CN112410278A - 一种在白色链霉菌中高效合成默诺霉素a的方法 - Google Patents

一种在白色链霉菌中高效合成默诺霉素a的方法 Download PDF

Info

Publication number
CN112410278A
CN112410278A CN202011374492.2A CN202011374492A CN112410278A CN 112410278 A CN112410278 A CN 112410278A CN 202011374492 A CN202011374492 A CN 202011374492A CN 112410278 A CN112410278 A CN 112410278A
Authority
CN
China
Prior art keywords
moenomycin
gene
plasmid
strain
promoter
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Granted
Application number
CN202011374492.2A
Other languages
English (en)
Other versions
CN112410278B (zh
Inventor
康前进
李兴
白林泉
欧一新
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Shanghai Jiaotong University
Original Assignee
Shanghai Jiaotong University
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Shanghai Jiaotong University filed Critical Shanghai Jiaotong University
Priority to CN202011374492.2A priority Critical patent/CN112410278B/zh
Publication of CN112410278A publication Critical patent/CN112410278A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN112410278B publication Critical patent/CN112410278B/zh
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Images

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K14/00Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/195Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from bacteria
    • C07K14/36Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from bacteria from Actinomyces; from Streptomyces (G)
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/52Genes encoding for enzymes or proenzymes
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09Recombinant DNA-technology
    • C12N15/63Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
    • C12N15/65Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression using markers
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09Recombinant DNA-technology
    • C12N15/63Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
    • C12N15/74Vectors or expression systems specially adapted for prokaryotic hosts other than E. coli, e.g. Lactobacillus, Micromonospora
    • C12N15/76Vectors or expression systems specially adapted for prokaryotic hosts other than E. coli, e.g. Lactobacillus, Micromonospora for Actinomyces; for Streptomyces
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12PFERMENTATION OR ENZYME-USING PROCESSES TO SYNTHESISE A DESIRED CHEMICAL COMPOUND OR COMPOSITION OR TO SEPARATE OPTICAL ISOMERS FROM A RACEMIC MIXTURE
    • C12P19/00Preparation of compounds containing saccharide radicals
    • C12P19/26Preparation of nitrogen-containing carbohydrates
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12PFERMENTATION OR ENZYME-USING PROCESSES TO SYNTHESISE A DESIRED CHEMICAL COMPOUND OR COMPOSITION OR TO SEPARATE OPTICAL ISOMERS FROM A RACEMIC MIXTURE
    • C12P19/00Preparation of compounds containing saccharide radicals
    • C12P19/44Preparation of O-glycosides, e.g. glucosides
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2800/00Nucleic acids vectors
    • C12N2800/10Plasmid DNA
    • C12N2800/101Plasmid DNA for bacteria
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2800/00Nucleic acids vectors
    • C12N2800/22Vectors comprising a coding region that has been codon optimised for expression in a respective host

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Gastroenterology & Hepatology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
  • Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明公开了一种在白色链霉菌中高效合成默诺霉素A的方法;是基于默诺霉素A生物合成基因簇异源表达宿主Streptomyces.albus导入定点突变型A类青霉素结合蛋白基因优化其异源宿主的方法,默诺霉素A通过作用于细菌细胞壁aPBP的肽聚糖糖基转移酶结构域活性位点,来高效抑制革兰氏阳性细菌细胞壁的合成。通过基因工程的手段对默诺霉素生物合成基因簇进行大片段组装和启动子优化,在优化菌株II中导入默诺霉素A抗性基因MaPBP进一步提高菌株II默诺霉素耐受性。最终在菌株LX03中默诺霉素A异源表达产量相比出发菌株I提高了110%。本发明不仅阐述了大片段基因簇的基因工程改造方法,同时也开启了抗性基因优化Streptomyces.albus宿主来提高目标化合物产量的先河。

