CN112423781A - 用于调节应激颗粒组装的系统和方法 - Google Patents

用于调节应激颗粒组装的系统和方法 Download PDF

Info

Publication number
CN112423781A
CN112423781A CN201980046655.3A CN201980046655A CN112423781A CN 112423781 A CN112423781 A CN 112423781A CN 201980046655 A CN201980046655 A CN 201980046655A CN 112423781 A CN112423781 A CN 112423781A
Authority
CN
China
Prior art keywords
protein
protein construct
stress
ntf
construct
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
CN201980046655.3A
Other languages
English (en)
Inventor
C·布朗温内
V·德拉克
D·桑德斯
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Princeton University
Original Assignee
Princeton University
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Princeton University filed Critical Princeton University
Publication of CN112423781A publication Critical patent/CN112423781A/zh
Pending legal-status Critical Current

Links

Images

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/14Hydrolases (3)
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61KPREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K9/00Medicinal preparations characterised by special physical form
    • A61K9/0012Galenical forms characterised by the site of application
    • A61K9/0019Injectable compositions; Intramuscular, intravenous, arterial, subcutaneous administration; Compositions to be administered through the skin in an invasive manner
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61KPREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K9/00Medicinal preparations characterised by special physical form
    • A61K9/0012Galenical forms characterised by the site of application
    • A61K9/0085Brain, e.g. brain implants; Spinal cord
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K14/00Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/46Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates
    • C07K14/47Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates from mammals
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12YENZYMES
    • C12Y306/00Hydrolases acting on acid anhydrides (3.6)
    • C12Y306/04Hydrolases acting on acid anhydrides (3.6) acting on acid anhydrides; involved in cellular and subcellular movement (3.6.4)
    • C12Y306/04012DNA helicase (3.6.4.12)
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12YENZYMES
    • C12Y306/00Hydrolases acting on acid anhydrides (3.6)
    • C12Y306/04Hydrolases acting on acid anhydrides (3.6) acting on acid anhydrides; involved in cellular and subcellular movement (3.6.4)
    • C12Y306/04013RNA helicase (3.6.4.13)
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61KPREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K38/00Medicinal preparations containing peptides
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K2319/00Fusion polypeptide
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K2319/00Fusion polypeptide
    • C07K2319/01Fusion polypeptide containing a localisation/targetting motif
    • C07K2319/10Fusion polypeptide containing a localisation/targetting motif containing a tag for extracellular membrane crossing, e.g. TAT or VP22
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K2319/00Fusion polypeptide
    • C07K2319/60Fusion polypeptide containing spectroscopic/fluorescent detection, e.g. green fluorescent protein [GFP]
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K2319/00Fusion polypeptide
    • C07K2319/70Fusion polypeptide containing domain for protein-protein interaction

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Dermatology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Orthopedic Medicine & Surgery (AREA)
  • Neurology (AREA)
  • Neurosurgery (AREA)
  • Psychology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Gastroenterology & Hepatology (AREA)
  • Toxicology (AREA)
  • Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
  • Peptides Or Proteins (AREA)
  • Medicines Containing Material From Animals Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

一种利用蛋白质构建体调节应激颗粒组装的系统和方法,所述蛋白质构建体具有与一个或多个可与G3BP蛋白质的NTF2样结构域结合的蛋白质融合的细胞穿透蛋白质。通过用适当数量的具有NTF2样结构域的蛋白质配置该蛋白质构建体,可以按照需要上调或下调应激颗粒组装以治疗患者。

