JP2015519565A

JP2015519565A - がんに対する補助的機能診断テスト

Info

Publication number: JP2015519565A
Application number: JP2015511765A
Authority: JP
Inventors: ウィリアムピアーシル，; マイケルエイチ．カーダン，
Original assignee: ユートロピクスファーマシューティカルズ，インコーポレイテッド
Priority date: 2012-05-10
Filing date: 2013-05-10
Publication date: 2015-07-09
Also published as: WO2013170176A3; EP3236262A2; WO2013170176A2; JP2018013498A; KR20150008177A; US20150301053A1; HK1245888A1; CN111856013A; EP2847592A2; EP3236262A3; CN104541170A; JP6748050B2; EP3236262B1; KR102062416B1; EP2847592A4; US20180246106A1; CN107315088A

Abstract

本発明は、種々のがんに関連し、ＢＨ３プロファイリング診断方法に対する改善を含む診断方法に関する。一つの実施形態において、患者のためのがん処置を決定するための方法であって、該患者の腫瘍試料またはがん細胞試料についてのＢＨ３プロフィールを決定する工程；該患者の一つまたは複数の臨床因子を決定する工程；および該患者を、一つまたは複数のがん処置に対する臨床応答の可能性について分類する工程；を含み、該一つまたは複数の臨床因子が、臨床応答との関連についての該ＢＨ３プロフィールの特異度および／または感度を増大させるように選択される、方法が提供される。

Description

この申請書はアメリカ合衆国仮出願Ｎｏ．６１／６４５，２５３、申請日２０１２年５月１０日申請とアメリカ合衆国仮出願Ｎｏ．６１／７８０，２５２、申請日２０１３年３月１３日の利益を特許申請するものである。
発明の領域について

本発明は人体から採取された試料中に存在する腫瘍の評価を行う方法に関するものである。

背景
癌治療の予防或は予後予見が可能なバイオマーカーは薬剤の開発に要する時間、薬効の改善また、臨床医の治療法新決定に非常に重要な役割を果たすであろう。近年の癌治療法の進歩にもかかわらず、化学療法剤は依然として多くの症例であまり効率的でなく効果もない。この化学療法に余り効果が認められない理由の一つは化学療法薬が患者個人個人の癌に適した選択がなされていない為である事が考えられる。癌の種類に従って個別化された薬剤を使うことができればこの問題は解決できる。

現在臨床癌医療領域で使用されているほんの一握りのバイオマーカーしか有用性を認められていない。これは部分的ではあるが感知マーカーがしばしば薬剤の作用機序に相関的であるだけで病因的には関係しない事によっている。もしそのバイオマーカーがある併用治療の薬理学的作用と生物学的に一致したとしても薬剤が患者にどのように作用するかを予測するのは非常に難しいことである。それ以上に、臨床的なバイオマーカー開発への道には患者の利益を考慮して、また検査の値を実際に見る事の出来る臨床化学者の寄与が必須である。

ＢＨ３プロファイリングは癌細胞の化学療法に対する反応性にとって重要な因子の機能を測定するものである。具体的には、ＢＨ３プロファイリングはミトコンドリア上にあって細胞死を調節する蛋白の機能を測定するものである。多くの化学療法で細胞死のメカニズムを利用しているものは効果がある。このテストからはＢＨ３のみを持つ細胞死誘導性蛋白がミトコンドリア依存性の細胞死を誘導できるかどうかと言う事が明らかにできる。ＢＨ３プロファイリングは化学療法に対する反応性について一定の情報を提供できるものではあるが、このプロファイリングに寄ってある特定の癌に対する化学療法に対する反応性の予測能力はない。

発明のサマリー
結果的に，一つの側面として，この発明は患者個人の癌治療方法決定に寄与できる、それは患者の癌組織或は癌細胞の試料を用いてＢＨ３プロファイルを決定する；一つ或はそれ以上の臨床因子の決定と一つ或はそれ以上の癌治療に対する臨床的治療反応性をもって患者を区分できる、つまり、一つ或はそれ以上の臨床因子が選択されそれによって臨床的治療反応性に関連して特異性と感受性の上昇を見る事による。

ある実施形態において，ここに示すように、様々な臨床的因子は、それが細胞死と関わっていないくても細胞死と関係ある事が知られていないとに関わらず、ＢＨ３プロファイリングの予知的な能力を高める、このテストを予知的にすることはできるがしかしただ単に予後的ではない、テスト。

ある実施形態において，この方法は細胞遺伝子学的にまたは年齢を合わせた白血病患者に対するシタラビン、シタラビン主体の化学療法、或はアザシチジンに対する反応を予知できる。ＢＨ３プロファイリングを使った診断学的なテストはミトコンドリア膜電位の変化を測定するようなＢｉｍに対するテストである。

他の側面として，この発明は患者にふさわしい癌治療方針を決めるものである。これは患者癌細胞用いて一つ以上のＢＨ３ペプチドが細胞膜透過性を亢進させた細胞プライミングの程度を比較する、一つ以上の臨床因子との関連性を免疫染色、ＦＩＳＨ法をもちいて決定する、患者が幾つかの癌治療に対して反応するか否かのクラス分けをする事に寄っている。

他の側面として，この発明は急性骨髄性白血病の患者がシタラビンやアザシチジンに対して反応するか否かを決定する為の方法を規定する、それは以下を包含する：ＢＨ３プロファイルを患者のＡＭＬ細胞で調べて幾つかの臨床因子を患者ごとに決定することと、年齢と癌細胞の細胞遺伝学的な性質を比べる事で患者の幾つかの癌治療に対する反応予測でクラス分けする。

この発明の詳しい内容は下記に記す通りである。ここで記載する方法や使用する試料はこの発明を臨床或は試験的に使用する場合と同じか類似のものである。方法と試料についてはここで記述する。他にこの発明についての特徴、目的、利点は以下の記述および特許請求の範囲で記される。特許明細書及び、付録の特許請求の範囲では，内容が明らかに決定づけられ無い限り単数形は複数形も含まれる。定義されない限り、すべての技術的科学的な用語はこの発明が含まれている技術に置ける普遍的な記述の一つに寄って普通に理解される意味と同じである。

図１は、代表的なＢＨ３プロファイリングデータを示す。この図は、高いプライミング細胞株対低いプライミング細胞株のパターンの違いを示す。ＭＲＬ−１４は、ＭＲＬ−１１と比較して、ＢＩＭ０．３、ＰＵＭＡ０．３、およびＮＯＸＡについて高度にプライミングされる（ＭＴＳアッセイによる治療阻害剤活性と相関する）。図１は、代表的なＢＨ３プロファイリングデータを示す。この図は、高いプライミング細胞株対低いプライミング細胞株のパターンの違いを示す。ＭＲＬ−１４は、ＭＲＬ−１１と比較して、ＢＩＭ０．３、ＰＵＭＡ０．３、およびＮＯＸＡについて高度にプライミングされる（ＭＴＳアッセイによる治療阻害剤活性と相関する）。図１は、代表的なＢＨ３プロファイリングデータを示す。この図は、高いプライミング細胞株対低いプライミング細胞株のパターンの違いを示す。ＭＲＬ−１４は、ＭＲＬ−１１と比較して、ＢＩＭ０．３、ＰＵＭＡ０．３、およびＮＯＸＡについて高度にプライミングされる（ＭＴＳアッセイによる治療阻害剤活性と相関する）。図１は、代表的なＢＨ３プロファイリングデータを示す。この図は、高いプライミング細胞株対低いプライミング細胞株のパターンの違いを示す。ＭＲＬ−１４は、ＭＲＬ−１１と比較して、ＢＩＭ０．３、ＰＵＭＡ０．３、およびＮＯＸＡについて高度にプライミングされる（ＭＴＳアッセイによる治療阻害剤活性と相関する）。

図２は治療抑制活性と増殖抑制ＥＣ５０ＭＴＳアッセーの代表的なデータを示す。

図３は８つの接着細胞株でのＢＨ３プロファイル。各々のペプチドと細胞株の４−６のＲＥＰＬＩＣＡＴＥＳで限定的標準偏差図３は８つの接着細胞株でのＢＨ３プロファイル。各々のペプチドと細胞株の４−６のＲＥＰＬＩＣＡＴＥＳで限定的標準偏差図３は８つの接着細胞株でのＢＨ３プロファイル。各々のペプチドと細胞株の４−６のＲＥＰＬＩＣＡＴＥＳで限定的標準偏差図３は８つの接着細胞株でのＢＨ３プロファイル。各々のペプチドと細胞株の４−６のＲＥＰＬＩＣＡＴＥＳで限定的標準偏差

図４は９つの浮遊細胞株でのＢＨ３プロファイル。各々のペプチドと細胞株の４−６のＲＥＰＬＩＣＡＴＥＳで限定的標準偏差図４は９つの浮遊細胞株でのＢＨ３プロファイル。各々のペプチドと細胞株の４−６のＲＥＰＬＩＣＡＴＥＳで限定的標準偏差図４は９つの浮遊細胞株でのＢＨ３プロファイル。各々のペプチドと細胞株の４−６のＲＥＰＬＩＣＡＴＥＳで限定的標準偏差図４は９つの浮遊細胞株でのＢＨ３プロファイル。各々のペプチドと細胞株の４−６のＲＥＰＬＩＣＡＴＥＳで限定的標準偏差図４は９つの浮遊細胞株でのＢＨ３プロファイル。各々のペプチドと細胞株の４−６のＲＥＰＬＩＣＡＴＥＳで限定的標準偏差

図５は浮遊細胞株でのＢＨ３プロファイリング。ＢＩＭ，ＢＩＭ＿ＰＵＭＡモデルはＣＤＫ抑制活性を識別する。

図６は浮遊細胞株でのＢＨ３プロファイル。ＢＩＭ，ＢＩＭ＿ＰＵＭＡモデルはＣＤＫ抑制活性を識別する。図６は浮遊細胞株でのＢＨ３プロファイル。ＢＩＭ，ＢＩＭ＿ＰＵＭＡモデルはＣＤＫ抑制活性を識別する。図６は浮遊細胞株でのＢＨ３プロファイル。ＢＩＭ，ＢＩＭ＿ＰＵＭＡモデルはＣＤＫ抑制活性を識別する。図６は浮遊細胞株でのＢＨ３プロファイル。ＢＩＭ，ＢＩＭ＿ＰＵＭＡモデルはＣＤＫ抑制活性を識別する。

図７はＭＣＬ１抑制剤ＥＣ５０とプライミングを表している、浮遊細胞と個々のペプチド図７はＭＣＬ１抑制剤ＥＣ５０とプライミングを表している、浮遊細胞と個々のペプチド図７はＭＣＬ１抑制剤ＥＣ５０とプライミングを表している、浮遊細胞と個々のペプチド

図８はＭＣＬ１抑制剤ＥＣ５０とプライミングを表している、浮遊細胞と複数のペプチド由来のアルゴリズム。図８はＭＣＬ１抑制剤ＥＣ５０とプライミングを表している、浮遊細胞と複数のペプチド由来のアルゴリズム。図８はＭＣＬ１抑制剤ＥＣ５０とプライミングを表している、浮遊細胞と複数のペプチド由来のアルゴリズム。

図９はＭＣＬ１抑制剤ＥＣ５０とプライミングを表している、浮遊細胞、接着細胞株と個々のペプチド図９はＭＣＬ１抑制剤ＥＣ５０とプライミングを表している、浮遊細胞、接着細胞株と個々のペプチド図９はＭＣＬ１抑制剤ＥＣ５０とプライミングを表している、浮遊細胞、接着細胞株と個々のペプチド

図１０はＭＣＬ１抑制剤とプライミングパーセンテージを表している、浮遊細胞と個々のペプチド由来アルゴリズム図１０はＭＣＬ１抑制剤とプライミングパーセンテージを表している、浮遊細胞と個々のペプチド由来アルゴリズム図１０はＭＣＬ１抑制剤とプライミングパーセンテージを表している、浮遊細胞と個々のペプチド由来アルゴリズム

図１１はキネシン紡錘蛋白抑制剤（ＫＳＰＩＮＨ）、多発性骨髄腫、白血病細胞株図１１はキネシン紡錘蛋白抑制剤（ＫＳＰＩＮＨ）、多発性骨髄腫、白血病細胞株

図１２Ａ−ＤはＢＨ３プロファイイング代表的な患者データ図１２Ａ−ＤはＢＨ３プロファイイング代表的な患者データ

図１３Ａ−Ｂはシタラビン治療後の急性骨髄性白血病患者ドットプロット、とＲＯＣプロットはＢＩＭ患者反応を表した

図１４はシタラビン治療後の治療反応なし（ＮＲ）と完全な反応性を有する（ＣＲ）急性骨髄性白血病患者ＢＨ３ペプチドのＢＨ３プロファイル図１４はシタラビン治療後の治療反応なし（ＮＲ）と完全な反応性を有する（ＣＲ）急性骨髄性白血病患者ＢＨ３ペプチドのＢＨ３プロファイル図１４はシタラビン治療後の治療反応なし（ＮＲ）と完全な反応性を有する（ＣＲ）急性骨髄性白血病患者ＢＨ３ペプチドのＢＨ３プロファイル図１４はシタラビン治療後の治療反応なし（ＮＲ）と完全な反応性を有する（ＣＲ）急性骨髄性白血病患者ＢＨ３ペプチドのＢＨ３プロファイル

図１５はシタラビン治療後の急性骨髄性白血病患者の多変数解析ＲＯＣカーブ

図１６Ａ−ＨはＢＨ３ペプチド反応性の予測を細胞遺伝学的状況に寄って階層化図１６Ａ−ＨはＢＨ３ペプチド反応性の予測を細胞遺伝学的状況に寄って階層化図１６Ａ−ＨはＢＨ３ペプチド反応性の予測を細胞遺伝学的状況に寄って階層化図１６Ａ−ＨはＢＨ３ペプチド反応性の予測を細胞遺伝学的状況に寄って階層化

図１７Ａ−Ｅはシタラビン治療後の急性骨髄性白血病患者のＢＩＭ（０．１）プライミングとＢＩＭ（ＢＣＬ２Ｌ１１）蛋白発現と治療反応予測。図１７Ａ−Ｅはシタラビン治療後の急性骨髄性白血病患者のＢＩＭ（０．１）プライミングとＢＩＭ（ＢＣＬ２Ｌ１１）蛋白発現と治療反応予測。

図１８は全生存期間（ＯＳ）ＥＦＳ無再発生存とＢＩＭ（０．１）のパーセントプライミングによってグループ分けされた急性骨髄性白血病患者

図１９はＢＨ３プロファイリング基準の分配解析、個々のＢＨ３ペプチドモデル。図１９はＢＨ３プロファイリング基準の分配解析、個々のＢＨ３ペプチドモデル。図１９はＢＨ３プロファイリング基準の分配解析、個々のＢＨ３ペプチドモデル。

図２０はＢＨ３プロファイリング基準の分配解析、複合ＢＨ３ペプチドモデル（２つのペプチド）。

図２１はＢＨ３プロファイリング基準の分配解析、複合ＢＨ３ペプチドモデル（３／４つのペプチド）。図２１はＢＨ３プロファイリング基準の分配解析、複合ＢＨ３ペプチドモデル（３／４つのペプチド）。

図２２はＢＨ３プロファイリング基準の連続的変数解析、個々のＢＨ３ペプチドモデル図２２はＢＨ３プロファイリング基準の連続的変数解析、個々のＢＨ３ペプチドモデル

図２３はＢＨ３プロファイリング基準の連続的変数解析、複合ＢＨ３ペプチドモデル（２つのぺぷちど）

図２４はＢＨ３プロファイリング基準の連続的変数解析、個々のＢＨ３ペプチドモデル（３／４ペプチド）図２４はＢＨ３プロファイリング基準の連続的変数解析、個々のＢＨ３ペプチドモデル（３／４ペプチド）

図２５はアザシチジン治療のコホートから代表的な急性骨髄性白血病患者のＢＨ３プロファイリングはプライミング値のｆｕｌｌ治療的スケールが使われた事を示す．

図２６は急性骨髄性白血病患者のアザシチジン反応性のＢＩＭ＋ＮＯＸＡ区別はＢＩＭあるいはＮＯＸＡ単独よりも良い（ｓｕｐｅｒｉｏｒ）．図２６は急性骨髄性白血病患者のアザシチジン反応性のＢＩＭ＋ＮＯＸＡ区別はＢＩＭあるいはＮＯＸＡ単独よりも良い（ｓｕｐｅｒｉｏｒ）．図２６は急性骨髄性白血病患者のアザシチジン反応性のＢＩＭ＋ＮＯＸＡ区別はＢＩＭあるいはＮＯＸＡ単独よりも良い（ｓｕｐｅｒｉｏｒ）．図２６は急性骨髄性白血病患者のアザシチジン反応性のＢＩＭ＋ＮＯＸＡ区別はＢＩＭあるいはＮＯＸＡ単独よりも良い（ｓｕｐｅｒｉｏｒ）．

表１は細胞株による治療抑制剤反応とＢＨ３プロファイリングのｃｏｍｐｉｌａｔｉｏｎを表す。表１は細胞株による治療抑制剤反応とＢＨ３プロファイリングのｃｏｍｐｉｌａｔｉｏｎを表す。

表２はＭＣＬ−１抑制剤のサポートデータのまとめである

表３はシタラビン治療後の急性骨髄性白血病患者の患者コフォーとの為の臨床病理的な変数を表す

表４はシタラビン治療後急性骨髄性白血病患者。ＢＨ３プロファイリングバイオマーカー解析と区別反応性の重要性。

表５は細胞株でのアザシチジン効果のまとめ、分割或は連続的変数モデル。

詳しい記載
この発明の基礎になっているのは、一部であっても、ＢＨ３プロファイリングの感受性や特異性がある特定の臨床因子を含める事に寄って非常に改善すると言う発見である。
ここに記載する診断的手法はＢＨ３の反応性を利用する解析法であり、悪性腫瘍に置ける治療の効果を予想する為の臨床的な指標となる、この時ＢＨ３が細胞死の調節因子であるが細胞死とは直接関係ないような臨床因子も含まれる。例えば、この発明は白血病の患者に置けるシタラビンやアザシチジンを元にした化学療法レジメに対する反応性がＢＨ３プロファイルと年齢、癌の細胞遺伝学的な特徴に寄って予想できる事にある。

ある側面として，この発明は患者の癌治療方針を決定する方法になる。患者の癌細胞や癌組織を使ってＢＨ３プロファイルを決定し、一つ以上の臨床因子の決定、患者の一つ以上の癌治療に対する反応性の予測に寄って分類する、これらに従ってＢＨ３プロファイルによって臨床的治療反応に特異的かつ高い感受性を持つように一つ以上の臨床因子を選択する。

他の側面として，この発明は癌治療方針を決定することができる。患者由来の癌細胞を用いてＢＨ３ペプチドのプライミングの程度決定する、患者の癌細胞を免疫染色やＦＩＳＨを用いて一つ以上の臨床因子の有無を決定する、そして患者が一つ以上の癌治療に対して反応性を有するかどうかの分類をすることが包含される。

他の側面としてこの発明は急性骨髄性白血病の患者がシタラビン或はアザシチジンに対して反応性を有するかどうか決定できる、ＢＨ３プロファイリングを患者の白血病細胞を用いて決定する、一つ以上の臨床因子の決定、一つ以上の臨床因子を年齢と発ガン遺伝子の変異から選ぶ、そして癌患者が臨床的に癌治療に対して反応性を持つのか否かを分類する。

他の側面として癌は血球系の悪性腫瘍、例えば、急性骨髄白血病、多発性骨髄腫、濾胞性リンパ腫、急性リンパ性白血病、慢性リンパ性白血病、非ホジキンリンパ腫（マントル細胞リンパ腫、び漫型大細胞型Ｂリンパ腫）。そのほか、固形癌例えば小細胞型肺癌、卵巣がん、悪性黒色腫。

ある実施形態において，この発明は癌治療に対する効果有効性を予想できる。一つ以上の抗癌剤、化学療法剤、外科手術、外科手術等の前後に行われるアジュバント治療。ある実施形態においてｓ，また一つ以上のＢＨ３ｍｉｍｅｔｉｃｓ例えばエピジェネティク修飾薬剤、トポイソメラーゼ抑制剤、サイクリン依存性キナーゼ抑制剤、キネシン紡錘安定剤。ある実施形態においてそのほか，癌治療として、以下のものが含まれる、プロテアソーム抑制剤、細胞周期制御の修飾剤（これらの例に限るわけでないが，サイクリン依存性キナーゼ抑制剤）；又は／あるいは細胞のエピジェネティクな機構の修飾剤これらの例に限らないが、一つ以上のＨＤＡＣ（例えばボリナスタット、エンチノスタット）アザシチジンデシタビン）又は／あるいはアントラサイクリン、アントラセネジオン（エピルビシン、ドキソルビシン、ミトキサントロン、ダウノルビシン、イダルビシン）又は／あるいはプラチナ製剤（カルボプラチン、シスプラチン、オキザリプラチン）、ＢＨ３ミメティック（これらの例に限る訳でないが，Ｂｃｌ２，ＢｃｌＸＬｏｒＭｃｌ１）或はＭＣＬ１抑制剤。

ある実施形態において，ＢＨ３プロファイリングはＢＨ３ペプチドを用いる事で患者の癌細胞のミトコンドリアの膜ポテンシャルを決定或は定量化することが含まれる。この測定法は臨床因子と合わせる事で各種の治療に対する反応性で患者を区分できる。

これら又は他の実施形態において，ＢＨ３プロファイイングはＢＩＭ，ＢＩＭ２Ａ，ＢＡＤ，ＢＩＤ，ＨＲＫ，ＰＵＭＡ，ＮＯＸＡ，ＢＭＦ，ＢＩＫ，ＰＵＭＡ２Ａのペプチドを使う。一つの実施形態において，使用するペプチド濃度は０．１から２００μＭの範囲で又様々な濃度で用いる。一つの実施形態において，癌細胞の細胞膜の透過性をあげる事でＢＨ３ペプチドがミトコンドリアに結合しやすくなる。これら又は他の実施形態において，ＢＨ３プロファイリングは急性骨髄性白血病の白血病細胞をＢＩＭと共存させることでＢＨ３プロファイルが含まれる

ある実施形態において，患者の試料は凍結癌組織、細胞培養した癌細胞、血中に循環している癌細胞、フォルマリン固定パラフィン封埋の癌組織試料（ｅｇ．抗体を用いたＢＨ３プロファイリング）。他の実施形態において，ほかに試料としてヒトの癌由来の細胞株。ほかの実施形態において，他に癌幹細胞。試料は固形癌の生検試料（これらの例に限定するものではないが、例えば、大腸、乳，前立腺、肺、膵臓、腎臓、卵巣癌）。他の実施形態において，試料は上皮由来の試料、例えば、生検組織を上皮の細胞接着因子に対する抗体や他の上皮特異的抗体をビーズ等に結合させたものを使用して上皮細胞を濃縮したもの。他に試料は中胚葉由来のもの、例えば中胚葉性の試料は生検組織をＮＣＡＭ抗体、ニューロフィリンや他の中胚葉性細胞の表面に結合する抗体をビーズ等に結合させたものを使用する。他の実施形態において，試料は非固形癌の生検もふくむ。試料は多発性骨髄腫、急性骨髄性白血病、急性リンパ性白血病、慢性リンパ性白血病、マントル細胞リンパ腫、び漫性大球性Ｂ細胞リンパ腫、非ホジキンリンパ腫。他の実施形態において，試料は多発性骨髄腫細胞をビーズ等に結合させたＣＤ１３８抗体に寄って濃縮したもの。他の実施形態において，急性骨髄性白血病細胞をＣＤ４５抗体で濃縮したもの。他の実施形態において他に試料は慢性リンパ球性白血病細胞やび漫性大球性Ｂ細胞リンパ腫の非Ｂ細胞を除去したもの。また、血中循環癌細胞。

様々な実施形態において，臨床因子として、年齢、細胞遺伝学的状況，動作能力，組織学的分類、性別、臨床的癌のステージ分類。遺伝子変異、ＳＮＰ、静的蛋白及び動的蛋白レベル、をバイオマーカーとして加える事で特異性又は／あるいは感受性をあげることができる。患者の臨床的な反応性を推測できる。臨床的な反応性は最低でも１年２年３年または５年無進行／無症候性生存率で表すことができる。

ある実施形態において，治療に対する反応性はパーセントプライムで決定できる。ある実施形態においてプライミングは以下の数式で定義される。ＡＵＣはカーブの下部エリア或はシグナルの強さで表される；ＤＭＳＯは基準値で陰性対象；ＣＣＣＰ（かるバニルシアニド、ｍクロロフェニルヒドラゾン）はミトコンドリアの電子伝達系に置ける電子キャリアーの正常な活性を見る時のプロトン勾配の脱共役薬として蛋白合成の効果を表す。ある実施形態において、カーブ下部のエリアは均一時間分解蛍光（ＨＴＲＦ）によって規定される。ある実施形態において、時間は約０から約３００分、から，約０から３０分のあいだ生じる。ある実施形態においてカーブ下部のエリアは蛍光活性化細胞識別（ＦＡＣＳ）によって規定される。ある実施形態において、シグナル強度は薬５分又は約３００分の間で生じる単一時点の測定点（ｓｉｎｇｌｅｔｉｍｅｐｏｉｎｔｍｅａｓｕｒｅｍｅｎｔ）に置ける測定。

ＢＨ３プロファイリングと細胞表面マーカーＣＤ３３，ＣＤ３４，ＦＬＴ３変異状況、ｐ５３変異、ＭＥＫ１リン酸化状況，Ｂｃｌ−２の７０番目のアミノ酸セリンのリン酸化状況、とシタラビン系の化学療法やアザシチジンに対する急性骨髄性白血病の患者治療効果の比較する

他の実施形態において、ＢＨ３プロファイリングと一つ又はそれ以上の細胞表面マーカーＣＤ３３，ＣＤ３４，ＦＬＴ３変異状況、ｐ５３変異、ＭＥＫ１リン酸化状況，Ｂｃｌ−２の７０番目のアミノ酸セリンのリン酸化状況、と多発性骨髄腫の患者の化学療法治療に対する効果を比較する

他の実施形態において、癌は急性骨髄性白血病と多発性骨髄腫そして臨床因子は年齢プロファイルと細胞遺伝学的状況；又は癌は急性骨髄性白血病と多発性骨髄腫、癌治療はシタラビン、シタラビン系化学療法やアザシチジン，又はがん治療はシタラビン、シタラビン系化学療法又はアザシチジンまた臨床因子として年齢と細胞遺伝学的状況、又はがん治療はシタラビン、シタラビン系化学療法又はアザシチジン；癌は急性骨髄性白血病又は多発性骨髄腫；臨床因子は年齢プロファイルそれから細胞遺伝学的状況。

典型的な臨床決定
ある実施形態において，ここで記載する方法は患者の評価をするのに有用である。例えば、予後、診断、治療に対する反応性を評価できる。この発明で固形癌や血液癌を評価できる。評価は治療に対する反応、診断、予後、から選ばれうる。

診断とは病気あるいは病的状況である可能性を決定或は同定する為の過程と参照される、つまり、例えば癌である。予後はそのような病気或は病的状況によってもたらせる結果を予測するものである。とても完全な予後診断はしばしば予想される期間、機能、病気の経過，例えば急激な機能低下や間欠的に起きる危機的状況や予測できないが急激に起きうる危機的な状況を含む。治療に対する反応は患者が治療を受けたときにその患者に起こりうる医学的な反応である。治療に対する反応は、この例だけにとどまらないが、例えば病理学的に完全な反応、癌進展が見られない生存、癌が進行するまでの時間、再発の可能性。

さまざまな実施形態において，この方法を用いると臨床的に患者が特定の治療を受けるかどうかの判断が出来る。一つの実施形態において，この方法はネオアジュバント（外科後治療）或はアジュバント（外科前治療）化学療法が効果があるかないかを判断する基準となる。一つの実施形態において，この方法は以下の薬剤に対して効果があるかどうかを予想できる、細胞死誘導型薬剤、細胞死シグナルを介した薬剤、細胞死シグナルを介さない薬剤。或はこれらの薬剤に対して効果がないことも予測できる。様々な実施形態においてこの発明は癌患者の治療方針を決めることができる、例えばどのようなタイプの治療をするべきか止めるのかが明らかになる。

一つの実施形態において，この方法は患者が最初に主な治療を始める前にアジュバント治療、単独アジュバント治療も含めて、受けるべきなのか否かといった臨床的治療方針の決定に寄与する。アジュバント治療はアジュバントケアともいわれ主な中心的な最初に受ける治療に追加的に行われる治療である。これらの例に限らないが，アジュバント治療は例えば癌組織が患者から外科手術で除去された後で行われる追加治療である。しかし、この場合統計学的には完全に癌細胞が無くなった訳ではなく再発の可能性がある状態である。

ある実施形態において，この方法は患者の治療方針、アジュバント治療も含めて、決定に寄与する。例えば、患者がある特定の治療に対して反応性を有すると判断された場合、その治療法がアジュバント治療として使われる。この方法はアジュバント治療を見つける事に寄与する、この例にとどまらないが例えば細胞死を誘導するか又は／或は細胞死の経路の調節による治療法。一つの実施形態においてこの方法はある患者が特定の治療に対して反応性が少ないと言う事を知ることができるそのような患者はそれらの治療法をアジュバント治療として受ける事はないであろう。結果的にある実施形態において，この方法はアジュバント治療に対する患者の反応性を考慮する事でその治療を受けるのか止めるのかを判断する。これに寄って、患者の生活の質の改善と治療コストを抑制することができる。

