CN112662769B - 丝氨酸整合因子2在mll融合基因白血病中的应用 - Google Patents

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Abstract

本发明公开了蛋白丝氨酸整合因子2在MLL融合基因白血病中的应用。本发明通过实时定量PCR检测了大量的白血病病人样品,发现MLL融合基因白血病病人中SERINC2显著高表达。敲低SERINC2的表达可显著抑制MLL‑R白血病细胞的存活;同时小鼠白血病模型的结果,表明敲低SERINC2的表达可显著延长模型小鼠的生存周期,表明SERINC2可作为诊断标记物和/或治疗靶点在MLL‑R白血病中发挥作用。可为靶向治疗MLL融合基因白血病提供了一种新的精准的治疗策略和遗传资源,具有重要的理论意义和应用价值。

Description

丝氨酸整合因子2在MLL融合基因白血病中的应用
技术领域
本发明涉及生物医药技术领域,更具体地,涉及丝氨酸整合因子2在MLL融合基因白血病中的应用。
背景技术
MLL融合基因白血病,即MLL(mixed-lineage leukemia)基因重排白血病(MLL-rearranged leukemia,MLL-R白血病)。由于其发病机制复杂,预后较差、易复发等特点而使得该类型白血病的治疗仍然面临严峻的挑战,五年生存率比较低。当前,MLL-R白血病细胞对于白血病的化疗药物,如L-天门冬酰胺酶和强的松存在耐药的情况,这也和MLL-R白血病预后不好是一致的。因此,寻找MLL-R白血病的发病机理和分子标志物,对于开发这类白血病的预后分子和治疗靶点有着十分重要的意义。
在MLL-R白血病中,mTOR(Mammalian target of rapamycin,mTOR)信号通路被证明发挥着重要作用。使用PI3K/mTOR通路的双重抑制剂,在MLL-AF9异种移植小鼠模型和临床病人样品中,都可以显著促进MLL-R白血病细胞凋亡,提示靶向mTOR信号通路可以作为潜在的MLL-R白血病治疗手段。在MLL-R白血病中,mTOR信号通路激活下游蛋白p70核糖体蛋白激酶1(p70 ribosomal protein S6 kinase 1,S6K1)。S6K1是mTOR信号通路的一个重要靶基因,其主要功能是影响mRNA的翻译,S6K1通过介导AKT和4E-BP1的磷酸化水平来影响MLL-AF9白血病的疾病进程,暗示S6K1可作为MLL-R白血病的潜在靶基因。这些研究表明,mTOR信号通路在MLL-R白血病中发挥着重要的作用。丝氨酸整合因子(serine incorporator,SERINC)是一个2005年鉴定的蛋白家族,总共由五个蛋白组成。丝氨酸整合因子家族蛋白在真核生物中保守,都存在11次跨膜结构域,其结构类似于氨基酸转运蛋白。丝氨酸整合因子家族蛋白最先是被报道参与鞘脂和磷脂酰丝氨酸合成过程中的丝氨酸的整合。丝氨酸整合因子2(SERINC2)是从1号染色体转录出来的基因,自从被鉴定后,SERINC2的报道很少,先前的报道认为SERINC2的突变和酒精依赖以及孤独症有关(Zuo,L.,et al.,Rare SERINC2variants are specific for alcohol dependence in individuals of Europeandescent[J].Pharmacogenet Genomics,2013.23(8):395-402.)及蛋白丝氨酸整合因子3与抗艾滋病毒有关(魏民,邵一鸣.人体细胞膜跨膜蛋白丝氨酸整合因子3和5的抗艾滋病毒作用[J].疾病监测,2017,032(012):911-913)。目前还未见有关于丝氨酸整合因子2或其家族蛋白在MLL-R白血病中功能的相关报道。
发明内容
本发明的目的在于克服现有技术中存在的上述缺陷和不足,首先提供丝氨酸整合因子2作为诊断标记物在在制备MLL-R白血病诊断产品中的应用。
本发明的另一目的在于提供丝氨酸整合因子2作为治疗靶点在筛选或制备用于治疗MLL-R白血病药物中的应用。
本发明的上述目的是通过以下技术方案给予实现的:
本发明发现一个在MLL-R白血病中特异性高表达,而在正常生理条件下及其他类型白血病低表达的丝氨酸整合因子2,将其命名为SERINC2(HGNC:23231 Entrez Gene:347735 Ensembl:ENSG00000168528 OMIM:614549UniProtKB:Q96SA4)。SERINC2的基因座位为人第1号染色体上,其基因覆盖从31410174到31434680的范围,可以转录出5种不同跨膜蛋白,其中,变体1为12次跨膜蛋白。其核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示;氨基酸序列如SEQID NO:2所示。
本发明发现SERINC2在MLL-R白血病病人中高表达。通过重新收集临床样品证实,SERINC2能够显著地区分MLL-R白血病和MLL野生型(MLL-wt)白血病病人样品,这说明SERINC2具有作为MLL-R白血病的分类器的潜在临床作用。
因此,本发明首先提供SEQ ID NO:1所示丝氨酸整合因子2基因或SEQ ID NO:2所示丝氨酸整合因子2作为诊断标记物在制备MLL-R白血病诊断产品中的应用。
本发明还提供检测SEQ ID NO:1所示丝氨酸整合因子2基因或SEQ ID NO:2所示丝氨酸整合因子2表达量的试剂在制备MLL-R白血病诊断产品中的应用。
本发明还提供一种MLL-R白血病诊断产品,包含检测丝氨酸整合因子2基因表达量的引物或检测丝氨酸整合因子2表达量的试剂。
优选地,所述产品为试剂、芯片或试剂盒等。
优选地,所述引物包含上游引物和下游引物,其序列依次如SEQ ID NO:3~4所示。
进一步,本发明利用siRNA技术敲低SERINC2,发现MLL-R白血病细胞系增殖减弱,细胞周期受抑制。而且NOD-SCID小鼠模型实验也显示,shRNA敲低SERINC2的MLL-R白血病细胞具有抑制肿瘤生长的作用。
因此,本发明的另一目的在于提供SEQ ID NO:1所示丝氨酸整合因子2基因或SEQID NO:2所示丝氨酸整合因子2作为治疗靶点在筛选或制备用于治疗MLL-R白血病药物中的应用。
同时本发明还提供SEQ ID NO:1所示丝氨酸整合因子2基因或SEQ ID NO:2所示丝氨酸整合因子2的表达抑制剂在制备用于治疗MLL-R白血病药物中的应用。
一种MLL-R白血病治疗药物,含有抑制SEQ ID NO:1所述的丝氨酸整合因子2基因或SEQ ID NO:2所示丝氨酸整合因子2的表达抑制剂。
优选地,所述抑制剂为抑制SEQ ID NO:1所示丝氨酸整合因子2基因表达的siRNA或shRNA;或抑制SEQ ID NO:2所示丝氨酸整合因子2的表达的抗体。
优选地,还包含药学上可接受的载体。
优选地,所述siRNA选自siRNA-1或siRNA-2中的一种或多种,siRNA-1序列如SEQID NO:5~6所示,siRNA-2序列如SEQ ID NO:7~8所示。
优选地,所述shRNA选自shRNA-1或shRNA-2中的一种或多种,shRNA-1序列如SEQID NO:9~10所示,shRNA-2序列如SEQ ID NO:11~12所示。
本发明还发现在MLL-R白血病细胞系中,敲低SERINC2,mTOR通路响应氨基酸浓度的能力显著减弱。
本发明发现敲低了SERINC2的细胞在48h后对丝氨酸的缺失更为敏感,其生长能力对比si-NC组明显下降,这个结果提示高表达的SERINC2激活mTOR通路是MLL-R白血病对于外源丝氨酸依赖的一个原因,而抑制SERINC2和缺失丝氨酸联合起来可以成为治疗MLL-R白血病的一个潜在手段。
因此本发明还提供SEQ ID NO:1所示丝氨酸整合因子2基因或SEQ ID NO:2所示丝氨酸整合因子2的表达抑制剂及丝氨酸抑制剂在制备用于治疗MLL-R白血病药物中的应用。
本发明通过基因工程手段调控SERINC2的表达水平直接抑制mTOR通路从而抑制细胞增殖,对于靶向MLL-R白血病的精准治疗具有重要价值。同时,该发明还证实SERINC2在指示MLL-R白血病的分类中具有潜在的临床实用价值。
与现有技术相比,本发明具有以下有益效果:
本发明首次发现MLL融合基因白血病病人中SERINC2显著高表达。敲低SERINC2的表达可显著抑制MLL-R白血病细胞的存活;同时小鼠白血病模型的结果,表明敲低SERINC2的表达可显著延长模型小鼠的生存周期,表明SERINC2可作为诊断标记物和/或治疗靶点在MLL-R白血病中发挥作用。可为靶向治疗MLL融合基因白血病提供了一种新的精准的治疗策略和遗传资源,具有重要的理论意义和应用价值。
附图说明