Description

用于调节应激颗粒组装的系统和方法
相关申请的交叉引用
本申请要求2018年7月13日提交的美国临时申请第62/697,691号和2018年8月20日提交的美国临时申请第62/719,751号的优先权,这两项申请均通过引用整体结合于此。
序列表的引用
本申请与电子格式的序列表一起提交。序列表作为创建于2019年7月11日,大小约为28,287字节的名为PRIN-63876_ST25的文件提供。电子格式的序列表中的信息通过引用整体纳入本文。
发明领域
本发明涉及一种用于治疗个体以调节个体中应激颗粒的组装,且特别是提供用于以允许应激颗粒组装上调和下调的方式调节二聚化和与G3BP1/2和其他关键应激颗粒蛋白质相关的其他相互作用的特定蛋白质的系统和方法。
技术背景
G3BP是指称为G3BP1和G3BP2的两种同源人蛋白质。G3BP包括RNA结合结构域(RBD)、内部无序区域和二聚/低聚结构域。在G3BP中,二聚/低聚结构域由G3BP1的氨基酸1-142或G3BP2的氨基酸1-133组成(以下称为“NTF2样”结构域)。数据表明,病毒干扰G3BP1/2的低聚化以阻止应激颗粒的形成,应激颗粒通常作为传递保护性细胞死亡起始信号以防止持续的病毒复制的平台发挥作用。
应激颗粒是由RNA和蛋白质组成的微米级无膜凝聚物,其例如在压力的环境扰动时形成。持续的应激颗粒组装或扰动的动力学可能在引发神经变性疾病(如肌萎缩性侧索硬化(ALS)、额颞叶变性(FTD)、包涵体肌病(IBM)和潜在的阿尔兹海默病(AD))中观察到的特征性蛋白质病理学中起关键作用。不足为奇的是,各种癌症发展出相关策略以通过经由G3BP上调稳定关键RNA而反直观地促进肿瘤活力。因此,对于开发干扰应激颗粒的组装或动力学的合理设计的治疗途径存在着迫切的公共健康需要。
目前,在人类神经变性疾病的情况中不存在预防、治愈或延长寿命的治疗。与扰乱的RNA体内平衡相关的脑疾病代表特别艰巨的挑战,因为大多数疾病是由必需的生理蛋白(例如,TDP43)转化为自我复制形式引起的,其最终通过蛋白功能丧失或知之甚少的功能获得而杀死脑细胞(即,神经元)。针对与这种“蛋白质错误折叠”相关的许多神经变性疾病提出的简单策略使用遗传策略去除毒性蛋白质。这是用于由特征在于相对其功能具有冗余或对成人神经系统不重要的蛋白质引起的疾病的可行的途径。然而,不幸的是,在RNA体内平衡的疾病(例如ALS、FTD、IBM)中累积的大多数蛋白质是具有多样的细胞功能的必需的RNA结合分子。应激颗粒形成中的近端蛋白质(例如G3BP)是存在类似问题的靶标。因此,如果用于患者中,旨在降低其水平的治疗剂(例如,siRNA、shRNA、反义寡核苷酸)可能导致严重的不良后果。
因此,需要一种用于调节应激颗粒组装的系统和方法。
发明内容
本公开的第一方面是可用于调节应激颗粒组装的蛋白质构建体。该蛋白质构建体配置为穿透细胞并与G3BP1(或G3BP2)NTF2样结构域结合。为此,所述蛋白质构建体包括与1至10个与NTF2结构域二聚化或与二聚化的NTF2样结构域相互作用的另外的蛋白质融合的细胞穿透蛋白质,其中所述另外的蛋白质可以是以下一种或多种:G3BP1的前m个氨基酸,其中m在8至334之间,优选在8至142之间,G3BP2的前n个氨基酸,其中n在8至330之间,优选在8至133之间;或具有以下任何形式的肽变体:(1)Xy-FGDF-Xy;(2)Xy-FGEF-Xy;或(3)Xy-FGSF-Xy,其中Xy是1至y个附加的氨基酸。在一些实施方式中,y≤1500,y≤1000,y≤500,y≤100,y≤50。在优选实施方式中,y≤25。在更优选的实施方式中,y≤10。任选地,细胞穿透蛋白也可与蛋白标签如荧光蛋白融合。可以构建表达蛋白质构建体的质粒。
本公开的第二方面是用于治疗患有疾病或感染的患者的方法。该方法包括提供配置为穿透细胞并与NTF2样结构域或NTF2样二聚体结合的蛋白质构建体,例如前述的蛋白质构建体。然后将蛋白质构建体适当地引入患者,例如通过在允许蛋白质片段调节病理性应激颗粒组装的位置处注射含有蛋白质构建体的溶液或其他流体,其中蛋白质构建体可以在溶液或其他流体中。蛋白质构建体然后允许穿透细胞并与细胞内的至少一个NTF2样单体或二聚体相互作用。当蛋白质构建体被配置为仅与单一NTF2样结构域结合时,这种二聚化将减少应激颗粒的形成。当蛋白质构建体被配置为同时与两个或更多个NTF2样结构域相互作用时,这种相互作用通过促进相分离和应激颗粒凝聚所需的连接的相互作用网络的形成而上调应激颗粒的形成。任选地,患者患有神经变性疾病或细胞增殖的障碍(例如各种癌症)。任选地,可以将蛋白质构建体注射到脑脊液中。任选地,蛋白质构建体可阻碍生物体中必需的应激颗粒成核剂(nucleator)和蛋白质构建体或相关结合伴体之间的至少一种同型或异型相互作用而不引起直接细胞毒性。任选地,蛋白质构建体可作为预防性治疗引入。任选地,该蛋白质构建体可作为病毒感染的积极治疗引入。
附图简述
图1是蛋白质构建体的一个实施方式的示意图,其中细胞穿透蛋白与两个结合蛋白和任选的标记蛋白融合。
图2是具有与G3BP1蛋白相互作用的单一结合蛋白的蛋白质构建体的示意图。
图3是具有与两个G3BP1蛋白相互作用的两个结合蛋白的蛋白质构建体的示意图。
图4是显示了结合蛋白对应激颗粒形成的影响的图,比较了(i)不表达G3BPdi的细胞(400)、(ii)所有表达G3BPdi的细胞(410)和(iii)仅表达相对高浓度的G3BPdi的细胞(420)的具有应激颗粒的细胞的百分比。
图5是表达结合蛋白但不表达细胞穿透蛋白的表达质粒的基因图谱。
图6是用于治疗患者的方法的实施方式的流程图。
图7A是亚砷酸盐处理后表达高mGFP-UBAP2L 467-540的G3BP1/2双敲除U2OS细胞的图像,显示了缺乏应激颗粒。
