CN112492874A - 治疗多发性骨髓瘤以及生物标志物对于4-(4-(4-(((2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)氧基)甲基)苄基)哌嗪-1-基)-3-氟苄腈的用途 - Google Patents

治疗多发性骨髓瘤以及生物标志物对于4-(4-(4-(((2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)氧基)甲基)苄基)哌嗪-1-基)-3-氟苄腈的用途 Download PDF

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安东尼娅·洛佩兹-吉罗纳
陆刚
丹尼尔·W·皮尔斯
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Abstract

一种确认有可能对治疗化合物有反应的患有癌症的对象的方法，包括对患有所述癌症的所述对象施用所述治疗化合物；获得来自所述对象的样品；测定来自所述对象的所述样品中的生物标志物的水平；并且如果所述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平与所述生物标志物的参考水平相比发生变化，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物1、化合物2或化合物3。

Description

治疗多发性骨髓瘤以及生物标志物对于4-(4-(4-(((2-(2，6- 二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)氧基)甲基)苄基) 哌嗪-1-基)-3-氟苄腈的用途
本申请要求2018年5月23日提交的第62/675,732号美国临时申请和2018年9月27日提交的第62/737,772号美国临时申请的权益，这两件临时申请的内容以全文引用的方式并入本文。
1.技术领域
本文在一些实施方案中提供了使用某些生物标志物来预测和监测4-(4-(4-(((2-(2，6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)氧基)甲基)苄基)哌嗪-1-基)-3-氟苄腈或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体或药学上可接受的盐的临床敏感性和对其的治疗反应的方法，以及使用其治疗、预防或控制多发性骨髓瘤的方法，所述某些生物标志物如CRBN、Aiolos(IKZF3)、Ikaros(IKZF1)、锌指蛋白91(ZFP91)、c-Myc、干扰素调控因子4(IRF4)、肿瘤免疫标志物(可溶性CD25、细胞因子；肿瘤浸润性淋巴细胞(TIL)；T细胞激活、T细胞受体克隆性)、循环肿瘤细胞(CTC)、可溶性BCMA(sBCMA)、凋亡标志物(裂解胱天蛋白酶-1、裂解胱天蛋白酶-7、裂解胱天蛋白酶-3、裂解PARP、生存蛋白、BCL-2样蛋白11(BIM)、TUNEL、游离轻链(FLC))和细胞周期标志物(p21、p27、pRb1)。本文还描述了4-(4-(4-(((2-(2，6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)氧基)甲基)苄基)哌嗪-1-基)-3-氟苄腈或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体或药学上可接受的盐，其用于治疗、预防或控制多发性骨髓瘤的方法。本文在某些实施方案中还提供了确认有可能有反应的患者、预测患者的反应性、确定剂量或确定化合物治疗疾病的功效的方法。
2.背景技术
多发性骨髓瘤(MM)是骨髓中的浆细胞的癌症。正常情况下，浆细胞产生抗体，并且在免疫功能中发挥关键作用。然而，这些细胞不受控制的生长会导致骨痛和骨折、贫血、感染及其它并发症。多发性骨髓瘤是第二常见的血液恶性肿瘤，但多发性骨髓瘤的确切原因尚不清楚。多发性骨髓瘤导致血液、尿液和器官中的蛋白质水平高，包括但不限于M蛋白及其它免疫球蛋白(抗体)、白蛋白和β-2-微球蛋白，例外的是一些患者(估计有1％至5％)的骨髓瘤细胞不分泌这些蛋白质(称为非分泌性骨髓瘤)。M蛋白是单克隆蛋白的简称，又称为副蛋白，是由骨髓瘤浆细胞产生的特别异常的蛋白质，并且可见于几乎所有患有多发性骨髓瘤的患者的血液或尿液中，患有非分泌性骨髓瘤的患者或骨髓瘤细胞产生带有重链的免疫球蛋白轻链的患者例外。
包括骨痛在内的骨骼症状是多发性骨髓瘤临床上最显著的症状之一。恶性浆细胞释放出破骨细胞刺激因子(包括IL-1、IL-6和TNF)，这些因子导致钙从骨骼中浸出，从而引起溶解性病变；高钙血症是另一种症状。破骨细胞刺激因子也称为细胞因子，可阻止骨髓瘤细胞的凋亡或死亡。百分之五十的患者在诊断时具有在放射学上可检测到的骨髓瘤相关的骨骼病变。多发性骨髓瘤的其它常见临床症状包括多发性神经病变、贫血、高粘血症、感染和肾功能不全。
目前的多发性骨髓瘤疗法可能涉及外科手术、干细胞移植、化疗、免疫疗法和/或放射治疗中的一种或多种，以根除患者体内的多发性骨髓瘤细胞。所有目前的治疗方法对患者来说都有明显的缺点。
在过去的十年来，新的治疗剂，特别是免疫调节药物如来那度胺(lenalidomide)和泊马度胺(pomalidomide)，显著提高了多发性骨髓瘤患者的反应率，并延长了多发性骨髓瘤患者的无进展生存期(PFS)和总生存期(OS)。然而，在患有多发性骨髓瘤的一些患者中，甚至在这些患者已实现完全反应(CR)后，仍然存在着低于骨髓(BM)形态学、免疫固定蛋白质电泳和轻链定量的灵敏度的持续水平的残留疾病，并且可能会最终导致疾病复发。
包括对于新诊断出多发性骨髓瘤的患者或患有标准疗法难治的多发性骨髓瘤的患者来说，迫切需要治疗、预防和控制多发性骨髓瘤，同时减少或避免与常规疗法相关的毒性和/或副作用的安全有效的化合物和方法。
3.发明内容
一方面，本文提供了确认有可能对治疗化合物有反应的患有癌症的对象的方法，包括：
(a)对所述对象施用所述治疗化合物；
(b)获得来自所述对象的样品；
(c)测定所述样品中的生物标志物的水平；且
(d)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于所述生物标志物的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物1：
Figure BDA0002904803230000021
或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
另一方面，本文提供了确认有可能对治疗化合物有反应的患有癌症的对象的方法，包括：
(a)对所述对象施用所述治疗化合物；
(b)获得来自所述对象的样品；
(c)测定所述样品中的生物标志物的水平；且
(d)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于所述生物标志物的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物2：
Figure BDA0002904803230000022
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在又一方面，本文提供了确认有可能对治疗化合物有反应的患有癌症的对象的方法，包括：
(a)对所述对象施用所述治疗化合物；
(b)获得来自所述对象的样品；
(c)测定所述样品中的生物标志物的水平；且
(d)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于所述生物标志物的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物3：
Figure BDA0002904803230000031
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了确认有可能对治疗化合物有反应的患有癌症的对象的方法，包括：
(a)获得来自所述对象的样品；
(b)对所述样品施用所述治疗化合物；
(c)测定所述样品中的生物标志物的水平；且
(d)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于所述生物标志物的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物1：
Figure BDA0002904803230000032
或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在另一实施方案中，本文提供了确认有可能对治疗化合物有反应的患有癌症的对象的方法，包括：
(a)获得来自所述对象的样品；
(b)对所述样品施用所述治疗化合物；
(c)测定所述样品中的生物标志物的水平；且
(d)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于所述生物标志物的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物2：
Figure BDA0002904803230000033
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在又一实施方案中，本文提供了确认有可能对治疗化合物有反应的患有癌症的对象的方法，包括：
(a)获得来自所述对象的样品；
(b)对所述样品施用所述治疗化合物；
(c)测定所述样品中的生物标志物的水平；且
(d)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于所述生物标志物的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物3：
Figure BDA0002904803230000041
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了确认有可能对治疗化合物有反应的患有癌症的对象的方法，其中所述样品中的所述生物标志物的水平高于所述生物标志物的参考水平。在其它实施方案中，本文提供了确认有可能对治疗化合物有反应的患有癌症的对象的方法，其中所述样品中的所述生物标志物的水平低于所述生物标志物的参考水平。
在一些实施方案中，本文提供了治疗癌症的方法，包括：
(a)获得来自患有所述癌症的对象的样品；
(b)测定所述样品中的生物标志物的水平；
(c)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于所述生物标志物的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对治疗化合物有反应；且
(d)对被诊断为有可能对所述治疗化合物有反应的所述对象施用治疗有效量的所述治疗化合物；
其中所述治疗化合物是化合物1：
Figure BDA0002904803230000042
或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在另一实施方案中，本文提供了治疗癌症的方法，包括：
(a)获得来自患有所述癌症的对象的样品；
(b)测定所述样品中的生物标志物的水平；
(c)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于所述生物标志物的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对治疗化合物有反应；且
(d)对被诊断为有可能对所述治疗化合物有反应的所述对象施用治疗有效量的所述治疗化合物；
其中所述治疗化合物是化合物2：
Figure BDA0002904803230000043
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在又一实施方案中，本文提供了治疗癌症的方法，包括：
(a)获得来自患有所述癌症的对象的样品；
(b)测定所述样品中的生物标志物的水平；
(c)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于所述生物标志物的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对治疗化合物有反应；且
(d)对被诊断为有可能对所述治疗化合物有反应的所述对象施用治疗有效量的所述治疗化合物；
其中所述治疗化合物是化合物3：
Figure BDA0002904803230000051
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了治疗癌症的方法，其中所述样品中的所述生物标志物的水平高于所述生物标志物的所述参考水平。在其它实施方案中，本文提供了治疗癌症的方法，其中所述样品中的所述生物标志物的水平低于所述生物标志物的所述参考水平。本文还提供了用于如上所述治疗癌症的方法的化合物1、化合物2和/或化合物3。
在一些实施方案中，本文提供了预测患有或疑似患有癌症的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
(a)对所述对象施用所述治疗化合物；
(b)获得来自所述对象的样品；
(c)测定所述样品中的生物标志物的水平；且
(d)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于获自参考样品的所述生物标志物的水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；
其中所述治疗化合物是化合物1：
Figure BDA0002904803230000052
或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在另一实施方案中，本文提供了预测患有或疑似患有癌症的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
(a)对所述对象施用所述治疗化合物；
(b)获得来自所述对象的样品；
(c)测定所述样品中的生物标志物的水平；且
(d)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于获自参考样品的所述生物标志物的水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；
其中所述治疗化合物是化合物2：
Figure BDA0002904803230000061
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在又一实施方案中，本文提供了预测患有或疑似患有癌症的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
(a)对所述对象施用所述治疗化合物；
(b)获得来自所述对象的样品；
(c)测定所述样品中的生物标志物的水平；且
(d)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于获自参考样品的所述生物标志物的水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；
其中所述治疗化合物是化合物3：
Figure BDA0002904803230000062
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
另一方面，本文提供了预测患有或疑似患有癌症的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
(a)获得来自所述对象的样品；
(b)对所述样品施用所述治疗化合物；
(c)测定所述样品中的生物标志物的水平；且
(d)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于获自参考样品的所述生物标志物的水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；
其中所述治疗化合物是化合物1：
Figure BDA0002904803230000063
或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在另一实施方案中，本文提供了预测患有或疑似患有癌症的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
(a)获得来自所述对象的样品；
(b)对所述样品施用所述治疗化合物；
(c)测定所述样品中的生物标志物的水平；且
(d)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于获自参考样品的所述生物标志物的水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；
其中所述治疗化合物是化合物2：
Figure BDA0002904803230000071
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在又一实施方案中，本文提供了预测患有或疑似患有癌症的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
(a)获得来自所述对象的样品；
(b)对所述样品施用所述治疗化合物；
(c)测定所述样品中的生物标志物的水平；且
(d)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于获自参考样品的所述生物标志物的水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；
其中所述治疗化合物是化合物3：
Figure BDA0002904803230000072
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了预测患有或疑似患有癌症的对象对治疗化合物的反应性的方法，其中所述样品中的所述生物标志物的水平高于所述生物标志物的所述参考水平。在其它实施方案中，本文提供了预测患有或疑似患有癌症的对象对治疗化合物的反应性的方法，其中所述样品中的所述生物标志物的水平低于所述生物标志物的所述参考水平。
另一方面，本文提供了监测治疗化合物治疗对象的癌症的功效的方法，包括：
(a)对所述对象施用所述治疗化合物；
(b)获得来自所述对象的样品；
(c)测定所述样品中的生物标志物的水平；且
(d)将所述样品中的所述生物标志物的水平与获自参考样品的所述生物标志物的水平进行比较，其中所述生物标志物水平的变化指示所述治疗化合物治疗所述对象的所述癌症的功效；
其中所述治疗化合物是化合物1：
Figure BDA0002904803230000081
或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了监测治疗化合物治疗对象的癌症的功效的方法，包括：
(a)对所述对象施用所述治疗化合物；
(b)获得来自所述对象的样品；
(c)测定所述样品中的生物标志物的水平；且
(d)将所述样品中的所述生物标志物的水平与获自参考样品的所述生物标志物的水平进行比较，其中所述生物标志物水平的变化指示所述治疗化合物治疗所述对象的所述癌症的功效；
其中所述治疗化合物是化合物2：
Figure BDA0002904803230000082
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在另一实施方案中，本文提供了监测治疗化合物治疗对象的癌症的功效的方法，包括：
(a)对所述对象施用所述治疗化合物；
(b)获得来自所述对象的样品；
(c)测定所述样品中的生物标志物的水平；且
(d)将所述样品中的所述生物标志物的水平与获自参考样品的所述生物标志物的水平进行比较，其中所述生物标志物水平的变化指示所述治疗化合物治疗所述对象的所述癌症的功效；其中所述治疗化合物是化合物3：
Figure BDA0002904803230000083
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了监测治疗化合物治疗对象的癌症的功效的方法，其中与所述参考水平相比，所述生物标志物增加的水平指示所述治疗化合物治疗所述对象的所述癌症的功效。在一些实施方案中，本文提供了监测治疗化合物治疗对象的癌症的功效的方法，其中与所述参考水平相比，所述生物标志物降低的水平指示所述治疗化合物治疗所述对象的所述癌症的功效。
在一些实施方案中，确认有可能对治疗化合物有反应的患有癌症的对象的方法进一步包括对被诊断为有可能对所述治疗化合物有反应的所述对象施用治疗有效量的所述治疗化合物。在另外的实施方案中，预测患有或疑似患有癌症的对象对治疗化合物的反应性的方法进一步包括对被诊断为有可能对所述治疗化合物有反应的所述对象施用治疗有效量的所述治疗化合物。
在本文提供的任何一种方法的一些实施方案中，所述参考样品是在对所述对象施用所述治疗化合物之前获自所述对象的，且其中所述参考样品来自与所述样品相同的来源。
在本文提供的任何一种方法的一些实施方案中，所述参考样品获自未患所述癌症的健康对象，且其中所述参考样品来自与所述样品相同的来源。
在本文提供的任何一种方法的一些实施方案中，所述参考样品获自接受不是所述治疗化合物的抗癌化合物的对象，且其中所述参考样品来自与所述样品相同的来源。在具体的实施方案中，所述参考样品获自接受不是所述治疗化合物的抗癌化合物的对象，其中所述参考样品来自与所述样品相同的来源，且所述抗癌化合物选自包括来那度胺、泊马度胺或其衍生物的组。
在本文提供的方法的一些实施方案中，所述癌症是多发性骨髓瘤(MM)。在一些具体的实施方案中，所述MM是复发的、难治性的或对常规疗法有抗性的。在一个实施方案中，所述MM是来那度胺抗性MM。在另一实施方案中，所述MM是泊马度胺抗性MM。在一些实施方案中，所述MM是新诊断的MM。在一些实施方案中，所述MM是符合移植条件的MM。在其它实施方案中，所述MM是不符合移植条件的MM。
在本文提供的方法的某些实施方案中，所述生物标志物是cereblon(CRBN)。在本文提供的方法的一些实施方案中，所述生物标志物是CRBN相关蛋白。
在本文提供的方法的一些实施方案中，所述生物标志物在凋亡途径中具有功能。又在本文提供的方法的其它实施方案中，所述生物标志物在细胞周期途径中具有功能。在本文提供的方法的一些实施方案中，所述生物标志物在T细胞激活中具有功能。在本文提供的方法的一些实施方案中，所述生物标志物是循环肿瘤细胞(CTC)。
在本文提供的方法的一些实施方案中，所述生物标志物是肿瘤浸润性淋巴细胞(TIL)。
在一些具体的实施方案中，所述生物标志物是CRBN相关蛋白，并且选自由IKZF1、IKZF3、ZFP91、c-MYC和IRF4组成的组。在一些具体的实施方案中，所述生物标志物是IKZF1。在另一实施方案中，所述生物标志物是IKZF3。在又一实施方案中，所述生物标志物是ZFP91。在再一实施方案中，所述生物标志物是c-MYC。在某些实施方案中，所述生物标志物是IRF4。
在其它实施方案中，所述生物标志物在凋亡中具有功能，并且选自由裂解胱天蛋白酶-1(c-胱天蛋白酶-1)、裂解胱天蛋白酶-3(c-胱天蛋白酶-3)、裂解胱天蛋白酶-7(c-胱天蛋白酶-7)、裂解PARP、生存蛋白、BIMBCL-2样蛋白11(BIM)和血清游离轻链组成的组。在某些实施方案中，所述生物标志物是裂解胱天蛋白酶-3(c-胱天蛋白酶-3)。在一些实施方案中，所述生物标志物是裂解胱天蛋白酶-1(c-胱天蛋白酶-1)。仍在其它实施方案中，所述生物标志物是裂解胱天蛋白酶-7(c-胱天蛋白酶-7)。在另一实施方案中，所述生物标志物是裂解PARP。在又一实施方案中，所述生物标志物是生存蛋白。在一些实施方案中，所述生物标志物是生存蛋白。在其它实施方案中，所述生物标志物是BCL-2样蛋白11(BIM)。在某些实施方案中，所述生物标志物是血清游离轻链(sFLC)。
又在其它实施方案中，所述生物标志物在凋亡中具有功能，并且通过末端脱氧核苷酰转移酶dUTP缺口末端标记(TUNEL)来测量。在某些实施方案中，所述生物标志物在凋亡中具有功能，并且通过膜联蛋白-V和7-AAD来测量。仍在其它实施方案中，所述生物标志物在凋亡中具有功能，并且通过膜联蛋白-V和碘化丙锭(PI)来测量。
在本文提供的方法的其它实施方案中，所述生物标志物在细胞周期中具有功能，选自由细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂1(p21)、细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂1B(p27)和视网膜母细胞瘤蛋白(pRb1)组成的组。在一些实施方案中，所述生物标志物是p21。在某些实施方案中，所述生物标志物是p27。在又一实施方案中，所述生物标志物是pRb1。
在本文提供的方法的一些实施方案中，所述生物标志物在T细胞激活中具有功能，并且选自由白细胞介素-2(IL-2)、肿瘤坏死因子α(TNFα)、干扰素γ(IFNγ)和T细胞受体(TCR)克隆性组成的组。在其它具体的实施方案中，所述生物标志物是IL-2。仍在其它实施方案中，所述生物标志物是TNFα。在某些实施方案中，所述生物标志物是IFNγ。在一些实施方案中，所述生物标志物是T细胞受体(TCR)克隆性。在具体的实施方案中，所述生物标志物是T细胞受体(TCR)克隆性，并且通过所述TCR的DNA测序来测量所述生物标志物。在一些具体的实施方案中，所述生物标志物在T细胞激活中具有功能，并且通过组织学来测量所述生物标志物的水平。
在本文提供的方法的一些实施方案中，所述生物标志物的水平高于参考水平。
又在本文提供的方法的其它实施方案中，所述生物标志物的水平低于参考水平。
在一些实施方案中，本文提供了确认有可能对治疗化合物有反应的患有复发的、难治性的或对常规疗法有抗性的多发性骨髓瘤的对象的方法，包括：
(a)获得来自对象的样品；
(b)测定所述样品中的生物标志物的水平；且
(c)如果所述样品中的所述生物标志物的水平低于所述生物标志物的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；
其中所述治疗化合物是化合物1的化合物：
Figure BDA0002904803230000101
或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在另一实施方案中，本文提供了确认有可能对治疗化合物有反应的患有复发的、难治性的或对常规疗法有抗性的多发性骨髓瘤的对象的方法，包括：
(a)获得来自对象的样品；
(b)测定所述样品中的生物标志物的水平；且
(c)如果所述样品中的所述生物标志物的水平低于所述生物标志物的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；
其中所述治疗化合物是化合物2的化合物：
Figure BDA0002904803230000111
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在又一实施方案中，本文提供了确认有可能对治疗化合物有反应的患有复发的、难治性的或对常规疗法有抗性的多发性骨髓瘤的对象的方法，包括：
(a)获得来自对象的样品；
(b)测定所述样品中的生物标志物的水平；且
(c)如果所述样品中的所述生物标志物的水平低于所述生物标志物的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；
其中所述治疗化合物是化合物3的化合物：
Figure BDA0002904803230000112
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了预测患有多发性骨髓瘤的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
(a)获得来自对象的样品；
(b)测定所述样品中的生物标志物的水平；且
(c)如果所述样品中的所述生物标志物的水平低于所述生物标志物的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；
其中所述治疗化合物是化合物1的化合物：
Figure BDA0002904803230000113
或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在另一实施方案中，本文提供了预测患有多发性骨髓瘤的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
(a)获得来自对象的样品；
(b)测定所述样品中的生物标志物的水平；且
(c)如果所述样品中的所述生物标志物的水平低于所述生物标志物的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；
其中所述治疗化合物是化合物2的化合物：
Figure BDA0002904803230000121
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在又一实施方案中，本文提供了预测患有多发性骨髓瘤的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
(a)获得来自对象的样品；
(b)测定所述样品中的生物标志物的水平；且
(c)如果所述样品中的所述生物标志物的水平低于所述生物标志物的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；
其中所述治疗化合物是化合物3的化合物：
Figure BDA0002904803230000122
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在预测患有多发性骨髓瘤的对象对治疗化合物的反应性的方法的具体实施方案中，所述生物标志物是CRBN。在预测患有多发性骨髓瘤的对象对治疗化合物的反应性的方法的某些实施方案中，所述方法包括如果所述样品中的所述生物标志物的水平经检测且低于所述参考样品，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应。在预测患有多发性骨髓瘤的对象对治疗化合物的反应性的方法的一些实施方案中，所述方法包括如果可检测到所述样品中的所述生物标志物，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应。在一些具体的实施方案中，所述MM是复发的、难治性的或对常规疗法有抗性的。在一个实施方案中，所述MM是来那度胺抗性MM。在另一实施方案中，所述MM是泊马度胺抗性MM。
在本文提供的任何一种方法的一些实施方案中，通过测定所述生物标志物的蛋白质水平来测量所述生物标志物的水平。在本文提供的任何一种方法的其它实施方案中，通过测定所述生物标志物的mRNA水平来测量所述生物标志物的水平。在本文提供的任何方法的又进一步的实施方案中，通过测定所述生物标志物的cDNA水平来测量所述生物标志物的水平。在本文提供的任何一种方法的某些实施方案中，通过DNA测序来测定所述生物标志物。在本文提供的任何一种方法的其它实施方案中，通过RNA测序(RNA-seq)来测定所述生物标志物。
在一些实施方案中，通过测定所述生物标志物的蛋白质水平来测量所述生物标志物的水平，包括使所述样品内的蛋白质同与所述生物标志物蛋白质免疫特异性结合的第一抗体接触。在其它实施方案中，通过测定所述生物标志物的蛋白质水平来测量所述生物标志物的水平，包括使所述样品内的蛋白质同与所述生物标志物蛋白质免疫特异性结合的第一抗体接触，进一步包括：
(a)使结合所述第一抗体的所述生物标志物蛋白质同具有可检测标记的第二抗体接触，其中所述第二抗体与所述生物标志物蛋白质免疫特异性结合，且其中所述第二抗体与所述生物标志物蛋白质上与所述第一抗体不同的表位免疫特异性结合；
(b)检测结合所述生物标志物蛋白质的所述第二抗体的存在；且
(c)基于所述第二抗体中的可检测标记的量来确定所述生物标志物蛋白质的量。
在又一实施方案中，通过测定所述生物标志物的蛋白质水平来测量所述生物标志物的水平，包括使所述样品内的蛋白质同与所述生物标志物蛋白质免疫特异性结合的第一抗体接触，进一步包括：
(a)使结合所述生物标志物蛋白质的所述第一抗体与具有可检测标记的第二抗体接触，其中所述第二抗体与所述第一抗体免疫特异性结合；
(b)检测结合所述第一抗体的所述第二抗体的存在；且
(c)基于所述第二抗体中的可检测标记的量来确定所述生物标志物蛋白质的量。
在某些实施方案中，本文提供了确定或调整用治疗化合物治疗患有多发性骨髓瘤的对象的剂量的方法，包括：
(a)对所述对象施用一定剂量的所述治疗化合物；
(b)在不同的时间点获得来自所述对象的一个或多个样品；且
(c)测定所述一个或多个样品中的生物标志物的水平，从而确定所述剂量是否适当或需要调整；
其中所述治疗化合物是化合物1的化合物：
Figure BDA0002904803230000131
或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在另一实施方案中，本文提供了确定或调整用治疗化合物治疗患有多发性骨髓瘤的对象的剂量的方法，包括：
(a)对所述对象施用一定剂量的所述治疗化合物；
(b)在不同的时间点获得来自所述对象的一个或多个样品；且
(c)测定所述一个或多个样品中的生物标志物的水平，从而确定所述剂量是否适当或需要调整；
其中所述治疗化合物是化合物2的化合物：
Figure BDA0002904803230000132
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在又一实施方案中，本文提供了确定或调整用治疗化合物治疗患有多发性骨髓瘤的对象的剂量的方法，包括：
(a)对所述对象施用一定剂量的所述治疗化合物；
(b)在不同的时间点获得来自所述对象的一个或多个样品；且
(c)测定所述一个或多个样品中的生物标志物的水平，从而确定所述剂量是否适当或需要调整；
其中所述治疗化合物是化合物3的化合物：
Figure BDA0002904803230000141
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在确定或调整用治疗化合物治疗患有多发性骨髓瘤的对象的剂量的方法的一些实施方案中，所述生物标志物选自由IKZF1和IKZF3组成的组。在确定或调整用治疗化合物治疗患有多发性骨髓瘤的对象的剂量的方法的一些具体实施方案中，所述生物标志物是IKZF1。在确定或调整用治疗化合物治疗患有多发性骨髓瘤的对象的剂量的方法的又一具体实施方案中，所述生物标志物是IKZF3。
在一些实施方案中，治疗癌症的方法进一步包括施用治疗有效量的第二活性剂或支持护理疗法。在某些实施方案中，确认有可能对治疗化合物有反应的患有癌症的对象的方法进一步包括对被诊断为有可能对所述治疗化合物有反应的所述对象施用治疗有效量的所述治疗化合物，并且还进一步包括施用治疗有效量的第二活性剂或支持护理疗法。在另外的实施方案中，预测患有或疑似患有癌症的对象对治疗化合物的反应性的方法进一步包括对被诊断为有可能对所述治疗化合物有反应的所述对象施用治疗有效量的所述治疗化合物，并且还进一步包括施用治疗有效量的第二活性剂或支持护理疗法。在具体的实施方案中，所述第二活性剂选自包括大分子、小分子或细胞疗法的组，且所述第二活性剂任选选自包括美法仑(melphalan)、长春新碱(vincristine)、环磷酰胺(cyclophosphamide)、依托泊苷(etoposide)、多柔比星(doxorubicin)、苯达莫司汀(bendamustine)、蛋白酶体抑制剂、组蛋白脱乙酰酶抑制剂、BET抑制剂、BCL2抑制剂、MCL-1抑制剂、皮质类固醇、地塞米松(dexamethasone)、抗体、检查点抑制剂和CAR细胞的组。
在本文提供的一些实施方案中，本文提供的化合物可用在治疗、预防和/或监测本文提供的任何疾病的任何方法中。
4.附图说明
图1示出化合物2和化合物3以时间和浓度依赖性方式降解Aiolos蛋白。将表达增强型ProLabel(ePL)标记的Aiolos的DF15细胞与指示浓度的化合物2(三角形)或化合物3(正方形)一起温育45分钟、90分钟或3小时。然后产生细胞提取物，并通过ePL发光测定法测定Aiolos-ePL蛋白的量。
图2示出化合物2降解Aiolos和Ikaros，即使在泊马度胺抗性细胞中也如此，并与地塞米松协同降解IRF4和c-MYC。用媒介物对照(DMSO)、泊马度胺或化合物2单独或与10或100nM地塞米松组合对泊马度胺敏感性(OPM2)或抗性(OPM2-P1)细胞处理72小时。测量了CRL4CRBN E3泛素连接酶底物Aiolos和Ikaros及其下游效应子c-Myc和IRF4。微管蛋白为上样对照。
图3示出化合物2降解Aiolos和Ikaros，即使在泊马度胺抗性细胞中也如此，并与地塞米松协同诱导凋亡。用媒介物对照(DMSO)、泊马度胺或化合物2单独或与10或100nM地塞米松组合对泊马度胺敏感性(OPM2)或抗性(OPM2-P1)细胞处理72小时。测量了CRL4CRBNE3泛素连接酶底物Aiolos和Ikaros，以及凋亡途径蛋白BIM、裂解PARP、裂解胱天蛋白酶-3和裂解胱天蛋白酶-7的诱导。微管蛋白为上样对照。
图4示出化合物2诱导Ikaros、Aiolos、ZFP91、c-Myc和IRF4的降解，这与凋亡蛋白裂解胱天蛋白酶3和细胞周期阻滞蛋白p21的诱导有关。显示了与指示浓度的化合物2一起温育的OPM2亲本细胞的免疫印迹分析。肌动蛋白为上样对照。
图5A示出CRBN对于化合物2介导的Ikaros和Aiolos的降解是必需的。显示了来自与DMSO、泊马度胺或0.1μM的化合物2一起温育4小时的DF15R和DF15R-人CRBNWT细胞的提取物的Cereblon、Ikaros和Aiolos免疫印迹。微管蛋白为上样对照。
图5B示出Ikaros对于化合物2介导的c-Myc和IRF4的下调以及凋亡的诱导是必需的。显示了来自野生型OPM2细胞或过表达稳定的Ikaros-、Aiolos-或ZFP91-突变体的OPM2细胞的提取物的免疫印迹。将细胞与DMSO或指示浓度的化合物2一起温育五天。
图6A和图6B示出化合物2以浓度依赖性方式降解Ikaros和Aiolos，这在泊马度胺抗性多发性骨髓瘤细胞中诱导了凋亡和细胞周期阻滞。显示了与化合物2一起温育(图6A)4小时或(图6B)72小时的泊马度胺抗性MM细胞(H929-1051)的免疫印迹分析。
图7A和图7B示出化合物2诱导Aiolos和Ikaros的延长降解。显示了在一次性连续暴露于化合物2之后在(图7A)H929-1051和(图7B)OPM2-P10细胞模型中以二甲基亚砜(DMSO)对照的百分比表示的Aiolos和Ikaros降解。这些数据来自每个数据点为一个样品的单个实验。
图8示出在15分钟暴露之后化合物2诱导Aiolos和Ikaros的延长降解。将化合物2与H929-1051细胞一起温育15分钟，并测量Aiolos(左图)和Ikaros(右图)的降解。数据来自每个数据点为一个样品的单个实验。y轴代表以在二甲基亚砜(DMSO)对照中的相应蛋白质水平的百分比表示的Aiolos或Ikaros的量；x轴显示以小时为单位的时间。
图9示出自6小时暴露于化合物2洗脱后恢复Aiolos水平需要将近160小时。将化合物2与H929-1051细胞一起温育6小时，并测量Aiolos的降解。这些数据来自每个数据点为一个样品的单个实验。垂直的蓝虚线将数据分成在治疗的化合物2(垂直线左侧)和洗脱后的段(垂直线右侧)。给出了持续总共160小时在OPM2-P10细胞(左)和H929-1051细胞(右)中的Aiolos水平的结果，时间包括与0.01(红)或0.1μM化合物2(蓝)一起的6小时温育及以后。
图10示出连续但非短暂地暴露于化合物2在多发性骨髓瘤细胞中诱导凋亡。示出了通过化合物2处理在来那度胺抗性MM细胞模型(H929-1051[上排]和泊马度胺抗性MM细胞模型OPM2-P10[下排])中诱导凋亡。这些数据来自每个数据点为一个样品的单个实验。
图11A和图11B示出化合物2但不是泊马度胺在来那度胺和泊马度胺抗性多发性骨髓瘤细胞系(包括CRBN蛋白质水平低的那些)中表现出抗增殖活性。显示了对具有低CRBN的具有获得性抗性的人多发性骨髓瘤细胞系的抗增殖作用。将细胞系用(图11A)泊马度胺或(图11B)化合物2处理5天，并采用ATP测定法(CellTiter-Glo)评估IC50值。通过减去背景并相对于DMSO对照(对照为100％)标准化来计算对照百分比。
图12示出地塞米松(DEX)+化合物2诱导凋亡。使用胱天蛋白酶-Glo 3/7测量在用地塞米松单独或与化合物2、来那度胺或泊马度胺组合处理72小时后在来那度胺抗性多发性骨髓瘤细胞系(H929-1051)中的凋亡的诱导。
图13示出每日短时间的化合物2暴露持续最多三天在CD34+细胞中诱导了Ikaros降解。通过流式细胞术测量每日短时间暴露于化合物2之后的Ikaros降解。从第14天开始连续1天(第14天)、2天(第15天)或3天(第16天)使来源于健康供体骨髓的CD34+细胞暴露于化合物2持续2、4和6小时。给出了Ikaros含量(相对于DMSO对照标准化)的百分比。在暴露期结束时，移除化合物2，并在化合物2不存在的情况下温育细胞(恢复期)。在第19、21和23天的恢复期间，通过流式细胞术测量Ikaros。数据表示为两个供体结果的平均值。
图14示出连续三天进行6小时暴露于化合物2之后的Ikaros的降解和恢复。从第10天开始，在连续三天的每一天使来自健康供体的CD34+骨髓源细胞暴露于化合物2持续6小时。显示了与DMSO相比Ikaros抑制的百分比。从第13天直到第22天，在化合物2不存在的情况下温育培养物。在每次暴露完成后以及在恢复期间每隔一天通过流式细胞术测量Ikaros。
图15示出连续五天进行6小时暴露于化合物2之后的Ikaros的降解和恢复。从第10天开始，在连续五天的每一天使CD34+骨髓源细胞暴露于化合物2。给出了与DMSO对照相比Ikaros抑制的百分比。从第15天直到第22天，在化合物2不存在的情况下温育培养物。在每次暴露完成后(第10至14天)以及在恢复期间每隔一天(第17、20和22天)通过流式细胞术测量Ikaros。
图16A和图16B示出处理方案，以及在暴露于化合物2之后Ikaros抑制(虚线)与嗜中性粒细胞分化(实线)之间的相关性。(图16A)将来自健康供体的CD34+骨髓源细胞离体培养，并进行刺激以使其发展成为IV期成熟的嗜中性粒细胞。(图16B)在三天(第10、11和12天)的每一天使培养物暴露于不同浓度的化合物2持续6小时，然后在不进一步暴露于化合物2的情况下进行培养，直到第22天。右侧y轴(虚线)上显示了在1nM(正方形)、10nM(向上三角形)和100nM(向下三角形)的化合物2暴露之后与DMSO对照(圆圈)相比Ikaros抑制的百分比。IV期细胞的百分比显示在左侧y轴上(实线)。阴影区域代表暴露于化合物2的3天。
图17A和图17B示出化合物2以浓度依赖性方式直接激活人外周血单核细胞(PBMC)以裂解K562红髓细胞白血病细胞。(图17A)与已经与化合物2或DMSO一起预温育的人PBMC共培养的K562细胞的代表性荧光激活细胞分选图。(图17B)与化合物2处理的PBMC共培养后在K562细胞中的凋亡反应。与用化合物2处理72小时的PBMC共培养24小时后，通过PI和膜联蛋白V染色测量K562细胞中的凋亡。数据以平均值给出，误差条代表平均值的标准误差。
图18A和图18B示出免疫细胞由化合物2直接激活，以裂解来那度胺敏感和来那度胺抗性多发性骨髓瘤细胞系。(图18A)与用化合物2预处理的PBMC共培养24小时后在NCI-H929细胞中的凋亡反应。(图18B)与用化合物2预处理的PBMC共培养24小时后在H929-1051细胞中的凋亡反应。
图19A-图19D示出当在共培养之前用来那度胺、泊马度胺或化合物2预处理多发性骨髓瘤细胞时，化合物启动的免疫细胞显示出增强的肿瘤细胞杀伤力。与MM单培养物(左)相比，化合物启动的免疫细胞在(图19A)H929细胞、(图19B)H929-1051、(图19C)OPM2和(图19D)OPM2 P10细胞中的共培养物模型(右)中显示出增强的肿瘤细胞杀伤力，而对PBMC活力(中)影响很小。
图20示出在72小时的时候，化合物2显示出比来那度胺或泊马度胺更大的诱导由抗CD3抗体珠刺激的PBMC产生白细胞介素-2的效力。在用化合物2、来那度胺(LEN)或泊马度胺(POM)处理72小时后诱导由抗CD3抗体珠刺激的PBMC产生白细胞介素2(IL-2)。
图21A-图21C示出化合物2是效应细胞因子的有效诱导剂。用化合物2、泊马度胺(POM)或来那度胺(LEN)处理24小时后效应细胞因子诱导的测量。(图21A)IL-2、(图21B)IFN-γ和(图21C)TNF-α。显示的数据是来自三个或四个供体的平均值，并且表示为相比DMSO对照的倍数变化；误差条代表平均值的标准误差(SEM)。
图22A-图22C示出化合物2在CD4+ T细胞中诱导Ikaros的降解。在用化合物2(菱形)、来那度胺(LEN；圆圈)或泊马度胺(POM；正方形)处理(图22A)24小时、(图22B)48小时或(图22C)72小时后测量CD4+ T细胞中的Ikaros降解。显示的数据是来自两个供体的平均值，并且表示为相对于DMSO对照标准化的MFI。
图23A-图23C示出地塞米松(DEX)与化合物2组合减少了由抗CD3抗体刺激的PBMC产生白细胞介素2(IL-2)。(图23A)来那度胺(LEN)单独或与地塞米松、(图23B)泊马度胺(POM)单独或与地塞米松或(图23C)化合物2单独或与地塞米松合用后，由抗CD3抗体刺激的PBMC产生白细胞介素2。
图24A和图24B示出在(图24A)每天一次(QD)1-10、15-24/28方案或(图24B)每天两次(BID)1-3、15-17/28方案之后，化合物2在来自复发/难治性多发性骨髓瘤患者的外周血的CD3+ T细胞中诱导Aiolos降解。
图25A和图25B示出在(图25A)每天一次(QD)1-10、15-24/28方案或(图25B)每天两次(BID)1-3、15-17/28方案之后，化合物2在来自复发/难治性多发性骨髓瘤患者的外周血的CD3+ T细胞中诱导Ikaros降解。
图26A-图26E示出化合物2对来自复发/难治性多发性骨髓瘤患者的CD138+浆细胞中的生物标志物表达的影响。(图26A)Aiolos、(图26B)Ikaros、(图26C)ZFP91、(图26D)c-Myc和(图26E)IRF4。
图27示出化合物2对复发/难治性多发性骨髓瘤患者中的可溶性BCMA(sBCMA)表达的影响。
图28示出化合物2对复发/难治性多发性骨髓瘤患者中的血清游离轻链(sFLC)的影响。
5.具体实施方式
本文提供的方法部分地基于如下发现，即生物样品中的某些分子(例如mRNA、cDNA或蛋白质)或恶性细胞(例如循环肿瘤细胞(CTC))的变化的水平(例如增加的水平和/或降低的水平)可用于预测患有或疑似患有MM的对象对治疗化合物(例如化合物1、化合物2、化合物3或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐)的反应性。
5.1定义
如本文所用，术语“包含”和“包括”可互换使用。术语“包含”和“包括”应被解释为指定存在如所提及的所述特征或组分，但不排除存在或增加一个或多个特征或组分或其群组。另外，术语“包含”和“包括”旨在包括由术语“由......组成”涵盖的实例。因此，术语“由......组成”可用来代替术语“包含”和“包括”以提供本发明更具体的实施方案。
术语“由......组成”意指主题具有至少90％、95％、97％、98％或99％的组成其的所述特征或组分。在另一实施方案中，术语“由......组成”从任何后续叙述的范围中排除了任何其它的特征或组分，对于要实现的技术效果来说不是必需的那些除外。
如本文所用，术语“或”应被解释为包含性的“或”，意指任何一者或任意组合。因此，“A、B或C”意指以下情况中的任何情况：“A；B；C；A和B；A和C；B和C；A、B和C”。此定义的例外情况仅出现在当要素、功能、步骤或动作的组合以某种方式内在地相互排斥时。
一般来说，一个实施方案的技术教导可与本文提供的任何其它实施方案中公开的技术教导相组合。
如本文所用，术语“癌症”包括但不限于实体癌和血源性癌症。术语“癌症”和“癌性”是指或描述哺乳动物的生理疾患，其通常以不受调控的细胞生长为特征。癌症可以是造血系统和淋巴组织的癌症。造血系统恶性肿瘤是指影响血液、骨髓、淋巴和淋巴系统的癌症。
如本文所用，“多发性骨髓瘤”是指以恶性浆细胞为特征的血液疾患，并且包括以下病症：意义未明的单克隆丙种球蛋白病(MGUS)；低风险、中风险和高风险多发性骨髓瘤；新诊断的多发性骨髓瘤(包括低风险、中风险和高风险的新诊断的多发性骨髓瘤)；符合移植条件和不符合移植条件的多发性骨髓瘤；郁积型(惰性)多发性骨髓瘤(包括低风险、中风险和高风险郁积型多发性骨髓瘤)；活动性多发性骨髓瘤；孤立性浆细胞瘤；髓外浆细胞瘤；浆细胞白血病；中枢神经系统多发性骨髓瘤；轻链骨髓瘤；非分泌性骨髓瘤；免疫球蛋白D骨髓瘤；和免疫球蛋白E骨髓瘤；以及以遗传异常为特征的多发性骨髓瘤，如细胞周期蛋白D易位(例如，t(411；14)(q13；q32)；t(6；14)(p21；32)；t(12；14)(p13；q32))或t(6,20))；MMSET易位(例如，t(4；14)(p16；q32))；MAF易位(例如，t(14；16)(q32；q32)；t(20；22)；t(16；22)(q11；q13)；或t(14；20)(q32；q11))；或其它染色体因子(例如，17p13或13号染色体的缺失；del(17/17p)、非超二倍性和扩增(1q))。
如本文所用且除另指出外，术语“治疗”(treat/treating/treatment)是指减轻或降低与所治疗的疾病或疾患(例如多发性骨髓瘤)相关的症状的严重程度。
术语“预防”包括抑制特定疾病或病症(例如多发性骨髓瘤)的症状。在一些实施方案中，有多发性骨髓瘤的家族史的患者是预防方案的候选者。一般地，术语“预防”是指特别是对有多发性骨髓瘤风险的患者在症状发作之前施用药物。
如本文所用且除另指出外，术语“控制(managing)”涵盖防止已患有特定疾病或病症(如多发性骨髓瘤)的患者复发、延长已患有所述疾病或病症的患者保持缓解的时间、降低患者的死亡率和/或保持与所控制的疾病或疾患相关的症状的严重程度降低或避免所述症状。
如本文所用，“对象”或“患者”是动物，通常是哺乳动物，包括人，如人患者。
如本文所述，术语“健康对象”是没患有多发性骨髓瘤的任何个体。在一些实施方案中，“健康对象”没有预先存在的医学疾患。
如本文所用且除另有规定外，术语化合物的“治疗有效量”和“有效量”是指足以在疾病(例如多发性骨髓瘤)的治疗、预防和/或控制中提供治疗益处或者延迟或最小化与要治疗的疾病或病症相关的一种或多种症状的量。术语“治疗有效量”和“有效量”可涵盖改善总体治疗、减少或避免疾病或病症的症状或病因或提高另一种治疗剂的治疗功效的量。
术语“反应性”或“有反应”当用于指治疗时是指所述治疗在减轻或减少所治疗的疾病(例如MM)的症状方面的有效程度。例如，术语“增加的反应性”当用于指细胞或对象的治疗时是指当采用本领域中已知的任何方法测量时，与(例如相同细胞或对象的或不同细胞或对象的)参考治疗相比，在减轻或减少疾病的症状方面的有效性增加。在某些实施方案中，有效性增加至少约5％、至少约10％、至少约20％、至少约30％、至少约40％或至少约50％。
当指用化合物治疗时，术语“敏感性”或“敏感”是相对术语，指的是化合物在减轻或减少所治疗的肿瘤或疾病的进展方面的有效程度。例如，术语“增加的敏感性”当用于指与化合物有关的细胞或肿瘤的治疗时是指肿瘤治疗的有效性增加至少约5％或更多。
术语“难治性”或“抗性”是指患者即使在强化治疗后仍在其淋巴系统、血液和/或血液形成组织(例如骨髓)中有残留癌细胞(例如多发性骨髓瘤细胞)的情况。在多发性骨髓瘤的情况下，术语“难治性或抗性”是指患者即使在强化治疗后在骨髓中仍有残留的骨髓瘤细胞和/或正常细胞减少的情况。要理解的是，难治性疾病是对治疗无反应(未能达到最小反应或发展为进行性疾病)或在最后一次给药大约60天内还有进展的疾病。
术语“复发”是指治疗后癌症已缓解的患者在其淋巴系统、血液和/或血液形成组织(例如骨髓)中重现癌细胞(例如多发性骨髓瘤细胞)和正常血细胞减少的情况。
癌症或癌症相关疾病的改善可表征为完全(CR)或部分反应(PR)。“完全反应”是指没有临床上可检测到的疾病，且任何先前异常的放射照像研究、骨髓和脑脊液(CSF)或异常单克隆蛋白质测量均正常化。“部分反应”是指在不存在新病变的情况下所有可测量的肿瘤负荷(即，对象体内存在的恶性细胞的数目或测得的肿瘤块的体积或异常单克隆蛋白的数量)减少至少约10％、约20％、约30％、约40％、约50％、约60％、约70％、约80％或约90％。术语“治疗”涵盖完全和部分反应。
在癌症的情况下，可通过以下来评估抑制：疾病进展的抑制、肿瘤生长的抑制、原发性肿瘤的减少、肿瘤相关症状的减轻、肿瘤分泌因子的抑制、原发性或继发性肿瘤的延迟出现、原发性或继发性肿瘤的发展减慢、原发性或继发性肿瘤的发生减少、疾病的继发效应减慢或严重程度降低、肿瘤生长停滞和肿瘤消退、进展时间(TTP)增加、无进展生存期(PFS)增加、总生存期(OS)增加等。如本文所用的OS意指从治疗开始直到由于任何原因死亡的时间。如本文所用的TTP意指从治疗开始直到肿瘤进展的时间；TTP不包括死亡。在一个实施方案中，PFS意指从治疗开始直到肿瘤进展或死亡的时间。在一个实施方案中，PFS意指从化合物的第一剂量到由于任何原因第一次出现疾病进展或死亡的时间。在一个实施方案中，将采用Kaplan-Meier估算法来计算PFS率。无事件生存期(EFS)意指从治疗开始直到任何治疗失败的时间，所述治疗失败包括疾病进展、由于任何原因中止治疗或死亡。在一个实施方案中，总反应率(ORR)意指获得反应的患者的百分比。在一个实施方案中，ORR意指获得完全和部分反应的患者百分比的总和。在一个实施方案中，ORR意指根据IMWG统一反应标准，最佳反应≥部分反应(PR)的患者的百分比。在一个实施方案中，反应持续时间(DoR)是从获得反应直到复发或疾病进展的时间。在一个实施方案中，DoR是从获得反应≥部分反应(PR)直到复发或疾病进展的时间。在一个实施方案中，DoR是从第一次记录到反应直到第一次记录到进行性疾病或死亡的时间。在一个实施方案中，DoR是从第一次记录到反应≥部分反应(PR)直到第一次记录到进行性疾病或死亡的时间。在一个实施方案中，反应时间(TTR)意指从化合物的第一剂量到第一次记录到反应的时间。在一个实施方案中，TTR意指从化合物的第一剂量到第一次记录到反应≥部分反应(PR)的时间。在极端情况下，完全抑制在本文中被称为预防或化学预防。在这种情况下，术语“预防”包括完全地预防临床上明显的癌症的发作或预防癌症的临床前明显阶段的发作。此定义还旨在涵盖防止向恶性细胞转化或者阻滞或逆转恶性前细胞到恶性细胞的进程。这包括对有患癌症的风险者进行预防性治疗。
在多发性骨髓瘤的情况下，可采用国际骨髓瘤工作组(IMWG)关于反应和最小残留疾病评估的共识标准(Rajkumar等人，Blood，2011，117(18)：4691-5；Kumar等人，LancetOncol.，2016，17(8)：e328-e346)来评估反应。所述标准可汇总如下(进一步的细节可见于Lancet Oncol.，2016，17(8)：e328-e346中)。
Figure BDA0002904803230000201
Figure BDA0002904803230000211
Figure BDA0002904803230000221
Figure BDA0002904803230000231
RD＝最小残留疾病。NGF＝下一代流式。NGS＝下一代测序。FLC＝游离轻链。M蛋白＝骨髓瘤蛋白。SPD＝被测病变的最大垂直直径的乘积之和。CRAB特征＝钙升高、肾衰竭、贫血、溶骨性病变。FCM＝流式细胞术。SUVmax＝最大标准化吸收值。18F-FDG PET＝18F-氟脱氧葡萄糖PET。
如本文所用，“诱导疗法”是指对疾病进行的第一次治疗或旨在诱导疾病(如癌症)完全缓解进行的第一次治疗。当单独采用诱导疗法时，其是公认的最佳可用疗法。如果检测到残留癌症，则用称为再诱导的另一化疗疗程治疗患者。如果患者在诱导疗法后处于完全缓解，则进行另外的巩固和/或维持疗法，以延长缓解或者可能治愈患者。
如本文所用，“巩固疗法”是指在首次达到缓解后针对疾病进行的治疗。例如针对癌症的巩固疗法是癌症在初始疗法后已消失之后进行的治疗。巩固疗法可包括放射疗法、干细胞移植或用癌症药物疗法治疗。巩固疗法也称为强化疗法和缓解后疗法。
如本文所用，“维持疗法”是指在达到缓解或最佳反应后为了预防或延迟复发而针对疾病进行的治疗。维持疗法可包括化疗、激素疗法或靶向疗法。
如本文所用，术语“参考水平”旨在表示生物标志物的对照水平，其用于评估来自个体的样品中的所述生物标志物的测试水平。参考水平可以是来自正常对象的样品中的正常参考水平，或来自疾病状态对象的疾病参考水平。正常参考水平是生物标志物在未患病的一个或多个对象中的表达量。疾病状态参考水平是生物标志物在对所述疾病或疾患的诊断为阳性的对象中的表达量。参考水平也可以是阶段特异性参考水平。阶段特异性参考水平是指疾病或疾患进展的给定阶段的特征性生物标志物的水平。参考水平也可以是在治疗之前或治疗期间的不同时间生物标志物的表达量。例如，参考水平可以是在治疗之前生物标志物在骨髓中的表达量。在另一实例中，参考水平可以是在治疗期间或之后的某一时刻生物标志物在血液中的表达。
术语“有可能”或“可能性”通常是指事件概率的增大。术语“有可能”当用于指患者的反应性时通常预期患者将对治疗化合物有反应的概率增大。术语“有可能”当用于指患者的反应性时通常也可意指生物标志物如mRNA或蛋白质表达的增加，这可证明患者将对治疗化合物有反应的概率增大。
如本文所用的术语“预测(predict/predicting)”通常意指预先确定或告知。例如当用于“预测”治疗的反应性时，术语“预测”可意指可以在一开始、在治疗已开始之前或者在治疗期已有实质性进展之前确定对癌症治疗有反应或无反应的可能性。
如本文所用的术语“监测(monitor/monitoring)”通常是指对活动的监视、监督、调控、观察、跟踪或监控。例如，术语“监测化合物的有效性”是指在患者或肿瘤细胞培养物中跟踪治疗癌症的有效性。类似地，术语“监测”当单独或在临床试验中与患者依从性结合使用时是指跟踪或确认患者实际上正在服用处方测试的药物。可例如通过追踪mRNA或蛋白质生物标志物的表达来进行监测。
如本文所用，术语“T细胞激活”和“激活的T细胞”旨在表示对静息的幼稚T细胞进行细胞激活，使其成为能够诱导肿瘤细胞死亡的效应T细胞。可通过T细胞受体(TCR)/CD3复合物与抗原的相互作用来引发T细胞激活。示例性激活的T细胞表现出的细胞反应包括但不限于细胞增殖、细胞因子分泌和/或效应子功能。在本申请的情况下，可通过用化合物1、化合物2或化合物3处理来诱导T细胞激活。