图1为SERINC2的基因结构及在MLL-R白血病表达情况。(A)SERINC2转录出的5种不同跨膜蛋白。(B)SERINC2的变体1具有11次跨膜结构域。(C)芯片样品证实,相比较与MLL-wt样品(n=1988),SERINC2在MLL-R白血病样品(n=108)中特异高表达。(D)qRT-PCR技术检测SERINC2在MLL-R白血病样品中特异高表达;t检验比较两组之间的差异具有统计学意义(**P<0.01)。
图2为SERINC2在MLL-R白血病中敲低和表达效果。(A)qRT-PCR技术检测SERINC2在MV4-11和RS4-11的敲低效果;星号表示通过t检验比较两组之间的差异具有统计学意义(***P<0.001)。(B)构建稳定敲除SERINC2细胞株,qRT-PCR技术检测SERINC2的稳定敲低效果(**P<0.01)。
图3为SERINC2调控MLL-R白血病的细胞学功能。(A)CCK-8技术检测敲低SERINC2的情况下,MLL-R白血病细胞系MV4-11和RS4-11的增殖水平显著降低;(B)流式细胞术技术检测敲低SERINC2的情况下,MLL-R白血病细胞系的周期显著被抑制。本图中均采用三次重复的平均值±标准差,星号表示通过t检验比较两组之间的差异具有统计学意义(***P<0.001)。
图4为SERINC2调控MLL-R白血病的动物模型。(A)小鼠尾静脉模型显示,在接种敲低SERINC2的MV4-11组的骨髓中,细胞数量明显小于接种NC细胞组;本图中均采用三次重复的平均值±标准差,星号表示通过t检验比较两组之间的差异具有统计学意义(*,p<0.05)。(B)利用生存曲线统计接种敲低SERINC2的MV4-11后,小鼠的生存周期;p值采用log-rank(Mantel-Cox)test统计方法(**,p<0.01)。
图5为SERINC2调控MLL-R白血病细胞的mTOR通路。(A)免疫荧光实验显示SERINC2与自噬体膜蛋白LAMP2共定位,且SERINC2和自噬体的共定位不受氨基酸(amino acid,AA)饥饿和诱导的影响。(B)shRNA敲低SERINC2影响氨基酸激活的mTOR通路。(C)shRNA敲低SERINC2影响亮氨酸,精氨酸,丝氨酸激活的mTOR通路。
图6为SERINC2影响氨基酸饥饿诱导通路。(A)CCK-8技术检测培养基缺失丝氨酸显著抑制MV4-11,RS4;11的生长。(B)CCK-8技术检测抑制SERINC2可以协同丝氨酸缺失共同抑制MV4-11的生长。本图中均采用三次重复的平均值±标准差,星号表示通过t检验比较两组之间的差异具有统计学意义(***P<0.001)。
具体实施方式
以下结合说明书附图和具体实施例来进一步说明本发明,但实施例并不对本发明做任何形式的限定。除非特别说明,本发明采用的试剂、方法和设备为本技术领域常规试剂、方法和设备。
除非特别说明,以下实施例所用试剂和材料均为市购。
实施例1丝氨酸整合因子2(SERINC2)表达分析
本发明发现一个在MLL-R白血病中特异性高表达,而在正常生理条件下及其他类型白血病低表达的基因SERINC2。该基因编码5种不同的跨膜蛋白质(图1A)。其中,转录本1为一个11次跨膜的蛋白质(图1B)。其核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示;氨基酸序列如SEQ IDNO:2所示。
为了进一步确定SERINC2在MLL-R白血病中的表达特异性,我们重新从中山大学附属第一医院收集了一批病人骨髓样品进行检测分析,其中包括MLL野生型(MLL-wt)白血病样品51例,及26例MLL-R白血病样品。所有样品收集均受中山大学道德委会批准并获得病人知情同意。通过提取RNA并采用qRT-PCR技术对SERINC2进行特异性检测。其用到的qRT-PCR的引物序列如下:
正向引物序列:5’-GAGCCGCCTCATCTTCACG-3’(SEQ ID NO:3);
反向引物序列:5’-TAGCCAAGCAGGGAGCCAC-3’(SEQ ID NO:4)。
实验发现,与MLL野生型白血病样品相比,芯片样品证实,相比较与MLL-wt样品(n=1988),SERINC2在MLL-R白血病样品(n=108)中特异高表达(图1C);qRT-PCR技术检测SERINC2在MLL-R白血病中显著高表达(p<0.01)(图1D)。这些结果预示着,SERINC2具有潜在区分MLL-R白血病和MLL-wt白血病的能力,可能是治疗白血病的潜在靶标。
实施例2 SERINC2在MLL-R白血病中的功能鉴定
为了解决SERINC2参与MLL-R白血病调控的核心问题,我们拟进一步研究SERINC2对MLL-R白血病的功能。因此,我们选取MLL-R白血病细胞系,RS4-11(MLL-AF4)和MV4-11(MLL-AF4)为研究对象。通过siRNA干扰技术为SERINC2分别设计2条不同的siRNA序列。
siRNA-1的正向序列:5’-GGTCAGCCCTATCCAGTAT dTdT-3’(SEQ ID NO:5);
siRNA-1的反向序列:5’-CCAGTCGGGATAGGTCATA dTdT-3’(SEQ ID NO:6);
siRNA-2的正向序列:5’-TGACGCTCACCAACTGGTA dTdT-3’(SEQ ID NO:7);
siRNA-2的反向序列:3’-ACTGCGAGTGGTTGACCAT dTdT-5’(SEQ ID NO:8)。
在上述两个MLL-R白血病细胞系中,分别敲除SERINC2,qRT-PCR技术检测SERINC2在MLL-R白血病中敲低和表达效果,并利用CCK-8实验检测细胞的增殖情况。qRT-PCR检测结果如图2A所示,SERINC2在MV4-11和RS4-11细胞中的表达量都显著降低;CCK-8实验结果如图3A所示,在敲低SERINC2的情况下,细胞增殖显著下降。这说明,SERINC2在维持MLL-R白血病的增殖也发挥着重要的功能。于此同时,我们同样通过siRNA干扰技术敲低SERINC2,利用流式细胞术检测细胞的凋亡情况。实验结果如图3B所示,在敲低SERINC2的情况下,细胞周期显著被阻滞在G0/G1期。因此,通过细胞增殖和周期实验,我们推测SERINC2对MLL-R白血病的发生发展具有潜在调控作用。
接下来,我们进一步验证了在成体水平验证SERINC2对MLL-R白血病的调控作用。我们同样利用上述的siRNA序列,设计SERINC2的shRNA序列。
Sh-SE-1的正向序列:
5’-GATCCGGTCAGCCCTATCCAGTATCTTCCTGTCAGAATACTGGATAGGGCTGACCTTTTTG-3’(SEQ ID NO:9);
sh-SE-1的反向序列:
5’-AATTCAAAAAGGTCAGCCCTATCCAGTATTCTGACAGGAAGATACTGGATAGGGCTGACCG-3’(SEQ ID NO:10);
sh-SE-2的正向序列:
5’-GATCCTGACGCTCACCAACTGGTACTTCCTGTCAGATACCAGTTGGTGAGCGTCATTTTTG-3’(SEQ ID NO:11);
sh-SE-1的反向序列:
5’-AATTCAAAAATGACGCTCACCAACTGGTATCTGACAGGAAGTACCAGTTGGTGAGCGTCAG-3’(SEQ ID NO:12)。
利用System Biosciences公司表达载体pGreenPuroTMshRNA Cloning andExpression Vector慢病毒表达系统构建SERINC2的敲除的稳定表达株。通过嘌呤霉素筛选得到MV4-11 SERINC2敲除细胞株。随后,将验证有效的稳定MV4-11 SERINC2细胞株扩大培养,分别采用尾静脉注射接种到5周龄的NOD-SCID小鼠体内:共2组(sh-NC,sh-SERINC2,均带有GFP),每组10只小鼠。动物实验经中山大学动物伦理委员会批准实施。接种50天后取每组小鼠的骨髓,qRT-PCR技术检测SERINC2的稳定敲低效果,表达结果如图2B所示,SERINC2表达量显著降低。利用流式细胞术检查GFP细胞的比率。流式结果显示sh-SERINC2组小鼠中,骨髓中GFP阳性MV4-11细胞均显著少于sh-NC组小鼠(图4A)。这些结果说明,SERINC2具有促进MLL-R白血病的成瘤能力,并且影响这类白血病细胞的生长。随后,Log-rank(Mantel-Cox)Test生存曲线分析发现,敲低SERINC2的小鼠组生存率高于对照组(图4B)。这说明SERINC2可能是治疗MLL-R白血病的潜在靶标。
实施例3 SERINC2调控mTOR通路
SERINC2是丝氨酸整合因子家族的一个蛋白,这个蛋白家族在2005年被鉴定命名,并被证明和脂质合成中的丝氨酸整合有关。本发明发现,SERINC2定位于自噬溶酶体上(图5A)。SERINC2是氨基酸转运蛋白家族的一员,因此,我们推测,在自噬体膜上,SERINC2通过感应氨基酸的变化,介导mTOR通路的激活。为了验证我们的推测,我们在RS4-11和MV4-11中使用shRNA敲低SERINC2,检测mTOR的直接下游S6K蛋白的磷酸化水平。我们使用的是氨基酸的饥饿再诱导实验,其中,使用不含氨基酸的1640培养基饥饿50分钟,并加入含全部氨基酸培养基诱导30分钟。首先,本研究首先发现,SERINC2定位于自噬溶酶体上且定位不受氨基酸饥饿影响(图5A)。其次,在RS4-11和MV4-11中,氨基酸饥饿50分钟可以丢失mTOR下游S6K蛋白的磷酸化水平,即抑制mTOR信号通路。在氨基酸诱导30分钟后,S6K的磷酸化水平开始恢复。与sh-NC相比,抑制SERINC2的shRNA的S6K的磷酸化恢复较慢,说明SERINC2可以在MLL-R白血病中影响氨基酸激活的mTOR通路(图5B)。此外,本发明还进一步探讨了,SERINC2感知的氨基酸类型。根据文献报道,选择了两种主要介导自噬体氨基酸激活的氨基酸,亮氨酸(leucine)和精氨酸(Argnine)。本研究发现,抑制SERINC2后,对于亮氨酸和精氨酸诱导的mTOR通路都有一个很好的抑制,说明SERINC2对于mTOR的影响很可能是发生在自噬体膜上。此外,丝氨酸也可以激活mTOR通路(图5C)。这些结果说明,SERINC2通过感应多种类型氨基酸的变化,并介导mTOR通路的激活。
实施例4抑制SERINC2和外源丝氨酸摄入协同阻滞MLL白血病细胞生长
抑制癌症代谢是治疗癌症发生发展的重要策略。其中,因为增殖速度快,肿瘤细胞氨基酸代谢水平往往高于正常细胞,其中,丝氨酸缺失对于很多实体瘤生长都有明显的抑制作用。本研究发现,在配置了10%不含丝氨酸的透析培养基中,MV4-11,RS4-11细胞的生长明显减慢,说明外源的丝氨酸对于MLL-R白血病细胞的生长至关重要(图6A)。本发明还发现,敲低了SERINC2的细胞在48h对于丝氨酸的缺失更为敏感,其生长对比si-NC组明显下降(图6B)。这些结果提示SERINC2的高表达激活的mTOR通路是MLL-R白血病对于外源丝氨酸依赖的一个原因,而抑制SERINC2和缺失丝氨酸联合起来可以成为MLL-R白血病的一个潜在治疗手段。
序列表
<110> 中山大学
<120> 丝氨酸整合因子2在MLL融合基因白血病中的应用
<141> 2020-12-25
<160> 12
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 1900
<212> DNA
<213> 人(Homo sapiens)
<400> 1
gaggtccgcg ccccgcgccc ggcgccgggc gcccgaagcc gggagccgcc gccatggggg 60
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Val Leu Gln Gly His Ile Asp Cys Gly Ser Leu Leu Gly Tyr Arg Ala
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Val Tyr Arg Met Cys Phe Ala Thr Ala Ala Phe Phe Phe Phe Phe Thr
100 105 110
Leu Leu Met Leu Cys Val Ser Ser Ser Arg Asp Pro Arg Ala Ala Ile
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Tyr Phe Gly Val Val Gly Ser Phe Leu Phe Ile Leu Ile Gln Leu Val
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Met Tyr Tyr Thr Glu Pro Ser Gly Cys His Glu Gly Lys Val Phe Ile
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Lys Met Ile Ser Thr Trp Thr Ala Val Trp Val Lys Ile Cys Ala Ser
420 425 430
Trp Ala Gly Leu Leu Leu Tyr Leu Trp Thr Leu Val Ala Pro Leu Leu
435 440 445
Leu Arg Asn Arg Asp Phe Ser
450 455
<210> 3
<211> 19
<212> DNA
<213> 人(Homo sapiens)
<400> 3
gagccgcctc atcttcacg 19
<210> 4
<211> 19
<212> DNA
<213> 人(Homo sapiens)
<400> 4
tagccaagca gggagccac 19
<210> 5
<211> 23
<212> DNA
<213> 人(Homo sapiens)
<400> 5
ggtcagccct atccagtatd tdt 23
<210> 6
<211> 23
<212> DNA
<213> 人(Homo sapiens)
<400> 6
ccagtcggga taggtcatad tdt 23
<210> 7
<211> 23
<212> DNA
<213> 人(Homo sapiens)
<400> 7
tgacgctcac caactggtad tdt 23
<210> 8
<211> 23
<212> DNA
<213> 人(Homo sapiens)
<400> 8
actgcgagtg gttgaccatd tdt 23
<210> 9
<211> 61
<212> DNA
<213> 人(Homo sapiens)
<400> 9
gatccggtca gccctatcca gtatcttcct gtcagaatac tggatagggc tgaccttttt 60
g 61
<210> 10
<211> 61
<212> DNA
<213> 人(Homo sapiens)
<400> 10
aattcaaaaa ggtcagccct atccagtatt ctgacaggaa gatactggat agggctgacc 60
g 61
<210> 11
<211> 61
<212> DNA
<213> 人(Homo sapiens)
<400> 11
gatcctgacg ctcaccaact ggtacttcct gtcagatacc agttggtgag cgtcattttt 60
g 61
<210> 12
<211> 61
<212> DNA
<213> 人(Homo sapiens)
<400> 12
aattcaaaaa tgacgctcac caactggtat ctgacaggaa gtaccagttg gtgagcgtca 60
g 61

Claims (6)

1.检测SEQ ID NO:1所示丝氨酸整合因子2基因或SEQ ID NO:2所示丝氨酸整合因子2表达量的试剂在制备MLL-AF4白血病诊断产品中的应用。
2.根据权利要求1所述应用,其特征在于,所述试剂为检测丝氨酸整合因子2基因表达量的引物。
3.根据权利要求2所述应用,其特征在于,所述引物包含上游引物和下游引物,其序列依次如SEQ ID NO:3~4所示。
4.SEQ ID NO:1所示丝氨酸整合因子2基因或SEQ ID NO:2所示丝氨酸整合因子2的表达抑制剂在制备用于治疗MLL-AF4白血病药物中的应用;所述抑制剂为抑制SEQ ID NO:1所示丝氨酸整合因子2基因表达的siRNA或shRNA;或抑制SEQ ID NO:2所示丝氨酸整合因子2的表达的抗体。
5.根据权利要求4所述应用,其特征在于,所述siRNA选自siRNA-1或siRNA-2中的一种或多种,siRNA-1序列如SEQ ID NO:5~6所示,siRNA-2序列如SEQ ID NO:7~8所示;所述shRNA选自shRNA-1或shRNA-2中的一种或多种,shRNA-1序列如SEQ ID NO:9~10所示,shRNA-2序列如SEQ ID NO:11~12所示。
6.根据权利要求4所述应用,其特征在于,SEQ ID NO:1所示丝氨酸整合因子2基因或SEQ ID NO:2所示丝氨酸整合因子2的表达抑制剂及缺失丝氨酸用于治疗MLL-AF4白血病。
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