图7B是亚砷酸盐处理后表达低mGFP-UBAP2L 467-540的G3BP1/2双敲除U2OS细胞的图像,显示了应激颗粒(700)的形成。
图7C是包括与CAPRIN1-iRFP共表达的G3BPΔRBD结构的系统的图像,显示了该结构的簇的形成。
图7D是包含与USP10-iRFP共表达的G3BPΔRBD结构的系统的图像,显示了缺乏簇集的结构。
图8A和图8B是说明在亚砷酸盐处理前激活GFP时(8A)和激活mCherry时(8B),与mGFP-USP10 FGDFx2和YBX1-mCherry共转导的野生型U2OS细胞中应激颗粒(800)存在的图像。
图8C和8D是说明在亚砷酸盐处理后激活GFP时(8A)和激活mCherry时(8B),与mGFP-USP10 FGDFx2和YBX1-mCherry共转导的野生型U2OS细胞中较大应激颗粒(810)的存在的图像。
具体实施方式
如本文所用,当在权利要求中使用时,诸如“一”和“一个”的冠词应理解为指一个或多个所要求或描述的。
本文使用的术语“约[一个数字]”旨在包括四舍五入至适当数位的值。因此,“约1”旨在包括0.5至1.5之间的值,而“约1.0”旨在包括0.95至1.05之间的值。
本文使用的术语“至少一种”指一种或多种,且因此包括单个组分以及混合物/组合。
本文使用的术语“包括”、“包含”和“包括有”意思是非限制性的。
本文使用的术语“细胞穿透蛋白”指包括细胞穿透蛋白和细胞穿透肽两者。
G3BP可以二聚体的形式存在,该二聚体通过其NTF2样二聚化结构域与多个另外的RNA结合蛋白相互作用以形成大规模相分离的或聚集的生物分子凝聚物/组装体。在应激的细胞中,通过与NTF2样结构域的相互作用围绕G3BP二聚体组织的这些组装体募集其他组分,如核糖体亚基和RNA,其在应激依赖的核糖体分解后进入该系统。这一过程的最终结果是形成可通过显微镜观察的微米级的RNA-蛋白质组装体(“应激颗粒”)。应激颗粒的持续存在可损害生理,并导致在神经变性疾病(如ALS)中观察到的特征性蛋白质病理。或者,它们可以促进与癌症相关的快速增殖细胞中的细胞存活力。应激颗粒主要由RNA组成,但也含有特征性的RNA结合蛋白和低聚的G3BP。
所公开的系统和方法试图通过防止应激颗粒组装的第一步(G3BP二聚化或通过NTF2样结构域结合界面与其他RNA结合蛋白形成复合物)而同时将与驱动疾病病理的蛋白质元凶的基因消融相关的不希望的副作用或毒性最小化来治疗多样的人类疾病。
G3BP是应激颗粒组装的必要成核剂。RBD和NTF2样结构域对其在应激颗粒组装中的功能均至关重要。本公开利用了以下发现:可以通过引入用于与NTF2样结构域结合的特别配置的蛋白质构建体调节应激颗粒的组装。
本公开的第一方面是可用于调节应激颗粒组装的蛋白质构建体。参见图1,蛋白质构建体(100)通常被配置为具有至少两个片段,其中第一片段(110)与第二片段(120)融合。第一片段(110)包含允许构建体穿透细胞的序列。第二片段(120)包含一个或多个可与G3BP1或G3BP2蛋白中的NTF2样结构域结合的序列或片段(121,122)。包含蛋白质标签的第三任选片段(130)也可与第一组(110)融合。
第一片段(110)应包含细胞穿透蛋白(CPP)。可设想本领域技术人员已知的任何合适的CPP。例如,CPP可以是带正电的肽,并且可以选自(1)反式转录激活剂(TAT)(SEQ IDNO:1)、(b)穿膜肽(SEQ ID NO:2)、(c)聚精氨酸、(d)聚赖氨酸或(e)包含至少约70%的组氨酸、赖氨酸和/或精氨酸的寡肽。另外,CPP可以包含蛋白转导结构域(PTD),且也可以是细胞可渗透蛋白。
第二片段(120)应包含1至10个可与G3BP1或G3BP2蛋白质中的NTF2样结构域结合的另外的蛋白质(“结合蛋白”)(121,122)(如本文所用,“蛋白质”包括全长蛋白质和蛋白质片段)。在一些优选实施方式中,另外的结合蛋白的数量为1或2。虽然另外的结合蛋白可以是相同的,但它们也可以各自是不同的全长蛋白质或蛋白质片段。
第二片段(120)特别地调节应激颗粒的形成(即其和相关蛋白的G3BP二聚化或低聚化),优选不破坏RNA结合蛋白丰度。
参见图2,示出了包括构建体的系统(200),该构建体包含具有与第二片段(121)中的单一结合蛋白融合的细胞穿透蛋白(110)的第一片段。第二片段(121)中的单一结合蛋白结合(225)于G3BP1蛋白(210)的NTF2样结构域(220)。可以看出,该蛋白质构建体不干扰G3BP1蛋白的RNA结合结构域(230)。在这种构型中,当第二片段由可与NTF2样结构域结合的单一结合蛋白组成时,应激颗粒组装被下调。换句话说,这种构型的蛋白质构建体允许单一结合蛋白用作“帽”以防止G3BP蛋白与第二G3BP蛋白结合,从而防止形成应激颗粒可围绕其成核的核心。
参见图3,示出了包括构建体的系统(300),该构建体包含与第二片段融合的第一片段(110),其中第二片段包含用于与NTF2样结构域结合的第一结合蛋白(121)和第二结合蛋白(122)。第一结合蛋白(121)结合一个G3BP1蛋白(210)的NTF2样结构域(220),而第二结合蛋白(122)结合另一G3BP1蛋白(310)的NTF2样结构域(320)。可以看出,该蛋白质构建体不干扰G3BP1蛋白的任一个RNA结合结构域(230,330)。在这种构型中,当第二组由可与NTF2样结构域结合的多个结合蛋白组成时,应激颗粒组装被上调。换句话说,这种构型的构建体靶向应激颗粒生物发生的最近端步骤,并模拟病毒蛋白用于逃避免疫系统的类似自我保护或自身复制途径和复制。