様々な実施形態において，この方法でネオアジュバント治療を受けるべきか否かと言う臨床の治療方針を決定できる、その治療は腫瘍を外科腫瘍を行う前に縮小させる為に行う。ある実施形態において，ネオアジュバント治療はここで記載されているようにがん患者に外科手術の前に投与されるものである．ある実施形態において，ネオアジュバント治療が行われる癌の種類に付いては一般的に例えば乳癌、大腸がん，卵巣がん、子宮頸癌、膀胱癌と肺がんである。

ある実施形態においてこの方法はネオアジュバント治療を含む患者の治療方針を決定できる。例えば、患者がある特定の治療に対して反応性が高いと判断された場合そのような治療がネオアジュバント治療として治療される。この方法はネオアジュバント治療を特定できる、この例にとどまら無いが，例えば細胞死誘導型か又は／或はその経路の調節による治療或は細胞死以外に関連する治療。この方法は患者が特定の治療に対する反応性が少ないかあるのかと言う事が明らかになる、従ってそのようなネオアジュバント治療を患者は受けない。この方法は患者の考えうる反応性に従ってネオアジュバント治療を受けるのか受けないのかの判断に寄与する。これに寄って、患者の生活の質の改善と治療コストを抑制できる。

ある実施形態においてこの方法は患者がある特定の治療を受けるか否かを決定するのに寄与している。結果的にある実施形態においてこのように、この方法は患者の治療方針を決める為の試験である。

ある実施形態においてこの方法は患者がある特定の治療法を受けるのかどうかその反応性についての情報を寄与するものである。ある実施形態において，この方法は治療に対する反応性が高い可能性を示すことができる、それが非常に強力な治療法であるときも含めて。また、この方法は治療法に対する反応性が低い事を示し、強力な治療法も含めて治療の停止を指示するかもしれない。このようなときにはより良い人生の質を求めて効果の少ない化学療法から来る必要の無い毒性を避けることができ、緩和ケアの使用が考えられる。

典型的な実施形態において，この方法はある特定の治療に対する反応性があるかどうか示唆する。例えば，ある実施形態においてこの方法は細胞死誘導剤または／或は細胞死の経路に作用する又は／或は細胞死の経路の蛋白を直接修飾するような薬剤に対する反応性が高いか低いかを示唆できる。様々な実施形態において典型的な細胞死誘導剤または／或は細胞死の経路に作用する或は細胞死の経路の蛋白を直接修飾するような薬剤、ＡＢＴ２６３（ノビタクラックス）やオバタクラクス，ＷＥＰ，ボルテゾミブ、カルフィルゾミブ。この方法は細胞死誘導剤または細胞死の経路に作用、或は細胞死の経路の蛋白を直接修飾しないような薬剤に対する反応性が高いか低いかを示唆できる。この方法は、細胞死に関係ない、例えばキネシン抑制剤、サイクリン依存性キナーゼ抑制剤、ヒ素三酸化剤、ＭＥＫ抑制剤、ポモリミド，アザシチジン、デシチビン、ボリノスタット、エンチノスタット、ヂナチクリブ、ジェンツズマブ、ＢＴＫ抑制剤、ＰＩ３キナーゼデルタ抑制剤、レノリジミド、アントラサイクリン、シタラビン、メルファラン、ＡＫＴ抑制剤（ＴＹＰＯＳ：Ａｋｙ）、ｍＴＯＲ抑制剤。

典型的な実施形態において，この方法は患者が細胞死誘導薬或は細胞死の経路に作用する薬剤で治療されるかどうか示唆する。典型的な実施形態においてにおいてまた、患者が細胞死以外の経路に作用する薬剤を投与されるのかを示唆する。

特殊な実施形態において，この方法はがん患者がここに示したような様々な治療法に対して反応性があるのかどうかを予想できる。典型的な実施形態において，この発明はＢＨ３プロファイルと年齢、細胞遺伝学的因子を評価する事で急性骨髄性白血病の患者がシタラビンやアザシチヂンに対して反応性を持つのかどうかを予測できる。

様々な実施形態において，今までここで記載した方法で、癌治療を施行するのか否かが決定される。例えば、外科的な除去、放射線療法（ここで記載した薬剤の投与或は放射線感受性亢進剤との併用）化学療法、薬理学的動的治療、標的療法、免疫療法、補助的療法（鎮痛剤、利尿剤、抗利尿剤、抗ウイルス剤、抗生物質、栄養サプリメント、貧血治療、抗凝固剤、骨治療、精神病及び心理学的治療法）。

典型的な実施形態において，この発明で治療の選択が可能になる。ここで示す例に限らないが、例えば、抗癌剤、化学療法剤、外科治療、補助療法（アジュバント、ネオアジュバント）。ひとつの実施形態において癌治療はＢＨ３ミメティック、エピジェネティク修飾薬、トポイソメラーゼ抑制剤、サイクリン依存性キナーゼ抑制剤、キネシン安定。ある実施形態において，他に癌治療薬としてプロテアソーム抑制剤、細胞周期制御の修飾剤（ここで挙げる例に限らないが、サイクリン依存性キナーゼ抑制剤）；エピジェネティック機構の修飾剤（この例に限らないがＨＤＡＣ：（たとえばヴォリノスタット、エンチノスタット）、アザシチジン、デシタビン）；アントラサイクリン、アントラセネジオン（この例に限らないが、エピルビシン、ドキソルビシン、ミトキサントロン、ダウノルビシン、イダルビシン）；或はプラチナ製剤（この例に限らないが、カルボプラチン、シスプラチン、オキザリプラチン）；シタラビン、シタラビン系化学療法剤、ＢＨ３ミメティック（この例に限らないが、ＢＣＬ−２，ＢＬＣＸＬ，ＭＣＬ１）；ＭＣＬ１抑制剤。

様々な実施形態において，この発明は癌治療に付属するものである、ここで挙げる例に限らず例えばアメリカ特許番号ＵＳ２０１２−０２２５８５１或は国際特許番号ＷＯ２０１２／１２２３７０、ここに内容が組み込まれている．全内容が、ここに参考文献として引用される．．

様々な実施形態において，この発明は癌治療に付属するものである、ここで挙げる例に限らず例えば、アルキル化剤、チオテパ、サイトキサン、サイクロフォスファミド、アルキルスルフォン酸、例えばブスルファン、インプロスルファン、ピポスルファン；アジリジン例えばベンゾドパ，カルボケオン、メツレドパ、ウレドパ；エチレンイミン、メチラメラミン例えばアルトレタミン、トリエチルエネメラミン、トリエチルエネフォスフォラミド、トリエチルエネチオフォスフォラミド，トレチルオロメラミン、アセトゲニん（ブラタシン、ブラタチノン）；カントテシン（合成類似剤トポテカンを含む）；ブリオスタチン；カリーｃａｌｌｙスタチン；ＣＣ−１０６５（アドゼレシン、カルゼレシン、ビゼレシン合成類似薬）；クリプトフィシン（クリプトフィシン１、クリプトフィシン８など）；ドラスタチン；デュオカルマイシン（合成類似薬ＫＷ２１８９，ＣＢ１−ＴＭ１）；エレウテロビン；パンクラチスタチン；サルコディクチン；スポンギスタチン；ニトロゲンマスタード例としてクロラムブチル、クロルナファジン、コロフォスファミド、エストラムスチン、イフォスファミド、メクロルエタミン、メクロルエタミン酸化塩酸塩、メルファラン、ノベムビチン、フェネステリン、プレドニムスチン、トロフォスファミド、ウラシルマスタード、ニトロソウレア例としてカルムスチン、クロロゾトシン、フォテムスチン、ロムスチン、ニムスチン、ラニムスチン；抗生物質例えばエネジン抗生物質（カリケアミシン、特にカリケアミシンガンマＩＩとカリケマミシんオメガＩＩ（参照：Ａｇｎｅｗ，Ｃｈｅｍ．Ｉｎｔｌ．Ｅｄ．Ｅｎｇｌ．，３３：１８３−１８６（１９９４））；ディネミシン、ディネミシンＡを含む；ビスフォスフォネート例えばクロドロエート；エスペラミシン；ネオカルジノスタチンクロモフォア及び関連したクロモ蛋白エメディン抗生物質クロモフォアー）アクラシノマイシン、アクチノマイシン、オートラマイシン、アザセリん、ブレオマイシン、カクチノマイシン、カラビシン、カミノマイシン、カルジノフィリン、クロモマイシン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン、６−ディアゾ５オキソＬノルロイシン、アドリアマイシン、ドキソルビシン（モルフォリノードキソルビシン，シアノモルフォリノードキソルビシン，２−ピロリノードキソルビシン、デオキシドキソルビシン）、エピルビシン，エソルビシン，イダルビシン，マルセロマイシン、マイトマイシン（マイトマイシンＣ等）ミコフェノリック酸、ノガラミシン、オリボマイシン、ペプロマイシン、ポトフィロマイシン、ピューロマイシン、ケラミシン、ロドルビシン、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、チュベルシジン、ウベニメックス、ジノスタチン、ゾルビシン；抗代謝薬例えばメトトレキセートと５−フルオロウラシル；葉酸補給フロリニック酸；アセグラトン；アルドフォスファミドグリコシド；アミノレブリニック酸；エニルウラシル；アムサクリン；ベストラブチル；ビサントレン；エダトラクセート；デメコルチン；ディアジクオン；エルフォルミチン；エリプチニウムアセテート；エポチロン；エトグルシド；ガリウムニトレート；ハイドロキシウレア；レンチナン；ロニダイニン；メイタンシノイドメイタンシンとアンサミトシン；ミトグアゾン；ミトキサントロン；モピダンモル；ニトラエリン；ペントスタチン；フェナメット；ピラルビシン；ロォキサントロン；ポドフィリニック酸；２エチルヒドラジド；プロカルバジン；ＰＳＫ多糖複合体（ＪＨＳナチュラルプロダクト、ユージン、オレゴン）ラゾキサン；リゾキシン；シゾフラン；スピロゲルマニウム；テヌアゾン酸；トリジクオン；２２２−トリクロロトリエチルアミン；トリコテェセン（例Ｔ２毒、ベラキュリンＡ、ロドリンＡ、アングイディン）；ウレタン；ヴィンデシン；ダカルバジン；マンノムスチン；ミトブラニトル；ミトラクトル；ピポブロマン；ガシトシン；アラビノシド（アラ−Ｃ）；シクロフォスファミド；チオテパ；タキソイド，タキソールパクリタキセル（ブリストルマイヤーズスクイブ、プリンストン、ニュージャージー）、アブラキサンクレモフォルフリー、アルブミン結合ナノ粒子型のパクリタキセル（アメリカンファーマシューティカルパートナーズ、シャウンバーグ、１１１）、タキソテレドキセタキセル（ローネポーレンロレー、アントニー、フランス；クロランブチル；ゲムザーゲムシタビン；６−チオグアニン；メルカプトプリン；メトトレキセート；プラチナ製剤、シスプラチン、オキザリプラチン、カルボプラチン；ビンブラスチン；プラチナム；エトポシド（ＶＰ１６）；イソスファミド；ミトキサントロン；ビンクリスチン；ナヴェルビン；ビノレルビン；ノバントロン；テニポシド；エダトレキセート；ダウノマイシン；アミノプテリン；ゼローダ；イバンドロネート；イリノテカン（キャンプトサー，ＣＰＴ−１１）（イリノテカンと５ＦＵ、ロイコボリン）；トポイソメラーゼ阻害剤ＲＦＳ２０００；ヂルルオロメチルオルニチン（ＤＭＦＯ）；レチノイド、レチノイン酸；カペシタビン；コンブレタスタチン；ロイコボリン（ＬＶ）；オキザリプラチン，オキザリプラチン治療レジメ（ＦＯＬＦＯＸ）；ラパチニブ（Ｔｙｋｅｒｂ）；ＰＫＣ−ａ，Ｒａｆ，Ｈ−Ｒａｓ，ＥＧＦＲ阻害剤（エルロチニブ（Ｔａｒｃｅｖａ））細胞増殖抑制剤ＶＥＧＦ−Ａ、ダコゲン、ヴェルケード、薬理学的に使用可能な塩、酸、或は上記の薬剤の派生剤。

典型的な検出方法
さまざまな実施形態において，この方法は蛋白或は核酸の有無発現の程度を評価する。さまざまな実施形態において，この方法は核酸或は蛋白の有無発現の程度、それによってＢＨ３プロファイリングの特異性と感受性を高めることができる．ある実施形態において，評価は患者の治療反応性に対するマーカーである．この方法は免疫染色法、ウエスターンブロット法、細胞ウエスタンブロット（ＣＨＥＣＫ）、免疫蛍光染色、ＥＬＩＳＡ，細胞ソーティング（ＦＡＣＳ），ここに記載されている方法、或は現在確立されている方法。
その方法には、癌の試料（ｅｇ生検組織、癌組織、或は体液）を用いて組織或は体液に対する特異抗体で抗原エピトープを検出し又癌の進展状況の指標になる。

直接法と間接法という二つの方法を用いて体液或は組織における抗原エピトープを検出する。直接法は抗体反応が一段階のもの、癌組織や体液に対する抗原に直接反応する抗体を標識して（ＦＩＴＣｃｏｎｊｕｇａｔｅｄ）用いる。間接法は癌組織や体液に対する一次抗体を標識しないで用いる。そして、標識した二次抗体が一次抗体に結合する事で検出できる。抗体の標識は放射性同位元素、蛍光標識法、ハプテン（ビオチン）標識法またはＨＲＰ（？？）或はアルカリ脱リン酸酵素。これらのアッセー法を用いた方法は広く知られている。Ｈａｒｌｏｗｅｔａｌ（Ａｎｔｉｂｏｄｙ，ＣｏｌｄＳｐｒｉｎｇＨａｒｂｏｒｌａｂ，ＮＹ１９９８），Ｈａｒｌｏｗｅｔａｌ（ＵｓｉｎｇＡｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，ＡＬａｂｏｒａｔｏｒｙＭａｎｕａｌ，ＣｏｌｄＳｐｒｉｎｇＨａｒｂｏｒｌａｂ，ＮＹ１９９９），Ｖｉｒｅｌｌａ（ＭｅｄｉｃａｌＩｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，６^ｔｈｅｄｉｔｉｏｎ，ＩｎｆｏｒｍａＨｅａｌｔｈＣａｒｅ，ＮｅｗＹｏｒｋ，２００７），Ｄｉａｍａｎｄｉｓｅｔａｌ（Ｉｍｍｕｎｏａｓｓａｙｓ，ＡｃａｄｅｍｉｃＰｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．，ＮｅｗＹｏｒｋ，１９９６）．これらのアッセーをするキットは市販されている、例えばクロンテック社から（ＭｏｕｎｔａｉｎＶｉｅｗ，ＣＡ）。

さまざまな実施形態において，抗体は、抗体全体、抗原結合部位のみ（抗原結合部位）、一本差抗体（抗体は２本の重鎖と２本の軽鎖がジスルファイド結合で繋がっている、ＦａｂフラグメントｍｏｎｏｖａｌｅｎｔｆｒａｇでＶＬ，ＶＨ，ＣＬＣＨ１ドメイン；Ｆ（ａｂ）２フラグメント、２価フラグメントで２つのＦａｂフラグメントがヒンジ部位でジスルフィド架橋されている；ＦｄフラグメントＶＨＣＨ１ドメインでできている；ＦｖフラグメントＶＬＶＨドメインの一本）。ポリクローナルとモノクローナル、ヒト由来或はヒト化または機能的な抗体のフラグメントは有用である。

抗体の結合能を評価する標準的なアッセー方法としてはＥＬＩＳＡ，ウエスターンブロット、ＲＩＡがある。結合のキネティクスを測定するにはビアコア等のアッセー法がある。

ある実施形態において，核酸の測定方法、適切なマーカーとしてＤＮＡ／ＲＮＡの量を測定する方法がある。検査手法を熟知しているものであれば適切なマーカーのＤＮＡ／ＲＮＡレベルを検出或は定量する幾多の方法を理解する。

遺伝子の発現を測定する方法は低から中プレックス、この例に限らないが、リポータージーンアッセー、ノーザンブロット、ＦＩＳＨ，ＲＴ−ＰＣＲ．遺伝子の発現も測定できる、例えば高プレックス技術、この例に限らないが、ＳＡＧＥ，マイクロアレー、タイリングアッセー，ＲＮＡシークエンス／全トランスクリプト−無ショットガンシークエンシング（ＷＴＳＳ），ハイスループットシークエンシング、マルチプレックスＰＣＲ，マルチプレックスライゲーション依存性プローブ増幅（ＭＬＰＡ），ライゲーションによるＤＮＡシークエンシング、ルミネックス／ＸＭＡＰ。バイオマーカーに使われるＲＮＡの発現レベルを検出或は測定、マイクロアレー、ＲＴ−ＰＣＲ（ｑＰＣＲを含む）ヌクレアーゼプロテクションアッセー、ノーザンブロット。
典型的な癌と患者

ある実施形態において，この発明で患者の癌や癌細胞を元に癌治療方針が決められる。癌或は腫瘍は制御不能な細胞増殖、細胞生存の上昇、細胞死の抑制等に寄って、体の器官やシステムの正常な機能が阻害される。癌患者は客観的に測定できるレベルの癌細胞が体内に存在する。この発明には良性、悪性の癌、休眠腫瘍や微細転移も含まれる。癌が原発巣から重要な臓器に転移するとその臓器の機能異常を来たし死に至る。

様々な実施形態において，この発明は転移前でも転移癌にも適応できる。転移は癌がその原発巣から体の他の場所に広がる事である。癌細胞は原発巣から遊離しリンパ管や血管に浸潤し、循環系に播種することで全身の正常な組織に転移する。転移は全身或は局所的に起きる。転移は連続的に、つまり原発巣の癌が遊離する事、続いて血流に入り、遠隔で留まる過程から起きる。その新しい場所で細胞が新しい血液供給を受け生命を脅かす固まりを作るようになる。分子的に刺激的或は抑制的経路が転移の過程を制御している、また、腫瘍細胞と転移先の組織の関係も重要である。転移の検出には転移特有の臨床症状の他（ＭＲＩ）スキャン、コンピュタートモグラフィー（ＣＴ），血液血小板数、肝機能検査、胸部Ｘ線検査、骨シンチスキャンの組み合わせで行われる。

ここので記載した方法は、癌の予後、診断、治療、または、診断予後治療予防、また細胞の異常増殖や細胞死の減少による増殖性の疾患、悪性腫瘍の転移進行増殖を改善する。ある実施形態において，癌には血液のがである、この例に留まらないが例えば急性骨髄性白血病、多発性骨髄腫、濾胞性リンパ腫、急性リンパ性白血病、慢性リンパ性白血病、非ホジキンリンパ腫例えばマントル細胞リンパ腫、び漫性大細胞性Ｂ細胞リンパ腫が含まれる。ある実施形態において，癌は固形種である，例えばこの例に留まらないが、肺小細胞がん、卵巣がん、悪性国職種。

ある実施形態において，この発明は以下に示す癌に関係する：急性リンパ芽球性白血病、急性骨髄性白血病、副腎皮質癌、ＡＩＤＳ関連性癌、肛門癌、虫垂癌、グリア腫瘍星状細胞腫（小児領域の脳小脳腫瘍）、基底細胞種、胆管癌、膀胱癌、骨腫瘍（骨肉腫、悪性線維性組織球種？？）脳幹部グリア種、脳腫瘍（小脳アストロサイトーマ、大脳アストロサイトーマ、悪性グリア種、上衣種，髄芽種，テント状未分化型神経外胚葉性腫瘍，視神経及び視床下部グリオーマ），乳癌、気管支線癌及びカルチノイド、バーキットリンパ腫、カルチノイド腫瘍、中枢神経リンパ腫、大脳アストロサイトーマ、子宮頸癌、慢性リンパ球性リンパ腫、慢性骨髄性白血病、
慢性骨髄増殖性疾患，結腸がん、皮膚Ｔ細胞性リンパ腫、線維形成性小円形細胞腫瘍，子宮体がん、上衣種，食道がん、ユーイング肉腫、脳外胚腫瘍、性腺外肺腫瘍、肝臓外胆管癌、眼球腫瘍、胆嚢癌、胃癌、胃腸系間質癌（ＧＩＳＴ）、杯腫瘍（脳内、性腺外、卵巣）トロフォブラスト腫瘍、グリア腫瘍（脳幹部，大脳星状細胞腫、視神経、視床下部）、胃カルチノイド、頭頸部腫瘍、心臓腫瘍、肝細胞がん、下咽頭癌、視床下部と視神経グリア腫瘍、眼内黒色種、膵島癌（内分泌膵臓）、腎細胞がん、喉頭がん、白血病（急性リンパ芽球性白血病、急性骨髄性白血病、慢性リンパ球性リンパ腫、慢性骨髄性白血病、有毛細胞），リンパ腫（ＡＩＤＳ関連性癌、バーキットリンパ腫、皮膚Ｔ細胞ホジキンリンパ腫、非ホジキン、中枢神経系原発リンパ腫）、髄芽種，悪性黒色種、メルケル細胞腫、悪性中皮腫、転移性頸部重層扁平上皮癌、口腔癌、多発性内分泌腫瘍症候群、多発性骨髄腫、菌状息肉腫，骨髄異形成症候群、骨髄異形成／骨髄増殖性疾患、骨髄原性白血病、骨髄性白血病、骨髄増殖性疾患、慢性、鼻腔及び副鼻腔癌、鼻咽頭癌、神経芽腫、非ホジキンリンパ腫、非小細胞は胃がん、口腔癌、口腔咽頭癌、骨肉腫、卵巣がん、膵臓癌，副鼻腔及び鼻腔癌，副甲状腺がん、陰茎癌、喉頭がん、褐色細胞腫、松下腺松果体星状細胞腫，杯腫瘍、松果体芽細胞腫，と、上未分化型神経外胚葉性腫瘍，脳下垂体腺腫、プラスマ細胞腫瘍／多発性骨髄腫、胸膜肺芽腫、中枢神経原発リンパ腫、前立腺癌、腎癌、腎細胞がん、腎盂及び尿管癌、網膜芽腫、横紋筋肉腫、唾液腺がん、肉腫（ユーイング、カポジ、軟部、子宮）、セザリー症候群、皮膚がん（非黒色種、黒色種、メルケル細胞）、小細胞型肺癌、小腸がん、軟部肉腫、扁平上皮癌、頸部扁平上皮癌、胃癌、テント上未分化型神経外胚葉性腫瘍，Ｔ細胞性リンパ腫、睾丸癌、喉頭咽頭癌、胸腺腫及び胸線癌、甲状腺癌、絨毛腫瘍、尿管及び腎盂癌、尿道癌、子宮癌、子宮肉腫、膣癌、視神経及び視床下部グリア腫瘍、外陰癌，ワルデンストローム高グロブリン血症、ウイルムス腫瘍

一つの実施形態において，癌は急性骨髄性白血病．急性骨髄性白血病は２番目に多い白血病である、アメリカ合衆国では約１万３千人の新規患者と年間死者は９千人である。認可済み治療が有るが、多くの白血病患者に置いて予後は悪く良好な治療経過を来すものは少ない。現在行われている標準的な治療はシトシンアラビノシド（ａｒａ−Ｃ）にアントラサイクリン（例えばダウノルビシン、イダルビシンまたはミトキサントロン）を組み合わせたものである。この治療レジメでは普通これに続き高投与量のシタラビン或は骨髄移植が行われる。これらの治療は若い患者に良好な治療結果をもたらした。急性前骨髄球性白血病の治療に置いても進歩が見られた、ａｌｌ−ｔｒａｎｓレチノイン酸（ＡＴＲＡ）または亜ヒ酸を用いる事で非常に良い生存率がえられた。しかし、ＡＭＬのほとんどのケースが見られる６０歳以上の患者では治療に不可解．６５−８５％の患者は治療に反応するが、その６５％の患者は再発を見る、多くの患者は病気に倒れる．これらの理由及び前述の治療は非常に強い副作用を伴う事から、治療反応性を予測できるテストは治療方針を決める事が出来る。我々の発明が患者と治療の適合性を決定する事で良好な治療法を探し出すことができる。現在急性骨髄性白血病の患者の治療反応性を判断する方法はない。

用語とｓｕｂｊｅｃｔ、特別に定義されない限り、哺乳動物、つまり、ヒト、マウス、ラット、ハムスター、モルモット、犬、猫、馬、牛、ヤギ、豚、または霊長類、猿、チンパンジー、バブーン。用語の患者（ｓｕｂｊｅｃｔとｐａｔｉｅｎｔは同じ意味で使用）．
典型的な試料

この発明は腫瘍の試料、生検材料や外科試料、の測定を含む。試料は凍結腫瘍組織試料、培養細胞、循環腫瘍細胞、フィルマリン固定パラフィン封埋組織試料（抗体でのＢＨ３プロファイリング）。生検はヒト生検である。生検材料は凍結腫瘍組織、培養細胞、循環腫瘍細胞、それからフォルマリン固定パラフィン封埋腫瘍組織試料（抗体でのＢＨ３プロファイリング）。

腫瘍試料は生検材料である、凍結腫瘍組織（凍結切片）。当技術分野で周知のように凍結切片は凍結切片作成機，冷凍機能の付いた薄切（ミクロトーム）。外科試料はＣｈｕｃｋ（ＯＣＴ？）と共に-２０〜-３０度で金属性の板に載せて凍結する。試料はポリエチレングリコールやポリビニルアルコールのようなジェル様の液体のを用いて封埋する。凍結標本はクライオスタットで薄切し、ガラススライドに載せた後染色する事もある。

腫瘍試料は生検材料である、細胞培養細胞のような。これらの細胞は通常の細胞培養の技術を用いて作製される。これらの細胞は循環癌細胞でもありうる。

腫瘍試料は生検材料である、例えばフォルマリン固定パラフィン封埋の主要組織。生検試料はカセット容器に入れた後フォルマリン溶液（フォルムアルでハイド水溶液）或は他の溶液で固定する。組織試料は熱せられたパラフィンとともに型に入れて作製する。パラフィンが冷やされると組織片ブロックが出来上がる。このパラフィン封埋された組織はミクロトームにより薄片切片が作製される。

組織試料は１００ミリグラムに見たない、また５０ミリグラムよりも満たない試料もある。試料は２０ミリグラムから５０ミリグラム程度の、例えば３５ミリグラムの組織も含まれる。

組織は例えば一つ以上のニードル生検（１４ゲージ或は他の適当なサイズ）。生検は鋭利な針を用いた吸引で行われる、長く細い針は病変が疑わしい領域に挿入し注射シリンジを引く事で液体或は細胞を採取する。生検は針生検、大きな針を用いて病変が考えられる領域から柱状の組織片を吸引する。生検はバキュウムを用いて行われる、吸引機が液体或はさいぼうの採取量を増やすことができる。生検は画像を使用したニードル生検でおこなわれることもある、例えば、Ｘ線、ＣＴ，ＭＲＩまたはエコー。そのほかマンモトーム生検システムのようなレーザーと吸引を組み合わせたシステムでの乳腺組織の生検が行われる。

試料はヒト腫瘍由来の細胞株。試料は癌幹細胞。試料は固形癌の生検試料、例として，結腸直腸癌、乳癌、前立腺癌、肺がん，膵臓癌、腎癌、卵巣原発がン

試料は上皮由来である。上皮組織はＥｐＣＡＭや他の上皮に特異的に結合する抗体を用エンリッチ。

中胚葉性の試料はＮＣＡＭ、好中球や他の中胚葉特異的抗体を用いて濃縮できる。

非固形癌例えばここで例を挙げたものいずれも。試料が多発性骨髄腫、急性骨髄性白血病、急性リンパ球性白血病、慢性リンパ性白血病、マントル細胞リンパ腫、び漫性大細胞性Ｂ細胞リンパ腫、非ホジキンリンパ腫。多発性骨髄腫細胞をＣＤ１３８抗体ビーズ等で選択したもの。急性骨髄性白血病の試料を抗ＣＤ４５抗体で選択したもの。慢性リンパ性白血病または、び漫性大細胞性Ｂ細胞リンパ腫を非Ｂ細胞を除去したもの。

試料は循環腫瘍細胞
ＢＨ３プロファイリング

この発明はＢＨ３プロファイリングに寄っている。ＢＨ３プロファイリングは１−１０種類のＢＨ３ペプチドを一度に評価する。この方法で一つのＢＨ３ペプチドでなくて多数のＢＨ３ペプチドを用いた解析を行う。ＢＨ３ペプチドパネルを用いて患者の試料のスクリーニングを行う。