如本文所用，术语“T细胞激活相关细胞因子”是指由激活的T细胞分泌的或者相对于静息的幼稚T细胞在激活的T细胞中分泌增加的众多因子中的任何因子。T细胞激活相关细胞因子的非限制性实例包括IL-2、IFNγ和TNFα。
如本文所用的术语“调控”是指控制分子的活性或生物功能，如增强或减弱活性或功能。
“生物学标志物”或“生物标志物”是这样的物质，其检测指示特定的生物学状态，举例如癌症的存在。可单独地测定示例性生物标志物。要理解的是，可同时测量数种生物标志物。普通技术人员将理解的是，“生物标志物”指示可能与对治疗的反应或患者对治疗有反应的可能性相关的mRNA表达水平的变化。生物标志物可以是核酸，如mRNA或cDNA。生物标志物也可以是蛋白质。生物标志物的具体实例有在外周血中循环的一种或多种肿瘤细胞(即，循环肿瘤细胞，CTC)。生物标志物也可以是基因的结构或序列的改变，从而产生由DNA中的单个碱基单位的改变或者基因或染色体的较大部分的缺失、插入或重排造成的变体形式。
另外的示例性“生物标志物”指示可能与对治疗的反应或患者对治疗有反应的可能性相关的多肽或蛋白质表达水平的变化。生物标志物可以是多肽或蛋白质或其片段。可通过本领域中已知的方法来测定具体蛋白质的相对水平。例如，可采用基于抗体的方法，如免疫印迹、酶联免疫吸附测定(ELISA)或其它方法。
如本文中可互换使用的术语“多肽”和“蛋白质”是指通过肽键连接的连续排列的三个或更多个氨基酸的聚合物。术语“多肽”包括蛋白质、蛋白质片段、蛋白质类似物、寡肽等。如本文所用的术语“多肽”也可以指肽。组成多肽的氨基酸可以是天然来源的，或者可以是合成的。可以从生物样品中纯化多肽。多肽、蛋白质或肽也涵盖修饰的多肽、蛋白质和肽，例如糖多肽、糖蛋白或糖肽；或脂多肽、脂蛋白或脂肽。
如本文中可互换使用的术语“抗体”、“免疫球蛋白”或“Ig”涵盖完全组装的抗体和保留了与抗原特异性结合的能力的抗体片段。本文提供的抗体包括但不限于合成抗体、单克隆抗体、多克隆抗体、重组产生的抗体、多特异性抗体(包括双特异性抗体)、人抗体、人源化抗体、嵌合抗体、胞内抗体、单链Fv(scFv)(例如，包括单特异性、双特异性等)、骆驼源化抗体、Fab片段、F(ab’)片段、二硫键连接的Fv(sdFv)、抗独特型(抗Id)抗体和上述任何一者的表位结合片段。特别地，本文提供的抗体包括免疫球蛋白分子和免疫球蛋白分子的免疫活性部分，即含有与CRBN抗原免疫特异性结合的抗原结合位点的抗原结合结构域或分子(例如，抗CRBN抗体的一个或多个互补决定区(CDR))。免疫球蛋白可由重链和轻链组成。本文提供的抗体可以是免疫球蛋白分子的任何类别(例如IgG、IgE、IgM、IgD和IgA)或任何亚类(例如IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1和IgA2)。在一些实施方案中，抗CRBN抗体是完全人的，如完全人单克隆CRBN抗体。在某些实施方案中，本文提供的抗体是IgG抗体或其亚类(例如，人IgG1或IgG4)。在其它实施方案中，本文提供的抗体包括免疫球蛋白分子和免疫球蛋白分子的免疫活性部分，即含有与Aiolos、Ikaros、c-MYC、IRF4、胱天蛋白酶-3、BCMA、游离κ轻链或游离λ轻链免疫特异性结合的抗原结合位点的抗原结合结构域或分子。
术语“免疫球蛋白轻链”或“轻链”是指抗体的小多肽亚基。轻链可以是λ轻链或κ轻链。当轻链与重链连接时，轻链被称为“结合的轻链”。当轻链不与重链连接时，它们被称为“游离轻链(FLC)”。当可以在患者的血清或血浆中检测到游离轻链时，它们被称为“血清游离轻链”或“血浆游离轻链”。进一步要理解的是，“血清游离轻链”也可被称为“可溶性游离轻链”。本领域普通技术人员要理解的是，血清或血浆中的游离轻链的量与疾病负荷的量成比例，其中所述疾病是多发性骨髓瘤。还要理解的是，游离轻链的水平或游离轻κ与游离轻λ的比率可用于监测或诊断骨髓瘤。例如，正用化合物2治疗的患有多发性骨髓瘤的患者的血清中相对于游离轻链λ的异常高水平的游离轻链K的减少可用于监测用化合物2治疗的功效。类似地，在正用不同的化合物如来那度胺治疗的患者中游离轻链的增加可指示对治疗的抗性，并且可作为对化合物1、化合物2或化合物3反应的预测因子。
术语“抗原结合结构域”、“抗原结合区”、“抗原结合片段”及类似的术语是指抗体的包含与抗原相互作用并赋予结合剂其对所述抗原的特异性和亲和力的氨基酸残基的部分(例如，CDR)。抗原结合区可来源于任何动物物种，如啮齿动物(例如，兔、大鼠或仓鼠)和人。在一些实施方案中，抗原结合区是人源的。
如本文所用的术语“表位”是指抗原的表面上能够与抗体的一个或多个抗原结合区结合的局部区域，其在动物如哺乳动物(例如人)中具有抗原性或免疫原性活性，并且能够引发免疫反应。具有免疫原性活性的表位是多肽的一部分，其在动物中引发抗体反应。具有抗原活性的表位是多肽的一部分，如通过本领域中熟知的任何方法(例如通过本文所述的免疫测定法)确定，抗体与其免疫特异性结合。抗原表位不必具有免疫原性。表位通常由分子的化学活性表面基团组成，如氨基酸或糖侧链，并且具有特定的三维结构特征以及特定的电荷特征。对表位有贡献的多肽的区域可以是多肽的连续氨基酸，或者表位可同时来自多肽的两个或更多个非连续区域。表位可以是或者可以不是抗原的三维表面特征。
术语“cereblon”或“CRBN”及类似术语是指包含任何CRBN的氨基酸序列的多肽(“多肽”、“肽”和“蛋白质”在本文中可互换使用)，如人CRBN蛋白(例如，人CRBN亚型1，GenBank登记号NP_057386；或人CRBN亚型2，GenBank登记号NP_001166953，其每一者以引用的方式整体并入本文)，以及相关的多肽，包括其SNP变体。相关的CRBN多肽包括等位基因变体(例如，SNP变体)、剪接变体、片段、衍生物、取代变体、缺失变体、插入变体、融合多肽和种间同源物，它们在某些实施方案中保留了CRBN活性和/或足以产生抗CRBN免疫反应。
如本文所用，术语“cereblon相关蛋白”或“CAP”是指直接或间接与cereblon(CRBN)相互作用或结合的蛋白质。例如，该术语是指与cereblon直接结合的任何蛋白质，以及作为CRBN途径的间接下游效应子的任何蛋白质。示例性CAP有CRBN的底物，例如涉及CRBN的E3泛素连接酶复合物的蛋白质底物，如IKZF1、IKZF3、ZFP91，或其下游效应蛋白，如c-Myc或IRF4。
如本文所用，术语“cereblon调节剂化合物”是指与CRBN结合并改变其活性或底物特异性的化合物。例如，cereblon调节剂化合物的结合可增加IKZF1、IKZF3、ZFP91、IRF4或c-MYC的降解。示例性cereblon调节剂化合物可以是但不限于来那度胺、泊马度胺或类似的化合物。
如本文所用，术语“突变”是指基因结构的任何变化，其产生变体(也称“突变体”)形式。基因中的突变可能是由DNA中单个碱基的交替或者基因或染色体的较大部分的缺失、插入或重排引起的。在一些实施方案中，突变可影响功能或产生的蛋白质。例如，蛋白质的编码区中DNA的单个核苷酸的突变(即点突变)可产生编码不同氨基酸的密码子(即错义突变)。这种不同的氨基酸可改变蛋白质的结构，使得化合物或其衍生物不能结合和/或抑制蛋白质
术语“T细胞受体(TCR)克隆性”是指T细胞受体基因的种系构型向独特构型的体细胞改变，以便允许开发对给定抗原具有T细胞受体特异性的T细胞的克隆。T细胞受体基因(α、β、δ和γ)可经体细胞重排以产生异二聚体细胞表面T细胞受体。体细胞TCR基因重排可导致不同克隆(多克隆)的扩增，或具有单一TCR重排模式的T细胞群体的单克隆扩增。可通过标准分子生物学技术如PCR、Southern印迹或TCR的测序(例如下一代测序)来测定TCR克隆性。
术语“可溶性”是指生物分子在细胞外空间中(例如血清)而不是在细胞的表面上的形式。术语“可溶性B细胞成熟抗原”、“可溶性BCMA(sBCMA)”、“可溶性CD25”或“可溶性IL-2受体(sIL-2R)”是指作为蛋白质的释放形式并存在于血清中的可溶性蛋白质。
如本文所用的术语“表达的”或“表达”是指由基因转录以得到至少部分地与所述基因的两条核酸链之一的区域互补的RNA核酸分子。如本文所用的术语“表达的”或“表达”还指由RNA分子翻译以得到蛋白质、多肽或其一部分。
术语“水平”是指生物标志物分子的量、累积或比率。水平可例如由以下来表示：由基因编码的信使RNA(mRNA)的合成量或速率、由基因编码的多肽或蛋白质的合成量或速率或者在细胞或生物流体中累积的生物分子的合成量或速率。术语“水平”是指在稳态或非稳态条件下测定的样品中分子的绝对量或分子的相对量。
“上调”的mRNA通常在给定的处理或条件下是增加的。“下调”的mRNA通常是指mRNA的表达水平响应于给定的处理或条件而降低。在一些情况下，mRNA水平在给定的处理或条件下可保持不变。与未治疗的对照相比，当用药物治疗时，来自患者样品的mRNA可以被“上调”。这种上调可以是例如增加比较对照mRNA水平的约5％、约10％、约20％、约30％、约40％、约50％、约60％、约70％、约80％、约90％、约100％、约200％、约300％、约500％、约1,000％、约5,000％或更多。或者，响应于某些化合物或其它药剂的施用，mRNA可以被“下调”或以较低的水平表达。下调的mRNA可例如以比较对照mRNA水平的约99％、约95％、约90％、约80％、约70％、约60％、约50％、约40％、约30％、约20％、约10％、约1％或更低的水平存在。
类似地，与未治疗的对照相比，当用药物治疗时，来自患者样品的多肽或蛋白质生物标志物的水平可增加。这种增加可以是比较对照蛋白质水平的约5％、约10％、约20％、约30％、约40％、约50％、约60％、约70％、约80％、约90％、约100％、约200％、约300％、约500％、约1,000％、约5,000％或更多。或者，响应于某些化合物或其它药剂的施用，蛋白质生物标志物的水平可降低。这种降低可以是例如以多肽或蛋白质的比较对照水平的约99％、约95％、约90％、约80％、约70％、约60％、约50％、约40％、约30％、约20％、约10％、约1％或更低的水平存在。
此外，响应于某些化合物或其它药剂的施用，来自患者样品的CTC的水平可降低。这种降低可以是例如以CTC的比较对照水平的约99％、约95％、约90％、约80％、约70％、约60％、约50％、约40％、约30％、约20％、约10％、约1％或更低的水平存在。
与未治疗的对照相比，当用药物治疗时，TCR的DNA序列或TCR克隆性也可增加。体细胞TCR基因重排可导致不同克隆(多克隆)的扩增，或具有单一TCR重排模式的T细胞群体的单克隆扩增。特定克隆的这种增加可以是比较对照TCR克隆性的约5％、约10％、约20％、约30％、约40％、约50％、约60％、约70％、约80％、约90％、约100％、约200％、约300％、约500％、约1,000％、约5,000％或更多。
如本文所用的术语“确定”、“测量”、“评估(evaluating/assessing)”和“测定”通常是指任何形式的测量，并且包括确定元素是否存在。这些术语包括定量和/或定性测定。评估可以是相对的或绝对的。“评估......的存在”可包括确定存在的某种事物的量以及确定存在还是不存在。
术语“核酸”和“多核苷酸”在本文中可互换使用，描述由核苷酸例如脱氧核糖核苷酸或核糖核苷酸组成的任意长度的聚合物，或合成产生的化合物，其能够以类似于两种天然存在的核酸的序列特异性方式与天然存在的核酸杂交，例如可参与Watson-Crick碱基配对相互作用。如本文在多核苷酸序列的情况下所用，术语“碱基”与“核苷酸”即多核苷酸的单体亚基同义。术语“核苷”和“核苷酸”旨在包括不仅含有已知的嘌呤和嘧啶碱基而且还含有其它已被修饰的杂环碱基的那些部分。这类修饰包括甲基化嘌呤或嘧啶、酰化嘌呤或嘧啶、烷基化核糖或其它杂环。此外，术语“核苷”和“核苷酸”包括不仅含有常规核糖和脱氧核糖而且还含有其它糖的那些部分。修饰的核苷或核苷酸还包括对糖部分的修饰，例如其中一个或多个羟基被卤素原子或脂族基团置换，或者被官能化为醚、胺等。“类似物”是指具有文献中认定为是模拟物、衍生物的结构特征、具有类似结构的分子，或其它类似术语，并且包括例如结合了非天然核苷酸的多核苷酸、核苷酸模拟物如2’-修饰的核苷、肽核酸、寡聚核苷膦酸酯和添加了取代基如保护基或连接部分的任何多核苷酸。
术语“互补”是指基于多核苷酸的序列在多核苷酸之间的特异性结合。如本文所用，如果第一多核苷酸和第二多核苷酸在严格条件下的杂交测定中彼此结合，例如如果它们在杂交测定中产生给定的或可检测的信号水平，则它们是互补的。如果多核苷酸的部分遵循常规的碱基配对规则，例如A与T(或U)配对，且G与C配对，则它们是彼此互补的，尽管可能存在小区域(例如少于约3个碱基)的错配、插入或缺失序列。
在两个核酸序列情况下的“序列同一性”或“同一性”是指当在指定的比较窗口上进行最大一致性比对时在两个序列中是相同的残基，并且可考虑添加、删除和替换。
在多核苷酸的情况下，术语“基本同一性”或“同源”通常以其各种语法形式表示多核苷酸包含与参考序列相比具有所需同一性的序列，例如具有至少60％同一性、至少70％同一性、至少80％同一性、至少90％同一性和至少95％同一性。核苷酸序列基本上是同一性的另一个指示是，是否两个分子在严格条件下彼此杂交。
术语“分离的”和“纯化的”是指物质(如mRNA、DNA或蛋白质)的分离，使得该物质占其所在的样品的很大一部分，即大于该物质通常以其天然或未分离状态存在的部分。通常，样品的很大一部分占例如样品的大于1％、大于2％、大于5％、大于10％、大于20％、大于50％或更多，通常多达约90％-100％。例如，分离的mRNA的样品通常可包含至少约1％的总mRNA。纯化多核苷酸的技术是本领域中熟知的，包括例如凝胶电泳、离子交换色谱法、亲和色谱法、流式分选和根据密度沉降。
如本文所用，术语“结合”表示直接或间接连接。在化学结构的情况下，“结合”(或“键合”)可以指存在直接连接两个部分或间接连接两个部分(例如，经由分子的连接基团或任何其它中间部分)的化学键。化学键可以是共价键、离子键、配位络合物、氢键、范德华相互作用或疏水性堆积，或者可表现出多种类型的化学键的特征。在某些情况下，“结合”包括连接是直接的实施方案和连接是间接的实施方案。
如本文所用的术语“样品”涉及含有所关注的一种或多种组分的材料或材料的混合物，通常但不一定呈流体形式。
如本文所用的“生物样品”是指获自生物对象的样品，包括在体内或原位获得、取得或收集的生物组织或流体来源的样品。生物样品还包括来自生物对象的含有癌前或癌细胞或组织的区域的样品。这类样品可以是但不限于分离自哺乳动物的器官、组织和细胞。示例性生物样品包括但不限于细胞裂解物、细胞培养物、细胞系、组织、口腔组织、胃肠组织、器官、细胞器、生物流体、血液样品、尿液样品、皮肤样品等。优选的生物样品包括但不限于全血、部分纯化的血液、PBMC、组织活检，包括骨髓核活检、骨髓穿刺液、分离的骨髓单核细胞、循环肿瘤细胞等。
如本文所用的术语“循环肿瘤细胞(CTC)”是指在外周血中检测到的自骨髓中的肿瘤细胞脱落的多发性骨髓瘤细胞。在一些实施方案中，CTC可作为反应和预后的生物标志物。在其它实施方案中，MM中的CTC的突变态势可以是生物标志物。
如本文所用的术语“分析物”是指样品的已知或未知组分。
如本文所用的术语“捕获剂”是指通过相互作用结合mRNA或蛋白质的试剂，所述相互作用足以允许所述试剂结合并从异质混合物中浓缩mRNA或蛋白质。
如本文所用的术语“探针”是指针对特定靶mRNA生物标志物序列的捕获剂。因此，探针组的每一探针具有相应的靶mRNA生物标志物。探针/靶mRNA双链体是通过将探针与其靶mRNA生物标志物杂交形成的结构。
术语“核酸探针”或“寡核苷酸探针”是指通常通过形成氢键来通过互补碱基配对而能够与互补序列的靶核酸(如本文提供的mRNA生物标志物)结合的核酸。如本文所用，探针可包括天然的(例如，A、G、C或T)或修饰的碱基(7-脱氮鸟苷、肌苷等)。此外，探针中的碱基可通过磷酸二酯键以外的键联连接，只要其不干扰杂交即可。本领域技术人员将要理解的是，根据杂交条件的严格性，探针可结合与探针序列缺乏完全互补性的靶序列。探针优选用标签直接标记，例如发色团、发光团、色原体，或者用链霉亲和素复合物之后可与之结合的生物素间接标记。通过测定探针的存在或不存在，可以检测所关注的靶mRNA生物标志物的存在或不存在。
术语“严格的测定条件”是指这样的条件，其与产生具有足以在测定中提供所需特异性水平的互补性的核酸结合对(例如，探针和靶mRNA)相容，而通常与在互补性不足以提供所需特异性的结合成员之间形成结合对不相容。术语“严格的测定条件”通常是指杂交和洗涤条件的组合。
关于核酸的“标记”或“可检测部分”是指当与核酸连接时使得例如可通过光谱学、光化学、生物化学、免疫化学或化学手段检测所述核酸的组合物。示例性标记包括但不限于放射性同位素、磁珠、金属珠、胶体颗粒、荧光染料、酶、生物素、地高辛配基、半抗原等。“标记的核酸或寡核苷酸探针”通常是这样的探针，其通过接头或化学键以共价方式或者通过离子键、范德华力、静电引力、疏水相互作用或氢键以非共价方式与标记结合，使得可以通过检测与所述核酸或探针结合的标记的存在来检测所述核酸或探针的存在。
如本文所用的术语“聚合酶链反应”或“PCR”通常是指例如第4,683,195号美国专利中所述的扩增少量核酸、RNA和/或DNA的程序。一般来说，需要获得来自所关注的区域末端或以外的序列信息，以便可以设计寡核苷酸引物；这些引物将在序列上与要扩增的模板的相反链相同或相似。两种引物的5’末端核苷酸可与扩增的物质的末端一致。PCR可用于扩增特异性RNA序列、来自总基因组DNA的特异性DNA序列和由总细胞RNA、噬菌体或质粒序列转录的cDNA等。通常参见Mullis等人，Cold Spring Harbor Symp.Quant.Biol.1987，51：263-273；PCR Technology(Stockton Press，NY，Erlich编，1989)。
术语“循环数”或“CT”当用在本文中指PCR方法时是指荧光水平达到给定的设定阈值水平时的PCR循环数。CT测量值可用于例如估算原始样品中的mRNA水平。当将一种核酸的CT从另一种核酸的CT中减去时，通常使用“dCT”或“CT差”评分来表示CT测量值。
如本文所用，术语“化合物”和“治疗化合物”可互换使用，包括化合物1、化合物2、化合物3或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
如本文所用的“互变异构体”是指化合物的彼此平衡的异构形式。异构形式的浓度将取决于化合物所存在的环境，并且可根据例如所述化合物是固体还是在有机溶液或水溶液中而不同。例如，在水溶液中，吡唑可表现为彼此称作互变异构体的以下异构形式：
Figure BDA0002904803230000291
如本文所用且除另指出外，术语“药学上可接受的盐”包括但不限于胺盐，所述胺如但不限于N，N′-二苄基乙二胺、氯普鲁卡因、胆碱、氨、二乙醇胺和其它羟烷基胺、乙二胺、N-甲基葡糖胺、普鲁卡因、N-苄基苯乙胺、1-对氯苄基-2-吡咯烷-1′-基甲基-苯并咪唑、二乙胺及其它烷基胺、哌嗪和三(羟甲基)氨基甲烷；碱金属盐，所述碱金属如但不限于锂、钾和钠；碱土金属盐，所述碱土金属如但不限于钡、钙和镁；过渡金属盐，所述过渡金属如但不限于锌；及其它金属盐，如但不限于磷酸氢钠和磷酸二钠；并且还包括但不限于无机酸的盐，如但不限于盐酸盐和硫酸盐；和有机酸的盐，如但不限于乙酸盐、乳酸盐、苹果酸盐、酒石酸盐、柠檬酸盐、抗坏血酸盐、琥珀酸盐、丁酸盐、戊酸盐、富马酸盐和有机磺酸盐。
除另有具体说明外，在化合物可采取替代的互变异构、区域异构和/或立体异构形式的情况下，要求保护的主题范围内旨在涵盖所有替代的异构体。例如，在化合物可具有两种互变异构形式之一的情况下，本文旨在涵盖这两种互变异构体。
因此，本文提供的化合物可以是对映异构体纯的，或者是立体异构体或非对映异构体的混合物。如本文所用且除另指出外，术语“立体异构体纯”意指包含化合物的一种立体异构体且基本上不含该化合物的其它立体异构体的组合物。例如，具有一个手性中心的化合物的立体异构体纯的组合物将基本上不含所述化合物的相反的对映异构体。具有两个手性中心的化合物的立体异构体纯的组合物将基本上不含所述化合物的其它非对映异构体。典型立体异构体纯的化合物包含多于约80重量％的化合物的一种立体异构体和少于约20重量％的化合物的其它立体异构体，更优选多于约90重量％的化合物的一种立体异构体和少于约10重量％的化合物的其它立体异构体，甚至更优选多于约95重量％的化合物的一种立体异构体和少于约5重量％的化合物的其它立体异构体，且最优选多于约97重量％的化合物的一种立体异构体和少于约3重量％的化合物的其它立体异构体。如本文所用的立体异构体纯的化合物包含多于约80重量％的化合物的一种立体异构体，更优选多于约90重量％的化合物的一种立体异构体，甚至更优选多于约95重量％的化合物的一种立体异构体，且最优选多于约97重量％的化合物的一种立体异构体。如本文所用且除另指出外，术语“立体异构体富集的”意指包含多于约60重量％的化合物的一种立体异构体、优选多于约70重量％、更优选多于约80重量％的化合物的一种立体异构体的组合物。如本文所用且除另指出外，术语“对映异构体纯”意指化合物的具有一个手性中心的立体异构体纯组合物。类似地，术语“立体异构体富集”意指化合物的具有一个手性中心的立体异构体富集组合物。如本文所用，立体异构体或非对映异构体混合物意指包含化合物的一种以上立体异构体的组合物。化合物的典型立体异构体混合物包含约50重量％的化合物的一种立体异构体和约50重量％的化合物的其它立体异构体，或者包含多于约50重量％的化合物的一种立体异构体和少于约50重量％的化合物的其它立体异构体，或者包含多于约45重量％的化合物的一种立体异构体和少于约55重量％的化合物的其它立体异构体，或者包含多于约40重量％的化合物的一种立体异构体和少于约60重量％的化合物的其它立体异构体，或者包含多于约35重量％的化合物的一种立体异构体和少于约65重量％的化合物的其它立体异构体。
要理解的是，本文提供的化合物可含有手性中心。这类手性中心可以是(R)或(S)构型的，或者可以是其混合物。要理解的是，本文提供的化合物的手性中心可在体内经历差向异构化。如此，本领域技术人员将会认识到，对于在体内经历差向异构化的化合物，将化合物以其(R)形式施用等同于将化合物以其(S)形式施用。
光学活性的(+)和(-)、(R)-和(S)-或(D)-和(L)-异构体可使用手性合成子或手性试剂进行制备，或者采用常规技术如手性固定相上的色谱法进行拆分。
在本文的描述中，如果化学名称和化学结构之间有任何差异，则以结构为准。
还应当指出的是，化合物的一个或多个原子可含有非天然比例的原子同位素。例如，化合物可用放射性同位素进行放射性标记，举例如氚(3H)、碘-125(125I)、硫-35(35S)或碳-14(14C)，或者可以是同位素富集的，如富氘(2H)、碳-13(13C)或氮-15(15N)。如本文所用，“同位素体(isotopolog/isotopologue)”是同位素富集的化合物。术语“同位素富集”是指这样的原子，其同位素组成不同于该原子的天然同位素组成。“同位素富集”也可指含有至少一个原子的化合物，该原子的同位素组成不同于该原子的天然同位素组成。术语“同位素组成”是指给定原子存在的每种同位素的量。放射性标记和同位素富集的化合物可用作治疗剂(例如，癌症和炎症治疗剂)、研究试剂(例如，结合测定试剂)和诊断剂(例如，体内显像剂)。本文提供的实施方案的范围内旨在涵盖如本文所述的化合物的所有同位素变体，无论是否具有放射性。在一些实施方案中，提供了化合物的同位素体，例如同位素体是富氘、碳-13或氮-15的化合物。在一些实施方案中，本文提供的同位素体是富氘化合物。在一些实施方案中，本文提供的同位素体是富氘化合物，其中氘化发生在手性中心上。在一些实施方案中，本文提供了化合物1的化合物的同位素体，其中氘化发生在手性中心上。在一些实施方案中，本文提供了化合物2的同位素体，其中氘化发生在手性中心上。在一些实施方案中，本文提供了化合物3的同位素体，其中氘化发生在手性中心上。
应该指出的是，如果所描绘的结构与给予该结构的名称之间存在差异，则所描绘的结构应被给予更大的权重。此外，如果没有用例如粗线或虚线表示结构或结构的一部分的立体化学，则该结构或结构的一部分要被解释为涵盖其所有的立体异构体。
如本文所述，术语“第二活性剂”是指具有生物活性的任何另外的治疗。要理解的是，第二活性剂可以是造血生长因子、细胞因子、抗癌剂、抗生素、cox-2抑制剂、免疫调节剂、免疫抑制剂、皮质类固醇、与癌抗原特异性结合的治疗性抗体或其药理学活性突变体或衍生物。
术语“支持性护理剂”是指治疗、预防或控制用化合物1、化合物2或化合物3或其对映异构体或对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐治疗的副作用的任何物质。要理解的是，术语“支持护理疗法”是指主要针对维持患者的力气和/或舒适度的任何治疗剂。示例性支持护理疗法包括但不限于用于疼痛控制的疗法、静脉内液体和电解质支持，如等渗盐水、葡萄糖盐水或平衡类晶体溶液。
术语“生物疗法”是指施用生物治疗剂，如脐带血、干细胞、生长因子等。
术语“共同施用”和“与......组合”包括没有具体时间限制地同时、并行或顺序地施用一种或多种治疗剂(例如，本文提供的化合物和另一种抗多发性骨髓瘤剂、癌症剂或支持性护理剂)。在一个实施方案中，药剂同时存在于细胞或患者体内，或者同时发挥其生物学作用或治疗作用。在一个实施方案中，治疗剂在同一组合物或单位剂型中。在另一实施方案中，治疗剂在分开的组合物或单位剂型中。
如本文所用，术语“免疫特异性结合”、“免疫特异性识别”、“特异性结合”和“特异性识别”在抗体的背景下是类似的术语，并且是指与抗原/表位结合的分子，因为这种结合是本领域技术人员所理解的。与靶结构或其亚基特异性结合的抗体不与靶结构家族以外的生物分子交叉反应。在一些实施方案中，抗体或抗体片段以大于10-7M、10-8M、10-9M、10-10M或10-11M、10-8M与10-11M之间、10-9M与10-10M之间或10-10M与10-11M之间的特异性亲和力与选定的抗原结合。例如，与抗原特异性结合的分子(例如，抗体)可通常以较低的亲和力与其它肽或多肽结合，如通过例如免疫测定法或本领域中已知的其它测定法测定。在具体的实施方案中，与抗原特异性结合的分子不与其它蛋白质交叉反应。
如本文所述，术语“可检测标记”是指特异性标签与抗体连接，以帮助检测或分离/纯化蛋白质。标记类型的实例包括但不限于放射性同位素、荧光团(例如，异硫氰酸荧光素(FITC)、藻红蛋白(PE))、化学发光、酶报告子和元素颗粒(例如，金颗粒)。检测可以是直接的或间接的。光学方法包括显微镜检查(共焦和非共焦两者)、成像方法和非成像方法。电化学方法包括伏安法和安培法。射频方法包括多极共振光谱法。
术语“约”或“大约”意指如由本领域普通技术人员测定的特定值的可接受误差，其部分地取决于所述值的测量或测定方式。在某些实施方案中，术语“约”或“大约”意指1、2、3或4个标准偏差内。在某些实施方案中，术语“约”或“大约”意指在给定值或范围的50％、20％、15％、10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％、1％、0.5％或0.05％内。
除另指出外，本文提供的实施方案的实施将采用分子生物学、微生物学和免疫学的常规技术，这些技术在本领域技术人员的技能范围之内。文献中对这类技术有充分的说明。特别适合供参考的教科书的实例包括以下：Sambrook等人，Molecular Cloning：A Laboratory Manual(第2版，1989)；Glover编，DNA Cloning，第I和II卷(1985)；Gait编，Oligonucleotide Synthesis(1984)；Hames和Higgins编，Nucleic Acid Hybridization(1984)；Hames和Higgins编，Transcription and Translation(1984)；Freshney编，Animal Cell Culture：Immobilized Cells and Enzymes(IRL Press，1986)；Immunochemical Methods in Cell and Molecular Biology(Academic Press，London)；Scopes，Protein Purification：Principles and Practice(Springer Verlag，N.Y.，第2版1987)；和Weir和Blackwell编，Handbook of Experimental Immunology，第I-IV卷(1986)。
5.2生物标志物及其使用方法
本文提供的方法部分地基于以下发现，即在对给定治疗例如化合物有反应的患有MM的对象中观察到化合物治疗后某些生物标志物的可检测的增加或减少，所述化合物如化合物1、化合物2或化合物3或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐，如下文第5.7节中所述，并且这些生物标志物的水平可用于预测对象对治疗的反应性。在一些实施方案中，生物标志物的水平可预测对化合物1、化合物2或化合物3的反应。在一些实施方案中，所述化合物如本文所述。在某些实施方案中，所述化合物是化合物1、化合物2或化合物3。在一个实施方案中，所述化合物是化合物1。在另一实施方案中，所述化合物是化合物2。在又一实施方案中，所述化合物是化合物3。
根据一方面，本发明涉及用于治疗、预防和/或控制如本文提供的疾病的方法的化合物1、化合物2或化合物3。
如第6节的实施例中所述，并且如图中所示，某些蛋白质、分子、mRNA或细胞组成的水平响应于用化合物1、化合物2或化合物3处理而变化。这些生物标志物包括CRBN、IKZF1、IKZF3、ZFP91、c-Myc、IRF4、胱天蛋白酶-1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶-7、PARP、生存蛋白、Bcl-2样蛋白11(BIM)、血清游离轻链(sFLC)、p21、p27、pRb1、IL-2、TNFα、IFNγ、肿瘤浸润性淋巴细胞(TIL)、T细胞抗原受体(TCR)克隆性和循环肿瘤细胞(CTC)。此外，实施例和附图显示，在用化合物1、化合物2或化合物3治疗后，某些蛋白质的表达发生变化，并且可作为生物标志物，用于预测对治疗的反应和/或选择有可能对用化合物1、化合物2或化合物3治疗有反应的患者。这些生物标志物包括CRBN。因此，在一些实施方案中，本文提供的生物标志物选自由CRBN、IKZF1、IKZF3、ZFP91、c-Myc、IRF4、胱天蛋白酶-1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶-7、PARP、生存蛋白、Bcl-2样蛋白11(BIM)、血清游离轻链(sFLC)、p21、p27、pRb1、IL-2、TNFα、IFNγ、肿瘤浸润性淋巴细胞(TIL)、T细胞抗原受体(TCR)克隆性和循环肿瘤细胞(CTC)组成的组。本文提供的每种生物标志物包括其各种亚型、磷酸化形式、裂解形式、修饰形式和剪接变体。例如，胱天蛋白酶-3包括胱天蛋白酶-3的裂解形式，胱天蛋白酶-1包括裂解胱天蛋白酶-1，胱天蛋白酶-7包括裂解胱天蛋白酶-7，PARP包括裂解PARP，且pRb1包括磷酸化pRb1。因此，在一些实施方案中，这些生物标志物的亚型、磷酸化形式、裂解形式、修饰形式和/或剪接变体的水平响应于化合物治疗而增加或减少，且因此生物标志物的这些亚型、磷酸化形式、裂解形式、修饰形式和/或剪接变体可用于预测患者的反应。
IKAROS家族锌指1(IKZF1，也称为Ikaros)和IKAROS家族锌指3(IKZF3，也称为Aiolos)是参与调控淋巴细胞发育的造血特异性转录因子。IKZF1和IKZF3的表达局限于胎儿和成人血液淋巴生成系统，并充当淋巴细胞分化的调控剂。基因表达的调控涉及Ikaros同二聚体、Ikaros/Aiolos异二聚体和Aiolos同二聚体。在正常和白血病B细胞中都发现了人Ikaros和Aiolos的多种亚型。非DNA结合亚型主要存在于细胞质中，并且被认为充当显性阴性因子。一些显性阴性亚型的过表达与B细胞恶性肿瘤相关，如急性成淋巴细胞性白血病(ALL)。
胱天蛋白酶-1、-3和-7是胱天蛋白酶家族的成员。胱天蛋白酶-3裂解并激活胱天蛋白酶-7以及胱天蛋白酶-6和-9。胱天蛋白酶7的裂解发生在细胞死亡刺激后，并且诱导凋亡。胱天蛋白酶-3本身由胱天蛋白酶-8、-9和-10加工。效应胱天蛋白酶的胱天蛋白酶-3、-6和-7使许多细胞内蛋白质进行蛋白水解降解以实现细胞凋亡。胱天蛋白酶-3直到其在凋亡信号传导事件发生后被起始胱天蛋白酶裂解前几乎没有活性。类似地，前胱天蛋白酶-1在裂解后被转化为活性胱天蛋白酶-1，并且胱天蛋白酶-1也参与一些形式的凋亡。此外，聚(ADP-核糖)聚合酶(PARP)可被胱天蛋白酶裂解。例如，已知PARP在凋亡期间被胱天蛋白酶-3裂解。PARP是参与调控各种重要的细胞过程如分化、增殖和肿瘤转化的蛋白质家族。PARP还调控参与DNA损伤后细胞恢复的分子事件。生存蛋白可抑制胱天蛋白酶激活，从而防止凋亡。另一种参与促进凋亡的蛋白质是Bcl-2样蛋白11(BIM)。血清游离轻链(sFLC)也可促进凋亡。因此，在一些实施方案中，裂解胱天蛋白酶-1(c-胱天蛋白酶-1)、裂解胱天蛋白酶-3(c-胱天蛋白酶-3)、裂解胱天蛋白酶-7(c-胱天蛋白酶-7)、裂解PARP、生存蛋白、BIM和血清游离轻链(sFLC)是指示凋亡的生物标志物。
在本文提供的各种方法的某些实施方案中，生物标志物是直接或间接受cereblon(CRBN)影响的蛋白质，例如通过蛋白质-蛋白质相互作用(例如，某些CRBN底物或其下游效应子)或者通过各种细胞途径(例如，信号转导途径)受影响。在具体的实施方案中，生物标志物是CRBN相关蛋白(CAP)。在一些实施方案中，生物标志物是直接或间接受CRBN影响的蛋白质的mRNA。在其它实施方案中，生物标志物是直接或间接受CRBN影响的蛋白质的cDNA。蛋白质CRBN存在至少两种亚型，分别为442和441个氨基酸长。
如实施例中所述，用化合物1-3处理降低了Aiolos、Ikaros、ZFP91、c-Myc和IRF4的水平(例如，图4)。因此，检测CRBN相关蛋白的水平可有助于监测功效、预测反应、确认有可能有反应的患有癌症的对象、治疗癌症、确认有可能对治疗化合物有反应的患有多发性骨髓瘤的对象以及确定或调整用治疗化合物治疗患有多发性骨髓瘤的对象的剂量。因此，在一些实施方案中，生物标志物是CRBN相关蛋白，且治疗化合物是化合物1。在其它实施方案中，生物标志物是CRBN相关蛋白，且治疗化合物是化合物2。还在其它实施方案中，在一些实施方案中，生物标志物是CRBN相关蛋白，且治疗化合物是化合物3。在某些实施方案中，生物标志物是选自由Aiolos、Ikaros、ZFP91、c-Myc和IRF4组成的组的CRBN相关蛋白。在某些具体实施方案中，生物标志物是选自由Aiolos、Ikaros、ZFP91、c-Myc和IRF4组成的组的CRBN相关蛋白，且治疗化合物是化合物1。在某些具体实施方案中，生物标志物是选自由Aiolos、Ikaros、ZFP91、c-Myc和IRF4组成的组的CRBN相关蛋白，且治疗化合物是化合物2。在某些具体实施方案中，生物标志物是选自由Aiolos、Ikaros、ZFP91、c-Myc和IRF4组成的组的CRBN相关蛋白，且治疗化合物是化合物3。
在一些实施方案中，生物标志物是IKAROS家族成员锌指转录因子，如IKZF1或IKZF3。在具体的实施方案中，生物标志物是IKZF1，且治疗化合物是化合物1。在另一具体实施方案中，生物标志物是IKZF1，且治疗化合物是化合物2。在另一具体实施方案中，生物标志物是IKZF1，且治疗化合物是化合物3。在具体的实施方案中，生物标志物是IKZF3，且治疗化合物是化合物1。在另一具体实施方案中，生物标志物是IKZF3，且治疗化合物是化合物2。在另一具体实施方案中，生物标志物是IKZF3，且治疗化合物是化合物3。在具体的实施方案中，生物标志物是ZFP91，且治疗化合物是化合物1。在另一具体实施方案中，生物标志物是IZFP91，且治疗化合物是化合物2。在另一具体实施方案中，生物标志物是ZFP91，且治疗化合物是化合物3。在又一具体实施方案中，生物标志物是c-Myc，且治疗化合物是化合物1。在另一具体实施方案中，生物标志物是c-Myc，且治疗化合物是化合物2。在另一具体实施方案中，生物标志物是c-Myc，且治疗化合物是化合物3。在另一具体实施方案中，生物标志物是IRF4，且治疗化合物是化合物1。在另一具体实施方案中，生物标志物是IRF4，且治疗化合物是化合物2。在另一具体实施方案中，生物标志物是IRF4，且治疗化合物是化合物3。在其它实施方案中，生物标志物是IKZF1、IKZF3、ZFP91、c-Myc或IRF4的结合伴侣、其下游效应子或在细胞途径中受其影响的因子。
如实施例中所述，凋亡途径中的蛋白质如胱天蛋白酶-1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶-7、PARP、生存蛋白、BIM和sFLC的水平随治疗化合物1-3而变化。例如，用化合物1-3进行治疗可提高多发性骨髓瘤细胞中的c-胱天蛋白酶-3、c-胱天蛋白酶-1、c-胱天蛋白酶-7、裂解PARP、BIM和sFLC的水平，从而指示凋亡。用化合物1-3进行治疗也可降低生存蛋白的水平，从而指示凋亡。检测凋亡可有助于监测功效、预测反应、确认有可能有反应的患有癌症的对象、治疗癌症、确认有可能对治疗化合物有反应的患有多发性骨髓瘤的对象以及确定或调整用治疗化合物治疗患有多发性骨髓瘤的对象的剂量。因此，在一些实施方案中，生物标志物在凋亡途径中具有功能。在某些实施方案中，生物标志物在凋亡途径中具有功能，且治疗化合物是化合物1。在某些实施方案中，生物标志物在凋亡途径中具有功能，且治疗化合物是化合物2。在某些实施方案中，生物标志物在凋亡途径中具有功能，且治疗化合物是化合物3。
在具体的实施方案中，生物标志物在凋亡途径中具有功能，并且选自由裂解胱天蛋白酶-1(c-胱天蛋白酶-1)、裂解胱天蛋白酶-3(c-胱天蛋白酶-3)、裂解胱天蛋白酶-7(c-胱天蛋白酶-7)、裂解PARP、生存蛋白、BIM BCL-2样蛋白11(BIM)和血清游离轻链组成的组。因此，在一些实施方案中，生物标志物在凋亡途径中具有功能，并且选自由裂解胱天蛋白酶1(c-胱天蛋白酶1)、裂解胱天蛋白酶3(c-胱天蛋白酶3)、裂解胱天蛋白酶7(c-胱天蛋白酶7)、裂解PARP、生存蛋白、BIM BCL-2样蛋白11(BIM)和血清游离轻链组成的组，且治疗化合物是化合物1。在一些实施方案中，生物标志物在凋亡途径中具有功能，并且选自由裂解胱天蛋白酶1(c-胱天蛋白酶1)、裂解胱天蛋白酶3(c-胱天蛋白酶3)、裂解胱天蛋白酶7(c-胱天蛋白酶7)、裂解PARP、生存蛋白、BIM BCL-2样蛋白11(BIM)和血清游离轻链组成的组，且治疗化合物是化合物2。在一些实施方案中，生物标志物在凋亡途径中具有功能，并且选自由裂解胱天蛋白酶1(c-胱天蛋白酶1)、裂解胱天蛋白酶3(c-胱天蛋白酶3)、裂解胱天蛋白酶7(c-胱天蛋白酶7)、裂解PARP、生存蛋白、BIM BCL-2样蛋白11(BIM)和血清游离轻链组成的组，且治疗化合物是化合物3。在具体的实施方案中，包括裂解胱天蛋白酶-3在内的胱天蛋白酶-3的水平是生物标志物，且治疗化合物是化合物1。在一些实施方案中，包括裂解胱天蛋白酶-3在内的胱天蛋白酶-3的水平是生物标志物，且治疗化合物是化合物2。在一些实施方案中，包括裂解胱天蛋白酶-3在内的胱天蛋白酶-3的水平是生物标志物，且治疗化合物是化合物3。在一些实施方案中，包括裂解胱天蛋白酶-1在内的胱天蛋白酶-1的水平是生物标志物，且治疗化合物是化合物1。在一些实施方案中，包括裂解胱天蛋白酶-1在内的胱天蛋白酶-1的水平是生物标志物，且治疗化合物是化合物2。在一些实施方案中，包括裂解胱天蛋白酶-1在内的胱天蛋白酶-1的水平是生物标志物，且治疗化合物是化合物3。在一些实施方案中，包括裂解胱天蛋白酶-7在内的胱天蛋白酶-7的水平是生物标志物，且治疗化合物是化合物1。在一些实施方案中，包括裂解胱天蛋白酶-7在内的胱天蛋白酶-7的水平是生物标志物，且治疗化合物是化合物2。在一些实施方案中，包括裂解胱天蛋白酶-7在内的胱天蛋白酶-7的水平是生物标志物，且治疗化合物是化合物3。在一些实施方案中，包括裂解PARP在内的PARP的水平是生物标志物，且治疗化合物是化合物1。在一些实施方案中，包括裂解PARP在内的PARP的水平是生物标志物，且治疗化合物是化合物2。在一些实施方案中，包括裂解PARP在内的PARP的水平是生物标志物，且治疗化合物是化合物3。在一些实施方案中，生存蛋白的水平是生物标志物，且治疗化合物是化合物1。在一些实施方案中，生存蛋白的水平是生物标志物，且治疗化合物是化合物2。在一些实施方案中，生存蛋白的水平是生物标志物，且治疗化合物是化合物3。在一些实施方案中，BIM的水平是生物标志物，且治疗化合物是化合物1。在一些实施方案中，BIM的水平是生物标志物，且治疗化合物是化合物2。在一些实施方案中，BIM的水平是生物标志物，且治疗化合物是化合物3。此外，血清游离轻链(sFLC)和CTC水平的变化随治疗化合物1-3而变化。例如，用化合物1-3治疗可减少在血液或血清/血浆中检测到的sFLC的量。因此，在一些实施方案中，sFLC是生物标志物，且治疗化合物是化合物1。在一些实施方案中，sFLC是生物标志物，且治疗化合物是化合物2。在一些实施方案中，sFLC是生物标志物，且治疗化合物是化合物3。类似地，用化合物1-3治疗可减少在外周血中检测到的CTC的量。因此，在一些实施方案中，外周血中CTC的水平是生物标志物，且治疗化合物是化合物1。在一些实施方案中，外周血中CTC的水平是生物标志物，且治疗化合物是化合物2。在一些实施方案中，外周血中CTC的水平是生物标志物，且治疗化合物是化合物3。用化合物1-3治疗还可减少在来自多发性骨髓瘤患者的血清中检测到的可溶性BCMA(sBCMA)的量。因此，在一些实施方案中，sBCMA的水平是生物标志物，且治疗化合物是化合物1。在一些实施方案中，sBCMA的水平是生物标志物，且治疗化合物是化合物2。在一些实施方案中，sBCMA的水平是生物标志物，且治疗化合物是化合物3。
末端脱氧核苷酰转移酶dUTP缺口末端标记(TUNEL)是通过标记凋亡期间产生的双链DNA断裂中的3’-羟基末端来检测DNA片段化的方法。其是本领域中已知的常用方法(Darzynkiewicz等人，Methods，2008，44(3)：250-254)。因此，在一些实施方案中，生物标志物是通过TUNEL检测凋亡，且治疗化合物是化合物1。在一些实施方案中，生物标志物是通过TUNEL检测凋亡，且治疗化合物是化合物2。在一些实施方案中，生物标志物是通过TUNEL检测凋亡，且治疗化合物是化合物3。
也可以通过膜联蛋白-V和7-AAD或膜联蛋白-V和碘化丙锭(PI)来测量凋亡。膜联蛋白V(或膜联蛋白A5)是细胞内蛋白质的膜联蛋白家族的成员，其以钙依赖性方式与磷脂酰丝氨酸(PS)结合。PS通常仅见于健康细胞中的质膜的胞内小叶上，但在早期凋亡期间，膜不对称性消失，并且PS易位至外部小叶。然后可将荧光色素标记的膜联蛋白V用于特异性靶向和识别凋亡细胞。单独的膜联蛋白V结合不能区分凋亡细胞与坏死细胞。为了帮助区别坏死细胞与凋亡细胞，可以使用7-氨基-放线菌素D(7-AAD)或PI溶液。早期的凋亡细胞将排除7-AAD和PI，而晚期的凋亡细胞和坏死细胞将阳性染色，因为这些染料进入细胞核，它们在那里与DNA结合。因此，在一些实施方案中，生物标志物是通过膜联蛋白V/7-AAD检测凋亡，且治疗化合物是化合物1。在一些实施方案中，生物标志物是通过膜联蛋白V/7-AAD检测凋亡，且治疗化合物是化合物2。在一些实施方案中，生物标志物是通过膜联蛋白V/7-AAD检测凋亡，且治疗化合物是化合物3。在其它实施方案中，生物标志物是通过膜联蛋白V/PI检测凋亡，且治疗化合物是化合物1。在又一实施方案中，生物标志物是通过膜联蛋白V/PI检测凋亡，且治疗化合物是化合物2。在一些实施方案中，生物标志物是通过膜联蛋白V/PI检测凋亡，且治疗化合物是化合物3。
在一些实施方案中，检测免疫反应的调节可有助于监测功效、预测反应、确认有可能有反应的患有癌症的对象、治疗癌症、确认有可能对治疗化合物有反应的患有多发性骨髓瘤的对象以及确定或调整用治疗化合物治疗患有多发性骨髓瘤的对象的剂量。例如，下面第6节中的实施例描述了在共培养模型中的增强的T细胞介导的肿瘤细胞裂解(实施例11)、效应T细胞的激活(实施例12)、用治疗化合物1-3进行的T细胞的激活和增殖(实施例16)。因此，在一些实施方案中，T细胞激活可以是用化合物1治疗的生物标志物。在一些实施方案中，T细胞激活可以是用化合物2治疗的生物标志物。在一些实施方案中，T细胞激活可以是用化合物3治疗的生物标志物。
在一些具体的实施方案中，T细胞激活可以是用治疗化合物进行治疗的生物标志物，并且所述生物标志物选自由白细胞介素-2(IL-2)、肿瘤坏死因子α(TNFα)、干扰素γ(IFNγ)和T细胞受体(TCR)克隆性组成的组。例如，在一些实施方案中，在用化合物1-3治疗后，生物标志物是T细胞受体(TCR)克隆性。在一些具体的实施方案中，TCR克隆性可以是生物标志物，且治疗化合物是化合物1。在一些具体的实施方案中，TCR克隆性可以是生物标志物，且治疗化合物是化合物2。在一些具体的实施方案中，TCR克隆性可以是生物标志物，且治疗化合物是化合物3。
进一步地，细胞因子的释放对于T细胞功能的许多方面来说是至关重要的。例如，IL-2是激活的T细胞的长期增殖所必需的有效T细胞生长因子。其它细胞因子如TNFα和IFNγ的分泌可促进效应T细胞杀伤肿瘤细胞的功能。因此，检测细胞因子可指示T细胞激活。在一些实施方案中，生物标志物在T细胞激活中具有功能，生物标志物是IL-2，且治疗化合物是化合物1。在一些实施方案中，生物标志物在T细胞激活中具有功能，生物标志物是IL-2，且治疗化合物是化合物2。在一些实施方案中，生物标志物在T细胞激活中具有功能，生物标志物是IL-2，且治疗化合物是化合物3。在其它实施方案中，生物标志物在T细胞激活中具有功能，生物标志物是TNFα，且治疗化合物是化合物1。在一些实施方案中，生物标志物在T细胞激活中具有功能，生物标志物是TNFα，且治疗化合物是化合物2。在一些实施方案中，生物标志物在T细胞激活中具有功能，生物标志物是TNFα，且治疗化合物是化合物3。在又一实施方案中，生物标志物在T细胞激活中具有功能，生物标志物是IFNγ，且治疗化合物是化合物1。在一些实施方案中，生物标志物在T细胞激活中具有功能，生物标志物是IFNγ，且治疗化合物是化合物2。在一些实施方案中，生物标志物在T细胞激活中具有功能，生物标志物是IFNγ，且治疗化合物是化合物3。
循环肿瘤细胞(CTC)在多发性骨髓瘤中是预后性的，并且来自外周血的CTC的表征(包括确认相关的突变)可指示疾病负荷，并且可预测对治疗的反应(Mishima等人，CellRep.，2017，19(1)：218-224；Lohr等人，Sci Transl Med.，2016，；8(363)：363ra147)。因此，在一些实施方案中，外周血中的CTC可以是生物标志物，且治疗化合物是化合物1、化合物2或化合物3。在一些具体的实施方案中，外周血中的CTC可以是生物标志物，且治疗化合物是化合物1。在一些具体的实施方案中，外周血中的CTC可以是生物标志物，且治疗化合物是化合物2。在一些具体的实施方案中，外周血中的CTC可以是生物标志物，且治疗化合物是化合物3。在其它实施方案中，CTC的突变谱可以是用于预测对用化合物1、化合物2或化合物3治疗的反应的生物标志物。在一些具体的实施方案中，CTC的突变谱可以是生物标志物，且治疗化合物是化合物1。在一些具体的实施方案中，CTC的突变谱可以是生物标志物，且治疗化合物是化合物2。在一些具体的实施方案中，CTC的突变谱可以是生物标志物，且治疗化合物是化合物3。
抑制癌细胞中细胞周期的进展可以是防止癌症进展的有效手段。如实施例6中所述，化合物2可在多发性骨髓瘤细胞中诱导G1细胞周期阻滞和凋亡。检测细胞周期途径的成员可有助于监测功效、预测反应、确认有可能有反应的患有癌症的对象、治疗癌症、确认有可能对治疗化合物有反应的患有多发性骨髓瘤的对象以及确定或调整用治疗化合物治疗患有多发性骨髓瘤的对象的剂量。因此，在一些实施方案中，生物标志物在细胞周期途径中具有功能。在某些具体的实施方案中，生物标志物在细胞周期途径中具有功能，且治疗化合物是化合物1。在其它具体的实施方案中，生物标志物在细胞周期途径中具有功能，且治疗化合物是化合物2。还在其它实施方案中，生物标志物在细胞周期途径中具有功能，且治疗化合物是化合物3。
在某些实施方案中，生物标志物在细胞周期途径中具有功能，并且选自由细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂1(p21)、细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂1B(p27)和视网膜母细胞瘤蛋白(pRb1)组成的组。在一些实施方案中，生物标志物选自由细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂1(p21)、细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂1B(p27)和视网膜母细胞瘤蛋白(pRb1)组成的组，且治疗化合物是化合物1。在其它实施方案中，生物标志物选自由细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂1(p21)、细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂1B(p27)和视网膜母细胞瘤蛋白(pRb1)组成的组，且治疗化合物是化合物2。还在其它实施方案中，生物标志物选自由细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂1(p21)、细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂1B(p27)和视网膜母细胞瘤蛋白(pRb1)组成的组，且治疗化合物是化合物3。在具体的实施方案中，生物标志物是p21，且治疗化合物是化合物1。在其它实施方案中，生物标志物是p21，且治疗化合物是化合物2。还在其它实施方案中，生物标志物是p21，且治疗化合物是化合物3。在某些实施方案中，生物标志物是p27，且治疗化合物是化合物1。在其它实施方案中，生物标志物是p27，且治疗化合物是化合物2。还在其它实施方案中，生物标志物是p27，且治疗化合物是化合物3。在具体的实施方案中，生物标志物是pRb1，且治疗化合物是化合物1。在其它实施方案中，生物标志物是pRb1，且治疗化合物是化合物2。还在其它实施方案中，生物标志物是pRb1，且治疗化合物是化合物3。
如第6节中的实施例中所述，治疗化合物可抑制对cereblon调节剂如来那度胺和泊马度胺具有获得性抗性的多发性骨髓瘤细胞的增殖，即使所述细胞具有降低但可检测的CRBN水平(实施例8)。因此，在一些实施方案中，降低水平的CRBN是用于将对象诊断为有可能对治疗化合物有反应的生物标志物，且治疗化合物是化合物1。在其它实施方案中，降低水平的CRBN是用于将对象诊断为有可能对治疗化合物有反应的生物标志物，且治疗化合物是化合物2。在又一实施方案中，降低水平的CRBN是用于将对象诊断为有可能对治疗化合物有反应的生物标志物，且治疗化合物是化合物3。在预测患有多发性骨髓瘤的对象对治疗化合物的反应性的方法的一些实施方案中，所述方法包括如果可检测到样品中的生物标志物，则将对象诊断为有可能对治疗化合物有反应。在一些具体的实施方案中，所述MM是复发的、难治性的或对常规疗法有抗性的。在一个实施方案中，所述MM是来那度胺抗性MM。在另一实施方案中，所述MM是泊马度胺抗性MM。
生物标志物还可用于确定或调整用治疗化合物治疗患有多发性骨髓瘤的对象的剂量。例如，在用治疗化合物进行治疗后检测到生物标志物如IKZF1增加可指示对象需要更频繁的给药或延长治疗期。因此，在一些实施方案中，生物标志物用于确定或调整用治疗化合物治疗患有多发性骨髓瘤的对象的剂量，并且选自由IKZF1和IKZF3组成的组。在具体的实施方案中，生物标志物选自由IKZF1和IKZF3组成的组，且治疗化合物是化合物1。在另一具体实施方案中，生物标志物选自由IKZF1和IKZF3组成的组，且治疗化合物是化合物2。在又一具体实施方案中，生物标志物选自由IKZF1和IKZF3组成的组，且治疗化合物是化合物3。在某些实施方案中，生物标志物是IKZF1，且治疗化合物是化合物1。在某些实施方案中，生物标志物是IKZF1，且治疗化合物是化合物2。在某些实施方案中，生物标志物是IKZF1，且治疗化合物是化合物3。在一些实施方案中，生物标志物是IKZF3，且治疗化合物是化合物1。在其它实施方案中，生物标志物是IKZF3，且治疗化合物是化合物2。还在其它实施方案中，生物标志物是IKZF3，且治疗化合物是化合物3。
在一些实施方案中，测量的生物标志物包括一种生物标志物。在一些实施方案中，测量的生物标志物包括一种或多种生物标志物。在某些实施方案中，测量的生物标志物包括两种生物标志物。在一些实施方案中，测量的生物标志物包括两种或更多种生物标志物。在其它实施方案中，测量的生物标志物包括三种生物标志物。在一些实施方案中，测量的生物标志物包括三种或更多种生物标志物。在某些实施方案中，测量的生物标志物包括四种生物标志物。在一些实施方案中，测量的生物标志物包括四种或更多种生物标志物。在一些实施方案中，测量的生物标志物包括五种生物标志物。在一些实施方案中，测量的生物标志物包括五种或更多种生物标志物。在其它实施方案中，测量的生物标志物包括六种生物标志物。在一些实施方案中，测量的生物标志物包括六种或更多种生物标志物。又在其它实施方案中，测量的生物标志物包括七种生物标志物。在一些实施方案中，测量的生物标志物包括七种或更多种生物标志物。在某些实施方案中，测量的生物标志物包括八种生物标志物。在一些实施方案中，测量的生物标志物包括八种或更多种生物标志物。在其它实施方案中，测量的生物标志物包括九种生物标志物。在一些实施方案中，测量的生物标志物包括九种或更多种生物标志物。在另一实施方案中，测量的生物标志物包括十种或更多种生物标志物。
本文还提供了使用生物标志物例如Aiolos、Ikaros、CRBN、ZFP91、c-MYC、IRF4、c-胱天蛋白酶1、c-胱天蛋白酶-3、c-胱天蛋白酶7、裂解PARP、生存蛋白、BIM、sFLC、p21、p27、pRB1、可溶性BCMA、CTC、TIL、IL-2、IFNγ、TNFα或TCR克隆性作为本文提供的化合物的预测或预后因子来治疗或控制癌症的方法。在某些实施方案中，本文提供了使用本文提供的一种或多种生物标志物例如Aiolos、Ikaros、CRBN、ZFP91、c-MYC、IRF4、c-胱天蛋白酶1、c-胱天蛋白酶-3、c-胱天蛋白酶7、裂解PARP、生存蛋白、BIM、sFLC、p21、p27、pRB1、可溶性BCMA、CTC、TIL、IL-2、IFNγ、TNFα或TCR克隆性的水平作为预测或预后因子来筛查或确认多发性骨髓瘤患者以用化合物进行治疗的方法。在一些实施方案中，本文提供了使用生物标志物(例如，Aiolos、Ikaros、CRBN、ZFP91、c-MYC、IRF4、c-胱天蛋白酶1、c-胱天蛋白酶-3、c-胱天蛋白酶7、裂解PARP、生存蛋白、BIM、sFLC、p21、p27、pRB1、可溶性BCMA、CTC、TIL、IL-2、IFNγ、TNFα或TCR克隆性)水平作为预测或预后因子来选择对用本文提供的化合物治疗具有较高反应率的患者的方法。在某些实施方案中，治疗化合物是化合物1、化合物2或化合物3。在一个实施方案中，治疗化合物是化合物1。在另一实施方案中，所述化合物是化合物2。在另一实施方案中，治疗化合物是化合物3。
一方面，本文提供了确认有可能对治疗化合物有反应的患有癌症的对象的方法，包括：
(a)对所述对象施用所述治疗化合物；
(b)获得来自所述对象的样品；
(c)测定所述样品中的生物标志物的水平；且
(d)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于所述生物标志物的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物1：
Figure BDA0002904803230000391
或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
另一方面，本文提供了确认有可能对治疗化合物有反应的患有癌症的对象的方法，包括：
(a)对所述对象施用所述治疗化合物；
(b)获得来自所述对象的样品；
(c)测定所述样品中的生物标志物的水平；且
(d)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于所述生物标志物的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物2：
Figure BDA0002904803230000392
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
另一方面，本文提供了确认有可能对治疗化合物有反应的患有癌症的对象的方法，包括：
(a)对所述对象施用所述治疗化合物；
(b)获得来自所述对象的样品；
(c)测定所述样品中的生物标志物的水平；且
(d)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于所述生物标志物的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物3：
Figure BDA0002904803230000393
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在本发明的另一方面，确认患有癌症的对象的方法，所述对象有可能对已经给所述对象施用的治疗化合物有反应，所述方法包括：
(a)测定获自所述对象的样品中的生物标志物的水平；且
(b)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于所述生物标志物的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物1、化合物2或化合物3或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
另一方面，本文提供了确认有可能对治疗化合物有反应的患有癌症的对象的方法，包括：
(a)获得来自所述对象的样品；
(b)对所述样品施用所述治疗化合物；
