CN113151574A - 一种水稻粒形主效QTL的InDel分子标记GS9-InDel及其检测引物和应用 - Google Patents

Abstract

本发明提供了一种水稻粒形主效QTL的InDel分子标记GS9‑InDel及其检测引物和应用，属于水稻育种技术领域。GS9‑InDel的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示，其中存在连续的3或4个重复序列(GTCTC)。本发明还提供了用于检测GS9‑InDel的引物1对。对日本晴、9311等15个亲本材料进行测序鉴定分析，在GS9基因正向‑2位点处插入一段GTCTC序列，基因中包含的重复序列由3次重复变成4次重复。当GS9基因包含4次重复序列时，水稻籽粒为细长粒，当GS9基因包含3次重复序列时，水稻籽粒为短圆粒。因此，该GS9‑InDel可提高水稻粒形鉴定的选育效率、加快育种研究进展。

Description

一种水稻粒形主效QTL的InDel分子标记GS9-InDel及其检测 引物和应用

技术领域

本发明属于水稻育种技术领域，具体涉及一种水稻粒形主效QTL的InDel分子标记GS9-InDel及其检测引物和应用。

背景技术

水稻是世界上最重要的谷类作物之一，也是世界上约一半人口的主要粮食来源，水稻产量的稳步提高对于我国乃至全球的粮食生产和稳定具有重要意义。水稻产量主要由单株有效穗数、每穗粒数和千粒重决定。其中，粒形是影响水稻粒重的最重要因素之一，同时也影响着稻米品质。粒形有关的三个主要性状分别为粒长(GL)、粒宽(GW)、千粒重(TGW)。水稻粒形不仅直接决定水稻品种的外观品质，而且对水稻品种的高产起重要作用。因此，发掘利用新的粒形基因等位变异也是水稻分子育种的研究目的和重要方法之一。

根据Gramene网站(http：//www.gramene.org/qtl/)公布的已克隆基因数据，目前和水稻粒形相关的主效QTL有20个，主要分布于水稻第2～9号染色体上。然而，在这些研究中，大多数QTLs仅在特定的遗传背景中被发现和定位，存在于其他品种中的等位变异却并未被全部发现，也鲜有相关研究，导致对这些QTL的基因分布和功能研究尚不够完善；目前，各研究小组主要通过对自育品种进行分子测序的手段，对这些主效QTL在一些特异种质中检测分析，通过基因序列分析的方式，对已克隆的主效QTL的新型等位变异进行挖掘，以期对这些主效QTL在不同材料中的分布和功能进行完善。

水稻粒形是重要的产量性状，因此发掘新的水稻主效粒形QTL位点的等位变异，可为进一步阐明水稻粒形遗传机制及调控网络和高产、广适性水稻品种改良提供理论基础和实践支持。

发明内容

鉴于此，本发明的目的在于提供一种水稻粒形主效QTL的InDel分子标记GS9-InDel及其检测引物，在水稻粒形鉴定、选育中的应用。

本发明提供了一种水稻粒形主效QTL的InDel分子标记GS9-InDel，所述GS9-InDel的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示；在所述SEQ ID NO：1中存在连续的3或4个重复序列；所述重复序列为GTCTC。

本发明提供了一种用于检测所述InDel分子标记GS9-InDel的试剂，所述试剂包括引物对；所述引物对包括核苷酸序列如SEQ ID NO：2所述的正向引物和核苷酸序列如SEQID NO：3所示的反向引物。

本发明提供了一种用于检测水稻粒形性状的试剂盒，包括所述试剂。

优选的，所述试剂盒还包括含镁离子的10×Taq buffer、dNTPs和Taq DNA聚合酶。

本发明提供了所述InDel分子标记GS9-InDel、所述试剂或所述试剂盒在水稻粒形检测中的应用。

本发明提供了所述InDel分子标记GS9-InDel、所述试剂或所述试剂盒在细长粒形的水稻品种选育中的应用。

本发明提供了一种检测水稻粒形的方法，包括以下步骤：

1)提取待测水稻的DNA；

2)以步骤1)提取的DNA为模板，用所述试剂中的引物对进行PCR扩增，得到扩增产物；

3)对步骤2)中扩增产物进行分析，根据扩增产物的长度判断待测水稻的粒形情况：当所述扩增产物长度为142bp，则待测水稻的基因型为GS9，粒形为短圆粒；如果所述扩增产物的长度为147bp，则所述待测水稻的基因型为gs9-HZ，粒形表现为细长粒；如果扩增产物为杂合型，则待测水稻的基因型为GS9/gs9-HZ，粒形介于两者之间。

优选的，步骤2)中所述PCR扩增的反应体系如下：1μL DNA、0.5μL10mmol的正向引物、0.5μL 10mmol的反向引物、1μL含20mM Mg²⁺的10×Taq buffer、0.2μL 10mM dNTPs、0.2μL 2U/μL Taq DNA聚合酶和6.6μL ddH₂O。