另外的结合蛋白可包括但不限于(i)G3BP1(SEQ ID NO.:1)的前m个氨基酸,其中m在8至334之间(由前334个氨基酸组成的序列可称为G3BP1ΔRBD),优选在8至142之间;或(ii)G3BP2(SEQ ID NO.:2)的前n个氨基酸,其中n在8和330之间(由前330个氨基酸组成的序列可称为G3BP2ΔRBD),优选在8至133之间。由G3BP1的前142个氨基酸组成的序列在下文中称为“G3BPdi”(G3BP二聚体抑制剂)。
在作用时,这些结合蛋白可用于调节应激颗粒的形成。在一个实施例中,表达应激颗粒的荧光标志物(PABPC1-EYFP)的人HEK293细胞用1mM亚砷酸钠处理2小时。使用表达阴性对照(mCherry-sspB,荧光融合蛋白)的细胞并将其与表达位于G3BPdi末端的阴性对照(G3BPdi-mCherry-sspB)的细胞进行比较。在亚砷酸钠处理后,定量具有应激颗粒的细胞的百分比。
参考图4,基于亚砷酸钠处理(SA)后拍摄的共聚焦显微图像,手工计数具有PABPC1阳性应激颗粒特征的细胞的百分比。在无SA的情况下,没有具有应激颗粒的特征的细胞(数据未显示)。在对照细胞(mCh-SSPB)(400)中,在85%的细胞(N=40)中观察到应激颗粒。表达实验性l42-氨基酸肽(G3BPdi-mCh-SSPB)的细胞(410)明显不太可能具有这种颗粒的特征(46%的细胞,N=39)。如果仅考虑表达相对高浓度G3BPdi的细胞(420),甚至更少的细胞具有应激颗粒特征(~13%的细胞,N=8)。该数据表明所研究的片段的剂量依赖性效应。星号指示统计显著性(*=0.0003的p值、**=p值≤0.0001)。这些结果证明G3BPdi显著抑制应激颗粒的形成。
然而,由于在高表达水平下,观察到细胞生长缺陷和偶尔的细胞死亡,优选的G3BP片段具有少于142个氨基酸。基于对G3BP-底物结合的结构了解,可以鉴定其他合适的蛋白质。例如,调节应激颗粒动力学的两个因子(USP10和CAPRIN1)竞争G3BP的前124个氨基酸的特定界面处的结合。此外,具有FGDF肽以及可能相关的FGEF和FGSF的特征的病毒蛋白被认为在类似位置扰动G3BP低聚反应。
基于这一理解,另外的结合蛋白可以可选地利用来自G3BP1、G3BP2、USP10和/或具有FGDF基序的病毒蛋白的特定氨基酸残基,其中这些特定氨基酸残基对于低聚化和/或与其他介导更高阶复合物组装的蛋白的相互作用可能是重要的。
据信,来自G3BP1/2的这些特定氨基酸残基可包括K5、L10、V11、F15、R32、F33、K123和F124。因此,也可以利用特别地靶向这些残基的肽变体。在一些实施方式中,所有八个残基优先结合。在一些实施方式中,八个残基中的七个被结合。在一些实施方式中,八个残基中的六个被结合。在一些实施方式中,八个残基中的五个被结合。在一些实施方式中,八个残基中的四个被结合。
来自USP10和/或具有FGDF基序的病毒蛋白的另外的结合蛋白可包括但不限于具有以下任何形式的肽变体:(1)Xy-FGDF-Xy;(2)Xy-FGEF-Xy;或(3)Xy-FGSF-Xy,其中Xy是1至y个附加的氨基酸。在一些实施方式中,y≤1500,y≤1000,y≤500,y≤100,y≤50。在优选实施方式中,y≤20。在更优选的实施方式中,y≤10。
再次参考图1,任选的第三片段(130)包含蛋白质标签。可以使用任何合适的蛋白质标签,包括亲和标签、色谱标签、荧光标签等,取决于特定应用的需求。通常,使用荧光标签,例如使用mCherry、GFP或EYFP。在图1中,第三组显示在蛋白质构建体的最右侧,但是如果使用蛋白质标签,其可出现在构建体中的任何地方,标签不必是相同的,并且它们可能位于整个构建体中。例如,构建体可具有遵循如下一般形式的结构:CPP-GFP-结合蛋白-EYFP-结合蛋白-mCherry。
通过使用
Figure BDA0002893572910000081
高保真度DNA聚合酶(NEB)的PCR扩增编码目的序列而无细胞穿透蛋白的DNA片段。用于PCR的寡核苷酸由IDT合成。In-Fusion HD克隆试剂盒(Clonetech)用于将PCR扩增的片段插入(A)AscI(NEB限制性酶)-线性化FM5-mGFP-AscI位点载体;(B)AscI(NEB限制性酶)-线性化FM5-mCherry-AscI位点载体;和(C)AscI(NEB限制性酶)-线性化FM5-miRFP670-AscI位点载体中。克隆产物通过GENEWIZ测序,从插入片段两端的测序得到确认。除了在每个插入片段后的终止序列外,插入片段包括:(A)G3BP1 NTF2样结构域(G3BP1中的前142个氨基酸);(B)G3BP1ΔRBD(G3BP1中的前334个氨基酸);(C)USP10 FGDF基序x1[PQYIFGDFSP DEFNQFFVTP RSSVELP](SEQ ID NO.:5);和(D)USP10 FGDF基序x2[PQYIFGDFSP DEFNQFFVTP RSSVELPSSGSGSGS PQYIFGDFSP DEFNQFFVTP RSSVELP](SEQ ID NO.:6)。可以使用标准的已知技术将细胞穿透蛋白并入上述插入片段中。
在说明减少应激颗粒组装能力的实例中,考虑了G3BP1和UBAP2L(SEQ ID NO.:7)。人U2OS细胞在未处理的条件下以及亚砷酸盐诱导的翻译停滞和随后的多核糖体分解后。在野生型(WT)细胞中,400mM亚砷酸盐处理1-2小时导致形成应激颗粒,如通过公认的应激颗粒标志物可视化的。G3BP1/2双敲除U2OS细胞被共转导以表达mGFP-UBAP2L 467-540(其为富含FG的G3BP相互作用结构域)和G3BP1-mCherry。在具有高UBAP2L 467-540的细胞中(图7A),未形成应激颗粒,且G3BP1-mCherry保持在整个胞质中扩散。在表达低UBAP2L 467-650的细胞中(图7B),应激颗粒(700)是明显的。因此,数据表明,类似于USP10 FGDF基序x1,这种富含FG的UBAP2L肽可以结合于G3BP NTF2样结构域并抑制与其他RNA结合蛋白的较高阶相互作用。对于这些实验,使用0.5帧/秒扫描速率、1024×1024像素帧和1.75x Nyquist变焦镜头(63x油浸镜头)收集图像。激光功率(1%488和100%546)、强度和增益保持恒定。
