CN113382750A

CN113382750A - Cdcp1靶向疗法

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Publication number: CN113382750A
Application number: CN201980084226.5A
Authority: CN
Inventors: L·C·坎特利; S·P·索尔托夫; B·M·埃默尔扬; G·普洛吉安尼斯; C·M·霍达科斯基; 刘慧�; I·阿波斯托卢; B·G·贝茨; K·A·马凯特; E·M·班尼特; L·莫西亚克; L·G·奇斯蒂亚科瓦; E·C·罗斯福德; I·J·郎登; 黄超柏
Original assignee: Cornell University; Beth Israel Deaconess Medical Center Inc; Pfizer Inc
Current assignee: Cornell University; Beth Israel Deaconess Medical Center Inc; Pfizer Inc
Priority date: 2018-11-09
Filing date: 2019-11-07
Publication date: 2021-09-10
Also published as: CA3118542A1; WO2020097336A1; EP3876988A1; US20220119545A1; JP2022507294A; AU2019376078A1; MX2021005377A; JP7440509B2; EP3876988A4

Abstract

本公开提供了用于含CUB结构域的蛋白1(CDCP1)靶向疗法的材料和方法。

Description

CDCP1靶向疗法

技术领域

本公开涉及用于含CUB结构域的蛋白1(CDCP1)靶向疗法的材料和方法。

相关申请的交叉引用

本申请要求于2018年11月9日提交的美国临时申请号62/758,442的优先权，所述临时申请的全部内容并入本文。

联合研究声明的各方

当前要求保护的发明部分是由联合研究协议的以下所列各方进行的或以以下所列各方名义进行的。所述联合研究协议在进行所要求的发明当日或之前生效，并且所要求的发明部分是由于在所述联合研究协议范围之内进行的活动而进行的。联合研究协议的各方是贝斯以色列女执事医疗中心(BETH ISRAEL DEACONESS MEDICAL CENTER)和辉瑞公司(PFIZER INC.)。

以电子方式提交的文本文件的描述

本申请含有序列表，所述序列表以ASCII格式通过EFS-Web提交并且特此以引用的方式整体并入。创建于2019年10月30日左右的所述ASCII拷贝被命名为“BID-009PC_ST25.txt”并且大小为约126KB。

背景技术

尽管已经开发了许多化学治疗剂，但是它们通常表现出不可接受的毒性和或相对于非癌症组织，对癌细胞缺乏特异性。为了避免化学治疗剂的非特异性细胞毒性作用，靶向抗体疗法已经用几种显示临床潜力的单克隆抗体彻底改变了癌症治疗。由于针对肿瘤特异性抗原的抗体通常缺乏治疗活性，因此已将它们与细胞毒性剂缀合，以将化学疗法的有效性与抗体的靶向结合。原则上，通过抗体结合将细胞毒性剂选择性递送至特定肿瘤组织应降低传统小分子化学治疗剂的全身毒性。由于成功的抗体药物缀合物(ADC)方法必须成功地结合至靶抗原以将毒性有效负载递送至靶细胞而不显著结合至非靶细胞，因此至关重要的是ADC能够将毒性有效负载递送至靶细胞，由此被内化，然后一旦在所述细胞内的适当隔室内部就释放所述有效负载。

发明内容

本公开尤其满足前述需求。CDCP1是患有多种癌症(尤其是对CDCP1表达成瘾的癌症)的患者的治疗性干预的靶标。令人感兴趣地，本发明的发明人尤其已经发现，CDCP1被细胞以调控的方式内化，并且因此，这种性质可用于开发抗癌疗法。此外，本发明人已经发现CDCP1受到与癌症相关的各种标志物的影响或影响与癌症相关的各种标志物(包括但不限于LKB1、KRAS和AKT)，从而提供使用CDCP1剂(包括但不限于特异性地结合在细胞上表达的CDCP1的抗体)的新的治疗方式。更进一步，本发明人发现了CDCP1与包括Src、PPP4R2和PARG1在内的癌症标志物的相互作用，此类相互作用是活化状态依赖性的并且允许特异性癌症治疗。

在一个方面，本公开提供了一种用于治疗有需要的患者的癌症的方法，所述方法包括：(a)评估肿瘤样品中突变型LKB1和/或KRAS的量；以及(b)如果突变型LKB1和/或KRAS的量高于参考样品，则向所述癌症患者施用结合至含CUB结构域的蛋白1(CDCP1)的剂。

在一些实施方案中，所述肿瘤样品是选自以下的活检体：冷冻肿瘤组织标本、培养的细胞、循环肿瘤细胞以及福尔马林固定石蜡包埋的肿瘤组织标本。

在一些实施方案中，所述突变型KRAS选自G12C；G12A；G12D；G12R；G12S；G12V；G13C；和G13D突变体。在一些实施方案中，通过从所述肿瘤样品扩增LKB1和/或KRAS核酸或其疑似含有突变的片段，以及对所述扩增的核酸进行测序来进行评估。在一些实施方案中，通过使针对LKB1和/或KRAS的抗体或其形式与所述肿瘤样品接触，以及定量抗体或其形式的结合来进行评估。在一个方面，本公开提供了一种治疗有需要的患者的肺癌的方法，所述方法包括向所述患者施用结合至CDCP1的剂，其中所述肺癌的特征在于AKT活化，并且结合至CDCP1的所述剂是CDCP1活化剂。

在一些实施方案中，所述肺癌是非小细胞肺癌(NSCLC)。在一些实施方案中，所述方法还包括评估所述肺癌的样品的AKT活化。

在一个方面，本公开提供了一种治疗有需要的患者的前列腺癌的方法，所述方法包括向所述患者施用结合至CDCP1的剂，其中所述前列腺癌的特征在于AKT活化，并且结合至CDCP1的所述剂是CDCP1活化剂。在一些实施方案中，所述方法还包括评估所述前列腺癌的样品的AKT活化。

在一些实施方案中，所述方法还包括施用AKT抑制剂。在一些实施方案中，所述患者正在进行用AKT抑制剂治疗。在一些实施方案中，所述AKT抑制剂选自阿瑞舍替、ARQ 751、ARQ 092、AZD5363、BAY1125976、GSK2141795、GSK690693、艾他舍替、LY2780301、MK2206和哌立福辛。在一个方面，本公开提供了一种用于治疗有需要的患者的癌症的方法，所述方法包括：(a)选择结合至靶细胞上的CDCP1，并且在它接触所述靶细胞上的CDCP1时被内化的剂；以及(b)向所述癌症患者施用所述剂。

在一个方面，本公开提供了一种用于治疗有需要的患者的癌症的方法，所述方法包括：(a)选择结合至靶细胞上的CDCP1，并且在它接触所述靶细胞上的CDCP1时被内化的剂；以及(b)向所述癌症患者施用所述剂，其中结合至CDCP1的所述剂是活化CDCP1并缀合至丝氨酸/苏氨酸蛋白磷酸酶4调控亚基2(PPP4R2)调节剂的抗体。

在一个方面，本公开提供了一种用于治疗有需要的患者的癌症的方法，所述方法包括：(a)施用结合至CDCP1的剂，其中结合至CDCP1的所述剂是不活化CDCP1的抗体；以及(b)施用调节聚(ADP-核糖)糖水解酶(PARG)的剂。在一些实施方案中，调节PARG的所述剂是PARG抑制剂。在一些实施方案中，所述PARG抑制剂选自奥拉帕尼、他拉唑帕尼、维利帕尼、卢卡帕尼、依尼帕尼、尼拉帕尼E7016、CEP9722、BGB-290和3-氨基苯甲酰胺。

在一些实施方案中，结合至CDCP1的所述剂是对CDCP1具有特异性的抗体或其抗原结合部分。

在一些实施方案中，对CDCP1具有特异性的所述抗体或其抗原结合部分选自以下中的一者或多者：单克隆抗体、多克隆抗体、抗体片段、Fab、Fab′、Fab′-SH、F(ab′)2、Fv、单链Fv、双功能抗体、线性抗体、双特异性抗体、多特异性抗体、嵌合抗体、人源化抗体、人抗体和包含抗体的抗原结合部分的融合蛋白。

在一些实施方案中，对CDCP1具有特异性的所述抗体或其抗原结合部分与细胞毒性剂或细胞生长抑制剂缀合。在一些实施方案中，所述方法还包括施用所述细胞毒性剂或细胞生长抑制剂。在一些实施方案中，所述施用是顺序的或同时的。

在一些实施方案中，所述细胞毒性剂选自紫杉酚(紫杉醇)、蓖麻毒素、假单胞菌外毒素、吉西他滨、细胞松弛素B、短杆菌肽D、溴化乙锭、吐根碱、依托泊苷、替诺泊苷、秋水仙碱、二羟基蒽二酮、1-去氢睾酮、糖皮质激素、普鲁卡因、丁卡因、利多卡因、普萘洛尔、嘌呤霉素、丙卡巴肼、羟基脲以及它们的混合物。

在一些实施方案中，所述细胞毒性剂是选自以下的抗肿瘤剂：甲氨蝶呤、氨基蝶呤、6-巯基嘌呤、6-硫鸟嘌呤、阿糖胞苷、5-氟尿嘧啶达卡巴嗪；烷化剂，如氮芥、噻替派苯丁酸氮芥、美法仑、卡莫司汀(BSNU)、丝裂霉素C、洛莫司汀(CCNU)、1-甲基亚硝基脲、环磷酰胺、氮芥、白消安、二溴甘露醇、链脲佐菌素、丝裂霉素C、顺式-二氯二胺铂(II)(DDP)顺铂和卡铂(伯尔定)；蒽环类药物，包括柔红霉素、阿霉素(亚德里亚霉素(adriamycin))、地托比星、洋红霉素、伊达比星、表柔比星、米托蒽醌和比生群；抗生素包括更生霉素(放线菌素D)、博莱霉素、卡奇霉素、光神霉素和安曲霉素(AMC)；以及抗有丝分裂剂，如长春花生物碱、长春新碱和长春花碱，以及它们的混合物。在一些实施方案中，所述方法还包括施用所述抗肿瘤剂。在一些实施方案中，所述施用是顺序的或同时的。在一些实施方案中，所述抗肿瘤剂是化学治疗剂。

在一些实施方案中，所述抗肿瘤剂是检查点抑制剂。在一些实施方案中，所述检查点抑制剂是靶向以下中的一者的剂：TIM-3、BTLA、PD-1、CTLA-4、B7-H4、GITR、半乳糖凝集素-9、HVEM、PD-L1、PD-L2、B7-H3、CD244、CD160、TIGIT、SIRPα、ICOS、CD172a和TMIGD2。在一些实施方案中，靶向PD-1的所述剂是对PD-1具有特异性的抗体或其抗原结合部分，任选地选自纳武单抗、派姆单抗和匹地利珠单抗。在一些实施方案中，靶向PD-L1的所述剂是对PD-L1具有特异性的抗体或其抗原结合部分，任选地选自阿特珠单抗、阿维鲁单抗、德瓦鲁单抗和BMS-936559。在一些实施方案中，靶向CTLA-4的所述剂是对CTLA-4具有特异性的抗体或其抗原结合部分，任选地选自伊匹单抗和曲美木单抗。

在一些实施方案中，所述抗肿瘤剂是缺氧诱导因子-2(HIF-2)抑制剂。在一些实施方案中，所述HIF-2抑制剂选自PT2385和PT2977。在一些实施方案中，所述抗肿瘤剂不是Src抑制剂，所述Src抑制剂任选地选自KX2-391、博舒替尼、塞卡替尼和达沙替尼。

在一些实施方案中，所述癌症是特征在于缺氧的肿瘤。

在一些实施方案中，所述癌症选自以下中的一者或多者：基底细胞癌；胆道癌；膀胱癌；骨癌；脑和中枢神经系统癌症；乳腺癌；腹膜癌；宫颈癌；绒毛膜癌；结肠和直肠癌；结缔组织癌症；消化系统癌症；子宫内膜癌；食道癌；眼癌；头颈部癌症；胃癌(包括胃肠癌)；成胶质细胞瘤；肝癌；肝细胞瘤；上皮内赘瘤；肾癌或肾脏癌；喉癌；白血病；肝癌；肺癌(例如，小细胞肺癌、非小细胞肺癌、肺腺癌和肺鳞癌)；黑素瘤；骨髓瘤；成神经细胞瘤；口腔癌(嘴唇、舌、口和咽)；卵巢癌；胰腺癌；前列腺癌；成视网膜细胞瘤；横纹肌肉瘤；直肠癌；呼吸系统癌症；唾液腺癌；肉瘤；皮肤癌；鳞状细胞癌；胃癌；睾丸癌；甲状腺癌；子宫或子宫内膜癌；泌尿系统癌症；外阴癌；淋巴瘤，包括霍奇金淋巴瘤(NHL)；小淋巴细胞(SL)NHL；中级/滤泡性NHL；中级弥漫性NHL；高级成免疫细胞NHL；高级成淋巴细胞性NHL；高级小无裂细胞NHL；巨大肿块疾病NHL；套细胞淋巴瘤；AIDS相关淋巴瘤；和瓦尔登斯特伦氏巨球蛋白血症；慢性淋巴细胞性白血病(CLL)；急性成淋巴细胞性白血病(ALL)；毛细胞白血病；慢性成骨髓细胞性白血病；以及其他癌症和肉瘤；和移植后淋巴组织增生性病症(PTLD)，以及与瘢痣病、水肿(例如与脑肿瘤相关的水肿)和梅格斯氏综合征相关的异常血管增生。

在一些实施方案中，所述癌症是头颈部癌症。

在一个方面，本公开提供了一种确定肿瘤是否将对用结合至CDCP1的剂治疗有反应的方法，所述方法包括确定所述肿瘤的样品中突变型LKB1和/或KRAS蛋白或基因的存在、不存在或量，由此突变型LKB1和/或KRAS的存在或突变型LKB1和/或KRAS蛋白或基因的量相对于参考样品有所增加指示有可能对用结合至CDCP1的剂治疗有反应。

在一些方面，本发明提供了特异性地结合至CDCP1的抗体及其抗原结合片段，包含此类抗体的抗体药物缀合物，以及其用途和相关方法。本领域的技术人员仅仅使用常规实验将认识到或者能够确定本文所述的发明的具体实施方案的许多等效方案。此类等效方案意图涵盖以下实施方案(E)。

E1.一种特异性地结合CDCP1的分离的抗体或其抗原结合片段，所述分离的抗体或其抗原结合片段包含：

(i)重链可变区(VH)，所述重链可变区包含：

(a)VH互补决定区1(CDRH1)，所述VH互补决定区1包含SEQ ID NO：2的氨基酸序列，

(b)VH互补决定区2(CDRH2)，所述VH互补决定区2包含SEQ ID NO：3的氨基酸序列，和

(c)VH互补决定区3(CDRH3)，所述VH互补决定区3包含选自由以下组成的组的氨基酸序列：SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：27、SEQ ID NO：40和SEQ ID NO：45，

以及(ii)轻链可变区(VL)，所述轻链可变区包含：

(a)VL互补决定区1(CDRL1)，所述VL互补决定区1包含SEQ ID NO：12的氨基酸序列，

(b)VL互补决定区2(CDRL2)，所述VL互补决定区2包含SEQ ID NO：13的氨基酸序列，和

(c)VL互补决定区3(CDRL3)，所述VL互补决定区3包含选自由以下组成的组的氨基酸序列：SEQ ID NO：14和SEQ ID NO：31。

E2.一种特异性地结合CDCP1的分离的抗体或其抗原结合片段，所述分离的抗体或其抗原结合片段包含：

(i)VH，所述VH包含：

(a)CDRH1，所述CDRH1包含SEQ ID NO：2的氨基酸序列，

(b)CDRH2，所述CDRH2包含SEQ ID NO：3的氨基酸序列；和

(c)CDRH3，所述CDRH3包含SEQ ID NO：27的氨基酸序列；

以及(ii)VL，所述VL包含：

(a)CDRL1，所述CDRL1包含SEQ ID NO：12的氨基酸序列，

(b)CDRL2，所述CDRL2包含SEQ ID NO：13的氨基酸序列；和

(c)CDRL3，所述CDRL3包含SEQ ID NO：31的氨基酸序列。

E3.如E1-E2中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，所述分离的抗体或其抗原结合片段包含VH，所述VH包含与SEQ ID NO：1、SEQ ID NO：26、SEQ ID NO：39或SEQ IDNO：44的氨基酸序列至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％同一的氨基酸序列。

E4.如E1-E3中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，所述分离的抗体或其抗原结合片段包含VL，所述VL包含与SEQ ID NO：11、SEQ ID NO：30、SEQ ID NO：36或SEQ IDNO：11的氨基酸序列至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％同一的氨基酸序列。

E5.如E1-E4中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，所述分离的抗体或其抗原结合片段包含VH，所述VH包含与SEQ ID NO：26的氨基酸序列至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％同一的氨基酸序列；以及VL，所述VL包含与SEQ ID NO：30或SEQ ID NO：36的氨基酸序列至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％同一的氨基酸序列。

E6.如E1-E5中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，所述分离的抗体或其抗原结合片段包含VH，所述VH包含SEQ ID NO：33的氨基酸序列；以及VL，所述VL包含SEQ IDNO：38的氨基酸序列。

E7.如E1-E5中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，所述分离的抗体或其抗原结合片段包含VH，所述VH包含SEQ ID NO：26的氨基酸序列；以及VL，所述VL包含SEQ IDNO：36的氨基酸序列。

E8.如E1-E5中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，所述分离的抗体或其抗原结合片段包含VH，所述VH包含SEQ ID NO：26的氨基酸序列；以及VL，所述VL包含SEQ IDNO：30的氨基酸序列。

E9.如E1-E4中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，所述分离的抗体或其抗原结合片段包含VH，所述VH包含SEQ ID NO：39的氨基酸序列；以及VL，所述VL包含SEQ IDNO：36的氨基酸序列。

E10.如E1-E4中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，所述分离的抗体或其抗原结合片段包含VH，所述VH包含SEQ ID NO：44的氨基酸序列；以及VL，所述VL包含SEQID NO：11的氨基酸序列。

E11.如E1-E4中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，所述分离的抗体或其抗原结合片段包含VH，所述VH包含SEQ ID NO：1的氨基酸序列；以及VL，所述VL包含SEQID NO：11的氨基酸序列。

E12.如E1-E11中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，所述抗体或其抗原结合片段包含Fc结构域。

E13.如E12所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述Fc结构域是IgA、IgD、IgE、IgM或IgG的Fc结构域。

E14.如E13所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述Fc结构域是IgG Fc结构域。

E15.如E14所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述IgG选自由以下组成的组：IgG₁、IgG₂、IgG₃或IgG₄。

E16.如E15所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述IgG是IgG₁。

E17.如E1-E16中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，所述分离的抗体或其抗原结合片段包含重链，所述重链包含与SEQ ID NO：10、29、41或46的氨基酸序列至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％同一的氨基酸序列。

E18.如E1-E17中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，所述分离的抗体或其抗原结合片段包含轻链，所述轻链包含与SEQ ID NO：17、32或37的氨基酸序列至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％同一的氨基酸序列。

E19.如E1-E18中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，所述分离的抗体或其抗原结合片段包含重链，所述重链包含与SEQ ID No：29的氨基酸序列至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％同一的氨基酸序列；以及轻链，所述轻链包含与SEQ ID NO：32或SEQ ID NO：37的氨基酸序列至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％同一的氨基酸序列。

E20.如E1-E19中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，所述分离的抗体或其抗原结合片段包含重链，所述重链包含SEQ ID NO：29的氨基酸序列；以及轻链，所述轻链包含SEQ ID NO：37的氨基酸序列。

E21.如E1-E19中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，所述分离的抗体或其抗原结合片段包含重链，所述重链包含SEQ ID NO：29的氨基酸序列；以及轻链，所述轻链包含SEQ ID NO：32的氨基酸序列。

E22.如E1-E18中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，所述分离的抗体或其抗原结合片段包含重链，所述重链包含SEQ ID NO：41的氨基酸序列；以及轻链，所述轻链包含SEQ ID NO：37的氨基酸序列。

E23.如E1-E18中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，所述分离的抗体或其抗原结合片段包含重链，所述重链包含SEQ ID NO：46的氨基酸序列；以及轻链，所述轻链包含SEQ ID NO：17的氨基酸序列。

E24.如E1-E18中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，所述分离的抗体或其抗原结合片段包含重链，所述重链包含SEQ ID NO：10的氨基酸序列；以及轻链，所述轻链包含SEQ ID NO：17的氨基酸序列。

E25.一种结合CDCP1上的表位的分离的抗体或其抗原结合片段，其中所述表位包含至少一个选自由以下组成的组的氨基酸残基：Thr124、Thr160、Ser162、Ala195、Leu196和His197，根据SEQ ID NO：90的编号。

E26.如E25所述的分离的抗体或其抗原结合片段，其中所述表位还包含至少一个选自由以下组成的组的氨基酸残基：Lys45、Leu46、Gly47、Thr48、Pro49、Thr50、Ala53、Pro55、Glu92、Arg173和Glu242，根据SEQ ID NO：90的编号。

E27.如E24-E25中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，其中所述表位还包含至少一个选自由以下组成的组的氨基酸残基：Thr56、Tyr57、Thr66、Met67、Ile126、Val171、Arg173，根据SEQ ID NO：90的编号。

E28.如E25-E27中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，其中所述表位还包含连接至根据SEQ ID NO：90的编号的Asn122的聚糖。

E29.如E25-E28中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段包含：

(i)VH，所述VH包含：

(a)CDRH1，所述CDRH1包含SEQ ID NO：2的氨基酸序列

(b)CDRH2，所述CDRH2包含SEQ ID NO：3的氨基酸序列；和

(c)CDRH3，所述CDRH3包含选自由以下组成的组的氨基酸序列：SEQ ID NO：4、SEQID NO：27、SEQ ID NO：40和SEQ ID NO：45；

以及(ii)VL，所述VL包含：

(a)CDRL1，所述CDRL1包含SEQ ID NO：12的氨基酸序列，

(b)CDRL2，所述CDRL2包含SEQ ID NO：13的氨基酸序列；和

(c)CDRL3，所述CDRL3包含选自由以下组成的组的氨基酸序列：SEQ ID NO：14和SEQ ID NO：31。

E30.如E25-E29中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段包含VH，所述VH包含与SEQ ID NO：26的氨基酸序列至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％同一的氨基酸序列；以及VL，所述VL包含与SEQ ID NO：30或SEQ ID NO：36的氨基酸序列至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％同一的氨基酸序列。

E31.如E25-E30中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段包含VH，所述VH包含SEQ ID NO：26的氨基酸序列；以及VL，所述VL包含SEQID NO：36的氨基酸序列。

E32.如E25-E31中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段包含重链，所述重链包含与SEQ ID No：29的氨基酸序列至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％同一的氨基酸序列；以及轻链，所述轻链包含与SEQ ID NO：32或SEQ ID NO：37的氨基酸序列至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％同一的氨基酸序列。

E33.如E25-E32中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段包含重链，所述重链包含SEQ ID NO：29的氨基酸序列；以及轻链，所述轻链包含SEQ ID NO：37的氨基酸序列。

E34.一种分离的抗体或其抗原结合片段，所述分离的抗体或其抗原结合片段与E1-E33中任一项所述的抗体或其抗原结合片段竞争结合至CDCP1。

E35.一种分离的抗体或其抗原结合片段，所述分离的抗体或其抗原结合片段与选自由以下组成的组的抗体或其抗原结合片段竞争结合至CDCP1：CP13E10、CP13E10-183/290、CP13E10-H7C-K222R-N297A、CP13E10-54HC-89LC、CP13E10-54HC-89LC-183/290、CP13E10-54HC-89LC-H7C-K222R-N297A、CP13E10-54HC-89LCv1、CP13E10-54HC-89LCv1-183/290、CP13E10-54HC-89LCv1-H7C-K222R-N297A、CP13E10-54HCv13-89LCv1、CP13E10-54HCv13-89LCv1-183/290、CP13E10-54HCv13-89LCv1-H7C-K222R-N297A、CP13E10-291、抗体23、抗体24和抗体76。

E36.一种特异性地结合CDCP1的分离的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段与E1-E35中任一项所述的抗体或其抗原结合片段结合基本上相同的表位。

E37.一种特异性地结合CDCP1的分离的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段与选自由以下组成的组的抗体或其抗原结合片段结合基本上相同的表位：CP13E10、CP13E10-183/290、CP13E10-H7C-K222R-N297A、CP13E10-54HC-89LC、CP13E10-54HC-89LC-183/290、CP13E10-54HC-89LC-H7C-K222R-N297A、CP13E10-54HC-89LCv1、CP13E10-54HC-89LCv1-183/290、CP13E10-54HC-89LCv1-H7C-K222R-N297A、CP13E10-54HCv13-89LCv1、CP13E10-54HCv13-89LCv1-183/290、CP13E10-54HCv13-89LCv1-H7C-K222R-N297A、CP13E10-291、抗体23、抗体24和抗体76。

E38.如前述实施方案中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段以或小于约350nM、约325nM、约323.10nM、约300nM、约286.44nM、约275nM、约250nM、约232.13nM、约225nM、约219.13nM、约200nM、约195.54nM、约175nM、约158nM、约150nM、约125nM或约100nM的结合亲和力(K_D)值结合CDCP1。

E39.如前述实施方案中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段以或小于约95nM、约90nM、约80nM、约79.89nM、约75nM、约70nM、约69.50nM、约65nM、约63.44nM、约60nM、约55nM、约52.88nM、约50nM、约45nM、约44.50nM、约41.99nM、约40nM、约35nM、约30nM、约25nM、约20nM、约10nM、约5nM或约1nM的K_D值结合CDCP1。

E40.如前述实施方案中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段以或小于约5nM、约4.5nM、约4nM、约3.5nM、约3.12nM、约3nM、约2.90nM、约2.5nM、约2nM、约1.5nM、约1nM、约900pM、约800pM、约700pM、约600pM、约500pM、约400pM、约300pM、约250pM、约200pM、约150pM、约100pM、约50pM、约40pM、约30pM、约25pM、约20pM、约15pM、约10pM、约5pM或约1pM的K_D值结合CDCP1。

E41.如E38-E40中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，其中所述K_D值通过表面等离子体共振(SPR)、任选地使用Biacore T200仪器进行测量。

E42.如E38-E40中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述K_D值通过生物层干涉法(BLI)、任选地使用ForteBio Octet仪器进行测量。

E43.如E38-E42中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述CDCP1是人CDCP1、食蟹猴CDCP1或小鼠CDCP1。

E44.如E38-E42中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述CDCP1是人CDCP1，并且所述K_D值是约40nM、约45nM或约50nM。

E45.如E38-E42中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述CDCP1是食蟹猴CDCP1，并且所述K_D值是约62nM、约64nM、约66nm、约68nM或约70nM。

E46.如前述实施方案中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段在结合至哺乳动物细胞上的CDCP1后内化。

E47.如前述实施方案中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段包含抗体重链恒定结构域，所述抗体重链恒定结构域在根据Kabat的Eu索引的编号的位置290处包含工程化的半胱氨酸残基。

E48.如E47所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述恒定结构域包含IgG、IgA、IgD、IgE或IgM重链结构域。

E49.如E48所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述恒定结构域包含IgG₁、IgG₂、IgG₃或IgG₄重链结构域。

E50.如E48所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述恒定结构域包含IgA₁或IgA₂重链结构域。

E51.如E47-E50中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述恒定结构域是人抗体恒定结构域。

E52.如E47-E51中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述恒定结构域包含IgG1重链CH₂结构域和IgG1重链CH₃结构域。

E53.如E47-E52中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段还包含抗体轻链恒定结构域，所述抗体轻链恒定结构域在根据Kabat的编号的位置183处包含工程化的半胱氨酸残基。

E54.如E53所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述轻链恒定结构域包含κ轻链恒定结构域(CLκ)。

E55.如E53所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述轻链恒定结构域包含λ轻链恒定结构域(CLλ)。

E56.如E46-E54中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，所述分离的抗体或其抗原结合片段包含重链，所述重链包含与SEQ ID NO：19、33或42的氨基酸序列至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％同一的氨基酸序列。

E57.如E47-E56中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，所述分离的抗体或其抗原结合片段包含轻链，所述轻链包含与SEQ ID NO：21、34或38的氨基酸序列至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％同一的氨基酸序列。

E58.如E47-E57中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，所述分离的抗体或其抗原结合片段包含重链，所述重链包含与SEQ ID No：33的氨基酸序列至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％同一的氨基酸序列；以及轻链，所述轻链包含与SEQ ID NO：34或SEQ ID NO：38的氨基酸序列至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％同一的氨基酸序列。

E59.如E47-E58中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，所述分离的抗体或其抗原结合片段包含重链，所述重链包含SEQ ID NO：33的氨基酸序列；以及轻链，所述轻链包含SEQ ID NO：38的氨基酸序列。

E60.如E47-E58中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，所述分离的抗体或其抗原结合片段包含重链，所述重链包含SEQ ID NO：33的氨基酸序列；以及轻链，所述轻链包含SEQ ID NO：34的氨基酸序列。

E61.如E47-E57中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，所述分离的抗体或其抗原结合片段包含重链，所述重链包含SEQ ID NO：42的氨基酸序列；以及轻链，所述轻链包含SEQ ID NO：38的氨基酸序列。

E62.如E47-E57中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，所述分离的抗体或其抗原结合片段包含重链，所述重链包含SEQ ID NO：19的氨基酸序列；以及轻链，所述轻链包含SEQ ID NO：21的氨基酸序列。

E63.如E1-E46中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段包含在所述抗体的Fc区中的特定位点处工程化的含酰基供体谷氨酰胺的标签序列。

E64.如E63所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述含谷氨酰胺的标签序列包含LLQG(SEQ ID NO：91)。

E65.如E63-E64中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中根据Kabat的Eu索引的编号，在氨基酸残基编号135之后且在氨基酸残基编号136之前对所述含谷氨酰胺的标签进行工程化。

E66.如E63-E65中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段的Fc结构域包含一个或多个选自由以下组成的组的氨基酸取代：N297A和K222R，根据Kabat的Eu索引编号。

E67.如E63-E66中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，所述分离的抗体或其抗原结合片段包含重链，所述重链包含与SEQ ID NO：25、35或43的氨基酸序列至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％同一的氨基酸序列。

E68.如E63-E67中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，所述分离的抗体或其抗原结合片段包含轻链，所述轻链包含与SEQ ID NO：17、32或37的氨基酸序列至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％同一的氨基酸序列。

E69.如E63-E68中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，所述分离的抗体或其抗原结合片段包含重链，所述重链包含与SEQ ID No：35的氨基酸序列至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％同一的氨基酸序列；以及轻链，所述轻链包含与SEQ ID NO：32或SEQ ID NO：37的氨基酸序列至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％同一的氨基酸序列。

E70.如E63-E69中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，所述分离的抗体或其抗原结合片段包含重链，所述重链包含SEQ ID NO：35的氨基酸序列；以及轻链，所述轻链包含SEQ ID NO：37的氨基酸序列。

E71.如E63-E69中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，所述分离的抗体或其抗原结合片段包含重链，所述重链包含SEQ ID NO：35的氨基酸序列；以及轻链，所述轻链包含SEQ ID NO：32的氨基酸序列。

E72.如E63-E68中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，所述分离的抗体或其抗原结合片段包含重链，所述重链包含SEQ ID NO：43的氨基酸序列；以及轻链，所述轻链包含SEQ ID NO：37的氨基酸序列。

E73.如E63-E68中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，所述分离的抗体或其抗原结合片段包含重链，所述重链包含SEQ ID NO：25的氨基酸序列；以及轻链，所述轻链包含SEQ ID NO：17的氨基酸序列。

E74.一种分离的核酸分子，所述分离的核酸分子包含一个或多个编码E1-E73中任一项所述的抗体或其抗原结合片段的核酸序列。

E75.一种分离的核酸，所述分离的核酸包含SEQ ID NO：75的核苷酸序列。

E76.一种分离的核酸，所述分离的核酸包含SEQ ID NO：76的核苷酸序列。

E77.一种分离的核酸，所述分离的核酸包含SEQ ID NO：77的核苷酸序列。

E78.一种分离的核酸，所述分离的核酸包含SEQ ID NO：78的核苷酸序列。

E79.一种分离的核酸，所述分离的核酸包含SEQ ID NO：79的核苷酸序列。

E80.一种分离的核酸，所述分离的核酸包含SEQ ID NO：80的核苷酸序列。

E81.一种分离的核酸，所述分离的核酸包含SEQ ID NO：81的核苷酸序列。

E82.一种分离的核酸，所述分离的核酸包含SEQ ID NO：82的核苷酸序列。

E83.一种分离的核酸，所述分离的核酸包含SEQ ID NO：83的核苷酸序列。

E84.一种分离的核酸，所述分离的核酸包含SEQ ID NO：84的核苷酸序列。

E85.一种载体，所述载体包含E74-E84中任一项所述的核酸。

E86.一种宿主细胞，所述宿主细胞包含E74-84中任一项所述的至少一种核酸。

E87.一种宿主细胞，所述宿主细胞包含SEQ ID NO：85的核酸和包含SEQ ID NO：86的核苷酸序列的核酸。

E88.如E86-E87中任一项所述的宿主细胞，其中所述细胞是哺乳动物细胞。

E89.如E88所述的宿主细胞，其中所述宿主细胞是CHO细胞、HEK-293细胞或Sp2.0细胞。

E90.一种制备抗体或其抗原结合片段的方法，所述方法包括在E86-89所述的宿主细胞表达所述抗体或其抗原结合片段所处的条件下培养所述宿主细胞。

E91.一种抗体药物缀合物，所述抗体药物缀合物包含E1-E46中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体缀合至药物部分。

E92.如E80所述的抗体药物缀合物，其中所述抗体通过接头缀合至所述药物部分。

E93.如E91-E92中任一项所述的抗体药物缀合物，其中所述抗体经由所述抗体上的一个或多个工程化的半胱氨酸残基缀合至接头-药物部分。

E94.如E93所述的抗体药物缀合物，其中所述抗体或其抗原结合片段包含E47-62中任一项所述的抗体或其抗原结合片段。

E95.如E91-E94中任一项所述的抗体药物缀合物，其中所述接头选自由以下组成的组：缬氨酸-瓜氨酸(val-cit)、6-马来酰亚胺基己酰基(mc)、甲氧基-聚乙二醇马来酰亚胺6(MalPeg6)、对氨基苄基氨基甲酸酯(PABC)、二甲基氨基乙醇(DMAE)、马来酰亚胺基丙酰基(MP)、水解的Peg-马来酰亚胺、丙氨酸-苯丙氨酸(ala-phe)、对氨基苄氧基羰基(PAB)、4-(2-吡啶基硫代)戊酸N-琥珀酰亚胺基酯(SPP)、4-(N-马来酰亚胺基甲基)环己烷-1甲酸N-琥珀酰亚胺基酯(SMCC)、(4-碘-乙酰基)氨基苯甲酸N-琥珀酰亚胺基酯(SIAB)、6-马来酰亚胺基己酰基-缬氨酸-瓜氨酸-对氨基苄氧基羰基(mc-val-cit-PAB)和6-马来酰亚胺基己酰基-缬氨酸-瓜氨酸-对氨基苄基氨基甲酸酯(mc-val-cit-PABC)。

E96.如E91-E92中任一项所述的抗体药物缀合物，其中使用在所述抗体上工程化的含酰基供体谷氨酰胺的标签序列将所述抗体缀合至所述接头。

E97.如E96所述的抗体药物缀合物，其中所述标签序列是LLQG(SEQ ID NO：91)。

E98.如E96-E97所述的抗体药物缀合物，其中所述抗体或其抗原结合片段包含E63-73中任一项所述的抗体或其抗原结合片段。

E99.如E96-E98中任一项所述的抗体药物缀合物，其中所述接头选自由以下组成的组：Ac-Lys-Gly(乙酰基-赖氨酸-甘氨酸)、氨基已酸、Ac-Lys-p-Ala(乙酰基-赖氨酸-对丙氨酸)、氨基-PEG2(聚乙二醇)-C2、氨基-PEG3-C2、氨基-PEG6-C2(或氨基PEG6-丙酰基)、Ac-Lys-Val-Cit-PABC (乙酰基-赖氨酸-缬氨酸-瓜氨酸-对氨基苄氧基羰基)、氨基-PEG6-C2-Val-Cit-PABC、氨基己酰基-Val-Cit-PABC、[(3R，5R)-1-{3-[2-(2-氨基乙氧基)乙氧基]丙酰基}哌啶-3，5-二基]双-Val-Cit-PABC、[(3S，5S)-1-{3-[2-(2-氨基乙氧基)乙氧基]丙酰基}哌啶-3，5-二基]双-Val-Cit-PABC、腐胺和Ac-Lys-腐胺。

E100.如E91-E99中任一项所述的抗体药物缀合物，其中所述药物部分是细胞毒性剂、免疫调节剂、显像剂、化学治疗剂或治疗性蛋白质。

E101.如E100所述的抗体药物缀合物，其中所述细胞毒性剂选自由以下组成的组：蒽环霉素、奥瑞斯他汀、CC-1065、尾海兔素、倍癌霉素、烯二炔、格尔德霉素、美登素、嘌呤霉素、紫杉烷、长春花生物碱、SN-38、微管溶素、哈米特林及其立体异构体、等排体、类似物或衍生物。

E102.如E101所述的抗体药物缀合物，其中所述细胞毒性剂是选自由以下组成的组的奥瑞斯他汀：

MMAD(单甲基奥瑞斯他汀D)，

0101

0131

E103.如E91-E102中任一项所述的抗体药物缀合物，其中所述接头选自由以下组成的组：缬氨酸-瓜氨酸(val-cit)、6-马来酰亚胺基己酰基(mc)、甲氧基-聚乙二醇马来酰亚胺6(MalPeg6)、对氨基苄基氨基甲酸酯(PABC)、二甲基氨基乙醇(DMAE)、马来酰亚胺基丙酰基(MP)、水解的Peg-马来酰亚胺、丙氨酸-苯丙氨酸(ala-phe)、对氨基苄氧基羰基(PAB)、4-(2-吡啶基硫代)戊酸N-琥珀酰亚胺基酯(SPP)、4-(N-马来酰亚胺基甲基)环己烷-1甲酸N-琥珀酰亚胺基酯(SMCC)、(4-碘-乙酰基)氨基苯甲酸N-琥珀酰亚胺基酯(SIAB)、6-马来酰亚胺基己酰基-缬氨酸-瓜氨酸-对氨基苄氧基羰基(mc-val-cit-PAB)和6-马来酰亚胺基己酰基-缬氨酸-瓜氨酸-对氨基苄基氨基甲酸酯(mc-val-cit-PABC)，并且所述药物部分是奥瑞斯他汀。

E104.如E103所述的抗体药物缀合物，其中所述接头是mc-val-cit-PABC，并且所述药物部分是0101或0131。

E105.一种抗体药物缀合物，所述抗体药物缀合物包含经由抗体上的一个或多个工程化的半胱氨酸残基缀合至接头-药物部分的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段包含重链，所述重链包含SEQ ID NO：33的氨基酸序列；以及轻链，所述轻链包含SEQ ID NO：38的氨基酸序列，并且其中所述接头-药物部分是mc-val-cit-PABC-0101。

E106.一种抗体药物缀合物，所述抗体药物缀合物包含经由抗体上的一个或多个工程化的半胱氨酸残基缀合至接头-药物部分的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段包含重链，所述重链包含SEQ ID NO：33的氨基酸序列；以及轻链，所述轻链包含SEQ ID NO：34的氨基酸序列，并且其中所述接头-药物部分是mc-val-cit-PABC-0101。

E107.如E91-E102中任一项所述的抗体药物缀合物，其中所述接头选自由以下组成的组：Ac-Lys-Gly(乙酰基-赖氨酸-甘氨酸)、氨基己酸、Ac-Lys-p-Ala(乙酰基-赖氨酸-对丙氨酸)、氨基-PEG2(聚乙二醇)-C2、氨基-PEG3-C2、氨基-PEG6-C2(或氨基PEG6-丙酰基)、Ac-Lys-Val-Cit-PABC(乙酰基-赖氨酸-缬氨酸-瓜氨酸-对氨基苄氧基羰基)、氨基-PEG6-C2-Val-Cit-PABC、氨基己酰基-Val-Cit-PABC、[(3R，5R)-1-{3-[2-(2-氨基乙氧基)乙氧基]丙酰基}哌啶-3，5-二基]双-Val-Cit-PABC、[(3S，5S)-1-{3-[2-(2-氨基乙氧基)乙氧基]丙酰基}哌啶-3，5-二基]双-Val-Cit-PABC、腐胺和Ac-Lys-腐胺，并且所述药物部分是奥瑞斯他汀。

E108.如E107所述的抗体药物缀合物，其中所述接头是氨基PEG6-丙酰基(即，氨基-PEG6-C2或AMPeg6C2)，并且所述药物部分是0101或0131。

E109.一种抗体药物缀合物，所述抗体药物缀合物包含使用在抗体上的特定位点处工程化的含酰基供体谷氨酰胺的标签缀合至接头-药物部分的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段包含重链，所述重链包含SEQ ID NO：35的氨基酸序列；以及轻链，所述轻链包含SEQ ID NO：37的氨基酸序列，并且其中接头-药物部分是氨基PEG6-丙酰基-0131(AmPeg6C2-0131)。

E110.一种抗体药物缀合物，所述抗体药物缀合物包含使用在抗体上的特定位点处工程化的含酰基供体谷氨酰胺的标签缀合至接头-药物部分的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段包含重链，所述重链包含SEQ ID NO：35的氨基酸序列；以及轻链，所述轻链包含SEQ ID NO：32的氨基酸序列，并且其中接头-药物部分是氨基PEG6-丙酰基-0131(即，AmPeg6C2-0131)。

E111.如E91-E110中任一项所述的抗体药物缀合物，其中所述抗体药物缀合物具有大于至少60℃、至少65℃、至少70℃、至少75℃、至少80℃、至少85℃或至少90℃的解链转变温度。

E112.如E111所述的抗体药物缀合物，其中所述抗体药物缀合物具有大于约65℃的第一解链转变温度。

E113.如E91-E112中任一项所述的抗体药物缀合物，其中所述抗体药物缀合物在pH 7.4下以或小于约50nM、约48nM、约46nM、约45nM、约44nM、约42nM或约40nM的K_D值结合CDCP1。

E114.如E91-E113中任一项所述的抗体药物缀合物，其中所述抗体药物缀合物在pH 6.8下以或小于约70nM、约68nM、约66nM、约65nM、约64nM、约62nM或约60nM的K_D值结合CDCP1。

E115.如E91-E114中任一项所述的抗体药物缀合物，其中所述抗体药物缀合物具有不超过约20000pM、约15000pM、约10000pM、约9500pM、8000pM、7000pM、6000pM、5000pM、4000pM、3000pM、2000pM、1000pM、900pM、800pM、700pM、650pM、600pM、500pM、400pM、300pM、250pM、200pM或100pM的半数最大抑制浓度(IC₅₀)值。

E116.如E91-E114中任一项所述的抗体药物缀合物，其中所述抗体药物缀合物具有不超过约100pM、约90pM、约80pM、约70pM、约60pM、约50pM、约40pm、约30pM、约20pM、约10pM、约9pM、约8pM、约7pM、约6pM、约5pM、约4pM、约3pM、约2pM或约1pM的IC50值。

E117.如E115或E116所述的抗体药物缀合物，其中IC50值是使用CDCP1表达细胞测定的。

E118.如E91-E117中任一项所述的抗体药物缀合物，其中与使用非小细胞肺癌(NSCLC)患者来源的异种移植物模型的另外相同的未治疗肿瘤中的平均肿瘤体积相比，所述抗体药物缀合物使平均肿瘤体积减少至少5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％。

E119.如E91-E118中任一项所述的抗体药物缀合物，其中与头颈癌患者来源的异种移植物模型中的另外相同的未治疗肿瘤中的平均肿瘤体积相比，所述抗体药物缀合物使经治疗的肿瘤中的平均肿瘤体积减少至少5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％。

E120.一种药物组合物，所述药物组合物包含E91-E119中任一项所述的抗体药物缀合物和药学上可接受的载体。

E121.一种治疗由细胞上CDCP1的表达介导或与细胞上CDCP1的表达相关的癌症、自身免疫性疾病、炎性疾病或感染性疾病的方法，所述方法包括向有需要的受试者施用治疗有效量的E91-E119中任一项所述的抗体药物缀合物、或E120所述的组合物。

E122.如E91-E119中任一项所述的抗体药物缀合物或如E120所述的组合物，所述抗体药物缀合物或所述组合物用于治疗由细胞上CDCP1的表达介导或与细胞上CDCP1的表达相关的癌症、自身免疫性疾病、炎性疾病或感染性疾病。

E123.如E89-E112中任一项所述的抗体药物缀合物或如E113所述的组合物用于治疗由细胞上CDCP1的表达介导或与细胞上CDCP1的表达相关的癌症、自身免疫性疾病、炎性疾病或感染性疾病的用途。

E124.如E89-E112中任一项所述的抗体药物缀合物或如E113所述的组合物在制造用于治疗由细胞上CDCP1的表达介导或与细胞上CDCP1的表达相关的癌症、自身免疫性疾病、炎性疾病或感染性疾病的药物中的用途。

E125.如E121-E124中任一项所述的癌症，其中所述癌症选自由以下组成的组：基底细胞癌；胆道癌；膀胱癌；骨癌；脑和中枢神经系统癌症；乳腺癌；腹膜癌；宫颈癌；绒毛膜癌；结肠和直肠癌；结缔组织癌症；消化系统癌症；子宫内膜癌；食道癌；眼癌；头颈部癌症；胃癌(包括胃肠癌)；成胶质细胞瘤；肝癌；肝细胞瘤；上皮内赘瘤；肾癌或肾脏癌；喉癌；白血病；肝癌；肺癌(例如，小细胞肺癌、非小细胞肺癌、肺腺癌和肺鳞癌)；黑素瘤；骨髓瘤；成神经细胞瘤；口腔癌(嘴唇、舌、口和咽)；卵巢癌；胰腺癌；前列腺癌；成视网膜细胞瘤；横纹肌肉瘤；直肠癌；呼吸系统癌症；唾液腺癌；肉瘤；皮肤癌；鳞状细胞癌；胃癌；睾丸癌；甲状腺癌；子宫或子宫内膜癌；泌尿系统癌症；外阴癌；淋巴瘤，包括霍奇金淋巴瘤和非霍奇金淋巴瘤，以及B细胞淋巴瘤(包括低级/滤泡性非霍奇金淋巴瘤(NHL)；小淋巴细胞(SL)NHL；中级/滤泡性NHL；中级弥漫性NHL；高级成免疫细胞NHL；高级成淋巴细胞性NHL；高级小无裂细胞NHL；巨大肿块疾病NHL；套细胞淋巴瘤；AIDS相关淋巴瘤；和瓦尔登斯特伦氏巨球蛋白血症；慢性淋巴细胞性白血病(CLL)；急性成淋巴细胞性白血病(ALL)；毛细胞白血病；慢性成骨髓细胞性白血病；以及其他癌症和肉瘤；和移植后淋巴组织增生性病症(PTLD)，以及与瘢痣病、水肿(例如与脑肿瘤相关的水肿)和梅格斯氏综合征相关的异常血管增生。

附图说明

图1是来自桑格(Sanger)细胞系项目中的790种癌细胞系的表达微阵列数据的生物信息学分析的盒形图，其示出与野生型相比，CDCP1表达在表达致癌性KRAS和/或LKB1的细胞中增加。

图2示出沉默CDCP1使已建立的H2009 NSCLC肿瘤缩小。

图3是示出如通过分析型疏水相互作用色谱(HTC)法检测的基于洗脱时间的抗CDCP1抗体的相对疏水性的图。如通过洗脱时间的减少所示，将三种点突变(Y(H100)H、W(H100C)H、Y(H100H)H)并入CP13E10 CDRH3(CP13E10-34变体)中显著降低了疏水性。

图4示出如通过分析型疏水相互作用色谱(HIC)法检测的抗CDCP1变体的洗脱时间。如通过洗脱时间的减少所示，将三种点突变(Y(H100)H、W(H100C)H、Y(H100H)H)并入CP13E10 CDRH3(CP13E10-34变体)中显著降低了疏水性。

图5是证明将V(H97)E并入重链CDR3中使变体CP13E10-54的CDCP1结合性质恢复为亲本野生型CP13E10抗体的CDCP1结合性质的线形图。

图6示出针对重组人、食蟹猴和小鼠CDCP1-ECD蛋白测定的抗CDCP1抗体的结合动力学。

图7描绘证明并入CP13E10-54HC-89LCv1中的IGKV146种系取代不会改变CDCP1结合性质的线形图。

图8示出证明与PC3前列腺癌细胞表面上表达的CDCP1结合的种系CP13E10-54HC-89LCv1与CP13E10-54HC-89LC同一的线形图。

图9描绘证明包含G(H96)A突变以去除CDRH3中的推定异构化位点的CP13E10-54HCv13-89LCv1相对于CP13E10-54HC-89LCv1保留CDCP1结合性质的线形图。

图10提供由CDCP1细胞外结构域(ECD)和抗体CP13E10-54HC-89LC的Fab片段形成的复合物的概览。图顶部的C-α迹线示出CDCP1的位置，并标记了末端。球棒图示指示在所述抗体的氨基酸残基的重原子的

内的具有至少一个重原子(非氢)的抗原氨基酸残基。带图示指示抗体，左侧的黑色示出Fab重链，并且右侧的浅灰色示出Fab轻链。标记指示CDRH1和CDRH3的位置)。

图11是CDCP1 ECD与抗体CP13E10-54HC-89LC的Fab片段之间的界面的以抗原为中心的特写。取向与图10中相同。浅灰色棒指示连接至CDCP1的Asn122的聚糖。其他效果图与图10的描述中所指示的相同。

图12示出CDCP1 ECD与抗体CP13E10-54HC-89LC的Fab片段之间的界面的以抗原为中心的特写。取向与图10中相同。浅灰色空间填充模型指示连接至CDCP1 Asn122的聚糖。球和棒效果图指示在CDCP1的氨基酸残基的重原子的

内的具有至少一个重原子的抗体残基。不希望受到任何特定理论的束缚，标记的残基Phe(H100A)似乎在使范德瓦尔斯力(VanDer Waals)与六个抗原残基接触中起关键作用(参见表5)。

图13示出CDCP1 ECD与抗体CP13E10-54HC-89LC的Fab片段之间的界面的反向特写。相对于图12，此视图反映了围绕平行于垂直页面轴的轴旋转180°。效果图与图12中相同。标记了CDRL1、CDRL3和CDRH2的位置，也标记了与抗原接触的重链的框架3(FW3)中的转角。CDRL2在此图中位于CDRL3的后面，并且因此未示出(关于示出CDRL2的不同视图，参见图14)。

图14描绘CDCP1 ECD与抗体CP13E10-54HC-89LC的VL之间的界面的反向特写。相对于图13，此视图反映了围绕平行于垂直页面轴的轴旋转180°。效果图与图12中相同。标记了CDRL1、CDRL2和CDRL3的位置。CDCP1的氨基酸残基46-54(参考SEQ ID NO：90编号)环绕CDRL1的Tyr(L32)。

图15A示出CDCP1 ECD与抗体CP13E10-54HC-89LC的Fab之间的相互作用的子集。棒和C-α迹线指示CDCP1，并且带和球棒图示指示抗体。标记了关键氨基酸残基，仅抗体标记带有括号。虚线指示某些氢键或盐桥，距离标记以埃表示。图15B示出CDCP1 ECD与抗体CP13E10-54HC-89LC的Fab之间的相互作用的子集。这是图15A中所示的相同模型的替代视图，指示了不同的距离。CDCP1的氨基酸残基46-54(参考SEQ ID NO：90编号)环绕CDRL1的Tyr(L32)。

图16示出对在“膜”和“内部”细胞区室中检测到的信号的中值荧光强度值的比率的时间依赖性增加的代表性分析。回归线的斜率表示内化速率(Ke)。

图17示出显示CDCP1-ADC(CP13E10-SS3-LP15)在NSCLC PDX模型中阻断肿瘤生长的条形图。

图18A-18C示出蛋白质印迹图像，其示出在H1299细胞(图18A)、MDA-MB-231细胞(图18B)和MCF10A细胞(图18C)中通过用抗体CP13E10-291和CPE10-54HC-89LC短期(5分钟)处理细胞的CDCP1活化。

图19A-19B描绘蛋白质印迹图像，其示出通过用抗体CP13E10-291和CPE10-54HC-89LC长时间处理乳腺癌细胞MDA-MB-231(图19A)和MDA-MB-468(图19B)的CDCP1降解。

图20示出蛋白质印迹图像，其示出通过用抗体CP13E10-291和CPE10-54HC-89LC长时间处理H1299细胞的CDCP1降解，CDCP1表达和酪氨酸磷酸化的时间依赖性降低，以及Src活化的丧失。

图21A-21B描绘免疫组织化学图像和条形图，其示出CDCP1抗体CP13E10-291和CPE10-54HC-89LC减少MDA-MB-231细胞(图21A)和H1299细胞(图21B)迁移。

图22A-22B示出图像和条形图，其示出CDCP1抗体CP13E10-291和CPE10-54HC-89LC在3D基质胶(Matrigel)测定中减少MDA-MB-231细胞(图22A)和H1299细胞(图22B)侵袭。

图23A至图23B描绘蛋白质印迹图像，其示出活化CDCP1的ab(CP13E10-291、CUB1和抗体23)仅在一些细胞中降低基础AKT活性。图23A示出H1373和H1299细胞的减少，而图23B示出在MCF10A、H1975和HCT116细胞中没有作用。

图24A-24C示出活化CDCP1的抗体也降低PC3细胞中的基础AKT活性和AKT底物磷酸化。图24A示出包括291、76、23、CUB1的活化Ab和不影响P-AKT的非活化Ab 24。图24B和24C示出在20分钟内80％降低后抑制是短暂的，此外在延长的抗体暴露期间，AKT磷酸化恢复到初始水平，与CDCP1蛋白表达的表达降低相一致。

图25示出通过使用结合至完整PC3细胞的活化(“76”)和(“24”)抗CDCP1抗体来鉴定新的CDCP1结合配偶体的实验。

图26A和26B示出如通过流式细胞术确定的抗CDCP1抗体与表达CDCP1的细胞的剂量依赖性结合。

图27示出针对重组人CDCP1-ECD蛋白测定的抗CDCP1 CP13E10-54HC-89LCv1-183/290抗体和CP13E10-54HC-89LCv1-183/290-vc0101 ADC的结合动力学。

图28A证明将PC3细胞与抗体CP13E10-54HC-89LCv1-183/290或ADC CP13E10-54HC-89LCv1-183/290-vc0101一起孵育通过共孵育的NK细胞以剂量依赖性方式介导细胞杀伤(死细胞％)。注意，不能结合PC3细胞的同种型对照抗体不会诱导NK细胞杀伤。图28B证明将PC3细胞与抗体CP13E10-54HC-89LCv1-183/290或ADC CP13E10-54HC-89LCv1-183/290-vc0101一起孵育在报告基因Jurkat生物测定效应细胞中以剂量依赖性方式介导荧光素酶的诱导(以相对光度计单位(RLU)测量)。荧光素酶诱导表明通过结合至PC3细胞的抗体接合报告细胞上的FcγRIII受体。注意，不能结合PC3细胞的同种型对照抗体不会诱导荧光素酶活性。

图29A-29B示出在用CDCP1抗体药物缀合物(ADC)治疗的胰腺癌患者来源的异种移植物(PDX)模型中的肿瘤生长。胰腺癌PDX模型PDX-PAX-24513表达大量CDCP1(如所指示的H得分)。当平均肿瘤大小达到大约200mm³(n＝10/治疗组)时，将小鼠群组植入肿瘤细胞并随机分配至治疗。每组接受所指示浓度的所指示化合物的静脉内(i.v.)注射。以四天间隔给予总计四次静脉内注射。如所指示的时程内所描述的，追踪肿瘤生长。

图30A-30B示出用CDCP1抗体药物缀合物(ADC)治疗的胰腺癌PDX模型中的肿瘤生长。胰腺癌PDX模型PDX-PAX-24509表达大量CDCP1(如所指示的H得分)。当平均肿瘤大小达到大约200mm³(n＝10/治疗组)时，将群组植入肿瘤细胞并随机分配至治疗。每组接受所指示浓度的所指示化合物的静脉内(i.v.)注射。以四天间隔给予总计四次静脉内注射。如所指示的时程内所描述的，评估肿瘤生长。

图31示出来自图30的给予3mg/kg(毫克/千克)ADC的胰腺癌模型PDX-PAX-24509群组或施用了不含ADC的磷酸盐缓冲液(PBS)的未经处理的阴性对照的存活。与接受PBS的未处理的对照(平均值±SE，16.9±0.99天；对数秩，p＜0.0001)或3mg/kg的CP13E10-54HC-89LC-H7C-AmPEG6-0131(平均值±SE，20.8±0.68天；对数秩，p＜0.0001)，统计上显著的存活益处与CP13E10-54HC-89LC-183/290-vc0101相关(平均值±SE，47.1±0.72天)。

图32A示出非小细胞肺癌(NSCLC)模型PDX-NSX-26101中的肿瘤生长。所有剂量的CP13E10-54HC-89LC-H7C-AmPEG6-0131导致进行性疾病(PD)。图32B示出NSCLC模型PDX-NSX-26101中的肿瘤生长。当以0.3和1mg/kg的剂量给药时，CP13E10-54HC-89LC-183/290-vc0101也导致进行性疾病(PD)。然而，以3mg/kg给予CP13E10-54HC-89LC-183/290-vc0101产生短暂的肿瘤消退，从而在最终剂量之后至少两周产生部分应答(PR)(图32B)。

图33A示出NSCLC模型PDX-NSX-26113中的肿瘤生长。0.3和1mg/kg的CP13E10-54HC-89LC-H7C-AmPEG6-0131剂量产生PD，而在3mg/kg下产生短暂消退，并且直到第25天(最后一次剂量后13天)观察到PR。图33B示出NSCLC模型PDX-NSX-26113中的肿瘤生长。0.3和1mg/kg剂量的CP13E10-54HC-89LC-183/290-vc0101两者均产生PD。以3mg/kg给予CP13E10-54HC-89LC-183/290-vc0101引起短暂的肿瘤消退，从而产生至少直到第42天(最后一次剂量后29天)观察到的PR。

图34A示出NSCLC模型PDX-NSX-15137中的肿瘤生长。1.5mg/kg和4.5mg/kg剂量的CP13E10-54HC-89LCv1-183/290-vc0101产生PR。到第35天，仍在4.5mg/kg剂量下观察到PR，此时紫杉醇治疗的群组中肿瘤的大小已增加超过起始体积。图34B示出头颈癌模型PDX-HNX-24715中的肿瘤生长。4.5mg/kg的CP13E10-54HC-89LCv1-183/290-vc0101和3mg/kg的CP13E10-54HC-89LC-183/290-vc0101均优于用顺铂治疗。

图35A示出PDX肿瘤模型PDX-NSX-26113中的肿瘤生长(H得分227)。建立了肿瘤模型，并以0.3、1和3mg/kg的剂量各自以四天间隔(q4dx4)四次给予CP13E10-54HC-89LC-183/290-vc0101。在第42天，在3mg/kg情况下观察到部分应答。此后，肿瘤开始持续生长，并在第56天收获以重新植入到NOD/SCID小鼠的初次接受试验的群组中。图35B示出植入从图35A中的3mg/kg群组收集的肿瘤细胞的初次接受试验的群组。当平均肿瘤大小达到200mm³时，将小鼠随机分组至治疗。在3和6mg/kg群组中观察到部分应答，从而表明肿瘤对ADC仍然敏感并且在图35A中观察到的再生长不是对CP13E10-54HC-89LC-183/290-vc0101的抗性的结果。

图36示出在胰腺(PAX)、头颈(HNX)或非小细胞肺癌(NSX)患者来源的异种移植物(PDX)肿瘤模型中观察到的肿瘤大小的最大平均变化。这些模型是在小鼠群组中建立的(*n＝10；对于其他n＝4-5)。当平均肿瘤大小达到200mm³时，开始用3mg/kg的CP13E10-54HC-89LC-183/290-vc0101 q4dx4治疗。如文中所述确定相对于起始体积的变化百分比。指示CDCP1表达水平的H得分在每个条形内给出。实体瘤疗效评价标准：完全应答1/14；部分应答10/14；进行性疾病3/14；客观应答率79％(11/14)。

图37示出在PAX、HNX、NSX、卵巢(OVX)、乳腺(BRX)、膀胱(BLA)和小细胞肺癌(SCX)PDX肿瘤模型中观察到的肿瘤大小的最大平均变化。这些模型是在小鼠群组中建立的(n＝4-5)。当平均肿瘤大小达到200mm³时，开始用3mg/kg的CP13E10-54HC-89LCv1-183/290-vc0101 q4dx4治疗。在确定的情况下CDCP1表达的H得分在单独条形内或上方给出。实体瘤疗效评价标准：完全应答8/40；部分应答17/40；稳定疾病7/40；进行性疾病8/40；客观应答率63％(25/40)。

具体实施方式

本发明部分基于出人意料的发现，即CDCP1在各种癌症的背景中展示令人感兴趣的生物学活性，这允许特定的治疗方法和患者选择。此外，本发明提供了特异性地结合CDCP1并表现出证明它们是由细胞上的CDCP1表达介导或与细胞上的CDCP1表达相关的疾病和疾患的潜在新型人类治疗剂的新型抗体和基于所述抗体的抗体药物缀合物。

CDCP1具有将某些剂内化到细胞中的能力，并且这种内化提供了在癌症治疗中的效用。不希望受理论束缚，这种内化是通过例如，例如CDCP1的酪氨酸734处的Src对CDCP1的磷酸化来进行的。先前已经提出，CDCP1的这种磷酸化与其癌症促进效应有关。出人意料地，本发明人已经发现，抗肿瘤功效要求CDCP1被磷酸化并且因此具有内化能力。此外，尽管CDCP1广泛表达，但使CDCP1靶向内化仍提供靶向抗肿瘤作用。因此，本发明尤其利用在某些细胞，例如表达Tyr734-磷酸化的CDCP1的细胞中CDCP1的内化允许以减轻脱靶效应的方式进行药物递送的发现。更进一步，本发明人已经表明，某些CDCP1靶向剂需要长时间暴露以减少CDCP1，推测(但不希望受理论束缚)是通过内化。因此，生物学效应的这种步调支持如本文所述的方案和组合疗法。此外，本发明人已经表明，在缺氧环境中，例如肿瘤(例如，以HIF-2的表达为特征)的环境中，CDCP1的内化是有利的，从而提供目标肿瘤学适应症的选择。

在各个方面，本发明涉及一种治疗有需要的患者的癌症的方法，所述方法包括：(a)评估肿瘤样品中肿瘤细胞表面上的CDCP1(例如Tyr-734-磷酸化的CDCPI)表达；以及(b)向所述癌症患者施用结合至CDCP1的剂。

因此，在各个方面，本发明涉及一种用于治疗有需要的患者的癌症的方法，所述方法包括：(a)评估肿瘤样品中突变型LKB1和/或KRAS的量；以及(b)如果突变型LKB1和/或KRAS的量高于参考样品，则向所述癌症患者施用结合至含CDCP1的剂。在一些实施方案中，所述肿瘤样品是选自以下的活检体：冷冻肿瘤组织标本、培养的细胞、循环肿瘤细胞以及福尔马林固定石蜡包埋的肿瘤组织标本。在一些实施方案中，所述突变型KRAS选自G12C；G12A；G12D；G12R；G12S；G12V；G13C；和G13D突变体。在一些实施方案中，通过从所述肿瘤样品扩增LKB1和/或KRAS核酸或其疑似含有突变的片段，以及对所述扩增的核酸进行测序来进行评估。在一些实施方案中，通过使针对LKB1和/或KRAS的抗体或其形式与所述肿瘤样品接触，以及定量抗体或其形式的结合来进行评估。

在一个方面，本公开提供了一种治疗有需要的患者的肺癌的方法，所述方法包括向所述患者施用结合至CDCP1的剂，其中所述肺癌的特征在于AKT活化，并且结合至CDCP1的所述剂是CDCP1活化剂。在一些实施方案中，肺癌是NSCLC。在一些实施方案中，所述方法还包括评估所述肺癌的样品的AKT活化。

在一个方面，本公开提供了一种治疗有需要的患者的前列腺癌的方法，所述方法包括向所述患者施用结合至CDCP1的剂，其中所述前列腺癌的特征在于AKT活化，并且结合至CDCP1的所述剂是CDCP1活化剂。在一些实施方案中，所述方法还包括评估所述前列腺癌的样品的AKT活化。在一些实施方案中，所述方法还包括施用AKT抑制剂。在一些实施方案中，所述患者正在进行用AKT抑制剂治疗。在一些实施方案中，所述AKT抑制剂选自阿瑞舍替、ARQ 751、ARQ 092、AZD5363、BAY1125976、GSK2141795、GSK690693、艾他舍替、LY2780301、MK2206和哌立福辛。

在一些实施方案中，所述患者未正在进行用Src抑制剂治疗，所述Src抑制剂任选地选自KX2-391、博舒替尼、塞卡替尼和达沙替尼。。在一些实施方案中，所述患者先前未进行用Src抑制剂治疗，所述Src抑制剂任选地选自KX2-391、博舒替尼、赛卡替尼和达沙替尼。

在一个方面，本公开提供了一种用于治疗有需要的患者的癌症的方法，所述方法包括：(a)选择结合至靶细胞上的CDCP1，并且在它接触所述靶细胞上的CDCP1时被内化的剂；以及(b)向所述癌症患者施用所述剂，其中结合至CDCP1的所述剂是活化CDCP1并缀合至PPP4R2调节剂的抗体。在一些实施方案中，CDCP1活化抗体包括但不限于CP13E10及其变体，包括CP13E10-54HC-89LCv1-183/290和CP13E10-291、CUB1、抗体23和抗体76。

在一个方面，本公开提供了一种用于治疗有需要的患者的癌症的方法，所述方法包括：(a)施用结合至CDCP1的剂，其中结合至CDCP1的所述剂是不活化CDCP1的抗体；以及(b)施用调节PARG的剂。在一些实施方案中，非活化CDCP1抗体包括但不限于抗体24。

在一个方面，本公开提供了一种确定肿瘤是否将对用结合至CDCP1的剂治疗有反应的方法，所述方法包括确定所述肿瘤的样品中突变型LKB1和/或KRAS蛋白或基因的存在、不存在或量，由此突变型LKB1和/或KRAS的存在或突变型LKBl和/或KRAS蛋白或基因的量相对于参考样品有所增加指示有可能对用结合至CDCP1的剂治疗有反应。

在一些实施方案中，本公开提供了一种用于治疗患者的癌症的方法，其中针对结合至靶细胞上的CDCP1的能力以及在它接触所述靶细胞上的CDCP1时被内化的能力选择剂，并且向所述癌症患者施用所述剂。在一些实施方案中，内化是通过例如，例如CDCP1的酪氨酸734处的Src对CDCP1的磷酸化来介导的。

在各种实施方案中，本发明涉及一种用检查点抑制剂和针对结合至靶细胞上的CDCP1(例如Tyr-734磷酸化的CDCPI)并且在它接触所述靶细胞上的CDCP1时被内化的能力选择的剂的组合疗法治疗患者的癌症的方法。在各种实施方案中，针对结合至靶细胞上的CDCP1(例如Tyr-734磷酸化的CDCPI)并且在它接触所述靶细胞上的CDCP1时被内化的能力选择的剂增强免疫系统对所述检查点抑制剂的应答。在各种实施方案中，针对结合至靶细胞上的CDCP1(例如Tyr-734磷酸化的CDCPI)并且在它接触所述靶细胞上的CDCP1时被内化的能力选择的剂改善患者对所述检查点抑制剂的应答(例如但不限于，通过提高所述检查点抑制剂的治疗效果、减轻所述检查点抑制剂的副作用和/或将无应答者或应答较差者转变为对所述检查点抑制剂的应答者)。

含CUB结构域的蛋白1(CDCP1)

CDCP1具有大的细胞外结构域(大小为665个氨基酸)，所述细胞外结构域在细胞外部分中含有三个CUB结构域，所述CUB结构域介导蛋白质-蛋白质相互作用并被认为参与细胞粘附和与细胞外基质的相互作用。已经发现CDCP1基因是在癌症，例如肺癌和头颈癌中强烈表达的基因。

跨膜蛋白CDCP1与Src和PKCδ缔合，并且当CDCP1被活化时，所有三种蛋白质都展示酪氨酸磷酸化的增加。Src磷酸化并结合至CDCP1，然后CDCP1与C2结构域结合，所述C2结构域是PKCδ的调控结构域的一部分。Tyr-734被鉴定为被Src和Src家族激酶磷酸化的位点，并且因此，P-Tyr-734是CDCP1活化的生物标志物。全长CDCP1蛋白为135kDa，但在一些细胞中，细胞外结构域被蛋白水解裂解至约75kDa跨膜蛋白。开发了CDCP1抗体或抗体-药物缀合物以敲低CDCP1或以其他方式靶向表达CDCP1的肿瘤细胞。在一些实施方案中，所述抗体或ADC必须内化为有效药物。CDCP1被确认为癌症的治疗靶标，并且还发现了新的信号传导途径，所述信号传导途径受到结合至其细胞外结构域的靶向抗体对CDCP1的活化影响。

在一些方面，所述CDCP1是人CDCP1。在一些方面，所述CDCP1是食蟹猴(cyno)CDCP1。在一些方面，所述CDCP1是小鼠CDCP1。在一些方面，所述CDCP1是灵长类动物CDCP1。表10中提供了示例性CDCP1序列。

CDCP1抗体

术语抗体在本文以最广泛意义使用且具体地涵盖单克隆抗体、多克隆抗体、二聚体、多聚体、多特异性抗体(例如，双特异性抗体)以及抗体片段，只要它们表现出所需的生物活性。抗体可以是鼠抗体、人抗体、人源化抗体、嵌合抗体或源自其它物种的抗体。抗体是由免疫系统产生的能够识别并结合直特异性抗原的蛋白质。(Janeway，C.，Travers，P.，Walport，M.，Shlomchik(2001)Immuno Biology，第5版，Garland Publishing，New York)。靶抗原通常具有由在多种抗体上的CDR所识别的许多结合位点，还被称为表位。每种特异性地结合至不同表位的抗体均具有不同的结构。因此，一种抗原可具有多于一种的相应的抗体。抗体包含全长免疫球蛋白分子或全长免疫球蛋白分子的免疫活性部分，即含有免疫特异性地结合目标靶标的抗原或其部分的抗原结合位点的分子，此类靶标包括但不限于癌细胞或产生与自身免疫性疾病相关的自身免疫抗体的细胞。本文公开的免疫球蛋白可具有任何类型(例如，IgG、IgE、IgM、IgD和IgA)、类别(例如，IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1和IgA2)或亚类的免疫球蛋白分子。免疫球蛋白可源自任何物种。然而，在一个方面，免疫球蛋白具有人、鼠或兔起源。

抗体的“抗原结合片段”是指全长抗体的片段，所述片段保留特异性地结合至抗原的能力(优选具有基本上相同的结合亲和力)。抗原结合片段的实例包括(i)Fab片段，其是由VL、VH、CL和CH1结构域组成的单价片段；(ii)F(ab’)2片段，其是在铰链区包含通过二硫桥键连接的两个Fab片段的二价片段；(iii)由VH和CH1结构域组成的Fd片段；(iv)由抗体的单臂的VL和VH结构域组成的Fv片段；(v)由VH结构域组成的dAb片段(Ward等人，1989Nature341：544-546)；和(vi)分离的互补决定区(CDR)、二硫键连接的Fv(dsFv)和抗独特型(抗Id)抗体和胞内抗体。此外，尽管Fv片段的两个结构域(VH和VL)由单独基因编码，但它们可使用重组方法通过合成接头接合，所述合成接头能够使它们被制成其中VL和VH区配对以形成单价分子的单一蛋白质链(称为单链Fv(scFv))；参见例如Bird等人，Science242：423-426(1988)和Huston等人，1988，Proc.Natl.Acad.Sci.USA85：5879-5883。也涵盖其它形式的单链抗体，如双功能抗体。双功能抗体是二价双特异性抗体，其中VH和VL结构域表达于单一多肽链上，但使用过短而不允许同一链上的两个结构域之间配对的接头，由此迫使所述结构域与另一链的互补结构域配对并产生两个抗原结合位点(参见例如Holliger等人，1993，Proc.Natl.Acad.Sci.USA90：6444-6448；Poljak等人，1994，Structure 2：1121-1123)。

抗体“可变结构域”是指单独或组合的抗体轻链(VL)的可变区或抗体重链(VH)的可变区。如本领域中已知的，重链和轻链的可变区各自由通过三个互补决定区(CDR)连接的四个框架区(FR)组成，并且有助于抗体的抗原结合位点的形成。

“互补决定区”(CDR)可根据Kabat、Chothia的定义、Kabat和Chothia两者的累积、AbM、接触、North和/或构象定义或本领域众所周知的任何CDR确定方法来鉴定。参见例如，Kabat等人，1991，Sequences of Proteins of Immunological Interest，第5版(高变区)；Chothia等人，1989，Nature342：877-883(结构环结构)。可使用本领域众所周知的方法来确定构成CDR的特定抗体中氨基酸残基的身份。CDR的AbM定义是Kabat与Chothia之间的折衷，并且使用Oxford Molecular的AbM抗体建模软件

CDR的“接触”定义是基于观察到的抗原接触，如MacCallum等人，1996，J.Mol.Biol.，262：732-745中所阐述。CDR的“构象”定义是基于对抗原结合做出焓贡献的残基(参见例如，Makabe等人，2008，J.Biol.Chem.，283：1156-1166)。North已经使用一组不同优选的CDR定义鉴定了规范CDR构象(North等人，2011，J.Mol.Biol.406：228-256)。在本文称为CDR的“构象定义”的另一种方法中，可将CDR的位置鉴定为对抗原结合做出焓贡献的残基(Makabe等人，2008，JBiol.Chem.283：1156-1166)。其它CDR边界定义可能不严格遵循以上方法之一，但将仍然与Kabat CDR重叠，尽管鉴于特定残基或残基组或甚至整个CDR不会显著影响抗原结合的预测或实验研究结果而可将它们缩短或延长。如本文所用，CDR可指通过本领域已知的任何方法(包括方法的组合)定义的CDR。本文使用的方法可利用根据这些方法中的任一种所定义的CDR。对于包含多于一个CDR的任何给定实施方案，可根据Kabat、Chothia、North、延伸、AbM、接触和/或构象定义中的任一者来定义CDR(或抗体的其他残基)。

可变结构域中的残基根据Kabat编号，Kabat是用于抗体编译的重链可变结构域或轻链可变结构域的编号系统。参见Kabat等人，1991，Sequences of Proteins ofImmunological Interest，第5版Public Health Service，National Institutes ofHealth，Bethesda，MD。使用这种编号系统，实际线性氨基酸序列可含有较少或另外的氨基酸，其对应于可变结构域的FR或CDR的缩短或对其进行的插入。例如，重链可变结构域可包含H2的残基52之后的单个氨基酸插入(根据Kabat的残基52a)和重链FR残基82之后的插入残基(例如，根据Kabat的残基82a、82b和82c)。可通过抗体序列与“标准”Kabat编号序列在同源区的比对而针对给定抗体确定残基的Kabat编号。用于指定Kabat编号的各种算法是可获得的。本文使用在Abysis版本2.3.3发布(www.abysis.org)中实现的算法来将Kabat编号指定给可变区CDRL1、CDRL2、CDRL3、CDRH1、CDRH2和CDRH3。

抗体中特定氨基酸残基位置也可根据Kabat编号。

“框架”(FR)残基是除CDR残基以外的抗体可变结构域残基。VH或VL结构域框架包含其间散布有CDR的四个框架子区域FR1、FR2、FR3和FR4，呈以下结构：FR1-CDR1-FR2-CDR2-FR3-CDR3--FR4。

“表位”是指抗体所特异性地结合的抗原的区域或区，例如，包含与抗体相互作用的残基的区域或区。表位可以是线性或构象的。

术语“互补位”是通过颠倒观点而从上述“表位”的定义衍生的，并且是指抗体分子的参与抗原的结合的区域或区，例如，包含与抗原相互作用的残基的区域或区。互补位可以是线性的或构象的(如CDR中的不连续残基)。

可使用多种实验和计算表位作图方法，以不同的细节层次来定义和表征给定抗体/抗原结合对的表位/互补位。实验方法包括诱变、X射线晶体学、核磁共振(NMR)光谱学、氢/氘交换质谱(HX-MS)和各种竞争结合方法。

在其最详细的层次上，抗体(Ab)与抗原(Ag)之间的相互作用的表位/互补位可通过定义Ag-Ab相互作用中存在的原子接触的空间坐标以及有关它们对结合热力学的相对贡献的信息来定义。在一种层次上，表位/互补位残基可通过定义Ag与Ab之间的原子接触的空间坐标来表征。在一个方面，表位/互补位残基可通过特定标准来定义，例如，Ab和Ag中原子之间的距离(例如，距同源抗体的重原子和抗原的重原子等于或小于约

的距离)。在另一个方面，表位/互补位残基可被表征为参与与同源抗体/抗原或与水分子的氢键相互作用，所述水分子也与同源抗体/抗原氢键合(水介导的氢键合)。在另一个方面，表位/互补位残基可被表征为与同源抗体/抗原的残基形成盐桥。在另一个方面，表位/互补位残基可被表征为由于与同源抗体/抗原的相互作用而在包埋表面积(BSA)中具有非零变化的残基。在不太详细的层次上，表位/互补位可通过功能来表征，例如通过与其他Ab的竞争结合来表征。表位/互补位也可更一般地定义为包含氨基酸残基，所述氨基酸残基被另一种氨基酸取代将改变Ab与Ag之间的相互作用的特征(例如，丙氨酸扫描)。

“优先地结合”或“特异性地结合”(本文可互换使用)至表位的抗体是本领域众所周知的术语，并且确定这种特异性或优先结合的方法也是本领域众所周知的。如果与分子与替代细胞或物质的反应或缔合相比，分子更频繁地、更迅速地、以更长的持续时间和/或以更大的亲和力与特定细胞或物质反应或缔合，则所述分子将被说成表现出“特异性结合”或“优先结合”。如果与抗体结合至其他物质相比，抗体以更大的亲和力、亲合力、更容易地和/或以更长的持续时间结合至靶标，则所述抗体“特异性地结合”或“优先地结合”所述靶标。例如，特异性地或优先地结合至CDCP1表位的抗体是与其结合至其他CDCP1表位或非CDCP1表位相比，以更大的亲和力、亲合力、更容易地和/或以更长的持续时间结合此表位的抗体。通过阅读此定义还应理解，例如，特异性地或优先地结合至第一靶标的抗体(或部分或表位)可以或可以不特异性地或优先地结合至第二靶标。因此，“特异性结合”或“优先结合”并不一定需要(尽管其可包括)排外的结合。一般而言，但不是必然地，提及结合是指优先结合。“特异性结合”或“优先结合”包括识别并结合至特定分子、但基本上不识别或结合样品中的其他分子的化合物，例如蛋白质、核酸、抗体等。例如，识别并结合至样品中的其同源抗原、但基本上不识别或结合所述样品中的其他分子的抗体特异性地结合至所述同源抗原。因此，在指定的测定条件下，指明的结合部分(例如抗体或其抗原结合部分)优先地结合至特定靶分子，并且不大量结合至测试样品中存在的其他组分。

可使用多种测定来选择特异性地结合目标分子的抗体或肽。例如，固相ELISA免疫测定、免疫沉淀、BIAcore^TM(GE Healthcare，Piscataway，NJ)、荧光活化细胞分选(FACS)、Octet^TM(FortéBio，Inc.，Menlo Park，CA)和蛋白质印迹分析在可用于鉴定与抗原或受体或其配体结合部分特异性地反应、与同源配体或结合配偶体特异性地结合的抗体的许多测定之中。通常，特异性或选择性反应将是背景信号或噪声的至少两倍，并且更通常地是背景的10倍以上，甚至更具体地，当平衡解离常数(K_D)值为≤1μM，如≤100nM、≤10nM、≤100pM、≤10pM、或≤1pM时，抗体被称为“特异性地结合”抗原。

如本文关于抗体所用，术语“竞争”是指第一抗体或其抗原结合部分与抗原的结合减少了第二抗体或其抗原结合部分对同一抗原的随后结合。一般来说，结合第一抗体产生空间位阻、构象变化或与共同表位(或其部分)的结合，使得第二抗体与同一抗原的结合被降低。可使用标准竞争测定来确定两种抗体是否彼此竞争。一种用于抗体竞争的合适测定涉及使用Biacore技术，所述技术可使用表面等离子体共振(SPR)技术、通常使用生物传感器系统(如

系统)来测量相互作用的程度。例如，可在体外竞争性结合抑制测定中使用SPR，以确定一种抗体抑制第二抗体的结合的能力。用于测量抗体竞争的另一种测定使用基于ELISA的方法。

此外，在国际专利申请号WO2003/48731中描述了基于抗体的竞争来“分级(binning)”抗体的高通量方法。如果一种抗体(或片段)减少了另一种抗体(或片段)与CDCP1的结合，则存在竞争。例如，可使用顺序结合竞争测定，其中顺序地添加不同的抗体。可添加第一抗体以达到接近饱和的结合。然后，添加第二抗体。如果与不存在第一抗体的并行测定(其值可设定为100％)相比，第二抗体与ROBO2的结合未检测到或显著降低(例如，至少约10％、至少约20％、至少约30％、至少约40％、至少约50％、至少约60％、至少约70％、至少约80％或至少约90％)，则两种抗体被认为彼此竞争。

“抗体结合部分”包含全长抗体的一部分，通常为其抗原结合或可变区。抗原结合部分的实例包括Fab、Fab′、F(ab′)2和Fv片段；双功能抗体；线性抗体；由Fab表达文库产生的片段、抗独特型(抗-Id)抗体、CDR(互补决定区)和免疫特异性地结合至癌细胞抗原、病毒抗原或微生物抗原的任何上述项的表位结合片段、单链抗体分子；以及由抗体片段形成的多特异性抗体。在一些实施方案中，所述抗体或其抗原结合部分选自单克隆抗体、多克隆抗体、抗体片段、Fab、Fab′、Fab′-SH、F(ab′)2、Fv、单链Fv、双功能抗体、线性抗体、双特异性抗体、多特异性抗体、嵌合抗体、人源化抗体、人抗体和包含抗体的抗原结合部分的融合蛋白。

如本文所用，术语单克隆抗体是指从基本上同质的抗体群体获得的抗体，即，除了可能以少量存在的可能的天然发生的突变之外，构成所述群体的各个抗体是相同的。单克隆抗体具有高度特异性(针对单一抗原位点)。另外，与包括针对不同决定簇(表位)的不同抗体的多克隆抗体制品相反，每种单克隆抗体针对抗原上的单一决定簇。除了其特异性之外，单克隆抗体的优点在于它们可被合成但不被其它抗体所污染。修饰语“单克隆”指示从基本上同质的抗体群体获得的抗体的特性并且不应解释为需要通过任何特定方法产生所述抗体。例如，根据本发明使用的单克隆抗体可通过首先由Kohler等人，(1975)Nature256：495描述的杂交瘤方法来制备，或者可通过重组DNA方法来制备。

Fv是含有完全抗原识别和抗原结合位点的最小抗体片段。此区域由紧密非共价缔合的一个重链可变结构域和一个轻链可变结构域的二聚体组成。正是以这种每个可变结构域的三个高变区相互作用的构型限定了VH-VL二聚体表面上的抗原结合位点。六个高变区共同对抗体赋予抗原结合特异性。然而，即使是单一可变结构域(或是仅包含对抗原具有特异性的三个高变区的Fv的一半)也具有识别并结合抗原的能力，尽管其亲和力低于完整的结合位点。

Fab片段也含有轻链的恒定结构域和重链的第一恒定结构域(CH1)。Fab′片段与Fab片段的不同之处在于在重链CH1结构域的羧基末端添加少量残基(包括来自抗体铰链区的一个或多个半胱氨酸)。本文中将其中恒定结构域的一个或多个半胱氨酸残基具有至少一个游离硫醇基的Fab′称为Fab′SH。F(ab’)2抗体片段起初以Fab′片段对的形式产生，所述Fab′片段对在Fab′片段之间具有铰链半胱氨酸。抗体片段的其它化学偶联也是已知的。

来自任何脊椎动物物种的抗体的轻链可基于其恒定结构域的氨基酸序列指定为两种明显不同类型(称为κ(κ)和λ(λ))中的一者。

单链Fv或scFv意指单链可变区抗体片段，其包含抗体的VH和VL结构域，其中这些结构域存在于单个多肽链中。Fv多肽还可包含VH与VL结构域之间的多肽接头，所述接头能够使scFv形成用于抗原结合的所需结构。

术语双功能抗体是指具有两个抗原结合位点的小抗体片段，所述片段包含与同一多肽链(VH-VL)中的可变轻结构域(VL)连接的可变重结构域(VH)。通过使用太短而不允许在同一链上的两个结构域之间配对的接头，所述结构域被迫与另一链的互补结构域配对并建立两个抗原结合位点。

人源化形式的非人(例如啮齿动物)抗体是含有源于非人免疫球蛋白的最小序列的嵌合抗体。在大多数情况下，人源化抗体是其中来自受体高变区的残基被来自非人物种(供体抗体)如小鼠、大鼠、兔或非人灵长类动物的具有所需特异性、亲和力和能力的高变区残基置换的人免疫球蛋白(受体抗体)。在一些情况下，人免疫球蛋白的框架区(FR)残基被相应的非人残基置换。此外，人源化抗体可包含受体抗体或供体抗体不存在的残基。进行这些修饰以便使抗体性能进一步改进。一般而言，人源化抗体将包含基本上所有的至少一个以及通常两个可变结构域，其中所有的或者基本上所有的高变环对应于非人免疫球蛋白的高变环，并且所有的或者基本上所有的FR是人免疫球蛋白序列的FR。

分离的抗体是已从其天然环境的组分中鉴定和分离和/或回收的抗体。其天然环境中的污染物组分是将干扰抗体的诊断或治疗用途的物质，并且可包括酶、激素和其它蛋白质或非蛋白质溶质。抗体可：(1)被纯化至如通过Lowry方法所测定的大于95重量％的抗体，或者大于99重量％；(2)被纯化至足以通过使用旋杯式蛋白质测序仪获得N末端或内部氨基酸序列的至少15个残基的程度；或(3)被纯化至通过使用考马斯蓝(Coomassie blue)或银染色在还原或非还原条件下通过SDS-PAGE测定的均质性。分离的抗体包括重组细胞内的原位抗体，因为抗体的天然环境的至少一种组分将不存在。然而，通常，通过至少一个纯化步骤制备分离的抗体。

在一些方面，本发明提供了特异性地结合CDCP1的抗体及其抗原结合片段。表10中示出示例性抗体的序列。如实施例中所示(参见例如，实施例11和19)，在一些实施方案中，本发明的抗体在与哺乳动物细胞上的CDCP1结合后内化。

在一些实施方案中，特异性地结合CDCP1的分离的抗体或其抗原结合片段包含：(i)VH，所述VH包含：(a)CDRH1，所述CDRH1包含SEQ ID NO：2的氨基酸序列，(b)CDRH2，所述CDRH2包含SEQ ID NO：3的氨基酸序列，和(c)CDRH3，所述CDRH3包含选自由以下组成的组的氨基酸序列：SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：27、SEQ ID NO：40和SEQ ID NO：45；以及(ii)VL，所述VL包含：(a)CDRL1)，所述CDRL1包含SEQ ID NO：12的氨基酸序列，(b)CDRL2，所述CDRL2包含SEQ ID NO：13的氨基酸序列；和(c)CDRL3，所述CDRL3包含选自由以下组成的组的氨基酸序列：SEQ ID NO：14和SEQ ID NO：31。

在一些实施方案中，特异性地结合CDCP1的分离的抗体或其抗原结合片段包含：(i)VH，所述VH包含：(a)CDRH1，所述CDRH1包含SEQ ID NO：2的氨基酸序列，(b)CDRH2，所述CDRH2包含SEQ ID NO：3的氨基酸序列，和(c)CDRH3，所述CDRH3包含SEQ ID NO：27的氨基酸序列；以及(ii)VL，所述VL包含：(a)CDRL1，所述CDRL1包含SEQ ID NO：12的氨基酸序列，(b)CDRL2，所述CDRL2包含SEQ ID NO：13的氨基酸序列；和(c)CDRL3，所述CDRL3包含SEQ IDNO：31的氨基酸序列。

在一些实施方案中，特异性地结合CDCP1的分离的抗体或其抗原结合片段包含：(i)VH，所述VH包含：(a)CDRH1，所述CDRH1包含SEQ ID NO：2的氨基酸序列，(b)CDRH2，所述CDRH2包含SEQ ID NO：3的氨基酸序列，和(c)CDRH3，所述CDRH3包含SEQ ID NO：40的氨基酸序列；以及(ii)VL，所述VL包含：(a)CDRL1，所述CDRL1包含SEQ ID NO：12的氨基酸序列，(b)CDRL2，所述CDRL2包含SEQ ID NO：13的氨基酸序列；和(c)CDRL3，所述CDRL3包含SEQ IDNO：31的氨基酸序列。

在一些实施方案中，特异性地结合CDCP1的分离的抗体或其抗原结合片段包含：(i)VH，所述VH包含：(a)CDRH1，所述CDRH1包含SEQ ID NO：2的氨基酸序列，(b)CDRH2，所述CDRH2包含SEQ ID NO：3的氨基酸序列，和(c)CDRH3，所述CDRH3包含SEQ ID NO：45的氨基酸序列；以及(ii)VL，所述VL包含：(a)CDRL1，所述CDRL1包含SEQ ID NO：12的氨基酸序列，(b)CDRL2，所述CDRL2包含SEQ ID NO：13的氨基酸序列；和(c)CDRL3，所述CDRL3包含SEQ IDNO：14的氨基酸序列。

抗体或其抗原结合片段可包含VH框架，所述VH框架包含人种系VH框架序列。VH框架序列可源自人VH1种系、VH3种系、VH5种系或VH4种系。例如，可使用来自以下种系的VH框架：IGHV1-46、IGHV3-23、IGHV3-7或IGHV1-69(种系名称是基于IMGT种系定义)。在一些实施方案中，VH框架完全是IGHV1-46*01(DP-7)，不包括CDRH3。

优选的人种系轻链框架是源自Vκ或Vλ种系的框架。例如，可使用来自以下种系的VL框架：IGKV3D-7、IGKV1-39或IGKV3-20(种系名称是基于IMGT种系定义)。在一些实施方案中，VL框架是IGKV3D-7*01(DPK23)。可替代地或另外地，框架序列可以是人种系共有框架序列，如人Vλ1共有序列、VK1共有序列、VK2共有序列、VK3共有序列、VH3种系共有序列、VH1种系共有序列、VH5种系共有序列或VH4种系共有序列的框架。人种系框架的序列可从各种公共数据库(如V-base、IMGT、NCBI或Abysis)获得。

在一些实施方案中，所述分离的抗体或其抗原结合片段包含VH，所述VH包含与SEQID NO：1、SEQ ID NO：26、SEQ ID NO：39或SEQ ID NO：44的氨基酸序列至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％同一的氨基酸序列。

在一些实施方案中，所述分离的抗体或其抗原结合片段包含VL，所述VL包含与SEQID NO：11、SEQ ID NO：30、SEQ ID NO：36或SEQ ID NO：11的氨基酸序列至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％同一的氨基酸序列。

在一些实施方案中，所述分离的抗体或其抗原结合片段包含VH，所述VH包含与SEQID NO：26的氨基酸序列至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％同一的氨基酸序列；以及VL，所述VL包含与SEQ ID NO：30或SEQ ID NO：36的氨基酸序列至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％同一的氨基酸序列。

在一些实施方案中，所述分离的抗体或其抗原结合片段包含VH，所述VH包含SEQID NO：26的氨基酸序列；以及VL，所述VL包含SEQ ID NO：36的氨基酸序列。

在一些实施方案中，所述分离的抗体或其抗原结合片段包含VH，所述VH包含SEQID NO：26的氨基酸序列；以及VL，所述VL包含SEQ ID NO：30的氨基酸序列。

在一些实施方案中，所述分离的抗体或其抗原结合片段包含VH，所述VH包含SEQID NO：39的氨基酸序列；以及VL，所述VL包含SEQ ID NO：36的氨基酸序列。

在一些实施方案中，所述分离的抗体或其抗原结合片段包含VH，所述VH包含SEQID NO：44的氨基酸序列；以及VL，所述VL包含SEQ ID NO：11的氨基酸序列。

在一些实施方案中，所述分离的抗体或其抗原结合片段包含VH，所述VH包含SEQID NO：1的氨基酸序列；以及VL，所述VL包含SEQ ID NO：11的氨基酸序列。

这些VH和VL序列的任何组合也涵盖于本发明中。

在某些实施方案中，本文描述的抗体或其抗原结合片段包含Fc结构域。Fc结构域可源自IgA(例如，IgA₁或IgA₂)、IgG、IgE或IgG(例如，IgG₁、IgG₂、IgG₃或IgG₄)。在一些实施方案中，所述Fc结构域包含Fc结构域的野生型序列。在一些实施方案中，所述Fc结构域包含一种或多种导致生物学活性改变的突变。例如，可将突变引入Fc结构域中以增加重组蛋白生产过程中的同质性。在一些实施方案中，所述Fc结构域是人IgG1的Fc结构域。在一些实施方案中，位于Fc结构域的C末端位置中的赖氨酸缺失以增加重组蛋白生产过程中的同质性。在一些实施方案中，存在位于Fc结构域的C末端位置中的赖氨酸。

在一些实施方案中，所述分离的抗体或其抗原结合片段包含重链，所述重链包含与SEQ ID NO：10、29、41或46的氨基酸序列至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％同一的氨基酸序列。

在一些实施方案中，所述分离的抗体或其抗原结合片段包含轻链，所述轻链包含与SEQ ID NO：17、32或37的氨基酸序列至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％同一的氨基酸序列。

在一些实施方案中，所述分离的抗体或其抗原结合片段包含重链，所述重链包含与SEQ ID No：29的氨基酸序列至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％同一的氨基酸序列；以及轻链，所述轻链包含与SEQ ID NO：32或SEQ ID NO：37的氨基酸序列至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％同一的氨基酸序列。

在一些实施方案中，所述分离的抗体或其抗原结合片段包含重链，所述重链包含SEQ ID NO：29的氨基酸序列；以及轻链，所述轻链包含SEQ ID NO：37的氨基酸序列(在本文中称为抗体“CP13E10-54HC-89LCv1”)。

在一些实施方案中，所述分离的抗体或其抗原结合片段包含重链，所述重链包含SEQ ID NO：29的氨基酸序列；以及轻链，所述轻链包含SEQ ID NO：32的氨基酸序列(在本文中称为抗体“CP13E10-54HC-89LC”)。

在一些实施方案中，所述分离的抗体或其抗原结合片段包含重链，所述重链包含SEQ ID NO：41的氨基酸序列；以及轻链，所述轻链包含SEQ ID NO：37的氨基酸序列(在本文中称为抗体“CP13E10-54HCv13-89LCv1”)。

在一些实施方案中，所述分离的抗体或其抗原结合片段包含重链，所述重链包含SEQ ID NO：46的氨基酸序列；以及轻链，所述轻链包含SEQ ID NO：17的氨基酸序列(在本文中称为抗体“CP13E10-291”)。

在一些实施方案中，所述分离的抗体或其抗原结合片段包含重链，所述重链包含SEQ ID NO：10的氨基酸序列；以及轻链，所述轻链包含SEQ ID NO：17的氨基酸序列(在本文中称为抗体“CP13E10”)。

晶体结构研究表明CDCP1呈现月牙形，并且CDCP1抗体CP13E10-54HC-89LC抗体位于月牙内侧上。六个CDCP1残基在界面中心附近与抗体相互作用。因此，在一些实施方案中，所述分离的抗体或其抗原结合片段结合CDCP1上的表位，其中所述表位包含至少一个选自由以下组成的组的氨基酸残基：Thr124、Thr160、Ser162、Ala195、Leu196和His197，根据SEQID NO：90的编号。

在一些实施方案中，所述表位还包含至少一个选自由以下组成的组的氨基酸残基：Lys45、Leu46、Gly47、Thr48、Pro49、Thr50、Ala53、Pro55、Glu92、Arg173和Glu242，根据SEQ ID NO：90的编号。在一些实施方案中，所述表位还包含至少一个选自由以下组成的组的氨基酸残基：Thr56、Tyr57、Thr66、Met67、Ile126、Val171、Arg173，根据SEQ ID NO：90的编号。

在一些实施方案中，所述表位还包含连接至根据SEQ ID NO：90的编号的Asn122的聚糖。

本发明还提供了一种抗体或其抗原结合片段，所述抗体或其抗原结合片段与本文所述的任何抗体或其抗原结合片段，如本文提供的任一种抗体(或其抗原结合片段)竞争结合至CDCP1。例如，如果抗体或其抗原结合部分与CDCP1的结合阻碍了CP13E10-54HC-89LCv1与CDCP1的随后结合，则所述抗体或其抗原结合部分与CP13E10-54HC-89LCv1克争CDCP1结合。

本发明还提供了一种抗体或其抗原结合片段，所述抗体或其抗原结合片段与本文所述的任何抗体或其抗原结合片段，如本文提供的任一种抗体或其抗原结合片段结合至相同的CDCP1表位。例如，可通过表面等离子体共振(SPR)或生物层干涉法(BLI)来评估抗体竞争测定(和重叠表位分析)，如本文中详细描述的。

本发明所提供的抗体和抗原结合片段包括单克隆抗体、多克隆抗体、抗体片段(例如，Fab、Fab’、F(ab’)₂、Fv、Fc等)、嵌合抗体、双特异性抗体、异源缀合物抗体、单链(ScFv)、其突变体、包含抗体部分的融合蛋白、结构域抗体(dAb)、人源化抗体以及免疫球蛋白分子的包含具有所需特异性的抗原识别位点的任何其他经修饰的构型，包括抗体的糖基化变体、抗体的氨基酸序列变体和共价修饰的抗体。抗体和抗原结合片段可以是鼠、大鼠、人或任何其他起源的(包括嵌合或人源化抗体)。在一些实施方案中，抗体是单克隆抗体。在一些实施方案中，抗体是嵌合、人源化或人抗体。在某些实施方案中，抗体是人抗体。在某些实施方案中，抗体是人源化抗体。

抗体的结合亲和力可表示为平衡解离常数(K_D)值，其是指特定抗原-抗体相互作用的解离速率。K_D是解离速率(也称为“解离速率(k_off)”)与缔合速率或“缔合速率(k_on)”的比率。因此，K_D等于k_off/k_on(解离/缔合)，并且表示为摩尔浓度(M)，并且K_D越小，结合的亲和力越强。抗体的K_D值可使用本领域众所周知的方法来确定。除非另有说明，否则“结合亲和力”是指单价相互作用(内在活性；例如，抗体与抗原通过单价相互作用的结合)。

在某些实施方案中，本发明的抗体或其抗原结合片段具有或小于约350nM、约325nM、约323.10nM、约300nM、约286.44nM、约275nM、约250nM、约232.13nM、约225nM、约219.13nM、约200nM、约195.54nM、约175nM、约158nM、约150nM、约125nM或约100nM的亲和力(K_D)值。

在一些实施方案中，所述抗体或其抗原结合片段以或小于约95nM、约90nM、约80nM、约79.89nM、约75nM、约70nM、约69.50nM、约65nM、约63.44nM、约60nM、约55nM、约52.88nM、约50nM、约45nM、约44.50nM、约41.99nM、约40nM、约35nM、约30nM、约25nM、约20nM、约10nM、约5nM或约1nM的K_D值结合CDCP1。

在一些实施方案中，所述抗体或其抗原结合片段以或小于约5nM、约4.5nM、约4nM、约3.5nM、约3.12nM、约3nM、约2.90nM、约2.5nM、约2nM、约1.5nM、约1nM、约900pM、约800pM、约700pM、约600pM、约500pM、约400pM、约300pM、约250pM、约200pM、约150pM、约100pM、约50pM、约40pM、约30pM、约25pM、约20pM、约15pM、约10pM、约5pM或约1pM的K_D值结合CDCP1。

K_D的值可直接通过熟知的方法来确定，并且甚至对于复杂的混合物也可通过诸如在Caceci等人，(1984，Byte 9：340-362)中阐述的那些方法的方法来计算。例如，可使用双过滤器硝酸纤维素过滤器结合测定来确立K_D，如Wong和Lohman(1993，Proc.Natl.Acad.Sci.USA90：5428-5432)所公开的测定。评估配体如抗体对靶抗原的结合能力的其他标准测定是本领域已知的，包括例如ELISA、蛋白质印迹、RIA和流式细胞术分析，以及本文其他地方例示的其他测定。

用于测量结合亲和力(K_D)值的一种示例性方法是表面等离子体共振(SPR)，通常使用生物传感器系统如

系统。SPR是指允许通过例如使用

系统检测生物传感器基质内蛋白质浓度的改变来分析实时生物特异性相互作用的光学现象。BIAcore动力学分析包括分析来自芯片的抗原与固定化分子(例如，包含抗原结合结构域的分子)在其表面上的结合和解离；或者来自芯片的抗体或其抗原结合片段与固定化抗原的解离。

在某些实施方案中，使用

T100或T200仪器进行SPR测量。例如，表面等离子体共振的标准测定条件可基于SPR芯片上大约100-500反应单位(RU)的IgG的抗体固定。将纯化的靶蛋白在缓冲液中稀释至一定范围的最终浓度，并以必要的流速(例如，10-100μl/min)注入以允许计算Ka。允许进行解离以建立解离速率，然后3MMgCl₂(或20mMNaOH)以使芯片表面再生。然后使用动力学评估软件包对传感图进行分析。在一个示例性实施方案中，SPR测定是根据如实施例中所阐述的条件。

在某些实施方案中，使用基于溶液的动力学排除测定(KinExA^TM)测量结合亲和力(K_D)值。在特定实施方案中，使用KinExA^TM 3200仪器(Sapidyne)进行KinExA测量。动力学排除测定(KinExA^TM)是能够测量平衡解离常数以及抗原/抗体相互作用的缔合和解离速率常数的通用免疫测定平台(基本上是荧光分光光度计)。由于KinExA^TM是在已经获得平衡后进行的，因此它是用于测量高亲和力相互作用的K_D的有利技术，其中相互作用的解离速率可能非常慢。KinExA^TM方法学通常可如Drake等人，(2004)Analytical Biochem.328，35-43中所述进行。

用于确定抗体的K_D的另一种方法是使用生物层干涉法(BLI)，通常使用来自ForteBio的

技术(例如，Octet QKe系统)。在某些实施方案中，BLI测量是根据以下进行的：将用专有抗人抗体(ForteBio)包被的传感器尖端通过浸入运行缓冲液(如含0.05％tween-20的10mM Hepes缓冲盐水(HBS))中进行BLI信号稳定持续120秒。然后通过将传感器浸入运行缓冲溶液(缓冲液可含有1-10ug/mL的抗体)中300秒来捕获抗体。然后通过将传感器尖端浸回到运行缓冲液中120秒来使信号稳定。然后将尖端转移到含有同源抗原的溶液中。在将传感器尖端转移至运行缓冲液之前的180秒内测量抗体-抗原的结合，以监测180秒内的受体解离。在CDCP1的情况下，通常测量抗原的7点剂量反应(在两倍稀释液中范围可为1-2nM)。另外，将没有捕获抗体的传感器尖端暴露于抗原，以监测受体与传感器尖端的非特异性结合。第二参考类型还包括其上捕获有抗体、但随后暴露于不含抗原的仅运行缓冲液的尖端。这允许双重参考以消除非特异性结合以及系统噪声和归因于抗体从抗人Fc传感器尖端解离的潜在基线漂移。原始物经历双重参考减法，并且然后拟合至1∶1Langmuir型结合模型以确定亲和力和动力学参数。

在一些实施方案中，CDCP1是人CDCP1、食蟹猴CDCP1或小鼠CDCP1。一般而言，抗CDCP1抗体应以高亲和力结合至CDCP1。期望抗CDCP1抗体具有在低纳摩尔范围内(如约40nM或更低)的与人CDCP1的结合亲和力(K_D)。在一些实施方案中，CDCP1是人CDCP1，并且K_D值是约40nM、约45nM或约50nM。在一些实施方案中，CDCP1是食蟹猴CDCP1，并且K_D值是约62nM、约64nM、约66nm、约68nM或约70nM。

抗本药物缀合物

抗体-药物缀合物或ADC是被设计为用于治疗癌症患者的靶向疗法的一类重要的高效生物制药药物。与化学疗法不同，ADC旨在仅靶向和杀死癌细胞和多余的健康细胞。ADC是由与生物活性细胞毒性(抗癌)有效负载或药物连接的抗体组成的复杂分子。如本文所用，“抗体-药物缀合物”是指与细胞毒性或细胞生长抑制药物/剂共价连接的抗体或抗体的一部分，其中所述药物/剂在本文中也称为“有效负载”。

术语前药是指与母体药物相比对肿瘤细胞的细胞毒性较低并且能够被酶促活化或转化为活性更高的母体形式的药物活性物质的前体或衍生物形式。本公开的前药包括但不限于含磷酸酯的前药、含硫代磷酸酯的前药、含硫酸酯的前药、含肽的前药、D-氨基酸修饰的前药、糖基化的前药、含β-内酰胺的前药、含任选取代的苯氧基乙酰胺的前药或含有任选取代的苯基乙酰胺的前药、5-氟胞嘧啶和可转化成活性更高的无细胞毒性药物的其它5-氟尿嘧啶前药。可被衍生化为本公开中使用的前药形式的细胞毒性药物的实例包括但不限于那些化学治疗剂。

抗体和药物可直接连接，或者它们可经由称为接头的部分连接。接头或连接是指包含共价键或原子链的使抗体共价连接于药物部分的化学部分。在各种实施方案中，接头被指定为L。接头包括二价基团，如烷基二基(alkyldiyl)、芳基二基(aryldiyl)、杂芳基二基(heteroaryldiyl)，部分诸如：-(CR2)nO(CR2)n-，烷氧基的重复单元(例如聚亚乙基氧基(polyethylenoxy)、PEG、聚亚甲基氧基(polymethyleneoxy))和烷基氨基的重复单元(例如聚亚乙基氨基，Jeffamine^TM)；以及二酸酯和酰胺，包括琥珀酸酯、琥珀酰胺、二乙醇酸酯、丙二酸酯和己酰胺。

抗CDCP1抗体和缀合位点

在一些方面，本发明提供了如本文所述的CDCP1抗体或其抗原结合片段的缀合物(或免疫缀合物)，其中所述抗体或抗原结合片段直接或经由接头间接地与用于靶向免疫疗法的药物(本文也称为有效负载)缀合(例如，抗体-药物缀合物，也称为ADC)。例如，可将药物(例如，细胞毒性剂，其涵盖抗肿瘤剂等)连接或缀合至如本文所述的CDCP1抗体或其抗原结合片段，以将药物部分靶向局部递送至细胞表面上表达CDCP1的细胞(例如，表达CDCP1的肿瘤)。

在各种出版物中已经描述了将细胞毒性剂或其他治疗剂与抗体缀合的方法。例如，可通过赖氨酸侧链胺或通过为缀合反应发生而还原链间二硫键活化的半胱氨酸巯基在抗体中进行化学修饰。参见例如，Tanaka等人，FEBS Letters 579：2092-2096，2005和Gentle等人，Bioconjugate Chem.15：658-663，2004。还描述了在抗体的特定位点工程化的反应性半胱氨酸残基，用于通过限定的化学计量学进行特异性药物缀合。参见例如，Junutula等人，Nature Biotechnology，26：925-932，2008。在转谷氨酰胺酶和胺(例如包含或连接至反应性胺的细胞毒性剂)存在下，通过多肽工程化，使用含酰基供体谷氨酰胺的标签或反应性的内源性谷氨酰胺的缀合(即，作为酰基供体形成共价键的能力)也描述于国际申请WO2012/059882和WO2015/015448中，所述申请各自以引用的方式整体并入本文。

在一些方面，可通过工程化到抗CDCP1抗体恒定结构域中的一个或多个反应性半胱氨酸残基，使用接头-有效负载部分的位点特异性缀合来产生CDCP1 ADC(参见例如，WO2013/093809、US2014/0127211、US 2017/0216452和WO 2017/093844，其各自以引用的方式整体并入本文)。为了缀合至药物或有效负载，抗CDCP1抗体重链的一个或多个氨基酸残基可被取代为另一种氨基酸，如半胱氨酸残基。在一个方面，本发明提供了一种抗CDCP1抗体或其抗原结合片段，所述抗CDCP1抗体或其抗原结合片段包含根据Kabat的Eu索引的编号在以下位置包含工程化的半胱氨酸残基的抗体重链恒定区：118(根据Kabat的114)、246、249、265、267、270、276、278、283、290、292、293、294、300、302、303、314、315、318、320、327、332、333、334、336、345、347、354、355、358、360、362、370、373、375、376、378、380、382、386、388、390、392、393、401、404、411、413、414、416、418、419、421、428、431、432、437、438、439、443或444或它们的任何组合)。特别地，可使用位置118(根据Kabat的114)、290、334、347、373、375、380、388、392、421、443或它们的任何组合。可引入另外的半胱氨酸取代。

在另一个方面，本发明提供了一种抗CDCP1抗体或其抗原结合片段，所述抗CDCP1抗体或其抗原结合片段包含根据Kabat的Eu索引的编号，在位置290包含工程化的半胱氨酸残基(K290C)的重链恒定结构域。

为了缀合至药物或有效负载，抗CDCP1抗体轻链恒定结构域的一个或多个氨基酸残基可被取代为另一种氨基酸，如半胱氨酸残基(参见例如，WO2013/093809、US2014/0127211、US 2017/0216452和WO 2017/093844，其各自以引用的方式整体并入本文)。在一个方面，本发明提供了一种抗CDCP1抗体或其抗原结合片段，所述抗CDCP1抗体或其抗原结合片段包含根据Kabat的编号，在位置110、111、125、149、155、158、161、183、185、188、189、191、197、205、207、208或210或它们的任何组合包含工程化的半胱氨酸残基的抗体轻链恒定区。可引入另外的半胱氨酸取代。

在另一个方面，本发明提供了一种抗CDCP1抗体或其抗原结合片段，所述抗CDCP1抗体或其抗原结合片段包含根据Kabat的编号，在位置183包含工程化的半胱氨酸残基(κK183C)的轻链恒定结构域。

在一些方面，本发明提供了包含抗体或抗原结合片段的抗体-药物缀合物，所述抗体或抗原结合片段具有重链和/或轻链恒定区，所述重链和/或轻链恒定区包含用于位点特异性缀合的工程化的半胱氨酸残基。在一些方面，抗体-药物缀合物具有重链恒定区，所述重链恒定区包含根据Kabat的Eu索引的编号，位于位置290的工程化的半胱氨酸残基(K290C)。在一些方面，抗体-药物缀合物具有轻链恒定区，所述轻链恒定区包含根据Kabat的编号，位于位置183的工程化的半胱氨酸残基(κK183C)。在一些方面，抗体-药物缀合物具有重链恒定区，所述重链恒定区包含根据Kabat的EU索引的编号，位于位置290的工程化的半胱氨酸残基(K290C)；以及轻链恒定区，所述轻链恒定区包含根据Kabat的编号，位于位置183的工程化的半胱氨酸残基(κK183C)。

在一些实施方案中，所述分离的抗体或其抗原结合片段包含重链，所述重链包含与SEQ ID NO：19、33或42的氨基酸序列至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％同一的氨基酸序列。

在一些实施方案中，所述分离的抗体或其抗原结合片段包含轻链，所述轻链包含与SEQ ID NO：21、34或38的氨基酸序列至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％同一的氨基酸序列。

在一些实施方案中，如E46-E56中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段包含重链，所述重链包含与SEQ ID No：33的氨基酸序列至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％同一的氨基酸序列；以及轻链，所述轻链包含与SEQ ID NO：34或SEQ ID NO：38的氨基酸序列至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％同一的氨基酸序列。

在一些实施方案中，如E46-E57中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段包含重链，所述重链包含SEQ ID NO：33的氨基酸序列；以及轻链，所述轻链包含SEQ ID NO：38的氨基酸序列。

在一些实施方案中，所述分离的抗体或其抗原结合片段包含重链，所述重链包含SEQ ID NO：33的氨基酸序列；以及轻链，所述轻链包含SEQ ID NO：34的氨基酸序列。

在一些实施方案中，如E46-E56中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段包含重链，所述重链包含SEQ ID NO：42的氨基酸序列；以及轻链，所述轻链包含SEQ ID NO：38的氨基酸序列。

在一些实施方案中，所述分离的抗体或其抗原结合片段包含重链，所述重链包含SEQ ID NO：19的氨基酸序列；以及轻链，所述轻链包含SEQ ID NO：21的氨基酸序列。

在另一个方面，可通过一个或多个工程化的含酰基供体谷氨酰胺的标签或在抗CDCP1抗体恒定区中具有反应性内源性谷氨酰胺残基，使用位点特异性缀合技术产生CDCP1ADC。制备用于经由含酰基供体谷氨酰胺的标签或谷氨酰胺残基进行位点特异性缀合的抗体的方法描述于PCT国际公布号WO2012/059882和WO2015/015448中，其各自以引用的方式整体并入本文。

在一些方面，所述含酰基供体谷氨酰胺的标签包含至少一个谷氨酰胺(Q)，并且可连接至重链和/或轻链的特定位置(即，在N末端、C末端或内部)。在另一个方面，含酰基供体谷氨酰胺的标签可包含选自以下的氨基酸序列：LLQG(SEQ ID NO：91)。在一些方面，将含酰基供体谷氨酰胺的标签插入到重链和/或轻链的特定位置(即，N末端、C末端或内部)中。在一些方面，抗CDCP1抗体可包含具有氨基酸序列LLQG(SEQ ID NO：91)的含酰基谷氨酰胺的标签，其根据Kabat的Eu索引的编号插入重链的位置135之后且位置136之前。

在一些实施方案中，所述抗体或其抗原结合片段包含一个或多个选自由以下组成的组的取代：N297A和K222R，根据Kabat的Eu索引的编号。在一些实施方案中，所述抗体或其抗原结合片段包含根据Kabat的Eu索引的编号的两个取代N297A和K222R。

在一些实施方案中，所述分离的抗体或其抗原结合片段包含重链，所述重链包含与SEQ ID NO：25、35或43的氨基酸序列至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％同一的氨基酸序列。

在一些实施方案中，所述分离的抗体或其抗原结合片段包含重链，所述重链包含与SEQ ID No：35的氨基酸序列至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％同一的氨基酸序列；以及轻链，所述轻链包含与SEQ ID NO：32或SEQ ID NO：37的氨基酸序列至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％同一的氨基酸序列。

在一些实施方案中，所述分离的抗体或其抗原结合片段包含重链，所述重链包含SEQ ID NO：35的氨基酸序列；以及轻链，所述轻链包含SEQ ID NO：37的氨基酸序列。

在一些实施方案中，所述分离的抗体或其抗原结合片段包含重链，所述重链包含SEQ ID NO：35的氨基酸序列；以及轻链，所述轻链包含SEQ ID NO：32的氨基酸序列。

在一些实施方案中，所述分离的抗体或其抗原结合片段包含重链，所述重链包含SEQ ID NO：43的氨基酸序列；以及轻链，所述轻链包含SEQ ID NO：37的氨基酸序列。

在一些实施方案中，所述分离的抗体或其抗原结合片段包含重链，所述重链包含SEQ ID NO：25的氨基酸序列；以及轻链，所述轻链包含SEQ ID NO：17的氨基酸序列。

核酸、载体和宿主细胞

本发明还提供了编码任何抗体(包括本文所述的抗体片段和经修饰的抗体)的多核苷酸。本发明还提供了一种制备本文所述的任何多核苷酸的方法。可通过本领域已知的程序来制备和表达多核苷酸。

可使用标准测序技术确定所需抗体、限定的抗体片段或其抗原结合片段的序列，以及编码这种抗体或其片段的核酸。可将编码所需抗体、限定的抗体片段或其抗原结合片段的核酸序列插入各种载体(如克隆和表达载体)中，以进行重组产生和表征。可将编码重链、限定的抗体片段或重链的抗原结合片段的核酸以及编码轻链、限定的抗体片段或轻链的抗原结合片段的核酸克隆岛同一载体或不同的载体中。

在一个方面，本发明提供了编码以下CDCP1抗体及其抗原结合片段中的任一者的氨基酸序列的多核苷酸：CP13E10、CP13E10-183/290、CP13E10-H7C-K222R-N297A、CP13E10-54HC-89LC、CP13E10-54HC-89LC-183/290、CP13E10-54HC-89LC-H7C-K222R-N297A、CP13E10-54HC-89LCv1、CP13E10-54HC-89LCv1-183/290、CP13E10-54HC-89LCv1-H7C-K222R-N297A、CP13E10-54HCv13-89LCv1、CP13E10-54HCv13-89LCv1-183/290、CP13E10-54HCv13-89LCv1-H7C-K222R-N297A、CP13E10-291、抗体23、抗体24和抗体76。编码上述氨基酸序列的多核苷酸编码与如本文所公开的本发明的抗体或其抗原结合片段的氨基酸序列至少91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一、并且更优选同一的氨基酸序列。

本发明提供了编码抗体或其抗原结合片段的氨基酸序列的多核苷酸，所述抗体或其抗原结合片段与选自由以下组成的组的抗体结合基本相同的表位：CP13E10、CP13E10-183/290、CP13E10-H7C-K222R-N297A、CP13E10-54HC-89LC、CP13E10-54HC-89LC-183/290、CP13E10-54HC-89LC-H7C-K222R-N297A、CP13E10-54HC-89LCv1、CP13E10-54HC-89LCv1-183/290、CP13E10-54HC-89LCv1-H7C-K222R-N297A、CP13E10-54HCv13-89LCv1、CP13E10-54HCv13-89LCv1-183/290、CP13E10-54HCv13-89LCv1-H7C-K222R-N297A、CP13E10-291、抗体23、抗体24和抗体76。

本发明提供了编码抗体或其抗原结合片段的氨基酸序列的多核苷酸，所述抗体或其抗原结合片段与选自由以下组成的组的抗体竞争结合至CXCR5：CP13E10、CP13E10-183/290、CP13E10-H7C-K222R-N297A、CP13E10-54HC-89LC、CP13E10-54HC-89LC-183/290、CP13E10-54HC-89LC-H7C-K222R-N297A、CP13E10-54HC-89LCv1、CP13E10-54HC-89LCv1-183/290、CP13E10-54HC-89LCv1-H7C-K222R-N297A、CP13E10-54HCv13-89LCv1、CP13E10-54HCv13-89LCv1-183/290、CP13E10-54HCv13-89LCv1-H7C-K222R-N297A、CP13E10-291、抗体23、抗体24和抗体76。

本发明提供了编码一种或多种蛋白质的多核苷酸，所述一种或多种蛋白质包含选自由以下组成的组的氨基酸序列：SEQ ID NO：1-74。

在一些实施方案中，分离的核酸包含SEQ ID NO：75的核苷酸序列。在一些实施方案中，分离的核酸包含SEQ ID NO：76的核苷酸序列。在一些实施方案中，分离的核酸包含SEQ ID NO：77的核苷酸序列。在一些实施方案中，分离的核酸包含SEQ ID NO：78的核苷酸序列。在一些实施方案中，分离的核酸包含SEQ ID NO：79的核苷酸序列。在一些实施方案中，分离的核酸包含SEQ ID NO：80的核苷酸序列。在一些实施方案中，分离的核酸包含SEQID NO：81的核苷酸序列。在一些实施方案中，分离的核酸包含SEQ ID NO：82的核苷酸序列。在一些实施方案中，分离的核酸包含SEQ ID NO：83的核苷酸序列。在一些实施方案中，分离的核酸包含SEQ ID NO：84的核苷酸序列。

本发明提供了包含如SEQ ID NO：75-84中的一者或多者中列出的一种或多种核酸分子的细胞。本发明提供了包含如SEQ ID NO：85和86中列出的一种或多种核酸分子的细胞。

在另一个方面，本发明提供了编码抗CDCP1抗体的多核苷酸及其变体，其中此类变体多核苷酸与本文公开的特定核酸序列中的任一者共享至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少87％、至少89％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％的序列同一性。这些量并不意味着是限制性的，并且所列举的百分比之间的增量被特别地设想为本公开的一部分。

本发明提供了由本文所述的核酸分子编码的多肽。

在一个实施方案中，VH和VL结构域或其抗原结合片段或全长HC或LC由单独的多核苷酸编码。或者，VH和VL或其抗原结合片段或HC和LC均由单一多核苷酸编码。

与任何此类序列互补的多核苷酸也由本公开涵盖。多核苷酸可以是单链(编码或反义)或双链的，并且可以是DNA(基因组、cDNA或合成)或RNA分子。RNA分子包括含有内含子并以一对一方式对应于DNA分子的HnRNA分子和不含内含子的mRNA分子。另外的编码序列或非编码序列可以但不需要存在于本公开的多核苷酸内，并且多核苷酸可以但不需要连接至其他分子和/或载体材料。

多核苷酸可包含天然序列(即，编码抗体或其一部分的内源序列)或者可包含这种序列的变体。多核苷酸变体含有一个或多个取代、添加、缺失和/或插入，使得相对于天然免疫反应性分子，所编码多肽的免疫反应性不降低。通常可以如本文所述评估对所编码多肽的免疫反应性的影响。在一些实施方案中，变体表现出与编码天然抗体或其一部分的多核苷酸序列至少约70％的同一性、在一些实施方案中至少约80％的同一性、在一些实施方案中至少约90％的同一性以及在一些实施方案中至少约95％的同一性。这些量并不意味着是限制性的，并且所列举的百分比之间的增量被特别地设想为本公开的一部分。

如果两个序列中的核苷酸或氨基酸的序列在如下所述针对最大对应性进行比对时相同，则这两个多核苷酸或多肽序列被称为“相同”。通常通过在比较窗口上比较序列以鉴定和比较序列相似性的局部区域来进行两个序列之间的比较。如本文所用，“比较窗口”是指其中在将两个序列最佳比对之后，可将序列与相同数目的连续位置的参考序列进行比较的至少约20个连续位置、通常30至约75或40至约50个连续位置的区段。

用于比较的序列的最佳比对可使用

生物信息学软件套件(

Inc.，Madison，WI)中的

程序，使用默认参数进行。这种程序包含在以下参考文献中描述的几种比对方案：Dayhoff，M.O.，1978，A model ofevolutionary change in proteins-Matrices for detecting distantrelationships.In Dayhoff，M.O.(编辑)Atlas of Protein Sequence and Structure，National Biomedical Research Foundation，Washington DC第5卷，增刊3，第345-358页；Hein J.，1990，Unified Approach to Alignment and Phylogenes第626-645页Methodsin Enzymology第183卷，Academic Press，Inc.，San Diego，CA；Higgins，D.G.和Sharp，P.M.，1989，CABIOS 5：151-153；Myers，E.W.和Muller W.，1988，CABIOS 4∶11-17；Robinson，E.D.，1971，Comb.Theor.11：105；Santou，N.，Nes，M.，1987，Mol.Biol.Evol.4：406-425；Sneath，P.H.A.和Sokal，R.R.，1973，Numerical Taxonomy the Principles andPractice of Numerical Taxonomy，Freeman Press，San Francisco，CA；Wilbur，W.J.和Lipman，D.J.，1983，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 80：726-730。

在一些实施方案中，“序列同一性百分比”通过在至少20个位置的比较窗口上比较两个最佳比对的序列来确定，其中所述比较窗口中的多核苷酸或多肽序列的部分与参考序列(其不包含添加或缺失)相比可包含20％或更少、通常5％至15％或10％至12％的添加或缺失(即，空位)以用于两个序列的最佳比对。通过如下方法计算所述百分比：确定两个序列中出现相同核酸碱基或氨基酸残基的位置数以产生匹配位置数，将所述匹配位置数除以参考序列中的总位置数(即，窗口大小)并且将结果乘以100而产生序列同一性百分比。

变体也可以或可替代地与天然基因或其部分或补体基本上同源。此类多核苷酸变体能够在中等严格条件下与编码天然抗体的天然存在的DNA序列(或互补序列)杂交。

合适的“中等严格条件”包括在5X SSC、0.5％SDS、1.0 mM EDTA(pH 8.0)的溶液中预洗涤；在50℃-65℃、5X SSC下杂交过夜；然后在65℃下持续20分钟用含0.1％SDS的2X、0.5X和0.2X SSC中的每一者洗涤两次。

如本文所用，“高严格条件”或“高严格度条件”是以下那些：(1)在50℃下采用低离子强度和高温进行洗涤，例如0.015M氯化钠/0.0015M柠檬酸钠/0.1％十二烷基硫酸钠；(2)在杂交过程中在42℃下采用变性剂，如甲酰胺，例如具有0.1％牛血清白蛋白/0.1％Ficoll/0.1％聚乙烯吡咯烷酮/pH 6.5的50mM磷酸钠缓冲液与750mM氯化钠、75mM柠檬酸钠的50％(v/v)甲酰胺；或(3)在42℃下采用50％甲酰胺、5X SSC(0.75M NaCl，0.075M柠檬酸钠)、50mM磷酸钠(pH6.8)、0.1％焦磷酸钠、5X邓哈特(Denhardt′s)溶液、超声处理的鲑鱼精子DNA(50μg/mL)、0.1％SDS和10％硫酸葡聚糖，在42℃下在0.2XSSC(氯化钠/柠檬酸钠)和在55℃下50％甲酰胺中洗涤，然后包括在55℃下含EDTA的0.1X SSC组成的高严格度洗涤。本领域技术人员将认识到如何根据需要调节温度、离子强度等以适应诸如探针长度等的因素。

本领域普通技术人员将了解，由于遗传密码的简并性，存在许多编码如本文所述的多肽的核苷酸序列。这些多核苷酸中的一些与任何天然基因的核苷酸序列具有极小的同源性。然而，本公开具体地考虑了由于密码子使用的差异而变化的多核苷酸。此外，包含本文提供的多核苷酸序列的基因的等位基因在本公开的范围内。等位基因是由于核苷酸的一种或多种突变(如缺失、添加和/或取代)而改变的内源基因。所得的mRNA和蛋白质可以但不必具有改变的结构或功能。可使用标准技术(如杂交、扩增和/或数据库序列比较)来鉴定等位基因。

可使用化学合成、重组方法或PCR获得本公开的多核苷酸。化学多核苷酸合成的方法是本领域众所周知的，并且在本文中无需详细描述。本领域技术人员可使用本文提供的序列和商业DNA合成仪来产生所需的DNA序列。

为了使用重组方法制备多核苷酸，可将包含所需序列的多核苷酸插入合适的载体中，并且进而可将所述载体引入合适的宿主细胞中以进行复制和扩增，如本文进一步论述的。可通过本领域已知的任何方式将多核苷酸插入宿主细胞中。通过直接摄取、内吞、转染、F-交配或电穿孔通过引入外源多核苷酸来转化细胞。一旦引入，外源多核苷酸可作为非整合载体(如质粒)维持在细胞内或整合到宿主细胞基因组中。如此扩增的多核苷酸可通过本领域众所周知的方法从宿主细胞分离。参见例如，Sambrook等人，1989。

或者，PCR允许复制DNA序列。PCR技术是本领域众所周知的，并且描述于美国专利号4,683,195、4,800,159、4,754,065和4,683,202，以及PCR：The Polymerase ChainReaction，Mullis等人，编辑，Birkauswer Press，Boston，1994中。

可通过在适当的载体中使用分离的DNA并将其插入适当的宿主细胞中来获得RNA。当细胞复制并且DNA被转录成RNA时，然后可使用本领域技术人员众所周知的方法分离RNA，例如，如Sambrook等人，1989中所阐述。

在一些实施方案中，第一载体包含编码重链的多核苷酸，并且第二载体包含编码轻链的多核苷酸。在一些实施方案中，第一载体和第二载体以类似量(如类似摩尔量或类似质量)转染至宿主细胞中。在一些实施方案中，将摩尔比或质量比介于5∶1与1∶5之间的第一载体和第二载体转染至宿主细胞中。在一些实施方案中，使用编码重链的载体与编码轻链的载体的介于1∶1与1∶5之间的质量比。在一些实施方案中，使用编码重链的载体与编码轻链的载体的1∶2的质量比。

载体

在一些实施方案中，选择针对多肽在CHO或CHO源性细胞中或在NSO细胞中的表达进行优化的载体。示例性载体描述于例如Running Deer等人，Biotechnol.Prog.20：880-889(2004)中。

合适的克隆和表达载体可包含多种组分，如启动子、增强子和其他转录调控序列。也可构建载体以允许随后将抗体可变结构域克隆到不同的载体中。合适的克隆载体可根据标准技术构建，或者可选自本领域中可用的大量克隆载体。尽管选择的克隆载体可根据预期使用的宿主细胞而变化，但有用的克隆载体通常将具有自我复制的能力，可具有针对特定限制性内切核酸酶的单一靶标，和/或可携带可用于选择含有载体的克隆的标志物的基因。合适的实例包括质粒和细菌病毒，例如，pUC18、pUC19、Bluescript(例如，pBS SK+)及其衍生物、mp18、mp19、pBR322、pMB9、ColE1、pCR1、RP4、噬菌体DNA以及穿梭载体如pSA3和pAT28。这些和许多其他克隆载体可从商业供应商如BioRad、Stratagene和Invitrogen获得。进一步提供了表达载体。表达载体通常是含有根据本公开的多核苷酸的可复制多核苷酸构建体。暗示所述表达载体通常可在宿主细胞中作为游离基因或作为染色体DNA的整体部分复制。合适的表达载体包括但不限于PCT公布号WO 87/04462中公开的质粒、病毒载体，包括腺病毒、腺相关病毒、逆转录病毒、粘粒和表达载体。载体组分通常可包括但不限于以下中的一种或多种：信号序列；复制起点；一种或多种标记基因；合适的转录控制元件(如启动子、增强子和终止子)。为了表达(即翻译)，通常还需要一种或多种翻译控制元件，如核糖体结合位点、翻译起始位点和终止密码子。

含有目标多核苷酸的载体可通过多种适当方式中的任一种引入宿主细胞，所述方式包括电穿孔；使用氯化钙、氯化铷、磷酸钙、DEAE-葡聚糖或其他物质转染；微粒轰击；脂质体转染；以及感染(例如，在载体是传染因子如痘苗病毒的情况下)。引入载体或多核苷酸的选择通常将取决于宿主细胞的特征。

宿主细胞

可使用合适的宿主细胞重组制备抗体或其抗原结合片段。可将编码抗体或其抗原结合片段的核酸克隆到表达载体中，然后将表达载体引入宿主细胞，如大肠杆菌细胞、酵母细胞、昆虫细胞、猿猴COS细胞、中国仓鼠卵巢(CHO)细胞或骨髓瘤细胞中(其中所述细胞否则不会产生免疫球蛋白)，从而在重组宿主细胞中获得抗体的合成。在本领域众所周知的许多细胞中，优选的宿主细胞包括CHO细胞、人胚肾HEK-293细胞或Sp2.0细胞。可通过全长抗体的蛋白水解或其他降解、通过重组方法或通过化学合成来产生抗体片段。抗体的多肽片段(特别是至多约50个氨基酸的较短的多肽)可通过化学合成方便地制备。用于蛋白质和肽的化学合成的方法是本领域已知的并且可商购获得。

在各种实施方案中，抗CDCP1重链和/或抗CDCP1轻链可在诸如细菌细胞的原核细胞中；或在诸如真菌细胞(如酵母)、植物细胞、昆虫细胞和哺乳动物细胞的真核细胞中表达。这种表达可例如根据本领域已知的方法进行。可用于表达多肽的示例性真核细胞包括但不限于COS细胞，包括COS 7细胞；293细胞，包括293-6E细胞；CHO细胞，包括CHO-S、DG44.Lec13 CHO细胞和FUT8 CHO细胞；

细胞(Crucell)；以及NSO细胞。在一些实施方案中，抗CDCP1重链和/或抗CDCP1轻链可在酵母中表达。参见例如，美国公布号US2006/0270045 A1。在一些实施方案中，基于特定真核宿主细胞能够进行抗CDCP1重链和/或抗CDCP1轻链的所需翻译后修饰来对它进行选择。举例来说，在一些实施方案中，CHO细胞产生唾液酸化程度高于293细胞中产生的相同多肽的多肽。

可通过任何方法来完成将一种或多种核酸引入所需宿主细胞中，所述方法包括但不限于磷酸钙转染、DEAE-葡聚糖介导的转染、阳离子脂质介导的转染、电穿孔、转导、感染等。非限制性的示例性方法描述于例如Sambrook等人，Molecular Cloning，A LaboratoryManual，第3版Cold Spring Harbor Laboratory Press(2001)中。可根据任何适合的方法使核酸短暂或稳定地转染于所需宿主细胞中。

可通过任何适合的方法纯化抗CXCR5抗体。此类方法包括但不限于使用亲和力基质或疏水性相互作用色谱。适合的亲和配体包括CDCP1 ECD和结合抗体恒定区的配体。举例来说，蛋白质A、蛋白质G、蛋白质A/G或抗体亲和柱可用于结合恒定区并纯化抗CXCR5抗体。疏水性相互作用色谱(例如丁基或苯基柱)也可适于纯化一些多肽。纯化多肽的许多方法是本领域中已知的。

在一些实施方案中，在无细胞系统中产生抗CDCP1抗体。非限制性示例性无细胞系统描述于例如Sitaraman等人，Methods Mol.Biol.498：229-44(2009)；Spirin，TrendsBiotechnol.22：538-45(2004)；Endo等人，Biotechnol.Adv.21：695-713(2003)中。

药物

可用于制备所公开的CDCP1 ADC的药物包括具有生物学或可检测活性的任何物质，例如治疗剂、可检测标记、结合剂等，以及在体内代谢为活性剂的前药。药物也可以是药物衍生物，其中药物已被官能化以使得能够与本发明的抗体缀合。

治疗剂是对癌细胞或活化的免疫细胞发挥细胞毒性、细胞生长抑制和/或免疫调节作用的剂。治疗剂的实例包括细胞毒性剂、化学治疗剂、细胞生长抑制剂和免疫调节剂。细胞毒性作用是指耗减、消除和/或杀死靶细胞。细胞毒性剂是指对细胞具有细胞毒性和/或细胞生长抑制作用的剂。细胞生长抑制作用是指抑制细胞增殖。细胞生长抑制剂是指对细胞具有细胞生长抑制作用、从而抑制特定细胞亚群的生长和/或扩增的剂。化学治疗剂是指可用于治疗癌症的化学化合物。免疫调节剂是指通过细胞因子和/或抗体的产生和/或调节T细胞功能、从而直接或通过使另一种剂更有效而间接地抑制或减少细胞亚群(即肿瘤细胞)的生长来刺激免疫应答的剂。

根据所公开的方法，可产生或生成具有以下的CDCP1 ADC：(a)结合至CDCP1的抗体或其抗原结合片段；(b)接头和(c)药物。药物与抗体比率(DAR)或药物载量指示每抗体缀合的药物(D)分子的数量。连接至抗体的接头-药物部分的数量可以是开发ADC所优选的任何数量。在一些方面，每抗体的接头-药物部分的数量是4。在其他方面，每抗体的接头-药物部分的数量是3。在另一方面，每抗体的接头-药物部分的数量是2。在另一方面，每抗体的接头-药物部分的数量是1。在其他方面，每抗体的接头-药物部分的数量大于4，如每抗体5、6、7、8、9、10、11、12或大于12个接头-药物部分。DAR可通过各种常规手段来确定，如UV光谱法、质谱法、ELISA测定、放射测量法、疏水相互作用色谱法(HIC)、电泳和HPLC。

细胞毒性剂的实例包括但不限于蒽环霉素、奥瑞斯他汀、CC-1065、尾海兔素、倍癌霉素、烯二炔、格尔德霉素、美登素、嘌呤霉素、紫杉烷、长春花生物碱、SN-38、微管溶素、哈米特林及其立体异构体、等排体、类似物或衍生物。也可使用植物毒素、其他生物活性蛋白、酶(即，ADEPT)、放射性同位素、光敏剂(即，用于光动力疗法)。

蒽环类药物来源于链霉菌属细菌，并且已被用于治疗多种癌症，如白血病、淋巴瘤、乳腺癌、子宫癌、卵巢癌和肺癌。示例性蒽环类药物包括但不限于柔红霉素、阿霉素(即，亚德里亚霉素)、表柔比星、依达比星、戊柔比星和米托蒽醌。

尾海兔素及其肽类似物和衍生物奥瑞斯他汀是高度有效的抗有丝分裂剂，其已被证明具有抗癌和抗真菌活性。参见例如，美国专利号5，663，149和Pettit等人，Antimicrob.Agents Chemother.42：2961-2965，(1998)。示例性尾海兔素和奥瑞斯他汀包括但不限于尾海兔素10、奥瑞斯他汀E、奥瑞斯他汀EB(AEB)、奥瑞斯他汀EFP(AEFP)、MMAD(单甲基奥瑞斯他汀D或单甲基尾海兔素10)、MMAF(单甲基奥瑞斯他汀F或N-甲基缬氨酸-缬氨酸-海兔异亮氨酸-海兔脯氨酸-苯丙氨酸)、MMAE(单甲基奥瑞斯他汀E或N-甲基缬氨酸-缬氨酸-海兔异亮氨酸-海兔脯氨酸-去甲麻黄碱)、5-苯甲酰基戊酸-AE酯(AEVB)。

在一些方面，药物/有效负载是奥瑞斯他汀。奥瑞斯他汀通过抑制微管蛋白聚合来抑制有丝分裂期间微管的形成而抑制细胞增殖。PCT国际公布号WO 2013/072813(其以引用的方式整体并入本文)公开了可用于本发明的CDCP1 ADC中的奥瑞斯他汀，并提供了产生奥瑞斯他汀的方法。奥瑞斯他汀的非限制性实例包括：具有以下结构的有效负载0101(在WO2013/072813中指定为#54)：

(2-甲基丙氨酰基-/V-[(34S，5S)-3-甲氧基-1-{(2S)-2-[(12)-1-甲氧基-2-甲基-3-氧代基-3-{[(1S)-2-苯基-1-(1，3-噻唑-2-基)乙基]氨基}丙基]吡咯烷-1-基}-5-甲基-1-氧代庚-4-基]-/V-甲基-L-缬氨酰胺)，3377(N，2-二甲基丙氨酰基-N-{(1S，2R)-4-{(2S)-2-[(1R，2R)-3-{[(1S)-1-羧基-2-苯乙基]氨基}-1-甲氧基-2-甲基-3-氧代丙基]吡咯烷-1-基}-2-甲氧基-1-[(1S)-1-甲基丙基]-4-氧代丁基}-N-甲基-L-缬氨酰胺)和

具有以下结构的有效负载0131(在WO 2013/072813中指定为#118)

(2-甲基-L-脯氨酰基-N-[(3R，4S，5S)-1-{(2S)-2-[(1R，2R)-3-{[(1S)-1-羧基-2-苯基乙基]氨基}-1-甲氧基-2-甲基-3-氧代丙基]吡咯烷-1-基}-3-甲氧基-5-甲基-1-氧代庚-4-基]-N-甲基-L-缬氨酰胺)。

倍癌霉素和CC-1065是可充当具有细胞毒性效力的DNA烷化剂的基于CPI的单体。参见Boger和Johnson，PNAS 92：3642-3649，1995。示例性尾海兔素包括但不限于(+)-倍癌霉素A和(+)-倍癌霉素SA，以及(+)-CC-1065。

在一些方面，药物/有效负载是CPI或CBI二聚体。CPI二聚体诱导链间DNA交联和有效细胞毒性。PCT国际公布号WO2015/110935(其以引用的方式整体并入本文)公开了可用于产生本发明的CDCP1 ADC的CPI和CBI二聚体，并且提供了产生CPI和CBI二聚体的方法。CPI二聚体的非限制性实例包括：具有以下结构的有效负载CPI-8314二聚体：

烯二炔类是一类抗肿瘤细菌产品，其特征在于九元环和十元环或存在缀合的三-双-三键的环状系统。示例性烯二炔类包括但不限于卡奇霉素、埃斯培拉霉素和达内霉素(dynemicin)。卡奇霉素，也称为LL-E33288复合物，例如β-卡奇霉素、γ-卡奇霉素或N-乙酰基-γ-卡奇霉素(γ-卡奇霉素(γ₁))是最初是作为天然产物从土壤微生物棘孢小单孢菌属calichensis分离的烯二炔抗生素(Zein等人，Science27；240(4856)：1198-1201，1988)；它产生双链DNA断裂并随后诱导靶细胞的凋亡(Zein等人，Science 27；240(4856)：1198-1201，1988；Nicolaou等人，Chem.Biol.Sep；1(1)：57-66，1994；Prokop等人，Oncogene 22：9107-9120，2003)。二硫化物类似物是N-乙酰基-γ-卡奇霉素二甲基酰肼。

格尔德霉素是结合至Hsp90(热休克蛋白90)的苯醌安沙霉素抗生素，并且已被用作抗肿瘤药物。示例性格尔德霉素包括但不限于17-AAG(17-N-烯丙基氨基-17-去甲氧基格尔德霉素)和17-DMAG(17-二甲基氨基乙基氨基-17-去甲氧基格尔德霉素)。

美登素或其衍生物美登木素生物碱通过抑制微管蛋白的聚合来抑制有丝分裂期间的微管形成而抑制细胞增殖。参见Remillard等人，Science 189：1002-1005，1975。示例性美登素和美登木素生物碱包括但不限于Mertansine(DM1)及其衍生物以及安丝菌素。

紫杉烷类是充当抗微管蛋白剂或有丝分裂抑制剂的二萜。示例性紫杉烷类包括但不限于紫杉醇(例如

)和多西他赛

长春花生物碱也是抗微管蛋白剂。示例性长春花生物碱包括但不限于长春新碱、长春碱、长春地辛和长春瑞滨。

在本发明的一些方面，所述剂是免疫调节剂。免疫调节剂的实例包括但不限于，更昔洛韦(gancyclovier)、依那西普、他克莫司、西罗莫司、沃环孢素(voclosporin)、环孢菌素、雷帕霉素、环磷酰胺、硫唑嘌呤、霉酚酸酯(mycophenolgate mofetil)、甲氨蝶呤、糖皮质激素及其类似物、细胞因子、黄嘌呤、干细胞生长因子、淋巴毒素、肿瘤坏死因子(TNF)、造血因子、白介素(例如，白介素-1(IL-1)、IL-2、IL-3、IL-6、IL-10、IL-12、IL-18和IL-21)、集落刺激因子(例如，粒细胞-集落刺激因子(G-CSF)和粒细胞巨噬细胞-集落刺激因子(GM-CSF))、干扰素(例如，干扰素-α、-β和-γ)、命名为“S1因子”的干细胞生长因子、促红细胞生成素和血小板生成素或它们的组合。

可用于本发明的免疫调节剂还包括阻断激素对肿瘤的作用的抗激素以及遏制细胞因子产生、下调自身抗原表达或掩蔽MHC抗原的免疫抑制剂。代表性的抗激素包括抗雌激素，包括例如他莫昔芬、雷洛昔芬(raloxifene)、抑制芳香酶的4(5)-咪唑、4-羟基他莫昔芬、曲沃昔芬、雷洛昔芬(keoxifene)、LY 117018、onapnstone和托瑞米芬；和抗雄激素，如氟他胺、尼鲁米特、比卡鲁胺、亮丙瑞林和戈舍瑞林；以及抗肾上腺剂。代表性的免疫抑制剂包括2-氨基-6-芳基-5-取代的嘧啶、硫唑嘌呤、环磷酰胺、溴隐亭、达那唑、氨苯砜、戊二醛、针对MHC抗原和MHC片段的抗独特型抗体、环孢菌素A、类固醇诸如糖皮质类固醇、细胞因子或细胞因子受体拮抗剂(例如，抗干扰素抗体、抗IL10抗体、抗TNFα抗体、抗IL2抗体)、链激酶、TGFβ、雷帕霉素、T-细胞受体、T-细胞受体片段和T细胞受体抗体。

在本发明的一些方面，药物是治疗性蛋白质，包括但不限于毒素、激素、酶和生长因子。

毒素蛋白(或多肽)的实例包括但不限于白喉(例如，白喉A链)、假单胞菌属外毒素和内毒素、蓖麻毒素(例如，蓖麻毒素A链)、相思豆毒素(例如，相思豆毒素A链)、蒴莲根毒素(例如，蒴莲根毒素A链)、α-帚曲菌素、油桐蛋白、石竹素蛋白、核糖核酸酶(RNA酶)、DNA酶I、葡萄球菌肠毒素-A、美洲商陆抗病毒蛋白、白树毒素、白喉菌素毒素、美洲商陆蛋白(PAPI、PAPII和PAP-S)、苦瓜抑制剂、麻疯树毒蛋白、巴豆毒素、肥皂草抑制剂、丝林霉素(mitogellin)、局限曲菌素、酚霉素、依诺霉素、单端孢霉烯、抑制剂胱氨酸结(ICK)肽(例如，角毒素(ceratotoxin))和芋螺毒素(例如，KIIIA或SmIIIa)。

激素的实例包括但不限于雌激素、雄激素、孕激素和皮质类固醇。

在本发明的一些方面，药物是寡核苷酸，如反义寡核苷酸。

可用于本发明中的另外药物包括抑制血管形成的抗血管生成剂，例如，法呢基转移酶抑制剂、COX-2抑制剂、VEGF抑制剂、bFGF抑制剂、类固醇硫酸酯酶抑制剂(例如，2-甲氧基雌二醇双-氨基磺酸酯(2-MeOE2bisMATE))、白细胞介素24、血小板反应蛋白、metallospondin蛋白、I类干扰素、白细胞介素12、鱼精蛋白、血管抑素、层粘连蛋白、内皮抑素和催乳素片段。

抗增殖剂和促凋亡剂包括PPAR-γ的活化剂(例如，环戊烯酮前列腺素(cyPG))、类维生素A、三萜类化合物(triterpinoid)(例如，环菠萝烷、羽扇豆烷、乌苏烷、齐墩果烷、木栓烷、达玛烷、葫芦素和柠檬苦素三萜类化合物)、EGF受体的抑制剂(例如，HER4)、雷帕霉素、

(1，25-二羟基胆钙化醇(维生素D))、芳香酶抑制剂(

(Letrozone))、端粒酶抑制剂、铁螯合剂(例如，3-氨基吡啶-2-吡咯甲醛缩氨基硫脲(Triapine))、凋亡蛋白(来自鸡贫血病毒的病毒蛋白3-VP3)、Bcl-2和Bcl-X(L)的抑制剂、TNF-α、FAS配体、TNF相关的细胞凋亡诱导配体(TRAIL/Apo2L)、TNF-α/FAS配体/TNF相关的细胞凋亡诱导配体(TRAIL/Apo2L)信号传导的活化剂以及PI3K-Akt存活途径信号传导的抑制剂(例如，UCN-01和格尔德霉素)。

代表性化学治疗剂包括烷化剂，如噻替派和环磷酰胺；烷基磺酸酯，如白消安、英丙舒凡和哌泊舒凡；氮杂环丙烷(aziidine)，如苯佐多巴、卡波醌、米特多巴和尤利多巴；乙烯亚胺和甲基蜜胺，包括六甲蜜胺、三亚乙基甲基蜜胺、三亚乙基磷酰胺、三亚乙基硫代磷酰胺和三羟甲基甲基蜜胺；氮芥，如苯丁酸氮芥、萘氮芥、氯磷酰胺、雌莫司汀、异环磷酸胺、氮芥、氮芥氧化物盐酸盐、美法仑、新恩比兴、苯芥胆甾醇、泼尼莫司汀、曲磷胺、尿嘧啶氮芥；亚硝基脲，如卡莫司汀、氯脲霉素、福莫司汀、洛莫司汀、尼莫司汀、雷莫司汀；抗生素，如阿克拉霉素、放线菌素、安曲霉素、重氮丝氨酸、博莱霉素、放线菌素、卡奇霉素、卡拉比辛、洋红霉素、嗜癌菌素、色霉素、更生霉素、柔红霉素、地托比星、6-重氮基-5-氧代基-L-正亮氨酸、阿霉素、表柔比星、依索比星、伊达比星、麻西罗霉素、丝裂霉素、霉酚酸、诺拉霉素、橄榄霉素、培洛霉素、泊非霉素、嘌呤霉素、三铁阿霉素、罗多比星、链黑菌素、链脲菌素、杀结核菌素、乌苯美司、净司他丁、佐柔比星；抗代谢药，如甲氨蝶呤和5-氟尿嘧啶(5-FU)；叶酸类似物，如二甲叶酸、甲氨蝶呤、蝶罗呤、三甲喋呤；嘌呤类似物，如氟达拉滨、6-巯嘌呤、硫咪嘌呤、硫鸟嘌呤；嘧啶类似物，如安西他滨、氮杂胞苷、6-氮杂尿苷、卡莫氟、阿糖胞苷、二脱氧尿苷、去氧氟尿苷、依诺他滨、氟尿苷、5-FU；雄激素，如卡鲁睾酮、丙酸屈他雄酮、环硫雄醇、美雄烷、睾内酯；抗肾上腺，如氨鲁米特、米托坦、曲洛司坦；叶酸补充剂，如亚叶酸；醋葡醛内酯；醛磷酰胺葡糖苷；氨基乙酰丙酸；安吖啶；贝曲布索；比生群；依达曲沙；迪氟法迈；地美可辛；地吖醌；艾氟米辛；依利醋铵；依托格鲁；硝酸镓；羟基脲；香菇多糖；氯尼达明；米托胍腙；米托蒽醌；莫哌达醇；二胺硝吖啶；喷司他丁；蛋氨氮芥；吡柔比星；鬼臼酸；2-乙基肼；丙卡巴肼；雷佐生；西佐喃；锗螺胺；细交链孢菌酮酸；三亚胺醌；2，2′，2′-三氯三乙胺；乌拉坦；长春地辛；达卡巴嗪；甘露莫司汀；二溴甘露醇；二溴卫矛醇；哌泊溴烷；加西托星；阿糖胞苷(“Ara-C”)；环磷酰胺；噻替派；紫杉烷类，例如紫杉醇(

Bristol-Myers Squibb Oncology of Princeton，N.J.)和多西他赛(

Rhone-Poulenc Rorer ofAntony，France)、苯丁酸氮芥；吉西他滨；6-硫鸟嘌呤；巯基嘌呤；甲氨蝶呤；铂类似物，如顺铂和卡铂；长春花碱；铂；依托泊苷(VP-16)；异环磷酰胺；丝裂霉素C；米托蒽醌；长春新碱；长春瑞滨；诺维本；诺安托；替尼泊苷；道诺霉素；氨基喋呤；希罗达；伊班膦酸盐；CPT-11；拓扑异构酶抑制剂RFS 2000；二氟甲基鸟氨酸(DMFO)；视黄酸；埃斯佩拉霉素；以及卡培他滨。

可根据本发明使用的另外的治疗剂包括用于光动力疗法的光敏剂，如美国公布号20020197262和美国专利号5,952,329(其以引用的方式整体并入本文)；用于热疗的磁性颗粒，如美国公布号20030032995(其以引用的方式整体并入本文)；结合剂，如肽、配体、细胞粘附配体等，以及前药，如含磷酸酯的前药、含硫代磷酸酯的前药、含硫酸酯的前药、含肽的前药、含β-内酰胺的前药、含取代的苯氧基乙酰胺的前药或含取代的苯基乙酰胺的前药、5-氟胞嘧啶和可转化成活性更高的无细胞毒性药物的其它5-氟尿嘧啶前药。

对于使用抗CDCP1抗体的诊断方法，药物可包括用于在体外或体内检测表达CDCP1的肿瘤细胞的存在的可检测标记。体内可检测的放射性同位素(如使用闪烁扫描术、磁共振成像或超声可检测的那些同位素)可用于临床诊断应用中。有用的闪烁扫描法标记包括正电子发射体和γ发射体。用于磁源成像的代表性造影剂是顺磁性或超顺磁性离子(例如，铁、铜、锰、铬、铒铕、镝、钬和钆)、氧化铁颗粒和水溶性造影剂。为了进行超声检测，气体或液体可被捕获在作为微泡造影剂释放的多孔无机颗粒中。对于体外检测，有用的可检测标记包括荧光团、可检测表位或结合剂以及放射性标记。

因此，在本发明的一些方面，药物是显像剂(例如，荧光团或PET(正电子发射断层摄影术)标记、SPECT(单光子发射计算机断层摄影术)标记)或MRI(磁共振成像)标记。

术语“标记”当在本文使用时是指直接地或间接地与抗体缀合以便产生“标记的”抗体的可检测化合物或组合物。标记可以是本身可检测的(例如，放射性同位素标记或荧光标记)，或在酶标记的情况下可催化可检测的底物化合物或组合物的化学改变。可充当可检测标记的放射性核素包括例如，I-131、I-123、I-125、Y-90、Re-188、Re-186、At-211、Cu-67、Bi-212和Pd-109。标记也可以是不可检测的实体，如毒素。

荧光团的实例包括但不限于异硫氰酸荧光素(FITC)(例如，5-FITC)、荧光素亚磷酰胺(FAM)(例如，5-FAM)、曙红、羧基荧光素、赤藓红、Alexa

(例如，Alexa 350、405、430、488、500、514、532、546、555、568、594、610、633、647、660、680、700或750)、羧基四甲基罗丹明(TAMRA)(例如，5-TAMRA)、四甲基罗丹明(TMR)和磺基罗丹明(SR)(例如，SR101)。

可将治疗性或诊断性放射性同位素或其他标记(例如，PET或SPECT标记)并入剂中，以与如本文所述的抗CDCP1抗体缀合。同位素可例如在抗体中存在的半胱氨酸残基处直接结合至抗体，或者可使用螯合剂来介导抗体与放射性同位素的结合。适用于放射疗法的放射性同位素包括但不限于α发射体、β发射体和俄歇电子。对于诊断应用，有用的放射性同位素包括正电子发射体和γ发射体。本发明的抗CDCP1抗体可进一步例如在抗体的酪氨酸残基上碘化，以促进抗体的检测或治疗效果。

放射性同位素或其他标记的实例包括但不限于，³H，¹¹C、¹³N、¹⁴C、¹⁵N、¹⁵O、³⁵S、¹⁸F、³²p、³³p、⁴⁷Sc、⁵¹Cr、⁵⁷Co、⁵⁸Co、⁵⁹Fe、⁶²Cu、⁶⁴Cu、⁶⁷Cu、⁶⁷Ga、⁶⁸Ga、⁷⁵Se、⁷⁶Br、⁷⁷Br、⁸⁶Y、⁸⁹Zr、⁹⁰Y、⁹⁴Tc、⁹⁵Ru、⁹⁷Ru、⁹⁹Tc、¹⁰³Ru、¹⁰⁵Rh、¹⁰⁵Ru、¹⁰⁷Hg、¹⁰⁹Pd、¹¹¹Ag、¹¹¹In、¹¹³In、¹²¹Te、¹²²Te、¹²³I、¹²⁴I、¹²⁵I、¹²⁵Te、¹²⁶I、¹³¹I、¹³¹In、¹³³I、¹⁴²Pr、¹⁴³Pr、¹⁵³Pb、¹⁵³Sm、¹⁶¹Tb、¹⁶⁵Tm、¹⁶⁶Dy、¹⁶⁶H、¹⁶⁷Tm、¹⁶⁸Tm、¹⁶⁹Yb、¹⁷⁷Lu、¹⁸⁶Re、¹⁸⁸Re、¹⁸⁹Re、¹⁹⁷Pt、¹⁹⁸Au、¹⁹⁹Au、²⁰¹Tl、²⁰³Hg、²¹¹At、²¹²Bi、²¹²Pb、²¹³Bi、²²³Ra、²²⁴Ac和²²⁵Ac。

接头

本发明的CDCP1 ADC可使用接头以直接或间接地将药物连接或缀合至抗体来制备。接头是将药物和抗体连接以形成ADC的双功能化合物。此类ADC允许经由接合至特定抗原或蛋白质的抗体选择性递送药物。合适的接头包括例如可裂解的接头和不可裂解的接头。可裂解的接头通常易于通过特定细胞内和细胞外条件裂解和释放药物。可在细胞内从抗体裂解缀合的药物的主要机制包括在溶酶体(腙、乙缩醛和顺式乌头酸样酰胺)的酸性pH中水解、通过溶酶体酶(组织蛋白酶和其他溶酶体酶)裂解肽和二硫化物的还原。缀合的药物可通过肿瘤微环境(TME)中的蛋白酶(如组织蛋白酶)在细胞外从抗体裂解。由于这些不同的裂解机制，将药物连接至抗体的机制也广泛变化，并且可使用任何合适的接头。

合适的接头可包括任何可裂解的接头。在一些方面，合适的接头包括缬氨酸-瓜氨酸(val-cit)接头、苯丙氨酸-赖氨酸(phe-lys)接头、马来酰亚胺基丙烯酰基-缬氨酸-瓜氨酸-对氨基苄氧基羰基接头或6-马来酰亚胺基己酰基-缬氨酸-瓜氨酸-对-氨基苄基氨基甲酸酯(mc-val-cit-PABC或vc)接头，或含有连接至其他另外的牺牲元件的二肽，如

-乙酰基-L-赖氨酰基-L-缬氨酰基-L-瓜氨酸-对-氨基苄氧基羰基-N，N’-二甲基氨基乙基-CO-接头，适用于基于转谷氨酰胺酶的缀合技术。在另一方面，合适的接头包括二硫化物接头，如硫烷基吡啶(diS)接头和2-(吡啶-2-基二硫烷基)乙基氨基甲酰基(diS-C₂OCO)接头。在另一方面，接头可以是不可裂解的接头，如马来酰亚胺基己酰基(mc)、马来酰亚胺基-庚酰基(me)和马来酰亚胺基-Peg6C2(MalPeg6C2)。在其他方面，合适的接头包括在特定pH或pH范围内可水解的接头，如腙接头。

接头可通过硫酯键联与抗体共价结合，例如通过接头上存在的马来酰亚胺或卤代乙酰胺与抗体上存在的天然或工程化的半胱氨酸残基的反应。在另一方面，接头可通过与存在于抗体上的赖氨酸残基的酰胺键联共价结合至抗体，例如通过存在于接头上的N-羟基-琥珀酰亚胺活化的羧酸与赖氨酸残基的游离胺反应。在另一方面，接头可通过与存在或工程化到抗体中的谷氨酰胺残基的侧链的酰胺键联共价结合至抗体，例如通过转谷氨酰胺酶催化的酶促反应，所述转谷氨酰胺酶从存在于带有谷氨酰胺残基的侧链酰胺的接头上的伯胺产生新的酰胺键联。

在一些方面，接头选自由以下组成的组：缬氨酸-瓜氨酸(val-cit)、6-马来酰亚胺基己酰基(mc)、甲氧基-聚乙二醇马来酰亚胺6(MalPeg6)、对氨基苄基氨基甲酸酯(PABC)、二甲基氨基乙醇(DMAE)、马来酰亚胺基丙酰基(MP)、水解的Peg-马来酰亚胺、丙氨酸-苯丙氨酸(ala-phe)、对氨基苄氧基羰基(PAB)、4-(2-吡啶基硫代)戊酸N-琥珀酰亚胺基酯(SPP)、4-(N-马来酰亚胺基甲基)环己烷-1甲酸N-琥珀酰亚胺基酯(SMCC)、(4-碘-乙酰基)氨基苯甲酸N-琥珀酰亚胺基酯(SIAB)、6-马来酰亚胺基己酰基-缬氨酸-瓜氨酸-对氨基苄氧基羰基(mc-val-cit-PAB)和6-马来酰亚胺基己酰基-缬氨酸-瓜氨酸-对氨基苄基氨基甲酸酯(mc-val-cit-PABC或vc)。

在一些方面，接头是选自由以下组成的组的接头：Ac-Lys-Gly(乙酰基-赖氨酸-甘氨酸)、氨基己酸、Ac-Lys-p-Ala(乙酰基-赖氨酸-对丙氨酸)、氨基-PEG2(聚乙二醇)-C2、氨基-PEG3-C2、氨基-PEG6-C2(或氨基PEG6-丙酰基)、Ac-Lys-Val-Cit-PABC(乙酰基-赖氨酸-缬氨酸-瓜氨酸-对氨基苄氧基羰基)、氨基-PEG6-C2-Val-Cit-PABC、氨基己酰基-Val-Cit-PABC、[(3R，5R)-1-{3-[2-(2-氨基乙氧基)乙氧基]丙酰基}哌啶-3，5-二基]双-Val-Cit-PABC、[(3S，5S)-1-{3-[2-(2-氨基乙氧基)乙氧基]丙酰基}哌啶-3，5-二基]双-Val-Cit-PABC、腐胺和Ac-Lys-腐胺。

在一些实施方案中，接头是：

具有以下结构的“mc-val-cit-PABC”或“vc”接头：

在一些实施方案中，接头是氨基-PEG6-C2(或氨基PEG6-丙酰基)。

在一些实施方案中，抗体药物缀合物包含本文所述的抗CDCP1抗体，其中所述抗体经由抗体上的一个或多个工程化的半胱氨酸残基缀合至接头-药物部分。接头可选自本文所述的任何接头。在一些实施方案中，接头选自由以下组成的组：缬氨酸-瓜氨酸(val-cit)、6-马来酰亚胺基己酰基(me)、甲氧基-聚乙二醇马来酰亚胺6(MalPeg6)、对氨基苄基氨基甲酸酯(PABC)、二甲基氨基乙醇(DMAE)、马来酰亚胺基丙酰基(MP)、水解的Peg-马来酰亚胺、丙氨酸-苯丙氨酸(ala-phe)、对氨基苄氧基羰基(PAB)、4-(2-吡啶基硫代)戊酸N-琥珀酰亚胺基酯(SPP)、4-(N-马来酰亚胺基甲基)环己烷-1甲酸N-琥珀酰亚胺基酯(SMCC)、(4-碘-乙酰基)氨基苯甲酸N-琥珀酰亚胺基酯(SIAB)、6-马来酰亚胺基己酰基-缬氨酸-瓜氨酸-对氨基苄氧基羰基(mc-val-cit-PAB)和6-马来酰亚胺基己酰基-缬氨酸-瓜氨酸-对氨基苄基氨基甲酸酯(mc-val-cit-PABC或vc)。在一些实施方案中，接头是mc-val-cit-PABC。在一些实施方案中，药物部分是奥瑞斯他汀。在一些实施方案中，药物部分是0101或0131。

在一些方面，本发明提供了一种抗体药物缀合物，所述抗体药物缀合物包含经由抗体上的一个或多个工程化的半胱氨酸残基缀合至接头-药物部分的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段包含重链，所述重链包含SEQ ID NO：33的氨基酸序列；以及轻链，所述轻链包含SEQ ID NO：38的氨基酸序列，并且其中接头-药物部分是mc-val-cit-PABC-0101。

在一些方面，本发明提供了一种抗体药物缀合物，所述抗体药物缀合物包含经由抗体上的一个或多个工程化的半胱氨酸残基缀合至接头-药物部分的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段包含重链，所述重链包含SEQ ID NO：33的氨基酸序列；以及轻链，所述轻链包含SEQ ID NO：34的氨基酸序列，并且其中接头-药物部分是mc-val-cit-PABC-0101。

在一些实施方案中，抗体药物缀合物包含本文所述的抗CDCP1抗体，其中使用在抗体上的特定位点处工程化的含酰基供体谷氨酰胺的标签将抗体缀合至接头药物。所述接头可选自本文所述的任何接头。在一些实施方案中，接头选自由以下组成的组：Ac-Lys-Gly(乙酰基-赖氨酸-甘氨酸)、氨基己酸、Ac-Lys-p-Ala(乙酰基-赖氨酸-对丙氨酸)、氨基-PEG2(聚乙二醇)-C2、氨基-PEG3-C2、氨基-PEG6-C2(或氨基PEG6-丙酰基)、Ac-Lys-Val-Cit-PABC(乙酰基-赖氨酸-缬氨酸-瓜氨酸-对氨基苄氧基羰基)、氨基-PEG6-C2-Val-Cit-PABC、氨基己酰基-Val-Cit-PABC、[(3R，5R)-1-{3-[2-(2-氨基乙氧基)乙氧基]丙酰基}哌啶-3，5-二基]双-Val-Cit-PABC、[(3S，5S)-1-{3-[2-(2-氨基乙氧基)乙氧基]丙酰基}哌啶-3，5-二基]双-Val-Cit-PABC、腐胺和Ac-Lys-腐胺。在一些实施方案中，接头是氨基PEG6-丙酰基(即，氨基PEG6-C2或AMPeg6C2)。在一些实施方案中，药物部分是奥瑞斯他汀。在一些实施方案中，药物部分是0101或0131。

在一些方面，本发明提供了一种抗体药物缀合物，所述抗体药物缀合物包含使用在抗体上的特定位点处工程化的含酰基供体谷氨酰胺的标签缀合至接头-药物部分的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段包含重链，所述重链包含SEQ ID NO：35的氨基酸序列；以及轻链，所述轻链包含SEQ ID NO：37的氨基酸序列，并且其中接头-药物部分是氨基PEG6-丙酰基-0131(即，AmPeg6C2-0131)。

在一些方面，本发明提供了一种抗体药物缀合物，所述抗体药物缀合物包含经由抗体上的一个或多个工程化的半胱氨酸残基缀合至接头-药物部分的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段包含重链，所述重链包含SEQ ID NO：35的氨基酸序列；以及轻链，所述轻链包含SEQ ID NO：32的氨基酸序列，并且其中接头-药物部分是氨基PEG6-丙酰基-0131(i.e.，AmPeg6C2-0131)。

可通过诸如温度、pH、接头-有效负载部分输入和添加剂浓度的反应变量的变化来凭经验确定用于产生ADC的最佳反应条件。适于缀合其他药物的条件可由本领域技术人员无需过多实验即可确定。实施例17和18中描述了用于缀合和表征CDCP1 ADC的代表性方法。

在缀合后，可将缀合物分离，从未缀合的反应物和/或缀合物的聚集形式纯化，并通过常规方法进行表征。这包括诸如但不限于质谱、尺寸排阻色谱(SEC)、超滤/渗滤、离子交换色谱(IEC)、色谱聚焦(CF)、定点诱变、荧光标记、X射线晶体学、高效液相色谱(HPLC)、快速蛋白质液相色谱(FPLC)、聚丙烯酰胺葡聚糖S-200色谱或疏水相互作用色谱(HIC)的方法。合适的HIC介质包括但不限于苯基琼脂糖凝胶6快流速色谱介质、丁基琼脂糖凝胶4快流速色谱介质、辛基琼脂糖凝胶4快流速色谱介质、Toyopearl醚-650M色谱介质、Macro-Prep甲基HIC介质或Macro-Prep叔丁基HIC介质。

在一些实施方案中，如本文所述的抗体药物缀合物具有大于至少60℃、至少65℃、至少70℃、至少75℃、至少80℃、至少85℃或至少90℃的解链转变温度。在一些实施方案中，抗体药物缀合物具有大于约65℃的解链转变温度。

在一些实施方案中，如本文所述的抗体药物缀合物在pH 7.4下以或小于约50nM、约48nM、约46nM、约45nM、约44nM、约42nM或约40nM的K_D值结合CDCP1。在一些实施方案中，抗体药物缀合物在pH6.8下以或小于约70nM、约68nM、约66nM、约65nM、约64nM、约62nM或约60nM的K_D值结合CDCP1。

在一些实施方案中，如本文所述的抗体药物缀合物具有不超过约20000pM、约15000pM、约10000pM、约9500pM、8000pM、7000pM、6000pM、5000pM、4000pM、3000pM、2000pM、1000pM、900pM、800pM、700pM、650pM、600pM、500pM、400pM、300pM、250pM、200pM或100pM的半数最大抑制浓度(IC₅₀)值。在一些实施方案中，如本文所述的抗体药物缀合物具有不超过约100pM、约90pM、约80pM、约70pM、约60pM、约50pM、约40pm、约30pM、约20pM、约10pM、约9pM、约8pM、约7pM、约6pM、约5pM、约4pM、约3pM、约2pM或约1pM的IC₅₀值。在一些实施方案中，在表达CDCP1的细胞中测定IC50值。

在一些实施方案中，与NSCLC PDX模型中未治疗的对照中的平均肿瘤体积相比，如本文所述的抗体药物缀合物使平均肿瘤体积减少至少5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％。在一些实施方案中，与头颈癌患者来源的异种移植物模型中未治疗的对照中的平均肿瘤体积相比，抗体药物缀合物使平均肿瘤体积减少至少5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％。

CDCP1特异性抗体和ADC的用途

本发明的抗CDCP1抗体和CDCP1 ADC可用于各种应用中，包括但不限于治疗性治疗方法和诊断性治疗方法。

在一些方面，本发明提供了一种用于治疗受试者中与CDCP1表达相关的疾患的方法。在一些实施方案中，所述治疗受试者中与CDCP1表达相关的疾患的方法包括向有需要的受试者施用有效量的包含如本文所述的CDCP1抗体或CDCP1抗体缀合物的组合物(例如药物组合物)。与CDCP1表达相关的疾患包括但不限于异常CDCP1表达、改变或异常的CDCP1表达、表达CDCP1的恶性细胞以及增生性病症(例如癌症)、自身免疫性病症、炎性疾病或传染性疾病。

因此，在一些方面，本发明提供了治疗有需要的受试者的癌症、自身免疫性疾病、炎性疾病或感染性疾病的方法，所述方法包括向有需要的受试者施用有效量的包含如本文所述的抗CDCP1抗体或CDCP1抗体缀合物的组合物(或包含抗CDCP1抗体或CDCP1抗体药物缀合物的药物组合物)。

本发明提供了治疗肿瘤的方法，其中肿瘤细胞在表面上表达CDCP1，并且其中周围的非肿瘤组织表达较少或没有可检测到的细胞表面CDCP1。所述方法包括施用特异性地结合CDCP1并被细胞内化的抗体或其抗原结合片段。优选地，所述抗体或其抗原结合片段是包含细胞毒性有效负载的抗体药物缀合物。不希望受任何特定理论束缚，CDCP1被活化是因为它在酪氨酸734(P-734-tyr)处被磷酸化，并且其中编号参考SEQ ID NO：90。甚至更优选地，并且不希望受任何特定理论束缚，所述方法包括治疗低氧环境内的肿瘤，使得与不在不处于缺氧环境中的肿瘤中的CDCP1相比，CDCP1在Tyr734处以更高的水平的磷酸化。此类肿瘤尤其包括肺癌肿瘤和头颈癌肿瘤。一旦获得本文的教义，本领域技术人员将理解，与缺氧环境和/或比其他相同肿瘤或组织相比更高水平的P-tyr-734相关的任何肿瘤都可使用本发明的抗体和/或ADC来治疗。

癌症

癌症或肿瘤是指不受控制的细胞生长和/或异常增加的细胞存活和/或细胞凋亡的抑制，其干扰身体器官和系统的正常功能。包括良性和恶性癌症、息肉、增生以及休眠状态肿瘤或微转移。此外，包括具有不受免疫系统阻碍的异常增殖的细胞(例如，病毒感染的细胞)。癌症可以是原发性癌症或转移性癌症。原发性癌症可以是在临床上可检测到的起源部位处的癌细胞区域，并且可以是原发性肿瘤。相比之下，转移性癌症可以是疾病从一个器官或部分扩散至另一非相邻器官或部分。转移性癌症可由癌细胞引起，所述癌细胞具有穿透并浸润局部区域中的周围正常组织的能力，从而形成新的肿瘤，其可以是局部转移。癌细胞也可由癌细胞引起，所述癌细胞具有穿透淋巴管和/或血管壁的能力，此后癌细胞能够通过血流循环(从而成为循环中肿瘤细胞)至体内的其他部位和组织。癌症可由于诸如淋巴或血源性播散的过程引起。癌症也可由肿瘤细胞引起，所述肿瘤细胞停留在另一个部位，重新穿透血管或壁，继续繁殖，并且最终形成另一种临床上可检测的肿瘤。癌症可以是这种新肿瘤，其可以是转移性(或继发性)肿瘤。

癌症可由已转移的肿瘤细胞引起，其可以是继发性或转移性肿瘤。肿瘤的细胞可与原始肿瘤中的细胞相似。例如，如果乳腺癌或结肠癌转移至肝脏，则继发性肿瘤虽然存在于肝脏中，但由异常的乳腺癌或结肠细胞而不是异常的肝细胞组成。因此，肝脏中的肿瘤可以是转移性乳腺癌或转移性结肠癌，而不是肝癌。癌症可起源于任何组织。癌症可起源于黑素瘤、结肠、乳腺或前列腺；并且因此可由起初分别是皮肤、结肠、乳腺或前列腺组织的细胞组成。癌症也可以是血液系统恶性肿瘤，其可以是白血病或淋巴瘤。癌症可侵入诸如肝脏、肺、膀胱或肠的组织。

在一些实施方案中，CDCP1的敲低导致P38、细胞外信号调控激酶1(ERK1和2)、Jun原癌基因(JUN同种型1、2和3)、AKT丝氨酸/苏氨酸激酶1(AKT同种型1、2和3)、AMP活化的蛋白激酶(AMPK)、信号转导子和转录活化因子(STAT2)、STAT5 A/B、胆碱/乙醇胺激酶(CHK-2)和MET原癌基因、受体酪氨酸激酶(MET)的上调。

在一个方面，本公开提供了一种用于治疗有需要的患者的癌症的方法，所述方法包括：(a)评估肿瘤样品中突变型LKB1和/或KRAS的量；以及(b)如果突变型LKB1和/或KRAS的量高于参考样品，则向所述癌症患者施用结合至CDCP1的剂。

在一个方面，本公开提供了一种用于治疗有需要的患者的癌症的方法，所述方法包括：(a)选择结合至靶细胞上的CDCP1，并且在它接触所述靶细胞上的CDCP1时被内化的剂；以及(b)向所述癌症患者施用所述剂，其中结合至CDCP1的所述剂是活化CDCP1并缀合至PPP4R2调节剂的抗体。

在一个方面，本公开提供了一种用于治疗有需要的患者的癌症的方法，所述方法包括：(a)施用结合至CDCP1的剂，其中结合至CDCP1的所述剂是不活化CDCP1的抗体；以及(b)施用调节PARG的剂。

本发明的代表性癌症和/或肿瘤包括但不限于基底细胞癌；胆道癌；膀胱癌；骨癌；脑和中枢神经系统癌症；乳腺癌；腹膜癌；宫颈癌；绒毛膜癌；结肠和直肠癌；结缔组织癌症；消化系统癌症；子宫内膜癌；食道癌；眼癌；头颈部癌症；胃癌(包括胃肠道癌)；成胶质细胞瘤；肝癌；肝细胞瘤；上皮内赘瘤；肾癌或肾脏癌；喉癌；白血病；肝癌；肺癌(例如，小细胞肺癌、非小细胞肺癌、肺腺癌和肺鳞癌)；黑素瘤；骨髓瘤；成神经细胞瘤；口腔癌(嘴唇、舌、口和咽)；卵巢癌；胰腺癌；前列腺癌；成视网膜细胞瘤；横纹肌肉瘤；直肠癌；呼吸系统癌症；唾液腺癌；肉瘤；皮肤癌；鳞状细胞癌；胃癌；睾丸癌；甲状腺癌；子宫或子宫内膜癌；泌尿系统癌症；外阴癌；淋巴瘤，包括霍奇金淋巴瘤和非霍奇金淋巴瘤，以及B细胞淋巴瘤(包括低级/滤泡性非霍奇金淋巴瘤(NHL)；小淋巴细胞(SL)NHL；中级/滤泡性NHL；中级弥漫性NHL；高级成免疫细胞NHL；高级成淋巴细胞性NHL；高级小无裂细胞NHL；巨大肿块疾病NHL；套细胞淋巴瘤；AIDS相关淋巴瘤；和瓦尔登斯特伦氏巨球蛋白血症；慢性淋巴细胞性白血病(CLL)；急性成淋巴细胞性白血病(ALL)；毛细胞白血病；慢性成骨髓细胞性白血病；以及其他癌症和肉瘤；和移植后淋巴组织增生性病症(PTLD)，以及与瘢痣病、水肿(如与脑肿瘤相关的水肿)和梅格斯氏综合征(Meigs’syndrome)相关的异常血管增生。

在一些实施方案中，癌症为是肺癌。在一些实施方案中，癌症亚型是SCLC、NSCLC或间皮瘤。在一个方面，本公开提供了一种治疗有需要的患者的肺癌的方法，所述方法包括向所述患者施用结合至CDCP1的剂，其中所述肺癌的特征在于AKT活化，并且结合至CDCP1的所述剂是CDCP1活化剂。

在一些实施方案中，癌症是前列腺癌。在一个方面，本公开提供了一种治疗有需要的患者的前列腺癌的方法，所述方法包括向所述患者施用结合至CDCP1的剂，其中所述前列腺癌的特征在于AKT活化，并且结合至CDCP1的所述剂是CDCP1活化剂。

在一些实施方案中，所述癌症是头颈部癌症。

在一些实施方案中，本公开的方法提供确定患有增生性病症，例如癌症(例如，NSCLC、前列腺癌或头颈癌)的受试者的预后。预后可以是例如不良的预后或良好的预后，分别通过缩短的存活期或延长的存活期来衡量。此外，可将总存活期(OS)、无疾病存活期(DFS)或无复发存活期(RFS)衡量为存活。癌症可以是原发性或复发性的，并且可具有任何类型(如上所述)、分期(例如，I、II、III或IV期或其他分期系统的等效物)和/或组织学。患者可具有任何年龄、性别、行为状态和/或缓解程度和持续时间。

在一些实施方案中，CDCP1的敲低导致HCK原癌基因、粘着斑激酶(FAK)、p70S6K和磷脂酶Cγ1(PLCγ1)的下调。

在一些实施方案中，癌症不是膀胱癌。

组合疗法/缀合剂

如本文所述，在各种实施方案中，本发明涉及抗肿瘤剂，所述抗肿瘤剂可以是本发明的缀合物的一部分或在本发明所涵盖的各种组合疗法的背景下使用。

组合疗法包括抗体-药物缀合物和另一种治疗剂的施用作为特定治疗方案的一部分，任选地包括维持阶段，旨在从这些治疗剂的协同作用中提供有益作用。组合的有益作用包括但不限于由治疗剂的组合所产生的药代动力学或药效动力学共同作用。这些治疗剂的组合施用通常在限定时间段(取决于所选择的组合通常数分钟、数小时、数天或数周)内进行。组合疗法通常不意图涵盖施用这些治疗剂中的两者或更多者作为附带且任意产生本发明的组合的单独单药疗法方案的一部分。

组合疗法包括以顺序方式施用这些治疗剂，即其中各治疗剂在不同时间施用，以及以实质上同时的方式施用这些治疗剂或所述治疗剂中的至少两者。顺序或实质上同时施用每种治疗剂可通过包括但不限于经口途径、静脉内途径、肌肉内途径、皮下途径以及通过粘膜组织直接吸收的任何适当的途径来实现。可通过相同途径或通过不同途径施用治疗剂。例如，可口服施用第一治疗剂(例如，化学治疗剂)，并且可静脉内施用第二种剂(例如，ADC)。此外，所选择的组合的第一治疗剂可通过静脉内注射来使用，而所述组合的其他治疗剂可口服施用。可替代地，例如，两种治疗剂均可通过静脉内或皮下注射来施用。

在本公开中，除非另外说明，否则术语顺序意指以规则的顺序或次序为特征，例如，如果剂量方案包括ADC和化学治疗剂的施用，则顺序剂量方案可包括在施用化学治疗剂之前、同时、基本上同时或之后施用ADC，但是两种剂将以规则的顺序或次序进行施用。除非另有说明，否则术语单独是指彼此分开。除非另有说明，否则术语同时是指同时发生或进行，即，本发明的化合物是同时施用的。术语基本上同时是指化合物在彼此数分钟内(例如，在彼此10分钟内)施用，并且意图包括联合施用以及连续施用，但是如果施用是连续的，则仅在时间上分开较短的时间(例如，执业医师将用来分别施用两种化合物所需要的时间)。如本文所用，并行施用和基本上同时施用可互换使用。顺序施用是指ADC和化学治疗剂在时间上分开的施用。

在一些实施方案中，化学治疗剂选自烷化剂，如噻替派和CYTOXAN环磷酰胺；烷基磺酸酯，如白消安、英丙舒凡和哌泊舒凡；氮杂环丙烷，如苯佐多巴、卡波醌、米特多巴和尤利多巴；乙烯亚胺和甲基蜜胺，包括六甲蜜胺、三亚乙基蜜胺、三亚乙基磷酰胺、三亚乙基硫代磷酰胺和三羟甲基蜜胺；多聚乙酰(例如布拉他辛和布拉他辛酮)；喜树碱(包括合成类似物托泊替康)；苔藓抑素；CC-1065(包括其阿多来新、卡折来新和比折来新合成类似物)；念珠藻素(例如念珠藻素1和念珠藻素8)；尾海兔素；倍癌霉素(包括合成类似物KW-2189和CB1-TM1)；艾榴塞洛素；水鬼蕉碱；匍枝珊瑚醇；海绵抑素；氮芥，如苯丁酸氮芥、萘氮芥、氯磷酰胺、雌莫司汀、异环磷酰胺、氮芥、氮芥氧化物盐酸盐、美法仑、新恩比兴、苯芥胆甾醇、泼尼莫司汀、曲磷胺、尿嘧啶氮芥；亚硝基脲，如卡莫司汀、氯脲霉素、福莫司汀、洛莫司汀、尼莫司汀和雷莫司汀；抗生素，如烯二炔抗生素(例如，卡奇霉素，尤其卡奇霉素γll和卡奇霉素ωll(参见例如，Agnew，Chem.Intl.Ed.Engl.，33：183-186(1994))；达内霉素，包括达内霉素A；二膦酸盐，如氯膦酸盐；埃斯培拉霉素；以及新制癌菌素生色团和相关色蛋白烯二炔抗生素生色团)、阿克拉霉素、放线菌素、安曲霉素、重氮丝氨酸、博莱霉素、放线菌素C、卡柔比星、洋红霉素、嗜癌菌素、色霉素、更生霉素、柔红霉素、地托比星、6-重氮基-5-氧代基-L-正亮氨酸、ADRIAMYCIN阿霉素(包括吗啉代-阿霉素、氰基吗啉代-阿霉素、2-吡咯啉并-阿霉素和去氧阿霉素)、表柔比星、依索比星、伊达比星、麻西罗霉素、丝裂霉素(如丝裂霉素C)、霉酚酸、诺拉霉素、橄榄霉素、培洛霉素、泊非霉素、嘌呤霉素、三铁阿霉素、罗多比星、链黑菌素、链脲菌素、杀结核菌素、乌苯美司、净司他丁、佐柔比星；抗代谢药，如甲氨蝶呤和5-氟尿嘧啶(5-FU)；叶酸类似物，如二甲叶酸、甲氨蝶呤、蝶罗呤、三甲曲沙；嘌呤类似物，如氟达拉滨、6-巯基嘌呤、硫咪嘌呤、硫鸟嘌呤；嘧啶类似物，如安西他滨、阿扎胞苷、6-氮杂尿苷、卡莫氟、阿糖胞苷、双去氧尿苷、去氧氟尿苷、依诺他滨、氟尿苷；雄激素，如卡普睾酮、屈他雄酮丙酸酯、环硫雄醇、美雄烷、睾内酯；抗肾上腺素药，如氨鲁米特、米托坦、曲洛斯坦；叶酸补充剂，如亚叶酸；醋葡醛内酯；醛磷酰胺糖苷；氨基乙酰丙酸；恩尿嘧啶；安吖啶；倍曲布西；比生群；依达曲沙；秋水仙胺；地吖醌；依氟鸟氨酸；依利醋铵；埃博霉素；依托格鲁；硝酸镓；羟基脲；香菇多糖；氯尼达明；美登木素生物碱，如美登素和安丝菌素；米托胍腙；米托蒽醌；莫哌达醇；二胺硝吖啶；喷司他丁；蛋氨氮芥；吡柔比星；洛索蒽醌；鬼臼酸；2-乙基酰肼；丙卡巴肼；PSK多糖复合物(JHS Natural Products，Eugene，Oreg.)；雷佐生；根霉素；西佐喃；锗螺胺；细交链孢菌酮酸；三亚胺醌；2，2′，2″-三氯三乙胺；单端孢霉烯族毒素(例如T-2毒素、疣孢菌素A、杆孢菌素A和蛇形菌素)；乌拉坦；长春地辛；达卡巴嗪；甘露莫司汀；二溴甘露醇；二溴卫矛醇；哌泊溴烷；加西托星；阿糖胞苷(“Ara-C”)；环磷酰胺；噻替派；紫杉烷类，例如TAXOL紫杉醇、ABRAXANE无克列莫佛的白蛋白工程化紫杉醇纳米颗粒制剂(American Pharmaceutical Partners，Schaumberg，111.)和TAXOTERE多西他赛(Rhone-Poulenc Rorer，Antony，France)；苯丁酸氮芥；GEMZAR吉西他滨；6-硫鸟嘌呤；巯基嘌呤；甲氨蝶呤；铂类似物，如顺铂、奥沙利铂和卡铂；长春花碱；铂；依托泊苷(VP-16)；异环磷酰胺；米托蒽醌；长春新碱；NAVELBINE.长春瑞滨；诺安托；替尼泊苷；依达曲沙；道诺霉素；氨基蝶呤；希罗达；伊班膦酸盐；伊立替康(Camptosar，CPT-11)(包括伊立替康联合5-FU和亚叶酸的治疗方案)；拓扑异构酶抑制剂RFS 2000；二氟甲基鸟氨酸(DMFO)；类视黄醇，如视黄酸；卡培他滨；康普瑞汀；亚叶酸(LV)；奥沙利铂，包括奥沙利铂治疗方案(FOLFOX)；拉帕替尼(Tykerb)；PKC-α、Raf、H-Ras、EGFR(例如埃罗替尼(Tarceva))和VEGF-A的降低细胞增殖的抑制剂，以及上述任一者的药学上可接受的盐、酸或衍生物。

在一些实施方案中，抗肿瘤剂是细胞毒性剂。在一些实施方案中，细胞毒性剂选自甲氨蝶呤、氨基蝶呤、6-巯基嘌呤、6-硫鸟嘌呤、阿糖胞苷、5-氟尿嘧啶达卡巴嗪；烷化剂，如氮芥、噻替派苯丁酸氮芥(thioepa chlorambucil)、美法仑、卡莫司汀(BSNU)、丝裂霉素C、洛莫司汀(CCNU)、1-甲基亚硝基脲、环磷酰胺、氮芥、白消安、二溴甘露醇、链脲佐菌素、丝裂霉素C、顺式-二氯二胺铂(II)(DDP)顺铂和卡铂(伯尔定)；蒽环类药物，包括柔红霉素、阿霉素(亚德里亚霉素)、地托比星、洋红霉素、伊达比星、表柔比星、米托蒽醌和比生群；抗生素包括更生霉素(放线菌素D)、博莱霉素、卡奇霉素、光神霉素和安曲霉素(AMC)；以及抗有丝分裂剂，如长春花生物碱、长春新碱和长春花碱，以及它们的混合物。

在一些实施方案中，细胞毒性剂选自紫杉酚(紫杉醇)、蓖麻毒素、假单胞菌外毒素、吉西他滨、细胞松弛素B、短杆菌肽D、溴化乙锭、吐根碱、依托泊苷、替诺泊苷、秋水仙碱、二羟基蒽二酮、1-去氢睾酮、糖皮质激素、普鲁卡因、丁卡因、利多卡因、普萘洛尔、嘌呤霉素、丙卡巴肼、羟基脲以及它们的混合物。

在一些实施方案中，例如在各种癌症的治疗中，本发明的组合物和方法可用于与检查点抑制剂组合。例如，本发明的组合物和方法可例如通过改善患者对检查点抑制剂的应答(例如，通过将无应答者转变为应答者，和/或提高治疗应答的强度，和/或减少治疗应答所需的剂量或方案，和/或减轻基于检查点抑制剂的癌症疗法的一种或多种副作用)来补充基于检查点抑制剂的癌症疗法。

在一些实施方案中，检查点抑制剂是靶向以下中的一者的剂：TIM-3、BTLA、PD-1、CTLA-4、B7-H4、GITR、半乳糖凝集素-9、HVEM、PD-L1、PD-L2、B7-H3、CD244、CD160、TIGIT、SIRPα、ICOS、CD172a和TMIGD2。

在一些实施方案中，免疫检查点免疫治疗剂调节PD-1)。在一些实施方案中，靶向PD-1的剂是对PD-1具有特异性的抗体或其抗原结合部分，任选地选自纳武单抗、派姆单抗和匹地利珠单抗。在一些实施方案中，对PD-1具有特异性的抗体或其抗原结合部分是纳武单抗，并且可每2周以240mg施用。在一些实施方案中，对PD-1具有特异性的抗体或其抗原结合部分是派姆单抗，并且可每3周以200mg施用。在一些实施方案中，对PD-1具有特异性的抗体或其抗原结合部分是匹地利珠单抗，并且可每3周以200mg施用。

在一些实施方案中，免疫检查点免疫治疗剂调节PD-L1。在一些实施方案中，调节PD-L1的剂是对PD-L1具有特异性的抗体或其抗原结合部分。在一些实施方案中，对PD-L1具有特异性的抗体或其抗原结合部分选自阿特珠单抗、阿维鲁单抗、德瓦鲁单抗和BMS-936559。在一些实施方案中，对PD-L1具有特异性的抗体或其抗原结合部分是BMS-936559，并且可每2周以0.1mg/kg施用。在一些实施方案中，对PD-L1具有特异性的抗体或其抗原结合部分是阿特珠单抗，并且可每3周以1200mg施用。在一些实施方案中，对PD-L1具有特异性的抗体或其抗原结合部分是阿维鲁单抗，并且可每2周以10mg/kg施用。在一些实施方案中，对PD-L1具有特异性的抗体或其抗原结合部分是德瓦鲁单抗，并且可每2周以10mg/kg施用。

在一些实施方案中，靶向CTLA-4的剂是对CTLA-4具有特异性的抗体或其抗原结合部分，任选地选自伊匹单抗和曲美木单抗。在一些实施方案中，对CTLA-4具有特异性的抗体或其抗原结合部分是曲美木单抗，并且可以3mg/kg、6mg/kg或10mg/kg施用。在一些实施方案中，对CTLA-4具有特异性的抗体或其抗原结合部分是伊匹单抗，并且可每12周以5mg/mL施用。

CDCP1和缺氧诱导因子2α(HIF-2α)

CDCP1在转移过程中和远处转移部位的细胞的存活中起关键作用，并且在氧剥夺(缺氧)条件下表现出独特的作用。因此，存在CDCP1参与Src家族成员的活化以及SFK活化与蛋白激酶Cδ(PKC-δ)的磷酸化和调控的结合的生物化学途径。缺氧通过阻断冯希佩尔-林道(von Hippel Lindau)(VHL)依赖性HIF-α降解来触发缺氧诱导因子HIF-1α和HIF-2α的升高。HIF是两种基本的螺旋-环-螺旋/PAS蛋白、HIF-α和芳烃核易位蛋白(ARNT或HIF-β)的异二聚体。HIF-α和ARNT亚基遍在表达；然而，α-亚基在正常氧气(5％-21％O2)条件下不稳定。在缺氧条件(0.5％-5％O2)下，HIF-α亚基稳定化，与ARNT二聚化，易位至细胞核，并且随后与靶基因内的缺氧反应元件(HRE)结合。在HIF转录靶标中的是参与葡萄糖代谢、血管生成和转移的基因，从而将HIF介导的转录与肿瘤发生紧密联系在一起。HIF-1α和HIF-2α在许多原发性和转移性人癌症中过表达。

在一些实施方案中，抗肿瘤剂是缺氧诱导因子-2(HIF-2)抑制剂。在一些实施方案中，HIF-2抑制剂选自PT2385和PT2977。

在一些实施方案中，抗肿瘤剂不是Src抑制剂，所述Src抑制剂任选地选自KX2-391、博舒替尼、塞卡替尼和达沙替尼。在一些实施方案中，癌症是特征在于缺氧的肿瘤。

药物组合物

本发明进一步提供了药物组合物，所述药物组合物包含本文公开的任何抗CDCP1抗体、其抗原结合片段或CDCP1 ADC以及药学上可接受的载体。此外，所述组合物可包含多于一种本文公开的抗CDCP1抗体和/或多于一种CDCP1 ADC。

本发明的组合物还可在冻干制剂或水溶液的形式中包含药学上可接受的载体、赋形剂或稳定剂(Remington：The Science and practice of Pharmacy第21版，2005，Lippincott Williams and Wilkins，编辑K.E.Hoover)。可接受的载体、赋形剂或稳定剂在所述剂量和浓度下对接受者无毒性，并且可包括：诸如磷酸盐、柠檬酸盐和其它有机酸的缓冲剂；包括抗坏血酸和甲硫氨酸的抗氧化剂；防腐剂(诸如十八烷基二甲基苄基氯化铵；氯化六烃季铵；氯化苯甲烃铵、氯化苄乙氧铵；苯酚、丁醇或苄醇；诸如对羟基苯甲酸甲酯或对羟基苯甲酸丙酯的对羟基苯甲酸烷基酯；儿茶酚；间苯二酚；环己醇；3-戊醇；以及间甲酚)；低分子量(小于约10个残基)多肽；诸如血清白蛋白、明胶或免疫球蛋白的蛋白质；诸如聚乙烯吡咯烷酮的亲水性聚合物；诸如甘氨酸、谷氨酰胺、天冬酰胺、组氨酸、精氨酸或赖氨酸的氨基酸；单糖、二糖及其它碳水化合物，包括葡萄糖、甘露糖或葡聚糖；诸如EDTA的螯合剂；诸如蔗糖、甘露醇、海藻糖或山梨糖醇的糖类；诸如钠的成盐抗衡离子；金属络合物(例如，Zn-蛋白质络合物)；和/或诸如TWEEN^TM、PLURONICS^TM或聚乙二醇(PEG)的非离子表面活性剂。如本文所用的“药学上可接受的盐”是指分子或大分子的药学上可接受的有机盐或无机盐。

本公开的另一个实施方案是药物组合物或药物组合物的用途，所述药物组合物包含如果突变型LKB1和/或KRAS的量高于参考样品则与癌症患者中的CDCP1结合的剂。在一些实施方案中，所述药物组合物包含结合至CDCP1并以AKT活化为特征的剂或为CDCP1活化剂的剂。在一些实施方案中，所述药物组合物包含活化CDCP1并与PPP4R2缀合的剂。在一些实施方案中，所述药物组合物包含结合至靶细胞上的CDCP1并且在它接触所述靶细胞上的CDCP1时被内化的剂。在考虑临床应用的情况下，可以适合于预期应用的形式制备药物组合物。一般而言，这将需要制备基本上不含热原以及可能对人或动物有害的其他杂质的组合物。

在一些实施方案中，药物组合物包含本公开的剂和药学上可接受的载体。有效剂量是足以影响有益的或所需的临床结果的量。

有益的或所需的临床结果可尤其包括与不施用小分子或肽剂情况下所观察到的相比，肿瘤大小和/或肿瘤生长的减少和/或与癌症的存在相关的癌症标志物的减少。有益的或所需的临床结果还可尤其包括，与不施用小分子或肽剂情况下所观察到的相比，与癌症减轻相关的标志物的存在增加。有益的或所需的临床结果还尤其包括与未施用抑制剂所观察到的相比，包含与癌症病因学相关的标志物的基因的量增加。包含与癌症病因学相关的标志物的基因可包括例如免疫检查点基因，如TIM-3、BTLA、PD-1、CTLA-4、B7-H4、GITR、半乳糖凝集素-9、HVEM、PD-L1、PD-L2、B7-H3、CD244、CD160、TIGIT、SIRPα、ICOS、CD172a和TMIGD2。

包含与癌症病因学相关的标志物的基因可包括例如HIF-2抑制剂。

给药和施用

通常将希望采用适当的盐和缓冲剂以使递送媒介物稳定并允许由靶细胞摄取。本发明的水性组合物包含有效量的递送媒介物，所述递送媒介物包含溶解或分散在药学上可接受的载体或水性介质中的本发明的剂(例如脂质体或其他复合物或表达载体)。短语药学上可接受的或药理学上可接受的是指当向动物如人施用时不产生副作用、过敏或其他不良反应的分子实体和组合物。如本文所用，药学上可接受的载体包括对于在配制药物、如适于向人施用的药物中使用而言可接受的溶剂、缓冲剂、溶液、分散介质、包衣、抗细菌剂和抗真菌剂、等渗剂和吸收延迟剂等。用于药学活性物质的此类介质和剂的用途在本领域中是熟知的。除非任何常规介质或剂与本发明的活性成分不相容，否则预期将其用于治疗性组合物中。补充活性成分也可并入组合物中，只要它们不会使组合物的载体或多核苷酸失活。

本公开的活性组合物可包括经典的药物制剂。根据本发明的这些组合物的施用可经由任何常用途径进行，只要靶组织可经由所述途径可用。这包括经口、经鼻或经颊。可替代地，可通过肿瘤内、皮内、皮下、肌肉内、腹膜内或静脉内注射或通过直接注射到癌组织中来施用。本文公开的剂也可通过导管系统施用。此类组合物正常将作为如本文所述的药学上可接受的组合物施用。

在配制后，溶液可以与剂量制剂相容的方式且以治疗有效的量施用。制剂可以诸如可注射溶液、药物释放胶囊等的多种剂型容易地施用。关于以水溶液形式胃肠外施用，例如，所述溶液通常进行适当缓冲并且液体稀释剂首先使得用例如充足生理盐水或葡萄糖等渗。此类水溶液可用于例如肿瘤内、静脉内、肌肉内、皮下和腹膜内施用。优选地，采用无菌水性介质，所述无菌水性介质为本领域技术人员所已知，特别是根据本公开内容。作为说明，可将单剂量溶解在1ml等渗NaCl溶液中，或者添加至1000ml皮下灌注流体中，或者注射在所提出的输注部位(参见例如，Remington’s Pharmaceutical Sciences，第15版，第1035-1038和1570-1580液，其内容特此以引用的方式并入)。根据所治疗受试者的疾患，将必要地出现一定的剂量变化。负责施用的个人将在任何情况下决定用于个别受试者的适当剂量。此外，为了人施用，制剂必须符合由FDA生物制品办公室标准所要求的无菌、致热原性、一般安全和纯度标准。

在一些实施方案中，可以任何顺序(例如，第一然后第二，或第二然后第一)或同时施用第一剂和第二剂。

在一些实施方案中，本公开包括本文所述的剂，以及为或包含至少一种其他癌症生物制品、治疗剂、化学治疗剂或药物的第二剂。

在一些实施方案中，本公开的剂可在任何合适的时间段内施用，如从αβovτ1天至约12个月的时间段。在一些实施方案中，例如，施用期可以是约1天至90天；优选地，约1天至60天；约1天至30天；约1天至20天；约1天至10天；约1天至7天。在一些实施方案中，施用期可以是约1周至50周；约1周至40周；约1周至30周；约1周至24周；约1周至20周；约1周至16周；约1周至12周；约1周至8周；约1周至4周；约1周至3周；约1周至2周；约2周至3周；约2周至4周；约2周至6周；约2周至8周；约3周至8周；约3周至12周；或约4周至20周。

在一些实施方案中，本公开的剂可每天、每隔一天、每周、每2周、3周、4周、5周、6周、7周、8周、9周、10周、11周、12周、13周、14周、15周、16周、17周、18周、19周或每20周或每月施用。

在一些实施方案中，本公开的组合物或剂的治疗有效量可以是每天约0.01mg/kg至每天约10mg/kg。在一些实施方案中，剂量可在约0.1mg/kg、0.5mg/kg、1mg/kg、1.5mg/kg、3mg/kg、5mg/kg、6mg/kg、7.5mg/kg或约10mg/kg的范围内。在一些实施方案中，所述剂量将在约0.1mg/天至约5mg/kg；约0.1mg/天至约10mg/kg；约0.1mg/天至约20mg/kg；约0.1mg至约30mg/kg；或约0.1mg至约40mg/kg的范围内。

在一些实施方案中，本公开的组合物或剂的治疗有效量可以是约0.1mg至约50mg/kg，或者呈单一、分开或连续剂量(所述剂量可针对患者的体重(kg)、体表面积(m²)和年龄(岁)来调整)。

在一些实施方案中，本公开的组合物或剂的治疗有效量可以是约1mg/kg至约1000mg/kg、约5mg/kg至约950mg/kg、约10mg/kg至约900mg/kg、约15mg/kg至约850mg/kg、约20mg/kg至约800mg/kg、约25mg/kg至约750mg/kg、约30mg/kg至约700mg/kg、约35mg/kg至约650mg/kg、约40mg/kg至约600mg/kg、约45mg/kg至约550mg/kg、约50mg/kg至约500mg/kg、约55mg/kg至约450mg/kg、约60mg/kg至约400mg/kg、约65mg/kg至约350mg/kg、约70mg/kg至约300mg/kg、约75mg/kg至约250mg/kg、约80mg/kg至约200mg/kg、约85mg/kg至约150mg/kg以及约90mg/kg至约100mg/kg。

在一些实施方案中，本公开的组合物或剂的治疗有效量是0.01mg/kg至约500mg/kg，例如约0.1mg/kg至约200mg/kg(如约100mg/kg)，或约0.1mg/kg至约10mg/kg(如约0.1mg/kg、0.5mg/kg、1mg/kg、1.5mg/kg、3mg/kg、5mg/kg、6mg/kg、7.5mg/kg或约10mg/kg)。

本公开的药盒

本发明还提供了药盒，所述药盒可简化本文所述的任何剂(如，如果突变型LKB1和/或KRAS的量高于参考样品，则与癌症患者中的CDCP1结合的剂)的施用。在一些实施方案中，所述剂结合至CDCP1并以AKT活化为特征，或所述剂为CDCP1活化剂。在一些实施方案中，所述剂活化CDCP1并缀合至PPP4R2调节剂。在一些实施方案中，结合至CDCP1的所述剂缀合至PARG调节剂。

本发明的示例性药盒包括呈单位剂型的本文所述的任何组合物。在一些实施方案中，所述单位剂型是容器，如可以是无菌的预填充注射器，其含有本文所述的任何剂和药学上可接受的载体、稀释剂、赋形剂或媒介物。所述药盒还可包括指示使用本文所述的任何剂的标签或印刷说明书。药盒还可包括眼睑窥器、局部麻醉剂和用于施用位置的清洁剂。药盒还可包括一种或多种另外的剂，如本文所述的生物制品、治疗剂、化学治疗剂或药物。在一些实施方案中，药盒包括含有有效量的本发明的组合物和有效量的另一种组合物(如本文所述的那些)的容器。

实施例

可参考以下实验实施例对本发明进行进一步详述。这些实施例仅出于说明目的而提供且并非意图进行限制，除非另外指明。因此，本发明不应以任何方式被解释为局限于以下实施例，而是应被解释为涵盖因本文提供的教义而变得显而易见的任何和所有变型。

实施例1：人患者肿瘤中的CDCP1表达

通过免疫组织化学在人肿瘤微阵列中评估CDCP1表达。根据供体在机构审查委员会批准的程序下签署的知情同意文件，收集并分析肿瘤组织。从福尔马林固定、石蜡包埋的患者肿瘤样品获得肿瘤核心(直径1.5mm-2.0mm)，并使用标准方法在石蜡块中构建微阵列。将切片以5μm厚度切割，安装在载玻片上，并加工以用于免疫组织化学。用表位修复溶液2(AR9640；Leica Biosystems，Buffalo Grove，IL)预处理载玻片以暴露抗原位点，然后使用改良的Bond Polymer Refine(DS9800；Leica Biosystems，Buffalo Grove，IL)检测方案标记CDCP1，包括过氧化物阻滞剂、使非特异性抗体结合最小化的蛋白质阻滞剂、后初级聚合物试剂、DAB色原检测系统和苏木精复染剂。使用在Leica Bond第一抗体稀释液(AR9352；Leica Biosystems，Buffalo Grove，IL)中1∶100稀释的兔抗CDCP1抗体(Cell SignalingTechnologies，目录号4115)在细胞膜上检测到CDCP1蛋白。

由病理学家使用光学显微镜评估载玻片的染色以确定半定量H得分。通过将每种主观染色强度的具有膜染色的肿瘤细胞的估计百分比乘以所述强度值(0＝阴性，1＝低，2＝中，3＝高)，然后将所有产物添加在一起以获得总和分数来计算H得分。例如，其中50％的细胞染色呈阳性并且全部具有中等强度、而另外50％的细胞未染色的肿瘤将具有100([50x0]+[0x1]+[50x2]+[0x3])＝100)的H得分。H得分值越高，所述样品中靶蛋白的膜染色强度和/或分布越大。为了便于解释，对于靶蛋白表达，201-300范围内的得分被任意认为较高，101-200范围内的得分被任意认为中等，并且1-100范围内的得分被任意认为低。

表1示出评估的许多肿瘤的结果。在所测定的所有肿瘤类型中均注意到CDCP1表达。给出了许多独立的原发性人肿瘤的H得分。不同的患者样品由给定标识符(非小细胞肺癌，缩写为NSCLC)指示。直接源自患者的肿瘤的平均得分往往低于来自免疫受损小鼠中生长的人肿瘤(PDX肿瘤，参见下文)的平均得分。此发现有多种可能的解释，包括小鼠与人之间的肿瘤生长速率不同，肿瘤微环境中的物种差异以及样品处理和加工方面的差异。尽管存在这些差异，但对于所测定的癌症类型，在小鼠癌症模型和人肿瘤中观察到的H得分之间存在显著重叠。

表1.

实施例2：患者来源的异种移植物(PDX)肿瘤中的CDCP1表达

通过免疫组织化学在从小鼠中提取的患者来源的异种移植物(PDX)肿瘤中调查了CDCP1表达。使用福尔马林固定、石蜡包埋组织的标准方法对肿瘤进行加工。将切片以5μm厚度切割，安装在载玻片上，并加工以用于免疫组织化学。用表位修复溶液2(AR9640；LeicaBiosystems，Buffalo Grove，IL)预处理载玻片以暴露抗原位点，然后使用改良的BondPolymer Refine(DS9800；Leica Biosystems，Buffalo Grove，IL)检测方案标记CDCP1，包括过氧化物阻滞剂、使非特异性抗体结合最小化的蛋白质阻滞剂、后初级聚合物试剂、DAB色原检测系统和苏木精复染剂。使用在Leica Bond第一抗体稀释液(AR9352；LeicaBiosystems，Buffalo Grove，IL)中1∶100稀释的兔抗CDCP1抗体(Cell SignalingTechnologies，目录号4115)在细胞膜上检测到CDCP1蛋白。

如实施例1所述，由病理学家使用光学显微镜评估载玻片的染色以确定微阵列中每个核心的H得分。表2示出通过上述方法测定的许多PDX肿瘤的结果。对来自许多独立的PDX肿瘤的肿瘤给出H得分。不同的行由PDX标识符指示(非小细胞肺癌缩写为NSCLC，而小细胞肺癌缩写为SCLC)。在所测定的所有肿瘤类型中均注意到CDCP1表达。最高平均得分与卵巢癌模型相关，而最高绝对得分与卵巢癌和非小细胞肺癌(NSCLC)相关。从整体上来看，31.6％的模型属于高表达类别，61.4％属于中等表达类别，并且7％属于低表达类别。这些数据表明可能对特异性地靶向CDCP1的药物有反应的多种肿瘤。

表2

实施例3：人癌细胞系和原代细胞上CDCP1的表达

CDCP1蛋白表达通过定量荧光流式细胞术在多种人癌症和正常细胞系的表面上进行了表征，包括PC3(前列腺癌)、H1299(非小细胞肺癌)、SCC-25(头颈癌)、H2009(肺腺癌)、PE/CA-PJ-49(口腔鳞状细胞癌)和原代人主动脉平滑肌细胞(HuAoSMC)。为此，按照制造商推荐的方案，使用Alexa Fluor 647抗体标记试剂盒(ThermoFisher Scientific#A20186)，抗CDCP1抗体CP 13E10-54HC-89LCv1通过直接将其与荧光染料Alexa 647缀合而用作检测试剂。使用非酶细胞解离缓冲液(Life Technologies#13150-016)解离贴壁细胞，在FACS缓冲液(汉克斯平衡盐溶液，2％FBS，25mM HEPES，2mM EDTA)中洗涤，并且最后重悬于含有5μg/mL的Alexa 647缀合的CP13E10-54HC-89LCv1加7-AAD活力染料的染色溶液中。对于制备为背景对照的细胞，染色缓冲液省略了Alexa 647缀合的CP13E10-54HC-89LCv1，并且仅含有7-AAD活力染料。将染色的细胞洗涤并重悬于FACS缓冲液中，并立即使用BD FACSDiva^TM软件在BD FACSAria仪器上进行采集。选出对7-AAD染色呈阳性的死细胞，并使用FlowJo软件确定APC通道中Alexa 647阳性细胞的荧光强度(gMFI)减去背景的几何平均值。

根据制造商推荐的方案，通过使用Bangs Laboratories Quantum A647 MESF试剂盒(目录号647)，从减去背景的gMFI中计算出CDCP1水平。简言之，将空白珠粒和MESF(等效可溶性荧光染料分子)珠粒分别稀释到PBS中，并且在与染色细胞相同的日期和相同的荧光设置下运行，以使用提供有试剂盒的定量分析模板(QuickCal)建立校准曲线。在校准曲线上鉴定了减去背景的gMFI值，以确定每种细胞系的MESF单位。将MESF单位进一步除以Alexa647缀合的CP13E10-54HC-89LCv1抗体的F/P(荧光团与蛋白质)比率，以计算每个细胞的CDCP1分子的数量(仅表面暴露的分子)。通过这种方法测定的细胞系显示从低至12814个分子/细胞(HuAoSMC)到高至233567个分子/细胞(PC3)的表达范围(表3)。

表3

实施例4：多种癌症中CDCP1表达和磷酸化的参与

跨膜蛋白CDCP1与Src和PKCδ缔合，并且当CDCP1被活化时，所有三种蛋白质都展示酪氨酸磷酸化的增加。Tyr-734已被鉴定为被Src和Src家族激酶磷酸化的位点。CDCP1表达的生物信息学分析表明CDCP1参与癌症转移并降低了患者存活率，包括以下：多种肿瘤类型(乳腺、结肠、胰腺、膀胱、肾、卵巢、肺)中的CDCP1表达水平均高于相应的正常组织，高水平的CDCP1表达可预示肺腺癌中的较短患者存活期，高水平的CDCP1与结肠直肠癌5年复发率增加相关；并且CDCP1酪氨酸磷酸化在三阴性乳腺癌中较高，三阴性乳腺癌已知在转移性情况下预后较差。此外，在患有透明细胞肾细胞癌的患者中测量到不同水平的CDCP1表达，并确定了具有高CDCP1表达水平的患者的存活率(卡普兰-迈耶图)比具有低CDCP1水平的那些患者更短。在之前的研究描述了，肺癌细胞中CDCP1的酪氨酸磷酸化大于正常组织中发现的酪氨酸磷酸化。先前已经显示了人肺癌肿瘤样品中蛋白质的酪氨酸磷酸化的相关性分析，并且发现在CDCP1的酪氨酸磷酸化与多种SFK之间存在强正相关性。类似地，人非小细胞肺癌(NSCLC)细胞系和具有活化的KRAS和/或失活的LKB1肿瘤突变的小鼠展现高水平的磷酸化CDCP1和SFK。

由于CDCP1是缺氧诱导因子2α(HIF-2α)的靶基因，因此HIF-2α和CDCP1表达可在促进暴露于低氧水平的细胞中的肿瘤转移中起关键作用。缺氧触发HIF-2α的表达以及CDCP1和Src的活化，而HIF-2α的稳定敲低阻断缺氧对CDCP1和Src的酪氨酸磷酸化。已经显示，与对照A375细胞相比，向小鼠注射过表达HIF-2α的A375癌细胞产生更大肿瘤的形成，并且具有高HIF-2α水平的肿瘤也含有增强的CDCP1蛋白表达。值得注意的是，HIF-2α和CDCP1表达展示与表皮生长因子受体(EGFR)和Met肝细胞生长因子受体的强相关性，表皮生长因子受体和Met肝细胞生长因子受体已知受缺氧调控并且是HIF-2α靶基因。

在桑格项目中，在野生型和突变型细胞中跨790种癌细胞系的谱中45种最常见的肿瘤抑制基因和致癌基因比较了CDCP1表达。与野生型细胞相比，在突变体中显示显著更高CDCP1表达的两种基因是KRAS和LKB1(图1)。KRAS中的强相关性表明CDCP1的过表达可能由致癌性KRAS触发。人临床数据表明，KRAS+LKB1突变型肿瘤的转移率远高于仅具有KRAS突变型的肿瘤，并且患有KRAS+LKB1突变型肿瘤的患者是临床结果最差的亚组。

实施例5：CDCP1作为癌症中的治疗靶标的验证

在记录CDCP1在肺癌中的作用时的特别关注提供了开发抗CDCP1治疗剂的初始步骤。因此，作为验证CDCP1作为转移性肿瘤治疗靶标并获得与未来精密医学策略有关的信息的第一步，进行了实验以确定沉默CDCP1在小鼠NSCLC细胞异种移植物肿瘤中的作用。

为了获得更好的临床相关性，建立了转移性肺癌的原位异种移植物模型。首先通过皮下接种A549细胞(具有荧光素酶和shRNA)在小鼠中引发肿瘤。收获一小部分肿瘤并放入其他小鼠的肺中，然后用强力霉素进行治疗。在具有带有对照shRNA的A549细胞的小鼠中形成了肺部肿瘤，但是当在含有CDCP1特异性shRNA的A549细胞中沉默CDCP1时，肿瘤生长被阻断。

在另一个实验中，将H2009 NSCLC细胞与荧光素酶和shRNA皮下接种到小鼠中(图2)。直到肿瘤形成(约100cm³)才开始治疗，然后向小鼠饲喂强力霉素。在3-4周后，在接种了具有CDCP1特异性shRNA的细胞的强力霉素治疗的小鼠中，肿瘤大小和体重显著降低，但是在接种了含有对照shRNA的细胞的小鼠中，肿瘤大小和体重没有显著降低。这些研究证明，CDCP1表达的沉默可减少已形成的肿瘤的大小。这些体内实验确定，CDCP1促进转移肿瘤的生长和存活，并且验证了CDCP1作为减少肿瘤生长和已形成的肿瘤大小的治疗靶标。

实施例6：抗CDCP1抗体的选择

抗CDCP1 scFv选自基于噬菌粒的人scFv初始抗体文库，展示在M13噬菌体上。选择是基于噬菌体与固定在链霉亲和素包被的磁珠上的生物素化人和小鼠CDCP1细胞外结构域(ECD；人，RefSeqNP_073753.3，氨基酸1-663；小鼠，RefSeq NP_598735.2，氨基酸1-667)的结合。将人、小鼠和食蟹猴CDCP1 ECD(食蟹猴；RefSeq XP_005546930.1，氨基酸30-663)在其N末端与6组氨酸纯化标签融合，在HEK293哺乳动物细胞培养物中瞬时表达，通过Ni-NTA亲和色谱纯化，并用EZ-Link NHS-PEG4-生物素(Thermo Pierce)化学地生物素化。

进行了三轮噬菌体展示选择，然后扩增了选定的噬菌体库，在所有3轮中使用人CDCP1 ECD或交替人-小鼠-人(HmH)CDCP1 ECD。在第三轮后，生长了2400种单独菌落来源的培养物，并且通过酶联免疫吸附测定(ELISA)筛选了培养上清液或周质细菌提取物中的人、小鼠和食蟹猴CDCP1 ECD结合。存在285个阳性ELISA克隆，261个结合至人CDCP1 ECD，184个结合至小鼠CDCP1 ECD，并且228个结合至食蟹猴CDCP1 ECD。通过流式细胞术测定对ELISA阳性克隆进行进一步表征，所述流式细胞术测定评估与人肿瘤细胞系H1299的结合，所述细胞系在其细胞表面表达CDCP1。对于在此测定中鉴定的所有结合物，对噬菌粒DNA的scFv区进行测序以确定独特的克隆。测序鉴定了82个独特的scFv序列，其中48个结合食蟹猴、小鼠和人CDCP1 ECD。将这些克隆重新格式化为人IgG1，并基于人肿瘤细胞体外毒性(使用抗人抗体毒素缀合物作为第二试剂)以及基于细胞的和生物化学结合测定进行优先级排序。这一过程鉴定了被称为CP13E10的候选物，所述候选物已被选择通过如本文所述的合理工程化进行进一步优化。

CP13E10抗体重链和轻链可变结构域分别在SEQ ID NO.1和11中列出，并且重链和轻链分别在SEQ ID NO.10和17中列出。通过这一评估过程鉴定的另外候选抗体是抗体23、抗体24和抗体76。抗体23重链和轻链可变结构域分别在SEQ ID NO.47和52中列出，并且重链和轻链分别在SEQ ID NO.51和58中列出。抗体24重链和轻链可变结构域分别在SEQ IDNO.59和65中列出，并且重链和轻链分别在SEQ ID NO.64和70中列出。抗体76重链和轻链可变结构域分别在SEQ ID NO.47和71中列出，并且重链和轻链分别在SEQ ID NO.51和74中列出。

实施例7：抗CDCP1抗体的优化

使用合理设计工程化，有助于抗CDCP1抗体CP13E10的多参数优化。与CDCP1-ECD复合的CP13E10 Fab的结构以

解析度解析，并且用于设计合理的噬菌体展示文库，以鉴定具有改善的生物物理性质、同时保持CDCP1结合性质的CP13E10变体。通过将三个点突变(Y(H100)H，W(H100C)H，Y(H100H)H)并入CP13E10 CDRH3(CP13E10-34变体)中，CP13E10抗体疏水性得以降低，从而促进有效缀合过程以用于产生抗体药物缀合物(ADC)。通过将编码抗CP13E10-34抗体变体和亲本CP13E10抗体的DNA瞬时转染到HEK-293细胞中来产生用于表征的蛋白质，并将所得蛋白质进行蛋白A亲和力纯化，并使用G-25柱将其缓冲液交换为PBS-CMF pH7.2。如使用具有1.5M至0M硫酸铵梯度洗脱的TSK凝胶丁基-NPR色谱柱的分析型疏水相互作用色谱(HIC)法所检测到的，具有Y(H100)H、W(H100C)H、Y(H100H)H的所得CP13E10-34抗体变体表现出显著降低的疏水性，其允许基于洗脱时间对相对疏水性进行排序。CP13E10抗体在人IgG池洗脱包膜对照的外部洗脱，洗脱时间为48.63分钟，与高疏水性相关，而具有三个CDRH3点突变(Y(H100)H、W(H100C)H、Y(H100H)H)的CP13E10洗脱时间为28.42分钟，处于人IgG池洗脱包膜对照谱内(图3-4)。

尽管CP13E10-34变体的疏水性显著低于亲本CP13E10抗体，但并入这些CDRH3突变产生与前列腺癌(PC3)细胞表面上表达的CDCP1的低＞7倍结合(通过使用竞争荧光活化细胞分选(FACS)测定所评估)，其中生物素化的CP13E10抗体作为报告抗体(图5)。具体地，使用竞争FACS测定(其中生物素化CP13E10抗体作为报告抗体)评估了CP13E10抗体变体的CDCP1结合性质，以确定CP13E10变体是否能够与这种野生型CP13E10抗体有效竞争结合至PC3细胞上表达的CDCP1抗原。对于这种竞争FACS测定，根据制造商的方案，使用EZ-link磺酸基-NHS-生物素磺酸基琥珀酰亚胺基生物素(Thermo/Pierce，目录号21217)以20∶1的摩尔偶联比率对亲本抗CDCP1 CP13E10报告抗体进行生物素化。通过将编码抗CDCP1 CP13E10变体和亲本CP13E10抗体的DNA瞬时转染到HEK-293细胞中来产生用于此测定的蛋白质，并将所得蛋白质进行蛋白A亲和力纯化，并使用G-25柱将其缓冲液交换为PBS-CMF pH 7.2。对于这种竞争FACS测定程序，使用细胞解离缓冲液(Gibco，目录号13151-014)使PC3细胞从烧瓶脱离，用冰冷的FACS缓冲液(PBS-CMF pH 7.2+3％FBS+0.1％叠氮化钠)洗涤一次，并且将50μl缓冲液中的2.5x 10⁵个细胞添加至96孔V底板(Corbing目录号3894)中的每个孔中。将在FACS缓冲液中稀释至1.5μg/mL的生物素化CP13E10抗体与不同浓度的抗CDCP1 CP13E10变体或亲本(WT)CP13E10抗体混合作为阳性对照，并且将样品添加值含有细胞的板中，并在冰上孵育一小时。接下来，将细胞用FACS缓冲液洗涤两次。添加1∶200稀释的链霉亲和素-PE(Invitrogen/eBioscience目录号12-4317-87)，并在室温下孵育30分钟。将细胞用FACS缓冲液洗涤两次，并通过向每个孔中添加100μl的BD Cytofix(BD Biosciences目录号554655)在冰上固定15分钟。将细胞用FACS缓冲液洗涤两次。使用BD FACS CANTO II测定荧光强度，并且结果在图5中示出。将CDRH3点突变V(H97)E并入具有Y(H100)H、W(H100C)H、Y(H100H)H的CP13E10-34变体中使此变体CP13E10-54的CDCP1结合性质恢复为亲本CP13E10抗体的CDCP1结合性质(图5)。这些数据证明，将V(H97)E并入重链CDR3中使此变体CP13E10-54的CDCP1结合性质恢复为亲本野生型CP13E10抗体的CDCP1结合性质。也就是说，CP13E10-54变体与生物素化的报告抗CDCP1 CP13E10抗体同等竞争与CDCP1的结合。

然后将CDRL3突变N(L93)Q和V(L94)E引入CP13E10-54变体中以产生CP13E10-54HC-89LC，并通过表面等离子体共振确定重组CDCP1细胞外结构域(ECD)蛋白的结合动力学。具体而言，使用表面等离子体共振(SPR)和Biacore T200仪器(GE Healthcare)测定了抗CDCP1抗体针对重组人、食蟹猴和小鼠CDCP1-ECD的结合动力学。使用制造商的建议，将抗人IgG抗体胺偶联至CM5羧甲基化右旋糖酐传感器芯片表面(GE Healthcare)，至大约10,000-13,000反应单位(RU)的密度。将每种抗CDCP1抗体在10mM HEPES pH 7.4、0.15MNaCl、3mM EDTA、0.05％P-20(HBS-EP+)中稀释至0.5μg/mL，并以10μL/min的流速捕获约20-23秒。将范围为1800nM至66.7nM的CDCP1-ECD的4种3倍稀释液以50μL/分钟的流速注入，缔合54秒，并且解离90秒。用三个30秒的3M MgCl₂脉冲以50μL/分钟的流速再生传感器芯片表面。所有注射均使用HBS-EP+作为运行缓冲液和样品缓冲液，并在25℃下以1Hz的数据采集速率进行。通过使用对照表面和缓冲液注入对传感图进行双重参考。通过使用Biacore T200评估软件v3.0将数据拟合至1∶1模型和方程K_D＝k_d/k_a来确定速率常数。相对于亲本CP13E10抗体，CP13E10-54HC-89LC抗体表现出对人和食蟹猴CDCP1-ECD的亲和力分别高4倍和3倍，并且对人CDCP1的亲和力比CP13E10-34变体高＞11倍(图6)。此外，相对于亲本CP13E10抗体，CP13E10-54HC-89LC对小鼠CDCP1-ECD的亲和力略微增加(约1.6倍)，并且与CP13E10-34变体相比显著增加(20倍)(图6)。也就是说，除了增加与CDCP1的结合的V(H97)E氨基酸变化之外，将N(L93)Q和V(L94)E并入CP13E10-54CDRL3中以产生CP13E10-54HC-89LC进一步增加了对人、食蟹猴和小鼠CDCP1的亲和力。此外，对于CP13E10-54HC-89LC，维持了通过将Y(H100)H、W(H100C)H、Y(H100H)H突变并入CP13E10-WT抗体中观察到的有利疏水性降低(图3-4)。

CP13E10-54HC-89LC抗体重链和轻链可变结构域分别在SEQ ID NO.26和30中列出，并且重链和轻链分别在SEQ ID NO.29和32中列出。在另一种情况下，将V(H97)E、H(H100C)Q、L(H100D)V、L(H100E)Y、D(H100F)N突变并入CP13E10-34抗体中以产生CP13E10-291，从而产生相对于CP13E10-34，表现出对人CDCP1的亲和力的显著>200倍增加以及对小鼠CDCP1的亲和力的14倍增加的这种变体，如通过SPR所测定(图6)。另外，如图6所示，相对于CP13E10-WT抗体，CP13E10-291变体展现与食蟹猴CDCP1的结合的>70倍增加。CP13E10-291抗体重链和轻链可变结构域分别在SEQ ID NO.44和11中列出，并且重链和轻链分别在SEQ ID NO.46和17中列出。

CP13E10-54HC-89LC抗体重链可变区(V_H)完全是IGHV1-46*01(DP-7)种系，CDRH3除外，然而轻链可变区(V_L)含有三个非种系框架残基。为了降低免疫原性的风险，选择了IGKV146(DPK23)用于对V_L框架进行种系化。此外，使用IGKV146(IGKV3D-7*01，DPK23)种系取代通过并入E(L79)Q种系变化而除去V_L框架3中的计算机预测的T细胞表位。将基于IGKV146种系的三个取代(L(L4)M，R(L39)K，E(L79)Q)并入CP13E10-54HC-89LC中以产生CP13E10-54HC-89LCv1抗体。CP13E10-54HC-89LCv1相对于CP13E10-54HC-89LC保留等效的CDCP1结合性质，如通过使用竞争ELISA测定获得的结果所证明的。

具体地，使用竞争ELISA(以生物素化CP13E10-54HC-89LC抗体作为报告抗体)评估种系化抗体变体CP13E10-54HC-89LCv1的CDCP1结合性质，以确定种系化变体是否能够与CP13E10-54HC-89LC抗体有效竞争结合至CDCP1抗原。对于这种竞争ELISA测定，根据制造商的方案，使用EZ-link磺酸基-NHS-生物素磺酸基琥珀酰亚胺基生物素(Thermo/Pierce，目录号21217)以20：1的摩尔偶联比率对CP13E10-54HC-89LC报告抗体进行生物素化。通过将编码抗CP13E10变体的DNA瞬时转染到HEK-293细胞中来产生用于此测定的蛋白质，并将所得蛋白质进行蛋白A亲和力纯化，并使用G-25柱将其缓冲液交换为PBS-CMF pH 7.2。对于这种竞争ELISA程序，将96孔板(Costar目录号3590)用人细胞外结构域重组人CDCP1蛋白(CDCP1-ECD)包被。将CDCP1-ECD蛋白在PBS-CMF pH 7.2中稀释至1μg/ml，将100μl添加至板的每个孔中，并将板在4℃下孵育过夜。丢弃板的内容物，然后在室温下将板用PBS-CMFpH7.2+0.02％酪蛋白封闭3小时。将PBS+0.5％BSA+0.02％tween-20中20ng/mL的生物素化CP13E10-54HC-89LC抗体与不同浓度的抗CDCP1 CP13E10变体或亲本(WT)CP13E10抗体混合作为阳性对照，并且将样品添加至CDCP1包被且封闭的板中，并在室温下孵育2小时。将孔用PBS-CMF pH7.2+0.03％tween-20洗涤四次。添加1∶10,000稀释的链霉亲和素-HRP(目录号7100-05，Southern Biotech，(Birmingham，Alabama)并在室温下孵育30分钟。将孔用PBS-CMF pH7.2+0.03％tween-20洗涤四次，然后添加TMB(BioFx)。使反应进行5至10分钟，并且然后用0.18N H₂SO₄淬灭。测定在450nm处的吸光度，并且结果示于图7中。

将基于IGKV146种系的三个氨基酸取代(L(L4)M，R(L39)K，E(L79)Q)并入CP13E10-54HC-89LC可变轻链框架区中得到CP13E10-54HC-89LCv1，并且这种变体完全保留人CDCP1结合性质，如在完成ELISA分析中所检测到的(图7)。此外，使用先前描述的表面等离子体共振(SPR)方法测定了种系化CP13E10-54HC-89LCv1针对重组人、食蟹猴和小鼠CDCP1-ECD的结合动力学，并且它们与CP13E10-54HC-89LC变体相同，从而进一步证实了V_L种系取代不会改变CDCP1结合性质(图6)。

使用荧光活化细胞分选(FACS)评估CP13E10-54HC-89LCv1与PC3前列腺癌细胞表面表达的CDCP1的结合。对于这种方法，使用细胞解离缓冲液(Gibco，目录号13151-014)使PC3细胞从烧瓶脱离，用冰冷的FACS缓冲液(补充有3％FBS和0.1％w/v NaN₃的PBS-CMF，冰冷)洗涤一次，并且将50μl FACS缓冲液中的2.5x 10⁵个细胞添加至96孔V底板(Corning目录号3894)中的每个孔中。将抗CDCP1抗体在FACS缓冲液中连续稀释，并将50μL添加至含有PC3细胞的每个孔中，并在冰上孵育1小时。接下来，将96孔板以1300rpm离心4分钟，弃去上清液，并将细胞用150μL/孔FACS缓冲液洗涤两次。将第二检测抗体R-PE缀合的山羊抗人IgGFc(Jackson Immuno Research Labs，目录号109-115-098)在FACS缓冲液中1∶200稀释，并向每个孔中添加100μL并在冰上孵育30分钟。如上所述，将细胞洗涤两次，向每个孔中添加100μL BD Cytofix(BD Biosciences#554655)，并将细胞在冰上孵育15分钟。如上所述将细胞洗涤两次，然后重悬于100uL FACS缓冲液中，并使用BD FACS CANTO II测定荧光强度。这些结果证明，使用荧光活化细胞分选(FACS)，与PC3前列腺癌细胞表面上表达的CDCP1结合的种系化CP13E10-54HC-89LCv1与CP13E10-54HC-89LC没有区别(图8)。CP13E10-54HC-89LCv1抗体重链和轻链可变结构域分别在SEQ ID NO.26和36中列出，并且重链和轻链分别在SEQ ID NO.29和37中列出。

CP13E10-54HC-89LCv1抗体在CDRH3，特别是D(H95)-G(H96)中含有推定的异构化序列倾向。将G(H96)A突变并入CP13E10-54HC-89LCv1中产生了变体CP13E10-54HCv13-89LCv1，所述变异体除去潜在异构化序列可能性，但相对于CP13E10-54HC-89LCv1在竞争ELISA中保留了CDCP1结合性质(图9)。

实施例8：工程化抗体以实现通过半胱氨酸缀合对接头-有效负载的位点特异性缀合

通常如PCT国际公布号WO2013/093809中所述进行用于制备抗CDCP1抗体以通过反应性半胱氨酸残基与各种接头-有效负载位点特异性缀合的方法。重链(如根据Kabat的EU编号的位置290)或轻链(如根据Kabat的编号183)上的一个或多个残基通过定点诱变改变为半胱氨酸(C)残基。在一些方面，将抗CDCP1抗体变体的人IgG1重链恒定区中的位置K290(Kabat的EU编号，或使用Kabat的编号307)用反应性半胱氨酸(C)取代以实现位点特异性缀合：CP13E10-183/290HC(SEQ ID NO.19)、CP13E10-54HC-89LC-183/290HC(SEQ ID NO.33)和CP13E10-54HCv13-89LCv1-183/290HC(SEQ ID NO.42)。在其他方面，将人κ轻链恒定区中的残基K183取代为反应性半胱氨酸(C)以实现位点特异性缀合：CP13E10-183/290LC(SEQID NO.21)、CP13E10-54HC-89LC-183/290LC(SEQ ID NO.34)和CP13E10-54HC-89LCv1-183/290LC(SEQ ID NO.38)。通过用编码用反应性半胱氨酸工程化的抗体的载体稳定转染CHO-K1 SV 10E9宿主细胞，产生了用于缀合的蛋白质。培养所得的稳定CHO库，在第10天添加11％DTNB(Ellman试剂，5，5′-二硫代-双-[2-硝基苯甲酸])，并在第12天收获条件培养基。将所得条件培养基使用两柱工艺纯化：蛋白-A MabSelect SuRe LX平台，然后是TMAE (50mM HEPES65mM NaCl pH 7.0)，以除去HMMS过程相关的杂质。

通过转谷氨酰胺酶(TG)缀合

产生了具有用含酰基供体含谷氨酰胺的转谷氨酰胺酶(“Q”)标签工程化的人IgG1恒定区的抗CDCP1抗体，所述标签插入根据Kabat的Eu编号的苏氨酸(T)位置135之后且丝氨酸(S)位置136之前，以用于缀合至各种接头-有效负载。通常如PCT国际公布号WO2012/059882中所述进行用于制备抗CDCP1抗体以通过谷氨酰胺残基进行位点特异性缀合的方法。在一些方面，除了允许在位置295(Kabat的EU编号)处有效转谷氨酰胺酶介导的内源性谷氨酰胺(Q)的位点特异性缀合，以实现DAR 4位点特异性缀合的ADC的取代N297A (Kabat的EU编号)之外，还将H7C-谷氨酰胺标签LLQG(SEQ ID NO：91)在人IgG1-CH1区域内的位置T135之后且位置S136之前工程化到抗CDCP1抗体中。通过用精氨酸(R)取代重链上位置222(Kabat的EU编号)的赖氨酸(K)氨基酸，所述抗体被进一步改变以提高转谷氨酰胺酶介导的与工程化的H7C-谷氨酰胺标签和位置295的内源性谷氨酰胺(Q)缀合的特异性。这些H7C-LLQG谷氨酰胺标签、N297A和K222R工程化的抗CDCP1重链CP13E10-H7C-K222R-N297A HC、CP13E10-54HC-89LC-H7C-K222R-N297A HC和CP13E10-54HCv13-89LCv1-H7C-K222R-N297AHC分别在SEQ ID NO.25、35和43中列出。通过用编码用含谷氨酰胺的转谷氨酰胺酶(“Q”)标签工程化并带有N297A和K222R突变的抗体的载体稳定转染CHO-K1 SV 10E9宿主细胞，产生了用于缀合的蛋白质。培养所得的稳定CHO库，并在第12天收获条件培养基。将所得条件培养基使用两柱工艺纯化：蛋白-A MabSelect SuRe LX平台，然后是TMAE (50 mM HEPES65mMNaCl pH 7.0)，以除去HMMS过程相关的杂质。

实施例9：抗CDCP1抗体CP13E10-54HC-89LC的Fab片段的CDCP1表位的晶体学鉴定

人CDCP1细胞外结构域(ECD)和抗体CP13E10-54HC-89LC Fab的复合物使用1∶1.1的摩尔比形成，浓缩至15.2mg/mL，并使用悬滴技术使用1∶1的孔溶液与蛋白质溶液比例在18℃结晶。使用20％PEG6K、200mM氯化镁、200mM氯化钠、100mM乙酸钠(pH 5.0)作为沉淀剂获得晶体。为了收集数据，将晶体在储库溶液中用20％乙二醇冷冻保护。使用同步辐射光源在Argonne，IL的APS收集了

分辨率的晶体学数据。晶体属于P 2₁2₁2₁空间群，其中晶胞参数

使用autoPROC对数据进行处理和缩放。使用其结构未在本文中公开的专有抗体的结构，通过分子置换来解析所述结构。使用COOT和autoBuster程序重建并完善了整个复合物模型。最终完善的模型分别具有20.4％和21.6％的Rwork和Rfree值。

表位和互补位分析。

不对称单元含有Fab/抗原复合物的单个拷贝。图10-11示出抗原和抗体残基进行

或更小的接触的效果图。表4-5列举涉及抗体互补决定区(CDR)的相应表位/互补位接触。总之，图10-14示出每个CDR相对于抗原的位置；所有六个CDR都进行抗原接触。此外，框架残基H71、H73、H74、L49和L67也接触CDCP1，前两者具有与CDCP1 Glu242的侧链氢键合的侧链。

表4：CDCP1 ECD与Fab CP13E10-54HC-89LC的轻链互补决定区(CDR)之间的接触<

表5：CDCP1 ECD与Fab CP13E10-54HC-89LC的重链互补决定区(CDR)之间的接触<

所述结构揭示了连接至抗原的Asn122的N连接的聚糖(参见图12-13中的空间填充图示)。两条抗体链均与聚糖接触。图15A和15B示出互补位/表位相互作用的详细特征。

如在图10中明显的，抗原呈月牙形，并且抗体位于月牙内侧。图12示出Phe(H100A)位于界面中心附近，与6个CDCP1残基(表5)接触，超过任何其他CDR残基。Phe侧链填充口袋，所述口袋的中心大约由CDCP1 Leu196的主链标识，并且其边界大约由CDCP1残基Thr124、Thr160、Ser162、Ala195和His197的侧链限定。在Phe的任一侧上是电荷相互作用(参见图15A和15B)，如介于His(H100)/Glu92、Glu(H97)/Lys45、Asp(H100B)/Arg173和Arg(H71)/Glu242之间。进行多个紧密接触的另一个残基是Tyr(L32)，其CDCP1的Leu46-Pro55区环绕在其酚部分上。Arg(L91)与同一区域的主链相互作用。抗体的结合覆盖大约

的抗原表面(包括连接至Asn122的聚糖)。

实施例10：CP13E10-54HC-89LC的内化

抗体内化是将ADC细胞毒性有效负载递送至肿瘤细胞的内部的关键特征。因此，使用表达CDCP1的人前列腺癌细胞系PC3对由抗体CP13E10-54HC-89LC诱导的CDCP1内化进行了评估。

为此，使用Invitrogen^TM SAIVI^TM Alexa Fluor^TM647抗体/蛋白质1mg-标记试剂盒(ThermoFisher Scientific)将抗体CP13E10-54HC-89LC与Alexa Fluor 647^TM染料缀合，并根据制造商的说明书进行纯化。将组织培养板中约0.2-0.5x10⁵个细胞/cm²密度的PC3细胞暴露于生长培养基(RPMI-1640[Gibco]，10％热灭活胎牛血清(Gibco)中的2μg/mL的纯化AlexaFluor 647^TM缀合抗体CP13E10-54HC-89LC，并在37℃下孵育5至120分钟的时间间隔。孵育结束时，将板在冰上冷却，吸出培养基，并用过量的不含Ca²⁺Mg²⁺的冰冷磷酸盐缓冲盐水(PBS[Gibco])洗涤细胞。然后用0.25％胰蛋白酶-EDTA(Gibco)使细胞脱离，然后用冰冷的生长培养基中和胰蛋白酶。通过离心沉淀脱离的细胞，在冰冷的PBS中漂洗一次，并且收集最终沉淀，并在4％多聚甲醛(PFA)中在4℃下固定20分钟。在此孵育后，通过用PBS洗涤除去PFA。

使用Amnis Image

X Mark II(EMD Millipore)成像血细胞计数器，在低速/高灵敏度设置下使用40X物镜对固定样品进行分析。在Ch11中使用642nm激光的激发/发射设置检测到Alexa Fluor 647^TM的荧光信号。使用

软件处理原始图像数据。将单细胞基于面积M01(明场)对比纵横比M01(明场)点图进行门控。然后基于梯度RMS_明场直方图对焦点中的细胞进行门控。采用总区室、膜区室和内部区室的图像分割的数字掩蔽，以确定每个分析细胞在那些区室中的每个中的Alexa Fluor 647^TM的相对信号强度，并表示为给定样品中细胞群体的中值。然后将每个实验的定量数据导出到

Excel，并计算内部区室与膜区室的值之间的比率，并将其针对时间作图。使用GraphPad Prism软件基于公开的程序(Wiley等人，1982，J.Biol.Chem.257：4222-4229)确定内吞内化速率常数Ke，以获得内化的初始线性阶段的最佳拟合线性回归线的斜率。

如图16所示，在PC3细胞系中，CP13E10-54HC-89LC诱导的靶标内化速率(Ke)是0.013±0.001min^-1。阳性Ke表示抗体从细胞膜有效内化到细胞中。在这些条件下，未发现抗体浓度和相对细胞密度对内化速率具有任何影响。

实施例11：CDCP1抗体关于CDCP1活性和细胞过程的评估

由于观察到在NSCLC细胞系和肺组织中CDCP1蛋白表达和酪氨酸磷酸化水平较高，因此这为使用肺肿瘤患者来源的自体异种移植物(PDX)测试CDCP1 ADC的功效提供了方法。在21天预处理期内，在小鼠中建立了NSCLC细胞的肺肿瘤(＜200mm³)，并且这些肿瘤具有CDCP1蛋白的高表达。21天后，以相隔四天的间隔递送四次处理。媒介物处理的小鼠的肿瘤块稳定地进展，在12天内达到最大大小(图17)。相比之下，通过CDCP1-ADC(CP13E10-SS3-LP15)处理可快速控制肿瘤生长，并且在处理第32天不存在可检测疾病的迹象。阴性ADC(与阴性对照抗体连接)具有一定功效，这并不出人意料。主要发现是CDCP1-ADC成功地阻断了肺肿瘤的生长，与其他数据一起表明这种抗体可作为先导候选抗体进一步完善。因此，测试了针对多种PDX肿瘤模型的多种CDCP1-ADC。

在各种实验方法中，还测试了CDCP1抗体活化CDCP1及其下游靶标的能力。在几种肺癌(H1299)和乳腺癌(MDA-MB-231)细胞系和正常乳腺上皮(MCF10A)细胞系中，用抗体对细胞进行短期处理刺激了CDCP1酪氨酸磷酸化以及SFK和PKCδ的下游磷酸化(图18A-18C)。相比之下，用CDCP1抗体长时间处理引起CDCP1表达和磷酸化的降低(可能是由于抗体介导的内化)，以及下游信号传导的降低，包括Src活化的降低(图19A-19B和图20)。

由于CDCP1在调控这些细胞过程中的已知积极作用，因此还测试了CDCP1抗体处理对细胞迁移和侵袭的影响。出人意料地，用几种不同的CDCP1抗体处理H1299和MDA-MB-231细胞在Transwell测定中产生了细胞迁移的减少(图21A-21B)，以及三维肿瘤细胞侵袭测定中细胞侵袭的减少(图22A-22B)。这些发现证明CDCP1活性及其下游细胞过程。

由于CDCP1在调控这些细胞过程中的已知积极作用，因此还测试了CDCP1抗体处理对细胞迁移和侵袭的影响。出人意料地，用几种不同的CDCP1抗体处理H1299和MDA-MB-231细胞在Transwell测定中产生了细胞迁移的减少，以及三维肿瘤细胞侵袭测定中细胞侵袭的减少。用CDCP1抗体处理MDA-MB-231细胞也减少了球状体大小和侵袭。相比之下，用CDCP1抗体处理MCF10A和DLD-1细胞产生了细胞迁移的增加。CDCP1抗体对与肿瘤形成和生长相关的过程的相反作用可能是由于CDCP1活化抗体对不同细胞中AKT活性的对比效应，因为AKT在大多数细胞的迁移中起着积极作用。CDCP1活化抗体降低了H1299和H1373细胞中的基础AKT磷酸化(活性)，但对MCF10A、H1975和HCT116细胞中的AKT无影响(图23A-23B)。抗体对H1299和MCF10A细胞中AKT活性的对比效应与其在细胞侵袭中的相应作用是一致的。

CDCP1抗体还降低了前列腺癌(PC3)细胞中的基础AKT活性和AKT底物磷酸化(参见图24A-24C)。在20分钟内80％降低后抑制是短暂的，在延长的抗体暴露期间，AKT磷酸化恢复到初始水平，与CDCP1蛋白表达的表达降低相一致。AKT磷酸化的减少通过对Src的抑制阻断，这与AKT抑制在Src进行的CDCP1磷酸化的下游一致。G蛋白偶联受体(IGF1、P2Y2、LPA、毒蕈碱)活化下游的AKT活化也被CDCP1活化阻断。

实施例12：CDCP1信号传导和与其他蛋白质的串扰

为了更好地了解CDCP1的生物学作用和CDCP1抗体治疗的作用，进行了研究以评估CDCP1对其他下游蛋白和信号传导途径的参与。图25示出免疫沉淀研究的各种蛋白质印迹实验，其中在PC3细胞的情况下使用了活化抗体(“76”)和非活化抗体(“24”)。将抗体添加至完整细胞中(80分钟，4℃)。阴性对照抗体和24(5μg/ml)；76(20ng/ml)。对于以下观察到优先CDCP1配偶体结合：76mAb(活化)：SRC，PPP4R2和24mAb(非活化)：PARG1。对于β-连环蛋白、转铁蛋白受体、输入蛋白-7，观察到与76和24的非优先结合。

实施例13：抗体CP13E10-54VH-89VL和CP13E10-54HC-89LCv1与人癌细胞系的结合

如通过流式细胞术所测定，CP13E10-54HC-89LC和CP13E10-54HC-89LCv1表现出与表达CDCP1的细胞的剂量依赖性结合。在三种人癌细胞系PC3(前列腺癌)、H1299(非小细胞肺癌)和H2009(肺腺癌)上评估了结合。为此，首先将贴壁细胞用细胞解离缓冲液(LifeTechnologies#13150-016)解离，通过离心沉淀，并且用FACS缓冲液(PBS-CMF，3％FBS，0.1％重量/体积(w/v)叠氮化钠)重悬。然后将细胞与在相同缓冲液中稀释的CP13E10-54HC-89LC或CP13E10-54HC-89LCv1混合，以产生3倍的12点稀释系列，最终抗体浓度范围为100nM至0.565pM。用抗体将细胞在冰上维持一小时，用冰冷的FACS缓冲液洗涤两次，然后用与R-PE缀合的抗人IgG Fc染色(Jackson ImmunoRsearch Labs#109-115-098)。在黑暗中在冰上孵育30分钟后，将细胞洗涤两次，与eFluor 660可固定活力染料(eBioscience#65-0864-18)合并，并且固定(BD Cytofix，BD Biosciences#554655)。使用BD FACSDiva软件在LSR Fortessa仪器上获得染色的细胞。使用FloWJo软件确定存活细胞的减去背景的gMFI，并使用Graphpad Prism软件作图以产生EC₅₀(图26A和26B)。CP13E10-54HC-89LC的计算值在0.73-1.69nM的范围内。仅针对PC3细胞确定的CP13E10-54HC-89LCv1的EC₅₀是4.06nM(表6)。

表6

实施例14：用于接头-细胞毒性药物有效负载的位点特异性缀合的抗CDCP1抗体、CP13E10-54HC-89LC和CP13E10-54HC-89LCv1的制备

通常如PCT公布WO2013/093809(其整体并入本文)中所述以及上文中详细概述来进行制备用于通过半胱氨酸残基进行位点特异性缀合的CP13E10-54HC-89LC和CP13E10-54HC-89LCv1衍生物的方法。通常如PCT公布WO2012/059882和/或WO2016/166629(其整体并入本文)中所述以及上文中详细概述来进行制备用于通过谷氨酰胺残基进行位点特异性缀合的CP13E10-54HC-89LC衍生物的方法。

为了产生半胱氨酸修饰的抗体CP13E10-54HC-89LC-183/290或CP13E10-54HC-89LCv1-183/290或谷氨酰胺修饰的抗体CP13E10-54HC-89LC-H7C-K222R-N297A，将CHO细胞用编码相应抗体的DNA构建体转染，并且使用本领域熟知的标准程序分离稳定的高生产池。使用两柱法从转染的细胞条件培养基中纯化抗体。简言之，使用蛋白-A(MabSelect SuReLX平台)对抗体进行亲和纯化，然后使用TMAE柱进行纯化。在一些情况下，采用了使用苯基琼脂糖凝胶疏水相互作用色谱(HIC)的最终纯化步骤。

将最终的纯化产物通过SoloVPE斜率光谱法、SDS-PAGE和分析型SEC(YMC-PackDiol-200)进行分析。使用来自Charles RiverLaboratories的Endosafe PTS RMPTS964和Endosafe试纸PTS-20对内毒素进行了测试。通过Cygnus ELISA测定(目录号分别为F550和F610)评估了CHO宿主细胞蛋白和蛋白A杂质的数量。制剂通常展现内毒素水平低于1EU/mg、宿主细胞蛋白质污染低于100 ng/mg、蛋白A污染低于10ng/mg以及高分子量物质低于1％，目标峰含有99％的总蛋白质。

实施例15：细胞毒性有效负载药物化合物的产生

奥瑞斯他汀药物化合物0101和0131是根据PCT公布WO2013/072813(其整体并入本文)中描述的方法制备的。在公开的申请中，奥瑞斯他汀化合物用表7中所示的编号系统表示。

表7

奥瑞斯他汀药物化合物	WO2013/072813中的名称
		0101	#54
0131	#118

根据PCT公布WO2013/072813，按照以下程序制备药物化合物0101。

如WO 2013/072813(以引用的方式并入本文)中所述的通用程序：

通用程序A：使用二乙胺或哌啶除去9-芴基甲氧羰基(FMOC)。向含Fmoc的化合物于二氯甲烷或N，N-二甲基甲酰胺(也称为DMF)中的溶液添加等体积的二乙胺或哌啶。通过LC-MS(或HPLC或TLC)监测反应进程。在真空下除去溶剂，并且在一些情况下，将残余物与庚烷共沸1至4次。残余物通常用二氯甲烷和少量甲醇稀释，然后减少至二氧化硅上，并通过硅胶色谱法纯化，用二氯甲烷中的甲醇(或其他适当的溶剂混合物)洗脱，得到所需的材料(或按原样使用粗材料)。

通用程序D：与0-(7-氮杂苯并三唑-1-基)-N，N，N′，N′-四甲基脲鎓六氟磷酸盐(HATU)偶联。向胺(1.0当量)和酸(1.0-2.0当量)于二氯甲烷、N，N-二甲基甲酰胺(也称为DMF)或二者的混合物中的搅拌溶液添加HATU(1.0-2.0当量)。随后添加三乙胺(2.0-4.0当量)或二异丙基乙胺(2.0-4.0当量，也称为胡宁氏碱)。通过LC-MS(或HPLC或TLC)监测反应进程；反应通常在三个小时内完成。在真空下除去溶剂。将残余物通过硅胶或反相色谱法纯化，或在一些情况下与庚烷共沸3次，用少量乙酸乙酯稀释，然后减少至二氧化硅或CI 8键合的二氧化硅上，并通过硅胶或反相色谱法纯化。

步骤1.N-[(9H-芴-9-基甲氧基)羰基]-2-甲基丙氨酰基-N-[(3R，4S，5S)-3-甲氧基-1-{(2S)-2-[(1R，2R)-1-甲氧基-2-甲基-3-氧代基-3-{[(1S)-2-苯基-1-(1，3-噻唑-2基)乙基]氨基}丙基]吡咯烷-1-基}-5-甲基-1-氧代庚-4-基]-N-甲基-L-缬氨酰胺(#53)的合成。根据通用程序D，由二氯甲烷(20mL，0.1M)和N，M二甲基甲酰胺(3mL)中的#32(2.05g，2.83mmol，1当量)、胺#19(2.5g，3.4mmol，1.2当量)、HATU(1.29g，3.38mmol，1.2当量)和三乙胺(1.57mL，11.3mmol，4当量)合成了粗的所需材料，将其通过硅胶色谱法(梯度：0％至55％于庚烷中的丙酮)纯化，产生呈固体的#53(2.42g，74％)。LC-MS：m/z965.7[M+H⁺]，987.6[M+Na⁺]，保留时间＝1.04分钟；HPLC(方案A)：m/z965.4[M+H⁺]，保留时间＝11.344分钟(纯度＞97％)；¹H NMR(400MHz，DMSO-d₆)，推测是旋转异构体的混合物，特征性信号：δ7.86-7.91(m，2H)，[7.77(d，J＝3.3Hz)和7.79(d，J＝3.2Hz)，总共1H]，7.67-7.74(m，2H)，[7.63(d，J＝3.2Hz)和7.65(d，J＝3.2Hz)，总共1H]，7.38-7.44(m，2H)，7.30-7.36(m，2H)，7.11-7.30(m，5H)，[5.39(ddd，J＝11.4，8.4，4.1Hz)和5.52(ddd，J＝11.7，8.8，4.2Hz)，总共1H]，[4.49(dd，J＝8.6，7.6Hz)和4.59(dd，J＝8.6，6.8Hz)，总共1H]，3.13，3.17，3.18和3.24(4s，总共6H)，2.90和3.00(2br s，总共3H)，1.31和1.36(2br s，总共6H)，[1.05(d，J＝6.7Hz)和1.09(d，J＝6.7Hz)，总共3H]。

步骤2.2-甲基丙氨酰基-N-[(3R，4S，5S)-3-甲氧基-1-{(2S)-2-[(1R，2R)-1-甲氧基-2-甲基-3-氧代基-3-{[(1S)-2-苯基-1-(1，3-噻唑-2-基)乙基]氨基}丙基]吡咯烷-1-基}-5-甲基-1-氧代庚-4-基]-N-甲基-L-缬氨酰胺(本文称为#54或0101)的合成根据通用程序A，由二氯甲烷(10mL，0.07M)中的#53(701mg，0.726mmol)合成所需的粗材料，将其通过硅胶色谱法(梯度：0％至10％的于二氯甲烷中的甲醇)纯化。将残余物用乙醚和庚烷稀释，并且在真空中浓缩，得到呈白色固体的#54(本文也称为0101)(406mg，75％)。LC-MS：m/z743.6[M+H⁺]，保留时间＝0.70分钟；HPLC(方案A)：m/z743.4[M+H⁺]，保留时间＝6.903分钟，(纯度＞97％)；¹H NMR(400MHz，DMSO-d₆)，推测是旋转异构体的混合物，特征性信号：δ[8.64(br d，J＝8.5Hz)和8.86(br d，J＝8.7Hz)，总共1H]，[8.04(br d，J＝9.3Hz)和8.08(br d，J＝9.3Hz)，总共1H]，[7.77(d，J＝3.3Hz)和7.80(d，J＝3.2Hz)，总共1H]，[7.63(d，J＝3.3Hz)和7.66(d，J＝3.2Hz)，总共1H]，7.13-7.31(m，5H)，[5.39(ddd，J＝11，8.5，4Hz)和5.53(ddd，J＝12，9，4Hz)，总共1H]，[4.49(dd，J＝9，8Hz)和4.60(dd，J＝9，7Hz)，总共1H]，3.16，3.20，3.21和3.25(4s，总共6H)，2.93和3.02(2br s，总共3H)，1.21(s，3H)，1.13和1.13(2s，总共3H)，[1.05(d，J＝6.7Hz)和1.10(d，J＝6.7Hz)，总共3H]，0.73-0.80(m，3H)。

在一些实施方案中，药物0101连接至接头6-马来酰亚胺基己酰基-缬氨酸-瓜氨酸-对氨基苄基氨基甲酸酯(在本文中也称为“mc-val-cit-PABC”、“mcValCitPABC”或“vc”)。接头-细胞毒性药物有效负载(LP)，mc-val-cit-PABC-0101(在本文中也称为“vc0101”)是根据PCT公布WO2013/072813(其以引用的方式整体并入本文)中描述的方法制备的。

根据PCT公布WO2013/072813，按照以下程序制备药物化合物0131。

步骤I.1-(叔丁氧基羰基)-2-甲基-L-脯氨酰基-N-{(1S，2R)-4-{(2S)-2-[(1R，2R)-3-{[(1S)-1-苄基-2-甲氧基-2-氧代乙基]氨基}-1-甲氧基-2-甲基-3-氧代丙基]吡咯烷-1-基}-2-甲氧基-1-[(1S)-1-甲基丙基]4-氧代丁基}-N-甲基-L缬氨酰胺(#116)的合成。向#114(1.02g，1.61mmol，1.0当量)和1-(叔丁氧基羰基)-2-甲基-L-脯氨酸(443mg，1.93mmol，1.2当量)于12mL二氯甲烷中的搅拌溶液添加HATU(735mg，1.93mmol，1.2当量)，然后添加胡宁氏碱(1.12mL，6.45mmol，4.0当量)。使反应物在室温下搅拌2小时。使反应物减少，用乙酸乙酯稀释，然后用0.5N HCl和盐水洗涤。然后将经硫酸钠干燥的有机物减少至较小的体积，然后在二氧化硅上减少。然后进行二氧化硅色谱法(梯度：0％-45％的于庚烷中的丙酮)，从而产生呈白色固体的#116(1.02g，74％)。LC-MS(方案Q)：m/z 844.3[M+H+]，867.2[M+Na+]，保留时间＝2.15分钟。

步骤2A.2-甲基-L-脯氨酰基-N-{(1S，2R)-4-{(2S)-2-[(1R，2R)-3-{[(1S)-1-苄基-2-甲氧基-2-氧代乙基]氨基}-1-甲氧基-2-甲基-3-氧代丙基]吡咯烷-1-基}-2-甲氧基-1-[(1S)-1-甲氧基丙基]-4-氧代丁基}-N-甲基-L-缬氨酰胺，三氟乙酸盐(#117)的合成。在0℃下向#1 16(450mg，0.533mmol，1.0当量)于7mL二氯甲烷中的搅拌溶液添加TF A(3mL，40mmol，70当量)。将反应物在0℃下搅拌5分钟，然后允许其温热至室温同时搅拌20分钟。使反应物减少，用二氯甲烷和少量甲醇稀释，然后减少到二氧化硅上。然后进行二氧化硅色谱法(梯度：0％-20％的于乙酸乙酯中的甲醇)，从而产生呈白色固体的#117(396mg，89％)。LC-MS(方案Q)：m/z 744.5[M+H+]，767.2[M+Na+]，保留时间＝1.40分钟；HPLC(方案A，在45℃)：m/z 744.5[M+H+]，保留时间＝7.149分钟(纯度＞91％)。1HNMR(400MHz，DMSOd6)，88.73-9.14(m)，8.66(br d)，8.50(d)，8.22(d)，7.12-7.25(m)，4.67-4.74(m)，4.41-4.63(m)，3.93-4.00(m)，3.73(dd)，3.63(d)，3.46-3.57(m)，3.38-3.45(m)，3.26-3.23(m)，3.22-3.25(m)，3.06-3.22(m)，2.99-3.05(m)，2.93-2.97(m)，2.80-2.89(m)，2.75-2.78(m)，2.64-2.67(m)，2.46-2.50(m)，2.27-2.43(m)，2.00-2.26(m)，1.85-1.99(m)，1.70-1.83(m)，1.52-1.69(m)，1.33-1.51(m)，1.18-1.31(m)，0.98-1.07(m)，0.93-0.97(m)，0.82-0.92(m)，0.71-0.78(m)。

步骤2B.2-甲基王-脯氨酰基-N-[(3R，4S5S)-1-{(2S)-2-[(1R，2R)-3-{[(1S)-1-羧基-2-苯基乙基]氨基}-1-甲氧基-2-甲基-3-氧代丙基]吡咯烷-1-基}-3-甲氧基-5-甲基-l-氧代庚-4-基]-N-甲基-L-缬氨酰胺，三氟乙酸盐(#118)。在氮气下向#116(435mg，0.515mmol)于4mL THF中的搅拌溶液添加溶解于2mL水中的LiOH(24.7mg，1.03mmol，2.0当量)。将反应物在室温搅拌，直到LC-MS表明甲酯的皂化。将反应物在真空中浓缩，然后置于真空下。将反应物用二氯甲烷稀释，并置于氮气下。向此搅拌混合物中添加TFA(3mL，40.5mmol，80当量)。使反应物在室温下搅拌30小时。然后使反应物减少。将残余物通过中压反相C18色谱法纯化(梯度：5％至60％的于水中的乙腈，每相中具有0.02％TFA)#118(396mg，89％)，呈白色固体。LC-MS(方案Q)：m/z 730.2[M+H+]，保留时间＝1.18分钟；HPLC(方案A在45℃)：m/z 730.5[M+H+]，保留时间＝7.088分钟(纯度＞98％)。1H NMR(400MHz，DMSO-d6)，89.04-9.13(m)，8.75-8.87(m)，8.70(d)，8.38(d)，8.ll(d)，7.10-7.24(m)，4.66-4.74(m)，4.48-4.64(m)，4.37-4.47(m)，3.91-3.99(m)，3.77(m)，3.47-3.56(m)，3.33-3.47(m)，3.08-3.30(m)，2.93-3.07(m)，2.75-2.86(m)，2.63-2.69(m)，2.45-2.50(m)，2.28-2.44(m)，2.03-2.27(m)，1.88-2.02(m)，1.68-1.86(m)，1.55-1.67(m)，1.30-1.47(m)，1.17-1.29(m)，0.98-1.05(m)，0.93-0.97(m)，0.83-0.92(m)，0.71-0.79(m)。

根据PCT公布WO2016/166629(其整体并入本文)，与允许与酰基供体抗体缀合的胺供体接头偶联的奥瑞斯他汀化合物0131(化学名称为2-甲基-L-脯氨酰基-N-[(3R，4S，5S)-1-{(2S)-2-[(1R，2R)-3-{[(1S)-1-羧基-2-苯基乙基]氨基}-1-甲氧基-2-甲基-3-氧代丙基]吡咯烷-1-基}-3-甲氧基-5-甲基-1-氧代庚-4-基]-N-甲基-L-缬氨酰胺)在本文中称为氨基-PEG6-C2-0131，并且具有以下结构：

实施例16：CP13E10-54HC-89LC-183/290、CP13E10-54HC-89LCv1-183/290和CP13E10-54HC-89LC-H7C-K222R-N297A抗体的生物缀合

通过接头将本发明的抗体与细胞毒性药物有效负载缀合，以产生抗体-药物缀合物(ADC)。所用的缀合方法是位点特异性的(即，通过特定的半胱氨酸残基或特定的谷氨酰胺残基)。

ADC，CP13E10-54HC-89LC-183/290-vc0101和CP13E10-54HC-89LCv1-183/290-vc0101是使用半胱氨酸位点特异性方法通过化学缀合产生的。将接头-细胞毒性药物有效负载(LP)，mc-Val-Cit-PABC-0101(在此也称为vc0101)通过其工程化的半胱氨酸残基与如实施例14所述制备的抗CDCP1抗体CP13E10-54HC-89LC-183/290或CP13E10-54HC-89LCv1-183/290缀合。作为第一步，在37℃下将5-硫代-2-硝基苯甲酸(TNB)加帽的抗体通过20倍摩尔过量的三(3-磺酸基苯基)膦(TSPP)还原3小时，然后脱盐以除去过量的TSPP。将还原的抗体在25℃下在2倍摩尔过量的脱氢抗坏血酸(DHA)中孵育0.5小时，以重建链间二硫键。将LP以10的LP/抗体摩尔比添加至反应混合物中，并在15％(体积/体积)的二甲基乙酰胺(DMA)存在下在25℃下再反应1.5小时。孵育后，添加20倍摩尔过量的L-半胱氨酸以淬灭任何未反应的LP。

然后将反应混合物脱盐以除去游离LP，并且通过疏水相互作用色谱法(HIC)纯化。将纯化的ADC透析到20mM组氨酸、85mg/mL蔗糖(pH5.8)配制缓冲液中，并在-80℃下储存。通过UV分光光度计测定蛋白质浓度。通过SEC进一步表征ADC的纯度；反相(RP)UPLC和液相色谱电喷雾电离串联质谱(LC-ESI MS)用于计算载药量概况和药物-抗体比(DAR)。最终的ADC制剂通常具有大于95％的单体纯度和小于5％的高分子量物质以及大约4的DAR。

ADC，CP13E10-54HC-89LC-H7C-K222R-N297A-氨基-PEG6-C2-0131(即CP13E10-54HC-89LC-H7C-K222R-N297A-AmPEG6C2-0131)是使用谷氨酰胺位点特异性转酰胺基方法通过化学缀合产生的。在转酰胺基反应中，抗体上的谷氨酰胺充当酰基供体，并且接头-细胞毒性有效负载氨基-PEG6-C2-0131(在本文中也称为氨基PEG6-丙酰基或AmPeg6C2-0131)上的含胺化合物(具有在PCT公布WO2016/166629(其整体并入本文)中描述的结构)充当酰基受体(胺供体)。将纯化的抗体CP13E10-54HC-89LC-H7C(酰基供体)与10-25摩尔过量的酰基受体，范围介于1-2mM之间的AmPeg6C2-0131(最终浓度)在pH范围7.5-8.5的200mM氯化钠和Tris HCl缓冲液中0.75单位/mg抗体(最终浓度)茂原链轮丝菌转谷氨酰胺酶存在下孵育。在25℃下孵育14-20小时后，使用本领域技术人员已知的标准色谱法，通过丁基琼脂糖凝胶HIC-FPLC(GE Healthcare，Piscataway，NJ)纯化抗体药物缀合物。

将纯化的ADC透析到20mM组氨酸、85mg/mL蔗糖(pH 5.8)配制缓冲液中，并在-80℃下储存。通过UV分光光度计测定蛋白质浓度。通过SEC进一步表征ADC的纯度；反相(RP)UPLC和液相色谱电喷雾电离串联质谱(LC-ESI MS)用于计算载药量概况和药物-抗体比(DAR)。最终的ADC制剂通常具有大于95％的单体纯度和小于5％的高分子量物质以及大约4的DAR。

实施例17：CP13E10-54HC-89LCv1-183/290-vc0101ADC的表征

缀合后(参见实施例16和17)，将CP13E10-54HC-89LCv1-183/290-vc0101ADC配制到20mM组氨酸、85mg/mL蔗糖(pH5.8)中，并且在3.27mg/mL下，不存在溶解度、粘度或聚集体形成的明显问题。通过尺寸排阻色谱法(SEC)表征CP13E10-54HC-89LCv1-183/290-vc0101的纯度；反相(RP)UPLC和液相色谱电喷雾电离串联质谱(LC-ESI MS)用于计算载药量概况和药物-抗体比(DAR)。这些结果表明，DAR 4.0ADC的总产率是51％，并且游离药物低于LOQ。为了确定CP13E10-54HC-89LCv1-183/290-vc0101 ADC的完整性，使用非还原和还原毛细管凝胶电泳(cGE，Caliper LabChip GXII：Perkin El mer Waltham，MA)计算纯度百分比。CP13E10-54HC-89LCv1-183/290-vc0101 ADC展示优异的完整性，并且在99.47％完整ADC下使用非还原性cGE以及在还原条件下存在99.91％的重链和轻链时，所述制剂实际上不含HMMS或LMMS。差示扫描量热法(DCS)用于确定CP13E10-54HC-89LCv1-183/290-vc0101 ADC的热稳定性。对于此分析，将配制到20mM组氨酸、8.5％蔗糖、0.005％EDTA(pH 5.8)中的ADC分配到带有自动进样器(GE Healthcare Bio-Sciences，Piscataway，NJ)的MicroCal VP-毛细管DSC的样品托盘中，在10℃下平衡5分钟，然后以每小时100℃的速率扫描直至110℃。选择了16秒的过滤时间。原始数据经过基线校正，并将蛋白质浓度归一化。使用Origin软件7.0(OriginLab Corporation，Northampton，MA)通过适当的转变次数将数据拟合至MN2-State模型。CP13E10-54HC-89LCv1-183/290-vc0101 ADC表现出良好的热稳定性，如以下解链转变点所示：Tm1＝65.15℃，Tm2＝78.97℃，Tm3＝85.45℃并且表观FabTm＝79.2℃。这些结果加在一起表明，奥瑞斯他汀0101(也称为#54)通过mc-val-cit-PABC(在本文中也称为“vc”)接头与人IgG1重链恒定区中工程化的位置C290(Kabat的EU编号，或使用Kabat的编号307)或抗CDCP1 CP13E10-54HC-89LCv1抗体的κ恒定区中根据Kabat的编号的C183的位点特异性缀合产生具有优异完整性和热稳定性的缀合物。

使用实施例7中所述的方法，使用表面等离子体共振(SPR)和Bi acore T200仪器(GE Healthcare)在pH 7.4和pH 6.8下测定了抗CD CP1 CP13E10-54HC-89LCv1-183/290抗体及其相应位点特异性缀合的ADC，CP13E10-54HC-89LCv1-183/290-vc0101针对重组人CDCP1-ECD的结合动力学。进行了ADC与CDCP1-ECD在pH 6.8对比生理pH 7.4下的结合的比较，以阐明ADC是否能够在酸性肿瘤微环境内结合。在pH 7.4下，CP13E10-54HC-89LCv1-183/290抗体和CP13E10-54HC-89LCv1-183/290-vc0101 ADC两者均具有相似的K_D值(图27)。此外，在pH 6.8下，CP13E10-54HC-89LCv1-183/290抗体及其相应的位点特异性缀合的ADC针对人CDCP1 ECD的K_D值类似于在pH 7.4下计算的那些(图27)。这些组合结果表明，CP13E10-54HC-89LCv1-183/290-vc0101 ADC将在酸性肿瘤微环境内结合CD CP1。此外，针对CP13E10-54HC-89LCv1-183/290-vc0101 ADC所获得的结合动力学值表明，奥瑞斯他汀0101(也称为#54)通过mc-val-cit-PABC(在本文中也称为“vc”)接头位点特异性缀合至人IgG1重链恒定区中的工程化的位置C290(Kabat的EU编号，或使用Kabat的编号307)和抗CDCP1 CP13E10-54HC-89LCv1抗体的κ恒定区中根据Kabat的编号的C183不会改变CDCP1结合性质。

实施例18：抗体依赖性细胞介导的细胞毒性

抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC)通过结合至靶细胞表面的抗体的Fc部分与自然杀伤(NK)细胞上的FCγRIIIa受体的接合而发生。靶细胞结合的抗体与FCγRIIIa的相互作用在效应NK细胞中诱导信号传导，其导致释放杀死靶细胞的溶细胞性分子(如颗粒酶)。抗体的抗肿瘤活性可部分归因于ADCC或通过ADCC增强。评估了CDCP1抗体CP13E10-54HC-89LCvl-183/290和ADC CP13E10-54HC-89LCv1-183/290-vc0101在体外诱导靶细胞上ADCC的能力。在此实施例中，使用了两种方法，一种是基于流式细胞术，并且一种是基于荧光素酶报告基因的测定。

对于基于流式细胞术的方法，将靶PC3细胞在37℃、5％CO₂下涂铺过夜。将细胞以10,000个细胞/孔的密度接种在测定培养基(RPMI-1640(Gibco)，10％超低IgG FBS(Gibco))中的96孔组织培养板中。通过使用CD56+/CD16+NK细胞分离试剂盒(MiltenyiBiotec)进行阴性选择，从健康人供体中分离效应NK细胞。用Cell Trace远红(ThermoFisher)对靶细胞进行荧光标记，并且随后将抗体CP13E10-54HC-89LCv1-183/290或.ADC CP13E10-54HC-89LCv1-183/290-vc0101的稀释系列添加至靶细胞。然后以70,000个细胞/孔添加NK效应细胞，以获得7∶1的效应子与靶标比例。将此共培养物在37℃、5％CO₂下孵育4小时。然后收集含有非贴壁细胞的培养基，并且放在一边备用。使贴壁细胞解离(细胞解离缓冲液，Gibco)并通过离心收集。将沉淀的细胞与它们的含有非贴壁细胞的相应培养基合并，并用活/死紫色死细胞染色剂(ThermoFisher)染色。将染色的细胞在LSRFortessa流式细胞仪(BD Biosciences)上运行，并将靶PC3细胞在CellTrac e远红染色上进行门控。通过PC3门中的活/死可固定紫色死细胞染色阳性细胞来确定死PC3细胞的百分比。如图28A所示，CP13E10-54HC-89LCv1-183/290和ADC CP13E10-54HC-89LCv1-183/290-vc0101两者均诱导ADCC，并且因此接合NK细胞上的受体FCγRIIIa。

还使用荧光素酶ADCC报告基因生物测定(Promega)评估了ADC C。在此试剂盒中，工程化的ADCC报告基因Jurkat细胞(生物测定效应细胞)稳定地表达FcγRIII高亲和力V158变体和NFAT应答元件，所述应答元件在通过抗体Fc结合活化FcγRIII后驱动萤火虫荧光素酶的表达。将PC3靶细胞在37℃、5％CO₂下在96孔组织培养板中以每孔6250个细胞涂铺过夜。第二天，除去涂铺培养基(RPMI-1640(Gi bco)，10％超低IgG FBS(Gibco))，并添加抗体CP13E10-54HC-89LCv1-183/290或ADC CP13E10-54HC-89LCv1-183/290-vc0101的连续稀释液，并在室温下孵育15分钟。然后将生物测定效应细胞以12∶1的效应子与靶标比例添加至靶细胞中，并在37℃、5％CO₂下孵育过夜。第二天，将75μL的Bio-Glo荧光素酶测定试剂添加至每个孔中，并使用Envision酶标仪(Perkin Elmer)测定发光(以相对光单位(RLU)计)。如图28B中所示，CP13E10-54HC-89LCv1-183/290和ADC CP13E10-54HC-89LCv1-183/290-vc0101均诱导荧光素酶报告基因表达，并且因此接合受体FCγRIIIa，其指示ADCC活性。

实施例19：CP13E10-54HC-89LC-183/290-vc0101、CP13E10-54HC-89LCv1-183/290-vc0101和CP13E10-54HC-89LC-H7C-K222R-N297-AmPEG6C2-0131的体外细胞毒性

在广泛细胞类型上评估了CDCP1 ADC，CP13E10-54HC-89LC-183/290-vc0101、CP13E10-54HC-89LCv1-183/290-vc0101和CP13E10-54HC-89LC-H7C-K222R-N297A-AmPEG6C2-0131的细胞毒性；所述细胞类型例如，人前列腺癌PC3、非小细胞肺癌(NSCLC)H1299、头颈癌SCC-25、肺腺癌H2009、口腔鳞状细胞癌PE/CA-PJ-49和原代人主动脉平滑肌细胞(HuAoSMC)。将细胞在浓度范围为600nM至0.357225pM的相应ADC的6倍9点稀释系列中孵育。将细胞在标准组织孵育箱中保持四天，然后使用ATPlite试剂并按照制造商建议的方案(PerkinElmer#6016731)进行活力分析。将一式三份样品的发光计数的平均值相对于仅培养基的对照(无ADC的生长培养基)进行归一化，以计算活力百分比。使用对数非线性回归分析计算ADC IC₅₀(细胞活力抑制50％的浓度)。

表8示出跨细胞系的测试ADC的IC₅₀。所有三种ADC对所有癌细胞系均具有细胞毒性。然而，表达最少量的CDCP1的非致瘤性原代主动脉平滑肌细胞对ADC的细胞毒性作用在很大程度上具有抗性(与阴性对照没有区别)。尽管CDCP1表达与细胞毒性之间没有绝对的相关性，但最敏感的细胞类型PC3表达最高水平的CDCP1，而降低的细胞毒性与较低的表达相关。

表8

实施例20：CP13E10-54HC-89LC-183/290-vc0101、CP13E10-54HC-89LCv1-183/290-vc0101和CP13E10-54HC-89LC-H7C-K222R-N297A-AmPEG6C2-0131在患者来源的异种移植物(PDX)荷瘤小鼠中的体内功效

评估了ADC对植入免疫缺陷型NOD/SCID小鼠中的人肿瘤患者来源的异种移植物(PDX)的体内生长的影响。为了建立初始PDX细胞系，根据保护人受试者的机构审查委员会的批准并根据HIPAA规定，从临床基地购买原发性人肿瘤切除样品。肿瘤片段被皮下植入小鼠体内，并且每天监测动物的健康状况，并每周两次通过目视检查动物监测肿瘤生长。一旦肿瘤可触知，就开始测量肿瘤体积，以追踪肿瘤生长并估计细胞倍增时间。使用等式V＝(A*B²)/2估计肿瘤体积，其中A是长轴，并且B是短轴。当肿瘤达到500mm³至1,500mm³的体积时，将它们收获进行研究，并作为PDX品系重新移植在初次接受实验的小鼠中。将肿瘤机械解离成片段，以进行冷冻保存或在小鼠中额外传代。

为了进行功效研究，从传代小鼠无菌收获PDX肿瘤，并且切成直径大约2mm的片段。将PDX肿瘤片段移植到初次接受实验的7-10周龄的NOD-SCID小鼠的右侧腹中。

肿瘤生长最初通过可触知性进行跟踪，一旦肿瘤体积达到约30mm³，就开始测量。一旦一组荷瘤小鼠达到200mm³的平均值，就根据肿瘤大小对研究进行随机分组。然后每四天一次(第1、5、9和13天)通过静脉内注射测试ADC来向动物给药，持续四个总剂量(q4dx4)。对于以规则间隔进行的每个肿瘤测量，计算肿瘤体积，并且从每组存活动物得出平均肿瘤大小+/-平均值的标准误差(SEM)，以确定肿瘤生长速率。在一些研究中，通过计算ADC最终剂量后的肿瘤体积与起始体积的最大观察到的差异百分比得出“瀑布图”。如上文实施例1中所述，使用免疫组织化学测定对大多数PDX模型的细胞膜CDCP1表达进行预筛选，以指定H得分。

评估了表达大量CDCP1的两种胰腺癌PDX模型(PDX-PAX-24509，H得分245和PDX-PAX-24513，H得分190)对以4天间隔四次以0.3、1或3mg/kg的剂量给药的CP13E10-54HC-89LC-H7C-AmPEG6-0131或CP13E10-54HC-89LC-183/290-vc0101的应答(q4dx4；群组大小n＝10)。在胰腺肿瘤模型PDX-PAX-24513中，与ADC或剂量无关，肿瘤快速进展，所有动物均到第15天死亡(图29A-29B)。使用以下RECIST标准，此模型中的应答被分类为进行性疾病(PD)：

RECIST标准：

完全应答(CR)：与起始体积相比，肿瘤体积减少100％

部分应答(PR)：与起始体积相比，肿瘤体积的消退大于30％、但小于100％

稳定疾病(SD)肿瘤体积消退30％，从起始体积增加20％

进行性疾病(PD)与起始体积相比，肿瘤生长超过20％

客观应答率(ORR)被定义为CR和PR的总百分比

在最后一个剂量的测试化合物后至少一天，在最大应答当天记录的RECIST测定的测量值

胰腺癌模型PDX-PAX-24509对两种ADC均显示出相似的应答，并且也被分类为PD(图30A-30B)。尽管CP13E10-54HC-89LC-183/290-vc0101治疗导致所有剂量下的PD(图30B)，但与CP13E10-54HC-89LC-H7C-AmPEG6-0131相比，存在与这种ADC相关的显著存活益处。值得注意的是，如图31所示，以3mg/kg给药的CP13E10-54HC-89LC-183/290-vc0101产生了所有治疗中最长的存活时间(平均值±SE，47.1±0.72天)。这种存活比用PBS(平均值±SE，16.9±0.99天；对数秩，p＜0.0001)或3mg/kgCP13E10-54HC-89LC-H7C-AmPEG6-0131(平均值±SE，20.8±0.68天；对数秩，p＜0.0001)。

在非小细胞肺癌(NSCLC)模型中也比较了对CP13E10-54HC-89LC-H7C-AmPEG6-0131或CP13E10-54HC-89LC-183/290-vc0101的应答。当向模型PDX-NSX-26101给予0.3、1或3mg/kg(群组大小n＝10)CP13E10-54HC-89LC-H7C-AmPEG6-0131时，NSCLC肿瘤迅速扩增，将所述应答分类为PD(图32A)。当以0.3和1mg/kg的CP13E10-54HC-89LC-183/290-vc0101给药时，PDX-NSX-26101也显示PD。然而，3mg/kg的CP13E10-54HC-89LC-183/290-vc0101显示短暂的肿瘤消退，从而导致部分应答(PR)延长直至最终剂量之后至少两周(图32B)。在以3mg/kg给予CP13E10-54HC-89LC-H7C-AmPEG6-0131或CP13E10-54HC-89LC-183/290-vc0101的NSCLC模型PDX-NS X-26113(H得分227；群组大小n＝10)中也观察到短暂肿瘤消退和PR，尽管CP13E10-54HC-89LC-183/290-vc0101的消退持续时间更长(图33A和33B)。

进行了另外的研究，其中向PDX群组给予如上所述的ADC和对照化合物，以与当前针对NSCLC和H&N癌症的护理标准(SOC)相比确定CP13E10-54HC-89LC-183/290-vc0101和CP13E10-54HC-89LC v1-183/290-vc0101的性能。在NSCLC模型PDX-NSX-15137(群组大小n＝10)中，4.5和1.5mg/kg的CP13E10-54HC-89LCv1-183/290-vc0101在35天内产生持续肿瘤消退(最后一次治疗后大于2周)，此时，SOC群组(紫杉醇，22.5mg/kg)中的平均肿瘤大小增加了一倍(图34A)。在4.5mg/kg剂量下，在第42天后仍保持消退，此时，由于过度肿瘤生长，紫杉醇群组中的所有小鼠均被处死。在H&N模型PD X-HNX-24715(H得分161；群组大小n＝10)中，以1.5mg/kg给予的CP13E10-54HC-89LCv1-183/290-vc0101在第25天(最后一次剂量后大于1周)产生肿瘤消退，此时SOC群组(顺铂，5mg/kg)中的肿瘤的大小增加了一倍以上(图34B)。在同一模型中，4.5mg/kg的CP13E10-54HC-89LCv1-183/290-vc0101以及3mg/kg的CP13E10-54HC-89LC-183/290-vc0101以及CP13E10-54HCv13-89LCv1-183/290-vc0101(具有与CP13E10-54HC-89LCv1-183/290-vc0101相同的抗体序列的ADC，不同之处在于重链氨基酸位置96的甘氨酸残基被丙氨酸替代)诱导持续时间超过80天的肿瘤消退(最后一次剂量后9周)。当以3mg/kg的阴性对照Neg-ADC给药时，PDX-NSX-15137和PDX-HNX-24715均显示短暂的肿瘤消退。然而，对CP13E10-54HC-89LCv1-183/290-vc0101(4.5mg/kg)和CP13E10-54HC-89LC-183/290-vc0101(3mg/kg)的应答均优于Neg-ADC。推测阴性对照的这种非特异性作用是由于肿瘤微环境中蛋白酶敏感性接头的裂解而发生的。

在上述PDX模型中，即使当ADC治疗导致肿瘤消退时，肿瘤也没有被完全根除，并且所有肿瘤最终都恢复了生长。为了研究重新开始的肿瘤生长是否与对ADC治疗的耐药性发展相关，首先以0.3、1和3mg/kg在PDX NSCLC模型PDX-NSX-26113中静脉内给予四次CP13E10-54HC-89LC-183/290-vc0101，各自间隔四次(群组大小n＝10)。注意到在3mg/kg群组中在肿瘤扩增后的第42天(最后一次剂量后大于3周)优于阴性对照Neg-ADC应答的持续肿瘤消退。在第56天，在CP13E10-54HC-89LC-183/290-vc01013mg/kg群组中，平均肿瘤大小已增加至初始体积的大约四倍(图35A)。此时，从3mg/kg群组切除肿瘤，合并，解离并重新植入到一组初次接受实验的NOD/SCID小鼠中。与之前的研究相同，使肿瘤扩增直到它们达到大约200mm³的平均体积，此时将动物随机分配至处理组(CP13E10-54HC-89LC-183/290-vc0101，1、3、6mg/kg；阴性对照Neg-ADC 3、6mg/kg，PBS；q4dx4；n＝10只动物/群组)。注意到，用3mg/kg的CP13E10-54HC-89LC-183/290-vc0101进行处理直到大约第40天诱导肿瘤消退。到第40天，Neg-ADC 3mg/kg对照组中的所有小鼠由于过度肿瘤生长已被终止(图35B)。在6mg/kg CP13E10-54HC-89LC-183/290-vc0101群组中，观察到第50天后消退，此时Neg-ADC 6mg/kg对照组中的所有小鼠由于过度肿瘤生长而被终止(图35B)。这些结果表明，尽管原始组中CP13E10-54HC-89LC-183/290-vc0101处理后肿瘤重新生长，但这种重新生长与对这种ADC的耐药性发展无关。实际上，初次接受实验群组中的肿瘤对治疗的敏感性似乎与原始群组中相等。

使用以3mg/kg给予CP13E10-54HC-89LC-183/290-vc0101 q4dx4的H&N和NSCLC模型进行了使用较小小鼠群组(n＝4-5)的另外PDX研究。如之前一样监测肿瘤生长，并确定肿瘤大小的最大平均变化(后对于消退至稳定疾病在最后剂量后的至少一天或对于进行性疾病在第21天[最后一次剂量后7天]测量)。将最大变化的体积除以平均治疗前起始体积，然后减去100以得出百分比变化(例如，肿瘤从200mm³的起始值消退到20mm³将得出(20/200)-100＝-90％，其中负值指示肿瘤消退)。以这种方式，可在“瀑布图”中可视化众多独立PDX模型之间的最大变化。对于图36中的十四个不同的PDX模型，示出了这样的瀑布图。注意，此图中的数据还包括来自上述较大的多剂量研究中的一些的3mg/kg组(PDX-PAX-24513、PDX-PAX-24509、PDX-NSX-26113、PDX-NSX-26101、PDX-HNX-26755、PDX-NSX-15137)(群组大小为10)的发现。这项分析揭示了跨众多NSCLC和H&N PDX模型的广泛功效概况。在此实验系列中，总共观察到1例完全应答和10例部分应答，从而给出79％的客观应答率(ORR)。

为了更全面地了解CP13E10-54HC-89LC-183/290-vc0101的功效的广度，组装了跨众多适应症的一大组PDX模型。此组中的肿瘤类型包括卵巢癌、乳腺癌、膀胱癌、H&N、NSCLC和小细胞肺癌。通过IHC验证了这些模型中的大多数中的CDCP1表达，并为每个模型分配了H得分。随后，建立了携带肿瘤的小群组(n＝4-5只小鼠)，并以3mg/kg给予CP13E10-54HC-89LCv1-183/290-vc0101以得到瀑布图(图37)。再次，跨适应症观察到广泛的功效概况。值得注意地，0/3膀胱癌PDX模型得到了部分或完全应答，从而表明膀胱癌可能不是这种ADC的可行适应症。在此系列中分析的40种模型中，20％得到了完全应答，并且另外43％得到了部分应答，在所有适应症中客观应答率为63％。

表10：序列表

其他实施方案

应理解，尽管已结合其具体实施方式描述了本公开，但以上描述意为说明性而不是限制本公开的范围，本公开的范围由所附权利要求的范围限定。其他方面、优点和修改在随后的权利要求范围内。

通过引用并入

本文引用的所有专利和出版物以引用的方式整体并入本文。

本文所讨论的出版物仅为其在本申请的申请日之前的公开而提供。本文中的任何内容均不应解释为承认本发明无权凭借在先发明而早于此类出版物。

如本文所用的所有标题仅用于组构，并且无意以任何方式限制本公开。

序列表

<110> 贝斯以色列女执事医疗中心(BETH ISRAEL DEACONESS MEDICAL CENTER)

康乃尔大学(CORNELL UNIVERSITY)

辉瑞公司(PFIZER INC.)

坎特利·刘易斯C (CANTLEY, Lewis C)

索尔托夫·斯蒂芬P (SOLTOFF, Stephen P)

埃默林·布鲁克M (EMERLING, Brooke M)

普洛吉尼斯·乔冶(POULOGIANNIS, George)

霍达科斯基·辛迪M (HODAKOSKI, Cindy M)

刘辉(Liu, Hui)

艾普斯托卢·伊琳娜(APOSTOLOU, Irina)

贝茨·布莱恩G (Bates, Brian G)

马奎特·金伯利A (MARQUETTE, Kimberly A)

班尼特·埃里克M (Bennett, Eric M)

摩斯亚克·莉迪亚(MOSYAK, Lidia)

克斯提亚科娃·利乌德米拉G (TCHISTIAKOVA, Lioudmila G)

罗斯福德·爱德华C (ROSFJORD, Edward C)

黄超(Huang, Chao)

朗登·艾萨克J (Rondon, Isaac J)

<120> CDCP1靶向疗法

<130> BID-009PC//BIDMC2143/PC72457

<150> 62/758,442

<151> 2018-11-09

<160> 91

<170> PatentIn version 3.5

<210> 1

<211> 128

<212> PRT

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成序列

<400> 1

Glu Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Ser Tyr

20 25 30

Tyr Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met

35 40 45

Gly Ile Ile Asn Pro Ser Gly Gly Ser Thr Ser Tyr Ala Gln Lys Phe

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Arg Asp Thr Ser Thr Ser Thr Val Tyr

65 70 75 80

Met Glu Leu Ser Ser Leu Arg Ser Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Gly Val Leu Arg Tyr Phe Asp Trp Leu Leu Asp Tyr Tyr

100 105 110

Tyr Tyr Met Asp Val Trp Gly Lys Gly Thr Thr Val Thr Val Ser Ser

115 120 125

<210> 2

<211> 5

<212> PRT

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成序列

<400> 2

Ser Tyr Tyr Met His

1 5

<210> 3

<211> 17

<212> PRT

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成序列

<400> 3

Ile Ile Asn Pro Ser Gly Gly Ser Thr Ser Tyr Ala Gln Lys Phe Gln

1 5 10 15

Gly

<210> 4

<211> 16

<212> PRT

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成序列

<400> 4

Asp Gly Val Leu Arg Tyr Phe Asp Trp Leu Leu Asp Tyr Tyr Tyr Tyr

1 5 10 15

<210> 5

<211> 11

<212> PRT

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成序列

<400> 5

Trp Gly Lys Gly Thr Thr Val Thr Val Ser Ser

1 5 10

<210> 6

<211> 98

<212> PRT

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成序列

<400> 6

Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val Phe Pro Leu Ala Pro Ser Ser Lys

1 5 10 15

Ser Thr Ser Gly Gly Thr Ala Ala Leu Gly Cys Leu Val Lys Asp Tyr

20 25 30

Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr Ser

35 40 45

Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr Ser

50 55 60

Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro Ser Ser Ser Leu Gly Thr Gln Thr

65 70 75 80

Tyr Ile Cys Asn Val Asn His Lys Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp Lys

85 90 95

Lys Val

<210> 7

<211> 15

<212> PRT

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成序列

<400> 7

Glu Pro Lys Ser Cys Asp Lys Thr His Thr Cys Pro Pro Cys Pro

1 5 10 15

<210> 8

<211> 110

<212> PRT

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成序列

<400> 8

Ala Pro Glu Leu Leu Gly Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys

1 5 10 15

Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val

20 25 30

Val Val Asp Val Ser His Glu Asp Pro Glu Val Lys Phe Asn Trp Tyr

35 40 45

Val Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu

50 55 60

Gln Tyr Asn Ser Thr Tyr Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu His

65 70 75 80

Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys

85 90 95

Ala Leu Pro Ala Pro Ile Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys

100 105 110

<210> 9

<211> 107

<212> PRT

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成序列

<400> 9

Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Arg Glu

1 5 10 15

Glu Met Thr Lys Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe

20 25 30

Tyr Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu

35 40 45

Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe

50 55 60

Phe Leu Tyr Ser Lys Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp Gln Gln Gly

65 70 75 80

Asn Val Phe Ser Cys Ser Val Met His Glu Ala Leu His Asn His Tyr

85 90 95

Thr Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser Pro Gly Lys

100 105

<210> 10

<211> 458

<212> PRT

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成序列

<400> 10

Glu Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Ser Tyr

20 25 30

Tyr Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met

35 40 45

Gly Ile Ile Asn Pro Ser Gly Gly Ser Thr Ser Tyr Ala Gln Lys Phe

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Arg Asp Thr Ser Thr Ser Thr Val Tyr

65 70 75 80

Met Glu Leu Ser Ser Leu Arg Ser Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Gly Val Leu Arg Tyr Phe Asp Trp Leu Leu Asp Tyr Tyr

100 105 110

Tyr Tyr Met Asp Val Trp Gly Lys Gly Thr Thr Val Thr Val Ser Ser

115 120 125

Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val Phe Pro Leu Ala Pro Ser Ser Lys

130 135 140

Ser Thr Ser Gly Gly Thr Ala Ala Leu Gly Cys Leu Val Lys Asp Tyr

145 150 155 160

Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr Ser

165 170 175

Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr Ser

180 185 190

Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro Ser Ser Ser Leu Gly Thr Gln Thr

195 200 205

Tyr Ile Cys Asn Val Asn His Lys Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp Lys

210 215 220

Lys Val Glu Pro Lys Ser Cys Asp Lys Thr His Thr Cys Pro Pro Cys

225 230 235 240

Pro Ala Pro Glu Leu Leu Gly Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro

245 250 255

Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys

260 265 270

Val Val Val Asp Val Ser His Glu Asp Pro Glu Val Lys Phe Asn Trp

275 280 285

Tyr Val Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu

290 295 300

Glu Gln Tyr Asn Ser Thr Tyr Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu

305 310 315 320

His Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn

325 330 335

Lys Ala Leu Pro Ala Pro Ile Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly

340 345 350

Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Arg Glu Glu

355 360 365

Met Thr Lys Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr

370 375 380

Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn

385 390 395 400

Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe

405 410 415

Leu Tyr Ser Lys Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp Gln Gln Gly Asn

420 425 430

Val Phe Ser Cys Ser Val Met His Glu Ala Leu His Asn His Tyr Thr

435 440 445

Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser Pro Gly Lys

450 455

<210> 11

<211> 106

<212> PRT

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成序列

<400> 11

Glu Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Ala Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly

1 5 10 15

Glu Arg Ala Thr Leu Ser Cys Arg Ala Ser Gln Ser Val Gly Ser Tyr

20 25 30

Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Arg Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu Ile

35 40 45

Tyr Asp Ala Ser Asn Arg Ala Thr Gly Ile Pro Ala Arg Phe Ser Gly

50 55 60

Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Glu Pro

65 70 75 80

Glu Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln Arg Ala Asn Val Phe Thr

85 90 95

Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys

100 105

<210> 12

<211> 11

<212> PRT

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成序列

<400> 12

Arg Ala Ser Gln Ser Val Gly Ser Tyr Leu Ala

1 5 10

<210> 13

<211> 7

<212> PRT

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成序列

<400> 13

Asp Ala Ser Asn Arg Ala Thr

1 5

<210> 14

<211> 8

<212> PRT

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成序列

<400> 14

Gln Gln Arg Ala Asn Val Phe Thr

1 5

<210> 15

<211> 10

<212> PRT

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成序列

<400> 15

Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys

1 5 10

<210> 16

<211> 106

<212> PRT

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成序列

<400> 16

Thr Val Ala Ala Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln

1 5 10 15

Leu Lys Ser Gly Thr Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr

20 25 30

Pro Arg Glu Ala Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser

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Gly Asn Ser Gln Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr

50 55 60

Tyr Ser Leu Ser Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu Lys

65 70 75 80

His Lys Val Tyr Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro

85 90 95

Val Thr Lys Ser Phe Asn Arg Gly Glu Cys

100 105

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<212> PRT

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成序列

<400> 17

Glu Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Ala Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly

1 5 10 15

Glu Arg Ala Thr Leu Ser Cys Arg Ala Ser Gln Ser Val Gly Ser Tyr

20 25 30

Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Arg Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu Ile

35 40 45

Tyr Asp Ala Ser Asn Arg Ala Thr Gly Ile Pro Ala Arg Phe Ser Gly

50 55 60

Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Glu Pro

65 70 75 80

Glu Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln Arg Ala Asn Val Phe Thr

85 90 95

Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg Thr Val Ala Ala Pro

100 105 110

Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln Leu Lys Ser Gly Thr

115 120 125

Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr Pro Arg Glu Ala Lys

130 135 140

Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser Gly Asn Ser Gln Glu

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Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr Tyr Ser Leu Ser Ser

165 170 175

Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu Lys His Lys Val Tyr Ala

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Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro Val Thr Lys Ser Phe

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Asn Arg Gly Glu Cys

210

<210> 18

<211> 110

<212> PRT

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成序列

<400> 18

Ala Pro Glu Leu Leu Gly Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys

1 5 10 15

Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val

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Val Val Asp Val Ser His Glu Asp Pro Glu Val Lys Phe Asn Trp Tyr

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Val Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala Lys Thr Cys Pro Arg Glu Glu

50 55 60

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65 70 75 80

Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys

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100 105 110

<210> 19

<211> 458

<212> PRT

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成序列

<400> 19

Glu Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Ser Tyr

20 25 30

Tyr Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met

35 40 45

Gly Ile Ile Asn Pro Ser Gly Gly Ser Thr Ser Tyr Ala Gln Lys Phe

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Arg Asp Thr Ser Thr Ser Thr Val Tyr

65 70 75 80

Met Glu Leu Ser Ser Leu Arg Ser Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Gly Val Leu Arg Tyr Phe Asp Trp Leu Leu Asp Tyr Tyr

100 105 110

Tyr Tyr Met Asp Val Trp Gly Lys Gly Thr Thr Val Thr Val Ser Ser

115 120 125

Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val Phe Pro Leu Ala Pro Ser Ser Lys

130 135 140

Ser Thr Ser Gly Gly Thr Ala Ala Leu Gly Cys Leu Val Lys Asp Tyr

145 150 155 160

Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr Ser

165 170 175

Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr Ser

180 185 190

Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro Ser Ser Ser Leu Gly Thr Gln Thr

195 200 205

Tyr Ile Cys Asn Val Asn His Lys Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp Lys

210 215 220

Lys Val Glu Pro Lys Ser Cys Asp Lys Thr His Thr Cys Pro Pro Cys

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Pro Ala Pro Glu Leu Leu Gly Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro

245 250 255

Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys

260 265 270

Val Val Val Asp Val Ser His Glu Asp Pro Glu Val Lys Phe Asn Trp

275 280 285

Tyr Val Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala Lys Thr Cys Pro Arg Glu

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Glu Gln Tyr Asn Ser Thr Tyr Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu

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His Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn

325 330 335

Lys Ala Leu Pro Ala Pro Ile Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly

340 345 350

Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Arg Glu Glu

355 360 365

Met Thr Lys Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr

370 375 380

Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn

385 390 395 400

Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe

405 410 415

Leu Tyr Ser Lys Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp Gln Gln Gly Asn

420 425 430

Val Phe Ser Cys Ser Val Met His Glu Ala Leu His Asn His Tyr Thr

435 440 445

Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser Pro Gly Lys

450 455

<210> 20

<211> 106

<212> PRT

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成序列

<400> 20

Thr Val Ala Ala Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln

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Leu Lys Ser Gly Thr Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr

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Pro Arg Glu Ala Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser

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Gly Asn Ser Gln Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr

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Tyr Ser Leu Ser Ser Thr Leu Thr Leu Ser Cys Ala Asp Tyr Glu Lys

65 70 75 80

His Lys Val Tyr Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro

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Val Thr Lys Ser Phe Asn Arg Gly Glu Cys

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<210> 21

<211> 213

<212> PRT

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成序列

<400> 21

Glu Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Ala Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly

1 5 10 15

Glu Arg Ala Thr Leu Ser Cys Arg Ala Ser Gln Ser Val Gly Ser Tyr

20 25 30

Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Arg Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu Ile

35 40 45

Tyr Asp Ala Ser Asn Arg Ala Thr Gly Ile Pro Ala Arg Phe Ser Gly

50 55 60

Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Glu Pro

65 70 75 80

Glu Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln Arg Ala Asn Val Phe Thr

85 90 95

Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg Thr Val Ala Ala Pro

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Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln Leu Lys Ser Gly Thr

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Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr Pro Arg Glu Ala Lys

130 135 140

Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser Gly Asn Ser Gln Glu

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Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr Tyr Ser Leu Ser Ser

165 170 175

Thr Leu Thr Leu Ser Cys Ala Asp Tyr Glu Lys His Lys Val Tyr Ala

180 185 190

Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro Val Thr Lys Ser Phe

195 200 205

Asn Arg Gly Glu Cys

210

<210> 22

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<212> PRT

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成序列

<400> 22

Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val Phe Pro Leu Ala Pro Ser Ser Lys

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Ser Thr Leu Leu Gln Gly Ser Gly Gly Thr Ala Ala Leu Gly Cys Leu

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Val Lys Asp Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser Trp Asn Ser Gly

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Ala Leu Thr Ser Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val Leu Gln Ser Ser

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Gly Leu Tyr Ser Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro Ser Ser Ser Leu

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Gly Thr Gln Thr Tyr Ile Cys Asn Val Asn His Lys Pro Ser Asn Thr

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Lys Val Asp Lys Lys Val

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<210> 23

<211> 15

<212> PRT

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成序列

<400> 23

Glu Pro Lys Ser Cys Asp Arg Thr His Thr Cys Pro Pro Cys Pro

1 5 10 15

<210> 24

<211> 110

<212> PRT

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成序列

<400> 24

Ala Pro Glu Leu Leu Gly Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys

1 5 10 15

Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val

20 25 30

Val Val Asp Val Ser His Glu Asp Pro Glu Val Lys Phe Asn Trp Tyr

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Val Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu

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Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys

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<210> 25

<211> 462

<212> PRT

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成序列

<400> 25

Glu Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Ser Tyr

20 25 30

Tyr Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met

35 40 45

Gly Ile Ile Asn Pro Ser Gly Gly Ser Thr Ser Tyr Ala Gln Lys Phe

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Arg Asp Thr Ser Thr Ser Thr Val Tyr

65 70 75 80

Met Glu Leu Ser Ser Leu Arg Ser Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Gly Val Leu Arg Tyr Phe Asp Trp Leu Leu Asp Tyr Tyr

100 105 110

Tyr Tyr Met Asp Val Trp Gly Lys Gly Thr Thr Val Thr Val Ser Ser

115 120 125

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Ser Thr Leu Leu Gln Gly Ser Gly Gly Thr Ala Ala Leu Gly Cys Leu

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Val Lys Asp Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser Trp Asn Ser Gly

165 170 175

Ala Leu Thr Ser Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val Leu Gln Ser Ser

180 185 190

Gly Leu Tyr Ser Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro Ser Ser Ser Leu

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Gly Thr Gln Thr Tyr Ile Cys Asn Val Asn His Lys Pro Ser Asn Thr

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Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu Leu Leu Gly Gly Pro Ser Val Phe

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Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro

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Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp Val Ser His Glu Asp Pro Glu Val

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Lys Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala Lys Thr

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Lys Pro Arg Glu Glu Gln Tyr Ala Ser Thr Tyr Arg Val Val Ser Val

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Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys

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Lys Val Ser Asn Lys Ala Leu Pro Ala Pro Ile Glu Lys Thr Ile Ser

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Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro

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Ser Arg Glu Glu Met Thr Lys Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys Leu Val

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Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly

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Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp

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Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Lys Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp

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Gln Gln Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser Val Met His Glu Ala Leu His

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Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser Pro Gly Lys

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<210> 26

<211> 128

<212> PRT

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成序列

<400> 26

Glu Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Ser Tyr

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Tyr Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met

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Gly Ile Ile Asn Pro Ser Gly Gly Ser Thr Ser Tyr Ala Gln Lys Phe

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Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Arg Asp Thr Ser Thr Ser Thr Val Tyr

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Met Glu Leu Ser Ser Leu Arg Ser Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

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Tyr Tyr Met Asp Val Trp Gly Gln Gly Thr Thr Val Thr Val Ser Ser

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<210> 27

<211> 16

<212> PRT

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成序列

<400> 27

Asp Gly Glu Leu Arg His Phe Asp His Leu Leu Asp Tyr His Tyr Tyr

1 5 10 15

<210> 28

<211> 11

<212> PRT

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成序列

<400> 28

Trp Gly Gln Gly Thr Thr Val Thr Val Ser Ser

1 5 10

<210> 29

<211> 458

<212> PRT

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成序列

<400> 29

Glu Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Ser Tyr

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Tyr Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met

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Gly Ile Ile Asn Pro Ser Gly Gly Ser Thr Ser Tyr Ala Gln Lys Phe

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Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Arg Asp Thr Ser Thr Ser Thr Val Tyr

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Met Glu Leu Ser Ser Leu Arg Ser Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

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Tyr Tyr Met Asp Val Trp Gly Gln Gly Thr Thr Val Thr Val Ser Ser

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Ser Thr Ser Gly Gly Thr Ala Ala Leu Gly Cys Leu Val Lys Asp Tyr

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Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr Ser

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Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr Ser

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Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro Ser Ser Ser Leu Gly Thr Gln Thr

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Tyr Ile Cys Asn Val Asn His Lys Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp Lys

210 215 220

Lys Val Glu Pro Lys Ser Cys Asp Lys Thr His Thr Cys Pro Pro Cys

225 230 235 240

Pro Ala Pro Glu Leu Leu Gly Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro

245 250 255

Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys

260 265 270

Val Val Val Asp Val Ser His Glu Asp Pro Glu Val Lys Phe Asn Trp

275 280 285

Tyr Val Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu

290 295 300

Glu Gln Tyr Asn Ser Thr Tyr Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu

305 310 315 320

His Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn

325 330 335

Lys Ala Leu Pro Ala Pro Ile Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly

340 345 350

Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Arg Glu Glu

355 360 365

Met Thr Lys Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr

370 375 380

Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn

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Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe

405 410 415

Leu Tyr Ser Lys Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp Gln Gln Gly Asn

420 425 430

Val Phe Ser Cys Ser Val Met His Glu Ala Leu His Asn His Tyr Thr

435 440 445

Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser Pro Gly Lys

450 455

<210> 30

<211> 106

<212> PRT

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成序列

<400> 30

Glu Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Ala Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly

1 5 10 15

Glu Arg Ala Thr Leu Ser Cys Arg Ala Ser Gln Ser Val Gly Ser Tyr

20 25 30

Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Arg Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu Ile

35 40 45

Tyr Asp Ala Ser Asn Arg Ala Thr Gly Ile Pro Ala Arg Phe Ser Gly

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Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Glu Pro

65 70 75 80

Glu Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln Arg Ala Gln Glu Phe Thr

85 90 95

Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys

100 105

<210> 31

<211> 8

<212> PRT

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成序列

<400> 31

Gln Gln Arg Ala Gln Glu Phe Thr

1 5

<210> 32

<211> 213

<212> PRT

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成序列

<400> 32

Glu Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Ala Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly

1 5 10 15

Glu Arg Ala Thr Leu Ser Cys Arg Ala Ser Gln Ser Val Gly Ser Tyr

20 25 30

Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Arg Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu Ile

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Tyr Asp Ala Ser Asn Arg Ala Thr Gly Ile Pro Ala Arg Phe Ser Gly

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Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Glu Pro

65 70 75 80

Glu Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln Arg Ala Gln Glu Phe Thr

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Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg Thr Val Ala Ala Pro

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Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln Leu Lys Ser Gly Thr

115 120 125

Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr Pro Arg Glu Ala Lys

130 135 140

Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser Gly Asn Ser Gln Glu

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Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr Tyr Ser Leu Ser Ser

165 170 175

Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu Lys His Lys Val Tyr Ala

180 185 190

Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro Val Thr Lys Ser Phe

195 200 205

Asn Arg Gly Glu Cys

210

<210> 33

<211> 458

<212> PRT

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成序列

<400> 33

Glu Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Ser Tyr

20 25 30

Tyr Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met

35 40 45

Gly Ile Ile Asn Pro Ser Gly Gly Ser Thr Ser Tyr Ala Gln Lys Phe

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Arg Asp Thr Ser Thr Ser Thr Val Tyr

65 70 75 80

Met Glu Leu Ser Ser Leu Arg Ser Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Gly Glu Leu Arg His Phe Asp His Leu Leu Asp Tyr His

100 105 110

Tyr Tyr Met Asp Val Trp Gly Gln Gly Thr Thr Val Thr Val Ser Ser

115 120 125

Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val Phe Pro Leu Ala Pro Ser Ser Lys

130 135 140

Ser Thr Ser Gly Gly Thr Ala Ala Leu Gly Cys Leu Val Lys Asp Tyr

145 150 155 160

Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr Ser

165 170 175

Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr Ser

180 185 190

Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro Ser Ser Ser Leu Gly Thr Gln Thr

195 200 205

Tyr Ile Cys Asn Val Asn His Lys Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp Lys

210 215 220

Lys Val Glu Pro Lys Ser Cys Asp Lys Thr His Thr Cys Pro Pro Cys

225 230 235 240

Pro Ala Pro Glu Leu Leu Gly Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro

245 250 255

Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys

260 265 270

Val Val Val Asp Val Ser His Glu Asp Pro Glu Val Lys Phe Asn Trp

275 280 285

Tyr Val Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala Lys Thr Cys Pro Arg Glu

290 295 300

Glu Gln Tyr Asn Ser Thr Tyr Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu

305 310 315 320

His Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn

325 330 335

Lys Ala Leu Pro Ala Pro Ile Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly

340 345 350

Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Arg Glu Glu

355 360 365

Met Thr Lys Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr

370 375 380

Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn

385 390 395 400

Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe

405 410 415

Leu Tyr Ser Lys Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp Gln Gln Gly Asn

420 425 430

Val Phe Ser Cys Ser Val Met His Glu Ala Leu His Asn His Tyr Thr

435 440 445

Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser Pro Gly Lys

450 455

<210> 34

<211> 213

<212> PRT

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成序列

<400> 34

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Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro

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Lys Ala Ala Pro Ser Val Thr Leu Phe Pro Pro Ser Ser Glu Glu Leu

115 120 125

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130 135 140

Gly Ala Val Thr Val Ala Trp Lys Ala Asp Ser Ser Pro Val Lys Ala

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Gly Val Glu Thr Thr Thr Pro Ser Lys Gln Ser Asn Asn Lys Tyr Ala

165 170 175

Ala Ser Ser Tyr Leu Ser Leu Thr Pro Glu Gln Trp Lys Ser His Arg

180 185 190

Ser Tyr Ser Cys Gln Val Thr His Glu Gly Ser Thr Val Glu Lys Thr

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cctggacaag ggcttgagtg gatgggaata atcaacccta gtggtggtag cacaagctac 180

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130 135 140

Gly Gly Ala Ala Thr Ala Ala Thr Cys Ala Ala Cys Cys Cys Thr Ala

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Gly Thr Gly Gly Thr Gly Gly Thr Ala Gly Cys Ala Cys Ala Ala Gly

165 170 175

Cys Thr Ala Cys Gly Cys Ala Cys Ala Gly Ala Ala Gly Thr Thr Cys

180 185 190

Cys Ala Gly Gly Gly Cys Ala Gly Ala Gly Thr Cys Ala Cys Cys Ala

195 200 205

Thr Gly Ala Cys Cys Ala Gly Gly Gly Ala Cys Ala Cys Gly Thr Cys

210 215 220

Cys Ala Cys Gly Ala Gly Cys Ala Cys Ala Gly Thr Cys Thr Ala Cys

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Ala Thr Gly Gly Ala Gly Cys Thr Gly Ala Gly Cys Ala Gly Cys Cys

245 250 255

Thr Gly Ala Gly Ala Thr Cys Thr Gly Ala Gly Gly Ala Cys Ala Cys

260 265 270

Gly Gly Cys Cys Gly Thr Gly Thr Ala Thr Thr Ala Cys Thr Gly Thr

275 280 285

Gly Cys Gly Ala Gly Ala Gly Ala Thr Gly Gly Cys Gly Thr Ala Thr

290 295 300

Thr Ala Cys Gly Ala Thr Ala Thr Thr Thr Thr Gly Ala Cys Thr Gly

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Gly Thr Thr Ala Thr Thr Ala Gly Ala Cys Thr Ala Cys Thr Ala Cys

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Thr Ala Cys Thr Ala Cys Ala Thr Gly Gly Ala Cys Gly Thr Cys Thr

340 345 350

Gly Gly Gly Gly Cys Ala Ala Ala Gly Gly Gly Ala Cys Cys Ala Cys

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Gly Gly Thr Cys Ala Cys Cys Gly Thr Cys Thr Cys Gly Ala Gly Cys

370 375 380

Gly Cys Gly Thr Cys Gly Ala Cys Cys Ala Ala Gly Gly Gly Cys Cys

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Cys Ala Thr Cys Gly Gly Thr Cys Thr Thr Cys Cys Cys Cys Cys Thr

405 410 415

Gly Gly Cys Ala Cys Cys Cys Thr Cys Cys Thr Cys Cys Ala Ala Gly

420 425 430

Ala Gly Cys Ala Cys Cys Thr Cys Thr Gly Gly Gly Gly Gly Cys Ala

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Cys Ala Gly Cys Gly Gly Cys Cys Cys Thr Gly Gly Gly Cys Thr Gly

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Cys Cys Thr Gly Gly Thr Cys Ala Ala Gly Gly Ala Cys Thr Ala Cys

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Thr Thr Cys Cys Cys Cys Gly Ala Ala Cys Cys Gly Gly Thr Gly Ala

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Cys Gly Gly Cys Thr Gly Thr Cys Cys Thr Ala Cys Ala Gly Thr Cys

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Cys Thr Cys Ala Gly Gly Ala Cys Thr Cys Thr Ala Cys Thr Cys Cys

565 570 575

Cys Thr Cys Ala Gly Cys Ala Gly Cys Gly Thr Gly Gly Thr Gly Ala

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Cys Cys Gly Thr Gly Cys Cys Cys Thr Cys Cys Ala Gly Cys Ala Gly

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Ala Thr Cys Ala Cys Ala Ala Gly Cys Cys Cys Ala Gly Cys Ala Ala

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Ala Ala Ala Gly Thr Thr Gly Ala Gly Cys Cys Cys Ala Ala Ala Thr

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Cys Ala Cys Ala Thr Gly Cys Cys Cys Ala Cys Cys Gly Thr Gly Cys

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Cys Cys Ala Gly Cys Ala Cys Cys Thr Gly Ala Ala Cys Thr Cys Cys

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Cys Cys Cys Thr Gly Ala Gly Gly Thr Cys Ala Cys Ala Thr Gly Cys

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Gly Gly Thr Cys Ala Ala Gly Thr Thr Cys Ala Ala Cys Thr Gly Gly

850 855 860

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Gly Ala Cys Ala Ala Ala Gly Cys Cys Gly Cys Gly Gly Gly Ala Gly

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Cys Gly Thr Ala Cys Cys Gly Thr Gly Thr Gly Gly Thr Cys Ala Gly

930 935 940

Cys Gly Thr Cys Cys Thr Cys Ala Cys Cys Gly Thr Cys Cys Thr Gly

945 950 955 960

Cys Ala Cys Cys Ala Gly Gly Ala Cys Thr Gly Gly Cys Thr Gly Ala

965 970 975

Ala Thr Gly Gly Cys Ala Ala Gly Gly Ala Gly Thr Ala Cys Ala Ala

980 985 990

Gly Thr Gly Cys Ala Ala Gly Gly Thr Cys Thr Cys Cys Ala Ala Cys

995 1000 1005

Ala Ala Ala Gly Cys Cys Cys Thr Cys Cys Cys Ala Gly Cys Cys

1010 1015 1020

Cys Cys Cys Ala Thr Cys Gly Ala Gly Ala Ala Ala Ala Cys Cys

1025 1030 1035

Ala Thr Cys Thr Cys Cys Ala Ala Ala Gly Cys Cys Ala Ala Ala

1040 1045 1050

Gly Gly Gly Cys Ala Gly Cys Cys Cys Cys Gly Ala Gly Ala Ala

1055 1060 1065

Cys Cys Ala Cys Ala Gly Gly Thr Gly Thr Ala Cys Ala Cys Cys

1070 1075 1080

Cys Thr Gly Cys Cys Cys Cys Cys Ala Thr Cys Cys Cys Gly Gly

1085 1090 1095

Gly Ala Gly Gly Ala Gly Ala Thr Gly Ala Cys Cys Ala Ala Gly

1100 1105 1110

Ala Ala Cys Cys Ala Gly Gly Thr Cys Ala Gly Cys Cys Thr Gly

1115 1120 1125

Ala Cys Cys Thr Gly Cys Cys Thr Gly Gly Thr Cys Ala Ala Ala

1130 1135 1140

Gly Gly Cys Thr Thr Cys Thr Ala Thr Cys Cys Cys Ala Gly Cys

1145 1150 1155

Gly Ala Cys Ala Thr Cys Gly Cys Cys Gly Thr Gly Gly Ala Gly

1160 1165 1170

Thr Gly Gly Gly Ala Gly Ala Gly Cys Ala Ala Thr Gly Gly Gly

1175 1180 1185

Cys Ala Gly Cys Cys Gly Gly Ala Gly Ala Ala Cys Ala Ala Cys

1190 1195 1200

Thr Ala Cys Ala Ala Gly Ala Cys Cys Ala Cys Gly Cys Cys Thr

1205 1210 1215

Cys Cys Cys Gly Thr Gly Cys Thr Gly Gly Ala Cys Thr Cys Cys

1220 1225 1230

Gly Ala Cys Gly Gly Cys Thr Cys Cys Thr Thr Cys Thr Thr Cys

1235 1240 1245

Cys Thr Cys Thr Ala Thr Ala Gly Cys Ala Ala Gly Cys Thr Cys

1250 1255 1260

Ala Cys Cys Gly Thr Gly Gly Ala Cys Ala Ala Gly Ala Gly Cys

1265 1270 1275

Ala Gly Gly Thr Gly Gly Cys Ala Gly Cys Ala Gly Gly Gly Gly

1280 1285 1290

Ala Ala Cys Gly Thr Cys Thr Thr Cys Thr Cys Ala Thr Gly Cys

1295 1300 1305

Thr Cys Cys Gly Thr Gly Ala Thr Gly Cys Ala Thr Gly Ala Gly

1310 1315 1320

Gly Cys Thr Cys Thr Gly Cys Ala Cys Ala Ala Cys Cys Ala Cys

1325 1330 1335

Thr Ala Cys Ala Cys Gly Cys Ala Gly Ala Ala Gly Ala Gly Cys

1340 1345 1350

Cys Thr Cys Thr Cys Cys Cys Thr Gly Thr Cys Cys Cys Cys Gly

1355 1360 1365

Gly Gly Thr Ala Ala Ala

1370

<210> 77

<211> 318

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成序列

<400> 77

gaaattgtgt tgacacagtc tccagccacc ctgtctttgt ctccagggga gagagccacc 60

ctctcctgca gggccagtca gagtgttggc agctacttgg cctggtacca acagagacct 120

ggccaggctc ccaggctcct catctatgat gcttccaaca gggccactgg catcccagcc 180

aggttcagtg gcagtgggtc tgggacagac ttcaccctca ccatcagcag cctagagcct 240

gaagattttg cggtttatta ctgtcagcag cgtgccaacg tattcacttt tggccagggg 300

accaaggtgg aaatcaaa 318

<210> 78

<211> 639

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成序列

<400> 78

gaaattgtgt tgacacagtc tccagccacc ctgtctttgt ctccagggga gagagccacc 60

ctctcctgca gggccagtca gagtgttggc agctacttgg cctggtacca acagagacct 120

ggccaggctc ccaggctcct catctatgat gcttccaaca gggccactgg catcccagcc 180

aggttcagtg gcagtgggtc tgggacagac ttcaccctca ccatcagcag cctagagcct 240

gaagattttg cggtttatta ctgtcagcag cgtgccaacg tattcacttt tggccagggg 300

accaaggtgg aaatcaaacg aactgtggct gcaccatctg tcttcatctt cccgccatct 360

gatgagcagt tgaaatctgg aactgcctct gttgtgtgcc tgctgaataa cttctatccc 420

agagaggcca aagtacagtg gaaggtggat aacgccctcc aatcgggtaa ctcccaggag 480

agtgtcacag agcaggacag caaggacagc acctacagcc tcagcagcac cctgacgctg 540

agcaaagcag actacgagaa acacaaagtc tacgcctgcg aagtcaccca tcagggcctg 600

agctcgcccg tcacaaagag cttcaacagg ggagagtgt 639

<210> 79

<211> 384

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成序列

<400> 79

gaggtccagc tggtgcagtc tggggctgag gtgaagaagc ctggggcctc agtgaaggtt 60

tcctgcaagg catctggata caccttcacc agctactata tgcactgggt gcgacaggcc 120

cctggacaag ggcttgagtg gatgggaata atcaacccta gtggtggtag cacaagctac 180

gcacagaagt tccagggcag agtcaccatg accagggaca cgtccacgag cacagtctac 240

atggagctga gcagcctgag atctgaggac acggccgtgt attactgtgc gagagatggc 300

gagttacgac actttgacca cttattagac taccactact acatggacgt ctggggccag 360

gggaccacgg tcaccgtctc gagc 384

<210> 80

<211> 1374

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成序列

<400> 80

gaggtccagc tggtgcagtc tggggctgag gtgaagaagc ctggggcctc agtgaaggtt 60

tcctgcaagg catctggata caccttcacc agctactata tgcactgggt gcgacaggcc 120

cctggacaag ggcttgagtg gatgggaata atcaacccta gtggtggtag cacaagctac 180

gcacagaagt tccagggcag agtcaccatg accagggaca cgtccacgag cacagtctac 240

atggagctga gcagcctgag atctgaggac acggccgtgt attactgtgc gagagatggc 300

gagttacgac actttgacca cttattagac taccactact acatggacgt ctggggccag 360

gggaccacgg tcaccgtctc gagcgcgtcg accaagggcc catcggtctt ccccctggca 420

ccctcctcca agagcacctc tgggggcaca gcggccctgg gctgcctggt caaggactac 480

ttccccgaac cggtgacggt gtcgtggaac tcaggcgccc tgaccagcgg cgtgcacacc 540

ttcccggctg tcctacagtc ctcaggactc tactccctca gcagcgtggt gaccgtgccc 600

tccagcagct tgggcaccca gacctacatc tgcaacgtga atcacaagcc cagcaacacc 660

aaggtggaca agaaagttga gcccaaatct tgtgacaaaa ctcacacatg cccaccgtgc 720

ccagcacctg aactcctggg gggaccgtca gtcttcctct tccccccaaa acccaaggac 780

accctcatga tctcccggac ccctgaggtc acatgcgtgg tggtggacgt gagccacgaa 840

gaccctgagg tcaagttcaa ctggtacgtg gacggcgtgg aggtgcataa tgccaagaca 900

aagccgcggg aggagcagta caacagcacg taccgtgtgg tcagcgtcct caccgtcctg 960

caccaggact ggctgaatgg caaggagtac aagtgcaagg tctccaacaa agccctccca 1020

gcccccatcg agaaaaccat ctccaaagcc aaagggcagc cccgagaacc acaggtgtac 1080

accctgcccc catcccggga ggagatgacc aagaaccagg tcagcctgac ctgcctggtc 1140

aaaggcttct atcccagcga catcgccgtg gagtgggaga gcaatgggca gccggagaac 1200

aactacaaga ccacgcctcc cgtgctggac tccgacggct ccttcttcct ctatagcaag 1260

ctcaccgtgg acaagagcag gtggcagcag gggaacgtct tctcatgctc cgtgatgcat 1320

gaggctctgc acaaccacta cacgcagaag agcctctccc tgtccccggg taaa 1374

<210> 81

<211> 318

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成序列

<400> 81

gaaattgtgt tgacacagtc tccagccacc ctgtctttgt ctccagggga gagagccacc 60

ctctcctgca gggccagtca gagtgttggc agctacttgg cctggtacca acagagacct 120

ggccaggctc ccaggctcct catctatgat gcttccaaca gggccactgg catcccagcc 180

aggttcagtg gcagtgggtc tgggacagac ttcaccctca ccatcagcag cctagagcct 240

gaagattttg cggtttatta ctgtcagcag cgtgcccaag agttcacttt tggccagggg 300

accaaggtgg aaatcaaa 318

<210> 82

<211> 639

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成序列

<400> 82

gaaattgtgt tgacacagtc tccagccacc ctgtctttgt ctccagggga gagagccacc 60

ctctcctgca gggccagtca gagtgttggc agctacttgg cctggtacca acagagacct 120

ggccaggctc ccaggctcct catctatgat gcttccaaca gggccactgg catcccagcc 180

aggttcagtg gcagtgggtc tgggacagac ttcaccctca ccatcagcag cctagagcct 240

gaagattttg cggtttatta ctgtcagcag cgtgcccaag agttcacttt tggccagggg 300

accaaggtgg aaatcaaacg aactgtggct gcaccatctg tcttcatctt cccgccatct 360

gatgagcagt tgaaatctgg aactgcctct gttgtgtgcc tgctgaataa cttctatccc 420

agagaggcca aagtacagtg gaaggtggat aacgccctcc aatcgggtaa ctcccaggag 480

agtgtcacag agcaggacag caaggacagc acctacagcc tcagcagcac cctgacgctg 540

agcaaagcag actacgagaa acacaaagtc tacgcctgcg aagtcaccca tcagggcctg 600

agctcgcccg tcacaaagag cttcaacagg ggagagtgt 639

<210> 83

<211> 318

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成序列

<400> 83

gaaattgtga tgacacagtc tccagccacc ctgtctttgt ctccagggga gagagccacc 60

ctctcctgca gggccagtca gagtgttggc agctacttgg cctggtacca acagaaacct 120

ggccaggctc ccaggctcct catctatgat gcttccaaca gggccactgg catcccagcc 180

aggttcagtg gcagtgggtc tgggacagac ttcaccctca ccatcagcag cctacagcct 240

gaagattttg cggtttatta ctgtcagcag cgtgcccaag agttcacttt tggccagggg 300

accaaggtgg aaatcaaa 318

<210> 84

<211> 639

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成序列

<400> 84

gaaattgtga tgacacagtc tccagccacc ctgtctttgt ctccagggga gagagccacc 60

ctctcctgca gggccagtca gagtgttggc agctacttgg cctggtacca acagaaacct 120

ggccaggctc ccaggctcct catctatgat gcttccaaca gggccactgg catcccagcc 180

aggttcagtg gcagtgggtc tgggacagac ttcaccctca ccatcagcag cctacagcct 240

gaagattttg cggtttatta ctgtcagcag cgtgcccaag agttcacttt tggccagggg 300

accaaggtgg aaatcaaacg aactgtggct gcaccatctg tcttcatctt cccgccatct 360

gatgagcagt tgaaatctgg aactgcctct gttgtgtgcc tgctgaataa cttctatccc 420

agagaggcca aagtacagtg gaaggtggat aacgccctcc aatcgggtaa ctcccaggag 480

agtgtcacag agcaggacag caaggacagc acctacagcc tcagcagcac cctgacgctg 540

agcaaagcag actacgagaa acacaaagtc tacgcctgcg aagtcaccca tcagggcctg 600

agctcgcccg tcacaaagag cttcaacagg ggagagtgt 639

<210> 85

<211> 1374

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成序列

<400> 85

gaggtccagc tggtgcagtc tggggctgag gtgaagaagc ctggggcctc agtgaaggtt 60

tcctgcaagg catctggata caccttcacc agctactata tgcactgggt gcgacaggcc 120

cctggacaag ggcttgagtg gatgggaata atcaacccta gtggtggtag cacaagctac 180

gcacagaagt tccagggcag agtcaccatg accagggaca cgtccacgag cacagtctac 240

atggagctga gcagcctgag atctgaggac acggccgtgt attactgtgc gagagatggc 300

gagttacgac actttgacca cttattagac taccactact acatggacgt ctggggccag 360

gggaccacgg tcaccgtctc gagcgcgtcg accaagggcc catcggtctt ccccctggca 420

ccctcctcca agagcacctc tgggggcaca gcggccctgg gctgcctggt caaggactac 480

ttccccgaac cggtgacggt gtcgtggaac tcaggcgccc tgaccagcgg cgtgcacacc 540

ttcccggctg tcctacagtc ctcaggactc tactccctca gcagcgtggt gaccgtgccc 600

tccagcagct tgggcaccca gacctacatc tgcaacgtga atcacaagcc cagcaacacc 660

aaggtggaca agaaagttga gcccaaatct tgtgacaaaa ctcacacatg cccaccgtgc 720

ccagcacctg aactcctggg gggaccgtca gtcttcctct tccccccaaa acccaaggac 780

accctcatga tctcccggac ccctgaggtc acatgcgtgg tggtggacgt gagccacgaa 840

gaccctgagg tcaagttcaa ctggtacgtg gacggcgtgg aggtgcataa tgccaagaca 900

tgcccgcggg aggagcagta caacagcacg taccgtgtgg tcagcgtcct caccgtcctg 960

caccaggact ggctgaatgg caaggagtac aagtgcaagg tctccaacaa agccctccca 1020

gcccccatcg agaaaaccat ctccaaagcc aaagggcagc cccgagaacc acaggtgtac 1080

accctgcccc catcccggga ggagatgacc aagaaccagg tcagcctgac ctgcctggtc 1140

aaaggcttct atcccagcga catcgccgtg gagtgggaga gcaatgggca gccggagaac 1200

aactacaaga ccacgcctcc cgtgctggac tccgacggct ccttcttcct ctatagcaag 1260

ctcaccgtgg acaagagcag gtggcagcag gggaacgtct tctcatgctc cgtgatgcat 1320

gaggctctgc acaaccacta cacgcagaag agcctctccc tgtcccccgg aaaa 1374

<210> 86

<211> 639

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成序列

<400> 86

gaaattgtga tgacacagtc tccagccacc ctgtctttgt ctccagggga gagagccacc 60

ctctcctgca gggccagtca gagtgttggc agctacttgg cctggtacca acagaaacct 120

ggccaggctc ccaggctcct catctatgat gcttccaaca gggccactgg catcccagcc 180

aggttcagtg gcagtgggtc tgggacagac ttcaccctca ccatcagcag cctacagcct 240

gaagattttg cggtttatta ctgtcagcag cgtgcccaag agttcacttt tggccagggg 300

accaaggtgg aaatcaaacg tactgtggct gcaccatctg tcttcatctt cccgccatct 360

gatgagcagt tgaaatctgg aactgcctct gttgtgtgcc tgctgaataa cttctatccc 420

agagaggcca aagtacagtg gaaggtggat aacgccctcc aatcgggtaa ctcccaggag 480

agtgtcacag agcaggacag caaggacagc acctacagcc tcagcagcac cctgacgctg 540

agctgcgcag actacgagaa acacaaagtc tacgcctgcg aagtcaccca tcagggcctg 600

agctcgcccg tcacaaagag cttcaacagg ggagagtgt 639

<210> 87

<211> 1386

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成序列

<400> 87

gaggtccagc tggtgcagtc tggggctgag gtgaagaagc ctggggcctc agtgaaggtt 60

tcctgcaagg catctggata caccttcacc agctactata tgcactgggt gcgacaggcc 120

cctggacaag ggcttgagtg gatgggaata atcaacccta gtggtggtag cacaagctac 180

gcacagaagt tccagggcag agtcaccatg accagggaca cgtccacgag cacagtctac 240

atggagctga gcagcctgag atctgaggac acggccgtgt attactgtgc gagagatggc 300

gagttacgac actttgacca cttattagac taccactact acatggacgt ctggggccag 360

gggaccacgg tcaccgtctc gagcgcgtcg accaagggcc catcggtctt ccccctggca 420

ccctcctcca agagcaccct gctgcagggg tctgggggca cagcggccct gggctgcctg 480

gtcaaggact acttccccga accggtgacg gtgtcgtgga actcaggcgc cctgaccagc 540

ggcgtgcaca ccttcccggc tgtcctacag tcctcaggac tctactccct cagcagcgta 600

gtgaccgtgc cctccagcag cttgggcacc cagacctaca tctgcaacgt gaatcacaag 660

cccagcaaca ccaaggtgga caagaaagtt gagcccaaat cttgtgaccg tactcacaca 720

tgcccaccgt gcccagcacc tgaactcctg gggggaccgt cagtcttcct cttcccccca 780

aaacccaagg acaccctcat gatctcccgg acccctgagg tcacatgcgt ggtggtggac 840

gtgagccacg aagaccctga ggtcaagttc aactggtacg tggacggcgt ggaggtgcat 900

aatgccaaga caaagccgcg ggaggagcag tacgccagca cgtaccgtgt ggtcagcgtc 960

ctcaccgtcc tgcaccagga ctggctgaat ggcaaggagt acaagtgcaa ggtctccaac 1020

aaagccctcc cagcccccat cgagaaaacc atctccaaag ccaaagggca gccccgagaa 1080

ccacaggtgt acaccctgcc cccatcccgg gaggagatga ccaagaacca ggtcagcctg 1140

acctgcctgg tcaaaggctt ctatcccagc gacatcgccg tggagtggga gagcaatggg 1200

cagccggaga acaactacaa gaccacgcct cccgtgctgg actccgacgg ctccttcttc 1260

ctctatagca agctcaccgt ggacaagagc aggtggcagc aggggaacgt cttctcatgc 1320

tccgtgatgc atgaggctct gcacaaccac tacacgcaga agagcctctc cctgtccccc 1380

ggaaaa 1386

<210> 88

<211> 384

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成序列

<400> 88

gaggtccagc tggtgcagtc tggggctgag gtgaagaagc ctggggcctc agtgaaggtt 60

tcctgcaagg catctggata caccttcacc agctactata tgcactgggt gcgacaggcc 120

cctggacaag ggcttgagtg gatgggaata atcaacccta gtggtggtag cacaagctac 180

gcacagaagt tccagggcag agtcaccatg accagggaca cgtccacgag cacagtctac 240

atggagctga gcagcctgag atctgaggac acggccgtgt attactgtgc gagagatggc 300

gaattacgac actttgacca ggtatacaac taccactact acatggacgt ctggggccag 360

gggaccacgg tcaccgtctc gagc 384

<210> 89

<211> 1374

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成序列

<400> 89

gaggtccagc tggtgcagtc tggggctgag gtgaagaagc ctggggcctc agtgaaggtt 60

tcctgcaagg catctggata caccttcacc agctactata tgcactgggt gcgacaggcc 120

cctggacaag ggcttgagtg gatgggaata atcaacccta gtggtggtag cacaagctac 180

gcacagaagt tccagggcag agtcaccatg accagggaca cgtccacgag cacagtctac 240

atggagctga gcagcctgag atctgaggac acggccgtgt attactgtgc gagagatggc 300

gaattacgac actttgacca ggtatacaac taccactact acatggacgt ctggggccag 360

gggaccacgg tcaccgtctc gagcgcgtcg accaagggcc catcggtctt ccccctggca 420

ccctcctcca agagcacctc tgggggcaca gcggccctgg gctgcctggt caaggactac 480

ttccccgaac cggtgacggt gtcgtggaac tcaggcgccc tgaccagcgg cgtgcacacc 540

ttcccggctg tcctacagtc ctcaggactc tactccctca gcagcgtggt gaccgtgccc 600

tccagcagct tgggcaccca gacctacatc tgcaacgtga atcacaagcc cagcaacacc 660

aaggtggaca agaaagttga gcccaaatct tgtgacaaaa ctcacacatg cccaccgtgc 720

ccagcacctg aactcctggg gggaccgtca gtcttcctct tccccccaaa acccaaggac 780

accctcatga tctcccggac ccctgaggtc acatgcgtgg tggtggacgt gagccacgaa 840

gaccctgagg tcaagttcaa ctggtacgtg gacggcgtgg aggtgcataa tgccaagaca 900

aagccgcggg aggagcagta caacagcacg taccgtgtgg tcagcgtcct caccgtcctg 960

caccaggact ggctgaatgg caaggagtac aagtgcaagg tctccaacaa agccctccca 1020

gcccccatcg agaaaaccat ctccaaagcc aaagggcagc cccgagaacc acaggtgtac 1080

accctgcccc catcccggga ggagatgacc aagaaccagg tcagcctgac ctgcctggtc 1140

aaaggcttct atcccagcga catcgccgtg gagtgggaga gcaatgggca gccggagaac 1200

aactacaaga ccacgcctcc cgtgctggac tccgacggct ccttcttcct ctatagcaag 1260

ctcaccgtgg acaagagcag gtggcagcag gggaacgtct tctcatgctc cgtgatgcat 1320

gaggctctgc acaaccacta cacgcagaag agcctctccc tgtccccggg taaa 1374

<210> 90

<211> 836

<212> PRT

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成序列

<400> 90

Met Ala Gly Leu Asn Cys Gly Val Ser Ile Ala Leu Leu Gly Val Leu

1 5 10 15

Leu Leu Gly Ala Ala Arg Leu Pro Arg Gly Ala Glu Ala Phe Glu Ile

20 25 30

Ala Leu Pro Arg Glu Ser Asn Ile Thr Val Leu Ile Lys Leu Gly Thr

35 40 45

Pro Thr Leu Leu Ala Lys Pro Cys Tyr Ile Val Ile Ser Lys Arg His

50 55 60

Ile Thr Met Leu Ser Ile Lys Ser Gly Glu Arg Ile Val Phe Thr Phe

65 70 75 80

Ser Cys Gln Ser Pro Glu Asn His Phe Val Ile Glu Ile Gln Lys Asn

85 90 95

Ile Asp Cys Met Ser Gly Pro Cys Pro Phe Gly Glu Val Gln Leu Gln

100 105 110

Pro Ser Thr Ser Leu Leu Pro Thr Leu Asn Arg Thr Phe Ile Trp Asp

115 120 125

Val Lys Ala His Lys Ser Ile Gly Leu Glu Leu Gln Phe Ser Ile Pro

130 135 140

Arg Leu Arg Gln Ile Gly Pro Gly Glu Ser Cys Pro Asp Gly Val Thr

145 150 155 160

His Ser Ile Ser Gly Arg Ile Asp Ala Thr Val Val Arg Ile Gly Thr

165 170 175

Phe Cys Ser Asn Gly Thr Val Ser Arg Ile Lys Met Gln Glu Gly Val

180 185 190

Lys Met Ala Leu His Leu Pro Trp Phe His Pro Arg Asn Val Ser Gly

195 200 205

Phe Ser Ile Ala Asn Arg Ser Ser Ile Lys Arg Leu Cys Ile Ile Glu

210 215 220

Ser Val Phe Glu Gly Glu Gly Ser Ala Thr Leu Met Ser Ala Asn Tyr

225 230 235 240

Pro Glu Gly Phe Pro Glu Asp Glu Leu Met Thr Trp Gln Phe Val Val

245 250 255

Pro Ala His Leu Arg Ala Ser Val Ser Phe Leu Asn Phe Asn Leu Ser

260 265 270

Asn Cys Glu Arg Lys Glu Glu Arg Val Glu Tyr Tyr Ile Pro Gly Ser

275 280 285

Thr Thr Asn Pro Glu Val Phe Lys Leu Glu Asp Lys Gln Pro Gly Asn

290 295 300

Met Ala Gly Asn Phe Asn Leu Ser Leu Gln Gly Cys Asp Gln Asp Ala

305 310 315 320

Gln Ser Pro Gly Ile Leu Arg Leu Gln Phe Gln Val Leu Val Gln His

325 330 335

Pro Gln Asn Glu Ser Asn Lys Ile Tyr Val Val Asp Leu Ser Asn Glu

340 345 350

Arg Ala Met Ser Leu Thr Ile Glu Pro Arg Pro Val Lys Gln Ser Arg

355 360 365

Lys Phe Val Pro Gly Cys Phe Val Cys Leu Glu Ser Arg Thr Cys Ser

370 375 380

Ser Asn Leu Thr Leu Thr Ser Gly Ser Lys His Lys Ile Ser Phe Leu

385 390 395 400

Cys Asp Asp Leu Thr Arg Leu Trp Met Asn Val Glu Lys Thr Ile Ser

405 410 415

Cys Thr Asp His Arg Tyr Cys Gln Arg Lys Ser Tyr Ser Leu Gln Val

420 425 430

Pro Ser Asp Ile Leu His Leu Pro Val Glu Leu His Asp Phe Ser Trp

435 440 445

Lys Leu Leu Val Pro Lys Asp Arg Leu Ser Leu Val Leu Val Pro Ala

450 455 460

Gln Lys Leu Gln Gln His Thr His Glu Lys Pro Cys Asn Thr Ser Phe

465 470 475 480

Ser Tyr Leu Val Ala Ser Ala Ile Pro Ser Gln Asp Leu Tyr Phe Gly

485 490 495

Ser Phe Cys Pro Gly Gly Ser Ile Lys Gln Ile Gln Val Lys Gln Asn

500 505 510

Ile Ser Val Thr Leu Arg Thr Phe Ala Pro Ser Phe Gln Gln Glu Ala

515 520 525

Ser Arg Gln Gly Leu Thr Val Ser Phe Ile Pro Tyr Phe Lys Glu Glu

530 535 540

Gly Val Phe Thr Val Thr Pro Asp Thr Lys Ser Lys Val Tyr Leu Arg

545 550 555 560

Thr Pro Asn Trp Asp Arg Gly Leu Pro Ser Leu Thr Ser Val Ser Trp

565 570 575

Asn Ile Ser Val Pro Arg Asp Gln Val Ala Cys Leu Thr Phe Phe Lys

580 585 590

Glu Arg Ser Gly Val Val Cys Gln Thr Gly Arg Ala Phe Met Ile Ile

595 600 605

Gln Glu Gln Arg Thr Arg Ala Glu Glu Ile Phe Ser Leu Asp Glu Asp

610 615 620

Val Leu Pro Lys Pro Ser Phe His His His Ser Phe Trp Val Asn Ile

625 630 635 640

Ser Asn Cys Ser Pro Thr Ser Gly Lys Gln Leu Asp Leu Leu Phe Ser

645 650 655

Val Thr Leu Thr Pro Arg Thr Val Asp Leu Thr Val Ile Leu Ile Ala

660 665 670

Ala Val Gly Gly Gly Val Leu Leu Leu Ser Ala Leu Gly Leu Ile Ile

675 680 685

Cys Cys Val Lys Lys Lys Lys Lys Lys Thr Asn Lys Gly Pro Ala Val

690 695 700

Gly Ile Tyr Asn Asp Asn Ile Asn Thr Glu Met Pro Arg Gln Pro Lys

705 710 715 720

Lys Phe Gln Lys Gly Arg Lys Asp Asn Asp Ser His Val Tyr Ala Val

725 730 735

Ile Glu Asp Thr Met Val Tyr Gly His Leu Leu Gln Asp Ser Ser Gly

740 745 750

Ser Phe Leu Gln Pro Glu Val Asp Thr Tyr Arg Pro Phe Gln Gly Thr

755 760 765

Met Gly Val Cys Pro Pro Ser Pro Pro Thr Ile Cys Ser Arg Ala Pro

770 775 780

Thr Ala Lys Leu Ala Thr Glu Glu Pro Pro Pro Arg Ser Pro Pro Glu

785 790 795 800

Ser Glu Ser Glu Pro Tyr Thr Phe Ser His Pro Asn Asn Gly Asp Val

805 810 815

Ser Ser Lys Asp Thr Asp Ile Pro Leu Leu Asn Thr Gln Glu Pro Met

820 825 830

Glu Pro Ala Glu

835

<210> 91

<211> 4

<212> PRT

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成序列

<400> 91

Leu Leu Gln Gly

1

Claims

1.一种特异性地结合含CUB结构域的蛋白-1(CDCP1)的分离的抗体或其抗原结合片段，所述分离的抗体或其抗原结合片段包含：

(i)重链可变区(VH)，所述重链可变区包含：

(a)VH互补决定区1(CDRH1)，所述VH互补决定区1包含SEQ ID NO:2的氨基酸序列，

(b)VH互补决定区2(CDRH2)，所述VH互补决定区2包含SEQ ID NO:3的氨基酸序列，和

(c)VH互补决定区3(CDRH3)，所述VH互补决定区3包含选自由以下组成的组的氨基酸序列：SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:40和SEQ ID NO:45，

以及(ii)轻链可变区(VL)，所述轻链可变区包含：

(a)VL互补决定区1(CDRL1)，所述VL互补决定区1包含SEQ ID NO:12的氨基酸序列，

(b)VL互补决定区2(CDRL2)，所述VL互补决定区2包含SEQ ID NO:13的氨基酸序列，和

(c)VL互补决定区3(CDRL3)，所述VL互补决定区3包含选自由以下组成的组的氨基酸序列：SEQ ID NO:31和SEQ ID NO:14。

2.一种特异性地结合CDCP1的分离的抗体或其抗原结合片段，所述分离的抗体或其抗原结合片段包含：

(i)VH，所述VH包含：

(a)CDRH1，所述CDRH1包含SEQ ID NO:2的氨基酸序列，

(b)CDRH2，所述CDRH2包含SEQ ID NO:3的氨基酸序列；和

(c)CDRH3，所述CDRH3包含SEQ ID NO:27的氨基酸序列；

以及(ii)VL，所述VL包含：

(a)CDRL1，所述CDRL1包含SEQ ID NO:12的氨基酸序列，

(b)CDRL2，所述CDRL2包含SEQ ID NO:13的氨基酸序列；和

(c)CDRL3，所述CDRL3包含SEQ ID NO:31的氨基酸序列。

3.如权利要求1-2中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，所述分离的抗体或其抗原结合片段包含VH，所述VH包含与SEQ ID NO:26的氨基酸序列至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％同一的氨基酸序列；以及VL，所述VL包含与SEQ ID NO:30或SEQ ID NO:36的氨基酸序列至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％同一的氨基酸序列。

4.如权利要求1-3中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，所述分离的抗体或其抗原结合片段包含VH，所述VH包含SEQ ID NO:26的氨基酸序列；以及VL，所述VL包含SEQID NO:36的氨基酸序列。

5.如权利要求1-4中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，所述分离的抗体或其抗原结合片段包含重链，所述重链包含与SEQ ID No:29的氨基酸序列至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％同一的氨基酸序列；以及轻链，所述轻链包含与SEQ ID NO:32或SEQ ID NO:37的氨基酸序列至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％同一的氨基酸序列。

6.如权利要求1-5中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，所述分离的抗体或其抗原结合片段包含重链，所述重链包含SEQ ID NO:29的氨基酸序列；以及轻链，所述轻链包含SEQ ID NO:37的氨基酸序列。

7.如权利要求1-4中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，所述分离的抗体或其抗原结合片段包含重链，所述重链包含与SEQ ID No:33的氨基酸序列至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％同一的氨基酸序列；以及轻链，所述轻链包含与SEQ ID NO:34或SEQ ID NO:38的氨基酸序列至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％同一的氨基酸序列。

8.一种特异性地结合CDCP14的分离的抗体或其抗原结合片段，所述分离的抗体或其抗原结合片段包含重链，所述重链包含SEQ ID NO:33的氨基酸序列；以及轻链，所述轻链包含SEQ ID NO:38的氨基酸序列。

9.一种分离的核酸，所述分离的核酸编码权利要求1-8中任一项所述的抗体或其抗原结合片段。

10.一种分离的核酸，所述分离的核酸编码特异性地结合CDCP1的抗体或其抗原结合片段的VH、VL、或两者，其中所述核酸包含：SEQ ID NO:79的核酸序列、SEQ ID NO:83的核酸序列、或两者。

11.一种分离的核酸，所述分离的核酸编码特异性地结合CDCP1的抗体或其抗原结合片段的重链、轻链、或两者，其中所述核酸包含：SEQ ID NO:85的核酸序列、SEQ ID NO:86的核酸序列、或两者。

12.一种载体，所述载体包含权利要求9-11中任一项所述的核酸。

13.一种宿主细胞，所述宿主细胞包含权利要求12所述的载体。

14.如权利要求13所述的宿主细胞，其中所述宿主细胞是选自由以下组成的组的哺乳动物细胞：CHO细胞、COS细胞、HEK-293细胞、NS0细胞、

细胞或Sp2.0细胞。

15.一种制备抗体或其抗原结合片段的方法，所述方法包括在权利要求13-14中任一项所述的宿主细胞表达所述抗体或其抗原结合片段所处的条件下培养所述宿主细胞。

16.如权利要求15所述的方法，所述方法还包括分离所述抗体或其抗原结合片段。

17.一种抗体药物缀合物，所述抗体药物缀合物包含权利要求1-8中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体缀合至药物部分。

18.如权利要求17所述的抗体药物缀合物，其中所述抗体通过接头缀合至所述药物部分。

19.如权利要求12-13中任一项所述的抗体药物缀合物，其中所述接头选自由以下组成的组：缬氨酸-瓜氨酸(val-cit)、6-马来酰亚胺基己酰基(mc)、甲氧基-聚乙二醇马来酰亚胺6(MalPeg6)、对氨基苄基氨基甲酸酯(PABC)、二甲基氨基乙醇(DMAE)、马来酰亚胺基丙酰基(MP)、水解的Peg-马来酰亚胺、丙氨酸-苯丙氨酸(ala-phe)、对氨基苄氧基羰基(PAB)、4-(2-吡啶基硫代)戊酸N-琥珀酰亚胺基酯(SPP)、4-(N-马来酰亚胺基甲基)环己烷-1甲酸N-琥珀酰亚胺基酯(SMCC)、(4-碘-乙酰基)氨基苯甲酸N-琥珀酰亚胺基酯(SIAB)、6-马来酰亚胺基己酰基-缬氨酸-瓜氨酸-对氨基苄氧基羰基(mc-val-cit-PAB)和6-马来酰亚胺基己酰基-缬氨酸-瓜氨酸-对氨基苄基氨基甲酸酯(mc-val-cit-PABC)。

20.如权利要求17-19中任一项所述的抗体药物缀合物，其中所述药物部分是细胞毒性剂、免疫调节剂、显像剂、化学治疗剂或治疗性蛋白质。

21.一种抗体药物缀合物，所述抗体药物缀合物包含特异性地结合CDCP1的抗体，其中所述抗体包含至少一个工程化的半胱氨酸以及包含SEQ ID NO:33的氨基酸序列的重链和包含SEQ ID NO:38的氨基酸序列的轻链，其中所述抗体通过所述至少一个工程化的半胱氨酸缀合至接头-药物部分mc-val-cit-PABC-0101。

22.如权利要求21所述的抗体药物缀合物，其中所述抗体包含根据Kabat的Eu索引的编号位于抗体重链恒定结构域上的位置290和根据Kabat的所述编号位于轻链恒定结构域上的位置183的两个工程化的半胱氨酸。

23.一种药物组合物，所述药物组合物包含权利要求1-8中任一项所述的抗体或权利要求17-22中任一项所述的抗体药物缀合物；和药学上可接受的载体。

24.一种治疗癌症、自身免疫性疾病、炎症性疾病或感染性疾病的方法，所述方法包括向有需要的受试者施用治疗有效量的权利要求1-8中任一项所述的抗体、权利要求17-22中任一项所述的抗体药物缀合物、或权利要求23所述的组合物。

25.一种治疗有需要的受试者中由细胞上CDCP1的表达介导的或与细胞上CDCP1的表达相关的疾病或病症的方法，所述方法包括施用治疗有效量的权利要求17-22中任一项所述的抗体药物缀合物、或权利要求23所述的组合物。

26.一种用于治疗有需要的患者的癌症的方法，所述方法包括：

(a)评估肿瘤样品中突变型LKB1和/或KRAS的量；以及

(b)如果突变型肝激酶B1(LKB1)和/或柯尔斯顿大鼠肉瘤病毒(KRAS)的量高于参考样品，则向所述癌症患者施用结合至CDCP1的剂。

27.如权利要求26所述的方法，其中所述肿瘤样品是选自以下的活检体：冷冻肿瘤组织标本、培养的细胞、循环肿瘤细胞以及福尔马林固定石蜡包埋的肿瘤组织标本。

28.如权利要求26或27所述的方法，其中所述突变型KRAS选自G12C；G12A；G12D；G12R；G12S；G12V；G13C；和G13D突变体。

29.如权利要求26-28中任一项所述的方法，其中通过从所述肿瘤样品扩增LKB1和/或KRAS核酸或其疑似含有突变的片段，以及对所述扩增的核酸进行测序来进行评估。

30.如权利要求26-28中任一项所述的方法，其中通过使针对LKB1和/或KRAS的抗体或其形式与所述肿瘤样品接触，以及定量抗体或其形式的结合来进行评估。

31.一种治疗有需要的患者的肺癌的方法，所述方法包括向所述患者施用结合至CDCP1的剂，其中所述肺癌的特征在于AKT活化，并且结合至CDCP1的所述剂是CDCP1活化剂。

32.如权利要求31所述的方法，其中所述肺癌是非小细胞肺癌(NSCLC)。

33.如权利要求31或32所述的方法，所述方法还包括评估所述肺癌的样品的AKT活化。

34.一种治疗有需要的患者的前列腺癌的方法，所述方法包括向所述患者施用结合至CDCP1的剂，其中所述前列腺癌的特征在于AKT活化，并且结合至CDCP1的所述剂是CDCP1活化剂。

35.如权利要求34所述的方法，所述方法还包括评估所述前列腺癌的样品的AKT活化。

36.如权利要求31-35中任一项所述的方法，其中所述方法还包括施用AKT抑制剂。

37.如权利要求31-36中任一项所述的方法，其中所述患者正在进行用AKT抑制剂治疗。

38.如权利要求37所述的方法，其中所述AKT抑制剂选自阿瑞舍替、ARQ 751、ARQ 092、AZD5363、BAY1125976、GSK2141795、GSK690693、艾他舍替、LY2780301、MK2206和哌立福辛。

39.如权利要求26-38中任一项所述的方法，其中所述患者未正在进行用Src抑制剂治疗，所述Src抑制剂任选地选自KX2-391、博舒替尼、塞卡替尼和达沙替尼。

40.如权利要求26-39中任一项所述的方法，其中所述患者先前未进行用Src抑制剂治疗，所述Src抑制剂任选地选自KX2-391、博舒替尼、赛卡替尼和达沙替尼。

41.一种用于治疗有需要的患者的癌症的方法，所述方法包括：

(a)选择结合至靶细胞上的CDCP1，并且在它接触所述靶细胞上的CDCP1时被内化的剂；以及

(b)向所述癌症患者施用所述剂，其中结合至CDCP1的所述剂是活化CDCP1并缀合至丝氨酸/苏氨酸蛋白磷酸酶4调控亚基2(PPP4R2)调节剂的抗体。

42.一种用于治疗有需要的患者的癌症的方法，所述方法包括：

(a)施用结合至CDCP1的剂，其中结合至CDCP1的所述剂是不活化CDCP1的抗体；以及

(b)施用调节聚(ADP-核糖)糖水解酶(PARG)的剂。

43.如权利要求42所述的方法，其中调节PARG的所述剂是PARG抑制剂。

44.如权利要求42所述的方法，其中所述PARG抑制剂选自奥拉帕尼、他拉唑帕尼、维利帕尼、卢卡帕尼、依尼帕尼、E7016、CEP9722、BGB-290和3-氨基苯甲酰胺。在一些实施方案中，调节PARG的所述剂是PARG抑制剂。在一些实施方案中，所述PARG抑制剂选自奥拉帕尼、他拉唑帕尼、维利帕尼、卢卡帕尼、依尼帕尼、尼拉帕尼E7016、CEP-9722、BGB-290和3-氨基苯甲酰胺。

45.如权利要求26-44中任一项所述的方法，其中结合至CDCP1的所述剂是对CDCP1具有特异性的抗体或其抗原结合部分。

46.如权利要求45所述的方法，其中对CDCP1具有特异性的所述抗体或其抗原结合部分选自以下中的一者或多者：单克隆抗体、多克隆抗体、抗体片段、Fab、Fab'、Fab'-SH、F(ab')2、Fv、单链Fv、双功能抗体、线性抗体、双特异性抗体、多特异性抗体、嵌合抗体、人源化抗体、人抗体和包含抗体的抗原结合部分的融合蛋白。

47.如权利要求46所述的方法，其中对CDCP1具有特异性的所述抗体或其抗原结合部分与抗肿瘤剂缀合。

48.如权利要求21-42中任一项所述的方法，其中所述方法还包括施用抗肿瘤剂。

49.如权利要求48所述的方法，其中所述施用是顺序的或同时的。

50.如权利要求47-49中任一项所述的方法，其中所述抗肿瘤剂是化学治疗剂。

51.如权利要求50所述的方法，其中所述化学治疗剂选自烷化剂，如噻替派和CYTOXAN环磷酰胺；烷基磺酸酯，如白消安、英丙舒凡和哌泊舒凡；氮杂环丙烷，如苯佐多巴、卡波醌、米特多巴和尤利多巴；乙烯亚胺和甲基蜜胺，包括六甲蜜胺、三亚乙基蜜胺、三亚乙基磷酰胺、三亚乙基硫代磷酰胺和三羟甲基蜜胺；多聚乙酰(例如布拉他辛和布拉他辛酮)；喜树碱(包括合成类似物托泊替康)；苔藓抑素；CC-1065(包括其阿多来新、卡折来新和比折来新合成类似物)；念珠藻素(例如念珠藻素1和念珠藻素8)；尾海兔素；倍癌霉素(包括合成类似物KW-2189和CB 1-TM1)；艾榴塞洛素；水鬼蕉碱；匍枝珊瑚醇；海绵抑素；氮芥，如苯丁酸氮芥、萘氮芥、氯磷酰胺、雌莫司汀、异环磷酰胺、氮芥、氮芥氧化物盐酸盐、美法仑、新恩比兴、苯芥胆甾醇、泼尼莫司汀、曲磷胺、尿嘧啶氮芥；亚硝基脲，如卡莫司汀、氯脲霉素、福莫司汀、洛莫司汀、尼莫司汀和雷莫司汀；抗生素，如烯二炔抗生素(例如，卡奇霉素，尤其卡奇霉素γll和卡奇霉素ωll(参见例如，Agnew,Chem.Intl.Ed.Engl.,33:183-186(1994))；达内霉素，包括达内霉素A；二膦酸盐，如氯膦酸盐；埃斯培拉霉素；以及新制癌菌素生色团和相关色蛋白烯二炔抗生素生色团)、阿克拉霉素、放线菌素、安曲霉素、重氮丝氨酸、博莱霉素、放线菌素C、卡柔比星、洋红霉素、嗜癌菌素、色霉素、更生霉素、柔红霉素、地托比星、6-重氮基-5-氧代基-L-正亮氨酸、ADRIAMYCIN阿霉素(包括吗啉代-阿霉素、氰基吗啉代-阿霉素、2-吡咯啉并-阿霉素和去氧阿霉素)、表柔比星、依索比星、伊达比星、麻西罗霉素、丝裂霉素(如丝裂霉素C)、霉酚酸、诺拉霉素、橄榄霉素、培洛霉素、泊非霉素、嘌呤霉素、三铁阿霉素、罗多比星、链黑菌素、链脲菌素、杀结核菌素、乌苯美司、净司他丁、佐柔比星；抗代谢药，如甲氨蝶呤和5-氟尿嘧啶(5-FU)；叶酸类似物，如二甲叶酸、甲氨蝶呤、蝶罗呤、三甲曲沙；嘌呤类似物，如氟达拉滨、6-巯基嘌呤、硫咪嘌呤、硫鸟嘌呤；嘧啶类似物，如安西他滨、阿扎胞苷、6-氮杂尿苷、卡莫氟、阿糖胞苷、双去氧尿苷、去氧氟尿苷、依诺他滨、氟尿苷；雄激素，如卡普睾酮、屈他雄酮丙酸酯、环硫雄醇、美雄烷、睾内酯；抗肾上腺素药，如氨鲁米特、米托坦、曲洛斯坦；叶酸补充剂，如亚叶酸；醋葡醛内酯；醛磷酰胺糖苷；氨基乙酰丙酸；恩尿嘧啶；安吖啶；倍曲布西；比生群；依达曲沙；秋水仙胺；地吖醌；依氟鸟氨酸；依利醋铵；埃博霉素；依托格鲁；硝酸镓；羟基脲；香菇多糖；氯尼达明；美登木素生物碱，如美登素和安丝菌素；米托胍腙；米托蒽醌；莫哌达醇；二胺硝吖啶；喷司他丁；蛋氨氮芥；吡柔比星；洛索蒽醌；鬼臼酸；2-乙基酰肼；丙卡巴肼；PSK多糖复合物(JHS Natural Products,Eugene,Oreg.)；雷佐生；根霉素；西佐喃；锗螺胺；细交链孢菌酮酸；三亚胺醌；2,2',2”-三氯三乙胺；单端孢霉烯族毒素(例如T-2毒素、疣孢菌素A、杆孢菌素A和蛇形菌素)；乌拉坦；长春地辛；达卡巴嗪；甘露莫司汀；二溴甘露醇；二溴卫矛醇；哌泊溴烷；加西托星；阿糖胞苷(“Ara-C”)；环磷酰胺；噻替派；紫杉烷类，例如TAXOL紫杉醇、ABRAXANE无克列莫佛的白蛋白工程化紫杉醇纳米颗粒制剂(American Pharmaceutical Partners,Schaumberg,111.)和TAXOTERE多西他赛(Rhone-Poulenc Rorer,Antony,France)；苯丁酸氮芥；GEMZAR吉西他滨；6-硫鸟嘌呤；巯基嘌呤；甲氨蝶呤；铂类似物，如顺铂、奥沙利铂和卡铂；长春花碱；铂；依托泊苷(VP-16)；异环磷酰胺；米托蒽醌；长春新碱；NAVELBINE.长春瑞滨；诺安托；替尼泊苷；依达曲沙；道诺霉素；氨基蝶呤；希罗达；伊班膦酸盐；伊立替康(Camptosar，CPT-11)(包括伊立替康联合5-FU和亚叶酸的治疗方案)；拓扑异构酶抑制剂RFS 2000；二氟甲基鸟氨酸(DMFO)；类视黄醇，如视黄酸；卡培他滨；康普瑞汀；亚叶酸(LV)；奥沙利铂，包括奥沙利铂治疗方案(FOLFOX)；拉帕替尼(Tykerb)；PKC-α、Raf、H-Ras、EGFR(例如埃罗替尼(Tarceva))和VEGF-A的降低细胞增殖的抑制剂，以及上述任一者的药学上可接受的盐、酸或衍生物。

52.如权利要求48-49中任一项所述的方法，其中所述抗肿瘤剂是细胞毒性剂。

53.如权利要求52所述的方法，其中所述细胞毒性剂选自甲氨蝶呤、氨基蝶呤、6-巯基嘌呤、6-硫鸟嘌呤、阿糖胞苷、5-氟尿嘧啶达卡巴嗪；烷化剂，如氮芥、噻替派苯丁酸氮芥、美法仑、卡莫司汀(BSNU)、丝裂霉素C、洛莫司汀(CCNU)、1-甲基亚硝基脲、环磷酰胺、氮芥、白消安、二溴甘露醇、链脲佐菌素、丝裂霉素C、顺式-二氯二胺铂(II)(DDP)顺铂和卡铂(伯尔定)；蒽环类药物，包括柔红霉素、阿霉素(亚德里亚霉素)、地托比星、洋红霉素、伊达比星、表柔比星、米托蒽醌和比生群；抗生素包括更生霉素(放线菌素D)、博莱霉素、卡奇霉素、光神霉素和安曲霉素(AMC)；以及抗有丝分裂剂，如长春花生物碱、长春新碱和长春花碱，以及它们的混合物。

54.如权利要求52所述的方法，其中所述细胞毒性剂选自紫杉酚(紫杉醇)、蓖麻毒素、假单胞菌外毒素、吉西他滨、细胞松弛素B、短杆菌肽D、溴化乙锭、吐根碱、依托泊苷、替诺泊苷、秋水仙碱、二羟基蒽二酮、1-去氢睾酮、糖皮质激素、普鲁卡因、丁卡因、利多卡因、普萘洛尔、嘌呤霉素、丙卡巴肼、羟基脲以及它们的混合物。

55.如权利要求48-49中任一项所述的方法，其中所述抗肿瘤剂是检查点抑制剂。

56.如权利要求55所述的方法，其中所述检查点抑制剂是靶向以下中的一者的剂：TIM-3、BTLA、PD-1、CTLA-4、B7-H4、GITR、半乳糖凝集素-9、HVEM、PD-L1、PD-L2、B7-H3、CD244、CD160、TIGIT、SIRPα、ICOS、CD172a和TMIGD2。

57.如权利要求56所述的方法，其中靶向PD-1的所述剂是对PD-1具有特异性的抗体或其抗原结合部分，任选地选自纳武单抗、派姆单抗和匹地利珠单抗。

58.如权利要求56所述的方法，其中靶向PD-L1的所述剂是对PD-L1具有特异性的抗体或其抗原结合部分，任选地选自阿特珠单抗、阿维鲁单抗、德瓦鲁单抗和BMS-936559。

59.如权利要求56所述的方法，其中靶向CTLA-4的所述剂是对CTLA-4具有特异性的抗体或其抗原结合部分，任选地选自伊匹单抗和曲美木单抗。

60.如权利要求48-49中任一项所述的方法，其中所述抗肿瘤剂是缺氧诱导因子-2(HIF-2)抑制剂。

61.如权利要求60所述的方法，其中所述HIF-2抑制剂选自PT2385和PT2977。

62.如以上权利要求中任一项所述的方法，其中所述癌症是特征在于缺氧的肿瘤。

63.如权利要求26-30或40-62所述的方法，其中所述癌症选自以下中的一者或多者：基底细胞癌；胆道癌；膀胱癌；骨癌；脑和中枢神经系统癌症；乳腺癌；腹膜癌；宫颈癌；绒毛膜癌；结肠和直肠癌；结缔组织癌症；消化系统癌症；子宫内膜癌；食道癌；眼癌；头颈部癌症；胃癌(包括胃肠癌)；成胶质细胞瘤；肝癌；肝细胞瘤；上皮内赘瘤；肾癌或肾脏癌；喉癌；白血病；肝癌；肺癌(例如，小细胞肺癌、非小细胞肺癌、肺腺癌和肺鳞癌)；黑素瘤；骨髓瘤；成神经细胞瘤；口腔癌(嘴唇、舌、口和咽)；卵巢癌；胰腺癌；前列腺癌；成视网膜细胞瘤；横纹肌肉瘤；直肠癌；呼吸系统癌症；唾液腺癌；肉瘤；皮肤癌；鳞状细胞癌；胃癌；睾丸癌；甲状腺癌；子宫或子宫内膜癌；泌尿系统癌症；外阴癌；淋巴瘤，包括霍奇金淋巴瘤和非霍奇金淋巴瘤，以及B细胞淋巴瘤(包括低级/滤泡性非霍奇金淋巴瘤(NHL)；小淋巴细胞(SL)NHL；中级/滤泡性NHL；中级弥漫性NHL；高级成免疫细胞NHL；高级成淋巴细胞性NHL；高级小无裂细胞NHL；巨大肿块疾病NHL；套细胞淋巴瘤；AIDS相关淋巴瘤；和瓦尔登斯特伦氏巨球蛋白血症；慢性淋巴细胞性白血病(CLL)；急性成淋巴细胞性白血病(ALL)；毛细胞白血病；慢性成骨髓细胞性白血病；以及其他癌症和肉瘤；和移植后淋巴组织增生性病症(PTLD)，以及与瘢痣病、水肿(例如与脑肿瘤相关的水肿)和梅格斯氏综合征相关的异常血管增生。

64.一种确定肿瘤是否将对用结合至CDCP1的剂治疗有反应的方法，所述方法包括确定所述肿瘤的样品中突变型LKB1和/或KRAS蛋白或基因的存在、不存在或量，由此突变型LKB1和/或KRAS的存在或突变型LKB1和/或KRAS蛋白或基因的量相对于参考样品有所增加指示有可能对用结合至CDCP1的剂治疗有反应。

65.如权利要求64所述的方法，其中结合至CDCP1的所述剂是对CDCP1具有特异性的抗体或其抗原结合部分。

66.如权利要求65所述的方法，其中对CDCP1具有特异性的所述抗体或其抗原结合部分选自以下中的一者或多者：单克隆抗体、多克隆抗体、抗体片段、Fab、Fab'、Fab'-SH、F(ab')2、Fv、单链Fv、双功能抗体、线性抗体、双特异性抗体、多特异性抗体、嵌合抗体、人源化抗体、人抗体和包含抗体的抗原结合部分的融合蛋白。

67.如权利要求66所述的方法，其中对CDCP1具有特异性的所述抗体或其抗原结合部分与抗肿瘤剂缀合。