CN112646883A - 一种抗肿瘤的生物标志物及其扩增引物对和应用 - Google Patents
一种抗肿瘤的生物标志物及其扩增引物对和应用 Download PDFInfo
- Publication number
- CN112646883A CN112646883A CN202011485968.XA CN202011485968A CN112646883A CN 112646883 A CN112646883 A CN 112646883A CN 202011485968 A CN202011485968 A CN 202011485968A CN 112646883 A CN112646883 A CN 112646883A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- seq
- gene
- gapdh
- nucleotide sequence
- sense
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K45/00—Medicinal preparations containing active ingredients not provided for in groups A61K31/00 - A61K41/00
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P35/00—Antineoplastic agents
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/6851—Quantitative amplification
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/158—Expression markers
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/166—Oligonucleotides used as internal standards, controls or normalisation probes
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Immunology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Veterinary Medicine (AREA)
- Public Health (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Animal Behavior & Ethology (AREA)
- Pathology (AREA)
- Pharmacology & Pharmacy (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
- Hospice & Palliative Care (AREA)
- Oncology (AREA)
- Epidemiology (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明提供了一种抗肿瘤的生物标志物及其扩增引物对和应用,特别涉及生物医药领域。本发明提供了一种抗肿瘤标志物,所述生物标志物包括基因AC090116.1;所述生物标记物能够作为抗肿瘤的标志物。本发明证实通过抑制所述生物标记物的表达量,就可以达到治疗肿瘤的目的。
Description
技术领域
本发明涉及生物医药领域,特别是涉及一种抗肿瘤的生物标志物及其扩增引物对和应用。
背景技术
结直肠癌(Colorectal cancer,CRC)作为全球范围内高发的恶性肿瘤之一,发病率位列第三,癌症死亡率位第二。据国际肿瘤研究机构2018年预估现每年大约180万的病例被诊断为CRC,每年大约90万人死于此肿瘤。由于粪便隐血检查的有限敏感性及肠镜筛查的较差依从性,导致CRC早期诊断率较低,且诊断时已失去最佳临床治疗干预时机,发病率和死亡率仍不断上升。因此,研究结直肠癌的发病机制,寻找其早期诊断标志物和治疗靶点对防治结直肠癌有重要意义。
长链非编码RNA(long noncoding RNAs,lncRNA),长度大于200nt的非编码RNA,是最丰富的非编码RNA,最近研究推测其数量是编码蛋白转录本的3倍以上。很多lncRNAs被发现在肿瘤中表达异常,且影响肿瘤的发生发展。LncRNA可通过和DNA、RNA、蛋白质结合调控癌基因和抑癌基因表达而调控细胞增殖、生长,细胞代谢、细胞周期、凋亡等从而发挥促癌或抑癌作用。在结直肠癌中,多种lncRNAs存在差异表达,而结直肠癌的发生发展与lncRNAs表达的异常调控密切相关,以此可以推断lncRNAs可能成为CRC治疗的理想分子靶标,并成为诊断CRC以及判断预后风险的标志物。
通过lncRNAs在疾病中的作用方式与其定位及序列信息密切相关。定位于细胞质中的lncRNAs可通过竞争性结合miRNA,影响mRNA的稳定性,介导蛋白复合体形成等发挥作用;定位于细胞核中的lncRNAs则可通过影响染色体重塑、组蛋白修饰和甲基化,诱捕转录因子等过程发挥作用。此外,由于lncRNAs的研究仍然处于起步阶段,其全长的确定是研究lncRNAs在肿瘤等疾病中的发病机制及其应用价值的基础。