优选的，步骤2)中所述PCR扩增的反应程序为95℃预变性4min；95℃变性30s、55℃退火30s、72℃延伸30s，共32个循环；最后72℃延伸10min。

优选的，所述待测水稻的品种包括日本晴、9311、中恢9308、中恢8015、长粒粳、BG1、IR6、华占、中花11、02428、南京11、玉针香、IR24、IR26和IR64。

本发明提供了一种水稻粒形主效QTL的InDel分子标记GS9-InDel，所述GS9-InDel的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示；在所述SEQ ID NO：1中存在连续的3～4个重复序列；所述重复序列为GTCTC。本发明对日本晴、9311、中恢9308、中恢8015、长粒粳、BG1、IR6、华占、中花11、02428、南京11、玉针香、IR24、IR26和IR64等15个亲本材料进行测序鉴定分析，在GS9基因正向-2位点处插入了一段GTCTC的重复序列，插入后所述基因中含的重复序列由3次重复变成4次重复。实验表明，GS9基因正向包含4次重复序列时，水稻粒形表现为细长粒，当GS9基因正向包含3次重复序列时，水稻粒形表现为短圆粒。由此可见，本发明提供的InDel分子标记GS9-InDel为提高水稻粒形鉴定和选育效率以加快育种进程提供了技术基础。

附图说明

图1为采用本发明提供的分子标记GS9-InDel对不同水稻品种粒形鉴定结果；其中1～15分别代表：1，日本晴；2，9311；3，中恢9308；4，中恢8015；5，长粒粳；6，BG1；7，IR6；8，华占；9，中花11；10，02428；11，南京11；12，玉针香；13，IR24；14，IR26；15，IR64。

具体实施方式

本发明提供了一种水稻粒形主效QTL的InDel分子标记GS9-InDel，所述GS9-InDel的核苷酸序列如SEQ ID NO：1[AAAGCCCTCCTATTTAAGCAGCAGGCCTCGCCCACTCTATC(GTCTC)_3或4TCCTCACTCCACTCGACTCCTCACTCATCCTACTCGGCAACTCACTCTGCTCTGCTGCACTGCAACGCCATGGAGGCAGCAGCCCA]所示；在所述SEQ ID NO：1中存在连续的3或4个重复序列；所述重复序列为GTCTC。GS9基因正向包含4次重复序列时，水稻粒形表现为细长粒，当GS9基因正向包含3次重复序列时，水稻粒形表现为短圆粒。本发明通过PCR扩增水稻粒形主效QTL的InDel分子标记GS9-InDel，根据扩增产物的长度判断水稻粒形性状。由此可见，本发明提供的InDel分子标记GS9-InDel可用于提高水稻粒形检测和选育效率，有利于加快育种进程。

本发明提供了一种用于检测所述InDel分子标记GS9-InDel的试剂，所述试剂包括引物对；所述引物对包括核苷酸序列如SEQ ID NO：2(AAAGCCCTCCTATTTAAGCAGC)所述的正向引物和核苷酸序列如SEQ ID NO：3(GGAGGCAGCAGCCCA)所示的反向引物。本发明对所述引物对的来源没有特殊限制，采用本领域所熟知的引物对的来源即可。在本发明实施例中，所述引物对委托杭州有康生物科技有限公司合成。

本发明提供了一种用于检测水稻粒形性状的试剂盒，包括所述试剂。所述试剂盒优选还包括含镁离子的10×Taqbuffer、dNTPs和Taq DNA聚合酶。本发明对所述含镁离子的10×Taqbuffer、dNTPs和Taq DNA聚合酶的来源不做具体限定，采用本领域所熟知的含镁离子的10×Taqbuffer、dNTPs和Taq DNA聚合酶等试剂的来源即可。在本发明实施例中，所述含镁离子的10×Taq buffer、dNTPs和Taq DNA聚合酶分别购自南京诺唯赞生物科技股份有限公司。

本发明提供了所述InDel分子标记GS9-InDel、所述试剂或所述试剂盒在水稻粒形检测中的应用。同时本发明还提供了所述InDel分子标记GS9-InDel、所述试剂或所述试剂盒在细长粒形水稻品种选育中的应用。

本发明提供了一种检测水稻粒形的方法，包括以下步骤：

1)提取待测水稻的DNA；

2)以步骤1)提取的DNA为模板，用所述试剂中的引物进行PCR扩增，得到扩增产物；

3)对步骤2)中扩增产物进行分析，根据扩增产物的长度判断待测水稻的粒形情况：当所述扩增产物长度为142bp，则待测水稻的基因型为GS9，粒形为短圆粒；如果所述扩增产物的长度为147bp，则所述待测水稻的基因型为gs9-HZ，粒形表现为细长粒；如果扩增产物为杂合型，则待测水稻的基因型为GS9/gs9-HZ，粒形介于两者之间。

本发明提取待测水稻的DNA。

本发明提供的方法对待测水稻的品种不做具体限定，采用本领域所熟知的水稻品种即可，例如日本晴、9311、中恢9308、中恢8015、长粒粳、BG1、IR6、华占、中花11、02428、南京11、玉针香、IR24、IR26和IR64等。

本发明对所述提取待测水稻的DNA方法没有特殊限制，采用本领域所熟知的提取植物DNA的方法即可，例如试剂盒法和CTAB法。

提取待测水稻DNA后，本发明以提取的DNA为模板，用所述引物进行PCR扩增，得到扩增产物。

在本发明中，所述PCR扩增的反应体系优选如下：1μL DNA、0.5μL10mmol的正向引物、0.5μL10mmol的反向引物、1μL含20mM Mg²⁺的10×Taq buffer、0.2μL 10mM dNTPs、0.2μL2U/μL Taq DNA聚合酶和6.6μL ddH₂O。所述PCR扩增的反应程序优选为95℃预变性4min；95℃变性30s、55℃退火30s、72℃延伸30s，共32个循环；最后72℃延伸10min。本发明对所述PCR扩增用仪器没有特殊限制，采用本领域所熟知的PCR仪即可。

得到PCR产物后，本发明对所述扩增产物进行分析，根据扩增产物的长度判断待测水稻的粒形情况：当所述扩增产物长度为142bp，则待测水稻的基因型为GS9，粒形为短圆粒；如果所述扩增产物的长度为147bp，则所述待测水稻的基因型为gs9-HZ，粒形表现为细长粒；如果扩增产物为杂合型，则待测水稻的基因型为GS9/gs9-HZ，粒形介于两者之间。

在本发明中，对所述扩增产物分析的方法优选包括PAGE凝胶电泳或测序。本发明对所述PAGE凝胶电泳或测序的方法均没有特殊限制，采用本领域所熟知的PAGE凝胶电泳或测序即可。

在本发明中，实验结果表明，GS9基因正向存在重复序列插入的材料，其水稻粒的长宽比较之未包含新重复序列插入的材料都大，说明该具有该插入重复序列等位变异的水稻品种/材料具有细长籽粒的特征，利用该方法能够用于水稻长粒形高产优质新品种的筛选、鉴定和选育中。

下面结合实施例对本发明提供的一种水稻粒形主效QTL的InDel分子标记GS9-InDel及其检测引物和应用进行详细的说明，但是不能把它们理解为对本发明保护范围的限定。

实施例1

(一)检测材料与试验方法

1、检测材料

对大粒籼稻材料BG1、小粒粳稻材料XLJ和细长粒籼稻材料华占中的GS9基因座进行二代测序，与对照品种日本晴的GS9基因组序列进行比对，发现差异后，设计本发明所述分子标记，对日本晴、9311、中恢9308、中恢8015、长粒粳、BG1、IR6、华占、中花11、02428、南京11、玉针香、IR24、IR26和IR64等15个亲本材料进行标记鉴定。

2、试验方法(DNA提取与PCR扩增)

单株取幼嫩叶片，采用CTAB法提取亲本材料的DNA。

PCR反应：1μLDNA(100ng)，1μL引物(10mmol，0.5μL正向引物和0.5μL反向引物)，1μL 10×Taqbuffer(20mM Mg²⁺)，0.2μL dNTPs(10mM)，0.2μLTaqpolymerase(2U/μL)和6.6μLddH₂O。

PCR反应程序为：95℃预变性4分钟；95℃变性30s、55℃退火30s、72℃延伸30s，共32个循环；最后72℃延伸10分钟。

在PCR仪上进行PCR扩增，扩增产物在8％聚丙烯酰氨凝胶上进行电泳分离。用1％AgNO₃染色，甲醛和NaOH显色后拍照并统计带型。

(二)测序结果

利用测序引物对日本晴(SEQ ID NO:4)、BG1(SEQ ID NO:5)、华占(SEQ ID NO:6)和XLJ(SEQ ID NO:7)中GS9的基因组序列扩增并测序，发现在该基因正向-2位点处存在一段GTCTC重复序列的插入/缺失差异，可通过设计InDel分子标记并用于分子标记辅助选择。以分子标记GS9-InDel对15个常规亲本进行聚丙烯凝胶电泳实验进行鉴定，鉴定结果如图1所示。

表1 分子标记扩增用引物

(三)结果与分析

以分子标记GS9-InDel筛选了15个常规水稻亲本，根据差异结果进行测序鉴定，发现条带为142bp的品种不存在GTCTC重复序列插入；条带为147bp的品种存在GTCTC重复序列插入(记为gs9-HZ)。

表2 15个亲本的理性考察和GS9基因分型

注：TGW表示千粒重，GL表示粒长，GW表示粒宽，GL/GW表示粒长/粒宽，-表示与表头的基因型一致。

结果表明GS9的新等位变异gs9-HZ的材料的长宽比都比较大，说明具有该种新等位变异的水稻品种/材料具有细长籽粒的特征。

实施例2

利用GS9-InDel区分水稻品种中是否含有GS9的新型等位变异gs9-HZ的方法，包括以下步骤：

(1)DNA的提取：取待测水稻叶片组织，CTAB法提取基因组DNA；

(2)标准PCR扩增体系的建立：以GS9-InDel标记引物，以待测水稻单株全基因组DNA为模板，进行PCR扩增，具体参见实施例1记载；

(3)扩增DNA片段检测分析：PCR产物经过8％的聚丙烯酰氨凝胶电泳检测，如果标记能扩增出142bp片段，则说明目标品种不存在GTCTC插入，其基因型为GS9，此种基因型的水稻品种的籽粒粒形偏向于短圆粒；如果标记能扩增出147bp片段则说明目标品种中存在GTCTC插入，其基因型为gs9-HZ，此种基因型的水稻品种的籽粒粒形偏向细长粒(GL/GW≥3.0)；如果能扩增出杂合带型，说明该单株基因型为GS9/gs9-HZ，粒形介于二者之间。结果见表3。

表3 新开发的标记在38个品种的检测及粒形考察

注：TGW表示千粒重，GL表示粒长，GW表示粒宽，GL/GW表示粒长/粒宽，-表示与表头的基因型一致。

由上述结果可知，采用上述分子标记及方法，主要用于水稻粒形主效基因GS9正向-2位点处是否存在GTCTC复序列插入的鉴定。通过检测鉴定，可以确定目标品种中是否存在新型等位变异gs9-HZ，丰富了水稻粒形基因GS9的多样性，提高了粒形选择效率、加快了育种进度。

以上所述仅是本发明的优选实施方式，应当指出，对于本技术领域的普通技术人员来说，在不脱离本发明原理的前提下，还可以做出若干改进和润饰，这些改进和润饰也应视为本发明的保护范围。

序列表

<110> 中国水稻研究所

<120> 一种水稻粒形主效QTL的InDel分子标记GS9-InDel及其检测引物和应用

<160> 7

<170> SIPOSequenceListing 1.0

<210> 1

<211> 128

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<221> misc_feature

<222> (42)..(42)

<223> n=gtctcgtctcgtctc or gtctcgtctcgtctcgtctc

<400> 1

aaagccctcc tatttaagca gcaggcctcg cccactctat cntcctcact ccactcgact 60

cctcactcat cctactcggc aactcactct gctctgctgc actgcaacgc catggaggca 120

gcagccca 128

<210> 2

<211> 22

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 2

aaagccctcc tatttaagca gc 22

<210> 3

<211> 15

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 3

ggaggcagca gccca 15

<210> 4

<211> 2350

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 4

ccaaagccgc gcgtgtagcc gctcgcgttc aagttccaac gccaacagca cacacagata 60

gaaatatgac ttgtgggccc tatattttct ttatttttat tttttgctga ttgaattttc 120

acgttagtgc cacatgtatg tcacgtagga tcaaaaccgc tccagattaa gtgagggggg 180

taatttatcc ggtttcaata gattgaggtt taatatgtct gttttgtggt tcgcggggag 240

gggggattca tactatcaca atagttaggg ggtaatttat acttttttcc gttcaataat 300

catagtaaaa aggttttatc ccaattggaa tttagaagaa gaaaagtcgg tttccaaata 360

ggaacaagta taaactaggg tgtaggggtg gacttgacac gcgggcctgc agctcgggcg 420

ctttcgcttt tgaggactct tcgaaaagcc ctcctattta agcagcaggc ctcgcccact 480

ctatcgtctc gtctcgtctc tcctcactcc actcgactcc tcactcatcc tactcggcaa 540

ctcactctgc tctgctgcac tgcaacgcca tggaggcagc agcccaagaa agggagctgc 600

agctgctgca gctgcaggga gtgtcctggc ctttccacgc gatggaggca gcgagaagca 660

gcagctggga cgccaccacc agcagcggca gcagcagcgg cgccagcggc ggcggcggcg 720

gcgattgctt cctgctcggt tgggagccgc cgttcgccgc cggctgcctc ggcgtcctcg 780

ccgccgacgt ccacggcctc ttcccactct gtacgtgccc tgctcgcttt ctttacctat 840

gttcaagcct tcgaattggt gaattaatcc gtgcaccggc ttggagtgca gacatggagt 900

cgccgccggc gccgccgcag caggacgcgg tggcattgcc ggaggagctc gacgaccttc 960

tcctggtagt aatctcgcac gagacaagag caaaggcaac agtttcttgc agattttcgt 1020

gagggcctac gctaatctgc ttctcctgca gaatttctgg gacgcaagca gcgaccagca 1080

gcaacaacaa caacaggtcg ccttcaattc cagctgcatc ctgcaggaga agacgagcag 1140

caccactgcc actgcaacca ccaccaactc caactccaac ttcttctacg gtgagaagaa 1200

gagtttgaaa ttaaaatctt ttacgccttt tttcgcctac aaaaccacca gcttttgcca 1260

cgacacgcgc agagcagcag caatcctctg cgttttttag gtcctccatg acctcgcacc 1320

accaaaggac agaacacgaa gtcgtatagt aatatttttt gtgtcatcaa attgtgattc 1380

tgtcaatggc gatgggaccc gcggggaaga ttagcagcac gtagttgttg tcacgacccc 1440

catgatttgt gcatgatcga tgcatcatta gattatagta gtgtatagaa tagtgatgag 1500

ttatgagtat atagtattat agcagaggat gcatttgatg gcatgatgcg tctgaccttg 1560

ttaggaactg tcagtggcgc ttcttttcaa gtaaagacag atctgggttt tacgtggtta 1620

gacactaccc agattctgct aatcttcttc gttactgctc ttgttaacgt tgagccttta 1680

cgtgattagt agtaggtgat tagtttacta tacttgagta ggagtagatt attaataagt 1740

ggtgtcttgt catcttttgc ttgcagacga cgatgatctc ctgggctcga ttttctcgac 1800

gggtcccaca ttgccagaga aaggcgtggc agagccacta ctcagcagct catcctccaa 1860

ctgccaggcg gacccacagg tcagtgaggt tagtggggcc cagccgcagg ccactccggc 1920

cgcgccaggt gtcgcgcggg ccccacctcg ctgctcctcc tcctcgtcgc tgaagcgcgc 1980

cgcgccggcg gaggacgcgg cggcggaggc ggagtactgc agacagagca gcagcaagcg 2040

gcgaagggag gcggagacgc cgacgccgga gaagtcggcg gcggcggcgg cggcgccggc 2100

gtgcagggtg ctgcgcccgt tcgcggtgct gaagccggac gggctggacg gcggcgcgac 2160

gctggcggac atcaacgcgc ggatcctgat gcggccgtcg cggccggtgc gccaccccgt 2220

cggcgagttc gcgtgcgcgc cgcgcgtgtc ggcggacaag ccggggctct ccggcaaggc 2280

cgtcgccggc ttcaccaggc tgcacacccc gggacgcggc accatcacca tcatacgaac 2340

cagaggctag 2350

<210> 5

<211> 2350

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 5

ccaaagccgc gcgtgtagcc gctcgcgttc aagttccaac gccaacagca cacacagata 60

gaaatatgac ttgtgggccc tatattttct ttatttttat tttttgctga ttgaattttc 120

acgttagtgc cacatgtatg tcacgtagga tcaaaaccgc tccagattaa gtgagggggg 180

taatttatcc ggtttcaata gattgaggtt taatatgtct gttttgtggt tcgcggggag 240

gggggattca tactatcaca atagttaggg ggtaatttat acttttttcc gttcaataat 300

catagtaaaa aggttttatc ccaattggaa tttagaagaa gaaaagtcgg tttccaaata 360

ggaacaagta taaactaggg tgtaggggtg gacttgacac gcgggcctgc agctcgggcg 420

ctttcgcttt tgaggactct tcgaaaagcc ctcctattta agcagcaggc ctcgcccact 480

ctatcgtctc gtctcgtctc tcctcactcc actcgactcc tcactcatcc tactcggcaa 540

ctcactctgc tctgctgcac tgcaacgcca tggaggcagc agcccaagaa agggagctgc 600

agctgctgca gctgcaggga gtgtcctggc ctttccacgc gatggaggca gcgagaagca 660

gcagctggga cgccaccacc agcagcggca gcagcagcgg cgccagcggc ggcggcggcg 720

gcgattgctt cctgctcggt tgggagccgc cgttcgccgc cggctgcctc ggcgtcctcg 780

ccgccgacgt ccacggcctc ttcccactct gtacgtgccc tgctcgcttt ctttacctat 840

gttcaagcct tcgaattggt gaattaatcc gtgcaccggc ttggagtgca gacatggagt 900

cgccgccggc gccgccgcag caggacgcgg tggcattgcc ggaggagctc gacgaccttc 960

tcctggtagt aatctcgcac gagacaagag caaaggcaac agtttcttgc agattttcgt 1020

gagggcctac gctaatctgc ttctcctgca gaatttctgg gacgcaagca gcgaccagca 1080

gcaacaacaa caacaggtcg ccttcaattc cagctgcatc ctgcaggaga agacgagcag 1140

caccactgcc actgcaacca ccaccaactc caactccaac ttcttctacg gtgagaagaa 1200

gagtttgaaa ttaaaatctt ttacgccttt tttcgcctac aaaaccacca gcttttgcca 1260

cgacacgcgc agagcagcag caatcctctg cgttttttag gtcctccatg acctcgcacc 1320

accaaaggac agaacacgaa gtcgtatagt aatatttttt gtgtcatcaa attgtgattc 1380

tgtcaatggc gatgggaccc gcggggaaga ttagcagcac gtagttgttg tcacgacccc 1440

catgatttgt gcatgatcga tgcatcatta gattatagta gtgtatagaa tagtgatgag 1500

ttatgagtat atagtattat agcagaggat gcatttgatg gcatgatgcg tctgaccttg 1560

ttaggaactg tcagtggcgc ttcttttcaa gtaaagacag atctgggttt tacgtggtta 1620

gacactaccc agattctgct aatcttcttc gttactgctc ttgttaacgt tgagccttta 1680

cgtgattagt agtaggtgat tagtttacta tacttgagta ggagtagatt attaataagt 1740

ggtgtcttgt catcttttgc ttgcagacga cgatgatctc ctgggctcga ttttctcgac 1800

gggtcccaca ttgccagaga aaggcgtggc agagccacta ctcagcagct catcctccaa 1860

ctgccaggcg gacccacagg tcagtgaggt tagtggggcc cagccgcagg ccactccggc 1920

cgcgccaggt gtcgcgcggg ccccacctcg ctgctcctcc tcctcgtcgc tgaagcgcgc 1980

cgcgccggcg gaggacgcgg cggcggaggc ggagtactgc agacagagca gcagcaagcg 2040

gcgaagggag gcggagacgc cgacgccgga gaagtcggcg gcggcggcgg cggcgccggc 2100

gtgcagggtg ctgcgcccgt tcgcggtgct gaagccggac gggctggacg gcggcgcgac 2160

gctggcggac atcaacgcgc ggatcctgat gcggccgtcg cggccggtgc gccaccccgt 2220

cggcgagttc gcgtgcgcgc cgcgcgtgtc ggcggacaag ccggggctct ccggcaaggc 2280

cgtcgccggc ttcaccaggc tgcacacccc gggacgcggc accatcacca tcatacgaac 2340

cagaggctag 2350

<210> 6

<211> 2358

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 6

ccaaagccgc gcgtgtagcc gctcgcgttc aagttccaac gccaacagca cacacagata 60

gaaatatgac ttgtgggccc tatattttct ttatttttat tttttgctga ttgaatttct 120

acgttggtgc cacatgtatg tcacgtagga tcaaaaccgc tccagattaa gtgaggggga 180

taatttatcc ggtttcaata gattgaggtt taatatgtct attttgtggt tcgcggggag 240

gggggattca tactatcaca atagttaggg ggtaatttgt acttttttcc gttcaataat 300

catagtaaaa aggttttatc ccaattggaa tttagaagaa gaaaagtcgg tttccaaata 360

ggaacaagta taaactaggg tgtaggggtg gacttgacac gcgggcctgc agctcgggcg 420

ctttcgcttt tgaggactct tcgaaaagcc ctcctattta agcagcaggc ctcgcccact 480

ctatcgtctc gtctcgtctc gtctctcctc actccactcg actcctcact catcctactc 540

ggcaactcac tctgctctgc tgcactgcaa cgccatggag gcagcagccc aagaaaggga 600

gctgcagctg ctgcagctgc agggagtgtc ctggcctttc cacgcgatgg aggcagcgag 660

aagcagcagc tgggacgcca ccaccagcag cggcagcagc agcggcgcca gcggcggcgg 720

cggcggcggc gattgcttcc tgctcggttg ggagccgccg ttcgccgccg gctgcctcgg 780

cgtcctcgcc gccgacgtcc acggcctctt cccactctgt acgtgccctg ctcgctttct 840

ttacctatgt tcaagccttc gaattggtga attaatccgt gcaccggctt ggagtgcaga 900

catggagtcg ccgccggcgc cgccgcagca ggacgcggtg gcattgccgg aggagctcga 960

cgaccttctc ctggtagtaa tctcgcacga gacaagagca aaggcaacag tttcttgcag 1020

attttcgtga gggcctacgc taatctgctt ctcctgcaga atttctggga cgcaagcagc 1080

gaccagcagc aacaacaaca acaggtcgcc ttcaattcca gctgcatcct gcaggagaag 1140

acgagcagca ccactgccac tgcaaccacc accaactcca actccaactt cttctacggt 1200

gagaagaaga atttgaaatt aaaatctttt acgccttttt tcgcctacaa aaccaccagc 1260

ttttgccacg acacgcgcag agcagcagca atcctctgcg ttttttaggt cctccatgac 1320

ctcgcaccac caaaggacag aacacgaagt cgtatagtaa tattttttgt gtcatcaaat 1380

tgtgattctg tcaatggcga tgggacccgc ggggaagatt agcagcacat agttgttgtc 1440

acgaccccca tgatttgtgc atgatcgatg catcattaga ttatagtagt gtatagaata 1500

gtgatgagtt atgagtatat agtattatag cagaggatgc atttgatggc acgatgcgtc 1560

tgaccttgtt aggaactgtc agtggcgctt cttttcaagt aaagacagat ctgggtttta 1620

cgtggttaga cactacccag attctgctaa tcttcttcgt tactgctctt gttaacgttg 1680

agcctttacg tgattagtag taggtgatta gtttactata cttgagtagg agtagattat 1740

taataagtgg tgtcttgtca tcttttgctt gcagacgacg atgatctcct gggctcgatt 1800

ttctcgacgg gtcccacatt gccagagaaa ggcgtggcag agccactact cagcagctca 1860

tcctccaact gccaggcgga cccacaggtc agtgaggtta gtggggccca gccgcaggcc 1920

actccggccg cgccaggtgt cgcgcgggcc ccacctcgct gctcctcctc ctcctcgctg 1980

aagcgcgccg cgccggcgga ggacgcggcg gcggaggcgg agtactgcag acagagcagc 2040

agcaagcggc gaagggaggc ggagacgctg acgccggaga agtcggcggc ggcggcgccg 2100

gcgccggcgt gcagggtgct gtgcccgttc gcggtgctga agccggacgg gctggacggc 2160

ggcgcgacgc tggcggacat caacgcgcgg atcctgatgc ggccgtcgcg gccggtgcgc 2220

caccccgtcg gcgagttcgc gtgcgcgccg cgcgtgtcgg cggacaagcc ggggctctcc 2280

ggcaaggccg tcgccggctt caccaggctg cacaccccgg gacgcggcac catcaccatc 2340

atacgaacca gaggctag 2358

<210> 7

<211> 2358

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 7

ccaaagccgc gcgtgtagcc gctcgcgttc aagttccaac gccaacagca cacacagata 60

gaaatatgac ttgtgggccc tatattttct ttatttttat tttttgctga ttgaatttct 120

acgttggtgc cacatgtatg tcacgtagga tcaaaaccgc tccagattaa gtgaggggga 180

taatttatcc ggtttcaata gattgaggtt taatatgtct attttgtggt tcgcggggag 240

gggggattca tactatcaca atagttaggg ggtaatttgt acttttttcc gttcaataat 300

catagtaaaa aggttttatc ccaattggaa tttagaagaa gaaaagtcgg tttccaaata 360

ggaacaagta taaactaggg tgtaggggtg gacttgacac gcgggcctgc agctcgggcg 420

ctttcgcttt tgaggactct tcgaaaagcc ctcctattta agcagcaggc ctcgcccact 480

ctatcgtctc gtctcgtctc gtctctcctc actccactcg actcctcact catcctactc 540

ggcaactcac tctgctctgc tgcactgcaa cgccatggag gcagcagccc aagaaaggga 600

gctgcagctg ctgcagctgc agggagtgtc ctggcctttc cacgcgatgg aggcagcgag 660

aagcagcagc tgggacgcca ccaccagcag cggcagcagc agcggcgcca gcggcggcgg 720

cggcggcggc gattgcttcc tgctcggttg ggagccgccg ttcgccgccg gctgcctcgg 780

cgtcctcgcc gccgacgtcc acggcctctt cccactctgt acgtgccctg ctcgctttct 840

ttacctatgt tcaagccttc gaattggtga attaatccgt gcaccggctt ggagtgcaga 900

catggagtcg ccgccggcgc cgccgcagca ggacgcggtg gcattgccgg aggagctcga 960

cgaccttctc ctggtagtaa tctcgcacga gacaagagca aaggcaacag tttcttgcag 1020

attttcgtga gggcctacgc taatctgctt ctcctgcaga atttctggga cgcaagcagc 1080

gaccagcagc aacaacaaca acaggtcgcc ttcaattcca gctgcatcct gcaggagaag 1140

acgagcagca ccactgccac tgcaaccacc accaactcca actccaactt cttctacggt 1200

gagaagaaga atttgaaatt aaaatctttt acgccttttt tcgcctacaa aaccaccagc 1260

ttttgccacg acacgcgcag agcagcagca atcctctgcg ttttttaggt cctccatgac 1320

ctcgcaccac caaaggacag aacacgaagt cgtatagtaa tattttttgt gtcatcaaat 1380

tgtgattctg tcaatggcga tgggacccgc ggggaagatt agcagcacat agttgttgtc 1440

acgaccccca tgatttgtgc atgatcgatg catcattaga ttatagtagt gtatagaata 1500

gtgatgagtt atgagtatat agtattatag cagaggatgc atttgatggc acgatgcgtc 1560

tgaccttgtt aggaactgtc agtggcgctt cttttcaagt aaagacagat ctgggtttta 1620

cgtggttaga cactacccag attctgctaa tcttcttcgt tactgctctt gttaacgttg 1680

agcctttacg tgattagtag taggtgatta gtttactata cttgagtagg agtagattat 1740

taataagtgg tgtcttgtca tcttttgctt gcagacgacg atgatctcct gggctcgatt 1800

ttctcgacgg gtcccacatt gccagagaaa ggcgtggcag agccactact cagcagctca 1860

tcctccaact gccaggcgga cccacaggtc agtgaggtta gtggggccca gccgcaggcc 1920

actccggccg cgccaggtgt cgcgcgggcc ccacctcgct gctcctcctc ctcctcgctg 1980

aagcgcgccg cgccggcgga ggacgcggcg gcggaggcgg agtactgcag acagagcagc 2040

agcaagcggc gaagggaggc ggagacgctg acgccggaga agtcggcggc ggcggcgccg 2100

gcgccggcgt gcagggtgct gtgcccgttc gcggtgctga agccggacgg gctggacggc 2160

ggcgcgacgc tggcggacat caacgcgcgg atcctgatgc ggccgtcgcg gccggtgcgc 2220

caccccgtcg gcgagttcgc gtgcgcgccg cgcgtgtcgg cggacaagcc ggggctctcc 2280

ggcaaggccg tcgccggctt caccaggctg cacaccccgg gacgcggcac catcaccatc 2340

atacgaacca gaggctag 2358

Claims (10)

1.一种水稻粒形主效QTL的InDel分子标记GS9-InDel，其特征在于，所述GS9-InDel的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示；在所述SEQ ID NO：1中存在连续的3或4个重复序列；所述重复序列为GTCTC。

2.一种用于检测权利要求1所述InDel分子标记GS9-InDel的试剂，其特征在于，所述试剂包括引物对；所述引物对包括核苷酸序列如SEQ ID NO：2所述的正向引物和核苷酸序列如SEQ ID NO：3所示的反向引物。

3.一种用于检测水稻粒形性状的试剂盒，其特征在于，包括权利要求2所述试剂。

4.根据权利要求3所述试剂盒，其特征在于，所述试剂盒还包括含镁离子的10×Taqbuffer、dNTPs和TaqDNA聚合酶。

5.权利要求1所述InDel分子标记GS9-InDel、权利要求2所述试剂或权利要求4或5所述试剂盒在水稻粒形检测中的应用。

6.权利要求1所述InDel分子标记GS9-InDel、权利要求2所述试剂或权利要求4或5所述试剂盒在细长粒形水稻品种选育中的应用。

7.一种检测水稻粒形的方法，其特征在于，包括以下步骤：

1)提取待测水稻的DNA；

2)以步骤1)提取的DNA为模板，用权利要求2所述试剂中引物对进行PCR扩增，得到扩增产物；

3)对步骤2)中扩增产物进行分析，根据扩增产物的长度判断待测水稻的粒形情况：当所述扩增产物长度为142bp，则待测水稻的基因型为GS9，粒形为短圆粒；如果所述扩增产物的长度为147bp，则所述待测水稻的基因型为gs9-HZ，粒形表现为细长粒；如果扩增产物为杂合型，则待测水稻的基因型为GS9/gs9-HZ，粒形介于两者之间。

8.根据权利要求7所述检测水稻粒形的方法，其特征在于，步骤2)中所述PCR扩增的反应体系如下：1μLDNA、0.5μL10mmol的正向引物、0.5μL10mmol的反向引物、1μL含20mMMg²⁺的10×Taqbuffer、0.2μL10mM dNTPs、0.2μL2U/μLTaqDNA聚合酶和6.6μLddH₂O。

9.根据权利要求7所述检测水稻粒形的方法，其特征在于，步骤2)中所述PCR扩增的反应程序为95℃预变性4min；95℃变性30s、55℃退火30s、72℃延伸30s，共32个循环；最后72℃延伸10min。

10.根据权利要求7～9任意一项所述检测水稻粒形的方法，其特征在于，所述待测水稻的品种包括日本晴、9311、中恢9308、中恢8015、长粒粳、BG1、IR6、华占、中花11、02428、南京11、玉针香、IR24、IR26和IR64。

Images