ＢＨ３プロファイリングは次のペプチドを用いる、ＢＩＭ，ＢＩＭ２Ａ，ＢＡＤ，ＢＩＤ，ＨＲＫ，ＰＵＭＡ，ＮＯＸＡ，ＢＭＦ，ＢＩＫ，ＰＵＭＡ２Ａ．ＢＨ３プロファイリングはＢＩＭ，ＢＩＭ２Ａ，ＢＡＤ，ＢＩＤ，ＨＲＫ，ＰＵＭＡ，ＮＯＸＡ，ＢＭＦ，ＢＩＫ，ＰＵＭＡ２Ａに対する抗体を用いる、また自然に形成されるＢｃｌ−２ファミリー蛋白のヘテロダイマー、ｆｉｒｓｔＢｃｌ−２（Ｂｉｍ，Ｂｉｄ，Ｂａｄ，Ｐｕｍａ，Ｎｏｘａ，Ｂａｋ，Ｈｒｋ，ＢａｘｏｒＭｕｌｅ）ｓｅｃｏｎｄＢｃｌ−２（Ｍｃｌ?１，Ｂｃｌ?２，Ｂｃｌ?ＸＬ，Ｂｆｌ−１、Ｂｃｌ−ｗ）これはＵＳパテント番号８１６８７５５に記載されている、全内容が、ここに参考文献として引用される．ＢＨ３プロファイリングは張り合わせペプチド（ＳＴＡＰＬＥＤＰＥＰＴＩＤＥ）（合成した３Ｄアルファヘリックス蛋白部位を水素炭素結合を用いてより強く細胞浸透性を有する）たとえば、ベルジン等執筆「細胞内薬剤標的の為の張り合わせペプチド」ＭＥＴＨＯＤＩＮＥＮＺＹＭＯＯＧＹ，ＶＯＬＵＭＥ５０３（Ｃｈａｐ．１），リファレンス参照。

ペプチドは０．１−２００ｕＭの濃度で使用する。他に０．１−１５０，０．１−１００，０．１−５０，０．１−１０，０．１−５，１−１５０，１−１００，１−５０，１−１０，１−５，１０−１００μＭ．他に０．１，０．５，１．０，５，１０，５０，１００，１５０，２００μＭのペプチドを使用する。ＢＨ３プロファイリングには細胞膜透過処理をしたサンプルを用いる。

ＢＨ３プロファイリングと試料についてはＵＳｐａｔｅｎｔＮｏ．７８６８１３３，８２２１９６６，８１６８７５５、ＵＳｐａｔｅｎｔｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎＮｏ．２１１／０１３０３０９，内容が、ここに参考文献として引用される

特定の理論に拘束されるものではないが，細胞死のシグナル経路が働かなくなる事で癌が進行する。細胞死経路の停止は癌細胞がある種の化学療法に対して耐性を持つ原因になる、驚いた事に、他の一部の化学療法に対しては癌細胞がより感受性を高める事も知られている。癌遺伝子中毒という概念はある種の蛋白に依存して細胞生存を獲得する現象である。ＢＨ３プロファイリングはこのような癌細胞の細胞細胞生存を決定する細胞死制御分子を検出する。癌細胞は、何時もそうである訳ではないが、細胞死誘導があらかじめ決定されている、細胞死抑制タイプのＢｃｌ−２ファミリー蛋白依存性に細胞生存する事による。癌細胞は．何時もそうである訳ではないが細胞死を起こすようにあらかじめ設定されうる、またこれらの癌細胞は予期せぬ生存のために抗細胞死機能を持ったＢｃｌ−２ファミリー蛋白に依存した機能である。この事で癌細胞が治療に対して反応するかどうかという予測できる。

癌細胞は特定の理論に拘束されるものではないが，遺伝子損傷、遺伝的不安定性，増殖因子異常シグナル、細胞外基質の異常か欠損、これらは、内因性（ミトコンドリア性）の細胞死経路を誘導する。しかし細胞死シグナルに反応するよりも、癌細胞は生存するようになる。しばしば、これらの細胞は慢性的な細胞死のシグナルを選択的にブロックすることに依存するようになる。この依存性は癌細胞の細胞生存の機構である、しかし、このような適応性は細胞死誘導治療法に対して余り効かない。内因性細胞死の誘導の為に重要なことはミトコンドリアの外膜の透過性（ＭＯＭＰ）を高める事と細胞死誘導型カスパーゼの活性化を促す分子の放出である。非常に多くの例でＭＯＭＰで内因性細胞死は非可逆的に進行する。Ｂｃｌ−２ファミリー蛋白はＭＯＭＰの重要な制御分子であり、リンパ球の腫瘍や幾つかの固形癌での化学治療に対する耐性を司る重要な分子であると信じられている。

Ｂｃｌ−２蛋白は抗細胞死タイプの蛋白-蛋白結合によって制御されている。これらの蛋白結合はＢＨ３を介している。細胞死開始のシグナルは大部分の場合はミトコンドリアの上流に位置しＢＨ３のみを有するＢｃｌ−２ファミリー蛋白がミトコンドリアに移動してＭＯＭＰの活性化と感受性の増加に寄与する。ＢＨ３のみを有する活性化ＢＨ３蛋白、Ｂｉｍ，Ｂｉｄは細胞死誘導型蛋白であるＢａｘＢａｋと結合し直接活性化する、そして又抗細胞死蛋白であるＢｃｌ−２，Ｍｃｌ−１Ｂｆｌ−１，Ｂｃｌ−ｗ，Ｂｃｌ−ＸＬを抑制する。感受性増強型ＢＨ３蛋白であるＢａｄ，Ｂｉｋ，Ｎｏｘａ，Ｈｒｋ，Ｂｍｆ，Ｐｕｍａは抗細胞死型のＢｃｌ−２ファミリー蛋白、Ｂｃｌ−２，Ｍｃｌ−１Ｂｆｌ−１，Ｂｃｌ−ｗ，Ｂｃｌ−ＸＬ、とだけ結合し、抗細胞死機能を抑制する。特定の理論に拘束されるものではないが，感受性増強型蛋白はユニークな特異性プロファイルを持つ。例えばＮｏｘａ（Ａ，Ｂ）はＭｃｌ−１と高い親和性をもって結合する，ＢａｄはＢｃｌ−ＸＬとＢｃｌ−２とは結合するがＭｃｌ−１とは非常に弱くしか結合しない，Ｐｕｍａはこれら３つの標的に良く結合する．。これらの抗細胞死機能は活性型ＢＨ３蛋白Ｂｉｍ，Ｂｉｄを遊離する事による。これらの活性型ＢＨ３蛋白が感受性増強型の蛋白に寄って置き換わるとＢａｘ／Ｂａｋ依存性の細胞死が誘導される。これらの蛋白結合は色んな結果を来す、例えばこの例に限らないが、恒常性、細胞死、細胞死に対する感受性の増加、細胞死の抑制。

細胞死のシグナルがブロックされる時の癌細胞の性状を定義すると、ミトコンドリア上でＢＨ３のみを有する活性型蛋白の蓄積であり、抗細胞死蛋白に寄ってこれらの蛋白はミトコンドリアから遊離される。効果目標にたいする蓄積と近接は、ＢＨ３プライムドにおいてＢｃｌ−２ファミリー蛋白に対して感受性を増加するため説明責任をおう。ＢＨ３ペプチドに結合したＢｃｌ−２ファミリー蛋白の阻害（もっとながい？？文章）

ある実施形態において，細胞がＮｏｘａ（Ａ，Ｂ）に対する高い細胞死の反応を持つ場合はＭｃｌ−１プライムである、一方Ｂａｄペプチドに対する高い反応性はＢｃｌ−ＸＬやＢｃｌ−２が細胞死抑制をする事を示唆する。ある実施形態において、Ｐｕｍａは全Ｂｃｌ−２ファミリープライムであると。これと同じように、Ｍｃｌ−１又はＢｃｌ−ＸＬかその両方の蛋白、或は数種のＢｃｌ−２ファミリー蛋白に依存している細胞は直ぐに区別でき、それで適切な治療法が結果的に適合するかもしれない．ミトコンドリアのこれらのペプチドに対する反応性の違いはＭｃｌ−１Ｂｃｌ−ＸＬによって影響された内因性シグナル経路を介して働くと知られている所の治療の使用法を示唆する。Ｂｃｌ−２抑制或はＭｃｌ−１抑制分子化合物の使用はこのような場合に示唆されるかもしれない。ある実施形態において、現在のこの方法はまたＭｃｌ−１又はＢｃｌ−２の上流の物を標的とするような治療を示唆又は示唆しない。

ＢＨ３プロファイリングアッセーは癌細胞のプライミングが起こっているかどうか、プライムされているのを検出する．これは予測値となりうる。
典型的な臨床因子と追加的バイオマーカー

ある実施形態において，この発明は臨床因子の評価が出来る。この発明は患者の反応性を見る為にＢＨ３プロファイリングや臨床因子の評価からなる。ＢＨ３プロファイルと患者の反応に関する情報を提供する臨床因子は細胞死にリンクしないかもしれない。臨床因子は細胞死経路の影響を受けない場合もある。

一つの実施形態において，臨床因子は表３に記載

一つの実施形態において，臨床因子は年齢、遺伝子変異、能力、病理組織分類、性別、病気の経過

一つの実施形態において臨床因子は年齢。一つの実施形態において患者の年齢プロファイルは１０、２０、３０，４０，５０，６０，７０，８０歳以上で分類される。

一つの実施形態において臨床因子は遺伝子変異。ある種の癌、例えばウイルムス腫瘍と網膜芽細胞腫、例えば、遺伝子欠失、遺伝子不活性化、は癌の進行が始まる事に重要である、つまり癌抑制に関連している染色体領域には普通欠失或は変異がある。例えば、欠失、逆位、転位はグリア腫瘍、非小細胞肺癌、白血病、悪性黒色種で普通９ｐ２１領域で検出される。特定の理論に拘束されるものではないが，これらの染色体異常は癌抑制遺伝子サイクリン依存性キナーゼ抑制剤２Ａを不活性化する。特定の遺伝子に置けるこれらの欠失とともに、大きな染色体領域の欠損が認められることもある。例えば、染色体（１ｐ１６ｑ）は固形癌においてしばしば失われている。遺伝子重複や遺伝子コピーの増加も癌に寄与している、また遺伝子発現の解析或は遺伝子コピー数アレーで検出できる。例えば，染色体１２ｑ１３−ｑ１４は多くの肉腫に置いて増幅されている。この染色体はｐ５３結合蛋白のＭＤＭ２と言う蛋白の遺伝子がある。ＭＤＭ２が増幅されているとＰ５３の細胞増殖の制御機能を抑制する事で腫瘍が形成される。ある腫の乳癌はＥＧＦＲ２蛋白をコードするＥＲＢＢ２遺伝子のコピー数が増加また遺伝子発現の増強と関連している。そのほか、染色体数の増加、例えば染色体１ｑ，３ｑは癌発症の危険性の増加と相関している。

遺伝子変異の状態は様々な方法で知ることができる。例えばＦＩＳＨ典型的な染色体検査法また仮想核型分析（比較遺伝子ハイブリダイゼーションアレー（ＣＧＨ）と単塩基多計アレー）が用いられる。例えば，ＦＩＳＨは特別な領域に置ける染色体再構築を調べるのに使われる、またこれらは癌のリスク要因に関連している。遺伝変異状況は好ましい、好ましくない、どちらとも言えないに分類できる。

一つの実施形態において臨床要因は一般状態である。一般状態は色々なシステムを用いて定量できる。この測定はしばしば患者が化学療法を受けることができるのかどうか、薬剤の量の調節，また緩和ケアの強度について決定する。色々な点数化の方法がある，カルモフスキースコアーとズブロッドスコア。パラレルスコアシステムはＧＡＦスコア（全身機能の全体的評価），これは精神科においては診断と統計学的指針（ＤＳＭ）の５番目の軸となる。高度一般状態（カルモフスキースコアで最低８０又は７０％）。例えば、患者は救急的で自己管理できる。ほかに、評価が患者が低い一般状態（カルノフスキースコア５０−３０−２０％以下）、従来型な放射線療法や化学療法に耐性である事。このような場合，患者はほとんど寝たきりか車いす生活で自己管理できない。

カルモフスキースコアは１００から０、１００が完璧に健康で０は死。スコアは１０ごとに付けられる、つまり１００％は正常、合併症が無く、病気のサインが無い。９０％は正常の活動が可能だが幾つか病気の症状やサインがある。８０％は正常な活動であるが幾つかの困難を伴い幾つかの病気の症状やサインがある。７０％は自己管理は出来るが正常の活動や仕事ができない。６０％は介助が少し必要でありが大多数の個人的活動は自己管理できる。５０％は介護がしばしば必要であり頻繁な医療介護が必要である。４０％は障害持ち特別な介護介助がひつようである。３０％は高度の障害を持ち入院が必要であるが死の危険性は無い。２０％は非常に病状が悪化した状態で緊急の入院が必要で介護と治療が必要。１０％消滅，急激に進行する致死的状況。

ズブロッドスコアで一般状態を表すと：０完全に活動的、すべての前病一般状態、制限無し。１物理的に緊張活動に制限があるが歩行可能で軽い或は座って行う性質の仕事が出来る。２、歩行可能ですべての自己管理が出来るが覚醒時の５０％以上で仕事活動ができない。３、限定された自己管理しか可能でない、５０％以上の時間をベッド或はイスで過ごす。４、完全に障害のある状態自己管理が全く出来ない、寝たきり又は何時も座っている。５、死

一つの実施形態において臨床因子は組織診断分類。腫瘍の組織試料はＥｌｓｔｏｎ＆Ｅｌｌｉｓ，Ｈｉｓｔｏｐａｔｈｏｌｏｇｙ１９９１，１９：４０３−１０に従ってグレード付けする、その内容は本明細書に参考として組み込まれる

一つの実施形態において臨床因子は性別である。性別は男性または女性

一つの実施形態において臨床因子は病気のステージである。ステージグループ分けを使用する、ステージＩ癌は体内の一カ所に限局している。ステージＩＩとＩＩＩ癌は局所的に進行している。ステージＩＩとＩＩＩではある特定の癌に置いて異なる。ホジキン病ではステージＩＩは横隔膜の上か下の一側にあるリンパ球が陽性であり、ステージＩＩＩは上にも下のリンパ節でも陽性である。ステージＩＩ，ＩＩＩでは特別な診断基準がある。ステージＩＶ癌転移を認められる、他の臓器への浸潤または全身への転移。

一つの実施形態において臨床因子は血液病に対するＦＡＢ（フランス、アメリカ、英国）分類システム（髄鞘形成，骨髄芽球と赤血芽球）。急性リンパ球性白血病の為のＦＡＢ
はＬ１−Ｌ３又は急性骨髄性白血病はＭ０−Ｍ７．

ある実施形態においてこの方法は追加的なバイオマーカーの評価を遺伝子変異、ＳＮＰ，蛋白発現の強弱をもとにおこなう。この方法は患者の反応性について予測する。臨床反応は１，２、３，５年に渡る癌の進行或は癌細胞が無い状態での生存。

各種の臨床因子は同定される、年齢プロファイルと一般状態．診断の統計学的な測定法も使用される、例えば遺伝子変異、分子学的な因子、これらの例に限らないが、ＭＬＬ，ＡＭＬ／ＥＴＯ，Ｆｌｔ３−ＩＴＤ，ＮＰＭ１（ＮＰＭｃ＋），ＣＥＢＰａ，ＩＤＨ１，ＩＤＨ２，ＲＵＮＸ１，Ｒａｓ，ＷＴ１の変異、またエピジェネティク修飾遺伝子ＴＥＴ２，ＡＳＸＬ，また細胞シグナリング蛋白プロファイル。

ある実施形態においてここで記載された方法を用いて、予防的手法は癌に寄って苦しめられている患者に対し治療をほどこすことにある。ある実施形態において患者は癌に寄って苦しめられるｆ、患者が癌に対してハイリスクであるならば、例えば遺伝子変異等の危険性、癌の既往歴（新規癌又は再発）癌の家族歴、がん誘発剤に対する暴露（環境物質），薬理遺伝子的（遺伝要因の薬理キネティックまた動的、又治療の効果プロファイル。）

ある実施形態において患者は癌に対してハイリスクであれば、苦しめられる．ある実施形態において患者はもし遺伝的に癌になりやすい要因があれば癌によって苦しめられる。ある実施形態において遺伝的傾向は遺伝的臨床因子になる。ある実施形態においてこのような臨床因子はＨＮＰＣＣ，ＭＬＨ１，ＭＳＨ２，ＭＳＨ６，ＰＭＳ１，ＰＭＳ２，結腸、子宮、小腸、胃、尿路の癌。患者が以前に癌の既往があれば癌に寄って苦しめられる．患者は１、２、３、４、５、６の癌の既往があると苦しめられる。ある実施形態において患者が癌の家族歴を持っている場合は苦しめられる．患者の、祖父母、兄弟，叔父叔母、大叔父叔母、従兄弟従姉妹が今まで又は現在癌に苦しめられている。．患者はもし癌誘発物質に暴露している場合（環境要因）。ある実施形態において例えば皮膚の強力な日光への暴露は皮膚がんの臨床因子になる。ある実施形態において喫煙は胚、喉頭、膀胱、腎臓、や他の臓器のがんの臨床因子になる。

さらに，ある実施形態において次の臨床因子はここで述べる方法で有用である：性別，遺伝的危険因子、家族歴、個人歴、人種、民族性、ある組織の性質、様々な良性疾患（非増殖性病変）；以前に受けた胸部Ｘ線、発がん物質への暴露など。

さらに，ある実施形態において以下の臨床因子は有用である：細胞表面抗原マーカーＣＤ３３，細胞表面マーカーＣＤ３４，ＦＬＴ３変異、ｐ５３変異、ＭＥＫ１キナーゼのリン酸化、Ｂｃｌ−２のセリン７０のリン酸化。

ある実施形態において臨床因子はサイトカインの発現レベルである、これらの例に限らないがＩＬ６．ＩＬ６レベルは多発性骨髄腫の患者の反応性に関連している、予後を左右する。

ある実施形態において，治療に対する反応性はパーセントプライムで決定できる。ある実施形態においてプライミングは以下の数式で定義される。ＡＵＣはカーブの下部エリア或はシグナルの強さで表される；ＤＭＳＯは基準値で陰性対象；ＣＣＣＰ（かるバニルシアニド、ｍクロロフェニルヒドラゾン）はミトコンドリアの電子伝達系に置ける電子キャリアーの正常な活性（ｎｏｒｍａｌａｃｔｉｖｉｔｙ）を見る時のプロトン勾配の脱共役薬として蛋白合成の効果を表す。ある実施形態において、カーブ下部のエリアは均一時間分解蛍光（ＨＴＲＦ）によって規定される。ある実施形態において、時間は約０から約３００分、から，約０から３０分のあいだ生じる。ある実施形態においてカーブ下部のエリアは蛍光活性化細胞識別（ＦＡＣＳ）によって規定される。ある実施形態において、シグナル強度は薬５分又は約３００分の間で生じる単一時点の測定点に置ける測定。

ある実施形態においてＢＨ３プロファイリングと細胞表面マーカーＣＤ３３，ＣＤ３４，ＦＬＴ３変異状況、ｐ５３変異、ＭＥＫ１リン酸化状況，Ｂｃｌ−２の７０番目のアミノ酸セリンのリン酸化状況、とシタラビン又はシタラビン系の化学療法やアザシチジンに対する急性骨髄性白血病の患者治療効果の比較する。（５４参照）

ある実施形態においてＢＨ３プロファイリングと細胞表面マーカーＣＤ３３，ＣＤ３４，ＦＬＴ３変異状況、ｐ５３変異、ＭＥＫ１リン酸化状況，Ｂｃｌ−２の７０番目のアミノ酸セリンのリン酸化状況、とシタラビン又はシタラビン系の化学療法やアザシチジンに対する多発性骨髄腫の患者治療効果の比較する。同じ５５

他の実施形態において急性骨髄性白血病と多発性骨髄腫に置いて臨床因子は年齢と遺伝子変異状況。急性骨髄性白血病と多発性骨髄腫に置いて治療はシタラビン、シタラビン系化学療法やアザシチジンで臨床因子として年齢と細胞遺伝的状況

この発明は腫瘍や癌細胞試料の評価を簡便化できるキットを作る。典型的なキットは様々な試薬を含む，例えばＢＨ３ペプチドを検出する試薬などである。そのキットは様々な検出方法、例えば抗体をふくむ。そのキットは様々な材料、例えばマルチウエルプレート、シリンジなど。そのキットはラベルや印刷された試薬の使用方法が記載された説明書を含む。そのキットは試験されるべき治療法からなっている

用語の“約（ａｂｏｕｔ）”は値の平均値からプラスマイナス１０％を示す。例えば約５０は４５から５５のことである。

ここで用いられている“含まれる（ｉｎｃｌｕｄｅ）”という言葉とその変形は、限度を示す意図があるわけはなく、

定義付けされない限り、すべての技術的、科学的用語は、一般的な技術によって普通理解される言葉と同じである。方法や試料、ここで示されているものと似ている或は同等のものは、この発明の実際或はテストで使われるのだが、勧められた方法や試料はここで記載された。ここで引用されたすべての出版物、特許と特許の印刷物は引用文献としてここに記載されている。

この発明は次の例で示す

例１：治療開発に置ける細胞を用いた研究
方法：細胞は一ウエルあたり７．５ｘ１０^３で反応液（３００ｍＭトレハロース，ＨＥＰＥＳ−ＫＯＨｐＨ７．４，８０ｍＭＫＣｌ，１ｍＭＥＧＴＡ，１ｍＭＥＤＴＡ，０．１％ＢＳＡ，５ｍＭコハク酸塩）に浮遊．細胞膜透過の為にジギトニン処理及びカチオンダイＪＣ−１及びｂ−メルカプとエタノールとともにロードする。細胞は３８４ウエルプレートに分けＢＨ３ペプチド：Ｂｉｍ，Ｂｉｄ，Ｂａｄ，ＮｏｘａＡ，Ｂｉｍ２Ａ，Ｐｕｍａ，Ｂｍｆ，Ｈｒｋ，Ｂｉｋを加え置く。このアッセーに使用するペプチドは合成されたものでＨＰＬＣによって９５％以上の純度。ペプチドは質量分析で確認された。ＤＭＳＯコントロールをネガティブコントロールとして含む。１ｍＭＦＣＣＰ（）で処理した細胞を使い完全に膜電位を逆転させ、このサンプルをこのアッセーの標準或はポジティブコントロールとして使う．ペプチド（とＦＣＣＰ）を加えると膜電位が下がる、適切にプライムされた細胞、これはＴｅｃａｎＧｅｎｉｏｓプレートリーダーで励起５４５発光５９０を用いＪＣ−１蛍光の減少で計ることができる。この過程のキネティクスはそれぞれのペプチドで違っている、また最終点はキネティクス追跡で１８０分後に記録する。それぞれのペプチドでの蛍光減少はＦＣＣＰ反応で標準化し、それぞれの細胞株に寄って３つづつ測定する。

サイクリン依存性キナーゼ抑制剤開発：治療の抑制活性に寄ってビン入れられた細胞株でのＢＨ３プロファイルの関連は細胞死誘導ペプチド識別が細胞周期に影響を及ぼす治療の開発の為
このような細胞株の代表的ＢＨ３プロファイリングデータはＦｉｇ１に細胞周期修飾剤の治療効率はＦｉｇ２に示されている。８つの固形癌由来の接着細胞株のＢＨ３プロファイルはＦｉｇ３，非固形癌由来の浮遊細胞株で調べたすべてのペプチドにたいするＢＨ３プロファイルはＦｉｇ４。接着及び浮遊細胞株でのサイクリン依存性キナーゼ抑制剤治療効率と定量化したＢＨ３プロファイルは表１にまとめた。特に低濃度Ｂｉｍペプチドに対するパーセント反応性は浮遊細胞と接着細胞株両方に置いて治療活性と相関する（Ｆｉｇｓ５，６）．ＮＯＸＡＰＵＭＡぺプチドに対するパーセント反応は識別、特にＢＩＭと併用（ＮＯＸＡ＋ＢＩＭ接着細胞；ＰＵＭＡ＋ＢＩＭ浮遊細胞）した場合。

細胞周期修飾分子は細胞周期停止又は圧倒的細胞増殖抑制薬剤である。ＢＨ３プロファイリングは、一方，細胞死を引き起こす細胞の傾向を測定するようにデザインされている。これに関して，この例に記載されているデータは、とりわけ，細胞死誘導のメカニズムに関係なく薬剤の治療効率を予想する為のＢＨ３プロファイリングアプローチの予期しない診断的使用を表している。

ＢＨ３ミメティック（ＭＣＬ−１抑制剤開発）：治療抑制活性によってＢｉｎｎｅｄ細胞株のＢＨ３プロファイリングでの相関性は細胞死誘導ペプチドが浮遊細胞（ＦＩＧ．７）と接着細胞（ＦＩＧ．９）両方に置ける効果（ｅｆｆｉｃａｃｙ）をｄｉｓｃｒｉｍｉｎａｔｅする。特に、低ＢＩＭ，ＰＵＭＡ，ＮＯＸＡ，ＢＡＤ，ＨＲＫペプチドに対するパーセント反応はすべて個々に浮遊細胞株に置ける治療活性に相関している。浮遊細胞に置ける治療効果に相関する多元的マーカーアルゴリズムはＢＩＭ＋ＰＵＭＡ，ＢＩＭ＋ＮＯＸＡ，ＰＵＭＡ＋ＮＯＸＡ，ＢＩＭ＋ＰＵＭＡ＋ＮＯＸＡ，ＢＩＭ＋ＰＵＭＡ＋ＮＯＸＡ＋ＨＲＫ，ＢＩＭ＋ＰＵＭＡ＋ＮＯＸＡ＋ＨＲＫ＋ＢＡＤ（ＦＩＧ．８）．固形癌由来の接着細胞株に置いて、ＢＩＭ，ＰＵＭＡ，ＮＸＡはそれぞれ個々にＭＣＬ−１阻害効果と相関がある、一方相関性を示す多元マーカーアルゴリズムは上に述べた烏有細胞株での相関性と同一である（ＢＩＭ＋ＰＵＭＡ，ＢＩＭ＋ＮＯＸＡ，ＰＵＭＡ＋ＮＯＸＡ，ＢＩＭ＋ＰＵＭＡ＋ＮＯＸＡ，ＢＩＭ＋ＰＵＭＡ＋ＮＯＸＡ＋ＨＲＫ，ＢＩＭ＋ＰＵＭＡ＋ＮＯＸＡ＋ＨＲＫ＋ＢＡＤ）（ＦＩＧ．１０）．

このデータは、とりわけ、多元的マーカーアプローチが治療効率を予想する上で個々のマーカーにより情報を加えるであろう。この知見はＭＣＬ−１と予期せずＮｏｘａによって特異的にとＰＵＭＡ（ＢＣＬ２ＢＣＬ−ＸＬにも結合する）によって非特異的に修飾される。重み付けはこれらのアプローチのなかで多数のマーカーを含有する事に寄ってもたらされる。ＭＣＬ−１阻害剤個々より治療効果に相関している。治療効果とＢＨ３プロファイリング、多元的マーカーアルゴリズムは表２で規定する．

キネシン紡錘蛋白（ＫＳＰ）阻害剤開発：ＫＳＰ阻害剤は８つの骨髄腫／白血病由来のヒト細胞株に対する抗増殖アッセーでテストされた。ＢＨ３プロファイリングは同時にこれらの細胞に対して行われた。データは増殖阻害剤を用いた時のＢＨ３プロファイリング読み出し（ＰＵＭＡＢＡＤそれぞれに対する％プライミング）（ＦＩＧ．１１）．

ＫＳＰ阻害剤活性の相関性はＭＣＬ１蛋白レベルによって修飾されている。もしこれが単一機構によるのであればＭＣＬ１の調節分子であるＮｏｘａが治療効果の適切な予想因子になるであろう。実際、ＰＵＭＡ（ＭＣＬ１，ＢＣＬ２，ＢＣＬＸＬの修飾）とＢＡＤ（ＢＣＬ２ＢＣＬＸＬの効果因子）が個々にこれらの細胞株に置ける治療効果を識別できるという予期しない結果が得られた。

キネシンスピンドル蛋白阻害剤はミクロチューブ構造に結合し再構築する事によって抗癌活性を調節する。これらの薬剤の作用がミトコンドリアの反応性やそれに続く細胞死のシグナルに寄って遅うされうる。
例２：腫瘍学患者コホートを用いた研究、

急性骨髄性リンパ球（シタラビン系治療基本的治療）治療学：急性骨髄性リンパ球患者コホート：新規診断急性骨髄性リンパ球患者試料は１９９９年９月から２００７年３月の間に化学療法を受ける前の末梢血又は骨髄穿刺吸引（ＢＭ）によって得られた。試料は研究査読によって承認された調整とプロトコール（ラボ０１−４７３）に従って日常的診療評価のなかで得られた。インフォームドコンセントはヘルシンキ宣言に従って得られた。ファイコールでの精製の後、混在するＴＢ細胞をＣＤ３／ＣＤ１９マーカーを元に除去された。個々の分注された細胞は遠心分離後９０％ＦＢＳ／１０％ＤＭＳＯに浮かせた後液体窒素で保存する。病理学的分類，細胞遺伝学的、遺伝子変異解析が得られた；臨床指標は補助表及び図に示した。

患者治療：患者は標準クライテリアで反応性で区分分けをする。６２人の患者のうち４８人はシタラビンとアントラサイクリンで治療された、７人の患者はシタラビンとアントラサイクリン以外の薬剤、８人の患者はシタラビンとフルダラビン（このうち一人はシタラビンとアントラサイクリン以外の薬剤、その後シタラビンとフルダラビンで治療された「どちらのサイクルでも反応なし」）。ＣＲ＝骨髄形態が正常、好中球数が１０００以上、血小板が１０万以上、高ヘモグロビン。原発性不応性＝白血病細胞の残存が２サイクルの化学療法後にもみられる（同じか違う化学療法レジメ）。再発は以前ＣＲであった患者に５％より多くの芽球が骨髄或は末梢血に見られる。