AC090116.1来源于LGR5(leucine-rich repeat-containing g-proteincoupledreceptor5,糖蛋白激素受体)的内含子,UCSC、ensemble、NCBI等数据库中检索显示其长度为448的部分序列,但是目前AC090116.1在肿瘤中的作用以及其在细胞中的调控作用机制以及对肿瘤细胞的功能影响仍不清楚。
发明内容
为了解决上述问题,本发明提供了一种抗肿瘤的生物标志物及其扩增引物对和应用;所述生物标志物在细胞中的表达量能够诊断肿瘤,可以通过调控生物标志物的表达量达到治疗直肠癌的作用。
为了实现上述目的,本发明提供如下技术方案:
本发明提供了一种抗肿瘤的生物标志物,所述生物标志物包括基因AC090116.1。
优选的,所述基因AC090116.1的的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示。
本发明提供了用于扩增上述技术方案所述生物标记的引物对,包括上游引物和下游引物;所述上游引物的核苷酸序列如SEQ ID No.2所示;所述下游引物的核苷酸序列如SEQ ID No.3所示。
本发明提供了一种用于诊断肿瘤的试剂盒,所述试剂盒包括上述技术方案所述引物对和内参基因。
优选的,所述内参基因包括GAPDH和/或U6;所述GAPDH包括GAPDH sense和GAPDHanti-sense;所述GAPDH sense的核苷酸序列如SEQ ID No.4所示;所述GAPDH anti-sense的核苷酸序列如SEQ ID No.5所示;所述U6包括U6 sense和U6 anti-sense;所述U6sense的核苷酸序列如SEQ ID No.6所示;所述U6 anti-sense的核苷酸序列如SEQ ID No.7所示。
优选的,所述试剂盒还包括Reactionbuffer、dNTP Mix、RiboLock RNaseInhibitor、RevertAid M-MuLV RT、Oligo(dT)18primer和ddH2O。
本发明提供了一种预防和/或治疗肿瘤的药物,所述药物的有效成分包括上述技术方案所述基因AC090116.1的表达抑制剂。
优选的,所述肿瘤包括结直肠癌。
优选的,所述结直肠癌的细胞系包括DLD-1、SW480、SW620、HT29、HCT116、LoVo和RKO。
本发明提供了一种预防和/或治疗肿瘤的药物,所述药物的有效成分包括上述技术方案所述基因AC090116.1的表达抑制剂。
优选的,所述直肠癌的细胞包括DLD-1、SW480、SW620、HT29、HCT116、LoVo和RKO。
有益效果:本发明提供了一种作为抗肿瘤的生物标志物,所述生物标记包括基因AC090116.1,所述基因AC090116.1能够作为抗肿瘤的标志物,能够通过抑制所述基因AC090116.1的表达量达到治疗肿瘤的作用。本发明实施例部分通过qRT-PCR检测96例肿瘤患者的癌组织中基因AC090116.1,结果显示在结直肠癌组织内基因AC090116.1表达量相较于正常结直肠组织高;并且通过划痕实验证明抑制本发明所述生物标志物的表达量能够明显抑制结直肠癌细胞的迁移,进而达到有效治疗肿瘤的效果。
本发明还提供扩增所述基因AC090116.1的引物对,能够特异性的扩增出基因AC090116.1。
附图说明
为了更清楚地说明本发明实施例或现有技术中的技术方案,下面将对实施例中所需要使用的附图作简单地介绍。
图1为基因AC090116.1在96例结直肠癌患者癌组织及相对癌旁正常组织中的相对表达;其中a为AC090116.1在96例结直肠癌患者癌相对正常组织中相对表达量,b为AC090116.1在96例结直肠癌患者癌组织和结直肠癌组织中的表达量散点图,CA表示结直肠癌组织,PA表示癌旁正常组织;
图2为基因AC090116.1在结直肠癌细胞系中的相对表达量;其中a为八种细胞培养后的图片,从左到右依次为DLD-1、HT29、LoVo、SW480、SW620、RKO、HCT116和NCM460,b为基因AC090116.1在结直肠癌细胞系及正常结直肠上皮细胞系中相对表达量;
图3为基因AC090116.1的全长鉴定;其中,A、B、C分别为3`RACE,5`RACE,全长部分序列的测序结果;D、E、F分别为3`RACE,5`RACE,全长序列鉴定PCR产物的电泳图,M为DL5000Marker,从下至上依次为100、250、500、750、1000、1500、2000、3000,5000;D中的1为3-RACEPCR电泳结果(约361bp),E中的2为5-RACE步移PCR电泳结果(约471bp),F中的3为部分基因PCR扩增产物(约344bp);
图4为基因AC090116.1在SW620细胞质和细胞核中相对表达量;
图5为基因AC090116.1抑制表达细胞模型;
图6为CCK-8实验结果;
图7为划痕实验结果。
具体实施方式
本发明提供了一种抗肿瘤的生物标志物,所述生物标记物优选包括基因AC090116.1;所述基因AC090116.1的核苷酸序列优选如SEQ ID