据信NTF2相关蛋白共同造成应激颗粒凝聚所必需的高RBD价。此外,过度浓度的缺乏RBD的伴体(例如USP10、截短的G3BP等)可通过超越含RBD的蛋白质(例如CAPRIN1(SEQ IDNO.:8))的结合来抑制这种相转变。假设通过引起网络的RBD价的显著降低,可能通过切断G3BP节点之间的蛋白-蛋白交叉连接或对网络“封顶”,USP10用作该系统的分子关闭阀。据信,这种关闭独立于低聚RBP节点之间另外的弱RNA交叉连接而发生,并且工程化结构之间的强的多价NTF2-NTF2相互作用足以用于相关蛋白质网络的相分离。在另一实验中,包含G3BPΔRBD的结构与CAPRIN1-iRFP(即具有RBD的G3BP NTF2结合伴体)或USP10-iRFP(即不含竞争与CAPRIN1的结合的RBD以及可能赋予复合物附加价位的其他RBP的NTF2相关伴体)共表达。如图7C所示,过量的CAPRIN1-iRFP与该结构结合,但不阻止包含G3BPΔRBD的结构的簇集/相分离。然而,如图7D所示,过量USP10完全阻断结构的相分离。
在说明提高应激颗粒组装的能力的实例中,考虑USP10 FGDF基序x2和YBX1(SEQID NO.:9)。YBX1是标志应激颗粒且不需要G3BP1 NTF2样结构域以进入的RNA结合蛋白。尽管USP10 FGDF基序x1抑制应激颗粒形成,USP10 FGDF基序x2通过将G3BP二聚体交联成保持与RNA相互作用的能力的扩展复合物促进应激颗粒生物发生。野生型U2OS细胞用mGFP-USP10 FGDF基序x2和YBX1-mCherry共转导。即使在不存在应激(即非处理)的情况下,对于USP10 FGDF基序x2(图8A)和YBX1(图8B)均观察到应激颗粒(800)。USP10 FGDF基序x2(图8C)和YBX1(图8D)在应激(亚砷酸盐)后观察到较大的颗粒(810)。
还公开了被配置为表达上述蛋白质构建体的质粒。在一个实施方式中,可以将蛋白质构建体克隆到定制的慢病毒载体中,从而允许将DNA稳定整合到分裂的人类细胞中。使用无复制能力慢病毒感染和随后基因组整合的标准方案在哺乳动物细胞中表达该蛋白质构建体。参照图5可以看到表达结合蛋白(但无细胞穿透蛋白)的质粒的基因图谱。在此,质粒在UBC(泛素C)启动子下整合荧光团序列(mGFP)和前述USP10 FGDF基序x1的序列。
还公开了一种治疗患者的疾病或感染的方法。在一些情况下,患者患有神经变性疾病或细胞增殖的障碍(例如,各种癌症)。在某些情况下,该方法是积极治疗疾病或感染(例如,积极治疗病毒感染)的方法。在一些情况下,该方法被用作预防性治疗。
参照图6,治疗方法(600)大致包括三个步骤。
第一步(610)是提供配置为穿透细胞并与NTF2样结构域结合的蛋白质构建体。在一些实施方式中,蛋白质构建体以自身提供。在一些实施方式中,蛋白质构建体存在于适合注射的流体中。流体可以包含水。在一些实施方式中,可以提供的是,例如,包含少于30%重量的蛋白质构建体的流体的无菌包装。
第二步(620)是向患者引入蛋白质构建体(其包括包含该蛋白质构建体的任何组合物)。这可以通过本领域技术人员已知的任何适当技术来进行。在一些实施方式中,蛋白质构建体可以例如经口、经皮或通过肌内、皮下或皮内注射施用。在一些实施方式中,蛋白质构建体注射到脑脊液中。
第三步(630)是允许蛋白质构建体调节病理性应激颗粒组装。在一些实施方式中,当蛋白质构建体由与NTF2样结构域结合的单一蛋白质组成时,该蛋白质构建体下调应激颗粒的形成。在一些实施方式中,当蛋白质构建体由两个或更多个与NTF2样结构域结合的蛋白质组成时,该蛋白质构建体上调应激颗粒的形成。
在一些实施方式中,该蛋白质构建体阻碍了生物体内必需的应激颗粒成核剂与其自身或相关结合伴体之间的至少一种同型或异型相互作用,优选不引起直接的细胞毒性。
本领域技术人员将认识到或能够仅通过常规实验确定与本文所述的本发明具体实施方式的许多等同物。这些等同物旨在包含在以下权利要求中。
Figure IDA0002893572970000011
Figure IDA0002893572970000021
Figure IDA0002893572970000031
Figure IDA0002893572970000041
Figure IDA0002893572970000051
Figure IDA0002893572970000061
Figure IDA0002893572970000071
Figure IDA0002893572970000081
Figure IDA0002893572970000091
Figure IDA0002893572970000101
Figure IDA0002893572970000111
Figure IDA0002893572970000121
Figure IDA0002893572970000131
Figure IDA0002893572970000141
Figure IDA0002893572970000151
Figure IDA0002893572970000161
Figure IDA0002893572970000171
Figure IDA0002893572970000181
Figure IDA0002893572970000191
Figure IDA0002893572970000201
Figure IDA0002893572970000211