Description

一种在白色链霉菌中高效合成默诺霉素A的方法
技术领域
本发明属于生物工程技术领域,涉及一种在白色链霉菌中高效合成默诺霉素A的方法,尤其涉及一种基于默诺霉素A生物合成基因簇异源表达和宿主菌株默诺霉素A抗性基因MaPBP优化的方法,具体是一种基于默诺霉素A生物合成基因簇异源表达宿主Streptomyces.albus J1074导入定点突变型A类青霉素结合蛋白(Mutant class Apenicillin-binding proteins,MaPBP)基因优化其异源宿主的方法。
背景技术
默诺霉素类化合物通过与细菌细胞壁肽聚糖糖基转移酶(Peptidoglycantransferase,PGT)的活性位点结合,对众多的革兰氏阳性细菌均具有较好的杀灭或抑制作用,针对有些菌株的最低抑菌浓度(MIC)仅为1~100ng/mL,生物学活性是万古霉素的约近10-1000倍,默诺霉素类抗生素的化学结构复杂新颖,含有一个3-磷酸甘油酸单元、4~5个糖基和一个特殊的异戊烯基脂肪链,也被称为磷糖脂类抗生素。而且在已经发现的十多种天然磷糖脂类化合物中,许多成员都具有显著的抗菌活性和一定的抗肿瘤活性,是抗生素新药研发的热点化合物。但是默诺霉素在其产生放线菌加纳链霉菌ATCC14672中产量极低,且为多种化合物混合物,对默诺霉素生物合成与新结构临床药物的创制工作极为不利,严重限制了磷酸糖脂类化合物临床药物的研究进程。
发明内容
本发明的目的在于提供一种在白色链霉菌中高效合成默诺霉素A的方法;通过对默诺霉素A生物合成基因簇基因工程的启动子优化和导入默诺霉素A抗性基因MaPBP提高宿主对默诺霉素A的耐受性两种主要策略来优化默诺霉素A异源合成体系,提高高活性默诺霉素A的产量。
本发明的目的是通过以下技术方案来实现的。
第一方面,本发明涉及一种高效化合物默诺霉素A,分子式为C69H108N5O34P,化学结构式为:
Figure BDA0002807821310000021
第二方面,本发明涉及一种在白色链霉菌中高效异源合成默诺霉素A的方法,通过基因工程的手段得到了默诺霉素A生物合成基因簇并进行启动子的优化后得到默诺霉素A异源合成菌株Streptomyces albus,再通过代谢工程的手段在菌株Streptomyces albus中导入默诺霉素A抗性基因MaPBP来增强宿主对默诺霉素A的耐受能力,所得菌株发酵培养得到默诺霉素A。该方法使默诺霉素A的异源表达产量得以提高。
作为本发明的一个具体实施方案,所述菌株Streptomyces albus为默诺霉素A异源合成菌株Streptomyces albus LX02,所得菌株为LX02::pJQK557。
作为本发明的一个实施方案,所述默诺霉素A生物合成基因簇包括默诺霉素生物合成基因簇cluster 1和包含moeA4&moeB4&moeC4和moeR5&moeS5五个基因的cluster 2;其中,moeA4&moeB4&moeC4基因序列如SEQ ID NO.11所示,moeR5&moeS5序列如SEQ ID NO.12所示。
作为本发明的一个实施方案,所述启动子为Promoter 6、KasOp*、PermE*和Promoter 2,序列分别如SEQ ID NO.34、SEQ ID NO.36、SEQ ID NO.39和SEQ ID NO.37所示。
作为本发明的一个实施方案,所述默诺霉素A抗性基因MaPBP的序列为SEQ IDNO.52。
所述默诺霉素A抗性基因MaPBP来源于Streptomyces albus J1074,将第200位的苯丙氨酸突变为天冬氨酸,238位的脯氨酸突变为谷氨酰胺。
作为本发明的一个实施方案,所述方法包括如下步骤:
S1、在林可链霉菌NRRL2936的基因组文库中筛选包含默诺霉素生物合成基因簇cluster 1的fosmid质粒pJQK455;
S2、以加纳链霉菌ATCC14672基因组为模板通过高保真PCR的方法得到包含moeA4&moeB4&moeC4和moeR5&moeS5五个基因的默诺霉素生物合成基因簇cluster 2;
S3、(将包含cluster 2基因簇的质粒命名为pJQK551,酶切处理后得到默诺霉素基因簇cluster 2的片段)通过λ-red同源重组技术对cluster 1和cluster 2基因簇进行组装,获得默诺霉素A完整生物合成基因簇的
Figure BDA0002807821310000022
位点整合型质粒I,命名为pJQK554;
S4、对
Figure BDA0002807821310000031
位点整合型质粒I中的四个关键开放阅读框(moeJ5、moeE5、moeP5和moeGT5的启动子)进行Promoter 6、KasOp*、PermE*和Promoter 2强启动子替换得到
Figure BDA0002807821310000032
位点整合型质粒II,命名为pJQK556;
S5、分别将S3和S4构建得到的质粒I和质粒II接合转移导入野生型受体菌株Streptomyces albus中,获得默诺霉素A异源合成菌株I和菌株II,命名为LX01和LX02;
S6、设计并构建用于提高菌株II耐受性的默诺霉素A抗性基因MaPBP的
Figure BDA0002807821310000033
位点整合型质粒III,命名为pJQK557;
S7、将S6构建得到的质粒III接合转移导入受体菌株II中,得到默诺霉素A高效异源合成菌株Ⅲ,命名为LX03;
S8、发酵培养所述菌株I,菌株II、菌株Ⅲ。在菌株Ⅲ中默诺霉素A异源表达产量相比出发菌株I提高了110%。
步骤S2中,PCR用引物包括序列如SEQ ID NO.7、8所示的ABC-F/R和序列如SEQ IDNO.9、10所示的R5S5-F/R。
步骤S4中,所述强启动子包括序列如SEQ ID NO.36所示的KasOp*强启动子和序列如SEQ ID NO.39所示的PermE*强启动子。
作为本发明的一个实施方案,步骤S3包括如下步骤:
S31、在默诺霉素生物合成基因簇cluster 2的两端添加和cluster 1基因簇两端有45bp同源臂以及酶切位点MunI的质粒pJQK551,其中包含作为筛选标记的抗性基因卡那霉素;
S32、用MunI限制内切酶处理质粒pJQK551,得到包含cluster 2基因簇的10kb基因片段;将包含cluster 1的质粒pJQK455和包含cluster 2基因簇的10kb基因片段通过电转导入λ-red同源重组菌株GB08中,10%阿拉伯糖诱导线性环形重组发生,通过阿伯拉霉素和卡那霉素抗生素筛选得到阳性克隆质粒I,即所述
Figure BDA0002807821310000034
位点整合型质粒I。
步骤S31中,所述同源臂的序列如SEQ ID NO.14、15所示。
步骤S31中,所述抗性基因卡那霉素的序列如SEQ ID NO.13所示。
步骤S32中,所述10kb基因片段的序列为moeA4&moeB4&moeC4基因序列SEQ IDNO.11,moeR5&moeS5基因序列SEQ ID NO.12,同臂源序列SEQ ID NO.14、15以及卡那霉素基因cassette序列SEQ ID NO.13的和。(图6为酶连顺序)
所述λ-red同源重组菌株GB08指的是带有Redαβ重组体系,专门用于线性环形同源重组的菌株。为微生物领域常用商用菌株(GeneBridges公司),本领域技术人员可以通过购买得。
作为本发明的一个实施方案,步骤S4包括如下步骤:
S41、构建启动子优化所需的Promoter 6-FRT-cml-FRT-KasOp*和PermE*-MTFRT-kan-MTFRT-Promoter 2两个基因cassette 1和cassette 2;
S42、将cassette 1和cassette 2分别通过电转导入含有质粒pJQK455的λ-red同源重组菌株GB08中,10%阿拉伯糖诱导重组发生,通过FRT同源重组敲除cassettes中的氯霉素和卡那霉素抗性基因后得到质粒pJQK553;
S42、将S32中包含cluster 2基因簇的10kb基因片段与质粒pJQK553电转导入λ-red同源重组菌株GB08中,10%阿拉伯糖诱导线性环形重组发生,通过阿伯拉霉素和卡那霉素抗生素筛选得到阳性克隆质粒II,即所述
Figure BDA0002807821310000041
位点整合型质粒II。
步骤S41中,所述cassette 1和cassette 2的序列分别如SEQ ID NO.28、29所示。
步骤S41中,Promoter 6加强moeJ5及其下游基因的转录,KasOp*加强moeE5及其下游基因转录,PermE*加强moeP5及其下游基因的转录,Promoter 2加强moeGT5及其下游基因的转录。
作为本发明的一个具体实施方案,步骤S5中,所述野生型受体菌株Streptomycesalbus为野生型受体菌株Streptomyces albus J1074。
作为本发明的一个实施方案,步骤S6中,默诺霉素A抗性基因MaPBP来源于Streptomyces albus J1074,将第200位的苯丙氨酸突变为天冬氨酸,238位的脯氨酸突变为谷氨酰胺。
作为本发明的一个实施方案,步骤S6中,所述构建是将默诺霉素A抗性基因MaPBP片段插入用NdeI和MunI消化处理的
Figure BDA0002807821310000042
位点整合型质粒pLX15a中构建得到所述
Figure BDA0002807821310000044
位点整合型质粒III。其中,pLX15a质粒包含
Figure BDA0002807821310000043
整合所需的attP序列和相对应的int整合酶,同时含有潮霉素抗性基因,为由通用质粒pSET152改造而来。
作为本发明的一个实施方案,步骤S8中,所述发酵培养是将所述默诺霉素异源合成菌株Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ的孢子接种于R5固体培养基中,30℃培养168h后得发酵固体板。
第三方面,本发明涉及一株高效异源合成默诺霉素A的白色链霉菌Streptomycesalbus J1074-LX03,保藏编号为CGMCC NO.20985。
本发明中的白色链霉菌Streptomyces albus J1074-LX03,已经于2020年11月2日保存于中国微生物菌种保藏管理委员会普通微生物中心(北京市朝阳区北辰西路1号院3号,中国科学院微生物研究所),保藏编号为CGMCC NO.20985。
与现有技术相比,本发明具有如下有益效果:
本发明利用基因工程和代谢工程的手段对默诺霉素A生物合成基因簇进行体外启动子优化得到异源表达宿主II,在菌株II中通过导入默诺霉素A抗性基因MaPBP提高了宿主对默诺霉素A的耐受性,使得突变菌株LX03中默诺霉素A产量较其出发菌株I提高了110%,为高效默诺霉素A生物合成的研究与新结构临床药物的创制奠定了基础。
附图说明
通过阅读参照以下附图对非限制性实施例所作的详细描述,本发明的其它特征、目的和优点将会变得更明显:
图1为整合型质粒pJQK554和pJQK556琼脂糖凝胶电泳验证图;
图2为默诺霉素A抗性基因MaPBP的
Figure BDA0002807821310000051
位点整合型质粒III琼脂糖凝胶电泳验证图;
图3为菌株I(LX01),II(LX02)和LX03质谱检测结果分析图;
图4为菌株I(LX01),II(LX02)和LX03默诺霉素A相对产量柱状图;
图5为pJQK455质粒构建图;
图6为pJQK551质粒构建图;
图7为pJQK554质粒构建图;
图8为pJQK553质粒构建图;
图9为pJQK556质粒构建图;
图10为pLX15a和pJQK557质粒构建图。
具体实施方式
以下实例将结合附图对本发明进一步作说明。本实施例在以本发明技术方案为前提下进行实施,并给出了详细的实施方式和过程,但本发明的保护范围不限于下述的实施例。下列实施例中未注明具体条件的实验方法的,按照常规条件或制造厂商的建议条件。
实施例
默诺霉素A高产菌株Streptomyces albus LX03的构建
步骤一:包含默诺霉素生物合成基因簇cluster 1的fosmid质粒pJQK455的构建;通过antiSMASH在线分析,在林可链霉菌全基因组(GenBank:CP016438.1)中发现不完整的默诺霉素生物合成基因簇cluster 1(GenBank assembly accession:GCA_003344445.1RefSeq assembly accession:GCF_003344445.1)。设计引物(Moe-L-F/Moe-L-R和Moe-R-F/Moe-R-R)利用聚合酶链式反应递缩基因组文库的方法筛选得到含有默诺霉素生物合成基因簇的fosmid质粒5B1、8F3、9A8和16G7,通过BamHⅠ和KpnⅠ限制酶酶切确定是正确的,选取其中的5B1进行测序确认为正确质粒,命名为pJQK455(图5)。
上述步骤一所用引物为:
引物名称 碱基序列
Moe-L-F 5′-CCCGGGACGACATGCATGAT-3′SEQ ID NO.1
Moe-L-R 5′-CGGGAGATCTTCTCCTTCGG-3′SEQ ID NO.2
Moe-R-F 5′-CACATCGCCCGGTTGAACAC-3′SEQ ID NO.3
Moe-R-R 5′-TACGACGGTGAGGTCCACGT-3′SEQ ID NO.4
步骤二:默诺霉素生物合成基因簇cluster 2克隆的构建;
以加纳链霉菌ATCC14672基因组总DNA(GenBank:MT417183.1)为模板,分别以ABC-F/R和R5S5-F/R为引物通过高保真PCR的方法克隆得到包含moeA4&moeB4&moeC4和moeR5&moeS5两个DNA片段(SEQ ID NO.11、12),再以kan-F/R为引物构建卡那霉素基因cassette(SEQ ID NO.13),在卡那霉素基因cassette和moeR5&moeS5末端设计与pJQK455质粒上替换序列两端同源的45bp长度的左右同源臂(SEQ ID NO.15、14),通过基因测序验证上述三个PCR片段(其中,moeA4&moeB4&moeC4对应的序列如SEQ ID NO.11所示,moeR5&moeS5对应的PCR片段的序列如SEQ ID NO.14和SEQ ID NO.12的和所示,卡那霉素基因cassette对应的PCR片段的序列如SEQ ID NO.13和SEQ ID NO.15的和所示)的正确性。在37度水浴条件下用XbaI和HindIII内切酶消化moeA4&moeB4&moeC4,KpnI和XbaI消化卡那霉素基因cassette,HindIII和PstI消化moeR5&moeS5,以及用KpnI和PstI消化pBlueScriptⅡSK(+)质粒,通过琼脂糖凝胶回收试剂盒将以上四个基因片段进行回收纯化,用连接酶进行连接后通过感受态钙转法导入克隆菌株大肠杆菌DH10B,次日挑取单克隆抽提质粒后酶切验证。用SacI/XhoI消化处理后可以观察到2917bp,2338bp,2143bp,1277bp,938bp,784bp,409bp,357bp,39bp的目标条带表明质粒构建正确命名为pJQK551(图6)。将MupJQK551用nI内切酶(酶切位点位于SEQ ID NO.5和SEQ ID NO.10上)消化后可得到10.3kb的与pJQK455质粒进行线性环形重组用的默诺霉素基因簇cluster 2(cluster2序列即为三个PCR片段的和,其顺序即为酶切酶连的顺序,如图6所示)。
上述步骤二所用引物为:
Figure BDA0002807821310000071
步骤三:默诺霉素不完整基因簇cluster 1和cluster 2的组装;
将步骤一构建完成的质粒pJQK455通过电转的方法将其导入宿主大肠杆菌GB08中,取转化子于含有阿伯拉霉素(50ug/ml)抗生素的LB培养基中37℃过夜培养,将过夜培养物按5%的比例接种于含有阿伯拉霉素(50ug/ml)抗生素的LB培养基中,培养两个小时后,按3%的比例加入10%阿拉伯糖诱导GB08中重组酶的表达,继续培养40分钟后将培养物置于冰上,用冰水洗涤菌体三次以充分去除培养物中的抗生素。取步骤二制备的50ng/ul浓度的默诺霉素基因簇cluster 2水溶液2ul加入35ul洗涤后的GB08-pJQK455菌体,置于电转杯中以1350V的电压电击6毫秒后迅速加入800ul预冷液体LB吹打混匀,将获得菌液37度摇床培养1小时,均匀涂布于含有阿伯拉霉素(50ug/ml)抗生素和卡那霉素(50ug/ml)抗生素的固体LB平板上,37度培养箱倒置培养12-16小时后挑取单克隆抽提质粒,经NcoI消化处理后可以观察到1306bp,1570bp,1629bp,2135bp,3012bp,3903bp,4171bp,6795bp,19101bp的酶切片段说明质粒构建正确(图1),成功获得包含默诺霉素A完整生物合成基因簇的
Figure BDA0002807821310000081
位点整合型质粒I命名为pJQK554(图7)。
步骤四:默诺霉素基因簇质粒I中四个关键开放阅读框进行强启动子替换后的整合型质粒pJQK556的构建;
首先构建启动子优化所需的Promoter 6-MTFRT-cml-MTFRT-KasOp*和PermE*-FRT-kan-FRT-Promoter 2两个基因cassette 1和cassette 2,在基因cassette 1的两端分别带有50bp左右的moeJ5和moeE5的同源臂序列(SEQ ID NO.30、31),在基因cassette 2的两端分别带有50bp左右的moeP5和moeGT5的同源臂序列(SEQ ID NO.32、33)。以白色链霉菌J1074基因组为模板,P6-F/R为引物通过高保真PCR的方法扩增出Promoter 6的序列(SEQID NO.34);以氯霉素基因为模板,cml-F/R为引物扩增出氯霉素(cat)序列(SEQ IDNO.35);以KasOp*序列为模板,KasOp*-F/R为引物扩增出KasOp*基因序列(SEQ ID NO.36);通过Overlap PCR的方法将Promoter 6,cat和KasOp*进行序列拼接,得到1810bp的PCR产物。将纯化后的PCR片段连接于EcoRV处理的pBluescript SK(+)载体,经过蓝白斑筛选及测序正确后,经XhoI/PstI双酶切后回收1810bp的目标片段,得到用于λ-red同源重组的基因cassette 1(SEQ ID NO.28)。