No.1所示:GTGCCTTCTTTTCAAAGCCTACACTGAGAAAATAACCTTAGAATTTTTAAGTTTCACTGAAACACTGGTAAATACTTTTGTTCTCCTTTTTTCTTGAAACCTTGATTAAGTGGAGCAGAGACCTCTACAAAAGATGTCGATTTGTAAAAATAACCTTTCTTTAATCAAAAAAGCCACAAAAGTGTACTTCTCAGGAAAGTAGAAAACCACACATGATCTCAAGTGGAAAAAATATAAAGAATTTGCTGAATTTTTAACCTTAGTACATAACAAGGATATTATTTTAAAGTTGGTTGGTTAATGTGGGCTGTGTTAGAACTTCCAATGTGTTGTGTTTGGGTTGATGCAATGTTATTTTAATGAGTTTATTGGTTCGATGCACAAAACACCACATGGTGCTTGAAGGTTTTAGGTTATAAATTTTCTCGTGAGGCACTTACTTGAAGGAACTCTGTTACATAATCAATTGGTCTTTAAATCTATCCGCACAAAATATAACCTTTCAGTTTTTTACATATATGGTTGTTATTATGTGATTATGAAAACCAAATAAAAATTTCCATAGAAGATGTTATATTCCTTAATGAACTATTTTGTATATATATTGAAGTTTTCACAATAAACATTTATTTCACAGTATTTGTTGAGTGAATCTACAAAGTGAATTTGGAGTCTTCTAGTAAAGACTGAGAATAAAGGATCTTCCTCTCCAAAAAAAAAAAAA。
本发明提供了扩增上述技术方案所述生物标记物的引物对,包括上游引物和下游引物;所述上游引物的核苷酸序列如SEQ ID No.2(AC090116.1forward)所示:TGGTTGGTTAATGTGGGCTGT;所述下游引物的核苷酸序列如SEQ ID No.3(AC090116.1reverse)所示:AGCACCATGTGGTGTTTTGTG;本发明所述引物对优选为生工生物工程(上海)股份有限公司合成,即上海生工。
本发明提供了一种用于诊断肿瘤的试剂盒,所述试剂盒包括上述技术方案所述引物对和内参基因。本发明所述内参基因优选包括GAPDH和/或U6;所述GAPDH优选包括GAPDHsense和GAPDH anti-sense;所述GAPDH sense的核苷酸序列优选如SEQ ID No.4所示:GGTCTCCTCTGACTTCAACA;所述GAPDH anti-sense的核苷酸序列优选如SEQ ID No.5所示:GTGAGGGTCTCTCTCTTCCT;所述U6优选包括U6 sense和U6 anti-sense;所述U6 sense的核苷酸序列优选如SEQ ID No.6所示:CTCGCTTCGGCAGCACA;所述U6anti-sense的核苷酸序列优选如SEQ ID No.7所示:AACGCTTCACGAATTTGCGT。
本发明所述试剂盒优选还包括Reaction buffer、dNTP Mix、RiboLock RNaseInhibitor、RevertAid M-MuLV RT、Oligo(dT)18primer和ddH2O;所述dNTP Mix的工作浓度优选为10Mm;所述RiboLock RNase Inhibitor的工作浓度优选为20U/μl;所述RevertAidM-MuLV RT的工作浓度优选为200U/μl。
本发明实施例中所述肿瘤优选包括结直肠癌;所述结直肠癌的细胞系优选包括DLD-1、SW480、SW620、HT29、HCT116、LoVo和RKO;所述结直肠癌的细胞系优选购自ATCC。
本发明提供了一种预防和治疗肿瘤的药物,所述药物的有效成分包括上述技术方案所述基因AC090116.1的表达抑制剂。本发明所述所述肿瘤优选包括结直肠癌;所述结直肠癌的细胞系优选包括DLD-1、SW480、SW620、HT29、HCT116、LoVo和RKO。
为了进一步说明本发明,下面结合附图和实施例对本发明提供的一种抗肿瘤的生物标志物及其扩增引物对和应用进行详细地描述,但不能将它们理解为对本发明保护范围的限定。
实施例1
1、采用qRT-PCR检测基因AC090116.1表达:
收集宁夏医科大学总医院结直肠患者2019~2020年期间结直肠癌患者手术切除结直肠癌组织96例,Trizol法提取RNA,得到96例RNA。
将提取的得到的96例RNA分别按照Thermo fisher公司的反转录试剂盒说明书反转录为cDNA,具体反转录体系如下:
表1 反转录体系
反应条件:25℃5min,42℃60min,70℃5min。
得到cDNA后,进行qRT-PCR。其中,qRT-PCR过程采用的引物对包括:
AC090116.1forward(SEQ ID No.2):TGGTTGGTTAATGTGGGCTGT;
AC090116.1reverse(SEQ ID No.3):AGCACCATGTGGTGTTTTGTG;
GAPDH sense(SEQ ID No.4):GGTCTCCTCTGACTTCAACA;
GAPDH anti-sense(SEQ ID No.5):GTGAGGGTCTCTCTCTTCCT;
qRT-PCR具体反转录体系如下:
表2 qRT-PCR反应体系
反应条件:95℃2min;95℃30s,60℃30s,40Cycles。
以GAPDH作为内参基因,采用相对定量法检测AC090116.1在结直肠癌及癌旁组织的相对表达量,检测结果如图1(CA为结直肠癌组织,PA为癌旁正常组织)所示,在结直肠癌组织内的基因AC090116.1表达量比正常结直肠组织高。
2、将冻存于液氮中的正常结直肠上皮细胞系NCM460以及结直肠癌细胞系DLD-1,SW480,SW620,HT29,HCT116,LoVo,RKO,NCM460细胞进行复苏;
用含有10%胎牛血清的Leibovitz’s L15培养基、McCoy's 5A培养基、RPMI1640培养基、F12K培养基、MEM培养基(以上培养基购自Gibco,美国)分别在37℃培养,其中SW480和SW620在无CO2的条件下于细胞培养箱培养24~48h后用胰酶消化并收集细胞,RNA,DLD-1、HT29、HCT116、LoVo、RKO、NCM460在5%的CO2的条件下于细胞培养箱培养24~48h后用胰酶消化并收集细胞,融合度长到90%左右即可提取,同样使用trizol法抽提RNA后,按照Thermo fisher反转录试剂盒反转录为cDNA。