Claims (15)

1.一种蛋白质构建体,包含:
与k个可结合于NTF2样结构域的结合蛋白融合的细胞穿透蛋白,各个结合蛋白选自G3BP1的前m个氨基酸、G3BP2的前n个氨基酸和具有以下形式的肽变体:(1)Xy-FGDF-Xy、(2)Xy-FGEF-Xy或(3)Xy-FGSF-Xy
其中Xy是1-y个附加的氨基酸,y≤1500,1≤k≤10,8≤m≤334,和8≤n≤330。
2.根据权利要求1所述的蛋白质构建体,其中所述细胞穿透蛋白进一步与蛋白质标签融合。
3.根据权利要求2所述的蛋白质构建体,其中所述蛋白质标签是荧光蛋白。
4.一种配置为表达根据权利要求1所述的蛋白质构建体的质粒。
5.一种治疗患者的疾病或感染的方法,包括以下步骤:
提供配置为穿透细胞并与NTF2样结构域结合的蛋白质构建体;
向所述患者引入所述蛋白质构建体;和
允许所述蛋白质构建体与所述细胞内的至少一个NTF2样结构域结合。
6.根据权利要求5所述的方法,其中所述蛋白质构建体仅与单一NTF2样结构域结合,并且其中应激颗粒的形成被下调。
7.根据权利要求5所述的方法,其中所述蛋白质构建体与两个或更多个NTF2样结构域结合,并且其中应激颗粒的形成被上调。
8.根据权利要求5所述的方法,其中所述蛋白质构建体作为预防性治疗引入。
9.根据权利要求8所述的方法,其中所述蛋白质构建体作为病毒感染的积极治疗引入。
10.一种治疗患者的疾病或感染的方法,包括以下步骤:
提供包含根据权利要求1所述的蛋白质构建体的流体;和
在允许所述蛋白质构建体调节病理性应激颗粒组装的位置处将所述流体注射到患者中。
11.根据权利要求10所述的方法,其中所述患者患有神经变性疾病或细胞增殖的障碍。
12.根据权利要求10所述的方法,其中所述蛋白质构建体注射到脑脊液中。
13.根据权利要求10所述的方法,其中所述蛋白质构建体上调应激颗粒的形成。
14.根据权利要求10所述的方法,其中所述蛋白质构建体下调应激颗粒的形成。
15.根据权利要求10所述的方法,其中所述蛋白质构建体阻碍生物体中必需的应激颗粒成核剂与其自身或相关结合伴体之间的至少一种同型或异型相互作用,而不会导致直接的细胞毒性。
CN201980046655.3A 2018-07-13 2019-07-12 用于调节应激颗粒组装的系统和方法 Pending CN112423781A (zh)