然后构建启动子优化所需的PermE*-FRT-kan-FRT-Promoter 2基因cassette 2,在基因cassette 2的两端分别带有50bp左右的moeP5和moeGT5的同源臂序列(SEQ IDNO.32、33)。以白色链霉菌J1074基因组为模板,P6-F/R为引物通过高保真PCR的方法扩增出Promoter 2的序列(SEQ ID NO.37);以卡那霉素基因为模板,kan-F/R为引物扩增出卡那霉素(noe)序列(SEQ ID NO.38);以PermE*序列为模板,PermE*-F/R为引物扩增出PermE*基因序列(SEQ ID NO.39);通过Overlap PCR的方法将Promoter 2,noe和PermE*进行序列拼接,得到2273bp的PCR产物。将纯化后的PCR片段连接于EcoRV处理的pBluescript SK(+)载体,经过蓝白斑筛选及测序正确后,经XhoI酶切后回收2273bp的目标片段,得到用于λ-red同源重组的基因cassette 2(SEQ ID NO.29)。所用引物如下表。
将cassette 1通过电转导入步骤三含有质粒pJQK455的λ-red同源重组菌株GB08(GB08-pJQK455)中,10%阿拉伯糖诱导基因重组的发生,在含有阿伯拉霉素(50ug/ml)抗生素和氯霉素(50ug/ml)抗生素的固体LA平板上得到筛选得到阳性转化子,挑取单克隆置于含有同种抗生素的液体LB中,37度培养过夜后利用电转质粒法将pBT340导入GB08::pJQK455::cassette 1菌株中,于在含有阿伯拉霉素(50ug/ml),氯霉素(50ug/ml)和氨苄青霉素(100μg/mL)三种抗生素的固体LA平板上,37度倒置过夜培养,将得到的阳性转化子单克隆置于含有阿伯拉霉素(50ug/ml)的LA平板上,42度过夜培养,pBT340质粒中的FLP/FRT重组系统发挥功能,敲除cassette 1中的氯霉素抗性基因同时菌株将pBT340质粒丢失,将42度过夜培养所得单克隆液体LB扩大培养,抽提质粒,验证正确后电转导入大肠杆菌GB08,以同种方式将cassette 2敲入目标质粒。将敲入四个启动子并敲除相关抗性基因的质粒pJQK455命名为pJQK553(图8)。经NcoI消化处理后可以观察到569bp,1119bp,1570bp,1629bp,3051bp,3324bp,3922bp,4120bp,9391bp和19533bp,说明质粒构建正确。
将构建完成的质粒pJQK553通过电转的方法将其导入宿主大肠杆菌GB08中,利用步骤三所述λ-red同源重组的方法将pJQK553与默诺霉素生物合成基因簇cluster 2进行组装,得到完整的默诺霉素基因簇命名为pJQK556(图9)。经NcoI消化处理后可以观察到1306bp,1570bp,1629bp,2135bp,3012bp,3903bp,4171bp,7136bp和19533bp;经KpnI消化后可以观察到4305bp,4674bp,5884bp,6459bp,7297bp和12736bp。说明质粒构建正确(图1)。
上述步骤四所用引物为:
Figure BDA0002807821310000091
Figure BDA0002807821310000101
步骤五:将步骤三和步骤四构建得到的质粒pJQK554和pJQK556通过大肠杆菌与链霉菌属间接合转移导入受体菌株Streptomyces albus J1074中;
将步骤三和步骤四已构建完成的质粒pJQK554和pJQK556通过化学转化法将其导入E.coli ET12567/pUZ8002中。取该转化子于含有50ug/ml氯霉素、50ug/ml卡那霉素和50ug/ml阿泊拉霉素三种抗生素的LB培养基中37℃过夜培养,将过夜培养物按10%的比例转接至新鲜LB培养液培养3小时,然后用新鲜的LB溶液洗涤菌体2次以充分除去培养物中的抗生素。同时制备Streptomyces albus J1074的新鲜孢子溶液一毫升,用TES溶液漂洗2~3次后再用0.5mL TES溶液悬浮孢子,在50℃水浴锅中热激10min,自来水下冷却至室温后加入等体积2×孢子预萌发培养液及0.5uM氯化钙溶液在37℃摇床培养2.5小时进行孢子的预萌发过程。离心收集孢子,并用新鲜的LB溶液漂洗孢子1次,然后将孢子重悬于适量的LB中,在混合器上充分震荡并打散孢子,按照1:10的供受体比与大肠杆菌细胞混合后均匀涂布于不含有抗生素的MS平板上,待平板吹干后转移至30℃培养箱中培养12-16小时后取出平板,并用含有阿伯拉霉素(0.5mg)与萘啶酮酸(1mg)的1.5mL无菌水覆盖于MS平板上,将平板吹干后转移至30℃培养箱中培养。5-6天后可见平板上有单菌落结合子长出,最后采用moeJ5-F/R为PCR引物验证结合子正确性,获得默诺霉素A异源合成菌株Streptomyces albusJ1074::pJQK554(菌株I)和Streptomyces albus J1074::pJQK556(菌株II)。
上述步骤五所用引物为:
引物名称 碱基序列
moeJ5-F 5′-GTTCATCGACCACACGCTGACC-3′SEQ ID NO.40
moeJ5-R 5′-GGTAGAAGCGGGAGGGCC-3′SEQ ID NO.41
步骤六:构建用于提高LX02耐受性的默诺霉素A抗性基因MaPBP的
Figure BDA0002807821310000111
位点整合型质粒pJQK557;
通过PCR定点突变和Overlap PCR技术以白色链霉菌J1074基因组(GenBank:DS999645.1)为模板将其aPBP蛋白第200位Phe突变为Asp,238位Pro突变为Gln,并置于强启动子KasOp*下游(基因cassette的具体构建方法如步骤三)。测序正确用NdeI和EcoRI限制性核酸内切酶消化带有目的基因MaPBP的克隆载体,回收2353bp基因片段(SEQ ID NO.52,即默诺霉素A抗性基因MaPBP的序列),将其插入用NdeI和MunI(与EcoRI为同尾酶)消化处理的
Figure BDA0002807821310000112
位点整合型质粒pLX15a,在含有潮霉素(50ug/ml)的固体LA平板上挑取转化子,成功构建用于表达默诺霉素A抗性基因MaPBP的
Figure BDA0002807821310000113
位点整合型质粒pJQK557(图2,图10)。
上述步骤六所用引物为:
Figure BDA0002807821310000114
Figure BDA0002807821310000121
步骤七:将步骤六构建得到的质粒pJQK557通过大肠杆菌与链霉菌属间接合转移导入受体菌株II中;
将步骤六构建完成的质粒pJQK557通过化学转化法将其导入E.coli ET12567/pUZ8002中。取该转化子于含有50ug/ml氯霉素、50ug/ml卡那霉素和25ug/ml潮霉素三种抗生素的LB培养基中37℃过夜培养,将过夜培养物按10%的比例转接至新鲜LB培养液培养3小时,然后用新鲜的LB溶液洗涤菌体2次以充分除去培养物中的抗生素。同时制备菌株II的新鲜孢子溶液一毫升进行接合转移(具体接合转移操作如步骤五所述),培养12-16小时后取出平板,并用含有潮霉素(0.5mg),阿伯拉霉素(0.5mg)与萘啶酮酸(1mg)的1.5mL无菌水覆盖于MS平板上,将平板吹干后转移至30℃培养箱中培养。5-6天后可见平板上有单菌落结合子长出,最后采用moeJ5-F/R和hyg-F/R为PCR引物验证结合子正确性,获得默诺霉素A异源合成菌株LX03(LX02::pJQK557)。
上述步骤七所用引物为
引物名称 碱基序列
hyg-F 5′-GCGAAGTCCTCGGTCCGCTT-3′SEQ ID NO.50
hyg-R 5′-CTGGCCGTGGCCCTACCTG-3′SEQ ID NO.51
步骤八:对以上步骤所述LX01,LX02和LX03三种突变菌株发酵培养,并分析默诺霉素A产物;
本步骤发酵采用R5培养基固体发酵法,种子培养基(TSBY)配方为Oxoid胰胨豆汤粉30g,蔗糖103g,Difco酵母膏5g,加蒸馏水定容至1L;发酵培养基R5配方为蔗糖60g/L,硫酸钾0.25g/L,六水氯化镁10.12g/L,葡萄糖10g/L,酪蛋白水解物0.1g/L,微量元素2ml/L,酵母提取物5g/L,TES缓冲液5.73g/L,琼脂粉15g/L,加蒸馏水定容至1L。氯化钴1mg/L(灭菌后加入),磷酸二氢钾(0.5%)10ml/L(灭菌后加入),氯化钙(5M)4ml/L(灭菌后加入),L-脯氨酸(20%)15ml/L(灭菌后加入),氢氧化钠(1N)7ml/L(灭菌后加入)。
将R5固体发酵培养基灭菌后置于培养皿上,每块培养皿分装30毫升固体培养基。首先将LX01,LX02和LX03三种突变菌株转接至种子培养基中,以220rpm转速在30℃摇床培养24h后得发酵种子液,最后将发酵种子液按照5%的接种比例转接于固体发酵培养基中,涂布棒涂布均匀,在30℃恒温培养箱培养7天后收取固体发酵培养基,并按照以下方法进行检测、分析。
将固体发酵培养产物切块后置于无菌玻璃容器中,往里面添加等倍体积(30mL)的甲醇溶液,混匀并超声处理15min,获得发酵萃取液。取1mL发酵萃取液于1.5mL离心管中,12000rpm离心5~8min,所得上清液经0.22μm有机滤膜过滤后,即可获得用于LC-MS分析的发酵产物样品。经检测分析,在LX03中默诺霉素A异源表达产量相比出发菌株I提高了110%(图3,图4)。
综上所述,本发明提供了一种基于默诺霉素A生物合成基因簇异源表达宿主Streptomyces.albus J1074导入定点突变型A类青霉素结合蛋白(Mutant class Apenicillin-binding proteins,MaPBP)基因优化其异源宿主的方法,默诺霉素A通过作用于细菌细胞壁aPBP的肽聚糖糖基转移酶(Peptidoglycan glycosyltransferase,PGT)结构域活性位点,来高效抑制革兰氏阳性细菌细胞壁的合成。通过对默诺霉素生物合成基因簇进行基因工程改造和在菌株LX02中导入默诺霉素A抗性基因MaPBP的代谢工程改造,默诺霉素A异源表达产量相比出发菌株LX01提高了110%。本发明不仅阐述了大片段基因簇的基因工程改造方法,同时也开启了抗性基因优化Streptomyces.albus宿主来提高目标化合物产量的先河。
以上对本发明的具体实施例进行了描述。需要理解的是,本发明并不局限于上述特定实施方式,本领域技术人员可以在权利要求的范围内做出各种变形或修改,这并不影响本发明的实质内容。
序列表
<110> 上海交通大学
<120> 一种在白色链霉菌中高效合成默诺霉素A的方法
<130> KAG45562
<160> 52
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
cccgggacga catgcatgat 20
<210> 2
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
cgggagatct tctccttcgg 20
<210> 3
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 3
cgggagatct tctccttcgg 20
<210> 4
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 4
tacgacggtg aggtccacgt 20
<210> 5
<211> 83
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 5
ttggtacctt caattggaca ccccgcgcca cgcccgcgcc gccctacgac agctgcgact 60
gggcgtcccg gaaaacgatt ccg 83
<210> 6
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 6
tttctagaca cgctgccgca agcactca 28
<210> 7
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 7
ttaagctttc agccaccgcc ggcgaagcg 29
<210> 8
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 8
aatctagatc agagagcggc cggggtcgc 29
<210> 9
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 9
ttaagctttc agaccagccg gtggccg 27
<210> 10
<211> 83
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 10
aactgcagaa caattgcctg ggagccgcgg gacgcggagg agaccgggaa ggagttccgc 60
ggtgagagtt cttgtcgtcg gcg 83
<210> 11
<211> 4738
<212> DNA
<213> 加纳链霉菌(streptomyces ghanaensis ATCC14672)
<400> 11
actagttcag agagcggccg gggtcgccgg cacgcgggcg gagcccactt cctcccagac 60
ctggctcaga gcgtcgacga attcgcgtac gtcgtcggcg gtgtgcacgg ctccgggggc 120
gacccgcagg atctcctcac cgacccgcac gctcggcgcg ttgatcgcct gcacgtagat 180
tccgtgccgg tcgagcagca gcgcggacat ccgcttgcac acggcctcgt cccccaccat 240
gacggacacg atgtgcgtct ggtccgaaat gaaggggatg ccacgctcgt tcagcagccg 300
gtgcatcaac tgcgcgttcg accagagctg ttcccgctcg acctcggagg accgcagatg 360
gtgtacggct gccagggcgc cggcggccac ggccggcgcc agcgcggtgg tgaagacgaa 420
ggagcgggag aacatgcgca ccgcctcgat gatttcggcg ggccctgcga tgtagccgcc 480
ggtggtgccg aaacccttgg ccaaggtgcc catgatgacg gtgaagtcgt cggcgatgcc 540
ctcccgggcc gcgatgccgg caccctccgg gccgtacatg cccaccgcgt gcacctcgtc 600
gaggtacgtc atcgccccgt ggcgcttggc gatgtcggcg atttcggaca gcggggcgat 660
gtcgccgttc atcgagtaca cggactcggc gacgatgagc ttggggacgt cggggtcggc 720
cgccgctatc agttcttcca ggtgagcggg gtcgttgtgg cggaagatct gcttctgggc 780
gcggctgtgg cgcaggccgt cgatgatgga cgcgtggttg agtgcgtcgg agaagacgac 840
acacttctcc atgcggccgg cgatgacgga cagcgcaccg tcgttggcgg tgtaaccgga 900
ggtgaacagc agggcctcgt ccttgccgtg gagcgcggcg agctctctct ccagcagcac 960
gtggtagtgg ttggtgccgc cgatgttgcg tgagccgccg gcgccggcgc cgtactcgtc 1020
gatcgcgtcc ttcatggctt tgagcactgc gggatgctgg cccatgccga ggtagtcgtt 1080
gctgcaccag acgctgatgc tgtcccggcc ggtcacgggt ccactgctgc ggacgctggc 1140
cgcggggaag ctcccggcga gccgtccgat ctccaggaac tccctctttc ccccgtcgga 1200
gttttctgtg aggcgtgcaa agagatccag atattgggtc gtcacgtcta ctcgcttcgt 1260
tccaggccgt ctgaggctac atgcaactac gggcaaccgc gcataactgg ctgaaatcgc 1320
acggccatga ctggattctg cttgtccccg gcgccggtgc gaacgtgtca ctggcgaaat 1380
cgcgcgggag cggcctcacc attcgcaaca caggggaagg gcatgaaggt aacgtctgta 1440
tatcatcgac tccggcaggc attcaactcg cccaaggctg ccgggtgttg agaactggcc 1500
gacggcagcc gtgctcaccg gccgcacgcc caatggttac cgagagcggg ttgtcgcgct 1560
ttcgcgcgat catgtaagtc tgcactgacc gataaacgaa ccagcatggt gggggaacga 1620
tgtcctcgaa cgagaattac gtccgccggg tgcttgaggc gttggcctcc gaccccgacc 1680
ggattgccct gtgggcggat ggtgaagaaa tcaccgcggg ccagttctcc agggcggttc 1740
tcacggcagc ggaacttctg ctccggcact tcacggaaca tcgagacccg agtgcggaag 1800
gcaaggcccc ggttgtggcg gtgctgaccg tcaccaacag cccggcgacc atcatcctcc 1860
gctacgcggc caacctggcc ggggccaccc tggtccacct gcactccacg aacgcggtgg 1920
accccaccga ccagctggcc gccgccgccc ggctggacat tctcagcaag accggggcga 1980
ccttcctcgc cgtcgacaag gagaacctcg acgcggcccg agagctgtgc gaccggctgc 2040
ccgagccacc gcgtctcgcc gctctcggtg ccctcggccc cgatgtcctg gacctctcgt 2100
cgggcgaccc ggacgccttc ggccacgacg ccgtcgaggc cgaccccgaa cagccggccg 2160