表3 DLD-1、SW480、SW620、HT29、HCT116、LoVo、RKO中基因AC090116.1的表达量
由图2和表3可知,相对正常结直肠上皮细胞NCM460,AC090116.1在结直肠癌细胞系DLD-1,SW480,SW620,HT29,HCT116,LoVo,RKO中表达较高,在SW620和LoVo细胞中呈现明显的高表达。
3、AC090116.1的全长验证:
提取SW620细胞总RNA,使用Invitrogen的GeneRacer Kit(Invitrogen,L1500-01)反转录3`和5`RACE实验所需cDNA模板。
根据已知基因AC090116.1序列设计合成巢式引物,包括3`RACE和5`RACE,具体为:
3`RACE AC090116.1-F1(SEQ ID NO.8):GGTTCGATGCACAAAACACC;
3`RACE AC090116.1-F2(SEQ ID NO.9):CACCACATGGTGCTTGAAGG;
5`RACE AC090116.1-R1(SEQ ID NO.10):GACCAATTGATTATGTAACAGAG;
5`RACE AC090116.1-R2(SEQ ID NO.11):CAGAGTTCCTTCAAGTAAGTGC。
通过巢式PCR得到巢式PCR产物,具体反应体系及条件如下:
表4 3-RACE PCR第一轮反应体系
注:3 GeneRacerouterprimer包含5′-GCTGTCAACGATACGCTACGTAACG-3`序列,如SEQ ID No.12所示,试剂盒自带。
表5 3-RACE PCR第一轮反应条件
表6 3-RACE PCR第二轮反应体系
注:3 GeneRacer Inner primer包含5`-CGCTACGTAACGGCATGACAGTG-3`序列,如SEQ ID No.13所示,试剂盒自带。
表7 3-RACE PCR第二轮反应条件
表8:5-RACE PCR第一轮反应体系
注:5GeneRacer outer primer包含5′-GCTGTCAACGATACGCTACGTAACG-3′序列,如SEQ IDNo.12所示,试剂盒自带。
表9:5-RACE PCR第一轮反应条件
表10:5-RACE PCR第二轮反应体系
注:5GeneRacer Inner primer包含5′-CGCTACGTAACGGCATGACAGTG-3′序列,如SEQIDNo.13所示,试剂盒自带。
表11:5-RACE PCR第二轮反应条件
巢式PCR结束后,配制1.5%的琼脂糖凝胶,将巢式PCR产物进行电泳分析。
分析巢式PCR产物,将单一条带切胶回收,连接pGM-T载体,转化高效化学感受态细胞DH5α,然后进行测序分析。
将测序结果和已知序列进行分析获得AC090116.1的全长序列,且设计上下游引物,对确定的基因部分序列进行PCR和电泳验证,验证过程见图3,验证结果表明:AC090116.1全长为724bp(SEQ ID No.1):GTGCCTTCTTTTCAAAGCCTACACTGAGAAAATAACCTTAGAATTTTTAAGTTTCACTGAAACACTGGTAAATACTTTTGTTCTCCTTTTTTCTTGAAACCTTGATTAAGTGGAGCAGAGACCTCTACAAAAGATGTCGATTTGTAAAAATAACCTTTCTTTAATCAAAAAAGCCACAAAAGTGTACTTCTCAGGAAAGTAGAAAACCACACATGATCTCAAGTGGAAAAAATATAAAGAATTTGCTGAATTTTTAACCTTAGTACATAACAAGGATATTATTTTAAAGTTGGTTGGTTAATGTGGGCTGTGTTAGAACTTCCAATGTGTTGTGTTTGGGTTGATGCAATGTTATTTTAATGAGTTTATTGGTTCGATGCACAAAACACCACATGGTGCTTGAAGGTTTTAGGTTATAAATTTTCTCGTGAGGCACTTACTTGAAGGAACTCTGTTACATAATCAATTGGTCTTTAAATCTATCCGCACAAAATATAACCTTTCAGTTTTTTACATATATGGTTGTTATTATGTGATTATGAAAACCAAATAAAAATTTCCATAGAAGATGTTATATTCCTTAATGAACTATTTTGTATATATATTGAAGTTTTCACAATAAACATTTATTTCACAGTATTTGTTGAGTGAATCTACAAAGTGAATTTGGAGTCTTCTAGTAAAGACTGAGAATAAAGGATCTTCCTCTCCAAAAAAAAAAAAA。
4、核质分离实验确定AC090116.1在SW620细胞中的定位情况:
培养SW620细胞,根据Paris Kit的说明书分离细胞质和细胞核,并提取相应细胞核和细胞质RNA;
用thermo fisher公司的反转录试剂盒按照其说明书将RNA分别反转录为cDNA,qRT-PCR分别检测GAPDH,U6和AC090116.1在细胞质和细胞核中的表达。
其中,qRT-PCR过程采用的引物对包括:
AC090116.1forward(SEQ ID No.2):TGGTTGGTTAATGTGGGCTGT;
AC090116.1reverse(SEQ ID No.3):AGCACCATGTGGTGTTTTGTG;
GAPDH sense(SEQ ID No.4):GGTCTCCTCTGACTTCAACA;