細胞遺伝学的リスクの決定：細胞遺伝学的リスクの決定はＣＬＩＡ認定された細胞遺伝学ラボ。簡単に記載すると、患者は標準的なグループ分けで区分される。好ましい＝ｉｎｖ１６，ｔ（８：２１），Ｔ（１５；１７）中間＝二倍体， −ｙ，不十分な細胞分裂中期，好ましくない＝他すべて， −５， −７，＋８，ｔ（６；９），１１ｑ，ＰＨ１＋，ｍｉｓｃ．

ＢＨ３プロファイリング：ファイコール分離精製、生存凍結、前治療急性骨髄性白血病試料を融解後ＦＡＣＳバッファー（１％ＦＢＳ，２ｍＭＥＤＴＡ，ＰＢＳ）とＦＣＲブロッキング試薬（ＭｉｌｔｅｎｙｉＢｉｏｔｅｃ，ＡｕｂｕｒｎＣＡ）に浮遊し１０分氷上、その後ＣＤ４５−Ｖ４５０（ＢＤＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ，ＳａｎＪｏｓｅＣＡ），ＣＤ３−ビ落ちん（ＢＤＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ，ＳａｎＪｏｓｅＣＡ），ＣＤ２０−ビオチン（ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ，ＳａｎＤｉｅｇｏ，ＣＡ）２０分氷上。試料はＦＡＣＳバッファーに浮遊後ストレプトアビジン?ＡＰＣ（ＢＤＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ，ＳａｎＪｏｓｅ，ＣＡ）２０分氷上。染色後急性骨髄性白血病の試料はジギトニンで細胞膜透過（Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ，ＳｔＬｏｕｉｓ，ＭＯ）しペプチド（ＢＩＭ１００μＭ，ＢＩＭ０．１μＭ，ＰＵＭＡ１００μＭ，ＰＵＭＡ１０μＭ，ＮＯＸＡ１００μＭ，ＢＡＤ１００μＭ，ＢＭＦ１００μＭ，ＨＲＫ１００μＭ，ＰＵＭＡ２Ａ１００μＭ）又はＤＭＳＯ（ジメチルスルフォキサイド１％）又はＣａｒｂａｎｙｌｃｙａｎｉｄｅｍ−ｃｈｌｏｒｏｐｈｅｎｙｌｈｙｄｒａｚｏｎｅ（ＣＣＣＰ１０μＭ）をニューマイヤーバッファー（８０ｍＭＫＣｌ，１０ｍＭＨＥＰＥＳ，４０μＭＥＤＡ，１０μＭＥＧＴＡ，５ｍＭＳｕｃｃｉｎａｔｅ，３００ｍＭトレハロース、０．１％ＢＳＡ，ｐＨ７．４）中で２ｘ１０^５細胞を加えて室温１８０分インキュベートする。サンプルは充分量のｖｉａｂｌｅ細胞が無いとき以外は重複してアッセーを行う。ミトコンドリア膜ポテンシャルの染色剤であるＪＣ−１（ＥｎｚｏＬｉｆｅＳｃｉｅｎｃｅ，ＦａｒｍｉｎｇｄａｌｅＮＹ）を解析の４５分前に加えた。

サンプルはＦＡＣＳＣａｎｔｏＩＩ（ＢＤＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ，ＳａｎＪｏｓｅＣＡ）でＢＤＦＡＣＳＤｉｖａソフトウエアを用いて解析した。リンパ芽球細胞はＣＤ４５ｄｉｍ，ＳＳＣ低、ＣＤ３−，ＣＤ２０−。以前にも述べたが、ＣＤ４５に強く染まる婆は成熟リンパ球である事を表しその場合はこの解析から除外する。ミトコンドリア脱感作を誘導する細胞死誘動型のペプチドの定量化できる傾向はコントロールと相対値でパーセントプライミングとして引用される。リンパ芽球の集団では、これはＤＭＳＯをバックグラウンド（ネガティブコントロール）とＣＣＣＰを１００％プライミング（ポジティブコントロール）としてＰＥチャンネルノーマライズした中間値のシグナルを用いる事で計算する．

統計学的解析：ＢＨ３プロファイリングバイオマーカーの予期値はバイオマーカー状態（％プライミング）と患者が治療反応性を持つのか否かによって研究がなされた。単変量比較はマン−ホイットニーテストとｐ値と２サイドを使って行われた。統計的な解析ではｐ＜０．０１擬陽性値である危険性は限られている（０．０１＜ｐ＜０．０５の場合は境界値）。マーカーの予期能力はＡＵＣ（ａｒｅａｕｎｄｅｒｔｈｅｃｕｒｖｅ）統計を用いて評価される．生存終点はコックス比例ハザード回帰を用いて解析する。多変数解析はロジスティック回帰を用い、上記のクライテルアを用いた患者の臨床病理的な情報から重要である調節変数を用いる。ＯＳやＥＦＳはログランクテストをトレンドとしてパーセントプライミングに優位な相関があるかとしてテストされる。解析はＳＡＳソフトウエアバージョン９．２（ＳＡＳｉｎｓｔｉｔｕｔｅＩＮＣ．，Ｃａｒｙ，ＮＣ）、Ｒバージョン２．１４．２（ＲＣｏｒｅＴｅａｍ；Ｖｉｅｎｎａ，Ａｕｓｔｒｉａ）ＧｒａｐｈｐａｄＰｒｉｓｍバージョン５．０４（ＬａＪｏｌｌａ，ＣＡ）．

患者コフォート特性：急性骨髄性白血病患者は臨床病理学的相違に相関してシタラビン系レジメに対する反応性によって階層化される（表３）．マンーホイットニー解析は臨床的相違点と化学療法に対する反応性の非ランダム関連性をテストする為に行われた。テストされた相違点、患者の年齢プロファイルだけと細胞遺伝的リスク階層化は反応性にたいする非ランダム関連として示される（各々Ｐ＝０．００８とＰ＝０．００６）．これら２つの非確率変数はＢＨ３プロファイリングバイオマーカーとして以下に記載された多変数解析で使用される

患者試料のＢＨ３プロファイリング：急性骨髄性白血病患者の６２凍結試料を用いてＢＨ３プロファイルがこの研究の一部として行われたうち６１で解析可能なデータが得られた。統計学的解析前に除外された一例は充分量の生細胞がトリパンブルーで確認できなかった為である。６２の患者のうち６１でＢＨ３プロファイルによって解析できたと言う事は技術的に９８．４％の成功率だといえる。試料に関する技術的失敗は明らかに細胞の生存率が悪いのが凍結障害に寄っていると言う事は、細胞を解凍したときにすぐに明らかに出来た。

すべてのペプチドはこの研究が始まる前に以前の急性骨髄性白血病患者の試料を使い％プライミング値が動的範囲になう量に実験的に最適化された。特記するべき事は１００μＭのＢＩＭは大多数のＡＭＯ患者の試料では飽和（又は飽和に近い）。しかるに、１００μＭのＢＩＭに加えて、ＢＩＭは０．１μＭでアッセーされる、この濃度は％プライミング値が動的範囲に入っていると決定された。２人のＮＲと２人のＣＲ患者の代表的なデータはＦＩＧ．１２で示されている。ここで、留意すべき点は以下である、患者個々人の試料を繰り返し使うと全体の変動計数（ＣＶ）は一般的に（３−５％）であり、実験間に置ける違いが少なく技術的に強固な解析．

アッセーされたバイオマーカーペプチドの中で高いＢＩＭ（０．１）パーセントプライミング値は非常に高い統計学的重要性（ｐ＝０．０００００１８）で治療反応性と相関している（ＦＩＧ．１３）。そのほかのＢＨ３プロファイリングバイオマーカー解析は表４にしめした。ＢＩＭ（０．１）でイールドされた統計的重要性に加えて、ＰＵＭＡ（１０）は治療反応性に対して大きな重大な関連性を示した（ｐ＝０．００６４）（ＦＩＧ．１４）．

個々の患者のＢＩＭ（０．１）プライミングスコアーが治療反応グループと反応しないグループに分離されたとき明らかな傾向が解る．シタラビン系化学療法に反応する急性骨髄性白血病患者は治療反応性がない患者よりもＢＨ３プロファイリングプライミングが高い傾向がある（反応性あり；パーセントプライミング＝３６．８＋-２１．２［標準偏差］、反応性なし；パーセントプライミング１３．２＋−１３．４［標準偏差］）。治療に反応する患者と反応しない患者を性格に分離できて、また反応する患者を正しく認識するバイオマーカーの感受性と特異性を確立するには、受信者動作特性（ＲＯＣ）描写がＡＵＣが０．８３を示している［９５％ＣＩ：０．７３，０．９４］（ＦＩＧ．１４），個々の試料を確実に区別する為のバイオマーカーの能力の優れた指標．興味深い事に、一つのバイオマーカーは８９．７％の治療反応群を特定できるのに対して治療非反応群は５９．１％。感受性カットオフ値が９２．３％より少し高いと、特異性は治療非反応群において５４．６％になる。

年齢と細胞遺伝学はこのデータセットに置いて急性骨髄性白血病患者の予後因子となる（表３）．もしＢＩＭ（０．１）％プライミングバイオマーカーを加える事が年齢プロファイルと細胞遺伝学以上の情報を加味（ａｄｄｅｄ）できるとすると、年齢プロファイルと細胞遺伝学はＢＩＭ（０．１）プライミング多変数解析に順次加えられる。ＢＩＭ（０．１）に患者の年齢プロファイルを加えるとＡＵＣがＢＩＭ（０．１）単独の時より０．８３から０．８９に増加する（ＦＩＧ．１５）．さらにＢＩＭ（０．１）が年齢と細胞遺伝学的リスクで調節されると、ＡＵＣは０．９１に増加する。後者の調節で治療非反応群が７０％より大きいのにたいして９０％より大きな感受性が認められる（ＦＩＧ．１５）。

患者は細胞遺伝学的リスク状態によって階層化される、そしてこれらのサブグループはマン−ホイットニーで解析された。中程度のリスクグループ（ｎ＝３３）では、ＢＩＭ（０．１）は治療反応性区分と非常に良く関連している（ｐ＝０．０００１７）そして治療非反応グループ（ｎ＝２３）でＢＩＭ（０．１）は未だ良く関連づいている（ｐ＝０．０２３）（ＦＩＧ．１６）ここでｐ値は連結コホートのＢＩＭ（０．１）に比べて幾分減少している一方、これは患者のサブグループ化した人数の為に統計的パワーが減少する事による一般的な現象である。興味深い事に、ＢＡＤＨＲＫ療法の解析が治療反応性区分に優位なｐ値を生じる，しかしこの事は中程度のリスクグループでのみ観察された事である。治療反応性区分に置けるこれらバイオマーカーＲＯＣ解析による感受性と特異性評価はＡＵＣとして中程度リスクグループではＢＩＭ（０．１）が０．８７５、ＢＡＤが０．８７５、ＨＲＫが０．８２３、好ましくないグループではＢＩＭ（０．１）で０．７９０（ＦＩＧ．１６）。留意するべき点は独立したサブグループ（中程度リスクグループの８ＮＲ，２５ＣＲ、好ましくないグループの１５ＮＲ，９ＣＲ）治療反応型患者と治療非反応型患者としてのやや不均衡グループから利益がある。５人だけの好ましい患者であるので、統計的な解析をすることはできない。

ＢＩＭ（０．１）ＢＨ３プロファイリングパーセントプライミングとＢＩＭ（ＢＣＬ２Ｌ１１）蛋白レベルの比較：ＢＩＭＢＨ３プロファイリングの予知能力がただ反復するかどうか評価する為に今回行われた研究で急性骨髄性白血病患者の試料に関連性があるのか無いのか検討した。ＢＩＭ蛋白レベルとパーセントプライミングには何ら相関性が無いことが解った（ＦＩＧ．１７）Ｒ^２＝０．０３９６で表される．

ＢＩＭ（０．１）のＢＨ３プロファイリングはＢＨ３プロファイリングとＲＰＰＡデータが全患者コホートの存在の小集団において優位なｐ値（ｐ＝０．００４８）をしめす（ＦＩＧ．１７）．留意するべき点としてこの解析のパワーは我々の以前の解析よりも相対的に減少した、サンプルサイズがｎ＝６２からｎ＝４３に減少した事、またＲＰＰＡデータがない多くの試料がＢＨ３プロファイリングの最高値を持つ試料の中にあった事に寄っている。ＢＣＬ２Ｌ１１の蛋白レベルのためのこの同じ小集団への反応識別に対するｐ値はｐ＝０．３３（ＦＩＧ．１７）．これらのデータはＢＨ３プロファイリングは蛋白レベルとは相関していないまたＢＨ３プロファイリングは急性骨髄性白血病患者のシタラビン反応性を予測する新しい理論的枠組みを示すかもしれない。
例３：二次的臨床評価項目：全生存期間及び無再発生存．

ＢＨ３プロファイリングバイオマーカーは二次的臨床評価項目全生存期間ａｎｄ無再発生存に相関する為に解析された。コックス比例解析を用いた連続的モデルではＢＩＭ（０．１）はＥＦＳ（ｐ＝０．１４）ｏｒ全生存期間（ＯＳ（ｐ＝０．０５７））では有為差が無い．ＮＯＸＡパーセントプライムとＥＦＳのコックス比例ハザード解析は有為差が無いｐ＝０．８９．すべての他のペプチドも有為差が無くＯＳ或はＥＦＳとパーセントプライムの間にも有為差が無い（すべてｐ＞０．１０）．患者の年齢プロファイルと細胞遺伝学的リスク状況等補正変数を用いた多変数解析ではＢＨ３プロファイリングバイオマーカーとＯＳ，ＥＦＳ臨床的最終点には何ら優位な関連性は認められなかった．

興味深い事に分配モデル解析に置いて、患者コホートがＢＩＭパーセントプライミングに寄って三分位数に分割されたときに（高プライミング、中プライミング、低プライミング）、随伴するＯＳの中間値は、それぞれ２５０．７，１６８．２，３２．７週間（ｐ＝０．０２９，ログテスト）（ＦＩＧ．１８）．この三分位数の同じ解析はＥＦＳの為に行われたとき、ＥＦＳの中間値は２６．１，７１．３，１６０．７週間それぞれ低プライミング、中プライミング、高プライミング三分位数（ｐ＝０．０４４，ログテスト）（ＦＩＧ．１８）．

急性骨髄性白血病とアザシチジン：１３のヒト急性骨髄性白血病由来細胞株がＢＨ３プロファイリングに使われた、またアザシチジン反応性の相関的解析をビトロの系で行った。ＢＨ３基準を使った分配モデルは統計学的優位により感受性のある（ＩＣ５０＜２μＭ）と少ない感受性（ＩＣ５０＞２μＭ）にアザシチジン反応性を区別した、急性骨髄性白血病由来の細胞株各々のペプチド由来のモデル（ＦＩＧ．１９）２つのペプチドモデル（ＦＩＧ．２０）３つ或はそれ以上のペプチドを使ったモデル（ＦＩＧ．２１）．持続変数解析を用いて、Ｒ^２＞０．７一つ一つのペプチド由来アルゴリズム（ＦＩＧ．２２）と２ペプチドからなる［ｌｏｇ］ＩＣ５０ｓ複合ＢＨ３ペプチドモデル（ＦＩＧ．２３）と３かそれよい多いペプチド（ＦＩＧ．２４）Ｐｕｍａ（ｐ＜０．０１）（全プライム指標）が用いられる．統計的に優位なｐ値はＰｕｍａ（ｐ＜０．０１）を含むモデル大多数を追跡する．結果は表５にまとめられている。

アザシチジンはエピゲネティックな修飾剤として知られる抗癌剤のクラスに属するので、細胞死経路の直接的な修飾やミトコンドリア経路に対する効果は確かではない。従って、アザシチジン治療の効用が細胞死の内因性経路やミトコンドリアの生物学調査する為の基準デザインによって予測されるかもしれないと言うのは驚きである。参照、Ｖｏｅｔａｌ（Ｃｅｌｌ．２０１２；１５１（２）：３４４−３５５），アザシチジン効用はＢＨ３由来の基準では予測されないと記載されている。

データは説得力がある、アザシチジンの結果をモデルする為のＢＨ３プロファイリングの目的で急性骨髄性白血病患者のプライマリーの試料の試験を勧めた．

アザシチジンで治療された急性骨髄性白血病患者のＢＨ３メトリクスをから由来のアルゴリズムの為のサポートデータが作成された。Ｎ＝２８の結合コホート（１３（９安定／ＣＲ；４再発／ＮＲ）試料と１５（すべてＮＲ／再発））．１試料は評価できなかった。すべてで２７試料は治療反応性に相対的に解析された（１９ＮＲ，８Ｒ）．このコフォートの報告されたスコアの範囲はＦＩＧ．２５に示されている、またスコアの範囲は治療反応性であるとか他の臨床最終点、例えばＯＳ（全生存期間）とＥＦＳ（無再発生存）が計られて治療の方法として与えられる。

個々のマーカーとして，ＢＩＭとＮＯＸＡだけが境界領域で優位さを持って治療反応性と関係している産生された（各々ｐ＝０．０５，ｐ＝０．０２）。すべての他のバイオマーカーはｐ値＞０．１．しかし、ＢＩＭとＮＯＸＡがここで記載された方法に寄って複合された場合，治療反応性に対する相関性は高度に優位である（ｐ＝０．００１）．感受性と特異性のＲＯＣは０．９１である。これは単変数解析でありまた臨床的調節変数が加味される（年齢、細胞遺伝学的状況）であるときに統計学的により強固になるのかもしれない（ＦＩＧ．２６）．
同様の技術

これらの技術は広く知られたものである、また、日常的な実験で確定でき，特異な実施形態において多くの同様な技術があり、それはここで特異的に述べられるもので．このような同様な技術は以下の特許申請に含まれるものである。
参照引用

すべての特許及び論文は個々で引用している．

ここで議論されている論文はこの書類が提出された日より以前に公になったものである。現発明は以前の論文に先んじられて出来たものではない。

本出願はアメリカ合衆国仮出願Ｎｏ．６１／６４５，２５３（出願日２０１２年５月１０日）とアメリカ合衆国仮出願Ｎｏ．６１／７８０，２５２（出願日２０１３年３月１３日）の利益を特許請求するものであり、これらの出願は、それぞれその全体が本明細書中に参考として援用される。
発明の領域

本発明は人体から採取された試料中に存在する腫瘍の評価を行うのに有用な方法に関するものである。

背景
標的とするがん治療と対をなす予防および予後予見が可能なバイオマーカーの使用は薬剤の開発に要する時間の低減、薬効の改善また、臨床意思決定に非常に重要な役割を果たすであろう。近年のがん処置法の進歩にもかかわらず、化学療法は依然として多くの症例であまり効率的でなくあまり有効でない。この化学療法に余り効果が認められない理由の一つは処置が患者個人個人の疾患に適した選択がなされていないことが多いということである。正確な診断と治療を組み合わせた医療のアプローチがこの問題は解決できる。

現在臨床腫瘍医療領域で使用されているほんの一握りのバイオマーカーしか有用性を認められていない。これは部分的ではあるが感知マーカーがしばしば薬剤の作用機序に相関的であるだけで病因的には関係しない事によっている。もしその「バイオマーカー」がコンパニオン治療の薬理学的作用と生物学的に一致したとしても薬剤が患者にどのように作用するかを予測するのは非常に難しいことである。それ以上に、臨床開発への道には検査の値を理解し、かつそれが患者に利益をもたらすことを考える医師−科学者の関与が必須である。

ＢＨ３プロファイリングはがん細胞の化学療法に対する反応性にとって重要な原因因子の機能を測定するものである。具体的には、ＢＨ３プロファイリングはミトコンドリアの表面にあってアポトーシスを調節するタンパク質の機能を測定するものである。多くの化学療法でアポトーシスのメカニズムを利用しているものは効果がある。このテストからはＢＨ３のみを持つ前アポトーシスタンパク質のＢＨ３ドメインに対するミトコンドリアの反応性を提供する。ＢＨ３プロファイリングは化学療法に対する感受性または反応性について一般的意味を提供することは公知ではあるが、このプロファイリングに寄ってある特定の薬剤およびがんの種類に対する医師の意思決定を支持するための予測能力はこれまでにはない。

発明のサマリー
従って、一つの側面として、この発明は患者個人のがん処置を選択する方法を提供する、それは患者の腫瘍或はがん細胞の検体を用いてＢＨ３プロファイルを決定する；一つ或はそれ以上の患者の臨床因子の決定と一つ或はそれ以上のがん処置に対する臨床的反応性をもって患者を区分する、つまり、一つ或はそれ以上の臨床因子が選択されそれによって臨床的反応性に関連してＢＨ３プロファイルの特異性および／または感度を上昇させる。

ある実施形態において、ここに示すように、様々な臨床的因子は、それがアポトーシスと関わっていなくてもアポトーシスと関係ある事が知られていないとに関わらず、ＢＨ３プロファイリングの予測検出力を高め、このテストを予測的であってしかしただ単に予後的ではないテストに変換する。

ある実施形態において、本明細書の記載された方法は細胞遺伝子学的プロファイルもしくは状態をおよび／または特定の年齢のそれを合わせた白血病患者に対するシタラビン、またはシタラビンに基づく化学療法、および／或はアザシチジンに対する反応を予測できる診断学的なテストを提供する。ある実施形態において、ＢＨ３プロファイリングを含む診断学的なテストはＢＭＩに反応するミトコンドリア膜電位の変化を測定することを包含する。

他の側面として、この発明は患者にふさわしいがん処置を決める方法を提供する。この方法は透過性を上げた患者がん細胞を、一つ以上のＢＨ３ドメインペプチドと接触させてプライミングの程度を決定すること、患者のがん細胞の一つ以上の臨床因子の存在または非存在を免疫組織化学、および／または蛍光インサイチュハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）をもちいて決定すること、および１つ以上のがん処置に対する臨床的反応の可能性について患者をクラス分けする事を包含する。

他の側面として、この発明は急性骨髄性白血病の患者がシタラビンおよび／またはアザシチジンに対して反応するかを決定する為の方法を提供する、それは以下を包含する：ＢＨ３プロファイルを患者のＡＭＬ癌細胞検体で決定すること；１つ以上の臨床因子を患者ごとに決定すること（ここで、１つ以上の臨床因子は年齢プロファイルおよび／または細胞遺伝学的状況から選択される）；および１つ以上のがん処置に対する臨床的反応の可能性について患者をクラス分けすること。

この発明の詳しい内容は下記に記す通りである。本明細書で記載する方法や材料と類似のまたは同等の方法および材料はこの発明を実施或は試験に使用することができるが、例示の方法と材料についてはここで記述する。他にこの発明の他の特徴、目的、および利点は以下の記述および特許請求の範囲から明らかである。特許明細書及び、添付の特許請求の範囲では、内容が明らかに他を示さない限り単数形は複数形も含まれる。他が定義されない限り、本明細書で使用されるすべての技術的科学的な用語はこの発明が属する技術における当業者によって普通に理解される意味と同じである。

図２は治療阻害剤活性対従来の増殖阻害ＥＣ５０ＭＴＳアッセイの代表的なデータを示す。

図３は８つの接着細胞株でのＢＨ３プロファイルを示す。各々のペプチドと細胞株の４−６の反復（ＲＥＰＬＩＣＡＴＥＳ）での限定的標準偏差図３は８つの接着細胞株でのＢＨ３プロファイルを示す。各々のペプチドと細胞株の４−６の反復（ＲＥＰＬＩＣＡＴＥＳ）での限定的標準偏差図３は８つの接着細胞株でのＢＨ３プロファイルを示す。各々のペプチドと細胞株の４−６の反復（ＲＥＰＬＩＣＡＴＥＳ）での限定的標準偏差図３は８つの接着細胞株でのＢＨ３プロファイルを示す。各々のペプチドと細胞株の４−６の反復（ＲＥＰＬＩＣＡＴＥＳでの限定的標準偏差

図４は９つの浮遊細胞株でのＢＨ３プロファイルを示す。各々のペプチドと細胞株の４−６の反復（ＲＥＰＬＩＣＡＴＥＳでの限定的標準偏差図４は９つの浮遊細胞株でのＢＨ３プロファイルを示す。各々のペプチドと細胞株の４−６の反復（ＲＥＰＬＩＣＡＴＥＳでの限定的標準偏差図４は９つの浮遊細胞株でのＢＨ３プロファイルを示す。各々のペプチドと細胞株の４−６の反復（ＲＥＰＬＩＣＡＴＥＳでの限定的標準偏差図４は９つの浮遊細胞株でのＢＨ３プロファイルを示す。各々のペプチドと細胞株の４−６の反復（ＲＥＰＬＩＣＡＴＥＳでの限定的標準偏差図４は９つの浮遊細胞株でのＢＨ３プロファイルを示す。各々のペプチドと細胞株の４−６の反復（ＲＥＰＬＩＣＡＴＥＳでの限定的標準偏差

図５は浮遊細胞株でのＢＨ３プロファイリングを示す。ＢＩＭ、ＢＩＭ＿ＰＵＭＡモデルはＣＤＫ阻害活性を識別する。

図６は接着細胞株でのＢＨ３プロファイリングを示す。ＢＩＭ、ＰＵＭＡおよびＮＯＸＡでのモデルはＣＤＫ阻害活性を識別する。図６は接着細胞株でのＢＨ３プロファイリングを示す。ＢＩＭ、ＰＵＭＡおよびＮＯＸＡでのモデルはＣＤＫ阻害活性を識別する。図６は接着細胞株でのＢＨ３プロファイリングを示す。ＢＩＭ、ＰＵＭＡおよびＮＯＸＡでのモデルはＣＤＫ阻害活性を識別する。図６は接着細胞株でのＢＨ３プロファイリングを示す。ＢＩＭ、ＰＵＭＡおよびＮＯＸＡでのモデルはＣＤＫ阻害活性を識別する。

図７はＭＣＬ１阻害剤のＥＣ５０対浮遊細胞株の個々のペプチドについてのプライミングを表している。図７はＭＣＬ１阻害剤のＥＣ５０対浮遊細胞株の個々のペプチドについてのプライミングを表している。図７はＭＣＬ１阻害剤のＥＣ５０対浮遊細胞株の個々のペプチドについてのプライミングを表している。

図８はＭＣＬ１阻害剤のＥＣ５０対浮遊細胞株の複数のペプチド由来のアルゴリズムについてのプライミングのパーセンテージを表している。図８はＭＣＬ１阻害剤のＥＣ５０対浮遊細胞株の複数のペプチド由来のアルゴリズムについてのプライミングのパーセンテージを表している。図８はＭＣＬ１阻害剤のＥＣ５０対浮遊細胞株の複数のペプチド由来のアルゴリズムについてのプライミングのパーセンテージを表している。

図９はＭＣＬ１阻害剤のＥＣ５０対接着細胞株の個々のペプチドについてのプライミングのパーセンテージを表している。図９はＭＣＬ１阻害剤のＥＣ５０対接着細胞株の個々のペプチドについてのプライミングのパーセンテージを表している。図９はＭＣＬ１阻害剤のＥＣ５０対接着細胞株の個々のペプチドについてのプライミングのパーセンテージを表しているド。

図１０はＭＣＬ１阻害剤対浮遊細胞株の複数のペプチド由来のアルゴリズムについてのプライミングのパーセンテージを表している。図１０はＭＣＬ１阻害剤対浮遊細胞株の複数のペプチド由来のアルゴリズムについてのプライミングのパーセンテージを表している。図１０はＭＣＬ１阻害剤対浮遊細胞株の複数のペプチド由来のアルゴリズムについてのプライミングのパーセンテージを表している。

図１１はキネシンスピンドルタンパク質阻害剤（ＫＳＰＩＮＨ）、多発性骨髄腫、白血病細胞株を示す。図１１はキネシンスピンドルタンパク質阻害剤（ＫＳＰＩＮＨ）、多発性骨髄腫、白血病細胞株を示す。

図１２Ａ−ＤはＢＨ３プロファイイングの代表的な患者データを示す。図１２Ａ−ＤはＢＨ３プロファイイングの代表的な患者データを示す。

図１３Ａ−Ｂはシタラビン処置後の急性骨髄性白血病患者の、ＢＩＭ患者反応について描写するドットプロットとＲＯＣプロットを表す。

図１４はシタラビン処置後の反応なし（ＮＲ）と著効（ＣＲ）の急性骨髄性白血病患者におけるＢＨ３ペプチドのＢＨ３プロファイリングを示す。図１４はシタラビン処置後の反応なし（ＮＲ）と著効（ＣＲ）の急性骨髄性白血病患者におけるＢＨ３ペプチドのＢＨ３プロファイリングを示す。図１４はシタラビン処置後の反応なし（ＮＲ）と著効（ＣＲ）の急性骨髄性白血病患者におけるＢＨ３ペプチドのＢＨ３プロファイリングを示す。図１４はシタラビン処置後の反応なし（ＮＲ）と著効（ＣＲ）の急性骨髄性白血病患者におけるＢＨ３ペプチドのＢＨ３プロファイリングを示す。

図１５はシタラビン処置後の急性骨髄性白血病患者の多変数解析ＲＯＣカーブ

図１６Ａ−ＨはＢＨ３ペプチド反応の予測を細胞遺伝学的状態によって階層化したものを示す。図１６Ａ−ＨはＢＨ３ペプチド反応の予測を細胞遺伝学的状態によって階層化したものを示す。図１６Ａ−ＨはＢＨ３ペプチド反応の予測を細胞遺伝学的状態によって階層化したものを示す。図１６Ａ−ＨはＢＨ３ペプチド反応の予測を細胞遺伝学的状態によって階層化したものを示す。