tggtgatcta caccagcggt accagcggac gtcccaaggg tgtcacgcag ccgtaccgcc 2220
ttcgccgtgc caacctccaa gtggccctcc agtcccccga acccatcgtg tacctgtcga 2280
ccctgccggt gagcaactcc agcggctccg ccgtcgacgt cgcgctcgcc tccggcggaa 2340
cggtcgtcct gcacgacggg ttcgaggcgg gcgaagtgct gcgggccgtg gaacagcacc 2400
gcgtctccac gctgaccatc accccgccgc agctgtacat gctgatcgac caccccgaca 2460
ccgccaccac cgaccgttcg agcatcaggc tcatcaccta cctcggttcc cccgcggccc 2520
ccgcccgact ggccgaggcg gtcgaggtgt tcggcccggt gttgctccag ctctacggga 2580
ccacggaagt caacggcatc agcatgctga tgccgcagga ccacttcgac ccggaactgc 2640
gccggaccgt cggacgtccg accacggaga tacgcatccg cgacgtggac gacgaccgcg 2700
acctgccgcc cggcgagatc ggcgaggtgt gcgtgcagag cccgtccacc atgctcggct 2760
actggggcga accggagctg accgccgcga tcatccgcga cggctgggtg cacaccggcg 2820
acctcggttc cctcgacgag aacggctttc tgcgcctgca cggccgcatg ggcgaggtga 2880
tgaagaccaa cggcatcaag gtccatccca ccgatgtgga gaacgcgctg ctgacccatc 2940
cggaggtcac ccaggccgct gtgtactgcg tggtcgacga ggaccgcgtg gagcacatcc 3000
acgccgccgt cgtggtacgg ccgggcggca ccgccgactc cgggacgctg atcggccacg 3060
tcgccgccga gctgtctccg aagcacgtac cggccgtggt gacgttccac gacgcgctgc 3120
ccctcacccg tgccggaaaa ccggacaagc cggcgctggc cgcacggcac aacggtgcgg 3180
catgaccctg accgccgcgt ccgtactggc cgagtccgcc gggcgacgcc ccgaccaccc 3240
cgcgctcgtc ttcggctccg aacgcatcac ctacgccgag ctctggctcg caacccgccg 3300
gtacgcggcg gtgctgaggg accgcggtgt gcgcccgggc gaccggatcg ccctgctgct 3360
gccgaacaca ccgcacttcc cgatggtgta ctacggcgtg ctggcgctcg gtgccgtggt 3420
ggtcccggtg cacggcctgc tgcgtgccga cgagatcgtc cacgtgctgg gcgactccga 3480
ggcgaaggcc atggtgtgcg cggccccgat gctgaccgag ggcgccaagg cggccgggac 3540
ggccggggtt ccgctgctca ccgtcatggt cgagaacggc gaggacgacg acggcccggc 3600
acgcctcgac gtgctcgccg aacgggcgga gcccctggac ggtctggtgc cgcgcgcgcc 3660
cgacgacttg gccttggtgc tgtacacctc gggcaccacc ggccggccca agggcgcgat 3720
gatcacccac ctcaacctgg tgatgaacgt cagcaccacg atgcgctcgc cgttcgacct 3780
cggccccgag gacgtgctgc tgggctgtct gccgctgttc cacaccttcg gccagacctg 3840
cggcatgagc gcctgtttcc tggccggcgg caccctggtg ctcatgaacc gcttcgacgg 3900
ccccggcgcg ctcgacctca tggtcaccga gggctgcacg gtgttcatgg gcgtcccgac 3960
catgtacctg gccctcctcg acgccgccgc tcacgacgcc cgccgccccg tgctcgaccg 4020
cgccttctcc ggcggttcgg cgctaccggt caaggtgctc gaggagttcc aggaggtcta 4080
cggctgcccg atctacgagg ggtacggcct cacggagacc tcgccggtgg tggcgtacaa 4140
ccagaaggcg tggccgcgca ggcccggcac cgtggggcgc cccatctggg gcgtggaggc 4200
ggagatcgcc gccgccgacg tggaggaccg tatcgagctg ctgccggccg gggagatcgg 4260
ggagatcgtc gtacgcggcc acaacgtcat ggccggctac ctcaaccggc cggaagccac 4320
cgcagccgtg ctggtcgacg gctggttccg ctcgggcgac ctggggatga aggacgccga 4380
cggctatctg accatcgtcg accgcaagaa ggacatggtg ctgcgcggtg gctacaacgt 4440
ctatccacgc gaggtggagg aggtgctgat gcgtcacccg gccgtcgccc aggttgccgt 4500
catcggtgtc cccgacgaca agtacggcga ggaggtgtgc gccgtggtgc ggacgcggcc 4560
gggcacggat ccggacgcgg cgctggccgc gcacatcgtg tcctggagca ggcagcgaat 4620
cgccgcgtac aagtacccgc gccgggtgga gttcgtcgag gacttccccc tcgggccgag 4680
cggcaaggta ctgaaacgcg aactcgccgc ccgcttcgcc ggcggtggct gaactagt 4738
<210> 12
<211> 2867
<212> DNA
<213> 加纳链霉菌(streptomyces ghanaensis ATCC14672)
<400> 12
ccgcggagtg ctcctgcctc gggaccggcg gacaagcggc cggtctgatc atcggggcag 60
caacatatga ctccggcaca tgtcagggag ctccgaacgg gtgcgttcac cctgatgggg 120
gagtacggga gcgcccgtgc ggaagatcct cgaagggtgt cccgccctcg ttcggccgcg 180
tccgcgtttg acggcgggaa ggccgggggt aagcttctcg gctcgattgg ctctacgcgg 240
ggcccgtgtg gcagactgtc cgggttgctc ggttgagtgc cgatgccgcg cgcctcccgc 300
cgggaggact ggaagcgagt cccacagtac tcgtcgcctc aactgcccca ggttcgccga 360
aggcagcgct gtggcggacg tacgggaatc ttccgggaag cgtgtgcggg gtaccagcca 420
ggcgcccggt ggtcaccaca ccgcaaggtg tggcttcacc gaaccgcgtg gccacggtgt 480
ggaacgcagc cccccagatg ggattccgcg aggaaatttc gtacgggcgg gaaggcgaca 540
cacccgaccg cgtgggtcgg agagagagac cggaccccgg gtcccagagc gttacgagag 600
acaggactac caagtagccg tgagagttct tgtcgtcggc gggagcggct tcctcgggta 660
cgaggtgctc cgccgggccg tggccgccgg gtgggacgtg gccgcgacct accggacccg 720
ccccgaggaa ctgccgccgg tcacctggta ccgggccgac ctccgtgacc cggggcggat 780
gggagaggtg ctggcccgga cccggccggc cgcggtgatc aacgcgtcga gcggacacgc 840
cgactgggcg gtcacggccg acggcgcggc ccgcctcgcc ctggaggcgg cgcgcgccgg 900
ctgccgacta gtccacgtct cctccgacgc cgtgttctcc ggagccgacg tccactaccc 960
ggaggaggcc ctccccgacc ccgtctcccc gtacggcgcg gccaaggccg cggcggagac 1020
ggccgtcagg gtggccgtgc ccgaggccgc cgtggtgcgc acctcgctca tcgtggggca 1080
caaccggtcc gcccacgagg aggcggtgca cgccctggcg gccggccggc gcgccggcgt 1140
cctgttcacg gacgacgtcc gctgtccggt ccacgtcgac gatctggcct ccgcgctttt 1200
ggagatcgcg gcgtcggacg ggtccggggt gttccacgtg gcgggaccgg acgcgatgaa 1260
ccgtcacgac ctgggtgtcc tcatagcccg gcgggacgga ctggacccgg cccggctgcc 1320
ggccggtctg cggagcgagg tggccccgcc ggggaacctc gacatccgtc tcgtcaccga 1380
tgccacgcgg gcccggctcc ggacccggtt gcggggcgcg cgcgaattcc tcggccccgg 1440
cgttccggtg acgcggggcg tccgttgaga aaacccgccc gcaccgcgcc gcgcctcgat 1500
aaagtgattt tcgcggtcgt cctggggtgt cggaagagga cacgtccgac gtcggcggag 1560
ccggcgcagc gggtggcgac ccggccgccg gaatgtgatc cccgtgcgca ggcaccggtg 1620
ggggaacgcg gtggtgccgg tgaggaaagc accaagacga tacgtcggtc ccgttcgtcg 1680
tgtgggtcgg cacgtcagtc atgactcttg tcaaaaagga agtgtgactg catgtttggc 1740
gataattccg tggggtacga cgcgaacttt ccggccggtg gacctctcac cttggacctc 1800
gagaggatta tcggccgcca acgaataagg accggtctcg agagcagcgc cggattactg 1860
cgcggccgac ggatcctggt caccggagcc ggcggctaca tcggatcgga actgtgccgg 1920
cagctcagcc ggtgggaacc cgagagcctc atgatgctcg accggaacga gacggccctc 1980
cacctggcgg ccaccagcat cgggaacgtc tccccgtcgg tgcggacctc catcctcctc 2040
gcggacatca gggactccag agggctcgcc cggctgttcc agcagtgccg gccggacacc 2100
gtcttccacg cggcggccct caaatgggtg cccatcctgg agaagttccc cggggaagcc 2160
gtcaagacga atgtcttcgg cacccgagcg gtgctcgagg cggccctggc cgcggacgtc 2220
gcgttcctgg tgaacatctc gaccgacaag gcggtcgatc cggtcggggt gctcggatac 2280
tcgaaacgca tagccgaagg actcaccgcg gcggccgcga tccaggcggg cagaccgtac 2340
gtgagcgtgc gcttcggcaa cgtgctcggt tgccaggggt ccttcctcga cgtcttcgcc 2400
cggcagatcg cggccggcag accggtgacg gtcacccacc ccgaggtgac gcgctatctg 2460
atgaccgtcc aggaggccgt ggaactggtc atccagtcgg tcgcgctggg cagcgtcggc 2520
cacgccctgg tcctggacat gggggaacag gtccggatcc tcgacatcgc cagaaggctc 2580
atcgcgcacg ccggtgcgga gctcccggtc cgctacgtcg ggctgcggcc gggggagaag 2640
ctcaccgagg cgctggtggc cccttccgag tccccggtcc ggcacgggca tccgaagatc 2700
atggaagtgc cggtgccggc cctgaaggcg ggggacggcc cggaactcga cgcctggggc 2760
gaggaccagg ccgtcgtcgc cgccctgcgc gccacctgcc tcgccatggc gggcgacgac 2820
ccggtggcgc aggaccccgg ccaccggctg gtctgaaagc ttgatac 2867
<210> 13
<211> 1311
<212> DNA
<213> pet28a质粒(Artificial Sequence)
<400> 13
aagtgggctc cgcccgcgtg ccggcgaccc cggccgctct ctgaactcac gctgccgcaa 60
gcactcaggg cgcaagggct gctaaaggaa gcggaacacg tagaaagcca gtccgcagaa 120
acggtgctga ccccggatga atgtcagcta ctgggctatc tggacaaggg aaaacgcaag 180
cgcaaagaga aagcaggtag cttgcagtgg gcttacatgg cgatagctag actgggcggt 240
tttatggaca gcaagcgaac cggaattgcc agctggggcg ccctctggta aggttgggaa 300
gccctgcaaa gtaaactgga tggctttctt gccgccaagg atctgatggc gcaggggatc 360
aagatctgat caagagacag gatgaggatc gtttcgcatg attgaacaag atggattgca 420
cgcaggttct ccggccgctt gggtggagag gctattcggc tatgactggg cacaacagac 480
aatcggctgc tctgatgccg ccgtgttccg gctgtcagcg caggggcgcc cggttctttt 540
tgtcaagacc gacctgtccg gtgccctgaa tgaactgcag gacgaggcag cgcggctatc 600
gtggctggcc acgacgggcg ttccttgcgc agctgtgctc gacgttgtca ctgaagcggg 660
aagggactgg ctgctattgg gcgaagtgcc ggggcaggat ctcctgtcat ctcaccttgc 720
tcctgccgag aaagtatcca tcatggctga tgcaatgcgg cggctgcata cgcttgatcc 780
ggctacctgc ccattcgacc accaagcgaa acatcgcatc gagcgagcac gtactcggat 840
ggaagccggt cttgtcgatc aggatgatct ggacgaagag catcaggggc tcgcgccagc 900
cgaactgttc gccaggctca aggcgcgcat gcccgacggc gaggatctcg tcgtgaccca 960
tggcgatgcc tgcttgccga atatcatggt ggaaaatggc cgcttttctg gattcatcga 1020
ctgtggccgg ctgggtgtgg cggaccgcta tcaggacata gcgttggcta cccgtgatat 1080
tgctgaagag cttggcggcg aatgggctga ccgcttcctc gtgctttacg gtatcgccgc 1140
tcccgattcg cagcgcatcg ccttctatcg ccttcttgac gagttcttct gagcgggact 1200
ctggggttcg aaatgaccga ccaagcgacg cccaacctgc catcacgaga tttcgattcc 1260
accgccgcct tctatgaaag gttgggcttc ggaatcgttt tccgggacgc c 1311
<210> 14
<211> 45
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 14