GAPDH anti-sense(SEQ ID No.5):GTGAGGGTCTCTCTCTTCCT;
U6 sense(SEQ ID No.6):CTCGCTTCGGCAGCACA;
U6 anti-sense(SEQ ID No.7):AACGCTTCACGAATTTGCGT。
分别以GAPDH和U6作为细胞质和细胞核的参照,确定基因AC090116.1在结直肠癌SW620细胞中的定位,结果见图4和表12。
表12 基因AC090116.1、GAPDH和U6的相对表达量
由图4和表12可知,基因AC090116.1主要定位于细胞核中。
5、建立基因AC090116.1抑制表达细胞模型
在6孔板中接种SW620细胞,使其融合度为70%~80%,按照invitrogenlipo2000说明书分别进行转染,转染步骤为:
用opti-MEM分别溶解lipo2000以及ASO-nc,得到ASO-AC090116.1-1(1组),ASO-AC090116.1-2(2组),ASO-AC090116.1-3(3组);
将转染试剂和沉默片段混合物两者1:1混匀,静置15min后加入细胞中。
转染后继续培养48h提取RNA,进行qRT-PCR,并采用2-ΔΔCT相对定量法检测基因AC090116.1在细胞中的表达量从而验证抑制表达作用,结果见图5和表13。
表13 基因AC090116.1的抑制情况
表13中,1组表示ASO-AC090116.1-1,2组表示ASO-AC090116.1-2,3组表示ASO-AC090116.1-3,由图5和表13可知,ASO-AC090116.1-1,ASO-AC090116.1-2,ASO-AC090116.1-3可不同程度地抑制基因AC090116.1在细胞中的表达,其中ASO-AC090116.1-1和ASO-AC090116.1-3的抑制作用具有统计学意义。
6、CCK-8实验检测细胞增殖情况
培养SW620细胞,并将其分为ASO-nc组(1组),ASO-AC090116.1-1组(2组),ASO-AC090116.1-2组(3组),ASO-AC090116.1-3组(4组);时间分组:0h,6h,12h,24h,36h,48h;每个处理重复三次;
以5000/孔的细胞数接种于96孔板中,培养24h后如上步骤进行转染,以转染完成为0h,分别在0h、6h、12h、24h、36h、48h后每孔加入10μl cck-8试剂,继续培养1.5h后用酶联免疫检测仪检测450nm处的吸光度值,从而比较AC090116.1对结直肠癌细胞增殖的影响,结果见图6和表14。
表14 结直肠癌细胞的增殖情况
由图6和表14可知,抑制基因AC090116.1在SW620细胞中的表达可明显抑制结直肠癌细胞的增殖。
7、划痕实验:
在6孔板培养SW620细胞使其融合度为70%~80%后按照上述方法进行各实验组转染,转染后继续培养至其融合度为100%后,于每个孔中进行划线。
划线后分别于0h,24h,48h,60h在显微镜下观察细胞迁移情况并进行拍照后进行数据分析从而比较基因AC090116.1对细胞迁移的影响,结果见图7,抑制基因AC090116.1在SW620细胞中高表达可明显抑制结直肠癌细胞的迁移。
虽然本发明已以较佳的实施例公开如上,但其并非用以限定本发明,任何熟悉此技术的人,在不脱离本发明的精神和范围内,都可以做各种改动和修饰,因此本发明的保护范围应该以权利要求书所界定的为准。
序列表
<110> 广东医科大学,宁夏医科大学
<120> 一种抗肿瘤的生物标志物及其扩增引物对和应用
<160> 13
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 724
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
gtgccttctt ttcaaagcct acactgagaa aataacctta gaatttttaa gtttcactga 60
aacactggta aatacttttg ttctcctttt ttcttgaaac cttgattaag tggagcagag 120
acctctacaa aagatgtcga tttgtaaaaa taacctttct ttaatcaaaa aagccacaaa 180
agtgtacttc tcaggaaagt agaaaaccac acatgatctc aagtggaaaa aatataaaga 240
atttgctgaa tttttaacct tagtacataa caaggatatt attttaaagt tggttggtta 300
atgtgggctg tgttagaact tccaatgtgt tgtgtttggg ttgatgcaat gttattttaa 360
tgagtttatt ggttcgatgc acaaaacacc acatggtgct tgaaggtttt aggttataaa 420
ttttctcgtg aggcacttac ttgaaggaac tctgttacat aatcaattgg tctttaaatc 480
tatccgcaca aaatataacc tttcagtttt ttacatatat ggttgttatt atgtgattat 540
gaaaaccaaa taaaaatttc catagaagat gttatattcc ttaatgaact attttgtata 600
tatattgaag ttttcacaat aaacatttat ttcacagtat ttgttgagtg aatctacaaa 660