Applications Claiming Priority (5)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201862697691P 2018-07-13 2018-07-13
US62/697,691 2018-07-13
US201862719751P 2018-08-20 2018-08-20
US62/719,751 2018-08-20
PCT/US2019/041564 WO2020014588A1 (en) 2018-07-13 2019-07-12 System and method for modulating stress granule assembly

Publications (1)

Publication Number Publication Date
CN112423781A true CN112423781A (zh) 2021-02-26

Family

ID=69142650

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201980046655.3A Pending CN112423781A (zh) 2018-07-13 2019-07-12 用于调节应激颗粒组装的系统和方法

Country Status (5)

Country Link
US (1) US20210269780A1 (zh)
EP (1) EP3820494A4 (zh)
JP (1) JP2021531038A (zh)
CN (1) CN112423781A (zh)
WO (1) WO2020014588A1 (zh)

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN113135987A (zh) * 2021-06-10 2021-07-20 浙江师范大学 一类来源于Caprin1的活性肽及其应用
CN113214361A (zh) * 2021-06-10 2021-08-06 浙江师范大学 一类包含fgdf基序的应激颗粒抑制剂及其应用

Families Citing this family (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2023174838A1 (en) * 2022-03-14 2023-09-21 F. Hoffmann-La Roche Ag Modulators of the g3bp2-tau interaction for the treatment of tau associated diseases
EP4269424A1 (en) * 2022-04-25 2023-11-01 Københavns Universitet Novel antiviral compounds and use thereof

Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2013108926A1 (en) * 2012-01-17 2013-07-25 Kyoto University Prophylactic and therapeutic drug for amyotrophic lateral sclerosis and method of screening therefor
US20170145394A1 (en) * 2015-11-23 2017-05-25 The Regents Of The University Of California Tracking and manipulating cellular rna via nuclear delivery of crispr/cas9
WO2017161096A1 (en) * 2016-03-16 2017-09-21 Tarveda Therapeutics, Inc. Antibody mimic conjugates and particles