(c)测定所述样品中的生物标志物的水平；且
(d)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于所述生物标志物的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物1：
Figure BDA0002904803230000401
或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
另一方面，本文提供了确认有可能对治疗化合物有反应的患有癌症的对象的方法，包括：
(a)获得来自所述对象的样品；
(b)对所述样品施用所述治疗化合物；
(c)测定所述样品中的生物标志物的水平；且
(d)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于所述生物标志物的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物2：
Figure BDA0002904803230000402
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
另一方面，本文提供了确认有可能对治疗化合物有反应的患有癌症的对象的方法，包括：
(a)获得来自所述对象的样品；
(b)对所述样品施用所述治疗化合物；
(c)测定所述样品中的生物标志物的水平；且
(d)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于所述生物标志物的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物3：
Figure BDA0002904803230000403
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
另一方面，本文提供了确认有可能对治疗化合物有反应的患有癌症的对象的方法，包括：
(a)对获自所述对象的样品施用所述治疗化合物；
(c)测定所述样品中的生物标志物的水平；且
(d)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于所述生物标志物的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物1、化合物2或化合物3或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
另一方面，当对象被诊断为有可能对治疗化合物有反应时，本文提供的方法进一步包括对所述对象施用治疗有效量的所述治疗化合物。
因此，在一些实施方案中，本文提供了治疗癌症的方法，包括：
(a)获得来自患有所述癌症的对象的样品；
(b)测定所述样品中的生物标志物的水平；
(c)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于所述生物标志物的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对治疗化合物有反应；且
(d)对所述对象施用治疗有效量的所述治疗化合物；其中所述治疗化合物是化合物1：
Figure BDA0002904803230000411
或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了治疗癌症的方法，包括：
(a)获得来自患有所述癌症的对象的样品；
(b)测定所述样品中的生物标志物的水平；
(c)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于所述生物标志物的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对治疗化合物有反应；且
(d)对所述对象施用治疗有效量的所述治疗化合物；其中所述治疗化合物是化合物2：
Figure BDA0002904803230000412
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了治疗癌症的方法，包括：
(a)获得来自患有所述癌症的对象的样品；
(b)测定所述样品中的生物标志物的水平；
(c)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于所述生物标志物的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对治疗化合物有反应；且
(d)对所述对象施用治疗有效量的所述治疗化合物；其中所述治疗化合物是化合物3：
Figure BDA0002904803230000421
或互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了用于包括以下步骤的治疗癌症的方法的化合物1、化合物2或化合物3或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐：
(a)获得来自患有所述癌症的对象的样品；
(b)测定所述样品中的生物标志物的水平；
(c)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于所述生物标志物的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对治疗化合物有反应；且
(d)对所述对象施用治疗有效量的所述治疗化合物。
在本文提供的各种方法的一些实施方案中，所述方法包括或进一步包括施用治疗化合物的步骤。在其它实施方案中，本文提供了选择性治疗采用本文提供的方法选择的患者的方法。
本文提供的方法的一个实施方案包括治疗基于本文所述的生物标志物选择的多发性骨髓瘤患者，包括对患者施用化合物1或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
本文提供的方法的另一实施方案进一步包括治疗基于本文所述的生物标志物的水平选择的多发性骨髓瘤患者的方法，包括对患者施用化合物2或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在本文提供的方法的又一实施方案中进一步包括治疗基于本文所述的生物标志物的水平选择的多发性骨髓瘤患者的方法，包括对患者施用化合物3或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
本文提供的方法的另一实施方案进一步包括预防基于本文所述的生物标志物的水平选择的患者的多发性骨髓瘤的方法，其包括对患者施用本文提供的化合物，例如化合物1、化合物2或化合物3或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在本文提供的方法的又一实施方案中进一步包括基于本文所述的生物标志物的水平控制多发性骨髓瘤的方法，其包括对患者施用本文提供的化合物，例如化合物1、化合物2或化合物3或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
本文提供的方法的一个实施方案进一步包括基于本文所述的生物标志物的水平来诱导患者的采用多发性骨髓瘤的国际统一反应标准(IURC)(参见Durie BG等人，Leukemia，2006，20(9)：1467-73)评估的治疗反应的方法，包括对患有多发性骨髓瘤的患者施用有效量的本文所述的化合物，例如化合物1、化合物2或化合物3或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。在另一实施方案中，本文提供了在患者中实现如通过多发性骨髓瘤的国际统一反应标准(IURC)确定的严格完全反应、完全反应或非常好的部分反应的方法，包括对患有多发性骨髓瘤的患者施用有效量的本文所述的化合物，例如化合物1、化合物2或化合物3或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。在另一实施方案中，本文提供了在患者中实现总生存期、无进展生存期、无事件生存期、进展时间或无疾病生存期增加的方法，包括对患有多发性骨髓瘤的患者施用有效量的本文所述的化合物，例如化合物1、化合物2或化合物3或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。在另一实施方案中，本文提供了在患者中实现总生存期增加的方法，包括对患有多发性骨髓瘤的患者施用有效量的本文所述的化合物，例如化合物1、化合物2或化合物3或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。在另一实施方案中，本文提供了在患者中实现无进展生存期增加的方法，包括对患有多发性骨髓瘤的患者施用有效量的本文所述的化合物，例如化合物1、化合物2或化合物3或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。在另一实施方案中，本文提供了在患者中实现无事件生存期增加的方法，包括对患有多发性骨髓瘤的患者施用有效量的本文所述的化合物，例如化合物1、化合物2或化合物3或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。在另一实施方案中，本文提供了在患者中实现进展时间增加的方法，包括对患有多发性骨髓瘤的患者施用有效量的本文所述的化合物，例如化合物1、化合物2或化合物3或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。在另一实施方案中，本文提供了在患者中实现无疾病生存期增加的方法，包括对患有多发性骨髓瘤的患者施用有效量的本文所述的化合物，例如化合物1、化合物2或化合物3或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
本文还提供了进一步包括治疗先前已接受多发性骨髓瘤治疗但对标准疗法无反应的患者以及先前未接受治疗的患者的方法。进一步涵盖治疗已接受手术试图治疗多发性骨髓瘤的患者以及未接受手术的患者的方法。本文还提供了治疗先前已接受移植疗法的患者以及未接受移植疗法的患者的方法。
本文提供的方法的一些实施方案进一步包括治疗复发的、难治性的或抗性的多发性骨髓瘤。本文提供的方法包括预防复发的、难治性的或抗性的多发性骨髓瘤。本文提供的方法包括控制复发的、难治性的或抗性的多发性骨髓瘤。在一些这类实施方案中，骨髓瘤是原发的、继发的、三次复发的、四次复发的或五次复发的多发性骨髓瘤。在一个实施方案中，本文提供的方法减少、维持或消除了最小残留疾病(MRD)。在一个实施方案中，本文提供的方法涵盖通过施用治疗有效量的本文所述的化合物来治疗、预防或控制各种类型的多发性骨髓瘤，如意义未明的单克隆丙种球蛋白病(MGUS)；低风险、中风险和高风险多发性骨髓瘤；新诊断的多发性骨髓瘤(包括低风险、中风险和高风险的新诊断的多发性骨髓瘤)；符合移植条件和不符合移植条件的多发性骨髓瘤；郁积型(惰性)多发性骨髓瘤(包括低风险、中风险和高风险郁积型多发性骨髓瘤)；活动性多发性骨髓瘤；孤立性浆细胞瘤；髓外浆细胞瘤；浆细胞白血病；中枢神经系统多发性骨髓瘤；轻链骨髓瘤；非分泌性骨髓瘤；免疫球蛋白D骨髓瘤；和免疫球蛋白E骨髓瘤。在另一实施方案中，本文提供的方法涵盖通过施用治疗有效量的本文所述的化合物来治疗、预防或控制以遗传异常为特征的多发性骨髓瘤，如细胞周期蛋白D易位(例如，t(411；14)(q13；q32)；t(6；14)(p21；32)；t(12；14)(p13；q32)；或t(6；20))；MMSET易位(例如，t(4；14)(p16；q32))；MAF易位(例如，t(14；16)(q32；q32)；t(20；22)；t(16；22)(q11；q13)；或t(14；20)(q32；q11))；或其它染色体因子(例如，17p13或13号染色体的缺失；del(17/17p)、非超二倍性和扩增(1q))。在一个实施方案中，所述方法包括施用治疗有效量的化合物1或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。在另一实施方案中，所述方法包括施用治疗有效量的化合物2或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。在另一实施方案中，所述方法包括施用治疗有效量的化合物3或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一个实施方案中，高风险多发性骨髓瘤是在首次治疗12个月内复发的多发性骨髓瘤。在又一实施方案中，高风险多发性骨髓瘤是以遗传异常为特征的多发性骨髓瘤，所述遗传异常例如为del(17/17p和t(14；16)(q32；q32)中的一者或多者。
在一些这类实施方案中，多发性骨髓瘤是符合移植条件的新诊断的多发性骨髓瘤。在另一实施方案中，多发性骨髓瘤是不符合移植条件的新诊断的多发性骨髓瘤。又在其它实施方案中，多发性骨髓瘤以初始治疗之后的早期进展(例如不到12个月)为特征。还在其它实施方案中，多发性骨髓瘤以自体干细胞移植之后的早期进展(例如不到12个月)为特征。在另一实施方案中，多发性骨髓瘤是泊马度胺难治性的。在一些这类实施方案中，预测多发性骨髓瘤是泊马度胺难治性的(例如，通过分子表征)。在另一实施方案中，多发性骨髓瘤是复发的，或者对于3种或更多种治疗来说是难治性的，并且暴露于蛋白酶体抑制剂(例如，硼替佐米(bortezomib)、卡非佐米(carfilzomib)、伊沙佐米(ixazomib)、奥普佐米(oprozomib)或马利佐米(marizomib))和免疫调节化合物(例如沙利度胺(thalidomide)、来那度胺和泊马度胺)，或者对于蛋白酶体抑制剂和免疫调节化合物来说是双重难治性的。还在其它实施方案中，多发性骨髓瘤是复发的，或者对于3种或更多种现有技术疗法来说是难治性的，包括例如CD38单克隆抗体(CD38mAb，例如达雷木单抗(daratumumab)或伊沙妥昔单抗(isatuximab))、蛋白酶体抑制剂(例如，硼替佐米、卡非佐米、伊沙佐米或马利佐米)和免疫调节化合物(例如沙利度胺、来那度胺和泊马度胺)，或者对于蛋白酶体抑制剂或免疫调节化合物和CD38 mAb来说是双重难治性的。还在其它实施方案中，多发性骨髓瘤是三重难治性的，例如，多发性骨髓瘤对于蛋白酶体抑制剂(例如，硼替佐米、卡非佐米、伊沙佐米、奥普佐米或马利佐米)、免疫调节化合物(例如沙利度胺、来那度胺和泊马度胺)和一种如本文所述的其它活性剂来说是难治性的。
本文提供的方法的某些实施方案进一步包括治疗、预防和/或控制肾功能受损的患者的多发性骨髓瘤(包括复发/难治性多发性骨髓瘤)或其症状的方法，包括对患有复发/难治性多发性骨髓瘤的肾功能受损的患者施用治疗有效量的化合物1、化合物2或化合物3或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
本文提供的方法的某些实施方案进一步包括治疗、预防和/或控制虚弱患者的多发性骨髓瘤(包括复发或难治性多发性骨髓瘤)或其症状的方法，包括对患有多发性骨髓瘤的虚弱患者施用治疗有效量的化合物1、化合物2或化合物3或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。在一些这类实施方案中，虚弱患者的特征在于不符合诱导疗法条件或者对地塞米松治疗不耐受。在一些这类实施方案中，虚弱患者是老年人，例如年龄超过65岁。
在某些实施方案中，化合物的治疗或预防有效量为每天约约0.01至约25mg、每天约0.01至约10mg、每天约0.01至约5mg、每天约0.01至约2mg、每天约0.01至约1mg、每天约0.01至约0.5mg、每天约0.01至约0.25mg、每天约0.1至约25mg、每天约0.1至约10mg、每天约0.1至约5mg、每天约0.1至约2mg、每天约0.1至约1mg、每天约0.1至约0.5mg、每天约0.1至约0.25mg、每天约0.5至约25mg、每天约0.5至约10mg、每天约0.5至约5mg、每天约0.5至约2mg、每天约0.5至约1mg、每天约1至约25mg、每天约1至约10mg、每天约1至约5mg、每天约1至约2.5mg或每天约1至约2mg。在一个实施方案中，化合物1、化合物2或化合物3的治疗或预防有效量为每天约0.1mg至每天约0.4mg。
在某些实施方案中，治疗或预防有效量为每天约0.1、约0.2、约0.3、约0.4、约0.5、约0.6、约0.7、约0.8、约0.9、约1、约2、约3、约4、约5、约6、约7、约8、约9、约10、约15、约20或约25mg。在一些这类实施方案中，治疗或预防有效量为每天约0.1、约0.2、约0.3、约0.4、约0.5、约0.6或约0.7mg。
在一个实施方案中，对于本文所述的疾患推荐的化合物1、化合物2或化合物3或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐的日剂量范围在每天约0.1mg至约25mg的范围内，优选以单一的一天一次剂量或全天分次剂量给予。在其它实施方案中，剂量范围是每天约0.1至约10mg。每天的具体剂量包括每天0.1、0.2、0.3、0.4、0.5、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25mg。每天更具体的剂量包括每天0.1、0.2、0.3、0.4或0.5mg。
在具体的实施方案中，推荐的起始剂量可以是每天0.1、0.2、0.3、0.4、0.5、1、2、3、4、5、10、15、20或25mg。在另一实施方案中，推荐的起始剂量可以是每天0.1、0.2、0.3、0.4或0.5mg。可将剂量增加到每天1、2、3、4或5mg。
在某些实施方案中，治疗或预防有效量为约0.001至约5mg/kg/天、约0.001至约4mg/kg/天、约0.001至约3mg/kg/天、约0.001至约2mg/kg/天、约0.001至约1mg/kg/天、约0.001至约0.05mg/kg/天、约0.001至约0.04mg/kg/天、约0.001至约0.03mg/kg/天、约0.001至约0.02mg/kg/天、约0.001至约0.01mg/kg/天或约0.001至约0.005mg/kg/天。
施用的剂量也可用mg/kg/天以外的单位表示。例如，肠胃外施用的剂量可以被表示为mg/m2/天。在给出对象的身高或体重或两者的情况下，本领域普通技术人员很容易知道如何将剂量从mg/kg/天转换成mg/m2/天(参见www.fda.gov/cder/cancer/animalframe.htm)。例如，对于65kg的人，1mg/kg/天的剂量大约等于38mg/m2/天。
在某些实施方案中，要采用本文提供的方法之一治疗的患者在施用本文提供的化合物1、化合物2或化合物3或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐之前未接受过多发性骨髓瘤疗法治疗。在某些实施方案中，要采用本文提供的方法之一治疗的患者在施用本文提供的化合物1、化合物2或化合物3或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐之前已接受过多发性骨髓瘤疗法治疗。在某些实施方案中，要采用本文提供的方法之一治疗的患者已经对抗多发性骨髓瘤疗法产生了抗性。在一些这类实施方案中，患者已经对一种、两种或三种抗多发性骨髓瘤疗法产生了抗性，其中所述疗法选自CD38单克隆抗体(CD38 mAb，例如达雷木单抗或伊沙妥昔单抗)、蛋白酶体抑制剂(例如，硼替佐米、卡非佐米、伊沙佐米或马利佐米)和免疫调节化合物(例如沙利度胺、来那度胺和泊马度胺)。
本文提供的方法涵盖治疗患者而不管患者的年龄如何。在一些实施方案中，对象为18岁或以上。在其它实施方案中，对象超过18、25、35、40、45、50、55、60、65或70岁。在其它实施方案中，对象不到65岁。在其它实施方案中，对象超过65岁。在一个实施方案中，对象是老年多发性骨髓瘤对象，如65岁以上的对象。在一个实施方案中，对象是老年多发性骨髓瘤对象，如75岁以上的对象。
根据要治疗的疾病的状态和对象的状况，可通过口服、肠胃外(例如，肌内、腹膜内、静脉内、CIV、脑池内注射或输注、皮下注射或植入)、吸入、经鼻、经阴道、经直肠、舌下或外用(例如，透皮或局部)施用途径来施用本文提供的化合物1或化合物2或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。本文提供的化合物1、化合物2或化合物3或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐可单独或以合适的剂量单位与适合每种施用途径的药学上可接受的赋形剂、载体、佐剂和媒介物一起配制。
在一个实施方案中，口服施用本文提供的化合物1、化合物2或化合物3或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。在另一实施方案中，肠胃外施用本文提供的化合物1、化合物2或化合物3的化合物或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。在又一实施方案中，静脉内施用本文提供的化合物1、化合物2或化合物3的化合物或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
本文提供的化合物1、化合物2或化合物3或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐可作为单一剂量递送，举例如单次团注或口服片剂或丸剂；或者随着时间的推移递送，举例如随着时间的推移连续输注，或者作为随着时间的推移分次的大丸剂量递送。如有必要，可重复施用如本文所述的化合物，例如直到患者经历到疾病稳定或消退，或者直到患者经历疾病进展或不可接受的毒性。通过本领域中已知的方法来确定疾病是否稳定，如通过评估患者症状、身体检查、对采用X射线、CAT、PET或MRI扫描成像的肿瘤进行可视化及其它普遍接受的评估方式。
可将本文提供的化合物1、化合物2或化合物3或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐每天一次地(QD)施用，或者分成多个日剂量施用，如每天两次(BID)、每天三次(TID)和每天四次(QID)。此外，施用可以是连续施用(即，连续数天每天或每一天)、间歇例如以周期施用(即，包括数天、数周或数月没有药物的休药期)。如本文所用，术语“每天”旨在表示例如持续一段时间每天施用一次或一次以上治疗性化合物，如本文提供的化合物1、化合物2或化合物3或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。术语“连续”旨在表示持续至少7天至52周的不间断时段每天施用治疗性化合物，如本文提供的化合物1、化合物2或化合物3或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。如本文所用的术语“间歇”或“间歇地”旨在表示以规则或不规则的间隔停止和开始。例如，本文提供的化合物1、化合物2或化合物3或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐的间歇施用为每周施用一至六天、按周期施用(例如，连续二至八周每天施用，然后是最多一周不施用的休药期)或隔日施用。如本文所用的术语“循环”旨在表示每天或连续施用治疗性化合物，如本文提供的化合物1、化合物2或化合物3或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐，但有休药期。在一些这类实施方案中，施用是一天一次持续二至六天，然后是持续五至七天不施用的休药期。
在一些实施方案中，施用的频率在约日剂量至约月剂量的范围内。在某些实施方案中，施用是一天一次、一天两次、一天三次、一天四次、每隔一天一次、一周两次、每周一次、每两周一次、每三周一次或每四周一次。在一个实施方案中，一天一次施用本文提供的化合物1、化合物2或化合物3或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。在另一实施方案中，一天两次施用本文提供的化合物1、化合物2或化合物3或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。在又一实施方案中，一天三次施用本文提供的化合物1、化合物2或化合物3或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。在再一实施方案中，一天四次施用本文提供的化合物1、化合物2或化合物3或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一个实施方案中，在治疗周期中施用治疗有效量的化合物1、化合物2或化合物3，所述治疗周期包括长达20天的施用期，接着是休药期。在一个实施方案中，在治疗周期中施用治疗有效量的化合物1、化合物2或化合物3，所述治疗周期包括长达15天的施用期，接着是休药期。在一个实施方案中，在治疗周期中施用治疗有效量的化合物1、化合物2或化合物3，所述治疗周期包括长达10天的施用期，接着是休药期。在一个实施方案中，在治疗周期中施用治疗有效量的化合物1、化合物2或化合物3，所述治疗周期包括长达7天的施用期，接着是休药期。在一个实施方案中，在治疗周期中施用治疗有效量的化合物1、化合物2或化合物3，所述治疗周期包括长达5天的施用期，接着是休药期。在一个实施方案中，在治疗周期中施用治疗有效量的化合物1、化合物2或化合物3，所述治疗周期包括长达4天的施用期，接着是休药期。在一个实施方案中，在治疗周期中施用治疗有效量的化合物1、化合物2或化合物3，所述治疗周期包括长达3天的施用期，接着是休药期。
在一个实施方案中，治疗周期包括长达14天的施用期，接着是休药期。在一个实施方案中，治疗周期包括长达10天的施用期，接着是休药期。在一个实施方案中，治疗周期包括长达7天的施用期，接着是休药期。在一个实施方案中，治疗周期包括长达5天的施用期，接着是休药期。在一个实施方案中，治疗周期包括长达4天的施用期，接着是休药期。在一个实施方案中，治疗周期包括长达3天的施用期，接着是休药期。
在一个实施方案中，休药期为约2天到最多约11天。在一个实施方案中，休药期为约2天到最多约10天。在一个实施方案中，休药期为约2天。在一个实施方案中，休药期为约3天。在一个实施方案中，休药期为约4天。在一个实施方案中，休药期为约5天。在一个实施方案中，休药期为约6天。在另一实施方案中，休药期为约7天。在另一实施方案中，休药期为约8天。在另一实施方案中，休药期为约9天。在另一实施方案中，休药期为约10天。在另一实施方案中，休药期为约11天。
在一个实施方案中，治疗周期包括长达15天的施用期，接着是约2天到最多约10天的休药期。在一个实施方案中，治疗周期包括长达10天的施用期，接着是约2天到最多约10天的休药期。在一个实施方案中，治疗周期包括长达7天的施用期，接着是约2天到最多约10天的休药期。在一个实施方案中，治疗周期包括长达5天的施用期，接着是约2天到最多约10天的休药期。在一个实施方案中，治疗周期包括长达3天的施用期，接着是约10天到最多约15天的休药期。在一个实施方案中，治疗周期包括长达3天的施用期，接着是约3天到最多约15天的休药期。
在一个实施方案中，治疗周期包括长达15天的施用期，接着是7天的休药期。在一个实施方案中，治疗周期包括长达10天的施用期，接着是5天的休药期。在一个实施方案中，治疗周期包括长达10天的施用期，接着是4天的休药期。在一个实施方案中，治疗周期包括长达10天的施用期，接着是3天的休药期。在一个实施方案中，治疗周期包括长达10天的施用期，接着是2天的休药期。在一个实施方案中，治疗周期包括长达7天的施用期，接着是7天的休药期。在一个实施方案中，治疗周期包括长达5天的施用期，接着是5天的休药期。在一个实施方案中，治疗周期包括长达3天的施用期，接着是11天的休药期。在另一实施方案中，治疗周期包括长达5天的施用期，接着是9天的休药期。在另一实施方案中，治疗周期包括长达5天的施用期，接着是2天的休药期。在另一实施方案中，治疗周期包括长达3天的施用期，接着是4天的休药期。
在一个实施方案中，治疗周期包括在28天周期的第1至5天施用治疗有效量的化合物1、化合物2或化合物3。在另一实施方案中，治疗周期包括在28天周期的第1至10天施用化合物1、化合物2或化合物3。在一个实施方案中，治疗周期包括在28天周期的第1至21天施用治疗有效量的化合物1、化合物2或化合物3。在另一实施方案中，治疗周期包括在7天周期的第1至5天施用治疗有效量的化合物1、化合物2或化合物3。在另一实施方案中，治疗周期包括在7天周期的第1至7天施用治疗有效量的化合物1、化合物2或化合物3。在一个实施方案中，治疗周期包括在28天周期的第1至10天和第15至24天施用治疗有效量的化合物1、化合物2或化合物3。在一个实施方案中，治疗周期包括在28天周期的第1至3天和第15至18天施用治疗有效量的化合物1、化合物2或化合物3。在一个实施方案中，治疗周期包括在28天周期的第1至7天和第15至21天施用治疗有效量的化合物1、化合物2或化合物3。在一个实施方案中，治疗周期包括在28天周期的第1至5天和第15至19天施用治疗有效量的化合物1、化合物2或化合物3。在一个实施方案中，治疗周期包括在28天周期的第1至3天和第15至17天施用治疗有效量的化合物1、化合物2或化合物3。
在一个实施方案中，治疗周期包括在21天周期的第1至14天施用治疗有效量的化合物1、化合物2或化合物3。在另一实施方案中，治疗周期包括在21天周期的第1至4和8至11天施用化合物1、化合物2或化合物3。在一个实施方案中，治疗周期包括在21天周期的第1至5和8至12天施用治疗有效量的化合物1、化合物2或化合物3。在另一实施方案中，治疗周期包括在21天周期的第1至5和11至15天施用治疗有效量的化合物1、化合物2或化合物3。在另一实施方案中，治疗周期包括在21天周期的第1至5、8至12和15至19天施用治疗有效量的化合物1、化合物2或化合物3。在另一实施方案中，治疗周期包括在21天周期的第1至4、8至11和15至18天施用治疗有效量的化合物1、化合物2或化合物3。在另一实施方案中，治疗周期包括在21天周期的第1至4、8至10和15至17天施用治疗有效量的化合物1、化合物2或化合物3。在另一实施方案中，治疗周期包括在21天周期的第1至3和8至11天施用治疗有效量的化合物1、化合物2或化合物3。在另一实施方案中，治疗周期包括在21天周期的第1至3和11至13天施用治疗有效量的化合物1、化合物2或化合物3。
本文所述的任何治疗周期可重复至少2、3、4、5、6、7、8个或更多个周期。在某些情况下，如本文所述的治疗周期包括1至约24个周期、约2至约16个周期或约2至约4个周期。在某些情况下，如本文所述的治疗周期包括1至约4个周期。在某些实施方案中，第1至4周期均为28天周期。在一些实施方案中，施用治疗有效量的化合物1、化合物2或化合物3持续1至13个28天的周期(例如约1年)。在某些情况下，循环治疗并不局限于周期数，并且继续治疗直到疾病进展。在某些情况下，周期可包括改变本文所述的施用期和/或休药期的持续时间。
在一个实施方案中，治疗周期包括以约0.1mg/天、0.2mg/天、0.3mg/天、0.4mg/天、0.5mg/天、0.6mg/天、0.7mg/天、0.8mg/天、0.9mg/天、1.0mg/天、5.0mg/天或10mg/天的剂量施用化合物1、化合物2或化合物3，每天施用一次。在一个实施方案中，治疗周期包括以约0.1mg/天、0.2mg/天、0.3mg/天、0.4mg/天、0.5mg/天、0.6mg/天、0.7mg/天或0.8mg/天的剂量施用化合物1、化合物2或化合物3，每天施用一次。在一些这类实施方案中，治疗周期包括在28天周期的第1至10天以约0.1mg、0.2mg、0.3mg、0.4mg或0.5mg的剂量一天一次施用化合物1、化合物2或化合物3。在一些这类实施方案中，治疗周期包括在28天周期的第1至10和15至24天以约0.1mg、0.2mg、0.3mg、0.4mg或0.5mg的剂量一天一次施用化合物1、化合物2或化合物3。在一些这类实施方案中，治疗周期包括在28天周期的第1至10和15至24天以约0.1mg的剂量一天一次施用化合物1、化合物2或化合物3。在其它实施方案中，治疗周期包括在28天周期的第1至3天以约0.1mg、0.2mg、0.3mg、0.4mg或0.5mg的剂量一天两次施用化合物1、化合物2或化合物3。在其它实施方案中，治疗周期包括在28天周期的第1至3和15至19天以约0.1mg、0.2mg、0.3mg、0.4mg或0.5mg的剂量一天两次施用化合物1、化合物2或化合物3。在其它实施方案中，治疗周期包括在28天周期的第1至3和15至17天以约0.1mg、0.2mg、0.3mg、0.4mg或0.5mg的剂量一天两次施用化合物1、化合物2或化合物3。在其它实施方案中，治疗周期包括在28天周期的第1至3和15至17天以约0.2mg的剂量一天两次施用化合物1、化合物2或化合物3。在一个这种实施方案中，在第1周期的第1至3天(早晨和晚上)、第14天(仅晚上)、第15和16天(早晨和晚上)以及第17天(仅早晨)施用化合物。
在一些实施方案中，本文提供了确认有可能对治疗化合物有反应的患有复发的、难治性的或对常规疗法有抗性的多发性骨髓瘤的对象的方法，包括：
(a)获得来自对象的样品；
(b)测定所述样品中的生物标志物的水平；且
(c)如果所述样品中的所述生物标志物的水平低于所述生物标志物的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物1的化合物：
Figure BDA0002904803230000491
或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在另一实施方案中，本文提供了确认有可能对治疗化合物有反应的患有复发的、难治性的或对常规疗法有抗性的多发性骨髓瘤的对象的方法，包括：
(a)获得来自对象的样品；
(b)测定所述样品中的生物标志物的水平；且
(c)如果所述样品中的所述生物标志物的水平低于所述生物标志物的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物2的化合物：
Figure BDA0002904803230000501
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在又一实施方案中，本文提供了确认有可能对治疗化合物有反应的患有复发的、难治性的或对常规疗法有抗性的多发性骨髓瘤的对象的方法，包括：
(a)获得来自对象的样品；
(b)测定所述样品中的生物标志物的水平；且
(c)如果所述样品中的所述生物标志物的水平低于所述生物标志物的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物3的化合物：
Figure BDA0002904803230000502
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了确认有可能对治疗化合物有反应的患有复发的、难治性的或对常规疗法有抗性的多发性骨髓瘤的对象的方法，包括：
(a)测定获自所述对象的样品中的生物标志物的水平；且
(c)如果所述样品中的所述生物标志物的水平低于所述生物标志物的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物1、化合物2或化合物3的化合物或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
另一方面，本文提供了预测患有多发性骨髓瘤的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
(a)获得来自对象的样品；
(b)测定所述样品中的生物标志物的水平；且
(c)如果所述样品中的所述生物标志物的水平低于所述生物标志物的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物1的化合物：
Figure BDA0002904803230000503
或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在另一实施方案中，本文提供了预测患有多发性骨髓瘤的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
(a)获得来自对象的样品；
(b)测定所述样品中的生物标志物的水平；且
(c)如果所述样品中的所述生物标志物的水平低于所述生物标志物的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物2的化合物：
Figure BDA0002904803230000511
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在又一实施方案中，预测患有多发性骨髓瘤的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
(a)获得来自对象的样品；
(b)测定所述样品中的生物标志物的水平；且
(c)如果所述样品中的所述生物标志物的水平低于所述生物标志物的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物3的化合物：
Figure BDA0002904803230000512
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
另一方面，本文提供了预测患有多发性骨髓瘤的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
(a)测定获自对象的样品中的生物标志物的水平；且
(c)如果所述样品中的所述生物标志物的水平低于所述生物标志物的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物1、化合物2或化合物3的化合物或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
要理解的是，可根据生物标志物的水平，视患者是否有反应来调整给药方案。例如，如果患者中性粒细胞减少或者患者无反应，则可以调整剂量。因此，在一些实施方案中，本文提供了确定或调整用治疗化合物治疗患有多发性骨髓瘤的对象的剂量的方法，包括：
(a)对所述对象施用一定剂量的所述治疗化合物；
(b)在不同的时间点获得来自所述对象的一个或多个样品；
(c)测定所述一个或多个样品中的生物标志物的水平，从而确定所述剂量是否适当或需要调整；
其中所述治疗化合物是化合物1的化合物：
Figure BDA0002904803230000521
或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在另一实施方案中，本文提供了确定或调整用治疗化合物治疗患有多发性骨髓瘤的对象的剂量的方法，包括：
(a)对所述对象施用一定剂量的所述治疗化合物；
(b)在不同的时间点获得来自所述对象的一个或多个样品；
(c)测定所述一个或多个样品中的生物标志物的水平，从而确定所述剂量是否适当或需要调整；其中所述治疗化合物是化合物2的化合物：
Figure BDA0002904803230000522
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在又一实施方案中，本文提供了确定或调整用治疗化合物治疗患有多发性骨髓瘤的对象的剂量的方法，包括：
(a)对所述对象施用一定剂量的所述治疗化合物；
(b)在不同的时间点获得来自所述对象的一个或多个样品；
(c)测定所述一个或多个样品中的生物标志物的水平，从而确定所述剂量是否适当或需要调整，其中所述治疗化合物是化合物3的化合物：
Figure BDA0002904803230000523
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在又一实施方案中，本文提供了确定或调整用治疗化合物治疗患有多发性骨髓瘤的对象的剂量的方法，其中已经对所述对象施用了所述化合物，所述方法包括：
(a)测定获自所述对象的一个或多个样品中的生物标志物的水平，从而确定所述剂量是否适当或需要调整，其中所述治疗化合物是化合物1、化合物2或化合物3的化合物或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，不同的时间点可包括在用治疗化合物进行治疗之前获得的参考样品，以及用治疗化合物进行治疗期间在不同时间获自所述对象的一个或多个样品。在其它实施方案中，不同的时间点可包括在治疗期间获得的参考样品，以及用治疗化合物进行治疗期间在稍后的时间取得的一个或多个样品。在又一实施方案中，不同的时间点可包括在治疗之前取得的参考样品和在治疗后取得的样品。
本文还提供了使用生物标志物(例如，Aiolos、Ikaros、CRBN、ZFP91、c-MYC、IRF4、c-胱天蛋白酶1、c-胱天蛋白酶-3、c-胱天蛋白酶7、裂解PARP、生存蛋白、BIM、sFLC、p21、p27、pRB1、可溶性BCMA、CTC、TIL、IL-2、IFNγ、TNFα或TCR克隆性)来预测或监测患者对治疗化合物的反应性或治疗化合物的功效的方法。在某些实施方案中，本文提供了使用预测或预后因子来预测患有或疑似患有癌症(例如，多发性骨髓瘤)的对象对治疗化合物的反应性的方法，所述预测或预后因子如Aiolos、Ikaros、CRBN、ZFP91、c-MYC、IRF4、c-胱天蛋白酶1、c-胱天蛋白酶3、c-胱天蛋白酶7、裂解PARP、生存蛋白、BIM、sFLC、p21、p27、pRB1、可溶性BCMA、CTC、TIL、IL-2、IFNγ、TNFα或TCR克隆性。在一些实施方案中，本文提供了使用生物标志物(例如，Aiolos、Ikaros、CRBN、ZFP91、c-MYC、IRF4、c-胱天蛋白酶1、c-胱天蛋白酶3、c-胱天蛋白酶7、裂解PARP、生存蛋白、BIM、sFLC、p21、p27、pRB1、可溶性BCMA、CTC、TIL、IL-2、IFNγ、TNFα或TCR克隆性)水平作为预测或预后因子来监测用治疗化合物治疗对象的癌症(例如，多发性骨髓瘤)的功效的方法。在某些实施方案中，治疗化合物是化合物1、化合物2或化合物3。在一个实施方案中，治疗化合物是化合物1。在另一实施方案中，所述化合物是化合物2。在另一实施方案中，治疗化合物是化合物3。
因此，在一些方面，本文提供了预测患有或疑似患有癌症的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
(a)对所述对象施用所述治疗化合物；
(b)获得来自所述对象的样品；
(c)测定所述样品中的生物标志物的水平；且
(d)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于获自参考样品的所述生物标志物的水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物1：
Figure BDA0002904803230000531
或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体、药学上可接受的盐或多晶型物。
另一方面，本文提供了预测患有或疑似患有癌症的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
(a)对所述对象施用所述治疗化合物；
(b)获得来自所述对象的样品；
(c)测定所述样品中的生物标志物的水平；且
(d)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于获自参考样品的所述生物标志物的水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物2：
Figure BDA0002904803230000541
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在又一方面，本文提供了预测患有或疑似患有癌症的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
(a)对所述对象施用所述治疗化合物；
(b)获得来自所述对象的样品；
(c)测定所述样品中的生物标志物的水平；且
(d)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于获自参考样品的所述生物标志物的水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物3：
Figure BDA0002904803230000542
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
另一方面，本文提供了预测患有或疑似患有癌症的对象对治疗化合物的反应性的方法，已经对所述对象施用了所述治疗化合物，所述方法包括：
(a)测定获自所述对象的样品中的生物标志物的水平；且
(b)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于获自参考样品的所述生物标志物的水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物1、化合物2或化合物3或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在又一方面，本文提供了预测患有或疑似患有癌症的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
(a)获得来自所述对象的样品；
(b)对所述样品施用所述治疗化合物；
(c)测定所述样品中的生物标志物的水平；且
(d)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于获自参考样品的所述生物标志物的水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物1：
Figure BDA0002904803230000543
或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体、药学上可接受的盐或多晶型物。
在又一方面，本文提供了预测患有或疑似患有癌症的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
(a)获得来自所述对象的样品；
(b)对所述样品施用所述治疗化合物；
(c)测定所述样品中的生物标志物的水平；且
(d)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于获自参考样品的所述生物标志物的水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物2：
Figure BDA0002904803230000551
或其互变异构体、同位素体、药学上可接受的盐或多晶型物。
在又一方面，本文提供了预测患有或疑似患有癌症的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
(a)获得来自所述对象的样品；
(b)对所述样品施用所述治疗化合物；
(c)测定所述样品中的生物标志物的水平；且
(d)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于获自参考样品的所述生物标志物的水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物3：
Figure BDA0002904803230000552
或其互变异构体、同位素体、药学上可接受的盐或多晶型物。
在又一方面，本文提供了预测患有或疑似患有癌症的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
(a)对获自所述对象的样品施用所述治疗化合物；
(b)测定所述样品中的生物标志物的水平；且
(c)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于获自参考样品的所述生物标志物的水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物1、化合物2或化合物3或其互变异构体、同位素体、药学上可接受的盐或多晶型物。
在本文提供的各种方法的一些实施方案中，所述样品中的所述生物标志物的水平高于获自所述参考样品的所述生物标志物的水平。在本文提供的各种方法的其它实施方案中，所述样品中的所述生物标志物的水平低于获自所述参考样品的所述生物标志物的水平。
在又一方面，本文提供了监测用治疗化合物治疗对象的癌症的功效的方法，包括：
(a)对所述对象施用所述治疗化合物；
(b)获得来自所述对象的样品；
(c)测定所述样品中的生物标志物的水平；且
(d)将所述样品中的所述生物标志物的水平与获自参考样品的所述生物标志物的水平进行比较，其中所述生物标志物水平的变化指示所述治疗化合物治疗所述对象的所述癌症的功效；其中所述治疗化合物是化合物1：
Figure BDA0002904803230000561
或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体、药学上可接受的盐或多晶型物。
在又一方面，本文提供了监测用治疗化合物治疗对象的癌症的功效的方法，包括：
(a)对所述对象施用所述治疗化合物；
(b)获得来自所述对象的样品；
(c)测定所述样品中的生物标志物的水平；且
(d)将所述样品中的所述生物标志物的水平与获自参考样品的所述生物标志物的水平进行比较，其中所述生物标志物水平的变化指示所述治疗化合物治疗所述对象的所述癌症的功效；
其中所述治疗化合物是化合物2：
Figure BDA0002904803230000562
或其互变异构体、同位素体、药学上可接受的盐或多晶型物。
在又一方面，本文提供了监测用治疗化合物治疗对象的癌症的功效的方法，包括：
(a)对所述对象施用所述治疗化合物；
(b)获得来自所述对象的样品；
(c)测定所述样品中的生物标志物的水平；且
(d)将所述样品中的所述生物标志物的水平与获自参考样品的所述生物标志物的水平进行比较，其中所述生物标志物水平的变化指示所述治疗化合物治疗所述对象的所述癌症的功效；其中所述治疗化合物是化合物3：
Figure BDA0002904803230000571
或其互变异构体、同位素体、药学上可接受的盐或多晶型物。
在又一方面，本文提供了监测用治疗化合物治疗对象的癌症的功效的方法，已经对所述对象施用了所述治疗化合物，所述方法包括：
(a)测定获自所述对象的样品中的生物标志物的水平；且
(b)将所述样品中的所述生物标志物的水平与获自参考样品的所述生物标志物的水平进行比较，其中所述生物标志物水平的变化指示所述治疗化合物治疗所述对象的所述癌症的功效；
其中所述治疗化合物是化合物1、化合物2或化合物3或其互变异构体、同位素体、药学上可接受的盐或多晶型物。
在一些实施方案中，与参考水平相比增加的水平指示治疗化合物治疗对象的癌症的功效。例如，c-胱天蛋白酶-3、c-胱天蛋白酶1、c-胱天蛋白酶7、裂解PARP、BIM、TUNEL、膜联蛋白-V/7-AAD、膜联蛋白-V/PI、p21、p27、游离轻链、IL-2、TNFα、IFNγ或TCR克隆性相对于参考的增加指示治疗化合物治疗对象的多发性骨髓瘤的功效。在其它实施方案中，与参考水平相比降低的水平指示治疗化合物治疗对象的癌症的功效。例如，Aiolos(IKZF3)、Ikaros(IKZF1)、CTC、ZFP91、c-MYC、IRF4、磷酸-Rb1相对于参考的减少指示治疗化合物治疗对象的多发性骨髓瘤的功效。
要理解的是，生物标志物的水平将是相对于参考水平的。因此，在一些实施方案中，与参考水平相比降低的水平指示治疗化合物治疗对象的癌症的功效。例如，来自健康患者的c-胱天蛋白酶-3、c-胱天蛋白酶1、c-胱天蛋白酶7、裂解PARP、BIM、TUNEL、膜联蛋白-V/7-AAD、膜联蛋白-V/PI、p21、p27、游离轻链、IL-2、TNFα、IFNγ或TCR克隆性相对于来自多发性骨髓瘤患者的参考的减少指示治疗化合物治疗对象的多发性骨髓瘤的功效。在其它实施方案中，与参考水平相比增加的水平指示治疗化合物治疗对象的癌症的功效。例如，来自健康患者的Aiolos(IKZF3)、Ikaros(IKZF1)、CTC、ZFP91、c-MYC、IRF4、磷酸-Rb1相对于来自多发性骨髓瘤患者的参考的增加指示治疗化合物治疗对象的多发性骨髓瘤的功效。
如本文其它地方所讨论的那样，本文涵盖降低、治疗和/或预防与包括但不限于手术、化疗、放射疗法、生物疗法和免疫疗法的常规疗法相关的副作用或不良作用的方法。可在与常规疗法相关的副作用出现之前、期间或之后对使用本文所述的生物标志物确认的患者施用本文提供的化合物，例如化合物1、化合物2或化合物3或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐，以及其它活性成分。
也可将本文提供的化合物1、化合物2或化合物3或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐与本文所述的可用于治疗和/或预防多发性骨髓瘤的其它治疗剂组合，或者组合使用。
在本文提供的各种方法的一些实施方案中，所述方法包括与一种或多种第二活性剂组合并任选与放射疗法、输血或手术组合对患者施用化合物1、化合物2或化合物3或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
如本文所用，术语“组合”包括采用一种以上的疗法(例如，一种或多种预防和/或治疗剂)。然而，术语“组合”的使用并不限制对患有疾病或病症的患者施用疗法(例如，预防和/或治疗剂)的顺序。第一疗法(例如，预防或治疗剂，如本文提供的化合物，例如化合物1、化合物2或化合物3或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐)的施用可在对对象施用第二疗法(例如，预防或治疗剂)之前(例如，5分钟、15分钟、30分钟、45分钟、1小时、2小时、4小时、6小时、12小时、24小时、48小时、72小时、96小时、1周、2周、3周、4周、5周、6周、8周或12周前)、与其同时或在其之后(例如，5分钟、15分钟、30分钟、45分钟、1小时、2小时、4小时、6小时、12小时、24小时、48小时、72小时、96小时、1周、2周、3周、4周、5周、6周、8周或12周后)。本文还设想了三联疗法以及四联疗法。在一个实施方案中，第二疗法是地塞米松。
可通过相同或不同的施用途径同时或依次对患者进行化合物1、化合物2或化合物3或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐和一种或多种第二活性剂的施用。特定活性剂采用的特定施用途径的适合性将取决于活性剂本身(例如，其是否可以口服施用而不会在进入血流之前分解)。
化合物1、化合物2或化合物3或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐的施用途径独立于第二疗法的施用途径。在一个实施方案中，口服施用化合物1、化合物2或化合物3或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。在另一实施方案中，静脉内施用化合物1、化合物2或化合物3。因此，根据这些实施方案，口服或静脉内施用化合物1、化合物2或化合物3或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐，并且可以口服、胃肠外、腹膜内、静脉内、动脉内、经皮、舌下、肌内、经直肠、经颊、鼻内、经脂质体、经由吸入、经阴道、眼内、经由通过导管或支架局部递送、皮下、脂肪内、关节内、鞘内或以缓释剂型施用第二疗法。在一个实施方案中，通过相同的施用方式口服或通过IV施用化合物1、化合物2或化合物3或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐和第二疗法。在另一实施方案中，通过一种施用方式(例如通过IV)施用化合物1、化合物2或化合物3或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐，而通过另一种施用方式(例如口服)施用第二药剂(抗多发性骨髓瘤剂)。
在一个实施方案中，以约1至约1000mg、约5至约500mg、约10至约350mg或约50至约200mg的量静脉内或皮下且每天一次或两次地施用第二活性剂。第二活性剂的具体量将取决于所用的具体药剂、所治疗或控制的多发性骨髓瘤的类型、疾病的严重程度和阶段以及本文提供的化合物1、化合物2或化合物3或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐及任何任选同时对患者施用的另外的活性剂的量。
一种或多种第二活性成分或药剂可与化合物1、化合物2或化合物3一起用在本文提供的方法和组合物中。第二活性剂可以是大分子(例如，蛋白质)、小分子(例如，合成的无机、有机金属或有机分子)或细胞疗法(例如，CAR细胞)。
可用在本文所述的方法和组合物中的第二活性剂的实例包括美法仑、长春新碱、环磷酰胺、依托泊苷、多柔比星、苯达莫司汀、蛋白酶体抑制剂(例如，硼替佐米、卡非佐米、伊沙佐米、奥普佐米或马利佐米)、组蛋白脱乙酰酶抑制剂(例如，帕比司他(panobinostat)、ACY241)、BET抑制剂(例如，GSK525762A、OTX015、BMS-986158、TEN-010、CPI-0610、INCB54329、BAY1238097、FT-1101、C90010、ABBV-075、BI 894999、GS-5829、GSK1210151A(I-BET-151)、CPI-203、RVX-208、XD46、MS436、PFI-1、RVX2135、ZEN3365、XD14、ARV-771、MZ-1、PLX5117、EP11313和EP11336)、BCL2抑制剂(例如，维奈托克(venetoclax)或那韦托克(navitoclax))、MCL-1抑制剂(例如，AZD5991、AMG176、MIK665、S64315或S63845)、皮质类固醇(例如，泼尼松)、地塞米松；抗体(例如，CS1抗体，如艾洛珠单抗(elotuzumab)；CD38抗体，如达雷木单抗、伊沙妥昔单抗；或BCMA抗体或抗体-缀合物，如GSK2857916或BI836909)、检查点抑制剂(如本文所述)或CAR细胞(如本文所述)中的一者或多者。
在一个实施方案中，与化合物1、化合物2或化合物3或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐一起用在本文所述的方法和组合物中的第二活性剂是地塞米松。
在一些实施方案中，在21天周期的第1和8天以4mg剂量施用地塞米松。在一些其它实施方案中，在21天周期的第1、4、8和11天以4mg剂量施用地塞米松。在一些实施方案中，在28天周期的第1、8和15天以4mg剂量施用地塞米松。在一些其它实施方案中，在28天周期的第1、4、8、11、15和18天以4mg剂量施用地塞米松。在一些实施方案中，在28天周期的第1、8、15和22天以4mg剂量施用地塞米松。在一个这种实施方案中，在第1周期的第1、10、15和22天以4mg剂量施用地塞米松。在一些实施方案中，在28天周期的第1、3、15和17天以4mg剂量施用地塞米松。在一个这种实施方案中，在第1周期的第1、3、14和17天以4mg剂量施用地塞米松。
在一些其它实施方案中，在21天周期的第1和8天以8mg剂量施用地塞米松。在一些其它实施方案中，在21天周期的第1、4、8和11天以8mg剂量施用地塞米松。在一些实施方案中，在28天周期的第1、8和15天以8mg剂量施用地塞米松。在一些其它实施方案中，在28天周期的第1、4、8、11、15和18天以8mg剂量施用地塞米松。在一些实施方案中，在28天周期的第1、8、15和22天以8mg剂量施用地塞米松。在一个这种实施方案中，在第1周期的第1、10、15和22天以8mg剂量施用地塞米松。在一些实施方案中，在28天周期的第1、3、15和17天以8mg剂量施用地塞米松。在一个这种实施方案中，在第1周期的第1、3、14和17天以8mg剂量施用地塞米松。
在一些实施方案中，在21天周期的第1和8天以10mg剂量施用地塞米松。在一些其它实施方案中，在21天周期的第1、4、8和11天以10mg剂量施用地塞米松。在一些实施方案中，在28天周期的第1、8和15天以10mg剂量施用地塞米松。在一些其它实施方案中，在28天周期的第1、4、8、11、15和18天以10mg剂量施用地塞米松。在一些实施方案中，在28天周期的第1、8、15和22天以10mg剂量施用地塞米松。在一个这种实施方案中，在第1周期的第1、10、15和22天以10mg剂量施用地塞米松。在一些实施方案中，在28天周期的第1、3、15和17天以10mg剂量施用地塞米松。在一个这种实施方案中，在第1周期的第1、3、14和17天以10mg剂量施用地塞米松。
在一些实施方案中，在21天周期的第1和8天以20mg剂量施用地塞米松。在一些其它实施方案中，在21天周期的第1、4、8和11天以20mg剂量施用地塞米松。在一些实施方案中，在28天周期的第1、8和15天以20mg剂量施用地塞米松。在一些其它实施方案中，在28天周期的第1、4、8、11、15和18天以20mg剂量施用地塞米松。在一些实施方案中，在28天周期的第1、8、15和22天以20mg剂量施用地塞米松。在一个这种实施方案中，在第1周期的第1、10、15和22天以20mg剂量施用地塞米松。在一些实施方案中，在28天周期的第1、3、15和17天以20mg剂量施用地塞米松。在一个这种实施方案中，在第1周期的第1、3、14和17天以20mg剂量施用地塞米松。
在一些实施方案中，在21天周期的第1和8天以40mg剂量施用地塞米松。在一些其它实施方案中，在21天周期的第1、4、8和11天以40mg剂量施用地塞米松。在一些实施方案中，在28天周期的第1、8和15天以40mg剂量施用地塞米松。在一个这种实施方案中，在第1周期的第1、10、15和22天以40mg剂量施用地塞米松。在一些实施方案中，在28天周期的第1、4、8、11、15和18天以40mg剂量施用地塞米松。在其它这类实施方案中，在28天周期的第1、8、15和22天以40mg剂量施用地塞米松。在其它这类实施方案中，在28天周期的第1、3、15和17天以40mg剂量施用地塞米松。在一个这种实施方案中，在第1周期的第1、3、14和17天以40mg剂量施用地塞米松。
在另一实施方案中，与化合物1、化合物2或化合物3或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐一起用在本文所述的方法和组合物中的第二活性剂是硼替佐米。在又一实施方案中，与化合物1、化合物2或化合物3或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐一起用在本文所述的方法和组合物中的第二活性剂是达雷木单抗。在一些这类实施方案中，所述方法另外包括施用地塞米松。在一些实施方案中，所述方法包括施用化合物1、化合物2或化合物3或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐与如本文所述的蛋白酶体抑制剂、如本文所述的CD38抑制剂和如本文所述的皮质类固醇。
在某些实施方案中，与检查点抑制剂组合施用化合物1、化合物2或化合物3或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。在一个实施方案中，结合本文提供的方法，将一种检查点抑制剂与化合物1或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐组合使用。在另一实施方案中，结合本文提供的方法，将两种检查点抑制剂与化合物1或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐组合使用。在又一实施方案中，结合本文提供的方法，将三种或更多种检查点抑制剂与化合物1、化合物2或化合物3或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐组合使用。
如本文所用，术语“免疫检查点抑制剂”或“检查点抑制剂”是指完全或部分减少、抑制、干扰或调节一种或多种检查点蛋白的分子。不受特定理论的限制，检查点蛋白调控T细胞激活或功能。许多检查点蛋白是已知的，如CTLA-4及其配体CD80和CD86；以及PD-1与其配体PD-L1和PD-L2(Pardoll，Nature Reviews Cancer，2012，12，252-264)。这些蛋白质似乎负责T细胞反应的共刺激或抑制相互作用。免疫检查点蛋白似乎调控和维持自我耐受性以及生理免疫反应的持续时间和幅度。免疫检查点抑制剂包括抗体或来源于抗体。
在一个实施方案中，检查点抑制剂是CTLA-4抑制剂。在一个实施方案中，CTLA-4抑制剂是抗CTLA-4抗体。抗CTLA-4抗体的实例包括但不限于第5,811,097、5,811,097、5,855,887、6,051,227、6,207,157、6,682,736、6,984,720和7,605,238号美国专利中描述的那些，所有这些专利全文并入本文。在一个实施方案中，抗CTLA-4抗体是曲美木单抗(tremelimumab)(也称为替西木单抗(ticilimumab)或CP-675,206)。在另一实施方案中，抗CTLA-4抗体是伊匹木单抗(ipilimumab)(也称为MDX-010或MDX-101)。伊匹木单抗是与CTLA-4结合的完全人单克隆IgG抗体。伊匹木单抗以商品名YervoyTM销售。
在一个实施方案中，检查点抑制剂是PD-1/PD-L1抑制剂。PD-1/PD-L1抑制剂的实例包括但不限于第7,488,802、7,943,743、8,008,449、8,168,757、8,217,149号美国专利以及第WO2003042402、WO2008156712、WO2010089411、WO2010036959、WO2011066342、WO2011159877、WO2011082400和WO2011161699号PCT专利申请公开中描述的那些，所有这些都全文并入本文。
在一个实施方案中，检查点抑制剂是PD-1抑制剂。在一个实施方案中，PD-1抑制剂是抗PD-1抗体。在一个实施方案中，抗PD-1抗体是BGB-A317、纳武单抗(nivolumab)(也称为ONO-4538、BMS-936558或MDX1106)或帕博利珠单抗(pembrolizumab)(也称为MK-3475、SCH900475或lambrolizumab)。在一个实施方案中，抗PD-1抗体是纳武单抗。纳武单抗是人IgG4抗PD-1单克隆抗体，并以商品名OpdivoTM销售。在另一实施方案中，抗PD-1抗体是帕博利珠单抗。帕博利珠单抗是人源化单克隆IgG4抗体，并以商品名KeytrudaTM销售。在又一实施方案中，抗PD-1抗体是人源化抗体CT-011。单独施用的CT-011在治疗复发的急性髓性白血病(AML)中未能显示出反应。在又一实施方案中，抗PD-1抗体是融合蛋白AMP-224。在另一实施方案中，PD-1抗体是BGB-A317。BGB-A317是一种单克隆抗体，其中结合Fcγ受体I的能力被特异性地设计出来，并且其具有与PD-1的独特的结合特征，亲和力高且靶特异性优异。
在一个实施方案中，检查点抑制剂是PD-L1抑制剂。在一个实施方案中，PD-L1抑制剂是抗PD-L1抗体。在一个实施方案中，抗PD-L1抗体是MEDI4736(度伐单抗(durvalumab))。在另一实施方案中，抗PD-L1抗体是BMS-936559(也称为MDX-1105-01)。在又一实施方案中，PD-L1抑制剂是阿特朱单抗(atezolizumab)(也称为MPDL3280A和
Figure BDA0002904803230000611
)。
在一个实施方案中，检查点抑制剂是PD-L2抑制剂。在一个实施方案中，PD-L2抑制剂是抗PD-L2抗体。在一个实施方案中，抗PD-L2抗体是rHIgM12B7A。
在一个实施方案中，检查点抑制剂是淋巴细胞激活基因-3(LAG-3)抑制剂。在一个实施方案中，LAG-3抑制剂是可溶性Ig融合蛋白IMP321(Brignone等人，J.Immunol.，2007，179，4202-4211)。在另一实施方案中，LAG-3抑制剂是BMS-986016。
在一个实施方案中，检查点抑制剂是B7抑制剂。在一个实施方案中，B7抑制剂是B7-H3抑制剂或B7-H4抑制剂。在一个实施方案中，B7-H3抑制剂是抗B7-H3抗体MGA271(Loo等人，Clin.Cancer Res.，2012，3834)。
在一个实施方案中，检查点抑制剂是TIM3(T细胞免疫球蛋白结构域和粘蛋白结构域3)抑制剂(Fourcade等人，J.Exp.Med.，2010，207，2175-86；Sakuishi等人，J.Exp.Med.，2010，207，2187-94)。
在一个实施方案中，检查点抑制剂是OX40(CD134)激动剂。在一个实施方案中，检查点抑制剂是抗OX40抗体。在一个实施方案中，抗OX40抗体是抗OX-40。在另一实施方案中，抗OX40抗体是MEDI6469。
在一个实施方案中，检查点抑制剂是GITR激动剂。在一个实施方案中，检查点抑制剂是抗GITR抗体。在一个实施方案中，抗GITR抗体是TRX518。
在一个实施方案中，检查点抑制剂是CD137激动剂。在一个实施方案中，检查点抑制剂是抗CD137抗体。在一个实施方案中，抗CD137抗体是urelumab。在另一实施方案中，抗CD137抗体是PF-05082566。
在一个实施方案中，检查点抑制剂是CD40激动剂。在一个实施方案中，检查点抑制剂是抗CD40抗体。在一个实施方案中，抗CD40抗体是CF-870，893。
在一个实施方案中，检查点抑制剂是重组人白细胞介素-15(rhIL-15)。
在一个实施方案中，检查点抑制剂是IDO抑制剂。在一个实施方案中，IDO抑制剂是INCB024360。在另一实施方案中，IDO抑制剂是吲哚莫德(indoximod)。
在某些实施方案中，本文提供的组合疗法包括两种或更多种本文所述的检查点抑制剂(包括相同或不同类别的检查点抑制剂)。此外，在适合治疗本文所述且本领域中了解的疾病的情况下，本文所述的组合疗法可与一种或多种如本文所述的第二活性剂组合使用。
在某些实施方案中，化合物1、化合物2或化合物3可与一种或多种免疫细胞组合使用，所述一种或多种免疫细胞在其表面上表达一种或多种嵌合抗原受体(CAR)(例如，修饰的免疫细胞)。一般来说，CAR包含来自第一蛋白质(例如，抗原结合蛋白)的细胞外结构域、跨膜结构域和细胞内信号传导结构域。在某些实施方案中，一旦细胞外结构域与靶蛋白如肿瘤相关抗原(TAA)或肿瘤特异性抗原(TSA)结合，则经由细胞内信号传导结构域产生激活免疫细胞的信号，例如以靶向并杀灭表达靶蛋白的细胞。
细胞外结构域：CAR的细胞外结构域与所关注的抗原结合。在某些实施方案中，CAR的细胞外结构域包含与所述抗原结合的受体或受体的一部分。在某些实施方案中，细胞外结构域包含或为抗体或其抗原结合部分。在具体的实施方案中，细胞外结构域包含或为单链Fv(scFv)结构域。单链Fv结构域可包含例如通过柔性接头与VH连接的VL，其中所述VL和VH来自结合所述抗原的抗体。
在某些实施方案中，由本文所述的多肽的细胞外结构域识别的抗原是肿瘤相关抗原(TAA)或肿瘤特异性抗原(TSA)。在各种具体实施方案中，肿瘤相关抗原或肿瘤特异性抗原是但不限于Her2、前列腺干细胞抗原(PSCA)、甲胎蛋白(AFP)、癌胚抗原(CEA)、癌抗原-125(CA-125)、CA19-9、钙网膜蛋白、MUC-1、B细胞成熟抗原(BCMA)、上皮膜蛋白(EMA)、上皮肿瘤抗原(ETA)、酪氨酸酶、黑色素瘤-24相关抗原(MAGE)、CD19、CD22、CD27、CD30、CD34、CD45、CD70、CD99、CD117、EGFRvIII(表皮生长因子变体III)、间皮素、PAP(前列腺酸性磷酸酶)、prostein、TARP(T细胞受体γ交替阅读框蛋白)、Trp-p8、STEAPI(前列腺六跨膜上皮抗原1)、嗜铬粒蛋白、细胞角蛋白、肌间线蛋白、胶质纤维酸性蛋白(GFAP)、巨囊性病液体蛋白(GCDFP-15)、HMB-45抗原、蛋白melan-A(由T淋巴细胞识别的黑色素瘤抗原；MART-I)、myo-D1、肌肉特异性肌动蛋白(MSA)、神经丝、神经元特异性烯醇酶(NSE)、胎盘碱性磷酸酶、突触素、甲状腺球蛋白、甲状腺转录因子-1、丙酮酸激酶同功酶M2型的二聚体形式(肿瘤M2-PK)、异常ras蛋白或异常p53蛋白。在某些其它实施方案中，由CAR的细胞外结构域识别的TAA或TSA是整联蛋白αvβ3(CD61)、泌乳激素或Ral-B。
在某些实施方案中，由CAR的细胞外结构域识别的TAA或TSA是癌/睾丸(CT)抗原，例如BAGE、CAGE、CTAGE、FATE、GAGE、HCA661、HOM-TES-85、MAGEA、MAGEB、MAGEC、NA88、NY-ES0-1、NY-SAR-35、OY-TES-1、SPANXBI、SPA17、SSX、SYCPI或TPTE。
在某些其它实施方案中，由CAR的细胞外结构域识别的TAA或TSA是碳水化合物或神经节苷脂，例如fuc-GMI、GM2(癌胚胎抗原-免疫原-1；OFA-I-1)；GD2(OFA-I-2)、GM3、GD3等。
在某些其它实施方案中，由CAR的细胞外结构域识别的TAA或TSA是α-辅肌动蛋白-4、Bage-1、BCR-ABL、Bcr-Ab1融合蛋白、β-连环蛋白、CA 125、CA 15-3(CA27.29\BCAA)、CA195、CA242、CA-50、CAM43、Casp-8、cdc27、cdk4、cdkn2a、CEA、coa-1、dek-can融合蛋白、EBNA、EF2、爱泼斯坦巴尔病毒抗原(EpsteinBarrvirus antigen)、ETV6-AML1融合蛋白、HLA-A2、HLA-All、hsp70-2、KIAA0205、Mart2、Mum-1、2和3、neo-PAP、I类肌球蛋白、OS-9、pml-RARα融合蛋白、PTPRK、K-ras、N-ras、磷酸丙糖异构酶、Gage 3、4、5、6、7、GnTV、Herv-K-mel、Lage-1、NA-88、NY-Eso-1/Lage-2、SP17、SSX-2、TRP2-Int2、gp100(Pmel17)、酪氨酸酶、TRP-1、TRP-2、MAGE-1、MAGE-3、RAGE、GAGE-1、GAGE-2、p15(58)、RAGE、SCP-1、Hom/Mel-40、PRAME、p53、HRas、HER-2/neu、E2A-PRL、H4-RET、IGH-IGK、MYL-RAR、人乳头瘤病毒(HPV)抗原E6和E7、TSP-180、MAGE-4、MAGE-5、MAGE-6、p185erbB2、p180erbB-3、c-met、nm-23H1、PSA、TAG-72-4、CA 19-9、CA 72-4、CAM 17.1、NuMa、K-ras、13-连环蛋白、Mum-1、p16、TAGE、PSMA、CT7、端粒酶、43-9F、5T4、791Tgp72、13HCG、BCA225、BTAA、CD68\KP1、C0-029、FGF-5、G250、Ga733(EpCAM)、HTgp-175、M344、MA-50、MG7-Ag、MOV18、NB\70K、NY-C0-1、RCAS1、SDCCAG16、TA-90、TAAL6、TAG72、TLP或TPS。
在各种具体实施方案中，肿瘤相关抗原或肿瘤特异性抗原是AML相关肿瘤抗原，如S.Anguille等人，Leukemia(2012)，26，2186-2196中所述。
其它肿瘤相关和肿瘤特异性抗原是本领域技术人员已知的。
可用于构建嵌合抗原受体的与TSA和TAA结合的受体、抗体和scFv以及编码它们的核苷酸序列是本领域中已知的。
在某些具体的实施方案中，由嵌合抗原受体的细胞外结构域识别的抗原是通常不被认为是TSA或TAA的抗原，但其仍然与肿瘤细胞或由肿瘤引起的损伤相关。例如在某些实施方案中，抗原是例如生长因子、细胞因子或白细胞介素，例如与血管生成或血管发生相关的生长因子、细胞因子或白细胞介素。这类生长因子、细胞因子或白细胞介素可包括例如血管内皮生长因子(VEGF)、碱性成纤维细胞生长因子(bFGF)、血小板源性生长因子(PDGF)、肝细胞生长因子(HGF)、胰岛素样生长因子(IGF)或白细胞介素-8(IL-8)。肿瘤还可在肿瘤的局部产生低氧环境。因此，在其它具体实施方案中，抗原是低氧相关因子，例如HIF-1α、HIF-1β、HIF-2α、HIF-2β、HIF-3α或HIF-3β。肿瘤还可对正常组织造成局部损伤，导致被称为损伤相关分子模式分子(DAMP；也被称为警报素)的分子的释放。因此在某些其它具体实施方案中，抗原是DAMP，例如热休克蛋白、染色质相关蛋白高迁移率族盒1(HMGB 1)、S100A8(MRP8，钙粒蛋白A)、S100A9(MRP14，钙粒蛋白B)、血清淀粉样蛋白A(SAA)，或者可以是脱氧核糖核酸、三磷酸腺苷、尿酸或硫酸肝素。
在某些实施方案中，CAR的细胞外结构域通过接头、间隔子或铰链多肽序列例如来自CD28的序列或来自CTLA4的序列与多肽的跨膜结构域连接。跨膜结构域可得自或源自任何跨膜蛋白质的跨膜结构域，并且可包括这种跨膜结构域的全部或一部分。在具体的实施方案中，跨膜结构域可得自或源自例如CD8、CD16、细胞因子受体和白细胞介素受体或生长因子受体等。
在某些实施方案中，CAR的细胞内结构域是或包含在T细胞的表面上表达并触发所述T细胞的激活和/或增殖的蛋白质的细胞内结构域或基序。这种结构域或基序能够传递初级抗原结合信号，该信号是T淋巴细胞响应抗原与CAR的细胞外部分结合而激活所必需的。典型地，此结构域或基序包含或者是ITAM(基于免疫受体酪氨酸的激活基序)。适用于CAR的含ITAM的多肽包括例如ζCD3链(CD3ζ)或其含ITAM的部分。在具体的实施方案中，细胞内结构域是CD3ζ细胞内信号传导结构域。在其它具体实施方案中，细胞内结构域来自淋巴细胞受体链、TCR/CD3复合蛋白、Fe受体亚基或IL-2受体亚基。在某些实施方案中，CAR另外包含一个或多个共刺激结构域或基序，例如作为多肽的细胞内结构域的一部分。所述一个或多个共刺激结构域或基序可以是或可包含以下中的一者或多者：共刺激CD27多肽序列、共刺激CD28多肽序列、共刺激OX40(CD134)多肽序列、共刺激4-1BB(CD137)多肽序列或共刺激诱导型T细胞共刺激(ICOS)多肽序列或其它共刺激结构域或基序，或其任意组合。
CAR也可包含T细胞存活基序。T细胞存活基序可以是在抗原刺激后促进T淋巴细胞存活的任何多肽序列或基序。在某些实施方案中，T细胞存活基序是或源自CD3、CD28、IL-7受体(IL-7R)的细胞内信号传导结构域、IL-12受体的细胞内信号传导结构域、IL-15受体的细胞内信号传导结构域、IL-21受体的细胞内信号传导结构域或转化生长因子β(TGFβ)受体的细胞内信号传导结构域。
表达CAR的修饰免疫细胞可以是例如T淋巴细胞(T细胞，例如CD4+ T细胞或CD8+ T细胞)、细胞毒性淋巴细胞(CTL)或自然杀伤(NK)细胞。用在本文提供的组合物和方法中的T淋巴细胞可以是幼稚T淋巴细胞或MHC限制型T淋巴细胞。在某些实施方案中，T淋巴细胞是肿瘤浸润性淋巴细胞(TIL)。在某些实施方案中，T淋巴细胞已经从肿瘤活检中分离，或者已经从分离自肿瘤活检的T淋巴细胞扩增。在某些其它实施方案中，T细胞已经从外周血、脐带血或淋巴中分离，或者已经从分离自外周血、脐带血或淋巴的T淋巴细胞扩增。可采用本领域中公认的常规方法来分离要用于产生表达CAR的修饰免疫细胞的免疫细胞，例如采血，接着是单采和任选的抗体介导的细胞分离或分选。
修饰免疫细胞优选对于要施用修饰免疫细胞的个体是自体的。在某些其它实施方案中，修饰免疫细胞对于要施用修饰免疫细胞的个体是同种异体的。在同种异体T淋巴细胞或NK细胞用于制备修饰T淋巴细胞的情况下，优选的是选择能降低个体的移植物抗宿主病(GVHD)的可能性的T淋巴细胞或NK细胞。例如，在某些实施方案中，选择病毒特异性T淋巴细胞用于制备修饰T淋巴细胞；预期这类淋巴细胞与任何受体抗原结合的天然能力大大降低，并因此被其激活。在某些实施方案中，可通过对宿主共同施用一种或多种免疫抑制剂例如环孢菌素、他克莫司(tacrolimus)、西罗莫司(sirolimus)、环磷酰胺等来减少受体介导的同种异体T淋巴细胞的排斥。
可使用针对CD3和CD28的抗体例如附着于珠的抗体来扩增T淋巴细胞，例如未修饰的T淋巴细胞或表达CD3和CD28或包含多肽的T淋巴细胞，所述多肽包含CD3ζ信号传导结构域和CD28共刺激结构域；参见例如第5,948,893、6,534,055、6,352,694、6,692,964、6,887,466和6,905,681号美国专利。
修饰免疫细胞例如修饰T淋巴细胞可任选包含“自杀基因”或“安全开关”，其能够在需要时杀伤基本上所有的修饰免疫细胞。例如，在某些实施方案中，修饰T淋巴细胞可包含在与更昔洛韦(gancyclovir)接触后导致修饰T淋巴细胞死亡的HSV胸苷激酶基因(HSV-TK)。在另一实施方案中，修饰T淋巴细胞包含诱导型胱天蛋白酶，例如诱导型胱天蛋白酶9(icaspase9)，例如胱天蛋白酶9与人FK506结合蛋白之间的融合蛋白，其允许使用特异性小分子药物进行二聚化。参见Straathof等人，Blood 1 05(11)：4247-4254(2005)。在某些实施方案中，将如本文提供的化合物1、化合物2或化合物3与嵌合抗原受体(CAR)T细胞组合对患有各种类型或阶段的多发性骨髓瘤的患者施用。在某些实施方案中，组合中的CAR T细胞靶向B细胞成熟抗原(BCMA)，并且在更具体的实施方案中，CAR T细胞是bb2121或bb21217。在一些实施方案中，CAR T细胞是JCARH125。
在本文提供的各种方法的一些实施方案中，参考样品是在对对象施用治疗化合物之前获自对象的，且对照样品来自与所述样品相同的来源。在本文提供的各种方法的其它实施方案中，参考样品获自未患癌症的健康对象，且对照样品来自与所述样品相同的来源。
在本文提供的各种方法的一些实施方案中，癌症是血源性癌症。在某些实施方案中，血源性癌症是转移性的。在本文提供的各种方法的一些实施方案中，癌症是多发性骨髓瘤。
在一些实施方案中，本文提供的方法涵盖治疗、预防或控制各种类型的癌症。在一些实施方案中，本文提供的方法涵盖治疗或预防各种类型的癌症。在一些实施方案中，本文提供的方法涵盖治疗各种类型的癌症，如本文提供的癌症。在一个实施方案中，本文提供的方法涵盖通过施用治疗有效量的化合物1或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐来治疗、预防或控制多发性骨髓瘤。在一个实施方案中，本文提供的方法涵盖通过施用治疗有效量的化合物2或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐来治疗、预防或控制多发性骨髓瘤。在一个实施方案中，本文提供的方法涵盖通过施用治疗有效量的化合物3或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐来治疗、预防或控制多发性骨髓瘤。
在某些实施方案中，本文提供了治疗、预防或控制肾功能受损的患者的癌症的方法。在某些实施方案中，本文提供了对由于但不限于疾病、衰老或其它患者因素导致肾功能受损的患者提供适当的剂量调整的方法。
在某些实施方案中，本文提供了治疗、预防或控制肾功能受损的患者的MM(包括复发的/难治性的MM)或其症状的方法，包括单独或与第二活性剂组合对患有复发的/难治性的MM的肾功能受损的患者施用治疗有效量的化合物1、化合物2或化合物3或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。在一些实施方案中，所述方法包括以有效治疗、预防或控制肾功能受损的患者的复发的/难治性的MM的量与第二活性剂组合对对象施用本文提供的化合物或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐的步骤。在某些实施方案中，所述化合物是化合物1。在某些实施方案中，所述化合物是化合物2。在某些实施方案中，所述化合物是化合物3。
在一些实施方案中，生物标志物的水平随化合物治疗而降低。在一些实施方案中，生物标志物选自由CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、可溶性BCMA、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4、pRB1组成的组，并且生物标志物的水平与用治疗化合物进行治疗之前的参考水平相比降低。
在其它实施方案中，生物标志物的水平随化合物治疗而增加。在一些实施方案中，生物标志物选自由胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM和TCR克隆性组成的组，并且生物标志物的水平与用治疗化合物进行治疗之前的参考水平相比增加。
在本文提供的各种方法的某些实施方案中，生物标志物是直接或间接受CRBN影响的蛋白质，例如通过蛋白质-蛋白质相互作用(例如，某些CRBN底物或其下游效应子)或者通过各种细胞途径(例如，信号转导途径)受影响。在具体的实施方案中，生物标志物是CRBN相关蛋白(CAP)。在一些实施方案中，生物标志物是直接或间接受CRBN影响的蛋白质的mRNA。在其它实施方案中，生物标志物是直接或间接受CRBN影响的蛋白质的cDNA。
因此，在一些实施方案中，本文提供了确认有可能对治疗化合物有反应的患有癌症的对象的方法，包括：
(a)对所述对象施用所述治疗化合物；
(b)获得来自所述对象的样品；
(c)测定所述样品中的生物标志物的水平，其中所述生物标志物是CAP；且
(d)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于所述生物标志物的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物1：
Figure BDA0002904803230000661
或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在另一实施方案中，本文提供了确认有可能对治疗化合物有反应的患有癌症的对象的方法，包括：
(a)对所述对象施用所述治疗化合物；
(b)获得来自所述对象的样品；
(c)测定所述样品中的生物标志物的水平，其中所述生物标志物是CAP；且
(d)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于所述生物标志物的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物2：
Figure BDA0002904803230000662
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在又一实施方案中，本文提供了确认有可能对治疗化合物有反应的患有癌症的对象的方法，包括：
(a)对所述对象施用所述治疗化合物；
(b)获得来自所述对象的样品；
(c)测定所述样品中的生物标志物的水平，其中所述生物标志物是CAP；且
(d)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于所述生物标志物的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物3：
Figure BDA0002904803230000663
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在另一实施方案中，本文提供了确认有可能对治疗化合物有反应的患有癌症的对象的方法，已经对所述对象施用了所述治疗化合物，所述方法包括：
(a)测定获自所述对象的样品中的生物标志物的水平，其中所述生物标志物是CAP；且
(b)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于所述生物标志物的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物1、化合物2或化合物3或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了确认有可能对治疗化合物有反应的患有癌症的对象的方法，包括：
(a)获得来自所述对象的样品；
(b)对所述样品施用所述治疗化合物；
(c)测定所述样品中的生物标志物的水平，其中所述生物标志物是CAP；且
(d)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于所述生物标志物的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物1：
Figure BDA0002904803230000671
或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了确认有可能对治疗化合物有反应的患有癌症的对象的方法，包括：
(a)获得来自所述对象的样品；
(b)对所述样品施用所述治疗化合物；
(c)测定所述样品中的生物标志物的水平，其中所述生物标志物是CAP；且
(d)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于所述生物标志物的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物2：
Figure BDA0002904803230000672
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了确认有可能对治疗化合物有反应的患有癌症的对象的方法，包括：
(a)获得来自所述对象的样品；
(b)对所述样品施用所述治疗化合物；
(c)测定所述样品中的生物标志物的水平，其中所述生物标志物是CAP；且
(d)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于所述生物标志物的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物3：
Figure BDA0002904803230000681
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了确认有可能对治疗化合物有反应的患有癌症的对象的方法，包括：
(a)对获自所述对象的样品施用所述治疗化合物；
(b)测定所述样品中的生物标志物的水平，其中所述生物标志物是CAP；且
(c)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于所述生物标志物的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物1、化合物2或化合物3或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了治疗癌症的方法，包括：
(a)获得来自患有所述癌症的对象的样品；
(b)测定所述样品中的生物标志物的水平，其中所述生物标志物是CAP；
(c)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于所述生物标志物的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对治疗化合物有反应；且
(d)对所述对象施用治疗有效量的所述治疗化合物；其中所述治疗化合物是化合物1：
Figure BDA0002904803230000682
或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了治疗癌症的方法，包括：
(a)获得来自患有所述癌症的对象的样品；
(b)测定所述样品中的生物标志物的水平，其中所述生物标志物是CAP；
(c)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于所述生物标志物的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对治疗化合物有反应；且
(d)对所述对象施用治疗有效量的所述治疗化合物；其中所述治疗化合物是化合物2：
Figure BDA0002904803230000683
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了治疗癌症的方法，包括：
(a)获得来自患有所述癌症的对象的样品；
(b)测定所述样品中的生物标志物的水平，其中所述生物标志物是CAP；
(c)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于所述生物标志物的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对治疗化合物有反应；且
(d)对所述对象施用治疗有效量的所述治疗化合物；其中所述治疗化合物是化合物3：
Figure BDA0002904803230000691
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了用于治疗癌症的方法的化合物1、化合物2或化合物3，所述方法包括：
(a)获得来自患有所述癌症的对象的样品；
(b)测定所述样品中的生物标志物的水平，其中所述生物标志物是CAP；
(c)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于所述生物标志物的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对治疗化合物有反应；且
(d)对所述对象施用治疗有效量的所述治疗化合物；其中所述治疗化合物是化合物1、化合物2或化合物3或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了预测患有或疑似患有癌症的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
(a)对所述对象施用所述治疗化合物；
(b)获得来自所述对象的样品；
(c)测定所述样品中的生物标志物的水平，其中所述生物标志物是CAP；
(d)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于获自参考样品的所述生物标志物的水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物1：
Figure BDA0002904803230000692
或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了预测患有或疑似患有癌症的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
(a)对所述对象施用所述治疗化合物；
(b)获得来自所述对象的样品；
(c)测定所述样品中的生物标志物的水平，其中所述生物标志物是CAP；
(d)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于获自参考样品的所述生物标志物的水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物2：
Figure BDA0002904803230000701
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了预测患有或疑似患有癌症的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
(a)对所述对象施用所述治疗化合物；
(b)获得来自所述对象的样品；
(c)测定所述样品中的生物标志物的水平，其中所述生物标志物是CAP；
(d)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于获自参考样品的所述生物标志物的水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物3：
Figure BDA0002904803230000702
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了预测患有或疑似患有癌症的对象对治疗化合物的反应性的方法，已经对所述对象施用了所述治疗化合物，所述方法包括：
(a)测定获自所述对象的样品中的生物标志物的水平，其中所述生物标志物是CAP；
(d)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于获自参考样品的所述生物标志物的水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物1、化合物3或化合物3或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了预测患有或疑似患有癌症的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
(a)获得来自所述对象的样品；
(b)对所述样品施用所述治疗化合物；
(c)测定所述样品中的生物标志物的水平，其中所述生物标志物是CAP；
(d)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于获自参考样品的所述生物标志物的水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物1：
Figure BDA0002904803230000703
或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了预测患有或疑似患有癌症的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
(a)获得来自所述对象的样品；
(b)对所述样品施用所述治疗化合物；
(c)测定所述样品中的生物标志物的水平，其中所述生物标志物是CAP；
(d)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于获自参考样品的所述生物标志物的水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物2：
Figure BDA0002904803230000711
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了预测患有或疑似患有癌症的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
(a)获得来自所述对象的样品；
(b)对所述样品施用所述治疗化合物；
(c)测定所述样品中的生物标志物的水平，其中所述生物标志物是CAP；
(d)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于获自参考样品的所述生物标志物的水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物3：
Figure BDA0002904803230000712
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了预测患有或疑似患有癌症的对象对治疗化合物的反应性的方法，已经对所述对象施用了所述治疗化合物，所述方法包括：
(a)测定获自所述对象的样品中的生物标志物的水平，其中所述生物标志物是CAP；
(d)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于获自参考样品的所述生物标志物的水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物1、化合物2或化合物3或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了监测用治疗化合物治疗对象的癌症的功效的方法，包括：
(a)对所述对象施用所述治疗化合物；
(b)获得来自所述对象的样品；
(c)测定所述样品中的生物标志物的水平，其中所述生物标志物是CAP；
(d)将所述样品中的所述生物标志物的水平与获自参考样品的所述生物标志物的水平进行比较，其中所述生物标志物水平的变化指示所述治疗化合物治疗所述对象的所述癌症的功效；其中所述治疗化合物是化合物1：
Figure BDA0002904803230000721
或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了监测用治疗化合物治疗对象的癌症的功效的方法，包括：
(a)对所述对象施用所述治疗化合物；
(b)获得来自所述对象的样品；
(c)测定所述样品中的生物标志物的水平，其中所述生物标志物是CAP；
(d)将所述样品中的所述生物标志物的水平与获自参考样品的所述生物标志物的水平进行比较，其中所述生物标志物水平的变化指示所述治疗化合物治疗所述对象的所述癌症的功效；其中所述治疗化合物是化合物2：
Figure BDA0002904803230000722
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了监测用治疗化合物治疗对象的癌症的功效的方法，包括：
(a)对所述对象施用所述治疗化合物；
(b)获得来自所述对象的样品；
(c)测定所述样品中的生物标志物的水平，其中所述生物标志物是CAP；
(d)将所述样品中的所述生物标志物的水平与获自参考样品的所述生物标志物的水平进行比较，其中所述生物标志物水平的变化指示所述治疗化合物治疗所述对象的所述癌症的功效；
其中所述治疗化合物是化合物3：
Figure BDA0002904803230000723
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了监测用治疗化合物治疗对象的癌症的功效的方法，已经对所述对象施用了所述治疗化合物，所述方法包括：
(a)测定获自所述对象的样品中的生物标志物的水平，其中所述生物标志物是CAP；
(b)将所述样品中的所述生物标志物的水平与获自参考样品的所述生物标志物的水平进行比较，其中所述生物标志物水平的变化指示所述治疗化合物治疗所述对象的所述癌症的功效；其中所述治疗化合物是化合物1、化合物2或化合物3或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，生物标志物是选自由IKZF1、IKZF3、ZFP91、c-MYC和IRF4组成的组的CAP。在一些实施方案中，生物标志物是Ikaros家族成员，如IKZF1或IKZF3。在具体的实施方案中，生物标志物是IKZF1。在另一具体实施方案中，生物标志物是IKZF3。在具体的实施方案中，生物标志物是ZFP91。在一些实施方案中，生物标志物是IKZF1和IKZF3的结合伴侣、其下游效应子或在细胞途径中受其影响的因子。例如，在一些实施方案中，生物标志物是IKZF1或IKZF3的结合伴侣、其下游效应子或在细胞途径中受其影响的因子。在具体的实施方案中，生物标志物是IKZF1的下游效应子，如IRF4。在具体的实施方案中，生物标志物是IKZF3的下游效应子，如IRF4。在具体的实施方案中，生物标志物是IKZF1的下游效应子，如c-MYC。在具体的实施方案中，生物标志物是IKZF3的下游效应子，如c-MYC。
如实施例中所示，响应于化合物1、化合物2或化合物3治疗，生物标志物如CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、可溶性BCMA、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4、pRB1的水平与参考相比降低。因此，在一些实施方案中，生物标志物选自由CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、可溶性BCMA、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4和pRB1组成的组，并且生物标志物的水平响应于化合物1、化合物2或化合物3治疗而降低。因此，在本文提供的各种方法的一些实施方案中，生物标志物是CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、可溶性BCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4、pRB1或因此受影响的蛋白质(或因子)，且其中生物标志物的水平低于参考水平。
因此，在一些实施方案中，本文提供了确认有可能对治疗化合物有反应的患有癌症的对象的方法，包括：
(a)对所述对象施用所述治疗化合物；
(b)获得来自所述对象的样品；
(c)测定所述样品中的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、SBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1的水平；且
(d)如果所述样品中的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、SBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1的水平低于参考样品中的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1的水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物1：
Figure BDA0002904803230000731
或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在另一实施方案中，本文提供了确认有可能对治疗化合物有反应的患有癌症的对象的方法，包括：
(a)对所述对象施用所述治疗化合物；
(b)获得来自所述对象的样品；
(c)测定所述样品中的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1的水平；且
(d)如果所述样品中的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1的水平低于参考样品中的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1的水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物2：
Figure BDA0002904803230000741
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在又一实施方案中，本文提供了确认有可能对治疗化合物有反应的患有癌症的对象的方法，包括：
(a)对所述对象施用所述治疗化合物；
(b)获得来自所述对象的样品；
(c)测定所述样品中的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1的水平；且
(d)如果所述样品中的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1的水平低于参考样品中的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1的水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物3；
Figure BDA0002904803230000742
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在另一实施方案中，本文提供了确认有可能对治疗化合物有反应的患有癌症的对象的方法，已经对所述对象施用了所述治疗化合物，所述方法包括：
(a)测定获自所述对象的样品中的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1的水平；且
(b)如果所述样品中的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1的水平低于参考样品中的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1的水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物1、化合物2或化合物3或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了确认有可能对治疗化合物有反应的患有癌症的对象的方法，包括：
(a)获得来自所述对象的样品；
(b)对所述样品施用所述治疗化合物；
(c)测定所述样品中的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1的水平；且
(d)如果所述样品中的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1的水平低于参考样品中的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1的水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物1：
Figure BDA0002904803230000751
或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了确认有可能对治疗化合物有反应的患有癌症的对象的方法，包括：
(a)获得来自所述对象的样品；
(b)对所述样品施用所述治疗化合物；
(c)测定所述样品中的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1的水平；且
(d)如果所述样品中的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1的水平低于参考样品中的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1的水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物2：
Figure BDA0002904803230000752
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了确认有可能对治疗化合物有反应的患有癌症的对象的方法，包括：
(a)获得来自所述对象的样品；
(b)对所述样品施用所述治疗化合物；
(c)测定所述样品中的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1的水平；且
(d)如果所述样品中的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1的水平低于参考样品中的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1的水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物3：
Figure BDA0002904803230000761
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了确认有可能对治疗化合物有反应的患有癌症的对象的方法，包括：
(a)对获自所述对象的样品施用所述治疗化合物；
(b)测定所述样品中的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1的水平；且
(c)如果所述样品中的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1的水平低于参考样品中的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1的水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物1、化合物2或化合物3或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了治疗癌症的方法，包括：
(a)获得来自患有所述癌症的对象的样品；
(b)测定所述样品中的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1的水平；
(c)如果所述样品中的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1的水平低于参考样品中的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1的水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；且
(d)对所述对象施用治疗有效量的所述治疗化合物；其中所述治疗化合物是化合物1：
Figure BDA0002904803230000762
或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了治疗癌症的方法，包括：
(a)获得来自患有所述癌症的对象的样品；
(b)测定所述样品中的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1的水平；
(c)如果所述样品中的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1的水平低于参考样品中的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1的水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；且
(d)对所述对象施用治疗有效量的所述治疗化合物；其中所述治疗化合物是化合物2：
Figure BDA0002904803230000771
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了治疗癌症的方法，包括：
(a)获得来自患有所述癌症的对象的样品；
(b)测定所述样品中的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1的水平；
(c)如果所述样品中的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1的水平低于参考样品中的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1的水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；且
(d)对所述对象施用治疗有效量的所述治疗化合物；其中所述治疗化合物是化合物3：
Figure BDA0002904803230000772
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了用于治疗癌症的方法的化合物1、化合物2或化合物3，所述方法包括：
(a)获得来自患有所述癌症的对象的样品；
(b)测定所述样品中的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1的水平；
(c)如果所述样品中的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1的水平低于参考样品中的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1的水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；且
(d)对所述对象施用治疗有效量的所述治疗化合物。
在一些实施方案中，本文提供了预测患有或疑似患有癌症的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
(a)对所述对象施用所述治疗化合物；
(b)获得来自所述对象的样品；
(c)测定所述样品中的生物标志物的水平，其中所述生物标志物是所述样品中的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1；且
(d)如果所述样品中的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1的水平低于参考样品中的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1的水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物1：
Figure BDA0002904803230000781
或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了预测患有或疑似患有癌症的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
(a)对所述对象施用所述治疗化合物；
(b)获得来自所述对象的样品；
(c)测定所述样品中的生物标志物的水平，其中所述生物标志物是所述样品中的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1；且
(d)如果所述样品中的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1的水平低于参考样品中的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1的水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物2：
Figure BDA0002904803230000782
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了预测患有或疑似患有癌症的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
(a)对所述对象施用所述治疗化合物；
(b)获得来自所述对象的样品；
(c)测定所述样品中的生物标志物的水平，其中所述生物标志物是所述样品中的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1；且
(d)如果所述样品中的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1的水平低于参考样品中的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1的水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物3：
Figure BDA0002904803230000791
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了预测患有或疑似患有癌症的对象对治疗化合物的反应性的方法，已经对所述对象施用了所述治疗化合物，所述方法包括：
(a)测定获自所述对象的样品中的生物标志物的水平，其中所述生物标志物是所述样品中的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1；且
(b)如果所述样品中的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1的水平低于参考样品中的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1的水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物1、化合物2或化合物3或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了预测患有或疑似患有癌症的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
(a)获得来自所述对象的样品；
(b)对所述样品施用所述治疗化合物；
(c)测定所述样品中的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1的水平；且
(d)如果所述样品中的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1的水平低于参考样品中的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1的水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物1：
Figure BDA0002904803230000792
或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了预测患有或疑似患有癌症的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
(a)获得来自所述对象的样品；
(b)对所述样品施用所述治疗化合物；
(c)测定所述样品中的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1的水平；且
(d)如果所述样品中的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1的水平低于参考样品中的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1的水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物2：
Figure BDA0002904803230000801
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了预测患有或疑似患有癌症的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
(a)获得来自所述对象的样品；
(b)对所述样品施用所述治疗化合物；
(c)测定所述样品中的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1的水平；且
(d)如果所述样品中的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1的水平低于参考样品中的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1的水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物3：
Figure BDA0002904803230000802
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了预测患有或疑似患有癌症的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
(a)对获自所述对象的样品施用所述治疗化合物；
(b)测定所述样品中的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1的水平；且
(c)如果所述样品中的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1的水平低于参考样品中的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1的水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物1、化合物2或化合物3或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了监测用治疗化合物治疗对象的癌症的功效的方法，包括：
(a)对所述对象施用所述治疗化合物；
(b)获得来自所述对象的样品；
(c)测定所述样品中的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1的水平；且
(d)将所述样品中的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1的水平与获自参考样品的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1的水平进行比较，其中与参考水平相比所述水平的降低指示所述治疗化合物治疗所述对象的所述癌症的功效；其中所述治疗化合物是化合物1：
Figure BDA0002904803230000811
或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了监测用治疗化合物治疗对象的癌症的功效的方法，包括：
(a)对所述对象施用所述治疗化合物；
(b)获得来自所述对象的样品；
(c)测定所述样品中的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1的水平；且
(d)将所述样品中的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1的水平与获自参考样品的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1的水平进行比较，其中与参考水平相比所述水平的降低指示所述治疗化合物治疗所述对象的所述癌症的功效；其中所述治疗化合物是化合物2：
Figure BDA0002904803230000812
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了监测用治疗化合物治疗对象的癌症的功效的方法，包括：
(a)对所述对象施用所述治疗化合物；
(b)获得来自所述对象的样品；
(c)测定所述样品中的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1的水平；且
(d)将所述样品中的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1的水平与获自参考样品的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1的水平进行比较，其中与参考水平相比所述水平的降低指示所述治疗化合物治疗所述对象的所述癌症的功效；其中所述治疗化合物是化合物3：
Figure BDA0002904803230000821
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了监测用治疗化合物治疗对象的癌症的功效的方法，已经对所述对象施用了所述治疗化合物，所述方法包括：
(a)测定获自所述对象的样品中的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1的水平；且
(b)将所述样品中的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1的水平与获自参考样品的CRBN、IKZF1、IKZF3、CTC、sBCMA、TIL、生存蛋白、血清游离轻链、ZFP91、c-MYC、IRF4或pRB1的水平进行比较，其中与参考水平相比所述水平的降低指示所述治疗化合物治疗所述对象的所述癌症的功效；其中所述治疗化合物是化合物2、化合物2或化合物3或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在本文所述方法的具体实施方案中，参考样品是在用治疗化合物进行治疗之前的样品。
在具体的实施方案中，所述生物标志物是CRBN，且所述癌症是多发性骨髓瘤(MM)。在具体的实施方案中，所述生物标志物是CRBN，且所述治疗化合物是化合物1、化合物2或化合物3。在具体的实施方案中，所述治疗化合物是化合物1。在另一具体实施方案中，所述治疗化合物是化合物2。在又一具体实施方案中，所述治疗化合物是化合物3。
在具体的实施方案中，所述生物标志物是IKZF1，且所述癌症是多发性骨髓瘤(MM)。在具体的实施方案中，所述生物标志物是IKZF1，且所述治疗化合物是化合物1、化合物2或化合物3。在具体的实施方案中，所述治疗化合物是化合物1。在另一具体实施方案中，所述治疗化合物是化合物2。在又一具体实施方案中，所述治疗化合物是化合物3。
在具体的实施方案中，所述生物标志物是IKZF3，且所述癌症是多发性骨髓瘤(MM)。在具体的实施方案中，所述生物标志物是IKZF3，且所述治疗化合物是化合物1、化合物2或化合物3。在具体的实施方案中，所述治疗化合物是化合物1。在另一具体实施方案中，所述治疗化合物是化合物2。在又一具体实施方案中，所述治疗化合物是化合物3。
在具体的实施方案中，所述生物标志物是CTC，且所述癌症是多发性骨髓瘤(MM)。在具体的实施方案中，所述生物标志物是CTC，且所述治疗化合物是化合物1、化合物2或化合物3。在具体的实施方案中，所述治疗化合物是化合物1。在另一具体实施方案中，所述治疗化合物是化合物2。在又一具体实施方案中，所述治疗化合物是化合物3。
在具体的实施方案中，所述生物标志物是TIL，且所述癌症是多发性骨髓瘤(MM)。在具体的实施方案中，所述生物标志物是TIL，且所述治疗化合物是化合物1、化合物2或化合物3。在具体的实施方案中，所述治疗化合物是化合物1。在另一具体实施方案中，所述治疗化合物是化合物2。在又一具体实施方案中，所述治疗化合物是化合物3。
在具体的实施方案中，所述生物标志物是生存蛋白，且所述癌症是多发性骨髓瘤(MM)。在具体的实施方案中，所述生物标志物是生存蛋白，且所述治疗化合物是化合物1、化合物2或化合物3。在具体的实施方案中，所述治疗化合物是化合物1。在另一具体实施方案中，所述治疗化合物是化合物2。在又一具体实施方案中，所述治疗化合物是化合物3。
在具体的实施方案中，所述生物标志物是血清游离轻链，且所述癌症是多发性骨髓瘤(MM)。在具体的实施方案中，所述生物标志物是血清游离轻链，且所述治疗化合物是化合物1、化合物2或化合物3。在具体的实施方案中，所述治疗化合物是化合物1。在另一具体实施方案中，所述治疗化合物是化合物2。在又一具体实施方案中，所述治疗化合物是化合物3。
在具体的实施方案中，所述生物标志物是ZFP91，且所述癌症是多发性骨髓瘤(MM)。在具体的实施方案中，所述生物标志物是ZFP91，且所述治疗化合物是化合物1、化合物2或化合物3。在具体的实施方案中，所述治疗化合物是化合物1。在另一具体实施方案中，所述治疗化合物是化合物2。在又一具体实施方案中，所述治疗化合物是化合物3。
在具体的实施方案中，所述生物标志物是c-MYC，且所述癌症是多发性骨髓瘤(MM)。在具体的实施方案中，所述生物标志物是c-MYC，且所述治疗化合物是化合物1、化合物2或化合物3。在具体的实施方案中，所述治疗化合物是化合物1。在另一具体实施方案中，所述治疗化合物是化合物2。在又一具体实施方案中，所述治疗化合物是化合物3。
在具体的实施方案中，所述生物标志物是IRF4，且所述癌症是多发性骨髓瘤(MM)。在具体的实施方案中，所述生物标志物是IRF4，且所述治疗化合物是化合物1、化合物2或化合物3。在具体的实施方案中，所述治疗化合物是化合物1。在另一具体实施方案中，所述治疗化合物是化合物2。在又一具体实施方案中，所述治疗化合物是化合物3。
在具体的实施方案中，所述生物标志物是pRB1，且所述癌症是多发性骨髓瘤(MM)。在具体的实施方案中，所述生物标志物是pRB1，且所述治疗化合物是化合物1、化合物2或化合物3。在具体的实施方案中，所述治疗化合物是化合物1。在另一具体实施方案中，所述治疗化合物是化合物2。在又一具体实施方案中，所述治疗化合物是化合物3。
在一些实施方案中，所述生物标志物在凋亡中具有功能。在某些实施方案中，本文提供的生物标志物在细胞周期中具有功能。在其它实施方案中，本文提供的生物标志物在T细胞激活中具有功能。
在一些实施方案中，本文提供了确认有可能对治疗化合物有反应的患有复发的、难治性的或对常规疗法有抗性的多发性骨髓瘤的对象的方法，包括：
(a)获得包含来自对象的癌细胞的样品；
(b)检测所述样品中的CRBN的水平；且
(c)如果所述样品中的CRBN的水平是可检测的且低于CRBN的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物1的化合物：
Figure BDA0002904803230000841
或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在另一实施方案中，本文提供了确认有可能对治疗化合物有反应的患有复发的、难治性的或对常规疗法有抗性的多发性骨髓瘤的对象的方法，包括：
(a)获得包含来自对象的癌细胞的样品；
(b)检测所述样品中的CRBN的水平；且
(c)如果所述样品中的CRBN的水平是可检测的且低于CRBN的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物2的化合物：
Figure BDA0002904803230000842
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在又一实施方案中，本文提供了确认有可能对治疗化合物有反应的患有复发的、难治性的或对常规疗法有抗性的多发性骨髓瘤的对象的方法，包括：
(a)获得包含来自对象的癌细胞的样品；
(b)检测所述样品中的CRBN的水平；且
(c)如果所述样品中的CRBN的水平是可检测的且低于CRBN的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物3的化合物：
Figure BDA0002904803230000843
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了确认有可能对治疗化合物有反应的患有复发的、难治性的或对常规疗法有抗性的多发性骨髓瘤的对象的方法，包括：
(a)检测获自对象的样品中的CRBN的水平；且
(b)如果所述样品中的CRBN的水平是可检测的且低于CRBN的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物1、化合物2或化合物3的化合物或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
另一方面，本文提供了预测患有多发性骨髓瘤的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
(a)获得包含来自对象的癌细胞的样品；
(b)检测所述样品中的CRBN的水平；且
(c)如果所述样品中的CRBN的水平是可检测的且低于CRBN的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物1的化合物：
Figure BDA0002904803230000851
或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在另一实施方案中，本文提供了预测患有多发性骨髓瘤的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
(a)获得包含来自对象的癌细胞的样品；
(b)检测所述样品中的CRBN的水平；且
(c)如果所述样品中的CRBN的水平是可检测的且低于CRBN的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物2的化合物：
Figure BDA0002904803230000852
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在又一实施方案中，本文提供了预测患有多发性骨髓瘤的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
(a)获得包含来自对象的癌细胞的样品；
(b)检测所述样品中的CRBN的水平；且
(c)如果所述样品中的CRBN的水平是可检测的且低于CRBN的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物3的化合物：
Figure BDA0002904803230000853
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在另一实施方案中，本文提供了预测患有多发性骨髓瘤的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
(a)检测获自所述对象的样品中的CRBN的水平；且
(b)如果所述样品中的CRBN的水平是可检测的且低于CRBN的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物1、化合物2或化合物3的化合物或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
因此，在一些实施方案中，本文提供了如下方法，即检测癌细胞中的CRBN水平，并且如果样品中的CRBN的水平是可检测的且低于CRBN的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应。在一些实施方案中，所述MM是复发的、难治性的或对常规疗法有抗性的。在一个实施方案中，所述MM是来那度胺抗性MM。在另一实施方案中，所述MM是泊马度胺抗性MM。如第6节的实施例中所述，化合物2在PBMC以及CD4+和CD8+ T细胞中也具有免疫调节特性。因此，在本文提供的方法的一个实施方案中，CRBN在癌细胞中检测不到，且CRBN在免疫细胞中可检测到，并且患者对化合物1有反应。在本文提供的方法的另一实施方案中，CRBN在癌细胞中检测不到，且CRBN在免疫细胞中可检测到，并且患者对化合物2有反应。在本文提供的方法的又一实施方案中，CRBN在癌细胞中检测不到，且CRBN在免疫细胞中可检测到，并且患者对化合物1有反应。
另一方面，本文提供了确定或调整用治疗化合物治疗患有多发性骨髓瘤的对象的剂量的方法，包括：
(a)对所述对象施用一定剂量的所述治疗化合物；
(b)在不同的时间点获得来自所述对象的一个或多个样品；
(c)测定所述一个或多个样品中的IKZF1、IKZF3或两者的水平，从而确定所述剂量是否适当或需要调整；其中所述治疗化合物是化合物1的化合物：
Figure BDA0002904803230000861
或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在另一实施方案中，本文提供了确定或调整用治疗化合物治疗患有多发性骨髓瘤的对象的剂量的方法，包括：
(a)对所述对象施用一定剂量的所述治疗化合物；
(b)在不同的时间点获得来自所述对象的一个或多个样品；
(c)测定所述一个或多个样品中的IKZF1、IKZF3或两者的水平，从而确定所述剂量是否适当或需要调整；其中所述治疗化合物是化合物2的化合物：
Figure BDA0002904803230000862
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在又一实施方案中，本文提供了确定或调整用治疗化合物治疗患有多发性骨髓瘤的对象的剂量的方法，包括：
(a)对所述对象施用一定剂量的所述治疗化合物；
(b)在不同的时间点获得来自所述对象的一个或多个样品；
(c)测定所述一个或多个样品中的IKZF1、IKZF3或两者的水平，从而确定所述剂量是否适当或需要调整；其中所述治疗化合物是化合物3的化合物：
Figure BDA0002904803230000871
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在另一实施方案中，本文提供了确定或调整用治疗化合物治疗患有多发性骨髓瘤的对象的剂量的方法，已经对所述对象施用了所述治疗化合物，所述方法包括：
(a)测定获自所述对象的一个或多个样品中的IKZF1、IKZF3或两者的水平，从而确定所述剂量是否适当或需要调整；其中所述治疗化合物是化合物1、化合物2或化合物3的化合物或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些其它具体实施方案中，生物标志物的水平随化合物治疗而增加。在一些实施方案中，生物标志物选自由胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM和TCR克隆性组成的组，并且生物标志物的水平与用治疗化合物进行治疗之前的参考样品中的水平相比增加。在一些实施方案中，生物标志物在凋亡中具有功能，并且生物标志物的水平与用治疗化合物进行治疗之前的参考样品中的水平相比增加。在其它实施方案中，生物标志物在T细胞激活中具有功能，并且生物标志物的水平与用治疗化合物进行治疗之前的参考样品中的水平相比增加。
因此，在一些实施方案中，本文提供了确认有可能对治疗化合物有反应的患有癌症的对象的方法，包括：
(a)对所述对象施用所述治疗化合物；
(b)获得来自所述对象的样品；
(c)测定所述样品中的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性的水平；且
(d)如果所述样品中的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性的水平高于参考样品中的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性的水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物1：
Figure BDA0002904803230000872
或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在另一实施方案中，本文提供了确认有可能对治疗化合物有反应的患有癌症的对象的方法，包括：
(a)对所述对象施用所述治疗化合物；
(b)获得来自所述对象的样品；
(c)测定所述样品中的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性的水平；且
(d)如果所述样品中的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性的水平高于参考样品中的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性的水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物2：
Figure BDA0002904803230000881
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在又一实施方案中，本文提供了确认有可能对治疗化合物有反应的患有癌症的对象的方法，包括：
(a)对所述对象施用所述治疗化合物；
(b)获得来自所述对象的样品；
(c)测定所述样品中的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性的水平；且
(d)如果所述样品中的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性的水平高于参考样品中的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性的水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物3；
Figure BDA0002904803230000882
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在另一实施方案中，本文提供了确认有可能对治疗化合物有反应的患有癌症的对象的方法，已经对所述对象施用了所述治疗化合物，所述方法包括：
(a)测定获自所述对象的样品中的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性的水平；且
(b)如果所述样品中的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性的水平高于参考样品中的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性的水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物1、化合物2或化合物3或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了确认有可能对治疗化合物有反应的患有癌症的对象的方法，包括：
(a)获得来自所述对象的样品；
(b)对所述样品施用所述治疗化合物；
(c)测定所述样品中的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性的水平；且
(d)如果所述样品中的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性的水平高于参考样品中的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性的水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物1：
Figure BDA0002904803230000891
或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了确认有可能对治疗化合物有反应的患有癌症的对象的方法，包括：
(a)获得来自所述对象的样品；
(b)对所述样品施用所述治疗化合物；
(c)测定所述样品中的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性的水平；且
(d)如果所述样品中的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性的水平高于参考样品中的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性的水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物2：
Figure BDA0002904803230000892
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了确认有可能对治疗化合物有反应的患有癌症的对象的方法，包括：
(a)获得来自所述对象的样品；
(b)对所述样品施用所述治疗化合物；
(c)测定所述样品中的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性的水平；且
(d)如果所述样品中的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性的水平高于参考样品中的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性的水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物3：
Figure BDA0002904803230000901
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了确认有可能对治疗化合物有反应的患有癌症的对象的方法，包括：
(a)对获自所述对象的样品施用所述治疗化合物；
(c)测定所述样品中的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性的水平；且
(d)如果所述样品中的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性的水平高于参考样品中的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性的水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物1、化合物2或化合物3或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了治疗癌症的方法，包括：
(a)获得来自患有所述癌症的对象的样品；
(b)测定所述样品中的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性的水平；
(c)如果所述样品中的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性的水平高于参考样品中的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性的水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；且
(d)对所述对象施用治疗有效量的所述治疗化合物；其中所述治疗化合物是化合物1：
Figure BDA0002904803230000902
或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了治疗癌症的方法，包括：
(a)获得来自患有所述癌症的对象的样品；
(b)测定所述样品中的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性的水平；
(c)如果所述样品中的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性的水平高于参考样品中的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性的水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；且
(d)对所述对象施用治疗有效量的所述治疗化合物；其中所述治疗化合物是化合物2：
Figure BDA0002904803230000911
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了治疗癌症的方法，包括：
(a)获得来自患有所述癌症的对象的样品；
(b)测定所述样品中的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性的水平；
(c)如果所述样品中的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性的水平高于参考样品中的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性的水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；且
(d)对所述对象施用治疗有效量的所述治疗化合物；其中所述治疗化合物是化合物3：
Figure BDA0002904803230000912
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了用于治疗癌症的方法的化合物1、化合物2或化合物3或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐，所述方法包括：
(a)获得来自患有所述癌症的对象的样品；
(b)测定所述样品中的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性的水平；
(c)如果所述样品中的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性的水平高于参考样品中的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性的水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；且
(d)对所述对象施用治疗有效量的所述治疗化合物。
在一些实施方案中，本文提供了预测患有或疑似患有癌症的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
(a)对所述对象施用所述治疗化合物；
(b)获得来自所述对象的样品；
(c)测定所述样品中的生物标志物的水平，其中所述生物标志物是所述样品中的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性；且
(d)如果所述样品中的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性的水平高于参考样品中的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性的水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物1：
Figure BDA0002904803230000921
或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了预测患有或疑似患有癌症的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
(a)对所述对象施用所述治疗化合物；
(b)获得来自所述对象的样品；
(c)测定所述样品中的生物标志物的水平，其中所述生物标志物是所述样品中的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性；且
(d)如果所述样品中的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性的水平高于参考样品中的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性的水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物2：
Figure BDA0002904803230000922
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了预测患有或疑似患有癌症的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
(a)对所述对象施用所述治疗化合物；
(b)获得来自所述对象的样品；
(c)测定所述样品中的生物标志物的水平，其中所述生物标志物是所述样品中的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性；且
(d)如果所述样品中的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性的水平高于参考样品中的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性的水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物3：
Figure BDA0002904803230000931
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了预测患有或疑似患有癌症的对象对治疗化合物的反应性的方法，已经对所述对象施用了所述治疗化合物，所述方法包括：
(a)测定获自所述对象的样品中的生物标志物的水平，其中所述生物标志物是所述样品中的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性；且
(b)如果所述样品中的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性的水平高于参考样品中的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性的水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物1、化合物2或化合物3或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了预测患有或疑似患有癌症的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
(a)获得来自所述对象的样品；
(b)对所述样品施用所述治疗化合物；
(c)测定所述样品中的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性的水平；且
(d)如果所述样品中的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性的水平高于参考样品中的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性的水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物1：
Figure BDA0002904803230000932
或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了预测患有或疑似患有癌症的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
(a)获得来自所述对象的样品；
(b)对所述样品施用所述治疗化合物；
(c)测定所述样品中的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性的水平；且
(d)如果所述样品中的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性的水平高于参考样品中的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性的水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物2：
Figure BDA0002904803230000941
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了预测患有或疑似患有癌症的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
(a)获得来自所述对象的样品；
(b)对所述样品施用所述治疗化合物；
(c)测定所述样品中的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性的水平；且
(d)如果所述样品中的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性的水平高于参考样品中的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性的水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物3：
Figure BDA0002904803230000942
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了预测患有或疑似患有癌症的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
(a)对获自所述对象的样品施用所述治疗化合物；
(b)测定所述样品中的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性的水平；且
(c)如果所述样品中的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性的水平高于参考样品中的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性的水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；其中所述治疗化合物是化合物1、化合物2或化合物3或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了监测用治疗化合物治疗对象的癌症的功效的方法，包括：
(a)对所述对象施用所述治疗化合物；
(b)获得来自所述对象的样品；
(c)测定所述样品中的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性的水平；且
(d)将所述样品中的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性的水平与获自参考样品的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性的水平进行比较，其中所述水平与参考水平相比的增加指示所述治疗化合物治疗所述对象的所述癌症的功效；其中所述治疗化合物是化合物1：
Figure BDA0002904803230000951
或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了监测用治疗化合物治疗对象的癌症的功效的方法，包括：
(a)对所述对象施用所述治疗化合物；
(b)获得来自所述对象的样品；
(c)测定所述样品中的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性的水平；且
(d)将所述样品中的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性的水平与获自参考样品的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性的水平进行比较，其中所述水平与参考水平相比的增加指示所述治疗化合物治疗所述对象的所述癌症的功效；其中所述治疗化合物是化合物2：
Figure BDA0002904803230000952
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了监测用治疗化合物治疗对象的癌症的功效的方法，包括：
(a)对所述对象施用所述治疗化合物；
(b)获得来自所述对象的样品；
(c)测定所述样品中的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性的水平；且
(d)将所述样品中的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性的水平与获自参考样品的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性的水平进行比较，其中所述水平与参考水平相比的增加指示所述治疗化合物治疗所述对象的所述癌症的功效；其中所述治疗化合物是化合物3：
Figure BDA0002904803230000961
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本文提供了监测用治疗化合物治疗对象的癌症的功效的方法，已经对所述对象施用了所述治疗化合物，所述方法包括：
(a)测定获自所述对象的样品中的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性的水平；且
(b)将所述样品中的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性的水平与获自参考样品的胱天蛋白酶1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶7、PARP、IFNγ、TNFα、IL2、p21、p27、BIM或TCR克隆性的水平进行比较，其中所述水平与参考水平相比的增加指示所述治疗化合物治疗所述对象的所述癌症的功效；其中所述治疗化合物是化合物1、化合物2或化合物3或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在本文所述方法的具体实施方案中，参考样品是在用治疗化合物进行治疗之前的样品。
在本文提供的各种方法的一些实施方案中，通过测定所述生物标志物的蛋白质水平来测量所述生物标志物的水平。
在本文提供的各种方法的其它实施方案中，通过测定所述生物标志物的mRNA水平来测量所述生物标志物的水平。
又在本文提供的各种方法的其它实施方案中，通过测定所述生物标志物的cDNA水平来测量所述生物标志物的水平。
在本文提供的各种方法的一些实施方案中，治疗化合物是下面第5.7节中所述的化合物。
在一些实施方案中，所述治疗化合物是化合物1，且所述癌症是MM。在一些实施方案中，所述治疗化合物是化合物2，且所述癌症是MM。在其它实施方案中，所述治疗化合物是化合物3，且所述癌症是MM。
在一些实施方案中，通过患有癌症的患者的总生存期(OS)、完全缓解率(CRR)、客观缓解率(ORR)、进展时间、无复发生存期(RFS)、无进展生存期(PFS)无事件生存期、缓解持续时间、反应持续时间和/或缓解/反应时间来确定患者或对象的反应性或治疗的功效。在一个实施方案中，所述癌症是血液学癌症。在某些实施方案中，ORR包括完全缓解(CR)(即形态学无白血病状态、形态学CR、细胞遗传学CR、分子CR和血液恢复不完全的形态学CR)和部分缓解的所有反应。
在其它实施方案中，本文提供的各种方法用于增加患有癌症例如血液学癌症的患者的总生存期(OS)、完全缓解率(CRR)、客观缓解率(ORR)、进展时间、无复发生存期(RFS)、无进展生存期(PFS)无事件生存期、缓解持续时间、反应持续时间和/或缓解/反应时间。
在其它实施方案中，本文提供了用于本文提供的任何方法的化合物1、化合物2或化合物3。
5.3检测和定量生物标志物的方法
在某些实施方案中，本文提供了检测和定量来自生物样品的生物标志物的蛋白质水平的方法，所述生物标志物如CRBN、直接或间接受CRBN影响的蛋白质或指示对化合物1、化合物2或化合物3的药效动力学(PD)反应的蛋白质(例如，可溶性BCMA)，所述方法包括使样品内的蛋白质与第一抗体接触，所述第一抗体与生物标志物蛋白质免疫特异性结合。在一些实施方案中，本文提供的方法进一步包括(i)使与第一抗体结合的生物标志物蛋白质与具有可检测标记的第二抗体接触，其中第二抗体与生物标志物蛋白质免疫特异性结合，且其中第二抗体与生物标志物蛋白质上与第一抗体不同的表位免疫特异性结合；(ii)检测与生物标志物蛋白质结合的第二抗体的存在；且(iii)基于第二抗体中可检测标记的量确定生物标志物蛋白质的量。在其它实施方案中，本文提供的方法进一步包括(i)使与第一抗体结合的生物标志物蛋白质与具有可检测标记的第二抗体接触，其中第二抗体与第一抗体免疫特异性结合；(ii)检测与第一抗体结合的第二抗体的存在；且(iii)基于第二抗体中可检测标记的量确定生物标志物蛋白质的量。
在本文提供的各种方法的一些实施方案中，所述方法包括采用双重染色免疫组织化学法来测定生物标志物的水平，所述生物标志物如CRBN或直接或间接受CRBN影响的蛋白质。在双重染色免疫组织化学测定中，使用靶向本文提供的生物标志物的第一标记抗体和靶向癌症生物标志物的第二标记抗体同时检测本文提供的生物标志物和另一种癌症生物标志物。这种测定可提高检测和测量本文提供的生物标志物的特异性、准确性和灵敏度。在一些实施方案中，所述癌症生物标志物是MM生物标志物。
在本文提供的各种方法的一些实施方案中，所述方法包括对DNA进行测序。例如，在一些实施方案中，本文提供了确认有可能对治疗化合物有反应的患有多发性骨髓瘤的对象的方法以及预测患有多发性骨髓瘤的对象对治疗化合物的反应性的方法。对用cereblon调节剂化合物进行的初始治疗有抗性的患者可能在CRBN中具有突变。重要的是，如实施例中所示，对cereblon调节剂如来那度胺或泊马度胺有抗性的细胞仍可对化合物1、化合物2或化合物3敏感。因此，在一些实施方案中，所述方法包括对CRBN的DNA进行突变测序，以确认有可能对治疗化合物有反应的患有多发性骨髓瘤的对象，其中所述治疗化合物是化合物1。在一些实施方案中，所述方法包括对CRBN的DNA进行突变测序，以确认有可能对治疗化合物有反应的患有多发性骨髓瘤的对象，其中所述治疗化合物是化合物2。在一些实施方案中，所述方法包括对CRBN的DNA进行突变测序，以确认有可能对治疗化合物有反应的患有多发性骨髓瘤的对象，其中所述治疗化合物是化合物3。在其它实施方案中，所述方法包括对CRBN的DNA进行突变测序，以预测患有多发性骨髓瘤的对象对治疗化合物的反应性，其中所述治疗化合物是化合物1。在其它实施方案中，所述方法包括对CRBN的DNA进行突变测序，以预测患有多发性骨髓瘤的对象对治疗化合物的反应性，其中所述治疗化合物是化合物2。在其它实施方案中，所述方法包括对CRBN的DNA进行突变测序，以预测患有多发性骨髓瘤的对象对治疗化合物的反应性，其中所述治疗化合物是化合物3。
在一些实施方案中，本文提供的方法用于检测T细胞激活。在一些实施方案中，可在用化合物1、化合物2或化合物3治疗后对TCR的DNA进行测序。T细胞的激活可导致T细胞群体的克隆扩增，其TCR发生特异性基因重排。可通过DNA测序确定重排。因此，在本文提供的各种方法的一些实施方案中，所述方法的生物标志物是TCR克隆性，并且通过TCR的DNA测序来测量TCR克隆性。
因此，在一些实施方案中，本文提供的方法包括(i)使样品内的蛋白质与第一抗体接触，所述第一抗体与本文提供的生物标志物免疫特异性结合，所述第一抗体与第一可检测标记偶联；(ii)使所述样品内的蛋白质与第二抗体接触，所述第二抗体与癌症生物标志物免疫特异性结合，所述第二抗体与第二可检测标记偶联；(iii)检测与所述蛋白质结合的第一抗体和第二抗体的存在；且(iv)基于第一抗体中可检测标记的量确定本文提供的生物标志物的水平，并基于第二抗体中可检测标记的量确定癌症生物标志物的水平。在一些实施方案中，所述癌症生物标志物是MM生物标志物。
在某些实施方案中，本文提供了从生物样品中检测和定量生物标志物如Aiolos或Ikaros或本文提供的任何其它生物标志物的蛋白质水平的方法，包括(i)使生物标志物蛋白质与第一抗体接触；(ii)使与第一抗体结合的生物标志物蛋白质与具有可检测标记的第二抗体接触，其中第二抗体与第一抗体免疫特异性结合；(iii)检测与生物标志物蛋白质在复合物中结合的第二抗体的存在；且(iv)采用流式细胞术(例如FACS)基于第二抗体中可检测标记的量确定生物标志物蛋白质的量。进一步要理解的是，可以在癌细胞和非癌细胞(例如，CD3+ T细胞)中进行生物标志物蛋白质水平如Aiolos或Ikaros的检测和定量。例如，可在用化合物1、化合物2或化合物3治疗之前、期间和/或之后在CD3+ T细胞中通过流式细胞术测量Aiolos和/或Ikaros表达。在一些实施方案中，所述癌症生物标志物是MM生物标志物。在一些实施方案中，所述生物标志物是CTC。
在某些实施方案中，本文提供了评估来自生物样品的生物标志物表达如CRBN、Aiolos、Ikaros、ZFP91、c-Myc、IRF4、c-胱天蛋白酶-3以及TIL的方法，包括(i)在用化合物1、化合物2或化合物3治疗之前、期间和/或之后收集骨髓穿刺液样品；(ii)从每个样品中产生凝块；(iii)将凝块固定在例如福尔马林中；(iv)包埋凝块石蜡或冷冻包埋介质(例如，OCT)；(v)将包埋的样品切片以进行免疫染色；(vi)对切片进行免疫组织化学分析(IHC)；(vii)通过显微镜法观察染色样品；且(viii)评估生物标志物表达。
在某些实施方案中，本文提供了检测和定量来自生物样品的作为生物标志物的肿瘤浸润性淋巴细胞(TIL)的方法，包括；(i)用苏木精和曙红(H&E)将组织学样本染色；(ii)使用光学显微镜观察TIL；(iii)基于形态学和染色检测TIL；(iv)基于肿瘤内(即浸润的)淋巴细胞染色的量确定TIL的水平。
在某些实施方案中，本文提供了检测和定量来自生物样品的生物标志物如CRBN或本文提供的生物标志物的RNA(例如，mRNA、总RNA或小RNA)水平的方法，包括：(a)获得来自样品的RNA；(b)使所述RNA同与所述RNA中的序列特异性结合的引物接触，以产生具有与所述RNA互补的序列的第一DNA分子(即cDNA)；(c)扩增对应于编码生物标志物的基因的片段的cDNA；且(d)基于扩增的DNA的量确定生物标志物的RNA水平。在一些实施方案中，本文提供了对来自生物样品的生物标志物的RNA进行测序(RNA-seq)的方法，包括：(a)从样品中分离RNA；(b)消耗核糖体RNA(rRNA)，富集具有3’聚腺苷酸化(poly(A))尾的RNA，两者或都不；(c)将RNA逆转录成cDNA；且(d)对cDNA进行测序。在一些实施方案中，将所述生物标志物与本文提供的其它生物标志物如Aiolos、Ikaros、CRBN、ZFP91、c-MYC、IRF4、c-胱天蛋白酶1、c-胱天蛋白酶3、c-胱天蛋白酶7、裂解PARP、生存蛋白、BIM、sFLC、p21、p27、pRB1、可溶性BCMA、CTC、TIL、IL-2、IFNγ、TNFα和TCR克隆性组合进行评估。
在某些实施方案中，本文提供了检测和定量在凋亡中具有功能的一种或多种生物标志物的方法。本领域技术人员熟知的是，有多种检测凋亡的方法。一种方法涉及检测作为凋亡的标志的DNA片段化。末端脱氧核苷酰转移酶dUTP缺口末端标记(TUNEL)是检测DNA片段的确立方法。因此，在本文提供的各种方法的某些实施方案中，生物标志物在凋亡中具有功能，并且通过末端脱氧核苷酰转移酶dUTP缺口末端标记(TUNEL)来测量生物标志物的水平。
凋亡较早期的事件之一包括膜磷脂酰丝氨酸(PS)从质膜的内侧向表面移位。膜联蛋白V是Ca2+依赖性磷脂结合蛋白，对PS具有高亲和力，并且荧光色素标记的膜联蛋白V可用于采用流式细胞术检测暴露的PS。使用与DNA结合的荧光嵌入剂可进一步促进早期凋亡细胞与晚期凋亡细胞之间的区分。作为早期凋亡细胞的细胞将不包括荧光嵌入剂，如7-氨基-放线菌素D(7-AAD)和碘化丙锭(PI)，而晚期凋亡细胞将阳性染色，因为这些染料进入细胞核，它们在那里与DNA结合。7-AAD和PI具有高DNA结合常数，并且被完整细胞有效排除。因此，在本文提供的各种方法的一些实施方案中，生物标志物在凋亡中具有功能，并且通过膜联蛋白-V和7-AAD来测量生物标志物的水平。在本文提供的各种方法的其它实施方案中，生物标志物在凋亡中具有功能，并且通过膜联蛋白-V和碘化丙锭(PI)来测量生物标志物的水平。
在本文提供的各种方法的某些实施方案中，依次进行所述两个或更多个步骤。在本文提供的方法的其它实施方案中，并行(例如，同时)进行两个或更多个步骤。
本文提供的用于检测和定量生物标志物如Aiolos、Ikaros、CRBN、c-MYC、IRF4、裂解胱天蛋白酶-3、可溶性BCMA(sBCMA)、可溶性FLC(sFLC)、激活T细胞相关细胞因子或其组合的蛋白质水平的方法的示例性测定法有免疫测定法如western印迹分析、酶联免疫吸附测定法(ELISA)(例如，夹心ELISA)、免疫组织化学法(IHC)和荧光激活细胞分选(FACS)。举例来说，在一些实施方案中，可在用化合物1、化合物2或化合物3治疗之前、期间和/或之后收集血清样品，并且可通过ELISA来测量sBCMA。本文提供的用于检测和定量生物标志物如Aiolos、Ikaros、CRBN、c-MYC、IRF4、激活T细胞相关细胞因子或其组合的RNA水平的方法的示例性测定法有逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)例如定量RT-PCR(qRT-PCR)和RNA-Seq。
5.4.对象、样品和细胞类型
在某些实施方案中，本文提供的各种方法使用来自对象或个体(例如，患者)的样品(例如，生物样品)。对象可以是患者，如患有癌症(例如，多发性骨髓瘤)的患者。对象可以是哺乳动物，例如人。对象可以是男性或女性，并且可以是成人、儿童或婴儿。可以在癌症(例如，MM)的活跃阶段期间时或者当癌症(例如，MM)不活跃时分析样品。在某些实施方案中，可获得来自对象的一个以上的样品。
在某些实施方案中，本文提供的方法中所用的样品包含来自对象的体液。体液的非限制性实例包括血液(例如，全血)、血浆、羊水、房水、胆汁、骨髓、耳屎、考珀液、射精前液、乳糜、食糜、女性射液、间质液、淋巴液、月经、母乳、粘液、胸膜液、脓液、唾液、皮脂、精液、血清、汗液、眼泪、尿液、阴道润滑液、呕吐物、水、粪便、内部体液(包括脑和脊髓周围的脑脊液)、滑液、细胞内液(细胞内液体)和玻璃体液(眼球中的液体)。在一些实施方案中，样品是血液样品。可采用例如Innis等人编写的PCR Protocols(Academic Press，1990)中所述的常规技术获得血液样品。可采用常规技术或市售试剂盒例如RosetteSep试剂盒(SteinCell Technologies，Vancouver，Canada)从血液样品中分离白细胞。可采用常规技术例如磁激活细胞分选(MACS)(Miltenyi Biotec，Auburn，California)或荧光激活细胞分选(FACS)(Becton Dickinson，San Jose，California)来进一步分离白细胞的亚群，例如单核细胞、B细胞、T细胞、单核细胞、粒细胞或淋巴细胞。
在一个实施方案中，血液样品为约0.1mL至约10.0mL、约0.2mL至约7mL、约0.3mL至约5mL、约0.4mL至约3.5mL或约0.5mL至约3mL。在另一实施方案中，血液样品为约0.3、约0.4、约0.5、约0.6、约0.7、约0.8、约0.9、约1.0、约1.5、约2.0、约2.5、约3.0、约3.5、约4.0、约4.5、约5.0、约6.0、约7.0、约8.0、约9.0或约10.0mL。
在一些实施方案中，将血液样品吸入含有抗CD3抗体的TruCulture管中用于离体T细胞激活测定。
在一些实施方案中，骨髓样品为约0.1mL至约10.0mL、约0.2mL至约7mL、约0.3mL至约5mL、约0.4mL至约3.5mL或约0.5mL至约3mL。在另一实施方案中，血液样品为约0.3、约0.4、约0.5、约0.6、约0.7、约0.8、约0.9、约1.0、约1.5、约2.0、约2.5、约3.0、约3.5、约4.0、约4.5、约5.0、约6.0、约7.0、约8.0、约9.0或约10.0mL。
在一些实施方案中，用于本发明方法的样品包括活检(例如，肿瘤活检)。活检可来自任何器官或组织，例如皮肤、肝脏、肺、心脏、结肠、肾脏、骨髓、牙齿、淋巴结、毛发、脾脏、脑、乳房或其它器官。本领域技术人员已知的任何活检技术可用于从对象中分离样品，比如开放活检、封闭活检、核心活检、切口活检、切除活检或细针穿刺活检。
在一个实施方案中，本文提供的方法中所用的样品是在对象接受疾病或病症治疗之前获自对象的。在一些实施方案中，样品是在接受化合物1、化合物2或化合物3以外的疗法治疗后且在对象接受用化合物1、化合物2或化合物3治疗之前获自对象的。在具体的实施方案中，样品是在疾病已复发或者化合物1、化合物2或化合物3以外的疗法难治患者后获自对象的。在另一实施方案中，样品是在对象接受疾病或病症治疗期间获自对象的。在另一实施方案中，样品是在对象接受疾病或病症治疗后获自对象的。在各种实施方案中，治疗包括对对象施用化合物(例如，化合物1、化合物2或化合物3)。
在某些实施方案中，本文提供的方法中所用的样品包含多种细胞，如癌(例如，MM)细胞。这类细胞可包括任何类型的细胞，例如干细胞、血细胞(例如，外周血单核细胞(PBMC))、淋巴细胞、B细胞、T细胞、单核细胞、粒细胞、免疫细胞或癌细胞。
可使用市售抗体(例如来自Quest Diagnostic(San Juan Capistrano，California)或Dako(Denmark)的抗体)的组合获得具体的细胞群。
在某些实施方案中，本文提供的方法中的细胞是PBMC。在某些实施方案中，本文提供的方法中所用的样品来自疾病组织，例如来自患有癌症(例如，MM)的个体。
在某些实施方案中，细胞系被用作疾病模型，用于评估化合物的效果、研究作用机制或确立生物标志物的参考水平等。在一些实施方案中，本文提供的方法中所用的细胞来自癌(例如，MM)细胞系。在一个实施方案中，MM细胞系是DF15细胞系。在另一实施方案中，MM细胞系是对来那度胺和泊马度胺产生抗性的DF15细胞系(DF15R)。在另一实施方案中，MM细胞系是NCI-H929。在另一实施方案中，MM细胞系是对来那度胺产生抗性的NCI-H929(NCI-H929-1051)。在另一实施方案中，MM细胞系是对泊马度胺产生抗性的NCI-H929(NCI-H929-P01)。在另一实施方案中，MM细胞系是OPM2。在另一实施方案中，MM细胞系是对100nM的泊马度胺产生抗性的OPM2细胞系(OPM2-P01)。在另一实施方案中，MM细胞系是对1μM的泊马度胺产生抗性的OPM2细胞系(OPM2-P1)。在另一实施方案中，MM细胞系是对10μM的泊马度胺产生抗性的OPM2细胞系(OPM2-P10)。
在某些实施方案中，本文提供的方法可用于检测来自个体的细胞中的基因重排。在一些实施方案中，本文提供的方法可用于在用化合物1、化合物2或化合物3治疗后检测TCR基因重排。在某些实施方案中，本文提供的方法中所用的细胞数目可在单个细胞到约109个细胞的范围内。在一些实施方案中，本文提供的方法中所用的细胞数目为约1×104、约5×104、约1×105、约5×105、约1×106、约5×106、约1×107、约5×107、约1×108、约5×108或约1×109个。
可例如通过采用标准细胞检测技术如流式细胞术、细胞分选、免疫细胞化学法(例如，用组织特异性或细胞标志物特异性抗体染色)、荧光激活细胞分选(FACS)、磁激活细胞分选(MACS)、评估苏木精和曙红(H&E)染色的肿瘤切片、采用光或共聚焦显微镜法检查细胞形态来测量细胞表面标志物的变化，和/或通过采用本领域中熟知的技术如PCR和基因表达谱来测量基因表达的变化，由此监测收集自对象的细胞的数目和类型。这些技术也可用于确认对一种或多种特定标志物呈阳性的细胞。
在某些实施方案中，本文提供的方法中使用细胞亚组。分选和分离具体细胞群的方法是本领域中熟知的，并且可基于细胞大小、形态、H&E染色、细胞内标志物或细胞外标志物。这类方法包括但不限于流式细胞术、流式分选、FACS、基于珠的分离如磁细胞分选、基于大小的分离(例如，筛、障碍物阵列或过滤器)、H&E染色、在微流体装置中分选、基于抗体的分离、沉降、亲和吸附、亲和萃取、密度梯度离心、激光捕获显微切割等。荧光激活细胞分选(FACS)是基于颗粒的荧光特性分离颗粒(包括细胞)的熟知方法(Kamarch，MethodsEnzymol.1987，151：150-165)。单个颗粒中的荧光部分的激光激发产生小电荷，从而允许混合物中的正负颗粒电磁分离。在一个实施方案中，将细胞表面标志物特异性抗体或配体用不同的荧光标记来标记。将细胞通过细胞分选器进行处理，从而允许基于细胞与所用抗体的结合能力来分离细胞。FACS分选的颗粒可直接沉积到96孔或384孔板的单个孔中，以便于分离和克隆。
在一个实施方案中，从样品中纯化DNA、RNA(例如，mRNA)或蛋白质，且通过分析DNA或RNA序列、基因表达或蛋白质表达来测量生物标志物的存在与否。在某些实施方案中，通过下一代测序(NGS)、RNA测序(RNA-seq)、荧光原位杂交(FISH)、定量实时PCR(qRT-PCR)、微阵列、流式细胞术、免疫组织化学法或免疫荧光来测量生物标志物的存在与否。在其它实施方案中，通过ELISA或本领域中已知的其它类似方法来测量生物标志物的存在与否。
5.5检测样品中的mRNA水平的方法
分析、检测或定量mRNA水平的若干方法是本领域中已知的。示例性方法包括但不限于northern印迹、RNA-seq、核糖核酸酶保护测定、基于PCR的方法等。生物标志物的mRNA序列(例如，CRBN或直接或间接受CRBN影响的蛋白质或其片段的mRNA)可用于制备至少部分地与所述mRNA序列互补的探针。然后可采用任意合适的测定法，如基于PCR的方法、northern印迹、试纸条测定法等，将探针用于检测样品中的mRNA。
在其它实施方案中，可准备用于测试在生物样品中的化合物活性的核酸测定法。测定法通常含有固体担体和至少一种接触所述担体的核酸，其中所述核酸对应于在患者的化合物治疗期间已经改变了表达的mRNA的至少一部分，如生物标志物(例如，CRBN或直接或间接受CRBN影响的蛋白质)的mRNA。测定法还可具有检测样品中改变的mRNA表达的手段。
测定法可根据所需的mRNA信息的类型而变化。示例性方法包括但不限于Northern印迹和基于PCR的方法(例如，qRT-PCR)。诸如qRT-PCR的方法也可准确定量样品中的mRNA的量。
任意合适的测定平台均可用于确定样品中的mRNA的存在。例如，测定的形式可以是试纸条、膜、芯片、圆盘、测试条、过滤器、微球体、载玻片、多孔板或光纤。测定系统可具有其上附着了对应于mRNA的核酸的固体担体。固体担体可包括例如塑料、硅、金属、树脂、玻璃、膜、颗粒、沉淀物、凝胶、聚合物、薄片、球体、多糖、毛细管、薄膜、板或载玻片。可制备好测定组分并一起包装成试剂盒，用于检测mRNA。
必要时可以标记核酸以形成标记mRNA的群体。一般说来，采用本领域中熟知的方法(例如，使用DNA连接酶、末端转移酶或通过标记RNA主链等)来标记样品。参见例如Ausubel等人，Short Protocols in Molecular Biology(Wiley&Sons，第3版1995)；Sambrook等人，Molecular Cloning：A Laboratory Manual(Cold Spring Harbor，N.Y.，第3版2001)。在一些实施方案中，将样品用荧光标记来标记。示例性荧光染料包括但不限于呫吨染料、荧光素染料(例如，异硫氰酸荧光素(FITC)、6-羧基荧光素(FAM)、6羧基-2’，4’，7’，4，7-六氯荧光素(HEX)、6-羧基-4’，5’-二氯-2’，7’-二甲氧基荧光素(JOE))、罗丹明染料(例如，罗丹明110(R110)、N，N，N’，N’-四甲基-6-羧基罗丹明(TAMRA)、6-羧基-X-罗丹明(ROX)、5-羧基罗丹明6G(R6G5或G5)、6-羧基罗丹明6G(R6G6或G6))、花青染料(例如，Cy3、Cy5和Cy7)、Alexa染料(例如，Alexa-fluor-555)、香豆素、二乙氨基香豆素、伞形酮、苯甲酰亚胺染料(例如，Hoechst 33258)、菲啶染料(例如，德克萨斯红)、乙锭染料、吖啶染料、咔唑染料、吩噁嗪染料、卟啉染料、聚甲炔染料、BODIPY染料、喹啉染料、芘、荧光素氯三嗪基、曙红染料、四甲基罗丹明、丽丝胺、萘基荧光素等。
在一些实施方案中，mRNA序列包含本文提供的生物标志物的至少一种mRNA。在一些实施方案中，生物标志物选自由CRBN、IKZF1、IKZF3、ZFP91、c-MYC、IRF4、p21、p27、pRb1、胱天蛋白酶-1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶-7、PARP、生存蛋白、BIM、IL-2、TNFα、IFNγ或其片段组成的组的mRNA。
在一个实施方案中，生物标志物选自由CRBN、IKZF1、IKZF3、ZFP91、c-MYC、IRF4、p21、p27、pRb1、胱天蛋白酶-1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶-7、PARP、生存蛋白、BIM、IL-2、TNFα、IFNγ或其片段的mRNA组成的组。在一个实施方案中，所述mRNA是CRBN mRNA。在另一实施方案中，所述mRNA是IKZF1 mRNA。在又一实施方案中，所述mRNA是IKZF3mRNA。在另一实施方案中，所述mRNA是c-MYC mRNA。在再一实施方案中，所述mRNA是IRF4mRNA。在一些实施方案中，所述mRNA是ZFP91。在一些实施方案中，所述mRNA是p21。在一些实施方案中，所述mRNA是p27。在一些实施方案中，所述mRNA是pRb1。在一些实施方案中，所述mRNA是胱天蛋白酶-1。在一些实施方案中，所述mRNA是胱天蛋白酶-3。在一些实施方案中，所述mRNA是胱天蛋白酶-7。在一些实施方案中，所述mRNA是PARP。在一些实施方案中，所述mRNA是生存蛋白。在一些实施方案中，所述mRNA是BIM。在一些实施方案中，所述mRNA是IL-2。在一些实施方案中，所述mRNA是TNFα。在一些实施方案中，所述mRNA是IFNγ。核酸可存在于固体担体上的特异性可寻址的位置处，每个位置对应于在细胞或患者的化合物治疗后差异表达的mRNA序列的至少一部分。
在一些实施方案中，生物标志物是相对于用对照治疗在细胞或患者的化合物治疗后差异表达的多个mRNA序列。在一些实施方案中，生物标志物是用化合物治疗后在两个不同的细胞群之间差异表达的多个mRNA序列。在一些实施方案中，生物标志物是响应于用化合物1、化合物2或化合物3治疗在CD138+细胞与和CD138-细胞之间差异表达的多个mRNA序列。
典型的mRNA测定方法可包括以下步骤：1)获得表面结合的对象探针；2)在足以提供特异性结合的条件下使mRNA群体与表面结合的探针杂交；(3)进行杂交后洗涤以移除未与表面结合的探针特异性结合的核酸；且(4)检测杂交的mRNA。这些步骤的每一步中所使用的试剂及其使用条件可根据具体应用而变化。
杂交可在合适的杂交条件下进行，所述杂交条件的严格性可根据需要而变化。典型的条件足以在互补结合成员之间即样品中的表面结合对象探针与互补mRNA之间的固体表面上产生探针/靶复合物。在某些实施方案中，可采用严格的杂交条件。
杂交通常在严格的杂交条件下进行。Kallioniemi等人，Science 1992，258：818-821和第WO 93/18186号国际专利申请公开中描述了标准杂交技术(例如，在足以提供样品中的靶mRNA与探针特异性结合的条件下)。若干通用技术的指南是可用的，例如Tijssen，Hybridization with Nucleic Acid Probes，第I和II部分(Elsevier，Amsterdam 1993)。有关适用于原位杂交技术的描述，参见Gall等人，Meth.Enzymol.1981，21：470-480；Angerer等人，Genetic Engineering：Principles and Methods，第7卷，第43-65页(PlenumPress，New York，Setlow和Hollaender编，1985)。包括温度、盐浓度、多核苷酸浓度、杂交时间、洗涤条件的严格性等在内的适当条件的选择将取决于实验设计，包括样品的来源、捕获剂的特质、预期的互补性程度等，并且对于本领域普通技术人员来说可作为常规实验来确定。
本领域普通技术人员将容易认识到，可利用替代的但相当的杂交和洗涤条件来提供类似严格性的条件。
在mRNA杂交程序后，通常洗涤表面结合的多核苷酸以移除未结合的核酸。可采用任何方便的洗涤方案进行洗涤，其中洗涤条件通常是严格的，如上所述。然后采用标准技术检测靶mRNA与探针的杂交。
其它方法如基于PCR的方法也可用于检测CRBN或直接或间接受CRBN影响的蛋白质的表达。PCR方法的实例可见于第6,927,024号美国专利中，该专利以全文引用的方式并入本文。RT-PCR方法的实例可见于第7,122,799号美国专利中，该专利以全文引用的方式并入本文。荧光原位PCR方法描述于第7,186,507号美国专利中，该专利以全文引用的方式并入本文。
在一些实施方案中，定量逆转录-PCR(qRT-PCR)可用于检测和定量RNA靶标(Bustin等人，Clin.Sci.2005，109：365-379)。通过qRT-PCR获得的定量结果通常比定性数据更具有信息性。因此，在一些实施方案中，基于qRT-PCR的测定可用于在基于细胞的测定中测量mRNA水平。qRT-PCR方法也可用于监测患者治疗。基于qRT-PCR的方法的实例可见于例如第7,101,663号美国专利中，该专利以全文引用的方式并入本文。
与常规逆转录酶-PCR和通过琼脂糖凝胶分析相比，qRT-PCR给出定量结果。qRT-PCR的另外的优点是使用相对容易和方便。用于qRT-PCR的仪器如AppliedBiosystems7500是市售的，试剂也是市售的，如
Figure BDA0002904803230001031
序列检测化学试剂。例如，可按照制造商的说明书采用
Figure BDA0002904803230001032
基因表达测定。这些试剂盒是用于快速、可靠检测和定量人、小鼠和大鼠mRNA转录物的预制定测定法。示例性qRT-PCR程序是50℃持续2分钟、95℃持续10分钟、95℃持续15秒的40个循环，然后是60℃持续1分钟。
为确定与特定扩增子积累相关的荧光信号跨越阈值时的循环数(称为CT)，可例如使用7500实时PCR系统序列检测软件对比采用比较CT相对定量计算方法分析数据。采用这种方法，输出被表示为表达水平的倍数变化。在一些实施方案中，可选择由软件自动确定阈值水平。在一些实施方案中，将阈值水平设定为高于基线，但足够低以在扩增曲线的指数增长区域内。
在一些实施方案中，通过对RNA进行测序(RNA-Seq)来测定mRNA的表达。RNA-Seq的技术是本领域技术人员熟知的，并且Waern等人，Methods Mol Biol.，2011，759：125-132；Wilhelm等人，Nature Protocols，2010，5(2)：255-66；和Hoeijmakers等人，Methods MolBiol.，2013，923：221-39中描述了方法。简言之，典型的RNA-seq方法可包括步骤(1)分离RNA；(2)消耗核糖体RNA；(3)cDNA合成；和(4)通过下一代测序对cDNA进行测序。
5.6检测样品中的多肽或蛋白质水平的方法
若干蛋白质检测和定量方法可用于测量生物标志物的水平，所述生物标志物如CRBN或直接或间接受CRBN影响的蛋白质，如Aiolos和Ikaros。可采用任意合适的蛋白质定量方法。在一些实施方案中，采用基于抗体的方法。可采用的示例性方法包括但不限于免疫印迹(Western印迹)、ELISA、免疫组织化学法、流式细胞术、荧光激活细胞分选(FACS)、细胞术珠阵列、质谱法等。通常采用若干类型的ELISA，包括直接ELISA、间接ELISA和夹心ELISA。
在一些实施方案中，生物标志物选自由CRBN、IKZF1、IKZF3、ZFP91、c-MYC、IRF4、p21、p27、pRb1、胱天蛋白酶-1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶-7、PARP、生存蛋白、BIM、IL-2、TNFα、IFNγ、可溶性BCMA、游离λ轻链和游离κ轻链的蛋白质组成的组。在某些实施方案中，生物标志物是直接或间接受CRBN影响的蛋白质。在某些实施方案中，生物标志物是CRBN蛋白质。在具体的实施方案中，生物标志物是CRBN，并且通过IHC检测。在另一具体实施方案中，生物标志物是CRBN、Aiolos、Ikaros、ZFP91、c-Myc、IRF4、c-胱天蛋白酶-3和/或TIL，并且通过IHC测量。在一些实施方案中，生物标志物选自由IKZF1、IKZF3、ZFP91、c-MYC、IRF4组成的组。在一些实施方案中，生物标志物选自由Aiolos和Ikaros组成的组，并且通过FACS检测。在一些实施方案中，生物标志物选自由Aiolos和Ikaros组成的组，并且通过ELISA检测。在一些实施方案中，生物标志物选自由胱天蛋白酶-1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶-7、PARP、生存蛋白、BIM、游离λ轻链和游离κ轻链组成的组。在一些实施方案中，生物标志物选自由游离λ轻链和游离κ轻链组成的组。在具体的实施方案中，生物标志物是Aiolos。在具体的实施方案中，生物标志物是Ikaros。在具体的实施方案中，生物标志物是c-MYC。在具体的实施方案中，生物标志物是IRF4。在具体的实施方案中，生物标志物是裂解胱天蛋白酶-3。在另一具体实施方案中，生物标志物是ZFP91。在又一具体实施方案中，生物标志物是p21。在一些实施方案中，生物标志物是p27。在一些实施方案中，生物标志物是p27。在一些实施方案中，生物标志物是pRb1。在一些实施方案中，生物标志物是胱天蛋白酶-1。在一些实施方案中，生物标志物是胱天蛋白酶-3。在一些实施方案中，生物标志物是胱天蛋白酶-7。在一些实施方案中，生物标志物是PARP。在一些实施方案中，生物标志物是生存蛋白。在一些实施方案中，生物标志物是BIM。在一些实施方案中，生物标志物是IL-2。在一些实施方案中，生物标志物是p27。在一些实施方案中，生物标志物是TNFα。在一些实施方案中，生物标志物是IFNγ。在一些实施方案中，生物标志物是可溶性BCMA。在一些实施方案中，生物标志物是游离λ轻链和游离κ轻链。在具体的实施方案中，生物标志物是游离λ轻链。在具体的实施方案中，生物标志物是游离κ轻链。
5.7化合物
在本文提供的各种方法的一些实施方案中，所述化合物是4-(4-(4-(((2-(2，6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)氧基)甲基)苄基)哌嗪-1-基)-3-氟苄腈(化合物1)：
Figure BDA0002904803230001051
或其对映异构体或对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在本文提供的各种方法的一些实施方案中，所述化合物是(S)-4-(4-(4-(((2-(2，6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)氧基)甲基)苄基)哌嗪-1-基)-3-氟苄腈(化合物2)：
Figure BDA0002904803230001052
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在本文提供的各种方法的一些实施方案中，所述化合物是(R)-4-(4-(4-(((2-(2，6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)氧基)甲基)苄基)哌嗪-1-基)-3-氟苄腈(化合物3)：
Figure BDA0002904803230001053
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
本文提供的各种化合物可含有手性中心，并且可作为对映异构体的混合物(例如，外消旋混合物)或非对映异构体的混合物存在。本文提供的方法涵盖使用这类化合物的立体异构体纯形式以及这些形式的混合物。例如，包含相同或不同量的特定化合物的对映异构体的混合物可用在本文提供的方法中。这些异构体可以不对称合成，或者采用标准技术拆分，如手性柱或手性拆分剂。参见Jacques等人，Enantiomers，Racemates and Resolutions(Wiley-Interscience，New York，1981)；Wilen等人，Tetrahedron 1977，33：2725-2736；Eliel，Stereochemistry of Carbon Compounds(McGraw-Hill，NY，1962)；Wilen，Tables of Resolving Agents and Optical Resolutions，第268页(Eliel编，Univ.of Notre Dame Press，Notre Dame，IN，1972)。
本文还提供了本文提供的化合物的同位素富集类似物。先前已经用一些类别的药物证明了药物的同位素富集(例如，氘化)可改善药代动力学(“PK”)、药效动力学(“PD”)和毒性特征。参见例如Lijinsky等人，Food Cosmet.Toxicol.，20：393(1982)；Lijinsky等人，J.Nat.Cancer Inst.，69：1127(1982)；Mangold等人，Mutation Res.308：33(1994)；Gordon等人，Drug Metab.Dispos.，15：589(1987)；Zello等人，Metabolism，43：487(1994)；Gately等人，J.Nucl.Med.，27：388(1986)；Wade D，Chem.Biol.Interact.117：191(1999)。
不受任何特定理论的限制，药物的同位素富集可用于例如(1)减少或消除不需要的代谢物，(2)增加母体药物的半衰期，(3)减少达到所需效果所需的剂量数，(4)减少达到所需效果所必需的剂量，(5)如果有活性代谢物形成，则增加其形成，和/或(6)减少具体组织中有害代谢物的产生和/或产生用于组合疗法更有效的药物和/或更安全的药物，无论组合疗法是否是有意进行的。
原子置换成其同位素之一通常将导致化学反应的反应速率发生变化。这种现象被称为动力学同位素效应(“KIE”)。例如，如果C-H键在化学反应中的速率决定步骤(即过渡态能量最高的步骤)期间断裂，则用氘取代该氢将导致反应速率降低，并且过程将减慢下来。这种现象被称为氘动力学同位素效应(“DKIE”)。(参见例如Foster等人，Adv.Drug Res.，第14卷，第1-36页(1985)；Kushner等人，Can.J.Physiol.Pharmacol.，第77卷，第79-88页(1999))。
DKIE的大小可表示为其中C-H键断裂的给定反应与其中氘取代氢的相同反应的速率之间的比率。DKIE的范围可从约1(没有同位素效应)到非常大的数值，如50或更大，这意味着当氘取代氢时，反应可慢为五十分之一或更慢。不受特定理论的限制，高DKIE值可能部分归因于被称为隧道效应的现象，这是不确定性原理的结果。隧道效应归因于氢原子的质量小，并且因为涉及质子的过渡态有时可在没有所需激活能的情况下形成而出现。因为氘比氢的质量大，所以从统计学上来说，其经历这种现象的概率要低得多。
氚(“T”)是氢的放射性同位素，用于研究、聚变反应堆、中子发生器和放射性药物。氚是原子核中有2个中子的氢原子，且原子量接近3。其在环境中以非常低的浓度天然存在，最常见以T2O形式存在。氚缓慢衰变(半衰期＝12.3年)，并发射不能穿透人体皮肤外层的低能β粒子。内部暴露是与这种同位素相关的主要危害，但其必须被大量摄入，从而构成了显著的健康风险。与氘相比，在达到危险水平之前必须消耗的氚量更少。氚(“T”)取代氢产生比氘更强的键，并且产生数值上更大的同位素效应。
类似地，其它元素的同位素取代将提供类似的动力学同位素效应，包括但不限于13C或14C取代碳，33S、34S或36S取代硫，15N取代氮，和17O或18O取代氧。
动物体表达多种酶，目的是为了从其循环系统中消除外来物质，如治疗剂。这类酶的实例包括细胞色素P450酶(“CYP”)、酯酶、蛋白酶、还原酶、脱氢酶和单胺氧化酶，以与这些外来物质反应并将其转化为极性更大的中间体或代谢物用于肾排泄。药物化合物的一些最常见的代谢反应涉及碳-氢(C-H)键氧化为碳-氧(C-O)或碳-碳(C-C)π键。所得的代谢物在生理条件下可能是稳定的或不稳定的，并且相对于母体化合物可具有基本上不同的药代动力学、药效动力学以及急性和长期毒性特征。对于许多药物来说，这类氧化是快速的。因此，这些药物往往需要多次或以高日剂量施用。
与具有天然同位素组成的类似化合物相比，本文提供的化合物在某些位置的同位素富集可产生可检测的KIE，其影响本文提供的化合物的药代动力学、药理学和/或毒理学特征。在一个实施方案中，氘富集是代谢期间在C-H键裂解的位点上进行的。
标准的生理学、药理学和生物化学程序可用于测试化合物，以确认具有所需抗增殖活性的化合物。
这类测定法包括例如生物化学测定法，如结合测定法、放射性掺入测定法以及各种基于细胞的测定法。可通过本领域技术人员已知的方法并按照与本文实施例部分中所述类似的程序及其常规修改形式来制备本文提供的化合物。
要理解的是，前面的详细描述及所附的实施例仅仅是说明性的，并不被认为是对主题范围的限制。对所公开的实施方案进行的各种变动和修改是本领域技术人员显而易见的。可以进行这类变动和修改，包括但不限于涉及本文提供的化学结构、取代基、衍生物、中间体、合成、制剂和/或使用方法的变动和修改，而不脱离其实质和范围。本文引用的美国专利和出版物以引用的方式并入。
5.8药物组合物
本文提供的药物组合物含有治疗有效量的一种或多种本文提供的化合物和任选药学上可接受的载体、稀释剂或赋形剂。
可将化合物配制成合适的药物制剂，如溶液、悬浮液、片剂、分散片、丸剂、胶囊、粉末、缓释制剂或酏剂，用于口服施用，或在无菌溶液或悬浮液中供眼用或肠胃外施用，以及透皮贴剂制剂和干粉吸入剂。通常采用本领域中熟知的技术和程序将上述化合物配制成药物组合物(参见例如，Ansel Introduction to Pharmaceutical Dosage Forms，第七版，1999)。
在组合物中，将有效浓度的一种或多种化合物或药学上可接受的盐与合适的药物载体或媒介物混合。在某些实施方案中，组合物中化合物的浓度对于递送在施用后治疗、预防或减轻多发性骨髓瘤的一种或多种症状和/或进展的量是有效的。
通常，将组合物配制成用于单剂量施用。为了配制组合物，将化合物的重量分数以有效浓度溶解、悬浮、分散或以其它方式混合在选定的媒介物中，使得所治疗的疾患得以缓解或减轻。适用于施用本文提供的化合物的药物载体或媒介物包括本领域技术人员已知适用于特定施用方式的任何这类载体。
此外，所述化合物可以被配制为组合物中唯一的药物活性成分，或者可以与其它活性成分组合。脂质体悬浮液也可适合作为药学上可接受的载体，包括组织靶向脂质体，如肿瘤靶向脂质体。这些可根据本领域技术人员已知的方法制备。例如，可如本领域中已知的方式制备脂质体制剂。简言之，可通过干燥烧瓶内侧上的卵磷脂酰胆碱和脑磷脂酰丝氨酸(7∶3摩尔比)来形成脂质体如多层囊泡(MLV)。添加本文提供的化合物在缺乏二价阳离子的磷酸盐缓冲盐水(PBS)中的溶液并摇动烧瓶，直到脂质膜分散。洗涤所得囊泡以移除未包封的化合物，通过离心粒化，然后再悬浮于PBS中。
活性化合物以足以在不对所治疗的患者产生不良副作用的情况下发挥治疗有用作用的量包括在药学上可接受的载体中。可通过在本文所述的体外和体内系统中测试化合物来凭经验确定治疗有效浓度，然后从其中外推用于人的剂量。
药物组合物中活性化合物的浓度将取决于活性化合物的吸收、组织分布、失活、代谢和排泄速率、化合物的物理化学特性、剂量方案和施用量以及本领域技术人员已知的其它因素。例如，递送的量足以减轻包括实体肿瘤和血源性肿瘤在内的癌症的一种或多种症状。
用于肠胃外、皮内、皮下或局部应用的溶液或悬浮液可包括任何以下组分：无菌稀释剂，如注射用水、盐水溶液、固定油、聚乙二醇、甘油、丙二醇、二甲基乙酰胺或其它合成溶剂；抗微生物剂，如苄醇和对羟基苯甲酸甲酯；抗氧化剂，如抗坏血酸和亚硫酸氢钠；螯合剂，如乙二胺四乙酸(EDTA)；缓冲剂，如乙酸盐、柠檬酸盐和磷酸盐；和调节张力的试剂，如氯化钠或右旋糖。可将肠胃外制剂封装在安瓿、笔、一次性注射器或由玻璃、塑料或其它合适材料制成的单剂量或多剂量小瓶中。
在显示化合物溶解度不足的情况下，可采用将化合物增溶的方法。这类方法是本领域技术人员已知的，并且包括但不限于使用助溶剂如二甲基亚砜(DMSO)、使用表面活性剂如
Figure BDA0002904803230001071
或在碳酸氢钠水溶液中溶解。
在混合或添加化合物后，所得混合物可以是溶液、悬浮液、乳液等。所得混合物的形式取决于许多因素，包括预期的施用方式和化合物在选定载体或媒介物中的溶解度。有效浓度足以减轻所治疗的疾病、病症或疾患的症状，并且可由经验确定。
以单位剂型提供药物组合物用于对人和动物施用，如含有合适量的化合物或其药学上可接受的盐的片剂、胶囊、丸剂、粉末、颗粒、无菌肠胃外溶液或悬浮液和口服溶液或悬浮液以及油水乳液。以单位剂型或多剂型配制和施用药物治疗活性化合物及其盐。如本文所用的单位剂型是指适用于人和动物对象并且如本领域中已知的那样单独包装的物理上离散的单位。每个单位剂量含有足以产生所需治疗效果的预定量的治疗活性化合物，以及所需的药物载体、媒介物或稀释剂。单位剂型的实例包括安瓿和注射器以及单独包装的片剂或胶囊。单位剂型可以其分数或倍数施用。多剂型是包装在单个容器中要以分离的单位剂型施用的多个相同的单位剂型。多剂型的实例包括片剂或胶囊的小瓶、瓶或品脱或加仑瓶。因此，多剂型是在包装中没有分离的多个单位剂量。
可制备含有0.005％至100％范围内的活性成分的剂型或组合物，余者由无毒载体组成。对于口服施用，通过掺入任何通常使用的赋形剂来形成药学上可接受的无毒组合物，所述赋形剂如药物级的甘露糖醇、乳糖、淀粉、硬脂酸镁、滑石、纤维素衍生物、交联羧甲基纤维素钠、葡萄糖、蔗糖、碳酸镁或糖精钠。这类组合物包括溶液、悬浮液、片剂、胶囊、粉末和缓释制剂，如但不限于植入物和微胶囊化递送系统，以及可生物降解的生物相容性聚合物，如胶原、乙烯乙酸乙烯酯、聚酸酐、聚乙醇酸、聚原酸酯、聚乳酸等。这些组合物的制备方法是本领域技术人员已知的。
可与载体一起制备活性化合物或药学上可接受的盐，所述载体保护化合物不被身体快速消除，如定时释放制剂或包衣。
组合物可包括其它活性化合物以获得所需的特性组合。本文提供的化合物或其如本文所述的药学上可接受的盐也可有利地与另一种药理剂一起施用以用于治疗或预防目的，在一般领域中已知所述另一种药理剂在治疗上文提到的一种或多种疾病或医学疾患如与氧化应激有关的疾病方面有价值。要理解的是，这种组合疗法构成了本文提供的组合物和治疗方法的进一步的方面。
5.9试剂盒
一方面，本文提供了用于确认有可能对治疗化合物有反应的患有癌症的对象的试剂盒，其包括用于检测已经用治疗化合物进行治疗的样品中的生物标志物的水平的装置，其中所述治疗化合物是化合物1：
Figure BDA0002904803230001081
或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
一方面，本文提供了用于确认有可能对治疗化合物有反应的患有癌症的对象的试剂盒，其包括用于检测已经用治疗化合物进行治疗的样品中的生物标志物的水平的装置，其中所述治疗化合物是化合物2：
Figure BDA0002904803230001091
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
一方面，本文提供了用于确认有可能对治疗化合物有反应的患有癌症的对象的试剂盒，其包括用于检测已经用治疗化合物进行治疗的样品中的生物标志物的水平的装置，其中所述治疗化合物是化合物3：
Figure BDA0002904803230001092
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
另一方面，本文提供了用于治疗癌症的试剂盒，其包括用于检测已经用治疗化合物进行治疗的样品中的生物标志物的水平的装置，其中所述治疗化合物是化合物1：
Figure BDA0002904803230001093
或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
另一方面，本文提供了用于治疗癌症的试剂盒，其包括用于检测已经用治疗化合物进行治疗的样品中的生物标志物的水平的装置，其中所述治疗化合物是化合物2：
Figure BDA0002904803230001094
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
另一方面，本文提供了用于治疗癌症的试剂盒，其包括用于检测已经用治疗化合物进行治疗的样品中的生物标志物的水平的装置，其中所述治疗化合物是化合物3：
Figure BDA0002904803230001095
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在又一方面，本文提供了用于预测患有或疑似患有癌症的对象对治疗化合物的反应性的试剂盒，其包括用于检测已经用治疗化合物进行治疗的样品中的生物标志物的水平的装置，其中所述治疗化合物是化合物1：
Figure BDA0002904803230001101
或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在又一方面，本文提供了用于预测患有或疑似患有癌症的对象对治疗化合物的反应性的试剂盒，其包括用于检测已经用治疗化合物进行治疗的样品中的生物标志物的水平的装置，其中所述治疗化合物是化合物2：
Figure BDA0002904803230001102
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在又一方面，本文提供了用于预测患有或疑似患有癌症的对象对治疗化合物的反应性的试剂盒，其包括用于检测已经用治疗化合物进行治疗的样品中的生物标志物的水平的装置，其中所述治疗化合物是化合物3：
Figure BDA0002904803230001103
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在又一方面，本文提供了用于监测治疗化合物治疗对象的癌症的功效的试剂盒，其包括用于检测已经用所述治疗化合物进行治疗的样品中的生物标志物的水平的装置，其中所述治疗化合物是化合物1：
Figure BDA0002904803230001104
或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在又一方面，本文提供了用于监测治疗化合物治疗对象的癌症的功效的试剂盒，其包括用于检测已经用所述治疗化合物进行治疗的样品中的生物标志物的水平的装置，其中所述治疗化合物是化合物2：
Figure BDA0002904803230001111
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在又一方面，本文提供了用于监测治疗化合物治疗对象的癌症的功效的试剂盒，其包括用于检测已经用所述治疗化合物进行治疗的样品中的生物标志物的水平的装置，其中所述治疗化合物是化合物3：
Figure BDA0002904803230001112
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在又一方面，本文提供了用于确认有可能对治疗化合物有反应的患有多发性骨髓瘤的对象的试剂盒，其包括用于检测已经用治疗化合物进行治疗的样品中的生物标志物的水平的装置，其中所述治疗化合物是化合物1：
Figure BDA0002904803230001113
或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在又一方面，本文提供了用于确认有可能对治疗化合物有反应的患有多发性骨髓瘤的对象的试剂盒，其包括用于检测已经用治疗化合物进行治疗的样品中的生物标志物的水平的装置，其中所述治疗化合物是化合物2：
Figure BDA0002904803230001114
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在又一方面，本文提供了用于确认有可能对治疗化合物有反应的患有多发性骨髓瘤的对象的试剂盒，其包括用于检测已经用治疗化合物进行治疗的样品中的生物标志物的水平的装置，其中所述治疗化合物是化合物3：
Figure BDA0002904803230001121
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
在某些实施方案中，由本文提供的各种试剂盒检测的生物标志物是CRBN。在某些实施方案中，由本文提供的各种试剂盒检测的生物标志物是CRBN相关蛋白(CAP)。在一些实施方案中，生物标志物包含一种CAP。在其它实施方案中，生物标志物包含两种CAP。又在其它实施方案中，生物标志物包含三种CAP。还在其它实施方案中，生物标志物包含四种。在其它实施方案中，生物标志物包含五种或更多种CAP。
在某些实施方案中，由本文提供的各种试剂盒检测的生物标志物是选自由IKZF1、IKZF3、ZFP91、c-MYC、IRF4组成的组的CAP。在一些实施方案中，生物标志物选自由IKZF1和IKZF3组成的组。在一些实施方案中，生物标志物是IKZF1。在某些实施方案中，生物标志物是IKZF3。在其它实施方案中，生物标志物是ZFP91。在又一实施方案中，生物标志物是c-MYC。在其它实施方案中，生物标志物是IRF4。
在某些实施方案中，由本文提供的各种试剂盒检测的生物标志物在凋亡中具有功能。在某些实施方案中，由本文提供的各种试剂盒检测的生物标志物在凋亡中具有功能，并且选自由CTC、胱天蛋白酶-1、胱天蛋白酶-3、胱天蛋白酶-7、PARP、BIM、生存蛋白、血清游离λ轻链和血清游离κ轻链组成的组。在某些实施方案中，由本文提供的各种试剂盒检测的生物标志物在凋亡中具有功能，并且选自由血清游离λ轻链和血清游离κ轻链组成的组。在某些实施方案中，由本文提供的各种试剂盒检测的生物标志物是CTC。在某些实施方案中，由本文提供的各种试剂盒检测的生物标志物是胱天蛋白酶-3。在某些实施方案中，由本文提供的各种试剂盒检测的生物标志物是胱天蛋白酶-7。在某些实施方案中，由本文提供的各种试剂盒检测的生物标志物是生存蛋白。在某些实施方案中，由本文提供的各种试剂盒检测的生物标志物是BIM。在某些实施方案中，由本文提供的各种试剂盒检测的生物标志物是胱天蛋白酶-1。在某些实施方案中，由本文提供的各种试剂盒检测的生物标志物是PARP。在某些实施方案中，由本文提供的各种试剂盒检测的生物标志物是血清游离λ轻链。在某些实施方案中，由本文提供的各种试剂盒检测的生物标志物是血清游离κ轻链。
在某些实施方案中，由本文提供的各种试剂盒检测的生物标志物在细胞周期中具有功能。在某些实施方案中，由本文提供的各种试剂盒检测的生物标志物在细胞周期中具有功能，并且选自由p21、p27和pRb1组成的组。在某些实施方案中，由本文提供的各种试剂盒检测的生物标志物是p21。在某些实施方案中，由本文提供的各种试剂盒检测的生物标志物是p27。在某些实施方案中，由本文提供的各种试剂盒检测的生物标志物是pRb1。
又在其它实施方案中，由本文提供的各种试剂盒检测的生物标志物与T细胞激活相关。在某些实施方案中，由本文提供的各种试剂盒检测的生物标志物与T细胞激活相关，并且选自由T细胞激活相关细胞因子IL-2、TNFα和IFNγ组成的组。
在本文提供的各种试剂盒的某些实施方案中，样品获自肿瘤活检、淋巴结活检、液体活检(例如血液)或来自骨髓的活检。
在本文提供的各种试剂盒的一些实施方案中，所述癌症是血癌。在某些实施方案中，所述血癌选自由多发性骨髓瘤组成的组。在某些实施方案中，多发性骨髓瘤是复发的、难治性的或对常规疗法有抗性的。
在某些实施方案中，本文提供了用于检测一种或多种生物标志物的mRNA水平的试剂盒。在某些实施方案中，试剂盒包含与一种或多种生物标志物的mRNA特异性结合的一种或多种探针。在某些实施方案中，试剂盒进一步包含洗涤溶液。在某些实施方案中，试剂盒进一步包含用于进行杂交测定的试剂、mRNA分离或纯化装置、检测装置以及阳性和阴性对照。在某些实施方案中，试剂盒进一步包含由mRNA产生cDNA的试剂。在某些实施方案中，试剂盒进一步包含用于对由mRNA产生的cDNA进行测序的试剂。在某些实施方案中，试剂盒进一步包含所述试剂盒的使用说明书。试剂盒可被定制为用于家庭用途、临床用途或研究用途。
在某些实施方案中，本文提供了用于检测一种或多种生物标志物的蛋白质水平的试剂盒。在某些实施方案中，试剂盒包含涂有识别蛋白质生物标志物的抗体的试纸条、洗涤溶液、用于进行测定的试剂、蛋白质分离或纯化装置、检测装置以及阳性和阴性对照。在某些实施方案中，试剂盒进一步包含所述试剂盒的使用说明书。试剂盒可被定制为用于家庭用途、临床用途或研究用途。
这种试剂盒可使用例如试纸条、膜、芯片、圆盘、测试条、过滤器、微球体、载玻片、多孔板或光纤。试剂盒的固体担体可以是例如塑料、硅、金属、树脂、玻璃、膜、颗粒、沉淀物、凝胶、聚合物、片材、球体、多糖、毛细管、薄膜、板或载玻片。生物样品可以是例如细胞培养物、细胞系、组织、器官、细胞器、生物流体、血液样品、尿液样品或皮肤样品。
在另一实施方案中，试剂盒包含固体担体、附着于担体的核酸(其中所述核酸与mRNA的至少20个、50个、100个、200个、350个或更多个碱基互补)和用于检测生物样品中的mRNA的表达的装置。
在具体的实施方案中，药物或测定试剂盒在容器中包含化合物或其药物组合物，并且在一个或多个容器中进一步包含用于分离RNA的组分。在另一具体实施方案中，药物或测定试剂盒在容器中包含化合物或药物组合物，并且在一个或多个容器中进一步包含用于进行RT-PCR、qRT-PCR、深度测序或微阵列的组分
在某些实施方案中，本文提供的试剂盒采用通过定量实时PCR(qRT-PCR)、微阵列、流式细胞术、FACS、FISH、DNA测序、RNA测序、苏木精和曙红(H&E)染色、免疫组织化学法或免疫荧光来检测生物标志物的表达的装置。在其它实施方案中，通过基于ELISA的方法或本领域中已知的其它类似方法测量生物标志物的表达。
在另一具体实施方案中，药物或测定试剂盒在容器中包含化合物或其药物组合物，并且在一个或多个容器中进一步包含用于分离蛋白质的组分。在另一具体实施方案中，药物或测定试剂盒在容器中包含化合物或药物组合物，并且在一个或多个容器中进一步包含用于进行流式细胞术或ELISA的组分。
另一方面，本文提供了用于测量生物标志物的试剂盒，所述试剂盒提供了测量本文提供的生物标志物或生物标志物亚组(例如，一种、两种、三种、四种、五种或更多种生物标志物)的一种或多种基因产物的丰度所必需的材料。这类试剂盒可包含测量DNA、RNA、蛋白质或细胞群所需的材料和试剂。在一些实施方案中，这类试剂盒包括微阵列，其中所述微阵列由与本文提供的生物标志物或生物标志物亚组的一种或多种基因产物杂交的寡核苷酸和/或DNA和/或RNA片段或其任意组合组成。在一些实施方案中，这类试剂盒可包括用于生物标志物或生物标志物亚组的RNA产物或RNA产物的cDNA拷贝或两者的PCR的引物。在一些实施方案中，这类试剂盒可包括用于PCR的引物以及用于qPCR的探针。在一些实施方案中，这类试剂盒可包括多种引物和多种探针，其中一些探针具有不同的荧光团，从而允许同时测量本文提供的生物标志物或生物标志物亚组的多种基因产物。在一些实施方案中，这类试剂盒可进一步包括用于由RNA产生eDNA的材料和试剂。在一些实施方案中，这类试剂盒可包括对本文提供的生物标志物或生物标志物亚组的蛋白质产物具有特异性的抗体。这类试剂盒可另外包含用于从生物样品中分离RNA和/或蛋白质的材料和试剂。此外，这类试剂盒可包括用于由从生物样品中分离的RNA合成eDNA的材料和试剂。在一些实施方案中，这类试剂盒可包括嵌入在计算机可读介质上用于预测患者对化合物是否临床敏感的计算机程序产品。在一些实施方案中，试剂盒可包括连同指令一起嵌入在计算机可读介质上的计算机程序产品。
在一些实施方案中，这类试剂盒测量本文提供的生物标志物或生物标志物亚组的一种或多种核酸产物的表达。根据此实施方案，试剂盒可包含测量本文提供的生物标志物或生物标志物亚组的特定核酸产物的表达所必需的材料和试剂。例如，微阵列或RT-PCR试剂盒可针对具体条件产生，并且仅含有测量本文提供的生物标志物或生物标志物亚组的特异性RNA转录产物的水平所必需的试剂和材料，以预测患者的血液学癌症是否对化合物临床敏感。或者，在一些实施方案中，试剂盒可包含测量除本文提供的生物标志物以外的基因的特定核酸产物的表达所必需的材料和试剂。例如，在某些实施方案中，除了测量除了本文提供的生物标志物以外的至少1种、至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少15种、至少20种、至少25种、至少30种、至少35种、至少40种、至少45种、至少50种或更多种基因的表达水平所必需的试剂和材料之外，试剂盒还包含测量本文提供的生物标志物的1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、15种、20种、25种、30种、35种、40种、45种、50种或更多种基因的表达水平所必需的材料和试剂。在其它实施方案中，试剂盒含有测量至少1种、至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少15种、至少20种、至少25种、至少30种、至少35种、至少40种、至少45种、至少50种或更多种本文提供的生物标志物和1种、2种、3种、4种、5种、10种、15种、20种、25种、30种、35种、40种、45种、50种、55种、60种、65种、70种、75种、80种、85种、90种、95种、100种、125种、150种、175种、200种、225种、250种、300种、350种、400种、450种或更多种不是本文提供的生物标志物的基因的表达水平所必需的试剂和材料。在某些实施方案中，试剂盒含有测量本文提供的生物标志物的至少1种、至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少15种、至少20种、至少25种、至少30种、至少35种、至少40种、至少45种、至少50种或更多种基因和不是本文提供的生物标志物的1-10种、1-100种、1-150种、1-200种、1-300种、1-400种、1-500种、1-1000种、25-100种、25-200种、25-300种、25-400种、25-500种、25-1000种、100-150种、100-200种、100-300种、100-400种、100-500种、100-1000种或500-1000种基因的表达水平所必需的试剂和材料。
对于核酸微阵列试剂盒，试剂盒通常包含附着于固体担体表面的探针。在一个这种实施方案中，探针可以是寡核苷酸或更长的探针，包括长度范围在150个核苷酸至800个核苷酸的探针。探针可以用可检测标记来标记。在具体的实施方案中，探针对本文提供的生物标志物的一种或多种基因产物具有特异性。微阵列试剂盒可包括用于进行测定以及解释和分析由进行测定得到的数据的方法的说明书。在具体的实施方案中，试剂盒包括用于预测患者的血液学癌症是否对化合物临床敏感的说明书。试剂盒还可包含杂交试剂和/或检测探针与靶核酸序列杂交时产生的信号所必需的试剂。一般来说，用于微阵列试剂盒的材料和试剂在一个或多个容器中。试剂盒的每种组分通常在其自身合适的容器中。
在某些实施方案中，除了测量除了本文提供的生物标志物的基因以外的至少1种、至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少15种、至少20种、至少25种、至少30种、至少35种、至少40种、至少45种、至少50种或更多种基因的表达水平所必需的试剂和材料之外，核酸微阵列试剂盒还包含测量本文提供的生物标志物或其组合的1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、15种、20种、25种、30种、35种、40种、45种、50种或更多种基因的表达水平所必需的材料和试剂。在其它实施方案中，核酸微阵列试剂盒含有测量本文提供的生物标志物或其任意组合的至少1种、至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少15种、至少20种、至少25种、至少30种、至少35种、至少40种、至少45种、至少50种或更多种基因和不是本文提供的生物标志物的基因的1种、2种、3种、4种、5种、10种、15种、20种、25种、30种、35种、40种、45种、50种、55种、60种、65种、70种、75种、80种、85种、90种、95种、100种、125种、150种、175种、200种、225种、250种、300种、350种、400种、450种或更多种基因的表达水平所必需的试剂和材料。在另一实施方案中，核酸微阵列试剂盒含有测量本文提供的生物标志物或其任意组合的至少1种、至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少15种、至少20种、至少25种、至少30种、至少35种、至少40种、至少45种、至少50种或更多种基因和不是本文提供的生物标志物的基因的1-10种、1-100种、1-150种、1-200种、1-300种、1-400种、1-500种、1-1000种、25-100种、25-200种、25-300种、25-400种、25-500种、25-1000种、100-150种、100-200种、100-300种、100-400种、100-500种、100-1000种或500-1000种基因的表达水平所必需的试剂和材料。
对于定量PCR，试剂盒通常包含对特定核酸序列具有特异性的预选引物。定量PCR试剂盒还可包含适用于扩增核酸的酶(例如，聚合酶，如Taq聚合酶)、脱氧核苷酸和扩增反应所需的缓冲剂。定量PCR试剂盒还可包含对与疾患相关或指示疾患的核酸序列具有特异性的探针。探针可以或可以不用荧光团标记。探针可以或可以不用淬灭剂分子标记。在一些实施方案中，定量PCR试剂盒还包含适用于逆转录RNA的组分，包括酶(例如，逆转录酶，如AMV、MMLV等)和用于逆转录的引物以及脱氧核苷酸和逆转录反应所需的缓冲剂。定量PCR试剂盒的每种组分通常在其自身合适的容器中。因此，这些试剂盒通常包括适用于每种单独的试剂、酶、引物和探针的不同容器。进一步地，定量PCR试剂盒可包括用于进行反应以及解释和分析由进行反应得到的数据的方法的说明书。在具体的实施方案中，试剂盒含有用于预测患有或疑似患有多发性骨髓瘤的患者是否对化合物临床敏感的说明书。
对于基于抗体的试剂盒，试剂盒可包含例如：(1)与所关注的肽、多肽或蛋白质结合的第一抗体(其可以或可以不附着于固体担体)；和任选(2)第二不同的抗体，其与所述第一抗体或所述肽、多肽或蛋白质结合，并与可检测标记(例如，荧光标记、放射性同位素或酶)缀合。在具体的实施方案中，所关注的肽、多肽或蛋白质与疾患(例如，疾病)相关或指示疾患。基于抗体的试剂盒还可包含用于进行免疫沉淀的珠。基于抗体的试剂盒的每种组分通常在其自身合适的容器中。因此，这些试剂盒通常包括适用于每种抗体和试剂的不同容器。进一步地，基于抗体的试剂盒可包括用于进行测定以及解释和分析由进行测定得到的数据的方法的说明书。在具体的实施方案中，试剂盒含有用于预测患者的血液学癌症是否对化合物临床敏感的说明书。
在一个实施方案中，本文提供的试剂盒包含本文提供的化合物或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。试剂盒可进一步包含另外的活性剂，包括但不限于本文公开的那些。
本文提供的试剂盒可进一步包括用于施用活性成分的装置。这类装置的实例包括但不限于注射器、滴注袋、贴片和吸入器。
试剂盒可进一步包含用于移植的细胞或血液，以及可用于施用一种或多种活性成分的药学上可接受的媒介物。例如，如果活性成分以必须进行重构以用于肠胃外施用的固体形式提供，则试剂盒可包括合适媒介物的密封容器，其中可将活性成分溶解以形成适用于肠胃外施用的无颗粒无菌溶液。药学上可接受的媒介物的实例包括但不限于注射用水USP；水性媒介物(如但不限于氯化钠注射液、林格氏注射液、右旋糖注射液、右旋糖和氯化钠注射液以及乳酸林格氏注射液)；水混溶性媒介物(如但不限于乙醇、聚乙二醇和聚丙二醇)；和非水性媒介物(如但不限于玉米油、棉籽油、花生油、芝麻油、油酸乙酯、肉豆蔻酸异丙酯和苯甲酸苄酯)。
在本文提供的方法和试剂盒的某些实施方案中，固相担体用于纯化蛋白质、标记样品或进行固相测定。适用于实施本文公开的方法的固相的实例包括珠、颗粒、胶体、单表面、管、多孔板、微量滴定板、载玻片、膜、凝胶和电极。当固相是颗粒材料(例如，珠)时，在一个实施方案中，其分布在多孔板的孔中，以允许并行处理固相担体。
要注意的是，涉及任何本文提供的各种方法和/或试剂盒，也涵盖例如关于一种或多种试剂如但不限于核酸引物、固体担体等的上文列出的实施方案的任意组合。
通过以下非限制性实施例说明本发明的某些实施方案。
6.实施例
实施例
除另有详细描述外，采用对于本领域技术人员来说是熟知和常规的标准技术来进行以下实施例的实施。这些实施例旨在仅为说明性的。
实施例1：4-(4-(4-(((2-(2，6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)氧基)甲基)苄基)哌嗪-1-基)-3-氟苄腈(化合物1)的合成。
Figure BDA0002904803230001161
2-氨基-5-甲氧基-5-氧代戊酸。在氮气下经30分钟向2-氨基戊二酸(250g，1.70mol)在无水甲醇(2.5L)中的悬浮液中添加三甲基甲硅烷基氯(277g，2.55mol)。将所得澄清溶液在室温(20℃)下搅拌30分钟。1H NMR显示原材料已被完全消耗。反应混合物不经进一步处理用于下一步。1H NMR：400MHz CD3OD δ：4.17-4.15(m，1H)，3.71(s，3H)，2.70-2.60(m，2H)，2.33-2.25(m，2H)。
2-((叔丁氧羰基)氨基)-5-甲氧基-5-氧代戊酸。向上述溶液中添加三乙胺(275g，2.72mol)和二碳酸二叔丁酯(447.35g，2.05mol)。将反应混合物在25℃下搅拌2h。将溶液浓缩至干，然后添加水(2.5L)以溶解残留物。将所得水相用乙酸乙酯(200mL)洗涤，然后通过HCl(1N)酸化至pH＝3，并用乙酸乙酯(1L×3)萃取。将合并的有机层用盐水(800mL)洗涤，经硫酸钠干燥，过滤并浓缩，得到2-(叔丁氧羰基氨基)-5-甲氧基-5-氧代-戊酸(250g，56％收率，两步)，为白色固体。1H NMR：400MHz CD3OD δ：4.18-4.11(m，1H)，3.69(s，3H)，2.48-2.43(m，2H)，2.21-2.15(m，1H)，1.95-1.91(m，1H)，1.46(s，9H)。
5-氨基-4-(叔丁氧羰基氨基)-5-氧代-戊酸甲酯。向2-(叔丁氧羰基氨基)-5-甲氧基-5-氧代-戊酸(200g，765mmol)在1，4-二噁烷(1.5L)中的溶液中添加二碳酸二叔丁酯(267g，1.22mol)和吡啶(121g，1.53mol)。将反应混合物在25℃下搅拌30分钟后，将碳酸铵(182g，2.30mol)添加到混合物中，并在25℃下再搅拌16h。通过旋转蒸发移除有机溶剂，通过HCl(6M)将残留物酸化至pH＝3，然后用乙酸乙酯(800mL×3)萃取。将合并的有机相用盐水(800mL)洗涤，经硫酸钠干燥并过滤。在减压下移除挥发性有机物，得到5-氨基-4-(叔丁氧羰基氨基)-5-氧代-戊酸甲酯(180g，90％收率)，为白色固体。1H NMR：400MHz CDCl3δ：6.51(s，1H)，5.94(s，1H)，5.43(s，1H)，4.21(s，1H)，3.63(s，3H)，2.59-2.40(m，2H)，2.15-2.11(m，1H)，1.94-1.90(m，1H)，1.42(s，9H)。
4，5-二氨基-5-氧代-戊酸甲酯盐酸盐。将5-氨基-4-(叔丁氧羰基氨基)-5-氧代-戊酸甲酯(180g，692mmol)和HCl/乙酸乙酯(300mL，4M)的混合物在25℃下搅拌12h。通过真空过滤收集沉淀的固体，并用乙酸乙酯(500mL)洗涤，得到4，5-二氨基-5-氧代-戊酸甲酯盐酸盐(130g，95％收率)，为白色固体。1H NMR：400MHz CD3OD δ：4.00-3.96(m，1H)，3.70(s，3H)，2.59-2.52(m，2H)，2.22-2.13(m，2H)。
3-羟基-2-甲基-苯甲酸甲酯。并行试验四个批次(各200g)。向3-羟基-2-甲基-苯甲酸(200g，1.31mol)在甲醇(4.0L)中的溶液中添加浓硫酸(47.7g，486mmol)。将反应混合物在60℃下搅拌17h。将反应混合物浓缩至800mL。将所得混合物冷却到20℃，并经30分钟缓慢倒入水(400mL)中。在20℃下经3h添加水(1200mL)，并将所得混合物在20℃下搅拌1h。通过真空过滤收集沉淀的固体(合并的四个批次)，并用水/甲醇(1000mL，9∶1)洗涤三次，直到pH＞3。将固体在45℃真空下干燥，得到3-羟基-2-甲基-苯甲酸甲酯(700g，80.4％收率)，为灰色固体。
3-[叔丁基(二甲基)甲硅烷基]氧基-2-甲基-苯甲酸甲酯。并行试验两个批次(各240g)。在5℃下向3-羟基-2-甲基-苯甲酸甲酯(240g，1.44mol)在N，N-二甲基甲酰胺(1.40L)中的溶液中添加咪唑(246g，3.61mol)和叔丁基二甲基甲硅烷基氯(238g，1.58mol)。添加后，将混合物升温至20℃并搅拌6h。添加乙酸异丙酯(1700mL)，然后缓慢添加水(2000mL)，同时将温度保持在30℃以下。搅拌所得混合物，并分离有机相。将合并的有机相(合并的两个批次)用水(1700mL x 3)洗涤，并浓缩至～1500mL(KF＜0.05％)。将产物以乙酸异丙酯溶液的形式储存，其不经进一步纯化用于下一步。
2-(溴甲基)-3-[叔丁基(二甲基)甲硅烷基]氧基-苯甲酸甲酯。并行试验两个批次(各～375g)。向3-[叔丁基(二甲基)甲硅烷基]氧基-2-甲基-苯甲酸甲酯(～375g，1.34mol)的乙酸异丙酯溶液中添加N-溴代琥珀酰亚胺(274g，1.54mol)和偶氮二异丁腈(4.40g，26.8mmol)。经至少1h将反应混合物加热到70℃，并在70℃下搅拌4h。将反应混合物冷却到20℃，并在20℃下保持至少1h。通过过滤移除两个批次的固体(琥珀酰亚胺)，并用乙酸异丙酯(700mL)洗涤。将滤液用亚硫酸钠(700g)在水(6000mL)中的溶液、接着用水(1500mL)洗涤。将有机层在45℃真空下蒸馏至干，得到2-(溴甲基)-3-[叔丁基(二甲基)甲硅烷基]氧基-苯甲酸甲酯(920g，95.5％收率)，为深橙色油状物。1H NMR：400MHz DMSO-d6δ：7.45(d，J＝6.8Hz，1H)，7.36(t，J＝8.0Hz，1H)，7.13(t，J＝7.2Hz，1H)，4.95(s，2H)，1.02(s，9H)，0.29(s，6H)。
5-氨基-4-[4-[叔丁基(二甲基)甲硅烷基]氧基-1-氧代-异吲哚啉-2-基]-5-氧代-戊酸甲酯。向4，5-二氨基-5-氧代-戊酸甲酯盐酸盐(74.5g，379mmol)在乙腈(2.50L)中的搅拌溶液中添加2-(溴甲基)-3-[叔丁基(二甲基)甲硅烷基]氧基-苯甲酸甲酯(125g，348mmol)。经10分钟通过加料漏斗向悬浮液中添加二异丙基乙胺(89.9g，696mmol)，然后将混合物在60℃下搅拌16h。将反应混合物用乙酸乙酯(1.0L)稀释，依次用HCl(1N，1.0L)、碳酸氢钠(饱和1.0L)和盐水(1.0L)洗涤。将有机层浓缩，得到粗5-氨基-4-[4-[叔丁基(二甲基)甲硅烷基]氧基-1-氧代-异吲哚啉-2-基]-5-氧代-戊酸甲酯(108g，粗物质)，为浅黄色固体。LCMS：m/z 407.3[M+i]+。
5-氨基-4-(4-羟基-1-氧代-异吲哚啉-2-基)-5-氧代-戊酸甲酯。经5分钟向5-氨基-4-[4-[叔丁基(二甲基)甲硅烷基]氧基-1-氧代-异吲哚啉-2-基]-5-氧代-戊酸甲酯(108g，266mmol)在N，N-二甲基甲酰胺(350mL)中的搅拌冷溶液中分批添加碳酸钾(14.7g，106mmol)的水(40mL)溶液。将所得反应混合物在15℃下搅拌15h。将反应混合物在冰浴中冷却，并在0-5℃下缓慢添加HCl(12M，15mL)。将乙腈(200mL)添加到混合物中，形成沉淀固体。将悬浮液在室温下搅拌10分钟并过滤。将滤饼用乙酸乙酯(200mL×5)洗涤，得到产物(55g)。在高真空下浓缩滤液，得到粗产物(100g)，将其溶解在二氯甲烷(1.0L)中，并使之在15℃下静置16h。形成白色固体，将其过滤，得到5g产物。将固体合并，得到5-氨基-4-(4-羟基-1-氧代-异吲哚啉-2-基)-5-氧代-戊酸甲酯(60g，77％收率)，为白色固体。1H NMR：400MHz DMSO-d6δ：7.58(s，1H)，7.31(t，J＝8.0Hz，1H)，7.19--7.14(m，2H)，7.01(d，J＝7.6Hz，1H)，4.75-4.71(m，1H)，4.50(d，J＝17.6Hz，1H)，4.32(d，J＝17.6Hz，1H)，3.51(s，3H)，2.29-2.18(m，3H)，2.09-1.99(m，1H)。
5-氨基-4-[4-[[4-(溴甲基)苯基]甲氧基]-1-氧代-异吲哚啉-2-基]-5-氧代-戊酸甲酯。并行进行两个反应(25g，85.5mmol)。将1，4-双(溴甲基)苯(67.7g，257mmol)、碳酸钾(11.8g，85.5mmol)和5-氨基-4-(4-羟基-1-氧代-异吲哚啉-2-基)-5-氧代-戊酸甲酯(25g，85.5mmol)在乙腈(1L)中的混合物在60℃下搅拌16h。将两个批次合并，将混合物冷却到15℃并过滤。将滤液浓缩，并通过硅胶柱色谱法(通过在乙酸乙酯中50％石油醚至100％乙酸乙酯洗脱)纯化，得到5-氨基-4-[4-[[4-(溴甲基)苯基]甲氧基]-1-氧代-异吲哚啉-2-基]-5-氧代-戊酸甲酯(52g，63％收率)，为白色固体。1H NMR：400MHz DMSO-d6δ：7.59(s，1H)，7.50-7.44(m，5H)，7.32-7.28(m，2H)，7.19(s，1H)，5.26(s，2H)，4.79-4.71(m，3H)，4.55(d，J＝17.6Hz，1H)，4.43(d，J＝17.6Hz，1H)，3.52(s，3H)，2.30-2.19(m，3H)，2.10-2.08(m，1H)。
3-[4-[[4-(溴甲基)苯基]甲氧基]-1-氧代-异吲哚啉-2-基]哌啶-2，6-二酮。并行进行两个反应(28.5g，60.0mmol)。将5-氨基-4-[4-[[4-(溴甲基)苯基]甲氧基]-1-氧代-异吲哚啉-2-基]-5-氧代-戊酸甲酯(28.5g，60.0mmol)溶解在四氢呋喃(720mL)中，并将溶液在干冰/丙酮浴中冷却到-70℃。在搅拌的同时，将叔丁醇钾(7.4g，66.0mmol)一次性添加到澄清溶液中。反应混合物变为淡黄色，并在70℃下再继续搅拌2h。将HCl的冷却溶液(1N，260mL)快速转移到反应混合物中，同时保持温度在-70℃。混合物立即变成乳白色，并移走干冰/丙酮浴。浓缩混合物以移除大部分四氢呋喃。浓缩反应混合物后，沉淀出白色固体。用水(500mL)稀释白色浆料，然后过滤。将滤饼用水(500mL)洗涤，并在40℃真空烘箱中干燥12小时，然后用乙酸乙酯(500mL)洗涤。将各批次合并，得到3-[4-[[4-(溴甲基)苯基]甲氧基]-1-氧代-异吲哚啉-2-基]哌啶-2，6-二酮(49.85g，93％)，为浅黄色固体。1H NMR：400MHz DMSO-d6δ：10.95(s，1H)，7.51-7.41(m.，5H)，7.35-7.28(m，2H)，5.23(s，2H)，5.12-5.07(m，1H)，4.70(s，2H)，4.41(d，J＝17.6Hz，1H)，4.25(d，J＝17.6Hz，1H)，2.90-2.84(m，1H)，2.58-2.53(m，1H)，2.44-2.41(m，1H)，1.98-1.95(m，1H)。
4-(4-(4-(((2-(2，6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)氧基)甲基)苄基)哌嗪-1-基)-3-氟苄腈。将3-(4-((4-(溴甲基)苄基)氧基)-1-氧代异吲哚啉-2-基)哌啶-2，6-二酮(5.0g，11.28mmol)放入装有3-氟-4-(哌嗪-1-基)苄腈(2.315g，11.28mmol)、二异丙基乙胺(5.91ml，33.8mmol)和乙腈(100ml)的烧瓶中。将反应混合物在40℃下搅拌18h。在减压下移除挥发性有机物，并通过标准方法纯化，得到4-(4-(4-(((2-(2，6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)氧基)甲基)苄基)哌嗪-1-基)-3-氟苄腈。1H NMR(400MHz，DMSO-d6)δ10.97(s，1H)，7.68(dd，J＝1.96，13.45Hz，1H)，7.56(dd，J＝1.77，8.38Hz，1H)，7.43-7.52(m，3H)，7.30-7.38(m，4H)，7.11(t，J＝8.80Hz，1H)，5.24(s，2H)，5.11(dd，J＝5.14，13.33Hz，1H)，4.37-4.46(m，1H)，4.22-4.30(m，1H)，3.54(s，2H)，3.12-3.23(m，4H)，2.84-2.98(m，1H)，2.52-2.62(m，5H)，2.36-2.48(m，1H)，1.92-2.04(m，1H)。MS(ESI)m/z 568.2[M+1]+。C32H30FN5O4的分析计算值：C，67.71；H，5.33；N，12.34。实测值：C，67.50；H，5.44；N12.34。
实施例2：(S)-4-(4-(4-(((2-(2，6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)氧基)甲基)苄基)哌嗪-1-基)-3-氟苄腈(化合物2)的合成
Figure BDA0002904803230001191
(4S)-5-氨基-4-(苄氧羰基氨基)-5-氧代-戊酸叔丁酯。向(2S)-2-(苄氧羰基氨基)-5-叔丁氧基-5-氧代-戊酸(150g，445mmol)在1，4-二噁烷(1.50L)中的溶液中添加二碳酸二叔丁酯(155g，711mmol)、吡啶(70.3g，889mmol)和碳酸氢铵(105g，1.33mol)。将反应混合物在18℃下搅拌16h，然后浓缩。将残留物溶解在乙酸乙酯(5.0L)和水(5.0L)中，将有机层分离，并用HCl(3.0mL，1N)、饱和碳酸氢钠(3.0L)、盐水(3.0L)洗涤，经无水硫酸钠干燥，过滤并浓缩，得到粗(4S)-5-氨基-4-(苄氧羰基氨基)-5-氧代-戊酸叔丁酯(450g，粗物质)，为白色固体，其不经进一步纯化用于下一步。1H NMR 400MHz DMSO-d6δ：7.35-7.30(m，5H)，7.02(s，1H)，5.01(d，J＝3.2Hz，1H)，3.93-3.90(m，1H)，2.20(t，J＝8.0Hz，2H)，1.88-1.84(m，1H)，1.72-1.69(m，1H)，1.35(s，9H)。
(4S)-4，5-二氨基-5-氧代-戊酸叔丁酯。在氮气下向(4S)-5-氨基-4-(苄氧羰基氨基)-5-氧代-戊酸叔丁酯(112g，333mmol)在甲醇(1.0L)中的溶液中添加10％碳载钯(15g)。将悬浮液在真空下脱气，并用氢气吹扫数次。将混合物在氢气(40psi)和30℃下搅拌16h。将反应混合物过滤并浓缩滤液，得到粗(4S)-4，5-二氨基-5-氧代-戊酸叔丁酯，为无色油状物。1H NMR400MHz DMSO-d6δ：7.30(s，1H)，6.95(s，1H)，3.10-3.07(m，1H)，2.27-2.23(m，2H)，1.69-1.78(m，1H)，1.59-1.55(m，1H)，1.38(s，9H)。
3-羟基-2-甲基-苯甲酸甲酯。并行试验四个批次(各200g)。向3-羟基-2-甲基-苯甲酸(200g，1.31mol)在甲醇(4.0L)中的溶液中添加浓硫酸(47.7g，486mmol)。将反应混合物在60℃下搅拌17h。将反应混合物浓缩至800mL。将所得混合物冷却到20℃，并经30分钟缓慢倒入水(400mL)中。在20℃下经3h添加水(1200mL)，并将所得混合物在20℃下搅拌1h。通过真空过滤收集沉淀的固体(合并的四个批次)，并用水/甲醇(1000mL，9：1)洗涤三次，直到pH＞3。将固体在45℃真空下干燥，得到3-羟基-2-甲基-苯甲酸甲酯(700g，80.4％收率)，为灰色固体。1H NMR：400MHz DMSO-d6δ：9.70(s，1H)，7.18(t，J＝6.8Hz，1H)，7.09(t，J＝7.6Hz，1H)，7.00(t，J＝6.8Hz，1H)，3.81(s，3H)，2.29(s，3H)。
3-[叔丁基(二甲基)甲硅烷基]氧基-2-甲基-苯甲酸甲酯。并行试验两个批次(各240g)。在5℃下向3-羟基-2-甲基-苯甲酸甲酯(240g，1.44mol)在N，N-二甲基甲酰胺(1.40L)中的溶液中添加咪唑(246g，3.61mol)和叔丁基二甲基甲硅烷基氯(238g，1.58mol)。添加后，将混合物升温至20℃并搅拌6h。添加乙酸异丙酯(1700mL)，然后缓慢添加水(2000mL)，同时将温度保持在30℃以下。搅拌所得混合物，接着分离有机相。将合并的有机物(合并的两个批次)用水(1700mL x 3)洗涤，并浓缩至～1500mL(KF＜0.05％)。将产物以乙酸异丙酯溶液的形式储存，其不经进一步纯化用于下一步。
2-(溴甲基)-3-[叔丁基(二甲基)甲硅烷基]氧基-苯甲酸甲酯。并行试验两个批次(各～375g)。向3-[叔丁基(二甲基)甲硅烷基]氧基-2-甲基-苯甲酸甲酯(～375g，1.34mol)的乙酸异丙酯溶液中添加N-溴代琥珀酰亚胺(274g，1.54mol)和偶氮二异丁腈(4.40g，26.8mmol)。经至少1h将反应混合物加热到70℃，并在70℃下搅拌4h。将反应混合物冷却到20℃，并在20℃下保持至少1h。通过过滤移除两个批次的固体(琥珀酰亚胺)，并用乙酸异丙酯(700mL)洗涤。将滤液用亚硫酸钠(700g)在水(6000mL)中的溶液、接着用水(1500mL)洗涤。将有机层在45℃真空下蒸馏至干，得到2-(溴甲基)-3-[叔丁基(二甲基)甲硅烷基]氧基-苯甲酸甲酯(920g，95.5％收率)，为深橙色油状物。1H NMR：400MHz DMSO-d6δ：7.45(d，J＝6.8Hz，1H)，7.36(t，J＝8.0Hz，1H)，7.13(t，J＝7.2Hz，1H)，4.95(s，2H)，1.02(s，9H)，0.29(s，6H)。
(4S)-5-氨基-4-[4-[叔丁基(二甲基)甲硅烷基]氧基-1-氧代-异吲哚啉-2-基]-5-氧代-戊酸叔丁酯。向(4S)-4，5-二氨基-5-氧代-戊酸叔丁酯(130g，643mmol)在乙腈(4.0L)中的溶液中添加2-(溴甲基)-3-[叔丁基(二甲基)甲硅烷基]氧基-苯甲酸甲酯(210g，584mmol)和二异丙基乙胺(113g，877mmol)。将反应混合物在50℃下搅拌16h。将反应混合物浓缩以移除大部分乙腈，将残留物溶解在甲基叔丁基醚(2.0L)和水(1.5L)中，将有机层用饱和磷酸一钾(1.0L x 2)、盐水(1.0L)洗涤，经无水硫酸钠干燥，过滤并浓缩，得到粗(4S)-5-氨基-4-[4-[叔丁基(二甲基)甲硅烷基]氧基-1-氧代-异吲哚啉-2-基]-5-氧代-戊酸叔丁酯(524g)，其不经进一步纯化用在下一步。
(4S)-5-氨基-4-(4-羟基-1-氧代-异吲哚啉-2-基)-5-氧代-戊酸叔丁酯。向(4S)-5-氨基-4-[4-[叔丁基(二甲基)甲硅烷基]氧基-1-氧代-异吲哚啉-2-基]-5-氧代-戊酸叔丁酯(275g，613mmol)在甲醇(2.0L)中的溶液中添加三水合四丁基氟化铵(38.7g，123mmol)。将混合物在18℃下搅拌16h。将反应混合物浓缩以移除大部分甲醇，将残留物溶解在二氯甲烷/水(3L/2L)中，将有机层用盐水(1.0L)洗涤，经无水硫酸钠干燥，过滤并浓缩，得到粗产物，通过硅胶柱将其纯化，得到产物(260g)。将产物添加到乙腈(750mL)中，并将混合物在60℃下搅拌2h，冷却到18℃，并再搅拌2h。过滤固体，并将滤饼干燥，得到(4S)-5-氨基-4-(4-羟基-1-氧代-异吲哚啉-2-基)-5-氧代-戊酸叔丁酯(248g，60.5％收率)，为灰色固体。1H NMR 400MHz DMSO-d6δ：10.00(s，1H)，7.54(s，1H)，7.29(t，J＝7.6Hz，1H)，7.14(d，J＝4.8Hz，2H)，4.72-4.68(m，1H)，4.49-4.28(m，2H)，2.17-1.97(m，4H)，1.31(s，9H)。
4-(4-(4-(氯甲基)苄基)哌嗪-1-基)-3-氟苄腈。将1，4-双(氯甲基)苯(51.2g，292mmol)放入装有乙腈(195mL)和N，N-二甲基甲酰胺(195mL)的烧瓶中。在环境温度下搅拌反应混合物，直到所有固体都溶解。然后添加二异丙胺(51.1mL，292mmol)连同3-氟-4-(哌嗪-1-募)苄腈(20g，97mmol)。加热到60℃反应1h。在减压下移除乙腈。将剩余混合物在乙酸乙酯(1.0L)、水(700mL)与盐水(300mL)之间分配。将有机层分离，并将水层用乙酸乙酯萃取两次。合并挥发性有机物，并在减压下移除。将固体溶解在最少量的二氯甲烷中，并在硅胶柱(在超过3L的己烷中0-100％乙酸乙酯)上纯化。合并含有所需产物的级分，并在减压下移除挥发性有机物。将残留物溶解在最少量的二氯甲烷中，并在硅胶柱(在超过800mL的己烷中10％等度乙酸乙酯，接着是在超过4L的己烷中20-80％乙酸乙酯)上第二次纯化。合并含有所需产物的级分，并在减压下移除挥发性有机物，得到4-(4-(4-(氯甲基)苄基)哌嗪-1-基)-3-氟苄腈(22.7g，66.0mmol，67.7％收率)，为灰白色固体。1H NMR(400MHz，CDCl3)δppm7.33-7.39(m，5H)7.29(d，J＝1.96Hz，1H)7.25(d，J＝1.96Hz，1H)6.91(t，J＝8.56Hz，1H)4.60(s，2H)3.58(s，2H)3.19-3.27(m，4H)2.58-2.66(m，4H)。MS(ESI)m/z 344.2[M+1]+。
(S)-5-氨基-4-(4-((4-((4-(4-氰基-2-氟苯基)哌嗪-1-基)甲基)苄基)氧基)-1-氧代异吲哚啉-2-基)-5-氧代戊酸叔丁酯。将(S)-5-氨基-4-(4-羟基-1-氧代异吲哚啉-2-基)-5-氧代戊酸叔丁酯(22.05g，65.9mmol)放入装有4-(4-(4-(氯甲募)苄基)哌嗪-1-基)-3-氟苄腈(22.67g，65.9mmol)、碳酸钾(18.23g，132mmol)和N，N-二甲基甲酰胺(330mL)的烧瓶中。将反应混合物加热到45℃保持16h。用乙酸乙酯(50mL)稀释反应物并过滤。将滤液用乙酸乙酯(900mL)和水(600mL)及盐水(200mL)分配。将有机层分离，并用水(600mL)进行分配。将有机层分离，并将所有的有机层合并，经硫酸钠干燥，并在减压下移除挥发物。将残留物用在己烷中的20％乙酸乙酯处理，并在减压下移除挥发物，得到(S)-5-氨基-4-(4-((4-((4-(4-氰基-2-氟苯基)哌嗪-1-基)甲基)苄基)氧基)-1-氧代异吲哚啉-2-基)-5-氧代戊酸叔丁酯(44.02g，68.6mmol，104％收率)，为灰白色固体。收率略高于定量，这是因为剩余一些N，N-二甲基甲酰胺。1H NMR(400MHz，CDCl3)δppm 7.43-7.49(m，2H)7.40(s，4H)7.36(dd，J＝8.38，1.28Hz，1H)7.29(d，J＝1.96Hz，1H)7.26(d，J＝1.83Hz，1H)7.11(dd，J＝7.64，1.16Hz，1H)6.92(t，J＝8.50Hz，1H)6.23(br s，1H)5.24-5.32(m，1H)5.15(s，2H)4.86-4.94(m，1H)4.38-4.55(m，2H)3.61(s，2H)3.18-3.32(m，4H)2.58-2.70(m，4H)2.09-2.47(m，4H)1.43(s，8H)。MS(ESI)m/z 642.4[M+1]+。
(S)-4-(4-(4-(((2-(2，6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉-4-基)氧基)甲基)苄基)哌嗪-1-基)-3-氟苄腈。将(S)-5-氨基-4-(4-((4-((4-(4-氰基-2-氟苯基)哌嗪-1-基)甲基)苄基)氧基)-1-氧代异吲哚啉-2-基)-5-氧代戊酸叔丁酯(12.1g，18.86mmol)放入装有乙腈(189mL)和苯磺酸(3.96g，24.51mmol)的小瓶中。将反应混合物置于真空下，并用氮气吹扫。将此过程再重复一次，然后将混合物在氮气氛下加热到85℃过夜。将反应混合物直接温热倒入2个装有二氯甲烷(1000mL)和乙酸乙酯(300mL)的分离漏斗中。向此混合物中添加碳酸氢钠(900mL)、水(100mL)和盐水(450mL)的饱和溶液。将有机层分离，并将水层用二氯甲烷(800mL)和乙酸乙酯(200mL)萃取。将合并的有机层经无水硫酸镁干燥并浓缩。通过标准方法纯化，得到标题化合物。1H NMR(400MHz，DMSO-d6)δppm 10.96(s，1H)7.68(dd，J＝13.45，1.83Hz，1H)7.56(dd，J＝8.44，1.83Hz，1H)7.43-7.52(m，3H)7.29-7.39(m，4H)7.11(t，J＝8.80Hz，1H)5.24(s，2H)5.11(dd，J＝13.20，5.14Hz，1H)4.22-4.46(m，2H)3.54(s，2H)3.12-3.22(m，4H)2.85-2.97(m，1H)2.53-2.62(m，2H)2.38-2.48(m，2H)1.93-2.03(m，1H)。MS(ESI)m/z 568.2[M+1]+。
实施例3：化合物1、化合物2和化合物3在多发性骨髓瘤细胞中具有有效的抗增殖活性
在不同的时间点(45分钟、90分钟和3小时)在DF15骨髓瘤细胞中研究了化合物2和化合物3促进CRL4CRBN E3泛素连接酶破坏Aiolos蛋白的相对有效性。将表达增强型ProLabel(ePL)标记的Aiolos的DF15细胞与化合物2或化合物3一起温育45分钟、90分钟或3小时。然后产生细胞提取物，并通过ePL发光测定法测定Aiolos ePL蛋白质的量。表1中所示的值对应于图1中给出的Aiolos含量与浓度的关系的数据。结果表明，两种对映异构体均诱导Aiolos的时间依赖性和浓度依赖性损失(图1)。
表1：化合物2和3促进Aiolos降解
Figure BDA0002904803230001221
总之，实验表明化合物2和化合物3以时间依赖性和浓度依赖性方式降解Aiolos。数据还表明，Aiolos降解是监测这些化合物的功效的有效生物标志物。
实施例4：化合物2诱导凋亡和肿瘤存活的必需因子的下调，并与地塞米松协同作用
为了确定化合物2是否与地塞米松协同作用，使用泊马度胺敏感性(OPM2)或抗性(OPM2-P1)骨髓瘤细胞检查添加地塞米松对已知的CRL4CRBN E3泛素连接酶底物Aiolos、Ikaros和ZFP91的损失的影响。72小时处理后，地塞米松单独或与化合物2组合在OPM2和OPM2-P1细胞中导致Aiolos和Ikaros的降解(图2)。重要的是，向化合物2中添加10或100nM地塞米松后，下游效应蛋白(c-Myc和IRF4)损失更大是明显的(图2)。此外，如通过Western印迹所测量，在72小时观察到凋亡标志物(Bcl-2相互作用介体[BIM]、裂解胱天蛋白酶-3、裂解胱天蛋白酶-7和裂解聚[腺苷二磷酸核糖]聚合酶[PARP])的诱导增加(图3)。
类似地，OPM2骨髓瘤细胞与单独的化合物2一起温育五天显著降低了Aiolos和Ikaros以及ZFP91的表达水平(图4)。Ikaros和Aiolos降解之后是两个另外且高度关键性的转录因子c-Myc和IRF4的水平降低(图4)。如通过裂解胱天蛋白酶-3所测量，这些因子的损失或减少与细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂p21的增加和凋亡的诱导相关(图4)。结果表明，化合物2经由消除包括IRF4和c-Myc在内的关键多发性骨髓瘤存活因子的表达而引发其抗肿瘤活性。
总之，这些结果表明，Aiolos、Ikaros、ZFP91、c-Myc和IRF4以及凋亡标志物如Bcl-2相互作用介体(BIM)、裂解胱天蛋白酶-3、裂解胱天蛋白酶-7和裂解聚(腺苷二磷酸核糖)聚合酶(PARP)及p21可作为监测用化合物2治疗的功效的生物标志物。
实施例5：Cereblon和Ikaros降解是化合物2的抗增殖活性所需的
为确定cereblon是否可作为预测对化合物2反应的生物标志物，用化合物2处理骨髓瘤细胞系DF15R。DF15R细胞系是通过连续施用泊马度胺(高达100μM)而对来那度胺和泊马度胺产生抗性并且缺乏可检测水平的CRBN蛋白的多发性骨髓瘤细胞系。用化合物2处理此细胞系未显示出Ikaros或Aiolos的任何降解(图5A)。将CRBN蛋白重新引入到DF15R细胞中重新激活了活合物2诱导的Ikaros和Aiolos的降解(图5A)。这些结果表明，CRBN在介导对化合物2的反应中很重要。因此，CRBN水平可作为用以评估对化合物2的潜在反应的生物标志物。
化合物2显示下调Ikaros、Aiolos和ZFP91(图4)，并且发现CRBN是Ikaros和Aiolos的降解所需的(图5A)。为确定Ikaros、Aiolos或ZFP91的降解是否是对c-Myc、IRF4和p21产生影响或者对化合物2诱导的凋亡产生影响的原因，在OPM2细胞中产生了所有三种蛋白质的稳定突变体，并一次过表达一种(图5B)。
稳定Ikaros突变体Ikaros-Q146H或Ikaros-G151A的成功过表达阻止了Ikaros的降解，并且消除了化合物2诱导的对c-Myc、IRF4、p21和裂解胱天蛋白酶-3的影响(图5B)。然而，ZFP91中的稳定化突变(Q400H)不能够消除化合物2的影响，尽管该突变能够有效地保护蛋白质在化合物2存在下不被降解(图5B)。
还测量了稳定化突变对细胞增殖的影响。与对下游蛋白质的影响一致的是，稳定Ikaros突变体Ikaros-Q146H或Ikaros-G151A的过表达消除了化合物2的抗增殖作用(表2)。具体地，相对于亲本细胞(0.488nM)，在过表达稳定Ikaros突变体的细胞中，用化合物2处理后细胞增殖被抑制50％时的浓度增加超过200倍(＞100nM)(表2)。没有明显的稳定化ZFP91的下游效应或对化合物2的抗增殖活性的敏感性的降低(图5B和表2)。在过表达Aiolos突变体的细胞中无法证实Aiolos降解对化合物2抑制MM细胞生长的潜在贡献，这是因为在此特定的测定中，与Ikaros相比，Aiolos对降解的稳定作用效率较低。
总之，这些结果进一步表明，Ikaros降解是化合物2的活性所需的，并且表明Ikaros是化合物2的活性的重要生物标志物。
表2：OPM2细胞增殖的抑制
Figure BDA0002904803230001231
实施例6：化合物2诱导的与多发性骨髓瘤细胞中的G1细胞周期阻滞关联的Ikaros和Aiolos的降解
为评估多发性骨髓瘤细胞对用化合物2治疗的功能反应，将对来那度胺有抗性的骨髓瘤细胞系H929-1051用化合物2处理4小时(图6A)或72小时(图6B)。与浓度低至1nM的化合物2一起温育在4小时内促进了Ikaros和Aiolos的强劲降解(图6A)。
一致的是，用化合物2处理72小时后，在H929-1051细胞中，pRB1的磷酸化明显减少，且CDK抑制剂p27的水平增加(图6B)。这些事件伴随生存蛋白水平的降低、促凋亡蛋白Bim超长亚型(BimEL)水平的急剧增加以及胱天蛋白酶-1、胱天蛋白酶-7、胱天蛋白酶-3和PARP的裂解(图6B)。结果表明，化合物2在来那度胺和/或泊马度胺抗性细胞中的抗肿瘤活性是由于Ikaros和Aiolos的降解，从而导致细胞周期阻滞和凋亡。此外，即使在对用来那度胺和泊马度胺治疗有抗性的细胞中，Aiolos和Ikaros的几乎完全和持续的降解也显示了化合物2的体外功效(图10)。这些结果表明，化合物2诱导细胞周期阻滞和凋亡，并且Ikaros、Aiolos、IRF4、c-Myc、p27、磷酸-Rb、BimEL、裂解胱天蛋白酶-1、裂解胱天蛋白酶-7、裂解胱天蛋白酶-3和裂解PARP均可作为用化合物2治疗的生物标志物。
实施例7：化合物2在骨髓瘤细胞系中诱导Aiolos和Ikaros的降解并增加凋亡
在对来那度胺和泊马度胺有抗性的多发性骨髓瘤细胞系H929-1051和OPM2-P10中分别测量化合物2的连续暴露对Aiolos和Ikaros的降解和再表达的影响以及凋亡的诱导。采用单次连续暴露于化合物2的方式处理细胞系，没有洗脱，并且通过流式细胞术测量Aiolos和Ikaros的水平。在处理后，在3至6小时内Aiolos和Ikaros有超过70％的降解，这取决于细胞系(图7A和图7B)。底物的消耗在H929-1051细胞中长达70小时，或者在OPM2-P10细胞中长达100小时(图7A和图7B)。将浓度增加10倍至0.1μM几乎不产生至不产生额外的降解(图7A和图7B)。
在H929-1051细胞中，Aiolos的降解持续75至100小时，而Ikaros水平的降解拖延了较短的时间段(图7A和图7B)。在OPM2-P10细胞中，两种蛋白质的降解持续超过150小时(图7A和图7B)。
还评估了H929-1051细胞短暂暴露于化合物2对Aiolos和Ikaros的降解的影响。在0.1μM化合物2下短时15分钟的短暂暴露诱导了Aiolos和Ikaros降解(图8)。虽然降解的程度并不完全(25％至50％)，但观察到暴露后持续25小时与50小时之间的延长的药效动力学(PD)效应(图8)。
为进一步理解化合物2暴露以及Aiolos和Ikaros降解的动力学，研究了对化合物2(0.01和0.1μM)达6小时的更长时间的暴露，接着进行洗脱。用化合物2处理使Aiolos和Ikaros产生超过70％的降解(图9)。单次6小时暴露后洗脱化合物2导致两种蛋白质由降解快速恢复(图9)。在暴露于0.01μM化合物2的细胞中经25小时并且在暴露于0.1μM化合物2的培养物中在75至100小时内观察到大于75％的底物恢复率(图9)。
还评估了Aiolos和Ikaros降解对凋亡的诱导的影响。化合物2的连续暴露后观察到几乎完全并且延长的底物抑制与MM细胞中的凋亡诱导相一致(图10)。连续单次暴露于0.01和0.1μM化合物2在H929-1051和OPM2-P10细胞中导致凋亡的诱导(50至75小时内)(图10)。然而，15分钟或6小时短暂暴露于化合物2排除了凋亡的诱导(图10)。
总之，这些观察结果表明，在测试的MM细胞模型中，Aiolos和Ikaros损失的大小和持续时间是凋亡诱导的重要介体。进一步地，这些数据表明使用Aiolos和Ikaros以及凋亡标志物如裂解胱天蛋白酶-3是对化合物2反应的生物标志物，并且还表明这些生物标志物可用于确定或调整化合物1、化合物2或化合物3的剂量。
实施例8：化合物2抑制具有低CRBN的具有获得性抗性的多发性骨髓瘤细胞系的增殖。
在骨髓瘤细胞中测试化合物2的活性，所述骨髓瘤细胞由于持续暴露于任一化合物而获得了对来那度胺或泊马度胺的抗性，并且在该过程中获得了下调的cereblon水平(表2)。将细胞处理5天，然后采用ATP测定法(CellTiter-Glo)进行评估。通过减去背景并相对于DMSO对照(对照为100％)标准化来计算对照的百分比。相对于亲本细胞系中的CRBN水平为100％，通过Western印迹测定对来那度胺或泊马度胺具有获得性抗性的细胞系中cereblon的相对百分比，并在表3中给出。
图11显示了浓度反应曲线的IC50，该曲线比较了化合物2和泊马度胺在亲本细胞系(DF15、NCI-H929和OPM2)、来那度胺抗性细胞系(NCI-H929-1051)或五种泊马度胺抗性细胞系(NCI-H929-P01、OPM2-P01、OPM2-P1、OPM2-P10和DF15R)中的活性。
表3：药物敏感性和抗药性多发性骨髓瘤细胞系中的Cereblon蛋白表达水平
Figure BDA0002904803230001251
N/A＝不适用；Pom＝泊马度胺；*背景水平，不是实际的CRBN，CRBN在此细胞系中是不存在的
比较对泊马度胺或来那度胺产生抗性的细胞系表明，CRBN蛋白水平低于敏感的亲本细胞系(表3)。采用
Figure BDA0002904803230001252
测定法评估增殖。研究的结果表明，即使在CRBN水平低(如通过定量评估5天后培养基中存在的ATP水平所测定，图11)的获得性抗性的多种模型中，细胞系对化合物2也是敏感的。然而，化合物2对缺乏CRBN表达的DF15R细胞系显示没有多少抗增殖活性(图11和图5A)。
综合这些数据表明，化合物2在CRBN水平低但可检测的获得性抗性的模型中具有非常有效的抗多发性骨髓瘤活性。因此，可检测水平的CRBN可以是预测患者对化合物2的反应性的生物标志物。
实施例9：化合物2单独和与地塞米松组合在来那度胺抗性多发性骨髓瘤中诱导凋亡。
评估了地塞米松作为单一药剂或与化合物2组合诱导凋亡的能力。在来那度胺抗性多发性骨髓瘤细胞(H929-1051)中使用胱天蛋白酶-Glo来测量凋亡的诱导。使用声学分配器以20个浓度分配地塞米松。将板密封并在室温下储存，以便第二天使用。用于测定的化合物的最终浓度为：地塞米松(0.8μM至0.00002μM)和化合物2(0.001、0.01或0.1μM)。用Multidrop分配器将细胞分配到测定板中，并制作用于测定的重复板。采用胱天蛋白酶-Glo3/7和CellTiter-Glo测定法在化合物处理后72小时进行凋亡的测量。将胱天蛋白酶-Glo3/7发光相对于CellTiter-Glo发光标准化以考虑细胞数量的差异。处理样品的倍数变化计算如下：处理样品的标准化胱天蛋白酶/标准化DMSO对照的平均值。
通过胱天蛋白酶-3诱导来测量地塞米松单独或与来那度胺、泊马度胺或化合物2组合的凋亡活性。结果表明，化合物2与地塞米松协同以浓度依赖性方式降低细胞活力并增强地塞米松的凋亡能力(图12)。根据相对于DMSO治疗的胱天蛋白酶-3变化，对用单独的地塞米松治疗的剂量反应导致凋亡的微小增加(图12)。相比之下，在化合物2的存在下，地塞米松活性的起始偏移了1log。如通过胱天蛋白酶-3所测量，用三种不同浓度的化合物2治疗增强了地塞米松的凋亡活性(图12)。进一步地，即使最低剂量的化合物2也导致凋亡的强诱导。少至10nM的地塞米松增强化合物2的细胞杀伤能力，且低至亚纳摩尔浓度的化合物2增强地塞米松的凋亡作用(图12)。这证明了地塞米松加化合物2在来那度胺抗性多发性骨髓瘤细胞中诱导凋亡的能力，并且表明胱天蛋白酶-3的测量可作为用化合物2治疗的生物标志物。
实施例10：化合物2对髓系祖细胞成熟为成人中性粒细胞的离体效应
来自健康供体(HD)的骨髓(BM)CD34+细胞的离体培养物用于研究化合物2对中性粒细胞减少的影响。先前的数据表明，在本研究使用的测定系统中，成熟中性粒细胞水平恢复到未治疗的对照水平的至少50％与没有临床上显著的中性粒细胞减少的诱导或由临床上显著的中性粒细胞减少恢复相关。因此，我们监测了化合物2对成熟中性粒细胞的影响。
在每个暴露期后以及在分别对应于最后一次暴露之后3、5和7天的第19、21和23天通过流式细胞术分析Ikaros蛋白水平。将来源于健康供体骨髓的CD34+细胞暴露于不同浓度的化合物2和不同的温育方案。在从第14天开始的连续1、2或3天中的每一天，在以1、10和100nM的浓度进行化合物2暴露2、4和6小时之后测量Ikaros含量(相对于DMSO对照标准化)的百分比。在暴露期结束时，移除化合物2，并在没有化合物2的情况下温育细胞(恢复期)。在与化合物2一起温育后(第14至16天)以及恢复期间在第19、21和23天通过流式细胞术测量Ikaros。收集了两个供体的数据并在图13中给出。Ikaros水平在化合物2暴露期间降低，并且在药物戒断之后以浓度依赖性方式恢复，没注意到有与不同暴露方案关联的显著差异(图13)。在洗脱之后至少三天后，Ikaros水平开始回到正常，早于晚期中性粒细胞前体完全恢复成熟。这些数据表明，晚期中性粒细胞前体中的Ikaros降解可能是化合物2的接受者的中性粒细胞减少的重要介体。此外，研究结果表明，Ikaros水平的恢复先于中性粒细胞祖细胞成熟的恢复，并且通过采用适当的给药方案有可能成功地控制用化合物2治疗的MM患者的中性粒细胞减少。
为进一步探索Ikaros涉及中性粒细胞祖细胞成熟的作用，在每次暴露后且在最后一次暴露于化合物2之后每隔一天通过流式细胞术分析Ikaros蛋白水平。在一次暴露于所有浓度的化合物2并且按所有暴露方案暴露后，Ikaros完全降解(图14和图15)。在暴露于化合物2达3天后，Ikaros仅仅在药物洗脱后24小时便以浓度依赖性方式开始恢复，并在10天后回到对照水平(图14；图16B)。通过5天暴露于化合物2，Ikaros的恢复在药物洗脱后三天的第17天开始(图15)。在最后一次暴露在10nM浓度下后6天明显完全恢复到对照水平，而在100nM浓度的化合物2暴露之后8天，超过50％的恢复是明显的(图15)。
数据支持这样的假设，即化合物2诱导的Ikaros降解是驱动中性粒细胞前体成熟阻断的因素，并且Ikaros恢复的恢复先于成熟中性粒细胞的恢复，如图16B中所示。总之，与每日一次给药相比，化合物2更加强的给药(每天多剂量)可能不会不利地影响患者中性粒细胞减少的诱导和由中性粒细胞减少恢复。
实施例11：化合物2增强来自健康人供体的免疫细胞的抗肿瘤活性
将分离自健康供体的PBMC在含10％FBS的RPMI 1640培养基中以1x106个细胞/mL的密度进行培养。
将K562细胞保持在对数期，并使用
Figure BDA0002904803230001261
XR细胞活力分析仪(BeckmanCoulter，Brea，CA)通过治盼蓝排除法监测细胞密度和活力。
将新鲜分离的人PBMC与重组IL-2一起以20个单位/mL的浓度培养72小时。然后将外周血单核细胞旋转下来，并重新悬浮在新鲜的RPMI完全培养基中至2x106个细胞/mL。然后将细胞用指示浓度的DMSO或化合物2处理，并再温育72小时。然后在共培养之前将PBMC在新鲜的RPMI完全培养基中洗涤两次。将K562细胞重新悬浮至1x106个细胞/mL的细胞密度，并根据制造商的说明书用1μM CellTrace CFSE染色。然后将标记的K562细胞以1x105个细胞/孔的密度接种到96孔圆底板中。然后将外周血单核细胞以1∶15的比例一式三份转移到同一96孔板中，并在37℃下温育4小时。根据制造商的说明书，使用膜联蛋白V-异硫氰酸荧光素(FITC)和碘化丙锭(PI)测量由PBMC介导的凋亡引起的特异性靶细胞裂解，并在FACS阵列扫描仪上试验样品。非标记的K562细胞、CellTrace CFSE标记的K562细胞以及膜联蛋白V-FITC和PI标记的未处理的K562细胞作为对照包括在每一测定中。将所有骨髓瘤细胞系保持在对数期，并使用Vi-CELL XR细胞活力分析仪通过台盼蓝排除法监测细胞密度和活力。在实验开始前，用抗CD3抗体(OKT3，3μg/mL)预涂布九十六孔培养皿，并在4℃下温育过夜。在含10％FBS的RPMI培养基中将冷冻的PBMC供体在37℃下解冻2分钟，并在
Figure BDA0002904803230001271
(BeckmanCoulter)上测量细胞计数和活力。将外周血单核细胞洗涤并稀释至1x106个细胞/mL，并以200μL的总体积分配到经化合物处理的板中。将细胞与化合物一起温育2小时，之后转移到涂布抗CD3的板上，并在37℃下再温育72小时。72小时后，将PBMC离心，并将细胞在RPMI培养基+10％FBS中洗涤两次。根据制造商的说明书将未处理的MM细胞系(H929和H929-1051)用CellTrace CFSE标记，并以0.1x106个细胞/mL的总浓度重新悬浮到U底96孔板中，总体积为100μL。对外周血单核细胞进行计数，并以1∶5的靶细胞∶效应细胞(T∶E)比率添加到MM细胞中。24小时共培养后，根据制造商的说明书，使用膜联蛋白V-AF647和7-AAD测量由PBMC诱导的凋亡引起的特异性靶细胞裂解，并在Attune NxT细胞仪(Thermo Fisher)上试验样品。
在实验开始前，用抗CD3抗体(OKT3，3μg/mL)预涂布九十六孔培养皿，并在4℃下温育过夜。在含10％FBS的RPMI培养基中将冷冻的PBMC供体细胞在37℃下解冻2分钟，并在Vi-CELL分析仪上测量细胞计数和活力。将外周血单核细胞洗涤并稀释至1x106个细胞/mL，并以200μL的总体积分配到经化合物处理的板中。将细胞与化合物2一起温育2小时，之后转移到涂布抗CD3的板上，并再温育72小时。同时，将MM细胞系(NCI-H929、H929-1051、OPM2、OPM2-P10)稀释至0.1x106个细胞/mL的最终浓度，并根据制造商的说明书用CellTraceCFSE标记。然后将多发性骨髓瘤细胞系以200μL的总体积分配到经化合物处理的板中，并温育72小时。72小时后，对PBMC和MM细胞进行计数，并以1∶5的最终T∶E比率转移到U底96孔板中。24小时共培养后，根据制造商的说明书，使用膜联蛋白V-AF647和7-AAD测量由PBMC介导的凋亡引起的特异性靶细胞裂解，并在Attune NxT细胞仪上试验样品。
共培养模型用于确定化合物2对取自健康供体的PBMC的抗肿瘤活性的直接影响。化合物2处理IL-2激活的PBMC以浓度依赖性方式诱导杀伤未处理的K562细胞(图17A和图17B)。经化合物2处理的PBMC(IC50＝5.9pM)有效地实现了50％的直接K562细胞杀伤。
在显示抗性表型的细胞系中进一步检查化合物2对与化合物2一起温育的PBMC的抗MM细胞活性的影响，以便与敏感细胞中的反应进行比较。在不同的共培养模型中，将PBMC供体细胞用化合物2预处理2小时，之后在涂布抗CD3抗体的板上培养72小时。用化合物2处理的抗CD3抗体激活的PBMC显示出未经处理的来那度胺敏感性(NCI-H929；IC50＝0.005μM)和来那度胺抗性(H929-1051；IC50＝0.0002μM)MM细胞系的肿瘤细胞裂解的类似程度的浓度依赖性增加(图18A和图18B)。对于来那度胺敏感性和来那度胺抗性共培养的肿瘤细胞观察到由PBMC介导的凋亡引起的类似水平的肿瘤细胞杀伤，表明PBMC被引发以在肿瘤细胞中诱导凋亡，而与它们的抗性表型无关。
因为免疫细胞与化合物2一起预温育增强了MM细胞的靶向和裂解，所以也探讨了将MM细胞与化合物2一起预温育对它们对免疫介导的杀伤的敏感性的影响(图19A-图19D)。将四种MM细胞系和抗CD3抗体激活的PBMC分别地与化合物2一起预温育72小时。当用化合物2预处理抗CD3抗体激活的PBMC和MM系两者、接着共培养时，对PBMC诱导的MM细胞裂解的影响在杀伤反应的效力和强度方面均得到增强。比较单一MM细胞培养物与免疫和肿瘤细胞共培养物的IC50值，化合物2将NCI-H929细胞的杀伤增强～7000倍，并且其将H929-1051细胞的杀伤增强～6000倍(图19A和图19B)。
经化合物2处理的PBMC有效地诱导未处理的K562和MM细胞系的肿瘤裂解。此外，如果用化合物2预处理PBMC和MM细胞系两者，则肿瘤细胞杀伤力大大增强，表明化合物2除了其有效的细胞自主效应之外还可增强MM细胞系的免疫原性。总之，结果显示了对MM细胞的有效细胞自主和免疫原性效应的组合以及其免疫调节特性。
实施例12：化合物2激活效应淋巴细胞和细胞因子
评估了化合物2对T细胞受体(TCR)激活的健康PBMC的免疫调节活性。在来自九个健康PBMC供体的一组细胞中，在抗CD3抗体刺激存在下与化合物2一起温育72小时诱导了平均半最大有效浓度(EC50)为14pM的IL-2分泌(图20)。早在引入化合物2后24小时，细胞因子分泌的这种增加就明显了，其中由化合物2诱导的效应细胞因子产生的峰值比媒介物对照高，对于IL-2为5.5倍，对于干扰素γ(IFN-γ)为4.5倍，且对于肿瘤坏死因子α(TNF-α)为2倍(分别见图21A-图21C)。这些数据表明，化合物2可激活T细胞，并刺激它们分泌细胞因子，如TNF-α、IFN-γ和IL-2。此外，这些数据表明，这些细胞因子可作为响应于化合物2激活的T细胞的生物标志物。
实施例13：化合物2在T细胞中诱导底物降解
研究了化合物2经72小时的时间进程对Ikaros在CD4+和CD8+ T细胞中的降解的影响。化合物2诱导效应细胞因子释放的能力与IL-2的已知转录阻遏物Ikaros在CD4+ T细胞中的降解相关(图22A-图22C)。在CD4+ T细胞中，在24小时后，用化合物2处理显示出强烈的Ikaros降解(24小时IC50＝0.0003μM)(图22A)。在CD8+ T细胞群中也观察到效力，其中化合物2显示的24小时IC50为0.0005μM(数据未显示)。在CD4+(图22B和图22C)和CD8+(数据未显示)T细胞群中，在48和72小时的时间点也观察到化合物2降解Ikaros的能力。这些数据表明，化合物2在T细胞中降解Ikaros，这与效应细胞因子释放的诱导相关。因此，Ikaros和Aiolos可作为T细胞激活的生物标志物。
实施例14：化合物2与地塞米松组合对免疫调节/白细胞介素-2诱导的影响
探讨了化合物2与不同浓度的地塞米松组合对PBMC产生IL-2的能力的影响。将来自4名健康供体的外周血单核细胞与化合物2一起预温育2小时，之后用涂布抗CD3抗体的珠再刺激72小时。当与10nM地塞米松组合使用时，化合物2仍然能够诱导IL-2至高于媒介物对照至少10倍的水平，其中在在0.01nM化合物2时达到峰值反应(图23C)。然而，化合物2与较高地塞米松浓度(100nM)组合显示在基线以上几乎没有IL-2的诱导。
总之，这些数据表明，在低水平(10nM)的地塞米松存在下，化合物2的免疫调节活性得以维持，其中用化合物2观察到MM细胞自主杀伤中的显著协同作用。
实施例15.使用生物标志物的药效动力学、功效和预测评估
可通过分析患者的血液和骨髓中的各种生物标志物来评估药效动力学(PD)、功效和预测终点。待评估的生物标志物包括Aiolos和Ikaros降解；离体刺激后的细胞因子谱；免疫细胞(例如T细胞)的表型分析；CRBN、Aiolos、Ikaros、肿瘤浸润性淋巴细胞(TIL)、c-Myc、IRF4、c-胱天蛋白酶3的表达水平；细胞发生、突变和TCR克隆性；可溶性BCMA、游离轻链(FLC)和循环肿瘤细胞(CTC)。
骨髓穿刺液(BMA)是在治疗之前、治疗期间和研究结束后取自患者。取大约6mL的BMA，并将在临床部位的1mL固定BMA凝块用于免疫组织化学分析(IHC)以评估作为生物标志物的CRBN、Aiolos、Ikaros、ZFP91、c-Myc、IRF4、c-胱天蛋白酶-3以及TIL的表达水平。然后对剩余的BMA进行CD138+选择以分离骨髓瘤细胞，并收集CD138-和CD138+级分。将CD138+细胞的一部分用于荧光原位杂交(FISH)。将剩余的CD138+细胞按优先次序分成等分试样，用于RNA和DNA分离及分析、另外的FISH分析和可存活冷冻的CD138+细胞。骨髓单核细胞(BMMNC)通过ficoll密度梯度离心法分离自CD138-级分。将CD138-BMMNC按优先次序分成等分试样，用于RNA和DNA分离及分析、可存活冷冻的CD138-细胞免疫谱分析和用于TCR克隆性的冷冻细胞团块。
还分析了患者的全血。外周血单核细胞(PBMC)和/或血清/血浆分离自样品。全血也直接用于一些生物标志物的分析。
全血的分析可用于测定作为生物标志物的T细胞激活。对于所有方案在筛查时和治疗期间进行抽血。将血液抽入含有抗CD3抗体的TruCulture管中以刺激T细胞。将管在37℃下温育42±4小时。将培养基与细胞分离并在-70℃下冷冻。使用定制细胞因子板(MyriadRBM，Inc.)分析样品的T细胞激活，所述细胞因子板包括指示T细胞激活的细胞因子，如干扰素γ(IFNγ)、肿瘤坏死因子α(TNFα)和白细胞介素-2(IL-2)。
在所有周期和方案的治疗之前和期间，从全血中分离血清，并通过ELISA测量作为生物标志物的可溶性BCMA(sBCMA)。此外，在与sBCMA相同的血清样品中测量作为生物标志物的血清游离轻链(sFLC)。FreeLite测试将用于测量κ轻链与λ轻链之间的比率(k/l比率)。
通过FACS和/或ELISA分析分离自全血的PBMC的生物标志物Aiolos和Ikaros的蛋白质表达。对在所有方案中在第1天、在治疗期间以及在研究结束时招收的患者进行PBMC分离，以测量这些生物标志物的表达水平。
此外，PBMC的生物标志物分析包括在治疗之前和期间收集全血样品后的免疫分型。通过T细胞亚组(CD3、CD4、CD8、Treg、Teff、Tmem)、B细胞和NK细胞的FACS测定来评估免疫调节。
最后，将外周血中存在的循环肿瘤细胞(CTC)的量作为生物标志物进行定量。通过用于最小残留疾病(MRD)评估的FACS测定法确认和分析CTC。对于所有方案，在第1天和治疗期间测量血液中的CTC。
生物标志物用于测定化合物2与低剂量地塞米松的组合活性并评估化合物2给药方案。此外，根据生物标志物评估化合物2与地塞米松组合相对于其它cereblon调节剂化合物的功效。总之，对这些生物标志物的评估可指导患者选择、安排指导、预测对疗法的反应和/或确定治疗的功效。
实施例16：使用生物标志物改变复发的和难治性的多发性骨髓瘤的治疗方案
本文提供的生物标志物可用于确定是否应改变治疗，如延长方案或缩短方案。评估Aiolos/Ikaros抑制以及T细胞激活和增殖能够指导治疗方案。
为确定是否达到了最佳剂量，在治疗期间收集血液，分离PBMC，并通过FACS测量Aiolos/Ikaros抑制。在一种情况下，高于测定背景的Aiolos/Ikaros恢复的量＜15％。此外，IHC显示骨髓中的Aiolos/Ikaros抑制在多个剂量水平上的相关性支持骨髓Aiolos抑制也在测定底限的15％以内。进一步地，与下一个最低剂量水平相比，几乎没有至没有进一步的PD反应，表明PD效应饱和。通过评估血清/血浆中可溶性CD25的增加以及CD8+和CD4+细胞中Ki67的增加来确定T细胞激活和增殖的测量值。结果表明，T细胞激活和增殖随剂量而平稳，并且没有Teff群体的损失，表明已经达到最佳剂量。没有3级或更高级的中性粒细胞减少也表明PD是优化的，并且表明可以延长方案而不是增加剂量。在这种情况下，生物标志物指示已达到了最佳生物剂量，并且方案可继续而无需改变。
或者，生物标志物数据可指示方案需要改变。在不同的情况下，采用给药方案治疗后的结果可表明，在PBMC和/或BM中的治疗期间，恢复的生物标志物Aiolos/Ikaros的蛋白质表达水平高于背景15％以上。此外，可以观察到在递增剂量下没有抑制生物标志物Aiolos在PBMC和/或BM中的表达的平台。进一步地，评估作为生物标志物的T细胞激活和增殖可表明T细胞激活没有最大化。这表明PD效应在治疗方案MTD下没有得到优化。在治疗期间增加不可接受的中性粒细胞减少以及ANC恢复不完全或缺乏表明治疗方案提供的休药窗口不足以使中性粒细胞成熟充分恢复。因此，可缩短方案以增加恢复窗口并重新开始剂量递增。总之，这两种情况表明生物标志物可指导安排患者用cereblon调节剂治疗多发性骨髓瘤。
实施例17：生物标志物用于患者选择和作为用Cereblon调节剂治疗复发的和难治性的多发性骨髓瘤的预测标志物的用途
生物标志物也可用于限定患者选择，并预测对用cereblon调节剂如化合物2或对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体或药学上可接受的盐治疗复发的/难治性的多发性骨髓瘤的反应或抗性。
在治疗之前收集骨髓样品，用于治疗期间和研究结束后进行筛查的目的。取大约6mL的BMA，并且可进行CD138分级。进一步地，可对初级样品进行离体药物测试。离体数据可与收集自CD138群体的临床数据整合。总之，收集自生物标志物的数据可用来限定对用化合物治疗的患者选择。
实施例18：用以评估化合物2与地塞米松组合在患有复发的和难治性的多发性骨髓瘤的对象中的安全性、药代动力学和初步功效的1期多中心开放标签研究
适应症：复发的和难治性的多发性骨髓瘤(RRMM)。
主要目标：
结合最少两种化合物2给药方案评估药代动力学(PK)、安全性/耐受性，并限定化合物2与地塞米松组合的最大耐受剂量(MTD)/推荐的第2部分剂量(RP2D)。
次要目标：
评估化合物2与地塞米松组合的初步功效。
研究设计
这是开放标签、多中心、国际化1期研究，用以评估化合物2与地塞米松组合在患有RRMM的对象中的安全性、PK/PD和初步功效。先前用包括来那度胺或泊马度胺、蛋白酶体抑制剂和抗CD38抗体的至少3种先前方案治疗的RRMM患者将符合条件。
研究将分两部分进行：第1部分将评估递增剂量的化合物2与同步标准剂量地塞米松的PK/PD和安全性，并确定当根据最少两种不同给药方案施用时组合的MTD/RP2D。第2部分将由用于一种或多种给药方案的RP2D的化合物2加上地塞米松的单臂扩展队列组成。除了安全性、PK和PD评估之外，所有对象还将经历按照国际骨髓瘤工作组(IMWG)统一反应标准(Rajkumar等人，Blood，2011，117(18)：4691-5；Kumar等人，Lancet Oncol.，2016，17(8)：e328-e346)进行的每月反应评估，并且可继续进行研究治疗，直到有疾病进展、不可耐受的毒性，或者医生或对象决定停止研究治疗。
研究将按照国际协调理事会(ICH)关于注册人用药物/良好临床实践(GCP)的技术要求和适用的监管要求进行。
第1部分(剂量递增)
患有RRMM的对象队列将接受递增剂量的化合物2加上固定剂量的地塞米松(40mg/剂；在≥75岁的对象中20mg/剂)，以便评估其安全性、MTD/RP2D和PK/PD特性。在第1部分中将评估最少两种不同的给药方案，第一种包括连续10天每日一次(QD)给药，接着是4天无治疗，每28天周期2轮(称为20/28方案)。第二种方案包括连续3天每日两次(BID)给药，接着是11天无研究治疗，每个周期2轮(称为6/28方案)。初始剂量队列将接受20/28方案的0.1mg/天化合物2QD和6/28方案的0.2mg BID。给药方案之间将不允许切换。在审核与最初20/28和6/28方案以及后续的测试方案相关联的安全性和PK/PD结果后，可以探讨涉及每28天周期2轮每日(QD)或每日两次(BID)剂量的化合物2给药接着数日无治疗的另外的给药方案(例如，每28天周期2轮5天QD或BID给药接着9天无治疗，或者每28天周期2轮7天QD或BID给药接着7天无治疗，以及每28天周期21天每日给药接着7天无治疗)。
对于所有给药方案，第1周期第1-28天将构成剂量限制毒性(DLT)评估期，目的是进行MTD测定。如果对象在第1周期中按20/28方案的20个给药日中的至少16天和按6/28方案的6个给药日中的至少5天(10个剂量)接受化合物2的处方剂量(或按替代方案接受至少80％的处方剂量)或经历DLT，则可对他们进行DLT评估。不可进行DLT评估的对象将被替换。
在每个方案中，三名或更多名对象的队列将接受化合物2，其剂量将在连续队列中以100％增量增加，直到出现两个无法明确且无可争议地归因于外部原因的2级治疗紧急不良事件。此后，剂量增量将不超过50％，直到出现第一个DLT。在任何给药方案中出现第一个DLT后，将采用使用逻辑回归的贝叶斯剂量递增方法，其中以每个方案的化合物2的指定剂量、每天的剂量数(QD对BID)和连续给药天数作为协变量。
在DLT评估期间不允许对象内的剂量递增，然而在第2周期及以后，耐受其指定剂量的化合物2的对象可递增至最高剂量水平，该最高剂量水平显示为指定给药方案内的至少一个队列的对象充分耐受的。
第2部分(队列扩展)
完成第1部分后，将按照一个或多个给药方案在20名对象中进行化合物2加上地塞米松的单臂扩展研究，以进一步评估其安全性、PD和在RP2D下的功效以及方案。
研究群体
可招收≥18岁的患有RRMM的对象，这些对象对他们的最后一线治疗是难治性的，先前接受过至少3种先前方案的治疗，包括来那度胺或泊马度胺、蛋白酶体抑制剂和抗CD38抗体，具有0-2的东部肿瘤协作组表现状态(ECOG PS)、可测量的疾病以及足够的骨髓、肾脏和心脏功能。有同种异基因移植史、非分泌性或少分泌性MM、浆细胞白血病或原发性难治性MM(即，对先前治疗方案没有至少轻微反应史)的对象被排除在外。
对象数量
将招收来自北美和欧洲大约120名患有RRMM的对象。大约80名对象将被分配至两种给药方案(QD或BID)，以测定第1部分中每种方案同时使用地塞米松的MTD/RP2D。每种给药方案有二十名对象(总共n＝40)将参加第2部分，以接受MTD/RP2D的化合物2与地塞米松。
第1部分招收的对象数量估计是基于以下假设：每种给药方案的40名对象包括每种方案最少9名以MTD/RP2D治疗的对象。第2部分招收的对象数量估计假定为每种给药方案20名对象。这些估计可基于实际队列数、每种给药方案(第1部分)招收的每个队列的对象以及是否在第2部分中评估另外的给药方案而进行修改。
入选标准
对象必须满足以下标准才能参加研究：
对象在签署知情同意书(ICF)时≥18岁。
在进行任何与研究相关的评估/程序之前，对象必须理解并自愿签署ICF。
对象愿意并且能够遵守研究访视安排及其它方案要求。
东部肿瘤协作组(ECOG)表现状态评分为0、1或2。
对象在参加时必须有MM的记录诊断和可测量的疾病。可测量的疾病定义为：(a)通过sPEP测定M蛋白量≥0.5g/dL；或(b)通过uPEP测定≥200mg/24小时尿液收集；或(c)在没有可测量的血清或尿M蛋白的对象中，血清FLC水平＞100mg/L，涉及的轻链和异常kappa/lambda(κ/λ)比率；或(d)对于患有疾病只能通过定量免疫球蛋白测量来可靠测量的免疫球蛋白A类(IgA)骨髓瘤的对象，血清IgA水平≥0.50g/dL。
所有对象必须：(a)已接受至少3种先前的抗骨髓瘤方案，包括至少2个连续周期的来那度胺、泊马度胺、蛋白酶体抑制剂、糖皮质激素和CD38抗体(注意：有或没有骨髓移植以及有或没有维持疗法的诱导被认为是一个方案)；(b)在从其最后一次骨髓瘤治疗的最后一次给药起60天或60天内有记录的疾病进展；(c)除上述标准(a和b)之外，第2部分中招收的对象必须患有免疫调节剂(来那度胺和/或泊马度胺)、糖皮质激素、蛋白酶体抑制剂和CD38抗体难治性的疾病。难治性定义为对治疗无反应(不能达到最小反应或产生进行性疾病)或在最后一次给药60天内进展的疾病。
对象必须具有以下实验室值：(a)绝对中性粒细胞计数(ANC)≥1.25x109/L，且无生长因子支持≥7天(对于培非格司亭≥14天)。对于剂量扩展队列允许ANC≥1.00x109/L(第2部分)；(b)血红蛋白(Hgb)≥8g/dL；(c)血小板(plt)≥75x109/L，且无输血≥7天；(d)校正血清钙≤13.5mg/dL(≤3.4mmol/L)；(e)24小时肌酐清除率(CrCl)≥45mL/min；(f)AST/SGOT和ALT/SGPT≤3.0x正常的上限(ULN)；(g)对于患有记录的吉尔伯特综合征的对象，血清胆红素≤1.5 x ULN或＜3.0mg/dL；(h)尿酸≤7.5mg/dL(446μmol/L)；(i)PT/INR＜1.5 x ULN，且部分凝血活酶时间(PTT)＜1.5 x ULN(对于未接受治疗性抗凝的对象)。注 意：对于在参加之前＞3个月出现血栓栓塞事件而接受治疗的对象，只要他们使用华法林、低分子量肝素或其它批准的治疗性抗凝或抗血小板方案进行稳定的抗凝方案，则他们就符合条件。
有生育能力的女性(FCBP)必须：(a)在开始研究治疗之前有两个经研究者验证的阴性妊娠测试。她必须同意在研究的过程期间和停止化合物2后进行妊娠测试。即使对象实行对异性接触的真正禁欲，这一点也适用；(b)承诺真正避免异性接触(必须每月进行审查并记录来源)，或者同意采用并能够遵守两种可靠的避孕形式，并且在知情同意时向对象提供，在开始化合物2之前28天、在研究治疗期间(包括在剂量中断期间)以及在研究治疗停止后28天不中断。注意：有生育能力的女性(FCBP)是这样的女性，她1)在某个时间点已达到初潮，2)没有经历过子宫切除或双侧卵巢切除，或3)至少连续24个月未自然绝经(癌症治疗之后闭经不排除有生育能力)(即，在之前连续24个月的任何时间已有月经)。
男性对象必须：实行真正的禁欲(必须每月审查一次)或者同意在参与研究时(甚至在剂量中断期间)与怀孕女性或有生育能力的女性进行性接触期间使用避孕套，并且在化合物2停止后至少3个月在知情同意时向对象提供，即使他已经进行了成功的输精管切除。真正的禁欲当与对象的优选和通常的生活方式一致时是可接受的。定期禁欲(例如，日历法、排卵法、症状体温法、排卵后法)和性交中断(戒断)是不可接受的避孕方法。
男性必须同意在服用化合物2停止后90天避免捐献精子。女性必须同意在服用化合物2停止后28天避免捐献卵子。
所有对象必须同意在服用化合物2时和停止后28天避免献血。
排除标准
存在以下任何情况时，对象将被排除在招收范围之外：
对象患有严重的医学疾患、实验室异常或精神疾病，这会使对象无法参与研究。
对象患有包括存在实验室异常在内的任何疾患，如果他/她要参与研究的话，这会使对象处于不可接受的风险之下。
对象患有混淆解读研究数据能力的任何疾患。
对象患有非分泌性或少分泌性多发性骨髓瘤。
对象患有难治性的原发性多发性骨髓瘤(即，对先前治疗方案没有至少轻微反应史)。
对象患有浆细胞白血病或活动性软脑膜骨髓瘤病。
对象已经记录有全身性轻链淀粉样变性或多发性神经病变、器官肿大、内分泌病变和皮肤改变(POEMS)综合征。
对象患有M类免疫球蛋白(IgM)骨髓瘤。
对象有同种异基因骨髓移植史。
对象正在进行透析。
周围神经病变≥2级的对象。
患有可能会显著改变化合物2的吸收的胃肠疾病的对象。
对象心脏功能受损或患有临床上显著的心脏疾病，包括以下任何一种情况：(a)如筛查时通过ECHO或MUGA扫描测定，LVEF＜45％；(b)在筛查时发现完整左束支、双束支传导阻滞或其它临床上显著异常的心电图(ECG)；(c)如通过使用Fredericia的QT校正公式反复演示＞480毫秒(ms)的QTc间隔所定义，筛查ECG的QT间隔延长；尖端扭转型室性心动过速的病史或当前风险因素(例如，心力衰竭、低钾血症或长QT综合征的家族史)；以及同时施用延长QT/QTc间隔的药物；(d)充血性心力衰竭(纽约心脏学会III或IV级)；(e)在开始化合物2之前心肌梗塞≤6个月；(f)不稳定或控制不好的心绞痛，包括心绞痛的Prinzmetal变型。
同时施用强CYP3A调节剂。
对象在开始化合物2之前用研究药剂(例如，抗PD-1、抗PD-L1)进行先前全身性骨髓瘤治疗≤5个半衰期；对象在开始化合物2之前先前暴露于批准的骨髓瘤疗法(包括治疗性单克隆抗体，如抗CD38或抗SLAM-7)≤5个半衰期或4周内，以较短者为准。
在开始化合物2之前，对象接受了≤2周的大手术。注意：对象必须已经从近期手术的任何临床显著影响中恢复。
在参与研究期间，对象是怀孕或哺乳期女性，或者打算怀孕或捐献卵子。
对象患有已知的人类免疫缺陷病毒(HIV)感染。
对象患有已知的活动性慢性乙型或丙型肝炎病毒(HBV/HCV)感染。
对象有需要持续全身治疗的并发第二癌症的病史。
对象有除MM外的先前恶性肿瘤病史，除非对象已无疾病≥3年，或者对象患有以下非侵袭性恶性肿瘤之一，接受了有治疗意向的治疗，且没有已知的复发：(a)皮肤的基底或鳞状细胞癌；(b)子宫颈或乳房的原位癌；(c)1期膀胱癌；(d)使用恶性肿瘤的肿瘤/结节/转移(TNM)分类在组织学上偶然发现局部前列腺癌，如肿瘤1a或1b期(T1a或T1b)，或已接受了有治疗意向的治疗的前列腺癌。
对象有对沙利度胺、来那度胺、泊马度胺或地塞米松的过敏反应史。
对象已知或疑似对化合物2或地塞米松的制剂中所含有的赋形剂(赋形剂包括二甲基甲硅烷基化二氧化硅、无水胶体二氧化硅、甘露糖醇、富马酸和硬脂酸)超敏。
对象在起始化合物2的14天内经历了以下任一过程：(a)血浆置换；(b)局部疗法以外的放射疗法，用于MM相关骨病变的症状缓解。
对象在化合物2的第一剂量之前14天内已接受了免疫抑制药物治疗。以下是此标准的例外情况：(a)鼻内、吸入、外用或局部皮质类固醇注射(例如，关节内注射)；(b)剂量不超过10mg/天的泼尼松或等效物的全身性皮质类固醇；(c)作为超敏反应的术前用药(例如，计算机断层[CT]扫描术前用药)的类固醇。
对象不能或不愿意经受方案要求的静脉血栓栓塞(VTE)预防。
研究时长：
每名对象参与研究的平均持续时间预计为大约6个月。全部招收预计要花费大约21个月完成(第1部分18个月，且第2部分3个月)。积极治疗和治疗后随访的完成预计将再花费6至12个月。整个研究预计持续大约33个月。
试验结束被定义为最后一名对象完成治疗后随访的最后一次访视的日期，或主要、次要和/或探索性分析所需的来自最后一名对象的最后一个数据点的接收日期，如在方案中预先指定，以较晚的日期为准。
研究治疗
对于参加20/28方案(或替代的QD方案)的对象，QD口服施用化合物2，或者对于参加6/28方案(或替代的BID方案)的对象，BID口服施用化合物2。对于参加QD给药方案的对象，化合物2必须在持续至少6小时的过夜禁食后在早晨与至少240mL(毫升)水一起施用。对象在每天早晨给药后至少2小时避免摄入食物或其它药物。参加BID方案的对象将遵循如针对每个给药目的第一剂量的QD方案所概述的前述说明。第二剂量必须在早晨给药后12±2小时、摄入食物后至少4小时和摄入食物前2小时施用。
对于两种给药方案，地塞米松可在禁食状态下与化合物2一起施用，或者在化合物2后至少2小时与食物一起施用(除非在PK评估日，这时二者必须同时给予)。
关键功效评估概述
主要功效变量是最佳总反应率(ORR)，定义为如通过IMWG统一反应标准(Rajkumar等人，Blood，2011，117(18)：4691-5；Kumar等人，Lancet Oncol.，2016，17(8)：e328-e346)测定最佳反应≥PR的对象的百分比。对象将每月进行反应评估。骨髓瘤反应将由研究地点的研究人员基于在中心参考实验室评估的实验室研究结果(血清蛋白质电泳[sPEP]`尿蛋白质电泳[uPEP]、免疫固定电泳[IFE]、血清游离轻链[sFLC]水平、定量免疫球蛋白A[IgA]、用于浆细胞定量的骨髓，视情况而定)和/或本地评估的实验室研究结果(即，用于浆细胞瘤评估的校正血清钙、计算机断层扫描[CT]、正电子发射断层扫描/计算机扫描[PET/CT]或磁共振成像[MRI]和/或用于骨病变评估的CT、PET/CT、MRI或骨骼检查)来确定。另外的功效变量包括反应时间、反应持续时间和无进展生存期。
功效分析中包括具有有效基线和至少一项基线后反应评估的所有安全性对象。如果由于疾病进展以外的原因而停止治疗，则将要求对象根据指定的评估方案继续进行反应评估，直到进展、撤销同意、死亡或开始新的全身性抗骨髓瘤疗法，以最早者为准。
关键安全性评估概述
这项研究的安全性变量包括治疗紧急不良事件(TEAE)和体格检查/生命体征、选定的实验室分析物和12导联心电图(ECG)中相对于基线的变化。另外的安全性量度包括暴露于研究治疗(化合物2和地塞米松两者)的程度、合并用药的评估以及对有生育潜力的女性(FCBP)的妊娠测试。
药代动力学评估概述
将评估化合物2、其R对映异构体(化合物3)和地塞米松的PK特性(初始剂量和稳态)。可酌情进行暴露-反应分析，以帮助确定化合物2RP2D。
药效动力学评估概述
在研究治疗时，将在基线和指定时间点评估血液和骨髓中的生物标志物。将评估根据剂量和方案变化的外周血单核细胞(PBMC)和骨髓的骨髓瘤细胞中的Aiolos和Ikaros水平、外周血和骨髓免疫表型以及促炎性细胞因子(例如，白细胞介素-2[IL-2]、干扰素γ[IFN-γ])的水平相对于基线的变化。将对sFLC水平和可溶性B细胞成熟抗原(sBCMA)以及循环肿瘤细胞进行纵向定量，作为评估早期治疗效果的手段。将评估cereblon和下游标志物(例如，c-Myc、IRF-4)的表达以及骨髓瘤细胞中的基因表达相对于基线的变化，作为确认对化合物2加上地塞米松的反应和抗性的潜在标志物的手段。最后，将在进行骨髓评估以确认完全反应(CR)的对象中进行MRD检测。
将报告总反应率(ORR)的点估计和2侧95％置信区间。另外的功效变量包括反应持续时间、反应时间和无进展生存期(PFS)。将使用针对分类变量的频率表或针对事件发生时间变量的描述性统计来总结功效结果。将报告可评估安全性和功效(SE)的群体的功效分析，EE群体的结果被认为是主要的。
药效动力学分析的中期结果。
在两种不同的给药方案(在28天周期的第1至10天和第15至24天QD施用，和在28天周期的第1至3天和第15至17天BID施用)，在化合物2治疗之前和期间通过流式细胞术测量CD3+ T细胞中的Aiolos表达。如图24A和图24B中所示，Aiolos降解是剂量依赖性的，并且在按两种方案的化合物给药中断期间恢复。
在两种不同的给药方案(在28天周期的第1至10天和第15至24天QD施用，和在28天周期的第1至3天和第15至17天BID施用)，在化合物2治疗之前和期间通过流式细胞术测量CD3+ T细胞中的Ikaros表达。如图25A和图25B中所示，Ikaros降解是剂量依赖性的，并且在按两种方案的化合物给药中断期间恢复。
在化合物2治疗(第1周期)之前和期间取骨髓穿刺液样品。由每个样品制成凝块，并处理成福尔马林固定的石蜡包埋块。免疫组织化学(IHC)测定法用于评估生物标志物表达。基于阳性染色的百分比和强度确定IHC评分。如图26A-图26E中所示，化合物2诱导肿瘤隔室中Aiolos、Ikaros和ZFP91的降解。Aiolos和Ikaros的下调导致c-Myc和IRF4的表达减少，这导致肿瘤细胞的凋亡，并且可用于指示对用化合物2治疗的反应。
在化合物2治疗之前和期间在指定的时间点取血清样品。通过ELISA测定法测量sBCMA的表达。如图27中所示，sBCMA信号随化合物2治疗而降低。来自一名对象的样品显示sBCMA相对于基线减少＞80％，且对象对治疗的反应有利(非常好的部分反应；VGPR)。减少程度和作用持续时间可预测对用化合物2治疗的反应。
在化合物2治疗之前和期间在指定的时间点取血清样品。血清游离轻链(sFLC)可用作多发性骨髓瘤中的功效测量。sFLC的短半衰期提供了跟踪化合物治疗对疾病负荷的动态影响的机会。如图28中所示，sFLC信号随化合物2治疗而降低，表明肿瘤细胞被杀伤。两名对象在第一治疗周期期间显示sFLC减少＞80％，且对治疗的反应有利(分别为PR和VGPR)。相对于基线的减少程度和作用持续时间可预测对用化合物2治疗的反应。
上述实施方案仅旨在为示例性的，并且本领域技术人员将会认识到或者将能够仅采用常规实验来确定具体化合物、材料和程序的许多等价方案。所有这类等同方案被视为在本发明的范围内，并且被所附权利要求所涵盖。

Claims (96)

1.一种确认有可能对治疗化合物有反应的患有癌症的对象的方法，包括：
(a)对所述对象施用所述治疗化合物；
(b)获得来自所述对象的样品；
(c)测定所述样品中的生物标志物的水平；且
(d)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于所述生物标志物的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；
其中所述治疗化合物是化合物1：
Figure FDA0002904803220000011
或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
2.一种确认有可能对治疗化合物有反应的患有癌症的对象的方法，包括：
(a)对所述对象施用所述治疗化合物；
(b)获得来自所述对象的样品；
(c)测定所述样品中的生物标志物的水平；且
(d)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于所述生物标志物的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；
其中所述治疗化合物是化合物2：
Figure FDA0002904803220000012
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
3.一种确认有可能对治疗化合物有反应的患有癌症的对象的方法，包括：
(a)对所述对象施用所述治疗化合物；
(b)获得来自所述对象的样品；
(c)测定所述样品中的生物标志物的水平；且
(d)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于所述生物标志物的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；
其中所述治疗化合物是化合物3：
Figure FDA0002904803220000021
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
4.一种确认有可能对治疗化合物有反应的患有癌症的对象的方法，包括：
(a)获得来自所述对象的样品；
(b)对所述样品施用所述治疗化合物；
(c)测定所述样品中的生物标志物的水平；且
(d)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于所述生物标志物的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；
其中所述治疗化合物是化合物1：
Figure FDA0002904803220000022
或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
5.一种确认有可能对治疗化合物有反应的患有癌症的对象的方法，包括：
(a)获得来自所述对象的样品；
(b)对所述样品施用所述治疗化合物；
(c)测定所述样品中的生物标志物的水平；且
(d)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于所述生物标志物的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；
其中所述治疗化合物是化合物2：
Figure FDA0002904803220000023
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
6.一种确认有可能对治疗化合物有反应的患有癌症的对象的方法，包括：
(a)获得来自所述对象的样品；
(b)对所述样品施用所述治疗化合物；
(c)测定所述样品中的生物标志物的水平；且
(d)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于所述生物标志物的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；
其中所述治疗化合物是化合物3：
Figure FDA0002904803220000031
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
7.如权利要求1-3或4-6所述的方法，其中所述样品中的所述生物标志物的水平高于所述生物标志物的所述参考水平。
8.如权利要求1-3或4-6所述的方法，其中所述样品中的所述生物标志物的水平低于所述生物标志物的所述参考水平。
9.一种治疗癌症的方法，包括：
(a)获得来自患有所述癌症的对象的样品；
(b)测定所述样品中的生物标志物的水平；
(c)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于所述生物标志物的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对治疗化合物有反应；且
(d)对被诊断为有可能对所述治疗化合物有反应的所述对象施用治疗有效量的所述治疗化合物；
其中所述治疗化合物是化合物1：
Figure FDA0002904803220000032
或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
10.一种治疗癌症的方法，包括：
(a)获得来自患有所述癌症的对象的样品；
(b)测定所述样品中的生物标志物的水平；
(c)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于所述生物标志物的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对治疗化合物有反应；且
(d)对被诊断为有可能对所述治疗化合物有反应的所述对象施用治疗有效量的所述治疗化合物；
其中所述治疗化合物是化合物2：
Figure FDA0002904803220000033
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
11.一种治疗癌症的方法，包括：
(a)获得来自患有所述癌症的对象的样品；
(b)测定所述样品中的生物标志物的水平；
(c)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于所述生物标志物的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对治疗化合物有反应；且
(d)对被诊断为有可能对所述治疗化合物有反应的所述对象施用治疗有效量的所述治疗化合物；
其中所述治疗化合物是化合物3：
Figure FDA0002904803220000041
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
12.如权利要求9-11所述的方法，其中所述样品中的所述生物标志物的水平高于所述生物标志物的所述参考水平。
13.如权利要求9-11所述的方法，其中所述样品中的所述生物标志物的水平低于所述生物标志物的所述参考水平。
14.一种预测患有或疑似患有癌症的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
(a)对所述对象施用所述治疗化合物；
(b)获得来自所述对象的样品；
(c)测定所述样品中的生物标志物的水平；且
(d)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于获自参考样品的所述生物标志物的水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；
其中所述治疗化合物是化合物1：
Figure FDA0002904803220000042
或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
15.一种预测患有或疑似患有癌症的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
(a)对所述对象施用所述治疗化合物；
(b)获得来自所述对象的样品；
(c)测定所述样品中的生物标志物的水平；且
(d)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于获自参考样品的所述生物标志物的水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；
其中所述治疗化合物是化合物2：
Figure FDA0002904803220000051
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
16.一种预测患有或疑似患有癌症的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
(a)对所述对象施用所述治疗化合物；
(b)获得来自所述对象的样品；
(c)测定所述样品中的生物标志物的水平；且
(d)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于获自参考样品的所述生物标志物的水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；
其中所述治疗化合物是化合物3：
Figure FDA0002904803220000052
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
17.一种预测患有或疑似患有癌症的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
(a)获得来自所述对象的样品；
(b)对所述样品施用所述治疗化合物；
(c)测定所述样品中的生物标志物的水平；且
(d)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于获自参考样品的所述生物标志物的水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；
其中所述治疗化合物是化合物1：
Figure FDA0002904803220000053
或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
18.一种预测患有或疑似患有癌症的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
(a)获得来自所述对象的样品；
(b)对所述样品施用所述治疗化合物；
(c)测定所述样品中的生物标志物的水平；且
(d)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于获自参考样品的所述生物标志物的水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；
其中所述治疗化合物是化合物2：
Figure FDA0002904803220000061
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
19.一种预测患有或疑似患有癌症的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
(a)获得来自所述对象的样品；
(b)对所述样品施用所述治疗化合物；
(c)测定所述样品中的生物标志物的水平；且
(d)如果所述样品中的所述生物标志物的水平不同于获自参考样品的所述生物标志物的水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；
其中所述治疗化合物是化合物3：
Figure FDA0002904803220000062
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
20.如权利要求14-16或权利要求17-19所述的方法，其中所述样品中的所述生物标志物的水平高于所述生物标志物的参考水平。
21.如权利要求14-16或权利要求17-19所述的方法，其中所述样品中的所述生物标志物的水平低于所述生物标志物的参考水平。
22.一种监测治疗化合物治疗对象的癌症的功效的方法，包括：
(a)对所述对象施用所述治疗化合物；
(b)获得来自所述对象的样品；
(c)测定所述样品中的生物标志物的水平；且
(d)将所述样品中的所述生物标志物的水平与获自参考样品的所述生物标志物的水平进行比较，其中所述生物标志物水平的变化指示所述治疗化合物治疗所述对象的所述癌症的功效；
其中所述治疗化合物是化合物1：
Figure FDA0002904803220000063
或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
23.一种监测治疗化合物治疗对象的癌症的功效的方法，包括：
(a)对所述对象施用所述治疗化合物；
(b)获得来自所述对象的样品；
(c)测定所述样品中的生物标志物的水平；且
(d)将所述样品中的所述生物标志物的水平与获自参考样品的所述生物标志物的水平进行比较，其中所述生物标志物水平的变化指示所述治疗化合物治疗所述对象的所述癌症的功效；
其中所述治疗化合物是化合物2：
Figure FDA0002904803220000071
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
24.一种监测治疗化合物治疗对象的癌症的功效的方法，包括：
(a)对所述对象施用所述治疗化合物；
(b)获得来自所述对象的样品；
(c)测定所述样品中的生物标志物的水平；且
(d)将所述样品中的所述生物标志物的水平与获自参考样品的所述生物标志物的水平进行比较，其中所述生物标志物水平的变化指示所述治疗化合物治疗所述对象的所述癌症的功效；
其中所述治疗化合物是化合物3：
Figure FDA0002904803220000072
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
25.如权利要求22-24所述的方法，其中与参考水平相比，所述生物标志物增加的水平指示所述治疗化合物治疗所述对象的所述癌症的功效。
26.如权利要求22-24所述的方法，其中与参考水平相比，所述生物标志物降低的水平指示所述治疗化合物治疗所述对象的所述癌症的功效。
27.如权利要求1-8和14-21中任一项所述的方法，进一步包括对被诊断为有可能对所述治疗化合物有反应的对象施用治疗有效量的所述治疗化合物。
28.如权利要求9-13和27中任一项所述的方法，进一步包括施用治疗有效量的第二活性剂或支持护理疗法。
29.如权利要求28所述的方法，其中所述第二活性剂选自包括大分子、小分子或细胞疗法的组，且所述第二活性剂任选选自包括美法仑、长春新碱、环磷酰胺、依托泊苷、多柔比星、苯达莫司汀、蛋白酶体抑制剂、组蛋白脱乙酰酶抑制剂、BET抑制剂、BCL2抑制剂、MCL-1抑制剂、皮质类固醇、地塞米松、抗体、检查点抑制剂和CAR细胞的组。
30.如权利要求1至29中任一项所述的方法，其中所述参考样品是在对所述对象施用所述治疗化合物之前获自所述对象的，且其中所述参考样品来自与所述样品相同的来源。
31.如权利要求1至29中任一项所述的方法，其中所述参考样品获自未患所述癌症的健康对象，且其中所述参考样品来自与所述样品相同的来源。
32.如权利要求1至29中任一项所述的方法，其中所述参考样品获自接受不是所述治疗化合物的抗癌化合物的对象，且其中所述参考样品来自与所述样品相同的来源。
33.如权利要求32中任一项所述的方法，其中所述抗癌化合物选自包括来那度胺、泊马度胺或其衍生物的组。
34.如权利要求1-33中任一项所述的方法，其中所述癌症是多发性骨髓瘤(MM)。
35.如权利要求34所述的方法，其中所述MM是复发的、难治性的或对常规疗法有抗性的。
36.如权利要求1-35中任一项所述的方法，其中所述生物标志物是cereblon(CRBN)。
37.如权利要求1-35中任一项所述的方法，其中所述生物标志物是CRBN相关蛋白。
38.如权利要求1-35中任一项所述的方法，其中所述生物标志物在凋亡途径中具有功能。
39.如权利要求1-35中任一项所述的方法，其中所述生物标志物在细胞周期途径中具有功能。
40.如权利要求1-35中任一项所述的方法，其中所述生物标志物在T细胞激活中具有功能。
41.如权利要求1-35中任一项所述的方法，其中所述生物标志物是循环肿瘤细胞(CTC)。
42.如权利要求1-35中任一项所述的方法，其中所述生物标志物是肿瘤浸润性淋巴细胞(TIL)。
43.如权利要求37所述的方法，其中所述生物标志物选自由IKZF1、IKZF3、ZFP91、c-MYC和IRF4组成的组。
44.如权利要求38所述的方法，其中所述生物标志物选自由裂解胱天蛋白酶-1(c-胱天蛋白酶-1)、裂解胱天蛋白酶-3(c-胱天蛋白酶-3)、裂解胱天蛋白酶-7(c-胱天蛋白酶-7)、裂解PARP、生存蛋白、BIM BCL-2样蛋白11(BIM)和血清游离轻链组成的组。
45.如权利要求38所述的方法，其中通过末端脱氧核苷酰转移酶dUTP缺口末端标记(TUNEL)来测量所述生物标志物的水平。
46.如权利要求38所述的方法，其中通过膜联蛋白-V和7-AAD来测量所述生物标志物的水平。
47.如权利要求38所述的方法，其中通过膜联蛋白-V和碘化丙锭(PI)来测量所述生物标志物的水平。
48.如权利要求39所述的方法，其中所述生物标志物选自由细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂1(p21)、细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂1B(p27)和视网膜母细胞瘤蛋白(pRb1)组成的组。
49.如权利要求40所述的方法，其中所述生物标志物选自由白细胞介素-2(IL-2)、肿瘤坏死因子α(TNFα)、干扰素γ(IFNγ)和T细胞受体(TCR)克隆性组成的组。
50.如权利要求42所述的方法，其中通过组织学来测量所述生物标志物的水平。
51.如权利要求43所述的方法，其中所述生物标志物是IKZF1。
52.如权利要求43所述的方法，其中所述生物标志物是IKZF3。
53.如权利要求43所述的方法，其中所述生物标志物是ZFP91。
54.如权利要求43所述的方法，其中所述生物标志物是c-MYC。
55.如权利要求43所述的方法，其中所述生物标志物是IRF4
56.如权利要求44所述的方法，其中所述生物标志物是裂解胱天蛋白酶-3(c-胱天蛋白酶-3)。
57.如权利要求44所述的方法，其中所述生物标志物是裂解胱天蛋白酶-1(c-胱天蛋白酶-1)。
58.如权利要求44所述的方法，其中所述生物标志物是裂解胱天蛋白酶-7(c-胱天蛋白酶-7)。
59.如权利要求44所述的方法，其中所述生物标志物是裂解PARP。
60.如权利要求44所述的方法，其中所述生物标志物是生存蛋白。
61.如权利要求44所述的方法，其中所述生物标志物是BCL-2样蛋白11(BIM)。
62.如权利要求44所述的方法，其中所述生物标志物是血清游离轻链(sFLC)。
63.如权利要求48所述的方法，其中所述生物标志物是p21。
64.如权利要求48所述的方法，其中所述生物标志物是p27。
65.如权利要求48所述的方法，其中所述生物标志物是pRb1。
66.如权利要求49所述的方法，其中所述生物标志物是可溶性CD25(sCD25)。
67.如权利要求49所述的方法，其中所述生物标志物是IL-2。
68.如权利要求49所述的方法，其中所述生物标志物是TNFα。
69.如权利要求49所述的方法，其中所述生物标志物是IFNγ。
70.如权利要求49所述的方法，其中所述生物标志物是T细胞受体(TCR)克隆性。
71.如权利要求1-69中任一项所述的方法，其中所述生物标志物的水平高于参考水平。
72.如权利要求1-69中任一项所述的方法，其中所述生物标志物的水平低于参考水平。
73.如权利要求70所述的方法，其中通过所述TCR的DNA测序来测量所述生物标志物。
74.一种确认有可能对治疗化合物有反应的患有复发的、难治性的或对常规疗法有抗性的多发性骨髓瘤的对象的方法，包括：
(a)获得来自对象的样品；
(b)测定所述样品中的生物标志物的水平；且
(c)如果所述样品中的所述生物标志物的水平低于所述生物标志物的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；
其中所述治疗化合物是化合物1的化合物：
Figure FDA0002904803220000101
或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
75.一种确认有可能对治疗化合物有反应的患有复发的、难治性的或对常规疗法有抗性的多发性骨髓瘤的对象的方法，包括：
(a)获得来自对象的样品；
(b)测定所述样品中的生物标志物的水平；且
(c)如果所述样品中的所述生物标志物的水平低于所述生物标志物的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；
其中所述治疗化合物是化合物2的化合物：
Figure FDA0002904803220000102
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
76.一种确认有可能对治疗化合物有反应的患有复发的、难治性的或对常规疗法有抗性的多发性骨髓瘤的对象的方法，包括：
(a)获得来自对象的样品；
(b)测定所述样品中的生物标志物的水平；且
(c)如果所述样品中的所述生物标志物的水平低于所述生物标志物的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；
其中所述治疗化合物是化合物3的化合物：
Figure FDA0002904803220000103
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
77.一种预测患有多发性骨髓瘤的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
(a)获得来自对象的样品；
(b)测定所述样品中的生物标志物的水平；且
(c)如果所述样品中的所述生物标志物的水平低于所述生物标志物的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；
其中所述治疗化合物是化合物1的化合物：
Figure FDA0002904803220000111
或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
78.一种预测患有多发性骨髓瘤的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
(a)获得来自对象的样品；
(b)测定所述样品中的生物标志物的水平；且
(c)如果所述样品中的所述生物标志物的水平低于所述生物标志物的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；
其中所述治疗化合物是化合物2的化合物：
Figure FDA0002904803220000112
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
79.一种预测患有多发性骨髓瘤的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
(a)获得来自对象的样品；
(b)测定所述样品中的生物标志物的水平；且
(c)如果所述样品中的所述生物标志物的水平低于所述生物标志物的参考水平，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应；
其中所述治疗化合物是化合物3的化合物：
Figure FDA0002904803220000113
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
80.如权利要求74-79中任一项所述的方法，其中所述生物标志物是CRBN。
81.如权利要求80所述的方法，包括如果所述样品中的所述生物标志物的水平低于所述生物标志物的所述参考，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应。
82.如权利要求80所述的方法，包括如果在所述样品中可检测到所述生物标志物，则将所述对象诊断为有可能对所述治疗化合物有反应。
83.如权利要求1至82中任一项所述的方法，其中通过测定所述生物标志物的蛋白质水平来测量所述生物标志物的水平。
84.如权利要求1至82中任一项所述的方法，其中通过测定所述生物标志物的mRNA水平来测量所述生物标志物的水平。
85.如权利要求1至82中任一项所述的方法，其中通过测定所述生物标志物的cDNA水平来测量所述生物标志物的水平。
86.如权利要求1至82中任一项所述的方法，其中通过DNA测序来测定所述生物标志物。
87.如权利要求1至82中任一项所述的方法，其中通过RNA测序(RNA-seq)来测定所述生物标志物。
88.如权利要求83所述的方法，包括使所述样品内的蛋白质同与所述生物标志物蛋白质免疫特异性结合的第一抗体接触。
89.如权利要求88所述的方法，进一步包括：
(a)使结合所述第一抗体的所述生物标志物蛋白质同具有可检测标记的第二抗体接触，其中所述第二抗体与所述生物标志物蛋白质免疫特异性结合，且其中所述第二抗体与所述生物标志物蛋白质上与所述第一抗体不同的表位免疫特异性结合；
(b)检测结合所述生物标志物蛋白质的所述第二抗体的存在；且
(c)基于所述第二抗体中的可检测标记的量来确定所述生物标志物蛋白质的量。
90.如权利要求88所述的方法，进一步包括：
(a)使结合所述生物标志物蛋白质的所述第一抗体与具有可检测标记的第二抗体接触，其中所述第二抗体与所述第一抗体免疫特异性结合；
(b)检测结合所述第一抗体的所述第二抗体的存在；且
(c)基于所述第二抗体中的可检测标记的量来确定所述生物标志物蛋白质的量。
91.一种确定或调整用治疗化合物治疗患有多发性骨髓瘤的对象的剂量的方法，包括：
(a)对所述对象施用一定剂量的所述治疗化合物；
(b)在不同的时间点获得来自所述对象的一个或多个样品；且
(c)测定所述一个或多个样品中的生物标志物的水平，从而确定所述剂量是否适当或需要调整；
其中所述治疗化合物是化合物1的化合物：
Figure FDA0002904803220000121
或其对映异构体、对映异构体的混合物、互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
92.一种确定或调整用治疗化合物治疗患有多发性骨髓瘤的对象的剂量的方法，包括：
(a)对所述对象施用一定剂量的所述治疗化合物；
(b)在不同的时间点获得来自所述对象的一个或多个样品；且
(c)测定所述一个或多个样品中的生物标志物的水平，从而确定所述剂量是否适当或需要调整；
其中所述治疗化合物是化合物2的化合物：
Figure FDA0002904803220000131
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
93.一种确定或调整用治疗化合物治疗患有多发性骨髓瘤的对象的剂量的方法，包括：
(a)对所述对象施用一定剂量的所述治疗化合物；
(b)在不同的时间点获得来自所述对象的一个或多个样品；且
(c)测定所述一个或多个样品中的生物标志物的水平，从而确定所述剂量是否适当或需要调整；
其中所述治疗化合物是化合物3的化合物：
Figure FDA0002904803220000132
或其互变异构体、同位素体或药学上可接受的盐。
94.如权利要求91至93所述的方法，其中所述生物标志物选自由IKZF1和IKZF3组成的组。
95.如权利要求94所述的方法，其中所述生物标志物是IKZF1。
96.如权利要求94所述的方法，其中所述生物标志物是IKZF3。
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WO (1) WO2019226770A1 (zh)

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2023138647A1 (zh) * 2022-01-19 2023-07-27 江苏恒瑞医药股份有限公司 一种含硫异吲哚啉类衍生物的晶型

Families Citing this family (8)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
BR112021013435A2 (pt) * 2019-01-09 2021-10-19 Celgene Corporation Formas sólidas que compreendem (s)-4-(4-(4-(((2-(2,6-dioxopiperidin-3-il)-1-oxoisoindolin-4-il)oxi)metil)benzil)piperazin-1-il)-3-fluorobenzonitrila e sais do mesmo, e composições que compreendem e métodos de uso do mesmo
WO2020146441A1 (en) 2019-01-09 2020-07-16 Celgene Corporation Pharmaceutical compositions comprising (s)-4-(4-(4-(((2-(2,6-dioxopiperidin-3-yl)-1-oxoisoindolin-4-yl)oxy)methyl) benzyl)piperazin-1-yl)-3-fluorobenzonitrile and methods of using the same
CA3168456A1 (en) * 2020-01-20 2021-07-29 Kangpu Biopharmaceuticals, Ltd. Isoindoline derivative, and pharmaceutical composition and use thereof
KR102555483B1 (ko) * 2020-06-29 2023-07-14 고려대학교 산학협력단 다발골수종에서 혈액 표지자를 이용한 세레블론 발현 예측 방법
CN115916768A (zh) 2020-07-20 2023-04-04 江苏恒瑞医药股份有限公司 含硫异吲哚啉类衍生物、其制备方法及其在医药上的应用
WO2023081735A1 (en) * 2021-11-03 2023-05-11 Celgene Corporation Chimeric antigen receptors specific for b-cell maturation antigen for use in treating myeloma
WO2024025968A1 (en) * 2022-07-28 2024-02-01 Springworks Therapeutics, Inc. Treatment of multiple myeloma
WO2024059494A1 (en) * 2022-09-12 2024-03-21 Celgene Corporation Methods for treating multiple myeloma

Citations (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO1995021822A1 (en) * 1994-02-08 1995-08-17 Georgia Tech Research Corporation Pyridinium compounds
US5814633A (en) * 1994-11-23 1998-09-29 Basf Aktiengesellschaft Iminooxymethylene anilides, process for preparing the same and their use
US20170292959A1 (en) * 2014-10-10 2017-10-12 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Plasmids comprising internal ribosomal entry sites and uses thereof
US20170362660A1 (en) * 2012-08-14 2017-12-21 Celgene Corporation Cereblon isoforms and their use as biomarkers for therapeutic treatment
US20180120291A1 (en) * 2015-05-01 2018-05-03 Guardant Health, Inc. Diagnostic methods
WO2019014100A1 (en) * 2017-07-10 2019-01-17 Celgene Corporation ANTIPROLIFERATIVE COMPOUNDS AND METHODS OF USE THEREOF

Family Cites Families (36)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US6352694B1 (en) 1994-06-03 2002-03-05 Genetics Institute, Inc. Methods for inducing a population of T cells to proliferate using agents which recognize TCR/CD3 and ligands which stimulate an accessory molecule on the surface of the T cells
US6534055B1 (en) 1988-11-23 2003-03-18 Genetics Institute, Inc. Methods for selectively stimulating proliferation of T cells
ATE205542T1 (de) 1992-03-04 2001-09-15 Univ California Vergleichende genomhybridisierung
US6692964B1 (en) 1995-05-04 2004-02-17 The United States Of America As Represented By The Secretary Of The Navy Methods for transfecting T cells
US5811097A (en) 1995-07-25 1998-09-22 The Regents Of The University Of California Blockade of T lymphocyte down-regulation associated with CTLA-4 signaling
US6051227A (en) 1995-07-25 2000-04-18 The Regents Of The University Of California, Office Of Technology Transfer Blockade of T lymphocyte down-regulation associated with CTLA-4 signaling
US5855887A (en) 1995-07-25 1999-01-05 The Regents Of The University Of California Blockade of lymphocyte down-regulation associated with CTLA-4 signaling
US5948893A (en) 1996-01-17 1999-09-07 The United States Of America As Represented By The Secretary Of The Navy Murine hybridoma and antibody binding to CD28 receptor secreted by the hybridoma and method of using the antibody
US6207157B1 (en) 1996-04-23 2001-03-27 The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services Conjugate vaccine for nontypeable Haemophilus influenzae
US6927024B2 (en) 1998-11-30 2005-08-09 Genentech, Inc. PCR assay
EE05627B1 (et) 1998-12-23 2013-02-15 Pfizer Inc. CTLA-4 vastased inimese monoklonaalsed antikehad
EP2829609A1 (en) 1999-08-24 2015-01-28 E. R. Squibb & Sons, L.L.C. Human CTLA-4 antibodies and their uses
US7605238B2 (en) 1999-08-24 2009-10-20 Medarex, Inc. Human CTLA-4 antibodies and their uses
AU3074001A (en) 1999-12-09 2001-06-18 Advanced Research And Technology Institute, Inc. Fluorescent in situ rt-pcr
CA2439402A1 (en) 2001-03-02 2002-09-12 University Of Pittsburgh Of The Commonwealth System Of Higher Education Pcr method
CA2466279A1 (en) 2001-11-13 2003-05-22 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Agents that modulate immune cell activation and methods of use thereof
AU2003288675B2 (en) 2002-12-23 2010-07-22 Medimmune Limited Antibodies against PD-1 and uses therefor
US7122799B2 (en) 2003-12-18 2006-10-17 Palo Alto Research Center Incorporated LED or laser enabled real-time PCR system and spectrophotometer
JP4361545B2 (ja) 2005-05-09 2009-11-11 小野薬品工業株式会社 ＰｒｏｇｒａｍｍｅｄＤｅａｔｈ１（ＰＤ−１）に対するヒトモノクローナル抗体および抗ＰＤ−１抗体単独または他の免疫療法と併用した癌治療方法
HUE026039T2 (en) 2005-07-01 2016-05-30 Squibb & Sons Llc Human monoclonal antibodies programmed for death ligand 1 (PD-L1)
PL2170959T3 (pl) 2007-06-18 2014-03-31 Merck Sharp & Dohme Przeciwciała przeciwko ludzkiemu receptorowi programowanej śmierci PD-1
EP2262837A4 (en) 2008-03-12 2011-04-06 Merck Sharp & Dohme PD-1 BINDING PROTEINS
KR101924874B1 (ko) 2008-09-26 2018-12-04 다나-파버 캔서 인스티튜트 인크. 인간 항-ｐｄ-１, ｐｄ-ｌ１, 및 ｐｄ-ｌ2 항체 및 그의 용도
JP5603876B2 (ja) 2008-10-29 2014-10-08 セルジーン コーポレイション 癌の治療に使用するためのイソインドリン化合物
EP2376535B9 (en) 2008-12-09 2017-09-13 F. Hoffmann-La Roche AG Anti-pd-l1 antibodies and their use to enhance t-cell function
EP2393835B1 (en) 2009-02-09 2017-04-05 Université d'Aix-Marseille Pd-1 antibodies and pd-l1 antibodies and uses thereof
JP2013512251A (ja) 2009-11-24 2013-04-11 アンプリミューン、インコーポレーテッド Ｐｄ−ｌ１／ｐｄ−ｌ２の同時阻害
US20130022629A1 (en) 2010-01-04 2013-01-24 Sharpe Arlene H Modulators of Immunoinhibitory Receptor PD-1, and Methods of Use Thereof
CA2802344C (en) 2010-06-18 2023-06-13 The Brigham And Women's Hospital, Inc. Bi-specific antibodies against tim-3 and pd-1 for immunotherapy in chronic immune conditions
US8907053B2 (en) 2010-06-25 2014-12-09 Aurigene Discovery Technologies Limited Immunosuppression modulating compounds
MX2015001686A (es) * 2012-08-09 2015-04-10 Celgene Corp Tratamiento de enfermedades inmuno - relacionadas e inflamatorias.
WO2014028445A2 (en) 2012-08-14 2014-02-20 Celgene Corporation Cereblon isoforms and their use as biomarkers for therapeutic treatment
WO2015085172A2 (en) * 2013-12-06 2015-06-11 Celgene Corporation Methods for determining drug efficacy for the treatment of diffuse large b-cell lymphoma, multiple myeloma, and myeloid cancers
JP2017533727A (ja) * 2014-10-13 2017-11-16 セルジーン コーポレイション 固形腫瘍の治療方法及び免疫調節療法への臨床的感度の予測因子としてのバイオマーカーの使用
MX2018008421A (es) * 2016-01-08 2019-12-09 Celgene Corp Métodos para tratar cáncer y el uso de biomarcadores como predictor de sensibilidad clínica a terapias.
EP3796912B1 (en) 2018-05-23 2023-02-15 Celgene Corporation Antiproliferative compounds and bispecific antibody against bcma and cd3 for combined use

Patent Citations (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO1995021822A1 (en) * 1994-02-08 1995-08-17 Georgia Tech Research Corporation Pyridinium compounds
US5814633A (en) * 1994-11-23 1998-09-29 Basf Aktiengesellschaft Iminooxymethylene anilides, process for preparing the same and their use
US20170362660A1 (en) * 2012-08-14 2017-12-21 Celgene Corporation Cereblon isoforms and their use as biomarkers for therapeutic treatment
US20170292959A1 (en) * 2014-10-10 2017-10-12 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Plasmids comprising internal ribosomal entry sites and uses thereof
US20180120291A1 (en) * 2015-05-01 2018-05-03 Guardant Health, Inc. Diagnostic methods
WO2019014100A1 (en) * 2017-07-10 2019-01-17 Celgene Corporation ANTIPROLIFERATIVE COMPOUNDS AND METHODS OF USE THEREOF

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2023138647A1 (zh) * 2022-01-19 2023-07-27 江苏恒瑞医药股份有限公司 一种含硫异吲哚啉类衍生物的晶型

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