gtgaatttgg agtcttctag taaagactga gaataaagga tcttcctctc caaaaaaaaa 720
aaaa 724
<210> 2
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
tggttggtta atgtgggctg t 21
<210> 3
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 3
agcaccatgt ggtgttttgt g 21
<210> 4
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 4
ggtctcctct gacttcaaca 20
<210> 5
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 5
gtgagggtct ctctcttcct 20
<210> 6
<211> 17
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 6
ctcgcttcgg cagcaca 17
<210> 7
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 7
aacgcttcac gaatttgcgt 20
<210> 8
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 8
ggttcgatgc acaaaacacc 20
<210> 9
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 9
caccacatgg tgcttgaagg 20
<210> 10
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 10
gaccaattga ttatgtaaca gag 23
<210> 11
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 11
cagagttcct tcaagtaagt gc 22
<210> 12
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 12
gctgtcaacg atacgctacg taacg 25
<210> 13
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 13
cgctacgtaa cggcatgaca gtg 23
Claims (9)
1.一种抗肿瘤的生物标志物,其特征在于,所述生物标志物包括基因AC090116.1。
2.根据权利要求1所述的生物标志物,其特征在于,所述基因AC090116.1的的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示。
3.用于扩增权利要求1所述生物标记的引物对,其特征在于,包括上游引物和下游引物;所述上游引物的核苷酸序列如SEQ ID No.2所示;所述下游引物的核苷酸序列如SEQ IDNo.3所示。
4.一种用于诊断肿瘤的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒包括权利要求2所述引物对和内参基因。
5.根据权利要求3所述试剂盒,其特征在于,所述内参基因包括GAPDH和/或U6;所述GAPDH包括GAPDH sense和GAPDH anti-sense;所述GAPDH sense的核苷酸序列如SEQ IDNo.4所示;所述GAPDH anti-sense的核苷酸序列如SEQ ID No.5所示;所述U6包括U6 sense和U6 anti-sense;所述U6 sense的核苷酸序列如SEQ ID No.6所示;所述U6 anti-sense的核苷酸序列如SEQ ID No.7所示。
6.根据权利要求3所述的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒还包括Reaction buffer、dNTP Mix、RiboLock RNase Inhibitor、RevertAid M-MuLVRT、Oligo(dT)18primer和ddH2O。
7.一种预防和/或治疗肿瘤的药物,其特征在于,所述药物的有效成分包括权利要求1所述基因AC090116.1的表达抑制剂。
8.根据权利要求4~6所述试剂盒或权利要求7所述药物,其特征在于,所述肿瘤包括结直肠癌。
9.根据权利要求7所述的药物,其特征在于,所述结直肠癌的细胞系包括DLD-1、SW480、SW620、HT29、HCT116、LoVo和RKO。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN202011485968.XA CN112646883B (zh) | 2020-12-16 | 2020-12-16 | 一种抗肿瘤的生物标志物及其扩增引物对和应用 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN202011485968.XA CN112646883B (zh) | 2020-12-16 | 2020-12-16 | 一种抗肿瘤的生物标志物及其扩增引物对和应用 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
