CN112592970A - Gilbert综合征UGT1A1基因多位点变异检测试剂盒 - Google Patents

Gilbert综合征UGT1A1基因多位点变异检测试剂盒 Download PDF

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Abstract

本发明公开了一种Gilbert综合征UGT1A1多位点突变检测试剂盒,该试剂盒包括分别针对UGT1A1的四个突变位点p.G71R,p.P229Q、p.Y486D和A(TA)7TAA进行非标记探针HRM检测用的引物对及探针。本发明所述试剂盒操作简单,可快速、灵敏、准确的检测待测血液样品中UGT1A1基因中p.G71R,p.P229Q、p.Y486D和A(TA)7TAA四个位点的突变情况。

Description

Gilbert综合征UGT1A1基因多位点变异检测试剂盒
技术领域
本发明涉及一种检测Gilbert综合征UGT1A1热点突变位点的新方法,即应用非标记探针高分辨溶解曲线(HRM)技术检测UGT1A1多位点突变,属于医学检验检测领域。
背景技术
Gilbert综合征(GS)是一种常见的外显不全的常染色体显性遗传病,主要表现为无肝细胞疾病或溶血的情况下出现的间歇性非结合型高胆红素血症。正常情况下胆汁中90%以上的胆红素以葡萄糖醛酸衍生物的形式存在,且葡萄糖醛酸化过程由尿苷二磷酸葡萄糖醛酸转移酶所控制,而吉尔伯特患者该酶的活性与正常人相比通常降低约30%。因此,随着血清中未结合胆红素水平的升高,肝脏结合胆红素的能力降低约70%,从而导致了间接胆红素血症。因此对于原因不明的间接高胆红素血症患者,至少作为一个致病因素因素,GS应为临床医生所警醒。
目前,国内外已报道的检测Gilbert突变的方法有:直接测序法,聚合酶链反应限制性片段长度多态性技术(PCR-SSCP),聚合酶链反应限制性片段长度多态性技术(PCR-RFLP),高效液相色谱(DHPLC)技术等,这些技术有的操作步骤繁琐,检测周期长,灵敏度低,有的易于造成交叉污染,出现假阳性结果。HRM技术是今年来兴起的一种检测基因突变、进行基因分型和SNP检测的新工具,可迅速检测出核酸片段中的单碱基的突变。目前已有将HRM方法应用于Gilbert综合征UGT1A1部分突变位点检测的报道,但分辨率和重复性还有待进一步探讨,因此,还难以应用于临床检测。
发明内容
本发明的目的是提供一种Gilbert综合征UGT1A1多位点突变检测试剂盒。该试剂盒操作简便,分辨率且重复性好,可以快速检测Gilbert综合征UGT1A1多位点突变。
本发明的另一个目的是提供该检测试剂盒的使用方法。
为实现上述目的,本发明采用以下技术方案:
本发明提供了一种Gilbert综合征UGT1A1多位点突变检测试剂盒,该试剂盒包括分别针对UGT1A1的四个突变位点p.G71R,p.P229Q、p.Y486D和A(TA)7TAA进行非标记探针HRM检测用的引物对及探针。其中A(TA)7TAA位于UGT1A1基因外显子启动子上,是中国人群突变频率最多的位点,在Gilbert患者中高达50.1%左右,其次外显子1上的p.G71R突变频率占29.7%左右,也是热点突变位点之一。根据我们实验室对中国人群Gilbert患者UGT1A1基因基因突变谱的最新研究显示,除了上述两个已知的热点突变位点的,外显子5上的p.Y486D和外显子1上的p.P229Q的突变频率高达8.4%和4.9%(以前有报道,非热点突变),因此p.G71R,p.P229Q、p.Y486D和A(TA)7TAA四个位点的联合检测可覆盖近90%的患者。所述引物对及探针序列具体如表1所示:
表1引物及探针序列
Figure BDA0002794943520000021
Figure BDA0002794943520000031
上表中所示的探针序列的3’端为氨基修饰。
进一步地,本发明所述检测试剂盒还包括完成HRM检测所需的试剂和酶,例如使用商业化购买的试剂2×HRM master mix、25mM MgCl2和ddH2O,均购自Roche公司。
本发明还提供了一种Gilbert综合征UGT1A1多位点突变检测试剂盒的使用方法,该方法包括如下步骤:
(1)提取血液总DNA,可以使用DNA提取试剂盒(购自Qiagen公司),也可以使用现有技术中已知的提取DNA的方法进行提取;
(2)进行HRM反应,其反应体系如表2所示;
表2反应体系
名称 加样量μL
2×HRM master mix 10
MgCl<sub>2</sub>(25mM) 2
正义引物(1.25mM) 0.8
反义引物(2.5mM) 4
探针(10mM) 1
DNA 2
用ddH<sub>2</sub>O补足反应体积 20
反应条件:95℃15min然后95℃for 15sec,60℃20sec,72℃30sec,共65个循环,并且以4.8℃/s的升温速度升高到95℃,以2.5℃/s的降温速度降低到46℃,以4.8℃/s的升温速度升高到72℃;然后72℃1min;然后以4.8℃/s的升温速度升温到95℃,然后以2.5℃/s的降温速度降低到55℃。溶解曲线通过在以4.8℃/s的升温速度从55℃升高到95℃的过程中,每摄氏度获取25次荧光信号获得。
(3)结果判定,对于不同位点的野生型和突变型以及杂合型,有不同的溶解曲线Tm值,见表3。
表3判读标准
Tm℃
71WT 71.5±1
p.G71R 68.0±1
71WT/p.G71R 以上两个Tm
229WT 72.0±1
p.P229Q 68.0±1
229WT/p.P229Q 以上两个Tm
486WT 70.0±1
p.Y486D 65.0±1
486WT/p.Y486D 以上两个Tm
A(TA)7TAAWT 61.0±1
A(TA)7TAA 59.0±1
A(TA)7TAAWT/A(TA)7TAA 以上两个Tm
本发明具有如下优点:本发明针对多个突变位点设计引物及非标记探针,p.G71R,p.P229Q、p.Y486D和A(TA)7TAA四个位点的联合检测可覆盖近90%的患者而非标记探针由于减少了结合的碱基数目,因此,放大了野生型和突变型的Tm值差异,从而弥补了单纯HRM方法分辨率和重复性不佳的缺点,而同时兼备了HRM方法速度快、操作简便,且对样品无污染等优点,使得本方法在应用于临床检测方面更具优势。
附图说明
图1为检测临床样本UGT1A1 71位点的非标记探针HRM结果图。
图2为检测临床样本UGT1A1 229位点的非标记探针HRM结果图。
图3为检测临床样本UGT1A1 486位点的非标记探针HRM结果图。
图4为检测临床样本UGT1A1 A(TA)7TAA位点的非标记探针HRM结果图。
具体实施方式
以下的实施例便于更好地理解本发明,但并不限定本发明。下述实施例中的实验方法,如无特殊说明,均为常规方法。下述实施例中所用的试验材料,如无特殊说明,均为自常规生化试剂商店购买得到的。以下实施例中的定量试验,均设置三次重复实验,结果取平均值。
实施例1检测UGT1A1基因p.G71R,p.P229Q、p.Y486D和A(TA)7TAA四个突变位点的引物和非标记探针的设计
从GenBank获得UGT1A1基因的序列,利用NCBI引物在线设计软件Primer-BLAST设计特异性扩增引物。所述引物扩增的产物必须包含各个拟检测的突变位点,并且突变位点应稍靠近扩增产物的5’端。探针为涵盖拟检测突变位点碱基的30个左右核苷酸的核酸序列,所述核酸序列的GC含量应尽量低于45%,并将序列的3’端进行氨基修饰,以避免延伸。按此原则,通过筛选、检验最终确定了可以有效检测UGT1A1的p.G71R,p.P229Q、p.Y486D和A(TA)7TAA四个突变位点的四组引物对和非标记探针,其序列如表1所示。所有引物和探针由梓熙生物技术公司合成。
实施例2检测UGT1A1基因p.G71R,p.P229Q、p.Y486D和A(TA)7TAA四个突变位点的的非标记探针HRM检测试剂盒的组成
检测试剂盒包括实施例1设计的分别针对UGT1A1的四个突变位点p.G71R,p.P229Q、p.Y486D和A(TA)7TAA进行非标记探针HRM检测用的引物对及探针。具体地,引物和探针如表1所示。四个突变位点的野生型基因序列分别为序列表中所示的SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:14、SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:16;所述四个突变位点的突变型基因序列分别为序列表中所示的SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:18、SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:20。上述引物和探针分装。
所述检测试剂盒还包括还包括完成HRM反应所需的试剂和酶,例如使用商业化购买的试剂2×HRM master mix、25mM MgCl2和ddH2O,均购自Roche公司。
实施例3非标记探针HRM检测UGT1A1基因p.G71R,p.P229Q和p.Y486D突变位点的重复性实验
具体过程包括以下步骤:
一、实验样品
临床标本
二、重复性检测试验
1.组内重复性
按照前述实验体系和实验步骤,在一次实验中重复进行三次检测,不同基因型的Tm值和ΔTm值见下表。
2.组间重复性
按照前述实验体系和实验步骤,连续进行五次检测,不同基因型的Tm值和ΔTm值见表4。
表4非标记探针HRM检测的重复性
Figure BDA0002794943520000061
实施例4临床样本检测
按照前述实验体系和实验步骤,进行了临床样本的验证性实验,并与金标准测序结果进行了对比,结果见下表5:
表5
Figure BDA0002794943520000062
Figure BDA0002794943520000071
SEQUENCE LISTING
<110> 首都医科大学附属北京友谊医院
<120> Gilbert综合征UGT1A1基因多位点变异检测试剂盒
<130> JLP20I1278TG
<160> 20
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工合成正义引物(p.G71R-F)
<400> 1
gcagcagagg ggacatgaaa ta 22
<210> 2
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工合成反义引物(p.G71R-R)
<400> 2
cacacgctgc aggaaagaat 20
<210> 3
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工合成探针(p.G71R-P)
<400> 3
gtacatcaga gacggagcat tttacacctt 30
<210> 4
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工合成正义引物(p.P229Q-F)
<400> 4
tgctcattgc cttttcacag a 21
<210> 5
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工合成反义引物(p.P229Q-R)
<400> 5
ccactccaat acacacctgg g 21
<210> 6
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工合成探针(p.P229Q-P)
<400> 6
gtttattccc cgtatgcaac ccttgcctca 30
<210> 7
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工合成正义引物(p.Y486D-F)
<400> 7
gttccaggca taacgaaact gt 22
<210> 8
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工合成反义引物(p.Y486D-R)
<400> 8
aaggtgatga aggccactgt c 21
<210> 9
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工合成探针(p.Y486D-P)
<400> 9
gtaccagtac cattccttgg acgtgatt 28
<210> 10
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工合成正义引物(A (TA) 7TAA-F)
<400> 10
acgtgacaca gtcaaacatt aactt 25
<210> 11
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工合成反义引物(A (TA) 7TAA-R)
<400> 11
ctttgctcct gccagaggtt c 21
<210> 12
<211> 31
<212> DNA
<213> 人工合成探针(A (TA) 7TAA-P)
<400> 12
ggtttttgcc atatatatat atataagtag g 31
<210> 13
<211> 178
<212> DNA
<213> 突变位点p.G71R野生型基因序列
<400> 13
gcagcagagg ggacatgaaa tagttgtcct agcacctgac gcctcgttgt acatcagaga 60
cggaacattt tacaccttga agacgtaccc tgtgccattc caaagggagg atgtgaaaga 120
gtcttttgtt agtctcgggc ataatgtttt tgagaatgat tctttcctgc agcgtgtg 178
<210> 14
<211> 243
<212> DNA
<213> 突变位点p.P229Q野生型基因序列
<400> 14
tgctcattgc cttttcacag aactttctgt gcgacgtggt ttattccccg tatgcaaccc 60
ttgcctcaga attccttcag agagaggtga ctgtccagga cctattgagc tctgcatctg 120
tctggctgtt tagaagtgac tttgtgaagg attaccctag gcccatcatg cccaatatgg 180
tttttgttgg tggaatcaac tgccttcacc aaaatccact atcccaggtg tgtattggag 240
tgg 243
<210> 15
<211> 249
<212> DNA
<213> 突变位点p.Y486D野生型基因序列
<400> 15
gttccaggca taacgaaact gtctttgtgt ttagttacaa ggagaacatc atgcgcctct 60
ccagccttca caaggaccgc ccggtggagc cgctggacct ggccgtgttc tgggtggagt 120
ttgtgatgag gcacaagggc gcgccacacc tgcgccccgc agcccacgac ctcacctgga 180
ccagtaccat tccttggacg tgattggttt cctcttggcc gtcgtgctga cagtggcctt 240
catcacctt 249
<210> 16
<211> 96
<212> DNA
<213> 突变位点A (TA) 7TAA野生型基因序列
<400> 16
acgtgacaca gtcaaacatt aacttggtgt atcgattggt ttttgccata tatatatata 60
taagtaggag agggcgaacc tctggcagga gcaaag 96
<210> 17
<211> 178
<212> DNA
<213> 突变位点p.G71R突变型基因序列
<400> 17
gcagcagagg ggacatgaaa tagttgtcct agcacctgac gcctcgttgt acatcagaga 60
cggagcattt tacaccttga agacgtaccc tgtgccattc caaagggagg atgtgaaaga 120
gtcttttgtt agtctcgggc ataatgtttt tgagaatgat tctttcctgc agcgtgtg 178
<210> 18
<211> 243
<212> DNA
<213> 突变位点p.P229Q突变型基因序列
<400> 18
tgctcattgc cttttcacag aactttctgt gcgacgtggt ttattcccag tatgcaaccc 60
ttgcctcaga attccttcag agagaggtga ctgtccagga cctattgagc tctgcatctg 120
tctggctgtt tagaagtgac tttgtgaagg attaccctag gcccatcatg cccaatatgg 180
tttttgttgg tggaatcaac tgccttcacc aaaatccact atcccaggtg tgtattggag 240
tgg 243
<210> 19
<211> 250
<212> DNA
<213> 突变位点p.Y486D突变型基因序列
<400> 19
gttccaggca taacgaaact gtctttgtgt ttagttacaa ggagaacatc atgcgcctct 60
ccagccttca caaggaccgc ccggtggagc cgctggacct ggccgtgttc tgggtggagt 120
ttgtgatgag gcacaagggc gcgccacacc tgcgccccgc agcccacgac ctcacctggt 180
accaggacca ttccttggac gtgattggtt tcctcttggc cgtcgtgctg acagtggcct 240
tcatcacctt 250
<210> 20
<211> 98
<212> DNA
<213> 突变位点A (TA) 7TAA突变型基因序列
<400> 20
acgtgacaca gtcaaacatt aacttggtgt atcgattggt ttttgccata tatatatata 60
tataagtagg agagggcgaa cctctggcag gagcaaag 98

Claims (4)

1.一种Gilbert综合征UGT1A1多位点突变检测试剂盒,其特征在于,所述试剂盒包括分别针对UGT1A1的四个突变位点p.G71R,p.P229Q、p.Y486D和A(TA)7TAA进行非标记探针HRM检测用的引物对及探针;其中,序列表中序列SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:2所示的引物对和序列SEQ ID NO:3所示的探针用于检测突变位点p.G71R;序列SEQ ID NO:4至SEQ ID NO:5所示的引物对和序列SEQ ID NO:6所示的探针用于检测突变位点p.P229Q;序列SEQ ID NO:7至SEQ ID NO:8所示的引物对和序列SEQ ID NO:9所示的探针用于检测突变位点p.Y486D;序列SEQ ID NO:10至SEQ ID NO:11所示的引物对和序列SEQ ID NO:12所示的探针用于检测突变位点A(TA)7TAA。
2.根据权利要求1所述的一种Gilbert综合征UGT1A1多位点突变检测试剂盒,其特征在于,所述探针的3’端为氨基修饰。
3.根据权利要求1所述的一种Gilbert综合征UGT1A1多位点突变检测试剂盒,其特征在于,所述四个突变位点p.G71R,p.P229Q、p.Y486D和A(TA)7TAA的野生型基因序列分别为序列表中所示的SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:14、SEQ ID NO:15和SEQ ID NO:16;所述四个突变位点的突变型基因序列分别为序列表中所示的SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:18、SEQ ID NO:19和SEQ ID NO:20。
4.根据权利要求1-3任一所述的一种Gilbert综合征UGT1A1多位点突变检测试剂盒,其特征在于,所述试剂盒进一步包括完成HRM检测所需的试剂和酶。
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