Family Cites Families (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
AUPR721101A0 (en) * 2001-08-23 2001-09-13 University Of Queensland, The Nucleic acid and polypeptide linked to breast cancer
JPWO2007132555A1 (ja) * 2006-05-11 2009-09-24 国立大学法人 東京大学 細胞膜透過性ペプチドと細胞内におけるその使用
JP6340366B2 (ja) * 2012-07-31 2018-06-06 イェダ リサーチ アンド デベロップメント カンパニー リミテッド 運動ニューロン疾患を診断および処置する方法
GB201318954D0 (en) * 2013-10-28 2013-12-11 Cupid Peptide Company Ltd Cell transport
US10668128B2 (en) * 2017-02-15 2020-06-02 University Of South Carolina Targeting G3BP proteins to accelerate nerve regeneration
MX2019013835A (es) * 2017-05-24 2020-07-14 Orphazyme As Inductores de proteinas de choque termico y trastornos frontotemporales.
US10526380B2 (en) * 2017-10-26 2020-01-07 St. Jude Children's Research Hospital Fusion protein and nucleic acid molecule for light-dependent stress granule assembly

Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2013108926A1 (en) * 2012-01-17 2013-07-25 Kyoto University Prophylactic and therapeutic drug for amyotrophic lateral sclerosis and method of screening therefor
US20170145394A1 (en) * 2015-11-23 2017-05-25 The Regents Of The University Of California Tracking and manipulating cellular rna via nuclear delivery of crispr/cas9
WO2017161096A1 (en) * 2016-03-16 2017-09-21 Tarveda Therapeutics, Inc. Antibody mimic conjugates and particles

Non-Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
VOGNSEN TINA等: "Crystal structures of the human G3BP1 NTF2-like domain visualize FxFG Nup repeat specificity", 《PLOS ONE》, vol. 8, no. 12, pages 1, XP055676391, DOI: 10.1371/journal.pone.0080947 *
ZHANG HAO等: "GAP161 targets and downregulates G3BP to suppress cell growth and potentiate cisplaitin-mediated cytotoxicity to colon carcinoma HCT116 cells", 《CANCER SCI》, vol. 103, no. 10, pages 1848, XP055774351, DOI: 10.1111/j.1349-7006.2012.02361.x *

Cited By (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN113135987A (zh) * 2021-06-10 2021-07-20 浙江师范大学 一类来源于Caprin1的活性肽及其应用
CN113214361A (zh) * 2021-06-10 2021-08-06 浙江师范大学 一类包含fgdf基序的应激颗粒抑制剂及其应用
CN113214361B (zh) * 2021-06-10 2022-06-10 浙江师范大学 一类包含fgdf基序的应激颗粒抑制剂及其应用

Also Published As

Publication number Publication date
EP3820494A4 (en) 2022-07-13
JP2021531038A (ja) 2021-11-18
US20210269780A1 (en) 2021-09-02
EP3820494A1 (en) 2021-05-19
WO2020014588A1 (en) 2020-01-16

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN112423781A (zh) 用于调节应激颗粒组装的系统和方法
JP6595459B2 (ja) 種々の細胞集団におけるナノ粒子媒介遺伝子送達、ゲノム編集およびリガンド標的化修飾
CN107530399B (zh) 治疗分子在体外和体内的有效递送
US11359212B2 (en) Compositions and processes for targeted delivery, expression and modulation of coding ribonucleic acids in tissue
Pärn et al. The antimicrobial and antiviral applications of cell-penetrating peptides
CN105658797A (zh) 用于调节rna的组合物和方法
US20200376142A1 (en) Compositions and methods for organ-protective expression and modulation of coding ribonucleic acids
US9932563B2 (en) Compositions and methods for inhibiting gene expressions
DE102010004957A1 (de) Biologisch wirksame Moleküle zur Beeinflussung von Virus-, Bakterien-, Parasiten-infizierten Zellen und/oder Tumorzellen und Verfahren zu deren Anwendung
WO2018140269A1 (en) Lentivirus and non-integrating lentivirus as viral vector to deliver crispr therapeutic
JP2019517465A (ja) 溶菌および溶原ウイルスの処理の組成物および方法
CN105101951B (zh) 一种用于基因-药物治疗的新型试剂
EP2771367B1 (en) Gigaxonin fusion protein and methods for treating giant axonal neuropathy
WO2022167009A1 (zh) 靶向Aqp1 mRNA的sgRNA及其载体与应用
US8957186B2 (en) Recombinant protein for intracellular delivery of siRNA and composition comprising the same
DE10150984A1 (de) Verwendung des adenoviralen E2-late-Promotors
JP6581969B2 (ja) タンパク質発現を向上させる方法およびタンパク質発現用組成物
EP3180033B1 (de) Peptid zur verwendung in der reduktion von nebenwirkungen in form von immunstimulatorischen reaktionen/effekten
CA3220846A1 (en) Rna-guided cas(omega) nucleases and uses thereof in diagnostics and therapy
Medina Growing Pains of Bacteriophage Lambda: Examination of the Maturation of Procapsids into Capsids
Protter Contributions of Intrinsically Disordered Regions of Proteins to the Assembly of Ribonucleoprotein Granules

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination