CN112626192A - 一种基因芯片、包括其的试剂盒及其应用 - Google Patents

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Abstract

本发明提供了一种用于诊断和筛查遗传性视网膜疾病的基因芯片，所述基因芯片包括特异性针对表1所示的基因的基因探针。通过设计针对遗传性视网膜疾病的已知致病基因和突变的探针来对该类疾病的分子基因进行诊断和筛查，并且通过目的区域的靶向测序来对已知的致病基因进行检测，具有针对性强、正确性高、测序深度深、费用较低、以及功能位点的信息较全的优点。相对于全基因组测序，大大节约了所需要的测序数据量。此外，实现了一次性检测疾病相关致病基因的大多数突变，平衡了性价比，为疾病的治疗和干预提供保障。本发明还提供了一种包括所述基因芯片的试剂盒以及利用所述基因芯片筛查受试者基因突变的方法。

Description

一种基因芯片、包括其的试剂盒及其应用
技术领域
本发明涉及遗传病检测领域，具体地，涉及用于诊断和筛查遗传性视网膜疾病的基因芯片，包括所述基因芯片的试剂盒以及利用所述基因芯片筛查受试者基因突变的方法。
背景技术
遗传性视网膜疾病(Inherited retinal dystrophies，IRD)是一组常见的以光感受器受损为主要特征的原发性视网膜退行性疾病。其发病率约为1/3000，在眼科单基因遗传病中致盲率最高，是主要的遗传性致盲性疾病。
根据是否携带其他全身症状，遗传性视网膜疾病可分为单纯性的视网膜疾病和综合征性视网膜疾病。前者包括视网膜色素变性(RP)、视锥细胞或视杆细胞营养不良(CD/CRD)、卵黄样黄斑营养不良(VMD)、Stargardt病、Leber先天性黑矇(LCA)、先天性静止性夜盲(CSNB)和全色盲等，后者包括Usher综合征(USH)以及Bardet Biedl综合征(BBS)等。遗传性视网膜疾病的主要临床表现为视力下降、视野缺损、色觉障碍等视功能异常，其起病时间、受累细胞先后、受累部位和病程进展都具有很大的差异。到目前为止，已发现的遗传性视网膜疾病的致病基因约有三百多个，其遗传方式包括常染色体显性遗传、常染色体隐性遗传、性连锁遗传以及线粒体遗传等。遗传性视网膜疾病具有显著的临床和遗传异质性，其基因型与表型之间的关系非常复杂，相同的致病基因可以引起不同的临床表现，而同一表型也可由不同的突变所引起，为该病的临床诊断带来了极大的挑战，因此迫切需要更加精准、高效、低成本的辅助方法来提高遗传性视网膜疾病临床诊断的准确性。
遗传性视网膜疾病传统的分析方法有连锁分析法、Sanger测序和DNA芯片技术等，但由于其局限性，无法开展大规模的高效精确检测。随着分子生物学的迅速发展，二代测序技术(NGS)已成为单基因病致病基因筛查检测的重要工具而广泛应用到IRD的临床诊断和研究中。二代测序技术主要分为三种：全基因组测序(WGS)、全基因组外显子测序(WES)和目的区域测序。全基因组测序能够检测整个基因组的基因突变、CNV和结构变异，几乎涵盖了整个人类基因组(98％)，但它也有局限性，如测序成本高、对DNA质量的要求较高、测序深度相对较低、海量数据的生物信息学分析和储存成本高等等。目的区域测序是对已知的致病基因进行检测，具有针对性强，样品量大，费用较低并且功能位点信息较全的优点。对于遗传性视网膜疾病的临床诊断和筛查而言，高深度、高准确性以及低成本尤为重要。而全基因组测序由于产生大量的测序数据，测序成本较高而且测序深度相对较低，无法实现对重要功能基因筛查的全覆盖、零遗漏和高准确度，在遗传性视网膜疾病的筛查诊断中存在极大的限制。
因此，开发一款准确性高、成本低廉的针对遗传性视网膜疾病的已知致病基因和突变的测序产品对遗传性视网膜疾病致病基因的探索和筛查尤为重要。
发明内容
有鉴于此，本申请设计了一组针对遗传性视网膜疾病的已知致病基因和突变的基因探针，并由此提供了一种包括该基因探针的基因芯片，包括该基因芯片的试剂盒，以及利用所述基因芯片筛查受试者基因突变的方法。
根据本发明的第一方面，本发明提供了一种用于诊断和筛查遗传性视网膜疾病的基因芯片，其中，所述基因芯片包括特异性针对表1所示的基因的基因探针。
根据本发明的第二方面，本发明提供了一种用于诊断和筛查遗传性视网膜疾病的试剂盒，其中，所述试剂盒包括本发明的第一方面提供的基因芯片。
根据本发明的第三方面，本发明提供了一种筛查受试者基因突变的方法，所述方法包括：
1)提取所述受试者的基因组DNA，将其打断至200-300bp的范围；
2)对上述打碎的基因组DNA进行DNA小片段文库的制备；
3)将DNA小片段文库与本发明的第一方面所述的基因芯片或本发明的第二方面所述的试剂盒进行杂交，进行基因的捕获；
4)采用PCR，以SEQ ID NO.81和SEQ ID NO.82为引物，对步骤3)中捕获的产物进行扩增，得到扩增产物；
5)对步骤4)获得的扩增产物进行上机测序，得到所述基因的测序数据；
6)将步骤5)的测序数据与人类参考基因组进行比对，从而得到与参考基因组不同的单核苷酸多态性、插入或缺失，即所检测到的基因突变。
本发明通过设计针对遗传性视网膜疾病的已知致病基因和突变的探针来对该类疾病的分子基因进行诊断和筛查，并且通过目的区域的靶向测序来对已知的致病基因进行检测，具有针对性强、正确性高、测序深度深、费用较低、以及功能位点的信息较全的优点。相对于全基因组测序，大大节约了所需要的测序数据量。此外，实现了一次性检测疾病相关致病基因的大多数突变，平衡了性价比，为疾病的治疗和干预提供保障。
具体实施方式
下面将结合本发明的实施方案，对本发明进行清楚、完整的描述。显然，所描述的实施方案仅仅是本发明的一部分实施方案，而不是全部的实施方案。基于本发明中的实施方案，本领域普通技术人员可以获得的所有其他实施方案，都属于本发明保护的范围。
在本发明中，人类参考基因组是HG19。
在本发明中，采用本领域的通用表示法来表示突变。例如，突变(c.6658C>T，p.G2220*)中，“c”表示cDNA，“6658C>T”表示第6658位由核苷酸C突变为T，“p”表示蛋白质，“G2220*”表示蛋白质序列第2220个氨基酸由甘氨酸G突变为终止密码子，DNA水平的突变(c.6658C>T)对应蛋白质水平的突变(p.G2220*)。
在本发明中，如本领域技术人员所理解的，“基因序列”或“序列”实际包括互补双链的任意一条，或两条。为了方便，在本说明书和权利要求书中，虽然多数情况下只给出了一条链，但实际上也公开了与之互补的另一条链。例如提及一条基因探针的序列，实际上包括该序列以及其互补序列。例如，提及SEQ ID NO:1，实际包括其互补序列。本领域技术人员还可以理解，利用一条链可以检测另一条链，反之亦然。
在本发明中，基因序列包括DNA形式或RNA形式，公开其中一种，意味着另一种也被公开。例如提及一条基因探针的序列，实际也包括相应的RNA序列。
基因芯片是近几年在高科技领域出现的重大科技进展之一，本专利中所描述的基因芯片指的是液相探针芯片，其主要原理是将能与样本中大量基因区域杂交的探针以溶液的形式放置于试管中，与实际样本进行杂交反应，将杂交后的产物通过高通量测序分析可以获得所有待检基因的信息。该技术具有高通量、快速、准确等优点，为遗传性视网膜疾病的遗传学诊断提供一条新的解决途径，对患儿的临床治疗、预后评估具有重要作用。因此，要利用基因芯片对遗传性视网膜疾病进行诊断和筛查，其中的基因探针发挥着至关重要的作用，而设计基因探针的关键在于准确地掌握导致该疾病的致病基因。
发明人近几年在临床研究中积累了近1100例遗传性视网膜疾病的病例的外显子组序列的测序数据，原始测序片段(reads)由Illumina base calling Software 1.7进行处理，经过过滤去污染、使用SOAPaligner 2.20(Li R,Li Y,Kristiansen K,et al,SOAP:short oligonucleotide alignment program.Bioinformatics 2008,24(5):713-714；LiR,Yu C,Li Y,et al,SOAP2:an improved ultrafast tool for short readalignment.Bioinformatics 2009,25(15):1966-1967)比对参考基因组，获得比对到基因组上的唯一匹配测序片段。靶区域的基因型由SOAPsnp(Li R,Li Y,Fang X,Yang H,et al,SNP detection for massively parallel whole-genome resequencing.Genome Res2009,19(6):1124-1132)确定。随后，通过四个公共数据库(dbSNP(v131):http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/database/snp131.txt.gz.；1000人：ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp或ftp://ftp-trace.ncbi.nih.gov/1000genomes/ftp；hapmap:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/hapmap；以及YH数据库:http://yh.genomics.org.cn)对结果进行过滤，去掉所有已知与遗传性视网膜疾病无关的且在数据库中等位基因频率大于0.005的变异。
结果发现，遗传性视网膜疾病与如下表1中列出的基因的有关：
表1.导致遗传性视网膜疾病的基因
Figure BDA0002839142610000051
Figure BDA0002839142610000061
如本领域技术人员所理解的，准确地诊断和筛查遗传性视网膜疾病的关键还在于准确地掌握导致这些致病基因的突变位点。表1中的基因的突变位点如表2所示。
表2.表1中所示的基因的突变位点
Figure BDA0002839142610000062
Figure BDA0002839142610000071
Figure BDA0002839142610000081
Figure BDA0002839142610000091
Figure BDA0002839142610000101
Figure BDA0002839142610000111
Figure BDA0002839142610000121
Figure BDA0002839142610000131
Figure BDA0002839142610000141
Figure BDA0002839142610000151
Figure BDA0002839142610000161
表2示出了表1中的基因的突变位点及其在染色体上的位置，对于例如基因突变体ABCA4，“Chr1”表示染色体，“94463488”表示在染色体上的位置，c.6658C>T表示第6658位由核苷酸C突变为T，p.G2220*表示蛋白质序列第2220个氨基酸由甘氨酸G突变为终止密码子。
基因探针，即核酸探针，是一段带有检测标记，且顺序已知的，与目的基因互补的核酸序列(DNA或RNA)。基因探针通过分子杂交与目的基因结合，产生杂交信号，从而将目的基因从浩瀚的基因组中显示出来。因此，需要设计出能够特异性地与目的基因结合的基因探针的序列。
因此，根据表1中的导致遗传性视网膜疾病的基因和表2中的突变位点设计了一组用于诊断和筛查遗传性视网膜疾病的基因探针，其中，所述基因探针特异性地针对表1所示的基因。这些基因探针的序列能够特异性地与导致遗传性视网膜疾病的基因结合，从而从人类基因组中检测出这些致病基因。
在一些实施方案中，所述基因探针的序列的长度为90bp-120bp。在一个优选的实施方案中，所述基因探针的序列的长度为100bp。
具体地，针对所述基因的编码序列，由5’往3’方向，按照序列反向互补的原则，从第一个碱基开始设计长度为90bp-120bp的探针序列，对于所述基因探针的序列的长度，大于120bp会带来合成上的困难，小于90bp一方面会造成捕获能力降低，另一方面会增加探针数量，从而增加成本，二者平衡非常重要，发明人经过不断试验，发现100bp的序列长度为较优值。
在本发明中，基因探针通过基因芯片的形式发挥其检测作用。
因此，根据本发明的第一方面，本发明提供了一种用于诊断和筛查遗传性视网膜疾病的基因芯片，所述基因芯片包括特异性针对表1所示的基因的基因探针。
在一些实施方案中，所述基因芯片还包括所述基因探针的位点被突变碱基替换后得到的序列。
在一些实施方案中，所述基因芯片包括特异性针对表1所示的基因的基因探针。这样的基因芯片可以检测出97％的遗传性视网膜疾病病例。
本发明采用液相基因芯片技术进行相关的检测。如本领域技术人员所理解的，液相基因芯片技术，其主要原理是将能与样本中大量基因区域杂交的探针以溶液的形式放置于试管中，与实际样本进行杂交反应，将杂交后的产物通过高通量测序分析可以获得所有待检基因的信息。本发明所采用的是
Figure BDA0002839142610000171
液相探针杂交捕获技术，其是由
Figure BDA0002839142610000172
自主研发，该技术主要基于热力学稳定性算法对目标区域基因组进行探针设计，然后合成出有效的特异性探针，进而与基因组DNA进行液相杂交，对目标区域序列进行捕获并富集后，使用主流的测序平台进行高通量测序。
为了简化本发明的基因芯片，综合考虑探针成本和检出率的性价比，本发明对所述基因芯片进行了优化。所述基因芯片包括针对如下基因的探针，其基因芯片可以检测出85％的遗传性视网膜疾病病例：ABHD12、CDHR1、CNNM4、DNM1L、EFEMP1、ERCC6、HEXA、HGSNAT、IFT140、IFT172、LCA5、MAK、MFRP、MPDZ、MT-CYB、MT-ND2、MT-ND5、MT-ND6、MVK、MYO7A、NBAS、NDP、NMNAT1、NPHP4、NR2E3、NRL、OFD1、OPA1、OPA3、OTX2、PANK2、PCDH15、PDE6A、PDE6D、PEX12、PEX13、PEX14、PEX16、PGK1、PITPNM3、POMGNT1、UNC119、ZNF408、ZNF423。
所述基因的突变位点及其在染色体上的位置，以及探针列对应染色体上的位置如下表3中所示。
表3
Figure BDA0002839142610000181
Figure BDA0002839142610000191
Figure BDA0002839142610000201
为了进一步简化本发明的基因芯片，进一步考虑探针成本和检出率的性价比，本发明对所述基因芯片进行了优化。在一些实施方案中，所述基因芯片包括针对如下基因的探针，其可以检测出72％的遗传性视网膜疾病病例：ABCA4、BBS1、CNGB3、CNNM4、DNM1L、DRAM2、IMPG1、KCNJ13、RPE65。
上述基因的突变位点1-24及其在染色体上的位置如下表4中所示。
表4
Figure BDA0002839142610000202
Figure BDA0002839142610000211
突变1-24对应的探针列对应染色体上的位置，以及相应的基因探针序列如下表5中所示：
表5
Figure BDA0002839142610000212
Figure BDA0002839142610000221
Figure BDA0002839142610000231
Figure BDA0002839142610000241
根据本发明的第二方面，本发明提供了一种用于诊断和筛查受试者的遗传性视网膜疾病的试剂盒，所述试剂盒包括本发明的第一方面所述的基因芯片。
根据本发明的第三方面，本发明提供了一种利用基因芯片筛查受试者基因突变的方法，所述方法包括：
1)提取所述受试者的基因组DNA，将其打断至200-300bp的范围；
2)对上述打碎的基因组DNA进行DNA小片段文库的制备；
3)将DNA小片段文库与本发明的第一方面所述的基因芯片或本发明的第二所述的试剂盒进行杂交，进行基因的捕获；
4)采用PCR，以SEQ ID NO.81和SEQ ID NO.82为引物，对步骤3)中捕获的产物进行扩增，得到扩增产物；
5)对步骤4)获得的扩增产物进行上机测序，得到所述基因的测序数据；
6)将步骤5)的测序数据与人类参考基因组进行比对，从而得到与参考基因组不同的单核苷酸多态性、插入或缺失，即所检测到的基因突变。
在一个实施方案中，在步骤2)中采用illumina TruSeq DNA librarypreparation试剂盒，进行DNA小片段文库的制备。
本发明通过设计针对遗传性视网膜疾病的已知致病基因和突变的探针来对该类疾病的分子基因进行诊断和筛查，并且通过目的区域的靶向测序来对已知的致病基因进行检测，具有针对性强、正确性高、测序深度深、费用较低、以及功能位点的信息较全的优点。相对于全基因组测序，大大节约了所需要的测序数据量。此外，一次性检测疾病相关致病基因的大多数突变，平衡了性价比，为疾病的治疗和干预提供保障。
下面结合实施例对本发明进行更为具体和详细的描述，实施例仅是本发明的优选实施方式，并不用于限制本发明。若无特殊说明，本发明的所有原料和试剂均为常规市场的原料、试剂。
实施例
将针对所述基因的基因探针通过商业基因芯片公司制备基因芯片，每个基因探针的序列进行三次重复。基因芯片的设计和测试由艾吉泰康(北京)生物技术有限公司进行，所述基因芯片包括根据表1中列出的基因设计的针对这些基因的所有基因探针。
1.用于检测受试者的遗传性视网膜疾病的试剂盒制备
所述试剂盒包括如下方法制备的遗传性视网膜疾病DNA探针文库：
1)根据人类参考基因组HG19，结合Ensembl、CCDS、Gencode、VEGA、SNP以及CytoBand数据库，获取上述表1中遗传性视网膜疾病的所有编码序列；
2)针对每个编码序列，由5’往3’方向，按照序列反向互补的原则，从第一个碱基开始设计长度为100bp的探针序列；
3)在每个探针序列的5’端和3’端，分别添加TAGGTGTGTAGGCGC(SEQ ID NO.77)和GTCAGCTAGTACGCA(SEQ ID NO.78)序列，形成两端带有同样序列的探针序列列表；
4)采用寡核苷酸原位合成技术，在芯片上进行寡核苷酸的大规模合成上述探针序列列表中的序列；
5)用氨水将芯片上的寡核苷酸洗脱下列，溶于100微升的超纯水中，形成寡核苷酸混合物；
6)通过PCR的方法，采用5’端带有生物素标记的正向引物(SEQ ID NO.79:TTAGATAGGTGTGTAGGCGC)和5’端带有同样标记的反向引物(SEQ ID NO.80:TAAGGTGCGTACTAGCTGAC)，对寡核苷酸混合物进行扩增，形成带生物素标记的遗传性视网膜疾病DNA探针文库。
反应体系如下：
试剂名称 体积
KAPA 2G Buffer B 5× 10μl
dNTP(10mM each) 1μl
正向引物(25μM) 0.5μl
反向引物(25μM) 0.5μl
寡核苷酸混合物 5μl
KAPA 2G robust DNA Taq 0.8μl
H<sub>2</sub>O 32.2μl
反应条件如下：
Figure BDA0002839142610000261
2.遗传性视网膜疾病的试剂盒筛查突变
1)取人受试者的基因组DNA 1μg，采用超声破碎仪，打断至200-300bp的范围；
2)采用Illumina TruSeq DNA library preparation试剂盒，进行DNA小片段文库的制备；
3)将DNA小片段文库和上述制备的遗传性视网膜疾病DNA探针文库进行液相杂交，进行遗传性视网膜疾病的捕获；
4)采用PCR，以Illumina PE PCR primer 1.0(SEQ ID NO.81:AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT)和Illumina PE PCR primer 2.0(SEQID NO.82:CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATCGGTCTCGGCATTCCTGCTGAACCGCTCTTCCGATCT)为引物，对捕获后的产物进行扩增，得到测序文库；
反应体系如下：
Figure BDA0002839142610000271
反应条件如下：
Figure BDA0002839142610000272
5)采用Illumina高通量测序仪Hiseq 4000，对测序文库进行上机测序，得到遗传性视网膜疾病的测序数据；
6)利用BWA MEM软件，将测序数据与到人类参考基因组HG19进行比对，所用的参数为：bwa mem-M-k 40-t 8-R"@RG\tID:Hiseq\tPL:Illumina\tSM:sample"，从而得到与参考基因组不同的单核苷酸多态性、插入或缺失，即所检测到的基因突变。
结果表明，根据表2中列出的基因以及相应的突变设计针对这些基因的基因探针，通过包括所述基因探针的基因芯片可以检测97％的遗传性视网膜疾病病例。
为了简化本发明的基因芯片，综合考虑探针成本和检出率的性价比，对所述基因芯片进行了优化。述基因芯片包括针对如下基因的探针，其基因芯片可以检测出85％的遗传性视网膜疾病病例：ABHD12、CDHR1、CNNM4、DNM1L、EFEMP1、ERCC6、HEXA、HGSNAT、IFT140、IFT172、LCA5、MAK、MFRP、MPDZ、MT-CYB、MT-ND2、MT-ND5、MT-ND6、MVK、MYO7A、NBAS、NDP、NMNAT1、NPHP4、NR2E3、NRL、OFD1、OPA1、OPA3、OTX2、PANK2、PCDH15、PDE6A、PDE6D、PEX12、PEX13、PEX14、PEX16、PGK1、PITPNM3、POMGNT1、UNC119、ZNF408、ZNF423。
为了简化本发明的基因芯片，进一步考虑探针成本和检出率的性价比，对所述基因芯片进行了优化。在一些实施方案中，所述基因芯片包括针对如下基因的探针，其可以检测出72％的遗传性视网膜疾病病例：ABCA4、BBS1、CNGB3、CNNM4、DNM1L、DRAM2、IMPG1、KCNJ13、RPE65。
对于表4中列出的24个突变，为了达到最少25个基因探针可以有效检测突变的目的，发明人对针对这些突变位点可以设计出的探针SEQ ID NO.1-76进行了测试，发现SEQID NO.1、SEQ ID NO.6、SEQ ID NO.9、SEQ ID NO.14、SEQ ID NO.16、SEQ ID NO.18、SEQ IDNO.21、SEQ ID NO.23、SEQ ID NO.25、SEQ ID NO.27、SEQ ID NO.29、SEQ ID NO.33、SEQ IDNO.37、SEQ ID NO.39、SEQ ID NO.41、SEQ ID NO.43、SEQ ID NO.46、SEQ ID NO.50、SEQ IDNO.54、SEQ ID NO.57、SEQ ID NO.60、SEQ ID NO.64、SEQ ID NO.69、SEQ ID NO.71、SEQ IDNO.75。可以最大实现遗传性视网膜疾病患者和正常对照的区分达到69％。所有探针SEQ IDNO.1-76可以检测72％的遗传性视网膜疾病病例。
以上仅为本发明的较佳实施例，并不用以限制本发明，凡在本发明的精神和原则之内，所作的任何修改、等同替换、改进等，均应包含在本发明的保护范围之内。

Claims (10)

1.一种用于诊断和筛查遗传性视网膜疾病的基因芯片，其中，所述基因芯片包括特异性针对表1所示的基因的基因探针。
2.根据权利要求1所述的基因芯片，其中，所述基因芯片包括针对如下基因的基因探针：ABHD12、CDHR1、CNNM4、DNM1L、EFEMP1、ERCC6、HEXA、HGSNAT、IFT140、IFT172、LCA5、MAK、MFRP、MPDZ、MT-CYB、MT-ND2、MT-ND5、MT-ND6、MVK、MYO7A、NBAS、NDP、NMNAT1、NPHP4、NR2E3、NRL、OFD1、OPA1、OPA3、OTX2、PANK2、PCDH15、PDE6A、PDE6D、PEX12、PEX13、PEX14、PEX16、PGK1、PITPNM3、POMGNT1、UNC119、ZNF408、ZNF423。
3.根据权利要求1所述的基因芯片，其中，所述基因芯片包括针对如下基因的基因探针：ABCA4、BBS1、CNGB3、CNNM4、DNM1L、DRAM2、IMPG1、KCNJ13、RPE65。
4.根据权利要求3所述的基因芯片，其中，ABCA4的突变位点为：c.6658C>T、c.6609C>A；BBS1的突变位点为：c.1318C>T、c.1A>C；CNGB3的突变位点为：c.3G>A、c.1782-2A>C；CNNM4的突变位点为：c.971T>C、c.707G>A、c.599C>A；DNM1L的突变位点为：c.575C>A、c.305C>T、c.5A>C；DRAM2的突变位点为：c.79T>C、c.131G>A、c.362A>T；IMPG1的突变位点为：c.461T>C、c.713T>G、c.1157C>A；KCNJ13的突变位点为：c.458C>T、c.548G>A、c.689G>A；RPE65的突变位点为：c.1102T>C、c.1205G>A、c.1355T>G。
5.根据权利要求3所述的基因芯片，其中，所述基因芯片包括选自如下各组的1-5个探针：SEQ ID NO.1-SEQ ID NO.4、SEQ ID NO.5-SEQ ID NO.7、SEQ ID NO.8-SEQ ID NO.10、SEQ ID NO.11-SEQ ID NO.14、SEQ ID NO.15-SEQ ID NO.17、SEQ ID NO.18-SEQ IDNO.19、SEQ ID NO.20-SEQ ID NO.22、SEQ ID NO.23-SEQ ID NO.25、SEQ ID NO.26-SEQ IDNO.27、SEQ ID NO.28-SEQ ID NO.30、SEQ ID NO.31-SEQ ID NO.33、SEQ ID NO.34-SEQ IDNO.38、SEQ ID NO.39-SEQ ID NO.40、SEQ ID NO.41-SEQ ID NO.42、SEQ ID NO.43-SEQ IDNO.45、SEQ ID NO.46-SEQ ID NO.48、SEQ ID NO.49-SEQ ID NO.51、SEQ ID NO.52-SEQ IDNO.54、SEQ ID NO.55-SEQ ID NO.59、SEQ ID NO.60-SEQ ID NO.63、SEQ ID NO.64-SEQ IDNO.66、SEQ ID NO.67-SEQ ID NO.70、SEQ ID NO.71-SEQ ID NO.73、SEQ ID NO.74-SEQ IDNO.76。
6.根据权利要求5所述的基因芯片，其中，所述基因芯片包括如下探针：SEQ ID NO.1、SEQ ID NO.6、SEQ ID NO.9、SEQ ID NO.14、SEQ ID NO.16、SEQ ID NO.18、SEQ ID NO.21、SEQ ID NO.23、SEQ ID NO.25、SEQ ID NO.27、SEQ ID NO.29、SEQ ID NO.33、SEQ IDNO.37、SEQ ID NO.39、SEQ ID NO.41、SEQ ID NO.43、SEQ ID NO.46、SEQ ID NO.50、SEQ IDNO.54、SEQ ID NO.57、SEQ ID NO.60、SEQ ID NO.64、SEQ ID NO.69、SEQ ID NO.71、SEQ IDNO.75。
7.根据权利要求1-6任一项所述的基因芯片，其中，所述基因芯片还包括所述基因探针的位点被突变碱基替换后得到的序列。
8.一种用于诊断和筛查遗传性视网膜疾病的试剂盒，其中，所述试剂盒包括权利要求1-7中任一项所述的基因芯片。
9.一种利用基因芯片筛查受试者基因突变的方法，其中，所述方法包括：
1)提取所述受试者的基因组DNA，将其打断至200-300bp的范围；
2)对上述打碎的基因组DNA进行DNA小片段文库的制备；
3)将DNA小片段文库与权利要求1-7中任一项所述的基因芯片或权利要求8所述的试剂盒进行杂交，进行基因的捕获；
4)采用PCR，以SEQ ID NO.81和SEQ ID NO.82为引物，对步骤3)中捕获的产物进行扩增，得到扩增产物；
5)对步骤4)获得的扩增产物进行上机测序，得到所述基因的测序数据；以及
6)将步骤5)的测序数据与人类参考基因组进行比对，从而得到与参考基因组不同的单核苷酸多态性、插入或缺失，即所检测到的基因突变。
10.根据权利要求9所述的方法，其中，在步骤2)中采用illumina TruSeq DNA librarypreparation试剂盒，进行DNA小片段文库的制备。
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