gccaccctgg gagccgcggg acgcggagga gaccgggaag gagtt 45
<210> 15
<211> 45
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 15
cagtcgcagc tgtcgtaggg cggcgcgggc gtggcgcggg gtgtc 45
<210> 16
<211> 79
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 16
ttctcgaggc gcaggtagcg gatcagaacg gagagctgcc gtaacgggct gcctgccaag 60
tgaagtggtc ctcccagga 79
<210> 17
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 17
ggcgccgacc gcaccacact 20
<210> 18
<211> 78
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 18
tgagtgtggt gcggtcggcg ccgaagttcc tatacctttt gaagaatagg aacttcggga 60
gggctaacca tggatcca 78
<210> 19
<211> 80
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 19
gcagagaccg ttcgaatgtg aacagaagtt cctattcttc aaaaggtata ggaacttcag 60
gtgacggaag atcacttcgc 80
<210> 20
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 20
tgttcacatt cgaacggtct ctgc 24
<210> 21
<211> 80
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 21
aactgcagac caccgctttt cctgtgctgt cggccccgtc gttcgcgtca cccgacattt 60
cacgaactcc cccagtcctg 80
<210> 22
<211> 80
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 22
ttctcgagtg cgtgcagccg gacgtcacgc ccggccgacg gcccggacgc ccctcccaaa 60
tgtggatcct accaaccggc 80
<210> 23
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 23
tcgcaggtgc acgcggtcga 20
<210> 24
<211> 76
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 24
atcgaccgcg tgcacctgcg agaagttcct atactttcta gagaatagga acttcgcacg 60
ctgccgcaag cactca 76
<210> 25
<211> 78
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 25
ccgggccgga tatggccggg ccgaagttcc tattctctag aaagtatagg aacttcggcg 60
tcccggaaaa cgattccg 78
<210> 26
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 26
gcccggccat atccggcccg 20
<210> 27
<211> 79
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 27
aactcgagtg gcgcgggcgg cggatcgaag ccgcgggcca ccgcgcgttg ccacgccatg 60
atccgacctc ccccttcgg 79
<210> 28
<211> 1810
<212> DNA
<213> 白色链霉菌J1074(treptomyces albus J1074)
<400> 28
ttctcgaggc gcaggtagcg gatcagaacg gagagctgcc gtaacgggct gcctgccaag 60
tgaagtggtc ctcccaggac tgggggtccc cccggactct gtctggggga gggtggatac 120
tccggaccgt gctggcgccc gcgacggacg gcctgcctgc ctcgcggttc cttgccccgc 180
gtggccagcg ggcctcaccg acccggtcct tctgtcactc tcactcggag agtgctaacg 240
ccaataatta gcactcgggg taggagagtg caaggcgcta ggggcctccg gccccgcgcc 300
cgtctactgg gggtgccctg tccgcgccgg cggatgcgga ggtcaggccg cccctgccgg 360
ggcgggggtg gggtggcctc aaacgccggc cgggctcgaa agatggcctc aagcgccggc 420
cgggctgatc tttgacgggc cgtccgctca caggcgcgcg ccaaagacgg cctcaagcgc 480
cggccgggct atagatagcc cggccggcgc ttgaggccgt cagtgaggcg cgcgtgcggg 540
cccagaccgg cccaactcag cccggccggc gcttgaggcc acccttggag cccggccggc 600
gcttgagggc accgagcccg gtcggcgcct gaggccagca cagagggccc gccccctgtt 660
ggtggggcgg gccctcgtga gtgtggtgcg gtcggcgccg aagttcctat accttttgaa 720
gaataggaac ttcgggaggg ctaaccatgg atccatggtt acgccccgcc ctgccactca 780
tcgcagtact gttgtaattc attaagcatt ctgccgacat ggaagccatc acaaacggca 840
tgatgaacct gaatcgccag cggcatcagc accttgtcgc cttgcgtata atatttgccc 900
atggtgaaaa cgggggcgaa gaagttgtcc atattggcca cgtttaaatc aaaactggtg 960
aaactcaccc agggattggc tgagacgaaa aacatattct caataaaccc tttagggaaa 1020
taggccaggc tttcaccgta acacgccaca tcttgcgaat atatgtgtag aaactgccgg 1080
aaatcgtcgt ggtattcact ccagagcgat gaaaacgttt cagtttgctc atggaaaacg 1140
gtgtaacaag ggtgaacact atcccatatc accagctcac cgtctttcat tgccatacgg 1200
aattccggat gagcattcat caggcgggca agaatgtgaa taaaggccgg ataaaacttg 1260
tgcttatttt tctttacggt ctttaaaaag gccgtaatat ccagctgaac ggtctggtta 1320
taggtacatt gagcaactga ctgaaatgcc tcaaaatgtt ctttacgatg ccattgggat 1380
atatcaacgg tggtatatcc agtgattttt ttctccattt tagcttcctt agctcctgaa 1440
aatctcgata actcaaaaaa tacgcccggt agtgatctta tttcattatg gtgaaagttg 1500
gaacctctta cgtgccgatc aacgtctcat tttcgccaaa agttggccca gggcttcccg 1560
gtatcaacag ggacaccagg atttatttat tctgcgaagt gatcttccgt cacctgaagt 1620
tcctatacct tttgaagaat aggaacttct gttcacattc gaacggtctc tgctttgaca 1680
acatgctgtg cggtgttgta aagtcgtggc caggagaata cgacagcgtg caggactggg 1740
ggagttcgtg aaatgtcggg tgacgcgaac gacggggccg acagcacagg aaaagcggtg 1800
gtctgcagtt 1810
<210> 29
<211> 2273
<212> DNA
<213> 白色链霉菌J1074(treptomyces albus J1074)
<400> 29
ttctcgagtg cgtgcagccg gacgtcacgc ccggccgacg gcccggacgc ccctcccaaa 60
tgtggatcct accaaccggc acgattgtgc ccacaacagc atcgcggtgc cacgtgtgga 120
ccgcgtcggt cagatcctcc ccgcacctct cgccagccgt caagatcgac cgcgtgcacc 180
tgcgagaagt tcctatactt tctagagaat aggaacttcg cacgctgccg caagcactca 240
gggcgcaagg gctgctaaag gaagcggaac acgtagaaag ccagtccgca gaaacggtgc 300
tgaccccgga tgaatgtcag ctactgggct atctggacaa gggaaaacgc aagcgcaaag 360
agaaagcagg tagcttgcag tgggcttaca tggcgatagc tagactgggc ggttttatgg 420
acagcaagcg aaccggaatt gccagctggg gcgccctctg gtaaggttgg gaagccctgc 480
aaagtaaact ggatggcttt cttgccgcca aggatctgat ggcgcagggg atcaagatct 540
gatcaagaga caggatgagg atcgtttcgc atgattgaac aagatggatt gcacgcaggt 600
tctccggccg cttgggtgga gaggctattc ggctatgact gggcacaaca gacaatcggc 660
tgctctgatg ccgccgtgtt ccggctgtca gcgcaggggc gcccggttct ttttgtcaag 720
accgacctgt ccggtgccct gaatgaactg caggacgagg cagcgcggct atcgtggctg 780
gccacgacgg gcgttccttg cgcagctgtg ctcgacgttg tcactgaagc gggaagggac 840
tggctgctat tgggcgaagt gccggggcag gatctcctgt catctcacct tgctcctgcc 900
gagaaagtat ccatcatggc tgatgcaatg cggcggctgc atacgcttga tccggctacc 960
tgcccattcg accaccaagc gaaacatcgc atcgagcgag cacgtactcg gatggaagcc 1020
ggtcttgtcg atcaggatga tctggacgaa gagcatcagg ggctcgcgcc agccgaactg 1080
ttcgccaggc tcaaggcgcg catgcccgac ggcgaggatc tcgtcgtgac ccatggcgat 1140
gcctgcttgc cgaatatcat ggtggaaaat ggccgctttt ctggattcat cgactgtggc 1200
cggctgggtg tggcggaccg ctatcaggac atagcgttgg ctacccgtga tattgctgaa 1260
gagcttggcg gcgaatgggc tgaccgcttc ctcgtgcttt acggtatcgc cgctcccgat 1320
tcgcagcgca tcgccttcta tcgccttctt gacgagttct tctgagcggg actctggggt 1380
tcgaaatgac cgaccaagcg acgcccaacc tgccatcacg agatttcgat tccaccgccg 1440
ccttctatga aaggttgggc ttcggaatcg ttttccggga cgccgaagtt cctatacttt 1500
ctagagaata ggaacttcgg cccggccata tccggcccgg ccaaatctcg gccggccacc 1560
tcggcctggc cagcctggcc cggccaatct cggcccgacc aacttcagcc cggccggcgc 1620
ttgaggccga tgagccgcgg agcggcgagt cttccgcccg gccggtccgg gtggcctcaa 1680
gcgccggccg ggctggtttt ggtgcggaca cgtctgaccg tgccggtcac cgatggcctc 1740
aagcgccggc cgggctggga gtggtggccg aggcttcggg cgtacgtgcc agcccgcaag 1800
gggctgcggt ggggtggcct caagcgccgg ccgggctgag gttggctggc tgggccgggt 1860
tcggccggtg ggtcgaggtg gcctggccgg gctcgccagg gtgagttggc cgacgggccg 1920
aggcggcccg cccgggctcc ccgggccgag ttggcgcggc caggccaggg ctcagcaggg 1980
tgggggagtg gggcaggcgg cccggtaggg gagtgcggga gggcagcgcg cgccgcgcgc 2040
attggcactc cgcttgaccg agtgctaatc gcggtcatag tctcagctct ggcactcccc 2100
gcaggagagt gccaacacag cgacgggcag gtccggcacc cgcgacgacg gatcgacctg 2160
gtcgccacac tcagatcagt taaccccgtg atctccgaag ggggaggtcg gatcatggcg 2220
tggcaacgcg cggtggcccg cggcttcgat ccgccgcccg cgccactcga gtt 2273
<210> 30
<211> 59
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 30
ttctcgaggc gcaggtagcg gatcagaacg gagagctgcc gtaacgggct gcctgccaa 59
<210> 31
<211> 59
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 31
aatgtcgggt gacgcgaacg acggggccga cagcacagga aaagcggtgg tctgcagtt 59
<210> 32
<211> 59
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 32
ttctcgagtg cgtgcagccg gacgtcacgc ccggccgacg gcccggacgc ccctcccaa 59
<210> 33
<211> 59
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 33
atggcgtggc aacgcgcggt ggcccgcggc ttcgatccgc cgcccgcgcc actcgagtt 59
<210> 34
<211> 640
<212> DNA
<213> 白色链霉菌J1074(streptomyces albus J1074)
<400> 34
gtgaagtggt cctcccagga ctgggggtcc ccccggactc tgtctggggg agggtggata 60
ctccggaccg tgctggcgcc cgcgacggac ggcctgcctg cctcgcggtt ccttgccccg 120
cgtggccagc gggcctcacc gacccggtcc ttctgtcact ctcactcgga gagtgctaac 180
gccaataatt agcactcggg gtaggagagt gcaaggcgct aggggcctcc ggccccgcgc 240
ccgtctactg ggggtgccct gtccgcgccg gcggatgcgg aggtcaggcc gcccctgccg 300
gggcgggggt ggggtggcct caaacgccgg ccgggctcga aagatggcct caagcgccgg 360
ccgggctgat ctttgacggg ccgtccgctc acaggcgcgc gccaaagacg gcctcaagcg 420
ccggccgggc tatagatagc ccggccggcg cttgaggccg tcagtgaggc gcgcgtgcgg 480
gcccagaccg gcccaactca gcccggccgg cgcttgaggc cacccttgga gcccggccgg 540
cgcttgaggg caccgagccc ggtcggcgcc tgaggccagc acagagggcc cgccccctgt 600
tggtggggcg ggccctcgtg agtgtggtgc ggtcggcgcc 640
<210> 35
<211> 882
<212> DNA
<213> 大肠埃希氏菌AH25(escherichia coli strain AH25)
<400> 35
gggagggcta accatggatc catggttacg ccccgccctg ccactcatcg cagtactgtt 60
gtaattcatt aagcattctg ccgacatgga agccatcaca aacggcatga tgaacctgaa 120
tcgccagcgg catcagcacc ttgtcgcctt gcgtataata tttgcccatg gtgaaaacgg 180
gggcgaagaa gttgtccata ttggccacgt ttaaatcaaa actggtgaaa ctcacccagg 240
gattggctga gacgaaaaac atattctcaa taaacccttt agggaaatag gccaggcttt 300
caccgtaaca cgccacatct tgcgaatata tgtgtagaaa ctgccggaaa tcgtcgtggt 360
attcactcca gagcgatgaa aacgtttcag tttgctcatg gaaaacggtg taacaagggt 420
gaacactatc ccatatcacc agctcaccgt ctttcattgc catacggaat tccggatgag 480
cattcatcag gcgggcaaga atgtgaataa aggccggata aaacttgtgc ttatttttct 540
ttacggtctt taaaaaggcc gtaatatcca gctgaacggt ctggttatag gtacattgag 600
caactgactg aaatgcctca aaatgttctt tacgatgcca ttgggatata tcaacggtgg 660
tatatccagt gatttttttc tccattttag cttccttagc tcctgaaaat ctcgataact 720
caaaaaatac gcccggtagt gatcttattt cattatggtg aaagttggaa cctcttacgt 780
gccgatcaac gtctcatttt cgccaaaagt tggcccaggg cttcccggta tcaacaggga 840
caccaggatt tatttattct gcgaagtgat cttccgtcac ct 882
<210> 36
<211> 102
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 36
tgttcacatt cgaacggtct ctgctttgac aacatgctgt gcggtgttgt aaagtcgtgg 60
ccaggagaat acgacagcgt gcaggactgg gggagttcgt ga 102
<210> 37
<211> 695
<212> DNA
<213> 白色链霉菌J1074(streptomyces albus J1074)
<400> 37
gcccggccat atccggcccg gccaaatctc ggccggccac ctcggcctgg ccagcctggc 60
ccggccaatc tcggcccgac caacttcagc ccggccggcg cttgaggccg atgagccgcg 120
gagcggcgag tcttccgccc ggccggtccg ggtggcctca agcgccggcc gggctggttt 180
tggtgcggac acgtctgacc gtgccggtca ccgatggcct caagcgccgg ccgggctggg 240
agtggtggcc gaggcttcgg gcgtacgtgc cagcccgcaa ggggctgcgg tggggtggcc 300
tcaagcgccg gccgggctga ggttggctgg ctgggccggg ttcggccggt gggtcgaggt 360
ggcctggccg ggctcgccag ggtgagttgg ccgacgggcc gaggcggccc gcccgggctc 420
cccgggccga gttggcgcgg ccaggccagg gctcagcagg gtgggggagt ggggcaggcg 480
gcccggtagg ggagtgcggg agggcagcgc gcgccgcgcg cattggcact ccgcttgacc 540
gagtgctaat cgcggtcata gtctcagctc tggcactccc cgcaggagag tgccaacaca 600
gcgacgggca ggtccggcac ccgcgacgac ggatcgacct ggtcgccaca ctcagatcag 660
ttaaccccgt gatctccgaa gggggaggtc ggatc 695
<210> 38
<211> 1264
<212> DNA
<213> pet28a质粒(Artificial Sequence)
<400> 38
cacgctgccg caagcactca gggcgcaagg gctgctaaag gaagcggaac acgtagaaag 60
ccagtccgca gaaacggtgc tgaccccgga tgaatgtcag ctactgggct atctggacaa 120
gggaaaacgc aagcgcaaag agaaagcagg tagcttgcag tgggcttaca tggcgatagc 180
tagactgggc ggttttatgg acagcaagcg aaccggaatt gccagctggg gcgccctctg 240
gtaaggttgg gaagccctgc aaagtaaact ggatggcttt cttgccgcca aggatctgat 300
ggcgcagggg atcaagatct gatcaagaga caggatgagg atcgtttcgc atgattgaac 360
aagatggatt gcacgcaggt tctccggccg cttgggtgga gaggctattc ggctatgact 420
gggcacaaca gacaatcggc tgctctgatg ccgccgtgtt ccggctgtca gcgcaggggc 480
gcccggttct ttttgtcaag accgacctgt ccggtgccct gaatgaactg caggacgagg 540
cagcgcggct atcgtggctg gccacgacgg gcgttccttg cgcagctgtg ctcgacgttg 600
tcactgaagc gggaagggac tggctgctat tgggcgaagt gccggggcag gatctcctgt 660
catctcacct tgctcctgcc gagaaagtat ccatcatggc tgatgcaatg cggcggctgc 720
atacgcttga tccggctacc tgcccattcg accaccaagc gaaacatcgc atcgagcgag 780
cacgtactcg gatggaagcc ggtcttgtcg atcaggatga tctggacgaa gagcatcagg 840
ggctcgcgcc agccgaactg ttcgccaggc tcaaggcgcg catgcccgac ggcgaggatc 900
tcgtcgtgac ccatggcgat gcctgcttgc cgaatatcat ggtggaaaat ggccgctttt 960
ctggattcat cgactgtggc cggctgggtg tggcggaccg ctatcaggac atagcgttgg 1020
ctacccgtga tattgctgaa gagcttggcg gcgaatgggc tgaccgcttc ctcgtgcttt 1080
acggtatcgc cgctcccgat tcgcagcgca tcgccttcta tcgccttctt gacgagttct 1140
tctgagcggg actctggggt tcgaaatgac cgaccaagcg acgcccaacc tgccatcacg 1200
agatttcgat tccaccgccg ccttctatga aaggttgggc ttcggaatcg ttttccggga 1260
cgcc 1264
<210> 39
<211> 126
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 39
atgtggatcc taccaaccgg cacgattgtg cccacaacag catcgcggtg ccacgtgtgg 60
accgcgtcgg tcagatcctc cccgcacctc tcgccagccg tcaagatcga ccgcgtgcac 120
ctgcga 126
<210> 40
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 40
gttcatcgac cacacgctga cc 22
<210> 41
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 41
ggtagaagcg ggagggcc 18
<210> 42
<211> 39
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 42
tcatatgttg agctctgttc acattcgaac ggtctctgc 39
<210> 43
<211> 44
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 43
ccgcccgagc gcttgtttcc cattcacgaa ctcccccagt cctg 44
<210> 44
<211> 33
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 44
atgggaaaca agcgctcggg cggcggcctg tct 33
<210> 45
<211> 43
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 45
tgccgtacgc ctgctgcccg aagtcggtga tgttcaggta gtt 43
<210> 46
<211> 43
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 46
aactacctga acatcaccga cttcgggcag caggcgtacg gca 43
<210> 47
<211> 40
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 47
tgaccgggtc gtaccggctt tgcgactgga cgaggcccgc 40
<210> 48
<211> 40
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 48
gcgggcctcg tccagtcgca aagccggtac gacccggtca 40
<210> 49
<211> 33
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 49
aagaattctc agcggccctg gccgccgccg aac 33
<210> 50
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 50
gcgaagtcct cggtccgctt 20
<210> 51
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 51
ctggccgtgg ccctacctg 19
<210> 52
<211> 2229
<212> DNA
<213> 白色链霉菌J1074(streptomyces albus J1074)
<400> 52
atgggaaaca agcgctcggg cggcggcctg tctccggccc agcaggccgc caagttcctc 60
ggggtcagcg tggtcgccgg cgcggtgctg gcggggatcg ccctgcccgc cgccggggcc 120
ctgggcctgg ccgcgaaggg ctccgtcgag ggattcgacg agctgccggc caacctcaag 180
acaccaccgc tgagtcagcg cagcaccatc ctggacgcgg agggcggcaa gatcgccacc 240
gtctactacc gcgaccgcac gatagtcccg ctcaaggaca tctcgcccta catgcagaag 300
gcgatcgtcg ccatcgagga ctcgcgcttc tacgagcacg gcgcgatcga cctcaagggc 360
atcctccgcg cggtcaacga gaacgcgcag agcggcggcg tctcccaggg cgcctcgacg 420
ctgacccagc agtacgtgaa gaacgtcttc gtcgaggagg caggggacga cgccgacaag 480
gtcgccgagg ccacccagca gacgatcggc cgcaaggtcc gcgagctgaa attcgccatc 540
cagatcgagg aggagctggg caagaagggc atcctcgaga actacctgaa catcaccgac 600
ttcgggcagc aggcgtacgg catcgaggca gccgcccagc gctacttctc caagccggcc 660
aaggacctga acatccagga gtcggccctc ctcgcgggcc tcgtccagtc gcaaagccgg 720
tacgacccgg tcaacgacga gcaggaggcg gtcaagcggc gcaacaccgt catccagcgg 780
atggcggcgg tccgcgacat caccccccag gaggcggcgg aggcgaagaa ggcccccctc 840
ggcctgaaga tcagccgccc cagcagcggc tgcatcaccg ccgtcaaggg cgccggcttc 900
ttctgcgact acgtgcggcg cgccttcctc accgacccgg tcttcggcaa gaccgccgag 960
gagcgccaga agacctggga gcgcggcggc ctgaccatcc gcaccaccct ggacccgaag 1020
gcccaggagt cggtgcaggc ggccatagag aacggggtct acaaggacga cgaggtcgcc 1080
accgcggtcg ccctggtcga gcccggcacc ggcaagatca ccggaatggg ccagtccagg 1140
ccgtacggct acggcaagaa cgagacggag atgaacctct ccgtcaacgc ctccatgggc 1200
ggcggcgccg gctaccagcc cggctccacc ttcaagccca tcgtggccgc cgccgccctc 1260
gaacgcggca tgccggtgac caagacgtac tcctcgccgt acgagatgcc gtacccgagc 1320
cccgtcgcca cctgctccgg gaactacgtc aacacctcct ccgaggagct ggccaacgag 1380
aacgagaagg aggtcggccc ctactccatg aaggaggcga ccgccctctc ggtcaacacc 1440
tacttcgtgc agatgatcag cgagatcggc acctgcccgg tcatcgagct gtcgaagaag 1500
atgggcatcg agcgctccga cggcaacgac ttcggccagg gcccctccat cgcgctgggc 1560
acccaggagg tctctccgct gacgatggcc tccgcgtacg ccaccttcgc cacccggggc 1620
acgtactgct cgccgatcgc catcgcctcc atcaccggcc cggacaagaa gtcgatgccg 1680
gtgccgaagt cgacctgcac caaggtgatg tcggagaaga ccgccgacac cgtcaacacc 1740
ctgctgcgcg gcgtggtcga ggacggcacc ggccgccagg cgggcctcca gggccgcgcc 1800
agcgccggca agaccggaac caccgacttc cgctacgccg cctggttcgc cggctacacc 1860
ccgaacctct ccggcgccgt ctgggtcggc gacccgcagc acaagcgcca gatgaccaac 1920
atcaccatcg gcggccgccc gtacgacaag gtcttcggcg gtgaggtccc cggaccgatc 1980
tggaagaccg cgatggccgg tgccctggag ggcaaggaag cccccggctt caacctggtc 2040
gacatccccg agcccgacaa gcccggcaag aacaagccca accgccccgg cggcggcaac 2100
gggaacggcg ggggcgggaa cggcggcggc gacaacaagc ccggcggcaa ccgtcccggc 2160
ggcggcgaca acccgccccc ggacatccag ctcccgggcg actggttcgg cggcggccag 2220
ggccgctga 2229

Claims (10)

1.一种在白色链霉菌中高效异源合成默诺霉素A的方法,其特征在于,通过基因工程的手段得到了默诺霉素A生物合成基因簇并进行启动子的优化后得到默诺霉素A异源合成菌株Streptomyces albus;再通过代谢工程的手段在菌株Streptomyces albus中导入默诺霉素A抗性基因MaPBP来增强宿主对默诺霉素A的耐受能力,所得菌株发酵培养得到默诺霉素A。
2.根据权利要求1所述的在白色链霉菌中高效异源合成默诺霉素A的方法,其特征在于,所述默诺霉素A生物合成基因簇包括默诺霉素生物合成基因簇cluster 1和包含moeA4&moeB4&moeC4和moeR5&moeS5五个基因的cluster 2;其中,moeA4&moeB4&moeC4基因序列如SEQ ID NO.11所示,moeR5&moeS5序列如SEQ ID NO.12所示。
3.根据权利要求1所述的在白色链霉菌中高效异源合成默诺霉素A的方法,其特征在于,所述启动子为Promoter 6、KasOp*、PermE*和Promoter 2,序列分别如SEQ ID NO.34、SEQ ID NO.36、SEQ ID NO.39和SEQ ID NO.37所示;所述默诺霉素A抗性基因MaPBP的序列为SEQ ID NO.52所示。
4.根据权利要求1所述的在白色链霉菌中高效异源合成默诺霉素A的方法,其特征在于,所述方法包含如下步骤:
S1、在林可链霉菌NRRL2936的基因组文库中筛选包含默诺霉素生物合成基因簇cluster 1的fosmid质粒pJQK455;
S2、以加纳链霉菌ATCC14672基因组为模板通过高保真PCR的方法得到包含moeA4&moeB4&moeC4和moeR5&moeS5五个基因的默诺霉素生物合成基因簇cluster 2;
S3、通过λ-red同源重组技术对cluster 1和cluster 2基因簇进行组装,获得包含默诺霉素A完整生物合成基因簇的
Figure FDA0002807821300000011
位点整合型质粒I;
S4、对
Figure FDA0002807821300000012
位点整合型质粒I中的moeJ5、moeE5、moeP5和moeGT5的启动子进行Promoter 6、KasOp*、PermE*和Promoter 2的强启动子替换得到
Figure FDA0002807821300000013
位点整合型质粒II;
S5、将步骤S3和步骤S4构建得到的质粒I和质粒II分别通过接合转移的手段导入野生型受体菌株Streptomyces albus中,获得默诺霉素A异源合成菌株I和Ⅱ;
S6、构建用于提高菌株Ⅱ耐受性的默诺霉素A抗性基因MaPBP的
Figure FDA0002807821300000021
位点整合型质粒Ⅲ;
S7、将步骤S6构建得到的质粒Ⅲ接合转移导入受体菌株Ⅱ中,得到默诺霉素A高效异源合成菌株Ⅲ;
S8、发酵培养所述菌株I、菌株Ⅱ、菌株Ⅲ。
5.根据权利要求4所述的白色链霉菌中高效异源合成默诺霉素A的方法,其特征在于,步骤S3包括如下步骤:
S31、在默诺霉素生物合成基因簇cluster 2的两端构建和cluster 1基因簇两端有45bp同源臂以及酶切位点MunI的质粒pJQK553,其中包含作为筛选标记的抗性基因卡那霉素;
S32、用MunI限制内切酶处理质粒pJQK553,得到包含cluster 2基因簇的10kb基因片段;将包含cluster 1的质粒pJQK455和包含cluster 2基因簇的10kb基因片段通过电转导入λ-red同源重组菌株GB08中,10%阿拉伯糖诱导线性环形重组发生,通过阿伯拉霉素和卡那霉素抗生素筛选得到阳性克隆质粒I,即所述
Figure FDA0002807821300000022
位点整合型质粒I。
6.根据权利要求5所述的白色链霉菌中高效异源合成默诺霉素A的方法,其特征在于,步骤S4包括如下步骤:
S41、构建启动子优化所需的Promoter 6-FRT-cml-FRT-KasOp*和PermE*-MTFRT-kan-MTFRT-Promoter 2两个基因cassette 1和cassette 2;
S42、将cassette 1和cassette 2分别通过电转导入含有质粒pJQK455的λ-red同源重组菌株GB08中,10%阿拉伯糖诱导重组发生,通过FRT同源重组敲除cassettes中的氯霉素和卡那霉素抗性基因后得到质粒pJQK552;
S42、将S32中包含cluster 2基因簇的10kb基因片段与质粒pJQK552电转导入λ-red同源重组菌株GB08中,10%阿拉伯糖诱导线性环形重组发生,通过阿伯拉霉素和卡那霉素抗生素筛选得到阳性克隆质粒II,即所述
Figure FDA0002807821300000023
位点整合型质粒II。
7.根据权利要求6所述的白色链霉菌中高效异源合成默诺霉素A的方法,其特征在于,步骤S41中,Promoter 6加强moeJ5及其下游基因的转录,KasOp*加强moeE5及其下游基因转录,PermE*加强moeP5及其下游基因的转录,Promoter 2加强moeGT5及其下游基因的转录。
8.根据权利要求4所述的白色链霉菌中高效异源合成默诺霉素A的方法,其特征在于,步骤S6中,默诺霉素A抗性基因MaPBP来源于Streptomyces albus J1074,将第200位的苯丙氨酸突变为天冬氨酸,238位的脯氨酸突变为谷氨酰胺。
9.根据权利要求4所述的白色链霉菌中高效异源合成默诺霉素A的方法,其特征在于,步骤S8中,所述发酵培养是将所述默诺霉素异源合成菌株Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ的孢子接种于R5固体培养基中,30℃培养168h后得发酵固体板。
10.一株高效异源合成默诺霉素A的白色链霉菌Streptomyces albus J1074-LX03,保藏编号为CGMCC NO.20985。
CN202011374492.2A 2020-11-30 2020-11-30 一种在白色链霉菌中高效合成默诺霉素a的方法 Active CN112410278B (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202011374492.2A CN112410278B (zh) 2020-11-30 2020-11-30 一种在白色链霉菌中高效合成默诺霉素a的方法

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202011374492.2A CN112410278B (zh) 2020-11-30 2020-11-30 一种在白色链霉菌中高效合成默诺霉素a的方法

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN112410278A true CN112410278A (zh) 2021-02-26
CN112410278B CN112410278B (zh) 2023-01-10

Family

ID=74828907

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN202011374492.2A Active CN112410278B (zh) 2020-11-30 2020-11-30 一种在白色链霉菌中高效合成默诺霉素a的方法

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN112410278B (zh)

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN113444724A (zh) * 2021-05-10 2021-09-28 西南大学 一种启动子及重组载体和用途

Citations (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN101381722A (zh) * 2007-09-07 2009-03-11 中牧实业股份有限公司 用于提高斑贝链霉菌黄霉素产量的方法及菌株
US20100279980A1 (en) * 2006-08-11 2010-11-04 President And Fellow Of Harward College Moenomycin biosynthesis-related compositions and methods of use thereof
UA79968U (ru) * 2012-11-02 2013-05-13 Львовский Национальный Университет Имени Ивана Франка Способ повышения продукции антибиотиков моеномицинового ряда
CN103409341A (zh) * 2013-07-08 2013-11-27 浙江工业大学 relA基因在提高班堡链霉菌默诺霉素产量中的应用及菌株
US20210163964A1 (en) * 2018-04-06 2021-06-03 University Of Florida Research Foundation, Incorporated Engineered streptomyces albus strains

Patent Citations (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20100279980A1 (en) * 2006-08-11 2010-11-04 President And Fellow Of Harward College Moenomycin biosynthesis-related compositions and methods of use thereof
CN101381722A (zh) * 2007-09-07 2009-03-11 中牧实业股份有限公司 用于提高斑贝链霉菌黄霉素产量的方法及菌株
UA79968U (ru) * 2012-11-02 2013-05-13 Львовский Национальный Университет Имени Ивана Франка Способ повышения продукции антибиотиков моеномицинового ряда
CN103409341A (zh) * 2013-07-08 2013-11-27 浙江工业大学 relA基因在提高班堡链霉菌默诺霉素产量中的应用及菌株
US20210163964A1 (en) * 2018-04-06 2021-06-03 University Of Florida Research Foundation, Incorporated Engineered streptomyces albus strains

Non-Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
OKSANA KOSHLA等: "Properties of Streptomyces albus J1074 mutant deficient in tRNA LeuUAA gene bldA", 《ARCH MICROBIOL》 *
陈艳萍等: "默诺霉素产生菌relA基因和nsdA基因阻断的研究", 《中国优秀硕士论文全文数据库农业科技辑》 *

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN113444724A (zh) * 2021-05-10 2021-09-28 西南大学 一种启动子及重组载体和用途

Also Published As

Publication number Publication date
CN112410278B (zh) 2023-01-10

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Matsunaga et al. Gene transfer in magnetic bacteria: transposon mutagenesis and cloning of genomic DNA fragments required for magnetosome synthesis
Ditta Tn5 mapping of Rhizobium nitrogen fixation genes
JPH0789950B2 (ja) ジフテリア毒素と免疫交さ性を有するタンパク質の製法
Vargas et al. Isolation of cryptic plasmids from moderately halophilic eubacteria of the genus Halomonas. Characterization of a small plasmid from H. elongata and its use for shuttle vector construction
CA1185547A (en) Plasmid pel 7 and related cloning vectors for use in streptomyces and related organisms
Leyva et al. Cloning and characterization of hydrogen uptake genes from Rhizobium leguminosarum
CN109825464B (zh) 敲除t6ss-1基因簇的杀香鱼假单胞菌鱼用减毒疫苗
CN109486848B (zh) 一种含有多杀菌素多操纵子人工基因簇质粒的构建方法与应用
KR20180084135A (ko) 감소된 clr2 활성을 갖는 사상 진균에서 단백질을 생산하는 방법
CN112410278B (zh) 一种在白色链霉菌中高效合成默诺霉素a的方法
Wild et al. A broad-host-range in vivo pop-out and amplification system for generating large quantities of 50-to 100-kb genomic fragments for direct DNA sequencing
Lal et al. Construction of a hybrid plasmid capable of replication in Amycolatopsis mediterranei
CN113461789B (zh) 一种来源于伯克霍尔德氏菌的LysR家族转录调控蛋白、基因及应用
US10907188B2 (en) Compositions and methods for the production of compounds
CN106906238B (zh) 一种链霉菌抗生素生物合成基因簇多拷贝扩增方法及应用
CN111019965B (zh) 新霉素生物合成基因簇遗传改造的工程菌及其应用
JPH0771494B2 (ja) Dna物質伝達のためのベクター
EP0135045A2 (en) A novel plasmid and methods for its use
CN110305881B (zh) 一种聚酮类化合物neoenterocins的生物合成基因簇及其应用
Wang et al. Recombineering-Mediated Genome Editing in Burkholderiales Strains
CN116445515B (zh) 一种参与利普斯他汀及其结构类似物合成的基因簇及其应用
EP0288200A1 (en) Spiramycin resistance-conferring cloning vectors
CN113817765B (zh) 农杆菌同源重组系统及其应用
KR20050093757A (ko) 플라즈미드가 없는 대장균 dsm 6601 균주의 클론
CN112921045B (zh) 氨基糖苷类抗生素生物合成基因簇及应用

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
GR01 Patent grant
GR01 Patent grant