図１７Ａ−Ｅはシタラビン処置後の急性骨髄性白血病患者のＢＩＭ（０．１）プライミングおよびＢＩＭ（ＢＣＬ２Ｌ１１）タンパク質レベルの反応予測との相関を示す。図１７Ａ−Ｅはシタラビン処置後の急性骨髄性白血病患者のＢＩＭ（０．１）プライミングおよびＢＩＭ（ＢＣＬ２Ｌ１１）タンパク質レベルの反応予測との相関を示す。

図１８は全生存期間（ＯＳ）および無再発生存（ＥＦＳ無疾患生存）対ＢＩＭ（０．１）のパーセントプライミングによってサブグループ分けされた急性骨髄性白血病患者の三分位値（ｔｅｒｔｉｌｅ）を示す。

図１９はＢＨ３プロファイリング測定の分配解析であって、個々のＢＨ３ペプチドモデルについてのものを示す。図１９はＢＨ３プロファイリング測定の分配解析であって、個々のＢＨ３ペプチドモデルについてのものを示す。図１９はＢＨ３プロファイリング測定の分配解析であって、個々のＢＨ３ペプチドモデルについてのものを示す。

図２０はＢＨ３プロファイリング測定の分配解析であって、組み合わせたＢＨ３ペプチドモデル（２つのペプチド）についてのものを示す。

図２１はＢＨ３プロファイリング測定の分配解析であって、組み合わせたＢＨ３ペプチドモデル（３／４つのペプチド）についてのものを示す。図２１はＢＨ３プロファイリング測定の分配解析であって、組み合わせたＢＨ３ペプチドモデル（３／４つのペプチド）についてのものを示す。

図２２はＢＨ３プロファイリング測定の連続的変数解析であって、個々のＢＨ３ペプチドモデルについてのものを示す。図２２はＢＨ３プロファイリング測定の連続的変数解析であって、個々のＢＨ３ペプチドモデルについてのものを示す。

図２３はＢＨ３プロファイリング測定の連続的変数解析であって、組み合わせたＢＨ３ペプチドモデル（２つのペプチド）についてのものを示す。

図２４はＢＨ３プロファイリング測定の連続的変数解析であって、組み合わせたＢＨ３ペプチドモデル（３／４ペプチド）についてのものを示す。図２４はＢＨ３プロファイリング測定の連続的変数解析であって、組み合わせたＢＨ３ペプチドモデル（３／４ペプチド）についてのものを示す。

図２５はアザシチジン処置のコホートから代表的な急性骨髄性白血病患者のＢＨ３プロファイリングを示し、それはプライミング値のｆｕｌｌ治療的スケールが使われた事を示す。

図２６は急性骨髄性白血病患者のアザシチジン反応のＢＩＭ＋ＮＯＸＡ区別はＢＩＭあるいはＮＯＸＡ単独よりも良い（ｓｕｐｅｒｉｏｒ）ことを示す。図２６は急性骨髄性白血病患者のアザシチジン反応のＢＩＭ＋ＮＯＸＡ区別はＢＩＭあるいはＮＯＸＡ単独よりも良い（ｓｕｐｅｒｉｏｒ）ことを示す。図２６は急性骨髄性白血病患者のアザシチジン反応のＢＩＭ＋ＮＯＸＡ区別はＢＩＭあるいはＮＯＸＡ単独よりも良い（ｓｕｐｅｒｉｏｒ）ことを示す。図２６は急性骨髄性白血病患者のアザシチジン反応のＢＩＭ＋ＮＯＸＡ区別はＢＩＭあるいはＮＯＸＡ単独よりも良い（ｓｕｐｅｒｉｏｒ）ことを示す。

表１は細胞株による治療阻害剤反応とＢＨ３プロファイリングの収集（ｃｏｍｐｉｌａｔｉｏｎ）を表す。表１は細胞株による治療阻害剤反応とＢＨ３プロファイリングの収集（ｃｏｍｐｉｌａｔｉｏｎ）を表す。

表２はＭＣＬ−１阻害剤のサポートデータのまとめである。

表３はシタラビン処置後の急性骨髄性白血病患者の患者コホートの為の臨床病理的な変数を表す。

表４はシタラビン処置後急性骨髄性白血病患者を示す。ＢＨ３プロファイリングバイオマーカーが解析され、反応の識別において有意であった。

表５は細胞株でのアザシチジン効果のまとめであって、分配および連続的変数モデルについて示すものである。

詳しい記載
この発明の基礎になっているのは、一部であっても、ＢＨ３プロファイリング測定値の感度および／または特異性がある特定の臨床因子との関係において有意に改善され得ると言う発見である。本明細書に記載する診断的手法はひとそろいのＢＨ３の反応および臨床的な指標の解析を可能とし、それには、ヒトの悪性腫瘍における治療の効果を予想する為の、アポトーシスとは直接関係ないようなものが含まれる。例えば、この発明者らは白血病の患者におけるシタラビンやアザシチジンを基にした化学療法レジメに対する反応がＢＨ３プロファイリングと年齢プロファイル、および細胞遺伝学的状況によって予想できる事を発見した。

ある側面として、この発明は患者のがん処置を決定する方法を提供する。それには、患者の腫瘍またはがん細胞の検体のＢＨ３プロファイルを決定し、一つ以上の患者の臨床因子の決定、および一つ以上のがん処置に対する臨床的反応の可能性について患者を分類することが含まれ、臨床的反応に関係するＢＨ３プロファイルの高い特異性および感度を持つように一つ以上の臨床因子を選択する。

他の側面として、この発明は患者のがん処置を決定するための方法を提供する。それには、患者由来の透過性を上げたがん細胞を、一つ以上のＢＨ３ドメインペプチドと接触させてプライミングの程度決定すること、免疫組織化学および／または蛍光インサイチュハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）を用いて患者の癌細胞の一つ以上の臨床因子の有無を決定すること、および一つ以上のがん治療に対する臨床的反応の可能性について患者を分類することが包含される。

他の側面としてこの発明はシタラビンおよび／またはアザシチジンに対して反応する急性骨髄性白血病の患者を決定するための方法であって、ＢＨ３プロファイリングを患者の白血病細胞検体について決定すること、患者の一つ以上の臨床因子を決定すること（ここで、一つ以上の臨床因子を年齢プロファイルおよび／または細胞遺伝学的状態から選ぶ）、および１つ以上のがん処置に対する臨床的反応の可能性について患者を分類することを含む、方法を提供する。

他の側面の特定の実施形態として、がんは血球系の癌であって、それには、例えば、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、多発性骨髄腫、濾胞性リンパ腫、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）、慢性リンパ性白血病、および非ホジキンリンパ腫（例えば、マントル細胞リンパ腫、および、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫）が挙げられる。いくつかの実施形態では、がんは、固形腫瘍、例えば非小細胞肺癌、卵巣がん、悪性黒色腫が挙げられる。

ある実施形態において、この発明はがん処置に対する有効性を予想する。がん処置として、一つ以上の抗がん剤、化学療法、外科手術、（例えば、外科手術の前の）アジュバント治療および、（例えば、外科手術後の）ネオアジュバント治療を挙げることができる。別の実施形態において、がん処置は一つ以上のＢＨ３ミメティック（ｍｉｍｅｔｉｃｓ）、エピジェネティク修飾薬剤、トポイソメラーゼ阻害剤、サイクリン依存性キナーゼ阻害剤、およびキネシンスピンドルタンパク質安定剤を含む。さらに別の実施形態において、がん処置として、以下のものが含まれる：プロテアソーム阻害剤、および／または細胞周期制御の調節剤（これらの例に限るわけでないが、サイクリン依存性キナーゼ阻害剤）；および／または細胞のエピジェネティクな機構の調節剤（これらの例に限らないが、一つ以上のヒストンデアセチラーゼ（ＨＤＡＣ）（例えばボリナスタット、エンチノスタットのうちの１つ以上）アザシチジン、デシタビン）および／またはアントラサイクリン、またはアントラセネジオン（非限定的例として、エピルビシン、ドキソルビシン、ミトキサントロン、ダウノルビシン、イダルビシン）および／またはプラチナベースの治療剤（非限定的例として、カルボプラチン、シスプラチン、オキザリプラチンのうちの１つ以上）、シタラビンまたはシタラビンベースの化学療法、ＢＨ３ミメティック（これらの例に限る訳でないが、ＢＣＬ２、ＢＣＬＸＬまたはＭＣＬ１のうちの１つ以上）およびＭＣＬ１阻害剤。

ある実施形態において、ＢＨ３プロファイリングは患者のがん細胞の透過性を上げること、透過性を上げた細胞を１つ以上のＢＨ３ドメインペプチドと接触させる事によるミトコンドリアの膜ポテンシャルの変化を決定或は定量化することが含まれる。この測定値は本明細書に記載の臨床因子と合わせる事で各種の治療に対する患者の反応および患者を区分することを助ける。

これら又は他の実施形態において、ＢＨ３プロファイイングはＢＩＭ、ＢＩＭ２Ａ、ＢＡＤ、ＢＩＤ、ＨＲＫ、ＰＵＭＡ、ＮＯＸＡ、ＢＭＦ、ＢＩＫ、ＰＵＭＡ２Ａのうちの１つ以上のペプチドの使用を含む。一つの実施形態において、使用するペプチド濃度は０．１μＭから２００μＭの範囲で又その中の様々な濃度で用いる。一つの実施形態において、ＢＨ３プロファイリングは、検体の透過性をあげる事でミトコンドリアへの接近を可能にすることを含む。これら又は他の実施形態において、ＢＨ３プロファイリングは急性骨髄性白血病のがん細胞検体をＢＩＭと接触させることを含むＢＨ３プロファイルを決定することが含まれる

ある実施形態において、患者の検体は凍結腫瘍組織検体、培養した細胞、血中に循環している腫瘍細胞、およびホルマリン固定パラフィン包埋の腫瘍組織検体（例えば、抗体を用いたＢＨ３プロファイリング）から選択される生検である。他の実施形態において、検体はヒトの腫瘍由来の細胞株である。ほかの実施形態において、検体はがん幹細胞である。検体は固形腫瘍の生検（これらの例に限定するものではないが、例えば、結腸直腸、乳、前立腺、肺、膵臓、腎臓、卵巣原発腫瘍の１つ以上）に由来する。他の実施形態において、検体は上皮由来の検体であって、それには、例えば、生検試料から、上皮細胞接着分子（ＥｐＣＡＭ）に対する抗体または他の上皮細胞結合抗体を固体マトリックスまたはビーズに結合させたものを使用して選択することにより濃縮される上皮細胞が含まれる。他の実施形態では、検体は中胚葉由来のものであり、それには、例えば中胚葉性の検体であって、生検試料から、神経細胞接着分子（Ｎ−ＣＡＭ）、またはニューロフィリンまたは他の中胚葉性細胞結合抗体を固体マトリックスまたはビーズに結合させたものを使用して選択することにより濃縮される中胚葉性の検体が含まれる。他の実施形態において、検体は非固形腫瘍の生検に由来する。他の実施形態において、検体は多発性骨髄腫、急性骨髄性白血病、急性リンパ性白血病、慢性リンパ性白血病、マントル細胞リンパ腫、びまん性細胞型Ｂ細胞リンパ腫、および非ホジキンリンパ腫を有する患者の生検に由来する。他の実施形態において、検体は多発性骨髄腫細胞であり、それは生検試料から、固体マトリックスまたはビーズに結合させた抗ＣＤ１３８抗体を用いて選択により濃縮したものである。他の実施形態において、がん細胞は、急性骨髄性白血病細胞であり、それはＣＤ４５に対する抗体に結合させることにより濃縮したものである。またその上他の実施形態において、がん細胞は、慢性リンパ球性白血病細胞またはびまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫であり、それは非Ｂ細胞を除去して濃縮されたものである。他の実施形態において、検体は、血中循環腫瘍細胞に由来する。

様々な実施形態において、臨床因子として、年齢、細胞遺伝学的状態、パフォーマンス、組織学的サブクラス、性別、および疾患ステージの１つ以上である。他の実施形態において、方法は、変異の状況、一塩基多型、定常状態のタンパク質レベル及び動的タンパク質レベルから選択される追加のバイオマーカーの測定を含み、それにより、テストの特異性および／または感度をあげることができる。他の実施形態において、方法は、患者の臨床的な反応を推測することをさらに含む。他の実施形態において、臨床的な反応は、少なくとも約１年、約２年、約３年または約５年の無進行／無症候性生存である。

ある実施形態においてプライミングは以下の数式で定義される。

式中、ＡＵＣは、曲線下面積或はシグナル強度を含む；ＤＭＳＯはベースラインの陰性対照を含む；ＣＣＣＰ（カルボニルシアニドｍ−クロロフェニルヒドラゾン）はミトコンドリアの電子伝達鎖における電子担体の正常な活性の間に確立されたプロトン勾配の脱共役薬として働くことによるタンパク質合成のエフェクターを含み、それはベースラインの陽性対照を含む。ある実施形態において、曲線下面積は均一時間分解蛍光（ＨＴＲＦ）によって確立される。ある実施形態において、時間は約０から約３００分、から、約０から３０分のあいだのウインドウにわたって生じる。ある実施形態において曲線下面積は蛍光活性化細胞識別（ＦＡＣＳ）によって確立される。ある実施形態において、シグナル強度は約５分および約３００分の間で生じる単一時間点の測定値（ｓｉｎｇｌｅｔｉｍｅｐｏｉｎｔｍｅａｓｕｒｅｍｅｎｔ）である。

他の実施形態において、方法は、ＢＨ３プロファイリングアッセイを実施すること、および細胞表面マーカーＣＤ３３、細胞表面マーカーＣＤ３４、ＦＬＴ３変異状態、ｐ５３変異状態、ＭＥＫ１キナーゼのリン酸化状態、およびＢｃｌ−２の７０番目のセリンのリン酸化の１つ以上を、シタラビンもしくはシタラビン系の化学療法および／またはアザシチジンによる急性骨髄性白血病の患者処置効果に相関させることを含む。

他の実施形態において、方法は、ＢＨ３プロファイリングを実施すること、および一つ又はそれ以上の細胞表面マーカーＣＤ３３、細胞表面マーカーＣＤ３４、ＦＬＴ３変異状態、ｐ５３変異状態、ＭＥＫ１キナーゼのリン酸化状態、およびＢｃｌ−２の７０番目のセリンのリン酸化を、多発性骨髄腫の患者の化学療法処置に対する効果と相関させることを含む。

ある実施形態において、がんは急性骨髄性白血病および／または多発性骨髄腫であり、そして臨床因子は年齢プロファイルおよび／または細胞遺伝学的状態であり；又はがんは急性骨髄性白血病および／または多発性骨髄腫であり、がん処置はシタラビンもしくはシタラビン系化学療法および／またはアザシチジンであるか、又はがん処置はシタラビンもしくはシタラビン系化学療法および／またはアザシチジンであり、また臨床因子として年齢プロファイルおよび／または細胞遺伝学的状態であるか、又はがん処置はシタラビンもしくはシタラビン系化学療法および／またはアザシチジンであり；がんは急性骨髄性白血病および／または多発性骨髄腫であり；臨床因子は年齢プロファイルおよび／または細胞遺伝学的状態である。

典型的な臨床決定
ある実施形態において、ここで記載する方法は患者の評価をするのに有用である。例えば、診断、予後、および処置に対する反応を評価する上で有用である。様々な態様では、この発明は腫瘍または血液がんを評価することを含む。様々な実施形態では、評価は診断、予後、および処置に対する反応から選ばれうる。

診断とは、例えばがんなどの病気あるいは障害の可能性を決定或は同定する為の試みの過程を指す。予後は、例えばがんなどの病気或は障害によってもたらされる可能性のある結果を予測することを指す。完全な予後はしばしば予想される期間、機能、病気の経過の記述、例えば進行性の機能低下や間欠的に起きる危機的状況または予測できないが突然の危機的な状況を含む。処置に対する反応は患者が処置を受けたときにその患者に起こりうる医学的な予測である。処置に対する反応は、この例だけにとどまらないが、例えば病理学的著効、生存、およびがん進展が見られない生存、がんが進行するまでの時間、再発の可能性であり得る。

さまざまな実施形態において、本発明の方法を用いると臨床的に患者が特定の処置を受けるかどうかの判断が出来る。一つの実施形態において、この方法はネオアジュバントおよび／またはアジュバント化学療法に陽性の反応であるか、またはネオアジュバントおよび／またはアジュバント化学療法に反応しないかを予測する。一つの実施形態において、本発明の方法は以下の薬剤に対する陽性の反応を予測する：アポトーシス促進薬剤、またはアポトーシスを介して働く薬剤、および／またはアポトーシスを介して働かないかアポトーシスのエフェクター薬剤に無反応の薬剤および／またはアポトーシスを介して働かない薬剤。様々な実施形態においてこの発明はがん患者の処置を導く、それには、例えばどのようなタイプの処置をするべきか止めるのかを含む。

一つの実施形態において、この方法は、患者が一次の主なまたは最初の処置を始めた後にアジュバント治療、限定されないが、単一単独アジュバント治療も含めて、受けるべきかといった臨床的決定を導く。アジュバント治療はアジュバントケアともいわれ主な中心的なまたは最初の処置に加えて行われる処置である。これらの例に限らないが、アジュバント治療は通常全ての検出可能な疾患が除去されたが、不顕性疾患のため再発の統計的リスクが依然として存在する外科手術の後で行われる追加処置であり得る。

ある実施形態において、この方法は患者の処置、アジュバント治療も含めて、を導く。例えば、患者がある特定の処置に対して反応性を有すると評価された場合、その患者は、その処置をアジュバント治療として受ける。さらに、この方法は、非限定的な例として、アポトーシス促進的方法で、誘導するおよび／もしくは働く処置として、または、そうではない処置として、アジュバント治療の正体（ｉｄｅｎｔｉｔｙ）を導き得る。一つの実施形態においてこの方法はある患者が特定の処置に対して反応するもしくは反応がが少ない事を示すことができ、それゆえ、そのような患者はそのような処置をアジュバント治療として受けなくてよい。従って、ある実施形態において、この方法は、起こり得る患者の反応に従い、アジュバント治療を与えるのか与えないのかを提供する。このように、患者の生活の質の改善と治療コストを抑制することができる。

様々な実施形態において、この方法は、患者がネオアジュバント治療、例えば、外科手術前に腫瘍を縮小させる、および／または悪性度を下げる治療を受けるべきかと言う臨床決定を導く。ある実施形態において、ネオアジュバント治療はがん患者に外科手術の前に投与される化学療法を意味する。ある実施形態において、ネオアジュバント治療は、がん患者に外科手術の前に投与される、本明細書に記載の薬剤を含む薬剤を意味する。ネオアジュバント化学療法一般に考慮されるがんの種類については例えば乳がん、結腸直腸がん、卵巣がん、子宮頸がん、膀胱がんと肺がんである。

ある実施形態においてこの方法はネオアジュバント治療を含む患者の処置を導く。例えば、ある特定の処置に対して反応すると評価される患者は、そのような処置がネオアジュバント治療として受けることができる。さらに、この方法は、非限定的例として、アポトーシス促進的方法で、誘導および／もしくは働く処置として、またはそうではない処置として、ネオアジュバント治療の正体（ｉｄｅｎｔｉｔｙ）を導き得る。一つの実施形態において、この方法は患者が特定の処置に対する反応がないもしくは反応が少ない事を示し得、従ってそのような患者は、ネオアジュバント治療としてそのような治療を受けなくてよい。従って、ある実施形態では、この方法は、起こり得る患者の反応に従ってネオアジュバント治療を与えるのか与えないのかを提供する。このように、患者の生活の質の改善と治療コストを抑制できる。

ある実施形態においてこの方法は、患者がある特定の種類の処置を受けるかに関する臨床的決定を導く。従って、ある実施形態において、この方法は患者の処置の為の手引きの試験である。

ある実施形態において、この方法は、患者がある特定の処置を受けるべきである、起こり得る反応についての情報を提供するものである。ある実施形態において、この方法は、反応が高い可能性を提供し、積極的処置を含む処置を導くことができる。ある実施形態において、この方法は、反応が低い可能性を提供し、積極的処置を含む処置の停止を導き得、より良い生活の質を求めて効果の少ない化学療法から来る必要の無い毒性を避けるための、緩和ケアの使用を導き得る。

典型的な実施形態において、この方法はある特定の処置に対する反応の可能性を示す。例えば、ある実施形態においてこの方法はアポトーシス促進剤および／またはアポトーシスを介して作用する薬剤および／またはタンパク質を直接調節することによって駆動されるアポトーシスを介する薬剤に対する反応が高いか低いかの可能性を示す。様々な実施形態において典型的なアポトーシス促進剤および／またはアポトーシスを介して作用する薬剤および／または直接タンパク質を調節することによって駆動されるアポトーシスを介して作用する薬剤としては、ＡＢＴ２６３（ノビトクラックス）やオバトクラックス、ＷＥＰ、ボルテゾミブ、およびカルフィルゾミブが挙げられる。ある実施形態において、この方法は、アポトーシスを介して作用しない薬剤、および／または直接タンパク質を調節することによって駆動されるアポトーシスを介して作用しない薬剤に対する反応が高いか低いかの可能性を示す。様々な実施形態では、アポトーシスを介して作用しない例示的薬剤として、例えばキネシンスピンドルタンパク質阻害剤、サイクリン依存性キナーゼ阻害剤、三酸化ヒ素剤（ＴＲＩＳＥＮＯＸ）、ＭＥＫ阻害剤、ポモリドミド、アザシチジン、デシチビン、ボリノスタット、エンチノスタット、ジナシクリブ、ゲムツズマブ、ＢＴＫ阻害剤、ＰＩ３キナーゼデルタ阻害剤、レノリジミド、アントラサイクリン、シタラビン、メルファラン、Ａｋｙ阻害剤、ｍＴＯＲ阻害剤が挙げられる。

典型的な実施形態において、この方法は患者がアポトーシス促進薬或はアポトーシスを介して作用する薬剤でがん処置されるべきかどうかを示す。別の典型的な実施形態においてに、本方法は、患者がアポトーシスを介して作用しない薬剤を投与されるべきかを示す。

特殊な実施形態において、この方法はここに記載した任意の処置（薬剤を含む）に対するがん患者の反応を推定するのに有用である。典型的な実施形態において、この発明は、シタラビンおよびアザシチヂンに対する急性骨髄性白血病の患者の反応の可能性を予測し、かつ、患者のＢＨ３プロファイル、年齢プロファイル、および細胞遺伝学的因子を評価する事を含む。

様々な実施形態において、ここで記載した方法に基づき、がん処置を施行するのかまたは与えない。例示的な処置は、外科的な除去、放射線療法（ここで記載した化合物の使用、或は放射線増感剤との併用を含む）化学療法、薬力学的治療、標的療法、免疫療法、および補助的療法（例えば、鎮痛剤、利尿剤、抗利尿剤、抗ウイルス剤、抗生物質、栄養サプリメント、貧血治療、血液凝固治療、骨治療、精神医学及び心理学的治療）を含む。

典型的な実施形態において、この発明で処置薬剤が選択される。そのような薬剤の例としては、ここで示す例に限らないが、例えば、抗がん剤、化学療法、外科手術、アジュバント療法およびネオアジュバント療法の１つ以上が挙げられる。ひとつの実施形態においてがん処置はＢＨ３ミメティック、エピジェネティク修飾薬、トポイソメラーゼ阻害剤、サイクリン依存性キナーゼ阻害剤、およびキネシンスピンドルタンパク質安定化剤の１つ以上である。別の実施形態において、がん処置は、プロテアソーム阻害剤、および／または細胞周期制御の調節剤（ここで挙げる例に限らないが、サイクリン依存性キナーゼ阻害剤）；および／または細胞エピジェネティック機構の調節剤（この例に限らないがヒストンデアセチラーゼ（ＨＤＡＣ）（たとえばヴォリノスタット、またはエンチノスタット）、アザシチジン、デシタビン）；および／またはアントラサイクリン、またはアントラセネジオン（この例に限らないが、エピルビシン、ドキソルビシン、ミトキサントロン、ダウノルビシン、イダルビシンの１つ以上）；および／またはプラチナベースの治療剤（この例に限らないが、カルボプラチン、シスプラチン、およびオキザリプラチンの１つ以上）；シタラビン、もしくはシタラビン系化学療法剤、ＢＨ３ミメティック（この例に限らないが、ＢＣＬ２、ＢＬＣＸＬ、またはＭＣＬ１）；およびＭＣＬ１阻害剤である。

様々な実施形態において、この発明は、がん処置に付属するものであり、ここで挙げる例に限らず例えば米国特許公開番号ＵＳ２０１２−０２２５８５１および国際特許公開番号ＷＯ２０１２／１２２３７０（それらの内容は、その全体がここに参考文献として組み込まれている）に記載されているものが挙げられる。

様々な実施形態において、この発明は、がん処置に付属するものであり、ここで挙げる例に限らず例えば、アルキル化剤、例えばチオテパ、およびサイトキサン（シクロフォスファミド）、アルキルスルホン酸塩、例えばブスルファン、インプロスルファン、およびピポスルファン；アジリジン例えばベンゾドパ、カルボコン、メツレドパ、およびウレドパ；エチレンイミンおよび、メチラメラミン、例えばアルトレタミン、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスホルアミド、トリエチレンチオホスホルアミド、およびトロメチルオロメラミン、アセトゲニン（例えば、ブラタシン、およびブラタシノン）；カンプトテシン（合成類似剤トポテカンを含む）；ブリオスタチン；カリー（ｃａｌｌｙ）スタチン；ＣＣ−１０６５（アドゼレシン、カルゼレシン、およびビゼレシン合成類似薬を含む）；クリプトフィシン（クリプトフィシン１、およびクリプトフィシン８など）；ドラスタチン；デュオカルマイシン（合成類似薬ＫＷ２１８９、およびＣＢ１−ＴＭ１を含む）；エレウテロビン；パンクラチスタチン；サルコディクチン；スポンギスタチン；ナイトロジェンマスタード例としてクロラムブチル、クロルナファジン、コロフォスファミド、エストラムスチン、イホスファミド、メクロレタミン、酸化メクロレタミン塩酸塩、メルファラン、ノベムビチン、フェネステリン、プレドニムスチン、トロフォスファミド、ウラシルマスタード、ニトロソウレア例としてカルムスチン、クロロゾトシン、フォテムスチン、ロムスチン、ニムスチン、およびラニムスチン；抗生物質例えばエンジイン抗生物質（例えば、カリケアミシン、特にカリケアミシンガンマＩＩとカリケマミシンオメガＩＩ（参照：例えば、Ａｇｎｅｗ，Ｃｈｅｍ．Ｉｎｔｌ．Ｅｄ．Ｅｎｇｌ．，３３：１８３−１８６（１９９４））；ディネミシン、ディネミシンＡを含む；ビスホスホネート例えばクロドロネート；エスペラミシン；ならびにネオカルジノスタチンクロモフォア及び関連したクロモタンパク質エンジイン抗生物質クロモフォア）アクラシノマイシン、アクチノマイシン、オートラマイシン、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン、カラビシン、カミノマイシン、カルジノフィリン、クロモマイシン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン、６−ジアゾ−５−オキソ−Ｌ−ノルロイシン、アドリアマイシン、ドキソルビシン（モルフォリノ−ドキソルビシン、シアノモルフォリノ−ドキソルビシン、２−ピロリノ−ドキソルビシン、およびデオキシドキソルビシンを含む）、エピルビシン、エソルビシン、イダルビシン、マルセロマイシン、マイトマイシン（マイトマイシンＣ等）、ミコフェノール酸、ノガラミシン、オリボマイシン、ペプロマイシン、ポトフィロマイシン、ピューロマイシン、ケラミシン、ロドルビシン、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、チュベルシジン、ウベニメックス、ジノスタチン、ゾルビシン；抗代謝薬例えばメトトレキセートと５−フルオロウラシル（５−ＦＵ）；葉酸類似体（例えば、デノプテリン、メトトレキセート、プテロプテリン、トリメトレキセート）；プリン類似体（例えば、フルダラビン、６−メルカプトプリン、チアミプリン、チオグアニン）；ピリミジン類似体（例えば、アンシタビン（ａｎｃｉｔａｂｉｎｅ）、アザシチジン、６−アザウリジン、カルモフール、シタラビン、ジデオキシウリジン、ドキシフルリジン、エノシタビン、フロクスウリジン；アンドロゲン（例えば、カルステロン、プロピオン酸ドロモスタノロン、エピチオスタノール、メピチオスタン、テストラクトン；抗副腎剤（ａｎｔｉ−ａｄｒｅｎａｌ）（例えば、アミノグルテチミド（ｍｉｎｏｇｌｕｔｅｔｈｉｍｉｄｅ）、ミトタン、トリロスタン）；葉酸補給物、例えばフロリン酸；アセグラトン；アルドフォスファミドグリコシド；アミノレブリン酸；エニルウラシル；アムサクリン；ベストラブシル；ビサントレン；エダトラキセート；デメコルシン；ジアジコン；エルフォルミチン；エリプチニウムアセテート；エポチロン；エトグルシド；ガリウムニトレート；ハイドロキシウレア；レンチナン；ロニダイニン；メイタンシノイド例えばメイタンシンとアンサミトシン；ミトグアゾン；ミトキサントロン；モピダンモル；ニトラエリン；ペントスタチン；フェナメット；ピラルビシン；ロソキサントロン；ポドフィリン酸；２−エチルヒドラジド；プロカルバジン；ＰＳＫ多糖複合体（ＪＨＳナチュラルプロダクト、ユージン、オレゴン）ラゾキサン；リゾキシン；シゾフラン；スピロゲルマニウム；テヌアゾン酸；トリアジコン；２，２’，２’’−トリクロロトリエチルアミン；トリコテセン（例Ｔ−２毒素、ベラキュリンＡ、ロリジンＡ、およびアングイディン）；ウレタン；ビンデシン；ダカルバジン；マンノムスチン；ミトブロニトール；ミトラクトール；ピポブロマン；ガシトシン；アラビノシド（「アラ−Ｃ」）；シクロフォスファミド；チオテパ；タキソイド、例えばタキソールパクリタキセル（ブリストルマイヤーズスクイブオンコロジー、プリンストン、ニュージャージー）、アブラキサンクレモフォール−フリー、アルブミン加工ナノ粒子型のパクリタキセル製剤（アメリカンファーマシューティカルパートナーズ、シャウンバーグ、１１１）、およびタキソテールドキセタキセル（ローヌプーランローラー、アントニー、フランス；クロランブシル；ゲムザールゲムシタビン；６−チオグアニン；メルカプトプリン；メトトレキセート；プラチナ類似体、例えばシスプラチン、オキザリプラチン、およびカルボプラチン；ビンブラスチン；プラチナ；エトポシド（ＶＰ−１６）；イホスファミド；ミトキサントロン；ビンクリスチン；ナベルビン；ビノレルビン；ノバントロン；テニポシド；エダトレキセート；ダウノマイシン；アミノプテリン；ゼローダ；イバンドロネート；イリノテカン（カンプトサー、ＣＰＴ−１１）（イリノテカンと５ＦＵ、およびロイコボリンとの処置レジメを含む）；トポイソメラーゼ阻害剤ＲＦＳ２０００；ジフルオロメチルオルニチン（ＤＭＦＯ）；レチノイド、例えばレチノイン酸；カペシタビン；コンブレタスタチン；ロイコボリン（ＬＶ）；オキサリプラチン、オキサリプラチン処置レジメを含む（ＦＯＬＦＯＸ）；ラパチニブ（Ｔｙｋｅｒｂ）；ＰＫＣ−ａ、Ｒａｆ、Ｈ−Ｒａｓ、ＥＧＦＲの阻害剤（例えば、エルロチニブ（Ｔａｒｃｅｖａ））および細胞増殖を低減するＶＥＧＦ−Ａ、ダコゲン、ベルケード、および薬学的に受容可能な塩、酸、或は上記の薬剤の誘導体のうちの１つ以上を含む。

