃的环加成(点击化学)、无铜催化的点击化学(包括但不限于,无铜催化的叠氮化物应变炔烃的环加成、烯烃叠氮化物[3+2]环加成、烯烃四嗪反转要求的Diels-Alder反应以及烯烃四唑的光点击反应)或者硫醇化探针在金表面上的直接偶联。在实施方案范围内的是,此类方法并不局限于特定的立体结构,并且反应性基团可以位于所述表面上或者是所述核酸上。
在一个优选的实施方案中,通过应变促进的叠氮-炔环加成反应(点击化学),将本发明的核酸偶联至生物传感器的叠氮化物功能化的表面。为此,使用叠氮化物对所述表面进行功能化处理,而对于寡核苷酸的功能化,则使用应变炔烃,例如二苯并环辛基,DBCO;双环[6.1.0]壬-4-炔(BCN)和氮杂二苯并环辛炔(ADIBO),优选在5’端或3’端进行功能化。可选地,可以使用反向结构(geometry),即使用应变炔烃功能化的生物传感器和叠氮化物修饰的核酸。
在另一实施方案中,根据本发明所述的核酸通过非共价连接固定。因此,在本发明范围内的是,本发明所述的核酸分子包含修饰基团,其允许使该核酸分子固定于表面,其中这种结合是可逆的。此类非共价结合的修饰基团包括,但不限于生物素(结合亲和素、链霉亲和素或中性亲和素)、溴脱氧尿苷(结合抗溴脱氧尿苷抗体)、洋地黄毒苷(结合抗洋地黄毒苷抗体)和寡核苷酸(结合互补的寡核苷酸)。寡核苷酸上未封闭的3’端可以作为聚合酶的引物或者在连接酶反应中可以作为其它核酸的接受体。在实施方案范围内的是,此类方法并不局限于特定的立体结构,并且反应性基团可以位于所述表面上或者是所述核酸上。
在本发明范围内的是,不将本发明所述的核酸分子固定而是将其在溶液中使用,并且包含修饰基团,其中优选地允许检测所述核酸分子,在本文中指的是标记物。这些标记物包括,但不限于生物素(结合亲和素、链霉亲和素或中性亲和素)、溴脱氧尿苷(结合抗溴脱氧尿苷抗体)、洋地黄毒苷(结合抗洋地黄毒苷抗体)、寡核苷酸(结合互补的寡核苷酸)、荧光标记物(例如荧光素、Cy-3、Cy-5)、电化学发光标记物、放射性标记物、酶标记物、UV标记物、胶体金、纳米颗粒和螯合剂分子标记物。
在另一实施方案中,本发明的核酸分子包含非核苷,优选为亲水性接头,例如单个单元或重复的乙二醇,例如三乙二醇(TEG)、六乙二醇(HEG)或者甚至是聚乙二醇(PEG),其可以将所述核酸和修饰基团连接在一起。
对于CXCL8的检测,优选的方法为与CXCL8的直接结合、夹心结合测定法、竞争结合测定法或侧流式设置。
在一个实施方案中,通过固定化的核酸与CXCL8的直接结合来检测CXCL8。根据本发明的直接结合是仅使用根据本发明的核酸,而不使用与CXCL8相互作用的第二分子的方法。
夹心结合测定法的一种形式是形成CXCL8与根据本发明的核酸分子的固定化复合物,该核酸分子含有用于固定的修饰基团,其中将所述复合物固定于诊断剂的反应容器的表面、固定于包含在诊断剂的反应容器内的装置的表面,或固定于生物传感器的表面,其中优选地检测所述复合物。在实施方案范围内的是,从所述复合物中检测CXCL8。符合这种要求的相应的检测手段是例如对于CXCL8的某个/某些部分(表位)是特异性的,而所述部分不被本发明的核酸分子所检测的任何检测手段,并且选自包含核酸、多肽、蛋白和抗体的组,其产生过程是本领域技术人员已知的。这种夹心结合测定法的方法学是本领域技术人员已知的。
在夹心结合测定法的实施方案范围中的是,可以使用反向结构,其中将上述检测手段固定于所述诊断剂的反应容器的表面、固定于包含在所述诊断剂的反应容器内的装置表面,或固定于生物传感器的表面,以形成与样品中提供的CXCL8的复合物,并且所述复合物由本发明的核酸分子来检测。在此实施方案范围内的是,根据本发明所述的核酸分子含有标记物或者未进行标记。检测未标记核酸分子可能涉及使用第二检测手段,所述第二检测手段优选地也选自含有下列的组:核酸、多肽、蛋白以及本文所述的多种实施方案中的实施方案。优选地,这种检测手段对于根据本发明所述的核酸是特异性的。
最后,同样在本发明范围内的是,使用第三检测手段来检测所述第二检测手段,优选地,所述第三检测手段连接至一种酶,更优选当检测所述第二检测手段时显示出酶促反应,或者所述第三检测手段是用于检测辐射,更优选由放射性核素发出的辐射的手段。优选地,所述第三检测手段特异性检测所述第二检测手段和/或特异性与所述第二检测手段相互作用。
在另一个实施方案中,在竞争测定法中检测根据本发明所述的核酸分子与CXCL8的结合。在此处,与根据本发明所述核酸分子的部分互补的固定化的寡核苷酸探针与本发明的核酸和CXCL8之间的复合物形成进行竞争,其中在这种实施方案中,所述核酸分子没有固定至表面。可选地,固定化的CXCL8与本发明的核酸和CXCL8之间的复合物形成进行竞争,其中在这种实施方案中,所述核酸分子没有固定至表面。在另一实施方案中,将根据本发明所述的核酸分子固定于表面,并且CXCL8与固定化的根据本发明所述的核酸分子的结合被与根据本发明所述核酸分子的部分互补的寡核苷酸探针竞争。这种测定法的方法学是本领域技术人员已知的。
对于检测CXCL8,另一个优选的实施方案是根据本发明所述的核酸分子用于制备生物传感器。按照定义,生物传感器是一种用于检测CXCL8等待分析物的分析设备,这种设备将根据本发明所述的核酸等生物组分与物理化学检测器结合起来。将一种信号转化成另一种信号的转换器或检测器元件以物理化学的方式运行:光学、压电、电化学、电化学发光等,这是由于CXCL8与生物元件的相互作用引起的。所述生物传感器包含至少一种共价固定于生物传感器表面上的生物元件。所述的共价固定于生物传感器表面上的至少一种生物元件是包括用于固定的修饰基团的根据本发明的核酸,具有特异性结合于CXCL8的某个/某些不与本发明的核酸结合的表位的手段,与本发明的核酸互补的寡核苷酸探针,或者CXCL8。如果不将本发明所述的核酸固定于所述生物传感器的表面,那么本发明所述的核酸包含作为标记物的修饰基团或者不包含修饰基团。
生物传感器表面或诊断剂的表面可以选自下组:金、银、钛、锆、钒、铬、锰、钴、钨、钼、铂、铝、铁、钢、铜、镍、硅、锗、磷化铟、砷化镓、及其氧化物、氮化物或合金或上述材料的混合物、氧化铟锡、玻璃碳、蓝宝石和硅酸盐玻璃或硼酸盐玻璃。
这些表面可以进一步通过下列进行修饰,即聚赖氨酸、氨基硅烷、环氧硅烷、硝化纤维、羧基右旋糖酐、纳米碳膜、氧化石墨烯、氨基石墨烯、炭黑等碳表面、碳纤维、碳素板、碳布、活性炭、玻璃碳、木炭、活性木炭、石墨粉、石墨纤维、碳纳米管、富勒烯、羧基、叠氮基、硫醇基、羟基、环氧化物、马来酰亚胺、炔、应变炔烃或其组合。
在一个优选的实施方案中,将含有用于固定的修饰基团的根据本发明的核酸分子固定于所述生物传感器的表面,用于直接检测CXCL8或者按照夹心测定法的形式或竞争测定法的形式来检测CXCL8。在另一优选的实施方案中,将对于CXCL8的不由本发明的核酸(如上所述)检测到的某个/某些表位特异性的检测手段、与本发明的核酸互补的寡核苷酸探针或CXCL8固定于所述生物传感器的表面,并使用经标记的或未标记的根据本发明的核酸(如上所述)按照夹心测定法的形式或竞争测定法的形式来检测。
例如,诊断手段和生物传感器中的检测系统可以基于光学读取(荧光、吸收和发光)、质量变化(例如石英晶体微量天平、微电子机械系统)、折射率(表面等离子体共振、环形谐振器、椭圆偏振术)、电荷(电化学阻抗、伏安法、安培法、电位测定法、或电导率、场效应晶体管)、表面应力(悬臂式生物传感器)和原子力显微术。
在另一实施方案中,将根据本发明的核酸分子用于夹心测定法或侧流式竞争测定法中。这种侧流式测定法的方法学是本领域技术人员已知的。
在另一个实施方案中,在同源测定法中通过与根据本发明所述的核酸分子的部分互补的核酸探针来检测根据本发明的核酸分子与CXCL8的结合,其中在此类实施方案中,不将所述核酸分子固定于表面。此处的杂交引起连接至核酸的两种荧光基团的荧光信号的改变,优选强度的改变,而且杂交与本发明的核酸和CXCL8之间的复合物形成进行竞争。这两种荧光基团都连接至所述核酸探针(分子信标)或者一种连接至探针而另一种连接至本发明的核酸。在另一个实施方案中,将一种或两种荧光基团连接至本发明的核酸,并且含CXCL8的复合物形成引起荧光信号的改变,优选为强度的改变。这种测定法的方法学是本领域技术人员已知的。
根据本发明所述的核酸分子可以进一步用作药物设计的起始材料。基本上,有两种可能的方式。一种方式是筛选化合物库,其中这类化合物库优选为低分子量化合物库。在一个实施方案中,这种筛选为高通量筛选。优选地,在基于靶标的测定法中,高通量筛选是对化合物的快速且高效的试错性评估。最佳的情况是利用比色测量法进行分析。与之相关所用的库是本领域技术人员已知的。
可选地,根据本发明所述的核酸分子可以用于合理药物设计。优选地,合理药物设计为药物先导结构的设计。从靶标的三维结构(一般通过X-射线晶体学或核磁共振谱学等方法来鉴定)开始,使用计算机程序在含有许多不同化合物结构的数据库中搜索。这种选择通过计算机来实现,之后可以在实验室中测试所鉴定的化合物。
合理药物设计可以从根据本发明的任何核酸分子开始,并涉及与本发明的核酸结构类似的结构或与本发明的核酸结构的介导结合部分相同的结构,优选地,所述结构优选为三维结构。任何情况下,这种结构仍然显示出与本发明的核酸相同或类似的结合特征。作为合理药物设计中进一步的步骤或可选的步骤,使用不同于核苷酸和核酸的化学基团来模拟所述核酸分子中与神经递质结合的那些部分的优选的三维结构。利用这种模拟,可以设计出不同于根据本发明所述核酸的化合物。此类化合物优选小分子或肽。
在筛选化合物库的情况下,例如通过利用本领域技术人员已知的竞争测定法,可以发现合适的CXCL8类似物、CXCL8激动剂或CXCL8拮抗剂。这种竞争测定法可以按照以下方式来建立。将本发明的核酸(优选为Spiegelmer,其为靶标结合性L-核酸)偶联至固相。为了鉴定CXCL8的类似物,可以将经标记的CXCL8加入至测定法。潜在的类似物会与CXCL8分子竞争性结合Spiegelmer,这会伴随着相应标记物产生的信号的降低。筛选激动剂或拮抗剂可能涉及使用本领域技术人员已知的细胞培养测定法。
根据本发明所述的试剂盒可以包含至少一种或几种本发明的核酸分子。此外,所述的试剂盒可以包含至少一种或几种阳性或阴性对照。例如,阳性对照可以是CXCL8,尤其是选择本发明核酸所针对的CXCL8或者是本发明核酸所结合的CXCL8,优选液体形式。例如,阴性对照可以是肽,其限定为在生物物理学特征方面与CXCL8类似,但其不会被本发明的核酸识别。而且,所述试剂盒可以包含一种或多种缓冲剂。所述试剂盒可以包含多种成分,它们可以是干燥形式、冻干形式或溶于液体中。所述试剂盒可以包括一个或多个容器,而这些容器可以依次装有所述试剂盒的一种或多种成分。在另一实施方案中,所述试剂盒包含说明书或说明书册页,其给使用者提供如何使用试剂盒和其各种成分的信息。
对根据本发明的核酸分子的药学和生物分析测定对于评估其在人体和非人体的多种体液、组织和器官中的药代动力学和生物动力学概况是必需的。为此目的,可以使用本文所公开的任何检测方法或者本领域技术人员已知的任何检测方法。在本发明的另一方面,提供了用于检测根据本发明所述的核酸的夹心杂交测定法。在该检测测定法中,使用了捕获探针和检测探针。所述捕获探针与根据本发明所述的核酸的第一部分互补,而所述检测探针与根据本发明所述的核酸的第二部分互补。捕获探针和检测探针均可由DNA核苷酸、经修饰的DNA核苷酸、经修饰的RNA核苷酸、RNA核苷酸、LNA核苷酸和/或PNA核苷酸形成。
因此,所述捕获探针含有与根据本发明所述的核酸分子的5’端互补的序列区段,而所述检测探针含有与根据本发明所述的核酸分子的3’端互补的序列区段。在这种情况下,将所述捕获探针经由其5’端固定于表面或基质,其中可以将所述捕获探针在其5’端处直接固定,或者在其5’端和所述表面或基质之间经由接头固定。然而,在原理上,所述接头可以连接至所述捕获探针的每个核苷酸。所述接头可以由本领域的亲水性接头形成,或者是由D-DNA核苷酸、经修饰D-DNA核苷酸、D-RNA核苷酸、经修饰D-RNA核苷酸、D-LNA核苷酸、PNA核苷酸、L-RNA核苷酸、L-DNA核苷酸、经修饰L-RNA核苷酸、经修饰L-DNA核苷酸和/或L-LNA核苷酸形成。
可选地,所述捕获探针含有与根据本发明所述的核酸分子的3’端互补的序列区段,而所述检测探针含有与根据本发明所述的核酸分子的5’端互补的序列区段。在这种情况下,将所述捕获探针经由其3’端固定于表面或基质,其中可以将所述捕获探针在其3’端处直接固定,或者在其3’端和所述表面或基质之间经由接头固定。然而,在原理上,所述接头可以连接至与根据本发明所述的核酸互补的序列区段的每个核苷酸。所述接头可以由本领域的亲水性接头形成,或者是由D-DNA核苷酸、经修饰D-DNA核苷酸、D-RNA核苷酸、经修饰D-RNA核苷酸、D-LNA核苷酸、PNA核苷酸、L-RNA核苷酸、L-DNA核苷酸、经修饰L-RNA核苷酸、经修饰L-DNA核苷酸和/或L-LNA核苷酸形成。
可以与根据本发明所述的核酸分子杂交的捕获探针和检测探针的核苷酸数目是可变的,并且其可以依赖于所述捕获探针和/或所述检测探针和/或根据本发明所述的核酸本身的核苷酸数目。可以与根据本发明所述的核酸杂交的捕获探针和检测探针的核苷酸的总数目最大应该是根据本发明所述的核酸中包含的核苷酸数目。所述检测探针和捕获探针中核苷酸数目的最小值(2至10个核苷酸)应该分别允许其与根据本发明所述的核酸的5’端或3’端进行杂交。为了实现根据本发明所述的核酸与所分析样品中存在的其它核酸之间的高特异性和选择性,所述捕获探针和检测探针中核苷酸的总数目应该是或最大是根据本发明所述的核酸分子包含的核苷酸数目。
而且,优选地,所述检测探针带有如之前本文所描述的可以检测的标志物分子或标记物。所述标记物或标志物分子在原理上可以连接至所述检测探针的每个核苷酸。优选地,所述标记物或标志物位于所述检测探针的5’端或3’端,其中在与根据本发明所述的核酸分子互补的所述检测探针内的核苷酸与所述标记物之间,可以插入接头。所述接头可以由本领域的亲水性接头形成,或者是由D-DNA核苷酸、经修饰D-DNA核苷酸、D-RNA核苷酸、经修饰D-RNA核苷酸、D-LNA核苷酸、PNA核苷酸、L-RNA核苷酸、L-DNA核苷酸、经修饰L-RNA核苷酸、经修饰L-DNA核苷酸和/或L-LNA核苷酸形成。
检测根据本发明所述的核酸可以按如下进行:
将根据本发明的核酸分子以其一端与捕获探针杂交,并以其另一端与检测探针杂交。然后,例如通过一次或多次的洗涤步骤去除未结合的检测探针。随后,可以测量结合的检测探针(优选地带有标记物或标志物分子)的量,
例如,如在WO/2008/052774中所详细论述,其内容通过引用方式并入本文。
如本文中优选所用的,术语治疗在一个优选的实施方案中另外地或可选地包含预防和/或随访。
如本文中优选所用的,如果没有相反指明的话,术语疾病和病症应该以可互换的方式使用。
如本文所用的,术语包括/包含优选地无意限制该类术语之前的主题或该术语描述的主题。然而,在可选的实施方案中,术语包括/包含应该理解为含有的意思,并由此理解为限制了该术语之前的主题或该术语描述的主题。
如本文所用的根据本发明所述的核酸分子和靶分子CXCL8的各个SEQ.ID.No:、化学性质,其实际序列和内部参考编号,汇总在下表中。
Figure BDA0003060052420000561
Figure BDA0003060052420000571
Figure BDA0003060052420000581
Figure BDA0003060052420000591
Figure BDA0003060052420000601
Figure BDA0003060052420000611
Figure BDA0003060052420000621
在说明书、权利要求书、序列表和/或附图中所公开的本发明的特征,无论是以分开的方式还是以其任意的组合方式,可作为材料以其多种形式来实现本发明。
通过附图、实施例和序列表对本发明进行了进一步举例说明,从中可以展现其它特征、实施方案和优势,其中
图1示出了能够结合人CXCL8的核酸分子的序列比对,包括通过竞争性下拉结合测定法确定的KD值;
图2示出了核酸分子315-F8-001的截短衍生物,包括通过竞争性下拉结合测定法和/或表面等离子体共振测量而确定的KD值和与人CXCL8的相对结合活性;
图3示出了通过竞争性下拉结合测定法而对D-核酸分子315-F8-001和315-F8-002与D-CXCL8之间的动力学评价;
图4示出了在(A)25℃和(B)37℃通过表面等离子体共振测量而确定的核酸分子315-F8-002与CXCL8的结合。图中给出了结合常数ka和解离常数kd;
图5示出了在(A)25℃和(B)37℃,通过表面等离子体共振测量而确定的核酸分子315-F8-002-PEG与CXCL8的结合。图中给出了结合常数ka和解离常数kd;
图6示出了采用表面等离子体共振测量并通过竞争性结合测定法而确定的315-F8-002与CXCL8结合的选择性;
图7示出了核酸分子315-F8-002-PEG对CXCL8诱导的CXCR2表达细胞趋化作用的抑制;
图8是柱状图,示出了利用核酸分子315-F8-002(图8A)对CXCL8进行定量和利用核酸分子315-F8-002(图8B)对CCL5进行定量;以及
图9是柱状图,示出了在不同浓度下,L-适配体315-F8-002(图9A)和适配体8A-35(图9B)与可溶性CXCL8和CXCL1的结合。
实施例1:能够结合人CXCL8的核酸
已鉴定数种CXCL8结合性核酸及其衍生物,它们的核苷酸序列在图1-2中显示。以D-适配体(D-核酸)和L-适配体(L-核酸)作为CXCL8结合性核酸进行了测试,其中D-核酸和L-核酸的合成如实施例2中所描述。
CXCL8结合性核酸通过以下进行表征:
a)通过下拉结合测定法测试D-适配体对于生物素化的D-CXCL8(SEQ ID NO:1)的结合,如实施例3所示;以及
b)通过表面等离子体共振(SPR)测量测试L-适配体(实施例4),并使用表达人CXCR2受体的细胞通过体外测定法,其中对于这两种方法使用了L-CXCL8(SEQ ID NO:2)(实施例5)。
这样生成的核酸显示出稍有不同的序列,其中可将这些序列进行汇总或者将它们分组为序列家族。
为了定义核苷酸序列基序,使用了下列不明确核苷酸的IUPAC缩写:
S强 G或C;
W弱 A或U(T);
R嘌呤 G或A;
Y嘧啶 C或U(T);
K含酮基 G或U(T);
M含亚氨基 A或C;
B非A C或U(T)或G;
D非C A或G或U(T);
H非G A或C或U(T);
V非U A或C或G;
N所有 A或G或C或U(T)
如果没有相反的指明,任何核酸序列或区段序列分别以5’→3’的方向进行表示。
如图1-2所示,CXCL8结合性核酸包含一个限定潜在的CXCL8结合性基序的中心核苷酸区段,其中图1示出了序列家族的不同序列,图2示出了CXCL8结合性核酸315-F8-001的截短衍生物,包括CXCL8结合性核酸315-F8-002-PEG。
一般来讲,CXCL8结合性核酸分子包含位于其5’-端和3’-端的末端核苷酸区段:第一末端核苷酸区段和第二末端核苷酸区段。所述第一末端核苷酸区段和第二末端核苷酸区段可以互相杂交,其中当在杂交时形成双链结构。然而,在体内条件和体外条件下,这种杂交不一定在分子中出现。
CXCL8结合性核酸分子的这三种核苷酸区段,即第一末端核苷酸区段、中心核苷酸区段和第二末端核苷酸区段,以5’→3’-方向互相排列为:第一末端核苷酸区段-中心核苷酸区段-第二末端核苷酸区段。然而,可选地,第一末端核苷酸区段、中心核苷酸区段和第二末端核苷酸区段以5’→3’-方向互相排列为:第二末端核苷酸区段-中心核苷酸区段-第一末端核苷酸区段。
CXCL8结合性核酸分子之间所定义的区段的序列可能会有所差别,这会影响其与CXCL8的结合亲和力。基于不同CXCL8结合性核酸分子的结合分析,所述中心核苷酸区段及如下文所述的其核苷酸序列个体地且更优选整体上对于与CXCL8的结合是必不可少的。
CXCL8结合性核酸由核糖核苷酸组成(如图1-2所示)。
如图1所示,所述CXCL8结合性核酸315-H9-001、315-F11-001和315-F8-001中的中心核苷酸区段的序列稍有不同:
5’GGAAGUACGUGGAAAGCCAAUGAGUGUGUCCCG 3’(315-H9-001)、
5’GGAAGUACGUGGAAAGCCGAUGAGUGUGUCCCG 3’(315-F11-001)、
5’GGAAGUACGUGGAAAGCCGAAAGUGUGUCCCG 3’(315-F8-001)。
根据本发明所述的CXCL8结合性核酸的中心核苷酸区段包含32-33个核苷酸,并可以概括为如下共有序列:
5’GGAAGUACGUGGAAAGCCRA(XU)RAGUGUGUCCCG 3’,其中XU为U或不存在。
CXCL8结合性核酸具有最佳的与CXCL8的结合亲和力,这就意味着CXCL8结合性核酸具有与CXCL8最高的结合亲和力或者具有与CXCL8最小的解离常数Kd,这类核酸包含具有下列序列的中心核苷酸区段:5’GGAAGUACGUGGAAAGCCGAAAGUGUGUCCCG 3’(315-F8-001)和5’GGAAGUACGUGGAAAGCCAAUGAGUGUGUCCCG 3’(315-H9-001),其中具有序列5’GGAAGUACGUGGAAAGCCGAAAGUGUGUCCCG3’(315-F8-001)的中心核苷酸区段促成最佳的CXCL8结合性核酸与CXCL8的结合亲和力。
如图1和2所示,CXCL8结合性核酸的第一末端核苷酸区段和第二末端核苷酸区段含有6个核苷酸、5个核苷酸、4个核苷酸或3个核苷酸,其中这些区段任选地相互杂交,其中在杂交时形成双链结构。这种双链结构可以由6个、5个、4个或3个碱基对组成。然而,这种杂交不一定在分子中出现。
如图1所示,CXCL8结合性核酸315-H9-001、315-F11-001和315-F8-001中的第一核苷酸区段和第二核苷酸区段分别含有6个核苷酸:
a)CXCL8结合性核酸315-H9-001和315-F8-001-第一末端核苷酸区段包含5’GCUGAC3’的核苷酸序列,并且第二末端核苷酸区段包含5’GUCAGC3’的核苷酸序列;
b)CXCL8结合性核酸315-F11-001-第一末端核苷酸区段包含5’GCUGAC3’的核苷酸序列,并且第二末端核苷酸区段包含5’GUGAGC3’的核苷酸序列。
如图2所示,CXCL8结合性核酸中的第一核苷酸区段和第二核苷酸区段分别含有5个核苷酸、4个核苷酸或3个核苷酸:
a)CXCL8结合性核酸315-F8-002-第一末端核苷酸区段包含5’CUGAC3’的核苷酸序列,并且第二末端核苷酸区段包含5’GUCAG3’的核苷酸序列;
b)CXCL8结合性核酸315-F8-005-第一末端核苷酸区段包含5’GUGAC3’的核苷酸序列,并且第二末端核苷酸区段包含5’GUCAC3’的核苷酸序列;
c)CXCL8结合性核酸315-F8-003-第一末端核苷酸区段包含5’UGAC3’的核苷酸序列,并且第二末端核苷酸区段包含5’GUCA3’的核苷酸序列;
d)CXCL8结合性核酸315-F8-006-第一末端核苷酸区段包含5’GGAC3’的核苷酸序列,并且第二末端核苷酸区段包含5’GUCC3’的核苷酸序列;
e)CXCL8结合性核酸315-F8-007-第一末端核苷酸区段包含5’GCAC3’的核苷酸序列,并且第二末端核苷酸区段包含5’GUGC3’的核苷酸序列;
f)CXCL8结合性核酸315-F8-008-第一末端核苷酸区段包含5’GGUC3’的核苷酸序列,并且第二末端核苷酸区段包含5’GACC3’的核苷酸序列;
g)CXCL8结合性核酸315-F8-009-第一末端核苷酸区段包含5’UGGC3’的核苷酸序列,并且第二末端核苷酸区段包含5’GCCA3’的核苷酸序列;
h)CXCL8结合性核酸315-F8-004-第一末端核苷酸区段包含5’GAC3’的核苷酸序列,并且第二末端核苷酸区段包含5’GUC3’的核苷酸序列。
所有测试的CXCL8结合性核酸分子的第一末端核苷酸区段和第二末端核苷酸区段可以概括为以下第一末端核苷酸区段和第二末端核苷酸区段的通式:
第一末端核苷酸区段的通式为5’Z1Z2Z3Z4Z5C3’,且第二末端核苷酸区段的通式为5’GZ6Z7Z8Z9Z103’,其中Z1为G或不存在,Z2为S或不存在,Z3为K或不存在,Z4为S,Z5为D,Z6为H,Z7为S,Z8为M或不存在,Z9为S或不存在,并且Z10为C或不存在,
其中,在第一个优选的实施方案中
q)Z1为G,Z2为S,Z3为K,Z4为S,Z5为D,Z6为H,Z7为S,Z8为M,Z9为S,且Z10为C;或者
r)Z1为不存在,Z2为S,Z3为K,Z4为S,Z5为D,Z6为H,Z7为S,Z8为M,Z9为S,且Z10为不存在;或者
s)Z1为不存在,Z2为不存在,Z3为K,Z4为S,Z5为D,Z6为H,Z7为S,Z8为M,Z9为不存在,且Z10为不存在;或者
t)Z1为不存在,Z2为不存在,Z3为不存在,Z4为S,Z5为D,Z6为H,Z7为S,Z8为不存在,Z9为不存在,且Z10为不存在;或者
u)Z1为不存在,Z2为S,Z3为K,Z4为S,Z5为D,Z6为H,Z7为S,Z8为M,Z9为S,且Z10为C;或者
v)Z1为不存在,Z2为不存在,Z3为K,Z4为S,Z5为D,Z6为H,Z7为S,Z8为M,Z9为S,且Z10为C;或者
w)Z1为不存在,Z2为不存在,Z3为不存在,Z4为S,Z5为D,Z6为H,Z7为S,Z8为M,Z9为S,且Z10为C;或者
x)Z1为G,Z2为S,Z3为K,Z4为S,Z5为D,Z6为H,Z7为S,Z8为M,Z9为S,且Z10为不存在;或者
y)Z1为G,Z2为S,Z3为K,Z4为S,Z5为D,Z6为H,Z7为S,Z8为M,Z9为不存在,且Z10为不存在;或者
z)Z1为G,Z2为S,Z3为K,Z4为S,Z5为D,Z6为H,Z7为S,Z8为不存在,Z9为不存在,且Z10为不存在;或者
aa)Z1为不存在,Z2为S,Z3为K,Z4为S,Z5为D,Z6为H,Z7为S,Z8为M,Z9为不存在,且Z10为不存在;或者
bb)Z1为不存在,Z2为S,Z3为K,Z4为S,Z5为D,Z6为H,Z7为S,Z8为不存在,Z9为不存在,且Z10为不存在;或者
cc)Z1为不存在,Z2为不存在,Z3为K,Z4为S,Z5为D,Z6为H,Z7为S,Z8为M,Z9为S,且Z10为不存在;或者
dd)Z1为不存在,Z2为不存在,Z3为不存在,Z4为S,Z5为D,Z6为H,Z7为S,Z8为M,Z9为S,且Z10为不存在;或者
ee)Z1为不存在,Z2为不存在,Z3为K,Z4为S,Z5为D,Z6为H,Z7为S,Z8为不存在,Z9为不存在,且Z10为不存在;或者
ff)Z1为不存在,Z2为不存在,Z3为不存在,Z4为S,Z5为D,Z6为H,Z7为S,Z8为M,Z9为不存在,且Z10为不存在。
CXCL8结合性核酸具有最佳的与CXCL8的结合亲和力,这就意味着CXCL8结合性核酸具有与CXCL8最高的结合亲和力或者具有与CXCL8最小的解离常数Kd,这类核酸包含下列第一和第二末端核苷酸区段:
a)CXCL8结合性核酸315-H9-001和315-F8-001-第一末端核苷酸区段包含5’GCUGAC3’的核苷酸序列,并且第二末端核苷酸区段包含5’GUCAGC3’的核苷酸序列;
b)CXCL8结合性核酸315-F8-002-第一末端核苷酸区段包含5’CUGAC3’的核苷酸序列,并且第二末端核苷酸区段包含5’GUCAG3’的核苷酸序列;
c)CXCL8结合性核酸315-F8-005-第一末端核苷酸区段包含5’GUGAC3’的核苷酸序列,并且第二末端核苷酸区段包含5’GUCAC3’的核苷酸序列。
通过竞争性下拉(pull-down)结合测定法,测得CXCL8结合性核酸315-F8-001、315-H9-001和315-F11-001(包含具有6个核苷酸的末端区段)的Kd值处于1.5-12.5nM的范围(图1-3)。通过直接下拉测定法的形式,CXCL8结合性核酸315-F8-001显示出的Kd值为0.8nM。对于确定Kd值来说,表面等离子体共振测量法更加灵敏,利用这种方法测得CXCL8结合性核酸315-F8-001在25℃的Kd值为0.22nM,而在37℃的Kd值为0.68nM(图2)。
惊讶地发现,将第一末端区段从6个核苷酸截短至5个,并将第二末端区段从6个核苷酸截短至5个,对于与CXCL8的结合亲和力没有任何负面影响。通过竞争性下拉测定法,测得CXCL8结合性核酸315-F8-002的结合亲和力(Kd值为1.1nM,图2和3),并利用表面等离子体共振测量法测得其结合亲和力(25℃的Kd值为0.22nM,而37℃的Kd值为0.75nM,图2和4),这些Kd值处于CXCL8结合性核酸315-F8-001所确定的结合亲和力范围内(参见如上所述的315-F8-001的Kd值)。
尝试进一步截短和/或突变CXCL8结合性核酸315-F8-002的末端区段,从而得到了以下CXCL8结合性核酸315-F8-003、315-F8-004、315-F8-005、315-F8-006、315-F8-007、315-F8-008和315-F8-009,它们与CXCL8的结合亲和力降低(315-F8-003、315-F8-004、315-F8-006、315-F8-007、315-F8-008和315-F8-009)或类似(315-F8-005)(图2)。
作为5’-40kDa-PEG化的CXCL8结合性核酸315-F8-002的变体来说,CXCL8结合性核酸315-F8-002-PEG(也被称为AON-S08)通过表面等离子体共振测量法测得的在25℃的Kd值为0.2nM,在37℃的Kd值为0.8nM(图2和5)。
CXCL8是多种ELR阳性的人CXC趋化因子的其中之一。除了CXCL8,ELR阳性的人CXC趋化因子CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL5、CXCL6、CXCL7结合至CXCL8受体CXCR2,其中ELR阳性的人CXC趋化因子CXCL6和CXCL7也结合至CXCL8受体CXCR1。为了显示CXCL8结合性核酸315-F8-002结合特征的特异性和选择性,CXCL8结合性核酸315-F8-002与ELR阳性的人CXC趋化因子CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL5、CXCL6、CXCL7的结合亲和力通过SPR以竞争性结合测定法进行了测试(实施例4)。CXCL8结合性核酸315-F8-002显示出不与其它任何ELR阳性的人CXC趋化因子CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL5、CXCL6、CXCL7结合(图6)。
CXCL8结合性核酸315-F8-002-PEG抑制CXCL8诱导的表达CXCR2的BA/F3细胞的趋化作用,其均值抑制常数IC50为0.26nM(图7,实施例5)。
使用具有固定化的CXCL8结合性核酸315-F8-002的生物传感器来检测和定量CXCL8。其检测限(均值基线值+3倍的基线值的标准偏差)为<98pM CXCL8,且定量的下限(均值基线值+10倍的基线值的标准偏差)也是<98pM CXCL8(图8A,实施例6)。为了显示固定化的CXCL8结合性核酸315-F8-002的特异性,将不同的趋化因子(CCL5)用作分析物。浓度高达12.5nM时,未测得与CCL5的结合(图8B,实施例6)。
实施例2:D-适配体和L-适配体的合成
小规模固相合成
采用2'-TBDMS RNA亚磷酰胺化学(Damha和Ogilvie,1993),使用ABI394型合成仪(Applied Biosystems,Foster City,CA,USA),通过固相合成法来生成D-适配体(D-核酸)和L-适配体(L-核酸)。L-rA(N-Bz)-、L-rC(Ac)-、L-rG(N-ibu)-、L-rU-、D-rA(N-Bz)-、D-rC(Ac)-、D-rG(N-ibu)-和D-rU-亚磷酰胺购自ChemGenes,Wilmington,MA。D-适配体和L-适配体通过凝胶电泳进行纯化。
大规模固相合成
采用2'-TBDMS RNA和DNA亚磷酰胺化学(Damha和Ogilvie,1993),使用
Figure BDA0003060052420000701
型合成仪(Amersham Biosciences;General Electric Healthcare,Freiburg),通过固相合成法来生成L-适配体。L-rA(N-Bz)-、L-rC(Ac)-、L-rG(N-ibu)-和L-rU-购自ChemGenes,Wilmington,MA。5’-氨基-修饰剂购自American InternationalChemicals Inc.(Framingham,MA,USA)。未修饰的或5’-氨基-修饰的L-适配体的合成起始于L-riboA、L-riboC、L-riboG或L-riboU,经修饰的CPG孔径为1000A(Link Technology,Glasgow,UK。针对RNA亚磷酰胺的偶联(每个循环15分钟),使用了0.3M溶于乙腈的苄基硫四唑(CMS-Chemicals,Abingdon,UK)、以及2当量的相应0.2M溶于乙腈的亚磷酰胺溶液。使用了氧化-加帽循环。寡核苷酸合成所需的其它标准溶剂和试剂购自Biosolve(Valkenswaard,NL)。以DMT-ON的形式合成L-适配体;去保护后,使用SOURCE5RPC介质(Amersham)经由制备型RP-HPLC(Wincott等人1995)进行纯化。用80%乙酸去除5'DMT-基团(室温下30分钟)。在L-适配体经历5'-氨基化修饰的情况下,用80%乙酸洗脱5'MMT-基团(室温下90分钟)。随后,加入2M NaOAc的水溶液,并使用5K再生纤维素膜(Millipore,Bedford,MA)通过切向流过滤法对L-适配体进行脱盐。
L-适配体的PEG化
为了延长L-适配体在体内的血浆停留时间,在5’-端处将L-适配体与40kDa聚乙二醇(PEG)部分共价偶联。为了PEG化(PEG化方法的技术细节参见欧洲专利申请EP 1 306382),将纯化的5'-氨基修饰的L-适配体溶于以下混合物中,H2O(2.5ml)、DMF(5ml)和缓冲液A(5ml;通过混合柠檬酸·H2O[7g]、硼酸[3.54g]、磷酸[2.26ml]和1M NaOH[343ml],再加水至终体积1L而制备;用1M HCl调节pH=8.4)。
用1M NaOH使L-适配体溶液的pH值达到8.4。然后,在37℃以6份(每份0.25当量)每30分钟添加40kDa PEG-NHS酯(Jenkem Technology,Allen,TX,USA),直至最大产率达到75-85%。在添加PEG-NHS酯的过程中,用1M NaOH将反应混合物的pH值稳定在8–8.5。
将反应混合物与4ml尿素溶液(8M)和4ml缓冲液B(0.1M乙酸三乙基铵溶于水中)混合,再加热至95℃达15分钟。在乙腈梯度下(缓冲液B;缓冲液C:0.1M乙酸三乙基铵溶于乙腈),使用Source 15RPC介质(Amersham)通过RP-HPLC纯化PEG化的L-适配体。5%的缓冲液C洗脱过量的PEG,10–15%的缓冲液C洗脱PEG化的L-适配体。将纯度>95%(用HPLC评估)的产物级分合并,并与40ml 3M NaOAc混合。通过切向流过滤法对PEG化的L-适配体进行脱盐(5K再生纤维素膜,Millipore,Bedford MA)。
实施例3:下拉结合测定法
用于测定D-适配体结合常数的直接下拉测定法
直接下拉测定法用于确定D-适配体对于D-CXCL8(C-bio)(SEQ ID NO:1)的亲和力。为此目的,采用[γ-32P]-ATP(Hartmann Analytic,Braunschweig,Germany),通过T4多核苷酸激酶(Invitrogen,Karlsruhe,Germany)将D-适配体进行放射性标记。经标记的D-适配体的比放射性为110,000–300,000cpm/pmol。将经标记的D-适配体以0.2nM的浓度与不同量的D-CXCL8(C-bio)(浓度范围0.0192至300nM)在37℃一起在选择缓冲液(20mM Tris,pH7.4、150mM NaCl、5mM KCl、1mM MgCl2、1mM CaCl2、0.1%Tween20、100μg/ml无必需脂肪酸的牛血清白蛋白、200μg/ml酵母RNA)中孵育1.5–2小时。将D-CXCL8(C-bio)/D-适配体的复合物固定于在选择缓冲液中预平衡的NAag+珠(中性亲和素琼脂糖plus,PierceBiotechnology,Rockford,USA)上。分离上清液并进行适当的洗涤后,在闪烁计数器(LS6500;Beckman Coulter,Fullerton,USA)中对珠结合的放射性进行测量。将固定化的标记的D-适配体的量(结合百分数)对D-CXCL8(C-bio)的浓度作图,并假定1:1的化学计量通过使用软件算法(GRAFIT;Erithacus Software;Surrey U.K.)获得解离常数Kd。
对于CXCL8结合性适配体315-H9-001和315-F8-001,它们的Kd值通过直接下拉测定法而分别确定为1.7nM和0.8nM。
用于排序并确定D-适配体结合常数的竞争下拉测定法
竞争下拉测定法用于比较不同的D-CXCL8(C-bio)结合性D-适配体的亲和力。为此目的,将D-适配体参照物进行放射性标记(如上所述),并在37℃将其与D-CXCL8(C-bio)一起在选择缓冲液中孵育,这种孵育的条件使得在固定于NAag+珠并洗涤之后会产生非饱和性结合信号(例如3nM D-CXCL8(C-bio),0.15nM经标记D-适配体)。加入过量的未标记D-适配体与经标记D-适配体竞争结合D-CXCL8(C-bio),这会引起珠结合的,固定和洗涤后放射性的量的降低。信号降低的程度取决于未标记D-适配体的量和亲和力。竞争下拉测定法用于排序实验并确定选定的D-适配体的解离常数(Kd)。通过将结合于D-CXCL8(C-bio)的经标记D-适配体的分数(以%)对未标记竞争性D-适配体的浓度作图,确定解离常数Kd。使用GRAFIT进行数据分析。
下拉结合测定法的结果在实施例1中说明,并展示于图1、2和3中,其中使用了经标记的D-适配体,CXCL8结合性核酸315-F8-001。
实施例4:表面等离子体共振(SPR)结合测定法
在设定25℃或37℃的恒温的Biacore 2000仪器(GE Healthcare)上进行表面等离子体共振测量。通过胺偶联将蛋白固定于CM4传感器芯片(GE Healthcare)上。通过注入0.4M EDC(1-乙基-3-(3-二甲基氨基丙基)碳二亚胺;GE)和0.1M NHS(N-羟基琥珀酰亚胺;GE)的1:1混合物,对传感器芯片的表面进行活化。对于共价固定的肽或蛋白,观察到的最大应答为约500RU。用1M乙醇胺盐酸盐(GE,BR-1000-50)来封闭流动池。非共价结合的肽或蛋白也会被这种程序移除。具有未处理的右旋糖酐表面的流动池和具有经过乙醇胺封闭表面的流动池作为对照。在测量之前,将传感器芯片用脱气的生理运行缓冲液(20mM Tris pH7.4、150mM NaCl、5mM KCl、1mM MgCl2和1mM CaCl2)引发两次,并经受至少三个注入和再生(5M NaCl)的循环。
通过注入一系列浓度的L-适配体,即1000、500、250、125、62.5、31.3、15.6、7.8、3.9、1.95、0.98、0.49、0.24、0.12、0.06nM,并记录结合事件的结合阶段和解离阶段,来测量其结合亲和力。将所得的结合曲线拟合成Langmuir化学计量1:1的结合模型,以确定结合动力学速率常数(结合常数ka;解离常数kd),用于计算解离常数(Kd=kd/ka)。使用BIAevaluation 3.1.1软件(BIACORE AB,Uppsala,Sweden)进行数据分析,其具有恒定的折射率(RI)值,初始传质系数kt为1x 10e7(RU·M-1s-1)。
通过竞争性结合测定法,评估L-适配体结合的选择性。为此目的,将人趋化因子CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL5、CXCL6、CXCL7和CXCL8(购自RnD Systems,PeproTech或ProSpecTech)以40nM各自与CXCL8结合性核酸315-F8-002的L-适配体(0.25nM)一起注入,来与固定化的CXCL8竞争性结合L-适配体。作为对照,在不存在L-适配体的情况下注入趋化因子来监测与传感器芯片的右旋糖酐基质和/或固定化CXCL8的结合。在预定的报告点,注射后240秒,记录315-F8-002与固定化CXCL8的结合。将选定的趋化因子固定,并且确定了CXCL8结合性核酸315-F8-002的L-适配体的结合亲和力(如上所述)。
SPR结合测定法的结果在实施例1中说明,并展示在图2、4、5和6中。
实施例5:体外药理学-趋化性测定法
使用编码人CXCR2的质粒稳定转染BA/F3小鼠原B细胞系。对于趋化性测定法,在37℃,在具有5um孔的Corning 96孔Transwell板(Costar Corning,NY)的下方室中,将重组CXCL8(0.5nM)与指定浓度的CXCL8结合性核酸315-F8-002-PEG的L-适配体在HBH缓冲液(Hanks缓冲盐溶液(HBSS)+1mg/ml BSA+20mM HEPES)中预孵育20-30分钟。将HBH缓冲液中的CXCR2+细胞加入上方室,使其在37℃能迁移3小时。移除上方室之后,将溶于PBS的50μM刃天青(resazurin)(Sigma-Aldrich)加入下方室,并在37℃孵育2.5小时。在590nm(激发波长544nm)处测量荧光。背景校正且标准化的荧光值对L-适配体的浓度作图。使用Prism 5软件(GraphPad Software,San Diego,CA),通过非线性回归(4参数拟合)来确定抑制常数IC50值(半数最大抑制时所需的L-适配体浓度)。
趋化性测定法的结果在实施例1中说明,并展示在图7中。
实施例6:CXCL8生物传感器
制备包被有叠氮化物封端的碳纳米膜的SPR-传感器芯片,并将CXCL8结合性L-适配体315-F8-002-DBCO(315-F8-002-氨基的经DBCO修饰的变体)以20μM的浓度(溶于2MNaCl)固定于市售Biacore系统的流动池上(至约1000RU)。作为参照,将非功能性L-适配体(DBCO修饰的反向315-F8-002-氨基)以类似的量固定于另一个流动池。通过固定DBCO修饰的线性甲氧基封端的聚乙二醇(MW:5kDa),对表面进行钝化处理。注入一系列浓度的分析物CXCL8并掺入添加有0.1%(w/v)吐温20的标准样品缓冲液(Universal Transport Mediumfrom Copan),其表现出剂量依赖性的信号增加。测量温度设为25℃,流速为30μL/min,运行缓冲液为测量缓冲液(20mM Tris pH7.4、150mM NaCl、5mM KCl、1mM MgCl2、1mM CaCl2、0.1%(w/v)Tween20)。允许分析物结合10分钟,然后在测量缓冲液中的解离时间为2.5分钟。解离阶段结束时的信号减去参照流动池的信号来修正。
CXCL8生物传感器的结果在实施例1中说明,并展示在图8中。
实施例7:采用SPR结合测定法比较与可溶性趋化因子的结合
适配体的抑制活性取决于与其靶标在溶液中结合的能力。这里使用竞争性SPR结合分析法来测定根据本发明所述的CXCL8结合性核酸315F8 002的L适配体和之前公布的适配体8A-35(参见Sung,Biomaterials 2014)与可溶性CXCL8和CXCL1的结合。为此目的,按照实施例4中所述的操作来进行SPR测定,即通过胺偶联法将CXCL8固定到C1传感器芯片(GEHealthcare)上。315F8 002(3nM)或8A-35(1.6nM)与固定化CXCL8的结合产生的结合产生大约为20个应答单位的结合应答。在8A-35的结合测定中,使用1M的CaCl2溶液对传感器芯片进行再生处理。为了评估这两种适配体与其靶标在溶液中的结合,将可溶性CXCL8以等摩尔浓度(比值为1:1)或5倍过量浓度(比值为1:5)伴随注入,使其与固定化CXCL8竞争性结合适配体。将与可溶性CXCL1的结合作为对照。所有的测定均在37℃进行。注射后240秒记录与固定化CXCL8的结合应答。
315-F8-002对固定化CXCL8的结合完全被等摩尔浓度的可溶性CXCL8阻断(>90%)(图9A)。相反,8A35的结合仅是被等摩尔浓度的(约30%)和5倍过量浓度的(约45%)可溶性CXCL8部分阻断(图9B)。这就表明,与8A-35相比,315-F8-002具有对可溶性CXCL8更高的结合亲和力。对可溶性CXCL8的结合亲和力的降低可以解释8A-35在CXCL8诱导的嗜中性粒细胞迁移测定中观察到的弱抑制活性(Sung,Biomaterials 2014)。
由于315-F8-002显示出对其它ELR阳性的趋化因子没有交叉反应性,因此将可溶性CXCL1用作对照(图6)。与此一致,315-F8-002的结合没有被可溶性CXCL1阻断(图9A)。出乎意料的是,8A-35的结合被可溶性CXCL1阻断,与被可溶性CXCL8阻断的效力相似(在等摩尔浓度时约25%,且在5倍过量浓度时约35%)(图9B)。这表明,与315-F8-002相反,8A-35在溶液中并不是选择性结合和如预期那样抑制CXCL8。
参考文献
如果没有相反的指明,本文所引述的文件的完整著录数据如下,其中的公开内容通过引用的方式并入本文。
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推动此申请的本项目接受了来自欧盟Horizon 2020研究与创新规划的资助,项目拨款协议No 634415。
序列表
<110> Aptarion biotech AG
<120> CXCL8结合性核酸
<130> A 10064 PCT
<150> EP 18 205 750.5
<151> 2018-11-12
<160> 45
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 77
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成
<220>
<221> MISC_FEATURE
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<223> D-氨基酸
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (77)..(77)
<223> 生物素附接的
<400> 1
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1 5 10 15
Thr Tyr Ser Lys Pro Phe His Pro Lys Phe Ile Lys Glu Leu Arg Val
20 25 30
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35 40 45
Ser Asp Gly Arg Glu Leu Cys Leu Asp Pro Lys Glu Asn Trp Val Gln
50 55 60
Arg Val Val Glu Lys Phe Leu Lys Arg Ala Glu Asn Ser
65 70 75
<210> 2
<211> 77
<212> PRT
<213> 人
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (1)..(77)
<223> CXCL8
<400> 2
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1 5 10 15
Thr Tyr Ser Lys Pro Phe His Pro Lys Phe Ile Lys Glu Leu Arg Val
20 25 30
Ile Glu Ser Gly Pro His Cys Ala Asn Thr Glu Ile Ile Val Lys Leu
35 40 45
Ser Asp Gly Arg Glu Leu Cys Leu Asp Pro Lys Glu Asn Trp Val Gln
50 55 60
Arg Val Val Glu Lys Phe Leu Lys Arg Ala Glu Asn Ser
65 70 75
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<220>
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<210> 4
<211> 45
<212> RNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Syntetic
<400> 4
gcugacggaa guacguggaa agccgaugag ugugucccgg ugagc 45
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<220>
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gcugacggaa guacguggaa agccgaaagu gugucccggu cagc 44
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gcacggaagu acguggaaag ccgaaagugu gucccggugc 40
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ggucggaagu acguggaaag ccgaaagugu gucccggacc 40
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uggcggaagu acguggaaag ccgaaagugu gucccggcca 40
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gcugacggaa guacguggaa agccaaugag ugugucccgg ucagc 45
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gcugacggaa guacguggaa agccgaugag ugugucccgg ugagc 45
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cugacggaag uacguggaaa gccgaaagug ugucccgguc ag 42
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ugacggaagu acguggaaag ccgaaagugu gucccgguca 40
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gacggaagua cguggaaagc cgaaagugug ucccgguc 38
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<212> RNA
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gugacggaag uacguggaaa gccgaaagug ugucccgguc ac 42
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<212> RNA
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<223> 合成
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ggacggaagu acguggaaag ccgaaagugu gucccggucc 40
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gcacggaagu acguggaaag ccgaaagugu gucccggugc 40
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<212> RNA
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<220>
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uggcggaagu acguggaaag ccgaaagugu gucccggcca 40
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<220>
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<220>
<221> misc_feature
<223> PEG经由氨基己基连接至5'端
<400> 25
cugacggaag uacguggaaa gccgaaagug ugucccgguc ag 42
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<212> RNA
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<220>
<223> 合成
<220>
<221> misc_feature
<223> 氨基己基接头附接于5'端
<400> 26
cugacggaag uacguggaaa gccgaaagug ugucccgguc ag 42
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<220>
<221> misc_feature
<222> (21)..(21)
<223> U是U或不存在
<400> 27
ggaaguacgu ggaaagccra uraguguguc ccg 33
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<220>
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ggaaguacgu ggaaagccga ugaguguguc ccg 33
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<212> RNA
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<220>
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ggaaguacgu ggaaagccga aagugugucc cg 32
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<212> RNA
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<220>
<223> 合成
<400> 31
gacuggcccu gugugaaagc cgaaaggugc augaaggcag uc 42
<210> 32
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65 70
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<221> MISC_FEATURE
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Ala Pro Leu Ala Thr Glu Leu Arg Cys Gln Cys Leu Gln Thr Leu Gln
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Gly Ile His Leu Lys Asn Ile Gln Ser Val Lys Val Lys Ser Pro Gly
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Pro His Cys Ala Gln Thr Glu Val Ile Ala Thr Leu Lys Asn Gly Gln
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Lys Ala Cys Leu Asn Pro Ala Ser Pro Met Val Lys Lys Ile Ile Glu
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Lys Met Leu Lys Asn Gly Lys Ser Asn
65 70
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<221> MISC_FEATURE
<222> (1)..(73)
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Ala Ser Val Val Thr Glu Leu Arg Cys Gln Cys Leu Gln Thr Leu Gln
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Gly Ile His Leu Lys Asn Ile Gln Ser Val Asn Val Arg Ser Pro Gly
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Pro His Cys Ala Gln Thr Glu Val Ile Ala Thr Leu Lys Asn Gly Lys
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Lys Ala Cys Leu Asn Pro Ala Ser Pro Met Val Gln Lys Ile Ile Glu
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<221> MISC_FEATURE
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Lys Asn Gly Lys Glu Ile Cys Leu Asp Pro Glu Ala Pro Phe Leu Lys
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Lys Val Ile Gln Lys Ile Leu Asp Gly Gly Asn Lys Glu Asn
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<210> 36
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<212> PRT
<213> 人
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (1)..(77)
<223> CXCL6
<400> 36
Gly Pro Val Ser Ala Val Leu Thr Glu Leu Arg Cys Thr Cys Leu Arg
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Pro Ala Gly Pro Gln Cys Ser Lys Val Glu Val Val Ala Ser Leu Lys
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Asn Gly Lys Gln Val Cys Leu Asp Pro Glu Ala Pro Phe Leu Lys Lys
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<223> CXCL7
<400> 37
Ser Ser Thr Lys Gly Gln Thr Lys Arg Asn Leu Ala Lys Gly Lys Glu
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Glu Ser Leu Asp Ser Asp Leu Tyr Ala Glu Leu Arg Cys Met Cys Ile
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Ile Gly Lys Gly Thr His Cys Asn Gln Val Glu Val Ile Ala Thr Leu
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Lys Asp Gly Arg Lys Ile Cys Leu Asp Pro Asp Ala Pro Arg Ile Lys
65 70 75 80
Lys Ile Val Gln Lys Lys Leu Ala Gly Asp Glu Ser Ala Asp
85 90
<210> 38
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<213> 人
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (1)..(68)
<223> CCL5
<400> 38
Ser Pro Tyr Ser Ser Asp Thr Thr Pro Cys Cys Phe Ala Tyr Ile Ala
1 5 10 15
Arg Pro Leu Pro Arg Ala His Ile Lys Glu Tyr Phe Tyr Thr Ser Gly
20 25 30
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Val Cys Ala Asn Pro Glu Lys Lys Trp Val Arg Glu Tyr Ile Asn Ser
50 55 60
Leu Glu Met Ser
65
<210> 39
<211> 42
<212> RNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成
<220>
<221> misc_feature
<222> (42)..(42)
<223> PEG经由氨基己基接头附接
<400> 39
cugacggaag uacguggaaa gccgaaagug ugucccgguc ag 42
<210> 40
<211> 42
<212> RNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成
<220>
<221> misc_feature
<222> (42)..(42)
<223> 氨基己基接头附接的
<400> 40
cugacggaag uacguggaaa gccgaaagug ugucccgguc ag 42
<210> 41
<211> 42
<212> RNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)..(1)
<223> PEG经由氨基己基接头附接
<400> 41
gugacggaag uacguggaaa gccgaaagug ugucccgguc ac 42
<210> 42
<211> 42
<212> RNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)..(1)
<223> 氨基己基接头附接的
<400> 42
gugacggaag uacguggaaa gccgaaagug ugucccgguc ac 42
<210> 43
<211> 42
<212> RNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成
<220>
<221> misc_feature
<222> (42)..(42)
<223> PEG经由氨基己基接头附接
<400> 43
gugacggaag uacguggaaa gccgaaagug ugucccgguc ac 42
<210> 44
<211> 42
<212> RNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成
<220>
<221> misc_feature
<222> (42)..(42)
<223> 氨基己基接头
<400> 44
gugacggaag uacguggaaa gccgaaagug ugucccgguc ac 42
<210> 45
<211> 35
<212> RNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成
<220>
<221> misc_feature
<223> 所有C为2' 氟-C
<220>
<221> misc_feature
<223> 所有U为2'氟-U
<400> 45
gggggcuuau cauuccauuu aguguuauga uaacc 35

Claims (103)

1.能够结合人CXCL8的L-核酸分子,其中所述L-核酸分子包含中心核苷酸区段,其中所述中心核苷酸区段包含以下核苷酸序列:
5’-GGAAGUACGUGGAAAGCCRA(XU)RAGUGUGUCCCG-3’[SEQ.ID.NO:27],其中XU为U或不存在。
2.权利要求1的L-核酸分子,其中所述中心核苷酸区段包含选自下组的核苷酸序列:
d)5’GGAAGUACGUGGAAAGCCAAUGAGUGUGUCCCG 3’[SEQ.ID.NO:28]、
e)5’GGAAGUACGUGGAAAGCCGAUGAGUGUGUCCCG 3’[SEQ.ID.NO:29]和
f)5’GGAAGUACGUGGAAAGCCGAAAGUGUGUCCCG 3’[SEQ.ID.NO:30]。
3.权利要求2的L-核酸分子,其中所述中心核苷酸区段包含以下核苷酸序列:
5’GGAAGUACGUGGAAAGCCGAAAGUGUGUCCCG 3’[SEQ.ID.NO:30]或5’GGAAGUACGUGGAAAGCCAAUGAGUGUGUCCCG 3’[SEQ.ID.NO:28],优选5’GGAAGUACGUGGAAAGCCGAAAGUGUGUCCCG 3’[SEQ.ID.NO:30]。
4.权利要求1至3中任一项的L-核酸分子,其中所述L-核酸分子以5’->3’方向包含第一末端核苷酸区段、所述中心核苷酸区段和第二末端核苷酸区段,其中
所述第一末端核苷酸区段包含3至6个核苷酸,并且所述第二末端核苷酸区段包含3至6个核苷酸,
其中优选地,
所述第一末端核苷酸区段包含5至6个核苷酸,并且所述第二末端核苷酸区段包含5至6个核苷酸,
其中更优选地,
所述第一末端核苷酸区段包含5个核苷酸,并且所述第二末端核苷酸区段包含5个核苷酸。
5.权利要求4的L-核酸分子,其中所述第一末端核苷酸区段包含5’Z1Z2Z3Z4Z5C 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸区段包含5’GZ6Z7Z8Z9Z10 3’的核苷酸序列,
其中,
Z1为G或不存在,Z2为S或不存在,Z3为K或不存在,Z4为S,Z5为D,Z6为H,Z7为S,Z8为M或不存在,Z9为S或不存在,且Z10为C或不存在;其中优选地,
gg)Z1为G,Z2为S,Z3为K,Z4为S,Z5为D,Z6为H,Z7为S,Z8为M,Z9为S,且Z10为C;或者
hh)Z1为不存在,Z2为S,Z3为K,Z4为S,Z5为D,Z6为H,Z7为S,Z8为M,Z9为S,且Z10为不存在;或者
ii)Z1为不存在,Z2为不存在,Z3为K,Z4为S,Z5为D,Z6为H,Z7为S,Z8为M,Z9为不存在,且Z10为不存在;或者
jj)Z1为不存在,Z2为不存在,Z3为不存在,Z4为S,Z5为D,Z6为H,Z7为S,Z8为不存在,Z9为不存在,且Z10为不存在;或者
kk)Z1为不存在,Z2为S,Z3为K,Z4为S,Z5为D,Z6为H,Z7为S,Z8为M,Z9为S,且Z10为C;或者
ll)Z1为不存在,Z2为不存在,Z3为K,Z4为S,Z5为D,Z6为H,Z7为S,Z8为M,Z9为S,且Z10为C;或者
mm)Z1为不存在,Z2为不存在,Z3为不存在,Z4为S,Z5为D,Z6为H,Z7为S,Z8为M,Z9为S,且Z10为C;或者
nn)Z1为G,Z2为S,Z3为K,Z4为S,Z5为D,Z6为H,Z7为S,Z8为M,Z9为S,且Z10为不存在;或者
oo)Z1为G,Z2为S,Z3为K,Z4为S,Z5为D,Z6为H,Z7为S,Z8为M,Z9为不存在,且Z10为不存在;或者
pp)Z1为G,Z2为S,Z3为K,Z4为S,Z5为D,Z6为H,Z7为S,Z8为不存在,Z9为不存在,且Z10为不存在;或者
qq)Z1为不存在,Z2为S,Z3为K,Z4为S,Z5为D,Z6为H,Z7为S,Z8为M,Z9为不存在,且Z10为不存在;或者
rr)Z1为不存在,Z2为S,Z3为K,Z4为S,Z5为D,Z6为H,Z7为S,Z8为不存在,Z9为不存在,且Z10为不存在;或者
ss)Z1为不存在,Z2为不存在,Z3为K,Z4为S,Z5为D,Z6为H,Z7为S,Z8为M,Z9为S,且Z10为不存在;或者
tt)Z1为不存在,Z2为不存在,Z3为不存在,Z4为S,Z5为D,Z6为H,Z7为S,Z8为M,Z9为S,且Z10为不存在;或者
uu)Z1为不存在,Z2为不存在,Z3为K,Z4为S,Z5为D,Z6为H,Z7为S,Z8为不存在,Z9为不存在,且Z10为不存在;或者
vv)Z1为不存在,Z2为不存在,Z3为不存在,Z4为S,Z5为D,Z6为H,Z7为S,Z8为M,Z9为不存在,且Z10为不存在。
6.权利要求4至5中任一项的L-核酸分子,其中
a)所述第一末端核苷酸区段包含5’CUGAC 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸区段包含5’GUCAG 3’的核苷酸序列;
b)所述第一末端核苷酸区段包含5’GCUGAC 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸区段包含5’GUCAGC 3’的核苷酸序列;或者
c)所述第一末端核苷酸区段包含5’GCUGAC 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸区段包含5’GUGAGC 3’的核苷酸序列;
d)所述第一末端核苷酸区段包含5’GUGAC 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸区段包含5’GUCAC 3’的核苷酸序列;
e)所述第一末端核苷酸区段包含5’UGAC 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸区段包含5’GUCA 3’的核苷酸序列;
f)所述第一末端核苷酸区段包含5’GGAC 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸区段包含5’GUCC 3’的核苷酸序列;
g)所述第一末端核苷酸区段包含5’GCAC 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸区段包含5’GUGC 3’的核苷酸序列;
h)所述第一末端核苷酸区段包含5’GGUC 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸区段包含5’GACC 3’的核苷酸序列;
i)所述第一末端核苷酸区段包含5’UGGC 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸区段包含5’GCCA 3’的核苷酸序列;
j)所述第一末端核苷酸区段包含5’GAC 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸区段包含5’GUC 3’的核苷酸序列;
其中优选地,
所述第一末端核苷酸区段包含5’CUGAC 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸区段包含5’GUCAG 3’的核苷酸序列;
或者
所述第一末端核苷酸区段包含5’GCUGAC 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸区段包含5’GUCAGC 3’的核苷酸序列;
或者
所述第一末端核苷酸区段包含5’GUGAC 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸区段包含5’GUCAC 3’的核苷酸序列;
其中更优选地,
所述第一末端核苷酸区段包含5’CUGAC 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸区段包含5’GUCAG 3’的核苷酸序列;
或者
所述第一末端核苷酸区段包含5’GUGAC 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸区段包含5’GUCAC 3’的核苷酸序列。
7.权利要求1至6中任一项的L-核酸分子,其中所述L-核酸分子包含40至45个核苷酸,优选42至45个核苷酸,更优选42个核苷酸。
8.权利要求1至7中任一项的L-核酸分子,其中所述L-核酸分子由核糖核苷酸组成。
9.权利要求1至8中任一项的L-核酸分子,其中所述L-核酸分子包含选自下组的核苷酸序列:SEQ.ID.No:14至26和SEQ.ID.No:39至44,或者所述L-核酸分子包含与含有选自下组的核苷酸序列的L-核酸分子具有至少75%同一性的L-核酸分子:SEQ.ID.No:14至26和SEQ.ID.No:39至44,或者所述L-核酸分子包含与含有选自下组的核苷酸序列的L-核酸分子同源的L-核酸分子:SEQ.ID.No:14至26和SEQ.ID.No:39至44,其中同源性至少为75%。
10.权利要求9的L-核酸分子,其中所述L-核酸分子包含选自下组的核苷酸序列:SEQ.ID.NO:16、SEQ.ID.NO:17、SEQ.ID.NO:25、SEQ.ID.NO:26、SEQ.ID.NO:39、SEQ.ID.NO:40、SEQ.ID.NO:20和SEQ.ID.No:41至44,或者所述L-核酸分子包含与含有选自下组的核苷酸序列的L-核酸分子具有至少75%同一性的L-核酸分子:SEQ.ID.NO:16、SEQ.ID.NO:17、SEQ.ID.NO:25、SEQ.ID.NO:26、SEQ.ID.NO:39、SEQ.ID.NO:40、SEQ.ID.NO:20和SEQ.ID.No:41至44,或者所述L-核酸分子包含与含有选自下组的核苷酸序列的L-核酸分子同源的L-核酸分子:SEQ.ID.NO:16、SEQ.ID.NO:17、SEQ.ID.NO:25、SEQ.ID.NO:26、SEQ.ID.NO:39、SEQ.ID.NO:40、SEQ.ID.NO:20和SEQ.ID.No:41至44,其中同源性至少为75%。
11.权利要求1至10中任一项的L-核酸分子,其中所述L-核酸分子能够结合CXCL8,其中优选地CXCL8为人CXCL8、猴CXCL8、兔CXCL8、猪CXCL8、犬CXCL8、绵羊CXCL8或豚鼠CXCL8。
12.权利要求1至11中任一项的L-核酸分子,其中所述L-核酸分子能够特异性结合CXCL8,优选人CXCL8、猴CXCL8、兔CXCL8、猪CXCL8、犬CXCL8、绵羊CXCL8或豚鼠CXCL8,更优选人CXCL8。
13.权利要求1至12中任一项的L-核酸分子,其中所述L-核酸分子不结合或不能结合不同于CXCL8的ELR阳性CXC趋化因子,其中所述不同于CXCL8的ELR阳性CXC趋化因子优选地选自由CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL5、CXCL6和CXCL7组成的组。
14.权利要求13的L-核酸分子,其中所述L-核酸分子不结合或不能结合不同于人CXCL8的ELR阳性人CXC趋化因子,其中所述不同于人CXCL8的ELR阳性人CXC趋化因子优选地选自由人CXCL1、人CXCL2、人CXCL3、人CXCL5、人CXCL6和人CXCL7组成的组。
15.权利要求1至14中任一项的L-核酸分子,其中所述L-核酸分子与人CXCL8的结合亲和力以KD表示为10nM或更低,优选为1nM或更低,更优选为100pM或更低,且最优选为30pM或更低。
16.权利要求1至15中任一项的L-核酸分子,其中所述L-核酸分子与人CXCL8的结合亲和力以IC50表示为10nM或更低,优选为1nM或更低,更优选为100pM或更低,且最优选为30pM或更低。
17.权利要求1至16中任一项的L-核酸分子,其中所述L-核酸分子与不同于CXCL8的ELR阳性CXC趋化因子的结合亲和力以KD表示为100nM或更高,优选为500nM或更高,且更优选为1000nM或更高。
18.权利要求1至17中任一项的L-核酸分子,其中所述L-核酸分子与不同于CXCL8的ELR阳性CXC趋化因子的结合亲和力以IC50表示为100nM或更高,优选为500nM或更高,且更优选为1000nM或更高。
19.权利要求1至18中任一项的L-核酸分子,其中所述L-核酸分子与人CXCL8的结合亲和力以KD表示为10nM或更低,优选为1nM或更低,更优选为100pM或更低,且最优选为30pM或更低,其中所述L-核酸分子与不同于CXCL8的ELR阳性CXC趋化因子的结合亲和力以KD表示为100nM或更高,优选为500nM或更高,且更优选为1000nM或更高,
和/或
所述L-核酸分子与人CXCL8的结合亲和力以IC50表示为10nM或更低,优选为1nM或更低,更优选为100pM或更低,且最优选为30pM或更低,其中所述L-核酸分子与不同于CXCL8的ELR阳性CXC趋化因子的结合亲和力以IC50表示为100nM或更高,优选为500nM或更高,且更优选为1000nM或更高。
20.权利要求15至19中任一项的L-核酸分子,其中所述结合亲和力在室温测定,优选在25℃测定。
21.权利要求15至19中任一项的L-核酸分子,其中所述结合亲和力在37℃测定。
22.权利要求1至21中任一项的L-核酸分子,其中所述L-核酸分子为CXCL8所介导的活性的拮抗剂,所述CXCL8优选为人CXCL8、猴CXCL8、兔CXCL8、猪CXCL8、犬CXCL8、绵羊CXCL8或豚鼠CXCL8,更优选为人CXCL8。
23.权利要求22的L-核酸分子,其中所述L-核酸分子不是不同于人CXCL8的ELR阳性人CXC趋化因子的拮抗剂,或不能拮抗由不同于CXCL8的ELR阳性CXC趋化因子介导的活性,其中所述不同于CXCL8的ELR阳性CXC趋化因子优选地选自由CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL5、CXCL6和CXCL7组成的组。
24.权利要求23的L-核酸分子,其中所述L-核酸分子不是不同于人CXCL8的ELR阳性人CXC趋化因子的拮抗剂,或不能拮抗由不同于人CXCL8的ELR阳性人CXC趋化因子介导的活性,其中所述不同于人CXCL8的ELR阳性人CXC趋化因子优选地选自由人CXCL1、人CXCL2、人CXCL3、人CXCL5、人CXCL6和人CXCL7组成的组。
25.权利要求22至24中任一项的L-核酸分子,其中所述L-核酸分子对由人CXCR1和/或CXCR2介导活性的拮抗活性以IC50表示为10nM或更低,优选为1nM或更低,更优选为100pM或更低,且最优选为30pM或更低。
26.权利要求22至25中任一项的L-核酸分子,其中所述L-核酸分子对人CXCL8介导活性的拮抗活性是在37℃测定的。
27.权利要求1至26中任一项的L-核酸分子,其中所述L-核酸分子包含修饰基团。
28.权利要求27的L-核酸分子,其中所述修饰基团偶联至所述L-核酸分子的5’末端核苷酸和/或3’末端核苷酸,和/或偶联至所述L-核酸分子的5’末端核苷酸和所述L-核酸分子的3’末端核苷酸之间的L-核酸分子的核苷酸处。
29.权利要求27和28中任一项的L-核酸分子,其中所述修饰基团经由接头偶联至所述L-核酸分子。
30.权利要求29的L-核酸分子,其中所述接头为亲水性接头,优选地,所述亲水性接头包含一个或多个乙二醇单元,更优选地,所述亲水性接头包含三乙二醇、六乙二醇或聚乙二醇。
31.权利要求29的L-核酸分子,其中所述接头为可生物降解的接头。
32.权利要求27至31中任一项的L-核酸分子,其中包含所述修饰基团的L-核酸分子从生物体中的排泄率相比于不含所述修饰基团的L-核酸分子排泄率而言降低。
33.权利要求27至31中任一项的L-核酸分子,其中包含所述修饰基团的L-核酸分子在生物体中具有的保留时间比不包含所述修饰基团的L-核酸分子在生物体中具有的保留时间更长。
34.权利要求32至33中任一项的L-核酸分子,其中所述生物体为人体或动物体,优选人体。
35.权利要求27和34中任一项的L-核酸分子,其中所述修饰基团选自包含可生物降解的修饰和不可生物降解的修饰的组,优选地所述修饰基团选自包含以下的组:聚乙二醇、线性聚乙二醇、支化聚乙二醇、羟乙基淀粉、肽、蛋白质、多糖、固醇、聚氧丙烯、聚氧酰胺化物和聚(2-羟乙基)-L-谷氨酰胺。
36.权利要求35的L-核酸分子,其中所述修饰基团为聚乙二醇,优选线性聚乙二醇或支化聚乙二醇,其中优选地,聚乙二醇的分子量为约20,000至约120,000Da,更优选地为约30,000至约80,000Da,且最优选为约40,000Da。
37.权利要求36的L-核酸分子,其中聚乙二醇的分子量为约20,000至约120,000Da,优选为约30,000至约80,000Da,且更优选为约40,000Da。
38.权利要求35的L-核酸分子,其中所述修饰基团为羟乙基淀粉,其中优选地,所述羟乙基淀粉的分子量为约50至约1000kDa,更优选地为约100至约700kDa,且最优选为200至500kDa。
39.权利要求27至31中任一项的L-核酸分子,其中所述修饰基团用于所述L-核酸分子的固定。
40.权利要求39的L-核酸分子,其中所述固定包括所述L-核酸分子共价连接于表面,其中优选地,所述表面为反应容器的表面、反应容器中装置的表面或生物传感器的表面。
41.权利要求39的L-核酸分子,其中所述固定包括所述L-核酸分子非共价连接于表面,其中优选地,所述表面为反应容器的表面、反应容器中装置的表面或生物传感器的表面。
42.权利要求39至41中任一项的L-核酸分子,其中所述修饰基团选自包含以下的组:羧基、羟基、磷脂酰基、磺酸酯、胺、硫醇、环氧化物、炔、应变环炔(strained cycloalkyne)、马来酰亚胺、叠氮化物、酰肼,其中优选地,应变环炔选自包含以下的组:二苯并环辛基(DBCO)、双环[6.1.0]壬-4-炔(BCN)和氮杂二苯并环辛炔(ADIBO)。
43.权利要求42的L-核酸分子,其中所述修饰基团为应变环炔,优选为二苯并环辛基(DBCO)。
44.权利要求41的L-核酸分子,其中所述修饰基团为生物素、溴脱氧尿苷、洋地黄毒苷或寡核苷酸,优选地,所述修饰基团为生物素。
45.权利要求27至31中任一项的L-核酸分子,其中所述修饰基团允许对所述L-核酸分子进行检测,优选地,所述修饰基团为标记物。
46.权利要求45中的L-核酸分子,其中所述标记物选自包含以下的组:生物素、溴脱氧尿苷、洋地黄毒苷、寡核苷酸、荧光标记物、电化学发光标记物、放射性标记物、酶标记物、UV标记物、胶体金、纳米颗粒和螯合剂分子标记物。
47.权利要求1至46中任一项的L-核酸分子,其用于治疗和/或预防疾病的方法中。
48.根据权利要求47的用途的L-核酸分子,其中所述疾病与CXCL8介导的发病机制有关,和/或选自包含炎症性疾病和癌症的组,其中优选地,所述炎症性疾病为呼吸系统的炎症性疾病、皮肤的炎症性疾病、自身免疫性疾病、炎症性神经疾病、缺血性疾病、动脉粥样硬化、胰岛移植排斥、器官移植排斥、器官功能延迟、脊髓损伤或膀胱炎。
49.权利要求1至47中任一项的L-核酸分子,其用于检测CXCL8的方法中。
50.权利要求1至47中任一项的L-核酸分子,其用于制备检测手段或生物传感器。
51.一种药物组合物,其包含权利要求1至50中任一项所定义的L-核酸分子的以及任选地另外的组分,其中所述另外的组分选自包含药学上可接受的赋形剂、药学上可接受的载体和药学活性剂的组。
52.权利要求51的药物组合物,其中所述药物组合物包含权利要求1至50中任一项所定义的L-核酸分子和药学上可接受的载体。
53.权利要求1至50中任一项的L-核酸分子在制备药物中的用途。
54.权利要求53的用途,其中所述药物用于人类医学或用于兽医医学。
55.权利要求54的用途,其中所述药物用于治疗和/或预防与CXCL8介导的发病机制有关的疾病,和/或选自包含炎症性疾病和癌症的组的疾病,其中优选地,所述炎症性疾病为呼吸系统的炎症性疾病、皮肤的炎症性疾病、自身免疫性疾病、炎症性神经疾病、缺血性疾病、动脉粥样硬化、胰岛移植排斥、器官移植排斥、器官功能延迟、脊髓损伤或膀胱炎。
56.权利要求1至50中任一项的L-核酸分子用于制备诊断剂、诊断手段或生物传感器中的用途。
57.权利要求56的用途,其中所述诊断剂或诊断手段具有在反应容器上的表面或在反应容器中装置上的表面。
58.权利要求56的用途,其中所述生物传感器具有表面。
59.权利要求56至58中任一项的用途,其中所述诊断剂、诊断手段或生物传感器适用于直接或间接检测CXCL8,优选人CXCL8。
60.权利要求56至57中任一项的用途,其中CXCL8在夹心结合测定法或在竞争结合测定法中通过直接结合进行检测。
61.权利要求60的用途,其中直接结合包括仅使用权利要求1至50中任一项的L-核酸分子并且不使用或不涉及使用不同于权利要求1至50中任一项的L-核酸分子的、与CXCL8相互作用的第二分子的检测方法。
62.权利要求60的用途,其中夹心测定法是夹心杂交测定法,其中将权利要求1至50中任一项所述的L-核酸分子固定于表面,并且通过检测手段检测权利要求1至50中任一项所述的L-核酸分子与CXCL8的复合物,所述检测手段结合的CXCL8的一个或多个表位不同于被权利要求1至50中任一项所述的L-核酸分子结合的一个或多个表位。
63.权利要求60的用途,其中夹心测定法是夹心杂交测定法,其中将手段固定于表面,该手段结合的CXCL8的一个或多个表位不同于被权利要求1至50中任一项所述的L-核酸分子结合的一个或多个表位,并且通过权利要求1至50中任一项所述的L-核酸分子来检测这种手段和CXCL8的复合物。
64.权利要求60的用途,其中在所述竞争结合测定法中,将权利要求1至50中任一项的L-核酸分子固定于表面,并且权利要求1至50中任一项的L-核酸分子与CXCL8的结合受到寡核苷酸探针或者CXCL8的竞争,所述寡核苷酸探针与权利要求1至50中任一项的L-核酸分子互补,优选地该互补为碱基互补,更优选地基于沃森-克里克碱基配对。
65.权利要求60的用途,其中在所述竞争结合测定法中,不将权利要求1至50中任一项的L-核酸分子固定于表面,并且权利要求1至50中任一项的L-核酸分子与CXCL8的结合受到寡核苷酸探针或者CXCL8的竞争,所述寡核苷酸探针与权利要求1至50中任一项的L-核酸分子互补,其中优选地,将与权利要求1至50中任一项的L-核酸分子互补的该寡核苷酸探针或CXCL8固定于表面,优选地该互补为碱基互补,更优选地基于沃森-克里克碱基配对。
66.权利要求62至65中任一项的用途,其中使用权利要求39至44中任一项的L-核酸分子用于固定于所述表面。
67.权利要求57至66中任一项的用途,其中所述表面,优选生物传感器的表面,选自下组:金、银、钛、锆、钒、铬、锰、钴、钨、钼、铂、铝、铁、钢、铜、镍、硅、锗、磷化铟、砷化镓、及其氧化物、氮化物或合金或混合物、氧化铟锡、玻璃碳、蓝宝石、硅酸盐玻璃和硼酸盐玻璃。
68.权利要求57至67中任一项的用途,其中所述表面,优选生物传感器的表面,通过以下进行修饰:聚赖氨酸、氨基硅烷、环氧硅烷、硝化纤维、羧基右旋糖酐、纳米碳膜、氧化石墨烯、碳表面例如炭黑、碳纤维、碳素板、碳布、活性炭、玻璃碳、木炭、活性木炭、石墨粉、石墨纤维、碳纳米管、富勒烯、羧基、叠氮基、硫醇基、羟基、环氧化物、马来酰亚胺、炔、应变炔烃或其任意组合。
69.权利要求68的用途,其中为了固定权利要求39至44中任一项的L-核酸分子,表面通过以下功能化:伯胺、硫醇基、叠氮化物、炔、烯、四嗪、四唑或应变环炔,其中优选地,应变环炔选自包含以下的组:二苯并环辛基(DBCO)、双环[6.1.0]壬-4-炔(BCN)或氮杂二苯并环辛炔(ADIBO)。
70.权利要求69的用途,其中为了固定权利要求42至43中任一项的L-核酸分子,使用应变促进的叠氮-炔环加成反应。
71.权利要求56至70中任一项的用途,其中使用权利要求44至46中任一项的L-核酸分子用于检测。
72.权利要求56至71中任一项的用途,其中生物传感器的检测系统基于光学读取、质量变化、折射率、电荷、表面应力和原子力显微术。
73.权利要求72的用途,其中基于光学读取的生物传感器的检测系统为荧光、吸收或发光。
74.权利要求72的用途,其中基于质量变化的生物传感器的检测系统为石英晶体微量天平或微电子机械系统。
75.权利要求72的用途,其中基于折射率的生物传感器的检测系统为表面等离子体共振、环形谐振器或椭圆偏振术。
76.权利要求72的用途,其中基于电荷的生物传感器的检测系统为电化学阻抗、伏安法、安培法、电位测定法、电导率或场效应晶体管。
77.权利要求72的用途,其中基于表面应力的生物传感器的检测系统为悬臂式生物传感器。
78.权利要求56至59中任一项的用途,其中CXCL8通过同源测定设置检测。
79.权利要求1至50中任一项的L-核酸分子的用途,其用于检测CXCL8,优选人CXCL8。
80.权利要求79的用途,其中在夹心结合测定设置、同源测定设置或竞争测定设置中检测CXCL8。
81.权利要求80的用途,其中所述夹心结合测定设置、同源测定设置或竞争测定设置适用于直接或间接检测CXCL8。
82.权利要求78至81中任一项的用途,其中所述L-核酸分子共价固定于诊断剂的反应容器表面上、诊断剂的反应容器中装置的表面上或生物传感器的表面上。
83.权利要求82的用途,其中使用权利要求39至44中任一项的L-核酸分子用于固定。
84.权利要求82至83中任一项的用途,其中所述表面,优选生物传感器的表面,选自下组:金、银、钛、锆、钒、铬、锰、钴、钨、钼、铂、铝、铁、钢、铜、镍、硅、锗、磷化铟、砷化镓、及其氧化物、氮化物或合金或混合物、氧化铟锡、玻璃碳、蓝宝石、硅酸盐玻璃和硼酸盐玻璃。
85.权利要求82至84中任一项的用途,其中所述表面,优选生物传感器的表面,通过以下进行修饰:聚赖氨酸、氨基硅烷、环氧硅烷、硝化纤维、羧基右旋糖酐、纳米碳膜、氧化石墨烯、碳表面例如炭黑、碳纤维、碳素板、碳布、活性炭、玻璃碳、木炭、活性木炭、石墨粉、石墨纤维、碳纳米管、富勒烯、羧基、叠氮基、硫醇基、羟基、环氧化物、马来酰亚胺、炔、应变炔烃或其任意组合。
86.权利要求85的用途,其中为了固定权利要求38至44中任一项的L-核酸分子,表面通过以下功能化:活化伯胺、硫醇基、叠氮化物或应变环炔,其中优选地,应变环炔选自包含以下的组:二苯并环辛基(DBCO)、双环[6.1.0]壬-4-炔(BCN)或氮杂二苯并环辛炔(ADIBO)。
87.权利要求86的用途,其中为了固定权利要求42至43中任一项的L-核酸分子,使用应变促进的叠氮-炔环加成反应。
88.权利要求82至87中任一项的用途,其中生物传感器的检测系统基于光学读取、质量变化、折射率、电荷、表面应力和原子力显微术。
89.权利要求88的用途,其中基于光学读取的生物传感器的检测系统为荧光、吸收或发光。
90.权利要求85的用途,其中基于质量变化的生物传感器的检测系统为石英晶体微量天平系统或微电子机械系统。
91.权利要求88的用途,其中基于折射率的生物传感器的检测系统为表面等离子体共振、环形谐振器或椭圆偏振术。
92.权利要求88的用途,其中基于电荷的生物传感器的检测系统为电化学阻抗、伏安法、安培法、电位测定法、电导率或场效应晶体管。
93.权利要求88的用途,其中基于表面应力的生物传感器的检测系统为悬臂式生物传感器。
94.权利要求79至81中任一项的用途,其中所述L-核酸分子包含允许对所述L-核酸分子进行检测的修饰基团,优选地,所述修饰基团为标记物。
95.权利要求94的用途,其中所述标记物选自包含以下的组:生物素、溴脱氧尿苷、洋地黄毒苷、寡核苷酸、荧光标记物、电化学发光标记物、放射性标记物、酶标记物、UV标记物、胶体金、纳米颗粒和螯合剂分子标记物。
96.用于检测CXCL8的试剂盒,其中所述试剂盒包含权利要求1至50中任一项的L-核酸分子,以及至少包含说明书或反应容器。
97.一种用于使用权利要求1至50中任一项所定义的L-核酸分子来检测样品中CXCL8的方法,其中所述方法包括以下步骤:
f)提供具有未知浓度的CXCL8的样品;
g)使该样品或其稀释物与权利要求56至78中任一项所定义的诊断剂、诊断手段或生物传感器接触;
h)用权利要求56至78中任一项所定义的诊断剂、诊断手段或生物传感器测量信号;
i)任选地,将信号与参照物比较;
j)任选地,通过与从具有已知CXCL8浓度的至少一种样品获得的信号进行比较来确定具有未知CXCL8浓度的样品中的CXCL8浓度,优选地所述具有已知CXCL8浓度的至少一种样品经历步骤b)至c)。
98.一种复合物,其包含权利要求1至50中任一项的L-核酸分子和CXCL8,其中优选地所述复合物为晶体复合物。
99.一种用于筛选CXCL8所介导的活性的拮抗剂的方法,其包括以下步骤:
-提供CXCL8所介导的活性的候选拮抗剂,
-提供权利要求1至50中任一项所定义的L-核酸分子,
-提供一种测试系统,该测试系统在由CXCL8介导的活性的拮抗剂存在的情况下提供信号,并
-确定由CXCL8介导的活性的候选拮抗剂是否为由CXCL8介导的活性的拮抗剂。
100.一种用于在样品中检测权利要求1至50中任一项所定义的L-核酸的方法,其中所述方法包括以下步骤:
f)提供捕获探针和检测探针,其中所述捕获探针与权利要求1至50中任一项所定义的L-核酸分子的第一部分至少部分互补,其中所述检测探针与权利要求1至50中任一项所定义的L-核酸分子的第二部分至少部分互补,或者备选地,所述捕获探针与权利要求1至50中任一项所定义的L-核酸分子的第二部分至少部分互补,并且所述检测探针与权利要求1至50中任一项所定义的L-核酸分子的第一部分至少部分互补;
g)将所述捕获探针和所述检测探针分别或组合起来加入含有权利要求1至50中任一项所定义的L-核酸分子的样品中,或者加入假定含有权利要求1至50中任一项所定义的L-核酸分子的样品中;
h)使所述捕获探针和所述检测探针同时或以任何顺序依次与权利要求1至50中任一项所定义的L-核酸分子或其部分反应;
i)任选地,检测步骤a)中提供的所述捕获探针是否与权利要求1至50中任一项所定义的L-核酸分子杂交;并且
j)检测步骤c)中形成的所述复合物,所述复合物由权利要求1至50中任一项所定义的L-核酸分子以及所述捕获探针和所述检测探针组成。
101.权利要求100的方法,其中所述检测探针包含检测手段,和/或其中所述捕获探针固定于支持物,优选固相支持物。
102.权利要求100或101的方法,其中将不是步骤c)中形成的所述复合物中一部分的任何检测探针从反应中去除,从而在步骤e)中仅检测作为所述复合物中一部分的检测探针。
103.权利要求100至102中任一项的方法,其中步骤e)包括以下步骤:在权利要求1至50中任一项所定义的L-核酸分子或其部分存在的情况下以及在权利要求1至50中任一项所定义的所述L-核酸分子不存在的情况下,比较所述捕获探针和所述检测探针杂交时由所述检测手段产生的信号。
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