CN112646883A true CN112646883A (zh) | 2021-04-13 |
CN112646883B CN112646883B (zh) | 2023-03-10 |
Family
ID=75354315
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
CN202011485968.XA Active CN112646883B (zh) | 2020-12-16 | 2020-12-16 | 一种抗肿瘤的生物标志物及其扩增引物对和应用 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
CN (1) | CN112646883B (zh) |
Citations (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN107043823A (zh) * | 2017-05-26 | 2017-08-15 | 郴州市第人民医院 | 一种结直肠癌相关的肿瘤标志物及应用 |
CN107475357A (zh) * | 2016-06-08 | 2017-12-15 | 益善生物技术股份有限公司 | 结直肠癌早期筛查试剂盒 |
TW201918560A (zh) * | 2017-11-07 | 2019-05-16 | 美商南托米克斯有限責任公司 | 一種用於檢測、預測和監測癌症的循環rna |
CN111485022A (zh) * | 2020-04-27 | 2020-08-04 | 新乡医学院 | 一种lncRNA标志物在制备结直肠癌早期诊断产品中的应用、检测引物、试剂盒 |
-
2020
- 2020-12-16 CN CN202011485968.XA patent/CN112646883B/zh active Active
Patent Citations (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN107475357A (zh) * | 2016-06-08 | 2017-12-15 | 益善生物技术股份有限公司 | 结直肠癌早期筛查试剂盒 |
CN107043823A (zh) * | 2017-05-26 | 2017-08-15 | 郴州市第人民医院 | 一种结直肠癌相关的肿瘤标志物及应用 |
TW201918560A (zh) * | 2017-11-07 | 2019-05-16 | 美商南托米克斯有限責任公司 | 一種用於檢測、預測和監測癌症的循環rna |
CN111485022A (zh) * | 2020-04-27 | 2020-08-04 | 新乡医学院 | 一种lncRNA标志物在制备结直肠癌早期诊断产品中的应用、检测引物、试剂盒 |
Non-Patent Citations (4)
Title |
---|
MUZNY,D.M. ET AL.: "Homo sapiens 12q BAC RP11-578B16 (Roswell Park Cancer Institute Human,GenBank: AC090116.15", 《GENBANK》 * |
XIWEN WANG ET AL.: "Competing endogenous RNA (ceRNA) hypothetic model based on comprehensive analysis of long non-coding RNA expression in lung adenocarcinoma", 《PEERJ》 * |
Z. LIU ET AL.: "Over-expression of LGR5 correlates with poor survival of colon cancer in mice as well as in patients", 《NEOPLASMA》 * |
王海珍等: "哺乳动物肠上皮屏障中非编码RNAs的调控作用", 《中国生物化学与分子生物学报》 * |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
CN112646883B (zh) | 2023-03-10 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
Wang et al. | CCL18-induced HOTAIR upregulation promotes malignant progression in esophageal squamous cell carcinoma through the miR-130a-5p-ZEB1 axis | |
Si-Tu et al. | Upregulated circular RNA circ-102004 that promotes cell proliferation in prostate cancer | |
Yang et al. | Long noncoding RNA high expression in hepatocellular carcinoma facilitates tumor growth through enhancer of zeste homolog 2 in humans | |
Wong et al. | The microRNA miR-139 suppresses metastasis and progression of hepatocellular carcinoma by down-regulating Rho-kinase 2 | |
Wang et al. | MicroRNA-99a inhibits tumor aggressive phenotypes through regulating HOXA1 in breast cancer cells | |
Jia et al. | Circular RNA 0007255 regulates the progression of breast cancer through miR‐335‐5p/SIX2 axis | |
Zhan et al. | MicroRNA-548j functions as a metastasis promoter in human breast cancer by targeting Tensin1 | |
Gong et al. | LncRNA HAND2‐AS1 represses cervical cancer progression by interaction with transcription factor E2F4 at the promoter of C16orf74 | |
Ma et al. | MicroRNA-129-5p inhibits hepatocellular carcinoma cell metastasis and invasion via targeting ETS1 | |
Chen et al. | Up-regulated miR-548k promotes esophageal squamous cell carcinoma progression via targeting long noncoding RNA-LET | |
Sun et al. | Effects of miR-221 on the apoptosis of non-small cell lung cancer cells by lncRNA HOTAIR. | |
Liu et al. | MiR-122-5p suppresses cell proliferation, migration and invasion by targeting SATB1 in nasopharyngeal carcinoma. | |
Chen et al. | Down-regulation of LncRNA NR027113 inhibits cell proliferation and metastasis via PTEN/PI3K/AKT signaling pathway in hepatocellular carcinoma. | |
Wu et al. | RETRACTED ARTICLE: Long noncoding RNA UCA1 promotes the proliferation, invasion, and migration of nasopharyngeal carcinoma cells via modulation of miR-145 | |
Zhuo-Ya et al. | LncRNA HOTAIR regulates anoikis-resistance capacity and spheroid formation of ovarian cancer cells by recruiting EZH2 and influencing H3K27 methylation. | |
Xu et al. | Landscape analysis of lncRNAs shows that DDX11-AS1 promotes cell-cycle progression in liver cancer through the PARP1/p53 axis | |
Cui et al. | miR-6852 serves as a prognostic biomarker in colorectal cancer and inhibits tumor growth and metastasis by targeting TCF7 | |
CN111187840A (zh) | 一种用于早期乳腺癌诊断的生物标志物 | |
KR20110015013A (ko) | 결장직장암의 평가 방법 및 여기에 사용하기 위한 조성물 | |
CN109295226A (zh) | Braf基因v600e突变数字pcr检测体系的优化方法及检测产品 | |
Chang et al. | Analysis of the correlation between the expression of miR-655 and esophageal cancer prognosis | |
CN112646883B (zh) | 一种抗肿瘤的生物标志物及其扩增引物对和应用 | |
CN105603117B (zh) | miR-3613用于区分肺鳞癌转移与非转移的miRNA标志物 | |
CN110042164B (zh) | 肺癌诊疗用lncRNA标志物 | |
CN114317742A (zh) | 一种透明细胞肾细胞癌诊断用生物标志物及其检测试剂和应用 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
PB01 | Publication | ||
PB01 | Publication | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
GR01 | Patent grant | ||
GR01 | Patent grant |