典型的な検出方法
さまざまな実施形態において、この方法はタンパク質および／または核酸の有無またはレベルを評価することを含む。さまざまな実施形態において、この方法は、ＢＨ３プロファイリングの特異性および／または感度を高めることができるタンパク質および／またはの有無またはレベルを評価することを含む。ある実施形態において、評価は患者の反応についてのマーカーの評価である。ある実施形態において、この方法は免疫組織染色法、ウエスタンブロット法、細胞ウエスタンブロット、免疫蛍光染色、ＥＬＩＳＡ、および蛍光活性化細胞ソーティング（ＦＡＣＳ）、またはここに記載されている、或は当該仔術で公知の任意の他の方法の１つ以上を用いる測定を含む。
その方法は、腫瘍の検体（例えば、生検、またはがん組織、または体液）に抗体を接触させて組織または体液に特異的なエピトープを同定することを含み得、そしてそれがんの状況の指標になる。

一般的に、直接法と間接法という二つの方法を用いて体液或は組織における抗原上のエピトープを検出する。直接法は一段階の染色を含み、体液または組織試料中の抗原に直接反応する標識抗体（例えば、ＦＩＴＣをコンジュゲートした抗血清）が関与し得る。間接法は体液または組織抗原反応する非標識の一次抗体および一次抗体と反応する標識二次抗体を含む。標識は放射性標識、蛍光標識、ハプテン標識、例えばビオチン、または酵素、例えば西洋ワサビペルオキシダーゼもしくはアルカリホスファターゼを含み得る。これらのアッセイを実施する方法は当該技術分野で広く知られている。例えば、Ｈａｒｌｏｗｅｔａｌ．（Ａｎｔｉｂｏｄｙ，ＣｏｌｄＳｐｒｉｎｇＨａｒｂｏｒＬａｂｏｒａｔｏｒｙ，ＮＹ１９９８），Ｈａｒｌｏｗｅｔａｌ．（ＵｓｉｎｇＡｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，ＡＬａｂｏｒａｔｏｒｙＭａｎｕａｌ，ＣｏｌｄＳｐｒｉｎｇＨａｒｂｏｒＬａｂｏｒａｔｏｒｙ，ＮＹ１９９９），Ｖｉｒｅｌｌａ（ＭｅｄｉｃａｌＩｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，６^ｔｈｅｄｉｔｉｏｎ，ＩｎｆｏｒｍａＨｅａｌｔｈＣａｒｅ，ＮｅｗＹｏｒｋ，２００７），およびＤｉａｍａｎｄｉｓｅｔａｌ．（Ｉｍｍｕｎｏａｓｓａｙｓ，ＡｃａｄｅｍｉｃＰｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．，ＮｅｗＹｏｒｋ，１９９６）を参照。これらのアッセイをするキットは、例えばクロンテックラボラトリーズ社（ＭｏｕｎｔａｉｎＶｉｅｗ，ＣＡ）から市販されている。

さまざまな実施形態において、抗体は、抗体全体、および／または任意の抗原結合フラグメント（例えば、抗原結合部分）、および／またはこれらの一本鎖（例えば、ジスルフィド結合で相互に接続された少なくとも２本の重（Ｈ）鎖と２本の軽（Ｌ）鎖を含む抗体、Ｖ _Ｌ、Ｖ_Ｈ、Ｃ_ＬおよびＣＨ１ドメインからなる一価フラグメントであるＦａｂフラグメント；ヒンジ領域でジスルフィド架橋により連結した２つのＦａｂフラグメントを含む二価フラグメントであるＦ（ａｂ） _２フラグメント；Ｖ _ＨおよびＣＨ１ドメインでできているＦｄフラグメント；抗体のシングルアームのＶ _ＬおよびＶ_ＨドメインからなるＦｖフラグメントなど）。様々な実施形態において、ポリクローナルとモノクローナル抗体は、ヒトまたはヒト化抗体、またはその機能的なフラグメントが単離されるので、有用である。

様々な種の標的に向けた抗体の結合能を評価する標準的なアッセイは、例えばＥＬＩＳＡ、ウエスタンブロット、ＲＩＡを含め当該技術で公知である。抗体の結合キネティクス（例えば、結合親和性）は、ビアコア解析等による当該技術分野で公知の標準的アッセイによって評価することができる。

別の実施形態において、測定は、核酸の存在、非存在、またはレベルを評価することを含む。当業者であれば適切なマーカーのＤＮＡ／ＲＮＡレベルを検出或は定量するのに使用できる幾多の方法を理解する。

遺伝子の発現は、例えば、低から中プレックスの技術、この例に限らないが、リポータージーンアッセイ、ノーザンブロット、蛍光インサイチュハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）および逆転写ＰＣＴ（ＲＴ−ＰＣＲ）を含めた、技術を用いて測定することができる。遺伝子の発現も、例えば高プレックス技術、この例に限らないが、遺伝子発現の連続分析（ＳＡＧＥ）、ＤＮＡマイクロアレイ、タイリングアレイ、ＲＮＡシークエンス／全トランスクリプトームショットガンシークエンシング（ＷＴＳＳ）、ハイスループットシークエンシング、マルチプレックスＰＣＲ、マルチプレックスライゲーション依存性プローブ増幅（ＭＬＰＡ）、ライゲーションによるＤＮＡシークエンシング、およびルミネックス／ＸＭＡＰ。バイオマーカーに使われるＲＮＡの発現レベルを検出或は測定、マイクロアレー、ＲＴ−ＰＣＲ（ｑＰＣＲを含む）ヌクレアーゼプロテクションアッセイ、ノーザンブロットを含む技術を用いて測定することができる。
典型的ながんと患者

ある実施形態において、この発明は、がん処置を決定するための方法を提供し、かつ、患者の腫瘍またはがん細胞の検体を含む。がん或は腫瘍は制御不能な細胞増殖、および／または細胞生存の異常な上昇、および／または体の器官やシステムの正常な機能を損なうアポトーシスの阻害を指す。がんまたは腫瘍を有する被験体は客観的に測定できるレベルのがん細胞が被験体の体内に存在する被験体である。この発明には良性および悪性のがん、ならびに休止状態の腫瘍または微細転移も含まれる。がんが原発巣から移動して重要な臓器に播種すると影響を受けた臓器の機能悪化によって最終的には被験体に死をもたらす。

様々な実施形態において、この発明は転移前のがんでも転移がんにも適応できる。転移はがんがその原発巣から体の他の場所に広がる事である。がん細胞は原発腫瘍から遊離しリンパ管や血管に浸潤し、血流によって循環し、身体の他の場所の正常組織の遠隔巣で成長する（転移する）。転移は局所或は遠位に起きる。転移は、、原発腫瘍から腫瘍細胞が偶発的に遊離する事、続いて血流よって移動して、遠隔部位で留まる連続的過程である。その新しい場所で細胞が血液供給を確立し、成長して生命を脅かす固まりを作るようになる。腫瘍細胞内の刺激的および阻害的分子経路が転移の過程を制御している、また、腫瘍細胞と遠隔部位の宿主細胞の間の相互作用も重要である。転移の検出には多くの場合、特有の症状のモニタリングの他、磁気共鳴画像法（ＭＲＩ）のスキャン、コンピュタートモグラフィー（ＣＴ）のスキャン、血液血小板数、肝機能検査、胸部Ｘ線検査、骨スキャンの単独または組み合わせを用いて行われる。

ここで記載した方法は、がんの予後、がんの診断、がんの処置、および／または、細胞生存の増加またはアポトーシスの阻害と関連する悪性腫瘍および増殖性障害の診断、予後、処置、予防、または、成長、進行および／もしくは転移の改善に向けられる。ある実施形態において、がんは血液のがんであり、それには、この例に留まらないが例えば急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、多発性骨髄腫、濾胞性リンパ腫、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）、慢性リンパ性白血病、および非ホジキンリンパ腫（例えば限定されないがマントル細胞リンパ腫、およびびまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫が含まれる）が含まれる。ある実施形態において、がんは固形腫瘍であり、例えばこの例に留まらないが、非小細胞肺癌、卵巣がん、および悪性黒色腫が含まれる。

ある実施形態において、この発明は以下に示すがんの１つ以上に関係する：急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、副腎皮質癌、ＡＩＤＳ関連がん、肛門がん、虫垂がん、星状細胞腫（例えば、小児の小脳または大脳）、基底細胞癌、胆管がん、膀胱がん、骨腫瘍（例えば、骨肉腫、悪性線維性組織球腫）脳幹部グリア腫、脳がん、脳腫瘍（例えば、小脳アストロサイトーマ、大脳アストロサイトーマ／悪性グリア腫、上衣腫、髄芽腫、テント上未分化型神経外胚葉性腫瘍、
視路及び視床下部グリオーマ）、乳がん、気管支腺腫／カルチノイド、バーキットリンパ腫、カルチノイド腫瘍、中枢神経系リンパ腫、小脳アストロサイトーマ、子宮頸がん、慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、
慢性骨髄増殖性疾患、結腸がん、皮膚Ｔ細胞性リンパ腫、線維形成性小円形細胞腫瘍、
子宮体がん、上衣腫、食道がん、ユーイング肉腫、頭蓋外胚細胞腫瘍、性腺外胚細胞腫瘍、肝外胆管がん、眼球腫瘍、胆嚢がん、胃（胃）がん、胃腸系間質腫瘍（ＧＩＳＴ）、杯腫瘍（例えば、頭蓋外、性腺外、卵巣）妊娠性トロフォブラスト腫瘍、グリア腫瘍（例えば、脳幹部、大脳星状細胞腫、視路および視床下部）、胃カルチノイド、頭頸部腫瘍、心臓がん、肝細胞（肝臓）がん、下咽頭がん、視床下部と視路グリア腫瘍、眼内黒色腫、膵島細胞癌（内分泌膵臓）、腎臓がん（腎細胞がん）、喉頭がん、白血病（例えば、急性リンパ球性白血病、急性骨髄性白血病、慢性リンパ球性白血病、慢性骨髄性白血病、有毛細胞）、口唇および口腔がん、脂肪肉腫、肝がん、肺がん(例えば、非小細胞肺がん、小細胞肺がん)、リンパ腫（例えば、ＡＩＤＳ関連リンパ腫、バーキットリンパ腫、皮膚Ｔ細胞ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、中枢神経系原発リンパ腫）、髄芽腫、黒色腫、メルケル細胞癌、中皮腫、転移性頸部扁平上皮がん、口腔がん、多発性内分泌腫瘍症候群、多発性骨髄腫、菌状息肉腫、骨髄異形成症候群、骨髄異形成／骨髄増殖性疾患、骨髄性白血病、骨髄性白血病、骨髄性白血病、骨髄増殖性疾患、慢性鼻腔及び副鼻腔がん、鼻咽頭癌、神経芽腫、非ホジキンリンパ腫、非小細胞肺がん、口腔がん、口腔咽頭がん、骨肉腫、卵巣がん、膵臓がん、膵臓がん、副鼻腔及び鼻腔がん、副甲状腺がん、陰茎がん、喉頭がん、褐色細胞腫、松果体星状細胞腫、および／または胚細胞腫、松果体芽細胞腫およびテント上未分化型神経外胚葉性腫瘍、脳下垂体腺腫、プラスマ細胞腫瘍／多発性骨髄腫、胸膜肺芽腫、中枢神経系原発リンパ腫、前立腺がん、腎がん、腎細胞癌（腎臓がん）、腎盂及び尿管がん、網膜芽腫、横紋筋肉腫、唾液腺がん、肉腫（例えば、ユーイングファミリー、カポジ、軟部組織、子宮）、セザリー症候群、皮膚がん（例えば、非黒色腫、黒色腫、メルケル細胞）、小細胞肺がん、小腸がん、軟部組織肉腫、扁平上皮癌、頸部扁平上皮がん、胃がん、テント上未分化型神経外胚葉性腫瘍、Ｔ細胞性リンパ腫、睾丸がん、咽喉がん、胸腺腫及び胸腺癌、甲状腺がん、栄養膜腫瘍、尿管及び腎盂がん、尿道がん、子宮がん、子宮肉腫、膣がん、視路及び視床下部グリア腫瘍、外陰がん、ワルデンストロームマクログロブリン血症、およびウイルムス腫瘍。

一つの実施形態において、がんは急性骨髄性白血病である。急性骨髄性白血病は２番目に多い一般的な白血病であり、アメリカ合衆国では年間に約１万３千人の新規に診断された症例と死者は９千人である。承認済み治療が有るが、多くの白血病患者において予後は悪く良好な処置経過を来すものは少ない。現在行われているＡＭＬに対する標準的な治療はシトシンアラビノシド（ａｒａ−Ｃ）にアントラサイクリン剤（例えばダウノルビシン、イダルビシンまたはミトキサントロンなど）を組み合わせたものである。この治療レジメでは普通高用量のシタラビンおよび／または幹細胞移植がその後に行われる。これらの処置は若い患者に良好な治療結果をもたらした。急性前骨髄球性白血病の処置においても進歩が見られ、オールトランスレチノイン酸（ＡＴＲＡ）または三酸化ヒ素を用いる標的化治療で非常に良い生存率がえられた。しかし、ＡＭＬ症例のほとんどを代表する６０歳以上の患者集団では治療が不可解なままである。６５−８５％の患者は最初に既存の処置に反応するが、その応答者の６５％は再発を経験し、多くの患者は病気に倒れる。少なくともこれらの理由及び前述の処置は非常に強い副作用を伴い得る事から、治療反応を予測できるテストは、これらの訴訟を緩和する処置の使用を手引きする事が出来る。ある実施形態では、本発明は、我々の発明が患者と処置の適合性を合わせる事で成功する処置の可能性を改善する。さらに、現在急性骨髄性白血病の患者の処置に対する反応性を推測する試験はない。

本明細書で使用される用語被験体は、特別に定義されない限り、哺乳動物、例えば、ヒト、マウス、ラット、ハムスター、モルモット、犬、猫、馬、牛、ヤギ、豚、または非ヒト霊長類、例えば猿、チンパンジー、またはバブーンである。用語「被験体」および「患者」は交換可能に使用される。
典型的な検体

ある実施形態において、この発明は腫瘍検体（生検または外科検体の試料を含む）の測定を含む。ある実施形態において、検体は凍結腫瘍組織検体、培養細胞、循環腫瘍細胞、およびホルマリン固定パラフィン包埋腫瘍組織検体（例えば、抗体ベースのＢＨ３プロファイリング）から選択される。ある実施形態において、生検はヒト生検である。様々な実施形態において、生検材料は凍結腫瘍組織検体、培養細胞、循環腫瘍細胞、およびホルマリン固定パラフィン包埋腫瘍組織検体（例えば、抗体ベースのＢＨ３プロファイリング）である。

ある実施形態において、腫瘍検体は生検試料、例えば、凍結腫瘍組織（凍結切片）検体である。当技術分野で公知のように凍結切片には低温槽（冷凍器内にミクロトームを含む）を使用することができる。外科検体は金属の組織ディスク上に置き、次にチャック（ｃｈｕｃｋ）内に固定して約-２０℃〜約-３０℃まで急速凍結する。検体は例えばポリエチレングリコールおよびポリビニルアルコールからなるゲル様の媒体に包埋する。凍結組織はクライオスタットのミクロトーム部分で凍結切断し、切片を必要に応じてガラススライドに載せた後染色する。

ある実施形態において、腫瘍検体は生検試料、例えば、培養細胞である。これらの細胞は当該技術分野で公知である通常の細胞培養の技術を用いて処理され得る。これらの細胞は循環腫瘍細胞でありうる。

ある実施形態において、腫瘍検体は生検試料、例えばホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）の腫瘍組織検体であり得る。当該技術分野で公知のように、生検検体はホルマリン（水およびホルムアルデヒドの混合物）或は他の流体を含む容器に入れ、それを保存することができる。組織試料は熱せられたパラフィンろうを含む型に入れることができる。このろうが冷やされると組織を保護する固体ブロックが形成される。包埋組織を含むパラフィンろうはミクロトームの上に置かれ、非常に薄い組織切片が作製される。

特定の実施形態において、組織検体（または生検）は１００ミリグラム未満の組織を含有し、または、特定の実施形態において、約５０ミリグラム以下の組織を含有する。腫瘍検体（または生検）は約２０ミリグラムから５０ミリグラムの組織、例えば約３５ミリグラムの組織を含有し得る。

組織は例えば一つ以上の（例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、または５つ）針生検（例えば、１４ゲージの針或は他の適当なサイズの針を用いて）として得ることができる。ある実施形態において、生検はカッティングチップを有する長い針をコア針生検の間に使用して、疑わしい領域から柱状の組織を取り出す、コア針生検である。ある実施形態において、生検は、吸引デバイスが、針を介して抜き取られる流体および細胞の量を増加させる、真空支援生検である。ある実施形態において、生検は、針生検を画像化手順、例えば、Ｘ線、コンピューター断層撮影（ＣＴ）、磁気共鳴画像法（ＭＲＩ）または超音波などと組み合わせた画像誘導生検である。他の実施形態において、マンモトーム（登録商標）生検システムのようなデバイス（乳房生検のための、レーザー誘導、真空支援の生検システムである）を介して得ることができる。

特定の実施形態において、検体はヒト腫瘍由来の細胞株である。特定の実施形態において、検体はがん幹細胞である。他の実施形態において、検体は固形腫瘍の生検、例として、結腸直腸原発腫瘍、乳腺原発腫瘍、前立腺原発腫瘍、肺原発腫瘍、膵臓原発腫瘍、腎臓原発腫瘍、または卵巣原発腫瘍などに由来する。

特定の実施形態において、検体は上皮由来である。ある実施形態において、上皮検体は、固体マトリックスまたはビーズに結合させた抗上皮細胞接着分子（ＥｐＣＡＭ）または他の上皮細胞結合抗体を用いて生検試料からの選択によって濃縮する。

特定の実施形態において、検体は、間葉起源の検体である。特定の実施形態において、間葉の検体は、神経細胞接着分子（Ｎ−ＣＡＭ）またはニューロピリン、または他の間葉細胞結合抗体を用いて生検試料からの選択によって濃縮される。

特定の実施形態において、検体は、非固形腫瘍の生検、例えば本明細書に記載したがんのいずれかなどに由来する。具体的な実施形態において、検体が多発性骨髄腫、急性骨髄性白血病、急性リンパ球性白血病、慢性リンパ性白血病、マントル細胞リンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、および非ホジキンリンパ腫を有する患者の生検に由来する。具体的な実施形態において、検体は、固体マトリックスまたはビーズに結合させた抗ＣＤ１３８抗体ビーズを用いて生検試料からの選択により濃縮される多発性骨髄腫細胞である。具体的な実施形態において、検体は、の試料をＣＤ４５に向けた抗体に結合させることによって濃縮する急性骨髄性白血病細胞である。具体的な実施形態において、検体は、非Ｂ細胞の除去のより濃縮される慢性リンパ性白血病または、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫である。

ある実施形態において、検体は循環腫瘍細胞に由来する。
ＢＨ３プロファイリング

様々な実施形態において、この発明はＢＨ３プロファイリングを含む。様々な実施形態において、本発明は、少なくとも２種、または３種、または４種、または５種、または６種、または７種、または８種、または９種、または１０種のＢＨ３ペプチドを一度に評価する、ＢＨ３プロファイリングを含む。ある実施形態において、本発明の方法は、単一のＢＨ３ペプチドの評価とは対照的に、マルチペプチド解析を含む。ある実施形態において、ＢＨ３ペプチドのパネルを単一患者検体に対してスクリーニングする。

ある実施形態において、ＢＨ３プロファイリングはペプチドの使用を含み、ここで、該ペプチドは、ＢＩＭ、ＢＩＭ２Ａ、ＢＡＤ、ＢＩＤ、ＨＲＫ、ＰＵＭＡ、ＮＯＸＡ、ＢＭＦ、ＢＩＫ、およびＰＵＭＡ２Ａのうちの１つ以上である。ある実施形態において、ＢＨ３プロファイリングは、ＢＩＭ、ＢＩＭ２Ａ、ＢＡＤ、ＢＩＤ、ＨＲＫ、ＰＵＭＡ、ＮＯＸＡ、ＢＭＦ、ＢＩＫ、およびＰＵＭＡ２Ａの１つ以上に対する抗体、ならびに２つのＢｃｌ−２タンパク質、例えば、第１のＢｃｌ−２タンパク質（例えば、Ｂｉｍ、Ｂｉｄ、Ｂａｄ、Ｐｕｍａ、Ｎｏｘａ、Ｂａｋ、Ｈｒｋ、ＢａｘまたはＭｕｌｅ）および第２のＢｃｌ−２タンパク質（例えば、Ｍｃｌ−１、Ｂｃｌ−２、Ｂｃｌ−ＸＬ、Ｂｆｌ−１、またはＢｃｌ−ｗ）の間に形成される天然に存在するヘテロダイマーの使用を含み、これは米国特許第８１６８７５５号に記載されているとおりであり、該特許の全内容が、ここに参考文献として援用される。ある実施形態において、ＢＨ３プロファイリングは張り合わせペプチド（ＳＴＡＰＬＥＤＰＥＰＴＩＤＥ）（例えば、タンパク質をより強固にし細胞に浸透できるようにするための、３Ｄアルファヘリックスタンパク質部分を、炭化水素結合を用いて合成的強化することにより生成したペプチド）（たとえば、ベルジン等執筆「細胞内薬剤標的の為の張り合わせペプチド」ＭＥＴＨＯＤＩＮＥＮＺＹＭＯＯＧＹ，ＶＯＬＵＭＥ５０３（Ｃｈａｐ．１），（その内容は全てが参考文献によりここに援用される））の使用を含む。

１つの実施形態において、ペプチドは約０．１〜２００μＭの濃度で使用する。ある実施形態において、約０．１〜約１５０、または約０．１〜約１００、または約０．１〜約５０、または約０．１〜約１０、または約０．１〜約５、約１〜約１５０、または約１〜約１００、約１〜約５０、約１〜約１０、約１〜約５μＭ、または約１０〜約１００μＭのペプチドが使用される。ある実施形態において、約０．１、または約０．５、または約１．０、または約５、または約１０、または約５０、または約１００、または約１５０、または約２００μＭのペプチドの濃度を使用する。１つの実施形態において、ＢＨ３プロファイリングは検体を透過処理することを含む。

ＢＨ３プロファイリングとかかる方法に有用な試薬については米国特許第７８６８１３３号、同第８２２１９６６号、および同第８１６８７５５号、ならびに米国特許公開第２１１／０１３０３０９号（その内容が、全体としてここに参考文献として援用される）に記載される。

簡潔には、理論に拘束されるものではないが、異常な表現型の結果として、がん細胞は、アポトーシス経路におけるブロックを発達させる。これらのブロックにより、がん細胞をある種の療法に対して耐性にし、かつ、驚いた事に、他の療法に対して一部のがん細胞を感受性にする。「癌遺伝子中毒」という概念は、がん細胞が生存のためにある種のタンパク質に対する依存性、または、それへの嗜好をを獲得する現象を記載する。ＢＨ３プロファイリングは、所与のがん細胞に特定のアポトーシス制御タンパク質へのかかる依存性が生じるかを決定し、そしてその依存性タンパク質を同定する。がん細胞は、何時もそうである訳ではないが、アポトーシスを受けるようにあらかじめ設定されている可能性があり、また、これは、これらの細胞が、別段の偶然の生存のため、抗アポトーシスのＢｃｌ−２ファミリータンパク質のいずれかまたは全てに依存性であるという機能である。この事でがん細胞が処置に対して反応の可能性の予測を提供する。

がん細胞は、理論に拘束されるものではないが、ＤＮＡ損傷、遺伝的不安定性、増殖因子異常シグナル伝達、および異常か欠損したマトリックスの相互作用（これらのいずれかは、典型的には内因性（ミトコンドリア性）のアポトーシス経路を介してアポトーシスを誘導するはずである）などの異常を示す。しかしこれらのアポトーシスシグナルに反応するよりはむしろ、がん細胞は生存する。そうすることで、しばしば、これらの細胞は慢性的なアポトーシスシグナルに対する選択的ブロックに高度に依存するようになる。この適応はがん細胞に生存の仕組みを与えるが、しかし、このような適応は特定のアポトーシス誘導治療法に対してがん細胞を感受性にもし得る。細胞を内因性アポトーシスによる死へ付す極めて重要な事象は、ミトコンドリア外膜の透過性（ＭＯＭＰ）およびエフェクターであるカスパーゼを活性化する分子の放出である。多くの例で、ＭＯＭＰは内因性アポトーシス経路における戻りのない小領域である。Ｂｃｌ−２ファミリータンパク質はＭＯＭＰの重要な制御分子であり、それらの活性は、リンパ系のがんや幾つかの固形腫瘍のがんと関連しており、多くのがんでは、化学治療に対する耐性を司る重要な媒介物質であると考えられている。

Ｂｃｌ−２タンパク質は生存促進（抗アポトーシス）メンバーおよびアポトーシス促進メンバーの間の識別可能なタンパク質-タンパク質相互作用によって制御されている。これらの相互作用は、主にＢＨ３（Ｂｃｌ−２ホモロジードメイン−３）媒介性結合を介して起こる。アポトーシス開始のシグナル伝達は大部分の場合はミトコンドリアの上流で起こり、短いＢＨ３のみを有するＢｃｌ−２ファミリーメンバーがミトコンドリアに移動して、そこでＭＯＭＰを活性化する、またはそれを感受性にする。活性型ＢＨ３のみを有するタンパク質、Ｂｉｍ、およびＢｉｄはエフェクターであるアポトーシス促進タンパク質、ＢａｘおよびＢａｋと結合し直接活性化する、そして又抗アポトーシスＢｃｌ−２ファミリータンパク質、Ｂｃｌ−２、Ｍｃｌ−１Ｂｆｌ−１、Ｂｃｌ−ｗ、およびＢｃｌ−ｘＬに結合してそれをを阻害する。感受性増強型ＢＨ３タンパク質であるＢａｄ、Ｂｉｋ、Ｎｏｘａ、Ｈｒｋ、Ｂｍｆ、およびＰｕｍａは抗アポトーシス型のＢｃｌ−２ファミリータンパク質、Ｂｃｌ−２、Ｍｃｌ−１Ｂｆｌ−１、Ｂｃｌ−ｗ、およびＢｃｌ−ｘＬ、とだけ結合し、それらの抗アポトーシス機能をブロックする。理論に拘束されるものではないが、各感受性増強型タンパク質はユニークな特異性プロファイルを持つ。例えばＮｏｘａ（ＡおよびＢ）はＭｃｌ−１と高い親和性をもって結合し、ＢａｄはＢｃｌ−ｘＬとＢｃｌ−２とは結合するがＭｃｌ−１とは非常に弱くしか結合せず、Ｐｕｍａはこれら３つの標的全てに良く結合する。これらのタンパク質の抗アポトーシス機能は活性型ＢＨ３タンパク質ＢｉｍおよびＢｉｄの分離である。これらの活性型ＢＨ３タンパク質を感受性増強型のペプチドによって置き換えるとＢａｘ／Ｂａｋ媒介性のアポトーシスの決定がもたらされる。これらの相互作用は様々な結果を有し得、例えばこの例に限らないが、恒常性、細胞死、アポトーシスに対する感受性の増加、およびアポトーシスの妨害が挙げられる。

アポトーシスのシグナル伝達がブロックされるがん細胞の性状を定義すると、ミトコンドリア表面でＢＨ３のみを有する活性型タンパク質の蓄積であり、抗アポトーシスタンパク質によってこれらのタンパク質は分離される結果となる。それらのエフェクター標的にたいする蓄積と近接は、「ＢＨ３を活性化した」状況においてＢｃｌ−２ファミリータンパク質のアンタゴニスト作用に対して感受性を増加する原因となる。

ある実施形態において、細胞がＮｏｘａ（ＡまたはＢ）に対する高いアポトーシスの反応を持つ場合はＭｃｌ−１が活性化されており、一方Ｂａｄペプチドに対する高い反応はＢｃｌ−ｘＬまたはＢｃｌ−２がアポトーシスブロックをする事を示唆する。ある実施形態において、Ｐｕｍａは全Ｂｃｌ−２ファミリープライミングを反映する。このように、Ｍｃｌ−１又はＢｃｌ−ｘＬのいずれかに、その両方のタンパク質に、或は数種のＢｃｌ−２ファミリーメンバーに依存している細胞は容易に区別でき、それで適切な処置が結果的に適合するようにし得る。ミトコンドリアのこれらのペプチドに対する反応の違いは、Ｍｃｌ−１またはＢｃｌ−ｘＬによって影響された内因性シグナル伝達経路に送り込む経路を介して働くと知られている所の治療の使用を手引きする。Ｂｃｌ−２阻害或はＭｃｌ−１阻害化合物の使用はこのような場合に示され得る。ある実施形態において、本発明のこの方法はまたＭｃｌ−１又はＢｃｌ−ｘＬの上流の実体を標的とするような治療を示すか又は禁忌とする。

ＢＨ３プロファイリングアッセイはがん細胞がプライミングの状態にある、ならびにプライミングが起こっている構造にあるときを識別し、これは予測値を有する。
典型的な臨床因子と追加的バイオマーカー

ある実施形態において、この発明は臨床因子の評価を含む。ある実施形態において、この発明は、ＢＨ３プロファイリングおよび／または患者の反応を評価するための臨床因子の評価を含む。ある実施形態において、ＢＨ３プロファイリング研究と患者の反応に関する情報を提供する臨床因子との組み合わせはアポトーシスに関連しないかもしれない。ある実施形態において、臨床因子はアポトーシス以外に影響を与える。

一つの実施形態において、臨床因子は表３に示される。

一つの実施形態において、臨床因子は年齢、細胞遺伝学的状態、パフォーマンス、組織学的サブクラス、性別、および病期のうちの１つ以上である。

一つの実施形態において臨床因子は年齢である。一つの実施形態において患者の年齢プロファイルは約１０歳以上、または約２０歳以上、または約３０歳以上、または約４０歳以上、または約５０歳以上、または約６０歳以上，または約７０歳以上，または約８０歳以上で分類される。

一つの実施形態において臨床因子は細胞遺伝学的状態である。ある種のがん、例えばウイルムス腫瘍と網膜芽細胞腫では、例えば、遺伝子欠失、または遺伝子不活性化は、がんの進行が始まる事に重要である、つまり腫瘍抑制に関連している染色体領域には普通欠失或は変異があるからである。例えば、欠失、逆位、および転位はグリア腫瘍、非小細胞肺がん、白血病、および黒色腫において普通染色体９ｐ２１領域で検出される。理論に拘束されるものではないが，これらの染色体変化は腫瘍サプレッサーのサイクリン依存性キナーゼ阻害２Ａを不活性化する。特定の遺伝子におけるこれらの欠失とともに、大きな染色体領域の欠損が認められることもある。例えば、染色体１ｐおよび１６ｑは固形腫瘍細胞において一般に失われている。遺伝子重複や遺伝子コピー数の増加もがんに寄与し得、また転写解析或はコピー数変動アレイで検出できる。例えば，染色体領域１２ｑ１３−ｑ１４は多くの肉腫において増幅されている。この染色体領域はｐ５３と呼ばれる腫瘍サプレッサーに結合することが公知のＭＤＭ２と呼ばれる結合タンパク質をコードする。ＭＤＭ２が増幅されるとＰ５３による細胞増殖の制御を抑制する事で腫瘍が形成され得る。さらに、ある腫の乳がんはヒト表皮増殖因子受容体２の過発現およびヒト表皮増殖因子受容体２をコードするＥＲＢＢ２遺伝子のコピー数の増加と関連している。そのほか、染色体数の増加、例えば染色体１ｑおよび３ｑはまたがんの危険性の増加と関係している。

細胞遺伝学的状態は当該技術分野で公知の様々な方法で測定することができる。例えば、ＦＩＳＨ、典型的な核型分析および仮想核型分析（例えば、比較ゲノムハイブリダイゼーションアレイ（ＣＧＨ）と一塩基多型アレイ）が用いられ得る。例えば，ＦＩＳＨは特定の遺伝子座における染色体再構成を調べるのに使われ得、またこれらの現象は疾患のリスク状態に関連している。ある実施形態において、細胞遺伝学的状態は好ましい、好ましくない、どちらとも言えないである。

一つの実施形態において臨床因子はパフォーマンスである。パフォーマンスステータスは色々なシステムを用いて定量でき、患者のパフォーマンスステータスをスコア化するための方法は当該技術分野で公知である。この測定はしばしば患者が化学療法を受けることができるのかどうか、用量調節の調節，また緩和ケアの強度について決定するために使用される。色々な点数化の方法があり、それらとしては、カルノフスキースコアとズブロッドスコアが挙げられる。パラレルスコアリングシステムは全身機能の全体的評価（ＧＡＦ）スコア（これは精神科においては診断と統計学的指針（ＤＳＭ）の５番目の軸として組み込まれている）が挙げられる。高度パフォーマンスステータス（例えば、カルノフスキースコアを用いて少なくとも８０又は少なくとも７０％）は、疾患状態の進行を防止するための、および、化学療法および／または放射線処置を受ける患者の能力を増強するための処置を示し得る。例えば、これらの実施形態において、患者は外来であり自己管理できる。他の実施形態において、評価が、患者が低いパフォーマンスステータス（例えば、カルノフスキースコアリングシステムを用いて５０％未満、３０％未満、または２０％未満）であることを示し、従来の放射線療法および／または化学療法に耐性を可能にすべき事を示す。これらの実施形態において、患者はほとんど寝たきりか車いす生活で自己管理できない。

カルノフスキースコアは１００から０に及び、１００が「完全な」健康で０は死である。スコアは１０の間隔で付けられ得る、つまり１００％は正常、合併症が無く、病気の徴候が無い。９０％は正常の活動が可能だが幾つか病気の症状または徴候がある。８０％は正常な活動であるが幾つかの困難を伴い幾つかの症状または徴候がある。７０％は、自己管理は出来るが正常の活動や仕事ができない。６０％は介助が少し必要であり大多数の個人的要件は自己管理できる。５０％は介助がしばしば必要であり頻繁な医療介護が必要である。４０％は障害を持ち、特別な介護が必要である。３０％は高度の障害を持ち入院が示唆されるが死の危険性は無い。２０％は非常に病状が悪化した状態で緊急の入院が必要で支持処置（ｓｕｐｐｏｒｔｉｖｅｍｅａｓｕｒｅ）または処置（ｔｒｅａｔｍｅｎｔ）が必要である。１０％は瀕死の急激に進行する致死的疾患過程である。

パフォーマンスステータスについてのズブロッドスコアリングシステムは以下を包含する：０完全に活動的、制限なしにすべての前病パフォーマンスを実行できる。１身体的に激しい活動に制限があるが歩行可能で軽い或は座って行う性質の仕事、例えば、軽度の家での仕事、オフィスワークが出来る。２、歩行可能ですべての自己管理が出来るが覚醒時間の約５０％以上であらゆる仕事活動ができない。３、限定された自己管理しか可能でなく、覚醒時間の５０％超をベッド或はイスで過ごす。４、完全に障害のある状態で、自己管理が全く出来ず、寝たきり又は何時も座っている。５、死。

一つの実施形態において臨床因子は組織学的サブクラスである。ある実施形態において、腫瘍の組織試料はＥｌｓｔｏｎ＆Ｅｌｌｉｓ，Ｈｉｓｔｏｐａｔｈｏｌｏｇｙ１９９１，１９：４０３−１０（その内容はその全体として本明細書に参考として組み込まれる）に従ってグレード付けする。

一つの実施形態において臨床因子は性別である。一つの実施形態において、性別は男性である。他の実施形態において性別は女性である。

一つの実施形態において臨床因子は病期である。非限定的例として、ステージグループ分けを使用すると、ステージＩがんは体内の一カ所に局在している。ステージＩＩとＩＩＩがんは局所的に進行している。がんがステージＩＩとしてまたはステージＩＩＩとして指定されるかは、がんの特定の種類に依存する。一つの非限定的な例として、ホジキン病ではステージＩＩは横隔膜の上か下の一側のみのリンパ節が影響を受け、一方、ステージＩＩＩは上および下のリンパ節が影響を受けたことを示す。ステージＩＩおよびＩＩＩについての特別の診断基準は、それゆえ診断によって異なる。ステージＩＶがんは多くの場合転移が認められ、他の臓器へのまたは全身へ拡散している。

ある実施形態において臨床因子は血液病に対するフランス−米国−英国（ＦＡＢ）分類システム（例えば、骨髄発生不全の存在ならびに骨髄芽球および赤血芽球の定量を示す）である。一つの実施形態において、急性リンパ芽球性白血病の為のＦＡＢはＬ１−Ｌ３であるか、又は急性骨髄性白血病についてはＭ０−Ｍ７である。

別の実施形態においてこの方法は変異状態、一塩基多型、定常状態のタンパク質レベル、および動的タンパク質レベルから選択される追加的なバイオマーカーの測定をさらに含む。別の実施形態において、この方法は患者の臨床的反応を予測することをさらに含む。別の実施形態において、臨床反応は約１、約２、約３、または約５年に渡る進行／発症が無い状態での生存である。

各種の臨床因子、例えば年齢プロファイルおよびパフォーマンスステータスが同定されている。いくつかの診断の統計学的な測定法も使用されており、それらとしては、例えば細胞遺伝学および分子事象（これらの例に限らないが、遺伝子ＭＬＬ、ＡＭＬ／ＥＴＯ、Ｆｌｔ３−ＩＴＤ、ＮＰＭ１（ＮＰＭｃ＋）、ＣＥＢＰａ、ＩＤＨ１、ＩＤＨ２、ＲＵＮＸ１、ｒａｓ、およびＷＴ１の変異、およびエピジェネティク修飾遺伝子ＴＥＴ２およびＡＳＸＬにおける変異、ならびに細胞シグナリングタンパク質プロファイルが挙げられる）が挙げられる。

ある実施形態において本明細書に記載された方法により手引きされるとおり、本予防的手法は、がんによって苦しめられている可能性のある患者に対し処置をほどこすことを含む。ある実施形態において、被験体ががんに対してハイリスク、がんの遺伝的素因（例えば遺伝の危険因子）、がんの既往歴（例えば、新規がんおよび／または再発）、がんの家族歴、がん誘発剤に対する暴露（例えば、環境物質）および薬理遺伝学的情報（遺伝型の薬物動態、薬力学に対する効果、または治療薬の効果プロファイル）のうちの１つ以上の特徴を示す場合、被験体はがんを罹患している可能性がある。

ある実施形態において被験体はがんに対してハイリスクを特徴とする場合、被験体はがんに苦しめられる可能性がある。ある実施形態において被験体はもしがんに対する遺伝的素因の特徴を示すならば、がんに苦しめられる可能性がある。ある実施形態においてがんに対する遺伝的素因は、当該技術分野で公知なように、遺伝的臨床因子である。このような臨床因子は、例として、少なくとも結腸がん、子宮がん、小腸がん、胃がん、尿路がんについてのＨＮＰＣＣ、ＭＬＨ１、ＭＳＨ２、ＭＳＨ６、ＰＭＳ１、ＰＭＳ２を含み得る。ある実施形態において、被験体が以前のがんの発症によって特徴づけられる場合、被験体はがんによって苦しめられる可能性がある。ある実施形態において、被験体は１、または２、または３、または４、または５、または６回のがんの以前の発症に苦しめられていた。ある実施形態において被験体ががんの家族歴によって特徴づけられる場合、被験体ががんに苦しめられる可能性がある。ある実施形態において、および／または祖父母および／または同胞および／または叔母／叔父および／または大叔父／大叔母、および／または従兄弟従姉妹が今まで又は現在がんに苦しめられている。ある実施形態において、被験体はもしがん誘発物質（例えば、環境物質）に暴露されることを特徴とする場合、がんに苦しめられる可能性がある。例えば皮膚の強力な日光への暴露は皮膚癌の臨床因子である。例として、喫煙は肺、口、喉頭、膀胱、腎臓、およびいくつかの他の臓器のがんの臨床因子である。

さらに、ある実施形態において次の臨床因子の任意の１つはここで述べる方法で有用であり得る：性別，遺伝的危険因子、家族歴、個人歴、人種、民族性、特定の組織の性質、様々な良性状態（例えば、非増殖性病変）；以前に受けた胸部Ｘ線、発癌物質への暴露など。

さらに，ある実施形態において以下の臨床因子の任意の１つは本明細書に記載する方法において有用であり得る：細胞表面抗原マーカーＣＤ３３，細胞表面マーカーＣＤ３４，ＦＬＴ３変異状態、ｐ５３変異状態、ＭＥＫ１キナーゼのリン酸化状態、およびＢｃｌ−２の７０位のセリンのリン酸化のうちの１つ以上。

ある実施形態において臨床因子はサイトカインの発現レベルであり、これらの例に限らないがインターロイキン−６を含む。ある実施形態において、インターロイキン−６レベルは多発性骨髄腫の患者の反応の可能性に関連しており、それらとしては、患者の不良な予後または患者の良好な予後を含む。

特定の実施形態において、反応の可能性はプライミングのパーセントで決定される。特定の実施形態においてプライミングは以下の数式で定義される。

式中、ＡＵＣは曲線下面積或はシグナル強度のいずれかを含む；ＤＭＳＯはベースラインの陰性対照を含む；ＣＣＣＰ（カルボニルシアニドｍ−クロロフェニルヒドラゾン）はミトコンドリアの電子伝達鎖における電子担体の正常な活性（ｎｏｒｍａｌａｃｔｉｖｉｔｙ）の間に確立されたプロトン勾配の脱共役薬として働くことによるタンパク質合成エフェクターを含み、それはベースラインの陽性対照を含む。ある実施形態において、曲線下面積は均一時間分解蛍光（ＨＴＲＦ）によって確立される。ある実施形態において、時間は約０から約３００分、から，約０から３０分の間のウインドウにわたって生じる。ある実施形態において曲線下面積は蛍光活性化細胞識別（ＦＡＣＳ）によって確立される。ある実施形態において、シグナル強度は約５分および約３００分の間で生じる単一時間点の測定値である。

別の実施形態において本方法は、ＢＨ３プロファイリングアッセイおよび細胞表面マーカーＣＤ３３、細胞表面マーカーＣＤ３４、ＦＬＴ３変異状態、ｐ５３変異状態、ＭＥＫ１キナーゼのリン酸化状態，およびＢｃｌ−２の７０番目のセリンのリン酸化の１つ以上を測定すること、ならびにシタラビン又はシタラビン系の化学療法および／もしくはアザシチジンによる急性骨髄性白血病の患者の処置効果に相関させることを含む。

別の実施形態において、本方法は、ＢＨ３プロファイリングアッセイおよび細胞表面マーカーＣＤ３３、細胞表面マーカーＣＤ３４、ＦＬＴ３変異状態、ｐ５３変異状態、ＭＥＫ１キナーゼのリン酸化状態，およびＢｃｌ−２の７０番目のセリンのリン酸化の１つ以上を測定すること、ならびに化学療法による多発性骨髄腫の患者処置の効果に相関させることを含む。

さらに他の実施形態においてがんは急性骨髄性白血病および／または多発性骨髄腫であり、臨床因子は年齢プロファイルおよび／または細胞遺伝学的状態であるか、またはがんは急性骨髄性白血病および／または多発性骨髄腫であり、がん処置はシタラビンもしくはシタラビン系化学療法および／またはアザシチジンであるか、またはがん処置はシタラビンもしくはシタラビン系化学療法および／またはアザシチジンであり、臨床因子は年齢プロファイルおよび／または細胞遺伝学的状態であるか、または、がん処置はシタラビンもしくはシタラビン系化学療法および／またはアザシチジンであり、がんは急性骨髄性白血病および／または多発性骨髄腫であり、臨床因子は年齢プロファイルおよび／または細胞遺伝学的状態である。

この発明はまた腫瘍またはがん細胞検体の評価を簡便化できるキットを提供する。本発明の典型的なキットは様々な試薬、例えばＢＨ３ペプチドを検出する１つ以上の剤を含む。キットはまた様々な検出方法で有用な試薬、例えば抗体などをふくむ、検出のための１つ以上の試薬を含み得る。そのキットはウエルのあるプレート、シリンジなどを含む、評価に必要な材料をさらに含み得る。そのキットはラベルまたは記載の試薬の使用方法が記載された印刷された説明書をさらに含み得る。そのキットは試験されるべき処置をさらに含み得る。

用語の「約（ａｂｏｕｔ）」は参照される数の表示と関係して使用される場合、参照される数の表示にその参照される数の表示の最大１０％を加算または減算したものを意味する。例えば「約５０」という言語は４５から５５の範囲を網羅する。

本明細書で使用される場合、用語「含む」およびその変形は、一覧における項目の言及が、本技術の材料、組成物、デバイス、および方法においてまた有用であり得る他の同様の項目の除外に対するものではないように、非限定的であることが意図される。同様に、用語「できる（ｃａｎ）」および「し得る（ｍａｙ）」、およびそれらの変形は、ある実施形態が特定の要素または特徴を含むことができるかまたは含み得るという記載が、これらの要素または特徴を含まない本技術の他の実施形態を除外しないように、非限定的であることが意図される。含む、含有する、または有するなどの用語と同語である、オープンエンド型の用語「含む」は、本発明、本発明の技術またはその実施形態を記載および特許請求するために本明細書で使用されるが、より限定的な用語（例えば、引用された成分「からなる」または「から本質的になる」）を用いて代替的に記載され得る。

定義付けされない限り、すべての技術的、および科学的用語は、本明細書では、本発明が属する当業者によって一般的に理解される用語と同じ意味を有する。本明細書に記載のものと類似または同等の、任意の方法および材料は、この発明の実施或は試験で使用することができるが、好ましい方法および材料は本明細書に記載されている。ここで引用されたすべての出版物、特許および特許公開は、全ての目的のため、その全体が引用文献として本明細書に記載されている。

この発明は次の非限定的実施例でさらに例示する。

実施例１：治療開発での細胞ベースの研究
方法：試験細胞については、一ウェルあたり７．５×１０３細胞を、反応緩衝液（３００ｍＭトレハロース，ＨＥＰＥＳ−ＫＯＨｐＨ７．４，８０ｍＭＫＣｌ，１ｍＭＥＧＴＡ，１ｍＭＥＤＴＡ，０．１％ＢＳＡ，および５ｍＭコハク酸塩）に懸濁させた。細胞を、ジギトニンで透過処理し、陽イオン性色素ＪＣ−１及びβ−メルカプトエタノールで負荷した。次に、細胞を３８４ウェルプレートのウェルに等分し、ＢＨ３ドメインペプチド：Ｂｉｍ、Ｂｉｄ、Ｂａｄ、ＮｏｘａＡ、Ｂｉｍ２Ａ、Ｐｕｍａ、Ｂｍｆ、ＨｒｋおよびＢｉｋのうちの１つとともにインキュベートした。このアッセイに使用するペプチドは合成されたものでＨＰＬＣによって決定された場合９５％を超えて純粋であった。ペプチドの本質は質量分析で確認された。ＤＭＳＯビヒクルコントロールをネガティブコントロールとして含んだ。完全なミトコンドリア膜脱分極を、この細胞を１ｍＭＦＣＣＰ（ｐ−トリフルオロメトキシカルボニルシアニドフェニルヒドラゾン）で処理することによって測定し、この試料をアッセイの標準およびポジティブコントロールとして役立てた。ペプチド（とＦＣＣＰ）を加えると、適切にプライムされた細胞において膜電位が下がり、これはＴｅｃａｎＧｅｎｉｏｓプレートリーダーで励起５４５ｎｍ発光５９０ｎｍを用いＪＣ−１蛍光の減少で測定される。この過程のキネティクスはそれぞれのペプチドで違っており、またエンドポイントは、１８０分の時間経過にわたるキネティクストレースから達成し、記録した。それぞれのペプチドでの蛍光減少はＦＣＣＰ反応に対して正規化され、膜電位の損失パーセント（％ＤＹｍ）として記録した。各実験は、それぞれの細胞株について三連で実行した。

サイクリン依存性キナーゼ阻害剤開発：治療阻害剤活性によってビンに入れられた細胞株とのＢＨ３プロファイリングの相関は、アポトーシス促進性ペプチド識別が、細胞周期に影響を及ぼす開発中の治療薬に対する応答を識別するために細胞株に対して利用されてきたことを示す。このような細胞株からの代表的ＢＨ３プロファイリングデータは図１に示され、この細胞株に対する細胞周期調節剤の治療効果は図２に示されている。固形腫瘍悪性疾患に由来する８つの接着細胞株のパネルの完全なＢＨ３プロファイルは、図３に示され、一方、非固形腫瘍に由来する浮遊細胞株で試験したすべてのペプチドについてのＢＨ３プロファイルは図４に示される。接着及び浮遊細胞株の両方でのサイクリン依存性キナーゼ阻害剤についての治療効果ならびに定量化したＢＨ３プロファイリング測定基準は表１にまとめている。特に低濃度ＢＩＭペプチドに対するパーセント反応は浮遊細胞株と接着細胞株両方において治療活性と相関する（図５，６）。ＮＯＸＡぺプチドおよびＰＵＭＡペプチドに対するパーセント反応は、特にＢＩＭと併用（ＮＯＸＡ＋ＢＩＭ接着細胞；ＰＵＭＡ＋ＢＩＭ浮遊細胞）した場合、識別に向かった傾向を有した。

細胞周期調節剤は、細胞周期を乱し、それゆえ主として細胞増殖阻害剤として働くように固有に設計されている。他方、ＢＨ３プロファイリングは、アポトーシス促進性の指示を引き起こす細胞の傾向を測定するようにデザインされている。したがって、この実施例に記載されているデータは、とりわけ，アポトーシス促進性の指示と機構的に関連しない薬剤の治療効果を予想する為のこのＢＨ３プロファイリングアプローチの予期しない診断的使用を表している。

ＢＨ３ミメティック（ＭＣＬ−１阻害剤開発）：治療阻害剤活性によってビンに入れられた細胞株とのＢＨ３プロファイリングの相関は、アポトーシス促進性ペプチドが浮遊細胞（図７）と接着細胞（図９）両方における効果（ｅｆｆｉｃａｃｙ）を識別することを示す。特に、低ＢＩＭ、ＰＵＭＡ、ＮＯＸＡ、ＢＡＤおよびＨＲＫペプチドに対するパーセント反応はすべて個々に浮遊細胞株における治療活性に相関している。浮遊細胞株における治療効果に相関する多元的マーカーアルゴリズムはＢＩＭ＋ＰＵＭＡ、ＢＩＭ＋ＮＯＸＡ、ＰＵＭＡ＋ＮＯＸＡ、ＢＩＭ＋ＰＵＭＡ＋ＮＯＸＡ、ＢＩＭ＋ＰＵＭＡ＋ＮＯＸＡ＋ＨＲＫおよびＢＩＭ＋ＰＵＭＡ＋ＮＯＸＡ＋ＨＲＫ＋ＢＡＤを含む（図８）。固形腫瘍由来の接着細胞株において、ＢＩＭ、ＰＵＭＡおよびＮＯＸＡはそれぞれ個々にＭＣＬ−１阻害剤効果と相関がある、一方相関性を示す多元マーカーアルゴリズムは、浮遊細胞株での相関性について上に述べたものと同一である（ＢＩＭ＋ＰＵＭＡ、ＢＩＭ＋ＮＯＸＡ、ＰＵＭＡ＋ＮＯＸＡ、ＢＩＭ＋ＰＵＭＡ＋ＮＯＸＡ、ＢＩＭ＋ＰＵＭＡ＋ＮＯＸＡ＋ＨＲＫおよびＢＩＭ＋ＰＵＭＡ＋ＮＯＸＡ＋ＨＲＫ＋ＢＡＤ）（図１０）。

このデータは、とりわけ、多元的マーカーアプローチが治療効果を予想する上で個々のマーカーよりも情報を加えるであろうことを示す。この知見は、ＭＣＬ−１が、主に、Ｎｏｘａによって特異的に、そしてＰＵＭＡ（ＢＣＬ２およびＢＣＬ−ｘＬにも結合する）によって非特異的に調節されることを鑑みると予想されないものである。これらのアプローチのなかで多数のマーカーを含有する事によって付与される重み付けは、ＭＣＬ−１阻害剤個々より治療効果に相関している。治療効果とＢＨ３プロファイリングの個々のマーカーアルゴリズムおよび多元的マーカーアルゴリズムについてのデータは表２に提供される。

キネシンスピンドルタンパク質（ＫＳＰ）阻害剤開発：ＫＳＰ阻害剤は８つの多発性骨髄腫／白血病由来のヒト細胞株に対する抗増殖アッセイでテストされた。ＢＨ３プロファイリングは同時にこれらの細胞株に対して行われた。データは、化合物の抗増殖特性とＢＨ３プロファイリング読み出し（個々にＰＵＭＡおよびＢＡＤに対する％プライミング）との間に強力な相関を与える（図１１）。

ＫＳＰ阻害剤活性の相関性は、ＭＣＬ１タンパク質のレベルによって調節され得る。もしこれが単一機構であるならば、ＭＣＬ１の調節因子としてのＮｏｘａが効果の適切な予想因子になるであろうことを予想し得る。実際、ＰＵＭＡ（ＭＣＬ１、ＢＣＬ２およびＢＣＬｘｌの調節）とＢＡＤ（ＢＣＬ２およびＢＣＬｘｌのエフェクター）が独立してこれらの細胞株における治療効果を識別できるという予期しない結果が得られた。

キネシンスピンドルタンパク質阻害剤は、微小管構造と相互作用し、それを再構築する事によって抗がん活性を調節する。このような作用機構は、これらの薬剤の作用がミトコンドリアの反応、そしてそれに続くアポトーシスのシグナル伝達によって予想され得ることを驚くべきものにする。
実施例２：腫瘍学患者ベースのコホートを用いた研究

ＡＭＬ（シタラビンベースの処置［標準的処置］）方法：ＡＭＬ患者コホート：新たに診断されたＡＭＬ患者試料は、１９９９年９月から２００７年３月の間に導入補助化学療法施与前の末梢血採血又は骨髄穿刺液（ＢＭ）の収集によって得られた３９。検体は、研究審査委員会によって承認された規制とプロトコール（ラボ０１−４７３）に従って慣例的診断評価のなかで得られた。インフォームドコンセントはヘルシンキ宣言に従って得られた。フィコール精製の後、ＣＤ３／ＣＤ１９細胞枯渇により、混入しているＴ細胞およびＢ細胞を除去した。細胞の個々のアリコートを、遠心分離し、９０％ＦＢＳ／１０％ＤＭＳＯに再懸濁し、液体窒素中で凍結保存した。病理学的分類，細胞遺伝学分析および変異状態が得られた；臨床指標は、補助表及び図に示す。

患者処置：患者を、標準的診断基準により反応について分類した。６２人の患者のうち４８人はシタラビンとアントラサイクリンで処置された、７人の患者はシタラビンとアントラサイクリン以外の薬剤、８人の患者はシタラビンとフルダラビン（このうち一人はシタラビンとアントラサイクリン以外の薬剤、次に、その後のサイクルでシタラビンとフルダラビンで処置された「どちらのサイクルでも反応なし」）。ＣＲ＝骨髄形態が正常、絶対好中球数が１０００超、血小板数が１０万超、高ヘモグロビン。原発性不応性＝２サイクルの導入補助化学療法（同じか違うレジメであり得る）後の残存白血病。再発は、以前ＣＲであった患者において、骨髄中の５％より多くの芽球、或は末梢血中の芽球である。

細胞遺伝学的リスク状態の決定：細胞遺伝学的リスクの決定はＣＬＩＡ認定された細胞遺伝学ラボによって実行された。簡単に記載すると、患者は標準的なグループ分けで分類された：好ましい＝ｉｎｖ１６，ｔ（８：２１），Ｔ（１５；１７）中間＝二倍体， −ｙ，不十分な細胞分裂中期，好ましくない＝他すべて， −５， −７，＋８，ｔ（６；９），１１ｑ，ＰＨ１＋，ｍｉｓｃ。

ＢＨ３プロファイリング：フィコール精製され、生存可能に凍結された、前処置ＡＭＬ検体を解凍し、ＦＣＲブロッキング試薬（ＭｉｌｔｅｎｙｉＢｉｏｔｅｃ，ＡｕｂｕｒｎＣＡ）を含むＦＡＣＳバッファー（１％ＦＢＳ，２ｍＭＥＤＴＡ，ＰＢＳ）中に１０分間、氷上で再懸濁し、その後抗体ＣＤ４５−Ｖ４５０（ＢＤＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ，ＳａｎＪｏｓｅＣＡ）、ＣＤ３−ビオチン（ＢＤＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ，ＳａｎＪｏｓｅＣＡ）およびＣＤ２０−ビオチン（ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ，ＳａｎＤｉｅｇｏ，ＣＡ）を用いて２０分間氷上で染色した。試料を、二次抗体ストレプトアビジン−ＡＰＣ（ＢＤＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ，ＳａｎＪｏｓｅ，ＣＡ）を含むＦＡＣｓバッファー中に２０分間氷上で再懸濁した。染色後、ＡＭＬ検体を、ジギトニン（Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ，ＳｔＬｏｕｉｓ，ＭＯ）で透過処理し、室温においてニューマイヤーバッファー（８０ｍＭＫＣｌ、１０ｍＭＨＥＰＥＳ、４０μＭＥＤＴＡ、４０μＭＥＧＴＡ、５ｍＭコハク酸塩、３００ｍＭトレハロース、０．１％ＢＳＡ、ｐＨ７．４）中、チューブあたり２×１０５細胞で、ペプチド（ＢＩＭ１００μＭ、ＢＩＭ０．１μＭ、ＰＵＭＡ１００μＭ、ＰＵＭＡ１０μＭ、ＮＯＸＡ１００μＭ、ＢＡＤ１００μＭ、ＢＭＦ１００μＭ、ＨＲＫ１００μＭまたはＰＵＭＡ２Ａ１００μＭ）とともにか、あるいはジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ[１％]）またはカルボニルシアニドｍ−クロロフェニルヒドラゾン（ＣＣＣＰ[１０μＭ]）とともに１８０分間インキュベートした。試料は充分量の生存可能な細胞が利用可能でないとき以外は二連で試行した。電位差ＪＣ−１ミトコンドリア色素（ＥｎｚｏＬｉｆｅＳｃｉｅｎｃｅ，ＦａｒｍｉｎｇｄａｌｅＮＹ）を解析の４５分前に加えた。

試料はＦＡＣＳＣａｎｔｏＩＩ（ＢＤＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ，ＳａｎＪｏｓｅＣＡ）でＢＤＦＡＣＳＤｉｖａソフトウエアを用いて解析した。芽球集団を、ＣＤ４５ｄｉｍ，ＳＳＣ低、ＣＤ３およびＣＤ２０ネガティブとして同定した。以前にも述べたが、成熟リンパ球を示す強く染色されたＣＤ４５細胞は、この解析から除外した。脱共役試薬コントロールと比較したミトコンドリア脱分極を誘導するアポトーシス促進性ペプチドの定量化できる傾向を、パーセントプライミングという。芽球集団では、これはＤＭＳＯをバックグラウンド（ネガティブコントロール）として、およびＣＣＣＰを１００％プライミング（ポジティブコントロール）として正規化されたＰＥチャンネルのメジアンシグナル強度を用いる事で計算した。

統計学的解析：ＢＨ３プロファイリングバイオマーカーの予期値を、バイオマーカー状態（％プライミング）と患者が反応者または非反応者と特徴付けられるかとの間の関連を試験することによって研究した。単変量比較を、マン−ホイットニー検定を用いて行い、全ての報告されたｐ値は、両側のものである。統計学的解析は、擬陽性の結果の危険性を限定するためにｐ＜０．０１の有意性についての閾値で計画する（０．０１＜ｐ値＜０．０５は、有意な境界とみなされた）。マーカーの予測能力は、曲線下面積（ＡＵＣ）統計量を用いて評価された。生存エンドポイントはコックス比例ハザード回帰を用いて解析した。多変量解析は、ロジスティック回帰を用いて実行し、上記の診断基準を用いた患者の臨床病理的な情報から重要である調節変数を用いた。ＯＳおよびＥＦＳは、傾向についてのログランクテストによってパーセントプライミングとの有意な相関について試験された。解析はＳＡＳソフトウエアバージョン９．２（ＳＡＳｉｎｓｔｉｔｕｔｅＩＮＣ．，Ｃａｒｙ，ＮＣ）、Ｒバージョン２．１４．２（ＲＣｏｒｅＴｅａｍ；Ｖｉｅｎｎａ，Ａｕｓｔｒｉａ）および／またはＧｒａｐｈｐａｄＰｒｉｓｍバージョン５．０４（ＬａＪｏｌｌａ，ＣＡ）を使用して行った。

Ｒ患者コホート特徴：ＡＭＬ患者は臨床病理学的変数と比較してシタラビンベースのレジメの反応状態によって階層化された（表３）。マンーホイットニー解析は臨床変数と化学療法の反応の非ランダム関連性をテストする為に行われた。テストされた変数のうち、患者の年齢プロファイルおよび細胞遺伝的リスク階層化のみが、反応に対する非ランダム関連性を示した（各々Ｐ＝０．００８およびＰ＝０．００６）。これら２つの非ランダム変数は、次にＢＨ３プロファイリングバイオマーカーについて以下に記載された多変量解析で利用された。

患者検体のＢＨ３プロファイリング：この研究の一部としてＢＨ３プロファイリングされた生存可能に保存された６２個のＡＭＬ患者検体のうち、６１個が解析可能なデータを提供した。統計学的解析前に考察から除外された一試料は、トリパンブルー排除によって同定された生細胞が解析を継続するのに十分ではないプロファイルを生じた。６２の患者検体のうち６１をＢＨ３プロファイリングによってアッセイできたことは、全体で９８．４％の技術的な成功を示す。さらに、本発明者らがこの検体に関係した技術的失敗は、明らかに凍結障害と合致する。なぜなら、乏しい細胞生存率が、解凍直後に記述されたからである。

すべてのペプチドは、以前のＡＭＬ検体を用いたこれらの研究が始まる前に、ダイナミックレンジの％プライミング値を与えるように、経験的に最適化された。もっとも特記すべきことは、１００μＭのＢＩＭは、大多数のＡＭＬ患者の検体では飽和（又は飽和に近い）ことが見出されたことである。それゆえ、１００μＭのＢＩＭに加えて、ＢＩＭは、ダイナミックレンジの％プライミング値を提供すると決定された濃度である０．１μＭでもアッセイされた。２人のＮＲ患者と２人のＣＲ患者の代表的なデータは図１２で示されている。個々の患者からの反復試料についての全体の変動係数（ＣＶ）は一般的に３〜５％であり、試行間の変動性が限定された技術的に強固なアッセイを示すことに留意すること。

アッセイされたバイオマーカーペプチドの中で、より高いＢＩＭ（０．１）パーセントプライミングスコアは、高い程度の統計学的有意性（ｐ＝０．０００００１８）で反応と相関していた（図１３）。アッセイされたそのほかのＢＨ３プロファイリングバイオマーカー解析は表４に示す。ＢＩＭ（０．１）によって得られた統計学的有意性に加えて、ＰＵＭＡ（１０）は反応に対して有意な関連性を示した（ｐ＝０．００６４）（図１４）。

個々の患者のＢＩＭ（０．１）プライミングスコアが反応者群と非反応者群とに分離されたとき（図２）、明らかな傾向が現れた。シタラビンベースの療法への反応を示す可能性が高いＡＭＬ患者は、反応しない可能性が高い患者（パーセントプライミング＝１３．２±１３．４［ＳＤ］）よりも、ＢＨ３プロファイリングプライミングが高い傾向がある（パーセントプライミング＝３６．８±２１．２［ＳＤ］）。可能性が高い反応者を正確に同定する一方、同時に非反応者を正確に分離することにおいてこのバイオマーカーの感度と特異性を確立するには、受信者動作特性（ＲＯＣ）のプロット図が０．８３のＡＵＣ（個々の検体を正確に識別するバイオマーカーの能力の優れた指標）を示している［９５％ＣＩ：０．７３、０．９４］（図１４）。興味深い事に、これらの数の中で、単一のバイオマーカーは、８９．７％の反応者の同定、一方で同時に、反応しない可能性が高い患者のうち５９．１％の同定を達成できる。所望される感度カットオフが９２．３％より少し高いと、特異性は、可能性の低い反応者の５４．６％を依然として達成する。

年齢および細胞遺伝学は、このデータセットにおいてもＡＭＬの予後因子であることが示された（表３）。もしＢＩＭ（０．１）％プライミングバイオマーカーの追加が、年齢プロファイルと細胞遺伝学の情報を超えた予後情報を加えたかどうかを決定するために、年齢プロファイルと細胞遺伝学を、ＢＩＭ（０．１）％プライミング多変量解析に順次加えられた。ＢＩＭ（０．１）に患者の年齢プロファイルを加えると、以前のＢＩＭ（０．１）ＡＵＣ＝０．８３単独から、ＡＵＣを０．８９に増大させる（図１５）。さらにＢＩＭ（０．１）が、患者の年齢プロファイルと細胞遺伝学的リスクに対して調節されると、ＡＵＣは０．９１にさらに増加する。後者の調節で、可能性が高い非反応者の７０％超の分離と同時の同定において、９０％超の感度が達成される（図１５）。

患者は細胞遺伝学的リスク状態によって階層化され、そしてこれらのサブグループは、反応者と非反応者との同定における有意性についてマン−ホイットニーで解析された。中程度のリスク（ｎ＝３３）サブグループでは、ＢＩＭ（０．１）は、反応をさらに識別することと非常に有意に関連し（ｐ＝０．０００１７）そして好ましくないグループ（ｎ＝２３）では、ＢＩＭ（０．１）は依然として有意であった（ｐ＝０．０２３）（図１６）。ここでｐ値は組み合わせたコホートのＢＩＭ（０．１）解析に比べて幾分減少している一方、これは、一般的に患者のサブグループ化した数の為に統計学的検出力が減少する現象である。興味深い事に、ＢＡＤおよびＨＲＫ両方の解析が、反応識別に興味深い有意なｐ値を生じた（それぞれ、ｐ＝０．００１７およびｐ＝０．００５５）。しかしこの事は、中程度のリスクグループでのみ観察された（図１６）。反応識別におけるこれらバイオマーカーのＲＯＣ解析による感度と特異性の評価は、中程度グループではＢＩＭ（０．１）には０．８７５のＡＵＣ、ＢＡＤには０．８７５のＡＵＣ、ＨＲＫには０．８２３のＡＵＣ、そして好ましくないグループではＢＩＭ（０．１）には０．７９０のＡＵＣを与える（図１６）。留意するべき点は、これらのＡＵＣが、独立したサブグループにおいて、反応者対非反応者について幾分不均衡なサブグループ分けから利益を受け得ることである（中程度のものについて８ＮＲ、２５ＣＲ、そして好ましくないものについて１５ＮＲ、９ＣＲ）。５人の好ましい患者についてのデータしかないので、このグループについて、統計学的な解析をすることはできなかった。

ＢＩＭ（０．１）ＢＨ３プロファイリングパーセントプライミングとＢＩＭ（ＢＣＬ２Ｌ１１）タンパク質レベルの比較：ＢＩＭＢＨ３プロファイリングの予測検出力が、ＢＩＭタンパク質レベルを単に要約しているかどうか評価する為に、本研究内でのＡＭＬ患者検体に、相関または相関の欠如が存在するか否かの評価を行った。ＢＩＭタンパク質レベルとパーセントプライミングには何ら相関性が無いことが解り（図１７）、ここでは、Ｒ２＝０．０３９６を得た。

ＢＩＭ（０．１）のＢＨ３プロファイリングは、ＢＨ３プロファイリングとＲＰＰＡデータの両方が全患者コホートに存在する小集団において有意なｐ値（ｐ＝０．００４８）を維持する（図１７）。試料サイズがｎ＝６２からｎ＝４３に減少し、またＲＰＰＡデータがない多くの試料の多くが最も高いスコアを出したＢＨ３プロファイリング検体の中にあったので、この解析の検出力が、本発明者らの以前の解析と比べて減少することにここで留意のこと。ＢＣＬ２Ｌ１１のタンパク質レベルに関して検体のこの同じ小集団についての反応識別に対するｐ値は、ｐ＝０．３３である（図１７）。これらのデータは、ＢＨ３プロファイリングが全体のタンパク質レベルとは相関しておらず、またＢＨ３プロファイリングがＡＭＬ患者のシタラビン反応性を予測する新しい理論的枠組みを提供し得ることの強力な証拠を提供する。
実施例３：二次的臨床エンドポイント：全生存期間及び無再発生存

ＢＨ３プロファイリングバイオマーカーをまた、二次的臨床エンドポイントである全生存期間（ＯＳ）および無再発生存（ＥＦＳ）への相関について解析した。コックス比例解析を用いた連続変数モデルは、ＢＩＭ（０．１）が、ＥＦＳ（ｐ＝０．１４）にもＯＳ（ｐ＝０．０５７）にも有意ではなかったことを示した。ＮＯＸＡパーセントプライミングとＥＦＳとの間のコックス比例ハザード解析も有意ではなかった（ｐ＝０．０８９）。試験したすべての他のペプチドは、ＯＳ或はＥＦＳのいずれかとパーセントプライミングとの間に有意な相関も傾向も生じなかった（すべてｐ＞０．１０）。さらに、患者の年齢プロファイルと細胞遺伝学的リスク状態の調節変数を用いた多変量解析は、ＢＨ３プロファイリングバイオマーカーおよびＯＳ臨床エンドポイントおよびＥＦＳ臨床エンドポイントの間に有意な相関は生じなかった。

興味深い事に、分配モデル解析において、患者コホートがＢＩＭパーセントプライミングによって三分位数に分割されたときに（高プライミング、中プライミングおよび低プライミング）、対応するＯＳは、それぞれ２５０．７週間、１６８．２週間および３２．７週間のメジアン（ｐ＝０．０２９、傾向についてログランクテスト）を得た（図１８）。これらの三分位数の同じ解析をＥＦＳについて実行したとき、メジアンＥＦＳは、低プライミング三分位数、中プライミング三分位数、高プライミング三分位数についてそれぞれ２６．１週間、７１．３週間および１６０．７週間（ｐ＝０．０４４、傾向についてログランクテスト）であった（図１８）。

ＡＭＬとアザシチジン：１３のヒトＡＭＬ由来細胞株をＢＨ３プロファイリングし、またインビトロアザシチジン反応性についての相関的解析を行った。ＢＨ３測定基準を使った分配モデルは、個々のペプチド由来のモデル（図１９）ならびに２つのペプチドモデル（図２０）および３つ或はそれより多いペプチドを含むモデル（図２１）を使用して、より感受性のあるＡＭＬ由来細胞株（ＩＣ５０＜２μＭ）とより感受性が乏しいＡＭＬ由来細胞株（ＩＣ５０＞２μＭ）との間で、統計学的有意性（ｐ＜０．０１）をもってアザシチジン反応性を識別した。連続変数解析を用いて、Ｐｕｍａ（汎プライミング指標）を用いる場合、［ｌｏｇ］ＩＣ５０に対する個々のペプチド由来アルゴリズム（図２２）ならびに２つのペプチド（図２３）および３つまたはそれより多いペプチド（図２４）を含む組み合わせたＢＨ３ペプチドモデルについて、Ｒ２＞０．７。統計学的に有意なｐ値（ｐ＜０．０１）は、たいていＰｕｍａを含むモデルに付随する。結果は表５にまとめられている。

アザシチジンはエピゲネティックな修飾剤として知られる抗がん剤のクラスに属するので、アポトーシスの直接的な調節およびミトコンドリアの生物学に対する効果は疑わしい。従って、アザシチジン治療の効果がアポトーシスの内因性経路やミトコンドリアの生物学を調査するために設計された測定基準によって予測され得ることは驚くべきことである。例えば、Ｖｏｅｔａｌ（Ｃｅｌｌ．２０１２；１５１（２）：３４４−３５５）を参照のこと、ここでは、アザシチジンの効果はＢＨ３由来の測定基準では予測されないと報告された。

データは、アザシチジンの結果をモデル化する為のＢＨ３プロファイリングの目的のために、原発性ＡＭＬ患者検体の試験を進めるよう強く促した。

アザシチジンで処置されたＡＭＬ患者のＢＨ３測定基準由来のアルゴリズムの為のサポートデータが作成された。Ｎ＝２８の組み合わせたコホート（１３（９安定／ＣＲ；４治療抵抗性／ＮＲ）検体と１５（すべてＮＲ／治療抵抗性））を含む研究。１検体は評価できなかった。すべてにおいて、２７検体を、反応性に対して解析した（１９ＮＲ、８Ｒ）。このコホートの報告されたスコアの範囲は図２５に示され、またスコアの範囲が、反応および他の臨床エンドポイント（例えば、全生存期間（ＯＳ）と無再発生存（ＥＦＳ）を測定し得る治療ウインドウを提供することを例示する。

個々のマーカーについては、ＢＩＭとＮＯＸＡだけが、反応との境界線での有意な関係を生じた（それぞれ、ｐ＝０．０５およびｐ＝０．０２）。すべての他のバイオマーカーはｐ値＞０．１。しかし、ＢＩＭとＮＯＸＡがここで記載されたアプローチによって組み合わせた場合、反応との相関は高度に有意であった（ｐ＝０．００１）。さらに、感度と特異性のＲＯＣは０．９１であった。これは、単変量解析のみであり、また臨床的調節変数（例えば、年齢、細胞遺伝学的状態など）を重みづけする場合、統計学的により強力になり得る（図２６）。
等価物

当業者は、本明細書に具体的に記載された特定の実施形態に対する多くの等価物を認識し、たんに慣例的な実験を使用してそれらを確かめることができる。そのような等価物は、以下の特許請求の範囲内に包含されることが意図される。
参照による引用

本明細書で引用されたすべての特許及び刊行物は、それらの全体が参考として本明細書で援用される。

本明細書で議論されている刊行物は、本出願の出願日前におけるそれらの開示についてのみ提供される。本発明が先の発明という理由でこのような刊行物に先行する資格がないことの承認とみなされるものは、本願明細書には存在しない。

Claims

患者のためのがん処置を決定する方法であって、
該患者の腫瘍試料またはがん細胞試料についてのＢＨ３プロフィールを決定する工程；
該患者の一つまたは複数の臨床因子を決定する工程；および
該患者を、一つまたは複数のがん処置に対する臨床応答の可能性について分類する工程；
を含み、該一つまたは複数の臨床因子が、臨床応答との関連について該ＢＨ３プロフィールの特異度および／または感度を増大させるように選択される、方法。
前記がんが、血液がんである、請求項１に記載の方法。
前記血液がんが、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、多発性骨髄腫、濾胞性リンパ腫、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）、慢性リンパ性白血病、および非ホジキンリンパ腫から選択される、請求項２に記載の方法。
前記非ホジキンリンパ腫が、マントル細胞リンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞性リンパ腫から選択される、請求項３に記載の方法。
前記がんが固形腫瘍である、請求項１に記載の方法。
前記固形腫瘍が、非小細胞性肺癌（ｎｏｎ−ｓｍａｌｌｌｕｎｇｃｅｌｌｃａｒｃｉｎｏｍａ）、卵巣がん、および黒色腫から選択される、請求項５に記載の方法。
がん処置が、抗がん薬剤、化学療法、外科手術、アジュバント療法、およびネオアジュバント療法のうちの一つまたは複数である、請求項１に記載の方法。
前記がん処置が、ＢＨ３ミメティック、エピジェネティック修飾剤、トポイソメラーゼ阻害剤、サイクリン依存性キナーゼ阻害剤、およびキネシンスピンドルタンパク質安定剤のうちの一つまたは複数である、請求項７に記載の方法。
前記がん処置が、プロテアソーム阻害剤である、請求項７に記載の方法。
前記がん処置が、細胞周期制御の調節剤である、請求項７に記載の方法。
細胞周期制御の前記調節剤が、サイクリン依存性キナーゼ阻害剤である、請求項１０に記載の方法。
がん処置が、細胞のエピジェネティック機構の調節剤である、請求項７に記載の方法。
エピジェネティック機構の前記調節剤が、ボリノスタットまたはエンチノスタットのうちの一つまたは複数を含む、ヒストンデアセチラーゼ（ＨＤＡＣ）の阻害剤である、請求項１２に記載の方法。
エピジェネティック機構の前記調節剤が、アザシチジンである、請求項１２に記載の方法。
エピジェネティック機構の前記調節剤が、デシタビンである、請求項１２に記載の方法。
がん処置が、アントラサイクリンまたはアントラセンジオンである、請求項７に記載の方法。
前記アントラサイクリンまたはアントラセンジオンが、エピルビシン、ドキソルビシン、ミトキサントロン、ダウノルビシン、イダルビシンのうちの一つまたは複数である、請求項１６に記載の方法。
がん処置が、プラチナベースの治療剤である、請求項７に記載の方法。
前記プラチナベースの治療剤が、カルボプラチン、シスプラチン、およびオキサリプラチンのうちの一つまたは複数である、請求項１８に記載の方法。
がん処置が、シタラビンまたはシタラビンベースの化学療法である、請求項７に記載の方法。
がん処置が、ＢＨ３ミメティックである、請求項７に記載の方法。
前記ＢＨ３ミメティックが、ＢＣＬ２、ＢＣＬＸＬ、およびＭＣＬ１のうちの一つまたは複数である、請求項２１に記載の方法。
がん処置が、ＭＣＬ１の阻害剤である、請求項７に記載の方法。
前記ＢＨ３プロファイリングが、
前記患者のがん細胞を透過処理する工程、
該透過処理した細胞と一つまたは複数のＢＨ３ドメインペプチドとの接触の際に、ミトコンドリア膜電位の変化を決定する工程；および
ミトコンドリア膜電位の低下を、該細胞のアポトーシス誘導性化学療法剤への化学療法感受性と相関付ける工程
を含む、請求項１に記載の方法。
前記ＢＨ３プロファイリングが、ペプチドの使用を含み、該ペプチドが、ＢＩＭ、ＢＩＭ２Ａ、ＢＡＤ、ＢＩＤ、ＨＲＫ、ＰＵＭＡ、ＮＯＸＡ、ＢＭＦ、ＢＩＫ、およびＰＵＭＡ２Ａのうちの一つまたは複数である、請求項１に記載の方法。
前記ペプチドが、０．１μＭ〜２００μＭの濃度で使用される、請求項２４に記載の方法。
前記試料が、凍結腫瘍組織試料、培養細胞、循環腫瘍細胞、およびホルマリン固定パラフィン包埋腫瘍組織試料から選択されるバイオプシーである、請求項１に記載の方法。
前記試料が、ヒト腫瘍由来の細胞株である、請求項１に記載の方法。
前記試料が、がん幹細胞である、請求項１に記載の方法。
前記試料が、固形腫瘍のバイオプシーに由来する、請求項１に記載の方法。
前記試料が、直腸結腸、胸部、前立腺、肺、膵臓、腎臓、または卵巣の原発腫瘍のバイオプシーに由来する、請求項３０に記載の方法。
前記試料が、上皮起源の試料である、請求項１に記載の方法。
前記上皮試料が、抗上皮細胞接着分子（ＥｐＣＡＭ）、または固体マトリクスもしくはビーズに結合した他の上皮細胞結合抗体を用いた、バイオプシーサンプルからの選択により濃縮される、請求項３２に記載の方法。
前記試料が、間葉起源の試料である、請求項１に記載の方法。
前記間葉試料が、神経細胞接着分子（Ｎ−ＣＡＭ）、もしくはニューロピリン、または固体マトリクスもしくはビーズに結合した他の間葉細胞結合抗体を用いた、バイオプシーサンプルからの選択により濃縮される、請求項３４に記載の方法。
前記試料が、非固形腫瘍のバイオプシー由来する、請求項１に記載の方法。
前記試料が、多発性骨髄腫、急性骨髄性白血病、急性リンパ性白血病、慢性リンパ性白血病、マントル細胞リンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞性リンパ腫、および非ホジキンリンパ腫を有する患者のバイオプシー由来する、請求項３６に記載の方法。
前記試料が、固体マトリクスもしくはビーズに結合した抗ＣＤ１３８抗体を用いた、バイオプシーサンプルからの選択により濃縮された多発性骨髄腫細胞である、請求項３７に記載の方法。
前記がん細胞が、ＣＤ４５に対する抗体への結合により濃縮された急性骨髄性白血病である、請求項３７に記載の方法。
前記がん細胞が、非Ｂ細胞の枯渇により濃縮された慢性リンパ性白血病またはびまん性大細胞型Ｂ細胞性リンパ腫である、請求項３７に記載の方法。
前記試料が、循環腫瘍細胞由来する、請求項１に記載の方法。
前記臨床因子が、年齢、細胞遺伝学的状態、パフォーマンス（ｐｅｒｆｏｒｍａｎｃｅ）、組織学的サブクラス（ｈｉｓｔｏｌｏｇｉｃａｌｓｕｂｃｌａｓｓ）、性別、および疾患の状態のうちの一つまたは複数である、請求項１に記載の方法。
変異の状態、一塩基多型、定常状態のタンパク質レベル、および動的なタンパク質レベル、から選択されるさらなるバイオマーカーの測定をさらに含む、請求項１に記載の方法。
前記患者における臨床応答を予測する工程をさらに含む、請求項１に記載の方法。
前記臨床応答が、少なくとも約１年、約２年、約３年、または約５年の無増悪生存／無再発生存である、請求項４４に記載の方法。
臨床応答の前記可能性が、以下の式：

により定義され、
式中：
該ＡＵＣは、曲線下面積またはシグナル強度のいずれかを含み；
該ＤＭＳＯは、ベースラインのネガティブコントロールを含み；
該ＣＣＣＰ（カルボニルシアニドｍ−クロロフェニルヒドラゾン）は、ミトコンドリア内の電子伝達鎖における電子担体の正常な活性が、ベースラインのポジティブコントロールを含む間に確立されたプロトン勾配の脱共役剤として機能することによる、タンパク質合成のエフェクターを含む、
請求項１に記載の方法。
前記曲線下面積は、均質な時間分解蛍光（ＨＴＲＦ）により確立される、請求項４６に記載の方法。
前記時間が、約０分〜約３００分から約０分〜約３０分のウィンドウの間に生じる、請求項４６に記載の方法。
前記曲線下面積は、蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）により確立される、請求項４６に記載の方法。
前記シグナル強度が、約５分〜約３００分の間に生じる単一時点の測定点である、請求項４６に記載の方法。
ＢＨ３プロフィール、ならびに細胞表面マーカーＣＤ３３、細胞表面マーカーＣＤ３４、ＦＬＴ３変異状態、ｐ５３変異状態、ＭＥＫ−１キナーゼのリン酸化状態、およびＢｃｌ−２の位置７０におけるセリンのリン酸化のうちの一つまたは複数を決定する工程；ならびに
シタラビンまたはシタラビンベースの化学療法および／またはアザシチジンによるＡＭＬ患者の処置の有効性を相関付ける工程
を含む、請求項１に記載の方法。
ＢＨ３プロフィール、ならびに細胞表面マーカーＣＤ３３、細胞表面マーカーＣＤ３４、ＦＬＴ３変異状態、ｐ５３変異状態、ＭＥＫ−１キナーゼのリン酸化状態、およびＢｃｌ−２の位置７０におけるセリンのリン酸化のうちの一つまたは複数を決定する工程；ならびに
化学療法によるＭＭ患者の処置の有効性を相関付ける工程
を含む、請求項１に記載の方法。
前記がんが、ＡＭＬおよび／またはＭＭであり、前記臨床因子が、年齢プロフィールおよび／または細胞遺伝学的状態である、請求項１に記載の方法。
前記がんが、ＡＭＬおよび／またはＭＭであり、前記がん処置が、シタラビンまたはシタラビンベースの化学療法および／またはアザシチジンである、請求項１に記載の方法。
前記がん処置が、シタラビンまたはシタラビンベースの化学療法および／またはアザシチジンであり、前記臨床因子が、年齢プロフィールおよび／または細胞遺伝学的状態である、請求項１に記載の方法。
前記がん処置が、シタラビンまたはシタラビンベースの化学療法および／またはアザシチジンであり；前記がんが、ＡＭＬおよび／またはＭＭであり；かつ前記臨床因子が、年齢プロフィールおよび／または細胞遺伝学的状態である、請求項１に記載の方法。
患者のためのがん処置を決定する方法であって、
該患者の透過処理されたがん細胞を、一つまたは複数のＢＨ３ドメインペプチドと接触させる工程；
該患者のがん細胞の一つまたは複数の臨床因子の存在または非存在を、免疫組織化学、および／または蛍光ｉｎｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）によって決定する工程；ならびに
該患者を、一つまたは複数のがん処置に対する臨床応答の可能性について分類する工程
を含む、方法。
シタラビンおよび／またはアザシチジンに対するＡＭＬ患者の応答を決定する方法であって、
該患者のＡＭＬがん細胞試料についてのＢＨ３プロフィールを決定する工程；
該患者の一つまたは複数の臨床因子を決定する工程であって、該一つまたは複数の臨床因子が年齢プロフィールおよび／または細胞遺伝学的状態から選択される工程；ならびに
該患者を、一つまたは複数のがん処置に対する臨床応答の可能性について分類する工程
を含む、方法。
ＢＨ３プロフィールを決定する工程が、前記患者のＡＭＬがん細胞試料をＢＩＭと接触させる工程を含む、請求項５８に記載の方法。